【課題を解決するための手段】
【0011】
前記のような目的を達成するために、本発明は
(a)LRS及びRagDを試験製剤と共に又は試験製剤なしに接触させる段階;
(b)試験製剤がある時のLRS及びRagD間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度を比較する段階;及び
(c)LRSとRagD間の結合親和度の変化を測定する段階を含むmTORC1媒介疾病の予防及び治療剤スクリーニング方法を提供する。
【0012】
本発明の他の目的を達成するために、本発明は細胞内でLRSの発現を抑制する段階を含む対照群細胞に比べて細胞の大きさを減少させる方法を提供する。
【0013】
本発明の他の目的を達成するために、本発明は
(a)LRS及びRagDを試験製剤と共に又は試験製剤なしに接触させる段階;
(b)試験製剤がある時のLRS及びRagD間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度を比較する段階;及び
(c)LRSとRagD間の結合親和度を阻害する試験製剤を検出する段階を含むmTORC1媒介疾病の予防及び治療剤スクリーニング方法を提供する。
【0014】
以下、本発明を詳細に説明する。
【0015】
本発明は、LRS(leucyl tRNA synthetase)が、mTORC1へのアミノ酸信号伝達の核心媒介体として機能する点を初めて究明した。つまり、本発明は、LRSが、アミノ酸依存的にmTORC1への信号伝達媒介体であるRag GTPaseに直接結合して、Rag GTPaseに対するGTPase-activating protein(GAP)の役割をしてRag GTPaseがmTORC1を活性化させることを見いだした。
【0016】
本発明者らは、ロイシンtRNA合成酵素(leucyl tRNA synthetase、LRS)がアミノ酸から誘導されるmTORC1の活性化において、重要な役割をし、LRSが細胞内のロイシン濃度を感知して、ロイシンから誘導されるmTORC1の活性化に影響を及ぼすことを確認した。より詳しくは、LRSは、アミノ酸依存的にmTORC1への信号伝達媒介体であるRag GTPaseに直接結合し、Rag GTPaseに対するGTPase-activating protein(GAP)の役割をしてmTORC1を活性化することを確認した。
【0017】
定義
他の定義がない限り、本明細書に使用される全ての技術的及び科学的用語は当業者らにより一般的に理解される同一な意味を有する。次の参考文献は、本発明の明細書に使用された多様な用語の一般的な定義を有する技術の一つを提供する。
【0018】
Singleton et al.、DICTIONARY OF MICROBIOLOGY AND MOLECULAR BIOLOTY(2d ed. 1994); THE CAMBRIDGE DICTIONARY OF SCIENCE AND TECHNOLOGY(Walker ed.、1988);及びHale&Marham、THE HARPER COLINS DICTIONARY OF BIOLOGY
又は下記の定義が、本発明の実施のために、読者の足しになるように提供される。
【0019】
本発明で“発現”とは、細胞からの蛋白質又は核酸の生成を意味する。
【0020】
本発明で“宿主細胞”とは、任意の手段(例えば、電気衝撃法、カルシウムホスファターゼ沈殿法、微細注入法、形質転換法、ウイルス感染法)により、細胞内に導入された異種性DNAを含む原核又は真核細胞を意味する。
【0021】
本発明で“ポリペプチド”は、二以上の“ポリペプチド”又は一又は二以上の“蛋白質”と互換性があるように使用され、例えば、自然状態の蛋白質から一般的に発現するアミノ酸残基の重合体を意味する。
【0022】
本発明で“LRSポリペプチド”は、ロイシンtRNA合成酵素として知られているポリペプチドを意味する。前記LRSポリペプチドは、配列番号1で表示されるアミノ酸配列を有するポリペプチドでもある(Genbank Accession No.NP_064502.9)。又は本発明のLRSは、これの機能的同等物を含む。
【0023】
前記機能的同等物とは、配列番号1で表示されるアミノ酸配列と少なくとも70%以上、好ましくは80%以上、より好ましくは90%以上の配列相同性(つまり、同一性)を有するポリペプチドを意味する。例えば、70%、71%、72%、73%、74%、75%、76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、100%の配列相同性を有するポリペプチドを含み、配列番号1で表示されるポリペプチドと実質的に同質の生理活性を示すポリペプチドを意味する。ここで、“実質的に同質の生理活性”とは、RagDと結合して、Rag GTPaseに対するGTPase-activating protein(GAP)機能をし、mTORC1を活性化することを意味する。前記機能的同等物は、配列番号1のアミノ酸配列の内、一部が付加、置換又は欠失の結果、生成できるものでもある。前記においてアミノ酸の置換は、好ましくは保存的置換である。天然に存在するアミノ酸の保存的置換の例は、下記の通りである;脂肪族アミノ酸(Gly、Ala、Pro)、疎水性アミノ酸(Ile、Leu、Val)、芳香族アミノ酸(Pyr、Tyr、Trp)、酸性アミノ酸(Asp、Glu)、塩基性アミノ酸(His、Lys、Arg、Gln、Asn)、及び硫黄含有アミノ酸(Cys、Met)
前記機能的同等物には、本発明のLRSポリペプチドのアミノ酸配列下で、アミノ酸の一部が欠失された変形体も含まれる。前記アミノ酸の欠失又は置換は、好ましくは、本発明のポリペプチドの生理活性に直接関連しない領域に位置する。さらに、アミノ酸の欠失は、好ましくはLRSポリペプチドの生理活性に直接関与していない部分に位置している。また、前記LRSポリペプチドのアミノ酸配列の両端末又は配列内に、幾つかのアミノ酸が付加された変形体も含まれる。本発明の機能的同等物の範囲には、本発明によるポリペプチドの基本骨格及びこれの生理活性を維持しながら、ポリペプチドの一部化学構造が変形されたポリペプチド誘導体も含まれる。例えば、本発明のポリペプチドの安定性、貯蔵性、揮発性又は溶解度などを変更させるための構造変更がこれに含まれる。
【0024】
本発明において、配列相同性及び同質性は、LRSのアミノ酸配列(配列番号1)と候補配列を整列してギャップ(gaps)を導入した後、LRSのアミノ酸配列に対する候補配列のアミノ酸残基の百分率として定義される。必要な場合、最大百分率の配列の同質性を収得するために、配列の同質性の部分として保存的置換は考慮しない。さらに、LRSのアミノ酸配列のN−末端、C−末端、又は内部における伸長、欠損又は挿入は、配列の同質性又は相同性に影響を及ぼす配列として解析されない。さらに、前記配列の同質性は、二つのポリペプチドのアミノ酸配列の類似した部分を比較するために使用される一般的な標準方法により決定することができる。BLAST又はこのようなコンピュータープログラムは、二つのポリペプチドをそれぞれのアミノ酸が最適にマッチングするように整列させる(一つ又は二つの配列の電場配列に沿って、又は一つ又は二つの配列の予測された部分に沿って)。前記プログラムは、デフォルトオープニングペナルティー(default opening penalty)及びデフォルトギャップペナルティー(default gap penalty)を提供し、コンピュータープログラムと共に、連係して使用し得るPAM250(標準スコーリングマトリックス;Dayhoff et al.、in Atlas of Protein Sequence and Structure、vol 5、supp 3、1978)のようなスコーリングマトリックスを提供する。例えば、同質性の百分率は、次の通りに計算することができる。すなわち、一致する配列の総数に100を掛けた後、二つの配列を整列するために、一致するスパン(matched span)内のより長い配列の長さの和と、その長い配列内に導入されているギャップ数で割る。
【0025】
本発明によるポリペプチドは、天然で抽出するか、又は遺伝工学的方法により作製することができる。例えば、一般的な方法により、前記ポリペプチド又はこれの機能的同等物を符号化する核酸(例えば、LRSの場合配列番号2(Genbank Accession No.NM_020117.9)、RagDの場合配列番号3(Genbank Accession No.NM_021244.4))を作成する。前記核酸は、適切なプライマーを使用して、PCR増幅することにより、作成することができる。他の方法で当業界に公知の標準方法により、例えば、自動DNA合成器(Biosearch又はApplied Biosystems社で販売するもの)を使用して、DNA配列を合成することもできる。作製された核酸は、これに作動可能に連結され、核酸の発現を調節する一つ以上の発現調節配列(例えば、プロモーター、エンハンサーなど)を含むベクターに挿入され、これより形成された組替え発現ベクターで宿主細胞を形質転換させる。生成された形質転換体を前記核酸が発現されるに適切な培地及び条件下で培養し、培養物から前記核酸により発現した、実質的に純粋なポリペプチドを回収する。前記回収は、当業界に公知の方法(例えば、クロマトグラフィー)を利用して行うことができる。前記で“実質的に純粋なポリペプチド”とは、本発明によるポリペプチドが、宿主細胞から由来した他の如何なる蛋白質も実質的に含まないことを意味する。本発明のポリペプチド合成のための遺伝工学的方法は、下記の文献を参考にすることができる:Maniatis et al.、Molecular Cloning; A laboratory Manual、Cold Spring Harbor laboratory、1982; Sambrook et al.、Molecular Cloning: A Laboratory Manual、Cold Spring Harbor Press、N.Y.、Second(1998)and Third(2000)Editions; Gene Expression Technology、Method in Enzymology、Genetics and Molecular Biology、Method in Enzymology、Guthrie & Fink(eds.)、Academic Press、San Diego、Calif、1991; 及び Hitzeman et al.、J. Biol. Chem.、255:12073-12080、1990。
【0026】
本発明のポリペプチドは、当業界に公知の化学的合成(creighton Proteins;Structures and Molecular Principles、W.H.Freemanand Co.、NY、1983)により、容易に製造することができる。代表的な方法として、これらに限定されるものではないが、液体又は固体状合成、断片凝縮、F-MOC又はT-BOC化学法が含まれる(Chemical Approaches to the Synthesis of Peptides and Proteins、Williams et al.、Eds.、CRC Press、Boca Raton Florida、1997; A Practical Approach、Athert on & Sheppard、Eds.、IRL Press、Oxford、England、1989)。
【0027】
本発明で“核酸”、“DNA配列”又は“ポリヌクレオチド”は、単一又は二重の形態からなるデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドを意味する。他の制限がない限り、自然に生成するヌクレオチドと類似の方法で、核酸に混成される自然のヌクレオチドの公知のアナログも含まれる。
【0028】
本発明で“LRS又は機能的同等物を符号化するポリヌクレオチド”は、配列番号1で表示されるアミノ酸配列又はこれと少なくとも70%以上の配列相同性を有するアミノ酸配列を符号化する塩基配列を有するものとすることができる。前記核酸は、DNA、cDNA及びRNA配列を全て含む。つまり、前記ポリヌクレオチドは、配列番号1のアミノ酸配列又はこれと少なくとも70%以上の相同性を有するアミノ酸配列を符号化する塩基配列を有するか、又は前記塩基配列に相補的な塩基配列を有することができる。好ましくは、配列番号2で表示される塩基配列を有する。前記核酸は、天然で分離されるか又は上述した通り、遺伝工学的方法により製造することができる。
【0029】
本発明で“アナログ”とは、標準物質と構造的に類似するものの、標準物質の特異的な置換基が置換により、代替されることにより標的や調節方法が変形された物質を意味する。標準物質と比較する時、アナログは当業者により予想できる通り、同一又は類似するか又は向上された有用性を有する。向上した性質(例えば、標的物質に対するより高い結合親和力)を有する公知の化合物変異体を究明するためのアナログの構成及びスクリーニングは、化学分野に公知である。
【0030】
本発明で“相同する”とは、蛋白質及び/又は蛋白質配列に言及する場合、共同の祖先蛋白質又は蛋白質配列から自然に又は人為的に由来したことを示す。同様に、核酸及び/又は核酸配列は、それらが共通の祖先核酸、又は核酸配列から自然に又は人為的に由来した時に相同する。
【0031】
本発明で“接触”とは、これの一般的な意味であって、2個以上の製剤(例えば、2個のポリペプチド)を結合させるか、又は製剤と細胞(例えば、蛋白質と細胞)を結合させることを意味する。接触は、試験管内(in vitro)で起こり得る。例えば、試験管又は他のコンテナーで、2個以上の製剤を結合させるか、又は試験製剤と細胞又は、細胞分解物と試験製剤を結合させることである。さらに、接触は、細胞又はインシチュー(in situ)でも起こり得る。例えば、2個のポリペプチドを符号化する組替えポリヌクレオチドを細胞内で共同発現させることにより、細胞又は細胞分解物において2個のポリペプチドを接触させることである。
【0032】
本発明で“製剤(agent)”又は“試験製剤(test agent)”とは、任意の物質、分子、元素、化合物、実在物又はこれらの組合せを含む。例えば、これに制限はされないが、蛋白質、ポリヌクレオチド、小有機物質(small organic molecule)、多糖類、ポリヌクレオチドなどを含む。さらに、自然産物、合成化合物又は化学化合物又は2個以上の物質の組合せでもある。特別の定めのない限り、製剤、物質及び化合物は互換可能に使用することができる。
【0033】
具体的に、本発明のスクリーニング方法でスクリーニングできる試験製剤は、ポリペプチド、ベーターターンミメティック(beta-turn mimetics)、多糖類、燐脂質、ホルモン、プロスタグランジン、ステロイド、芳香族化合物、ヘテロサイクリック化合物、ベンゾジアゼピン、オリゴマリックN-置換グリシン(oligomeric N-substituted glycines)、オリゴカーバメート(oligocarbamates)、糖類、脂肪酸、ピューリン、ピリミジン又はこれらの誘導体、構造的アナログ又は組合せを含む。ある試験製剤は合成物質であり、他の試験製剤は天然物質である。前記試験製剤は、合成又は天然化合物のライブラリーを含む広範囲で多様な出所から得ることができる。組合せライブラリーは、ステップ-バイ-ステップ方式で合成できる多様な種類の化合物に生産することができる。多数の組合せライブラリーの化合物は、ESL(encoded synthetic libraries)方法(WO95/12608、WO95/12608、WO93/06121、WO94/08051、WO95/395503及びWO95/30642)により製造することができる。ペプチドライブラリーは、ファージディスプレー方法(WO91/18980)により製造することができる。バクテリア、カビ、植物及び動物抽出物形態の自然化合物のライブラリーは、商業的な出所から得るか、又はフィールドで収集することができる。公知の薬理学的製剤は、構造的アナログを製造するため、例えばアシル化、アルキル化、エステル化反応、アミド化反応を直接適用したり、あるいは無作為な化学的修飾を適用したりすることができる。
【0034】
前記試験製剤は、自然に生成される蛋白質又はその断片でもある。このような試験製剤は、自然の出所、例えば、細胞又は組織分解物から収得することができる。ポリペプチド製剤のライブラリーは、例えば、一般的な方法により生成されるか、又は商業的に入手できるcDNAライブラリーから収得することができる。前記試験製剤は、ペプチド、例えば、約5-30個、好ましくは約5-20個、さらに、好ましくは約7-15個のアミノ酸を有するペプチドでもある。前記ペプチドは、自然に生成される蛋白質、ランダムペプチド又は“バイアス(biased)”ランダムペプチドの切断物でもある。
【0035】
前記試験製剤は、“核酸”でもある。核酸試験製剤は、自然に生成される核酸、ランダム核酸、又は“バイアス(biased)”ランダムペプチドでもある。例えば、原核又は真核ゲノムの伝達物のために、前述したのと同様に使用することができる。
【0036】
前記試験製剤は、小分子(例えば、約1,000以下の分子量を有する分子)でもある。小分子の調節製剤をスクリーニングするための方法には、高速分析アッセイを適用することができる。多くのアッセイが前記スクリーニングに有用である(Shultz、Bioorg. Med. Chem. Lett.、8:2409-2414、1998; Weller、Mol. Drivers.、3:61-70、1997; Fernandes、Curr. Opin. Chem. Biol.、2:597-603、1998; and Sittampalam、Curr. Opin. Chem. Biol.、1:384-91、1997)。
【0037】
本発明の方法におけるスクリーニング試験製剤のライブラリーは、LRS又はこれの断片であるか、又はアナログに対する構造研究を基に製造することができる。このような構造研究は、LRSに結合する可能性がある試験製剤の究明を可能にする。
【0038】
LRSの3次元的構造は、多様な方法、例えば、結晶学構造及び分子的モデリングに研究することができる。X-線結晶学を利用する蛋白質構造研究方法が文献においてよく知られている。Physical Bio-Chemistry、Van Holde、K. E.(Prentice-Hall、New Jersey 1971)、pp.221-239、and Physical Chemistry with Applications to the Life Sciences、D. Eisengerg & D. C. Crothers(Benjamin Cummings、Menlo Park 1979)。
【0039】
LRSの構造に対するコンピユーターモデリングは、スクリーニングするために、試験製剤のデザインのための他の手段を提供する。
分子的モデリング方法は、文献に開示されている:U.S.Pat.No.5,612,894、U.S.No.5,583,973。
蛋白質構造は中性子回折(neutron differaction)及びNMR(nuclear magnetic resonance)により決定できる:Physical Chemistry, 4th Ed. Moore, W. J.(Prentice-Hall, New Jersey 1972)、NMR of Proteins and Nucleic Acids, K. Wuthrich(Wiley-Interscience, New York 1986)。
【0040】
以下本発明を詳細に説明する。
本発明は、
(a)LRS及びRagDを試験製剤と共に又は試験製剤なしに接触させる段階;
(b)試験製剤がある時のLRS及びRagD間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度を比較する段階;及び
(c)LRSとRagD間の結合親和度の変化を測定する段階を含むmTORC1媒介疾病の予防及び治療物質スクリーニング方法を提供する。
【0041】
本発明でRag蛋白質は、Ras small GTPaseの内、Rag下位ファミリーに属し、RagA、RagB、RagB、RagDの4種が存在する。この内、AとBはイーストのGtr1p GTPaseのオーソログ(ortholog)であり、CとDはイーストのGtr2p GTPaseのオーソログである。RagDはA 又はBと共に結合して二量体(dimer)をなし、アミノ酸によるmTORC1活性を媒介する(Trends in Biochemical Sciences,33:565-568,2008)。好ましくは、RagはRagDである。
【0042】
mTORC1は、癌、腸器移植拒否、自己免疫疾患、糖尿、肥満、心血管疾患、神経系異常、老化などの疾患(Drug Discoverry Today,12:112-124,2007)と関連があることが知られている。従って、本発明のmTORC1媒介疾患は、癌、自己免疫疾患、糖尿、肥満、心血管疾患でもあり得る。
【0043】
具体的に、癌はこれらに制限はされないが、黒色腫、白血病、大腸癌、肺癌、肝癌、胃癌、食道癌、膵臓癌、胆嚢癌、腎臓癌、膀胱癌、前立腺癌、睾丸癌、子宮頸部癌、子宮内膜癌、絨毛癌、卵巣癌、乳房癌、甲状腺癌、脳癌、頭頸部癌、皮膚癌、リンパ腫、再生不良性貧血などを含む。前記でリンパ腫は、ホジキン氏リンパ腫及び非ホジキン氏リンパ腫を全て含み、前躯B細胞腫瘍(Precursor B-cell neoplasm)のようなB型細胞新生物、前躯T細胞腫瘍のようなT細胞とNK細胞新生物及び典型的ホジキン病のようなホジキンリンパ腫(Hodgkin lymphoma,Hodgkin disease)を含む。
【0044】
本発明のスクリーニング方法は、当業界に公知の多様な生化学的及び分子生物学的技術が前記方法を実施するにおいて利用することができる。前記技術は下記の文献に開示されているSambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Press, N.Y., Second(1998)and Third(2000)Editions; and Ausubel et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc., New York(1987-1999)。
【0045】
好ましくは、前記試験製剤が、まずLRSの生化学的活性を調節する能力があるか、否かを選択的にアッセイする(1次アッセイ段階)。具体的に、1次段階では試験製剤の存在下で分離されたLRSの生物学的活性をアッセイして、前記ポリペプチドの生物学的活性を調節する調節製剤を究明する。より好ましくは下記の段階を含むことができる:
(a)試験製剤の存在下でLRSと試験製剤を接触させる段階;
(b)LRSの活性を測定してLRSの活性を変化させる試験製剤を選別する段階。
【0046】
好ましくは、本発明は
(a)LRS及びRagDを試験製剤と共に又は試験製剤なしに接触させる段階;
(b)試験製剤がある時のLRS及びRagD間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度を測定する段階;
(c)試験製剤がある時のLRS及びRagD間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度を比較する段階;及び
(d)試験製剤がある時のLRS及びRagD間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度の変化を測定する段階で構成することができる。
【0047】
1次アッセイ段階ではLRSの多様な生物学的活性に対する調節がアッセイされる。例えば、試験製剤は、LRSの発現水準、例えば、転写又は翻訳を調節する活性があるかについてアッセイすることができる。前記試験製剤は、LRSの細胞内水準又は安定性、例えば、翻訳後の修飾又は加水分解を調節する活性があるかについてアッセイすることができる。
【0048】
以降、前記1次アッセイ段階を通じてLRSの生物学的活性を増加させる調節製剤を究明した後、前記試験製剤が、Rag、RagD又は(RagD GTPase)と結合する能力があるかをLRSの存在下でテストする(2次試験段階)。
【0049】
前記1次及び2次段階の全てにおいて、損傷のない(intact)LRS及びこれの断片、アナログ、又は機能的同等物を使用することができる。これらアッセイに使用できる断片は、一般的にLRSの生物学的活性を一つ以上保有する。前記断片又はアナログを含む融合蛋白質が、試験製剤のためのスクリーニングに使用される。LRSの機能的同等物は、アミノ酸欠失及び/又は挿入及び/又は置換を有するものの、LRSと同一の生体活性を保有するものであるので、本発明のスクリーニング方法の実施に使用することができる。
【0050】
当業界に一般的に実施されている多様なアッセイらが、LRSを調節する製剤を究明することに使用することができる。好ましくは、前記製剤は、細胞基盤アッセイシステムであって、スクリーニングすることができる。例えば、スクリーニングするための典型的な細胞基盤アッセイにおいて(つまり、2次試験段階で)、試験製剤の存在下でリポーター遺伝子活性(例えば、酵素活性)を測定し、これを試験製剤の不在下でのリポーター遺伝子の活性と比較する。前記リポーター遺伝子は、当業界に公知の任意の検出可能なポリペプチド(反応又はリポーターポリペプチド)、例えば、蛍光又はリン光により検出可能なポリペプチドや、それが保有している酵素活性により検出可能なポリペプチドを符号化することができる。検出可能な反応ポリペプチドは、例えば、ルシフェラーゼ、アルファーグルクロニダーゼ、アルファーガラクトシダーゼ、クロラムペニコールアセチル転移酵素、緑色蛍光蛋白質、強化された緑色蛍光蛋白質及びヒトから分泌されたアルカリ性リン酸化酵素である。
【0051】
細胞基盤アッセイにおいて、試験製剤(例えば、ペプチド又はポリペプチド)は、宿主細胞内に存在する他のベクターにより発現することができる。ある方法では試験製剤のライブラリーが、前記ベクターのライブラリー(例えば、cDNAライブラリー)により符号化される。前記ライブラリーは、当業界に公知の方法を利用して製造することができ(Sambrook et al.and Ausubel et al.,supra)、又は多様な商業的出所から得ることができる。
【0052】
前述した細胞基盤アッセイの他に、非細胞基盤方法によってもスクリーニングすることができる。前記方法は、例えば、モビリティシフトDNA結合アッセイ、メチル化及びウラシル干渉アッセイ、DNase及びヒドロキシラジカルフットプリンティング分析(DNase and hydroxyl radical footprinting analysis)、蛍光偏光(fluorescence polarization)及びUV交叉結合又は化学的架橋剤を含む。一般的な概要はAusubelなどの文献に開示されている(Ausubel et al.,supra,chapter 12,DNA-Protein Interaction)。核酸及びDNA/RNA結合蛋白質を含む共同結合された蛋白質を分離する技術は、切断可能な架橋剤ジチオビス(dithiobis)(succinimidylpropionate)及び3,3'-ジチオビス(succinimidyl-propionate)を含むUV交叉結合又は化学的架橋剤を含む(McLaughlin, Am. J. Hum. Genet., 59:561-569, 1996; Tang, Biochemistry, 35:8216-8225, 1996; Lingner, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 93:10712, 1996; and Chodosh, Mol. Cell. Biol., 6:4723-4733, 1986)。
【0053】
1次アッセイ段階:LRSを調節する製剤のスクリーニング(選択的)
多くのアッセイシステムが、LRSの調節因子のための試験製剤のスクリーニングに適用することができる。前記の通り、前記スクリーニングは、試験管内アッセイシステム又は細胞基盤アッセイシステムを利用することができる。このスクリーニング段階で、試験製剤は、LRSとの結合、LRSの細胞内水準変更、又はLRSの別の生物学的活性の調節についてスクリーニングすることができる。
【0054】
1)LRSに結合する製剤のスクリーニング
1次スクリーニング段階で、LRSと試験製剤の結合を測定することができる。LRSに対する試験製剤の結合は、例えば、標識された試験管内蛋白質−蛋白質結合アッセイ、蛋白質結合を検出するための免疫アッセイ、機能的アッセイ(リン酸化アッセイなど)などのような多様な方法でアッセイすることができる(U.S. Pat. Nos. 4,366,241:4,376,110; 4,517,288 and 4,837,168; and Bevan et al., Trends in Biotechnology, 13:115-122, 1995; Ecker et al., Bio/Technology, 13:351-360, 1995; and Hodgson, Bio/Technology, 10:973-980, 1992)。試験製剤は、LRSとの直接的な結合、例えば、LRSに対する抗体によるLRSポリペプチドとの共同沈殿を検出することにより、確認することができる。さらに、試験製剤は、LRSと試験製剤の結合を表すシグナル、例えば、蛍光ケンチング(quenching)を検出することにより、確認することができる。
【0055】
競争アッセイは、LRSに特異的に結合する試験製剤の究明に適当なフォーマットを提供する。前記フォーマットにおいて、試験製剤は、LRSと結合するものと既に公知の化合物との競争を通じてスクリーニングされる。公知の結合化合物は、合成化合物でもある。さらに、それはLRSを特異的に認識する抗体、例えば、LRSに対する単一クローン抗体でもある。もし、試験製剤が公知のLRSと公知の化合物の結合を阻害すれば、前記試験製剤はLRSにも結合する。
【0056】
多様な種類の競争アッセイが当業界に公知である。例えば、固体状直接又は間接的酵素放射免疫測定法、固体状直接又は間接的酵素免疫測定法、サンドイッチ競争アッセイ(Stahli et al.,Methods in Enzymology,9:242-2453,1983);固体状直接ビオチン−アビジンEIA(Kirkland et al.,J.Immunol.,137:3619,1986);固体状直接標識アッセイ、固体状直接標識サンドイッチアッセイ(Harlow and Lane,Antibodies,A laboratory Manual,Cold Spring Harbor Press,1988);1251を利用した固体状直接標識RIA(Morel et al.,Mol..Immuno.,25(1);7-15,1988;固体状直接ビオチン−アビジンEIA(Cheung et al.,Virology,176:546-552,1990);及び直接標識RIA(Moldenhauer et al.,Sacnd.J.ImmunoL.,32;77-82,1990)。一般的に前記アッセイは、非標識化された試験製剤及び標識化された対照化合物を含む細胞,又は固体表面に結合されている精製されたポリペプチドの利用を含む。競争的阻害は、試験製剤の存在下で固体表面又は細胞に結合された標識の量を決定することにより測定される。競争アッセイにより究明された調節製剤は、対照化合物と同一のエピトープに結合する製剤及び立体阻害(steric hindrance)を起らせるために、対照化合物により結合されたエピトープに十分に近接した隣接エピトープと結合する製剤を含む。一般的に競争阻害が過度に存在する時、一般的な標的ポリペプチドに対する対照化合物の特異的な結合が少なくとも50又は75%阻害される。
【0057】
前記スクリーニングアッセイは、不溶性又は溶解性フォーマットでもある。不溶性アッセイの一例は、LRS又はこれの断片を固体状マトリックスで固体化することである。以降、試験製剤が結合するに十分な時間で固体状マトリックスを試験製剤と接触させておく。その後、固体状マトリックスから結合されていない物質を洗浄して除去した後、固体状に結合された製剤の存在を確認する。前記方法は固体状マトリックスから結合された製剤を溶離して製剤を分離する段階を含み得る。両者択一的にLRSを固定化させる他の方法は、試験製剤を固体状マトリックスに結合させてLRSを添加することである。
【0058】
溶解性アッセイは、前記の通り、いくつかの結合ライブラリースクリーニング方法を含む。溶解性アッセイフォーマット下で、試験製剤やLRSは、全て固体支持台に結合しない。試験製剤に対するLRS又はこれの断片の結合は、例えば、LRS及び/又は試験製剤の蛍光により測定することができる。蛍光は内在的であるか、又は蛍光物質を有する成分の標識により付与することができる。
【0059】
いくつかの結合アッセイにおいて、LRS、試験製剤又は第3の物質(例えば、LRSに結合する抗体)は、与えられた条件で前記ポリペプチドの確認、検出及び定量を容易にするために、標識された状態で提供することができる。つまり、共有的に結合又は検出可能な標識やグループ、又は架橋可能なグループにリンクされて提供することができる。これらの検出可能なグループは、検出可能なポリペプチドグループ、例えば、アッセイ可能な酵素又は抗体エピトープを含む。両者択一的に前記検出可能なグループは、放射性同位元素(例えば、
125I、
32P、
35S)又は化学発光性又は蛍光性グループのような検出可能なグループ又はラーベルから選択することができる。同様に、前記検出可能なグループは、基質、補助因子、阻害剤又は親和リガンドでもある。
【0060】
2)LRSの他の生体活性を調節する製剤のスクリーニング
LRSの試験製剤の結合は、試験製剤がLRSの調節者であることを示す。さらに、これは、前記製剤がRag、好ましくはRagD又はRagD GTPaseの生体活性を調節可能であることを示す。従って、LRSと結合する試験製剤が、ラミニン受容体活性を調節する能力を有するかをテストすべきである。
【0061】
両者択一的にLRSと結合する試験製剤は、LRSに対するその活性を測定するために調査される。そのような活性の存在、性質又は範囲は、活性アッセイによりテストすることができる。前記活性アッセイでは、LRSに対する試験製剤の結合が、実際にLRSに対する調節活性を有することを確認することができる。前記調節アッセイは、LRSの活性を調節する試験製剤を究明するために、独立的に使用することができる(つまり、LRSに結合する能力をアッセイする初段階なしで)。一般的に前記方法は、LRSの生物学的活性テストに必要とされる他の物質又は試薬の存在、又は不在下で、LRSを含むサンプルに試験製剤を添加し、LRSの生物学的活性の変更を測定することを含む。LRSの酵素又は他の生物学的活性を調節する製剤をスクリーニングするアッセイに加えて、前記活性アッセイは、LRSの発現又は細胞内水準の変化のための試験管内スクリーニング及び生体内スクリーニングを含む。
【0062】
2次試験段階:Ragを通じたmTORC1活性を調節する製剤のスクリーニング
調節製剤がLRSと結合するか、及び/又はLRSの生物学的活性(細胞内水準を含む)を調節するものが特定されると、前記製剤が、RagDを通じたmTORC1の活性の調節、又は癌などのmTORC1媒介疾患の予防又は治療する能力を有しているか否かをテストすることができる。前記調節製剤による調節は、一般的にLRSの存在下でテストされる。細胞基盤スクリーニングシステムを利用する場合、LRSは、宿主細胞に導入された発現ベクターから発現することができる。両者択一的にLRSは、スクリーニングシステムにおいて、宿主細胞により内生的に供給することもある。
【0063】
一方、本発明は、細胞内でLRSの発現を抑制する段階を含む対照群細胞に対する細胞の大きさを減少させる方法を提供する。
【0064】
mTORC1は細胞の大きさを調節すると知られている(Fingar DC, Salama S, Tsou C, Harlow E, Blenis J. Mammalian cell size is controlled by mTOR and its downstream targets S6K1 and 4EBP1/eIF4E. Genes Dev. 16(2002), pp. 1472-1487.)。本発明者らが確認したLRSとmTORC1の関連性によって、本発明者らはLRSの発現抑制が細胞の大きさを減少させることを確認した。その結果、LRSが抑制された細胞は、対照群細胞に比べて大きさが小さいことを確認した(
図2E上段、
図2F)。
【0065】
細胞内でLRSの発現の抑制は、当業者に公知の一般的な分子生物学的技法により行われる。これに制限はされないが、LRSの発現の抑制は、プロモーター及びこれと作動可能に連結されたLRSに対するアンチセンスRNA又は干渉RNAを符号化するポリヌクレオチドを含むベクターで前記細胞を形質転換させることにより行える。
【0066】
本発明で“プロモーター”とは、特定した宿主細胞から作動可能に連結された核配列の発現を調節するDNA配列を意味し、“作動可能に連結される”とは、一つの核酸断片が他の核酸断片と結合されて、その機能又は発現が他の核酸断片により影響を受けることを意味する。従って、転写を調節するための任意のオペレーター配列、適合したmRNAリボソーム結合部位をコーディングする配列、並びに転写及び解読の終結を調節する配列を追加して含むことができる。前記プロモーターでは全ての時間帯に常時的に目的遺伝子の発現を誘導するプロモーター、又は特定した位置、時期に目的遺伝子の発現を誘導するプロモーターを使用することができる。
【0067】
本発明の細胞は、mTORC1が媒介される信号伝達システムを備えた細胞で、好ましくは哺乳動物の細胞でもある。
【0068】
本発明はさらに、
(a)LRS(leucyl tRNA synthetase)及びRagDを試験製剤と共に、又は試験製剤なしで接触させる段階;
(b)試験製剤がある時のLRSとRagD及び試験製剤間の結合親和度と、試験製剤が無い時のLRS及びRagD間の結合親和度を比較する段階;及び
(c)LRSとRagD間の結合親和度を阻害する試験製剤を検出する段階を含むmTORC1媒介疾病の予防及び治療物質スクリーニング方法を提供する。
【0069】
好ましくは、本発明は、
(a)LRS(leucyl tRNA synthetase)及びRagDを試験製剤と共に、又は試験製剤なしで接触させる段階;
(b)試験製剤がある時のLRSとRagD及び試験製剤間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度を測定する段階;
(c)試験製剤がある時のLRSとRagD及び試験製剤間の結合親和度と、試験製剤がない時のLRS及びRagD間の結合親和度を比較する段階;及び
(d)LRSとRagD間の結合親和度を阻害する試験製剤を検出する段階に構成することができる。
【0070】
前記スクリーニング方法は、labeled in vitro protein-protein binding assays(in vitro full-down assays)、EMSA(electro phoretic mobility shift assays),immuno assays for protein binding, functional assays(phosphorylation assays, etc), yeast-2 hybrid assays, assays of non-immune immunoprecipitations, immunoprecipitations/Western blot assays, immuno-co-localization assaysなどを含む当業界に知られた多様な方法を利用して行うことができる。
【0071】
例えば、yeast two hybrid assayは、bacteria repressor LexaのDNA結合ドメイン又は酵母GAL4及びGAL4転移活性ドメインとそれぞれ融合されたLRSとRagD又はこれら蛋白質の相同性部位を発現する酵母を利用して実施することができる(Kim,M,J.ET AL.,Nat,Gent.,34:339-336,2003)。前記リポーター遺伝子は、検出可能なポリペプチドを符号化する当業界に知られた如何なる遺伝子でもある。
【0072】
例えば、chlorampenicol acetyltransferase(CAT), luciferase, β-galactosidase,β-glucusidase, alkaline phosphatase, green fluorescent protein(GFP)などを使用することができる。LRSとRagDの結合水準、又はこれらの蛋白質の一部又は相同するものの結合水準が、試験製剤により刺激又は強化されると、リポーター遺伝子の発現は、正常条件下での結合水準に比べて増加する。逆に試験製剤により結合水準が阻害又は緩和されるとすれば、リポーター遺伝子は発現しないか、又は正常条件下に比べてその発現が減少するであろう。
【0073】
さらに、酵母の成長を可能にする蛋白質を符号化するリポーター遺伝子が選ばれることもある。例えば、前記リポーター遺伝子は、アミノ酸又は窒素性塩基の生合成経路に関与する酵素を符号化する栄養要求性遺伝子でもある(例えば、酵母のADE3,HIS3遺伝子又はこれと同等の他種起源遺伝子)。前記システムから発現されたLRSとRagD、又はこれらの蛋白質の相同部位間の相互作用が試験製剤により、阻害又は緩和されるとすれば前記リポーター遺伝子は発現されないであろう。
【0074】
従って、前記条件で酵母の成長は止どまるか、遅くなる。リポーター遺伝子発現により引起こされる効果は、目視で又は装置(例えば、顕微鏡)を通じて観察することができる。
【0075】
本発明に関する図面について、下記の通り説明する。
【0076】
図1は、ロイシンtRNAs合成酵素(leucyl tRNA synthetase,LRS)は、mTOR関連蛋白質を示す。
【0077】
(A)LRSの細胞分画(subcellular fractionation)。それぞれの分画は、抗LRS、IRS、MRS、mTOR抗体で免疫ブロッティング(immunoblotting)をした。YY1とLAMP2は、それぞれ核と細胞内膜マーカーに使用された。Nuc,nucleus;PM,plzsma membrane;EM,endomembrane;Cyt,cytosol
【0078】
(B)HeLa細胞上のLRSの免疫蛍光染色(Immunofluorescence staining)。HeLa細胞は、抗(anti)-LRS、抗calnexin(ERマーカー)、抗GM130(コルジ体マーカー)、抗LAMP2(リソソームマーカー)、又は抗EEA1(エンドソームマーカー)抗体と反応し、それぞれ2次抗体の結合したalexa488とalexa504で視覚化された。
【0079】
(C)LRSのリソソーム ローカライゼーション。293T細胞を1時間アミノ酸欠乏処理し、5分間アミノ酸で再刺激をした。細胞をlysosome isolation kit(Sigma-Aldrich)で分画した。リソソーム蛋白質は、抗mTOR、抗Raptor、抗LRS、及び抗LAMP1抗体で免疫ブロットした。
【0080】
(D)293T細胞分解物は、抗mTOR抗体で免疫沈殿され、共沈殿されたLRSとRaptorは、免疫ブロッティングにより測定した。塩素IgG、抗mTOR抗体の追加により、エピトープ ペプチド(epitope peptide)を防ぎ、抗アクチン抗体は陰性対照群として使用した。
【0081】
(E)293T細胞は、control plasmid(EV)、myc-tagged LRS、又はMRSに形質感染された。細胞分解物は、抗myc抗体で免疫沈殿され、共沈殿されたmTORC1とRaptorは、免疫ブロッティングにより測定した。
【0082】
(F)HeLa細胞内のmTORC1とLRSは、同じ位置にある。細胞は、抗LRS、抗 MRS、抗IRS、及び抗mTOR抗体と反応して、それぞれ2次抗体の結合したalexa488とalexa594で視覚化された。
【0083】
(G)HeLa細胞内のRaptorとLRSは、同じ位置にある。細胞は、抗LRS、抗 MRS、抗IRS、及び抗mTOR抗体と反応して、それぞれ2次抗体の結合したalexa488とalexa594で視覚化された。
【0084】
図2は、mTORC1活性化とリソソームの位置、細胞の大きさ、オートファジー(Autophagy)下におけるLRSの効果を示す。
【0085】
(A)293T細胞は、48時間6種類のLRS siRNAに形質感染され、アミノ酸依存S6Kリン酸化は、免疫ブロッティングにより測定された。
【0086】
(B)293T細胞は、48時間対照群、mTOR、LRS、IRS、MRS、又はVRS siRNAに形質転感染され、アミノ酸依存S6Kリン酸化は、免疫ブロッティングにより測定された。
【0087】
(C)293T細胞は、対照群、LRS、IRS、MRSor VRS siRNAに形質転感染され、ロイシン依存S6Kリン酸化は、免疫ブロッティングにより測定された。
【0088】
(D)293Tは、48時間対照群又はLRSsiRNAで感染させ、1時間アミノ酸を欠乏させて、5分間アミノ酸で再刺激した。細胞は、lysosome isolation kitで分画された。リソソーム蛋白質(lysosomal proteins)は、抗mTOR、抗Raptor、抗LRS、及び抗LAMP2抗体と免疫ブロットされた。
【0089】
(E)対照群、LRS、IRS、VRS、又はMRS siRNAで感染された細胞の大きさ分布。
【0090】
(F)(E)の細胞の大きさ分布(G1細胞のFSC)を数量化した(n=3,p<0.0001)。
【0091】
(G)LC3 分裂(cleavage)下のLRS下向調節の効果。203T細胞は、48時間表示されたsiRNAで形質転換して、2時間ロイシンの欠乏処理を行った。細胞分解物を製造して、抗LC3抗体で免疫ブロッティングにより、LC3-IとIIを測定した。オートファジー インダクション(Autophagy induction)は、LC3 II/LC3 Iの比率により表示された。
【0092】
(H)表示されたsiRNAとEGFP-LC3の共同形質感染後に、細胞は、2時間ロイシンと血清(serum)の欠乏処理が行われた。punctaでEGFP-LC3の蓄積が観察された。
【0093】
(I)(F)からのEGFP-LC3 punctaの定量分析。sample当り少なくとも8個の細胞が分析された。データはmean±S.D.を示す。LRS siRNAとmTOR siRNAに感染した細胞は、対照群 siRNAに感染した細胞と比べて、細胞当りのLC3 punctaが統計上大きく増加したことを示した。(それぞれp=0.0005,p<0.0005)
【0094】
図3は、LRSとRagD GTPaseの直接的な相互作用を示す。
【0095】
(A)精製されたGST-LRSは、HA(Hemagglutinin)-tagged RagA, RagB, RagC, RagD, heb1, GβL, Raptor, 又はmTORで感染した293T細胞らから抽出した蛋白質と培養して、抗HA抗体で免疫ブロッティングにより、HA-tagged蛋白質の共沈殿を測定した。Inputsは10%蛋白質抽出物で使用された量である。
【0096】
(B)293T細胞は、発現ベクターにより表示されたcDNAsで感染した。細胞分解物とHA-tagged免疫沈殿物は、抗myc又はHA抗体で免疫ブロッティングにより分析した。WCLは全細胞分解物(whole cell lysate)を意味する。
【0097】
(C)HA-tagged RagDとmyc-tagged LRS、IRS、MRS、又はEPRSの共同形質感染後に、抗HA抗体と共沈殿されたmyc-tagged蛋白質で免疫沈殿された細胞分解物は抗体myc抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0098】
(D)293T細胞は、発現ベクターにより表示されたcDNAsで形質感染した。細胞分解物を製造して、細胞分解物とmyc-tagged免疫沈殿物は、抗FLAG、抗myc、又は抗HA抗体で免疫ブロッティングにより分析した。
【0099】
(E)293T細胞は、対照群又はmyc-RagD/HA-RagBで感染した。抗myc抗体とmyc-tagged免疫沈殿物で免疫沈殿された細胞分解物は、抗HA、抗LRS又は抗Raptor抗体で免疫ブロッティングにより分析された。
【0100】
(F)RagD GTPaseにおけるそれぞれの機能ドメインは、GST fasion蛋白質として発現した。精製されたGST-RagD蛋白質をmyc-tagged LRSで培養し、myc-tagged共沈殿は、抗myc抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0101】
(G)FLAG-tagged LRSとHA-tagged RagB、さらに、myc-tagged WT又はmutatedRagDの共同形質感染後に、細胞分解物は抗myc抗体で免疫沈殿され、共沈殿したLRSとRagBは、抗FLAGと抗HA抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0102】
(H)それぞれのLRSのC-末端 断片は、GST8Q融合蛋白質として発現した。精製されたGST-LRS蛋白質は、HA-RagD形質感染細胞分解物と培養し、HA-RagDの共沈殿は、抗HA抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0103】
(I)HA-tagged Ragdとmyc-tagged WT又はmutated-LRSの共同形質感染後に、細胞分解物は抗HA抗体で免疫沈殿され、共沈殿したLRSは、抗myc抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0104】
図4は、LRSはアミノ酸依存的にRagDとRaptorからなる分子複合体を示す。
【0105】
(A)LRSのRagD及びRaptorとのアミノ酸刺激性相互作用。1時間アミノ酸を欠乏させて、5分間アミノ酸で再刺激された293T細胞、抗Raptor抗体、共沈殿されたLRSとRagD細胞で免疫沈殿された細胞分解物は、抗LRSと抗RagD抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0106】
(B)293T細胞は、発現ベクターに対して表示されたcDNAsで形質感染させた。細胞は1時間ロイシンを欠乏させて、5分間ロイシンで再刺激した。細胞分解物とmyc-tagged免疫沈殿物は、抗FLAGと抗myc抗体で免疫ブロッティングにより分析した。
【0107】
(C)293T細胞は、発現ベクターに対して表示されたcDNAsで形質感染させた。細胞は1時間アミノ酸を欠乏させて、5分間アミノ酸で再刺激した。細胞分解物とHA-tagged免疫沈殿物は、抗mycと抗FLAGと抗HA抗体で免疫ブロッティングにより分析した。
【0108】
(D)LRSは、RagDとRaptorの複合体形成に必要である。293T細胞を48時間対照群又はLRSとsiRNAで形質感染させた。細胞は、1時間アミノ酸を欠乏させて、5分間アミノ酸で再刺激した。抗Raptor抗体と沈殿物(precipitates)で免疫沈殿された細胞分解物は、抗LRSと抗RagD抗体で免疫ブロッティングにより分析した。
【0109】
図5は、mTORC1信号伝達に対するロイシン受容体としてのLRSの機能を示した。
【0110】
(A)複数種のロイシン-tRNA合成酵素のN-末端部位の主な配列の配置。ATP結合に重要なHIGHモチーフで保護されるclass 1aは灰色の箱で表示した。
【0111】
(B)LRS WTに対するleucylationsと4μM tRNA
Leuと50nMの酵素を用いて実施される突然変異(F50A/Y52A、F50A、及びY52A)。
【0112】
(C)293T細胞を24時間 LRS WT又はF50A/Y52A mutantで形質感染させ、1時間アミノ酸を欠乏させて、5分間アミノ酸で再刺激した。ロイシン依存S6Kリン酸化は免疫ブロッティングにより測定した。
【0113】
(D)HA-RagD/myc-RagBをmyc-tagged WT又は突然変異されたLRSで共同形質感染させた後、細胞分解物は抗HA抗体で免疫沈殿され、共沈殿されたLRSは抗myc抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0114】
(E)293T細胞は、発現ベクターに表示されたcDNAsで形質感染させた。細胞分解物は抗HA抗体で免疫沈殿され、共沈殿されたLRSとRaptorは抗myc抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0115】
図6は、RagDのヌクレオチド結合状態に依存する方式で、LRSとRagDの相互作用を示す。
【0116】
(A)アミノ酸又は(B)ロイシンの欠乏と刺激に対して、S6Kのリン酸化存在下で表示された蛋白質発現の効果。細胞分解物は、(A)アミノ酸又は(B)ロイシンを1時間欠乏させた後、5分間アミノ酸又はロイシンで刺激された293T細胞から製造された。
【0117】
(C)精製されたGST又はGST-LRS蛋白質は、GDPβS又はGTPγSの存在下で、HA-RagDの形質感染細胞分解物で培養された。共沈殿されたRagDは、抗HA抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0118】
(D)精製されたGST又はGST-LRS蛋白質をmyc-tagged RagD WT、S77L(GDP)、又はQ121L(GTO)形質感染細胞分解物で培養した。共沈殿されたRagDは、抗myc抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0119】
(E)FLAG-tagged LRSをmyc-tagged WT又はmutatedRagDで共同形質感染させた後、細胞分解物は、抗myc抗体で免疫沈殿され、共沈殿されたLRSとRagDは、抗FLAGと抗myc抗体で免疫ブロッティングにより測定した。
【0120】
(F)293T細胞を発現ベクターに表示されたcDNAsで形質感染させた。細胞分解物を製造し、細胞分解物とmyc-tagged免疫沈殿物を抗FLAG又は抗myc抗体で免疫ブロッティングにより分析した。
【0121】
(G)293T細胞を発現ベクターに表示されたcDNAsで形質感染させた。細胞分解物を製造し、細胞分解物とmyc-tagged免疫沈殿物を抗FLAG、抗HA又は抗myc抗体で免疫ブロッティングにより分析した。
【0122】
図7は、RagDに対するGTPase活性蛋白質として作用するLRSを示す。
【0123】
(A)His tagged LRS(759-1176 a.a)断片の表示された量を、37℃で20分間0.15 μM RagDで培養した。error barsはmean±S.D.(N=3)を示す。
【0124】
(B)His-tagged LRS断片(0.3 μM)を、表示された時間について、RagDで培養した。error barsはmean S.D.(N=3)を示す。
【0125】
(C)複数種のADF-ribosylation factor-GAPs(ARF-GAPs)とLRSの推定(putative)GAPモチーフの配列の配置。保存された残基は黒色である。h.hydrophobic;s,Gly or Ala;x.anyresiduehs, Homo sapiens rn, Rattus norvegicus; dm, Drosophila melanogaster; sc, Saccharomyces cerevisiae; ss, Sus scrofa.
【0126】
(D)LRS WTとRagDのGTP 加水分解(hydrolysis)状態で突然変異の効果。精製されたLRS WT(759-1176 a.a)断片又は突然変異(H844A,R845A)断片は、37℃で20分間RagDで培養した。error barsはmean S.D.(N=3)を示す。
【0127】
(E)293T細胞を24時間LRS WT又はGAP突然変異(H844A,R845A)で感染させ、1時間アミノ酸を欠乏させた後、5分間アミノ酸で再刺激した。ロイシン依存S6Kリン酸化を免疫ブロッティングにより測定した。
【0128】
(F)mTORC1へのアミノ酸信号伝達におけるLRSの役割を表現する図式である。
【0129】
図8は、LRSのリソソーム 局在化(localization)を示す生きている細胞の低速撮影共焦点顕微鏡イメージである。
【0130】
293T細胞をEGFP-LRS(A)又はEGFP control(B)発現ベクターで36時間形質感染させて、LysoTracker Red DND-99(Molecular Probcs)で30分間染色した。細胞は、50分間ロイシンを欠乏させた後、0.8mMロイシンで12分間再刺戟された。
【0131】
(C)定量分析は、LRSのロイシン依存的なリソソーム 局在化(localization)を示す。
【0132】
図9は、LRSノックダウンのロイシン又はロイシン類似物質刺戟S6Kリン酸化に及ぼす影響を示す。
【0133】
(A)ロイシン類似物がロイシン刺戟S6Kリン酸化に及ぼす効果を示す。293T細胞は、1時間ロイシンなしの状態で、0.8又は8mMのleucinol又はleucine amideに前培養された。5分後、0.8mMロイシンが添加された。5分間培養後に細胞を収得して、免疫ブロッティングを通じてS6Kリン酸化を確認した。
【0134】
(B)HeLa細胞を1時間ロイシンなしで培養し、0.8又は8mMのleucinol又はleucine amideで前培養した。5分後、0.8mMロイシンが添加された。5分間培養後細胞を収得して、免疫ブロッティングを通じてS6Kリン酸化を確認した。
【0135】
(C)293T細胞をcontrol又はLRS siRNAsで48時間形質感染して、ロイシン又はロイシン類似物質刺戟S6Kリン酸化を免疫ブロッティングで確認した。
【0136】
(D)HeLa細胞を48時間control又はLRS siRNAsで48時間形質感染して、ロイシン又はロイシン類似物質刺戟S6Kリン酸化を免疫ブロッティングで確認した。L-leucineとleucine amideの濃度は0.8mM、D-leucine、norleucineとnorcinolの濃度は8mMであった。
【0137】
図10は、LRSが、tRNA独立的方式で、mTORC1の活性化に関与することを示す。
【0138】
(A)tRNAのin vitro LRS-RagD結合への影響。293T細胞分解物をleucine(0.1mM)、ATP(0.1mM)とtRNA
Leu(25μg)がある条件下で、精製したGST又はGST融合LRSと培養した。沈殿したRagDは、抗RagD抗体を用いて免疫ブロッティングにより確認した。
【0139】
(B)複数の種類のロイシン-tRNA合成酵素の主たる配列配置。クラス1aには、tRNA結合に重要なKMSKSモチーフ(黒色の箱)が保存されている。
【0140】
(C)LRS K716A/K719A突然変異によるleucylationとATP-PPiの交換活性を試験した。
【0141】
(D)K716A/K719A突然変異がRagD結合に及ぼす影響。293T細胞をmyc-標識LRS野生型又は突然変異型とHA標識RagDに形質感染させた。細胞分解物を抗-HA形体と免疫沈殿させ、共沈殿されたLRSとRagDを抗myc抗体で免疫ブロッティングして確認した。
【0142】
(E)293T細胞を標識されたcDNAsで24時間形質感染させて、免疫ブロッティングによりロイシン依存的S6Kリン酸化を確認した。
【0143】
図11は、ロイシンが定量依存的にmTORC1を活性化させることを示している。
【0144】
(A)293T細胞に5分間標識された濃度でロイシンを処理した。ロイシン依存的 S6Kリン酸化は、免疫ブロッティングにより確認した。
【0145】
(B)(A)のp−S6Kバンドの定量化、mTORC1に対するロイシン刺戟のEC50は80mMである。
【0146】
(C)WT LRSのleucylationとATP-PPiの交換活性に対する動力学的係数。
【0147】
図12は、アミノ酸刺戟のRagDのGTP/GDP状態への影響を示す。myc-RagDの野生型突然変異型を293T細胞に形質感染させて、32Pリン酸で標識した。myc-RagDを共沈殿し、結合されたヌクレオチドを分離してTLCで分析した。EVは対照群空ベクターを意味する。
【0148】
図13は、LRSとRag間の結合親和度の測定に関するELISA assayの結果である。
【0149】
(A)ELISAの結果は、RagD蛋白質がLRS-(1-1176)に定量依存的に結合することを示す(96well plateはLRS-(1-1176)(500ng/ml in carbonate buffer)でコーティングした)。GSTは陰性対照群である。RagD蛋白質はGST-RagDの形態で使用した。1次抗体には抗-GST抗体(z-5,1:100希釈)を、2次抗体にはHRP-conjugated anti-rabbit antibody(1:5000希釈)を使用した。
【0150】
(B)LRS-(1-1176)96well plate上の対照群(GST-RagD及びRagD+LRS-(759-1176)に対する結合親和度の比較結果である。LRS-(759-1176)は、LRS-(1-1176)でコーティングしたplateのRagDの結合親和度を減少させた。