【実施例】
【0125】
参考例1. α−アミノニトリル(化合物1)の合成:
【化49】
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フラスコを亜硫酸水素ナトリウム(71.4mmol)および17mLの水で満たした。これに、14mLのテトラヒドロフラン(THF)中のアルデヒド(69.3mmol)の溶液を、内部温度を60℃未満に保つ速度で滴加した。得られた懸濁液を周囲温度で40分間撹拌し、水酸化アンモニウム溶液(4.85mL)を2分間かけて加えた。得られた溶液を、磁気的に撹拌しながら、60℃で1時間油浴で加熱し、その後周囲温度で一晩放置した。溶液を、内部温度が5℃未満に測定されるまで、氷/塩水槽中で冷却した。これに、14mLの水中のシアン化ナトリウム(71.4mmol)の溶液を、30分間かけて滴加した。得られた混合物を、およそ10℃で20分間、30℃で2時間、そして周囲温度で18時間、撹拌した。反応混合物を、各200mLのジエチルエーテルに3回抽出し、合わせた抽出物を無水硫酸ナトリウムで乾燥させた。混合物を濾過し、溶液を氷浴中で20分間冷却した。撹拌した溶液に、沈殿が止むまで塩化水素ガスを加えて、懸濁液を1時間撹拌した。固体を濾過分離し、各50mLのジエチルエーテルで3回すすいだ。物質を真空下で乾燥させて、6.4g(47.5mmol)の白色固体を得た(69%)。手順は、以下から改変したものである:Freifelder and Hasbrouck, "Synthesis of Primary 1,2-Diamines by Hydrogenation of alpha-Aminonitriles," Journal of the American Chemical Society, 82(3):696-698 (1960)。
【0126】
参考例2. 2−オキソ−2−フェニルアセトアルデヒドオキシム(化合物2)の合成:
【化50】
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フラスコをカリウムtert−ブトキシド(58mmol)および63mLのtert−ブチルアルコールで満たした。溶液になるまで混合物を撹拌し、35mLのtert−ブチルアルコール中の適切なベンゾフェノン(50mmol)の溶液を15分間かけて滴加した。反応混合物を1時間撹拌し、無希釈の亜硝酸イソアミル(75mmol)を5分間かけて加えた。反応混合物を完了したかどうかモニターし、その後100mLのヘプタンで希釈した。得られた固体(38mmol)を吸引濾過で収集し、真空下で一定重量になるまで乾燥させた。手順は、以下から改変したものである:Hagedorn et al., Chem. Ber., 98:193 (1965)。
【0127】
参考例3. ピラジン誘導体(化合物3)の合成
【化51】
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三つ口フラスコに温度計、隔壁、およびアルゴン導管(argon line)を取り付けた。これに、アミノニトリル(47.5mmol)、無水ピリジン(190mL)、およびオキシム(61.75mmol)を加えた。混合物を15分間十分に撹拌し、テトラ−クロロ(ビス−ピリジル)チタン複合体(94.9mmol)を、内部温度が40℃未満を維持していることを確認しながら、35分間かけて、5回に分けて加えた。添加完了後、反応混合物を一晩周囲温度で撹拌した。反応混合物を、少しずつ、炭酸水素ナトリウム(174mLの水中で21.75g)の溶液にゆっくりと加えた。得られた混合物を15分間十分に撹拌し、80gのセライトを加えた。懸濁液を30分間撹拌し、ブフナー漏斗を通して濾過した。濾液を取って分液漏斗にかけ、濾滓を400mLのメタノールに懸濁させた。混合物を30分間撹拌し、再度濾過した。この工程を合計で4回繰り返した。メタノール性の濾液を合わせて濃縮し、残渣を200mLの酢酸エチル(EtOAc)に溶解させた。溶液を最初の濾液を含む分液漏斗に加え、混合物をさらに各100mLのEtOAcで3回抽出した。合わせた抽出物を、各100mLの飽和炭酸ナトリウムで2回、各100mLのブライン溶液で2回洗浄した。有機溶媒を蒸発させ、未精製のピアジンオキシド(pyazine-oxide)を褐色の油状物質として得た。物質を3mLのメタノールに溶解させ、89mLのジクロロメタン(DCM)を加えた。この溶液に、亜鉛末(80.7mmol)を加え、15℃の内部温度に達するまで、混合物を氷浴中で冷却した。混合物を氷酢酸(3mL)で処理し、油浴中で40分間、30℃の内部温度まで温めた。反応混合物を室温まで冷却し、セライトのパッドを通して濾過した。濾滓をDCMですすぎ、合わせた濾液を飽和炭酸水素ナトリウムの水溶液で洗浄した。粗生成物をヘプタン/EtOAc勾配を用いるシリカゲルクロマトグラフィーで精製した。これにより2.9g(29%)のピラジンが褐色固体として得られた。手順は、以下から改変したものである:Kishi et al., "The structure confirmation of the light-emitting moiety of bioluminescent jellyfish." Tetrahedron Lett., 13(27):2747 (1972)。
【0128】
参考例4. セレンテラジンの合成
方法A:(以下の化合物が方法Aで合成できる:化合物PBI−3840、PBI−3886、PBI−3857、PBI−3887、PBI−3913、PBI−3894、PBI−3896、PBI−3897、PBI−3841およびPBI−3842)
【化52】
[この文献は図面を表示できません]
【0129】
フラスコをピラジン(8.25mmol)、ピルビン酸(14.0mmol)、カンファースルホン酸(0.8mmol)、および無水2−メチルTHF(150mL)で満たした。フラスコに冷却器、および4オングストロームのモレキュラーシーブで満たしたソックスレー抽出器を取り付け、反応混合物を油浴中110℃で18時間加熱した。篩を新品と取り換えて、還流を24時間続けた。反応混合物を濾過および濃縮し、残渣をEtOAc(200mL)に溶解させた。この溶液を、各25mLの飽和炭酸水素ナトリウム溶液で3回、100mLの0.1M 酢酸ナトリウム緩衝液、pH5、および100mLのブライン溶液で洗浄した。溶液を硫酸マグネシウムで乾燥させ、濾過し、濃縮して、2.3g(6.2mmol、75%)の未精製エナミン/酸を得た。この物質を無水THF(30mL)に溶解させ、その溶液を氷/水浴中で10分間冷却した。これに、カルボジイミド(9.0mmol)および無希釈ジイソプロピルエチルアミン(14.9mmol)を加えた。10分後に冷浴を取り除き、反応混合物を周囲温度で3時間撹拌した。反応混合物に、50mLの0.1M 酢酸ナトリウム緩衝液、pH5を加え、混合物を10分間十分に撹拌した。二相混合物を各100mLのEtOAcで3回抽出し、合わせた抽出物をブライン溶液で洗浄した。有機溶液を濃縮し、残渣をDCM/メタノール勾配を用いるシリカゲルクロマトグラフィーで精製した。これにより、336mg(0.94mmol、16%)のデヒドロセレンテラジンが赤色固体として得られた。この物質を10mLのメタノールに懸濁し、混合物を氷浴中で冷却した。これに、水素化ホウ素ナトリウム(100mg、2.6mmol)を1時間かけて3回に分けて加えた。反応混合物をさらに30分間撹拌し、pH5になるまで無希釈の氷酢酸を滴加した。溶液を濃縮し、残渣を15mLの水で粉砕した。固体を吸引濾過で単離し、真空下で数時間乾燥させて、318mg(94%)の未精製セレンテラジンを黄色固体として得た。手順は、以下から改変したものである:Kakoi and Inoue, Chem. Lett. 11(3):299-300 (1980)。
【0130】
方法B:(以下の化合物を方法Bによって合成することができる:化合物PBI−3882、PBI−3932、PBI−3881)
【化53】
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【0131】
フラスコをグリオキサール(2.2mmol)、アミノピラジン(1.1mmol)、エタノール(20mL)、12N HCl(0.6mL)、および水(1mL)で満たした。反応混合物を24時間加熱還流し、濃縮した。残渣をDCM/メタノール勾配を用いるシリカゲルカラムクロマトグラフィで精製した。これにより、100mg(0.25mmol、23%)のセレンテラジン生成物が暗色固体として得られた。手順は、以下から改変したものである:Inoue et al. "Squid bioluminescence. II. Isolation from Watasenia scintillans and synthesis of 2-(p-hydroxybenzyl)-6-(p-hydroxyphenyl)-3,7- dihydroimidazo[1,2-a]pyrazin-3-one." Chem. Lett., 4(2):141-4 (1975)。
方法C:新規セレンテラジンの合成(以下の化合物を方法Cによって合成することができる:PBI−3939、PBI−3945、PBI−3889、PBI−4002)
【0132】
化合物4−(5−アミノ−6−ベンジルピラジン−2−イル)フェノールは、以前に記載されている方法に従って調製することができる(Kishi et al., Tetrahedron Lett., 13:2747 (1972); Mosrin et al., Organic Letters, 11:3406 (2009); Kakoi, Chem. Pharm. Bull., 50:301 (2002))。
【0133】
2−アミノ−3−ベンジル−5−フェニルピラジンの合成。丸底フラスコを5g(33.5mmol)の2−イソニトロソアセトフェノン、6.7g(36.8mmol)の2−アミノ−3−フェニルプロパンニトリル塩酸塩および100mLの無水ピリジンで満たした。混合物を−20℃に冷却し、4.6mL(40.0mmol)のTiCl
4を滴加した。反応物を−20℃で30分間維持し、2.5時間かけて80℃に加熱した。溶媒を蒸発させ、残渣を1LのDCMに溶解させた。この溶液を飽和NaHCO
3およびブラインで洗浄した。全ての揮発性物質を蒸発させ、残渣をエタノール(400mL)に再溶解させた。ラネーNi(2.0g、水性懸濁液)を加え、反応を1気圧の水素下で5日間撹拌させた。混合物をセライトに通し、揮発性物質を除去した。残渣をシリカゲルクロマトグラフィ(ヘプタン/DCM)にかけ、2.5g(29%)の2−アミノ−3−ベンジル−5−フェニルピラジンを得た。
【0134】
2-アミノ-3-フェニルプロパンニトリル塩酸塩の合成。丸底フラスコを65g(0.624mol)の亜硫酸水素ナトリウムおよび150mLの水で満たした。THF150mL中の75g(0.624mol)のフェニルアセトアルデヒドの溶液を滴加した。20分間撹拌した後、37mLの14M 水酸化アンモニウムを一度に加え、混合物を60分間かけて60℃に加熱した。0℃に冷却した後、混合物を150mLの水で希釈し、内部温度を10℃未満に保ちつつ水100mL中のシアン化ナトリウム(27.5g、0.560mol)の溶液を滴加した。添加したらすぐに、混合物を2時間かけて30℃に加熱し、エーテルで抽出した。硫酸ナトリウムで乾燥させた後、全ての揮発性物質を蒸発させ、残渣を3.5Lのエーテルに溶解させ、400mLの3.3Mのエタノール性HClで処理した。得られた沈殿物を濾過し、真空乾燥させて、55g(60%)の生成物を得た。
【0135】
3−(フラン−2−イル)−2−オキソプロパン酸の合成。100mLフラスコに、3−(フラン−2−イル)−2−オキソプロパノエート(940mg)を23mLの冷6N NaOHとともに加えた。不溶性混合物を溶解するまで90℃の浴中で5分間撹拌した。溶液が酸性になるまで冷1N HClを加えた(およそ120mL)。溶液を2×50mL EtOAcで抽出した。合わせた有機層を40mLブラインで洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させた。溶液を蒸発させて、540mgの褐色固体を得た。固体を、97%トリフルオロ酢酸(TFA)水溶液からアセトニトリル(ACN)への勾配を用いる逆相高速液体クロマトグラフィー(HPLC)でさらに精製した。
【0136】
エチル3−(フラン−2−イル)−2−オキソプロパノエートの合成。異性体(E/Z)−エチル2−ホルムアミド−3−(フラン−2−イル)アクリレート(5.0g)の混合物を含む500mLのフラスコに、50/50エタノール/水中の1.4M(5%)HClの冷却溶液220mLを加えた。5時間後、反応物を200mLのEtOAcと30mLのブラインに分配した。水層を2×50mLのEtOAcで抽出した。合わせた有機層を1×50mLの水、および1×50mLのブラインで洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させた。有機層を26gのセライトにより共蒸発させ、ヘプタンからEtOAcへの勾配を用いて80gのシリカ金(silica gold)上で溶出させた。適切な、合わせた画分を蒸発させて、2.1gを得た。
【0137】
(E/Z)−エチル2−ホルムアミド−3−(フラン−2−イル)アクリレートの合成。500mLのフラスコに、50mLのジエチルエーテル、Cu
2O(320mg)、およびフリルアルデヒド(5.2mL)を加えた。そのフラスコ(The flasked)を氷浴中で冷却し、エチル2−イソシアノ酢酸(5.3mL)を加えた。1.5時間後、カリウムtert−ブトキシド(5g)を反応物に加えた。4時間後、その不均一な反応物を濾過した。60mLの30%クエン酸および20mLのEtOAcを加え、10分間撹拌した。水層を50mLのEtOAcで抽出した。合わせた有機層を無水硫酸ナトリウムで乾燥させた。EtOAc層を24gのセライトにより共蒸発させ、ヘプタンからEtOAcへの勾配を用いる80gシリカ金上で溶出した。黄色シロップ状物質はさらなる精製なしで使用された。
【0138】
2-オキソ-3-(チオフェン-2-イル)プロパン酸の合成。250mLのフラスコに、(E/Z)−5−(チオフェン−2−イルメチレン)イミダゾリジン−2,4−ジオン(5.0g)および100mLの冷却6N NaOHを加えた。混合物を1時間かけて100℃に加熱した。濃縮したHClを酸性(pH=1)になるまで前記冷却溶液に加えた。混合物を8×50mLのジエチルエーテルで抽出した。合わせたエーテル層を50mLのブラインで洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させ、蒸発させて、3.36gの固体を得た。試料をα,α,α−トリフルオロトルエンでの再結晶化でさらに精製して、1.63gを得た。
【0139】
(E/Z)−5−(チオフェン−2−イルメチレン)イミダゾリジン−2,4−ジオンの合成。250mLのフラスコに、ヒダントイン(9.8g)およびチオフェン−2−カルバルデヒド(10g)を加えた。混合物に、ピペリジン(9.6mL)を滴加した。混合物を1時間かけて100℃に加熱し、その後300mLの1N HClに注いだ。固体を濾過し、水で洗浄し、真空中で乾燥させて、4.9gの固体を得た。
【化54】
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【0140】
ステップ1. マイクロ波バイアル(10mL)に、適切なフェニルピラジン−2−アミン(100mg)、適切なピルビン酸(2等量)、DCM(1mL)、および1,1,1−トリフルオロエタノール(1mL)を、80℃で30分間、撹拌しつつ加熱した。反応物を2グラムのセライトに共吸着させ、溶媒を真空中で除去した。セライトを24gの球状シリカゲルに添加し、ヘプタンから酢酸エチルへの勾配を用いて溶出した。適切な画分を合わせて蒸発させた。
【0141】
ステップ2. THF(0.5mL)に溶解された、ステップ1で単離した物質を、氷浴中で冷却した。無水酢酸(25μL)、ジメチルアミノピリジン(8.5mg)、およびトリエチルアミン(25μL)を加えた。2時間後、THFの大部分を真空中で除去した。生成物を30%クエン酸(2mL)の水溶液で沈殿させた。固体を水(2mL)で洗浄し、その後3mLのDCMに溶解させた。DCMを、1×2mLの水で、続いて1×2mLのブラインで洗浄した。DCM層を2グラムのセライトに共吸着させ、溶媒を真空中で除去した。セライトを12gの球状シリカゲルに添加し、ヘプタンからDCMへの勾配を用いて溶出した。適切な画分を合わせて、蒸発させた。
【0142】
ステップ3. DCM(1mL)に溶解させた、ステップ2で得られた物質を氷浴中で冷却した。溶液に、メタノール(0.5mL)およびジエチレングリコールジメチルエーテル中の水素化ホウ素ナトリウム溶液(325μLの0.5M)を加えた。2時間後、酢酸(10μL)を加え、溶液を30%クエン酸水溶液(1mL)およびDCM(2mL)にすばやく分配した。DCM層を1グラムのセライトに共吸着させ、溶媒を真空中で除去した。セライトを4gの球状シリカゲルに添加し、DCMからEtOAcへの勾配を用いて溶出した。適切な画分を合わせて、蒸発させた。
【0143】
ステップ4(R”=OAcの場合のみ). ステップ3の物質をTHF(200μL)に溶解させ、氷浴中で冷却した。1等量のTHF中1.35M カリウムメトキシドを溶液に加えた。30分後、反応物をDCM(1mL)と30%クエン酸(1mL)に分配した。DCM層を0.5gのセライトに共吸着させ、溶媒を真空中で除去した。セライトを4gの球状シリカゲルに添加し、DCMからEtOAcへの勾配を用いて溶出した。適切な画分を合わせて、蒸発させた。
【0144】
方法D:(以下の化合物を方法Dによって合成することができる:化合物PBI−3899、PBI−3900、PBI−3925、PBI−3933、PBI−3946。概して、水素雰囲気下、パラジウム触媒存在下で、アミノピラジンを2等量の2−オキソ酸と縮合させた。生成されたαアミノ酸を精製し、その後、分子内縮合のために活性化して、対応するイミダゾピラジノンを生じた。
【化55】
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【0145】
実施例5. 8−ベンジル−6−(4−ヒドロキシフェニル)−2−プロピルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オンの合成
2−((3−ベンジル−5−(4−ヒドロキシフェニル)ピラジン−2−イル)アミノ)ペンタン酸。4−(5−アミノ−6−ベンジルピラジン−2−イル)フェノール(100mg、0.36mmol)を、エタノール(20mL)中の2−オキソ吉草酸(84mg、0.72mmol)と混合した。Pd/C(活性炭中の10%パラジウム、40mg)を加え、反応混合物を65℃に加熱した。空気をN
2ガスによって泡立たせて除去し、水素風船を反応フラスコに取り付けた。反応を4時間継続的に撹拌した。冷却後、それを濾過し、得られた溶液をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:ヘプタン中50% EtOAc)で精製して、生成物を黄色粉末(70mg、52%)として得た。
1H NMR (300 MHz, CD
2Cl
2, δ): 8.31 (s, 1H), 7.82 (d, 2H, J = 9.0Hz), 7.31 (m, 5H), 6.92 (d, 2H, J = 9.0Hz), 5.34 (s, 2H), 4.20 (m, 1H), 1.10 (m, 2H), 0.98 (m, 2H), 0.87 (t, 3H); MS (ESI) m/z 378.3 (M+1)。
【0146】
8−ベンジル−6−(4−ヒドロキシフェニル)−2−プロピルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン。2−((3−ベンジル−5−(4−ヒドロキシフェニル)ピラジン−2−イル)アミノ)ペンタン酸(49mg、0.13mmol)を、DCM(10mL)に溶解させた。ピリジン(0.5mL)を加え、続いてN,N’−ジシクロヘキシルカルボジイミド(54mg、0.26mmol)を加えた。反応混合物を室温で1時間ゆっくりと撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:EtOAc〜DCM〜DCM中10%メタノール)で精製して、生成物を黄色粉末(40mg、86%)として得た。
1H NMR (300 MHz, CD
3OD, δ): 7.35 (m, 8H), 6.88 (d, J = 9.0Hz, 2H), 4.40 (s, 2H), 2.81 (t, J = 7.5Hz, 2H), 1.81 (m, 2H), 1.02 (t, J = 7.5Hz, 3H); MS (ESI) m/z 359.0。
【0147】
実施例6. 8−ベンジル−2−ブチル−6−(4−ヒドロキシフェニル)イミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オンの合成
2−((3−ベンジル−5−(4−ヒドロキシフェニル)ピラジン−2−イル)アミノ)ヘキサン酸。4−(5−アミノ−6−ベンジルピラジン−2−イル)フェノール(200mg、0.72mmol)を、エタノール(20mL)中の2−ケトヘキサン酸ナトリウム塩(220mg、1.44mmol)と混合した。Pd/C(活性炭中の10%パラジウム、100mg)を、数滴の酢酸と共に加え、反応混合物を65℃に加熱した。空気をN
2ガスによって泡立たせて除去し、水素風船を反応フラスコに取り付けた。反応を4時間継続的に撹拌した。冷却後、それを濾過し、得られた溶液をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:ヘプタン中50% EtOAc)で精製して、生成物を黄色粉末(130mg、46%)としてを得た。MS (ESI): m/z 392.2 (M+1)。
【0148】
8−ベンジル−2−ブチル−6−(4−ヒドロキシフェニル)イミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン。2−((3−ベンジル−5−(4−ヒドロキシフェニル)ピラジン−2−イル)アミノ)ヘキサン酸(130mg、0.33mmol)をDCM(10mL)に溶解させた。ピリジン(0.5mL)を加え、続いてN,N’−ジシクロヘキシルカルボジイミド(137mg、0.67mmol)を加えた。反応混合物を室温で1時間ゆっくりと撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:EtOAc〜DCM〜DCM中10%メタノール)で精製して、生成物を黄色粉末(110mg、89%)として得た。
1H NMR (300 MHz, CD
3OD, δ): 7.30 (m, 8H), 6.88 (d, 2H), 4.40 (s, 2H), 2.84 (t, 2H), 1.77 (m, 2H), 1.51 (m, 2H), 0.89 (m, 3H); MS (ESI) m/z 374.3 (M + 1)。
【0149】
実施例7. 8−ベンジル−2−エチル−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−3925)の合成
2−((3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−イル)アミノ)ブタン酸。3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−アミン(200mg、0.77mmol)を、エタノール(20mL)中の2−オキソ酪酸(157mg、1.54mmol)と混合した。Pd/C(活性炭中の10%パラジウム、100mg)を加え、反応混合物を65℃に加熱した。空気をN
2ガスによって泡立たせて除去し、水素風船を反応フラスコに取り付けた。反応を4時間継続的に撹拌した。冷却後、それを濾過し、得られた溶液をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:ヘプタン中50%EtOAc)で精製し、生成物を黄色粉末(90mg、34%)として得た。
1H NMR (300 MHz, CD
2Cl
2, δ): 7.72 (s, 1H), 7.32-7.48 (m, 10H), 4.46 (s, 2H), 4.20 (m, 2H), 2.25 (q, 2H), 0.99 (t, 3H); MS (ESI): m/z 348.3 (M+1)。
【0150】
2−((3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−イル)アミノ)ブタン酸をDCM(10mL)に溶解させた。ピリジン(0.5mL)を加え、続いてN,N’−ジシクロヘキシルカルボジイミド(137mg、0.67mmol)を加えた。反応混合物を室温で1時間ゆっくりと撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:EtOAc〜DCM〜DCM中10%メタノール)で精製して、生成物を黄色粉末(110mg、89%)として得た。
1H NMR (300 MHz, CD
3OD, δ): 7.26 (m, 3H), 6.84-7.07 (m, 8H), 4.03 (s, 2H), 2.47 (q, J = 9.0Hz, 2H), 0.96 (t, J = 9.0Hz, 3H); MS (ESI): m/z 330.2 (M+1).
【0151】
実施例8. 8−ベンジル−6−フェニル−2−(3,3,3−トリフルオロプロピル)イミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オンの合成
【化56】
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5,5,5−トリフルオロ−2−オキソペンタン酸。エチル4,4,4−トリフルオロブチレート(1g、5.88mmol)およびシュウ酸ジエチル(3.87g、26.5mmol)を、エタノールに溶解させた。ナトリウムエトキシド(エタノール中21%、2.09g)を溶液に加え、反応混合物を0.5時間撹拌した。溶媒を蒸留し、残渣をEtOAc/水で抽出した。有機層を回収し、硫酸ナトリウムで乾燥させた。濾過後、溶媒を除去して透明な液体を得た。MS (ESI): m/z 269.1 (M-1)。その後、液体を3N HCl(20mL)に溶解させ、反応混合物を4時間還流させた。冷却後、反応混合物をEtOAcで抽出した。有機層を回収し、硫酸ナトリウムで乾燥させた。濾過後、溶媒を除去し、残渣を次のステップに直接使用した。MS (ESI): m/z 169.7 (M-1)。
【0152】
5,5,5−トリフルオロ−2−((3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−イル)アミノ)ブタン酸。3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−アミン(240mg、0.92mmol)を、エタノール(20mL)中の5,5,5−トリフルオロ−2−オキソペンタン酸(150mg、0.88mmol)と混合した。Pd/C(活性炭中の10%パラジウム、100mg)を加え、反応混合物を65℃に加熱した。空気をN
2ガスによって泡立たせて除去し、水素風船を反応フラスコに取り付けた。反応を4時間継続的に撹拌した。冷却後、それを濾過し、得られた溶液をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:ヘプタン中50%EtOAc)で精製し、生成物を黄色粉末(200mg、54%)としてを得た。
1H NMR (300 MHz, CD
2Cl
2, δ): 11.45 (s, 1H), 10.20 (s, 1H), 7.94 (s, 1H), 7.34 (m, 10H), 5.34 (s, 2H), 3.96-4.23 (m, 2H), 3.02-3.28 (m, 2H); FNMR: -76.3; MS (ESI): m/z 416.1 (M+1)。
【0153】
セレンテラジン(R
1=H、R
2=−CH
2CH
2CF
3)。5,5,5−トリフルオロ−2−((3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−イル)アミノ)ブタン酸(100mg、0.24mmol)をDCM(10mL)に溶解させた。ピリジン(0.5mL)を加え、続いてN,N’−ジシクロヘキシルカルボジイミド(100mg、0.48mmol)を加えた。反応混合物を室温で1時間ゆっくりと撹拌した。溶媒を蒸発させ、残渣をフラッシュクロマトグラフィー(溶出溶媒:EtOAc〜DCM〜DCM中の10%メタノール)で精製して、生成物を黄色粉末(80mg、87%)として得た。
1H NMR (300 MHz, CD
2Cl
2, δ): 7.36 (m, 11H), 3.43 (s, 2H), 1.60-1.92 (m, 4H); FNMR: 67.4 (t, J = 18Hz); MS (ESI): m/z 398.2 (M+1)。
【0154】
実施例9. 8−ベンジル−2−(フラン−2−イルメチル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−3939)の合成
【化57】
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PBI-3939
8−ベンジル−2−(フラン−2−イルメチル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン:
3−(フラン−2−イル)−2−オキソプロパン酸および3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−アミンを出発物質として用いて、方法Cから合成した。
1H NMR (300 MHz, dmso) δ 8.88 (s, 1H), 8.02 (d, J = 7.9, 2H), 7.61 − 7.38 (m, 6H), 7.37 − 7.14 (m, 3H), 6.38 (s, 1H), 6.26 (d, J = 3.2, 1H), 4.64 (s, 3H), 4.40 (s, 3H);C
24H
20N
3O
2+の計算による正確な質量m/z+ 382.16, 実測値m/z+ 382。
【0155】
実施例10. 8−ベンジル−6−フェニル−2−(チオフェン−2−イルメチル)イミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−3889)の合成
【化58】
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PBI−3889
8−ベンジル−6−フェニル−2−(チオフェン−2−イルメチル)イミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン:
2−オキソ−3−(チオフェン−2−イル)プロパン酸および3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−アミンを出発物質として用いて方法Cから合成した。
1H NMR (300 MHz, dmso) δ 8.85 (s, 1H), 7.99 (d, J = 6.8, 2H), 7.63 − 7.02 (m, 10H), 6.94 (dd, J = 3.5, 5.1, 1H), 4.62 (s, 2H), 4.58 (s, 2H), 2.69 (混入);C
24H
20N
3OS
+の計算された正確な質量 m/z+ 398.13, 実測値 m/z+ 398。
【0156】
実施例11. 8−シクロプロピル−2−(4−ヒドロキシベンジル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−3897)の合成
【化59】
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PBI−3897
8−シクロプロピル−2−(4−ヒドロキシベンジル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン:
3−シクロプロピル−5−フェニルピラジン−2−アミンおよび3−(4−ヒドロキシフェニル)−2−オキソプロパン酸を出発物質として用いて方法Aにより合成した。C
22H
18N
3O
2の計算による正確な質量 m/z- 356.14, 実測値 m/z- 356。
【0157】
実施例12. 8−ベンジル−2−メチル−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−3932)の合成
【化60】
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PBI−3932
8−ベンジル−2−メチル−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン:
1,1−ジメトキシプロパン−2−オンおよび3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−アミンを出発物質として用いて方法Bによって合成した。C
20H
18N
3O
+の算出による正確な質量m/z+ 316.14, 実測値 m/z+ 316。
【0158】
実施例13. 2−(4−ヒドロキシベンジル)−8−メチル−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−3896)の合成
【化61】
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PBI−3896
2−(4−ヒドロキシベンジル)−8−メチル−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン:
3−メチル−5−フェニルピラジン−2−アミンおよび3−(4−ヒドロキシフェニル)−2−オキソプロパン酸を出発物質として用いて方法Aによって合成した。
1H NMR (300 MHz, dmso) δ 8.84 (s, 1H), 8.00 (d, J = 7.6, 2H), 7.47 (dd, J = 8.6, 16.2, 3H), 7.17 (d, J = 7.3, 2H), 6.69 (d, J = 8.4, 2H), 6.26 (s, 4H), 4.17 (s, 2H), 2.86 (s, 3H), 2.48 (s, 1H)。
【0159】
実施例14. 8−ベンジル−2−(4−ヒドロキシベンジル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−3840)の合成
【化62】
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PBI−3840
8−ベンジル−2−(4−ヒドロキシベンジル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン:
3−(4−ヒドロキシフェニル)−2−オキソプロパン酸および3−ベンジル−5−フェニルピラジン−2−アミンを出発物質として用いて方法Aを使用して合成した。C
26H
22N
3O
2+の算出による正確な質量m/z+ 408.17, 実測値 m/z+ 408。
【0160】
実施例15. 保護されたセレンテラジン(安定化)(PBI−4377)の合成
ジメチルホルムアミド(DMF)中のPBI−3939、炭酸カリウム(1.1等量)およびヨウ化カリウム(1.1等量)の混合物に、アルゴン雰囲気下、室温で、1等量のピバル酸クロロメチルを加えた。反応の進行を薄層クロマトグラフィーでモニターし、完了後すぐに、反応混合物を数分間氷浴中で冷却し、その後、反応物体積と等量の水を添加した。得られた混合物を適切な有機溶媒(例えば、EtOAc)で抽出し、抽出物を濃縮し、粗生成物を得た。物質をシリカゲルクロマトグラフィーでさらに精製した。
【0161】
実施例16. 8−ベンジル−2−((1−メチル−1H−イミダゾール−2−イル)メチル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−4525)、8−ベンジル−6−(4−ヒドロキシフェニル)−2−((1−メチル−1H−イミダゾール−2−イル)メチル)−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−4540)および2−((1H−イミダゾール−2−イル)メチル)−8−ベンジル−6−フェニルイミダゾ[1,2−a]ピラジン−3(7H)−オン(PBI−4541)の合成
【化63】
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10mmolの2−メチルイミダゾール誘導体1または2を含むフラスコに、アルゴン雰囲気下で、20mLの無水THFを加え、溶液をドライアイス/アセトン浴中でおよそ−78℃に冷却した。冷却した混合物に、9.3mmolのn−ブチルリチウム溶液(ヘキサン中2.46M)を数分かけて滴加した。得られた溶液をおよそ−78℃で30分間撹拌し、6.7mmolの化合物3を、注射器を介して加えた。反応混合物を3時間撹拌し、20mLの飽和塩化アンモニウム溶液および20mLの飽和炭酸水素ナトリウム溶液を添加してクエンチした。冷浴を取り除き、室温まで温めた後、混合物を3×100mLのEtOAcで抽出した。合わせた抽出物を乾燥させ(MgSO
4)、真空濃縮し、未精製化合物4または5を、シリカゲルカラムクロマトグラフィ(EtOAc/ヘプタン)で精製した。
【0162】
マイクロ波バイアルを100mg(1等量)の化合物6または7、および2等量の化合物8または9で満たした。混合物に、4.5mLのエタノールおよび0.25mLの濃縮HClを加えた。反応混合物をマイクロ波中100℃で1.5時間加熱した。得られた混合物を50mLのEtOAcに加え、20mLの飽和炭酸水素ナトリウム溶液および20mLのブラインで順次洗浄した。有機相を真空濃縮し、残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィ(メタノール/ジクロロメタン)で精製して、化合物10〜12を得た。
【0163】
実施例17. 新規セレンテラジンの安定性および自己発光の特性評価
新規セレンテラジンのPBI−3939、PBI−3889、PBI−3945、PBI−4002、またはPBI−3896の安定性および自己発光の特徴付けを決定した。より高い安定性およびより少ない自己発光は、基質/試薬において魅力的な技術的特徴である。
【0164】
安定性を決定するため、20μMの新規セレンテラジンPBI−3939、PBI−3889、PBI−3945、PBI−4002、もしくはPBI−3896、30μMの天然セレンテラジン、または22μMの既知のセレンテラジン−hもしくは既知のセレンテラジン−hhを、50mM CDTA、150mM KCl、50mM DTT、35mM チオ尿素、1% TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、および0.1%MAZU(登録商標)DF204を含有するレポーター試薬緩衝液中に置いた。反復試験試料を室温(すなわち、22〜24℃)で様々な期間インキュベートし、その後−70℃に移行した。全ての試料を回収し凍結した後、それらを解凍し、フェノールレッド+0.1%PRIONEX(登録商標)無しの40μLのDMEM中の、OgLuc変異体IVを含有する10μLの細菌細胞溶解物と混合した。試料の発光をIV添加の5分後に読み取った。
【0165】
「T
90」は、発光シグナルが、周囲温度すなわち22℃で、10%だけ減衰(すなわち、活性が10%だけ喪失)するのに要する時間の量を表す。発光シグナル(「T
90」)の減衰速度を、対数RLU対時間としてプロットされたデータの線型回帰の傾斜から決定したが、これは、以下の式から算出された:
t=ln(A/A
0)÷(−k)
式中、A=時間tでの強度、A
0=時間0での強度、およびk=減衰速度、である。表1に示されるように、既知のセレンテラジン−hおよびセレンテラジン−hh、新規セレンテラジンPBI−3939、PBI−3889、PBI−3945、PBI−4002、およびPBI−3896のT
90値は、天然セレンテラジンよりも高かったが、これは、これらのセレンテラジンが天然セレンテラジンよりもより安定な化合物であったことを示している。
【0166】
自己発光の特徴付けを決定するため、HEK293細胞を、DMEM+10%FBS+ピルビン酸塩中、15,000細胞/ウェルで、一晩増殖させた。培地を除去し、CO
2非依存性培地+10%FBS中に希釈された、
図2に示される各20μMの新規セレンテラジン、すなわち、PBI−3939、PBI−3889、PBI−3945、PBI−4002、PBI−3841、PBI−3897、PBI−3896、PBI−3925、PBI−3894、PBI−3932、およびPBI−3840、天然セレンテラジン並びに既知のセレンテラジンであるセレンテラジン−hおよびセレンテラジン−hhと置き換えた。基質を添加した直後にGLOMAX(登録商標)ルミノメーター(1秒/ウェル)で発光を測定した。バックグラウンド発光は154±15RLUであった。表1は、天然セレンテラジンに対して正規化された自己発光の特徴付けを示している(「自己発光(セレンテラジンに対して正規化)」)。天然セレンテラジンと比べて、セレンテラジン−hは自己発光がより多かったが、その他全ての試験セレンテラジンは自己発光がより少なかった。
表1:種々のセレンテラジンを用いた、IVの安定性実験および自己発光特徴付け
【表1】
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【0167】
実施例18. 新規セレンテラジンの毒性
新規セレンテラジンの毒性をHEK293細胞において調査した。HEK293細胞を、DMEM+10%FBS+ピルビン酸塩中、15,000/ウェルで、一晩増殖させた。培地を除去し、CO
2独立培地+10%FBSに希釈された新規セレンテラジン化合物(またはDMSO対照)と置き換えた。化合物添加から24時間後に、CELLTITER−GLO(登録商標)アッセイ試薬(プロメガ社)を用い、製造業者の取扱説明書に従って、細胞生存率を測定し、発光はGLOMAX(登録商標)ルミノメーター(1秒/ウェル)で測定した。表2は、HEK293細胞における、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hおよびセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンPBI−3939、PBI−3889、PBI−3841、PBI−3897、PBI−3945、PBI−4002、およびPBI−3840の毒性を示している。PBI−3840を例外として、新規セレンテラジンは少なくともセレンテラジン−hhと同じ毒性を有していた。新規セレンテラジンのいくつかは、天然セレンテラジンおよびセレンテラジン−hと同じ毒性を有していた。
表2:CELLTITER−GLO(登録商標)に基づく、HEK293細胞における種々のセレンテラジンの毒性
【表2】
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【0168】
実施例19. PBI−3939のKm
PBI−3939のKmを決定するため、OgLuc変異体L27V(実施例26に記載)を、HaloTag(登録商標)タンパク質精製系を用いて、HaloTag(登録商標)融合によって、製造業者の取扱説明書に従って精製し、フェノールレッドおよび0.1%PRIONEX(登録商標)を含まないDMEMに希釈した。様々な量のPBI−3939を含有する50μLのアッセイ緩衝液(100mM MES(pH6)、35mM チオ尿素、0.5% TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、1mM CDTA、2 mM DTTおよび150mM KCl)を、50μLの希釈酵素(およそ20pM 最終酵素濃度)に加え、発光を22℃、3分後に測定した。
図3のデータが示すように、PBI−3939のKmはおよそ10μMであった。
【0169】
実施例20. 化合物PBI−4525、PBI−4540およびPBI−4541の特徴付け
化合物PBI−4525、PBI−4540およびPBI−4541を、それらの発光検出能に関してスクリーニングした。分析のため、20μMのそれぞれの化合物を、アッセイ試薬を作製するために100mM HEPES(pH7)でpH7に調整したアッセイ緩衝液(100mM MES(pH6)、35mM チオ尿素、0.5% TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、1mM CDTA、2mM DTTおよび150mM KCl)に加えた。その後、アッセイ試薬を、フェノールレッドを含有しないDMEMおよび0.1%PRIONEX(登録商標)中の36pM 精製L27V02酵素(実施例25Bに記載)と混合した。対照として、20μM PBI−3939またはPBI−4528を含有するアッセイ緩衝液を使用した。アッセイ試薬を酵素混合物に加えてから3分後に、発光を前述の通りに測定した。表3は、化合物PBI−4525、PBI−4540およびPBI−4541が、セレンテラジンを利用するルシフェラーゼからの発光を検出するのに使用できることを示している。
表3
【表3】
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【0170】
実施例21. OgLucパターン配列
異なるクラスのルシフェラーゼを含む酵素ファミリーは、共通の3次元構造および明確な触媒活性を有することによって、認識できる。酵素ファミリーは他の酵素ファミリーと進化史を共有しているため、それらはそれらの3次元構造において類似性も示す。構造解析および機能解析の様々な手段によって、発明者は、OgLucが、代表的な十脚類ルシフェラーゼとして、進化史の共有性を含めて、脂肪酸結合タンパク質(FABP)に著しく類似した3次元構造を有していることを決定した。従って、十脚類ルシフェラーゼは、FABPに類似した特徴的な3次元構造を有し、セレンテラジンを基質として利用し発光を触媒すると定義することができる。他のルシフェラーゼ、例えば、ホタルルシフェラーゼ、ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼ、細菌ルシフェラーゼ等は、明らかに異なる3次元構造を有しており、このことは、それらが異なる酵素ファミリーに属しており、進化史を共有していないことを示している。渦鞭毛藻類ルシフェラーゼは、FABPに対しいくらかの類似性を示す3次元構造を有しているが、このことは、進化史は共有しているが、セレンテラジンを基質として利用せず、従って十脚類ルシフェラーゼと同じ酵素ファミリーに属していないことを示している。
【0171】
アミノ酸配列は3次元構造程はよく保存されていないため、配列比較のみに基づいて酵素ファミリーを定義することは困難である可能性がある。例えば、FABP全ては特徴的な樽型3次元形状を有しているが、それらのアミノ酸配列の比較により、非常に低いレベルの配列同一性がしばしば明らかにされる。それでも、配列同一性を3次元構造の共有性を示すのに使用することができる。それらのアミノ酸配列が整列されて、30%超の配列同一性、好ましくは40%超の配列同一性、および最も好ましくは50%の配列同一性を明らかにすることができた場合、2つのタンパク質は類似の3次元構造を有することとなる(Chothia and Lesk, EMBO J. 5(4):823-826 (1986); Tramontano, Genomics, 4:402−405 (2003))。従って、あるタンパク質は、そのアミノ酸配列とOgLucの配列が整列された際、配列同一性が30%超、好ましくは40%超、および最も好ましくは好ましくは50%超である場合、且つ、該タンパク質がセレンテラジンを基質として利用し、発光を触媒可能である場合、十脚類ルシフェラーゼである。
【0172】
酵素ファミリーのその特徴的な3次元構造を維持するのに必要な構造的な制約のために、酵素ファミリーのアミノ酸配列のいくつかの部分は、より大きな量の保存(すなわち、より大きなレベルの配列同一性)を示す。従って、これらの保存領域は、2つのタンパク質の間で共有された共通の3次元構造というさらなる証拠として役立つことができる。保存された配列パターンは、シグネチャー(signature)、モチーフ、またはフィンガープリントとも称されるが、当該技術分野において周知の手作業によるまたはコンピュータによる方法によって作製することができる。パターンは、PROSITE等の公開データベースに見出すことができる(http://expasy.org/prosite; Sigrist et al., Nucleic Acids Res. 38(suppl 1):D161-D166 (2010))。
【0173】
例えば、保存アミノ酸配列のパターンは、多数の既知のFABPを調べて見出され得る。PROSITE(2010年10月5日の、リリース20.67)は、FABPパターン(受入番号PS00214、1990年4月に作成、2006年4月に更新されたデータ)を含む。このFABPパターンは、18個のアミノ酸の位置にまたがり、以下の通りに定義される:
【0174】
[GSAIVK]-{FE}-[FYW]-x-[LIVMF]-x-x-{K}-x-[NHG]-[FY]-[DE]-x-[LIVMFY]-[LIVM]-{N}-{G}-[LIVMAKR](配列番号329)(VI)、
【0175】
ここで:
・アミノ酸に対しては、標準的なIUPACの1文字コードが使用される。
・あらゆるアミノ酸が許容される位置に対しては、「x」の記号が使用される。
・ある部位における代替的なアミノ酸はアミノ酸を角括弧「[ ]」の間に列挙することによって示される(例えば:[ALT]は、その位置がAla、Leu、またはThrである可能性を表す)。
・ある部位における特定のアミノ酸の欠如は波括弧「{ }」によって示される(例えば:{AM}は、ある位置がAlaおよびMet以外のあらゆるアミノ酸であることを表す)。
・各配列の位置(またはパターン中の構成要素)は、その隣から、「−」によって隔てられている。
・各配列の位置は、「パターン位置」と称され、例えば[GSAIVK]は式(VI)のパターン位置1と見なされ、{FE}は式(VI)のパターン位置2と見なされるなど等である。
【0176】
保存された配列パターンは共通の、基礎をなす3次元構造からもたらされるが、該配列パターンへのいくつかの変化は、3次元構造への撹乱をもたらさずに可能であり得る。例えば、FABPファミリーのいくつかの構成要素について、PROSITEパターンにおける4つの部位で差異が見出される。FABPファミリーのこれらの追加の構成要素としては、偽陰性ヒット(false negative hit)としてPROSITEに列挙される5つのタンパク質、すなわち、FABPパターン(UniProtデータベース受入番号FBP12_HUMAN、FABP1_FASGI、FABP2_FASHE、FABPL_SCHBI、RET5_BOVIN)により拾われなかった、FABPタンパク質ファミリーメンバー、およびFABPの折り畳みを有することが知られる1つのタンパク質(蛋白質構造データバンク受入番号2A02)が挙げられる。OgLucはFABPとかなり類似した3次元構造共有しているが、天然アミノ酸配列および変異体アミノ酸配列の配列パターンも、PROSITEパターンと5つの位置で差異を有し、わずかに異なっている。種々の実施形態において、OgLucにおけるパターンは、配列番号1の8位に対応する位置で開始する。アミノ酸の置換、欠失、または挿入配列パターンは差異とみなされ、含められる。
【0177】
これらの追加のFABPおよびOgLuc変異体からの配列情報を組み合わせて、改良された配列パターンが誘導できる:
【0178】
[GSAIVK]-{FE}-[FYW]-x-[LIVMFSYQ]-x-x-{K}-x-[NHGK]-x-[DE]-x-[LIVMFY]-[LIVMWF]-x-{G}-[LIVMAKRG](配列番号330)(VII)。
【0179】
このパターンを誘導するために使用される配列情報を表4に示す。縦列1は、パターン位置(N末端からC末端まで列挙;パターンの長さは18アミノ酸である)を特定しており、縦列6は、OgLucにおける対応する配列の位置(配列番号1に従って番号付け)を特定している。縦列2は、各パターン位置のPROSITE FABPパターン(式(VI))要素を示している。縦列3は、PROSITE FABPパターンによっては表されない6つのFABPファミリーメンバーに存在するアミノ酸を列挙している。縦列4は、PROSITEパターンによっては表されないOgLuc(配列番号1)またはOgLuc変異体に存在するアミノ酸を列挙している。縦列5は、縦列2、3、および4のパターン情報を組み合わせることにより作成される改良されたパターン(「OgLucパターン」)(式(VII))を列挙している。縦列7は、PROSITE FABPパターン位置に対応するOgLuc(配列番号1)におけるアミノ酸を列挙している。縦列8は、前記改良パターンに対応する位置で、渦鞭毛藻類ルシフェラーゼ配列(8つの異なる種)に存在するアミノ酸(GenBank受入番号2021262A、AAA68491、AAC36472、AAV35379、AAV35380、AAL40676、AAL40677、AAV35378、AAV35377、AAV35381、および蛋白質構造データバンク受入番号1VPR)を列挙している。
【0180】
改良パターン(式(VII))は、FABPとOgLucの間で共有される3次元タンパク質構造の表示(すなわち、フィンガープリント)として役立つ。しかし、このパターンとの厳密な一致は3次元構造の共有性を表すのに必要ではない。本明細書で与えられる例から、共通の3次元構造は、パターン中に5つもの変化を有していてさえ存在し得る。また、例えば、渦鞭毛藻類ルシフェラーゼはFABPおよびOgLucに類似した3次元構造を有するが、該ルシフェラーゼは改良パターンとの4つの差異を有する。
【0181】
従って、あるタンパク質は配列類似性およびセレンテラジンの発光への利用に基づいて十脚類ルシフェラーゼと見なすことができるが、前記改良された配列パターンを有することによってもさらに認識することができる。具体的には、あるタンパク質は、そのアミノ酸配列を配列番号1またはその変異体と整列させたときに、配列同一性が30%超、好ましくは40%超、最も好ましくは50%超であり、且つ、そのタンパク質が発光を触媒するのにセレンテラジンを基質として利用でき、且つ、配列番号1の8位に対応する位置で開始するアミノ酸配列が以下:
【0182】
[GSAIVK]-{FE}-[FYW]-x-[LIVMFSYQ]-x-x-{K}-x-[NHGK]-x-[DE]-x-[LIVMFY]-[LIVMWF]-x-{G}-[LIVMAKRG](配列番号330)(VII)
であり、
【0183】
前記アミノ酸配列が、5より多い差異を有さず、またはより好ましくは4、3、2、または1より多い差異を有さず、または最も好ましくは差異が無く、その差異が表4に記載の式(VII)のパターン位置1、2、3、5、8、10、12、14、15、17、または18に対応する位置で生じる場合、十脚類ルシフェラーゼである。差異には、表4のパターン位置の間のギャップまたは挿入も含まれ得る。
表4:タンパク質配列パターン
【表4】
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【0184】
実施例22. OgLuc変異体の生成
【0185】
実験の詳細
特に明記しない限り、無作為置換を有する開始OgLuc変異体配列のさらなる変異体は、製造業者の取扱説明書に従う、誤りがちな、変異誘発性PCRに基づく系であるGeneMorph II無作為変異誘発キット(ストラタジーン社;Daughtery, PNAS USA, 97(5):2029 (2000))、およびNNK部位飽和(Zheng et al., Nucleic Acids Research, 32:e115 (2004))を用いて、生成された。
【0186】
特定の変異を有する開始OgLuc変異体のさらなる変異体を、オリゴをベースとする部位特異的変異誘発キットであるQuikChange部位特異的変異誘発キット(ストラタジーン社;Kunkel, PNAS USA, 82(2):488 (1985))を製造業者の取扱説明書に従って用いて、生成した。
【0187】
得られた変異体は、T7プロモーターに基づいた発現用のpF1K FLEXI(登録商標)ベクター(プロメガ社)の背景において、構築された。あるいは、得られた変異体は、融合タンパク質を生成するために、C末端にHaloTag(登録商標)(プロメガ社;本明細書では「HT7」と称する)を有する、または有さない大腸菌(E. coli)リボソーム結合部位を含有するように改変されたT7プロモーターおよびCMVプロモーターを含有する、pF4Agベクター(市販品pF4A(プロメガ社)の1つのバージョンの背景において、構築された(Ohana et al., Protein Expression and Purification, 68:110-120 (2009))。例えば、C1+A4E変異体を得るために、pF1Kベクターのバックグラウンドで、NNK飽和突然変異誘発実験が行われた。C1+A4Eライブラリーが、HT7なしで、pF4Agベクターのバックグラウンドで、作製された。QC27、QC27−9a、およびIVYライブラリーが、C末端HT7有りで、pF4Agベクターのバックグラウンドで作製された。IVベースの変異体が、HT7無しで、pF4Agベクターバックグラウンドで作成された。得られたベクターは、当該技術分野において周知の技術を用いて、KRX大腸菌(E. coli)を形質転換するのに使用された。
【0188】
作製されたOgLuc変異体は、変異体において特定されたアミノ酸置換にちなんで、および/または該変異体を含有する大腸菌(E. coli)クローンにちなんで命名されており、例えば
図6Aは、他の結果の中で、大腸菌(E. coli)クローン16C5が置換Q20Rを有することを示している。
【0189】
スクリーニングの詳細
【0190】
得られたライブラリーを大腸菌(E. coli)で発現させ、対応する開始OgLuc変異体と比較した場合に、増加した光出力(すなわち、増加した発光、増加した輝度、または増加した発光)または相対的特異性の変化を有するOgLuc変異体を求めて、自動装置の系を用いて、第一のスクリーニングを行った。自動装置による第一スクリーニングは、以下のように行われた:作製されたライブラリーから得られた個々のコロニーを、96ウェルプレート中の最少培地に播種するのに使用し、37℃で17〜20時間増殖させた(「M1培養物」)。M1培養物を、新しい最少培地で1:20に希釈し、37℃で17〜20時間増殖させた(「M2培養物」)。M2培養物を1:20に希釈して誘導培地とし、ウォーク・アウェイ(walk-away)誘導、すなわち、自動誘導させつつ25℃で17〜20時間増殖させた(Schagat et al., “KRX Autoinduction Protocol: A Convenient Method for Protein Expression.” Promega Notes, 98:16-18 (2008))。新規セレンテラジンのPBI−3841、PBI−3842、PBI−3857、PBI−3880、PBI−3881、PBI−3886、PBI−3887、PBI−3897、PBI−3896、またはPBI−3894が第一スクリーニングで基質として使用された場合、誘導培地はラムノースおよびグルコースを含有していた。天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、または新規セレンテラジンPBI−3840、PBI−3889、PBI−3899、もしくはPBI−3900が第一スクリーニングで基質として使用された場合、誘導培地はラムノースもグルコースも含有していなかった。異なる誘導培地の使用は、C1+A4Eと新規セレンテラジンとの間で生じた発光に基づいて決定された。すなわち、ラムノースおよびグルコースを含有する誘導培地が、C1+A4Eを用いるその他の新規セレンテラジンと比較して、C1+A4Eを用いる、より少ない発光を生じた新規セレンテラジンと共に使用された。
【0191】
10μLの誘導細胞を、300mM HEPES(pH8.0)、300mM チオ尿素、0.3×Passive Lysis Buffer(「PLB」;プロメガ社カタログ番号E194A)、0.3mg/mL リゾチーム、および0.003U/μL RQ1デオキシリボヌクレアーゼを含有する60μLの溶解緩衝液を用いて溶解し、150mM KCl、1mM CDTA、10mM DTT、0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、および20μMの天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン、または新規セレンテラジンを基質として含有する50μLのアッセイ緩衝液を用いて、発光を測定した。各変異体についての発光測定は試薬添加の3分後に行い、相対発光量(RLU)の値を、各プレートに対応する開始OgLuc変異体の8個の対照ウェルの平均に対して正規化した。アッセイを、TECAN(登録商標)自動装置系上で完了した。
【0192】
目的のOgLuc変異体を、それぞれそのような変異体におけるいかなる追加のアミノ酸置換をも特定するために、当該技術分野において周知の標準的な配列決定技術を用いて配列決定した。目的の変異体クローンに非自動装置(手動)系を用いる第二のスクリーニングを行った。手動のスクリーニングを以下のように行った:変異体クローンを96ウェルプレート中で3連で増殖させ、発現され、アッセイ緩衝液がマルチチャンネルピペットを用いての手動で加えられる以外は自動化されたアッセイについて記載されたようにアッセイされた。各変異体について、発光を測定し、平均をとり、対応する開始OgLuc変異体に対し正規化した。TECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500ルミノメーターを用いて発光測定を行った。
【0193】
相対的特異性における変化の決定
【0194】
試験セレンテラジン基質存在下でのルシフェラーゼの発光を、参照セレンテラジン基質存在下でのルシフェラーゼの発光で除算することにより、相対的基質特異性を決定した。例えば、本発明の新規セレンテラジンを用いるルシフェラーゼの発光を、異なるセレンテラジン(例えば、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジン、または本発明の異なる新規セレンテラジン)を用いるルシフェラーゼの発光で除算することによって、相対的特異性を決定した。比較された試験セレンテラジン基質および参照セレンテラジン基質は、相対的基質特異性を決定するための比較基質対であると見なされた。
【0195】
比較基質対を用いる試験ルシフェラーゼの相対的基質特異性を、同じ比較基質対を用いる参照ルシフェラーゼの相対的基質特異性で除算することによって、相対的基質特異性における変化を決定した。例えば、異なるセレンテラジン(例えば、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンまたは本発明の異なる新規セレンテラジン)と比較した場合の、本発明の新規セレンテラジンを用いる試験ルシフェラーゼの相対的基質特異性を、試験ルシフェラーゼに対し用いられた同一の異なるセレンテラジンと比較した場合の、同一の本発明の新規セレンテラジンを用いる参照ルシフェラーゼの相対的基質特異性で除算することによって、相対的特異性における変化を決定した。
【0196】
ある新規セレンテラジンを用いる発光を、異なる新規セレンテラジンを用いる発光と比較した。ある天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンを用いる発光を、別の天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンを用いる発光と比較した。ある天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンを用いる発光を、新規セレンテラジンを用いる発光と比較した。
【0197】
新規セレンテラジンに対する対応する開始OgLuc鋳型と比較した場合の、OgLuc変異体の発光(RLU)における増加、並びに参照セレンテラジンに対する発光における低減または変化なしは、相対的特異性における変化の指標であった。対応する開始OgLucと比較した場合の、新規セレンテラジンおよび参照セレンテラジンの両方に対するOgLuc変異体の発光における低減であるが、新規セレンテラジンを用いるOgLuc変異体の発光がより減少することも、相対的特異性における変化の指標とされた。新規セレンテラジンおよび参照セレンテラジンに対しての、対応する開始OgLucと比較した場合のOgLuc変異体の発光における増加は、活性/安定性/発現における向上を示した。新規セレンテラジンおよび参照セレンテラジンの両方を用いるOgLuc変異体の発光が増加するが、新規セレンテラジンを用いる発光の増加がより大きい場合、それにより、相対的特異性における増加およびOgLuc変異体の活性/安定性/発現における向上が示されたことになる。
【0198】
A. C1+A4E変異体
【0199】
米国特許仮出願番号第12/773,002号(米国特許出願公開第2010/0281552号)に以前に記載された、C1+A4E(配列番号2および3)を、追加の合成OgLuc変異体を生成するために、第一の開始配列(すなわち、親配列)として使用した。C1+A4Eは、配列番号1に対し、以下:A4E、Q11R、A33K、V44I、A54F、P115E、Q124K、Y138I、およびN166Rのアミノ酸置換を有する。実施例1〜14に記載される新規セレンテラジン(例えば
図4参照)を基質として用いる、細菌溶解物を含有するC1+A4Eの発光を、前に記載された通りに測定し、天然セレンテラジンおよび既知のセレンテラジンを基質として使用する発光と比較した(
図5A〜G)。
図5Aは、天然セレンテラジン(「セレンテラジン」)、既知のPBI−3880、並びに新規セレンテラジンのPBI−3842、PBI−3857、PBI−3881、PBI−3882、PBI−3886、およびPBI−3887を基質として用いる、C1+A4Eの発光を示している。既知のセレンテラジンおよび新規セレンテラジンを用いる発光測定は、天然セレンテラジンを用いるC1+A4Eの発光に対し正規化され、低減倍率が、天然セレンテラジンと比較された(
図5B)。
図5C〜Eは、天然セレンテラジン並びに新規セレンテラジンPBI−3945、PBI−3894、およびPBI−4002をそれぞれ用いての、C1+A4Eの発光を示している。
図5Fは、天然セレンテラジンおよび新規セレンテラジンPBI−3840、PBI−3897、PBI−3889、PBI−3899、およびPBI−3900を用いるC1+A4Eの発光を示している。
図5Gは、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジンPBI−3912並びに新規セレンテラジンPBI−3913、PBI−3925、PBI−3939、PBI−3933、PBI−3932、PBI−3946、PBI−3841、およびPBI−3896を用いるC1+A4Eの発光を示している。データは、C1+A4E変異体がそれぞれの新規セレンテラジンを基質として使用可能であることを示している。
【0200】
特に明記しない限り、C1+A4Eにおいて特定されたアミノ酸置換を少なくとも有するC1+A4E変異体が生成された。前に記載された通りの無作為変異誘発によって、C1+A4Eの4400種の変異体クローンから成るライブラリー(ライブラリー1)を作製し、相対的特異性変化および/または活性変化、例えば、輝度における向上を求めて、前述の通りにスクリーニングした。変異体を、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、既知のPBI−3880、および新規セレンテラジンPBI−3840、PBI−3841、PBI−3842、PBI−3857、PBI−3881、PBI−3886、PBI−3887、PBI−3889、PBI−3897、およびPBI−3900を基質として用いて、一次スクリーニングした。さらに、前記変異体の半分を、新規セレンテラジンのPBI−3896およびPBI−3894を基質として用いてスクリーニングした。先の新規化合物のスクリーニングから特定された、目的の既知の変異を有する変異体を含有するプレートを選択した。一次スクリーニングにおいて試験された新規セレンテラジンのうちの一つまたは複数について、向上を示した変異体(相対的特異性における変化または活性における変化)を単離し、配列決定し、二次スクリーニングにおいてスクリーニングした。
【0201】
手動の二次スクリーニングにおいて、変異体を、既知のセレンテラジンPBI−3912、セレンテラジン−h、セレンテラジン−hh、2−メチルセレンテラジン、およびセレンテラジンv;並びに新規セレンテラジンのPBI−3840、PBI−3897、PBI−3889、PBI−3899、PBI−3900、PBI−3925、PBI−3944、PBI−3932、PBI−3945、PBI−3913、およびPBI−3896を基質として用いて試験した。
図6A〜Dは、変異体(「クローン」)について、C1+A4Eに対し正規化された平均発光をまとめたものである。
図6A〜Dは、これらの変異体(「AA配列」)における置換をまとめたものであり、変異体は、以下:A14V、G15R、Q18L、Q20R、L22I、E23K、L27V、L27M、K33N、T39I、E49K、F54S、F54I、D55G、I56V、V58I、V58L、I59T、S66T、G67S、F68S、L72Q、M75K、I76N、F77T、F77C、K89E、I90V、I90T、L92H、H93R、M106K、Y109F、P113T、I117F、T126R、V127A、L136M、D139G、P145L、S148T、C164S、またはA169Vの追加のアミノ酸置換のうち少なくとも1つを有していた。
【0202】
54位、92位、および109位でのアミノ酸置換は重要であった。なぜならこれらの位置での置換はより大きな光出力または向上された相対的特異性、すなわち、
図6A〜Cに示すように、天然セレンテラジンから離れて、少なくとも1つの新規セレンテラジンに向かう特異性を提供したからである。クローン29H7におけるアミノ酸置換F54Iは、天然セレンテラジン、および新規セレンテラジンのうちのいくつかを用いて、より大きな光出力を提供した。クローン40H11におけるアミノ酸置換Q18L、クローン04A12におけるアミノ酸置換L92H、およびクローン43F9におけるアミノ酸置換Y109Fは、向上された相対的特異性を提供した。
【0203】
表5は、前に記載した通りに生成された、77位、92位、または109位に追加のアミノ酸置換を有するC1+A4E変異体を列挙している(「AA変化」)。これらの変異体を、光出力の増加について前に記載した通りに分析した。すなわち、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、および新規セレンテラジンPBI−3939、PBI−3894、PBI−3896、PBI−3897、PBI−3932、またはPBI−3925を基質として使用して、C1+A4Eよりも少なくとも1.3倍明るい変異体を求めてスクリーニングした。以下:L92G、L92Q、L92S、L92A、L92M、L92H、L92Y、F77W、F77Y、F77S、F77T、F77V,、F77A、F77G、F77C、F77D、F77M、およびY109Fの追加の置換は、C1+A4Eよりも少なくとも1.3倍明るい変異体をもたらした。表5に示されるように、L92H、F77WおよびF77A置換は、PBI−3897、PBI−3896、およびPBI−3932による、最も劇的な向上があった。
表5:77位、92位および109位の部位飽和
【表5】
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【0204】
追加のC1+A4E変異体(A群)は、前に記載した通りの部位特異的変異誘発によって作製されたことで、配列番号1に対し、以下:18、20、54、59、72、77、89、92、109、113、127、136、または164のアミノ酸位置の少なくとも1つにおいて追加の置換を有する。これらのアミノ酸位置が選択されたのは、ライブラリー1の一次および二次スクリーニングに基づき、これらの位置での置換は、C1+A4Eと比較した場合に、以下のうち少なくとも1つを基質として用いる総光出力を増加させたためである:新規セレンテラジンのPBI−3841、PBI−3896、PBI−3897、PBI−3894、PBI−3925、もしくはPBI−3932、または既知のセレンテラジンである2−メチルセレンテラジンもしくはPBI−3912。
図7は、変異体(「クローン」)および各変異体に含まれる追加のアミノ酸置換を列挙している。変異体クローンは、前述の通り、手動の二次スクリーニングについての記載の通りに3連で分析し、C1+A4Eに対し正規化した。
図8A〜Bおよび
図9は、種々のセレンテラジンを基質として用いた場合の、
図7に列挙される変異体の正規化された平均発光を示している。
図8A〜Bおよび
図9は、C1+A4Eと比較して、列挙された新規化合物に対する発光が大きく増加した、または、C1+A4Eと比較して、既知のセレンテラジンに対する発光における変化が無いもしくは減少した変異体を示している。追加のアミノ酸置換Q18L、F54I、L92H、およびY109Fを有するクローンQC27は、C1+A4Eと比較して、PBI−3896による発光において561.32倍の増加、PBI−3894では392.98倍の増加、およびPBI−3896では283.85倍の増加を有した。このデータは、Q18L、L92H、およびY109Fが互いに組み合わせ可能であり、追加の置換により、向上した相対的特異性を有する変異体がもたらされることを示している。
【0205】
ライブラリー1から特定された重要な他の置換は、追加の変異体(B群)を作製するために組み合わされた(
図10)。配列番号1に対し、追加のアミノ酸置換を、以下のアミノ酸位置の少なくとも1つに行った:18、20、54、71、77、90、92、109、または127。これらの置換は、以下の新規セレンテラジンのうち少なくとも1つを基質として用いることにより、向上を示した:PBI−3841、PBI−3896、PBI−3897、PBI−3894、PBI−3925、またはPBI−3932。これらの変異体を、A群の変異体について記載したように、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3939、PBI−3945、PBI−3840、PBI−3932、PBI−3925、PBI−3894、およびPBI−3896を用いて分析した。変異体クローンは、前に記載した通り、手動の二次スクリーニングについての記載の通りに3連で分析し、C1+A4Eに対し正規化した。
図11は、種々のセレンテラジンを基質として用いた場合の、
図10に列挙される変異体の正規化された平均発光を示している。
図11は、C1+A4Eと比較して、列挙された新規セレンテラジンに対する発光が大きく増加した、または、C1+A4Eと比較して、天然セレンテラジンおよび既知のセレンテラジンに対する発光における変化が無いもしくは減少した変異体を示している。
【0206】
追加のアミノ酸置換I90Vおよび/またはY109F(C群)を有する追加の変異体を生成し、A群またはB群より生成された変異体と比較した(
図12参照)。I90V置換(「I90V」)、Y109F置換(「Y109F」)、または両方の置換(「LE2」)を有する変異体を含むクローンを、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3939、PBI−3945、PBI−3889、PBI−3840、PBI−3925、PBI−3932、PBI−3894、PBI−3896、およびPBI−3897を基質として用いるA群の組換え体について記載されたようなアッセイを使用して、クローンQC#27、QC#2E7、QC#2F4、およびQC#1A11と比較した(
図12)。変異体クローンは、前に記載した通り、手動の二次スクリーニングについての記載の通りに3連で分析し、C1+A4Eに対し正規化した(
図12)。
図12は、C1+A4Eと比較して、列挙された新規セレンテラジンに対する発光が大きく増加し、C1+A4Eと比較して、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンに対する発光における変化が無いもしくは減少した変異体を示している。
図12は、天然セレンテラジンおよび新規基質のいくつかに対して、I90Vがより大きな光出力を提供することを示している。
【0207】
B. QC27変異体
【0208】
追加のアミノ酸置換Q18L、F54I、L92H、およびY109Fを有している、Aから得られた変異体QC27(配列番号4および5)を、前に記載した通りpF4A改変ベクターにクローニングし、C末端HT7(プロメガ社)融合タンパク質(「QC27−HT7」)(配列番号44および45)を生成した。QC27−HT7の4400種の変異体(ライブラリー2)を前に記載した通りの無作為変異誘発によって作製し、天然セレンテラジン並びに新規セレンテラジンのPBI−3896およびPBI−3897を基質として用い、相対的特異性における変化の増加を求めて、前に記載した通りに一次スクリーニングした。変異体クローンを選択し、配列決定し、前に記載した通り天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3897、PBI−3896、およびPBI−3894を基質として用いて手動の二次スクリーニングで分析した。
【0209】
図13は、これらの変異体(「試料」)において特定された追加のアミノ酸置換(「配列」)、並びに二次スクリーニングにおいて天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3897、PBI−3896、およびPBI−3894を基質として使用する、対応する開始QC27−HT7に対し正規化された該変異体の発光を列挙している。
図14における変異体は、以下:F1I、R11Q、L18I、L18Q、V21L、V21M、L22F、F31I、Q32H、V45E、L46Q、S47P、G48R、E49D、G51E、D55E、G67S、F68Y、F68L、Q69H、L72Q、E74K、E74I、M75K、I76F、I76V、H86R、I90T、H92Q、H92R、T96A、V98F、I99V、I99T、V102M、M106I、F109Y、L142V、V158I、T159S、L168F、またはG170Rの追加のアミノ酸置換のうち少なくとも1つを有していた(G170Rは、HT7とOgLuc変異体の間のリンカー領域に位置していた)。
【0210】
変異体24B12におけるアミノ酸置換F68Y、変異体29C4におけるL72Q、および変異体3H11におけるM75Kは、それぞれ、天然セレンテラジンおよび新規基質のいくつかに対して、より大きな光出力を提供した。変異体25A11におけるアミノ酸置換V21Lおよび変異体1B6におけるH92Rは、相対的特異性の向上を提供した。これら置換の両方の場合において、発光シグナルは、新規セレンテラジンを基質として使用することにより低減したが、天然セレンテラジンおよび既知のセレンテラジンを基質として使用することでより低減した。
【0211】
前に記載した通りの部位特異的変異誘発を用いて、特定のアミノ酸置換(
図14)を有するように、追加のQC27−HT7変異体を生成した。追加の置換は、配列番号1に対し以下:21、68、72、75、76、90、92、および158のアミノ酸位置の少なくとも1つにおいてなされたが、これは、これらの位置が
図14に示されるように相対的特異性変化における向上を示したためである。
図15は、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、および新規セレンテラジンのPBI−3897、PBI−3841、PBI−3896、およびPBI−3894を基質として使用した場合の、対応する開始QC27−HT7に対して正規化されたQC27−HT7変異体の発光を示している。
図15に示されるように、3つのアミノ酸置換F68Y、L72Q、およびM75KをV158Iと組み合わせることにより、例えば変異体QC27#1でのように、各試験セレンテラジンに対し、より大きな光出力が提供された。
【0212】
C. QC27−9a変異体
【0213】
Bから得られた、追加のアミノ酸置換V21L、H29R、F68Y、L72Q、M75K、およびV158Iを有するQC27−HT7融合タンパク質である変異体QC27−9a(配列番号6および7)を、ライブラリーを作製するための開始配列として使用した。前に記載した通りの無作為変異誘発によってQC27−9aの4400種の変異体(ライブラリー3)を作製し、天然セレンテラジン並びに新規セレンテラジンのPBI−3841およびPBI−3897を使用して、増加した相対的特異性変化を求めてスクリーニングした。変異体クローンを選択し、配列決定し、前に記載した通りの手動の二次スクリーニングで、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、既知のセレンテラジン−h、並びに新規セレンテラジンのPBI−3841およびPBI−3897を基質として使用して、分析した。
図16は、変異体(「試料」)において特定された追加の置換(「AA変化」)、並びに二次スクリーニングにおいて天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、既知のセレンテラジン−h、並びに新規セレンテラジンのPBI−3841およびPBI−3897を基質として使用する、対応する開始QC27−9aに対して正規化された該変異体の平均発光を列挙している。相対的特異性における増加は、開始テンプレートと比較した場合に、新規セレンテラジン、天然セレンテラジン、および既知のセレンテラジンを用いる変異体の発光に低減があったが、天然セレンテラジンおよび既知のセレンテラジンを用いる発光がより減少した場合を表している。例えば、アミノ酸置換L22Fを有する変異体30D12では、新規セレンテラジンのPBI−3841およびPBI−3897を用いる活性においておよそ3倍の喪失があった。しかし、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、および既知のセレンテラジン−hhを用いる変異体30D12の発光は、10倍以上低減した。
【0214】
図17は、ヒト化ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼ(本明細書では「hRL」と称される)(配列番号30および31)と比較した場合の、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3841およびPBI−3897を基質として使用する、C1+A4E、QC27−HT7およびQC27−9aの発光の比較を示している。PBI−3897を用いてのQC27−9aの反応は、PBI−3841を用いるQC27−9aよりもより明るかったが(
図17参照)、進化の傾向、すなわち、発光における向上の大きさは、PBI−3841(表6)に対して最も大きかった。発光における向上(440倍)と、天然セレンテラジンに対する発光における低減(800倍)を組み合わせることより、天然セレンテラジンと比較した場合の、PBI−3841を使用するQC27−9aの相対的特異性における変化(350,000倍)が示された。
表6:天然セレンテラジンおよびセレンテラジン−hhと比較した場合の、PBI−3897およびPBI−3841に対するOgLuc変異体の相対的特異性における変化
【表6】
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【0215】
D. IVY変異体
【0216】
追加のアミノ酸置換F54I、I90V、およびF77Yを有するC1+A4E変異体であるIVY(配列番号8および9)を、前に記載した通りにpF4A改変ベクターにクローニングし、C末端HT7融合タンパク質(「IVY−HT7」)を生成した。IVY−HT7の4400種の変異体(ライブラリー4)を無作為変異誘発により作製し、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3840、PBI−3889、PBI−3925、PBI−3932、およびPBI−3945を基質として使用しての、増加された光出力(すなわち、増加された輝度)および増加された相対的特異性を求めてスクリーニングした。変異体クローンを選択し、配列決定し、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3889、PBI−3939、PBI−3945、およびPBI−4002を基質として使用する、前に記載した通りの二次スクリーニングにおいて3連で分析した。
図18および
図19は、変異体(「試料」)において特定された追加の置換(「AA変化」)、並びに、二次スクリーニングにおいて、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3889、PBI−3939、PBI−3945、およびPBI−4002を基質として使用する、IVY−HT7に対して正規化された変異体の平均発光を列挙している。
図18は、以下:Q18H、D19N、Q20P、Q32P、K33N、V38I、V38F、K43N、I44F、E49G、I60V、Q69H、I76N、Y77N、Y94F、G95S、G95D、F110I、V119M、K124M、L149I、またはR152Sのアミノ酸置換のうち少なくとも1つを有するPBI−3945(A群)を用いての性能に基づいて選択された変異体を列挙している。
図19は、以下:F6Y、Q18L、L27V、S28Y、Q32L、K33N、V36E、P40T、Q42H、N50K、G51R、H86L、N135D、またはI155Tのアミノ酸置換のうち少なくとも1つを有するPBI−3889(B群)を用いての性能に基づいて選択された変異体を列挙している。
【0217】
追加のIVY−HT7変異体を、前に記載した通りの部位特異的変異誘発を用いて、追加の特定のアミノ酸置換を有するように生成した。
図20は、配列番号1に対し、以下:19、20、27、32、38、43、49、58、77、95、110、および149の追加のアミノ酸位置のうち少なくとも1つを有する変異体を列挙しているが、それは、これらの置換が、PBI−3945およびPBI−4002に対する特異性を示した
図18の変異体において特定されたためである。
図21は、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3939、PBI−3945、PBI−4002、PBI−3932およびPBI−3840を基質として使用する、IVY−HT7に対して正規化された、
図20に列挙される変異体の発光を示している。いずれの変異体も、IVY−HT7を超える向上を示さなかったが、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンを用いての発光が約3〜4対数減少したが、PBI−3945およびPBI−4002を用いての発光が2倍しか減少しなかった場合が、変異体C5.19(配列番号12および13)等であった。変異体C5.19は、追加のアミノ酸置換L27V、V38I、およびL149Iを有する。
【0218】
図22は、配列番号1に対し、以下:6、18、27、28、33、34、36、40、50、51、135、および155の追加のアミノ酸位置のうち少なくとも1つを有する変異体を列挙しているが、それは、これらの置換が、PBI−3889およびPBI−3939に対する特異性を示した
図19の変異体において特定されたためである。
図23は、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3939、PBI−3945、PBI−3889、PBI−4002、PBI−3932、およびPBI−3840を基質として使用した場合の、IVY−HT7に対して正規化された、
図21に列挙される変異体の発光を示している。IVY−HT7と比較した場合、それぞれの変異体に対して、発光が低減した。変異体C1.3(配列番号10および11)は、PBI−3939を用いた場合に、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンを用いた場合より約2000倍多い発光を有した。変異体C1.3は、追加のアミノ酸置換F6Y、K33N、N135D、およびI155Tを有する。
【0219】
hRLおよびIVY−HT7と比較した場合の相対的特異性変化に関して最良のIVY−HT7変異体は、PBI−3945を用いた場合に最良の発光を有したC5.19、およびPBI−3889を用いた場合に最良の発光を有したC1.3であった。
図24は、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3939およびPBI−3945を使用する、hRL、IVY−HT7、C5.19(C末端でのHT7融合)、およびC1.3(C末端でのHT7融合)の発光を示している。
【0220】
E. IV変異体
【0221】
追加のアミノ酸置換F54IおよびI90Vを有するC1+A4E変異体であるIV(配列番号14および15)を、前に記載した通りに生成した。転写レポーターとして使用するための最も明るい変異体を決定するために、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3939、PBI−3945、PBI−3889、およびPBI−4002を基質として使用する、C1+A4E(配列番号2および3)、IVY(配列番号8および9)、およびIV(配列番号14および15)に対して提供される発光を前に記載した通りに測定した。hRLを対照として使用した。
図25に示されるように、IVは、C1+A4EおよびIVYの両方よりも明るかった。IVにおけるアミノ酸置換F54Iは、天然セレンテラジンおよびいくつかの新規基質に対し、より大きな光出力を提供した。これら全ての変異体は、試験セレンテラジンを用いるhRLよりも明るかった。
【0222】
A、BおよびD(すなわち、開始配列としてのC1+A4E、IVY、およびQC27から作製されたライブラリーのスクリーニング)から得られたデータを再検討して、種々のセレンテラジンを用いる、増加した光出力(すなわち、増加した輝度)を有するような追加のアミノ酸置換を決定した。IV変異体を、天然セレンテラジンに対する特異性を2〜10倍だけ低減させた追加の置換を有するように、前に記載した通りに生成した。
図26に列挙されるように、IV変異体(「クローン」)は、以下:F1I、E4K、Q18L、L27V、K33N、V38I、F68Y、M70V、L72Q、M75K、またはV102Eのアミノ酸置換のうち少なくとも1つの追加のアミノ酸置換(「配列」)を有していた。
【0223】
アミノ酸置換の全ての組み合わせについて、変異体クローンの16枚のプレートを、前に記載した自動装置を用いる方法を使用して、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3889およびPBI−3945を基質として用いて、一次スクリーニングおよび分析をした。向上した発光を有する変異体を選択し、配列決定し、前に記載した通りの手動スクリーニングを用いて3連で分析した。天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−h、既知のセレンテラジン−hh、並びに新規セレンテラジンのPBI−3889、PBI−3939、PBI−3945、およびPBI−4002を基質として用いて、発光を測定した。対応する開始配列IVおよびhRLを、対照として使用した。
【0224】
図26は、変異体、および該変異体において特定された追加のアミノ酸置換を列挙している。
図27は、IVに対して正規化された、二次スクリーニングにおける変異体の平均発光を示している。追加のアミノ酸置換F1I、L27V、およびV38Iを有する変異体8A3(配列番号26および27)は、新規セレンテラジンを用いた場合に向上した相対的特異性を有しが、IVよりも明るくはなかった。追加のアミノ酸置換L27Vを有する変異体8F2(配列番号46および47)は、使用された4種の新規セレンテラジンのうち3種を用いた場合に、向上した相対的特異性および輝度を提供した。追加のアミノ酸置換Q18L、F68Y、L72Q、およびM75Kを有する変異体9B8(配列番号18および19)は、全ての基質に対してより明るく、天然セレンテラジンを超える、いくつかの相対的特異性における利点も提供した。追加のアミノ酸置換Q18L、L27V、V38I、F68Y、L72Q、およびM75Kを有する変異体9F6(配列番号20および21)は、8F2に見られたものと同様の向上を示した。追加のアミノ酸置換E4K、K33N、F68Y、L72Q、およびM75Kを有する変異体15C1(配列番号16および17)は、全ての新規セレンテラジンに対してより明るかったが、相対的特異性における利点にはいかなる向上もなかった。変異体1D6におけるアミノ酸置換Q18Lは、向上した相対的特異性、すなわち、IVに関連して、天然セレンテラジンから離れて、新規基質へと向かう相対的特異性を提供した。通常、アミノ酸置換L27Vは、IVに関連して、向上した相対的特異性を提供した。
【0225】
図28は、天然セレンテラジン、既知のセレンテラジン−hh、既知のセレンテラジン−h、並びに新規セレンテラジンのPBI−3939、PBI−3945、PBI−3889、およびPBI−4002を基質として用いての二次スクリーニングにおける、8A3、9B8、9F6、および15C1変異体の発光を、IVおよびhRLと比較して示している。変異体8A3は、IVと比較して、天然セレンテラジンを用いた場合の輝度において、2対数分の減少を有した。変異体9F6は、IVと比較して、天然セレンテラジンを用いた場合の輝度において、1対数分の低減を有した。PBI−3945を用いた場合の変異体15C1は最も明るかったが、そのシグナル半減期は短かった(実施例27参照)。
【0226】
F. 9B8変異体
【0227】
Eから得られた9B8変異体を、さらに改変して、増加した発光および/またはPBI−3939に対し向上した相対的特異性を有する追加の変異体を生成した。アミノ酸置換L72Qは、増加した発光(すなわち輝度)のために有益なアミノ酸置換であるように見えたが、それは、その全てが向上した発光を示した変異体9B8、9F6、および15C1において、この置換が特定されたためである。72位での他のアミノ酸置換が、輝度における同様の増加を提供するか否かを決定するために、前に記載した通り、72位を代替的な残基で飽和させることによって、9B8の追加の変異体を生成した。4連で大腸菌(E. coli)溶解物を調製し、アッセイ緩衝液が10mM CDTA、150mM KCl、10mM DTT、100mM HEPES(pH7.0)、35mM チオ尿素、および0.5% TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)を含有していること以外は前に記載した通りに、PBI−3939を基質として用いて輝度を分析した。表7は、9B8に対して正規化された発光(「RLU(9B8に対して正規化された)」)、すなわち向上倍率によって示されるように、9B8と比較した場合に同様の、または向上した発光を有する9B8変異体(「変異体」)を列挙している。72位でのA、G、N、R、およびMのアミノ酸置換は、少なくともアミノ酸Qと同じ(すなわち1倍)輝度という利点を提供した。
表7:変異体9B8と比較した場合に同様の発光を有する変異体
【表7】
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【0228】
新規PBI−3939に対して向上した相対的特異性を有する追加の変異体を、変異体9B8におけるアミノ酸位置18、68、72、75、および90を飽和させることによって、前に記載した通りに生成した。大腸菌(E. coli)溶解物を調製し、天然セレンテラジンおよび新規PBI−3939を基質として用いて、前に記載した通りに輝度を分析した。対応する9B8の発光の割合に対して正規化された、天然セレンテラジンを用いる変異体の発光に対する、PBI−3939を用いる変異体の発光の割合から、相対的特異性を決定した。表8は、PBI−3939に対する相対的特異性において少なくとも1.1倍の増加を有する9B8変異体(「変異体」)を列挙している。結果は、各部位での少なくとも1つの追加の変化が、天然セレンテラジンと対照して、PBI−3939に対する向上した相対的特異性を提供したことを示している。アミノ酸置換K、D、F、G、Y、W、およびHを18位に有する9B8変異体は、相対的特異性において最も高い倍率の向上を有した。
表8:PBI−3939に対する向上した相対的特異性を有する変異体
【表8】
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【0229】
G. 9B8+K33N変異体
【0230】
輝度、相対的特異性、および熱安定性に対するアミノ酸置換K33Nの利点を調べるために、追加の変異体である9B8opt+K33N(配列番号42および43)を生成した。9B8opt+K33Nを試験し、種々の適用の中で9B8opt(実施例25Aに記載)と比較した。
【0231】
変異体9B8optまたは9B8opt+K33Nを含む大腸菌(E. coli)溶解物を作製し、アッセイ緩衝液が0.1%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)を含有する以外は前に記載した通りに分析した。新規PBI−3939および天然セレンテラジンを基質として用いて、溶解物から発せられた発光を測定した。PBI−3939および天然セレンテラジンに対する変異体の相対的特異性を、前に記載した通りに算出した。9B8opt+K33N(「K33N」)は、9B8optと比較した場合、より大きな光出力(RLU)、および天然セレンテラジンに対してよりもPBI−3939に対してより大きな相対的特異性を有した(
図29)。このことは、K33N置換がより大きな光出力および向上した相対的特異性を提供したことを示している。
【0232】
9B8opt+K33Nを開始テンプレートとして用いて、新しいOgLucライブラリーを作製した。DIVERSIFY(登録商標)PCR無作為変異誘発キット(クロンテック社;カタログ番号630703)を用いて、無作為なライブラリーを作製した。条件5(ユーザマニュアル中に列挙される)を使用して追加の変異体を生成し、83個の無作為に選択したクローンから得た配列データを集計することによって平均突然変異率を算出した結果、遺伝子あたり2.6個の変異であった。このPCRライブラリーを、前に記載したpF4Agベースの非融合型ベクターバックグラウンド(non-fusion vector background)、およびサンドイッチ型バックグラウンド(sandwich background)、すなわち、Id−OgLuc−HT7(実施例45に記載)にクローニングした。pF4Agベースの非融合型ベクターバックグラウンドにおける変異体を、(NF)を用いて設計した。サンドイッチ型ベクターバックグラウンドにおける変異体を、(F)を用いて設計した。両方のベクターにPCR産物をクローニングするために、アミノ酸、すなわちグリシンを、pF4Agにおける変異体配列に付加し、OgLuc変異体(「170G」)に新しい170位を生成した。170Gはサンドイッチ型コンストラクトに存在するが、この場合、OgLucとHT7の間のリンカーの部分であるとみなされる。各ライブラリーについて、4,400種の大腸菌(E. coli)クローンを、以下の例外を除き前に記載した通りに、分析した。溶解緩衝液は、HEPESの代わりの300mM MES(pH6.0)、および0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)を含有したが、チオ尿素は含有しなかった。アッセイ緩衝液は、HEPESの代わりの100mM MES(pH6.0)、および35mM チオ尿素を含有した。アッセイにおける体積(assay volume)は以下の通りであった:10μLの細胞、40μLの溶解緩衝液、および50μLのアッセイ緩衝液。
【0233】
pF4Agベースの非融合型バックグラウンドにおけるPCRライブラリーを、9B8opt+K33N+170G(配列番号68および69)と比較した場合に増加した発光を有する追加の変異体を求めてスクリーニングした。その後、選択された変異体を、HEK293細胞およびNIH3T3細胞において分析した。各細胞型について、15,000個の細胞を播種し、37℃で一晩増殖させた。その次の日に、実施例25に記載される通りに、細胞に、形質移入の対照としての10ngのpGL4.13(プロメガ社)、および100ngのOgLuc試験DNAを形質移入した。培地を除去し、溶解緩衝液がHEPESの代わりに100mM MES(pH6.0)を含有する以外は実施例25に記載される通りに、100μLの溶解緩衝液で細胞を溶解させ、GLOMAX(登録商標)ルミノメーターを用いて発光を測定した。各試料について、20μM PBI−3939を含有する50μLの溶解緩衝液を用いて、10μLの溶解物を分析した。形質移入対照については、50μLのBRIGHT−GLO(商標)アッセイ試薬を用いて、10μLの溶解物を分析した。
【0234】
表9は、大腸菌(E. coli)、HEK293細胞、およびNIH3T3細胞における変異体の発光においての増加倍率、並びにこれらの変異体に存在するアミノ酸置換を示している。変異体27A5(NF)(配列番号70および71)、23D4(NF)(配列番号72および73)および24C2(NF)(配列番号74および75)は、大腸菌(E. coli)およびHEK293細胞における発光において、少なくとも1.3倍の増加があった。
表9:大腸菌(E. coli)、HEK293細胞およびNIH3T3細胞における、9B8opt+K33N+170Gと比較した場合のOgLuc変異体により発せられる発光の増加
【表9】
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【0235】
上記のデータに基づいて、さらなる組み合わせ変異体(combination variant)を、170Gを持たないpF4Agベースの非融合型ベクターバックグラウンドの背景において、設計し、作製した(表10参照)。変異体を、上記の通りに、大腸菌(E. coli)、HEK293細胞およびNIH3T3細胞において分析し、9B8opt+K33Nと比較した。天然セレンテラジンを用いた場合の発光についても、変異体を試験した。表10は、大腸菌(E. coli)、HEK293細胞、およびNIH3T3細胞における変異体の発光においての増加倍率、並びにこれらの変異体(「試料」)に存在するアミノ酸置換を示している。接頭辞「9B8opt+K33N」に、変異体における追加のアミノ酸置換を加えることにより、変異体を命名した。表11は、大腸菌(E. coli)、NIH3T3細胞、およびHEK293細胞においての、天然セレンテラジンと比較した場合のPBI−3939に対する異なる変異体の相対的特異性を示している。表10に示されるように、変異体9B8opt+K33N+T39T+K43R+Y68D(「V2」;配列番号92および93)は、大腸菌(E. coli)における向上した発光、およびNIH3T3細胞における発光においてのわずかな向上を有した。変異体9B8opt+K33N+L27V+K43R+Y68D(「L27V、K43R、Y68D」)は、試験された3種の細胞型において、発光における中間の向上(表10)、および9B8opt+K33N(表11)を超える、相対的特異性における5倍の増加を有した。
表10:大腸菌(E. coli)、NIH3T3細胞およびHEK293細胞における、9B8opt+K33Nと比較した場合のOgLuc組み合わせ変異体により発せられる発光における増加
【表10】
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表11:大腸菌(E. coli)、NIH3T3細胞およびHEK293細胞における、天然セレンテラジンと比較した場合の、PBI−3939に対するOgLuc組み合わせ変異体の相対的特異性における変化
【表11】
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【0236】
追加のOgLuc変異体を、配列番号1に対し以下:L27V、T39T、K43R、Y68D、またはS66Nの追加のアミノ酸置換のうち少なくとも1つを含有するように、9B8opt+K33Nから作製した(変異体におけるアミノ酸置換に関する表12の「試料」を参照)。接頭辞「9B8opt+K33N」の後ろに変異体における追加のアミノ酸置換を加えることにより、変異体を命名した。上記から得られた、これらの追加の変異体並びに変異体9B8opt+K33N+L27V+Y68D(「L27V、Y68D」)、9B8opt+K33N+L27V+K43R+Y68D(「L27V、K43R、Y68D」)、9B8opt+K33N+L27V+K43R+S66N(「L27V、K43R、S66N」)、および9B8opt+K33N+T39T+K43R+Y68D(「T39T、K43R、Y68D」;「V2」としても知られている)を、輝度、相対的特異性、シグナル安定性および熱安定性について試験した。変異体を、変異体9B8opt(「9B8」)および9B8opt+K33N(「K33N」)に対して、比較した。
【0237】
変異体を含有する大腸菌(E. coli)溶解物を作製し、前に記載した通りに分析した。新規PBI−3939および天然セレンテラジンを基質として用いて溶解物から生じた発光を測定した。9B8optにより発せられた発光に対して変異体の発光を正規化した(表12)。PBI−3939および天然セレンテラジンに対する変異体の相対的特異性を、PBI−3939を基質として用いた場合の変異体の発光を、天然セレンテラジンを基質として用いた場合の変異体の発光で除算することにより算出した(表12)。このデータは、アミノ酸置換L27Vが天然セレンテラジンに対する特異性を低減させることを示している。
表12:細菌溶解物における、9B8と比較した場合のOgLuc変異体により発せられる発光の増加、および天然セレンテラジンと比較した場合のPBI−3939に対するOgLuc変異体の特異性における変化
【表12】
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【0238】
H. V2変異体
【0239】
V2(追加のアミノ酸置換K33N+T39T+K43R+Y68Dを有する9B8opt)をテンプレートとして用いて、一連の追加の変異体を設計した。表13に示される置換を、1)28の脂肪酸結合タンパク質(1VYF、1FDQ、2A0A、1O8V、1BWY、2ANS、1VIV、1PMP、1FTP、2HNX、1JJJ、1CBR、2CBS、1LPJ、1KQW、2RCQ、1EII、1CRB、1IFC、2PYI、2JU3、1MVG、2QO4、1P6P、2FT9、1MDC、1O1U、1EIO;米国特許出願公開第2010/0281552号参照)の構造に基づく整列による既知の多様性、または、2)基質特異性において役割を果たすことが以前に特定された位置での、代替的な残基の探索のいずれかに基づいて設計した。表13の「コンセンサス」の下に列挙される変化は、整列された上記脂肪酸結合タンパク質のうち少なくとも50%において特定された残基に関する。「主な少数派」の下に列挙される変化は、上記脂肪酸結合タンパク質の多くで特定されたが、整列された配列のうち50%未満にしか存在しなかった残基に関する。「他」の下に列挙される変化は、整列された配列における所与の位置で、主な少数派の残基より少ない頻度で特定された残基に関する。最後に、「特異性」の下に列挙される変化は、セレンテラジンまたはセレンテラジン類似体に対する変異体の特異性を決定することに関わると思われる位置に関する。例えば、27位(親配列、すなわちV2におけるロイシン残基)での設計された特異性変化は、代替的な化学的性質を表す他の疎水性残基またはアミノ酸(例えば、環を含有する他の疎水性残基、無電荷の極性側鎖を含有する残基、または荷電側鎖含有する残基)に変化され;40位(親配列におけるプロリン)での設計された特異性変化は、異なる化学的性質(化学的性質(例えば、環を含有する他の疎水性残基、無電荷の極性側鎖を含有する残基、または荷電側鎖含有する残基)の試料採取に変化され;注目すべきことに、グリシン、グルタミン、イソロイシン、およびロイシンがこの位置、整列された脂肪酸結合タンパク質で特定されることである)。
表13
【表13】
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【0240】
標準的な部位特異的変異誘発プロトコル(先の実施例を参照)を用いて変異体を構築し、得られたプラスミドは、分析のために、大腸菌(E. coli)の中に、変換された。培養物を、前に記載した通りに、最少培地中で標準的なウォーク・アウェイ誘導(walk away induction)によって増殖させた。培養され、形質転換された大腸菌(E. coli)細胞10μLに、40μLの溶解緩衝液(100mM MES(pH6.0)、0.3X PLB、0.3mg/mL リゾチーム、0.003U/μL RQ1デオキシリボヌクレアーゼIおよび0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v))を加え、その後、等量の(50μL)のアッセイ試薬(1mM CDTA、150mM KCl、2mM DTT、20μM PBI−3939または天然セレンテラジン、100mM MES(pH6.0)、35mM チオ尿素、および0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v))を追加で加えた。発光を、GLOMAX(登録商標)96マイクロプレートルミノメーター(プロメガ社)で測定した。
【0241】
表14は、分析中に特定された異なるアミノ酸置換をまとめたものである。PBI−3939および天然セレンテラジンの両方について測定された発光に関して、データは、親クローン(V2)に対して正規化されたように、提示される。天然セレンテラジンに関して、PBI−3939に対する特異性における相対変化もまた示される。
表14
【表14】
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【0242】
I. L27V変異体
【0243】
OgLuc変異体L27Vを開始テンプレート、すなわち開始配列または親配列として用いて、L27V変異体におけるアミノ酸のいくつか(表15)が配列番号1の天然OgLucルシフェラーゼに存在するアミノ酸に戻った追加の変異体を作製した。変異体を前に記載した通りに、部位特異的変異誘発によって構築した。その後変異体を、天然セレンテラジンまたはPBI−3939のいずれか用いる相対活性について先に記載した通りに、スクリーニングした。基質/アッセイ試薬(Hに記載)を加えた5分後に、発光をTECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500で測定し、L27V変異体開始テンプレートに対して正規化した。溶解物のSDS−PAGE分析は、比較できる発現レベルを示している(データ未記載)。
【0244】
表15は、天然セレンテラジンまたはPBI−3939を用いた場合の、L27V変異体の相対活性を示している。1未満の相対活性は、L27V変異体におけるその部位の残基と比較した場合に、その復帰変異が有害であることを示している。1を超える相対活性は、L27V変異体におけるその部位の残基と比較した場合に、その復帰変異が活性に対し都合が良いことを示している。これらの変異体に関するいくつかの追加のデータは、以下を示した。166K、54F、54AおよびL27Vを熱安定性について試験した。166K、54F、および54AのT
1/260℃は、それぞれ87、74、および33%であった。このことは、これらの置換が熱安定性における低減を引き起こすことを示している。これらの同一の4つの変異体のKm値は以下であった。天然セレンテラジンについては、L27Vは16μMであり、54Aは23μMであり、54Fは40μMであり、166Kは21μMであった。PBI−3939については、L27Vは18μMであり、54Aは62μMであり、54Fは163μMであり、166Kは23μMであった。このことは、L27Vに対する、特に54位の置換に対するより高い基質親和性を示している。
表15
【表15】
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【0245】
実施例23. 166位の変異解析
A. 166位の異なるアミノ酸の、ルシフェラーゼ活性に対する影響を評価するために、166位のアルギニン(R)残基を、pF4Agベクターの背景において(すなわち、野生型OgLuc配列(配列番号1)の背景において)先に記載した通りの部位特異的変異誘発を用いて、その他の19の各アミノ酸に置換した。その後これらの166位変異体を、前に記載した通りに大腸菌(E. coli)において発現させた。
【0246】
溶解物を作製するため、50μLの0.5×FASTBREAK(商標)細胞溶解試薬(プロメガ社)を、950μlの誘導された培養物に加え、混合物を22℃で30分間インキュベートした。解析のために、100μM PBI−3939、30μM 天然セレンテラジン、または22μM セレンテラジン−hのいずれかを含有する50μLのアッセイ試薬(先に実施例22Hで記載)の中で、50μLの溶解物を分析した。発光を前に記載した通りに測定した(
図30A〜C)。
図30A〜Cは、N166変異体の相対活性を示している。ウェスタン分析により、全ての変異体の比較できる発現が確認された(データ未記載)。
【0247】
B. 特定の1アミノ酸置換、L27V、A33N、K43R、M75K、T39T、L72QおよびF68Dを、野生型OgLucまたはN166Rバックグラウンドにおいて評価した。1アミノ酸置換を前に記載した通りの部位特異的変異誘発によって生成し、前に記載した通りに大腸菌(E. coli)において発現し、22μM 天然セレンテラジンを含有するアッセイ試薬(実施例22Hに先述)を用いて発光を測定した(
図30D)。ウェスタン分析により、全ての変異体の比較できる発現が確認された(データ未記載)。
【0248】
実施例24. 欠失変異体
以下のような欠失がL27V変異体に対してなされた:
表16
【表16】
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【0249】
OgLuc変異体L27VのN末端は、メチオニン、バリンおよびフェニルアラニン、すなわち、MVFである。番号付けの目的のために、フェニルアラニンを最初のアミノ酸と見なした。「Val−1」は、「MVF」におけるバリンが欠失されたことを表す。「MVF」のメチオニンは、これらの欠失に含まれた。L27欠失変異体を、前に記載した通りに、pF4Agベクターにクローニングし、大腸菌(E. coli)KRX細胞において発現させた。記載のように、誘導および溶解物調製を行い、溶解物をアッセイ試薬(前述;100μM PBI−3939)を用いて分析し、発光を前に記載した通りに測定した(
図31)。データは、OgLuc変異体のより小さな断片も発光を生じさせることがきることを示している。
【0250】
実施例25. OgLuc変異体のコドン最適化
A. IVおよび9B8
【0251】
IVおよび9B8 OgLuc変異体を、コドン最適化のためのテンプレートとして使用した。目的は、当業者には理解されるように、二重にあり、すなわち、1)OgLuc変異体の調節または発現を強力に干渉し得る、既知の転写因子結合部位、または他の制御配列、例えば、プロモーターモジュール、スプライス供与/受容部位、スプライスサイレンサー、コザック配列、およびポリAシグナルを除去すること、並びに、2)まれにしか使用されないコドンを除去し、大腸菌(E. coli)、ヒト、他の哺乳類、または他の真核生物の細胞において最も多く使用されるコドンを好むように、(タンパク質配列を変更しないサイレント変異によって)DNA配列を変更すること、である(Wada et al., Nucleic Acids Res., 18:2367 (1990))。
【0252】
opt(aka optA)およびoptBと称される、IVおよび9B8に対する2つの異なる最適化された配列を、各変異体に対して設計した。各変異体に対する最初の最適化された配列、すなわちopt/optAを、各部位に対する2つの最良の、すなわち最も一般的な、ヒトコドン(表17参照)を特定し、その後、各部位での取り込みのためにその2つのうち1つを無作為に選ぶことによって、設計した。optBバージョンのために、先の、コドン使用頻度最適化型、すなわちopt/optAを開始テンプレートとして用い、各コドンを、このコドン最適化戦略のために特定された前記2つの最良のヒトコドンのうちのもう一方で置き換えた。一例として、IVまたは9B8のいずれかの配列の3位にあるロイシンは、コドンTTGによってコードされる。TTGは、ヒト細胞のロイシンに対する前記2つの最も一般的なコドンのうちの1つではないため、該コドンを、ロイシンに対する代替的な、より一般的なコドン、CTC(opt/optA)またはCTG(optB)に変更した。これと同じ方法を配列中の全てのロイシンに対して繰り返し、アプローチの無作為性のため、最終的に、CTCコドンはoptBになることができ、CTGはoptAになることができた。最適化への、この2つのコドン使用頻度アプローチのために、配列opt/optAおよびoptBは、最大限にコドンが異なっていた。
表17:コドン最適化に使用されたコドン
【表17】
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【0253】
その後、それぞれの4つの配列(IVopt、IVoptB;9B8opt、9B8optB)を、転写因子結合部位または上記のような他の制御配列の有無について分析し(ゲノマティクスソフトウェア社(Genomatix Software)、ドイツ)、これらの望ましくない配列を、サイレントなヌクレオチド変更によって壊した。ヒトおよび大腸菌(E. coli)の両方について、まれではないコドンが他に存在したいくつかの場合では、たとえそれらが選択#1でも選択#2でもないが、これらのコドンのうちの1つを変更することによって、転写因子結合部位または他の調節要素を除去した(表18参照)。転写因子結合部位または他の調節要素の除去にまれなコドンの導入が関与した場合には、転写結合部位(または他の調節要素)は、通常変更されなかった。
表18:転写結合部位および他の調節要素を除去するために使用された追加のコドン
【表18】
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【0254】
IVのコドン最適化型(「IVopt」(配列番号22)および「IVoptB」(配列番号23))および9B8(「9B8opt」(配列番号24)および「9B8optB」(配列番号25))を、生成し、当該技術分野において周知の方法により、pF4Agにクローニングした。HEK293細胞を15,000細胞/ウェルで96ウェルプレートに播種し、37℃で一晩増殖させた。次の日、TRANSIT(登録商標)−LT1形質移入試薬(ミラスバイオ社(Mirus Bio))を用いて、細胞に、pF4Ag中にコドン最適化型をコードする100ngのプラスミドDNAを、6連のウェル中で一過的に形質移入し、37℃で一晩増殖させた。HEK293細胞に、GL4.13(Luc2/SV40)(Paguio et al., “pGL4 Vectors: A New Generation of Luciferase Reporter Vectors” Promega Notes, 89:7-10 (2005))またはpGL4.73(hRL/SV40)(同著)のいずれかも形質移入し、形質移入効率における差異に対して正規化した。10ng/形質移入または全導入DNAの10%が使用された。培地を除去し、細胞を、10mM CDTA、150mM KCl、10mM DTT、100mM HEPES(pH7.0)、35mM チオ尿素、および0.5% TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)を含有する100μLの溶解緩衝液で溶解させて、溶解物試料を作製した。溶解物試料の発光をTECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500ルミノメーターで以下のように測定した:hRLおよびOgLuc変異体について、10μLの溶解物試料を、20μMの基質(hRLに対しては天然セレンテラジン、そしてOgLuc変異体に対してはPBI−3939)を含有する50μLの溶解緩衝液を用いた場合の発光について分析した。ホタルルシフェラーゼであるLuc2(配列番号28および29)については、10μLの溶解物試料を、50μLのBRIGHT−GLO(商標)ルシフェラーゼアッセイ試薬(プロメガ社)を用いた場合の発光について分析した。
【0255】
図32は、OgLuc変異体のコドン最適化型を含有する溶解物について測定された発光の、hRLおよびLuc2との比較を示している。当該技術分野において周知の方法を用いて、hRLおよびOgLuc変異体はpGL4.13に対して正規化し、Luc2はpGL4.73に対して正規化した。
図32に示されるように、Luc2はhRLよりもおよそ14倍より高い発光を有した。OgLuc変異体はLuc2およびhRLと比較してより高い発光を有した。IVのコドン最適化型(「IVopt」および「IVoptB」)および9B8(「9B8opt」)は、非最適化型と比較して、増加した発光を示した。
【0256】
この最適化の結果、「opt/optA」バージョンは、ヒトHEK293細胞において、それらの親配列よりもより良好に発現されたが、一方で、「optB」バージョンは、親配列と比較して、HEK293細胞において同様には発現されなかった。
【0257】
B. L27V
【0258】
L27V変異体(配列番号88)を最適化して、一般的な脊椎動物応答要素(Genomatixデータベースにあるあらゆる転写因子結合部位(TFBS))の発生頻度を最小化した。L27V変異体の3つの差異について最適化型を作製した:
【0259】
1. L27V01−バージョン1(配列番号319)
個々のTFBSを除いて、プロモーターモジュールおよび他の全ての望ましくない配列要素(以下に追加の詳細)をヌクレオチド置換によって除去した。
【0260】
2. L27V02−バージョン2
L27V01を開始配列、すなわち親配列として使用し、高い厳密性の一致基準を用いて、多くのTFBSを可能な限り除去した(より高い厳密性は結合部位へのより良い一致に関与し、従って、より低い厳密性よりもより少ない一致しか発見しない)。L27V02に対して作製された、A(配列番号322)&B((配列番号318))という2つのバージョンがあった。これら2つのバージョンは、望ましくない配列要素を除去するために、各バージョンに対して、異なるコドンを選択することによって作製された。より低い厳密性でTFBSを探索することにより、両方のバージョンを分析した。
【0261】
3. L27V03−バージョン3(配列番号325)
L27V02B(配列番号318)を開始配列として使用した。より低い厳密性のTFBS一致を、可能であれば除外した。L27V03を、L27V02Aとはコドンが非常に異なるように、作製した。
【0262】
L27V最適化変異体を作製するのに、以下の基準を用いた:
【0263】
1. コドン使用頻度:好ましくは、最良の2つのヒトコドンを各アミノ酸に対して使用し(IV 変異体に対して行ったように)、まれなヒトコドン(HS;アミノ酸の10%未満をコード)の使用は避けた(表19)。まれな大腸菌(E. coli)コドン(EC)の使用は、望ましくない配列要素を除去するために、必要な場合に、用いた。
表19
【表19】
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【0264】
2. 可能であれば除去された望ましくない配列要素
【0265】
A. 制限酵素(RE)部位:クローニングに有用ではあるが、その他の点では読み取り枠(ORF)中に存在するべきではないRE部位を除去した。
【0266】
B. 真核生物配列要素:(+)mRNA鎖中の、スプライス供与部位およびスプライス受容部位、スプライスサイレンサー、コザック配列並びにポリA配列を除去した。
【0267】
C. 脊椎動物プロモーターモジュール(PM)(Genomatix分類中:脊椎動物)を除去した。
【0268】
D. 脊椎動物TFBS(Genomatix分類中:脊椎動物、一般的なコアプロモーター要素、および種々の他の配列)を可能であれば除去した。これは、L27V最適化型2および3にだけ適用され、バージョン1には適用されなかった。
【0269】
E. 大腸菌(E. coli)配列要素:大腸菌(E. coli)プロモーターを除去した。
【0270】
F. mRNA二次構造:5’末端付近の強固な二次構造(高いmRNA折り畳みエネルギー)(Zuker, Nucleic Acid Res. 31(13): 3406-3415 (2003))および他の強固なヘアピン構造を除去した。
【0271】
配列比較、対配列同一性パーセントが、表20に提供される(「()」はヌクレオチド差異の数を表す)。
表20
【表20】
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【0272】
実施例26. OgLuc変異体のシグナル安定性
A. 15C1、9BおよびIV
【0273】
PBI−3945を用いた場合の15C1のシグナル安定性、並びにPBI−3889を用いた場合の9B8のシグナル安定性を測定し、IVと比較した。15C1、9B8、またはIVをコードするプラスミドDNAを含む大腸菌(E. coli)を、8連で、増殖させて、前に記載した通りに誘導した。細胞を、300mM HEPES(pH8.0)、0.3×Passive Lysis Buffer(「PLB」;プロメガ社カタログ番号E194A)、0.3mg/mL リゾチーム、および0.003U/μL RQ1 デオキシリボヌクレアーゼを含有する溶解緩衝液を用いて溶解させた。溶解物を溶解緩衝液中で1:1000に希釈し、TECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500ルミノメーターを用いて発光を測定した。10μLの希釈溶解物試料に、150mM KCl、1mM CDTA、10mM DTT、100mM チオ尿素、0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、および20μMの新規セレンテラジンPBI−3945またはPBI3889のいずれかを含有する50μLの「Glo」0.5%TERGITOLアッセイ緩衝液(「0.5%TERGITOL」)を添加した直後に、測定を行った。
【0274】
試料にアッセイ緩衝液を添加した後、ある期間にわたって30秒毎にプレートを再読み取りすることによって、変異体のシグナル安定性を決定した。当該技術分野において周知の方法を用いて、これらの測定から、シグナル半減期を決定した。平均シグナル半減期を、変異体とIVの間で比較した。15C1および9B8の両方が少なくとも30分のシグナル半減期を有した(
図33)。PBI−3945を用いて分析された15C1は、t=0でより高い発光を有したが、そのシグナルは、PBI−3889を用いて分析された変異体9B8よりも、より急速に減衰した。t=10分で、PBI−3945を用いた場合の15C1の発光と、PBI−3889を用いた場合の9B8の発光は同等であった。
【0275】
B. 9B8opt+K33N
【0276】
9B8opt+K33N変異体のシグナル安定性を試験した。変異体を含有する大腸菌(E. coli)溶解物を調製し、アッセイ緩衝液が0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、100mM MES(pH6.0)、1mM CDTA、150mM KCl、35mM チオ尿素、2mM DTT、および20μM PBI−3939を含有する以外は前に記載した通りに、分析した。表22は、変異体のシグナル半減期を分単位で示しており、アミノ酸置換L27Vがシグナル安定性を向上させることを示している。
表22:細菌溶解物におけるOgLuc変異体のシグナル安定性
【表21】
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【0277】
L27V変異体(9B8+K33N+L27V+T39T+K43R+Y68D;配列番号88および89)のシグナルの活性および安定性を測定し、ホタル(Luc2)ルシフェラーゼおよびウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼのそれと比較した。L27V変異体、Luc2ルシフェラーゼおよびウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼを、HaloTag(登録商標)に融合し、大腸菌(E. coli)で発現させた。前記ルシフェラーゼを、製造業者のプロトコル(pFN18A;HaloTag(登録商標)タンパク質精製系)に従って、精製標識としてHaloTag(登録商標)を用いて精製した。10pMの各精製ルシフェラーゼ(0.01%PRIONEX(登録商標)を含有するフェノールレッドを含まないDMEMで希釈)を、次に等量のアッセイ試薬(100mM MES(pH6)、35mM チオ尿素、0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、1mM CDTA、2mM DTT、150mM KCl、並びにL27V変異体に対する100μM PBI−3939;ホタルルシフェラーゼに対するONE−GLO(商標)ルシフェラーゼアッセイ系(プロメガ社);およびウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼに対するRENILLA−GLO(商標)ルシフェラーゼアッセイ系(プロメガ社))と混合し、経時的に(3分、10分、20分、30分、45分および60分)、発光をモニターした。
図34A〜Bは、ホタルルシフェラーゼおよびウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼと比較した場合の、L27V変異体の高い比活性(
図34A)およびシグナル安定性(
図34B)を示している。
【0278】
実施例27. OgLuc変異体の酵素動態
A. IV、15C1、9B8、9F6および9A3
【0279】
当該技術分野において周知の方法を用いて、IV並びにIV変異体の15C1、9B8、9F6、および9A3を含有する大腸菌(E. coli)の溶解物を用いて、発光を測定する酵素反応動態アッセイを行った。溶解緩衝液がpH7.5である以外は実施例26に記載の通りに、細胞を誘導し、溶解させ、希釈した。先に実施例26に記載されるアッセイ緩衝液におけるPBI−3939の2倍連続希釈液を、希釈溶解物を用いて、アッセイした。
図35は、IVと、変異体15C1、9B8、9F6、および9A3の双曲線の一致を用いて算出されたKmおよびVmaxの値を示している。変異体9B8および9F6は、IVと比較してより高いKm値を有したが、他の変異体のKm値は変化が無かった。IVと比較した場合に、変異体15C1、9B8、および9F6は全てより高いVmax値を有したが、8A3はより低いVmax値を有した。
【0280】
15C1は、アミノ酸置換K33Nを含有するPBI−3945を用いた場合に最も高い発光を有したが、このことは、K33Nが増加した発光を提供したことを示している。9B8変異体を、この追加の置換を有するように作製し、この変異体に発光の向上を与えた。9B8および9F6の追加の変異体を、アミノ酸置換K33NまたはV38I(「9B8+K33N+V38I」および「9F6+K33N」)のうち少なくとも1つを有するように作製した。光出力および安定性の増加に対する、68位、72位、および75位でのアミノ酸置換の重要性を強調するために、変異体1D6を使用した。
図36は、IVと、変異体9B8、9B8+K33N+V38I、9F6、9F6+K33N、および1D6の双曲線当てはめ用いて算出されたKmおよびVmax値を示している。実際のKm値は、9B8および9F6に関して、
図35と
図36の間で異なっているが、変異体間の全体的な傾向は一貫していた。
【0281】
変異体9B8optおよび9B8opt+K33Nについての酵素動態、すなわちVmaxおよびKmの値を、大腸菌(E. coli)溶解物が、1mM CTDA、150mM KCl、2mM DTT、100mM MES(pH6.0)、35mM チオ尿素、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、10mg/mL 2−ヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリン、および20μM PBI−3939を含有する緩衝液を用いてアッセイされる以外は上記の通りに、決定し、比較した。発光を、TECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500ルミノメーターで測定した。
図37に示されるように、9B8opt+K33NのVmaxおよびKmの値は、9B8optよりもより高く、このことは、このクローンがより明るく、基質に対してより低い親和性を有することを示している。
【0282】
B. 9B8OPT+K33N変異体
【0283】
OgLuc変異体の酵素動態の値を、発光をGLOMAX(登録商標)ルミノメーターを用いて測定した以外は前に記載した通りに決定した。各変異体に対して、3連を用いた。表23は、HYPER.EXE、バージョン1.0を用いて算出した、平均Km値および平均Vmax値を、標準偏差(それぞれ「Km(+/−)」および「Vmax(+/−)」)と共に示している。
表23:OgLuc変異体のVmax(RLU/0.5秒)およびKm(μM)の値
【表22】
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【0284】
実施例28. OgLuc変異体のタンパク質安定性
ルシフェラーゼタンパク質の安定性は発光に影響を及ぼす別の因子であるため、変異体のタンパク質安定性、すなわち熱安定性が決定された。
【0285】
A. 15C1、9B8、9F6、8A3およびIV
【0286】
15C1、9B8、9F6、8A3またはIVを含む大腸菌(E. coli)およびhRL(配列番号30および31)を発現する大腸菌(E. coli)の溶解物を、前に記載した通りの誘導された培養物から調製した。溶解物試料を、0.1%ゼラチンと共に10mM HEPES(pH7.5)を含有する緩衝液で1:1000に希釈した。希釈された溶解物(100μL)試料を、レプリケート96ウェルプレート中で、50℃でインキュベートした。異なる時点で、プレートを−70℃(マイナス70摂氏温度)に置いた。前に記載した通りに発光を測定する前に、各プレートを室温すなわち22℃で10分間解凍した。試料(10μLの各解凍試料)を、天然セレンテラジンを基質として用いてアッセイした。各時点のプレートにアッセイ緩衝液を添加した直後に発光を測定した。タンパク質の半減期は、タンパク質安定性を示すものであったが、これは当該技術分野において周知の方法を用いて各時点の発光データから算出された。
【0287】
表24は、分(時間)単位でそれぞれ630.1(10.5)、346.6(5.8)、770.2(12.8)および65.4(1.1)の半減期を有する変異体15C1、9B8、9F6、および8A3のタンパク質安定性を示している。比較すると、hRLは9.6分の半減期を有し、一方でIVは27.2分の半減期を有した。表24はまた、4時間の時点で、15C1、9B8、および9F6それぞれの79%、61%、および80%が活性状態を維持していたことを示している。
表24:50℃でのOgLuc変異体のタンパク質安定性
【表23】
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【0288】
B. 1D6、9B8、9B8+K33N+V38I、9F6、9F6+K33N、およびIV
【0289】
1D6、9B8、9B8+K33N+V38I、9F6、9F6+K33N、またはIVを含む大腸菌(E. coli)の溶解物を、前に記載した通りに、誘導された培養物から調製し、発光についてアッセイした。溶解物のタンパク質安定性、すなわち熱安定性を、本実施例中の上記の通りにアッセイした。
図38は、インキュベーション期間の開始時点、すなわちt=0で天然セレンテラジンを基質として用いて測定された、50℃での変異体の分(分)単位の半減期、および試料の発光を示している。変異体9B8+33+38と9F6の差異は、1つのアミノ酸置換、L27Vであったが、このことは、このアミノ酸置換が安定性を増加させたことを示している。68位、72位、および75位における「活性/発現」置換の付加が、安定性を増加させた。
図38は、K33Nがより大きな熱安定性を変異体9F6に与えたこと、並びに変異体9B8が変異体1D6よりもより大きな光出力および安定性を有したことを示している。これら2つの変異体の差異、すなわち、9B8が追加のアミノ酸置換F68Y、L72Q、およびM75Kを有していることは、これら3つの置換の重要性を示すものである。
【0290】
熱安定性に加えて、発現、安定性、および溶解性により決定される構造的完全性もまた、発光に影響を及ぼし得る。改善された変異体の構造的完全性をさらに試験するする手段として、pF4Agベースの(すなわち、HT7無し)OgLuc変異体N166R(米国特許仮出願番号第12/773,002号(米国特許出願公開第2010/0281552号)において先に記述される)、C1+A4E、IV、9B8、および9F6を含むKRX大腸菌(E. coli)を、ルリアブロス培地(LB)中37℃で、OD
600=0.6まで増殖させ、その後ラムノース(0.2%最終濃度)の添加により過剰発現を誘導した。2連で誘導された培養物を、次に25℃または37℃のいずれかで17時間増殖させ、その時点で、全画分(T)および可溶性画分(S)を調製し、ゲルを染色するのにSIMPLYBLUE(商標)SafeStain(インビトロジェン社)を用いて、SDS−PAGEで分析した(
図39A〜B)。hRLおよびLuc2を、対照として使用した。
【0291】
25℃で誘導が起こったとき、OgLuc変異体、hRLおよびLuc2は、十分に発現され、可溶性であった(
図39A;N166R変異体を除くOgLuc変異体の「可溶性」画分におけるおよそ19kDaの暗いバンド、並びにhRLおよびLuc2それぞれの「可溶性」画分におけるおよそ36kDaおよび64kDaのバンドに注目)。対照的に、37℃ではC1+A4E、IV、9B8、および9F6は十分に発現されたが(「全」画分に示されるように、hRLまたはLuc2よりも有意により良く)、上昇した誘導温度が用いられた場合、9B8変異体および9F6変異体のみが可溶性であった(
図39B参照;9B8および9F6の「可溶性」画分におけるおよそ19kDaの暗いバンドに注目)。これらの結果は、表24および
図38に示される熱安定性データに追従するものである。
【0292】
C. 9B8OPTおよび9B8OPT+K33N
【0293】
変異体9B8optおよび9B8opt+K33Nの熱安定性を比較した。変異体9B8optまたは9B8opt+K33Nを含む大腸菌(E. coli)溶解物を、以下の例外はあるが前に記載した通りに、調製して分析した:溶解物を前に記載した溶解緩衝液中で1:100に希釈し、同一実験の希釈溶解物をサーモサイクラー中60℃でインキュベートした。異なる時点で一定分量を取り出し、ドライアイス上に置いて、試料を凍結した。凍結された溶解物を22℃で解凍し、20mM CDTA、150mM KCl、10mM DTT、20μM PBI−3939、100mM HEPES(pH7.0)、35mM チオ尿素、および0.1%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)を含有する緩衝液を用いて、アッセイした。発光をGLOMAX(登録商標)ルミノメーター(プロメガ社)で測定した。
図40Aは、分単位の時間にわたって測定された、RLU単位の発光の自然対数(ln)値という、光出力の経時変化を示している。
図40Bに示されるように、9B8opt+K33Nは60℃で6.8時間の半減期を有し、これは9B8optの半減期5.7時間よりも長かった。
【0294】
表25は、9B8optおよび9B8opt+K33Nの60℃での熱安定性(「T
1/2(60℃)」)、並びにインキュベーション期間の開始時点(すなわち、t=0)での発光(「RLU」)データを示している。9B8opt+K33Nは、9B8optよりも、より安定でおよそ1.8倍明るかったが、このことは、アミノ酸置換K33Nがより大きな光出力およびより高い熱安定性の両方を与えたことを示している。
表25:9B8optおよび9B8opt+K33Nの熱安定性および発光データ
【表24】
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【0295】
D. 9B8+K33N変異体
【0296】
60℃での変異体の熱安定性を、アッセイ緩衝液がHEPESの代わりに100mM MES(pH6.0)を含有したこと以外は上記の通りに、調べた。表26および
図41は、60℃での変異体の半減期を時間単位で示している。データは、アミノ酸置換L27Vが熱安定性を向上させたことを示している。
表26:60℃でのOgLuc変異体の熱安定性
【表25】
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【0297】
変異体9B8およびV2(9B8+K33N+T39T+K43R+Y68D)も、それらの安定性を決定するために、HEK293細胞においてスクリーニングした。前に記載した通りに、変異体をpF4Agにクローニングし、HEK293細胞(15,000細胞/ウェル)に形質移入した。形質移入後、細胞をアッセイ試薬(前に記載した通りに;PBI−3939無し)中に溶解させ、20μM PBI−3939を含むアッセイ試薬を用いて、発光を測定した。9B8は5.2時間の半減期を有し、一方、V2は16.8時間の半減期を有した。これは、大腸菌(E. coli)におけるこれらの変異体について分かった半減期と一致している(表26)。
【0298】
E. L27V変異体
【0299】
L27V変異体(9B8+K33N+L27V+T39T+K43R+Y68D)の活性を、様々なpH、および異なる塩条件で評価した。9B8および9B8+K33Nは、pH6およびpH7において同様の安定性を有することが前もって示された(データ未記載)。様々な塩条件での活性を評価するために、20μM PBI−3939および変動量のKClまたはNaClを含む50μLのアッセイ緩衝液を、L27V(pF4Ag)を一過的に形質移入されたHEK293細胞50μLと混合した。発光を測定し、活性パーセント(塩無しに対する発光の割合)を決定した(
図42B)。様々なpHにおける活性を評価するため、様々なpH値に対し用量設定された、100mM クエン酸塩、100mM MES、100mM PIPES、100mM HEPES、100mM TAPS、0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、0.05%MAZU(登録商標)DF204、1mM CDTA、および1mM DTTを含有する試薬を作製した。アッセイ試薬中の362pM L27Vを、基質である100μM PBI−3939と混合し、発光を測定した(
図42A)。
【0300】
実施例29. OgLuc変異体のゲル濾過クロマトグラフ分析
【0301】
A. C1+A4Eおよび9B8
ゲル濾過分析を用いて理論値に基づく精製OgLucタンパク質の予想分子量を検証し、それによりそれらのオリゴマー状態を決定した。OgLuc変異体C1+A4Eおよび9B8の相対的流体力学的体積の比較を、ゲル濾過クロマトグラフィーによって行った。この分析のために、OgLuc変異体、C1+A4Eおよび9B8のヌクレオチド配列を、HQ−Tagged FLEXI(登録商標)ベクター(プロメガ社)にクローニングし、大腸菌(E. coli)KRX細胞において過剰発現される、N末端にHQHQHQ標識されたタンパク質を生成した。過剰発現されたタンパク質を、HISLINK(商標)タンパク質精製系(プロメガ社)を用い、製造業者の取扱説明書に従って、精製した。個々の標準タンパク質および試料タンパク質の試料を、ゲル濾過クロマトグラフィーで分析した。このゲル濾過クロマトグラフィーは、24℃、アジレント1200HPLC上で、Superdex200 5/150GLカラム(GEヘルスケア社)を用いて、0.25mL/分の流速で行われた(
図43A〜B)。移動相(すなわち、泳動緩衝液)は、50mM トリスおよび150mM NaClから構成されていた(pH7.5)。タンパク質の溶出を214nmおよび280nmでモニターした。標準的な検量線を、以下を用いて作成した:1)オボアルブミン、43kDa(GEヘルスケア社)、2)炭酸脱水酵素、29kDa(シグマ社)および3)ミオグロビン、17kDa(ウマ心筋、シグマ社)。精製タンパク質の分子量を検量線から直接算出した。
【0302】
このカラムを用いて観察されたタンパク質の相対的な溶出は、7.98分にオボアルブミン、8.65分に炭酸脱水酵素、8.97分に9B8、および9.06分にミオグロビンであった(
図43A〜B)。
図43Bに示されるように、9B8は21kDaのタンパク質(予想MWはおよそ19kDa)として溶出されたが、このことは9B8変異体が単量体として存在したことを示しており、一方、C1+A4Eはおよそ4.3分に溶出され(
図43A)、このことは、C1+A4Eが多量体、例えば、恐らくは四量体複合体またはより大きな何かとして、発現され存在していることを示している。
【0303】
B. L27V 変異体
【0304】
OgLuc変異体L27Vが単量体状態で存在することを示すために、ゲル濾過分析を用いて理論値に基づく精製L27Vタンパク質の予想分子量を検証し、それによりそれらのオリゴマー状態を決定した。L27V変異体の相対的流体力学的体積をゲル濾過クロマトグラフィーによって作製した。この分析のために、L27V変異体のヌクレオチド配列をHaloTag(登録商標)ベクターpFN18A(プロメガ社)にクローニングし、大腸菌(E. coli)KRX細胞(プロメガ社)において過剰発現されるHaloTag(登録商標)末端標識化タンパク質を生成した。過剰発現されたタンパク質を、HaloTag(登録商標)タンパク質精製系(プロメガ社)を用い、製造業者の取扱説明書に従って精製した。個々の標準タンパク質および試料タンパク質の試料を、24℃、アジレント1200HPLC上で、Superdex200 5/150GLカラム(GEヘルスケア社)を用いて、0.25mL/分の流速で行われるゲル濾過クロマトグラフィーで分析した(
図56)。移動相(すなわち、泳動緩衝液)は、50mM トリスおよび150mM NaClをから構成されていた(pH7.5)。タンパク質の溶出を214nmおよび280nmでモニターした。標準的な検量線を、以下を用いて作成した:1)オボアルブミン、43kDa(GEヘルスケア社)、2)ミオグロビン、17kDa(ウマ心筋、シグマ社)、および3)リボヌクレアーゼ、14kDa(ウシ膵臓、GEヘルスケア社)。
図44に示されるように、L27V変異体は24kDaのタンパク質(予想MWはおよそ19kDa)として溶出され、このことは、L27V変異体が単量体として存在していたことを示している。
【0305】
実施例30. OgLuc変異体のタンパク質発現レベル
A. IV、8A3、8F2、9B8、9F6および15C1
【0306】
タンパク質発現の正規化によって、比活性における潜在的な差異についての情報が得られた。タンパク質発現を定量するための手段を提供するため、前に記載した通りに、OgLuc変異体をC末端HT7を含有するpF4Agベクターにクローニングし、OgLuc変異体−HT7融合タンパク質を生成した。以下の融合タンパク質を生成した:IV−HT7(配列番号48および49)、8A3−HT7(配列番号34および35)、8F2−HT7(配列番号50および51)、9B8−HT7(配列番号36および37)、9F6−HT7(配列番号38および39)、および15C1−HT7(配列番号52および53)。OgLuc変異体−HT7融合体を含む大腸菌(E. coli)を、前に記載した通りに、増殖させて誘導した。900μLの細胞培養物を100μLの10×FASTBREAK(商標)細胞溶解試薬(プロメガ社)で溶解させた。HaloTag(登録商標)TMR−リガンド(プロメガ社)を、各細菌溶解物試料に加えて、0.5μMの最終濃度を得た。細菌溶解物を、製造業者の説明書に従って、室温で30分間、HaloTag(登録商標)TMR−リガンドと一緒にインキュベートした。10μLの各試料を1×FASTBREAK(商標)で1:1に、すなわち、10μLの試料:10μLの1×FASTBREAK(商標)に希釈した。各試料について、15μLの溶解物および15μLの1:1希釈物を、SDS PAGEによって分析した。標識化融合タンパク質をSDS−PAGEで分離し、SIMPLYBLUE(商標)SafeStainで染色し(
図45A)、蛍光画像作成を行った(GEヘルスケア社製Typhoon)。バンドを、Imagequantソフトウェア(GEヘルスケア社)を用いて定量化した。
図45Bは、IV−HT7に対して正規化された、IV−HT7(「IV」)、15C1−HT7(「15C1」)、9B8−HT7(「9B8」)、9F6−HT7(「9F6」)、および8F2−HT7(「8F2」)の、
図45Aから測定されたバンド体積を示している。データは、IV変異体が、IVと比較して、十分に発現されていることを示している。
【0307】
B. 9B8opt、V2およびL27V
【0308】
9B8opt、V2およびL27Vの発現レベルおよび溶解性を比較した。これら3つの変異体は、pF4Agバックグラウンドの背景において、大腸菌(E. coli)KRX細胞を形質転換するのに使用された。得られたクローンを発現実験に使用し、発現実験では、単一コロニーを30℃で一晩増殖させ、LBで1:100に希釈し、およそ0.5のOD
600まで増殖させ、その後、0.2%ラムノースを用いて、25℃で18時間誘導した。次に細胞を、0.5×FASTBREAK(商標)溶解試薬(プロメガ社)の存在下で、室温で30分間インキュベートし、得られた溶解物を−20℃で保存した。氷上でゆっくりと解凍した後、4℃、10分間の高速遠心分離によって可溶性画分を調製した。次に、未精製の全画分(T)および可溶性画分(S)を、発現レベルについて、SDS−PAGE+Simply blue染色(
図46A)、並びに発光測定(
図46B)によって分析した。発光測定のために、96ウェルマイクロタイタープレート中の50μLの可溶性溶解物を、50μLのアッセイ試薬(前述;40μM PBI−3939)と混合し、TECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500マルチ検出プレートリーダーを用いて発光を測定した。これらの結果は、発現レベルおよび溶解性に関しての、これら3つの変異体の順位が、L27V>V2>9B8optであることを示している。
【0309】
実施例31. 哺乳類細胞で発現されるOgLuc変異体の輝度
A. IVおよび9B8
【0310】
pF4Agベクター(すなわち、HT7無し)中のIVおよび9B8変異体を、HEK293細胞における輝度について評価した。hRLを対照として使用した。簡潔に説明すると、15,000細胞/ウェルで96ウェルプレートに播種されたHEK293細胞に、TRANSIT(登録商標)−LT1を用いて、種々の変異体および/または制御配列をコードするプラスミドDNAを一過的に形質移入した。細胞を実施例25に記載の通りに、増殖させ、溶解させ、処理した。細胞に、形質移入対照としてpGL4.13(プロメガ社)を同時形質移入した(10ng/形質移入または全導入DNAの10%を使用)。発光を、hRLに対する基質として天然セレンテラジンを用いて、またはOgLuc変異体に対する基質としてPBI−3939を用いて、前に記載した通りに測定した。OgLuc変異体データを、Luc2の発光(すなわち、ルシフェリン基質添加後の発光測定)を用いて、形質移入効率に対して補正した。OgLuc変異体IVおよび9B8は、hRL(「ウミシイタケ属(Renilla)」)と比較した場合に、より大きな発光を有した(
図47)。
【0311】
哺乳類細胞においての、1モルあたりでの輝度の比較のために、実施例30に記載の変異体9B8のC末端HT7融合タンパク質(「pF4Ag−OgLuc−9B8−HT7」)を分析し、C末端HT7−hRL融合タンパク質(「pF4Ag−ウミシイタケ属(Renilla)−HT7」)およびC末端HT7−Luc2融合タンパク質(「pF4Ag−Luc2−HT7」)と比較した。HEK293細胞(15,000)を播種し、37℃で一晩増殖させた。これらの細胞に、pF4Ag−ウミシイタケ属(Renilla)−HT7、pF4Ag−Luc2−HT7、またはpF4Ag−OgLuc−9B8−HT7からの、100ngのDNAを形質移入し、37℃で一晩増殖させた。培地を除去し、前に記載した通りに細胞を溶解させた。10μLの各試料を、Luc2に対して50μLのBRIGHT−GLO(商標)、hRLに対して50μLの20μM 天然セレンテラジン、および変異体9B8に対して50μLの20μM PBI−3939を用いた場合の発光(RLU)について、アッセイした。
【0312】
6個のウェルから得られた溶解物をプールし、実施例30に記載の通りにHaloTag(登録商標)TMR−リガンドでタグ付けした。タグ化融合タンパク質をSDS−PAGEで分離し、蛍光画像作成を行った(GEヘルスケア社製Typhoon)。バンド密度を測定して、各々のルシフェラーゼ酵素の存在するモルの相対数を定量化し、各試料のRLU値を算出されたバンド密度に対し正規化して、各タンパク質の発現レベルを正規化した。すなわち、RLUをTMRタグ定量化を用いて正規化した(
図48)。モル対モル基準で、9B8変異体はLuc2よりもおよそ15倍明るく、hRLよりも100倍を超えて明るかった。このデータは比活性における差異を表すものであった。
【0313】
B. 9B8optおよび9B8opt+K33N
HEK293細胞で発現された変異体9B8optおよび9B8opt+K33Nの輝度を、実施例31においてHT7を含まない変異体について記載された通りに、測定して比較した。変異体DNAを含有する30ngおよび100ngのプラスミドDNAを、HEK293細胞に形質移入するのに用いた。1mM CTDA、150mM KCl、2mM DTT、100mM MES(pH6.0)、35mM チオ尿素、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、および10mg/mL 2−ヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリンを含有する溶解緩衝液で細胞が溶解されたこと以外は実施例31に記載の通りに、細胞を増殖させて誘導した。溶解物を、20μM PBI−3939を含有する溶解緩衝液を用いてアッセイし、TECAN(登録商標)GENIOS(商標)プロ・ルミノメーターで発光を測定した。
図49に示されるように、9B8opt+K33Nは、HEK293細胞において、9B8optと比較してより大きな発光を有し、これは、表25および
図29における細菌中の発現データに追従するものである。
【0314】
C. 9B8+K33N変異体
【0315】
HEK293細胞およびNIH3T3細胞において発現された変異体の輝度を、前に記載した通りに測定した。変異体の発光を、9B8optにより発せられた発光に対して正規化した(表27)。
表27:NIH3T3細胞およびHEK293細胞においてOgLuc組み合わせ変異体によって発せられた発光の増加
【表26】
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【0316】
D. L27V
【0317】
単独のホタルルシフェラーゼおよび融合体としてのホタルルシフェラーゼに対する、L27V変異体の発光の比較を行った。HEK293細胞およびHeLa細胞を、それぞれ15,000細胞/ウェルおよび10,000細胞/ウェルで12ウェルプレートのウェルに播種し、37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。次に、細胞に、L27VまたはLuc2を含有するpF4Agの連続希釈物を形質移入した。20ngのpGL4.13(プロメガ社)をL27Vと共に同時形質移入し、20ngのpGL4.73(プロメガ社)をLuc2と共に同時形質移入して、L27VまたはLuc2プラスミドDNAのより低い希釈物のための担体DNAとして機能させた。次に、TRANSIT(登録商標)−LTI形質移入試薬を用い、製造業者の取扱説明書に従って、プラスミドDNAを細胞(各細胞型の各希釈に対し6連で)に形質移入した。次に、細胞を37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。
【0318】
形質移入後、培地を細胞から除去し、0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)を含有する100μLのPBSを加え、室温で10分間振盪した。10μLの各細胞溶解物を、ONE−GLO(商標)ルシフェラーゼアッセイ系(プロメガ社;Luc2)またはアッセイ試薬(20μM PBI−3939を用いる実施例22H;OgLuc)を用いて、アッセイした。HEK293(
図50A)およびHeLa細胞(
図50B)について、前に記載した通りに発光を測定した。
【0319】
融合パートナーとしてのL27VおよびLuc2の比較を、上記の通りに行った。L27VおよびLuc2を、pF4AgにおいてHaloTag(登録商標)タンパク質に融合させた。
図50C〜Dは、HEK293(
図50C)およびHeLa細胞(
図50D)において、異なる融合体を用いた場合に測定された発光を示している。
【0320】
発光の測定に加えて、タンパク質発現も分析した。形質移入を上記の通りに行った。形質移入後、培地を細胞から取り除き、細胞を1×PBSで洗浄した。1μM HaloTag(登録商標)TMRリガンド(プロメガ社)および20U デオキシリボヌクレアーゼIを含有する100μLの0.1×Mammalian Lysis Buffer(プロメガ社)を加え、細胞を室温で45分間、ゆっくり振盪しながらインキュベートした。次に、細胞試料を−20℃で凍結した。タンパク質分析のために、32.5μLの4×SDSローディングダイを各試料に加え、試料を95℃で2分間加熱した。次に、10μLの試料をSDS−PAGEゲル上に添加し、前に記載した通りにTyphoon Scannerで画像処理した(
図50E)。
【0321】
実施例32. ホタルルシフェラーゼと比較した場合の精製OgLuc変異体の輝度
実施例33に記載の通りに、9B8OgLuc変異体を過剰発現させて精製した。希釈された酵素および基質間の反応は、以下の2×緩衝液/アッセイ試薬を用いて行われた:100mM MES(pH6.0)、1mM CDTA、150mM KCl、35mM チオ尿素、2mM DTT、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、0.025%MAZU(登録商標)DF204、10mg/mL 2−ヒドロキシ−β−シクロデキストリン、および20μM PBI−3939。精製された酵素および基質の最終的なアッセイ濃度は、それぞれ0.5pMおよび10μMであった。同時に、希釈された精製ホタルルシフェラーゼ(すなわち、QUANTILUM(登録商標)組換えルシフェラーゼ(プロメガ社))と希釈された精製ルシフェリンの反応を分析した。ホタルルシフェラーゼ反応用のアッセイ緩衝液/試薬はBRIGHT−GLO(商標)であり、その最終アッセイ濃度は0.5pM 酵素および500μM ルシフェリンであった。各反応用の緩衝液/試薬は「白熱(glow)」動態を与えることが知られており、15分の時点が発光データを収集するのに用いられた。この実験から得られた結果は、PBI−3939を用いる9B8opt(19,200RLU)が、BRIGHT−GLO(商標)を用いるQUANTILUM(登録商標)組換えルシフェラーゼ(2,300RLU)のおよそ8倍より明るかったことを示した。
【0322】
実施例33. 阻害分析
非特異的相互作用に対するOgLuc変異体の感受性を決定するために、9B8およびL27V変異体の活性を、LOPAC(薬理的活性化合物のライブラリー)ライブラリーに対して、スクリーニングした。前記化合物をDMSO中で1mMに希釈することにより、LOPAC1280ライブラリー(シグマ社)を作製した。アッセイの当日、前記化合物を1×PBS中で20μMに希釈し、10μLを96ウェルの白色プレートに移した。各ウェルに、Glo溶解緩衝液(プロメガ社)中で10
-4に希釈された、10μLの精製された9B8、L27Vまたはホタルルシフェラーゼ(Luc2)酵素を加え、室温で2分間インキュベートした。試料に、20μLのアッセイ試薬(1mM CDTA、150mM KCl、2mM DTT、100mM MES(pH6.0)、35mM チオ尿素、0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)および60μM PBI−3939)を加え、3分間インキュベートし、TECAN(登録商標)GENIOS(商標)プロ・ルミノメーターで発光を測定した。ホタルルシフェラーゼをアッセイするために、製造業者のプロトコルに従ってBRIGHT−GLO(商標)アッセイ試薬(プロメガ社)を使用した。陰性対照として、各プレートの8ウェルには、1×PBS+2%グリセロールが含められた。陽性対照として、各プレートの8ウェルには、2%DMSO中の2mM スラミンまたは2%DMSO中の2mM ルシフェラーゼ阻害剤1(カルバイオケム社)が含まれた。LOPACライブラリーの事前のスクリーニング(すなわち、LOPACライブラリーを、20μMというより低い基質濃度の9B8変異体を使用してスクリーニングした)において、スラミンはOgLucの阻害剤であることが特定された。
【0323】
図51における結果は、LOPACライブラリー中の化合物とL27Vの間の非特異的相互作用が、概して低頻度であることを示している。このことは、生細胞ベースの型式(例えば、高処理スクリーニング系)を含む、多様な化学物質および治療薬候補の大規模なライブラリーに対するスクリーニング手段として、L27Vを使用できる可能性を示している。
【0324】
阻害耐性をさらに試験するために、精製された9B8およびL27Vを、様々な濃度のスラミン(シグマ社S−2671)およびチロホスチンAG835(「Tyr ag835」)(シグマ社T−5568)に対して、スクリーニングした(
図52A〜C)。
図52E〜Dは、スラミンおよびTyr ag835それぞれの化学構造を示している。精製された9B8およびL27Vを上記の通りに調製した。阻害剤の連続希釈物(0、2μM、6μM、20μM、60μM、200μMおよび2mM)を、2%DMSOを含む1×PBS中で調製した。96ウェル白色アッセイプレートのウェルに、10μLの希釈酵素および10μLの希釈阻害剤を加え、室温で2分間インキュベートした。20μLのアッセイ試薬(上記)を加え、GLOMAX(登録商標)−96ルミノメーターで発光を測定した(
図52A〜C)。
図52A〜Bは、9B8およびL27Vの、スラミン(
図52A)およびTyr ag835(
図52B)に対する用量反応曲線を示している。
図52Cは、9B8およびL27Vに対するスラミンおよびTyr ag835の50%阻害濃度(IC
50)を示している。データは、L27Vが、多様な化学物質および/または治療薬候補の大規模ライブラリーに対するスクリーニング手段として使用でき得る、頑強なレポーターであることを示している。
【0325】
実施例34. 非特異的タンパク質相互作用に対する抵抗性
1. 精製9B8酵素および精製L27V酵素を、0.5mg/mL BSAを含有する、または含有しない緩衝液(1×PBS、1mM DTT、および0.005%IGEPAL(登録商標)CA−630)中で1:10に連続希釈して(4セットの各希釈物)、200μLをPCRストリップ管に入れた。試料を60℃でインキュベートし、0時間、2時間、4時間、および6時間の時点で、各変異体について1セットの希釈物を−70℃に移行させた。
【0326】
活性を分析するために、試料を水浴中で室温まで解凍した。50μLのアッセイ試薬(前に記載した通り、100μM PBI−3939を含む)を加え、TECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500プレートリーダーで、発光を1分ごとに30分間測定した。活性を、1×10
6および1×10
7希釈物の平均発光を用いて算出した(
図53)。
【0327】
2. プラスチックに対するOgLuc変異体の反応性を示すために、精製9B8および精製L27Vを、ポリスチレンプレートに曝して、それらの活性を測定した。
【0328】
0.1%PRIONEX(登録商標)を含むフェノールレッドを含まないDMEM中の、50μLの精製9B8(45.3pM)および精製L27V(85.9pM)を、96ウェルのポリスチレンマイクロタイタープレートのウェルに、60分、40分、20分および0分の時点で入れた。試料に、20μM PBI−3939を含有する50μLのアッセイ試薬(上記)を加え、室温で5分間インキュベートした。発光を前に記載した通りに測定し、活性パーセントを決定した(
図54;時間0に対する発光の割合)。
【0329】
実施例35. 翻訳後修飾
OgLuc変異体が、哺乳類細胞で発現された場合に何らかの翻訳後修飾を経るかどうかを決定するために、哺乳類細胞および大腸菌(E. coli)の両方において、9B8およびL27V変異体を発現させ、質量分析(MS)によって分析した。
【0330】
9B8およびL27V変異体を、N末端HaloTag(登録商標)融合体(大腸菌(E. coli)に対してはpFN18K;HEK293細胞に対してはpFN21K)として、HEK293細胞および大腸菌(E. coli)KRX(プロメガ社)細胞中で発現させ、HaloTag(登録商標)タンパク質精製系(プロメガ社)を用い、製造業者の説明書に従って、精製した。およそ5ピコモルの精製酵素を、LTQ Orbitrap Velos質量分析計(サーモサイエンティフィック社)に連結されたC4カラム(ウォーターズ社製Xbridge BEH300、3.5μm)を用いるLC/MSによって分析した。検出のためにLTQを用いて600〜2000m/zからデータを得て、MagTran v1.03ソフトウェアを用いて処理した(Zhang et al., J. Am. Soc. Mass Spectrom., 9:225-233 (1998))。無修飾OgLuc変異体、すなわち、いかなる翻訳後修飾も存在しないOgLuc変異体の、19,665Daという算出された質量と比較して、精製された酵素は両方とも19,666Daという実験的に決定された質量を有していた。
【0331】
実施例36. OgLuc変異体の転写レポーターとしての評価
A. IV
【0332】
転写レポーターとしてのOgLuc変異体の使用を試験した。cAMPの転写レポーターを生成するために、hRLおよびIVを、当該技術分野において周知の方法を用いて、バルナーゼ配列(barnase sequence)を含有する改変されたpGL4ベクター(プロメガ社)にサブクローニングし、目的のDNA断片で置き換えた。フォルスコリン(FSK)等のcAMP作動薬での刺激の際に、cAMPを蓄積している細胞が前記レポーターを活性化して発光するように、改変されたpGL4のリーダー配列は最小プロモーターおよびcAMP応答要素(CRE;配列番号96)を含有していた。この実験では、hRLまたはIVいずれかの転写レポーターコンストラクトの2ngのDNAが、実施例25に記載の通りに、HEK293細胞の形質移入に使用された。形質移入から24時間後、細胞を100μM FSKで処理した。FSKで処理しなかった細胞は対照として使用した。6時間後、レポーター試薬を、処理細胞および対照細胞に加えた。hRLについては、レポーター試薬はRenilla−Glo(商標)試薬(プロメガ社)であった。IVについては、レポーター試薬は1mM CDTA(pH5.5)、150mM KCl、10mM DTT、0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、20μM セレンテラジン−h、および150mM チオ尿素を含有していた。10分後、Varioskan(登録商標)Flash(サーモサイエンティフィック社)で発光を読み取った。
【0333】
図55は、FSKで処理された(「+FSK」)または処理されていない(「−FSK」)、hRL(「ウミシイタケ属(Renilla)」)またはIV転写レポーターを含有するHEK293細胞の正規化された発光を示している。応答、すなわち、発光における誘導倍率または増加倍率(「倍率」)を、処理細胞(+FSK)からの発光を対照細胞(−FSK)からの発光で除算することによって決定した。
図55に示されるように、hRLについての応答は50未満であり、一方、IVについては、応答は300を超えており、このことは、転写レポーターとしてのIVの用途を明らかにするものである。
【0334】
B. 9B8および9B8opt
【0335】
転写レポーターとしての変異体9B8および9B8optの使用も、以下の変更を加えてIV転写レポーターについて先述される通りに試験して、hRLおよびLuc2転写レポーターに対して比較した。変異体9B8または9B8optのいずれかを含有するcAMPの転写レポーターを、上記の通りに生成した。FSK誘導の6時間後、培地を細胞から除去して、実施例25に記載の100μLの溶解緩衝液で置き換え、溶解物を生成した。FSKで処理されたか、または処理されていない形質移入細胞の溶解物を、実施例25に記載される通りに、発光についてアッセイした。10μLのLuc2溶解物を、50μLのBRIGHT−GLO(商標)ルシフェラーゼアッセイ試薬を用いてアッセイした。10μLのhRL溶解物を、20μM 天然セレンテラジンを含有する50μLの溶解緩衝液を用いてアッセイした。10μLの変異体9B8および9B8opt溶解物を、20μM PBI−3939を含有する50μLの溶解緩衝液を用いてアッセイした。
【0336】
図56は、FSKで処理された(「誘導」)または処理されていない(「基底」)、9B8、9B8opt、hRL、またはLuc2転写レポーターを含有するHEK293細胞の正規化された発光を示している。応答、すなわち、発光における誘導倍率または増加倍率(「倍率」)を、誘導された発光を基底の発光で除算することによって決定した(
図56)。誘導倍率の値はLuc2以外の各レポーターについて同様であるが、誘導された9B8opt転写レポーターによって生じた発光は、誘導されたウミシイタケ属(Renilla)転写レポーターよりもおよそ2.5対数より高く、Luc2転写レポーターよりもおよそ1.5対数より高かった。
図56は、転写レポーターとしての9B8および9B8optの使用を示す。
【0337】
C. 9B8optおよび9B8opt+K33N
【0338】
変異体9B8optおよび9B8opt+K33Nを、溶解性転写レポーターアッセイにおいて比較した。変異体9B8opt+K33Nを、サイクリックAMP応答要素(CRE)を含有するpGL4.29ベクター(プロメガ社)に、当該技術分野において周知の方法を用いてクローニングした。9B8opt+K33N転写レポーターを、HEK293細胞において、上記の通りに試験して、9B8opt転写レポーターに対して比較した。変異体の転写レポーターバージョンを含有する30ngおよび100ngのプラスミドDNAを、HEK293細胞の形質移入に使用した。細胞を、FSKを用いて、発光測定前に5時間誘導した。細胞を、1mM CTDA、150mM KCl、2mM DTT、100mM MES(pH6.0)、35mM チオ尿素、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、および10mg/mL 2−ヒドロキシプロピル−β−シクロデキストリンを含有する溶解緩衝液を用いて溶解させた。発光を、TECAN(登録商標)GENIOS(商標)プロ・ルミノメーターで測定した。溶解物を、20μM PBI−3939を含有する溶解緩衝液を用いてアッセイした。
図57は、FSKで処理された(「誘導」)、または処理されていない(「基底」)、9B8optまたは9B8opt+K33N転写レポーターコンストラクトを発現するHEK293細胞の正規化された発光(補正された形質移入)を示している。
図57に示されるように、9B8optについての誘導倍率は、30ngのDNAが形質移入に使用された場合は360であり、100ngが形質移入に使用された場合は109であったが、一方、9B8opt+K33Nについての誘導倍率は、それぞれ、275および147であった。より多量なDNAを形質移入に使用した場合、K33Nはより大きな応答を提供した。
【0339】
D. L27V
【0340】
1. L27Vを、本実施例のCに記載の通りに、CRE、NFkBまたはHSE(熱ショック要素)応答要素を含有するレポーターベクターにクローニングした。次に、レポーターコンストラクトを前に記載した通りにHEK293細胞またはHeLa細胞に形質移入した。次に、細胞を、CREに対してはFSKを、NFkBに対してはTNFαを、またはHSEに対しては17−AAGを用いて誘導した。発光を、20μM PBI−3939を含有するアッセイ試薬を用いて、前に記載した通りに測定した(
図58A〜C)。レポーターコンストラクトを、HEK293、HeLa、NIH3T3、U2OSおよびJurkat細胞株全てにおいて、妥当性確認した(データ未記載)。
【0341】
2. L27V02およびL27V02P(PEST配列;配列番号323を含有)を、本実施例のCに記載の通りに、レポーターベクター(pGL4.32ベース)にクローニングした。PEST配列を含有する他のOgLuc変異体としては、L27V01−PEST00およびL27V03−PEST02(それぞれ、配列番号320および326)が挙げられる。次にレポーターコンストラクトを、前に記載した通りに、HEK293細胞に形質移入した。次に、FSKを用いて細胞を誘導し、20μM PBI−3939を含有するアッセイ試薬を用いて前に記載した通りに、発光を測定した(
図59A〜B)。種々の他のレポーターコンストラクトも構築し、種々の細胞株において試験した(
図59C)。
図59Aは、HEK293細胞におけるCRE系についての、完全用量反応を示している。
図59Bは、
図59Bを要約したものである。
図59Cは、
図59A〜Bのデータを要約したものであり、NFkB応答要素についての同種のデータを示している。CREおよびNFkBレポーターコンストラクトを両方とも、HEK293、HeLa、HepG2、Jurkat、ME180、HCT116、およびU2OS細胞株において試験した。
【0342】
3. HEK293細胞(T25フラスコ中の0.9×10
6個の細胞)に、pNFkB−L27V分泌コンストラクト(配列番号463および464;IL−6分泌配列(配列番号461および462)によって天然OgLuc分泌配列の配列番号54が置き換えられた)、メトリディア・ロンガ(Metridia longa)(クロンテック社)、pNFkB−L27V(天然分泌配列;配列番号465および466)またはホタルルシフェラーゼ(Luc2;pGL4.32ベース)プラスミドDNAを、FUGENE(登録商標)HD(プロメガ社)を用い、製造業者の取扱説明書に従って、形質移入した。細胞を37℃、5%CO
2で8時間インキュベートし、その後0.5mLのTrypLE(インビトロジェン社)中でトリプシン処理した。次に、溶解物を、10%FBS、1×NEAAおよび1×ピルビン酸ナトリウムを含有する8mLのDMEMに再懸濁した。次に、100μLの再懸濁試料を96ウェルプレートのウェルに加え、37℃、5%CO
2で16時間インキュベートした。
【0343】
インキュベートした後、培地を細胞から除去して、TNFα(連続希釈した)を含有する、または含有しない、100μLの新しい培地と置き換えた。分泌についてアッセイするため、3時間および6時間の時点で、5μLの培地(3連)を細胞から取り出し、PBSで50μLにして、50μLのアッセイ試薬(前述と同様に、100μM PBI−3939を含有する)と混合した。前に記載した通りに、0分および10分の時点で発光を測定した(
図60)。
【0344】
メトリディア・ロンガ(Metridia longa)ルシフェラーゼ活性を測定するために、Ready−To−Glow(商標)分泌型ルシフェラーゼ系(クロンテック社)を、製造業者のプロトコルに従って使用した。簡潔に説明すると、5μLのReady−to−Glow(商標)試薬を5μLの試料および45μLのPBSに加えた。試薬添加直後に発光を測定した(
図60)。
【0345】
E. L27V最適化変異体
【0346】
プラスミドDNA(pGL4.32−L27V00、pGL4.32−L27V01、pGL4.32−L27V02、pGL4.32−L27V03、およびpGL4.13)を、FUGENE(登録商標)HDを用い、製造業者のプロトコルに従って、形質移入用に構築した。pGL4.32ベクター(プロメガ社)は、NF−κB応答要素を含有している。L27Vコドン最適化配列によって、ベクター中のLuc2P配列が置き換えられた。pGL4.13ベクター(プロメガ社)は、SV40プロモーターにより駆動されるLuc2遺伝子を含有している。
【0347】
次に、300μLのDNA形質移入混合物を、6mLのHeLa細胞懸濁液(2×10
5細胞/mL)と混合し、均質化し、100μLを96ウェルプレートのウェルに播種した。次に、細胞を37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。インキュベートした後、BSAを含有するDPBS中の10μLの10×rhTNFαをウェルに加え、37℃、5%CO
2で4.5時間インキュベートした。6ウェルに、ビヒクルのみを加えた。次に、細胞を室温で20分間平衡化させ、その後、100μLのアッセイ試薬(前述と同様、100μM PBI−3939を含有する)を加えた。Luc2を発現しているか、またはビヒクル単独処理を受けた細胞に、100μLのONE−GLO(商標)ルシフェラーゼアッセイ試薬を加えた。アッセイ試薬添加の12分後、前に記載した通りに発光を測定した。
図61A〜Bは絶対発光を示しており、
図61C〜Dは正規化された発光を示しており、
図61E〜Fは応答倍率を示している。
【0348】
実施例37. 転写レポーターアッセイにおけるOgLuc変異体
転写レポーターとして使用される本発明のOgLuc変異体の能力を決定するために、フォワードトランスフェクション、リバーストランスフェクション、および大量(bulk)トランスフェクションにおいて、OgLuc変異体9B8optを転写レポーターとして使用した。これらの形質移入法が選択されたのは、それらが遺伝子転写レポーターの一過性発現に、一般に使用されるアプローチの代表であるためである。
【0349】
フォワードトランスフェクション
【0350】
cAMP応答要素(CRE)および9B8optまたはPESTタンパク質分解配列をさらに含む9B8opt(9B8opt−P)を含有する転写レポーターを、pGL4.29(プロメガ社)バックボーンにおいて作製した。すなわち、pGL4.29ベクターのluc2P遺伝子を9B9opt(配列番号24)または9B8opt−P(配列番号65)で置き換えた。pGL4.29を対照/基準として使用した。
【0351】
HEK293細胞を、6個の96ウェル組織培養プレートに、15,000細胞/ウェルで播種した。細胞を100μLのDMEM+10%FBS+1×可欠アミノ酸(NEAA)中で増殖させ、37℃で一晩インキュベートした。細胞に、10ngまたは100ngプラスミドDNA/ウェルのpGL4.29 9B8opt、pGL4.29 9B8opt−P、またはpGL4.29のいずれかを一過的に形質移入した。プラスミドDNAを、850μLのOPTI−MEM(登録商標)(インビトロジェン社)および32.4μLのFUGENE(登録商標)HD形質移入試薬(プロメガ社)と混合し、室温で10分間インキュベートした。8μLの形質移入/レポーターDNA混合物を適切なウェルに加えた(2コンストラクト/プレート)。細胞を37℃で4時間インキュベートした。培地を、OPTI−MEM(登録商標)+0.5%透析FBS+1×NEAA+1×ピルビン酸ナトリウム+1×Penn−Strepで置き換え、37℃で一晩インキュベートした。
【0352】
インキュベートした後、OPTI−MEM(登録商標)中の10nMまたは10μM FSK(10×ストックから)を細胞に加え、37℃で3時間インキュベートした。100mM MES(pH6.1)、1mM CDTA、150mM KCl、35mM チオ尿素、2mM DTT、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、0.025%MAZU(登録商標)DF204、および20μM PBI−3939を含有する溶解試薬を、pGL4.29 9B8optまたはpGL4.29 9B8opt−Pを含有する細胞に加えて、室温で10分間インキュベートした(100μLの溶解試薬を100μLの細胞に加えた)。ONE−GLO(商標)アッセイ試薬(プロメガ社)を、pGL4.29を含有する細胞に加え、製造業者のプロトコルに従って使用した(100μLの試薬を100μLの細胞に加えた)。発光をGLOMAX(登録商標)ルミノメーターで測定した。表26は、10nM(「ベースライン」)または10mM FSKで処理された、CREを含有する転写レポーターを発現するHEK293細胞の発光、およびFSKに対する応答(すなわち、10nM FSKで処理された細胞の発せられた発光で除算した、10mM FSKで処理された細胞により発せられた発光)を示している。
【0353】
表28に示される結果は、9B8optおよび9B8opt−Pが、luc2Pよりもより明るかったこと、並びに、全てのルシフェラーゼレポーターが、100ngのDNAが形質移入に使用された場合にFSKに対し応答したことを示している。しかし、10ngだけのDNAが形質移入に使用された場合は、luc2Pレポーターについての発光は、ルミノメーターの検出レベルを下回った。
表28:HEK293細胞における、CREを含有する転写レポーター(3時間の時点)
【表27】
[この文献は図面を表示できません]
【0354】
リバーストランスフェクション
【0355】
抗酸化反応要素(ARE)および9B8optまたは9B8opt−Pを含有する転写レポーターを、pGL4.29(プロメガ社)バックボーンにおいて作製した。すなわち、当該技術分野において周知の方法を用いて、pGL4.29ベクターのluc2P遺伝子を9B9optまたは9B8opt−Pで置き換え、CREを、2×ARE(配列番号66)で置き換えた。
【0356】
HEK293細胞をトリプシン処理し(T75フラスコ、3mLのトリプシン)、DMEM+10%FBS+1×NEAAを含有する培地中で、1x10
5細胞/mL(およそ8.9x10
6個の総細胞)に再懸濁した。各転写レポーターを、1.2mLのOPTI−MEM(登録商標)、12μLの転写レポーターDNA(100ng)および36μLのFUGENE(登録商標)HD形質移入試薬を混合することにより形質移入用に作製し、室温で35分間インキュベートした。インキュベートした後、624μLの形質移入/レポーターDNA混合物を、12mLの細胞懸濁液に加え、反転によって混合した。混合後、100μLの細胞/DNA混合物を、96ウェルプレートのウェルに加えた(2コンストラクト/プレート)。細胞を、37℃で22時間インキュベートした。OPTI−MEM(登録商標)中の、Tert−ブチルヒドロキノン(Nrf2安定剤;tBHQ;1μM(「ベースライン」)または20μM)またはスルホラファン(Nrf2を活性化させることが知られている有機硫黄抗酸化剤;1μM(「ベースライン」)または20μM)を、各ウェルに加え、37℃で24時間インキュベートした。フォワードトランスフェクションについての上記の通りの100μLの溶解試薬を用いて、細胞を溶解させた。発光をGLOMAX(登録商標)ルミノメーターで測定した。
【0357】
表29は、1μM(「ベースライン」)または20μMのスルホラファンで処理された、AREを含有する転写レポーターを発現するHEK293細胞の発光、およびスルホラファンに対する応答(すなわち、20μMのスルホラファン処理細胞の発せられた発光で除算された、1μMのスルホラファン処理細胞により発せられた発光)を示している。表30は、1μM(「ベースライン」)または20μM tBHQで処理された、AREを含有する転写レポーターを発現するHEK293細胞の発光、およびtBHQに対する応答(すなわち、20μM tBHQ処理細胞の発せられた発光で除算された、1μM tBHQ処理細胞により発せられた発光)を示している。表29および表30は、9B8optおよび9B8opt−Pが、AREに対する2つの異なる既知の刺激の存在を報告し得ることを示している。
表29:HEK293細胞におけるAREを含有する転写レポーター(24時間の時点)
【表28】
[この文献は図面を表示できません]
表30:HEK293細胞におけるAREを含有する転写レポーター(24時間の時点)
【表29】
[この文献は図面を表示できません]
【0358】
大量トランスフェクション
【0359】
フォワードトランスフェクションにおいて記載された、CREおよび9B8optまたは9B8opt−Pを含有する転写レポーターを、HEK293細胞およびNIH3T3細胞の大量トランスフェクションで使用した。熱ショック応答要素(HRE;配列番号67)および9B8optまたは9B8opt−Pを含有する転写レポーターを、pGL4.29(プロメガ社)バックボーンにおいて作製した。すなわち、pGL4.29ベクターのluc2P遺伝子を9B9optまたは9B8opt−Pで置き換え、CREをHREで置き換えた。HREおよび9B8opt−Pを含有する転写レポーターを、HeLa細胞の大量トランスフェクションで使用した。
【0360】
HEK293、NIH3T3、またはHeLa細胞を、HEK293細胞については、3mLの完全培地(DMEM+10%FBS+1×NEAA+1×ピルビン酸ナトリウム)中で4.5×10
5細胞/ウェルの密度で、NIH3T3細胞については、3mLの完全培地(DMEM+10%ウシ胎仔血清(FCS)+1×NEAA+1×ピルビン酸ナトリウム)中で3×10
5細胞/ウェルの密度で、またはHeLa細胞については、3mLの完全培地(DMEM+10%FBS+1×NEAA)中で9.9×10
5細胞/ウェルの密度で、形質移入の前日に6ウェル組織培養プレートの1つのウェルに播種した。細胞を37℃で一晩増殖させた。
【0361】
155μLのOPTI−MEM(登録商標)中の3,300ngのレポータープラスミドDNAを9.9μLのFUGENE(登録商標)HD形質移入試薬と混合し、短時間ボルテックスし、室温で10分間インキュベートした。CRE転写レポーターをHEK293細胞およびNIH3T3細胞の形質移入に使用した。HRE転写レポーターをHeLa細胞の形質移入に使用した。レポーター混合物を細胞に加え、穏やかに前後に揺らして混合した後、37℃で6時間(HEK293およびNIH3T3)または3時間(HeLa)インキュベートした。次に、細胞をトリプシン処理し、培地(HEK293細胞に対してはDMEM+10%FBS+1×NEAA+1×ピルビン酸ナトリウム、NIH3T3細胞に対してはDMEM+10%FCS+1×NEAA+1×ピルビン酸ナトリウム、またはHeLa細胞に対してはDMEM+10%FBS+1×NEAA)に再懸濁し、その後、96ウェルプレートの各ウェルに播種し(HEK293については20,000細胞/100μL、NIH3T3については10,000細胞/100μL、またはHeLaについては13,000細胞/μL)、37℃で一晩インキュベートした。
【0362】
OPTI−MEM(登録商標)中の、FSK(CRE刺激物質)または17−AAG(HRE刺激物質;17−アリルアミノ−デメトキシゲルダナマイシン)を、細胞に加え(FSKについては、10nMまたは10μM最終濃度;17−AAGについては、1nMまたは1μM最終濃度)、37℃で4時間(FSK)または6時間(17−AAG)インキュベートした。プレートを恒温器から取り出し、25分間、室温に対し平衡化させた。フォワードトランスフェクションについての上記の通りの100μLの溶解試薬を用いて、細胞を溶解させた。GLOMAX(登録商標)ルミノメーターで発光を測定した。
【0363】
表31は、10nM(「ベースライン」)または10mM FSKで処理された、CREを含有する転写レポーターを発現するHEK293細胞の発光、およびFSKに対する応答を示している。表32は、10nM(「ベースライン」)または10mM FSKで処理された、CREを含有する転写レポーターを発現するNIH3T3細胞の発光、およびFSKに対する応答を示している。表33は、10nM(「ベースライン」)または10mM 17−AAGで処理された、HREを含有する転写レポーターを発現するHeLa細胞の発光、および17−AAGに対する応答を示している。
【0364】
表29〜表31は、1)9B8opt OgLuc変異体の両バージョンとも、2つの異なる細胞株、HEK293およびNIH3T3という背景において、CREに対するFSKの存在および刺激作用を報告することができること、並びに、2)9B8 optPが、HeLa細胞という背景において、HREに対する17−AAGの存在および刺激作用を報告することができることを示している。
表31:HEK293細胞におけるCREを含有する転写レポーター(4時間の時点)
【表30】
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表32:NIH3T3細胞におけるCREを含有する転写レポーター(4時間の時点)
【表31】
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表33:HeLa細胞におけるHREを含有する転写レポーター(6時間の時点)
【表32】
[この文献は図面を表示できません]
【0365】
実施例38. 発現困難な細胞(Difficult to Express Cell)における溶解性レポーターおよび分泌型レポーター
細胞懸濁液中の1×10
5細胞/mLのHepG2細胞に、プラスミドDNA(L27V02、luc2P(プロメガ社)、luc2(プロメガ社)またはL27V02−IL6(IL−6分泌配列と置き換えられた天然分泌配列を有するL27V02;(「IL601−L27V02A」;配列番号324)を含有するpGL4.32バックボーン;プロメガ社)を、FUGENE(登録商標)HDを用い、製造業者の取扱説明書に従って、リバーストランスフェクションした(DNA−形質移入混合物対細胞が1:20)。次に、100μLの細胞懸濁液を96ウェルプレートのウェルに播種し、37℃、5%CO
2で22時間インキュベートした。IL−6分泌配列で置き換えられた天然分泌配列を有する他のOgLucコンストラクトとしては、IL601−L27V01およびIL602−L27V03(それぞれ、配列番号321および327)が挙げられる。
【0366】
分泌分析のために、培地を細胞から除去して、細胞を100μLのDPBSで洗浄した。100μLの完全培地(DMEM+10%FBS+1×NEAA)を、変動用量(1pg/mL〜100ng/mL)のrhTNFα(「TNFα」)と一緒に、4.5時間加えた。次に、10μLの培地を取り出し、90μLの完全培地に加え、100μLのアッセイ試薬(前述と同様;100μM PBI−3939)を加えた。発光を前に記載した通りに測定した(
図62A)。
【0367】
溶解性分析のために、播種後、細胞を37℃、5%CO
2で4.5時間インキュベートした。次に、細胞を20分間、室温に対して平衡化した。アッセイ試薬(前述と同様;100μM PBI−3939)を細胞に加え、発光を前に記載した通りに測定した(
図62B)。
【0368】
実施例39. 溶解性レポーターの追加の特徴
細胞ベースの、溶解性転写レポーターという背景における本発明のOgLuc変異体は、他のルシフェラーゼを用いて現れ得るよりも早くシグナルが現れる程の大きさの発光シグナルを提供するはずである。明るい発光によって、弱いプロモーターが試験されることも可能となるはずである。
【0369】
実施例40. 哺乳類細胞形質移入
本発明のOgLuc変異体を、形質移入困難な細胞株(difficult to transfect cell line)、例えば、Jurkat、HepG2、初代細胞、非分裂初代細胞、または幹細胞(例えば、
図59C参照)において、レポーターとして使用した。それらの高いシグナル強度により、OgLuc変異体は、形質移入効率が低い場合に、検出可能な発光を可能にする。OgLuc変異体は、形質移入に関連する条件、すなわち、DNA濃度、形質移入試薬添加に特に感受性を有する細胞においても、レポーターとして使用することができる。OgLuc変異体の輝度により、適切な発光レベルを、より低いDNA濃度、より少ない形質移入試薬、および恐らくは、アッセイ開始前のより短い形質移入後時間を用いて、達成することができる。これは、そうでなければ感受性細胞であろうものに対して、毒性という負担をそれほど与えないであろう。OgLuc変異体の明るい発光は、そのような出力が望ましい事象において、非常に長い時点で、シグナルが検出されることも可能にするはずである。別の例として、OgLuc変異体は、単一コピーの天然プロモーター、例えば、HSBチミジル酸キナーゼ(TK)プロモーター、HOX遺伝子、またはLIN28に対するレポーターとして使用され得る。
【0370】
実施例41. 安定した細胞株
細胞質中でまたは分泌型として本発明のOgLuc変異体を発現する、頑強で安定した細胞株の特定は、ルシフェラーゼの明るいシグナルおよび小サイズのOgLuc遺伝子によって容易となり得る。比較的小さな遺伝子配列は、外来DNA組込みによってもたらされる遺伝的不安定性の可能性を減少させるはずである。
【0371】
本発明のOgLuc変異体を用いて安定な細胞株を作製するために、OgLuc変異体および選択マーカー遺伝子、例えば、ネオマイシン、ハイグロマイシン、またはピューロマイシンのヌクレオチド配列を含むプラスミドDNAを、目的の細胞株、例えば、HEK293細胞の形質移入に使用する。初期継代数、例えば10継代未満の細胞を、T25(1×10
6)またはT75(3×10
6)組織培養フラスコに播種し、一晩増殖させて、およそ75%コンフルエントにする。次に、細胞を、上記プラスミドDNAおよび適切な形質移入試薬、例えば、TRANSIT(登録商標)−LT1またはFUGENE(登録商標)HDを用いて形質移入する。形質移入の48時間後、培地を、細胞上で、選択薬剤、例えば、G418、ハイグロマイシンまたはピューロマイシンを、未形質移入細胞を死滅させるのに予め決定された濃度で含有する選択培地で置き換える。プラスミドDNAを含有する細胞の選択は2〜4週間かけて行われる。この期間中、細胞を、選択培地中で種々の濃度で、T25またはT75組織培養フラスコのいずれかに再播種する。再播種された細胞上の培地は、2〜3週間、3〜4日毎に、新しい選択培地と取り換える。フラスコは生細胞コロニーの情報を求めてモニターされる。最終的に、フラスコは、多くの大コロニーを含むが、死細胞はほとんど含まない。
【0372】
フラスコ中の安定したコロニーのプールから、単一コロニーを単離し、1枚の24ウェル組織培養プレート中に増殖させる。簡潔に説明すると、細胞をトリプシン/EDTA法を用いて回収する。すなわち、培地を除去し、Ca
2+およびMg
2+を含有しないPBSで洗い、トリプシン/EDTAで処理することにより剥離して、細胞を回収する。細胞を、血球計数器を用いて計数し、完全培地中で1×10
5に希釈する。次に、細胞を、完全培地中で100細胞/mL、33細胞/mL、10細胞/mL、および3.3細胞/mLに希釈する。100μLの各希釈物を、96ウェル組織培養プレートの全ウェルに播種し(各希釈に対し1プレート)、4〜5日間増殖させて、その後、50μLの選択培地を細胞に加える。播種からおよそ1週間後、細胞を、コロニー増殖を求めて目視で選別し、別の50μLの選択培地を加える。単一コロニーがウェルの面積の40〜60%を占めるまで、細胞を継続的にモニターする。コロニーが増殖および選別できる状態であるとき、トリプシン/EDTA法を用いてコロニーを回収する。各コロニーを以下のように選択培地に移す:1)機能アッセイ、例えば発光検出用に、1:10に希釈して、96ウェルアッセイプレートの6ウェルに移す;2)細胞生存率アッセイ、例えば細胞TITER−GLO(登録商標)発光細胞生存率アッセイ(プロメガ社)用に、1:10に希釈して、透明底96ウェルアッセイプレートの3ウェルに移す;並びに3)増殖用に、1:10に希釈し、24ウェル組織培養プレートに移す。次に、機能アッセイおよび細胞生存率アッセイ用のプレート中の細胞を2〜3日間増殖させて、機能アッセイおよび細胞生存率アッセイを行う。24ウェルプレート中の陽性クローンを、機能アッセイおよび細胞生存率アッセイを用いてさらに試験し、さらに、少なくとも20継代の間の発現および応答の安定性、正常な増殖率形態を試験し、将来での使用のために可能な限り早期の継代で凍結する。
【0373】
実施例42. OgLuc分泌シグナル分析
A. IVopt
【0374】
野生型OgLucは、合成後に処理されて、分泌シグナル配列が切断された成熟タンパク質にされる。分泌シグナル配列がOgLuc変異体の分泌を促進するかどうかを決定するために、実施例25のIVopt変異体およびhRLを、N末端OgLuc分泌シグナル(配列番号54)を含有するpF4Agにクローニングした。10%ウシ胎児血清(FBS)を含有する100μLのダルベッコー修飾イーグル培地(「DMEM」)中のHEK293細胞(15,000)に、実施例25に記載の通りに、100ngのプラスミドDNA、すなわち、分泌シグナルを含む、または含まないhRLまたはIVoptを形質移入し、37℃で一晩増殖させた。50μLの培地を取り出し、新しいプレートに移し、後のアッセイ用に保存し、「培地」試料を作製した。培地の残りを除去し、実施例25に記載される100μLの溶解緩衝液で細胞を溶解させ、「溶解物」試料を作製した。10μLの培地試料および10μLの溶解物試料を発光についてアッセイした(
図63)。OgLuc分泌シグナル配列を有する(「ウミシイタケ属(Renilla)sig」)または有さない(「ウミシイタケ属(Renilla)」)hRLの試料を、20μM 天然セレンテラジンを含有する50μLの溶解緩衝液を用いて測定した。OgLuc分泌シグナル配列を有する(「IVopt sig」)または有さない(「IVopt」)IVoptの試料を、20μM PBI−3939を含有する50μLの溶解緩衝液を用いて測定した。
【0375】
図63において、黒塗りのバーは、いかなる溶解試薬も存在しない培地から検出された光の量を表す。白いバーは、溶解試薬を添加したときに検出された光の合計(分泌物+非分泌物)を表す。
図63は、IVoptがHEK293細胞から増殖培地に分泌されたこと、および分泌シグナル配列が哺乳類細胞において機能的であったことを示している。「IVopt sig」は、かなりの量のルシフェラーゼが培地中で検出された唯一の状況を表している。結果は、この特定のシグナルペプチドがhRLの分泌を促進しなかったことも示している。
【0376】
B. 9B8、V2およびL27V
【0377】
OgLucの分泌シグナル配列がその分泌を促進するかどうかを検定するために、OgLuc変異体9B8、V2およびL27Vを、N末端OgLuc分泌シグナル配列を含有するpF4Agにクローニングした。変異体を、分泌シグナル配列を含有しないベクターにもクローニングした。次に、CHO細胞またはHeLa細胞を、10%FBSおよび1×ピルビン酸ナトリウムを含有する1mLのF12培地(CHO細胞)中、または10%FBSおよび1×ピルビン酸ナトリウムを含有するDMEM(HeLa細胞)中で、100,000細胞/ウェルで、12ウェルプレート中に播種し、37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。
【0378】
一晩インキュベートした後、細胞に、分泌シグナル配列を含み、または含まずに、9B8、V2、またはL27Vを含有する1μgのプラスミドDNAを、TRANSIT(登録商標)−LT1形質移入試薬(ミラスバイオ社(Mirus Bio))およびOPTI−MEM(登録商標)培地(インビトロジェン社)を用いて、形質移入した。再度、細胞を37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。
【0379】
2度目の一晩インキュベーションの後、培地を取り出し、分析用に保存した。細胞に、1mLのアッセイ緩衝液(1mM CDTA、150mM KCl、2mM DTT、100mM MES(pH6.0)、35mM チオ尿素および0.5%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v))を加え、細胞溶解物を作製した。各試料から得られた10μLの細胞溶解物または保存した培地に、40μM PBI−3939を含有する50μLのアッセイ緩衝液を加え、発光を上記の通りに測定した。
図64A〜Dは、9B8、V2およびL27V変異体が分泌系(secretable system)で使用できることを示す。
【0380】
分泌された変異体の安定性を決定するために、各試料から得られた保存した培地の一定分量150μLを、37℃または50℃に置いた。次に、その一定分量を異なる時点(0分、1分、2分、3分、5分、6分、および7分)で取り出し、ドライアイス上で凍結し、アッセイされるまで−20℃に保った。安定性についてアッセイするため、培地の一定分量を室温まで解凍し、10μLの各一定分量を、上記の通りの、PBI−3939を含有するアッセイ緩衝液(pH6.0)と混合した。発光を上記の通りに測定し、半減期(t
50)を決定した(表34)。
表34
【表33】
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【0381】
C. 9B8およびV2と、メトリディア・ロンガ(Metridia longa)の分泌型ルシフェラーゼとの比較
【0382】
OgLuc変異体9B8およびV2の分泌を、メトリディア・ロンガ(Metridia longa)から得られた分泌型ルシフェラーゼのそれと比較した。CHO細胞を、10%FBSを含有する3mLのF12培地中で300,000細胞/ウェルで、6ウェルプレートのウェル中に播種し、37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。次に、TRANSIT(登録商標)−LTIを用い、製造業者の取扱説明書に従って、10ngまたは100ngの各変異体またはメトリディア(Metridia)ルシフェラーゼ(クロンテック社)プラスミドDNAを、細胞に形質移入し、37℃、5%CO
2で20時間インキュベートした。形質移入後、培地を細胞から取り出して、アッセイした。OgLuc変異体については、50μLのアッセイ試薬(前述;40μM PBI−3939)を用いて、50μLの培地をアッセイした。メトリディア(Metridia)ルシフェラーゼについては、Ready−to−Glo(商標)分泌型ルシフェラーゼレポーター系(クロンテック社)を用い、製造業者のプロトコルに従って、培地をアッセイした。簡潔に説明すると、5μLの1×基質/反応緩衝液を50μLの培地試料に加えた。次に、発光を前に記載した通りに測定した(
図65A〜B)。
【0383】
実施例43. 生細胞中でのOgLuc変異体および新規セレンテラジンの評価
A. 生細胞中でのOgLuc変異体およびPBI−3939の使用を試験した。HEK293細胞を96ウェルプレート中に、15,000細胞/ウェルで播種し、37℃で一晩増殖させた。次の日、細胞に、3連でTRANSIT(登録商標)−LT1を用いて、pF4Ag中の100ngのhRLまたは9B8optを一過的に形質移入し、37℃で一晩増殖させた。次の日、hRLおよび9B8opt形質移入細胞の両方について、増殖培地を除去し、60μM VIVIREN(商標)生細胞基質(プロメガ社)、60μM ENDUREN(商標)生細胞基質(プロメガ社)、または60μM PBI−3939を含有する培地で置き換えた。非形質移入細胞はバックグラウンド対照として使用した。プレートを37℃で1日間インキュベートし、TECAN(登録商標)GENIOS(商標)プロ・ルミノメーターで定期的に、すなわち24時間の間に11回測定した。
図66A〜Bは、各基質について、非形質移入細胞の発光で除算された形質移入細胞の発光、すなわちシグナル/バックグラウンド比を示している。データは、細胞をVIVIREN(商標)、ENDUREN(商標)、またはPBI−3939と一緒にインキュベートすることによって、9B8optが生細胞環境(すなわち、溶解無し)において発光を生じたことを示している。データは、PBI−3939が培養液中の細胞に浸透し、OgLuc変異体と反応し、発光を生じることができ、それ故、OgLuc変異体を生細胞アッセイにおける使用に適合することも明らかにした。
【0384】
B. OgLuc変異体を用いて生細胞分析を実証するために、L27VをHaloTag(登録商標)に融合させ、生細胞中で発現させてモニターした。U2OS細胞を、40,000細胞/mLでイメージング・チャンバ・ウェルに播種し、37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。次に、FUGENE(登録商標)HDを用い、製造業者のプロトコルに従って、L27Vを含有するプラスミドpFC14K、pFN21KもしくはpF4Ag(全てプロメガ社)、または天然配列もしくはIL−6分泌配列を有する、L27Vを含有するpF4Agを、細胞に形質移入した。次に、細胞を37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。
【0385】
インキュベートした後、細胞をHaloTag(登録商標)TMRリガンド(プロメガ社)に暴露し、画像取得し、固定した。次に、HaloTag(登録商標)技術におけるICCプロトコル:Focus on Imaging技術マニュアル(プロメガ社;TM260)に従って、免疫細胞化学(ICC)を行った。使用した一次抗体は、ウサギ抗OgLuc9B8ポリクローナル抗体(1:1000)であった。使用した二次抗体は、アレクサ488結合二次抗体(緑)であった(
図67A)。
図67Aは緑色蛍光チャネルを示しており、
図67Bは微分干渉コントラスト(DIC)を示している。37℃+CO
2雰囲気試料室(ソーレント・サイエンティフィック社(Solent Scientific Ltd.)、イギリス)を取り付けた、オリンパス社製Fluoview FV500共焦点顕微鏡(オリンパス社、米国)を用いて、画像を得た。
【0386】
図67B〜Dは、天然配列またはIL−6分泌配列を有する場合の、ICCイメージを示している。両方のシグナル配列が、核内の酵素量を劇的に減少させる。細胞質における標識化の区切り性質(punctuate nature)は、分泌過程で起こることが予測されるベシクル形成を示すものである。データは、シグナルペプチドの存在が核中のルシフェラーゼ量を減少させることを示す。
【0387】
C. 上で示されるように、本発明のOgLuc変異体および新規基質は生体適合性である。OgLuc変異体が目的のプロモーターを有する発現ベクターにクローニングされ、レポータータンパク質として細胞中で発現されるという、レポーター系が想定される。次に細胞は、培養下の細胞に浸透し、OgLuc変異体と反応し、発光を生じるPBI−3939で処理される。
【0388】
細胞浸透性であることに加えて、PBI−3939は、細胞生存率の点で天然セレンテラジンに匹敵する生体適合性を示す。培地中の天然セレンテラジンの安定性を増加させることが知られている化学修飾を含むあるバージョンの化合物3939は、合成可能で、より頑強な生細胞でのOgLuc変異体ベースのレポーターアッセイに使用することができる。生細胞でのレポーター機能(reporting)の別の例には、分泌型OgLuc変異体のレポーターとしての使用が含まれる。天然の分泌シグナルペプチド(または他の既知の分泌シグナルペプチド)は、OgLuc変異体のN末端に融合することができ、それによって、該融合体が哺乳類細胞で発現される場合に、その一部分が細胞膜を貫通して培地中に分泌される。基質を添加すると、発光が生み出される。
【0389】
実施例44. タンパク質融合レポーター
本発明のOgLuc変異体は、目的の標的タンパク質に対する融合タグとして、その標的タンパク質の細胞内レベルをモニターする手段として使用することができる。ストレス応答経路、例えば、DNA損傷、酸化的ストレス、炎症に関わる特定のタンパク質は、各種の刺激がこれらの経路で果たす役割を探索する手段として、細胞中でモニターすることができる。変異体は、標的タンパク質の細胞輸送をモニターする手段としても使用することができる。変異体は、ウイルスゲノム(例えば、HIV、HCV)にも融合することができ、それにより、有望な抗ウイルス剤での処理の後に、力価レベル、すなわち感染価を細胞中でモニターすることができる。変異体は(標的タンパク質に加えて)緑色蛍光タンパク質(GFP)またはHalotag(登録商標)にも融合することができ、それによって、高発現クローンを特定し、局在情報を提供するのにFACSを使用することができる。
【0390】
実施例45. 3成分融合タンパク質(「サンドイッチ」)におけるOgLuc変異体の評価
3成分融合タンパク質、または「サンドイッチ」融合体は、BRETに基づくバイオセンサーの最適化のために、生物発光タンパク質および蛍光タンパク質を互いに近くに配置するのに使用することができる。
【0391】
A. C1+4AE、IV、9B8および9F6
【0392】
OgLuc変異体C1+4AE(配列番号55および56)、IV(配列番号57および58)、9B8(配列番号61および62)、および9F6(配列番号63および64)、並びにhRL(配列番号32および33)を、不良な融合パートナーとして知られるN末端Id(Benezra et al., Cell, 61(1):49-59 (1990))、および正規化のために用いられたC末端HT7を有するpF4Ag融合ベクターに、クローニングした。目的の遺伝子をIdとHT7の間に「サンドイッチ」した(すなわち、Id−ルシフェラーゼ−HT7)。pF4AgまたはpF4Agサンドイッチバックグラウンドにおいて変異体コンストラクトを含有する大腸菌(E. coli)溶解物を、実施例26に記載の通りに調製し、次に、実施例25に記載の緩衝液中の20μM 天然セレンテラジンを用いてアッセイした。
【0393】
図68は、pF4AgまたはpF4Agサンドイッチバックグラウンドのいずれかにおける各変異体の発光を示している(「Sand」)。
図69は、IdおよびHT7の存在による、pF4Agにおける変異体の発光をpF4Ag−サンドイッチにおける変異体の発光で除算することによって決定された、発光における低減倍率を示している。最大値を有する試料は、不良な融合パートナーIdに対して最も高い感受性を示した。変異体9B8は、サンドイッチ背景において最も明るかった。
【0394】
B. 9B8OPTおよび9B8OPT+K33N
【0395】
変異体9B8optおよび9B8opt+K33Nを、上記の通りに、サンドイッチバックグラウンドにおいて分析した。9B8opt(配列番号40および41)および9B8opt+K33N(配列番号59および60)のサンドイッチコンストラクトを、上記の通りに構築した。大腸菌(E. coli)溶解物を、
図40を作製するのに用いたものと同じアッセイ緩衝液およびルミノメーターを用いて、アッセイし、測定した。
図70は、サンドイッチバックグラウンドの存在下における低減倍率を示しており、これは、9B8opt+K33Nが、9B8optと比べて、不良な融合パートナーIdに対する感受性が低いことを示している。
【0396】
C. 23D2および24C2
【0397】
変異体23D4(NF)および24C2(NF)をId−OgLuc−HT7サンドイッチバックグラウンドにサブクローニングし、大腸菌(E. coli)においてアッセイした。サンドイッチ変異体、23D4(F)(配列番号76および77)および24C2(F)(配列番号78および79)を、サンドイッチバックグラウンドにおける9B8opt+K33N(配列番号59および60)と比較した。表35は、変異体が、サンドイッチバックグラウンド(background context)における9B8opt+K33Nと少なくとも同じ発光を有していたことを示している。
表35:サンドイッチバックグラウンドにおける9B8opt+K33N+170Gと比較した場合の、OgLuc変異体により発せられる発光の増加
【表34】
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【0398】
D. 1F7および15H1
【0399】
Id−OgLuc−HT7サンドイッチバックグラウンドにおけるPCRライブラリーを、サンドイッチバックグラウンドにおける9B8opt+K33Nと比較して増加された発光を有する追加の変異体を求めてスクリーニングした。次に選別された変異体をHEK293細胞およびNIH3T3細胞においてアッセイした。表36は、大腸菌(E. coli)、HEK293細胞およびNIH3T3細胞での、サンドイッチ変異体の発光における増加倍率、並びにこれらの変異体に存在するアミノ酸置換を示している。1F7(F)(配列番号84および85)および15H1(F)(配列番号86および87)は、大腸菌(E. coli)での発光において少なくとも1.3の増加倍率を有していた。1F7(F)は、HEK293細胞およびNIH3T3細胞での、サンドイッチバックグラウンドにおける9B8opt+K33Nよりもより明るかった。
表36:サンドイッチバックグラウンドにおける9B8opt+K33Nと比較した場合の、OgLuc変異体により発せられる発光の増加
【表35】
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【0400】
サンドイッチ変異体をpF4Agベースの非融合型バックグラウンドベクターにサブクローニングして1F7(NF)(配列番号80および81)および15H1(NF)(配列番号82および83)を作製し、上記の通りに分析し、9B8opt+K33Nと比較した。表37は、大腸菌(E. coli)、HEK293細胞およびNIH3T3細胞での、変異体の発光における増加倍率を示している。1F7(NF)および15H1(F)は、大腸菌(E. coli)およびHEK293細胞での発光において少なくとも1.3の増加倍率を有していた。
表37:9B8opt+K33N+170Gと比較した場合の、OgLuc変異体により発せられる発光の増加
【表36】
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【0401】
E. V2、9B8opt+K33N+L27V+K43R+Y68D、9B8opt+K33N+L27V+T39T+K43R+S66NおよびL27V
【0402】
変異体9B8opt+K33N+T39T+K43R+Y68D(「V2」;配列番号92および93)、9B8opt+K33N+L27V+K43R+Y68D(配列番号339および340)、9B8opt+K33N+L27V+T39T+K43R+S66N(配列番号341および342)、および9B8opt+K33N+L27V+T39T+K43R+Y68D(「L27V」;配列番号88および89)を、上記の通りにId−OgLuc−HT7サンドイッチバックグラウンドにサブクローニングし、上記の通りにHEK293細胞およびNIH3T3細胞においてアッセイした。サンドイッチされた変異体により発せられた発光を、9B9opt+K33Nサンドイッチ(配列番号59および60)により発せられた発光(表38)と比較した。L27Vサンドイッチ(配列番号90および91)およびV2サンドイッチ(配列番号94および95)は、HEK293細胞およびNIH3T3細胞での発光において少なくとも1.3の増加倍率を示した。
表38:サンドイッチバックグラウンドにおける9B8opt+K33Nと比較した場合の、サンドイッチバックグラウンドにおけるOgLuc変異体により発せられた発光における増加
【表37】
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【0403】
変異体V2、9B8opt+K33N+L27V+K43R+Y68D、9B8opt+K33N+L27V+T39T+K43R+S66N、およびL27Vのサンドイッチバージョンおよび非サンドイッチバージョンを、実施例37に記載の通りにHEK293細胞およびNIH3T3細胞においてアッセイした。非サンドイッチ型変異体により発せられた発光を、サンドイッチ型変異体により発せられた発光と比較した(表39)。表39に示されるデータは、
図70に示されるように、9B8opt+K33Nサンドイッチの発光における低減倍率が、大腸菌(E. coli)細胞においてよりも、哺乳類細胞においてより少なかったことを示している。
表39:サンドイッチバックグラウンド存在下でのOgLuc変異体の発光における減少倍率
【表38】
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【0404】
実施例46. 多重化
A. 変異体9B8optを発現する大腸菌(E. coli)の溶解物を、実施例27における先の記載の通りに調製し、フェノールレッド無しのDMEM+0.1%PRIONEX(登録商標)中で1000倍に希釈した。6.3μg/mLの精製赤色コメツキムシルシフェラーゼおよび変異体9B8optを発現する大腸菌(E. coli)溶解物を含有する試料からの発光を、改変されたDUAL−GLO(登録商標)ルシフェラーゼアッセイ系(プロメガ社)を用いて、検出した。20μM セレンテラジン−hを含有するDUAL−GLO(登録商標)STOP&GLO(登録商標)試薬、および20μM PBI3939を含有するDUAL−GLO(登録商標)STOP&GLO(登録商標)試薬を、製造業者のプロトコルに従って使用し、単一試料からの赤色コメツキムシルシフェラーゼおよびOgLuc変異体9B8ルシフェラーゼを検出した。3連で実行した。
【0405】
発光をターナー社(Turner)製MODULUS(商標)ルミノメーターで検出した。表40は、赤色コメツキムシルシフェラーゼ(「コメツキムシ」)により発せられた平均発光、およびセレンテラジン−h(「coel h」)またはPBI−3939(「3939」)を使用した場合に9B8opt(「Ogluc」)により発せられた発光を示している。標準偏差(「+/−」)および変動係数(「CV」)も示される。セレンテラジン非存在下における、DUAL−GLO(登録商標)ルシフェラーゼアッセイ系のDUAL−GLO(登録商標)STOP&GLO(登録商標)試薬による赤色コメツキムシシグナルの消光量を示すために、「セレンテラジン無し」対照を行った。「セレンテラジン無し」対照は、349倍の消光をもたらした。表40は、赤色コメツキムシおよびOgLuc変異体9B8両方からの大きな発光シグナルが、単一試料で検出されたことを示している。このことは、各シグナルが、2段階アッセイにおいて連続して読み取り可能であること、および、第一酵素からのシグナルが第二酵素からのシグナルに有意な寄与を与えないだけ十分に消光され得ることを示す。
表40:改変されたDUAL−ルシフェラーゼ(商標)レポーターアッセイを用いた、赤色コメツキムシルシフェラーゼおよび9B8optルシフェラーゼにより発せられた平均発光
【表39】
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【0406】
B. 上記の多重レポーターアッセイを逆順(すなわち、OgLuc発光を最初に検出し、消光し、そして第二発光を検出)で行うことができることを示すために、例えば、赤色コメツキムシまたはホタルルシフェラーゼ、種々のウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼ阻害剤(米国特許出願公開第2008/0248511号参照)を、OgLucも阻害するそれらの能力を求めてスクリーニングした。2つの異なる、先に特定された、ウミシイタケ属(Renilla)阻害剤、PBI−3077および1424を、変異体9B8(上記の通りに希釈)を発現する大腸菌(E. coli)溶解物試料、並びに100mM MES(pH6.0)、1mM CDTA、150mM KCl、35mM チオ尿素、2mM DTT、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、0.025%MAZU(登録商標)DF204、および20μM PBI−3939を含有する緩衝液に、種々の濃度で(表41参照)加えた。発光をGLOMAX(登録商標)−マルチマイクロプレートルミノメーター(プロメガ社;ターナー社製MODULUS(商標)としても知られている)を用いて測定したこと以外は前に記載した通りに、発光を測定した。表41に示されるように、両化合物がOgLuc発光を阻害することができた。このことは、レポーターアッセイにおいてOgLuc変異体が別のルシフェラーゼと多重化され得、OgLuc変異体からの発光が、レポーターアッセイにおいて最初に検出されるということを示す。
表41:PBI−3939を基質として用いて、9B8optを発現する細菌溶解物により発せられた発光に対する、PBI−3077およびPBI−1424の影響
【表40】
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【0407】
C. OgLuc変異体L27Vとホタルルシフェラーゼ(Fluc)間のスペクトル分解を解析した。フェノールレッド無しのDMEM+0.1%PRIONEX(登録商標)中の精製L27V(前述;9.54pM)を、20μM PBI−3939を含有するアッセイ試薬(前述)と混合した。同じ培地中の精製ホタルルシフェラーゼ酵素(QUANTILUM(登録商標)組換えルシフェラーゼ;プロメガ社;271ng/mL)を、試薬(100mM HEPES(pH7.4)、1mM CDTA、16mM MgSO
4、1%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、0.1%MAZU(登録商標)DF204、5mM ATP、50mM DTT、333μM ルシフェリン)と混合した。1×ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼアッセイ溶解緩衝液(プロメガ社)中の精製ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼ(5ng/mL GST−ウミシイタケ属(Renilla))を、ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼアッセイ緩衝液中の10.5μMの天然セレンテラジンと混合した。L27VおよびFlucについては3分後に、ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼについては10分後に、発光を測定した(
図71)。
【0408】
D. 別の例として、本発明のOgLuc変異体は、転写レポーターとして使用することができ、エクオリンまたはcAMP循環置換型ホタルルシフェラーゼバイオセンサーのいずれか(または両方同時に)と対合して、単一試料における複数の経路を検出することができる(例えば、エクオリンはカルシウムの検出および/または測定用、バイオセンサーはcAMPの検出および/または測定用、そしてOgLuc変異体は下流の遺伝子発現のモニタリング用)。
【0409】
E. 本発明のOgLuc変異体との多重化の他の例としては、以下が挙げられる:
【0410】
i)細胞に本発明のOgLuc変異体およびホタルルシフェラーゼを含有するコンストラクトを形質移入すること。形質移入後、第一試薬が、細胞を溶解させるために、並びに、第一のルシフェラーゼに発光を発するための基質を提供するために、添加され得る。次に、第一ルシフェラーゼからの発光が測定されることとなる。次に、第二の試薬が、第一ルシフェラーゼからの発光を消光するために、並びに、第二のルシフェラーゼから発光を生み出すための基質を提供するために、加えられることとなる。次に、第二のルシフェラーゼからの発光が測定されることとなる。どのルシフェラーゼを最初に測定するかの選択は、第二の試薬による、第一ルシフェラーゼからの発光を消光する能力にのみ依存することになるであろう。この例において、高濃度のルシフェリン(ホタルルシフェラーゼに対する基質)はOgLuc変異体の活性を阻害することが示されているため、OgLuc変異体からの発光は最初に測定され得る。
【0411】
ii)細胞に、本発明のOgLuc変異体およびホタルルシフェラーゼを含有するコンストラクトを形質移入すること。形質移入後、第一のルシフェラーゼのための、発光を発するための生細胞基質を含有した第一試薬が添加され得る。次に、第一ルシフェラーゼからの発光が測定されることとなる。次に、第二の試薬が、細胞を溶解させるために、第一ルシフェラーゼからの発光を消光するために、そして第二のルシフェラーゼから発光を生み出すための基質を提供するために、加えられることとなる。次に、第二のルシフェラーゼからの発光が測定されることとなるであろう。これは、細胞溶解が、生細胞基質の利用をさらに制限し、第一ルシフェラーゼからの発光の消光に寄与すること以外は、i)と類似している。
【0412】
iii)細胞に本発明のOgLuc変異体およびホタルルシフェラーゼを含有するコンストラクトを形質移入すること。形質移入後、両方のルシフェラーゼから発光を発するための基質を含んでいた1つの試薬が添加され得るが、各ルシフェラーゼからの発光はスペクトル的に異なっている。OgLuc変異体の発光極大はおよそ460nmであり、ホタルルシフェラーゼに対するある基質、例えば5’−クロロルシフェリンおよび5’−メチルルシフェリンは、およそ610nmの発光極大を生み出すことができる。従って、青色発光から赤色発光へのいくらかの重なりは存在し得るが、青色発光への赤色発光の重なりは存在しないであろう。このことは、数学的補正はほとんど含まれるないであろうことを示唆している。
【0413】
iv)細胞に本発明のOgLuc変異体およびホタルルシフェラーゼを含有するコンストラクトを形質移入すること。形質移入後、両方のルシフェラーゼから発光を発するための生細胞基質を含んでいた1つの試薬が添加され得る。この例の独自の特徴は、ホタルの発光が、生細胞アッセイ温度、例えば37℃で、赤色に変化する傾向があり、そのため、いくつかの異なるルシフェリン誘導体が、OgLuc変異体のとはスペクトル的に異なる発光を発するために、ホタルルシフェラーゼに対する生細胞基質として選択され得るということである。
【0414】
v)細胞に本発明のOgLuc変異体およびウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼを含有するコンストラクトを形質移入すること。形質移入後、第一試薬が、細胞を溶解させるために、並びに、第一のルシフェラーゼに発光を発するための基質を提供するために、添加され得る。次に、第一ルシフェラーゼからの発光が測定されることとなる。次に、第二の試薬が、第一ルシフェラーゼからの発光を消光するために、並びに、第二のルシフェラーゼから発光を生み出すための基質を提供するために、加えられることとなる。次に、第二のルシフェラーゼからの発光が測定されるだろう。どのルシフェラーゼを最初に測定するかの選択は、第二の試薬による、第一ルシフェラーゼからの発光を消光する能力にのみ依存するであろう。この例として、OgLuc変異体またはウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼのいずれかの発光を消光するための阻害剤の使用が、必要とされるだろう。
【0415】
vi)細胞に本発明のOgLuc変異体およびコメツキムシルシフェラーゼを含有するコンストラクトを形質移入すること。形質移入後、両方のルシフェラーゼから発光を発するための基質を含んでいた1つの試薬が添加され得るが、コメツキムシルシフェラーゼは天然ルシフェリンによって赤色に変化した発光を発するため、各ルシフェラーゼからの発光はスペクトル的に異なっている。
【0416】
実施例47. 循環置換
L27V変異体の循環置換(CP)バージョンを2つ作製した:CP84およびCP95。数字記号はN末端の残基を指す(例えば、「84」は、CPバージョンの新しいN末端を表す。)。
【0417】
循環置換を作製するために、先のN末端およびC末端は、リンカー無し(「CP84 リンカー無し」(配列番号97および98)、「CP95 リンカー無し」(配列番号105および106))または5(「CP84 5AAリンカー」(配列番号99および100)および「CP95 5AAリンカー」(配列番号107および108)、10(「CP84 10AAリンカー」(配列番号101および102)および「CP95 10AAリンカー」(配列番号109および110)、または20(「CP84 20AAリンカー」(配列番号103および104)および「CP95 20AAリンカー」(配列番号111および112)アミノ酸リンカー、(GSSGG)n(配列番号113)と、N末端およびC末端間で融合される。(注意:L27VはN末端でフェニルアラニンから始まる(すなわち、MVF)。「MV」は「リンカー無し」コンストラクト中に存在するが、「リンカー」コンストラクト)中には存在しない。一度循環置換されると、CP L27V変異体は、pF1Kベクターにクローニングされた。大腸菌(E. coli)細胞にCPベクターを形質移入し、前述の標準的なウォーク・アウェイ誘導プロトコルを用いて最少培地中で増殖させた。各CPコンストラクトのために、細胞を96ウェルプレートの8ウェル中で増殖させた。誘導後、各試料からの前記8ウェルをプールし、10μLを、40μLの溶解緩衝液(100mM MES(pH6.0)、0.3×PLB、0.3mg/mL リゾチーム、0.003U/μL デオキシリボヌクレアーゼI、および0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v))中で、溶解させた。次に、溶解物を溶解緩衝液中で1:100(リンカーを有するCPバージョン)または1:1000(非CPバージョン)に希釈した。リンカーを含まないCPバージョンは希釈しなかった。溶解物または溶解希釈物を、50μLのアッセイ試薬(前述)中で、3連でアッセイした。発光を前に記載した通りに測定した(
図72)。
【0418】
実施例48. 循環置換のための追加の部位の特定
追加のCP部位を特定し、ルシフェラーゼ活性に対するそのCP部位の影響を決定し、断片間の「つなぎ鎖(tether)」の使用を研究するために、L27V変異体のおよそ3番目の部位(すなわち、アミノ酸)毎に作製された循環置換を有するCPコンストラクトを構築した(
図73E参照)。当業者であれば、他の部位、例えば、1番目および2番目の部位も、本明細書に記載の方法を用いて、本明細書に記載の循環置換されたOgLuc変異体において試験および使用が可能であることを理解するであろう。例えば、L27V変異体は、循環置換、特に、比較的大きな結合ドメインが置換された断片(例えばcAMP/RIIbBベースのセンサー)の間に配置される状況に対して、特に寛容性があることが分かっている。それぞれの部位に、
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(配列番号328)を加えた。下線を引いた配列は、TEVプロテアーゼ認識部位を指す。リンカーの目的は、2つの変異体断片間に、機能的なルシフェラーゼ酵素を生成する方法においてそれらが結合できるように、十分長いつなぎ鎖を提供することである。TEVプロテアーゼ認識部位は、活性を維持することに対するその重要性を調査することができるように、つなぎ鎖を破壊するための手段を提供するために使用された(TEVプロテアーゼの存在下で)。TEVプロテアーゼ認識部位の使用は、どのCP部位がタンパク質相補試験(PCA)に、またはバイオセンサー応用(例えば、CP部位間への応答要素の挿入)に有用であるかを予測するための方法を作った。
【0419】
TEV切断前に見られる活性は、変異体酵素の各半分が繋ぎ止められた状態でどのように振る舞うかを表す。認識部位に結合するTEVは切断を引き起こし、それによって変異体酵素の各半分を分離させる。TEVにより切断された試料は、非誘導状態を表し、どのくらいの量のバックグラウンドが予想され得るかの指標となるだろう。TEV切断後の低活性は、各半分が誘導無しでは集合することができないことを示している。TEV切断後に大きな活性喪失を示す試料は、PCAおよびバイオセンサー応用において機能するであろう部位を示す。PCAの場合、変異体酵素の各半分は、誘導による結合事象の後に集合する(繋留する)ことができる結合パートナーに融合されることとなる。バイオセンサーの場合、各半分は、結合が誘導される立体構造変化が起こった後に、「繋留する」こととなる。PCAについての一例は、L27Vの半分の一方をFRBに、もう一方の半分をFKBPに融合させることとなるであろう。各半分は、ラパマイシンへの暴露によって近くまで運ばれることとなる(Banaszynski et al., J. Am. Chem. Soc, 127(13):4715-4721(2005))。バイオセンサー応用の一例は、サイクリックAMP結合ドメイン(例えば、RIIbB)をCP部位間に挿入し、結合ドメインへのサイクリックAMPの結合によって立体構造変化を誘導することであろう。
【0420】
各CP L27Vコンストラクトを構築した後、CP酵素をコムギ胚芽、大腸菌(E. coli)および哺乳類細胞中で発現させ、TEVプロテアーゼで消化して、ルシフェラーゼ活性を調べた。
【0421】
1. コムギ胚芽での分析のために、CPコンストラクトを、TnT(登録商標)T7カップリングコムギ胚芽抽出系(プロメガ社)を用い、製造業者の説明書に従って、発現させた。次に、TnT(登録商標)反応物を1×PBS+0.1%ゼラチン中で1:100に希釈し、20μLを、25μLのTEV反応試薬(5μLの20×ProTEV緩衝液(プロメガ社)、1μLの100mM DTT、および2μLの10U ProTEV Plus(プロメガ社))に加えた。消化反応物の体積を水で100μLにして、30℃で60分間インキュベートした。TEVプロテアーゼを含まない対照試料も調製した。次に、10μLの消化試料を、40μlのDMEMに加え、最終体積を50μLにし、50μLのアッセイ試薬(前に記載した通り;100μM PBI−3939)中でアッセイした。発光を前に記載した通りに測定した(
図73A〜D)。
【0422】
2. 哺乳類細胞での分析のために、逆トランスフェクションプロトコルを用いて、HEK293細胞にCP L27V変異体を形質移入した。簡潔に説明すると、1ngのCP L27VプラスミドDNAを1μgの担体DNAと混合し、12ウェルプレートの1ウェル中の細胞に加えた。次に、細胞を37℃、5%CO
2で16時間インキュベートした。次に、細胞から培地を除去し、細胞を1×PBSで洗い、1mLの1×PLBを加えることによって、細胞溶解物を調製した。次に、溶解物を0.1%ゼラチンを含有する1×PBS中で1:10に希釈した。次に、40μLの希釈溶解物を、上記の通りのTEVプロテアーゼ消化で使用した。10μLの消化物をフェノールレッドを含まない40μLのDMEMと混合し、50μLのアッセイ試薬(前述;100μM PBI−3939)を加えた。発光を前に記載した通りに測定した(
図73H)。
【0423】
3. 大腸菌(E. coli)での分析の場合、CP L27V変異体を発現する大腸菌(E. coli)培養物を、30℃で一晩増殖させた。これらの培養物を使用して(LB+抗菌剤中で1:100に希釈)、最終的な誘導用の新しい出発培養物を作製した。出発培養物を、37℃で2.5時間、振盪させながらインキュベートした(OD
600はおよそ0.5である)。ラムノース(0.2%の最終濃度)を加え、培養物を25℃に移し、18時間、振盪させながらインキュベートした。
【0424】
溶解物を作製するために、50μLの0.5×FASTBREAK(商標)細胞溶解試薬(プロメガ社)を、950μLの誘導された培養物に加え、混合物を22℃で30分間インキュベートした。次に50μLの溶解した培養物を、上記の通りにTEVプロテアーゼで消化し、室温で2時間インキュベートした。
【0425】
分析のために、溶解物をHaloTag(登録商標)哺乳類精製緩衝液(プロメガ社)中で1:10,000に希釈し、50μLを、50μLのアッセイ試薬(前に記載した通り;100μM PBI−3939)中でアッセイした。基底発光およびTEVにより誘導された発光を、前に記載した通りに、5分の時点で測定し(
図73F)、応答(
図73G)を決定した。
【0426】
図73A〜Dは、小麦胚芽抽出物で発現された種々のCP−TEVプロテアーゼ L27Vコンストラクトの基底発光を示している。
図73Eは、TEVプロテアーゼに反応した、誘導されたCP変異体を要約したものであり(反応は低減倍率)、これは、CP変異体をTEVセンサーとして使用できること、すなわち、それらが「つなぎ鎖依存性」を表すことを示している。少なくとも1.2倍の変化を示す変異体を、スチューデントの検定(対応なしのp値;0.03の信頼水準)を用い、表示として、さらに妥当性検証した。これらの結果は、各CP変異体が発光を発することが可能であることを示している。
【0427】
種々のCP−TEVプロテアーゼL27VコンストラクトをHEK293細胞中で発現させた。前に記載した逆トランスフェクションプロトコルを用いて、1μgの担体DNAと一緒に、1ウェルあたり1ngのDNAを形質移入した。各細胞試料を、12ウェルプレートにおいて、1mLの培地中で増殖させた。培地を除去し、1mLの1×PLBを添加することで細胞溶解物を調製した。試料を1×PBS+0.1%ゼラチン中で1:10に希釈した。40μLの希釈試料をTEV消化用に準備した。10μLの消化反応物を、前に記載した通りに、フェノールレッドを含有しない40μLのDMEMおよび50μLのPBI−3939に加えた。
図73Hは、HEK293細胞で発現された種々のCP−TEVプロテアーゼL27Vコンストラクトの発光を示している。
【0428】
図73A〜H中のデータは、L27V変異体を様々な部位で循環置換できること、および異なる部位がつなぎ鎖の長さと関連した異なる依存性を有していることを示す。哺乳類細胞のデータおよびコムギ胚芽のデータは、TEV切断による同様の低減倍率を示している。つなぎ鎖により依存的な、すなわち、よりTEVプロテアーゼ開裂に対する感受性がより高いCP L27V変異体は、PCAの有望な候補である。つなぎ鎖に対する依存性がより低いCP L27V変異体は、自己相補/二量体化アッセイの有望な候補であり得る。
【0429】
実施例49. タンパク質相補試験
タンパク質相補試験(PCA)は、2つの生体分子、例えばポリペプチドの相互作用を検出するための手段を提供する。PCAは、互いに接近させられた場合に機能的な活性タンパク質に再構成され得る、同一タンパク質、例えば酵素の2つの断片を利用する。本発明のOgLuc変異体は、分離に寛容性のある部位で、2つの断片に分離され得る。その後、分離されたOgLuc変異体の各断片は、相互作用すると考えられている目的のポリペプチド対(例えばFKBPおよびFRB)のうちの一方に融合され得る。目的の2つのポリペプチドが実際に相互作用するならば、OgLuc断片は互いにすぐ近くに接近して、機能的な活性OgLuc変異体を再構成する。その後、再構成されたOgLuc変異体の活性を、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンまたは本発明の新規セレンテラジンを用いて、検出および測定することができる。別の例では、開裂OgLuc変異体は、lac−Z(Langley et al., PNAS, 72:1254-1257 (1975))またはリボヌクレアーゼS(Levit and Berger, J. Biol. Chem., 251:1333 -1339 (1976))に類似した、より一般的な相補系で使用することができる。具体的には、別のOgLuc変異体断片(「B」)を補完することが知られているOgLuc変異体断片(「A」と命名)を、標的タンパク質に融合させることができ、得られた融合体を、断片Bを含有する細胞または細胞溶解物中の発光によってモニターすることができる。断片Bの源は、同一細胞(染色体中または別のプラスミド上のいずれか)であるか、または別の細胞由来の溶解物または精製タンパク質であり得る。この同一の融合タンパク質(断片A)は、断片Bと、固体の支持体に付着可能なHaloTag(登録商標)等のポリペプチド間の融合によって、捕捉または固定化することができる。その後、発光は、成功した捕捉を実証するために、または捕捉された物質の量を定量化するために、使用することができる。タンパク質相補の方法は、参照によって本明細書に組み込まれる米国特許出願公開第2005/0153310号に従って行うことができる。
【0430】
1. 9B8opt PCAコンストラクトを以下のように構築した:
【0431】
−p9B8PCA1/4=pF5A/Met−[9B8opt(51−169)]−GGGGSGGGSS−FRB(配列番号331および332)&pF5A/FKBP−GGGSSGGGSG−[9B8opt(1−50)](配列番号337および338)
【0432】
−p9B8PCA1/2=pF5A/Met−[9B8opt(51−169)]−GGGGSGGGSS−FRB(配列番号331および332)&pF5A/[9B8opt(1−50)]−GGGGSGGGSS−FRB(配列番号333および334)
【0433】
−p9B8PCA2/3=pF5A/[9B8opt(1−50)]−GGGGSGGGSS−FRB(配列番号333および334)&pF5A/FKBP−GGGSSGGGSG−[9B8opt(51−169)](配列番号335および336)
【0434】
−p9B8PCA3/4=pF5A/FKBP−GGGSSGGGSG−[9B8opt(51−169)](配列番号335および336)&pF5A/FKBP−GGGSSGGGSG−[9B8opt(1−50)](配列番号337および338)
【0435】
PCAコンストラクトを、FUGENE(登録商標)HDを用い、製造業者の取扱説明書に従って、96ウェルプレート中に、HEK293細胞(15,000細胞/ウェル)に形質移入した。次に、細胞を37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。形質移入後、細胞上の培地を、10%FBSを含有するCO
2非依存性培地で置き換えた。次に、20μM PBI−3939を含有するアッセイ試薬を加え、28℃で、Varioskan Flashで発光を測定した。次に、100μM ラパマイシンをウェルに加え、発光を1時間連続的に測定した。応答倍率を、所与のウェルの全発光を、同じウェルのラパマイシン前処理の発光で除算することにより算出した(
図74)。
【0436】
2. PCAにおけるOgLuc変異体の用途を示すために、L27V02A変異体断片をFKBPまたはFRBで補完し(complementate)、FKBPおよびFRB間の相互作用を測定した。
【0437】
表42は、構築および試験された種々のタンパク質相補(PCA)コンストラクトを列挙している。「2/3」は、1)L27V02Aの「古い(old)」C末端(「古い」=L27V02Aの元のC末端)が、FKBPのC末端のパートナーであり;2)L27V02Aの「古い」N末端がFRBのN末端のパートナーである、変異体相補対を示している。「1/4」は、1)L27V02Aの「古い」N末端がFKBPのC末端のパートナーであり;2)L27V02Aの「古い」C末端がFRBのN末端のパートナーである、変異体対を示している。全てのコンストラクトについて、FKBPはL27V02A断片のN末端に位置しており、FRBはL27V02A断片のC末端に位置していた。例えば、157位(表42、「2/3」および「1/4」#11および#12(配列番号288〜295)参照)、103位(表42、「2/3」および「1/4」#9および#10(配列番号296〜303)参照)、および84位(表42、「2/3」および「1/4」#7および#8(配列番号304−315)参照)に開裂部位(split site)を有するPCAコンストラクトを構築した。他のPCAコンストラクトを構築した(配列番号343〜426および428〜440)(表21参照)。
表42
【表41】
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表21
【表42】
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【0438】
表42に記載の相補対を、前に記載した通りに、pF4Agベクターにクローニングした。次に、PCAコンストラクト(900μL)を、製造業者の説明書に従って、ウサギ網状赤血球溶解物(RRL;プロメガ社)または小麦胚芽抽出物(プロメガ社)中で発現させた。各PCA対の1.25μLの発現反応物(expression reaction)を、10μLの2×結合緩衝液(100mM HEPES、200mM NaCl、0.2%CHAPS、2mM EDTA、20%グリセロール、20mM DTT、pH7.5)および7.5μLの水と混合し、18μLを96ウェルプレートのウェルに移した。2μLの5μM ラパマイシン(最終濃度0.5μM)を加え、10分間室温でインキュベートした。
【0439】
インキュベートした後、100μLのPBI−3939(50×ストックをアッセイ緩衝液中で1×に希釈)、そして、室温で3分間インキュベートする。発光を前に記載した通りに測定した(
図76A〜B:コムギ胚芽;
図76C〜D:ウサギ網状赤血球;
図76E〜F:無細胞系[which system? WG or RRL?];
図76G:HEK293細胞)。
【0440】
図76A〜Gは、種々のタンパク質相補(PCA)L27V対の発光(各対の一方のL27V断片は、記載の通りの2/3構成(
図76Aおよび76C)または1/4構成(
図76Bおよび76D)を用いて、FKBPまたはFRBのいずれかに融合されていた)、小麦胚芽抽出物(
図76Aおよび76B)およびウサギ網状赤血球溶解物(RRL)(
図76Cおよび76D)中でモニターされたFKBPおよびFRBの相互作用;種々のタンパク質相補(PCA)陰性対照の発光(
図76E)を示している。無細胞系(RRL)(
図76F)およびHEK293細胞(
図76G)中の、1/4構成を用いる種々のタンパク質相補L27Vの発光を測定した。
図76A〜G中のデータは、種々の異なる欠失、すなわちL27V変異体の小断片が、機能的であることを示す。
【0441】
3. 細胞ベースのPCAにおけるPCAコンストラクトの用途を示すために、コンストラクトをHEK293細胞に形質移入し、PBI−4377を用いてアッセイした。各PCA対(6、12、55、84、および103)からのプラスミドDNA(5ng)を、40ngの担体DNA(pGEM−3fz)および5μLのOPTI−MEM(登録商標)と混合し、室温で5分間インキュベートした。次に、FUGENE(登録商標)HD(0.15μL)を加え、室温で15分間再びインキュベートした。DNA形質移入混合物を、10%FBS(抗菌剤無し)を含有するDMEM中の100μLのHEK293細胞(1.5×10
5細胞/mL)に加え、96ウェルプレートのウェルに移し、37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。
【0442】
形質移入後、培地を除去し、20μMまたは50×PBI−4377を含有するCO
2非依存性培地で置き換え、37℃、CO
2調節無しで、2時間インキュベートした。発光を測定し、10μLのラパマイシン加え、再度、発光を2分毎に2時間測定した(
図76A〜C)。
【0443】
4. タンパク質−タンパク質相互作用の阻害剤を特定するための、PCAコンストラクトの用途を示すために、本実施例の#2に記載のコンストラクトを使用した。
【0444】
表42に記載の相補対、103「2/3」、157「2/3」、103「1/4」および157「1/4」を、前に記載した通りにpF4Agベクターにクローニングした。次に、PCAコンストラクト(25μL)を、製造業者の説明書に従って、ウサギ網状赤血球溶解物(RRL;プロメガ社)中で発現させた。各PCA対の1.25μLの発現反応物を、10μLの2×結合緩衝液(100mM HEPES、200mM NaCl、0.2%CHAPS、2mM EDTA、20%グリセロール、20mM DTT、pH7.5)および7.5μLの水と混合し、16.2μLを96ウェルプレートのウェルに移した。ラパマイシンを、様々な量のFK506で試験した。反応物に、FRB−FKBP結合阻害剤、FK506(10×)を加え、反応物を室温で10分間インキュベートした。15nMのラパマイシン(10×原液)を、最終濃度が1.5nM ラパマイシンとなるように加え、室温で2時間インキュベートした。インキュベートした後、100μLのPBI−3939(50×ストックをアッセイ緩衝液中で1×に希釈)、そして、室温で3分間インキュベートした。GLOMAX(登録商標)ルミノメーターで発光を測定した。
図77は、本明細書で開示されるPCAコンストラクトが、タンパク質−タンパク質相互作用の阻害剤を特定するのに使用することができることを示す。
【0445】
5. 溶解性型式(lytic format)におけるPCAコンストラクトの用途を示すために、相補対、103「2/3」、157「2/3」、および103「1/4」を、HEK293細胞に形質移入し、PBI−3939を用いてアッセイした。各PCA対からの0.5ngのプラスミドを、5μLのOPTI−MEM(登録商標)および49ngのpGEM−3zf(プロメガ社)と混合した。試料混合物を室温で5分間インキュベートした。次に、0.15μLのFUGENE(登録商標)HDを試料混合物に加え、室温で15分間インキュベートした。1.5×10
5細胞/mLの濃度の、10%FBSを含有するDMEM(抗菌剤無し)中の100μLのHEK293細胞を、各試料混合物に加えた。次に、細胞試料を96ウェルプレートの1ウェルに移し、37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。
【0446】
次の日、11.1μLの10μM ラパマイシン(最終濃度1μM)を、ウェルの半分に加え、11.1μLの水をウェルのもう半分に加えた。96ウェルプレートを37℃で1時間インキュベートした。100μLのアッセイ試薬+PBI−3939(2μLの50×PBI−3939を前に記載した98μLのアッセイ試薬と混合)を、各ウェルに加え、プレートを37℃で4分間インキュベートした。GLOMAX(登録商標)ルミノメーターで、37℃、0.5秒の積分時間および1回の読み取りで、発光を測定した(
図76H)。
【0447】
実施例50. OgLuc cAMPバイオセンサー
本発明のOgLuc変異体は、濃度を通じてだけでなく、酵素活性の調節を通じても、光出力に関わることができる。例えば、cAMPバイオセンサーは、プロテインキナーゼAから得られたcAMP−結合ドメインを循環置換されたOgLuc変異体に組み入れることによって開発され得る。本発明のOgLuc変異体は、当該技術分野において周知の方法(例えば、米国特許出願公開第2005/0153310号)によるそのような置換に対し寛容性がある部位で、循環置換され得る。哺乳類細胞中で発現された場合、得られた循環置換されたOgLuc変異体キメラタンパク質は、cAMPに対する細胞内バイオセンサーとして機能し得る。cAMPがバイオセンサーに結合すると、バイオセンサーは、活性型ルシフェラーゼ酵素を生成する立体構造変化を起こす。細胞をアデニル酸シクラーゼに対する活性化物質であるフォルスコリンで処理することは、フォルスコリンの増加濃度に伴って、発光における増加をもたらすはずである。カルシウム(Ca+2)、cGMP、およびカスパーゼおよびタバコエッチ病ウイルス(TEV)等のプロテアーゼを含むがこれらに限定はされない、標的に対する同様のバイオセンサーは、それぞれに対する適切な結合ドメインまたは切断部位を、循環置換されたOgLuc変異体に組み入れることによって、開発することができる。
【0448】
cAMPセンサーとの関連で変異体9B8optを分析することにより、OgLucのバイオセンサーとしての有用性が示された。循環置換のための部位が下記のように選択されること以外はPCT出願PCT/US2007/008176に記載される通りに、OgLuc変異体配列に隣接したプロテインキナーゼ−AのRIIβBサブユニットを含有する循環置換されたコンストラクトを構築し、無細胞系で発現させた。cAMPの存在下および非存在下で、新生タンパク質をアッセイした。cAMPに対する応答を、活性比(+)cAMP/(−)cAMPと定義する。
【0449】
OgLucの構造モデルが、PCT/US2010/33449で先に記載された、既知の構造のある脂肪酸結合タンパク質への類似性に基づいて、作製されている。モデルは、標準的なタンパク質構造モチーフ;αへリックスおよびβシートの規則正しい配列を予測している。循環置換部位としてこれらの構造要素間を移行する領域を選択した(表43参照)。
【0450】
1. バイオセンサーコンストラクトの発現用鋳型は、プラスミドpF5(プロメガ社)中の、C末端のOgLuc配列−RIIβB配列−N末端OgLuc配列から成った。TNT(登録商標)T7カップリングコムギ胚芽抽出系(プロメガ社 品番L4140)を、コンストラクトを翻訳するのに使用した。TNT(登録商標)コムギ胚芽抽出反応は、25μLのTNT(登録商標)コムギ胚芽抽出液(L411A)、2μLのTNT(登録商標)反応緩衝液(L462A)、1μLのアミノ酸混合物、完全(Complete)(L446A)、1μLのRNasin(登録商標)(40U/μL)(N2615)、1μLのTNT(登録商標)T7RNAポリメラーゼ(L516A)、1.0μgのDNA鋳型、および50μLの総体積にするためのヌクレアーゼを含まない水を含んでいた。反応混合物を30℃で120分間インキュベートした。
【0451】
50μLのOgLuc翻訳混合物に、100μM cAMPを含有する、または含有しない、50μLのOgLuc Glo試薬(100mM MES(pH6.0)、1mM CDTA、150mM KCl、35mM チオ尿素、2mM DTT、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、0.025%MAZU(登録商標)DF204、および20μM PBI−3939)を加えることでOgLuc活性検査を行い、動態読み取りを30分間行った(TECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500プレートリーダー)。cAMP有りでバイオセンサーにより発せられた発光を、cAMP無しでバイオセンサーにより発せられた発光で除算することによって、応答を決定する(表43)。
表43:循環配列されたOgLucバイオセンサーのcAMPに対する応答
【表43】
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【0452】
2. CP部位51で循環置換された9B8optのcAMPバイオセンサーを、1に記載の通りに作製した。次に、バイオセンサーを、FUGENE(登録商標)HDを用い、製造業者の取扱説明書に従って、96ウェルプレート中に、HEK293細胞(15,000細胞/ウェル)に形質移入し、37℃、5%CO
2で一晩インキュベートした。形質移入後、培地を除去し、10%FBSを含有するCO
2非依存性培地で置き換えた。次に、細胞を37℃、5%CO
2で2時間インキュベートし、その後、様々な量のFSKを加えた。次に、細胞を再度、37℃、5%CO
2で3時間インキュベートした。次に、6μM PBI−3939加え、13分後に発光を測定した(
図78)。
【0453】
3. L27Vの循環置換型(「CP」;例えばCP6は、Met後に新しい残基1となる古い残基6を指す)バージョンおよび直鎖開裂型(「SS」;例えばSS6は、以下のように方向づけられたセンサーを指す:OgLuc(1〜6)−RIIβb結合部位(配列番号441および442)−OgLuc(7〜169))バージョンを、cAMPバイオセンサー(配列番号467〜574)として使用した。L27V変異体のCP(配列番号467〜498および555〜574)バージョンおよびSS(配列番号499−554)バージョンを、前に記載した通りに誘導し、製造業者の説明書に従ってウサギ網状赤血球溶解物(RRL;プロメガ社)中で発現させた。RIIβb結合部位のC末端とOgLucルシフェラーゼ配列の間のリンカー配列はGGGTCAGGTGGATCTGGAGGTAGCTCTTCT(配列番号575)であった。RIIβb結合部位のN末端とOgLucルシフェラーゼ配列の間のリンカー配列は、AGCTCAAGCGGAGGTTCAGGCGGTTCCGGA(配列番号576)であった 3.75μLの発現反応物を1.25μLの4×cAMP(最終濃度1nM〜0.1mM)と混合し、室温で15分間インキュベートした。インキュベション後、100μLのPBI−3939(50×ストックをアッセイ緩衝液中で1×に希釈)、そして、室温で3分間インキュベートした。GLOMAX(登録商標)ルミノメーターで発光を測定した(
図79A〜B)。前に記載した通りに、HEK293細胞中で発現され、フォルスコリンで処理された、L27V変異体のCPバージョンおよびSSバージョンについての発光も測定した(
図79C−D)。
図79A〜Dは、本明細書で開示されるOgLuc変異体の循環置換型バージョンおよび直鎖開裂型バージョンは、バイオセンサーとして使用することができることを示す。
【0454】
実施例51. 細胞内分布および細胞内局在
細胞内分布を分析するために、U2OS細胞を、10%FBSを含有するマッコイ5A培地(インビトロジェン社)中で2×10
4細胞/cm
2で、ガラス底培養皿に播種した。次に、細胞を37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。次に、細胞に1/20量の形質移入混合物(FUGENE(登録商標)HDおよびpF5A−CMV−L27V(CMVプロモーター(プロメガ社)を有するpF5AベクターにクローニングされたL27V変異体(配列番号88))、またはpGEM3ZF(プロメガ社;陰性対照))を形質移入し、37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。インキュベートした後、細胞培地を、0.5%FBSおよび100μM PBI−4378を含有するCO
2非依存性培地と置き換えた。37℃で30分間インキュベートした後、フィルタ処理されていない画像を、25、100、1000、および5000ミリ秒間、60×対物レンズ(
図80A−B)を用いるオリンパス社製LV200生物発光顕微鏡で撮り込んだ。
【0455】
細胞内局在を分析するために、IL−6分泌配列(配列番号461および462)を有するGPCR AT1R(アンジオテンシン1型受容体(配列番号459および460))または転写因子であるNrf2(配列番号317)とのN末端L27V融合体を、GSSGリンカー(配列番号457および458)を用いて作製し、上記の通りにU2OS細胞に形質移入した(
図81A〜C)。
図81C(「GPRC」)は、IL6シグナル配列がL27V変異体配列の上流であり、AT1RがL27V 変異体配列の下流である場合のコンストラクトの発現を示している。L27V変異体単独も形質移入した(「非融合」)。37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした後、細胞培地を、0.5%FBSを含有するCO
2非依存性培地で置き換え、非CO
2調節雰囲気下、37℃で1時間平衡化した。次に等量の培地+200μM PBI−3939を加え、直後に、60×または150×対物レンズを用いるオリンパス社製LV200生物発光顕微鏡で、フィルタ処理されていない画像を撮り込んだ(
図81A−C)。L27V単独を発現する細胞については、画像撮り込み直前に、PBI−3939を細胞から洗い落とした。
【0456】
実施例52. 細胞内シグナル経路のモニタリング
本実施例は、(転写活性化を表す応答要素の例とは対照的に)タンパク質レベルで細胞内シグナル経路をモニターするのに使用されている新規ルシフェラーゼの2つの例を提供する。変異体9B8opt(配列番号24)を、IkB(Gross et al., Nature Methods 2(8):607-614 (2005))(C末端に、すなわち、N−IkB−(9B8opt)−C))またはODD(Hif−1−αの酸素依存性分解ドメイン(Moroz et al., PLoS One 4(4):e5077 (2009))(N末端に、すなわち、N−(9B8opt)−ODD−C))のいずれかに融合した。IKBは、TNFαで刺激されると細胞中で分解されることが知られており;そのため、IKB−(9B8opt)コンストラクトは、生細胞TNFαセンサーとして使用することができる。ODD(Hif−1−α)は、低酸素を誘導する化合物で刺激されると細胞内に蓄積されることが知られており;そのため、ODD−(9B8opt)コンストラクトは生細胞低酸素センサーとして使用することができる。
【0457】
9B8optを有するIkBまたはODDとの融合体を含有するコンストラクト(pF5A)を、HEK293細胞中で、前に記載した通りの逆トランスフェクション(5ng(IkB)または0.05ng(ODD)のDNA(キャリアーDNAと混合して合計50ngを得た))を介して発現させ、37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。形質移入後、培地を、0.5%FBSおよび20μM PBI−4377を含有する新しいCO
2非依存性培地と置き換え、37℃で4時間、大気中のCO
2に対し平衡化した。次に、細胞を刺激に暴露した:IkB融合体発現細胞に対してはTNFα、そしてODD融合体発現細胞に対してはフェナントロリン。DMSO(ビヒクル)を対照細胞に加えた。TNFα/IKB試料について、刺激を加えるおよそ15分前に100μg/mL シクロヘキシミドを加え、新しいタンパク質の合成を妨げた。処理後の示された時点で、細胞を発光についてアッセイした。データ正規化のために、所与の時点での各試料のRLUを、刺激直後に同じ試料から得られたRLUで除算した。次に、各センサーの応答倍率を決定した(
図82A〜C)。
【0458】
B. 前記タンパク質レベルでの酸化的ストレスシグナル経路をモニターするために、L27Vを使用した。L27Vまたはウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼ(Rluc)を、pF5K発現ベクターにおいて、Nrf2/NFE2L2と融合させた(C末端で;すなわち、N−Nrf2−(L27V)−CまたはN−Nrf2−(Rluc)−C)。Keap1はNrf2の負の制御因子である(配列番号217)。Nrf2−L27V02のタンパク質レベルの調節を忠実に表すために、Keap1を共発現させ、Nrf2レベルを低く維持した(ユビキチン化を介して)。
【0459】
Nrf2−L27VまたはNrf2−Rluc(5ng、pF5K)およびHaloTag(登録商標)−Keap1融合タンパク質(pFN21−HT7−Keap1(配列番号316);50ng)を、前に記載した通りに96ウェルプレートに播種する時点で細胞に形質移入することによって、HEK293細胞中で発現させ、37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。形質移入後、培地を、L27Vについては0.5%FBSおよび20μM PBI−4377を含有する、またはウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼについては20μM ENDUREN(商標)(プロメガ社)を含有する新しいCO
2非依存性培地と置き換え、細胞を37℃、大気中CO
2下で4時間平衡化した。動態解析のために、20μM D,Lスルホラファンまたはビヒクル(DMSO)を使用した。
図83Aでは、発光が、処理後の示された時点で、前に記載した通りに測定された。データ正規化のために、所与の時点での各試料の発光を、刺激直後に同じ試料から得られた発光で除算した(
図83B〜C)。
【0460】
C. Bに記載されるNrf2センサーと、Nrf2(ARE)−Luc2Pレポーター(プロメガ社)の応答の比較を行った。Nrf2センサーおよびレポーターの両方を、上記のセクションBに記載される通りにスクリーニングした。ホタル(Luc2P)レポーター遺伝子アッセイのために、ONE−GLO(商標)アッセイ試薬を使用した。
図84A〜Bは、2時間におけるNrf2−L27Vおよび16時間におけるNrf2(ARE)−Luc2Pの正規化された応答を示す。
【0461】
実施例53. BRETによる、OgLuc変異体の生物発光レポーターとしての評価
生物発光共鳴エネルギー移動(BRET)は、タンパク質−タンパク質相互作用のモニタリングを可能にする。分子内エネルギー移動を、HT7がフルオロフォア、すなわちTMR(励起/発光(ex/em)波長=555/585nm)またはローダミン110(励起/発光波長=502/527nm)で事前に標識されたIVとHT7融合パートナーの間で調べた。実施例34のIV−HT7融合タンパク質を含有する50μLの細菌細胞溶解物を、0.001μM〜10μM フルオロフォアリガンド存在下、または非存在下で、室温で1時間インキュベートした。インキュベートした後、22μM セレンテラジン−hを含有する50μLのRENILLA−GLO(商標)を、50μLの酵素−リガンド混合物に加え、発光スペクトルを5分の時点で記録した。TMR(
図83A)またはローダミン110(「Rhod110」)(
図85B)を有するIV−HT7のスペクトルの例が示され、これは、リガンドのex/emがOgLucの発光ピークである460nmに近いほど、BRETがより大きかったことを示している(すなわち、ローダミン110を用いた方がより大きい)。このデータは、融合タンパク質上の、OgLuc変異体とフルオロフォア間で分子内エネルギー移動が発生可能であることを示している。3つの異なる対照を比較のために使用した(データ未記載):1)非HT融合、2)HTリガンドで標識されなかったHT融合、および3)OgLucとHTの間のTEV部位でタンパク分解により開裂された標識化HT融合(近接/距離の関与を示した)。BRETは3つの異なる対照において観察されなかったが、このことは、HTがBRETを達成するのに関わっていたことを示している。C末端HT7を有するC1+A4EおよびIVが、N末端HT7を有するものと比べて、BRETがより大きかった。
【0462】
実施例54. 生細胞様式または溶解性様式のタンパク質近接解析
1例において、循環置換された(CP)または直鎖開裂型(SS)OgLuc融合タンパク質はタンパク質近接の測定に適用される。OgLucは、プロテアーゼ基質アミノ酸配列(例えば、TEV)の挿入を介して置換または開裂され、低い生物発光を発する。不活性ルシフェラーゼが、モニタータンパク質に繋留される(例えば、遺伝子融合を介して)。有望な相互作用タンパク質が、プロテアーゼ(例えば、TEV)に繋留される(例えば、遺伝子融合を介して)。前記2つのモニタータンパク質が相互作用するか、または十分近位に存在する場合(例えば、恒常的な相互作用、薬剤刺激または経路応答を介して)、ルシフェラーゼが開裂されて、増加された生物発光活性を生じる。前記の例は、細胞、または生化学分析において、タンパク質近接の測定に適用することができる。さらに、OgLuc変異体ルシフェラーゼの高い熱安定性は、溶解された細胞、または生化学分析における抗体−抗原相互作用の測定を可能にし得る。
【0463】
実施例55. 生物発光分析
1. カスパーゼ−3酵素を検出するための生物発光分析におけるOgLuc変異体の用途を示すために、9B8opt変異体を、DEVDカスパーゼ−3開裂配列を含む前セレンテラジン基質を用いる生物発光分析において使用した。精製カスパーゼ−3酵素を、実施例27に記載の通りに調製された、変異体9B8optを発現する大腸菌(E. coli)溶解物試料と混合し、100mM HEPES(pH7.5)中の23.5μM z−DEVD−セレンテラジン−hを含むかまたは含まない、100mM MES(pH6.0)、1mM CDTA、150mM KCl、35mM チオ尿素、2mM DTT、0.25%TERGITOL(登録商標)NP−9(v/v)、0.025%MAZU(登録商標)DF204を含有する緩衝液中で10倍に希釈した。カスパーゼ−3酵素を溶解物試料と一緒に室温で3時間インキュベートし、ターナー社製MODULUS(商標)ルミノメーターで、様々な時点における発光を検出した。細菌溶解物のみを含有する試料およびカスパーゼ−3のみを含有する試料を、対照として使用した。3連を用いた。
図86および表44は、9B8opt、従って他の本発明のOgLuc変異体が、目的酵素を検出するための、前セレンテラジン基質を用いる生物発光分析において使用され得ることを示す。
表44:z−DEVD−セレンテラジン−hを基質として使用して、精製カスパーゼ−3を用いるかまたは用いずにインキュベートした、9B8opt変異体を発現する細菌溶解物から発せられたRLU単位の平均発光
【表44】
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【0464】
2. L27V変異体を、DEVDカスパーゼ−3開裂配列を含む前セレンテラジン基質を用いる生物発光分析で使用した。100mM MES(pH6)(50μL)中の精製カスパーゼ−3酵素(1mg/mL)を、アッセイ緩衝液(50μL)中の227nM L27V02変異体および47μM PBI−3741(z−DEVD−セレンテラジン−h)と混合した。反応物を室温で3時間インキュベートし、発光を前に記載した通りに検出した。L27V変異体を用いるアッセイを、ホタルルシフェラーゼバージョンのアッセイ、カスパーゼ−GLO(登録商標)3/7−アッセイ系(カスパーゼ−Glo;プロメガ社)と比較した。表45は、L27V変異体、従って他の本発明のOgLuc変異体が、目的酵素を検出するための、前セレンテラジン基質を用いる生物発光分析において使用され得ることを示す。
表45
【表45】
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【0465】
実施例56. 免疫学的検定
本発明のOgLuc変異体は、種々の異なるイムノアッセイ概念に組み込まれる。例えば、OgLuc変異体は、検出法に特定の分析物を提供するために、一次抗体または二次抗体に、遺伝的に融合または化学的に結合される。別の例として、OgLuc変異体は、タンパク質A、タンパク質G、タンパク質L、またはIg断片に結合することが知られているあらゆる他のペプチドもしくはタンパク質に遺伝的に融合または化学的に結合され、今度はこれが、特定の分析物に結合した特異的抗体を検出するのに使用され得る。別の例として、OgLuc変異体がストレプトアビジンに遺伝的に融合または化学的に結合され、特定の分析物に結合した特異的ビオチン化抗体を検出するのに使用される。別の例として、ELISAのようなあらゆる様式において、一次抗体が特定の固定化された分析物を認識し、二次抗体が該一次抗体を認識する場合、OgLuc変異体の相補的断片は一次および二次抗体に遺伝的に融合または化学的に結合される。OgLuc変異体活性、すなわち発光は、固定化された分析物の存在下で再構成され、該分析物を定量化する手段として使用される。
【0466】
別の例として、OgLuc変異体の相補的断片は2つの抗体に融合され得、そこで一方の抗体が1つのエピトープで特定の分析物を認識し、第二の抗体が別のエピトープで該分析物を認識する。OgLuc変異体活性は分析物の存在下で再構成されることとなる。前記方法は、細胞溶解物または細胞培地等の複雑な環境における分析物定量化(analyte quantification)の測定に適していることとなるでだろう。別の例として、一方の抗体が特定の分析物を、修飾を問わず認識し、第二の抗体が修飾された分析物(例えば、翻訳後修飾後)のみを認識する場合、OgLuc変異体の相補的断片は2つの抗体に融合され得る。OgLuc変異体活性は、分析物が修飾される場合にのみ、分析物の存在下で再構成されることとなる。この方法は、細胞溶解物等の複雑な環境における修飾された分析物の測定に適していることとなるであろう。別の例として、OgLuc変異体は、分析物(例えば、プロスタグランジン)に複合体化され、競合的サンドイッチELISA様式において使用され得る。
【0467】
実施例57. 二量体形成アッセイ
本実施例は、完全長の循環置換型OgLuc変異体が、それぞれの結合パートナー、例えばFRBおよびFKBPに融合され、タンパク質相補性分析で使用され得ることを示す。本明細書で開示される方法と従来のタンパク質相補性の間の重要な差異は、相補性はなかったが、2つの完全長酵素、例えば循環置換型OgLuc変異体の二量体化があったことである。
【0468】
簡潔に説明すると、低活性用に同様に構築された、循環置換されたレポータータンパク質を、融合タンパク質パートナーの両方に融合した(
図87A参照)。例えば、各融合パートナーは、全く同じに構築された、置換されたレポーターに連結され得る。融合パートナーの相互作用により置換されたレポーターはすぐ近くに運ばれ、それによってより高い活性を有するハイブリッドレポーターの再構築が可能となった。新しいハイブリッドレポーターは、構造的拘束を低減させるように、各循環置換されたレポーターの部分を含んでいた。
【0469】
循環置換された、直鎖開裂型L27V変異体CP84およびCP103(N−(SS−169)−(1−SS
1)−FRB−CおよびC−(1−SS
1)−(SS−169)−FKBP)を、前に記載した通りにクローニングし、製造業者の説明書に従って、ウサギ網状赤血球溶解物(RRL;プロメガ社)中で、発現させた(25μL)。各二量体化対の1.25μLの発現反応物を、10μLの2×結合緩衝液(100mM HEPES、200mM NaCl、0.2%CHAPS、2mM EDTA、20%グリセロール、20mM DTT、pH7.5)および7.5μLの水と混合し、18μLを96ウェルプレートのウェルに移した。反応物に、2μLのラパマイシン(最終濃度0および0.1〜1000nM)を加え、反応物を室温で10分間インキュベートした。インキュベートした後、100μLのPBI−3939(50×ストックをアッセイ緩衝液中で1×に希釈)、そして、室温で3分間インキュベートした。GLOMAX(登録商標)ルミノメーターで発光を測定し(
図87B)、応答を決定した(
図87C)。
図87B〜Cは、PCA型二量体化アッセイを介してタンパク質−タンパク質相互作用を検出するのに、本発明のOgLuc変異体を使用することができることを示す。
【0470】
実施例58. 細胞内半減期
OgLuc変異体9B8、9B8+K33N、V2、L27V、およびV2+L27Mの細胞内半減期を決定した。15〜100mmプレートにおける10%FBSおよび1×ピルビン酸ナトリウムを含有するF12培地中のCHO細胞(500,000)に、9B8、9B8+K33N、V2、L27V(「V2+L27V」)またはV2+L27M(全てpF4A ベクターバックグラウンド中)を含有する30μLの100ng/μL プラスミドDNAを、TRANSIT(登録商標)−LT1(ミラス社(Mirus))を用い、製造業者の説明書に従って、形質移入した。次に、細胞を6時間インキュベートした。
【0471】
インキュベートした後、培地を除去し、1mLのトリプシンを加え、細胞をプレートから剥離した。次に、3mLのF12培地を加え、細胞を計数した。次に、細胞を10,000細胞/ウェルで、96ウェルプレートの6ウェル(6ウェル/変異体)に播種し、37℃で一晩インキュベートした。試料を3枚のプレートに散布した。各プレートは、異なる時点での測定に対し、6つの反復実験を有した。
【0472】
一晩インキュベートした後、培地をt=0試料のための細胞から除去して、100μLのアッセイ緩衝液(前述;基質無し)を加えた。試料をドライアイス上で凍結させ、−20℃で保存した。シクロヘキシミド(100mg/mL)を、OPTI−MEM(登録商標)中で、1:100に希釈して1mg/mLの最終濃度にした。DMSO(100%)も、OPTI−MEM(登録商標)中で、1:100(最終濃度1%)に希釈した。希釈したシクロヘキシミド(1mg/mL)を、それぞれの形質移入された変異体の試料の3つの反復実験に加え(11μL)、11μLの希釈したDMSO(1%)を、その他の3つの反復実験に加えた。次に、細胞を37℃、5%CO
2でインキュベートし、様々な時点(すなわち、0時間、0.5時間、0.9時間、2.5時間、4.3時間、および6.2時間)で取り出し、t=0試料として処理した。
【0473】
分析のために、試料を室温まで解凍し、10μLを50μLのアッセイ試薬中でアッセイした。GLOMAX(登録商標)ルミノメーターで発光を測定した。各時点で、未処理およびシクロヘキシミド処理試料の発光を測定した。シクロヘキシミドで処理された細胞のRLUを、未処理細胞のRLUで正規化した。
【0474】
各変異体の細胞内半減期を、各時点での、未処理のものからの発光に対する、シクロヘキシミド(CHX)で処理したものからの発光の割合を測定することによって算出した。次に、前記割合を、時間に対して自然対数プロット(未処理に対する処理の%)し、半減期を算出した(表46)。OgLuc変異体は、完全な(full strength)CMVプロモーターを有する場合はおよそ6〜9時間の細胞内半減期を有したが、CMV欠失変異体(d2)を有する場合は、半減期が減少した。完全なCMVプロモーターと組み合わされたPEST分解シグナルが存在することにより、半減期は有意に減少する。
表46
【表46】
[この文献は図面を表示できません]
【0475】
実施例52に記載の逆トランスフェクションプロトコルを用い、HEK293細胞を使用して、別の実験を完了させた(データ未記載)。この実験から得られた結果は、PESTを有するL27V変異体の細胞内半減期が10分であることを示している。この実験で使用された分解シグナルを持たないL27V変異体は、この実験を通じて減衰を示さなかった。この場合、減衰をt=0での未処理細胞に対して正規化した。
【0476】
実施例59. OgLuc変異体の尿素への暴露
ホタルルシフェラーゼは比較的不安定であることが知られているが、尿素暴露に対してはさらにより感受性が高い。これがOgLuc変異体を用いた場合でも当てはまるかどうかを決定するために、OgLucの尿素に対する感受性を決定した。5μlの45.3μM L27V酵素を100μLの尿素溶液(100mM MOPS(pH7.2)、100mM NaCl、1mM CDTA、5%グリセロールおよび様々な濃度の尿素)と混合し、室温で30分間インキュベートした。5μLの尿素+L27V酵素溶液を、フェノールレッド+0.1%PRIONEX(登録商標)無しのDMEM中に10,000倍希釈し、50μLを、100μM PBI−3939(前述)を含有する50μLのアッセイ試薬と混合し、発光を10分の時点で読み取った(
図88)。
図88は、L27Vが、尿素耐性であるか、または尿素除去後に非常に迅速に機能的酵素にリフォールディングしたことを示している。これは、化学的変性条件が含まれている場合に、L27Vがレポーター酵素として使用され得ることを示唆している(例えば、OgLuc変異体に基づく反応の前の酵素反応を止めるのに変性剤が使用される条件での多重化)。
【0477】
精製L27V変異体の0.31mg/mLの原液を、緩衝液(PBS+1mM DTT+0.005%IGEPAL)中に100,000倍希釈し、3M 尿素と共に、25℃で30分間インキュベートし、次に、100μM PBI−3939(前述)を含有するアッセイ試薬と1:1(50μL+50μL)混合した。反応物を、前に記載した通りに(100分間;1分の読み取り間隔)、TECAN(登録商標)INFINITE(登録商標)F500ルミノメーターで読み取った(
図89)。結果は、3M 尿素がL27V変異体の活性をおよそ50%だけ低減させるが、尿素を2倍に(1.5Mの最終濃度に)希釈すると、活性が、恐らくはりフォールディングのために、増加することを示している。
【0478】
実施例60. OgLuc融合タンパク質の画像取得
本実施例は、蛍光励起の必要なしに、生細胞におけるタンパク質移行をモニターするための、OgLucおよびOgLuc変異体の用途を示す。OgLuc変異体を、ヒト糖質コルチコイド受容体(GR;配列番号451および452)、ヒトプロテインキナーゼCα(PKCa;配列番号449および450)またはLC3(配列番号577および578)に融合させた。生物発光画像法を用いて細胞内タンパク質移行を分析するために、HeLa細胞を、10%FBSを含有するDMEM培地(インビトロジェン社)中2×10
4細胞/cm
2で、ガラス底培養皿(MatTek)中に播種した。次に、細胞を37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。次に、細胞に1/20量の形質移入混合物(FUGENE(登録商標)HDおよびpF5Aベクター(プロメガ社)にクローニングされた、L27V02−GR(配列番号453および454)またはL27V02−PKCα(配列番号455および456)をコードするDNA)を形質移入した。L27V02−GRに関するプラスミドDNAを、pGEM−3ZF(プロメガ社)中で1:20希釈し、L27V02−GRの適切な発現レベルを達成した。L27V02−LC3およびL27V02−PKCαに関するプラスミドDNAは、無希釈で使用した。次に、細胞を37℃、5%CO
2で24時間インキュベートした。GR融合タンパク質を形質移入された細胞を、1%木炭/デキストランで処理されたFBS(インビトロジェン社)を補充されたMEM培地を用いて、20時間GR作動薬を枯渇させた。形質移入の24時間後(PKCα測定の場合)または形質移入の48時間後(GR測定の場合)、イメージング直前に、細胞培地を100μM PBI−3939を含有するCO
2非依存性培地で置き換えた。150×対物レンズを用いるオリンパス社製LV200生物発光顕微鏡で、フィルタ処理されていない画像を直ちに撮り込んだ。
【0479】
L27V02−GR融合タンパク質の細胞質ゾルから核への移行は、0.5mM デキサメタゾンでの15分間の刺激によって達成された。L27V02−PKCα融合タンパク質の細胞質ゾルから原形質膜への移行は、100nM PMAでの20分間の刺激によって達成された。L27V02−LC3融合タンパク質形質移入細胞は、未処理のままにするか、または10%FBSを含有するDMEM培地(インビトロジェン社)中の50mM クロロキンで処理した。
【0480】
L27V02−グルココルチコイド受容体
【0481】
糖質コルチコイド非存在下では、糖質コルチコイド受容体(GR)はHsp90タンパク質と複合体化し、細胞質ゾルに存在する。GRがデキサメタゾン等の糖質コルチコイドと相互作用すると、GRタンパク質はこれらのタンパク質複合体から分離して核に移行し、遺伝子転写を制御する。
図90A〜Bは、HeLa細胞における、PBI−3939基質を用いての、L27V02−糖質コルチコイド受容体(GR)融合タンパク質の、デキサメタゾンにより誘導された細胞質ゾルから核内への受容体(NR)移行の生物発光画像を示している。
【0482】
L27V02−PKCa
【0483】
ホルボールエステルで処理すると、PKCαタンパク質は原形質膜に動員され、膜動力学およびシグナル伝達を含む細胞応答を制御する。
図91A〜Bは、U−2OS細胞における、PBI3939基質を用いての、OgLuc L27V02−PKCα融合体の、ホルボールエステルにより誘導されたプロテインキナーゼCα(PKCα)の細胞質ゾルから原形質膜への移行の生物発光画像を示している。
【0484】
L27V−LC3
【0485】
処理されたLC−3タンパク質とオートファゴソームとの会合は、オートファジーにおける特徴的なステップを表す。クロロキン処理は、自己貪食性流出をこの段階で停止させ、オートファゴソーム上にLC−3タンパク質の蓄積をもたらす(点状の細胞内分布をつくる)。
図92A〜Bは、2つの代表的なHeLa細胞試料における、PBI−3939基質を用いての、OgLuc L27V−LC3融合タンパク質(配列番号592および593)の、クロロキンにより誘導されたオートファゴソームタンパク質移行の生物発光画像法を示している。
表47.但し書きリスト
【表47】
[この文献は図面を表示できません]
本発明の態様として、例えば以下のものがある。
〔1〕配列番号1に対して少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1中のアミノ酸に対応する位置に少なくとも1つのアミノ酸置換を含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチドであって、前記OgLuc変異体ポリペプチドが非オキヒオドシエビ属(Oplophorus)ルシフェラーゼと比較して増強された発光を有する、単離ポリヌクレオチド。
〔2〕非オキヒオドシエビ属(Oplophorus)ルシフェラーゼがウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼである、前記〔1〕に記載のポリヌクレオチド。
〔3〕非オキヒオドシエビ属(Oplophorus)ルシフェラーゼがホタルルシフェラーゼである、前記〔1〕に記載のポリヌクレオチド。
〔4〕配列番号1に対して少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1中のアミノ酸に対応する位置に少なくとも1つのアミノ酸置換を含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、前記OgLuc変異体ポリペプチドは配列番号3のOgLucポリペプチドと比較して増強された発光を有し、ただし、前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが表47に列挙されるもののうちの1つではない、ポリヌクレオチド。
〔5〕配列番号1に対して少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1中のアミノ酸に対応する位置に少なくとも1つのアミノ酸置換を含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、前記OgLuc変異体ポリペプチドは配列番号31のポリペプチドと比較して増強された発光を有し、ただし前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが配列番号3または15ではない、ポリヌクレオチド。
〔6〕配列番号1に対して少なくとも60%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1中のアミノ酸に対応する位置に少なくとも1つのアミノ酸置換を含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、前記OgLuc変異体ポリペプチドが配列番号29のポリペプチドと比較して増強された発光を有し、ただし、前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが配列番号3または15ではない、ポリヌクレオチド。
〔7〕前記ポリペプチドが配列番号1に対して少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有する、前記〔1〕〜〔6〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔8〕前記ポリペプチドが配列番号1に対して少なくとも90%のアミノ酸配列同一性を有する、前記〔1〕〜〔7〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔9〕OgLuc変異体ポリペプチドが配列番号3のポリペプチドと比較して増強されたタンパク質安定性または増強された生体適合性のうちの少なくとも1つを有する、前記〔1〕〜〔8〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔10〕OgLuc変異体ポリペプチドがウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼと比較して増強された酵素安定性または増強された生体適合性のうちの少なくとも1つを有する、前記〔1〕〜〔9〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔11〕前記OgLuc変異体ポリペプチドがホタルルシフェラーゼと比較して増強された酵素安定性または増強された生体適合性のうちの少なくとも1つを有する、前記〔1〕〜〔10〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔12〕前記OgLuc変異体ポリペプチドがセレンテラジンの存在下で配列番号3のポリペプチドと比較して増強された発光を有する、前記〔1〕〜〔11〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔13〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、式(Ia)または(Ib):
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
の化合物の存在下で配列番号3のポリペプチドと比較して増強された発光を有する前記〔1〕〜〔12〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドであって、
式中、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは-S−、-O−または-NR
22−であり;
Yは、-H、−OH、または-OR
11であり;
Zは、-CH−または-N−であり;
各R
11は独立して-C(O)R”または-CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
のとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではない、
ポリヌクレオチド。
〔14〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、異なるセレンテラジンと比較した場合のあるセレンテラジンの存在下で、配列番号3のポリペプチドと比較して相対的基質特異性における変化を有する、前記〔1〕〜〔13〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔15〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンと比較して式(Ia)または(Ib):
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
の化合物の存在下で、配列番号3のポリペプチドと比較して相対的基質特異性における変化を有する、前記〔1〕〜〔14〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドであって、式中、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは−S−、−O−または−NR
22−であり;
Yは、−H、−OH、または−OR
11であり;
Zは、−CH−または−N−であり;
各R
11は独立して−C(O)R”または−CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
のとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではない、
ポリヌクレオチド。
〔16〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号3のポリペプチドと比較して増強された生体適合性を有する、前記〔1〕〜〔15〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔17〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、セレンテラジンの存在下でウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼと比較して増強された発光を有する、前記〔1〕〜〔16〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔18〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、式(Ia)または(Ib):
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
の化合物の存在下で、ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼと比較して増強された発光を有する、前記〔1〕〜〔17〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドであって、式中、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは-S−、-O−または-NR
22−であり;
Yは、-H、−OH、または-OR
11であり;
Zは、-CH−または-N−であり;
各R
11は独立して-C(O)R”または-CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
のとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではない、
ポリヌクレオチド。
〔19〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、異なるセレンテラジンと比較してあるセレンテラジンの存在下で、ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼと比較して相対的基質特異性における変化を有する、前記〔1〕〜〔18〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔20〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンと比較して式(Ia)または(Ib):
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
の化合物の存在下で、ウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼと比較して相対的基質特異性における変化を有する、前記〔1〕〜〔19〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドであって、
式中、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは-S−、-O−または-NR
22−であり;
Yは、-H、−OH、または-OR
11であり;
Zは、-CH−または-N−であり;
各R
11は独立して-C(O)R”または-CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
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または
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のとき、R
8は、
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ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
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または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
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またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
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ではない、
ポリヌクレオチド。
〔21〕前記OgLuc変異体ポリペプチドがウミシイタケ属(Renilla)ルシフェラーゼと比較して増強された生体適合性を有する、前記〔1〕〜〔20〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔22〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、ルシフェリン存在下のホタルルシフェラーゼと比較して、セレンテラジンの存在下で増強された発光を有する、前記〔1〕〜〔21〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔23〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、ルシフェリン存在下のホタルルシフェラーゼと比較して、式(Ia)または(Ib):
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または
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の化合物の存在下で増強された発光を有する、前記〔1〕〜〔22〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドであって、
式中、R
2は、
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またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
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Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは-S−、-O−または-NR
22−であり;
Yは、-H、−OH、または-OR
11であり;
Zは、-CH−または-N−であり;
各R
11は独立して-C(O)R”または-CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
のとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではない、
ポリヌクレオチド。
〔24〕前記OgLuc変異体ポリペプチドがホタルルシフェラーゼと比較して増強された生体適合性を有する、前記〔1〕〜〔23〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔25〕OgLuc変異体ポリペプチドが、オプロポルス・グラキリロストゥリス(Oplophorus gracilirostris)、オプロポルス・グリマルディイ(Oplophorus grimaldii)、オプロポルス・スピニカウダ(Oplophorus spinicauda)、オプロポルス・フォリアケウス(Oplophorus foliaceus)、オプロポルス・ノヴァエゼエランディアエ(Oplophorus novaezeelandiae)、オプロポルス・テュプス(Oplophorus typus)、またはオプロポルス・スピノスス(Oplophorus spinosus)由来である、前記〔1〕〜〔24〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔26〕少なくとも1つのアミノ酸置換が、配列番号1の1位、4位、6位、10位、11位、14位、15位、16位、18位、19位、20位、21位、22位、23位、24位、25位、27位、28位、31位、32位、33位、34位、36位、38位、39位、40位、42位、43位、44位、45位、46位、47位、48位、49位、50位、51位、54位、55位、56位、58位、59位、60位、66位、67位、68位、69位、70位、71位、72位、74位、75位、76位、77位、86位、87位、89位、90位、92位、93位、94位、95位、96位、97位、98位、99位、100位、102位、106位、109位、110位、111位、112位、113位、117位、119位、124位、125位、126位、127位、128位、129位、130位、135位、136位、138位、139位、142位、145位、146位、147位、148位、149位、150位、152位、154位、155位、158位、159位、163位、164位、166位、168位もしくは169位に対応する位置またはそれらの組み合わせに存在する、前記〔1〕〜〔25〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔27〕前記コードされたOgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するF1I、E4K、F6Y、W10Y、R11Q、A14V/S、G15R、Y16E、Q18D/F/G/H/I/K/L/M/N/P/R/S/V/W/Y、D19N、Q20P/R、V21L/M、L22I/F、E23K、Q24A、G25L、L27M/V/A/D/G/I、S28Y、F31I、Q32H/L/P、A33N/M、L34M、V36E/M、V38F/I、T39I、P40T/I/L/Q、Q42H、K43N/R、I44F、V45E、L46Q、S47P、G48R、E49D/G/K、N50K/S、G51E/R/V、A54I/S、D55E/G、I56V、V58I/L、I59T、I60V、S66T/N、G67D/S、F68L/S/W/Y/D、Q69H、M70V、G71D、L72A/C/F/G/H/I/M/N/P/Q/R/S/T/V/W/Y、E74I/K、M75F/K、I76F/N/V、F77A/C/D/G/M/N/S/T/V/W/Y、H86L/R、H87N/T、K89E、I90D/K/P/Q/R/T/V/Y、L92A/G/H/M/Q/R/S/Y、H93R、Y94F、G95D/S、T96A、L97E、V98F、I99T/V、D100I、V102E/M/T、M106I/K、Y109F、F110I、G111N、R112C、P113H/T/K、I117F、V119M、K124M、I125L、T126R、V127A、T128A/S、G129Q、T130K、N135D/Y、L136M、I138S、D139G、L142V/E/K/W、P145L/Q、D146G、G147N、S148T、L149I/M、L150V、R152H/S/E/T、T154S、I155T、V158I、T159I/S、L163I、C164S、N166I/F/E、L168F、もしくはA169Vのうちの少なくとも1つに対応する置換またはそれらの組み合わせをさらに含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔28〕前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが、以下のアミノ酸のうちの少なくとも1つまたはそれらの組み合わせを含む、前記〔1〕〜〔27〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド:配列番号1に対応する、1位のイソロイシン、4位のリジン、6位のチロシン、10位のチロシン、11位のグルタミン、14位のバリンもしくはセリン、15位のアルギニン、16位のグルタミン酸、18位のアスパラギン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、リジン、ロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、19位のアスパラギン、20位のアルギニンもしくはプロリン、21位のロイシンもしくはメチオニン、22位のイソロイシンもしくはフェニルアラニン、23位のリジン、24位のアラニン、25位のロイシン、27位のバリン、メチオニン、アラニン、アスパラギン酸、グリシンもしくはイソロイシン、28位のチロシン、31位のイソロイシン、32位のプロリン、ヒスチジン、もしくはロイシン、33位のアスパラギンもしくはメチオニン、34位のメチオニン、36位のメチオニンもしくはグルタミン酸、38位のイソロイシンもしくはフェニルアラニン、39位のイソロイシン、40位のトレオニン、イソロイシン、ロイシンもしくはグルタミン、42位のヒスチジン、43位のアスパラギンもしくはアルギニン、44位のフェニルアラニン、45位のグルタミン酸、46位のグルタミン、47位のプロリン、48位のアルギニン、49位のアスパラギン酸、グリシン、もしくはリジン、50位のリジンもしくはセリン、51位のグルタミン酸、アルギニン、もしくはバリン、54位のセリンもしくはイソロイシン、55位のグリシンもしくはグルタミン酸、56位のバリン、58位のイソロイシンもしくはロイシン、59位のトレオニン、60位のバリン、66位のトレオニンもしくはアスパラギン、67位のセリンもしくはアスパラギン酸、68位のロイシン、アスパラギン酸、セリン、チロシンもしくはトリプトファン、69位のバリン、70位のバリン、71位のアスパラギン酸、72位のグルタミン、アラニン、システイン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、74位のリジンもしくはイソロイシン、75位のリジンもしくはフェニルアラニン、76位のアスパラギン、フェニルアラニン、もしくはバリン、77位のアラニン、システイン、アスパラギン酸、グリシン、アスパラギン、メチオニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、86位のアルギニンもしくはロイシン、87位のアスパラギンもしくはトレオニン、89位のグルタミン酸、90位のアスパラギン酸、リジン、プロリン、グルタミン、アルギニン、トレオニン、バリン、もしくはチロシン、92位のアラニン、グリシン、ヒスチジン、メチオニン、グルタミン、アルギニン、セリン、もしくはチロシン、93位のアルギニン、94位のフェニルアラニン、95位のセリンもしくはアスパラギン酸、96位のアラニン、97位のグルタミン酸、98位のフェニルアラニン、99位のトレオニンもしくはバリン、100位のイソロイシン、102位のメチオニン、グルタミン酸、もしくはトレオニン、106位のイソロイシンもしくはリジン、109位のフェニルアラニン、110位のイソロイシン、111位のアスパラギン、112位のシステイン、113位のヒスチジン、トレオニン、もしくはリジン、117位のフェニルアラニン、119位のメチオニン、124位のメチオニン、125位のロイシン、126位のアルギニン、127位のアラニン、128位のアラニンもしくはセリン、129位のグルタミン、130位のリジン、135位のアスパラギン酸もしくはチロシン、136位のメチオニン、138位のセリン、139位のグリシン、142位のバリン、グルタミン酸、リジンもしくはトリプトファン、145位のロイシンもしくはグルタミン、146位のグリシン、147位のアスパラギン、148位のトレオニン、149位のイソロイシンもしくはメチオニン、150位のバリン、152位のヒスチジン、セリン、グルタミン酸もしくはトレオニン、154位のセリン、155位のトレオニン、158位のイソロイシン、159位のセリンもしくはイソロイシン、163位のイソロイシン、164位のセリン、168位のフェニルアラニン、もしくは169位のバリン。
〔29〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、A54F、P115E、Q124K、Y138IおよびN166R、並びに配列番号1の1位、4位、6位、11位、14位、15位、18位、19位、20位、21位、22位、23位、27位、28位、31位、32位、33位、34位、36位、38位、39位、40位、42位、43位、44位、45位、46位、47位、48位、49位、50位、51位、54位、55位、56位、58位、59位、60位、66位、67位、68位、69位、70位、71位、72位、74位、75位、76位、77位、86位、89位、90位、92位、93位、94位、95位、96位、98位、99位、102位、106位、109位、110位、112位、113位、117位、119位、124位、126位、127位、128位、135位、136位、138位、139位、142位、145位、148位、149位、152位、154位、155位、158位、159位、163位、164位、168位、もしくは169位に対応する位置またはそれらの組み合わせに少なくとも1つの追加のアミノ酸置換を含む、前記〔1〕〜〔28〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔30〕配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がフェニルアラニンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンであり、並びに配列番号1の1位、4位、6位、11位、14位、15位、18位、19位、20位、21位、22位、23位、27位、28位、31位、32位、33位、34位、36位、38位、39位、40位、42位、43位、44位、45位、46位、47位、48位、49位、50位、51位、54位、55位、56位、58位、59位、60位、66位、67位、68位、69位、70位、71位、72位、74位、75位、76位、77位、86位、89位、90位、92位、93位、94位、95位、96位、98位、99位、102位、106位、109位、110位、112位、113位、117位、119位、124位、126位、127位、128位、135位、136位、138位、139位、142位、145位、148位、149位、152位、154位、155位、158位、159位、163位、164位、168位、もしくは169位に対応しているある位置またはそれらの組み合わせにおいて少なくとも1つの追加のアミノ酸置換を含む、前記〔1〕〜〔29〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔31〕少なくとも1つのアミノ酸置換が、配列番号1に対応するF1I、E4K、F6Y、R11Q、A14V、G15R、Q18D/F/G/H/I/K/L/M/N/P/R/S/V/W/Y、D19N、Q20P/R、V21L/M、L22I/F、E23K、L27M/V、S28Y、F31I、Q32H/L/P、A33N/M、L34M、V36E/M、V38F/I、T39I、P40T、Q42H、K43N/R、I44F、V45E、L46Q、S47P、G48R、E49D/G/K、N50K/S、G51E/R/V、A54I/S、D55E/G、I56V、V58I/L、I59T、I60V、S66T/N、G67D/S、F68L/S/W/Y/D、Q69H、M70V、G71D、L72A/C/F/G/H/I/M/N/P/Q/R/S/T/V/W/Y、E74I/K、M75F/K、I76F/N/V、F77A/C/D/G/M/N/S/T/V/W/Y、H86L/R、K89E、I90D/K/P/Q/R/T/V/Y、L92A/G/H/M/Q/R/S/Y、H93R、Y94F、G95D/S、T96A、V98F、I99T/V、V102E/M、M106I/K、Y109F、F110I、R112C、P113H/T、I117F、V119M、K124M、T126R、V127A、T128A/S、N135D/Y、L136M、I138S、D139G、L142V、P145L/Q、S148T、L149I、R152H/S、T154S、I155T、V158I、T159I/S、L163I、C164S、L168F、もしくはA169Vのうちの少なくとも1つまたはそれらの組み合わせに対応している、前記〔29〕または〔30〕に記載のポリヌクレオチド。
〔32〕前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが、以下のアミノ酸のうちの少なくとも1つまたはそれらの組み合わせを含む、前記〔29〕または〔30〕に記載のポリヌクレオチド:配列番号1に対応する1位のイソロイシン、4位のリジン、6位のチロシン、11位のグルタミン、14位のバリン、15位のアルギニン、18位のアスパラギン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、リジン、ロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、19位のアスパラギン、20位のアルギニンもしくはプロリン、21位のロイシンもしくはメチオニン、22位のイソロイシンもしくはフェニルアラニン、23位のリジン、27位のバリンもしくはメチオニン、28位のチロシン、31位のイソロイシン、32位のプロリン、ヒスチジン、もしくはロイシン、33位のアスパラギンもしくはメチオニン、34位のメチオニン、36位のメチオニンもしくはグルタミン酸、38位のイソロイシンもしくはフェニルアラニン、39位のイソロイシン、40位のトレオニン、42位のヒスチジン、43位のアスパラギンもしくはアルギニン、44位のフェニルアラニン、45位のグルタミン酸、46位のグルタミン、47位のプロリン、48位のアルギニン、49位のアスパラギン酸、グリシン、もしくはリジン、50位のリジンもしくはセリン、51位のグルタミン酸、アルギニン、もしくはバリン、54位のセリンもしくはイソロイシン、55位のグリシンもしくはグルタミン酸、56位のバリン、58位のイソロイシンもしくはロイシン、59位のトレオニン、60位のバリン、66位のトレオニンもしくはアスパラギン、67位のセリンもしくはアスパラギン酸、68位のアスパラギン酸、セリン、チロシンもしくはトリプトファン、69位のヒスチジン、70位のバリン、71位のアスパラギン酸、72位のグルタミン、アラニン、システイン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、74位のリジンもしくはイソロイシン、75位のリジンもしくはフェニルアラニン、76位のアスパラギン、フェニルアラニン、もしくはバリン、77位のアラニン、システイン、アスパラギン酸、グリシン、アスパラギン、メチオニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、86位のアルギニンもしくはロイシン、89位のグルタミン酸、90位のアスパラギン酸、リジン、プロリン、グルタミン、アルギニン、トレオニン、バリン、もしくはチロシン、92位のアラニン、グリシン、ヒスチジン、メチオニン、グルタミン、アルギニン、セリン、もしくはチロシン、93位のアルギニン、94位のフェニルアラニン、セリンもしくは95位のアスパラギン酸、96位のアラニン、98位のフェニルアラニン、99位のトレオニンもしくはバリン、102位のメチオニンもしくはグルタミン酸、106位のイソロイシンもしくはリジン、109位のフェニルアラニン、110位のイソロイシン、112位のシステイン、113位のヒスチジンもしくはトレオニン、117位のフェニルアラニン、119位のメチオニン、124位のメチオニン、126位のアルギニン、127位のアラニン、128位のアラニンもしくはセリン、135位のアスパラギン酸もしくはチロシン、136位のメチオニン、138位のセリン、139位のグリシン、142位のバリン、145位のロイシンもしくはグルタミン、148位のトレオニン、149位のイソロイシン、152位のヒスチジンもしくはセリン、154位のセリン、155位のトレオニン、158位のイソロイシン、159位のセリンもしくはイソロイシン、163位のイソロイシン、164位のセリン、168位のフェニルアラニン、もしくは169位のバリン。
〔33〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、A54F、P115E、Q124K、Y138IおよびN166R、並びに、配列番号1の1位、4位、14位、15位、18位、20位、22位、23位、27位、33位、38位、39位、43位、49位、54位、55位、56位、58位、59位、66位、67位、68位、70位、71位、72位、75位、76位、77位、89位、90位、92位、93位、102位、106位、109位、113位、117位、126位、127位、136位、139位、145位、148位、163位、164位もしくは169位に対応する位置またはそれらの組み合わせに少なくとも1つのアミノ酸を含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔34〕配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がフェニルアラニンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンであり、並びに配列番号1の1位、4位、14位、15位、18位、20位、22位、23位、27位、33位、38位、39位、43位、49位、54位、55位、56位、58位、59位、66位、67位、68位、70位、71位、72位、75位、76位、77位、89位、90位、92位、93位、102位、106位、109位、113位、117位、126位、127位、136位、139位、145位、148位、163位、164位もしくは169位に対応しているある位置またはそれらの組み合わせにおいて少なくとも1つの追加のアミノ酸置換を含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔35〕前記コードされたOgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するF1I、E4K、A14V、G15R、Q18D/F/G/H/I/K/L/M/N/P/R/S/W/Y、Q20R、L22I、E23K、L27M/V、A33N、V38I、T39I、K43R、E49K、A54I/S、D55G、I56V、V58I/L、I59T、S66T/N、G67S、F68S/W/Y/D、M70V、G71D、L72A/C/F/G/H/I/M/N/P/Q/R/S/T/V/W/Y、M75F/K、I76N、F77A/C/D/G/M/S/T/V/W/Y、K89E、I90D/K/P/Q/R/T/V/Y、L92A/G/H/M/Q/S/Y、H93R、V102E、M106K、Y109F、P113T、I117F、T126R、V127A、L136M、D139G、P145L、S148T、L163I、C164S、もしくはA169Vのうちの少なくとも1つに対応する置換またはそれらの組み合わせをさらに含む、前記〔33〕または〔34〕に基記載のポリヌクレオチド。
〔36〕前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが、以下のアミノ酸のうちの少なくとも1つまたはそれらの組み合わせを含む、前記〔33〕または〔34〕に記載のポリヌクレオチド:配列番号1に対応する、1位のイソロイシン、4位のリジン、14位のバリン、15位のアルギニン、18位のアスパラギン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、リジン、ロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、トリプトファン、もしくはチロシン、20位のアルギニン、22位のイソロイシン、23位のリジン、27位のバリンもしくはメチオニン、33位のアスパラギン、38位のイソロイシン、39位のイソロイシン、43位のアルギニン、49位のリジン、54位のセリンまたはイソロイシン、55位のグリシン、56位のバリン、58位のイソロイシンまたはロイシン、59位のトレオニン、66位のトレオニンまたはアスパラギン、67位のセリン、68位のアスパラギン酸、セリン、チロシンまたはトリプトファン、70位のバリン、71位のアスパラギン酸、72位のグルタミン、アラニン、システイン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、75位のリジンもしくはフェニルアラニン、76位のアスパラギン、77位のトリプトファン、チロシン、セリン、トレオニン、バリン、アラニン、グリシン、システイン、アスパラギン酸もしくはメチオニン、89位のグルタミン酸、90位のアスパラギン酸、リジン、プロリン、グルタミン、アルギニン、トレオニン、バリン、もしくはチロシン、92位のアラニン、グリシン、ヒスチジン、メチオニン、グルタミン、セリン、もしくはチロシン、93位のアルギニン、102位のグルタミン酸、106位のリジン、109位のフェニルアラニン、113位のトレオニン、117位のフェニルアラニン、126位のアルギニン、127位のアラニン、136位のメチオニン、139位のグリシン、145位のロイシン、148位のトレオニン、163位のイソロイシン、164位のセリン、もしくは169位のバリン。
〔37〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、A54F、P115E、Q124K、Y138IおよびN166R、並びに配列番号1に対応する1位、4位、6位、11位、18位、19位、20位、21位、22位、27位、28位、31位、32位、33位、34位、36位、38位、40位、42位、43位、44位、45位、46位、47位、48位、49位、50位、51位、54位、55位、58位、60位、66位、67位、68位、69位、70位、72位、74位、75位、76位、77位、86位、90位、92位、94位、95位、96位、98位、99位、102位、106位、109位、110位、112位、113位、119位、124位、128位、135位、138位、142位、145位、149位、152位、154位、155位、158位、159位もしくは168位に対応する位置またはそれらの組み合わせにおいて少なくとも1つの追加のアミノ酸置換を含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔38〕配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がフェニルアラニンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンであり、並びに配列番号1に対応する1位、4位、6位、11位、18位、19位、20位、21位、22位、27位、28位、31位、32位、33位、34位、36位、38位、40位、42位、43位、44位、45位、46位、47位、48位、49位、50位、51位、54位、55位、58位、60位、66位、67位、68位、69位、70位、72位、74位、75位、76位、77位、86位、90位、92位、94位、95位、96位、98位、99位、102位、106位、109位、110位、112位、113位、119位、124位、128位、135位、138位、142位、145位、149位、152位、154位、155位、158位、159位もしくは168位に対応しているある位置またはそれらの組み合わせにおいて少なくとも1つの追加のアミノ酸置換を含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔39〕前記コードされたOgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するF1I、E4K、F6Y、R11Q、Q18H/I/LV、D19N、Q20P、V21L/M、L22F、L27V、S28Y、F31I、Q32H/L/P、A33N/M、L34M、V36E/M、V38F/I、P40T、Q42H、K43N/R、I44F、V45E、L46Q、S47P、G48R、E49D/G、N50K/S、G51E/R/V、A54I、D55E、V58I、I60V、S66N、G67D/S、F68L/Y/D、Q69H、M70V、L72Q、E74I/K、M75K、I76F/N/V、F77N/Y、H86L/R、I90T/V、L92Q/R、Y94F、G95D/S、T96A、V98F、I99T/V、V102E/M、M106I、Y109F、F110I、R112C、P113H、V119M、K124M、T128A/S、N135D/Y、I138S、L142V、P145Q、L149I、R152H/S、T154S、I155T、V158I、T159I/S、もしくはL168Fのうちの少なくとも1つに対応する置換またはそれらの組み合わせをさらに含む、前記〔37〕または〔38〕に記載のポリヌクレオチド。
〔40〕前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが、以下のアミノ酸のうちの少なくとも1つまたはそれらの組み合わせを含む、前記〔37〕または〔38〕に記載のポリヌクレオチド:配列番号1に対応する、1位のイソロイシン、4位のリジン、6位のチロシン、11位のグルタミン、18位のヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、もしくはバリン、19位のアスパラギン、20位のプロリン、21位のロイシンもしくはメチオニン、22位のフェニルアラニン、27位のバリン、28位のチロシン、31位のイソロイシン、32位のプロリン、ヒスチジン、もしくはロイシン、33位のアスパラギンもしくはメチオニン、34位のメチオニン、36位のメチオニンもしくはグルタミン酸、38位のイソロイシンもしくはフェニルアラニン、40位のトレオニン、42位のヒスチジン、43位のアスパラギンもしくはアルギニン、44位のフェニルアラニン、45位のグルタミン酸、46位のグルタミン、47位のプロリン、48位のアルギニン、49位のアスパラギン酸もしくはグリシン、50位のリジンもしくはセリン、51位のグルタミン酸、アルギニン、もしくはバリン、54位のイソロイシン、55位のグルタミン酸、58位のイソロイシン、60位のバリン、66位のアスパラギン、67位のセリンもしくはアスパラギン酸、68位のアスパラギン酸、ロイシン、もしくはチロシン、69位のヒスチジン、70位のバリン、72位のグルタミン、74位のリジンもしくはイソロイシン、75位のリジン、76位のアスパラギン、フェニルアラニン、もしくはバリン、77位のアスパラギンもしくはチロシン、86位のアルギニンもしくはロイシン、90位のトレオニンもしくはバリン、92位のアルギニンもしくはグルタミン、94位のフェニルアラニン、95位のセリンもしくはアスパラギン酸、96位のアラニン、98位のフェニルアラニン、99位のトレオニンもしくはバリン、102位のメチオニンもしくはグルタミン酸、106位のイソロイシン、109位のフェニルアラニン、110位のイソロイシン、112位のシステイン、113位のヒスチジン、119位のメチオニン、124位のメチオニン、128位のアラニンもしくはセリン、135位のアスパラギン酸もしくはチロシン、138位のセリン、142位のバリン、145位のグルタミン、149位のイソロイシン、152位のヒスチジンもしくはセリン、154位のセリン、155位のトレオニン、158位のイソロイシン、159位のセリンもしくはイソロイシン、もしくは168位のフェニルアラニン。
〔41〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、F54I、I90V、P115E、Q124K、Y138IおよびN166R、並びに、配列番号1の1位、4位、10位、14位、16位、18位、24位、25位、27位、33位、38位、40位、68位、70位、72位、75位、87位、90位、97位、100位、102位、111位、113位、125位、129位、130位、142位、146位、147位、149位、150位、152位もしくは166位に対応する位置またはそれらの組み合わせにおける少なくとも1つの追加のアミノ酸置換を含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔42〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がイソロイシンであり、90位のアミノ酸がバリンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンであるアミノ酸置換、および配列番号1の1位、4位、10位、14位、16位、18位、24位、25位、27位、33位、38位、40位、68位、70位、72位、75位、87位、90位、97位、100位、102位、111位、113位、125位、129位、130位、142位、146位、147位、149位、150位、152位もしくは166位に対応する位置またはそれらの組み合わせにおける少なくとも1つの追加のアミノ酸置換を含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔43〕少なくとも1つのアミノ酸置換が、配列番号1に対応するF1I、E4K、W10Y、A14S、Y16E、Q18D/F/G/H/K/L/M/N/P/R/S/W/Y、Q24A、G25L、L27M/A/D/G/I、A33N、V38I、P40I/L/Q、F68W/Y、M70V、L72A/C/F/G/H/I/M/N/P/R/S/T/V/W/Y、M75F/K、H87N/T、I90D/K/P/Q/R/Y、L97E、D100I、V102E/T、G111N、P113K、I125L、G129Q、T130K、L142E/K/W、D146G、G147N、L149M、L150V、R152E/T、もしくはN166I/F/Eのうちの少なくとも1つまたはそれらの組み合わせに対応している、前記〔41〕または〔42〕に記載のポリヌクレオチド。
〔44〕前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが、以下のアミノ酸のうちの少なくとも1つまたはそれらの組み合わせを含む、前記〔41〕または〔42〕に記載のポリヌクレオチド:配列番号1に対応する、1位のイソロイシン、4位のリジン、10位のチロシン、14位のセリン、16位のグルタミン酸、18位のアスパラギン酸、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、リジン、ロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、トリプトファン、もしくはチロシン、24位のアラニン、25位のロイシン、27位のメチオニン、アラニン、アスパラギン酸、グリシンもしくはイソロイシン、33位のアスパラギン、38位のイソロイシン、40位のイソロイシン、ロイシンもしくはグルタミン、68位のチロシンもしくはトリプトファン、70位のバリン、72位のアラニン、システイン、フェニルアラニン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、メチオニン、アスパラギン、プロリン、アルギニン、セリン、トレオニン、バリン、トリプトファン、もしくはチロシン、75位のリジンもしくはフェニルアラニン、87位のアスパラギンもしくはトレオニン、90位のアスパラギン酸、リジン、プロリン、グルタミン、アルギニン、もしくはチロシン、97位のグルタミン酸、100位のイソロイシン、102位のグルタミン酸もしくはトレオニン、111位のアスパラギン、113位のリジン、125位のロイシン、129位のグルタミン、130位のリジン、142位のグルタミン酸、リジンもしくはトリプトファン、146位のグリシン、147位のアスパラギン、149位のメチオニン、150位のバリン、152位のグルタミン酸もしくはトレオニン、もしくは166位のイソロイシン、フェニルアラニン、もしくはグルタミン酸。
〔45〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、P115E、Q124K、Y138I、N166R、I90V、F54I、Q18L、F68Y、L72Q、およびM75Kを含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔46〕配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、18位のアミノ酸がロイシンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がイソロイシンであり、68位のアミノ酸がチロシンであり、72位のアミノ酸がグルタミンであり、75位のアミノ酸がリジンであり、90位のアミノ酸がバリンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンである、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔47〕配列番号1の33に対応する位置におけるアミノ酸置換がアスパラギンである、前記〔45〕または〔46〕に記載のポリヌクレオチド。
〔48〕39位がコドンACTによってコードされ、配列番号1に対応する39位のアミノ酸がトレオニンであり、43位のアミノ酸がアルギニンであり、68位のアミノ酸がアスパラギン酸であり、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、前記〔47〕に記載のポリヌクレオチド。
〔49〕配列番号1に対応する27位のアミノ酸がバリンであり、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、前記〔48〕に記載のポリヌクレオチド。
〔50〕配列番号19のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔51〕配列番号18、配列番号24、配列番号25、配列番号42、配列番号88、または配列番号92のポリヌクレオチドを含む、前記〔1〕〜〔26〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔52〕前記コードされたOgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するアミノ酸置換Q18L、F54I、L92H、およびY109Fをさらに含む、前記〔37〕〜〔40〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔53〕前記コードされたOgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するアミノ酸置換V21L、F68Y、L72Q、M75K、H92RおよびV158Iをさらに含む、〔52〕に記載のポリヌクレオチド。
〔54〕前記コードされたOgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するアミノ酸置換F54I、I90VおよびF77Yを含む、前記〔37〕〜〔40〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔55〕配列番号1に対応する18位のアミノ酸がロイシンであり、54位のアミノ酸がイソロイシンであり、92位のアミノ酸がヒスチジンであり、109位のアミノ酸がフェニルアラニンである、前記〔37〕〜〔40〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔56〕配列番号1に対応する21位のアミノ酸がロイシンであり、68位のアミノ酸がチロシンであり、72位のアミノ酸がグルタミンであり、75位のアミノ酸がリジンであり、92位のアミノ酸がアルギニンであり、158位のアミノ酸がイソロイシンである、55に記載のポリヌクレオチド。
〔57〕配列番号1に対応する54位のアミノ酸がイソロイシンであり、90位のアミノ酸がバリンであり、77位のアミノ酸がチロシンである、前記〔37〕〜〔40〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔58〕前記コードされたOgLuc変異体ポリペプチドが、配列番号1に対応するF1I、E4K、F6Y、R11Q、Q18H/I/V、D19N、Q20P、V21M、L22F、L27V、S28Y、F31I、Q32H/L/P、A33N/M、L34M、V36E/M、V38F/I、P40T、Q42H、K43N/R、I44F、V45E、L46Q、S47P、G48R、E49D/G、N50K/S、G51E/R/V、D55E、V58I、I60V、S66N、G67D/S、F68L/D、Q69H、M70V、E74I/K、I76F/N/V、F77N、H86L/R、I90T、Y94F、G95D/S、T96A、V98F、I99T/V、V102E/M、M106I、F110I、R112C、P113H、V119M、K124M、T128A/S、N135D/Y、I138S、L142V、P145Q、L149I、R152H/S、T154S、I155T、T159I/S、もしくはL168Fのうちの少なくとも1つに対応する置換またはそれらの組み合わせをさらに含む、前記〔52〕〜〔57〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔59〕前記前記ポリヌクレオチドによってコードされる前記ポリペプチドが、以下のアミノ酸のうちの少なくとも1つ、またはそれらの組み合わせを含む、前記〔52〕〜〔57〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド:1位のイソロイシンアミノ酸、4位のリジン、6位のチロシン、11位のグルタミン、18位のヒスチジン、イソロイシン、もしくはバリン、19位のアスパラギン、20位のプロリン、21位のメチオニン、22位のフェニルアラニン、27位のバリン、28位のチロシン、31位のイソロイシン、32位のプロリン、ヒスチジン、またはロイシン、33位のアスパラギンまたはメチオニン、34位のメチオニン、36位のメチオニンまたはグルタミン酸、38位のイソロイシンまたはフェニルアラニン、40位のトレオニン、42位のヒスチジン、43位のアスパラギンまたはアルギニン、44位のフェニルアラニン、45位のグルタミン酸、46位のグルタミン、47位のプロリン、48位のアルギニン、49位のアスパラギン酸またはグリシン、50位のリジンまたはセリン、51位のグルタミン酸、アルギニン、またはバリン、55位のグルタミン酸、58位のイソロイシン、60位のバリン、66位のアスパラギン、67位のセリンまたはアスパラギン酸、68位のロイシンまたはアスパラギン酸、69位のヒスチジン、70位のバリン、74位のリジンまたはイソロイシン、76位のアスパラギン、フェニルアラニン、またはバリン、77位のアスパラギン、86位のアルギニンまたはロイシン、90位のトレオニン、92位のグルタミン、94位のフェニルアラニン、95位のセリンまたはアスパラギン酸、96位のアラニン、98位のフェニルアラニン、99位のトレオニンまたはバリン、102位のメチオニンまたはグルタミン酸、106位のイソロイシン、110位のイソロイシン、112位のシステイン、113位のヒスチジン、119位のメチオニン、124位のメチオニン、128位のアラニンまたはセリン、135位のアスパラギン酸またはチロシン、138位のセリン、142位のバリン、145位のグルタミン、149位のイソロイシン、152位のヒスチジンもしくはセリン、154位のセリン、155位のトレオニン、159位のセリンもしくはイソロイシン、もしくは168位のフェニルアラニン。
〔60〕配列番号1のOgLucポリペプチドに対して少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、P115E、Q124K、Y138I、N166R、I90V、F54I、Q18L、F68Y、L72Q、およびM75Kを含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、ポリヌクレオチド。
〔61〕配列番号1のOgLucポリペプチドに対して少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有するOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、18位のアミノ酸がロイシンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がイソロイシンであり、68位のアミノ酸がチロシンであり、72位のアミノ酸がグルタミンであり、75位のアミノ酸がリジンであり、90位のアミノ酸がバリンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンであり、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、ポリヌクレオチド。
〔62〕配列番号1の33に対応する位置におけるアミノ酸置換がアスパラギンである、前記〔60〕または〔61〕に記載のポリヌクレオチド。
〔63〕39位がコドンACTによってコードされ、配列番号1に対応する39位のアミノ酸がトレオニンであり、43位のアミノ酸がアルギニンであり、68位のアミノ酸がアスパラギン酸であり、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、前記〔62〕に記載のポリヌクレオチド。
〔64〕配列番号1に対応する27位のアミノ酸がバリンであり、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、前記〔63〕に記載のポリヌクレオチド。
〔65〕配列番号1のOgLucポリペプチドに対して少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、P115E、Q124K、Y138I、N166R、Q18L、F54I、L92H、およびY109Fを含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、ポリヌクレオチド。
〔66〕配列番号1に対応するアミノ酸置換V21L、F68Y、L72Q、M75K、H92R、およびV158Fをさらに含む、前記〔65〕に記載のポリヌクレオチド。
〔67〕配列番号1のOgLucポリペプチドに対して少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有し、配列番号1に対応するアミノ酸置換A4E、Q11R、A33K、V44I、A54I、F77Y、I90V、P115E、Q124K、Y138IおよびN166Rを含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、ポリヌクレオチド。
〔68〕配列番号1のOgLucポリペプチドに対して少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有するOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、18位のアミノ酸がロイシンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がイソロイシンであり、92位のアミノ酸がヒスチジンであり、109位のアミノ酸がフェニルアラニンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンであり、前記OgLuc変異体ポリペプチドがルシフェラーゼ活性を有する、ポリヌクレオチド。
〔69〕配列番号1に対応する21位のアミノ酸がロイシンであり、68位のアミノ酸がチロシンであり、72位のアミノ酸がグルタミンであり、75位のアミノ酸がリジンであり、92位のアミノ酸がアルギニンであり、158位のアミノ酸がイソロイシンである、前記〔68〕に記載のポリヌクレオチド。
〔70〕配列番号1のOgLucポリペプチドに対して少なくとも80%のアミノ酸配列同一性を有するOgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、配列番号1に対応する4位のアミノ酸がグルタミン酸であり、11位のアミノ酸がアルギニンであり、33位のアミノ酸がリジンであり、44位のアミノ酸がイソロイシンであり、54位のアミノ酸がイソロイシンであり、77位のアミノ酸がチロシンであり、90位のアミノ酸がバリンであり、115位のアミノ酸がグルタミン酸であり、124位のアミノ酸がリジンであり、138位のアミノ酸がイソロイシンであり、166位のアミノ酸がアルギニンであり、前記OgLuc変異体ポリペプチドルシフェラーゼ活性を有する、ポリヌクレオチド。
〔71〕配列番号19のポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド。
〔72〕配列番号18、配列番号24、配列番号25、配列番号42、配列番号88、または配列番号92のポリヌクレオチドを含むポリヌクレオチド。
〔73〕配列番号1に対して少なくとも30%のアミノ酸配列同一性を有する十脚類ルシフェラーゼポリペプチドをコードする単離ポリヌクレオチドであって、前記ポリペプチドが、式(VII)の配列パターンに対応し、かつ多くて5つまでの差異を含む配列パターンを含み、差異が、表4に列挙されるOgLucパターンに記載の式(VII)に対するパターン位置1、2、3、5、8、10、12、14、15、17、または18との差異、並びに表4に列挙されるOgLucパターンに記載の式(VII)のパターン位置のいずれかの間のギャップまたは挿入を含み、前記十脚類ルシフェラーゼがセレンテラジンの存在下で発光を生ずる、単離ポリヌクレオチド。
〔74〕前記十脚類ルシフェラーゼが、表4に列挙されるOgLucパターンに記載の式(VII)の配列パターンと多くて4つまでの差異を含む、前記〔73〕に記載のポリヌクレオチド。
〔75〕前記十脚類ルシフェラーゼが、表4に列挙されるOgLucパターンに記載の式(VII)の配列パターンと多くて3つまでの差異を含む、前記〔73〕に記載のポリヌクレオチド。
〔76〕前記十脚類ルシフェラーゼが、表4に列挙されるOgLucパターンに記載の式(VII)の配列パターンと多くて2つまでの差異を含む、前記〔73〕に記載のポリヌクレオチド。
〔77〕前記十脚類ルシフェラーゼが、表4に列挙されるOgLucパターンに記載の式(VII)の配列パターンと多くて1つまでの差異を含む、前記〔73〕に記載のポリヌクレオチド。
〔78〕前記ポリペプチドが表4に列挙されるOgLucパターンに記載の式(VII)に対応する配列を含む、前記〔73〕に記載のポリヌクレオチド。
〔79〕前記十脚類ルシフェラーゼが、チヒロエビ(Aristeidae)科、タラバエビ(Pandalidea)科、クダヒゲエビ(Solenoceridae)科、ユメエビ(Luciferidae)科、サクラエビ(Segestidae)科、オキエビ(Pasiphaeidae)科、ヒオドシエビ(Oplophoridae)科、またはタラッソカリダエ(Thalassocaridae)科由来である、前記〔73〕に記載のポリヌクレオチド。
〔80〕前記十脚類ルシフェラーゼがヒオドシエビ(Oplophoridae)科由来である、前記〔79〕に記載のポリヌクレオチド。
〔81〕前記十脚類ルシフェラーゼがオキヒオドシエビ属(Oplophorus)種由来である、前記〔80〕に記載のポリヌクレオチド。
〔82〕前記十脚類ルシフェラーゼが、プレシオペナエウス・コルスカンス(Plesiopenaeus coruscans)、ヘテロカルプス(Heterocarpus)種、パラパンダルス(Parapandalus)種、ヒュメノペナエウス・デビリス(Hymenopenaeus debilis)、メソペナエウス・トゥロピカリス(Mesopenaeus tropicalis)、ルキフェル・テュプス(Lucifer typus)、セルゲステス・アトゥランティクス(Sergestes atlanticus)、セルゲステス・アルクティクス(Sergestes arcticus)、セルゲステス・アルマトゥス(Sergestes armatus)、セルゲステス・ペディフォルミス(Sergestes pediformis)、セルゲステス・コルヌトゥス(Sergestes cornutus)、セルゲステス・エドゥワルドゥシ(Sergestes edwardsi)、セルゲステス・ヘンセニ(Sergestes henseni)、セルゲステス・ペクティナトゥス(Sergestes pectinatus)、セルゲステス・サルガッシ(Sergestes sargassi)、セルゲステス・シミリス(Sergestes similis)、セルゲステス・ヴィギラクス(Sergestes vigilax)、セルギア・カッレンゲリ(Sergia challengeri)、セルギア・グランディス(Sergia grandis)、セルギア・ルケンス(Sergia lucens)、セルギア・プレヘンシリス(Sergia prehensilis)、セルギア・ポテンス(Sergia potens)、セルギア・ロブスタ(Sergia robusta)、セルギア・スキンティッランス(Sergia scintillans)、セルギア・スプレンデンス(Sergia splendens)、グリュプス・マルスピアリス(Glyphus marsupialis)、レプトケラ・ベルムデンシス(Leptochela bermudensis)、パラパシパエ・スルカティフロンス(Parapasiphae sulcatifrons)、パシペア・タルダ(Pasiphea tarda)、アカンテピュラ・アカンティテルソニス(Acanthephyra acanthitelsonis)、アカンテピュラ・アクティフロンス(Acanthephyra acutifrons)、アカンテピュラ・ブレヴィロストゥリス(Acanthephyra brevirostris)、アカンテピュラ・ククッラタ(Acanthephyra cucullata)、アカンテピュラ・クルティロストゥリス(Acanthephyra curtirostris)、アカンテピュラ・エクシミア(Acanthephyra eximia)、アカンテピュラ・グラキリペス(Acanthephyra gracilipes)、アカンテピュラ・キングスレユィ(Acanthephyra kingsleyi)、アカンテピュラ・メディア(Acanthephyra media)、アカンテピュラ・ミクロプタルマ(Acanthephyra microphthalma)、アカンテピュラ・ペラギカ(Acanthephyra pelagica)、アカンテピュラ・プリオノタ(Acanthephyra prionota)、アカンテピュラ・プルプレア(Acanthephyra purpurea)、アカンテピュラ・サングイネア(Acanthephyra sanguinea)、アカンテピュラ・シボガエ(Acanthephyra sibogae)、アカンテピュラ・ステュロロストゥラティス(Acanthephyra stylorostratis)、エピュリナ・ビフィダ(Ephyrina bifida)、エピュリナ・フィグエイライ(Ephyrina figueirai)、エピュリナ・コスキュニイ(Ephyrina koskynii)、エピュリナ・オムバンゴ(Ephyrina ombango)、ヒュメノドラ・グラキアリス(Hymenodora glacialis)、ヒュメノドラ・グラキリス(Hymenodora gracilis)、メニンゴドラ・ミッキュラ(Meningodora miccyla)、メニンゴドラ・モッリス(Meningodora mollis)、メニンゴドラ・ヴェスカ(Meningodora vesca)、ノトストムス・ギッボスス(Notostomus gibbosus)、ノトストムス・アウリクラトゥス(Notostomus auriculatus)、オプロポルス・グラキリロストゥリス(Oplophorus gracilirostris)、オプロポルス・グリマルディイ(Oplophorus grimaldii)、オプロポルス・ノヴァエゼアランディアエ(Oplophorus novaezealandiae)、オプロポルス・スピニカウダ(Oplophorus spinicauda)、オプロポルス・フォリアケウス(Oplophorus foliaceus)、オプロポルス・スピノスス(Oplophorus spinosus)、オプロポルス・テュプス(Oplophorus typus)、シュステッラスピス・ブラウエリ(Systellaspis braueri)、シュステッラスピス・クリスタタ(Systellaspis cristata)、シュステッラスピス・デビリス(Systellaspis debilis)、シュステッラスピス・ペッルキダ(Systellaspis pellucida)、クロロトコイデス・スピニカウダ(Chlorotocoides spinicauda)、タラッソカリス・クリニタ(Thalassocaris crinita)、またはタラッソカリス・ルキダ(Thalassocaris lucida)由来のルシフェラーゼである、前記〔79〕に記載のポリヌクレオチド。
〔83〕式(VII)の配列パターンが、配列番号1の8番目の残基を先頭として配列番号1と整列されている、前記〔73〕に記載のポリヌクレオチド。
〔84〕配列がコドン最適化されている、前記〔1〕〜〔83〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔85〕ポリヌクレオチドが配列番号22、配列番号23、配列番号24、または配列番号25を含む、前記〔84〕に記載のポリヌクレオチド。
〔86〕ポリヌクレオチドがOgLuc変異体ポリペプチドと連結された目的のポリペプチドをさらにコードし、目的のポリペプチドおよびOgLuc変異体ポリペプチドが融合タンパク質として発現されることが可能である、前記〔1〕〜〔85〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔87〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含むベクター。
〔88〕前記ポリヌクレオチドがプロモーターに機能的に連結されている前記〔96〕に記載のベクター。
〔89〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたは前記〔87〕もしくは〔88〕に記載のベクターを含む細胞。
〔90〕前記〔89〕に記載の細胞を含む非ヒト遺伝子導入動物。
〔91〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたは前記〔87〕もしくは〔88〕に記載のベクターを含む非ヒト遺伝子導入動物。
〔92〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるOgLuc変異体ポリペプチド。
〔93〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチド。
〔94〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるOgLuc変異体ポリペプチドを含む融合タンパク質。
〔95〕前記〔89〕に記載の細胞を、OgLuc変異体ポリペプチドの発現を可能にする条件下で増殖させることを含む、OgLuc変異体ポリペプチドの製造方法。
〔96〕OgLuc変異体ポリペプチドの発現を可能にする条件下で前記〔87〕または〔88〕に記載のベクターを細胞に導入することを含む、OgLuc変異体ポリペプチドの製造方法。
〔97〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたは前記〔87〕もしくは〔88〕に記載のベクターを含むキット。
〔98〕前記〔92〕に記載のOgLuc変異体ポリペプチドを含むキット。
〔99〕 以下のうちの少なくとも1つをさらに含む、前記〔97〕または〔98〕のいずれか一項に記載のキット:
(a)式(Ia)または(Ib):
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または
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の化合物であって、
式中、R
2は、
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またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
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Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは-S−、-O−または-NR
22−であり;
Yは、-H、−OH、または-OR
11であり;
Zは、-CH−または-N−であり;
各R
11は独立して-C(O)R”または-CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
のとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではない、
の化合物
;並びに
(b)緩衝液試薬。
〔100〕化合物
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または
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および前記〔60〕〜〔64〕または71〜72のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたは前記〔60〕〜〔64〕もしくは71〜72のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドを含むキット。
〔101〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド;前記〔87〕または〔88〕のいずれか一項に記載のベクター;前記〔89〕に記載の細胞;前記〔90〕〜〔91〕のいずれか一項に記載の動物;前記〔92〕に記載のOgLuc変異体ポリペプチド;前記〔93〕に記載のポリペプチド;および前記〔94〕に記載の融合タンパク質のうちの少なくとも1つを用いる、生物発光の測定方法。
〔102〕配列番号2を有する親核酸配列に対し80%以下の核酸配列同一性を有し、配列番号22、配列番号23、配列番号24、もしくは配列番号25に対し90%以上の核酸配列同一性を有する少なくとも100ヌクレオチドの断片またはその補体を含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードする合成ヌクレオチド配列であって、減少した配列同一性が親核酸配列中のコドンと比較して合成ヌクレオチド配列中の異なるコドンによるものであり、合成ヌクレオチド配列が親核酸配列によってコードされる対応するルシフェラーゼに対し少なくとも85%のアミノ酸配列同一性を有するOgLuc変異体をコードし、合成ヌクレオチド配列が親核酸配列と比較して減少した数の制御配列を有する、上記合成ヌクレオチド配列。
〔103〕配列番号14を有する親核酸配列に対し80%以下の核酸配列同一性を有し、配列番号22もしくは配列番号23に対し90%以上の核酸配列同一性を有する少なくとも300ヌクレオチドの断片またはその補体を含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードする合成ヌクレオチド配列であって、減少した配列同一性が親核酸配列中のコドンと比較して合成ヌクレオチド配列中の異なるコドンによるものであり、合成ヌクレオチド配列が親核酸配列によってコードされる対応するルシフェラーゼに対し少なくとも85%のアミノ酸配列同一性を有するホタルルシフェラーゼをコードし、合成ヌクレオチド配列が親核酸配列と比較して減少した数の制御配列を有する、上記合成ヌクレオチド配列。
〔104〕配列番号18を有する親核酸配列に対し80%以下の核酸配列同一性を有し、配列番号24もしくは配列番号25に対し90%以上の核酸配列同一性を有する少なくとも100ヌクレオチドの断片またはその補体を含むOgLuc変異体ポリペプチドをコードする合成ヌクレオチド配列であって、減少した配列同一性が親核酸配列中のコドンと比較して合成ヌクレオチド配列中の異なるコドンによるものであり、合成ヌクレオチド配列が親核酸配列によってコードされる対応するルシフェラーゼに対し少なくとも85%のアミノ酸配列同一性を有するOgLuc変異体をコードし、合成ヌクレオチド配列が親核酸配列と比較して減少した数の制御配列を有する、上記合成ヌクレオチド配列。
〔105〕前記OgLuc変異体ポリペプチドが可溶性の単量体である、前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
〔106〕前記融合タンパク質がOgLuc変異体ポリペプチドのN末端にシグナル配列を含む、前記〔86〕に記載のポリヌクレオチド。
〔107〕前記融合タンパク質が細胞から分泌される、前記〔106〕に記載のポリヌクレオチド。
〔108〕異種タンパク質と融合された、トゲオキヒオドシエビ(Oplophorus gracilirostris)由来のシグナルペプチドを含む融合ペプチドであって、前記シグナルペプチドが配列番号54であり、前記融合ペプチドが細胞中で発現され、そして細胞から分泌される、上記融合ペプチド。
〔109〕第一の標的タンパク質および生物発光供与体分子を含み、生物発光供与体分子が前記〔10〕〜〔88〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるOgLuc変異体である、第一の融合タンパク質;第二の標的タンパク質および蛍光受容体分子を含む第二の融合タンパク質;並びにOgLuc基質、を含む生物発光共鳴エネルギー移動(BRET)系。
〔110〕OgLuc基質が天然セレンテラジンまたは既知のセレンテラジンである、前記〔109〕に記載のBRET系。
〔111〕OgLuc基質が、式(Ia)または(Ib):
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または
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の化合物である、前記〔109〕に記載のBRET系であって、
式中、R
2は、
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またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは−S−、−O−または−NR
22−であり;
Yは、−H、−OH、または−OR
11であり;
Zは、−CH−または−N−であり;
各R
11は独立して−C(O)R”または−CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
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または
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のとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
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または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではない、
BRET系。
〔112〕OgLuc基質が化合物
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または
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である、前記〔109〕に記載のBRET系。
〔113〕発光源タンパク質の酵素活性の測定方法であって、発光源タンパク質、脱保護酵素、および保護発光団を接触させること;並びに前記組成物から発せられた光を検出することを含み、発光源タンパク質が前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるOgLuc変異体であり、発光団が式(Ia)または(Ib):
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または
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の化合物であり、
式中、R
2は、
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またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは−S−、−O−または−NR
22−であり;
Yは、−H、−OH、または−OR
11であり;
Zは、−CH−または−N−であり;
各R
11は独立して−C(O)R”または−CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
または
[この文献は図面を表示できません]
のとき、R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではなく;
R
2が、
[この文献は図面を表示できません]
であるとき、R
8は、
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または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
[この文献は図面を表示できません]
ではない、
方法。
〔114〕酵素活性が、生きている無傷の非ヒト動物において測定される、前記〔113〕に記載の方法。
〔115〕目的の非発光酵素の活性の測定方法であって、(a)目的の非発光酵素に対する基質である発光源分子および前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるOgLuc変異体の前基質を提供することと;b)発光源分子を少なくとも1つの目的の非発光酵素および少なくとも1つのOgLuc変異体と接触させて反応混合物を生成することと;並びに(c)反応混合物の発光を測定することによって目的の非発光酵素の活性を決定することと、を含む方法。
〔116〕発光源分子が、式(Ia)または(Ib):
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または
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の化合物の変更形態である、前記〔115〕に記載の方法であって、
式中、R
2は、
[この文献は図面を表示できません]
またはC
2-5直鎖アルキルからなる群から選択され;
R
6は、−H、−OH、−NH
2、−OC(O)Rまたは−OCH
2OC(O)Rからなる群から選択され;
R
8は、
[この文献は図面を表示できません]
Hまたは低級シクロアルキルからなる群から選択され;
式中、R
3およびR
4は、共にHまたは共にC
1-2アルキルであり;
Wは、−NH
2、ハロ、−OH、−NHC(O)R、−CO
2Rであり;
Xは-S−、-O−または-NR
22−であり;
Yは、-H、−OH、または-OR
11であり;
Zは、-CH−または-N−であり;
各R
11は独立して-C(O)R”または-CH
2OC(O)R”であり;
R
22は、H、CH
3またはCH
2CH
3であり;
各Rは独立してC
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
R”は、C
1-7直鎖アルキルまたはC
1-7分岐鎖アルキルであり;
破線の結合は、飽和でも不飽和でもよい任意の環の存在を表し;
ただし、
R
2が、
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または
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のとき、R
8は、
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ではなく;
R
2が、
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であるとき、R
8は、
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または低級シクロアルキルであり;
R
6がNH
2であるとき、R
2は、
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またはC
2-5アルキルであり;
またはR
8は、
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ではない、
方法。
〔117〕目的の非発光酵素がプロテアーゼ酵素、シトクロムP450酵素、モノアミンオキシダーゼ酵素、またはグルタチオンS−トランスフェラーゼ酵素である、前記〔115〕および〔116〕のいずれか一項に記載の方法。
〔118〕非発光酵素の活性が生きている無傷動物において測定される、前記〔115〕〜〔117〕のいずれか一項に記載の方法。
〔119〕試料中の少なくとも2つの分子の存在を検出するための方法であって、試料を前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるOgLuc変異体を含む第一のレポーター分子に接触させることであって、第一のレポーター分子が試料の第一の成分に機能的に連結されることと;試料を第二のレポーター分子に接触させることであって、第二のレポーター分子が試料の第二の成分に機能的に連結されることと、;第一のレポーター分子および第二のレポーター分子の存在を検出して、試料中の第一の成分および第二の成分の存在および/または量を決定すること、を含む方法。
〔120〕細胞中の少なくとも2つの分子の存在を検出するための方法であって、細胞を前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるOgLuc変異体を含む第一のレポーター分子に接触させることであって、第一のレポーター分子が試料の第一の成分に機能的に連結されることと;試料を第二のレポーター分子に接触させることであって、第二のレポーター分子が試料の第二の成分に機能的に連結されることと;第一のレポーター分子および第二のレポーター分子の存在を検出して、試料中の第一の成分および第二の成分の存在および/または量を決定すること、を含む方法。
〔121〕OgLuc変異体ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドの生成方法であって、
(a)親OgLucポリペプチドおよび少なくとも1つの異種ポリペプチドを含む親融合タンパク質コンストラクトを用いて変異融合タンパク質のライブラリーを作製することと;並びに
(b)親融合タンパク質コンストラクトと比較して増強された発光、増強された酵素安定性または増強された生体適合性のうちの少なくとも1つのために前記ライブラリーをスクリーニングすること、
を含む方法。
〔122〕異種ポリペプチドがOgLucポリペプチドに対してC末端側である、前記〔121〕に記載の方法。
〔123〕異種ポリペプチドがOgLucポリペプチドに対してN末端側である、前記〔121〕に記載の方法。
〔124〕異種ポリペプチドがHaloTag(登録商標)である、前記〔121〕〜〔123〕のいずれか一項に記載の方法。
〔125〕融合タンパク質コンストラクトが2つの異種ポリペプチドを含む、前記〔121〕に記載の方法。
〔126〕異種ポリペプチドの一方がOgLucポリペプチドに対しN末端側であり、もう一方の異種ポリペプチドがOgLucポリペプチドに対しC末端側である、前記〔125〕に記載の方法。
〔127〕異種ポリペプチドがHaloTag(登録商標)およびIdである、前記〔125〕または〔126〕に記載の方法。
〔128〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドまたはその断片を含むベクター。
〔129〕前記〔1〕〜〔86〕のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドによってコードされるポリペプチドまたはその断片を含む、循環置換されたルシフェラーゼ。
〔130〕生物中で使用するためのルシフェラーゼをコードするコドン最適化ポリヌクレオチドの生成方法であって、ルシフェラーゼ中の各アミノ酸に対し、前記アミノ酸をコードするのに前記生物において使用される2つの最も頻繁に使用されるコドンから1つのコドンを無作為に選択し、第一のコドン最適化ポリヌクレオチドを生成すること、を含む方法。
〔131〕前記アミノ酸をコードするのに前記生物において使用される2つの最も頻繁に使用されるコドンのうちのもう一方を選択し、第二のコドン最適化ポリヌクレオチドを生成することをさらに含む、前記〔130〕に記載のコドンを最適化する方法。
【0486】
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