【図1】図１は、技術水準から公知のバーコードアダプターを示し、これは、平滑末端ライゲーションに最適化されているが、末端修復の間もしくはその前に添加することができない（および末端修復酵素の不活性化なしでは添加できない）。左側には、平滑末端化ライゲーション部位が示される。３’部位でのライゲーションを回避するために、その第１鎖（配列番号９）は、（突出部の分解を回避するために）ホスホロチオエート改変ヌクレオシドＡ^＊Ｃ^＊を含む３’突出を有する。相補的リバース鎖（配列番号１０）は、短い方である。両方の鎖の５’は、アダプターダイマーの形成を低下させるために、リン酸化されていない（遊離５’ＯＨを有する）。バーコード配列には下線が付されている。

【図2】図２は、本発明に従うバーコードアダプターの例を示す。繰り返すと、左側には、平滑末端化ライゲーション部位が示される。３’部位でのライゲーションを回避するために、その第１鎖（配列番号１１）は、Ｍ１によって改変されている。第１鎖の５’は、リン酸化を回避し、アダプターのダイマーおよびオリゴマーの形成を低減するために、Ｍ２によって改変されている。リバース鎖（配列番号１２）の５’は、アダプターのダイマーおよびオリゴマーの形成を低減するために、Ｍ３によって改変されている。そのバーコード配列には下線が付されている。リバース鎖の３’末端は、遊離３’−ＯＨを有する。

【図3】図３は、本発明に従う改変されたバーコードアダプターを示し、ここで第１鎖（配列番号１３）の５’改変は、５’−ＯＭｅＴである。平滑末端生成のために、そのリバース鎖（配列番号１４）は、遊離３’−ＯＨ基を有する３’末端において相補的なＡを有する。

【図4】図４は、標準的プロトコル、ならびに改変されていないおよび改変されたＤＮＡアダプター分子での新たな（もしくは改変された）ライブラリー調製プロトコルを使用することによって生成されるＤＮＡライブラリーのＣｔ値の比較を示す（ここで１Ａは、基準である）。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１（第１の列）の中のものに相当する。

【図5】図５〜１１は、標準的ライブラリー調製後（Ｂ）もしくは本発明に従う改変プロトコルでのライブラリー調製後（Ａ）のいずれかでの、本発明に従う改変されたバーコードアダプター（図６〜１１）もしくは改変されていないバーコードアダプター（図５）を使用するＤＮＡライブラリーのフラグメントサイズ分析を示す。ＤＮＡライブラリーは、小さなサイズマーカーと大きなサイズマーカーとの間のサイズ範囲（３５〜１０３８０ｂｐ）においてＡｇｉｌｅｎｔ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｃｈｉｐを使用して定量される。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１の中のものに相当する。第１のピーク（４０ｂｐ）は、結合されていないアダプター分子に相当する。図５Ｂおよび図６〜１１中の第２のピークは、ＤＮＡライブラリーに相当する。１０．０００ｂｐを超えるピークは、残りの剪断されていないゲノムＤＮＡに相当する。図５Ａにおいて、マルチピークパターンは、アダプターオリゴマーに相当し、これらは、他の図には存在しない。

【図6】図５〜１１は、標準的ライブラリー調製後（Ｂ）もしくは本発明に従う改変プロトコルでのライブラリー調製後（Ａ）のいずれかでの、本発明に従う改変されたバーコードアダプター（図６〜１１）もしくは改変されていないバーコードアダプター（図５）を使用するＤＮＡライブラリーのフラグメントサイズ分析を示す。ＤＮＡライブラリーは、小さなサイズマーカーと大きなサイズマーカーとの間のサイズ範囲（３５〜１０３８０ｂｐ）においてＡｇｉｌｅｎｔ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｃｈｉｐを使用して定量される。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１の中のものに相当する。第１のピーク（４０ｂｐ）は、結合されていないアダプター分子に相当する。図５Ｂおよび図６〜１１中の第２のピークは、ＤＮＡライブラリーに相当する。１０．０００ｂｐを超えるピークは、残りの剪断されていないゲノムＤＮＡに相当する。図５Ａにおいて、マルチピークパターンは、アダプターオリゴマーに相当し、これらは、他の図には存在しない。

【図7】図５〜１１は、標準的ライブラリー調製後（Ｂ）もしくは本発明に従う改変プロトコルでのライブラリー調製後（Ａ）のいずれかでの、本発明に従う改変されたバーコードアダプター（図６〜１１）もしくは改変されていないバーコードアダプター（図５）を使用するＤＮＡライブラリーのフラグメントサイズ分析を示す。ＤＮＡライブラリーは、小さなサイズマーカーと大きなサイズマーカーとの間のサイズ範囲（３５〜１０３８０ｂｐ）においてＡｇｉｌｅｎｔ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｃｈｉｐを使用して定量される。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１の中のものに相当する。第１のピーク（４０ｂｐ）は、結合されていないアダプター分子に相当する。図５Ｂおよび図６〜１１中の第２のピークは、ＤＮＡライブラリーに相当する。１０．０００ｂｐを超えるピークは、残りの剪断されていないゲノムＤＮＡに相当する。図５Ａにおいて、マルチピークパターンは、アダプターオリゴマーに相当し、これらは、他の図には存在しない。

【図8】図５〜１１は、標準的ライブラリー調製後（Ｂ）もしくは本発明に従う改変プロトコルでのライブラリー調製後（Ａ）のいずれかでの、本発明に従う改変されたバーコードアダプター（図６〜１１）もしくは改変されていないバーコードアダプター（図５）を使用するＤＮＡライブラリーのフラグメントサイズ分析を示す。ＤＮＡライブラリーは、小さなサイズマーカーと大きなサイズマーカーとの間のサイズ範囲（３５〜１０３８０ｂｐ）においてＡｇｉｌｅｎｔ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｃｈｉｐを使用して定量される。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１の中のものに相当する。第１のピーク（４０ｂｐ）は、結合されていないアダプター分子に相当する。図５Ｂおよび図６〜１１中の第２のピークは、ＤＮＡライブラリーに相当する。１０．０００ｂｐを超えるピークは、残りの剪断されていないゲノムＤＮＡに相当する。図５Ａにおいて、マルチピークパターンは、アダプターオリゴマーに相当し、これらは、他の図には存在しない。

【図9】図５〜１１は、標準的ライブラリー調製後（Ｂ）もしくは本発明に従う改変プロトコルでのライブラリー調製後（Ａ）のいずれかでの、本発明に従う改変されたバーコードアダプター（図６〜１１）もしくは改変されていないバーコードアダプター（図５）を使用するＤＮＡライブラリーのフラグメントサイズ分析を示す。ＤＮＡライブラリーは、小さなサイズマーカーと大きなサイズマーカーとの間のサイズ範囲（３５〜１０３８０ｂｐ）においてＡｇｉｌｅｎｔ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｃｈｉｐを使用して定量される。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１の中のものに相当する。第１のピーク（４０ｂｐ）は、結合されていないアダプター分子に相当する。図５Ｂおよび図６〜１１中の第２のピークは、ＤＮＡライブラリーに相当する。１０．０００ｂｐを超えるピークは、残りの剪断されていないゲノムＤＮＡに相当する。図５Ａにおいて、マルチピークパターンは、アダプターオリゴマーに相当し、これらは、他の図には存在しない。

【図10】図５〜１１は、標準的ライブラリー調製後（Ｂ）もしくは本発明に従う改変プロトコルでのライブラリー調製後（Ａ）のいずれかでの、本発明に従う改変されたバーコードアダプター（図６〜１１）もしくは改変されていないバーコードアダプター（図５）を使用するＤＮＡライブラリーのフラグメントサイズ分析を示す。ＤＮＡライブラリーは、小さなサイズマーカーと大きなサイズマーカーとの間のサイズ範囲（３５〜１０３８０ｂｐ）においてＡｇｉｌｅｎｔ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｃｈｉｐを使用して定量される。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１の中のものに相当する。第１のピーク（４０ｂｐ）は、結合されていないアダプター分子に相当する。図５Ｂおよび図６〜１１中の第２のピークは、ＤＮＡライブラリーに相当する。１０．０００ｂｐを超えるピークは、残りの剪断されていないゲノムＤＮＡに相当する。図５Ａにおいて、マルチピークパターンは、アダプターオリゴマーに相当し、これらは、他の図には存在しない。

【図11】図５〜１１は、標準的ライブラリー調製後（Ｂ）もしくは本発明に従う改変プロトコルでのライブラリー調製後（Ａ）のいずれかでの、本発明に従う改変されたバーコードアダプター（図６〜１１）もしくは改変されていないバーコードアダプター（図５）を使用するＤＮＡライブラリーのフラグメントサイズ分析を示す。ＤＮＡライブラリーは、小さなサイズマーカーと大きなサイズマーカーとの間のサイズ範囲（３５〜１０３８０ｂｐ）においてＡｇｉｌｅｎｔ Ｈｉｇｈ Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ Ｃｈｉｐを使用して定量される。識別子１Ａ〜３Ｅは、表１の中のものに相当する。第１のピーク（４０ｂｐ）は、結合されていないアダプター分子に相当する。図５Ｂおよび図６〜１１中の第２のピークは、ＤＮＡライブラリーに相当する。１０．０００ｂｐを超えるピークは、残りの剪断されていないゲノムＤＮＡに相当する。図５Ａにおいて、マルチピークパターンは、アダプターオリゴマーに相当し、これらは、他の図には存在しない。