特許 6042334 疾患治療のための水素結合形成フルオロケトライド

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】6042334

(24)【登録日】2016年11月18日

(45)【発行日】2016年12月14日

(54)【発明の名称】疾患治療のための水素結合形成フルオロケトライド

(51)【国際特許分類】

   C07H 17/08 20060101AFI20161206BHJP

   A61K 31/7048 20060101ALI20161206BHJP

   A61P 31/04 20060101ALI20161206BHJP

   A61P 33/02 20060101ALI20161206BHJP

【ＦＩ】

   C07H17/08 BCSP

   A61K31/7048

   A61P31/04

   A61P33/02

   A61P31/04 171

   A61P33/02 171

【請求項の数】11

【全頁数】34

(21)【出願番号】特願2013-528344(P2013-528344)

(86)(22)【出願日】2011年9月9日

(65)【公表番号】特表2013-537198(P2013-537198A)

(43)【公表日】2013年9月30日

(86)【国際出願番号】US2011051064

(87)【国際公開番号】WO2012034058

(87)【国際公開日】20120315

【審査請求日】2014年9月9日

(31)【優先権主張番号】61/381,794

(32)【優先日】2010年9月10日

(33)【優先権主張国】US

【前置審査】

(73)【特許権者】

【識別番号】511100970

【氏名又は名称】センプラ ファーマシューティカルズ，インコーポレイテッド

(74)【代理人】

【識別番号】100114775

【弁理士】

【氏名又は名称】高岡 亮一

(72)【発明者】

【氏名】ペレイラ，デービッド，イー．

【審査官】 三木 寛

(56)【参考文献】

【文献】 国際公開第２０１０／０４８５９９（ＷＯ，Ａ１）

【文献】 国際公開第２０１０／０４８６００（ＷＯ，Ａ１）

【文献】 国際公開第２０１０／０４８６０１（ＷＯ，Ａ１）

【文献】 国際公開第２００４／０８０３９１（ＷＯ，Ａ１）

【文献】 国際公開第２００５／０７４９４５（ＷＯ，Ａ１）

【文献】 特開２０００−２２９９９３（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特開平０８−０５３４８９（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特開平０６−２２００８２（ＪＰ，Ａ）

【文献】 Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters，１９９９年，Vol.9(21)，p.3075-3080

(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）

Ｃ０７Ｈ １７／０８

Ａ６１Ｋ ３１／７０４８

ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

式Ｉ、
Ａ−Ｌ−Ｑ （Ｉ）
の化合物または薬学的に許容可能なその塩であって、
式中：
Ａは、インドリルであり；
Ｌは、以下の式により示される置換基であり、

【化1】

式中、Ｚは−（ＣＨ_２）_ｍ−であって、ｍは１、２、３又は４であり、且つ、１つ以上のメチレンのユニットは１つ又は２つのメチル基を有することができ；
Ｑは、以下の式により示される置換基であり、

【化2】

Ｌは、Ｑの１１−Ｎに結合し；
Ｒ^２は、ＨまたはＦであり；かつ
Ｒ^６は、Ｈまたは（１〜６Ｃ）アルキルである、
化合物または薬学的に許容可能なその塩。

【請求項2】

Ａが、１−インドリル以外のインドリルである請求項１に記載の化合物または塩。

【請求項3】

Ａが、インドール‐３-イルである請求項１に記載の化合物または塩。

【請求項4】

Ｒ^２が、Ｆである請求項１〜３のいずれか１項に記載の化合物または塩。

【請求項5】

Ｒ^６が、メチルである請求項１〜３のいずれか１項に記載の化合物または塩。

【請求項6】

Ｚが（ＣＨ_２）_４である請求項５に記載の化合物または塩。

【請求項7】

以下の式の請求項１の化合物またはその薬学的に許容可能な塩。

【化3】

【請求項8】

以下の式の請求項１の化合物またはその薬学的に許容可能な塩。

【化4】

【請求項9】

請求項１〜８のいずれか１項に記載の化合物または塩を含み、少なくとも１つの薬学的に許容可能なキャリアーまたは賦形剤をさらに含む医薬組成物。

【請求項10】

請求項１〜８のいずれか１項に記載の治療有効量の化合物または塩を含み、任意にさらに少なくとも１つの薬学的に許容可能なキャリアーまたは賦形剤を含む、細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症を含む傷害の治療のための医薬組成物。

【請求項11】

細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症を含む傷害の治療に使用する医薬の製造のための、請求項１〜８のいずれか１項に記載の化合物または塩の使用。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
本出願は、３５Ｕ．Ｓ．Ｃ．§１１９（ｅ）に基づき、２０１０年９月１０日出願の米国仮出願第６１／３８１，７９４の利益を主張する。本特許は、参照によって本明細書に組み込まれる。

【0002】

技術分野
本明細書記載の発明は、以下で定義する式（Ｉ）の新規マクロライド抗菌剤、ならびにその薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、および水和物に関する。特に、この新規マクロライド抗菌剤は、耐性種を含む多くの細菌種に対して活性である。

【背景技術】

【0003】

１つまたは複数のデオキシ糖（通常、クラジノースおよびデソサミン）が結合している大きなラクトン環を特徴とするマクロライド抗生物質は、好気性および嫌気性グラム陽性球菌に対して活性な抗菌剤であり、気道および軟部組織感染症の治療用に処方される。天然物のポリケチドクラスに属するマクロライドは、細菌リボソームの５０Ｓサブユニットの２３Ｓ ｒＲＮＡ成分に可逆的に結合し、タンパク質合成を遮断し、細菌増殖および生殖を阻止することにより、機能する。マクロライド抗生物質は、リボソーム大サブユニットに結合し、出口トンネル中の新生ペプチドの通路を塞ぐことによりタンパク質合成を阻止する（Ｇａｙｎｏｒ、Ｍ．、ａｎｄ Ａ．Ｓ．Ｍａｎｋｉｎ．２００３．マクロライド抗生物質：結合部位、作用機序、耐性（Ｍａｃｒｏｌｉｄｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ：ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ、ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ、ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）．Ｃｕｒｒ．Ｔｏｐ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３：９４９−９６１）。原型マクロライドのエリスロマイシンＡの化学構造は、３−Ｏ−クラジノースおよび５−Ｏ−デソサミン糖残基で置換された１４−原子ラクトン環により表される。次の世代のマクロライドは、ラクトンの構造（例えば、アジスロマイシン）、ならびに側鎖の結合の数、組成、部位が異なる（Ｆｒａｎｃｅｓｃｈｉ、Ｆ．、Ｚ．Ｋａｎｙｏ、Ｅ．Ｃ．Ｓｈｅｒｅｒ、ａｎｄ Ｊ．Ｓｕｔｃｌｉｆｆｅ．２００４．リボソームの観点からのマクロライド耐性（Ｍａｃｒｏｌｉｄｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｆｒｏｍ ｔｈｅ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｐｅｒｓｐｅｃｔｉｖｅ）．Ｃｕｒｒ．Ｄｒｕｇ Ｔａｒｇｅｔｓ Ｉｎｆｅｃｔ．Ｄｉｓｏｒｄ．４：１７７−１９１；Ｓｕｔｃｌｉｆｆｅ、Ｊ．Ａ．２００５．自然への挑戦：リボソームを標的とする抗生物質（Ｉｍｐｒｏｖｉｎｇ ｏｎ ｎａｔｕｒｅ：ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ｔｈａｔ ｔａｒｇｅｔ ｔｈｅ ｒｉｂｏｓｏｍｅ）．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．８：５３４−５４２）。

【0004】

リボソームへのマクロライドの結合部位には、２３Ｓ ｒＲＮＡ残基Ａ２０５８、Ａ２０５９、Ａ２０６２、Ａ２５０３、Ｇ２５０５、およびＣ２６１１［またはＵ２６１１］が含まれる（これ以降、大腸菌ナンバリングを使用する：Ｔｕ、Ｄ．、Ｇ．Ｂｌａｈａ、Ｐ．Ｂ．Ｍｏｏｒｅ、ａｎｄ Ｔ．Ａ．Ｓｔｅｉｔｚ．２００５． 変異リボソーム大サブユニットに結合したＭＬＳＢＫ抗生物質の構造が耐性に関する構造の説明を提供する（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆ ＭＬＳＢＫ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ｂｏｕｎｄ ｔｏ ｍｕｔａｔｅｄ ｌａｒｇｅ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｕｂｕｎｉｔｓ ｐｒｏｖｉｄｅ ａ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）．Ｃｅｌｌ １２１：２５７−２７０、を参照）。本明細書では、他の生物のリボソームの対応する核酸残基は、大腸菌核酸への参照により記載されるものとする。マクロライド抗生物質に対する耐性の１つの機序は、ｅｒｍ 遺伝子にコードされたメチルトランスフェラーゼによるＡ２０５８のジメチル化に基づいている（Ｗｅｉｓｂｌｕｍ、Ｂ．１９９５．リボソーム修飾によるエリスロマイシン耐性（Ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｂｙ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．３９：５７７−５８５）。Ａ２０５８のＥｒｍ触媒ジメチル化により、薬剤との立体衝突（ｓｔｅｒｉｃ ｃｌａｓｈ）が起こり、リボソームに対するエリスロマイシンの親和性を低減させる。いくつかの他の抗生物質耐性遺伝子と同様に、ｅｒｍ 遺伝子は、エリスロマイシンおよび類似の薬剤により誘導されることが多い。耐性を抑えるように検討している中で、ケトライドとして知られる新型マクロライドが開発された（Ｂｒｙｓｋｉｅｒ、Ａ．２０００．ケトライド−テリスロマイシン、新型抗菌剤の一例（Ｋｅｔｏｌｉｄｅｓ−ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ、ａｎ ｅｘａｍｐｌｅ ｏｆ ａ ｎｅｗ ｃｌａｓｓ ｏｆ ａｎｔｉｂａｃｔｅｒｉａｌ ａｇｅｎｔｓ）．Ｃｌｉｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｉｎｆｅｃｔ．６：６６１−６６９）。ケトライドは、誘導型ｅｒｍ 遺伝子を有する株に対する改善された活性を示し、前世代のマクロライドに比べて、リボソームに対しより緊密な結合を示すと考えられている（Ｐｏｅｈｌｓｇａａｒｄ、Ｊ．、ａｎｄ Ｓ．Ｄｏｕｔｈｗａｉｔｅ．２００３．細菌リボソームに対するマクロライド抗生物質の相互作用および耐性（Ｍａｃｒｏｌｉｄｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ａｎｄ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｏｎ ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｒｉｂｏｓｏｍｅ）．Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｉｎｖｅｓｔｉｇ．Ｄｒｕｇｓ４：１４０−１４８；Ｐｏｅｈｌｓｇａａｒｄ、Ｊ．、Ｐ．Ｐｆｉｓｔｅｒ、Ｅ．Ｃ．Ｂｏｔｔｇｅｒ、ａｎｄ Ｓ．Ｄｏｕｔｈｗａｉｔｅ．２００５．ｒＲＮＡ変異がクリンダマイシンに耐性を付与する分子機序（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ ｂｙ ｗｈｉｃｈ ｒＲＮＡ ｍｕｔａｔｉｏｎｓ ｃｏｎｆｅｒ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｔｏ ｃｌｉｎｄａｍｙｃｉｎ）．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．４９：１５５３−１５５５）。ケトライドでは、３−Ｏ−クラジノースがケト機能により置換されており（このため、この種類の名前がケトライドと命名される）；環状カルバマートは、Ｃ１１−Ｃ１２位置で縮合しており；さらに、伸長側鎖、例えば、置換されてもよいアリールまたはヘテロアリール基を有するアルキル側鎖が、カルバマートのＣ１１−Ｎ原子（１１−Ｎ）に結合している（例えば、ケトライドテリスロマイシンのように）か、またはラクトン環の別の位置、例えば、６−Ｏ−位置（例えば、セスロマイシンのように）に結合している。初期の生化学的および遺伝的調査は、ケトライドの伸長側鎖が、これらの薬剤の高められた有効性を説明できる可能性のあるリボソームとの重要な新規相互作用を形成することを示した。特に、化学プロービングおよび耐性変異は、テリスロマイシンの１１−Ｎ−側鎖と大腸菌２３Ｓ ｒＲＮＡのヘリックス３５のループ中のｒＲＮＡ残基およびＵ２６０９との相互作用を示唆した（Ｇａｒｚａ−Ｒａｍｏｓ、Ｇ．、Ｌ．Ｘｉｏｎｇ、Ｐ．Ｚｈｏｎｇ、ａｎｄ Ａ．Ｍａｎｋｉｎ．２００２．マクロライド抗生物質のリボソーム上の結合部位：新規耐性変異がケトライドとｒＲＮＡの特異的相互作用を特定する（Ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｏｆ ｍａｃｒｏｌｉｄｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ｏｎ ｔｈｅ ｒｉｂｏｓｏｍｅ：ｎｅｗ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｓ ａ ｓｐｅｃｉｆｉｃ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｋｅｔｏｌｉｄｅｓ ｗｉｔｈ ｒＲＮＡ）．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８３：６８９８−６９０７；Ｈａｎｓｅｎ、Ｌ．Ｈ．、Ｐ．Ｍａｕｖａｉｓ、ａｎｄ Ｓ．Ｄｏｕｔｈｗａｉｔｅ．１９９９．マクロライド−ケトライド抗生物質結合部位は、２３ＳリボソームＲＮＡのドメインＩＩおよびＶの構造により形成される（Ｔｈｅ ｍａｃｒｏｌｉｄｅ−ｋｅｔｏｌｉｄｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｉｓ ｆｏｒｍｅｄ ｂｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｉｎ ｄｏｍａｉｎｓ ＩＩ ａｎｄ Ｖ ｏｆ ２３Ｓ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ）．Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３１：６２３−６３２；Ｘｉｏｎｇ、Ｌ．、Ｓ．Ｓｈａｈ、Ｐ．Ｍａｕｖａｉｓ、ａｎｄ Ａ．Ｓ．Ｍａｎｋｉｎ．１９９９．２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＩＩのケトライド耐性変異は、ヘアピン３５のペプチジルトランスフェラーゼの中心への近接を顕わにする（Ａｋｅｔｏｌｉｄｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｍｕｔａｔｉｏｎ ｉｎ ｄｏｍａｉｎ ＩＩ ｏｆ ２３Ｓ ｒＲＮＡ ｒｅｖｅａｌｓ ｐｒｏｘｉｍｉｔｙ ｏｆ ｈａｉｒｐｉｎ ３５ ｔｏ ｔｈｅ ｐｅｐｔｉｄｙｌ ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ｃｅｎｔｒｅ）．Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３１：６３３−６３９４６）。しかし、その後、細菌（デイノコックス・ラジオデュランス）または古細菌（ハロアーキュラ・マリスモルツイ）リボソームに結合した、最初に臨床承認されたケトライドテリスロマイシンの結晶学的調査では、ｒＲＮＡ保護および大腸菌リボソームで観察された変位とは相容れないと思われる位置への１１Ｎ−側鎖の配置を示した（Ｂｅｒｉｓｉｏ、Ｒ．、Ｊ．Ｈａｒｍｓ、Ｆ．Ｓｃｈｌｕｅｎｚｅｎ、Ｒ．Ｚａｒｉｖａｃｈ、Ｈ．Ａ．Ｈａｎｓｅｎ、Ｐ．Ｆｕｃｉｎｉ、ａｎｄ Ａ．Ｙｏｎａｔｈ．２００３．耐性変異体に対するテリスロマイシンの抗菌性への構造的な洞察（Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ａｇａｉｎｓｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｍｕｔａｎｔｓ）．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８５：４２７６−４２７９；４１）。さらに、１１−Ｎ−側鎖の配向は、報告されているＤ． ラジオデュランスおよびＨ． マリスモルツイの構造の間で大きな差異があり、従って、テリスロマイシンが、ケトライド抗生物質に標的にされているグラム陽性病原菌等の細菌のリボソームに対し、どのようにして結合するのかという点に関し、未解決のままである。

【0005】

２００１年に医療に導入された最初のケトライドのテリスロマイシンは、多くのグラム陽性病原体株に対し優れた作用を示したが、この薬剤のさらに広範な使用に際し明らかになった安全性の問題は、臨床用途を制限している（概説；Ｒａｆｉｅ、Ｓ．、Ｃ．ＭａｃＤｏｕｇａｌｌ、ａｎｄ Ｃ．Ｌ．Ｊａｍｅｓ．２０１０．セスロマイシン：呼吸器感染症用の有望な新規ケトライド抗生物質（Ｃｅｔｈｒｏｍｙｃｉｎ：ａ ｐｒｏｍｉｓｉｎｇ ｎｅｗ ｋｅｔｏｌｉｄｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ｆｏｒ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ）．Ｐｈａｒｍａｃｏｔｈｅｒａｐｙ ３０：２９０−３０３）。テリスロマイシンに関連した有害作用がさらに新しいケトライドの探索に拍車をかけた。このクラスの有望なの新規薬剤の１つが、フルオロケトライドＣＥＭ−１０１であり、国際公開第２００４／０８０３９１、および対応する米国特許公開第ＵＳ ２００６／０１００１６４の実施例７で開示されており、ＯＰ−１０６８として識別されている。ＣＥＭ−１０１の構造は、ラクトンのＣ２の位置のフッ素原子の存在および１１−Ｎ側鎖の異なる芳香族基（ＣＥＭ−１０１では、４−［４−（３−アミノフェニル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル基）以外は、テリスロマイシンの構造に類似である。さらなるフルオロケトライドは、Ｃ．−Ｈ．Ｌｉａｎｇ ｅｔ ａｌ．、Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．１５（２００５）１３０７−１３１０、で報告されている。

【0006】

いくつかの臨床的病原体を含む微生物学的試験では、ＣＥＭ−１０１は、テリスロマイシンに比べて、より低い最小阻止濃度（ＭＩＣ）値を特徴とし、テリスロマイシン中間体およびテリスロマイシン耐性生物を含む耐性生物に対し強化された活性を示す（ＭｃＧｈｅｅ、Ｐ．、Ｃ．Ｃｌａｒｋ、Ｋ．Ｍ．Ｋｏｓｏｗｓｋａ−Ｓｈｉｃｋ、Ｋ．Ｎａｇａｉ、Ｂ．Ｄｅｗａｓｓｅ、Ｌ．Ｂｅａｃｈｅｌ、ａｎｄ Ｐ．Ｃ．Ａｐｐｅｌｂａｕｍ．２０１０．明確なマクロライド耐性機序を有する肺炎連鎖球菌および化膿性連鎖球菌に対するＣＥＭ−１０１のインビトロ活性（Ｉｎ ｖｉｔｒｏ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ＣＥＭ−１０１ ａｇａｉｎｓｔ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ａｎｄ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｙｏｇｅｎｅｓ ｗｉｔｈ ｄｅｆｉｎｅｄ ｍａｃｒｏｌｉｄｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ）．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ．Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．５４：２３０−２３８）。さらに、テリスロマイシンおよびクラジノース含有マクロライドとの比較では、ＣＥＭ−１０１は、マクロファージ中の蓄積の有意な増加が認められる。

【0007】

テリスロマイシンおよび他のマクロライドに比べた、ＣＥＭ−１０１の結合相互作用の分析により、ケトライドは、病原菌および他のテリスロマイシン等のケトライドに耐性の株を含む耐性細菌株に対して、高い活性を念頭に置いて設計できることが明らかになった。

【発明の概要】

【0008】

本発明の一例示的実施形態では、式（Ｉ）
Ａ−Ｌ−Ｑ （Ｉ）
の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、式中：
Ａは、１つまたは複数のＡ７５２、Ｇ７４８、およびＧ７４８と１つまたは複数の水素結合相互作用を形成できる成分であり；
Ｌは、アミノ、Ｏ、およびＳ、ならびにアルキレン、ヘテロアルキレン、シクロアルキレン、ヘテロシクロアルキレン、アルケニレン、ヘテロアルケニレン、シクロアルケニレン、ヘテロシクロアルケニレン、アリーレン、ならびにヘテロアリーレン、からなる群より選択される１つまたは複数の２価ラジカルから構成される連結鎖であり、これらの内のそれぞれは任意に置換してもよく、但し、ＬがＯ−ＯまたはＯ−Ｓを含まず；さらに
Ｑは、細菌リボソーム出口トンネルの上部の主要マクロライド部位で結合可能な３−ケト−または２−フルオロ−３−ケト大環状ラクトンである。

【0009】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物のＱが式

【化1】

（Ｑ）
で表され、ここで、Ｌは、Ｑの１１−Ｎに結合し；
Ｒ２は、ＨまたはＦであり；
Ｒ５は、アミノ糖類残基であり；さらに
Ｒ６は、Ｈまたは（１〜６Ｃ）アルキルであり；
Ａ−Ｌ−は、Ｑの１１−Ｎに結合した４−［４−（３−アミノフェニル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチルまたは４−［４−（６−アミノピリジン−２−イル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、以外である。

【0010】

別の実施形態では、式（Ｉ）化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、（ａ）Ａは、１つまたは複数のＡ７５２のＯ４′（ドナーとして）、Ｇ７４８のＯ６（ドナーとして）、およびＧ７４８のＮ１（アクセプターとして）との１つまたは複数の水素結合相互作用を形成できる成分である。別の実施形態では、（ｂ）Ｑの３−ケト基は、Ｕ２６０９との水素結合相互作用を形成することができる。別の実施形態では、（ｃ）Ｑのアミノ糖類は、Ａ２０５９との水素結合相互作用を形成できる。別の実施形態では、（ｄ）Ｑのアミノ糖類は、Ｇ２５０５との水素結合相互作用を形成できる。別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、この化合物は、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）の任意の組み合わせを示す。

【0011】

Ａの水素結合形成能力は、いずれかの従来の方法を使って判定できることは理解されよう。例えば、Ａの水素結合形成能力は、大腸菌２３Ｓリボソーム部位での化合物のコンピュータを使ったモデル化により；または大腸菌２３Ｓリボソーム部位での化合物の共結晶化により判定できる。

【0012】

さらに、Ｑの３−ケト基の水素結合形成能力は、いずれかの従来の方法を使って判定できることも理解されよう。例えば、別の実施形態では、例えば、ＲＮＡフットプリント法において、化合物は、ＣＭＣＴによる修飾からＵ２６０９を保護し、例えば、テリスロマイシンよりも大きな程度で修飾に対し保護する。

【0013】

さらに、Ｑのアミノ糖類の水素結合形成能力は、いずれかの従来の方法を使って判定できることも理解されよう。例えば、ＲＮＡフットプリント法において、化合物は、ケトキサールによる修飾からＧ２５０５を保護し、例えば、エリスロマイシン、クラリスロマイシン、アジスロマイシン、および／またはテリスロマイシンよりも大きな程度で修飾に対し保護する。別の実施形態では、化合物は、例えば、ＲＮＡフットプリント法において、ＤＭＳによるＡ２０５９のメチル化を遮断し、例えば、エリスロマイシン、クラリスロマイシン、アジスロマイシン、および／またはテリスロマイシンよりも大きな程度でメチル化を遮断する。

【0014】

本明細書記載のいずれかの実施形態の代わりに、細菌は、耐性株であってもよい。耐性株の例には、限定されないが、エリスロマイシン耐性株、クラリスロマイシン耐性株、アジスロマイシン耐性株、テリスロマイシン耐性株、ｍｅｆＡ耐性株、およびｅｒｍＢ耐性株が含まれる。

【発明を実施するための形態】

【0015】

発明の詳細な説明
本発明の実施形態には、下記の列挙文節により記載されるものが含まれる：
１Ａ． 式Ｉの化合物、
Ａ−Ｌ−Ｑ （Ｉ）
または薬学的に許容可能なその塩、
式中：
Ａは、水素結合形成基；
Ｌは、任意に置換してもよいメチレン、Ｏ、Ｓ、任意に置換してもよいＮＨ、スルホニル、ビニレン、からなる群より選択される１つまたは複数のユニットならびに二価の単環式および二環式炭素環および芳香環、ならびに単環式および二環式ヘテロ環およびヘテロ芳香環からなる群より選択される環状ユニットを含む二価の結合基であり、単環式および二環式ヘテロ環およびヘテロ芳香環が、酸素、硫黄および窒素からそれぞれ独立に選択される１〜４ヘテロ原子を含み、環状ユニットが、任意に置換してもよい５〜１０環原子を含み；但し、Ｌは、−Ｏ−Ｏ−または−Ｏ−Ｓ−を含まず；
Ｑは、

【化2】

（Ｑ）
であり、ここで、Ｌは、Ｑの１１−Ｎに結合し；
Ｒ２は、ＨまたはＦであり；
Ｒ５は、アミノ糖類残基であり；さらに
Ｒ６は、Ｈまたは（１〜６Ｃ）アルキルであり；さらに
（ａ）Ａは、Ａ７５２のＯ４′への水素結合供与、Ｇ７４８のＯ６への水素結合供与、およびＧ７４８のＮ１からの水素結合受容からなる群より選択される細菌リボソーム中の水素結合相互作用を形成でき；または
（ｂ）Ｑの３−ケト基は、Ｕ２６０９との水素結合相互作用を形成でき；または
（ｃ）Ｑのアミノ糖類は、Ａ２０５９との水素結合相互作用を形成でき；または
（ｄ）Ｑのアミノ糖類は、Ｇ２５０５との水素結合相互作用を形成でき；または
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）のいずれかの組み合わせであり；さらに
Ａ−Ｌ−は、４−［４−（３−アミノフェニル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチルまたは４−［４−（６−アミノピリジン−２−イル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、以外である。

【0016】

１Ｂ． 式Ｉ、
Ａ−Ｌ−Ｑ （Ｉ）
の化合物、または薬学的に許容可能なその塩であり、
式中、
Ａ． 化合物が、大腸菌２３Ｓリボソーム部位中でモデル化される場合、または
Ｂ． 化合物が、大腸菌２３Ｓリボソーム部位中で共結晶化される場合、
Ａは、Ａ７５２のＯ４′への水素結合供与、Ｇ７４８のＯ６への水素結合供与、およびＧ７４８のＮ１からの水素受容からなる群の内の１つまたは複数の水素結合相互作用の形成ができる成分であり；または
Ｃ． 黄色ブドウ球菌Ｎ３１５リボソームのＲＮＡフットプリント法において、化合物が、テリスロマイシンよりも大きな程度でＣＭＣＴによる修飾からＵ２６０９を保護する、または
Ｄ． 黄色ブドウ球菌Ｎ３１５リボソームのＲＮＡフットプリント法において、化合物が、テリスロマイシンよりも大きな程度でＤＭＳを使ったＡ２０５９のメチル化を遮断する、または
Ｅ． 黄色ブドウ球菌Ｎ３１５リボソームのＲＮＡフットプリント法において、化合物が、テリスロマイシンよりも大きな程度でケトキサールを使った修飾からＧ２５０５を保護する、または
Ａ、Ｂ、Ｃ、ＤおよびＥのいずれかの組み合わせであり；
Ｌは、任意に置換してもよいメチレン、Ｏ、Ｓ、任意に置換してもよいＮＨ、ビニレンからなる群より選択される１つまたは複数のユニット、および二価の単環式もしくは二環式炭素環もしくは芳香環またはＯ、ＳおよびＮから選択される１〜４ヘテロ原子を含む単環式もしくは二環式ヘテロ環もしくはヘテロ芳香環を含む連結鎖であり、環は、５〜１０環原子を含み、１つまたは複数の置換基を含んでもよく、但し、Ｌは、−Ｏ−Ｏ−または−Ｏ−Ｓ−成分を含まず；
Ｑは、

【化3】

（Ｑ）
であり、ここで、Ｌは、Ｑの１１−Ｎに結合し；
Ｒ２は、ＨまたはＦであり；
Ｒ５は、アミノ糖類残基であり；さらに
Ｒ６は、Ｈまたは（１〜６Ｃ）アルキルであり；さらに
Ａ−Ｌ−は、Ｑの１１−Ｎに結合した４−［４−（３−アミノフェニル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチルまたは４−［４−（６−アミノピリジン−２−イル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、以外である。

【0017】

２． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、Ａが、Ａ７５２のＯ４′への水素結合供与、Ｇ７４８のＯ６への水素結合供与、およびＧ７４８のＮ１からの水素結合受容からなる群より選択される水素結合相互作用を形成できる化合物。
３． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、Ａが、Ａ７５２のＯ４′への水素結合供与、およびＧ７４８のＯ６への水素結合供与からなる群より選択される水素結合相互作用を形成できる化合物。
４． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、（ａ）Ａが、Ａ７５２のＯ４′への水素結合供与、Ｇ７４８のＯ６への水素結合供与、およびＧ７４８のＮ１からの水素結合受容からなる群より選択される水素結合相互作用を形成でき；および
（ｂ）Ｑの３−ケト基が、Ｕ２６０９との水素結合相互作用を形成でき；および
（ｃ）Ｑのアミノ糖類が、Ａ２０５９との水素結合相互作用を形成でき；および
（ｄ）Ｑのアミノ糖類が、Ｇ２５０５との水素結合相互作用を形成できる化合物。
５． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、少なくとも約９原子の鎖によりＱの１１−Ｎに連結され、その鎖は、任意選択で、１つまたは複数の環状基中に含まれていてもよい化合物。
６． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、少なくとも約１０原子の鎖によりＱの１１−Ｎに連結され、その鎖は、任意選択で、１つまたは複数の環状基中に含まれていてもよい化合物。
７． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、約１０原子または約１１原子の鎖によりＱの１１−Ｎに連結され、その鎖は、任意選択で、１つまたは複数の環状基中に含まれていてもよい化合物。
８． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、約１０原子の鎖によりＱの１１−Ｎに連結され、その鎖は、任意選択で、１つまたは複数の環状基中に含まれていてもよい化合物。
９． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、窒素または酸素である化合物または塩。
１０． 文節９の化合物または塩であって、Ａがヘテロ環を含み、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、ヘテロ環の原子である化合物または塩。
１１． 文節１０の化合物または塩であって、Ｏ、ＳおよびＮから選択される１〜４ヘテロ原子を含むヘテロ環が単環式または二環式ヘテロ芳香環であり、その環が１つまたは複数の置換基を有してもよい化合物または塩。
１２． 文節９の化合物または塩であって、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、アミノまたはヒドロキシ基の一部である化合物または塩。
１３． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、水素結合供与または受容に関与するＡの原子が、モデルのＡ７５２のＯ４′、Ｇ７４８のＯ６、およびＧ７４８のＮ１の内の少なくとも１つの原子の５〜０．５Å以内にある化合物または塩。
１４． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ｒ２が Ｆである化合物または塩。
１５． 文節１４の化合物または塩であって、２−フルオロ基が、モデルのＣ２６１１のグリコシド結合（原子Ｎ１）の５〜０．５Åにある化合物または塩。
１６． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ｒ５がデソサミニルである化合物または塩。
１７． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ｒ６がメチルである化合物または塩。
１８． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ｒ１１がＨである化合物または塩。
１９． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ｌが、−Ｘａ−Ｙｂ−Ｚｃ−であり、式中Ｘ、ＹおよびＺが二価の成分であり；
それぞれ、ａ、ｂおよびｃは、独立に、０または１であり、但し、ａ、ｂおよびｃの少なくとも１つが１であり；
Ｘが、ＣＨ２ＲａＲｂ、Ｏ、ＳまたはＮＲｃであり；
Ｙが、Ｏ、ＳおよびＮから選択される１〜４ヘテロ原子を含む単環式もしくは二環式芳香環または単環式もしくは二環式ヘテロ芳香環であり、その環が１つまたは複数の置換基を有してもよく；
Ｚが、−（ＣＨ２）ｍ−であり、式中、ｍが１、２、３または４であり、１つまたは複数のメチレンユニットが１つまたは２つのメチル基を有してもよく、さらにメチレンユニットがＯ、ＳまたはＮＲｄで置換されてもよく；さらに
それぞれＲａ、Ｒｂ、ＲｃおよびＲｄが、独立にＨまたはＣＨ３である化合物または塩。
２０． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ａが、１−インドリル以外のインドリルである化合物または塩。
２１． 文節２０の化合物または塩であって、Ａが３−インドリルである化合物または塩。
２２． 前出の文節１Ａ〜１９のいずれかの化合物または塩であって、Ａが３−アミノフェニルである化合物または塩。
２３． 前出の文節１Ａ〜１９のいずれかの化合物または塩であって、前出の文節１Ａ−１９のいずれかの化合物または塩であって、Ａが６−アミノピリジン−２−イルである化合物または塩。
２４． 前出の文節１Ａ〜１９のいずれかの化合物または塩であって、Ａが３−ヒドロキシフェニルである化合物または塩。
２５． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、ａが０である化合物または塩。
２６． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、ａが１である化合物または塩。
２７． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、ＸがＣＨ２である化合物または塩。
２８． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、ＸがＯである化合物または塩。
２９． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、ｂが１である化合物または塩。
３０． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ｙがメタフェニレンである化合物または塩。
３１． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ｙが二価の５員ヘテロ芳香環残基であり、そこでの結合が１、３−（または等価位置）関係にある化合物または塩。
３２． 文節３１の化合物または塩であって、Ｙが、どちらかの向きの［１、２、３］トリアゾール−１、４−ジイルである化合物または塩。
３３． 文節３２の化合物または塩であって、Ｙが［１、２、３］トリアゾール−１、４−ジイルであり、Ｚがそれの１−位置に結合している化合物または塩。
３４． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、ｃが１である化合物または塩。
３５． 文節３４の化合物または塩であって、Ｚが、−（ＣＨ２）４−、−（ＣＨ２）３−Ｏ−、−（ＣＨ２）４−（ＣＨ２）３−ＮＨ−、−（ＣＨ２）３−、−（ＣＨ２）２−Ｏ−、−（ＣＨ２）２−ＮＨ−、または−（ＣＨ２）２−である化合物または塩。
３６． 文節３５の化合物または塩であって、Ｚが、−（ＣＨ２）４−または−（ＣＨ２）３−である化合物または塩。
３７． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、それぞれｂおよびｃが１である化合物または塩。
３８． 文節３７の化合物または塩であってａが０である化合物または塩。
３９． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、それぞれａ、ｂおよびｃが１である化合物または塩。
４０． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ａ−Ｘ−Ｙ−が、４−（インドール−３−イル−メチル）［１、２、３］トリアゾール−１−イルである化合物または塩。
４１． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、Ａ−Ｌ−が、４−［４−（インドール−３−イル−メチル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチルである化合物または塩。
４２． 前出の文節のいずれかの化合物または塩であって、大腸菌２３Ｓリボソーム部位が、大腸菌２３Ｓリボソームを有するＣＥＭ−１０１複合体のＸ線座標により決定される化合物または塩。
４３． 文節１Ａまたは１Ｂの化合物であって、

【化4】

２−フルオロ−５−Ｏ−デソサミニル−１１−Ｎ−［４−［４−（インドール−３−イルメチル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル］−６−Ｏ−メチル−３−オキソ−エリスロノリド Ａ１１、１２−環状カルバマート、または薬学的に許容可能なその塩である化合物。
４４． 前出の文節１Ａ〜４３のいずれかに記載の式（Ｉ）の薬剤を含み、少なくとも１つの薬学的に許容可能なキャリアーまたは賦形剤をさらに含む医薬組成物。
４５． 細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症に関連する傷害の治療方法であって、治療有効量の前出の文節１Ａ〜４３のいずれかに記載の式（Ｉ）の薬剤を、それを必要としている対象に投与するステップを含む方法。
４６． 細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症に関連する傷害の治療のための前出の文節１Ａ〜４３のいずれかに記載の式（Ｉ）の薬剤の使用。
４７． 細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症に関連する傷害の治療用薬物の製造のための、前出の文節１Ａ〜４３のいずれかに記載の式（Ｉ）の薬剤の使用。
４８． 対象が、哺乳動物、魚類、鳥類または爬虫類である文節４５〜４７のいずれかの方法または使用。
４９． 対象が、哺乳動物である文節４８の方法または使用。
５０． 対象が、ヒトである文節４９の方法または使用。

【0018】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは大環状ラクトンであり、ラクトン環は、トンネル壁と正の疎水性相互作用を形成する。

【0019】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトンであり、デソサミン糖は、ペプチジルトランスフェラーゼの中心の方向に突き出ており、Ａ２０５８／Ａ２５０９間隙と相互作用する。

【0020】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ａ−Ｌ−は、アリールアルキルであり、アリールアルキルアームは、トンネルから下の方を向き、２３Ｓ ｒＲＮＡのＡ７５２およびＵ２６０９により形成される塩基対と接触する。

【0021】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ａ−Ｌ−は、小さい原子変位パラメータ（ＡＤＰ）を有する。

【0022】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、Ｃ２６１１のグリコシド結合（原子Ｎ１）と正の相互作用ができるフルオロ基を含む大環状ラクトンである。別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、耐性細菌中に存在するリボソーム、例えば、Ａ２０５８および／またはＡ２０５９でモノメチル化またはジメチル化されたリボソームのＣ２６１１のグリコシド結合（原子Ｎ１）と正の相互作用ができるフルオロ基を含む大環状ラクトンである。

【0023】

別の実施形態では、前出の正の相互作用は、耐性細菌中に存在するリボソーム、例えば、Ａ２０５８および／またはＡ２０５９でモノメチル化またはジメチル化されたリボソームと正の相互作用である。

【0024】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶ中のＡ２０５８およびＡ２０５９のＤＭＳを使った修飾から保護する。別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、ＤＭＳ修飾からＡ７５２を保護する。

【0025】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、ｅｒｍ耐性細菌、および／またはｅｒｍ改変細菌中の２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶ中のＡ２０５９をＤＭＳによる修飾から保護する。別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、ｅｒｍ耐性細菌、および／またはｅｒｍ改変細菌中の２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶ中のＡ２０５９を実質的にＤＭＳによる修飾から保護する。

【0026】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、ケトキサール修飾からＧ２５０５を保護する。別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、ケトキサール修飾からＧ２５０５を実質的に保護する。別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、ＣＭＣＴによる修飾からＵ２６０９を保護する。別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、Ｑは、デソサミンで置換された大環状ラクトン置換であり、デソサミンは、ＣＭＣＴによる修飾からＵ２６０９を実質的に保護する。

【0027】

本明細書記載の化合物は、１つまたは複数の正の相互作用および／または前出の実施形態で記載の保護を有してもよく、また、前出の正の相互作用のいずれかの、および全ての組み合わせを有する対応する実施形態が本明細書中で明示的に記載されていることは理解されよう。

【0028】

リボソーム官能基との正の相互作用および／またはリボソーム官能基の保護に関する前出の各実施形態において、対応する、および／または類似の他の細菌リボソーム官能基との正の相互作用および／または他の細菌リボソーム官能基の保護を有する化合物も、また、本明細書で記載されていることは理解されよう。他の細菌リボソーム官能基には、例えば、限定されないが、黄色ブドウ球菌、化膿性連鎖球菌、肺炎レンサ球菌、等、ならびに、限定されないが、テリスロマイシン耐性黄色ブドウ球菌、ＭＲＳＡ、等を含む耐性病原菌株、等の病原菌中の対応する官能基が含まれる。理論に拘泥する意図はないが、計算法、コンピュータモデリング、コンピュータによるドッキング、エネルギー最小化、Ｘ線結晶学、原子変位パラメータ（ＡＤＰ）精密化、ＲＮＡフットプリント法、ＲＮＡ結合評価、等を含む本明細書記載の大腸菌のリボソーム官能基に対する正の相互作用および／または保護を有する本明細書記載の化合物の能力を判定する方法により、同じ、類似の、等価の相互作用、および／または、限定されないが、黄色ブドウ球菌、化膿性連鎖球菌、肺炎レンサ球菌、等、ならびに、限定されないが、テリスロマイシン耐性黄色ブドウ球菌、ＭＲＳＡ、等の耐性病原菌株、等の病原菌との対応する相互作用の予測ができると考えられている。

【0029】

本明細書で使用される正の相互作用は、化合物および／またはリボソームに対し、より低いエネルギー状態の相互作用である。例えば、正の相互作用は、立体的に込み入っていない、例えば、少なくとも約０．５Åまたは少なくとも約１Å空間的に離れている相互作用である。例えば、正の相互作用は、エネルギー的な利益を得るのに充分に接近している、例えば、約５Å以下、約４．５Å以下、約４Å以下、約３．５Å以下、約３Å以下、約２．５Å以下、約１．５Å以下、または約１Å以下であり、同時に、少なくとも約０．５Å空間的に離れている相互作用である。

【0030】

別の実施形態では、式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、競合結合実験では、化合物は、リボソームに結合しているエリスロマイシンを置換することができる。式（Ｉ）の化合物、ならびに薬学的に許容可能なその塩、水和物、溶媒和物、およびプロドラッグが本明細書で記載され、競合結合実験では、化合物は、リボソームに結合しているテリスロマイシンを置換することができる。例えば、このような置換のＩＣ５０は、約１μＭ以下、約５００ｎＭ以下、約２５０ｎＭ以下、約２００ｎＭ以下、約１５０ｎＭ以下、または約１００ｎＭ以下である。

【0031】

ＣＥＭ−１０１が本明細書記載の発明には含まれないことは理解されよう。また、テリスロマイシンが本明細書記載の発明には含まれないことは理解されよう。理由は、それが、Ａ７５２、Ｇ７４８、またはＧ７４８のいずれとも水素結合を形成しないからである。

【0032】

別の実施形態では、治療有効量の１つまたは複数の本明細書記載の化合物を含む組成物が記載される。組成物は、任意選択で、１つまたは複数の希釈剤、賦形剤、またはキャリアー、およびこれらの組み合わせを含んでもよい。

【0033】

別の実施形態では、細菌性感染症の患者を治療するための方法が本明細書で記載される。この方法は、治療有効量の１つまたは複数の本明細書記載の化合物および／または１つまたは複数の組成物を患者に投与するステップを含む。

【0034】

別の実施形態では、細菌性感染症の患者の治療のための薬物の製造における１つまたは複数の本明細書記載の化合物および／または１つまたは複数の組成物の使用が、本明細書で記載される。

【0035】

本明細書で使用されるように、化合物が大腸菌２３Ｓリボソーム部位でモデル化される場合は、化合物は、大腸菌２３Ｓ細菌リボソームの計算構造／高次構造、またはＸ線結晶測定からの細菌性リボソームの構造へのドッキングを特徴とすることを意味する。Ｘ線結晶測定の例には、テリスロマイシンの結合の調査由来のものが含まれ（Ｂｅｒｉｓｉｏ、Ｒ．、Ｊ．Ｈａｒｍｓ、Ｆ．Ｓｃｈｌｕｅｎｚｅｎ、Ｒ．Ｚａｒｉｖａｃｈ、Ｈ．Ａ．Ｈａｎｓｅｎ、Ｐ．Ｆｕｃｉｎｉ、ａｎｄ Ａ．Ｙｏｎａｔｈ．２００３．耐性変異体に対するテリスロマイシンの抗生物質作用の構造からの洞察（Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ａｇａｉｎｓｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｍｕｔａｎｔｓ）．Ｊ． Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８５：４２７６−４２７９；Ｔｕ、 Ｄ．、Ｇ．Ｂｌａｈａ、Ｐ．Ｂ．Ｍｏｏｒｅ、ａｎｄ Ｔ．Ａ．Ｓｔｅｉｔｚ．２００５．変異リボソーム大サブユニットに結合したＭＬＳＢＫ抗生物質の構造が耐性に対する構造からの説明を提供する（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆ ＭＬＳＢＫ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ｂｏｕｎｄ ｔｏ ｍｕｔａｔｅｄ ｌａｒｇｅ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｕｂｕｎｉｔｓ ｐｒｏｖｉｄｅ ａ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）．Ｃｅｌｌ １２１：２５７−２７０）、また、特に、大腸菌２３Ｓリボソーム部位が、ＣＥＭ−１０１の本明細書記載の大腸菌２３Ｓリボソームとの複合体のＸ線座標により決定される測定が含まれる。

【0036】

本明細書で使われるドッキングは、２３Ｓリボソームの位置／中に化合物を配置することを意味し、任意選択で、配置されるとすぐに、ドッキングを妨げる負の相互作用の無いような極小化計算を含んでもよい。ラクトン環および５−Ｏ糖の配置と立体構造に加えて、側鎖は、Ａ７５３／Ｕ２６０９塩基対とのスタッキング相互作用が可能であり、２−フルオロ基（存在する場合は）は、Ｃ２６１０またはＣ２６１１と相互作用できる。本発明の化合物に対しては、分子が２３Ｓリボソームに結合した場合は、成分Ａは、Ａ７５２のＯ４′への水素結合供与、Ｇ７４８のＯ６への水素結合供与、およびＧ７４８のＮ１からの水素受容、からなる群の内の１つまたは複数の水素結合相互作用の形成ができる。

【0037】

化合物中のＡが１つまたは複数のＡ７５２、Ｇ７４８、およびＧ７４８と１つまたは複数の水素結合相互作用を形成でき、Ｑが、デソサミンで置換された大環状ラクトンであり、デソサミン糖がペプチジルトランスフェラーゼの中心の方向に突き出ており、Ａ２０５８／Ａ２５０９間隙と相互作用する本明細書記載の実施形態では、化合物は、Ａおよびデソサミンの両方が正の相互作用のためにそれぞれ配置される高次構造に対応する計算エネルギー最小値を特徴としてもよい。

【0038】

化合物中のＡが１つまたは複数のＡ７５２、Ｇ７４８、およびＧ７４８と１つまたは複数の水素結合相互作用を形成でき、Ｑが、Ｃ２６１１のグリコシド結合（原子Ｎ１）との正の相互作用ができるフルオロ基を含む大環状ラクトンである本明細書記載の実施形態では、化合物は、Ａおよびフルオロ基の両方がそれぞれの正の相互作用のためにそれぞれ配置される高次構造に対応する計算エネルギー最小値を特徴としてもよい。

【0039】

化合物中のＡが１つまたは複数のＡ７５２、Ｇ７４８、およびＧ７４８と１つまたは複数の水素結合相互作用を形成でき、Ｑが、Ｃ２６１１のグリコシド結合（原子Ｎ１）との正の相互作用をできるフルオロ基を含む大環状ラクトンであり、Ｑが、デソサミンで置換された大環状ラクトンであり、デソサミン糖がペプチジルトランスフェラーゼの中心の方向に突き出ており、Ａ２０５８／Ａ２５０９間隙と相互作用する本明細書記載の実施形態では、化合物は、Ａ、フルオロ基およびデソサミンがそれぞれの正の相互作用のためにそれぞれ配置される高次構造に対応する計算エネルギー最小値を特徴としてもよい。

【0040】

前出の実施形態の変形として、基Ａ−Ｌ−は、アリールアルキルであり、アリールアルキルアームは、トンネルの下方に向いており、２３Ｓ ｒＲＮＡのＡ７５２およびＵ２６０９により形成された塩基対と接触し、化合物は、Ａ−Ｌ−が、また、正の相互作用のために配置される高次構造に対応する計算エネルギー最小値を特徴としてもよい。

【0041】

計算高次構造は、いずれかの従来のソフトウェアプログラムから得ることができることは理解されよう。初期の高次構造が、特定の水素結合基またはフルオロ基およびそれぞれの必要な約５〜０．５Åの結合部位の間の距離を含まない場合は、化合物に対し追加の高次構造を計算できることも、さらに理解されよう。従って、追加の高次構造を有する化合物は、本明細書記載の発明に含まれると理解されるべきである。例えば、計算は、気相、アブイニシオ、偽解球体（ｑｕａｓｉ ｓｏｌｕｔｉｏｎ ｓｐｈｅｒｅ）、等であってもよい。このような計算が、平均または加重平均に基づいてもよいことは理解されよう。

【0042】

別の実施形態では、化合物は、病原性細胞、例えば、細菌に対する高い効力を特徴とする。別の実施形態では、化合物は、１つまたは複数の他の化合物に耐性のある細菌に対し高い効力を特徴とする。例えば、耐性細菌には、限定されないが、ｍｅｆＡ耐性肺炎球菌、ｅｒｍＢ耐性肺炎球菌、等がある。

【0043】

Ａの一実施形態では、Ａは、フェニル、インデニル、ナフチル、フラニル、チオフェニル、ピロリル、オキサジアゾリル、チアジアゾリル、イミダゾリル、ピラゾリル、１、２、４−オキサジアゾリル、１、２、４−チアジアゾリル、１、３、４−オキサジアゾリル；１、３、４−チアジアゾリル、１、２、３−トリアゾリル、１、２、４−トリアゾリル、テトラゾリル、ピリジニル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、テトラゾリルベンゾフラニル、ベンゾチオフェニル、インドリル、インダゾリル、ベンゾイソオキサゾリル、ベンゾイソチアゾリル、ベンズイミダゾリル；ベンゾオキサゾリル；ベンゾイソチアゾリル、キノリニル、イソキノリニルまたはキナゾリニルであり、これらのいずれかは、１つまたは複数のヒドロキシ、アミノ、ヒドロキシメチル、アミノメチル、フルオロ、クロロまたはメチル置換基を有していてもよい。

【0044】

Ｌの一実施形態では、任意に置換してもよいメチレンは、１つまたは２つのメチル基を有してもよく；任意に置換してもよいＮＨは、メチル基を有してもよく；二価の単環式もしくは二環式炭素環もしくは芳香環または単環式もしくは二環式ヘテロ環もしくはヘテロ芳香環は、シクロプロパンジイル、シクロペンタンジイル、シクロヘキサンジイル、シクロヘプタンジイル、フェニレン、インダンジイル、インデンジイル、ナフタレンジイル、テトラヒドロナフタレンジイル、テトラヒドロフランジイル、ピロリジンジイル、ピペリジンジイル、フランジイル、チオフェンジイル、ピロールジイル、オキサゾールジイル、チアゾールジイル、イミダゾールジイル、ピラゾールジイル、１、２、４−オキサジアゾールジイル、１、２、４−チアジアゾールジイル、１、３、４−オキサジアゾールジイル；１、３、４−チアジアゾールジイル、１、２、３−トリアゾールジイル、１、２、４−トリアゾールジイル、テトラゾールジイル、ピリジンジイル、ピリダジンジイル、ピリミジンジイル、ピラジンジイル、ベンゾフランジイル、ベンゾチオフェンジイル、インドールジイル、インダゾールジイル、ベンゾイソオキサゾールジイル、ベンゾイソチアゾールジイル、ベンゾイミダゾールジイル；ベンゾオキサゾールジイル；ベンゾイソチアゾールジイル、キノリンジイル、イソキノリンジイルまたはキナゾリンジイルであってもよく；さらに、環は、１つまたは複数のヒドロキシ、フルオロ、クロロまたはメチル置換基を有してもよい。

【0045】

Ｙの一実施形態では、二価の単環式もしくは二環式芳香環または単環式もしくは二環式ヘテロ芳香環は、フェニレン、インダンジイル、インデンジイル、ナフタレンジイル、テトラヒドロナフタレンジイル、フランジイル、チオフェンジイル、ピロールジイル、オキサゾールジイル、チアゾールジイル、イミダゾールジイル、ピラゾールジイル、１、２、４−オキサジアゾールジイル、１、２、４−チアジアゾールジイル、１、３、４−オキサジアゾールジイル、１、３、４−チアジアゾールジイル、１、２、３−トリアゾールジイル、１、２、４−トリアゾールジイル、テトラゾールジイル、ピリジネジル、ピリダジンジイル、ピリミジンジイル、ピラジンジイル、ベンゾフランジイル、ベンゾチオフェンジイル、インドールジイル、インダゾールジイル、ベンゾイソオキサゾールジイル、ベンゾイソチアゾールジイル、ベンゾイミダゾールジイル；ベンゾオキサゾールジイル；ベンゾイソチアゾールジイル、キノリンジイル、イソキノリンジイルまたはキナゾリンジイルであってもよく；さらに、環は、１つまたは複数のヒドロキシ、フルオロ、クロロまたはメチル置換基を有してもよい。

【0046】

一実施形態では、Ａ−Ｘ−Ｙ−は、下記のラジカルの群から選択され、ここで、Ｚは、（＊）の位置で共有結合により連結される：

【化5】

【0047】

一実施形態では、（１〜６Ｃ）アルキルは、メチル、エチル、プロピル、ブチル、ペンチルまたはヘキシルであり、これらのいずれかは、分岐であってもよい。別の実施形態では、（１〜６Ｃ）アルキルはメチルである。

【0048】

本発明の別の実施形態として、本明細書のいずれかの説明に記載されている式（Ｉ）の薬剤を含み、少なくとも１つの薬学的に許容可能なキャリアーまたは賦形剤をさらに含む医薬組成物が提供される。

【0049】

例えば、組成物は、１つまたは複数のキャリアー、希釈剤、および／または賦形剤を含んでもよい。本明細書記載の化合物、またはそれらを含む組成物は、本明細書記載の方法用に適したいずれかの従来の剤形で処方し、そのために１つまたは複数のキャリアー、希釈剤、および／または賦形剤を含んでもよい。このような製剤組成物は、本明細書記載の方法のための各種の従来の経路により、種々の投薬形式で、既知の方法を使って投与してもよい。カプセル剤および錠剤は、抗生物質の経口投与によく使われる実施形態である。一般的には、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：薬学の科学、および実務（Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ）、（２１ｓｔ ｅｄ．、２００５）を参照されたい。

【0050】

本発明の別の実施形態として、細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症に関連する傷害の治療方法を提供し、治療有効量の本明細書記載の式（Ｉ）の薬剤を、それを必要としている対象に投与するステップを含む。投薬計画の例には、１日目に８００ｍｇの負荷用量、続けて、２〜５日目に毎日４００ｍｇ／日の用量の投与、または、代わりに、１日目に４００ｍｇの負荷用量、続けて、２〜５日目に毎日２００ｍｇ／日の用量の投与が含まれる。

【0051】

本発明の別の実施形態として、細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症に関連する傷害の治療のための本明細書記載の式（Ｉ）の薬剤の使用が提供される。

【0052】

本発明の別の実施形態として、細菌性感染症、原虫感染症、または細菌性感染症もしくは原虫感染症に関連する傷害の治療用の薬物の製造のための本明細書記載の式（Ｉ）の薬剤の使用が提供される。

【0053】

さらなる実施形態として、上述の方法または使用は、対象が哺乳動物、魚類、鳥類または爬虫類であるものである。別の実施形態として、対象が哺乳動物である方法または使用が提供される。別の実施形態として、対象がヒトである方法または使用が提供される。

【0054】

本明細書で使われる用語の「治療有効量」は、研究者、獣医、医師もしくは他の臨床医により調査されている組織系、動物もしくはヒトにおける生物学的または医薬的反応（治療される疾患または傷害の症状の軽減を含む）を誘発する活性化合物または医薬品の量を意味する。一態様では、治療有効量は、いずれの治療にも適用可能な合理的なベネフィットリスク比で疾患または疾患の症状を治療または軽減できる量である。しかし、本明細書記載の化合物および組成物の毎日使用の合計は、健全な医学判断の範囲内で主治医により決定されうることは理解されよう。いずれかの特定の患者のための特定の治療有効量レベルは、種々の因子に依存し、これには、治療される傷害および傷害の重症度；採用された特定の化合物の活性；採用された特定の組成；年齢、体重、総体的な健康、性別および患者の食事：投与時間、投与経路、および採用された特定の化合物の排出速度；治療持続期間；使用された特定の化合物と組み合わせて、または同時に使用された薬剤；ならびに通常の技量の研究者、獣医、医師または他の臨床医によく知られた類似の因子、が含まれる。

【0055】

各実施形態中の本明細書記載の化合物は、Ａ−Ｌ−が下記以外の化合物であることは理解されよう：４−［４−（３−アミノフェニル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（４−ペンチルフェニル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（２−ピリジニル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（６−アミノピリジン−２−イル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（３−アミノフェニルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（２−ピリジニルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（６−アミノピリジン−２−イルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（２−ピリジニルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（ベンゾイミダゾール−１−イルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（７−アザベンゾイミダゾール−１−イルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（２、６−ジクロロフェノキシメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル、４−［３−（２−ピリジニルメチル）−ピラゾール−１−イル］ブチル、４−［３−（３−ピリジニルメチル）−ピラゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（３−アミノフェニル）−イミダゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（３−ピリジニル）−イミダゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（３−インドリル）−イミダゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（２−アミノピリミジン−５−イル）−イミダゾール−１−イル］ブチル、４−［４−（２−フラニルカルボニルアミノ）−イミダゾール−１−イル］ブチル、４−（７−アザベンゾイミダゾール−１−イル）ブチル、４−アジドブチル、３−（２−フェニルイミダゾール−１−イル）プロピル−アミノ、３−［４−アリルイミダゾール−１−イル］プロピルアミノ、３−［４−（４、５−ジアセトキシ）イミダゾール−１−イル］プロピルアミノ、３−［４−［２−（アセチルアミノ）エチル］−イミダゾール−１−イル］プロピルアミノ、３−（５−フェニルテトラゾール−２−イル）プロピルアミノ、３−［５−（２−コロフェニル）テトラゾール−２−イル］プロピルアミノ、３−［５−（４−コロフェニル）テトラゾール−２−イル］プロピルアミノ、３−（４−キノリニル）プロピルアミノ、３−（６−アミノプリン−９−イル）プロピルアミノ、（Ｒ）−１−（２−ベンゾイミダゾール−カルボニル）−ピロリジン−２−イルメチル、（Ｒ）−１−（２−ピロロ［２、３−ａ］ピリジンカルボニル）ピロリジン−２−イルメチル、（Ｒ）−１−（１−イソキノリンカルボニル）ピロリジン−２−イルメチル、（Ｒ）−１−［１−（８−アザイソキノリン）カルボニル］−ピロリジン−２−イルメチル、１−（８−アザキノリン−４−イルメチル）アゼチジン−４−イル、１−（３−ヒドロキシ−５−アザキノリン−４−イルメチル）アゼチジン−４−イル、（Ｒ）−１−［１−（８−アザキノリン−４−イル）エチル］アゼチジン−４−イル、１−（３−シアノ−４−エトキシフェニルスルホニル）アゼチジン−４−イル、１−（８−キノキソリンスルホニル）アゼチジン−４−イル、（Ｒ）−２−アミノ−１−（ヒドロキシメチル）エチル、（Ｒ）−２−ベンジルアミノ−１−（ヒドロキシメチル）エチル、キノキソリン−６−イルメチル−アミノカルボニルアミノメチル、およびキノキソリン−６−イルメチルオキシカルボニルアミノメチル。従って、前出の化合物は、本明細書記載の発明の一部を形成しない。

【0056】

作用モードおよびＣＥＭ−１０１の結合部位のキャラクタリゼーションを以下のように行った：
材料および方法
実施例：抗生物質、リボソーム、および試薬。ＣＥＭ−１０１、ＣＥＭ−１０３、テリスロマイシン、および［１４Ｃ］ＣＥＭ−１０１（５３ｍＣｉ／ｍｍｏｌ）を、Ｍｏｒａｖｅｋ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ、Ｉｎｃ．で合成した。エリスロマイシンおよびアジスロマイシンをＳｉｇｍａから入手した。［１４Ｃ］エリスロマイシン（４８．８ｍＣｉ／ｍｍｏｌ）をＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒから入手した。

【0057】

抗生物質を１０ｍＭの濃度で１００％エタノール中に溶解し、水で系列希釈を作り、競合結合試験および無細胞転写−翻訳アッセイに必要な濃度を得た。リボソームプロービング実験用に抗生物質をエタノール中に希釈した。

【0058】

標準的プロトコルにより、大腸菌、株ＭＲＥ６００、黄色ブドウ球菌株ＡＴＣＣ２９２１２、または黄色ブドウ球菌株Ｎ３１５からリボソームを調製した（Ｇ．Ｓｐｅｄｄｉｎｇ（ｅｄ．）、リボソームおよびタンパク質合成、実用手法（Ｒｉｂｏｓｏｍｅｓ ａｎｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ、ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ）．Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、Ｕｎｉｔｅｄ Ｋｉｎｇｄｏｍ、中の、Ｓｐｅｄｄｉｎｇ、Ｇ．１９９０．原核生物、真核生物、およびオルガネラからのリボソームの単離と分析（Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｒｉｂｏｓｏｍｅｓ ｆｒｏｍ ｐｒｏｋａｒｙｏｔｅｓ、ｅｕｋａｒｙｏｔｅｓ、ａｎｄ ｏｒｇａｎｅｌｌｅｓ）、ｐ．１−２９；Ａｄａｍｓ、Ｐ．Ｄ．、Ｐ．Ｖ．Ａｆｏｎｉｎｅ、Ｇ．Ｂｕｎｋｏｃｚｉ、Ｖ．Ｂ．Ｃｈｅｎ、Ｉ．Ｗ．Ｄａｖｉｓ、Ｎ．Ｅｃｈｏｌｓ、Ｊ．Ｊ．Ｈｅａｄｄ、Ｌ．Ｗ．Ｈｕｎｇ、Ｇ．Ｊ．Ｋａｐｒａｌ、Ｒ．Ｗ．Ｇｒｏｓｓｅ−Ｋｕｎｓｔｌｅｖｅ、Ａ．Ｊ．ＭｃＣｏｙ、Ｎ．Ｗ．Ｍｏｒｉａｒｔｙ、Ｒ．Ｏｅｆｆｎｅｒ、Ｒ．Ｊ．Ｒｅａｄ、Ｄ．Ｃ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ｊ．Ｓ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ｔ．Ｃ．Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ、ａｎｄ Ｐ．Ｈ．Ｚｗａｒｔ．２０１０．ＰＨＥＮＩＸ：高分子構造解のための統合型パイソンベースシステム（ａｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｐｙｔｈｏｎ−ｂａｓｅｄ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）．Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ．Ｂｉｏｌ．Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．６６：２１３−２２１）。
大抵の化学薬品は、Ｆｉｓｈｅｒ ＳｃｉｅｎｔｉｆｉｃまたはＳｉｇｍａから入手した。

【0059】

実施例：競合結合試験。エリスロマイシンの大腸菌および黄色ブドウ球菌リボソームへの結合ならびに競合実験を、Ｘｉｏｎｇ、Ｌ．、Ｙ．Ｋｏｒｋｈｉｎ、ａｎｄ Ａ．Ｓ．Ｍａｎｋｉｎ．２００５．大腸菌リボソーム中の架橋マクロライドの結合部位（Ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｏｆ ｔｈｅ ｂｒｉｄｇｅｄ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ ｉｎ ｔｈｅ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ｒｉｂｏｓｏｍｅ）．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．４９：２８１−２８８、に記載のように、Ｂｉｏ−Ｇｅｌ Ｐ３０スピンカラムを使って、サイズ排除クロマトグラフィーにより行った。

【0060】

直接抗生物質結合実験を、全容積１６０μＬの緩衝液Ａ（２０ｍＭトリス塩酸［ｐＨ７．５］、１０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１５０ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ、６ｍＭ２−メルカプトエタノール）中で種々濃度の放射標識薬剤を用い、１００ｎＭ濃度のリボソームを３７℃で１５分、その後、２０℃で１０分間インキュベートすることにより行った。反応物をスピンカラムに入れ、スインギングバケット微量遠心機ローターを使い、１，０００ｇ、室温で１分間遠心分離した。フロースルー溶液を集めた；１３０μＬを５ｍＬのシンチレーション反応混液を混合した。放射能をシンチレーションカウンターで測定し、リボソームに結合した放射標識薬剤の量の計算に使用した。

【0061】

競合結合実験のために、リボソーム（１００ｎＭ）を、１６０μＬの緩衝液Ａ中の１００ｎＭの［１４Ｃ］エリスロマイシン（４８．８ｍＣｉ／ｍｍｏｌ；ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）と共に３７℃で１５分、その後、２０℃で１０分間プレインキュベートした。競合抗生物質を種々の濃度で添加し、結合混合物を２０℃で１００分間インキュベートした。反応物をスピンカラムに入れ、リボソーム連結放射能の量を上述のように測定した。結合データをプリズムソフトウェア（ＧｒａｐｈＰａｄ）を使って解析した。

【0062】

無細胞転写−翻訳アッセイ。
環状ＤＮＡ用大腸菌転写−翻訳（ＴｎＴ）Ｓ３０抽出物システム（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｌ１０２０）を使って、抗生物質の細菌タンパク質合成に与える影響を評価した。９６ウエル円錐底プレートを使って、１０μＬの最終容量で実験を行った。Ｓ３０抽出物（３μＬ）を１μＬの水または抗生物質溶液を合わせて、プレートのウエルに分注し、２５ ℃で５分間プレインキュベートした。１μＬのｐＢＥＳＴｌｕｃ（登録商標）ＤＮＡ（０．７μｇ）、１μＬの１ｍＭアミノ酸混合物、および４μＬのＳ３０プレミックスを含む翻訳混合物（６μＬ）を加えることにより反応を開始した。反応物を２０℃で４０分間インキュベートし、その後、氷上に置いた。別の９６ウエルプレートに、１５０μＬのＢｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏ希釈試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｅ２６６Ａ）を分注し、１．５μＬの翻訳反応液と混合し；３０μＬの得られた溶液を、３０μＬのＢｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｅ２６１０）と９６ウエルｗｈｉｔｅ−ｗａｌｌプレート（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ、Ｃａｔ．Ｎｏ．６００５２９０）中で混合した。発光をＴｏｐＣｏｕｎｔ Ｓｃｉｎｔｉｌｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｃｅ Ｃｏｕｎｔｅｒ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）で測定した。

【0063】

ウサギ網状赤血球無細胞翻訳システム（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｌ４５４０）を使って、真核生物リボソームの活性に与える薬剤の効果を試験した。９６ウエル円錐底プレートを使って、１０μＬの最終容量で実験を行った。ウサギ網状赤血球ライセート（７μＬ）を１μＬの水または抗生物質と混合し、２５℃で５分間プレインキュベートした。使用前に、ポリアデニル化ルシフェラーゼｍＲＮＡ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｌ４５６１）を、ＲＮＡを６５℃で３分間インキュベートすることにより変性し、その後、氷上に置いた。翻訳混合物（２μＬ）をウサギ網状赤血球ライセートと混合し、反応を開始させた。翻訳混合物は、０．３μＬの変性ルシフェラーゼｍＲＮＡ（０．３μｇ）、０．２μＬの１ｍＭアミノ酸混合物、０．２μＬのリボヌクレアーゼ阻害剤（８Ｕ、Ｒｏｃｈｅ、Ｃａｔ．Ｎｏ．０３３３５３９９００１）、０．４μＬの２．５Ｍ塩化カリウム、および０．９μＬの水を含んでいた。反応混合物を３０℃で３０分間インキュベートし、その後、氷上に置いた。別の９６ウエルプレートに、１５０μＬのＢｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏ希釈試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｅ２６６Ａ）を分注して、１．５μＬの翻訳反応液と混合し；３０μＬの得られた溶液を３０μＬのＢｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏルシフェラーゼアッセイ試薬（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｃａｔ．Ｎｏ．Ｅ２６１０）と９６ウエルｗｈｉｔｅ−ｗａｌｌプレート中で混合した。発光をＴｏｐＣｏｕｎｔ Ｓｃｉｎｔｉｌｌａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｃｅ Ｃｏｕｎｔｅｒ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）で測定した。

【0064】

実施例：リボソーム化学プロービング。標準的プロトコル（Ｃ．Ｗ．Ｊ．Ｓｍｉｔｈ（ｅｄ．）、ＲＮＡ：タンパク質相互作用、実用手法（ＲＮＡ：Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ、Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ）．Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、中の、Ｍｅｒｒｙｍａｎ、Ｃ．、ａｎｄ Ｈ．Ｆ．Ｎｏｌｌｅｒ．１９９８．ＲＮＡ上の結合部位のフットプリント法および修飾干渉分析（Ｆｏｏｔｐｒｉｎｔｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ−ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅｓ ｏｎ ＲＮＡ）、ｐ． ２３７−２５３．）に従い、わずかに修正を加えて、ｒＲＮＡプロービングを行った。簡単に説明すると、５０μＬの緩衝液Ｂ（８０ｍＭ ＨＥＰＥＳ−ＫＯＨ［ｐＨ７．８］、２０ｍＭ ＭｇＣｌ２、１００ ｍＭ ＮＨ４Ｃｌ、１．５ ｍＭジチオトレイトール）中の１００μＭ抗生物質と共に２００ｎＭのリボソームを３７℃で１０分間、続けて、２０℃で１０分間インキュベートした。修飾試薬（ジメチル硫酸塩［ＤＭＳ］、ケトキサール、または１−シクロヘキシル−３−（２−モルホリノエチル）カルボジイミドメトｐ−トルエンスルホナート［ＣＭＣＴ］）を加え、修飾反応を３７℃で１０分間行った。反応の停止およびエタノール沈殿後、ｒＲＮＡを抽出し、修飾されたヌクレオチドの分布をプライマー伸長法により評価した。

【0065】

実施例：大腸菌リボソームに複合化したＣＥＭ−１０１の結晶学的調査。リボソームを、以前記載したように、ＭＲＥ６００大腸菌細胞から精製した（Ｓｃｈｕｗｉｒｔｈ、Ｂ．Ｓ．、Ｍ．Ａ．Ｂｏｒｏｖｉｎｓｋａｙａ、Ｃ．Ｗ．Ｈａｎ、Ｗ．Ｚｈａｎｇ、Ａ．Ｖｉｌａ−Ｓａｎｊｕｒｊｏ、Ｊ．Ｍ．Ｈｏｌｔｏｎ、ａｎｄ Ｊ．Ｈ．Ｃａｔｅ．２００５．３．５Å分解能の細菌リボソームの構造（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ａｔ ３．５Å ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎ）．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３１０：８２７−８３４）。リボソーム結晶を成長させ、凍結保護緩衝液を５０μＭのＣＥＭ−１０１で補充した以外は、文献記載のように取り扱った（Ｚｈａｎｇ、Ｗ．、Ｊ．Ａ．Ｄｕｎｋｌｅ、ａｎｄ Ｊ．Ｈ．Ｃａｔｅ．２００９．ラチェッティングの中間体状態でのリボソームの構造（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｉｎ ｉｎｔｅｒｍｅｄｉａｔｅ ｓｔａｔｅｓ ｏｆ ｒａｔｃｈｅｔｉｎｇ）．Ｓｃｉｅｎｃｅ ３２５：１０１４−１０１７）。結晶を１２〜２４時間、凍結保護緩衝液＋ＣＥＭ−１０１中に浸漬し、次に、液体窒素でフラッシュ凍結した。Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｌｉｇｈｔ Ｓｏｕｒｃｅ、Ｌａｗｒｅｎｃｅ Ｂｅｒｋｅｌｅｙ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙのビームライン１２．３．１を使い、１００Ｋで０．１°−０．３°オシレーションにより、Ｘ線回折データを集め、ＡＤＳＣ Ｑ３１５検出器で記録した。ＨＫＬ２０００を使って、Ｘ線回折データを整理し、スケーリングした（Ｃ．Ｗ．Ｊ．Ｃａｒｔｅｒ ａｎｄ Ｓ．Ｒ．Ｍ．（ｅｄ．）、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．、ｖｏｌ．２７６．Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、中の、Ｏｔｗｉｎｏｗｓｋｉ、Ｚ．、ａｎｄ Ｍ．Ｗ．１９９７．オシレーションモードで集めたＸ線回折データの処理（Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ ｏｆ Ｘ−ｒａｙ Ｄｉｆｆｒａｃｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｃｏｌｌｅｃｔｅｄ ｉｎ Ｏｓｃｉｌｌａｔｉｏｎ Ｍｏｄｅ）、ｐ．３０７−３２６．）。３Ｉ１Ｍ、３Ｉ１Ｎ、３Ｉ１Ｏ、および３Ｉ１Ｐで報告された座標を、反射データに対して、ＰＨＥＮＩＸ ｓｏｆｔｗａｒｅ ｓｕｉｔｅを使って精密化した（Ａｄａｍｓ、Ｐ．Ｄ．、Ｐ．Ｖ．Ａｆｏｎｉｎｅ、Ｇ．Ｂｕｎｋｏｃｚｉ、Ｖ．Ｂ．Ｃｈｅｎ、Ｉ．Ｗ．Ｄａｖｉｓ、Ｎ．Ｅｃｈｏｌｓ、Ｊ．Ｊ．Ｈｅａｄｄ、Ｌ．Ｗ．Ｈｕｎｇ、Ｇ．Ｊ．Ｋａｐｒａｌ、Ｒ．Ｗ．Ｇｒｏｓｓｅ−Ｋｕｎｓｔｌｅｖｅ、Ａ．Ｊ．ＭｃＣｏｙ、Ｎ．Ｗ．Ｍｏｒｉａｒｔｙ、Ｒ．Ｏｅｆｆｎｅｒ、Ｒ．Ｊ．Ｒｅａｄ、Ｄ．Ｃ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ｊ．Ｓ．Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ、Ｔ．Ｃ．Ｔｅｒｗｉｌｌｉｇｅｒ、ａｎｄ Ｐ．Ｈ．Ｚｗａｒｔ．２０１０．ＰＨＥＮＩＸ：高分子の構造解用統合パイソンベースシステム（ＰＨＥＮＩＸ：ａｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅ Ｐｙｔｈｏｎ−ｂａｓｅｄ ｓｙｓｔｅｍ ｆｏｒ ｍａｃｒｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）．Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ．Ｂｉｏｌ．Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．６６：２１３−２２１）。Ｆｏ−ＦｃマップをＰＨＥＮＩＸを使って計算し、ソフトウェアＣｏｏｔ（Ｅｍｓｌｅｙ、Ｐ．、ａｎｄ Ｋ．Ｃｏｗｔａｎ．２００４．Ｃｏｏｔ：分子構造計算用モデル構築ツール（Ｃｏｏｔ：ｍｏｄｅｌ−ｂｕｉｌｄｉｎｇ ｔｏｏｌｓ ｆｏｒ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｇｒａｐｈｉｃｓ）．Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．Ｄ．Ｂｉｏｌ．Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒ．６０：２１２６−２１３２）を使って、この不偏差分密度中に、ＣＥＭ−１０１の座標を配置した。ＰＨＥＮＩＸを使って、ＣＥＭ−１０１とテリスロマイシンの間の比較のための個別原子変位パラメータ値を計算した。ＰｙＭｏｌを使って作図した。

【0066】

実施例：大腸菌および黄色ブドウ球菌由来野性型リボソームに対するＣＥＭ−１０１の親和性。最初に、グラム陰性およびグラム陽性細菌由来野性型リボソームに対するＣＥＭ−１０１の結合を、［１４Ｃ］エリスロマイシンとの競合により解析した。そのために、大腸菌および黄色ブドウ球菌７０Ｓリボソームに調製物に対する放射標識エリスロマイシンの結合を最初に解析した。飽和結合実験では、［１４Ｃ］エリスロマイシンは、両細菌由来リボソームに容易に結合し、大腸菌および黄色ブドウ球菌リボソームに対し、それぞれ、６６±１１ｎＭおよび１１±１ｎＭのＫｄを示した（データは示さず）。これらの値は、以前発表された値（１０−８〜１０−７ Ｍ）と同程度であった（Ｄｏｕｔｈｗａｉｔｅ、Ｓ．、ａｎｄ Ｃ．Ａａｇａａｒｄ．１９９３．２３Ｓ ｒＲＮＡペプチジルトランスフェラーゼループ中の立体構造の変化を有するリボソーム中のエリスロマイシン結合のリデュース（Ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ｂｉｎｄｉｎｇ ｉｓ ｒｅｄｕｃｅｄ ｉｎ ｒｉｂｏｓｏｍｅｓ ｗｉｔｈ ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎａｌ ａｌｔｅｒａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｔｈｅ ２３Ｓ ｒＲＮＡ ｐｅｐｔｉｄｙｌ ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ｌｏｏｐ）．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２３２：７２５−７３１；Ｋａｒａｈａｌｉｏｓ、Ｐ．、Ｄ．Ｌ．Ｋａｌｐａｘｉｓ、Ｈ．Ｆｕ、Ｌ．Ｋａｔｚ、Ｄ． Ｎ．Ｗｉｌｓｏｎ、ａｎｄ Ｇ．Ｐ．Ｄｉｎｏｓ．２００６．６−Ｏ−ミカミノシルチロノリドの９−Ｏ−アリールアルキルオキシム誘導体、新型１６員マクロライド抗生物質、の作用機序について（Ｏｎ ｔｈｅ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ９−Ｏ−ａｒｙｌａｌｋｙｌｏｘｉｍｅ ｄｅｒｉｖａｔｉｖｅｓ ｏｆ ６−Ｏ−ｍｙｃａｍｉｎｏｓｙｌｔｙｌｏｎｏｌｉｄｅ、ａ ｎｅｗ ｃｌａｓｓ ｏｆ １６−ｍｅｍｂｅｒｅｄ ｍａｃｒｏｌｉｄｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ）．Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．７０：１２７１−１２８０）。エリスロマイシンの結合は、大腸菌または黄色ブドウ球菌リボソームの１ｐｍｏｌ当たり、ほぼ１ｐｍｏｌの薬剤で飽和し、調製物中のほとんどのリボソームが、結合能力があることを示した。

【0067】

競合結合実験では、ＣＥＭ−１０１は、両タイプのリボソーム由来のエリスロマイシンを容易に置換し、そのＩＣ５０は、それぞれ、大腸菌リボソームでは１５５±８ｎＭ、黄色ブドウ球菌リボソームでは１１７±３ｎＭであり、ＣＥＭ−１０１のＫｄは、６２±３ｎＭ（大腸菌）および１２±１ｎＭ（黄色ブドウ球菌）であった（表１）。放射標識［１４Ｃ］ＣＥＭ−１０１の黄色ブドウ球菌野性型リボソームに対する親和性を、飽和結合実験により測定した。この手法で得た５０±１３ｎＭのＫｄは、エリスロマイシンとの競合から得た結果と類似であった。全体として、薬剤結合試験から、ＣＥＭ−１０１は、エリスロマイシンの場合と一致するか、または重なり合うリボソーム部位と相互作用し、また、薬剤は、他のマクロライドに類似の親和性で、グラム陽性およびグラム陰性細菌のリボソームと結合することが示された。

【0068】

実施例：ＣＥＭ−１０１による細菌性タンパク質合成の抑制。細菌性タンパク質合成に与えるＣＥＭ−１０１の効果を、大腸菌無細胞転写−翻訳系でアッセイした。ＣＥＭ−１０１は、１．１μＭのＩＣ５０で、ホタルルシフェラーゼ（Ｌｕｘ）の合成を抑制し、これは、アジスロマイシン（ＩＣ５０ ０．３μＭ）およびテリスロマイシン（ＩＣ５０ ０．５μＭ）で得られた抑制と同程度であった。無細胞系で、転写ではなく翻訳に与えるＣＥＭ−１０１の特異的効果を、ＤＮＡの代わりにｌｕｘ ｍＲＮＡをテンプレートとして使用して、別に検証した（データは示さず）。細菌無細胞翻訳系（６００ｎＭ）でのリボソームの濃度は、マクロライド抗生物質のＫｄ値を大きく超えていること注意されたい。従って、ＩＣ５０値は、細菌翻訳の抑制に対する試験マクロライド抗生物質の相対的効率を正確に表現していないが、それよりは、細菌性タンパク質合成を迅速に妨害するそれらの能力の定性的指標を与える。細菌翻訳に与えるその効果とは対照的に、ＣＥＭ−１０１は、５０μＭまでの濃度の真核生物の（ウサギ）無細胞の翻訳系では、ルシフェラーゼの合成に対しては効果を示さなかった。従って、ＣＥＭ−１０１は、選択的かつ効率的細菌翻訳の抑制を示す。

【0069】

実施例：結晶状態でのＣＥＭ−１０１の大腸菌リボソームとの相互作用。結合ＣＥＭ−１０１を有する大腸菌リボソームの高分解能Ｘ線結晶学的構造を得た（表２）。

【表1】

【0070】

テリスロマイシンの結合を、以前、Ｘ線結晶学を使って調査した（Ｂｅｒｉｓｉｏ、Ｒ．、Ｊ．Ｈａｒｍｓ、Ｆ．Ｓｃｈｌｕｅｎｚｅｎ、Ｒ．Ｚａｒｉｖａｃｈ、Ｈ．Ａ．Ｈａｎｓｅｎ、Ｐ．Ｆｕｃｉｎｉ、ａｎｄ Ａ．Ｙｏｎａｔｈ．２００３．耐性変異体に対するテリスロマイシンの抗生物質作用への構造的洞察（Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ａｇａｉｎｓｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｍｕｔａｎｔｓ）．Ｊ． Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８５：４２７６−４２７９；Ｔｕ、Ｄ．、Ｇ．Ｂｌａｈａ、Ｐ．Ｂ．Ｍｏｏｒｅ、ａｎｄ Ｔ．Ａ．Ｓｔｅｉｔｚ．２００５．変異リボソーム大サブユニットに結合したＭＬＳＢＫ抗生物質の構造は、耐性に対する構造的見地からの説明を提供する（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆ ＭＬＳＢＫ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ｂｏｕｎｄ ｔｏ ｍｕｔａｔｅｄ ｌａｒｇｅ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｕｂｕｎｉｔｓ ｐｒｏｖｉｄｅ ａ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）．Ｃｅｌｌ １２１：２５７−２７０）。

【0071】

１１−Ｎ側鎖が４−［４−（３−アミノフェニル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル基であるフルオロケトライドＣＥＭ−１０１の結合を、１１−Ｎ側鎖が４−［４−（３ ピリジニル）−イミダゾール−１−イル］ブチル基である（非フルオロ）ケトライドテリスロマイシンの結合と比較した。リボソーム内でのＣＥＭ−１０１の一般的な配置は、大腸菌のリボソームに結合したテリスロマイシンで見られるものと類似である。２つの薬剤のラクトン環およびデソサミン糖の配置と立体構造は、基本的には区別がつかない。ＣＥＭ−１０１の側鎖のアミノフェニルトリアゾール頭部は、Ａ７５２〜Ｕ２６０９塩基対に対し、テリスロマイシンのピリジニルイミダゾール成分と類似のスタッキング相互作用を行い；それは、Ａ７５２およびＵ２６０９塩基から３．５Åの距離に位置し、それらに平行方向を向いている。重要なことであるが、大腸菌リボソームで観察されたＣＥＭ−１０１（およびテリスロマイシン）１１−Ｎ側鎖の相互作用は、ケトライドのＤ．ラジオデゥランスまたはＨ．マリスモルツイのリボソームとの結晶複合体で以前認められたものとは大部分が異なっている（Ｂｅｒｉｓｉｏ、Ｒ．、Ｊ．Ｈａｒｍｓ、Ｆ．Ｓｃｈｌｕｅｎｚｅｎ、Ｒ．Ｚａｒｉｖａｃｈ、Ｈ．Ａ．Ｈａｎｓｅｎ、Ｐ．Ｆｕｃｉｎｉ、ａｎｄ Ａ．Ｙｏｎａｔｈ．２００３．耐性変異体に対するテリスロマイシンの抗生物質作用への構造的洞察（Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ａｃｔｉｏｎ ｏｆ ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ａｇａｉｎｓｔ ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｍｕｔａｎｔｓ）．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１８５：４２７６−４２７９；Ｓｃｈｌｕｎｚｅｎ、Ｆ．、Ｊ．Ｍ．Ｈａｒｍｓ、Ｆ．Ｆｒａｎｃｅｓｃｈｉ、Ｈ．Ａ．Ｈａｎｓｅｎ、Ｈ．Ｂａｒｔｅｌｓ、Ｒ．Ｚａｒｉｖａｃｈ、ａｎｄ Ａ．Ｙｏｎａｔｈ．２００３．ケトライドおよびアザリドの抗生物質活性に対する構造的原則（Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｂａｓｉｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｋｅｔｏｌｉｄｅｓ ａｎｄ ａｚａｌｉｄｅｓ）．Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ １１：３２９−３３８；Ｔｕ、Ｄ．、Ｇ． Ｂｌａｈａ、Ｐ．Ｂ．Ｍｏｏｒｅ、ａｎｄＴ．Ａ．Ｓｔｅｉｔｚ．２００５．変異リボソーム大サブユニットに結合したＭＬＳＢＫ抗生物質の構造は、耐性に対する構造的見地からの説明を提供する（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｏｆ ＭＬＳＢＫ ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃｓ ｂｏｕｎｄ ｔｏ ｍｕｔａｔｅｄ ｌａｒｇｅ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ｓｕｂｕｎｉｔｓ ｐｒｏｖｉｄｅ ａ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｅｘｐｌａｎａｔｉｏｎ ｆｏｒ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）．Ｃｅｌｌ １２１：２５７−２７０）。大腸菌および多くの病原菌のリボソーム中のＡ７５２〜Ｕ２６０９塩基対の存在により、ケトライドの側鎖の相互作用のこの特異的モードを説明できる。２３Ｓ ｒＲＮＡ配列差異のために、このような塩基対の形成は、Ｄ．ラジオデゥランスまたはＨ．マリスモルツイでは、不可能である。従って、大腸菌リボソームと複合化したケトライドの構造は、病原菌のリボソームと薬剤との相互作用をより正確に反映していると思われる。

【0072】

ＣＥＭ−１０１およびテリスロマイシンの側鎖の一般的に類似した向きにもかかわらず、それらの化学の構造の差異が、結合モードの重要な差異をもたらす。ＣＥＭ−１０１原子に対する原子変位パラメータ（ＡＤＰ）精密化では、ＣＥＭ−１０１の伸長アームは、テリスロマイシンの側鎖と比較して有意に低いＡＤＰ値を示し、一方、両ケースで、他の全ての抗生物質原子に対する平均ＡＤＰ値が非常に似ている事を示している。リボソーム中の結合部位でのより良好なＣＥＭ−１０１の繋留を反映しているこの差異は、ＣＥＭ−１０１の側鎖中のアミノフェニルの環外のアミノ基の追加の水素結合相互作用から生じている可能性がある。特に、アミノ基は、Ａ７５２のＯ４′およびＧ７４８のＯ６に対するＨ−結合ドナーとして作用し、一方、それは、Ｇ７４８のＮ１からのＨ−結合受容体であるように思われる。これらの相互作用のいずれも、テリスロマイシンでは不可能である。

【0073】

テリスロマイシンおよびいくつかの他のケトライドに比べたＣＥＭ−１０１の明らかな特徴は、ラクトン環のＣ２位置のフッ素原子の存在である。大腸菌リボソームに結合したＣＥＭ−１０１の構造で、フッ素原子は、Ｃ２６１１のグリコシド結合（原子Ｎ１）から２．７ Åの距離に位置しており、従って、薬剤結合に寄与することが潜在的に可能である。いくつかの報告が、ケトライドの活性に対する２−Ｆの重要性を疑問視したが（Ｋｅｙｅｓ、Ｒ．Ｆ．、Ｊ．Ｊ．Ｃａｒｔｅｒ、Ｅ．Ｅ．Ｅｎｇｌｕｎｄ、Ｍ．Ｍ．Ｄａｌｙ、Ｇ．Ｇ．Ｓｔｏｎｅ、Ａ．Ｍ．Ｎｉｌｉｕｓ、ａｎｄ Ｚ．Ｍａ．２００３．いくつかの主要エリスロマイシン耐性の病原体に対する改善された活性を有する６−Ｏ−アリールブチニルケトライドの合成と抗菌活性（Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ａｎｄ ａｎｔｉｂａｃｔｅｒｉａｌ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ６−Ｏ−ａｒｙｌｂｕｔｙｎｙｌ ｋｅｔｏｌｉｄｅｓ ｗｉｔｈ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ａｃｔｉｖｉｔｙ ａｇａｉｎｓｔ ｓｏｍｅ ｋｅｙ ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｐａｔｈｏｇｅｎｓ）．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．４６：１７９５−１７９８）、ＣＥＭ−１０１のＭＩＣ値とフッ素原子の無いその類似体の値との比較では、ＣＥＭ−１０１が、ｅｒｍメチルトランスフェラーゼ遺伝子を有する連鎖球菌の増殖をより容易に抑制することを示した（表３）。従って、Ｃ２炭素原子のフッ素化は、Ａ２０５８部位でジメチル化されたリボソームへの薬剤のより強い結合に特異的に寄与できる。大腸菌リボソームに複合化したＣＥＭ−１０１の構造で、フッ素原子は、Ｃ２６１１のＮ１から２．７ Åに位置にある。

【表2】

【0074】

実施例：ＣＥＭ−１０１の野性型大腸菌および黄色ブドウ球菌リボソームとの溶液中の相互作用。結晶状態では、リボソームへの薬剤の結合は、溶液中の結合とは異なる可能性があり、また、生化学的、遺伝子的、および結晶学的証拠が、同じ化合物が異なる種のリボソームとの異なる相互作用を呈する可能性があることを示しているために（Ｂｏｔｔｇｅｒ、Ｅ．Ｃ．２００６．薬剤標的としてのリボソーム（Ｔｈｅ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ａｓ ａ ｄｒｕｇ ｔａｒｇｅｔ）．Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２４：１４５−１４７）、ＲＮＡフットプリント法を使って大腸菌および黄色ブドウ球菌リボソームとの相互作用をプロービングして、ＣＥＭ−１０１結合の構造的調査を拡張することにより、大腸菌リボソームに結合したＣＥＭ−１０１の結晶構造がグラム陽性病原体のリボソームとの薬剤の相互作用を正確に反映しているかどうかの疑問について、調査を行った（Ｍｏａｚｅｄ、Ｄ．、ａｎｄＨ．Ｆ．Ｎｏｌｌｅｒ．１９８７．クロラムフェニコール、エリスロマイシン、カルボマイシンおよびベルナマイシンＢは、２３ＳリボソームＲＮＡのペプチジルトランスフェラーゼ領域中の重畳部位を保護する（Ｃｈｌｏｒａｍｐｈｅｎｉｃｏｌ、ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ、ｃａｒｂｏｍｙｃｉｎ ａｎｄ ｖｅｒｎａｍｙｃｉｎＢ ｐｒｏｔｅｃｔ ｏｖｅｒｌａｐｐｉｎｇ ｓｉｔｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｐｅｐｔｉｄｙｌ ｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ ｒｅｇｉｏｎ ｏｆ ２３Ｓ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ ＲＮＡ）．Ｂｉｏｃｈｉｍｉｅ ６９：８７９−８８４）。この調査には、また、ＣＥＭ−１０１のＣ３−クラジノース同族であり、Ｃ２連結フッ素原子が無いＣＥＭ−１０３も含めた。

【0075】

他の調査マクロライドおよびケトライドと同様に、ＣＥＭ−１０１およびＣＥＭ−１０３は、２３Ｓ ｒＲＮＡのドメイン Ｖ中のＡ２０５８およびＡ２０５９を、ＤＭＳによる修飾から保護する。結晶構造から推測できるように、これらの保護は、Ｃ５デソサミン糖により与えられ、これは、Ａ２０５８およびＡ２０５９残基により形成される間隙に極めて接近している。さらに、大腸菌リボソームと複合化したＣＥＭ−１０１（およびテリスロマイシン）の結晶構造に極めて良く合致して、ＣＥＭ−１０１、ならびにテリスロマイシンおよびＣＥＭ−１０３は、大腸菌および黄色ブドウ球菌リボソームの両方中でＡ７５２をＤＭＳ修飾から強力に保護する。対照的に、伸長側鎖を欠くエリスロマイシンは、ＤＭＳ修飾からＡ７５２を保護できない。従って、結晶状態で認められるＣＥＭ−１０１側鎖とＡ７５２−Ｕ２６０９塩基対の相互作用は、リボソームへの薬剤の溶液中の結合を正確に反映していると思われる。Ｃ２フッ素の欠如またはＣＥＭ−１０３中のＣ３クラジノースの存在は、フットプリント形式では、何らの差異ももたらさず、これらの薬剤成分が、ＤＭＳ修飾のために接近できるｒＲＮＡ残基と接触しないことが確認できる。

【0076】

重要なことであるが、大腸菌のリボソーム中でのＣＥＭ−１０１のフットプリント形式は、黄色ブドウ球菌のリボソームの場合の形式と区別がつかず、このことは、本明細書記載の大腸菌リボソームと複合化したＣＥＭ−１０１の高分解能構造は、グラム陽性病原体のリボソームへの薬剤の結合を正確に反映している可能性があることを示している。

【0077】

実施例：Ａ２０５８でＥｒｍメチルトランスフェラーゼによりジメチル化された黄色ブドウ球菌リボソームとＣＥＭ−１０１の相互作用。Ｅｒｍメチルトランスフェラーゼは、アデニン塩基の環外アミノ基に２つのメチル基を連続して付加することにより、２３Ｓ ｒＲＮＡ中のＡ２０５８を修飾する。このような修飾は、エリスロマイシンおよび類似のマクロライドの結合を完全に遮断するが、一方、ケトライドの結合への効果は、あまり明らかではない（Ｄｏｕｔｈｗａｉｔｅ、Ｓ．、Ｌ．Ｈ．Ｈａｎｓｅｎ、ａｎｄ Ｐ．Ｍａｕｖａｉｓ．２０００．ＭＬＳ耐性リボソームのマクロライド−ケトライド抑制は、 ２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＲとの代替薬剤相互作用により改善される（Ｍａｃｒｏｌｉｄｅ−ｋｅｔｏｌｉｄｅ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ＭＬＳ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ ｒｉｂｏｓｏｍｅｓ ｉｓ ｉｍｐｒｏｖｅｄ ｂｙ ａｌｔｅｒｎａｔｉｖｅ ｄｒｕｇ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎ ｗｉｔｈ ｄｏｍａｉｎ Ｒ ｏｆ ２３Ｓ ｒＲＮＡ）．Ｍｏｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３６：１８３−１９３；Ｌｉｕ、Ｍ．、ａｎｄ Ｓ．Ｄｏｕｔｈｗａｉｔｅ．２００２．ケトライドテリスロマイシンの活性は、細菌ｒＲＮＡのＥｒｍモノメチル化に無関係である（Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｔｈｅ ｋｅｔｏｌｉｄｅ ｔｅｌｉｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ｉｓ ｒｅｆｒａｃｔｏｒｙ ｔｏ Ｅｒｍ ｍｏｎｏｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｒＲＮＡ）．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．４６：１６２９−１６３３）。従って、Ｔｎ５５４トランスポゾン中に存在する構成的発現ｅｒｍＡ遺伝子の５つの染色体コピーを保有する臨床黄色ブドウ球菌株Ｎ３１５から単離されたリボソームとＣＥＭ−１０１の相互作用（Ｋｕｒｏｄａ、Ｍ．、Ｔ．Ｏｈｔａ、Ｉ．Ｕｃｈｉｙａｍａ、Ｔ．Ｂａｂａ、Ｈ．Ｙｕｚａｗａ、Ｉ．Ｋｏｂａｙａｓｈｉ、Ｌ．Ｃｕｉ、Ａ．Ｏｇｕｃｈｉ、Ｋ．Ａｏｋｉ、Ｙ．Ｎａｇａｉ、Ｊ．Ｌｉａｎ、Ｔ．Ｉｔｏ、Ｍ．Ｋａｎａｍｏｒｉ、Ｈ．Ｍａｔｓｕｍａｒｕ、Ａ．Ｍａｒｕｙａｍａ、Ｈ．Ｍｕｒａｋａｍｉ、Ａ．Ｈｏｓｏｙａｍａ、Ｙ．Ｍｉｚｕｔａｎｉ−Ｕｉ、Ｎ．Ｋ．Ｔａｋａｈａｓｈｉ、Ｔ．Ｓａｗａｎｏ、Ｒ．Ｉｎｏｕｅ、Ｃ．Ｋａｉｔｏ、Ｋ．Ｓｅｋｉｍｉｚｕ、Ｈ．Ｈｉｒａｋａｗａ、Ｓ．Ｋｕｈａｒａ、Ｓ．Ｇｏｔｏ、Ｊ．Ｙａｂｕｚａｋｉ、Ｍ．Ｋａｎｅｈｉｓａ、Ａ．Ｙａｍａｓｈｉｔａ、Ｋ．Ｏｓｈｉｍａ、Ｋ．Ｆｕｒｕｙａ、Ｃ．Ｙｏｓｈｉｎｏ、Ｔ．Ｓｈｉｂａ、Ｍ．Ｈａｔｔｏｒｉ、Ｎ．Ｏｇａｓａｗａｒａ、Ｈ．Ｈａｙａｓｈｉ、ａｎｄ Ｋ．Ｈｉｒａｍａｔｓｕ．２００１．メチシリン耐性黄色ブドウ球菌の全ゲノムシーケンシング（Ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｍｅｔｉｃｉｌｌｉｎ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅａｃｓ）．Ｌａｎｃｅｔ ３５７：１２２５−１２４０）を、調査した。黄色ブドウ球菌Ｎ３１５株から単離したリボソームをＡ２０５８残基位置で完璧にジメチル化したが、これは、この株から調製したリボソームへの［１４Ｃ］エリスロマイシンの結合の欠如と良く一致する（データは示さず）。

【0078】

フットプリント法分析を使って、ケトライド（ＣＥＭ−１０１およびテリスロマイシン）およびクラジノース含有マクロライド（ＣＥＭ−１０３およびエリスロマイシン）と黄色ブドウ球菌Ｎ３１５株から単離した２０５８−ジメチル化リボソームとの相互作用を試験した。リボソームを薬剤（１００μＭ濃度）と共にインキュベートし、ＤＭＳ修飾によりプロービングした。ジメチル化Ａ２０５８が、ＲＮＡテンプレートに沿った逆転写酵素の進行を遮断するために、顕著な逆転写酵素停止が、プライマー伸長法ゲル上のＡ２０５８で観察される（Ｖｅｓｔｅｒ、Ｂ．、ａｎｄ Ｓ．Ｄｏｕｔｈｗａｉｔｅ．１９９４．２３Ｓ ｒＲＮＡのドメインＶは、ＥｒｍＥメチルトランスフェラーゼによる認識に必要な全ての構造上の要素を含む（Ｄｏｍａｉｎ Ｖ ｏｆ ２３Ｓ ｒＲＮＡ ｃｏｎｔａｉｎｓ ａｌｌ ｔｈｅ ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｅｌｅｍｅｎｔｓ ｎｅｃｅｓｓａｒｙ ｆｏｒ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｂｙ ｔｈｅ ＥｒｍＥ ｍｅｔｈｙｌｔｒａｎｓｆｅｒａｓｅ）．Ｊ．Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ．１７６：６９９９−７００４；Ｚｈｏｎｇ、Ｐ．、Ｚ．Ｃａｏ、Ｒ．Ｈａｍｍｏｎｄ、Ｙ．Ｃｈｅｎ、Ｊ．Ｂｅｙｅｒ、Ｖ．Ｄ．Ｓｈｏｒｔｒｉｄｇｅ、Ｌ．Ｙ．Ｐｈａｎ、Ｓ．Ｐｒａｔｔ、Ｊ．Ｃａｐｏｂｉａｎｃｏ、Ｋ．Ａ．Ｒｅｉｃｈ、Ｒ．Ｋ．Ｆｌａｍｍ、Ｙ．Ｓ．Ｏｒ、ａｎｄ Ｌ．Ｋａｔｚ．１９９９．マクロライドおよびケトライドによるＭＬＳ耐性肺炎連鎖球菌のリボソームメチル化の誘導（Ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ ｏｆ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｍｅｔｈｙｌａｔｉｏｎ ｉｎ ＭＬＳ−ｒｅｓｉｓｔａｎｔ Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ ｂｙ ｍａｃｒｏｌｉｄｅｓ ａｎｄ ｋｅｔｏｌｉｄｅｓ）．Ｍｉｃｒｏｂ．ＤｒｕｇＲｅｓｉｓｔ．５：１８３−１８８）。従って、フットプリント法を使って、マクロライドと黄色ブドウ球菌Ｎ３１５リボソーム中のこの位置との相互作用を評価することは、不可能である。しかし、Ａ２０５９バンドの強度の調査は、ＣＥＭ−１０１とＣＥＭ−１０３の両方がＥｒｍ修飾リボソームに結合し（エリスロマイシンはそうではないが）、ＤＭＳ修飾からＡ２０５９の保護をもたらす可能性があることを明確に示した。テリスロマイシンも、また、Ａ２０５９を保護したが、その程度はＣＥＭ−１０１またはＣＥＭ−１０３より小さかった。さらに広範なケトライドおよびＣＥＭ−１０３の黄色ブドウ球菌リボソームに対する結合分析のために、さらに２つの修飾試薬：グアノシンを修飾するケトキサール、およびウリジンを修飾する１−シクロヘキシル−３−（２−モルホリノエチル）−カルボジイミドメト−ｐ−トルエンスルホナート（ＣＭＣＴ）、を含めることにより、フットプリント法調査を拡張した（Ｃ．Ｗ．Ｊ．Ｓｍｉｔｈ（ｅｄ．）、ＲＮＡ：タンパク質相互作用、実用手法（ＲＮＡ：Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ、Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ）．Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、中の、Ｍｅｒｒｙｍａｎ、Ｃ．、ａｎｄ Ｈ．Ｆ．Ｎｏｌｌｅｒ．１９９８．ＲＮＡ上の結合部位のフットプリント法および修飾干渉分析（Ｆｏｏｔｐｒｉｎｔｉｎｇ ａｎｄ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ−ｉｎｔｅｒｆｅｒｅｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅｓ ｏｎ ＲＮＡ）、ｐ．２３７−２５３．）。ケトキサールプロービングでは、ＣＥＭ−１０１およびＣＥＭ−１０３は、ケトキサール修飾からＧ２５０５を部分的に保護し、ＣＭＣＴを使った修飾からＵ２６０９を完全に保護することを示した。テリスロマイシンは、両位置で顕著に弱い保護をもたらした。エリスロマイシンは、両位置のどちらも保護しなかったが、Ａ２０５８のジメチル化は、エリスロマイシン結合を妨害することが知られているという事実と一致した（Ｗｅｉｓｂｌｕｍ、Ｂ．１９９５．リボソーム修飾によるエリスロマイシン耐性（Ｅｒｙｔｈｒｏｍｙｃｉｎ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ ｂｙ ｒｉｂｏｓｏｍｅ ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ）．Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．３９：５７７−５８５）。

【0079】

フットプリント法調査の結果から導き出すことができる総括的結論は、（ヘテロ）アリール基を有する伸長アルキル側鎖を持つマクロライドは、充分に高い濃度で存在する場合には、Ｅｒｍメチルトランスフェラーゼの作用によりＡ２０５８部位でジメチル化されたリボソームに結合することができるということである。また、ＣＥＭ−１０１およびＣＥＭ−１０３の側鎖は、トリアゾール成分、ならびにアミノフェニル成分およびＡ７５２〜Ｕ２６０９塩基対との明らかな追加の相互作用を特徴とし、テリスロマイシンに比べてより効率的結合を示すことも、明らかである。

【0080】

実施例：表中に示した新規マクロライド薬剤を使った従来の選別法による選別結果を下表に示す。

【表3】

【0081】

実施例：新規マクロライド薬剤の調製。新規マクロライド薬剤は、大環状分子およびその置換基の調製用の当技術分野で既知の方法に類似の方法を使って、または本明細書記載の方法によって、調製可能である。以下の実施例は、本発明の具体的実施形態をさらに説明するが；しかし、下記の例示的実施例は、決して本発明を限定すると解釈されるべきではない。実施例で使用される省略には、下記が含まれる：ＤＣＭ、ジクロロメタン；ＤＭＡＰ、４−ジメチルアミノピリジン；ＤＭＳＯ、ジメチルスルホキシド；ＥＡ、酢酸エチル；１Ｈ−ＮＭＲ、水素イオン核磁気共鳴分光測定法；ＭｅＯＨ、メタノール；Ｍｗ、分子量；ＲＴ、室温（環境温度）；ＴＨＦ、テトラヒドロフラン；ＴＬＣ、薄層クロマトグラフィー。

【0082】

実施例：調製１．クラリスロマイシンジベンゾアート。
ａ．エリスロマイシンＡ９−オキシム（１）の合成。エリスロマイシン Ａ（１５ｇ、２０．４ｍｍｏｌ）、ＮＨ２ＯＨ．ＨＣｌ（７．３ｇ、１０５ｍｍｏｌ）およびトリエチルアミン（７ｇ、６９ｍｍｏｌ）のＭｅＯＨ（２３ｍＬ）中混合物を、一晩加熱還流した。反応の間に白色固体が生成した。反応混合物を小容量に濃縮した。得られた残渣に、混合物のｐＨが約１０〜１１になるまで、０℃で希釈ＮＨ４ＯＨ水溶液を添加した。この処理の間に、混合物から追加の固形物が析出した。混合物を濾過し、集めた固形物を水で洗浄し、減圧下乾燥して、１４．２ｇの（１）を９３％収率で粒状固体として得た。得られた（１）のＴＬＣ分析（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ：ＮＨ４ＯＨ＝９０：１０：１）は、低い位置のスポットの極わずかな混入物を示し、これはＺ−異性体に帰属された。得られた（１）の質量分析は、主要ピークとして、目的の生成物の分子量（Ｍｗ：７４９）のピークを示した。生成物の１Ｈ−ＮＭＲ分析は、目的の（１）と目的の（１）のＨＣｌ塩の混合物であることを示した。粗生成物を精製しないで、次のステップの反応用として使用した。

【0083】

ｂ．Ｏ−（２−メトキシ−２−プロピル）エリスロマイシン Ａ９−オキシム（２）の合成。（１）（３ｇ、４ｍｍｏｌ）の無水ジクロロメタン（ＤＣＭ、２１ｍＬ）中溶液に、２−メトキシプロペン（１．５ｇ、２０．８ｍｍｏｌ）、続けて、ピリジン塩酸塩（０．７２ｇ、６．２ｍｍｏｌ）を０ ℃で添加した。添加後、反応混合物を０ ℃で３０分攪拌した。反応混合物（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ：ＮＨ４ＯＨ＝９０：１０：１）のＴＬＣ分析は、少量のみの生成物と大量の未反応で残存の（１）を示した。反応混合物を冷却して０ ℃に戻した。この混合物に、別の０．５ｇの２−メトキシプロペン（６．９ｍｍｏｌ）を添加した。混合物を０℃でさらに０．５時間攪拌した。反応混合物のＴＬＣ分析は、まだ、不完全な反応を示した。従って、さらなる０．５ｇの２−メトキシプロペン（６．９ｍｍｏｌ）と、それに続いて、別の０．１ｇのピリジン塩酸塩（０．８６ｍｍｏｌ）を、０ ℃で反応混合物に添加した。反応混合物を０℃でさらに１５分間攪拌した。反応混合物のＴＬＣ分析は、出発材料が残存しないことを示した。反応混合物を、ＮａＨＣＯ３飽和水溶液で希釈した。ＤＣＭ層を分離させ、水性層をＤＣＭで抽出した。合わせたＤＣＭ層をブラインで洗浄し、ＭｇＳＯ４上で乾燥後、濃縮乾固し、３．３ｇの粗生成物を白色発泡体として定量的収率で得た。粗製（２）の質量分析は、目的の生成物ピークを主要ピーク（Ｍｗ：８２１）として、過剰反応副産物に帰属された分子量８６１の極少量のピークと共に示した。粗製（２）の１Ｈ−ＮＭＲは、２−メトキシプロパン−２−オールおよびピリジンと思われるの混入物と共に、目的の（２）の構造を示した。この粗生成物をさらに精製しないで次のステップの反応に使用した。

【0084】

ｃ．２′、４′′−ジベンゾイル−Ｏ−（２−メトキシ−２−プロピル）エリスロマイシン Ａ９−オキシム（３）の合成。（２）（４．１ｇ、５ｍｍｏｌ）の酢酸エチル（６５ｍＬ）中溶液に、安息香酸無水物（４．５ｇ、２０ｍｍｏｌ）、続けて、トリエチルアミン（１．２６ｇ、１２．５ｍｍｏｌ）およびＤＭＡＰ（０．９ ｇ、７．４ｍｍｏｌ）をＲＴで添加した。得られた混合物をＲＴで３６時間攪拌した。反応混合物をＮａＨＣＯ３飽和水溶液で希釈した。ＥＡ層を分離させ、水性層をＥＡで抽出した。合わせたＥＡ層をブラインで洗浄し、ＭｇＳＯ４上で乾燥後、濾過して乾燥剤を除去し、濃縮乾固した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ：ＮＨ４ＯＨ＝９７：３：０．３）に供し、４．２ｇの（３）を８０％の収率で白色固体として得た。得られた（３）の質量分析は、目的生成物の分子量（Ｍｗ：１０２９）のピークを主要成分ピークとして示した。得られた（３）の１Ｈ−ＮＭＲ分析は、標記生成物の構造を示した。

【0085】

ｄ．２′、４′′−ジベンゾイル−Ｏ−（２−メトキシ−２−プロピル）−６−Ｏ−メチルエリスロマイシン Ａ９−オキシム（４）の合成。（３）（３．８ｇ、３．７ｍｍｏｌ）の無水ＴＨＦ（１５ｍＬ）および無水ＤＭＳＯ（１５ｍＬ）中溶液を０℃に冷却した。この溶液に、粉末状ＫＯＨ（０．４６ｇ、８．２ｍｍｏｌ）、続けて、ヨウ化メチル（１．０６ｇ、７．５ｍｍｏｌ）を０℃で添加した。得られた反応混合物を０℃で５分間攪拌した。それは、粘稠なペーストに変化し、攪拌を停止させた。この混合物を５分間かけてＲＴまで暖めたが、混合物は粘稠なペーストのままであった。従って、さらなる１５ｍＬのＴＨＦおよび１５ｍＬのＤＭＳＯを反応混合物に加えた。添加後、反応混合物は、易流動性懸濁液に変わった。混合物をＲＴでさらに０．５時間攪拌し、ＮａＨＣＯ３飽和水溶液で希釈し、酢酸エチルで抽出した。酢酸エチル抽出物をブラインで洗浄し、ＭｇＳＯ４上で乾燥後、濃縮乾固した。得られた残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー（ＤＣＭ：ＭｅＯＨ：ＮＨ４ＯＨ＝９７：３：０．３）に供し、２．８３ｇの（４）を７３％の収率で白色固体として得た。単離（４）の質量分析は、目的生成物のピーク（Ｍｗ：１０４３）を主要成分として、過剰メチル化副産物の質量を有するＭｗ１０５７の小さいピークと共に示した。単離（４）の１Ｈ−ＮＭＲ分析は、標記生成物の構造と一致する。

【0086】

ｅ．クラリスロマイシンジベンゾアート［２′、４′′−ジベンゾイル−６−Ｏ−メチル−エリスロマイシンＡ］の合成。（４）（８００ｍｇ、０．７８ｍｍｏｌ）のエタノール（８ｍＬ）および水（８ｍＬ）中溶液に、メタ重亜硫酸ナトリウム（７４０ｍｇ、３．８９ｍｍｏｌ）をＲＴで加えた。ギ酸（１．５ｍＬ）を添加して、得られた混合物のｐＨを２〜３に調節した。混合物を６０℃で１時間加熱した。反応混合物の質量分析は、少量の生成物と、大量の脱保護されたオキシム中間体（Ｍｗ：９７１）を示した。この反応混合物に、さらなる２ｇのメタ重亜硫酸ナトリウム（１０．５ｍｍｏｌ）を添加した。混合物を６０℃でさらに７時間攪拌し、ＲＴに冷却した。反応が進行するにつれ、反応混合物から白色固体が析出沈殿した。反応混合物を希釈ＮａＨＣＯ３水溶液を用いて、８〜９のｐＨまで中和し、得られた混合物を濾過した。集めた白色固体を減圧乾燥して、７６０ｍｇのクラリスロマイシンジベンゾアートを得た。この粗生成物を２００ｍｇの１１スケールでのパイロットランから得た粗生成物と合わせて、シリカゲルカラムクロマトグラフィーに供し、７３０ｍｇのクラリスロマイシンジベンゾアートを７９％収率で得た。精製された生成物の質量分析は、目的の生成物のピーク（Ｍｗ：９５６）を主要成分として、前のステップから持ち込まれたＣ−１１ヒドロキシメチル化不純物に帰属された９７０のＭｗの小さいピークと共に示した。精製された生成物の１Ｈ−ＮＭＲ分析は、クラリスロマイシンジベンゾアートの目的の構造を示した。

【0087】

実施例：調製２．１１−Ｎ−（４−アジドブチル）−５−Ｏ−（２′−ベンゾイルデソサミニル）−６−Ｏ−メチル−３−オキソ−エリスロノリド Ａ１１、１２−環状カルバマート。アジ化物は、国際公開第２００９／０５５５５７ Ａ１号（米国特許公開第２０１０−０２１６７３１ Ａ１号）の実施例５または実施例５Ａ、および前出の実施例に記載の方法を使って、クラリスロマイシンジベンゾアートから得ることができる。

【0088】

実施例：調製３．１１−Ｎ−（４−アジドブチル）−５−Ｏ−（２′−ベンゾイルデソサミニル）−２−フルオロ−６−Ｏ−メチル−３−オキソ−エリスロノリド Ａ１１、１２−環状カルバマート。アジ化物は、国際公開第２００９／０５５５５７ Ａ１号（米国特許公開第２０１０−０２１６７３１ Ａ１号）の実施例６または実施例６Ｂ、および前出の実施例に記載の方法を使って、クラリスロマイシンジベンゾアートから得ることができる。

【0089】

実施例：比較例 １．１１−Ｎ−［４−［４−（３−アミノフェニル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］−ブチル］−６−Ｏ−メチルエリスロマイシン Ａ１１、１２−環状カルバマート（ＣＥＭ−１０３）の合成。この化合物は、２′、４′′−ジ−Ｏ−ベンゾイル−１１−Ｎ−（４−アジドブチル）−６−Ｏ−メチルエリスロマイシン Ａ１１、１２−環状カルバマート、国際公開第２００９／０５５５５７号の実施例３から、ＣＥＭ−１０１の調製用に記載されたものに類似の方法を使って、調製できる。

【0090】

実施例：比較例 ２．１１−Ｎ−［４−［４−（３−アミノフェニル）［１、２、３］トリアゾール−１−イル］−ブチル］−５−Ｏ−デソサミニル−６−Ｏ−メチル−３−オキソ−エリスロノリド Ａ１１、１２−環状カルバマート（デスフルオロＣＥＭ−１０１、ＣＥＭ−Ｄｅｓ−Ｆ）の合成。この化合物は、上記調製２のアジ化物から、ＣＥＭ−１０１の調製用に記載されたものに類似の方法を使って、調製できる。

【0091】

実施例：比較例 ３．５−Ｏ−デソサミニル−１１−Ｎ−［４−［４−（インドール−３イルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル］−６−Ｏ−メチル−３−オキソ−エリスロノリド Ａ１１、１２−環状カルバマート（ＣＥＭ−１９９）の合成。分子式：Ｃ４６Ｈ６８Ｎ６Ｏ１０；正確な質量：８６４．５０；分子量：８６５．０７。

【化6】

この化合物は、上記調製２のアジ化物から、ＣＥＭ−１０１の調製用に記載されたものと類似の方法を使って調製できる。

【0092】

実施例：２−フルオロ−５−Ｏ−デソサミニル−１１−Ｎ−［４−［４−（インドール−３−イルメチル）−［１、２、３］トリアゾール−１−イル］ブチル］−６−Ｏ−メチル−３−オキソ−エリスロノリド Ａ１１、１２−環状カルバマート（ＣＥＭ−２１９）の合成。分子式：Ｃ４６Ｈ６７ＦＮ６Ｏ１０；正確な質量：８８２．４９；分子量：８８３．０６。

【化7】

この化合物は、上記調製３のアジ化物から、ＣＥＭ−１０１の調製用に記載されたものと類似の方法を使って調製できる。