ホーム > 特許ランキング > アンデス エージー，インク．
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公表特許公報(A)
(11)【公表番号】
(43)【公表日】2023-11-21
(54)【発明の名称】重炭酸塩とミネラルを生成するための組成物および方法
(51)【国際特許分類】
C12N 1/20 20060101AFI20231114BHJP
C12N 1/00 20060101ALI20231114BHJP
A01H 5/10 20180101ALI20231114BHJP
C12N 9/04 20060101ALI20231114BHJP
C12N 9/88 20060101ALI20231114BHJP
C12N 1/14 20060101ALI20231114BHJP
A01H 6/46 20180101ALI20231114BHJP
A01H 6/54 20180101ALI20231114BHJP
A01H 6/60 20180101ALI20231114BHJP
A01H 6/82 20180101ALI20231114BHJP
A01H 6/14 20180101ALI20231114BHJP
A01H 6/20 20180101ALI20231114BHJP
A01H 6/76 20180101ALI20231114BHJP
A01H 6/00 20180101ALI20231114BHJP
C12N 7/00 20060101ALI20231114BHJP
A01C 1/06 20060101ALI20231114BHJP
【ＦＩ】
C12N1/20 A
C12N1/00 Q
A01H5/10
C12N9/04
C12N9/88
C12N1/14 A
A01H6/46
A01H6/54
A01H6/60
A01H6/82
A01H6/14
A01H6/20
A01H6/76
A01H6/00
C12N7/00
A01C1/06 Z
【審査請求】未請求
【予備審査請求】未請求
(21)【出願番号】P 2023524558
(86)(22)【出願日】2021-10-21
(85)【翻訳文提出日】2023-06-20
(86)【国際出願番号】 US2021056083
(87)【国際公開番号】W WO2022087289
(87)【国際公開日】2022-04-28
(31)【優先権主張番号】63/094,870
(32)【優先日】2020-10-21
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(31)【優先権主張番号】63/257,079
(32)【優先日】2021-10-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(81)【指定国・地域】
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＢＲＩＪ
２．ＴＷＥＥＮ
(71)【出願人】
【識別番号】523141909
【氏名又は名称】アンデス エージー，インク．
(74)【代理人】
【識別番号】110003797
【氏名又は名称】弁理士法人清原国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】フエンサリダ，ゴンサロ
(72)【発明者】
【氏名】ティンマーマン，タニア
(72)【発明者】
【氏名】トラッグ，ビョルン
(72)【発明者】
【氏名】レオン，リナ
(72)【発明者】
【氏名】パンディ，ナレッシュ
(72)【発明者】
【氏名】シン，ラグヴィール
【テーマコード（参考）】
2B030
2B051
4B065
【Ｆターム（参考）】
2B030AA02
2B030AA03
2B030AB03
2B030AB04
2B051AA01
2B051AB01
2B051BA20
2B051BB02
2B051BB14
4B065AA01X
4B065AA15X
4B065AA16X
4B065AA17X
4B065AA19X
4B065AA20X
4B065AA50X
4B065AA70X
4B065AA99X
4B065AC20
4B065CA54
(57)【要約】
【解決手段】土壌における二酸化炭素の変換および隔離の改善のために植物と一体化された微生物を利用する方法および組成物が本明細書に記載されている。
【選択図】図１１
【選択図】図１１
【特許請求の範囲】
【請求項1】
植物種子と、前記植物種子に関連する１つ以上の微生物とを含む、組成物であって、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された１つ以上の微生物であるか、または該１つ以上の微生物に由来する、組成物。
【請求項2】
前記植物種子は、商業植物種子、果樹植物種子、堅果樹植物種子、低木植物種子、球根植物種子、草原植物種子、芝草植物種子、またはそれらの任意の組み合わせである、請求項１に記載の組成物。
【請求項3】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、請求項１に記載の組成物。
【請求項4】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の被膜として配置される、請求項１に記載の組成物。
【請求項5】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑－システムを通じて前記植物種子に適用される、請求項１に記載の組成物。
【請求項6】
前記潅漑システムは畝間処理技術を含む、請求項５に記載の組成物。
【請求項7】
前記潅漑システムは噴霧手法を含む、請求項５に記載の組成物。
【請求項8】
前記重炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１～７のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項9】
前記炭素はガス状炭素である、請求項８に記載の組成物。
【請求項10】
前記ガス状炭素は二酸化炭素である、請求項９に記載の組成物。
【請求項11】
前記炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１～１０のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項12】
前記炭素はガス状炭素である、請求項１１に記載の組成物。
【請求項13】
前記ガス状炭素は二酸化炭素である、請求項１２に記載の組成物。
【請求項14】
前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項15】
前記炭素はガス状炭素である、請求項１４に記載の組成物。
【請求項16】
前記ガス状炭素は二酸化炭素である、請求項１５に記載の組成物。
【請求項17】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項18】
前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む、実施形態１～１７のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項19】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、アルファクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項20】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、ベータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項21】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、ガンマクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項22】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項23】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項24】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、イータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項25】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項１８に記載の組成物。
【請求項26】
前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項27】
前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、請求項２６に記載の組成物。
【請求項28】
前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項29】
前記細菌は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはそれらの組み合わせからの細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項30】
前記細菌はファーミキューテス門に属する細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項31】
前記細菌は根圏細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項32】
前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、請求項３１に記載の組成物。
【請求項33】
細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項34】
前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項35】
前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項36】
前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項37】
前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項38】
前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項39】
前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項40】
前記細菌は非内生胞子形成細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項41】
前記細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項42】
前記細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項43】
前記細菌は放線菌門に属する細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項44】
前記細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項45】
前記細菌はシアノバクテリア門に属する細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項46】
前記細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項47】
前記細菌はクロロフレクサス門に属する細菌を含む、請求項２７に記載の組成物。
【請求項48】
前記１つ以上の微生物は前記植物種子に関連する１つ以上の真菌を含む、請求項２６に記載の組成物。
【請求項49】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項50】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物種子の被膜として配置される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項51】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の真菌は、畝間処理技術によって前記植物種子に適用される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項52】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の真菌は、噴霧手法によって前記植物種子に適用される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項53】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の真菌は、灌漑を介して前記植物種子に適用される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項54】
前記植物種子に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、請求項４８に記載の組成物。
【請求項55】
前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、請求項４８に記載の組成物。
【請求項56】
前記１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、請求項４８に記載の組成物。
【請求項57】
前記１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、請求項４８に記載の組成物。
【請求項58】
前記１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、請求項４８に記載の組成物。
【請求項59】
前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項60】
前記１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～５９のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項61】
前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物種子に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む、実施形態１～６０のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項62】
前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の前記種子果皮と前記種子アリューロン細胞層との間の前記間隙には天然に存在しない、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項63】
前記植物種子は単子葉植物種子または双子葉植物種子である、実施形態１～６２のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項64】
前記商業植物種子は、トウモロコシ種子、小麦種子、イネ種子、モロコシ種子、大麦種子、ライ麦種子、サトウキビ種子、アワ種子、オート麦種子、大豆種子、綿種子、アルファルファ種子、豆種子、キノア種子、レンズ豆種子、ピーナッツ種子、ヒマワリ種子、キャノーラ種子、キャッサバ種子、パーム油種子、ジャガイモ種子、テンサイ種子、カカオ種子、コーヒー種子、レタス種子、トマト種子、エンドウマメ種子、またはキャベツ種子である、請求項２に記載の組成物。
【請求項65】
植物またはその一部と、前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の微生物とを含む、組成物であって、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された１つ以上の微生物であるか、または該１つ以上の微生物に由来する、組成物。
【請求項66】
前記植物または前記その一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、請求項６５に記載の組成物。
【請求項67】
前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、請求項６５～６６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項68】
前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である、請求項６７に記載の組成物。
【請求項69】
前記その一部は植物種子であり、前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、請求項６６に記載の組成物。
【請求項70】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物または前記その一部の被膜として配置される、請求項６５に記載の組成物。
【請求項71】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑－システムを通じて前記植物種子に適用される、請求項６５に記載の組成物。
【請求項72】
前記潅漑システムは畝間処理技術を含む、請求項７１に記載の組成物。
【請求項73】
前記潅漑システムは噴霧手法を含む、請求項７１に記載の組成物。
【請求項74】
前記重炭酸塩は炭素を隔離する、請求項６５～７３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項75】
前記炭素はガス状炭素である、請求項７４に記載の組成物。
【請求項76】
前記ガス状炭素は二酸化炭素である、請求項７５に記載の組成物。
【請求項77】
前記炭酸塩は炭素を隔離する、請求項６５～７６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項78】
前記炭素はガス状炭素である、請求項７７に記載の組成物。
【請求項79】
前記ガス状炭素は二酸化炭素である、請求項７８に記載の組成物。
【請求項80】
前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、請求項６５～７９のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項81】
前記炭素はガス状炭素である、請求項８０に記載の組成物。
【請求項82】
前記ガス状炭素は二酸化炭素である、請求項８１に記載の組成物。
【請求項83】
前記その一部は植物種子であり、前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、請求項６６に記載の組成物。
【請求項84】
前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む、請求項６５～８３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項85】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、アルファクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項８４に記載の組成物。
【請求項86】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、ベータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項８４に記載の組成物。
【請求項87】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、ガンマクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項８４に記載の組成物。
【請求項88】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項８４に記載の組成物。
【請求項89】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項８４に記載の組成物。
【請求項90】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、イータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項８４に記載の組成物。
【請求項91】
前記１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む、請求項８４に記載の組成物。
【請求項92】
前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、請求項６５～９１のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項93】
前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、請求項９２に記載の組成物。
【請求項94】
前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項95】
前記細菌は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはそれらの組み合わせからの細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項96】
前記細菌はファーミキューテス門に属する細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項97】
前記細菌は根圏細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項98】
前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、請求項９７に記載の組成物。
【請求項99】
前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項100】
前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項101】
前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項102】
前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項103】
前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項104】
前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項105】
前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項106】
前記細菌は非内生胞子形成細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項107】
前記細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項108】
前記細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項109】
前記細菌は放線菌門に属する細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項110】
前記細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項111】
前記細菌はシアノバクテリア門に属する細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項112】
前記細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項113】
前記細菌はクロロフレクサス門に属する細菌を含む、請求項９３に記載の組成物。
【請求項114】
前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、請求項９２に記載の組成物。
【請求項115】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項116】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の被膜として配置される、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項117】
植物またはその一部に関連する前記１つ以上の真菌は、畝間処理技術によって前記植物または前記その一部に適用される、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項118】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、噴霧手法によって前記植物または前記その一部に適用される、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項119】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムを介して前記植物または前記その一部に適用される、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項120】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項121】
前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項122】
前記１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項123】
前記１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項124】
前記１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、請求項１１４に記載の組成物。
【請求項125】
前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項６５～１２４のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項126】
前記１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項６５～１２５のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項127】
前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物または前記その一部に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む、請求項６５～１２６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項128】
前記その一部は植物種子であり、前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部の前記種子果皮と前記種子アリューロン細胞層との間の前記間隙には天然に存在しない、請求項６５～１２７のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項129】
前記植物または前記その一部は単子葉植物または双子葉植物である、請求項６５～１２８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項130】
炭素を隔離する方法であって、前記方法は、ａ．植物またはその一部と、前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の微生物とを培養する工程を含み、
ここで、前記１つ以上の微生物は、１つ以上の炭酸塩鉱物を生成するか、その形成を促進し、それによって炭素を隔離するように選択された微生物であるか、または該微生物に由来する、
方法。
【請求項131】
前記植物または前記その一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、請求項１３０に記載の方法。
【請求項132】
前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、請求項１３０～１３１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項133】
前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草から本質的になる群で構成される、請求項１３２に記載の方法。
【請求項134】
前記１つ以上の炭酸塩鉱物は、１つ以上のガス状の炭酸化種を含む、請求項１３０に記載の方法。
【請求項135】
前記１つ以上のガス状の炭酸化種は、一酸化炭素、メタン、または二酸化炭素を含む、請求項１３４に記載の方法。
【請求項136】
前記１つ以上のガス状の炭酸化種は、前記二酸化炭素である、請求項１３４に記載の方法。
【請求項137】
前記植物に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物または前記その一部の前記植物根または根圏に配置される、請求項１３０～１３６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項138】
前記植物に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、請求項１３０～１３７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項139】
前記潅漑システムは畝間処理技術を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項140】
前記潅漑システムは噴霧手法を含む、請求項１３８に記載の方法。
【請求項141】
前記植物またはその一部は、前記植物またはその一部によって前記１つ以上のミネラルの生成を刺激するために、前記潅漑システムを介して前記微生物と一体化される苗に由来する、請求項１３０～１４０のいずれか１つに記載の方法。
【請求項142】
前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、請求項１３０～１４１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項143】
前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、請求項１４２に記載の方法。
【請求項144】
前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項145】
前記細菌は根圏細菌を含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項146】
前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、請求項１４５に記載の方法。
【請求項147】
前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項148】
前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項149】
前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項150】
前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項151】
前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、請求項１４３に記載の方法。
【請求項152】
前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、請求項１４２に記載の方法。
【請求項153】
前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、請求項１５２に記載の方法。
【請求項154】
前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、請求項１５２に記載の方法。
【請求項155】
前記１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、請求項１５２に記載の方法。
【請求項156】
前記１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、請求項１５２に記載の方法。
【請求項157】
前記１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、請求項１５２に記載の方法。
【請求項158】
前記１つ以上の微生物は前記１つ以上の根には天然に存在しない、請求項１３０～１５７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項159】
前記植物または前記その一部は単子葉植物または双子葉植物である、請求項１３０～１５８のいずれか１つに記載の方法。
【請求項160】
前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１５９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項161】
前記１つ以上の微生物は、アルファクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１６０のいずれか１つに記載の方法。
【請求項162】
前記１つ以上の微生物は、ベータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１６１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項163】
前記１つ以上の微生物は、ガンマクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１６２のいずれか１つに記載の方法。
【請求項164】
前記１つ以上の微生物は、デルタクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１６３のいずれか１つに記載の方法。
【請求項165】
前記１つ以上の微生物は、ゼータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１６４のいずれか１つに記載の方法。
【請求項166】
前記１つ以上の微生物は、イータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１６５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項167】
前記１つ以上の微生物は、イオタクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、請求項１３０～１６６のいずれか１つに記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
相互参照
本出願は、２０２０年１０月２１日に出願された米国仮特許出願第６３／０９４，８７０号、および２０２１年１０月１８日に出願された米国仮特許出願第６３／２５７，０７９号の利益を主張するものであり、両文献は引用によって本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０２０年１０月２１日に出願された米国仮特許出願第６３／０９４，８７０号、および２０２１年１０月１８日に出願された米国仮特許出願第６３／２５７，０７９号の利益を主張するものであり、両文献は引用によって本明細書に組み込まれる。
【0002】
化石燃料の燃焼や森林伐採を含む人為的な活動は、主要な温室効果ガスの増加に大きく寄与している。石炭の燃焼は、化石燃料の他の用途と比較して最も多くのＣＯ２を発生させ、石炭１トンを燃やすごとに約２．５トンのＣＯ２が発生する。現在までに、環境中のＣＯ２濃度は、産業革命が始まった１９世紀半ばの２８０ｐｐｍから、４００ｐｐｍ以上に達している。ＣＯ２濃度は、今世紀半ばには６００ｐｐｍに達し、今世紀末には７００ｐｐｍに達する可能性が高いと予測されている。地球の気温は２０５０年までには２℃以上上昇し、今後５０～１００年では約３～５℃上昇すると報告されている。このような世界的な気温の上昇は気候変動を悪化させ、野生生物を破壊したオーストラリアの森林火災、カリフォルニアの森林で再発生した山火事、熱波の頻度と期間の増加、干ばつの長期化、海面上昇、津波などを含む、気候変動がもたらす世界的な影響が生じている。これらの自然災害はいずれも産業化以前には一般的ではなかったものであり、これらはＣＯ２レベルの上昇の結果である。
【0003】
既知のＣＯ２排出源とは別に、継続的にＣＯ２を添加しているだけでなく、気候変動の深刻さによっては重要な供給源となり得る複数の未探索の供給源がある。土壌は、植生に存在するよりもはるかに多くの炭素（深さ１ｍで１５００ＰｇのＣ、２ｍで２５００ＰｇのＣ；１Ｐｇ＝１×１０１５ｇ）を含み、大気（７５０ＰｇのＣ）の２倍のＣを含むため、最大の炭素貯蔵庫である。土壌の有機炭素１トンがそれぞれ、３．６６トンのＣＯ２を放出していると推定される。土壌中の有機炭素は、次のような方法：根の死滅、根の滲出物、または根圏や根の呼吸によって放出される他の根由来の有機物質で、植物によって付加される。植物は光合成の際にＣＯ２を利用し、それを糖に変換するが、呼吸の際には、主に植物の根から未固定のＣＯ２が大量に放出されることはよく知られている。植物によって取り込まれた１２０Ｐｇの炭素のうち、５０％は植物の呼吸によって大気中に失われる。これは、根の近くに暮らす土壌に生息する生物や微生物（根圏）が呼吸の間にＣＯ２を放出することによってさらに悪化している。根粒菌群によるＣＯ２の生産量は、根圏を持たない植物よりも１０倍高い。土壌に生息する微生物は、根からの滲出物から栄養源を与えられ、土壌中に存在する複雑な物質を分解することによって生存している。気候変動に対する土壌微生物の役割は以前から研究されており、地球温暖化が従属栄養微生物の活動の速度を加速させ、結果的に、最終的に環境中に放出される土壌中のＣＯ２フラックスを増加させる可能性があることが示唆されている。土壌の温度は土壌の呼吸を増加させることができるため、地球規模の気候変動は、土壌から大気への炭素の純移動を増加させる可能性があると予想される。土壌は（大気プールのサイズの３．３倍（７６０ギガトン）の炭素を貯蔵する優れた供給源であるが、地球温暖化は炭素プールの枯渇を悪化させる可能性がある。大気中へのＣＯ２放出を防ぐことは必要であるが、効果的なＣＯ２隔離によって土壌にＣＯ２を永久的に貯蔵することが急務となっている。農林業や開墾に使用される土壌に炭素を隔離することは、地球温暖化を緩和するための潜在的な選択肢として認識されている。
【0004】
ＣＯ２固定は、生物学的であれ非生物学的であれ、地球史の初期に、ＣＯ２レベルが現在よりもはるかに高いときに始まった。約１５００００×１０１２メートルトンの膨大な量のＣＯ２が、方解石、アラレ石、ドロマイト、および石灰石などの炭酸塩鉱物に固定された。通常、ＣＯ２は炭酸カルシウムや炭酸マグネシウムなどの炭酸塩鉱物を含む固形物に変換され得るが、重炭酸塩を生成するＣＯ２の水和は非常に遅いプロセスである（～１．３×１０－１ｓ－１）。
【発明の概要】
【0005】
本開示の一態様は、植物または植物種子と、上記植物または植物種子に関連する１つ以上の微生物とを含む組成物であり、ここで、１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された１つ以上の微生物であるか、または上記１つ以上の微生物に由来する。いくつかの実施形態では、植物は、商業植物、果樹植物、堅果樹植物、低木植物、球根植物、草原植物、芝草植物、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態では、植物種子は、商業植物種子、果樹植物種子、堅果樹植物種子、低木植物種子、球根植物種子、草原植物種子、芝草植物種子、またはそれらの任意の組み合わせである。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、植物種子の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、灌漑－システムを通じて植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、噴霧手法を含む。いくつかの実施形態では、重炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、アルファクラスからの炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ベータクラスからの炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ガンマクラスからの炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスからの炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスからの炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、エータクラスからの炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスからの炭酸脱水酵素を含む。
【0006】
いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはそれらの組み合わせからの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はファーミキューテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は根圏細菌を含む。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は非内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む。い
くつかの実施形態では、細菌は放線菌門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、シアノバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌はクロロフレクサス門（Ｃｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物種子に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、植物種子の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、噴霧手法によって植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、灌漑を介して植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、植物種子に由来する植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物種子は単子葉植物種子または双子葉植物種子である。いくつかの実施形態では、商業植物種子は、トウモロコシ種子、小麦種子、イネ種子、モロコシ種子、大麦種子、ライ麦種子、サトウキビ種子、アワ種子、オート麦種子、大豆種子、綿種子、アルファルファ種子、豆種子、キノア種子、レンズ豆種子、ピーナッツ種子、ヒマワリ種子、キャノーラ種子、キャッサバ種子、パーム油種子、ジャガイモ種子、テンサイ種子、カカオ種子、コーヒー種子、レタス種子、トマト種子、エンドウマメ種子、またはキャベツ種子である。
くつかの実施形態では、細菌は放線菌門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、シアノバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌はクロロフレクサス門（Ｃｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物種子に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、植物種子の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、噴霧手法によって植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、灌漑を介して植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、植物種子に関連する１つ以上の真菌は、植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、植物種子に由来する植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物種子は単子葉植物種子または双子葉植物種子である。いくつかの実施形態では、商業植物種子は、トウモロコシ種子、小麦種子、イネ種子、モロコシ種子、大麦種子、ライ麦種子、サトウキビ種子、アワ種子、オート麦種子、大豆種子、綿種子、アルファルファ種子、豆種子、キノア種子、レンズ豆種子、ピーナッツ種子、ヒマワリ種子、キャノーラ種子、キャッサバ種子、パーム油種子、ジャガイモ種子、テンサイ種子、カカオ種子、コーヒー種子、レタス種子、トマト種子、エンドウマメ種子、またはキャベツ種子である。
【0007】
本開示の別の態様は、植物またはその一部と、上記植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物とを含む組成物であり、ここで、１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された１つ以上の微生物であるか、または上記１つ以上の微生物に由来する。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は商業植物またはその一部を含む。いくつかの実施形態では、商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物は、植物またはその一部の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物は、灌漑－システムを通じて植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、噴霧手法を含む。いくつかの実施形態では、重炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、アルファクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ベータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ガンマクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、エータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはそれらの組み合わせからの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はファーミキューテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は根圏細菌を含む。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバチルスポリミク
サ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は非内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む。いくつかの実施形態では、細菌は放線菌門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、シアノバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌はクロロフレクサス門（Ｃｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、噴霧手法によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、灌漑システムを通じて植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、上記植物またはその一部に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、１つ以上の微生物は植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は単子葉植物または双子葉植物である。
サ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は非内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む。いくつかの実施形態では、細菌は放線菌門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、シアノバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌はクロロフレクサス門（Ｃｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、噴霧手法によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、灌漑システムを通じて植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、上記植物またはその一部に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、１つ以上の微生物は植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は単子葉植物または双子葉植物である。
【0008】
本開示の別の態様は１つ以上の微生物を含む組成物であり、ここで、１つ以上の微生物は、植物またはその一部の被膜と細胞層との間の間隙に位置しているか、あるいは、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された１つ以上の微生物であるか、または上記１つ以上の微生物に由来する。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は商業植物またはその一部を含む。いくつかの実施形態では、商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物は、植物またはその一部の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物は、灌漑－システムを通じて植物種子に適用される。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、噴霧手法を含む。いくつかの実施形態では、重炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、植物種子に関連する１つ以上の微生物は、植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、アルファクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ベータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ガンマクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、エータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはそれらの組み合わせからの細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はファーミキューテス門（Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は根圏細菌を含む。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバ
チルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は非内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む。いくつかの実施形態では、細菌は放線菌門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、シアノバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌はクロロフレクサス門（Ｃｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、噴霧手法によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、灌漑システムを通じて植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、上記植物またはその一部に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、１つ以上の微生物は植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は単子葉植物または双子葉植物である。
チルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は非内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む。いくつかの実施形態では、細菌は放線菌門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、シアノバクテリア門に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む。いくつかの実施形態では、細菌はクロロフレクサス門（Ｃｌｏｒｏｆｌｅｘｉ ｐｈｙｌｕｍ）に属する細菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種皮と種子胚との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の被膜として配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、噴霧手法によって植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、灌漑システムを通じて植物またはその一部に適用される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、上記植物またはその一部に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、その一部は植物種子であり、１つ以上の微生物は植物またはその一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は単子葉植物または双子葉植物である。
【0009】
本開示の別の態様は、無機化を促進する方法であり、上記方法は、植物またはその一部と植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物を培養する工程を含み、ここで、１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は、商業植物、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物は、植物またはその一部の植物根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物は、灌漑システムによって、植物またはその一部の植物根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、噴霧手法を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は、植物またはその一部によって１つ以上のミネラルの生成を刺激するために、潅漑システムを介して微生物と一体化される苗に由来する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は根圏細菌を含む。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、灌漑システムによって植物またはその一部の植物根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、アルファクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、ベータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、ガンマクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、エータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、植物またはその一部が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の根には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は単子葉植物または双子葉植物である。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は商業植物またはその一部を含む。いくつかの実施形態では、商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草から本質的になる群で構成される。
【0010】
本開示の別の態様は、炭素を隔離する方法であり、上記方法は、植物またはその一部と植物またはその一部に関連する１つ以上の微生物を培養する工程を含み、ここで、１つ以上の微生物は、１つ以上の炭素質鉱物を生成するか、その形成を促進し、それによって炭素を隔離するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は商業植物またはその一部を含む。いくつかの実施形態では、商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草から本質的になる群で構成される。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭素質鉱物は、１つ以上のガス状の炭酸化種を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のガス状の炭酸化種は、一酸化炭素、メタン、または二酸化炭素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のガス状の炭酸化種は、二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、植物に関連する１つ以上の微生物は、植物またはその一部の植物根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、植物に関連する１つ以上の微生物は、灌漑システムによって、植物またはその一部の植物根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む。いくつかの実施形態では、灌漑システムは、噴霧手法を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は、植物またはその一部によって１つ以上のミネラルの生成を刺激するために、潅漑システムを介して微生物と一体化される苗に由来する。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は根圏細菌を含む。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、灌漑システムによって植物またはその一部の植物根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の根には天然に存在しない。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は単子葉植物または双子葉植物である。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、アルファクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、ベータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、ガンマクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、エータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。
【0011】
本開示の別の態様は１つ以上の微生物を含む組成物であり、ここで、１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である。いくつかの実施形態では、植物またはその一部は商業植物またはその一部を含む。いくつかの実施形態では、商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である。いくつかの実施形態では、重炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、炭酸塩は炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、炭素はガス状炭素である。いくつかの実施形態では、ガス状炭素は二酸化炭素である。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、細菌は根圏細菌を含む。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌を含む。いくつかの実施形態では、植物またはその一部に関連する１つ以上の真菌は、灌漑システムによって植物またはその一部の植物根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、植物またはその一部が成長する培地のｐＨの増加とを含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、アルファクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ベータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ガンマクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、デルタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、ゼータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、エータクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の炭酸脱水酵素は、イオタクラスに属する炭酸脱水酵素を含む。
【0012】
引用による組み込み
本明細書で言及されるすべての出版物、特許、および特許出願は、あたかも個々の出版物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程度に、参照により本明細書に組み込まれる。引用により組み込まれる出版物および特許または特許出願が、本明細書に含まれる開示に矛盾する程度まで、本明細書は、そのような矛盾のある題材に取って代わること、および／または、上記題材よりも優先することが意図されている。
本明細書で言及されるすべての出版物、特許、および特許出願は、あたかも個々の出版物、特許、または特許出願が参照により組み込まれるように具体的かつ個々に指示される程度に、参照により本明細書に組み込まれる。引用により組み込まれる出版物および特許または特許出願が、本明細書に含まれる開示に矛盾する程度まで、本明細書は、そのような矛盾のある題材に取って代わること、および／または、上記題材よりも優先することが意図されている。
【図面の簡単な説明】
【0013】
特許または出願のファイルは、カラーで作成された少なくとも１つの図面を含む。カラーの図面を有するこの特許または特許出願公開のコピーは、必要な料金の請求および支払い後に当該事務局によって提供される。
【0014】
本明細書に記載される方法および組成物の新規な特徴は、添付の請求項で具体的に説明される。本明細書に記載される方法および組成物の原則が用いられている具体的な実施形態を説明する以下の詳細な記載、および、添付の図面を参照することで、本明細書に記載される方法と組成物の特徴と利点がより良く理解されるであろう。
【図1】植物の根圏における高いＣＯ２濃度は、炭酸脱水酵素を生成する微生物によって媒介される炭素を隔離する機会を表している。
【図2】本明細書に記載される２段階の植物強化戦略を描いている。（１０１）は、単子葉植物の種子を例示している。本明細書に記載される種子処理プロセスは、アリューロン層（１０３）と果皮（１０２）との間に細菌（またはその内生胞子）（１０６）を組み込む。アリューロン層（１０３）は、胚乳（１０４）を外層から分離している。
【図3】種子処理プロセス（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理プロセス）を示すプロセス図である。
【図4】安定した微生物技術の種子処理（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）を得るための本方法を描いている。
【図5A】Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理後に細菌が位置するトウモロコシ種子（Ｚｅａ ｍａｙｓ）内部の空間を示す。
【図5B】Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理後に細菌が位置するトウモロコシ種子（Ｚｅａ ｍａｙｓ）内部の空間の拡大画像を示す。
【図6A】発芽前のＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）トウモロコシ種子内部のバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）内生胞子の個体群増加および個体群増加の対数をそれぞれ描いている。Ｍｕｒａｓｈｉｇｅ ａｎｄ Ｓｋｏｏｇ ５０％培地を用いた寒天プレートに播種した種子は、播種時のコロニー形成単位（ＣＦＵ）が当初１６４，０００であった。３日後には、種子内の個体群は７，２００，０００ ＣＦＵ／種子のレベルに達した。各点は、１プールあたり５個の種子の３プールの平均±標準誤差を表す。
【図6B】発芽前のＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）トウモロコシ種子内部のバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）内生胞子の個体群増加および個体群増加の対数をそれぞれ描いている。Ｍｕｒａｓｈｉｇｅ ａｎｄ Ｓｋｏｏｇ ５０％培地を用いた寒天プレートに播種した種子は、播種時のコロニー形成単位（ＣＦＵ）が当初１６４，０００であった。３日後には、種子内の個体群は７，２００，０００ ＣＦＵ／種子のレベルに達した。各点は、１プールあたり５個の種子の３プールの平均±標準誤差を表す。
【図7A】発芽前のＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）イネ種子内部のバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）内生胞子の個体群増加および個体群増加の対数をそれぞれ描いている。Ｍｕｒａｓｈｉｇｅ ａｎｄ Ｓｋｏｏｇ ５０％培地を用いた寒天プレートに播種した種子は、播種時のコロニー形成単位（ＣＦＵ）が当初５１，１６７であった。３日後には、種子内の個体群は３６，６６６，６６７ＣＦＵ／種子のレベルに達した。各点は、１プールあたり５個の種子の３プールの平均±標準誤差を表す。
【図7B】発芽前のＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）イネ種子内部のバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）内生胞子の個体群増加および個体群増加の対数をそれぞれ描いている。Ｍｕｒａｓｈｉｇｅ ａｎｄ Ｓｋｏｏｇ ５０％培地を用いた寒天プレートに播種した種子は、播種時のコロニー形成単位（ＣＦＵ）が当初５１，１６７であった。３日後には、種子内の個体群は３６，６６６，６６７ＣＦＵ／種子のレベルに達した。各点は、１プールあたり５個の種子の３プールの平均±標準誤差を表す。
【図8A】発芽前のＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）大豆種子内部のバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）内生胞子の個体群増加および個体群増加の対数をそれぞれ描いている。Ｍｕｒａｓｈｉｇｅ ａｎｄ Ｓｋｏｏｇ ５０％培地を用いた寒天プレートに播種した種子は、播種時のコロニー形成単位（ＣＦＵ）が当初１２３，３３３であった。３日後には、種子内の個体群は６７４，６６６，６６７ＣＦＵ／種子のレベルに達した。各点は、１プールあたり５個の種子の３プールの平均±標準誤差を表す。
【図8B】発芽前のＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）大豆種子内部のバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）内生胞子の個体群増加および個体群増加の対数をそれぞれ描いている。Ｍｕｒａｓｈｉｇｅ ａｎｄ Ｓｋｏｏｇ ５０％培地を用いた寒天プレートに播種した種子は、播種時のコロニー形成単位（ＣＦＵ）が当初１２３，３３３であった。３日後には、種子内の個体群は６７４，６６６，６６７ＣＦＵ／種子のレベルに達した。各点は、１プールあたり５個の種子の３プールの平均±標準誤差を表す。
【図9】Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）トウモロコシ種子処理後１～１８ヶ月の期間における、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）トウモロコシ種子内部のバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）内生胞子（Ｓ３Ｃ２３株）の生存率を描いている。各時点は１プールあたり５個の種子の３プールの平均±標準誤差を表す。１８ヶ月でのＳ３Ｃ２３ Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子の発芽率は、未処理の種子と同じで、９８．３３％（ｎ＝６０種子／処理）であった。
【図10】参照によりその全体が本明細書に組み込まれるＺｈｕａｎｇ ｅｔ ａｌ，２０１８によるプロトコルである、４－ニトロフェニル酢酸の４－ニトロフェノールと酢酸への酵素的加水分解によって測定される、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）の液体培養物から調製したライセートサンプルの炭酸脱水酵素活性を描いている。値は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）活性／総タンパク質（ｍｇ／ｍｌ）として与えられる。サンプル中の活性は、炭酸脱水酵素の予想されるｐＨ依存性と一致して、ｐＨ７．５と比較してｐＨ８．５で急な増加を示す。
【図11】炭酸カルシウム（ＣａＣＯ３）としての、炭酸イオンと炭酸水素イオンの酵素誘導沈殿を描いている。バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）（Ｓ３Ｃ２３株）、または組換えウシ炭酸脱水酵素、またはウシ血清アルブミン（ＢＳＡ、陰性対照）から調製したライセートを、ＣａＣｌ２（最終濃度１００ｍＭ）およびトリスｐＨ８（最終濃度２００ｍＭ）および５０％ＣＯ２飽和水（最後に添加して反応を開始させる）と混合した。炭酸カルシウムの形成までの時間を目視で評価し、記録した。値は非生物的なＣａＣＯ３沈殿までの時間に正規化される。組換えウシＣＡは、用量依存的に沈殿を急速に誘導した。５００ｕｌのＳ３Ｃ２３ライセートは、非生物学的沈殿よりも著しく速く沈殿を誘導した。
【発明を実施するための形態】
【0015】
本発明の様々な実施形態が本明細書中で示され、記載されているが、このような実施形態はほんの一例として提供されるものであることは、当業者に明らかであろう。多くの変更、変化、および置換は、本発明から逸脱することなく当業者に理解され得る。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が利用され得ることを理解されたい。
【0016】
植物栽培に使用される土地は、植物の根と土壌のマイクロバイオームの呼吸の結果として、大気中のＣＯ２レベルと比較して著しく上昇したＣＯ２レベルであるため、ＣＯ２隔離のための理想的な場所を提供する。
【0017】
本明細書に記載されるように、植物種子および植物種子由来の植物は、植物が栽培される土壌の所定の区画における重炭酸塩の生成およびミネラルの形成を増強するために、本明細書に記載される１つ以上の微生物で改変することができる。重炭酸塩生成の緩慢な速度制限的な工程は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）と呼ばれる酵素を使用することで早めることができる。亜鉛を含む金属酵素であるＣＡは、ＣＯ２の重炭酸塩への可逆的な水和を触媒し、プロトンは非酵素的なプロセスよりも約１０７高い。ＣＡは、ＣＯ２の可逆的な水和を触媒することが知られている最も早い酵素であり、異なるタイプのＣＡの典型的な速度は、１０－１０６ｓ－１に達する場合がある。ＣＡは動物、植物、古細菌、および細菌に遍在して分布している。これには、細胞内や細胞外のＣＡを生成する土壌中で共通して見られる多くの真菌や細菌も含まれる。ＣＡのＣＯ２に対する選択性が極めて高いため、それは他の汚染ガスと混合されたガスのＣＯ２隔離のための完璧な候補となる。大気中のＣＯ２を、様々なカチオンと反応することによって沈殿してミネラルを形成することができる重炭酸塩（ＨＣＯ３－）に隔離するＣＡの役割を示す説得力のある証拠が数多くある（２０、２１）。
【0018】
本開示によれば、１つ以上の微生物が、土壌の所定の区画において所望の量のＨＣＯ３－を生成するのに十分な高いＣＡ活性またはＣＡ活性に基づいて選択されてもよい。これらの微生物は、本明細書に記載されるように、様々な植物種子、植物、および／または根の根圏に関連し得る。いくつかの実施形態では、ＣＡの発現レベルが低い微生物は、ＣＡの発現を増強するように遺伝子改変することができる。いくつかの実施形態では、ＣＡを発現しない微生物は、ＣＡを発現するように遺伝子改変することができる。
【0019】
本明細書に記載される組成物に由来する植物は、土壌中の重炭酸塩とミネラル形成を増強するために、土壌の所定の区画で栽培することができる。
【0020】
炭酸脱水酵素（ＣＡ）によって誘導される無機化プロセスは、ＣＯ２の炭酸水素イオンへの可逆的な水和から始まる（式１に示す）。
ＣＯ２＋Ｈ２Ｏ⇔ＨＣＯ３ －＋Ｈ＋ （１）
ＣＯ２＋Ｈ２Ｏ⇔ＨＣＯ３ －＋Ｈ＋ （１）
【0021】
加水分解による重炭酸塩からの炭酸イオンの生成は、無機化における第２段階である（式２に示す）。これらの炭酸イオンおよび炭酸水素イオンは、培地のｐＨを上昇させる。培地のｐＨは、微生物によるアンモニアの生成によって、さらに最大で９．２まで上昇することがある。
ＨＣＯ３ －＋ＯＨ－⇔ＣＯ３ ２－＋Ｈ２Ｏ （２）
ＨＣＯ３ －＋ＯＨ－⇔ＣＯ３ ２－＋Ｈ２Ｏ （２）
【0022】
無機化の最終段階は、カチオンによる炭酸イオンと炭酸水素イオンの沈殿を含む（式３）。
Ｃａ２＋＋ＣＯ３ ２－→ＣａＣＯ３ （３）
Ｃａ２＋＋ＣＯ３ ２－→ＣａＣＯ３ （３）
【0023】
土壌が天然に存在する異なるタイプのカチオンを有するため、根および／または根圏に見られるＣＡ発現土壌微生物は、ＣＯ２をミネラルに持続的に変換するのによく適している。ＣＡは、炭酸塩や重炭酸塩を大量に放出することによって液体培地中のいくつかのミネラルの過飽和を上昇させるという副次的な役割も果たすことができる。バイオミネラリゼーションプロセスは、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）の炭酸塩のバイオミネラリゼーションにおいてある役割を果たすｌｃｆＡとして知られる遺伝子群（ｌｃｆＡ、ｙｓｉＡ、ｙｓｉＢ、ｅｔｆＢ、およびｅｔｆＡの５つの遺伝子で構成される）によってさらに加速することができる。
【0024】
今日まで、効果的なＣＯ２隔離のために、ＣＯ２放出部位（根）に微生物を１００％確実に送達できる技術は利用可能でない。本明細書に記載される組成物をＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）と統合することは、土壌の生産性を維持するだけでなく、さもなければ大気中に放出され得るＣＯ２を捕捉するために、農業の実践において非常に適している。さらに、本明細書に記載された方法および組成物は、１エーカーあたり０．２０ドルしかかからず、農地または作物のいずれにも脅威を与えない環境に優しく作製された環境微生物を使用するため、費用対効果が高い。
【0025】
本明細書に記載される微生物は、炭素出力のレベルを減少させ、したがって、様々な形態でＣＯ２を捕捉することによって地上の炭素隔離を増加させるであろう。本明細書に記載される微生物は、ＣＯ２を複数の微生物産物に効率的に捕捉するための様々な機構を採用する。顕著な産物の１つは、重炭酸塩およびミネラル（固形物）であろう。ミネラルは、方解石、アラレ石、ドロマイト、および石灰石を含み得る。微生物産物の１つである石灰石（ＣａＣＯ３）は、気体のＣＯ２を隔離する以外に、農地に有益である。土壌に方解石が形成されることで、農家が土壌の生産性を維持するために石灰石による処理を使用する必要性をなくすことができる。石灰石は土壌の構造を改善し、ｐＨを上昇させる。
【0026】
植物種子と細菌を含む組成物
特定の態様では、植物種子と、前記植物種子に関連する１つ以上の微生物とを含む、組成物が本明細書に開示され、ここで、前記１つ以上の微生物は、１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
特定の態様では、植物種子と、前記植物種子に関連する１つ以上の微生物とを含む、組成物が本明細書に開示され、ここで、前記１つ以上の微生物は、１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
【0027】
バイオプライミングと種子処理方法：Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）
典型的な種子のプライミングプロトコルは、必要なプライミング剤（無機塩および有機塩、ナノ粒子、植物成長制御物質、ならびに／または植物成長促進細菌）を含む任意の溶液に種子を浸し、その後、種子を再乾燥させる工程を含む。これにより、Ｈｅｙｄｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９７３；Ｍａｈａｋｈａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１７；ＭｃＤｏｎａｌｄ，１９９９；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．，２００３（その全体において参照により本明細書に組み込まれる）において示されるように、幼根の出現以外の発芽プロセスが開始される。浸透圧溶液を用いた種子プライミング（オスモプライミング）は、何十年も前から行われており（Ｈｅｙｄｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９７３）、現在では選択された高価値の園芸用種子において一般的な商習慣となっている。この概念は、穀物やマメ科の作物におけるハイドロプライミングにも拡張され、「農場での」プライミング技術が復活した（Ｈａｒｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，２００１）。近年では、いくつかの金属および炭素ベースのナノ粒子（例えば、ＡｇＮＰｓ１６、ＡｕＮＰｓ５、ＣｕＮＰｓ１７，１８、ＺｎＮＰｓ１７，１８、フラーレン２２（ｆｕｌｌｅｒｅｎｅ２２）および炭素２３のナノチューブなど）が、いくつかの作物における種子の発芽、苗の成長、およびストレス耐性を促進するための種子プライミング剤として適用されている（Ｍａｈａｋｈａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１７）。異なるプライミング技術（例えば、ハイドロプライミング、オスモプライミング、ナノプライミングなど）の中でも、この手順が微生物細胞を用いて行われる際に、種子内の内部空間は、細菌の接種およびコロニー形成のための潜在的に理想的な条件を有している（ＭｃＱｕｉｌｋｅｎ ｅｔ ａｌ．， １９９８； Ａｓｈｒａｆ ａｎｄ Ｆｏｏｌａｄ， ２００５； Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．， ２００９； Ｔａｂａｓｓｕｍ ｅｔ ａｌ．， ２０１８； Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．，２００３。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。
典型的な種子のプライミングプロトコルは、必要なプライミング剤（無機塩および有機塩、ナノ粒子、植物成長制御物質、ならびに／または植物成長促進細菌）を含む任意の溶液に種子を浸し、その後、種子を再乾燥させる工程を含む。これにより、Ｈｅｙｄｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９７３；Ｍａｈａｋｈａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１７；ＭｃＤｏｎａｌｄ，１９９９；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．，２００３（その全体において参照により本明細書に組み込まれる）において示されるように、幼根の出現以外の発芽プロセスが開始される。浸透圧溶液を用いた種子プライミング（オスモプライミング）は、何十年も前から行われており（Ｈｅｙｄｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９７３）、現在では選択された高価値の園芸用種子において一般的な商習慣となっている。この概念は、穀物やマメ科の作物におけるハイドロプライミングにも拡張され、「農場での」プライミング技術が復活した（Ｈａｒｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，２００１）。近年では、いくつかの金属および炭素ベースのナノ粒子（例えば、ＡｇＮＰｓ１６、ＡｕＮＰｓ５、ＣｕＮＰｓ１７，１８、ＺｎＮＰｓ１７，１８、フラーレン２２（ｆｕｌｌｅｒｅｎｅ２２）および炭素２３のナノチューブなど）が、いくつかの作物における種子の発芽、苗の成長、およびストレス耐性を促進するための種子プライミング剤として適用されている（Ｍａｈａｋｈａｍ ｅｔ ａｌ．，２０１７）。異なるプライミング技術（例えば、ハイドロプライミング、オスモプライミング、ナノプライミングなど）の中でも、この手順が微生物細胞を用いて行われる際に、種子内の内部空間は、細菌の接種およびコロニー形成のための潜在的に理想的な条件を有している（ＭｃＱｕｉｌｋｅｎ ｅｔ ａｌ．， １９９８； Ａｓｈｒａｆ ａｎｄ Ｆｏｏｌａｄ， ２００５； Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．， ２００９； Ｔａｂａｓｓｕｍ ｅｔ ａｌ．， ２０１８； Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．，２００３。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。
【0028】
９０年代初頭から、バイオプライミング方法は広範囲の作物に広く使用されており、環境に優しい農業技術として間違いなく認められている（Ｏ’Ｃａｌｌａｇｈａｎ，２０１６；Ｔａｙｌｏｒ ａｎｄ Ｈａｒｍａｎ，１９９０。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。バイオプライミング技術は、種子の外側に、微生物全体、その滲出物、またはいくつかの生物学的に活性な化合物を適用するものと誤って定義されることがしばしばある（Ｅｌ－Ｍｏｕｇｙ ａｎｄ Ａｂｄｅｌ－Ｋａｄｅｒ，２００８；Ｍｕｌｌｅｒ ａｎｄ Ｂｅｒｇ，２００８；Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１７；Ｓａｂｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１２によって提供される。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。より正確には、バイオプライミングは、苗の出芽速度と均一性を促進し、および、植物の形質も改善することによって、生物学的要素（有益な微生物を種子に接種すること）と生理学的要素（種子の水和）を種子に組み込む。微生物を用いて処理された種子は、微生物を用いた種子処理を行っている間は細胞が生きている可能性があるため、添加した微生物のコロニー形成と増殖が種子の内部で生じなければならないという点で、他の生物学的種子処理とは根本的に異なる。しかしながら、これまでの文献では、その違いを詳細に説明しているものはほとんどない。具体的には、１）関連する時間枠（数ヶ月）を通じた種子内の生物学的薬剤の生存および／または増殖、２）処理後数ヶ月後の種子の有効期間と効果的な発芽、３）種子を保存した関連時間後の有効なマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）の接種と植物との相互作用、４）経済的に実行可能な方法論（種子処理に必要な時間、投入物（ｉｎｐｕｔｓ）、およびエネルギーなどの関連要因を考慮する）であって、拡張性があり、したがって従来の種子ビジネスモデルの中で実施可能なもの、についての結果や研究はまだ報告されていない。さらに、バイオオスモプライミングは、細菌コーティング手順と関連付けられる場合に、発芽の均一性と植物の成長形質を大幅に増強することが実証されている（Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｒａｊ ｅｔ ａｌ．，２００４；Ｓｈａｒｉｆｉ，２０１１；Ｓｈａｒｉｆｉ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｓｈａｒｉｆｆｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。複数の研究者が、２０分から数日までのインキュベーション時間を報告している（Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｂｅｎｎｅｔｔ ａｎｄ Ｗｈｉｐｐｓ，２００８ｂ，２００８ａ；Ｍｕｒｕｎｄｅ ａｎｄ Ｗａｉｎｗｒｉｇｈｔ，２０１８。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。同様に、細胞懸濁液は、種子１グラム当たり１０５から１０９細胞の広範な範囲であり、生物学的薬剤のタイプ（すなわち、胞子、内生胞子、または栄養細胞）に依存していた（Ｗｒｉｇｈｔ ｅｔ ａｌ．， ２００３； Ｓａｂｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１２； Ｒａｊ ｅｔ ａｌ．， ２００４； Ｍｕｒｕｎｄｅ ａｎｄ Ｗａｉｎｗｒｉｇｈｔ， ２０１８）。実際に、バイオプライミングはさまざまな研究者によっていくつかの方法で実践され、説明されてきたが、依然として曖昧なアプローチであり、探求と議論が必要である（Ｂｅｎｎｅｔｔ ｅｔ ａｌ．，２００９；Ｃａｌｌａｎ ｅｔ ａｌ．，１９９０， １９９１；Ｃｈａｋｒａｂｏｒｔｙ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｍｉｒｓｈｅｋａｒｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２；Ｍｏｅｉｎｚａｄｅｈ ｅｔ ａｌ．，２０１０；Ｒａｊ ｅｔ ａｌ．，２００４；Ｒｅｄｄｙ， ２０１３；Ｓｈａｒｉｆｉ， ２０１１；Ｓｈａｒｉｆｉ ｅｔ ａｌ．，２０１１；Ｓｈａｒｉｆｉ ｅｔ ａｌ．，２０１２。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。
【0029】
最新技術によれば、キュウリ植物で免疫性を引き起こすためのバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）滲出物が、Ｓｏｎｇらによって説明された（Ｓｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１７）。このアプローチは、方法と範囲の両方において、いくつかの誤解を招く結果となっている。なぜなら、それは、１）細菌接種物またはそれ由来の植物成長促進剤を使用せず、代わりに、ペプチドをベースとした化合物によって、種子が生体刺激されていること、２）種子発芽の初期の休眠後の段階で、微生物またはその滲出物を胚に接触させるために、生きた微生物を種子の中に組み込んでいないこと、３）生物学的薬剤（例えば、シクロジペプチド）が種子に入って、植物胚の初期段階（果皮が破れる前）でＰＧＰ効果（遺伝子発現の変化）を刺激したかどうかを確認していないこと、４）経時的な植物免疫トリガーのエリシターの安定性について知らせていないこと、が理由である。この最後の問題は、商業的に実現可能な農業用微生物技術が、現在の農業流通システムに適合するためには、比較的長い期間（例えば、６ヶ月超）にわたって安定していなければならないため、特に重要である。加えて、この参照された研究で使用された生物学的プライミング剤は、経時的に特に不安定であり、生物学的および非生物学的な環境要因（例えば、温度、ｐＨ、他の微生物による生分解活性など）によって変化しやすい。
【0030】
Ｓｅｒｒａｔｉａ ｐｌｙｍｕｔｈｉｃａ株ＨＲＯ－Ｃ４８は、種子への接種手順のための生物学的薬剤として報告されている（Ｍｕｌｌｅｒ ａｎｄ Ｂｅｒｇ，２００８）。この研究では、ペレット化、膜コーティング、およびバイオオスモプライミングの３つの異なる技術を比較することを試みた。種子処理と保存の直後に種子あたりの細胞数を測定したにもかかわらず、著者らは、農業分野で商業的に実現可能な製品の有効期間を正確に定量化することができなかった。実際に、ＨＲＯ－Ｃ４８株の生存率は、極めて短い保存期間（３０日）に測定されただけであった。著者らが報告したその他の曖昧なトピックは、１）種子浸漬のために高い初期細胞密度が調整されたこと、２）生物学的薬剤の存在下での種子の長いインキュベーション時間（１２時間と報告されている）が使用されたことから、バイオプライミングの最適化手順に依存している。確かに、このような態様はすべて、この方法を工業的および商業的に実施するための実行可能なパラメータではないことが多い（Ｍｕｌｌｅｒ ａｎｄ Ｂｅｒｇ，２００８）。
【0031】
種子の内部に合成の微生物製剤を組み込むことを指摘した他のいくつかの研究も、最新技術で報告された。例えば、米国特許出願第２０１６／０３３８３６０Ａ１号および米国特許出願第２０１６／０３３０９７６Ａ１号は、有益な細菌を含む種子について言及している。これらの参照された研究の両方で提示された方法は、最終的に所望の微生物を含む種子を得るために、花や植物の異なる部分を直接接種することに基づいている（Ｍｉｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ，２０１６ａ，２０１６ｂ。上記文献はその全体において参照により本明細書に組み込まれる）。
【0032】
先に記載された問題点に直接取り組む、従来のバイオプライミング技術に代わる新しく、効果的で信頼性の高いものが本明細書で開示されている。Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）と命名された提案された種子処理方法は、所望の微生物を有する商業的な種子を得るための、十分に設計され、計算され、実行され、および制御されたプロセスである。正確には、工業的にスケーラブルなプロセスを通じて、単一の微生物および／または微生物の合成コンソーシアム、ならびに／あるいはその滲出物、ならびに／あるいは、その個別化された生体分子を、種子の内部に組み込む、安定した微生物による種子処理方法であって、プロセスのコスト、時間およびエネルギー、経時的な技術の安定性（植物胚と接種剤の両方）、複数の土壌への適合性、異なる環境条件下での安定性、および農業投入物のための従来の流通チェーンとの適合性を考慮したものが、本明細書で開示されている。この方法は、種子内の浸透性を高める界面活性剤、および／または種子内部の微生物のコロニー形成を促進する栄養素の群、および／または細菌内生胞子形成を促進する補助試薬に加えて、特定の量の有益な微生物または微生物の合成コンソーシアム、および／または、その滲出物、および／または、その個別化された生体分子を補充した浸透活性液体培地の水溶液中での、種子の制御された、経済的、かつ迅速な吸水を含む。生物学的薬剤の生存と、処理済み種子の有効期間の延長は、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（登録商標）種子技術によって保証されている。
【0033】
本明細書で開示される組成物と方法は、植物の形質を可能にし、その収量を高めるための新しい戦略を提唱する。この戦略は、以下に説明する特定の種子処理方法（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標））の実施によって達成される、植物種子における２つの効果に基づいている：
【0034】
１．種子への機能的な細菌の負荷：現在の種子処理方法の実施により、内生胞子形成細菌および／または内生胞子が種子に負荷される。Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理の結果、図２および図５Ａと図５Ｂに示すように、種子果皮とそのアリューロン細胞層との間に位置する間隙中に、内生胞子形成細菌および／または内生胞子が種子に割り当てられる。種子に組み込まれる内生胞子形成細菌および／または内生胞子は、植物の根圏に効果的にコロニーを形成する能力を持ち、および、それを重炭酸塩と究極的には炭酸塩鉱物に変換することによってＣＯ２を隔離する能力も持つ菌株に対応する。選択された細菌の内生胞子変換能力と種子内への割り当てにより、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理後および全商業的保管期間中の安定性が保証される。このプロセスは、経時的な細菌細胞数によって確認される。
【0035】
本明細書で開示される方法と組成物が価値を持ち、実際に産業規模で適用可能であるためには、この方法がコスト効率が良く、拡張可能であることが必要である。本明細書で開示されるような種子処理プロセスでは、時間、投入物、およびエネルギーを必要とする複数の工程がある。本明細書で開示される方法と組成物は、種子処理の処理コストと時間を可能な限り低くすることを最優先事項としている。Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）法は、種子処理プロセスを室温（２０～２４℃）で行う際に効果的なものにする一方で、種子の浸漬を２０分～１６時間未満で行うことを目指している。後者を実現するのは簡単なことではない。なぜなら、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理後の種子内の細菌、内生胞子形成細菌、および／または内生胞子が望ましい最小数であることに加えて、細菌が時間の経過とともに安定して生存し続けることが必要であるため、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理を行っていない従来の種子と同じように、種子（生成物として）は保管、包装、物流、および播種のプロセスを経ても影響を受けない可能性があるからである。
【0036】
提唱された方法論は、事前に消毒された種子を、栄養素、界面活性剤、および塩を含む種子処理培地（以下、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）溶液）に浸すことからなる。図３は、種子処理プロセスを描いたプロセス図を示す。
【0037】
細菌種子処理の安定性
種子内部の細菌の経時的な安定性は、対処が簡単な問題でも明確な問題でもない。本明細書で開示される種子処理方法（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理）を用いて細菌を種子に組み込む際に、トウモロコシ種子の場合、細菌が位置している種子内部の場所を、図５Ａと図５Ｂに示す。
種子内部の細菌の経時的な安定性は、対処が簡単な問題でも明確な問題でもない。本明細書で開示される種子処理方法（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理）を用いて細菌を種子に組み込む際に、トウモロコシ種子の場合、細菌が位置している種子内部の場所を、図５Ａと図５Ｂに示す。
【0038】
図５Ａでは、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理後に赤色蛍光タンパク質（ＲＦＰ）でマークされた細菌が留まっているトウモロコシ種子内の空間を理解することができる（ピンク色の線維）。この場所は、胚乳と胚を外層から隔てている、種子果皮と種子のアリューロン細胞層との間の間隙である。ここは、ある種の微生物が限られた期間、快適に過ごすことができ、その後、利用可能な栄養素の枯渇により必然的に細胞が死滅する場所であるか、または、ある種の特定の微生物の場合、内生胞子形成（ｅｎｄｏｓｐｏｒｕｌａｔｉｏｎ）（ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門、および放線菌門からの細菌）のプロセスを開始する場所である。前述の場所に蓄積することの利点は、他の微生物または脱水などの微生物の即時的な統合性に影響を与える可能性のある外的要素から微生物が保護されることである。
【0039】
栄養素の不足による長期間の生存率の問題に取り組むためには、それに対処する細菌の種類によって方法論が変わってくる。特定の条件下で（主に実現可能性のリスクを感じるシナリオで）、増殖を停止し、内生胞子と呼ばれる物理的な状態に入る能力を持つ細菌がいる。内生胞子として、細菌は、長期間にわたって栄養素がないこともある休眠状態のシナリオに入る。内生胞子を生成する能力を持つ、主にファーミキューテス門、プロテオバクテリア門、および放線菌門からの細菌について、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）溶液は特定の塩で補充され、これは種子に組み込まれると、細菌がこの休眠状態に入るように仕向ける。後者を行うことで、種子の中の細菌の生存率を長期的に保証する。水分と栄養素のある好条件下で内生胞子が再度見られるとき（例えば、種子を蒔くとき）、それは活性細菌状態（栄養細胞）に戻り、正常な機能と栄養生殖を開始する。
【0040】
別の戦略は、種子処理プロセスを実行している間に細菌に転換を迫るのではなく、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）溶液に内生胞子を直接補充することである。後者は、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）の種子処理後に見られる種子あたりの内生胞子の観点で、より良い収量を示した。
【0041】
次の表１は、内生胞子に転換する能力のために、この提唱された新規な種子処理の特別な関心対象となっているいくつかの細菌属を示している。
【0042】
【表1】
【0043】
Ｂａｃｉｌｌｕｓ属の細菌は、内生胞子形成能力が最も恵まれている細菌のうちの１つである。種子内で細菌を十分に増殖させるためには、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）溶液に、選択した細菌と特に適合性に優れた栄養素を補充するか、あるいは、種子に組み込むべき所望の細菌の内生胞子をＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）溶液に直接添加することが必要である。
【0044】
種子胚の生物学的プライミング
本開示の方法は、先に説明したように設計された細菌組成物による植物種子の処理（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理）を企図している。このような処理は、細菌の組み込みを可能にするために種子の浸透圧を採用することができ、化学的プライミング剤を種子に導入するためにＳｍｉｔｈらによって最初に記載された処理は、現在オスモプライミングと呼ばれている。しかし、本開示の方法は、休眠中の種子への細菌個体群の組み込みに適応されており、休眠が終了し、適切な環境条件または農学的条件が発芽の第１段階を誘導した後に、胚の直接的な生物学的プライミングによって、出現した小植物の早期条件付けを生成するか、またはその形成を促進することを目的としている。この新規なアプローチは、生物学的プライミングを生成するか、またはその形成を促進するように設計された従来の細菌製剤に対して、前例のない利点を提供する。なぜなら、組み込まれた細菌は休眠種子内で保護され、それ自体によって、またはその滲出物の作用によって、可能な限り初期の発育段階から胚の永続的なプライミングを生成するか、またはその形成を促進するように都合よく配置されるからである。さらに、処理された種子は、操作、栄養添加剤、防腐剤、または灌漑に関する追加の要件なく、かつ、害虫または植物病害の制御剤に関する不適合性の制限もなく、標準的な農学的慣行に従って、通常の輸送、貯蔵、コーティングペレット化、および播種処理に利用可能である。したがって、本明細書に記載される方法（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理）は、種子のバイオプライミング（Ｍａｈｍｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，２０１６）から明らかな利点も提供する。なぜなら、上記文献の方法は、貯蔵生存率を低下させ、操作および処理の実現性を制限する、種子の事前発芽と休眠停止反応を含むからである。
本開示の方法は、先に説明したように設計された細菌組成物による植物種子の処理（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理）を企図している。このような処理は、細菌の組み込みを可能にするために種子の浸透圧を採用することができ、化学的プライミング剤を種子に導入するためにＳｍｉｔｈらによって最初に記載された処理は、現在オスモプライミングと呼ばれている。しかし、本開示の方法は、休眠中の種子への細菌個体群の組み込みに適応されており、休眠が終了し、適切な環境条件または農学的条件が発芽の第１段階を誘導した後に、胚の直接的な生物学的プライミングによって、出現した小植物の早期条件付けを生成するか、またはその形成を促進することを目的としている。この新規なアプローチは、生物学的プライミングを生成するか、またはその形成を促進するように設計された従来の細菌製剤に対して、前例のない利点を提供する。なぜなら、組み込まれた細菌は休眠種子内で保護され、それ自体によって、またはその滲出物の作用によって、可能な限り初期の発育段階から胚の永続的なプライミングを生成するか、またはその形成を促進するように都合よく配置されるからである。さらに、処理された種子は、操作、栄養添加剤、防腐剤、または灌漑に関する追加の要件なく、かつ、害虫または植物病害の制御剤に関する不適合性の制限もなく、標準的な農学的慣行に従って、通常の輸送、貯蔵、コーティングペレット化、および播種処理に利用可能である。したがって、本明細書に記載される方法（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理）は、種子のバイオプライミング（Ｍａｈｍｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，２０１６）から明らかな利点も提供する。なぜなら、上記文献の方法は、貯蔵生存率を低下させ、操作および処理の実現性を制限する、種子の事前発芽と休眠停止反応を含むからである。
【0045】
加えて、本開示の方法は、微生物の成長のためのリアクターとして親植物を使用して、または植物の性器官を接種することによって種子を接種すると以前に報告された方法とは異なる（Ｍｉｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１６ａ； Ｍｉｔｔｅｒ ｅｔ ａｌ．， ２０１６ｂ）。このような方法は、最終的に種子に組み込むことができる細菌の種類に本質的な偏りがあることを暗に意味している。なぜなら、成功する接種剤は、植物の標的器官または組織内で生存し、内在性微生物と競合し、自ら種子の内部空間に接近しなければならないからである。本明細書で提示されるＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）戦略は、内部寄生能力または組織の生存に妨げられることはない。なぜなら、人工的に組み込まれた細菌は内部共生体である必要はなく、成熟した植物の防御反応に直面する必要もなく、または、内部寄生微生物群を凌駕する必要もないが、植物の分子プライミングを生成またはその形成を促進するために、十分に長く生存するか、その滲出物が植物の胚に到達できることしか要求されないからである。
【0046】
上記の固有の利点および差別化される特徴により、本開示の方法は、細菌植物成長刺激に関与する技術の当業者にとって非自明である。実際に、この戦略を成功させるためには、ある重要な条件が処理組成物の候補となる細菌によって満たされなければならず、これは、植物成長促進微生物の標準的な配合では必ずしも考慮されていない。第一に、細菌組成物は、種子内での競争および／または拮抗作用を避けるために、上記の有効性と適合性の基準を用いて設計されなければならない。これらの効果がないことは、組成物を製剤化する前に実験的に評価されなければならない。種子の内在化は、設計された組成物に含まれる各細菌、決定される飽和曲線、および、保存時間と種子処理手順中の細菌の生存について評価されなければならない。さらに、種子内部組織の分析も、所望の細菌の存在と生存率、および他に対する各構成株の相対的な存在度を評価するために、実施されなければならない（図４）。
【0047】
植物材料はさらに、特定の細菌組成物で処理する前に条件付けされなければならない。種子は、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理の有効性を決定しながら、バックグラウンドノイズを排除するために、殺菌されてもよい。
【0048】
Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）が生じた後、病原体間の防御、非生物的ストレス耐性、および発育に関連するマーカー遺伝子の転写分析を決定して、処理された種子に対する有益な細菌の影響を確認しなければならない。この分析は、種子の休眠段階後に、ならびに、種子の果皮および胚乳の破裂と幼根の出現の前に、行われなければならない。休眠種子の以前の細菌処理に起因する発育中の胚における転写変化の評価も、方法論の検証において重要な工程である。なぜなら、これは、プライミング効果を迅速に確認するものであり、その結果は、発育中の植物組織および／または周囲の土壌もしくは成長基質の化学組成物の外側の種子からの他の微生物へのアクセスを含む、種子破裂後に現れる外部要因によっても影響されないからである。
【0049】
本明細書で開示される方法および組成物は、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理法にまとめることができ、この方法では、この方法では、室温および短期間の種子浸漬において種子への細菌細胞負荷を増加させるために、種子適合性細菌組成物、細菌適合性栄養素（非内生胞子形成細菌を使用する場合）、および界面活性剤と、内生胞子形成細菌の内生胞子への転換率を上昇させるために補充されたミネラルとを含む生理食塩水に、種子を組み込む。
【0050】
図３は、安定した微生物技術の種子処理を得るための本方法を描いている。
【0051】
改変植物種子
一態様では、微生物または種子に組み込まれた微生物の滲出物を含む改変植物種子が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、ＣＯ２を重炭酸塩および最終的に炭酸塩鉱物に変換することによってＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態ではて、ＣＯ２は、重炭酸塩の形成によって隔離される。いくつかの実施形態では、ＣＯ２は、１つ以上の炭酸塩鉱物の形成によって隔離される。いくつかの好ましい実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
一態様では、微生物または種子に組み込まれた微生物の滲出物を含む改変植物種子が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、ＣＯ２を重炭酸塩および最終的に炭酸塩鉱物に変換することによってＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態ではて、ＣＯ２は、重炭酸塩の形成によって隔離される。いくつかの実施形態では、ＣＯ２は、１つ以上の炭酸塩鉱物の形成によって隔離される。いくつかの好ましい実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0052】
いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、種子の内部に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮の下の種子に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮とアリューロン細胞層との間で種子に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、種子の胚に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、種子の胚に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、種子の胚乳に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、種子の胚乳に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、種皮と種子胚との間の間隙で種子に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、種子の果皮と種子のアリューロン細胞層との間の間隙に組み込まれる。
【0053】
改変植物種子は、任意の種類の植物種子であってもよい。いくつかの実施形態では、改変種子は単子葉植物の種子である。いくつかの実施形態では、植物種子は、トウモロコシ、小麦、イネ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、またはモロコシの種子である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシの種子である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシ（Ｚｅａ ｍａｉｚｅ）の種子である。いくつかの実施形態では、種子はされたダイズ種子である。いくつかの実施形態では、種子はされたダイズ（Ｇｌｙｃｉｎｅ ｍａｘ）種子である。いくつかの実施形態では、種子はされたイネ種子である。いくつかの実施形態では、種子はイネ（Ｏｒｙｚａ ｓａｔｉｖａ）種子である。いくつかの実施形態では、改変種子は双子葉植物の種子である。いくつかの実施形態では、種子は、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、またはキャベツの種子である。いくつかの実施形態では、種子は遺伝子組換え生物（ＧＭＯ）種子である。いくつかの実施形態では、種子は非ＧＭＯ種子である。
【0054】
種子に組み込まれる微生物または滲出物の量は、土壌中にＣＯ２を効果的に隔離するために十分なレベルのものでなければならない。いくつかの実施形態では、種子に組み込まれる微生物の量は、約２５０コロニー形成単位（ＣＦＵ）～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、種子に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ～約５００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、種子に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、種子に組み込まれる微生物の量は、少なくとも約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、種子に組み込まれる微生物の量は、最大で約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、少なくとも約５００ＣＦＵが種子へ組み込まれる。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０００ＣＦＵが種子へ組み込まれる。
【0055】
いくつかの実施形態では、種子に組み込まれる微生物または滲出物は、長期間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変種子は、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変種子は、約３ヶ月間～約６ヶ月間、約３ヶ月間～約９ヶ月間、約３ヶ月間～約１２ヶ月間、約３ヶ月間～約１５ヶ月間、約３ヶ月間～約１８ヶ月間、約３ヶ月間～約２１ヶ月間、約３ヶ月間～約２４ヶ月間、約３ヶ月間～約３０ヶ月間、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、約６ヶ月間～約９ヶ月間、約６ヶ月間～約１２ヶ月間、約６ヶ月間～約１５ヶ月間、約６ヶ月間～約１８ヶ月間、約６ヶ月間～約２１ヶ月間、約６ヶ月間～約２４ヶ月間、約６ヶ月間～約３０ヶ月間、約６ヶ月間～約３６ヶ月間、約９ヶ月間～約１２ヶ月間、約９ヶ月間～約１５ヶ月間、約９ヶ月間～約１８ヶ月間、約９ヶ月間～約２１ヶ月間、約９ヶ月間～約２４ヶ月間、約９ヶ月間～約３０ヶ月間、約９ヶ月間～約３６ヶ月間、約１２ヶ月間～約１５ヶ月間、約１２ヶ月間～約１８ヶ月間、約１２ヶ月間～約２１ヶ月間、約１２ヶ月間～約２４ヶ月間、約１２ヶ月間～約３０ヶ月間、約１２ヶ月間～約３６ヶ月間、約１５ヶ月間～約１８ヶ月間、約１５ヶ月間～約２１ヶ月間、約１５ヶ月間～約２４ヶ月間、約１５ヶ月間～約３０ヶ月間、約１５ヶ月間～約３６ヶ月間、約１８ヶ月間～約２１ヶ月間、約１８ヶ月間～約２４ヶ月間、約１８ヶ月間～約３０ヶ月間、約１８ヶ月間～約３６ヶ月間、約２１ヶ月間～約２４ヶ月間、約２１ヶ月間～約３０ヶ月間、約２１ヶ月間～約３６ヶ月間、約２４ヶ月間～約３０ヶ月間、約２４ヶ月間～約３６ヶ月間、または約３０ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変種子は、約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変種子は、少なくとも約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、または約３０ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変種子は、最大で約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。
【0056】
いくつかの実施形態では、種子に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0057】
植物種子に組み込まれる微生物またはその滲出物は、本明細書で提供される微生物のいずれか、または任意の他の微生物であってもよい。いくつかの実施形態では、微生物は、マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）またはその内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、本明細書で提供される微生物の内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0058】
細菌を組み込む方法
一態様では、１つ以上の微生物またはその滲出物を１つ以上の植物種子に組み込む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記方法は、植物種子を消毒する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、１つ以上の微生物またはその滲出物を含む溶液と種子を接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、一定期間、種子を溶液とインキュベートする工程を含む。いくつかの実施形態では、一定期間は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物種子に入れるのに十分なものである。いくつかの実施形態では、上記方法は、所望の量の微生物またはその滲出物を種子に組み込む。
一態様では、１つ以上の微生物またはその滲出物を１つ以上の植物種子に組み込む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記方法は、植物種子を消毒する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、１つ以上の微生物またはその滲出物を含む溶液と種子を接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、一定期間、種子を溶液とインキュベートする工程を含む。いくつかの実施形態では、一定期間は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物種子に入れるのに十分なものである。いくつかの実施形態では、上記方法は、所望の量の微生物またはその滲出物を種子に組み込む。
【0059】
いくつかの実施形態では、上記方法は、塩を含む溶液に種子を接触させる工程を含む。任意の塩が使用されてもよい。いくつかの好ましい実施形態では、塩はＮａＣｌである。いくつかの実施形態では、塩は、ＮａＣｌ、ＬｉＣｌ、ＫＣｌ、ＭｇＣｌ２、ＣａＣｌ２、ＮａＢｒ、ＬｉＢｒ、ＫＢｒ、ＭｇＢｒ２、ＣａＢｒ２、ＮａＩ、ＬｉＩ、ＫＩ、ＭｇＩ２、またはＣａＩ２である。いくつかの実施形態では、塩は、ナトリウムイオン、リチウムイオン、またはカリウムイオンを含む。いくつかの実施形態では、塩はアルカリ金属イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩はアルカリ土類金属イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩は、ハロゲン化物イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩は、アルカリまたはアルカリ土類ハロゲン化物塩である。いくつかの実施形態では、塩は、塩化物イオン、臭化物イオン、またはヨウ化物イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩は、硫酸塩、リン酸塩、炭酸塩、または硝酸塩である。
【0060】
塩は任意の適切な濃度で溶液中に存在してもよい。いくつかの実施形態では、溶液は約０．８５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約０．１％～約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約０．１％～約２．０％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．１％～約０．２５％、約０．１％～約０．５％、約０．１％～約０．６％、約０．１％～約０．７％、約０．１％～約０．７５％、約０．１％～約０．８％、約０．１％～約０．８５％、約０．１％～約０．９％、約０．１％～約０．９５％、約０．１％～約１％、約０．１％～約１．２５％、約０．２５％～約０．５％、約０．２５％～約０．６％、約０．２５％～約０．７％、約０．２５％～約０．７５％、約０．２５％～約０．８％、約０．２５％～約０．８５％、約０．２５％～約０．９％、約０．２５％～約０．９５％、約０．２５％～約１％、約０．２５％～約１．２５％、約０．５％～約０．６％、約０．５％～約０．７％、約０．５％～約０．７５％、約０．５％～約０．８％、約０．５％～約０．８５％、約０．５％～約０．９％、約０．５％～約０．９５％、約０．５％～約１％、約０．５％～約１．２５％、約０．６％～約０．７％、約０．６％～約０．７５％、約０．６％～約０．８％、約０．６％～約０．８５％、約０．６％～約０．９％、約０．６％～約０．９５％、約０．６％～約１％、約０．６％～約１．２５％、約０．７％～約０．７５％、約０．７％～約０．８％、約０．７％～約０．８５％、約０．７％～約０．９％、約０．７％～約０．９５％、約０．７％～約１％、約０．７％～約１．２５％、約０．７５％～約０．８％、約０．７５％～約０．８５％、約０．７５％～約０．９％、約０．７５％～約０．９５％、約０．７５％～約１％、約０．７５％～約１．２５％、約０．８％～約０．８５％、約０．８％～約０．９％、約０．８％～約０．９５％、約０．８％～約１％、約０．８％～約１．２５％、約０．８５％～約０．９％、約０．８５％～約０．９５％、約０．８５％～約１％、約０．８５％～約１．２５％、約０．９％～約０．９５％、約０．９％～約１％、約０．９％～約１．２５％、約０．９５％～約１％、約０．９５％～約１．２５％、または約１％～約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．１％、約０．２５％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、約１％、または約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、少なくとも約０．１％、約０．２５％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、または約１％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、最大で約０．２５％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、約１％、または約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約０．８５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．８％～約０．９％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．７５％～約０．９５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．７％～約１％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．５％～約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約０．５％～約２％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、０．１～０．２％、０．２～０．３％、０．３～０．４％、０．４～０．５％、０．５～０．６％、０．６～０．７％、０．７～０．８％、０．８～０．９％、０．９～１．０％、１．０～１．１％、１．１～１．２％、１．２～１．３％、１．３～１．４％、または１．４～１．５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。
【0061】
いくつかの実施形態では、溶液は追加の添加剤を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、１－ドデシルアザシクロヘプタン－２－オン、ラウロカプラム、１－メチル－２－ピロリドン（ＮＭＰ）、オレイン酸、エタノール、メタノール、ポリエチレングリコール（Ｂｒｉｊ ３５、５８、９８）、ポリエチレングリコールモノラウレート（例えば、Ｔｗｅｅｎ ２０）、Ｔｗｅｅｎ ４０（ポリオキシエチレン酸ソルビトールエステル）、Ｔｗｅｅｎ ６０、Ｔｗｅｅｎ ８０（非イオン性）、臭化セチルメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、尿素、レシチン（大豆由来の固化脂肪酸）、キトサン、ポロクサマー１８８、ポロクサマー２３７、ポロクサマー３３８、ポロクサマー４０７、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、ポリエチレングリコールモノラウレート（例えば、Ｔｗｅｅｎ ２０）、ポロクサマー１８８、ポロクサマー２３７、ポロクサマー３３８、ポロクサマー４０７、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、溶液はポロクサマーを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、ポリエチレングリコールモノラウレート（例えば、Ｔｗｅｅｎ ２０）を含む。追加の添加剤は、任意の濃度で存在してもよい。いくつかの実施形態では、追加の添加剤は、最大で、溶液の約０．０１％、０．０５％、０．１％、０．１２５％、０．１５％、０．２％、０．５％、または１％（ｖ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、追加の添加剤は、溶液の約０．０１％～約１％（ｖ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、追加の添加剤は、溶液の約０．１％（ｖ／ｖ）を含む。
【0062】
いくつかの実施形態では、溶液は追加の金属イオンを含む。いくつかの実施形態では、溶液は、マグネシウム、カルシウム、マンガン、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、溶液はマグネシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、溶液はマンガンを含む。いくつかの実施形態では、溶液はマグネシウムとカルシウムとを含む。いくつかの実施形態では、溶液はマグネシウムとマンガンとを含む。いくつかの実施形態では、溶液はカルシウムとマンガンとを含む。いくつかの実施形態では、溶液はマグネシウム、カルシウム、およびマンガンを含む。
【0063】
いくつかの実施形態では、溶液は、微生物のための１つ以上の栄養素を含む。いくつかの実施形態では、溶液は細菌の増殖培地を含む。いくつかの実施形態では、溶液は溶原培地（ＬＢ）、栄養ブロス、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、溶液は溶原培地を含む。いくつかの実施形態では、溶液は栄養ブロスを含む。
【0064】
いくつかの実施形態では、溶液は微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０１７のコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０４ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０６ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０６ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０６ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１０～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１０～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１０～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１２～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１２～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、または約１０１５～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、少なくとも約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、または約１０１５ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、最大で約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、少なくとも１０６～１０７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、１×１０３～１×１０４ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０４～１×１０５ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０５～１×１０６ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０６～１×１０７ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０７～１×１０８ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０８～１×１０９ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０９～１×１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１０～１×１０１１ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１１～１×１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１２～１×１０１３ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１３～１×１０１４ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１４～１×１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１５～１×１０１６ＣＦＵ／ｍＬ、または、１×１０１６～１×１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。
【0065】
いくつかの実施形態では、溶液は、種子質量あたり所望の量の微生物を含んでいる。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０１７のコロニー形成単位（ＣＦＵ）／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０４ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０５ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０６ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０７ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０８ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０９ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０１０ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０３～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０５ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０６ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０７ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０８ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０９ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０１０ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０４～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０６ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０７ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０８ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０９ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０１０ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０５～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０６～約１０７ＣＦＵ／グラム、約１０６～約１０８ＣＦＵ／グラム、約１０６～約１０９ＣＦＵ／グラム、約１０６～約１０１０ＣＦＵ／グラム、約１０６～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０６～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０６～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０７～約１０８ＣＦＵ／グラム、約１０７～約１０９ＣＦＵ／グラム、約１０７～約１０１０ＣＦＵ／グラム、約１０７～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０７～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０７～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０８～約１０９ＣＦＵ／グラム、約１０８～約１０１０ＣＦＵ／グラム、約１０８～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０８～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０８～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０９～約１０１０ＣＦＵ／グラム、約１０９～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０９～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０９～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０１０～約１０１２ＣＦＵ／グラム、約１０１０～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０１０～約１０１７ＣＦＵ／グラム、約１０１２～約１０１５ＣＦＵ／グラム、約１０１２～約１０１７ＣＦＵ／グラム、または約１０１５～約１０１７ＣＦＵ／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、少なくとも約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、または約１０１５ＣＦＵ／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、最大で約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１０ＣＦＵ／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０９ＣＦＵ／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０８ＣＦＵ／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１１ＣＦＵ／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約１０５～約１０９ＣＦＵ／グラムの種子を含む。
【0066】
いくつかの実施形態では、溶液は約１０３～約１０１７コロニー細胞／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０４細胞／グラム、約１０３～約１０５細胞／グラム、約１０３～約１０６細胞／グラム、約１０３～約１０７細胞／グラム、約１０３～約１０８細胞／グラム、約１０３～約１０９細胞／グラム、約１０３～約１０１０細胞／グラム、約１０３～約１０１２細胞／グラム、約１０３～約１０１５細胞／グラム、約１０３～約１０１７細胞／グラム、約１０４～約１０５細胞／グラム、約１０４～約１０６細胞／グラム、約１０４～約１０７細胞／グラム、約１０４～約１０８細胞／グラム、約１０４～約１０９細胞／グラム、約１０４～約１０１０細胞／グラム、約１０４～約１０１２細胞／グラム、約１０４～約１０１５細胞／グラム、約１０４～約１０１７細胞／グラム、約１０５～約１０６細胞／グラム、約１０５～約１０７細胞／グラム、約１０５～約１０８細胞／グラム、約１０５～約１０９細胞／グラム、約１０５～約１０１０細胞／グラム、約１０５～約１０１２細胞／グラム、約１０５～約１０１５細胞／グラム、約１０５～約１０１７細胞／グラム、約１０６～約１０７細胞／グラム、約１０６～約１０８細胞／グラム、約１０６～約１０９細胞／グラム、約１０６～約１０１０細胞／グラム、約１０６～約１０１２細胞／グラム、約１０６～約１０１５細胞／グラム、約１０６～約１０１７細胞／グラム、約１０７～約１０８細胞／グラム、約１０７～約１０９細胞／グラム、約１０７～約１０１０細胞／グラム、約１０７～約１０１２細胞／グラム、約１０７～約１０１５細胞／グラム、約１０７～約１０１７細胞／グラム、約１０８～約１０９細胞／グラム、約１０８～約１０１０細胞／グラム、約１０８～約１０１２細胞／グラム、約１０８～約１０１５細胞／グラム、約１０８～約１０１７細胞／グラム、約１０９～約１０１０細胞／グラム、約１０９～約１０１２細胞／グラム、約１０９～約１０１５細胞／グラム、約１０９～約１０１７細胞／グラム、約１０１０～約１０１２細胞／グラム、約１０１０～約１０１５細胞／グラム、約１０１０～約１０１７細胞／グラム、約１０１２～約１０１５細胞／グラム、約１０１２～約１０１７細胞／グラム、または約１０１５～約１０１７細胞／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７細胞／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、少なくとも約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、または約１０１５細胞／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、最大で約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７細胞／グラムの種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１０細胞／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０９細胞／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０８細胞／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１１細胞／グラム未満の種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約１０５～約１０９細胞／グラムの種子を含む。
【0067】
いくつかの実施形態では、種子は、１つの種子あたり所望の量の微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０１７のコロニー形成単位（ＣＦＵ）／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０４ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０５ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０６ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０７ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０８ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０９ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０１０ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０３～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０５ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０６ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０７ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０８ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０９ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０１０ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０４～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０６ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０７ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０８ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０９ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０１０ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０５～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０６～約１０７ＣＦＵ／種子、約１０６～約１０８ＣＦＵ／種子、約１０６～約１０９ＣＦＵ／種子、約１０６～約１０１０ＣＦＵ／種子、約１０６～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０６～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０６～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０７～約１０８ＣＦＵ／種子、約１０７～約１０９ＣＦＵ／種子、約１０７～約１０１０ＣＦＵ／種子、約１０７～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０７～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０７～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０８～約１０９ＣＦＵ／種子、約１０８～約１０１０ＣＦＵ／種子、約１０８～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０８～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０８～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０９～約１０１０ＣＦＵ／種子、約１０９～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０９～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０９～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０１０～約１０１２ＣＦＵ／種子、約１０１０～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０１０～約１０１７ＣＦＵ／種子、約１０１２～約１０１５ＣＦＵ／種子、約１０１２～約１０１７ＣＦＵ／種子、または約１０１５～約１０１７ＣＦＵ／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、少なくとも約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、または約１０１５ＣＦＵ／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、最大で約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１０ＣＦＵ／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０９ＣＦＵ／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０８ＣＦＵ／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１１ＣＦＵ／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約１０５～約１０９ＣＦＵ／種子未満を含む。
【0068】
いくつかの実施形態では、種子は、１つの種子あたり所望の量の微生物を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約１０３～約１０１７細胞／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３～約１０４細胞／種子、約１０３～約１０５細胞／種子、約１０３～約１０６細胞／種子、約１０３～約１０７細胞／種子、約１０３～約１０８細胞／種子、約１０３～約１０９細胞／種子、約１０３～約１０１０細胞／種子、約１０３～約１０１２細胞／種子、約１０３～約１０１５細胞／種子、約１０３～約１０１７細胞／種子、約１０４～約１０５細胞／種子、約１０４～約１０６細胞／種子、約１０４～約１０７細胞／種子、約１０４～約１０８細胞／種子、約１０４～約１０９細胞／種子、約１０４～約１０１０細胞／種子、約１０４～約１０１２細胞／種子、約１０４～約１０１５細胞／種子、約１０４～約１０１７細胞／種子、約１０５～約１０６細胞／種子、約１０５～約１０７細胞／種子、約１０５～約１０８細胞／種子、約１０５～約１０９細胞／種子、約１０５～約１０１０細胞／種子、約１０５～約１０１２細胞／種子、約１０５～約１０１５細胞／種子、約１０５～約１０１７細胞／種子、約１０６～約１０７細胞／種子、約１０６～約１０８細胞／種子、約１０６～約１０９細胞／種子、約１０６～約１０１０細胞／種子、約１０６～約１０１２細胞／種子、約１０６～約１０１５細胞／種子、約１０６～約１０１７細胞／種子、約１０７～約１０８細胞／種子、約１０７～約１０９細胞／種子、約１０７～約１０１０細胞／種子、約１０７～約１０１２細胞／種子、約１０７～約１０１５細胞／種子、約１０７～約１０１７細胞／種子、約１０８～約１０９細胞／種子、約１０８～約１０１０細胞／種子、約１０８～約１０１２細胞／種子、約１０８～約１０１５細胞／種子、約１０８～約１０１７細胞／種子、約１０９～約１０１０細胞／種子、約１０９～約１０１２細胞／種子、約１０９～約１０１５細胞／種子、約１０９～約１０１７細胞／種子、約１０１０～約１０１２細胞／種子、約１０１０～約１０１５細胞／種子、約１０１０～約１０１７細胞／種子、約１０１２～約１０１５細胞／種子、約１０１２～約１０１７細胞／種子、または約１０１５～約１０１７細胞／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７細胞／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、少なくとも約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、または約１０１５細胞／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、最大で約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７細胞／種子を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１０細胞／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０９細胞／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０８細胞／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は１０１１細胞／種子未満を含む。いくつかの実施形態では、溶液は約１０５～約１０９細胞／種子未満を含む。
【0069】
いくつかの実施形態では、微生物は細菌である。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、上記方法は、内生胞子形成細菌の内生胞子形成を誘導する工程を含む。いくつかの実施形態では、種子に組み込まれた細菌は、内生胞子である。いくつかの実施形態では、溶液は、内生胞子形成を引き起こすために１つ以上の成分を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、カリウム、硫酸第一鉄、カルシウム、マグネシウム、マンガン、またはそれらの組み合わせを含む。
【0070】
いくつかの実施形態では、方法は、種子を殺菌する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、種子の表面を殺菌する工程を含む。殺菌された表面を有する種子を生成する任意の方法が採用されてもよい。いくつかの実施形態では、種子はブリーチ溶液で殺菌される。いくつかの実施形態では、種子は、１つ以上の微生物を含有する溶液中に種子を浸す前に殺菌される。いくつかの実施形態では、種子は殺菌された種子である。いくつかの実施形態では、種子は殺菌された表面を有する。本明細書で使用されるように、「殺菌すること」、「殺菌された」、および関連する用語（例えば、「消毒すること」など）は、殺菌されたものの上に生存している微生物が実質的にないことを示す。いくつかの実施形態では、種子は、微生物を含む溶液中で種子をインキュベートする前に、殺菌される。いくつかの実施形態では、種子は、微生物を含む溶液中で種子をインキュベートした後に、殺菌される。いくつかの実施形態では、殺菌剤が種子の表面に添加される。
【0071】
いくつかの実施形態では、殺菌または消毒された種子は、種子（例えば、種子の表面）上に生きている微生物を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、無菌のまたは殺菌された種子は、種子上に１ＣＦＵ未満、５ＣＦＵ未満、１０ＣＦＵ未満、２０ＣＦＵ未満、３０ＣＦＵ未満、４０ＣＦＵ未満、または５０ＣＦＵ未満の微生物を含んでいる。
【0072】
いくつかの実施形態では、植物種子は、微生物を種子に組み込むのに十分な時間、微生物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間～約９６０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間～約５分間、約１分間～約１０分間、約１分間～約２０分間、約１分間～約６０分間、約１分間～約２４０分間、約１分間～約９６０分間、約５分間～約１０分間、約５分間～約２０分間、約５分間～約６０分間、約５分間～約２４０分間、約５分間～約９６０分間、約１０分間～約２０分間、約１０分間～約６０分間、約１０分間～約２４０分間、約１０分間～約９６０分間、約２０分間～約６０分間、約２０分間～約２４０分間、約２０分間～約９６０分間、約６０分間～約２４０分間、約６０分間～約９６０分間、または約２４０分間～約９６０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間、約５分間、約１０分間、約２０分間、約６０分間、約２４０分間、または約９６０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、少なくとも約１分間、約５分間、約１０分間、約２０分間、約６０分間、または約２４０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、最大で約５分間、約１０分間、約２０分間、約６０分間、約２４０分間、または約９６０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約５分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約２０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約６０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約２４０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約９６０分間、内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む溶液とインキュベートされる。
【0073】
いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間～約９６０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間～約５分間、約１分間～約１０分間、約１分間～約２０分間、約１分間～約６０分間、約１分間～約２４０分間、約１分間～約９６０分間、約５分間～約１０分間、約５分間～約２０分間、約５分間～約６０分間、約５分間～約２４０分間、約５分間～約９６０分間、約１０分間～約２０分間、約１０分間～約６０分間、約１０分間～約２４０分間、約１０分間～約９６０分間、約２０分間～約６０分間、約２０分間～約２４０分間、約２０分間～約９６０分間、約６０分間～約２４０分間、約６０分間～約９６０分間、または約２４０分間～約９６０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間、約５分間、約１０分間、約２０分間、約６０分間、約２４０分間、または約９６０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、少なくとも約１分間、約５分間、約１０分間、約２０分間、約６０分間、または約２４０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、最大で約５分間、約１０分間、約２０分間、約６０分間、約２４０分間、または約９６０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約５分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約１０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約２０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約６０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約２４０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、植物種子は、約９６０分間、微生物またはその滲出物を含む溶液とインキュベートされる。
【0074】
いくつかの実施形態では、種子は所望の温度で、溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、種子は、約２～約４０℃の温度で、溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、種子は、約２～約４℃、約２～約８℃、約２～約１２℃、約２～約１６℃、約２～約２５℃、約２～約３０℃、約２～約３５℃、約２～約４０℃、約４～約８℃、約４～約１２℃、約４～約１６℃、約４～約２５℃、約４～約３０℃、約４～約３５℃、約４～約４０℃、約８～約１２℃、約８～約１６℃、約８～約２５℃、約８～約３０℃、約８～約３５℃、約８～約４０℃、約１２～約１６℃、約１２～約２５℃、約１２～約３０℃、約１２～約３５℃、約１２～約４０℃、約１６～約２５℃、約１６～約３０℃、約１６～約３５℃、約１６～約４０℃、約２５～約３０℃、約２５～約３５℃、約２５～約４０℃、約３０～約３５℃、約３０～約４０℃、または約３５～約４０℃の温度で、溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、種子は、約２℃、約４℃、約８℃、約１２℃、約１６℃、約２５℃、約３０℃、約３５℃、または約４０℃の温度で、溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、種子は、少なくとも約２℃、約４℃、約８℃、約１２℃、約１６℃、約２５℃、約３０℃、または約３５℃の温度で、溶液とインキュベートされる。いくつかの実施形態では、種子は、最大で約４℃、約８℃、約１２℃、約１６℃、約２５℃、約３０℃、約３５℃、または約４０℃の温度で、溶液とインキュベートされる。
【0075】
いくつかの実施形態では、方法は、種子を乾燥させる工程を含む。いくつかの実施形態では、種子を、全種子水分の約１０％まで乾燥させる。いくつかの実施形態では、種子を、全種子水分の約５％～約２５％まで乾燥させる。いくつかの実施形態では、種子を、全種子水分の約５％～約８％、約５％～約１０％、約５％～約１２％、約５％～約１５％、約５％～約２０％、約５％～約２５％、約８％～約１０％、約８％～約１２％、約８％～約１５％、約８％～約２０％、約８％～約２５％、約１０％～約１２％、約１０％～約１５％、約１０％～約２０％、約１０％～約２５％、約１２％～約１５％、約１２％～約２０％、約１２％～約２５％、約１５％～約２０％、約１５％～約２５％、または約２０％～約２５％まで乾燥させる。いくつかの実施形態では、種子を、全種子水分の約５％、約８％、約１０％、約１２％、約１５％、約２０％、または約２５％まで乾燥させる。いくつかの実施形態では、種子を、全種子水分の少なくとも約５％、約８％、約１０％、約１２％、約１５％、または約２０％まで乾燥させる。いくつかの実施形態では、種子を、全種子水分の最大約８％、約１０％、約１２％、約１５％、約２０％、または約２５％まで乾燥させる。いくつかの実施形態では、種子を、種子の発芽を防ぐために乾燥させる。いくつかの実施形態では、種子を、種子を植える前に発芽を防ぐために乾燥させる。
【0076】
微生物を組み込むための製剤
１つの態様では、微生物、内生胞子、またはその滲出物を種子に組み込むための製剤が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記製剤は、１つ以上の微生物またはその内生胞子、および塩を含む。１つ以上の微生物は、本明細書で提供される微生物またはその内生胞子のいずれかであり得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、１つ以上の内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む。いくつかの実施形態では、上記製剤は微生物の滲出物を含む。滲出物は、本明細書で提供される微生物のいずれかであってもよい。
１つの態様では、微生物、内生胞子、またはその滲出物を種子に組み込むための製剤が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記製剤は、１つ以上の微生物またはその内生胞子、および塩を含む。１つ以上の微生物は、本明細書で提供される微生物またはその内生胞子のいずれかであり得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の微生物は、１つ以上の内生胞子形成細菌またはその内生胞子を含む。いくつかの実施形態では、上記製剤は微生物の滲出物を含む。滲出物は、本明細書で提供される微生物のいずれかであってもよい。
【0077】
いくつかの実施形態では、製剤は溶液である。いくつかの実施形態では、製剤は水溶液である。
【0078】
いくつかの実施形態では、製剤は塩を含む。塩は、任意の適切な濃度で製剤中に存在してもよい。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．８５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．１％～約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．１％～約２．０％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．１％～約０．２５％、約０．１％～約０．５％、約０．１％～約０．６％、約０．１％～約０．７％、約０．１％～約０．７５％、約０．１％～約０．８％、約０．１％～約０．８５％、約０．１％～約０．９％、約０．１％～約０．９５％、約０．１％～約１％、約０．１％～約１．２５％、約０．２５％～約０．５％、約０．２５％～約０．６％、約０．２５％～約０．７％、約０．２５％～約０．７５％、約０．２５％～約０．８％、約０．２５％～約０．８５％、約０．２５％～約０．９％、約０．２５％～約０．９５％、約０．２５％～約１％、約０．２５％～約１．２５％、約０．５％～約０．６％、約０．５％～約０．７％、約０．５％～約０．７５％、約０．５％～約０．８％、約０．５％～約０．８５％、約０．５％～約０．９％、約０．５％～約０．９５％、約０．５％～約１％、約０．５％～約１．２５％、約０．６％～約０．７％、約０．６％～約０．７５％、約０．６％～約０．８％、約０．６％～約０．８５％、約０．６％～約０．９％、約０．６％～約０．９５％、約０．６％～約１％、約０．６％～約１．２５％、約０．７％～約０．７５％、約０．７％～約０．８％、約０．７％～約０．８５％、約０．７％～約０．９％、約０．７％～約０．９５％、約０．７％～約１％、約０．７％～約１．２５％、約０．７５％～約０．８％、約０．７５％～約０．８５％、約０．７５％～約０．９％、約０．７５％～約０．９５％、約０．７５％～約１％、約０．７５％～約１．２５％、約０．８％～約０．８５％、約０．８％～約０．９％、約０．８％～約０．９５％、約０．８％～約１％、約０．８％～約１．２５％、約０．８５％～約０．９％、約０．８５％～約０．９５％、約０．８５％～約１％、約０．８５％～約１．２５％、約０．９％～約０．９５％、約０．９％～約１％、約０．９％～約１．２５％、約０．９５％～約１％、約０．９５％～約１．２５％、または約１％～約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．１％、約０．２５％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、約１％、または約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、少なくとも約０．１％、約０．２５％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、または約１％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、最大で約０．２５％、約０．５％、約０．６％、約０．７％、約０．７５％、約０．８％、約０．８５％、約０．９％、約０．９５％、約１％、または約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．８５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．８％～約０．９％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．７５％～約０．９５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．７％～約１％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．５％～約１．２５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約０．５％～約２％の塩（ｗ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、０．１～０．２％、０．２～０．３％、０．３～０．４％、０．４～０．５％、０．５～０．６％、０．６～０．７％、０．７～０．８％、０．８～０．９％、０．９～１．０％、１．０～１．１％、１．１～１．２％、１．２～１．３％、１．３～１．４％、または１．４～１．５％の塩（ｗ／ｖ）を含む。
【0079】
いかなる塩が使用されてもよい。いくつかの好ましい実施形態では、塩はＮａＣｌである。いくつかの実施形態では、塩は、ＮａＣｌ、ＬｉＣｌ、ＫＣｌ、ＭｇＣｌ２、ＣａＣｌ２、ＮａＢｒ、ＬｉＢｒ、ＫＢｒ、ＭｇＢｒ２、ＣａＢｒ２、ＮａＩ、ＬｉＩ、ＫＩ、ＭｇＩ２、またはＣａＩ２である。いくつかの実施形態では、塩は、ナトリウムイオン、リチウムイオン、またはカリウムイオンを含む。いくつかの実施形態では、塩はアルカリ金属イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩はアルカリ土類金属イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩は、ハロゲン化物イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩は、アルカリまたはアルカリ土類ハロゲン化物塩である。いくつかの実施形態では、塩は、塩化物イオン、臭化物イオン、またはヨウ化物イオンを含む。いくつかの実施形態では、塩は、硫酸塩、リン酸塩、炭酸塩、または硝酸塩である。
【0080】
いくつかの実施形態では、製剤は追加の添加剤を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）、１－ドデシルアザシクロヘプタン－２－オン、ラウロカプラム、１－メチル－２－ピロリドン（ＮＭＰ）、オレイン酸、エタノール、メタノール、ポリエチレングリコール（Ｂｒｉｊ ３５、５８、９８）、ポリエチレングリコールモノラウレート（例えば、Ｔｗｅｅｎ ２０）、Ｔｗｅｅｎ ４０（ポリオキシエチレン酸ソルビトールエステル）、Ｔｗｅｅｎ ６０、Ｔｗｅｅｎ ８０（非イオン性）、臭化セチルメチルアンモニウム（ＣＴＡＢ）、尿素、レシチン（大豆由来の固化脂肪酸）、キトサン、ポロクサマー１８８、ポロクサマー２３７、ポロクサマー３３８、ポロクサマー４０７、またはこれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、ポリエチレングリコールモノラウレート（例えば、Ｔｗｅｅｎ ２０）、ポロクサマー１８８、ポロクサマー２３７、ポロクサマー３３８、ポロクサマー４０７、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、製剤はポロクサマーを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、ポリエチレングリコールモノラウレート（例えば、Ｔｗｅｅｎ ２０）を含む。追加の添加剤は、任意の濃度で存在してもよい。いくつかの実施形態では、追加の添加剤は、最大で、製剤の約０．０１％、０．０５％、０．１％、０．１２５％、０．１５％、０．２％、０．５％、または１％（ｖ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、追加の添加剤は、製剤の約０．０１％～約１％（ｖ／ｖ）を含む。いくつかの実施形態では、追加の添加剤は、製剤の約０．１％（ｖ／ｖ）を含む。
【0081】
いくつかの実施形態では、製剤は追加の金属イオンを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、マグネシウム、カルシウム、マンガン、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、製剤はマグネシウムを含む。いくつかの実施形態では、製剤はカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、製剤はマンガンを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、マグネシウムとカルシウムとを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、マグネシウムとマンガンとを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、カルシウムとマンガンとを含む。いくつかの実施形態では、製剤は、マグネシウム、カルシウム、およびマンガンを含む。
【0082】
いくつかの実施形態では、製剤は、微生物のための１つ以上の栄養素を含む。いくつかの実施形態では、製剤は細菌の増殖培地を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、溶原培地（ＬＢ）、栄養ブロス、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、製剤は溶原培地を含む。いくつかの実施形態では、製剤は栄養ブロスを含む。
【0083】
いくつかの実施形態では、製剤は、１つ以上の微生物の内生胞子形成を促進するための追加の成分を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、カリウム、硫酸第一鉄、カルシウム、マグネシウム、マンガン、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、製剤はカリウムを含む。いくつかの実施形態では、製剤は硫化鉄を含む。いくつかの実施形態では、製剤はカルシウムを含む。いくつかの実施形態では、製剤はマグネシウムを含む。いくつかの実施形態では、製剤はマンガンを含む。
【0084】
いくつかの実施形態では、製剤は微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約１０３～約１０１７のコロニー形成単位（ＣＦＵ）／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、少なくとも１×１０６ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約１０３～約１０４ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０６ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０３～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０６ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０４～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０６ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０５～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０６～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０８ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０７～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０９ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０８～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０９～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１０～約１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１０～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１０～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１２～約１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、約１０１２～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬ、または約１０１５～約１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、少なくとも約１０３、約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、または約１０１５ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、最大で約１０４、約１０５、約１０６、約１０７、約１０８、約１０９、約１０１０、約１０１２、約１０１５、または約１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、少なくとも１０６～１０７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。いくつかの実施形態では、製剤は、１×１０３～１×１０４ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０４～１×１０５ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０５～１×１０６ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０６～１×１０７ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０７～１×１０８ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０８～１×１０９ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０９～１×１０１０ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１０～１×１０１１ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１１～１×１０１２ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１２～１×１０１３ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１３～１×１０１４ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１４～１×１０１５ＣＦＵ／ｍＬ、１×１０１５～１×１０１６ＣＦＵ／ｍＬ、または、１×１０１６～１×１０１７ＣＦＵ／ｍＬの微生物を含む。微生物は、本明細書で提供される微生物のいずれか、または本明細書で提供される微生物のいずれかの内生胞子であってもよい。
【0085】
いくつかの実施形態では、製剤は所望の温度で維持される。いくつかの実施形態では、製剤は、約２～約４０℃の温度で維持される。いくつかの実施形態では、製剤は、約２～約４、約２～約８、約２～約１２、約２～約１６、約２～約２５、約２～約３０、約２～約３５、約２～約４０、約４～約８、約４～約１２、約４～約１６、約４～約２５、約４～約３０、約４～約３５、約４～約４０、約８～約１２、約８～約１６、約８～約２５、約８～約３０、約８～約３５、約８～約４０、約１２～約１６、約１２～約２５、約１２～約３０、約１２～約３５、約１２～約４０、約１６～約２５、約１６～約３０、約１６～約３５、約１６～約４０、約２５～約３０、約２５～約３５、約２５～約４０、約３０～約３５、約３０～約４０、または約３５～約４０℃の温度で維持される。いくつかの実施形態では、製剤は、約２、約４、約８、約１２、約１６、約２５、約３０、約３５、または約４０℃の温度で維持される。いくつかの実施形態では、製剤は、少なくとも約２、約４、約８、約１２、約１６、約２５、約３０、または約３５℃の温度で維持される。いくつかの実施形態では、製剤は、最大で、約４、約８、約１２、約１６、約２５、約３０、約３５、または約４０℃の温度で維持される。
【0086】
微生物および滲出物
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物種子の処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物種子の処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
【0087】
いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門、および放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、プロテオバクテリア門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0088】
大気中の窒素を固定する根圏細菌は、植物の根で見られる。これらの生物は、土壌中で生存することができ、呼吸中に植物の根から放出されるＣＯ２、または呼吸を通じて近くの微生物と土壌動物相群によって放出されるＣＯ２のいずれかである多量のＣＯ２に対する耐性を有する。
【0089】
これらの根圏細菌は根に近いところにいるため、これらの生物は根の滲出物を炭素とエネルギー源として利用する能力を有する。それらの多くは、自身の利益のために、ＣＯ２をバイオマスまたは任意の代謝物に変換することを可能にする遺伝子を有するように進化してきた。いくつかの実施形態では、細菌は遺伝子改変されていない。いくつかの実施形態では、細菌は、ＣＯ２を重炭酸塩およびミネラルに変換するその能力について選択される。
【0090】
根粒菌は、より積極的に植物の根にコロニーを形成することができる。したがって、これらは、変化する土壌環境で生存することができる安定した群生を形成し、病原体または侵入者の成長を阻害するために抗菌化合物を分泌し、過酷な環境において生存するための選択的適性を与える内生胞子を形成することができる。
【0091】
根圏細菌は、ＣＯ２を固定する他の手段とは別に、よく特徴付けられた酵素である炭酸脱水酵素（ＣＡ）を発現する能力を有する。広い温度耐性（最大で５０℃）、広いｐＨ範囲、およびその高レベルの発現により、ＣＡは土壌中でＣＯ２を隔離するための理想的な候補となる。この酵素はＣＯ２を重炭酸で変換し、加水分解によって重炭酸は炭酸イオンに変換される。炭酸イオンは土壌中に存在するカチオンと反応し、ミネラルが生成される。土壌は多くのカチオン（Ｃａ２＋、Ｍｇ２＋、Ｎａ＋、Ｋ＋）に富んでいるため、これにより無機化が持続し、土壌にＣＯ２を永久に閉じ込める手段として、様々なミネラルを形成することができる。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。
【0092】
いくつかの実施形態では、炭酸脱水酵素は、α－ＣＡ、β－ＣＡ、δ－ＣＡ、ζ－ＣＡ、η－ＣＡ、またはι－ＣＡである。いくつかの実施形態では、ＣＡは、ＣＡ－１、ＣＡ－２、ＣＡ－３、ＣＡ－４、ＣＡ－５Ａ、ＣＡ－５Ｂ、ＣＡ－６、ＣＡ－７、ＣＡ－８、ＣＡ－９、ＣＡ－１０、ＣＡ－１１、ＣＡ－１２、ＣＡ－１３、ＣＡ－１４、またはＣＡ－１５である。
【0093】
いくつかの実施形態では、様々な根圏細菌は種子に効果的に負荷される。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、生物学的窒素固定を強化する内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。
【0094】
これらの微生物によるＣＯ２隔離は、ＣＡを生成またはその形成を促進するその能力によって達成され得る。これらの根圏細菌は根にコロニーを形成することができ、さもなければ根からの滲出物からの栄養素を利用することができる近傍の他の微生物群に取って代わることができる。根から出るＣＯ２、土壌動物相から出るＣＯ２、または微生物群から出るＣＯ２は、重炭酸塩への水和を介してＣＡによって捕捉され得る。通常、ミネラル（ＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２）を形成するためには、ミネラルを生成するプロセスを継続するためにカチオンが必要となる。土壌には、すでに様々なカチオンが存在し、持続的なプロセスを可能にしている。土壌中のＣａ２＋とＭｇ２＋の量は、地理的な位置、土壌の種類、および灌漑のパターンによって異なり得る。これらのカチオンは、土壌の高い肥沃度を維持するために、農家が石灰石を投入することでさらに調整可能である。一般的なよく灌漑された土壌は、最初の１５ｃｍの深さを考慮して、平均８５０ｋｇ（Ｃａ２＋）／エーカーと２１８ｋｇ（Ｍｇ２＋）／エーカーを有する。以前に公開されたある研究によると、トウモロコシの根圏で生成されるＣＯ２の量は、トウモロコシのシーズンあたり約７０００ｋｇ／エーカーである。利用可能なＣＯ２とカチオンの量を考慮すると、かなりの量のＣＯ２がＣａまたはＭｇのミネラルとして貯蔵可能である。数学的には、４２５ｋｇのＣａＣＯ３と１１４ｋｇのＭｇＣＯ３が生成され得るが、土壌中の他のカチオン（Ｎａ＋、Ｋ＋）の存在次第で、Ｎａ２ＣＯ３などの他のミネラルを形成するもっと多くの組み合わせがある。石灰処理は、土壌の高い肥沃度を維持するために農家が行うものであるため、本明細書で開示される微生物は、石灰石（ＣａＣＯ３）を生物学的に生成することによってこの要件を回避することができる。加えて、土壌中の他のカチオンの利用可能性に応じて、ガス状のＣＯ２を貯蔵するために様々なミネラルを形成することができる。これらのミネラルとしては、限定されないが、方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、炭酸塩、炭酸マグネシウム、炭酸鉄、マグネサイト、コーヘナイト、ダイヤモンド、カーボナタイト、炭酸第一鉄、スパーライト、およびティレー石が挙げられる。
【0095】
いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、５０ｋｇ／エーカー～最大で１０００ｋｇ／エーカーの間であり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、約５０ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、約５０ｋｇ／エーカー～約１００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約２００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約３００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約２００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約３００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約３００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、または約９００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、約５０ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー、約９００ｋｇ／エーカー、または約１０００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、少なくとも約５０ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー、または約９００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、最大で約１００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー、約９００ｋｇ／エーカー、または約１０００ｋｇ／エーカーであり得る。
【0096】
いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、１エーカー当たり０．１トンのＣＯ２～最大で１エーカー当たり２．５トンのＣＯ２の間である。いくつかの実施形態では、微生物は２．５～５．３トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は５．３～７．５トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は７．５～１０トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は１０～１５トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は１５～２０トン／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、約２トン／エーカー～約２０トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、約２トン／エーカー～約４トン／エーカー、約２トン／エーカー～約６トン／エーカー、約２トン／エーカー～約８トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約２トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約４トン／エーカー～約６トン／エーカー、約４トン／エーカー～約８トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約４トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約６トン／エーカー～約８トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約６トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約８トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１４トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約１４トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１４トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１６トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１６トン／エーカー～約２０トン／エーカー、または約１８トン／エーカー～約２０トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、約２トン／エーカー、約４トン／エーカー、約６トン／エーカー、約８トン／エーカー、約１０トン／エーカー、約１２トン／エーカー、約１４トン／エーカー、約１６トン／エーカー、約１８トン／エーカー、または約２０トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、少なくとも約２トン／エーカー、約４トン／エーカー、約６トン／エーカー、約８トン／エーカー、約１０トン／エーカー、約１２トン／エーカー、約１４トン／エーカー、約１６トン／エーカー、または約１８トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、最大で約４トン／エーカー、約６トン／エーカー、約８トン／エーカー、約１０トン／エーカー、約１２トン／エーカー、約１４トン／エーカー、約１６トン／エーカー、約１８トン／エーカー、または約２０トン／エーカーの間である。
【0097】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物種子に由来する植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む。
【0098】
無機化プロセスは、微生物の細胞壁またはＥＰＳのいずれかで開始することができる。全体的に負の電荷が存在することによる細胞壁は、核形成および無機化の部位であることが示されている。バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）などの一部の微生物では、ＥＰＳは、アルカリ性条件で負に帯電され、ＣａＣＯ３沈殿の核生成部位としての役割を果たし得る、グルタミン酸、アスパラギン酸、ヒスチジン、アルギニン、およびリジンを著しく多く含んでいる。ＣａＣＯ３とともに根に付着している微生物が、不要な場合には、土壌中のミネラルの添加を防ぐために豊富な時期の終了時に植物を引き抜くことによって排除可能であることから、このことは有益であり得る。
【0099】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、対応する野生型微生物と比較して、前記１つ以上の微生物がより多くの炭酸脱水酵素を生成するか、その形成を促進するように仕向ける遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して異種である。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して内因性である。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、コドン最適化されている。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、前記ＣＡコード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の構成的発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の誘導発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、直接的な微生物の進化によって改変された炭酸脱水酵素遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、シグナル配列を含む。いくつかの実施形態では、前記シグナル配列は、ペリプラズムシグナル配列または細胞外分泌シグナルを含む。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に配置される。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に融合される。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、一般的な分泌経路の１つ以上の構成要素を含み、前記遺伝子改変は、前記１つ以上の微生物による炭酸脱水酵素の分泌または細胞内標的化をもたらす。
【0100】
いくつかの実施形態では、炭酸脱水酵素は、α－ＣＡ、β－ＣＡ、δ－ＣＡ、ζ－ＣＡ、η－ＣＡ、またはι－ＣＡである。いくつかの実施形態では、ＣＡは、ＣＡ－１、ＣＡ－２、ＣＡ－３、ＣＡ－４、ＣＡ－５Ａ、ＣＡ－５Ｂ、ＣＡ－６、ＣＡ－７、ＣＡ－８、ＣＡ－９、ＣＡ－１０、ＣＡ－１１、ＣＡ－１２、ＣＡ－１３、ＣＡ－１４、またはＣＡ－１５である。
【0101】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）またはパエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）で構成される１つ以上のプロモーターであるか、上記プロモーターに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、ＰｇｒｏＥＳ、Ｐ４３、ＰｓｉｇＸ、ＰｔｒｎＱ、およびＰｘｙｌＡから選択される。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターであるか、またはそれらに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターは、ＰｌｉａＧ、ＰｌｅｐＡ、Ｐｖｅｇ、ＰｇｓｉＢ、Ｐ４３、ＰｔｒｎＱ、Ｐｉａｌ（バシトラシン誘導性）、およびＰｘｙｌＡ（キシロース誘導性）から選択される。
【0102】
いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物への発現ベクターの導入を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物の染色体への改変を含む。
【0103】
いくつかの実施形態では、微生物は、窒素と二酸化炭素の両方を固定し得る。いくつかの実施形態では、窒素固定微生物は、生物学的窒素固定を介して固定窒素（アンモニア）を植物に提供し続け、これは、環境を汚染している化学肥料の使用を減少させることになる。大気中の窒素固定の最終生成物（アンモニア）は、アンモニアが無機化を促進するｐＨを増加させると報告されているため、ＣＯ２からミネラルへのプロセスを強化することができる。本明細書に開示される微生物からのアンモニアの生成は、外部窒素源の存在下でも他の土壌に生息する微生物よりも著しく高いため、無機化プロセスは、他の土壌に生息する微生物よりも、本明細書に開示される菌株によって迅速に行うことができる。
【0104】
いくつかの実施形態では、微生物は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｐｅｎｉｃｉｌｌｉｕｍ ｓｐ．、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、およびブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、およびＸａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒから選択されるマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、グルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、マイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、およびセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）から選択される微生物である。いくつかの実施形態では、微生物はアセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はアクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はＣｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．である。いくつかの実施形態では、微生物はコクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はエンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はグルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はマイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はパントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0105】
いくつかの実施形態では、微生物は、アセトバクター・セレビシエ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）、グルタミシバクター・アリライテンシス（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ａｒｉｌａｉｔｅｎｓｉｓ）、グルタミシバクター・ハロフィトコラ（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｈａｌｏｐｈｙｔｏｃｏｌａ）、マイクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）、マイクロバクテリウム・ヤンニチイ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｙａｎｎｉｃｉｉ）、パントエア・アリイ（Ｐａｎｔｏｅａ ａｌｌｉｉ）、セラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、またはセラチア・ウレイリティカ（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｕｒｅｉｌｙｔｉｃａ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物は、アセトバクター・セレビシエ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）、グルタミシバクター・ハロフィトコラ（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｈａｌｏｐｈｙｔｏｃｏｌａ）、マイクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）、パントエア・アリイ（Ｐａｎｔｏｅａ ａｌｌｉｉ）、またはセラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はアセトバクター・セレビシエ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はバチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はバチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はクリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はグルタミシバクター・ハロフィトコラ（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｈａｌｏｐｈｙｔｏｃｏｌａ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はマイクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はパントエア・アリイ（Ｐａｎｔｏｅａ ａｌｌｉｉ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物はセラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）を含む。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0106】
いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌はバチルス属（ｇｅｎｕｓ Ｂａｃｉｌｌｕｓ）からのものである。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌はバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）からのものである。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌は、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、およびバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌は、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、またはバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌はバチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌はバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌はバチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子形成細菌は枯草菌を含む。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0107】
いくつかの実施では、微生物は内生胞子形成である。いくつかの実施形態では、内生胞子はｇｅｎｕｓ Ｂａｃｉｌｌｕｓからのものである。いくつかの実施形態では、内生胞子はバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、内生胞子は、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、またはバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子は、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、またはバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子はバチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子はバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子はバチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）を含む。いくつかの実施形態では、内生胞子はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）を含む。
【0108】
いくつかの実施形態では、微生物のコンソーシアム（ｃｏｎｓｏｒｔｉｕｍ）は種子に組み込まれる。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、およびブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）から選択される２つ以上の微生物を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、グルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、マイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、またはセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）から選択される２つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、またはそれ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは２つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは３つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは４つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは５つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは６つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、微生物のいずれかの内生胞子を含む。
【0109】
いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ門からの細菌、および１つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、Ｂａｃｉｌｌｕｓ門からの細菌、および、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、およびブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）から選択される１つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、グルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、マイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、およびセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）から選択される２つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、微生物のいずれかの内生胞子を含む。
【0110】
いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）、グルタミシバクター・アリライテンシス（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ａｒｉｌａｉｔｅｎｓｉｓ）、グルタミシバクター・ハロフィトコラ（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｈａｌｏｐｈｙｔｏｃｏｌａ）、マイクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）、マイクロバクテリウム・ヤンニチイ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｙａｎｎｉｃｉｉ）、パントエア・アリイ（Ｐａｎｔｏｅａ ａｌｌｉｉ）、セラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、およびセラチア・ウレイリティカ（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｕｒｅｉｌｙｔｉｃａ）から選択される２つ以上の細菌の混合物を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、アセトバクター・セレビシエ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）、グルタミシバクター・ハロフィトコラ（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｈａｌｏｐｈｙｔｏｃｏｌａ）、マイクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）、パントエア・アリイ（Ｐａｎｔｏｅａ ａｌｌｉｉ）、およびセラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）から選択される２つ以上の細菌の混合物を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の細菌の混合物を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは２つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは３つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは４つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは５つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは６つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、微生物のいずれかの内生胞子を含む。
【0111】
いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｅａｅ、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、およびエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）から選択される２つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは２つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは３つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは４つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは５つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは６つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは７つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、微生物のいずれかの内生胞子を含む。
【0112】
いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｅａｅ、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、およびバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）から選択される２つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｅａｅ、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、およびバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）から選択される２つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｅａｅ、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、およびバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）から選択される２つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｅａｅ、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、およびバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）．から選択される３つの細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、およびバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）の混合物を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、およびバチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）の混合物を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、微生物のいずれかの内生胞子を含む。
【0113】
いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、およびエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）から選択される２つ以上の細菌を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）およびバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）またはバチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）およびバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）およびバチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）を含む。いくつかの実施形態では、コンソーシアムは、微生物のいずれかの内生胞子を含む。
【0114】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される微生物のいずれかの滲出物は細胞に組み込まれる。いくつかの実施形態では、滲出物は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）からのものである。いくつかの実施形態では、滲出物は、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、グルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、マイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、およびセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）からのものである。いくつかの実施形態では、滲出物は、アセトバクター・セレビシエ（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、クリセオバクテリウム・ラクティス（Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｌａｃｔｉｓ）、エンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）、グルタミシバクター・アリライテンシス（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ａｒｉｌａｉｔｅｎｓｉｓ）、グルタミシバクター・ハロフィトコラ（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｈａｌｏｐｈｙｔｏｃｏｌａ）、マイクロバクテリウム・ココラータム（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｃｈｏｃｏｌａｔｕｍ）、マイクロバクテリウム・ヤンニチイ（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｙａｎｎｉｃｉｉ）、パントエア・アリイ（Ｐａｎｔｏｅａ ａｌｌｉｉ）、セラチア・マルセセンス（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃｅｎｓ）、またはセラチア・ウレイリティカ（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｕｒｅｉｌｙｔｉｃａ）からのものである。いくつかの実施形態では、滲出物は、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、バチルスナカムライ（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｎａｋａｍｕｒａｉ）、またはバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）からのものである。いくつかの実施形態では、滲出物は、微生物のいずれかの内生胞子からのものである。
【0115】
いくつかの実施形態では、微生物は、植物と相互作用する微生物の能力に関連する１つ以上の特性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は適合性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、補食作用または拮抗作用が確実に生じないように選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、保存中の安定性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の迅速なコロニー形成および関連する組織内での生存のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、１つ以上の種子への最適な組み込みのために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の生活環全体にわたって存在し続ける。
【0116】
いくつかの実施形態では、種子に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0117】
植物と細菌を含む組成物
特定の態様では、植物と、前記植物に関連する１つ以上の微生物とを含む組成物が本明細書で開示され、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、上記微生物に由来する。いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書に記載されるように、植物または植物種子と、前記植物または植物種子に関連する１つ以上の微生物とを培養することから得られる。
特定の態様では、植物と、前記植物に関連する１つ以上の微生物とを含む組成物が本明細書で開示され、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、上記微生物に由来する。いくつかの実施形態では、組成物は、本明細書に記載されるように、植物または植物種子と、前記植物または植物種子に関連する１つ以上の微生物とを培養することから得られる。
【0118】
改変植物
一態様では、微生物または植物に組み込まれた微生物の滲出物を含む改変植物が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの好ましい実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
一態様では、微生物または植物に組み込まれた微生物の滲出物を含む改変植物が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの好ましい実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0119】
いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の内部に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮の下で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮とアリューロン細胞層との間で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚乳に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚乳に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物被膜と植物胚との間の間隙で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の果皮と植物のアリューロン細胞層との間の間隙に組み込まれる。
【0120】
改変植物は、任意の種類の植物であってもよい。いくつかの実施形態では、改変植物は単子葉植物である。いくつかの実施形態では、植物種子は、トウモロコシ、小麦、イネ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、またはモロコシの植物である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシ植物である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシ（Ｚｅａ ｍａｉｚｅ）植物である。いくつかの実施形態では、改変植物は双子葉植物である。いくつかの実施形態では、植物は、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、またはキャベツの植物である。いくつかの実施形態では、植物はレタス（ｌｅｔｔｕｃｅ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はレタス（Ｌａｃｔｕｃａ ｓａｔｉｖａ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はトマト（ｔｏｍａｔｏ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はトマト（Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）植物である。いくつかの実施形態では、植物は遺伝子組換え生物（ＧＭＯ）植物である。いくつかの実施形態では、植物は非ＧＭＯ植物である。
【0121】
植物に組み込まれる微生物または滲出物の量は、ＣＯ２を効果的に隔離するために十分なレベルのものでなければならない。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０コロニー形成単位（ＣＦＵ）～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ～約５００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、少なくとも約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、最大で約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、少なくとも約５００ＣＦＵが植物へ組み込まれる。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０００ＣＦＵが植物へ組み込まれる。
【0122】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物または滲出物は、長期間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間～約６ヶ月間、約３ヶ月間～約９ヶ月間、約３ヶ月間～約１２ヶ月間、約３ヶ月間～約１５ヶ月間、約３ヶ月間～約１８ヶ月間、約３ヶ月間～約２１ヶ月間、約３ヶ月間～約２４ヶ月間、約３ヶ月間～約３０ヶ月間、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、約６ヶ月間～約９ヶ月間、約６ヶ月間～約１２ヶ月間、約６ヶ月間～約１５ヶ月間、約６ヶ月間～約１８ヶ月間、約６ヶ月間～約２１ヶ月間、約６ヶ月間～約２４ヶ月間、約６ヶ月間～約３０ヶ月間、約６ヶ月間～約３６ヶ月間、約９ヶ月間～約１２ヶ月間、約９ヶ月間～約１５ヶ月間、約９ヶ月間～約１８ヶ月間、約９ヶ月間～約２１ヶ月間、約９ヶ月間～約２４ヶ月間、約９ヶ月間～約３０ヶ月間、約９ヶ月間～約３６ヶ月間、約１２ヶ月間～約１５ヶ月間、約１２ヶ月間～約１８ヶ月間、約１２ヶ月間～約２１ヶ月間、約１２ヶ月間～約２４ヶ月間、約１２ヶ月間～約３０ヶ月間、約１２ヶ月間～約３６ヶ月間、約１５ヶ月間～約１８ヶ月間、約１５ヶ月間～約２１ヶ月間、約１５ヶ月間～約２４ヶ月間、約１５ヶ月間～約３０ヶ月間、約１５ヶ月間～約３６ヶ月間、約１８ヶ月間～約２１ヶ月間、約１８ヶ月間～約２４ヶ月間、約１８ヶ月間～約３０ヶ月間、約１８ヶ月間～約３６ヶ月間、約２１ヶ月間～約２４ヶ月間、約２１ヶ月間～約３０ヶ月間、約２１ヶ月間～約３６ヶ月間、約２４ヶ月間～約３０ヶ月間、約２４ヶ月間～約３６ヶ月間、または約３０ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、少なくとも約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、または約３０ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、最大で約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。
【0123】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0124】
植物に組み込まれる微生物またはその滲出物は、本明細書で提供される微生物のいずれか、または任意の他の微生物であってもよい。いくつかの実施形態では、微生物は、マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）またはその内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、本明細書で提供される微生物の内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0125】
細菌を組み込む方法
一態様では、１つ以上の微生物またはその滲出物を１つ以上の植物に組み込む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記方法は、植物を消毒する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、１つ以上の微生物またはその滲出物を含む溶液と植物を接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、一定期間、植物を溶液とインキュベートする工程を含む。いくつかの実施形態では、一定期間は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に入れるのに十分なものである。いくつかの実施形態では、上記方法は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に組み込む。
一態様では、１つ以上の微生物またはその滲出物を１つ以上の植物に組み込む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記方法は、植物を消毒する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、１つ以上の微生物またはその滲出物を含む溶液と植物を接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、一定期間、植物を溶液とインキュベートする工程を含む。いくつかの実施形態では、一定期間は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に入れるのに十分なものである。いくつかの実施形態では、上記方法は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に組み込む。
【0126】
いくつかの実施形態では、上記方法は、本明細書に記載されるような塩を含む溶液に植物を接触させる工程を含む。
【0127】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような追加の添加剤を含む。
【0128】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような追加の金属イオンを含む。
【0129】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような微生物のための１つ以上の栄養素を含む。いくつかの実施形態では、溶液は細菌の増殖培地を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、溶原培地（ＬＢ）、栄養ブロス、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、溶液は溶原培地を含む。いくつかの実施形態では、溶液は栄養ブロスを含む。
【0130】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような微生物を含む。
【0131】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような植物質量あたりの所望の量の微生物を含む。
【0132】
いくつかの実施形態では、植物は、本明細書に記載されるような１つの植物あたりの所望の量の微生物を含む。いくつかの実施形態では、微生物は細菌である。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、上記方法は、内生胞子形成細菌の内生胞子形成を誘導する工程を含む。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた細菌は、内生胞子である。いくつかの実施形態では、溶液は、内生胞子形成を引き起こすために１つ以上の成分を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、カリウム、硫酸第一鉄、カルシウム、マグネシウム、マンガン、またはそれらの組み合わせを含む。
【0133】
いくつかの実施形態では、方法は、植物を殺菌する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、植物の表面を殺菌する工程を含む。殺菌された表面を有する植物を生成する任意の方法が採用されてもよい。いくつかの実施形態では、植物はブリーチ溶液で殺菌される。いくつかの実施形態では、植物は、１つ以上の微生物を含有する溶液中に植物を浸す前に殺菌される。いくつかの実施形態では、植物は殺菌された植物である。いくつかの実施形態では、植物は殺菌された表面を有する。本明細書で使用されるように、「殺菌すること」、「殺菌された」、および関連する用語（例えば、「消毒すること」など）は、殺菌されたものの上に生存している微生物が実質的にないことを示す。いくつかの実施形態では、植物は、微生物を含む溶液中で植物をインキュベートする前に、殺菌される。いくつかの実施形態では、植物は、微生物を含む溶液中で植物をインキュベートした後に、殺菌される。いくつかの実施形態では、殺菌剤が植物の表面に添加される。
【0134】
いくつかの実施形態では、殺菌または消毒された植物は、植物（例えば、植物の表面）上に生きている微生物を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、無菌のまたは殺菌された植物は、植物上に１ＣＦＵ未満、５ＣＦＵ未満、１０ＣＦＵ未満、２０ＣＦＵ未満、３０ＣＦＵ未満、４０ＣＦＵ未満、または５０ＣＦＵ未満の微生物を含む。
【0135】
いくつかの実施形態では、植物は、微生物を植物に組み込むのに十分な時間、微生物を含む溶液とインキュベートされる。
【0136】
微生物および滲出物
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は本明細書に記載されるような細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は本明細書に記載されるような細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
【0137】
いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門、および放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、プロテオバクテリア門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、放線菌門からの微生物である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0138】
大気中の窒素を固定する根圏細菌は、植物の根で見られる。これらの生物は、土壌中で生存することができ、呼吸中に植物の根から放出されるＣＯ２、または呼吸を通じて近くの微生物と土壌動物相群によって放出されるＣＯ２のいずれかである多量のＣＯ２に対する耐性を有する。
【0139】
いくつかの実施形態では、細菌は遺伝子改変されていない。いくつかの実施形態では、細菌は、ＣＯ２を重炭酸塩および最終的にはミネラルに変換するその能力について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。
【0140】
いくつかの実施形態では、様々な根圏細菌が種子に効果的に負荷される。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、生物学的窒素固定を強化する内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。
【0141】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、対応する野生型微生物と比較して、前記１つ以上の微生物がより多くの炭酸脱水酵素を生成するか、その形成を促進するように仕向ける遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して異種である。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して内因性である。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、コドン最適化されている。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、前記ＣＡコード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の構成的発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の誘導発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、直接的な微生物の進化によって改変された炭酸脱水酵素遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、シグナル配列を含む。いくつかの実施形態では、前記シグナル配列は、ペリプラズムシグナル配列または細胞外分泌シグナルを含む。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に配置される。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に融合される。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、一般的な分泌経路の１つ以上の構成要素を含み、前記遺伝子改変は、前記１つ以上の微生物による炭酸脱水酵素の分泌または細胞内標的化をもたらす。
【0142】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）またはパエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）で構成される１つ以上のプロモーターであるか、上記プロモーターに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、ＰｇｒｏＥＳ、Ｐ４３、ＰｓｉｇＸ、ＰｔｒｎＱ、およびＰｘｙｌＡから選択される。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターであるか、またはそれらに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターは、ＰｌｉａＧ、ＰｌｅｐＡ、Ｐｖｅｇ、ＰｇｓｉＢ、Ｐ４３、ＰｔｒｎＱ、Ｐｉａｌ（バシトラシン誘導性）、およびＰｘｙｌＡ（キシロース誘導性）から選択される。
【0143】
いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物への発現ベクターの導入を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物の染色体への改変を含む。
【0144】
いくつかの実施形態では、微生物は、窒素と二酸化炭素の両方を固定し得る。いくつかの実施形態では、窒素固定微生物は、生物学的窒素固定を介して固定窒素（アンモニア）を植物に提供し続け、これは、環境を汚染している化学肥料の使用を減少させることになる。大気中の窒素固定の最終生成物（アンモニア）は、アンモニアが無機化を促進するｐＨを増加させると報告されているため、ＣＯ２からミネラルへのプロセスを強化することができる。本明細書に開示される微生物からのアンモニアの生成は、外部窒素源の存在下でも他の土壌に生息する微生物よりも著しく高いため、無機化プロセスは、他の土壌に生息する微生物よりも、本明細書に開示される菌株によって迅速に行うことができる。
【0145】
いくつかの実施形態では、微生物は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、およびブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）から選択されるマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、グルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、マイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、およびセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）から選択されるマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物はアセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はアクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はＣｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．である。いくつかの実施形態では、微生物はコクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はエンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はグルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はマイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はパントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0146】
いくつかの実施形態では、微生物は、植物と相互作用する微生物の能力に関連する１つ以上の特性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は適合性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、補食作用または拮抗作用が確実に生じないように選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、保存中の安定性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の迅速なコロニー形成および関連する組織内での生存のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、１つ以上の植物への最適な組み込みのために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の生活環全体にわたって存在し続ける。
【0147】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0148】
重炭酸塩とミネラルを生成する方法
特定の態様では、重炭酸塩の形成および無機化を促進する方法が本明細書に開示され、上記方法は、（ａ）植物と、前記植物、植物の根、および／または根の根圏に関連する１つ以上の微生物とを培養する工程を含み、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
特定の態様では、重炭酸塩の形成および無機化を促進する方法が本明細書に開示され、上記方法は、（ａ）植物と、前記植物、植物の根、および／または根の根圏に関連する１つ以上の微生物とを培養する工程を含み、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
【0149】
改変植物
いくつかの実施形態では、前記植物に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物の根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、前記植物に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑によって前記植物の前記根または前記根圏に配置される。
いくつかの実施形態では、前記植物に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物の根または根圏に配置される。いくつかの実施形態では、前記植物に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑によって前記植物の前記根または前記根圏に配置される。
【0150】
いくつかの実施形態では、前記植物は苗に由来し、この苗は、前記植物による本明細書に開示される前記１つ以上のミネラルの生成を刺激するように選択された本明細書に開示される微生物で潅水される。いくつかの実施形態では、前記植物は、本明細書に記載されるように、植物種子と、前記植物種子に関連する１つ以上の微生物とを培養することから得られる。いくつかの実施形態では、種子は本明細書に記載される方法によって刺激される。
【0151】
一態様では、微生物または植物に組み込まれた微生物の滲出物を含む植物を栽培する工程を含む方法が本明細書で提供される。いくつかの好ましい実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0152】
いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、５０ｋｇ／エーカー～最大で１０００ｋｇ／エーカーの間であり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、約５０ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、約５０ｋｇ／エーカー～約１００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約２００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約３００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約５０ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約２００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約３００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約３００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約４００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約５００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約６００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約７００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー～約８００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー～約９００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカー、または約９００ｋｇ／エーカー～約１，０００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、約５０ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー、約９００ｋｇ／エーカー、または約１０００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、少なくとも約５０ｋｇ／エーカー、約１００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー、または約９００ｋｇ／エーカーであり得る。いくつかの実施形態では、生成されたミネラルの量は、最大で約１００ｋｇ／エーカー、約２００ｋｇ／エーカー、約３００ｋｇ／エーカー、約４００ｋｇ／エーカー、約５００ｋｇ／エーカー、約６００ｋｇ／エーカー、約７００ｋｇ／エーカー、約８００ｋｇ／エーカー、約９００ｋｇ／エーカー、または約１０００ｋｇ／エーカーであり得る。
【0153】
いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の内部に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮の下で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮とアリューロン細胞層との間で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚乳に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚乳に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物被膜と植物胚との間の間隙で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の果皮と植物のアリューロン細胞層との間の間隙に組み込まれる。
【0154】
改変植物は、任意の種類の植物であってもよい。いくつかの実施形態では、改変植物は単子葉植物である。いくつかの実施形態では、植物種子は、トウモロコシ、小麦、イネ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、またはモロコシの植物である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシ植物である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシ（Ｚｅａ ｍａｉｚｅ）植物である。いくつかの実施形態では、改変植物は双子葉植物である。いくつかの実施形態では、植物は、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、またはキャベツの植物である。いくつかの実施形態では、植物はレタス（ｌｅｔｔｕｃｅ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はレタス（Ｌａｃｔｕｃａ ｓａｔｉｖａ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はトマト（ｔｏｍａｔｏ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はトマト（Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）植物である。いくつかの実施形態では、植物は遺伝子組換え生物（ＧＭＯ）植物である。いくつかの実施形態では、植物は非ＧＭＯ植物である。いくつかの実施形態では、前記植物は単子葉植物または双子葉植物である。いくつかの実施形態では、前記植物は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、またはキャベツである。
【0155】
植物に組み込まれる微生物または滲出物の量は、ＣＯ２を効果的に隔離するために十分なレベルのものでなければならない。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０コロニー形成単位（ＣＦＵ）～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ～約５００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、少なくとも約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、最大で約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、少なくとも約５００ＣＦＵが植物へ組み込まれる。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０００ＣＦＵが植物へ組み込まれる。
【0156】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物または滲出物は、長期間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間～約６ヶ月間、約３ヶ月間～約９ヶ月間、約３ヶ月間～約１２ヶ月間、約３ヶ月間～約１５ヶ月間、約３ヶ月間～約１８ヶ月間、約３ヶ月間～約２１ヶ月間、約３ヶ月間～約２４ヶ月間、約３ヶ月間～約３０ヶ月間、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、約６ヶ月間～約９ヶ月間、約６ヶ月間～約１２ヶ月間、約６ヶ月間～約１５ヶ月間、約６ヶ月間～約１８ヶ月間、約６ヶ月間～約２１ヶ月間、約６ヶ月間～約２４ヶ月間、約６ヶ月間～約３０ヶ月間、約６ヶ月間～約３６ヶ月間、約９ヶ月間～約１２ヶ月間、約９ヶ月間～約１５ヶ月間、約９ヶ月間～約１８ヶ月間、約９ヶ月間～約２１ヶ月間、約９ヶ月間～約２４ヶ月間、約９ヶ月間～約３０ヶ月間、約９ヶ月間～約３６ヶ月間、約１２ヶ月間～約１５ヶ月間、約１２ヶ月間～約１８ヶ月間、約１２ヶ月間～約２１ヶ月間、約１２ヶ月間～約２４ヶ月間、約１２ヶ月間～約３０ヶ月間、約１２ヶ月間～約３６ヶ月間、約１５ヶ月間～約１８ヶ月間、約１５ヶ月間～約２１ヶ月間、約１５ヶ月間～約２４ヶ月間、約１５ヶ月間～約３０ヶ月間、約１５ヶ月間～約３６ヶ月間、約１８ヶ月間～約２１ヶ月間、約１８ヶ月間～約２４ヶ月間、約１８ヶ月間～約３０ヶ月間、約１８ヶ月間～約３６ヶ月間、約２１ヶ月間～約２４ヶ月間、約２１ヶ月間～約３０ヶ月間、約２１ヶ月間～約３６ヶ月間、約２４ヶ月間～約３０ヶ月間、約２４ヶ月間～約３６ヶ月間、または約３０ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、少なくとも約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、または約３０ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、最大で約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。
【0157】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0158】
植物に組み込まれる微生物またはその滲出物は、本明細書で提供される微生物のいずれか、または任意の他の微生物であってもよい。いくつかの実施形態では、微生物は、マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）またはその内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、本明細書で提供される微生物の内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0159】
微生物および滲出物
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進することができる。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進することができる。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
【0160】
いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門、および放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、プロテオバクテリア門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0161】
大気中の窒素を固定する根圏細菌は、植物の根で見られる。これらの生物は、土壌中で生存することができ、呼吸中に植物の根から放出されるＣＯ２、または呼吸を通じて近くの微生物と土壌動物相群によって放出されるＣＯ２のいずれかである多量のＣＯ２に対する耐性を有する。
【0162】
いくつかの実施形態では、細菌は遺伝子改変されていない。いくつかの実施形態では、細菌は、ＣＯ２を重炭酸塩および最終的にはミネラルに変換するその能力について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。いくつかの実施形態では、様々な根圏細菌が種子に効果的に負荷される。いくつかの実施形態では、前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。
【0163】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、対応する野生型微生物と比較して、前記１つ以上の微生物がより多くの炭酸脱水酵素を生成するか、その形成を促進するように仕向ける遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して異種である。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して内因性である。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、コドン最適化されている。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、前記ＣＡコード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の構成的発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の誘導発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、直接的な微生物の進化によって改変された炭酸脱水酵素遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、シグナル配列を含む。いくつかの実施形態では、前記シグナル配列は、ペリプラズムシグナル配列または細胞外分泌シグナルを含む。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に配置される。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に融合される。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、一般的な分泌経路の１つ以上の構成要素を含み、前記遺伝子改変は、前記１つ以上の微生物による炭酸脱水酵素の分泌または細胞内標的化をもたらす。
【0164】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）またはパエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）で構成される１つ以上のプロモーターであるか、上記プロモーターに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、ＰｇｒｏＥＳ、Ｐ４３、ＰｓｉｇＸ、ＰｔｒｎＱ、およびＰｘｙｌＡから選択される。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターであるか、またはそれらに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターは、ＰｌｉａＧ、ＰｌｅｐＡ、Ｐｖｅｇ、ＰｇｓｉＢ、Ｐ４３、ＰｔｒｎＱ、Ｐｉａｌ（バシトラシン誘導性）、およびＰｘｙｌＡ（キシロース誘導性）から選択される。
【0165】
いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物への発現ベクターの導入を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物の染色体への改変を含む。
【0166】
いくつかの実施形態では、微生物は、窒素と二酸化炭素の両方を固定し得る。いくつかの実施形態では、窒素固定微生物は、生物学的窒素固定を介して固定窒素（アンモニア）を植物に提供し続け、これは、環境を汚染している化学肥料の使用を減少させることになる。大気中の窒素固定の最終生成物（アンモニア）は、アンモニアが無機化を促進するｐＨを増加させると報告されているため、ＣＯ２からミネラルへのプロセスを強化することができる。本明細書に開示される微生物からのアンモニアの生成は、外部窒素源の存在下でも他の土壌に生息する微生物よりも著しく高いため、無機化プロセスは、他の土壌に生息する微生物よりも、本明細書に開示される菌株によって迅速に行うことができる。
【0167】
炭素を重炭酸塩とミネラルへ隔離または変換する方法
特定の態様では、炭素を隔離する方法が本明細書に開示され、上記方法は、ａ．植物と、前記植物に関連する１つ以上の微生物とを培養する工程を含み、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
特定の態様では、炭素を隔離する方法が本明細書に開示され、上記方法は、ａ．植物と、前記植物に関連する１つ以上の微生物とを培養する工程を含み、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
【0168】
改変植物
一態様では、炭素を隔離する方法であって、微生物または植物に組み込まれた微生物の滲出物を含む改変植物を栽培する工程を含む、方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの好ましい実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
一態様では、炭素を隔離する方法であって、微生物または植物に組み込まれた微生物の滲出物を含む改変植物を栽培する工程を含む、方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの好ましい実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0169】
いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、１エーカー当たり０．１トンのＣＯ２～最大で１エーカー当たり２．５トンのＣＯ２の間である。いくつかの実施形態では、微生物は２．５～５．３トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は５．３～７．５トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は７．５～１０トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は１０～１５トンのＣＯ２／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物は１５～２０トン／エーカーを変換する。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、約２トン／エーカー～約２０トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、約２トン／エーカー～約４トン／エーカー、約２トン／エーカー～約６トン／エーカー、約２トン／エーカー～約８トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約２トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約２トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約４トン／エーカー～約６トン／エーカー、約４トン／エーカー～約８トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約４トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約４トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約６トン／エーカー～約８トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約６トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約６トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１０トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約８トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約８トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１２トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１０トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約１４トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１２トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１４トン／エーカー～約１６トン／エーカー、約１４トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１４トン／エーカー～約２０トン／エーカー、約１６トン／エーカー～約１８トン／エーカー、約１６トン／エーカー～約２０トン／エーカー、または約１８トン／エーカー～約２０トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）によって変換されたＣＯ２の量は、約２トン／エーカー、約４トン／エーカー、約６トン／エーカー、約８トン／エーカー、約１０トン／エーカー、約１２トン／エーカー、約１４トン／エーカー、約１６トン／エーカー、約１８トン／エーカー、または約２０トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、少なくとも約２トン／エーカー、約４トン／エーカー、約６トン／エーカー、約８トン／エーカー、約１０トン／エーカー、約１２トン／エーカー、約１４トン／エーカー、約１６トン／エーカー、または約１８トン／エーカーの間である。いくつかの実施形態では、微生物によって変換されたＣＯ２の量は、最大で約４トン／エーカー、約６トン／エーカー、約８トン／エーカー、約１０トン／エーカー、約１２トン／エーカー、約１４トン／エーカー、約１６トン／エーカー、約１８トン／エーカー、または約２０トン／エーカーの間である。
【0170】
いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の内部に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮の下で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、果皮とアリューロン細胞層との間で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚乳に接触する。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の胚乳に接触しない。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物被膜と植物胚との間の間隙で植物に組み込まれる。いくつかの実施形態では、微生物または滲出物は、植物の果皮と植物のアリューロン細胞層との間の間隙に組み込まれる。
【0171】
改変植物は、任意の種類の植物であってもよい。いくつかの実施形態では、改変植物は単子葉植物である。いくつかの実施形態では、植物種子は、トウモロコシ、小麦、イネ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、またはモロコシの植物である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシ植物である。いくつかの実施形態では、植物種子はトウモロコシ（Ｚｅａ ｍａｉｚｅ）植物である。いくつかの実施形態では、改変植物は双子葉植物である。いくつかの実施形態では、植物は、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、またはキャベツの植物である。いくつかの実施形態では、植物はレタス（ｌｅｔｔｕｃｅ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はレタス（Ｌａｃｔｕｃａ ｓａｔｉｖａ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はトマト（ｔｏｍａｔｏ）植物である。いくつかの実施形態では、植物はトマト（Ｓｏｌａｎｕｍ ｌｙｃｏｐｅｒｓｉｃｕｍ）植物である。いくつかの実施形態では、植物は遺伝子組換え生物（ＧＭＯ）植物である。いくつかの実施形態では、植物は非ＧＭＯ植物である。
【0172】
植物に組み込まれる微生物または滲出物の量は、ＣＯ２を効果的に隔離するために十分なレベルのものでなければならない。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０コロニー形成単位（ＣＦＵ）～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ～約５００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約７５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約１，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約２，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約３，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約４，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵ～約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、少なくとも約２５０ＣＦＵ、約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、または約４，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物の量は、最大で約５００ＣＦＵ、約７５０ＣＦＵ、約１，０００ＣＦＵ、約２，０００ＣＦＵ、約３，０００ＣＦＵ、約４，０００ＣＦＵ、または約５，０００ＣＦＵである。いくつかの実施形態では、少なくとも約５００ＣＦＵが植物へ組み込まれる。いくつかの実施形態では、少なくとも約１０００ＣＦＵが植物へ組み込まれる。
【0173】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれる微生物または滲出物は、長期間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間～約６ヶ月間、約３ヶ月間～約９ヶ月間、約３ヶ月間～約１２ヶ月間、約３ヶ月間～約１５ヶ月間、約３ヶ月間～約１８ヶ月間、約３ヶ月間～約２１ヶ月間、約３ヶ月間～約２４ヶ月間、約３ヶ月間～約３０ヶ月間、約３ヶ月間～約３６ヶ月間、約６ヶ月間～約９ヶ月間、約６ヶ月間～約１２ヶ月間、約６ヶ月間～約１５ヶ月間、約６ヶ月間～約１８ヶ月間、約６ヶ月間～約２１ヶ月間、約６ヶ月間～約２４ヶ月間、約６ヶ月間～約３０ヶ月間、約６ヶ月間～約３６ヶ月間、約９ヶ月間～約１２ヶ月間、約９ヶ月間～約１５ヶ月間、約９ヶ月間～約１８ヶ月間、約９ヶ月間～約２１ヶ月間、約９ヶ月間～約２４ヶ月間、約９ヶ月間～約３０ヶ月間、約９ヶ月間～約３６ヶ月間、約１２ヶ月間～約１５ヶ月間、約１２ヶ月間～約１８ヶ月間、約１２ヶ月間～約２１ヶ月間、約１２ヶ月間～約２４ヶ月間、約１２ヶ月間～約３０ヶ月間、約１２ヶ月間～約３６ヶ月間、約１５ヶ月間～約１８ヶ月間、約１５ヶ月間～約２１ヶ月間、約１５ヶ月間～約２４ヶ月間、約１５ヶ月間～約３０ヶ月間、約１５ヶ月間～約３６ヶ月間、約１８ヶ月間～約２１ヶ月間、約１８ヶ月間～約２４ヶ月間、約１８ヶ月間～約３０ヶ月間、約１８ヶ月間～約３６ヶ月間、約２１ヶ月間～約２４ヶ月間、約２１ヶ月間～約３０ヶ月間、約２１ヶ月間～約３６ヶ月間、約２４ヶ月間～約３０ヶ月間、約２４ヶ月間～約３６ヶ月間、または約３０ヶ月間～約３６ヶ月間、貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、少なくとも約３ヶ月間、約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、または約３０ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。いくつかの実施形態では、改変植物は、最大で約６ヶ月間、約９ヶ月間、約１２ヶ月間、約１５ヶ月間、約１８ヶ月間、約２１ヶ月間、約２４ヶ月間、約３０ヶ月間、または約３６ヶ月間にわたって貯蔵安定性を有する。
【0174】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0175】
植物に組み込まれる微生物またはその滲出物は、本明細書で提供される微生物のいずれか、または任意の他の微生物であってもよい。いくつかの実施形態では、微生物は、マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成マイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）またはその内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、本明細書で提供される微生物の内生胞子である。いくつかの実施形態では、微生物は、内生胞子形成細菌またはその内生胞子である。
【0176】
細菌を組み込む方法
一態様では、１つ以上の微生物またはその滲出物を１つ以上の植物に組み込む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記方法は、植物を消毒する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、１つ以上の微生物またはその滲出物を含む溶液と植物を接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、一定期間、植物を溶液とインキュベートする工程を含む。いくつかの実施形態では、一定期間は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に入れるのに十分なものである。いくつかの実施形態では、上記方法は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に組み込む。
一態様では、１つ以上の微生物またはその滲出物を１つ以上の植物に組み込む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、上記方法は、植物を消毒する工程を含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、１つ以上の微生物またはその滲出物を含む溶液と植物を接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、溶液は塩をさらに含む。いくつかの実施形態では、上記方法は、一定期間、植物を溶液とインキュベートする工程を含む。いくつかの実施形態では、一定期間は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に入れるのに十分なものである。いくつかの実施形態では、上記方法は、所望の量の微生物またはその滲出物を植物に組み込む。
【0177】
いくつかの実施形態では、上記方法は、本明細書に記載されるような塩を含む溶液に植物を接触させる工程を含む。
【0178】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような追加の添加剤を含む。
【0179】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような追加の金属イオンを含む。
【0180】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような微生物のための１つ以上の栄養素を含む。いくつかの実施形態では、溶液は細菌の増殖培地を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、溶原培地（ＬＢ）、栄養ブロス、またはそれらの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、溶液は溶原培地を含む。いくつかの実施形態では、溶液は栄養ブロスを含む。
【0181】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような微生物を含む。
【0182】
いくつかの実施形態では、溶液は、本明細書に記載されるような植物質量あたりの所望の量の微生物を含む。
【0183】
いくつかの実施形態では、植物は、本明細書に記載されるような１つの植物あたりの所望の量の微生物を含む。いくつかの実施形態では、微生物は細菌である。いくつかの実施形態では、細菌は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、上記方法は、内生胞子形成細菌の内生胞子形成を誘導する工程を含む。いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた細菌は、内生胞子である。いくつかの実施形態では、溶液は、内生胞子形成を引き起こすために１つ以上の成分を含む。いくつかの実施形態では、溶液は、カリウム、硫酸第一鉄、カルシウム、マグネシウム、マンガン、またはそれらの組み合わせを含む。
【0184】
いくつかの実施形態では、方法は、植物を殺菌する工程を含む。いくつかの実施形態では、方法は、植物の表面を殺菌する工程を含む。殺菌された表面を有する植物を生成する任意の方法が採用されてもよい。いくつかの実施形態では、植物はブリーチ溶液で殺菌される。いくつかの実施形態では、植物は、１つ以上の微生物を含有する溶液中に植物を浸す前に殺菌される。いくつかの実施形態では、植物は殺菌された植物である。いくつかの実施形態では、植物は殺菌された表面を有する。本明細書で使用されるように、「殺菌すること」、「殺菌された」、および関連する用語（例えば、「消毒すること」など）は、殺菌されたものの上に生存している微生物が実質的にないことを示す。いくつかの実施形態では、植物は、微生物を含む溶液中で植物をインキュベートする前に、殺菌される。いくつかの実施形態では、植物は、微生物を含む溶液中で植物をインキュベートした後に、殺菌される。いくつかの実施形態では、殺菌剤が植物の表面に添加される。
【0185】
いくつかの実施形態では、殺菌または消毒された植物は、植物（例えば、植物の表面）上に生きている微生物を実質的に含まない。いくつかの実施形態では、無菌のまたは殺菌された植物は、植物上に１ＣＦＵ未満、５ＣＦＵ未満、１０ＣＦＵ未満、２０ＣＦＵ未満、３０ＣＦＵ未満、４０ＣＦＵ未満、または５０ＣＦＵ未満の微生物を含む。
【0186】
いくつかの実施形態では、植物は、微生物を植物に組み込むのに十分な時間、微生物を含む溶液とインキュベートされる。
【0187】
微生物および滲出物
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は本明細書に記載されるような細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は本明細書に記載されるような細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
【0188】
いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門、および放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、プロテオバクテリア門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0189】
大気中の窒素を固定する根圏細菌は、植物の根で見られる。これらの微生物は、土壌中で生存することができ、呼吸中に植物の根から放出されるＣＯ２、または呼吸を通じて近くの微生物と土壌動物相群によって放出されるＣＯ２のいずれかである多量のＣＯ２に対する耐性を有する。
【0190】
いくつかの実施形態では、細菌は遺伝子改変されていない。いくつかの実施形態では、細菌は、ＣＯ２を重炭酸塩および最終的にはミネラルに変換するその能力について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。いくつかの実施形態では、様々な根圏細菌が種子に効果的に負荷される。いくつかの実施形態では、根圏細菌は、生物学的窒素固定を強化する内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。
【0191】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、対応する野生型微生物と比較して、前記１つ以上の微生物がより多くの炭酸脱水酵素を生成するか、その形成を促進するように仕向ける遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターを含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、核酸構築物を含み、前記核酸構築物は、炭酸脱水酵素（ＣＡ）コード配列を含む。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して異種である。いくつかの実施形態では、前記ＣＡコード配列は、前記１つ以上の微生物に対して内因性である。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、コドン最適化されている。いくつかの実施形態では、前記核酸構築物は、前記ＣＡコード配列の発現を駆動するように構成された１つ以上のプロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の構成的発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、前記ＣＡコード配列の誘導発現を駆動する。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、直接的な微生物の進化によって改変された炭酸脱水酵素遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、シグナル配列を含む。いくつかの実施形態では、前記シグナル配列は、ペリプラズムシグナル配列または細胞外分泌シグナルを含む。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に配置される。いくつかの実施形態では、前記ペリプラズムシグナル配列または前記細胞外分泌シグナルは、炭酸脱水酵素コード配列の５’末端に融合される。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、一般的な分泌経路の１つ以上の構成要素を含み、前記遺伝子改変は、前記１つ以上の微生物による炭酸脱水酵素の分泌または細胞内標的化をもたらす。
【0192】
いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）またはパエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）で構成される１つ以上のプロモーターであるか、上記プロモーターに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、ＰｇｒｏＥＳ、Ｐ４３、ＰｓｉｇＸ、ＰｔｒｎＱ、およびＰｘｙｌＡから選択される。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のプロモーターは、１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターであるか、またはそれらに由来する。いくつかの実施形態では、前記１つ以上のハウスキーピング遺伝子プロモーターまたは強発現した構成的プロモーターは、ＰｌｉａＧ、ＰｌｅｐＡ、Ｐｖｅｇ、ＰｇｓｉＢ、Ｐ４３、ＰｔｒｎＱ、Ｐｉａｌ（バシトラシン誘導性）、およびＰｘｙｌＡ（キシロース誘導性）から選択される。
【0193】
いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物への発現ベクターの導入を含む。いくつかの実施形態では、前記遺伝子改変は、１つ以上の微生物の染色体への改変を含む。
【0194】
いくつかの実施形態では、微生物は、窒素と二酸化炭素の両方を固定し得る。いくつかの実施形態では、窒素固定微生物は、生物学的窒素固定を介して固定窒素（アンモニア）を植物に提供し続け、これは、環境を汚染している化学肥料の使用を減少させることになる。大気中の窒素固定の最終生成物（アンモニア）は、アンモニアが無機化を促進するｐＨを増加させると報告されているため、ＣＯ２からミネラルへのプロセスを強化することができる。本明細書に開示される微生物からのアンモニアの生成は、外部窒素源の存在下でも他の土壌に生息する微生物よりも著しく高いため、無機化プロセスは、他の土壌に生息する微生物よりも、本明細書に開示される菌株によって迅速に行うことができる。
【0195】
いくつかの実施形態では、微生物は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、およびブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）から選択されるマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、グルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、マイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、およびセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）から選択されるマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物はアセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はアクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はＣｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．である。いくつかの実施形態では、微生物はコクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はエンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はグルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はマイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はパントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0196】
いくつかの実施形態では、微生物は、植物と相互作用する微生物の能力に関連する１つ以上の特性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は適合性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、補食作用または拮抗作用が確実に生じないように選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、保存中の安定性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の迅速なコロニー形成および関連する組織内での生存のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、１つ以上の植物への最適な組み込みのために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の生活環全体にわたって存在し続ける。
【0197】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0198】
細菌を含む組成物
特定の態様では、１つ以上の微生物を含む組成物が本明細書に開示され、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
特定の態様では、１つ以上の微生物を含む組成物が本明細書に開示され、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩および１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する。
【0199】
本明細書で提供される微生物またはその滲出物は、重炭酸塩と１つ以上のミネラルを生成するか、またはその形成を促進する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はＣＯ２を隔離する。いくつかの実施形態では、重炭酸塩の形成はミネラルの形成をもたらす。いくつかの実施形態では、形成されたミネラルは土壌中に安定的に炭素を隔離する。いくつかの実施形態では、微生物は本明細書に記載されるような細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は内生胞子形成細菌である。いくつかの実施形態では、微生物は細菌の内生胞子である。本明細書で言及される微生物（例えば、細菌）が内生胞子を形成することができる場合は常に、その微生物の任意の内生胞子も包含されることが意図される。例えば、植物処理製剤がバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）を含む場合、製剤は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）の内生胞子を含む場合がある。
【0200】
いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門、プロテオバクテリア門、および放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、ファーミキューテス門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、プロテオバクテリア門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、放線菌門からのマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0201】
大気中の窒素を固定する根圏細菌は、植物の根で見られる。これらの生物は、土壌中で生存することができ、呼吸中に植物の根から放出されるＣＯ２、または呼吸を通じて近くの微生物と土壌動物相群によって放出されるＣＯ２のいずれかである多量のＣＯ２に対する耐性を有する。
【0202】
いくつかの実施形態では、細菌は遺伝子改変されていない。いくつかの実施形態では、細菌は、ＣＯ２を重炭酸塩および最終的にはミネラルに変換するその能力について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は遺伝子改変されていない。いくつかの実施形態では、細菌は、ＣＯ２を重炭酸塩およびミネラルに変換するその能力について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。いくつかの実施形態では、細菌は炭酸脱水酵素の使用について選択される。いくつかの実施形態では、様々な根圏細菌が種子に効果的に負荷される。いくつかの実施形態では、根圏細菌は内生胞子形成細菌を含む。いくつかの実施形態では、前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む。いくつかの実施形態では、前記１つ以上の微生物はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む。
【0203】
いくつかの実施形態では、微生物は、窒素と二酸化炭素の両方を固定し得る。いくつかの実施形態では、窒素固定微生物は、生物学的窒素固定を介して固定窒素（アンモニア）を植物に提供し続け、これは、環境を汚染している化学肥料の使用を減少させることになる。大気中の窒素固定の最終生成物（アンモニア）は、アンモニアが無機化を促進するｐＨを増加させると報告されているため、ＣＯ２から重炭酸塩とミネラルへのプロセスを強化することができる。本明細書に開示される微生物からのアンモニアの生成は、外部窒素源の存在下でも他の土壌に生息する微生物よりも著しく高いため、無機化プロセスは、他の土壌に生息する微生物よりも、本明細書に開示される菌株によって迅速に行うことができる。
【0204】
いくつかの実施形態では、微生物は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、およびブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）から選択されるマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物は、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、Ｃｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、グルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、マイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、およびセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）から選択されるマイクローブ（ｍｉｃｒｏｂｅ）である。いくつかの実施形態では、微生物はアセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はアクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はバチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はＣｈｒｙｓｅｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．である。いくつかの実施形態では、微生物はコクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はエンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はグルタミシバクター属（Ｇｌｕｔａｍｉｃｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はマイクロバクテリウム属（Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はパントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物はセラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）である。いくつかの実施形態では、微生物は、微生物のいずれかの内生胞子である。
【0205】
いくつかの実施形態では、微生物は、植物と相互作用する微生物の能力に関連する１つ以上の特性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は適合性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、補食作用または拮抗作用が確実に生じないように選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、保存中の安定性のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の迅速なコロニー形成および関連する組織内での生存のために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、１つ以上の植物への最適な組み込みのために選択される。いくつかの実施形態では、微生物は、植物の生活環全体にわたって存在し続ける。
【0206】
いくつかの実施形態では、植物に組み込まれた微生物は、組み込み後に安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、６ヶ月より長い間、１年より長い間、または２年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、３０日より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、６ヶ月より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、１年より長い間、安定している。いくつかの実施形態では、微生物は、２年より長い間、安定している。
【0207】
定義
「少なくとも」、「～より大きい」、または「～以上」という用語が一連の２つ以上の数値における最初の数値の前に付けられる場合は常に、「少なくとも」、「～より大きい」、または「～以上」という用語は、その一連の数値における数値の各々に適用される。例えば、１、２、または３以上は、１以上、２以上、または３以上と同等である。
「少なくとも」、「～より大きい」、または「～以上」という用語が一連の２つ以上の数値における最初の数値の前に付けられる場合は常に、「少なくとも」、「～より大きい」、または「～以上」という用語は、その一連の数値における数値の各々に適用される。例えば、１、２、または３以上は、１以上、２以上、または３以上と同等である。
【0208】
「～以下（ｎｏ ｍｏｒｅ ｔｈａｎ）」、「～未満」、または「～以下（ｌｅｓｓ ｔｈａｎ ｏｒ ｅｑｕａｌ ｔｏ）」という用語が一連の２つ以上の数値における最初の数値の前に付けられる場合は常に、「～以下（ｎｏ ｍｏｒｅ ｔｈａｎ）」、「～未満」、または「～以下（ｌｅｓｓ ｔｈａｎ ｏｒ ｅｑｕａｌ ｔｏ）」という用語は、その一連の数値における数値の各々に適用される。例えば、３、２、または１以下は、３以下、２以下、または１以下と同等である。
【0209】
絶対的または連続的な用語、例えば、「～するであろう（ｗｉｌｌ）」、「しないであろう（ｗｉｌｌ ｎｏｔ）」、「～するものとする（ｓｈａｌｌ）」、「～しないものとする（ｓｈａｌｌ ｎｏｔ）」、「～しなければならない（ｍｕｓｔ）」、「～してはならない（ｍｕｓｔ ｎｏｔ）」、「最初に（ｆｉｒｓｔ）」、「当初（ｉｎｉｔｉａｌｌｙ）」、「次に（ｎｅｘｔ）」、「その後（ｓｅｑｕｅｎｔｌｙ）」、「～の前（ｂｅｆｏｒｅ）」、「～の後（ａｆｔｅｒ）」、「最後に（ｌａｓｔｌｙ）」、および「最終的な（ｆｉｎａｌ）」の使用は、本明細書に開示された本実施形態の範囲を限定するものではなく、例示として意図されている。
【0210】
本明細書で使用されるように、単数形「ａ」、「ａｎ」、および「ｔｈｅ」は、文脈が他に明白に示していない限り、複数形を同様に含むことが意図されている。さらに、「含むこと（ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ）」、「含む（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」「有すること（ｈａｖｉｎｇ）」、「有する（ｈａｓ）」、「とともに（ｗｉｔｈ）」という用語またはその変形が、詳細な記載および／または請求項のいずれかで使用される程度まで、そのような用語は、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」に類似した方法で含まれるように意図されている。
【0211】
「灌漑システム」という用語は、本明細書に記載されるように、作物の生産を支援するためだけでなく、植物を育てるために、制御された量の水を適用する人工的なプロセスであってもよく、ここでは「散水」として知られることもある。いくつかの実施形態では、「灌漑システム」という用語は、葉への噴霧、畝間肥料処理、スプリンクラーシステム、加湿器、またはミスト噴霧システム（ｍｉｓｔｉｎｇ ｓｙｓｔｅｍ）を含み得る。
【0212】
本明細書で使用される場合、「少なくとも１つ」、「１つ以上」、および、「および／または」という表現は、作動時に接続的および離接的の両方であるオープンエンドな表現である。例えば、「Ａ、Ｂ、およびＣの少なくとも１つ」、「Ａ、Ｂ、またはＣの少なくとも１つ」、「Ａ、Ｂ、およびＣの１つ以上」、「Ａ、Ｂ、またはＣの１つ以上」、および「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」という表現のそれぞれは、Ａ単独、Ｂ単独、Ｃ単独、ＡとＢを一緒に、ＡとＣを一緒に、ＢとＣを一緒に、またはＡ、Ｂ、およびＣを一緒にということを意味する。
【0213】
本明細書で使用される場合、「または」は、「および」、「または」、または「および／または」を指し、排他的かつ包含的に使用されてもよい。例えば、「ＡまたはＢ」という用語は、「ＡまたはＢ」、「ＡだがＢではない」、「ＢだがＡではない」、および「ＡおよびＢ」を指すことがある。場合によっては、文脈が特定の意味を指示することがある。
【0214】
本明細書に記載される任意のシステム、方法、ソフトウェア、およびプラットフォームは、モジュール式である。したがって、「第１の」および「第２の」などの用語は、必ずしも優先順位、重要性の順序、または行為の順序を意味するものではない。
【0215】
数または数値範囲に言及する際の「約（ａｂｏｕｔ）」という用語は、言及される数または数値範囲が実験の変動性内の（または統計的な実験誤差内の）概算であること、数または数値範囲が明示された数または数値範囲の例えば、１％～１５％で変動し得ることを意味している。実施例では、「約」という用語は、明示された数または値の±１０％を指す。
【0216】
「増加した（ｉｎｃｒｅａｓｅｄ）」、「増加している（ｉｎｃｒｅａｓｉｎｇ）」、または「増加（ｉｎｃｒｅａｓｅ）」という用語は一般的に、統計的に有意な量の増加を意味するために本明細書で使用される。いくつかの態様では、「増加した」または「増加」という用語は、基準レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、基準レベル、標準、または対照と比較して、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、または少なくとも約３０％、または少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％、または最大で１００％の増加、あるいは１０～１００％の間の任意の増加を意味する。「増加」の他の例としては、基準レベルと比較して、少なくとも２倍、少なくとも５倍、少なくとも１０倍、少なくとも２０倍、少なくとも５０倍、少なくとも１００倍、少なくとも１０００倍、またはそれ以上の増加が挙げられる。
【0217】
「減少した（ｄｅｃｒｅａｓｅｄ）」、「減少している（ｄｅｃｒｅａｓｉｎｇ）」、または「減少（ｄｅｃｒｅａｓｅ）」は一般的に、統計的に有意な量の減少を意味するように本明細書では使用される。いくつかの態様では、「減少した」または「減少」は、基準レベルと比較して少なくとも１０％の減少、例えば、基準レベルと比較して、少なくとも約２０％、または少なくとも約３０％、または少なくとも約４０％、または少なくとも約５０％、または少なくとも約６０％、または少なくとも約７０％、または少なくとも約８０％、または少なくとも約９０％、または最大で１００％の減少（基準レベルと比較して不在レベルまたは検出不可能レベル）、あるいは１０～１００％の間の任意の減少を意味する。マーカーや症状の文脈では、これらの用語は、そのようなレベルの統計的に有意な減少を意味する。減少は、例えば、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％またはそれ以上であり得、所定の疾患のない個体の正常範囲内であると認められるレベルまで減らされることが好ましい。
【0218】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中で示され、記載されてきたが、このような実施形態はほんの一例として提供されているに過ぎないことが当業者に明らかであろう。本発明が明細書内で提供される特定の例によって制限されることは意図されていない。本発明は前述の明細書に関して記載されているが、本明細書中の実施形態の記載および例示は、限定的な意味で解釈されることを意味するものではない。当業者であれば、多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく思いつくだろう。さらに、本発明のすべての態様は、様々な条件および変数に依存する、本明細書で説明された特定の描写、構成、または相対的な比率に限定されないことが理解されよう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替案が、本発明の実施に際して利用され得ることを理解されたい。それゆえ、本発明は、任意のそのような代替物、修正物、変形物、または同等物にも及ぶものと企図される。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この請求項とその均等物の範囲内の方法、および構造体がそれによって包含されるものであるということが意図されている。
【0219】
番号付けされた実施形態
１．１つ以上の微生物を含む組成物であって、前記１つ以上の微生物は、植物またはその一部の被膜と細胞層との間の間隙に位置しており、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された１つ以上の微生物であるか、または上記１つ以上の微生物に由来する、組成物。
２．前記植物または前記その一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、実施形態１のいずれか１つに記載の組成物。
３．前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、実施形態１～２のいずれか１つに記載の組成物。
４．前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である、実施形態１～３のいずれか１つに記載の組成物。
５．前記その一部は植物種子であり、前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、実施形態１～４のいずれか１つに記載の組成物。
６．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物または前記その一部の被膜として配置される、実施形態１～５のいずれか１つに記載の組成物。
７．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑－システムを通じて前記植物種子に適用される、実施形態１～６のいずれか１つに記載の組成物。
８．前記潅漑システムは畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む、実施形態１～７のいずれか１つに記載の組成物。
９．前記潅漑システムは噴霧手法を含む、実施形態１～８のいずれか１つに記載の組成物。
１０．前記重炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１～９のいずれか１つに記載の組成物。
１１．炭素はガス状炭素である、実施形態１～１０のいずれか１つに記載の組成物。
１２．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１～１１のいずれか１つに記載の組成物。
１３．前記炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１～１２のいずれか１つに記載の組成物。
１４．炭素はガス状炭素である、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。
１５．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１～１４のいずれか１つに記載の組成物。
１６．前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、実施形態１～１５のいずれか１つに記載の組成物。
１７．炭素はガス状炭素である、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の組成物。
１８．ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１～１７のいずれか１つに記載の組成物。
１９．前記その一部は植物種子であり、前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、実施形態１～１８のいずれか１つに記載の組成物。
２０．前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む、実施形態１～１９のいずれか１つに記載の組成物。
２１．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素アルファクラスを含む、実施形態１～２０のいずれか１つに記載の組成物。
２２．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ベータクラスを含む、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の組成物。
２３．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ガンマクラスを含む、実施形態１～２２のいずれか１つに記載の組成物。
２４．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素デルタクラスを含む、実施形態１～２３のいずれか１つに記載の組成物。
２５．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ゼータクラスを含む、実施形態１～２４のいずれか１つに記載の組成物。
２６．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イータクラスを含む、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の組成物。
２７．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イオタクラスを含む、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の組成物。
２８．前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の組成物。
２９．前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の組成物。
３０．前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の組成物。
３１．前記細菌は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはそれらの組み合わせからの細菌を含む、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の組成物。
３２．前記細菌はファーミキューテス門に属する細菌を含む、実施形態１～３１のいずれか１つに記載の組成物。
３３．前記細菌は根圏細菌を含む、実施形態１～３２のいずれか１つに記載の組成物。
３４．前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、実施形態１～３３のいずれか１つに記載の組成物。
３５．前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の組成物。
３６．前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物。
３７．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の組成物。
３８．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、実施形態１～３７のいずれか１つに記載の組成物。
３９．前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、実施形態１～３８のいずれか１つに記載の組成物。
４０．前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～３９のいずれか１つに記載の組成物。
４１．前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～４０のいずれか１つに記載の組成物。
４２．前記細菌は非内生胞子形成細菌を含む、実施形態１～４１のいずれか１つに記載の組成物。
４３．前記細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の組成物。
４４．前記細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～４３のいずれか１つに記載の組成物。
４５．前記細菌は放線菌門に属する細菌を含む、実施形態１～４４のいずれか１つに記載の組成物。
４６．前記細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む、実施形態１～４５のいずれか１つに記載の組成物。
４７．前記細菌はシアノバクテリア門に属する細菌を含む、実施形態１～４６のいずれか１つに記載の組成物。
４８．前記細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む、実施形態１～４７のいずれか１つに記載の組成物。
４９．前記細菌はクロロフレクサス門に属する細菌を含む、実施形態１～４８のいずれか１つに記載の組成物。
５０．前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、実施形態１～４９のいずれか１つに記載の組成物。
５１．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、実施形態１～５０のいずれか１つに記載の組成物。
５２．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の被膜として配置される、実施形態１～５１のいずれか１つに記載の組成物。
５３．植物またはその一部に関連する前記１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって前記植物または前記その一部に適用される、実施形態１～５２のいずれか１つに記載の組成物。
５４．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、噴霧手法によって前記植物または前記その一部に適用される、実施形態１～５３のいずれか１つに記載の組成物。
５５．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムを介して前記植物または前記その一部に適用される、実施形態１～５４のいずれか１つに記載の組成物。
５６．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、実施形態１～５５のいずれか１つに記載の組成物。
５７．前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の組成物。
５８．１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、実施形態１～５７のいずれか１つに記載の組成物。
５９．１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の組成物。
６０．１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、実施形態１～５９のいずれか１つに記載の組成物。
６１．前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～６０のいずれか１つに記載の組成物。
６２．前記１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の組成物。
６３．前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物または前記その一部に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む、実施形態１～６２のいずれか１つに記載の組成物。
６４．前記その一部は植物種子であり、前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部の前記種子果皮と前記種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない、実施形態１～６３のいずれか１つに記載の組成物。
６５．前記植物または前記その一部は単子葉植物または双子葉植物である、実施形態１～６４のいずれか１つに記載の組成物。
６６．無機化を促進する方法であって、上記方法は、ａ．植物またはその一部と、前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の微生物とを培養する工程を含み、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する、方法。
６７．前記植物または前記その一部は、商業植物、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、実施形態６６のいずれか１つに記載の方法。
６８．前記植物またはその一部に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物またはその一部の前記植物根または根圏に配置される、実施形態６６～６７のいずれか１つに記載の方法。
６９．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、実施形態６６～６８のいずれか１つに記載の方法。
７０．前記潅漑システムは畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む、実施形態６６～６９のいずれか１つに記載の方法。
７１．前記潅漑システムは噴霧手法を含む、実施形態６６～７０のいずれか１つに記載の方法。
７２．前記植物またはその一部は、前記植物またはその一部によって前記１つ以上のミネラルの生成を刺激するために、前記潅漑システムを介して前記微生物と一体化される苗に由来する、実施形態６６～７１のいずれか１つに記載の方法。
７３．前記重炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態６６～７２のいずれか１つに記載の方法。
７４．炭素はガス状炭素である、実施形態６６～７３のいずれか１つに記載の方法。
７５．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態６６～７４のいずれか１つに記載の方法。
７６．前記炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態６６～７５のいずれか１つに記載の方法。
７７．炭素はガス状炭素である、実施形態６６～７６のいずれか１つに記載の方法。
７８．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態６６～７７のいずれか１つに記載の方法。
７９．前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、実施形態６６～７８のいずれか１つに記載の方法。
８０．炭素はガス状炭素である、実施形態６６～７９のいずれか１つに記載の方法。
８１．ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態６６～８０のいずれか１つに記載の方法。
８２．前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、実施形態６６～８１のいずれか１つに記載の方法。
８３．前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、実施形態６６～８２のいずれか１つに記載の方法。
８４．前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、実施形態６６～８３のいずれか１つに記載の方法。
８５．細菌は根圏細菌を含む、実施形態６６～８４のいずれか１つに記載の方法。
８６．前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、実施形態６６～８５のいずれか１つに記載の方法。
８７．前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６６～８６のいずれか１つに記載の方法。
８８．前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６６～８７のいずれか１つに記載の方法。
８９．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、実施形態６６～８８のいずれか１つに記載の方法。
９０．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、実施形態６６～８９のいずれか１つに記載の方法。
９１．前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、実施形態６６～９０のいずれか１つに記載の方法。
９２．前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、実施形態６６～９１のいずれか１つに記載の方法。
９３．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、実施形態６６～９２のいずれか１つに記載の方法。
９４．前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、実施形態６６～９３のいずれか１つに記載の方法。
９５．１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、実施形態６６～９４のいずれか１つに記載の方法。
９６．１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、実施形態６６～９５のいずれか１つに記載の方法。
９７．１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、実施形態６６～９６のいずれか１つに記載の方法。
９８．前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～９７のいずれか１つに記載の方法。
９９．前記１つ以上の微生物は、アルファクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～９８のいずれか１つに記載の方法。
１００．前記１つ以上の微生物は、ベータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～９９のいずれか１つに記載の方法。
１０１．前記１つ以上の微生物は、ガンマクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１００のいずれか１つに記載の方法。
１０２．前記１つ以上の微生物は、デルタクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０１のいずれか１つに記載の方法。
１０３．前記１つ以上の微生物は、ゼータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０２のいずれか１つに記載の方法。
１０４．前記１つ以上の微生物は、イータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０３のいずれか１つに記載の方法。
１０５．前記１つ以上の微生物は、イオタクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０４のいずれか１つに記載の方法。
１０６．前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６６～１０５のいずれか１つに記載の方法。
１０７．前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物または前記その一部が成長する培地のｐＨの増加とを含む、実施形態６６～１０６のいずれか１つに記載の方法。
１０８．前記１つ以上の微生物は前記１つ以上の根には天然に存在しない、実施形態６６～１０７のいずれか１つに記載の方法。
１０９．前記植物または前記その一部は単子葉植物または双子葉植物である、実施形態６６～１０８のいずれか１つに記載の方法。
１１０．前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、実施形態６６～１０９のいずれか１つに記載の方法。
１１１．前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草から本質的になる群で構成される、実施形態６６～１１０のいずれか１つに記載の方法。
１１２．１つ以上の微生物を含む組成物であって、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する、組成物。
１１３．前記植物または前記その一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、実施形態１１２のいずれか１つに記載の組成物。
１１４．前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、実施形態１１２～１１３のいずれか１つに記載の組成物。
１１５．前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である、実施形態１１２～１１４のいずれか１つに記載の組成物。
１１６．前記重炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１１２～１１５のいずれか１つに記載の組成物。
１１７．炭素はガス状炭素である、実施形態１１２～１１６のいずれか１つに記載の組成物。
１１８．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１１２～１１７のいずれか１つに記載の組成物。
１１９．前記炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１１２～１１８のいずれか１つに記載の組成物。
１２０．炭素はガス状炭素である、実施形態１１２～１１９のいずれか１つに記載の組成物。
１２１．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１１２～１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１２２．前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、実施形態１１２～１２１のいずれか１つに記載の組成物。
１２３．炭素はガス状炭素である、実施形態１１２～１２２のいずれか１つに記載の組成物。
１２４．ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１１２～１２３のいずれか１つに記載の組成物。
１２５．前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、実施形態１１２～１２４のいずれか１つに記載の組成物。
１２６．前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、実施形態１１２～１２５のいずれか１つに記載の組成物。
１２７．前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、実施形態１１２～１２６のいずれか１つに記載の組成物。
１２８．前記細菌は根圏細菌を含む、実施形態１１２～１２７のいずれか１つに記載の組成物。
１２９．前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、実施形態１１２～１２８のいずれか１つに記載の組成物。
１３０．前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１１２～１２９のいずれか１つに記載の組成物。
１３１．前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１１２～１３０のいずれか１つに記載の組成物。
１３２．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、実施形態１１２～１３１のいずれか１つに記載の組成物。
１３３．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、実施形態１１２～１３２のいずれか１つに記載の組成物。
１３４．前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、実施形態１１２～１３３のいずれか１つに記載の組成物。
１３５．前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、実施形態１１２～１３４のいずれか１つに記載の組成物。
１３６．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、実施形態１１２～１３５のいずれか１つに記載の組成物。
１３７．前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、実施形態１１２～１３６のいずれか１つに記載の組成物。
１３８．１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、実施形態１１２～１３７のいずれか１つに記載の組成物。
１３９．１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、実施形態１１２～１３８のいずれか１つに記載の組成物。
１４０．１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、実施形態１１２～１３９のいずれか１つに記載の組成物。
１４１．前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１１２～１４０のいずれか１つに記載の組成物。
１４２．前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物または前記その一部が成長する培地のｐＨの増加とを含む、実施形態１１２～１４１のいずれか１つに記載の組成物。
１４３．前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む、実施形態１１２～１４２のいずれか１つに記載の組成物。
１４４．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素αクラスを含む、実施形態１１２～１４３のいずれか１つに記載の組成物。
１４５．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ベータクラスを含む、実施形態１１２～１４４のいずれか１つに記載の組成物。
１４６．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ガンマクラスを含む、実施形態１１２～１４５のいずれか１つに記載の組成物。
１４７．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素デルタクラスを含む、実施形態１１２～１４６のいずれか１つに記載の組成物。
１４８．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ゼータクラスを含む、実施形態１１２～１４７のいずれか１つに記載の組成物。
１４９．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イータクラスを含む、実施形態１１２～１４８のいずれか１つに記載の組成物。
１５０．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イオタクラスを含む、実施形態１１２～１４９のいずれか１つに記載の組成物。
１．１つ以上の微生物を含む組成物であって、前記１つ以上の微生物は、植物またはその一部の被膜と細胞層との間の間隙に位置しており、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された１つ以上の微生物であるか、または上記１つ以上の微生物に由来する、組成物。
２．前記植物または前記その一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、実施形態１のいずれか１つに記載の組成物。
３．前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、実施形態１～２のいずれか１つに記載の組成物。
４．前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である、実施形態１～３のいずれか１つに記載の組成物。
５．前記その一部は植物種子であり、前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、実施形態１～４のいずれか１つに記載の組成物。
６．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物または前記その一部の被膜として配置される、実施形態１～５のいずれか１つに記載の組成物。
７．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑－システムを通じて前記植物種子に適用される、実施形態１～６のいずれか１つに記載の組成物。
８．前記潅漑システムは畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む、実施形態１～７のいずれか１つに記載の組成物。
９．前記潅漑システムは噴霧手法を含む、実施形態１～８のいずれか１つに記載の組成物。
１０．前記重炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１～９のいずれか１つに記載の組成物。
１１．炭素はガス状炭素である、実施形態１～１０のいずれか１つに記載の組成物。
１２．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１～１１のいずれか１つに記載の組成物。
１３．前記炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１～１２のいずれか１つに記載の組成物。
１４．炭素はガス状炭素である、実施形態１～１３のいずれか１つに記載の組成物。
１５．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１～１４のいずれか１つに記載の組成物。
１６．前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、実施形態１～１５のいずれか１つに記載の組成物。
１７．炭素はガス状炭素である、実施形態１～１６のいずれか１つに記載の組成物。
１８．ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１～１７のいずれか１つに記載の組成物。
１９．前記その一部は植物種子であり、前記植物種子に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物種子の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、実施形態１～１８のいずれか１つに記載の組成物。
２０．前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む、実施形態１～１９のいずれか１つに記載の組成物。
２１．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素アルファクラスを含む、実施形態１～２０のいずれか１つに記載の組成物。
２２．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ベータクラスを含む、実施形態１～２１のいずれか１つに記載の組成物。
２３．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ガンマクラスを含む、実施形態１～２２のいずれか１つに記載の組成物。
２４．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素デルタクラスを含む、実施形態１～２３のいずれか１つに記載の組成物。
２５．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ゼータクラスを含む、実施形態１～２４のいずれか１つに記載の組成物。
２６．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イータクラスを含む、実施形態１～２５のいずれか１つに記載の組成物。
２７．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イオタクラスを含む、実施形態１～２６のいずれか１つに記載の組成物。
２８．前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、実施形態１～２７のいずれか１つに記載の組成物。
２９．前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、実施形態１～２８のいずれか１つに記載の組成物。
３０．前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、実施形態１～２９のいずれか１つに記載の組成物。
３１．前記細菌は、アセトネマ属（Ａｃｅｔｏｎｅｍａ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、アルカリバチルス属（Ａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アンモニフィラス属（Ａｍｍｏｎｉｐｈｉｌｕｓ ｓｐ．）、アンフィバチルス属（Ａｍｐｈｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アナエロバクター属（Ａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アネロスポラ属（Ａｎａｅｒｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、アヌリニバチルス属（Ａｎｅｕｒｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、アノキシバチルス属（Ａｎｏｘｙｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブレビバチルス属（Ｂｒｅｖｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、カルダネロバクター属（Ｃａｌｄａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、カロラマター属（Ｃａｌｏｒａｍａｔｏｒ ｓｐ．）、カミニセラ属（Ｃａｍｉｎｉｃｅｌｌａ ｓｐ．）、セラシバチルス属（Ｃｅｒａｓｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、クロストリジウム属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｐ．）、クロストリジイサリバクター属（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｉｓａｌｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、コーネラ属（Ｃｏｈｎｅｌｌａ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、デンドロスポロバクター属（Ｄｅｎｄｒｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、デスルフォトマキュラム属（Ｄｅｓｕｌｆｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、デスルフォスポロムーサ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、デスルフォスポロシヌス属（Ｄｅｓｕｌｆｏｓｐｏｒｏｓｉｎｕｓ ｓｐ．）、デスルフォビルグラ属（Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｒｇｕｌａ ｓｐ．）、デスルフニスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、デスルフリスポラ属（Ｄｅｓｕｌｆｕｒｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、フィリファクター属（Ｆｉｌｉｆａｃｔｏｒ ｓｐ．）、フィロバチルス属（Ｆｉｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲルリア属（Ｇｅｌｒｉａ ｓｐ．）、ゲオバチルス属（Ｇｅｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ゲオスポロバクター属（Ｇｅｏｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．），グラシリバチルス属（Ｇｒａｃｉｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロバチルス属（Ｈａｌｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ハロナトロナム属（Ｈａｌｏｎａｔｒｏｎｕｍ ｓｐ．）、ヘリオバクテリウム属（Ｈｅｌｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、ヘリオフィラム属（Ｈｅｌｉｏｐｈｉｌｕｍ ｓｐ．）、ラセイエラ属（Ｌａｃｅｙｅｌｌａ ｓｐ．）、レンチバチルス属（Ｌｅｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、リシニバチルス属（Ｌｙｓｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、マヘラ属（Ｍａｈｅｌａ ｓｐ．）、メタバクテリウム属（Ｍｅｔａｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、モーレラ属（Ｍｏｏｒｅｌｌａ ｓｐ．）、ナトロニエラ属（Ｎａｔｒｏｎｉｅｌｌａ ｓｐ．）、オセアノバチルス属（Ｏｃｅａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オレニア属（Ｏｒｅｎｉａ ｓｐ．）、オルニチニバチルス属（Ｏｒｎｉｔｈｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、オキサロファガス属（Ｏｘａｌｏｐｈａｇｕｓ ｓｐ．）、オキソバクター属（Ｏｘｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、パラリオバチルス属（Ｐａｒａｌｉｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ペロスポラ属（Ｐｅｌｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、ペロトマクルム属（Ｐｅｌｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、ピシバチルス属（Ｐｉｓｃｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プラニフィラム属（Ｐｌａｎｉｆｉｌｕｍ ｓｐ．）、ポンチバチルス属（Ｐｏｎｔｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、プロピオニスポラ属（Ｐｒｏｐｉｏｎｉｓｐｏｒａ ｓｐ．）、サリニバチルス属（Ｓａｌｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サルスギニバチルス属（Ｓａｌｓｕｇｉｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、セイノネラ属（Ｓｅｉｎｏｎｅｌｌａ ｓｐ．）、シマズエラ属（Ｓｈｉｍａｚｕｅｌｌａ ｓｐ．）、スポラセチゲニウム属（Ｓｐｏｒａｃｅｔｉｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、スポロアナエロバクター属（Ｓｐｏｒｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクター属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロバクテリウム属（Ｓｐｏｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、スポロハロバクター属（Ｓｐｏｒｏｈａｌｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、スポロラクトバチルス属（Ｓｐｏｒｏｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、スポロミュサ属（Ｓｐｏｒｏｍｕｓａ ｓｐ．）、スポロサルシナ属（Ｓｐｏｒｏｓａｒｃｉｎａ ｓｐ．）、スポロタレア属（Ｓｐｏｒｏｔａｌｅａ ｓｐ．）、スポロトマクルム属（Ｓｐｏｒｏｔｏｍａｃｕｌｕｍ ｓｐ．）、シントロフォモナス属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、シントロフォスポラ属（Ｓｙｎｔｒｏｐｈｏｓｐｏｒａ ｓｐ．）、テヌイバチルス属（Ｔｅｎｕｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、テピディバクター属（Ｔｅｐｉｄｉｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、テリバチルス属（Ｔｅｒｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、タラソバチルス属（Ｔｈａｌａｓｓｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアセトゲニウム属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｅｔｏｇｅｎｉｕｍ ｓｐ．）、サーモアクチノミセス属（Ｔｈｅｒｍｏａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、サーモアルカリバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏａｌｋａｌｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモアナエロバクター属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、サーモアナエロモナス属（Ｔｈｅｒｍｏａｎａｅｒｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、サーモバチルス属（Ｔｈｅｒｍｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、サーモフラビミクロビウム属（Ｔｈｅｒｍｏｆｌａｖｉｍｉｃｒｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、サーモベナビュラム属（Ｔｈｅｒｍｏｖｅｎａｂｕｌｕｍ ｓｐ．）、テュベリバシラス属（Ｔｕｂｅｒｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ビルジバチルス（Ｖｉｒｇｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、ブルカノバチルス属（Ｖｕｌｃａｎｏｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ．）、またはそれらの組み合わせからの細菌を含む、実施形態１～３０のいずれか１つに記載の組成物。
３２．前記細菌はファーミキューテス門に属する細菌を含む、実施形態１～３１のいずれか１つに記載の組成物。
３３．前記細菌は根圏細菌を含む、実施形態１～３２のいずれか１つに記載の組成物。
３４．前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、実施形態１～３３のいずれか１つに記載の組成物。
３５．前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～３４のいずれか１つに記載の組成物。
３６．前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～３５のいずれか１つに記載の組成物。
３７．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、実施形態１～３６のいずれか１つに記載の組成物。
３８．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、実施形態１～３７のいずれか１つに記載の組成物。
３９．前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、実施形態１～３８のいずれか１つに記載の組成物。
４０．前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ）、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ）、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ）、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ）、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ）、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ）、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ）、パエニバチルス・ブラシリエンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｂｒａｓｉｌｉｅｎｓｉｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～３９のいずれか１つに記載の組成物。
４１．前記細菌はパエニバチルスポリミクサ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｌｙｍｙｘａ） ＲＯ３Ｃ１６、パエニバチルス・タオフアシャネンス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｔａｏｈｕａｓｈａｎｅｎｓｅ） ＴＹ４Ｄ５、パエニバチルス・ポチョネンシス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐｏｃｈｅｏｎｅｎｓｉｓ） Ｓ２Ｃ３、パエニバチルス・アセリス（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ａｃｅｒｉｓ） ＶＦ２Ｄ２、パエニバチルス・カタルパ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｃａｔａｌｐａ） ＴＹ２Ｂ５、パエニバチルス・リグイ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｒｉｇｕｉ） ＴＹ２Ｄ５、パエニバチルス・パブリ（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｐａｂｕｌｉ） ＰＧ２Ａ８、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～４０のいずれか１つに記載の組成物。
４２．前記細菌は非内生胞子形成細菌を含む、実施形態１～４１のいずれか１つに記載の組成物。
４３．前記細菌はプロテオバクテリア門に属する細菌を含む、実施形態１～４２のいずれか１つに記載の組成物。
４４．前記細菌は、クレブシエラ属（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｓｐ．）、リゾビウム属（Ｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、ブラディリゾビウム属（Ｂｒａｄｙｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、オクロバクトラム属（Ｏｃｈｒｏｂａｃｔｒｕｍ ｓｐ．）、シノリゾビウム属（Ｓｉｎｏｒｈｉｚｏｂｉｕｍ ｓｐ．）、キサントバクター属（Ｘａｎｔｈｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、メチロバクテリウム属（Ｍｅｔｈｙｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｓｐ．）、アクチノミセス属（Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コサコニア属（Ｋｏｓａｋｏｎｉａ ｓｐ．）、アゾトバクター属（Ａｚｏｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、アセトバクター属（Ａｃｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、ハーバスピリラム属（Ｈｅｒｂａｓｐｉｒｉｌｌｕｍ ｓｐ．）、シュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ｓｐ．）、パラバークホルデリア属（Ｐａｒａｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ ｓｐ．）、ラルストニア属（Ｒａｌｓｔｏｎｉａ ｓｐ．）、ゲオバクター属（Ｇｅｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、セラチア属（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｓｐ．）、パントエア属（Ｐａｎｔｏｅａ ｓｐ．）、エンシファー属（Ｅｎｓｉｆｅｒ ｓｐ．）、エンテロバクター属（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐ．）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～４３のいずれか１つに記載の組成物。
４５．前記細菌は放線菌門に属する細菌を含む、実施形態１～４４のいずれか１つに記載の組成物。
４６．前記細菌はストレプトマイセス属（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ ｓｐ．）、コクシエラ属（Ｃｏｘｉｅｌｌａ ｓｐ．）、フランキア属（Ｆｒａｎｋｉａ ｓｐ）を含む、実施形態１～４５のいずれか１つに記載の組成物。
４７．前記細菌はシアノバクテリア門に属する細菌を含む、実施形態１～４６のいずれか１つに記載の組成物。
４８．前記細菌はシアノバクテリア属（Ｃｙａｎｏｂａｃｔｅｒｉａ ｓｐ）を含む、実施形態１～４７のいずれか１つに記載の組成物。
４９．前記細菌はクロロフレクサス門に属する細菌を含む、実施形態１～４８のいずれか１つに記載の組成物。
５０．前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、実施形態１～４９のいずれか１つに記載の組成物。
５１．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の種皮と種子胚との間の間隙に配置される、実施形態１～５０のいずれか１つに記載の組成物。
５２．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の被膜として配置される、実施形態１～５１のいずれか１つに記載の組成物。
５３．植物またはその一部に関連する前記１つ以上の真菌は、畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術によって前記植物または前記その一部に適用される、実施形態１～５２のいずれか１つに記載の組成物。
５４．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、噴霧手法によって前記植物または前記その一部に適用される、実施形態１～５３のいずれか１つに記載の組成物。
５５．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムを介して前記植物または前記その一部に適用される、実施形態１～５４のいずれか１つに記載の組成物。
５６．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記植物または前記その一部の種子果皮と種子アリューロン細胞層との間の間隙に配置される、実施形態１～５５のいずれか１つに記載の組成物。
５７．前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、実施形態１～５６のいずれか１つに記載の組成物。
５８．１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、実施形態１～５７のいずれか１つに記載の組成物。
５９．１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、実施形態１～５８のいずれか１つに記載の組成物。
６０．１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、実施形態１～５９のいずれか１つに記載の組成物。
６１．前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～６０のいずれか１つに記載の組成物。
６２．前記１つ以上のミネラルはＣａＣＯ３、ＭｇＣＯ３、ＣａＭｇ（ＣＯ３）２、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１～６１のいずれか１つに記載の組成物。
６３．前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物または前記その一部に由来するある植物が成長する培地のｐＨの増加とを含む、実施形態１～６２のいずれか１つに記載の組成物。
６４．前記その一部は植物種子であり、前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部の前記種子果皮と前記種子アリューロン細胞層との間の間隙には天然に存在しない、実施形態１～６３のいずれか１つに記載の組成物。
６５．前記植物または前記その一部は単子葉植物または双子葉植物である、実施形態１～６４のいずれか１つに記載の組成物。
６６．無機化を促進する方法であって、上記方法は、ａ．植物またはその一部と、前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の微生物とを培養する工程を含み、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する、方法。
６７．前記植物または前記その一部は、商業植物、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、実施形態６６のいずれか１つに記載の方法。
６８．前記植物またはその一部に関連する前記１つ以上の微生物は、前記植物またはその一部の前記植物根または根圏に配置される、実施形態６６～６７のいずれか１つに記載の方法。
６９．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の微生物は、灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、実施形態６６～６８のいずれか１つに記載の方法。
７０．前記潅漑システムは畝間（ｉｎ－ｆｕｒｒｏｗ）処理技術を含む、実施形態６６～６９のいずれか１つに記載の方法。
７１．前記潅漑システムは噴霧手法を含む、実施形態６６～７０のいずれか１つに記載の方法。
７２．前記植物またはその一部は、前記植物またはその一部によって前記１つ以上のミネラルの生成を刺激するために、前記潅漑システムを介して前記微生物と一体化される苗に由来する、実施形態６６～７１のいずれか１つに記載の方法。
７３．前記重炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態６６～７２のいずれか１つに記載の方法。
７４．炭素はガス状炭素である、実施形態６６～７３のいずれか１つに記載の方法。
７５．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態６６～７４のいずれか１つに記載の方法。
７６．前記炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態６６～７５のいずれか１つに記載の方法。
７７．炭素はガス状炭素である、実施形態６６～７６のいずれか１つに記載の方法。
７８．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態６６～７７のいずれか１つに記載の方法。
７９．前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、実施形態６６～７８のいずれか１つに記載の方法。
８０．炭素はガス状炭素である、実施形態６６～７９のいずれか１つに記載の方法。
８１．ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態６６～８０のいずれか１つに記載の方法。
８２．前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、実施形態６６～８１のいずれか１つに記載の方法。
８３．前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、実施形態６６～８２のいずれか１つに記載の方法。
８４．前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、実施形態６６～８３のいずれか１つに記載の方法。
８５．細菌は根圏細菌を含む、実施形態６６～８４のいずれか１つに記載の方法。
８６．前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、実施形態６６～８５のいずれか１つに記載の方法。
８７．前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６６～８６のいずれか１つに記載の方法。
８８．前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６６～８７のいずれか１つに記載の方法。
８９．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、実施形態６６～８８のいずれか１つに記載の方法。
９０．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、実施形態６６～８９のいずれか１つに記載の方法。
９１．前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、実施形態６６～９０のいずれか１つに記載の方法。
９２．前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、実施形態６６～９１のいずれか１つに記載の方法。
９３．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、実施形態６６～９２のいずれか１つに記載の方法。
９４．前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、実施形態６６～９３のいずれか１つに記載の方法。
９５．１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、実施形態６６～９４のいずれか１つに記載の方法。
９６．１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、実施形態６６～９５のいずれか１つに記載の方法。
９７．１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、実施形態６６～９６のいずれか１つに記載の方法。
９８．前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～９７のいずれか１つに記載の方法。
９９．前記１つ以上の微生物は、アルファクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～９８のいずれか１つに記載の方法。
１００．前記１つ以上の微生物は、ベータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～９９のいずれか１つに記載の方法。
１０１．前記１つ以上の微生物は、ガンマクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１００のいずれか１つに記載の方法。
１０２．前記１つ以上の微生物は、デルタクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０１のいずれか１つに記載の方法。
１０３．前記１つ以上の微生物は、ゼータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０２のいずれか１つに記載の方法。
１０４．前記１つ以上の微生物は、イータクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０３のいずれか１つに記載の方法。
１０５．前記１つ以上の微生物は、イオタクラスに属する１つ以上の炭酸脱水酵素の形成をもたらす、実施形態６６～１０４のいずれか１つに記載の方法。
１０６．前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態６６～１０５のいずれか１つに記載の方法。
１０７．前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物または前記その一部が成長する培地のｐＨの増加とを含む、実施形態６６～１０６のいずれか１つに記載の方法。
１０８．前記１つ以上の微生物は前記１つ以上の根には天然に存在しない、実施形態６６～１０７のいずれか１つに記載の方法。
１０９．前記植物または前記その一部は単子葉植物または双子葉植物である、実施形態６６～１０８のいずれか１つに記載の方法。
１１０．前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、実施形態６６～１０９のいずれか１つに記載の方法。
１１１．前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草から本質的になる群で構成される、実施形態６６～１１０のいずれか１つに記載の方法。
１１２．１つ以上の微生物を含む組成物であって、ここで、前記１つ以上の微生物は、重炭酸塩、炭酸塩、または１つ以上のミネラルを生成するか、その形成を促進するように選択された微生物であるか、または上記微生物に由来する、組成物。
１１３．前記植物または前記その一部は、植物根、植物茎、植物葉、植物種子、植物果物、植物塊茎、または植物根粒である、実施形態１１２のいずれか１つに記載の組成物。
１１４．前記植物または前記その一部は商業植物またはその一部を含む、実施形態１１２～１１３のいずれか１つに記載の組成物。
１１５．前記商業植物またはその一部は、トウモロコシ、小麦、イネ、モロコシ、大麦、ライ麦、サトウキビ、アワ、オート麦、大豆、綿、アルファルファ、豆、キノア、レンズ豆、ピーナッツ、ヒマワリ、キャノーラ、キャッサバ、パーム油、ジャガイモ、テンサイ、カカオ、コーヒー、レタス、トマト、エンドウマメ、キャベツ、果樹、堅果樹、森林木、草原、または芝草である、実施形態１１２～１１４のいずれか１つに記載の組成物。
１１６．前記重炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１１２～１１５のいずれか１つに記載の組成物。
１１７．炭素はガス状炭素である、実施形態１１２～１１６のいずれか１つに記載の組成物。
１１８．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１１２～１１７のいずれか１つに記載の組成物。
１１９．前記炭酸塩は炭素を隔離する、実施形態１１２～１１８のいずれか１つに記載の組成物。
１２０．炭素はガス状炭素である、実施形態１１２～１１９のいずれか１つに記載の組成物。
１２１．前記ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１１２～１２０のいずれか１つに記載の組成物。
１２２．前記１つ以上のミネラルは炭素を隔離する、実施形態１１２～１２１のいずれか１つに記載の組成物。
１２３．炭素はガス状炭素である、実施形態１１２～１２２のいずれか１つに記載の組成物。
１２４．ガス状炭素は二酸化炭素である、実施形態１１２～１２３のいずれか１つに記載の組成物。
１２５．前記１つ以上の微生物は、細菌、古細菌、真菌、またはウイルスを含む、実施形態１１２～１２４のいずれか１つに記載の組成物。
１２６．前記１つ以上の微生物は前記細菌を含む、実施形態１１２～１２５のいずれか１つに記載の組成物。
１２７．前記細菌は内生胞子形成細菌を含む、実施形態１１２～１２６のいずれか１つに記載の組成物。
１２８．前記細菌は根圏細菌を含む、実施形態１１２～１２７のいずれか１つに記載の組成物。
１２９．前記根圏細菌は、バチルス属（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、パエニバチルス属（Ｐａｅｎｉｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｐ）、またはその両方を含む、実施形態１１２～１２８のいずれか１つに記載の組成物。
１３０．前記細菌は、Ｂ．アミロリケファシエンス（Ｂ．ａｍｙｌｏｌｉｑｕｅｆａｃｉｅｎｓ）、Ｂ．ラテロスポルス（Ｂ．ｌａｔｅｒｏｓｐｏｒｕｓ）、Ｂ．リケニフォルミス（Ｂ．ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、Ｂ．マセランス（Ｂ．ｍａｃｅｒａｎｓ）、Ｂ．セレウス（Ｂ．ｃｅｒｅｕｓ）、Ｂ．サーキュランス（Ｂ．ｃｉｒｃｕｌａｎｓ）、Ｂ．フィルムス（Ｂ．ｆｉｒｍｕｓ）、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）、Ｂ．スフェエリクス（Ｂ．ｓｐｈａｅｒｉｃｕｓ）、Ｂ．メガテリウム（Ｂ．ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）、Ｂ．コアグランス（Ｂ．ｃｏａｇｕｌａｎｓ）、Ｂ．ブレビス（Ｂ．ｂｒｅｖｉｓ）、Ｂ．チューリンゲンシス（Ｂ．ｔｈｕｒｉｎｇｉｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ミコイデス（Ｂ．ｍｙｃｏｉｄｅｓ）、Ｂ．ククミス（Ｂ．ｃｕｃｕｍｉｓ）、Ｂ．エンドフィティクス（Ｂ．ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）、Ｂ．プミルス（Ｂ．ｐｕｍｉｌｕｓ）、Ｂ．ベレゼンシス（Ｂ．ｖｅｌｅｚｅｎｓｉｓ）、Ｂ．ムシラギノサス（Ｂ．ｍｕｃｉｌａｇｉｎｏｓｕｓ）、Ｂ．テキレンシス（Ｂ．ｔｅｑｕｉｌｅｎｓｉｓ）、Ｂ．メチロトロフィカス（Ｂ．ｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ）、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１１２～１２９のいずれか１つに記載の組成物。
１３１．前記細菌は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ１５、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ２Ｃ２２、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）６、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）Ｓ３Ｃ２１、バチルスメガテリウム（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｍｅｇａｔｅｒｉｕｍ）ＲＯ２Ｃ１２、バチルスククミス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｃｕｃｕｍｉｓ）Ｓ３Ｃ１４、バチルスエンドフィティクス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｅｎｄｏｐｈｙｔｉｃｕｓ）５、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１１２～１３０のいずれか１つに記載の組成物。
１３２．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｓ３Ｃ２３を含む、実施形態１１２～１３１のいずれか１つに記載の組成物。
１３３．前記細菌はバチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＭＰ２を含む、実施形態１１２～１３２のいずれか１つに記載の組成物。
１３４．前記細菌はエンシファーアドヘレンス（Ｅｎｓｉｆｅｒ ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０を含む、実施形態１１２～１３３のいずれか１つに記載の組成物。
１３５．前記１つ以上の微生物は前記植物または前記その一部に関連する１つ以上の真菌を含む、実施形態１１２～１３４のいずれか１つに記載の組成物。
１３６．前記植物または前記その一部に関連する前記１つ以上の真菌は、前記灌漑システムによって、前記植物または前記その一部の前記植物根または前記根圏に配置される、実施形態１１２～１３５のいずれか１つに記載の組成物。
１３７．前記１つ以上の真菌はアーバスキュラー菌根菌を含む、実施形態１１２～１３６のいずれか１つに記載の組成物。
１３８．１つ以上の真菌は外生菌根菌を含む、実施形態１１２～１３７のいずれか１つに記載の組成物。
１３９．１つ以上の真菌はトリコデルマ属からの真菌を含む、実施形態１１２～１３８のいずれか１つに記載の組成物。
１４０．１つ以上の真菌はアオカビ属からの真菌を含む、実施形態１１２～１３９のいずれか１つに記載の組成物。
１４１．前記１つ以上のミネラルは方解石、アラレ石、ドロマイト、石灰石、またはそれらの任意の組み合わせを含む、実施形態１１２～１４０のいずれか１つに記載の組成物。
１４２．前記１つ以上のミネラルの生成の促進は、アンモニアの生成と、前記植物または前記その一部が成長する培地のｐＨの増加とを含む、実施形態１１２～１４１のいずれか１つに記載の組成物。
１４３．前記１つ以上の微生物は１つ以上の炭酸脱水酵素を含む、実施形態１１２～１４２のいずれか１つに記載の組成物。
１４４．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素αクラスを含む、実施形態１１２～１４３のいずれか１つに記載の組成物。
１４５．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ベータクラスを含む、実施形態１１２～１４４のいずれか１つに記載の組成物。
１４６．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ガンマクラスを含む、実施形態１１２～１４５のいずれか１つに記載の組成物。
１４７．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素デルタクラスを含む、実施形態１１２～１４６のいずれか１つに記載の組成物。
１４８．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素ゼータクラスを含む、実施形態１１２～１４７のいずれか１つに記載の組成物。
１４９．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イータクラスを含む、実施形態１１２～１４８のいずれか１つに記載の組成物。
１５０．前記１つ以上の炭酸脱水酵素は炭酸脱水酵素イオタクラスを含む、実施形態１１２～１４９のいずれか１つに記載の組成物。
【実施例】
【0220】
本開示の方法および組成物は、植物または植物種子と関連して、重炭酸塩および１つ以上のミネラルの形成により炭素を微生物的に隔離するように設計されている。
【0221】
微生物製剤の定義：早期コンディショニングを達成するために、本開示は、懸濁媒体中の合成コンソーシアムまたは単一の単離された細菌株もしくは内生胞子を含む種子処理組成物を使用する。典型的には、植物栽培組成物および方法は、ファーミキューテス門、バクテロイデス門、および放線菌門と同様に、プロテオバクテリア門（アルファ、ベータ、ガンマ、およびデルタのプロテオバクテリアクラス）内の異なる分類群に分布する、多種多様な細菌属に属する、多様でかつ環境に適応した植物関連細菌を含む。本発明者らは、根に効果的にコロニーを形成し、最終的にＣＯ２を隔離するために、本開示の方法を用いて、種子に適用することができる、これらの大きな分類群内の、通常、植物関連微生物を含む、様々な属に属する根圏細菌を、単離および特徴付けした。組成物は、別々に培養され、かつ、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理のために混合された、１つ、２つ、３つ、または複数の異なる細菌株を含む。
【0222】
実施例１．非内生胞子形成細菌、内生胞子形成性細菌、および／または細菌内生胞子の負荷を増加させる種子処理：Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）技術。
ＣＯ２固定微生物が土壌に存在する一方で、以下の理由により、ＣＯ２隔離は有効ではない。微生物の多くは、ＣＯ２をエネルギー源として利用することができない。多くの微生物はＣＯ２排出が行われる根の近くにおらず、その数も、おそらくは他の微生物に殺されてしまうため、少ないままである。Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理は、ＣＯ２放出部位に微生物を直接送り込み、根で１００％有効なコロニー形成を促進する。
ＣＯ２固定微生物が土壌に存在する一方で、以下の理由により、ＣＯ２隔離は有効ではない。微生物の多くは、ＣＯ２をエネルギー源として利用することができない。多くの微生物はＣＯ２排出が行われる根の近くにおらず、その数も、おそらくは他の微生物に殺されてしまうため、少ないままである。Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理は、ＣＯ２放出部位に微生物を直接送り込み、根で１００％有効なコロニー形成を促進する。
【0223】
Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理は安定した微生物種子処理プロセスであり、これにより、内生胞子または栄養細胞および／または微生物の合成コンソーシアムおよび／またはその滲出物および／またはその個別の生体分子としての植物にとって有益な細菌が、工業的にスケーラブルなプロセスを介して種子内に詰められる。このプロセスでは、プロセスコスト、時間、（植物胚と接種剤の両方について）経時的な安定性、多土壌適合性、異なる環境条件下での安定性、農業投入物の従来の流通網との適合性が考慮される。この方法は、種子内の浸透性を高める界面活性剤、および／または種子内部の微生物のコロニー形成を強化する栄養素の群、および／または細菌内生胞子形成を強化する補助試薬に加えて、指定された量の有益な微生物、あるいは、微生物および／またはその滲出物および／またはその個別化された生体分子の合成コンソーシアムを補充した浸透活性液体培地の水溶液中での、種子の制御された、経済的かつ迅速な吸水を含んでいた。長期間の生物学的薬剤の生存、胚の遺伝子改変、処理済み種子の有効期間の延長は、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子技術によって保証されている。最後に、この方法は種子乾燥プロセスを必要とせず、種子乾燥プロセスを１エーカーあたりわずか０．２０ドルの経済的に使い勝手の悪いプロセスとし、さらに低下する可能性があった。
【0224】
Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理は、内生胞子を使用して１００％の効率を有していた。このことは、処理された種子の１００％が３０秒以内に所望の内生胞子を効果的に負荷され、種子あたりの負荷された細菌細胞の平均が約１０５であることを意味している（表２）。このような種子への微生物細胞の高い負荷効率は、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理の固有の特徴であり、所望の細菌を効率よく現場に送達することを保証するものである。負荷された細菌による植物の根のコロニー形成は１００％であり、このことは、処理された種子／植物の１００％が、当初負荷された細菌によって効果的にコロニーを形成されたことを意味している。植物の根のコロニー形成プロセスは、種子が播かれ、休眠から覚め、発芽が始まるとすぐに始まる（表２、図５～７）。
【0225】
Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理は、同じ効率と効果で、単子葉植物と双子葉植物の両方の種子において使用された（表２）。簡単に説明すると、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子処理は、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）株Ｓ３Ｃ２３の内生胞子を用いて、単子葉植物（トウモロコシおよびイネ）と双子葉植物（大豆）種子において適用した。根のコロニー形成、コロニー形成した植物の割合、苗の出芽の割合を播種から１４日後に測定した。種子負荷については、データは１プールあたり５個の種子の３プールの平均を表す。根のコロニー形成については、データは１回の処理あたり１０個の植物の平均を表す。苗の出芽の割合については、データは、トウモロコシについて１回の処理あたり３６個の植物の平均を表し、大豆およびイネについては１回の処理あたり７２個の植物の平均を表す。
【0226】
Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（登録商標）種子処理は、胚と細菌の安定性が時間を通して保証されているため、従来の種子産業および農業慣行の要件という観点から、市販の種子との高い適合性を示す（図８）。Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（登録商標）種子処理プロセスは、ＷＯ２０２０２１４８４３にさらに詳しく記載されており、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
【0227】
【表2】
【0228】
【表3】
【0229】
実施例２：二酸化炭素除去に対する植物－微生物のバイオシステムの効果。
カーボンフリーワールドは世界的な構想であり、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ、Ａｍａｚｏｎ、およびＧｏｏｇｌｅなどの多くの国際的に有名な企業は、２０４０年までにカーボンニュートラルまたはカーボンフリーになることを約束している。これらの企業は高いカーボンフットプリントを発生させており、近い将来、カーボンニュートラルになるために、これらの企業はＣＯ２を効果的に回収できる企業／組織からカーボンクレジットを購入している。この技術は、炭素排出量を削減するだけでなく、それを農業用の有益な製品または生物持続性製品のいずれかに変換することに重点を置いている。効率的なＣＯ２隔離を保証することになる本明細書に開示される組成物および方法を使用することで、農家のためのカーボンクレジットが生成されると同時に、気候変動を遅らせることになる。本明細書に開示される組成物および方法の全体的なコストが市場における既存のどの技術よりも大幅に低いため、その採用は迅速に行われるはずであり、これにより、大量のカーボンクレジットが生成され、これを、カーボンフットプリントを軽減する必要があるますます多くの企業に提供することが可能となる。
カーボンフリーワールドは世界的な構想であり、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ、Ａｍａｚｏｎ、およびＧｏｏｇｌｅなどの多くの国際的に有名な企業は、２０４０年までにカーボンニュートラルまたはカーボンフリーになることを約束している。これらの企業は高いカーボンフットプリントを発生させており、近い将来、カーボンニュートラルになるために、これらの企業はＣＯ２を効果的に回収できる企業／組織からカーボンクレジットを購入している。この技術は、炭素排出量を削減するだけでなく、それを農業用の有益な製品または生物持続性製品のいずれかに変換することに重点を置いている。効率的なＣＯ２隔離を保証することになる本明細書に開示される組成物および方法を使用することで、農家のためのカーボンクレジットが生成されると同時に、気候変動を遅らせることになる。本明細書に開示される組成物および方法の全体的なコストが市場における既存のどの技術よりも大幅に低いため、その採用は迅速に行われるはずであり、これにより、大量のカーボンクレジットが生成され、これを、カーボンフットプリントを軽減する必要があるますます多くの企業に提供することが可能となる。
【0230】
二酸化炭素除去（ＣＤＲ）は、大気からＣＯ２を除去し、長期にわたって隔離する気候工学の一種である。ＣＤＲの方法としては、植林、土壌に炭素を隔離する慣行農法、炭素の回収と貯蔵に伴うバイオエネルギー、風化の強化、海洋肥沃化、および貯蔵と組み合わせた場合の直接的な空気回収が挙げられる。
【0231】
全米科学アカデミー、全米技術アカデミー、および全米医学アカデミーによる２０１９年の合意報告書では、安全かつ経済的に展開できる規模で既存のＣＤＲ手法を用いれば、年間最大１０Ｇｔの二酸化炭素を除去および隔離できる可能性があると結論付けられている。これは、温室効果ガスが生産されている速度の約５分の１の速度で温室効果ガス排出を相殺することになる。
【0232】
炭素の隔離には、３つの条件：貯蔵、スペース、および低コストの電力が必要である。直接空気回収（ＤＡＣ）などの、空気から炭素を回収する現在の技術は、その操作のために広大なスペースと多くのエネルギーを必要とし、大気からＣＯ２を抽出するために必要な理論上の最小エネルギーは、１トンのＣＯ２当たり約２５０ｋＷｈである。
【0233】
一方、地球人口の食糧生産を支えるために既に存在する作物プランテーション、果樹、および森林と、さらにいくつかの産業の商品としての木材を使用することにより、設備容量と低コストの電力の面で比類のない利点がある。
【0234】
より詳細には、ＣＯ２を回収するスペースに関して、ＦＡＯは、世界の耕地利用は、２０１４年の１５．８億ヘクタール（３．９×１０９エーカー）から２０５０年には１６．６億ヘクタールに増加し続け、総森林面積は４０．６億ヘクタールと予測しており、設備容量はすでに存在しており、使用しなければならない。
【0235】
低エネルギー電力については、植物の根と密接に相互作用する細菌などの微生物の利用が、ＣＯ２隔離の工場として最も費用対効果の高いシナリオである。これは、なぜなら、植物が根の滲出物を介して、土壌細菌が増殖に利用することができる炭素とエネルギー供給源の豊富なカクテルを提供し、他方、植物はこれらの細菌のコロニー形成によって多くの点で利益を得るからである。この植物－細菌のバイオシステムを繁栄させるために、追加の電力投入は必要ない。
【0236】
最後に、炭酸脱水酵素を発現する微生物を植物と関連して使用することにより、ＣＯ２は、土壌中の重炭酸塩、最終的には炭酸塩鉱物の生成によって効果的に隔離され得る。
【0237】
実施例３：ＣＡ活性および／または重炭酸塩およびミネラル形成を測定する方法。
実験室規模では、選択された微生物は、（Ｚｈｕａｎｇら、２０１８）によって以前に記載されたように、ＣＡ生成培地で増殖されるであろう。ＣＡ活性単位は、（Ｚｈｕａｎｇら、２０１８）によって記載されたＣＡ活性測定方法を用いて、異なる時点で測定されるであろう。代替的に、多くの微生物がゲノム中で複数のＣＡをコードするため、どのＣＡが最も高い活性を有するかを知るために、相対的な転写産物量を測定することができる。加えて、重炭酸イオンおよび炭酸イオンの生成、アンモニウム（ＮＨ４ ＋）の濃度、成長曲線、およびｐＨ変化が測定される。
実験室規模では、選択された微生物は、（Ｚｈｕａｎｇら、２０１８）によって以前に記載されたように、ＣＡ生成培地で増殖されるであろう。ＣＡ活性単位は、（Ｚｈｕａｎｇら、２０１８）によって記載されたＣＡ活性測定方法を用いて、異なる時点で測定されるであろう。代替的に、多くの微生物がゲノム中で複数のＣＡをコードするため、どのＣＡが最も高い活性を有するかを知るために、相対的な転写産物量を測定することができる。加えて、重炭酸イオンおよび炭酸イオンの生成、アンモニウム（ＮＨ４ ＋）の濃度、成長曲線、およびｐＨ変化が測定される。
【0238】
生物学的および非生物学的炭酸塩鉱物（ＭｇＣＯ３およびＣａＣＯ３）の形成は、Ｈａｎら、２０２０によって記載された方法を用いて試験される。炭酸塩鉱物の形態の沈殿物は、走査電子顕微鏡（ＳＥＭ）を使用して特徴付けられる。異なるカチオンが無機化目的とその有効性について試験され、安定性が分析される。Ｘ線回折計（ＸＲＤ）分析は、ミネラルの形態を特徴付けるために追求されるだろう（Ｚｈｕａｎｇら、２０１８）。これらのミネラルの生合成をさらに証明するために、安定炭素同位体値が考慮され得る。無機化は細菌の表面で行われるが、ある程度の無機化は細菌細胞の内部で起こり得る。細胞内ミネラル形成の検出は、Ｈａｎら、２０２０（Ｈａｎ ｅｔ ａｌ．， ２０２０）によって記載された方法によって実施される。
【0239】
ＣＯ２を無機化する能力が強化された選択された微生物は温室で試験され、ここで、根が出現する際に、根に微生物を効果的かつ確実にコロニー形成させるＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）種子技術を使用して、大豆、トウモロコシなどの主要作物の種子にこれらの微生物を負荷する。これらの植物を標準条件下で生育させ、指定期間後に、これらの植物を根こそぎ引き抜き、我々の細菌を抽出して、その後、計数してその表面でＣＯ２を無機化させる。加えて、根に近い土壌サンプルを分析して、合計の炭素、重炭酸塩、炭酸塩、およびミネラルを定量化しつつ、対照群（Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）を使用していない種子／植物）の土壌とデータを比較する。安定したＣ同位体［１３Ｃ］は、前述のように、ＣＯ２固定、土壌微生物群による呼吸、および土壌呼吸を理解するために使用することができる。最終的には、選択した菌株を大規模な大豆およびトウモロコシ畑で試験し、ＣＯ２固定、ミネラル生成量、および生産性への影響を測定する。
【0240】
実施例４：ＣＡ活性および／または形成を増強する株操作。
ＣＡを介してＣＯ２を固定するために本明細書に開示された微生物の可能性を完全に利用するために、その発現、安定性、活性、および分泌を増加させるために遺伝子操作が採用されるであろう。Ｈａｎら、２０１９によれば、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のＣＡ濃度は、０時間から最大で約３０時間まで、１７．１４Ｕ／Ｌに増加し、その後、３１時間から３５０時間までわずかに減少する。Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）では、細菌の増殖が行われていないときでも、ｍＲＮＡの連続的な生成が記録されている。このことは、ｍＲＮＡの安定性の増強を示唆しており、したがって、その生成を増やすことが戦略的であると考えられる。ＣＡの生成は厳密に制御される可能性があるが、この制御を解除するために、限定されないが、発現を構成的にすることを含む遺伝的戦略を適用する。このアプローチでは、いくつかの高発現ハウスキーピング遺伝子や、ＰｌｉａＧ、ＰｌｅｐＡ、Ｐｖｅｇ、ＰｇｓｉＢ、Ｐ４３、ＰｔｒｎＱ、Ｐｌｉａｌ（バシトラシン誘導性）、およびＰｘｙｌＡ（キシロース誘導性）などの強発現構成的プロモーター遺伝子を、ＣＡのネイティブプロモーターと置き換えることによって、試験する。ＣＡの転写量の増加は、ＣＡの最高レベルを維持すると考えられる。ｑＲＴ－ＰＣＲによる相対的な転写量の研究は、プロモーターの強さを試験するために使用され、ＣＡタンパク質は、転写物とタンパク質レベルの対応する増加を評価するためにタグ付けされる。
ＣＡを介してＣＯ２を固定するために本明細書に開示された微生物の可能性を完全に利用するために、その発現、安定性、活性、および分泌を増加させるために遺伝子操作が採用されるであろう。Ｈａｎら、２０１９によれば、バチルスサブチリス（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）のＣＡ濃度は、０時間から最大で約３０時間まで、１７．１４Ｕ／Ｌに増加し、その後、３１時間から３５０時間までわずかに減少する。Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）では、細菌の増殖が行われていないときでも、ｍＲＮＡの連続的な生成が記録されている。このことは、ｍＲＮＡの安定性の増強を示唆しており、したがって、その生成を増やすことが戦略的であると考えられる。ＣＡの生成は厳密に制御される可能性があるが、この制御を解除するために、限定されないが、発現を構成的にすることを含む遺伝的戦略を適用する。このアプローチでは、いくつかの高発現ハウスキーピング遺伝子や、ＰｌｉａＧ、ＰｌｅｐＡ、Ｐｖｅｇ、ＰｇｓｉＢ、Ｐ４３、ＰｔｒｎＱ、Ｐｌｉａｌ（バシトラシン誘導性）、およびＰｘｙｌＡ（キシロース誘導性）などの強発現構成的プロモーター遺伝子を、ＣＡのネイティブプロモーターと置き換えることによって、試験する。ＣＡの転写量の増加は、ＣＡの最高レベルを維持すると考えられる。ｑＲＴ－ＰＣＲによる相対的な転写量の研究は、プロモーターの強さを試験するために使用され、ＣＡタンパク質は、転写物とタンパク質レベルの対応する増加を評価するためにタグ付けされる。
【0241】
多くの微生物はＣＡを細胞外に分泌することができ、これによりＣＯ２の水和を触媒して、アルカリ性条件下でＨＣＯ３－が形成される。細胞外分泌または細胞膜周辺腔へのＣＡの標的化は、ミネラルの炭酸化によって効果的にＣＯ２を隔離するのに有益である。ＣＡ触媒としての細胞全体は、弱酸性または中性に近いｐＨ条件下でも無機化に重要であることが示されている。土壌のｐＨが弱酸性または中性で、ｐＨ９．０（無機化にとって理想的なｐＨ）に達しない可能性があるため、これは土壌での無機化にとって特に重要である。Ｊｏ ｅｔ ａｌ．，２０１３は、ナイセリア・ゴノレー（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｇｏｎｏｒｒｈｏｅａｅ）のＣＡ（ｎｇＣＡ）を大腸菌の細胞質および細胞膜周辺腔に標的とし、大腸菌の細胞膜周辺腔におけるｎｇＣＡの発現がＣａＣＯ３形成速度を大幅に加速させたと結論付けた。微生物がＣＡを細胞膜周辺腔またはその細胞外分泌物へ輸送する能力を試験する。菌株におけるＣＡの標的を変えるために、様々なアプローチを利用することができる。これらの戦略は、ＣＡの５’末端に周辺質のシグナル配列または細胞外分泌シグナルのいずれかを追加することを含むことになる。完全に折り畳まれたタンパク質を細胞外に輸送するツインアルギニン透過（Ｔａｔ）経路を使用することができる。ＣＡの細胞外分泌については、真正のＴａｔシグナル（ＴｏｒＡリーダー配列）がＣＡの５’末端に融合することになる。代替的に、タンパク質が合成される際にタンパク質の移動を始める一般分泌経路（Ｓｅｃ）を使用することもでき、ＰｅｌＢなどの真正のＳｅｃシグナルを使用することもできる。これらの新菌株は、細菌細胞の特定の区画でＣＡを標的とする能力について試験され、その後、上記のようにＭｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）を介してこれらの微生物を試験する。
【0242】
土壌環境は動的であり、ＣＡ阻害剤を含む可能性があり、これを試験するために、ＣＡの活性はサンプル土壌の存在下で試験される。その適性を改善し、ＣＡ酵素を進化させるために、直接進化アプローチを使用することができる。このアプローチは、Ｄｅｓｕｌｆｏｖｉｂｒｉｏ ｖｕｌｇａｒｉｓのＣＡの耐熱性およびアルカリ耐性を向上させるために使用されている。直接進化を使用しているＡｌｖｉｚｏ ｅｔ ａｌ．， ２０１４は、ｐＨ＞１０．０で４．２Ｍのアルカリアミン溶媒の存在下で最大で１０７℃まで温度耐性を改善し、この増加は、天然酵素の４，０００，０００倍改善されている。
【0243】
実施例５：土壌中の重炭酸塩と炭酸カルシウムの濃度－２０２０年シーズン：
米国中西部の畑で、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ） Ｓ３Ｃ２３で処理した種子と未処理の種子（対照）からトウモロコシを育てた。成長期の途中で、３つの異なる畑（Ｐａｘｔｏｎ， ＩＬ， Ｍｉｌｆｏｒｄ，ＩＬ，Ｗｏｌｃｏｔｔ，ＩＮ）から、１回の処理ごとに９つのサンプルを採取した。土壌サンプルを、炭酸カルシウムと重炭酸塩の含有量について分析した。結果を表４に示す。未処理の植物（対照植物）の土壌と比較して、１エーカーあたり平均３．１９トンのＣＯ２を、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）株Ｓ３Ｃ２３を含む土壌において隔離した。この値は、最大でＶ１１トウモロコシ段階（播種後４５日、合計１１０日）まで検出された重炭酸塩と炭酸カルシウムの濃度を反映している。
米国中西部の畑で、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ） Ｓ３Ｃ２３で処理した種子と未処理の種子（対照）からトウモロコシを育てた。成長期の途中で、３つの異なる畑（Ｐａｘｔｏｎ， ＩＬ， Ｍｉｌｆｏｒｄ，ＩＬ，Ｗｏｌｃｏｔｔ，ＩＮ）から、１回の処理ごとに９つのサンプルを採取した。土壌サンプルを、炭酸カルシウムと重炭酸塩の含有量について分析した。結果を表４に示す。未処理の植物（対照植物）の土壌と比較して、１エーカーあたり平均３．１９トンのＣＯ２を、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）株Ｓ３Ｃ２３を含む土壌において隔離した。この値は、最大でＶ１１トウモロコシ段階（播種後４５日、合計１１０日）まで検出された重炭酸塩と炭酸カルシウムの濃度を反映している。
【0244】
【表4】
【0245】
実施例６：土壌における重炭酸塩と炭酸カルシウムの濃度－２０２１年シーズン：
米国中西部の畑で、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ） Ｓ３Ｃ２３で処理した種子と未処理の種子（対照）からトウモロコシを育てた。栽培期の途中で、１回の処理当たり９つのサンプルを、４つの異なる畑（Ｍｉｌｆｏｒｄ， ＩＬ， Ｒｅｎｓｓｅｌｅａｒ， ＩＮ， Ｂｅａｖｅｒ Ｄａｍｎ， ＷＩ， および Ｍｏｎｔｉｃｅｌｌｏ， ＩＬ）から採取した。土壌サンプルを、炭酸カルシウムと重炭酸塩の含有量について分析した。結果を表５に示す。未処理の植物（対照植物）の土壌と比較して、１エーカーあたり平均８．１８トンのＣＯ２を、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）株Ｓ３Ｃ２３を含む土壌において隔離した。この値は、最大でＶ１１トウモロコシ段階（播種後４５日、合計１１０日）まで検出された重炭酸塩と炭酸カルシウムの濃度を反映している。
米国中西部の畑で、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ） Ｓ３Ｃ２３で処理した種子と未処理の種子（対照）からトウモロコシを育てた。栽培期の途中で、１回の処理当たり９つのサンプルを、４つの異なる畑（Ｍｉｌｆｏｒｄ， ＩＬ， Ｒｅｎｓｓｅｌｅａｒ， ＩＮ， Ｂｅａｖｅｒ Ｄａｍｎ， ＷＩ， および Ｍｏｎｔｉｃｅｌｌｏ， ＩＬ）から採取した。土壌サンプルを、炭酸カルシウムと重炭酸塩の含有量について分析した。結果を表５に示す。未処理の植物（対照植物）の土壌と比較して、１エーカーあたり平均８．１８トンのＣＯ２を、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ）株Ｓ３Ｃ２３を含む土壌において隔離した。この値は、最大でＶ１１トウモロコシ段階（播種後４５日、合計１１０日）まで検出された重炭酸塩と炭酸カルシウムの濃度を反映している。
【0246】
【表5】
【0247】
米国中西部の畑で、Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ） ＭＰ１、Ｂ．サブチリス（Ｂ．ｓｕｂｔｉｌｉｓ） ＭＰ２、およびＥ．アドヘレンス（Ｅ．ａｄｈａｅｒｅｎｓ）Ｓ３Ｃ１０で処理した種子と未処理の種子（対照）から大豆を栽培した。栽培期の途中に、１つの畑（Ｆｌａｎａｇａｎ，ＩＬ）から１回の処理ごとに９つのサンプルを採取した。土壌サンプルを、炭酸カルシウムと重炭酸塩の含有量について分析した。結果を表６に示す。未処理の植物（対照植物）の土壌と比較して、１エーカーあたり平均８．６３トンのＣＯ２を、Ａｎｄｅｓ Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ微生物処理物を含む土壌において隔離した。この値は、播種後最大４５日まで検出された重炭酸塩と炭酸カルシウムの濃度を反映している。
【0248】
表５と表６の両方に示されたデータは、表４に示された２０２０年のデータが単なる偶然ではないこと、Ａｎｄｅｓ Ｍｉｃｒｏｐｒｉｍｅ（商標）処理とＡｎｄｅｓ所有の微生物とが、重要な量のＣＯ２を土壌に隔離するものとして実質的に有効であることを示している。
【0249】
【表6】
【0250】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中で示され、記載されてきたが、このような実施形態はほんの一例として提供されているに過ぎないことが当業者に明らかであろう。本発明が明細書内で提供される特定の例によって制限されることは意図されていない。本発明は前述の明細書に関して記載されているが、本明細書中の実施形態の記載および例示は、限定的な意味で解釈されることを意味するものではない。当業者であれば、多くの変更、変化、および置換が、本発明から逸脱することなく思いつくだろう。さらに、本発明のすべての態様は、様々な条件および変数に依存する、本明細書で説明された特定の描写、構成、または相対的な比率に限定されないことが理解されよう。本明細書に記載される本発明の実施形態の様々な代替案が、本発明の実施に際して利用され得ることを理解されたい。それゆえ、本発明は、任意のそのような代替物、修正物、変形物、または同等物にも及ぶものと企図される。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この請求項とその均等物の範囲内の方法、および構造体がそれによって包含されるものであるということが意図されている。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5A】
【図5B】
【図6A】
【図6B】
【図7A】
【図7B】
【図8A】
【図8B】
【図9】
【図10】
【図11】
【国際調査報告】