特許7884127IP Force 特許公報全文掲載

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配列表に関する記載 本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、本明細書に参照により組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は、870225_424WO_Sequence_Listing_ST25.txtである。テキストファイルは5KBで、2020年2月20日に作成され、EFS-Webを用いて電子的に提出されている。

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この特許公報に記載されている図面[図面の簡単な説明]から抜粋

本開示の例示的な特徴、その性質、および様々な利点は、添付の図面および様々な実施形態の以下の詳細な説明から明らかになるであろう。非限定的かつ非網羅的な添付の図面を参照して説明されており、特に明記しない限り、様々な図を通して同様のラベルまたは参照番号は同様の部分を指す。図面のエレメントのサイズおよび相対位置は、必ずしも縮尺通りに描かれていない。例えば、様々なエレメントの形状は、描画の視認性を改善するために選択され、拡大され、位置決めされる。描かれているエレメントの特定の形状は、図面における認識を容易にするために選択されている。
【図1A】 一般化されたXNTPの主要な特徴および拡張による配列決定(SBX)におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。
【図1B】 一般化されたXNTPの主要な特徴および拡張による配列決定(SBX)におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。
【図1C】 一般化されたXNTPの主要な特徴および拡張による配列決定(SBX)におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。
【図1D】 一般化されたXNTPの主要な特徴および拡張による配列決定(SBX)におけるそれらの使用を示す要約された概略図である。
【図2】 XNTPの一実施形態のさらなる詳細を示す概略図である。
【図3】 生物学的ナノポアを通過するXpandomerの一実施形態を示す概略図である。
【図4A】 固相Xpandomer合成のための表面化学の例示的な実施形態を示す概略図である。
【図4B】 固相Xpandomer合成のための表面化学の例示的な実施形態を示す概略図である。
【図4C】 固相Xpandomer合成のための表面化学の例示的な実施形態を示す概略図である。
【図4D】 固相Xpandomer合成のための表面化学の例示的な実施形態を示す概略図である。
【図4E】 固相Xpandomer合成のための表面化学の例示的な実施形態を示す概略図である。
【図5】 耐酸性ビーズの官能化および耐酸性ビーズへの伸長オリゴヌクレオチド/DNA鋳型複合体の固定化の一実施形態の一般化された例示を提供する概略図である。
【図6A】 末端キャッピング方法の一般化された例示を提供する概略図である。
【図6B】 プライマー伸長産物を示すゲルである。
【図7A】 末端キャップの例示的な実施形態の一般的な特徴の概略図である。
【図7B】 末端キャップの例示的な実施形態の一般的な特徴の概略図である。
【図7C】 末端キャップの例示的な実施形態の一般的な特徴の概略図である。
【図7D】 末端キャップの例示的な実施形態の一般的な特徴の概略図である。
【図8-1】 固相Xpandomer合成の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図8-2】 固相Xpandomer合成の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図8-3】 固相Xpandomer合成の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図9-1】 固相Xpandomer合成の別の実施形態の工程を要約する概略図である。
【図9-2】 固相Xpandomer合成の別の実施形態の工程を要約する概略図である。
【図10A】 末端キャッピングプロトコル中のポリメラーゼの「短絡」を防ぐための代替戦略を示す概略図である。
【図10B】 末端キャッピングプロトコル中のポリメラーゼの「短絡」を防ぐための代替戦略を示す概略図である。
【図11A】 鏡像化ライブラリ構築物およびXpandomer合成のための使用の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図11B】 鏡像化ライブラリ構築物およびXpandomer合成のための使用の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図11C】 鏡像化ライブラリ構築物およびXpandomer合成のための使用の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図12】 キャップアダプター構築物の一実施形態の一般的な特徴の概略図である。
【図13】 Xpandomerの鏡像化ライブラリを生成するためのワークフローの一実施形態を要約する。
【図14A-1】 DNAアンプリコンの固定化ライブラリを生成する一実施形態の工程を要約した概略図である。
【図14A-2】 DNAアンプリコンの固定化ライブラリを生成する一実施形態の工程を要約した概略図である。
【図14B-1】 DNAアンプリコンの固定化ライブラリを生成する一実施形態の工程を要約した概略図である。
【図14B-2】 DNAアンプリコンの固定化ライブラリを生成する一実施形態の工程を要約した概略図である。
【図15A】 は、鏡像化ライブラリXpandomer産物のための鏡像化鋳型構築物のライブラリの固体合成の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図15B】 は、鏡像化ライブラリXpandomer産物のための鏡像化鋳型構築物のライブラリの固体合成の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図16A】 は、鏡像化ライブラリXpandomer合成のための構築物のライブラリの固体合成の別の実施形態の工程を要約する概略図である。
【図16B】 は、鏡像化ライブラリXpandomer合成のための構築物のライブラリの固体合成の別の実施形態の工程を要約する概略図である。
【図17】 は、異なる固体支持体を使用してXpandomerの鏡像化ライブラリを生成するためのワークフローの一実施形態を要約する。
【図18】 分岐伸長オリゴヌクレオチド構造の一般化された特徴の概略図である。
【図19A】 分岐伸長オリゴヌクレオチドを用いたXpandomerの鏡像化ライブラリの固体合成の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図19B】 分岐伸長オリゴヌクレオチドを用いたXpandomerの鏡像化ライブラリの固体合成の一実施形態の工程を要約する概略図である。
【図20】 プライマー伸長産物を示すゲルである。
【図21A】 プライマー伸長産物を示すゲルである。
【図21B】 ナノポアからの配列決定リードのヒストグラムアラインメントである。
【図22】 末端キャッピングを有するプライマー伸長産物を示すゲルである。
【図23】 末端キャッピングを有するプライマー伸長産物を示すゲルである。
【図24A】 ライブラリ断片に連結された三つ又アダプターの一実施形態を示す概略図である。
【図24B】 ライブラリ断片への三つ又アダプターの連結を示すゲルである。
【図25A】 M3鏡像化ライブラリ構築物を生成するためのM1鏡像化ライブラリ構築物の伸長および消化反応の一実施形態を示す概略図である。
【図25B】 伸長および消化反応の産物を示すゲルである。
【図26A】 M1鏡像化ライブラリ構築物の固体合成の一実施形態を示す概略図である。
【図26B】 M1鏡像化ライブラリ構築物の固体合成の産物を示すゲルである。
【図27】 鏡像化ライブラリXpandomerを合成するための鋳型の一実施形態を示す概略図である。
【図28】 鏡像化ライブラリ構築物の様々な段階の産物を示すゲルである。
【図29】 鏡像化ライブラリXpandomerの配列の一部を示すナノポアトレースである。
【図30】 耐酸性磁気ビーズ上で合成されたXpandomer産物を示すゲルである。
【図31】 耐酸性磁気ビーズ上でのXpandomer産物の合成および処理を示すゲルである。

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