特開2016-195604IP Force 特許公報全文掲載

技術分野

本出願は、2011年12月8日に出願された米国特許仮出願第61/568,513号、および2012年3月28日に出願された米国特許仮出願第61/616,535号の優先権を主張する。本出願および本明細書に論じられた他のすべての外因材料は、それらの全体が参照によって組み込まれる。組み込まれた参照における用語の定義または使用が、本明細書に提供されたその用語の定義と矛盾する、または相容れない場合は、本明細書に提供されたその用語の定義を適用し、参照におけるその用語の定義は適用しない。 本発明の分野は分子診断であり、特に、ゲノム再構成の解析および同定

要約特許出願時に添付された[要約書]

【課題】ゲノムデータを解析する方法であって、発癌遺伝子MDM2を含む二重微小(DM)染色体およびその方法の提供。
【解決手段】企図したシステムおよび方法により、ペアエンド配列解析および分離リード精緻化を使用する、計算ゲノム解析が可能になり、それによって高いコピー数および再構成の方向に関連付けられた高信頼度の切断点を同定し、次いでこれはDMの完全な再構築に対する基礎になる。特に好ましい態様では、DMは腫瘍遺伝子もしくは腫瘍抑制遺伝子も含み、かつ/または血液もしくは血液由来の液内に見出され得る。
【選択図】図6

発明が解決しようとする課題[発明の詳細な説明]から抜粋

DMは、もともと30年以上前に同定されたという事実にもかかわらず、DMの包括的な配列解析が行われたという文献による証拠がない。したがって、改良された診断方法、特にDMの存在に関連付けることができる腫瘍性組織の遺伝子解析のための改良された方法が、依然として必要とされている。

課題を解決するための手段[発明の詳細な説明]から抜粋

本発明の主題は、通常、腫瘍に関連した高度に増幅された腫瘍遺伝子を含む、損傷していないDMを完全に再構築するために、全ゲノムのペアエンド配列解析が、高信頼度の切断点および関連した高いコピー数の同定を介して、遺伝子の再構成の迅速で包括的な同定をできる方法および計算システムに向けられる。

この発明についての権利主張の範囲[特許請求の範囲]

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この特許公報に記載されている図面[図面の簡単な説明]から抜粋

【図1】図1は、本発明の主題に係る、推定構造の異形(変異)の初期の同定を表す例示的なグラフである。

【図2】図2は、図1の推定構造異形における切断点の精緻化した解析を表す例示的なグラフである。

【図3】図3は、本発明の主題に係る例示的な切断点グラフである。

【図4】図4は、体細胞の切断点に関するリード支援の例示的なヒストグラムである。

【図5】図5は、高いコピー数および高度にサポート(支援)された切断点を表す例示的なゲノムブラウザディスプレイである。

【図6】図6は、図5に示したデータ、および、切断点グラフに関する環状ソリューションの詳細な図である。

【図7】図7は、染色体7および12上の高いコピー数および高度にサポートされた切断点を表す例示的なゲノムブラウザディスプレイを示す。

【図8】図8は、図7に示した選択データおよび切断点グラフの環状ソリューションの詳細な図である。

【図9】図9は、本発明の主題に係るゲノム解析のための設定およびシステムを例示的に示す概略図である。

【図10A-1】図10A−1は、第一の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図10A-2】図10A−2は、第一の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図10B-1】図10B−1は、第一の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図10B-2】図10B−2は、第一の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図11A-1】図11A−1は、第二の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図11A-2】図11A−2は、第二の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図11B-1】図11B−1は、第二の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図11B-2】図11B−2は、第二の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図12A-1】図12A−1は、さらに別の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図12A-2】図12A−2は、さらに別の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

【図12B】図12Bは、さらに別の腫瘍試料における再構成パターンおよび対応する環状ソリューションの例示的な図である。

選択図 図6出願人が指定した本件の代表的な図

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