特許第5773535号(P5773535)IP Force 特許公報掲載プロジェクト 2022.1.31 β版

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特許5773535インターフェロンに非応答性のHCV患者の治療のための医薬組成物
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】5773535
(24)【登録日】2015年7月10日
(45)【発行日】2015年9月2日
(54)【発明の名称】インターフェロンに非応答性のHCV患者の治療のための医薬組成物
(51)【国際特許分類】
   A61P 31/14 20060101AFI20150813BHJP
   A61P 1/16 20060101ALI20150813BHJP
   A61P 29/00 20060101ALI20150813BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20150813BHJP
   A61K 38/21 20060101ALI20150813BHJP
   A61K 31/7056 20060101ALI20150813BHJP
   A61K 31/7088 20060101ALI20150813BHJP
   A61K 31/7105 20060101ALI20150813BHJP
   A61K 31/711 20060101ALI20150813BHJP
   A61K 45/00 20060101ALI20150813BHJP
   C12N 15/113 20100101ALI20150813BHJP
【FI】
   A61P31/14
   A61P1/16
   A61P29/00
   A61P43/00 121
   A61K37/66 G
   A61K37/66 F
   A61K31/7056
   A61K31/7088
   A61K31/7105
   A61K31/711
   A61K45/00
   C12N15/00 GZNA
【請求項の数】16
【全頁数】101
(21)【出願番号】特願2012-506632(P2012-506632)
(86)(22)【出願日】2010年4月26日
(65)【公表番号】特表2012-524539(P2012-524539A)
(43)【公表日】2012年10月18日
(86)【国際出願番号】IB2010051822
(87)【国際公開番号】WO2010122538
(87)【国際公開日】20101028
【審査請求日】2013年3月11日
(31)【優先権主張番号】61/172,486
(32)【優先日】2009年4月24日
(33)【優先権主張国】US
(73)【特許権者】
【識別番号】504013269
【氏名又は名称】ロシュ・イノベーション・センター・コペンハーゲン・アクティーゼルスカブ
【氏名又は名称原語表記】Roche Innovation Center Copenhagen A/S
(74)【代理人】
【識別番号】100081422
【弁理士】
【氏名又は名称】田中 光雄
(74)【代理人】
【識別番号】100084146
【弁理士】
【氏名又は名称】山崎 宏
(74)【代理人】
【識別番号】100122301
【弁理士】
【氏名又は名称】冨田 憲史
(74)【代理人】
【識別番号】100157956
【弁理士】
【氏名又は名称】稲井 史生
(74)【代理人】
【識別番号】100170520
【弁理士】
【氏名又は名称】笹倉 真奈美
(72)【発明者】
【氏名】エリーザベト・ヒルデブラント−エリクセン
(72)【発明者】
【氏名】アンドレアス・ペトリ
(72)【発明者】
【氏名】サカリ・カウッピネン
(72)【発明者】
【氏名】ニルス・アブラハムセン
(72)【発明者】
【氏名】ロバート・ランフォード
【審査官】 菅原 洋平
(56)【参考文献】
【文献】 国際公開第2007/112753(WO,A2)
【文献】 国際公開第2007/112754(WO,A2)
【文献】 国際公開第2008/095907(WO,A1)
【文献】 特開平06−279309(JP,A)
【文献】 特表2007−536242(JP,A)
【文献】 特表2005−517427(JP,A)
【文献】 特開2008−247818(JP,A)
【文献】 ELMEN JOACIM,LNA-MEDIATED MICRORNA SILENCING IN NON-HUMAN PRIMATES,NATURE,2008年 4月,V452 N7189,P896
【文献】 Sarasin-filipowicz M. et al.,nature medicine,2009年 1月,Vol.15, No.1,pp.31-33
【文献】 Tai A.W. et al.,Journal of hepatology,2009年 2月,Vol.50,pp.412-420
【文献】 LANFORD ROBERT E,THERAPEUTIC SILENCING OF MICRORNA-122 IN PRIMATES WITH CHRONIC HEPATITIS C VIRUS INFECTION,SCIENCE,2010年 1月 8日,V327 N5962,P198-201
【文献】 JOPLING CATHERINE L,MODULATION OF HEPATITIS C VIRUS RNA ABUNDANCE BY A LIVER-SPECIFIC MICRORNA,SCIENCE,米国,AMERICAN ASSOCIATION FOR ADVANCEMENT OF SCIENCE,2005年 9月 1日,V309 N5740,P1577-1581
(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
C12N 15/00−15/90
A61K
A61P
JSTPlus/JMEDPlus/JST7580(JDreamIII)
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
HCV感染対象におけるHCV感染の治療のためのマイクロRNA−122アンタゴニストを含む医薬組成物であって、該HCV感染対象がインターフェロン非応答者である組成物
【請求項2】
HCV感染対象がさらに有効量のインターフェロンで治療される、請求項1記載の医薬組成物
【請求項3】
インターフェロンがペグ化インターフェロン−アルファである、請求項2記載の医薬組成物
【請求項4】
HCV感染対象がさらに有効量のリバビリンで治療される、請求項1〜3のいずれか1項記載の医薬組成物
【請求項5】
対象が肝臓移植患者である、請求項1〜4のいずれか1項記載の医薬組成物
【請求項6】
マイクロRNA−122アンタゴニストがマイクロRNA−122を標的とするアンチセンスオリゴマーであり、該オリゴマーが7〜25連続ヌクレオチド長を有する、請求項1〜5のいずれか1項記載の医薬組成物
【請求項7】
マイクロRNA−122を標的とするオリゴマーが2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマー、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択されるアフィニティー増強性ヌクレオチドアナログの混合物を含むミキシマーである、請求項記載の医薬組成物
【請求項8】
ヌクレオチドアナログが独立して、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択される、請求項7記載の医薬組成物
【請求項9】
オリゴマーが2’フルオロおよび2’MOEヌクレオチドを含む、請求項8記載の医薬組成物
【請求項10】
マイクロRNA−122を標的とするオリゴマーがRNAまたはDNAを含まない、請求項7記載の医薬組成物
【請求項11】
オリゴマーが本質的にRNaseHを動員できない、請求項6〜10のいずれか1項記載の医薬組成物
【請求項12】
オリゴマーがLNAおよびDNA単位を含む、請求項6記載の医薬組成物
【請求項13】
オリゴマーが8〜17ヌクレオチド長である、請求項12記載の医薬組成物
【請求項14】
オリゴマーが5’−CcAttGTcaCaCtCC−3’であり、ここに、大文字はベータ−D−オキシ−LNA単位を示し、小文字はDNA単位であり、LNAシトシンは5−メチルシトシンであり、全てのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートである、請求項6記載の医薬組成物
【請求項15】
対象が、対象に対する組成物の少なくとも2回の連続的な投与を含む投与計画に付され、ここに、該少なくとも2回の連続的な投与間の投与間隔は、少なくとも2週であって、20週以内であってもよい、請求項〜14のいずれか1項記載の医薬組成物
【請求項16】
インターフェロン非応答対象をインターフェロン応答性にするための、マイクロRNA−122アンタゴニストを含む医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
発明の分野
本発明は、インターフェロン調節遺伝子をダウンレギュレートする薬物に感受性のある患者の治療のための化合物、組成物および方法を提供する。特に、本発明は、マイクロRNA−122の活性を修飾するオリゴヌクレオチドを含む組成物に関連し、該組成物は、例えば霊長類において、例えば治療を必要とするヒトにおいて、細胞中のインターフェロン調節遺伝子(IRG)をダウンレギュレートするために製造される。本発明は、さらに、本発明の組成物を霊長類、好ましくはヒトに提供する治療法に関連し、ここに、該組成物は、インターフェロン非応答性と考えられるHCVに罹患している個体に投与する。さらに、肝臓移植したインターフェロン治療患者における臓器拒絶の治療のための組成物が提供される。
【背景技術】
【0002】
関連出願
本願は、米国仮出願番号第、61/172,486号(2009年4月24日出願)の優先権を主張し、出典明示により全体として本明細書の一部とされる。
【0003】
発明の背景
C型肝炎ウイルス(HCV)感染は、世界人口の約3%を冒し、しばしば、硬変および肝細胞癌をもたらす。ペグ化(pegylated)インターフェロンおよびリバビリン(ribavirin)による現行の治療法は、深刻な副作用を導き、患者の50%未満においてウイルス根絶を提供する。
【0004】
マイクロRNA(miRNA)は、発達および疾患において重要な役割を果たす小型調節RNAであり1−3、かくして、治療的介入の標的の可能性のある新規なクラスを代表する。げっ歯類におけるmiRNAのサイレンシングにおける近年の進歩にもかかわらず5,6、イン・ビボでのマイクロRNAの配列特異的なアンタゴニズムのための有効かつ安全なアプローチの開発は、今だ、有意な科学的かつ治療的な挑戦である。さらに、霊長類におけるmiRNA拮抗作用の報告はない。ここに、発明者らは、非コンジュゲート型セーライン処方のロックド(Locked)核酸修飾オリゴヌクレオチド(LNA−antimiR)の単純な全身性デリバリーが、非ヒト霊長類において、肝臓に発現したマイクロRNA−122を効果的に拮抗することを示す。アフリカミドリザルに3または10mg/kgのLNA−antimiRを静脈内注射により急性投与すると、霊長類肝細胞の細胞質におけるLNA−antimiRの取り込みおよびLNA−antimiRとmiR−122との間の安定なヘテロ2本鎖の形成がもたらされた。これには、成熟miR−122の涸渇および血漿コレステロールの用量依存性低下が不随した。miR−122の効率の良いサイレンシングは、霊長類において、10mg/kg LNA−antimiRの3回の投与により、研究動物においてLNA−関連毒性または組織病理学的変化のいずれの証拠も伴わずに、全血漿コレステロールの長期かつ可逆的な減少を導くことによって達成された。発明者らの知見は、げっ歯類及び霊長類におけるマイクロRNA機能の研究において、全身的に投与されたLNA−antimiRsの有用性を明らかにし、疾患に関連するマイクロRNAのための新規なクラスの治療剤としてかかる化合物の可能性を支持する。MiR−122は、肝臓特異的マイクロRNAであり、脊椎動物内でよく保存されている。MiR−122は、コレステロール代謝に関与し(Esauら、2005)、近年、miR−122が培養細胞においてC型肝炎(HCV)複製に重要であることが示された(Joplingら、2005)。
【0005】
miR−122の配列は、種々の哺乳動物種間でよく保存されている(mirbase, Sanger Center, UK)。
>hsa−miR−122 MIMAT0000421
UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG
>mmu−miR−122 MIMAT0000246
UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG
>rno−miR−122 MIMAT0000827
UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG
>dre−miR−122 MIMAT0001818
UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG
>xtr−miR−122 MIMAT0003585
UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGU
>gga−miR−122 MIMAT0001190
UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUGU
>bta−miR−122 MIMAT0003849
UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG
【0006】
Joplinらはまた、オリゴヌクレオチドによるmiR−122の遮断が、イン・ビトロでのHCVゲノム複製を阻害することを示す。miR−122は、ウイルスの5’UTRおよび3’UTRにおいて標的配列と相互作用し、これらの部位における変異がウイルス複製を減少させる。5’UTRおよび3’UTR miR−122標的部位はどちらも、HCV遺伝子型1a、1b、2、3、4、5、および6において保存されている。このことは、miR−122を遮断することによって、全てのHCV遺伝子型複製を減少させることができることを示唆する。また、近年、遺伝子型2の複製が、miR−122を標的とすることによって相補的オリゴヌクレオチドで遮断されることが示されている(Randallら、PNAS 2007)。全感染者の約70%が慢性感染を確立する。HCVに対する現行の抗ウイルス治療は、インターフェロンとリバビリンの組み合わせからなり、幾人かの患者には効果的であるが、大多数は、該治療に非応答性であるか、または耐容性がない。したがって、HCVのための新規な治療法に対する要望が存在する。本発明は、インターフェロンによる治療に応答しないHCV患者のための新規な治療を提供し、ここに、有効量のmiR−122阻害剤を該患者に提供する。提供される治療は、HCVの完全な複製に必要な内在性宿主因子miR−122の減少を導き、さらに、インターフェロン調節遺伝子転写産物の発現を修正する。
【0007】
大多数のHCV感染患者は、インターフェロン治療に応答しないので、インターフェロン治療の代わりとなる、またはかかる治療に患者を応答させることのできる新規な治療法が必要である。いくつかのインターフェロン刺激遺伝子転写産物の治療前肝臓レベルと治療に対するウイルス学的応答との間に逆相関が観察された(Chenら、2005, Gastroenterology, 128; 1437−1444)。特に、インターフェロンに対する抗ウイルス応答を欠くHCV感染チンパンジーの肝臓において、該肝臓におけるIFNに対するインターフェロン−ガンマ誘導性プロテイン−10(IP−10またはCXCL10)転写応答の欠失を観察することができる(Lanfordら、2007, Hepatology, vol 46, 999−1008)。さらに、Lanfordは、HCV感染チンパンジーにおける基底レベルのIP−10転写産物が、非感染動物における基底レベルよりも有意に高いことを示した。より一般的には、Lanfordは、いくつかのIRG(ここでは、HCV感染肝臓におけるインターフェロン刺激遺伝子という)の誘導欠損を示す。リバビリンは、Feldら26 2010によって、IRGの誘導増加により、PEG−インターフェロンに対する応答を増加することが示された。しかしながら、リバビリンをインターフェロンと組み合わせた場合に見られた応答増加のサイズは、単独投与時のインターフェロンに対する初期応答のサイズと相関し(HCV RNAの減少に関して)、その結果、インターフェロンに対する良好な応答の場合よりもあまり効果的でない乏しい応答が増強された。故に、患者におけるインターフェロン治療に対する乏しい初期応答は、リバビリンを該治療に加えた場合、該応答の比較的乏しい増強をもたらすであろう。したがって、インターフェロン非応答者(低い応答を示すか、または全く応答を示さない)は、正常な応答者によって経験される利益と比べてわずかしかリバビリンが有効ではないので、リバビリンは、インターフェロン非応答者を応答性になるように変化させる化合物または化合物群を提供するという問題の解決策ではない。インターフェロンアルファはHCV感染患者において選択される主要な治療であるが、肝臓移植レシピエントにおける再発性C型肝炎の治療にも重要である。しかしながら、インターフェロンでのかかる治療の可能性のある深刻な副作用の一つは、急性及び慢性の拒絶であり、次いで、移植片が喪失される(Walterら、2007, Americal Journal of Transplantation, 7, 177−184)。移植後のHCV再発は万国共通であり、HCV感染は、患者および移植片生着を損なう。HCV移植片疾患の進行は、免疫コンピーテント患者と比べて、移植レシピエントにおいて加速する(Samuel, Liver Transplantation, Vol 10, No 7 ( July), 2004: pp 868-87参照)。インターフェロン調節IP−10(CXCL10)の高発現は、腎臓移植拒絶の前兆となることが示された(Matzら、Kidney International (2006) 69, 1683-1690)。Krukemeyerら(2004, Transplantation, vol 78, 65−70)は、拒絶された肝臓移植片におけるIP−10の発現上昇を明らかにした。したがって、インターフェロン応答性遺伝子転写産物発現、例えばIP−10の発現を細胞中、例えば、移植器官、すなわち移植肝臓中、すなわちHCV患者の移植肝臓中において、正常化に向けて調節する治療が必要である。さらに、本発明の知見は、本発明の抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物を製造することができ、該組成物が細胞、例えば、霊長類細胞に投与するために製造され、該投与がインターフェロン応答性遺伝子、例えばIP−10(CXCL10)の発現レベルを正常レベルに改変して、HCV感染個体におけるインターフェロンに対する非応答を予防し、または臓器移植拒絶を予防することを示す。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0008】
発明の概要
本発明は、HCV感染対象におけるHCV感染の治療のためのマイクロRNA−122アンタゴニストを提供し、ここに、該HCV感染対象はインターフェロン非応答性である。本発明は、HCV感染対象におけるHCV感染の治療のための医薬の調製または製造におけるマイクロRNA−122アンタゴニストの使用を提供し、ここに、該HCV感染対象はインターフェロン非応答性である。本発明は、インターフェロン非応答者におけるHCV感染の治療方法を提供し、該方法は、有効量のマイクロRNA−122アンタゴニストを該インターフェロン非応答者に投与することを含む。
【0009】
本発明は、インターフェロン調節遺伝子、例えば、限定するものではないが、IP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44をダウンレギュレートする薬物に感受性の患者の治療方法およびかかる治療のための組成物を提供する。特に、本発明は、マイクロRNA−122の活性を修飾するオリゴヌクレオチドの有効投与量を含む組成物であって、細胞中、例えば霊長類において、例えば治療を必要とするヒトにおいて、インターフェロン調節遺伝子(IRG)のダウンレギュレーションを容易にするために製造される組成物に関する。IRGのダウンレギュレーションは、臓器移植拒絶を予防するために、およびインターフェロン非応答性HCV患者をインターフェロン応答性にするために、有益である。本発明は、さらに、本発明の組成物を細胞に、例えば霊長類、好ましくはヒトにおいて提供する治療方法に関し、ここに、該組成物は、インターフェロン非応答者と考えられるHCVに罹患している個体への投与のために製造される。さらに、肝臓移植したインターフェロン治療患者において臓器拒絶の治療のための組成物が提供される。特に、本発明は、かかる方法および組成物であって、マイクロRNA、短い非コーディングRNA、mRNA、またはウイルス性ゲノムの活性のモジュレーターが霊長類、例えば、ヒトに投与され、該維持量の投与が各投与間の長期の投与間隔で起こる方法および組成物に関する。好ましい具体例において、マイクロRNA、短い非コーディングRNA、mRNA、またはウイルス性ゲノムの活性のモジュレーターは、オリゴヌクレオチドを含む。好ましい具体例において、該化合物は、RNase Hによって切断されないアンチセンスオリゴヌクレオチドである。本発明は、マイクロRNA−122の活性を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチドを用いる霊長類における研究に基づき、ここに、非常に長期の効果が血中コレステロールレベルおよびC型肝炎ウイルス力価の両方に見られる。
【0010】
本発明の組成物は、いくつかの具体例において、HCV感染のための既存の治療、例えば、限定するものではないが、インターフェロンアルファ、および/またはリバビリンと組み合わせて使用するために製造される。
【図面の簡単な説明】
【0011】
図1】LNA−antimiRによる、正常および高コレステロール血症マウスにおけるmiR−122機能のサイレンシング。a,直接的miR−122標的アルドラーゼAの抑制解除(derepression)(GAPDHに対して正規化,平均およびSEM,n=5)。完全ホスホロチオエート骨格(PS)、混合型ホスホロチオエート/ホスホジエステル骨格(PS/PO)または非修飾ホスホジエステル(PO)骨格を有するLNA−antimiRで処理したマウス由来の肝臓RNAのノーザンブロット。ノーザンブロットは、LNA−antimiRについてプローブし、miR−122について再プローブした。b,完全ホスホロチオエート骨格(PS)((a)と同じ試料)、混合型ホスホロチオエート/ホスホジエステル骨格(PS/PO)または非修飾ホスホジエステル(PO)骨格を有するLNA−antimiRで処理したマウス由来の肝臓RNAのノーザンブロット。ノーザンブロットは、LNA−antimiRについてプローブし、miR−122について再プローブした。直接的miR−122標的アルドラーゼA((a)におけるものと同じ試料,GAPDHに対して正規化,平均およびSEM,n=5)の抑制解除。c,LNA−antimiRの1〜200mg/kgの範囲の単一i.p.投与で処理後のマウスにおける全血漿コレステロール(平均およびSEM,n=5,1mg/kg n=4)。d,セーライン、LNA−antimiRまたはLNAミスマッチ対照を各々、6週に渡って週に2回5mg/kg i.pの投与量で処理した高コレステロール血症マウスにおける全コレステロールレベル(平均およびSEM,n=10,セーライン n=9)。e,miR−122ノーザンブロット((d)におけるのと同じ試料)。f,アルドラーゼA mRNAの定量化((e)と同じ試料,平均およびSEM,n=10,セーライン n=9)。g,肝臓mRNA発現プロフィールの管理されていないクラスタリング((d)におけるのと同じ試料)。h,対照と比べた、LNA−antimiR処理マウスにおける肝臓mRNAの発現変化。mRNAは、3’UTRにおける種々の型の規範的miR−122シードマッチの存在/非存在によってグループ化される。シードマッチを伴わないmRNAからの分離を示し(挿入)、全型の部位について有意であった(各々、6mer、7mer−1A、7mer−m8および8mer部位について、p−値1.4 10−6, 2.210−13、<10*−15、および2.410−14(KS−テスト)。
図2】LNA−antimiRによる、非ヒト霊長類におけるmiR−122のサイレンシング。a,LNA−antimiRまたはセーラインで3回、i.v注射により5日に渡って処理されたアフリカミドリザルにおける全血漿コレステロールレベル(矢印)(1群あたりn=5)。b,Lowess−平滑化およびlog2−変換したセーライン対照群に対して正規化された(a)におけるコレステロールデータの傾向プロット。c,6日目および96日目に実施した肝臓生検由来のサル肝臓RNA試料のノーザンブロット分析。d,6日目肝臓生検((c)におけるのと同じ動物)におけるLNA−antimiRのイン・サイチュ検出。e,肝細胞におけるLNA−antimiRの細胞質局在化(6日目、10mg/kg)。
図3】非ヒト霊長類において、LNA−媒介性miR−122サイレンシングは安全である。a,セーラインまたは3x10mg/kg LNA−antimiRでの処理後にアフリカミドリザルで評価されたプロトロンビン時間、部分トロンボプラスチン時間(PTT)、アラニンアミノトランスフェラーゼ(ALT)、アスパルテートアミノトランスフェラーゼ(AST)、全ビリルビンおよびクレアチニンレベル。b,6日目の肝臓生検由来のヘマトキシリンおよびエオシン染色された切片の顕微鏡写真。
図4】HCV感染チンパンジーにおけるウイルス力価のAntimiR−122媒介性ダウンレギュレーション。チンパンジー4x0358、低用量動物は、ウイルス血症のレベルが下がり始めた70日目までウイルス力価の有意な減少を示さず、175日目、最後の投与後12週までベースライン以下のままであった。ウイルス力価における最大減少は、d105で起こり、34倍の減少であった。ウイルス血症は、研究期間の最後、210日目までに、ベースライン値より1.8倍低い値に戻った。 チンパンジー4x0513、高用量動物は、28日目以降にウイルス力価が減少し始めた。該動物は、一貫したウイルス血症の減少を示し、ウイルス血症における395倍の減少を伴って98日目に最大減少が起こった。ウイルス血症は、ベースライン以下のままであり、研究の最後までにベースラインの7.7倍以内の範囲にゆっくりと増加していた。 チンパンジー4x0514、高用量動物は、4x0513と類似のプロフィールを示した。ウイルス血症の一貫した減少は28日目に開始し、持続し、ウイルス血症における317倍の減少を伴って92日目に最大減少が起こった。4x0513と同様に、次いで、ウイルス血症は低いままであり、研究の最後までにベースライン値までゆっくりと増加した。
図5】HCV感染チンパンジーの肝臓におけるmiR−122阻害は、インターフェロン調節遺伝子の発現における改変を導く。図4におけるようなチンパンジー研究由来のデータ。A.4匹のHCV感染チンパンジーにおけるインターフェロン応答遺伝子の管理した分析は、LNA−antimiR−122化合物での処理に応答して、ウイルス力価およびインターフェロン応答遺伝子転写産物レベルの両方が影響を受けたことを示した。 B.LNA antimiR−122化合物での処理の時間経過の測定値としての、4匹のHCV感染チンパンジーの肝臓におけるCXCL10(IP−10)のレベル。 C.LNA antimiR−122化合物での処理の時間経過の関数としての、2匹のHCV感染チンパンジーにおけるCXCL10(IP−10)の血漿レベル。
【発明を実施するための形態】
【0012】
発明の詳細な説明
本発明は、細胞または生物(対象、例えば、霊長類、例えば、ヒト)、例えば、HCVに感染した細胞、または例えば、肝臓移植した対象における細胞の治療のための、有効投与量のmiR−122を標的とするアンチセンスオリゴマーを含む組成物およびかかる組成物を用いる治療方法に関する。
【0013】
いくつかの具体例において、HCV感染対象は、さらに、有効量のインターフェロンで治療される。いくつかの具体例において、インターフェロンは、ペグ化(pegylated)インターフェロン−アルファである。いくつかの具体例において、HCV感染対象は、さらに、有効量のリバビリンで治療される。いくつかの具体例において、対象は、肝臓移植患者である。いくつかの具体例において、マイクロRNA−122アンタゴニストは、マイクロRNA−122を標的とするアンチセンスオリゴマーであり、ここに、該オリゴマーは、7〜25連続ヌクレオチド長を有する。いくつかの具体例において、マイクロRNA−122を標的とするオリゴマーは、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマー、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択されるアフィニティー増強性ヌクレオチドアナログの混合物を含むミキシマー(mixmer)である。いくつかの具体例において、該ヌクレオチドアナログは、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から独立して選択される。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、2’フルオロおよび2’MOEヌクレオチドを含む。いくつかの具体例において、該マイクロRNA−122を標的とするオリゴマーは、RNAまたはDNAを含まない。請求項6〜10のいずれか1項に記載のマイクロRNA−122アンタゴニストは、本質的にRNaseHを動員(recruit)できないオリゴマーである。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、LNAおよびDNA単位を含む。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、8〜17ヌクレオチド長である。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、5’−CcAttGTcaCaCtCC−3’であり、ここに、大文字はLNA、例えば、ベータ−D−オキシ−LNA単位を示し、小文字はDNA単位を示し、LNAシトシンは5−メチルシトシンであってもよく、いくつかの具体例において、全ヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートである。いくつかの具体例において、対象は、該オリゴマーまたは組成物の対象への少なくとも2回の連続的な投与を含む投与計画に付され、ここに、該少なくとも2回の連続的な投与間の投与間隔は、少なくとも2週、所望により、20週以下である。いくつかの具体例において、該対象は霊長類、例えばヒトである。いくつかの具体例において、該対象は、インターフェロン治療に対して乏しい応答者、例えば、インターフェロン非応答者、緩慢な応答者、部分的応答者、または再発者である。いくつかの具体例において、該対象は、臓器、例えば、肝臓移植インターフェロン治療患者である。いくつかの具体例において、本発明は、臓器移植対象の治療法に関し、ここに、該対象は、高発現レベルのIRG、例えば、高発現レベルのIP−10を示す。
【0014】
C型肝炎ウイルス(HCV)を有する患者の多数は、インターフェロンでの標準的な治療にあまり応答しない。例えば、非応答者および再発者が米国におけるC型肝炎ウイルス(HCV)感染患者の大集団を構成している。本発明の目的のために、「非応答者」なる語は、いくつかの非限定的な具体例において、インターフェロン治療の結果として有意なウイルス学的応答を示さず、治療期間のいずれの時点においても決してウイルス陰性にならないHCV−感染対象、例えば、HCV−感染霊長類、例えば、HCV−感染ヒトを意味する。「前治療」は、限定するものではないが、下記のC型肝炎抗ウイルス計画、すなわち、標準的なインターフェロン(IFN)単独治療、リバビリン(RBV)との標準的なIFN組み合わせ治療、ペグ化IFNアルファ−2a単独治療、ペグ化IFNアルファ−2b単独治療、RBVとのペグ化IFNアルファ−2a組み合わせ治療、RBVとのペグ化IFNアルファ−2b組み合わせ治療のいずれかを含むことができる。「緩慢な応答者」なる語は、インターフェロン治療での処置開始後約24週までウイルス学的応答を発現しないHCV−感染対象、例えば、HCV−感染霊長類、例えば、HCV−感染ヒトをいう。「部分的応答者」は、インターフェロン治療での処置開始後約24週までウイルス学的応答を発現しないが、ウイルス学的応答が該処置の最後に維持されないHCV−感染対象、例えば、HCV−感染霊長類、例えば、HCV−感染ヒトをいう。「再発者」は、HCV RNA陰性であって、処置の最後までずっと維持されるウイルス学的応答を有するが、処置後6ヶ月より前に再発が起こるHCV−感染対象、例えば、HCV−感染霊長類、例えば、HCV−感染ヒトをいう。「非応答者」、「緩慢な応答者」、「部分的応答者」および「再発者」は、必ずしも相互に両立しないわけではない。
【0015】
いくつかの具体例において、細胞または生物、例えば、霊長類、例えば、ヒトにおける細胞中のインターフェロン応答遺伝子転写産物の発現を調節するための組成物が製造される。いくつかの態様において、インターフェロン応答遺伝子転写産物は、IP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44のいずれか1つまたはそれ以上である。
【0016】
いくつかの具体例において、インターフェロンでの治療に応答しない、ゆっくりと応答する、部分的に応答する、または該治療後に再発するHCVに感染した細胞、例えば、対象をインターフェロン治療に対して応答性にするために、該細胞または対象の治療のための組成物が製造される。
【0017】
一の具体例において、HCVに感染した対象の治療のための組成物であって、併用するとantimir−122化合物がウイルス力価に対して相加効果を有するであろう第2の化合物と共に投与するための組成物が製造される。
【0018】
一の具体例において、上記具体例の第2の化合物は、インターフェロンである。一の具体例において、1以上の他の化合物、例えば、インターフェロンまたはリバビリンと共に使用するための組成物が製造される。
【0019】
一の具体例において、antimiR−122化合物ならびに第2または第2および第2の化合物は、同じ処方中にある。一の具体例において、antimiR−122化合物ならびに第2または第2および第3、または他の化合物は、別々の処方中にある。
【0020】
一の具体例において、本発明の組成物は、肝臓中のIP−10レベルが上昇した対象の治療のために製造される。
【0021】
一の具体例において、本発明の組成物は、対象におけるHCV感染を治療する方法において使用するために製造される。一の具体例において、本発明の組成物は、肝臓移植患者における移植拒絶を治療する方法において使用するために製造される。一の具体例において、本発明の組成物は、インターフェロンでの治療下にある肝臓移植患者において移植拒絶を治療する方法において使用するために製造される。一の具体例において、本発明の組成物は、臓器移植拒絶を治療する方法において使用するために製造される。一の具体例において、本発明の組成物は、高レベルのIP−10(CXCL10)発現を有する対象において臓器移植拒絶を治療する方法において使用するために製造される。
【0022】
一の具体例において、対象における臓器移植片拒絶のリスクを評価するための手段として、インターフェロン調節遺伝子産物の分泌を測定するキットが提供される。一の具体例において、該キットは、尿中のかかるIRG産物の存在を検出するために製造される。一の具体例において、IRG産物は、表5に挙げられる遺伝子から生産されるものから選択される。一の具体例において、該キットは、IP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44の1以上を検出するために製造される。一の具体例において、該キットは、酵素免疫測定法(ELISAelisa)アッセイを提供する。一の具体例において、該キットは、定量的逆転写(RT)−PCRアッセイを提供する。一の具体例において、該キットは、移植片拒絶のリスクの評価を可能とするために、IRG転写産物またはタンパク質の定量化手段を提供し、さらに、移植片拒絶の予防のための本発明の医薬組成物を提供する。一の具体例において、該キットは、肝臓移植対象における移植片拒絶のリスクの評価を可能とするために、IRG転写産物またはタンパク質の検出のために製造され、さらに、かかる移植片拒絶の予防のための本発明の医薬組成物を提供する。さらに、一の具体例において、対象は、肝臓移植を経験しており、HCV感染に罹患しているかまたは罹患したことがある。
【0023】
いくつかの具体例において、該組成物は、投与によって有効投与量のantimiR−122化合物を提供しうる(ここに、治療の維持は、反復投与によって提供され、各維持投与間の間隔が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、または14日である)。
【0024】
いくつかの具体例において、該組成物は、各投与(すなわち、投与量、例えば、有効投与量)間に長時間の間隔をおいた投与によって治療を維持するために製造される。投与計画は、該オリゴマーまたは組成物の対象への少なくとも2回の連続的な投与を含み、ここに、該少なくとも2回の連続的な投与間の投与間隔は、少なくとも2週、所望により20週以下である。いくつかの具体例において、該組成物は、単位投与形態、例えば、対象への単回投与の全部または一部を形成する各単位投与量である。
【0025】
したがって、いくつかの具体例において、本発明は、対象、例えば、霊長類、例えば、ヒトにおいてイン・ビボでRNA標的の活性を低下させる方法を提供し、ここに、該方法は、該RNA標的に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも2回の投与量の投与を含み、ここに、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、本質的にRNAseHを動員できず、少なくとも2回の投与量は、各投与間に少なくとも2週の間隔をおいて該霊長類に投与される。
【0026】
したがって、いくつかの具体例において、本発明は、対象、例えば、霊長類、例えば、ヒトにおいてイン・ビボでRNA標的の活性を低下させる方法を提供し、ここに、該方法は、該RNA標的に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの少なくとも2回の投与量の投与を含み、ここに、該アンチセンスオリゴヌクレオチドは、トータルマー(totalmer)またはミキシマーであり、少なくとも2回の投与量は、各投与間に少なくとも2週の間隔をおいて該霊長類に投与される。
【0027】
いくつかの態様において、該少なくとも2回の投与は、アンチセンスオリゴマーの維持投与量、例えば、対象、例えば、霊長類、例えば、ヒト、例えば、標的組織において該オリゴマーの有効濃度を維持するのに十分な投与量である。
【0028】
投与回数は、2より多く、例えば、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16またはそれ以上の処置であってもよい。本明細書中に記載されるように、実際の投与回数は、例えば、疾患または障害の性質に依存するであろう。治療されうる疾患は、投与計画に対して明確な終点を提供し、一方、疾患または障害は、延長期間にわたって治療されてもよく、いくつかの具体例において、治癒を提供しなくてもよいが、有効に症状を制御する。かかる例において、治療がもはや望まれないと医者によって決定されるまで、ルーチン/規則的な投与を数ヶ月または数年続けてもよい。注目すべきことには、いくつかの具体例において、投与計画は、治療休止、例えば、125日を超える期間、またはいくつかの具体例において、2、3、5または6ヶ月以上の期間中断されてもよい。
【0029】
さらに、いくつかの具体例において、本発明は、本質的にRNAseHを動員できないアンチセンスオリゴマー、例えば、トータルマーまたはミキシマーを含む組成物であって、患者の治療を維持するために製造され、投与量、例えば維持投与量が各投与間に長期の間隔をあけて提供される組成物に関する。
【0030】
本発明は、いくつかの態様において、霊長類における疾患または障害を治療するための医薬の製造における抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドの使用であって、ここに、該疾患または障害がマイクロRNA−122のダウンレギュレーションに感受性であることによって特徴付けられる使用を提供する。
【0031】
本発明は、いくつかの態様において、霊長類におけるマイクロRNA−122の活性を低下するための、例えば、限定するものではないが、インターフェロンでの治療に応答しないC型肝炎感染対象から選択される疾患、および例えば、臓器移植拒絶、例えな、肝臓移植拒絶の予防のための医薬の製造における抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドの使用を提供する。
【0032】
さらに、本発明は、いくつかの具体例において、本明細書中に記載のオリゴマー、例えば、トータルマーまたはミキシマーおよびかかるオリゴマーを含有する組成物を用いる治療法であって、該オリゴマーまたは組成物の少なくとも2回の独立した投与を含み、該オリゴマーまたは組成物の対象への少なくとも2回の連続的な投与間の投与間隔が少なくとも2週、所望により20週以下である治療法に関する。該組成物および方法は、典型的には、霊長類、例えばヒトにおいて使用するためのものである。したがって、該対象は、霊長類、例えばヒトであってもよく、該治療を必要とする患者であってもよい。
【0033】
マイクロRNA(miRNAs)は、標的mRNAの3’−非翻訳領域との塩基対合によって、タンパク質コーディング遺伝子の発現を翻訳後に抑制する〜22nt内在性非コーディングRNAである1,2,7。新たな証拠は、動物miRNAが多くの生物学的プロセスの調節において重要な役割を果たすことを示唆する1−3,8。さらに、miRNAは、ウイルス感染、心血管疾患、および神経学的および筋肉障害、ならびに癌の発症および進行に関係している9−19。マイクロRNA−122は、コレステロールおよび脂質代謝5,6、およびC型肝炎ウイルス(HCV)複製14,20に関係する肝臓発現miRNAであり、高コレステロール血症およびC型肝炎感染の治療のための可能性のある治療標的としてmiR−122を強調する。マイクロRNA−122と疾患との間の既知の相関の例を表1に挙げる。しかしながら、いずれかの特定の理論に限定されるべきではないが、インターフェロン治療に非応答性のHCV患者が上昇レベルのIRG転写産物を示し、したがって、明らかにウイルス複製に対する効果欠如に関連するので、該転写産物の存在が同様にウイルス複製に対する他の化合物の効果を防ぐと推測してもよい。したがって、さらに、インターフェロン非応答性、緩慢な応答性、部分的応答性または再発性対象においてウイルス複製に対して効果的であるために、化合物は、かかる患者においてIRGを正常化に向けて調節することができるべきであると推測できる。本発明は、ウイルスゲノムに対するmiR−122の直接的作用を介して、およびさらに霊長類におけるIRGの発現を修正するためのいまだ未知のメカニズムを介して、HCV複製を阻害することのできるantimiR−122化合物を提供する。特に、IP−10の発現は、HCV感染チンパンジー(インターフェロン非応答者である)の本発明の組成物での治療によって減少される。さらに、HCV感染チンパンジーの本発明の組成物での治療は、表5におけるIRGのほとんどの発現の減少を導き、インターフェロン非応答性、緩慢な応答性、部分的応答性または再発性対象の治療のための、または対象のインターフェロン治療応答能を変化させるための、または臓器移植対象における移植片拒絶の予防のための本発明の組成物および方法の使用の可能性を示す。
【0034】
まとめると、発明者らの結果は、マウスおよび非ヒト霊長類における非コンジュゲート型高アフィニティーLNA−antimiR−122オリゴヌクレオチドの投与によるmir−122の強力な拮抗作用を実証する。miR−122を拮抗する治療的価は、2つの種において推定され、ここに、週2回5mg/kg LNA−antimiRを注射する高コレステロール血症マウスの治療および3または10mg/kg LNA−antimiRを3回i.v.注射するアフリカミドリザルの治療は、LNA−関連毒性のいかなる証拠も伴わずに、血漿コレステロールの有効かつ長期持続性減少をもたらした。さらに、発明者らは、miR−122の阻害がチンパンジーにおけるC型肝炎ウイルスレベルの長期持続性ダウンレギュレーションを導くことを示すことに成功した。発明者らの結果から、これらの長期持続性効果は、コレステロールレベルおよびC型肝炎レベルの両方に対する長期持続性効果を有するmiR−122ケースにおいて見られるように、疾患関連ではなく、むしろ、マイクロRNA活性の調節に関連することが明らかである。LNAオリゴマーのよるmRNA調節に対する効果の長さは、通常、本実験において見られる場合の約3分の1のみであるので、マイクロRNAを標的とする場合に見られる効果は、LNAオリゴマーの使用に関連しないようである。さらに、発明者らの結果は、霊長類に投与する場合、RNaseHによって切断されないアンチセンスオリゴヌクレオチドの長期の効果を実証する。
【0035】
本発明のマイクロRNA−122アンタゴニストは、限定するものではないが、下記するように、miR−122を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを包含する化合物である。
【0036】
いくつかの具体例において、antimiR−122化合物は、マイクロRNA−122を標的とするアンチセンスオリゴマーである。
【0037】
いくつかの具体例において、antimiR−122オリゴヌクレオチドは、本質的にRNAseHを動員できないミキシマーとして設計される。本質的にRNAseHを動員できないオリゴヌクレオチドは、文献においてよく知られている(例えば、WO2007/112754、WO2007/112753またはWO2009/043353参照)。ミキシマーは、アフィニティー増強性ヌクレオチドアナログ、例えば、限定するものではないが、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマー、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAの混合物を含むように設計されうる。さらなる具体例において、該オリゴヌクレオチドは、いずれのDNAまたはRNAヌクレオチドも包含せず、アフィニティー増強性ヌクレオチドアナログのみからなり、かかる分子は、トータルマーとも呼ばれる。いくつかの具体例において、該ミキシマーは、単に、1つの型のアフィニティー増強性ヌクレオチドアナログをDNAおよび/またはRNAと共に含むだけである。いくつかの具体例において、該オリゴヌクレオチドは、1以上の型のヌクレオチドアナログ、例えば、限定するものではないが、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマー、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAのみからなる。
【0038】
長さ
いくつかの具体例において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、7〜25(連続)ヌクレオチド、例えば、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、または24(連続)ヌクレオチドの長さを有する。いくつかの具体例において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、7〜10(連続)ヌクレオチド長を有し、またはいくつかの例において、7〜16ヌクレオチド長である。いくつかの具体例において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、少なくとも8(連続)ヌクレオチド長、10−17または10〜16または10〜15(連続)ヌクレオチド長、例えば、12〜15(連続)ヌクレオチド長である。
【0039】
本質的にRNAseHを動員できないオリゴマー
EP 1 222 309は、RNaseH活性を決定するためのイン・ビトロ方法を提供し、それは、RNaseH動員能を決定するために使用されうる。オリゴマーは、相補性RNA標的と共に提供される場合、pmol/l/分で測定して、EP 1 222 309の実施例91〜95に提供される方法を用いて、等価のDNAのみのオリゴヌクレオチド(2’置換を有さず、該オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間にホスホロチオエート結合基を有する)の少なくとも1%、例えば少なくとも5%、例えば少なくとも10%または20%未満の初速度を有すれば、RNaseHを動員できると考えられる。
【0040】
いくつかの具体例において、オリゴマーは、相補性RNA標的およびRNaseHと共に提供される場合、RNaseH初速度が、pmol/l/分で測定して、EP 1 222 309の実施例91〜95に提供される方法を用いて、等価のDNAのみのオリゴヌクレオチド(2’置換を有さず、該オリゴヌクレオチド中の全てのヌクレオチド間にホスホロチオエート結合基を有する)を用いて決定された初速度の1%未満、例えば5%未満、例えば10%未満または20%未満であれば、本質的にRNaseHを動員できないと考えられる。
【0041】
ミキシマーまたはトータルマーであるオリゴヌクレオチドは、通常、本質的にRNAseHを動員できないと考えられるべきであり、ここに、発明者らは、本質的にRNaseHを動員できないという用語を用い、いくつかの具体例において、かかる用語は、いくつかの例において、例えば、DNAミキシマーをアルファ−L−オキシ−LNAと共に用いた場合、かかるオリゴマーが実際には、RNaseHを動員する有意な能力を有したとしても、本明細書中で定義されるミキシマーまたはトータルマーなる用語で置き換えてもよい。
【0042】
いくつかの具体例において、該オリゴマーまたはその連続したヌクレオチド配列は、ヌクレオチドアナログ、例えば、アフィニティー増強性ヌクレオチドアナログの連続した配列からなる(本明細書中において、「トータルマー」と称する)。
【0043】
トータルマー
トータルマーは、非天然ヌクレオチドのみを含む1本鎖オリゴマーである。
【0044】
該オリゴマーは、トータルマーであってもよい。実際に、種々のトータルマー設計は、特にマイクロRNAを標的とする場合(antimiR)、治療的オリゴマーとして、またはスプライススイッチオリゴマー(splice switching oligomer)(SSO)として、大いに効果的である。
【0045】
いくつかの具体例において、トータルマーは、少なくとも1つのXYXまたはYXY配列モチーフ、例えば、反復配列XYXまたはYXYを含むか、または該モチーフからなり、ここに、XはLNAであり、Yは別の(すなわち、非LNA)ヌクレオチドアナログ、例えば、2’−OMeRNA単位および2’−フルオロDNA単位である。上記の配列モチーフは、いくつかの具体例において、例えば、XXY、XYX、YXYまたはYYXであってもよい。
【0046】
いくつかの具体例において、トータルマーは、8〜16個のヌクレオチド、例えば、9、10、11、12、13、14、または15個のヌクレオチド、例えば、8〜12個のヌクレオチドの連続したヌクレオチド配列を含むか、または該配列からなっていてもよい。
【0047】
いくつかの具体例において、トータルマーの連続したヌクレオチド配列は、少なくとも30%、例えば少なくとも40%、例えば少なくとも50%、例えば少なくとも60%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%、例えば95%、例えば100%LNA単位を含む。残りの単位は、本明細書中で言及される非−LNAヌクレオチドアナログから選択されてもよく、例えば、2’−O_アルキル−RNA単位、2’−OMe−RNA単位、2’−アミノ−DNA単位、2’−フルオロ−DNA単位、LNA単位、PNA単位、HNA単位、INA単位、および2’MOE RNA単位からなる群、または2’−OMe RNA単位および2’−フルオロDNA単位からなる群から選択されうる。
【0048】
いくつかの具体例において、トータルマーは、LNA単位のみからなる連続したヌクレオチド配列からなるか、または該ヌクレオチド配列を含む。
【0049】
いくつかの具体例において、トータルマーは、マイクロRNAに対して標的化されていてもよい(すなわち、antimiRである)−米国仮出願第60/979217号および第61/028062号、およびPCT/DK2008/000344(全て、出典明示により、全体として、本明細書の一部とする)において言及される。
【0050】
ミキシマー
「ミキシマー」なる語は、天然および非天然のヌクレオチドを含むオリゴマーをいい、ここに、ギャップマー(gapmer)、テールマー(tailmer)、ヘッドマー(headmer)およびブロックマー(blockmer)とは対照的に、5個以上の天然ヌクレオチド、例えば、DNA単位からなる連続した配列は存在しない。
【0051】
本発明のオリゴマーは、ミキシマーであってもよい。実際に、種々のミキシマー設計は、特にマイクロRNAを標的とする場合(antimiR)、治療的オリゴマーとして、またはスプライススイッチオリゴマー(splice switching oligomer)(SSO)として、大いに効果的である。
【0052】
いくつかの具体例において、該オリゴマーは、ミキシマーであってもよく、実際に、ミキシマーが有効かつ特異的にその標的に結合する能力のために、治療的オリゴマーとしてのミキシマーの使用は、標的RNAを減少させるのに特に有効であると考えられる。
【0053】
いくつかの具体例において、ミキシマーは、ヌクレオチドアナログおよび天然ヌクレオチド、または1つの型のヌクレオチドアナログおよび第2の型のヌクレオチドアナログからなる反復パターンの連続したヌクレオチド配列を含むか、または該ヌクレオチド配列からなる。反復パターンは、例えば、2番目または3番目のヌクレオチド毎に、ヌクレオチドアナログ、例えばLNAであり、残りのヌクレオチドは、天然ヌクレオチド、例えば、DNAであるか、または2’置換ヌクレオチドアナログ、例えば、本明細書中に記載の2’MOEまたは2’フルオロアナログであるか、またはいくつかの具体例において、本明細書中に記載のヌクレオチドアナログの群から選択される。ヌクレオチドアナログ、例えば、LNA単位の反復パターンは、固定された位置(例えば、5’または3’末端)でヌクレオチドアナログと組み合わされていてもよい。
【0054】
いくつかの具体例において、3’末端から数えてオリゴマーの最初のヌクレオチドは、ヌクレオチドアナログ、例えば、LNAヌクレオチドである。
【0055】
いくつかの具体例において、同一または異なっていてもよいが、3’末端から数えてオリゴマーの2番目のヌクレオチドは、ヌクレオチドアナログ、例えば、LNAヌクレオチドである。
【0056】
いくつかの具体例において、同一または異なっていてもよいが、3’末端から数えてオリゴマーの7および/または8番目のヌクレオチドは、ヌクレオチドアナログ、例えば、LNAヌクレオチドである。
【0057】
いくつかの具体例において、同一または異なっていてもよいが、3’末端から数えてオリゴマーの9および/または10番目のヌクレオチドは、ヌクレオチドアナログ、例えば、LNAヌクレオチドである。
【0058】
いくつかの具体例において、同一または異なっていてもよいが、オリゴマーの5’末端は、ヌクレオチドアナログ、例えば、LNAヌクレオチドである。
【0059】
上記の設計特徴は、いくつかの具体例において、ミキシマー設計、例えば、antimiRミキシマー中に組み込まれていてもよい。
【0060】
いくつかの具体例において、ミキシマーは、4より多くの連続的DNAヌクレオチド単位または3より多くの連続的DNAヌクレオチド単位の領域を含まない。いくつかの具体例において、ミキシマーは、2より多くの連続的DNAヌクレオチド単位の領域を含まない。
【0061】
いくつかの具体例において、ミキシマーは、少なくとも2つの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、少なくとも2つの連続的LNA単位からなる領域を含む。
【0062】
いくつかの具体例において、ミキシマーは、少なくとも3つの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、少なくとも3つの連続的LNA単位からなる領域を含む。
【0063】
いくつかの具体例において、本発明のミキシマーは、7より多くの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの具体例において、本発明のミキシマーは、6より多くの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの具体例において、本発明のミキシマーは、5より多くの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの具体例において、本発明のミキシマーは、4より多くの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの具体例において、本発明のミキシマーは、3より多くの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。いくつかの具体例において、本発明のミキシマーは、2より多くの連続的なヌクレオチドアナログ単位、例えば、LNA単位の領域を含まない。
【0064】
ミキシマーの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位におけるヌクレオチドの修飾に言及するが、LNA単位は、他のヌクレオチドアナログ(例えば、本明細書中に記載するもの)と置き換えてもよい。「X」は、したがって、2’−O−アルキル−RNA単位、2’−OMe−RNA単位、2’−アミノ−DNA単位、2’−フルオロ−DNA単位(2’フルオロ)、2’−MOE−RNA(2’MOE)単位、LNA単位、PNA単位、HNA単位、INA単位からなる群から選択されてもよく、「x」は、好ましくはDNAまたはRNAであり、最も好ましくはDNAである。
【0065】
いくつかの具体例において、ミキシマー、例えば、antimiRミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位で修飾される、すなわち、3〜8位に少なくとも1つのヌクレオチドアナログを含む。該配列の設計は、非LNA単位の存在数によって、またはLNA単位の存在数によって定義されうる。前者のいくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの少なくとも1つ、例えば1つは、非LNA単位である。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの少なくとも2つ、例えば2つは、非LNA単位である。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの少なくとも3つ、例えば3つは、非LNA単位である。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの少なくとも4つ、例えば4つは、非LNA単位である。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの少なくとも5つ、例えば5つは、非LNA単位である。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの少なくとも6つ、例えば6つは、非LNA単位である。
【0066】
あるいは、いくつかの具体例において、本発明のミキシマー、例えば、antimiRミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある少なくとも1つのLNA単位を含む。いくつかの具体例において、ミキシマー、例えば、antimiRミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある1つのLNA単位を含む。3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、Xxxxxx、xXxxxx、xxXxxx、xxxXxx、xxxxXxおよびxxxxxX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。
【0067】
いくつかの具体例において、ミキシマー、例えば、antimiRミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある少なくとも2つのLNA単位を含む。そのいくつかの具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある2つのLNA単位を含む。3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、XXxxxx、XxXxxx、XxxXxx、XxxxXx、XxxxxX、xXXxxx、xXxXxx、xXxxXx、xXxxxX、xxXXxx、xxXxXx、xxXxxX、xxxXXx、xxxXxXおよびxxxxXX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、XxXxxx、XxxXxx、XxxxXx、XxxxxX、xXxXxx、xXxxXx、xXxxxX、xxXxXx、xxXxxXおよびxxxXxX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、xXxXxx、xXxxXx、xXxxxX、xxXxXx、xxXxxXおよびxxxXxX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、xXxXxx、xXxxXxおよびxxXxXx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、xXxXxx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)である。
【0068】
いくつかの具体例において、ミキシマー、例えば、antimiRミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある少なくとも3個のLNA単位を含む。その具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある3個のLNA単位を含む。3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、XXXxxx、xXXXxx、xxXXXx、xxxXXX、XXxXxx、XXxxXx、XXxxxX、xXXxXx、xXXxxX、xxXXxX、XxXXxx、XxxXXx、XxxxXX、xXxXXx、xXxxXX、xxXxXX、xXxXxXおよびXxXxXx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、XXxXxx、XXxxXx、XXxxxX、xXXxXx、xXXxxX、xxXXxX、XxXXxx、XxxXXx、XxxxXX、xXxXXx、xXxxXX、xxXxXX、xXxXxXおよびXxXxXx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、xXXxXx、xXXxxX、xxXXxX、xXxXXx、xXxxXX、xxXxXXおよびxXxXxX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、xXxXxXまたはXxXxXx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)である。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、xXxXxX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)である。
【0069】
いくつかの具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある少なくとも4個のLNA単位を含む。そのいくつかの具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある4個のLNA単位を含む。3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、xxXXXX、xXxXXX、xXXxXX、xXXXxX、xXXXXx、XxxXXX、XxXxXX、XxXXxX、XxXXXx、XXxxXX、XXxXxX、XXxXXx、XXXxxX、XXXxXxおよびXXXXxx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。
【0070】
いくつかの具体例において、本発明のミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある少なくとも5個のLNA単位を含む。そのいくつかの具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、3〜8位にある5個のLNA単位を含む。3’末端から数えて、3〜8位にあるヌクレオチドの置換パターンは、限定するものではないが、xXXXXX、XxXXXX、XXxXXX、XXXxXX、XXXXxXおよびXXXXXx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。
【0071】
いくつかの具体例において、該非−LNA単位は、別のヌクレオチドアナログ単位である。
【0072】
いくつかの具体例において、非−LNA単位「x」は、別のヌクレオチドアナログ単位である。ある特定の具体例において、別のヌクレオチドアナログ単位は「Y」であることができ、ここに、Yは本明細書中に定義されるとおりである。
【0073】
いくつかのミキシマーの具体例において、3’末端から数えて、11位から5’末端までのヌクレオチドの置換パターンは、ヌクレオチドアナログ単位(例えば、LNA)を含んでいてもよく、または含んでいなくてもよい。いくつかの具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、11位から5’末端までに、少なくとも1個のヌクレオチドアナログ単位(例えば、LNA)、例えば1個のヌクレオチドアナログ単位を含む。いくつかの具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、11位から5’末端までに、少なくとも2個のヌクレオチドアナログ単位(例えば、LNA)、例えば2個のヌクレオチドアナログ単位を含む。
【0074】
オリゴマーの11位から5’末端までのヌクレオチドにおけるヌクレオチド修飾に言及するいくつかの具体例において、LNA単位は、他のヌクレオチドアナログ(例えば、本明細書中で言及されるもの)と置き換えられていてもよい。したがって、「X」は、2’−O−アルキル−RNA単位、2’−OMe−RNA単位、2’−アミノ−DNA単位、2’−フルオロ−DNA単位、LNA単位、PNA単位、HNA単位、INA単位からなる群から選択されうる。「x」は、DNAまたはRNA、例えば、DNAであってもよい。Xは、また、2’−MOE−RNA単位であってもよい。
【0075】
いくつかの非限定的な具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、11位のヌクレオチドから5’末端まで繰り返される下記の置換パターンを有する:xXxXまたはXxXx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)。他の非限定的な具体例において、ミキシマーは、3’末端から数えて、11位のヌクレオチドから5’末端まで繰り返される下記の置換パターンを有する:XXxXxx、XXxxXxまたはXxXxxX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)。別の具体例において、ミキシマーは、ミキシマーは、3’末端から数えて、11位のヌクレオチドから5’末端まで繰り返される下記の置換パターンを有する:XXXxXXXx、XXxXxXxX、XXXxxxXXまたはXXxXxxXX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)。
【0076】
3’末端から数えて、11位から5’末端までのヌクレオチドの特異的な置換パターンは、ミキシマー中のヌクレオチド数に依存する。好ましい具体例において、ミキシマーは、12個のヌクレオチドを含有し、3’末端から数えて、11〜12位の置換パターンは、限定するものではないが、xXおよびXx(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)である。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、11〜12位の置換パターンは、xX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)である。別法では、3’末端から数えて11〜12位に、LNA単位は存在しない(すなわち、置換パターンはxx)。また他の具体例において、3’末端から数えて、11〜12位の置換パターンは、XXであり、ここに、「X」はLNA単位を示す。
【0077】
いくつかの具体例において、ミキシマーは、12個のヌクレオチドを含有し、3’末端から数えて、10〜12位の置換パターンは、限定するものではないが、Xxx、xXx、xxX、XXx、XxX、xXXおよびXXX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。そのいくつかの具体例において、3’末端から数えて、10〜12位の置換パターンは、限定するものではないが、xXx、xxXおよびxXX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)を包含する。いくつかの具体例において、3’末端から数えて、10〜12位の置換パターンは、xxX(ここに、「X」はLNA単位を示し、「x」は非−LNA単位を示す)である。別法では、3’末端から数えて、10〜12位にLNA単位は存在せず、すなわち、置換パターンはxxxである。
【0078】
いくつかの具体例において、オリゴマーは、MOE−RNAおよび2’フルオロ−DNAヌクレオチドのミキシマーである。そのため、ヌクレオチドXおよびxのパターンは、また、2’フルオロおよび2’MOE化学の組み合わせを示してもよい。したがって、いくつかの具体例において、Xは2’MOE−RNA単位であり、xは2’フルオロ−DNA単位である。あるいは、いくつかの具体例において、xは2’MOE−RNA単位であり、Xは2’フルオロ−DNA単位である。いくつかの具体例において、オリゴマーのヌクレオチド単位の全ては、独立して、2’フルオロ−DNAおよび2’MOE−RNAからなる群から選択される。いくつかの具体例において、オリゴマーは、2’MOE−RNAおよび2’フルオロ−DNA単位の両方を含む。かかるオリゴマーは、Davisら、NAR 2009 Vol 37, No 1, pp 70−77(出典明示により本明細書の一部とされる)に記載されている。さらに、2’MOE/2’フルオロ設計は、本明細書中に説明される。
【0079】
いくつかの具体例において、ミキシマーは、5’末端にLNA単位を含有する。いくつかの具体例において、ミキシマーは、5’末端から数えて、最初の2つの位置にLNA単位を含有する。ミキシマーは、また、本明細書中でantimiRと関連して(あるいは、ミキシマーが類似のパターンおよび数のヌクレオチド/ヌクレオチドアナログ(例えば、XおよびxまたはXおよびY)を含有するという関係において)特定される1以上の構造的特徴を含有していてもよい。
【0080】
表1.特異的マイクロRNAが示されたいくつかの疾患の例
【表1】
【0081】
いくつかの具体例において、オリゴマーは、i)RNA標的中に存在する連続ヌクレオチドのサブ配列に完全に相補的であってもよく、またはii)該RNA標的中に存在する連続ヌクレオチドのサブ配列の相補体とたった1つのミスマッチを含む。したがって、該オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドであり、ここに、それは、標的配列の対応する領域に完全に相補的であるか、または標的配列の対応する領域とたった1つのミスマッチを含む。RNA標的は、典型的に、医学的状態または疾患と関連し、いくつかの具体例において、例えば、マイクロRNAまたはmRNAであってもよい。該オリゴマーは、したがって、例えば、antimiR、マイクロRNA模倣物、マイクロRNA blockmir、またはアンチセンスオリゴマーであってもよい。
【0082】
したがって、該オリゴマーは、マイクロRNA−122を標的とする(すなわち、マイクロRNA−122(の対応する領域)に対して完全に相補的な連続ヌクレオチド配列を含む、または該ヌクレオチド配列からなる、またはそのたった1つのミスマッチを含む)antimirであってもよい。かかるオリゴヌクレオチドは、抗−マイクロRNAオリゴヌクレオチドと称することもある。
【0083】
本発明において有用なマイクロRNA−122のモジュレーターの例
本発明において使用するために特に好ましい化合物は、マイクロRNA−122を標的とするものである。miR−122の配列は、マイクロRNAデータベース「mirbase」(http://microrna.sanger.ac.uk/sequences/)に見出すことができる。マイクロRNA−122の阻害剤は、多くの特許および文献に記載されており、当業者に周知である。いくつかの具体例において、有用なマイクロRNA−122モジュレーターを記載しているかかる文献の例は、WO2007/112754、WO2007/112753、またはWO2009/043353(全て、出典明示により本明細書の一部とされる)である。いくつかの具体例において、かかるマイクロRNA−122モジュレーターは、WO2009/20771、WO2008/91703、WO2008/046911、WO2008/074328、WO2007/90073、WO2007/27775、WO2007/27894、WO2007/21896、WO2006/93526、WO2006/112872、WO2005/23986、またはWO2005/13901(全て、出典明示により本明細書の一部とされる)に記載のものである。
【0084】
いくつかの具体例において、マイクロ−RNA−122アンタゴニストは、miR−122に相補的なオリゴマーまたはその(対応する)連続ヌクレオベース配列である。したがって、miR−122に相補的なオリゴマーは、ヒトmiR−122配列の一部または全長に対して相補的な少なくとも7個の連続ヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなる。これに関連して、一部は、マイクロ−RNA122配列、例えば、成熟has−miR−122配列内に見出される配列と100%相補的な少なくとも6個、例えば少なくとも7個または少なくとも8個の連続ヌクレオチドである。ある特定の具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、has−miR−122シード配列に対して相補的な連続ヌクレオチドの配列を含むか、または該配列からなり、すなわち、連続ヌクレオチド配列5’−CACTCC−3’ (本明細書中において、「シードマッチ領域」という)を含むか、または該配列からなる。
【0085】
いくつかの具体例において、配列5’−CACTCC−3’は、3’末端から数えて、オリゴマーの1−6、2−7または3−8位に位置する。いくつかの具体例において、配列5’−CACTCCA−3’は、3’末端から数えて、オリゴマーの1−7または2−8位に位置する。連続ヌクレオチド配列からなるオリゴマーは、さらに、非ヌクレオチド成分、例えば、5’または3’非ヌクレオチドコンジュゲーション基を含んでいてもよい。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、連続ヌクレオチド配列のみからなる、または該ヌクレオチド配列のみを含み、例えば、コンジュゲーション基を含まない。miR−122に相補的なオリゴマーは、has−miR−122配列の一部または全体に対して相補的な7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21または22個のヌクレオチドの連続配列を含んでいてもよく、または該配列からなっていてもよい。全miR−122に相補的な相補的オリゴマーは、少なくとも22ヌクレオチド長、すなわち、has−miR−122配列の長さであり、いくつかの例において、さらなる配列−フランキング配列(成熟has−miR−122配列に隣接するプレ−has−miR−122の領域に相補的であってもよい)を含んでいてもよい。全成熟has−miR−122に相補的な相補的オリゴマーは、したがって、22nヌクレオチド長よりも長くてもよく、例えば、23、24、25、26、27、28、29、または30ヌクレオチド長であってもよい。has−miR−122配列の一部にのみ相補的なオリゴマーは、22ヌクレオチド長未満であってもよく、miR−has−miR122配列の一部の相補体からなる連続ヌクレオチド配列(すなわち、has−miR−122の対応するサブ領域に相補的な連続ヌクレオチド配列)からなってもよく、または該配列を含んでいてもよい。
【0086】
いくつかの具体例において、has−miR−122配列の一部にのみに相補的なオリゴマーは、例えば、成熟has−miR−122配列に隣接するプレ−has−miR−122の領域に相補的であってもよいフランキング配列を含んでいてもよい。成熟has−miR−122の一部に相補的な相補的オリゴマーは、したがって、22ヌクレオチド長より長くてもよく、例えば、23、24、25、26、27、28、29または30ヌクレオチド長であってもよい。しかしながら、いくつかの具体例において、has−miR−122の一部に相補的なオリゴマーは、22ヌクレオチド長未満である。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、has−miR−122に相補的な連続ヌクレオチド配列からなってもよい。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−TCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。
【0087】
いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−GTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−TGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CCATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ACCATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。
【0088】
いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CACCATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ACACCATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−AACACCATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−AAACACCATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CAAACACCATTGTCACACTCC−3’からなるか、または該配列を含む。
【0089】
上記で挙げた具体例において、3’シトシンヌクレオチドは、いくつかの具体例において、3’末端ヌクレオチドであってもよい。いくつかの具体例において、上記配列において、3’シトシンに対して3’にアデノシンヌクレオチドなどの単一のさらなるヌクレオチドが存在していてもよい。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−(C)(A)(A)(A)(C)(A)(C)(C)(A)(T)(T)(G)(T)(C)ACACTCC−3’からなるか、または該配列を含み、ここに、括弧中のヌクレオチドは任意である。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−(C)(A)(A)(A)(C)(A)(C)(C)(A)(T)(T)(G)(T)(C)ACACTCCA−3’ からなるか、または該配列を含み、ここに、括弧中のヌクレオチドは任意である。
【0090】
miR−122に相補的なオリゴマーはシードマッチ領域を含むことが好ましいが、いくつかの具体例において、シードマッチ領域は、3’末端から2個程度のヌクレオチドが切断されていてもよいと考えられる。すなわち、いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−(C)(A)(A)(A)(C)(A)(C)(C)(A)(T)(T)(G)(T)CACACTC−3’ からなるか、または該配列を含み、ここに、括弧中のヌクレオチドは任意である。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−(C)(A)(A)(A)(C)(A)(C)(C)(A)(T)(T)(G)TCACACT−3’ からなるか、または該配列を含み、ここに、括弧中のヌクレオチドは任意である。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−TCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。
【0091】
いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−TCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−TCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−GTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−GTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。
【0092】
いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−TGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−TGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ATTGTCACACT−3’から成るか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CCATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。
【0093】
いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CCATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ACCATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ACCATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CACCATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CACCATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ACACCATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−ACACCATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−AACACCATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。
【0094】
いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−AACACCATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−AAACACCATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−AAACACCATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CAAACACCATTGTCACACTC−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CAAACACCATTGTCACACT−3’からなるか、または該配列を含む。いくつかの具体例において、miR−122に相補的なオリゴマーは、連続ヌクレオチド配列5’−CAAACACCATTGTCACACTCCA−3’からなるか、または該配列を含む。
【0095】
いくつかの具体例において、該オリゴマーは、2’置換ヌクレオシド、例えば、2’MOE、2’OMeおよび/または2’フルオロを含んでいてもよく、または該2’置換ヌクレオチドからなってもよい。例として、Davisら、NAR 2008 Vol 37, No 1は、劇的に改善されたイン・ビボ効力を有する2’−フルオロ/2’−メトキシエチル(2’MOE)修飾されたアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)[Niels/Mark,これがASOが示すものであることを確認のこと]モチーフを開示する。Davisらは、出典明示により本明細書の一部とする。2’MOE/2’フルオロミキシマーは、いくつかの具体例において、12、13、14、15、17、18、19、20、21または22ヌクレオチド長であってもよい。下記の表は、2’MOEおよび2’フルオロ糖修飾をどのように22ヌクレオチド長までのオリゴマー、例えば、その配列を上記したオリゴマー中に組み込むことができるかを示す。
【0096】
【化1】
【0097】
上記具体例は、「X」が2’MOEであり、「x」が2’フルオロである場合、あるいは、「X」が2’フルオロであり、「x」が2’MOEである場合、上記教示と組み合わせてもよい。2’MOE/2’フルオロミキシマーは、完全にホスホロチオエートであってもよい。
【0098】
Mは、2’−メトキシエチル(2’MOE)を示し、Fは、2’フルオロヌクレオシド単位を示す。配列1−22は、5’−3’に提供される。すなわち、ヌクレオシド間結合は、本明細書中に記載されるとおりであってもよく、例えば、完全なホスホロチオエート骨格を用いてもよい。上記配列は、例えば、成熟ヒトhas−miR−122配列の逆相補体(reverse complement)またはその一部であってもよい(抗−miR−122オリゴヌクレオチド配列の上記リスト参照)。該オリゴヌクレオチドは、所望により、例えば、3’コレステロールコンジュゲートによって、コンジュゲートされていてもよい。シトシンは、5−メチルシトシンであってもよい。いくつかの具体例において、1番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、1番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、2番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、2番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、3番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、3番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、4番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、4番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、5番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、5番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、6番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、6番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、7番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、7番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、8番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、8番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、9番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、9番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、10番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、10番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、11番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、11番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、12番目のヌクレオチドは、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、12番目のヌクレオチドは、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、13番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、13番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、14番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、14番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、15番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、15番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、16番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、16番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、17番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、17番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、18番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、18番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、19番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、19番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、20番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、20番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、21番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、21番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、22番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’MOEヌクレオチドである。いくつかの具体例において、22番目のヌクレオチドは、存在する場合、2’フルオロヌクレオチドである。いくつかの具体例において、オリゴマーは、Davisら、2009に開示されるものに基づく1 2’MOE/2’フルオロ設計、例えば、短縮バージョン、または多かれ少なかれ、2’Fコア領域の周囲に2’MOEフランクを有するバージョン、例えば、MFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFMM、MMMFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFFFFFFFMM、MMMFFFFFFFFFFFFFFFMMM、MFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFM、MMFFFFFFFFFFFFFFFFFFMM、またはMMMFFFFFFFFFFFFFFFFMMMからなる。
【0099】
いくつかの具体例において、モジュレーターは、アンチセンスLNAオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの具体例において、モジュレーターは、7〜25ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを含み、少なくとも1つのLNAを含む。いくつかの具体例において、マイクロRNAモジュレーターは、7から25ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを含み、少なくとも1つのLNAを含み、さらに、少なくとも1つの他のアフィニティー増強性ヌクレオチドアナログを含む。いくつかの具体例において、本発明のオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合を含む。1の特に好ましい具体例において、医薬組成物は、配列:5’−CcAttGTcaCaCtCC−3’(配列番号11)(ここに、大文字はLNA単位を示す)、例えば、5’−C−3’を有する抗−miR−122オリゴマーを含む。
【0100】
本明細書中で使用される場合、配列中の大文字は、ベータ−D−オキシLNAを示し、小文字は、DNA単位(2’デオキシリボースヌクレオシド)を示し、「C」は、5−メチルシトシンベータ−D−オキシLNAを示し、下付き文字の「s」は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を示す。好ましい具体例において、マイクロRNA−122モジュレーターは、表2および3に挙げられる配列のいずれか1つを含むか、または該配列からなるLNAアンチセンスオリゴマーである。
【0101】
表2 本発明の方法において使用されうる以下の特定の化合物。該化合物は、好ましくは完全にホスホロチオエートであり、各ヌクレオチドは、LNAヌクレオチド、例えば、ベータ−D−オキシLNAである。LNAシトシンは、5’メチルシトシンであってもよい。該化合物は、その標的マイクロRNAのシード領域に向けられる(すなわち、シードマー(seedmer)である)。該化合物は、限定するものではないが、PCT/DK2008/000344(miRbaseにおいて公表されるようなマイクロRNAを標的とするantimiRを開示し、特に、本発明の方法に使用されうるオリゴマーを提供するために、出典明示により本明細書の一部とされる)の表1に開示されるようなオリゴヌクレオチドを包含する。等価のantimiRは、成熟マイクロRNA−122の−2ないし−8/−9または−10位(7、8または9merの場合)(該マイクロRNAの5’末端ヌクレオチド(すなわち、−1位)から数える)を対合することによって設計することができる。
【0102】
【表2】
【0103】
表3 マイクロRNA−122を標的とするさらなるLNA化合物。PCT/DK2008/000344に開示されるような、本発明の方法において使用されうる以下の特定の化合物。
【0104】
【表3】
【0105】
表4 使用されうるmiR−122を標的とするさらなる特定の化合物(WO2007/112754の表1およびWO2007/112753に開示され、出典明示により本明細書の一部とされる)
オリゴヌクレオチドを阻害するmiR−122の具体例は、限定するものではないが、下記の表4に示すものを包含する。
【0106】
【表4】
ここに、小文字は、DNA単位の窒素を含む塩基を示し、大文字は、LNA単位の窒素を含む塩基を示し、大文字のCはMeCを示す。
【0107】
上記具体例におけるLNA/DNAヌクレオベースの設計は、本発明にしたがう他のオリゴヌクレオチドに応用されうることが理解されるであろう。
【0108】
医薬組成物および治療方法
アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはそのコンジュゲートもしくは医薬組成物は、典型的に、有効量(例えば、標的RNAまたはその活性を、連続的投与間の期間にわたって有意なレベル、例えば、対象に治療的利益があるレベルにダウンレギュレートするのに十分な投与量によって決定されうる)において対象に投与される。いくつかの具体例において、標的RNAまたはその活性は、連続的投与間の期間中、少なくとも10%、例えば、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%または少なくとも80%または少なくとも90%ダウンレギュレートされる。本発明の医薬組成物は、いくつかの具体例において、疾患病状に依存して、疾患の治療において効果的であろう対象、例えば、対象の標的組織における化合物濃度を維持する目的で、維持投与量スキームによって追随されうる初期投与量蓄積期(initial dosage build up phase)を提供するための投与のために製造されうる。投与量の効力は、例えば、病状を示す疾患パラメーターの観察によって測定されうるか、または標的組織に依存して、種々の組織パラメーター、例えば、標的RNAの活性またはウイルスゲノムの量、あるいは例えば、血漿中の測定可能な病状依存性パラメーターの観察によって測定可能である。しかしながら、いくつかの非限定的な例において、かかる疾患はウイルス性疾患であることができ、増量期後、維持投与量を一定期間与えることができ、ここに、該目的は、標的組織における化合物の比較的高い活性または濃度を維持することであり、一方、例えば、ウイルス力価が減少するか、または他の疾患パラメーターが改善され、その後、各投与間の間隔を増加することができるか、または各投与で与えられる投与量を減少することができ、またはその両方可能であり、それにより、最小限必要とされる有効投与量を用いることで最低レベルで該疾患を維持し、同時に、投与間にぎりぎりの時間間隔(high time interval)をおくことによって、最小限の副作用および患者にとって最低限の不都合しかもたらさないようにする。本明細書に記載の投与最適化は、ルーチンな調整のみを用いて、当業者によって実施されうる。
【0109】
いくつかの具体例において、増量期後、重要な疾患パラメーターに対する所望の効果を得るために、標的組織における有効濃度を維持する目的で、維持投与量が投与され、ここに、患者にとっての投与の不都合を回避するために、各投与間の時間間隔は大きく、副作用を回避するために、投与量は最小限に維持され、一方、選択された疾患パラメーターに対する効果は今だ維持されている。
【0110】
いくつかの具体例において、少なくとも2回の投与、例えば維持投与間の時間間隔は、例えば、少なくとも1日、例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、または少なくとも14日のいずれかから選択される。
【0111】
いくつかの具体例において、少なくとも2回の投与、例えば維持投与間の時間間隔は、例えば、少なくとも14日、例えば、少なくとも15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、72、73、74、75、76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、89、90、91、92、93、94、95、96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106、107、108、109、110、111、112、113、114、115、116、117、118、119、120、121、122、123、124または少なくとも125日のいずれかから選択される。いくつかの具体例において、少なくとも2回の投与、例えば維持投与間の時間間隔は、少なくとも2週、例えば、少なくとも3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17または少なくとも18週のいずれかから選択される。いくつかの具体例において、少なくとも2回の投与、例えば維持投与間の時間間隔は、例えば、少なくとも1/2月、例えば、少なくとも1、1と1/2、2、2と1/2、3、3と1/2、4または少なくとも4と1/2月のいずれかから選択される。
【0112】
いくつかの具体例において、患者が活性な疾患の症状を有する限り、治療が維持されるであろう。いくつかの具体例において、ある期間、治療を休止してもよく、次いで、高投与または頻繁な投与の初期期間によって再開して、化合物の有効組織濃度を再構築してもよく、次いで、記載にしたがって維持療法を施してもよい。
【0113】
いくつかの具体例において、少なくとも2回の投与、例えば維持投与間の時間間隔は、少なくとも14日である。いくつかの具体例において、投与間の時間間隔は、少なくとも21日である。いくつかの具体例において、投与間の時間間隔は、少なくとも4週である。いくつかの具体例において、投与間の時間間隔は、少なくとも5週である。いくつかの具体例において、投与間の時間間隔は、少なくとも6週である。いくつかの具体例において、投与間の時間間隔は、少なくとも7週である。いくつかの具体例において、投与間の時間間隔は、少なくとも8週である。かかる投与量は、維持投与量であってもよい。
【0114】
いくつかの具体例において、患者の循環中、例えば血漿中のオリゴマー濃度は、0.04〜25nM、例えば、0.8〜20nMのレベルで維持される。
【0115】
いくつかの具体例において、各投与、例えば単位投与量にて投与される化合物の投与量は、0.01mg/kg〜25mg/kgである。いくつかの具体例において、各投与、例えば単位投与量にて投与される化合物の投与量は、0.05mg/kg〜20mg/kgである。いくつかの具体例において、各投与にて投与される化合物の投与量(例えば、単位投与量)は、0.1mg/kg〜15mg/kgである。いくつかの具体例において、各投与にて投与される化合物の投与量(例えば、単位投与量)は、1mg/kg〜15mg/kgである。いくつかの具体例において、各投与、例えば単位投与量にて投与される化合物の投与量は、1mg/kg〜10mg/kgである。いくつかの具体例において、各投与にて投与される化合物の投与量(例えば、単位投与量)は、0.01mg/kg〜25mg/kg、例えば、約0.01、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.25、1.5、1.75、2、2.25、2.5、2.75、3、3.25、3.5、3.75、4、4.25、4.5、4.75、5、5.25、5.5、5.75、6、6.25、6.5、6.75、7、7.25、7.5、7.75、8、8.25、8.5、8.75、9、9.25、9.5、9.75、10、10.25、10.5、10.75、11、11.25、11.5、11.75、12、12.25、12.5、12.75、13、13.25、13.5、13.75、14、14.25、14.5、14.75、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または例えば約25mg/kg(その各々が個々の具体例である)である。
【0116】
いくつかの具体例において、本発明の組成物(例えば、単位投与量)は、非経口投与方法、例えば、限定するものではないが、静脈内、皮下、腹腔内、脳血管内、鼻腔内投与のために製造される。いくつかの具体例において、投与は経口である。
【0117】
本発明のオリゴマーは、医薬処方および組成物において使用されうる。適当には、かかる組成物は、医薬上許容される希釈剤、担体、塩またはアジュバントを含む。PCT/DK2006/000512は、適当な医薬上許容される希釈剤、担体およびアジュバントを提供する(出典明示により、本明細書の一部とする)。適当な投与量、処方、投与経路、組成物、投与形態、他の治療剤との組み合わせ、プロドラッグ処方もまた、PCT/DK2006/000512に提供される(出典明示により、本明細書の一部とする)。いくつかの具体例において、本発明の医薬組成物は、さらに、医薬上許容される担体を含む。
【0118】
本発明の化合物は、いくつかの具体例において、例えば、医薬上許容される担体または希釈剤中、処置した患者に深刻な副作用を引き起こすことなく、治療上有効量を患者にデリバリーするのに十分な量において、単位処方(すなわち、単位投与量)中に含まれうる。しかしながら、処置のいくつかの形態において、深刻な副作用は、治療的処置に対して正の結果を保証する観点から、許容されうる。
【0119】
医薬組成物の投与量は、治療されるべき病態の重篤度および応答性に依存し、数日から数ヶ月または治癒するまで持続する治療コースがもたらされるか、または病状の減少が達成される。最適な投与計画は、患者の体内における薬物蓄積の測定値から算出することができる。最適な投与量は、個々のオリゴヌクレオチドの相対的効力に依存して変化しうる。一般に、イン・ビトロおよびイン・ビボ動物モデルにおいて有効であることが見出されたEC50に基づいて概算することができる。一般に、投与量は、体重1kgあたり0.01μg〜1gであり、1日に1回以上、週に1回以上、月に1回以上または年に1回以上、または2〜10年毎に1回、または数時間から数ヶ月までの間の連続的な注入によって、与えられうる。投与の反復率は、体液または組織中の測定された滞留時間および濃度に基づいて概算することができる。成功した処置後、病状の再発を防ぐために、患者は維持療法を受けることが望ましい。
【0120】
処方された薬物は、医薬上許容される結合剤およびアジュバントを含んでいてもよい。カプセル、錠剤および丸薬などは、例えば、下記の化合物を含有していてもよい。結合剤として、微結晶セルロース、ガムまたはゼラチン;賦形剤として、デンプンまたはラクトース;滑沢剤として、ステアリン酸塩;種々の甘味料またはフレーバー剤。カプセルの場合、投与単位は、油脂などの液体担体を含有していてもよい。同様に、糖類または腸溶性剤のコーティングを投与単位の一部としてもよい。オリゴヌクレオチド処方は、また、活性な医薬成分およびミセル性エマルジョンを形成する脂質のエマルジョンであってもよい。
【0121】
本発明の医薬組成物は、局所的または全身的処置が望ましいかどうか、および治療されるべき領域に依存して、いくつかの方法で投与されうる。投与は、(a)経口、(b)肺、例えば、ネブライザーによるものを包含する粉末またはエーロゾルの吸入または吹き込みによる、気管内、鼻腔内、(c)表皮、経皮、眼および膣および直腸デリバリーを包含する粘膜を包含する局所的、または(d)静脈内、動脈内、皮下、腹腔内または筋内注射または注入を包含する非経口、または頭蓋内、例えば、クモ膜下または脳室内投与であってもよい。いくつかの具体例において、活性なオリゴは、IV、IP、経口、局所、またはボーラス注射として投与され、または標的器官に直接投与される。具体例において、各投与量は、静脈内、動脈内、皮下、腹腔内または筋内注射または注入を包含する非経口注射または注入;または頭蓋内、例えば、クモ膜下または脳室内投与によって投与される。
【0122】
局所投与のための医薬組成物および処方は、経皮パッチ、軟膏、ローション、クリーム、ゲル、滴、スプレー、座剤、液体および粉末を包含しうる。通常の医薬担体、水性、粉末または油性基剤、増粘剤などは、必要であるか、または望ましいことがある。いくつかの非限定的な例示的局所処方は、本発明のオリゴヌクレオチドが液体、リポソーム、脂肪酸、脂肪酸エステル、ステロイド、キレート剤および界面活性剤などの局所的デリバリー剤と混合されているものを包含する。経口投与のための組成物および処方は、限定するものではないが、粉末または顆粒、微粒子、ナノ粒子、水中または非水性媒体中における懸濁液または溶液、カプセル、ゲルカプセル、サッシェ、錠剤またはミニ錠剤を包含する。非経口、クモ膜下または脳室内投与のための組成物および処方は、バッファー、希釈剤および他の適当な添加剤、例えば、限定するものではないが、浸透増加剤、担体化合物および他の医薬上許容される担体または賦形剤を含有していてもよい滅菌水性溶液を包含しうる。
【0123】
本発明の医薬組成物は、限定するものではないが、溶液、エマルジョン、およびリポソーム含有処方を包含する。これらの組成物は、限定するものではないが、予め形成された液体、自己乳化性固体および自己乳化性半固体を包含する種々の成分から生成されうる。腫瘍組織への薬物のデリバリーは、限定するものではないが、カチオン性リポソーム、シクロデキストリン、ポルフィリン誘導体、側鎖デンドリマー、ポリエチレンイミンポリマー、ナノ粒子およびミクロスフェアを包含する担体媒介性デリバリーによって増強されうる(Dass CR. J Pharm Pharmacol 2002; 54(1):3−27)。本発明の医薬処方は、好都合には単位投与形態で提供されうるが、製薬業界においてよく知られた通常の技術にしたがって調製されうる。かかる技術は、活性成分と医薬担体または賦形剤との会合をもたらす工程を包含する。一般に、該処方は、活性成分と液体担体または微粉化固形担体またはその両方との会合を均一かつ密接にもたらし、次いで、所望により成形することによって調製される。
【0124】
本発明の組成物は、多くの可能な投与形態、例えば、限定するものではないが、錠剤、カプセル、ゲルカプセル、液体シロップ、ソフトゲルおよび座剤のいずれかに処方されうる。本発明の組成物は、また、水性、非水性または混合媒体中の懸濁液として処方されうる。水性懸濁液は、さらに、例えば、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ソルビトールおよび/またはデキストランを包含する、該懸濁液の粘性を増加させる物質を含有しうる。懸濁液は、また、安定化剤を含有しうる。
【0125】
非経口、皮下、経皮または局所投与の場合、処方は、滅菌希釈剤、バッファー、等張性調節剤および抗菌剤を含んでいてもよい。活性化合物は、放出制御性を有するインプラントまたはマイクロカプセルを包含する、分解または体内からの即時排除から保護する担体と共に調製されうる。静脈内投与の場合、担体は、例えば、生理学的セーラインまたはリン酸緩衝化セーラインであってもよい。
【0126】
本発明のオリゴヌクレオチドは、所望の作用を害さないいずれかの物質、または所望の作用を補助する物質と混合してもよい。これらは、他のヌクレオシド化合物を包含する他の薬剤を包含することができる。
【0127】
所望により、本発明の医薬は、治療剤、例えば、さらなるアンチセンス化合物、化学治療化合物、抗炎症性化合物、抗ウイルス性化合物および/または免疫調節化合物を含む。限定するものではないが、非ステロイド性抗炎症薬およびコルチコステロイドを包含する抗炎症薬、抗ウイルス薬、および免疫調節薬もまた、本発明の組成物中に配合されうる。
【0128】
2以上の合わせた化合物を一緒にまたは連続的に用いてもよく、すなわち、本発明の化合物は、本明細書中に言及される1以上の他の治療剤の投与前、投与中または投与後に用いてもよい。
【0129】
本発明のオリゴヌクレオチドは、また、活性な薬剤物質、例えば、アスピリン、イブプロフェン、サルファ薬、抗糖尿病薬、抗菌薬または抗生物質にコンジュゲートされていてもよい。いくつかの具体例において、本発明の医薬組成物は、さらに、少なくとも1つの化学治療剤を含む。該化学治療剤は、例えば、アドレノコルチコステロイド、例えば、プレドニソン(prednisone)、デキサメタゾン(dexamethasone)またはデカドロン(decadron);アルトレタミン(altretamine)(ヘキサレン(hexalen)、ヘキサメチルメラミン(HMM));アミフォスチン(amifostine)(エチオール(ethyol));アミノグルテチミド(aminoglutethimide)(シタドレン(cytadren));アムサクリン(amsacrine)(M−AMSA);アナストロゾール(anastrozole)(アリミデックス(arimidex));アンドロゲン、例えば、テストステロン;アスパラギナーゼ(エルスパー(elspar));バチルス・カルメット−グリン(bacillus calmette−gurin);ビカルタミド(bicalutamide)(カソデックス(casodex));ブレオマイシン(ブレノキサン(blenoxane));ブスルファン(busulfan)(ミレラン(myleran));カルボプラチン(パラプラチン(paraplatin));カルムスチン(carmustine)(BCNU,BiCNU);クロラムブシル(chlorambucil)(ロイケラン(leukeran));クロロデオキシアデノシン(2−CDA,クラドリビン(cladribine)、ロイスタチン(leustatin));シスプラチン(プラチノール(platinol));シトシンアラビノシド(シタラビン(cytarabine));デカルバジン(dacarbazine)(DTIC);ダクチノマイシン(dactinomycin)(アクチノマイシン−D(actinomycin−D)、コスメゲン(cosmegen));ダウノルビシン(daunorubicin)(セルビジン(cerubidine));ドセタキセル(docetaxel)(タキソテレ(taxotere));ドクソルビシン(doxorubicin)(アドリノマイシン(adriomycin));エピルビシン(epirubicin);エストラムスチン(estramustine)(エムシト(emcyt));エストロゲン、例えば、ジエチルスチルベストロール(DES);エトプシド(etopside)(VP−16、VePesid、エトポホス(etopophos));フルダラビン(fludarabine)(フルダラ(fludara));フルタミド(flutamide)(エウレキシン(eulexin));5−FUDR(フロクスウリジン(floxuridine));5−フルオロウラシル(5−FU);ゲムシタビン(gemcitabine)(ゲムザル(gemzar));ゴセレリン(goserelin)(ゾダレックス(zodalex));ヘルセプチン(herceptin)(トラスツズマブ(trastuzumab));ヒドロキシウリア(ヒドレア(hydrea));イダルビシン(idarubicin)(イダマイシン(idamycin));イホスファミド(ifosfamide);IL−2(プロレウキン(proleukin)、アルデスレウキン(aldesleukin));インターフェロンアルファ(イントロンA(intron A)、ロフェロンA(roferon A));イリノテカン(irinotecan)(カムプトサル(camptosar));ロイプロリド(leuprolide)(ルプロン(lupron));レバミソール(levamisole)(エルガミソール(ergamisole));ロムスチン(lomustine)(CCNU);メクロラタミン(mechlorathamine)(ムスタルゲン(mustargen)、ニトロゲンマスタード);メルファラン(melphalan)(アルケラン(alkeran));メルカプトプリン(プリネトール(purinethol)、6−MP);メトトレキサート(methotrexate)(メキサート(mexate));マイトマイシン−C(mitomycin−C)(ムタムシン(mutamucin));ミトキサントロン(mitoxantrone)(ノバントロン(novantrone));オクトレオチド(octreotide)(サンドスタチン(sandostatin));ペントスタチン(pentostatin)(2−デオキシコホルミシン(2−deoxycoformycin)、ニペント(nipent));プリカマイシン(plicamycin)(ミトラマイシン(mithramycin)、ミトラシン(mithracin));プロロカルバジン(prorocarbazine)(マツラン(matulane));ストレプトゾシン(streptozocin);タモキシフィン(tamoxifin)(ノルバデックス(nolvadex));タキソール(taxol)(パクリタキセル(paclitaxel));テニポシド(teniposide)(ブモン(vumon)、VM−26);チオテパ(thiotepa);トポテカン(topotecan)(ヒカムチン(hycamtin));トレチノイン(tretinoin)(ベサノイド(vesanoid)、全トランスレチノイン酸);ビンブラスチン(vinblastine)(バルバン(valban));ビンクリスチン(vincristine)(オンコビン(oncovin))およびビンオレルビン(vinorelbine)(ナベルビン(navelbine))からなる群から選択されうる。
【0130】
ある特定の具体例において、本発明は、(a)1以上のアンチセンス化合物および(b)非アンチセンスメカニズムによって機能する1以上の他の化学治療剤を含有する医薬組成物を提供する。本発明の化合物と共に使用される場合、かかる化学治療剤は、個々に(例えば、ミトラマイシンおよびオリゴヌクレオチド)、連続的に(例えば、一定期間、ミトラマイシンおよびオリゴヌクレオチド、次いで、他の薬剤およびオリゴヌクレオチド)、または1以上の他のかかる化学治療剤と組み合わせて、または放射能療法と組み合わせて用いてもよい。当業者に既知の全ての化学治療剤は、本発明の化合物との組み合わせ治療として本明細書中に組み込まれる。
【0131】
別の具体例において、本発明の組成物は、第1の核酸を標的とした1以上のアンチセンス化合物、特にオリゴヌクレオチド、および第2の核酸標的を標的とした1以上のさらなるアンチセンス化合物を含有しうる。2以上の組み合わせた化合物を一緒にまたは連続的に用いてもよい。すなわち、本発明の化合物は、本明細書中に言及される1以上の他の治療剤の投与前、投与中または投与後に使用してもよい。
【0132】
本発明の医薬組成物は、プロドラッグを構成していてもよい。したがって、本発明のいくつかの具体例において、本発明の化合物は、プロドラッグの形態であってもよい。オリゴヌクレオチドは、負に荷電されたイオンに基づいていてもよい。細胞膜の脂肪親和性のために、オリゴヌクレオチドの細胞取り込みは、中性または脂肪親和性等価物と比べて減少する。該極性「障害」は、プロドラッグアプローチを用いることによって回避することができる(例えば、Crooke, R. M. (1998) in Crooke, S. T. Antisense research and Application. Springer−Verlag, Berlin, Germany, vol. 131, pp. 103−140参照)。該アプローチにおいて、オリゴヌクレオチドは、該オリゴが投与時に中性であるように保護された方法で調製される。これらの保護基は、除去でき、その後にオリゴが細胞に取り込まれるように、設計される。かかる保護基の例は、S−アセチルチオエチル(SATE)またはS−ピバロイルチオエチル(t−ブチル−SATE)である。これらの保護基は、ヌクレアーゼ耐性であり、選択的に細胞内除去される。
【0133】
本発明の医薬組成物は、いくつかの具体例において、さらに、抗炎症性化合物および/または抗ウイルス性化合物を含む。
【0134】
いくつかの具体例において、本発明で使用されるLNAアンチセンス抗マイクロRNA化合物は、セーライン中で処方される。
【0135】
ヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログ
「ヌクレオチド」なる語は、本明細書中で使用される場合、糖部分、塩基部分および共有結合したリン酸基を含むグリコシドを示し、天然ヌクレオチド、例えば、DNAまたはRNA、例えばDNA、および修飾された糖および/または塩基部分を含む非天然ヌクレオチド(本明細書中において「ヌクレオチドアナログ」ともいう)の両方を包含する。
【0136】
非天然ヌクレオチドは、修飾された糖部分を有するヌクレオチド、例えば、二環式ヌクレオチドまたは2’修飾ヌクレオチド、例えば、2’置換ヌクレオチドを包含する。
【0137】
「対応する」なる語は、オリゴマーまたは連続ヌクレオチド配列のヌクレオチド配列(第1の配列)および標的RNAの逆相補体の全またはサブ配列の等価の連続ヌクレオチド配列間の比較をいう(RNA標的に対応するオリゴマー配列またはその連続ヌクレオチド配列は、標的RNAの全またはサブ配列の逆相補体とアラインした場合に、典型的にミスマッチを含まない、またはたった1個しかミスマッチを含まない)。
【0138】
「対応するヌクレオチドアナログ」および「対応するヌクレオチド」なる語は、ヌクレオチドアナログにおけるヌクレオチドおよび天然ヌクレオチドが同一であることを示すことを意図する。例えば、ヌクレオチドの2−デオキシリボース単位がアデニンに結合している場合、「対応するヌクレオチドアナログ」は、アデニンに結合したペントース単位(2−デオキシリボースとは異なる)を含有する。
【0139】
「ヌクレオチドアナログ」は、糖および/または塩基部分における修飾による天然ヌクレオチド、例えば、DNAまたはRNAヌクレオチドの変種である。アナログは、原則として、オリゴマーに関連して、天然ヌクレオチドに対し、単に「サイレント」であるか「等価」であることができ、すなわち、オリゴマーが標的遺伝子発現を阻害するように働く方法に対して機能的な影響を有さない。にもかかわらず、かかる「等価」アナログは、例えば、それらの製造が容易または安価であるか、または貯蔵もしくは製造条件に対してより安定であるか、またはタグもしくはラベルを示す場合、有用でありうる。しかしながら、好ましくは、アナログは、例えば、標的に対する増加した結合アフィニティーおよび/または細胞内ヌクレアーゼに対する増加した耐性および/または細胞中への輸送の増加した容易性を生じることによって、オリゴマーが発現阻害するように働く方法に対して機能的影響を有さないであろう。ヌクレオシドアナログの具体例は、例えば、FreierおよびAltmann; Nucl. Acid Res., 1997, 25, 4429−4443およびUhlmann; Curr. Opinion in Drug Development, 2000, 3(2), 293−213、およびスキーム1によって記載される。
【0140】
【化2】
スキーム1
【0141】
かくして、オリゴマーは、天然ヌクレオチド、例えば、2’−デオキシヌクレオチド(本明細書中において、一般に、「DNA」という)、おそらくリボヌクレオチド(本明細書中において、一般に「RNA」という)、またはかかる天然ヌクレオチドの組み合わせ、および1以上の非天然ヌクレオチド、すなわち、ヌクレオチドアナログの単純な配列を含むか、または該配列からなってもよい。かかるヌクレオチドアナログは、適当には、標的配列のオリゴマーのアフィニティーを増加しうる。
【0142】
適当なヌクレオチドアナログの例は、PCT/DK2006/000512によって提供されるか、または該文献中に言及される。
【0143】
オリゴマーにおけるアフィニティー増強性ヌクレオチドアナログ、例えば、LNAまたは2’−置換糖類の組み込みは、特異的結合性オリゴマーのサイズを減少させることを可能にし、また、非特異的または異常な結合が起こる前に、その上限を該オリゴマーのサイズに減少させうる。
【0144】
いくつかの具体例において、該オリゴマーは、少なくとも2つのヌクレオチドアナログを含む。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、3−8個のヌクレオチドアナログ、例えば、6または7個のヌクレオチドアナログを含む。なによりも好ましい具体例において、第1のオリゴマーにも言及するが、特に第2のオリゴマーに関連して、ヌクレオチドアナログの少なくとも1つは、ロックド(locked)核酸(LNA)であり、例えば、ヌクレオチドアナログの少なくとも3または少なくとも4、または少なくとも5、または少なくとも6、または少なくとも7、または8個は、LNAであってもよい。いくつかの具体例において、ヌクレオチドアナログの全てがLNAであってもよい。
【0145】
ヌクレオチドのかかる修飾の例は、また、2’−置換基を提供するように、または結合アフィニティーを増強し、増加したヌクレアーゼ耐性をも提供しうる架橋(ロックド核酸)構造を提供するように、糖部分を修飾することを包含する。
【0146】
好ましいヌクレオチドアナログは、LNA、例えば、オキシ−LNA(例えば、ベータ−D−オキシ−LNA、およびアルファ−L−オキシ−LNA)、および/またはアミノ−LNA(例えば、ベータ−D−アミノ−LNAおよびアルファ−L−アミノ−LNA)および/またはチオ−LNA(例えば、ベータ−D−チオ−LNAおよびアルファ−L−チオ−LNA)および/またはENA(例えば、ベータ−D−ENAおよびアルファ−L−ENA)である。最も好ましくは、ベータ−D−オキシ−LNAである。
【0147】
いくつかの具体例において、オリゴマー内に存在するヌクレオチドアナログは、例えば、2’−O−アルキル−RNA単位、2’−アミノ−DNA単位、2’−フルオロ−DNA単位、LNA単位、アラビノ核酸(ANA)単位、2’−フルオロ−ANA単位、HNA単位、INA(挿入核酸(intercalating nucleic acid)−Christensen, 2002. Nucl. Acids. Res. 2002 30: 4918−4925(出典明示により、本明細書の一部とされる))単位、および2’MOE単位から独立して選択される。いくつかの具体例において、本発明のオリゴマーまたはその連続ヌクレオチド配列中に存在するヌクレオチドアナログの上記の型のうちの1つだけが存在する。
【0148】
いくつかの具体例において、ヌクレオチドアナログは、2’−O−メトキシエチル−RNA(2’MOE)、2’−フルオロ−DNAモノマーまたはLNAヌクレオチドアナログであり、該オリゴマーとして、これらの3つの型のアナログから独立して選択されるヌクレオチドアナログを含んでいてもよく、または該3つの型から選択されるアナログのうちの1つの型だけを含んでいてもよい。いくつかの具体例において、該ヌクレオチドアナログの少なくとも1つは、2’−MOE−RNA、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9または10個の2’−MOE−RNAヌクレオチド単位である。いくつかの具体例において、該ヌクレオチドアナログの少なくとも1つは、2’−フルオロDNA、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9または10個の2’−フルオロ−DNAヌクレオチド単位である。
【0149】
いくつかの具体例において、第2のオリゴマーは、LNAおよび2’−MOE−RNAの両方または2’−フルオロヌクレオチドを含み、いくつかの具体例において、LNAおよび2’−MOE、またはLNAおよび2’−フルオロヌクレオチドからなってもよい。
【0150】
いくつかの具体例において、該オリゴマーは、少なくとも1つのロックド核酸(LNA)単位、例えば、1、2、3、4、5、6、7、または8個のLNA単位、例えば、3〜7または4〜8個のLNA単位、または3、4、5、6または7個のLNA単位を含む。いくつかの具体例において、全てのヌクレオチドアナログはLNAである。いくつかの具体例において、該オリゴマーは、ベータ−D−オキシ−LNA、および下記LNA単位の1以上の両方を含んでいてもよい:ベータ−Dまたはアルファ−L配置のいずれか、またはその組み合わせにおけるチオ−LNA、アミノ−LNA、オキシ−LNA、および/またはENA。いくつかの具体例において、全LNAシトシン単位は、5’メチル−シトシンである。本発明のいくつかの具体例において、オリゴマーは、LNAおよびDNA単位の両方を含みうる。いくつかの具体例において、LNAおよびDNA単位の合わせた数は、10−25、または10−20、例えば、12−16である。いくつかの具体例において、オリゴマー、例えば、連続ヌクレオチド配列のヌクレオチド配列は、少なくとも1つのLNAからなり、残りのヌクレオチド単位は、DNA単位である。いくつかの具体例において、オリゴマーは、所望により修飾されたヌクレオチド間結合、例えば、ホスホロチオエートを有する、LNAヌクレオチドアナログおよび天然ヌクレオチド(例えば、RNAまたはDNA、最も好ましくはDNAヌクレオチド)のみを含む。
【0151】
「ヌクレオベース」なる語は、ヌクレオチドの塩基部分を示し、天然ならびに非天然変種を包含する。かくして、「ヌクレオベース」は、既知のプリンおよびピリミジン複素環だけでなく、その複素環式アナログおよび互変体も包含する。
【0152】
ヌクレオベースの例は、限定するものではないが、アデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチン、ヒポキサンチン、5−メチルシトシン、イソシトシン、シュードイソシトシン、5−ブロモウラシル、5−プロピニルウラシル、6−アミノプリン、2−アミノプリン、イノシン、ジアミノプリン、および2−クロロ−6−アミノプリンを包含する。
【0153】
いくつかの具体例において、オリゴマー中に存在するヌクレオベースの少なくとも1つは、5−メチルシトシン、イソシトシン、シュードイソシトシン、5−ブロモウラシル、5−プロピニルウラシル、6−アミノプリン、2−アミノプリン、イノシン、ジアミノプリン、および2−クロロ−6−アミノプリンからなる群から選択される修飾されたヌクレオベースである。
【0154】
LNA
「LNA」なる語は、「ロックド核酸」として知られる二環式ヌクレオチドアナログをいう。それは、LNAモノマーを示しうるが、「LNAオリゴヌクレオチド」の関連で使用される場合、LNAは、1以上のかかる二環式ヌクレオチドアナログを含有するオリゴヌクレオチドをいう。LNAヌクレオチドは、例えば、下記のようなビラジカルR4*−R2*として示されるように、リボース糖環のC2’およびC4’間のビラジカル「架橋」の存在によって特徴付けられる。
【0155】
本発明のオリゴヌクレオチド化合物において使用されるLNAは、好ましくは、式Iの構造を有する。
【0156】
【化3】

式中、全てのキラル中心に関し、RまたはS配置のいずれかにおいて、不斉基が見出されてもよく、
ここに、Xは、−O−、−S−、−N(RN*)−、−C(R6*)−から選択され、例えば、いくつかの具体例において、−O−であり、
Bは、水素、置換されていてもよいC1−4−アルコキシ、置換されていてもよいC1−4−アルキル、置換されていてもよいC1−4−アシルオキシ、天然およびヌクレオベースアナログを包含するヌクレオベース、DNAインターカレーター、光化学的に活性な基、熱化学的に活性な基、キレート基、レポーター基、およびリガンドから選択され、
Pは、隣接モノマーに対するヌクレオチド間結合または5’末端基、例えば、置換基Rまたは等しく適用可能な置換基R5*を包含していてもよいヌクレオチド間結合または5’末端基を示し、
は、隣接モノマーに対するヌクレオチド間結合、または3’末端基を示し、
4*およびR2*は、一緒になって、−C(R)−、−C(R)=C(R)−、−C(R)=N−、−O−、−Si(R−、−S−、−SO−、−N(R)−、および>C=Zから選択される1−4個の基/原子からなるビラジカルを示し、ここに、Zは、−O−、−S−、および−N(R)−から選択され、RおよびRは、各々、独立して、水素、置換されていてもよいC1−12−アルキル、置換されていてもよいC2−12−アルケニル、置換されていてもよいC2−12−アルキニル、ヒドロキシ、C1−12−アルコキシ、C2−12−アルコキシアルキル、C2−12−アルケニルオキシ、カルボキシ、C1−12−アルコキシカルボニル、C1−12−アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ−カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ−カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)−アミノ−カルボニル、アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、C1−6−アルキル−カルボニルアミノ、カルバミド、C1−6−アルカノイルオキシ、スルホノ、C1−6−アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1−6−アルキルチオ、ハロゲン、DNAインターカレーター、光化学的に活性な基、熱化学的に活性な基、キレート基、レポーター基、およびリガンドから選択され、ここに、アリールおよびヘテロアリールは、置換されていてもよく、ここに、2つのジェミナル(geminal)置換基RおよびRは、一緒になって、置換されていてもよいメチレン(=CH)を示していてもよく、ここに、全キラル中心について、不斉基はRまたはS配置のいずれかで見出されてもよく、
存在する置換基R1*、R、R、R、R5*、RおよびR6*の各々は、水素、置換されていてもよいC1−12−アルキル、置換されていてもよいC2−12−アルケニル、置換されていてもよいC2−12−アルキニル、ヒドロキシ、C1−12−アルコキシ、C2−12−アルコキシアルキル、C2−12−アルケニルオキシ、カルボキシ、C1−12−アルコキシカルボニル、C1−12−アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ−カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ−カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)−アミノ−カルボニル、アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、C1−6−アルキル−カルボニルアミノ、カルバミド、C1−6−アルカノイルオキシ、スルホノ、C1−6−アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1−6−アルキルチオ、ハロゲン、DNAインターカレーター、光化学的に活性な基、熱化学的に活性な基、キレート基、レポーター基、およびリガンドから独立して選択され、ここに、アリールおよびヘテロアリールは、置換されていてもよく、2つのジェミナル置換基は一緒になって、オキソ、チオキソ、イミノ、または置換されていてもよいメチレンを示してもよく、ここに、Rは、水素およびC1−4−アルキルから選択され、ここに2つの隣接する(非ジェミナル)置換基は、二重結合を生じる付加的な結合を示してもよく、RN*は、存在し、かつ、ビラジカルに関与しない場合、水素およびC1−4−アルキルならびに塩基性塩およびその酸付加塩から選択される。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置のいずれで見出されてもよい。
【0157】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、C(R)−C(R)−、C(R)−O−、C(R)−NR−、C(R)−S−、およびC(R)−C(R)−O−からなる群から選択される基からなるビラジカルを示し、ここに、各RおよびRは、独立して選択されうる。いくつかの具体例において、RおよびRは、水素およびC1−6アルキル、例えば、メチル、例えば、水素からなる群から独立して選択されてもよい。
【0158】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は、一緒になって、ビラジカル−O−CH(CHOCH)−(2’O−メトキシエチル二環式核酸−Sethら、2010, J. Org. Chem)(R−またはS−配置のいずれかにおける)を示す。
【0159】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、ビラジカル−O−CH(CHCH)−(2’O−エチル二環式核酸−Sethら、2010, J. Org. Chem)(R−またはS−配置のいずれかにおける)を示す。
【0160】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、ビラジカル−O−CH(CH)−(R−またはS−配置のいずれかにおける)を示す。いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、ビラジカル−O−CH−O−CH− −(Sethら、2010, J. Org. Chem)を示す。
【0161】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、ビラジカル−O−NR−CH− −(Sethら、2010, J. Org. Chem)を示す。
【0162】
いくつかの具体例において、LNA単位は、下記の群から選択される構造を有する。
【0163】
【化4】
【0164】
いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択される。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。
【0165】
いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は、水素である。
【0166】
いくつかの具体例において、R1*、R、Rは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択される。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。
【0167】
いくつかの具体例において、R1*、R、Rは、水素である。
【0168】
いくつかの具体例において、RおよびR5*は各々、独立して、H、−CH、−CH−CH、−CH−O−CH、および−CH=CHからなる群から選択される。適当には、いくつかの具体例において、RまたはR5*のいずれかは水素であり、ここに、他の基(各々、RまたはR5*)は、C1−5−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC1−6−アルキル、置換されたC2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルキニルまたは置換されたアシル(−C(=O)−)からなる群から選択され、ここに、各置換された基は、独立して、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC2−6−アルキニル、OJ、SJ、NJ、N、COOJ、CN、O−C(=O)NJ、N(H)C(=NH)NR、RまたはN(H)C(=X)N(H)Jから選択される置換基でモノまたはポリ置換されており、ここに、XはOまたはSであり、各JおよびJは、独立して、H、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アミノアルキル、置換されたC1−6−アミノアルキルまたは保護基である。いくつかの具体例において、RまたはR5*のいずれかは、置換されたC1−6−アルキルである。いくつかの具体例において、RまたはR5*のいずれかは、置換されたメチレンであり、ここに、好ましい置換基は、F、NJ2、、CN、OJ、SJ、O−C(=O)NJ、N(H)C(=NH)NJ、JまたはN(H)C(O)N(H)Jから独立して選択される1以上の基を包含する。いくつかの具体例において、各JおよびJは、独立して、HまたはC1−6−アルキルである。いくつかの具体例において、RまたはR5*のいずれかは、メチル、エチルまたはメトキシメチルである。いくつかの具体例において、RまたはR5*のいずれかは、メチルである。さらなる具体例において、RまたはR5*のいずれかは、エチレニルである。いくつかの具体例において、RまたはR5*のいずれかは、置換されたアシルである。いくつかの具体例において、RまたはR5*のいずれかは、C(=O)NJである。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。かかる5’修飾二環式ヌクレオチドは、WO2007/134181(出典明示により、その全体として本明細書の一部とされる)に開示される。
【0169】
いくつかの具体例において、Bはヌクレオベースであり、ヌクレオベースアナログおよび天然ヌクレオベース、例えば、プリンまたはピリミジン、または置換されたプリンまたは置換されたピリミジン、例えば、本明細書に言及されるヌクレオベース、例えば、アデニン、シトシン、チミン、アデニン、ウラシル、および/または修飾もしくは置換されたヌクレオベース、例えば、5−チアゾロ−ウラシル、2−チオ−ウラシル、5−プロピニル−ウラシル、2’チオ−チミン、5−メチルシトシン、5−チオゾロ−シトシン、5−プロピニル−シトシン、および2,6−ジアミノプリンからなる群から選択されるヌクレオベースを包含する。
【0170】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、−C(R)−O−、−C(R)−C(R)−O−、−C(R)−C(R)−C(R)−O−、−C(R)−O−C(R)−、−C(R)−O−C(R)−O−、−C(R)−C(R)−、−C(R)−C(R)−C(R)−、−C(R)=C(R)−C(R)−、−C(R)−N(R)−、−C(R)−C(R)−N(R)−、−C(R)−N(R)−O−、および−C(R)−S−、−C(R)−C(R)−S−から選択されるビラジカルを示し、ここに、R、R、R、R、RおよびRは各々、独立して、水素、置換されていてもよいC1−12−アルキル、置換されていてもよいC2−12−アルケニル、置換されていてもよいC2−12−アルキニル、ヒドロキシ、C1−12−アルコキシ、C2−12−アルコキシアルキル、C2−12−アルケニルオキシ、カルボキシ、C1−12−アルコキシカルボニル、C1−12−アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ−カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ−カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)−アミノ−カルボニル、アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、C1−6−アルキル−カルボニルアミノ、カルバミド、C1−6−アルカノイルオキシ、スルホノ、C1−6−アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1−6−アルキルチオ、ハロゲン、DNAインターカレーター、光化学的に活性な基、熱化学的に活性な基、キレート基、レポーター基、およびリガンドから選択され、ここに、アリールおよびヘテロアリールは、置換されていてもよく、2つのジェミナル置換基RおよびRは一緒になって、置換されていてもよいメチレン(=CH)を示していてもよい。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。
【0171】
さらなる具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、−CH−O−、−CH−S−、−CH−NH−、−CH−N(CH)−、−CH−CH−O−、−CH−CH(CH)−、−CH−CH−S−、−CH−CH−NH−、−CH−CH−CH−、−CH−CH−CH−O−、−CH−CH−CH(CH)−、−CH=CH−CH−、−CH−O−CH−O−、−CH−NH−O−、−CH−N(CH)−O−、−CH−O−CH−、−CH(CH)−O−、および−CH(CH−O−CH)−O−、および/または−CH−CH−、および−CH=CH−から選択されるビラジカル(二価の基)を示す。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。
【0172】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、ビラジカルC(R)−N(R)−O−を示し、ここに、RおよびRは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキル、例えば、水素からなる群から選択され、ここに、Rは、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキル、例えば、水素からなる群から選択される。
【0173】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、ビラジカルC(R)−O−C(R)−O−を示し、ここに、R、R、RおよびRは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキル、例えば、水素からなる群から選択される。
【0174】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は、ビラジカル−CH(Z)−O−を形成し、ここに、Zは、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、置換されたC1−6−アルキル、置換されたC2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルキニル、アシル、置換されたアシル、置換されたアミド、チオールまたは置換されたチオからなる群から選択され、ここに、置換された基の各々は、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、OJ、NJ、SJ、N、OC(=X)J、OC(=X)NJ、NJC(=X)NJおよびCNからなる群から選択される保護されていてもよい置換基で独立して、モノまたはポリ置換され、ここに、各J、JおよびJは、独立して、HまたはC1−6−アルキルであり、XはO、SまたはNJである。いくつかの具体例において、Zは、C1−6−アルキルまたは置換されたC1−6−アルキルである。いくつかの具体例において、Zはメチルである。いくつかの具体例において、Zは置換されたC1−6−アルキルである。いくつかの具体例において、該置換基は、C1−6−アルコキシである。いくつかの具体例において、ZはCHOCH−である。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。かかる二環式ヌクレオチドは、US7,399,845(出典明示により、全体として本明細書の一部とされる)に開示される。いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は、水素である。いくつかの具体例において、R1*、R、R3*は水素であり、R、R5*の1つまたは両方は、上記およびWO 2007/134181に記載のように、水素以外であってもよい。
【0175】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、架橋において置換されたアミノ基を含む、例えば、ビラジカル−CH−N(R)−からなるか、または該ビラジカルを含むビラジカルを示し、ここに、RはC1−12−アルキルオキシである。いくつかの具体例において、R4*およびR2*は一緒になって、ビラジカル−Cq−NOR−を示し、ここに、qおよびqは、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択され、ここに、各置換された基は、独立して、ハロゲン、OJ、SJ、NJ、COOJ、CN、O−C(=O)NJ、N(H)C(=NH)NJまたはN(H)C(=X=N(H)Jから独立して選択された置換基でモノまたはポリ置換されており、ここに、XはOまたはSであり、JおよびJの各々は、独立して、H、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6−アルキニル、C1−6−アミノアルキルまたは保護基である。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。かかる二環式ヌクレオチドは、WO2008/150729(出典明示により、全体として本明細書の一部とされる)に開示される。いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択される。いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は、水素である。いくつかの具体例において、R1*、R、Rは水素であり、R、R5*の1つまたは両方は、上記およびWO 2007/134181に記載のように、水素以外であってもよい。
【0176】
いくつかの具体例において、R4*およびR2*は、ビラジカル−Q−を形成し、ここに、Qは、C(q)(q)C(q)(q)、C(q)=C(q)、C[=C(q)(q)]−C(q)(q)またはC(q)(q)−C[=C(q)(q)]であり、q、q、q、qは各々、独立して、H、ハロゲン、C1−12アルキル、置換されたC1−12−アルキル、C2−12−アルケニル、置換されたC1−12−アルコキシ、OJ、SJ、SOJ、SO、NJ、N、CN、C(=O)OJ、C(=O)−NJ、C(=O)J、−C(=O)NJ、N(H)C(=NH)NJ、N(H)C(=O)NJまたはN(H)C(=S)NJであり、各JおよびJは、独立して、H、C1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、C2−6アルキニル、C1−6アミノアルキルまたは保護基であり、ここに、所望により、QがC(q)(q)(q)(q)であり、qまたはqの1つがCHである場合、qまたはqの他方あるいはqおよびqの1つのうちの少なくとも1つはH以外である。いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は水素である。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されうる。かかる二環式ヌクレオチドはWO2008/154401(出典明示により、全体として本明細書の一部とされる)に開示される。いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は、独立して、水素、ハロゲン、C1−6−アルキル、置換されたC1−6−アルキル、C2−6−アルケニル、置換されたC2−6−アルケニル、C2−6−アルキニルまたは置換されたC2−6−アルキニル、C1−6−アルコキシル、置換されたC1−6−アルコキシル、アシル、置換されたアシル、C1−6−アミノアルキルまたは置換されたC1−6−アミノアルキルからなる群から選択される。いくつかの具体例において、R1*、R、R、R、R5*は水素である。いくつかの具体例において、R1*、R、Rは水素であり、R、R5*の1つまたは両方は、上記およびWO 2007/134181に記載されるように、水素以外であってもよい。
【0177】
いくつかの具体例において、本発明のオリゴヌクレオチド化合物において用いられるLNAは、好ましくは、一般式II:
【0178】
【化5】
【0179】
[式中、Yは、−O−、−CHO−、−S−、−NH−、N(R)および/または−CH−からなる群から選択され、ZおよびZは、独立して、ヌクレオチド間結合、R、末端基または保護基から選択され、Bは、天然または非天然ヌクレオチド塩基部分(ヌクレオベース)を構成し、Rは、水素およびC1−4−アルキルから選択され、R、R、RおよびRは、所望により独立して、水素、置換されていてもよいC1−12−アルキル、置換されていてもよいC2−12−アルケニル、置換されていてもよいC2−12−アルキニル、ヒドロキシ、C1−12−アルコキシ、C2−12−アルコキシアルキル、C2−12−アルケニルオキシ、カルボキシ、C1−12−アルコキシカルボニル、C1−12−アルキルカルボニル、ホルミル、アリール、アリールオキシ−カルボニル、アリールオキシ、アリールカルボニル、ヘテロアリール、ヘテロアリールオキシ−カルボニル、ヘテロアリールオキシ、ヘテロアリールカルボニル、アミノ、モノおよびジ(C1−6−アルキル)アミノ、カルバモイル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)−アミノ−カルボニル、アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、モノ−およびジ(C1−6−アルキル)アミノ−C1−6−アルキル−アミノカルボニル、C1−6−アルキル−カルボニルアミノ、カルバミド、C1−6−アルカノイルオキシ、スルホノ、C1−6−アルキルスルホニルオキシ、ニトロ、アジド、スルファニル、C1−6−アルキルチオ、ハロゲン、DNAインターカレーター、光化学的に活性な基、熱化学的に活性な基、キレート基、レポーター基、およびリガンドからなる群から選択され、ここに、アリールおよびヘテロアリールは、置換されていてもよく、2つのジェミナル置換基RおよびRは一緒になって、置換されていてもよいメチレン(=CH)を示していてもよく、Rは水素およびC1−4−アルキルから選択される]
で示される構造を有する。いくつかの具体例において、R、R、RおよびRは、所望により独立して、水素およびC1−6−アルキル、例えば、メチルからなる群から選択される。全キラル中心に関し、不斉基は、RまたはS配置において見出されてもよく、例えば、2つの例示的な立体化学異性体は、下記に示されうるベータ−Dおよびアルファ−Lイソ型を包含する。
【0180】
【化6】
【0181】
特定の例示的LNA単位は、下記に示される。
【化7】
【0182】
「チオ−LNA」なる語は、ロックドヌクレオチドを含み、ここに、上記の式中のYは、Sまたは−CH−S−から選択される。チオ−LNAは、ベータ−Dおよびアルファ−L−配置の両方にあることができる。
【0183】
「アミノ−LNA」なる語は、ロックドヌクレオチドを含み、ここに、上記式中のYは、−N(H)−、N(R)−、CH−N(H)−、および−CH−N(R)−から選択され、ここに、Rは、水素およびC1−4−アルキルから選択される。アミノ−LNAは、ベータ−Dおよびアルファ−L−配置の両方であることができる。
【0184】
「オキシ−LNA」なる語は、ロックドヌクレオチドを含み、ここに、上記式中のYは−O−を示す。オキシ−LNAは、ベータ−Dおよびアルファ−L−配置の両方であることができる。
【0185】
「ENA」なる語は、ロックドヌクレオチドを含み、ここに、上記式中のYは、−CH−O−(式中、−CH−O−の酸素原子は、塩基Bに対して2’−位置に結合している)である。Rは、水素またはメチルである。
【0186】
いくつかの具体例において、LNAは、ベータ−D−オキシ−LNA、アルファ−L−オキシ−LNA、ベータ−D−アミノ−LNAおよびベータ−D−チオ−LNA、特に、ベータ−D−オキシ−LNAから選択される。
【0187】
ヌクレオチド間結合
「結合基」または「ヌクレオチド間結合」なる語は、2つのヌクレオチド。2つのヌクレオチドアナログ、およびヌクレオチドおよびヌクレオチドアナログなどを一緒に共有結合することができる基を意味することが意図される。特定かつ好ましい例は、ホスフェート基およびホスホロチオエート基を包含する。
【0188】
本発明のオリゴマーまたはその連続ヌクレオチド配列のヌクレオチドは、結合基を介して一緒に結合されている。適当には、各ヌクレオチドは、結合基を介して3’隣接ヌクレオチドに連結されている。
【0189】
適当なヌクレオチド間結合は、PCT/DK2006/000512内に列挙されるもの、例えば、PCT/DK2006/000512(出典明示により、本明細書の一部とされる)の第34頁の第1段落に列挙されるヌクレオチド間結合を包含する。
【0190】
いくつかの具体例において、ヌクレオチド間結合をその通常のホスホジエステルからヌクレアーゼ攻撃により耐性なもの、例えば、ホスホロチオエートまたはボラノホスフェート(これら2つは、RNase Hによって切断可能であり、また、標的遺伝子の発現を減少させることにおいて、アンチセンス阻害の経路を可能にする)に修飾することが好ましい。
【0191】
本明細書中に提供されるようなヌクレオチド間結合を含有する適当な硫黄(S)が好ましい場合がある。ホスホロチオエートヌクレオチド間結合もまた、好ましい。
【0192】
オリゴマー中のヌクレオチド間結合は、ホスホジエステル、ホスホロチオエートまたはボラノホスフェートであってもよい。ホスホロチオエートは、改善されたヌクレアーゼ耐性、および製造容易などの他の理由で、好ましい。
【0193】
本発明のオリゴマーの一の態様において、ヌクレオチドおよび/またはヌクレオチドアナログは、ホスホロチオエート基によって、互いに連結されている。
【0194】
ホスホジエステル結合、例えば、1または2個の結合の、特に、ヌクレオチドアナログ単位中またはヌクレオチドアナログ単位に隣接した、別のホスホロチオエートオリゴマー中への包接は、オリゴマーのバイオアベイラビリティーおよび/または生物分解を修飾することができる(WO2008/053314(出典明示により、本明細書の一部とされる)参照)。
【0195】
適当であるが、特異的に示されないいくつかの具体例において、例えば、上記の具体例において、全ての残りの結合基は、ホスホロジエステルまたはホスホロチオエート、またはその混合物である。
【0196】
いくつかの具体例において、ヌクレオチドアナログ間結合基の全てがホスホロチオエートである。
【0197】
特定のギャップマーオリゴヌクレオチド配列、例えば、本明細書に提供されるものに言及する場合、種々の具体例において、結合がホスホロチオエート結合であるとき、別の結合、例えば、本明細書に開示されるものを用いてもよく、例えば、ホスフェート(ホスホロジエステル)結合を、特に、ヌクレオチドアナログ、例えば、LNA単位間の結合に用いてもよい。
【0198】
コンジュゲート
該関連において、「コンジュゲート」なる語は、本明細書中に記載されるようなオリゴマーの、1以上の非ヌクレオチドまたは非ポリヌクレオチド部分への共有結合(「コンジュゲーション」)によって形成される異種分子を示すことが意図される。非ヌクレオチドまたは非ポリヌクレオチド部分の例は、巨大分子、例えば、タンパク質、脂肪酸鎖、糖残基、糖タンパク質、ポリマー、またはその組み合わせを包含する。典型的には、タンパク質は、標的タンパク質の抗体であってもよい。典型的なポリマーは、ポリエチレングリコールであってもよい。
【0199】
したがって、種々の具体例において、本発明のオリゴマーは、典型的にはヌクレオチドの連続配列からなるポリヌクレオチド領域、およびさらなる非ヌクレオチド領域の両方を含んでいてもよい。連続ヌクレオチド配列からなる本発明のオリゴマーに言及する場合、該化合物は、非ヌクレオチド成分、例えば、コンジュゲート成分を含んでいてもよい。
【0200】
本発明の種々の具体例において、オリゴマー化合物は、例えば、オリゴマー化合物の細胞内取り込みを増加させるために使用されうるリガンド/コンジュゲートに結合される。WO2007/031091(出典明示により、本明細書の一部とされる)は、適当なリガンドおよびコンジュゲートを提供する。
【0201】
本発明は、また、本明細書中に記載されるような本発明の化合物、および該化合物に共有結合した少なくとも1つの非ヌクレオチドまたは非ポリヌクレオチド部分を含むコンジュゲートを提供する。したがって、本明細書中に開示されるように、本発明の化合物が特定の核酸またはヌクレオチド配列を含むか、または特定の核酸またはヌクレオチド配列からなる種々の具体例において、該化合物は、また、該化合物に共有結合した少なくとも1つの非ヌクレオチドまたは非ポリヌクレオチド部分(例えば、1以上のヌクレオチドまたはヌクレオチドアナログを含まない)を含んでいてもよい。
【0202】
(コンジュゲート部分に対する)コンジュゲーションは、本発明のオリゴマーの活性、細胞分布または細胞取り込みを増強しうる。かかる部分は、限定するものではないが、抗体、ポリペプチド、脂質部分、例えば、コレステロール部分、コール酸、チオエーテル、例えば、ヘキシル−s−トリチルチオール、チオコレステロール、脂肪族鎖、例えば、ドデカジオールまたはウンデシル残基、ホスホリピド、例えば、ジ−ヘキサデシル−rac−グリセロールまたはトリエチルアンモニウム1,2−ジ−o−ヘキサデシル−rac−グリセロ−3−h−ホスホネート、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、アダマンタン酢酸、パルミチル部分、オクタデシルアミンまたはヘキシルアミノ−カルボニル−オキシコレステロール部分を包含する。
【0203】
本発明のオリゴマーは、また、活性な薬物物質、例えば、アスピリン、イブプロフェン、サルファ薬、抗糖尿病剤、抗菌剤または抗生物質にコンジュゲートされていてもよい。
【0204】
ある特定の具体例において、コンジュゲートされた部分は、ステロール、例えば、コレステロールである。
【0205】
種々の具体例において、コンジュゲートされた部分は、正荷電されたポリマー、例えば、1〜50個、例えば、2〜20個、例えば、3〜10個の長さのアミン酸残基からなる正荷電ペプチド、および/またはポリアルキレンオキシド、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)またはポリプロピレングリコールを含む、またはそれらからなる(WO 2008/034123(出典明示により、本明細書の一部とされる)参照)。適当には、正荷電ポリマー、例えば、ポリアルキレンオキシドは、リンカー、例えば、WO 2008/034123に記載の遊離可能なリンカーを介して、本発明のオリゴマーに結合していてもよい。
【0206】
例示として、下記のコンジュゲート部分を本発明のコンジュゲートにおいて用いてもよい。
【0207】
【化8】
【0208】
活性化されたオリゴマー
「活性化されたオリゴマー」なる語は、本明細書中で使用される場合、1以上のコンジュゲートされた部分、すなわち、それ自体が核酸またはモノマーではない部分に対するオリゴマーの共有結合を可能にして本明細書中に記載のコンジュゲートを形成する、少なくとも1つの機能的部分に共有結合した(すなわち、官能化した)本発明のオリゴマーをいう。典型的には、機能的部分は、例えば、3’−ヒドロキシ基またはアデニン塩基の環外NH基、好ましくは親水性であるスペーサーおよびコンジュゲートされる部分に結合可能な末端基(例えば、アミノ、スルフヒドリルまたはヒドロキシル基)を介して、オリゴマーに共有結合できる化学基を含むであろう。いくつかの具体例において、該末端基は、保護されておらず、例えば、NH基である。他の具体例において、該末端基は、例えば、いずれか適当な保護基、例えば、Theodora W. GreeneおよびPeter G M Wutsによる”Protective Groups in Organic Synthesis”、第3版(John Wiley & Sons, 1999)に記載のものによって、保護される。適当なヒドロキシル保護基の例は、エステル、例えば、酢酸エステル、アラルキル基、例えば、ベンジル、ジフェニルメチル、またはトリフェニルメチル、およびテトラヒドロピラニルを包含する。適当なアミノ保護基の例は、ベンジル、アルファ−メチルベンジル、ジフェニルメチル、トリフェニルメチル、ベンジルオキシカルボニル、tert−ブトキシカルボニル、およびアシル基、例えば、トリクロロアセチルまたはトリフルオロアセチルを包含する。いくつかの具体例において、機能的部分は、自己切断する。他の具体例において、機能的部分は、生物分解性である。例えば、米国特許第7,087,229号(出典明示により、全体として本明細書の一部とされる)参照。
【0209】
いくつかの具体例において、本発明のオリゴマーは、オリゴマーの5’末端にコンジュゲート部分を供給結合可能なように、5’末端で官能化されている。他の具体例において、本発明のオリゴマーは、3’末端で官能化されることができる。また他の具体例において、本発明のオリゴマーは、骨格に沿って、または複素環塩基部分上で官能化されることができる。また他の具体例において、本発明のオリゴマーは、5’末端、3’末端、骨格および塩基から独立して選択される2以上の位置で官能化されることができる。
【0210】
いくつかの具体例において、本発明の活性化されたオリゴマーは、合成の間に、機能的部分に共有結合した1以上のモノマーを組み込むことによって合成される。他の具体例において、本発明の活性化されたオリゴマーは、官能化されていないモノマーを用いて合成され、該オリゴマーは、合成の完了時に官能化される。いくつかの具体例において、オリゴマーは、アミノアルキルリンカーを含有するヒンダード(hindered)エステルで官能化されており、ここに、該アルキル部分は、式(CHを有し、式中、wは1〜10の整数、好ましくは約6であり、ここに、該アルキルアミノ基のアルキル部分は、直鎖または分枝鎖であることができ、該官能基は、エステル基(−O−C(O)−(CHNH)を介してオリゴマーに結合している。
【0211】
他の具体例において、オリゴマーは、(CH−スルフヒドリル(SH)リンカーを含有するヒンダードエステルを用いて官能化されており、ここに、wは1〜10の整数、好ましくは約6であり、ここに、該アルキルアミノ基のアルキル部分は、直鎖または分枝鎖であることができ、該官能基は、エステル基(−O−C(O)−(CHSH)を介してオリゴマーに結合している。
【0212】
いくつかの具体例において、スルフヒドリル活性化オリゴヌクレオチドは、ポリマー部分、例えば、ポリエチレングリコールまたはペプチドとコンジュゲートされている(ジスルフィド結合の形成を介して)。
【0213】
上記のようなヒンダードエステルを含有する活性化オリゴマーは、当該分野で既知のいずれかの方法によって、特に、PCT公開WO 2008/034122(出典明示により、全体として本明細書の一部とされる)に開示される方法およびその例示によって合成することができる。
【0214】
また他の具体例において、本発明のオリゴマーは、実質的に米国特許第4,962,029号および第4,914,210号に記載されるような官能化試薬、すなわち、親水性スペーサー鎖を介して一方の末端のホスホラミダイトが保護または非保護スルフヒドリル、アミノまたはヒドロキシル基を含む反対の末端に結合した実質的に直鎖の試薬によって、スルフヒドリル、アミノまたはヒドロキシル基をオリゴマー中に導入することによって官能化される。かかる試薬は、主として、オリゴマーのヒドロキシル基と反応する。いくつかの具体例において、かかる活性化されたオリゴマーは、該オリゴマーの5’−ヒドロキシル基に結合した官能化試薬を有する。他の具体例において、活性化されたオリゴマーは、3’−ヒドロキシル基に結合した官能化試薬を有する。また他の具体例において、本発明の活性化されたオリゴマーは、該オリゴマーの骨格上のヒドロキシル基に結合した官能化試薬を有する。またさらなる具体例において、本発明のオリゴマーは、米国特許第4,962,029号および第4,914,210号(出典明示により、全体として本明細書の一部とされる)に記載のような官能化試薬の2以上を用いて官能化される。かかる官能化試薬を合成し、それらをモノマーまたはオリゴマー中に組み込む方法は、米国特許第4,962,029号および第4,914,210号に開示されている。
【0215】
いくつかの具体例において、固相結合オリゴマーの5’末端は、ジエニルホスホラミダイト誘導体を用いて官能化され、次いで、該脱保護されたオリゴマーと、例えば、アミノ酸またはペプチドがDiels−Alder環付加反応によってコンジュゲーションする。
【0216】
種々の具体例において、2’−糖修飾、例えば、2’−カルバメート置換糖または2’−(O−ペンチル−N−フタルイミド)−デオキシリボース糖を含有するモノマーの該オリゴマー中への組み込みは、コンジュゲート部分、該オリゴマーの糖への共有結合を容易にする。他の具体例において、アミノ含有リンカーを1以上のモノマーの2’位置に有するオリゴマーは、試薬、例えば、5’−ジメトキシトリチル−2’−O−(e−フラルイミジルアミノペンチル)−2’−デオキシアデノシン−3’−−N,N−ジイソプロピル−シアノエトキシホスホラミダイトを用いて調製される。例えば、Manoharanら、Tetrahedron Letters, 1991, 34, 7171参照のこと。
【0217】
またさらなる具体例において、本発明のオリゴマーは、アミンを含有する機能的部分を、N6プリンアミノ基上、グアニンの環外N2上またはシトシンのN4もしくは5位置上を包含するヌクレオベース上に有していてもよい。種々の具体例において、かかる官能化は、オリゴマー合成においてすでに官能化されている市販の試薬を用いることによって達成されうる。
【0218】
いくつかの機能的部分は、商業上入手可能であり、例えば、ヘテロ二官能性およびホモ二官能性結合部分は、Pierce Co.(Rockford,Ill.)から入手可能である。他の市販の結合基は、5’−Amino−Modifier C6および3’−Amino−Modifier試薬であり、どちらも、Glen Research Corporation (Sterling, Va.)から入手可能である。5’−Amino−Modifier C6はまた、ABI(Applied Biosystems Inc., Foster City, Calif.)から、Aminolink−2として入手可能であり、3’−Amino−Modifierはまた、Clontech Laboratories Inc. (Palo Alto, Calif.)から入手可能である。
【0219】
インターフェロン調節遺伝子
HCV感染の間に活性を改変した遺伝子の多くは、インターフェロン刺激遺伝子(ISG)(インターフェロン調節遺伝子(IRG)ともいう)である。下記の表5において、インターフェロン処理によって調節されることが知られている遺伝子のリストを示す。Ensembl.Gene.IDは、webアドレス: ensemble.orgにて、Ensemblデータベースにおいて見出されるものを示す。
【0220】
【表5-1】
【0221】
【表5-2】
【0222】
【表5-3】
【0223】
【表5-4】
【0224】
【表5-5】
【0225】
【表5-6】
【0226】
【表5-7】
【0227】
【表5-8】
【0228】
【表5-9】
【0229】
【表5-10】
【0230】
【表5-11】
【0231】
【表5-12】
【0232】
【表5-13】
【0233】
【表5-14】
【0234】
【表5-15】
【0235】
【表5-16】
【0236】
【表5-17】
【0237】
【表5-18】
【0238】
【表5-19】
【0239】
【表5-20】
【0240】
【表5-21】
【0241】
【表5-22】
【0242】
【表5-23】
【0243】
【表5-24】
【0244】
【表5-25】
【0245】
【表5-26】
【0246】
投与間隔に関係する具体例
1.有効投与量の抗マイクロRNAオリゴヌクレオチド、またはmRNA、非コーディングRNAもしくはウイルスゲノムを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む医薬組成物であって、各投与間の時間間隔が少なくとも14日、例えば、少なくとも15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、または少なくとも125日で霊長類に投与するために製造された組成物。
2.有効投与量が0.01mg/kg〜25mg/kg、例えば、約0.01、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.25、1.5、1.75、2、2.25、2.5、2.75、3、3.25、3.5、3.75、4、4.25、4.5、4.75、5、5.25、5.5、5.75、6、6.25、6.5、6.75、7、7.25、7.5、7.75、8、8.25、8.5、8.75、9、9.25、9.5、9.75、10、10.25、10.5、10.75、11、11.25、11.5、11.75、12、12.25、12.5、12.75、13、13.25、13.5、13.75、14、14.25、14.5、14.75、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または例えば、約25mg/kgである、具体例1に記載の医薬組成物。
3.オリゴヌクレオチドがヌクレオチドアナログを含む、具体例1〜2のいずれか1つに記載の医薬組成物。
4.ヌクレオチドアナログの少なくとも1つが、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマー、および該アナログの2以上の組み合わせからなる群から選択される、具体例3に記載の医薬組成物。
5.ヌクレオチドアナログが独立して、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択される、具体例4に記載の医薬組成物。
6.ヌクレオチドアナログがロックド核酸(LNA)である、具体例5に記載の医薬組成物。
7.オリゴヌクレオチドがRNase Hによって切断されないミキシマーとして設計される、具体例1〜6のいずれか1つに記載の医薬組成物。
8.化合物が配列番号162−199として示されるオリゴヌクレオチドのいずれか1つである、具体例1〜7のいずれか1つに記載の医薬組成物。
9.化合物がmiR−122のモジュレーターである、上記具体例のいずれか1つに記載の医薬組成物。
10.特定のマイクロRNAの活性低下が利益をもたらす疾患、例えば、限定するものではないが、心不整脈、心臓肥大、癌、高コレステロール血症、代謝障害、乾癬、糖尿病、急性免疫障害、ヘモクロマトーシス、臓器移植拒絶、C型肝炎感染、または他のウイルス感染から選択される疾患に罹患している個体に投与される、具体例1〜9のいずれか1つに記載の医薬組成物。
11.一連の組成物投与による有効投与量の初期蓄積(initial build up)があり、次いで、少なくとも14日、例えな、少なくとも15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、または少なくとも125日という各投与間の長い時間間隔での維持投与がある投与スケジュールのために製造される、上記具体例のいずれか1つに記載の医薬組成物。
12.有効投与量の初期蓄積が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14日以内あるいは3、4、5または6週以内で起こる、具体例1〜11のいずれか1つに記載の医薬組成物。
13.対象、例えば霊長類、例えばヒトに対する投与のためのアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、マイクロRNA、mRNA、非コーディングRNAまたはウイルスゲノムの配列に相補的であり、標的組織において有効濃度の該オリゴヌクレオチドを提供する投与量での投与のために製造され、各投与間の時間間隔が少なくとも14日、例えば、少なくとも15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、または少なくとも125日で投与されうるオリゴヌクレオチド。
14.有効投与量が0.01mg/kg〜25mg/kg、例えば、約0.01、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1、1.25、1.5、1.75、2、2.25、2.5、2.75、3、3.25、3.5、3.75、4、4.25、4.5、4.75、5、5.25、5.5、5.75、6、6.25、6.5、6.75、7、7.25、7.5、7.75、8、8.25、8.5、8.75、9、9.25、9.5、9.75、10、10.25、10.5、10.75、11、11.25、11.5、11.75、12、12.25、12.5、12.75、13、13.25、13.5、13.75、14、14.25、14.5、14.75、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24または例えば、約25mg/kgである、具体例13記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
15.ヌクレオチドアナログを含む、具体例13〜14のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
16.ヌクレオチドアナログの少なくとも1つが、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマーからなる群から選択される、具体例15に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
17.ヌクレオチドアナログが独立して、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択される、具体例16に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
18.ヌクレオチドアナログがロックド核酸(LNA)である、具体例17に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
19.RNase Hによって切断されないミキシマーとして設計される、具体例13〜18のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
20.配列番号162−199のいずれか1つである、具体例13〜19のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
21.miR−122のモジュレーターである、上記具体例のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
22.特定のマイクロRNAの活性低下が利益をもたらす疾患、例えば、限定するものではないが、臓器移植拒絶、心不整脈、心臓肥大、癌、高コレステロール血症、代謝障害、乾癬、糖尿病、急性免疫障害、ヘモクロマトーシス、C型肝炎感染、または他のウイルス感染から選択される疾患に罹患している個体に投与される、具体例13〜21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
23.具体例13〜22のいずれかに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、該オリゴヌクレオチドの一連の1以上の投与による、標的組織における有効投与量の初期蓄積があり、次いで、少なくとも14日、例えな、少なくとも15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、または少なくとも125日という各投与間に長い時間間隔をおいた維持投与があり、該維持投与が標的組織における該オリゴヌクレオチドの有効投与量を維持する投与スケジュールのために製造される、アンチセンスオリゴヌクレオチド。
24.有効投与量の初期蓄積が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14日以内あるいは3、4、5または6週以内で起こる、具体例13〜23のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
25.具体例1〜12のいずれか1つに記載の医薬組成物の投与によって、対象におけるマイクロRNA、mRNA、非コーディングRNA、またはウイルスゲノムの活性を阻害する方法。
26.対象における疾患または障害を治療する方法であって、該疾患または障害が、マイクロRNA、mRNA、非コーディングRNA、またはウイルスゲノムのダウンレギュレーションに対して感受性であることにより特徴付けられ、かつ、該方法が少なくとも2工程を含み、第1工程が、上記マイクロRNA、mRNA、非コーディングRNA、またはウイルスゲノムに対してアンチセンスであるオリゴヌクレオチドをの頻回投与(少なくとも1回)が標的組織における該アンチセンスオリゴヌクレオチドの有効投与量を蓄積する、投与量蓄積工程(dosage building step)であり、第2工程において、霊長類に対する該オリゴヌクレオチドのあまり頻繁ではない投与によって、該有効投与量が標的組織において維持され、ここに、維持工程の各投与間の時間間隔が少なくとも14日、例えば少なくとも15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、または少なくとも125日である、方法。
27.オリゴヌクレオチドがヌクレオチドアナログを含む、具体例26に記載の対象において疾患または障害を治療する方法。
28.ヌクレオチドアナログの少なくとも1つが、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマーからなる群から選択される、具体例27に記載の対象において疾患または障害を治療する方法。
29.ヌクレオチドアナログが独立して、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択される、具体例28に記載の対象において疾患または障害を治療する方法。
30.ヌクレオチドアナログがロックド核酸(LNA)である、具体例29に記載の対象において疾患または障害を治療する方法。
31.オリゴヌクレオチドが本質的にRNAseHを動員できない、具体例26〜30のいずれか1つに記載の対象において疾患または障害を治療する方法。
32.オリゴヌクレオチドが配列番号162−199のいずれか1つである、具体例26〜31のいずれか1つに記載の方法。
33.マイクロRNAがmiR−122である、具体例26〜32のいずれか1つに記載の霊長類において疾患または障害を治療する方法。
34.具体例1〜12のいずれか1つの組成物が、特定のマイクロRNAの活性低下が利益をもたらす疾患、例えば、限定するものではないが、臓器移植拒絶、心不整脈、心臓肥大、癌、高コレステロール血症、代謝障害、乾癬、糖尿病、急性免疫障害、ヘモクロマトーシス、C型肝炎感染、または他のウイルス感染から選択される疾患に罹患している個体に投与される、具体例33に記載の対象において疾患または障害を治療する方法。
35.一連の投与による有効投与量の初期蓄積があり、次いで、少なくとも14日、例えな、少なくとも15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105、110、115、120、または少なくとも125日という各投与間に長い時間間隔をおいた維持投与がある、具体例26〜34のいずれか1つに記載の対象において疾患または障害を治療する方法。
36.有効投与量の初期蓄積が1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13または14日以内あるいは3、4、5または6週以内で起こる、具体例26〜35のいずれか1つに記載の疾患を治療する方法。
37.初期投与量蓄積が連続的な注入、または徐放性処方の注射、または吸入によるものである、具体例1〜36のいずれか1つに記載の疾患を治療する方法。
38.維持投与量が静脈内注射、皮下、腹腔内、吸入、脳室内、筋内、眼窩内、嚢内、髄腔内、胸骨内(intrasternal)、静脈内または鼻腔内によって投与される、具体例1〜37のいずれか1つに記載の疾患を治療する方法。
【0247】
いくつかの具体例において、本発明において提供される治療方法および組成物は、上記具体例に記載の方法および投与計画にしたがって使用してもよい。
【0248】
インターフェロン非応答性HCV患者の治療、および臓器移植拒絶の治療に関係する具体例
1.抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドの有効投与量を含む医薬組成物であって、細胞への投与のために製造される組成物。
2.細胞が霊長類、例えばヒトにおけるものである、具体例1に記載の医薬組成物。
3.細胞が肝臓細胞である、具体例1および2のいずれか1つに記載の医薬組成物。
4.細胞がHCVに感染しており、かつ、HCV感染の治療のために製造される、具体例1〜3のいずれか1つに記載の医薬組成物。
5.HCV感染によって引き起こされる肝線維症または肝臓癌の発症を防ぐために、HCV感染の治療または予防のために製造される、具体例4に記載の医薬組成物。
6.細胞が、増加したレベルのインターフェロン刺激遺伝子転写産物を発現していることによって特徴付けられる、具体例1〜5のいずれか1つに記載の医薬組成物。
7.インターフェロン刺激遺伝子転写産物が表5に挙げられたもののいずれか1つである、具体例6に記載の医薬組成物。
8.インターフェロン刺激遺伝子転写産物がIP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44のうちのいずれか1つである、具体例7に記載の医薬組成物。
9.細胞が臓器移植した対象におけるものであり、移植拒絶の予防のために製造される、具体例1〜8のいずれか1つに記載の医薬組成物。
10.臓器が肝臓である、具体例9に記載の医薬組成物。
11.miR−122を標的とする抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドが配列番号2−11、18、68、118、166、167、または75−102から選択される、具体例1〜10のいずれか1つに記載の医薬組成物。
12.抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドが配列番号2−11、18、68、118、166、167、または75−102のいずれか1つの配列を含むか、または該配列からなる、具体例11に記載の医薬組成物。
13.抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドがヌクレオチドアナログを含む、具体例1〜12のいずれか1つに記載の医薬組成物。
14.ヌクレオチドアナログの少なくとも1つが、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマーからなる群から選択される、具体例13に記載の医薬組成物。
15.ヌクレオチドアナログが独立して、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択される、具体例14に記載の医薬組成物。
16.ヌクレオチドアナログがロックド核酸(LNA)である、具体例15に記載の医薬組成物。
17.霊長類の肝臓におけるマイクロRNA−122の活性を阻害するために製造される、具体例1〜16のいずれか1つに記載の医薬組成物。
18.臓器移植を受け、移植拒絶の危険性がある患者の診断のために製造されるキットであって、表5における遺伝子転写産物のいずれか1つを検出するために製造されるキット。
19.IP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44を検出するために製造される、具体例18に記載のキット。
20.患者由来の尿試料中のIP−10レベルを検出するために製造される、具体例19に記載のキット。
21.具体例1〜17のいずれか1つに記載の組成物が、インターフェロン非応答者、または緩慢な応答者、部分的応答者、または再発者であるHCV感染対象の治療に使用される、治療方法。
22.具体例1〜17のいずれか1つに記載の組成物が臓器移植拒絶の予防のために使用される、治療方法。
23.臓器が肝臓である、具体例22に記載の治療方法。
【0249】
さらなる具体例:
いくつかの態様において、本発明は、本明細書および具体例において記載された本発明の具体例と組み合わせてもよい本発明の下記の具体例によって説明されうる。下記の方法のほかに、本発明は、該マイクロ−RNAアンタゴニスト、例えば、マイクロ−RNA−122アンタゴニスト(例えば、hsa−miR−122)の該方法のための使用、ならびに該方法において使用するためのマイクロ−RNAアンタゴニストを含むコンジュゲートおよび医薬組成物を包含する。さらに、本発明は、該治療方法のための医薬の製造におけるマイクロ−RNAアンタゴニストの使用を含む。対象は、典型的に、治療を必要とする霊長類(患者ともいう)、例えばヒトである。対象または細胞は、HCVに感染していてもよく、インターフェロンおよび/またはリバビリン治療に対して非応答性、または緩慢な応答性、部分的応答性、または再発としての病歴を有していてもよい。対象は、別の治療、例えば、インターフェロンおよび/またはリバビリン治療と組み合わせて、マイクロ−RNAアンタゴニストで治療されていてもよい。組み合わせ治療は、有効量の各組み合わせ治療剤を含む合わせた、または別々の医薬組成物の対象への投与をいう。組み合わせ剤は、必ずしも同じ時点で対象に提供される必要はないことが理解されるべきである。実際、第2および/または第3の治療剤をマイクロ−RNAアンタゴニストの投与の前、投与と同時または投与の後に投与してもよい。いくつかの具体例において、マイクロ−RNAアンタゴニストは、第2または第3の剤(例えば、インターフェロンおよび/またはリバビリン)の前に投与してもよく、第2および/または第3の治療剤は後で適当な時点で、例えば、マイクロ−RNA阻害剤の投与の少なくとも1週間後、例えば、少なくとも2週間、例えば、少なくとも3週間後に投与される。適当には、第2および/または第3の治療剤は、マイクロ−RNA阻害剤の投与後、4ヶ月以内(いくつかの態様において、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10週以内)、例えば、マイクロ−RNA阻害剤の投与後、3ヶ月(いくつかの態様において、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10週)よりも後に投与される。いくつかの態様において、第2および/または第3の治療剤は、マイクロ−RNAアンタゴニストが患者/細胞中のHCV力価を減少させたらすぐに、またはインターフェロン刺激遺伝子転写産物の増加レベルに影響を及ぼしたとき(すなわち、インターフェロン刺激遺伝子転写産物のレベルの減少)、投与される。HCV力価の減少および/またはインターフェロン刺激遺伝子転写産物のレベルの減少は、いくつかの具体例において、少なくとも10%、例えば少なくとも20%、例えば少なくとも30%、例えば少なくとも40%、例えば少なくとも50%、例えば少なくとも60%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも80%、例えば少なくとも90%、例えば少なくとも95%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも97%、例えば少なくとも98%、例えば少なくとも99%であってもよい。
【0250】
1.HCV感染対象を治療する方法であって、有効量のマイクロ−RNA−122アンタゴニストを該対象に投与することを含み、該対象がインターフェロン非応答者、または緩慢な応答者、部分的応答者、または再発者である、方法。
2.HCV感染対象がさらに有効量のインターフェロンで治療される、具体例1に記載の方法。
3.インターフェロンがペグ化されたインターフェロンアルファである、具体例2に記載の方法。
4.HCV感染対象が有効量のレバビリンでさらに治療される、具体例1〜3のいずれか1つに記載の方法。
5.有効量のマイクロ−RNA−122アンタゴニストを対象に投与することを含む患者において臓器移植拒絶を予防する方法であって、該対象が臓器移植患者である、方法。
6.患者がさらに有効量のインターフェロンで治療される、具体例5に記載の方法。
7.患者がさらにペグ化されたインターフェロンアルファで治療される、具体例5または6に記載の方法。
8.患者がHCV感染している、具体例5〜7のいずれか1つに記載の方法。
9.移植された臓器が肝臓である、具体例5〜8のいずれかに記載の方法。
10.HCV感染細胞中のHCV力価を減少させる方法であって、有効量のマイクロ−RNA−122アンタゴニストを該細胞に投与することを含み、該細胞がインターフェロン治療に非応答性である、方法。
11.細胞が肝臓細胞である、具体例11に記載の方法。
12.細胞がインターフェロン刺激遺伝子転写産物の増加レベルを発現することによって特徴付けられる、具体例11に記載の方法。
13.インターフェロン刺激遺伝子転写産物が表5に挙げられるもののいずれか1つである、具体例12に記載の方法。
14.インターフェロン刺激遺伝子転写産物がIP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44のいずれか1つである、具体例13に記載の方法。
15.細胞が臓器移植された対象におけるものであり、組成物が移植拒絶の予防のために製造される、具体例10〜14のいずれか1つに記載の方法。
16.具体例5〜9の方法を含む、具体例1〜4のいずれか1つに記載の方法。
17.具体例10〜15の方法を含む、具体例1〜4のいずれか1つに記載の方法。
18.具体例10〜15の方法を含む、具体例5〜9のいずれか1つに記載の方法。
19.対象が霊長類、例えばヒト、例えば治療を必要とするヒトである、具体例1〜18のいずれか1つに記載の方法。
【0251】
治療方法に関係する本発明のさらなる具体例:
1.C型肝炎ウイルス(HCV)に感染した、インターフェロン療法にあまり応答しない対象を治療する方法であって、有効量のマイクロ−RNA−122(miR−122)アンタゴニストを該対象に投与することを含む方法。
2.HCVに感染した対象がインターフェロン非応答者、インターフェロンに緩慢な応答者、インターフェロン部分的応答者、または再発者である、具体例1に記載の方法。
3.HCVに感染した対象がインターフェロン非応答性である、具体例1または具体例2に記載の方法。
4.治療の不在下で、該HCVに感染した対象が、インターフェロン治療に効果的に応答する非治療HCV患者と比べて増加した転写レベルの少なくとも1つのインターフェロン調節遺伝子(IRG)を示す、具体例1〜3のいずれか1つに記載の方法。
5.該少なくとも1つのIRGが表5に挙げられるIRGである、具体例4に記載の方法。
6.該少なくとも1つのIRGがIP−10(CXCL10)、OAS1、IFI44、またはその組み合わせである、具体例4または具体例5に記載の方法。
7.該miR−122アンタゴニスト投与が対象におけるIRG転写レベルを減少させる、具体例1〜6のいずれか1つに記載の方法。
8.さらにインターフェロンを投与することを含む具体例1〜7のいずれか1つに記載の方法であって、対象が該インターフェロン投与に対して改善された応答性を示すところの、方法。
9.効力に必要とされるインターフェロン投与量が、インターフェロン単独でのHCV感染対象の治療と比べて減少される、具体例8に記載の方法。
10.インターフェロンがペグ化されたインターフェロンアルファである、具体例8または具体例9に記載の方法。
11.さらに有効量のリバビリンを投与することを含む、具体例1〜10のいずれか1つに記載の方法。
12.インターフェロン治療にあまり応答しないHCV感染細胞中のHCV力価を減少させる方法であって、有効量のマイクロ−RNA−122アンタゴニストを該細胞に投与することを含む方法。
13.細胞が肝臓細胞である、具体例12に記載の方法。
14.インターフェロンの不在下で、該HCV感染細胞が、インターフェロン治療に応答するHCV感染細胞と比べて増加した転写レベルの少なくとも1つのIRGを示す、具体例12または具体例13に記載の方法。
15.miR−122アンタゴニストが抗−miR−122オリゴヌクレオチドである、具体例1〜14のいずれか1つに記載の方法。
16.抗−miR−122オリゴヌクレオチドが、
(i)ATTGTCACACTCC(2)(配列番号10)
(ii)CCATTGTCACACTCC(3)(配列番号12)
ATTGTCACACTCC(4)(配列番号10)
(iii)CCATTGTCACACTCCA(5)(配列番号76)
(iv)CCATTGTCACCCTCC(6)(配列番号77)
CCATTGTCACACTCC(7)(配列番号12)
ATTGTCACACTCC(8)(配列番号10)
ATTGTCACACTCC(9)(配列番号10)
CCATTGTCACACTCCA(10)(配列番号76)
CCATTGTCACACTCC(11−−3649))(配列番号12)
(v)TCACACTCC(18)(配列番号7)
(vi)CACACTCC(68)(配列番号6)
(vii)ACACTCC(118)(配列番号5)
CCATTGTCACACTCC(166)(配列番号12)
CACACTCC(167)(配列番号6)
(viii)(75)TGCATGGATTTGCACA(配列番号78)
(ix)(76)TGCATGGATTTGCAC(配列番号79)
(x)(77)CATGGATTTGCAC(配列番号80)
(xi)(78)TGCATGGATTTGCAC(配列番号81)
(79)CATGGATTTGCAC(配列番号80)
(80)CATGGATTTGCAC(配列番号80)
(81)TGCATGGATTTGCAC(配列番号79)
(82)TGCATGGATTTGCACA(配列番号78)
(83)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(xii)(84)CCATTGTAACTCTCCA(配列番号82)
(85)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(86)CCATTGTCACACTCC(配列番号12)
(87)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(88)CCATTGTCACACTCC(配列番号12)
(89)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(90)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(91)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(92)CCATTGTCACACTCC(配列番号12)
(93)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(94)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(xiii)(95)TCACGATTAGCATTAA(配列番号83)
(xiv)(96)ATCACGATTAGCATTA(配列番号84)
(xv)(97)TCACGATTAGCATTAA(配列番号85)
(xvi)(98)ATCACGATTAGCATTA(配列番号86)
(xvii)(99)GAGCCGAACGAACAA(配列番号87)
(xviii)(100)GCCGAACGAACAA(配列番号88)
(xix)(101)GAGCCGAACGAACAA(配列番号89)
(xx)(102)GCCGAACGAACAA(配列番号90)
および該抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドの組み合わせ(括弧内に仮に配列番号が示される)(ここに、CはシトシンまたはMeCである)からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、具体例15に記載の方法。
17. 抗−miR−122オリゴヌクレオチドが、
(i)ATTGTCACACTCC(2)(配列番号10)
(ii)CCATTGTCACACTCC(3)(配列番号12)
ATTGTCACACTCC(4)(配列番号10)
(iii)CCATTGTCACACTCCA(5)(配列番号76)
(iv)CCATTGTCACCCTCC(6)(配列番号77)
CCATTGTCACACTCC(7)(配列番号12)
ATTGTCACACTCC(8)(配列番号10)
ATTGTCACACTCC(9)(配列番号10)
CCATTGTCACACTCCA(10)(配列番号76)
CCATTGTCACACTCC(11−−3649))(配列番号12)
(v)TCACACTCC(18)(配列番号7)
(vi)CACACTCC(68)(配列番号6)
(vii)ACACTCC(118)(配列番号5)
CCATTGTCACACTCC(166)(配列番号12)
CACACTCC(167)(配列番号6)
(viii)(75)TGCATGGATTTGCACA(配列番号78)
(ix)(76)TGCATGGATTTGCAC(配列番号79)
(x)(77)CATGGATTTGCAC(配列番号80)
(xi)(78)TGCATGGATTTGCAC(配列番号81)
(79)CATGGATTTGCAC(配列番号80)
(80)CATGGATTTGCAC(配列番号80)
(81)TGCATGGATTTGCAC(配列番号79)
(82)TGCATGGATTTGCACA(配列番号78)
(83)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(xii)(84)CCATTGTAACTCTCCA(配列番号82)
(85)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(86)CCATTGTCACACTCC(配列番号12)
(87)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(88)CCATTGTCACACTCC(配列番号12)
(89)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(90)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(91)ATTGTCACACTCC(配列番号10)
(92)CCATTGTCACACTCC(配列番号12)
(93)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(94)CCATTGTCACACTCCA(配列番号76)
(xiii)(95)TCACGATTAGCATTAA(配列番号83)
(xiv)(96)ATCACGATTAGCATTA(配列番号84)
(xv)(97)TCACGATTAGCATTAA(配列番号85)
(xvi)(98)ATCACGATTAGCATTA(配列番号86)
(xvii)(99)GAGCCGAACGAACAA(配列番号87)
(xviii)(100)GCCGAACGAACAA(配列番号88)
(xix)(101)GAGCCGAACGAACAA(配列番号89)
(xx)(102)GCCGAACGAACAA(配列番号90)
および該抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドの組み合わせ(括弧内に仮に配列番号が示される)(ここに、CはシトシンまたはMeCである)からなる群から選択されるヌクレオチド配列からなる、具体例15に記載の方法。
18.抗miR−122オリゴヌクレオチドが少なくとも1つのアナログを含む、具体例15〜17のいずれか1つに記載の方法。
19.該少なくとも1つのヌクレオチドアナログが、2’−O−メトキシエチル−RNA(2’−MOE−RNA)モノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、ロックド核酸(LNA)モノマー、cEtモノマー、cMOEモノマー、5’−Me−LNAモノマー、2’−(3−ヒドロキシ)プロピル−RNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、アンヒドロヘキシトール核酸(HNA)モノマー、インターカレーティング核酸(INA)モノマー、および該ヌクレオチドアナログの2以上の組み合わせからなる群から選択される、具体例18に記載の方法。
20.該少なくとも1つのヌクレオチドアナログがLNAである、具体例18または具体例19に記載の方法。
21.抗−miR−122オリゴヌクレオチドが、
(i)AttGtcAcaCtcC(2)(配列番号60)
(ii)ccAttGtcAcaCtcC(3)(配列番号59)
(iii)atTgtCacActCc(4)(配列番号58)
(iv)ccAttGtcAcaCtcCa(5)(配列番号56)
(v)cCaTtGtCaCcCtCc(6)(配列番号75)
(vi)cCatTgtCacActCc(7)(配列番号57)
(vii)AttGTcaCaCtCC(8)(配列番号62)
(viii)aTtGtCaCaCtCc(9)(配列番号61)
(ix)cCatTgtCacActCca(10)(配列番号54)
(x)CcAttGTcaCaCtCC(11−−3649))(配列番号45)
(xi)TCACACTCC(18)(配列番号7)
(xii)CACACTCC(68)(配列番号6)
(xiii)ACACTCC(118)(配列番号5)
CcAttGTcaCaCtCC(166)(配列番号45)
CACACTCC(167)(配列番号6)
(xiv)(75)tgCatGgaTttGcaCa(配列番号46)
(xv)(76)tgCatGgaTttGcaC(配列番号47)
(xvi)(77)CatGgaTttGcaC(配列番号48)
(xvii)(78)tGcAtGgAtTtGcAc(配列番号49)
(xviii)(79)cAtGgAtTtGcAc(配列番号50)
(xix)(80)CatGGatTtGcAC(配列番号51)
(xx)(81)TgCatGGatTtGcAC(配列番号52)
(xxi)(82)TgCaTgGaTTtGcACa(配列番号53)
(xxii)(83)cCatTgtCacActCca(配列番号54)
(xxiii)(84)cCatTgtAacTctCca(配列番号55)
(85)ccAttGtcAcaCtcCa(配列番号56)
(86)cCatTgtCacActCc(配列番号57)
(87)atTgtCacActCc(配列番号58)
(88)ccAttGtcAcaCtcC(配列番号59)
(89)AttGtcAcaCtcC(配列番号60)
(90)aTtGtCaCaCtCc(配列番号61)
(91)AttGTcaCaCtCC(配列番号62)
(92)CcAttGTcaCaCtCC(配列番号45)
(xxiv)(93)CcaTtgTcacActcCa(配列番号63)
(xxv)(94)CCAttgtcacacTCCa(配列番号64)
(xxvi)(95)tCacGatTagCatTaa(配列番号65)
(xxvii)(96)aTcaCgaTtaGcaTta(配列番号66)
(xxviii)(97)TcAcGaTtAgCaTtAa(配列番号67)
(xxix)(98)AtcAcGaTtAgCaTta(配列番号68)
(xxx)(99)gAgcCgaAcgAacAa(配列番号69)
(xxxi)(100)gcCgaAcgAacAa(配列番号70)
(xxxii)(101)GaGcCgAaCgAaCaA(配列番号71)
(xxxiii)(102)GcCgAaCgAaCaA(配列番号72)
および該抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドの組み合わせ(括弧内に仮に配列番号が示される)(ここに、小文字はDNA単位の窒素含有塩基を示し、大文字は、LNA単位の窒素含有塩基を示し、Cおよびcは各々、独立して、シトシンまたはMeCである)からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、具体例15〜20のいずれか1つに記載の方法。
22.抗−miR−122オリゴヌクレオチドが、
(i)AttGtcAcaCtcC(2)(配列番号60)
(ii)ccAttGtcAcaCtcC(3)(配列番号59)
(iii)atTgtCacActCc(4)(配列番号58)
(iv)ccAttGtcAcaCtcCa(5)(配列番号56)
(v)cCaTtGtCaCcCtCc(6)(配列番号75)
(vi)cCatTgtCacActCc(7)(配列番号57)
(vii)AttGTcaCaCtCC(8)(配列番号62)
(viii)aTtGtCaCaCtCc(9)(配列番号61)
(ix)cCatTgtCacActCca(10)(配列番号54)
(x)CcAttGTcaCaCtCC(11−−3649))(配列番号45)
(xi)TCACACTCC(18)(配列番号7)
(xii)CACACTCC(68)(配列番号6)
(xiii)ACACTCC(118)(配列番号5)
CcAttGTcaCaCtCC(166)(配列番号45)
CACACTCC(167)(配列番号6)
(xiv)(75)tgCatGgaTttGcaCa(配列番号46)
(xv)(76)tgCatGgaTttGcaC(配列番号47)
(xvi)(77)CatGgaTttGcaC(配列番号48)
(xvii)(78)tGcAtGgAtTtGcAc(配列番号49)
(xviii)(79)cAtGgAtTtGcAc(配列番号50)
(xix)(80)CatGGatTtGcAC(配列番号51)
(xx)(81)TgCatGGatTtGcAC(配列番号52)
(xxi)(82)TgCaTgGaTTtGcACa(配列番号53)
(xxii)(83)cCatTgtCacActCca(配列番号54)
(xxiii)(84)cCatTgtAacTctCca(配列番号55)
(85)ccAttGtcAcaCtcCa(配列番号56)
(86)cCatTgtCacActCc(配列番号57)
(87)atTgtCacActCc(配列番号58)
(88)ccAttGtcAcaCtcC(配列番号59)
(89)AttGtcAcaCtcC(配列番号60)
(90)aTtGtCaCaCtCc(配列番号61)
(91)AttGTcaCaCtCC(配列番号62)
(92)CcAttGTcaCaCtCC(配列番号45)
(xxiv)(93)CcaTtgTcacActcCa(配列番号63)
(xxv)(94)CCAttgtcacacTCCa(配列番号64)
(xxvi)(95)tCacGatTagCatTaa(配列番号65)
(xxvii)(96)aTcaCgaTtaGcaTta(配列番号66)
(xxviii)(97)TcAcGaTtAgCaTtAa(配列番号67)
(xxix)(98)AtcAcGaTtAgCaTta(配列番号68)
(xxx)(99)gAgcCgaAcgAacAa(配列番号69)
(xxxi)(100)gcCgaAcgAacAa(配列番号70)
(xxxii)(101)GaGcCgAaCgAaCaA(配列番号71)
(xxxiii)(102)GcCgAaCgAaCaA(配列番号72)
および該抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドの組み合わせ(括弧内に仮に配列番号が示される)(ここに、小文字はDNA単位の窒素含有塩基を示し、大文字は、LNA単位の窒素含有塩基を示し、Cおよびcは各々、独立して、シトシンまたはMeCである)からなる群から選択されるヌクレオチド配列からなる、具体例15〜20のいずれか1つに記載の方法。
23.大文字のシトシンがMeCである、具体例21または具体例22に記載の方法。
24.抗−マイクロRNAオリゴヌクレオチドがホスホジエステルヌクレオチド間結合、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合、またはその組み合わせを含む、具体例15〜23のいずれか1つに記載の方法。
25.抗−マイクロRNAオリゴヌクレオチドが少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む、具体例24に記載の方法。
26.抗−マイクロRNAオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の全てがホスホロチオエートヌクレオチド間結合である、具体例24または具体例25に記載の方法。
27.対象が霊長類である、具体例1〜11または15〜26のいずれか1つに記載の方法。
28.miR−122アンタゴニストが霊長類の肝臓においてマイクロRNA−122の活性を阻害する、具体例27に記載の方法。
29.霊長類がヒトである、具体例27または具体例28に記載の方法。
30.対象が臓器移植患者である、具体例1〜11または15〜29のいずれか1つに記載の方法。
31.移植された臓器が肝臓である、具体例30に記載の方法。
【0252】
方法の概要
実施例で使用されるLNA−修飾オリゴヌクレオチドは、完全ホスホロチオエート骨格を有する非コンジュゲートLNA/DNAミキシマーとして合成された。HCV複製アッセイのための2’−OMeオリゴヌクレオチドおよびantagomir−122は、記載のとおりに合成された14,6。セーライン処方(formulated)の化合物は、正常および高コレステロール血症C57BL/6Jマウスに、腹腔内注射によって投与され、コレステロールおよび血清トランスアミナーゼ測定のために、血液試料が収集された。肝臓試料は、RNA抽出、miRNA定量化および肝臓組織病理学のために調製された。マウス肝臓RNAのマイクロアレイ発現プロファイリングは、標準的なAffymetrixプロトコールにしたがって実施され、データはArray Expressデータベースに提出された。データ分析のために、標準的なBioconductor24パッケージを用いた。社内のPerlスクリプトを用いて、転写産物3’UTRをmiR−122シードマッチ25の存在について検索した。mRNA定量化は、標準的なTaqManアッセイ(Applied Biosystems)を用いて実施した。30匹の雌の薬物を投与していない若い成体アフリカミドリザルを6群(1群あたりn=5)に割り当て、1日1回、1、3、および5日目に、〜10分かけて24ml/kg/hの速度で静脈内注入した。4つの処理群がリン酸緩衝化セーライン(PBS)または1、3もしくは10mg/kg PBS−処方LNA−antimiRを投与され、その全てが肝臓生検を受け、一方、2つの群が肝臓生検なしにPBSまたは10mg/kg PBS−処方LNA−antimiRを受けた。臨床化学および血液学測定のために、血液試料が収集された。全コレステロールは、マイクロタイタープレートにおいて酵素測定された。リポタンパク質コレステロール分布は、FPLCによって決定され、アポリポタンパク質レベルはELISAによって決定された。LNA−antimiRのイン・サイチュ(in situ)検出は、FAM−標識LNAプローブおよびシアニン3−プラス・チラミド(Cyanine 3-Plus tyramide)(Perkin−Elmer)と組み合わせたHRP−コンジュゲートポリクローナルウサギ抗−FITC抗体(DAKO)を用いて、LNA−antimiR処理したサルおよび対照サルの凍結肝臓切片上で実施された。肝臓RNAのノーザンブロット分析は、5’ FAM−標識したLNA−修飾miR−122プローブおよび検出用ECLアドバンスドキット(GE Healthcare Life Sciences)と組み合わせた抗フルオレセイン−HRP抗体(PerkinElmer, NEF710)を用いて実施された。
【0253】
具体例
1.有効投与量の抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドを含む医薬組成物であって、細胞へ投与するために製造される組成物。
2.細胞が霊長類、例えばヒトにおけるものである、具体例1に記載の医薬組成物。
3.細胞が肝臓細胞である、具体例1および2のいずれか1つに記載の医薬組成物。
4.細胞がHCVに感染しており、HCV感染の治療のために製造される、具体例1〜3のいずれか1つに記載の医薬組成物。
5.HCV感染によって引き起こされる肝線維症または肝臓癌の発症を予防するために、HCV感染の治療または予防のために製造される、具体例4に記載の医薬組成物。
6.細胞が、増加したレベルのインターフェロン刺激遺伝子転写産物を発現することによって特徴付けられる、具体例1〜5のいずれか1つに記載の医薬組成物。
7.インターフェロン刺激遺伝子転写産物が表5に挙げられたもののいずれか1つである、具体例6に記載の医薬組成物。
8.インターフェロン刺激遺伝子転写産物がIP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44のいずれか1つである、具体例7に記載の医薬組成物。
9.細胞が臓器移植された対象におけるものであり、組成物が移植拒絶の予防のために製造される、具体例1〜8のいずれか1つに記載の医薬組成物。
10.臓器が肝臓である、具体例9に記載の医薬組成物。
11.miR−122を標的とする抗マイクロRNAオリゴヌクレオチドが配列番号2−11、18、68、118、166、167または75−102から選択される、具体例1〜10のいずれか1つに記載の医薬組成物。
12.抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドが配列番号2−11、18、68、118、166、167、または75−102のいずれか1つの配列を含むか、または該配列からなる、具体例11に記載の医薬組成物。
13.抗マイクロRNA−122オリゴヌクレオチドがヌクレオチドアナログを含む、具体例1〜12のいずれか1つに記載の医薬組成物。
14.ヌクレオチドアナログの少なくとも1つが、2’−O−アルキル−RNAモノマー、2’−アミノ−DNAモノマー、2’−フルオロ−DNAモノマー、LNAモノマー、アラビノ核酸(ANA)モノマー、2’−フルオロ−ANAモノマー、HNAモノマー、INAモノマーからなる群から選択される、具体例13に記載の医薬組成物。
15.ヌクレオチドアナログが独立して、2’−MOE−RNA(2’−O−メトキシエチル−RNA)、2’フルオロ−DNA、およびLNAからなる群から選択される、具体例14に記載の医薬組成物。
16.ヌクレオチドアナログがロックド核酸(LNA)である、具体例15に記載の医薬組成物。
17.霊長類の肝臓におけるマイクロRNA−122の活性を阻害するために製造される、具体例1〜16のいずれか1つに記載の医薬組成物。
18.臓器移植を受けており、移植拒絶の危険性がある患者の診断のために製造されるキットであって、表5における遺伝子転写産物のいずれか1つを検出するために製造されるキット。
19.IP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44を検出するために製造される、具体例8に記載のキット。
20.患者由来の尿試料中のIP−10レベルを検出するために製造される、具体例9に記載のキット。
21.具体例1〜17のいずれか1つに記載の組成物がインターフェロン非応答性であるHCV感染対象の治療のために使用される、治療方法。
22.具体例1〜17のいずれか1つに記載の組成物が臓器移植拒絶の予防のために使用される、治療方法。
23.臓器が肝臓である、具体例22に記載の治療方法。
24.有効量のマイクロ−RNA−122アンタゴニストをHCV感染対象に投与することを含み、該対象がインターフェロン非応答性である、HCV感染対象を治療する方法。
25.HCV感染対象がさらに、有効量のインターフェロンで治療される、具体例24に記載の方法。
26.インターフェロンがペグ化されたインターフェロンアルファである、具体例25に記載の方法。
27.HCV感染対象がさらに、有効量のリバビリンで治療される、具体例24〜26のいずれか1つに記載の方法。
28.有効量のマイクロ−RNA−122アンタゴニストを対象に投与することを含み、該対象が臓器移植患者である、患者において臓器移植拒絶を予防する方法。
29.患者がさらに、有効量のインターフェロンで治療される、具体例28に記載の方法。
30.患者がさらに、ペグ化されたインターフェロンアルファで治療される、具体例28または29に記載の方法。
31.患者がHCV感染している、具体例28〜30のいずれか1つに記載の方法。
32.移植された臓器が肝臓である、具体例28〜31のいずれか1つに記載の方法。
33.HCV感染細胞中のHCV力価を減少させる方法であって、有効量のマイクロ−RNA−122アンタゴニストを該細胞に投与することを含み、該細胞がインターフェロン治療に対して非応答性である、方法。

34.細胞が肝臓細胞である、具体例33に記載の方法。
35.細胞が、増加したレベルのインターフェロン刺激遺伝子転写産物を発現することによって特徴付けられる、具体例33に記載の方法。
36.インターフェロン刺激遺伝子転写産物が表5に挙げられるもののいずれか1つである、具体例35に記載の方法。
37.インターフェロン刺激遺伝子転写産物がIP−10(CXCL10)、OAS1およびIFI44のいずれか1つである、具体例36に記載の方法。
38.細胞が臓器移植を受けた対象におけるものであり、組成物が移植拒絶の予防のために製造される、具体例33〜37のいずれか1つに記載の方法。
39.具体例28〜32の方法を含む、具体例24〜27のいずれか1つに記載の方法。
40.具体例33〜38の方法を含む、具体例24〜27のいずれか1つに記載の方法。
41.具体例33〜38の方法を含む、具体例28〜32のいずれか1つに記載の方法。
42.対象が霊長類、例えば、ヒト、例えば、治療を必要とするヒトである、具体例24〜41のいずれか1つに記載の方法。
【0254】
参考文献リスト
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【実施例】
【0255】
実施例1
本実施例において使用したオリゴヌクレオチド。非コンジュゲート型LNA−改変antimiR−122 DNAオリゴヌクレオチドは、完全なホスホロチオエート骨格を用いて合成したが、ただし、取り込み研究については50%のホスホロチオエートまたはホスホジエステル骨格を有するさらなるLNAオリゴヌクレオチドを用いた。高アフィニティーLNA−antimiR−122の配列は:5’−CcAttGTcaCaCtCC−3’(配列番号11)であり、マウス研究において用いたLNAミスマッチオリゴヌクレオチドは:5’−CcAttCTcaCaCtGC−3’(配列番号200)であり、C型肝炎ウイルス(HCV)複製アッセイに用いたLNA対照は:5’−CcAttCTgaCcCtAC−3’(配列番号201)であった(LNAは大文字、DNAは小文字)。HCV複製アッセイのための2’−OMeオリゴヌクレオチドおよびantagomir−122は記載されているようにして合成した14,6
【0256】
表4
【表6】
表4:相補的成熟miR−122 RNAに対するオリゴのTm、オリゴの配列。すべてのオリゴヌクレオチドは、s10以外完全にチオール化されており(thiolated)、s10は部分的にチオール化されている(antagomir、Kreutzfeldt et al. 2005参照)。成熟miR−122は3’から5’方向にて示されており、切断部位は太字で示されており、シード(seed)には下線が付されている。
【0257】
実施例2
インビボ実験。C57BL/6J雌性マウスに、二日に一回、五日間にわたって、セーラインまたはセーライン処方LNA−antimiR、antagomir−122またはLNAミスマッチ対照を投与し、マウスが10ml/kgの注入量を受けることを可能とし、一日腹腔内用量は1から25mg/kgの範囲とした。マウスを処置の48時間後に屠殺した。屠殺に先だって、後眼窩洞血液をEDTAにより被覆したチューブ中に採取した後、血漿画分を単離し、総コレステロールを、ABX Pentra Cholesterol CP(Horiba ABX Diagnostics)を用いて測定した。マウス用量応答研究において、1から200mg/kgの範囲のLNA−antimiRの単回腹腔内注射を投与し、血漿コレステロールを処置の6日後に測定した。高脂肪給餌による肥満マウスモデルを、高脂肪食(D12492、Research Diets)を13週間C57BL/6J雌性マウスに給餌することによって作成した。高コレステロール血症マウスを週に2回の5mg/kgのLNA−antimiRまたはLNA対照の腹腔内用量により6週間処置した。血清アラニンアミノトランスフェラーゼ(ALT)およびアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ(AST)レベルを酵素アッセイ(Horiba ABX Diagnostics、France)を用いて測定した。
【0258】
30頭の薬剤の影響を受けていない(drug−naieve)雌の若い成体アフリカミドリザルを6つの処置群(n=5/群)に分け、1、3、および5日目に、伏在静脈に挿入したカテーテルを介して24ml/kg/hの速度で〜10分かけて静脈内注入によって1日1回投薬した。すべて肝生検を受けさせた4群を、リン酸緩衝セーライン(PBS)または1、3もしくは10mg/kgのPBS−製剤化LNA−antimiRで処置し、2群には肝生検を受けさせずにPBSまたは10mg/kgのPBS−製剤化LNA−antimiRを与えた。動物を投薬の前および最中ならびに生検および瀉血時点においてケタミン(7.5mg/kg)およびキシラジン(1.5mg/kg)で鎮静させた。右および左の葉から2つのコア生検を得るために処置後1日目および90日目に経皮肝生検を行った。それぞれの生検の半分は直ちにRNAlater(Qiagen)中に浸し、残りの生検は、ヘマトキシリン・エオシン染色のためのパラホルムアルデヒド中での固定およびインサイチュ分析のための冷凍保存に分けた。血液サンプルを表面静脈穿刺を介して処置の前および24時間後に生検を受けた動物について得、一方さらなる血液サンプルを研究にわたってすべての処置群について採取した。サンプル採取は餌を与えない12時間の期間の後かつ給餌の前に行うことにより、コレステロール測定に対する食餌効果を最小にした。
【0259】
実施例3
霊長類血液学、臨床化学および血漿脂質測定およびリポタンパク質分析。血液学測定は、光学的および機械的方法および自動細胞計数器によって実施し、一方、臨床化学は、Antech Diagnosticsによる、Hitachi 747分析システムを用いて測定した。総血漿コレステロールは、マイクロタイタープレート中で酵素的に測定した。リポタンパク質およびコレステロール分布は、高速タンパク質液体クロマトグラフィー(FPLC)により測定し、アポリポタンパク質は、Wake Forest UniversityにてDr.Martha WilsonによってELISAを用いて測定した。
【0260】
実施例4
インサイチュハイブリダイゼーション。LNA−antimiRの検出は、10μmの霊長類肝臓低温切開片に対して行った。スライドを解凍し、4%パラホルムアルデヒド中で10分間室温で固定し、無水酢酸/トリエタノールアミン中で処理し、次いでPBSですすいだ。スライドを、50%ホルムアミド、5xSSC、500ug/mL酵母tRNA、1xデンハルト溶液中で48℃で30分間プレハイブリダイズさせた。LNA−antimiRの検出は、肝臓切片に48℃で30分間ハイブリダイズさせた相補的FAM−標識化LNAプローブを用いて行い、次いで3x10分間の0.1xSSC中でのハイブリダイゼーション後洗浄を52℃で行った。3%Hに10分間曝した後、スライドをブロッキングバッファー(0.1M Tris、0.15mM NaCl)および1%ブロッキング試薬(TNB、Perkin Elmer TSA kit)とともに15分間、次いで、セイヨウワサビペルオキシダーゼに結合させたポリクローナルウサギ抗−FITC抗体(DAKO、TNB中1:500)とともに30分間プレインキュベートした。スライドを0.3%Triton−X100を含むTNバッファーによりすすぎ、Cyanine 3−Plus tyramide(Perkin−Elmer、増幅バッファー中1:100)とともにインキュベートした。スライドをすすぎ、DAPIを含むVectashield(Vector Laboratories)に載せ、CCDカメラ(Leica Microsystems)を備えたLeica落射蛍光顕微鏡およびNIS−Elementsソフトウェアを用いて分析した。
【0261】
実施例5
マイクロアレイ発現プロファイリングおよびmiR−122標的部位分析。高コレステロール血症マウスからの肝臓RNAを標識し、製造業者の指示に従ってAffymetrix Mouse Genome 430 2.0アレイにハイブリダイズさせた。affy−パッケージからの発現機能(expresso function)を、rmaに基づくバックグラウンド補正、変位値正規化およびLi and Wong要約法のBioconductor’s24実行による要約(summarizing)プローブセットを用いる低レベルデータ分析のために使用した。発現プロファイルを、ユークリッド距離尺度およびWard’sアグロメレーション法を用いる階層クラスタリングに供した。アレイデータをArray Expressデータベースに入れた。Affymetrixプローブセットを、Ensembl遺伝子および転写産物に対してEnsembl−Biomartを用いてマッピングした。転写産物の3’UTRは、研究室内の(in−house)Perlスクリプトを用いてmiR−122シードマッチ25についてサーチした。遺伝子が選択的(alternative)3’UTRを有していた場合は、最も長い配列のみを用いた。
【0262】
実施例6
ノーザンブロット分析およびリアルタイムRT−PCR。Trizolで抽出された肝臓RNA(10−15μg/サンプル)を、15%変性Novex TBE−Ureaポリアクリルアミドゲル(Invitrogen)にて電気泳動し、Zeta Probe plusメンブレン(Biorad)にトランスファーし、Ultrahyb−oligo(Ambion)中にて45℃で一晩5’FAM−標識化LNA−改変miR−122プローブとハイブリダイズさせた。メンブレンを低ストリンジェンシー洗浄溶液#1(Ambion)中で45℃で2x30分間洗浄し、PBSTで2回すすぎ、ECLアドバンスドブロッキング溶液(GE Healthcare Life Sciences)中で1時間室温でブロッキングし、次いでPBSTで2回すすいだ。抗フルオレセイン−HRP抗体(PerkinElmer、NEF710)(ブロッキング溶液中1:1000)をメンブレンとともに室温で1時間インキュベートし、次いでPBSTで2回すすぎ、PBSTで25℃で15分間、次いで3x5分間洗浄した。ECLアドバンスドキットを検出のために用い(GE Healthcare Life Sciences)、VersaDocイメージングシステム(Biorad)で可視化した。mRNA定量は、TaqManアッセイおよび7500リアルタイムPCR装置(Applied Biosystems)を用いて行った。
【0263】
実施例7
miR−122のインビボ標的化。インビボでのmiR−122標的化のための効率的なアプローチを開発するために、本発明者らはまず、miR−122についてのルシフェラーゼレポーターアッセイを用いて培養Huh−7細胞における様々なLNA−改変DNAオリゴヌクレオチド(LNA−antimiR)の強度を評価した。本発明者らのスクリーニングは、miR−122機能の阻害がアフィニティー依存的であることを示し、高アフィニティーLNA−antimiR(>50%LNA、T=80℃)を同定し、これは、5nMの濃度でルシフェラーゼレポーターの有効な抑制解除を媒介した。このオリゴヌクレオチドは、HCV−NレプリコンNNeo/C−5Bを有するHuh−7細胞におけるHCV複製の阻害においてより低いアフィニティーを示す2’−O−メチルオリゴヌクレオチドおよび2つのLNA−antimiRと比較して改善された強度を示した。さらに、HeLa細胞における3つのさらなるmiRNAのサイレンシングのために適用した場合、本発明者らのLNA−antimiR設計はすべての標的化されたmiRNAについて高い強度を示した。
【0264】
次に、本発明者らは、高アフィニティーLNA−antimiRとホスホロチオエート(PS)改変とを組み合わせることにより、さらなる接合(conjugation)化学を用いずにmiR−122のインビボ送達およびサイレンシングが可能となりうるかどうかを調べた。図1aに示すように、マウス肝臓における非接合型LNA−antimiRの取り込みが、完全なPS骨格を有するセーライン−製剤化LNA−antimiRの3回の腹腔内(i.p.)注入により達成された。これはノーザンブロットにおけるシフトしたバンドの検出と一致し(図1a)、成熟miR−122がLNA−antimiRとのヘテロ二重鎖中に隔離されていることを示す。
【0265】
miR−122機能のLNA−媒介拮抗作用は、直接のmiR−122標的であるアルドラーゼAAldoa)の3倍の抑制解除を導いた(図1b)。注目すべきことに、1mg/kg〜200mg/kgの範囲の用量でのLNA−antimiRの単回腹腔内注射の結果、10mg/kgの有効用量(ED50)にての総血漿コレステロールの強力な用量依存的かつ持続的な低下が導かれた(図1c)。さらに、1〜25mg/kgの3回の注入の範囲の用量の腹腔内送達されたLNA−antimiRは、同じ投与計画を用いてコレステロール−接合型antagomir−1226,21または30%のみのLNAおよびより低いアフィニティー22を有する(T=70℃)ホスホロチオール化LNA−antimiRのいずれかで処置されたマウスと比較して、miR−122の拮抗において顕著に改善された効率を示した。これはantagomir−122による効率的なmiR−122のサイレンシングは3x40mg/kg〜3x80mg/kgというより高い用量を必要としたというマウスにおける以前の報告21と一致しているが、一方、本発明者らの知見は、LNAが顕著により低用量にてインビボで強力なmiR−122拮抗作用を媒介することができる高度に置換されたLNA−antimiRオリゴヌクレオチドの設計を可能とすることを示す。
【0266】
実施例8
食事性肥満マウスにおけるmiR−122の拮抗。実施例7における結論を確証するために、本発明者らは、5mg/kgのLNA−antimiRの週に2回の6週間の腹腔内用量を用いて高脂肪給餌による肥満マウスモデルにおいてmiR−122を拮抗させたところ、成熟miR−122の効率的な隔離が起こり、血清中の肝毒性マーカーまたは肝臓脂質蓄積の上昇を示さずに、総コレステロールの30%の持続した低下が起こった(図1dおよび1e)。一方、セーラインまたはLNAミスマッチ対照のいずれかによる処置はコレステロールレベルに影響を及ぼさず、両方の群におけるノーザンブロットによる成熟miR−122の検出と一致した(図1dおよび1e)。LNA−antimiR処置によって起こったが、LNAミスマッチ処置マウスにおいては起こらなかったmiR−122標的遺伝子である、Aldoa図1f)およびBckdk22(データ示さず)の顕著な抑制解除は、LNA−antimiRによるmiR−122のインビボでの拮抗作用が特異的であることを示す。この知見と一致して、肝臓遺伝子発現データのクラスタリングにより、すべてのLNA−antimiR−処置動物(n=5/群)が、系統樹の同じ主な枝上の均一なクラスターによって示されるように、高度に類似した発現プロファイルを有することが明らかになり、この主な枝はセーラインおよびLNAミスマッチ対照群からは分枝したものであった(図1g)。miRNAの拮抗作用または異所性発現は、mRNAの上昇または低下を導くことが以前に示されており、それはmiRNAシードマッチの3’UTRにおける豊富化を示す6,7,22,23。実際、miR−122シードマッチの存在と発現変化との相関関係は、miR−122に対するシードマッチを有するメッセージは、LNA antimiR−処置動物において対照マウスにおけるものと比較して抑制解除される傾向にあることを確認した(図1h、Kolmogorod−Smirnov検定、シード+t1A+m8についてp=2.410−14)。これはLNA−antimiR処置マウスにおける肝臓mRNA変化が主にmiR−122のサイレンシングに起因することを示す。
【0267】
実施例9
霊長類研究。本発明者らのLNA−antimiRアプローチが、非ヒト霊長類におけるmiR−122拮抗作用のために用いることが可能かを調べるために、本発明者らは、アフリカミドリザル(Chlorocebus aethiops)において有効性研究を行った。薬物による影響を受けていない雌のアフリカミドリザルにおける、1〜10mg/kg(n=5/群)の範囲の用量の3回の静脈内注入でのリン酸緩衝セーライン(PBS)−製剤化LNA−antimiRの全身投与の結果、霊長類において総血漿コレステロールの用量依存的かつ持続的な低下が起こり(図2a)、これは、miR−122が拮抗されたマウスにおいて観察されたコレステロール低下と一致する。3x10mg/kgの高用量のLNA−antimiRを投与された霊長類は、処置の23日後に40%の最大コレステロール低下を示したが(p=0.001)、一方、中程度の用量の群(3x3mg/kgのLNA−antimiR)は同じ時点において20%のコレステロール低下を示した(p=0.02)(図2a)。経時的に観察された総コレステロールレベルにおける変動にもかかわらず、コレステロール低下に対する効果は、対照サルに対して正規化された各処置群のコレステロール傾向プロットにより示されるように明らかに用量依存的であった(図2b)。LNA−antimiRで処置されたサルの最後の投薬の24時間後に行われた肝生検から抽出されたRNAサンプルのノーザンブロット分析は、シフトしたLNA−antimiR:miR−122ヘテロ二重鎖の用量依存的蓄積および成熟miR−122のセーライン−処置対照サルサンプルと比較した枯渇によって示されるように、miR−122のサイレンシングを確認した(図2c)。さらに、凍結サル肝生検におけるインサイチュハイブリダイゼーション(ISH)は、処置したサルの肝臓切片においてはLNA−antimiRの蓄積を示したが、セーライン対照のものにおいては示さず(図2d)、一方、高分解能ISHは、LNA−antimiRは霊長類肝細胞の細胞質に主に局在していることを示した(図2e)。
【0268】
興味深いことに、霊長類におけるmiR−122のLNA−媒介拮抗作用は、総血漿コレステロールの低下によって測定されるように、高用量LNA−antimiR群において7週間(p<0.05、両側t−検定)、中程度の用量群において5週間(p<0.05)(図2b)にわたり、効果的かつ長期持続性であった。コレステロールレベルは、LNA−antimiR処置後3ヶ月の期間かけてベースラインにむかって徐々に回復し、これは、LNA−antimiR処置の開始の96日後に行った第二のセットのサル肝生検においてそれぞれノーザンブロットおよびISHによって検出される、成熟miR−122レベルの正常化およびLNA−antimiR化合物の肝臓からのクリアランスと一致する(図2cおよびデータ示さず)。高密度リポタンパク質(HDL)およびその主要なアポリポタンパク質、Apo A−Iならびに低密度リポタンパク質(LDL)、およびその主要なアポリポタンパク質、Apo Bの両方における低下がLNA−antimiR−処置サルにおいて検出され、これはmiR−122を拮抗されたマウスにおける以前の知見と一致する。高用量およびセーライン動物の間のApo A−I/Apo B比の相違は統計的に有意ではなかったが(p>0.05、各日において両側t−検定)、その比は高用量群においてわずかに低いようであり、Apo A−IおよびHDLに対するより顕著な効果を示唆している。
【0269】
実施例10
霊長類実験における毒性研究。本発明者らは、臨床化学によって示されるように、LNA−antimiR処置霊長類において急性または亜慢性毒性を観察しなかった。臨床化学では処置群の研究にわたってすべての測定値について正常限界の範囲内であったが、例外としてクレアチニンホスホキナーゼ(CPK)、AST、ALT、およびビリルビンにおいて一過性の肝臓生検に関連する急上昇がみられた。注目すべきことに、LNA−antimiR処置と関連した血液凝固プロファイルにおける変化はなかった(図3a)。さらに、肝生検の組織病理調査は、LNA−antimiR処置霊長類において処置に関連する異常はないことを明らかにした(図3b)。LNA−antimiR処置の安全性評価における肝臓生検に関連する毒性を解離するために、高用量の3x10mg/kgのLNA−antimiRまたはセーラインでそれぞれ処置された2つのさらなる非生検群(n=5)を霊長類研究に含めた。本発明者らは、セーライン対照と比較しての3x10mg/kgのLNA−antimiR処置後の血漿トランスアミナーゼであるALTおよびAST、ビリルビン、CPKおよびクレアチニンにおける上昇の非存在によって示されるように、これらの動物において肝毒性または腎毒性をまったく観察しなかった(図3a)。すべての研究動物が、LNA−antimiR化合物およびサンプル収集手順の両方に良好な耐容性を示したこと、および、すべての動物が、LNA−antimiR処置後少なくとも10ヶ月間は良好な健康状態であったことは注目に値する。
【0270】
実施例11
antimiR−122オリゴヌクレオチドの使用によるHCV感染チンパンジーにおけるウイルス力価の長期ダウンレギュレーション。原理の証明を示し、抗ウイルス強度を判定するために研究を設計した。各動物をそれ自体の対照として用い、即ち、2プラセボ用量(セーライン)を活性の処置の前のベースラインの間に投与した。チンパンジーを選択した。というのは、チンパンジーはHCVにより感染されることができる(ヒト以外の)唯一の種であり、したがってヒトにおける使用の前の薬物の有効性試験に好適な唯一の動物モデルであるからである。また、チンパンジーにおける薬剤標的の配列(sequential)相同性はヒトに対しておそらく100%であるからである。動物に15分間かけて週に1回、12週間静脈内注入として12用量を投与した。低用量動物(4x0358)には1mg/kg体重を投与し、高用量動物(4x0513および4x0514)には5mg/kg体重を投与した。ウイルス血症を血清ウイルス負荷として週に1回評価し、フォローアップの最後の週には2週間毎に評価した。それは1mLの血清当たりのウイルスRNAのゲノム当量[GE]にて報告する。チンパンジーにおける処置のために用いたオリゴヌクレオチドは、配列:5’−CcAttGTcaCaCtCC−3’を有するセーライン製剤化LNAオリゴヌクレオチドであった。ウイルス力価を、TaqManプローブを用いる定量的リアルタイムPCRによって測定した。サンプルを(Lanford、R. E.、Guerra、B.、Lee、H.、Averett、D. R.、Pfeiffer、B.、Chavez、D.、Notvall、L.、and Bigger、C.(2003) アルファインターフェロン、ガンマインターフェロン、ポリ(I)−ポリ(C)、腫瘍壊死因子アルファ、およびC型肝炎ウイルスサブゲノムレプリコンにおけるリバビリンに応答しての抗ウイルス効果およびウイルス−宿主相互作用,Journal of Virology 77、1092−1104)に記載されているようにABI 7500配列検出器を用いるTaqManアッセイに供した。
【0271】
実験動物における力価測定からのデータを図4に示す。
【0272】
低用量動物であるチンパンジー4x0358は、ウイルス血症のレベルが低下し始めた70日目までウイルス力価の有意な低下を示さず、最後の投薬の12週間後の175日目まではベースラインを下まわって維持された。ウイルス力価の最大の低下は105日目に起こり、34−倍の低下を示した。ウイルス血症は研究期間の最後である210日目までにベースライン値を下回る1.8−倍まで戻った。
【0273】
高用量動物であるチンパンジー4x0513は、28日の後にウイルス力価が低下し始めた。この動物はウイルス血症の一貫した低下を示し、最大の低下は98日目に起こり、ウイルス血症が395−倍低下した。ウイルス血症は研究の最後までベースラインを下回って維持され、ベースラインの7.7−倍の範囲まででゆっくりと上昇したのみであった。
【0274】
高用量動物であるチンパンジー4x0514は、4x0513と類似のプロファイルを示した。ウイルス血症の一貫した低下が28日目に開始し、92日目にウイルス血症の317−倍の最大低下が起こり、低下は継続した。4x0513と同様に、ウイルス血症は次いで低く維持され、研究の最後までにベースライン値にゆっくりと上昇した。
【0275】
結論として、処置動物はすべて活性の処置の結果としてウイルス血症の低下を示した。効果の開始は、用量に依存して研究の28日目と70日目の間に明白になった。ウイルス血症は活性の処置の最後まで良好に低下したままであり、効果は最低8週間持続した。
【0276】
実施例12
遺伝子発現分析によって評価したHCV感染チンパンジーのantimiR−122処置の有効性
HCV遺伝子型1a(雌B、雄C、雌D)または1b(雌A)に慢性に(8〜10年間)感染した4頭の成体チンパンジーを1mg/kg(動物AおよびB)または5mg/kg(動物CおよびD)の静脈内用量により毎週12週間処置した。動物はそれら自身の対照とし、媒体(セーライン)の2回の注入を活性の処置の期間の前の週に投与した。動物を最後の注入の後少なくとも12週間追跡した。ウイルス負荷(ウイルス血症)を血清サンプルについて定期的に判定した。ウイルス血症、肝臓ウイルス負荷およびコレステロールおよびIP−10などのバイオマーカーの低下は用量および時間依存的であった。ウイルス血症は5mg/kgの用量レベルにて2.6log低下し、処置の最後の後10週間まで長期持続効果が経験された。
【0277】
全RNAを動物(4x0267=A;4x0358=B;4x0513=C;4x0514=D)の肝臓生検組織の画分から抽出し、Affymetrix Human Genome U133 Plus 2.0アレイで標準的手順にしたがって分析した。低レベル分析を注文作成のChip Definition Fileを用いて行い、ここで、アレイ上のすべてのプローブは最新のPan Troglodytes UniGene Buildおよびゲノム配列に対してBLASTに供され、その結果、プローブは真のチンパンジープローブセットへと再マッピングされた。アレイ上に表されたすべての遺伝子についての3’UTR配列情報を分析し、推定miR−122標的を見いだした。標的を8−merマッチ(miR−122 8−merシードに対する少なくとも1つの相補的マッチ、および可能性のある付加的な7−merまたは6−merマッチを有する遺伝子)、7−merマッチ(8−merマッチを有さないが、1以上の7mer−A1または7mer−m8、および可能性のある付加的な6−mer部位を有する遺伝子)、6−merマッチ(1以上の6−merシードマッチ部位のみを有する遺伝子)、およびシードマッチ無しに分けた。miR−122のSPC3649との拮抗作用の結果、miR−122標的の抑制解除が導かれると期待される。各動物について、処置前から処置の最後までの発現のlog2倍変化を計算し、Kolmogorov−Smirnov検定を用いて、8−mer、7−merまたは6−merシードマッチを有する遺伝子のlog2倍比が、シードマッチのない遺伝子からのlog2倍比よりも一般的に高いかどうかを分析した。応答者である動物においては一般的により高いlog2倍比を有するmiR−122標的の明らかな傾向があったが(各標的タイプの累積画分のプロットにおける右への曲線のシフト)、一方、非応答者/弱い応答者は有意差を示さなかった。さらに、インターフェロン応答性遺伝子(IRG)の管理分析(Lanford et al. 2007、Hepatology、vol. 46、999−1008)は、antimiR−122オリゴヌクレオチドによる処置の開始により、ウイルス力価の低下に、ほとんどのIRGの協調的なダウンレギュレーションが伴ったことを示した(図5aおよびb)。ケモカインIP−10の血清レベルにより、IRG発現プロファイルが確証された(図5c)。興味深いことに、動物Aは、miR−122標的の発現変化ならびに研究の過程にわたっての変化しないIRG応答に関して非常に弱く応答するようであったが、肝臓ウイルス負荷およびコレステロールは、弱いが一定の応答を示唆した。この個体における全体の異なる応答の原因は不明であるが、この動物は低用量群(1mg/kg)に含まれていたことに注目すべきである。
図1-a】
図1-b】
図1-c】
図1-d】
図1-e】
図1-f】
図1-g】
図1-h】
図2-a】
図2-b】
図2-c】
図2-d】
図2-e】
図3
図4
図5-a】
図5-b】
図5-c】
【配列表】
[この文献には参照ファイルがあります.J-PlatPatにて入手可能です(IP Forceでは現在のところ参照ファイルは掲載していません)]