【課題を解決するための手段】
【0005】
本発明の目的は、少ないピペット操作ステップでかつ交差汚染のリスクが減じられた状態で、任意の対象の生体分子から、後で行われる生体分子プロセシングステップを妨げる(1種または複数の)汚染化合物を、簡単かつ効果的に分離させる方法およびデバイスを提供することであった。さらにデバイスは、この手順を自動化させるべきである。
【0006】
この目的は、(i)それぞれが少なくとも1つの開口端を有する少なくとも1つの中空本体(1);(ii)任意の所望の生体分子を汚染する化合物を結合、吸着、吸収、キレート化、または保持する少なくとも1つのタイプの固体またはゲル状材料;(iii)必要に応じて、中空本体の内部の少なくとも1つの多孔質の液体透過性エレメント(4);(iv)必要に応じて、開口端の少なくとも1つを封止するための少なくとも1つの取外し可能な閉鎖デバイス(6)を含むデバイスを提供することによって、適えられる。
【0007】
デバイスはさらに、周囲条件下では液体および固体に対して不透過性であるが外力を加えることによって液体透過性になる少なくとも1つの障壁(5)を好ましくは含む。
【0008】
前記デバイスは、サンプルを含む任意の液体、例えば対象とする生体分子を含む液体サンプルを処理し、かつ/または対象とする生体分子をそのようなサンプルから単離もしくは精製するのに使用することができる。
【0009】
デバイスの中空本体(1)は、プラスチック、金属、ガラス、磁器、または類似のもののような、サンプルの収集、貯蔵、または処理に適切な任意の材料で作製することができ、好ましくは本体は、プラスチックで作製される。特に本体は、好ましくは、ポリプロピレン、ポリエチレン、ポリプロピレン−コポリマー、ポリ塩化ビニル、ポリウレタン、ポリカーボネート、ポリアミド、ポリイミド、ポリスチレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリラクチド、エチレン−ポリ酢酸ビニル、塩化ビニル酢酸ビニルコポリマー、ポリアセタール、ポリエーテルアルコール、酢酸ビニルコポリマー、またはアクリルポリマーのような熱硬化性または熱可塑性樹脂で作製されるが、これらに限定するものではない。
【0010】
中空本体/デバイスの中空本体のそれぞれが少なくとも1つの開口端を有し、これにより、少なくとも1つの端部によって何かを中空本体内に挿入することが可能となり、例えば対象とするサンプルおよび/もしくは任意の液体を挿入することが可能となるか、または中空本体から何かを除去することが可能となるようなことを意味する。好ましくはデバイスは、入口(2)および出口(3)を有し、典型的には入口の開口はデバイスの「上」端にあり、出口の開口はデバイスの「底面」側にある。特に好ましいのは、入口(2)および出口(3)が互いに対向することである。必要に応じてデバイスは、開口の少なくとも1つ、例えば出口(3)もしくは入口(2)を、取外し可能に閉鎖する少なくとも1つの取外し可能な閉鎖デバイス(6)、または全ての開口に対するいくつかの(必要に応じて異なる形状の)閉鎖デバイスをさらに含む。
【0011】
本発明による生体分子は、生物学的サンプル中に存在する任意の分子である。生物学的サンプルは、血液、血漿、血清、白血球画分またはバフィコートのような血液画分、尿、血清、液(liquor)、痰、精液、唾液など、脳、皮膚、筋肉などの任意の器官の組織;鱗屑;スワブ;大便;毛髪、爪、角、または枝角のようなケラチンサンプル;甲皮(carapace)または羽(特に昆虫の);細胞懸濁物または細胞培養物、細胞断片または細胞小器官、例えば葉緑体またはミトコンドリア、小胞、核または染色体;細菌、真菌、もしくは酵母の細胞または断片、任意のタイプのウイルス、ウイロイド、またはプリオンを含むサンプル;穿刺液または組織切片のような組織学的サンプル;組織培養物;植物;植物の部分、細胞、または組織;例えば水、塵埃、空気、または泥サンプルのような、環境から採取されたサンプル;食物サンプル;煙草フィルター、織物サンプル、歯ブラシのような法医学的サンプル;予備精製されまたは予備単離された生体分子などを含む任意の溶液などのようなものであるが、挙げた例に限定することのない、任意の体液もしくは組織またはヒトもしくは昆虫を含む動物とすることができる。
【0012】
したがって生体分子は、DNAまたはRNAのような任意の核酸であり、特に直鎖状、分岐状、または環状の、一本鎖または二本鎖核酸、より具体的にはmRNA、siRNA、miRNA、snRAN、tRNA、hnRNA、またはリボザイム、ゲノムDNA、プラスミドDNA、またはオルガネラDNA;任意のヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、またはポリヌクレオチド、さらに合成の、改変された、もしくは標識されたオリゴもしくはポリヌクレオチド;ハイブリダイゼーション用の、PCR−プライマー、短鎖DNAまたはRNA断片;PNA(ペプチド核酸);標識されていないまたは標識された抗体、受容体、ホルモン、成長因子、ならびに改変タンパク質、核酸、感染由来のタンパク質およびペプチドを含む、任意のタンパク質、ペプチド、またはアミノ酸;代謝産物、任意の脂質;糖(モノマー、オリゴマー、またはポリマー);プロテオグルカン;任意の低分子量経路産物、シグナル分子、受容体、または酵素アクチベータもしくはインヒビター;剤、薬物、および薬物の代謝産物、対象とする薬物または任意のその他の生体分子である。
【0013】
汚染物質と見なされる化合物は、微粒子の手法では望ましくないような化合物である。例えば、あるタイプの生体分子を対象とし、例えば核酸を単離するものとする場合、その他全てのタイプの生体分子ならびにこの手法のための任意のさらなる化合物は、汚染物質と見なすことができる。特にそのような化合物は、対象とする生体分子の任意のその後の処理または検出を妨げる汚染物質と見なすことができる。汚染物質についての例は、メラニン、ユーメラニン、ヘモグロビン、イムノグロビン、ミオグロビン、プロテイナーゼ、フミン酸または誘導体、金属イオン、尿素、着色剤または色素、多糖、二次植物代謝産物、エンドトキシン、胆汁酸、タンニン剤(tannic agent)、さらに、従った手法で望ましくないと考えられる、上記にて引用されたその他の生体分子である。
【0014】
本発明によれば、中空本体(1)の内部に、デバイスは、所望の(1種または複数の)生体分子を汚染する望ましくない化合物を結合、吸収、吸着、キレート化、または保持する少なくとも1つのタイプの固体またはゲル状マトリックスを有する。例えば、デバイスは、サンプル組成物の特定のもしくは不特定の結合、吸収、吸着、もしくはキレート化のための結合マトリックス、吸収マトリックス、吸着マトリックス、もしくはキレート化マトリックス、汚染物質を保持する濾過材料、細胞を溶解しもしくは細胞成分を結合するためのビーズ、または、対象とする生体分子ではなく汚染物質を保持する限りにおいて、生体分子の単離もしくは精製に一般に使用される任意のその他の構成要素を含んでいてもよい。特に好ましいのは、マトリックスが、生物学的サンプルの望ましくない化合物を吸着、吸収、キレート化、または結合する微粒子固体材料であるのに対し、対象とする(1種または複数の)生体分子は本質的に吸着、吸収、および結合もなされないことである。1つの好ましい固体微粒子マトリックスは、イオン交換によって化合物を精製し、例えば金属イオン、特に遷移金属イオンをキレート化する、キレート化樹脂を含みまたはこのキレート樹脂からなる。そのような一般に公知の樹脂は、DNAまたはRNAの単離に適切に使用されるChelex 100(Biorad)という名称で販売されたイミノ二酢酸基を含むスチレン−ジビニルベンゼン樹脂であり、核酸は前記樹脂に結合しない。さらに、例えばアガロース、Sephacryl樹脂、シリコーン;ラテックス;多糖、セルロースエーテルおよび誘導体、熱硬化性もしくは熱可塑性ポリマー、金属、またはビーズ、フィルム、箔、粒子などのようなさらなる固体マトリックスのような、任意の不活性材料を使用してもよい。前記材料は、その(1つまたは複数の)表面に、望ましくない汚染物質のいずれかに選択的に結合する官能基を含んでいてもよい。さらなる好ましいマトリックスは、イオン交換マトリックスまたは生物学的化合物に特異的な結合部位を含むマトリックスを含みまたはそのようなマトリックスからなる。マトリックスはさらに、例えばシリカ、多糖、または任意のその他の適切な材料の、織りの、もしくは不織の繊維またはフリースを含んでいてもよい。
【0015】
汚染物質を所望の生体分子から分離するのに適切なマトリックスは、さらに、HIC粒子(疎水性相互作用クロマトグラフィー粒子、Dionex Corp.、USA)、陽イオンまたは陰イオン交換材料;アガロースのようなサイズ排除材料;ゲル濾過材料;例えばハイドロキシアパタイト、ベントナイト、ゼオライト、カオリナイト、珪藻岩、またはシリカのような処理された鉱物のような鉱物;InhibitEX(登録商標)(Qiagen、Hilden、ドイツ)、IDA(イミノ二酢酸)、NTA(ニトリロ酢酸)、および挙げた最後の2種のものの誘導体、IDAもしくはNTA基またはそれらの誘導体を有する樹脂またはその他の基材、EDTA、特異的な抗体、アンフィポール;チャコール、PVP(ポリビニルピロリドン);超吸収ポリマー;BLOTTO(Bovine Lacto Transfer Technique Optimizer)と呼ばれる無脂肪乳カクテル(S.H. De Boer
*(1995年)Nucleic Acids Research、1995年、23巻、13号 2567〜2568頁);多糖、例えばキトサン(chitosane)、デンプン、グリコーゲン、セルロース、またはそれらの誘導体;特異的な抗体または酵素のようなタンパク質を含むことができまたはこれらからなることができるが、挙げた例に限定するものではない。
【0016】
引用されたマトリックス材料の全ては(独立して)、例えば粉末、粒子、ビーズ、顆粒、球、フリース、(1つまたは複数の)膜、フィルターの形態、または生物学的サンプルと接触するようになる任意のその他の適切な形態で、中空本体(1)の内部に存在することができる。さらに、逆相クロマトグラフィーに適切な材料を使用してもよい。
【0017】
本発明のデバイスの中空本体(1)は、いくつかの区画を含むことができ、例えば前記中空本体(1)は、少なくとも1つの液体透過性エレメント(4)、または周囲条件下では液体および固体に対して不透過性であるが外力を加えることによって液体透過性になる障壁(5)であって、中空本体(1)の内部側壁の全てと接触しており前記側壁と同一平面にあり、もしくは側壁と同一平面にあるホルダー(7)内に配置される障壁(5)によって、区画に分けられる。液体透過性エレメント(4)、障壁(5)、またはホルダー(7)の間に残っている任意の隙間は、適切な封止材料で封止することができる。
【0018】
好ましくは、デバイスは、少なくとも1つの液体透過性エレメント(4)と、周囲条件下では液体および固体に対して不透過性であるが外力を加えることによって液体透過性になる少なくとも1つの障壁(5)とをさらに含む。
【0019】
中空本体(1)は、上記にて引用された少なくとも1つのタイプの固体またはゲル状マトリックスを含んでいてもよく、これは、上記にて引用されたマトリックスの、1つの選択されたタイプのマトリックス、もしくはマトリックスの混合物を、1つの区画内に含むこと、または上記にて引用されたマトリックス材料から独立して選択された、前記マトリックスの1つ超を、中空本体(1)の内部のいくつかの区画内に含んでもよいことを意味する。
【0020】
好ましくは、固体マトリックスを含む任意の区画は、少なくとも1つの液体透過性エレメント(4)によって境界が定められており、任意のさらなる(1つまたは複数の)区画へのまたはデバイスの出口(3)への任意の液体移動とは無関係に、区画内に固体マトリックスが保持されている。本発明の好ましい実施形態では、デバイスの中空本体(1)は、内部に、好ましくは多孔質のフリット、フィルター、フリース、繊維マトリックス、または膜のような少なくとも1つの液体透過性エレメント(4)を含む。(1つまたは複数の)前記液体透過性エレメント(4)は主に、溶出から、中空本体の区画の少なくとも1つに含まれる任意の固体材料を留めるが、任意の液体および溶解成分をエレメント(4)へと通過させる機能を有する。したがって、例えば液体サンプルの一部を任意の固体サンプル部分から分離することができ、または液体サンプルを、デバイス内に含まれ保持されたクロマトグラフィーマトリックス、濾過マトリックス、キレート化マトリックス、もしくは結合マトリックスにより精製することができる。(1つまたは複数の)前記液体透過性エレメント(4)は、好ましくは、中空本体(1)の内部側壁の全てと接触しかつ前記側壁と同一平面にあり、もしくは側壁と同一平面にあるホルダー(7)内に配置され、かつ/または液体透過性エレメント(4)もしくはホルダー(7)の間に残っている任意の隙間は、適切な封止材料で封止することができる。
【0021】
デバイスが、いくつかの区画、例えば2、3、または4つの区画を含む場合、それらの少なくとも1つは、上記にて引用された結合マトリックス、吸収マトリックス、吸着マトリックス、またはキレート化マトリックスの少なくとも1つのタイプで充填されるのに対し、その他の区画の少なくとも1つは、好ましくは上記にて引用されたものから選択された、結合マトリックス、吸収マトリックス、吸着マトリックス、もしくはキレート化マトリックスの任意のさらなるタイプで、または任意の液体もしくは溶液で充填されることが好ましい。さらに、中空本体(1)の任意の区画は、上記にて引用された固体またはゲル状マトリックスのいずれかと液体または溶液との混合物を含むことができ、例えば中空本体は、任意の液体または溶液中に懸濁されまたは分散されたマトリックスを含む。
【0022】
液体または溶液は、水、任意の水性緩衝液、細胞培養培地、栄養分溶液、有機溶媒、もしくは任意の反応溶液、またはそれらの混合物のような、任意の水性または有機ベースの液体または溶液とすることができる。好ましくは、溶液は水性緩衝液であり、緩衝液は特定の緩衝液に限定されないが、好ましくは細胞処理で一般に使用される、特に生体分子単離法中に使用される、緩衝液のいずれかであり、または溶液は、細胞培養培地もしくは栄養分溶液である。
【0023】
特に、デバイスの中空本体(1)が液体、緩衝液、または溶液を含みまたは液体、緩衝液、または溶液と共に使用されることが意図される場合、中空本体(1)はさらに、周囲条件下では液体および固体に対して不透過性であるが外力を加えることによって液体透過性になる少なくとも1つの障壁(5)を含んでいてもよく、前記液体、溶液、または緩衝液は、前記少なくとも1つの障壁(5)によって漏れが防止され、これは液体、溶液、または緩衝液が2つの障壁(5)の間にあるということか、液体が1つの障壁(5)によって保持され、デバイスが少なくとも1つの閉鎖デバイス(6)を含むことを意味する。デバイスはさらに、いくつかの独立して選択された液体を、いくつかの区画内に含有することができる。
【0024】
そのような障壁(5)は、好ましくは、周囲条件下では液体および固体に対して不透過性であるが外力、好ましくは圧力、抗力、または推進力を加えることによって、液体透過性になる材料からなる。前記少なくとも1つの障壁(5)は、中空本体(1)の内部側壁の全てと接触しかつ前記側壁と同一平面にあり、または側壁と同一平面にあるホルダー(7)内に配置される。障壁(5)またはホルダー(7)の間に残っている任意の隙間は、適切な封止材料で封止することができる。そのような障壁(5)も同様に、中空本体(1)を少なくとも2つの区画に分割することができる。
本明細書は、例えば、以下を提供する。
(項目1)
(i)それぞれが少なくとも1つの開口端を有する少なくとも1つの中空本体(1);
(ii)任意の所望の生体分子を汚染する化合物を結合、吸着、吸収、キレート化、または保持する、少なくとも1つのタイプの固体またはゲル状マトリックス材料;
(iii)必要に応じて、該中空本体の内部の少なくとも1つの多孔質の液体透過性エレメント(4);
(iv)必要に応じて、該開口端の少なくとも1つを封止するための少なくとも1つの取外し可能な閉鎖デバイス(6)
を含むデバイス。
(項目2)
(i)それぞれが入口(2)および出口(3)を有する少なくとも1つの中空本体(1);
(ii)任意の所望の生体分子を汚染する化合物を結合、吸着、吸収、キレート化、または保持する少なくとも1つのタイプの固体またはゲル状マトリックス材料;
(iii)該出口(3)の上方に配置された、好ましくは多孔質のフリット、フィルター、フリース、繊維マトリックス、または膜のような少なくとも1つの液体透過性エレメント(4);
(iv)必要に応じて、該中空本体の該入口(2)および/または該出口(3)を封止するための少なくとも1つの取外し可能な閉鎖デバイス(6);
(v)必要に応じて、該出口(3)の上方に配置されまたは(1つまたは複数の)該液体透過性エレメント(4)の少なくとも1つに隣接して配置され、周囲条件下では液体および固体に対して不透過性であるが外力を加えることによって液体透過性になる少なくとも1つの障壁(5);ならびに
(vi)必要に応じて、該出口(3)を通過した後に移動相(溶出液)を収集するための少なくとも1つの収集管
を含む、項目1に記載のデバイス。
(項目3)
上記固体またはゲル状材料が、粉末、粒子、ビーズ、顆粒、球、フリース、または少なくとも1つの膜の形態で提供されることを特徴とする、項目1または2に記載のデバイス。
(項目4)
上記マトリックスが、キレート化樹脂、陽イオンまたは陰イオン交換マトリックス材料;望ましくない化合物、シリカ、多糖、HIC粒子に対する特異的結合部位を含むマトリックス;サイズ排除材料;ゲル濾過材料;鉱物;シリカ;InhibitEX(登録商標);ID;NTA、および挙げた最後の2種のものの誘導体、IDAもしくはNTA基またはそれらの誘導体を有する樹脂またはその他の基材;EDTA;特異的な抗体;アンフィポール;チャコール;PVP;超吸収ポリマー;無脂肪乳カクテル;キトサン、デンプン、グリコーゲン、セルロース、またはそれらの誘導体のような多糖から選択されることを特徴とする、項目1から3のいずれかに記載のデバイス。
(項目5)
上記中空本体(1)が、周囲条件下では液体および固体に対して不透過性であるが外力を加えることによって液体透過性になる少なくとも1つの障壁(5)をさらに含むことを特徴とする、項目1から4のいずれかに記載のデバイス。
(項目6)
上記液体透過性が、好ましくは上記障壁(5)を破壊し、穿刺し、破裂させ、または切断することによって不可逆的になる、項目5に記載のデバイス。
(項目7)
上記中空本体(1)が、少なくとも部分的に円筒状または円錐状であることを特徴とする、項目1から6のいずれかに記載のデバイス。
(項目8)
反応管、反応カップ、収集管、収集容器、カラム本体、スピンカラム、遠心分離管、微小遠心分離管、特に、区画化された容器、例えば管、カップ、フラスコ、クロマトグラフィーカラム、スピンカラム、プラスチックシリンジ、マルチウェルプレート、マルチウェルブロック、マルチウェルカラムプレート、フラスコ、ボトル、カップ、フィオール(phiol)、収集または遠心分離ベッセルを表す、項目7に記載のデバイス。
(項目9)
液体含有サンプルを処理するための、または生体分子もしくは生体分子含有サンプルを処理もしくは単離するための、好ましくは液体サンプルから生体分子を単離および/もしくは精製するための、項目1から8のいずれかに記載のデバイスの使用。
(項目10)
少なくとも1つの液体透過性エレメント(4)を、少なくとも1つの開口端を有する中空本体(1)の内部に配置するステップであって、少なくとも1つのエレメント(4)が、好ましくは該中空本体(1)の1つの開口端に近接しているステップと、その後、任意の所望の生体分子を汚染する化合物を結合、吸着、吸収、キレート化、または保持するが該生体分子には本質的にそうしない固体またはゲル状マトリックス材料を、少なくとも部分的に該中空本体に充填するステップとを含む、項目1から8のいずれかに記載のデバイスを調製するための方法。
(項目11)
上記液体透過性エレメントは、該エレメント(4)が上記中空本体(1)に正確に取り付けられ該中空本体の側壁全てと同一平面にあるように、該中空本体の内部に配置され、または、該中空本体に正確に取り付けられ該中空本体の側壁全てと同一平面にあるホルダー(7)内に配置され、残っている任意の隙間に封止材料を充填できることを特徴とする、項目10に記載の方法。
(項目12)
少なくとも1つのタイプの生体分子を含むサンプルから、対象とする少なくとも1つの生体分子を単離または精製するための方法であって、
(a)対象とする該生体分子の任意の汚染物質を濾過によって結合、吸収、吸着、キレート化、または保持するが該生体分子には本質的にそうしない少なくとも1つの固体またはゲル状マトリックスを含む上記のデバイスの中空本体(1)の内部に該サンプルを配置するステップであって、該サンプルが液体サンプルであり、または該サンプルが、該中空本体の内部に該サンプルを配置する前もしくは後に任意の液体と接触し、または該中空本体が、該サンプルが該デバイス内に配置された場合に該サンプルと接触するようになる液体を含むステップと、
(b)必要に応じて、該中空本体(1)の内部の該サンプルをインキュベートするステップと、
(c)外力、好ましくは圧力、抗力、または推進力を該デバイスに加え、その結果、対象とする該生体分子が隣の区画にまたは該中空本体(1)の出口(3)に移送されるステップと、
(d)対象とする該生体分子を含む溶出液を収集するステップと
を含む方法。
(項目13)
上記デバイスの上記中空本体(1)が、2、3、4、5、または6つの液体透過性エレメント(4)または障壁(5)を含み、その結果、所望の生体分子の任意の汚染物質を結合、吸収、吸着、もしくはキレート化するが該生体分子には本質的にそうしない異なるタイプの固体もしくはゲル状マトリックス、および/または任意の液体、溶液、もしくは緩衝液を必要に応じて含む、該中空本体(1)の3、4、5、6、または7つの区画が得られ、含まれる該エレメント(4)または障壁(5)の全てを越えかつ対象とする該生体分子を含有する溶出液が得られるように単離または精製プロセス中に必要な頻度でステップ(b)および/または(c)を繰り返す、項目12に記載の方法。
(項目14)
上記デバイスの上記中空本体(1)の上記区画の少なくとも1つが、上記生体分子を含むサンプルが添加される前に任意のさらなる固体マトリックスおよび/または少なくとも1種の液体を含む、項目12または13に記載の方法。
(項目15)
少なくとも1つのタイプの生体分子を含むサンプルから、対象とする少なくとも1つの生体分子を単離または精製するための方法であって、
(a)対象とする生体分子を含む生物学的サンプルを、所望の生体分子の少なくとも1つのタイプの汚染物質を濾過によって結合、吸収、吸着、キレート化、または保持するが該生体分子には本質的にそうしない少なくとも1つの固体またはゲル状マトリックス材料と接触させるステップと、
(b)その後、該マトリックスを含む全サンプルを、中空本体(1)を有しかつ該中空本体(1)の内部に少なくとも1つの液体透過性エレメント(4)を有するデバイス内に移送するステップと、
(c)外力、好ましくは圧力、抗力、または推進力を該デバイスに加え、その結果、対象とする該生体分子が該中空本体(1)の隣の区画にまたは該中空本体(1)の出口(3)に移送されるステップと、
(d)対象とする該生体分子を含む溶出液を収集するステップと
を含む方法。
(項目16)
生物学的サンプルを処理するための、または生物学的サンプルから生体分子を精製および/もしくは単離するためのキットであって、項目1から8のいずれかに記載のデバイス、または中空本体(1)と、その内部にある少なくとも1つの液体透過性エレメント(4)と、さらなる容器内にある、所望の該生体分子の少なくとも1つのタイプの汚染物質を濾過によって結合、吸収、吸着、キレート化、もしくは保持するが該生体分子には本質的にそうしない固体もしくはゲル状マトリックス材料とを含むデバイスを含むキット。