▶ ユニバーシティー オブ フロリダ リサーチ ファンデーション， インク．の特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】
(24)【登録日】2024-10-30
(45)【発行日】2024-11-08
(54)【発明の名称】ＲＡＮタンパク質関連神経学的疾患を処置するための方法
(51)【国際特許分類】
G01N 33/68 20060101AFI20241031BHJP
A61P 21/00 20060101ALI20241031BHJP
A61P 25/14 20060101ALI20241031BHJP
A61P 25/28 20060101ALI20241031BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20241031BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20241031BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20241031BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20241031BHJP
A61K 31/155 20060101ALI20241031BHJP
A61K 31/7105 20060101ALI20241031BHJP
A61K 35/76 20150101ALI20241031BHJP
A61K 45/06 20060101ALI20241031BHJP
A61K 31/445 20060101ALI20241031BHJP
A61K 31/55 20060101ALI20241031BHJP
A61K 31/13 20060101ALI20241031BHJP
A61K 31/27 20060101ALI20241031BHJP
C07K 14/47 20060101ALI20241031BHJP
C07K 16/18 20060101ALI20241031BHJP
C12N 15/13 20060101ALI20241031BHJP
C12N 15/12 20060101ALI20241031BHJP
C12N 15/113 20100101ALI20241031BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20241031BHJP
G01N 33/50 20060101ALI20241031BHJP
G01N 33/53 20060101ALI20241031BHJP
C12N 15/864 20060101ALN20241031BHJP
C12Q 1/6841 20180101ALN20241031BHJP
C12Q 1/6813 20180101ALN20241031BHJP
C12Q 1/6869 20180101ALN20241031BHJP
【ＦＩ】
G01N33/68
A61P21/00 ZNA
A61P25/14
A61P25/28
A61P43/00 111
A61K31/7088
A61K39/395 N
A61K39/395 D
A61K45/00
A61K31/155
A61K31/7105
A61K35/76
A61K45/06
A61K31/445
A61K31/55
A61K31/13
A61K31/27
C07K14/47
C07K16/18
C12N15/13
C12N15/12
C12N15/113 Z
C12N5/10
G01N33/50 P
G01N33/53 D
C12N15/864 100Z
C12Q1/6841 Z
C12Q1/6813 Z
C12Q1/6869 Z
【請求項の数】
13
(21)【出願番号】P 2022500544
(86)(22)【出願日】2020-07-02
(65)【公表番号】
(43)【公表日】2022-09-06
(86)【国際出願番号】 US2020040725
(87)【国際公開番号】W WO2021007110
(87)【国際公開日】2021-01-14
【審査請求日】2023-06-30
(31)【優先権主張番号】62/871,031
(32)【優先日】2019-07-05
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/025,096
(32)【優先日】2020-05-14
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(73)【特許権者】
【識別番号】501453307
【氏名又は名称】ユニバーシティー オブ フロリダ リサーチ ファンデーション， インク．
(74)【代理人】
【識別番号】100102842
【弁理士】
【氏名又は名称】葛和 清司
(72)【発明者】
【氏名】ラヌム，ローラ
(72)【発明者】
【氏名】グェン，リーエン
【審査官】三木 隆
(56)【参考文献】
【文献】米国特許出願公開第２０１８／０２９２４１６（ＵＳ，Ａ１）
【文献】特表２０１６－５１５２０８（ＪＰ，Ａ）
【文献】国際公開第２０１９／０６０９１８（ＷＯ，Ａ１）
【文献】米国特許出願公開第２０１５／０３６１１６６（ＵＳ，Ａ１）
【文献】国際公開第２０１７／１７６８１３（ＷＯ，Ａ１）
【文献】特開２０１６－１０８２４９（ＪＰ，Ａ）
【文献】Xin Liu，In Situ Capture of Chromatin Interactions by Biotinylated dCas9，Cell，2017年08月24日，Vol.170，Page.1028-1043
【文献】Yuanjing Liu，C9orf72 BAC Mouse Model with Motor Deficits and Neurodegenerative Features of ALS/FTD，Neuron，2016年05月04日，Vol.90，Page.521-534
【文献】Tao Zu，RAN Translation Regulated by Muscleblind Proteins in Myotonic Dystrophy Type 2，Neuron，2017年09月13日，Vol.95，Page.1292-1305
【文献】Melinda L Moseley，Bidirectional expression of CUG and CAG expansion transcripts and intranuclear polyglutamine inclusions in spinocerebellar ataxia type 8，NATURE GENETICS，2006年06月25日，Vol.38 No.7，Page.758-769
【文献】名宮井尊史，リピート病の病態機構UPDATE―RNA毒性とRAN翻訳 Fuchs角膜内皮変性症におけるリピート病態，医学のあゆみ，2018年12月22日，Vol.267 No.11/12，Page.814-816
【文献】塩田倫史，脆弱X関連振戦/失調症候群(FXTAS)におけるRANタンパク質FMRpolyGの産生と病態との関与，日本生化学会大会，2017年，Vol.90th，Page.ROMBUNNO.3PW23-5
【文献】宮崎雄，リピート病の病態機構UPDATE―RNA毒性とRAN翻訳 トリプレットリピート病におけるRAN翻訳の関与，医学のあゆみ，2018年12月22日，Vol.267 No.11/12，Page.823-829
【文献】佐々木秀直，SCA14における起因遺伝子の検索 (厚生労働省S)，運動失調に関する調査及び病態機序に関する研究班 平成13年度研究報告書，2002年，Page.67-68
【文献】石川欽也，＜シンポジウム 29―2＞脊髄小脳変性症 update 脊髄小脳失調症（SCA31）の分子病態解明，臨床神経，2011年，Vol.51，Paeg.1122-1124
【文献】永井義隆，特集 神経細胞変性のメカニズム ポリグルタミン病における神経変性，BRAIN MEDICAL，2014年10月，Vol.26 No.3，Page.225-229
【文献】永井義隆，コンフォメーション病としての神経変性疾患，ファルマシア，2013年09月01日，Vol.49 No.9，Page.849-853
【文献】塩田 倫史，リピート病におけるRNA毒性仮説とRAN翻訳仮説，日本薬理学雑誌，2017年，150巻 3号，Pgae.165
【文献】後藤順，トリプレットリピート病UPDATE トリプレットリピート病とは，医学のあゆみ，2006年10月28日，Vol.219 No.4，Page.241-244
【文献】佐々木 秀直，4．脊髄小脳変性症 最近の進歩，日本内科学会雑誌，2013年09月10日，102巻 9号，Page.2375-2381
(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)
Ｇ０１Ｎ ３３／６８
Ａ６１Ｐ ２１／００
Ａ６１Ｐ ２５／１４
Ａ６１Ｐ ２５／２８
Ａ６１Ｐ ４３／００
Ａ６１Ｋ ３１／７０８８
Ａ６１Ｋ ３９／３９５
Ａ６１Ｋ ４５／００
Ａ６１Ｋ ３１／１５５
Ａ６１Ｋ ３１／７１０５
Ａ６１Ｋ ３５／７６
Ａ６１Ｋ ４５／０６
Ａ６１Ｋ ３１／４４５
Ａ６１Ｋ ３１／５５
Ａ６１Ｋ ３１／１３
Ａ６１Ｋ ３１／２７
Ｃ０７Ｋ １４／４７
Ｃ０７Ｋ １６／１８
Ｃ１２Ｎ １５／１３
Ｃ１２Ｎ １５／１２
Ｃ１２Ｎ １５／１１３
Ｃ１２Ｎ ５／１０
Ｇ０１Ｎ ３３／５０
Ｇ０１Ｎ ３３／５３
Ｃ１２Ｎ １５／８６４
Ｃ１２Ｑ １／６８４１
Ｃ１２Ｑ １／６８１３
Ｃ１２Ｑ １／６８６９
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
アルツハイマー病（ＡＤ）を診断するのを補助するための方法であって、以下：（ａ）対象から得られた生体試料において少なくとも１つのＲＡＮタンパク質を検出すること、ここで、生体試料が、中枢神経系（ＣＮＳ）組織、血液、または脳脊髄液（ＣＳＦ）であり；ここで、当該少なくとも１つのＲＡＮタンパク質は、対象のＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座から転写されたものではないものであり、ここで、検出は、
（ｉ）生体試料を、抗ＲＡＮ抗体と接触させることを含む、抗体ベースの結合アッセイ、イムノブロット分析、ウェスタンブロット分析、免疫組織化学、および／またはＥＬＩＳＡ、ならびに／あるいは
（ｉｉ）生体試料を、ＲＡＮタンパク質をコードする核酸配列に特異的に結合する核酸プローブと接触させることを含む、ハイブリダイゼーションアッセイ
を含み；および
（ｂ）当該検出された、対象のＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座から転写されたものではない少なくとも１つのＲＡＮタンパク質の存在に基づいて、対象を、アルツハイマー病（ＡＤ）を有するものとして決定するためのデータを提供すること、
を含む、前記方法。
【請求項2】
ＲＡＮタンパク質が、ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）、ポリＳｅｒ、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、またはポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）である、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
ＥＬＩＳＡが、ＲＣＡベースのＥＬＩＳＡまたはｒｔＰＣＲベースのＥＬＩＳＡである、請求項１または２に記載の方法。
【請求項4】
抗ＲＡＮ抗体が、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＧＰ）、ポリＳｅｒ、ポリ（ＣＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、および／またはポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）を標的とする、請求項１～３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項5】
抗ＲＡＮ抗体が、ＲＡＮタンパク質のＣ末端を標的とする、請求項１～４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項6】
抗ＲＡＮ抗体が、リピートアミノ酸配列：ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）、ポリ（Ｓｅｒ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、またはポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）ではないアミノ酸配列を含むＲＡＮタンパク質のＣ末端を標的とする、請求項５に記載の方法。
【請求項7】
ハイブリダイゼーションアッセイが、ｄＣａｓ９ベースの濃縮および／または蛍光In Situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）を含む、請求項１～６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
ＦＩＳＨが、リピートを含むＣＣＣＣＧＧ（配列番号７１）またはＣＣＣＣＧＴ（配列番号５９）プローブにより行われる、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
検出が、または、対象のアルツハイマー病（ＡＤ）を有するものとしての決定が、さらに、核酸のシークエンシングを含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項10】
シークエンシングが、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）である、請求項９に記載の方法。
【請求項11】
請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法における使用のための、ＲＡＮタンパク質に特異的に結合する抗ＲＡＮタンパク質抗体またはその抗原結合フラグメントを含む組成物または組成物のセットであって、ここで（ａ）抗体または抗原結合フラグメントが、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＧＰ）、ポリＳｅｒ、ポリ（ＣＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、および／またはポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）タンパク質のいずれか１つまたは２つ以上に特異的に結合し；または
（ｂ）抗体または抗原結合フラグメントが、
（ｉ）配列番号１１７、１１９、１２１および１２３からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域；
（ｉｉ）配列番号１２５、１２７、１２９および１３１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域；および／または
（ｉｉｉ）配列番号１３３、１３５、１３７および１３９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域
を含む重鎖可変領域（ＶＨ）を含み；または、
（ｃ）抗体または抗原結合フラグメントが、
（ｉ）配列番号１１８、１２０、１２２および１２４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域；
（ｉｉ）配列番号１２６、１２８、１３０および１３２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域；および／または
（ｉｉｉ）配列番号１３４、１３６、１３８および１４０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域
を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、
前記組成物または組成物のセット。
【請求項12】
配列番号１０９、１１１、１１３または１１５に記載される可変性の重鎖アミノ酸配列を含み、および／または、配列番号１１０、１１２、１１４または１１６に記載される可変性の軽鎖アミノ酸配列を含む、請求項１１に記載の組成物または組成物のセット。
【請求項13】
薬学的に受入可能なキャリアおよび／または薬学的に受入可能なバッファーをさらに含む、請求項１１または１２に記載の組成物または組成物のセット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願
本願は、２０１９年７月５日に出願された米国仮出願シリアル番号６２／８７１，０３１、表題「METHODS FOR TREATING ALZHEIMER’S DISEASE」、および２０２０年５月１４日に出願された米国仮出願シリアル番号６３／０２５，０９６、表題「METHODS FOR TREATING RAN PROTEIN-ASSOCIATED NEUROLOGICAL DISEASES」の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）下における利益を主張し、当該仮出願の各々の全内容は、本明細書において参考として援用される。
本願は、２０１９年７月５日に出願された米国仮出願シリアル番号６２／８７１，０３１、表題「METHODS FOR TREATING ALZHEIMER’S DISEASE」、および２０２０年５月１４日に出願された米国仮出願シリアル番号６３／０２５，０９６、表題「METHODS FOR TREATING RAN PROTEIN-ASSOCIATED NEUROLOGICAL DISEASES」の３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）下における利益を主張し、当該仮出願の各々の全内容は、本明細書において参考として援用される。
【背景技術】
【0002】
背景
マイクロサテライトリピート伸長は、４０種を超える神経変性障害を引き起こすことが知られている。これらの障害の多くに共通する分子的特徴として、センスおよびアンチセンス伸長トランスクリプトを含むＲＮＡ凝集体（RNA focus）の蓄積、およびリピート関連非ＡＵＧ（ＲＡＮ）の翻訳からのタンパク質の蓄積が挙げられる。ＲＡＮの翻訳は、変異前の長さ（約３０～４０個のリピート）から完全伸長（１０，０００個までのリピート）までの広範囲のリピート長にわたり起こり得る。反復性のエレメントは、ヒトゲノムの大部分を占めるが、一方で、リピートおよびリピート伸長変異の検出は、困難である。
マイクロサテライトリピート伸長は、４０種を超える神経変性障害を引き起こすことが知られている。これらの障害の多くに共通する分子的特徴として、センスおよびアンチセンス伸長トランスクリプトを含むＲＮＡ凝集体（RNA focus）の蓄積、およびリピート関連非ＡＵＧ（ＲＡＮ）の翻訳からのタンパク質の蓄積が挙げられる。ＲＡＮの翻訳は、変異前の長さ（約３０～４０個のリピート）から完全伸長（１０，０００個までのリピート）までの広範囲のリピート長にわたり起こり得る。反復性のエレメントは、ヒトゲノムの大部分を占めるが、一方で、リピートおよびリピート伸長変異の検出は、困難である。
【発明の概要】
【0003】
要旨
本明細書において記載されるのは、例えばポリセリン［ポリＳｅｒ］、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］、およびポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］などを含むリピート関連非ＡＴＧ（ＲＡＮ）タンパク質に関連する特定の神経学的疾患の診断および処置のための組成物および方法である。特定のリピート伸長（例えば、ＣＡＧＧ、ＣＣＴＧ、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＣＣＣＣ、ＧＧＧＧＣＡ、ＣＡＧおよびＣＴＧ）の変異は、多数の異なる神経学的疾患（例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）に関連する。
本明細書において記載されるのは、例えばポリセリン［ポリＳｅｒ］、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］、およびポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］などを含むリピート関連非ＡＴＧ（ＲＡＮ）タンパク質に関連する特定の神経学的疾患の診断および処置のための組成物および方法である。特定のリピート伸長（例えば、ＣＡＧＧ、ＣＣＴＧ、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＣＣＣＣ、ＧＧＧＧＣＡ、ＣＡＧおよびＣＴＧ）の変異は、多数の異なる神経学的疾患（例えば、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）に関連する。
【0004】
限定されないがＡＬＳまたはＦＴＤ、ＦＸＴＡＳ、ＨＤ、ＳＣＡ８、ＤＭ１およびＤＭ２を含む、漸増するこれらの疾患において、伸長変異は、複数の読み枠において起こり、正準のＡＵＧ開始コドンを必要としない、新規の型のタンパク質翻訳を経験することが示されてきた。この型の翻訳は、リピート関連非ＡＴＧ（ＲＡＮ）翻訳と称され、生成されるタンパク質は、ＲＡＮタンパク質と称される。ＲＡＮタンパク質が毒性であり、ますます多くの疾患の原因であるという証拠が、漸増している。したがって、リピート伸長変異により引き起こされる神経学的疾患を処置するために、ＲＡＮタンパク質のレベルを低下させるための治療戦略を開発することが重要である。
【0005】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する特定の神経学的疾患の診断および処置のための組成物および方法が開示される。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）からなる群より選択される。特定の態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。
【0006】
本開示の側面は、特定のＲＡＮタンパク質関連疾患、例えばアルツハイマー病および他の神経学的疾患または障害の診断および処置のための方法および組成物に関する。本開示は、部分的に、例えばポリセリン［ポリＳｅｒ］、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］、およびポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］を含む特定のＲＡＮタンパク質が、かかる疾患を有する特定の対象の脳において蓄積するという、およびこれらのＲＡＮタンパク質が、ＡＤを発症するリスクを有する対象の生体試料（例えば、血液、血清、または脳脊髄液（ＣＳＦ）において検出され得るという知見に基づく。ＡＤを有する特定の対象の脳において蓄積するＲＡＮタンパク質であって、ＡＤを発症するリスクを有する対象の生体試料において検出することができるもののさらなる非限定的な例として、以下が挙げられる：ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。
【0007】
いくつかの態様において、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、電気化学発光（ElectroChemiLuminescence）イムノアッセイ（Meso Scale Discovery, MSD）、デジタルＥＬＩＳＡ技術（Single molecule array, SIMOA）、および／またはドットブロットアッセイが、ＲＡＮタンパク質を検出するために用いられる。いくつかの態様において、ローリングサークル増幅ベースのＥＬＩＳＡ（ＲＣＡベースのＥＬＩＳＡ）が、ＲＡＮタンパク質を検出するために用いられる。いくつかの態様において、リアルタイムＰＣＲベースのＥＬＩＳＡ（ｒｔＰＣＲベースのＥＬＩＳＡ）が、ＲＡＮタンパク質を検出するために用いられる。いくつかの態様において、アッセイは、本明細書において記載されるＲＡＮタンパク質のリピートモチーフに対する抗体を含む。いくつかの態様において、アッセイは、ＲＡＮタンパク質のＣ末端特異的配列に対する抗体を含む。いくつかの態様において、伸長変異を検出するために、アッセイが用いられる。いくつかの態様において、伸長変異を検出するためのアッセイは、リピートプライムＰＣＲ、ロングレンジＰＣＲ、および／またはサザンブロットである。これらのアッセイは、リピートの中、上流および／もしくは下流の、またはリピートに隣接するＤＮＡ配列に結合するプライマーを使用する。
【0008】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患を有するかまたはこれを発症するリスクがある対象において存在するＲＡＮタンパク質は、対象におけるＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座から転写されたものではない。いくつかの態様において、リピート伸長を含むセンスまたはアンチセンスＲＮＡを含むリピートの蓄積は、蓄積しているＲＮＡを検出するための蛍光in situハイブリダイゼーションプローブを用いて検出してもよい。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患を有するかまたはこれを発症するリスクがある対象において存在するＲＮＡ蓄積は、対象におけるＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座から転写されたものではない。いくつかの態様において、新規ＲＡＮタンパク質を生成する遺伝子として、２番染色体のオープンリーディングフレーム８０（Ｃ２ｏｒｆ８０）、ＬＲＰ８、ＣＡＳＰ８、ＣＲＮＤＥ、ＥＸＯＣ６Ｂ、ＳＶ２Ｂ、ＰＰＭＬ１、ＡＤＡＲＢ２、ＧＲＥＢ１、および／またはＭＳＭＯ１が挙げられる。いくつかの態様において、アッセイは、ＲＡＮタンパク質が、Ｃ２ｏｒｆ８０、ＬＲＰ８、ＣＡＳＰ８、ＣＲＮＤＥ、ＥＸＯＣ６Ｂ、ＳＶ２Ｂ、ＰＰＭＬ１、ＡＤＡＲＢ２、ＧＲＥＢ１およびＭＳＭＯ１のうちの１つ以上から発現されたものであるか否かを決定するために用いられる。いくつかの態様において、ＲＮＡ凝集体を同定するためのアッセイは、蛍光in situハイブリダイゼーションである；プローブ＝伸長された遺伝子座におけるリピート配列に対して相補的な、フルオロフォア（例えば、Ｃｙ３、Ｃｙ５、Ａ５５５、Ａ５４９、Ａ４８８）で標識されたＤＮＡ配列である。いくつかの態様において、ＲＮＡ凝集体を同定するためのアッセイは、不活性化されたＣａｓ９ベースのハイブリダイゼーションである；プローブ＝伸長された遺伝子座におけるリピート配列に対して相補的なＤＮＡ配列、およびフルオロフォア標識された不活性化Ｃａｓ９である。
【0009】
いくつかの側面において、本開示は、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患を有するか、またはこれについてのリスクがあるものとして診断された対象に、治療剤（例えば、１つ以上のアンチセンスオリゴヌクレオチド、抗ＲＡＮ抗体、他の治療剤、またはこれらのうちの２つ以上の組み合わせ）を、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患の処置のために投与することにより、ＲＡＮタンパク質関連神経学的疾患を処置するための方法を提供し、ここで、対象は、対象から得られた生体試料中の、少なくとも１つのＲＡＮタンパク質の検出および／またはＲＡＮタンパク質をコードする少なくとも１つのＲＮＡにより、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患を有するものとして特徴づけられている。対象は、伸長変異から発現されるＲＡＮタンパク質のうちの複数のものを有していてもよい。いくつかの態様において、本明細書において開示されるＲＡＮタンパク質を標的とする抗体は、１つまたは複数のＲＡＮタンパク質を標的とするものであってよい。いくつかの態様において、個々の抗体は、１つ以上のＲＡＮタンパク質を標的としていてもよい。いくつかの態様において、２つ以上の異なる抗体の組み合わせを用いてもよく、ここで、各々の抗体は、異なるＲＡＮタンパク質を標的とする。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質は、センスおよびアンチセンスの両方のトランスクリプトから、３つ全ての読み枠において発現される。
【0010】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質は、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＰＲ）および／またはポリＳｅｒである。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質は、ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）である。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質は、対象のＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座から転写されたものではない。
【0011】
いくつかの態様において、少なくとも１つのＲＡＮタンパク質が、表１、表２または表３から選択される配列の２～１０，０００個のリピートを含む遺伝子によりコードされる。
いくつかの態様において、治療剤は、小分子、干渉核酸、修飾された干渉核酸、ＤＮＡアプタマー、ＲＮＡアプタマー、ペプチド、タンパク質、抗体、抗体薬物抱合体、他の大分子、遺伝子治療（他の列挙される型の治療剤のうちの１つ以上を送達するように設計された遺伝子治療を含む）、天然の生成物、または生薬である。
いくつかの態様において、治療剤は、小分子、干渉核酸、修飾された干渉核酸、ＤＮＡアプタマー、ＲＮＡアプタマー、ペプチド、タンパク質、抗体、抗体薬物抱合体、他の大分子、遺伝子治療（他の列挙される型の治療剤のうちの１つ以上を送達するように設計された遺伝子治療を含む）、天然の生成物、または生薬である。
【0012】
いくつかの態様において、小分子は、真核生物開始因子２（ｅＩＦ２）、真核生物開始因子３（ｅＩＦ３）、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）、ｐ６２（セクエストソーム－１またはユビキチン結合タンパク質）、ＬＣ３（微小管関連タンパク質１軽鎖３）Ｉサブユニット、ＬＣ３ ＩＩサブユニット、またはＴｏｌｌ様受容体３（ＴＬＲ３）の修飾因子である。
【0013】
いくつかの態様において、小分子は、メトホルミン、またはその薬学的に受入可能な塩、共結晶、互変異性体、立体異性体、溶媒和物、水和物、多型、同位体的に濃縮された誘導体もしくはプロドラッグである。いくつかの態様において、小分子は、ブホルミン、フェンホルミン、メトホルミン、またはその誘導体もしくは機能的アナログである。いくつかの態様において、小分子は、ＴＡＲＢＰ２などのＰＫＲの阻害剤である。
【0014】
いくつかの態様において、干渉核酸は、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、人工ｍｉＲＮＡ（ａｍｉＲＮＡ）、またはアンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）である。いくつかの態様において、干渉核酸は、真核生物開始因子２（ｅＩＦ２）、真核生物開始因子３（ｅＩＦ３）、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）、ｐ６２、ＬＣ３ Ｉサブユニット、ＬＣ３ ＩＩサブユニット、またはＴｏｌｌ様受容体３（ＴＬＲ３）の発現を修飾する。
【0015】
いくつかの態様において、干渉核酸は、ｅＩＦ２ＡまたはｅＩＦ２αの発現を修飾する。いくつかの態様において、干渉核酸は、ｅＩＦ３ａ、ｅＩＦ３ｂ、ｅＩＦ３ｃ、ｅＩＦ３ｄ、ｅＩＦ３ｅ、ｅＩＦ３ｆ、ｅＩＦ３ｇ、ｅＩＦ３ｈ、ｅＩＦ３ｉ、ｅＩＦ３ｊ、ｅＩＦ３ｋ、ｅＩＦ３ｌおよびｅＩＦ３ｍからなる群より選択される１つ以上のｅＩＦ３サブユニットの発現を阻害する。いくつかの態様において、干渉核酸は、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）の発現を阻害する。いくつかの態様において、干渉核酸は、表１、２および３のうちのいずれか１つにおいて記載される核酸リピートを含む遺伝子の発現を阻害する。いくつかの態様において、干渉核酸は、表１、２および３のうちのいずれか１つにおいて記載されるリピート配列（例えば、表１、２および３において記載される配列のうちのいずれか１つを含むマイクロサテライト伸長）に直接的に結合する。
【0016】
いくつかの態様において、タンパク質（例えば、治療用タンパク質）は、真核生物開始因子２（ｅＩＦ２）、真核生物開始因子３（ｅＩＦ３）、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）、ｐ６２、ＬＣ３ Ｉサブユニット、ＬＣ３ ＩＩサブユニット、またはＴｏｌｌ様受容体３（ＴＬＲ３）を修飾する。
【0017】
いくつかの態様において、タンパク質（例えば、治療用タンパク質）は、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）のドミナントネガティブバリアントまたはＴＬＲ３タンパク質のドミナントネガティブバリアントである。いくつかの態様において、ドミナントネガティブバリアントは、アミノ酸位置２９６において変異を含む。いくつかの態様において、変異は、Ｋ２９６Ｒである。
【0018】
いくつかの態様において、治療剤（例えば、治療用タンパク質をコードする核酸、干渉核酸など）は、ベクターにより対象に送達される。いくつかの態様において、ベクターは、ウイルスベクターである。いくつかの態様において、ウイルスベクターは、組み換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）である。いくつかの態様において、ｒＡＡＶは、ＡＡＶ８キャプシドタンパク質またはそのバリアントを含む。
【0019】
いくつかの態様において、治療用タンパク質は、抗ＲＡＮタンパク質ワクチンである。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質ワクチンは、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）から選択されるアミノ酸リピート配列を含む、ペプチド抗原を含む。
【0020】
いくつかの態様において、治療用タンパク質は、抗体である。いくつかの態様において、抗体は、真核生物開始因子２（ｅＩＦ２）、真核生物開始因子３（ｅＩＦ３）、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）、ｐ６２、ＬＣ３ Ｉサブユニット、ＬＣ３ ＩＩサブユニット、またはＴｏｌｌ様受容体３（ＴＬＲ３）を標的とする。かかる抗体は、当該分野において公知である（例えば、Duffy et al. Cell Immunol. 2007 Aug;248(2):103-14. PubMed PMID: 18048020を参照）。当業者は、抗体を列挙されたタンパク質標的に結合させる方法、および標的タンパク質の機能の所望される修飾についてスクリーニングする方法を理解するであろう。
【0021】
いくつかの態様において、抗体は、抗ＲＡＮタンパク質抗体である。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、以下のいずれか１つ以上を標的とする：ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、ＲＡＮタンパク質のポリ－アミノ酸リピートに特異的に結合する。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、ＲＡＮタンパク質のＣ末端に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、ポリクローナル抗体である。いくつかの態様において、新規の濃縮されたリピート伸長変異の配列により予測される、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患（すなわちＡＤ）において生じる、新たに同定されたＲＡＮタンパク質に対する結合活性を有する、抗ＲＡＮ抗体が作成される。いくつかの態様において、遺伝子座は、今や１つ以上の型のＲＡＮタンパク質を生成することができる新規のリピート伸長変異を含むものとして同定された、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患についての既知のリスク因子を含む。
【0022】
いくつかの態様において、遺伝子座は、ＬＲＰ８遺伝子および／またはＣＡＳＰ８遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＬＲＰ８遺伝子リピート伸長モチーフは、（センス・アンチセンス）ＧＧＧＧＣＡ・ＴＧＣＣＣＣ（配列番号１）リピートモチーフを含み、これは、センスおよびアンチセンスのトランスクリプトからのプロリン－アルギニン（ＰＲ）、グリシン－アルギニン（ＧＲ）、グリシン－アスパラギン酸（ＧＤ）、グリシン－スレオニン（ＧＴ）、バリン－プロリン（ＶＰ）およびセリン－プロリン（ＳＰ）ジペプチドリピートモチーフを含むタンパク質をコードする。いくつかの態様において、ＣＡＳＰ８遺伝子座中のリピート伸長変異は、ＧＡＧＡＧＧ・ＣＣＴＣＴＣ（配列番号２）リピートモチーフを含み、これは、センスおよびアンチセンスのトランスクリプトから、グリシン－アルギニン（ＧＲ）、グリシン－グルタミン酸（ＧＥ）、アルギニン－グルタミン酸（ＲＥ）、セリン－プロリン（ＳＰ）、ロイシン－プロリン（ＬＰ）およびロイシン－セリン（ＬＳ）ジペプチドリピートモチーフを含む新規ＲＡＮタンパク質を生成することができる。いくつかの態様において、Ｃ２ｏｒｆ８０遺伝子座におけるリピート伸長変異は、ＧＡＧＡＧＧリピートモチーフを含み、これは、グリシン－アルギニン（ＧＲ）、グリシン－グルタミン酸（ＧＥ）、アルギニン－グルタミン酸（ＲＥ）、セリン－プロリン（ＳＰ）、ロイシン－プロリン（ＬＰ）およびロイシン－セリン（ＬＳ）ジペプチドリピートモチーフを含む新規ＲＡＮタンパク質を生成することができる。
【0023】
いくつかの態様において、遺伝子座は、ＧＲＥＢ１遺伝子を含む。いくつかの態様において、ＧＲＥＢ１遺伝子座中のリピート伸長変異は、ＧＧＧＧＣＡリピートモチーフを含み、これは、センスおよびアンチセンスのトランスクリプトから、グリシン－アルギニン（ＧＲ）、グリシン－アラニン（ＧＡ）、グリシン－グルタミン（ＧＱ）、プロリン－アラニン（ＰＡ）、ロイシン－プロリン（ＬＰ）およびシステイン－プロリン（ＣＰ）ジペプチドリピートモチーフを含む新規ＲＡＮタンパク質を生成することができる。
【0024】
いくつかの態様において、本開示により記載される方法は、第２の治療剤を対象に投与することをさらに含む（例えば、アルツハイマー病の処置のためにＦＤＡにより承認された治療剤）。いくつかの態様において、第２の治療剤は、ドネペジル、ガランタミン、メマンチン、リバスチグミン、またはこれらの組み合わせから選択される。
いくつかの態様において、生体試料は、血液、血清、または脳脊髄液（ＣＳＦ）である。
いくつかの態様において、生体試料は、血液、血清、または脳脊髄液（ＣＳＦ）である。
【0025】
いくつかの態様において、１つ以上のＲＡＮタンパク質の検出は、結合アッセイ（例えば、抗体ベースの結合アッセイ）、ハイブリダイゼーションアッセイ、イムノブロット分析、ウェスタンブロット分析、免疫組織化学、および／またはＥＬＩＳＡ（例えば、ＲＣＡベースのＥＬＩＳＡ、ｒｔＰＣＲベースのＥＬＩＳＡなど）を行うことを含む。いくつかの態様において、ハイブリダイゼーションアッセイは、試料を、１つ以上の検出可能な核酸プローブ（例えば、ＲＡＮタンパク質をコードする配列に特異的に結合する、検出可能な核酸プローブ）と接触させることを含む。いくつかの態様において、ハイブリダイゼーションアッセイは、蛍光In Situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）および／またはｄＣａｓ９ベースの濃縮を含む。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質の検出はさらに、核酸のシークエンシング、例えば次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含み、これは、試料に対して濃縮ステップ（例えば、ｄＣａｓ９ベースの濃縮）を行うことを含んでもまたはこれを含まなくともよい。
【0026】
いくつかの態様において、１つ以上のＲＡＮタンパク質の検出は、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含み、これは、試料に対して、ガイドＲＮＡを用いる濃縮ステップ（例えば、ｄＣａｓ９ベースの濃縮）を行うことを含んでもまたはこれを含まなくともよい。いくつかの態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、ＮＧＧプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を含むリピートを標的とする。いくつかの態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、非ＮＧＧ ＰＡＭ含有リピートを標的とする。いくつかの態様において、非ＮＧＧ ＰＡＭ含有リピートは、ＣＡＧおよびＣＴＧ伸長リピート（例えば、ＡＬＳ／ＦＴＤにおけるＧＧＧＧＣＣおよびＤＭ２におけるＣＣＴＧ）を含む。いくつかの態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、対応する正常なアレルより長い（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００リピート長い）非ＮＧＧ ＰＡＭ含有リピート伸長を濃縮する。いくつかの態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、（いくつかの態様においては非ＮＧＧ ＰＡＭを有する配列を含む）複数のリピート伸長を同時に同定する。
【0027】
いくつかの態様において、ｄＣａｓ９ベースの濃縮は、Streptococcus pyogenes由来ｄＣａｓ９（ｓｐｄＣａｓ９）分子を用いて行われる。いくつかの態様において、ｄＣａｓ９ベースの濃縮は、Staphylococcus aureus由来、Streptococcus pyogenes由来、Campylobacter jejuni由来、Corynebacterium diphtheria由来、Eubacterium ventriosum由来、Streptococcus pasteurianus由来、Lactobacillus farciminis由来、Sphaerochaeta globus由来、Azospirillum（例えば、株B510）由来、Gluconacetobacter diazotrophicus由来、Neisseria cinerea-由来、Roseburia intestinalis由来、Parvibaculum lavamentivorans由来、Nitratifractor salsuginis（例えば、株DSM 16511）由来、Campylobacter lari（例えば、株CF89-12）由来、またはStreptococcus thermophilus（例えば、株LMD-9）由来のｄＣａｓ９分子からなる群より選択されるｄＣａｓ９タンパクを用いて行われる。なお他の態様において、ｄＣａｓ９分子は、野生型Ｃａｓ９分子の変異体、例えばそのＣａｓ９ヌクレアーゼ活性が不活性化されているものである。いくつかの態様において、変異体Ｃａｓ９分子は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ活性を不活化する変異、例えばＣａｓ９分子のＤＮＡ切断ドメインにおける変異を含む。いくつかの態様において、変異体Ｃａｓ９分子は、Ｃａｓ９ヌクレアーゼ活性を不活化する変異、例えば、ＲｕｖＣドメインにおける変異、および／またはＨＮＨドメインにおける変異を含む。
【0028】
いくつかの側面において、本開示は、対象から得られた試料において少なくとも１つのＲＡＮタンパク質を検出すること；少なくとも１つのＲＡＮタンパク質は、対象のＣ９ｏｒｆ７２遺伝子座から転写されたものではないことを決定すること；ならびに、Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子座から転写されたものではない少なくとも１つのＲＡＮタンパク質の存在に基づいて、対象を、ＲＡＮタンパク質関連疾患を有するものとして診断することにより、ＲＡＮタンパク質関連疾患を診断するための方法を提供する。いくつかの態様において、方法は、１つ以上の特異的な遺伝子座におけるリピート伸長の存在を決定することを含む。いくつかの態様において、特異的な遺伝子座におけるリピート伸長の存在を決定することは、リピートプライムＰＣＲ、ロングレンジＰＣＲ、および／またはサザンブロット、および各々の遺伝子座に対して特異的なプライマーを用いて行われる。いくつかの側面において、本開示は、ＲＡＮタンパク質が生体試料中に存在するか否かを決定するために、対象から得られた生体試料に対してアッセイを行うこと；ならびに、ＲＡＮタンパク質が生体試料中に存在する場合、対象を、ＲＡＮタンパク質関連疾患についてのリスクがあるものとして同定することにより、ＲＡＮタンパク質関連疾患の診断において補助する方法を提供する。
【0029】
いくつかの態様において、試料は、中枢神経系（ＣＮＳ）組織、血液、または脳脊髄液（ＣＳＦ）である。いくつかの態様において、検出することは、試料を、抗ＲＡＮ抗体と接触させること（例えば、インキュベートすること）を含む。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、以下のいずれか１つ以上を標的とする：ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。いくつかの態様において、検出することは、試料に対してｄＣａｓ９ベースの濃縮を行うことを含む。いくつかの態様において、検出することは、核酸シークエンシングをさらに含む。いくつかの態様において、シークエンシングは、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）である。
【0030】
いくつかの側面において、本開示は、細胞におけるプロテアソーム活性を増大させるための方法を提供し、該方法は、抗ＲＡＮタンパク質抗体を、細胞におけるＲＡＮタンパク質凝集を減少させるために十分な量において投与することを含む。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、以下の１つ以上を標的とする：ＲＡＮタンパク質ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。
【0031】
いくつかの側面において、本開示は、対象に、ＲＡＮタンパク質疾患に対してワクチン接種するための方法を提供し、該方法は、対象に、１つ以上のＲＡＮタンパク質を標的とするペプチド抗原を投与することを含む。いくつかの態様において、ペプチド抗原は、ＲＡＮタンパク質：ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）の１つ以上を標的とする（例えば、これをコードするアミノ酸配列を含む）。
【0032】
いくつかの態様において、細胞は、哺乳動物細胞（例えば、ヒト細胞、マウス細胞、ラット細胞、ネコ細胞、イヌ細胞、モルモット細胞、ブタ細胞、サル細胞など）である。いくつかの態様において、細胞は、神経細胞、星状膠細胞、またはグリア細胞である。いくつかの態様において、細胞は、表１、２および３のうちのいずれか１つにおいて記載される配列の少なくとも３５個のリピートを含む核酸配列を有する遺伝子を含む。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、モノクローナル抗体である。
【0033】
いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体の投与は、投与の前の細胞におけるプロテアソーム活性と比較して、細胞におけるプロテアソーム活性の増大をもたらす。いくつかの態様において、プロテアソーム活性の増大は、細胞におけるＰ６２サブユニットのレベルまたは含有物または活性の低下により示される。いくつかの態様において、増大したプロテアソーム活性は、ＲＡＮタンパク質により（例えばポリ（ＧＡ）により）隔離されたプロテアソームサブユニットの、典型的には点状のシグナルと比較して拡散したシグナルにより検出することができる。いくつかの態様において、プロテアソーム活性の増大は、タンパク質ライセートにおいて、または細胞において、蛍光ベースの方法を用いて測定することができる。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体の投与の後で、疾患により媒介される細胞外プロテアソーム系の調節不全の改善を測定することができる。
【0034】
また本明細書において開示されるのは、以下のいずれか１つ以上に特異的に結合する抗体および／または抗原結合フラグメントである：ポリＳｅｒ、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）；ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。例えば、抗体または抗体フラグメントは、１つのみの型のＲＡＮタンパク質（例えば、ポリＳｅｒまたはポリＧＡ）に結合してもよく、あるいは、抗体または抗体フラグメントは、複数のＲＡＮタンパク質に結合してもよい（例えば、異なるアフィニティーで）。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント、および抗体または抗原結合フラグメントは、以下：（ｉ）配列番号１１７、１１９、１２１および１２３からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域；（ｉｉ）配列番号１２５、１２７、１２９および１３１からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域；および／または（ｉｉｉ）配列番号１３３、１３５、１３７および１３９からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域を含む、重鎖可変領域（ＶＨ）を含む。
【0035】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に特異的に結合する抗体またはその抗原結合フラグメント、および抗体または抗原結合フラグメントは、以下：（ｉ）配列番号１１８、１２０、１２２および１２４からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ１領域；（ｉｉ）配列番号１２６、１２８、１３０および１３２からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ２領域；および／または（ｉｉｉ）配列番号１３４、１３６、１３８および１４０からなる群より選択されるアミノ酸配列を含むＣＤＲ３領域を含む、軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
【0036】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０９、１１１、１１３または１１５に記載される可変性の重鎖アミノ酸配列を含む。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１０、１１２、１１４または１１６に記載される可変性の軽鎖アミノ酸配列を含む。
いくつかの態様において、抗体は、ポリＧＡに結合する。いくつかの態様において、抗体は、ポリＳｅｒに結合する。いくつかの態様において、抗体は、ポリＰＲに結合する。
いくつかの態様において、抗体は、ポリＧＡに結合する。いくつかの態様において、抗体は、ポリＳｅｒに結合する。いくつかの態様において、抗体は、ポリＰＲに結合する。
【0037】
また本明細書において開示されるのは、本明細書において開示される抗体または抗原結合フラグメント、ならびに薬学的に受入可能なキャリアおよび／または薬学的に受入可能なバッファーを含む、組成物である。いくつかの態様において、組成物は、リピート伸長疾患を処置することにおける使用のためのものである。いくつかの態様において、組成物は、以下からなる群より選択されるリピート伸長疾患を処置することにおける使用のためのものである：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。いくつかの態様において、組成物は、アルツハイマー病を処置することにおける使用のためのものである。
【0038】
本明細書においてさらに開示されるのは、本明細書において開示される抗体または抗原結合フラグメントをコードする、単離された核酸分子である。また提供されるのは、開示される核酸で形質転換された細胞である。いくつかの態様において、細胞は、哺乳動物細胞である。いくつかの態様において、細胞は、ヒト細胞である。
【0039】
対象においてＲＡＮタンパク質関連疾患を処置する方法もまた、本明細書において提供される。いくつかの態様において、方法は、本明細書において開示される抗体のうちのいずれか１つ、または本明細書において開示される２つ以上の抗体（例えば、１、２、３、４、５、６、５～１０、１０～１５、またはそれより多くの抗体）の組み合わせを投与することを含み、ここで、対象は、対象から得られた生体試料中の少なくとも１つのＲＡＮタンパク質の検出により、ＲＡＮタンパク質関連疾患を有するものとして特徴づけられている。
【図面の簡単な説明】
【0040】
【0041】
【図2A】図２Ａ～２Ｃは、ポリ（ＧＲ）およびポリ（ＰＲ）タンパク質のスクリーニングデータを示す。図２Ａは、ＲＡＮ－タンパク質陽性試料についてのドットブロットスクリーニングのデータを示す。抗ポリ（ＧＲ）抗体を、スクリーニングのために用いた。ブロットスクリーニングのデータを示す。抗ポリ（Ｓｅｒ）抗体を、スクリーニングのために用いた。
【0042】
【図3A】図３Ａ～３Ｃは、ＲＡＮタンパク質の局在は、３Ｒタウなどの典型的なＡＤタンパク質とは区別し得ることを示す免疫蛍光データを示す。図３Ａは、３Ｒタウとは区別し得るポリ（ＰＲ）およびポリ（ＧＲ）の染色を示す。
【0043】
【0044】
【0045】
【0046】
【0047】
【図8A】図８Ａ～８Ｄは、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤを用いたＣ９ＡＬＳ／ＦＴＤおよびＤＭ２伸長の濃縮を示す。図８Ａは、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤを用いたＧ４Ｃ２ ＣＣＴＧの濃縮を示すｑＰＣＲを示す。平均値＋／－ＳＥＭ、独立両側ｔ検定、**ｐ＜０．０１、***ｐ＜０．００１、****ｐ＜０．０００１。
【0048】
【図9A-B】図９Ａ～９Ｇは、ＡＤにおける陽性ＲＡＮタンパク質シグナルを示す。図９Ａは、ＡＤにおいてＲＡＮタンパク質についてスクリーニングするために用いられた抗体を示す。図９Ｂは、α－ＧＲスクリーニングのドットブロットの例およびα－ＧＲシグナルの定量を示す（独立両側ｔ検定）。平均値＋／－ＳＥＭ、**ｐ＜０．０１、***ｐ＜０．００１。
【図9C】図９Ａ～９Ｇは、ＡＤにおける陽性ＲＡＮタンパク質シグナルを示す。図９Ｃは、ＡＤ剖検脳のＣＡ１領域における、ｐ－タウ、ＡβおよびｐＴＤＰ４３と比較した、ＧＲおよびＰＲの代表的な陽性ＩＨＣ染色を示す。
【0049】
【図10A】図１０Ａ～Ｃは、ＡＤ症例において検出されたＲＮＡ凝集体および蓄積を示す。図１０Ａは、ＡＤにおいてＣ４Ｇ２およびＣ４ＧＴのＤＮＡプローブにより検出されたＲＮＡ凝集体、ならびにα－ＧＲ、α－ＧＡまたはα－ＧＰについての陽性のドットブロットシグナルによるＡＤ試料における凝集体の定量を示す。データは、平均値＋／－ＳＥＭを表し、*＜０．０５、**ｐ＜０．０１。
【0050】
【0051】
【0052】
【図13A】図１３Ａ～１３Ｅは、作製された抗ＲＡＮ抗体を、組み換えタンパク質を発現する形質転換細胞において検証する、免疫蛍光データを示す。図１３Ａは、抗ポリＥＲ抗体の検証を示す。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、３ｘＦｌａｇ－（ＥＲ）３０または対照プラスミドのいずれかで形質転換した。
【図13B】図１３Ａ～１３Ｅは、作製された抗ＲＡＮ抗体を、組み換えタンパク質を発現する形質転換細胞において検証する、免疫蛍光データを示す。図１３Ｂは、抗ポリＥＧ抗体の検証を示す。ＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、３ｘＦｌａｇ－（ＥＧ）３０または対照プラスミドのいずれかで形質転換した。
【発明を実施するための形態】
【0053】
詳細な説明
いくつかの側面において、本開示は、ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積に関連する疾患（例えば、神経学的疾患）を有するか、またはこれを発症するリスクがある対象の診断および／または処置のために有用である、方法および組成物に関する。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積と関連する疾患は、以下からなる群より選択される：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。
いくつかの側面において、本開示は、ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積に関連する疾患（例えば、神経学的疾患）を有するか、またはこれを発症するリスクがある対象の診断および／または処置のために有用である、方法および組成物に関する。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積と関連する疾患は、以下からなる群より選択される：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。
【0054】
いくつかの側面において、本開示は、ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積に関連する疾患（例えば、神経学的疾患）を有するか、またはこれを発症するリスクがある対象の診断および／または処置のための方法に関する。本開示は、部分的に、特定のＲＡＮタンパク質（例えば、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）の発現および蓄積により特徴づけられる、特定の患者の同定に基づく。
【0055】
本開示の側面は、特定のリピート関連非ＡＴＧ（ＲＡＮ）タンパク質（例えば、ポリセリン［ポリＳｅｒ］、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］、およびポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７））に基づき、これは、対象の、Ｃ９ｏｒｆ７２ではない遺伝子座から発現され、アルツハイマー病（ＡＤ）、またはＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／もしくは蓄積に関連する別の疾患（例えば、神経学的疾患）を有するか、またはこれを有することが疑われる対象の生体試料において検出可能である。生体試料は、ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積に関連する疾患（例えば、神経学的疾患）、例えばＡＤを有するか、またはこれを有することが疑われる対象に由来するか、またはこれから得られた任意の標本であってよい。いくつかの態様において、生体試料は、血液、血清（例えば、血漿から凝固性タンパク質を取り除いたもの）または脳脊髄液（ＣＳＦ）である。いくつかの態様において、生体試料は、組織試料、例えば脳組織または脊髄組織などの中枢神経系（ＣＮＳ）組織である。当業者は、本開示により記載される方法のために好適な他の生体試料、例えば細胞（例えば、脳細胞、神経細胞、皮膚細胞など）を認識するであろう。
【0056】
「ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積に関連する疾患（例えば、神経学的疾患）を有するか、またはこれを有することが疑われる対象」とは、一般に、神経変性疾患の１つ以上の徴候および症状（記憶欠損（例えば、短期記憶喪失）、錯乱、実行機能（例えば、注意、計画、柔軟性、抽象思考など）の欠損、失語、運動技能の変性または喪失などを含むがこれらに限定されない）を示している対象、またはＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積に関連する１つ以上の遺伝子変異を有するか、またはこれを有するものとして同定されている対象を指す。
【0057】
「アルツハイマー病を有するか、またはこれを有することが疑われる対象」は、ＡＤの１つ以上の徴候および症状（記憶欠損（例えば、短期記憶喪失）、錯乱、実行機能（例えば、注意、計画、柔軟性、抽象思考など）の欠損、失語、運動技能の変性または喪失などを含むがこれらに限定されない）を示す対象、またはＡＤに関連する１つ以上の遺伝子変異、例えば、アポリポタンパク質（ＡＰＰ）、プレセニリン遺伝子（ＰＳＥＮ１およびＰＳＥＮ２）、またはタウタンパク質を含む特定の遺伝子における変異を有するか、またはこれを有するものとして同定されている対象であってよい。いくつかの態様において、ＡＤを有するか、またはこれを有することが疑われる対象は、対象の脳組織全体にわたるβ－アミロイド（Ａβ）ペプチドおよび過剰リン酸化されたタウタンパク質の蓄積により特徴づけられる。いくつかの態様において、対象は、医学の専門化により、McKhannら（1984年）「Clinical diagnosis of Alzheimer's disease: report of the NINCDS-ADRDA Work Group under the auspices of Department of Health and Human Services Task Force on Alzheimer's Disease」、Neurology. 34 (7): 939-44により記載されるとおりNINCDS-ADRDAアルツハイマー基準に従って、ＡＤを有するものとして診断されている。対象は、哺乳動物（例えば、ヒト、マウス、ラット、イヌ、ネコまたはブタ）であってよい。いくつかの態様において、対象は、非ヒト動物、例えばマウス、ラット、モルモット、ネコ、イヌ、ウマ、ラクダなどである。いくつかの態様において、対象は、ヒトである。
【0058】
ＲＡＮタンパク質
「ＲＡＮタンパク質（リピート関連非ＡＴＧ翻訳タンパク質）」とは、リピート伸長変異からＡＵＧ開始コドンの不在下において双方向的に転写されたセンスまたはアンチセンスのＲＮＡ配列から翻訳されるポリペプチドである。ＲＡＮタンパク質をコードする配列は、９番染色体のオープンリーディングフレーム７２（Ｃ９ｏｒｆ７２）、２番染色体のオープンリーディングフレーム８０（Ｃ２ｏｒｆ８０）、ＬＲＰ８、ＣＡＳＰ８、ＣＲＮＤＥ、ＥＸＯＣ６Ｂ、ＳＶ２Ｂ、ＰＰＭＬ１、ＡＤＡＲＢ２、ＧＲＥＢ１およびＭＳＭＯ１を含むがこれらに限定されない複数の遺伝子座におけるゲノムにおいて見出すことができる。Ｃ９ｏｒｆ７２に関連するタンパク質は、現在、ほとんど特徴づけられていないが、ニューロン、特に大脳皮質および運動ニューロンにおいて豊富であることが知られている。Ｃ９ｏｒｆ７２タンパク質は、シナプス前終末において局在すると考えられている。Ｃ９ｏｒｆ７２タンパク質は、ＲＮＡの転写、翻訳および細胞内局在に影響を及ぼす可能性がある。Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子は、ＧＧＧＧＣＣリピートを含む。このヘキサヌクレオチドリピートは、変わり得るリピート数で起こり、小さい数のリピートは、いかなる病態とも関連しない。
「ＲＡＮタンパク質（リピート関連非ＡＴＧ翻訳タンパク質）」とは、リピート伸長変異からＡＵＧ開始コドンの不在下において双方向的に転写されたセンスまたはアンチセンスのＲＮＡ配列から翻訳されるポリペプチドである。ＲＡＮタンパク質をコードする配列は、９番染色体のオープンリーディングフレーム７２（Ｃ９ｏｒｆ７２）、２番染色体のオープンリーディングフレーム８０（Ｃ２ｏｒｆ８０）、ＬＲＰ８、ＣＡＳＰ８、ＣＲＮＤＥ、ＥＸＯＣ６Ｂ、ＳＶ２Ｂ、ＰＰＭＬ１、ＡＤＡＲＢ２、ＧＲＥＢ１およびＭＳＭＯ１を含むがこれらに限定されない複数の遺伝子座におけるゲノムにおいて見出すことができる。Ｃ９ｏｒｆ７２に関連するタンパク質は、現在、ほとんど特徴づけられていないが、ニューロン、特に大脳皮質および運動ニューロンにおいて豊富であることが知られている。Ｃ９ｏｒｆ７２タンパク質は、シナプス前終末において局在すると考えられている。Ｃ９ｏｒｆ７２タンパク質は、ＲＮＡの転写、翻訳および細胞内局在に影響を及ぼす可能性がある。Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子は、ＧＧＧＧＣＣリピートを含む。このヘキサヌクレオチドリピートは、変わり得るリピート数で起こり、小さい数のリピートは、いかなる病態とも関連しない。
【0059】
Ｃ２ｏｒｆ８０に関連するタンパク質は、特徴づけられていないタンパク質であり、その発現は、脳組織において、およびより低い程度で精巣組織において局在することが知られている。Ｃ２ｏｒｆ８０の遺伝子座は、ＧＡＧＡＧＧリピートモチーフを含み、これは、翻訳が開始される読み枠に依存して、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＬＰ）およびポリ（ＬＳ）ジペプチドリピートモチーフを含む新規のＲＡＮタンパク質を生成することができる。翻訳がＣ２ｏｒｆ８０ポリ（ロイシン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＣＳＳＰＶＨＬＩＰＤＬＦＶＶＥＦＲＥＷＳＥＭＤＲＶＧＫＫＧＥＲＥＥＧＳＬＦＦＱＬＷＡＬＳＣＮＶＱＳＥＥＫＩ（配列番号２０３）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＬＰ）ｎＰＣＳＳＰＶＨＬＩＰＤＬＦＶＶＥＦＲＥＷＳＥＭＤＲＶＧＫＫＧＥＲＥＥＧＳＬＦＦＱＬＷＡＬＳＣＮＶＱＳＥＥＫＩ（配列番号２０４）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＬＰリピートの数である）。翻訳がＣ２ｏｒｆ８０ポリ（セリン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＬＬＬＰＣＰＳＤＳ（配列番号２０５）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＳＰ）ｎＬＬＬＰＣＰＳＤＳ（配列番号２０６）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＳＰリピートの数である）。翻訳がＣ２ｏｒｆ８０ポリ（セリン－ロイシン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＡＰＰＬＳＩ（配列番号２０７）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＳＬ）ｎＰＡＰＰＬＳＩ（配列番号２０８）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＳＬリピートの数である）。翻訳がＣ２ｏｒｆ８０ポリ（グリシン－グルタミン酸）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＤＦＫＱＥＫＲＫＬＬＬＬＲＥＧＳＲＩＥＴＦＧＩＱＫＬＩＱＴＦＳＳＴＣＬＦＡＳＴＥ（配列番号２０９）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＥ）ｎＧＤＦＫＱＥＫＲＫＬＬＬＬＲＥＧＳＲＩＥＴＦＧＩＱＫＬＩＱＴＦＳＳＴＣＬＦＡＳＴＥ（配列番号２１０）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＧＥリピートの数である）。翻訳がＣ２ｏｒｆ８０ポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、さらなるアミノ酸が翻訳される可能性は低く、したがって、全長ＲＡＮタンパク質は、単純に、（ＧＲ）ｎ（配列番号２７）であろう（ｎは、組み込まれたＧＲリピートの数である）。翻訳がＣ２ｏｒｆ８０ポリ（アルギニン－グルタミン酸）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＴＬＳＲＫＫＥＮＹＹＣ（配列番号２１２）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＲＥ）ｎＴＬＳＲＫＫＥＮＹＹＣ（配列番号２１３）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＲＥリピートの数である）。
【0060】
ＬＲＰ８（低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質８）は、他の既知の機能の中でも、脳の発達の間に、前脳のニューロンの層化を支配するリーリン経路の重要な成分として働く。ＬＲＰ８遺伝子は、（センス・アンチセンス）ＧＧＧＧＣＡ・ＴＧＣＣＣＣ（配列番号１）リピートモチーフを含むリピート伸長モチーフを含み、これは、開始される読み枠に依存して、センスおよびアンチセンストランスクリプトから、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（ＶＰ）、およびポリ（ＳＰ）ジペプチドリピートモチーフを含むＲＡＮタンパク質をコードすることができる。翻訳がＬＲＰ８ポリ（グリシン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＤＳＴＳＲＫＡＬＧＰＬＬＳＬＡＰＳＣＱＡＰＳＩＰＫＰＣＨＮＰＭＬＱＥＶＦＬＱＰＴＰＡＨＬＰＰＳ（配列番号２１４）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＡ）ｎＤＳＴＳＲＫＡＬＧＰＬＬＳＬＡＰＳＣＱＡＰＳＩＰＫＰＣＨＮＰＭＬＱＥＶＦＬＱＰＴＰＡＨＬＰＰＳ（配列番号２１５）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＧＡリピートの数である）。翻訳がＬＲＰ８ポリ（グリシン－グルタミン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＩＰＰＰＥＫＰＬＧＰＳＳＡＬＰＰＰＡＫＰＰＶＳＰＳＰＡＴＩＰＣＳＲＲＳＳＳＳＰＰＱＰＴＳＨＰＰＤＳＤＶＬＳＰＡＫＰＣＤＬＥＥＶＩＦＬＬＣＫＷＧＭＲＴＴＣＬＴＧ（配列番号２１６）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＱ）ｎＩＰＰＰＥＫＰＬＧＰＳＳＡＬＰＰＰＡＫＰＰＶＳＰＳＰＡＴＩＰＣＳＲＲＳＳＳＳＰＰＱＰＴＳＨＰＰＤＳＤＶＬＳＰＡＫＰＣＤＬＥＥＶＩＦＬＬＣＫＷＧＭＲＴＴＣＬＴＧ（配列番号２１７）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＧＱリピートの数である）。翻訳がＬＲＰ８ポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＦＨＬＱＫＳＰＷＡＰＰＱＰＣＰＬＬＰＳＰＱＹＰＱＡＬＰＱＳＨＡＰＧＧＬＰＰＡＨＰＳＰＰＰＴＬＬＴＱＭＦＣＬＬＬＳＲＶＴＷＲＫＳＦＦＳＳＶＮＧＧ（配列番号２１８）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＲ）ｎＦＨＬＱＫＳＰＷＡＰＰＱＰＣＰＬＬＰＳＰＱＹＰＱＡＬＰＱＳＨＡＰＧＧＬＰＰＡＨＰＳＰＰＰＴＬＬＴＱＭＦＣＬＬＬＳＲＶＴＷＲＫＳＦＦＳＳＶＮＧＧ（配列番号２１９）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＧＲリピートの数である）。翻訳がＬＲＰ８ポリ（システイン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＳＰＳＬＰＳＰＨＡＶＳＫＷＩＰＤＴＫＴＰＴＧＶＶＰＥＶＲＰＶＮＬＧＰＲＡＬＰＶＰＬＫＡＲＶＷＶＣＳＧＡＥＬＫＡＡＫＬＴＧＫＶＳＰＶＩＲＤＶＱＧＹＧＷＧＲＧＤＳＨＬＷ（配列番号２２０）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＣＰ）ｎＰＳＰＳＬＰＳＰＨＡＶＳＫＷＩＰＤＴＫＴＰＴＧＶＶＰＥＶＲＰＶＮＬＧＰＲＡＬＰＶＰＬＫＡＲＶＷＶＣＳＧＡＥＬＫＡＡＫＬＴＧＫＶＳＰＶＩＲＤＶＱＧＹＧＷＧＲＧＤＳＨＬＷ（配列番号２２１）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＣＰリピートの数である）。翻訳がＬＲＰ８ポリ（プロリン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＲＬＦＰＬＰＭＬＳＰＮＧＳＬＴＰＲＬＱＬＧ（配列番号２２２）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＡ）ｎＲＬＦＰＬＰＭＬＳＰＮＧＳＬＴＰＲＬＱＬＧ（配列番号２２３）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＰＡリピートの数である）。翻訳がＬＲＰ８ポリ（ロイシン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＱＰＶＳＳＬＳＰＣＣＬＱＭＤＰ（配列番号２２４）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＬＰ）ｎＱＰＶＳＳＬＳＰＣＣＬＱＭＤＰ（配列番号２２５）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＬＰリピートの数である）。
【0061】
ＣＡＳＰ８（カスパーゼ－８）は、多様な組織において発現され、ＴＮＦＲＳＦ６／ＦＡＳにより媒介される、および／またはＴＮＦＲＳＦ１Ａにより誘導される細胞死の間に、カスパーゼのカスケード活性化において最上流のプロテアーゼとして働く。ＣＡＳＰ８遺伝子は、ＧＡＧＡＧＧ・ＣＣＴＣＴＣ（配列番号２）リピートモチーフを含み、これは、翻訳が開始される読み枠に依存して、センスおよびアンチセンストランスクリプトから、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＬＰ）、およびポリ（ＬＳ）ジペプチドリピートモチーフを含む新規のＲＡＮタンパク質を生成することができる。翻訳がＣＡＳＰ８ポリ（ロイシン－セリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＳＰＳＰＳＰＳＰＲＬＰＬＰＬＭＰＳＱＳＷＴＶＬＬＰＳＲＬＴＡＴＳＬＰＤＳＰＡＳＡＣＲＶＰＡＩＡＧＡＲＲＨＡ（配列番号２２６）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＬＳ）ｎＰＳＰＳＰＳＰＳＰＲＬＰＬＰＬＭＰＳＱＳＷＴＶＬＬＰＳＲＬＴＡＴＳＬＰＤＳＰＡＳＡＣＲＶＰＡＩＡＧＡＲＲＨＡ（配列番号２２７）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＬＳリピートの数である）。翻訳がＣＡＳＰ８ポリ（ロイシン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＶＳＬＳＬＳＬＳＰＳＰＳＰＳＨＡＥＰＫＬＤＧＴＡＡＩＳＡＨＣＮＬＰＡ（配列番号２２８）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＬＰ）ｎＰＶＳＬＳＬＳＬＳＰＳＰＳＰＳＨＡＥＰＫＬＤＧＴＡＡＩＳＡＨＣＮＬＰＡ（配列番号２２９）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＬＰリピートの数である）。翻訳がＣＡＳＰ８ポリ（プロリン－セリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＲＬＰＬＰＬＰＬＰＶＳＬＳＬＳＣＲＡＫＡＧＲＹＣＣＨＬＧＳＬＱＰＰＣＬＩＬＬＰＱＰＡＥＣＬＲＬＱＡＲＡＡＴＰＤＷＦＳＦＦＦＷＷＲＷＧＦＡＶＬＡＧＬＶＳＳＳ（配列番号２３０）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＳ）ｎＰＲＬＰＬＰＬＰＬＰＶＳＬＳＬＳＣＲＡＫＡＧＲＹＣＣＨＬＧＳＬＱＰＰＣＬＩＬＬＰＱＰＡＥＣＬＲＬＱＡＲＡＡＴＰＤＷＦＳＦＦＦＷＷＲＷＧＦＡＶＬＡＧＬＶＳＳＳ（配列番号２３１）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＰＳリピートの数である）。翻訳がＣＡＳＰ８ポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＶＫＦＬＳＩＮＶＭＰＴＶＬＳＳＣＧＬ（配列番号２３２）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＲ）ｎＧＶＫＦＬＳＩＮＶＭＰＴＶＬＳＳＣＧＬ（配列番号２３３）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＧＲリピートの数である）。翻訳がＣＡＳＰ８ポリ（アルギニン－グルタミン酸）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＲＧＱＩＬＩＹＱＣＹＡＨＣＡＬＱＬＷＳＶＮＹＣＧＩＴ（配列番号２３４）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＲＥ）ｎＲＧＱＩＬＩＹＱＣＹＡＨＣＡＬＱＬＷＳＶＮＹＣＧＩＴ（配列番号２３５）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＲＥリピートの数である）。翻訳がＣＡＳＰ８ポリ（グリシン－グルタミン酸）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＳＮＳＹＬＳＭＬＣＰＬＣＳＰＡＶＶＣＥＬＬＷＹＮＶＴＶＱＩＳＬＦＲＧＦＤＨＤＬ（配列番号２３６）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＥ）ｎＧＳＮＳＹＬＳＭＬＣＰＬＣＳＰＡＶＶＣＥＬＬＷＹＮＶＴＶＱＩＳＬＦＲＧＦＤＨＤＬ（配列番号２５９）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＧＥリピートの数である）。
【0062】
Colorectal Neoplasia Differentially Expressed（ＣＲＮＤＥ）遺伝子座は、複数のトランスクリプトバリアントに転写されると考えられ、そのうちのいくつかは、非コードＲＮＡとして機能し得る。１つのトランスクリプトバリアントは、核に局在する推定の短いタンパク質をコードする。ＣＲＮＤＥの発現は、結腸直腸の腺腫および腺癌などの、増殖中の組織において増大する。ＣＲＮＤＥ遺伝子は、ＧＧＧＧＧＣ（Ｇ５Ｃ）リピートモチーフを含み、これは、翻訳が開始される読み枠に依存して、センスおよびアンチセンストランスクリプトから、ポリ（グリシン）［ポリＧｌｙ］およびポリ（プロリン）［ｐｏｌｙＰｒｏ］タンパク質、ならびにジペプチドリピートポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＰＡ）およびポリ（ＰＲ）を含む、新規ＲＡＮタンパク質を生成することができる。典型的にはリピートモチーフの３’に位置する核酸配列に基づいて、翻訳がＣＲＮＤＥポリＧｌｙＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＲＫＲＧＴＡＧＶＡＧ（配列番号３）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（Ｇ）ｎＲＫＲＧＴＡＧＶＡＧ（配列番号４）有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシンの数である）。翻訳がＣＲＮＤＥポリＰｒｏＲＡＮを生じる読み枠において開始されるべきである場合、Ｃ末端配列ＲＧＬＦＶＧＣＦＦＮＦＦＮＰＦＳＣＴＶＦＦＬＶＳＧＡＧＥＴＰＡＲＹ（配列番号５）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（Ｐ）ｎＲＧＬＦＶＧＣＦＦＮＦＦＮＰＦＳＣＴＶＦＦＬＶＳＧＡＧＥＴＰＡＲＹ（配列番号６）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリンの数である）。翻訳がＣＲＮＤＥポリ（ＧＡ）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＶＧＧＥＳＡＧＬＰＥＷＱＤＤＶＭＲＭＳＶ（配列番号７）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＡ）ｎＧＶＧＧＥＳＡＧＬＰＥＷＱＤＤＶＭＲＭＳＶ（配列番号８）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＣＲＮＤＥポリ（ＧＲ）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＷＧＥＫＡＲＤＣＲＳＧＲＭＭ（配列番号９）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＲ）ｎＧＷＧＥＫＡＲＤＣＲＳＧＲＭＭ（配列番号１０）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アルギニンリピートの数である）。翻訳がＣＲＮＤＥポリ（ＰＲ）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＶＡＣＬＬＶＶＦＬＩＦＬＴＰＦＬＶＬＳＳＦＷＣＱＧＬＥＲＬＬＱＤＩＥＡＦＲＭＹＧＳＶ（配列番号１１）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＲ）ｎＰＶＡＣＬＬＶＶＦＬＩＦＬＴＰＦＬＶＬＳＳＦＷＣＱＧＬＥＲＬＬＱＤＩＥＡＦＲＭＹＧＳＶ（配列番号１２）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－アルギニンリピートの数である）。翻訳がＣＲＮＤＥポリ（ＰＡ）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＷＬＶＣＷＬＦＦ（配列番号１３）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＡ）ｎＰＷＬＶＣＷＬＦＦ（配列番号１４）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－アラニンリピートの数である）。
【0063】
ＥＸＯＣ６Ｂ（エクソシスト複合体成分６Ｂ）は、開口分泌小胞（exocytic vesicle）の細胞膜上の融合部位とのドッキングに関与するエクソシスト複合体の一部分である。ＥＸＯＣ６Ｂ遺伝子は、ＧＧＧＧＣＡ（Ｇ４ＣＡ）リピートモチーフを含み、これは、翻訳が開始される読み枠に依存して、センスおよびアンチセンストランスクリプトから、ジペプチドリピートポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］、ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］、ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］、ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］、ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］、およびポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］を含む、新規ＲＡＮタンパク質を生成することができる。翻訳がＥＸＯＣ６Ｂポリ（グリシン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＧＲＲＲＥＥＶＶＬＩＰＨＦＷＬＰＥＫＡＬＷＱＲＤＡＧＡＳＫＬＫＶＱＳＡＣＴＥＧＫＮ（配列番号１５）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＡ）ｎＧＧＲＲＲＥＥＶＶＬＩＰＨＦＷＬＰＥＫＡＬＷＱＲＤＡＧＡＳＫＬＫＶＱＳＡＣＴＥＧＫＮ（配列番号１６）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＥＸＯＣ６Ｂポリ（グリシン－グルタミン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＡＧＧＥＫＲＷＹ（配列番号１７）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＱｎＧＡＧＧＥＫＲＷＹ（配列番号１８）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－グルタミンリピートの数である）。翻訳がＥＸＯＣ６Ｂポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＱＥＥＲＲＧＧＩＮＳＰＦＬＡＳＲＥＳＰＬＡＫＲＣＲＣ（配列番号１９）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＲ）ｎＧＱＥＥＲＲＧＧＩＮＳＰＦＬＡＳＲＥＳＰＬＡＫＲＣＲＣ（配列番号２０）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アルギニンリピートの数である）。翻訳がＥＸＯＣ６Ｂポリ（プロリン－システイン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＳＳＰＱＬＩＴＨＧＳＷＣＩＮＴＳＡＳＬＰＴＲＫＥＤＧＶＥＹＬ（配列番号２２）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＣ）ｎＰＳＳＰＱＬＩＴＨＧＳＷＣＩＮＴＳＡＳＬＰＴＲＫＥＤＧＶＥＹＬ（配列番号２３）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－システインリピートの数である）。翻訳がＥＸＯＣ６Ｂポリ（プロリン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＶＶＬＳＳ（配列番号２４）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＡ）ｎＰＶＶＬＳＳ（配列番号２５）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＥＸＯＣ６Ｂポリ（プロリン－リジン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、さらなるアミノ酸が翻訳される可能性は低く、したがって、全長ＲＡＮタンパク質は、単純に（ＰＬ）ｎ（配列番号２６）であろう（ｎは、組み込まれたプロリン－リジンリピートの数である）。
【0064】
ＳＶ２Ｂ（シナプス小胞糖タンパク質２Ｂ）は、神経細胞および内分泌細胞からの分泌の制御において役割を果たすと考えられている。前者において、それは、ボツリヌス中毒の病態の構成成分であり、C. botulinum神経毒についての受容体として働く。ＳＶ２Ｂ遺伝子はまた、Ｇ４ＣＡリピートモチーフを含み、したがって、上のＥＸＯＣ６Ｂ遺伝子において同じモチーフについて記載されるＲＡＮタンパク質を生成することができる。翻訳がＳＶ２Ｂポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、さらなるアミノ酸が翻訳される可能性は低く、したがって、全長ＲＡＮタンパク質は、単純に、（ＧＲ）ｎ（配列番号２７）であろう（ｎは、組み込まれたグリシン－アルギニンリピートの数である）。翻訳がＳＶ２Ｂポリ（グリシン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＤＳＮＴＴＳＡＫＳＱＤＴＡＳＬＱＭ（配列番号２８）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＡ）ｎＧＤＳＮＴＴＳＡＫＳＱＤＴＡＳＬＱＭ（配列番号２９）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＳＶ２Ｂポリ（グリシン－グルタミン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＴＶＴＱＨＬＰＲＶＫＴＱＰＬＣＫＣＲＱＡＭＬＲＣＶ（配列番号３０）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＱｎＧＴＶＴＱＨＬＰＲＶＫＴＱＰＬＣＫＣＲＱＡＭＬＲＣＶ（配列番号３１）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－グルタミンリピートの数である）。翻訳がＳＶ２Ｂポリ（プロリン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、さらなるアミノ酸が翻訳される可能性は低く、したがって、全長ＲＡＮタンパク質は、単純に、（ＰＡ）ｎ（配列番号３２）であろう（ｎは、組み込まれたプロリン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＳＶ２Ｂポリ（プロリン－リジン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＳＨＮＳＬＴＬＶＳＳＬＴＬＰＬＤＴＩＧＴＤＰＱＱＳＡ（配列番号３３）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＬ）ｎＰＳＨＮＳＬＴＬＶＳＳＬＴＬＰＬＤＴＩＧＴＤＰＱＱＳＡ（配列番号３４）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－リジンリピートの数である）。翻訳がＳＶ２Ｂポリ（プロリン－システイン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＨＩＩＬもまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＣ）ｎＰＨＩＩＬ（配列番号３５）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－システインリピートの数である）。
【0065】
ＭＳＭＯ１遺伝子座によりコードされるタンパク質であるメチルステロールモノオキシゲナーゼ１は、小胞体に局在する酵素であり、ここでそれは、４，４－ジメチルジモステロール（dimethylzymosterol）からメチル基を取り除く触媒経路の一部であり、したがって、ステロイド生合成の一部であるジモステロール（zymosterol）の生合成に寄与する。ＭＳＭＯ１遺伝子はまた、Ｇ５Ｃリピートモチーフを含み、したがって、上のＣＲＮＤＥ遺伝子座におけるものと同じモチーフについて記載されるＲＡＮタンパク質を生成することができる。翻訳がＭＳＭＯ１ポリ（プロリン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＧＨＳＳＳＳＴＴＩＡＴＴＰＧＲＳＬＰＭ（配列番号３６）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＡ）ｎＰＧＨＳＳＳＳＴＴＩＡＴＴＰＧＲＳＬＰＭ（配列番号３７）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＭＳＭＯ１ポリＰｒｏＲＡＮを生じる読み枠において開始されるべきである場合、Ｃ末端配列ＧＴＨＲＰＡＱＱＬＱＱＨＬＧＶＬＣＰＣＳＥＶＫＶＬＧＡＥＬＳＬＤＶＱＳＦ（配列番号３８）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（Ｐ）ｎＧＴＨＲＰＡＱＱＬＱＱＨＬＧＶＬＣＰＣＳＥＶＫＶＬＧＡＥＬＳＬＤＶＱＳＦ（配列番号３９）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリンの数である）。翻訳がＭＳＭＯ１ポリ（プロリン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＡＬＩＶＱＨＮＮＣＮＮＴＷＡＦＳＡＨＶＡＲＳＲＳＷＥＰＮＳＰＬＭＦＮＬＦＫＳＦＰＡＦＩＳＨＬＱＮＤＤＮＲＩ（配列番号４０）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＲ）ｎＡＬＩＶＱＨＮＮＣＮＮＴＷＡＦＳＡＨＶＡＲＳＲＳＷＥＰＮＳＰＬＭＦＮＬＦＫＳＦＰＡＦＩＳＨＬＱＮＤＤＮＲＩ（配列番号４１）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－アルギニンリピートの数である）。翻訳がＭＳＭＯ１ポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＬＤＡＧＬＣＳＳＫＡＱＦＴＰＳＬＮＩＫＩＬＣＴＧＶ（配列番号４２）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＲ）ｎＧＬＤＡＧＬＣＳＳＫＡＱＦＴＰＳＬＮＩＫＩＬＣＴＧＶ（配列番号４３）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アルギニンリピートの数である）。翻訳がＭＳＭＯ１ポリＧｌｙＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＬＴＱＶＦＡＡＬＫＬＳＬＨＨＬＳＴＬＫＹＣＶＬＧＦＮＮＫＴＶＱＭ（配列番号４４）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（Ｇ）ｎＬＴＱＶＦＡＡＬＫＬＳＬＨＨＬＳＴＬＫＹＣＶＬＧＦＮＮＫＴＶＱＭ（配列番号４５）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシンの数である）。最後に、翻訳がＭＳＭＯ１ポリ（グリシン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、さらなるアミノ酸が翻訳される可能性は低く、したがって、全長ＲＡＮタンパク質は、単純に（ＧＡ）ｎ（配列番号４６）であろう（ｎは、組み込まれたグリシン－アラニンリピートの数である）。
【0066】
ＰＰＭ１Ｌ遺伝子座によりコードされるタンパク質であるタンパク質ホスファターゼ１Ｌは、マグネシウムまたはマンガン要求性ホスファターゼであり、シグナル伝達経路に関与する。当該タンパク質は、細胞傷害性ストレスの後のアポトーシスに関与するタンパク質であるアポトーシスシグナル調節キナーゼ１を下方調節する。このタンパク質は、またＥＲからゴルジ体へのセラミド輸送の調節をも補助する、小胞体膜貫通タンパク質である。ＰＰＭ１Ｌ遺伝子は、ＧＧＧＧＡＡリピートモチーフを含む。翻訳がＰＰＭ１Ｌポリ（フェニルアラニン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＬＰＬＰＬＰＦＰＬＰＲＳＬＰＬＰＬＰＳＰＰＬＦＤＲＶＳＬＶＴＱＳＧＶＨＷＨＮＬＧＳＬＱＰＰＰＰＲＦＲ（配列番号２３７）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＦＰ）ｎＬＰＬＰＬＰＦＰＬＰＲＳＬＰＬＰＬＰＳＰＰＬＦＤＲＶＳＬＶＴＱＳＧＶＨＷＨＮＬＧＳＬＱＰＰＰＰＲＦＲ（配列番号２３８）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたフェニルアラニン－プロリンのリピート数である）。翻訳がＰＰＭ１Ｌポリ（セリン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始されるべきである場合、Ｃ末端配列ＦＬＳＰＳＰＦＬＳＰＳＰＦＰＦＰＦＰＦＰＦＰＦＰＶＰＦＰＦＰＳＰＰＬＰＦＬＴＥＳＨＷＳＰＳＬＥＣＴＧＴＩＬＡＨＣＮＬＲＬＰＧＳＧＤＣ（配列番号２３９）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＳＰ）ｎＦＬＳＰＳＰＦＬＳＰＳＰＦＰＦＰＦＰＦＰＦＰＦＰＶＰＦＰＦＰＳＰＰＬＰＦＬＴＥＳＨＷＳＰＳＬＥＣＴＧＴＩＬＡＨＣＮＬＲＬＰＧＳＧＤＣ（配列番号２４０）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたセリン－プロリンリピートの数である）。翻訳がＰＰＭ１Ｌポリ（ロイシン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＣＰＦＰＬＰＬＳＦＰＬＰＬＳＦＰＬＰＬＳＰＳＰＳＰＳＬＳＰＳＰＦＰＳＰＳＰＰＬＰＳＰＦ（配列番号２４１）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＬＰ）ｎＣＰＦＰＬＰＬＳＦＰＬＰＬＳＦＰＬＰＬＳＰＳＰＳＰＳＬＳＰＳＰＦＰＳＰＳＰＰＬＰＳＰＦ（配列番号２４２）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたロイシン－プロリンリピートの数である）。翻訳がＰＰＭＬ１ポリ（グリシン－グルタミン酸）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＤＲＥＧＫＫＶＳＳＡＥＹＩＳＲＬＲＳＨＨＳＫＨＹＣＳＳＤＭＬＫＱＮＳＱＴＬＬＳＬＶＴＳＫＳＫ（配列番号２４３）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＥ）ｎＧＤＲＥＧＫＫＶＳＳＡＥＹＩＳＲＬＲＳＨＨＳＫＨＹＣＳＳＤＭＬＫＱＮＳＱＴＬＬＳＬＶＴＳＫＳＫ（配列番号２４４）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－グルタミン酸リピートの数である）。翻訳がＰＰＭＬ１ポリ（グリシン－リジン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＴＧＲＥＲＫＦＱＡＬＮＩＦＱＤ（配列番号２４５）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＫ）ｎＴＧＲＥＲＫＦＱＡＬＮＩＦＱＤ（配列番号２４６）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－リジンリピートの数である）。最後に、翻訳がＰＰＭＬ１ポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＱＧＧＫＥＳＦＫＲ（配列番号２４７）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＲ）ｎＧＱＧＧＫＥＳＦＫＲ（配列番号２４８）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アルギニンリピートの数である）。
【0067】
ＡＤＡＲＢ２（ＲＮＡ特異的アデノシンデアミナーゼ（Adenosine Deaminase RNA Specific）Ｂ２）は、ＲＮＡ編集酵素のうちの二本鎖ＲＮＡアデノシンデアミナーゼファミリーのメンバーをコードし、ＲＮＡ編集において調節的役割を果たし得るが、編集活性そのものは欠いていると考えられ、他のＡＤＡＲ酵素の結合を防止し、これらの酵素の効率を低下させる。ＡＤＡＲＢ２遺伝子は、ＴＴＴＡＣＴＣＣＣＣＴＣＴＣＣＣＴＣＣＣＧＧＴＧ（配列番号２１）リピートモチーフを含む。いくつかの態様において、ＡＤＡＲＢ２遺伝子は、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）リピートおよび／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）リピートを含むＲＡＮタンパク質をコードする。翻訳がＡＤＡＲＢ２ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＰＬＰＰＧＡＹＳＰＬＰＰＧＶＹＳＰＬＬＰＧＶＹＳＬＣＰＧＶＹＳＰＡＳＷＰＳＴＦＣＲＳＣＣＦＨＴＦＣＰＭＧＤＧＬＣＳＶＧＰ（配列番号２４９）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）ｎＰＬＰＰＧＡＹＳＰＬＰＰＧＶＹＳＰＬＬＰＧＶＹＳＬＣＰＧＶＹＳＰＡＳＷＰＳＴＦＣＲＳＣＣＦＨＴＦＣＰＭＧＤＧＬＣＳＶＧＰ（配列番号２５０）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＦＴＰＬＳＬＰＶ（配列番号２６８）リピートの数である）。翻訳がＡＤＡＲＢ２ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＡＧＬＡＶＦＴＲＳＡＰＷＶＭＤＣＶＬＷＧＰＥＩＴＱＡＴＥＱＴＦＳＰＱＥＶＬＡＡＳＳＳＬＰＡＳＶＰＡＬＣＰＱＰＰＳＰＴＡＰＡＡＳＰＲＴＬＧＫＣＩＰＳＬＧＰＧＴＧＰＶＳＨＶＡＡＬＤＰＰＳＰＶＬＶＰＨＡＧＱＡＳＧＡＰＶＣＧＰＰＱＬＶＡＱＨＱＡＣＮＱＬＬＶＮＩＧＰＶＡＦＳＤＴＮＫＳＥＧＳＷ（配列番号２５１）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）ｎＡＧＬＡＶＦＴＲＳＡＰＷＶＭＤＣＶＬＷＧＰＥＩＴＱＡＴＥＱＴＦＳＰＱＥＶＬＡＡＳＳＳＬＰＡＳＶＰＡＬＣＰＱＰＰＳＰＴＡＰＡＡＳＰＲＴＬＧＫＣＩＰＳＬＧＰＧＴＧＰＶＳＨＶＡＡＬＤＰＰＳＰＶＬＶＰＨＡＧＱＡＳＧＡＰＶＣＧＰＰＱＬＶＡＱＨＱＡＣＮＱＬＬＶＮＩＧＰＶＡＦＳＤＴＮＫＳＥＧＳＷ（配列番号２５２）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＬＬＰＳＰＳＲＣ（配列番号２６９）リピートの数である）。翻訳がＡＤＡＲＢ２ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＣＬＬＰＳＰＳＲＣＬＬＰＳＡＳＲＣＬＬＰＳＰＳＲＣＬＬＰＳＳＳＲＣＬＬＰＳＡＳＲＣＬＬＰＳＡＳＲＣＬＬＰＶＳＷＣＬＬＰＣＦＬＡＩＹＬＬＰＶＬＬＦＳＨＶＬＰＨＧ（配列番号２５３）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）ｎＣＬＬＰＳＰＳＲＣＬＬＰＳＡＳＲＣＬＬＰＳＰＳＲＣＬＬＰＳＳＳＲＣＬＬＰＳＡＳＲＣＬＬＰＳＡＳＲＣＬＬＰＶＳＷＣＬＬＰＣＦＬＡＩＹＬＬＰＶＬＬＦＳＨＶＬＰＨＧ（配列番号２５４）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＹＳＰＬＰＰＧＶ（配列番号２７０）リピートの数である）。翻訳がＡＤＡＲＢ２ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、さらなるアミノ酸が翻訳される可能性は低く、したがって、全長ＲＡＮタンパク質は、単純に（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）ｎ（配列番号２５５）であろう（ｎは、組み込まれたＨＲＥＧＥＧＳＫ（配列番号２７１）リピートの数である）。翻訳がＡＤＡＲＢ２ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＫＨＲＲＲＫＣＲＨＶＲＳＡＰＴＰＭＧＱＲＷＧＣＳＡＰＡＳＱＬＶＧＶＬＱＱＡＮＨＳＰＳＥＲＬＧＴＬＰＰＨＬＧＨＧＷＭＱＫＥＳＲＦＡＴＶＬＨＳＨＬＣＷ（配列番号２５６）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）ｎＧＫＨＲＲＲＫＣＲＨＶＲＳＡＰＴＰＭＧＱＲＷＧＣＳＡＰＡＳＱＬＶＧＶＬＱＱＡＮＨＳＰＳＥＲＬＧＴＬＰＰＨＬＧＨＧＷＭＱＫＥＳＲＦＡＴＶＬＨＳＨＬＣＷ（配列番号２５７）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたＴＧＲＥＲＧＶＮ（配列番号２７２）リピートの数である）。翻訳がＡＲＡＲＢ２ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、さらなるアミノ酸が翻訳される可能性は低く、したがって、全長ＲＡＮタンパク質は、単純に（ＰＧＧＲＧＥ）ｎ（配列番号２５８）であろう（ｎは、組み込まれたＰＧＧＲＧＥ（配列番号２７３）リピートの数である）。
【0068】
ＧＲＥＢ１（growth regulating estrogen receptor binding 1）は、エストロゲン応答性遺伝子であって、エストロゲン受容体により調節される経路における初期応答遺伝子である。それは、ホルモン応答性の組織およびがんにおいて重要な役割を果たすと考えられ、それは、ＧＲＥＢ１タンパク質をコードする。ＧＲＥＢ１遺伝子は、ＧＧＧＧＣＡリピートモチーフを含む。翻訳がＧＲＥＢ１ポリ（グリシン－アルギニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＤＲＭＰＳＶＧＥＧＡＥＧ（配列番号１２８）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＲ）ｎＤＲＭＰＳＶＧＥＧＡＥＧ（配列番号１３６）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アルギニンリピートの数である）。翻訳がＧＲＥＢ１ポリ（グリシン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＴＧＣＬＱＷＶＫＶＱＫＧＲＳＥＥＶＧＭＥＥＧＥＥＧＧＧＥＥＬＲＫ（配列番号１８２）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＡ）ｎＧＴＧＣＬＱＷＶＫＶＱＫＧＲＳＥＥＶＧＭＥＥＧＥＥＧＧＧＥＥＬＲＫ（配列番号１８５）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＧＲＥＢ１ポリ（グリシン－グルタミン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＤＡＦＳＧ（配列番号１８６）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＧＱ）ｎＤＡＦＳＧ（配列番号２００）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたグリシン－グルタミンリピートの数である）。翻訳がＧＲＥＢ１ポリ（プロリン－アラニン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＷＡＲＧＳＬＳＳＳＲＳＰＬＴＳＬＰＷＧＬＰＱＴＱＶＳＰＲＨＴＬＨＬＣＧＡＳＰＤＧＰ（配列番号２１１）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＰＡ）ｎＷＡＲＧＳＬＳＳＳＲＳＰＬＴＳＬＰＷＧＬＰＱＴＱＶＳＰＲＨＴＬＨＬＣＧＡＳＰＤＧＰ（配列番号２７４）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたプロリン－アラニンリピートの数である）。翻訳がＧＲＥＢ１ポリ（ロイシン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＧＨＶＡＨＳＬＰＰＧＬＬ（配列番号２７５）もまた翻訳されて、が高いアミノ酸配列（ＬＰ）ｎＧＨＶＡＨＳＬＰＰＧＬＬ（配列番号２７６）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性（ｎは、組み込まれたロイシン－プロリンリピートの数である）。翻訳がＧＲＥＢ１ポリ（システイン－プロリン）ＲＡＮを生じる読み枠において開始される場合、Ｃ末端配列ＣＬＧＴＷＬＴＬＦＬＱＶＳＦＮＩＴＳＬＧＴＰＴＤＳＧＬＰＡＴＨＴＳＰＬＷＣＦＳＲＷＳＬＴＳＨＶＳＮＩＣＰＳＣＷＡＧＹＳ（配列番号２７７）もまた翻訳されて、アミノ酸配列（ＣＰ）ｎＣＬＧＴＷＬＴＬＦＬＱＶＳＦＮＩＴＳＬＧＴＰＴＤＳＧＬＰＡＴＨＴＳＰＬＷＣＦＳＲＷＳＬＴＳＨＶＳＮＩＣＰＳＣＷＡＧＹＳ（配列番号２７８）を有する全長ＲＡＮタンパク質を生じる可能性が高い（ｎは、組み込まれたシステイン－プロリンリピートの数である）。
【0069】
一般に、ＲＡＮタンパク質は、ポリアミノ酸リピートと称される単一のアミノ酸、ジ－アミノ酸、トリ－アミノ酸、または４－アミノ酸（例えば、テトラ－アミノ酸）の伸長リピートを含む。例えば、「ＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡＡ」（ポリ－アラニン）（配列番号４７）、「ＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬＬ」（ポリ－ロイシン）（配列番号４８）、「ＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳ」（ポリ－セリン）（配列番号４９）、または「ＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣＣ」（ポリ－システイン）（配列番号５０）は、各々２０アミノ酸残基の長さであるポリアミノ酸リピートである。ジ－アミノ酸ＲＡＮタンパク質の例として、ＧＰＧＰＧＰＧＰＧＰＧＰＧＰＧＰＧＰＧＰ（ポリ－ＧＰ）（配列番号５１）、ＧＡＧＡＧＡＧＡＧＡＧＡＧＡＧＡＧＡＧＡ（ポリ－ＧＡ）（配列番号５２）、ＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲ（ポリ－ＧＲ）（配列番号５３）、ＰＡＰＡＰＡＰＡＰＡＰＡＰＡＰＡＰＡＰＡ（ポリ－ＰＡ）（配列番号５４）およびＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲ（ポリ－ＰＲ）（配列番号５５）が挙げられる。テトラ－アミノ酸リピートの例として、ＬＰＡＣＬＰＡＣＬＰＡＣ（例えば、ポリ－ＬＰＡＣ）（配列番号５６）およびＱＡＧＲＱＡＧＲＱＡＧＲ（例えば、ポリ－ＱＡＧＲ）（配列番号５７）が挙げられる。ＲＡＮタンパク質は、少なくとも２０、少なくとも２５、少なくとも３０、少なくとも４０、少なくとも５０、少なくとも６０、少なくとも７０、少なくとも８０、少なくとも９０、少なくとも１００、または少なくとも２００アミノ酸残基の長さのポリアミノ酸リピートを有していてもよい。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質は、２００アミノ酸残基より長い（例えば、５００、１０００、５０００、１０，０００など）長さのポリアミノ酸リピートを有する。
【0070】
一般に、ＲＡＮタンパク質は、ＤＮＡの異常なリピート伸長（例えば、ＴＣＴリピート、ヘキサヌクレオチドリピートなど）から翻訳される。本開示は、部分的に、１つ以上（例えば、２、３、４、５またはそれより多く）のＲＡＮタンパク質、例えばポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、および／またはポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）の発現により特徴づけられるＲＡＮタンパク質関連疾患を有する特定の対象におけるマイクロサテライトリピートの同定に基づく。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質関連疾患を有するかまたはこれを有することが疑われる対象の疾患の状態は、対象において（例えば、対象のゲノムにおいて、または対象の遺伝子において）存在する（例えば、検出される）マイクロサテライトリピートの数および／または型により、分類される。いくつかの態様において、１０より少ないリピート配列を有する対象は、ＲＡＮタンパク質翻訳により特徴づけられるＲＡＮタンパク質関連疾患の徴候または症状を示さない。いくつかの態様において、１０～４０のリピートを有する対象は、ＲＡＮタンパク質翻訳により特徴づけられるＲＡＮタンパク質関連疾患の１つ以上の徴候または症状を示す場合も、示さない場合もある。いくつかの態様において、４０より多くのトリヌクレオチドリピートを有する対象は、ＲＡＮタンパク質翻訳により特徴づけられるＲＡＮタンパク質関連疾患の１つ以上の徴候または症状を示す。特定の場合において、対象は、大きな（＞１００）数のリピートにより特徴づけられるＲＡＮタンパク質関連疾患を有するものとして同定される。ＲＡＮタンパク質をコードするマイクロサテライトリピート配列は、一般に公知である。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質関連疾患は、アルツハイマー病である。
【0071】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質関連疾患を有するか、またはこれを有することが疑われる対象は、ポリ（ＰＲ）ＲＡＮタンパク質をコードする１つ以上のマイクロサテライトリピート配列を有する。ポリ（ＰＲ）タンパク質をコードするマイクロサテライトリピート配列の例として、ＣＣＴＣＧＴ（配列番号５８）、ＣＣＣＣＧＴ（配列番号５９）、ＣＣＡＣＧＴ（配列番号６０）、ＣＣＧＣＧＴ（配列番号６１）、ＣＣＴＣＧＣ（配列番号６２）、ＣＣＣＣＧＣ（配列番号６３）、ＣＣＡＣＧＣ（配列番号６４）、ＣＣＧＣＧＣ（配列番号６５）、ＣＣＴＣＧＡ（配列番号６６）、ＣＣＣＣＧＡ（配列番号６７）、ＣＣＡＣＧＡ（配列番号６８）、ＣＣＧＣＧＡ（配列番号６９）、ＣＣＴＣＧＧ（配列番号７０）、ＣＣＣＣＧＧ（配列番号７１）、ＣＣＡＣＧＧ（配列番号７２）、ＣＣＧＣＧＧ（配列番号７３）、ＣＣＴＡＧＡ（配列番号７４）、ＣＣＣＡＧＡ（配列番号７５）、ＣＣＡＡＧＡ（配列番号７６）、ＣＣＧＡＧＡ（配列番号７７）、ＣＣＴＡＧＧ（配列番号７８）、ＣＣＣＡＧＧ（配列番号７９）、ＣＣＡＡＧＧ（配列番号８０）およびＣＣＧＡＧＧ（配列番号８１）が挙げられる。
【0072】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質関連疾患を有するか、またはこれを有することが疑われる対象は、ポリ（ＧＲ）ＲＡＮタンパク質をコードする１つ以上のマイクロサテライトリピート配列を有する。ポリ（ＧＲ）タンパク質をコードするマイクロサテライトリピート配列の例として、ＧＧＴＣＧＴ（配列番号８２）、ＧＧＣＣＧＴ（配列番号８３）、ＧＧＡＣＧＴ（配列番号８４）、ＧＧＧＣＧＴ（配列番号８５）、ＧＧＴＣＧＣ（配列番号８６）、ＧＧＣＣＧＣ（配列番号８７）、ＧＧＡＣＧＣ（配列番号８８）、ＧＧＧＣＧＣ（配列番号８９）、ＧＧＴＣＧＡ（配列番号９０）、ＧＧＣＣＧＡ（配列番号９１）、ＧＧＡＣＧＡ（配列番号９２）、ＧＧＧＣＧＡ（配列番号９３）、ＧＧＴＣＧＧ（配列番号９４）、ＧＧＣＣＧＧ（配列番号９５）、ＧＧＡＣＧＧ（配列番号９６）、ＧＧＧＣＧＧ（配列番号９７）、ＧＧＴＡＧＡ（配列番号９８）、ＧＧＣＡＧＡ（配列番号９９）、ＧＧＡＡＧＡ（配列番号１００）、ＧＧＧＡＧＡ（配列番号１０１）、ＧＧＴＡＧＧ（配列番号１０２）、ＧＧＣＡＧＧ（配列番号１０３）、ＧＧＡＡＧＧ（配列番号１０４）およびＧＧＧＡＧＧ（配列番号１０５）が挙げられる。
【0073】
上のＲＡＮタンパク質ポリ（ＰＲ）およびポリ（ＧＲ）を生じることができる可能なリピートモチーフの一覧の後で、当業者は、他のＲＡＮタンパク質、例えば、ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）を生じ得る可能なヘキサヌクレオチドリピートを誘導する方法を理解するであろう。
【0074】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質関連疾患を有するか、またはこれを有することが疑われる対象は、ポリＳｅｒＲＡＮタンパク質をコードする１つ以上のマイクロサテライトリピート配列を有する。ポリＳｅｒタンパク質をコードするマイクロサテライトリピート配列の例として、ＴＣＴ、ＴＣＣ、ＴＣＡ、ＴＣＧ、ＡＧＴおよびＡＧＣが挙げられる。
【0075】
いくつかの側面において、本開示は、ＲＡＮタンパク質（例えば、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）の凝集パターンが、長さ依存的であるという知見に関する。例えば、＞２０、＞４８、または＞８０の残基長であるポリアミノ酸リピートを有するＲＡＮタンパク質は、対象の脳において別々に凝集する。一般に、異なる長さを有するＲＡＮタンパク質の差次的な凝集特性は、生体試料においてＲＡＮタンパク質を検出するために用いることができる。より長いＲＡＮタンパク質は、血液、血清またはＣＳＦなどの生体試料において、より高いレベルで見出される。いくつかの態様において、＞４０、＞５０、＞６０、＞７０または＞８０のアミノ酸残基の長さのポリアミノ酸リピートを有するＲＡＮタンパク質が、生体試料において検出可能である。
【0076】
ＲＡＮタンパク質を検出する方法
本開示は、部分的に、特定の生体試料処理方法（例えば、抗体ベースの捕獲、ハイブリダイゼーションベースのアッセイ、ｄＣａｓ９ベースの濃縮、またはこれらの組み合わせ）により、生体試料中の１つ以上のＲＡＮタンパク質の、再現性のある検出が可能となるという知見に基づく。本開示により記載される方法のいくつかの態様において、試料（例えば、生体試料）は、試料中の１つ以上のＲＡＮタンパク質を単離するために、抗体ベースの捕獲プロセスにより処置される。典型的には、抗体ベースの捕獲方法は、試料を、１つ以上（例えば、２、３、４、５またはそれより多く）の抗ＲＡＮタンパク質抗体と接触させることを含む。いくつかの態様において、１つ以上の抗ＲＡＮ抗体は、固体支持体（例えば、スカフォールド、樹脂ビーズなど）に抱合している。いくつかの態様において、抗体ベースの捕獲方法は、抗ＲＡＮ抗体が結合しているＲＡＮタンパク質を、例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたはイオン交換クロマトグラフィーなどのクロマトグラフィーによる方法によりＲＡＮタンパク質を溶離させることにより、物理的に分離することおよび／または単離することを含む。
本開示は、部分的に、特定の生体試料処理方法（例えば、抗体ベースの捕獲、ハイブリダイゼーションベースのアッセイ、ｄＣａｓ９ベースの濃縮、またはこれらの組み合わせ）により、生体試料中の１つ以上のＲＡＮタンパク質の、再現性のある検出が可能となるという知見に基づく。本開示により記載される方法のいくつかの態様において、試料（例えば、生体試料）は、試料中の１つ以上のＲＡＮタンパク質を単離するために、抗体ベースの捕獲プロセスにより処置される。典型的には、抗体ベースの捕獲方法は、試料を、１つ以上（例えば、２、３、４、５またはそれより多く）の抗ＲＡＮタンパク質抗体と接触させることを含む。いくつかの態様において、１つ以上の抗ＲＡＮ抗体は、固体支持体（例えば、スカフォールド、樹脂ビーズなど）に抱合している。いくつかの態様において、抗体ベースの捕獲方法は、抗ＲＡＮ抗体が結合しているＲＡＮタンパク質を、例えば、アフィニティークロマトグラフィーまたはイオン交換クロマトグラフィーなどのクロマトグラフィーによる方法によりＲＡＮタンパク質を溶離させることにより、物理的に分離することおよび／または単離することを含む。
【0077】
生体試料は、抗ＲＡＮ抗体と接触させられる前に、抗原賦活化（antigen retrieval）の手順に供されてもよい。本明細書において用いられる場合、「抗原賦活化」（また、エピトープ検索、または抗原アンマスキングとしても言及される）とは、生体試料（例えば、血液、血清、ＣＳＦなど）を、当該プロセスより以前には検出剤（例えば、抗体、アプタマー、および他の結合分子）に対してアクセス不可能であった抗原（例えば、エピトープ）を暴露する条件下において処置するプロセスを指す。一般に、抗原賦活化方法は、これらに限定されないが、加熱、圧力処置、酵素による消化、還元剤による処置、酸化剤による処置、架橋剤による処置、変性剤（例えば、洗剤、エタノール、酸）による処置、またはｐＨの変化、または前述のものの任意の組み合わせを含むステップを含む。いくつかの抗原賦活化方法は、当該分野において公知であり、これらに限定されないが、プロテアーゼ誘導性エピトープ検出（ＰＩＥＲ）および熱誘導性エピトープ検出（ＨＩＥＲ）を含む。いくつかの態様において、抗原賦活化手順は、バックグラウンドを軽減し、検出技術（例えば、免疫組織化学（ＩＨＣ）、イムノブロット（ウェスタンブロットなど）、ＥＬＩＳＡなど）の感度を増大させる。
【0078】
生体試料におけるＲＡＮタンパク質の検出は、ウェスタンブロットにより行われてもよい。ウェスタンブロットは、一般に、タンパク質またはペプチドの存在を同定するために、検出剤またはプローブの使用を用いる。いくつかの態様において、１つ以上のＲＡＮタンパク質の検出は、イムノブロット（例えば、ドットブロット、２－Ｄゲル電気泳動、ウェスタンブロットなど）、免疫組織化学（ＩＨＣ）、ＥＬＩＳＡ（例えば、ＲＣＡベースのＥＬＩＳＡまたはｒｔＰＣＲベースのＥＬＩＳＡ）、表面プラズモン共鳴バイオレイヤーインターフェロメトリーなどのラベルフリーイムノアッセイ、免疫定量ＰＣＲ、ＧＣ－ＭＳ、ＬＣ－ＭＳ、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ－ＭＳなどの質量分析、ビーズベースのイムノアッセイ、免疫沈降、免疫染色、または免疫電気泳動により行われる。いくつかの態様において、検出剤は、抗体である。いくつかの態様において、抗体は、抗ＲＡＮタンパク質抗体、例えば抗ポリＳｅｒ、抗ポリ（ＧＲ）、抗ポリ（ＰＲ）、抗ポリ（ＣＰ）、抗ポリ（ＧＰ）、抗ポリ（Ｇ）、抗ポリ（Ａ）、抗ポリ（ＧＡ）、抗ポリ（ＧＤ）、抗ポリ（ＧＥ）、抗ポリ（ＧＱ）、抗ポリ（ＧＴ）、抗ポリ（Ｌ）、抗ポリ（ＬＰ）、抗ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、抗ポリ（ＬＳ）、抗ポリ（Ｐ）、抗ポリ（ＰＡ）、抗ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、抗ポリ（ＲＥ）、抗ポリ（ＳＰ）、抗ポリ（ＶＰ）、抗ポリ（ＦＰ）、抗ポリ（ＧＫ）、抗ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、抗ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、抗ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、抗ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、抗ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、抗ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、抗ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／または抗ポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）（またα－ポリＳｅｒ、α－ポリ（ＰＲ）、α－ポリ（ＧＲ）などとしても言及される）である。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、ＲＡＮタンパク質のアミノ酸リピート領域（例えば、ＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲ（配列番号１０６）、ＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲ（配列番号１０７）、ＳＳＳＳＳＳＳＳＳ（配列番号１０８）など）を標的とする（例えば、それに特異的に結合する）。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、リピートされたアミノ酸の特徴的な読み枠に特異的なＣ末端が翻訳された３’におけるアミノ酸を含むエピトープを標的とする（例えば、それに特異的に結合する）。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、アミノ酸リピート領域のＣ末端と、リピートされたアミノ酸の特徴的な読み枠に特異的なＣ末端が翻訳された３’のＮ末端とを架橋するアミノ酸を含む、エピトープを標的とする（例えば、それに特異的に結合する）。
【0079】
いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、ＲＡＮタンパク質の、ポリアミノ酸リピートを含まない任意の部分、例えばＲＡＮタンパク質のＣ末端（例えば、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＰＲ）、ポリＳｅｒ、ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）タンパク質）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）のＣ末端）を標的とする（例えば、それに特異的に結合する）。ＲＡＮタンパク質ポリアミノ酸リピートを標的とする抗ＲＡＮ抗体の例は、例えば、国際出願公開番号ＷＯ２０１４／１５９２４７において開示され、その全内容は、本明細書において参考として援用される。ＲＡＮタンパク質のＣ末端を標的とする抗ＲＡＮ抗体の例は、例えば、米国公開番号２０１３／０１１５６０３において開示され、その全内容は、本明細書において参考として援用される。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体のセット（または組み合わせ）（例えば、抗ポリＳｅｒ、抗ポリ（ＧＲ）、抗ポリ（ＰＲ）、抗ポリ（ＣＰ）、抗ポリ（ＧＰ）、抗ポリ（Ｇ）、抗ポリ（Ａ）、抗ポリ（ＧＡ）、抗ポリ（ＧＤ）、抗ポリ（ＧＥ）、抗ポリ（ＧＱ）、抗ポリ（ＧＴ）、抗ポリ（Ｌ）、抗ポリ（ＬＰ）、抗ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、抗ポリ（ＬＳ）、抗ポリ（Ｐ）、抗ポリ（ＰＡ）、抗ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、抗ポリ（ＲＥ）、抗ポリ（ＳＰ）、抗ポリ（ＶＰ）、抗ポリ（ＦＰ）、抗ポリ（ＧＫ）、抗ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、抗ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、抗ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、抗ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、抗ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、抗ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、抗ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／または抗ポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）から選択される２つ以上の抗ＲＡＮ抗体の組み合わせ）が、生体試料において１つ以上のＲＡＮタンパク質を検出するために用いられる。
【0080】
抗ＲＡＮ抗体は、ポリクローナル抗体であってもモノクローナル抗体であってもよい。典型的には、ポリクローナル抗体は、マウス、ウサギまたはヤギなどの好適な哺乳動物の接種により生成される。より大きな哺乳動物は、回収することができる血清の量がより多いことから、しばしば好ましい。抗原は、哺乳動物中に注射される。これが、Ｂリンパ球を、抗原に対して特異的なＩｇＧ免疫グロブリンを生成するように誘導する。このポリクローナルＩｇＧは、哺乳動物の血清から精製される。モノクローナル抗体は、一般に、単一の細胞株（例えば、ハイブリドーマ細胞株）により生成される。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、精製される（例えば、血清から単離される）。いくつかの態様において、抗原は、１２～２０アミノ酸である。リピートモチーフに対する抗体について、抗原は、リピート配列である。ＲＡＮタンパク質のＣ末端配列に対する抗体について、抗原は、Ｃ末端特異的な配列である。いくつかの態様において、抗原は、Ｃ末端配列の部分、例えば、３～５または５～１０、またはそれより長いアミノ酸長、例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０、３５、４０または５０アミノ酸長である（例えば、本願において記載されるＣ末端配列のうちの１つからの）、Ｃ末端配列のフラグメントである。
【0081】
いくつかの態様において、本開示は、抗体を生成する方法を提供し、該方法は、対象に、ＲＡＮタンパク質リピート配列、例えば抗ポリＳｅｒ、抗ポリ（ＧＲ）、抗ポリ（ＰＲ）、抗ポリ（ＣＰ）、抗ポリ（ＧＰ）、抗ポリ（Ｇ）、抗ポリ（Ａ）、抗ポリ（ＧＡ）、抗ポリ（ＧＤ）、抗ポリ（ＧＥ）、抗ポリ（ＧＱ）、抗ポリ（ＧＴ）、抗ポリ（Ｌ）、抗ポリ（ＬＰ）、抗ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、抗ポリ（ＬＳ）、抗ポリ（Ｐ）、抗ポリ（ＰＡ）、抗ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、抗ポリ（ＲＥ）、抗ポリ（ＳＰ）、抗ポリ（ＶＰ）、抗ポリ（ＦＰ）、抗ポリ（ＧＫ）、抗ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、抗ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、抗ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、抗ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、抗ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、抗ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、抗ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／または抗ポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）を含むペプチド抗原を投与することを含む。いくつかの態様において、対象は、哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類、げっ歯類（例えば、ラット、ハムスター、モルモットなど）である。いくつかの態様において、対象は、ヒトである（例えば、対象に、ペプチド抗原、例えばＲＡＮタンパク質に対する宿主抗体応答を誘発する目的のために、ペプチド抗原を注射する）。いくつかの態様において、抗体は、細胞（例えば、Ｂ細胞、ハイブリドーマ細胞など）において、１つ以上のＲＡＮタンパク質またはＲＡＮタンパク質リピート配列を発現させることにより、生成される。
【0082】
抗ＲＡＮ抗体を得るために、多数の方法を用いることができる。例えば、抗体は、組み換えＤＮＡ方法を用いて生成することができる。モノクローナル抗体はまた、既知の方法に従って、ハイブリドーマの作製によって生成してもよい（例えば、Kohler and Milstein (1975) Nature, 256: 495-499を参照）。この様式において形成されたハイブリドーマを、次いで、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ；例えば、ＲＣＡベースのＥＬＩＳＡまたはｒｔＰＣＲベースのＥＬＩＳＡ）および表面プラズモン共鳴（例えば、ＯＣＴＥＴまたはＢＩＡＣＯＲＥ）分析などの標準的な方法を用いてスクリーニングして、特定された抗原に特異的に結合する抗体を生成する１つ以上のハイブリドーマを同定する。特定された抗原（例えば、ＲＡＮタンパク質）の任意の形態、例えば組み換え抗原、天然に存在する形態、その任意のバリアントまたはフラグメントを、免疫原として用いることができる。抗体を作製する一つの例示的な方法として、抗体またはそのフラグメント（例えばｓｃＦｖ）を発現するタンパク質発現ライブラリー、例えばファージまたはリボソームディスプレイライブラリーをスクリーニングすることが挙げられる。ファージディスプレイは、例えば、Ladnerら、米国特許第５，２２３，４０９号；Smith (1985) Science 228:1315-1317；Clackson et al. (1991) Nature, 352: 624-628；Marks et al. (1991) J. Mol. Biol., 222: 581-597；ＷＯ９２／１８６１９；ＷＯ９１／１７２７１；ＷＯ９２／２０７９１；ＷＯ９２／１５６７９；ＷＯ９３／０１２８８；ＷＯ９２／０１０４７；ＷＯ９２／０９６９０；ならびにＷＯ９０／０２８０９において記載される。
【0083】
ディスプレイライブラリーの使用に加えて、特定された抗原（例えば、１つ以上のＲＡＮタンパク質）を、非ヒト動物、例えばげっ歯類、例えばマウス、ハムスターまたはラットを免疫するために用いてもよい。一態様において、非ヒト動物は、マウスである。
【0084】
別の態様において、モノクローナル抗体は、非ヒト動物から得て、次いで修飾、例えば当該分野において公知の組み換えＤＮＡ技術を用いてキメラ化する。キメラ抗体を作製するための多様なアプローチが記載されている。例えば、Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 81:6851, 1985；Takeda et al., Nature 314:452, 1985；Cabillyら、米国特許第４，８１６，５６７号；Bossら、米国特許第４，８１６，３９７号；Tanaguchiら、欧州特許公開ＥＰ１７１４９６；欧州特許公開０１７３４９４、英国特許ＧＢ２１７７０９６Ｂ参照。
【0085】
抗体はまた、当該分野において公知の方法により、ヒト化することができる。例えば、所望される結合特異性を有するモノクローナル抗体を、商業的にヒト化することができる（Scotgene, Scotland；ならびにOxford Molecular, Palo Alto, Calif.）。トランスジェニック動物において発現するもののような完全ヒト化抗体は、本発明の範囲内である（例えば、Green et al. (1994) Nature Genetics 7, 13；ならびに米国特許第５，５４５，８０６号および同第５，５６９，８２５号を参照）。
【0086】
さらなる抗体生成技術については、Antibodies: A Laboratory Manual、第２版、Edward A. Greenfield編、Dana-Farber Cancer Institute（Ｃ）（２０１４年）を参照。本開示は、必ずしも、任意の特定のソース、生成の方法、または抗体の他の特定の特徴に限定されない。
【0087】
いくつかの態様において、生体試料において１つ以上のＲＡＮタンパク質を検出する方法は、ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積と関連する疾患の進行をモニタリングするために有用である。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患は、以下からなる群より選択される：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。特定の態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。例えば、いくつかの態様において、生体試料を、対象から、治療レジメンの開始の前および後（例えば、１週間、２週間、１か月、６か月、または１年後）に得て、試料中の検出されたＲＡＮタンパク質の量を比較する。いくつかの態様において、処置後の試料におけるＲＡＮタンパク質のレベル（例えば量）が、処置前のＲＡＮタンパク質のレベル（例えば量）と比較して低下している場合、治療レジメンは成功している。いくつかの態様において、対象の生体試料（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０またはそれより多くの試料）におけるＲＡＮタンパク質のレベルを、治療レジメンの間、持続的にモニタリングする（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０回またはそれより多くの別々の機会において測定する）。
【0088】
いくつかの態様において、検出剤は、アプタマー（例えば、ＲＮＡアプタマー、ＤＮＡアプタマー、ペプチドアプタマー）である。いくつかの態様において、アプタマーは、ＲＡＮタンパク質（例えば、ポリＳｅｒ、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７））に対して特異的に結合する。
【0089】
本開示の側面は、生体試料（例えば、対象から得られた生体試料）中のＲＡＮタンパク質またはＲＡＮタンパク質をコードするマイクロサテライトリピート配列の存在を同定するための、核酸ハイブリダイゼーションベースの方法に関する。本開示は、部分的に、検出可能な核酸プローブ（例えば、フルオロフォア抱合型ＤＮＡプローブ）によりＲＡＮタンパク質をコードする核酸配列を検出するための方法に基づく。一般に、「検出可能な核酸プローブ」とは、標的配列に特異的に結合し（例えば、これにハイブリダイズし）、検出可能な部分、例えば蛍光部分、放射活性部分、化学発光部分、電気発光部分、ビオチン、ペプチドタグ（例えば、ポリ－Ｈｉｓタグ、ＦＬＡＧ－タグなど）などを含む核酸配列を指す。いくつかの態様において、検出可能な核酸プローブは、１つ以上のＲＡＮタンパク質をコードする核酸配列に対して相補性の領域を含む（例えば、これに対して相補的であり、これにハイブリダイズすることができる核酸配列）。相補性の領域は、約２ヌクレオチド長～約１００ヌクレオチド長の範囲であってよい（例えば、２～１００（境界を含む）の任意の数のヌクレオチド）。いくつかの態様において、核酸プローブは、表１、２および３のうちのいずれか１つにおいて記載される配列を有する相補性の領域、または表１、２および３のうちのいずれか１つにおいて記載される配列の複数のリピートを含むリピート配列を有する相補性の領域を含む。いくつかの態様において、検出可能な核酸プローブは、ＤＮＡプローブである。いくつかの態様において、ＤＮＡプローブは、フルオロフォアと抱合している。
【0090】
生体試料はまた、複数の検出可能な核酸プローブと接触させてもよい。複数の核酸プローブの数は、多様である。いくつかの態様において、複数の核酸プローブは、２～１００（２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９または１００）の核酸プローブを含む。いくつかの態様において、複数とは、１００より多くのプローブを含む。核酸プローブは、同じまたは異なる配列であってよい。いくつかの態様において、複数の検出可能な核酸プローブは、ポリ（ＧＲ）ＲＡＮタンパク質（例えば、表１において記載されるリピート配列）をコードする核酸配列にハイブリダイズするプローブを含む。いくつかの態様において、複数の検出可能な核酸プローブは、ポリ（ＰＲ）ＲＡＮタンパク質（例えば、表２において記載されるリピート配列）をコードする核酸配列にハイブリダイズするプローブを含む。いくつかの態様において、複数の検出可能な核酸プローブは、ポリＳｅｒＲＡＮタンパク質（例えば、表３において記載されるリピート配列）をコードする核酸配列にハイブリダイズするプローブを含む。いくつかの態様において、複数の検出可能な核酸プローブは、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）をコードする核酸配列にハイブリダイズするプローブを含む。
【0091】
いくつかの態様において、検出可能な核酸プローブは、蛍光In situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）によるＲＡＮタンパク質翻訳の局在決定のために有用である。
１つ以上のＲＡＮタンパク質を検出するための方法は、濃縮ステップを含んでもよい。「濃縮」とは、試料中の他の核酸に相対的に、試料中の標的核酸の量および／または濃度を増大させるプロセスを指す。一般に、濃縮は、（例えば、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などにより、標的配列を増幅することにより）試料中の標的核酸配列の数を増大させることにより、または、（例えば、標的核酸配列を非標的配列から分離または単離することにより）試料中の非標的核酸配列の量または濃度を減少させることにより、起こり得る。
１つ以上のＲＡＮタンパク質を検出するための方法は、濃縮ステップを含んでもよい。「濃縮」とは、試料中の他の核酸に相対的に、試料中の標的核酸の量および／または濃度を増大させるプロセスを指す。一般に、濃縮は、（例えば、例えばポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）などにより、標的配列を増幅することにより）試料中の標的核酸配列の数を増大させることにより、または、（例えば、標的核酸配列を非標的配列から分離または単離することにより）試料中の非標的核酸配列の量または濃度を減少させることにより、起こり得る。
【0092】
いくつかの態様において、本明細書において記載される方法は、生体試料を、ＲＡＮタンパク質をコードする核酸配列（例えば、マイクロサテライトリピート配列）について濃縮するステップを含む。いくつかの態様において、濃縮は、生体試料を、１）標識された（例えば、ビオチン化された）ｄＣａｓ９タンパク、および２）ＲＡＮタンパク質をコードする核酸リピート配列に特異的に結合する１つ以上の一本鎖ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）と接触させることを含む。いくつかの態様において、標識されたｄＣａｓ９タンパクおよび１つ以上のｓｇＲＮＡは、単一の分子（例えば、ｄＣａｓ９－ｓｇＲＮＡ複合体）として一緒に提供される。いくつかの態様において、生体試料を、標識されたｄＣａｓ９タンパクおよび１つ以上のｓｇＲＮＡと接触させた後、例えば、Liu et al. (2017) Cell 170: 1028-1043により記載されるように、アフィニティークロマトグラフィーにより、１つ以上のＲＡＮタンパク質をコードする核酸配列を、標識されたｄＣａｓ９タンパクおよびｓｇＲＮＡから単離する。
【0093】
いくつかの態様において、１つ以上のＲＡＮタンパク質の検出は、次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を含む。いくつかの態様において、濃縮ステップ（例えば、ｄＣａｓ９ベースの濃縮）は、ガイドＲＮＡを用いて、試料に対して行われる。いくつかの態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、ＮＧＧプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）を含むリピートを標的とする他の態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、非ＮＧＧ ＰＡＭ含有リピートを標的とする。いくつかの態様において、非ＮＧＧ ＰＡＭ含有リピートは、ＣＡＧおよびＣＴＧ伸長リピート（例えば、ＡＬＳ／ＦＴＤにおけるＧＧＧＧＣＣおよびＤＭ２におけるＣＣＴＧ）を含む。いくつかの態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、対応する正常なアレルより長い（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、７０、８０、９０、１００リピート長い）、非ＮＧＧ ＰＡＭ含有リピート伸長を濃縮する。いくつかの態様において、濃縮において用いられるガイドＲＮＡは、複数のリピート伸長を同時に同定し、これは、いくつかの態様においては、非ＮＧＧ ＰＡＭを有する配列を含む。
【0094】
治療方法
ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積と関連する疾患を処置する方法もまた、本開示により企図される。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患は、以下からなる群より選択される：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。特定の態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。いくつかの態様において、本開示により記載される方法によりＲＡＮタンパク質に関連する疾患を診断されている対象に、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患を処置するために有用な治療薬を投与する。
ＲＡＮタンパク質の発現、翻訳および／または蓄積と関連する疾患を処置する方法もまた、本開示により企図される。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患は、以下からなる群より選択される：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。特定の態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。いくつかの態様において、本開示により記載される方法によりＲＡＮタンパク質に関連する疾患を診断されている対象に、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患を処置するために有用な治療薬を投与する。
【0095】
疾患（例えばＡＤ）を「処置する」とは、当該用語が本明細書において用いられる場合、対象により経験されている疾患または障害の少なくとも１つの徴候または症状の頻度または重篤度を減少させることを意味する。本明細書において上または他の場所で記載される組成物は、典型的には、望ましい結果をもたらすことができる量である有効量において、対象に投与される。望ましい結果は、投与されている活性剤に依存するであろう。例えば、ｒＡＡＶ粒子の有効量は、発現コンストラクトを宿主細胞、組織または臓器へと伝達することができる粒子の量であってよい。抗ＲＡＮタンパク質抗体の治療的に受入可能な量とは、ＲＡＮタンパク質の発現および／もしくは凝集、ならびに／またはＲＡＮタンパク質をコードするマイクロサテライトリピート配列を含むＲＮＡ凝集体の外見もしくは数を減少させることにより、疾患、例えばアルツハイマー病を処置することができる量であってよい。医学および獣医学の分野において周知であるとおり、任意の１個体の対象のための投与量は、対象のサイズ、体表面積、年齢、投与されるべき特定の組成物、組成物中の活性成分、投与の時間および経路、一般的健康状態、および同時に投与されている他の薬物を含む多くの要因に依存する。
【0096】
ＲＡＮタンパク質に関連する疾患を処置するために有用な治療薬は、小分子、タンパク質、ペプチド、核酸（例えば、干渉核酸）、または遺伝子治療ベクター（例えば、治療用タンパク質および／または干渉核酸をコードするウイルスベクター）であってよい。ＲＡＮタンパク質に関連する疾患を処置するために有用な治療薬は、ＲＡＮタンパク質またはＲＡＮタンパク質をコードする核酸を標的とする（例えば、その発現、活性、蓄積、凝集などを減少させる）か、および／または１つ以上のＲＡＮタンパク質と相互作用する別の遺伝子または遺伝子産物（例えばタンパク質）の活性を調節してもよい。１つ以上のＲＡＮタンパク質と相互作用する遺伝子および遺伝子産物の例として、真核生物開始因子２（ｅＩＦ２）、真核生物開始因子３（ｅＩＦ３）、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）、ｐ６２、ＬＣ３ Ｉサブユニット、ＬＣ３ ＩＩサブユニット、およびＴｏｌｌ様受容体３（ＴＬＲ３）が挙げられる。いくつかの態様において、治療剤は、真核生物開始因子２（ｅＩＦ２）、真核生物開始因子３（ｅＩＦ３）、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）、ｐ６２、ＬＣ３ Ｉサブユニット、ＬＣ３ ＩＩサブユニット、およびＴｏｌｌ様受容体３（ＴＬＲ３）の１つ以上の発現または活性を阻害する。
【0097】
いくつかの態様において、治療剤は、小分子である。いくつかの態様において、小分子は、１つ以上のＲＡＮタンパク質の発現または活性を阻害する。いくつかの態様において、小分子は、ｅＩＦ３（またはｅＩＦ３サブユニット）の阻害剤である。ｅＩＦ３の小分子阻害剤の例として、これらに限定されないが、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、ラパマイシン、ＰＰ２４２）、Ｓ６キナーゼ（Ｓ６Ｋ）阻害剤などが挙げられる。
【0098】
いくつかの態様において、小分子は、真核生物開始因子２Ａ（ｅＩＦ２Ａ）またはｅＩＦ２αの発現または活性を阻害する。ｅＩＦ２Ａの小分子阻害剤の例として、これらに限定されないが、サルブリナール、Ｓａｌ００３、ＩＳＲＩＢなどが挙げられる。いくつかの態様において、小分子は、ＴＡＲＢＰ２の阻害剤である。ＴＡＲＢＰ２阻害剤の例として、抗ＴＡＲＢＰ２抗体、ＴＡＲＢＰ２を標的とする干渉ＲＮＡ（例えば、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなど）、ＴＡＲＢＰ２のペプチド阻害剤、およびＴＡＲＢＰ２の小分子阻害剤が挙げられる。いくつかの態様において、小分子は、メトホルミン、別名Ｎ，Ｎ－ジメチルビグアナイド（ＩＵＰＡＣ Ｎ，Ｎ－ジメチルイミドジカルボンイミド酸ジアミド（N,N-Dimethylimidodicarbonimidic diamide）およびＣＡＳ ６５７－２４－９）、またはクロログアニド［１－［アミノ－（４－クロロアニリノ）メチリデン］－２－プロパン－２－イル－グアニジン、ＣＡＳ ５００－９２－５］、クロルプログアニル［１－［アミノ－（３，４－ジクロロアニリノ）メチリデン］－２－プロパン－２－イルグアニジン、ＣＡＳ ５３７－２１－３］、ブホルミン［Ｎ－ブチルイミドジカルボンイミド酸ジアミド、ＣＡＳ ６９２－１３－７］またはフェンホルミン［２－（Ｎ－フェネチルカルバムイミドイル）グアニジン、ＣＡＳ １１４－８６－３］、またはビグアナイドのうちのいずれかの薬学的に受入可能な塩、共結晶、互変異性体、立体異性体、溶媒和物、水和物、多型、同位体的に濃縮された誘導体、またはプロドラッグを含む代わりの生理活性ビグアナイドである。
【0099】
用語「薬学的に受入可能な塩」とは、健全な医学的判断の範囲内において、ヒトおよびより低級な動物の組織と、過度の毒性、刺激、アレルギー性応答などを伴わずに接触して使用するために好適な塩であって、妥当な利益／リスク比が釣り合うものを指す。薬学的に受入可能な塩は、当該分野において周知である。例えば、Bergeらは、本明細書において参考として援用されるJ. Pharmaceutical Sciences, 1977, 66, 1-19において薬学的に受入可能な塩を詳細に記載する。本発明の化合物の薬学的に受入可能な塩として、好適な無機および有機の酸および塩基から誘導されるものが挙げられる。薬学的に受入可能な非毒性の酸付加塩の例は、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸および過塩素酸などの無機酸により、または酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエン酸、コハク酸またはマロン酸などの有機酸により、あるいはイオン交換などの当該分野において公知の他の方法を用いることにより形成されるアミノ基の塩である。他の薬学的に受入可能な塩として、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、硫酸水素塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコへプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩（hydroiodide）、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられる。好適な塩基から誘導される塩として、アルカリ金属、アルカリ土類金属、アンモニウムおよびＮ＋（Ｃ１－４アルキル）４－塩が挙げられる。代表的なアルカリ金属またはアルカリ土類金属塩として、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどが挙げられる。さらなる薬学的に受入可能な塩として、適切な場合には、ハライド、水酸化物、カルボン酸、硫酸、リン酸、硝酸、低級アルキルスルホン酸、およびアリールスルホン酸などの対イオンを用いて形成された、非毒性のアンモニウム、四級アンモニウムおよびアミンのカチオンが挙げられる。
【0100】
用語「溶媒和物」とは、通常は可溶媒分解反応により溶媒と会合している化合物の形態を指す。この物理的会合は、水素結合を含んでもよい。従来の溶媒として、水、メタノール、エタノール、酢酸、ＤＭＳＯ、ＴＨＦ、ジエチルエーテルなどが挙げられる。メトホルミンは、例えば、結晶形態において調製することができ、溶媒和させることができる。好適な溶媒和物は、薬学的に受入可能な溶媒和物を含み、さらに化学量論的溶媒和物および非化学量論的溶媒和物の両方を含む。ある場合において、例えば１つ以上の溶媒分子が結晶固体の結晶格子中に組み込まれる場合、溶媒和物は単離することができるであろう。「溶媒和物」は、溶液相および不溶性の両方の溶媒和物をも包含する。代表的な溶媒和物として、水和物、エタノレートおよびメタノレートが挙げられる。
【0101】
用語「水和物」とは、水と会合している化合物を指す。典型的には、化合物の水和物中に含まれている水分子の数は、当該水和物中の化合物分子の数に対して一定の比にある。したがって、化合物の水和物は、例えば一般式Ｒ・ｘ Ｈ２Ｏにより表すことができ、ここで、Ｒは化合物であり、ここで、ｘは、０より大きな数である。所与の化合物は、１つより多くの型の水和物を形成することができ、これは、例えば一水和物（ｘは１である）、低級水和物（ｘは０より大きく１より小さな数である；例えば半水和物（Ｒ・０．５ Ｈ２Ｏ））、ならびにポリ水和物（ｘは１より大きな数である；例えば二水和物（Ｒ・２ Ｈ２Ｏ）および六水和物（Ｒ・６ Ｈ２Ｏ））を含む。
【0102】
用語「互変異性体」または「互変異性の」とは、少なくとも１つの水素原子の形式的転位および少なくとも１つの価数の変更（例えば単結合から二重結合へ、三重結合から単結合へ、またはその逆もしかり）から生じる、２つ以上の相互転換可能な化合物を指す。互変異性体の正確な比は、いくつかの要因に依存し、これは、温度、溶媒およびｐＨを含む。互変異性化（すなわち、互変異性体のペアを提供する反応）は、酸または塩基により触媒され得る。例示的な互変異性化として、ケトからエノールへ、アミドからイミドへ、ラクタムからラクチムへ、エナミンからイミンへ、およびエナミンから（異なるエナミン）への互変異性化が挙げられる。
【0103】
また、同じ分子式を有するが、性質またはそれらの原子の結合の結合の順序またはそれらの原子の空間における配置が異なる化合物は、「異性体」と称されることが理解されるべきである。それらの原子の空間における配置が異なる異性体は、「立体異性体」と称される。
【0104】
互いの鏡像ではない立体異性体は、「ジアステレオマー」と称され、重ねることができ
ない互いの鏡像であるものは、「エナンチオマー」と称される。化合物が不斉中心を有す
る場合、例えばそれが４つの異なる基に結合している場合、一対のエナンチオマーが可能
である。エナンチオマーは、その不斉中心の絶対的な立体配置により特徴づけることがで
き、CahnおよびPrelogのＲおよびＳ配列規則により記載されるか、または、分子が偏光の
平面を回転する様式により右旋性または左旋性として（すなわち、それぞれ（＋）または
（－）異性体として）示される。キラル化合物は、個々のエナンチオマーとして、または
それらの混合物として、存在することができる。等しい割合のエナンチオマーを含む混合
物は、「ラセミ混合物」と称される。
ない互いの鏡像であるものは、「エナンチオマー」と称される。化合物が不斉中心を有す
る場合、例えばそれが４つの異なる基に結合している場合、一対のエナンチオマーが可能
である。エナンチオマーは、その不斉中心の絶対的な立体配置により特徴づけることがで
き、CahnおよびPrelogのＲおよびＳ配列規則により記載されるか、または、分子が偏光の
平面を回転する様式により右旋性または左旋性として（すなわち、それぞれ（＋）または
（－）異性体として）示される。キラル化合物は、個々のエナンチオマーとして、または
それらの混合物として、存在することができる。等しい割合のエナンチオマーを含む混合
物は、「ラセミ混合物」と称される。
【0105】
用語「プロドラッグ」とは、切断可能な基を有し、可溶媒分解により、または生理学的条件下において、in vivoで薬学的に活性である本明細書において記載される化合物となる化合物を指す。かかる例として、これらに限定されないが、コリンエステル誘導体など、Ｎ－アルキルモルホリンエステルなどが挙げられる。本明細書において記載される化合物の他の誘導体は、それらの酸および酸誘導体の形態において活性を有するが、酸感受性の形態において、しばしば、哺乳動物の生体における可溶性、組織適合性または遅延放出の利点を提供する（Bundgard, H., Design of Prodrugs, pp. 7-9, 21-24, Elsevier, Amsterdam 1985を参照）。プロドラッグは、例えば、親酸と好適なアルコールとの反応により調製されるエステル、または、親酸化合物と置換された、または置換されていないアミンとの反応により調製されるアミド、酸無水物、または混合された無水物などの、当業者に周知の酸誘導体を含む。本明細書において記載される化合物につり下がる（pendant on）酸性基から誘導される単純な脂肪族または芳香族のエステル、アミドおよび無水物は、特別なプロドラッグである。いくつかの場合においては、（アシルオキシ）アルキルエステルまたは（（アルコキシカルボニル）オキシ）アルキルエステルなどの二重エステル型プロドラッグを調製することが望ましい。本明細書において記載される化合物の、Ｃ１－Ｃ８アルキル、Ｃ２－Ｃ８アルケニル、Ｃ２－Ｃ８アルキニル、アリール、Ｃ７－Ｃ１２置換されたアリール、およびＣ７－Ｃ１２アリールアルキルエステルが好ましい場合がある。いくつかの態様において、小分子は、ブホルミン、またはフェンホルミンである。
【0106】
治療剤は、抗ＲＡＮタンパク質抗体であってよい。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、抗ポリ－セリン、抗ポリ（ＧＲ）、抗ポリ（ＰＲ）、抗ポリ（ＣＰ）、抗ポリ（ＧＰ）、抗ポリ（Ｇ）、抗ポリ（Ａ）、抗ポリ（ＧＡ）、抗ポリ（ＧＤ）、抗ポリ（ＧＥ）、抗ポリ（ＧＱ）、抗ポリ（ＧＴ）、抗ポリ（Ｌ）、抗ポリ（ＬＰ）、抗ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、抗ポリ（ＬＳ）、抗ポリ（Ｐ）、抗ポリ（ＰＡ）、抗ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、抗ポリ（ＲＥ）、抗ポリ（ＳＰ）、抗ポリ（ＶＰ）、抗ポリ（ＦＰ）、抗ポリ（ＧＫ）、抗ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、抗ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、抗ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、抗ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、抗ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、抗ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、抗ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／または抗ポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）抗体（またα－ポリＳｅｒ、α－ポリ（ＰＲ）、α－ポリ（ＧＲ）などとしても言及される）である。抗ＲＡＮタンパク質抗体は、細胞外ＲＡＮタンパク質、細胞内ＲＡＮタンパク質、または細胞外および細胞内ＲＡＮタンパク質の両方に結合してもよい。
【0107】
いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、ＲＡＮタンパク質のアミノ酸リピート領域（例えば、ＰＲＰＲＰＲＰＲＰＲ（配列番号１０６）、ＧＲＧＲＧＲＧＲＧＲ（配列番号１０７）、ＳＳＳＳＳＳＳＳＳ（配列番号１０８）など）を標的とする（例えば、それに特異的に結合する）。ＲＡＮタンパク質ポリアミノ酸リピートを標的とする抗ＲＡＮ抗体の例は、例えば、国際出願公開番号ＷＯ２０１４／１５９２４７において開示され、その全内容は、本明細書において参考として援用される。いくつかの態様において、抗ＲＡＮタンパク質抗体は、以下のリストから選択される１つ以上のＲＡＮタンパク質のアミノ酸リピート領域を標的とする（例えば、それに特異的に結合する）：ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。
【0108】
いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、ポリアミノ酸リピートを含まないＲＡＮタンパク質の任意の部分、例えばＲＡＮタンパク質のＣ末端（例えば、ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリＳｅｒ、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）タンパク質、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、および／またはポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）のＣ末端）を標的とする（例えば、それに特異的に結合する）。ＲＡＮタンパク質のＣ末端を標的とする抗ＲＡＮ抗体の例は、例えば、米国公開番号２０１３／０１１５６０３において開示され、その全内容は、本明細書において参考として援用される。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体のセット（または組み合わせ）（例えば、ポリ（ＣＰ）、ポリ（ＧＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（Ａ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＲ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＰＲ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリＳｅｒ、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）などから選択される２つ以上の抗ＲＡＮ抗体の組み合わせ）が、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患を処置する目的のために、対象に投与される。
【0109】
抗ＲＡＮ抗体は、ポリクローナル抗体またはモノクローナル抗体であってよい。典型的には、ポリクローナル抗体は、マウス、ウサギまたはヤギなどの好適な哺乳動物の接種により、生成される。より大きな哺乳動物は、回収することができる血清の量がより多いことから、しばしば好ましい。抗原は、哺乳動物中に注射される。これが、Ｂリンパ球を、抗原に対して特異的なＩｇＧ免疫グロブリンを生成するように誘導する。このポリクローナルＩｇＧは、哺乳動物の血清から精製される。モノクローナル抗体は、一般に、単一の細胞株（例えば、ハイブリドーマ細胞株）により生成される。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、精製される（例えば、血清から単離される）。
【0110】
治療用分子は、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）であってよい。一般的に、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的タンパク質をコードするｍＲＮＡ配列にハイブリダイズすることにより標的タンパク質の翻訳を遮断し、それにより、リボソーム機構によるタンパク質合成を阻害する。いくつかの態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）は、マイクロサテライトリピート配列を含む遺伝子を標的とする。いくつかの態様において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上のＲＡＮタンパク質の翻訳を阻害する。当業者は、ＲＡＮのｍＲＮＡに対して相補的な塩基配列を有する短い（約１５～３０の）ヌクレオチドを含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを構築する方法を理解するであろう。当業者は、ＲＡＮのｍＲＮＡに対する相補性は、天然に存在する核酸を典型的に表す、リボース、リン酸、ならびにホスホジエステル架橋により架橋された塩基アデニン、グアニン、シトシンおよびウラシルのうちの１つを含む、正準のヌクレオチドを用いて確立することができること、あるいは、ヌクレオチドのうちのいくつかは、リボースを、２’－デオキシリボース、または２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）リボースなどの代替的な糖部分により置き換えることにより、修飾することができること、ならびに／あるいは、ヌクレオチドのうちのいくつかまたは全ては、メチル化により修飾することができること、ならびに／あるいは、ヌクレオチド間のホスホジエステル結合のうちのいくつかまたは全ては、ホスホロチオエート架橋により置き換えることができることを理解するであろう。当業者は、遍在性の末端で活性のＲＮＡヌクレアーゼによる分解を阻害するための、アンチセンスオリゴヌクレオチドの３’および５’末端の両方におけるいくつかのヌクレオチドの修飾が、アンチセンスオリゴの安定性を改善し、それによりその半減期を改善するであろうことを、理解するであろう。しかし、当業者は、アンチセンスオリゴのうちの少なくとも一部は、ＲＡＮのｍＲＮＡと複合体化した後、リボヌクレアーゼＨの活性を促進し、ＲＡＮのｍＲＮＡがアンチセンスオリゴと複合体化した後、その酵素分解を促進するであろうことが望ましいことを理解するであろう。
【0111】
いくつかの態様において、治療剤は、阻害性核酸である。いくつかの態様において、阻害性核酸は、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉＲＮＡおよびａｍｉ－ＲＮＡからなる群より選択される干渉ＲＮＡである。いくつかの態様において、阻害性核酸は、核酸アプタマー（例えば、ＲＮＡアプタマーまたはＤＮＡアプタマー）である。一般に、阻害性ＲＮＡ分子は、未修飾であっても修飾されていてもよい。いくつかの態様において、阻害性ＲＮＡ分子は、１つ以上の修飾オリゴヌクレオチド、例えば、ホスホロチオエート－、２’－Ｏ－メチルなどで修飾されたオリゴヌクレオチドを含む。なぜならば、かかる修飾は、当該分野において、オリゴヌクレオチドの安定性をin vivoで改善するものとして認識されているからである。
【0112】
いくつかの態様において、治療剤は、真核生物開始因子２（ｅＩＦ２）を阻害する剤またはタンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）を阻害する剤（例えば、ｅＩＦ２および／またはＰＫＲの阻害剤）の有効量である。いくつかの態様において、ｅＩＦ２の阻害剤は、セリン／スレオニンキナーゼの阻害剤である。セリン／スレオニンキナーゼの例として、これらに限定されないが、タンパク質キナーゼＡ（ＰＫＡ）、タンパク質キナーゼＣ（ＰＫＣ）、Ｍｏｓ／Ｒａｆキナーゼ、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＡＰＫ）、タンパク質キナーゼＢ（ＡＫＴキナーゼ）などが挙げられる。いくつかの態様において、ｅＩＦ２阻害剤は、タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）阻害剤である。ｅＩＦ２およびＰＫＲの阻害剤は、例えば国際出願公開番号ＷＯ２０１８／１９５１１０において記載され、その全内容は、本明細書において参考として援用される。
【0113】
いくつかの態様において、治療剤は、ｅＩＦ２αのリン酸化を阻害するためにドミナントネガティブな様式において機能するタンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）バリアントである。本明細書において用いられる場合、「タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）バリアント」とは、野生型タンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）（例えば、GenBankアクセッション番号ＮＰ＿００２７５０．１）に対して少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９％同一であるアミノ酸配列を含むタンパク質を指し、ここで、バリアントタンパク質は、野生型ＰＫＲのアミノ酸配列と比較して、少なくとも１つのアミノ酸のバリエーション（またときには「変異」として言及される）を含む。
【0114】
いくつかの態様において、ＰＫＲバリアントのアミノ酸配列は、野生型ＰＫＲのアミノ酸配列に対して、少なくとも７５％、少なくとも８５％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、少なくとも９９．５％、少なくとも９９．６％、少なくとも９９．７％、少なくとも９９．８％、または少なくとも９９．９％同一である。いくつかの態様において、アミノ酸配列は、野生型ＰＫＲのアミノ酸配列に対して、約９５～９９．９％同一である。いくつかの態様において、タンパク質は、野生型ＰＫＲのアミノ酸配列において記載されるアミノ酸の配列と比較して、少なくとも１、少なくとも２、少なくとも３、少なくとも４、少なくとも５、少なくとも６、少なくとも７、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、または少なくとも１５個の異なるアミノ酸配列のバリエーションを含む。いくつかの態様において、ＰＫＲバリアントは、位置２９６（例えば、ヒト野生型ＰＫＲの位置２９６）において変異を含む。いくつかの態様において、位置２９６における変異は、Ｋ２９６Ｒである。
【0115】
ｅＩＦ２阻害剤は、直接阻害剤であっても、間接阻害剤であってもよい。一般に、直接的な調節因子は、ｅＩＦ２（もしくはｅＩＦ２α）をコードする遺伝子、またはｅＩＦ２タンパク質複合体と、相互作用する（例えば、これと相互作用するか、またはこれに結合する）ことにより機能する。一般に、間接的な調節因子は、ｅＩＦ２またはｅＩＦ２αの発現または活性を調節する（例えば、ｅＩＦ２またはｅｉＦ２αをコードする遺伝子またはタンパク質と直接的に相互作用しない）遺伝子またはタンパク質と相互作用することにより機能する。
【0116】
いくつかの態様において、ｅＩＦ２またはＰＫＲの阻害剤は、選択的阻害剤である。「選択的阻害剤」とは、ｅＩＦ２またはＰＫＲの阻害剤であって、ｅＩＦ２サブユニットの他の型と比較して、ｅＩＦ２サブユニットの１つの型の活性または発現を優先的に阻害するもの、または他のキナーゼと比較してＰＫＲの活性または発現を優先的に阻害するものを指す。いくつかの態様において、ｅＩＦ２の阻害剤は、ｅＩＦ２αの選択的阻害剤である。いくつかの態様において、ｅＩＦ２の阻害剤は、ｅＩＦ２Ａの選択的阻害剤である。いくつかの態様において、ｅＩＦ２の阻害剤は、選択的ＰＫＲ阻害剤などのタンパク質キナーゼＲ（ＰＫＲ）の選択的阻害剤である。
【0117】
ｅｉＦ２（例えば、ｅＩＦ２サブユニット）を阻害するタンパク質の例として、これらに限定されないが、ポリクローナル抗ｅＩＦ２抗体、モノクローナル抗ｅＩＦ２抗体などが挙げられる。ｅｉＦ２（例えば、ｅＩＦ２サブユニット）を阻害する核酸分子の例として、これらに限定されないが、ｅＩＦ２サブユニットをコードする遺伝子（例えば、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００４０９４．４において記載されるｍＲＮＡをコードする遺伝子）を標的とする、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなどが挙げられる。ｅＩＦ２の小分子阻害剤の例として、これらに限定されないが、LY 364947、ｅＩＦ－２α阻害剤ＩＩ Ｓａｌ００３などが挙げられる。
【0118】
ＰＫＲを阻害するタンパク質の例として、これらに限定されないが、特定のドミナントネガティブＰＫＲバリアント（例えば、Ｋ２９６Ｒ ＰＫＲ変異体）、ＴＡＲＢＰ２などが挙げられる。ＰＫＲを阻害する核酸分子の例として、これらに限定されないが、ＰＫＲをコードする遺伝子を標的とする、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなどが挙げられる。ＰＫＲの小分子阻害剤の例として、これらに限定されないが、６－アミノ－３－メチル－２－オキソ－Ｎ－フェニル－２，３－ジヒドロ－１Ｈ－ベンゾ［ｄ］イミダゾール－１－カルボキサミド、Ｎ－［２－（１Ｈ－インドール－３－イル）エチル］－４－（２－メチル－１Ｈ－インドール－３－イル）ピリミジン－２－アミン、メトホルミン、ブホルミン、フェンホルミンなどが挙げられる。
【0119】
ｅＩＦ２Ａを阻害する核酸分子の例として、これらに限定されないが、ｅＩＦ２Ａをコードする遺伝子（例えば、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿０３２０２５．４において記載されるｍＲＮＡをコードする遺伝子）を標的とする、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡなどが挙げられる。ｅＩＦ２Ａの小分子阻害剤の例として、これらに限定されないが、サルブリナール、Ｓａｌ００３、ＩＳＲＩＢなどが挙げられる。
【0120】
いくつかの態様において、ｅＩＦ２阻害剤またはＰＫＲ阻害剤は、干渉性（例えば阻害性）核酸である。いくつかの態様において、阻害性核酸は、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｍｉ－ＲＮＡおよびａｍｉ－ＲＮＡからなる群より選択される干渉ＲＮＡである。いくつかの態様において、阻害性核酸は、アンチセンス核酸（例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）またｚは核酸アプタマー（例えば、ＲＮＡアプタマー）である。一般に、阻害性ＲＮＡ分子は、未修飾であっても修飾されていてもよい。いくつかの態様において、阻害性ＲＮＡ分子は、１つ以上の修飾オリゴヌクレオチド、例えば、ホスホロチオエート－、２’－Ｏ－メチル－など－修飾オリゴヌクレオチドを含む。なぜならば、かかる修飾は、当該分野において、オリゴヌクレオチドの安定性をin vivoで改善するものとして認識されているからである。
【0121】
いくつかの態様において、干渉ＲＮＡは、ｅＩＦ２サブユニットをコードする核酸配列（ＲＮＡ配列など）またはＰＫＲをコードする核酸配列（ＲＮＡ配列など）の５～５０個の連続するヌクレオチド（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、約３０、約３５、約４０または約５０個の連続するヌクレオチド）と相補的である配列を含む。
【0122】
いくつかの態様において、治療剤は、真核生物開始因子３（ｅＩＦ３）の阻害剤であって、これは、真核生物のタンパク質翻訳の開始相に関与する多タンパク質複合体である。一般に、ヒトにおいて、ｅＩＦ３は、１３個の非同一のサブユニット（例えば、ｅＩＦ３ａ－ｍ）を含む。最大のもっとも複雑な開始因子である哺乳動物のｅＩＦ３は、１３個までの非同一サブユニットを含む。典型的には、ｅＩＦ３ｆは、三次元複合体の安定、ｍＲＮＡの４０Ｓサブユニットへの結合を媒介すること、ならびに４０Ｓおよび６０Ｓリボソームサブユニットの解離を促進することを含む、翻訳開始の多くのステップに関与する。いくつかの態様において、ｅＩＦ３のサブユニット（例えば、ｅＩＦ３ｆ、ｅＩＦ３ｍ、ｅＩＦ３ｈ、または他のｅＩＦ３サブユニット）の発現または活性を阻害する治療剤は、細胞において、または対象（例えば、ＲＡＮタンパク質翻訳により特徴づけられるアルツハイマー病を有する対象）において、ＲＡＮ翻訳を低下させるかまたはこれを阻害するために用いることができる。ｅＩＦ３サブユニットの阻害剤は、例えば国際出願公開番号ＷＯ２０１７／１７６８１３においてさらに記載され、その全内容は、本明細書において参考として援用される。
【0123】
ｅＩＦ３阻害剤は、直接阻害剤であっても間接阻害剤であってもよい。一般に、直接的な調節因子は、ｅＩＦ３（もしくはｅＩＦ３サブユニット）をコードする遺伝子、またはｅＩＦ３タンパク質複合体、またはｅＩＦ３サブユニットと相互作用する（例えば、これと相互作用するかまたはこれに結合する）ことにより機能する。一般に、間接的な調節因子は、ｅＩＦ３またはｅＩＦ３サブユニットの発現または活性を調節する（例えば、ｅＩＦ３またはｅＩＦ３サブユニットをコードする遺伝子またはタンパク質と直接的に相互作用しない）遺伝子またはタンパク質と相互作用することにより機能する。いくつかの態様において、ｅＩＦ３の阻害剤は、選択的阻害剤である。「選択的阻害剤」とは、ｅＩＦ３の調節因子であって、ｅＩＦ３サブユニットの他の型と比較して、ｅＩＦ３サブユニットの１つの型の活性または発現を優先的に阻害するものを指す。いくつかの態様において、ｅＩＦ３の阻害剤は、ｅＩＦ３ｆの選択的阻害剤である。
【0124】
ｅＩＦ３阻害剤は、タンパク質（例えば抗体）、核酸、または小分子であってよい。ｅｉＦ３（例えば、ｅＩＦ３サブユニット）を阻害するタンパク質の例として、これらに限定されないが、ポリクローナル抗ｅＩＦ３抗体、モノクローナル抗ｅＩＦ３抗体、麻疹ウイルスＮタンパク質、ウイルスストレス誘導性タンパク質ｐ５６などが挙げられる。ｅｉＦ３（例えば、ｅＩＦ３サブユニット）を阻害する核酸分子の例として、これらに限定されないが、ｅＩＦ３サブユニットをコードする遺伝子を標的とするｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ａｍｉＲＮＡなどが挙げられる。ｅＩＦ３の小分子阻害剤の例として、これらに限定されないが、ｍＴＯＲ阻害剤（例えば、ラパマイシン、ＰＰ２４２）、Ｓ６キナーゼ（Ｓ６Ｋ）阻害剤などが挙げられる。
【0125】
いくつかの態様において、干渉ＲＮＡは、ｅＩＦ３サブユニットをコードする核酸配列（ＲＮＡ配列など）の５～５０個の連続するヌクレオチド（例えば、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、約３０、約３５、約４０または約５０個の連続するヌクレオチド）と相補的である配列を含む。ｅＩＦ３サブユニットをコードする核酸配列の例として、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５０．２（ｅＩＦ３ａ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５１．３（ｅＩＦ３ｂ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５２．４（ｅＩＦ３ｃ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５３．３（ｅＩＦ３ｄ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００１５６８．２（ｅＩＦ３ｅ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５４．２（ｅＩＦ３ｆ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５５．４（ｅＩＦ３ｇ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５６．２（ｅＩＦ３ｈ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５７．３（ｅＩＦ３ｉ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００３７５８．３（ｅＩＦ３ｊ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿０１３２３４．３（ｅＩＦ３ｋ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿０１６０９１．３（ｅＩＦ３ｌ）、GenBankアクセッション番号ＮＭ＿００６３６０．５（ｅＩＦ３ｍ）などが挙げられる。いくつかの態様において、干渉ＲＮＡは、ｓｉＲＮＡである。いくつかの態様において、ｅＩＦ３ｆのｓｉＲＮＡが投与される（例えば、Dharmacon Cat # J-019535-08）。いくつかの態様において、ｅＩＦ３ｍのｓｉＲＮＡが投与される（例えば、Dharmacon Cat # J-016219-12）。いくつかの態様において、ｅＩＦ３ｈのｓｉＲＮＡが投与される（例えば、Dharmacon Cat # J-003883-07）。
【0126】
いくつかの態様において、ｅＩＦ３ｆは、ＲＡＮ翻訳の負の調節因子であり、ヒトｅＩＦ３ｆのレベルの低下は、細胞におけるＲＡＮタンパク質の蓄積の低下と関連する。いくつかの態様において、ＲＡＮ翻訳（例えば、ＲＡＮタンパク質を発現する細胞において）は、近接したコグネートからの翻訳またはＡＵＧの翻訳とは異なり、ｅＩＦ３ｆノックダウンに対して感受性である。いくつかの態様において、ＲＡＮ翻訳のために用いられる翻訳機構は、細胞におけるＡＵＧおよびＡＵＧ近くの翻訳機構とは区別し得る。
【0127】
いくつかの態様において、治療剤は、ＴＬＲ３の阻害剤である。ＴＬＲ３の阻害剤は、タンパク質（例えば抗体）、核酸、または小分子であってよい。ＴＬＲ３を阻害するタンパク質の例として、これらに限定されないが、ポリクローナル抗ＴＬＲ３抗体、モノクローナル抗ＴＬＲ３抗体などが挙げられる。ＴＬＲ３を阻害する核酸分子の例として、これらに限定されないが、ＴＬＲ３をコードする遺伝子を標的とする、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ａｍｉＲＮＡなどが挙げられる。ＴＬＲ３の小分子阻害剤の例は、例えばCheng et al. (2011) J Am Chem Soc 133(11):3764-7において記載される。
【0128】
いくつかの態様において、治療剤は、ｐ６２プロテアーゼの阻害剤である。ｐ６２の阻害剤は、タンパク質（例えば、抗体）、核酸、または小分子であってよい。ｐ６２を阻害するタンパク質の例として、これらに限定されないが、ポリクローナル抗ｐ６２抗体、モノクローナル抗ｐ６２抗体などが挙げられる。ｐ６２を阻害する核酸分子の例として、これらに限定されないが、ｐ６２をコードする遺伝子を標的とする、ｄｓＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ａｍｉＲＮＡなどが挙げられる。いくつかの態様において、治療剤は、例えばLeestemaker et al. (2017) Cell Chemical Biology 24, 725-736において記載されるような、プロテアソーム活性を増大させる剤である。
【0129】
いくつかの態様において、治療剤は、１つ以上のＲＡＮタンパク質を標的とするペプチド抗原を含む（例えば、１つ以上のＲＡＮタンパク質を標的とするＲＡＮタンパク質ワクチンである）。いくつかの態様において、ペプチド抗原は、以下のＲＡＮタンパク質のうちの１つ以上を標的とする（例えば、これをコードするアミノ酸配列を含む）：ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。
【0130】
いくつかの態様において、１つ以上の治療分子は、核酸リピートの伸長により特徴づけられる（例えば、リピート関連非ＡＴＧ翻訳に関連する）、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患を処置するために対象に投与される。例えば、いくつかの態様において、対象は、２、３、４、５、６、７、８、９または１０の治療剤（例えば、タンパク質、核酸、小分子など、またはそれらの任意の組み合わせ）を投与される。
【0131】
モノクローナル抗体
本開示の多様な側面は、ＲＡＮタンパク質に特異的に結合する抗体および抗原結合フラグメント、ならびにこれを作製および使用する方法に関する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、以下の１つ以上に特異的に結合する：ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］、ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］、ポリ－セリン（ポリＳｅｒ）、ポリ（グリシン－プロリン）［ポリ（ＧＰ）］、ポリ－ロイシン（ポリＬｅｕ）、ポリ－アラニン（ポリＡｌａ）、ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）、およびポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＡ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリＳｅｒに特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＰＲ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＲ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリＬｅｕに特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリＡｌａに特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＣＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（Ｇ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＤ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＥ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＱ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＴ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＳ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（Ｐ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＰＡ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＲＥ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＳＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＶＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＦＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＫ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）に特異的に結合する。
本開示の多様な側面は、ＲＡＮタンパク質に特異的に結合する抗体および抗原結合フラグメント、ならびにこれを作製および使用する方法に関する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、以下の１つ以上に特異的に結合する：ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］、ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］、ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］、ポリ－セリン（ポリＳｅｒ）、ポリ（グリシン－プロリン）［ポリ（ＧＰ）］、ポリ－ロイシン（ポリＬｅｕ）、ポリ－アラニン（ポリＡｌａ）、ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）、およびポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＡ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリＳｅｒに特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＰＲ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＲ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリＬｅｕに特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリＡｌａに特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体は、モノクローナル抗体である。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＣＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（Ｇ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＤ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＥ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＱ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＴ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＳ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（Ｐ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＰＡ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＲＥ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＳＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＶＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＦＰ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＫ）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）に特異的に結合する。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、ポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）に特異的に結合する。
【0132】
抗体とは、本明細書において用いられる場合、広範に、免疫グロブリン分子またはその任意の機能的な変異体、バリアントもしくは誘導体を指す。機能的な変異体、バリアントおよびその誘導体、ならびに抗原結合フラグメントは、Ｉｇ分子の本質的なエピトープ結合特性を保持することが望ましい。抗体は、免疫グロブリン分子の可変領域に位置する少なくとも１つの抗原認識部位を通して、標的に特異的に結合することができる。一般に、完全なまたは全長の抗体は、２本の重鎖および２本の軽鎖を含む。各々の重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）、ならびに第１、第２および第３の定常領域（ＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３）を含む。各々の軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および定常領域（ＣＬ）を含む。ＶＨおよびＶＬ領域は、さらに、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される高頻度可変性の領域に部分分割することができ、これは、より保存された、フレームワーク領域（ＦＲ）と称される領域により分散させられている。重鎖上のＣＤＲの構成要素は、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２およびＣＤＲＨ３として言及され、一方、軽鎖上のＣＤＲ構成要素は、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３として言及される。
【0133】
ＣＤＲは、典型的には、Proteins of Immunological Interest（US Department of Health and Human Services（1991）、Kabatら編）の配列において記載されるような、KabatのＣＤＲを指す。抗原結合部位を特徴づけるための別の標準は、Chothiaにより記載されるような高頻度可変性ループに言及すべきである。例えば、Chothia, D. et al. (1992) J. Mol. Biol. 227:799-817；ならびにTomlinson et al. (1995) EMBO J. 14:4628-4638を参照。なお別の標準は、Oxford Molecular’s AbM antibody modelingソフトウェアにより用いられるAbMの定義である。一般に、例えば、Protein Sequence and Structure Analysis of Antibody Variable Domains（Antibody Engineering Lab Manual中（Duebel, SおよびKontermann, R.編、Springer-Verlag, Heidelberg））を参照。KabatのＣＤＲに関して記載される態様は、代替的に、Chothiaの高頻度可変性ループに関して、またはAbMで定義されたループに関して記載される類似のもの、またはこれらの方法のうちのいずれかの組み合わせを用いて、実施することができる。
【0134】
各々のＶＨおよびＶＬは、以下の順序においてアミノ末端からカルボキシ末端へと配置された３つのＣＤＲおよび４つのＦＲからなる：ＦＲｌ、ＣＤＲｌ、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。全長抗体は、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＡまたはＩｇＭ（またはこれらのサブクラス）などの任意のクラスの抗体であってよく、抗体は、任意の特定のクラスのものである必要はない。その重鎖の定常ドメインの抗体アミノ酸配列に依存して、免疫グロブリンを、異なるクラスに割り当てることができる。免疫グロブリンの５つの主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧおよびＩｇＭが存在し、これらのうちのいくつかは、さらにサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１およびＩｇＡ２に分けることができる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、アルファ、デルタ、イプシロン、ガンマおよびミューと称される。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造および三次元立体構造は、周知である。
【0135】
用語「抗原結合フラグメント」とは、抗体の全長より短い任意の誘導体であって、標的に特異的に結合することができるモノを指す。好ましくは、本明細書において提供される抗原結合フラグメントは、ＲＡＮタンパク質に特異的に結合する能力を保持する。抗原結合フラグメントは、重鎖可変領域（ＶＨ）、軽鎖可変領域（ＶＬ）、または両方を含んでもよい。ＶＨおよびＶＬの各々は、典型的には、３つの相補性決定領域ＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含む。
【0136】
抗原結合フラグメントの例として、これらに限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、ｄｓＦｖ、ダイアボディー、アフィボディー（affibody（登録商標））およびＦｄフラグメントが挙げられる。抗原結合フラグメントは、適切な手段により生成することができる。例えば、抗原結合フラグメントは、酵素によりまたは化学的に完全な抗体の断片化により生成してもよく、または、それは、部分的な抗体配列をコードする遺伝子から組み換え的に生成してもよい。あるいは、抗原結合フラグメントは、完全にまたは部分的に合成により生成してもよい。抗原結合フラグメントは、単鎖抗体フラグメントであってもよい。あるいは、フラグメントは、例えばジスルフィド架橋により一緒に連結した複数の鎖を含んでもよい。抗原結合フラグメントはまた、任意に、多分子複合体であってもよい。機能的な抗原結合フラグメントは、典型的には少なくとも約５０アミノ酸を含み、より典型的には少なくとも約２００アミノ酸を含むであろう。
【0137】
単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）は、ポリペプチドリンカーにより互いに共有結合により連結された可変軽鎖（ＶＬ）および可変重鎖（ＶＨ）のみからなる、組み換え抗原結合フラグメントである。ＶＬまたはＶＨのいずれかは、ＮＨ２末端ドメインであってよい。ポリペプチドリンカーは、２つの可変ドメインが深刻な立体的干渉を伴うことなく架橋される限り、様々な長さおよび組成のものであってよい。典型的には、リンカーは、主に、可溶性のためにいくらかのグルタミン酸またはリジン残基が分散した、グリシンおよびセリン残基の伸長部から構成される。ＳｃＦｖは、用語「抗原結合フラグメント」中に包含される。
【0138】
ダイアボディーは、二量体ｓｃＦｖである。ダイアボディーの構成成分は、典型的には、ほとんどのｓｃＦｖよりも短いペプチドリンカーを有し、それらは、ダイマーとして会合することに対して優先性を示す（例えば、Holliger, P., et al. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448；Poljak, R. J., et al. (1994) Structure 2: 1121-1123を参照）。ダイアボディーもまた、用語「抗原結合フラグメント」中に包含される。
【0139】
Ｆｖフラグメントは、非共有結合性の相互作用により一緒に保持された１つのＶＨおよび１つのＶＬドメインからなる、抗原結合フラグメントである。Ｆｖフラグメントの２つのドメイン、ＶＬおよびＶＨは、別々の遺伝子によりコードされていてもよいが、それらは、組み換え方法を用いて、それらをＶＬおよびＶＨ領域の対が一価の分子を形成する単一のタンパク質鎖にすることができる合成リンカーにより、連結されていてもよい（単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）として知られる；例えば、Bird et al. (1988) Science 242:423-426；ならびにHuston et al. (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883を参照）。かかる単鎖抗体はまた、抗体の「抗原結合フラグメント」という用語中に包含されることを意図される。用語ｄｓＦｖは、本明細書において、ＶＨ－ＶＬ対を安定化させるために操作された分子間ジスルフィド結合を有するＦｖを指すために用いられる。ｄｓＦｖもまた、用語「抗原結合フラグメント」中に包含される。
【0140】
Ｆ（ａｂ’）２フラグメントは、免疫グロブリン（典型的にはＩｇＧ）から酵素ペプシンによるｐＨ４．０～４．５における消化により得られるものと本質的に等価の抗原結合フラグメントである。フラグメントは、組み換えにより生成してもよい。Ｆ（ａｂ’）２はまた、用語「抗原結合フラグメント」中に包含される。
【0141】
Ｆａｂフラグメントは、Ｆ（ａｂ’）２フラグメント中の２つの重鎖片を連結しているジスルフィド架橋の還元により得られるものと本質的に等価の抗原結合フラグメントである。Ｆａｂ’フラグメントは、組み換えにより生成してもよい。Ｆａｂ’はまた、用語「抗原結合フラグメント」中に包含される。
【0142】
Ｆａｂフラグメントは、酵素ペプシンによる免疫グロブリン（典型的にはＩｇＧ）の消化により得られるものと本質的に等価の抗原結合フラグメントである。Ｆａｂフラグメントは、組み換えにより生成してもよい。Ｆａｂフラグメントの重鎖セグメントは、Ｆｄ片である。Ｆａｂフラグメントはまた、用語「抗原結合フラグメント」中に包含される。
【0143】
アフィボディーは、抗原結合分子（例えば抗体模倣物）として機能する３つのヘリックスの束を含む、小さいタンパク質である。一般に、アフィボディーは、約５８アミノ酸長であり、約６ｋＤａのモル質量を有する。ユニークな結合特性を有するアフィボディー分子は、親タンパク質ドメインの結合活性に関与する２つのアルファヘリックス中に位置する１３のアミノ酸の無作為化により得られる。所望される標的タンパク質に結合する特異的なアフィボディー分子は、ファージディスプレイなどの方法を用いて、数十億の異なるバリアントを含むプール（ライブラリー）から単離することができる。アフィボディーはまた、用語「抗原結合フラグメント」中に包含される。
【0144】
用語「ヒト抗体」とは、例えば、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列またはそのバリアントによりコードされる、ヒト対象から得られた抗体に対して実質的に対応するか、またはこれから誘導される可変および定常領域を有する抗体を指す。ヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされない１つ以上のアミノ酸残基（例えば、in vitroでの無作為または部位特異的な変異誘発により、またはin vivoでの体細胞変異により誘導される変異）を含んでもよい。かかる変異は、ＣＤＲのうちの１つ以上、特にＣＤＲ３において、またはフレームワーク領域のうちの１つ以上において存在してもよい。いくつかの態様において、ヒト抗体は、少なくとも１、２、３、４、５またはそれより多くの、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってはコードされないアミノ酸残基で置き換えられた位置を有していてもよい。しかし、用語「ヒト抗体」とは、本明細書において用いられる場合、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上に移植された抗体を含むことは意図されない。
【0145】
用語「組み換えヒト抗体」とは、本明細書において用いられる場合、組み換え手段により調製されるか、発現されるか、作製されるかまたは単離される全てのヒト抗体、例えば、宿主細胞中にトランスフェクトされた組み換え発現ベクターを用いて発現された抗体、組み換えの、コンビナトリアルなヒト抗体ライブラリーから単離された抗体（Hoogenboom H. R., (1997) TIB Tech. 15:62-70；Azzazy H., and Highsmith W. E., (2002) Clin. Biochem. 35:425-445；Gavilondo J. V., and Larrick J. W. (2002) BioTechniques 29: 128-145；Hoogenboom H., and Chames P. (2000) Immunology Today 21:371-378）、ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックな動物（例えばマウス）から単離された抗体（例えば、Taylor, L. D., et al. (1992) Nucl. Acids Res. 20:6287-6295; Kellermann S-A., and Green L. L. (2002) Current Opinion in Biotechnology 13:593-597; Little M. et al (2000) Immunology Today 21:364-370を参照）、またはヒト免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングを含む任意の他の手段により調製されるか、発現されるか、作製されるかもしくは単離される抗体を含むことを意図される。かかる組み換えヒト抗体は、上で定義されるような可変および定常領域を有する。ある態様においては、しかし、かかる組み換えヒト抗体を、in vitroでの変異誘発（または、ヒトＩｇ配列についてトランスジェニックな動物が用いられる場合は、in vivoでの体細胞変異誘発)に供してもよく、したがって、組み換え抗体のＶＨおよびＶＬ領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖系列ＶＨおよびＶＬ配列に由来してこれに関連しつつも、in vivoではヒト抗体生殖系列のレパートリー（repertoire）中には天然には存在し得ない配列であってもよい。
【0146】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５および５６のうちのいずれか１つ以上において記載されるようなアミノ酸配列に特異的に結合する。
【0147】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１９５により表されるアミノ酸配列を含む重鎖定常領域を含む。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１９７により表されるアミノ酸配列を含む重鎖定常領域を含む。いくつかの態様において、本開示の抗ＲＡＮ抗体および抗原結合フラグメントは、配列番号１９６により表されるアミノ酸配列を含む軽鎖定常領域を含む。いくつかの態様において、本開示の抗ＲＡＮ抗体および抗原結合フラグメントは、配列番号１９８により表される核酸配列を含む軽鎖定常領域を含む。
【0148】
いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体または抗原結合フラグメントは、抗体のフレームワーク領域、例えば配列番号１５５～１８６において記載されるフレームワーク領域アミノ酸配列を含んでも、これを含まなくともよい。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、マウス抗体である。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、キメラまたはヒト化抗体である。
【0149】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０９、１１１、１１３または１１５において記載されるようなＶＨ配列を含む。いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１０、１１２、１１４または１１６において記載されるようなＶＨ配列を含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０９において記載されるようなＶＨ配列、および配列番号１１０において記載されるようなＶＬ配列を含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１０９において記載されるようなＶＨ配列、および配列番号１１０において記載されるようなＶＬ配列を含む。
【0150】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１１において記載されるようなＶＨ配列、および配列番号１１２において記載されるようなＶＬ配列を含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１３において記載されるようなＶＨ配列、および配列番号１１４において記載されるようなＶＬ配列を含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１３において記載されるようなＶＨ配列、および配列番号１１４において記載されるようなＶＬ配列を含む。
【0151】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、配列番号１１５において記載されるようなＶＨ配列、および配列番号１１６において記載されるようなＶＬ配列を含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含み、ここで、ＣＤＲＨ１は、配列番号１１７において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１２５において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１３３において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ１は、配列番号１１８において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号１２６において記載されるような配列を含み、およびＣＤＲＬ３は、配列番号１３４において記載されるような配列を含む。
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含み、ここで、ＣＤＲＨ１は、配列番号１１７において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１２５において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１３３において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ１は、配列番号１１８において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号１２６において記載されるような配列を含み、およびＣＤＲＬ３は、配列番号１３４において記載されるような配列を含む。
【0152】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含み、ここで、ＣＤＲＨ１は、配列番号１１９において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１２７において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１３５において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ１は、配列番号１２０において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号１２８において記載されるような配列を含み、およびＣＤＲＬ３は、配列番号１３６において記載されるような配列を含む。
【0153】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含み、ここで、ＣＤＲＨ１は、配列番号１２１において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１２９において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１３７において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ１は、配列番号１２２において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号１３０において記載されるような配列を含み、およびＣＤＲＬ３は、配列番号１３８において記載されるような配列を含む。
【0154】
いくつかの態様において、抗体または抗原結合フラグメントは、６つの相補性決定領域（ＣＤＲ）：ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２およびＣＤＲＬ３を含み、ここで、ＣＤＲＨ１は、配列番号１２３において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ２は、配列番号１３１において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＨ３は、配列番号１３９において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ１は、配列番号１２４において記載されるような配列を含み、ＣＤＲＬ２は、配列番号１３２において記載されるような配列を含み、およびＣＤＲＬ３は、配列番号１４０において記載されるような配列を含む。
【0155】
いくつかの態様において、本開示は、抗体の重鎖可変領域および軽鎖可変領域についてのアミノ酸および核酸配列のバリアント（例えばホモログ）を企図することが、理解されるべきである。「相同性」とは、２つのポリヌクレオチドまたは２つのポリペプチド部分の間の同一性の割合を指す。用語「実質的な相同性」とは、核酸またはそのフラグメントに言及する場合、適切なヌクレオチドの挿入または欠失により別の核酸（またはその相補鎖）と最適にアラインメントされた場合に、アラインメントされた配列の約９０～１００％においてヌクレオチド配列同一性が存在することを示す。例えば、いくつかの態様において、実質的な相同性を共有する核酸配列は、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の配列同一性である。ポリペプチドまたはそのフラグメントに言及する場合、用語「実質的な相同性」とは、適切なギャップ、挿入または欠失により別の最適にポリペプチドとアラインメントされた場合に、アラインメントされた配列の約９０～１００％においてヌクレオチド配列同一性が存在することを示す。用語「高度に保存された」とは、少なくとも８０％の同一性、好ましくは少なくとも９０％の同一性、およびより好ましくは、９７％を超える同一性を意味する。例えば、いくつかの態様において、高度に保存されたタンパク質は、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％の同一性を共有する。いくつかの場合において、高度に保存されたとは、１００％の同一性を指してもよい。同一性は、当業者により、例えば当業者に公知のアルゴリズムおよびコンピュータープログラムを用いて、容易に決定される。
【0156】
いくつかの態様において、本開示のＲＡＮ抗体は、高いアフィニティーにより、例えば、１０－７Ｍ、１０－８Ｍ、１０－９Ｍ、１０－１０Ｍより低い、１０－１１Ｍまたはそれより低いＫｄにより、ＲＡＮタンパク質に結合することができる。例えば、抗ＲＡＮ抗体または抗原結合フラグメントは、５ｐＭ～５００ｎＭ、例えば、５０ｐＭ～１００ｎＭ、例えば、５００ｐＭ～５０ｎＭのアフィニティーにより、ＲＡＮタンパク質に結合することができる。本開示はまた、本明細書において記載される抗体のうちのいずれかと、ＲＡＮタンパク質への結合について競合し、５０ｎＭ以下（例えば、２０ｎＭ以下、１０ｎＭ以下、５００ｐＭ以下、５０ｐＭ以下、または５ｐＭ以下）のアフィニティーを有する、抗体または抗原結合フラグメントを含む。抗ＲＡＮタンパク質抗体のアフィニティーおよび結合動態学は、バイオセンサー技術（例えば、OCTETまたはBIACORE）を含むがこれらに限定されない当該分野において公知の任意の方法を用いて試験することができる。
【0157】
いくつかの態様において、本開示の抗ＲＡＮ抗体は、ＶＨ、ＶＬおよびＣＤＲを含み、アミノ酸配列を、下の表４において示す。
表４－抗ＲＡＮ抗体のアミノ酸配列
表４－抗ＲＡＮ抗体のアミノ酸配列
【表A-1】
【表A-2】
【0158】
表５－抗ＲＡＮ抗体の核酸配列
表６－抗ＲＡＮ抗体の核酸およびアミノ酸フレームワーク配列
表７－定常領域の配列
【表B-1】
【表B-2】
【表B-3】
【表C-1】
【表C-2】
【表C-3】
【表D-1】
【表D-2】
【表D-3】
【0159】
いくつかの態様において、抗体クローン２７Ｂ１１．Ａ７は、ポリＧＡに結合する。いくつかの態様において、クローン２７Ｂ１１．Ａ７は、ＩｇＧ１抗体である。いくつかの態様において、抗体クローン２３Ｈ２．Ｄ１．Ｂ５は、ポリＧＡに結合する。いくつかの態様において、抗体クローン２３Ｈ２．Ｄ１．Ｂ５は、ＩｇＧ３抗体である。いくつかの態様において、抗体クローン１６Ａ３．Ｃ８は、ポリＳｅｒに結合する。いくつかの態様において、抗体クローン１６Ａ３．Ｃ８は、ＩｇＧ１抗体である。いくつかの態様において、抗体クローンＨＬ２３６２－２Ｇ４は、ポリＰＲに結合する。いくつかの態様において、抗体クローンＨＬ２３６２－２Ｇ４は、ＩｇＧ２Ａカッパ抗体である。
【0160】
抗ＲＡＮ抗体は、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患の１つ以上の症状を処置するか、またはその処置を補助するために用いることができる。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患は、以下からなる群より選択される：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。特定の態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。
【0161】
いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、例えば、１つ以上の抗ＲＡＮ抗体の治療有効量を、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患の１つ以上の症状（例えば、アルツハイマー病の早期ステージ）を有するか、またはＲＡＮタンパク質に関連する疾患を発症するリスクがある（例えば、本願において記載される１つ以上のアッセイに基づいて）ものと診断された対象に投与することにより、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患の１つ以上の症状を処置するか、またはその処置を補助するために用いることができる。いくつかの態様において、本明細書において開示される抗ＲＡＮ抗体または抗原結合フラグメントのうちの１つ以上が、対象に投与され、ここで、対象は、対象から得られた生体試料中の少なくとも１つのＲＡＮタンパク質の検出により、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患を有するものとして特徴づけられている。
【0162】
抗ＲＡＮ抗体の生成
典型的には、ポリクローナル抗体は、マウス、ウサギまたはヤギなどの好適な哺乳動物の接種により、生成される。抗原は、哺乳動物中に注射される。これが、Ｂリンパ球を、抗原に対して特異的なＩｇＧ免疫グロブリンを生成するように誘導する。このポリクローナルＩｇＧは、哺乳動物の血清から精製される。モノクローナル抗体は、一般に、単一の細胞株（例えば、ハイブリドーマ細胞株）により生成される。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、精製される（例えば、血清から単離される）。
典型的には、ポリクローナル抗体は、マウス、ウサギまたはヤギなどの好適な哺乳動物の接種により、生成される。抗原は、哺乳動物中に注射される。これが、Ｂリンパ球を、抗原に対して特異的なＩｇＧ免疫グロブリンを生成するように誘導する。このポリクローナルＩｇＧは、哺乳動物の血清から精製される。モノクローナル抗体は、一般に、単一の細胞株（例えば、ハイブリドーマ細胞株）により生成される。いくつかの態様において、抗ＲＡＮ抗体は、精製される（例えば、血清から単離される）。
【0163】
本明細書において開示される例示的な抗ＲＡＮ抗体は、表８において記載される抗原を用いて生成された。いくつかの態様において、抗原は、以下から選択されるＲＡＮタンパク質リピート配列を含む：ポリ（プロリン－アルギニン）［ポリ（ＰＲ）］；ポリ（グリシン－アルギニン）［ポリ（ＧＲ）］；ポリ（セリン）［ポリＳｅｒ］；ポリ（システイン－プロリン）［ポリ（ＣＰ）］；ポリ（グリシン－プロリン）［（ポリ（ＧＰ）］；ポリ（グリシン）［ポリ（Ｇ）］；ポリ（アラニン）［ポリＡｌａ］；ポリ（グリシン－アラニン）［ポリ（ＧＡ）］；ポリ（グリシン－アスパラギン酸）［ポリ（ＧＤ）］；ポリ（グリシン－グルタミン酸）［ポリ（ＧＥ）］；ポリ（グリシン－グルタミン）［ポリ（ＧＱ）］；ポリ（グリシン－スレオニン）［ポリ（ＧＴ）］；ポリ（ロイシン）［ポリＬｅｕ］；ポリ（ロイシン－プロリン）［ポリ（ＬＰ）］；ポリ（ロイシン－プロリン－アラニン－システイン）［ポリ（ＬＰＡＣ）］（配列番号２６０）；ポリ（ロイシン－セリン）［ポリ（ＬＳ）］；ポリ（プロリン）［ポリ（Ｐ）］；ポリ（プロリン－アラニン）［ポリ（ＰＡ）］；ポリ（グルタミン－アラニン－グリシン－アルギニン）［ポリ（ＱＡＧＲ）］（配列番号２６１）；ポリ（アルギニン－グルタミン酸）［ポリ（ＲＥ）］；ポリ（セリン－プロリン）［ポリ（ＳＰ）］、ポリ（バリン－プロリン）［ポリ（ＶＰ）］、ポリ（フェニルアラニン－プロリン）［ポリ（ＦＰ）］、ポリ（グリシン－リジン）［ポリ（ＧＫ）］、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、ポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）、ポリ（ＧＲＱＲＧＶＮＴ）（配列番号２６６）、およびポリ（ＧＳＫＨＲＥＡＥ）（配列番号２６７）。
【0164】
表８－ＲＡＮ抗体を生成するための抗原
【表E】
【0165】
抗ＲＡＮ抗体を得るために、多数の方法を用いることができる。例えば、抗体は、組み換えＤＮＡ方法を用いて生成することができる。モノクローナル抗体はまた、既知の方法に従って、ハイブリドーマの作製により生成してもよい（例えば、Kohler and Milstein (1975) Nature, 256: 495-499を参照）。この様式において形成されたハイブリドーマを、次いで、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ；例えば、ＲＣＡベースのＥＬＩＳＡまたはｒｔＰＣＲベースのＥＬＩＳＡ）および表面プラズモン共鳴（例えば、OCTETまたはBIACORE）分析などの標準的な方法を用いてスクリーニングして、特定の抗原に特異的に結合する抗体を産生する１つ以上のハイブリドーマを同定する。特定された抗原（例えば、ＲＡＮタンパク質）の任意の形態、例えば、組み換え抗原、天然に存在する形態、その任意のバリアントまたはフラグメントを、免疫原として用いることができる。抗体を作製する一つの例示的な方法として、抗体またはそのフラグメント（例えばｓｃＦｖ）を発現するタンパク質発現ライブラリー、例えば、ファージまたはリボソームディスプレイライブラリーをスクリーニングすることが挙げられる。ファージディスプレイは、例えば、Ladnerら、米国特許第５，２２３，４０９号；Smith (1985) Science 228: 1315-1317；Clackson et al. (1991) Nature, 352: 624-628；Marks et al. (1991) J. Mol. Biol., 222: 581-597；Ｗ０９２／１８６１９；ＷＯ９１／１７２７１；ＷＯ９２／２０７９１；ＷＯ９２／１５６７９；ＷＯ９３／０１２８８；ＷＯ９２／０１０４７；ＷＯ９２／０９６９０；ならびにＷＯ９０／０２８０９において記載される。
【0166】
別の態様において、モノクローナル抗体を、非ヒト動物から得て、次いで修飾、例えば当該分野において公知の組み換えＤＮＡ技術を用いてキメラ化する。キメラ抗体を作製するための多様なアプローチが記載されている。例えば、以下を参照：Morrison et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 81:6851, 1985；Takeda et al., Nature 314:452, 1985；Cabillyら、米国特許第４，８１６，５６７号；Bossら、米国特許第４，８１６，３９７号；Tanaguchiら、欧州特許公開ＥＰ１７１４９６；欧州特許公開０１７３４９４、英国特許ＧＢ２１７７０９６Ｂ。
【0167】
抗体はまた、当該分野において公知の方法により、ヒト化することができる。例えば、所望される結合特異性を有するモノクローナル抗体を、商業的にヒト化することができる（Scotgene, Scotland；ならびにOxford Molecular, Palo Alto, Calif.）。トランスジェニック動物において発現するもののような完全ヒト化抗体は、本発明の範囲内である（例えば、Green et al. (1994) Nature Genetics 7, 13；ならびに米国特許第５，５４５，８０６号および同第５，５６９，８２５号を参照）。さらなる抗体生成技術については、Antibodies: A Laboratory Manual, Second Edition. Edited by Edward A. Greenfield, Dana-Farber Cancer Institute（Ｃ）（２０１４年）を参照。本開示は、必ずしも、抗体の任意の特定のソース、生成の方法または特定の特徴に限定されない。
【0168】
本開示のいくつかの側面は、ポリヌクレオチドまたはベクターで形質転換された、単離された細胞（例えば宿主細胞）に関する。宿主細胞は、原核生物または真核生物の細胞であってよい。宿主細胞中に存在するポリヌクレオチドまたはベクターは、宿主細胞のゲノム中に組み込まれても、または、染色体外に維持されてもよい。宿主細胞は、任意の原核生物または真核生物の細胞、例えば細菌、昆虫、真菌、植物、動物またはヒト細胞であってよい。いくつかの態様において、真菌細胞は、例えば、Saccharomyces属のもの、特にS. cerevisiae種のものである。用語「原核生物の」は、抗体または対応する免疫グロブリン鎖の発現のためにＤＮＡまたはＲＮＡ分子で形質転換または遺伝子導入することができる、全ての細菌を含む。原核生物宿主は、例えば、E. coli、S. typhimurium、Serratia marcescensおよびBacillus subtilisなどの、グラム陰性ならびにグラム陽性細菌を含んでもよい。用語「真核生物の」は、酵母、高等植物、昆虫および脊椎動物の細胞、例えばＮＳＯおよびＣＨＯ細胞などの哺乳動物細胞を含む。組み換え生成の手順において使用される宿主に依存して、ポリヌクレオチドによりコードされる抗体または免疫グロブリン鎖をグリコシル化しても、または非グリコシル化してもよい。抗体または対応する免疫グロブリン鎖はまた、最初のメチオニンアミノ酸残基を含んでもよい。
【0169】
いくつかの態様において、ベクターが適切な宿主中に組み込まれた後は、宿主を高レベルのヌクレオチド配列の発現のために好適な条件下に維持してもよく、所望される場合は、その後に、免疫グロブリン軽鎖、重鎖、軽鎖／重鎖ダイマー、または完全な抗体、抗原結合フラグメント、または他の免疫グロブリンの形態の回収および精製を行ってもよい；Beychok, Cells of Immunoglobulin Synthesis, Academic Press, N.Y., (1979)を参照。したがって、ポリヌクレオチドまたはベクターは、細胞中に導入され、これが次いで、抗体または抗原結合フラグメントを生成する。さらに、前述の宿主細胞を含むトランスジェニック動物、好ましくは哺乳動物を、ラージスケールでの抗体または抗体フラグメントの生成のために用いてもよい。
【0170】
形質転換された宿主細胞は、当該分野において公知の技術に従って、発酵槽中で増殖させ、最適な細胞増殖を達成するまで培養することができる。発現された後、完全な抗体、それらのダイマー、個々の軽鎖および重鎖、他の免疫グロブリンの形態、または抗原結合フラグメントは、硫酸アンモニウム沈殿、アフィニティーカラム、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動などを含む当該分野の標準的な手順に従って精製することができる；Scopes、「Protein Purification」、Springer Verlag, N.Y.（1982年）を参照。抗体または抗原結合フラグメントを、次いで、増殖培地、細胞ライセート、または細胞膜画分から単離することができる。例えば微生物により発現された、抗体または抗原結合フラグメントの単離および精製は、例えば調製クロマトグラフィー分離および免疫学的分離（例えば抗体の定常領域に対するモノクローナルまたはポリクローナル抗体の使用を含むものなど）などの、任意の従来の手段によるものであってよい。
【0171】
本開示の側面は、ハイブリドーマに関し、これは、無期限に延長されたモノクローナル抗体のソースを提供する。本明細書において用いられる場合、「ハイブリドーマ細胞」とは、Ｂリンパ芽球細胞とミエローマ融合パートナーとの融合から誘導される不死化された細胞を指す。モノクローナル抗体産生細胞（例えば、ハイブリドーマ細胞）を調製するために、その抗体力価が確認されている個々の動物（例えばマウス）を選択して、最終免疫の２日～５日後に、その脾臓またはリンパ節を採取して、その中に含まれる抗体産生細胞をミエローマ細胞と融合させて、所望されるモノクローナル抗体の産生者であるハイブリドーマを調製する。抗血清中の抗体力価の測定は、例えば、本明細書において後で記載されるような標識されたタンパク質と抗血清とを反応させて、次いで、抗体に結合した標識剤の活性を測定することにより、行うことができる。細胞融合は、既知の方法、例えばKochlerおよびMilstein（Nature 256:495 (1975)）により記載される方法に従って行うことができる。融合プロモーター、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）またはセンダイウイルス（ＨＶＪ）が用いられる。
【0172】
ミエローマ細胞の例として、ＮＳ－１、Ｐ３Ｕ１、ＳＰ２／０、ＡＰ－１などが挙げられる。用いられるべき抗体産生者細胞（脾臓細胞）の数とミエローマ細胞の数との比率は、好ましくは約１：１～約２０：１である。ＰＥＧ（好ましくはＰＥＧ１０００～ＰＥＧ６０００）は、好ましくは約１０％～約８０％の濃度で添加される。細胞融合は、両方の細胞の混合物を約２０℃～約４０℃、好ましくは約３０℃～約３７℃で、約１分間～１０分間にわたりインキュベートすることにより、効率的に行うことができる。
【0173】
抗体（例えば、本発明の腫瘍抗原または自己抗体に対して）を産生するハイブリドーマについてのスクリーニングのために、多様な方法を用いることができる。例えば、ここで、ハイブリドーマの上清を、抗体が直接的にまたはキャリアと一緒に吸着している固相（例えばマイクロプレート）に添加して、次いで、放射活性物質または酵素により標識された抗免疫グロブリン抗体（細胞融合においてマウス細胞が用いられる場合、抗マウス免疫グロブリン抗体が用いられる）またはタンパク質Ａを添加して、固相に結合したタンパク質に対するモノクローナル抗体を検出する。あるいは、ハイブリドーマの上清を、抗免疫グロブリン抗体またはタンパク質Ａが吸着している固相に添加して、次いで、放射活性物質または酵素で標識されたタンパク質を添加して、固相に結合したタンパク質に対するモノクローナル抗体を検出する。
【0174】
モノクローナル抗体の選択は、任意の既知の方法またはその改変法に従って行うことができる。通常、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チジミン）が添加された動物細胞のための培地が使用される。ハイブリドーマが増殖することができる限りにおいて、任意の選択および増殖培地を使用することができる例えば、１％～２０％、好ましくは１０％～２０％のウシ胎仔血清を含むＲＰＭＩ １６４０培地、１％～１０％のウシ胎仔血清を含むＧＩＴ培地、ハイブリドーマの培養のための無血清培地（SFM-101、Nissui Seiyaku）などを用いることができる。通常、培養は、２０℃～４０℃、好ましくは３７℃で、約５日間～３週間、好ましくは１週間～２週間にわたり、約５％のＣＯ２ガス下において行われる。ハイブリドーマ培養物の上清の抗体力価は、抗血清中の抗タンパク質の抗体力価に関して上に記載されるものと同じ様式に従って測定することができる。
【0175】
ハイブリドーマの培養物から直接的に免疫グロブリンを得ることの代替として、再配列された重鎖および軽鎖の遺伝子座の、その後の発現および／または遺伝子操作のためのソースとして、不死化されたハイブリドーマ細胞を用いてもよい。再配列された抗体遺伝子を、適切なｍＲＮＡから逆転写させて、ｃＤＮＡを生成することができる。所望される場合、重鎖定常領域を、異なるアイソタイプのものと交換するか、または完全に取り除くことができる。可変領域は、単鎖Ｆｖ領域をコードするように連結させることができる。１つより多くの標的に対する結合能力を付与するために、複数のＦｖ領域を連結させてもよく、または、重鎖と軽鎖との組み合わせを使用してもよい。抗体可変領域のクローニングおよび組み換え抗体の作製のために、任意の適切な方法を用いることができる。
【0176】
いくつかの態様において、重鎖および／または軽鎖の可変領域をコードする適切な核酸を得て、これを、標準的な組み換え宿主細胞中に遺伝子導入することができる発現ベクター中に挿入する。多様なかかる宿主細胞を、用いることができる。いくつかの態様において、効率的なプロセッシングおよび生成のために、哺乳動物宿主細胞が有利である場合がある。この目的のために有用な典型的な哺乳動物細胞株として、ＣＨＯ細胞、２９３細胞、またはＮＳＯ細胞が挙げられる。抗体または抗原結合フラグメントの生成は、改変された組み換え宿主を宿主細胞の増殖およびコード配列の発現のために適切な条件下において培養することにより、行うことができる。抗体または抗原結合フラグメントは、培養物からそれらを単離することにより、回収することができる。発現系を、生じた抗体が培地中に分泌されるように、シグナルペプチドを含むように設計してもよい；しかし、細胞内生成もまた、可能である。
【0177】
本開示はまた、本明細書において記載される抗体の免疫グロブリン鎖の少なくとも可変領域をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドによりコードされる可変領域は、上記のハイブリドーマのいずれか１つにより生成される抗体の可変領域のＶＨおよび／またはＶＬの少なくとも１つの相補性決定領域（ＣＤＲ）を含む。
【0178】
抗体または抗原結合フラグメントをコードするポリヌクレオチドは、例えば、これらのポリヌクレオチドのうちのいずれかを単独でまたは組み合わせて含む、ＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ＲＮＡまたは合成で生成されたＤＮＡもしくはＲＮＡ、または組み換え的に生成されたキメラ核酸分子であってよい。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、ベクターの一部である。かかるベクターは、好適な宿主細胞においておよび好適な条件下においてベクターの選択を可能にするマーカー遺伝子などの、さらなる遺伝子を含んでもよい。
【0179】
いくつかの態様において、ポリヌクレオチドは、原核生物または真核生物の細胞における発現を可能にする発現制御配列に作動的に連結される。ポリヌクレオチドの発現は、翻訳可能なｍＲＮＡへのポリヌクレオチドの転写を含む。真核生物細胞、好ましくは哺乳動物細胞における発現を保証する調節エレメントは、当業者に周知である。それらは、転写の開始を促進する調節配列、および任意に転写の終結およびトランスクリプトの安定化を促進するポリＡシグナルを含んでもよい。さらなる調節エレメントは、転写ならびに翻訳のエンハンサー、および／または天然で関連するもしくは異種性のプロモーター領域を含んでもよい。原核生物宿主細胞における発現を許容する可能な調節エレメントとして、例えばE. coliにおけるＰＬ、Ｌａｃ、ＴｒｐまたはＴａｃプロモーターが挙げられ、真核生物宿主細胞における発現を許容する調節エレメントの例は、酵母におけるＡＯＸ１もしくはＧＡＬ１プロモーター、または哺乳動物および他の動物細胞におけるＣＭＶ－プロモーター、ＳＶ４０－プロモーター、ＲＳＶ－プロモーター（ラウス肉腫ウイルス）、ＣＭＶ－エンハンサー、ＳＶ４０－エンハンサーもしくはグロビンイントロンである。
【0180】
転写の開始の原因であるエレメントの他にも、かかる調節エレメントはまた、ＳＶ４０－ポリＡ部位またはｔｋ－ポリＡ部位などの転写終結シグナルを、ポリヌクレオチドの下流に含んでもよい。さらに、使用される発現系に依存して、ポリペプチドを細胞区画に方向づけるか、それを培地中に分泌することができるリーダー配列を、ポリヌクレオチドのコード配列に加えてもよく、これは、当該分野において周知である。リーダー配列は、適切な時期において、翻訳、開始および終結配列と共に組み立てられ、好ましくは、リーダー配列は、翻訳されたタンパク質またはその部分の、例えば細胞外培地中への分泌を指揮することができる。任意に、所望される特徴（例えば発現された組み換え生成物の安定化または簡便な精製）を付与するＣまたはＮ末端の識別（identification）ペプチドを含む融合タンパク質をコードする、異種性ポリヌクレオチド配列を用いてもよい。
【0181】
いくつかの態様において、軽鎖および／または重鎖の少なくとも可変ドメインをコードするポリヌクレオチドは、両方の免疫グロブリン鎖または一方のみの可変ドメインをコードしていてよい。同様に、ポリヌクレオチドは、同じプロモーターの制御下にあっても、発現について別々に制御されていてもよい。さらに、いくつかの側面は、ベクター、特に、遺伝子操作において慣用的に用いられるプラスミド、コスミド、ウイルスおよびバクテリオファージであって、抗体または抗原結合フラグメントの免疫グロブリン鎖の可変ドメインをコードするポリヌクレオチドを（任意に抗体のもう一方の免疫グロブリン鎖の可変ドメインをコードするポリヌクレオチドと組み合わせて）含むものに関する。
【0182】
いくつかの態様において、発現制御配列は、真核生物宿主細胞を形質転換または遺伝子導入することができるベクターにおいて、真核生物プロモーター系として提供されるが、原核生物宿主のための制御配列もまた、用いることができる。レトロウイルス、ワクシニアウイルス、アデノ随伴ウイルス、ヘルペスウイルス、またはウシパピローマウイルスなどのウイルスに由来する発現ベクターは、ポリヌクレオチドまたはベクターの標的細胞集団中への送達のために用いることができる（例えば、細胞を、抗体または抗原結合フラグメントを発現するように操作するために）。組み換えウイルスベクターを構築するために、多様な適切な方法を用いることができる。いくつかの態様において、ポリヌクレオチドおよびベクターは、標的細胞への送達のために、リポソームへと再構成することができる。ポリヌクレオチド（例えば、免疫グロブリン鎖をコードする配列の重鎖および／または軽鎖可変ドメインおよび発現制御配列）を含むベクターは、細胞宿主の型に依存して変化する好適な方法により、宿主細胞中にトランスファーすることができる。
【0183】
修飾
本開示のいくつかの側面は、１つ以上のＲＡＮタンパク質に対してターゲティングされた、抗体－薬物抱合体に関する。本明細書において用いられる場合、「抗体薬物抱合体」とは、ターゲティングされた分子（例えば、治療分子などの生物学的に活性な分子、および／または検出可能な標識）に連結された、抗体またはその抗原結合フラグメントを含む分子を指す。したがって、いくつかの態様において、本開示の抗体または抗原結合フラグメントは、検出可能な標識で修飾されていてもよく、これは、これらに限定されないが、１つ以上のＲＡＮタンパク質の検出および単離のための、酵素、補欠分子族（prosthetic group）、蛍光材料、発光材料、生物発光材料、放射活性材料、ポジトロン放出性金属、非放射活性常磁性金属イオン、およびアフィニティー標識を含む。検出可能な物質は、当該分野において公知の技術を用いて、本開示のポリペプチドに、直接的に、または中間体（例えば、当該分野において公知のリンカーなど）を通して間接的に、カップリングまたは抱合させることができる。好適な酵素の非限定的な例として、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；好適な補欠分子族複合体の非限定的な例として、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；好適な蛍光材料の非限定的な例として、ビオチン、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド、またはフィコエリトリンが挙げられる；発光材料の一例として、ルミノールが挙げられる；生物発光材料の非限定的な例として、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；ならびに好適な放射活性材料の例として、放射活性金属イオン、例えば、アルファ放出体または他の放射性同位体、例えば、ヨウ素（１３１Ｉ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２１Ｉ）、炭素（１４Ｃ）、硫黄（３５Ｓ）、トリチウム（３Ｈ）、インジウム（１１５ｍＩｎ、１１３ｍＩｎ、１１２Ｉｎ、１１１Ｉｎ）、およびテクネチウム（９９Ｔｃ、９９ｍＴｃ）、タリウム（２０１Ｔｉ）、ガリウム（６８Ｇａ、６７Ｇａ）、パラジウム（１０３Ｐｄ）、モリブデン（９９Ｍｏ）、キセノン（１３３Ｘｅ）、フッ素（１８Ｆ）、１５３Ｓｍ、Ｌｕ、１５９Ｇｄ、１４９Ｐｍ、１４０Ｌａ、１７５Ｙｂ、１６６Ｈｏ、９０Ｙ、４７Ｓｃ、８６Ｒ、１８８Ｒｅ、１４２Ｐｒ、１０５Ｒｈ、９７Ｒｕ、６８Ｇｅ、５７Ｃｏ、６５Ｚｎ、８５Ｓｒ、３２Ｐ、１５３Ｇｄ、１６９Ｙｂ、５１Ｃｒ、５４Ｍｎ、７５Ｓｅ、およびスズ（１１３Ｓｎ、１１７Ｓｎ）などが挙げられる。検出可能な物質は、当該分野において公知の技術を用いて、本開示の抗ＲＡＮ抗体または抗原結合フラグメントに、直接的に、または中間体（例えば、当該分野において公知のリンカーなど）を通して間接的に、カップリングまたは抱合させることができる。検出可能な物質に抱合した抗ＲＡＮ抗体は、本明細書において記載されるような診断アッセイのために用いることができる。
本開示のいくつかの側面は、１つ以上のＲＡＮタンパク質に対してターゲティングされた、抗体－薬物抱合体に関する。本明細書において用いられる場合、「抗体薬物抱合体」とは、ターゲティングされた分子（例えば、治療分子などの生物学的に活性な分子、および／または検出可能な標識）に連結された、抗体またはその抗原結合フラグメントを含む分子を指す。したがって、いくつかの態様において、本開示の抗体または抗原結合フラグメントは、検出可能な標識で修飾されていてもよく、これは、これらに限定されないが、１つ以上のＲＡＮタンパク質の検出および単離のための、酵素、補欠分子族（prosthetic group）、蛍光材料、発光材料、生物発光材料、放射活性材料、ポジトロン放出性金属、非放射活性常磁性金属イオン、およびアフィニティー標識を含む。検出可能な物質は、当該分野において公知の技術を用いて、本開示のポリペプチドに、直接的に、または中間体（例えば、当該分野において公知のリンカーなど）を通して間接的に、カップリングまたは抱合させることができる。好適な酵素の非限定的な例として、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β－ガラクトシダーゼ、グルコースオキシダーゼまたはアセチルコリンエステラーゼが挙げられる；好適な補欠分子族複合体の非限定的な例として、ストレプトアビジン／ビオチンおよびアビジン／ビオチンが挙げられる；好適な蛍光材料の非限定的な例として、ビオチン、ウンベリフェロン、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、ローダミン、ジクロロトリアジニルアミンフルオレセイン、ダンシルクロリド、またはフィコエリトリンが挙げられる；発光材料の一例として、ルミノールが挙げられる；生物発光材料の非限定的な例として、ルシフェラーゼ、ルシフェリンおよびエクオリンが挙げられる；ならびに好適な放射活性材料の例として、放射活性金属イオン、例えば、アルファ放出体または他の放射性同位体、例えば、ヨウ素（１３１Ｉ、１２５Ｉ、１２３Ｉ、１２１Ｉ）、炭素（１４Ｃ）、硫黄（３５Ｓ）、トリチウム（３Ｈ）、インジウム（１１５ｍＩｎ、１１３ｍＩｎ、１１２Ｉｎ、１１１Ｉｎ）、およびテクネチウム（９９Ｔｃ、９９ｍＴｃ）、タリウム（２０１Ｔｉ）、ガリウム（６８Ｇａ、６７Ｇａ）、パラジウム（１０３Ｐｄ）、モリブデン（９９Ｍｏ）、キセノン（１３３Ｘｅ）、フッ素（１８Ｆ）、１５３Ｓｍ、Ｌｕ、１５９Ｇｄ、１４９Ｐｍ、１４０Ｌａ、１７５Ｙｂ、１６６Ｈｏ、９０Ｙ、４７Ｓｃ、８６Ｒ、１８８Ｒｅ、１４２Ｐｒ、１０５Ｒｈ、９７Ｒｕ、６８Ｇｅ、５７Ｃｏ、６５Ｚｎ、８５Ｓｒ、３２Ｐ、１５３Ｇｄ、１６９Ｙｂ、５１Ｃｒ、５４Ｍｎ、７５Ｓｅ、およびスズ（１１３Ｓｎ、１１７Ｓｎ）などが挙げられる。検出可能な物質は、当該分野において公知の技術を用いて、本開示の抗ＲＡＮ抗体または抗原結合フラグメントに、直接的に、または中間体（例えば、当該分野において公知のリンカーなど）を通して間接的に、カップリングまたは抱合させることができる。検出可能な物質に抱合した抗ＲＡＮ抗体は、本明細書において記載されるような診断アッセイのために用いることができる。
【0184】
いくつかの態様において、本開示の抗体または抗原結合フラグメントは、治療用部分（例えば治療剤）で修飾されていてもよい。いくつかの態様において、抗体は、リンカーを介してターゲティングされた剤にカップリングされる。本明細書において用いられる場合、用語「リンカー」とは、分子またはアミノ酸配列などの配列であって、架橋におけるもののように、１つの分子または配列を別の分子または配列に付着させるものを指す。「連結された」、「抱合した」、または「カップリングされた」とは、共有結合、または非共有結合、またはファンデルワールス力などの他の結合により、付着または結合されていることを意味する。本開示により記載される抗体は、直接的に、例えばタンパク質またはペプチドの検出可能な部分との融合タンパク質として（任意の連結配列、例えば可撓性のリンカー配列により、またはこれを用いずに）、または化学的なカップリング部分を介して、ターゲティングされた剤（例えば、治療用部分または検出可能な部分）に連結することができる。多数のかかるカップリング部分、例えば、例えば国際特許出願公開番号ＷＯ２００９／０３６０９２において記載されるようなペプチドリンカーまたは化学リンカーが、当該分野において公知である。いくつかの態様において、リンカーは、可撓性のアミノ酸配列である。可撓性のアミノ酸配列の例として、グリシンおよびセリンリッチなリンカーが挙げられ、これは、２つ以上のグリシン残基の伸長部を含む。いくつかの態様において、リンカーは、フォトリンカーである。フォトリンカーの例として、ケチル反応性ベンゾフェノン（ＢＰ）、アントラキノン（ＡＱ）、ニトレン反応性ニトロフェニルアジド（ＮＰＡ）、およびカルベン反応性フェニル－（トリフルオロメチル）ジアジリン（ＰＴＤ）が挙げられる。
【0185】
医薬組成物
いくつかの側面において、本開示は、抗ＲＡＮ抗体または抗原結合フラグメントを含む医薬組成物に関する。いくつかの態様において、組成物は、抗ＲＡＮ抗体および薬学的に受入可能なキャリアを含む。本明細書において用いられる場合、用語「薬学的に受入可能なキャリア」は、医薬の投与と適合性の、任意のおよび全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張化剤および吸収遅延剤などを含むことを意図される。薬学的に活性な物質のためのかかる媒体および剤の使用は、当該分野において周知である。従来の媒体または剤が活性化合物と不適合性である場合を除いて、組成物中でのその使用が企図される。補充の活性化合物もまた、組成物中に組み込むことができる。医薬組成物は、以下に記載されるように調製することができる。活性成分は、任意の慣用的な薬学的に受入可能なキャリアまたは賦形剤と混合されるか、またはこれと配合することができる。組成物は、無菌であってよい。
いくつかの側面において、本開示は、抗ＲＡＮ抗体または抗原結合フラグメントを含む医薬組成物に関する。いくつかの態様において、組成物は、抗ＲＡＮ抗体および薬学的に受入可能なキャリアを含む。本明細書において用いられる場合、用語「薬学的に受入可能なキャリア」は、医薬の投与と適合性の、任意のおよび全ての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張化剤および吸収遅延剤などを含むことを意図される。薬学的に活性な物質のためのかかる媒体および剤の使用は、当該分野において周知である。従来の媒体または剤が活性化合物と不適合性である場合を除いて、組成物中でのその使用が企図される。補充の活性化合物もまた、組成物中に組み込むことができる。医薬組成物は、以下に記載されるように調製することができる。活性成分は、任意の慣用的な薬学的に受入可能なキャリアまたは賦形剤と混合されるか、またはこれと配合することができる。組成物は、無菌であってよい。
【0186】
典型的には、医薬組成物は、剤（例えば抗ＲＡＮ抗体）の有効量を送達するために処方される。一般的に、活性剤の「有効量」とは、所望される生物学的応答（例えば、アルツハイマー病の１つ以上の症状を寛解させること）を引き起こすために十分な量を指す。剤の有効量は、所望される生物学的エンドポイント、化合物の薬物動態、処置されている疾患（例えば、アルツハイマー病、リピート伸長疾患）、投与の様式、および患者などの要因に依存して、変化し得る。
【0187】
組成物は、その投与がレシピエントである患者により耐容され得る場合に、「薬学的に受入可能なキャリア」であると言われる。無菌のリン酸緩衝化食塩水は、薬学的に受入可能なキャリアの一例である。他の好適なキャリアは、当該分野において周知である。例えば、REMINGTON'S PHARMACEUTICAL SCIENCES、第１８版（1990年）を参照。
【0188】
慣用的に使用され、活性剤に関して不活性である、任意の投与の経路、ビヒクルまたはキャリアを、本開示の医薬組成物を調製および投与するために利用してよいことが、当業者により理解されるであろう。かかる方法、ビヒクルおよびキャリアの説明的なものは、例えばRemington's Pharmaceutical Sciences、第４版（1970年）において記載されるものであり、その開示は、本明細書において参考として援用される。本開示の原理に触れた当業者は、好適かつ適切なビヒクル、賦形剤およびキャリアを決定することにおいて、または活性成分をそれと配合して本開示の医薬組成物を形成することにおいて、何ら困難を経験しないであろう。
【0189】
治療有効量としてもまた言及される、化合物（例えば抗ＲＡＮ抗体）の有効量は、ＲＡＮタンパク質に関連する疾患に関連する少なくとも１つの有害効果、例えば、記憶喪失、認知障害、協調の喪失、発話障害などを寛解させるために有効な量である。いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、以下からなる群より選択される：筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、または前頭側頭葉型認知症；１型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ１）および２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）；１、２、３、６、７、８、１０、１２、１７、３１および３６型脊髄小脳変性症；球脊髄性筋萎縮症；歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症（ＤＲＰＬＡ）；ハンチントン病（ＨＤ）；脆弱Ｘ振戦失調症候群（ＦＸＴＡＳ）；フックス内皮角膜ジストロフィー（ＦＥＣＤ）；ハンチントン病類症２型症候群（ＨＤＬ２）；脆弱Ｘ症候群（ＦＸＳ）；７ｐｌ ｌ．２葉酸感受性脆弱部位ＦＲＡ７Ａに関する障害；葉酸感受性脆弱部位２ｑｌ １ ＦＲＡ２Ａに関する障害；ならびに脆弱ＸＥ症候群（ＦＲＡＸＥ）。特定の態様において、ＲＡＮタンパク質に関連する神経学的疾患は、アルツハイマー病（ＡＤ）である。医薬組成物中に含まれるべき治療有効量は、いくつかの要因、例えば、処置されるべき患者の型、サイズおよび状態、意図される投与の様式、患者が意図される投与形態を取り込む能力などに依存する。一般に、活性剤の量は、約０．１～約２５０ｍｇ／ｋｇ、および好ましくは約０．１～約１００ｍｇ／ｋｇを提供するように、各々の投与形態中に含まれる。当業者は、適切な治療有効量を経験的に決定することができるであろう。
【0190】
本明細書において提供される教示と組み合わせて、多様な活性化合物の中から選択し、効力、相対的バイオアベイラビリティー、患者の体重、有害な副作用の重篤度、および選択された投与の様式などの要因を重みづけすることにより、有効な予防または治療処置レジメンを計画することができ、これは、実質的な毒性を引き起こさないが、特定の対象を処置するために全体として有効である。任意の特定の適用のための有効量は、処置されている疾患または状態、投与されている特定の治療剤、対象のサイズ、または疾患または状態の重篤度などの要因に依存して、変化し得る。当業者は、特定の核酸および／または他の治療剤の有効量を、過度の実験を必要とすることなく、経験的に決定することができる。
【0191】
いくつかの場合において、本開示の化合物は、コロイド分散系において調製される。コロイド分散系は、水中油型エマルジョン、ミセル、混合型ミセルおよびリポソームを含む、液体ベースの系を含む。いくつかの態様において、本開示のコロイド系は、リポソームである。リポソームは、in vivoまたはin vitroでの送達ベクターとして有用な人工の膜容器である。０．２～４．０μｍの範囲のサイズの大型単層ビヒクル（ＬＵＶ）は、大型の高分子をカプセル化することができることが示されている。
【0192】
リポソームを、モノクローナル抗体、糖、糖脂質またはタンパク質などの特定のリガンドにカップリングすることにより、リポソームを特定の組織にターゲティングすることができる。リポソームを、例えば平滑筋細胞にターゲティングするために有用であり得るリガンドとして、これらに限定されないが、平滑筋細胞特異的な受容体および分子と相互作用する抗体などの完全な分子または分子のフラグメント、癌細胞の細胞表面マーカーと相互作用する、抗体などの完全な分子または分子のフラグメントが挙げられる。かかるリガンドは、当業者に周知の結合アッセイにより容易に同定することができる。なお他の態様において、リポソームは、それを当該分野において公知の抗体にカップリングすることにより、組織にターゲティングすることができる。
【0193】
本開示により記載される化合物は、単独で（例えば、食塩水またはバッファー中で）、または当該分野において公知の任意の送達ビヒクルを用いて、投与することができる。例えば、以下の送達ビヒクルが記載されている：コクレアート（cochleate）；エマルソーム（Emulsome）；ISCOM；リポソーム；生細菌ベクター（例えば、サルモネラ、エシェリキア・コリ、Bacillus Calmette-Guerin、シゲラ、ラクトバチルス）；生ウイルスベクター（例えば、ワクシニア、アデノウイルス、単純ヘルペス）；マイクロスフェア；核酸ワクチン；ポリマー（例えば、カルボキシメチルセルロース、キトサン）；ポリマー環；プロテアソーム；フッ化ナトリウム；トランスジェニック植物；ビロソーム；ならびに、ウイルス様粒子。
【0194】
本開示の処方物は、薬学的に受入可能な溶液中で投与され、これは、慣用的に、薬学的に受入可能な濃度の塩、緩衝化剤、保存剤、適合性のキャリア、アジュバントおよび任意に他の治療成分を含んでもよい。
【0195】
薬学的に受入可能なキャリアという用語は、１つ以上の適合性の固体または液体の充填剤、希釈剤またはカプセル化用物質であって、ヒトまたは他の脊椎動物への投与のために好適であるものを意味する。キャリアという用語は、天然または合成の有機または無機の成分であって、適用を容易にするために、それと活性成分とを組み合わせるものを表す。医薬組成物の構成成分はまた、本開示の化合物と、および互いと、所望される薬学的効率を実質的に損なうであろう相互作用が存在しないような様式において、混合することができる。
【0196】
糖衣錠のコアに、好適なコーティング剤を提供する。この目的のために、濃縮された糖溶液を用いることができ、これは任意に、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カルボポールゲル、ポリエチレングリコール、および／または二酸化チタン、ならびに好適な有機溶媒または溶媒混合物を含んでもよい。同定のため、または活性化合物の用量の様々な組み合わせを特徴づけるために、染料または色素を、錠剤または糖衣錠のコーティングに添加してもよい。
【0197】
本明細書において記載される処方物に加えて、化合物はまた、デポー調製物として処方してもよい。かかる長期作用型処方物は、好適なポリマー性もしくは疎水性の材料（例えば受入可能な油脂中のエマルジョンとして）またはイオン交換樹脂と共に、あるいは、低溶解性の誘導体として、例えば低溶解性の塩として、処方することができる。
【0198】
医薬組成物はまた、好適な固相またはゲル相のキャリアまたは賦形剤を含んでもよい。かかるキャリアまたは賦形剤の例として、これらに限定されないが、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、多様な糖、デンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、およびポリエチレングリコールなどのポリマーが挙げられる。
【0199】
好適な液体または固体の医薬調製形態は、例えば、吸入のための水溶液または食塩水溶液、マイクロカプセル化されたもの、コクレアート化されたもの（encochleated）、顕微鏡的な金粒子上にコーティングされたもの、リポソーム中に含まれたもの、噴霧されたもの、エアロゾル、皮膚中への移植のためのペレット、または皮膚中へ掻きつけるための鋭い物体上に乾燥されたものである。医薬組成物はまた、顆粒、粉末、錠剤、コーティングされた錠剤、（マイクロ）カプセル、坐剤、シロップ、エマルジョン、懸濁液、クリーム、液滴、または活性化合物の遅延型放出を伴う調製物（この調製物において、賦形剤ならびに崩壊剤、結合剤、コーティング剤、膨潤剤潤滑剤、香味剤、甘未剤または可溶化剤などの添加剤および／または補助剤が、上記のように習慣的に用いられる。医薬組成物は、多様な薬物送達系における使用のために好適である。薬物送達のための方法の簡単な総説については、本明細書において参考として援用されるLanger R (1990) Science 249:1527-1533を参照。
【0200】
化合物は、それ自体（ニート）で、または薬学的に受入可能な塩の形態において投与してもよい。医薬中で用いられる場合、塩は、薬学的に受入可能であるべきであるが、薬学的に受入可能でない塩は、その薬学的に受入可能な塩を調製するために慣用的に用いてもよい。かかる塩として、これらに限定されないが、以下の酸から調製されるものが挙げられる：塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸、マレイン酸、酢酸、サリチル酸、ｐ－トルエンスルホン酸、酒石酸、クエン酸、メタンスルホン酸、ギ酸、マロン酸、コハク酸、ナフタレン－２－スルホン酸、およびベンゼンスルホン酸。また、かかる塩は、カルボン酸基のナトリウム、カリウムまたはカルシウムの塩などの、アルカリ金属またはアルカリ土類金属の塩として調製することができる。
【0201】
好適な緩衝化剤として、以下が挙げられる：酢酸および塩（１～２％ｗ／ｖ）；クエン酸および塩（１～３％ｗ／ｖ）；ホウ酸および塩（０．５～２．５％ｗ／ｖ）；ならびにリン酸および塩（０．８～２％ｗ／ｖ）。好適な保存剤として、塩化ベンザルコニウム（０．００３～０．０３％ｗ／ｖ）；クロロブタノール（０．３～０．９％ｗ／ｖ）；パラベン（０．０１～０．２５％ｗ／ｖ）およびチメロサール（０．００４～０．０２％ｗ／ｖ）が挙げられる。
【0202】
組成物は、単位投与形態において便利に提示してもよく、製薬の分野において周知の方法のうちのいずれを用いて調製してもよい。全ての方法は、化合物を、１つ以上の付属成分を構成するキャリアと関連づけるステップを含む。一般的に、組成物は、化合物を、液体のキャリア、微細に分割された固体のキャリア、または両方と、均一にかつ密接に関連づけ、次いで、必要である場合には、生成物を成形することにより、調製される。液体の用量単位は、バイアルまたはアンプルである。固体の用量単位は、錠剤、カプセルおよび坐剤である。
【0203】
投与
治療剤は、当該分野において公知の任意の好適なモダリティーにより送達することができる。いくつかの態様において、治療剤（例えば、タンパク質、抗体、干渉核酸など）は、ウイルスベクター（例えば、アデノウイルスベクター、組み換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶベクター）、レンチウイルスベクターなど）、またはプラスミドベースのベクターなどのベクターにより、対象に送達される。いくつかの態様において、治療剤は、組み換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子中で、対象（例えば、１つ以上のＲＡＮタンパク質の発現により特徴づけられるアルツハイマー病を有する対象）に送達される。
治療剤は、当該分野において公知の任意の好適なモダリティーにより送達することができる。いくつかの態様において、治療剤（例えば、タンパク質、抗体、干渉核酸など）は、ウイルスベクター（例えば、アデノウイルスベクター、組み換えアデノ随伴ウイルスベクター（ｒＡＡＶベクター）、レンチウイルスベクターなど）、またはプラスミドベースのベクターなどのベクターにより、対象に送達される。いくつかの態様において、治療剤は、組み換えアデノ随伴ウイルス（ｒＡＡＶ）粒子中で、対象（例えば、１つ以上のＲＡＮタンパク質の発現により特徴づけられるアルツハイマー病を有する対象）に送達される。
【0204】
いくつかの態様において、組み換えｒＡＡＶ粒子は、一本鎖（ｓｓ）または自己相補的（ｓｃ）ＡＡＶ核酸ベクターなどの核酸ベクターを含む。いくつかの態様において、核酸ベクターは、本明細書において記載されるような治療剤（例えば、タンパク質、抗体、干渉核酸など）、および発現コンストラクトに隣接する逆位末端リピート（ＩＴＲ）配列（例えば、野生型ＩＴＲ配列または操作されたＩＴＲ配列）を含む１つ以上の領域をコードする、導入遺伝子を含む。いくつかの態様において、核酸は、ウイルスのキャプシドによりキャプシド形成される。いくつかの態様において、導入遺伝子は、プロモーター、例えば構成的プロモーターまたは誘導性プロモーターに作動的に連結される。いくつかの態様において、プロモーターは、組織特異的（例えばＣＮＳ特異的）プロモーターである。いくつかの態様において、ｒＡＡＶ粒子は、ＣＮＳ組織に対して向性を有するウイルスのキャプシド、例えばＡＡＶ９キャプシドタンパク質またはＡＡＶ．ＰＨＰＢキャプシドタンパク質を含む。
【0205】
本開示の側面は、治療剤の治療有効量の対象への送達に関する。いくつかの態様において、治療有効量は、対象においてリピート伸長を減少させることにおいて有効な量である。いくつかの態様において、治療有効量は、対象においてＲＡＮタンパク質を産生するＲＮＡの転写を減少させることにおいて有効な量である。ある態様において、治療有効量は、対象においてＲＡＮタンパク質の翻訳を減少させることにおいて有効な量である。いくつかの態様において、治療有効量は、リピート伸長に関連するアルツハイマー病を処置するために有効な量である。リピート配列の発現またはＲＡＮタンパク質の翻訳を「減少させること」とは、対象において、リピート配列の発現またはＲＡＮタンパク質の翻訳の量またはレベルを、治療剤の投与の後で（および投与の前の対象における量またはレベルと比較して）低下させることを指す。
【0206】
ある態様において、有効量は、ＲＡＮタンパク質のレベルを、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％（例えば、治療剤を投与されていない細胞または対象におけるＲＡＮタンパク質のレベルと比較したＲＡＮタンパク質のレベル）、減少させることにおいて有効な量である。ある態様において、有効量は、ＲＡＮタンパク質の翻訳を、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９８％（例えば、治療剤を投与されていない細胞または対象におけるＲＡＮタンパク質のレベルと比較したＲＡＮタンパク質のレベル）、減少させることにおいて有効な量である。
【0207】
本明細書において記載される医薬組成物は、製薬の分野において公知の任意の方法により、調製することができる。一般的に、かかる調製方法は、本明細書において記載される化合物（すなわち「活性成分」）を、キャリアまたは賦形剤、および／または１つ以上の他の補助成分と関連させること、および次いで、必要および／または望ましい場合には、成形すること、および／または製品を所望される単一または複数用量単位にパッケージングすることを含む。
【0208】
医薬組成物は、単一の単位用量として、および／または複数の単一の単位用量として、調製し、パッケージングし、および／またはバルクで販売することができる。「単位用量」は、既定量の活性成分を含む医薬組成物の個別の量である。活性成分 の量は、一般に、対象に投与されるであろう活性成分の投与量、および／またはかかる投与量の便利な画分、例えばかかる投与量の二分の一または三分の一に等しい。
【0209】
本明細書において記載される医薬組成物中の活性成分、薬学的に受入可能な賦形剤および／または任意のさらなる材料の相対量は、処置される対象のアイデンティティー、サイズおよび／または状態に依存して、およびさらに当該組成物が投与される経路に依存して、変化するであろう。組成物は、０．１％～１００％（ｗ／ｗ）の活性成分を含んでもよい。
【0210】
提供される医薬組成物の製造において用いられる薬学的に受入可能な賦形剤として、不活性な希釈剤、分散剤および／または造粒剤、界面活性剤および／または乳化剤、崩壊剤、結合剤、保存剤、緩衝化剤、潤滑剤および／または油脂が挙げられる。カカオバターおよび坐剤用ロウなどの賦形剤、着色剤、コーティング剤、甘味剤、香味剤、および芳香剤もまた、組成物中に存在してもよい。
【0211】
例示的な希釈剤として、炭酸カルシウム、炭酸ナトリウム、リン酸カルシウム、リン酸二カルシウム、硫酸カルシウム、リン酸水素カルシウム、リン酸ナトリウム、ラクトース、スクロース、セルロース、微結晶性セルロース、カオリン、マンニトール、ソルビトール、イノシトール、塩化ナトリウム、乾燥デンプン、コーンスターチ、粉糖、およびそれらの混合物が挙げられる。
【0212】
例示的な造粒剤および／または分散剤として、馬鈴薯デンプン、コーンスターチ、タピオカデンプン、デンプングリコール酸ナトリウム、クレイ、アルギン酸、グアーガム、柑橘パルプ、寒天、ベントナイト、セルロース、および木材製品、天然の海綿、カチオン交換樹脂、炭酸カルシウム、ケイ酸塩、炭酸ナトリウム、架橋ポリ（ビニル－ピロリドン）（クロスポピドン）、デンプンカルボキシメチルナトリウム（デンプングリコール酸ナトリウム）、カルボキシメチルセルロース、架橋カルボキシメチルセルロースナトリウム（クロスカルメロース）、メチルセルロース、アルファ化デンプン（スターチ1500）、微結晶性デンプン、非水溶性デンプン、カルシウムカルボキシメチルセルロース、ケイ酸マグネシウムアルミニウム（Veegum）、ラウリル硫酸ナトリウム、四級アンモニウム化合物、およびそれらの混合物が挙げられる。
【0213】
例示的な界面活性剤および／または乳化剤として、天然の乳化剤（例えばアラビアゴム、寒天、アルギン酸、アルギン酸ナトリウム、トラガカント、コンドラックス（chondrux）、コレステロール、キサンタン、ペクチン、ゼラチン、卵黄、カゼイン、羊毛脂、コレステロール、ロウおよびレシチン）、コロイド状クレイ（例えばベントナイト（ケイ酸アルミニウム）およびVeegum（ケイ酸マグネシウムアルミニウム））、長鎖アミノ酸誘導体、高分子アルコール（例えばステアリルアルコール、セチルアルコール、オレイルアルコール、トリアセチンモノステアレート、エチレングリコールジステアレート、グリセリルモノステアレートおよびプロピレングリコールモノステアレート、ポリビニルアルコール）、カルボマー（例えばカルボキシポリメチレン、ポリアクリル酸、アクリル酸ポリマーおよびカルボキシビニルポリマー）、カラギーナン、セルロース誘導体（例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム、粉末セルロース、ヒドロキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、メチルセルロース）、ソルビタン脂肪酸エステル（例えばポリオキシエチレンソルビタンモノラウレート（Tween（登録商標）20）、ポリオキシエチレンソルビタン（Tween（登録商標）60）、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Tween（登録商標）80）、ソルビタンモノパルミテート（Span（登録商標）40）、ソルビタンモノステアレート（Span（登録商標）60）、ソルビタントリステアレート（Span（登録商標）65）、グリセリルモノオレエート、ソルビタンモノオレエート（Span（登録商標）80）、ポリオキシエチレンエステル（例えばポリオキシエチレンモノステアレート(Myrj（登録商標）45）、ポリオキシエチレン水素付加ひまし油、ポリエトキシル化ひまし油、ポリオキシメチレンステアレートおよびSolutol（登録商標））、ショ糖脂肪酸エステル、ポリエチレングリコール脂肪酸エステル（例えばCremophor（登録商標））、ポリオキシエチレンエーテル,（例えばポリオキシエチレンラウリルエーテル（Brij（登録商標）30））、ポリ（ビニル－ピロリドン）、ジエチレングリコールモノラウレート、オレイン酸トリエタノールアミン、オレイン酸ナトリウム、オレイン酸カリウム、オレイン酸エチル、オレイン酸、ラウリン酸エチル、ラウリル硫酸ナトリウム、Pluronic（登録商標）F-68、ポロキサマーP-188、臭化セトリモニウム、塩化セチルピリジニウム、塩化ベンザルコニウム、ドクサートナトリウム、および／またはそれらの混合物が挙げられる。
【0214】
例示的な結合剤として、デンプン（例えばコーンスターチおよびデンプン糊）、ゼラチン、糖（例えばスクロース、グルコース、デキストロース、デキストリン、糖蜜、ラクトース、ラクチトール、マンニトールなど）、天然および合成のゴム（例えばアラビアゴム、アルギン酸ナトリウム、アイリッシュモス抽出物、パンワー（panwar）ゴム、ゲッチ（ghatti）ゴム、イサポール皮の粘液、カルボキシメチルセルロース、メチルセルロース、エチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、微結晶性セルロース、酢酸セルロース、ポリ（ビニル－ピロリドン）、ケイ酸マグネシウムアルミニウム（Veegum（登録商標））、およびカラマツアラビノガラクタン）、アルギネート、ポリエチレンオキシド、ポリエチレングリコール、無機カルシウム塩、ケイ酸、ポリメタクリレート、ロウ、水、アルコール、および／またはそれらの混合物が挙げられる。
【0215】
例示的な保存剤として、抗酸化剤、キレート剤、抗菌性保存剤、抗真菌性保存剤、抗原虫性保存剤、アルコール保存剤、酸性保存剤、および他の保存剤が挙げられる。ある態様において、保存剤は、抗酸化剤である。他の態様において、保存剤は、キレート剤である。
【0216】
例示的な抗酸化剤として、アルファトコフェロール、アスコルビン酸、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール、ブチル化ヒドロキシトルエン、モノチオグリセロール、メタ重亜硫酸カリウム、プロピオン酸、プロピル没食子酸、アスコルビン酸ナトリウム、亜硫酸水素ナトリウム、二亜硫酸ナトリウム、および亜硫酸ナトリウムが挙げられる。
【0217】
例示的なキレート剤として、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）ならびにその塩および水和物（例えばエデト酸ナトリウム、エデト酸二ナトリウム、エデト酸三ナトリウム、エデト酸二ナトリウムカルシウム、エデト酸二カリウムなど）、クエン酸ならびにその塩および水和物（例えばクエン酸一水和物）、フマル酸ならびにその塩および水和物、リンゴ酸ならびにその塩および水和物、リン酸ならびにその塩および水和物、および酒石酸ならびにその塩および水和物が挙げられる。例示的な抗菌性保存剤として、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、ベンジルアルコール、ブロノポール、セトリミド、塩化セチルピリジニウム、クロルヘキシジン、クロロブタノール、クロロクレゾール、クロロキシレノール、クレゾール、エチルアルコール、グリセリン、ヘキセチジン、イミドウレア、フェノール、フェノキシエタノール、フェニルエチルアルコール、フェニル硝酸第二水銀、プロピレングリコールおよびチメロサールが挙げられる。
【0218】
例示的な抗真菌性保存剤として、ブチルパラベン、メチルパラベン、エチルパラベン、プロピルパラベン、安息香酸、ヒドロキシ安息香酸、安息香酸カリウム、ソルビン酸カリウム、安息香酸ナトリウム、プロピオン酸ナトリウムおよびソルビン酸が挙げられる。
【0219】
例示的なアルコール保存剤として、エタノール、ポリエチレングリコール、フェノール、フェノール性化合物、ビスフェノール、クロロブタノール、ヒドロキシ安息香酸、およびフェニルエチルアルコールが挙げられる。
【0220】
例示的な酸性保存剤として、ビタミンＡ、ビタミンＣ、ビタミンＥ、ベータカロチン、クエン酸、酢酸、デヒドロ酢酸、アスコルビン酸、ソルビン酸およびフィチン酸が挙げられる。
【0221】
他の保存剤として、トコフェロール、酢酸トコフェロール、メシル酸デテロキシム、セトリミド、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、エチレンジアミン、ラウリル硫酸ナトリウム（ＳＬＳ）、ラウリルエーテル硫酸ナトリウム（ＳＬＥＳ）、亜硫酸水素ナトリウム、二亜硫酸ナトリウム、亜硫酸カリウム、メタ重亜硫酸カリウム、Glydant（登録商標）Plus、Phenonip（登録商標）、メチルパラベン、Germall（登録商標）115、Germaben（登録商標）ＩＩ、Neolone（登録商標）、Kathon（登録商標）、およびEuxyl（登録商標）が挙げられる。
【0222】
例示的な緩衝化剤として、クエン酸緩衝液、酢酸緩衝液、リン酸緩衝液、塩化アンモニウム、炭酸カルシウム、塩化カルシウム、クエン酸カルシウム、グルビオン酸カルシウム、グルセプト酸カルシウム、グルコン酸カルシウム、Ｄ－グルコン酸、グリセロリン酸カルシウム、乳酸カルシウム、プロパン酸、レブリン酸カルシウム、ペンタン酸、二塩基性リン酸カルシウム、リン酸、三塩基性リン酸カルシウム、リン酸カルシウム水酸化物、酢酸カリウム、塩化カリウム、グルコン酸カリウム、カリウム混合物、二塩基性リン酸カリウム、一塩基性リン酸カリウム、リン酸カリウム混合物、酢酸ナトリウム、炭酸水素ナトリウム、塩化ナトリウム、クエン酸ナトリウム、乳酸ナトリウム、二塩基性リン酸ナトリウム、一塩基性リン酸ナトリウム、リン酸ナトリウム混合物、トロメタミン、水酸化マグネシウム、水酸化アルミニウム、アルギン酸、パイロジェンフリー水、等張食塩水、リンガー溶液、エチルアルコール、およびそれらの混合物が挙げられる。
【0223】
例示的な潤滑剤として、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸、シリカ、タルク、麦芽、ベヘン酸グリセリル、水素付加植物油、ポリエチレングリコール、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ロイシン、ラウリル硫酸マグネシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、およびそれらの混合物が挙げられる。
【0224】
例示的な天然の油脂として、アーモンド油、杏仁油、アボカド油、バッサウ油、ベルガモット油、クロフサスグリ種子油、ルリジサ油、カデ油、カミツレ油、キャノーラ油、キャラウェイ油、カルナウバロウ油、ヒマシ油、桂皮油、カカオバター、ココナッツ油、タラ肝油、コーヒー油、トウモロコシ油、綿実油、エミュー油、ユーカリ油、月見草油、魚油、亜麻仁油、ゲラニオール油、ヒョウタン（gourd）油、ブドウ種子油、ハシバミ実油、ヒソップ油、ミリスチン酸イソプロピル、ホホバ油、ククイナッツ油、ラバンジン油、ラベンダー油、レモン油、青文字油、マカダミアナッツ油、ゼニアオイ油、マンゴー種子油、メドウフォーム種子油、ミンク油、ナツメグ油、オリーブ油、オレンジ油、オレンジラフィー油、ヤシ油、パーム核油、桃仁油、ピーナッツ油、ケシ種子油、カボチャ種子油、ナタネ油、コメヌカ油、ローズマリー油、ベニバナ油、ビャクダン油、サザンカ（sasquana）油、セイボリー（savoury）油、シーバックソーン油、ゴマ油、シアバター油、シリコーン油、ダイズ油、ヒマワリ油、ティーツリー油、アザミ油、ツバキ油、ベチバー油、クルミ油およびコムギ胚芽油が挙げられる。例示的な合成油脂として、これらに限定されないが、ステアリン酸ブチル、カプリル酸トリグリセリド、カプリン酸トリグリセリド、シクロメチコン、セバシン酸ジエチル、ジメチコン３６０、ミリスチン酸イソプロピル、鉱油、オクチルドデカノール、オレイルアルコール、シリコーン油、およびそれらの混合物が挙げられる。
【0225】
経口および非経口投与のための液体投与形態として、薬学的に受入可能なエマルジョン、マイクロエマルジョン、溶液、懸濁液、シロップおよびエリキシル剤が挙げられる。活性成分に加えて、液体投与形態は、当該分野において一般的に用いられる不活性な希釈剤、例えば水または他の溶媒など、可溶化剤および乳化剤、エチルアルコール、イソプロピルアルコール、エチルカルボネート、エチルアセテート、ベンジルアルコール、ベンジルベンゾエート、プロピレングリコール、１，３－ブチレングリコール、ジメチルホルムアミド、油脂（例えば綿実油、ピーナッツ油、トウモロコシ油、胚芽油、オリーブ油、ヒマシ油、およびセサミ油）、グリセロール、テトラヒドロフルフリルアルコール、ポリエチレングリコールおよびソルビタンの脂肪酸エステル、およびそれらの混合物などを含んでもよい。不活性な希釈剤の他に、経口組成物は、湿潤化剤、乳化剤および懸濁剤、甘味剤、香味剤および芳香剤などのアジュバントを含んでもよい。非経口投与のためのある態様において、本明細書において記載されるコンジュゲートを、Cremophor（登録商標）、アルコール、油脂、変性油、グリコール、ポリソルベート、シクロデキストリン、ポリマー、およびそれらの混合物などの可溶化剤と混合する。ある態様における例示的な液体投与形態は、嚥下を容易にするため、または栄養管を介する投与のために処方される。
【0226】
経口投与のための固体投与形態として、カプセル、錠剤、丸剤、散剤および顆粒が挙げられる。かかる固体投与形態において、活性成分を、以下のものと混合する：クエン酸ナトリウムまたはリン酸二カルシウムなどの、少なくとも１つの不活性な薬学的に受入可能な賦形剤またはキャリア、および／または（ａ）デンプン、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトールおよびケイ酸などの充填剤または増量剤、（ｂ）例えば、カルボキシメチルセルロース、アルギネート、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、スクロースおよびアラビアゴムなどの結合剤、（ｃ）グリセロールなどの保水剤、（ｄ）寒天、炭酸カルシウム、馬鈴薯またはタピオカデンプン、アルギン酸、特定のケイ酸塩および炭酸ナトリウムなどの崩壊剤、（ｅ）パラフィンなどの溶解遅延剤（solution retarding agent）、（ｆ）四級アンモニウム化合物などの吸収促進剤、（ｇ）例えばセチルアルコールおよびモノステアリン酸グリセロールなどの湿潤化剤、（ｈ）カオリンおよびベントナイトクレイなどの吸収剤、ならびに（ｉ）タルク、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、固体ポリエチレングリコール、ラウリル硫酸ナトリウムなどの潤滑剤、ならびにそれらの混合物。カプセル、錠剤および丸剤の場合、投与形態は、緩衝化剤を含んでもよい。
【0227】
同様の型の固体組成物は、ラクトースまたは乳糖、ならびに高分子量ポリエチレングリコールなどの賦形剤を用いる、軟質および硬質の充填ゼラチンカプセルにおいて、充填剤として使用することができる。錠剤、糖衣錠、カプセル、丸剤および顆粒の固体投与形態は、腸溶性コーティング剤および製薬の分野において周知の他のコーティング剤などのコーティング剤およびシェルにより、調製することができる。それらは、任意に不透明化剤を含んでもよく、腸管の特定の部分において、任意に遅延された様式において、活性成分のみを、または活性成分を優先的に放出する組成物であってよい。用いることができるカプセル化組成物の例として、ポリマー性物質およびロウが挙げられる。類似の型の固体組成物は、ラクトースまたは乳糖ならびに高分子量ポリエチレングリコールなどの賦形剤を用いる、軟質および硬質の充填ゼラチンカプセルにおいて、充填剤として使用することができる。
【0228】
活性成分は、上記の１つ以上の賦形剤によりマイクロカプセル化することができる。錠剤、糖衣錠、カプセル、丸剤および顆粒の固体投与形態は、腸溶性コーティング剤、放出制御コーティング剤、および医薬処方の分野において周知の他のコーティング剤などのコーティング剤およびシェルにより、調製することができる。かかる固体投与形態において、活性成分は、スクロース、ラクトースまたはデンプンなどの少なくとも１つの不活性な希釈剤と混合することができる。かかる投与形態は、常法として、不活性な希釈剤以外のさらなる物質、例えばステアリン酸マグネシウムおよび微結晶性セルロースなどの打錠用潤滑材および他の打錠用助剤を含んでもよい。カプセル、錠剤および丸剤の場合、投与形態は、緩衝化剤を含んでもよい。それらは、任意に不透明化剤を含んでもよく、腸管の特定の部分において、任意に遅延された様式において、活性成分のみを、または活性成分を優先的に放出する組成物であってよい。用いることができるカプセル化剤の例として、ポリマー性物質およびロウが挙げられる。
【0229】
本明細書において提供される医薬組成物の記載は、主に、ヒトへの投与のために好適である医薬組成物に向けられているが、当業者は、かかる組成物が、一般に全ての種類の動物への投与のために好適であることを理解するであろう。ヒトへの投与のために好適な医薬組成物の、当該組成物を、多様な動物への投与のために好適にするための改変は、よく理解されており、通常の技術を有する獣医薬理学者は、通常の実験により、かかる改変を設計し、および／または実施することができる。
【0230】
本明細書において記載される治療剤は、典型的には、投与の容易性のため、および投与量の均一性のために、投与単位形態において処方される。しかし、本明細書において記載される組成物の合計の一日の用法は、医師により、健全な医学的判断の範囲内において決定されることが、理解されるであろう。任意の特定の対象または生物のための特定の治療有効用量レベルは、以下を含む多様な要因に依存するであろう：処置されている疾患および障害の重篤度；使用される特定の活性成分の活性；使用される特定の組成；対象の年齢、体重、一般的健康状態、性別および食事；投与の時間、投与の経路、および使用される特定の活性成分の排出の速度；処置の期間；使用される特定の活性成分と組み合わせてまたはこれと同時に使用される薬物；ならびに医学分野において周知の同様の要因。
【0231】
治療剤は、腸内（例えば経口）、非経口、静脈内、筋肉内、動脈内、髄内、くも膜下内、皮下、脳室内、経皮、皮間（interdermal）、直腸、膣内、腹腔内、局所（粉末、軟膏、クリームおよび／もしくは液滴として）、粘膜、鼻、頬側、舌下を含む任意の経路により；気管内滴下、気管支滴下、および／もしくは吸入により；ならびに／または経口スプレー、鼻スプレーおよび／もしくはエアロゾルとして、投与することができる。特に企図される経路は、経口投与、静脈内投与（例えば全身静脈内注射）、血液および／もしくはリンパ供給を介した局所投与、ならびに／または罹患部位への直接投与である。一般的に、最も適切な投与の経路は、剤の性質（例えば、胃腸管の環境におけるその安定性）、および／または対象の状態（例えば、対象が経口投与を耐容することができるか否か）を含む、多様な要因に依存するであろう。ある態様において、本明細書において記載される化合物または医薬組成物は、対象の眼への局所投与のために好適である。
【0232】
有効量を達成するために必要とされる治療剤の正確な量は、対象ごとに異なり、例えば、対象の種、年齢、一般的状態、副作用または障害の重篤度、特定の化合物のアイデンティティー、投与の様式などに依存する。有効量は、単一用量（例えば単一の経口用量）中に含まれていても、複数用量（例えば複数の経口用量）中に含まれていてもよい。ある態様において、複数用量が、対象に投与されるか、または生物学的試料、組織もしくは細胞に適用される場合、複数用量のうちの任意の２つの用量は、異なる量、または実質的に同じ量の本明細書において記載される化合物を含む。ある態様において、複数用量が、対象に投与されるか、または生物学的試料、組織もしくは細胞に適用される場合、複数用量を対象に投与するか、または複数用量を生物学的試料、組織もしくは細胞に適用する頻度は、１日あたり３用量、１日あたり２用量、１日あたり１用量、２日毎に１用量、３日毎に１用量、１週間毎に１用量、２週間毎に１用量、３週間毎に１用量、または４週間毎に１用量である。ある態様において、複数用量を対象に投与するか、または複数用量を生物学的試料、組織もしくは細胞に適用する頻度は、１日あたり１用量である。ある態様において、複数用量を対象に投与するか、または複数用量を生物学的試料、組織もしくは細胞に適用する頻度は、１日あたり２用量である。ある態様において、複数用量を対象に投与するか、または複数用量を生物学的試料、組織もしくは細胞に適用する頻度は、１日あたり３用量である。ある態様において、複数用量が、対象に投与されるか、または生物学的試料、組織もしくは細胞に適用される場合、複数用量の第１の用量と最後の用量との間の期間は、１日、２日、４日、１週間、２週間、３週間、１か月、２か月、３か月、４か月、６か月、８か月、９か月、１年、２年、３年、４年、５年、７年、１０年、１５年、２０年、または対象、組織、または細胞の寿命である。ある態様において、複数用量の第１の用量と最後の用量との間の期間は、３か月、６か月または１年である。ある態様において、複数用量の第１の用量と最後の用量との間の期間は、対象、組織、または細胞の寿命である。ある態様において、本明細書において記載される用量（例えば単一用量、または複数用量のうちの任意の用量）は、独立して、０．１μｇ～１μｇ、０．００１ｍｇ～０．０１ｍｇ、０．０１ｍｇ～０．１ｍｇ、０．１ｍｇ～１ｍｇ、１ｍｇ～３ｍｇ、３ｍｇ～１０ｍｇ、１０ｍｇ～３０ｍｇ、３０ｍｇ～１００ｍｇ、１００ｍｇ～３００ｍｇ、３００ｍｇ～１，０００ｍｇ、または１ｇ～１０ｇ（境界を含む）の本明細書において記載される化合物を含む。ある態様において、本明細書において記載される用量は、独立して、１ｍｇ～３ｍｇ（境界を含む）の本明細書において記載される化合物を含む。ある態様において、本明細書において記載される用量は、独立して、３ｍｇ～１０ｍｇ（境界を含む）の本明細書において記載される化合物を含む。ある態様において、本明細書において記載される用量は、独立して、１０ｍｇ～３０ｍｇ（境界を含む）の本明細書において記載される化合物を含む。ある態様において、本明細書において記載される用量は、独立して３０ｍｇ～１００ｍｇ（境界を含む）の本明細書において記載される化合物を含む。
【0233】
投与の経路として、これらに限定されないが、経口、非経口、静脈内、筋肉内、腹腔内、鼻内、舌下、気管内、吸入、皮下、眼、膣および直腸が挙げられる。全身経路は、経口および非経口を含む。いくつかの型のデバイスは、吸入による投与のために、定期的に用いられる。デバイスのこれらの型として、定量噴霧式吸入器（ＭＤＩ）、呼吸駆動型（breath-actuated）ＭＤＩ、ドライパウダー吸入器（ＤＰＩ）、ＭＤＩと組み合わせたスペーサー／ホールディングチャンバー、およびネブライザーが挙げられる。
【0234】
いくつかの態様において、ＲＡＮタンパク質の発現に関連する疾患のための処置は、それを必要とする対象の中枢神経系（ＣＮＳ）に投与される。本明細書において用いられる場合、「中枢神経系（ＣＮＳ）」とは、対象の脳および脊髄の全ての細胞および組織を指し、これは、これらに限定されないが、神経細胞、グリア細胞、星状膠細胞、脳脊髄液などを含む。治療剤を対象のＣＮＳに投与するモダリティーとして、脳内への直接注射（例えば、脳内注射、脳室内注射、実質内注射など）、対象の脊髄中への直接注射（例えば、クモ膜下内注射、腰椎注射など）、またはこれらの任意の組み合わせが挙げられる。
【0235】
いくつかの態様において、本開示により記載されるような処置は、例えば静脈内注射により、対象に全身投与される。全身投与された治療分子は、いくつかの態様においては、対象のＣＮＳへの分子の送達を改善するために、修飾されていてもよい。治療分子のＣＮＳ送達を改善する修飾の例として、これらに限定されないが、血液脳関門を標的とする剤（例えば、Georgieva et al. Pharmaceuticals 6(4): 557-583 (2014)により開示されるような、トランスフェリン、メタノトランスフェリン（melanotransferrin）、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）、アンギオペプ（angiopep）、ＲＶＧペプチドなど）への共投与または抱合、ＢＢＢ破壊剤（例えばブラジキニン）との共投与、および投与の前のＢＢＢの物理的破壊（例えば、ＭＲＩ誘導型収束超音波（MRI-Guided Focused Ultrasound）による）などが挙げられる。
【0236】
以下の例は、本発明の利点を説明すること、および特定の態様を記載することを意図されるが、本発明の完全な範囲を例示することは意図されない。したがって、例は、本発明の範囲を限定することは意図されないことが、理解されるであろう。
【0237】
例
マイクロサテライトリピート伸長は、４０を超える遺伝性の神経変性疾患および神経筋疾患を引き起こす。リピート配列（repeat tract）の長さは、典型的には、一般的な集団において＜３０、前変異（premutation）キャリアにおいては約３０～４０であり、罹患個体においては、疾患に依存して、約４０～数千のリピートの範囲であり得る。伸長変異は、しばしば、双方向性転写を起こし、センスおよびアンチセンスのトランスクリプトを生じ、これは、ＲＮＡ凝集体を形成し得る。リピート伸長ＲＮＡは、リピート関連非ＡＵＧ翻訳（ＲＡＮ）により翻訳されて、ポリマー性タンパク質を生成し得る。これらのリピート伸長は、一般に、ハイスループットシークエンシングによっては検出することが難しい。
マイクロサテライトリピート伸長は、４０を超える遺伝性の神経変性疾患および神経筋疾患を引き起こす。リピート配列（repeat tract）の長さは、典型的には、一般的な集団において＜３０、前変異（premutation）キャリアにおいては約３０～４０であり、罹患個体においては、疾患に依存して、約４０～数千のリピートの範囲であり得る。伸長変異は、しばしば、双方向性転写を起こし、センスおよびアンチセンスのトランスクリプトを生じ、これは、ＲＮＡ凝集体を形成し得る。リピート伸長ＲＮＡは、リピート関連非ＡＵＧ翻訳（ＲＡＮ）により翻訳されて、ポリマー性タンパク質を生成し得る。これらのリピート伸長は、一般に、ハイスループットシークエンシングによっては検出することが難しい。
【0238】
例１
アルツハイマー病（ＡＤ）は、６５歳以上の一般的な人口の約１０％が罹患する進行性の認知症である。アポリポタンパク質（ＡＰＰ）およびプレセニリン遺伝子（ＰＳＥＮ１およびＰＳＥＮ２）を含む特定の遺伝子における変異が、ＡＤの症例のサブセットにおいて観察されている一方で、ＡＤの症例の大部分の原因は、現在は未知である。ＡＤは、患者の剖検の脳全体にわたるβ－アミロイド（Ａβ）ペプチドおよび過剰リン酸化されたタウタンパク質の蓄積により特徴づけられる。しかし、Ａβの沈着と認知低下との弱い相関、ならびに現在までのＡβおよびタウを標的とするアプローチの限定された効力は、他の要因が、ＡＤにおいて重要な役割を果たすことを示す。
アルツハイマー病（ＡＤ）は、６５歳以上の一般的な人口の約１０％が罹患する進行性の認知症である。アポリポタンパク質（ＡＰＰ）およびプレセニリン遺伝子（ＰＳＥＮ１およびＰＳＥＮ２）を含む特定の遺伝子における変異が、ＡＤの症例のサブセットにおいて観察されている一方で、ＡＤの症例の大部分の原因は、現在は未知である。ＡＤは、患者の剖検の脳全体にわたるβ－アミロイド（Ａβ）ペプチドおよび過剰リン酸化されたタウタンパク質の蓄積により特徴づけられる。しかし、Ａβの沈着と認知低下との弱い相関、ならびに現在までのＡβおよびタウを標的とするアプローチの限定された効力は、他の要因が、ＡＤにおいて重要な役割を果たすことを示す。
【0239】
この例は、アルツハイマー病、認知症および他の神経変性疾患に寄与するリピート伸長の同定を記載する。これらの推定の伸長は、単一の未同定のリピート伸長変異から、または各々がより小さな前変異の長さを有する複数の遺伝子の組み合わせた効果から、疾患に寄与し得る。データは、リピートＲＮＡおよび／またはこれらの伸長変異から生成されるＲＡＮタンパク質が、タンパク質の恒常性、プロテアソームの機能およびオートファジーを破壊することにより、疾患に寄与することを示す。
【0240】
ＡＤ患者の試料中のＲＡＮタンパク質の翻訳の同定
ＡＤ患者の試料をＲＡＮタンパク質発現についてスクリーニングするために、抗体ベースのスクリーニングツールを開発した。図１Ａおよび１Ｂは、スクリーニングプロトコルの模式図を示す。第１に、試料中にＲＡＮタンパク質の凝集塊が存在するか否かを決定するために、試料を、多様な反復性ペプチドモチーフに結合する抗体のパネルと接触させる（図１Ａ）。この抗体ベースのアプローチは、１２０の試験されたヒトＡＤ剖検脳のうちの２１において陽性のＲＡＮ染色を同定した。簡単に述べると、凍結されたＡＤ剖検脳組織から抽出されたタンパク質ライセートの可溶性および不溶性の画分の両方を、多様なＲＡＮタンパク質（例えば、α－ポリＳｅｒ、α－ポリＧＰ、α－ポリＧＡ、α－ポリＧＲ、α－ポリＰＲ）に対する抗体と接触させた。年齢が一致する健康な対照と比較したこれらの抗体からの陽性シグナルは、１２０のＡＤの症例のうちの２１からの初期の不溶性タンパク質のドットブロットスクリーニングにより見出された。
ＡＤ患者の試料をＲＡＮタンパク質発現についてスクリーニングするために、抗体ベースのスクリーニングツールを開発した。図１Ａおよび１Ｂは、スクリーニングプロトコルの模式図を示す。第１に、試料中にＲＡＮタンパク質の凝集塊が存在するか否かを決定するために、試料を、多様な反復性ペプチドモチーフに結合する抗体のパネルと接触させる（図１Ａ）。この抗体ベースのアプローチは、１２０の試験されたヒトＡＤ剖検脳のうちの２１において陽性のＲＡＮ染色を同定した。簡単に述べると、凍結されたＡＤ剖検脳組織から抽出されたタンパク質ライセートの可溶性および不溶性の画分の両方を、多様なＲＡＮタンパク質（例えば、α－ポリＳｅｒ、α－ポリＧＰ、α－ポリＧＡ、α－ポリＧＲ、α－ポリＰＲ）に対する抗体と接触させた。年齢が一致する健康な対照と比較したこれらの抗体からの陽性シグナルは、１２０のＡＤの症例のうちの２１からの初期の不溶性タンパク質のドットブロットスクリーニングにより見出された。
【0241】
ドットブロットおよびシグナルの定量を、α－ポリＧＲおよびポリＳｅｒの染色について陽性の試料のサブセットについて示す（図２Ａおよび２Ｂ）。２０の候補症例および約１５の健康なおよび疾患の対照からの海馬および前頭皮質の切片の免疫組織化学的（ＩＨＣ）染色は、ＡＤの症例において強力なＲＡＮ陽性シグナルを示し、年齢が一致する健康なまたは疾患の対照においては類似の染色は存在しなかった。α－ポリＧＲおよびα－ポリＰＲによる例の染色を、図２Ｃにおいて示す。α－ポリＧＲおよびα－ポリＰＲの染色は、リン酸化されたＴＤＰ４３についての染色とは類似しなかった（例えば、図２Ｃ）。加えて、ＡＤの海馬におけるＲＡＮ－ＧＲタンパク質およびタウ（３Ｒ）についての二重ＩＨＣ染色は、矢印により表される、重複するシグナルおよび重複しないシグナルによる区別し得るパターンを示した（図３Ａ）。３Ｒタウおよび／またはＧＲもしくはＰＲ ＲＡＮタンパク質を一過性に発現する細胞におけるさらなる対照ＩＦ実験は、α－ポリＧＲおよびα－ポリＰＲは、それらの対応するタグ付けされたＲＡＮタンパク質を認識する（図３Ｃ）が、３Ｒタウとは交差反応しない（図３Ｂ）ことを示す。まとめると、これらのデータは、ＡＤの症例のサブセットにおいてＲＡＮ染色が存在すること、ならびにこれらのタンパク質は、ｐＴＤＰ４３および３Ｒタウとは区別し得るパターンにおいて蓄積することを示す。
【0242】
これらの候補のＲＡＮ陽性のＡＤの症例をさらに特徴づけるために、ＡＤ剖検脳の多様な領域においてＩＨＣによりＲＡＮ染色の分布を調べた。ＲＡＮタンパク質の分布を、タウタンパク質の付加形態（例えば、４－リピート（４Ｒ）タウ、リン酸化されたタウ）およびＡβと比較した。加えて、ＲＡＮの染色および分布をBraakスコアと比較して、ＲＡＮタンパク質蓄積が疾患のステージと相関するか否か、およびどのようにこれと相関するかを調べた。加えて、全てのＲＡＮ陽性候補症例をスクリーニングして、併存の既知のリピート伸長を有する症例を取り除いた。全てのポリ（ＧＲ）およびポリ（ＰＲ）ＲＡＮ陽性試料は、Ｃ９ＯＲＦ７２伸長変異について陰性であることを示した。
【0243】
次に、ＲＮＡ凝集体スクリーニングアプローチを用いて、候補ＲＡＮタンパク質をコードするリピート伸長モチーフを同定し、これをビオチンでタグ付けされたヌクレアーゼ欠損Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）と組み合わせて、ＲＡＮタンパク質凝集塊およびＲＮＡ凝集体の両方について陽性のＡＤ組織試料から単離されたゲノムＤＮＡから、候補リピート伸長変異および対応する隣接配列をプルダウンした（図１Ｂ）。リピートに隣接する上流および下流の領域のシークエンシングを用いて、リピート伸長の特定の位置を同定した。
【0244】
推定のＡＤのＲＡＮタンパク質のリピートモチーフを用いて、ＲＡＮタンパク質をコードし得る全ての可能なＤＮＡ配列を同定した。例えば、ＧＲ、ＰＲおよびポリＳｅｒをコードする全ての可能なリピートモチーフを、以下に表１、２および３において示す。当業者は、ポリ（ＣＰ），ポリ（ＧＰ）、ポリ（Ｇ）、ポリ（ＧＡ）、ポリ（ＧＤ）、ポリ（ＧＥ）、ポリ（ＧＱ）、ポリ（ＧＴ）、ポリ（Ｌ）、ポリ（ＬＰ）、ポリ（ＬＰＡＣ）（配列番号２６０）、ポリ（ＬＳ）、ポリ（Ｐ）、ポリ（ＰＡ）、ポリ（ＱＡＧＲ）（配列番号２６１）、ポリ（ＲＥ）、ポリ（ＳＰ）、ポリ（ＶＰ）、ポリ（ＦＰ）、ポリ（ＧＫ）、ポリ（ＦＴＰＬＳＬＰＶ）（配列番号２６２）、ポリ（ＬＬＰＳＰＳＲＣ）（配列番号２６３）、ポリ（ＹＳＰＬＰＰＧＶ）（配列番号２６４）、ポリ（ＨＲＥＧＥＧＳＫ）（配列番号２５５）、ポリ（ＴＧＲＥＲＧＶＮ）（配列番号２６５）、またはポリ（ＰＧＧＲＧＥ）（配列番号２５８）を含む、本明細書において同定される他のＲＡＮリピートをコードする全ての可能な核酸配列の類似の表を、標準的な脊椎動物ＤＮＡ翻訳コードを用いて構築する方法を理解するであろう。
【0245】
表１：ＧＲをコードする全ての可能な核酸配列
【表1】
【0246】
表２：ＰＲをコードする全ての可能な核酸配列
【表2】
【0247】
表３：ポリＳｅｒをコードする全ての可能な核酸配列
【表3】
【0248】
配列を、所与の候補のＲＡＮ ＡＤタンパク質をコードし得る全ての可能なリピートモチーフを標的とするフルオロフォア抱合型ＤＮＡプローブを設計するために用いた。ＲＡＮタンパク質核酸プローブを用いる凍結ＡＤ脳の蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）スクリーニングは、リピート伸長疾患の特徴である点状のＲＮＡ凝集体を示した（図４）。対照またはＲＡＮ陰性のＡＤ症例において、類似のＲＮＡ凝集体は見出されなかった。候補ＡＤ脳組織におけるＲＮＡ凝集体およびＲＡＮタンパク質の染色の検出は、１つ以上の新規ＡＤリピート伸長変異の存在を示す。
【0249】
ＲＡＮおよびＲＮＡ凝集体陽性の候補ＡＤ症例におけるリピート伸長変異を含む特定の遺伝子座を同定するために、ビオチンでタグ付けされたヌクレアーゼ欠損Ｃａｓ９（ｄＣａｓ９）アプローチを用いて、特異的なリピート伸長変異および対応する隣接配列を濃縮するために、プルダウンアッセイを用いる（図１Ｂ）。このｄＣａｓ９ベースの濃縮ツールは、シングルガイドＲＮＡ／ｄＣａｓ９（ｓｇＲＮＡ－ｄＣａｓ９）複合体の迅速な動態学および高い安定性を利用して、標的ＤＮＡを変性することを必要とすることなく、特定のＤＮＡ配列をプルダウンし、濃縮する。伸長したリピートは、ｓｇＲＮＡのための複数の結合部位を提供し、したがって、より短いリピート配列と比較して、ｓｇＲＮＡ－ｄＣａｓ９複合体と伸長したリピートとの間の相互作用の可能性を増大させる（図１Ｂ）。
【0250】
データは、Ｃ９ＯＲＦ７２ Ｇ４Ｃ２伸長変異の濃縮は、この方法を用いて検出することができることを示す。ＰＣＲデータは、Ｃ９（＋）の場合のいくつかにおける、Ｃ９（－）の場合と比較した、Ｃ９ＯＲＦ７２ Ｇ４Ｃ２リピートに隣接する５’および３’配列についての濃縮を示す（図１Ｃ）。候補のＡＤの症例について、ゲノムのリピート伸長を含むＤＮＡ試料を、ＩＨＣおよびＲＮＡ ＦＩＳＨ実験により予測される推定のＲＡＮ伸長変異を標的とするｓｇＲＮＡのセットを用いて濃縮する。濃縮された、および濃縮されていない試料を、次いで、次世代シークエンシング技術を用いて配列決定し、ＡＤにおいてＲＡＮタンパク質を生成するリピート伸長遺伝子座を同定する。
【0251】
例２
ＲＡＮタンパク質の翻訳により影響を受ける分子経路
この例は、ＲＡＮタンパク質の翻訳が、ＡＤおよび他のＣＮＳ障害を有する対象のニューロンおよびグリアにおけるタンパク質の恒常性を改変することを示すデータを提供する。リピート伸長患者のｉＰＳＣ由来のニューロンおよびグリアを用いて、プロテアソーム活性、オートファジーのフラックス、プロテアソームおよびオートファジーマーカー（例えば、ｐ６２、ＬＣ３、プロテアソームサブユニット）ならびにトランスクリプトーム分析を介して、プロテアソームおよびオートファジー経路の破壊を研究する。リピート伸長がＡＤ疾患の進行を加速させるか否かを決定するために、ＲＡＮタンパク質をコードする短いおよび長いリピートを、ＡＤのｉＰＳＣ由来細胞において差次的に発現させ、プロテアソーム、オートファジー機能、β－アミロイドおよびタウの病態を測定する。
ＲＡＮタンパク質の翻訳により影響を受ける分子経路
この例は、ＲＡＮタンパク質の翻訳が、ＡＤおよび他のＣＮＳ障害を有する対象のニューロンおよびグリアにおけるタンパク質の恒常性を改変することを示すデータを提供する。リピート伸長患者のｉＰＳＣ由来のニューロンおよびグリアを用いて、プロテアソーム活性、オートファジーのフラックス、プロテアソームおよびオートファジーマーカー（例えば、ｐ６２、ＬＣ３、プロテアソームサブユニット）ならびにトランスクリプトーム分析を介して、プロテアソームおよびオートファジー経路の破壊を研究する。リピート伸長がＡＤ疾患の進行を加速させるか否かを決定するために、ＲＡＮタンパク質をコードする短いおよび長いリピートを、ＡＤのｉＰＳＣ由来細胞において差次的に発現させ、プロテアソーム、オートファジー機能、β－アミロイドおよびタウの病態を測定する。
【0252】
ｉＰＳＣ由来細胞におけるプロテアソーム活性を、タンパク質ライセートにおけるプロテアソーム複合体によるペプチド切断の速度を決定する蛍光ベースのアッセイを用いて測定する。生細胞におけるプロテアソーム活性はまた、細胞に、ＧＦＰを発現するベクターを感染させて、ＧＦＰシグナルを経時的にモニタリングすることにより研究することができる。７－メチルクマリンの蛍光シグナルの低下、または、生細胞における、健康な対照細胞と比較して高いＧＦＰシグナルにより、プロテアソーム機能の低下が示される。
【0253】
オートファジー活性を測定するために、オートファゴソームを染色する色素を用いてオートファジーのフラックスをモニタリングする。小分子ベースの色素であるDALGreenはまた、後期オートファジーをモニタリングするためにも用いることができる。プロテアソームおよびオートファジーのマーカーの細胞内の位置およびレベルを、免疫蛍光およびウェスタンブロットを用いてアッセイする（例えば、ｐ６２、ＬＣ３ Ｉ／ＩＩ、プロテアソームサブユニット）。ｐ６２のレベルおよび／または蓄積の増大は、オートファジーおよびプロテアソームの阻害と関連することが観察されており、一方で、ＬＣ３ Ｉ／ＩＩの比は、オートファジー活性に関連することが観察されており、プロテアソームサブユニットの蓄積は、プロテアソームの停止およびユビキチン－プロテアソーム活性の低下と関連することが観察されている。
【0254】
プロテアソームおよびオートファジーの活性を、特定の誘導細胞（例えば、iNeuron、iAstrocyte、iMGL細胞など）において測定して、細胞型のバリエーションを調べる。プロテアソームおよびオートファジーの機能を、細胞が分化して成熟する間、経時的に追跡し、これらの経路が影響を受ける場合に関して情報を提供する。ストレスは、神経変性疾患についてのリスクであり、Ｃ９ ＡＬＳ／ＦＴＤにおけるＲＡＮタンパク質の発現の増大と関連付けられているので、多様なストレス条件下においてプロテアソームおよびオートファジーが、どのようにさらに影響を受けるかを試験する。プロテアソームおよびオートファジー系における変化と関連付けられる細胞における網羅的な効果を理解するために、ＲＮＡｓｅｑ実験を行う。
【0255】
データは、培養神経膠芽腫細胞において、Ｃ９ポリ（ＧＡ）ＲＡＮタンパク質凝集塊は、オートファジーマーカーＬＣ３Ｂおよび２６Ｓプロテアソームサブユニットと共局在することを示す（図５Ａ）。ポリＧＡ ＲＡＮタンパク質の発現は、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞におけるプロテアソーム活性の低下をもたらすことが観察された。これらの異常は、α－ポリＧＡ抗体を用いてポリ（ＧＡ）タンパク質をターゲティングすることによりレスキューされる（図５Ｂ）。これらの結果は、ＧＡ ＲＡＮタンパク質凝集塊が、プロテアソームおよびオートファジー系に関与する重要なタンパク質を隔離し、それによりこれらの系の機能を破壊することを示す。
【0256】
免疫学的オートファジーを活性化することができるトール様受容体ファミリーのメンバーであるＴｏｌｌ様受入体３（ＴＬＲ３）は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）を標的とすることが観察されている。増大したｅＩＦ２αリン酸化は、ｄｓＲＮＡ媒介性のＰＫＲ応答を引き起こす伸長ＲＮＡそれら自体から、ＥＲストレスを引き起こすＲＡＮ凝集塊からもたらされ得る。リピートＲＮＡおよびＲＡＮタンパク質の存在下におけるＰＫＲ、ｅＩＦ２α、ＴＬＲ３およびオートファジーのフラックスをモニタリングすることは、リピート伸長障害におけるオートファジー機能不全および疾患の進行への機械論的な洞察を提供する（図６）。ＴＬＲ３により媒介されるオートファジーはまた、ｓｉＲＮＡおよびＣＲＩＳＰＲ技術を用いてＴＬＲ３をノックダウンまたはノックアウトすることにより、研究することができる。
【0257】
ＲＡＮタンパク質の翻訳は、いくつかの態様において、細胞において、活性の低下または不適切な複合体形成などのプロテアソームおよびオートファジー経路の機能不全をもたらす。プロテアソームおよびオートファジーの機能不全は、特定の細胞の型において検出することができ、一方、ニューロンとグリア細胞とを共培養することにより、破壊が加速し得る。ｄｓＲＮＡは、ＴＬＲ３により認識され、ｅＩＦ２α－ＰＫＲ経路を活性化することが知られているので、オートファジーは、ＡＤにおいて早期に改変され得、これは、経時的に疾患を悪化させるネガティブフィードバックを生じる可能性がある。ポリ（ＧＡ）凝集塊がプロテアソームおよびオートファジーマーカーを隔離するという知見に基づいて、ＲＡＮタンパク質は、プロテアソームおよびオートファジー複合体をＲＡＮタンパク質凝集塊中への隔離により阻害し得る。加えて、ＲＡＮタンパク質の蓄積に起因するＥＲストレス応答は、いくつかの態様において、ｅＩＦ２α－ＰＥＲＫ経路を通してオートファジーの活性化をもたらし得る。
【0258】
例３
この例は、単一のＤＮＡ試料からのリピート伸長変異の単離および遺伝子座特異的なユニークな隣接配列の同定を可能にする方法を記載する。これは、次いで、患者のより大きな群における、疾患に寄与するか否かの直接試験を可能にする。本明細書において記載される、不活化されたクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（clustered regularly interspaced short palindromic repeat）関連タンパク質９（ｄＣａｓ９）を利用する方法は、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）中にＡＧＧ、ＴＧＧ、ＣＧＧまたはＧＧＧ（ＮＧＧ）配列を含むリピートモチーフを有するマイクロサテライト伸長変異をプルダウンすることが観察された。この方法は、本明細書において、Ｃａｓ９ベースのリピート濃縮および検出（Cas9-based repeat enrichment and detection：dCas9READ）として言及される。
この例は、単一のＤＮＡ試料からのリピート伸長変異の単離および遺伝子座特異的なユニークな隣接配列の同定を可能にする方法を記載する。これは、次いで、患者のより大きな群における、疾患に寄与するか否かの直接試験を可能にする。本明細書において記載される、不活化されたクラスター化して規則的な配置の短い回文配列リピート（clustered regularly interspaced short palindromic repeat）関連タンパク質９（ｄＣａｓ９）を利用する方法は、プロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）中にＡＧＧ、ＴＧＧ、ＣＧＧまたはＧＧＧ（ＮＧＧ）配列を含むリピートモチーフを有するマイクロサテライト伸長変異をプルダウンすることが観察された。この方法は、本明細書において、Ｃａｓ９ベースのリピート濃縮および検出（Cas9-based repeat enrichment and detection：dCas9READ）として言及される。
【0259】
リピート伸長変異は、従来のシークエンシング技術を用いては検出することが難しい。本明細書において示されるのは、ｓｇＲＮＡおよびｄＣａｓ９を利用して、ＮＧＧプロトスペーサー隣接モチーフ（ＰＡＭ）（例えば、ＡＬＳ／ＦＴＤにおけるＧＧＧＧＣＣおよびＤＭ２におけるＣＣＴＧ）ならびにそれらのユニークな隣接配列ならびに非ＮＧＧ ＰＡＭを含むリピート伸長を濃縮および検出する、新規アッセイ（ｄＣａｓ９ＲＥＡＤ）である（図８）。非ＮＧＧ ＰＡＭを含有するリピートとして、ＣＡＧおよびＣＴＧリピートが挙げられる。本明細書において開示されるようなアッセイは、非ＮＧＧ ＰＡＭを有する配列を含む複数のリピート伸長を同時に同定し、対応する正常なアレルよりも４０～５０リピート長いリピート伸長の同定を可能にする。ＤＭ１、ＤＭ２およびＡＬＳ／ＦＴＤにおいて見出される非常に長い非コード伸長とは対照的に、脊髄小脳変性症およびハンチントン病におけるＣＡＧ伸長は、しばしば、正常なリピート範囲よりもわずかに長い（１０～１００リピート）だけである。したがって、これらの新規リピートプルダウン技術は、新規の伸長変異の同定を促進し、それにより、ＲＡＮタンパク質関連疾患の診断および最終的な処置を補助する。ｄＣａｓ９ＲＥＡＤの基礎は、リピート伸長変異は、より短いリピートと比較して、シングルガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）－ｄＣａｓ９複合体が会合するためにより多くの結合部位を提供するという原理の上で働く（図７）。伸長を含むＤＮＡのビオチン－ストレプトアビジンプルダウンの後で、伸長が濃縮されたゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）の次世代シークエンシング（ＮＧＳ）を用いて、リピート伸長および対応する隣接配列の両方を同定した。ユニークな隣接配列および候補のリピート伸長変異の同定は、推定の疾患を引き起こす変異としての特定のリピートのＰＣＲおよびサザンブロット試験を可能にする。従来のプルダウン法と比較して、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤは、標的ＤＮＡを変性することを必要とすることなく、ｓｇＲＮＡ－ｄＣａｓ９－ＤＮＡ複合体の迅速な結合動態学および高い安定性を提供する。
【0260】
ｄＣａｓ９ＲＥＡＤのプロトコルは、Ｃ９ｏｒｆ７２ ＡＬＳ／ＦＴＤおよび２型筋強直性ジストロフィー（ＤＭ２）患者からのヒトゲノムＤＮＡを用いて行った。Streptococcus pyogenesのｄＣａｓ９（ｓｐｄＣａｓ９）を用いて、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤは、Ｃ９ＡＬＳ／ＦＴＤ Ｇ４Ｃ２およびＤＭ２ ＣＣＴＧリピート伸長ＤＮＡの両方を、伸長陰性の対照と比較して４～６倍首尾よく濃縮したことが示される（図８Ａおよび図８Ｂ）。バイオインフォマティクスと組み合わせたこの濃縮は、これらの伸長変異およびそれらの対応するユニークな隣接ＤＮＡ配列の明確な同定を可能にした。
【0261】
Ｇ４Ｃ２ ｓｇＲＮＡを用いずに行われたさらなる対照実験は、Ｃ９ ＡＬＳ／ＦＴＤ遺伝子座の類似の濃縮を示さなかった。このことは、プルダウンの特異性が、リピート含有ガイドＲＮＡにより決定されることを示している（図８Ａ）。Ｃ９およびＤＭ２ ＤＮＡ試料から濃縮されたＧＧＧＧＣＣおよびＣＣＴＧリピートの次世代シークエンシングは、伸長したＣ９ｏｒｆ７２およびＤＭ２リピートを有する試料において、陰性対照と比較して、総読み値数の著しい増大を示した（図８Ｃおよび図８Ｄ）。重要なことに、濃縮の位置づけを、濃縮された試料における、濃縮されていない試料と比較した、選択されたリピート領域（例えばＧ４Ｃ２）の周囲の２～４ｋｂの領域の総読み値の比率として報告するＮＧＳデータは、Ｃ９ｏｒｆ７２遺伝子座が最も高い濃縮スコアを有することを示した。これらのデータは、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤが、ヒトゲノムにおける伸長変異の位置の事前の知識を用いずに、リピート伸長遺伝子座および個々のリピート伸長の周囲のユニークな隣接配列を同定することができることを示す。
【0262】
例４
この例は、未知の遺伝病因学の神経変性疾患を有する患者のゲノムＤＮＡから直接的にリピート伸長変異を単離するための、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤの適用を記載する。リピート伸長遺伝子座における隣接配列を同定することにより、疾患における特定の伸長変異の役割の直接試験が可能になる。抗ＲＡＮタンパク質抗体のサブセットを用いて、ＡＤ脳におけるＲＡＮタンパク質蓄積を同定した（図９Ａ）。これらの実験のために、６０歳より後に臨床的特徴の発症を有した（遅発型）１２０のＡＤの症例、および３０の年齢が一致する対照からの、固定および凍結した脳組織をスクリーニングした。初期のイムノブロットスクリーニングは、グリシン－アルギニン（α－ＧＲ）に対する抗体（すなわち、抗ＧＲ）、プロリン－アルギニン（α－ＰＲ）に対する抗体（すなわち、抗ＰＲ）、グリシン－アラニン（α－ＧＡ）に対する抗体（すなわち、抗ＧＡ）、グリシン－プロリン（α－ＧＰ）に対する抗体（すなわち、抗ＧＰ）、およびセリン（α－Ｓｅｒ）に対する抗体（すなわち、抗Ｓｅｒ）抗体を用いて、ＡＤ症例において、対照のケースと比較して、より高いシグナルを示した。初期の不溶性タンパク質のドットブロットスクリーニングは、これらの抗体のうちの少なくとも１つからの陽性シグナルは、ＡＤ症例（１２０のうちの２１または１７．５％）において、神経性疾患を有しない年齢が一致する対照（３０のうちの１または３．３％）と比較して、より高い頻度において見出されることを示した。α－ＧＲ染色を示す代表的なドットブロット画像およびシグナル定量を、図９Ｂにおいて示す。
この例は、未知の遺伝病因学の神経変性疾患を有する患者のゲノムＤＮＡから直接的にリピート伸長変異を単離するための、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤの適用を記載する。リピート伸長遺伝子座における隣接配列を同定することにより、疾患における特定の伸長変異の役割の直接試験が可能になる。抗ＲＡＮタンパク質抗体のサブセットを用いて、ＡＤ脳におけるＲＡＮタンパク質蓄積を同定した（図９Ａ）。これらの実験のために、６０歳より後に臨床的特徴の発症を有した（遅発型）１２０のＡＤの症例、および３０の年齢が一致する対照からの、固定および凍結した脳組織をスクリーニングした。初期のイムノブロットスクリーニングは、グリシン－アルギニン（α－ＧＲ）に対する抗体（すなわち、抗ＧＲ）、プロリン－アルギニン（α－ＰＲ）に対する抗体（すなわち、抗ＰＲ）、グリシン－アラニン（α－ＧＡ）に対する抗体（すなわち、抗ＧＡ）、グリシン－プロリン（α－ＧＰ）に対する抗体（すなわち、抗ＧＰ）、およびセリン（α－Ｓｅｒ）に対する抗体（すなわち、抗Ｓｅｒ）抗体を用いて、ＡＤ症例において、対照のケースと比較して、より高いシグナルを示した。初期の不溶性タンパク質のドットブロットスクリーニングは、これらの抗体のうちの少なくとも１つからの陽性シグナルは、ＡＤ症例（１２０のうちの２１または１７．５％）において、神経性疾患を有しない年齢が一致する対照（３０のうちの１または３．３％）と比較して、より高い頻度において見出されることを示した。α－ＧＲ染色を示す代表的なドットブロット画像およびシグナル定量を、図９Ｂにおいて示す。
【0263】
ドットブロットによりα－ＧＲまたはα－ＰＲ染色について陽性であったＡＤ症例からの海馬切片に対して行われた免疫組織化学的（ＩＨＣ）研究は、ＧＲまたはＰＲ凝集塊について強力な核周囲のＲＡＮ陽性染色を示し（図９Ｃ）、年齢が一致する健康な対照または疾患対照においては、染色は存在しないか最小限であった（例えば、図９Ｄ）。細胞内のＧＲおよびＰＲ凝集塊は、ＡＤにおいて典型的に見出される細胞外Ａβプラークまたは細胞内ｐ－タウのタングル（tangle）またはｐＴＤＰ４３の染色とは類似しない（図９Ｃ）。ｐ－タウとＰＲまたはＧＲとの二重標識ＩＨＣは、これらのＲＡＮタンパク質およびｐ－タウの細胞内蓄積のパターンが区別し得ることをさらに示す。ＧＦＰ－タウおよび／またはＧＲ６０もしくはＰＲ６０タンパク質を過剰発現する細胞に対する対照ＩＦ実験は、α－ＧＲおよびα－ＰＲ抗体は、それらの細胞内ＲＡＮタンパク質標的を認識する（図９Ｃ）が、ＧＦＰ－タウは認識しない（図９Ｅ～９Ｇ）ことを示す。これらのデータは、ＲＡＮタンパク質の染色は、この初期のコホートにおけるＡＤ症例のうちの１７．５％において存在すること、ならびに、ＲＡＮタンパク質は、Ａβプラーク、ｐ－タウのタングルおよびｐ－ＴＤＰ４３を含むＡＤと典型的に関連する染色とは区別し得るパターンにおいて蓄積することを示す。
【0264】
α－ＧＲ、α－ＧＡまたはα－ＧＰ、ＧＣリッチＤＮＡに対して特異的なプローブを用いて、リピート伸長ＲＮＡを検出した。リピートを含有するＣＣＣＣＧＧ（配列番号７１）またはＣＣＣＣＧＴ（配列番号５９）プローブによる蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）は、ドットブロットスクリーニングによりα－ＧＲ、α－ＧＡまたはα－ＧＰ抗体について高いシグナルを示したＡＤ症例のサブセットにおいて、点状のＲＮＡ凝集体（図１０Ａ）を検出したが、これらの抗体について陰性であったＡＤ症例においては、検出しなかった。
【0265】
リピート伸長変異から生成されるリピート含有トランスクリプトはまた、ＲＮＡ Ｇ－四重鎖およびミスマッチを含むヘアピン構造から構成される二次構造を形成することができる。ｄｓＲＮＡが、ＲＡＮ陽性のＡＤ症例において蓄積するか否かを調べるために、α－ｄｓＲＮＡ抗体を用いて、固定された脳組織を染色した。初期のデータは、ＲＡＮ陽性ＡＤ症例の海馬において、非神経性疾患の対照、および小さなＣＡＧリピート伸長変異により引き起こされるＳＣＡのパネルを含む疾患の対照と比較して、ｄｓＲＮＡシグナルの増大を示す（図１０Ｂ）。ＲＮＡｓｅ Ａ処置は、α－ｄｓＲＮＡの染色を著しく減少させ、このことは、この抗体が、二本鎖ＲＮＡを特異的に染色するという概念を支持する（図１０Ｃ）。
【0266】
この例において記載されるデータは、ＡＤ脳においてＲＡＮタンパク質凝集塊の蓄積をもたらすリピート伸長を同定するための方法を強調する（図１１）。ＲＡＮタンパク質リピートモチーフに対する抗体はまた、ヒトＡＤ剖検脳をＲＡＮ凝集塊についてスクリーニングするために用いられる。ＲＡＮタンパク質凝集塊をコードする配列は、ｄＣａｓ９ＲＥＡＤを用いるリピートの濃縮および同定のためのｓｇＲＮＡを設計するための配列の情報を提供するであろう特定のＲＮＡ凝集体シグナルを同定する蛍光in situハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）プローブを設計するために用いられる。
【0267】
例５
この例は、抗ＲＡＮ抗体の作製を記載する。対象にペプチドリピート含有抗原を注射することにより、表９において記載されるＲＡＮタンパク質領域に対する抗体を生成した。組み換えタンパク質を発現する遺伝子導入された細胞において抗体を検証する免疫蛍光データは、図１３Ａ～１３Ｅにおいて示すとおりに得た。
この例は、抗ＲＡＮ抗体の作製を記載する。対象にペプチドリピート含有抗原を注射することにより、表９において記載されるＲＡＮタンパク質領域に対する抗体を生成した。組み換えタンパク質を発現する遺伝子導入された細胞において抗体を検証する免疫蛍光データは、図１３Ａ～１３Ｅにおいて示すとおりに得た。
【0268】
表９－標的ＲＡＮタンパク質領域に対して作成された抗体
【表F-1】
【表F-2】
【0269】
均等物
いくつかの発明の態様は、本明細書において記載および説明されてきたが、一方で、当業者は、本明細書において記載される機能を行うか、ならびに／または結果および／もしくは利点の１つ以上を得るための、多様な他の手段および／または構造を、容易に想起することができるであろう。かかるバリエーションおよび／または修飾の各々は、本明細書において記載される発明の態様の範囲内であるとみなされる。より一般的に、当業者は、本明細書において記載される全てのパラメーター、寸法、材料および立体配置は例示的であることを意図されること、ならびに、実際のパラメーター、寸法、材料および／または体配置は、そのために発明の技術が用いられる特定の適用に依存するであろうことを、容易に理解するであろう。当業者は、本明細書において記載される特定の発明の態様に対する多くの均等物を認識するか、慣用的な実験のみを用いてこれを確認することができるであろう。したがって、前述の態様は単に例として提示されること、および添付の請求の範囲およびそれに対する均等物の範囲内において、発明の態様は、具体的に記載され請求されるものとは異なる方法で実施してもよいことが、理解されるべきである。本開示の発明の態様は、本明細書において記載される各々の個々の特徴、系、物品、材料、キット、および／または方法に向けられる。加えて、２つ以上のかかる特徴、系、物品、材料、キット、および／または方法の任意の組み合わせは、かかる特徴、系、物品、材料、キット、および／または方法が互いに相反しない場合には、本開示の発明の範囲内に含まれる。
いくつかの発明の態様は、本明細書において記載および説明されてきたが、一方で、当業者は、本明細書において記載される機能を行うか、ならびに／または結果および／もしくは利点の１つ以上を得るための、多様な他の手段および／または構造を、容易に想起することができるであろう。かかるバリエーションおよび／または修飾の各々は、本明細書において記載される発明の態様の範囲内であるとみなされる。より一般的に、当業者は、本明細書において記載される全てのパラメーター、寸法、材料および立体配置は例示的であることを意図されること、ならびに、実際のパラメーター、寸法、材料および／または体配置は、そのために発明の技術が用いられる特定の適用に依存するであろうことを、容易に理解するであろう。当業者は、本明細書において記載される特定の発明の態様に対する多くの均等物を認識するか、慣用的な実験のみを用いてこれを確認することができるであろう。したがって、前述の態様は単に例として提示されること、および添付の請求の範囲およびそれに対する均等物の範囲内において、発明の態様は、具体的に記載され請求されるものとは異なる方法で実施してもよいことが、理解されるべきである。本開示の発明の態様は、本明細書において記載される各々の個々の特徴、系、物品、材料、キット、および／または方法に向けられる。加えて、２つ以上のかかる特徴、系、物品、材料、キット、および／または方法の任意の組み合わせは、かかる特徴、系、物品、材料、キット、および／または方法が互いに相反しない場合には、本開示の発明の範囲内に含まれる。
【0270】
全ての定義は、本明細書において定義されて用いられる場合、辞書の定義、参考として援用される文書における定義、および／または定義される用語の通常の意味に対して優先される。
本明細書において開示される全ての参考文献、特許および特許出願は、各々がそれについて引用される主題に関して参考として援用され、これは、いくつかの場合においては、当該文書の全体を包含してもよい。
不定冠詞「a」および「an」は、本明細書において、および請求の範囲において用いられる場合、反対であることが明らかに示されない限り、「少なくとも１つ」を意味するものと理解されるべきである。
本明細書において開示される全ての参考文献、特許および特許出願は、各々がそれについて引用される主題に関して参考として援用され、これは、いくつかの場合においては、当該文書の全体を包含してもよい。
不定冠詞「a」および「an」は、本明細書において、および請求の範囲において用いられる場合、反対であることが明らかに示されない限り、「少なくとも１つ」を意味するものと理解されるべきである。
【0271】
句「および／または（and/or）」は、本明細書において、および請求の範囲において用いられる場合、そのように結合された要素のうちの「いずれかまたは両方」、すなわち、いくつかの場合においては接続的に存在し、他の場合においては離接的に存在する要素を意味するものと理解されるべきである。「および／または」により列記される複数の要素は、同じ様式、すなわち、そのように結合された要素のうちの「１つ以上」において解釈されるべきである。他の要素は、「および／または」節により特に同定された要素の他に、特定の同定されたそれらの要素に関係するか無関係であるかにかかわらず、任意に存在してもよい。したがって、非限定的な例として、「Ａおよび／またはＢ」への言及は、「含むこと（comprising）」などのオープンエンドの語法により合わせて用いられる場合、一態様においては、Ａのみ（任意にＢ以外の要素を含む）；別の態様においては、Ｂのみ（任意にＡ以外の要素を含む）；さらに別の態様においては、ＡおよびＢの両方（任意に他の要素を含む）；などを指す。
【0272】
ここで、明細書において、および請求の範囲において用いられる場合、「または（or）」は、上で定義されるような「および／または」と同じ意味を有するものと理解されるべきである。例えば、リスト中で項目を分離している場合、「または」または「および／または」は、包括的（inclusive）である、すなわち、少なくとも１つの包含として解釈されるべきであるが、また、多くの要素または要素のリストのうちの１つより多く、および任意に、さらなる列記されていない項目をも含むものとして解釈されるべきである。逆であることが明らかに示される用語のみ、例えば、「～のうちの１つのみ（only one of）」または「～のうちの正確に１つ（exactly one of）」、または、請求の範囲において用いられる場合、「～からなる（consisting of）」が、多くの要素または要素のリストのうちの正確に１つの包含を指すであろう。一般的に、用語「または」は、本明細書において用いられる場合、「いずれか（either）」、「～のうちの１つ（one of）」、「～のうちの１つのみ（only one of）」、または「～のうちの正確に１つ（exactly one of）」などの排他性の用語に先行される場合には、排他的な選択肢を示すものとしてのみ解釈されるべきである（すなわち、「一方または他方であるが、両方ではない（one or the other but not both）」）。「～から本質的になる（consisting essentially of）」とは、請求の範囲において用いられる場合、特許法の分野において用いられるその通常の意味を有するべきである。
【0273】
ここで、明細書において、および請求の範囲において用いられる場合、１つ以上の要素のリストを参照した句「少なくとも１つ」は、要素のリスト中の要素のうちのいずれか１つ以上から選択される、少なくとも１つの要素を意味するが、要素のリスト中に特に列記される各々および全ての要素のうちの少なくとも１つを必ずしも含まず、要素のリスト中の要素の任意の組み合わせを除外するものではないことが理解されるべきである。この定義はまた、要素が、句「少なくとも１つ」が言及する要素のリスト中に特に同定された要素の他にも、特に同定されたそれらの要素に関係するか無関係であるかにかかわらず、任意に存在してもよいことを可能にする。したがって、非限定的な例として、「ＡおよびＢのうちの少なくとも１つ」（または同等に「ＡまたはＢのうちの少なくとも１つ」、または同等に「Ａおよび／またはＢのうちの少なくとも１つ」）は、一態様においては、少なくとも１つを指すことができ、これは任意に、１つより多く、Ａ（Ｂは存在しない）（および任意にＢ以外の要素を含む）を含む；別の態様においては、少なくとも１つを指すことができ、これは任意に、１つより多く、Ｂ（Ａは存在しない）（および任意にＡ以外の要素を含む）を含む；さらに別の態様においては、少なくとも１つを指すことができ、これは任意に、１つより多く、Ａ、および少なくとも１つ、任意に、１つより多く、Ｂ（および任意の他の要素を含む）を含む；など。
【0274】
逆であることが明らかに示されない限り、本明細書において請求される任意の方法であって、１つより多くのステップまたは行為を含むものにおいて、当該方法のステップまたは行為の順序は、必ずしも、当該方法のステップまたは行為が記述される順序に限定されない。
【0275】
請求の範囲において、ならびに上の明細書において、「含む（comprising）」、「含む（including）」、「担持する（carrying）」、「有する（having）」、「含む（containing）」、「含む（involving）」、「保持する（holding）」、「～から構成される（composed of）」などの全ての移行句は、オープンエンドである、すなわち、それを含むがそれに限定されないことを意味するものと理解されるべきである。米国特許庁特許審査便覧（Manual of Patent Examining Procedures）、セクション２１１１．０３において記載されるとおり、移行句「～からなる（consisting of）」および「～から本質的になる（consisting essentially of）」のみが、それぞれクローズまたはセミクローズの移行句であるべきである。オープンエンドの移行句（例えば「含む（comprising）」）を用いて本文書において記載される態様はまた、代替的な態様においては、オープンエンドの移行句により記載される特徴「からなる（consisting of）」および「から本質的になる（consisting essentially of）」ことを企図されることが、理解されるべきである。例えば、本開示が「ＡおよびＢを含む組成物」を記載する場合、本開示はまた、「ＡおよびＢからなる組成物」および「ＡおよびＢから本質的になる組成物」を企図する。
【図1A-B】
【図1C】
【図2A】
【図2B】
【図2C】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図4】
【図5A】
【図5B】
【図6】
【図7】
【図8A】
【図8B】
【図8C】
【図8D】
【図9A-B】
【図9C】
【図9D-E】
【図9F】
【図9G】
【図10A】
【図10B】
【図10C】
【図11】
【図12】
【図13A】
【図13B】
【図13C】
【図13D-E】
【配列表】