特表 2023-534923 ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を標的にする抗原結合分子

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公表特許公報(A)

(11)【公表番号】

(43)【公表日】2023-08-15

(54)【発明の名称】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を標的にする抗原結合分子

(51)【国際特許分類】

   C12N 15/50 20060101AFI20230807BHJP

   C07K 16/10 20060101ALI20230807BHJP

   C07K 19/00 20060101ALI20230807BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20230807BHJP

   C12N 1/15 20060101ALI20230807BHJP

   C12N 1/19 20060101ALI20230807BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20230807BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20230807BHJP

   C12N 15/62 20060101ALI20230807BHJP

   A61K 39/395 20060101ALI20230807BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20230807BHJP

   A61K 47/60 20170101ALI20230807BHJP

   A61K 47/56 20170101ALI20230807BHJP

   A61K 47/62 20170101ALI20230807BHJP

   A61K 47/54 20170101ALI20230807BHJP

   A61K 47/59 20170101ALI20230807BHJP

   A61P 31/14 20060101ALI20230807BHJP

【ＦＩ】

C12N15/50

C07K16/10 ZNA

C07K19/00

C12N15/63 Z

C12N1/15

C12N1/19

C12N1/21

C12N5/10

C12N15/62 Z

A61K39/395 D

A61K39/395 S

A61K45/00

A61K47/60

A61K47/56

A61K47/62

A61K47/54

A61K47/59

A61P31/14

【審査請求】未請求

【予備審査請求】未請求

(21)【出願番号】P 2023500329

(86)(22)【出願日】2021-07-06

(85)【翻訳文提出日】2023-02-28

(86)【国際出願番号】 US2021040546

(87)【国際公開番号】W WO2022010921

(87)【国際公開日】2022-01-13

(31)【優先権主張番号】63/048,589

(32)【優先日】2020-07-06

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】63/070,035

(32)【優先日】2020-08-25

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(81)【指定国・地域】

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＷＥＥＮ

(71)【出願人】

【識別番号】520445473

【氏名又は名称】フラッグシップ パイオニアリング イノベーションズ シックス，エルエルシー

(74)【代理人】

【識別番号】100078282

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 秀策

(74)【代理人】

【識別番号】100113413

【弁理士】

【氏名又は名称】森下 夏樹

(74)【代理人】

【識別番号】100181674

【弁理士】

【氏名又は名称】飯田 貴敏

(74)【代理人】

【識別番号】100181641

【弁理士】

【氏名又は名称】石川 大輔

(74)【代理人】

【識別番号】230113332

【弁護士】

【氏名又は名称】山本 健策

(72)【発明者】

【氏名】グリゴリアン， ゲボルグ

(72)【発明者】

【氏名】イングラハム， ジョン

(72)【発明者】

【氏名】レオン， チュク ルン

(72)【発明者】

【氏名】フェダーマン， ロス スティーブン

(72)【発明者】

【氏名】グリーン， ロビン ジェフリー

(72)【発明者】

【氏名】ラモス， アレクシス ハイラム

(72)【発明者】

【氏名】タオ， ジェンハン

【テーマコード（参考）】

4B065

4C076

4C084

4C085

4H045

【Ｆターム（参考）】

4B065AA90Y

4B065AA95Y

4B065AB01

4B065AC14

4B065BA02

4B065CA25

4B065CA44

4C076AA95

4C076CC35

4C076CC41

4C076EE59

4C084AA19

4C084NA05

4C084ZB33

4C085AA13

4C085AA14

4C085BB11

4C085EE01

4C085EE03

4H045AA10

4H045AA11

4H045AA20

4H045AA30

4H045BA10

4H045BA41

4H045CA40

4H045DA75

4H045DA76

4H045EA20

4H045FA74

(57)【要約】

本発明は、様々な実施形態において、重症急性呼吸器症候群コロナウイルスのスパイク糖タンパク質（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドを提供する。本発明は、様々な実施形態において、ポリペプチドの１つ以上を含む融合タンパク質、ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、ポリペプチドの発現に適したベクター及び宿主細胞並びにウイルス感染（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）を処置するための方法も提供する。

【特許請求の範囲】

【請求項1】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、
配列番号４及び配列番号９を含む抗体；
配列番号５及び配列番号８を含む抗体；
配列番号６及び配列番号１０を含む抗体；
配列番号２７及び配列番号２８を含む抗体；
配列番号３３及び配列番号４３を含む抗体；
配列番号３４及び配列番号４４を含む抗体；
配列番号３３及び配列番号４５を含む抗体；
配列番号３５及び配列番号４６を含む抗体；
配列番号３６及び配列番号４７を含む抗体；
配列番号３７及び配列番号４８を含む抗体；
配列番号３８及び配列番号４９を含む抗体；
配列番号３９及び配列番号５０を含む抗体；又は
配列番号４０及び配列番号５１を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一であるパラトープを含むポリペプチド。

【請求項2】

免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）及び免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）を含む、請求項１に記載のポリペプチド。

【請求項3】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、
ａ）重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）であって、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）；並びに
ｂ）軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＬＣＤＲ２）及び軽鎖相補性決定領域３（ＬＣＤＲ３）であって、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０又は配列番号５１のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）
を含むポリペプチド。

【請求項4】

配列番号４及び配列番号９を含む抗体；
配列番号５及び配列番号８を含む抗体；
配列番号６及び配列番号１０を含む抗体；
配列番号２７及び配列番号２８を含む抗体；
配列番号３３及び配列番号４３を含む抗体；
配列番号３４及び配列番号４４を含む抗体；
配列番号３３及び配列番号４５を含む抗体；
配列番号３５及び配列番号４６を含む抗体；
配列番号３６及び配列番号４７を含む抗体；
配列番号３７及び配列番号４８を含む抗体；
配列番号３８及び配列番号４９を含む抗体；
配列番号３９及び配列番号５０を含む抗体；又は
配列番号４０及び配列番号５１を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、請求項３に記載のポリペプチド。

【請求項5】

配列番号４及び配列番号９；
配列番号５及び配列番号８；
配列番号６及び配列番号１０；
配列番号２７及び配列番号２８；
配列番号３３及び配列番号４３；
配列番号３４及び配列番号４４；
配列番号３３及び配列番号４５；
配列番号３５及び配列番号４６；
配列番号３６及び配列番号４７；
配列番号３７及び配列番号４８；
配列番号３８及び配列番号４９；
配列番号３９及び配列番号５０；又は
配列番号４０及び配列番号５１
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む、請求項３又は４に記載のポリペプチド。

【請求項6】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、配列番号２を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）を含み、
Ｘ_１は、Ｙではないか；
Ｘ_２は、Ｆではないか；
Ｘ_３は、Ｙではないか；若しくは
Ｘ_４は、Ｓではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、ポリペプチド。

【請求項7】

配列番号７を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）をさらに含み、
Ｘ_５は、Ｙではないか；
Ｘ_６は、Ｓではないか；若しくは
Ｘ_７は、Ｎではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、請求項６に記載のポリペプチド。

【請求項8】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、配列番号２を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）を含み、
Ｘ_１は、Ｙ若しくはＳであるか；
Ｘ_２は、Ｆ若しくはＴであるか；
Ｘ_３は、Ｙ若しくはＶであるか；又は
Ｘ_４は、Ｓ若しくはＨであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、ポリペプチド。

【請求項9】

Ｘ_１は、Ｓであるか；
Ｘ_２は、Ｔであるか；
Ｘ_３は、Ｖであるか；若しくは
Ｘ_４は、Ｈであるか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、請求項８に記載のポリペプチド。

【請求項10】

配列番号７を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）をさらに含み、
Ｘ_５は、Ｙ若しくはＮであるか；
Ｘ_６は、Ｓ若しくはＫであるか；又は
Ｘ_７は、Ｎ若しくはＱであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、請求項８又は９に記載のポリペプチド。

【請求項11】

Ｘ_５は、Ｎであるか；
Ｘ_６は、Ｋであるか；若しくは
Ｘ_７は、Ｑであるか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１０に記載のポリペプチド。

【請求項12】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、配列番号２を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）を含み、
Ｘ_１は、Ｙ若しくはＳであるか；
Ｘ_２は、Ｆ、Ｔ若しくはＬであるか；
Ｘ_３は、Ｙ若しくはＶであるか；又は
Ｘ_４は、Ｓ、Ｈ若しくはＹであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、ポリペプチド。

【請求項13】

Ｘ_１は、Ｓであるか；
Ｘ_２は、Ｔ若しくはＬであるか；
Ｘ_３は、Ｖであるか；又は
Ｘ_４は、Ｈ若しくはＹであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１２に記載のポリペプチド。

【請求項14】

配列番号７を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）をさらに含み、
Ｘ_５は、Ｙ、Ｎ、Ｋ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_６は、Ｓ若しくはＫであるか；又は
Ｘ_７は、Ｎ若しくはＱであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１２又は１３に記載のポリペプチド。

【請求項15】

Ｘ_５は、Ｎ、Ｋ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_６は、Ｋであるか；又は
Ｘ_７は、Ｑであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１４に記載のポリペプチド。

【請求項16】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、配列番号４１を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）を含み、
Ｘ_１は、Ｅ若しくはＧであるか；
Ｘ_２は、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_３は、Ｇ若しくはＳであるか；
Ｘ_４は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_５は、Ｐ若しくはＱであるか；
Ｘ_６は、Ｅ、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_７は、Ｉ若しくはＬであるか；
Ｘ_８は、Ｋ若しくはＱであるか；又は
Ｘ_９は、Ｍ若しくはＴであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、ポリペプチド。

【請求項17】

配列番号５２を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）をさらに含み、
Ｘ_１０は、Ｌ若しくはＶであるか；
Ｘ_１１は、Ａ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_１２は、Ａ若しくはＰであるか；又は
Ｘ_１３は、Ｋ若しくはＮであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１６に記載のポリペプチド。

【請求項18】

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２スパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するポリペプチドであって、配列番号４２を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）を含み、
Ｘ_１は、Ｅ若しくはＱであるか；
Ｘ_２は、Ｍ若しくはＶであるか；
Ｘ_３は、Ａ若しくはＴであるか；
Ｘ_４は、Ｅ若しくはＧであるか；
Ｘ_５は、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_６は、Ｓ若しくはＹであるか；
Ｘ_７は、Ｆ、Ｌ若しくはＴであるか；
Ｘ_８は、Ｖ若しくはＹであるか；
Ｘ_９は、Ｇ若しくはＳであるか；
Ｘ_１０は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_１１は、Ｐ若しくはＱであるか；
Ｘ_１２は、Ｅ、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_１３は、Ｉ若しくはＬであるか；
Ｘ_１４は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_１５は、Ｉ若しくはＭであるか；
Ｘ_１６は、Ｈ、Ｓ若しくはＹであるか；
Ｘ_１７は、Ｋ若しくはＱであるか；又は
Ｘ_１８は、Ｍ若しくはＴであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、ポリペプチド。

【請求項19】

配列番号５３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）をさらに含み、
Ｘ_１９は、Ｌ、Ｑ若しくはＶであるか；
Ｘ_２０は、Ｌ若しくはＭであるか；
Ｘ_２１は、Ａ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_２２は、Ｎ、Ｋ、Ｓ、Ｔ若しくはＹであるか；
Ｘ_２３は、Ｋ若しくはＳであるか；
Ｘ_２４は、Ｎ若しくはＱであるか；
Ｘ_２５は、Ａ若しくはＰであるか；
Ｘ_２６は、Ｋ若しくはＮであるか；又は
Ｘ_２７は、Ｌ若しくはＶであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１８に記載のポリペプチド。

【請求項20】

前記Ｖ_Ｈは、重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）であって、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む、請求項６～１９のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項21】

前記Ｖ_Ｌは、軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＬＣＤＲ２）及び軽鎖相補性決定領域３（ＬＣＤＲ３）であって、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０又は配列番号５１のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む、請求項６～１９のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項22】

配列番号４／配列番号９、配列番号５／配列番号８、配列番号６／配列番号１０、配列番号２７／配列番号２８、配列番号３３／配列番号４３、配列番号３４／配列番号４４、配列番号３３／配列番号４５、配列番号３５／配列番号４６、配列番号３６／配列番号４７、配列番号３７／配列番号４８、配列番号３８／配列番号４９、配列番号３９／配列番号５０又は配列番号４０／配列番号５１から選択されるＶ_Ｈ／Ｖ_Ｌの組み合わせのパラトープと同一であるパラトープを含む、請求項６～２１のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項23】

前記Ｖ_Ｈは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９若しくは配列番号４０又は上記の組み合わせと少なくとも８５％同一である、請求項２～２２のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項24】

前記Ｖ_Ｈは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９若しくは配列番号４０又は上記の組み合わせに対して約１～１０のアミノ酸置換を含む、請求項２～２３のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項25】

前記Ｖ_Ｌは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０若しくは配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０若しくは配列番号５１又は上記の組み合わせと少なくとも８５％同一である、請求項２～２４のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項26】

前記Ｖ_Ｌは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０若しくは配列番号５１又は上記の組み合わせに対して約１～１０のアミノ酸置換を含む、請求項２～２５のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項27】

前記アミノ酸置換は、保存的置換である、請求項２４又は２６に記載のポリペプチド。

【請求項28】

前記アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である、請求項２７に記載のポリペプチド。

【請求項29】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号４を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号９を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項30】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号５を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号８を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項31】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号６を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号１０を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項32】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３３を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号４３を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項33】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３４を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号４４を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項34】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３３を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号４５を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項35】

前記Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌは、ヒトフレームワーク領域を含む、請求項２～３４のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項36】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３５を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号４６を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項37】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３６を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号４７を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項38】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３７を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号４８を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項39】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３８を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号４９を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項40】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号３９を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号５０を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項41】

ａ）前記Ｖ_Ｈは、配列番号４０を含み；及び
ｂ）前記Ｖ_Ｌは、配列番号５１を含む、請求項２～２８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項42】

抗体又はその抗原結合断片である、請求項１～４１のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項43】

前記抗原結合断片は、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ又はＦｖから選択される、請求項４２に記載のポリペプチド。

【請求項44】

抗体重鎖定常領域配列、抗体軽鎖定常領域配列又は抗体重鎖定常領域配列と抗体軽鎖定常領域配列との両方をさらに含む、請求項４２に記載のポリペプチド。

【請求項45】

前記抗体重鎖定常領域は、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域及びＩｇＭ定常領域からなる群から選択される、請求項４２に記載のポリペプチド。

【請求項46】

前記抗体重鎖定常領域は、ＩｇＧ１重鎖定常領域である、請求項４５に記載のポリペプチド。

【請求項47】

κ定常領域又はλ定常領域からなる群から選択される抗体軽鎖定常領域をさらに含む、請求項４４～４６のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項48】

前記抗体軽鎖定常領域は、κ軽鎖定常領域である、請求項４７に記載のポリペプチド。

【請求項49】

異種部分にコンジュゲートされている、請求項１～４８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項50】

前記異種部分は、治療剤、診断剤又はそれらの組み合わせである、請求項４９に記載のポリペプチド。

【請求項51】

前記異種部分は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヘキサデカン酸、ヒドロゲル、脂質ナノ粒子、ポリマーナノ粒子及び異種ポリペプチド配列又はそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項４９に記載のポリペプチド。

【請求項52】

前記ポリマーナノ粒子は、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）を含む、請求項５１に記載のポリペプチド。

【請求項53】

前記異種ポリペプチド配列は、担体ポリペプチドを含む、請求項４９に記載のポリペプチド。

【請求項54】

前記担体ポリペプチドは、アルブミン又はＦｃポリペプチドである、請求項５３に記載のポリペプチド。

【請求項55】

ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１０μＭ以下のＫ_Ｄで結合するか；
ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合を低減するか；若しくは
ｃ）ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減するか、又は
上記のいずれかの組み合わせである、請求項１～５４のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項56】

前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、Ｔ１９Ｒ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ及びＤ９５０Ｎを含み、且つ任意選択的にＧ１４２Ｄをさらに含む変異体である、請求項５５に記載のポリペプチド。

【請求項57】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１００ｎＭ以下のＫ_Ｄで結合する、請求項５５又は５６に記載のポリペプチド。

【請求項58】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合を少なくとも約３０％だけ低減する、請求項５５～５７のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項59】

前記ＡＣＥ２は、霊長類ＡＣＥ２である、請求項５５～５８のいずれか一項に記載のポリペプチド。

【請求項60】

前記霊長類ＡＣＥ２は、ヒトＡＣＥ２（ＧｅｎｅＩＤ５９２７２；例示的タンパク質配列ＮＰ＿００１３５８３４４．１）である、請求項５９に記載のポリペプチド。

【請求項61】

前記霊長類ＡＣＥ２は、チンパンジーＡＣＥ２、マカクＡＣＥ２、カニクイザルＡＣＥ２及びそれらの組み合わせからなる群から選択される非ヒト霊長類ＡＣＥ２である、請求項５９に記載のポリペプチド。

【請求項62】

ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を少なくとも約３０％だけ低減する、請求項５５又は５６に記載のポリペプチド。

【請求項63】

請求項１～６２のいずれか一項に記載のポリペプチドを含む融合タンパク質。

【請求項64】

請求項１～６２のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項６３に記載の融合タンパク質をコードする配列を含むポリヌクレオチド。

【請求項65】

請求項６４に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。

【請求項66】

請求項６４に記載のポリヌクレオチド又は請求項６５に記載の発現ベクターを含む宿主細胞。

【請求項67】

請求項１～６２のいずれか一項に記載のポリペプチド又は請求項６３に記載の融合タンパク質を含む組成物。

【請求項68】

１つ以上の医薬賦形剤、希釈剤又は担体をさらに含む、請求項６７に記載の組成物。

【請求項69】

処置を、それを必要とする対象において行う方法であって、有効量の、請求項６７又は６８に記載の組成物を前記対象に投与することを含む方法。

【請求項70】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクと、対象における細胞との間の融合を阻害する方法であって、前記細胞を、有効量の、請求項６７又は６８に記載の組成物と接触させることを含む方法。

【請求項71】

前記対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を有する、請求項６９又は７０に記載の方法。

【請求項72】

前記対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を発症するリスクがある、請求項６９又は７０に記載の方法。

【請求項73】

前記対象は、ヒトである、請求項６９～７２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項74】

前記対象は、心疾患を有する、請求項６９～７３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項75】

前記心疾患は、うっ血性心疾患、冠動脈疾患、高血圧性心疾患、炎症性心疾患、肺心症、リウマチ性心疾患、心臓弁疾患、心筋症、心不全及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７４に記載の方法。

【請求項76】

前記心不全は、うっ血性心不全である、請求項７５に記載の方法。

【請求項77】

前記炎症性心疾患は、心内膜炎、心肥大、心筋炎及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７５に記載の方法。

【請求項78】

前記対象は、糖尿病を有する、請求項６９～７７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項79】

前記対象は、肺疾患を有する、請求項６９～７８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項80】

前記肺疾患は、急性呼吸促迫症候群、喘息、気管支炎、ＣＯＰＤ、肺気腫、肺腫瘍、胸膜腔疾患、肺血管疾患、気道感染症及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項７９に記載の方法。

【請求項81】

ａ）前記気道感染症は、上気道感染症、下気道感染症若しくは肺炎であるか；
ｂ）前記胸膜腔疾患は、胸膜中皮腫若しくは緊張性気胸であるか；
ｃ）前記肺血管疾患は、塞栓症、浮腫、動脈性高血圧若しくは出血であるか；又は
ｄ）それらの組み合わせ
である、請求項８０に記載の方法。

【請求項82】

前記対象は、喫煙者である、請求項６９～８１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項83】

前記対象は、免疫力が低下している、請求項６９～８２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項84】

前記対象は、免疫抑制療法を受けている、請求項８３に記載の方法。

【請求項85】

前記対象は、４０歳以上である、請求項６９～８４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項86】

治療有効量のさらなる治療剤を前記対象に投与することをさらに含む、請求項６９～８５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項87】

前記さらなる治療剤は、抗ウイルス剤、ＡＣＥ２阻害剤、さらなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク結合抗体、抗生物質、抗マラリア剤、ワクチン及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、請求項８６に記載の方法。

【請求項88】

ａ）前記さらなるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク－結合抗体は、バムラニビマブ、エテセビマブ、カシリビマブ、イムデビマブ及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｂ）前記抗ウイルス剤は、オセルタミビル（タミフル）、ファビピラビル、アマンタジン、レムデシビル、リマンタジン、プレコナリル、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するアンチセンスＲＮＡ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するｓｉＲＮＡ及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｃ）前記ＡＣＥ２阻害剤は、ＡＣＥ２に対するＲＮＡｉ、ＡＣＥ２に対するｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２のＣＲＩＳＰＲベースの阻害剤、可溶性ＡＣＥ２、可溶性ＡＣＥ２変異体、抗ＡＣＥ２抗体及びそれらの組み合わせからなる群から選択されるか；
ｄ）前記抗生物質は、アジスロマイシンを含むか；
ｅ）前記抗マラリア剤は、クロロキンを含むか；
ｆ）前記ワクチンは、核酸ワクチン若しくは不活化ウイルスワクチンであるか；又は
ｇ）それらの組み合わせ
である、請求項８７に記載の方法。

【請求項89】

前記ワクチンは、ｍｒｎａ－１２７３、ＢＮＴ１６２、ＩＮＯ－４８００、ＡＺＤ１２２２、Ａｄ５－ｎＣｏＶ、ＰｉＣｏＶａｃｃ、ＮＶＸ－ＣｏＶ２３７３又はそれらの組み合わせである、請求項８８に記載の方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願
本出願は、２０２０年７月６日に出願された米国仮特許出願第６３／０４８，５８９号明細書及び２０２０年８月２５日に出願された米国仮特許出願第６３／０７０，０３５明細書の利益を主張する。上記の出願の全教示は、参照により本明細書に組み込まれる。

【0002】

ＡＳＣＩＩテキストファイルの資料の参照による組み込み
本出願には、本明細書と同時に提出される以下のＡＳＣＩＩテキストファイルに含まれる配列表が参照により組み込まれる。
ａ）ファイル名：５７０８１０２７００２＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔ；２０２１年７月６日作成、サイズ６３ＫＢ。

【背景技術】

【0003】

新規なコロナウイルスであるＳＡＲＳ－コロナウイルス－２（ＳＡＲＳ－Ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ－２）（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２）は、中国の武漢において最初に肺炎症例のクラスターを引き起こした（ＣＯＶＩＤ－１９）。２０２０年３月１日時点で、中国における７９，９６８名の患者が検査でＣＯＶＩＤ－１９陽性であり、２，８７３名の死亡が生じており、それは、３．６％の死亡率（９５％ＣＩ３．５～３．７）に匹敵するものであった（Ｂａｕｄ Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．（２０２０））。しかし、この数値は、症候性患者におけるＣＯＶＩＤ－１９の潜在的脅威を過小評価したものであり得る（同上）。
ＣＯＶＩＤ－１９は、世界中で急速に蔓延しており、パンデミックをもたらしている。２０２０年４月２１日に世界保健機関からリリースされたコロナウイルス疾患（ＣＯＶＩＤ－２０１９）の状況報告では、２，３９７，２１６名の確定感染者及び１６２，９５６名の死亡が報告された。とりわけ、過去２４時間以内に８３，００６名の新しい症例及び５，１０９名の死亡が追加された。検疫、隔離及び感染の抑制対策は、疾患蔓延を予防すること及び病気になる者に対する支持療法に依存している（Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｒｕｂｉｎ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，（２０２０））。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0004】

【非特許文献1】Ｂａｕｄ Ｄ．ｅｔ ａｌ．，Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．（２０２０）

【非特許文献2】Ｂａｄｅｎ ａｎｄ Ｒｕｂｉｎ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．，（２０２０）

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

ＣＯＶＩＤ－１９の感染を予防するとともに、ＣＯＶＩＤ－１９患者を処置するための特定の抗ウイルス治療剤を開発することが決定的に必要である。

【課題を解決するための手段】

【0006】

本明細書に開示される発明は、部分的に、本発明のポリペプチドが重症急性呼吸器症候群コロナウイルス２のスパイク糖タンパク質（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）に特異的に結合するという発見に基づいている。従って、本発明は、一般に、細胞へのスパイク（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク）媒介ウイルス侵入を低減するために有用な組成物（例えば、ポリペプチド、医薬組成物）及び方法に関する。

【0007】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドが本明細書で提供される。一態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号９を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号８を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１０を含む抗体；
ｄ）配列番号２７及び配列番号２８を含む抗体；
ｅ）配列番号３３及び配列番号４３を含む抗体；
ｆ）配列番号３４及び配列番号４４を含む抗体；
ｇ）配列番号３３及び配列番号４５を含む抗体；
ｈ）配列番号３５及び配列番号４６を含む抗体；
ｉ）配列番号３６及び配列番号４７を含む抗体；
ｊ）配列番号３７及び配列番号４８を含む抗体；
ｋ）配列番号３８及び配列番号４９を含む抗体；
ｌ）配列番号３９及び配列番号５０を含む抗体；又は
ｍ）配列番号４０及び配列番号５１を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一であるパラトープを含む。

【0008】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）重鎖相補性決定領域１（ＨＣＤＲ１）、重鎖相補性決定領域２（ＨＣＤＲ２）及び重鎖相補性決定領域３（ＨＣＤＲ３）であって、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（ＶＨ）；並びに
ｂ）軽鎖相補性決定領域１（ＬＣＤＲ１）、軽鎖相補性決定領域２（ＬＣＤＲ２）及び軽鎖相補性決定領域３（ＬＣＤＲ３）であって、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０又は配列番号５１のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）
を含む。

【0009】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号９を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号８を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１０を含む抗体；
ｄ）配列番号２７及び配列番号２８を含む抗体；
ｅ）配列番号３３及び配列番号４３を含む抗体；
ｆ）配列番号３４及び配列番号４４を含む抗体；
ｇ）配列番号３３及び配列番号４５を含む抗体；
ｈ）配列番号３５及び配列番号４６を含む抗体；
ｉ）配列番号３６及び配列番号４７を含む抗体；
ｊ）配列番号３７及び配列番号４８を含む抗体；
ｋ）配列番号３８及び配列番号４９を含む抗体；
ｌ）配列番号３９及び配列番号５０を含む抗体；又は
ｍ）配列番号４０及び配列番号５１を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。

【0010】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号９；
ｂ）配列番号５及び配列番号８；
ｃ）配列番号６及び配列番号１０；
ｄ）配列番号２７及び配列番号２８；
ｅ）配列番号３３及び配列番号４３；
ｆ）配列番号３４及び配列番号４４；
ｇ）配列番号３３及び配列番号４５；
ｈ）配列番号３５及び配列番号４６；
ｉ）配列番号３６及び配列番号４７；
ｊ）配列番号３７及び配列番号４８；
ｋ）配列番号３８及び配列番号４９；
ｌ）配列番号３９及び配列番号５０；又は
ｍ）配列番号４０及び配列番号５１
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。

【0011】

別の態様において、本発明は、配列番号２を含むＶ_Ｈを含むポリペプチドを提供し、ここで、
ａ）Ｘ_１は、Ｙではないか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｆではないか；
ｃ）Ｘ_３は、Ｙではないか；若しくは
ｄ）Ｘ_４は、Ｓではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0012】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号７を含むＶ_Ｌをさらに含み、ここで、
ａ）Ｘ_５は、Ｙではないか；
ｂ）Ｘ_６は、Ｓではないか；若しくは
ｃ）Ｘ_７は、Ｎではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0013】

別の態様において、本発明は、配列番号２を含むＶ_Ｈを含むポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ_１は、Ｙ若しくはＳであるか；
Ｘ_２は、Ｆ、Ｔ若しくはＬであるか；
Ｘ_３は、Ｙ若しくはＶであるか；又は
Ｘ_４は、Ｓ、Ｈ若しくはＹであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0014】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号７を含むＶ_Ｌをさらに含み、ここで、
Ｘ_５は、Ｙ、Ｎ、Ｋ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_６は、Ｓ若しくはＫであるか；又は
Ｘ_７は、Ｎ若しくはＱであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0015】

別の態様において、本発明は、配列番号４１を含むＶ_Ｈを含むポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ_１は、Ｅ若しくはＧであるか；
Ｘ_２は、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_３は、Ｇ若しくはＳであるか；
Ｘ_４は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_５は、Ｐ若しくはＱであるか；
Ｘ_６は、Ｅ、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_７は、Ｉ若しくはＬであるか；
Ｘ_８は、Ｋ若しくはＱであるか；又は
Ｘ_９は、Ｍ若しくはＴであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0016】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５２を含むＶ_Ｌをさらに含み、ここで、
Ｘ_１０は、Ｌ若しくはＶであるか；
Ｘ_１１は、Ａ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_１２は、Ａ若しくはＰであるか；又は
Ｘ_１３は、Ｋ若しくはＮであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0017】

別の態様において、本発明は、配列番号４２を含むＶ_Ｈを含むポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ_１は、Ｅ若しくはＱであるか；
Ｘ_２は、Ｍ若しくはＶであるか；
Ｘ_３は、Ａ若しくはＴであるか；
Ｘ_４は、Ｅ若しくはＧであるか；
Ｘ_５は、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_６は、Ｓ若しくはＹであるか；
Ｘ_７は、Ｆ、Ｌ若しくはＴであるか；
Ｘ_８は、Ｖ若しくはＹであるか；
Ｘ_９は、Ｇ若しくはＳであるか；
Ｘ_１０は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_１１は、Ｐ若しくはＱであるか；
Ｘ_１２は、Ｅ、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_１３は、Ｉ若しくはＬであるか；
Ｘ_１４は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_１５は、Ｉ若しくはＭであるか；
Ｘ_１６は、Ｈ、Ｓ若しくはＹであるか；
Ｘ_１７は、Ｋ若しくはＱであるか；又は
Ｘ_１８は、Ｍ若しくはＴであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0018】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５３を含むＶ_Ｌをさらに含み、ここで、
Ｘ_１９は、Ｌ、Ｑ若しくはＶであるか；
Ｘ_２０は、Ｌ若しくはＭであるか；
Ｘ_２１は、Ａ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_２２は、Ｎ、Ｋ、Ｓ、Ｔ若しくはＹであるか；
Ｘ_２３は、Ｋ若しくはＳであるか；
Ｘ_２４は、Ｎ若しくはＱであるか；
Ｘ_２５は、Ａ若しくはＰであるか；
Ｘ_２６は、Ｋ若しくはＮであるか；又は
Ｘ_２７は、Ｌ若しくはＶであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0019】

別の態様において、本発明は、
ａ）配列番号３と少なくとも７０％同一であるＶ_Ｈ配列；
ｂ）配列番号７と少なくとも７０％同一であるＶ_Ｌ配列；又は
ｃ）それらの組み合わせ
を含み、Ｖ_Ｈ配列は、配列番号３を含まないか、Ｖ_Ｌ配列は、配列番号７を含まないか、又はその両方である、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供する。

【0020】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、融合タンパク質である。

【0021】

他の態様において、本発明は、本明細書に開示されるポリペプチドをコードするポリヌクレオチド、そのようなポリヌクレオチドを含むベクター及びそのようなポリヌクレオチド又はベクターを含む宿主細胞を提供する。

【0022】

別の態様において、本発明は、処置を、それを必要とする対象（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９などのＳＡＲＳ－ＣｏＶ感染を有する対象）において行う方法であって、有効量の、本明細書に開示されるポリペプチド又は本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0023】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクと細胞（例えば、対象における細胞）との間の融合を阻害する方法であって、細胞を、有効量の、本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物又は本明細書に開示されるポリペプチドを含む組成物（例えば、医薬組成物）と接触させることを含む方法を提供する。

【0024】

特許又は出願ファイルは、色付けして作成された少なくとも１つの図面を含む。色付け図面を伴う本特許又は特許出願公開のコピーは、必要な料金の要求及び支払いの際に当局によって提供される。

【0025】

前述の内容は、添付の図面に示されているように、例示的な実施形態の以下のより具体的な説明から明らかであり、同様の参照文字は、異なる表示の全体にわたって同じ部分を参照している。図面は必ずしも原寸に比例しておらず、代わりに実施形態を説明することに重点が置かれている。

【図面の簡単な説明】

【0026】

【図1】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクの受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）のアミノ酸配列を示す。本明細書に開示される参照抗体によって結合されるエピトープ残基が蛍光緑色で示される。

【図2A】本発明のポリペプチドにおいて有用である重鎖可変（Ｖ_Ｈ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、１～４の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＨコンセンサスＡ（配列番号２）も参照されたい。

【図2B】本発明のポリペプチドにおいて有用である軽鎖可変（Ｖ_Ｌ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、５～７の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＬコンセンサスＡ（配列番号７）も参照されたい。

【図3A】本発明のポリペプチドにおいて有用である重鎖可変（Ｖ_Ｈ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、１～４の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＨコンセンサスＡ（配列番号２）も参照されたい。

【図3B】本発明のポリペプチドにおいて有用である軽鎖可変（Ｖ_Ｌ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、５～７の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＬコンセンサスＡ（配列番号７）も参照されたい。

【図4A】本発明のポリペプチドにおいて有用である重鎖可変（Ｖ_Ｈ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、１～９の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＨコンセンサスＢ（配列番号４１）も参照されたい。

【図4B】本発明のポリペプチドにおいて有用である軽鎖可変（Ｖ_Ｌ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、１０～１３の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＬコンセンサスＢ（配列番号５２）も参照されたい。

【図5A】本発明のポリペプチドにおいて有用である重鎖可変（Ｖ_Ｈ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。重鎖相補性決定領域（ＨＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、１～１８の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＨコンセンサスＢ（配列番号４２）も参照されたい。

【図5B】本発明のポリペプチドにおいて有用である軽鎖可変（Ｖ_Ｌ）配列の非限定的な例のアライメントを示す。軽鎖相補性決定領域（ＬＣＤＲ）配列は、太字及び下線を用いて示される。「^＊」は、パラトープ残基を示す。Ｘ_ｎ（式中、ｎは、１９～２７の数である）の位置は、アライメントの最下部での対応する数によって示される。表１のＶ_ＬコンセンサスＢ（配列番号５３）も参照されたい。

【図6】酵母表面ディスプレイを用いて測定された、ＡＢ－１、ＡＢ－３、ＡＢ－５、ＡＢ－６及びＡＢ－７ ｓｃＦｖ分子のＣＯＶ－２ ＲＢＤに対する親和性を示す。

【図7】バイオレイヤー干渉法を用いて測定された、１回の親和性成熟を伴うＩｇＧ１抗体（黒色バー）及びシード抗体（灰色バー）のＣＯＶ－２ ＲＢＤに対する親和性を示す。

【図8】バイオレイヤー干渉法を用いて測定された、１回の親和性成熟を伴うＩｇＧ１抗体（黒色バー）及びシード抗体（灰色バー）のＣＯＶ－２ ＲＢＤに対する解離速度を示す。

【図9】バイオレイヤー干渉法を用いて測定された、１回の親和性成熟を伴うＩｇＧ１抗体（黒色トレース）及びシード抗体（灰色トレース）のＣＯＶ－２ ＲＢＤに対する会合及び解離を示す。

【図10A】抗体の様々なＲＢＤ配列に対する解離増強ランタニド蛍光イムノアッセイ（ＤＥＬＦＩＡ）結合を示す。

【図10B】抗体の様々なＲＢＤ配列に対する解離増強ランタニド蛍光イムノアッセイ（ＤＥＬＦＩＡ）結合を示す。

【図10C】抗体の様々なＲＢＤ配列に対する解離増強ランタニド蛍光イムノアッセイ（ＤＥＬＦＩＡ）結合を示す。

【発明を実施するための形態】

【0027】

実施形態例の説明は、以下の通りである。

【0028】

本発明のいくつかの態様は、あくまで例示を目的とする例を参照して以下で説明される。多数の具体的な詳細、関連性及び方法を記載することで本発明の十分な理解をもたらすことが理解されるべきである。しかし、関連する技術分野における当業者は、本発明が具体的な詳細の１つ若しくは複数を用いずに実施可能であるか、又は他の方法、プロトコル、試薬、細胞株及び動物を用いて実施可能であることを容易に理解するであろう。本発明は、一部の行為が他の行為又は事象と異なる順序で且つ／又は同時に行われ得ることから、行為又は事象の例示的順序によって限定されない。さらに、本発明に従って方法論を実現するために、例示的な行為、ステップ又は事象の全てが必要とされるわけではない。本明細書で説明又は参照される技術及び手順の多くは、当業者により、従来からの方法論を用いて十分に理解され、一般に利用される。

【0029】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するポリペプチド
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、ＣＯＶＩＤ－１９、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質（ヒト宿主細胞などの宿主細胞へのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ウイルスの侵入を促進するタンパク質）の病原体である。理論によって拘束されない場合、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、宿主細胞の表面上の侵入受容体（例えば、アンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）又は膜貫通プロテアーゼ、セリン２（ＴＭＰＲＳＳ２））に結合することによって感染を促進すると考えられる。野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク配列の非限定的な例は、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ ＹＰ＿００９７２４３９０（配列番号１）である。

【化1】

【0030】

本明細書で用いられるとき、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１）、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の変異体並びに野生型及び変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の修飾形態を含む。

【0031】

一態様において、本発明は、配列番号１を含むＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合するポリペプチドを提供する。

【0032】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクの変異体に結合する。いくつかの実施形態において、変異体は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク配列（例えば、配列番号１）に対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する、例えば野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク配列に対して少なくとも約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約９９．１％、約９９．２％、約９９．３％、約９９．４％、約９９．５％、約９９．６％、約９９．７％、約９９．８％又は約９９．９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、配列同一性は、約９０～９９．９％、約９０～９９．８％、約９２～９９．８％、約９２～９９．６％、約９４～９９．６％、約９４～９９．５％、約９５～９９．５％、約９５～９９．４％、約９６～９９．４％、約９６～９９．２％、約９７～９９．２％又は約９７～９９％である。

【0033】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｌ５Ｆ、Ｓ１３Ｉ、Ｔ１９Ｒ、Ａ６７Ｖ、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、Ｄ８０Ｇ、Ｔ９５Ｉ、Ｇ１４２Ｄ、１４４ｄｅｌ、Ｗ１５２Ｃ、Ｅ１５４Ｋ、Ｆ１５７Ｓ、Ａ２２２Ｖ、Ｄ２５３Ｇ、Ｇ２６１Ｄ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｌ４５２Ｒ、Ｙ４５３Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｆ４８６Ｌ、Ｓ４９４Ｐ、Ｅ４８４Ｑ、Ｎ５０１Ｔ、Ｎ５０１Ｙ、Ｆ５６５Ｌ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｑ６７７Ｈ、Ｐ６８１Ｈ、Ｐ６８１Ｒ、Ａ７０１Ｖ、Ｔ７１６Ｉ、Ｔ８５９Ｎ、Ｆ８８８Ｌ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ９５０Ｎ、Ｑ９５７Ｒ、Ｑ１０７１Ｈ、Ｖ１１７６Ｆ、Ｄ１１１８Ｈ、Ｋ１１９１Ｎ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上、例えば１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４又は４５の全ての突然変異を含む。

【0034】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ｅ４８４Ｋ、Ｓ４９４Ｐ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ、Ｄ１１１８Ｈ若しくはＫ１１９１Ｎ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｈ、Ｔ７１６Ｉ、Ｓ９８２Ａ及びＤ１１１８Ｈを含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｅ４８４Ｋ、Ｓ４９４Ｐ若しくはＫ１１９１Ｎ又はそれらの組み合わせをさらに含む。

【0035】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４１ｄｅｌ、２４２ｄｅｌ、２４３ｄｅｌ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ若しくはＡ７０１Ｖ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｄ８０Ａ、Ｄ２１５Ｇ、２４１ｄｅｌ、２４２ｄｅｌ、２４３ｄｅｌ、Ｋ４１７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ、Ｄ６１４Ｇ及びＡ７０１Ｖを含む。

【0036】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｔ１９Ｒ、Ｇ１４２Ｄ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ若しくはＤ９５０Ｎ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｔ１９Ｒ、１５６ｄｅｌ、１５７ｄｅｌ、Ｒ１５８Ｇ、Ｌ４５２Ｒ、Ｔ４７８Ｋ、Ｄ６１４Ｇ、Ｐ６８１Ｒ及びＤ９５０Ｎを含む。いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、Ｇ１４２Ｄをさらに含む。

【0037】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、６９ｄｅｌ、７０ｄｅｌ、１４４ｄｅｌ、Ａ２２２Ｖ、Ｇ２６１Ｄ、Ｖ３６７Ｆ、Ｋ４１７Ｎ、Ｎ４３９Ｋ、Ｙ４５３Ｆ、Ｓ４７７Ｎ、Ｅ４８４Ｋ、Ｆ４８６Ｌ、Ｎ５０１Ｔ、Ｎ５０１Ｙ、Ａ５７０Ｄ若しくはＤ６１４Ｇ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。

【0038】

いくつかの実施形態において、変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクは、配列番号１に対して、Ｅ４８４Ｋ、Ｎ５０１Ｙ若しくはＤ６１４Ｇ又はそれらの組み合わせから選択される１つ以上の突然変異を含む。

【0039】

いくつかの実施形態において、修飾ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質は、配列番号１に対して、Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐから選択される１つ以上の突然変異を含む。

【0040】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）（配列番号５９）又はＲＢＤ内部のエピトープ（例えば、ＲＢＤ１１（図１））に結合する。

【化2】

【0041】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクＲＢＤの変異体又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクＲＢＤ内部のエピトープに結合する。いくつかの実施形態において、変異体は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクＲＢＤ（例えば、配列番号５９）又は野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクＲＢＤ１１（図１）に対して少なくとも約９０％の配列同一性を有する、例えば少なくとも約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、約９９．１％、約９９．２％、約９９．３％、約９９．４％、約９９．５％、約９９．６％、約９９．７％、約９９．８％又は約９９．９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態において、配列同一性は、約９０～９９．９％、約９０～９９．８％、約９２～９９．８％、約９２～９９．６％、約９４～９９．６％、約９４～９９．５％、約９５～９９．５％、約９５～９９．４％、約９６～９９．４％、約９６～９９．２％、約９７～９９．２％又は約９７～９９％である。

【0042】

いくつかの実施形態において、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１、配列番号５９）に結合し、且つ免疫グロブリン軽鎖可変領域、免疫グロブリン重鎖可変領域又は免疫グロブリン軽鎖可変領域及び免疫グロブリン重鎖可変領域を含むポリペプチドは、配列番号１２、配列番号１７及び配列番号１９の３つ全てを含むことはない。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１２、配列番号１７及び配列番号１９から選択される１つ又は２つのＣＤＲを含む。

【0043】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に特異的に結合するポリペプチドであって、
ａ）配列番号３と少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは９９％）同一であるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）；
ｂ）配列番号８と少なくとも５５％（例えば、少なくとも６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％若しくは９９％）同一であるアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）；又は
ｃ）ａ）とｂ）との両方
を含むポリペプチドを提供し、ポリペプチドは、配列番号１２、配列番号１７及び配列番号１９の３つ全てを含むことはない。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号１２、配列番号１７及び配列番号１９から選択される１つ又は２つのＣＤＲを含む。

【0044】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（例えば、配列番号１）に結合する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の１つ以上のエピトープ残基（例えば、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクＲＢＤ内の１つ以上のエピトープ残基）に結合する。

【0045】

本明細書で用いられるとき、「参照」又は「参照ポリペプチド」という用語は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１に特異的に結合するポリペプチド（例えば、免疫グロブリン分子）を指し、本発明のポリペプチドではない。参照ポリペプチド及び本発明のポリペプチドの配列を比較し、それらの間の構造的差異（例えば、アミノ酸置換など、１つ以上のアミノ酸位置での差異）を図示することができる。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、参照ポリペプチドと比較して、非実質性に留まらない差異（例えば、１つ以上の実質的差異）を有することになり、そのため、一般に、本発明のポリペプチドは、制御された条件下において、異なる機能の１つ以上（即ち１つ、２つ又は３つ全て）を異なる様式で示し、参照ポリペプチドと比較して、異なる結果を達成することになる。参照ポリペプチドは、本発明のポリペプチドと１つ以上のアミノ酸、例えばいくつかの実施形態において１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又はそれを超えるアミノ酸だけ異なることになる。特定の実施形態では、参照ポリペプチドは、本発明によって提供されるポリペプチドと少なくとも約０．４％、約０．８％、約１％、約２％、約３％、約４％、約５％、約６％、約７％、約８％、約９％、約１０％、約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％又はそれを超えるアミノ酸同一性だけ異なる。

【0046】

本明細書で使用される場合、「配列同一性」という用語は、配列がアラインされて最大レベルのパーセンテージで表される同一性を達成するときに、２つのヌクレオチド配列又は２つのアミノ酸配列が同じ位置に同じ残基を有する程度を指す。配列アライメント及び比較のために、典型的には、１つの配列が参照配列として指定され、これと試験配列が比較される。参照配列と試験配列の間の配列同一性は、参照配列と試験配列のアライメント時に参照配列と試験配列が同じヌクレオチド又はアミノ酸を共有して最大レベルの同一性を達成する、参照配列の全長にわたる位置のパーセンテージとして表される。一例として、最大レベルの同一性を達成するためのアライメント時、試験配列が参照配列の全長にわたって同じ位置の７０％に同じヌクレオチド又はアミノ酸残基を有する場合、２つの配列は７０％の配列同一性を有すると見なされる。

【0047】

最大レベルの同一性を達成するための比較用の配列のアライメントは、適切なアライメント方法又はアルゴリズムを使用して、当業者によって容易に実施され得る。場合によっては、アライメントは、最大レベルの同一性を提供するために導入されたギャップを含み得る。例には、Ｓｍｉｔｈ＆Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所ホモロジーアルゴリズム、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ＆Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アライメントアルゴリズム、Ｐｅａｒｓｏｎ＆Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似性の検索方法、これらのアルゴリズムのコンピューター化された実装（ＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ，及びＴＦＡＳＴＡ，Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）及び外観検査（一般的に、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙを参照されたい）が含まれる。

【0048】

配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列がコンピューターに入力され、その後必要に応じて座標が指定され、配列アルゴリズムプログラムパラメーターが指定される。次に、配列比較アルゴリズムは、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列のパーセント配列同一性を計算する。パーセント配列同一性を決定するために一般的に使用されるツールは、米国国立衛生研究所の国立医学図書館の国立バイオテクノロジー情報センターから入手可能なＰｒｏｔｅｉｎ Ｂａｓｉｃ Ｌｏｃａｌ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｓｅａｒｃｈ Ｔｏｏｌ（ＢＬＡＳＴＰ）である。（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，１９９０）。

【0049】

「ポリペプチド」、「ペプチド」又は「タンパク質」という用語は、長さ又は翻訳後修飾（例えば、グリコシル化又はリン酸化）と無関係に、アミド結合によって共有結合的に連結された少なくとも２つのアミノ酸のポリマーを表す。タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、任意の好適なＬ－及び／又はＤ－アミノ酸、例えば一般的な□－アミノ酸（例えば、アラニン、グリシン、バリン）、非□－アミノ酸（例えば、□－アラニン、４－アミノ酪酸、６－アミノカプロン酸、サルコシン、スタチン）及び珍しいアミノ酸（例えば、シトルリン、ホモシトルリン、ホモセリン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン）を含み得る。ペプチド上のアミノ、カルボキシル及び／又は他の官能基は、遊離型（例えば、非修飾）であり得るか又は好適な保護基で保護され得る。アミノ基及びカルボキシル基に適した保護基並びに保護基を付加又は除去するための方法は、当技術分野で公知であり、例えばＧｒｅｅｎ ａｎｄ Ｗｕｔｓ，“Ｐｒｏｔｅｃｔｉｎｇ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，”Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９１に開示されている。また、タンパク質、ペプチド又はポリペプチドの官能基は、当技術分野で公知の方法を用いて、誘導体化（例えば、アルキル化）又は（例えば、フルオロゲン又はハプテンなどの検出可能な標識で）標識され得る。タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、必要に応じて、１つ以上の修飾（例えば、アミノ酸リンカー、アシル化、アセチル化、アミド化、メチル化、末端修飾因子（例えば、環化修飾）、Ｎ－メチル－□－アミノ基置換）を含み得る。さらに、タンパク質、ペプチド又はポリペプチドは、公知の及び／又は天然に存在するペプチドの類似体、例えば保存的アミノ酸残基置換を有するペプチド類似体であり得る。

【0050】

一態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号９を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号８を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１０を含む抗体；
ｄ）配列番号２７及び配列番号２８を含む抗体；
ｅ）配列番号３３及び配列番号４３を含む抗体；
ｆ）配列番号３４及び配列番号４４を含む抗体；
ｇ）配列番号３３及び配列番号４５を含む抗体；
ｈ）配列番号３５及び配列番号４６を含む抗体；
ｉ）配列番号３６及び配列番号４７を含む抗体；
ｊ）配列番号３７及び配列番号４８を含む抗体；
ｋ）配列番号３８及び配列番号４９を含む抗体；
ｌ）配列番号３９及び配列番号５０を含む抗体；又は
ｍ）配列番号４０及び配列番号５１を含む抗体
から選択される抗体のパラトープと同一であるパラトープを含む。

【0051】

配列番号４～６、８～１０、２７、２８、３３～４０及び４３～５１を含む抗体のパラトープ残基における、図２Ａ～５Ｂの配列番号４～６、８～１０、２７、２８、３３～４０及び４３～５１についての表１を参照されたい。

【0052】

「パラトープ」という用語は、標的タンパク質のエピトープとの結合相互作用に寄与する、抗体又はその抗原結合断片中のアミノ酸残基のセットを指す。結合相互作用は、水素結合、塩架橋、ファンデルワールス相互作用、イオン結合又はそれらの組み合わせであり得る。結合相互作用は、直接的又は例えばイオン若しくは水などの協調的な中間分子を介して間接的であり得る。パラトープの残基は、いくつかの実施形態において、定義されたＣＤＲの一部である残基のみを含む。他の実施形態では、パラトープの残基は、定義されたＣＤＲの一部ではない１つ以上の残基をさらに含む。

【0053】

いくつかの実施形態において、パラトープは、ポリペプチドが標的抗原に結合されるとき、標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満、例えばエピトープから約４．５、約４．０、約３．５、約３．０、約２．５、約２．４、約２．３、約２．２、約２．１、約２．０、約１．９、約１．８、約１．７、約１．６、約１．５、約１．４、約１．３、約１．２、約１．１、約１．０若しくは約０．９オングストローム未満又は約０．９～５．０、約０．９～４．８．約１．０～５、約１．０～４．５、約１．０～４．０、約１．０～３．５、約１．１～３．５、約１．１～３．０、約１．２～３．０、約１．２～２．５、約１．３～２．５、約１．３～２．４、約１．４～２．４、約１．４～２．３、約１．５～２．３、約１．５～２．２、約１．６～２．２、約１．６～２．１、約１．７～２．１、約１．７～２．０若しくは約１．８～２．０オングストロームにわたり配向される。いくつかの実施形態において、ポリペプチドが標的抗原に結合されるとき、パラトープを構成するアミノ酸残基の全てが標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満にわたり配向される。他の実施形態では、ポリペプチドが標的抗原に結合されるとき、パラトープにおけるパラトープを構成するアミノ酸残基の全て未満（例えば、アミノ酸残基の約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％）が標的抗原上のエピトープから約５．０オングストローム未満にわたり配向される。

【0054】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるパラトープを含むポリペプチドは、免疫グロブリン重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）及び免疫グロブリン軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）を含む。特定の実施形態では、パラトープ残基は、ポリペプチドのＶ_Ｈ及びＶ_Ｌ内部に含まれる。

【0055】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含むＶ_Ｈ；並びに
ｂ）配列番号８、配列番号９、配列番号１０又は配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０又は配列番号５１のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0056】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号９を含む抗体；
ｂ）配列番号５及び配列番号８を含む抗体；
ｃ）配列番号６及び配列番号１０を含む抗体；
ｄ）配列番号２７及び配列番号２８を含む抗体；
ｅ）配列番号３３及び配列番号４３を含む抗体；
ｆ）配列番号３４及び配列番号４４を含む抗体；
ｇ）配列番号３３及び配列番号４５を含む抗体；
ｈ）配列番号３５及び配列番号４６を含む抗体；
ｉ）配列番号３６及び配列番号４７を含む抗体；
ｊ）配列番号３７及び配列番号４８を含む抗体；
ｋ）配列番号３８及び配列番号４９を含む抗体；
ｌ）配列番号３９及び配列番号５０を含む抗体；又は
ｍ）配列番号４０及び配列番号５１を含む抗体
から選択される抗体のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含む。

【0057】

ＣＤＲ（例えば、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及び／又はＬＣＤＲ３）は、本明細書にさらに記載の通り、抗体のＣＤＲ残基を同定するための任意の当技術分野で承認されている方法によって定義されるＣＤＲ（例えば、Ｋａｂａｔによって定義される通りのＣＤＲ、Ｃｈｏｔｈｉａによって定義される通りのＣＤＲ）であり得る。

【0058】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）配列番号４及び配列番号９；
ｂ）配列番号５及び配列番号８；
ｃ）配列番号６及び配列番号１０；
ｄ）配列番号２７及び配列番号２８；
ｅ）配列番号３３及び配列番号４３；
ｆ）配列番号３４及び配列番号４４；
ｇ）配列番号３３及び配列番号４５；
ｈ）配列番号３５及び配列番号４６；
ｉ）配列番号３６及び配列番号４７；
ｊ）配列番号３７及び配列番号４８；
ｋ）配列番号３８及び配列番号４９；
ｌ）配列番号３９及び配列番号５０；又は
ｍ）配列番号４０及び配列番号５１
を含む抗体のパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。

【0059】

別の態様において、本発明は、配列番号２を含むＶ_Ｈを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
ａ）Ｘ_１は、Ｙではないか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｆではないか；
ｃ）Ｘ_３は、Ｙではないか；若しくは
ｄ）Ｘ_４は、Ｓではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0060】

配列番号２として同定された配列は、以下に示され、本明細書中で配列番号３～６、２７、３３及び３４のコンセンサスＶ_Ｈ配列である。

【化3】

【0061】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、Ｖ_Ｌをさらに含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号７を含むＶ_Ｌを含み、ここで、
ａ）Ｘ_５は、Ｙではないか；
ｂ）Ｘ_６は、Ｓではないか；若しくは
ｃ）Ｘ_７は、Ｎではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0062】

配列番号７として同定された配列は、以下に示され、本明細書中で配列番号８～１０、２８及び４３～４５のコンセンサスＶ_Ｌ配列である。
ＤＩＱＬＴＱＳＰＤＳＬＡＶＳＬＧＥＲＡＴＩＮＣＫＳＳＱＳＶＬＸ_４Ｘ_５ＳＩＸ_６ＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＡＥＤＶＡＶＹＹＣＱＱＹＹＳＴＰＹＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ（配列番号７）

【0063】

いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ_１は、Ｙ若しくはＳであるか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｆ若しくはＴであるか；
ｃ）Ｘ_３は、Ｙ若しくはＶであるか；又は
ｄ）Ｘ_４は、Ｓ若しくはＨであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0064】

いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ_１は、Ｓであるか；
ｂ）Ｘ_２は、Ｔであるか；
ｃ）Ｘ_３は、Ｖであるか；若しくは
ｄ）Ｘ_４は、Ｈであるか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0065】

いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｙではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｙ若しくはＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｆではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｆ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｆである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｙではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｙ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｓではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｓ又はＨである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｈである。

【0066】

いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ_５は、Ｙ若しくはＮであるか；
ｂ）Ｘ_６は、Ｓ若しくはＫであるか；又は
ｃ）Ｘ_７は、Ｎ若しくはＱであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0067】

いくつかの実施形態において、
ａ）Ｘ_５は、Ｎであるか；
ｂ）Ｘ_６は、Ｋであるか；若しくは
ｃ）Ｘ_７は、Ｑであるか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0068】

いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｙではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｙ又はＮである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｓではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｓ又はＫである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｎではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｎ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｑである。

【0069】

別の態様において、本発明は、配列番号２を含むＶ_Ｈを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ_１は、Ｙ若しくはＳであるか；
Ｘ_２は、Ｆ、Ｌ若しくはＴであるか；
Ｘ_３は、Ｙ若しくはＶであるか；又は
Ｘ_４は、Ｓ、Ｈ若しくはＹであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0070】

いくつかの実施形態において、
Ｘ_１は、Ｓであるか；
Ｘ_２は、Ｌ若しくはＴであるか；
Ｘ_３は、Ｖであるか；又は
Ｘ_４は、Ｈ若しくはＹであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0071】

いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｙ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｆ、Ｌ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｆである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｙ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｓ、Ｈ又はＹである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｈである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｙである。

【0072】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、Ｖ_Ｌをさらに含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号７を含むＶ_Ｌを含み、ここで、
Ｘ_５は、Ｙ、Ｎ、Ｋ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_６は、Ｓ若しくはＫであるか；又は
Ｘ_７は、Ｎ若しくはＱであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0073】

いくつかの実施形態において、
Ｘ_５は、Ｎ、Ｋ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_６は、Ｋであるか；又は
Ｘ_７は、Ｑであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0074】

いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｙ、Ｎ、Ｋ、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｓ又はＫである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｎ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｑである。

【0075】

別の態様において、本発明は、配列番号４１を含むＶ_Ｈを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ_１は、Ｅ若しくはＧであるか；
Ｘ_２は、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_３は、Ｇ若しくはＳであるか；
Ｘ_４は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_５は、Ｐ若しくはＱであるか；
Ｘ_６は、Ｅ、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_７は、Ｉ若しくはＬであるか；
Ｘ_８は、Ｋ若しくはＱであるか；又は
Ｘ_９は、Ｍ若しくはＴであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0076】

配列番号４１として同定された配列は、以下に示され、本明細書中で配列番号３５～４０のコンセンサスＶ_Ｈ配列である。

【化4】

【0077】

いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｅ又はＧである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｇ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｎ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｐ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｐである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｅ、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｉ又はＬである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｉである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ_８は、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_８は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_８は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_９は、Ｍ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_９は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ_９は、Ｔである。

【0078】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、Ｖ_Ｌをさらに含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５２を含むＶ_Ｌを含み、ここで、
Ｘ_１０は、Ｌ若しくはＶであるか；
Ｘ_１１は、Ａ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_１２は、Ａ若しくはＰであるか；又は
Ｘ_１３は、Ｋ若しくはＮであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0079】

配列番号５２として同定された配列は、以下に示され、本明細書中で配列番号４６～５１のコンセンサスＶ_Ｈ配列である。
ＤＩＸ_１０ＭＴＱＳＰＤＳＬＸ_１１ＶＳＬＧＥＲＡＴＩＮＣＫＳＳＱＳＶＬＮＳＳＩＱＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＸ_１２ＧＱＰＰＸ_１３ＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＡＥＤＶＡＶＹＹＣＱＱＹＹＳＴＰＹＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫ（配列番号５２）

【0080】

いくつかの実施形態において、Ｘ_１０は、Ｌ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１０は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１０は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ａ、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ａ又はＰである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ｐである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１３は、Ｋ又はＮである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１３は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１３は、Ｎである。

【0081】

別の態様において、本発明は、配列番号４２を含むＶ_Ｈを含む、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに特異的に結合するポリペプチドを提供し、ここで、
Ｘ_１は、Ｑではないか；
Ｘ_２は、Ｍではないか；
Ｘ_３は、Ｔではないか；
Ｘ_４は、Ｅではないか；
Ｘ_５は、Ｋではないか；
Ｘ_６は、Ｙではないか；
Ｘ_７は、Ｆではないか；
Ｘ_８は、Ｙではないか；
Ｘ_９は、Ｇではないか；
Ｘ_１０は、Ｓではないか；
Ｘ_１１は、Ｐではないか；
Ｘ_１２は、Ｑではないか；
Ｘ_１３は、Ｉではないか；
Ｘ_１４は、Ｎではないか；
Ｘ_１５は、Ｉではないか；
Ｘ_１６は、Ｓではないか；
Ｘ_１７は、Ｑではないか；若しくは
Ｘ_１８は、Ｔではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0082】

いくつかの実施形態において、
Ｘ_１は、Ｅ若しくはＱであるか；
Ｘ_２は、Ｍ若しくはＶであるか；
Ｘ_３は、Ａ若しくはＴであるか；
Ｘ_４は、Ｅ若しくはＧであるか；
Ｘ_５は、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_６は、Ｓ若しくはＹであるか；
Ｘ_７は、Ｆ、Ｌ若しくはＴであるか；
Ｘ_８は、Ｖ若しくはＹであるか；
Ｘ_９は、Ｇ若しくはＳであるか；
Ｘ_１０は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_１１は、Ｐ若しくはＱであるか；
Ｘ_１２は、Ｅ若しくはＫであるか；
Ｘ_１３は、Ｉ若しくはＬであるか；
Ｘ_１４は、Ｎ若しくはＳであるか；
Ｘ_１５は、Ｉ若しくはＭであるか；
Ｘ_１６は、Ｈ、Ｓ若しくはＹであるか；
Ｘ_１７は、Ｋ若しくはＱであるか；又は
Ｘ_１８は、Ｍ若しくはＴであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0083】

いくつかの実施形態において、
Ｘ_１は、Ｅであるか；
Ｘ_２は、Ｖであるか；
Ｘ_３は、Ａであるか；
Ｘ_４は、Ｇであるか；
Ｘ_５は、Ｑであるか；
Ｘ_６は、Ｓであるか；
Ｘ_７は、Ｌ若しくはＴであるか；
Ｘ_８は、Ｖであるか；
Ｘ_９は、Ｓであるか；
Ｘ_１０は、Ｎであるか；
Ｘ_１１は、Ｑであるか；
Ｘ_１２は、Ｅ、Ｋ若しくはＱであるか；
Ｘ_１３は、Ｌであるか；
Ｘ_１４は、Ｓであるか；
Ｘ_１５は、Ｍであるか；
Ｘ_１６は、Ｈ若しくはＹであるか；
Ｘ_１７は、Ｋであるか；又は
Ｘ_１８は、Ｍであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0084】

配列番号４２として同定された配列は、以下に示され、本明細書中で配列番号３～６、２７及び３３～４０のコンセンサスＶ_Ｈ配列である。

【化5】

【0085】

いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｑではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｅ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｍではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｍ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｔではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ａ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ_３は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｅではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｅ又はＧである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ_４は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｋではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_５は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｙではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｓ又はＹである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_６は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｆではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｆ、Ｌ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｆである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ_７は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_８は、Ｙではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_８は、Ｖ又はＹである。いくつかの実施形態において、Ｘ_８は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_８は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_９は、Ｇではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_９は、Ｇ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ_９は、Ｇである。いくつかの実施形態において、Ｘ_９は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１０は、Ｓではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１０は、Ｎ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１０は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１０は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ｐではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ｐ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ｐである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１１は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ｑではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ｅ、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ｅである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１２は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１３は、Ｉではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１３は、Ｉ又はＬである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１３は、Ｉである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１３は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１４は、Ｎではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１４は、Ｎ又はＳである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１４は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１４は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１５は、Ｉではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１５は、Ｉ又はＭである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１５は、Ｉである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１５は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１６は、Ｓではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１６は、Ｈ、Ｓ又はＹである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１６は、Ｈである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１６は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１６は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１７は、Ｑではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１７は、Ｋ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１７は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１７は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１８は、Ｔではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１８は、Ｍ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１８は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１８は、Ｔである。

【0086】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、Ｖ_Ｌをさらに含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５３を含むＶ_Ｌを含み、ここで、
Ｘ_１９は、Ｑではないか；
Ｘ_２０は、Ｌではないか；
Ｘ_２１は、Ａではないか；
Ｘ_２２は、Ｙではないか；
Ｘ_２３は、Ｓではないか；
Ｘ_２４は、Ｎではないか；
Ｘ_２５は、Ｐではないか；
Ｘ_２６は、Ｋではないか；若しくは
Ｘ_２７は、Ｖではないか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0087】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５３を含むＶ_Ｌを含み、ここで、
Ｘ_１９は、Ｑ、Ｌ若しくはＶであるか；
Ｘ_２０は、Ｌ若しくはＭであるか；
Ｘ_２１は、Ａ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_２２は、Ｙ、Ｎ、Ｋ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_２３は、Ｓ若しくはＫであるか；
Ｘ_２４は、Ｎ若しくはＱであるか；
Ｘ_２５は、Ｐ若しくはＡであるか；
Ｘ_２６は、Ｋ若しくはＮであるか；又は
Ｘ_２７は、Ｖ若しくはＬであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0088】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号５３を含むＶ_Ｌを含み、ここで、
Ｘ_１９は、Ｌ若しくはＶであるか；
Ｘ_２０は、Ｍであるか；
Ｘ_２１は、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_２２は、Ｎ、Ｋ、Ｓ若しくはＴであるか；
Ｘ_２３は、Ｋであるか；
Ｘ_２４は、Ｑであるか；
Ｘ_２５は、Ａであるか；
Ｘ_２６は、Ｎであるか；又は
Ｘ_２７は、Ｌであるか、或いは
上記のいずれかの組み合わせである。

【0089】

配列番号５３として同定された配列は、以下に示され、本明細書中で配列番号８～１０、２８及び４３～５１のコンセンサスＶ_Ｈ配列である。

【化6】

【0090】

いくつかの実施形態において、Ｘ_１９は、Ｑではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_１９は、Ｑ、Ｌ又はＶである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１９は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１９は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ_１９は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２０は、Ｌではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２０は、Ｌ又はＭである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２０は、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２０は、Ｍである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２１は、Ａではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２１は、Ａ、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２１は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２１は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２１は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２２は、Ｙではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２２は、Ｙ、Ｎ、Ｋ、Ｓ又はＴである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２２は、Ｙである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２２は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２２は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２２は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２２は、Ｔである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２３は、Ｓではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２３は、Ｓ又はＫである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２３は、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２３は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２４は、Ｎではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２４は、Ｎ又はＱである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２４は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２４は、Ｑである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２５は、Ｐではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２５は、Ｐ又はＡである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２５は、Ｐである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２５は、Ａである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２６は、Ｋではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２６は、Ｋ又はＮである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２６は、Ｋである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２６は、Ｎである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２７は、Ｖではない。いくつかの実施形態において、Ｘ_２７は、Ｖ又はＬである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２７は、Ｖである。いくつかの実施形態において、Ｘ_２７は、Ｌである。

【0091】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０のＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３を含むＶ_Ｈを含む（配列番号４～６、２７及び３３～４０についての表１並びにＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３配列に対応する図２Ａ、図３Ａ、図４Ａ及び図５Ａを参照されたい）。

【0092】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０又は配列番号５１のＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３とそれぞれ同一であるＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３を含むＶ_Ｌを含む（配列番号８～１０、２８及び４３～５１についての表１並びにＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３配列に対応する図２Ｂ、図３Ｂ、図４Ｂ及び図５Ｂを参照されたい）。

【0093】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４／配列番号９、配列番号５／配列番号８、配列番号６／配列番号１０、配列番号２７／配列番号２８、配列番号３３／配列番号４３、配列番号３４／配列番号４４、配列番号３３／配列番号４５、配列番号３５／配列番号４６、配列番号３６／配列番号４７、配列番号３７／配列番号４８、配列番号３８／配列番号４９、配列番号３９／配列番号５０又は配列番号４０／配列番号５１から選択されるＶ_Ｈ／Ｖ_Ｌの組み合わせのパラトープと同一であるパラトープをさらに含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号４／配列番号９、配列番号５／配列番号８、配列番号６／配列番号１０、配列番号２７／配列番号２８、配列番号３３／配列番号４３、配列番号３４／配列番号４４、配列番号３３／配列番号４５、配列番号３５／配列番号４６、配列番号３６／配列番号４７、配列番号３７／配列番号４８、配列番号３８／配列番号４９、配列番号３９／配列番号５０又は配列番号４０／配列番号５１から選択されるＶ_Ｈ／Ｖ_Ｌの組み合わせのパラトープと、１～３（例えば、１、２又は３）残基の置換だけ異なるパラトープを含む。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、配列番号３／配列番号８から選択されるＶ_Ｈ／Ｖ_Ｌの組み合わせのパラトープと同一であるパラトープを含む。

【0094】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号３と少なくとも約７０％同一であるＶ_Ｈを含む。例えば、Ｖ_Ｈは、配列番号３と少なくとも約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号３と少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。配列番号３として同定された配列は、以下に示され、ヒトＶ_Ｈドメインに対応する。

【化7】

【0095】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９若しくは配列番号４０又は上記の組み合わせと少なくとも約７０％同一であるＶ_Ｈを含む。例えば、Ｖ_Ｈは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９若しくは配列番号４０又は上記の組み合わせと少なくとも約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９若しくは配列番号４０又は上記の組み合わせと少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。

【0096】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号８と少なくとも約７０％同一であるＶ_Ｌを含む。例えば、Ｖ_Ｌは、配列番号８と少なくとも約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｌは、配列番号８と少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。配列番号８として同定された配列は、以下に示され、マウスＶ_Ｌドメインに対応する。
ＤＩＱＬＴＱＳＰＤＳＬＡＶＳＬＧＥＲＡＴＩＮＣＫＳＳＱＳＶＬＹＳＳＩＮＫＮＹＬＡＷＹＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＷＡＳＴＲＥＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＡＥＤＶＡＶＹＹＣＱＱＹＹＳＴＰＹＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ（配列番号８）

【0097】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０若しくは配列番号５１又は上記の組み合わせと少なくとも約７０％同一であるＶ_Ｌを含む。例えば、Ｖ_Ｌは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０若しくは配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０若しくは配列番号５１又は上記の組み合わせと少なくとも約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｌは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０若しくは配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０若しくは配列番号５１又は上記の組み合わせと少なくとも８５％同一である。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｌは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０若しくは配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０若しくは配列番号５１又は上記の組み合わせと少なくとも約８５％又は少なくとも約９０％同一である。

【0098】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号３に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶ_Ｈを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号３に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0099】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６若しくは配列番号２７又はそれらの組み合わせに対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶ_Ｈを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｈは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９若しくは配列番号４０又は上記の組み合わせに対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0100】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号８に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶ_Ｌを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｌは、配列番号８に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0101】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０若しくは配列番号２８又はそれらの組み合わせに対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含むＶ_Ｌを含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、Ｖ_Ｌは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０若しくは配列番号５１又は上記の組み合わせに対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0102】

いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、保存的置換である。「保存的アミノ酸置換」又は「保存的置換」という用語は、ＢＬＯＳＵＭ６２において、０以上の値を有するアミノ酸置換を指す。

【0103】

いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である。「高度に保存的なアミノ酸置換」又は「高度に保存的な置換」という用語は、ＢＬＯＳＵＭ６２において、少なくとも１（例えば、少なくとも２）の値を有するアミノ酸置換を指す。

【0104】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号３を含むＶ_Ｈを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号２７、配列番号３３、配列番号３４、配列番号３５、配列番号３６、配列番号３７、配列番号３８、配列番号３９又は配列番号４０を含むＶ_Ｈを含む。

【0105】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号１２を含むＶ_Ｌを含む。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号２８、配列番号４３、配列番号４４、配列番号４５、配列番号４６、配列番号４７、配列番号４８、配列番号４９、配列番号５０又は配列番号５１を含むＶ_Ｌを含む。

【0106】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号４を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号９を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0107】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号５を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号８を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0108】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号６を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号１０を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0109】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号２７を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号２８を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0110】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３３を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４３を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0111】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３４を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４４を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0112】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３３を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４５を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0113】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、ヒトフレームワーク領域を含む、Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌを含む。

【0114】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３５を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４６を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0115】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３６を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４７を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0116】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３７を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４８を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0117】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３８を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４９を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0118】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号３８を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号４９を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0119】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、
ａ）配列番号４０を含むＶ_Ｈ；及び
ｂ）配列番号５１を含むＶ_Ｌ
を含む。

【0120】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、抗体（例えば、全抗体、インタクトな抗体）又は抗体の抗原結合断片などの免疫グロブリン分子である。

【0121】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、抗体である。本明細書で用いられるとき、「抗体」という用語は、炭水化物、ポリヌクレオチド、脂質、ポリペプチドなどの標的に、免疫グロブリン分子の可変領域内に位置する、少なくとも１つの抗原認識部位を介して、特異的に結合する能力がある免疫グロブリン分子を指す。本明細書で用いられるとき、「抗体」という用語は、ジスルフィド結合によって相互接続された２つの重（Ｈ）鎖及び２つの軽（Ｌ）鎖を含む完全長抗体又はその多量体（例えば、ＩｇＭ）を指す。各重鎖は、重鎖可変領域（Ｖ_Ｈ）及び重鎖定常領域（ドメインＣＨ１、ヒンジＣＨ２及びＣＨ３を含む）を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域（Ｖ_Ｌ）及び軽鎖定常領域（ＣＬ）を含む。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）内に散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と称される超可変性の領域にさらに細分化され得る。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌは、アミノ末端からカルボキシ末端にかけてＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３及びＦＲ４の順序で配列された３つのＣＤＲ及び４つのＦＲセグメントをそれぞれ含む。抗体は、マウス抗体、ヒト抗体又はヒト化抗体などの任意の種であり得る。

【0122】

抗体のフレームワーク領域及びＣＤＲの範囲は、当技術分野で周知であるいくつかの好適な方法論の１つを用いて、例えばＫａｂａｔ定義、Ｃｈｏｔｈｉａ定義、ＡｂＭ定義及び／又は接触定義によって同定され得る。フレームワーク及び／又はＣＤＲ領域を同定するための公的に及び／又は商業的に利用されるツールは、ＩｇＢｌａｓｔ（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｉｇｂｌａｓｔ／でアクセス可能）、Ｓｃａｌｉｇｎｅｒ（ｗｗｗ．ｓｃａｌｉｇｎｅｒ．ｃｏｍ／のｄｒｕｇｄｅｓｉｇｎｔｅｃｈから入手可能）、ＩＭＧＴ規則及び／又はツール（例えば、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／ＩＭＧＴＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃＣｈａｒｔ／Ｎｏｍｅｎｃｌａｔｕｒｅ／ＩＭＧＴ－ＦＲＣＤＲｄｅｆｉｎｉｔｉｏｎ．ｈｔｍｌを参照されたい、ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／でもアクセス可能）、Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃａｎｏｎｉｃａｌ Ａｓｓｉｇｎｍｅｎｔ（ｗｗｗ．ｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓ／ｃｈｏｔｈｉａ．ｈｔｍｌでアクセス可能）、Ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｎｕｍｂｅｒｉｎｇ Ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＣａｌｓｓｉｆｉｃａｔｉＩｏｎ（ＡＮＡＲＣＩ，ｏｐｉｇ．ｓｔａｔｓ．ｏｘ．ａｃ．ｕｋ／ｗｅｂａｐｐｓ／ｎｅｗｓａｂｄａｂ／ｓａｂｐｒｅｄ／ａｎａｒｃｉ／でアクセス可能）又はＰａｒａｔｏｍｅウェブサーバー（ｗｗｗ．ｏｆｒａｎｌａｂ．ｏｒｇ／ｐａｒａｔｏｍｅ／でアクセス可能、Ｖｅｒｅｄ Ｋｕｎｉｋ，ｅｔ ａｌ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，Ｖｏｌｕｍｅ ４０，Ｉｓｓｕｅ Ｗ１，１ Ｊｕｌｙ ２０１２，Ｐａｇｅｓ Ｗ５２１－Ｗ５２４を参照されたい）を含む。

【0123】

本明細書で用いられるとき、「ＣＤＲ」は、抗体上のＣＤＲ残基を同定するための当技術分野で承認されている方法によって定義される任意のＣＤＲを包含する。例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．，（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２，Ｃｈｏｔｈｉａ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｎａｔｕｒｅ ３４２：８７７；Ｃｈｏｔｈｉａ，Ｃ．ｅｔ ａｌ．，（１９８７）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６：９０１－９１７；Ａｌ－ｌａｚｉｋａｎｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｊ．Ｍｏｌｅｃ．Ｂｉｏｌ．２７３：９２７－９４８；及びＡｌｍａｇｒｏ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｒｅｃｏｇｎｉｔ．１７：１３２－１４３（２００４）を参照されたい。ｈｇｍｐ．ｍｒｃ．ａｃ．ｕｋ及びｂｉｏｉｎｆ．ｏｒｇ．ｕｋ／ａｂｓも参照されたい。２つの抗体は、ＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２、ＨＣＤＲ３、ＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及び／又はＬＣＤＲ３に関して、そのＣＤＲの同一性が両抗体において同じ方法を用いて決定されるとき、相互に同じＣＤＲを有するように決定される。

【0124】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、抗原結合断片である。「抗原結合断片」という用語は、親完全長抗体の抗原結合特性を保持する、免疫グロブリン分子（例えば、抗体）の一部を指す。抗原結合断片の非限定的な例には、Ｖ_Ｈ領域、Ｖ_Ｌ領域、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）_２断片、Ｆｄ断片、Ｆｖ断片及び１つのＶ_Ｈドメイン又は１つのＶ_Ｌドメインからなるドメイン抗体（ｄＡｂ）などが挙げられる。Ｖ_Ｈ及びＶ_Ｌドメインは、Ｖ_Ｈ／Ｖ_Ｌドメインが分子内で対合する場合又は分子間的にＶ_Ｈ及びＶ_Ｌドメインが別々の鎖によって表されるような場合に様々なタイプの一本鎖抗体設計を形成し、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）又はダイアボディーなどの一価抗原結合部位を形成するため、合成リンカーを介して一緒に連結され得る。いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチドは、Ｆａｂ、Ｆ（ａｂ’）_２、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ又はＦｖから選択される抗原結合断片である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ｓｃＦｖである。

【0125】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチド（例えば、抗体又は抗原結合断片）は、細胞ベースの療法に組み込まれる。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、改変されたＴ細胞受容体である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、（例えば、Ｔ（ＣＡＲ－Ｔ）細胞、ナチュラルキラー（ＣＡＲ－ＮＫ）細胞又はマクロファージ（ＣＡＲ－Ｍ）細胞で発現される）キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）である。いくつかの実施形態において、ＣＡＲは、膜貫通ドメイン及び抗原認識部分を含み、抗原認識部分は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（例えば、ＲＢＤ１１）に結合する。

【0126】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、抗体模倣物である。「抗体模倣物」という用語は、抗体の抗原に結合する能力を模倣することができるが、天然抗体構造と構造的に異なるポリペプチドを指す。抗体模倣物の非限定的な例には、アドネクチン、アフィボディ、アフィリン、アフィマー、アフィチン、アルファボディ、アンチカリン、アビマー、ダルピン、フィノマー、クニッツドメインペプチド、モノボディー、ナノボディ、ｎａｎｏＣＬＡＭＰ及びバーサボディが挙げられる。

【0127】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイク、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイク変異体又はそれらの組み合わせへの結合について、参照抗体と競合し、参照抗体は、野生型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクに特異的に結合する。「特異的に結合している」又は「特異的に結合する」という用語は、優先的な相互作用、即ち抗体又はその抗原結合断片とそのエピトープとの間の、他の抗原又はアミノ酸配列に対して有意により高い結合親和性を指す。いくつかの実施形態において、参照抗体は、配列番号３のＶ_Ｈ配列及び配列番号８のＶ_Ｌ配列を含む。いくつかの実施形態において、参照抗体は、配列番号１２、配列番号１６及び配列番号１７のそれぞれのＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、参照抗体は、配列番号１９、配列番号２２及び配列番号２３のそれぞれのＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３配列を含む。いくつかの実施形態において、参照抗体は、配列番号１２、配列番号１６及び配列番号１７のそれぞれのＨＣＤＲ１、ＨＣＤＲ２及びＨＣＤＲ３配列；並びに配列番号１９、配列番号２２及び配列番号２３のそれぞれのＬＣＤＲ１、ＬＣＤＲ２及びＬＣＤＲ３配列を含む。

【0128】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）抗体重鎖定常領域配列；
ｂ）抗体軽鎖定常領域配列；又は
ｃ）抗体重鎖定常領域配列と抗体軽鎖定常領域配列との両方
をさらに含む。

【0129】

いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＡ定常領域、ＩｇＤ定常領域、ＩｇＥ定常領域、ＩｇＧ定常領域及びＩｇＭ定常領域からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ定常領域は、ＩｇＧ１定常領域、ＩｇＧ２定常領域、ＩｇＧ３定常領域又はＩｇＧ４定常領域である。いくつかの実施形態において、ＩｇＧ２定常領域は、ＩｇＧ２ａ、ＩｇＧ２ｂ定常領域又はＩｇＧ２ｃ定常領域である。いくつかの実施形態において、ＩｇＡ定常領域は、ＩｇＡ１定常領域又はＩｇＡ２定常領域である。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＧ１定常領域（例えば、ＩＧＨＶ５－５１）である。

【0130】

いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域は、κ定常領域及びλ定常領域からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域は、κ定常領域である。

【0131】

いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域は、ＩｇＧ１定常領域であり、且つ抗体軽鎖定常領域は、κ定常領域である。

【0132】

いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号２４と少なくとも約６０％同一である。例えば、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号２４と少なくとも約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号２４と少なくとも約７０％又は少なくとも約８０％同一である。配列番号２４として同定された配列は、以下に示される。

【化8】

【0133】

いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号２５又は配列番号２６と少なくとも約６０％同一である。例えば、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号２５又は配列番号２６と少なくとも約６１％、約６２％、約６３％、約６４％、約６５％、約６６％、約６７％、約６８％、約６９％、約７０％、約７１％、約７２％、約７３％、約７４％、約７５％、約７６％、約７７％、約７８％、約７９％、約８０％、約８１％、約８２％、約８３％、約８４％、約８５％、約８６％、約８７％、約８８％、約８９％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％同一であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号２５又は配列番号２６と少なくとも約７０％又は少なくとも約８０％同一である。配列番号２５及び配列番号２６として同定された配列は、以下に示される。
ＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号２５）
ＧＱＰＫＡＮＰＴＶＴＬＦＰＰＳＳＥＥＬＱＡＮＫＡＴＬＶＣＬＩＳＤＦＹＰＧＡＶＴＶＡＷＫＡＤＧＳＰＶＫＡＧＶＥＴＴＫＰＳＫＱＳＮＮＫＹＡＡＳＳＹＬＳＬＴＰＥＱＷＫＳＨＲＳＹＳＣＱＶＴＨＥＧＳＴＶＥＫＴＶＡＰＴＥＣＳ（配列番号２６）

【0134】

いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号２４に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、抗体重鎖定常領域配列は、配列番号２４に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0135】

いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号２５又は配列番号２６に対して少なくとも１つのアミノ酸置換を含む。例えば、アミノ酸置換の数は、少なくとも約２、約３、約４、約５、約６、約７、約８、約９、約１０、約１１、約１２、約１３、約１４、約１５、約１６、約１７、約１８、約１９若しくは約２０又は約１～２０、約１～１９、約２～１９、約２～１８、約２～１７、約３～１７、約３～１６、約４～１６、約４～１５、約５～１５、約５～１４、約６～１４、約６～１３、約７～１３、約７～１２、約８～１２、約８～１１若しくは約９～１１であり得る。いくつかの実施形態において、抗体軽鎖定常領域配列は、配列番号２５又は配列番号２６に対して約１～１０のアミノ酸置換を含む。

【0136】

いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、保存的置換である。いくつかの実施形態において、アミノ酸置換は、高度に保存的な置換である。

【0137】

いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチドは、単離されたポリペプチドである。いくつかの実施形態において、単離されたポリペプチドは、組換え的に作製される。いくつかの実施形態において、単離されたポリペプチドは、合成的に生成される。

【0138】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、異種部分にコンジュゲートされている。「コンジュゲート」という用語は、共有又は非共有相互作用を介して結合することを指す。コンジュゲーションは、適切な連結剤のいずれかを使用することができる。非限定的な例には、ペプチドリンカー、化合物リンカー及び化学的架橋剤が含まれる。

【0139】

いくつかの実施形態において、異種部分は、治療剤、診断薬又はそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態において、異種部分は、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ヘキサデカン酸、ヒドロゲル、ナノ粒子、多量体化ドメイン及び担体ペプチドである。

【0140】

いくつかの実施形態において、ナノ粒子は脂質ナノ粒子である。いくつかの実施形態において、ナノ粒子はポリマーナノ粒子である。いくつかの実施形態において、ポリマーは両親媒性ポリマーである。他の実施形態において、ポリマーは、疎水性又は親水性ポリマーである。ポリマーの非限定的な例には、ポリ（乳酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－ｄ－α－トコフェリルポリエチレングリコールコハク酸塩、ポリ（乳酸－コ－グリコール酸）－エチレンオキシドフマル酸塩、ポリ（グリコール酸）－ポリ（エチレングリコール）、ポリカプロラクトン－ポリ（エチレングリコール）又はそれらの塩が含まれる。いくつかの実施形態において、ポリマーナノ粒子は、ポリ（乳酸－コ－グリコール）酸（ＰＬＧＡ）を含む。

【0141】

いくつかの実施形態において、担体ポリペプチドは、アルブミン又はＦｃポリペプチドである。

【0142】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、
ａ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのアミノ酸残基Ｙ３６９、Ｎ３７０、Ｓ３７１、Ａ３７２、Ｆ３７４、Ｓ３７５、Ｔ３７６、Ｆ３７７、Ｋ３７８、Ｃ３７９、Ｙ３８０、Ｇ３８１、Ｖ３８２、Ｓ３８３、Ｐ３８４、Ｔ３８５、Ｋ３８６、Ｄ３８９、Ｌ３９０、Ｄ４２７、Ｄ４２８、Ｆ４２９、Ｔ４３０、Ｆ５１５、Ｅ５１６、Ｌ５１７及びＨ５１９を含むエピトープに結合する能力があるか；
ｂ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１０μＭ以下の親和性で結合するか；
ｃ）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のアンジオテンシン変換酵素２（ＡＣＥ２）への結合を低減するか；若しくは
ｄ）ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減するか、又は
上記のいずれかの組み合わせである。

【0143】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのアミノ酸残基Ｙ３６９、Ｎ３７０、Ｓ３７１、Ａ３７２、Ｆ３７４、Ｓ３７５、Ｔ３７６、Ｆ３７７、Ｋ３７８、Ｃ３７９、Ｙ３８０、Ｇ３８１、Ｖ３８２、Ｓ３８３、Ｐ３８４、Ｔ３８５、Ｋ３８６、Ｄ３８９、Ｌ３９０、Ｄ４２７、Ｄ４２８、Ｆ４２９、Ｔ４３０、Ｆ５１５、Ｅ５１６、Ｌ５１７及びＨ５１９を含むエピトープに結合する能力がある。

【0144】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに、約１０μＭ以下の結合定数（Ｋ_Ｄ）で結合する。本明細書で用いられるとき、「結合定数」、「平衡解離定数」又は「親和性定数」とも称される、「Ｋ_Ｄ」という用語は、２つの分子種（例えば、抗体と標的タンパク質）の間の可逆的会合の範囲の尺度であり、実際の結合親和性と見かけの結合親和性の両方を含む。結合親和性は、当技術分野で公知の方法を用いて、例えば表面プラズモン共鳴の測定により、例えばバイオレイヤー干渉法（Ｏｃｔｅｔ，ＦｏｒｔｅＢｉｏ）又は表面プラズモン共鳴（Ｂｉａｃｏｒｅ）のシステム及びアッセイを用いて決定することができる。結合親和性及び動力学を測定するために、様々な表面技術を比較する参考文献は、Ｙａｎｇ，Ｄ．，Ｓｉｎｇｈ，Ａ．，Ｗｕ，Ｈ．，＆Ｋｒｏｅ－Ｂａｒｒｅｔｔ，Ｒ．，Ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｂｉｏｓｅｎｓｏｒ ｐｌａｔｆｏｒｍｓ ｉｎ ｔｈｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｉｇｈ ａｆｆｉｎｉｔｙ ａｎｔｉｂｏｄｙ－ａｎｔｉｇｅｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｋｉｎｅｔｉｃｓ，Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ５０８：７８－９６（２０１６）（その内容は、参照により全体として本明細書に組み込まれる）である。

【0145】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに、約５μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約５００ｎＭ、約２００ｎＭ、約１００ｎＭ、約５０ｎＭ、約２０ｎＭ、約１０ｎＭ、約５ｎＭ、約２ｎＭ、約１ｎＭ、約０．５ｎＭ、約０．２ｎＭ若しくは約０．１ｎＭ又はそれ未満のＫ_Ｄで結合する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に１００ｎＭ以下のＫ_Ｄで結合する。

【0146】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクに、約１０^－１０～１０^－５Ｍ、約１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～１０^－７Ｍ、約１０^－９～１０^－７Ｍ、約１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～２×１０^－８Ｍ、約５×１０^－９～２×１０^－８Ｍ又は約５×１０^－９～１０^－８ＭのＫ_Ｄで結合する。

【0147】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、完全長ＩｇＧ１抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ１１エピトープ）又はその変異体に、約１０^－６Ｍ以下、例えば約５００ｎＭ、約２００ｎＭ、約１００ｎＭ、約５０ｎＭ、約２０ｎＭ、約１０ｎＭ、約５ｎＭ、約２ｎＭ、約１ｎＭ、約０．５ｎＭ、約０．２ｎＭ若しくは約０．１ｎＭ又はそれ未満；又は約１０^－１０～１０^－６Ｍ、約１０^－１０～５×１０^－７Ｍ、約２×１０^－１０～５×１０^－７Ｍ、約２×１０^－１０～２×１０^－７Ｍ、約５×１０^－１０～２×１０^－７Ｍ、約５×１０^－１０～１０^－７Ｍ、約１０^－９～１０^－７Ｍ、約１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～２×１０^－８Ｍ、約５×１０^－９～２×１０^－８Ｍ若しくは約５×１０^－９～１０^－８ＭのＫ_Ｄで結合する。

【0148】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクに、約１０μＭ以下のＫ_Ｄで結合する。いくつかの実施形態において、Ｋ_Ｄは、約５μＭ、約２μＭ、約１μＭ、約５００ｎＭ、約２００ｎＭ、約１００ｎＭ、約５０ｎＭ、約２０ｎＭ、約１０ｎＭ、約５ｎＭ、約２ｎＭ、約１ｎＭ、約０．５ｎＭ、約０．２ｎＭ若しくは約０．１ｎＭ又はそれ未満である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクに、約１０^－１０～１０^－５Ｍ、約１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～５×１０^－６Ｍ、約２×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～２×１０^－６Ｍ、約５×１０^－１０～１０^－７Ｍ、約１０^－９～１０^－７Ｍ、約１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～５×１０^－８Ｍ、約２×１０^－９～２×１０^－８Ｍ、約５×１０^－９～２×１０^－８Ｍ又は約５×１０^－９～１０^－８ＭのＫ_Ｄで結合する。

【0149】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、完全長ＩｇＧ１抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ１１エピトープ）又はその変異体に約１０^６／Ｍｓ以下、例えば約５×１０^５／Ｍｓ、約２×１０^５／Ｍｓ、約１０^５／Ｍｓ、約５×１０^４／Ｍｓ、約２×１０^４／Ｍｓ、約１０^４／Ｍｓ若しくはそれ未満；又は約１０^４～１０^６／Ｍｓ、約１０^４～５×１０^５／Ｍｓ、約２×１０^４～５×１０^５／Ｍｓ、約２×１０^４～２×１０^５／Ｍｓ、約５×１０^４～２×１０^５／Ｍｓ若しくは約５×１０^４～１０^５／Ｍｓの会合定数で結合する。

【0150】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、完全長ＩｇＧ１抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ５エピトープ）又はその変異体に約１０^－２／ｓ以下、例えば約８×１０^－３／ｓ、約６×１０^－３／ｓ、約４×１０^－３／ｓ、約２×１０^－３／ｓ、約１０^－３／ｓ、約８×１０^－４／ｓ、約６×１０^－４／ｓ、約４×１０^－４／ｓ、約２×１０^－４／ｓ、約１０^－４／ｓ、約８×１０^－５／ｓ、約６×１０^－５／ｓ、約４×１０^－５／ｓ、約２×１０^－５／ｓ、約１０^－５／ｓ、約８×１０^－６／ｓ、約６×１０^－６／ｓ、約４×１０^－６／ｓ、約２×１０^－６／ｓ若しくは約１０^－６／ｓ又はそれ未満；又は約１０^－６～１０^－２／ｓ、約２×１０^－６～１０^－２／ｓ、約２×１０^－６～５×１０^－３／ｓ、約５×１０^－６～５×１０^－３／ｓ、約５×１０^－６～２×１０^－３／ｓ、約１０^－５～２×１０^－３／ｓ、約１０^－５～１０^－３／ｓ、約２×１０^－５～１０^－３／ｓ、約２×１０^－５～５×１０^－４／ｓ、約５×１０^－５～５×１０^－４／ｓ、約５×１０^－５～２×１０^－４／ｓ若しくは約１０^－４～２×１０^－４／ｓの解離定数で結合する。

【0151】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、完全長ＩｇＧ１抗体）は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク又はその断片（例えば、ＲＢＤ１１エピトープ）又はその変異体に約０．０５以上、例えば約０．１、約０．１５、約０．２、約０．２５、約０．３、約０．３５、約０．４、約０．４５、約０．５、約０．５５、約０．６、約０．６５、約０．７、約０．７５、約０．８、約０．８５、約０．９、約０．９５、約１．０、約１．１、約１．２、約１．３、約１．４、約１．５、約１．６、約１．７、約１．８、約１．９、約２．０若しくはそれを超えるもの；又は約０．１～２．０、約０．１５～２．０、約０．１５～１．８、約０．２～１．８、約０．２～１．６、約０．２５～１．６、約０．２５～１．４、約０．３～１．４、約０．３～１．２、約０．３５～１．２、約０．３５～１．０、約０．４～１．０、約０．４～０．９５、約０．４５～０．９５、約０．４５～０．９、約０．５～０．９、約０．５～０．８５、約０．５５～０．８５、約０．５５～０．８、約０．６～０．８、約０．６～０．７５、約０．６５～０．７５若しくは約０．６５～０．７のＲ_ｍａｘで結合する。

【0152】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクの侵入受容体（例えば、ＡＣＥ２）への結合を低減する。

【0153】

いくつかの実施形態において、侵入受容体は、ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２は、哺乳類ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２は、霊長類ＡＣＥ２である。いくつかの実施形態において、霊長類ＡＣＥ２は、ヒトＡＣＥ２（ＧｅｎｅＩＤ５９２７２；例示的なタンパク質配列ＮＰ＿００１３５８３４４．１）である。いくつかの実施形態において、霊長類ＡＣＥ２は、チンパンジーＡＣＥ２（例えば、Ａ０Ａ２Ｊ８ＫＵ９６、ＸＰ＿０１６７９８４６８．１、ＸＰ＿０１６７９８４６９．１、ＰＮＩ３８５７８．１）、マカクＡＣＥ２（例えば、Ｂ６ＤＵＦ２、ＮＰ＿００１１２９１６８．１、ＸＰ＿０２４６４７４５０．１）、カニクイザルＡＣＥ２（例えば、Ａ０Ａ２Ｋ５Ｘ２８３、ＸＰ＿００５５９３０９４．１）及びそれらの組み合わせからなる群から選択される非ヒト霊長類ＡＣＥ２である。

【0154】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）への結合を少なくとも約１０％だけ低減する。例えば、少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのＡＣＥ２への結合を少なくとも約３０％だけ低減する。

【0155】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクとその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約９０％未満、例えば約８５％、約８０％、約７５％、約７０％、約６５％、約６０％、約５５％、約５０％、約４５％、約４０％、約３５％、約３０％、約２５％、約２０％、約１５％、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％又は約１％未満である。

【0156】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクとその細胞標的受容体（例えば、ＡＣＥ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約１～９０％、例えばポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約２～９０％、約２～８５％、約３～８５％、約３～８０％、約４～８０％、約４～７５％、約５～７５％、約５～７０％、約６～７０％、約６～６５％、約７～６５％、約７～６０％、約８～６０％、約８～５５％、約９～５５％、約９～５０％、約１０～５０％、約１０～４５％、約１５～４５％、約１５～４０％、約２０～４０％、約２０～３５％、約２５～３５％又は約２５～３０％である。

【0157】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドＳＡＲＳ－ＣｏＶ－１－スパイクのその細胞標的受容体への結合を少なくとも約１０％だけ低減する。例えば、少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。

【0158】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、完全長ＩｇＧ１抗体）は、ヒト宿主細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を約２５，０００ｎｇ／ｍＬ以下、例えば約２０，０００ｎｇ／ｍＬ、約１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２，５００ｎｇ／ｍＬ、約１，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５０ｎｇ／ｍＬ、約５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０ｎｇ／ｍＬ、約１００ｎｇ／ｍＬ、約７５ｎｇ／ｍＬ、約５０ｎｇ／ｍＬ、約２５ｎｇ／ｍＬ若しくは約１０ｎｇ／ｍＬ又はそれ未満；例えば約１０～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０～２０，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～２０，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～１，０００ｎｇ／ｍＬ、約５００～１，０００ｎｇ／ｍＬ若しくは約５００～７５０ｎｇ／ｍＬのＩＣ_５０で中和する。

【0159】

いくつかの実施形態において、ポリペプチド（例えば、完全長ＩｇＧ１抗体）は、ヒト宿主細胞のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を約５０，０００ｎｇ／ｍＬ以下、例えば約２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２，５００ｎｇ／ｍＬ、約１，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５０ｎｇ／ｍＬ、約５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０ｎｇ／ｍＬ、約１００ｎｇ／ｍＬ、約７５ｎｇ／ｍＬ、約５０ｎｇ／ｍＬ、約２５ｎｇ／ｍＬ若しくは約１０ｎｇ／ｍＬ又はそれ未満；例えば約１０～５０，０００ｎｇ／ｍＬ、約１０～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～２５，０００ｎｇ／ｍＬ、約２５～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１５，０００ｎｇ／ｍＬ、約５０～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～１０，０００ｎｇ／ｍＬ、約７５～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～５，０００ｎｇ／ｍＬ、約１００～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～２，５００ｎｇ／ｍＬ、約２５０～１，０００ｎｇ／ｍＬ、約５００～１，０００ｎｇ／ｍＬ若しくは約５００～７５０ｎｇ／ｍＬのＩＣ_８０で中和する。

【0160】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主プロテアーゼ（例えば、ＩＩ型膜貫通セリンプロテアーゼ（ＴＭＰＲＳＳ２））への結合を低減する。理論に拘束されない場合、一次標的細胞に対するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク活性化及び初期ウイルス侵入を媒介する主な宿主プロテアーゼは、ＴＭＰＲＳＳ２である。

【0161】

いくつかの実施形態において、宿主プロテアーゼは、ＴＭＰＲＳＳ２である。いくつかの実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ２は、哺乳類ＴＭＰＲＳＳ２である。いくつかの実施形態において、ＴＭＰＲＳＳ２は、霊長類ＴＭＰＲＳＳ２、例えばヒトＴＭＰＲＳＳ２又は非ヒト霊長類ＴＭＰＲＳＳ２（例えば、チンパンジーＴＭＰＲＳＳ２、マカクＴＭＰＲＳＳ２又はカニクイザルＴＭＰＲＳＳ２）である。

【0162】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）への結合を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％だけ低減する。

【0163】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約９０％未満、例えば約８５％、約８０％、約７５％、約７０％、約６５％、約６０％、約５５％、約５０％、約４５％、約４０％、約３５％、約３０％、約２５％、約２０％、約１５％、約１０％、約９％、約８％、約７％、約６％、約５％、約４％、約３％、約２％又は約１％未満である。

【0164】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と宿主プロテアーゼ（例えば、ＴＭＰＲＳＳ２）との間の結合のレベルは、ポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約１～９０％、例えばポリペプチドの不在下での結合のレベルに対して約２～９０％、約２～８５％、約３～８５％、約３～８０％、約４～８０％、約４～７５％、約５～７５％、約５～７０％、約６～７０％、約６～６５％、約７～６５％、約７～６０％、約８～６０％、約８～５５％、約９～５５％、約９～５０％、約１０～５０％、約１０～４５％、約１５～４５％、約１５～４０％、約２０～４０％、約２０～３５％、約２５～３５％又は約２５～３０％である。

【0165】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）への侵入を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の宿主細胞への侵入を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％だけ低減する。

【0166】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は９９％だけ低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染性を少なくとも約３０％だけ低減する。

【0167】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、宿主細胞（例えば、ヒト宿主細胞）におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は９９％だけ低減する。いくつかの実施形態において、ポリペプチドは、ヒト細胞におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の再感染を少なくとも約３０％だけ低減する。

【0168】

感染性又は再感染は、疑似ウイルス中和アッセイ又は生ウイルス中和アッセイなどの技術を用いて測定することができる（例えば、Ｐｉｎｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｒｏｓｓ－ｎｅｕｔｒａｌｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ｂｙ ａ ｈｕｍａｎ ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ａｎｔｉｂｏｄｙ，Ｎａｔｕｒｅ ５８３：２９０－９５（２０２０）を参照されたく、その内容は、参照により本明細書に組み込まれる）。キット、例えばＧｅｎＳｃｒｉｐｔ ｃＰａｓｓ（商標）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２中和抗体検出キットは、製造業者のプロトコルに従って使用することができる。

【0169】

いくつかの実施形態において、宿主細胞は、肺ＩＩ型肺細胞、回腸吸収性腸細胞、鼻杯分泌細胞及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。

【0170】

融合タンパク質
別の態様において、本発明は、本明細書に記載される１つ以上のポリペプチドを含む融合タンパク質を提供する。

【0171】

「融合タンパク質」という用語は、合成、半合成又は組換えの単一タンパク質分子を指す。融合タンパク質は、共有結合（例えば、ペプチド結合）によって結合される２つ以上の異なるタンパク質及び／又はポリペプチドの全部又は一部を含み得る。本発明の融合タンパク質は、当技術分野で周知の通常の方法及び試薬を使用して、組換え又は合成により産生することができる。例えば、本発明の融合タンパク質は、当技術分野で公知の方法に従って、適切な宿主細胞（例えば、細菌）において組換えにより産生することができる。たとえば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｓｅｃｏｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，１９９２；及びＭｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，２ｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，１９８９，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓを参照されたい。例えば、本明細書に記載の融合タンパク質をコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子は、適切な宿主細胞（例えば、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ））において導入及び発現することができ、発現された融合タンパク質は、通常の方法及び容易に入手可能な試薬を使用して、宿主細胞（例えば、封入体中）から単離／精製することができる。例えば、異なるタンパク質配列（例えば、光応答性ドメイン、異種ペプチド成分）をコードするＤＮＡ断片は、従来の技術に従って、インフレームで一緒に連結することができる。別の実施形態において、融合遺伝子は、自動化されたＤＮＡシンセサイザーを含む従来技術によって合成することができる。代わりに、核酸断片のＰＣＲ増幅は、２つの連続する核酸断片間に相補的なオーバーハングを生じさせるアンカープライマーを使用して実行でき、その後、アニーリング及び再増幅してキメラ核酸配列を生成できる（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，１９９２を参照されたい）。

【0172】

核酸、発現ベクター、発現宿主細胞
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つをコードする１つ以上のポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、単一のポリヌクレオチドによってコードされる。いくつかの実施形態において、本発明のポリペプチド又は融合タンパク質は、複数のポリヌクレオチドによってコードされる。

【0173】

いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、選択された宿主細胞に対してコドン最適化されたヌクレオチド配列を含む。

【0174】

別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチドのいずれか１つ以上を含む発現ベクターを提供する。

【0175】

「発現ベクター」という用語は、発現ベクターが適切な発現宿主細胞に形質転換されるときに１つ以上のタンパク質を発現させることができる複製可能な核酸を指す。

【0176】

いくつかの実施形態において、発現ベクターは、ポリヌクレオチドに作動可能に連結された発現制御ポリヌクレオチド配列、選択マーカーをコードするポリヌクレオチド配列又はその両方をさらに含む。いくつかの実施形態において、発現制御ポリヌクレオチド配列は、プロモーター配列、エンハンサー配列又はその両方を含む。いくつかの実施形態において、発現制御ポリヌクレオチド配列は、誘導性プロモーター配列を含む。「プロモーター」という用語は、ＲＮＡポリメラーゼが結合して遺伝子の転写を開始するＤＮＡの領域を指す。「作動可能に連結された」という用語は、核酸が、それが連結されたエレメント（例えば、プロモーター）の制御下で核酸の発現を可能にするような方法で、組換えポリヌクレオチド、例えばベクターに配置されることを意味する。「選択マーカーエレメント」という用語は、人為選択に適した形質を与えるエレメントである。選択可能なマーカーエレメントは、ネガティブ又はポジティブ選択マーカーであり得る。

【0177】

別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリヌクレオチド又は発現ベクターのいずれか１つ以上を含む発現宿主細胞を提供する。

【0178】

「発現宿主細胞」という用語は、ベクターを受け取り、維持し、複製し、且つ増幅するのに有用な細胞を指す。

【0179】

発現宿主細胞の非限定的な例には、ハイブリドーマ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞などの哺乳動物細胞、ＣＯＳ細胞、ヒト胚性腎臓（ＨＥＫ）、ピキア・パストリス（Ｐｉｃｈｉａ ｐａｓｔｏｒｉｓ）細胞などの酵母細胞又はＤＨ５αなどの細菌細胞などが含まれる。

【0180】

組成物
別の態様において、本発明は、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つを含む組成物を提供する。いくつかの実施形態において、組成物は医薬組成物である。

【0181】

いくつかの実施形態において、組成物（例えば、医薬組成物）は、薬学的に許容される担体、賦形剤、安定剤、希釈剤又は強壮剤をさらに含む（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ １６ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｏｓｏｌ，Ａ．Ｅｄ．（１９８０））。適切な薬学的に許容される担体、賦形剤又は安定剤は、使用される投与量及び濃度でレシピエントに対して無毒である。薬学的に許容される担体、賦形剤、安定剤、希釈剤又は強壮剤の非限定的な例には、緩衝剤（例えば、リン酸塩、クエン酸塩、ヒスチジン）、抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸又はメチオニン）、防腐剤、タンパク質（例えば、血清アルブミン、ゼラチン又は免疫グロブリン）；親水性ポリマー、アミノ酸、炭水化物（例えば、単糖、二糖、グルコース、マンノース又はデキストリン）；キレート剤（例えば、ＥＤＴＡ）、糖（例えば、スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール）、塩形成対イオン（例えば、ナトリウム）、金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質複合体）；非イオン性界面活性剤（例えば、Ｔｗｅｅｎ）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）及びポリエチレングリコール（ＰＥＧ）が含まれる。

【0182】

いくつかの実施形態において、本発明の組成物（例えば、医薬組成物）は、適切な投与スケジュール及び経路のために製剤化される。投与経路の非限定的な例には、経口、直腸、粘膜、静脈内、筋肉内、皮下及び局所などが含まれる。いくつかの実施形態において、本発明の組成物（例えば、医薬組成物）は、水溶液又は乾燥製剤（例えば、凍結乾燥）の形態で保存される。

【0183】

いくつかの実施形態において、組成物は、注入（例えば、静脈内注入）によって投与されるように製剤化される。

【0184】

いくつかの実施形態において、組成物は、組み合わせ治療として第２の治療剤とともに投与されるように製剤化される。

【0185】

使用方法
別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性を低減する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0186】

いくつかの実施形態において、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％だけ減少する。

【0187】

いくつかの実施形態において、ポリペプチドの存在下での対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染の可能性は、ポリペプチドの不在下での可能性に対して約１～９０％、例えば約２～９０％、約２～８５％、約３～８５％、約３～８０％、約４～８０％、約４～７５％、約５～７５％、約５～７０％、約６～７０％、約６～６５％、約７～６５％、約７～６０％、約８～６０％、約８～５５％、約９～５５％、約９～５０％、約１０～５０％、約１０～４５％、約１５～４５％、約１５～４０％、約２０～４０％、約２０～３５％、約２５～３５％又は約２５～３０％である。

【0188】

「対象」又は「患者」という用語は、動物（例えば、哺乳動物）を指す。本明細書に記載の方法に従って処置される対象は、特定の病態（例えば、ＣＯＶＩＤ－１９）と診断されている者又はそのような病態を発現するリスクがある者であり得る。診断は、当技術分野で公知の任意の方法又は技術によって実施され得る。当業者は、本開示に従って処置される対象が、標準的な試験を受けた可能性があるか、又は検査なしで、疾患又は状態と関連する１つ以上の危険因子の存在に起因する危険性があると特定された可能性があることを理解するであろう。

【0189】

いくつかの実施形態において、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を有する。いくつかの実施形態において、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９と診断されている。他の実施形態では、対象は、ＣＯＶＩＤ－１９を発症するリスクがある。

【0190】

いくつかの実施形態において、対象は、哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象は、イヌ、ネコ、マウス、ラット、ハムスター、モルモット、ウマ、ブタ、ヒツジ、雌ウシ、チンパンジー、マカク、カニクイザル及びヒトからなる群から選択される哺乳動物である。いくつかの実施形態において、対象は、霊長類である。いくつかの実施形態において、対象は、ヒトである。

【0191】

いくつかの実施形態において、対象は、心疾患を有する。いくつかの実施形態において、対象は、先天性心疾患、冠動脈疾患、高血圧性心疾患、炎症性心疾患、肺心症、リウマチ性心疾患、心臓弁疾患、心筋症、心不全及びそれらの組み合わせからなる群から選択される心疾患を有する。いくつかの実施形態において、対象は、うっ血性心不全を有する。いくつかの実施形態において、対象は、心内膜炎、心肥大、心筋炎及びそれらの組み合わせからなる群から選択される炎症性心疾患を有する。

【0192】

いくつかの実施形態において、対象は、糖尿病を有する。

【0193】

いくつかの実施形態において、対象は、肺疾患を有する。肺疾患の非限定的な例には、急性呼吸促迫症候群、喘息、気管支炎、ＣＯＰＤ、肺気腫、肺腫瘍、胸膜腔疾患（例えば、胸膜中皮腫又は緊張性気胸）、肺血管疾患（例えば、塞栓症、浮腫、動脈性高血圧又は出血）、気道感染症（例えば、肺炎又は他の上気道若しくは下気道感染症）が挙げられる。

【0194】

いくつかの実施形態において、対象は、喫煙者である。

【0195】

いくつかの実施形態において、対象は、免疫力が低下している（例えば、基礎疾患を有するか又は免疫抑制療法を受けている）。

【0196】

いくつかの実施形態において、対象は、４０歳以上、例えば少なくとも４５歳、５０歳、５５歳、６０歳、６５歳、７０歳、７５歳、８０歳、８５歳、９０歳である。

【0197】

「治療有効量」、「有効量」又は「有効用量」は、所望の治療結果（例えば、生理学的応答又は病態などの処置、治癒、阻害又は寛解）を達成するのに必要な用量及び期間中での有効な量である。十分な治療効果は、必ずしも１用量の投与によって生じることはなく、一連の用量の投与後に限って生じ得る。従って、治療有効量は、１回又は複数回投与において投与され得る。治療有効量は、哺乳動物の病態、年齢、性別及び体重、投与様式並びに治療薬又は治療薬の組み合わせの、個体における所望の応答を誘発する能力などの要素に応じて変化し得る。

【0198】

投与される薬剤の有効量は、通常の技能を有する臨床医により、本明細書で提供されるガイダンス及び当技術分野で公知の他の方法を用いて決定され得る。関連する要素は、所与の薬剤、医薬製剤、投与経路、疾患若しくは障害のタイプ、対象のアイデンティティ（例えば、年齢、性別、体重）又は処置中の宿主などを含む。例えば、好適な用量は、１回の処置につき、体重で、約０．００１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１ｍｇ／ｋｇ～約１ｍｇ／ｋｇであり得る。特定の薬剤、対象及び疾患に対する用量の決定は、当業者の能力の範囲内で十分になされる。好ましくは、その用量は、最低でも有害な副作用を引き起こすか又はもたらすことはない。

【0199】

所望の応答又は所望の結果は、細胞レベル、組織レベル又は臨床結果での効果を含む。そのようなものとして、「治療有効量」又はその同義語は、それが適用されている文脈に依存する。例えば、いくつかの実施形態において、それは、組成物の投与なしに得られる応答と比較して、治療応答を達成するのに十分な組成物の量である。他の実施形態では、それは、対照と比較して、対象における有利な又は所望的な結果をもたらす量である。本明細書で定義される通り、本開示の組成物の治療有効量は、当業者により、当技術分野で公知の通常の方法によって容易に決定され得る。投与計画及び投与経路は、最適な治療反応をもたらすように調節され得る。

【0200】

いくつかの実施形態において、本方法は、予防的治療法のために使用される。いくつかの実施形態において、有効用量は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による感染を受けている対象を予防するのに十分である。

【0201】

いくつかの実施形態において、本方法は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置するために使用される。「処置すること」又は「処置」という用語は、疾患、病状又は障害（本明細書に例示される特定の適応症など）を改善、緩和、安定化し（即ち悪化させず）、予防又は治癒することを目的とした対象の医学的管理を指す。この用語には、積極的処置（疾患、病状又は障害を改善することに向けられた処置）、原因処置（関連する疾患、病状又は障害の原因に向けられた処置）、緩和処置（症状を緩和するために設計された処置）、予防的処置（関連する疾患、病状又は障害の発症を最小限に抑えるか、又は部分的若しくは完全に阻害することに向けられた処置）；及び補助的処置（別の療法を補うために利用される処置）が含まれる。処置には、検出可能又は検出不可能な、疾患又は状態の程度の減少；疾患又は状態の拡大の予防；疾患又は状態の進行の遅延又は減速；疾患又は状態の改善又は緩和；及び寛解（部分又は完全）も含まれる。疾患又は状態を「改善すること」又は「緩和すること」とは、処置の非存在下での程度又は時間経過と比較して、疾患、障害又は状態の程度及び／又は望ましくない臨床症状が軽減され、且つ／又は進行の時間経過が減速するか又は長くなることを意味する。「処置」は、処置を受けていない場合に期待される生存と比較して生存を延長することも意味し得る。処置が必要な人には、すでにその状態若しくは障害を有する人及びその状態若しくは障害を生じやすい人又はその状態若しくは障害を予防すべき人が含まれる。

【0202】

いくつかの実施形態において、有効用量は、対象におけるウイルス負荷を阻害するのに十分である。いくつかの実施形態において、ウイルス負荷の減少は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、ウイルス負荷の減少は、約１０～９９％、例えば約１０～９８％、約１５～９８％、約１５～９７％、約２０～９７％、約２０～９６％、約２５～９６％、約２５～９５％、約３０～９５％、約３０～９４％、約３５～９４％、約３５～９３％、約４０～９３％、約４０～９２％、約４５～９２％、約４５～９１％、約５０～９１％、約５０～９０％、約５５～９０％、約５５～８５％、約６０～８５％、約６０～８０％、約６５～８０％、約６５～７５％又は約７０～７５％である。

【0203】

いくつかの実施形態において、有効用量は、ウイルスのその標的タンパク質、標的細胞又は両方への結合を低減するのに十分である。いくつかの実施形態において、結合の減少は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、結合の減少は、約１０～９９％、例えば約１０～９８％、約１５～９８％、約１５～９７％、約２０～９７％、約２０～９６％、約２５～９６％、約２５～９５％、約３０～９５％、約３０～９４％、約３５～９４％、約３５～９３％、約４０～９３％、約４０～９２％、約４５～９２％、約４５～９１％、約５０～９１％、約５０～９０％、約５５～９０％、約５５～８５％、約６０～８５％、約６０～８０％、約６５～８０％、約６５～７５％又は約７０～７５％である。

【0204】

いくつかの実施形態において、有効用量は、標的細胞とのウイルス介在性融合を阻害するのに十分である。いくつかの実施形態において、融合の減少は、少なくとも約１０％、例えば少なくとも約１５％、約２０％、約２５％、約３０％、約３５％、約４０％、約４５％、約５０％、約５５％、約６０％、約６５％、約７０％、約７５％、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％又は約９９％である。いくつかの実施形態において、融合の減少は、約１０～９９％、例えば約１０～９８％、約１５～９８％、約１５～９７％、約２０～９７％、約２０～９６％、約２５～９６％、約２５～９５％、約３０～９５％、約３０～９４％、約３５～９４％、約３５～９３％、約４０～９３％、約４０～９２％、約４５～９２％、約４５～９１％、約５０～９１％、約５０～９０％、約５５～９０％、約５５～８５％、約６０～８５％、約６０～８０％、約６５～８０％、約６５～７５％又は約７０～７５％である。

【0205】

いくつかの実施形態において、有効用量は、細胞感染性に必要なウイルスエンベロープタンパク質における立体構造変化に干渉するのに十分である。

【0206】

本明細書に記載の治療剤は、化合物及び処置対象の特定の疾患に応じて、例えば経口、食事、局所、経皮、直腸、非経口（例えば、動脈内、静脈内、筋肉内、皮下注射、皮内注射）、静脈内注入及び吸入（例えば、気管支内、鼻腔内又は経口吸入、鼻内滴下）の投与経路を含む、種々の投与経路を介して投与され得る。投与は、適応に応じて、局所又は全身であり得る。好ましい投与様式は、選択される特定の化合物に応じて変化し得る。

【0207】

いくつかの実施形態において、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物又は医薬組成物は、１つ以上のさらなる治療剤と組み合わせて（例えば、１つ以上のさらなる治療剤と同時に又は逐次的に）対象に投与される。いくつかの実施形態において、対象は、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物又は医薬組成物の投与に先立ち、以前に１つ以上の治療剤で処置されている。いくつかの実施形態において、本方法は、本明細書に開示されるポリペプチド、組成物又は医薬組成物の投与と同時に又はそれに続いて、治療有効量の１つ以上のさらなる治療剤を対象に投与することをさらに含む。

【0208】

さらなる治療剤の非限定的な例には、抗生物質（例えば、アジスロマイシン）、抗体又はその抗原結合断片（例えば、他のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイク結合ペプチド）、抗マラリア剤（例えば、クロロキン又はヒドロキシクロロキン）、抗ウイルス剤（例えば、ファビピラビル、ロピナビル及び／又はリトナビル）、サイトカイン（例えば、インターフェロンベータ－１ａなどの１型インターフェロン）、ヌクレオチド類似体（例えば、レムデシビル）、プロテアーゼ阻害剤（例えば、ダノプレビル）、レニン－アンジオテンシン－アルドステロン系阻害剤（例えば、ＡＣＥ２阻害剤又はアンジオテンシン受容体遮断薬（ＡＲＢ））が挙げられる。

【0209】

いくつかの実施形態において、抗ウイルス剤は、アマンタジン、ファビピラビル、ロピナビル、オセルタミビル（タミフル）、プレコナリル、リマンタジン、リトナビル、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するアンチセンスＲＮＡ、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対するｓｉＲＮＡ、さらなる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。

【0210】

いくつかの実施形態において、さらなる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質のＲＢＤを標的にする。いくつかの実施形態において、さらなる抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体は、中和モノクローナル抗体である。抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２モノクローナル抗体の非限定的な例には、バムラニビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ５５５又はＬＹ３８１９２５３）、エテセビマブ（ＬＹ－ＣｏＶ０１６又はＬＹ３８３２４７９）、カシリビマブ（ＲＥＧＮ１０９３３）及びイムデビマブ（ＲＥＧＮ１０９８７）が挙げられる。例えば、ｗｗｗ．ｃｏｖｉｄ１９ｔｒｅａｔｍｅｎｔｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／ｔｈｅｒａｐｉｅｓ／ａｎｔｉ－ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ａｎｔｉ－ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２－ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ－ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓを参照されたい。

【0211】

いくつかの実施形態において、ＡＣＥ２阻害剤は、ＡＣＥ２に対するＲＮＡｉ、ＡＣＥ２に対するｓｉＲＮＡ、ＡＣＥ２のＣＲＩＳＰＲベースの阻害剤、可溶性ＡＣＥ２、可溶性ＡＣＥ２変異体、抗ＡＣＥ２抗体、ワクチン及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、抗生物質は、アジスロマイシンである。いくつかの実施形態において、抗マラリア剤は、クロロキン又はヒドロキシクロロキンを含む。いくつかの実施形態において、ワクチンは、核酸ワクチン又は不活化ウイルスワクチンである。いくつかの実施形態において、ワクチンは、ｍｒｎａ－１２７３、ＢＮＴ１６２、ＩＮＯ－４８００、ＡＺＤ１２２２、Ａｄ５－ｎＣｏＶ、ＰｉＣｏＶａｃｃ、ＮＶＸ－ＣｏＶ２３７３又はそれらの組み合わせである。

【0212】

２つ以上の治療剤の投与は、薬学的組み合わせなどでの、実質的に同時様式での治療剤の同時投与を包含する。代わりに、そのような投与は、各治療剤の、複数の容器又は別々の容器（例えば、カプセル、粉末及び液体）での同時投与を包含する。そのような投与は、ほぼ同じ時点又は異なる時点のいずれかにおける逐次的様式での治療剤の各タイプの使用も包含する。本明細書に記載の組成物及びさらなる治療剤は、同じ投与経路又は異なる投与経路を介して投与され得る。

【0213】

別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を予防する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0214】

別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染を処置する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0215】

別の態様において、本発明は、対象におけるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のウイルス負荷を低減する方法であって、薬学的に許容される担体と、活性成分としての本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つとを含む、有効量の医薬組成物を対象に投与することを含む方法を提供する。

【0216】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の標的細胞への結合を阻害する方法であって、標的細胞を、有効量の、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つと接触させることを含む方法を提供する。

【0217】

別の態様において、本発明は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の標的細胞上の標的タンパク質への結合を阻害する方法であって、標的細胞を、有効量の、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つと接触させることを含む方法を提供する。

【0218】

別の態様において、本発明は、標的細胞とのウイルス介在性融合を阻害する方法であって、標的細胞を、有効量の、本明細書に記載のポリペプチド又は融合タンパク質のいずれか１つと接触させることを含む方法を提供する。

【0219】

特段の定義がされていない限り、本明細書で用いられる全ての専門用語、記号及び他の科学用語又は用語法は、本発明が関係する技術分野の当業者によって一般に理解されている意味を有することが意図される。いくつかの場合、一般に理解されている意味を有する用語は、明確性及び／又は容易な参照を意図して、本明細書で定義され、本明細書でのそのような定義の包含については、当技術分野で一般に理解されていることを超える実質的差異を表すように必ずしも解釈されるべきではない。一般に使用される辞書で定義されるような用語は、関連する技術分野との関連において且つ／又は本明細書で定義される以外に、それらの意味に一致する意味を有するものとして解釈されるべきであることがさらに理解されるであろう。

【0220】

本明細書で用いられる用語法は、あくまで特定の実施形態を説明することを目的とし、限定することを意図されない。

【0221】

本明細書で用いられるとき、不定冠詞「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」及び「その」は、文脈上明らかに別の意味を示していない限り、複数の参照を含むと理解されるべきである。

【0222】

本明細書及び後続する特許請求の範囲の全体を通して、文脈上他の意味に解すべき場合を除き、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」並びに「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」及び「含んでいる」などの変形は、例えば、指定された整数若しくはステップ又は整数若しくはステップの群を包含するが、任意の他の整数若しくはステップ又は整数若しくはステップの群を除外しないことを意味すると理解されるであろう。本明細書で用いられるとき、「含む」という用語は、「含有する」又は「包含する」という用語と交換可能である。

【0223】

本明細書で用いられるとき、「～からなる」は、クレーム要素において特定されない任意の要素、ステップ又は成分を除外する。本明細書で用いられるとき、「～から本質的になる」は、クレームの基本的で新規な特徴に実質的に影響しない材料又はステップを除外しない。「含む」、「含有する」、「包含する」及び「有する」という用語のいずれも、本発明の態様又は実施形態に関連して本明細書で用いられるときには常に、いくつかの実施形態において、本開示の範囲を変化させるための「～からなる」又は「～から本質的になる」という用語と交換可能である。

【0224】

本明細書で用いられるとき、複数の列記される要素の間の「及び／又は」という接続用語は、個別の選択肢及び組み合わされた選択肢の両方を包含するものとして理解される。例えば、２つの要素が「及び／又は」によって結合される場合、第１の選択肢は、第２要素を伴わない第１要素の適用可能性を指す。第２の選択肢は、第１要素を伴わない第２要素の適用可能性を指す。第３の選択肢は、第１及び第２要素の併用の適用可能性を指す。これらの選択肢のいずれか１つは、本明細書で用いられるとき、その意味の範囲内に該当し、従って「及び／又は」という用語の要件を満たすと理解される。選択肢の２つ以上の併用の適用可能性は、その意味の範囲内にも該当し、従って「及び／又は」という用語の要件を満たすと理解される。

【0225】

リストが提示されるとき、特に断りのない限り、そのリストのそれぞれの個別の要素及びそのリストのあらゆる組み合わせが別々の実施形態であることが理解されるべきである。例えば、「Ａ、Ｂ又はＣ」として提示される実施形態のリストは、実施形態「Ａ」、「Ｂ」、「Ｃ」、「Ａ又はＢ」、「Ａ又はＣ」、「Ｂ又はＣ」又は「Ａ、Ｂ又はＣ」を含むものとして解釈されるべきである。

【実施例】

【0226】

実施例１．抗原結合分子とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２－スパイクのＳ１サブユニット受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）との間の直接的結合
目的の分子を、組換え的に発現させ、精製し、そして定量化する。ＥＬＩＳＡプレートを、市販のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤのＰＢＳ中の１μｇ／ｍＬで一晩コーティングする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、次に３７℃で１時間にわたり、ＰＢＳ中の５％ＢＳＡでブロッキングし、非特異的結合をブロックする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子を、ＥＬＩＳＡプレート内で希釈系列において滴定し、３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、標的分子に特異的な（ＨＲＰとコンジュゲートした）二次抗体を、プレートに固定希釈で添加する。プレートを、３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＴＭＢ基質を目的のウェルに添加することにより、結合をそれとともにプローブする。５～１０分後、反応を酸性停止溶液で停止させ、シグナルを、プレートリーダーで４５０ｎｍでの吸光度を測定することによって定量する。陽性シグナルは、陰性対照（典型的に、抗体アイソトープ対照）におけるバックグラウンドについての吸光度読み取りに対応する。結合の半定量的理解は、標的分子のより大きい希釈での結合の力を評価することによって推定することができる。理論上、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する親和性がより大きい候補分子は、より弱い結合剤と比較して、より大きい希釈で、より大きいシグナルを示すはずである。

【0227】

実施例２．抗原結合分子はインビトロでＲＢＤへの結合に対してヒトＡＣＥ２（ｈＡＣＥ２）と競合する
目的の分子を、組換え的に発現させ、精製し、そして定量化する。ＥＬＩＳＡプレートを、市販のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤのＰＢＳ中の１μｇ／ｍＬで一晩コーティングする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、次に３７℃で１時間にわたり、ＰＢＳ中の５％ＢＳＡでブロッキングし、非特異的結合をブロックする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、目的の分子を、ＥＬＩＳＡプレート内で希釈系列において滴定する。同時に、固定濃度の市販のｈＡＣＥ２（ビオチン化）を、候補分子と共インキュベートする。固定濃度のｈＡＣＥ２は、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する最大結合の５０％がこのアッセイ形式において経験的に決定されたときの濃度に対応する。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ビオチン化ｈＡＣＥ２に特異的な二次抗体（ＨＲＰとコンジュゲートされたストレプトアビジン）を、プレートに固定希釈で添加する。プレートを３７℃で１時間インキュベートする。次に、プレートを、自動プレートウォッシャー上の２００μＬのＰＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＴＭＢ基質を目的のウェルに添加することにより、結合をそれとともにプローブする。５～１０分後、反応を酸性停止溶液で停止させ、シグナルを、プレートリーダーで４５０ｎｍでの吸光度を測定することによって定量する。陽性シグナルは、陰性対照（典型的に、抗体アイソトープ対照）におけるバックグラウンドを上回る候補分子を有しないウェルに対する、候補分子を有するウェルにおける吸光度の減少に対応する。標的分子のｈＡＣＥ２と競合する能力の半定量的理解は、標的分子のより大きい希釈でのｈＡＣＥ２結合の全減少を評価することによって推定することができる。理論上、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対してｈＡＣＥ２と競合する能力がより大きい候補分子は、より弱い能力を有する分子と比較して、より大きい希釈で、より大きいシグナルを示すはずである。

【0228】

実施例３．抗原結合分子は細胞表面上のＲＢＤへの結合に対してｈＡＣＥ２と競合する
目的の分子を、組換え的に発現させ、精製し、そして定量化する。ｈＡＣＥ２を野生型レベルで発現する細胞株を培養し、（表面タンパク質破壊を阻止するため）トリプシン処理なしに収集し、計数する。一定数の細胞を、９６ウェルプレートに添加し、希釈系列において滴定された目的の分子とともにインキュベートする。同時に、固定濃度の市販のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（ビオチン化）を、候補分子と共インキュベートする。固定濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は、細胞上のｈＡＣＥ２に対する最大結合の５０％がこのアッセイ形式において経験的に決定されたときの濃度に対応する。細胞のプレートを、暗所、４℃で１時間インキュベートする。プレートを、４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中の０．２％ＢＳＡで洗浄する。このプロセスを、さらに２回反復し、合計３回洗浄する。ビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に特異的な二次抗体（Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ ４８８とコンジュゲートされたストレプトアビジン）を、プレートに固定希釈で添加する。細胞のプレートを、暗所、４℃で１時間インキュベートする。プレートを、４００×ｇで５分間遠心分離し、上清を吸引し、細胞をＰＢＳ中の０．２％ＢＳＡで洗浄する。次に、細胞を、ＰＢＳ中の一定体積の０．２％ＢＳＡに再懸濁し、フローサイトメトリーを実施する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤの全結合をＦＩＴ－Ｃチャネルの中央値蛍光強度（ＭＦＩ）によって分析する。陽性シグナルは、陰性対照（典型的に、抗体アイソトープ対照）におけるバックグラウンドを上回る候補分子を有しないウェルに対する、候補分子を有するウェルにおけるＭＦＩの減少に対応する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤと競合する能力の半定量的理解は、標的分子のより大きい希釈でのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ ＭＦＩの全減少を評価することによって推定することができる。理論上、（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに対する親和性と考えることもできる）ｈＡＣＥ２に対してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤと競合する能力がより大きい候補分子は、より弱い能力を有するより大きい希釈分子で、より大きいシグナルを示すはずである。

【0229】

実施例４．抗体設計の酵母ディスプレイの特徴付け
抗体を、一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）としてフォーマットし、酵母ディスプレイを用いて、結合について試験した。ｃ－ｍｙｃエピトープタグに融合されたＳｃＦｖ構築物を、酵母ディスプレイベクターへのクローニングのためのオーバーハングを有する、ＤＮＡ断片として合成した（ＴＷＩＳＴ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）。ＤＮＡインサート及び消化されたベクターを、酵母に形質転換し、全プラスミドを、インビボで相同組換えによって作製した。細胞を、酵母細胞表面へのｓｃＦｖの発現及び提示に誘導した。誘導された細胞を、染色し、ビオチン化ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）抗原（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤ（Ｇｅｎｓｃｒｉｐｔ）及び抗ｃ－ｍｙｃ（Ｅｘａｌｐｈａ）に結合させ、ｓｃＦｖの発現に備えた。結合を示したクローンでは、平衡解離定数（Ｋ_Ｄ）を、様々な濃度のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ抗原を用いて滴定曲線を作成することによって評価した。ＳＡＲ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤに結合する全てのクローンは、ＳＡＲＳ－ＣｏＶ ＲＢＤに対して交差反応性結合も示した。結合特異性及びＫ_Ｄ値を表２に要約する。

【0230】

実施例５．完全長ＩｇＧの産生
従来の方法を用いて、ＳｃＦｖ構築物を、可変重（Ｖ_Ｈ）鎖及び可変軽（Ｖ_Ｌ）鎖を対応する定常領域を含む哺乳類発現ベクターにサブクローニングすることにより、完全長ヒト免疫グロブリン１（ＩｇＧ１）に再フォーマットした。抗体を、発現を駆動するためのＣＭＶプロモーター及び完全にフォールドされたＩｇＧの上清への分泌を促進するためのシグナルペプチドを含む、鎖あたり１つの発現プラスミドを用いることによって作製した。哺乳類発現宿主系（チャイニーズハムスター卵巣－ＣＨＯ Ｓ細胞株など）を、フェドバッチ生産手順による、カチオン性脂質ベースの一過性トランスフェクション法を用いるタンパク質発現に使用した。発現された可溶性完全長ＩｇＧを、プロテインＡ親和性樹脂（例えば、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ Ｓｕｒｅ樹脂、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）及び水性緩衝液を用いる親和性捕捉ベースの精製方法を用いて精製した。溶出は、低いｐＨ（ｐＨ３．５など）の酸性条件下で実施し、次いで２Ｍトリス塩基を用いてｐＨ７．５まで中和した。精製抗体を、水性緩衝液（ＮａＣｌを含有するヒスチジンベースの緩衝液）中でさらに安定化し、長期貯蔵／凍結に備えた。

【0231】

実施例６．完全長ＩｇＧの結合動力学及び親和性
結合動力学及び親和性は、ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６ｅ装置を用いるバイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって測定した。抗体を、抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）バイオセンサーに捕捉した。次に、バイオセンサーを、会合及び解離のため、連続希釈でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（Ａｃｒｏ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）とともにインキュベートした。代表的なデータを表３に示す。

【0232】

実施例７．材料及び方法
完全長ＩｇＧの発現
設計された抗体のＶ_Ｈ及びＶ_Ｌ配列をコードする、逆翻訳されたＤＮＡを合成し（Ｔｗｉｓｔ）、Ｇｏｌｄｅｎ Ｇａｔｅ Ａｓｓｅｍｂｌｙ（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ，Ｉｐｓｗｉｃｈ，ＭＡ）を用いて、ＣＭＶプロモーター配列、シグナルペプチド及び対応する定常領域を含むヒトＧ１＋Ｋ ｃｏｎｔａアイソタイプベクターにクローン化した。ＩｇＧタンパク質を、製造業者の方法（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）に従い、ＥｘｐｉＣＨＯ細胞内で発現させ、ＭａｂＳｅｌｅｃｔ ＳｕｒｅプロテインＡ親和性樹脂（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を用いて、製造業者の方法を通して、アフィニティークロマトグラフィーにより精製した。プロテインＡ親和性精製に続き、抗体を、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ２００樹脂（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）を用いて、製造業者の推奨された方法に従い、サイズ排除クロマトグラフィーによりさらに精製した。

【0233】

中和アッセイ
予備滴定量のｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を、連続希釈したモノクローナル抗体とともに３７℃で１時間インキュベートした後、９６ウェルプレート内のコンフルエントなベロ（ＡＴＣＣ ＣＣＬ－８１）単層に添加した。感染を、５％ＣＯ_２下、３７℃で１６～１８時間進行させた後、細胞を４％パラホルムアルデヒドで固定し、１０μｇ／ｍＬのヘキストで染色した。細胞を、ＣｅｌｌＩｎｓｉｇｈｔ ＣＸ５イメージャを用いて画像化し、感染を、全細胞と緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）を発現する細胞の自動数え上げによって定量化した。感染を、ヒトＩｇＧアイソタイプ対照とともにインキュベートした、ｒＶＳＶ－ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２で感染した細胞の平均数に正規化した。

【0234】

ＷＴ及び突然変異体ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質の作製
スパイクタンパク質を、エピトープビニング試験及び構造生物学を意図して、外部ドメインの残基１４～１２０８（Ｇｅｎｂａｎｋ：ＭＮ９０８９４７）、６つのプロリン置換（Ｆ８１７Ｐ、Ａ８９２Ｐ、Ａ８９９Ｐ、Ａ９４２Ｐ、Ｋ９８６Ｐ、Ｖ９８７Ｐ）並びに北欧におけるスピルオーバー／スピルバックに関連する全て／大部分の変異体において確立されたＤ６１４Ｇ突然変異及び切断部位残基６８２～６８５（「ＲＲＡＲ」（配列番号６０）～「ＧＳＡＳ」（配列番号６１））の置換を有する）ＨｅｘａＰｒｏバックグラウンドを用いて作製した。得られたスパイク変異体を、Ｎ末端Ｇａｕｓｓｉａルシフェラーゼシグナル配列（ＭＧＶＫＶＬＦＡＬＩＣＩＡＶＡＥＡ（配列番号６２））及びＣ末端ｆｏｌｄｏｎ三量体化ドメイン、それに続くＨＲＶ－３Ｃ切断部位及びＴｗｉｎ－Ｓｔｒｅｐ－Ｔａｇを含むｐｈＣＭＶ哺乳類発現ベクターにクローン化した。プラスミドを、Ｐｌａｓｍｉｄ Ｐｌｕｓ Ｍｉｄｉキット（Ｑｉａｇｅｎ，Ｈｉｌｄｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を用いて、Ｓｔｅｌｌａｒコンピテント細胞に形質転換し、単離した。

【0235】

ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ＨｅｘａＰｒｏスパイクを、Ｆｒｅｅｓｔｙｌｅ ２９３－Ｆ又はＥｘｐｉＣＨＯ－Ｓ細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）に、一過性にトランスフェクトした。製造業者のプロトコルに従い、両細胞株を維持し、トランスフェクトした。つまり、トランスフェクションの日に（０日目）、２９３－Ｆ細胞を、２．０×１０^６細胞／ｍＬの密度まで成長させ、１．０×１０^６細胞／ｍＬまで希釈した。プラスミドＤＮＡ及びポリエチレンイミンを、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）中で混合し、２５分間インキュベートし、次に細胞に添加した。細胞培養物を、３７℃、８％ＣＯ_２及び１２０ＲＰＭでインキュベートし、５日目に収集した。ＥｘｐｉＣＨＯ培養物の場合、製造業者の「高力価」プロトコルを使用した。つまり、トランスフェクションの日に（０日目）、細胞を、１×１０^７細胞／ｍＬの密度まで成長させ、６×１０^６細胞／ｍＬまで希釈した。プラスミドＤＮＡ及びＥｘｐｉｆｅｃｔａｍｉｎｅを、製造業者の使用説明書に従い、Ｏｐｔｉ－ＰＲＯ ＳＦＭ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ，Ｉｎｃ．，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）中で混合し、細胞に添加した。１日目、細胞に、提示されたプロトコルに従い、製造業者供給のフィード及びエンハンサーを与え、次に培養物を、３２℃、５％ＣＯ_２及び１１５ＲＰＭでインキュベートした。７日目、ＥｘｐｉＣＨＯ培養物を収集した。全ての培養物を、遠心分離によって清澄化し、続いて、ＢｉｏＬｏｃｋ（ＩＢＡ Ｌｉｆｅｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｇｏｅｔｔｉｎｇｅｎ，Ｇｅｒｍａｎｙ）を添加し、上清を０．２２μＭの滅菌フィルターにフロースルーさせ、ＴＢＳ緩衝液（２５ｍＭトリスｐＨ７．６、２００ｍＭ ＮａＣｌ、０．０２％ＮａＮ_３）で平衡化した５ｍＬのＳｔｒｅｐＴｒａｐ－ＨＰカラムを用いて、Ａｅ ＫＴＡ ＧＯ（Ｃｙｔｉｖａ，Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）上で精製し、５ｍＭのｄ－デスチオビオチン（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）を添加したＴＢＳ緩衝液で溶出させた。ストレプタグを、ＨＲＶ－３Ｃプロテアーゼを用いて切断し、タンパク質を、ＴＢＳ中、Ｓｕｐｅｒｄｅｘ ６ｉｎｃｒｅａｓｅ１０／３００カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ，Ｃｈｉｃａｇｏ，ＩＬ）上でのサイズ排除クロマトグラフィー（ＳＥＣ）によってさらに精製した。

【0236】

ハイスループット表面プラズモン共鳴（ＨＴ－ＳＰＲ）エピトープビニング
エピトープビニングは、サンドイッチアッセイ形式で、２５℃でのＣＭＤＰセンサチップを備えたＣａｒｔｅｒｒａ ＬＳＡ ＳＰＲ装置で、ＨＢＳＴＥ－ＢＳＡランニングバッファー（１０ｍＭヘペス ｐＨ７．４、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、３ｍＭ ＥＤＴＡ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ－２０、０．５ｍｇ／ｍｌのＢＳＡを添加）中で実施した。２つのマイクロ流体モジュール、９６チャネルのプリントヘッド（９６ＰＨ）及び単一のフローセル（ＳＦＣ）を用いて、サンプルをセンサチップ上に送達した。２５ｍＭ ＭＥＳ（ｐＨ５．５）と、ランニングバッファーとして０．０５％Ｔｗｅｅｎ－２０を用いて、表面調製を実施した。チップを、ＳＦＣを用いて、０．１Ｍ ＭＥＳ（ｐＨ５．５）中、１３０ｍＭの１－エチル－３－（３－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミド（ＥＤＣ）＋３３ｍＭのＮ－ヒドロキシスルホスクシンイミド（スルホ－ＮＨＳ）の新しく調製した溶液で活性化させた。抗体を、９６ＰＨを用いて、１０μｇ／ｍＬで１０分間固定化し、１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．２５）に希釈した。非反応性エステルを、ＳＦＣを用いて、１Ｍエタノールアミン－ＨＣｌ（ｐＨ８．５）の７分間注射でクエンチした。ビニング分析は、このアレイ上で、ランニングバッファーとしてのＨＢＳＴＥ－ＢＳＡ緩衝液及びサンプル希釈剤を用いて実施した。ＲＢＤ抗原を、各サイクルにおいて５０ｎＭ（１．３μｇ／ｍＬ）で４分間注射し、その直後、分析物抗体を、３０μｇ／ｍＬ（ＩｇＧ構築物において２００ｎＭ）で４分間注射した。各サイクルにおいて、表面を、１０ｍＭグリシン（ｐＨ２．０）の二重パルス（１７秒／パルス）で再生させた。データを、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｔｏｏｌソフトウェア（Ｃａｒｔｅｒｒａ，Ｓａｌｔ Ｌａｋｅ Ｃｉｔｙ，ＵＴ）によって処理及び分析した。

【0237】

Ｏｃｔｅｔ親和性測定
結合動力学及び親和性を、ＦｏｒｔｅＢｉｏ Ｏｃｔｅｔ Ｒｅｄ９６ｅ装置を用いて、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）で測定した。抗体を、１×動力学緩衝液中で１００ｎＭに正規化し、抗ヒトＦｃ（ＡＨＣ）バイオセンサーに捕捉させた。次に、バイオセンサーを、連続希釈でＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ（ＡＣＲＯＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｎｅｗａｒｋ，ＤＥ）とともにインキュベートし、会合及び解離速度を決定した。

【0238】

配列の作製及び整列
ＣＲ３０２２（ＰＤＢ ６Ｗ４１）由来の、計算的に作製した抗体配列に対して、配列及び構造的情報の組み合わせを用いて、さらに計算上の親和性成熟を行った。パラトープ位置を、親構造における抗原から５オングストローム以内の抗体残基と定義した。

【0239】

参照抗体由来配列のヒト化
ＣＤＲ配列を、数百万のヒトフレームワークに移植し、ナイーブキメラを形成した。候補フレームワークを、公的に利用可能な抗体レパートリーの配列決定データ及び治療抗体のデータベースから引き出した。次に、これらのナイーブキメラを、所与の配列がヒト抗体レパートリーからの配列といかに類似するかをスコア化する計算モデルを用いて、ランク付けた。同じ計算モデルを用いて、モデルスコアを改善する突然変異を選択することにより、突然変異を最高ランクのナイーブキメラに導入した。次に、最高スコアのキメラを試験用に選択した。

【0240】

解離増強ランタニド蛍光イムノアッセイ（ＤＥＬＦＩＡ）結合
組換え的に作製した野生型のＮ５０１Ｙ又はＥ４８４Ｋ ＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２ ＲＢＤ（ＡＣＲＯ）を、ＴＢＳ中で１μｇ／ｍＬまで希釈した。２５μＬを用いて、３８４の白色Ｎｕｎｃマキシソーププレートを、４℃で一晩コーティングした。プレートを、１００μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＴＢＳ－Ｔ＋５％ＢＳＡで、３７℃で１時間ブロックした。２５μＬの連続希釈したＩｇＧ１抗体（ＴＢＳ－Ｔ中）を、プレートに添加し、３７℃で１時間インキュベートした。プレートを、１００μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＴＢＳ－Ｔ＋５％ＢＳＡで希釈した、１００ｎｇ／ｍＬのＤＥＬＦＩＡ Ｅｕ－Ｎ１抗ヒトＩｇＧ二次（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）２５μＬを、各ウェルに添加した。プレートを、３７℃で１時間インキュベートした。プレートを、１００μＬのＴＢＳ－Ｔで３回洗浄し、ＤＥＬＦＩＡ増強溶液（Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ，Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）２５μＬを、各ウェルに添加した。時間分解蛍光（ＴＲＦ）を、製造業者の使用説明書を通して収集した。ローデータは、バックグラウンドを差し引き、カスタムＲスクリプトを用いて分析した。１００，０００ＴＲＦ単位を上回るデータは、アッセイにおける飽和とみなされ、真に定量的であることを意味しない。

【0241】

実施例８．ＩｇＧ１分子はインビトロでＳＡＲＳ－ＣＯＶ－２を中和する
４つのＩｇＧ１ Ａｂを、中和試験のため、コロナウイルス免疫療法コンソーシアムに提出した。４つ全てのＩｇＧ１分子は、疑似及び真正ＷＴウイルスの両方のベロ単層の感染をブロックする能力を示す（表４）。

【0242】

実施例９．エピトープ及び親和性
可溶性Ｇ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク外部ドメイン及び単量体ＲＢＤに対するモノクローナル抗体の親和性を試験した。ハイスループット表面プラズモン共鳴分析を用いて、ＲＢＤと反応する抗体を、１１の異なる「コミュニティー」に選別した。ＲＢＤコミュニティーを、同じコミュニティーの２つのメンバー間で、結合における共有エピトープを示す、ＳＰＲサンドイッチ対を作れないことと定義した。ＡＢ－１～ＡＢ－４は、「ＲＢＤコミュニティー１１」、即ち異なる「ＲＢＤコミュニティー」エピトープビンにクラスター化することが見出された（データは示さず）。表４に示す通り、これらの抗体は、標的抗原のＧ６１４ ＨｅｘａＰｒｏスパイク外部ドメイン又は単量体ＲＢＤに対するｎＭでの親和性を示す。

【0243】

実施例１０．ＩｇＧ１分子の親和性成熟
ＩｇＧ１抗体の治療的可能性をさらに改善するため、計算上の親和性成熟を実施した。新規に誘導されたクローンをｓｃＦｖとして発現させ、それらのＲＢＤに対する親和性を酵母表面ディスプレイ（ＹＳＤ）によって測定した。図６に示す通り、新規に作製されたクローン（ＡＢ－５、ＡＢ－６及びＡＢ－７）は、２つの親「シード」抗体（ＡＢ－１及びＡＢ－３）と比較して、ＲＢＤに対する改善された親和性を示した。

【0244】

これらの結果を確認するため、ｓｃＦｖをＩｇＧ１抗体に再フォーマットし、発現させた。ＩｇＧ１抗体のＲＢＤに対する親和性を、材料及び方法に記載の通り、バイオレイヤー干渉法（ＢＬＩ）によって評価した。表５及び図７及び図８に示すデータは、ＹＳＤデータ（図６）に一致する。成熟クローンにおける改善された親和性は、低下したオフレートによって駆動されるように思われる（Ｋ_{ｄｉｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ}、図８）。

【0245】

実施例１１．ＩｇＧ１ポリペプチドのヒト化
選択されたクローンを、材料及び方法に概説した計算手法を用いて、さらにヒト化した。ヒト化がＣＯＶ－２ ＲＢＤに結合する親和性又は傾向を消失させなかったことを判定するため、また治療効果を評価するため、解離増強ランタニド蛍光イムノアッセイ（ＤＥＬＦＩＡ）を用いて、野生型ＲＢＤ、Ｎ５０１Ｙ単一突然変異体及びＥ４８４Ｋ単一突然変異体に対する各抗体間の結合を評価した。コンパレーターとして、臨床開発の様々なステージにおける３つの配列（競合者Ｒ及び競合者Ｖ配列）も試験した。図９に示す通り、いくつかのクローンが３つ全てのＲＢＤ配列に結合した。これは、Ｎ５０１Ｙ及びＥ４８４Ｋが、出現しているＣＯＶ－２変異体プールにおけるドライバー突然変異であることが理解されていることから、臨床的に重要である。さらに、ヒト化は、結合が親シード抗体と同等であることから、ＣＯＶ－２ ＲＢＤに結合する能力を消失させなかった（図１０Ａ～１０Ｃ）。

【0246】

【表1】

【0247】

【表2】

【0248】

【表3】

【0249】

【表4】

【0250】

【表5】

【0251】

【表6】

【0252】

【表7】

【0253】

【表8】

【0254】

【表9】

【0255】

【表10】

【0256】

参考文献
１．Ｂａｕｄ Ｄ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅａｌ ｅｓｔｉｍａｔｅｓ ｏｆ ｍｏｒｔａｌｉｔｙ ｆｏｌｌｏｗｉｎｇ ＣＯＶＩＤ－１９ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ，Ｌａｎｃｅｔ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ．２０（７）：７７３（２０２０）．
２．Ｂａｄｅｎ ＬＲ＆Ｒｕｂｉｎ ＥＪ，ＣＯＶＩＤ－１９－Ｔｈｅ Ｓｅａｒｃｈ ｆｏｒ Ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ．３８２（１９）：１８５１－５２（２０２０）．
３．Ｚｉｅｇｌｅｒ ＣＧＫ ｅｔ ａｌ．，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ＡＣＥ２ Ｉｓ ａｎ Ｉｎｔｅｒｆｅｒｏｎ－Ｓｔｉｍｕｌａｔｅｄ Ｇｅｎｅ ｉｎ Ｈｕｍａｎ Ａｉｒｗａｙ Ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｉｓ Ｄｅｔｅｃｔｅｄ ｉｎ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｃｅｌｌ Ｓｕｂｓｅｔｓ ａｃｒｏｓｓ Ｔｉｓｓｕｅｓ，Ｃｅｌｌ １８１（５）：１０１６－３５（２０２０）．

【0257】

本明細書で引用された全ての特許、公開された出願及び参考文献の教示は、それらの全体が参照により組み込まれる。

【0258】

例示的な実施形態が特に示され、説明されているが、添付の特許請求の範囲に包含される実施形態の範囲から逸脱することなく、形態及び詳細における様々な変更形態がなされ得ることが当業者に理解されるであろう。

【図1】

【図2A】

【図2B】

【図3A】

【図3B】

【図4A】

【図4B】

【図5A】

【図5B】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10A】

【図10B】

【図10C】

【配列表】

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【国際調査報告】