特許 6096781 生化学データ分析システム及び方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】6096781

(24)【登録日】2017年2月24日

(45)【発行日】2017年3月15日

(54)【発明の名称】生化学データ分析システム及び方法

(51)【国際特許分類】

   G01N 35/00 20060101AFI20170306BHJP

【ＦＩ】

   G01N35/00 A

【請求項の数】17

【全頁数】26

(21)【出願番号】特願2014-532077(P2014-532077)

(86)(22)【出願日】2012年9月24日

(65)【公表番号】特表2014-528080(P2014-528080A)

(43)【公表日】2014年10月23日

(86)【国際出願番号】US2012056939

(87)【国際公開番号】WO2013044244

(87)【国際公開日】20130328

【審査請求日】2015年9月24日

(31)【優先権主張番号】61/538,073

(32)【優先日】2011年9月22日

(33)【優先権主張国】US

(73)【特許権者】

【識別番号】591099809

【氏名又は名称】バイオ−ラッド ラボラトリーズ，インコーポレイティド

(74)【代理人】

【識別番号】100099759

【弁理士】

【氏名又は名称】青木 篤

(74)【代理人】

【識別番号】100092624

【弁理士】

【氏名又は名称】鶴田 準一

(74)【代理人】

【識別番号】100114018

【弁理士】

【氏名又は名称】南山 知広

(74)【代理人】

【識別番号】100165191

【弁理士】

【氏名又は名称】河合 章

(74)【代理人】

【識別番号】100151459

【弁理士】

【氏名又は名称】中村 健一

(72)【発明者】

【氏名】トッド イェック

(72)【発明者】

【氏名】ニールズ キルク トムセン

(72)【発明者】

【氏名】ジョン クロプトン ダナウェイ

【審査官】 渡邊 吉喜

(56)【参考文献】

【文献】 特開２００６−０１７６３７（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特開２０１０−２３０４２８（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特表２００９−５０１３３３（ＪＰ，Ａ）

【文献】 国際公開第２０１１／０３７０６９（ＷＯ，Ａ１）

【文献】 国際公開第９９／０１３３１６（ＷＯ，Ａ１）

【文献】 特開２００７−３３３４６６（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特開２０１０−１０７４３３（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特開２００９−０３６５１３（ＪＰ，Ａ）

(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）

Ｇ０１Ｎ３５／００−３７／００

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

コンピュータシステムにおいて、複数の生体サンプルのデータセットを受け取ることであって、
前記データセットは、各生体サンプルのための複数のフィールドを有し、前記データセットの少なくとも一部は、生体サンプルに関する実験から得られたものであり、
前記データセットは、複数の第１のフィールドと複数の第２のフィールドとを含み、
前記第１のフィールドのそれぞれは、それぞれの値が生体サンプルごとの各特性に対応する複数の値を含んでおり、
前記第２のフィールドのそれぞれは、それぞれの分析物に対応するとともに、実験における各分析物についてそれぞれの濃度が各生体サンプルに対応する複数の濃度を有することと、
前記複数の第１のフィールドから比較フィールドの選択を受け取ることと、
コンピュータシステムによって、前記比較フィールドの複数の値に基づく統計分析のための前記データセット内の生体サンプルのサブグループを識別することであって、前記生体サンプルのサブグループは、前記比較フィールドと同じ値を持つことと、
統計分析用に前記複数の第２のフィールドから分析物の選択を受け取ることと、
前記比較フィールドの各サブグループの前記選択された分析物のための統計情報を伝達するために、サブグループによって分けられた情報の表示を提供することと、
対照群リストから対照群の選択を受け取ることと、
前記サブグループが前記対照群に一致するかについての統計情報の表示の可視指示を提供することと、
を含む生化学データ分析方法。

【請求項2】

前記サブグループによって分けられた情報の表示を提供することは、各サブグループのグラフを表示することを含み、
各グラフは、濃度値の軸に沿って前記サブグループのそれぞれの濃度を表示する、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記比較フィールドの選択に基づく前記対照群リストを更新することを更に含み、
前記対照群は、前記比較フィールドの複数の値から特定のデータ値を表す、請求項１に記載の方法。

【請求項4】

前記統計情報の表示は一連のグラフを含み、それぞれのグラフは相異なるサブグループに対応しており、前記可視指示は左側に位置調整する方法で前記対照群に対応するグラフを表示することを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項5】

フィルタパラメータリストから第１のフィルタパラメータの選択を受け取ることであって、
前記フィルタパラメータリストは、前記複数の第１のフィールドの少なくとも一部を含み、前記第１のフィルタパラメータは、複数の第１の基準値を有することと、
前記複数の第１の基準値の一部の選択を受け取ることと、
前記複数の第１の基準値の一部の選択に対応する統計情報を表示することを更に含む、請求項１に記載の方法。

【請求項6】

選択されたフィルタパラメータに基づいた利用可能な基準値についてのユーザビューを再読み込みすることであって、
前記利用可能な基準値は、統計分析が実行されるデータのフィルタリングを可能とするものであることと、
前記再読み込みされたユーザビューに基づく基準値についての１以上のユーザの選択を受け取ることと、
前記選択されたフィルタリング基準に基づく統計分析のためのデータの前記サブグループをフィルタリングすることを更に含む、請求項５に記載の方法。

【請求項7】

前記フィルタパラメータリストから第２のフィルタパラメータの選択を受け取ることであって、
前記第２のフィルタパラメータは、複数の第２の基準値を有することと、
前記複数の第２の基準値の一部の選択を受け取ることと、
前記複数の第１の基準値の一部の選択及び前記複数の第２の基準値の一部の選択に対応する統計情報を表示することを更に含む、請求項５に記載の方法。

【請求項8】

前記第１のフィルタパラメータは前記比較フィールドではない、請求項５に記載の方法。

【請求項9】

統計分析の種類の選択を受け取ることと、
統計分析の前記受け取った種類に基づいて、前記選択された分析物に対応するデータの１以上の統計値を計算することと、
前記１以上の統計値を表示することを更に含む、請求項１に記載の方法。

【請求項10】

分析物のリストをテーブルで表示することを更に含み、
統計分析用に前記複数の第２のフィールドから分析物の選択を受け取ることは、前記テーブル内の分析物の選択を受け付けることを含み、
前記１以上の統計値は、前記選択された分析物に対応する１以上のセル内の前記テーブルに表示される、請求項９に記載の方法。

【請求項11】

前記複数の生体サンプルの前記データセットのカスタム属性の定義を受け取ることを更に含み、
前記カスタム属性は、前記複数の第１のフィールドの一つに対応するユーザが提供した属性である、請求項１に記載の方法。

【請求項12】

前記複数の第２のフィールドの少なくとも一つは、細胞型に対応する、請求項１に記載の方法。

【請求項13】

前記コンピュータシステムのユーザインタフェース（ＵＩ）画面の第１の領域の前記複数の第１のフィールドのリストを、前記ＵＩ画面のドロップダウンボックスの選択に応答して表示することを更に含み、
前記比較フィールドの選択は、前記複数の第１のフィールドのリストからであることを更に含む、請求項１に記載の方法。

【請求項14】

前記ＵＩ画面の第２の領域の前記複数の第２のフィールドのリストを表示することを更に含み、
前記分析物の選択は、前記複数の第２のフィールドのリストからであることを更に含む、請求項１３に記載の方法。

【請求項15】

前記サブグループによって分けられた情報を、可視的な比較を容易にするために前記ＵＩ画面の第３の領域内に表示する、請求項１４に記載の方法。

【請求項16】

請求項１から１５のうちのいずれか一項に記載の生化学データ分析方法をコンピュータに実行させる、生化学データ分析コンピュータプログラム。

【請求項17】

データベースシステムと、
請求項１から１５のうちのいずれか一項に記載の生化学データ分析方法を実行するように構成された１以上のプロセッサと、
を含む生化学データ分析システム。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の引用
本出願は、２０１１年 ９月２２日に出願された米国仮出願第６１／５３８，０７３号（名称「生化学データ分析システムおよび方法」）の優先権を主張する正規の出願であり、あらゆる目的上、その全ての内容が引用されることにより本明細書に組み込まれる。

【0002】

本発明は、一般に生化学データ分析に関し、より具体的には、ユーザが提供するパラメータを用いて生化学データの分析に関する。

【背景技術】

【0003】

生化学実験データの分析は、大部分は手作業のままである。ユーザは、さまざまな実験手段（ソフトウエアプログラムの出力結果を含む）を通し、生体サンプルを用いて実施された研究の実験データを得る。そのようなデータは、特性が多種多様で膨大な量になることがあり、そのために、管理や分析には厄介となる。現在のユーザは、評価や比較のためデータセット全体からデータ分類を選択する目的や、統計的な計算値やグラフ作成のためのマクロを提供する目的として、Ｅｘｃｅｌ（登録商標）を使用することが多いが、スプレッドシートにデータをインポートするため、多くの手動手順を実施する。手動の解決策は、時間がかかり、間違いが発生しやすく、そして、潜在的なビジネスリスクがあり、ユーザにとって実施や管理が困難である。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0004】

データセットをスライスする方法についての情報を手軽に提供し、そして、データのサブセット、統計情報のユーザビュー及び／又はデータの再計算値（データとグラフの統計量）を自動的に更新するためのインタフェイスとシステムを、現在、ユーザは、容易に使うことができない。

【0005】

したがって、上記及びその他の問題を克服するシステム及び方法を提供することが望ましい。

【0006】

本実施形態によって、生化学データ分析方法及びシステムを提供することができる。例えば、データセットを受信することができ、比較フィールド（ｃｏｍｐａｒｅ ｆｉｅｌｄ）の選択は、統計分析を実行するデータのサブグループの作成に使用することができる。データセットのサブグループは、比較フィールドの選択に基づいて作成することができる。データの各サブグループについての統計情報は、計算されてユーザのディスプレイに表示することができる。さまざまな態様において、更なるデータセットの改良のために他の情報が提供される。一つの態様においては、ユーザは、対照群（ｃｏｎｔｒｏｌ ｇｒｏｕｐ）の選択を提供することができる。そのような選択により、対照群を示すグループの表示が指示されることになる。別の態様では、ユーザは、更にデータセットをフィルタリングするための情報を提供することができる。そのような情報は、統計分析のためのサブグループを作成する前に、データをフィルタリングするために使用され得る。

【課題を解決するための手段】

【0007】

一実施形態により、生化学データ分析方法が提供される。コンピュータシステムは、複数の生体サンプルのデータセットを受け取る。データセットは、各生体サンプルのための複数のフィールドを有し、データセットの少なくとも一部は、生体サンプルに関する実験から得られたものである。データセットは、複数の第１のフィールドを含んでいる。第１のフィールドのそれぞれは、それぞれの値が生体サンプルごとの各特性に対応する複数の値を含んでいる。データセットは、１以上の第２のフィールドも含んでいる。第２のフィールドのそれぞれは、それぞれの分析物に対応するとともに、実験における各分析物について複数の濃度を有している。各第２のフィールドのそれぞれの濃度は、各生体サンプルに対応している。複数の第１のフィールドから比較フィールドの選択を受け取る。コンピュータシステムは、比較フィールドの複数の値に基づく統計分析のためのデータセット内の生体サンプルのサブグループを識別する。サブグループは、比較フィールドと同じ値を持っている。統計分析用に１以上の第２のフィールドから分析物の選択を受け取る。比較フィールドの各サブグループの選択された分析物のための統計情報を伝達するために、サブグループによって分けられた情報の表示が提供される。

【0008】

他の実施形態として、本明細書に説明される方法に関連した、システム、装置、及びコンピュータ可読媒体を対象とする。

【0009】

図面及び特許請求の範囲を含む明細書の残りの部分の参照により、本発明の他の特徴及び効果を理解するであろう。本発明の更なる特徴及び効果はもちろんのこと、本発明のさまざまな実施形態の構造及び動作も、添付する図面と関連して以下に詳細に説明する。 図面において、同一の又は機能的に類似の要素は、同種の参照番号で示される。

【0010】

以下の図面において、同種の参照番号は、同種の要素を参照するために使用される。以下の図面は、本発明のさまざまな実施例を示すが、本発明は、図面に示された例に限定されない。

【図面の簡単な説明】

【0011】

【図1A】生化学分析コンポーネントのインスタンスを実行する生化学分析システムを示すブロック図である。

【図1B】、生化学分析アプリケーションの実施形態におけるさまざまなＧＵＩコンポーネントを示すブロック図である。

【図2】生化学データ分析システムの手順を示すフローチャートである。

【図3】生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面（ｐａｇｅ）のスクリーンショットを示しており、比較フィールドが選択されておらず、対照群が選択されていない画面を説明するものである。

【図4】生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面のスクリーンショットであり、選択する比較フィールドのためのドロップダウンリストと得られたグループの比較とを示している。

【図5】生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面のスクリーンショットであり、選択する対照群のためのドロップダウンリストと得られたグループの再編成と関連する計算値とを示している。

【図6】生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面のスクリーンショットであり、性別のフィルタパラメータを追加するためのドロップダウンリストと、データ更新された計算値が削減していることを説明するものである。

【図7】生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面のスクリーンショットであり、サンプルＩＤのフィルタパラメータを追加するためのドロップダウンリストを説明するものである。

【図8】生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面のスクリーンショットであり、フィルタリング基準を選択するためのチェックボックスを示している。

【図9】統計一覧表を示す生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面のスクリーンショットであり、比較フィールドは「病気（ｃｏｎｄｉｔｉｏｎ）」として選択され、対照群は「正常（ｎｏｒｍａｌ）」として選択され、フィルタ条件は「病気」にセットされ、全ての病気がフィルタリング基準として選択されたビューを示している。

【図10】本発明の実施形態に係るユーザインタフェイス（ＵＩ）画面の散布図１０００である。

【図11】生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面のスクリーンショットであり、システムのデータ修正及び注釈の一例を示している。

【図12】本発明の実施形態に係るシステム及び方法を含む例示的なコンピュータシステム１２００のブロック図を示す。

【発明を実施するための形態】

【0012】

研究者や他のユーザは、さまざまな分析物の濃度を測定するための血液サンプルを用いた実験などの、生体サンプルを用いた種々の実験を実行する。そのようなユーザは、さまざまな実験から集められたデータの分析が必要となるだろう。分析は、実験から得られたデータをデータベースにインポートするとともに、さまざまなツールを使用してインポートしたデータを分析することによって行うことができる。いくつかの場合においては、ユーザは、データの集団の特性を見抜くための実験データについての統計分析を実行したいであろう。一例として、分析は、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）データ又は他の生化学プロセスからのその他のデータで実行されてもよい。

【0013】

以下は、他のデータの例である。免疫測定データは、例えば、プレートベースの酵素結合免疫吸着検定法（ＥＬＩＳＡｓ）、平面アレイを含むフレーバー複合プラットフォーム、ビーズアッセイ法、流動細胞計測法（フローサイトメトリー）、及び、その他の測定技術、といったどのようなプラットフォームからでも出力されるが、未加工の蛍光（ｒａｗ ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ）、または、較正曲線から導出計算された換算濃度のいずれかを使用することができる。リアルタイムＰＣＲデータは、正規化された量、又は、発現倍率（ｆｏｌｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ）としても知られている相対的な量、又は、較正曲線から導出計算された値、のいずれかを使用できる。マイクロアレイデータは、典型的には、（いくつかのバックグラウンド除去によって修正されてもよい）未加工の蛍光値を使用する。質量分光データ（Ｍａｓｓ ｓｐｅｃｔｒｏｓｃｏｐｙ ｄａｔａ）は、通常、ピーク値より下の範囲の値を用いる。他のデータとして、通常、排気量で計る肺機能などの肺機能データ、血液化学（例えば、ＨＤＬ、コレステロール、肝酵素、その他の検査）、及び、物理的測定のデータ（例えば、骨密度、骨の長さ及び足首の周りの長さ（腫脹及び実験動物の測定など）など）を含むことができる。

【0014】

研究データをデータベースにインポートした後、データセットの統計を計算して計算値に関してユーザに情報を提供するための様々なユーザパラメータを取り込んだアプリケーションによって分析することができる。したがって、実施形態において、ユーザ定義にパラメータ化したデータを提供することができるが、このデータは、データセットを統計分析のためのデータのサブセットに分割するために使用され得るものである。サブセットは、データの各サブグループによって、データ提示及び統計情報、又はそのいずれか一方についての更新されたユーザビューを提供するために分析される。

【0015】

ユーザは、統計分析のために一定のパラメータを与えることができる。例えば、ユーザは、比較フィールド、対照群、統計的検定の種類、フィルタリングパラメータ及びフィルタリング基準等の選択を与えることができる。比較フィールドは、統計分析のためのデータセットに細分した、研究者にとって関心のあるフィールドを表すことができる。データセットが、各サンプルの癌の種類についての情報を含む複数の生体サンプルを用いた実験から得られるのだから、研究者は特定の癌の種類ごとの部分集団の特性（例えば、特定の分析物の濃度）を研究することに関心をもつであろう。このような場合、ユーザは、最適な比較フィールドとして「病状」フィールドを選択することができる。

【0016】

対照群は、対照実験のサブグループ又は部分集団のデータを意味し得る。例えば、上述したように、「病状」が比較フィールドとして選択された場合、「正常」又は「健常者」のデータ値は、対照群として選択することができる。そのようなグループは、他の全ての部分集団のデータセットと比較することにより、ベースラインを規定することができる。

【0017】

さらに、研究者は、データセットのさまざまな特性を見抜くため、データセットの更なるフィルタリングに関心を持つだろう。例えば、上記の「病状」部分集団の例で続けると、研究者は、男性被験者だけのさまざまな種類の癌の被分析物濃度を研究したいと希望する。そのような場合では、ユーザは、「病状」の比較フィールドの選択を与えるが、群として分析されて表示された特定の「病状」の全てのサンプルについてのデータと、群として同様に分析されて表示されたその他の「病状」のサンプルについてのデータという結果を得る。ユーザは、「正常」（すなわち、疾患なし）の対照群を選択し、性別（「男性だけ」と相等するような）などのフィルタリング情報をさらに提供することができる。他のパラメータは、生化学分析の自動化のため、ユーザが指定した、又は、システムが提供したものであってもよい。上記のパラメータは、あくまでも例示として提供されたものであり、請求された実施形態の範囲を限定するものではない。

【0018】

Ｉ．システムの概要
図１Ａは、生化学分析アプリケーションのインスタンスを実行する生化学分析システム１を示すブロック図である。さまざまな実施形態において、生化学分析システムは、実験データセットについてのユーザのインポート、統計計算のための様々なパラメータについてのユーザの選択、及び、統計情報の表示についての自動化された計算および更新、をサポートできる。一実施形態では、クライアントコンピュータ上でデータベースコンポーネント１０及び生化学分析アプリケーション２０が実行される。他の実施形態では、データベースコンポーネント１０及び生化学分析アプリケーション２０は、クライアントサーバアーキテクチャ等の、複数のコンピュータに分散されている。

【0019】

データベースコンポーネント１０は、実験のデータセット、ユーザ設定及びユーザ入力、並びに、算出値又は分析値を格納及び管理するために用いられ得る。データベースコンポーネント１０は、リレーショナルデータベース、オブジェクト指向データベース、又は、生物学的データ分析システムのロジックをサポートすることができる任意の他の適切なデータベースとすることができる。例えば、実施形態では、ＯＲＡＣＬＥ、ＳＱＬＳｅｒｖｅｒ、ＩＢＭ社のＤＢ２、及び、特許請求される実施形態の範囲から逸脱しないようなデータベースアーキテクチャーを用いて実施され得る。

【0020】

アプリケーション２０は、データベース１０に存在するデータの分析のためのユーザインタフェイスを提供することができる。一実施形態では、データベースは、アプリケーション２０の外部にあってもよい。別の実施形態では、データベースは、アプリケーション２０に組み込むことができる。さらに別の実施形態では、アプリケーションは、選択されたデータを処理するための組み込まれたデータ構造（データベースであってもよい）、及び、多くのユーザ、サンプル、及び、実験間でデータを保持することができる外部データベースを有することができる。アプリケーション２０は、生化学分析システムを実行するために必要な機能を達成することができる任意の言語で書かれてもよい。例えば、ＪＡＶＡ（登録商標）、．ＮＥＴ、Ｃ、Ｃ＋＋、Ｃ＃、又は、特許請求される実施形態の範囲から逸脱しないような他の適切な言語を使用して開発することができる。

【0021】

さまざまな実施形態においては、データベース１０及びアプリケーション２０、又はそのいずれか一方は、複数のマシン上で実行することができる。システムはまた、インターネットなどの任意のネットワークを介して動作し得る。インターネットの一実施形態については、データベース１０は、インターネットに接続されたネットワーク上に存在してもよいし、アプリケーション２０は、インターネットに接続された別のネットワーク上に存在してもよい。コンポーネント１０及び２０は、特許請求される実施形態の範囲から逸脱しないようなネットワークシステム上の適切な任意の方法で配置され得る。一実施形態では、データベースコンポーネント１０は、１以上の別個のデータベースマシン上で実行することができ、そのデータベースマシンは、アプリケーション２０の１以上のインスタンスと接続することができる。このような分散型クライアントサーバアプリケーションのユーザは、データベースに接続することができるが、そのデータベースへの接続は、例えば、専用のＴＣＰ／ＩＰポートと割り当てられたデータベースログインを使用するものがある。別の態様においては、インターネットのユーザは、ＨＴＴＰ接続及びＨＴＴＰＳ接続、又はそのいずれか一方を用いてデータベース１０に接続することができる。

【0022】

図１Ｂは、生化学分析アプリケーション２０の実施形態における種々のグラフィカルユーザインタフェイス（ＧＵＩ）コンポーネントを示すブロック図である。図示のように、アプリケーション２０は、分析物データテーブル５０、グラフに関する出力及び統計情報のディスプレイ６０、比較フィールドの選択７１、対照群の選択７２、統計タイプ７３、フィルタリングパラメータの選択７４及びフィルタリング基準７５を含む。一態様では分析物データテーブル５０は、さまざまな分析物及びそれらの平均濃度及びその他の計算について、表形式の画像を表示するために用いられ得る。テーブル５０は、分析物テーブルの行の強調表示などによって、統計分析のために関心のある分析物を選択するために用いられ得る。

【0023】

統計情報のディスプレイ６０は、コンポーネント５０から選択された分析物のテーブルと、選択された分析物のデータセットについて表形式のさまざまな統計情報とを表示し得る。コンポーネント６０はまた、例えば、散布図、棒グラフ及び箱ひげ図といった、選択された分析物についてのグラフに関する情報を表示するために使用し得るが、これらグラフに関する情報は、順次、表示される。統計情報のディスプレイ６０は、実施形態の範囲から逸脱せずに望ましい任意の種類の計算された情報を表示するために使用され得る。

【0024】

さらに、アプリケーション２０について、ユーザが統計分析用の部分集団を作成するための比較フィールドを提供し得るＧＵＩコンポーネントを表す比較フィールドの選択７１、ユーザが対照実験の対照群を提供し得るＧＵＩコンポーネントを表す対照群の選択７２、ユーザが関心を持っている統計計算のタイプについての情報を提供し得るＧＵＩコンポーネントを表す統計タイプ７３のコンポーネント、及び、ユーザがデータセットのフィルタリング情報を提供し得るメカニズムを表すフィルタパラメータ７４及びフィルタリング基準７５のＧＵＩコンポーネントを含むことが示されている。

【0025】

種々のＧＵＩコンポーネント７１〜７５は、ユーザが関心のある特定のパラメータを選択することが可能なドロップダウンリストボックスとして実装されてもよい。他のＧＵＩコンポーネント７１〜７５は、入力フィールド、又はラジオボタン、又はチェックボックス、又はパラメータの選択情報を供給し得る他の適切な選択メカニズムとして実装されてもよい。ＧＵＩコンポーネントは、特許請求される実施形態の範囲から逸脱することなく、例えば、１画面または複数画面上といった任意の順序で配置することができる。図１Ｂは、ＧＵＩの一実施形態を示しているが、他のＧＵＩレイアウトを用いることができる。

【0026】

ＩＩ．生化学データ分析
図２は、本発明の実施形態に係る生化学データ分析方法２００を示す。図示のように、方法２００は、データセットを受け取るステップ２１０と、分析物を選択するステップ２２０と、比較フィールドを選択するステップ２３０と、対照群を選択するステップ２４０と、フィルタパラメータ／フィルタ基準を選択するステップ２５０と、サブグループを作成するステップ２６０と、統計情報を表示するステップ２７０と、を含む。これらのステップは、さまざまな順序で実施すること、及び、並行して実施することができ、１以上のステップは、必要に応じて実行されなくてもよい。

【0027】

ステップ２１０において、例えば図１Ａに説明されているようなシステムは、複数の生体サンプルの実験結果のデータセットを受け取る。例えば、サンプルは被験者から得られた血漿又は血清であってもよい。生体サンプルは、任意の数の生体物、及び、特許請求される実施形態の範囲から逸脱しないような任意の数の生体組織から得ることができる。サンプルのタイプ例としては、血清、血漿、細胞培養及び異なる暴露群が挙げられる。

【0028】

データセットは、データ行ごとにさまざまな属性（フィールド）を含む複数のデータ行を構成してもよい。属性の一部は、生体サンプルを得た生体物の特性についての情報を提供し得る。一実施形態では、データ行は生体サンプルを表す。例えば、あるデータ行は、性別、年齢、病状、その他の属性を持つことができ、対応するサンプルのそれぞれの行のそれぞれの（例えば、列に配置された）フィールドの値を持っている。他のデータフィールド（属性）は、生体サンプルの実験から得られた値を含んでもよい。例えば、データ行は、各生体サンプルに対して実行される１以上の実験から、さまざまな被分析物濃度（例えば、濃度フィールドあたりの濃度）を含むことができる。したがって、各データ行は、サンプルを特徴付けるとともに実験結果の値を提供する複数のフィールドで、一つの生体サンプルを表すことができ、複数のフィールドとして、被分析物濃度、蛍光強度（ＦＩ）、又は１以上の実験に起因する他の数値測定などがある。

【0029】

その他のデータ行は、他の生体サンプルに対応し得る。データ行は、例えば、すべての値が「性別」のデータフィールドの値を持ち得るといったように、同種のデータフィールドの値を有することができる。データフィールドは、列として配列されてもよく、列は、特定のデータフィールドに相当する。一実施形態では、複数のデータ列が、同じ実験を繰り返し行って得た結果を示すことなどのように、ある特定の生体サンプルでの実験結果によって表すことができる。

【0030】

インポートされたデータセットは、プロジェクトに関連するものでもよい。例えば、あるデータセットは、「癌研究１」のプロジェクトにインポートされ得るが、それと同時に、別のデータセットは、「女性間における民族性の変動の研究１００」のためにインポートすることができる。プロジェクトの相関関係のデータセットは、研究者が行っている 研究のタイプに基づいたデータセットの可変特性を提供するのに役立つ。

【0031】

ステップ２２０において、システムは、データ分析のための分析物の選択を受け付ける。例えば、ユーザは、データ分析のために分析物の選択を与え得る。例えば、ユーザは、複数の分析物データを含む分析物データテーブル５０（図１Ｂ）中の特定の分析物の平均値を表すデータ列を選択することができる。関心ある分析物を提供するための何らかの適切な手段、例えば、名称の入力、ドロップダウンボックスからの選択等の手段を用いることができる。

【0032】

ステップ２３０では、システムは、比較フィールドの選択を受け付ける。例えば、ユーザは、比較フィールドの選択を与え得る。比較フィールドは、生体サンプルを特徴付けるデータセットのための複数のフィールドのうちの１つから選択することができる。一実施形態では、データ行が、性別（ｇｅｎｄｅｒ）、民族、性別（ｓｅｘ）及び病状の属性を持つ場合、図１Ｂの比較フィールドの選択７１は、比較フィールドの選択可能な項目として説明に役立つ４種類の属性が取り込まれてもよい。そして、ユーザは、最適な比較フィールドとして４つのフィールドのいずれか一つを選択することができる。ユーザは、複数の比較フィールド（病状及び性別や、病気及び性別から更に得られたデータセットの部分集団の区分など）の選択を許可される。ユーザが選択をしていない場合は、デフォルトの比較フィールド値が存在する。

【0033】

一実施形態では、分析のためのデータセットのユーザの選択で、比較フィールド選択用のドロップダウンリストボックスに、データセットの属性に対応する値が自動的に取り込まれてもよい。別の実施形態では、代わりに、比較フィールドのリストボックスに、ユーザが選択するための静的値を含んでいてもよい。選択のためにユーザへ提示される使用可能な比較フィールドは、データセットの使用可能な属性によって制限されてもよい。したがって、病気や性別（ｇｅｎｄｅｒ）といった２つの属性を含むデータセットを持つプロジェクトに対応するシステムは、比較フィールドとして選択するために２つのフィールドを利用できるようにし得る。

【0034】

ステップ２４０において、システムは、ユーザによって与えられる対照群の選択を受け付ける。対照群リストは、選択された比較フィールドの使用可能なデータ値を含み得る。例えば、病状が、比較フィールドとして選択された場合、図１Ｂの対照群の選択７２は、データセットの病状フィールド内にそれぞれ異なる使用可能な値が取り込まれてもよい。例えば、これは「肺癌」、「乳癌」、「正常」、及び「結腸癌」を含む対照群リストになる。そして、ユーザは、「通常」のサブグループなどの対照群として任意の値を選択することができる。

【0035】

一実施形態では、ステップ２３０における比較フィールドの選択で、対照群の選択のための使用可能なデータ値を自動的に更新する。対照群リストボックスの値の自動更新は、ユーザが選択するための異なる値を含む対照群リストボックスを取り込んで分析されるデータセットから選択された比較フィールドのために、それぞれ異なる使用可能なデータ値を選択することなどによって自動的に達成される。一実施形態では、ユーザは、複数の対照群を選択することができる。

【0036】

ステップ２４０における対照群の選択は、データ結果表示ウィンドウの可視指示をもたらし得る。例えば、棒グラフや散布図などの分析された結果表示は、一連のグラフの最も左側か、又は、分析した統計のテーブルの一番上にある対照群のデータを有していてもよい。集団が対照群であることを表す可視指示は、研究において他の集団と対照群との比較を容易にするための有利な点を提供する。計算されたデータをファイルにエクスポートする場合には、対照群は、エクスポートファイル内の文字列かそれとも他のテキストの標識として示される。

【0037】

ステップ２５０において、システムは、ユーザによって提供され得るフィルタリング情報（フィルタリングパラメータのための基準値など）を受け取る。さまざまな実施形態において、ユーザは、分析目的の更なるデータセットの改良のために、フィルタリングパラメータ及びフィルタリング基準を提供することができる。フィルタリングパラメータは、データセット内の各データ行を分析するための１以上の属性又はフィールド（年齢、性別、民族、病状、サンプルタイプなど）であってもよい。一実施形態では、図１Ｂのフィルタパラメータの選択７４などのフィルタリングパラメータコンポーネントは、分析のためのデータセットのユーザ選択で、データセットのフィールドにおける使用可能な値が自動的に取り込まれてもよい。別の実施形態では、フィルタパラメータコントロールは、ユーザが選択するための静的値を含むことができる。フィルタリング基準は、選択されたフィルタリングパラメータ（例えば、選択されたフィルタリングパラメータが性別である場合は、男性又は女性）の使用可能なデータ値を表すことができる。一実施形態では、ユーザは、データセットのフィルタリングのために複数のフィルタリング基準の選択を許可され得る。

【0038】

一実施形態では、ユーザがフィルタリングパラメータを選択すると、それがフィルタリング基準を選択するための使用可能な値の自動更新のきっかけになる。例えば、ユーザが、フィルタリングパラメータとしてサンプルタイプを選択したならば、図１Ｂに記載されているようなフィルタリング基準７５によって、隣にチェックボックスが付いたリストが、「血漿」又は「血清」の使用可能なデータ値で更新され得る。そして、一実施形態では、ユーザは、統計分析のためのサンプルタイプの値の一方又は両方を選択することができる。例えば、ユーザが、分析のために血漿のサンプルの値をみることのみに関心がある場合、「血漿」の隣のチェックボックスのみをチェックすることができる。

【0039】

ステップ２６０において、ユーザ供給のパラメータ及び基準は、統計分析用のサブグループのデータを生成するために用いられる。一実施形態では、サブグループは、比較フィールドの選択に基づいている。例えば、合計９００行のデータを有する分析用のデータセットが与えられるが、「肺癌」の病状の列の値を有する３００行と、「結腸癌」の病状の値を有する３００行と、「正常」の病状の値を有する３００行の３種類の異なるサブグループが決定され得る。サブグループの実数及びサブグループ当たりのデータ点の数は、フィルタリングのパラメータ及び基準によって決まる。上記の例では、その９００行は、上述したそれぞれの分類における半分のサンプルについて「女性」の値を持ち、性別の列における残り半分のデータ行については「男性」の値を持つが、「男性」のフィルタは、それぞれの病状ごとに１５０のデータ点を与えるだろう。一実施形態では、サブグループの生成は自動的に実行されても、上述した複数の選択するステップのいずれかに応答して実行されてもよい。

【0040】

ステップ２７０において、データ分析情報は、サブグループ単位で表示され得る。一実施形態では、データ分析情報は、新しいフィルタ、比較フィールド、対照、又は、他の関連する値の何れかが変更されるたびに計算される。一実施形態では、必要メモリを低減し利用者にすぐに結果を提供するために、オンザフライで計算が行われる。例えば、表示されるデータは、蛍光シグナル（以下でより詳細に説明する）から観測濃度へ変化し、その後、蛍光シグナルに戻るが、蛍光シグナルの計算は、再度行われるであろう。このように、多くのオプションが、分析対象のデータ、データに対して実行される計算値、データや任意の計算値（例えば、統計値）の表示方法のために存在する。

【0041】

比較する列として「病状」、対照群として「正常」、フィルタパラメータとして性別、そして、フィルタリング基準として「男性」を選択する仮想ユーザを例に挙げられるが、データセットに対する第１のフィルタリングするステップの後に、データをサブグループ化するステップが実行される。そして、分析のためのサブグループ、すなわち、「肺癌」、「大腸癌」そして「通常」がもたらされ、対照群としてフラグを「通常」の分類にマークする。そして、この例では、男性の被験者のみをフィルタリングした結果、健康な個人のサブグループが対照群として示される癌の種類毎に、１５０行のデータを分析することになるであろう。

【0042】

一実施形態では、ユーザは、関心のある統計分析の種類（例えば、パラメトリック検定、ｔ検定、一元配置分散分析、ノンパラメトリック検定、マン・ホイットニー検定、クラスカル・ウォリス検定など）の選択をさらに与えることができる。このコントロールは、図１Ｂの統計タイプ７３に備えられていてもよい。次に、システムは、ステップ２６０で作成したサブグループのデータによる統計分析を実行し、計算に関する情報を表示することができる。提示された統計値のタイプは、対照群と比較された各グループのｐ値、対照群と他の生物学的反復グループ（比較範囲を設定するために、複数の個体群統計学情報タイプを用いることなど）と間の測定値の変化倍率、並びに、それぞれの反復グループの平均測定値、及び、可変性を説明し且つ統計的に有意な差の特性を知らせる統計出力、が含まれる。

【0043】

例えば、図１Ｂのコンポーネント６０といったＧＵＩの表示領域などにおいて、サマリーテーブルは、細分されたデータセットごとの統計的数字が与えられてもよい。一実施形態では、選択された対照群は、データ行又はデータセットが対照群を表す視覚表示上のいくつかの視覚的なマークをもたらす。統計分析に基づいて生成される各種のプロットは、データの各部分集団に対して表示することができる。一実施形態では、対照群は、もっとも左側に表示されている。

【0044】

表示されたグラフは、散布図、棒グラフ、箱ひげ図又はその他の適切な統計データのグラフ表現でもよい。一実施形態では、散布図のドットの上にカーソルを乗せたユーザに、ドットによって示されたサンプルについての追加情報がツールチップによって提供される。データ分析情報は、ユーザにその他の適切な形態でユーザに、表示及び提供、又はそのいずれか一方がなされる。一例として、パラメータの選択により、選択に基づいた統計情報を含むエクスポートデータファイルの生成がなされる。

【0045】

ＩＩＩ．データのインポート/エクスポート
実施形態はまた、データのインポート、修正及び改良を提供し得る。一実施形態では、ユーザは、カンマで区切りのデータファイルか、又は、図１Ａのデータベース１０がサポートできるその他の適切なファイル形式かをインポートすることにより、実験の実施から得られたデータをインポートすることができる。別の実施形態では、ユーザは、自動化された生化学データ分析システムのデータベースコンポーネント１０を更新するために、表計算プログラムからデータをカットアンドペーストしてもよい。

【0046】

一実施形態では、データベース１０は、任意の所与のデータセットの行についてのフィールドのベースセットを与えることができる。フィールドの任意のベースセットに加えて、又は、フィールドの任意のベースセットの代わりに、ユーザは、レジデントデータセット（例えば、インポートによってか、カットアンドペーストかのいずれか一方）の新しい属性を定義できる。例えば、属性は、データセットに適用可能な追加の特性を与えるよう付け加えられる。このようなデータの改良は、プロジェクトに基づいたカスタムデータの特性評価を参酌して、プロジェクト単位で行うことができる。例えば、ある研究では、それぞれの実験操作のための性別や民族性についての情報が必要な場合があり、一方、このような特性は、別の研究のために関係がないかもしれない。

【0047】

データの修正を実行することもできる。インポートによってか、カットアンドペーストかのいずれか一方で格納するシステム内のデータが、さらに修正するために表形式に持ち出してもよい。さまざまな実施形態においては、新しい列をデータに追加することができ、テーブル内のセルを選択して値を変更することでデータが変更され、データ値がセルから選択され、追加のセルにコピーするために任意の方向にドラッグすることができ、複数のセルが、データ値を取り除くために選択されて削除されてもよい。

【0048】

生化学分析データをエクスポートすることもできる。データのエクスポートは、データのさらなる評価のための他の統計パッケージに生化学分析データをインポートするために特に有利である。一実施形態では、例えば、分析物データテーブル５０内の１以上の行を強調表示することにより、ユーザは複数の分析物を選択することができる。一つの態様においては、分析物のユーザ選択時に、統計情報ディスプレイ６０は、選択された分析物の根底にあるデータを含むテーブルで更新される。一実施形態では、このようなデータは、他のシステム又は他のもので使用するためにエクスポートされ得る。

【0049】

ＩＶ．ユーザインタフェイス
さまざまな実施形態においては、新しいプロジェクトのために行うことができるように、データは、手動で、既存のプロジェクト用などの外部データベース、実験の一環として実験室の装置よって出力されたファイルなどからインポートすることができる。一態様では、外部からのデータは、保存された前回のセッションからのものであってもよい。前回のセッションを選択すると、データは、外部データベースから取得され、アプリケーションに入力することができ、アプリケーションは、組み込みデータベース又はデータを構造化する他の装置を有することができる。一実施形態では、オープン（管理）プロジェクトダイアログボックスにより、ユーザは、プロジェクト属性を編集し、プロジェクトを開き、及び／又は、アクティブプロジェクトリストからプロジェクトを削除することができる（アクティブプロジェクトリストは、プロジェクトを、新しいタブによってアクセス可能な非アクティブプロジェクトに移動させることができる。）。従って、一実施形態では、これらの非アクティブプロジェクトは依然として開かれている。次に述べるスクリーンショットは、本発明の実施形態に係る実施例となる。

【0050】

図３は、生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面３００のスクリーンショットを示している。画面３００は、比較フィールドが選択されておらず且つ対照群が選択されていない画面を示している。画面を４区分した右上の部分は、分析物の行の選択により分析物「Ｈｕ ＦＧＦ Ｂａｓｉｃ」が選択されている分析物データテーブル３０４を示している。４区分した右下の部分は、選択された分析物の全データサンプルの散布図の分析物詳細ビュー３０５（統計表示など）を示している。比較フィールドは、ユーザによって選択されていないので、このスクリーンショットは、部分集団によって何の情報も提供しないことに注意すべきである。

【0051】

ビューナビゲーションボタン３０１により、ユーザに提示された表示を変更することができる。データセット管理ボタン３０１ａにより、プロジェクトを構成する全データセットが関連した詳細情報とともにリスト化されたビューにアクセスすることができる。このデータセットビューの一実施形態では、ユーザは、データセットの属性（例えば、名称、ユーザ名、取得時間、説明、インポートされたデータ及びインポート元）の編集や、データセットの削除（フィルタリングするのではなく恒久的に分析から削除する）や、テーブルのクリップボードへのコピーなどといった、いくつかのデータセット保守機能を実行することができる。サンプル編集／列追加ボタン３０１ｂによって、利用者が、そのデータに注釈を付ける（例えば、サンプルの詳細を追加する）ための適切なコントロールへのアクセスのための表示に接続できる。新しい列は、データセットにカスタムフィールドとして追加することができる。結果表示／ヒートマップ表示ボタン３０１Ｃにより、全ての実験値（観測濃度（Ｏｂｓ Ｃｏｎｃ）や範囲内など）が、プロジェクト内の各サンプルについて表形式での表示を有効にすることができる。また、ヒートマップのグラフ表示も提供することができる。分析実行／グラフ作成ボタン３０１ｄは、ユーザに同様の属性ごとにグループ化されたサンプルの分析を表示できるようにする。この表示の詳細情報は、他の所に表示される。

【0052】

メインツールバー３０２により、他の機能とともにナビゲーション機能を提供する。ボタン３１１〜３１４により、分析に用いられるデータを規定する。すべて、機器を実行するソフトウェアで作成したデータファイルとともにインポートされ得る値である。例えば、蛍光強度（ＦＩ）ボタン３１１がアクティブになると、蛍光値（一例として、機器が読んだままの未加工の濃度）、又は、作動している表示に応じて蛍光値から導出計算された値の何れかを表示する。したがって、ＦＩボタン３１１が選択されると、次いで分析物データテーブル３０４に示されるデータは、蛍光値を反映する。観測濃度（Ｏｂｓ Ｃｏｎｃ）ボタン３１２は、機器のソフトウェアで生成された較正曲線に基づいて算出される計算値に関係する。このボタンをアクティブにすると、観測濃度値または作動している表示に応じたこれらの値から導出計算された値を表示する。

【0053】

範囲内ボタン３１３と比率ボタン３１４は、同じくそれぞれの表示において、計算するために提示又は使用されるデータを変更するよう用いられる。範囲内ボタン３１３（すなわち、範囲内の濃度）は、較正曲線の信頼性のある範囲内にある濃度に関係するものである。例えば、範囲内ボタン３１３により、観測濃度（Ｏｂｓ Ｃｏｎｃ）として同種の値を報告できる。ただし、範囲外の値を、実際の値の提供の代わりにＯＯＲ（範囲外（Ｏｕｔ ｏｆ Ｒａｎｇｅ））として報告できる。比率ボタン３１４により、例えばハウスキーピング分析物のその他の測定値によって正規化された因子などによって正規化した測定値（ＦＩ値など）の比率データを表示し得る。どのような測定値でも正規化することができ、そして、統計値は、正規化された値から計算され得る。

【0054】

分析コントロール３０３により、分析物データテーブル３０４内のデータの種々の分析を可能にする。比較フィールド３０７は、比較フィールドとして使用するパラメータを選択するためにピックリスト（または他の入力機構）を提供する。対照フィールド３０８は、対照（ｃｏｎｔｒｏｌ）を選択するための同様の機構が用意されている。統計オプション３０９は、比較フィールドと対照を分析するための様々な統計的検定を提供する。フィルタオプション３１０により、ピックリストなどから得たフィルタパラメータを選択してから、選択されたフィルタパラメータの一定のフィルタ基準（例えば、血漿または血清）を入力する機構を提供する。いくつかの実施形態では、複数のフィルタパラメータが選択されてもよい。

【0055】

分析物データテーブル３０４において、列は観測濃度ボタン３１２に関連するデータを示している。別のボタン（例えば、３１１，３１３，又は３１４）が選択された場合、他のデータは、分析物データテーブル３０４に表示させることができる。列３１５は、指定された検定のｐ値を表示することができる。列３１６は、選択された分析物の中の最高値と最低値とともに、サンプルの変化を表示することができる。この値は、２又は他の数値を底とした対数で表現される。この例では、比較フィールドが選択されていないので、データはこれらの列に表示されていない。列３１７は、分析ごとのプロジェクト内の全サンプル用のボタン３１１〜３１４を使用して判明した出力値の平均値を示す。列３１８は、分析物ごとのプロジェクト内の全サンプル用のボタン３１１〜３１４を使用して判明した標準偏差を示す。

【0056】

図示の例では、分析物表示３０５は、選択された分析物（Ｈｕ ＦＧＦ ｂａｓｉｃ）に対する観察濃度を示す。特定の観測濃度においていくつのデータポイントがあるかを見るためのより良い可視化のために、データポイントは、「ｎｏ ｖａｌｕｅ」のラベルが付与されたＸ軸に沿って広がっている。ライン３５５は、平均濃度を示している。比較フィールドが選択されない時は、プロットは、フィルタを目的として選択された血漿又は血清から得られたこの分析物に対する全てのデータポイントである。分析物詳細ツールバー３０６により、ユーザは、分析物詳細ビュー３０５の表示を変更することができる。

【0057】

図４は、生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面４００のスクリーンショットであり、比較フィールドを選択するためのドロップダウンリストを説明するものである。比較フィールドは、ドロップダウンリストボックス４１０を提供するが、ドロップダウンリストボックス４１０は、「サンプルＩＤ」、「データセット」、「サンプルタイプ」、「説明」、「健康な位置」、「サンプルラベル」、「行列」、「病気」及び「性別」という利用可能な値を持つ。「病気」の値は比較フィールドで選択されることが示されている。ディスプレイを４区分した右下の部分は、散布図を示し、比較フィールドとして選択した病気の比較フィールド「乳癌」、「結腸癌」、「肺癌」及び「正常」の部分集団のデータに分割される。このように、本実施形態は、選択された分析物のデータにおいて、これらの４種類の病状を特定している。また、４区分した右上の部分と４区分した右下の部分との間の分析物詳細ツールバーが表示及び統計情報のさまざまなタイプを示し、そのタイプは、ユーザが４区分した右下の部分の表示のために選択することができる。この例では、ユーザはグラフ選択として散布図アイコンを選んでいる。

【0058】

強調表示された行４２０は、方法２００のステップ２２０の一実施形態を示すものである。ユーザが、分析用の分析物「Ｈｕ ＦＧＦ Ｂａｓｉｃ」を選択したことを示している。その選択は、「Ｈｕ ＦＧＦ Ｂａｓｉｃ」分析物のデータセットが、さらなる分析のために使用されることを示す。ドロップダウンリストボックス４１０は、ステップ２３０の一実施形態を示すものである。ユーザが、比較のためのフィールドとして、「病状」を選択したことを示している。ステップ２６０におけるサブグループの作成は、ＧＵＩアプリケーションのバックグラウンドで、又は、他のアプリケーションプロセスによって、実行される。４区分した部分４０５は、ステップ２７０の一実施形態を示している。ステップ２６０の時に作成されたサブグループを示すが、これは、統計的に分析（例えば、バックグラウンドプロセスによって）されたものであり、その結果、４つのサブグループが生成される。その結果として生成されたグループは「乳癌」、「結腸癌」、「肺癌」及び「通常」である。サブグループ下のキャプションには、ユーザによって比較フィールドを選択したことを表す「病状」と書いてある。そして、ユーザは、関心のあるグラフとして選択されたタイプとして「散布図」アイコンを持っているので、一連のグラフは、部分集団の散布プロットである。一実施形態では、ユーザは、棒グラフ、散布図、箱ひげグラフ、情報のテーブルなどのツールバー上で利用可能なさまざまな異なる情報タイプを切り替えてもよい。

【0059】

図５は、生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面５００のスクリーンショットであり、図２のステップ２４０で説明した、対照群を選択するためのドロップダウンリスト５１０を説明するものである。対照群選択リストボックス５１０は、「なし」、「乳癌」、「結腸癌」、「肺癌」及び「通常」のうち考え得る値を示している。その値は、図４の「病状」から選択された比較フィールドの利用可能なデータセットの値と一致することに注意すべきである。「正常」値が、対照群として選択されることを示している。

【0060】

対照群として「正常」群の選択の効果を更に示す点を除いて、図５の４区分した部分５０５は、本質的に図４で説明したように同じである。対照群として「正常」を選択した結果として、部分集団が「正常」と関連付けられ、その散布図が全ての部分集団の散布図の中でもっとも左側にシフトされる。これにより、ユーザは、他の集団と「正常」の集団との視覚的な比較を容易にする。図５はまた、それぞれの散布図における各部分集団の対照とのペアワイズ比較のためのｐ値（統計学上の数）を示す。

【0061】

図６は、生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面６００のスクリーンショットであり、方法２００のステップ２５０で説明した、フィルタパラメータを選択するためのドロップダウンリスト６１０を説明するものである。フィルタリングパラメータとして「性別」が選択される最中のフィルタパラメータ選択リストボックス６１０を示している。この例では、図４で説明したことと同じように、フィルタパラメータ選択ボックス６１０の利用可能な値は、比較フィールド選択リストのそれらと同じである。比較フィールドとフィルタパラメータの両方は、利用可能なフィールド又は分析されているデータセットの属性のリストとして導出され得る。然るが故に、それらは、各パラメータに関連付けられたドロップダウンリストボックスで同じ値を持ち得る。

【0062】

性別の基準がまだ追加されていない場合は、分析物詳細ビュー６０５は、今までどおり、行列のフィルタパラメータだけのデータが表示さる。血清のフィルタ基準だけがチェックされ、フィルタ基準として血漿はオフになっている。この実施形態では、行列は、反応が行われている流体又は物質に関係するものであり、サンプルの種類（例えば、血清、血漿、細胞培養上清）を説明することができる。性別のフィルタがまだ実行されていないため、分析物詳細ビューは、性別（女性のみ）と散布図行列（血清）の両方の適用結果を示している。

【0063】

図７は、生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面７００のスクリーンショットであり、サンプルＩＤのフィルタパラメータを追加するためのドロップダウンリスト７１０を説明するものである。ここでは、サンプルＩＤに変更されているプロセスのパラメータとともに、フィルタリングパラメータとして選択された「性別」と「行列」の両方を含むフィルタパラメータ選択リストボックス７１０を示している。図７に見られるように使用されているフィルタパラメータが、マークされている。分析物詳細ビュー７０５では、散布図内の性別（女性のみ）と行列（血清）両方のフィルタのデータが表示される。

【0064】

図８は、生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面８００のスクリーンショットであり、方法２００のステップ２５０と同様に、フィルタリング基準を選択するためのチェックボックスを説明するものである。利用可能なフィルタリング基準のチェックボックスが「血漿」及び「血清」、又はそのいずれか一方であることを示している。これは、フィルタリングパラメータとして「マトリックス」をユーザが選択したことに基づいていることに注意すべきである。データセットの分析のために、「血清」サンプルだけが選択されていることをさらに示している。一実施形態では、ピックリスト８１０に示されるフィルタは、どんなフィルタ基準が表示されるかを制御するものである。使用されているすべてのフィルタ基準を決定することにより、使用されているパラメータ（例えば、ピックリスト８１０が有効になっている場合にフィルタアイコンによってマークされたようなもの）を識別でき、基準が選択されているかを確認するためをそれぞれ案内できる。特定のパラメータとして示された基準は、デフォルトで設定されたか、データセットに実際に存在するどれかの値によるものである。

【0065】

フィルタリング基準の選択による影響は、例えば、ステップ２５０によって選択されたフィルタパラメータのチェックされた値を持つデータセットの行のみを選択することである。４区分した部分８０５は、データセット内の「行列」属性のデータ値としての「血清」に対するサンプルのみのデータセットのフィルタリングの結果を示している。フィルタリング基準がユーザによって選択されなかった図５と比較して、対応点について、散布図のドットの数が減少することを示している。ユーザは、その代わりに、関心のあるサンプルとして「血漿」を選択することができる。一態様では、ユーザは、「血漿」及び「血清」の両方を選択できるが、全ての利用可能な値をユーザが選択する正味の影響は、全てのサンプルが選択されてからはフィルタリングしないことであろう。

【0066】

図９は、生化学分析システムの一実施形態の統計一覧表を示すユーザインタフェイス（ＵＩ）画面９００のスクリーンショットであり、比較フィールドには「病状」として選択され、対照群には「正常」として選択され、そして、これ以上のデータのフィルタリングが提供されない（なぜなら、全ての病状の基準が病状のフィルタパラメータのために選択されており、他のフィルタが適用されないからである。）という表示を説明している。ディスプレイの４区分した部分９０５は、比較フィールドとして「病状」の選択に基づいた、部分集団ごとの統計的な数字を含むテーブルが示されている。さらに、対照群としてユーザが「正常」を選択したことに基づいて、一番上には、「正常」の部分集団が現れれる。このサマリーテーブルは、比較とプルダウンコントロールとで生成された選択の結果の計算値を明確に示す。

【0067】

図示のように、計算値は、メインツールバーで指定された値である。この例では、選択された値は、観察濃度９１２である。列の値は次のとおりである。
サンプル − グループごとの総サンプル数。
＃有効サンプル − 計算を行うための有効なデータを有するサンプル数。
ｐ値 − ｐ値法に定められている検定用。
変化倍率 − 対照の平均と各グループの平均との間において、２を底とした対数で表現される（分析物テーブルに含まれる変化倍率とは異なる）。
平均 − グループ内の全サンプルの算術平均。
標準偏差 − グループ内の全ての有効サンプルの標準偏差。
％ＣＶ − グループ内の全ての有効サンプルについての変動係数。
ＭｉｎとＭａｘは、グループの最小値と最大値。
Ｑ１とＱ３は、グループの第一四分位と第三四分位。
中央値は、グループの中央値。

【0068】

図１０は、本発明の実施形態に係るユーザインタフェイス（ＵＩ）画面の散布図１０００である。ここでの散布図は、ユーザインタフェイス（ＵＩ）画面の中に表示された４区分した部分を拡大した表示である。一実施形態では、ドットの上にカーソルを置くと、適切なサンプル情報がユーザに提示されることができるよう、ドットはＸ軸に沿って広がっている。組み合わせ又は個別に用いることで、他の実施形態において、他の分析物を通じて追跡するために、特定のサンプルをマークし、他のグループを通じて属性を追跡するために、サンプルの特定の属性をマークし（このプロットを通じて視覚化するために、グラフを使って特定の患者を呼び出すことなど）、全ての個体群統計学情報を含むテーブルをリコールするためにドットをダブルクリックすることができる。他の実施形態では、他のグラフは、「箱ひげ」タイプのグラフと「棒グラフ」タイプのグラフなどによって、表示され得る。

【0069】

図１１は、生化学分析システムの一実施形態のユーザインタフェイス（ＵＩ）画面１１００のスクリーンショットであり、システムのデータの修正の一例を説明するものである。例えば、表形式で示されたデータは、システムにインポートされるか又はＥｘｃｅｌシートからカットアンドペーストされるかのどちらかがなされる。カスタムフィールドとして新たに追加された「性別」の列又は既存の「性別」の列のいずれかに対して、最初のセルに「男性」という値を入力するなどのように、ユーザが列にデータを入力することで、更なる修正がどのように可能であるのかを示す表示である。

【0070】

この例では、この表示には、ユーザインタフェイス（ＵＩ）画面３００内のビューナビゲーションボタン３０１のサンプル編集／列編集ボタン３０１ｂを選択することによってアクセスすることができる。一態様では、この表示は、プロジェクトにインポートされた全てのデータセットに全てのサンプル（繰り返し表示なし）を示すことができる。一実施形態では、列の追加ボタン１１０１により、サンプルのリストにカスタム列（属性）を追加することができる。追加することができる列の数が、無制限又は上限付きで構成される。列１１０２は、情報が追加されている、新たに追加された列を示す。一実施形態では、病状の列１１０３及び行列１１０４は、測定を行う実験室の装置からインポートされたオリジナルデータには存在しないと、他の方法で追跡される。例えば、病状及び行列は、サンプルを管理していて且つ他のチャネル（アンケートは、サンプルを取った医療専門家によってマークされたか、又は、患者にとられたアンケートなど）から病状と行列について知っている技術者によって追加され得る。

【0071】

データをエクスポートするための一実施形態では、ユーザは、複数の分析物を選択することができる。エクスポートするためのデータは、画面３００の分析物詳細ビュー３０５に目立たせることができる。分析物詳細ビュー３０５は、選択された分析物の根本的なデータセットを表示し得る。そして、そのようなデータは、他のシステム又はその他の目的で使用するためにエクスポートすることができる。一態様では、比較フィールドを選択すること及びフィルタを適用することは、これらのテーブルを作成するために特に適したアプリケーションになる。未加工のデータや計算結果のデータをエクスポートすることができる。

【0072】

Ｖ．ワークフローの例
ユーザのデータを分析する際に、ユーザが使用する可能性のあるイベントについての多くの利用可能なシーケンスがある。一例では、ユーザは、２つのデータファイル（例えば、新規プロジェクトの一部として）をインポートすることができ、そして、図１１で説明したようにして、新しい列に情報を追加できる。その後、ユーザは、図４に見られるように、「病状」の比較フィールドを選択し、図５に示すように、「正常」の対照を選択することができる。その後、図８のように、血清から得られたサンプルのみが使用されている場合は、ユーザは、データが、より解釈可能であると決めることができる。分析物詳細ビューの表示は、これらの選択に基づいて更新することができる。例えば、最初に、女性だけのデータを表示するために女性のフィルタを用い、そして、男性だけのデータを表示するためにそのフィルタを用いることによって、ユーザはまた、女性が男性と比較して異なる分析物レベルであるか否かの立証について研究することを欲するかもしれない。一実施形態では、アプリケーションがプロジェクトを閉じると、最後の比較、対照、及びフィルタ選択は、そのプロジェクトに留まり得る。

【0073】

別の例では、ユーザは、異なる機器の結果ファイルをインポートすることができ、そして、図１１の進捗のように、情報を追加できる。ナンバーＡ１の「健康」の読み込みに問題があると決定し、そして、「健康な位置」のパラメータについてフィルタツールを使ってこの「健康」を分析物から除外する。マウスのワンクリックで、全てのデータファイルから、それを除外することによって行われる。他の例のように、ユーザは、「血清」からのサンプルを分析するだけのために選ぶことができる。「病状」の比較フィールドと「正常」の対照フィールドの選択が行い得る。そして、ユーザは、分析物ごとに別々に結果を再考察でき、結論を引き出すことができる。ところで、ユーザは、測定器が正しく動作しなかった機器の作動を特定した後の２週間後、データに戻るなら、ユーザは、データセット管理表示を用いるなどして、分析物からデータファイル＃１３を削除し、結論を引き出すために分析物による結果を再考察もできる。ユーザはまた、データファイル＃１３からサンプルを再実行し、プロジェクトにデータファイルをインポートし、新しいサンプルにサンプル情報を追加して、結論を引き出すために分析物による結果を再考察もできる。

【0074】

別の例では、ユーザは、１以上の「分析方法」を保存してもよい。上記のように、ユーザは、１５種類の機器の結果ファイルをインポートし、情報を追加し、「健康」を排除し、「血清」を選択し、「病状」の比較フィールドと「正常」の対照フィールドを選択し、それから、分析物ごとに別々に結果を再考察し、結論を引き出す。ユーザは、「血清だけ」というこの分析状態を保存することができる。ユーザは「血漿」にフィルタを変更し、「血漿だけ」というこの分析状態を保存することができる。ユーザは、分析から男性を削除し、「血漿だけ、女性」としてこれを保存する。一実施形態では、実験システムについての結論を引き出すために必要に応じて、ユーザは、後日戻って、比較の選択、対照の選択、フィルタの状態を読みだすことができる。

【0075】

ＶＩ．フローサイトメトリー
一実施形態では、フローサイトメトリーは、濃度を測定するために使用できる。したがって、濃度を測定するための上記の実験は、フローサイトメトリーを含むことができる。その濃度が測定される分析物は、例えば、細胞型又は特定の分子であり得る。一実施形態では、フローサイトメトリーは、特定のタイプ（例えば、赤血球または白血球、及び、関心のある他の細胞型、並びに、細菌及びウイルスなどの病原体）の細胞の数をカウントするために使用することができる。このカウントは、濃度として直接使用され得るか、若しくは、サンプルの量（例えば、重量又は容量）又は別の細胞型の数に基づいて正規化して使用され得る。フローサイトメトリーにより、ユーザは非常に急速に細胞集団を特徴づけることを可能にすることができる。別の実施形態では、蛍光などの信号強度は、グルコースのような特定の分子を検出するために使用することができる。

【0076】

フローサイトメトリーは、入射光に対して直接真向い、及び、垂直の両方に置いた検出器と発光素子（通常は、レーザ）とを利用した検出機構を通り超えて、サンプルシングルファイルから、細胞を通過する。一般的に、集団を特徴づけるために、独立して又は互いに結合して使用できる２種類のパラメータがあり、その２種類のパラメータは、物理的な細胞の特性及び特定の蛍光標識の蛍光強度である。従って、処理されるとともに表示されるデータは、計数と蛍光を含むことができる。計数のために、研究者はサンプルあたりの各細胞型（例えば、ゲートされた集団）の細胞の数を追跡することができる。蛍光に関して、研究者は、特定の生体分子の存在及び量を見極めるために、多くの波長での蛍光レベルを追跡することができる。

【0077】

物理的な細胞の特性を決定するために、分析は、細胞を特徴付けるために、側方散乱データ及び蛍光散乱データを利用することができる。蛍光散乱は、サイズの相関関係（より散乱するほど、光との相互作用がある細胞の容積がより大きい）があり、側方散乱は、さらに細胞を特徴付けするために使用することができる。側方散乱の量の違いは、複雑さ、オルガネラ密度及びサイズ等についての異なるレベルを意味し得る。読み出された２つの散乱は、サンプル中の細胞の異なる集団のプロファイルを作成するために使用することができる。読み出された散乱がプロファイルに一致するなら、一致する集団のカウンタを増加させることができる。従って、着目するサンプル中の異なる集団に属している細胞の数をカウントすることができる。

【0078】

従って、セル特性のために、データを処理する機器及びソフトウェアは、研究者に、細胞の集団を見極めるために散乱情報を使用することを可能させる。データはグラフ上にプロットすることができ、それにより、検出器を通過するセルごとに側方散乱対蛍光散乱のレベルを示す。ユーザは、離散的な集団の周りに円を本質的に描くこと（ゲーティング（ｇａｔｉｎｇ）と呼ばれている）によって集団を定義することがでる。それぞれの円を、ゲートと見なすことができる。同一のゲートが、サンプルごとに使用され、所与のゲート内に入る全ての細胞が着目する集団の一部とみなされる。

【0079】

特定の蛍光標識の蛍光強度は、細胞上の分子の存在及び密度を評価するための細胞上の自然発生的な分子を標識するために使用することができる（蛍光標識の他の技術を使用することもできる）。典型的には、抗体が、細胞上の（または通常含まれない）着目する特定の生体分子の存在及び量を見極めるために使用される。この抗体は、機器及びその関連ソフトウェアによって検出することができる規定する波長で蛍光を生成するために種々の方法で標識化することができる。ほとんどの機器は、着目する複数の生体分子を検出するために三つ以上の異なる波長を検出することができる。細胞は、その上に着目する生体分子を有する場合、蛍光が特定の波長で検出される。その蛍光の強度は、生体分子の存在量に正比例する。

【0080】

例として、研究者は、以下のことに関心をもつだろう。
４つの特定のゲートに入る４種類の異なる細胞型、及び
研究者の実験システムの点で異なる濃度での細胞膜に存在する３つの生体分子。
それゆえ、各サンプルについて、研究者は、集団ごとの３つの蛍光マーカそれぞれの蛍光強度の平均（平均値又は中央値又は最頻値）はもちろん、ゲート１〜４のそれぞれのカウントも必要とするだろう。例えば、次のテーブルにおけるデータを得ることができた。
サンプル ゲート カウント 蛍光１ 蛍光２ 蛍光３
１ １ １．２×１０⁶ ２３４４ ９８ ２０９０
サンプルごとの、実際の散乱データ及びそれに関連するグラフは、データベースに格納することができる。その後、研究者は、ゲートのリストを見て、ゲートされたデータが抽出された光散布図の画像へクリックスルーすることができる。

【0081】

ＶＩＩ．コンピュータシステム
本明細書に記載のあらゆるコンピュータシステムは、任意の適切な数のサブシステムを利用することができる。そのようなサブシステムの例は、コンピュータ装置１２００として図１２に示されている。いくつかの実施形態では、コンピュータシステムは、単一のコンピュータ装置を含み、サブシステムは、コンピュータ装置の構成要素となり得る。他の実施形態において、コンピュータシステムは、複数のコンピュータ装置を含み、いずれもサブシステムを有し、内部コンポーネントを持つ。

【0082】

図１２に示されるサブシステムは、システムバス１２７５を介して相互に接続されている。プリンタ１２７４、キーボード１２７８、固定ディスク１２７９、ディスプレイアダプタ１２８２に連結されるモニタ１２７６、及び、その他のもの、のような追加のサブシステムが示されている。Ｉ／Ｏコントローラ１２７１に連結する周辺機器及び入出力（Ｉ／Ｏ）装置は、当技術分野で公知のあらゆる手段（例えば、シリアルポート１２７７（例：ＵＳＢ）など）によってコンピュータシステムに接続することができる。例えば、シリアルポート１２７７又は外部インタフェイス１２８１は、インターネットなどの広域ネットワーク、マウス入力装置、又はスキャナに、コンピュータシステム１２００を接続するために使用することができる。システムバス１２７５経由の相互接続により、中央プロセッサ１２７３は、各サブシステムと通信すること、及び、サブシステム間の情報交換はもちろんのこと、システムメモリ１２７２又は固定ディスク１２７９からの命令の実行も制御することを可能とする。システムメモリ１２７２及び固定ディスク１２７９、又はそのいずれか一方は、コンピュータ読み取り可能な媒体を具現化してもよい。本明細書に記載のあらゆる値は、一方のコンポーネントから他方のコンポーネントへ出力でき、そして、ユーザへ出力できる。

【0083】

コンピュータシステムは、例えば外部インタフェイス１２８１によって又は内部インタフェイスによって互いに接続され、同じコンポーネント又はサブシステムを複数含むことができる。いくつかの実施形態では、コンピュータシステム、サブシステム又は装置は、ネットワークを介して通信することができる。この際、それぞれが同じコンピュータシステムの一部である場合には、一つのコンピュータはクライアントと見なし、別のコンピュータをサーバと見なすことができる。クライアント及びサーバはそれぞれ、複数のシステム、複数のサブシステム又は複数のコンポーネントを含むことができる。

【0084】

なお、本発明のあらゆる実施形態は、ハードウエア、及び／又は、モジュラー若しくは統合されたコンピュータソフトウェアを用いて、制御ロジックの一形態を実行することができることを理解されたい。開示および本明細書に提供される教示に基づいて、当業者は、ハードウエアとハードウエア及びソフトウエアの組み合わせとを用いて、本発明の実施形態を実施する他の手段及び方法、又はそのいずれか一方を理解するであろう。

【0085】

本出願に記載されているソフトウェアのコンポーネント又は機能のいずれかは、任意の適切なコンピュータ言語を使用して、プロセッサによって実行されるソフトウェアコードとして実装されてもよい。コンピュータ言語は、例えば、Ｊａｖａ（登録商標）、Ｃ＋＋又はＰｅｒｌといった従来技術又はオブジェクト指向技法などがある。ソフトウェアコードは、記憶及び／又は伝送するためのコンピュータ可読媒体に一連の命令又は指令として格納され、適切な媒体は、ランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）、リードオンリーメモリ（ＲＯＭ）、ハードディスクやフロッピーディスク（登録商標）のような磁気記憶媒体、又は、コンパクトディスク（ＣＤ）又はＤＶＤ（デジタル多用途ディスク）、フラッシュメモリ及び同類のものなどの光学記憶媒体を含む。コンピュータ可読媒体は、記憶装置又は伝送装置といったものの任意の組み合わせであってもよい。

【0086】

このようなプログラムは、符号化され、そして、インターネットを含む種々のプロトコルに準拠した、有線、光及び／又は無線ネットワーク経由で、伝送に適合したキャリア信号によって送信される。このように、本発明の実施形態に係るコンピュータ可読媒体は、プログラムで符号化されたデータ信号を用いて生成することができる。プログラムコードで符号化されたコンピュータ読み取り可能な媒体は、互換性のある装置とともに実装されても、又は（例えば、インターネットのダウンロードを介して）他の装置とは別に設けてもよい。そのようなコンピュータ可読媒体は、単一のコンピュータプログラム製品（例えば、ハードディスクドライブ、ＣＤ、又はコンピュータシステム全体）上又は製品内に存在してもよく、システム内又はネットワーク内の異なるコンピュータプログラム製品上又は製品内に存在してもよい。コンピュータシステムは、ユーザに本明細書に記載された結果のいずれかを提供するための、モニタ、プリンタ、または他の適切なディスプレイを含むことができる。

【0087】

本明細書に記載の方法は、いずれも、ステップを実行するように構成されたプロセッサを有するコンピュータシステムを用いて一部又は全部を実行することができる。したがって、実施形態は、潜在的には、それぞれのステップ又はそれぞれのステップ群を実行する、異なるコンポーネントとともに、本明細書に記載のいずれかの方法のステップを実行するように構成されたコンピュータシステムを指向することができる。番号付けされたステップとして提示するが、本明細書に記載の方法のステップは、同時に又は異なる順序で実行できる。さらに、これらのステップの一部は、他の方法の他のステップの一部とともに用いることができる。また、ステップの全部または一部は、オプションであってもよい。さらに、あらゆる方法のあらゆるステップが、モジュール、回路、又は、それらのステップを実行するための他の手段で実行され得る。

【0088】

上記実施形態のいずれかは、単独で又は任意の組み合わせで互いに結合して使用され得る。この特許明細書の範囲内に含まれる発明はまた、概要内又は要約内に部分的に記載され又は言及された実施形態を含み、また、概要内又は要約内に少しも記載されていない又は言及されていない実施形態を含む。本発明の様々な実施形態は、本明細書中の１以上の箇所で説明され又は言及された先行技術の種々の不備によって動機付けられてきたが、本発明の実施形態は、必ずしもこれらの不備のいずれかに対処していない。換言すれば、本発明の異なる実施形態は、本明細書で説明された異なる不備に対処することができる。いくつかの実施形態は、明細書で説明された、いくつか又はほんの一つの不備に部分的にのみ対処することができ、いくつかの実施形態では、これらの不備のいずれかには対処しなくてもよい。

【0089】

本発明の例示的な実施形態の上記の説明は、例示および説明の目的で提示されている。包括的であること又は説明された正確な形態に発明を限定することを目的としておらず、多くの修正及び変形が上記の教示に照らして可能である。実施形態は、他の当業者が、期待する特定の用途に適するような多様な変更とともに、多様な実施形態の発明を最も良く利用できるようにするために、本発明の原理及びその実際の適用を最も良く説明するために選択され説明された。

【0090】

特に反対の指示がない限り、「ａ」、「ａｎ」又は「ｔｈｅ」の記述は、「１以上」を意味することが意図される。

【0091】

上述した全ての特許、特許出願、刊行物、及び説明は、あらゆる目的上、そのすべての内容が引用されることにより本明細書に組み込まれる。先行技術であると認めるものは何もない。

【図1A】

【図1B】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】