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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】6158712
(24)【登録日】2017年6月16日
(45)【発行日】2017年7月5日
(54)【発明の名称】新規合成ペプチド及びそれらの使用
(51)【国際特許分類】
C07K 7/08 20060101AFI20170626BHJP
C07K 14/79 20060101ALI20170626BHJP
A61K 38/00 20060101ALI20170626BHJP
A61P 31/00 20060101ALI20170626BHJP
A61P 29/00 20060101ALI20170626BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20170626BHJP
A61P 25/04 20060101ALI20170626BHJP
A61P 17/02 20060101ALI20170626BHJP
A61P 17/04 20060101ALI20170626BHJP
【ＦＩ】
C07K7/08
C07K14/79ZNA
A61K37/02
A61P31/00
A61P29/00
A61P35/00
A61P25/04
A61P17/02
A61P17/04
【請求項の数】7
【全頁数】34
(21)【出願番号】特願2013-550864(P2013-550864)
(86)(22)【出願日】2012年1月25日
(65)【公表番号】特表2014-505061(P2014-505061A)
(43)【公表日】2014年2月27日
(86)【国際出願番号】EP2012051111
(87)【国際公開番号】WO2012101156
(87)【国際公開日】20120802
【審査請求日】2015年1月23日
(31)【優先権主張番号】11152213.2
(32)【優先日】2011年1月26日
(33)【優先権主張国】EP
(73)【特許権者】
【識別番号】512288558
【氏名又は名称】ペルガモン アクティエボラーグ
(74)【代理人】
【識別番号】100099759
【弁理士】
【氏名又は名称】青木 篤
(74)【代理人】
【識別番号】100077517
【弁理士】
【氏名又は名称】石田 敬
(74)【代理人】
【識別番号】100087871
【弁理士】
【氏名又は名称】福本 積
(74)【代理人】
【識別番号】100087413
【弁理士】
【氏名又は名称】古賀 哲次
(74)【代理人】
【識別番号】100117019
【弁理士】
【氏名又は名称】渡辺 陽一
(74)【代理人】
【識別番号】100150810
【弁理士】
【氏名又は名称】武居 良太郎
(74)【代理人】
【識別番号】100179039
【弁理士】
【氏名又は名称】伊藤 洋介
(72)【発明者】
【氏名】マルイット マーラプー
(72)【発明者】
【氏名】カミラ ビヨルン
(72)【発明者】
【氏名】ベロニカ ショーストランド
(72)【発明者】
【氏名】ビヨルン ワルセ
(72)【発明者】
【氏名】ボ スベンソン
【審査官】
田中 耕一郎
(56)【参考文献】
【文献】
特表２０１４−５０５０６２（ＪＰ，Ａ）
【文献】
国際公開第２００９／０６２８９８（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
国際公開第２０１０／０８１８００（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
特表２００２−５１９４３８（ＪＰ，Ａ）
【文献】
国際公開第０２／１００３８７（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
国際公開第２００８／０９６８１６（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
特表２００２−５４１０６６（ＪＰ，Ａ）
【文献】
国際公開第２００８／０９６８１４（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
ODELL EDWARD W，ANTIBACTERIAL ACTIVITY OF PEPTIDES HOMOLOGOUS TO A LOOP REGION IN HUMAN LACTOFERRIN，FEBS LETTERS，NL，ELSEVIER，１９９６年 １月 １日，V382，P175-178
【文献】
HAVERSEN L，STRUCTURE-MICROBICIDAL ACTIVITY RELATIONSHIP OF SYNTHETIC FRAGMENTS DERIVED 以下備考，ANTIMICROBIAL AGENTS AND CHEMOTHERAPY，２０１０年 １月，V54 N1，P418-425，FROM THE ANTIBACTERIAL ALPHA-HELIX OF HUMAN LACTOFERRIN
(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）
Ｃ０７Ｋ １／００−Ｃ０７Ｋ １９／００
Ａ６１Ｋ ３８／００−Ａ６１Ｋ ３８／５８
Ａ６１Ｋ ４１／００−Ａ６１Ｋ ４５／０８
Ａ６１Ｋ ４８／００
ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
ＷＰＩＤＳ／ＷＰＩＸ（ＳＴＮ）
ＰｕｂＭｅｄ
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下：
である、ペプチド。
【化1】
【請求項2】
請求項１に記載のペプチドを含む、医薬組成物。
【請求項3】
感染症、炎症、創傷、及び瘢痕の治療及び／又は予防で使用するための、請求項２に記載の医薬組成物。
【請求項4】
感染症の治療及び／又は予防で使用するための、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項5】
炎症の治療及び／又は予防で使用するための、請求項３に記載の医薬組成物。
【請求項6】
前記感染症が、皮膚及び皮膚組織感染症である、請求項４に記載の医薬組成物。
【請求項7】
膿痂疹、火傷、感染した擦過傷、感染した裂傷、擦傷、丹毒、蜂巣炎、膿瘍、フルンケル、癰、閉鎖創、手術部位感染、二次的に感染した皮膚炎：アトピー性皮膚炎、乾癬、及びアレルギー性接触皮膚炎、動物咬傷、並びにカテーテル関連感染の治療、予防法（ｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）及び／又は予防で使用するための、請求項３に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、新規ペプチド及びその使用、特に、感染、炎症、疼痛、創傷、瘢痕及び／又は腫瘍の治療及び／又は予防のための使用に関する。
【背景技術】
【0002】
ラクトフェリンは、７７ｋＤａの分子量を有する一本鎖金属結合糖タンパク質である。殺菌特性に関与するラクトフェリンの構造ドメインは、ラクトフェリシンと呼ばれる、ペプシン切断断片である（例えば、Bellamy W.ら、Identification of the bactericidal domain of lactoferrin, Biochim. Biophys. Acta 1121: 130-136, 1992、及びBellamy W.ら、Antibacterial spectrum of lactoferricin B, a potent bactericidal peptide derived from the N-terminal region of bovine lactoferrin, J. Appl. Bact. 73: 472-479, 1992を参照）。
【0003】
ラクトフェリン受容体は、単球及びマクロファージ、レクチン刺激ヒト末梢血リンパ球、刷子縁細胞、及び腫瘍細胞株を含む多くの種類の細胞上に見出される。
【0004】
いくつかの特許文献は、感染又は炎症の治療のためのラクトフェリンの活用可能性を記載する。ＷＯ ９８／０６４２５において、例えば、ラクトフェリン及びラクトフェリシンが、感染、炎症及び腫瘍の治療及び予防のために使用できることが開示されている。
【0005】
ＥＰ ６２９ ３４７は、（Ａ）ラクトフェリン加水分解物及び／又はラクトフェリン由来の１つ以上の抗菌ペプチド、及び（Ｂ）金属キレートタンパク質、トコフェロール、シクロデキストリン、グリセリン‐脂肪酸エステル、アルコール、ＥＤＴＡ又はその塩、アスコルビン酸又はその塩、クエン酸又はその塩、ポリリン酸又はその塩、キトサン、システイン、及びその有効成分としてコール酸からなる群から選択される１つ以上の化合物を含む抗菌剤を記載する。この抗菌剤は、製品の加工、特に、例えば、食品及び医薬品を安全に加工することを目的とする。この文献によれば、薬剤は、従って、新しい防腐剤である。当該文献において、いくつかのペプチド配列が提供され、そしてそれらのいくつかは、本発明によるペプチドと類似しているが、さらに以下で記載するいくつかの重要な相違がある。
【0006】
ＵＳ ５，３０４，６３３は、ヒト及びウシラクトフェリンの加水分解物から分離された抗菌性ペプチドを開示する。ヒトラクトフェリンのアミノ酸１２〜４７、及び１７〜４１に相当するペプチドの分離が、具体的に開示されている。
【0007】
ＪＰ ７１４５１９６は、ラクトフェリンの加水分解による抗生物質ペプチドの調製を記載する。ヒトラクトフェリンのアミノ酸１７〜４１に相当するペプチドの調製が、具体的に記載されている。
【0008】
ＪＰ ８０４０９２５は、ラクトフェリン由来のペプチドを含む医薬組成物、及び角膜損傷、特に角膜炎の治療におけるそれらの使用を開示する。ヒトラクトフェリンの１７〜４１、１２〜５８、及び１９〜３８アミノ酸に相当するペプチドが、具体的に記載されている。
【0009】
ＪＰ ７２７４９７０は、抗菌性ラクトフェリシン由来のペプチド、具体的にはヒトラクトフェリンの１８〜４２アミノ酸に相当するペプチドの組み換え産物が開示されている。
【0010】
ＪＰ ８１４３４６８は、ラクトフェリン由来のペプチド及び抗潰瘍剤としてのそれらの使用が記載され、ヒトラクトフェリンの１９〜３３アミノ酸に相当するペプチドが、具体的に開示されている。
【0011】
ＷＯ ００／０１７３０は、ヒトラクトフェリン由来のペプチド及び感染及び炎症の治療のためのそれらの使用が記載されている。
【0012】
ＥＰ １ ２２８ ０９７は、ヒトラクトフェリンの隣接したＮ‐末端由来のペプチド及び微生物剤（ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ａｇｅｎｔ）としてのそれらの使用が記載されている。
【0013】
ＥＰ １１５１００９は、抗菌及び／又はエンドトキシン中和活性を有するヒトラクトフェリンの３５〜５０アミノ酸に相当する配列を含むペプチドが記載されている。
【0014】
ＷＯ ２００６／０４７７４４は、少なくとも３３アミノ酸を含み、そして４つの正電荷のアミノ酸で、Ｎ‐及びＣ‐末端の両方において置換されているヒトラクトフェリンのＮ‐末端部分由来の免疫調節ペプチドが記載されている。
【0015】
ＷＯ ２００９／０５０２７９は、突然変異ラクトフェリンペプチド及びそれらの抗菌活性が記載されている。
【0016】
ＷＯ ２００９／０６２８９８は、アルギニン置換ラクトフェリンペプチド並びにそれらの抗菌及び抗炎症活性が記載されている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0017】
本発明は、改善された抗菌及び／又は抗炎症活性を有する新規ペプチドに関する。本発明によるペプチドは、成熟ヒトラクトフェリンの１３〜３０アミノ酸に相当するアミノ酸配列（配列番号１）に基づいて設計される。
【0018】
【化1】
【0019】
本発明の第一の実施態様は、少なくとも以下のアミノ酸配列：
【0020】
【化2】
（配列中、
Ｘ１は、Ｃ、Ｌ、Ｗ、Ｋ、又はＲであり、
Ｘ２は、Ｃ、Ｆ、Ｋ、Ｗ、又はＲであり、
Ｘ３は、Ｌ、又はＲであり、
Ｘ５は、Ｌ、Ｋ、又はＲであり、
Ｘ７は、Ｎ、Ｓ、Ａ、Ｌ、Ｗ、Ｋ、又はＲであり、
Ｘ８は、Ｍ、Ｗ、又はＳであり、
Ｘ９は、Ｒ、又はＶであり、
Ｘ１１は、Ｖ、Ａ、Ｈ、Ｌ、又はＲであり、及び
Ｘ１２は、Ｒ、Ｌ、又はＷである）
及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体（ｖａｒｉａｎｔ）、に関する。
【0021】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｎ‐末端にアミノ酸Ｗ又はＲ‐Ｗを含むことができる。
【0022】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｃ‐末端にアミノ酸Ｒ又はＲ‐Ｌを含むことができる。
【0023】
好ましくは、本発明の第一の実施態様によるペプチドは、少なくとも以下のアミノ酸配列：
【0024】
【化3】
【0025】
（配列中、Ｘ１は、Ｗ、Ｋ、又はＲであり、
Ｘ２は、Ｃ、Ｋ、又はＲであり、
Ｘ３は、Ｌ、又はＲであり、
Ｘ５は、Ｌ、又はＲであり、
Ｘ７は、Ｗ、又はＫであり、
Ｘ８は、Ｍ、又はＷであり、
Ｘ９は、Ｒ、又はＶであり、
Ｘ１１は、Ｖ、Ａ、又はＲであり、及び
Ｘ１２は、Ｒ、又はＬである）
及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体を含む。
【0026】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｎ‐末端にアミノ酸Ｗ又はＲ‐Ｗを含むことができる。
【0027】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｃ‐末端にアミノ酸Ｒ又はＲ‐Ｌを含むことができる。
【0028】
より好ましくは、本発明の第一の実施態様によるペプチドは、以下のアミノ酸配列：
【0029】
【化4】
【0030】
から選択されるアミノ酸配列を含むペプチド、及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体から選択される。
【0031】
最も好ましくは、本発明の第一の実施態様によるペプチドは、以下のペプチド：
【0032】
【化5】
【0033】
及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体から選択される。
【0034】
本発明の第二の実施態様は、少なくとも以下のアミノ酸配列：
【0035】
【化6】
【0036】
を含むペプチド（配列中、
Ｘ１は、Ｑ、Ｒ、又はＮであり、
Ｘ２は、Ｓ、Ｒ、又はＫであり、
Ｘ３は、Ｅ、Ｒ、又はＬであり、
Ｘ４は、Ａ、Ｒ、又はＦであり、
Ｘ５は、Ｔ、Ｋ、Ｒ、Ｈ、Ｑ、又はＥであり、
Ｘ６は、Ｋ、Ｔ又はＳであり、
Ｘ７は、Ｒ、Ｆ、又はＬであり、
Ｘ８は、Ｆ、Ｋ、又はＡであり、
Ｘ１１は、Ｌ、Ｒ、又はＡであり、
Ｘ１３は、Ｎ、又はＱであり、及び
Ｘ１８は、Ｌ、Ｒ、又はＡである）
及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体に関する。
【0037】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｎ‐末端にアミノ酸配列Ｋ‐Ｒを含むことができる。
【0038】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｃ‐末端にアミノ酸配列Ｋ‐Ｒ、Ｗ‐Ｗ、又はＧ‐Ｐを含むことができる。
【0039】
好ましくは、本発明の第二の実施態様によるペプチドは、少なくとも以下のアミノ酸配列：
【0040】
【化7】
【0041】
（配列中、Ｘ１は、Ｑ、Ｒ、又はＮであり、
Ｘ３は、Ｅ、Ｒ、又はＬであり、
Ｘ４は、Ａ、Ｒ、又はＦであり、
Ｘ５は、Ｔ、Ｋ、Ｒ、Ｑ、又はＥであり、
Ｘ６は、Ｋ、Ｔ、又はＳであり、
Ｘ７は、Ｒ、Ｆ、又はＬであり、
Ｘ８は、Ｆ、Ｋ、又はＡであり、
Ｘ１１は、Ｌ、Ｒ、又はＡであり、及び
Ｘ１８は、Ｌ、Ｒ、又はＡである）
及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体を含む。
【0042】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｎ‐末端にアミノ酸配列Ｋ‐Ｒを含む。
【0043】
ペプチドは、好ましくはさらに、Ｃ‐末端にアミノ酸配列Ｋ‐Ｒ、Ｗ‐Ｗ、又はＧ‐Ｐを含むことができる。
【0044】
より好ましくは、本発明の第二の実施態様によるペプチドは、以下のアミノ酸配列：
【0045】
【化8】
【0046】
から選択されるアミノ酸配列を含むペプチド、及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体から選択される。
【0047】
最も好ましくは、本発明の第二の実施態様によるペプチドは、以下のペプチド：
【0048】
【化9】
【0049】
及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体から選択される。
【0050】
本発明によるさらなる好ましいペプチドは、以下：
【0051】
【化10】
【0052】
及びこれらのペプチドの機能的に同等の変異体である。
【図面の簡単な説明】
【0053】
【図3】図３は、クラス２ペプチドのクラスタリングを示す散布図である。ペプチドは、それらの物理化学特性に従ってプロットされる。ＴＮＦ‐α阻害活性を有するペプチド（４０μＭのペプチド濃度）は、３つのクラスター：クラスターＡ、Ｂ、及びＣにおいて見出すことができる。
【発明を実施するための形態】
【0054】
本発明のペプチドは、好ましくは、１２〜１００の長さのアミノ酸残基、例えば、好ましくは、１２〜５０の長さのアミノ酸残基、又は１２〜３０の長さのアミノ酸残基、例えばさらに好ましくは、１２〜約２５の長さのアミノ酸残基、例えば最も好ましくは、１２〜２０の長さのアミノ酸残基、例えば、１２、１３、１４、１５、１６，１７、１８，１９、又は２０アミノ酸残基を有する。
【0055】
本発明によるペプチドは、一般的な２０個の遺伝子的にコードされたアミノ酸を含む。それらは、天然の「Ｌ」型と比較して、それらに対応する立体異性体について、「Ｄ」型で、１つ以上のアミノ酸をまた含んでもよい。
【0056】
本明細書において、一文字又は三文字記号が、アミノ酸を示すために使用される。これらの記号は、そしてそれらは、当業者に周知であり、以下の意味：Ａ＝Ａｌａ＝アラニン、Ｃ＝Ｃｙｓ＝システイン、Ｄ＝Ａｓｐ＝アスパラギン酸、Ｅ＝Ｇｌｕ＝グルタミン酸、Ｆ＝Ｐｈｅ＝フェニルアラニン、Ｇ＝Ｇｌｙ＝グリシン、Ｉ＝Ｉｌｅ＝イソロイシン、Ｋ＝Ｌｙｓ＝リシン、Ｍ＝Ｍｅｔ＝メチオニン、Ｎ＝Ａｓｎ＝アスパラギン、Ｐ＝Ｐｒｏ＝プロリン、Ｑ＝Ｇｌｎ＝グルタミン、Ｒ＝Ａｒｇ＝アルギニン、Ｓ＝Ｓｅｒ＝セリン、Ｔ＝Ｔｈｒ＝スレオニン、Ｖ＝Ｖａｌ＝バリン、Ｗ＝Ｔｒｐ＝トリプトファンを持つ。小文字は、対応するＤ‐アミノ酸を指定するために使用される。
【0057】
本発明によるペプチドの機能的に同等の変異体は、１つ以上のアミノ酸の挿入又は欠失、例えば、１‐５挿入又は欠失、１、２、３、４又は５挿入又は欠失が挙げられる。
【0058】
本発明によるペプチドの機能的に同等の変異体はまた、置換を含むことができる。置換は、保存的又は非保存的のいずれかであってもよい。保存的置換は、同じ一般的な種類（例えば、酸性アミノ酸、塩基性アミノ酸など）内のアミノ酸の、同じ種類内の他のアミノ酸による置換である。例えば、疎水性アミノ酸は、他の疎水性アミノ酸と置換することができ、例えば、Ｔｒｐは、Ｌｅｕにより置換することができる。正電荷のアミノ酸は、他の正電荷のアミノ酸で置換することができ、例えば、Ａｒｇは、Ｌｙｓにより置換することができ、例えば、１‐５置換、１、２、３、４、又は５置換である。
【0059】
図１は、アミノ酸の異なる種類を示す。
【0060】
本発明によるペプチドの機能的に同等の変異体は、所望する機能的特性が、ポリペプチドによって保持される限り、他の非天然アミノ酸をまた含むことができる。そのような非天然アミノ酸は、α，α‐二置換アミノ酸、Ｎ‐アルキルアミノ酸、又は特定の天然アミノ酸を模倣した他の変異体が挙げられる。
【0061】
例えば、本発明によるペプチドの機能的に同等の変異体において、リシン（Ｋ／Ｌｙｓ）は、好ましくは、Ｄａｐ（ジアミノプロピオン酸）、Ｄａｂ（２，４‐ジアミノブタン酸）、Ｏｒｎ（オルニチン）、又はＨｙｌ（５‐ヒドロキシリシン）によって置換することができ、アルギニン（Ｒ／Ａｒｇ）は、好ましくは、Ｈａｒ（ホモアルギニン）によって置換することができ、アラニン（Ａ／Ａｌａ）は、好ましくは、Ａｉｂ（α‐アミノイソ酪酸）又はＡｂｕ（２‐アミノブタン酸）によって置換することができ、バリン（Ｖ／Ｖａｌ）は、好ましくは、Ｎｖａ（ノルバリン）又はＩｖａ（イソバリン）によって置換することができ、ロイシン（Ｌ／Ｌｅｕ）は、好ましくは、Ｎｌｅ（ノルロイシン）又はＣｈａ（３‐シクロヘキシルアラニン）によって置換することができ、セリン（Ｓ／Ｓｅｒ）は、好ましくは、Ｈｓｅ（ホモセリン）によって置換することができ、システイン（Ｃ／Ｃｙｓ）は、好ましくは、Ｈｃｙ（ホモシステイン）によって置換することができ、ヒスチジン（Ｈ／Ｈｉｓ）は、好ましくは、Ｈｈｓ（ホモヒスチジン）又は３‐ＭＨ（３‐メチルヒスチジン）によって置換することができ、フェニルアラニン（Ｆ／Ｐｈｅ）は、好ましくは、Ｐｈｇ（２‐フェニルグリシン）で置換することができ、プロリン（Ｐ／Ｐｒｏ）は、好ましくは、Ｈｙｐ（４‐ヒドロキシプロリン）で置換することができる。
【0062】
従って、ペプチドの機能的に同等の変異体は、以下のペプチド：
【0063】
【化11】
【0064】
【化12】
【0065】
から選択されるペプチドと比較して、７０％超の配列同一性、例えば、７５％超の配列同一性、好ましくは、８０％超の配列同一性、例えば、８５％超の配列同一性、最も好ましくは、９０％超の配列同一性、例えば、９３、９４、９５、９６、９７、９８、又は９９％を有するペプチドである。
【0066】
２つのアミノ酸配列間のパーセント同一性は、以下のように決定される。最初に、アミノ酸配列は、例えば、ＢＬＡＳＴＩバージョン２．０．１４及びＢＬＡＳＴＰバージョン２．０．１４を含むＢＬＡＳＴＺの独立型由来のＢＬＡＳＴ２ Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ（Ｂｌ２ｓｅｑ）プログラムを使用して、配列番号１と比較される。このＢＬＡＳＴＺの独立型は、米国政府の国立生物工学情報センターのウェブサイト（ｎｃｂｉ.ｎｌｍ.ｎｉｈ.ｇｏｖ）から入手することができる。Ｂｌ２ｓｅｑプログラムを使用する方法を説明する使用説明書は、ＢＬＡＳＴＺに付属のリードミー（ｒｅａｄｍｅ）ファイルに見出すことができる。Ｂｌ２ｓｅｑは、ＢＬＡＳＴＰアルゴリズムを使用して、２つのアミノ酸配列間の比較を実施する。２つのアミノ酸配列を比較するために、Ｂｌ２ｓｅｑのオプションは、以下：‐ｉは、比較される第一アミノ酸配列を含むファイルに設定され（例えば、Ｃ：＼ｓｅｑ１．ｔｘｔ）；‐ｊは、比較される第二アミノ酸配列を含むファイルに設定され（例えば、Ｃ：＼ｓｅｑ２．ｔｘｔ）；‐ｐは、ｂｌａｓｔｐに設定され；‐ｏは、任意の所望するファイル名に設定され（例えば、Ｃ：＼ｏｕｔｐｕｔ．ｔｘｔ）；及びすべての他のオプションは、それらのデフォルト設定の状態に設定される、のように設定される。例えば、以下のコマンド：Ｃ：＼Ｂｌ２ｓｅｑ−ｉｃ：＼ｓｅｑ１．ｔｘｔ−ｊｃ：＼ｓｅｑ２．ｔｘｔ−ｐｂｌａｓｔｐ−ｏｃ：＼Ｏｕｔｐｕｔ．ｔｘｔは、２つのアミノ酸配列間の比較を含む出力ファイルを生成するために使用することができる。仮に２つの比較された配列が、相同性（ｈｏｍｏｌｏｇｙ）を共有する場合は、次に、指定された出力ファイルは、整列配列（ａｌｉｇｎｅｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅ）として、相同性のそれらの領域を示す。仮に２つの比較された配列が、相同性を共有しない場合、次に、指定された出力ファイルは、整列配列を示さない。一旦整列されると、一致数は、同一のヌクレオチド又はアミノ酸残基が、両配列において示されている位置の数を数えることにより決定される。
【0067】
パーセント同一性は、識別される配列に示されている配列の長さで一致数を割り、続いて生じた値に１００を乗じることによって決定される。例えば、配列が、仮に配列番号１に示された配列（配列番号１に示された配列の長さは、１８である）と比較され、そして一致数が１６である場合、その結果、当該配列は、配列番号１に示された配列に対して、８９％のパーセント同一性を有する（すなわち、１６÷１８*１００＝８９）。
【0068】
さらに、他のポリペプチド、例えば、精製を簡単にするためのグルタチオン‐Ｓ‐トランスフェラーゼ、プロテインＡ、オリゴ‐ヒスチジンタグへの、又は抗体、例えば、Ｍｙｃタグエピトープによって認識されるエピトープへの、本発明によるペプチドの融合は、本発明にまた含まれる。
【0069】
例えば、ペプチドの検出又は分離に有用である、又はペプチドの細胞取り込みの促進に有用である他の望ましい特徴を含む融合がまた、本発明に含まれる。そのような融合パートナーは、ビオチン部分、ストレプトアビジン部分、放射性部分、小さなフルオロフォア若しくは緑色蛍光タンパク質（ＧＦＰ）フルオロフォアのような蛍光部分、免疫原性タグ、脂溶性分子、又はペプチドの細胞取り込みを促進することができるポリペプチドドメインである。
【0070】
本発明によるペプチドの機能的に同等の変異体は、例えば、ＰＥＧ化、アミド化、エステル化、アシル化、アセチル化及び／又はアルキル化による化学修飾又は誘導体化アミノ酸をまた含むことができる。
【0071】
ＰＥＧに関して様々な連結戦略が存在し、そして含まれるべきである。例えば、ＰＥＧは、Ｎ‐末端アミノ基に結合することができ、又は反応性のアミノ若しくはヒドロキシル基（Ｌｙｓ、Ｈｉｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、及びＴｙｒ）を有するアミノ酸残基に直接、若しくはリンカーとしてγ‐アミノ酪酸を使用することによって結合することができる。ＰＥＣは、カルボキシル（Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ｃ‐末端）、又はスルフヒドリル（Ｃｙｓ）基とまた共役することができる。
【0072】
本発明によるペプチドの機能的に同等の変異体は、側鎖官能基との反応により生成されるアミノ酸の化学誘導体をまた含むことができる。そのような誘導体化分子は、遊離アミノ基が、誘導体化されて、アミン塩酸塩、ｐ‐トルエンスルホニル基、カルボキシベンゾキシ（ｃａｒｂｏｘｙｂｅｎｚｏｘｙ）基、ｔ‐ブチル‐オキシカルボニル基、クロロアセチル基、又はホルミル基を形成する分子を含む。遊離カルボキシル基は、誘導化されて、塩、メチル及びエチルエステル、又は他の種類のエステル及びヒドラジドを形成することができる。遊離ヒドロキシル基は、誘導体化されて、Ｏ‐アセチル、又はＯ‐アルキル誘導体を形成することができる。
【0073】
本発明によるペプチドの機能的に同等の変異体は、ペプチドのペプチド模倣変異体（ｐｅｐｔｉｄｏｍｉｍｅｔｉｃ ｖａｒｉａｎｔ）をまた含むことができる。ペプチド模倣は、ペプチドの構造及び特定の特徴を模倣する化合物である。例えば、ペプチド模倣は、逆（‐ＣＯ‐ＮＨ）結合を有するペプチドを含む。さらに、ペプチド模倣は、アミノ酸残基が、通常のアミド結合を置換するγ（ＣＨ2ＮＨ）結合によって結合される変異体を含む。さらに、ペプチド模倣は、オメガ‐アミノ酸をまた含み、ここで、アミノ‐及びカルボキシル‐基は、可変長のポリメチレン単位によって分離される。
【0074】
本発明によるペプチドは、修飾、例えば、アミド化、アミノ末端アシル化（例えば、アセチル化又はチオグリコール酸アミド化）、末端カルボキシルアミド化（例えば、アンモニア又はメチルアミンで）、及びペプチドのＮ‐又はＣ‐末端領域が、エキソタンパク質分解（ｅｘｏｐｒｏｔｅｏｌｙｔｉｃ）消化に対する感受性を減らすためにブロック遮断される他の末端修飾を含むことができる。さらに、Ｎ‐末端のアセチル化、及びＣ‐末端のアミド化によって、ペプチドは、末端で非荷電になる。受容体がＬＦの対応する配列（Ｎ‐及びＣ‐末端の電荷は存在しない）に結合すると仮定すると、キャップされたペプチド（ｃａｐｐｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅ）は、より良好に結合するはずである。というのも、それらは、未キャップのペプチド（ｕｎｃａｐｐｅｄ ｐｅｐｔｉｄｅｓ）よりも本来のタンパク質にこの点において似ているからである。
【0075】
本発明によるペプチドは、Pasupuletiら、Biochim Biophys Acta 2009, 1790:800-8によって記載されるように、作用強度を増加するために、トリプトファンでＣ‐末端に末端タグ化（ｅｎｄ‐ｔａｇｇｅｄ）することができる。
【0076】
さらに、存在する場合には、ペプチド中のシステイン残基は、アセトアミドメチル‐システインにより置換することができる。さらに、本発明によるペプチドは、配列中の２つのシステインの間のジスルフィド架橋の構築によって得られる、環状形態でもよい。さらに本発明によるペプチドは、ラクタム形成を含むことができる。
【0077】
本発明によるペプチドは、感染、炎症、腫瘍、疼痛、創傷、及び／又は瘢痕の治療及び／又は予防のために好適である。本明細書中で使用される用語「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」は、病状、疾患進行、又は他の異常な状態の悪影響を治癒すること（ｃｕｒｉｎｇ）、好転すること（ｒｅｖｅｒｓｉｎｇ）、軽減すること（ａｔｔｅｎｕａｔｉｎｇ）、緩和すること（ａｌｌｅｖｉａｔｉｎｇ）、最小限にすること（ｍｉｎｉｍｉｓｉｎｇ）、抑制すること（ｓｕｐｐｒｅｓｓｉｎｇ）、又は食い止めること（ｈａｌｔｉｎｇ）を意味し、そして用語「予防（ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ）」は、病状又は疾患進行又は他の異常な又は有害な症状を発症するリスクを最小限にすること、軽減すること（ｒｅｄｕｃｉｎｇ）、又は抑制することを意味する。
【0078】
本発明によるペプチド又は医薬品又は医療機器で治療できる感染は、すべての種類の病原体、例えば、細菌、ウィルス、真菌などによって引き起こされる感染を含む。本発明によるペプチドは、医療機器関連感染を軽減し／予防するために様々な医療機器製品を被膜し／処理するために使用されてもよい。
【0079】
様々な種類の炎症を治療することもできる。炎症は、とりわけ、組織及び器官の異常な「発赤（ｒｅｄｎｅｓｓ）」及び腫脹、患部の疼痛及び発熱、毛細血管拡張、白血球浸潤などにより特徴付けられる複雑な現象である。炎症は、細菌及び他の有害物質への暴露、及び物理的な損傷によって主に引き起こされる。アレルギー性炎は、アレルギー性ぜんそく、アトピー性皮膚炎、アレルギー性鼻炎、及びいくつかの眼のアレルギー疾患を含む、いくつかの障害又は病状の重要な病態生理学的特徴である。
【0080】
従って、本発明の１つの態様は、感染、炎症、腫瘍、疼痛、創傷、及び瘢痕の治療及び／又は予防方法を提供し、ここで本発明のペプチドの有効量、及びその機能的に同等の変異体が、患者に投与される。前記ペプチドは、経口投与、全身投与、非経口投与、局部投与及び局所投与用に処方されてもよい。さらに、前記ペプチドは、食料品中に含まれてもよく、又は乳児用食品（ｉｎｆａｎｔ ｆｏｒｍｕｌａ ｆｏｏｄ）中に含まれてもよい。
【0081】
さらに、本発明の他の態様は、感染、炎症、腫瘍、疼痛、創傷、及び瘢痕の治療及び／又は予防における使用のための本発明のペプチドを提供する。前記ペプチドは、経口投与、全身投与、非経口投与、局部投与又は局所投与用に処方されてもよい。さらに、前記使用のためのペプチドは、食料品中に含まれてもよく、又は乳児用食品中に含まれてもよい。
【0082】
さらに、本発明の他の態様は、感染、炎症、腫瘍、疼痛、創傷及び瘢痕の治療及び／又は予防のための医薬品又は医療機器の製造のための、本発明のペプチドの使用を提供する。前記医薬品は、経口投与、全身投与、非経口投与、局部投与、又は局所投与用に処方されてもよい。さらに、医薬品若しくは医薬製品／医療機器は、食料品中に含まれてもよく、又は乳児用食品中に含まれてもよい。
【0083】
炎症は、多くの形態を有し、そして様々な異なるサイトカイン及び他の化学的なシグナルによって媒介される。炎症のこれらのメディエーターは、腫瘍壊死因子‐α（ＴＮＦ‐α）、インターロイキン‐１（ＩＬ‐１）、インターロイキン‐４（ＩＬ‐４）、インターロイキン‐５（ＩＬ‐５）、インターロイキン‐６（ＩＬ‐６）、インターロイキン‐８（ＩＬ‐８）、インターフェロン‐γ（ＩＦＮ‐γ）、及び様々なコロニー刺激因子（ＣＳＦ）が挙げられる。
【0084】
感染の阻害及び炎症反応の調節を介して、本発明のペプチドは、創傷及び瘢痕形成の治療及び／又は予防のために好適である。上述したように、本発明によるペプチドはまた、腫瘍の治療のために好適である。
【0085】
本発明によるペプチドは、それらが、医療機器、医薬品、又は医薬組成物として使用されるか、又は医療機器、医薬品、又は医薬組成物中に含まれるかのいずれかでもよい。本発明による医薬品又は医療機器又は医薬組成物はまた、医薬製剤の製造又は製剤の投与を容易にするために使用される物質を含んでもよい。そのような物質は、当業者に周知であり、例えば、医薬的に許容されるアジュバント、担体、及び防腐剤でもよい。
【0086】
従って、本発明の１つの態様は、本発明によるペプチドを含む医薬組成物を提供する。
【0087】
本発明の他の態様は、感染、炎症、腫瘍、疼痛、創傷及び瘢痕の治療及び／又は予防における使用のための本発明によるペプチドを含む医薬組成物を提供する。
【0088】
本発明によるペプチドは、経口投与、全身投与、非経口投与、局部投与、又は局所投与のいずれか用に処方されてもよい。
【0089】
本発明によるペプチド、医薬品、医療機器及び医薬組成物は、患者に経口的、全身的、非経口的、局部的又は局所的のいずれかで投与することができる。
【0090】
本明細書中で使用される用語「患者（ｐａｔｉｅｎｔ）」は、病状、疾患進行、又は他の異常な若しくは有害な症状のリスクがある、又は病状、疾患進行、又は他の異常な若しくは有害な症状を患っている任意の者に関する。
【0091】
全身投与は、例えば、尿路感染症、大腸炎及び腫瘍の治療のために好適である。全身投与は、経口、経鼻、経肺、経口咽頭、静脈内、動脈内、腔内、筋肉内、皮下、経皮、坐薬（直腸を含む）、又は当業者に公知の他の経路によって行うことができる。
【0092】
局部投与は、例えば、皮膚及び皮膚組織感染症及び炎症、呼吸器感染、粘膜などにおけるすべての感染及び炎症の治療のために好適である。局部投与は、局所、経皮、経口、経鼻、経膣、眼、耳、肺、又は経口咽頭経路によって行われてもよい。局部感染又は炎症の治療のために、本発明によるペプチド又は医薬品は、例えば、ゲル、クリーム、軟膏、溶液又はペースト、吸入粉末／溶液、耳又は点眼剤／懸濁液／軟膏中に含まれてもよい。
【0093】
本発明の方法において、本発明によるペプチドの有効量が、患者に投与される。本明細書中で使用される用語「有効量（ｅｆｆｅｃｔｉｖｅ ａｍｏｕｎｔ）」は、病状、疾患進行又は他の異常な又は有害な症状を治療し又は予防するために十分な量に関する。
【0094】
本発明のペプチド又は医薬品又は医療機器及び方法は、尿路感染及び大腸炎、皮膚及び皮膚組織感染及び炎症、外耳、外耳道、内耳及び眼及び呼吸器系における感染及び炎症、慢性及び急性創傷の治療及び／又は予防のために、特に非常に好適であるが、いくつかの他の炎症及び感染疾患、例えば、炎症性腸疾患、関節リウマチ、関節症、ＨＩＶ‐１ウィルスによって引き起こされる症状、ＣＭＶウィルスによって引き起こされる症状、及び真菌、例えば、カンジダ アルビカンス（Ｃａｎｄｉｄａ ａｌｂｉｃａｎｓ）及びカンジダ クルセイ（Ｃａｎｄｉｄａ Ｋｒｕｓｅｉ）などのカンジダ（Ｃａｎｄｉｄａ）種、アスペルギルス（Ａｓｐｅｒｇｉｌｌｕｓ）及びクリプトコッカス ネオフォルマンス（Ｃｒｙｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｎｅｏｆｏｒｍａｎｓ）によって引き起こされる任意の症状がまた、本発明に従って治療可能である。この列挙は、本発明の範囲を限定しない。
【0095】
本発明によるペプチド、医薬品、医療機器及び方法はまた、そのような合併症を誘導する増加したリスクを有する患者において、炎症又は感染疾患を発症するリスクを軽減することによる予防医療のために非常に好適である。
【0096】
本発明のペプチドは、抗炎症及び免疫調節性の治療に好適であり、限定されないが以下：１）一般に、炎症及び／又は炎症から生じる病状の治療、及び具体的には、
２ａ）腸；クローン病（Ｍｏｒｂｕｓ Ｃｒｏｈｎ）、大腸炎、潰瘍性大腸炎、
２ｂ）関節；関節リウマチ、関節炎、関節症、筋痙攣、筋断裂、筋障害、筋挫傷、筋捻挫を含む筋肉の局所性障害、
２ｃ）皮膚；乾癬、湿疹（湿疹（ｅｘｃｅｍａ））皮膚炎、ざ瘡、
２ｄ）心臓；心膜炎、心内膜炎、心不全、
２ｅ）疼痛；（さらに以下の２ｆで特定）、
２ｆ）神経系；アルツハイマー、多発性硬化症、手根管症候群、椎間板ヘルニア、頸部リゾパシー（Ｃｅｒｖｉｃａｌ ｒｈｉｚｏｐａｔｈｙ）、ベル麻痺（Ｂｅｌｌｓ ｐａｌｓｙ）、急性脊髄損傷、脊髄圧迫、脊柱管狭窄、帯状疱疹後神経痛、ウィルス性脳炎、ウィルス性髄膜炎、メニエール病、ポリオ及びポリオ後合併症（ｐｏｓｔｐｏｌｉｏ ｃｏｍｐｌｉｃａｔｉｏｎ）、慢性炎症性脱髄性多発性ニューロパチー、多発性ニューロパチー、三叉神経痛（Ｔｒｉｇｍｉｎａｌ ｎｅｕｒａｌｇｉａ）、慢性てんかん性疾患、
２ｇ）感覚器官；緑内障、
２ｈ）粘膜表面；（化学／放射線療法の結果生じる炎症）、
２ｉ）アレルギー；
２ｊ）自己免疫疾患
が例示される。
【0097】
本発明のペプチドは、さらに症状及び処置に関連する創傷及び瘢痕の予防及び治療のために好適であり、限定されないが、以下：３ａ）様々な組織、例えば、皮膚、筋肉、腱、神経組織、血管、及び体の様々な部位、例えば、眼、耳、声帯、手、脊髄、腹腔内、胸腔内、頭蓋腔内、口腔、婦人科医学に関する処置、子宮内膜症、包茎における外科的処置、
３ｂ）ざ瘡、
３ｃ）肥厚性瘢痕及びケロイド、
３ｄ）胸膜炎、
３ｅ）腹膜透析、
３ｆ）急性及び慢性創傷
が例示される。
【0098】
本発明のペプチドは、さらに抗血管新生効果を有することが確信されており、そして従って、以下：４ａ）がん、
４ｂ）関節リウマチ
の治療のために好適である。
【0099】
本発明のペプチドは、抗感染効果を有し、そして以下：５ａ）抗菌効果；
上及び下気道（扁桃炎、副鼻腔炎、肺炎、慢性閉塞性肺疾患、嚢胞性線維症など）、
眼の感染（例えば、結膜炎）、
尿路感染、
性感染疾患（コンドームの抗菌コーティングを含む）、
生殖管（膣症、膣炎、子宮頸炎、子宮内膜炎、ＰＩＤ）、
消化管感染（ＧＩで開始される全身性の感染）、
中枢神経系感染、
皮膚及び皮膚組織の感染、例えば、手術部位感染、蜂巣炎及び膿瘍、二次的に感染した皮膚病、膿痂疹、及び癰又はせつ腫症（グラム陽性及びグラム陰性細菌、ブドウ球菌（ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ）、例えば、ＭＲＳＡ、ストレプトコッカス（ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、院内（ｎｏｓｏｃｏｍｉａｌ）、創傷、熱傷を含む）を含む二次的に感染した外傷性病変（ｓｅｃｏｎｄａｒｉｌｙ ｉｎｆｅｃｔｅｄ ｔｒａｕｍａｔｉｃ ｌｅｓｉｏｎ）、筋肉の感染、関節の感染（例えば、敗血症性関節炎）、骨の感染、並びに造血系の感染、
歯根膜炎、歯肉炎を含む、口、眼、内及び外耳、並びに外耳道に関連する感染、
５ｂ）抗ウィルス効果；
上及び下気道、
性感染疾患、
消化管感染（ＧＩで開始される全身性の感染）、
中枢神経系感染、
５ｃ）抗真菌効果；
上及び下気道（例えば、アフタ、皮膚粘膜カンジダ症）、
尿生殖路（例えば、外陰膣カンジダ症、亀頭炎）、
消化管感染（ＧＩで開始される全身性の感染）、
中枢神経系感染、
皮膚及び皮膚組織の感染（例えば、皮膚粘膜カンジダ症）、皮膚病、湿疹
の予防及び治療のために好適である。
【0100】
最も好ましくは、本発明のペプチドは、膿痂疹、火傷、感染した擦過傷、感染した裂傷、擦傷、丹毒、蜂巣炎、膿瘍、フルンケル、癰、閉鎖創、手術部位感染、二次的に感染した皮膚炎：アトピー性皮膚炎、乾癬、及びアレルギー性接触皮膚炎、動物咬傷、カテーテル関連感染の治療、予防法（ｐｒｏｐｈｙｌａｘｉｓ）及び／又は予防のために使用される。
【0101】
本発明によるペプチド、医薬品、医療機器、及び方法は、単独、お互いに組み合わせて、従来の治療と組み合わせてのいずれかで使用されてもよい。
【0102】
本発明によると、基礎疾患、低出生体重、又は薬物治療によるそのような症状のリスクが増加している患者における感染及び／又は炎症を減少することを意図する任意の種類の食品又は飲料中に、本発明のペプチドを有効量で含むことができる。例えば、乳児において、細菌、ウィルス、又は真菌によって生じる炎症によって引き起こされる体重減少のような、細菌の有害な影響を阻害することを意図する乳児用食品中に、本発明のペプチドを有効量で含むことができる。本発明によるペプチドが、例えば、栄養目的のために、食料品中に使用される場合、天然起源のペプチドを使用することが特に好ましい。
【0103】
本発明によるペプチドは、抗菌効果を有するので、それらはまた、様々な食料品及び医薬品、例えば、ゲル、クリーム、軟膏、ペースト、溶液、乳液などにおいて、防腐剤として使用することができる。
【0104】
本発明は、以下の実施例において、これからさらに説明される。これらの実施例は、本発明を説明することのみを目的とし、本発明の範囲を限定するものと決して見なされるべきではない。
【実施例】
【0105】
実施例１．ペプチドスクリーニング１２つのクラスのラクトフェリン由来のペプチドを、設計しそして試験した。活性ペプチドを、すべてのクラスで識別した。
【0106】
新規ペプチド変異体を、配列番号１と類似している配列を有するペプチドの測定した抗炎症及び抗菌活性に基づいて、設計した。さらに、これらのペプチドに対して対応する配列の構造的考察を、考慮に入れた。特に、これは、ペプチドのヘリシティを維持し、そして強化することを意図する。第一のスクリーニングラウンドに関して、クラス１ペプチドの新規変異体をＮ‐キャップモチーフ及び（ｉ，ｉ＋３）及び（ｉ，ｉ＋４）ロイシンスペーシングを導入することによって設計し、両方ともヘリックスの安定性を向上することを示唆する。さらに、ヘリックスの両親媒性特徴を、特定の位置で極性正電荷アミノ酸の挿入によって修飾した。クラス２由来のペプチドの新規変異体を、正電荷及びペプチドの疎水性領域を増加することによって設計した。従って、ペプチドの両親媒性を増加した（図２）。新規設計に基づいて、約５０のペプチドをＰＥＰ ｓｃｒｅｅｎ ｌｉｂｒａｒｙ（Ｓｉｇｍａ）として発注し、そして抗炎症及び抗菌活性の両方について試験した。
【0107】
【表1】
【0108】
【表2】
【0109】
抗炎症活性をＬＰＳで刺激したＴＨＰ‐１細胞におけるＴＮＦ‐α産生の阻害として測定した。ヒト単球に相当するＴＨＰ‐１細胞株（ＴＩＢ‐２０２；ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ，ＵＳＡ）を、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ；ＰＡＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ＧｍｂＨ，Ｐａｓｃｈｉｎｇ，Ａｕｓｔｒｉａ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｓｉｇｍａ‐Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）、及び２０ｍＭのＨＥＰＥＳ（ＰＡＡ，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ＧｍｂＨ，Ｐａｓｃｈｉｎｇ，Ａｕｓｔｒｉａ）を補充したＲＰＭＩ１６４０（ＰＡＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ＧｍｂＨ，Ｐａｓｃｈｉｎｇ，Ａｕｓｔｒｉａ）中で保持した。
【0110】
細胞密度を１０6細胞／ｍｌに調整し、そして１００μｌの懸濁液を、９６ウェル細胞培養プレート（Ｓａｒｓｔｅｄｔ，Ｎｕｍｂｒｅｃｈｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）に、ウェルごとに添加した。単球をマクロファージ様細胞に分化するために、細胞を１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡ（１３‐酢酸１２‐ミリスチン酸ホルボール；Ｓｉｇｍａ‐Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）で、４８時間処理した。その後、細胞を、５％熱不活化ＦＢＳを含む以外は、上記特定された培地中に、０．１ｎｇ／ｍｌのリポポリサッカライド（ＬＰＳ；Ｅ．ｃｏｌｉ血清型Ｏ５５：Ｂ５；Ｓｉｇｍａ‐Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）の添加によって刺激した。ＬＰＳの添加３０分後、ペプチド（４０μＭ）を、３連で添加した。３７℃、５％ＣＯ2及び湿った環境で、６時間のインキュベーション後、細胞上清を回収し、遠心分離し、そしてＥＬＩＳＡ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ，ＵＳＡ）によってＴＮＦ‐α含量を分析するまで、−２０℃で冷凍した。ペプチド添加なしで刺激されたＴＮＦ‐αレベルを１００％に設定し、そして基礎分泌を０％に設定して、結果を平均相対分泌（％）として示す（表２）。
【0111】
【表3】
【0112】
抗菌活性を、最小殺菌濃度（Ｍｉｎｉｍａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｃｉｄａｌ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ），ＭＭＣ９９，アッセイを使用する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対する殺菌効果として測定した。５％のウマ脱線維血液（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＳＶＡ），Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）を補充した血液寒天プレート（Ｃｏｌｕｍｂｉａ ａｇａｒ（Ｏｘｏｉｄ，Ｂａｓｉｎｇｓｔｏｋｅ，ＵＫ）上で培養した黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（＃１８００；ＣＣＵＧ，Ｇｏｔｈｅｎｂｕｒｇ，Ｓｗｅｄｅｎ）を、ブレインハートインフュージョン培地（３．７％のＢＨＩ；Ｄｉｆｃｏ，ＢＤ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ，ＮＪ，ＵＳＡ）に移し、そして３７℃で一晩、２５０ｒｐｍで振とう機においてインキュベートした。培養物を、その後、新鮮なＢＨＩ培地で１：１０に希釈し、そしてさらに２時間インキュベートして、対数増殖期に達した。細菌をペレット化し、そして６００ｎｍでの光学濃度を測定することによって推定された１０7細菌／ｍｌの濃度に、１％ＢＨＩ培地（超純水で１００倍に希釈したＢＨＩ培地）中に懸濁した。ペプチドを、１％ＢＨＩ培地において、１６０μＭ〜１，２５μＭまで、２倍ステップによって段階希釈した。ペプチド（１００μｌ）を、その後、３７℃で２時間、細菌（５μｌの１０7細菌／ｍｌ）とインキュベートした。懸濁液の液滴（５μｌ）を、血液寒天プレートに置いた。血液寒天プレートを、３７℃で一晩インキュベートした。ＭＭＣ99値（すなわち、生菌の９９％減少を達成するために必要な最小ペプチド濃度）を、記録した（表３）。アッセイにおいて使用した細菌懸濁液の濃度は、血液寒天プレート上の生菌数により確認した。
【0113】
【表4】
【0114】
【表5】
【0115】
実施例２．ペプチドスクリーニング２この第一のスクリーニングラウンド由来のペプチドに関するＴＮＦ‐α活性を、ＰｒｏＰＨＥＣＹ（商標）ソフトウェア（Ｓａｒｏｍｉｃｓ，Ｌｕｎｄ，Ｓｗｅｄｅｎ）を使用して多変量解析に供した。多くの記述子を、それぞれのペプチドに関して計算した。ＴＮＦ‐α活性は、その結果、これらの記述子と相関していた。独立した回帰モデルを、それぞれのペプチドクラスのために作成した。さらに、すべてのペプチドクラスを考慮したグローバルモデルをまた、作成した。回帰モデルの分析は、改善したＴＮＦ‐α活性に貢献するいくつかの変数を示唆した。第二のスクリーニングラウンドに関する新規ペプチドを、主に電荷調節、両親媒性、及び疎水性に基づいて、それぞれのペプチドクラスのために示唆した。新規設計に基づいて、約８０のペプチドを、ＰＥＰ ｓｃｒｅｅｎ ｌｉｂｒａｒｙ（Ｓｉｇｍａ）として発注し、そして抗炎症及び抗菌活性の両方について試験した。
【0116】
【表6】
【0117】
【表7】
【0118】
抗炎症活性をＬＰＳで刺激したＴＨＰ‐１細胞におけるＴＮＦ‐α産生の阻害として測定した。ヒト単球に相当するＴＨＰ‐１細胞株（ＴＩＢ‐２０２；ＡＴＣＣ，Ｍａｎａｓｓａｓ，ＶＡ，ＵＳＡ）を、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ；ＰＡＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ＧｍｂＨ，Ｐａｓｃｈｉｎｇ，Ａｕｓｔｒｉａ）、１ｍＭのピルビン酸ナトリウム（Ｓｉｇｍａ‐Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）、及び２０ｍＭのＨＥＰＥＳ（ＰＡＡ，Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ＧｍｂＨ，Ｐａｓｃｈｉｎｇ，Ａｕｓｔｒｉａ）を補充したＲＰＭＩ１６４０（ＰＡＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ ＧｍｂＨ，Ｐａｓｃｈｉｎｇ，Ａｕｓｔｒｉａ）中で保持した。
【0119】
細胞密度を１０6細胞／ｍｌに調整し、そして１００μｌの懸濁液を、９６ウェル細胞培養プレート（Ｓａｒｓｔｅｄｔ，Ｎｕｍｂｒｅｃｈｔ，Ｇｅｒｍａｎｙ）に、ウェルごとに添加した。単球をマクロファージ様細胞に分化するために、細胞を１０ｎｇ／ｍｌのＰＭＡ（１３‐酢酸１２‐ミリスチン酸ホルボール；Ｓｉｇｍａ‐Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）で、４８時間処理した。その後、細胞を、５％熱不活化ＦＢＳを含む以外は、上記特定された培地中に、０．１ｎｇ／ｍｌのリポポリサッカライド（ＬＰＳ；Ｅ．ｃｏｌｉ血清型Ｏ５５：Ｂ５；Ｓｉｇｍａ‐Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）の添加によって刺激した。ＬＰＳの添加３０分後、ペプチド（４０μＭ、１０μＭ及び４μＭ）を、３連で添加した。６時間のインキュベーション後、細胞上清を回収し、遠心分離し、そしてＥＬＩＳＡ（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ，ＵＳＡ）によってＴＮＦ‐α含量を分析するまで、−２０℃で冷凍した。ペプチド添加なしで刺激されたＴＮＦ‐αレベルを１００％に設定し、そして基礎分泌を０％に設定して、結果を平均相対分泌（％）として示す（表５）。
【0120】
【表8】
【0121】
【表9】
【0122】
抗菌活性を、最小殺菌濃度（Ｍｉｎｉｍａｌ ｍｉｃｒｏｂｉｃｉｄａｌ ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ），ＭＭＣ９９，アッセイを使用する黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）に対する殺菌効果として測定した。５％のウマ脱線維血液（Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ（ＳＶＡ），Ｕｐｐｓａｌａ，Ｓｗｅｄｅｎ）を補充した血液寒天プレート（Ｃｏｌｕｍｂｉａ ａｇａｒ（Ｏｘｏｉｄ，Ｂａｓｉｎｇｓｔｏｋｅ，ＵＫ）上で培養した黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（＃１８００；ＣＣＵＧ，Ｇｏｔｈｅｎｂｕｒｇ，Ｓｗｅｄｅｎ）を、ブレインハートインフュージョン培地（３．７％のＢＨＩ；Ｄｉｆｃｏ，ＢＤ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ，Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ，ＮＪ，ＵＳＡ）に移し、そして３７℃で一晩、２５０ｒｐｍで振とう機においてインキュベートした。培養物を、その後、新鮮なＢＨＩ培地で１：１０に希釈し、そしてさらに２時間インキュベートして、対数増殖期に達した。細菌をペレット化し、そして６００ｎｍでの光学濃度を測定することによって推定された１０7細菌／ｍｌの最終濃度に、１％ＢＨＩ培地（超純水で１００倍に希釈したＢＨＩ培地）中に懸濁した。ペプチドを、１％ＢＨＩ培地又は５０％熱不活化擬似創傷滲出液（超純水で２回希釈した、生理食塩水中に０．１％のペプトン（Ｏｘｏｉｄ，Ｂａｓｉｎｇｓｔｏｋｅ，ＵＫ）（１つの部分）及び胎児ウシ血清（１つの部分）を含む、ＳＷＦ）のいずれかにおいて、４００μＭ〜０．７８μＭまで２倍ステップによって段階希釈した。ペプチド（１００μｌ）を、その後、３７℃で２時間、細菌（５μｌの１０7細菌／ｍｌ）とインキュベートした。懸濁液の液滴（５μｌ）を、血液寒天プレートに置いた。血液寒天プレートを、３７℃で一晩インキュベートした。ＭＭＣ99値（すなわち、生菌の９９％減少を達成するために必要な最小ペプチド濃度）を、記録した（表６）。アッセイにおいて使用した細菌懸濁液の濃度は、血液寒天プレート上の生菌数により確認した。
【0123】
【表10】
【0124】
【表11】
【0125】
クラス２ペプチドペプチドのいくつかの変異体を、増加した電荷で設計し、そして疎水性領域を追加した。特に、両親媒性の調節は、高い活性を有するペプチドを達成するために重要であった。
【0126】
クラス２ペプチド配列及び抗炎症アッセイ由来の結果を使用する主成分分析（ＰｒｏＰＨＥＣＹ（商標））に基づいて、活性ペプチドの３つの異なるクラスターを識別した（図３）。クラスターは、スクリーニングラウンド２由来のペプチドのみを含む。それぞれのクラスター由来の最も活性なペプチドを、表７にまとめる。
【0127】
図３の散布図は、ペプチド特性の主成分分析に基づく。ペプチドは整列され、そしてそれぞれのアミノ酸の物理化学的特性が考慮される。プロットにおいて互いに隣接しているペプチドはまた、より高い類似度を有していることが期待される。すなわち、ペプチドは、ほとんどの位置において同一又は類似するアミノ酸を有する。それに応じて、遠位のペプチドは、より多くの異なる配列を有することが期待される。例えば、ペプチド２３２及び２４４は、非常に隣接しており（クラスターＡ参照）、そしてそれらは、３つの位置（２３２は、Ｒ、Ｒ及びＭを有し、並びに２４４は、Ｋ、Ｋ及びＷ有する（Ｒ及びＫ、並びにＭ及びＷは、あまり異ならない））で異なる。これは、８つの位置で異なることに加えて、長さにおいて２つの残基が異なるペプチド２４０及び２４９（それぞれクラスターＢ及びＣ）と比較することができる。従って、スコアプロットは、ペプチド間の物理化学的類似性の概要を与える。
【0128】
【表12】
【0129】
表７中の結果の概要は、高い活性のために重要である位置及び変異を識別するのをより容易にする。これらのペプチドにおいて、いくつかの位置を、正に荷電したアミノ酸、例えば、Ｌｙｓ（Ｋ）及びＡｒｇ（Ｒ）で置換した。さらに、いくつかの位置を、ペプチド末端における疎水性を増加し、そして両親媒性を増加し及び調節するために、疎水性アミノ酸に変更した。ＰｒｏＰＨＥＣＹ（商標）分析は、位置１及び２、並びに位置５で、正に荷電したアミノ酸を有することが有利であることを示す。さらに、疎水性アミノ酸は、位置７、８及び１２において存在することが有利である。これらのすべてのペプチドは、位置３においてＬｅｕ（Ｌ）を有する。両親媒性は、従って、仮に位置７、８及び１２が、疎水性残基に変更され、又は増加した疎水性を有する残基に変更された場合（ペプチド２４４においてＭｅｔからＴｒｐ）、向上する。
【0130】
クラスターＢ中のペプチドを、正電荷及び疎水性を増加するために、１つ又は２つの残基で、Ｎ‐末端及びＣ‐末端両方において伸長した。ペプチド２４０は、正電荷及び両親媒性がこのペプチドに関してより低いので、活性が低い。ペプチド２３９及び２４１の最も活性なものは、位置２及び５において正に荷電したアミノ酸、及び位置３及び７において疎水性アミノ酸を有する。
【0131】
クラスターＣペプチドにおいて、両親媒性は、ペプチドに沿って表面の他の部分に移動し、そして「回転した（ｒｏｔａｔｅｄ）」。これは、位置１、５、９及び１２を疎水性アミノ酸で置換し、そして位置２、３、７及び１１を正に荷電したアミノ酸で置換することによって達成される。
【0132】
最後に、クラスターＡ及び特にクラスターＢに属する活性クラス２ペプチドのいくつかは、ほぼ生理食塩濃度においてさえ、高い抗菌効果を示す。
【0133】
実施例３．インビトロ抗菌効果ペプチド２３２（配列番号７８）、及び２２０（配列番号６７）の抗菌効果を、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）（ＣＣＵＧ１８００）、ＭＲＳＡ（ＣＣＵＧ４１８７９）、緑膿菌（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）（ＡＴＣＣ１５４４２）、大腸菌（ＣＣＵＧ３１２４６）、化膿レンサ球菌（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）（ＣＣＵＧ４２０７）、Ｐ．アクネス（ＣＣＵＧ１７９４Ｔ）、表皮ブドウ球菌（Ｓ．ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ）（ＡＴＣＣ１２２２８）、肺炎桿菌（Ｋ．ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）（ＡＴＣＣ１３８８３）、Ａ．バウマニ（Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ）（ＡＴＣＣ１９６０６）、及びＣ．アルビカンス（Ｃ．ａｌｂｉｃａｎｓ）（ＡＴＣＣ６４５４９）に対するＭＭＣ99（最小殺菌濃度）アッセイによって分析した。ペプチドを、ＢｉｏｐｅｐｔｉｄｅＣｏｍｐａｎｙ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，ＣＡ，ＵＳＡ）及びＢａｃｈｅｍ ＡＧ（Ｂｕｂｅｎｄｏｒｆ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）から購入し、そして結果を、表８Ａ及び８Ｂにそれぞれ示す。
【0134】
ペプチドを、２つの異なるアッセイ培地、１％ＢＨＩ培地（ブレインハートインフュージョン培地）又は５０％熱不活化擬似創傷滲出液（ＳＷＦ）で、段階希釈し、そしてその後、２時間微生物とインキュベートした。懸濁液の液滴を血液寒天プレートに置いた。ＭＭＣ99値、すなわち、生存能力のある微生物の９９％減少を達成するために必要な最小ペプチド濃度を、記録した。表８に示したように、すべてのペプチドは、感染において頻繁に表れる微生物を死滅させる能力を有する。
【0135】
【表13】
【0136】
【表14】
【0137】
実施例４．ラットの切除創傷モデルにおけるインビボ抗菌効果ペプチド２３２（配列番号７８）、及びペプチド２２０（配列番号６７）のインビボ抗菌効果を、ラットの切除創傷モデルにおいて検討した。創傷を、２時間、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（ＭＲＳＡ）で接種し、続いて、細菌の終了及び収集前２時間、ペプチド又は対照（Ｈ2Ｏ）の単回投与を行った。すべてのペプチドは、顕著な抗菌効果を示した（図４）。
【0138】
実施例５．ブタの感染した創傷におけるインビボ抗菌効果ペプチド２３２（配列番号７８）、及びペプチド２２０（配列番号６７）の抗菌効果を、ブタの皮膚のエクスビボモデルにおいて検討した。創傷を、ＰＢＳ／血清 ５０／５０の存在下、黄色ブドウ球菌（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）で接種した。接種２時間後、創傷を、ペプチド又はプラセボ（Ｈ2Ｏ）の単回投与で処理した。４時間後、処理細菌を収集し、そしてそれぞれの創傷の生菌数を測定した。結果は、局部に適用した場合、ペプチドが、非常に有効な抗感染剤であることを示すラットにおける知見を裏付けた（図５）。
【配列表】
[この文献には参照ファイルがあります.J-PlatPatにて入手可能です(IP Forceでは現在のところ参照ファイルは掲載していません)]