▶ フラッグシップ パイオニアリング イノベーションズ シックス，エルエルシーの特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-08-15
(54)【発明の名称】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を標的とする抗原結合分子
(51)【国際特許分類】
C12N 15/62 20060101AFI20230807BHJP
C07K 16/10 20060101ALI20230807BHJP
C07K 16/46 20060101ALI20230807BHJP
C12N 15/13 20060101ALI20230807BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20230807BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20230807BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20230807BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20230807BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20230807BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20230807BHJP
A61K 47/68 20170101ALI20230807BHJP
A61K 51/10 20060101ALI20230807BHJP
A61K 47/60 20170101ALI20230807BHJP
A61K 47/54 20170101ALI20230807BHJP
A61K 47/59 20170101ALI20230807BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20230807BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20230807BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20230807BHJP
A61K 31/713 20060101ALI20230807BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20230807BHJP
A61K 31/7088 20060101ALI20230807BHJP
A61K 31/215 20060101ALI20230807BHJP
A61K 31/13 20060101ALI20230807BHJP
A61K 31/7052 20060101ALI20230807BHJP
A61K 31/4706 20060101ALI20230807BHJP
A61K 39/00 20060101ALI20230807BHJP
【ＦＩ】
C12N15/62 Z
C07K16/10 ZNA
C07K16/46
C12N15/13
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
A61K39/395 Y
A61K47/68
A61K51/10 200
A61K47/60
A61K47/54
A61K47/59
A61P31/14
A61K45/00
A61P43/00 121
A61K39/395 N
A61K31/713
A61K48/00
A61K31/7088
A61K31/215
A61K31/13
A61K31/7052
A61K31/4706
A61K39/00 H
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023500328
(86)(22)【出願日】2021-07-06
(85)【翻訳文提出日】2023-03-01
(86)【国際出願番号】 US2021040533
(87)【国際公開番号】W WO2022010912
(87)【国際公開日】2022-01-13
(31)【優先権主張番号】63/070,038
(32)【優先日】2020-08-25
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/048,588
(32)【優先日】2020-07-06
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＴＷＥＥＮ
(71)【出願人】
【識別番号】520445473
【氏名又は名称】フラッグシップ パイオニアリング イノベーションズ シックス，エルエルシー
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】グリゴリアン， ゲボルグ
(72)【発明者】
【氏名】イングラハム， ジョン
(72)【発明者】
【氏名】レオン， チュク ルン
(72)【発明者】
【氏名】フェダーマン， ロス スティーブン
(72)【発明者】
【氏名】グリーン， ロビン ジェフリー
(72)【発明者】
【氏名】シュエ， ヴィンセント
(72)【発明者】
【氏名】マッケンジー， クレイグ オーウェン
【テーマコード（参考）】
4B065
4C076
4C084
4C085
4C086
4C206
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B065AA90X
4B065AA90Y
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA25
4B065CA44
4C076AA09
4C076AA65
4C076AA95
4C076CC35
4C076CC41
4C076DD41
4C076EE23
4C076EE24
4C076EE41
4C076EE59
4C076FF70
4C084AA13
4C084AA19
4C084NA13
4C084NA14
4C084ZB33
4C084ZC75
4C085AA03
4C085AA25
4C085BB11
4C085EE01
4C085EE03
4C085HH03
4C085KA03
4C086AA01
4C086AA02
4C086BC28
4C086EA12
4C086EA16
4C086MA01
4C086MA02
4C086MA04
4C086NA14
4C086ZB33
4C086ZC75
4C206AA01
4C206AA02
4C206FA29
4C206MA01
4C206MA02
4C206MA04
4C206NA14
4C206ZB33
4C206ZC75
4H045AA11
4H045AA30
4H045BA10
4H045BA41
4H045BA72
4H045CA40
4H045DA76
4H045EA20
4H045FA74
(57)【要約】
本発明は、様々な実施形態において、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）のスパイク糖タンパク質に特異的に結合するポリペプチドを提供する。本発明はまた、様々な実施形態において、１つ以上のポリペプチドを含む融合タンパク質、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリペプチドを発現するのに適したベクター及び宿主細胞、並びにウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）を処置するための方法も提供する。
【特許請求の範囲】
【請求項1】
配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一であるパラトープを含む、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）に特異的に結合するポリペプチド。
【請求項2】
免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）及び免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、請求項１に記載のポリペプチド。
【請求項3】
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４又は配列番号４５の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）、及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）と同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）；並びにｂ）配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＬＣＤＲ２）、及び軽鎖相補性決定領域３（ＬＣＤＲ３）と同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）
を含む、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）に特異的に結合するポリペプチド。
【請求項4】
配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３、並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、請求項３に記載のポリペプチド。
【請求項5】
配列番号４及び配列番号１３；配列番号５及び配列番号１３；
配列番号６及び配列番号１３；
配列番号７及び配列番号１４；
配列番号８及び配列番号１５；
配列番号９及び配列番号１３；
配列番号１０及び配列番号１３；
配列番号４１及び配列番号１３；
配列番号４２及び配列番号１３；
配列番号４３及び配列番号４７；
配列番号４４及び配列番号４８；又は
配列番号４５及び配列番号４９；
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む、請求項３又は４に記載のポリペプチド。
【請求項6】
配列番号２を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、Ｘ１は、Ｔでないか；
Ｘ２は、Ｒでないか；
Ｘ３は、Ｓでないか；
Ｘ４は、Ｔでないか；
Ｘ５は、Ｔでないか；
Ｘ６は、Ｌでないか；
Ｘ７は、Ｌでないか；
Ｘ８は、Ｒでないか；
Ｘ９は、Ｔでないか；
Ｘ１０は、Ｌでないか；又は
Ｘ１１は、Ｙでないか、
又は前述の任意の組み合わせである、ポリペプチド。
【請求項7】
配列番号１１を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）をさらに含む、請求項６に記載のポリペプチドであって、Ｘ１２は、Ｓでないか；
Ｘ１３は、Ｌでないか；又は
Ｘ１４は、Ｖでないか；
又は前述の任意の組み合わせである、ポリペプチド。
【請求項8】
配列番号２を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、Ｘ１は、Ｔ又はＳであるか；
Ｘ２は、Ｒ又はＷであるか；
Ｘ３は、Ｓ又はＧであるか；
Ｘ４は、Ｔ、Ｑ又はＮであるか；
Ｘ５は、Ｔ又はＫであるか；
Ｘ６は、Ｌ又はＫであるか；
Ｘ７は、Ｌ又はＴであるか；
Ｘ８は、Ｒ又はＮであるか；
Ｘ９は、Ｔ又はＳであるか；
Ｘ１０は、Ｌ又はＦであるか；又は
Ｘ１１は、Ｙ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである、ポリペプチド。
【請求項9】
Ｘ１は、Ｓであるか；Ｘ２は、Ｗであるか；
Ｘ３は、Ｇであるか；
Ｘ４は、Ｑ又はＮであるか；
Ｘ５は、Ｋであるか；
Ｘ６は、Ｋであるか；
Ｘ７は、Ｔであるか；
Ｘ８は、Ｎであるか；
Ｘ９は、Ｓであるか；
Ｘ１０は、Ｆであるか；又は
Ｘ１１は、Ｖであるか、
又は前述の任意の組み合わせである、請求項８に記載のポリペプチド。
【請求項10】
配列番号１１を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）をさらに含む、請求項６に記載のポリペプチドであって、Ｘ１２は、Ｓ又はＧであるか；
Ｘ１３は、Ｌ又はＱであるか；又は
Ｘ１４は、Ｖ又はＬであるか、
又は前述の任意の組み合わせである、ポリペプチド。
【請求項11】
Ｘ１２は、Ｇであるか；Ｘ１３は、Ｑであるか；又は
Ｘ１４は、Ｌであるか、
又は前述の任意の組み合わせである、請求項１０に記載のポリペプチド。
【請求項12】
前記ＶＨが、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１又は配列番号４２の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）、及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）と同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含む、請求項６～１１のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項13】
前記ＶＬが、配列番号１３、配列番号１４又は配列番号１５の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＬＣＤＲ２）、及び軽鎖相補性決定領域３（ＬＣＤＲ３）と同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３を含む、請求項６～１２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項14】
配列番号４６を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）を含む、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、Ｘ１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２は、Ｐ又はＳであるか；
Ｘ３は、Ａ又はＥであるか；
Ｘ４は、Ｌ又はＶであるか；
Ｘ５は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ７は、Ａ又はＭであるか；
Ｘ８は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ９は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ１０は、Ｎ、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１１は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ１２は、Ｐ又はＱであるか；
Ｘ１３は、Ｋ又はＳであるか；
Ｘ１４は、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１５は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ１６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ１７は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ１８は、Ｋ又はＴであるか；
Ｘ１９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ２０は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ２１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２２は、Ｌ又はＷであるか；
Ｘ２３は、Ｎ又はＳであるか；
Ｘ２４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ２５は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ２６は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ２７は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ２８は、Ｍ又はＶであるか；
Ｘ２９は、Ｆ又はＹであるか；
Ｘ３０は、Ｎ又はＲであるか；又は
Ｘ３１は、Ｖ又はＹであるか、
又は前述の任意の組み合わせである、ポリペプチド。
【請求項15】
配列番号５０を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）をさらに含む、請求項１４に記載のポリペプチドであって、Ｘ３２は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ３３は、Ｑ又はＶであるか；
Ｘ３４は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ３５は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ３６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ３７は、Ａ又はＬであるか；
Ｘ３８は、Ｐ又はＶであるか；
Ｘ３９は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ４０は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ４１は、Ｉ又はＬであるか；
Ｘ４２は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ４３は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４４は、Ａ、Ｎ、又はＳであるか；
Ｘ４５は、Ｌ又はＹであるか；
Ｘ４６は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４７は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ４８は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ４９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５０は、Ａ又はＱであるか；
Ｘ５１は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５２は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ５３は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ５４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ５５は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ５６は、Ｔ又はＶであるか；
Ｘ５７は、Ｌ又はＱであるか；又は
Ｘ５８は、Ｌ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである、ポリペプチド。
【請求項16】
前記ポリペプチドが、配列番号４／配列番号１３、配列番号５／配列番号１３、配列番号６／配列番号１３、配列番号７／配列番号１４、配列番号８／配列番号１５、配列番号９／配列番号１３、配列番号１０／配列番号１３、配列番号４１／配列番号１３、配列番号４２／配列番号１３、配列番号４３／配列番号４７、配列番号４４／配列番号４８又は配列番号４５／配列番号４９から選択されるＶＨ／ＶＬの組み合わせのパラトープと同一であるパラトープを含む、請求項６～１５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項17】
前記ＶＨが、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４若しくは配列番号４５、又は前述の組み合わせと少なくとも約８５％同一である、請求項２～１６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項18】
前記ＶＨが、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４若しくは配列番号４５、又は前述の組み合わせに対して約１～１０個のアミノ酸置換を含む、請求項２～１７のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項19】
前記ＶＬが、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８若しくは配列番号４９、又は前述の組み合わせと少なくとも８５％同一である、請求項２～１８のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項20】
前記ＶＬが、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８若しくは配列番号４９、又は前述の組み合わせに対して約１～１０個のアミノ酸置換を含む、請求項２～１９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項21】
前記アミノ酸置換が、保存的置換である、請求項１８又は２０に記載のポリペプチド。
【請求項22】
前記アミノ酸置換が、高度に保存的な置換である、請求項２１に記載のポリペプチド。
【請求項23】
ａ）前記ＶＨが、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１又は配列番号４２を含み；ｂ）前記ＶＬが、配列番号１３を含む、
請求項２～２２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項24】
ａ）前記ＶＨが、配列番号７を含み；ｂ）前記ＶＬが、配列番号１４を含む、
請求項２～２２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項25】
ａ）前記ＶＨが、配列番号８を含み；ｂ）前記ＶＬが、配列番号１５を含む、
請求項２～２２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項26】
前記ＶＨ及びＶＬが、ヒト化された、ヒトフレームワーク領域を含有する、又はそれらの組み合わせである、請求項２～２５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項27】
ａ）前記ＶＨが、配列番号４３を含み；ｂ）前記ＶＬが、配列番号４７を含む、
請求項２～２２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項28】
ａ）前記ＶＨが、配列番号４４を含み；ｂ）前記ＶＬが、配列番号４８を含む、
請求項２～２２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項29】
ａ）前記ＶＨが、配列番号４５を含み；ｂ）前記ＶＬが、配列番号４９を含む、
請求項２～２２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項30】
前記ポリペプチドが、抗体又はその抗原結合断片である、請求項１～２９のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項31】
前記抗原結合断片が、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、又はＦｖから選択される、請求項３０に記載のポリペプチド。
【請求項32】
抗体重鎖定常領域配列、抗体軽鎖定常領域配列、又は抗体重鎖定常領域配列及び抗体軽鎖定常領域配列の両方をさらに含む、請求項３０に記載のポリペプチド。
【請求項33】
前記抗体重鎖定常領域が、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域及びＩｇＭ定常領域からなる群から選択される、請求項３０に記載のポリペプチド。
【請求項34】
前記抗体重鎖定常領域が、ＩｇＧ１重鎖定常領域である、請求項３３に記載のポリペプチド。
【請求項35】
κ定常領域又はλ定常領域からなる群から選択される抗体軽鎖定常領域をさらに含む、請求項３２～３４のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項36】
前記抗体軽鎖定常領域が、κ軽鎖定常領域である、請求項３５に記載のポリペプチド。
【請求項37】
前記ポリペプチドが、異種部分にコンジュゲートされている、請求項１～３６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項38】
前記異種部分が、治療剤、診断薬、又はそれらの組み合わせである、請求項３７に記載のポリペプチド。
【請求項39】
前記異種部分が、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヘキサデカン酸、ヒドロゲル、脂質ナノ粒子、ポリマーナノ粒子、及び異種ポリペプチド配列、或いはそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項３７に記載のポリペプチド。
【請求項40】
前記ポリマーナノ粒子が、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）を含む、請求項３９に記載のポリペプチド。
【請求項41】
前記異種ポリペプチド配列が、担体ポリペプチドを含む、請求項３７に記載のポリペプチド。
【請求項42】
前記担体ポリペプチドが、アルブミン又はＦｃポリペプチドである、請求項４１に記載のポリペプチド。
【請求項43】
前記ポリペプチドが、ａ）１０μＭ以下のＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合するか；
ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合を低減するか；又は
ｃ）ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低下させるか、
又は前述の任意の組み合わせである、請求項１～４２のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項44】
前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が、Ｔ１９Ｒ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、及びＤ９５０Ｎを含み、任意選択により、Ｇ１４２Ｄをさらに含むバリアントである、請求項４３に記載のポリペプチド。
【請求項45】
前記ポリペプチドが、１００ｎＭ以下のＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する、請求項４３又は４４に記載のポリペプチド。
【請求項46】
前記ポリペプチドが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合を少なくとも約３０％低減する、請求項４３～４５のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項47】
前記ＡＣＥ２が、霊長類ＡＣＥ２である、請求項４３～４６のいずれか一項に記載のポリペプチド。
【請求項48】
前記霊長類ＡＣＥ２が、ヒトＡＣＥ２（ＧｅｎｅＩＤ５９２７２；例示的なタンパク質配列ＮＰ＿００１３５８３４４．１）である、請求項４７に記載のポリペプチド。
【請求項49】
前記霊長類ＡＣＥ２が、チンパンジーＡＣＥ２、マカクＡＣＥ２、カニクイザルＡＣＥ２及びそれらの組み合わせからなる群から選択される非ヒト霊長類ＡＣＥ２である、請求項４７に記載のポリペプチド。
【請求項50】
前記ポリペプチドが、ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を、少なくとも約３０％低減する、請求項４３に記載のポリペプチド。
【請求項51】
請求項１～５０のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む、融合タンパク質。
【請求項52】
請求項１～４４のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項５１に記載の融合タンパク質をコードする配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項53】
請求項５２に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベクター。
【請求項54】
請求項４７に記載のポリヌクレオチド又は請求項５３に記載の発現ベクターを含む、宿主細胞。
【請求項55】
請求項１～５０のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項５４に記載の融合タンパク質を含む、組成物。
【請求項56】
１つ以上の医薬賦形剤、希釈剤、又は担体をさらに含む、請求項５５に記載の組成物。
【請求項57】
有効量の請求項５５又は５６に記載の組成物を対象に投与することを含む、それを必要とする前記対象を処置する方法。
【請求項58】
細胞を、有効量の請求項５５又は５６に記載の組成物と接触させることを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクと対象の前記細胞との間の融合を阻害する方法。
【請求項59】
前記対象が、ＣＯＶＩＤ－１９を有する、請求項５７又５８に記載の方法。
【請求項60】
前記対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を発症するリスクがある、請求項５７又５８に記載の方法。
【請求項61】
前記対象がヒトである、請求項５７～６０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項62】
前記対象が心疾患を有する、請求項５７～６１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項63】
前記心疾患が、うっ血性心疾患、冠動脈疾患、高血圧性心疾患、炎症性心疾患、肺性心疾患、リウマチ性心疾患、心臓弁膜症、心筋症、心不全、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項６２に記載の方法。
【請求項64】
前記心不全が、うっ血性心不全である、請求項６３に記載の方法。
【請求項65】
前記炎症性心疾患が、心内膜炎、心肥大、心筋炎、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項６３に記載の方法。
【請求項66】
前記対象が、糖尿病を有する、請求項５７～６５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項67】
前記対象が肺疾患を有する、請求項５７～６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項68】
前記肺疾患が、急性呼吸窮迫症候群、喘息、気管支炎、ＣＯＰＤ、肺気腫、肺腫瘍、胸膜腔疾患、肺血管疾患、気道感染症、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項６７に記載の方法。
【請求項69】
ａ）前記気道感染症が、上気道感染症、下気道感染症、又は肺炎であるか；ｂ）前記胸膜腔疾患が、胸膜中皮腫又は緊張性気胸であるか；
ｃ）前記肺血管疾患が、塞栓症、浮腫、動脈性高血圧症又は出血であるか；又は
ｄ）それらの組み合わせである、
請求項６８に記載の方法。
【請求項70】
前記対象が、タバコの喫煙者である、請求項５７～６９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項71】
前記対象が、免疫無防備状態である、請求項５７～７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項72】
前記対象が、免疫抑制療法を受けている、請求項７１に記載の方法。
【請求項73】
前記対象が、４０歳以上である、請求項５７～７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項74】
治療有効量の追加の治療剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項５７～７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項75】
前記追加の治療剤が、抗ウイルス剤、ＡＣＥ２阻害剤、追加のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク結合抗体、抗生物質、抗マラリア剤、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７４に記載の方法。
【請求項76】
ａ）前記追加のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク結合抗体が、バムラニビマブ、エテセビマブ、カシリビマブ、イムデビマブ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；ｂ）前記抗ウイルス剤が、オセルタミビル（タミフル）、ファビピラビル、アマンタジン、レムデシビル、リマンタジン、プレコナリル、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するアンチセンスＲＮＡ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するｓｉＲＮＡ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｃ）前記ＡＣＥ２阻害剤が、ＡＣＥ２に対するＲＮＡｉ、ＡＣＥ２に対するｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２のＣＲＩＳＰＲベースの阻害剤、可溶性ＡＣＥ２、可溶性ＡＣＥ２バリアント、抗ＡＣＥ２抗体、及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｄ）前記抗生物質が、アジスロマイシンを含むか；
ｅ）前記抗マラリア剤が、クロロキンを含むか；
ｆ）前記ワクチンが、核酸ワクチン又は不活化ウイルスワクチンであるか；又は
ｇ）それらの組み合わせである、
請求項７５に記載の方法。
【請求項77】
前記ワクチンが、ｍｒｎａ－１２７３、ＢＮＴ１６２、ＩＮＯ－４８００、ＡＺＤ１２２２、Ａｄ５－ｎＣｏＶ、ＰｉＣｏＶａｃｃ、ＮＶＸ－ＣｏＶ２３７３、又はそれらの組み合わせである、請求項７６に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願
本出願は、２０２０年７月６日に出願された米国仮特許出願第６３／０４８，５８８号、及び２０２０年８月２５日に出願された米国仮特許出願第６３／０７０，０３８号の利益を主張する。上記出願の全教示は、参照により本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２０年７月６日に出願された米国仮特許出願第６３／０４８，５８８号、及び２０２０年８月２５日に出願された米国仮特許出願第６３／０７０，０３８号の利益を主張する。上記出願の全教示は、参照により本明細書に組み込まれる。
【0002】
ＡＳＣＩＩテキストファイルの資料の参照による組み込み
本出願には、本明細書と同時に提出される次のＡＳＣＩＩテキストファイルに含まれる配列表が参照により組み込まれる。
ａ）ファイル名：５７０８１００９００２＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ；２０２１年７月２日作成、サイズ５５ＫＢ。
本出願には、本明細書と同時に提出される次のＡＳＣＩＩテキストファイルに含まれる配列表が参照により組み込まれる。
ａ）ファイル名：５７０８１００９００２＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ；２０２１年７月２日作成、サイズ５５ＫＢ。
【背景技術】
【0003】
新規コロナウイルスであるＳＡＲＳ－コロナウイルス－２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）は、最初に中国の武漢で肺炎症例（ＣＯＶＩＤ－１９）のクラスターを引き起こした。２０２０年３月１日の時点で、中国では７９，９６８人の患者がＣＯＶＩＤ－１９の陽性反応を示し、２，８７３人が死亡しており、これは死亡率３．６％（９５％ＣＩ ３．５－３．７）に相当する（Ｂａｕｄ Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．（２０２０））。ただし、この数字は、症候性の患者におけるＣＯＶＩＤ－１９の潜在的脅威を過小評価している可能性がある（同上）。
【0004】
ＣＯＶＩＤ－１９は世界中で急速に広がり、パンデミックを引き起こしている。２０２０年４月２１日に世界保健機関から発表されたコロナウイルス疾患（ＣＯＶＩＤ－２０１９）の状況報告では、２，３９７，２１６人の感染確認及び１６２，９５６人の死亡が報告された。このうち、過去２４時間以内に８３，００６人の新規感染者及び５，１０９人の死亡者が追加された。検疫、隔離、及び感染制御対策は、疾患の蔓延を予防すること、及び病気になった人に対する支持療法に依存している（Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｒｕｂｉｎ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，（２０２０））。
ＣＯＶＩＤ－１９の伝染を予防し、ＣＯＶＩＤ－１９患者を処置するための特定の抗ウイルス治療剤を開発することが緊急に必要とされている。
ＣＯＶＩＤ－１９の伝染を予防し、ＣＯＶＩＤ－１９患者を処置するための特定の抗ウイルス治療剤を開発することが緊急に必要とされている。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0005】
【非特許文献1】Ｂａｕｄ Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．（２０２０）
【非特許文献2】Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｒｕｂｉｎ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，（２０２０）
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0006】
本明細書に開示される発明は、部分的に、本発明のポリペプチドが重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）のスパイク糖タンパク質に特異的に結合するという発見に基づいている。したがって、本発明は、一般に、スパイク（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク）を介したウイルスの細胞への侵入を低減するために有用な組成物（例えば、ポリペプチド、医薬組成物）及び方法に関する。
【0007】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドが本明細書で提供される。一態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一のパラトープを含む。
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一のパラトープを含む。
【0008】
別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４又は配列番号４５の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）、及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）；並びに
ｂ）配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＬＣＤＲ２）、及び軽鎖相補性決定領域３（ＬＣＤＲ３）とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）
を含む。
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４又は配列番号４５の重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）、及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）；並びに
ｂ）配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９の軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＬＣＤＲ２）、及び軽鎖相補性決定領域３（ＬＣＤＲ３）とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）
を含む。
【0009】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３、並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３、並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
【0010】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号１３；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。
ａ）配列番号４及び配列番号１３；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。
【0011】
さらに別の態様において、本発明は、配列番号２を含むＶＨを含むポリペプチドを提供し、ここで、
ａ）Ｘ１は、Ｔでないか；
ｂ）Ｘ２は、Ｒでないか；
ｃ）Ｘ３は、Ｓでないか；
ｄ）Ｘ４は、Ｔでないか；
ｅ）Ｘ５は、Ｔでないか；
ｆ）Ｘ６は、Ｌでないか；
ｇ）Ｘ７は、Ｌでないか；
ｈ）Ｘ８は、Ｒでないか；
ｉ）Ｘ９は、Ｔでないか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｌでないか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｙでないか、
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１は、Ｔでないか；
ｂ）Ｘ２は、Ｒでないか；
ｃ）Ｘ３は、Ｓでないか；
ｄ）Ｘ４は、Ｔでないか；
ｅ）Ｘ５は、Ｔでないか；
ｆ）Ｘ６は、Ｌでないか；
ｇ）Ｘ７は、Ｌでないか；
ｈ）Ｘ８は、Ｒでないか；
ｉ）Ｘ９は、Ｔでないか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｌでないか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｙでないか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0012】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１１を含むＶＬをさらに含み、ここで、
ａ）Ｘ１２は、Ｓでないか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｌでないか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｖでないか；
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１２は、Ｓでないか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｌでないか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｖでないか；
又は前述の任意の組み合わせである。
【0013】
さらに別の態様において、本発明は、配列番号４６を含むＶＨを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２は、Ｐ又はＳであるか；
Ｘ３は、Ａ又はＥであるか；
Ｘ４は、Ｌ又はＶであるか；
Ｘ５は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ７は、Ａ又はＭであるか；
Ｘ８は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ９は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ１０は、Ｎ、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１１は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ１２は、Ｐ又はＱであるか；
Ｘ１３は、Ｋ又はＳであるか；
Ｘ１４は、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１５は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ１６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ１７は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ１８は、Ｋ又はＴであるか；
Ｘ１９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ２０は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ２１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２２は、Ｌ又はＷであるか；
Ｘ２３は、Ｎ又はＳであるか；
Ｘ２４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ２５は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ２６は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ２７は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ２８は、Ｍ又はＶであるか；
Ｘ２９は、Ｆ又はＹであるか；
Ｘ３０は、Ｎ又はＲであるか；又は
Ｘ３１は、Ｖ又はＹであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
Ｘ１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２は、Ｐ又はＳであるか；
Ｘ３は、Ａ又はＥであるか；
Ｘ４は、Ｌ又はＶであるか；
Ｘ５は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ７は、Ａ又はＭであるか；
Ｘ８は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ９は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ１０は、Ｎ、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１１は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ１２は、Ｐ又はＱであるか；
Ｘ１３は、Ｋ又はＳであるか；
Ｘ１４は、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１５は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ１６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ１７は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ１８は、Ｋ又はＴであるか；
Ｘ１９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ２０は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ２１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２２は、Ｌ又はＷであるか；
Ｘ２３は、Ｎ又はＳであるか；
Ｘ２４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ２５は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ２６は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ２７は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ２８は、Ｍ又はＶであるか；
Ｘ２９は、Ｆ又はＹであるか；
Ｘ３０は、Ｎ又はＲであるか；又は
Ｘ３１は、Ｖ又はＹであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0014】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５０を含むＶＬをさらに含み、ここで、
Ｘ３２は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ３３は、Ｑ又はＶであるか；
Ｘ３４は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ３５は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ３６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ３７は、Ａ又はＬであるか；
Ｘ３８は、Ｐ又はＶであるか；
Ｘ３９は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ４０は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ４１は、Ｉ又はＬであるか；
Ｘ４２は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ４３は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４４は、Ａ、Ｎ、又はＳであるか；
Ｘ４５は、Ｌ又はＹであるか；
Ｘ４６は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４７は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ４８は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ４９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５０は、Ａ又はＱであるか；
Ｘ５１は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５２は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ５３は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ５４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ５５は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ５６は、Ｔ又はＶであるか；
Ｘ５７は、Ｌ又はＱであるか；又は
Ｘ５８は、Ｌ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
Ｘ３２は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ３３は、Ｑ又はＶであるか；
Ｘ３４は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ３５は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ３６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ３７は、Ａ又はＬであるか；
Ｘ３８は、Ｐ又はＶであるか；
Ｘ３９は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ４０は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ４１は、Ｉ又はＬであるか；
Ｘ４２は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ４３は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４４は、Ａ、Ｎ、又はＳであるか；
Ｘ４５は、Ｌ又はＹであるか；
Ｘ４６は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４７は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ４８は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ４９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５０は、Ａ又はＱであるか；
Ｘ５１は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５２は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ５３は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ５４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ５５は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ５６は、Ｔ又はＶであるか；
Ｘ５７は、Ｌ又はＱであるか；又は
Ｘ５８は、Ｌ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0015】
別の態様において、本発明は、
ａ）配列番号３と少なくとも７０％同一であるＶＨ配列；
ｂ）配列番号１２と少なくとも７０％同一であるＶＬ配列；又は
ｃ）それらの組み合わせ
を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ＶＨ配列は配列番号３を含まないか、ＶＬ配列は配列番号１２を含まないか、又はその両方である。
ａ）配列番号３と少なくとも７０％同一であるＶＨ配列；
ｂ）配列番号１２と少なくとも７０％同一であるＶＬ配列；又は
ｃ）それらの組み合わせ
を含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ＶＨ配列は配列番号３を含まないか、ＶＬ配列は配列番号１２を含まないか、又はその両方である。
【0016】
いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、融合タンパク質である。
【0017】
他の態様において、本発明は、本明細書に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、そのようなポリヌクレオチドを含むベクター、及びそのようなポリヌクレオチド又はベクターを含む宿主細胞を提供する。
【0018】
別の態様において、本発明は、有効量の本明細書に開示されるポリペプチド又は本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を対象に投与することを含む、それを必要とする対象（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染を有する対象）を処置する方法を提供する。
【0019】
別の態様において、本発明は、細胞を、有効量の本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物と接触させることを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクと細胞（例えば、対象の細胞）との間の融合を阻害する方法、又は本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を提供する。
【0020】
特許又は出願ファイルには、カラーで作成された少なくとも１つの図面が含まれる。カラー図面を含むこの特許又は特許出願公開のコピーは、申請及び必要な手数料の支払いに応じて、特許庁によって提供される。
【0021】
前述の内容は、添付の図面に示されているように、例示的な実施形態の以下のより具体的な説明から明らかであり、同様の参照文字は、異なる表示の全体にわたって同じ部分を参照している。図面は必ずしも原寸に比例しておらず、代わりに実施形態を説明することに重点が置かれている。
【図面の簡単な説明】
【0022】
【図1】ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２スパイク（ＲＢＤ）の受容体結合ドメインのアミノ酸配列を示す。本明細書に開示される参照抗体によって結合されるエピトープ残基は、アスタリスクで示される。
【図2A】本発明のポリペプチドにおいて有用な重鎖可変（ＶＨ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を使用して示される。「＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘｎ（ｎは１～１１の数字）の位置は、アライメントの下部に対応する数字で示される。表１のＶＨコンセンサスＡ（配列番号２）も参照されたい。
【図2B】本発明のポリペプチドにおいて有用な軽鎖可変（ＶＬ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）配列は、太字及び下線を使用して示される。「＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘｎ（ｎは１２～１４の数字）の位置は、アライメントの下部に対応する数字で示される。表１のＶＬコンセンサスＡ（配列番号１１）も参照されたい。
【図3A】本発明のポリペプチドにおいて有用な重鎖可変（ＶＨ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を使用して示される。「＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘｎ（ｎは１～３１の数字）の位置は、アライメントの下部に対応する数字で示される。表１のＶＨコンセンサスＢ（配列番号４６）も参照されたい。
【図3B】本発明のポリペプチドにおいて有用な軽鎖可変（ＶＬ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）配列は、太字及び下線を使用して示される。「＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘｎ（ｎは３２～５８の数字）の位置は、アライメントの下部に対応する数字で示される。表１のＶＬコンセンサスＢ（配列番号５０）も参照されたい。
【図4A】本発明のポリペプチドにおいて有用な重鎖可変（ＶＨ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を使用して示される。「＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘｎ（ｎは１～５５の数字）の位置は、アライメントの下部に対応する数字で示される。
【図4B】本発明のポリペプチドにおいて有用な軽鎖可変（ＶＬ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）配列は、太字及び下線を使用して示される。「＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘｎ（ｎは５６～９４の数字）の位置は、アライメントの下部に対応する数字で示される。
【図5】本発明のポリペプチド（ＡＢ－８、ＩｇＧ）が変異ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２シュードタイプウイルスを中和する能力を示す。バーは、親Ｄ６１４Ｇ－親ウイルスに対する、新たな変異又は欠失を有するシュードタイプウイルスの抗体中和についてのＩＣ５０値の倍率差（ＷＴ－Ｍｕｔａｎｔ）／（ＷＴ）を表す。－２．５から２．５の間の値は、このアッセイでは有意でないと見なされる。
【図6】バイオレイヤー干渉法で測定されたＣＯＶ－２ ＲＢＤに対するヒト化ＩｇＧ１抗体（灰色のバー）及びシード抗体（黒色のバー）の親和性を示す。
【図7】バイオレイヤー干渉法で測定されたＣＯＶ－２ ＲＢＤに対するヒト化ＩｇＧ１抗体（灰色のトレース）及びシード抗体（黒色のトレース）の会合及び解離を示す。
【発明を実施するための形態】
【0023】
例示的な実施形態の説明は以下の通りである。
【0024】
本発明のいくつかの態様を、例示のみを目的として実施例を参照して以下に説明する。本発明の完全な理解を提供するために、多数の具体的な詳細、関係、及び方法が記載されていることを理解されたい。しかし、関連技術の当業者は、本発明が１つ以上の具体的な詳細なしに実施できるか、又は他の方法、プロトコル、試薬、細胞株及び動物で実施できることを容易に認識するであろう。本発明は、示される行為又は事象の順序によって限定されない。いくつかの行為は、異なる順序で、及び／又は他の行為又は事象と同時に発生し得るからである。さらに、本発明による方法論を実行するために、示される行為、ステップ、又は事象の全てを要するわけではない。本明細書に記載又は参照される技術及び手順の多くは、当業者によってよく理解され、従来の方法論を用いて一般的に使用される。
【0025】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するポリペプチド
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ＣＯＶＩＤ－１９の病原体である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質は、ヒト宿主細胞などの宿主細胞へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの侵入を促進するタンパク質である。理論に拘束されるものではないが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、宿主細胞の表面にある侵入受容体（例えば、アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）又は膜貫通型プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２））に結合することによって感染を促進すると考えられる。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク配列の非限定的な例は、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ ＹＰ＿００９７２４３９０（配列番号１）である。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ＣＯＶＩＤ－１９の病原体である。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク、又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質は、ヒト宿主細胞などの宿主細胞へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの侵入を促進するタンパク質である。理論に拘束されるものではないが、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、宿主細胞の表面にある侵入受容体（例えば、アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）又は膜貫通型プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２））に結合することによって感染を促進すると考えられる。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク配列の非限定的な例は、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ ＹＰ＿００９７２４３９０（配列番号１）である。
【化1】
【0026】
本明細書で使用される場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクには、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１）、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質のバリアント、並びに野生型及びバリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の修飾型が含まれる。
【0027】
一態様において、本発明は、配列番号１を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するポリペプチドを提供する。
【0028】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクのバリアントに結合する。いくつかの実施形態において、バリアントは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク配列（例えば、配列番号１）と少なくとも約９０％の配列同一性を有する、例えば、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク配列と少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、配列同一性は、約９０～９９．９％、９０～９９．８％、９２～９９．８％、９２～９９．６％、９４～９９．６％、９４～９９．５％、９５～９９．５％、９５～９９．４％、９６～９９．４％、９６～９９．２％、９７～９９．２％又は９７～９９％である。
【0029】
いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、配列番号１に対して、Ｌ５Ｆ、Ｓ１３Ｉ、Ｔ１９Ｒ、Ａ６７Ｖ、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、Ｄ８０Ｇ、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、１４４ｄｅｌ、Ｗ１５２Ｃ、Ｅ１５４Ｋ、Ｆ１５７Ｓ、Ａ２２２Ｖ、Ｄ２５３Ｇ、Ｇ２６１Ｄ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｙ４５３Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｆ４８６Ｌ、Ｓ４９４Ｐ、Ｅ４８４Ｑ、Ｎ５０１Ｔ、Ｎ５０１Ｙ、Ｆ５６５Ｌ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｑ６７７Ｈ、Ｐ６８１Ｈ、Ｐ６８１Ｒ、Ａ７０１Ｖ、Ｔ７１６Ｉ、Ｔ８５９Ｎ、Ｆ８８８Ｌ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ９５０Ｎ、Ｑ９５７Ｒ、Ｑ１０７１Ｈ、Ｖ１１７６Ｆ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｋ１１９１Ｎ、又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４個、又は４５個全ての変異を含む。
【0030】
いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、配列番号１に対して、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ｅ４８４Ｋ、Ｓ４９４Ｐ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ若しくはＫ１１９１Ｎ、又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の変異を含む。いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、及びＤ１１１８Ｈを含む。いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、Ｅ４８４Ｋ、Ｓ４９４Ｐ若しくはＫ１１９１Ｎ、又はそれらの組み合わせをさらに含む。
【0031】
いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、配列番号１に対して、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４１ｄｅｌ、２４２ｄｅｌ、２４３ｄｅｌ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ若しくはＡ７０１Ｖ、又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の変異を含む。いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４１ｄｅｌ、２４２ｄｅｌ、２４３ｄｅｌ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ、及びＡ７０１Ｖを含む。
【0032】
いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、配列番号１に対して、Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ若しくはＤ９５０Ｎ、又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の変異を含む。いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、Ｔ１９Ｒ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ、及びＤ９５０Ｎを含む。いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、Ｇ１４２Ｄをさらに含む。
【0033】
いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、配列番号１に対して、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ａ２２２Ｖ、Ｇ２６１Ｄ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｙ４５３Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｆ４８６Ｌ、Ｎ５０１Ｔ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ若しくはＤ６１４Ｇ、又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の変異を含む。
【0034】
いくつかの実施形態において、バリアントＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、配列番号１に対して、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ若しくはＤ６１４Ｇ、又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の変異を含む。
【0035】
いくつかの実施形態において、修飾されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、配列番号１に対して、Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐから選択される１つ以上の変異を含む。
【0036】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）（配列番号５２）又はＲＢＤ内のエピトープ（例えば、ＲＢＤ５（図１））に結合する。
【化2】
【0037】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＲＢＤのバリアント又はＲＢＤ内のエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、バリアントは、野生型ＲＢＤ（例えば、配列番号５２）又は野生型ＲＢＤ５（図１）と少なくとも約９０％の配列同一性を有する、例えば、少なくとも９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、９９．８％、又は９９．９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、配列同一性は、約９０～９９．９％、９０～９９．８％、９２～９９．８％、９２～９９．６％、９４～９９．６％、９４～９９．５％、９５～９９．５％、９５～９９．４％、９６～９９．４％、９６～９９．２％、９７～９９．２％又は９７～９９％である。
【0038】
いくつかの実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１又は配列番号５２）に結合し、免疫グロブリン軽鎖可変領域、免疫グロブリン重鎖可変領域、又は免疫グロブリン軽鎖可変領域及び免疫グロブリン重鎖可変領域を含むポリペプチドであって、ここで、ポリペプチドは、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３１及び配列番号３５の５つ全てを含むわけではない。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３１及び配列番号３５から選択される１、２、３又は４個のＣＤＲを含む。
【0039】
別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４と少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８、又は９９％）同一であるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）；
ｂ）配列番号５５と少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８、又は９９％）同一であるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）；又は
ｃ）ａ）及びｂ）の両方
を含み、ここで、ポリペプチドは、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３１及び配列番号３５の５つ全てを含むわけではない。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３１及び配列番号３５から選択される１、２、３又は４個のＣＤＲを含む。
ａ）配列番号４と少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８、又は９９％）同一であるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）；
ｂ）配列番号５５と少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、９８、又は９９％）同一であるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）；又は
ｃ）ａ）及びｂ）の両方
を含み、ここで、ポリペプチドは、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３１及び配列番号３５の５つ全てを含むわけではない。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１７、配列番号２１、配列番号２４、配列番号３１及び配列番号３５から選択される１、２、３又は４個のＣＤＲを含む。
【0040】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１）に結合する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の１つ以上のエピトープ残基（例えば、１つ以上のエピトープ残基）に結合する。
【0041】
本明細書で使用される場合、「参照」又は「参照ポリペプチド」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に特異的に結合するポリペプチド（例えば、免疫グロブリン分子）を指し、これは本発明のポリペプチドではない。参照ポリペプチドと本発明のポリペプチドの配列を比較して、それらの間の構造的な差異（例えば、アミノ酸置換などの１つ以上のアミノ酸位置における差異）を示し得る。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、一般に、本発明のポリペプチドが、制御された条件下で、参照ポリペプチドと比較して：異なる結果を達成するために、異なる方法で、異なる機能、の１つ以上（すなわち、１つ、２つ、又は３つ全て）を示すように、参照ポリペプチドと比較して、非実質的な差異以上の差異（例えば、１つ以上の実質的な差異）を有する。参照ポリペプチドは、本発明のポリペプチドから、１つ以上のアミノ酸、例えば、いくつかの実施形態において、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０個、又はそれを超える数のアミノ酸が異なる。特定の実施形態において、参照ポリペプチドは、本発明で提供されるポリペプチドから、少なくとも約０．４、０．８、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５％又はそれを超えるアミノ酸同一性が相違する。
【0042】
本明細書で使用される場合、「配列同一性」という用語は、配列がアラインされて最大レベルのパーセンテージで表される同一性を達成するときに、２つのヌクレオチド配列又は２つのアミノ酸配列が同じ位置に同じ残基を有する程度を指す。配列アライメント及び比較のために、典型的には、１つの配列が参照配列として指定され、これと試験配列が比較される。参照配列と試験配列の間の配列同一性は、参照配列と試験配列のアライメント時に参照配列と試験配列が同じヌクレオチド又はアミノ酸を共有して最大レベルの同一性を達成する、参照配列の全長にわたる位置のパーセンテージとして表される。一例として、最大レベルの同一性を達成するためのアライメント時に、試験配列が、参照配列の全長にわたって同じ位置の７０％に同じヌクレオチド又はアミノ酸残基を有する場合、２つの配列は７０％の配列同一性を有すると見なされる。
【0043】
最大レベルの同一性を達成するための比較用の配列のアライメントは、適切なアライメント方法又はアルゴリズムを使用して、当業者によって容易に実施され得る。場合によっては、アライメントは、最大レベルの同一性を提供するために導入されたギャップを含み得る。例には、Ｓｍｉｔｈ＆Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所ホモロジーアルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ＆Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アライメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ＆Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性の検索方法、これらのアルゴリズムのコンピューター化された実装（ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ，及びＴＦＡＳＴＡ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、及び外観検査（一般的に、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙを参照されたい）が含まれる。
【0044】
配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列がコンピューターに入力され、その後必要に応じて座標が指定され、配列アルゴリズムプログラムパラメーターが指定される。次に、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列のパーセント配列同一性を計算する。パーセント配列同一性を決定するために一般的に使用されるツールは、米国国立衛生研究所の国立医学図書館の国立バイオテクノロジー情報センターから入手可能なＰｒｏｔｅｉｎ Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴＰ）である。（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９０）。
【0045】
「ポリペプチド」「ペプチド」又は「タンパク質」という用語は、長さ又は翻訳後修飾（例えば、グリコシル化又はリン酸化）にかかわらず、アミド結合によって共有結合された少なくとも２つのアミノ酸のポリマーを意味する。タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、任意の適切なＬ－及び／又はＤ－アミノ酸、例えば、一般的なα－アミノ酸（例えば、アラニン、グリシン、バリン）、非α－アミノ酸（例えば、β－アラニン）、４－アミノ酪酸、６－アミノカプロン酸、サルコシン、スタチン）、及び異常アミノ酸（例えば、シトルリン、ホモシトルリン、ホモセリン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン）を含み得る。ペプチド上のアミノ、カルボキシル及び／又は他の官能基は、遊離していても（例えば、修飾されていなくても）よく、適切な保護基で保護されていてもよい。アミノ基及びカルボキシル基の適切な保護基、並びに保護基を付加又は除去する方法は、当技術分野で公知であり、例えば、Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｗｕｔｓ，“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，” Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９１に開示されている。タンパク質、ペプチド、又はポリペプチドの官能基は、当技術分野で公知の方法を使用して、誘導体化（例えば、アルキル化）又は標識化（例えば、発蛍光団又はハプテンなどの検出可能な標識による）することもできる。タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、必要に応じて、１つ以上の修飾（例えば、アミノ酸リンカー、アシル化、アセチル化、アミド化、メチル化、末端修飾因子（例えば、環化修飾）、Ｎ－メチル－α－アミノ基置換）を含み得る。さらに、タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、公知及び／又は天然のペプチドの類似体、例えば、保存的アミノ酸残基置換を有するペプチド類似体であり得る。
【0046】
一態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一のパラトープを含む。
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一のパラトープを含む。
【0047】
配列番号４～１０、１３～１５、４１～４５、及び４７～４９については表１を、配列番号４～１０、１３～１５、４１～４５、及び４７～４９を含む抗体のパラトープ残基については、図２Ａ～４Ｂを参照されたい。
【0048】
「パラトープ」という用語は、標的タンパク質のエピトープとの結合相互作用に寄与する、抗体又はその抗原結合断片中のアミノ酸残基の組を指す。結合相互作用は、水素結合、塩橋、ファンデルワールス相互作用、イオン結合、又はそれらの組み合わせであり得る。結合相互作用は、直接的、又は間接的、例えば、イオン又は水などの配位中間分子を介したものであり得る。いくつかの実施形態において、パラトープの残基は、定義されたＣＤＲの一部である残基のみを含む。他の実施形態において、パラトープの残基は、定義されたＣＤＲの一部ではない１つ以上の残基をさらに含む。
【0049】
いくつかの実施形態において、パラトープは、ポリペプチドが標的抗原に結合する場合、標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満、例えば、エピトープから約４．５、４．０、３．５、３．０、２．５、２．４、２．３、２．２、２．１、２．０、１．９、１．８、１．７、１．６、１．５、１．４、１．３、１．２、１．１、１．０又は０．９オングストローム、又は約０．９～５．０、０．９～４．８．１．０～５、１．０～４．５、１．０～４．０、１．０～３．５、１．１～３．５、１．１～３．０、１．２～３．０、１．２～２．５、１．３～２．５、１．３～２．４、１．４～２．４、１．４～２．３、１．５～２．３、１．５～２．２、１．６～２．２、１．６～２．１、１．７～２．１、１．７～２．０又は１．８～２．０オングストローム未満に指向される。いくつかの実施形態において、パラトープを構成するアミノ酸残基の全ては、ポリペプチドが標的抗原に結合する場合、標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満に指向される。他の実施形態において、パラトープ中のパラトープを構成するアミノ酸残基の全部未満（例えば、アミノ酸残基の４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％）は、ポリペプチドが標的抗原に結合する場合、標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満に指向される。
【0050】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるパラトープを含むポリペプチドは、免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）及び免疫グロブリン軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。特定の実施形態において、パラトープ残基は、ポリペプチドのＶＨ及びＶＬ内に含有される。
【0051】
別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４又は配列番号４５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
ｂ）配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む。
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４又は配列番号４５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含むＶＨ；並びに
ｂ）配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３を含むＶＬ
を含む。
【0052】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３、並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
ａ）配列番号４及び配列番号１３を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３を含む抗体；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４を含む抗体；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５を含む抗体；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３を含む抗体；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３を含む抗体；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３を含む抗体；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３を含む抗体；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７を含む抗体；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８を含む抗体；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３、並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。
【0053】
ＣＤＲ（例えば、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及び／又はＬＣＤＲ３）は、本明細書にさらに記載されるように、抗体のＣＤＲ残基を同定するための任意の本技術分野で認識される方法によって定義されるＣＤＲ（例えば、Ｋａｂａｔによって定義されるＣＤＲ、Ｃｈｏｔｈｉａによって定義されるＣＤＲ）であり得る。
【0054】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号１３；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９；
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。
ａ）配列番号４及び配列番号１３；
ｂ）配列番号５及び配列番号１３；
ｃ）配列番号６及び配列番号１３；
ｄ）配列番号７及び配列番号１４；
ｅ）配列番号８及び配列番号１５；
ｆ）配列番号９及び配列番号１３；
ｇ）配列番号１０及び配列番号１３；
ｈ）配列番号４１及び配列番号１３；
ｉ）配列番号４２及び配列番号１３；
ｊ）配列番号４３及び配列番号４７；
ｋ）配列番号４４及び配列番号４８；又は
ｌ）配列番号４５及び配列番号４９；
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。
【0055】
別の態様において、本発明は、配列番号２を含むＶＨを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
ａ）Ｘ１は、Ｔでないか；
ｂ）Ｘ２は、Ｒでないか；
ｃ）Ｘ３は、Ｓでないか；
ｄ）Ｘ４は、Ｔでないか；
ｅ）Ｘ５は、Ｔでないか；
ｆ）Ｘ６は、Ｌでないか；
ｇ）Ｘ７は、Ｌでないか；
ｈ）Ｘ８は、Ｒでないか；
ｉ）Ｘ９は、Ｔでないか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｌでないか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｙでないか、
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１は、Ｔでないか；
ｂ）Ｘ２は、Ｒでないか；
ｃ）Ｘ３は、Ｓでないか；
ｄ）Ｘ４は、Ｔでないか；
ｅ）Ｘ５は、Ｔでないか；
ｆ）Ｘ６は、Ｌでないか；
ｇ）Ｘ７は、Ｌでないか；
ｈ）Ｘ８は、Ｒでないか；
ｉ）Ｘ９は、Ｔでないか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｌでないか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｙでないか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0056】
本明細書の配列番号３～１０のコンセンサスＶＨ配列である、配列番号２として特定される配列を以下に示す：
【化3】
【0057】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、ＶＬをさらに含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１１を含むＶＬを含み、ここで、
ａ）Ｘ１２は、Ｓでないか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｌでないか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｖでないか；
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１２は、Ｓでないか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｌでないか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｖでないか；
又は前述の任意の組み合わせである。
【0058】
本明細書の配列番号１２～１５のコンセンサスＶＬ配列である、配列番号１１として特定される配列を以下に示す：
ＤＩＬＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＬＧＥＲＶＳＬＴＣＲＡＳＱＥＩＸ１２ＧＹＬＳＷＬＱＥＫＰＤＧＴＩＫＲＬＩＹＡＡＳＴＬＤＳＧＶＰＫＲＦＳＧＳＲＳＧＳＤＹＳＬＴＩＳＳＬＥＳＥＤＦＡＤＹＹＣＸ１３ＱＹＸ１４ＳＹＰＷＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫ（配列番号１１）
ＤＩＬＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＬＧＥＲＶＳＬＴＣＲＡＳＱＥＩＸ１２ＧＹＬＳＷＬＱＥＫＰＤＧＴＩＫＲＬＩＹＡＡＳＴＬＤＳＧＶＰＫＲＦＳＧＳＲＳＧＳＤＹＳＬＴＩＳＳＬＥＳＥＤＦＡＤＹＹＣＸ１３ＱＹＸ１４ＳＹＰＷＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫ（配列番号１１）
【0059】
いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ１は、Ｔ又はＳであるか；
ｂ）Ｘ２は、Ｒ又はＷであるか；
ｃ）Ｘ３は、Ｓ又はＧであるか；
ｄ）Ｘ４は、Ｔ、Ｑ又はＮであるか；
ｅ）Ｘ５は、Ｔ又はＫであるか；
ｆ）Ｘ６は、Ｌ又はＫであるか；
ｇ）Ｘ７は、Ｌ又はＴであるか；
ｈ）Ｘ８は、Ｒ又はＮであるか；
ｉ）Ｘ９は、Ｔ又はＳであるか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｌ又はＦであるか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｙ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１は、Ｔ又はＳであるか；
ｂ）Ｘ２は、Ｒ又はＷであるか；
ｃ）Ｘ３は、Ｓ又はＧであるか；
ｄ）Ｘ４は、Ｔ、Ｑ又はＮであるか；
ｅ）Ｘ５は、Ｔ又はＫであるか；
ｆ）Ｘ６は、Ｌ又はＫであるか；
ｇ）Ｘ７は、Ｌ又はＴであるか；
ｈ）Ｘ８は、Ｒ又はＮであるか；
ｉ）Ｘ９は、Ｔ又はＳであるか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｌ又はＦであるか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｙ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0060】
いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ１は、Ｓであるか；
ｂ）Ｘ２は、Ｗであるか；
ｃ）Ｘ３は、Ｇであるか；
ｄ）Ｘ４は、Ｑ又はＮであるか；
ｅ）Ｘ５は、Ｋであるか；
ｆ）Ｘ６は、Ｋであるか；
ｇ）Ｘ７は、Ｔであるか；
ｈ）Ｘ８は、Ｎであるか；
ｉ）Ｘ９は、Ｓであるか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｆであるか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｖであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１は、Ｓであるか；
ｂ）Ｘ２は、Ｗであるか；
ｃ）Ｘ３は、Ｇであるか；
ｄ）Ｘ４は、Ｑ又はＮであるか；
ｅ）Ｘ５は、Ｋであるか；
ｆ）Ｘ６は、Ｋであるか；
ｇ）Ｘ７は、Ｔであるか；
ｈ）Ｘ８は、Ｎであるか；
ｉ）Ｘ９は、Ｓであるか；
ｊ）Ｘ１０は、Ｆであるか；又は
ｋ）Ｘ１１は、Ｖであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0061】
いくつかの実施形態において、Ｘ１は、Ｔでない。いくつかの実施形態において、Ｘ１は、Ｔ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ１は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ１は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ２は、Ｒでない。いくつかの実施形態において、Ｘ２は、Ｒ又はＷである。いくつかの実施形態において、Ｘ２は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ２は、Ｗである。いくつかの実施形態において、Ｘ３は、Ｓでない。いくつかの実施形態において、Ｘ３は、Ｓ又はＧである。いくつかの実施形態において、Ｘ３は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ３は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｔでない。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｔ、Ｑ又はＮである。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ５は、Ｔでない。いくつかの実施形態において、Ｘ５は、Ｔ又はＫである。いくつかの実施形態において、Ｘ５は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ５は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ６は、Ｌでない。いくつかの実施形態において、Ｘ６は、Ｌ又はＫである。いくつかの実施形態において、Ｘ６は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ６は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ７は、Ｌでない。いくつかの実施形態において、Ｘ７は、Ｌ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ７は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ７は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ８は、Ｒでない。いくつかの実施形態において、Ｘ８は、Ｒ又はＮである。いくつかの実施形態において、Ｘ８は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ８は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ９は、Ｔでない。いくつかの実施形態において、Ｘ９は、Ｔ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ９は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ９は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｌでない。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｌ又はＦである。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｆである。いくつかの実施形態において、Ｘ１１は、Ｙでない。いくつかの実施形態において、Ｘ１１は、Ｙ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ１１は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ１１は、Ｖである。
【0062】
いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ１２は、Ｓ又はＧであるか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｌ又はＱであるか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｖ又はＬであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１２は、Ｓ又はＧであるか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｌ又はＱであるか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｖ又はＬであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0063】
いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ１２は、Ｇであるか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｑであるか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｌであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
ａ）Ｘ１２は、Ｇであるか；
ｂ）Ｘ１３は、Ｑであるか；又は
ｃ）Ｘ１４は、Ｌであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0064】
いくつかの実施形態において、Ｘ１２は、Ｓでない。いくつかの実施形態において、Ｘ１２は、Ｓ又はＧである。いくつかの実施形態において、Ｘ１２は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ１２は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ１３は、Ｌでない。いくつかの実施形態において、Ｘ１３は、Ｌ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ１３は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ１３は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ１４は、Ｖでない。いくつかの実施形態において、Ｘ１４は、Ｖ又はＬである。いくつかの実施形態において、Ｘ１４は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ１４は、Ｌである。
【0065】
別の態様において、本発明は、配列番号４６を含むＶＨを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２は、Ｐ又はＳであるか；
Ｘ３は、Ａ又はＥであるか；
Ｘ４は、Ｌ又はＶであるか；
Ｘ５は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ７は、Ａ又はＭであるか；
Ｘ８は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ９は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ１０は、Ｎ、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１１は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ１２は、Ｐ又はＱであるか；
Ｘ１３は、Ｋ又はＳであるか；
Ｘ１４は、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１５は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ１６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ１７は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ１８は、Ｋ又はＴであるか；
Ｘ１９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ２０は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ２１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２２は、Ｌ又はＷであるか；
Ｘ２３は、Ｎ又はＳであるか；
Ｘ２４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ２５は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ２６は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ２７は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ２８は、Ｍ又はＶであるか；
Ｘ２９は、Ｆ又はＹであるか；
Ｘ３０は、Ｎ又はＲであるか；又は
Ｘ３１は、Ｖ又はＹであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
Ｘ１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２は、Ｐ又はＳであるか；
Ｘ３は、Ａ又はＥであるか；
Ｘ４は、Ｌ又はＶであるか；
Ｘ５は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ７は、Ａ又はＭであるか；
Ｘ８は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ９は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ１０は、Ｎ、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１１は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ１２は、Ｐ又はＱであるか；
Ｘ１３は、Ｋ又はＳであるか；
Ｘ１４は、Ｑ又はＲであるか；
Ｘ１５は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ１６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ１７は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ１８は、Ｋ又はＴであるか；
Ｘ１９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ２０は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ２１は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ２２は、Ｌ又はＷであるか；
Ｘ２３は、Ｎ又はＳであるか；
Ｘ２４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ２５は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ２６は、Ａ又はＳであるか；
Ｘ２７は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ２８は、Ｍ又はＶであるか；
Ｘ２９は、Ｆ又はＹであるか；
Ｘ３０は、Ｎ又はＲであるか；又は
Ｘ３１は、Ｖ又はＹであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0066】
本明細書の配列番号４３～４５のコンセンサスＶＨ配列である、配列番号４６として特定される配列を以下に示す：
【化4】
【0067】
いくつかの実施形態において、Ｘ１は、Ｅ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ１は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ１は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ２は、Ｐ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ２は、Ｐである。いくつかの実施形態において、Ｘ２は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ３は、Ａ又はＥである。いくつかの実施形態において、Ｘ３は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ３は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｌ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ４は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ５は、Ｉ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ５は、Ｉである。いくつかの実施形態において、Ｘ５は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ６は、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ６は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ７は、Ａ又はＭである。いくつかの実施形態において、Ｘ７は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ７は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ８は、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ８は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ８は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ９は、Ｇ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ９は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ９は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｎ、Ｑ又はＲである。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ１０は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ１１は、Ａ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ１１は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ１１は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ１２は、Ｐ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ１２は、Ｐである。いくつかの実施形態において、Ｘ１２は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ１３は、Ｋ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ１３は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ１３は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ１４は、Ｑ又はＲである。いくつかの実施形態において、Ｘ１４は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ１４は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ１５は、Ｌ又はＭである。いくつかの実施形態において、Ｘ１５は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ１５は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ１６は、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ１６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ１６は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ１７は、Ａ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ１７は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ１７は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ１８は、Ｋ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ１８は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ１８は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ１９は、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ１９は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ１９は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ２０は、Ｌ又はＭである。いくつかの実施形態において、Ｘ２０は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ２０は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ２１は、Ｅ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ２１は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ２１は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ２２は、Ｌ又はＷである。いくつかの実施形態において、Ｘ２２は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ２２は、Ｗである。いくつかの実施形態において、Ｘ２３は、Ｎ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ２３は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ２３は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ２４は、Ｒ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ２４は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ２４は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ２５は、Ｋ又はＲである。いくつかの実施形態において、Ｘ２５は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ２５は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ２６は、Ａ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ２６は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ２６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ２７は、Ｄ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ２７は、Ｄである。いくつかの実施形態において、Ｘ２７は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ２８は、Ｍ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ２８は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ２８は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ２９は、Ｆ又はＹである。いくつかの実施形態において、Ｘ２９は、Ｆである。いくつかの実施形態において、Ｘ２９は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ３０は、Ｎ又はＲである。いくつかの実施形態において、Ｘ３０は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ３０は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ３１は、Ｖ又はＹである。いくつかの実施形態において、Ｘ３１は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ３１は、Ｙである。
【0068】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、ＶＬをさらに含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５０を含むＶＬを含み、ここで、
Ｘ３２は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ３３は、Ｑ又はＶであるか；
Ｘ３４は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ３５は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ３６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ３７は、Ａ又はＬであるか；
Ｘ３８は、Ｐ又はＶであるか；
Ｘ３９は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ４０は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ４１は、Ｉ又はＬであるか；
Ｘ４２は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ４３は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４４は、Ａ、Ｎ、又はＳであるか；
Ｘ４５は、Ｌ又はＹであるか；
Ｘ４６は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４７は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ４８は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ４９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５０は、Ａ又はＱであるか；
Ｘ５１は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５２は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ５３は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ５４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ５５は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ５６は、Ｔ又はＶであるか；
Ｘ５７は、Ｌ又はＱであるか；又は
Ｘ５８は、Ｌ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
Ｘ３２は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ３３は、Ｑ又はＶであるか；
Ｘ３４は、Ｌ又はＭであるか；
Ｘ３５は、Ｇ又はＳであるか；
Ｘ３６は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ３７は、Ａ又はＬであるか；
Ｘ３８は、Ｐ又はＶであるか；
Ｘ３９は、Ｄ又はＥであるか；
Ｘ４０は、Ａ又はＶであるか；
Ｘ４１は、Ｉ又はＬであるか；
Ｘ４２は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ４３は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４４は、Ａ、Ｎ、又はＳであるか；
Ｘ４５は、Ｌ又はＹであるか；
Ｘ４６は、Ｅ又はＧであるか；
Ｘ４７は、Ｋ又はＱであるか；
Ｘ４８は、Ｋ又はＲであるか；
Ｘ４９は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５０は、Ａ又はＱであるか；
Ｘ５１は、Ｓ又はＴであるか；
Ｘ５２は、Ｉ又はＶであるか；
Ｘ５３は、Ｄ又はＳであるか；
Ｘ５４は、Ｒ又はＳであるか；
Ｘ５５は、Ｅ又はＱであるか；
Ｘ５６は、Ｔ又はＶであるか；
Ｘ５７は、Ｌ又はＱであるか；又は
Ｘ５８は、Ｌ又はＶであるか、
又は前述の任意の組み合わせである。
【0069】
本明細書の配列番号４７～４９のコンセンサスＶＬ配列である、配列番号５０として特定される配列を以下に示す：
いくつかの実施形態において、Ｘ３２は、Ｄ又はＥである。いくつかの実施形態において、Ｘ３２は、Ｄである。いくつかの実施形態において、Ｘ３２は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ３３は、Ｑ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ３３は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ３３は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ３４は、Ｌ又はＭである。いくつかの実施形態において、Ｘ３４は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ３４は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ３５は、Ｇ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ３５は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ３５は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ３６は、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ３６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ３６は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ３７は、Ａ又はＬである。いくつかの実施形態において、Ｘ３７は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ３７は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ３８は、Ｐ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ３８は、Ｐである。いくつかの実施形態において、Ｘ３８は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ３９は、Ｄ又はＥである。いくつかの実施形態において、Ｘ３９は、Ｄである。いくつかの実施形態において、Ｘ３９は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ４０は、Ａ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ４０は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ４０は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ４１は、Ｉ又はＬである。いくつかの実施形態において、Ｘ４１は、Ｉである。いくつかの実施形態において、Ｘ４１は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ４２は、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ４２は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ４２は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ４３は、Ｅ又はＧである。いくつかの実施形態において、Ｘ４３は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ４３は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ４４は、Ａ、Ｎ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ４４は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ４４は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ４４は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ４５は、Ｌ又はＹである。いくつかの実施形態において、Ｘ４５は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ４５は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ４６は、Ｅ又はＧである。いくつかの実施形態において、Ｘ４６は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ４６は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ４７は、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ４７は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ４７は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ４８は、Ｋ又はＲである。いくつかの実施形態において、Ｘ４８は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ４８は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ４９は、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ４９は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ４９は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ５０は、Ａ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ５０は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ５０は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ５１は、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ５１は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ５１は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ５２は、Ｉ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ５２は、Ｉである。いくつかの実施形態において、Ｘ５２は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ５３は、Ｄ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ５３は、Ｄである。いくつかの実施形態において、Ｘ５３は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ５４は、Ｒ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ５４は、Ｒである。いくつかの実施形態において、Ｘ５４は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ５５は、Ｅ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ５５は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ５５は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ５６は、Ｔ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ５６は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ５６は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ５７は、Ｌ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ５７は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ５７は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ５８は、Ｌ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ５８は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ５８は、Ｖである。
【化5】
【0070】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１又は配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４又は配列番号４５のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３と同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、及びＨＣＤＲ３を含むＶＨを含む（配列番号４～１０及び４１～４５については表１を、対応するＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３配列については図２Ａ、３Ａ及び４Ａを参照）。
【0071】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３と同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２、及びＬＣＤＲ３を含むＶＬを含む（配列番号１３～１５及び４７～４９については表１を、対応するＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３配列については図２Ｂ、３Ｂ及び４Ｂを参照）。
【0072】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４／配列番号１３、配列番号５／配列番号１３、配列番号６／配列番号１３、配列番号７／配列番号１４、配列番号８／配列番号１５、配列番号９／配列番号１３、配列番号１０／配列番号１３、配列番号４１／配列番号１３、配列番号４２／配列番号１３、配列番号４３／配列番号４７、配列番号４４／配列番号４８又は配列番号４５／配列番号４９から選択されるＶＨ／ＶＬの組み合わせのパラトープと同一であるパラトープを含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４／配列番号１３、配列番号５／配列番号１３、配列番号６／配列番号１３、配列番号７／配列番号１４、配列番号８／配列番号１５、配列番号９／配列番号１３、配列番号１０／配列番号１３、配列番号４１／配列番号１３、配列番号４２／配列番号１３、配列番号４３／配列番号４７、配列番号４４／配列番号４８又は配列番号４５／配列番号４９から選択されるＶＨ／ＶＬの組み合わせのパラトープとは、１～３（例えば、１、２又は３）残基の置換が異なるパラトープを含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３／配列番号１２から選択されるＶＨ／ＶＬの組み合わせのパラトープと同一であるパラトープを含む。
【0073】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号３と少なくとも約７０％同一であるＶＨを含む。例えば、ＶＨは、配列番号３と少なくとも約７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＨは、配列番号３と少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。マウスＶＨドメインに対応する、配列番号３として特定される配列を以下に示す：
【化6】
【0074】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４若しくは配列番号４５、又は前述の組み合わせと少なくとも約７０％同一であるＶＨを含む。例えば、ＶＨは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１若しくは配列番号４２、又は前述の組み合わせと少なくとも約７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＨは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４若しくは配列番号４５、又は前述の組み合わせと少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。
【0075】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号１２と少なくとも約７０％同一であるＶＬを含む。例えば、ＶＬは、配列番号１２と少なくとも約７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＬは、配列番号１２と少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。マウスＶＬドメインに対応する、配列番号１２として特定される配列を以下に示す：
ＤＩＬＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＬＧＥＲＶＳＬＴＣＲＡＳＱＥＩＳＧＹＬＳＷＬＱＥＫＰＤＧＴＩＫＲＬＩＹＡＡＳＴＬＤＳＧＶＰＫＲＦＳＧＳＲＳＧＳＤＹＳＬＴＩＳＳＬＥＳＥＤＦＡＤＹＹＣＬＱＹＶＳＹＰＷＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫ（配列番号１２）
ＤＩＬＭＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＬＧＥＲＶＳＬＴＣＲＡＳＱＥＩＳＧＹＬＳＷＬＱＥＫＰＤＧＴＩＫＲＬＩＹＡＡＳＴＬＤＳＧＶＰＫＲＦＳＧＳＲＳＧＳＤＹＳＬＴＩＳＳＬＥＳＥＤＦＡＤＹＹＣＬＱＹＶＳＹＰＷＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫ（配列番号１２）
【0076】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８若しくは配列番号４９、又は前述の組み合わせと少なくとも約７０％同一であるＶＬを含む。例えば、ＶＬは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８若しくは配列番号４９、又は前述の組み合わせと少なくとも約７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＬは、配列番号１３、配列番号１４若しくは配列番号１５、又は前述の組み合わせと少なくとも８５％同一である。いくつかの実施形態において、ＶＬは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８若しくは配列番号４９、又は前述の組み合わせと少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。
【0077】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号３に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶＨを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個、又は約１～２０、１～１９、２～１９、２～１８、２～１７、３～１７、３～１６、４～１６、４～１５、５～１５、５～１４、６～１４、６～１３、７～１３、７～１２、８～１２、８～１１若しくは９～１１個であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＨは、配列番号３に対する約１～１０個のアミノ酸置換を含む。
【0078】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４若しくは配列番号４５、又は前述の組み合わせに対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶＨを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個、又は約１～２０、１～１９、２～１９、２～１８、２～１７、３～１７、３～１６、４～１６、４～１５、５～１５、５～１４、６～１４、６～１３、７～１３、７～１２、８～１２、８～１１若しくは９～１１個であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＨは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４若しくは配列番号４５、又は前述の組み合わせに対して約１～１０個のアミノ酸置換を含む。
【0079】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号１２に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶＬを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個、又は約１～２０、１～１９、２～１９、２～１８、２～１７、３～１７、３～１６、４～１６、４～１５、５～１５、５～１４、６～１４、６～１３、７～１３、７～１２、８～１２、８～１１若しくは９～１１個であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＬは、配列番号１２に対する約１～１０個のアミノ酸置換を含む。
【0080】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号１３、配列番号１４若しくは配列番号１５、又は前述の組み合わせに対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶＬを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個、又は約１～２０、１～１９、２～１９、２～１８、２～１７、３～１７、３～１６、４～１６、４～１５、５～１５、５～１４、６～１４、６～１３、７～１３、７～１２、８～１２、８～１１若しくは９～１１個であり得る。いくつかの実施形態において、ＶＬは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８若しくは配列番号４９、又は前述の組み合わせに対して約１～１０個のアミノ酸置換を含む。
【0081】
いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、保存的置換である。「保存的アミノ酸置換」又は「保存的置換」という用語は、ＢＬＯＳＵＭ６２において０以上の値を有するアミノ酸置換を指す。
【0082】
いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である。「高度に保存的なアミノ酸置換」又は「高度に保存的な置換」という用語は、ＢＬＯＳＵＭ６２において少なくとも１（例えば、少なくとも２）の値を有するアミノ酸置換を指す。
【0083】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号３を含むＶＨを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１、配列番号４２、配列番号４３、配列番号４４又は配列番号４５を含むＶＨを含む。
【0084】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号１２を含むＶＬを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号４７、配列番号４８又は配列番号４９を含むＶＬを含む。
【0085】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１又は配列番号４２を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号１３を含むＶＬ
を含む。
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号９、配列番号１０、配列番号４１又は配列番号４２を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号１３を含むＶＬ
を含む。
【0086】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号７を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号１４を含むＶＬ
を含む。
ａ）配列番号７を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号１４を含むＶＬ
を含む。
【0087】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号８を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号１５を含むＶＬ
を含む。
ａ）配列番号８を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号１５を含むＶＬ
を含む。
【0088】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、ヒト化された、ヒトフレームワーク領域を含有する、又はそれらの組み合わせであるＶＨ及びＶＬを含む。
【0089】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号４３を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号４７を含むＶＬ
を含む。
ａ）配列番号４３を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号４７を含むＶＬ
を含む。
【0090】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号４４を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号４８を含むＶＬ
を含む。
ａ）配列番号４４を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号４８を含むＶＬ
を含む。
【0091】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号４５を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号４９を含むＶＬ
を含む。
ａ）配列番号４５を含むＶＨ；及び
ｂ）配列番号４９を含むＶＬ
を含む。
【0092】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、抗体（例えば、全抗体、インタクトな抗体）又は抗体の抗原結合断片などの、免疫グロブリン分子である。
【0093】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、抗体である。本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、免疫グロブリン分子の可変領域に位置する少なくとも１つの抗原認識部位を介して、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどの標的に特異的に結合することができる免疫グロブリン分子を指す。本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、ジスルフィド結合又はその多量体（例えば、ＩｇＭ）によって相互接続された２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む全長抗体を指す。各重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）及び重鎖定常領域（ドメインＣＨ１、ヒンジＣＨ２及びＣＨ３を含む）を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）及び軽鎖定常領域（ＣＬ）を含む。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）内に散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変性の領域にさらに細分され得る。ＶＨ及びＶＬはそれぞれ、３つのＣＤＲ及び４つのＦＲセグメントを含み、アミノ末端からカルボキシ末端まで次の順序で配置される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、及びＦＲ４。抗体は、マウス抗体、ヒト抗体又はヒト化抗体などの任意の種のものであり得る。
【0094】
抗体のフレームワーク領域及びＣＤＲの範囲は、例えば、Ｋａｂａｔ定義、Ｃｈｏｔｈｉａ定義、ＡｂＭ定義、及び／又は接触定義によって、当技術分野で周知のいくつかの適切な方法論のうちの１つを使用して特定することができる。フレームワーク及び／又はＣＤＲ領域を特定するための公に及び／又は市販で入手可能なツールには、ＩｇＢｌａｓｔ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｉｇｂｌａｓｔ／からアクセス可能）、Ｓｃａｌｉｇｎｅｒ（ｗｗｗ．ｓｃａｌｉｇｎｅｒ．ｃｏｍ／のｄｒｕｇｄｅｓｉｇｎｔｅｃｈから入手可能）、ＩＭＧＴルール及び／又はツール（例えば、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ／ＩＭＧＴ－ＦＲＣＤＲｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ．ｈｔｍｌを参照、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／からもアクセス可能）、Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃａｎｏｎｉｃａｌ Ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ（ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／ｃｈｏｔｈｉａ．ｈｔｍｌからアクセス可能）、Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＣａｌｓｓｉｆｉｃａｔｉＩｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ、ｏｐｉｇ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｗｅｂａｐｐｓ／ｎｅｗｓａｂｄａｂ／ｓａｂｐｒｅｄ／ａｎａｒｃｉ／からアクセス可能）又はＰａｒａｔｏｍｅウェブサーバー（ｗｗｗ．ｏｆｒａｎｌａｂ．ｏｒｇ／ｐａｒａｔｏｍｅ／からアクセス可能、Ｖｅｒｅｄ Ｋｕｎｉｋ，ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅ ４０，Ｉｓｓｕｅ Ｗ１，２０１２年７月１日，Ｗ５２１－Ｗ５２４ページを参照）が含まれる。
【0095】
本明細書で使用される場合、「ＣＤＲ」は、抗体上のＣＤＲ残基を同定するための当技術分野で認められた方法によって定義される任意のＣＤＲを包含する。例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２、Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４２：８７７；Ｃｈｏｔｈｉａ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．，（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７；Ａｌ－ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．２７３：９２７－９４８；及びＡｌｍａｇｒｏ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．１７：１３２－１４３（２００４）を参照されたい。ｈｇｍｐ．ｍｒｃ．ａｃ．ｕｋ及びｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓも参照されたい。２つの抗体は、そのＣＤＲの同一性が同じ方法を使用して両方の抗体について決定される場合、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及び／又はＬＣＤＲ３に関して互いに同じＣＤＲを有すると決定される。
【0096】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、抗原結合断片である。「抗原結合断片」という用語は、親の全長抗体の抗原結合特性を保持する免疫グロブリン分子（例えば、抗体）の一部を指す。抗原結合断片の非限定的な例には、ＶＨ領域、ＶＬ領域、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）２断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片、及び１つのＶＨドメイン又は１つのＶＬドメインからなるドメイン抗体（ｄＡｂ）などが含まれる。ＶＨ及びＶＬドメインは、合成リンカーを介して互いに連結されて、ＶＨ／ＶＬドメインが分子内で、又はＶＨ及びＶＬドメインが別個の鎖によって発現される場合は分子間で対合する、様々なタイプの単鎖抗体設計を形成し、単鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）又はダイアボディなどの一価抗原結合部位を形成し得る。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、又はＦｖから選択される抗原結合断片である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ｓｃＦｖである。
【0097】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチド（例えば、抗体又は抗原結合断片）は、細胞ベースの療法に組み込まれる。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、操作されたＴ細胞受容体である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）（例えば、Ｔ（ＣＡＲ－Ｔ）細胞、ナチュラルキラー（ＣＡＲ－ＮＫ）細胞、又はマクロファージ（ＣＡＲ－Ｍ）細胞で発現される）である。いくつかの実施形態において、ＣＡＲは、膜貫通ドメイン及び抗原認識部分を含み、ここで、抗原認識部分は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＲＢＤ１１）に結合する。
【0098】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、抗体ミメティックである。「抗体ミメティック」という用語は、抗原に結合する抗体の能力を模倣することができるが、天然の抗体構造とは構造的に異なるポリペプチドを指す。抗体ミメティックの非限定的な例には、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アビマー、ＤＡＲＰｉｎ、フィノマー、Ｋｕｎｉｔｚドメインペプチド、モノボディ、ナノボディ、ナノＣＬＡＭＰ、及びバーサボディ（Ｖｅｒｓａｂｏｄｙ）が含まれる。
【0099】
いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイク、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクバリアント、又はそれらの組み合わせへの結合について参照抗体と競合し、ここで、参照抗体は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクに特異的に結合する。「特異的に結合している」又は「特異的に結合する」という用語は、他の抗原又はアミノ酸配列と比較して、抗体又はその抗原結合断片とそのエピトープとの間の優先的相互作用、すなわち有意に高い結合親和性を指す。いくつかの実施形態において、参照抗体は、配列番号３のＶＨ配列及び配列番号１２のＶＬ配列を含む。いくつかの実施形態において、参照抗体は、それぞれ配列番号１７、配列番号２１及び配列番号２４のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、参照抗体は、それぞれ配列番号３２、配列番号３３及び配列番号３５のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、参照抗体は、それぞれ配列番号１７、配列番号２１及び配列番号２４のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３配列；並びにそれぞれ配列番号３２、配列番号３３及び配列番号３５のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３配列を含む。
【0100】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）抗体重鎖定常領域配列；
ｂ）抗体軽鎖定常領域配列；又は
ｃ）抗体重鎖定常領域配列及び抗体軽鎖定常領域配列の両方
をさらに含む。
ａ）抗体重鎖定常領域配列；
ｂ）抗体軽鎖定常領域配列；又は
ｃ）抗体重鎖定常領域配列及び抗体軽鎖定常領域配列の両方
をさらに含む。
【0101】
いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域及びＩｇＭ定常領域からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ定常領域は、ＩｇＧ１定常領域、ＩｇＧ２定常領域、ＩｇＧ３定常領域又はＩｇＧ４定常領域である。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ２定常領域は、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ定常領域又はＩｇＧ２ｃ定常領域である。いくつかの実施形態において、ＩｇＡ定常領域は、ＩｇＡ１定常領域又はＩｇＡ２定常領域である。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＧ１定常領域（例えば、ＩＧＨＶ１～５）である。
【0102】
いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域は、κ定常領域及びλ定常領域からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域は、κ定常領域である。
【0103】
いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域はＩｇＧ１定常領域であり、抗体軽鎖定常領域はκ定常領域である。
【0104】
いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号３８と少なくとも約６０％同一である。例えば、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号３８と少なくとも約６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号３８と少なくとも約７０％又は少なくとも約８０％同一である。配列番号３８として特定される配列を以下に示す：
【化7】
【0105】
いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号３９又は配列番号４０と少なくとも約６０％同一である。例えば、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号３９又は配列番号４０と少なくとも約６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号３９又は配列番号４０と少なくとも約７０％又は少なくとも約８０％同一である。配列番号３９及び配列番号４０として特定される配列を以下に示す：
ＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号３９）
ＧＱＰＫＡＮＰＴＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＧＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＫＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ（配列番号４０）
ＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号３９）
ＧＱＰＫＡＮＰＴＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＧＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＫＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ（配列番号４０）
【0106】
いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号３８に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個、又は約１～２０、１～１９、２～１９、２～１８、２～１７、３～１７、３～１６、４～１６、４～１５、５～１５、５～１４、６～１４、６～１３、７～１３、７～１２、８～１２、８～１１若しくは９～１１個であり得る。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号３８に対して少なくとも１～１０個のアミノ酸置換を含む。
【0107】
いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号３９又は配列番号４０に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９若しくは２０個、又は約１～２０、１～１９、２～１９、２～１８、２～１７、３～１７、３～１６、４～１６、４～１５、５～１５、５～１４、６～１４、６～１３、７～１３、７～１２、８～１２、８～１１若しくは９～１１個であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号３９又は配列番号４０に対して少なくとも１～１０個のアミノ酸置換を含む。
【0108】
いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、保存的置換である。いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である。
【0109】
いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、単離されたポリペプチドである。いくつかの実施形態において、単離されたポリペプチドは、組換えにより産生される。いくつかの実施形態において、単離されたポリペプチドは、合成により産生される。
【0110】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、異種部分にコンジュゲートされている。「コンジュゲート」という用語は、共有又は非共有相互作用を介して結合することを指す。コンジュゲーションは、適切な連結剤のいずれかを使用することができる。非限定的な例には、ペプチドリンカー、化合物リンカー、及び化学的架橋剤が含まれる。
【0111】
いくつかの実施形態において、異種部分は、治療剤、診断薬、又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態において、異種部分は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヘキサデカン酸、ヒドロゲル、ナノ粒子、多量体化ドメイン、及び担体ペプチドである。
【0112】
いくつかの実施形態において、ナノ粒子は脂質ナノ粒子である。いくつかの実施形態において、ナノ粒子はポリマーナノ粒子である。いくつかの実施形態において、ポリマーは両親媒性ポリマーである。他の実施形態において、ポリマーは、疎水性又は親水性ポリマーである。ポリマーの非限定的な例には、ポリ（乳酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－ｄ－α－トコフェリルポリエチレングリコールコハク酸塩、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－エチレンオキシドフマル酸塩、ポリ（グリコール酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリカプロラクトン－ポリ（エチレングリコール）、又はそれらの塩が含まれる。いくつかの実施形態において、ポリマーナノ粒子は、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）を含む。
【0113】
いくつかの実施形態において、担体ポリペプチドは、アルブミン又はＦｃポリペプチドである。
【0114】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの受容体結合ドメインのエピトープに結合できるか；
ｂ）１０μＭ以下の親和性でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合するか；
ｃ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合を低減するか；又は
ｄ）ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減するか、
又は前述の任意の組み合わせ
である。
ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの受容体結合ドメインのエピトープに結合できるか；
ｂ）１０μＭ以下の親和性でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合するか；
ｃ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合を低減するか；又は
ｄ）ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減するか、
又は前述の任意の組み合わせ
である。
【0115】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの受容体結合ドメインのエピトープに結合することができる。
【0116】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、約１０μＭ以下の結合定数（ＫＤ）でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに結合する。本明細書で使用される場合、「結合定数」、「平衡解離定数」又は「親和定数」とも呼ばれる「ＫＤ」という用語は、２つの分子種（例えば、抗体及び標的タンパク質）間の可逆的会合の程度の尺度であり、実際の結合親和性及び見かけの結合親和性の両方を含む。結合親和性は、例えば、表面プラズモン共鳴の測定、例えば、Ｂｉｏｌａｙｅｒバイオレイヤー干渉法（Ｏｃｔｅｔ，ＦｏｒｔｅＢｉｏ）又は表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ）システム及びアッセイを含む、当技術分野で公知の方法を使用して決定することができる。結合親和性及び動態を測定するための様々な表面技術を比較する参考文献は、Ｙａｎｇ，Ｄ．，Ｓｉｎｇｈ，Ａ．，Ｗｕ，Ｈ．，＆Ｋｒｏｅ－Ｂａｒｒｅｔｔ，Ｒ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ｐｌａｔｆｏｒｍｓ ｉｎ ｔｈｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｉｇｈ ａｆｆｉｎｉｔｙ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ａｎｔｉｇｅｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｋｉｎｅｔｉｃｓ，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ５０８：７８－９６（２０１６）であり、その内容は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【0117】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、約５μＭ、２μＭ、１μＭ、５００ｎＭ、２００ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２０ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、０．５ｎＭ、０．２ｎＭ又は０．１ｎＭ以下のＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに結合する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、１００ｎＭ以下のＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に結合する。
【0118】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、約１０－１０～１０－５Ｍ、１０－１０～５×１０－６Ｍ、２×１０－１０～５×１０－６Ｍ、２×１０－１０～２×１０－６Ｍ、５×１０－１０～２×１０－６Ｍ、５×１０－１０～１０－７Ｍ、１０－９～１０－７Ｍ、１０－９～５×１０－８Ｍ、２×１０－９～５×１０－８Ｍ、２×１０－９～２×１０－８Ｍ、５×１０－９～２×１０－８Ｍ又は５×１０－９～１０－８ＭのＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに結合する。
【0119】
いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、全長ＩｇＧ１抗体）は、約１０－６Ｍ以下、例えば、約５００ｎＭ、２００ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２０ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、０．５ｎＭ、０．２ｎＭ若しくは０．１ｎＭ以下；又は約１０－１０～１０－６Ｍ、１０－１０～５×１０－７Ｍ、２×１０－１０～５×１０－７Ｍ、２×１０－１０～２×１０－７Ｍ、５×１０－１０～２×１０－７Ｍ、５×１０－１０～１０－７Ｍ、１０－９～１０－７Ｍ、１０－９～５×１０－８Ｍ、２×１０－９～５×１０－８Ｍ、２×１０－９～２×１０－８Ｍ、５×１０－９～２×１０－８Ｍ若しくは５×１０－９～１０－８ＭのＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ５エピトープ）又はそのバリアントに結合する。
【0120】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、約１０μＭ以下のＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクに結合する。いくつかの実施形態において、ＫＤは、約５μＭ、２μＭ、１μＭ、５００ｎＭ、２００ｎＭ、１００ｎＭ、５０ｎＭ、２０ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、２ｎＭ、１ｎＭ、０．５ｎＭ、０．２ｎＭ又は０．１ｎＭ以下である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、約１０－１０～１０－５Ｍ、１０－１０～５×１０－６Ｍ、２×１０－１０～５×１０－６Ｍ、２×１０－１０～２×１０－６Ｍ、５×１０－１０～２×１０－６Ｍ、５×１０－１０～１０－７Ｍ、１０－９～１０－７Ｍ、１０－９～５×１０－８Ｍ、２×１０－９～５×１０－８Ｍ、２×１０－９～２×１０－８Ｍ、５×１０－９～２×１０－８Ｍ又は５×１０－９～１０－８ＭのＫＤでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクに結合する。
【0121】
いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、全長ＩｇＧ１抗体）は、約１０６／Ｍｓ以下、例えば、約５×１０５／Ｍｓ、２×１０５／Ｍｓ、１０５／Ｍｓ、５×１０４／Ｍｓ、２×１０４／Ｍｓ、１０４／Ｍｓ以下、又は約１０４～１０６／Ｍｓ、１０４～５×１０５／Ｍｓ、２×１０４～５×１０５／Ｍｓ、２×１０４～２×１０５／Ｍｓ、５×１０４～２×１０５／Ｍｓ若しくは５×１０４～１０５／Ｍｓの結合定数でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ５エピトープ）又はそのバリアントに結合する。
【0122】
いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、全長ＩｇＧ１抗体）は、約１０－２／ｓ以下、例えば、約８×１０－３／ｓ、６×１０－３／ｓ、４×１０－３／ｓ、２×１０－３／ｓ、１０－３／ｓ、８×１０－４／ｓ、６×１０－４／ｓ、４×１０－４／ｓ、２×１０－４／ｓ、１０－４／ｓ、８×１０－５／ｓ、６×１０－５／ｓ、４×１０－５／ｓ、２×１０－５／ｓ、１０－５／ｓ、８×１０－６／ｓ、６×１０－６／ｓ、４×１０－６／ｓ、２×１０－６／ｓ若しくは１０－６／ｓ以下；又は約１０－６～１０－２／ｓ、２×１０－６～１０－２／ｓ、２×１０－６～５×１０－３／ｓ、５×１０－６～５×１０－３／ｓ、５×１０－６～２×１０－３／ｓ、１０－５～２×１０－３／ｓ、１０－５～１０－３／ｓ、２×１０－５～１０－３／ｓ、２×１０－５～５×１０－４／ｓ、５×１０－５～５×１０－４／ｓ、５×１０－５～２×１０－４／ｓ若しくは１０－４～２×１０－４／ｓの解離定数でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ５エピトープ）又はそのバリアントに結合する。
【0123】
いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、全長ＩｇＧ１抗体）は、約０．０５以上、例えば、約０．１、０．１５、０．２、０．２５、０．３、０．３５、０．４、０．４５、０．５、０．５５、０．６、０．６５、０．７、０．７５若しくは０．８以上；又は約０．１～０．８、０．１５～０．８、０．１５～０．７５、０．２～０．７５、０．２～０．７、０．２５～０．７、０．２５～０．６５、０．３～０．６５、０．３～０．６、０．３５～０．６、０．３５～０．５５、０．４～０．５５若しくは０．４～０．５のＲｍａｘでＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ５エピトープ）又はそのバリアントに結合する。
【0124】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの侵入受容体（例えば、ＡＣＥ２）への結合を低減する。
【0125】
いくつかの実施形態において、侵入受容体は、ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２は、哺乳動物ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２は、霊長類ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、霊長類ＡＣＥ２は、ヒトＡＣＥ２（ＧｅｎｅＩＤ５９２７２；例示的なタンパク質配列ＮＰ＿００１３５８３４４．１）である。いくつかの実施形態において、霊長類ＡＣＥ２は、チンパンジーＡＣＥ２（例えば、Ａ０Ａ２Ｊ８ＫＵ９６、ＸＰ＿０１６７９８４６８．１、ＸＰ＿０１６７９８４６９．１、ＰＮＩ３８５７８．１）、マカクＡＣＥ２（例えば、Ｂ６ＤＵＦ２、ＮＰ＿００１１２９１６８．１、ＸＰ＿０２４６４７４５０．１）、カニクイザルＡＣＥ２（例えば、Ａ０Ａ２Ｋ５Ｘ２８３、ＸＰ＿００５５９３０９４．１）及びそれらの組み合わせからなる群から選択される非ヒト霊長類ＡＣＥ２である。
【0126】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクのその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）への結合を少なくとも約１０％低減する。例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％減少させる。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクのＡＣＥ２への結合を少なくとも約３０％低減する。
【0127】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクとその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの非存在下での結合のレベルに対して約９０％未満、例えば、約８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％又は１％未満である。
【0128】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクとその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの非存在下での結合のレベルに対して約１～９０％、例えば、ポリペプチドの非存在下での結合のレベルに対して約２～９０％、２～８５％、３～８５％、３～８０％、４～８０％、４～７５％、５～７５％、５～７０％、６～７０％、６～６５％、７～６５％、７～６０％、８～６０％、８～５５％、９～５５％、９～５０％、１０～５０％、１０～４５％、１５～４５％、１５～４０％、２０～４０％、２０～３５％、２５～３５％又は２５～３０％である。
【0129】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１スパイクのその細胞標的受容体への結合を少なくとも約１０％低減する。例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％減少させる。
【0130】
いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、全長ＩｇＧ１抗体）は、ヒト宿主細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染性を約２５，０００ｎｇ／ｍＬ以下、例えば、約２０，０００ｎｇ／ｍＬ、１５，０００ｎｇ／ｍＬ、１０，０００ｎｇ／ｍＬ、５，０００ｎｇ／ｍＬ、２，５００ｎｇ／ｍＬ、１，０００ｎｇ／ｍＬ、７５０ｎｇ／ｍＬ、５００ｎｇ／ｍＬ、２５０ｎｇ／ｍＬ、１００ｎｇ／ｍＬ、７５ｎｇ／ｍＬ、５０ｎｇ／ｍＬ、２５ｎｇ／ｍＬ又は１０ｎｇ／ｍＬ以下；例えば、１０～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、１０～２０，０００ｎｇ／ｍＬ、２５～２０，０００ｎｇ／ｍＬ、２５～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、５０～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、５０～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、７５～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、７５～５，０００ｎｇ／ｍＬ、１００～５，０００ｎｇ／ｍＬ、１００～２，５００ｎｇ／ｍＬ、２５０～２，５００ｎｇ／ｍＬ、２５０～１，０００ｎｇ／ｍＬ、５００～１，０００ｎｇ／ｍＬ又は５００～７５０ｎｇ／ｍＬのＩＣ５０で中和する。
【0131】
いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、全長ＩｇＧ１抗体）は、ヒト宿主細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染性を約５０，０００ｎｇ／ｍＬ以下、例えば、約２５，０００ｎｇ／ｍＬ、１５，０００ｎｇ／ｍＬ、１０，０００ｎｇ／ｍＬ、５，０００ｎｇ／ｍＬ、２，５００ｎｇ／ｍＬ、１，０００ｎｇ／ｍＬ、７５０ｎｇ／ｍＬ、５００ｎｇ／ｍＬ、２５０ｎｇ／ｍＬ、１００ｎｇ／ｍＬ、７５ｎｇ／ｍＬ、５０ｎｇ／ｍＬ、２５ｎｇ／ｍＬ又は１０ｎｇ／ｍＬ以下；例えば、１０～５０，０００ｎｇ／ｍＬ、１０～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、２５～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、２５～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、５０～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、５０～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、７５～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、７５～５，０００ｎｇ／ｍＬ、１００～５，０００ｎｇ／ｍＬ、１００～２，５００ｎｇ／ｍＬ、２５０～２，５００ｎｇ／ｍＬ、２５０～１，０００ｎｇ／ｍＬ、５００～１，０００ｎｇ／ｍＬ又は５００～７５０ｎｇ／ｍＬのＩＣ８０で中和する。
【0132】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主プロテアーゼ（例えば、ＩＩ型膜貫通型セリンプロテアーゼ（ＴＭＰＲＳＳ２））への結合を低減する。理論に拘束されるものではないが、主要標的細胞でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの活性化及び最初のウイルス侵入を媒介する主な宿主プロテアーゼは、ＴＭＰＲＳＳ２である。
【0133】
いくつかの実施形態において、宿主プロテアーゼは、ＴＭＰＲＳＳ２である。いくつかの実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ２は、哺乳動物ＴＭＰＲＳＳ２である。いくつかの実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ２は、霊長類ＴＭＰＲＳＳ２、例えば、ヒトＴＭＰＲＳＳ２又は非ヒト霊長類ＴＭＰＲＳＳ２（例えば、チンパンジーＴＭＰＲＳＳ２、マカクＴＭＰＲＳＳ２又はカニクイザルＴＭＰＲＳＳ２）である。
【0134】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）への結合を、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％低減する。
【0135】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの非存在下での結合のレベルに対して約９０％未満、例えば、約８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％又は１％未満である。
【0136】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの非存在下での結合のレベルに対して約１～９０％、例えば、ポリペプチドの非存在下での結合のレベルに対して約２～９０％、２～８５％、３～８５％、３～８０％、４～８０％、４～７５％、５～７５％、５～７０％、６～７０％、６～６５％、７～６５％、７～６０％、８～６０％、８～５５％、９～５５％、９～５０％、１０～５０％、１０～４５％、１５～４５％、１５～４０％、２０～４０％、２０～３５％、２５～３５％又は２５～３０％である。
【0137】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の侵入を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主細胞への侵入を、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％低減する。
【0138】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を、少なくとも約３０％低減する。
【0139】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を、少なくとも約３０％低減する。
【0140】
感染性又は再感染は、シュードタイプウイルス中和アッセイ又は生ウイルス中和アッセイなどの技術を使用して測定できる（例えば、Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ａ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ａｎｔｉｂｏｄｙ，Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－９５（２０２０）を参照、この内容は参照により本明細書に組み込まれる）。キット、例えば、ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ ｃＰａｓｓ（商標）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体検出キットは、製造元のプロトコルに従って使用できる。
【0141】
いくつかの実施形態において、宿主細胞は、肺ＩＩ型肺細胞、回腸吸収腸細胞、鼻杯分泌細胞、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【0142】
融合タンパク質
別の態様において、本発明は、本明細書に記載される１つ以上のポリペプチドを含む融合タンパク質を提供する。
別の態様において、本発明は、本明細書に記載される１つ以上のポリペプチドを含む融合タンパク質を提供する。
【0143】
「融合タンパク質」という用語は、合成、半合成、又は組換えの単一タンパク質分子を指す。融合タンパク質は、共有結合（例えば、ペプチド結合）によって結合される２つ以上の異なるタンパク質及び／又はポリペプチドの全部又は一部を含み得る。
【0144】
本発明の融合タンパク質は、当技術分野で周知の通常の方法及び試薬を使用して、組換え又は合成により産生することができる。例えば、本発明の融合タンパク質は、当技術分野で公知の方法に従って、適切な宿主細胞（例えば、細菌）において組換えにより産生することができる。例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９２；及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓを参照されたい。例えば、本明細書に記載の融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子は、適切な宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））において導入及び発現することができ、発現された融合タンパク質は、通常の方法及び容易に入手可能な試薬を使用して、宿主細胞（例えば、封入体中）から単離／精製することができる。例えば、異なるタンパク質配列（例えば、光応答性ドメイン、異種ペプチド成分）をコードするＤＮＡ断片は、従来の技術に従って、インフレームで一緒に連結することができる。別の実施形態において、融合遺伝子は、自動化されたＤＮＡシンセサイザーを含む従来技術によって合成することができる。或いは、核酸断片のＰＣＲ増幅は、２つの連続する核酸断片間に相補的なオーバーハングを生じさせるアンカープライマーを使用して実行でき、その後、アニーリング及び再増幅してキメラ核酸配列を生成できる（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９２を参照されたい）。
【0145】
核酸、発現ベクター、発現宿主細胞
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、単一のポリヌクレオチドによってコードされる。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、複数のポリヌクレオチドによってコードされる。
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、単一のポリヌクレオチドによってコードされる。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、複数のポリヌクレオチドによってコードされる。
【0146】
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、選択された宿主細胞に対してコドン最適化されたヌクレオチド配列を含む。
【0147】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチドのいずれか１つ以上を含む発現ベクターを提供する。
【0148】
「発現ベクター」という用語は、発現ベクターが適切な発現宿主細胞に形質転換されるときに１つ以上のタンパク質を発現させることができる複製可能な核酸を指す。
【0149】
いくつかの実施形態において、発現ベクターは、ポリヌクレオチドに作動可能に連結された発現制御ポリヌクレオチド配列、選択マーカーをコードするポリヌクレオチド配列、又はその両方をさらに含む。いくつかの実施形態において、発現制御ポリヌクレオチド配列は、プロモーター配列、エンハンサー配列、又はその両方を含む。いくつかの実施形態において、発現制御ポリヌクレオチド配列は、誘導性プロモーター配列を含む。「プロモーター」という用語は、ＲＮＡポリメラーゼが結合して遺伝子の転写を開始するＤＮＡの領域を指す。「作動可能に連結された」という用語は、核酸が、それが連結されたエレメント（例えば、プロモーター）の制御下で核酸の発現を可能にするような方法で、組換えポリヌクレオチド、例えば、ベクターに配置されることを意味する。「選択マーカーエレメント」という用語は、人為選択に適した形質を与えるエレメントである。選択可能なマーカーエレメントは、ネガティブ又はポジティブ選択マーカーであり得る。
【0150】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチド又は発現ベクターのいずれか１つ以上を含む発現宿主細胞を提供する。
【0151】
「発現宿主細胞」という用語は、ベクターを受け取り、維持し、複製し、及び／又は増幅するのに有用な細胞を指す。
【0152】
発現宿主細胞の非限定的な例には、ハイブリドーマ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などの哺乳動物細胞、ＣＯＳ細胞、ヒト胚性腎臓（ＨＥＫ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）細胞などの酵母細胞、又はＤＨ５αなどの細菌細胞などが含まれる。
【0153】
組成物
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、組成物は医薬組成物である。
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、組成物は医薬組成物である。
【0154】
いくつかの実施形態において、組成物（例えば、医薬組成物）は、薬学的に許容される担体、賦形剤、安定剤、希釈剤又は強壮剤をさらに含む（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））。適切な薬学的に許容される担体、賦形剤、又は安定剤は、使用される投与量及び濃度でレシピエントに対して無毒である。薬学的に許容される担体、賦形剤、安定剤、希釈剤又は強壮剤の非限定的な例には、緩衝剤（例えば、リン酸塩、クエン酸塩、ヒスチジン）、抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸又はメチオニン）、防腐剤、タンパク質（例えば、血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン）；親水性ポリマー、アミノ酸、炭水化物（例えば、単糖、二糖、グルコース、マンノース又はデキストリン）；キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）、糖（例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール）、塩形成対イオン（例えば、ナトリウム）、金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質複合体）；非イオン性界面活性剤（例えば、Ｔｗｅｅｎ）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が含まれる。
【0155】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物（例えば、医薬組成物）は、適切な投与スケジュール及び経路のために製剤化される。投与経路の非限定的な例には、経口、直腸、粘膜、静脈内、筋肉内、皮下及び局所などが含まれる。いくつかの実施形態において、本発明の組成物（例えば、医薬組成物）は、水溶液又は乾燥製剤（例えば、凍結乾燥）の形態で保存される。
【0156】
いくつかの実施形態において、組成物は、注入（例えば、静脈内注入）によって投与されるように製剤化される。
【0157】
いくつかの実施形態において、組成物は、組み合わせ治療として第２の治療剤とともに投与されるように製剤化される。
【0158】
使用方法
別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、及び有効成分としては本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性を低減する方法を提供する。
別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、及び有効成分としては本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性を低減する方法を提供する。
【0159】
いくつかの実施形態において、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性は、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％低減される。
【0160】
いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下での対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性は、ポリペプチドの非存在下での可能性に対して約１～９０％であり、例えば、約２～９０％、２～８５％、３～８５％、３～８０％、４～８０％、４～７５％、５～７５％、５～７０％、６～７０％、６～６５％、７～６５％、７～６０％、８～６０％、８～５５％、９～５５％、９～５０％、１０～５０％、１０～４５％、１５～４５％、１５～４０％、２０～４０％、２０～３５％、２５～３５％又は２５～３０％である。
【0161】
「対象」又は「患者」という用語は、動物（例えば、哺乳動物）を指す。本明細書に記載される方法に従って処置される対象は、特定の状態（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）と診断された人、又はそのような状態を発症するリスクのある人であり得る。診断は、当技術分野で公知の任意の方法又は技術によって実施され得る。当業者は、本開示に従って処置される対象が、標準的な試験を受けた可能性があるか、又は検査なしで、疾患又は状態と関連する１つ以上の危険因子の存在に起因する危険性があると特定された可能性があることを理解するであろう。
【0162】
いくつかの実施形態において、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９と診断されている。他の実施形態において、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を発症するリスクがある。
【0163】
いくつかの実施形態において、対象は哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象は、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウマ、ブタ、ヒツジ、ウシ、チンパンジー、マカク、カニクイザル、及びヒトからなる群から選択される哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象は、霊長類である。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。
【0164】
いくつかの実施形態において、対象は、心疾患を有する。いくつかの実施形態において、対象は、先天性心疾患、冠動脈疾患、高血圧性心疾患、炎症性心疾患、肺性心疾患、リウマチ性心疾患、心臓弁膜症、心筋症、心不全、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される心疾患を有する。いくつかの実施形態において、対象は、うっ血性心不全を有する。いくつかの実施形態において、対象は、心内膜炎、心肥大、心筋炎、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される炎症性心疾患を有する。
【0165】
いくつかの実施形態において、対象は、糖尿病を有する。
【0166】
いくつかの実施形態において、対象は、肺疾患を有する。肺疾患の非限定的な例には、急性呼吸窮迫症候群、喘息、気管支炎、ＣＯＰＤ、肺気腫、肺腫瘍、胸膜腔疾患（例えば、胸膜中皮腫又は緊張性気胸）、肺血管疾患（例えば、塞栓症、浮腫、動脈性高血圧症又は出血）、気道感染症（例えば、肺炎又はその他の上気道又は下気道感染症）が含まれる。
【0167】
いくつかの実施形態において、対象は、タバコの喫煙者である。
【0168】
いくつかの実施形態において、対象は、免疫無防備状態である（例えば、基礎疾患を有するか、又は免疫抑制療法を受けている）。
【0169】
いくつかの実施形態において、対象は４０歳以上であり、例えば、少なくとも４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０歳である。
【0170】
「治療有効量」、「有効量」又は「有効投与量」は、所望の治療結果（例えば、生理反応又は状態などの処置、治癒、阻害又は改善）を達成するために、必要な投与量及び期間で、有効な量である。完全な治療効果は、必ずしも１用量の投与で生じるとは限らず、一連の用量の投与後にのみ生じ得る。したがって、治療有効量は、１回以上の投与で投与され得る。治療有効量は、哺乳動物の疾患状態、年齢、性別、及び体重、投与様式、並びに個体において所望の応答を誘発するための治療剤又は治療剤の組み合わせの能力などの要因に従って変化し得る。
【0171】
投与される薬剤の有効量は、本明細書で提供されるガイダンス及び当技術分野で公知の他の方法を使用して、当業者の臨床医によって決定され得る。関連する要因には、所与の薬剤、医薬製剤、投与経路、疾患又は障害のタイプ、対象のアイデンティティ（例えば、年齢、性別、体重）又は処置される宿主が含まれる。例えば、適切な投与量は、処置あたり、約０．００１ｍｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇから約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇから約１ｍｇ／ｋｇ体重であり得る。特定の薬剤、対象及び疾患に対する投与量を決定することは、十分に当業者の能力の範囲内である。好ましくは、投与量は、有害な副作用を引き起こさないか、又はそれを最小限に抑える。
【0172】
所望の応答又は所望の結果は、細胞レベル、組織レベル、又は臨床結果での効果を含む。したがって、「治療有効量」又はその同義語は、それが適用される文脈に依存する。例えば、いくつかの実施形態において、これは、組成物の投与なしで得られる応答と比較して、処置応答を達成するのに十分な量の組成物である。他の実施形態において、これは、対象において対照と比較して有益な又は望ましい結果を生じる量である。本明細書で定義されるように、本開示の組成物の治療有効量は、当技術分野で公知の通常の方法により、当業者によって容易に決定され得る。投与レジメン及び投与経路は、最適な治療反応を提供するように調整され得る。
【0173】
いくつかの実施形態において、方法は、予防療法に使用される。いくつかの実施形態において、有効投与量は、対象のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を予防するのに十分である。
【0174】
いくつかの実施形態において、方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するために使用される。「処置」又は「処置すること」という用語は、疾患、病状、又は障害（本明細書に例示される特定の適応症など）を改善、緩和、安定化し（すなわち、悪化させず）、予防又は治癒することを目的とした対象の医学的管理を指す。この用語には、積極的処置（疾患、病状、又は障害を改善することに向けられた処置）、原因処置（関連する疾患、病状、又は障害の原因に向けられた処置）、緩和処置（症状を緩和するために設計された処置）、予防的処置（関連する疾患、病状、又は障害の発症を最小限に抑えるか、又は部分的若しくは完全に阻害することに向けられた処置）；及び補助的処置（別の療法を補うために利用される処置）が含まれる。処置には、検出可能又は検出不可能な、疾患又は状態の程度の減少；疾患又は状態の拡大の予防；疾患又は状態の進行の遅延又は減速；疾患又は状態の改善又は緩和；及び寛解（部分又は完全）も含まれる。疾患又は状態を「改善すること」又は「緩和すること」とは、処置の非存在下での程度又は時間経過と比較して、疾患、障害、又は状態の程度及び／又は望ましくない臨床症状が軽減され、及び／又は進行の時間経過が減速するか又は長くなることを意味する。「処置」はまた、処置を受けていない場合に期待される生存と比較して生存を延長することを意味し得る。処置が必要な人には、すでにその状態若しくは障害を有する人、及びその状態若しくは障害を生じやすい人、又はその状態若しくは障害を予防すべき人が含まれる。
【0175】
いくつかの実施形態において、有効投与量は、対象におけるウイルス量を低減するのに十分である。いくつかの実施形態において、ウイルス量の低減は、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％である。いくつかの実施形態において、ウイルス量の低減は、約１０～９９％、例えば、約１０～９８％、１５～９８％、１５～９７％、２０～９７％、２０～９６％、２５～９６％、２５～９５％、３０～９５％、３０～９４％、３５～９４％、３５～９３％、４０～９３％、４０～９２％、４５～９２％、４５～９１％、５０～９１％、５０～９０％、５５～９０％、５５～８５％、６０～８５％、６０～８０％、６５～８０％、６５～７５％、又は７０～７５％である。
【0176】
いくつかの実施形態において、有効投与量は、ウイルスのその標的タンパク質、標的細胞、又はその両方への結合を阻害するのに十分である。いくつかの実施形態において、結合の低減は、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％である。いくつかの実施形態において、結合の低減は、約１０～９９％、例えば、約１０～９８％、１５～９８％、１５～９７％、２０～９７％、２０～９６％、２５～９６％、２５～９５％、３０～９５％、３０～９４％、３５～９４％、３５～９３％、４０～９３％、４０～９２％、４５～９２％、４５～９１％、５０～９１％、５０～９０％、５５～９０％、５５～８５％、６０～８５％、６０～８０％、６５～８０％、６５～７５％、又は７０～７５％である。
【0177】
いくつかの実施形態において、有効投与量は、標的細胞とのウイルス媒介性融合を阻害するのに十分である。いくつかの実施形態において、融合の低減は、少なくとも約１０％、例えば、少なくとも約１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％である。いくつかの実施形態において、融合の低減は、約１０～９９％、例えば、約１０～９８％、１５～９８％、１５～９７％、２０～９７％、２０～９６％、２５～９６％、２５～９５％、３０～９５％、３０～９４％、３５～９４％、３５～９３％、４０～９３％、４０～９２％、４５～９２％、４５～９１％、５０～９１％、５０～９０％、５５～９０％、５５～８５％、６０～８５％、６０～８０％、６５～８０％、６５～７５％、又は７０～７５％である。
【0178】
いくつかの実施形態において、有効投与量は、細胞感染性に必要なウイルスエンベロープタンパク質の立体構造変化に干渉するのに十分である。
【0179】
本明細書に記載の治療剤は、化合物及び処置される特定の疾患によって、例えば、経口、食事、局所、経皮、直腸、非経口（例えば、動脈内、静脈内、筋肉内、皮下注射、皮内注射）、静脈内注入及び吸入（例えば、気管支内、鼻腔内又は経口吸入、鼻腔内点鼻）投与経路を含む、様々な投与経路を介して投与することができる。投与は、示されているように、局所又は全身であり得る。好ましい投与様式は、選択された特定の化合物に応じて変化し得る。
【0180】
いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物、又は医薬組成物は、１つ以上の追加の治療剤と組み合わせて（例えば、１つ以上の追加の治療剤と同時に又は連続して）対象に投与される。いくつかの実施形態において、対象は、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物、又は医薬組成物を投与される前に、１つ以上の治療剤で以前に処置されている。いくつかの実施形態において、方法は、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物、又は医薬組成物の投与と同時に、又はその後に、治療有効量の１つ以上の追加の治療剤を対象に投与することをさらに含む。
【0181】
追加の治療剤の非限定的な例には、抗生物質（例えば、アジスロマイシン）、抗体又はその抗原結合断片（例えば、他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク結合ペプチド）、抗マラリア剤（例えば、クロロキン又はヒドロキシクロロキン）、抗ウイルス剤（例えば、ファビピラビル、ロピナビル及び／又はリトナビル）、サイトカイン（例えば、インターフェロンベータ－１ａなどの１型インターフェロン）、ヌクレオチド類似体（例えば、レムデシビル）、プロテアーゼ阻害剤（例えば、ダノプレビル）、レニン－アンジオテンシン－アルドステロン系阻害剤（例えば、ＡＣＥ２阻害剤又はアンジオテンシン受容体遮断剤（ＡＲＢ））が含まれる。
【0182】
いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、アマンタジン、ファビピラビル、ロピナビル、オセルタミビル（タミフル）、プレコナリル、リマンタジン、リトナビル、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するアンチセンスＲＮＡ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するｓｉＲＮＡ、追加の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【0183】
いくつかの実施形態において、追加の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＲＢＤを標的とする。いくつかの実施形態において、追加の抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体は、中和モノクローナル抗体である。抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体の非限定的な例には、バムラニビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ５５５又はＬＹ３８１９２５３）、エテセビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ０１６又はＬＹ３８３２４７９）、カシリビマブ（ＲＥＧＮ１０９３３）、及びイムデビマブ（ＲＥＧＮ１０９８７）が含まれる。例えば、ｗｗｗ．ｃｏｖｉｄ１９ｔｒｅａｔｍｅｎｔｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｔｈｅｒａｐｉｅｓ／ａｎｔｉ－ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ａｎｔｉ－ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ－ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓを参照されたい。
【0184】
いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２阻害剤は、ＡＣＥ２に対するＲＮＡｉ、ＡＣＥ２に対するｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２のＣＲＩＳＰＲベースの阻害剤、可溶性ＡＣＥ２、可溶性ＡＣＥ２バリアント、抗ＡＣＥ２抗体、ワクチン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗生物質は、アジスロマイシンである。いくつかの実施形態において、抗マラリア剤は、クロロキン又はヒドロキシクロロキンを含む。いくつかの実施形態において、ワクチンは、核酸ワクチン又は不活化ウイルスワクチンである。いくつかの実施形態において、ワクチンは、ｍｒｎａ－１２７３、ＢＮＴ１６２、ＩＮＯ－４８００、ＡＺＤ１２２２、Ａｄ５－ｎＣｏＶ、ＰｉＣｏＶａｃｃ、ＮＶＸ－ＣｏＶ２３７３、又はそれらの組み合わせである。
【0185】
２つ以上の治療剤の投与は、組み合わせ医薬などで、実質的に同時に治療剤を共投与することを包含する。或いは、そのような投与は、各治療剤について、複数の容器又は別個の容器（例えば、カプセル、粉末、及び液体）での共投与を包含する。このような投与は、ほぼ同時に、又は異なる時点での、逐次的な様式での各タイプの治療剤の使用も包含する。本明細書に記載の組成物及び第２の治療剤は、同じ投与経路又は異なる投与経路を介して投与することができる。
【0186】
別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、及び有効成分としては本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防する方法を提供する。
【0187】
別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、及び有効成分としては本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法を提供する。
【0188】
別の態様において、本発明は、薬学的に許容される担体、及び有効成分としては本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルス量を低減する方法を提供する。
【0189】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つの有効量を標的細胞に接触させることを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の標的細胞への結合を阻害する方法を提供する。
【0190】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つの有効量を標的細胞に接触させることを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の標的細胞上の標的タンパク質への結合を阻害する方法を提供する。
【0191】
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つの有効量を標的細胞に接触させることを含む、標的細胞とのウイルス媒介性融合を阻害する方法を提供する。
【0192】
別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語、表記法、及びその他の科学用語又は専門用語は、本発明に関連する当業者によって一般的に理解される意味を有することを意図している。場合によっては、一般的に理解されている意味を有する用語が、明確性のため及び／又は参照しやすいように本明細書で定義されており、本明細書におけるそのような定義の包含は、必ずしも当技術分野で一般的に理解されているものとの実質的な違いを表すと解釈されるべきではない。一般的に使用される辞書で定義されているものなどの用語は、関連技術の文脈における意味と一致する意味を有するものとして、及び／又は本明細書で別段に定義されるように解釈されるべきであることがさらに理解されよう。
【0193】
本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を説明することのみを目的としており、限定することを意図するものではない。
【0194】
本明細書で使用される場合、不定冠詞「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかにそうでないと示さない限り、複数の参照を含むと理解されるべきである。
【0195】
本明細書及び以下の特許請求の範囲を通じて、文脈による別段の要求がない限り、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」という単語、及び「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などの変形は、例えば、記載された整数若しくはステップ又は整数若しくはステップの群を包含することを意味するが、他の整数若しくはステップ又は整数若しくはステップの群を除外するものではないことが理解されよう。本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」という用語は、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」又は「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」という用語に置き換えることができる。
【0196】
本明細書で使用される場合、「からなる」は、特許請求の範囲の要素で指定されていない任意の要素、ステップ、又は成分を除外する。本明細書で使用される場合、「から本質的になる」は、特許請求の範囲の基本的及び新規な特徴に実質的に影響を及ぼさない材料又はステップを除外するものではない。本発明の態様又は実施形態の文脈において本明細書で使用される場合は常に、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、及び「有する（ｈａｖｉｎｇ）」という用語はいずれも、いくつかの実施形態において、開示の範囲を変更するために、「からなる」又は「から本質的になる」に置き換えることができる。
【0197】
本明細書で使用される場合、複数の列挙された要素の間の接続用語「及び／又は」は、個々の選択肢及び組み合わされた選択肢の両方を包含すると理解される。例えば、２つの要素が「及び／又は」で接続されている場合、第１の選択肢は、第２の要素なしで第１の要素を適用できることを指す。第２の選択肢は、第１の要素なしで第２の要素の適用できることを指す。第３の選択肢は、第１の要素及び第２の要素を一緒に適用できることを指す。これらの選択肢のいずれか１つが意味の範囲内に入り、したがって、本明細書で使用される「及び／又は」という用語の要件を満たすと理解される。複数の選択肢を同時に適用できることも意味の範囲内に入り、したがって、「及び／又は」という用語の要件を満たすと理解される。
【0198】
リストが提示される場合、別段の記載がない限り、そのリストの各個々の要素、及びそのリストの全ての組み合わせが別個の実施形態であることを理解されたい。例えば、「Ａ、Ｂ、又はＣ」として提示された実施形態のリストは、実施形態「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」、「Ａ又はＢ」、「Ａ又はＣ」、「Ｂ又はＣ」又は「Ａ、Ｂ、又はＣ」を含むものとして解釈されるべきである。
【実施例】
【0199】
実施例１．抗原結合分子とＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２スパイク（ＲＢＤ）のＳ１サブユニット受容体結合ドメインとの間の直接結合
目的の分子は、組換えによって発現、精製、及び定量化される。ＥＬＩＳＡプレートは、ＰＢＳ中１μｇ／ｍＬの市販のＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤで一晩コーティングされる。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、３７℃で１時間、ＰＢＳ中５％ＢＳＡで遮断して、非特異的結合を遮断する。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子をＥＬＩＳＡプレートの希釈系列で滴定し、３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、標的分子に特異的な二次抗体（ＨＲＰと結合）を固定希釈でプレートに加える。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的のウェルにＴＭＢ基質を加えて結合を調べる。５～１０分後、酸性停止液で反応を停止させ、プレートリーダーで４５０ｎｍの吸光度を測定することによってシグナルを定量化する。正のシグナルは、陰性対照（典型的には抗体同位体対照）のバックグラウンドに関する吸光度の読み取り値に対応する。結合の半定量的な理解は、標的分子のより大きな希釈での結合の強度を評価することによって推測できる。理論的には、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤに対する親和性がより高い候補分子は、より弱い結合剤と比較して、より高い希釈度でより大きいシグナルを示すはずである。
目的の分子は、組換えによって発現、精製、及び定量化される。ＥＬＩＳＡプレートは、ＰＢＳ中１μｇ／ｍＬの市販のＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤで一晩コーティングされる。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、３７℃で１時間、ＰＢＳ中５％ＢＳＡで遮断して、非特異的結合を遮断する。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子をＥＬＩＳＡプレートの希釈系列で滴定し、３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、標的分子に特異的な二次抗体（ＨＲＰと結合）を固定希釈でプレートに加える。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的のウェルにＴＭＢ基質を加えて結合を調べる。５～１０分後、酸性停止液で反応を停止させ、プレートリーダーで４５０ｎｍの吸光度を測定することによってシグナルを定量化する。正のシグナルは、陰性対照（典型的には抗体同位体対照）のバックグラウンドに関する吸光度の読み取り値に対応する。結合の半定量的な理解は、標的分子のより大きな希釈での結合の強度を評価することによって推測できる。理論的には、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤに対する親和性がより高い候補分子は、より弱い結合剤と比較して、より高い希釈度でより大きいシグナルを示すはずである。
【0200】
実施例２．抗原結合分子は、インビトロでのＲＢＤへの結合についてヒトＡＣＥ２（ｈＡＣＥ２）と競合する。
目的の分子は、組換えによって発現、精製、及び定量化される。ＥＬＩＳＡプレートは、ＰＢＳ中１μｇ／ｍＬの市販のＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤで一晩コーティングされる。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、３７℃で１時間、ＰＢＳ中５％ＢＳＡで遮断して、非特異的結合を遮断する。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子をＥＬＩＳＡプレートの希釈系列で滴定する。同時に、固定濃度の市販のｈＡＣＥ２（ビオチン化）を候補分子と共インキュベートする。ｈＡＣＥ２の固定濃度は、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤへの最大結合の５０％がこのアッセイ形式で経験的に決定される濃度に対応する。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ビオチン化ｈＡＣＥ２に特異的な二次抗体（ＨＲＰと結合したストレプトアビジン）を固定希釈でプレートに加える。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的のウェルにＴＭＢ基質を加えて結合を調べる。５～１０分後、酸性停止液で反応を停止させ、プレートリーダーで４５０ｎｍの吸光度を測定することによってシグナルを定量化する。正のシグナルは、陰性対照（典型的には抗体同位体対照）のバックグラウンドを超える候補分子を含まないウェルと比較した、候補分子を含むウェルの吸光度の減少に対応する。標的分子のｈＡＣＥ２と競合する能力の半定量的な理解は、標的分子のより大きな希釈でのｈＡＣＥ２結合の総減少を評価することによって推測できる。理論的には、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤについてｈＡＣＥ２と競合する能力がより高い候補分子は、能力がより低い分子と比較して、より高い希釈度でより大きいシグナルを示すはずである。
目的の分子は、組換えによって発現、精製、及び定量化される。ＥＬＩＳＡプレートは、ＰＢＳ中１μｇ／ｍＬの市販のＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤで一晩コーティングされる。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、３７℃で１時間、ＰＢＳ中５％ＢＳＡで遮断して、非特異的結合を遮断する。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子をＥＬＩＳＡプレートの希釈系列で滴定する。同時に、固定濃度の市販のｈＡＣＥ２（ビオチン化）を候補分子と共インキュベートする。ｈＡＣＥ２の固定濃度は、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤへの最大結合の５０％がこのアッセイ形式で経験的に決定される濃度に対応する。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ビオチン化ｈＡＣＥ２に特異的な二次抗体（ＨＲＰと結合したストレプトアビジン）を固定希釈でプレートに加える。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、自動プレート洗浄機でプレートを２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的のウェルにＴＭＢ基質を加えて結合を調べる。５～１０分後、酸性停止液で反応を停止させ、プレートリーダーで４５０ｎｍの吸光度を測定することによってシグナルを定量化する。正のシグナルは、陰性対照（典型的には抗体同位体対照）のバックグラウンドを超える候補分子を含まないウェルと比較した、候補分子を含むウェルの吸光度の減少に対応する。標的分子のｈＡＣＥ２と競合する能力の半定量的な理解は、標的分子のより大きな希釈でのｈＡＣＥ２結合の総減少を評価することによって推測できる。理論的には、ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤについてｈＡＣＥ２と競合する能力がより高い候補分子は、能力がより低い分子と比較して、より高い希釈度でより大きいシグナルを示すはずである。
【0201】
実施例３．抗原結合分子は、細胞表面上のＲＢＤへの結合についてｈＡＣＥ２と競合する。
目的の分子は、組換えによって発現、精製、及び定量化される。野生型レベルでｈＡＣＥ２を発現する細胞株を培養し、（表面タンパク質の破壊を防ぐため）トリプシン処理せずに回収し、計数する。一定数の細胞を９６ウェルプレートに加え、希釈系列で滴定した目的の分子とインキュベートする。同時に、固定濃度の市販のＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２（ビオチン化）を候補分子と共インキュベートする。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２の固定濃度は、細胞上のｈＡＣＥ２への最大結合の５０％がこのアッセイ形式で経験的に決定される濃度に対応する。細胞のプレートを暗所で１時間、４℃でインキュベートする。プレートを４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中０．２％ＢＳＡで洗浄する。このプロセスをさらに２回繰り返し、合計３回洗浄する。ビオチン化ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２に特異的な二次抗体（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８と結合したストレプトアビジン）を固定希釈でプレートに加える。細胞のプレートを暗所で１時間、４℃でインキュベートする。プレートを４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中０．２％ＢＳＡで洗浄する。次いで、細胞をＰＢＳ中０．２％ＢＳＡの一定量に再懸濁し、フローサイトメトリーに供する。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤの総結合は、ＦＩＴ－Ｃチャネルの蛍光強度中央値（ＭＦＩ）によって分析される。正のシグナルは、陰性対照（典型的には抗体同位体対照）のバックグラウンドを超える候補分子を含まないウェルと比較した、候補分子を含むウェルのＭＦＩの減少に対応する。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤと競合する能力の半定量的な理解は、標的分子のより大きな希釈でのＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤ ＭＦＩの総減少を評価することによって推測できる。理論的には、ｈＡＣＥ２についてＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤと競合する能力（これはＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤに対する親和性とも考えられる）がより高い候補分子は、能力がより低い分子の希釈度が高いほどより大きいシグナルを示すはずである。
目的の分子は、組換えによって発現、精製、及び定量化される。野生型レベルでｈＡＣＥ２を発現する細胞株を培養し、（表面タンパク質の破壊を防ぐため）トリプシン処理せずに回収し、計数する。一定数の細胞を９６ウェルプレートに加え、希釈系列で滴定した目的の分子とインキュベートする。同時に、固定濃度の市販のＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２（ビオチン化）を候補分子と共インキュベートする。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２の固定濃度は、細胞上のｈＡＣＥ２への最大結合の５０％がこのアッセイ形式で経験的に決定される濃度に対応する。細胞のプレートを暗所で１時間、４℃でインキュベートする。プレートを４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中０．２％ＢＳＡで洗浄する。このプロセスをさらに２回繰り返し、合計３回洗浄する。ビオチン化ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２に特異的な二次抗体（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８と結合したストレプトアビジン）を固定希釈でプレートに加える。細胞のプレートを暗所で１時間、４℃でインキュベートする。プレートを４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中０．２％ＢＳＡで洗浄する。次いで、細胞をＰＢＳ中０．２％ＢＳＡの一定量に再懸濁し、フローサイトメトリーに供する。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤの総結合は、ＦＩＴ－Ｃチャネルの蛍光強度中央値（ＭＦＩ）によって分析される。正のシグナルは、陰性対照（典型的には抗体同位体対照）のバックグラウンドを超える候補分子を含まないウェルと比較した、候補分子を含むウェルのＭＦＩの減少に対応する。ＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤと競合する能力の半定量的な理解は、標的分子のより大きな希釈でのＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤ ＭＦＩの総減少を評価することによって推測できる。理論的には、ｈＡＣＥ２についてＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤと競合する能力（これはＳＡＲＳ－Ｃｏｖ－２ ＲＢＤに対する親和性とも考えられる）がより高い候補分子は、能力がより低い分子の希釈度が高いほどより大きいシグナルを示すはずである。
【0202】
実施例４．抗体設計の酵母ディスプレイ特性
抗体は単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）としてフォーマットされ、酵母ディスプレイを使用して結合について試験された。ｃ－ｍｙｃエピトープタグに融合されたｓｃＦｖコンストラクトは、酵母ディスプレイベクターへのクローニングのためのオーバーハングを有するＤＮＡ断片（ＴＷＩＳＴ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）として合成された。ＤＮＡ挿入断片及び消化されたベクターを酵母に形質転換し、完全なプラスミドを相同組換えによってインビボで生成した。細胞は、ｓｃＦｖ発現及び酵母細胞表面上でのディスプレイのために誘導された。誘導された細胞は、ビオチン化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）抗原（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）への結合について染色され、ｓｃＦｖ発現について抗ｃ－ｍｙｃ（Ｅｘａｌｐｈａ）が染色された。結合を示したクローンについて、様々な濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ抗原で滴定曲線を実施することにより、平衡解離定数（ＫＤ）を評価した。ＳＡＲ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合した全てのクローンは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤへの交差反応性結合も示した。結合特異性及びＫＤ値を表２にまとめる。
抗体は単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）としてフォーマットされ、酵母ディスプレイを使用して結合について試験された。ｃ－ｍｙｃエピトープタグに融合されたｓｃＦｖコンストラクトは、酵母ディスプレイベクターへのクローニングのためのオーバーハングを有するＤＮＡ断片（ＴＷＩＳＴ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）として合成された。ＤＮＡ挿入断片及び消化されたベクターを酵母に形質転換し、完全なプラスミドを相同組換えによってインビボで生成した。細胞は、ｓｃＦｖ発現及び酵母細胞表面上でのディスプレイのために誘導された。誘導された細胞は、ビオチン化されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）抗原（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）への結合について染色され、ｓｃＦｖ発現について抗ｃ－ｍｙｃ（Ｅｘａｌｐｈａ）が染色された。結合を示したクローンについて、様々な濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ抗原で滴定曲線を実施することにより、平衡解離定数（ＫＤ）を評価した。ＳＡＲ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合した全てのクローンは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤへの交差反応性結合も示した。結合特異性及びＫＤ値を表２にまとめる。
【0203】
実施例５．全長ＩｇＧの産生
従来の方法を使用して、対応する定常領域を含有する哺乳動物発現ベクターに可変重（ＶＨ）鎖及び可変軽（ＶＬ）鎖をサブクローニングすることにより、ＳｃＦｖコンストラクトを全長ヒト免疫グロブリン１（ＩｇＧ１）に再フォーマットした。抗体は、発現を駆動するＣＭＶプロモーターと、完全に折り畳まれたＩｇＧの上清への分泌を促進するシグナルペプチドとを含有する、鎖あたり１つの発現プラスミドを使用して生成された。哺乳動物発現宿主系（チャイニーズハムスター卵巣－ＣＨＯ Ｓ細胞株など）を、流加産生手順によるカチオン性脂質ベースの一過性トランスフェクション方法論を使用したタンパク質発現に使用した。発現された可溶性全長ＩｇＧは、プロテインＡ親和性樹脂（ＭａｂＳｅｌｅｃｔ Ｓｕｒｅ樹脂，ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅなど）及び水性バッファーを使用した親和性捕捉に基づく精製法を使用して精製された。溶出は低ｐＨ（ｐＨ３．５など）の酸性条件下で実施し、次いで２Ｍ Ｔｒｉｓ塩基を使用してｐＨ７．５に中和した。精製された抗体は、長期保存／凍結のために、水性バッファー（ＮａＣｌを含有するヒスチジンベースのバッファーなど）でさらに安定化された。
従来の方法を使用して、対応する定常領域を含有する哺乳動物発現ベクターに可変重（ＶＨ）鎖及び可変軽（ＶＬ）鎖をサブクローニングすることにより、ＳｃＦｖコンストラクトを全長ヒト免疫グロブリン１（ＩｇＧ１）に再フォーマットした。抗体は、発現を駆動するＣＭＶプロモーターと、完全に折り畳まれたＩｇＧの上清への分泌を促進するシグナルペプチドとを含有する、鎖あたり１つの発現プラスミドを使用して生成された。哺乳動物発現宿主系（チャイニーズハムスター卵巣－ＣＨＯ Ｓ細胞株など）を、流加産生手順によるカチオン性脂質ベースの一過性トランスフェクション方法論を使用したタンパク質発現に使用した。発現された可溶性全長ＩｇＧは、プロテインＡ親和性樹脂（ＭａｂＳｅｌｅｃｔ Ｓｕｒｅ樹脂，ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅなど）及び水性バッファーを使用した親和性捕捉に基づく精製法を使用して精製された。溶出は低ｐＨ（ｐＨ３．５など）の酸性条件下で実施し、次いで２Ｍ Ｔｒｉｓ塩基を使用してｐＨ７．５に中和した。精製された抗体は、長期保存／凍結のために、水性バッファー（ＮａＣｌを含有するヒスチジンベースのバッファーなど）でさらに安定化された。
【0204】
実施例６．全長ＩｇＧの結合速度及び親和性
ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６ｅ装置を使用して、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）で結合速度及び親和性を測定した。抗体は、抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）バイオセンサー上で捕捉された。次に、バイオセンサーを、会合及び解離のためにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の連続希釈物とともにインキュベートした。代表的なデータを表３に示す。
ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６ｅ装置を使用して、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）で結合速度及び親和性を測定した。抗体は、抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）バイオセンサー上で捕捉された。次に、バイオセンサーを、会合及び解離のためにＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）の連続希釈物とともにインキュベートした。代表的なデータを表３に示す。
【0205】
実施例７．材料及び方法
全長ＩｇＧの発現
設計された抗体のＶＨ及びＶＬ配列をコードする逆翻訳ＤＮＡを合成し（Ｔｗｉｓｔ）、Ｇｏｌｄｅｎ Ｇａｔｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を使用して、ＣＭＶプロモーター配列、シグナルペプチド、及び対応する定常領域を含有する、ヒトＧ１＋Ｋ ｃｏｎｔａアイソタイプベクターにクローニングした。製造元の方法（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）に従ってＩｇＧタンパク質をＥｘｐｉＣＨＯ細胞で発現させ、製造元の方法によりＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕｒｅプロテインＡ親和性樹脂（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を使用した親和性クロマトグラフィーで精製した。プロテインＡ親和性精製の後、製造元の推奨する方法に従って、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ２００樹脂（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を使用したサイズ排除クロマトグラフィーによって、抗体をさらに精製した。
全長ＩｇＧの発現
設計された抗体のＶＨ及びＶＬ配列をコードする逆翻訳ＤＮＡを合成し（Ｔｗｉｓｔ）、Ｇｏｌｄｅｎ Ｇａｔｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を使用して、ＣＭＶプロモーター配列、シグナルペプチド、及び対応する定常領域を含有する、ヒトＧ１＋Ｋ ｃｏｎｔａアイソタイプベクターにクローニングした。製造元の方法（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）に従ってＩｇＧタンパク質をＥｘｐｉＣＨＯ細胞で発現させ、製造元の方法によりＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕｒｅプロテインＡ親和性樹脂（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を使用した親和性クロマトグラフィーで精製した。プロテインＡ親和性精製の後、製造元の推奨する方法に従って、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ２００樹脂（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を使用したサイズ排除クロマトグラフィーによって、抗体をさらに精製した。
【0206】
中和アッセイ
事前滴定量のｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を連続希釈したモノクローナル抗体と３７℃で１時間インキュベートした後、９６ウェルプレートのコンフルエントなＶｅｒｏ（ＡＴＣＣＣＣＬ－８１）単層に加えた。感染を５％ＣＯ２中３７℃で１６～１８時間進行させた後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで固定し、１０μｇ／ｍＬのＨｏｅｃｈｓｔで染色した。ＣｅｌｌＩｎｓｉｇｈｔ ＣＸ５イメージャーを使用して細胞を画像化し、全細胞及び緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）を発現する細胞の自動計数によって感染を定量化した。感染は、ヒトＩｇＧアイソタイプ対照とインキュベートしたｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞の平均数に対して正規化された。
事前滴定量のｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を連続希釈したモノクローナル抗体と３７℃で１時間インキュベートした後、９６ウェルプレートのコンフルエントなＶｅｒｏ（ＡＴＣＣＣＣＬ－８１）単層に加えた。感染を５％ＣＯ２中３７℃で１６～１８時間進行させた後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで固定し、１０μｇ／ｍＬのＨｏｅｃｈｓｔで染色した。ＣｅｌｌＩｎｓｉｇｈｔ ＣＸ５イメージャーを使用して細胞を画像化し、全細胞及び緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）を発現する細胞の自動計数によって感染を定量化した。感染は、ヒトＩｇＧアイソタイプ対照とインキュベートしたｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染した細胞の平均数に対して正規化された。
【0207】
ＷＴ及び変異ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の生成
スパイクタンパク質は、ＨｅｘａＰｒｏバックグラウンドを使用して、エピトープビニング研究及び構造生物学のために生成された（細胞外ドメインの残基１４～１２０８（Ｇｅｎｂａｎｋ：ＭＮ９０８９４７）、６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）、並びに北欧のスピルオーバー／スピルバックに関連する全て／大半のバリアントで確立されたＤ６１４Ｇ変異、及び切断部位残基６８２～６８５の置換（「ＲＲＡＲ」（配列番号５３）から「ＧＳＡＳ」（配列番号５４））を含有する。得られたスパイクバリアントを、Ｎ末端ガウシアルシフェラーゼシグナル配列（ＭＧＶＫＶＬＦＡＬＩＣＩＡＶＡＥＡ（配列番号５５））及びＣ末端フォルドン三量体化ドメイン、続いてＨＲＶ－３Ｃ切断部位及びＴｗｉｎ－Ｓｔｒｅｐ－Ｔａｇを含有するｐｈＣＭＶ哺乳動物発現ベクターにクローニングした。プラスミドをＳｔｅｌｌａｒコンピテント細胞に形質転換し、Ｐｌａｓｍｉｄ Ｐｌｕｓ Ｍｉｄｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して単離した。
スパイクタンパク質は、ＨｅｘａＰｒｏバックグラウンドを使用して、エピトープビニング研究及び構造生物学のために生成された（細胞外ドメインの残基１４～１２０８（Ｇｅｎｂａｎｋ：ＭＮ９０８９４７）、６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）、並びに北欧のスピルオーバー／スピルバックに関連する全て／大半のバリアントで確立されたＤ６１４Ｇ変異、及び切断部位残基６８２～６８５の置換（「ＲＲＡＲ」（配列番号５３）から「ＧＳＡＳ」（配列番号５４））を含有する。得られたスパイクバリアントを、Ｎ末端ガウシアルシフェラーゼシグナル配列（ＭＧＶＫＶＬＦＡＬＩＣＩＡＶＡＥＡ（配列番号５５））及びＣ末端フォルドン三量体化ドメイン、続いてＨＲＶ－３Ｃ切断部位及びＴｗｉｎ－Ｓｔｒｅｐ－Ｔａｇを含有するｐｈＣＭＶ哺乳動物発現ベクターにクローニングした。プラスミドをＳｔｅｌｌａｒコンピテント細胞に形質転換し、Ｐｌａｓｍｉｄ Ｐｌｕｓ Ｍｉｄｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して単離した。
【0208】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＨｅｘａＰｒｏスパイクは、Ｆｒｅｅｓｔｙｌｅ ２９３－Ｆ又はＥｘｐｉＣＨＯ－Ｓ細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）に一過性トランスフェクションした。両方の細胞株は、製造元のプロトコルに従って維持及びトランスフェクトされた。簡潔には、２９３－Ｆ細胞を２．０×１０６細胞／ｍＬの密度まで増殖させ、トランスフェクション当日（０日目）に１．０×１０６細胞／ｍＬまで希釈した。プラスミドＤＮＡとポリエチレンイミンをＯｐｔｉ－ＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で混合し、２５分間インキュベートし、次いで細胞に加えた。細胞培養物を３７℃、８％ＣＯ２、１２０ＲＰＭでインキュベートし、５日目に回収した。ＥｘｐｉＣＨＯ培養では、製造元の「高力価（Ｈｉｇｈ Ｔｉｔｅｒ）」プロトコルを使用した。簡潔には、細胞を１×１０７細胞／ｍＬの密度まで増殖させ、トランスフェクション当日（０日目）に６×１０６細胞／ｍＬまで希釈した。製造元の指示に従って、プラスミドＤＮＡとＥｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅをＯｐｔｉ－ＰＲＯ ＳＦＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で混合し、細胞に加えた。１日目に、提案されたプロトコルに従って製造元提供のフィード及びエンハンサーを細胞に供給し、次いで、培養物を３２℃、５％ＣＯ２、１１５ＲＰＭでインキュベートした。７日目にＥｘｐｉＣＨＯ培養物を回収した。全ての培養物を遠心分離によって清澄化し、続いてＢｉｏＬｏｃｋ（ＩＢＡ Ｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｇｏｅｔｔｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を添加し、上清を０．２２μＭ滅菌フィルターに流し、ＴＢＳバッファー（２５ｍＭ Ｔｒｉｓ ｐＨ７．６、２００ｍＭ ＮａＣｌ、０．０２％ ＮａＮ３）で平衡化した５ｍＬ ＳｔｒｅｐＴｒａｐ－ＨＰカラムを使用してＡｅ ＫＴＡ ＧＯ（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）で精製し、５ｍＭ ｄ－デスチオビオチン（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を添加したＴＢＳバッファーで溶出した。ＨＲＶ－３Ｃプロテアーゼを使用してｓｔｒｅｐタグを切断し、ＴＢＳ中のＳｕｐｅｒｄｅｘ ６ ｉｎｃｒｅａｓｅ １０／３００カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ）でのサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）によってタンパク質をさらに精製した。
【0209】
ハイスループット表面プラズモン共鳴（ＨＴ－ＳＰＲ）エピトープビニング
エピトープビニングは、ＣＭＤＰセンサーチップを備えたＣａｒｔｅｒｒａ ＬＳＡ ＳＰＲ装置で、ＨＢＳＴＥ－ＢＳＡランニングバッファー（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ－２０、０．５ｍｇ／ｍｌ ＢＳＡを添加）中、２５℃で、サンドイッチアッセイ形式により実施された。２つのマイクロ流体モジュール、９６チャネルプリントヘッド（９６ＰＨ）及び単一フローセル（ＳＦＣ）を使用して、センサーチップ上にサンプルを送達した。表面処理は、ランニングバッファーとして０．０５％のＴｗｅｅｎ－２０を含む２５ｍＭのＭＥＳ（ｐＨ５．５）で実施した。チップは、新しく調製した１３０ｍＭ １－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）＋３３ｍＭ Ｎ－ヒドロキシスルホスクシンイミド（Ｓｕｌｆｏ－ＮＨＳ）の０．１Ｍ ＭＥＳ（ｐＨ５．５）溶液で、ＳＦＣを使用して活性化された。抗体は、１０ｍＭ酢酸ナトリウム（ｐＨ４．２５）中に希釈して１０μｇ／ｍＬで１０分間、９６ＰＨを使用して固定化した。非反応性エステルは、ＳＦＣを使用して、１Ｍエタノールアミン－ＨＣｌ（ｐＨ８．５）を７分間注入してクエンチした。ランニングバッファー及びサンプル希釈液としてＨＢＳＴＥ－ＢＳＡバッファーを使用して、このアレイに対してビニング分析を実施した。各サイクルでＲＢＤ抗原を５０ｎＭ（１．３μｇ／ｍＬ）で４分間注入し、その後直ちに被検抗体を３０μｇ／ｍＬ（ＩｇＧコンストラクトについて２００ｎＭ）で４分間注入した。表面は、１０ｍＭグリシン（ｐＨ２．０）のダブルパルス（１パルスあたり１７秒）でサイクルごとに再生された。データは、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｔｏｏｌソフトウェア（Ｃａｒｔｅｒｒａ，Ｓａｌｔ Ｌａｋｅ Ｃｉｔｙ，ＵＴ）で処理及び分析された。
エピトープビニングは、ＣＭＤＰセンサーチップを備えたＣａｒｔｅｒｒａ ＬＳＡ ＳＰＲ装置で、ＨＢＳＴＥ－ＢＳＡランニングバッファー（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％ Ｔｗｅｅｎ－２０、０．５ｍｇ／ｍｌ ＢＳＡを添加）中、２５℃で、サンドイッチアッセイ形式により実施された。２つのマイクロ流体モジュール、９６チャネルプリントヘッド（９６ＰＨ）及び単一フローセル（ＳＦＣ）を使用して、センサーチップ上にサンプルを送達した。表面処理は、ランニングバッファーとして０．０５％のＴｗｅｅｎ－２０を含む２５ｍＭのＭＥＳ（ｐＨ５．５）で実施した。チップは、新しく調製した１３０ｍＭ １－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）＋３３ｍＭ Ｎ－ヒドロキシスルホスクシンイミド（Ｓｕｌｆｏ－ＮＨＳ）の０．１Ｍ ＭＥＳ（ｐＨ５．５）溶液で、ＳＦＣを使用して活性化された。抗体は、１０ｍＭ酢酸ナトリウム（ｐＨ４．２５）中に希釈して１０μｇ／ｍＬで１０分間、９６ＰＨを使用して固定化した。非反応性エステルは、ＳＦＣを使用して、１Ｍエタノールアミン－ＨＣｌ（ｐＨ８．５）を７分間注入してクエンチした。ランニングバッファー及びサンプル希釈液としてＨＢＳＴＥ－ＢＳＡバッファーを使用して、このアレイに対してビニング分析を実施した。各サイクルでＲＢＤ抗原を５０ｎＭ（１．３μｇ／ｍＬ）で４分間注入し、その後直ちに被検抗体を３０μｇ／ｍＬ（ＩｇＧコンストラクトについて２００ｎＭ）で４分間注入した。表面は、１０ｍＭグリシン（ｐＨ２．０）のダブルパルス（１パルスあたり１７秒）でサイクルごとに再生された。データは、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｔｏｏｌソフトウェア（Ｃａｒｔｅｒｒａ，Ｓａｌｔ Ｌａｋｅ Ｃｉｔｙ，ＵＴ）で処理及び分析された。
【0210】
Ｏｃｔｅｔ親和性測定
ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６ｅ装置を使用して、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）で結合速度及び親和性を測定した。抗体は、１ｘ Ｋｉｎｅｔｉｃｓ Ｂｕｆｆｅｒｓで１００ｎＭに正規化され、抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）バイオセンサー上で捕捉された。次に、バイオセンサーを、会合及び解離速度を決定するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＡＣＲＯＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｅｗａｒｋ，ＤＥ）の連続希釈物とともにインキュベートした。
ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６ｅ装置を使用して、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）で結合速度及び親和性を測定した。抗体は、１ｘ Ｋｉｎｅｔｉｃｓ Ｂｕｆｆｅｒｓで１００ｎＭに正規化され、抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）バイオセンサー上で捕捉された。次に、バイオセンサーを、会合及び解離速度を決定するために、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＡＣＲＯＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｅｗａｒｋ，ＤＥ）の連続希釈物とともにインキュベートした。
【0211】
参照抗体由来配列のヒト化
参照抗体由来の抗体は、抗ＣｏＶ１マウス抗体に基づいて生成されたため、得られた配列にはマウスフレームワークが含まれていた。所望の結合特性を有する選択された抗体をヒト化手順に供し、それにより、それらのＣＤＲ断片をヒトフレームワークに導入した。
参照抗体由来の抗体は、抗ＣｏＶ１マウス抗体に基づいて生成されたため、得られた配列にはマウスフレームワークが含まれていた。所望の結合特性を有する選択された抗体をヒト化手順に供し、それにより、それらのＣＤＲ断片をヒトフレームワークに導入した。
【0212】
より具体的には、計算的アプローチを使用して、所望のＣＤＲ配列と、治療的に有効性が認められたヒトフレームワークのデータベースとの間の適合性を評価した。これらの最適なフレームワークが特定されると、アルゴリズムは次にフレームワークの調整を提案し、必要に応じて、適合性をさらに改善するためにいくつかのＣＤＲ位置を提案した。対応するヒト化抗体が産生され、例えばそれらの結合親和性及び速度論的特性について、特徴付けられた。
【0213】
実施例８．ＩｇＧ１分子はインビトロでＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２を中和する
９つのＩｇＧ１抗体が、中和研究のためにコロナウイルス免疫療法コンソーシアム（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）に提出された。９つ全てのＩｇＧ１分子は、疑似ＷＴウイルスと真正ＷＴウイルスの両方のＶｅｒｏ単層の感染を遮断する能力を示す。（表４）。
９つのＩｇＧ１抗体が、中和研究のためにコロナウイルス免疫療法コンソーシアム（Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ Ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）に提出された。９つ全てのＩｇＧ１分子は、疑似ＷＴウイルスと真正ＷＴウイルスの両方のＶｅｒｏ単層の感染を遮断する能力を示す。（表４）。
【0214】
ＣＯＶ－２ ＲＢＤにおける新たな変異の感受性を決定するためのさらなる研究のために、１つの抗体、ＡＢ－８が選択された。シュードタイプウイルス中和研究は、複数のヒト及びミンクバリアントに見られる点変異を有するシュードタイプウイルスを用いて実施した。図５に示すように、ＡＢ－８は、－２．５から２．５の間のＩＣ５０倍率変化によって示されるように、大半の変異に対して耐性であった。
【0215】
実施例９．エピトープ及び親和性
可溶性Ｇ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク細胞外ドメイン及び単量体ＲＢＤに対するモノクローナル抗体の親和性を調べた。ハイスループット表面プラズモン共鳴分析を使用して、ＲＢＤと反応する抗体を１１個の異なる「コミュニティ」に分類した。ＲＢＤコミュニティは、同じコミュニティの２つのメンバー間でＳＰＲサンドイッチペアを作ることができないこととして定義され、結合の共有エピトープを示す。ＡＢ－１からＡＢ－９は、別個の「ＲＢＤコミュニティ」エピトープ配列群である「ＲＢＤコミュニティ５」にクラスター化されることがわかった（データは示さず）。表４に示すように、これらの抗体は、標的抗原、Ｇ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク細胞外ドメイン又は単量体ＲＢＤに対してｎＭの親和性を示す。
可溶性Ｇ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク細胞外ドメイン及び単量体ＲＢＤに対するモノクローナル抗体の親和性を調べた。ハイスループット表面プラズモン共鳴分析を使用して、ＲＢＤと反応する抗体を１１個の異なる「コミュニティ」に分類した。ＲＢＤコミュニティは、同じコミュニティの２つのメンバー間でＳＰＲサンドイッチペアを作ることができないこととして定義され、結合の共有エピトープを示す。ＡＢ－１からＡＢ－９は、別個の「ＲＢＤコミュニティ」エピトープ配列群である「ＲＢＤコミュニティ５」にクラスター化されることがわかった（データは示さず）。表４に示すように、これらの抗体は、標的抗原、Ｇ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク細胞外ドメイン又は単量体ＲＢＤに対してｎＭの親和性を示す。
【0216】
実施例１０．ＩｇＧ１ポリペプチドのヒト化
選択されたクローンは、材料及び方法で概説される計算的アプローチを使用してさらにヒト化された。ヒト化がＣＯＶ－２ ＲＢＤへの親和性又は結合傾向を消失させなかったことを確認するために、バイオレイヤー干渉法を使用して、親の「シード」に対する新たにヒト化された配列の親和性を評価した。図６及び図７に概説されるように、クローンのヒト化は、ＣＯＶ－２ ＲＢＤに結合する元のシード配列の能力を除去しなかった。Ｏｃｔｅｔ動的データを表５にまとめる。
選択されたクローンは、材料及び方法で概説される計算的アプローチを使用してさらにヒト化された。ヒト化がＣＯＶ－２ ＲＢＤへの親和性又は結合傾向を消失させなかったことを確認するために、バイオレイヤー干渉法を使用して、親の「シード」に対する新たにヒト化された配列の親和性を評価した。図６及び図７に概説されるように、クローンのヒト化は、ＣＯＶ－２ ＲＢＤに結合する元のシード配列の能力を除去しなかった。Ｏｃｔｅｔ動的データを表５にまとめる。
【0217】
【表1】
【0218】
【表2】
【0219】
【表3】
【0220】
【表4】
【0221】
【表5】
【0222】
【表6】
【0223】
【表7】
【0224】
参考文献
１． Ｂａｕｄ Ｄ，ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｒｅａｌ ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ＣＯＶＩＤ－１９ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．：Ｓ１４７３－３０９９（２０）３０１９５－Ｘ．ｄｏｉ：１０．１０１６／Ｓ１４７３－３０９９（２０）３０１９５－Ｘ．［Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ］．
２． Ｌｉｎｄｓｅｙ Ｒ．Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｅｒｉｃ Ｊ．Ｒｕｂｉｎ（２０２０）Ｃｏｖｉｄ－１９ － Ｔｈｅ Ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｅ２００５４７７．
３． Ｚｉｅｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０２０）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＡＣＥ２ ｉｓ ａｎ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ－ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｉｎ ｈｕｍａｎ ａｉｒｗａｙ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ｉｓ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｉｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｅｌｌ ｓｕｂｓｅｔｓ ａｃｒｏｓｓ ｔｉｓｓｕｅｓ，Ｃｅｌｌ，ＤＯＩ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２０．０４．０３５［Ｊｏｕｒｎａｌ ｐｒｅ－ｐｒｏｏｆ］．
１． Ｂａｕｄ Ｄ，ｅｔ ａｌ．（２０２０）Ｒｅａｌ ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ＣＯＶＩＤ－１９ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ．Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．：Ｓ１４７３－３０９９（２０）３０１９５－Ｘ．ｄｏｉ：１０．１０１６／Ｓ１４７３－３０９９（２０）３０１９５－Ｘ．［Ｅｐｕｂ ａｈｅａｄ ｏｆ ｐｒｉｎｔ］．
２． Ｌｉｎｄｓｅｙ Ｒ．Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｅｒｉｃ Ｊ．Ｒｕｂｉｎ（２０２０）Ｃｏｖｉｄ－１９ － Ｔｈｅ Ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，ｄｏｉ：１０．１０５６／ＮＥＪＭｅ２００５４７７．
３． Ｚｉｅｇｌｅｒ ｅｔ ａｌ．（２０２０）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＡＣＥ２ ｉｓ ａｎ ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ－ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｉｎ ｈｕｍａｎ ａｉｒｗａｙ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌｓ ａｎｄ ｉｓ ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｉｎ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｃｅｌｌ ｓｕｂｓｅｔｓ ａｃｒｏｓｓ ｔｉｓｓｕｅｓ，Ｃｅｌｌ，ＤＯＩ：１０．１０１６／ｊ．ｃｅｌｌ．２０２０．０４．０３５［Ｊｏｕｒｎａｌ ｐｒｅ－ｐｒｏｏｆ］．
【0225】
本明細書で引用された全ての特許、公開された出願及び参考文献の教示は、それらの全体が参照により組み込まれる。
【0226】
例示的な実施形態が特に示され、説明されているが、当業者には、添付の特許請求の範囲に包含される実施形態の範囲から逸脱することなく、形態及び詳細における様々な変更を行うことができることが理解される。
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図3A】
【図3B】
【図4A】
【図4B】
【図5】
【図6】
【図7】
【配列表】
【国際調査報告】