特開2020-39343IP Force 特許公報全文掲載

技術分野

本願は、係属中である2012年10月9日出願の米国特許仮出願番号第61/711,491号、2012年11月26日出願の米国特許仮出願番号第61/729,958号、および2013年1月18日出願の米国特許仮出願番号第61/754,175号の優先権を主張するものである。 本発明の分野は、オミックスデータのコンピュータ解析、特に、経路解析の学習アルゴリズムおよび経路解析の使用

要約特許出願時に添付された[要約書]

【課題】生物学的経路の調節相互作用の学習および同定用のシステムならびに方法を提供する。
【解決手段】経路モデルが、複数の経路要素を含み、少なくとも2つの経路要素が進路を介して互いに結合し、調節ノードが複数の調節型パラメータの関数として、前記進路に沿って活性を調節し、オミックス入力インターフェースを介して、DNA配列情報、RNA発現情報、タンパク質情報およびタンパク質活性情報を含むオミックスデータセットの少なくとも1つを取得することと、オミックス処理システムを介して経路モデルにアクセスすることと、前記オミックス処理システムを介して、前記オミックスデータセットの少なくとも1つおよび前記経路モデルに基づいて、前記複数の調節型パラメータの少なくとも1つの相互作用の相関を推測することと、前記相互作用の相関を使用して前記複数の調節型パラメータの少なくとも1つの影響を定量化すること、とを含む方法。
【選択図】図1

発明が解決しようとする課題[発明の詳細な説明]から抜粋

課題を解決するための手段[発明の詳細な説明]から抜粋

この発明についての権利主張の範囲[特許請求の範囲]

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この特許公報に記載されている図面[図面の簡単な説明]から抜粋

【図1】本発明の対象に係る学習エンジンの例示的概略図である。

【図2】図2Aは、本発明の対象に係る因子のグラフ構造の例示的概略図である。図2Bは、転写、翻訳、および活性ノードの代替的な調節モデルを表す。

【図3】図3Aは、TCGAコホート全体を通して学習された各相互作用のWPMIベクターの主成分分析法(PCA)の例示的なグラフである。図3Bは、本経路の活性および阻害としてラベル化した重要なリンクのクラスターメンバーシップを例示する。図3Cは、クラスターの質量中心のWPMI値のヒートマップであり、強力な阻害から強力な活性までの範囲を示す。

【図4】図4Aおよび4Bは、有益(informative)(4A)および平坦な(4B)初期化の下、重要なリンクのWPMI値のクラスターメンバーシップのバーのプロットを示す。

【図5】図5Aは、完全な条件付き確率を学習する各EMステップの実行時に以下の試験を失敗する固有の子ノードのパーセンテージを表す例示的なグラフである。図5Bは、コヒーレント対インコヒーレントの三つの組の例示的な概略例である。

【図6】図6A〜6Cは、異なる解析方法を使用した経路解析のカプラン・マイヤーの生存曲線を表す例示的なグラフである。

【図7】図7は、G−スコアランクのヒートマップの例示的に表す。

【図8A】図8A〜8Bは、PPARA−RXRAおよびTAp73aからの活性化リンクの組織により分類されるWPMIシグナルを表す例示的な箱ひげ図である。

【図8B】図8A〜8Bは、PPARA−RXRAおよびTAp73aからの活性化リンクの組織により分類されるWPMIシグナルを表す例示的な箱ひげ図である。

選択図 図1出願人が指定した本件の代表的な図

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