【課題を解決するための手段】
【0006】
要旨
本開示は、少なくとも部分的に、本明細書で開示される機能的特性および構造的特性を含むヒト抗HA抗体、例えば、インフルエンザウイルス上の保存的領域またはエピトープに結合する抗体およびそれらの使用の発見に基づく。
【0007】
したがって、本開示は、インフルエンザウイルスに由来するヘマグルチニン(HA)に結合する結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、広域スペクトルであり、複数のHA、例えば、A型インフルエンザウイルスの群1株もしくは群2株の一方もしくは両方および/またはB型インフルエンザウイルスの1もしくは複数の株に由来するHAに結合する。したがって、いくつかの実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子は、群1インフルエンザウイルスおよび群2インフルエンザウイルスによる感染を処置または予防しうる。他の実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子は、A型インフルエンザウイルスおよびB型インフルエンザウイルスによる感染を処置または予防しうる。結合剤、例えば、抗体分子は、本明細書で開示される抗体の機能的属性を保有するように、本明細書で開示される抗体または可変領域との十分な構造的類似性を共有する。複数の実施形態では、構造的類似性は、三次元構造もしくは直鎖状のアミノ酸配列またはこれらの両方との関連における類似性でありうる。
【0008】
一態様では、本開示は、抗ヘマグルチニン(抗HA)結合剤、例えば、特異的結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物であって、以下の特性:
(a)抗体分子とA型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、または5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;
(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;
(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、または5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、または5つのインフルエンザ亜型による感染を予防すること;
(d)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;
(e)ウイルスが、H1ウイルス、H5ウイルス、またはH9ウイルスである場合など、群1のウイルスによる感染を処置または予防すること;およびウイルスが、H3ウイルスまたはH7ウイルスである場合など、群2のウイルスによる感染を処置または予防すること;
(f)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置または予防すること;
(g)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防または処置に有効であること;
(h)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置または予防すること;
(i)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H5N1感染の予防または処置に有効であること;
(j)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;
(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置または予防すること;
(l)10mg/kg、6mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトまたはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防または処置に有効であること;
(m)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010ウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;
(n)二次感染(例えば、二次細菌感染)または対象に対するその影響を予防または最小化すること;
(o)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、または1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)または対象に対するその影響を予防または最小化するのに有効であること;
(p)ヘマグルチニンの三量体のインターフェース(interface)を含むかまたはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに
(q)例えば、構造解析、例えば、X線結晶構造解析またはNMR分光分析により決定される通り、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合すること;
(r)ある実施形態では、例えば、変異解析または結晶構造解析により決定される通り、本明細書で開示される抗体のエピトープに結合すること、例えば、本明細書で開示される抗体と重複するかまたはこれと同じエピトープを有すること
のうちの1または複数または全てを含む抗HA結合剤を特色とする。
【0009】
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、以下の特徴:抗HA抗体分子は、群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を予防すること;A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗HA抗体分子の濃度は、10μg/mL未満であること;または抗HA抗体分子は、ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合することのうちの1または複数を有する。
【0010】
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、ウイルスが、H1ウイルス、H2ウイルス、H5ウイルス、H6ウイルス、H8ウイルス、H9ウイルス、H12ウイルス、H11ウイルス、H13ウイルス、H16ウイルス、またはH17ウイルスである場合など、群1のウイルスによる感染を処置または予防し;ウイルスが、H3ウイルス、H4ウイルス、H7ウイルス、H10ウイルス、またはH15ウイルスである場合など、群2のウイルスによる感染を処置または予防する。
【0011】
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、または11のインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つのインフルエンザ亜型による感染を予防する。
【0012】
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、H1N1、H2N2、H5N1、およびH9N2のうちの1または複数による感染を処置または予防し、また、H3N2およびH7N7のうちの1または複数による感染も処置または予防する。
【0013】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、および群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株
に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
【0014】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株、例えば、B/Wisconsin/1/2010
に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
【0015】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株、例えば、B/Wisconsin/1/2010
に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
【0016】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
群1のH1クラスター、例えば、H1aクラスターまたはH1bクラスターに由来する少なくとも1つの株、群2のH3クラスターまたはH7クラスターに由来する少なくとも1つの株、および少なくとも1つのB型インフルエンザ株、例えば、B/Wisconsin/1/2010
に結合し、複数の実施形態では、これらを中和する。
【0017】
一実施形態では、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、B型インフルエンザウイルスのうちの1または複数、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置または予防する。
【0018】
一実施形態では、抗HA抗体分子は、当技術分野で既に記載されている抗HA抗体分子ではない。例えば、抗HA抗体分子は、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(本明細書で使用されるFI6とは、米国出願公開第2010/0080813号、米国出願公開第2011/0274702号、WO2013/011347、または2011年7月28日にオンラインで公開された、Cortiら、Science、333巻:850〜856頁、2011年;
図12A〜12Cにおいて具体的に開示された任意のFI6の配列を指す)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜1558頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(2012年8月9日にオンラインで公開された、Dreyfusら、Science.、2012年;337巻(6100号):1343〜1348頁)、またはCR6261(2009年2月26日にオンラインで公開されたEkiertら、Science、324巻:246〜251頁、2009年)のうちの1つまたは複数または全て以外の抗HA抗体分子である。
【0019】
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vitroにおいて、H1N1およびH3N2感染を中和する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vivoにおいて、H1N1およびH3N2感染を中和する。
【0020】
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vitroにおいて、H5N1感染を中和する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vivoにおいて、H5N1感染を中和する。
【0021】
一実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vitroにおいて、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を中和する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、in vivoにおいて、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を中和する。
【0022】
別の実施形態では、A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
【0023】
別の実施形態では、A型インフルエンザウイルスの60%の中和、A型インフルエンザウイルスの50%の中和、またはA型インフルエンザウイルスの40%の中和に要請される結合剤、例えば、抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
【0024】
さらに別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6.0mg/kg、5.0mg/kg、4.0mg/kg、3.0mg/kg、2.0mg/kg、または1.0mg/kg以下で投与された場合などに、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防または処置に有効である。
【0025】
なおも別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6.0mg/kg、5.0mg/kg、4.0mg/kg、3.0mg/kg、2.0mg/kg、または1.0mg/kg以下で投与された場合などに、例えば、ヒトまたはマウスにおける、H5N1感染の予防または処置に有効である。
【0026】
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、H1、H5、またはH9である群1のウイルスの処置または予防に有効であり、別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、H3またはH7である群2のウイルスの処置または予防に有効である。
【0027】
別の実施形態では、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
【0028】
別の実施形態では、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の60%の中和、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和、またはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の40%の中和に要請される結合剤、例えば、抗HA抗体分子の濃度は、9μg/mL以下、8μg/mL以下、7μg/mL以下、6μg/mL以下、または5μg/mL以下など、10μg/mL以下である。
【0029】
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子は、全長四量体抗体、単鎖抗体(scFv)、F(ab’)
2断片、Fab断片、またはFd断片である。別の実施形態では、抗体分子の重鎖は、γ1重鎖であり、さらに別の実施形態では、抗体分子の軽鎖は、κ軽鎖またはλ軽鎖である。さらに別の実施形態では、本開示で特色とされる抗HA抗体分子は、IgG1抗体である。
【0030】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0031】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
【0032】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
【0033】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
【0034】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
【0035】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
【0036】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
【0037】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
【0038】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
【0039】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0040】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0041】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基であるT319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0042】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
【0043】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
【0044】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
【0045】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
【0046】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
【0047】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
【0048】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
【0049】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
【0050】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0051】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0052】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
【0053】
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
【0054】
ある実施形態では、結合剤、例えば、特異的結合剤、例えば、抗体分子は、
表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による重鎖可変領域との、少なくとも60、65、70、75、80、85、87、90、95、98、もしくは99パーセント、もしくはこれを超える相同性を含む重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による軽鎖可変領域との、少なくとも60、65、70、75、80、85、87、90、95、98、もしくは99パーセント、もしくはこれを超える相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
【0055】
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域を含む。
【0056】
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域を含む。
【0057】
ある実施形態では、抗体分子は、
重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域;および
軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域
を含む。
【0058】
ある実施形態では、抗体分子は、重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む重鎖可変領域を含む。
【0059】
ある実施形態では、抗体分子は、軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む軽鎖可変領域を含む。
【0060】
ある実施形態では、抗体分子は、
重鎖可変領域25(配列番号25)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む重鎖可変領域;および
軽鎖可変領域52(配列番号52)、軽鎖可変領域155(配列番号155)、もしくは軽鎖可変領域45(配列番号45)、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む軽鎖可変領域
を含む。
【0061】
ある実施形態では、抗体分子は、
図2もしくは
図13による重鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した重鎖可変領域を含む。
【0062】
ある実施形態では、抗体分子は、
図3もしくは
図14による軽鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した軽鎖可変領域を含む。
【0063】
ある実施形態では、抗体分子は、
図2もしくは
図13による重鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む。
【0064】
ある実施形態では、抗体分子は、
図3もしくは
図14による軽鎖可変領域、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、CDR1、CDR2、およびCDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む。
【0065】
ある実施形態では、抗体分子は、表3に開示された抗体、または本明細書で記載される、構造的もしくは機能的に関連した配列に由来する、HC CDR1、HC CDR2、およびHC CDR3のうちの1つ、2つ、または全て、ならびにLC CDR1、LC CDR2、およびLC CDR3のうちの1つ、2つ、または全てを含む。
【0066】
別の実施形態では、抗体分子は、軽鎖LC45(配列番号45)を含む。さらに別の実施形態では、抗体は、軽鎖LC45および重鎖HC25(配列番号25)または重鎖HC24(配列番号24)を含む。一実施形態では、抗体分子は、軽鎖Ab032(配列番号45)および重鎖25(配列番号25)を含む。さらに別の実施形態では、抗体分子は、軽鎖LC52(配列番号52)および重鎖HC25(配列番号25)を含む。
【0067】
ある実施形態では、抗体分子は、
a)本明細書で開示される重鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される重鎖と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なるFR配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)本明細書で開示される軽鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される軽鎖と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なるFR配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
【0068】
一態様では、本開示で特色とされる抗HA抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物は、
(a)本明細書で提示される重鎖コンセンサス配列、例えば、
図2または
図13に提示される重鎖コンセンサス配列、例えば、
図2、配列番号161に提示される重鎖コンセンサス配列と、少なくとも60、70、80、85、87、90、95、97、98、または99、例えば、90%相同な配列を含む、重鎖免疫グロブリン可変ドメイン;および
(b)本明細書で提示される軽鎖コンセンサス配列、例えば、
図3または
図14に提示される軽鎖コンセンサス配列、例えば、
図3、配列番号62に提示される軽鎖コンセンサス配列と、少なくとも60、70、80、85、87、90、95、97、98、または99、例えば、95%相同な配列を含む、軽鎖免疫グロブリン可変ドメインを含む。
【0069】
例えば、一実施形態では、本開示で特色とされる抗HA抗体分子は、
(a)配列番号161の配列、もしくは配列番号161と少なくとも87%同一な配列を含む、免疫グロブリン重鎖可変ドメイン;および
(b)配列番号62の配列、もしくは配列番号62と少なくとも95%同一な配列を含む、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン
の一方または両方を含む。
【0070】
別の実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号161の配列、または配列番号161と少なくとも87%同一な配列を含む、免疫グロブリン重鎖可変ドメイン;および
(b)配列番号62の配列、または配列番号62と少なくとも95%同一な配列を含む、免疫グロブリン軽鎖可変ドメインを含み、前記抗体分子は、
(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、または5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさず;
(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらす。
【0071】
ある実施形態では、本開示は、
(a)配列番号161の配列、もしくは配列番号161と、1、2、3、4、5、6、8、10、11、12、13、14、15、または16アミノ酸以下、例えば、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、2つ、3つ、4つ、または5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列を含む、免疫グロブリン重鎖可変領域;および
(b)配列番号62の配列、または配列番号62と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列を含む、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン
の一方または両方を含む抗体分子を特色とする。
【0072】
一実施形態では、免疫グロブリン重鎖可変領域内の1、2、3、4、5、6、8、10、11、12、13、14、15、または16アミノ酸の差違、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、8つ、10、11、12、13、14、15、または16の保存的アミノ酸の差違は、免疫グロブリン重鎖可変ドメインのFR領域内の差違である。別の実施形態では、免疫グロブリン軽鎖可変ドメイン内の1、2、3、4、または5アミノ酸の差違、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、または5つの保存的アミノ酸の差違は、免疫グロブリン軽鎖可変ドメインのFR領域内の差違である。一実施形態では、免疫グロブリン重鎖可変領域または免疫グロブリン軽鎖可変領域におけるアミノ酸の差違は、保存的アミノ酸変化である。
【0073】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、例えば、変異解析または結晶構造解析により決定される通り、本明細書で開示される抗体のエピトープに結合する、例えば、本明細書で開示される抗体と重複するかまたはこれと同じエピトープを有する。
【0074】
ある実施形態では、抗体分子は、
a)本明細書で開示される重鎖コンセンサス配列に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される重鎖コンセンサス配列と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)本明細書で開示される軽鎖コンセンサス配列に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される軽鎖コンセンサス配列と、1、2、3、4、5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
【0075】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
【0076】
別の態様では、本開示は、Ab 044の構造的特性または機能的特性を含む結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
【0077】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 044
でありうる。
【0078】
HAは、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来しうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
【0079】
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
【0080】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
【0081】
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 044
でありうる。
【0082】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
【0083】
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。
【0084】
結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;または
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
【0085】
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
【0086】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号52との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
【0087】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号52との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、各HC CDRは、配列番号25の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号52の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
【0088】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号52との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるS;および第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)LC CDR1内の第3の位置におけるI;もしくは第6の位置におけるDの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
【0089】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
を含む。
【0090】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0091】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 044のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 044のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3
の一方または両方を含む。
【0092】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(b)配列番号52を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0093】
ある実施形態では、結合剤は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化1】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化2】
[この文献は図面を表示できません]
の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化3】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号69)(または、任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化4】
[この文献は図面を表示できません]
、もしくは
【化5】
[この文献は図面を表示できません]
の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化6】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号70)(または任意選択で、
【化7】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
【化8】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号145)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化9】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化10】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化11】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化12】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくはこれらの両方は変化させない、例えば、
【化13】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む抗体分子である。
【0094】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖CDR2の
【化14】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させない。
【0095】
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0096】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0097】
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0098】
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0099】
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0100】
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の
【化15】
[この文献は図面を表示できません]
の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の
【化16】
[この文献は図面を表示できません]
、もしくは
【化17】
[この文献は図面を表示できません]
の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の
【化18】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の
【化19】
[この文献は図面を表示できません]
の一方もしくは両方は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の
【化20】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;または
(f)LC CDR3内の
【化21】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
【0101】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
【0102】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
【0103】
一実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0104】
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体分子より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
【0105】
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号25に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号25と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号52に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号52と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
【0106】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化22】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号74)(または任意選択で、
【化23】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列
【化24】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号75)(または任意選択で、
【化25】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化26】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号76)(あるいは任意選択で、
【化27】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または
【化28】
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を変化させる場合は、G以外に変化させるか、
【化29】
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を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは
【化30】
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を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)、もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント
;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化31】
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(配列番号78)(または任意選択で、
【化32】
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は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化33】
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(配列番号80)(または任意選択で、
【化34】
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は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
【0107】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の
【化35】
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のうちの1つ、2つもしくは3つは変化させない。
【0108】
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0109】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0110】
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0111】
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
【0112】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0113】
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0114】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
【0115】
ある実施形態では、重鎖可変領域セグメントのFR1の配列は、
【化36】
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(配列番号74)である。
【0116】
ある実施形態では、重鎖可変領域セグメントのFR1の配列は、
【化37】
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(配列番号173)である。
【0117】
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
【0118】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
【0119】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0120】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
【0121】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
【0122】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
【0123】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
【0124】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
【0125】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
【0126】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
【0127】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
【0128】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0129】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0130】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0131】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
【0132】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
【0133】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
【0134】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
【0135】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
【0136】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
【0137】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
【0138】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
【0139】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0140】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0141】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
【0142】
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
【0143】
別の態様では、本開示は、Ab 069の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
【0144】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 069
でありうる。
【0145】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)Biacore解析;
b)ELISAアッセイ;
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
【0146】
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
【0147】
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 069
でありうる。
【0148】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析、例えば、残基が変異している場合の、例えば、変異体のHAに対する結合もしくはその欠如;
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;あるいは
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
【0149】
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
【0150】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号155との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
【0151】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号155との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、各HC CDRは、配列番号25の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号155の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
【0152】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号155との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるS;および第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)LC CDR1内の第3の位置におけるI;もしくは第6の位置におけるEの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
【0153】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
の一方または両方を含む。
【0154】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0155】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0156】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 069のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 069のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3
の一方または両方を含む。
【0157】
ある実施形態では、結合剤は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化38】
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(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化39】
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の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化40】
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(配列番号69)(または、任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化41】
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の両方、もしくは
【化42】
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の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化43】
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(配列番号70)(または任意選択で、
【化44】
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は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
【化45】
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(配列番号172)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化46】
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は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化47】
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(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化48】
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のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化49】
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(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも一方もしくはこれらの両方は変化させない、例えば、
【化50】
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は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む抗体分子である。
【0158】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。
【0159】
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0160】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0161】
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0162】
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0163】
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0164】
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の
【化51】
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の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の
【化52】
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の両方、もしくは
【化53】
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の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の
【化54】
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は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の
【化55】
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の一方もしくは両方は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の
【化56】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;
(f)LC CDR3内の
【化57】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
【0165】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
【0166】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
【0167】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−E−Y−K−N−Y−L−A(配列番号172)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0168】
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体分子より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
【0169】
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号25に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号25と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号155に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号155と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
【0170】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化58】
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(配列番号74)(または任意選択で、
【化59】
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は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列
【化60】
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(配列番号75)(または任意選択で、
【化61】
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は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化62】
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(配列番号76)(あるいは任意選択で、
【化63】
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のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または
【化64】
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を変化させる場合は、G以外に変化させるか、
【化65】
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を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは
【化66】
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を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント
;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化67】
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(配列番号78)(または任意選択で、
【化68】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化69】
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(配列番号80)(または任意選択で、
【化70】
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は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
【0171】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の
【化71】
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のうちの1つ、2つ、または3つは変化させない。
【0172】
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0173】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0174】
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0175】
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
【0176】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0177】
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0178】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
【0179】
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
【0180】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
【0181】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0182】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
【0183】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
【0184】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
【0185】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
【0186】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
【0187】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
【0188】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
【0189】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
【0190】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0191】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0192】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0193】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
【0194】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
【0195】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
【0196】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
【0197】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
【0198】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
【0199】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
【0200】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
【0201】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0202】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0203】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
【0204】
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
【0205】
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
【0206】
別の態様では、本開示は、Ab 032の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
【0207】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 032
でありうる。
【0208】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
【0209】
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
【0210】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
【0211】
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 32
でありうる。
【0212】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
【0213】
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
【0214】
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
【0215】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
【0216】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、各HC CDRは、配列番号25の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号45の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
【0217】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるS;および第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)第3の位置におけるIを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
【0218】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
の一方または両方を含む。
【0219】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号25を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)配列番号155を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0220】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0221】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 032のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 032のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3
の一方または両方を含む。
【0222】
ある実施形態では、結合剤は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化72】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化73】
[この文献は図面を表示できません]
の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化74】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号69)(または、例えば、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化75】
[この文献は図面を表示できません]
の両方、もしくは
【化76】
[この文献は図面を表示できません]
の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化77】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号70)(または任意選択で、
【化78】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
【化79】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号71)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化80】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化81】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化82】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化83】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも一方もしくはこれらの両方は変化させない、例えば、
【化84】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む抗体分子である。
【0223】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。
【0224】
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0225】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0226】
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0227】
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0228】
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0229】
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の
【化85】
[この文献は図面を表示できません]
の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の
【化86】
[この文献は図面を表示できません]
の両方、もしくは
【化87】
[この文献は図面を表示できません]
の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の
【化88】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の
【化89】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の
【化90】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;
(f)LC CDR3内の
【化91】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
【0230】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
【0231】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
【0232】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0233】
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体分子より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
【0234】
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号25に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号25と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号45に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号45と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
【0235】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化92】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号74)(または任意選択で、
【化93】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列
【化94】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号75)(または任意選択で、
【化95】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化96】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号76)(あるいは任意選択で、
【化97】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または
【化98】
[この文献は図面を表示できません]
を変化させる場合は、G以外に変化させるか、
【化99】
[この文献は図面を表示できません]
を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは
【化100】
[この文献は図面を表示できません]
を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)、もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント
;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化101】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号78)(または任意選択で、
【化102】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化103】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号80)(または任意選択で、
【化104】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
【0236】
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
【0237】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の
【化105】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、または3つは変化させない。
【0238】
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0239】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0240】
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0241】
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
【0242】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0243】
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0244】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
【0245】
別の実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
【0246】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
【0247】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0248】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
【0249】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
【0250】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
【0251】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
【0252】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
【0253】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
【0254】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
【0255】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
【0256】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0257】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0258】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0259】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
【0260】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
【0261】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
【0262】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
【0263】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
【0264】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
【0265】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
【0266】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
【0267】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0268】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0269】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
【0270】
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
【0271】
別の態様では、本開示は、Ab 031の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
【0272】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 031
でありうる。
【0273】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
【0274】
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
【0275】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。
【0276】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
【0277】
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
i)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含むセグメント;および
ii)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含むセグメント
を含む抗体分子;
b)(i)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメントの一方もしくは両方を含む抗体分子;または
c)Ab 031
でありうる。
【0278】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
【0279】
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。
【0280】
抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
【0281】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号24との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
【0282】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号24との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、任意選択で、各HC CDRは、配列番号24の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、配列番号45の対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
【0283】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
配列番号25との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;
および配列番号45との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、抗体分子は、
(i)HC CDR1内の第1の位置におけるSおよび第3の位置におけるAを含むHC CDR1;
(ii)HC CDR2内の第2の位置におけるV;もしくは第7の位置におけるNおよび第16の位置におけるQの一方もしくは両方、例えば、これらのうちの1つを含むHC CDR2;
(iii)第3の位置におけるR(および、任意選択で、第3の位置におけるL)を含むHC CDR3;
(iv)第3の位置におけるIを含むLC CDR1;
(v)LC CDR2内の第2の位置におけるG;第4の位置におけるY;もしくは第5の位置におけるLのうちの1つ、2つ、もしくは3つ、例えば、これらのうちの1つを含むLC CDR2;
(vi)LC CDR3内の第9の位置におけるSを含むLC CDR3
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを含む。
【0284】
ある実施形態では、結合剤は、
(a)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および
(b)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)
を含む抗体分子を含む。
【0285】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0286】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0287】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
a)AB 031のLC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるLC CDR1〜3;および
b)AB 031のHC CDR1〜3と、1、2、3、4、5、6、7、8、9、もしくは10アミノ酸以下、例えば、1、2、3、もしくは4アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、もしくは4つ以下の保存的アミノ酸だけ合計で異なるHC CDR1〜3
の一方または両方を含む。
【0288】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化106】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号68)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化107】
[この文献は図面を表示できません]
の両方は変化させないという条件で、これと、1、2、もしくは3アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化108】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号69)(または、例えば、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化109】
[この文献は図面を表示できません]
の両方、もしくは
【化110】
[この文献は図面を表示できません]
の3つ全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化111】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号70)(または任意選択で、例えば、
【化112】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
【化113】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号71)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つもしくは2つは変化させない、例えば、
【化114】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化115】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号72)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させない、例えば、
【化116】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは全ては変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化117】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号73)(または任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも一方もしくはこれらの両方は変化させない、例えば、
【化118】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0289】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のCDRは、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。
【0290】
ある実施形態では、軽鎖のCDRおよび重鎖のCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0291】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0292】
ある実施形態では、重鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0293】
ある実施形態では、軽鎖内の3つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0294】
ある実施形態では、重鎖および軽鎖内の6つのCDRの各々は、そのCDRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0295】
一実施形態では、結合剤は、以下の特性:
(a)HC CDR1内の
【化119】
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の両方は変化させないこと;
(b)HC CDR2内の
【化120】
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の両方、もしくは
【化121】
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の3つ全ては変化させないこと;
(c)HC CDR3内の
【化122】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと;
(d)LC CDR1内の
【化123】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと;
(e)LC CDR2内の
【化124】
[この文献は図面を表示できません]
のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないこと;
(f)LC CDR3内の
【化125】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないこと
のうちの1または複数または全てを含む抗体分子である。
【0296】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)〜(f)から選択される、1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または6つ全ての特性を含む。
【0297】
ある実施形態では、抗体分子は、(a)、(b)、および(c)から選択される1または複数の特性を有する重鎖、ならびに(d)、(e)、および(f)から選択される1または複数の特性を有する軽鎖を含む。
【0298】
実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号71)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0299】
いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)例えば、(i)において記載される方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
【0300】
ある実施形態では、抗体分子は、
a)配列番号24に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号24と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)配列番号45に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または配列番号45と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
【0301】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化126】
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(配列番号82)(または任意選択で、
【化127】
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は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列
【化128】
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(配列番号75)(または任意選択で、
【化129】
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は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、R以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化130】
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(配列番号76)(あるいは任意選択で、
【化131】
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のうちの1つ、2つ、もしくは3つは変化させないか、または
【化132】
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を変化させる場合は、G以外に変化させるか、
【化133】
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を変化させる場合は、P以外に変化させるか、もしくは
【化134】
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を変化させる場合は、A以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)、もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント
;ならびに
(a)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化135】
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(配列番号78)(または任意選択で、
【化136】
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は変化させないという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR2;
配列
【化137】
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(配列番号80)(または任意選択で、
【化138】
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は変化させないか、もしくは、変化させる場合は、P以外に変化させるという条件で、これと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
【0302】
ある実施形態では、軽鎖または重鎖のFRは、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのFR内の他の残基は変化させうるが、強調された残基または残基の組合せは変化させない)。例えば、ある実施形態では、重鎖FR3の
【化139】
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のうちの1つ、2つ、または3つは変化させない。
【0303】
ある実施形態では、軽鎖のFRおよび重鎖のFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0304】
ある実施形態では、抗体分子内の2つのFRの各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。複数の実施形態では、両方が軽鎖内にある。複数の実施形態では、両方が重鎖内にある。
【0305】
ある実施形態では、重鎖内のFR2およびFR3の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つ、または強調された残基の組合せのうちの1つを含む。
【0306】
ある実施形態では、重鎖内および軽鎖内のFR1およびFR2の各々は、そのFRに、強調された残基のうちの1つを含む。
【0307】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0308】
ある実施形態では、軽鎖FR1〜4内の強調された残基の全てを変化させない。
【0309】
ある実施形態では、重鎖FR1〜4内および軽鎖FR1〜4内両方の強調された残基の全てを変化させない。
【0310】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化140】
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(配列番号82)を含むFR1;
配列W−V−R−Q−P−P−G−K−G−L−E−W−V−A(配列番号75)を含むFR2;
配列R−F−T−I−S−R−D−N−S−K−N−T−L−Y−L−Q−M−N−S−L−R−A−E−D−T−A−V−Y−Y−C−A−K(配列番号76)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)もしくはW−G−Q−G−T−T−V−T−V−S−S(配列番号171)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに
(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化141】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号78)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)を含むFR2;
配列G−V−P−S−R−F−S−G−S−G−S−G−T−D−F−T−L−T−I−S−S−L−Q−P−E−D−F−A−T−Y−Y−C(配列番号80)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
【0311】
別の実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(a)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(b)例えば、(a)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;(c)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(d)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(h)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(i)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(m)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(n)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(o)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(p)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(q)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(r)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(s)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てを含む。
【0312】
別の態様では、本開示は、(a)配列番号24を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列);および(b)配列番号45を含む軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的アミノ酸が異なる配列)を含む抗体分子を特色とする。いくつかの実施形態では、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とA型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および(ii)(i)において記載される方法により試験した場合などに、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261など、基準の抗HA抗体より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1または複数または全てを含む。
【0313】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
【0314】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0315】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
【0316】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
【0317】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
【0318】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
【0319】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
【0320】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
【0321】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
【0322】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
【0323】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0324】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0325】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0326】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
【0327】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
【0328】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
【0329】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
【0330】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
【0331】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
【0332】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
【0333】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
【0334】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0335】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0336】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
【0337】
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
【0338】
別の態様では、本開示は、本明細書で開示される重鎖可変領域および軽鎖可変領域の一方または両方の構造的特性または機能的特性を含む、結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物を特色とする。
【0339】
ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子、例えば、本明細書で記載される抗体分子と、基質、例えば、HAへの結合について競合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による軽鎖可変領域
に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRを含む抗体分子;
b)抗体分子であって、(i)表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による軽鎖可変領域セグメントを含む抗体分子;または
c)本明細書で開示される抗体
でありうる。
【0340】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合する。ある実施形態では、抗体分子は、基準抗体分子が結合する同じエピトープ、またはその一部に結合しない。
【0341】
ある実施形態では、抗体分子は、HA上の、基準抗体分子、例えば、本明細書で開示される抗体分子が結合するのと同じエピトープ、またはその一部に結合する。基準抗体分子は、
a)抗体分子であって、
表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による軽鎖可変領域
に由来する重鎖CDRおよび軽鎖CDRを含む抗体分子;
b)抗体分子であって、(i)表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および(ii)表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による軽鎖可変領域セグメントを含む抗体分子;または
c)本明細書で開示される抗体
でありうる。
【0342】
HAは、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来するHA1またはHA5でありうる。同じエピトープ、またはその一部への結合は、
a)変異解析(例えば、残基が変異していると、HAへの結合、またはHAに対する結合アフィニティーが低下または消失する);
b)解析、例えば、各々の接触点を決定するための、例えば、抗体分子とHAとの結晶構造の比較、および基準抗体とHAとの結晶構造の比較;
c)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
d)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方
のうちの1あるいは複数により示すことができる。
【0343】
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。結合する能力の低減は、例えば、
a)BIAcore解析;
b)ELISAアッセイ;および
c)フローサイトメトリー
のうちの1または複数により査定することができる。抗体分子は、基準抗体の結合を50%以上減殺するように、基準抗体と競合しうる。
d)HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合についての2つの抗体の競合;ならびに
e)(c)ならびに(a)および(b)の一方または両方。
【0344】
抗体分子と基準抗体分子との競合は、抗体分子または基準抗体分子のうちの一方が、他方の、基質、例えば、HA、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004に由来する、例えば、HA1またはHA5への結合を減殺する能力を査定することにより決定することができる。結合する能力の低減は、当技術分野の方法により査定することができる。
【0345】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による基準重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による基準軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、もしくは99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域
の一方または両方を含み、
ここで、任意選択で、各HC CDRは、その基準重鎖に由来する、対応するHC CDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸だけ異なり、各LC CDRは、その基準軽鎖中の、対応するCDRと、1、2、3、4、または5アミノ酸以下、例えば、1または2アミノ酸以下、例えば、1つまたは2つ以下の保存的アミノ酸が異なる。
【0346】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、表3による重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域、および対応する、表3による軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域を含む。
【0347】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、表4Aによる重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域、および対応する、表4Aによる軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域を含む。
【0348】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、表4Bによる重鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む重鎖可変領域、および対応する、表4Bによる軽鎖との、少なくとも60、70、80、85、90、95、98、または99パーセントの相同性を含む軽鎖可変領域を含む。
【0349】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による重鎖可変領域;および
表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による軽鎖可変領域
の一方または両方を含む。
【0350】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3による重鎖可変領域、および、対応する、表3による軽鎖;
表4Aによる重鎖および表4Aによる対応する軽鎖;または
表4Bによる重鎖および表4Bによる対応する軽鎖
を含む。
【0351】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
(a)表3、表4A、表4B、
図2、
図13、もしくは
図17による重鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸だけ、個別にもしくは合計で異なるCDR);および
(b)表3、表4A、表4B、
図3、
図14、もしくは
図17による軽鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント(またはこれと、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸以下、例えば、1もしくは2アミノ酸以下、例えば、1つもしくは2つ以下の保存的アミノ酸だけ、個別にもしくは合計で異なるCDR)
の一方または両方を含む。
【0352】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表3の重鎖に由来するCDR、および対応する、表3による軽鎖に由来する軽鎖CDR
の一方または両方を含む。
【0353】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表4Aの重鎖に由来するCDR、および対応する、表4Aによる軽鎖に由来する軽鎖CDR
の一方または両方を含む。
【0354】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、
表4Bの重鎖に由来するCDR、および対応する、表4Bによる軽鎖に由来する軽鎖CDR
の一方または両方を含む。
【0355】
いくつかの実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下の特性:(i)抗体分子とインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)との混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも10、9、8、7、6、もしくは5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;(ii)例えば、(i)で記載した方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;および(iii)Ab 67−11およびFI6以外であることのうちの1または複数または全てを含む。
【0356】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)
図2、
図13、もしくは
図17の重鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)
図3、
図14、もしくは
図17の軽鎖配列に由来するCDR1、CDR2、およびCDR3を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
の一方または両方を含む。
【0357】
一実施形態では、抗体分子は、
(a)
図2または
図17による免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)
図3または
図17による免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメント
を含む。
【0358】
一実施形態では、免疫グロブリン重鎖可変領域は、N末端において、イソロイシン−アスパラギン酸(Ile−Asp)ジペプチドをさらに含む。別の実施形態では、免疫グロブリン軽鎖可変領域は、N末端において、Ile−Aspジペプチドをさらに含む。さらに別の実施形態では、本開示で特色とされる抗体の免疫グロブリン重鎖可変領域および免疫グロブリン軽鎖可変領域のいずれも、N末端において、Ile−Aspジペプチドをさらに含む。他の実施形態では、Ile−Aspジペプチドは、重鎖および軽鎖の一方または両方で存在しない。
【0359】
一実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、以下:(a)群1の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つのインフルエンザ亜型による感染を処置もしくは予防すること;(b)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;(c)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;(d)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;(e)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H1N1およびH3N2感染の予防もしくは処置に有効であること;(f)A型インフルエンザH5N1株による感染を処置もしくは予防すること;(g)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、H5N1感染の予防もしくは処置に有効であること;(h)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;(i)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染を処置もしくは予防すること;(j)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、例えば、ヒトもしくはマウスにおける、B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010による感染の予防もしくは処置に有効であること;(k)A型インフルエンザウイルスの50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(l)B型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010の50%の中和に要請される抗体分子の濃度が、10μg/mL未満であること;(m)二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化すること;(n)50mg/kg、25mg/kg、10mg/kg、6mg/kg、5mg/kg、4mg/kg、3mg/kg、2mg/kg、もしくは1mg/kgで投与された場合に、二次感染(例えば、二次細菌感染)もしくは対象に対するその影響を予防もしくは最小化するのに有効であること;(o)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること;ならびに(p)例えば、本明細書で開示される方法により、例えば、ELISAアッセイにおける競合により調べた場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261が結合するエピトープ以外のエピトープに結合することのうちの1または複数または全てをさらに含む。
【0360】
ある実施形態では、抗体分子は、
a)本明細書で開示される重鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される重鎖と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子;および
b)本明細書で開示される軽鎖に由来する1または複数のフレームワーク領域(FR)。例えば、FR1、FR2、FR3、もしくはFR4、または本明細書で開示される軽鎖と、1、2、3、4、もしくは5アミノ酸残基以下、例えば、1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下の保存的残基だけ、個別にもしくは合計で異なる配列のうちの1つまたは複数または全てを含む抗体分子
の一方または両方を含む。
【0361】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、HA抗原に特異的に結合する。
【0362】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0363】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびbを有する。
【0364】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびdを有する。
【0365】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a;およびcまたはdを有する。
【0366】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:b;およびcまたはdを有する。
【0367】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:c;およびaまたはbを有する。
【0368】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:d;およびaまたはbを有する。
【0369】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、およびdを有する。
【0370】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:a、b、c、d、e、およびfを有する。
【0371】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
a)H3HA1残基であるN38、I278、もしくはD291;
b)H3HA2残基であるN12;
c)H3HA1残基であるT318、R321、もしくはV323;または
d)H3HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、もしくはE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0372】
ある実施形態では、抗体分子のH3に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
c)H3HA1残基であるQ327、T328、もしくはR329;または
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、もしくはD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0373】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性a〜f:
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
bb)H1HA2残基であるG12を含むこと;
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方を含まないこと;
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
ee)Ab 044およびFI6が結合するH1HA1残基である、T319、R322、およびI324のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
ff)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープに結合する。
【0374】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびbbを有する。
【0375】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびddを有する。
【0376】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa;およびccまたはddを有する。
【0377】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:bb;およびccまたはddを有する。
【0378】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:cc;およびaaまたはbbを有する。
【0379】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:dd;およびaaまたはbbを有する。
【0380】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、およびddを有する。
【0381】
ある実施形態では、抗体分子は、特性:aa、bb、cc、dd、ee、およびffを有する。
【0382】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
aa)H1HA1残基であるH31、N279、およびS292;
bb)H1HA2残基であるG12;
cc)H1HA1残基であるT319、R322、およびI324;または
dd)H1HA2残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、Q38、K39、T41、Q42、N43、I45、I48、T49、V52、N53、I56、およびE57
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、少なくとも2、5、10、または100倍となる。
【0383】
ある実施形態では、抗体分子のH1に対するK
Dは、10
−6以下であり、ここで、前記K
Dは、
cc)H1HA1残基であるQ328およびS329;または
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46
のうちのいずれかにおける1または複数の変異により、2または5倍以下となる。
【0384】
ある実施形態では、抗体分子は、以下の特性:
aおよびaa;
bおよびbb;
cおよびcc;
dおよびdd
のうちの1つ、2つ、3つ、または全てを有する。
【0385】
ある実施形態では、分子は、特性c、cc、d、およびddを有する。
【0386】
一態様では、本開示は、抗ヘマグルチニン(抗HA)結合剤、例えば、抗体分子、またはそれらの調製物、もしくは単離調製物であって、
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであり、
配列G−F−T−F−[S/T]−[S/T]−Y−[A/G]−M−H(配列番号1)または配列番号1と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR1;
配列V−[I/V/L]−S−[Y/F]−D−G−[S/N]−[Y/N]−[K/R]−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号2)または配列番号2と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR2;および
配列D−[S/T]−[R/K/Q]−L−R−[S/T]−L−L−Y−F−E−W−L−S−[Q/S]−G−[Y/L/V]−[F/L]−[N/D]−[P/Y](配列番号3)または配列番号3と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR3
のうちの1つまたは複数または全てを含むセグメント;ならびに
(b)軽鎖可変領域セグメントであり、
配列[K/R]−S−S−Q−[S/T]−[V/L/I]−[T/S]−[Y/F/W]−[N/S/D]−Y−K−N−Y−L−A(配列番号4)または配列番号4と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むか、あるいは配列[K/R]−S−S−Q−[S/T]−[V/L/I]−[T/S]−[Y/F/W]−[N/S/D/Q/R/E]−Y−K−N−Y−L−A(配列番号170)または配列番号170と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むか、あるいは[K/R]−S−S−Q−[S/T]−[V/L/I]−[T/S]−[Y/F/W]−[N/S/D/E]−Y−K−N−Y−L−A(配列番号4)または配列番号170と1もしくは2残基だけ異なる配列をふくむCDR1;
配列W−[A/G]−S−[T/A/Y/H/K/D]−[R/L]−E−[S/T](配列番号5)または配列番号5と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR2;
配列Q−Q−[Y/H]−Y−R−T−P−P−[T/S](配列番号6)または配列番号6と1もしくは2残基だけ異なる配列を含むCDR3
のうちの1つまたは複数または全てを含むセグメント
を含み、
任意選択で、
軽鎖可変領域セグメントが、配列K−S−S−Q−S−V−T−Y−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号83)を含むCDR1;配列W−A−S−T−R−E−S(配列番号84)を含むCDR2;および配列Q−Q−Y−Y−R−T−P−P−T(配列番号85)を含むCDR3を含む場合;
重鎖可変領域セグメントは、以下:(a)以下:配列S−Y−G−M−H(配列番号86)を含むCDR1;配列V−I−S−Y−D−G−S−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号87)を含むCDR2;または配列D−S−E−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号88)を含むCDR3以外のCDR;あるいは(b)以下:
【化142】
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(配列番号82)を含むFR1;W−V−R−Q−P−P−G−K−G−L−E−W−V−A(配列番号75)を含むFR2;R−F−T−I−S−R−D−N−S−K−N−T−L−Y−L−Q−M−N−S−L−R−A−E−D−T−A−V−Y−Y−C−A−K(配列番号76)を含むFR3;またはW−G−A−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号89)を含むFR4以外のFR;(c)配列番号1の5位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号1の6位におけるアミノ酸残基がTであるか、または配列番号1の8位におけるアミノ酸残基がAであるCDR1;(d)配列番号2の2位におけるアミノ酸残基がVもしくはLであるか、4位におけるアミノ酸がFであるか、7位におけるアミノ酸がNであるか、8位におけるアミノ酸がYであるか、または9位におけるアミノ酸がRであるCDR2;(e)配列番号3の2位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号3の3位におけるアミノ酸残基がR、K、もしくはQであるか、配列番号3の6位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号3の15位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号3の17位におけるアミノ酸残基がLもしくはVであるか、配列番号3の18位におけるアミノ酸残基がLであるか、配列番号3の19位におけるアミノ酸残基がDであるか、または配列番号3の20位におけるアミノ酸残基がYであるCDR3;(f)配列番号7の11位におけるアミノ酸残基がQであるか、または配列番号7の7位におけるアミノ酸残基がTであるFR1;(g)配列番号10の3位におけるアミノ酸残基がQであるか、配列番号10の5位におけるアミノ酸残基がAであるか、配列番号10の6位におけるアミノ酸残基がMであるか、または配列番号10の7位におけるアミノ酸残基がVであるFR4;あるいは(h)例えば、本明細書で開示される方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1あるいは複数を含む
ことを条件とし;また、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントが、配列S−Y−G−M−H(配列番号86)を含むCDR1;配列V−I−S−Y−D−G−S−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号87)を含むCDR2;および配列D−S−E−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号88)を含むCDR3を含む場合;軽鎖可変領域セグメントは、以下:(a)以下:CDR1:KSSQSVTYNYKNYLA(配列番号83);CDR2:WASTRES(配列番号84);またはCDR3:QQYYRTPPT(配列番号85)以外のCDR;(b)以下:配列EIVMTQSPDSLAVSLGERATINC(配列番号90)を含むFR1;配列WYQQKPGQPPKLLIY(配列番号91)を含むFR2;配列GVPDRFSGSGSGTDFTLTISSLQAEDVAVYYC(配列番号92)を含むFR3;または配列FGGGTKLDIK(配列番号93)を含むFR4以外のFR;(c)配列番号4の1位におけるアミノ酸残基がRであるか、配列番号4の5位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号4の6位におけるアミノ酸残基がLもしくはIであるか、配列番号4の7位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号4の8位におけるアミノ酸残基がFもしくはWであるか、または配列番号4の9位におけるアミノ酸残基がSもしくはDであるCDR1;(d)配列番号5の2位におけるアミノ酸残基がGであるか、配列番号5の4位におけるアミノ酸残基がA、Y、H、K、もしくはDであるか、配列番号5の5位におけるアミノ酸残基がLであるか、配列番号5の7位におけるアミノ酸残基がTであるCDR2;(e)配列番号6の3位におけるアミノ酸残基がHであるか、配列番号6の9位におけるアミノ酸残基がSであるCDR3;(f)配列番号11の1位におけるアミノ酸残基がDであるか、配列番号11の3位におけるアミノ酸残基がQであるか、配列番号11の9位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号11の10位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号11の11位におけるアミノ酸残基がVであるか、配列番号11の12位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号11の13位におけるアミノ酸残基がAであるか、配列番号11の14位におけるアミノ酸残基がTであるか、配列番号11の15位におけるアミノ酸残基がVもしくはRであるか、配列番号11の17位におけるアミノ酸残基がDであるか、配列番号11の20位におけるアミノ酸残基がSであるか、配列番号11の22位におけるアミノ酸残基がT、Q、D、もしくはRであるFR1;(g)配列番号12の8位におけるアミノ酸残基がKであるか、または配列番号12の9位におけるアミノ酸残基がAであるFR2;(h)配列番号13の4位におけるアミノ酸残基がEもしくはSであるか、配列番号13の24位におけるアミノ酸残基がPであるか、配列番号13の27位におけるアミノ酸残基がF、K、もしくはDであるか、配列番号13の29位におけるアミノ酸残基がTであるFR3;(i)配列番号14の3位におけるアミノ酸残基がQ、T、S、もしくはNであるか、配列番号14の7位におけるアミノ酸残基がVであるか、または配列番号14の8位におけるアミノ酸残基がEであるFR4;あるいは(j)例えば、本明細書で開示される方法により試験した場合に、基準の抗HA抗体分子、例えば、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261より少数のエスケープ変異体をもたらすことのうちの1あるいは複数を含むことを条件とし;さらに、軽鎖可変領域セグメントが、配列K−S−S−Q−S−V−T−F−N−Y−K−N−Y−L−A(配列番号146)を含むCDR1;配列W−A−S−A−R−E−S(配列番号147)を含むCDR2;および配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−T(配列番号148)を含むCDR3を含む場合;重鎖可変領域セグメントは、以下:
図12Bに記載されるCDR以外のCDR;または
図12Cに記載されるFR以外のFRのうちの1または複数を含むことも条件とする結合剤を特色とする。
【0387】
一実施形態では、重鎖CDR配列は、列挙された配列と、5、4、3、2、または1アミノ酸残基以下だけ合計で異なり;軽鎖CDR配列は、列挙された配列と、5、4、3、2、または1アミノ酸残基以下だけ合計で異なる。
【0388】
一態様では、本開示は、本開示で特色とされる免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子を特色とする。
【0389】
別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子を特色とする。
【0390】
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントおよび本開示で特色とされる免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子を特色とする。
【0391】
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列または免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む核酸分子を含む発現ベクターなどの組換えベクターを特色とする。
【0392】
一態様では、本開示は、本開示で特色とされる、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列および免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターなどの組換えベクターを特色とする。
【0393】
一実施形態では、組換えベクター内の核酸分子は、(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、CDR1内のS−Y−A−M−H(配列番号68);CDR2内のV−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69);およびCDR3内のD−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)のアミノ酸配列を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;ならびに(b)免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントであって、CDR1内のQ−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145);CDR2内のW−G−S−Y−L−E−S(配列番号72);およびCDR3内のQ−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)のアミノ酸配列を含む免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントをコードするヌクレオチド配列を含む。
【0394】
一態様では、本開示は、免疫グロブリン重鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクター、または免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターなど、本開示で特色とされる組換えベクターを含有する細胞を特色とする。一実施形態では、細胞は、免疫グロブリン重鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターおよび免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターを含有する。さらに別の実施形態では、細胞は、免疫グロブリン重鎖可変領域をコードする核酸配列および免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードする核酸配列を含む組換えベクターを含有する。
【0395】
一態様では、本開示は、重鎖セグメントを発現させる核酸配列および軽鎖セグメントを発現させる核酸配列を含む宿主細胞を用意し、宿主細胞内で核酸を発現させることなどにより、本発明で特色とされる抗体分子を作製する方法を特色とする。
【0396】
一実施形態では、重鎖セグメントを発現させる核酸配列および軽鎖セグメントを発現させる核酸配列は、同じ組換え発現ベクター上にある。別の実施形態では、重鎖セグメントを発現させる核酸配列および軽鎖セグメントを発現させる核酸配列は、別個の組換え発現ベクター上にある。
【0397】
一態様では、本開示は、本開示で特色とされる抗体分子および薬学的に許容される担体を含有する医薬組成物を特色とする。
【0398】
別の態様では、本開示は、対象、例えば、ヒト対象における、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)による感染を処置または予防する方法であって、
本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子を、それを必要とする対象、例えば、ヒト対象に投与するステップ
を含む方法を特色とする。
【0399】
一実施形態では、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
【0400】
ある実施形態では、投与は、インフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、またはインフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
【0401】
ある実施形態では、投与は、二次感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、または二次感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
【0402】
複数の実施形態では、対象、例えば、ヒト対象は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与されているか、または方法は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与もしくは推奨するステップを含む。
【0403】
複数の実施形態では、抗体分子は、第2の薬剤もしくは治療またはさらなる薬剤もしくは治療と組み合わせて投与する。
【0404】
複数の実施形態では、第2の治療またはさらなる治療は、ワクチンまたは抗ウイルス治療、例えば、抗NA治療または抗M2治療の投与を含む。
【0405】
ある実施形態では、第2の治療またはさらなる治療は、患者の免疫系を刺激して、A型インフルエンザの特定の株による感染を予防するためのインフルエンザペプチドによるワクチン、例えば、本明細書で記載されるワクチンまたは混合物(別称、カクテル)の投与を含む。
【0406】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗ウイルス剤、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生剤、ステロイド剤、第2の治療用抗体分子(例えば、抗HA抗体)、アジュバント、プロテアーゼまたはグリコシダーゼ(例えば、シアリダーゼ)の投与を含む。
【0407】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、ノイラミニダーゼ阻害剤(例えば、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル)、またはリマンタジンを含む。
【0408】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、第2の抗体分子、例えば、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(米国出願公開第2010/0080813号)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、
67巻:2552〜8頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、
16巻:265頁、2009年)、CR9114(Dreyfusら、Science、337巻:1343頁、2012年)、またはCR6261(例えば、Ekiertら、Science、
324巻:246頁、2009年を参照されたい)を含む。したがって、Ab 044は、これらの抗体のうちのいずれかと組み合わせて使用することができる。
【0409】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、第2の結合剤またはさらなる結合剤、例えば、抗体分子、例えば、抗HA抗体、例えば、本明細書で開示される抗体を含む。例えば、Ab 044、Ab 069、Ab 032、およびAb 031のうちの2つ以上を投与することができる。例えば、Ab 044は、Ab 069またはAb 032と組み合わせて投与することができる。
【0410】
組み合わせの場合、2つの薬剤は、同じ投与量単位の一部として投与することもでき、個別に投与することもできる。インフルエンザ感染と関連する症状を処置するのに有用な他の例示的な薬剤は、アセトアミノフェン、イブプロフェン、アスピリン、およびナプロキセンである。
【0411】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染を患っているか、またはこれに感受性のヒト対象に投与する。
【0412】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の前に投与する。
【0413】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の前に投与する。
【0414】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の後で投与する。
【0415】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の観察の後で投与する。
【0416】
ある実施形態では、結合剤、例えば、抗体分子は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状、例えば、炎症、発熱、悪心、体重の減少、食欲の減退、呼吸の促迫、心拍数の増大、高血圧、体の痛み、筋肉痛、眼痛、疲労感、倦怠感、空咳、鼻水、および/または咽頭痛の発現に応答して、またはこれらを処置もしくは予防するために投与する。
【0417】
ある実施形態では、方法は、ヒト対象を、インフルエンザウイルスについて、例えば、本明細書で開示される方法により検査するステップもさらに含む。複数の実施形態では、投与は、インフルエンザについての検査陽性に応答してなされる。
【0418】
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子を投与することにより、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染した対象、例えば、ヒト対象を処置する方法を特色とする。例えば、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
【0419】
一実施形態では、本明細書で記載される結合剤、例えば、抗HA抗体を、インフルエンザを予防するためのワクチンの代わりに投与する。別の実施形態では、結合剤、例えば、抗HA抗体分子を、流感を予防するためのワクチンと組み合わせて(ワクチンと同時または逐次的に)投与する。
【0420】
さらに別の態様では、本開示は、試料を、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子と接触させ、次いで、抗体分子の試料への結合を検出することなどにより、生物学的試料中のインフルエンザ(例えば、A型インフルエンザまたはB型インフルエンザ)ビリオンを検出する方法を特色とする。一実施形態では、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルスまたはB型インフルエンザウイルス)を検出する方法を、in vitroで実施する。
【0421】
一態様では、本開示は、(a)患者に由来する試料を用意する方法、(b)試料を、本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子と接触させる方法、および(c)本開示で特色とされる結合剤、例えば、抗体分子が、試料中のポリペプチドに結合するのかどうかを決定する方法であって、結合剤、例えば、抗体分子が、試料中のポリペプチドに結合する場合は、患者がインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、またはB型インフルエンザウイルス、例えば、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染していることを決定する方法を特色とする。一実施形態では、患者がインフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染していることを決定し、患者に、本明細書で開示される結合剤、例えば、抗体分子、例えば、それによって検査を実施した結合剤、例えば、抗体分子をさらに投与する。
【0422】
別の態様では、本発明は、脊椎動物、例えば、ヒトにおいて、1または複数のインフルエンザ株に対する免疫を誘導する方法、またはインフルエンザ株による感染もしくはその症状を予防するか、遅延させるか、もしくは軽減する方法を特色とする。方法は、脊椎動物、例えば、ヒトに、本明細書で記載される広域ワクチン(broad range vaccine)または広域免疫原(broad range immunogen)を投与するステップを含む。
【0423】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、1または複数のインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
【0424】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、2つのインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
【0425】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、2つの群1のインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
【0426】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、少なくとも1つの群1の株、および群1、群2、またはインフルエンザB株に由来する第2の株に対する免疫応答を誘導するか、またはこれらに対する防御を付与する。
【0427】
一実施形態では、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
【0428】
ある実施形態では、投与は、感染の可能性の低減、インフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、またはインフルエンザ感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
【0429】
ある実施形態では、投与は、二次感染の症状もしくは兆候の発生率もしくは重症度の軽減、または二次感染の症状もしくは兆候の発症の遅延のうちの1または複数を結果としてもたらすか、またはこれらと相関する。
【0430】
複数の実施形態では、対象、例えば、ヒト対象は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与されているか、または方法は、第2の治療もしくはさらなる治療を投与もしくは推奨するステップを含む。
【0431】
複数の実施形態では、広域ワクチンを、第2の治療またはさらなる治療と組み合わせて投与する。
【0432】
複数の実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、別のワクチンまたは別の抗ウイルス治療、例えば、抗NA治療または抗M2治療の投与を含む。
【0433】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、患者の免疫系を刺激して、A型インフルエンザの特定の株による感染を予防するためのインフルエンザペプチドの混合物(別称、カクテル)を含むワクチンの投与を含む。
【0434】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗ウイルス剤、鎮痛剤、抗炎症剤、抗生剤、ステロイド剤、第2の治療用抗体分子(例えば、抗HA抗体)、アジュバント、プロテアーゼまたはグリコシダーゼ(例えば、シアリダーゼ)の投与を含む。
【0435】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、ノイラミニダーゼ阻害剤(例えば、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル)、またはリマンタジンを含む。
【0436】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、抗体分子、例えば、Ab 67−11(米国仮出願第61/645,453号)、FI6(米国出願公開第2010/0080813号)、FI28(米国出願公開第2010/0080813号)、C179(Okunoら、J. Virol.、67巻:2552〜8頁、1993年)、F10(Suiら、Nat. Struct. Mol. Biol.、16巻:265頁、2009年)、CR9114(Dreyfusら、Science、337巻:1343頁、2012年)、またはCR6261(例えば、Ekiertら、Science、324巻:246頁、2009年を参照されたい)を含む。
【0437】
ある実施形態では、第2の薬剤またはさらなる薬剤は、本明細書で開示される抗体分子、例えば、Ab−044抗体分子、Ab 069抗体分子、Ab 032抗体分子、およびAb 031抗体分子から選択される抗体分子を含む。
【0438】
組み合わせの場合、2つの薬剤は、同じ投与量単位の一部として投与することもでき、個別に投与することもできる。
【0439】
インフルエンザ感染と関連する症状を処置するのに有用な他の例示的な第2の薬剤またはさらなる薬剤は、アセトアミノフェン、イブプロフェン、アスピリン、およびナプロキセンである。
【0440】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原を、インフルエンザ感染を患っているか、またはこれに感受性のヒト対象に投与する。
【0441】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の前に投与する。
【0442】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の前に投与する。
【0443】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザまたは特定のインフルエンザ亜型もしくはインフルエンザ株への公知の曝露の後で投与する。
【0444】
ある実施形態では、広域ワクチンは、インフルエンザ感染の影響もしくは症状の発現、またはインフルエンザ感染の1もしくは複数の特定の影響もしくは症状の発現の観察の後で投与する。
【0445】
ある実施形態では、広域ワクチンまたは広域免疫原は、インフルエンザ感染の影響もしくは症状、例えば、炎症、発熱、悪心、体重の減少、食欲の減退、呼吸の促迫、心拍数の増大、高血圧、体の痛み、筋肉痛、眼痛、疲労感、倦怠感、空咳、鼻水、および/または咽頭痛の発現に応答して、またはこれらを処置もしくは予防するために投与する。
【0446】
ある実施形態では、方法は、ヒト対象を、インフルエンザウイルスについて、例えば、本明細書で開示される方法により検査するステップもさらに含む。複数の実施形態では、投与は、インフルエンザについての検査陽性に応答してなされる。
【0447】
さらに別の態様では、本開示は、本開示で特色とされる広域ワクチンを投与することにより、インフルエンザウイルス(例えば、A型インフルエンザウイルス、例えば、群1株、例えば、H1N1株、例えば、A/South Carolina/1/1918、A/Puerto Rico/08/1934、もしくはA/California/04/2009、またはH5N1株、例えば、A/Indonesia/5/2005もしくはA/Vietnam/1203/2004、あるいはB型インフルエンザウイルス、例えば、B/Wisconsin/1/2010)に感染した対象、例えば、ヒト対象を処置する方法を特色とする。例えば、A型インフルエンザウイルスは、A型インフルエンザウイルスのH1N1株、H3N2株、またはH5N1株など、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である。
【0448】
別の態様では、本発明は、集団におけるインフルエンザの重症度を軽減する方法を特色とする。方法は、広域ワクチンまたは広域免疫原を、集団内の別の個体へのインフルエンザウイルスの伝染を予防するか、またはその可能性を減少させるのに十分な集団内の個体に投与するステップを含む。
【0449】
別の態様では、本発明は、広域免疫原、広域エピトープをコードする核酸、または本明細書で記載される広域ワクチンを内部に配置した1または複数の容器を含むキットを特色とする。ある実施形態では、キットは、アジュバントを内部に配置した容器を含む。ある実施形態では、キットは、送達デバイス、例えば、注射デバイスまたは吸入器を含む。ある実施形態では、本明細書で記載される広域エピトープ、または広域エピトープをコードする核酸、または広域ワクチンは、送達デバイス内に配置する。
【0450】
ある実施形態では、キットは、送達デバイス、例えば、注射デバイスまたは吸入器を含む。ある実施形態では、ワクチンは、送達デバイス内に配置する。
【0451】
別の態様では、本発明は、アンプルなど、密封された容器内にパッケージングされた、本明細書で記載される広域エピトープを含む組成物、例えば、ワクチンを特色とする。ある実施形態では、組成物は、液体である。ある実施形態では、組成物は、液体の滅菌凍結乾燥粉末または無水濃縮物である。
【0452】
別段に規定されない限り、本明細書で使用される全ての科学技術用語は、本発明が属する技術分野の当業者により一般に理解される意味と同じ意味を有する。本発明の実施または試行では、本明細書で記載される方法および材料と類似または同等の方法および材料も使用しうるが、下記では、適切な方法および材料について記載する。本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許、および他の参考文献は、参照によりそれらの全体において組み込まれる。有益性相反の場合は、定義を含め、本明細書により管理するものとする。加えて、材料、方法、および例は、例示的なものであるに過ぎず、限定的であることを意図するものではない。
【0453】
本開示で特色とされる1または複数の実施形態の詳細については、付属の図面および下記の記載に示す。本開示で特色とされる他の特色、目的、および利点については、記載および図面から明らかであろうし、特許請求の範囲からも明らかであろう。
例えば、本発明は以下を提供する。
(項目1)
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列
【化156】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号68)(または、任意選択で、
【化157】
[この文献は図面を表示できません]
のいずれも変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、もしくは3つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化158】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号69)(または、任意選択で、
【化159】
[この文献は図面を表示できません]
、もしくは
【化160】
[この文献は図面を表示できません]
の3つ全ては変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化161】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号70)(または、任意選択で、
【化162】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列:
【化163】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号145)(または、任意選択で、
【化164】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR1と;
配列
【化165】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号72)(または、任意選択で、強調された残基のうちの少なくとも1つ、2つ、もしくは3つは変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR2と;
配列
【化166】
[この文献は図面を表示できません]
(配列番号73)(または、任意選択で、
【化167】
[この文献は図面を表示できません]
は変化させないという条件で、この配列と1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは5つ以下のアミノ酸が異なる配列)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメントを、
前記軽鎖または重鎖の一方または両方のCDRが、そのCDRに、前記強調された残基のうちの1つ、または前記強調された残基の組合せのうちの1つを含む(すなわち、そのCDR内の他の残基は変化させうるが、前記強調された残基または残基の組合せは変化させない)という条件で含む抗体分子。
(項目2)
前記軽鎖のCDRおよび前記重鎖のCDRの各々が、そのCDRに、前記強調された残基のうちの1つ、または前記強調された残基の組合せのうちの1つを含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目3)
(a)免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントであって、
配列S−Y−A−M−H(配列番号68)を含むCDR1と;
配列V−V−S−Y−D−G−N−Y−K−Y−Y−A−D−S−V−Q−G(配列番号69)を含むCDR2と;
配列D−S−R−L−R−S−L−L−Y−F−E−W−L−S−Q−G−Y−F−N−P(配列番号70)を含むCDR3と
を含む免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
(b)軽鎖可変領域セグメントであって、
配列Q−S−I−T−F−D−Y−K−N−Y−L−A(配列番号145)を含むCDR1と;
配列W−G−S−Y−L−E−S(配列番号72)を含むCDR2と;
配列Q−Q−H−Y−R−T−P−P−S(配列番号73)を含むCDR3と
を含む軽鎖可変領域セグメント
を含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目4)
前記抗体が、以下の特性:
(i)前記抗体とA型インフルエンザウイルスとの混合物を有する細胞培養物中の少なくとも5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;および
(ii)(i)で記載した方法により試験した場合に、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261から選択される基準の抗HA抗体より少数のエスケープ変異体をもたらすこと
のうちの1または複数または全てを有する、項目1に記載の抗体分子。
(項目5)
a)前記免疫グロブリン重鎖可変領域セグメントが、
配列Q−V−Q−L−L−E−T−G−G−G−L−V−K−P−G−Q−S−L−K−L−S−C−A−A−S−G−F−T−F−T(配列番号74)を含むFR1;
配列W−V−R−Q−P−P−G−K−G−L−E−W−V−A(配列番号75)を含むFR2;
配列R−F−T−I−S−R−D−N−S−K−N−T−L−Y−L−Q−M−N−S−L−R−A−E−D−T−A−V−Y−Y−C−A−K(配列番号76)を含むFR3;および
配列W−G−Q−G−T−T−L−T−V−S−S(配列番号77)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てをさらに含み;
b)前記免疫グロブリン軽鎖可変領域セグメントが、
配列D−I−Q−M−T−Q−S−P−S−S−L−S−A−S−V−G−D−R−V−T−I−T−C−R−S−S(配列番号78)を含むFR1;
配列W−Y−Q−Q−K−P−G−K−A−P−K−L−L−I−Y(配列番号79)を含むFR2;
配列G−V−P−S−R−F−S−G−S−G−S−G−T−D−F−T−L−T−I−S−S−L−Q−P−E−D−F−A−T−Y−Y−C(配列番号80)を含むFR3;および
配列F−G−Q−G−T−K−V−E−I−K(配列番号81)を含むFR4
のうちの1つまたは複数または全てを含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目6)
a)VH25である配列番号25を含む、免疫グロブリン重鎖可変領域セグメント;および
b)VL52である配列番号52を含む、軽鎖可変領域セグメント
を含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目7)
以下の特性:
(a)前記抗体とA型インフルエンザウイルスとの混合物を伴う細胞培養物中の少なくとも5ラウンドの連続感染後に、ウイルス力価が回復しないことにより決定される通り、エスケープ変異体をもたらさないこと;
(b)(a)で記載した方法により試験した場合に、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、もしくはCR6261から選択される基準の抗HA抗体より少数のエスケープ変異体をもたらすこと;
(c)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型のヘマグルチニン(HA)に、より高度なアフィニティーで結合すること;
(d)群1の少なくとも1つのインフルエンザ亜型、および群2の少なくとも1つのインフルエンザ亜型による感染を予防すること;
(e)標的とされたHAの融合活性を阻害すること;
(f)H1ウイルス、H5ウイルス、もしくはH9ウイルスである群1のウイルスによる感染を処置もしくは予防し、H3ウイルスもしくはH7ウイルスである群2のウイルスによる感染を処置もしくは予防すること;
(g)A型インフルエンザH1N1株およびH3N2株による感染を処置もしくは予防すること;ならびに
(j)ヘマグルチニンの三量体のインターフェースを含むかもしくはこれからなるエピトープに結合すること
のうちの1または複数または全てを有する、項目1に記載の抗体分子。
(項目8)
単鎖抗体(scFv)、F(ab’)2断片、Fab断片、またはFd断片である、項目1に記載の抗体分子。
(項目9)
IgG1抗体である、項目1に記載の抗体分子。
(項目10)
以下の特性a〜f:
a)H3HA1残基であるN38、I278、およびD291のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;
b)H3HA2残基であるN12を含むこと;
c)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含まないこと;
d)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全てを含まないこと;
e)H3HA1残基であるT318、R321、およびV323のうちの1つ、2つ、もしくは全てを含むこと;または
f)H3HA2の残基であるA7、E11、I18、D19、G20、W21、L38、K39、T41、Q42、A43、I45、I48、N49、L52、N53、I56、およびE57のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、6つ、7つ、8つ、9つ、10、11、12、13、14、15、16、17、もしくは全てを含むこと
のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、5つ、または全てを有するエピトープを含む、項目1に記載の抗体分子。
(項目11)
特性cおよびdを含む、項目10に記載の抗体分子。
(項目12)
cc)H1HA1の残基であるQ328およびS329の一方もしくは両方;ならびに
dd)H1HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、もしくは全て
の一方または両方を含まないエピトープに結合する、項目10に記載の抗体分子。
(項目13)
特性aまたはbおよびcまたはdを含む、項目10に記載の抗体分子。
(項目14)
項目1に記載の抗体と結合について競合する抗体分子であって、前記抗体のエピトープが、
a)H3HA1残基であるQ327、T328、およびR329のうちの1つ、2つ、または全てを含まないこと;ならびに
b)H3HA2残基であるG1、L2、F3、G4、およびD46のうちの1つ、2つ、3つ、4つ、または全てを含まないこと
を条件とする抗体分子。
(項目15)
項目1に記載の免疫グロブリン重鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子。
(項目16)
項目1に記載の免疫グロブリン軽鎖可変領域をコードするヌクレオチド配列を含む単離核酸分子。
(項目17)
項目15に記載の核酸分子および項目16に記載の核酸分子の一方または両方を含む、組換えベクター。
(項目18)
項目17に記載のベクターを含む細胞。
(項目19)
項目1に記載の抗体分子を作製する方法であって、項目16に記載の宿主細胞を用意するステップと、前記宿主細胞内で前記核酸を発現させ、これにより前記抗体分子を作製するステップとを含む方法。
(項目20)
ヒト対象におけるインフルエンザウイルスによる感染を予防または処置する方法であって、項目1に記載の抗体分子を投与するステップを含む方法。
(項目21)
前記ヒト対象が、インフルエンザウイルスへの曝露の危険性が高い、項目20に記載の方法。
(項目22)
前記ヒト対象が、免疫不全状態であるか、65歳以上であるか、6カ月〜18歳であるか、または慢性医学的状態を有する、項目20に記載の方法。
(項目23)
第2の薬剤を投与するステップをさらに含む、項目20に記載の方法。
(項目24)
前記第2の薬剤が、ワクチンである、項目23に記載の方法。
(項目25)
前記第2の薬剤が、抗ウイルス剤である、項目23に記載の方法。
(項目26)
前記第2の薬剤が、ノイラミニダーゼ阻害剤またはヌクレオシド類似体である、項目23に記載の方法。
(項目27)
前記第2の薬剤が、ジドブジン、ガングシクロビル(gangcyclovir)、ビダラビン、イドキシウリジン、トリフルリジン、フォスカネット、アシクロビル、リバビリン、アマンタジン、レマンチジン、サクィナビル、インジナビル、リトナビル、アルファ−インターフェロンおよび他のインターフェロン、ザナミビル(Relenza(登録商標))、オセルタミビル(Tamiflu(登録商標))、ラニナミビル、ペラミビル、およびリマンタジンから選択される、項目23に記載の方法。
(項目28)
前記第2の薬剤が、抗HA抗体である、項目23に記載の方法。
(項目29)
前記抗体が、Ab 67−11、FI6、FI28、C179、F10、CR9114、またはCR6261から選択される、項目28に記載の方法。
(項目30)
前記抗体が、Ab 069、Ab 032、およびAb 031から選択される、項目28に記載の方法。
(項目31)
前記インフルエンザが、A型インフルエンザである、項目20に記載の方法。
(項目32)
前記A型インフルエンザウイルスが、H1株、H5株、H9株、H3株、またはH7株である、項目31に記載の方法。
(項目33)
ヒト対象における1または複数のインフルエンザ株に対する免疫を誘導する方法であって、
前記ヒト対象に広域ワクチンを投与するステップ
を含む方法。
(項目34)
インフルエンザ株による感染またはその症状を予防するか、遅延させるか、または軽減するステップを含む、項目33に記載の方法。
(項目35)
前記広域ワクチンが、2つのインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導する、項目33に記載の方法。
(項目36)
前記広域ワクチンが、2つの群1のインフルエンザ株に対する免疫応答を誘導する、項目33に記載の方法。
(項目37)
前記広域ワクチンが、群1株、および群1、群2、またはインフルエンザB株に由来する第2の株に対する免疫応答を誘導する、項目33に記載の方法。
(項目38)
前記広域ワクチンを、第2の薬剤と組み合わせて投与する、項目33に記載の方法。
(項目39)
前記第2の薬剤が、抗ウイルス剤である、項目38に記載の方法。
(項目40)
前記第2の薬剤が、ノイラミニダーゼ阻害剤またはヌクレオシド類似体である、項目38に記載の方法。
(項目41)
前記第2の薬剤が、抗HA抗体である、項目38に記載の方法。
(項目42)
生物学的試料中のインフルエンザウイルスを検出する方法であって、前記試料を、項目1に記載の抗体分子と接触させるステップと、前記抗体分子の前記試料への結合を検出し、これにより、前記試料中の前記インフルエンザウイルスを検出するステップとを含む方法。
(項目43)
(a)患者に由来する試料を用意するステップと、
(b)前記試料を、項目1に記載の抗体分子と接触させるステップと、
(c)項目1に記載の前記抗体分子が、前記試料中のポリペプチドに結合するのかどうかを決定するステップであって、
前記抗体分子が前記試料中のポリペプチドに結合する場合、前記患者がインフルエンザに感染していることを決定するステップと
を含む方法。
(項目44)
前記患者が、A型インフルエンザまたはB型インフルエンザに感染していることを決定し、前記患者に、項目1に記載の抗体分子をさらに投与する、項目43に記載の方法。
(項目45)
項目1に記載の抗体分子と、薬学的に許容される担体とを含む、医薬組成物。
(項目46)
広域ワクチン。
(項目47)
単離広域免疫原。
(項目48)
項目1に記載の抗体分子を内部に配置した容器;薬学的に許容される送達媒体もしくは緩衝液;および項目1に記載の前記抗体分子を内部に任意選択で配置した送達デバイスのうちの1または複数を含むキット。
(項目49)
広域ワクチンを内部に配置した1もしくは複数の容器;アジュバントを内部に配置した容器;および広域ワクチンを内部に任意選択で配置した送達デバイスのうちの1または複数を含むキット。