技術分野
[0001]一般に、サンプル中の核酸標的の濃縮に関し、より詳細には、ハイスループット配列決定を含む、核酸配列決定のための標的の濃縮
発明が解決しようとする課題[発明の詳細な説明]から抜粋
[0005]標的配列における未知の構造多型にも対応する、標的濃縮の迅速かつ簡単な方法に対する満たされぬ必要性が依然として存在する。
課題を解決するための手段[発明の詳細な説明]から抜粋
[0006]一実施形態によれば、核酸のライブラリーにおける少なくとも1つの標的核酸の濃縮のための方法を提供する。この方法は、第1のオリゴヌクレオチドを、核酸のライブラリー中の標的核酸にハイブリダイズさせることを含む。核酸のライブラリー中の各核酸は、第1のアダプターを含む第1の末端及び第2のアダプターを含む第2の末端を有する。この方法はさらに、ハイブリダイズした第1のオリゴヌクレオチ・・・ 続きを
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この特許公報に記載されている図面[図面の簡単な説明]から抜粋
【図1】
[0045]本開示による、核酸のライブラリー中の少なくとも1つの標的核酸を濃縮するための方法の実施形態を例示する概略フローダイアグラムを示す図である。
【図2】
[0046]本開示による、核酸のライブラリー中の少なくとも1つの標的核酸を濃縮するための方法の第1の実施形態の概略表示を示す図である。例示された実施形態では、第1のオリゴヌクレオチドは、標的核酸の液相捕捉のための捕捉部分を含む。
【図3】
[0047]本開示による核酸のライブラリー中の少なくとも1つの標的核酸を濃縮するための方法のさらなる第2の実施形態の概略表示を示す図である。例示された実施形態では、第1のオリゴヌクレオチドは、標的核酸のインサイツの捕捉のために固体支持体に結合している。
【図4】
[0048]本開示による核酸のライブラリー中の少なくとも1つの標的核酸の濃縮のための方法のさらなる第3の実施形態の概略表示を示す図である。例示された実施形態では、標的核酸にハイブリダイズした第1のオリゴヌクレオチドの伸長中に1つ又は複数の捕捉部分が組み込まれ、それにより固体支持体上の標的核酸及び伸長された第1のオリゴヌクレオチドを含む複合体の捕捉が可能になる。
【図5】
[0049]分子間アダプター-アダプターハイブリダイゼーションを示すライブラリー分子中の複数の核酸の概略例示を示す図である。
【図6】
[0050]図6Aは、市販のライブラリー調製キットを使用して一般的なアダプター末端配列に適合させた、ヒトゲノムDNA由来の核酸のライブラリーの電気泳動DNA解析機からの蛍光出力トレースを示す図である。10ngのライブラリー1μL及び100ngのライブラリー1μLの、それぞれ5サイクルと12サイクルでの標準PCR増幅に続けて、データを収集した。本開示に従って、核酸のライブラリーをサンプルとし、標的核酸について濃縮した。 [0051]図6Bは、本開示によるプライマー伸長標的濃縮及び増幅後の図6Aの核酸のライブラリーの蛍光に基づくサイズ分析を示す図である。
【図7】
[0052]図7は、図6Bの濃縮された核酸のライブラリーの高レベル配列決定メトリックを示す棒グラフを示す図である。配列決定リードの99%以上が、ライブラリーに存在することが知られている配列にマップされ、及び配列決定リードの約半分が、濃縮された標的核酸にマップされた。ライブラリーのフォールド80塩基ペナルティは、60℃及び65℃の第1のオリゴヌクレオチドプライマーのアニーリング温度について、それぞれ1.4及び1.5であった。3つのバーの各クラスター内で、マップされたトリミングされたリード割合(左)、パディングされた標的核酸の塩基割合(中央)、及びオンターゲットのマップされた重複していないリード割合(右)についてのデータを示す。
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