特許 5774473 イリノテカンの感受性判定方法及びその利用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】5774473

(24)【登録日】2015年7月10日

(45)【発行日】2015年9月9日

(54)【発明の名称】イリノテカンの感受性判定方法及びその利用

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/68 20060101AFI20150820BHJP

   C12N 15/09 20060101ALI20150820BHJP

   A61K 45/00 20060101ALI20150820BHJP

   A61K 31/4745 20060101ALI20150820BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20150820BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20150820BHJP

【ＦＩ】

   C12Q1/68 A

   C12N15/00 A

   A61K45/00

   A61K31/4745

   A61P43/00 121

   A61P35/00

【請求項の数】7

【全頁数】23

(21)【出願番号】特願2011-503734(P2011-503734)

(86)(22)【出願日】2010年3月12日

(86)【国際出願番号】JP2010001772

(87)【国際公開番号】WO2010103851

(87)【国際公開日】20100916

【審査請求日】2013年1月21日

(31)【優先権主張番号】特願2009-61455(P2009-61455)

(32)【優先日】2009年3月13日

(33)【優先権主張国】JP

(73)【特許権者】

【識別番号】000006884

【氏名又は名称】株式会社ヤクルト本社

(74)【代理人】

【識別番号】110000084

【氏名又は名称】特許業務法人アルガ特許事務所

(74)【代理人】

【識別番号】100077562

【弁理士】

【氏名又は名称】高野 登志雄

(74)【代理人】

【識別番号】100096736

【弁理士】

【氏名又は名称】中嶋 俊夫

(74)【代理人】

【識別番号】100117156

【弁理士】

【氏名又は名称】村田 正樹

(74)【代理人】

【識別番号】100111028

【弁理士】

【氏名又は名称】山本 博人

(72)【発明者】

【氏名】西山 正彦

(72)【発明者】

【氏名】檜山 桂子

(72)【発明者】

【氏名】谷本 圭司

【審査官】 伊達 利奈

(56)【参考文献】

【文献】 米国特許出願公開第２００８／００７６１３４（ＵＳ，Ａ１）

【文献】 SHIMOKUNI, T., et al.,，International Journal of Oncology, 2006, Vol.28, pp.1153-1162

【文献】 TANAKA, T., et al.,，International Journal of Cancer, 2004, Vol.111, pp.617-626

【文献】 FUMOTO, S., et al.,，International Journal of Oncology, 2008, Vol.32, pp.413-423

【文献】 DEL RIO, M., et al.,，Journal of Clinical Oncology, 2007, Vol.25, No.7, pp.773-780

【文献】 麓 祥一、外８名、，食道癌における抗癌剤効果予測システムの開発．，第６４回日本癌学会学術総会記事, 2005, pp.90-91, PA1-0102

【文献】 Advanced Drug Delivery Reviews，2008.12.03, Vol.61, pp.402-407

(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）

Ｃ１２Ｑ １／６８

Ｃ１２Ｎ １５／００−１５／９０

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

ＰｕｂＭｅｄ

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

腫瘍組織中のＡＭＤ１遺伝子、ＣＴＳＣ遺伝子、ＥＩＦ１ＡＸ遺伝子、Ｃ１２ｏｒｆ３０遺伝子、ＤＤＸ５４遺伝子、ＰＴＰＮ２遺伝子及びＴＢＸ３遺伝子の発現量を測定し、次式（１）〜（３）により最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）を算出することを特徴とし、該遺伝子の発現量が該遺伝子由来のｍＲＮＡ量である、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する腫瘍組織の感受性判定方法。
（数１）
最良腫瘍縮小効果（％）＝１３９．４９−１２．０８９×Ａ−８４．４７７×Ｂ−１２．７３７×Ｃ＋８５．９００×Ｄ−２９．１１９×Ｅ−６．８６３０×Ｆ＋２０．３０３×Ｇ・・・・・（１）
（数２）
全生存期間（日）＝５１２．７８−１９２．１１×Ａ−１２０．７８×Ｂ＋１３４．５３×Ｃ−１１．８８３×Ｄ＋１５７．２４×Ｅ＋３１．９６２×Ｆ−３８６．５５×Ｇ・・・・・（２）
（数３）
無増悪生存期間（日）＝６８．０７６＋７８．２７７×Ａ−５７．３５８×Ｂ−１５．０１１×Ｃ＋８．９７９８×Ｄ＋７３．０７７×Ｅ−３８．９６１×Ｆ−４３．３１３×Ｇ・・・・・（３）
（式（１）、（２）及び（３）中、ＡはＡＭＤ１遺伝子の発現量、ＢはＣＴＳＣ遺伝子の発現量、ＣはＥＩＦ１ＡＸ遺伝子の発現量、ＤはＣ１２ｏｒｆ３０遺伝子の発現量、ＥはＤＤＸ５４遺伝子の発現量、ＦはＰＴＰＮ２遺伝子の発現量、ＧはＴＢＸ３遺伝子の発現量を示す。）

【請求項2】

前記腫瘍組織が、がんを有する被験者由来の生体試料である請求項１記載の判定方法。

【請求項3】

前記腫瘍組織が、大腸がんを有する被験者由来の生体試料である請求項１又は２記載の判定方法。

【請求項4】

（Ａ）腫瘍組織中のＡＭＤ１遺伝子、ＣＴＳＣ遺伝子、ＥＩＦ１ＡＸ遺伝子、Ｃ１２ｏｒｆ３０遺伝子、ＤＤＸ５４遺伝子、ＰＴＰＮ２遺伝子及びＴＢＸ３遺伝子の発現量測定試薬と、（Ｂ）次式（１）〜（３）により最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）を算出するためのプロトコールとを含有することを特徴とし、該遺伝子の発現量が該遺伝子由来のｍＲＮＡ量である、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する腫瘍組織の感受性判定用キット。
（数４）
最良腫瘍縮小効果（％）＝１３９．４９−１２．０８９×Ａ−８４．４７７×Ｂ−１２．７３７×Ｃ＋８５．９００×Ｄ−２９．１１９×Ｅ−６．８６３０×Ｆ＋２０．３０３×Ｇ・・・・・（１）
（数５）
全生存期間（日）＝５１２．７８−１９２．１１×Ａ−１２０．７８×Ｂ＋１３４．５３×Ｃ−１１．８８３×Ｄ＋１５７．２４×Ｅ＋３１．９６２×Ｆ−３８６．５５×Ｇ・・・・・（２）
（数６）
無増悪生存期間（日）＝６８．０７６＋７８．２７７×Ａ−５７．３５８×Ｂ−１５．０１１×Ｃ＋８．９７９８×Ｄ＋７３．０７７×Ｅ−３８．９６１×Ｆ−４３．３１３×Ｇ・・・・・（３）
（式（１）、（２）及び（３）中、ＡはＡＭＤ１遺伝子の発現量、ＢはＣＴＳＣ遺伝子の発現量、ＣはＥＩＦ１ＡＸ遺伝子の発現量、ＤはＣ１２ｏｒｆ３０遺伝子の発現量、ＥはＤＤＸ５４遺伝子の発現量、ＦはＰＴＰＮ２遺伝子の発現量、ＧはＴＢＸ３遺伝子の発現量を示す。）

【請求項5】

前記腫瘍組織が、がんを有する被験者由来の生体試料である請求項４記載のキット。

【請求項6】

前記腫瘍組織が、大腸がんを有する被験者由来の生体試料である請求項４又は５記載のキット。

【請求項7】

ヒトの生体中の腫瘍組織を除く腫瘍組織中のＡＭＤ１遺伝子、ＣＴＳＣ遺伝子、ＥＩＦ１ＡＸ遺伝子、Ｃ１２ｏｒｆ３０遺伝子、ＤＤＸ５４遺伝子、ＰＴＰＮ２遺伝子及びＴＢＸ３遺伝子の発現量を測定し、次式（１）〜（３）を用いて算出した最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）のいずれか１つの数値の増加を指標とし、該遺伝子の発現量が該遺伝子由来のｍＲＮＡ量である、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する腫瘍組織の感受性亢進剤のスクリーニング方法。
（数７）
最良腫瘍縮小効果（％）＝１３９．４９−１２．０８９×Ａ−８４．４７７×Ｂ−１２．７３７×Ｃ＋８５．９００×Ｄ−２９．１１９×Ｅ−６．８６３０×Ｆ＋２０．３０３×Ｇ・・・・・（１）
（数８）
全生存期間（日）＝５１２．７８−１９２．１１×Ａ−１２０．７８×Ｂ＋１３４．５３×Ｃ−１１．８８３×Ｄ＋１５７．２４×Ｅ＋３１．９６２×Ｆ−３８６．５５×Ｇ・・・・・（２）
（数９）
無増悪生存期間（日）＝６８．０７６＋７８．２７７×Ａ−５７．３５８×Ｂ−１５．０１１×Ｃ＋８．９７９８×Ｄ＋７３．０７７×Ｅ−３８．９６１×Ｆ−４３．３１３×Ｇ・・・・・（３）
（式（１）、（２）及び（３）中、ＡはＡＭＤ１遺伝子の発現量、ＢはＣＴＳＣ遺伝子の発現量、ＣはＥＩＦ１ＡＸ遺伝子の発現量、ＤはＣ１２ｏｒｆ３０遺伝子の発現量、ＥはＤＤＸ５４遺伝子の発現量、ＦはＰＴＰＮ２遺伝子の発現量、ＧはＴＢＸ３遺伝子の発現量を示す。）

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、がんが、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に治療反応性を有するか否かを判定するために用いる感受性判定方法及びその利用に関する。

【背景技術】

【0002】

抗がん剤には、アルキル化剤、白金製剤、代謝拮抗剤、抗がん性抗生物質、抗がん性植物アルカロイド等の種類がある。そしてこれらの抗がん剤にはがんの種類によって効果を示す場合と効果を示さない場合がある。さらに、有効であると認められている種類のがんであっても、個々の患者によって効果を示す場合と効果を示さない場合があることが知られている。このような個々の患者のがんに対して抗がん剤が効果を示すか否かを抗がん剤感受性という。

【0003】

塩酸イリノテカン（ＣＰＴ−１１）は本邦で開発されたｔｏｐｏｉｓｏｍｅｒａｓｅＩ阻害という作用機序を有する抗がん剤である。本邦において、ＣＰＴ−１１は、非小細胞肺癌、小細胞肺癌、子宮頸癌、卵巣癌に有効な薬剤として１９９４年１月に認可され、さらに１９９５年７月に胃癌、結腸・直腸癌、乳癌、有棘細胞癌、悪性リンパ腫に対する適応が認められている。ＣＰＴ−１１は特に大腸癌の領域で多剤併用療法のｆｉｒｓｔ ｌｉｎｅ ｄｒｕｇあるいはｓｅｃｏｎｄ ｌｉｎｅ ｄｒｕｇとして世界的な標準治療薬の位置を占め、その有用性が認められている。

【0004】

進行性・転移大腸癌に対する化学療法は、１９９０年代に登場したＣＰＴ−１１、オキサリプラチンなどのｋｅｙ ｄｒｕｇと、それまで大腸癌治療の中心的薬剤であったフルオロウラシル（５−ＦＵ）を中心とするフッ化ピリミジン製剤とを併用することにより、生存率をはじめとする臨床成績が劇的に改善された。しかしそれでもなお奏効率はおよそ５０％程度であり、重篤な副作用というリスクを冒して抗がん剤が投与された患者の半分では効果が得られていないのが現状であり、個々の治療反応性（レスポンダー・ノンレスポンダー）を判別する抗がん剤感受性の予測方法の確立は急務である。

【0005】

一般的に、がん化学療法の治療スケジュールは長期に渡り、副作用の発現を見ながら何クールか繰り返し治療を行った後で、効果が得られているか、そのまま投与を続けるべきか判断するが、それまでには長い時間と高額な医療費がかかり、副作用の発現も起こっているのが事実である。よって、個々の患者に対し、効果が得られるかどうかを治療前或いは治療早期に予測できる手段があれば、患者の負担や副作用の発現を軽減し、医療費を削減することができる。

【0006】

ＣＰＴ−１１はそれ自体抗腫瘍活性を有するものの、体内でＣａｒｂｏｘｙｌ ｅｓｔｅｒａｓｅにより活性化され、ＣＰＴ−１１に比べおよそ１００〜数千倍強い抗腫瘍活性を有する７−ｅｔｈｙｌ−１０−ｈｙｄｒｏｘｙｃａｍｐｔｏｔｈｅｃｉｎ（ＳＮ−３８）へと変換される。ＣＰＴ−１１とＳＮ−３８が同時に体内に存在することで抗腫瘍効果を呈すると考えられている。ＳＮ−３８は肝細胞内でＵＤＰ−グルクロン酸転移酵素(ＵＧＴ:ＵＤＰ−ｇｌｕｃｒｏｎｏｓｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ)によりグルクロン酸抱合を受け、細胞毒性のないＳＮ−３８グルクロン酸抱合体（ＳＮ−３８Ｇ）となり、おもに胆汁中に排泄され腸管へと移行し、その後は便中に排泄される。腸管に排泄されたＳＮ−３８Ｇの一部は、腸内細菌が有するβ−グルクロニダーゼにより脱抱合され再び活性型のＳＮ−３８となり、腸管上皮のトランスポーターを介し再吸収され腸肝循環、腸上皮細胞内でのＵＧＴによるグルクロン酸抱合化などのステップを経ながら代謝・排泄を受ける（非特許文献１）。この際に、ＳＮ−３８が腸管粘膜を障害し、下痢を誘発すると考えられている。また、細胞分裂の活発な骨髄にも影響をおよぼし、赤血球減少・白血球減少・血小板減少を引き起こすことが認められている。
重篤な下痢や好中球減少症などの副作用は、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型がもたらすＳＮ−３８体内曝露量の変化が一因であることが示されている。しかし治療効果に関しては、プロドラッグであるＣＰＴ−１１から活性代謝物ＳＮ−３８への変換とその解毒、さらに腸管循環の過程におけるＳＮ−３８の再生成や、ＣＰＴ−１１自体の代謝と代謝物からのＳＮ−３８の生成といった体内動態の複雑性により、薬物動態により治療効果を予測できるとする報告は未だなされていない。末梢血単核球細胞のカルボキシルエステラーゼｍＲＮＡ発現量がＳＮ−３８とＳＮ−３８ＧのＡＵＣ比とは相関するものの腫瘍縮小効果とは相関がなかったとする報告もなされている（非特許文献２）。

【0007】

また一方で、ＣＰＴ−１１感受性もしくは耐性に関与する因子として、ＳＮ−３８の標的であるｔｏｐｏｉｓｏｍｅｒａｓｅＩの変異の有無や発現量、ＣＰＴ−１１からＳＮ−３８への変換に関与するカルボキシルエステラーゼ活性、ＣＰＴ−１１やＳＮ−３８の細胞内蓄積量に影響するＡＢＣトランスポーター系遺伝子（ｍｕｌｔｉｄｒｕｇ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＭＲＰ）−１、ＭＲＰ−２、Ｂｒｅａｓｔ ｃａｎｃｅｒ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｐｒｏｔｅｉｎ（ＢＣＲＰ）／ＡＢＣＧ２）、ＢＣＬ２ファミリー遺伝子（特許文献１）の関与が報告されており、その他、細胞増殖抗原Ｋｉ−６７、がん抑制遺伝子ＴＰ５３などもＣＰＴ−１１を用いた治療への反応性との関連が検討されている。臨床研究においては、抗アポトーシス作用をもつＴｉｓｓｕｅ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ ｏｆ ｍｅｔａｌｌｏｐｒｏｔｅｉｎａｓｅ−１ (ＴＩＭＰ−１)の血漿中レベルが、転移結腸・直腸癌に対するＣＰＴ−１１＋５−ＦＵ併用療法の臨床予後と有意に相関することが最近報告されている（非特許文献３）。このようにＣＰＴ−１１感受性予測バイオマーカーや感受性判定方法の必要性が認識され多くの研究がなされているが、標的であるｔｏｐｏｉｓｏｍｅｒａｓｅＩについても、５−ＦＵ感受性予測因子とされるチミジル酸合成酵素とともに５−ＦＵ＋ＣＰＴ−１１併用療法の治療反応性との間に明確な関連性を見出せなかったとする報告もあるなど（非特許文献４）、治療反応性を予測し得る明確なバイオマーカーや感受性判定方法は未だ確立されていない。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0008】

【特許文献1】国際公開ＷＯ２００５／７８１００号パンフレット

【非特許文献】

【0009】

【非特許文献1】Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ １９９１;５１:４１８７−４１９１.

【非特許文献2】Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００５;１１:６９０１−６９０７.

【非特許文献3】Ｃｌｉｎ Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ ２００７;１３:４１１７−４１２２.

【非特許文献4】Ｉｎｔ Ｊ Ｃａｎｃｅｒ ２００４;１１１:２５２−２５８.

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0010】

本発明の課題は、個々の患者の治療反応性を判別できるイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する感受性判定方法及びそれを利用する新たながん治療手段を提供することにある。

【課題を解決するための手段】

【0011】

そこで本発明者らは、ヒト培養がん細胞を用いて、ＳＮ−３８添加時の遺伝子発現とＳＮ−３８に対する感受性を網羅的に解析することにより、感受性に関わっていると考えられる遺伝子を特定し、ＣＰＴ−１１の単独投与によるヒト臨床試験を実施して、該遺伝子を用いた感受性の判定方法を鋭意検討した。その結果、７つの該遺伝子の発現量を特定の算出式に代入することにより、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性、具体的には最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、無増悪生存期間（日）を算出できることを見出した。かかる知見に基づき、さらに検討した結果、がん患者由来の生体試料中の当該遺伝子の発現量を測定し、算出式に代入すれば、当該がん患者のがんがイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に感受性か否かを判定できること、また、算出式から得られる数値の増加を指標とすれば感受性亢進剤のスクリーニングが可能になること、さらに当該感受性亢進剤と感受性亢進の対象となるイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩を併用すれば、当該抗がん剤の治療効果が飛躍的に向上することを見出し、本発明を完成した。

【0012】

すなわち、本発明は、検体中のＡＭＤ１遺伝子、ＣＴＳＣ遺伝子、ＥＩＦ１ＡＸ遺伝子、Ｃ１２ｏｒｆ３０遺伝子、ＤＤＸ５４遺伝子、ＰＴＰＮ２遺伝子及びＴＢＸ３遺伝子の発現量を測定し、次式（１）〜（３）により最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）を算出することを特徴とするイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性判定方法を提供するものである。
（数１）
最良腫瘍縮小効果（％）＝１３９．４９−１２．０８９×Ａ−８４．４７７×Ｂ−１２．７３７×Ｃ＋８５．９００×Ｄ−２９．１１９×Ｅ−６．８６３０×Ｆ＋２０．３０３×Ｇ・・・・・（１）
（数２）
全生存期間（日）＝５１２．７８−１９２．１１×Ａ−１２０．７８×Ｂ＋１３４．５３×Ｃ−１１．８８３×Ｄ＋１５７．２４×Ｅ＋３１．９６２×Ｆ−３８６．５５×Ｇ・・・・・（２）
（数３）
無増悪生存期間（日）＝６８．０７６＋７８．２７７×Ａ−５７．３５８×Ｂ−１５．０１１×Ｃ＋８．９７９８×Ｄ＋７３．０７７×Ｅ−３８．９６１×Ｆ−４３．３１３×Ｇ・・・・・（３）
（式中、ＡはＡＭＤ１遺伝子の発現量、ＢはＣＴＳＣ遺伝子の発現量、ＣはＥＩＦ１ＡＸ遺伝子の発現量、ＤはＣ１２ｏｒｆ３０遺伝子の発現量、ＥはＤＤＸ５４遺伝子の発現量、ＦはＰＴＰＮ２遺伝子の発現量、ＧはＴＢＸ３遺伝子の発現量を示す。）

【0013】

また、本発明は、（Ａ）前記７遺伝子の発現量測定試薬と、（Ｂ）式（１）〜（３）により最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）を算出するためのプロトコールとを含むことを特徴とするイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する感受性判定用キットを提供するものである。

【0014】

さらに本発明は、検体中のＡＭＤ１遺伝子、ＣＴＳＣ遺伝子、ＥＩＦ１ＡＸ遺伝子、Ｃ１２ｏｒｆ３０遺伝子、ＤＤＸ５４遺伝子、ＰＴＰＮ２遺伝子及びＴＢＸ３遺伝子の発現量を測定し、式（１）〜（３）を用いて算出した最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）のいずれか１つの数値の増加を指標とする、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する感受性亢進剤のスクリーニング方法を提供するものである。

【0015】

さらにまた本発明は、上記のスクリーニング方法により得られたイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する感受性亢進剤を提供するものである。

【0016】

さらに本発明は、上記の感受性亢進剤とイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩を含有するがん治療用組成物を提供するものである。

【発明の効果】

【0017】

本発明のイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性判定方法を用いれば、個々の患者の抗がん剤治療反応性が抗がん剤投与前、或いは抗がん剤投与開始後早期に適確に判定できる結果、より治療効果の高い抗がん剤の選択が可能となり、その結果として治療効果の期待できない抗がん剤の継続投与に伴うがんの進行、副作用の増大を防止でき、さらには患者の負担軽減、医療費の削減も期待できる。また、この判定方法を用いれば、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性を亢進させる薬剤がスクリーニングでき、その対象となるイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩と感受性亢進剤とを併用すれば、がん治療効果が飛躍的に向上する。

【図面の簡単な説明】

【0018】

【図1】公知５遺伝子と新規７遺伝子の発現量を用いたｉｎ ｖｉｔｒｏ ＳＮ−３８効果の予測式を示すグラフである。

【図2】公知５遺伝子の発現量を用いたイリノテカン単独投与による最良腫瘍縮小効果（％）の予測式とその予測性の限界を示すグラフである。

【図3】公知５遺伝子の発現量を用いたイリノテカン単独投与による無増悪生存期間（日）の予測式とその予測性の限界を示すグラフである。

【図4】公知５遺伝子の発現量を用いたイリノテカン単独投与による全生存期間（日）の予測式とその予測性の限界を示すグラフである。

【図5】新規７遺伝子の発現量を用いたイリノテカン単独投与による最良腫瘍縮小効果（％）の予測式とその予測性の有用性を示すグラフである。

【図6】新規７遺伝子の発現量を用いたイリノテカン単独投与による無増悪生存期間（日）の予測式とその予測性の有用性を示すグラフである。

【図7】新規７遺伝子の発現量を用いたイリノテカン単独投与による全生存期間（日）の予測式とその予測性の有用性を示すグラフである。

【発明を実施するための形態】

【0019】

本発明におけるイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性判定方法は、検体中の前記７遺伝子の発現量を測定し、その発現量を用いて式（１）〜（３）により最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、又は無増悪生存期間（日）を算出することにより行うことができる。本発明に使用する７つの遺伝子は、ヒト培養がん細胞を用いた系では、ＳＮ−３８の感受性に関わっていると考えられる遺伝子であったが、実際のヒト臨床試験におけるＣＰＴ−１１の感受性の検討では、単独でＣＰＴ−１１の感受性を反映するものではなかった。そこで、臨床試験で得られた検体の各遺伝子の発現量と、各患者の最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、無増悪生存期間（日）を重回帰分析（文献名 Ｓｈｉｍｏｋｕｎｉ Ｔ他 “Ｃｈｅｍｏｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｉｎ ｅｓｏｐｈａｇｅａｌ ｓｑｕａｍｏｕｓ ｃｅｌｌ ｃａｒｃｉｎｏｍａ：ｎｏｖｅｌ ｍａｒｋｅｒ ｇｅｎｅｓ ａｎｄ ｅｆｆｉｃａｃｙ−ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ｆｏｒｍｕｌａｅ ｕｓｉｎｇ ｔｈｅｉｒ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｄａｔａ．”Ｉｎｔ Ｊ Ｏｎｃｏｌ ２００６．５．）により解析したところ、上記７つの遺伝子の発現量を代入した式（１）〜（３）が、最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、無増悪生存期間（日）と非常に高い相関性を有することが明らかになった。従って、検体中の上記７つの遺伝子の発現量を測定し、次式（１）〜（３）に代入することで、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性を判定することができ、具体的に、最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、無増悪生存期間（日）を予測することが可能となる。
（数４）
最良腫瘍縮小効果（％）＝１３９．４９−１２．０８９×Ａ−８４．４７７×Ｂ−１２．７３７×Ｃ＋８５．９００×Ｄ−２９．１１９×Ｅ−６．８６３０×Ｆ＋２０．３０３×Ｇ・・・・・（１）
（数５）
全生存期間（日）＝５１２．７８−１９２．１１×Ａ−１２０．７８×Ｂ＋１３４．５３×Ｃ−１１．８８３×Ｄ＋１５７．２４×Ｅ＋３１．９６２×Ｆ−３８６．５５×Ｇ・・・・・（２）
（数６）
無増悪生存期間（日）＝６８．０７６＋７８．２７７×Ａ−５７．３５８×Ｂ−１５．０１１×Ｃ＋８．９７９８×Ｄ＋７３．０７７×Ｅ−３８．９６１×Ｆ−４３．３１３×Ｇ・・・・・（３）
（式中、ＡはＡＭＤ１遺伝子の発現量、ＢはＣＴＳＣ遺伝子の発現量、ＣはＥＩＦ１ＡＸ遺伝子の発現量、ＤはＣ１２ｏｒｆ３０遺伝子の発現量、ＥはＤＤＸ５４遺伝子の発現量、ＦはＰＴＰＮ２遺伝子の発現量、ＧはＴＢＸ３遺伝子の発現量を示す。）

【0020】

ここで、ＡＭＤ１遺伝子とはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１６３４に示される塩基配列のｍＲＮＡを発現する遺伝子及びそのホモログをいい、
ＣＴＳＣ遺伝子とはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿１４８１７０及びＮＭ＿００１８１４に示される塩基配列のｍＲＮＡを発現する遺伝子及びそのホモログをいい、
ＥＩＦ１ＡＸ遺伝子とはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１４１２に示される塩基配列のｍＲＮＡを発現する遺伝子及びそのホモログをいい、
Ｃ１２ｏｒｆ３０遺伝子とはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０２４９５３に示される塩基配列のｍＲＮＡを発現する遺伝子及びそのホモログをいい、
ＤＤＸ５４遺伝子とはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿０２４０７２に示される塩基配列のｍＲＮＡを発現する遺伝子及びそのホモログをいい、
ＰＴＰＮ２遺伝子とはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００２８２８及びＮＭ＿０８０４２２に示される塩基配列のｍＲＮＡを発現する遺伝子及びそのホモログをいい、
ＴＢＸ３遺伝子とはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００５９９６及びＮＭ＿０１６５６９に示される塩基配列のｍＲＮＡを発現する遺伝子及びそのホモログをいう。
また、遺伝子とは、２本鎖ＤＮＡのみならず、それを構成するセンス鎖及びアンチセンス鎖といった各１本鎖ＤＮＡを包含する趣旨であり、またその長さに何ら制限されるものではない。また、核酸（ポリヌクレオチド）としては、ＲＮＡ、ＤＮＡを例示でき、ＤＮＡはｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ、合成ＤＮＡ、ＲＮＡはｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｓｉＲＮＡが挙げられる。ここでポリヌクレオチドには、複数個の塩基配列からなるオリゴヌクレオチドも含まれる。

【0021】

本発明のイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する感受性判定方法を用いて感受性を判定するには、検体中の上記７つの遺伝子の発現量を測定し、式（１）〜（３）に代入すればよい。ここで、検体としては、がんを有する被験者（がん患者）由来の生体試料、例えば血液、血清、血漿、尿、腫瘍組織・細胞、腹水、胸水、脳脊髄液、便、喀痰等が挙げられるが、腫瘍組織が特に好ましい。検体は適宜公知の方法により処理し、組織抽出液、組織標本等として使用することもできる。

【0022】

また、本発明の対象となるがんとしては、咽頭がんを代表とする口唇、口腔及び咽頭がん、食道がん、胃がん、結腸・直腸がんなどを代表とする消化器がん、肺がんを代表とする呼吸器及び胸腔内臓器がん、骨及び関節軟骨がん、皮膚の悪性黒色腫、有棘細胞がん及びその他の皮膚のがん、中皮腫を代表とする中皮及び軟部組織がん、乳房がん、子宮がん、卵巣がんを代表とする女性性器がん、前立腺がんを代表とする男性性器がん、膀胱がんを代表とする尿路がん、脳腫瘍を代表とする眼、脳及び中枢神経系がん、甲状腺及びその他の内分泌腺がん、非ホジキンリンパ腫やリンパ性白血病を代表とするリンパ組織、造血組織及び関連組織がん、及びこれらを原発巣とする転移組織のがん等が挙げられるが、非小細胞肺がん、小細胞肺がん、子宮頸がん、卵巣がん、胃がん、結腸・直腸がん、有棘細胞がん、悪性リンパ腫に対して好適に利用でき、特に結腸・直腸がん（大腸がん）に対して好適に利用できるが、化学療法未治療がんが特に好ましい。

【0023】

遺伝子の発現量の測定は、本発明の遺伝子や遺伝子由来のｍＲＮＡを検出し得るプローブやプライマーを用いて、標的とする遺伝子のコピー数や発現量をサザンハイブリダイゼーション法、ＤＮＡマイクロアレイ、リアルタイムＰＣＲ法、ＲＴ−ＰＣＲ法等により行うことができる。また、当該遺伝子によりコードされるポリペプチドも測定対象として挙げられ、遺伝子の発現量を反映するものであれば特に限定されないが、当該遺伝子由来のｍＲＮＡを測定対象とすることが好ましい。ここで、遺伝子の発現量の測定とは、遺伝子の発現の有無を確認することも含む。

【0024】

ここで、ＰＣＲ法について説明する。測定対象としてｍＲＮＡを用いる場合、必要に応じて、ろ過、遠心分離、クロマトグラフィー等の公知の方法による前処理を検体に行ったのち、例えば、グアニジン−塩化セシウム超遠心法、酸性グアニジン−フェノールクロロホルム法（ＡＧＰＣ法）、磁気ビーズ法、シリカカラム法等の汎用法を用いて、検体からＲＮＡを抽出することができる。また、市販のキット（ＱＩＡＧＥＮ ＲＮｅａｓｙ ＫＩｔ、ＴＲＩＺＯＬ等）を用いてＲＮＡを抽出することもできる。

【0025】

ｍＲＮＡの測定は、例えば、（１）目的ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズしうる核酸断片及び検体由来ＲＮＡを用いてＰＣＲ法による増幅産物量を求めること、（２）目的ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズしうる核酸断片と検体由来ＲＮＡとのハイブリダイズ効率を求めること、又は（３）その他公知の方法を用いた定量方法により求めることができる。

【0026】

ここで、ＰＣＲ法を用いる場合において、「目的ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズしうる核酸断片」の設計は、目的遺伝子が有する塩基配列と他の遺伝子が有する塩基配列とを比較し、目的遺伝子のｍＲＮＡに特異的である配列を選ぶことにより行うことができる。ここで、目的遺伝子のｍＲＮＡの塩基配列は、例えば、データベース（ＧｅｎＢａｎｋ等）を参酌することにより得ることができる。また、塩基配列をソフトウェア（Ｃｌｕｓｔａｌ Ｘ等）を用いて整列させ、目視等の手段により特異的な配列を見出すことができる。当該核酸断片の長さは、特に制限はないが、５〜５０塩基からなる核酸断片が好ましく、１８〜２５個の連続した塩基からなる核酸断片がより好ましい。

【0027】

目的遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズしうる核酸断片としては、かくして設計される配列のみならず、公知の技術常識にのっとれば適宜想定することができ、当該塩基配列と相補的な塩基配列や目的遺伝子のｍＲＮＡの測定に同様に用いることができる相同な塩基配列、例えば、ａ）当該塩基配列のうちの１乃至１０個、好ましくは１又は数個の塩基が置換、付加又は欠失した塩基配列、ｂ）当該塩基配列と９０％以上、好ましくは９５％以上、より好ましくは９９％以上の同一性を有する塩基配列、ｃ）当該塩基配列と相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列、からなる核酸断片などを用いることもできる。
また、斯かる核酸断片は、その両端又は片端、好ましくは５'端に任意の数、好ましくは１００個、より好ましくは２０個、さらに好ましくは１０個以下の塩基が付加された核酸断片であってもよい。

【0028】

かくして設計される核酸断片は、例えば、その塩基配列に従い、ＤＮＡ合成機により人工的に合成することができる。当該断片としては、合成後に、その特異性が確認された断片が好ましく、ここで特異性の確認としては、例えば、目的ｍＲＮＡを鋳型とする場合には、適当な対照と比べて特異的なＰＣＲ増幅産物が得られることを確かめることにより行うことができる。

【0029】

このような核酸断片としては、例えばＡＭＤ１遺伝子であれば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１６３４の塩基配列の一部若しくはそれと相補的な塩基配列からなる核酸断片、又はそれらと相同な塩基配列からなり且つ機能的に等価である核酸断片が挙げられる。ここで、それらと相同な塩基配列からなり且つ機能的に等価である核酸断片としては、例えば、以下に示す（ａ）〜（ｃ）に示す核酸断片であって、目的遺伝子のｍＲＮＡの測定に用いることができるものが挙げられる。ＡＭＤ１遺伝子以外の場合も同様である。
（ａ）ＮＭ＿００１６３４で示される塩基配列の一部若しくはそれと相補的な塩基配列からなる核酸断片において、１又は数個の塩基が欠失、置換若しくは付加された核酸断片。（ｂ）ＮＭ＿００１６３４で示される塩基配列の一部若しくはそれと相補的な塩基配列と９０％以上、好ましくは９５％以上、より好ましくは９９％以上の同一性を有する塩基配列からなる核酸断片。
（ｃ）ＮＭ＿００１６３４で示される塩基配列の一部若しくはそれと相補的な塩基配列からなるＤＮＡとストリンジェントな条件下でハイブリダイズする塩基配列からなる核酸断片。

【0030】

尚、ここで、塩基配列の同一性は、ＧＥＮＥＴＹＸ^TMのホモロジー解析プログラムを用いることにより算出される。
また、「ストリンジェントな条件」とは、２つのＤＮＡ断片がＳａｍｂｒｏｏｋ Ｊらによって記載されたような標準的なハイブリダイゼーション条件下で、相互にハイブリダイズすることを意味する（Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｃｌｏｎｅｄ ｇｅｎｅｓ ｉｎ Ｅ．ｃｏｌｉ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ（１９８９））Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＵＳＡ，９．４７−９．６２及び１１．４５−１１．６１）。

【0031】

かくして作製される核酸断片及び検体由来ＲＮＡを用いてＰＣＲ法、好ましくはｍＲＮＡからのｃＤＮＡを作製する工程を含むリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法を行なうことで、検体のｍＲＮＡを測定することができる。ここで、ＲＴ−ＰＣＲ法は、Ｔｗｏ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲやＯｎｅ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲ等の公知の方法を用いて行うことができるが、特に簡便であり、かつクロスコンタミネーションを防ぐという点からは、Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲが好ましい。斯かるＯｎｅ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲ法は、例えば、市販のキットを用いて行うことができる（ＱＩＡＧＥＮ Ｏｎｅ−Ｓｔｅｐ ＲＴ−ＰＣＲ ｋｉｔ等）。ＲＴ反応に使用する逆転写活性を有する酵素としてはＭ−ＭＨＶ ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔａｓｅ等の種々の逆転写酵素を用いることができる。また、ＤＮＡを増幅させるＰＣＲ反応に用いるＤＮＡポリメラーゼは９０℃以上の温度に耐熱性があるものが好ましい。

【0032】

このようなＰＣＲ反応は、例えば、二本鎖ＤＮＡを一本鎖にする熱変性反応を９０〜９８℃、プライマーを鋳型ｃＤＮＡにハイブリダイズさせるアニーリング反応を３７〜７２℃、ＤＮＡポリメラーゼを作用させる伸長反応を５０〜７５℃という温度条件で、これを１サイクルとしたものを１〜数十サイクル行うことにより、行うことができる。なお、好ましい反応条件の一例は、熱変性９５℃・３０秒、アニーリング６０℃・３０秒、伸長反応７２℃・４０秒である。また、ＰＣＲ反応の際は、２種類のプライマーを１組として用いることが好ましく、この場合は両者がセンス鎖とアンチセンス鎖との組合せになるようにする必要がある。本発明の核酸断片はプローブとしての使用もでき、他の公知のユニバーサルプライマー、オリゴヌクレオチド等と組合わせて用いることもできる。

【0033】

また、このＲＴ−ＰＣＲ反応の鋳型となるｍＲＮＡを含む検体試料としては、ＲＮＡ全体量として１ｐｇ〜１μｇのＲＮＡを含むものが好ましく、２ｎｇ〜５０ｎｇ含むものがより好ましい。

【0034】

適切なＰＣＲ反応が行われた場合には通常、「ＰＣＲ増幅産物量」、「ＰＣＲサイクル数」と「ＰＣＲの鋳型量」との間には相関関係がある。したがって、かくして行われたＰＣＲ反応により増幅された増幅産物量とＰＣＲサイクル数を参酌して適宜計算すれば、目的遺伝子のｍＲＮＡ量、すなわち目的遺伝子の発現量を求めることができる。

【0035】

ＰＣＲ増幅産物量とＰＣＲサイクル数の決定は、特に限定されず、あらゆる方法により行うことができるが、例えば、任意に設定された一定量のＤＮＡ量に達したときのＰＣＲサイクル数を特定することにより行うことができる。斯かる特定は、例えば、「ＰＣＲ産物を標識するＰＣＲ法に併せて、標識の経時的な計測を行うＰＣＲ法」を用いて、設定した一定の蛍光強度に達する際のＰＣＲサイクル数を特定することにより行うことができる。ここで、標識としては、例えば、蛍光色素による標識が挙げられ、標識の計測としては蛍光強度の計測が挙げられる。またここで、蛍光色素による標識としては、例えば、インターカレーター性蛍光色素による標識が挙げられ、インターカレーター性蛍光色素としてはＳＹＢＲ（Ｒ）Ｇｒｅｅｎ Ｉが挙げられる。インターカレーター性色素は、二本鎖核酸にインターカレーションすることで蛍光強度が増強する性質を有することから、増幅したＰＣＲ産物を反映した強度の蛍光が発せられることとなる。また、蛍光色素による標識は、蛍光色素により標識したＴａｑＭａｎプローブやＭｏｌｅｃｕｌｅｒ Ｂｅａｃｏｎ等の使用により行うこともできる。ＴａｑＭａｎプローブやＭｏｌｅｃｕｌｅｒ Ｂｅａｃｏｎは、ＰＣＲにより増幅される領域の内部配列と相同性を有するオリゴヌクレオチドに蛍光色素とクエンチャーを結合させたプローブであり、ＰＣＲ反応に共存させて用いる。プローブに結合した蛍光色素とクエンチャーの相互作用でＰＣＲ増幅反応に応じた蛍光を発するため、各ＰＣＲ段階での蛍光強度を測定することにより増幅されるＰＣＲ産物の経時的な観察を行うことができる。

【0036】

また、前述のとおり、検体中における目的遺伝子のｍＲＮＡ量は、例えば、目的ｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズしうる核酸断片と検体由来ＲＮＡとのハイブリダイズ効率の知得によっても、求めることができる。

【0037】

ここで、目的遺伝子のｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズしうる核酸断片は、例えば、前述のように設計及び作製されたものを用いることができる。また、斯かる核酸断片としては、標識がなされている核酸断片が好ましい。ここで、標識としては、酵素、常磁性イオン、ビオチン、蛍光色素、発色団、重金属、あるいはラジオアイソトープが挙げられ、より好ましいマーカーとしては酵素が挙げられ、ここで酵素としては、ホースラディッシュペルオキシダーゼ又はアルカリフォスファターゼが挙げられる。斯かる標識は、公知の方法により行うことができる。検体由来のＲＮＡを含有する試料とこのような核酸断片とのハイブリダイズの程度を測定すれば、公知の換算方法により、検体中における目的遺伝子のｍＲＮＡ量を知得することができる。斯かるハイブリダイズの程度の計測は、特に限定されず、公知の方法に準じて行うことができるが、たとえば核酸断片に付加された標識の計測により行うことができる。すなわち、たとえば、蛍光色素によって標識された核酸断片を用いた場合には、蛍光強度を計測することにより行うことができる。

【0038】

また、目的遺伝子の発現量の測定は、目的遺伝子やそのｍＲＮＡの塩基配列に特異的にハイブリダイズしうる核酸断片をプローブとして用いて行なうこともできる。例えばＡＭＤ１遺伝子であれば、上記のＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＭ＿００１６３４記載の塩基配列の一部（例えばＧＣＡＴＧＴＧＡＧＴＧＴＴＣＣＧＡＣＴＴＣＡＴＣＴＧＴＴＣＣ）若しくはそれと相補的な塩基配列からなる核酸断片、又はそれらと相同な塩基配列からなり且つ機能的に等価である核酸断片もプローブとして使用できる。これらのプローブは任意の固相に固定化して、ＤＮＡチップ、遺伝子チップ、ｃＤＮＡマイクロアレイ、オリゴＤＮＡアレイ等として利用することができる。

【0039】

また、プローブとしては、上記に挙げるもの以外に、目的遺伝子やそのｍＲＮＡの塩基配列を特異的に検出できるよう、目的遺伝子やそのｍＲＮＡの塩基配列から適宜の箇所を複数箇所選択して、当該領域に特異的にハイブリダイズしうる核酸断片を複数個併用するように設計されたものを使用してもよい。

【0040】

プローブの固定化に使用される固相は、ポリヌクレオチドを固定化できるものであれば、特に制限はなく、例えばガラス板、ナイロンメンブレン、マイクロビーズ、シリコンチップ、キャピラリー等を挙げることができる。また、固相を標識してもよい。標識には特に制限はなく、例えば蛍光色素、ラジオアイソトープ等を挙げることができる。固相へのポリヌクレオチドの固定は、予め合成したポリヌクレオチドを固相上に載せる方法であっても、また目的とするポリヌクレオチドを固相上で合成する方法であってもよい、固定方法は、例えばＤＮＡマイクロアレイであれば、市販のスポッターを利用するなど、固定化プローブの種類に応じて、適宜公知の方法（インクジェット法によるポリヌクレオチドのプリント、ｉｎ ｓｉｔｕ合成、フォトリソグラフィー法）を使用すればよい。

【0041】

上記の方法により作成されたＤＮＡチップ等と培養細胞、組織、組織切片もしくは血液のライセート等の検体から調製されたＲＮＡをもとに調製された標識ＤＮＡあるいはＲＮＡ、あるいはこれらの検体から直接調製された標識ＤＮＡあるいはＲＮＡをハイブリダイズさせ、形成されたプローブと標識ＤＮＡあるいはＲＮＡの二本鎖の量を当該プローブの標識物に由来するシグナルとして測定することで、目的遺伝子の発現量を測定することができる。ここで、シグナルの検出は常法により、例えば、放射線検出器や蛍光検出器等で測定して行なうことができる。

【0042】

上記方法に加え、マイクロビーズ法によっても目的遺伝子の発現量を測定することができる。例えばそれぞれ異なる蛍光標識を施したマイクロビーズにそれぞれの目的遺伝子由来のｍＲＮＡに対するプローブを固定し、培養細胞、組織、組織切片もしくは血液のライセート等の検体から調製された目的遺伝子のｍＲＮＡとハイブリダイズさせ、その蛍光を検出することでそれぞれの目的遺伝子を識別し、同時に、マイクロビーズに固定したプローブとハイブリダイズした目的遺伝子由来のｍＲＮＡに対して標識プローブをハイブリダイズさせ、そのプローブの標識を検出することでｍＲＮＡ量を測定することにより、複数の目的遺伝子の発現量を同時に測定することもできる。

【0043】

さらに、上記のプローブを用いて、サザンハイブリダイゼーション法、ノーザンハイブリダイゼーション法、ＦＩＳＨ法、ＣＧＨ法等の公知の方法を用いて、目的遺伝子のコピー数・発現量を測定することができる。また、目的遺伝子によりコードされるポリペプチドを測定対象とする場合は、当該ポリペプチドに対する特異的抗体を用いた公知の免疫染色法（ＥＬＩＳＡ法、ウェスタンブロット法、ＥＩＡ法、ＲＩＡ法、ＩＨＣ法等）により、目的遺伝子の発現量を測定すればよい。

【0044】

イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する感受性を判定するには、抗がん剤投与前及び投与中のがん患者由来の生体試料中の目的遺伝子の発現量を測定し、前式（１）〜（３）により最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、又は無増悪生存期間（日）を算出し、所定の基準値以上の数値であった場合はそのがんは抗がん剤感受性であり、所定の基準値未満の数値であった場合はそのがんは抗がん剤感受性ではないと判定できる。ここで、所定の基準値は、対象となるがん患者の状態やがんの種類、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩と組合わせて使用する薬剤の種類等により、後述の実施例に従って適宜設定することができるが、例えば、イリノテカン単独投与の場合は、最良腫瘍縮小効果（％）については５０％、全生存期間（日）については４００日、無増悪生存期間（日）については１００日とするのが好ましい。

【0045】

抗がん剤投与前に、前式（１）〜（３）により得られる数値が所定の基準値未満である場合は、そのがんはイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対して感受性ではないと判定でき、その薬効を期待することができず、このような薬効の期待できない抗がん剤の投与が続けられた場合、がんの進行、副作用の増大が危惧される。このように、本発明における感受性判定方法は、抗がん剤治療反応性の判定のみならず、薬効の期待できない抗がん剤の継続投与に伴う副作用の増大を防ぐことにも大きく貢献するので、特に抗がん剤投与前のがん患者に好適に利用することができる。また、治療効果を期待できる患者を積極的に選出するための判定方法としても使用できる。

【0046】

また、抗がん剤投与中のがん患者由来の生体試料中の目的遺伝子の発現量を測定し、前式（１）〜（３）により得られる数値を治療サイクルごとに測定しモニタリングしていくことにより、そのがんにおける感受性を経時的に評価できるため、治療を継続すべきか否かの判定方法ともなる。抗がん剤に対して感受性を有さない場合は、その薬効を期待することができず、抗がん剤による副作用のみが発現すると考えられるため、本発明における感受性判定方法は、不必要な副作用の発現もしくは無効な治療継続に伴うがんの進行や副作用の増大を回避するための判定方法としても使用できる。

【0047】

感受性を判定するパラメターとしては、最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、無増悪生存期間（日）のほか、有効性を表わすパラメターである全奏効期間（日）、安定期間（日）、治療成功期間（日）、副作用を表わすパラメターであるイリノテカン、ＳＮ−３８及びその代謝物の血中濃度及び消失半減期、生体内利用率、濃度時間曲線下面積、クリアランス、分布容積、等を使用することもできる。

【0048】

本発明の方法は、斯かる方法を実施するためのキット、すなわち感受性判定用キットを用いて行うこともできる。ここで、斯かる感受性判定用キットとしては、（Ａ）前記７遺伝子の発現量測定試薬と、（Ｂ）前記最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）を算出するためのプロトコールとを含有する。ここで（Ａ）前記７遺伝子の発現量測定試薬には、例えば、（Ａ１）目的遺伝子の発現量測定のための方法を記載したプロトコール、（Ａ２）目的遺伝子の発現量測定のための方法に使用する試薬、（Ａ３）目的遺伝子のｍＲＮＡに特異的にハイブリダイズしうる核酸断片を固定化したＤＮＡチップが含まれる。一方、（Ｂ）のプロトコールには、（Ｂ１）式（１）〜（３）により最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）又は無増悪生存期間（日）を算出するためのプロトコールに加え、（Ｂ２）イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性の有無を判定するための基準値等が挙げられる。当該基準には、最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、無増悪生存期間（日）の基準値、基準値に影響を与える要因とその影響の程度等が含まれ、これらの基準値は、対象となるがん患者の状態やがんの種類、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩と組合わせて使用する薬剤の種類等により適宜設定することが可能である。当該基準値を用いて、前記のように判定することができる。
本発明のキットはこれらに限定されず、斯かる方法の全部又は一部の工程を行うのに必要なものの全部又は一部を集めたものをいう。ここで、「工程を行うのに必要なもの」には、例えば緩衝液等が挙げられる。

【0049】

また、前式（１）〜（３）により得られる最良腫瘍縮小効果（％）、全生存期間（日）、又は無増悪生存期間（日）のいずれか１つの数値の増加を指標とすれば、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩に対する感受性亢進剤がスクリーニングできる。すなわち、ｉｎ ｖｉｔｒｏ又はｉｎ ｖｉｖｏにおいて、これらの数値を増加させる物質は、抗がん剤感受性を亢進する。例えば、担癌動物における抗がん剤投与前後において、これらの数値の増加を亢進させる物質は、抗がん剤の感受性を亢進する物質（抗がん剤感受性亢進剤）である。また、ｉｎ ｖｉｔｒｏでは、各種がん細胞株において、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の存在下でこれらの数値の増加を亢進させる物質は、抗がん剤の感受性を亢進する物質（抗がん剤感受性亢進剤）である。抗がん剤感受性亢進剤であれば、これらの数値の増加は腫瘍の縮小あるいは殺細胞効果よりも早く現れるため、より短時間の検討で当該物質が抗がん剤感受性亢進剤として有用であるかどうかを判定することができ、スクリーニングに伴う労力や費用の削減という面からも大きな効果が期待できる。

【0050】

かくして得られた抗がん剤感受性亢進剤と感受性亢進の対象となるイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩を併用すれば、当該抗がん剤の治療効果が飛躍的に向上する。本発明の組成物は、経口投与又は非経口投与のいずれも使用できるが、非経口投与が好ましい。投与に際しては、抗がん剤感受性亢進剤と感受性亢進の対象となる抗がん剤を含有する組成物を経口投与、直腸内投与、注射等の投与方法に適した固体又は液体の医薬用無毒性担体と混合して、慣用の医薬品製剤の形態で投与することができる。ここで、抗がん剤感受性亢進剤と感受性亢進の対象となる抗がん剤とを含有する組成物は、それらの成分の両方を含む一の組成物であってもよく、それぞれ別個の製剤の組み合せであってもよい。また、それらの成分はそれぞれ別の投与経路であってもよい。

【0051】

このような製剤としては、例えば、錠剤、顆粒剤、散在、カプセル剤等の固形剤、溶液剤、懸濁剤、乳剤等の液剤、凍結乾燥剤等が挙げられる。これらの製剤は製剤上の常套手段により調製することができる。上記の医薬用無毒性担体としては、例えば、澱粉、デキストリン、脂肪酸グリセリド、ポリエチレングリコール、ヒドロキシエチルデンプン、エチレングリコール、ポリオキシエチレンソルビタン脂肪酸エステル、アミノ酸、ゼラチン、アルブミン、水、生理食塩水等が挙げられる。また、必要に応じて、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、結合剤、等張化剤、賦形剤等の慣用の添加剤を適宜添加することもできる。

【0052】

なお、前式（１）〜（３）における第１項の数値や各遺伝子の係数は、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法による各遺伝子の発現量をもとにして決定されているが、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法による遺伝子発現量と、リアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法以外の別の方法による遺伝子発現量の測定値が一定の相関を有するものであれば、前式（１）〜（３）の第１項の数値や各遺伝子の係数にリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法とそれ以外の別の方法による測定値を調整する係数を追加して使用することもでき、当該式にリアルタイムＲＴ−ＰＣＲ法以外の別の方法による遺伝子発現量を代入すればよい。

【実施例】

【0053】

以下、実施例を挙げて本発明の内容をさらに詳細に説明するが、本発明はこれらにより何ら制約されるものではない。

【0054】

実施例１（がん細胞株を用いたＳＮ−３８の感受性に関わる遺伝子の特定）
１．ヒトがん細胞株、ヒト非腫瘍性培養細胞からのｔｏｔａｌ ＲＮＡの調製
２種のヒト白血病細胞株（骨髄性白血病細胞株Ｋ５６２及びその獲得性多剤耐性細胞株Ｋ５６２／ＤＯＸ）、９種の肺癌細胞株（小細胞肺癌細胞株ＰＣ−６、そのＳＮ−３８獲得耐性細胞株ＰＣ−６／ＳＮ２−５及びそのＣＰＴ−１１獲得耐性細胞株ＰＣ−６／ＤＱ２−２、肺腺癌細胞株ＰＣ−９及びそのＣＤＤＰ（シスプラチン）獲得耐性細胞株ＰＣ−９／ＣＤＤＰ、肺腺癌細胞株ＰＣ−１４及びそのＣＤＤＰ獲得耐性細胞株ＰＣ−１４／ＣＤＤＰ、肺扁平上皮細胞癌株ＬＣ−Ｓ、並びに肺腺癌細胞株Ａ５４９）、７種の消化器癌（大腸癌４株ＨＣＣ−４８、ＨＣＣ−５０、ＣＯＬＯ２０１、ＣＯＬＯ３２０ＤＭ、胃癌２株ＨＳＣ−４２，ＭＫＮ４５，食道癌１株ＨＥＣ−４６）、１種の口腔上皮類表皮癌細胞株（ＫＢ）からＲＮｅａｓｙ^TM Ｍｉｎｉ ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ社製）を用いて添付プロトコールに従いｔｏｔａｌ ＲＮＡを抽出し、−８０℃で保存した。
ｔｏｔａｌ ＲＮＡは２１００ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製）及びＲＮＡ ＬａｂＣｈｉｐ（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社製）を用いて、１８Ｓ及び２８Ｓ ｒＲＮＡのピークが鮮明で高品質であることを確認してからマイクロアレイ解析に供した。

【0055】

２．マイクロアレイを用いた網羅的遺伝子発現解析及びｒｅａｌ−ｔｉｍｅ ＲＴ−ＰＣＲ法による定量的遺伝子発現解析
２０，７８４クローンとポジティブコントロール及びネガティブコントロールを含むＲＩＫＥＮ ｈｕｍａｎ ２１Ｋアレイ及び１９，８８１クローンとポジティブコントロール及びネガティブコントロールを含むオリゴヌクレオチドマイクロアレイＣｏｄｅＬｉｎｋ^TM Ｕｎｉｓｅｔ Ｈｕｍａｎ ２０Ｋ Ｉ Ｂｉｏａｒｒａｙ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ社製）を使用して、上記１９種のヒト培養腫瘍細胞株の遺伝子発現プロファイルを分析した。ＲＩＫＥＮ ｈｕｍａｎ ２１Ｋアレイを構築するために使用した標的ＤＮＡは、ＲｅｓＧｅｎ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｃｏｒｐ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から購入したｃＤＮＡクローンのグリセロールストックであった。ｃＤＮＡマイクロアレイでは、ＣＯＬＯ２０１細胞を参照サンプルとして、サンプル細胞株のポリ（Ａ）ＲＮＡをそれぞれ、Ｃｙ５−ｄＣＴＰ及びＣｙ３−ｄＣＴＰを用いるランダムプライミングによる逆転写によって標識し、オリゴヌクレオチドマイクロアレイでは、すべての検体をＣｙ５で標識し一色法で評価した。ＲＩＫＥＮ ｈｕｍａｎ ２１Ｋアレイを用いた解析では、各スポットのｌｏｇ₂（Ｃｙ３／Ｃｙ５）を求め、これからアレイの全スポットシグナルｌｏｇ₂（Ｃｙ３／Ｃｙ５）の中央値を差し引き、それぞれの遺伝子の標準化した相対的発現量とした。オリゴヌクレオチドマイクロアレイを用いた解析では、上記で得られたシグナル強度データをＧｅｎｅＳｐｒｉｎｇ^TM ＧＸ（Ａｇｉｌｅｎｔ社製）マイクロアレイ遺伝子発現解析ソフトを用いてＮｏｒｍａｌｉｚａｔｉｏｎを行い解析した。すなわち、スポットシグナルから背景シグナルを差し引き、その値が０．０１未満は０．０１とし、アレイの全スポットシグナルの中央値で割った値をそれぞれの遺伝子の標準化した相対的発現量とした。また、ＴａｑＭａｎ^TM Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）、ＡＢＩ Ｐｒｉｓｍ ７９００ＨＴ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いて定量的に遺伝子発現量を評価した。

【0056】

３．イリノテカン、ＳＮ−３８に対する感受性評価
網羅的遺伝子発現解析を行った１９種のヒト培養腫瘍細胞株について、ＭＴＴ（ｍｅｔｈｙｌｔｈｉａｚｏｌ ｔｅｔｒａｚｏｌｉｕｍ ｂｒｏｍｉｄｅ）法を用いてイリノテカン及びＳＮ−３８に対する感受性評価を行った。すなわち、９６穴マイクロプレート（Ｎｕｎｃｌｏｎ；Ｎｕｎｃ，Ｒｏｓｋｉｌｄｅ，Ｄｅｎｍａｒｋ）の各穴に８０μＬの培養液（１０％胎仔血清加ＲＰＭＩ１６４０培養液）とともに４×１０³個の細胞を播種し、２４時間、３７℃、５％ＣＯ₂の条件下、インキュベーター内で培養、その後培養液（１０％胎仔血清加ＲＰＭＩ１６４０培養液）を入れ替え、さまざまな濃度のＳＮ−３８又はイリノテカンとともに３７℃、５％ＣＯ₂の条件下、インキュベーター内で培養した。７２時間培養後に培養液を取り出し、各穴に１００μＬのＰＢＳ（リン酸緩衝液）を加え、５分間１５００ｒｐｍで遠心し、上清を吸引除去した。各穴に１０μＬの０．４％ＭＴＴ試薬と１０μＬの０．１Ｍのコハク酸ナトリウムを加え、３７℃、５％ＣＯ₂の条件下で２時間培養、その後１５０μＬのＤＭＳＯを加え、十分にピペッティングした後、マイクロプレートリーダー（Ｍａｘｌｉｎｅ Ｍｉｃｒｏｐｌａｔｅ Ｒｅａｄｅｒ，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ，ＣＡ）にて５７０〜６５０ｎｍでの吸光度を測定した。薬剤処理群の各穴の吸光度から、培養液のみの吸光度の平均値を差し引いた値の平均値を求め、対照群（薬剤未処理群）の各穴の吸光度から、培養液のみの吸光度の平均値を差し引いた値の平均値で除し、これに１００を乗して増殖阻止率（％）を求め、片対数グラフに濃度別にプロットして増殖阻止曲線を作成、これより５０％細胞増殖阻止濃度（ＩＣ₅₀）を求め、感受性比較の指標とした（表１）。

【0057】

【表1】

【0058】

４．ＳＮ−３８の感受性に関わる遺伝子の特定
上記１９細胞株について、ｃＤＮＡ及びオリゴヌクレオチド両マイクロアレイにおいて、イリノテカン又はＳＮ−３８抗癌剤感受性との順位相関解析により相関した発現レベルを示す遺伝子をイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性に関わる遺伝子候補として抽出した。すなわち両マイクロアレイ解析にて得られた解析対象全遺伝子の相対的発現量と、ＭＴＴ法により求めたイリノテカン、ＳＮ−３８による５０％細胞増殖阻止濃度（ＩＣ₅₀）とに、順位を付け、両者いずれかに正負いずれかの相関性が認められる遺伝子をイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性に関わる遺伝子候補として抽出した。この際、ＲＩＫＥＮ ｈｕｍａｎ ２１Ｋ ａｒｒａｙ（２０，７８４プローブ）により求められた相対的発現量とＩＣ₅₀値の順位になんらかの相関性が示唆された遺伝子（Ｐ＜０．１）のうち、すでに腫瘍細胞のイリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の感受性に関わることが、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌｉｂｒａｒｙ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ’ｓ Ｐｕｂｍｅｄ（１９９６〜２００５年）に収載された８９７論文に異なった２施設以上からの報告として示され、しかもその感受性への関与が遺伝子導入実験やノックダウン実験などにより、機能的に証明されている遺伝子を公知感受性関連遺伝子候補として、また、過去の報告の有無にかかわらず、ＲＩＫＥＮ ｈｕｍａｎ ２１Ｋ ａｒｒａｙ及びＣｏｄｅＬｉｎｋ^TM ＵｎｉＳｅｔ Ｈｕｍａｎ ２０Ｋ Ｉ Ｂｉｏａｒｒａｙにより求められた相対的発現量と、イリノテカン、ＳＮ−３８によるＩＣ₅₀値の順位相関解析で両者ともに高い関連性（Ｐ＜０．０１）が示唆された遺伝子を新規感受性関連遺伝子候補として抽出した。これら各遺伝子に対し、１９細胞株における定量的遺伝子発現解析をＴａｑＭａｎ^TM Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を用いたｒｅａｌ−ｔｉｍｅ ＲＴ−ＰＣＲ法によって行い、その発現量とＩＣ₅₀値との関連性（直線回帰分析）に再現性（Ｐ＜０．０５）が認められた遺伝子を最終的に、公知５並びに新規７の計１２のイリノテカン、ＳＮ−３８感受性関連遺伝子として特定した（表２、表３）。特定された新規７遺伝子はいずれもイリノテカン、ＳＮ−３８に対する腫瘍細胞の感受性への関連に関し未だ報告のない遺伝子であった。

【0059】

【表2】

【0060】

【表3】

【0061】

５．抽出された公知並びに新規ＳＮ−３８感受性関連遺伝子を用いたｉｎ ｖｉｔｒｏ効果予測式の作成
上記で求められた遺伝子はいずれもその定量的発現量とＩＣ₅₀値との間に高い相関性が認められた遺伝子ではあるが、細胞の薬剤感受性機構は多因子の関与する複雑系であることが知られている。そこで、重回帰分析の手法を用い、特定された遺伝子群の定量的発現量を代入することで効果を予測する式を求め、その予測性を確認した。結果、公知５遺伝子の発現量（［ＡＢＣＧ２］，［ＣＹＰ３Ａ４］，［ＭＧＭＴ］，［ＰＯＲ］，［ＴＯＰ２Ａ］）を用いた予測式として、

【0062】

（数７）
ｌｎ［ＩＣ₅₀］＝８．５９４５＋０．０６２７ｌｎ［ＡＢＣＧ２］＋０．０２１９ｌｎ［ＣＹＰ３Ａ４］＋０．０２９９ｌｎ［ＭＧＭＴ］−０．５８４９ｌｎ［ＰＯＲ］＋０．８０９９ｌｎ［ＴＯＰ２Ａ］、・・・・・（４）

【0063】

新規７遺伝子の発現量（［ＡＭＤ１］、［ＣＴＳＣ］、［ＥＩＦ１ＡＸ］、［Ｃ１２ｏｒｆ３０］、［ＤＤＸ５４］、［ＰＴＰＮ２］、［ＴＢＸ３］）を用いた予測式として、（数８）
ｌｎ［ＩＣ₅₀］＝６．２１１８＋０．４９４２ｌｎ［ＡＭＤ１］−０．３８０１ｌｎ［ＣＴＳＣ］＋０．３７８２ｌｎ［ＥＩＦ１ＡＸ］−０．４９０３ｌｎ［Ｃ１２ｏｒｆ３０］＋１．１０１９ｌｎ［ＤＤＸ５４］−１．２０４２ｌｎ［ＰＴＰＮ２］−０．１９６７ｌｎ［ＴＢＸ３］・・・・・（５）

【0064】

が得られた。

【0065】

前者ではＲ＝０．７６７７，ＡＩＣＰＳ （Ａｋａｉｋｅ’ｓ ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ ｐｅｒ ｓａｍｐｌｅ）＝−１．０８６、後者ではＲ＝０．８４４２，ＡＩＣＰＳ＝−１．５２３とともに高い予測性が示唆された（図１）。

【0066】

実施例２（ＣＰＴ−１１単独投与によるヒト臨床試験による検討）
１．ＣＰＴ−１１単独投与によるヒト臨床試験
ヒト培養腫瘍細胞株で特定された公知、新規の遺伝子による、及びそれらの全発現量を用いた効果予測式によるＳＮ−３８の効果予測の可能性が示唆されたことから、これら遺伝子を用いた臨床効果予測の可能性を明らかにするための前向きゲノム薬理学的臨床研究を行った。対象は根治切除不能ステージＩＶ大腸癌薬物療法未治療例で、姑息的手術時に腫瘍検体の採取可能な症例とした。具体的な選択基準は、（１）組織学的に大腸がんの確定診断が得られている症例、（２）根治切除不能ステージＩＶ大腸癌術後症例、（３）測定可能病変（Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｉｎ Ｓｏｌｉｄ Ｔｕｍｏｒｓ，ＲＥＣＩＳＴ）を有する症例、（４）生理機能（骨髄、肝、腎、心など）が十分保持されている症例で、仮登録及び本登録前１週間以内の検査値が以下の基準を満たすこと。白血球数４，０００／μＬ以上１２，０００／μＬ以下、好中球数２，０００／μＬ以上、血小板数１００，０００／μＬ以上、ヘモグロビン量９．０ｇ／ｄｌ以上、血清ＡＳＴ・ＡＬＴ 施設正常値上限の２倍以下（但し、肝転移症例は３倍以下）、血清総ビリルビン１．５ｍｇ／ｄｌ以下、血清クレアチニン１．５ｍｇ／ｄｌ以下、クレアチニン・クリアランス５０ｍＬ／ｍｉｎ以上、ＢＵＮ ２５ｍｇ／ｄｌ以下、ＣＲＰ １ｍｇ／ｄｌ以下、Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ Ｓｔａｔｕｓ（Ｅａｓｔｅｒｎ Ｃｏｏｐｅｒａｔｉｖｅ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ Ｇｒｏｕｐ：ＥＣＯＧ）の分類が０〜２の症例、手術以外に前治療のない症例、手術から本登録までに２１日以上経過している症例、予想生存期間が３ヶ月以上期待される症例、重篤な併存疾患、活動性の重複がんのない症例、年齢２０歳以上７５歳未満の症例、遺伝子解析のための組織が手術時に得られている症例、試料提供を含む研究への参加について、患者本人から文書による同意が術前に得られている症例、とし、除外基準を、（１）重篤な合併症を有する症例、（２）感染症を合併している症例、（３）下痢（水様便）のある症例、（４）腸管麻痺、腸閉塞、亜腸閉塞のある症例（本登録前のみ）、（５）間質性肺炎又は肺線維症のある症例、（６）多量の腹水、胸水のある症例、（７）黄疸のある症例、（８）治療を要する程度の虚血性心疾患、不整脈などの心疾患を有する症例（高血圧に伴う左室肥大や軽度の左室負荷、軽度の右脚ブロックなどは登録可）、（９）６ヶ月以内に発症した心筋梗塞の既往を有する症例、（１０）肝硬変を合併している症例、（１１）繰り返し輸血を要する消化管新鮮出血を認める症例、（１２）向精神薬で治療中又は治療を要すると思われる精神障害を有する症例、（１３）コントロール困難な糖尿病を合併している症例、（１４）その他、重篤な術後合併症を有している症例、（１５）他の薬剤に対して重篤な過敏症の既往歴のある症例、（１６）妊娠中あるいは授乳中の女性、及び授子を希望する男女、（１７）肝炎ウイルス、ＨＩＶウイルス、梅毒の陽性例、とした。ＣＰＴ−１１は単独投与とし、術後２１日以上を経過して後、投与を開始し、投与開始日をｄａｙ １として、ＣＰＴ−１１週１回３週投与１週休薬を１コースとして投与を行なった。ＣＰＴ−１１の投与量は６０〜１００ｍｇ／ｍ²であった。計４４例が研究に参加し、全例で最良腫瘍縮小効果（％）、無増悪生存期間（日）、全生存期間（日）の評価が可能であった。特定した公知５、新規７のイリノテカン、ＳＮ−３８感受性関連遺伝子の定量的発現量解析はＴａｑＭａｎ^TM Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓを用いたＲｅａｌ−ｔｉｍｅ ＲＴ−ＰＣＲ法にて行い、ＲＮＡの抽出が不良であった１例を除く４３例で定量的発現量を確定した。

【0067】

２．効果予測式の作成と妥当性
確定した４３例における公知５、新規７の遺伝子発現量を用い、効果予測式の作成とその妥当性評価を行った（図２、図３、図４、図５、図６、図７）。最良腫瘍縮小効果（％）については、新病変の出現により進行（ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ ｄｉｓｅａｓｅ；ＰＤ）と判定された７例を除く３６例を効果予測対象とし、効果予測式の作成に２０例、作成された予測式の妥当性評価に１６例と対象を無作為に二分して検討した。同様に、無増悪生存期間（日）については、毒性による治療中止８例、患者拒否による治療変更４例、根治的切除術施行４例、完全奏効１例を除く２６例を対象とし、効果予測式の作成１６例、作成された予測式の妥当性評価１０例として検討した。全生存期間（日）については、生存者１５例を除く生存期間確定２８例を対象とし、効果予測式の作成１５例、作成された予測式の妥当性評価１３例として検討した。予測式の作成はｉｎ ｖｉｔｒｏと同様の手法を用いた。結果、公知５遺伝子の発現量（［ＡＢＣＧ２］，［ＣＹＰ３Ａ４］，［ＭＧＭＴ］，［ＰＯＲ］，［ＴＯＰ２Ａ］）を用いた予測式として、

【0068】

（数９）
最良腫瘍縮小効果（腫瘍径ベースライン比、％）＝９１．２８７＋１０．４７２［ＡＢＣＧ２］＋０．６５５１８［ＣＹＰ３Ａ４］−３．８０６５［ＭＧＭＴ］−２．１４８７［ＰＯＲ］＋１７．３５４［ＴＯＰ２Ａ］・・・・・（６）
Ｒ＝０．７３９３，ＡＩＣＰＳ＝５．１８８０２１

【0069】

（数１０）
無増悪生存期間（日）＝６９．５６８−５１．６１５［ＡＢＣＧ２］−３．１０４３［ＣＹＰ３Ａ４］＋１５．９８５［ＭＧＭＴ］＋１０７．９０［ＰＯＲ］−１８７．６３［ＴＯＰ２Ａ］・・・・・（７）
Ｒ＝０．８３８２，ＡＩＣＰＳ＝８．０７３５０６

【0070】

（数１１）
全生存期間（日）＝４２５．６７＋３６３．５２［ＡＢＣＧ２］−２．８７４９［ＣＹＰ３Ａ４］＋２０．７６５［ＭＧＭＴ］−４８１．６１［ＰＯＲ］＋３２１．７０［ＴＯＰ２Ａ］・・・・・（８）
Ｒ＝０．９２６７，ＡＩＣＰＳ＝９．１５５００１

【0071】

新規７遺伝子の発現量（［ＡＭＤ１］、［ＣＴＳＣ］、［ＥＩＦ１ＡＸ］、［Ｃ１２ｏｒｆ３０］、［ＤＤＸ５４］、［ＰＴＰＮ２］、［ＴＢＸ３］）を用いた予測式として、

【0072】

（数１２）
最良腫瘍縮小効果（腫瘍径ベースライン比、％）＝１３９．４９−１２．０８９［ＡＭＤ１］−８４．４７７［ＣＴＳＣ］−１２．７３７［ＥＩＦ１ＡＸ］＋８５．９００［Ｃ１２ｏｒｆ３０］−２９．１１９［ＤＤＸ５４］−６．８６３０［ＰＴＰＮ２］＋２０．３０３［ＴＢＸ３］・・・・・（１）
Ｒ＝０．９４２０，ＡＩＣＰＳ＝５．４６０９３８
（数１３）
無増悪生存期間（日）＝６８．０７６＋７８．２７７［ＡＭＤ１］−５７．３５８［ＣＴＳＣ］−１５．０１１［ＥＩＦ１ＡＸ］＋８．９７９８［Ｃ１２ｏｒｆ３０］＋７３．０７７［ＤＤＸ５４］−３８．９６１［ＰＴＰＮ２］−４３．３１３［ＴＢＸ３］・・・・・（２）
Ｒ＝０．７１０３，ＡＩＣＰＳ＝８．４１１９５８
（数１４）
全生存期間（日）＝５１２．７８−１９２．１１［ＡＭＤ１］−１２０．７８［ＣＴＳＣ］＋１３４．５３［ＥＩＦ１ＡＸ］−１１．８８３［Ｃ１２ｏｒｆ３０］＋１５７．２４［ＤＤＸ５４］＋３１．９６２［ＰＴＰＮ２］−３８６．５５［ＴＢＸ３］・・・・・（３）
Ｒ＝０．８４２６，ＡＩＣＰＳ＝１０．２０３８６

【0073】

を得た。

【0074】

上記予測式について、妥当性検証を行ったところ、公知５遺伝子の発現量を用いた予測式ではいずれの有効性（効果）のパラメターも予測できないことが明らかとなった［腫瘍縮小効果（腫瘍径ベースライン比、％），Ｐ＝０．２０７９、Ｒ＝−０．３４５０；無増悪生存期間（日），Ｐ＝０．４８０２、Ｒ＝０．２７１２、全生存期間（日），Ｐ＝０．４６３９、Ｒ＝−０．２３１６］。一方、これと異なり、新規７遺伝子の発現量を用いた予測式では、いずれの有効性（効果）のパラメターに関しても、特に腫瘍縮小効果（腫瘍径ベースライン比、％）、全生存期間（日）で、高い予測性を有することが明らかとなった［腫瘍縮小効果（腫瘍径ベースライン比、％），Ｐ＝０．００７、Ｒ＝０．６４９１；無増悪生存期間（日），Ｐ＝０．１１２４、Ｒ＝０．５３３３；全生存期間（日），Ｐ＝０．０１１４、Ｒ＝０．６７４９］。

【0075】

４．特定遺伝子単独による有効性（効果）の予測
特定された新規７遺伝子の発現量による効果予測式の有用性が示されたことから、特定された遺伝子単独の発現量のみでも効果が予測可能か否かについても検討した。解析には直線回帰分析を用いた。結果、公知５遺伝子、新規７遺伝子ともに、各々単独の発現量はいずれの有効性（効果）のパラメターとも関連性がなく、その予測は困難であることが明らかとなった。公知５遺伝子ＡＢＣＧ２、ＣＹＰ３Ａ４、ＭＧＭＴ、ＰＯＲ，ＴＯＰ２Ａの発現量と最良腫瘍縮小効果（％）、無増悪生存期間（日）、全生存期間（日）との関係は、表４のごとくであった。

【0076】

【表4】

【0077】

また、新規７遺伝子ＡＭＤ１、ＣＴＳＣ、ＥＩＦ１ＡＸ、Ｃ１２ｏｒｆ３０、ＤＤＸ５４、ＰＴＰＮ２、ＴＢＸ３の発現量と最良腫瘍縮小効果（％）、無増悪生存期間（日）、全生存期間（日）との関係は、表５のごとくであった。

【0078】

【表5】

【0079】

以上より、イリノテカン、ＳＮ−３８及び／又はその塩の治療有効性（効果）のパラメターである最良腫瘍縮小効果（％）、無増悪生存期間（日）、全生存期間（日）の予測には、ここで特定された新規７遺伝子の発現量を用いた上記式（１）〜（３）の予測式のみが有用であることが示された。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】