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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】6445984
(24)【登録日】2018年12月7日
(45)【発行日】2018年12月26日
(54)【発明の名称】Ｗｎｔ阻害剤に関連するマーカー
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6806 20180101AFI20181217BHJP
A61K 31/497 20060101ALI20181217BHJP
A61K 45/00 20060101ALI20181217BHJP
G01N 33/68 20060101ALI20181217BHJP
C12Q 1/02 20060101ALI20181217BHJP
C12N 15/09 20060101ALN20181217BHJP
C12Q 1/66 20060101ALN20181217BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6806 ZZNA
A61K31/497
A61K45/00
G01N33/68
C12Q1/02
!C12N15/09 Z
!C12Q1/66
【請求項の数】16
【全頁数】50
(21)【出願番号】特願2015-562469(P2015-562469)
(86)(22)【出願日】2014年3月10日
(65)【公表番号】特表2016-513456(P2016-513456A)
(43)【公表日】2016年5月16日
(86)【国際出願番号】IB2014059585
(87)【国際公開番号】WO2014141038
(87)【国際公開日】20140918
【審査請求日】2017年3月2日
(31)【優先権主張番号】61/776,334
(32)【優先日】2013年3月11日
(33)【優先権主張国】US
(73)【特許権者】
【識別番号】504389991
【氏名又は名称】ノバルティス アーゲー
(74)【代理人】
【識別番号】100092783
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 浩
(74)【代理人】
【識別番号】100120134
【弁理士】
【氏名又は名称】大森 規雄
(74)【代理人】
【識別番号】100149010
【弁理士】
【氏名又は名称】星川 亮
(74)【代理人】
【識別番号】100104282
【弁理士】
【氏名又は名称】鈴木 康仁
(72)【発明者】
【氏名】チョー，ジャンウェイ
(72)【発明者】
【氏名】ハリス，ジェニファー
(72)【発明者】
【氏名】シエ シンイ
(72)【発明者】
【氏名】リ，ジエ
(72)【発明者】
【氏名】リュー，ジュン
(72)【発明者】
【氏名】エヌジー，ニコラス
【審査官】
坂崎 恵美子
(56)【参考文献】
【文献】
特表２０１２−５１９２１０（ＪＰ，Ａ）
【文献】
特表２０１３−５０６８３６（ＪＰ，Ａ）
【文献】
特開２０１１−１６７１８８（ＪＰ，Ａ）
【文献】
特開２００９−１６５４７０（ＪＰ，Ａ）
(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）
Ｃ１２Ｑ １／６８
Ｇ０１Ｎ ３３／６８
Ｃ１２Ｎ １５／０９
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＷＰＩＤＳ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を予測する方法であって、
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること；
ｂ）前記患者から得られた前記癌試料における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記バイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；および
ｄ）対照と比較したときの発現の減少または活性もしくは機能の低下を、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者感受性と相関させること
を含む前記方法。
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること；
ｂ）前記患者から得られた前記癌試料における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記バイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；および
ｄ）対照と比較したときの発現の減少または活性もしくは機能の低下を、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者感受性と相関させること
を含む前記方法。
【請求項2】
試料における癌細胞の感受性を予測する方法であって、
ａ）前記細胞における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｂ）前記バイオマーカーの示差的遺伝子発現を、正常細胞または対照細胞からの遺伝子発現と比較すること；および
ｃ）対照と比較したときの前記バイオマーカーの発現の減少または活性もしくは機能の低下に基づく前記示差的遺伝子発現の前記比較から、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドであるＷｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を予測すること
を含む前記方法。
ａ）前記細胞における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｂ）前記バイオマーカーの示差的遺伝子発現を、正常細胞または対照細胞からの遺伝子発現と比較すること；および
ｃ）対照と比較したときの前記バイオマーカーの発現の減少または活性もしくは機能の低下に基づく前記示差的遺伝子発現の前記比較から、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドであるＷｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を予測すること
を含む前記方法。
【請求項3】
試料におけるＷｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を決定する方法であって、
ａ）癌細胞と２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤とを接触させること；
ｂ）前記Ｗｎｔ阻害剤と接触させた前記細胞における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記バイオマーカーの示差的遺伝子発現を、未処置またはプラセボ処置の対照細胞からの前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；および
ｄ）前記未処置またはプラセボ処置の対照細胞からのノッチ１の前記発現と比較した場合の、ノッチ１の前記発現における減少を、Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性に相関させること
を含む前記方法。
ａ）癌細胞と２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤とを接触させること；
ｂ）前記Ｗｎｔ阻害剤と接触させた前記細胞における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記バイオマーカーの示差的遺伝子発現を、未処置またはプラセボ処置の対照細胞からの前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；および
ｄ）前記未処置またはプラセボ処置の対照細胞からのノッチ１の前記発現と比較した場合の、ノッチ１の前記発現における減少を、Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性に相関させること
を含む前記方法。
【請求項4】
Ｗｎｔ阻害剤での癌患者の処置のために用いられる、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること；
ｂ）患者から得られる癌試料における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記バイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｄ）対照と比較したときの前記バイオマーカーの発現の減少または活性もしくは機能の低下に基づき、前記Ｗｎｔ阻害剤に対する前記患者の感受性を決定すること；および
ｅ）前記Ｗｎｔ阻害剤の有効量を、前記Ｗｎｔ阻害剤に対して感受性であると決定された患者に投与すること
を含む処置で用いられる、
前記医薬組成物。
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること；
ｂ）患者から得られる癌試料における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記バイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｄ）対照と比較したときの前記バイオマーカーの発現の減少または活性もしくは機能の低下に基づき、前記Ｗｎｔ阻害剤に対する前記患者の感受性を決定すること；および
ｅ）前記Ｗｎｔ阻害剤の有効量を、前記Ｗｎｔ阻害剤に対して感受性であると決定された患者に投与すること
を含む処置で用いられる、
前記医薬組成物。
【請求項5】
患者における癌の処置のために用いられる、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、
ａ）患者から得られる癌試料における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｂ）前記バイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｃ）対照と比較したときの前記バイオマーカーの発現の減少または活性もしくは機能の低下に基づき、前記Ｗｎｔ阻害剤に対する前記患者の感受性を決定すること；
ｄ）前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性である患者を選択すること；および
ｅ）２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩を、前記Ｗｎｔ阻害剤での処置に対して感受性であると決定された、または応答しそうである患者に投与すること
を含む処置で用いられる、
前記医薬組成物。
ａ）患者から得られる癌試料における、ノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｂ）前記バイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｃ）対照と比較したときの前記バイオマーカーの発現の減少または活性もしくは機能の低下に基づき、前記Ｗｎｔ阻害剤に対する前記患者の感受性を決定すること；
ｄ）前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性である患者を選択すること；および
ｅ）２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩を、前記Ｗｎｔ阻害剤での処置に対して感受性であると決定された、または応答しそうである患者に投与すること
を含む処置で用いられる、
前記医薬組成物。
【請求項6】
対照遺伝子発現と比較した場合にノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を有する患者における癌の処置のために用いられる、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、
前記示差的遺伝子発現は、対照と比較したときに、ノッチ１である前記バイオマーカーの発現が減少する、またはその活性もしくは機能が低下するときに前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関し、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩を前記相関に基づいて前記Ｗｎｔ阻害剤での処置に対して感受性であると決定された患者に投与するように用いられる、前記医薬組成物。
前記示差的遺伝子発現は、対照と比較したときに、ノッチ１である前記バイオマーカーの発現が減少する、またはその活性もしくは機能が低下するときに前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関し、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩を前記相関に基づいて前記Ｗｎｔ阻害剤での処置に対して感受性であると決定された患者に投与するように用いられる、前記医薬組成物。
【請求項7】
２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤を含む、患者における癌を処置するための医薬組成物であって、前記患者が、正常の対照細胞試料と比較して前記患者から得られる癌細胞試料においてノッチ１であるバイオマーカーの遺伝子発現を示すことに基づいて選択され、示差的遺伝子発現は、対照と比較したときに、ノッチ１である前記バイオマーカーの発現が減少する、またはその活性もしくは機能が低下するときに前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関し、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩を前記相関に基づいて前記Ｗｎｔ阻害剤での処置に対して感受性であると決定された患者に投与するように用いられる、前記医薬組成物。
【請求項8】
２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩であるＷｎｔ阻害剤を含む、患者における癌を処置するための医薬組成物であって、
前記患者は、対照遺伝子発現と比較した場合にノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を示し、
前記示差的遺伝子発現は、対照と比較したときに、ノッチ１である前記バイオマーカーの発現が減少する、またはその活性もしくは機能が低下するときに前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関し、
２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩を前記相関に基づいて前記Ｗｎｔ阻害剤での処置に対して感受性であると決定された患者に投与するように用いられる、前記医薬組成物。
前記患者は、対照遺伝子発現と比較した場合にノッチ１であるバイオマーカーの示差的遺伝子発現を示し、
前記示差的遺伝子発現は、対照と比較したときに、ノッチ１である前記バイオマーカーの発現が減少する、またはその活性もしくは機能が低下するときに前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関し、
２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドまたはその薬学的に許容される塩を前記相関に基づいて前記Ｗｎｔ阻害剤での処置に対して感受性であると決定された患者に投与するように用いられる、前記医薬組成物。
【請求項9】
前記ノッチ１が、細胞外ドメインにおける突然変異を有する、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項10】
癌が頭頸部扁平細胞癌腫である、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項11】
癌がＷｎｔ阻害剤で処置され、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である癌試料における発現と比較して、Ａｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の示差的発現を示す、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項12】
発現または遺伝子発現が、ＤＮＡ発現、ＤＮＡコピー数、ｍＲＮＡ発現、ｃＤＮＡ発現、タンパク質転写、タンパク質発現、ＤＮＡ修飾、ｃＤＮＡ修飾、ｍＲＮＡ修飾、タンパク質修飾、ＤＮＡ機能、ｃＤＮＡ機能、ｍＲＮＡ機能、タンパク質機能、ＤＮＡ突然変異、ｃＤＮＡ突然変異、ｍＲＮＡ突然変異、タンパク質突然変異、またはその組合せである、請求項１〜３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項13】
前記ノッチ１が、細胞外ドメインにおける突然変異を有する、請求項４〜８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項14】
癌が頭頸部扁平細胞癌腫である、請求項４〜８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項15】
癌がＷｎｔ阻害剤で処置され、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である癌試料における発現と比較して、Ａｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の示差的発現を示す、請求項４〜８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【請求項16】
発現または遺伝子発現が、ＤＮＡ発現、ＤＮＡコピー数、ｍＲＮＡ発現、ｃＤＮＡ発現、タンパク質転写、タンパク質発現、ＤＮＡ修飾、ｃＤＮＡ修飾、ｍＲＮＡ修飾、タンパク質修飾、ＤＮＡ機能、ｃＤＮＡ機能、ｍＲＮＡ機能、タンパク質機能、ＤＮＡ突然変異、ｃＤＮＡ突然変異、ｍＲＮＡ突然変異、タンパク質突然変異、またはその組合せである、請求項４〜８のいずれか一項に記載の医薬組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
発明の分野本発明は、薬理ゲノム学の分野に関し、処置前の患者感受性、続いての処置後の患者応答、癌感受性を決定すること、化合物のスクリーニング、処置の方法、および処置における使用のための医薬組成物に有用なバイオマーカーの使用に関する。
【0002】
背景Ｗｎｔシグナリングは、複数の癌における主要な発癌経路の１つである１，２。それの受容体である形質膜での低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質５／６（ＬＲＰ５／６）およびＦｒｉｚｚｌｅｄ（ＦＺＤ）（両方ともにＷｎｔシグナリングに必要とされる１回膜貫通受容体である）に結合すると、Ｗｎｔリガンドは、Ａｘｉｎ２、ＧＳＫ３β、ＡＰＣおよび他のタンパク質からなるβ−カテニン分解機構の崩壊の引き金となり、これが、細胞質におけるβ−カテニンの蓄積に至る３。β−カテニンのレベルの上昇は、最終的に、核へのそれの転座に至ることで、ＬＥＦ／ＴＣＦとの複合体を形成し、下流遺伝子発現を推進する３。
【0003】
Ｗｎｔシグナリングの調節不全１は、結腸癌においてよく考証されているＡＰＣおよびβ−カテニンなどの下流構成成分の突然変異を介して発生し得る１。加えて、Ｗｎｔリガンドもしくは共刺激物、例えばＲＳＰＯ２／３の過剰発現、またはＷｎｔ阻害遺伝子のサイレンシングが、様々な癌において報告されてきた１，４。さらに、総Ｗｎｔ経路構成成分、例えばＡｘｉｎ１／２またはＲＳＰＯ共受容体ＲＮＦ４３／ＺＮＦＲ３の突然変異は、膵臓癌腫、結腸癌腫および肝細胞癌腫において潜在的な主要な役割を果たす４−６。動物モデルにおけるＷｎｔ経路の不偏化突然変異および標的化突然変異の両方が、この経路の発癌シグナリング機能を実証した７，８。カノニカルＷｎｔ経路に加えて、非カノニカルＷｎｔシグナリングが、ＦＺＤおよびＶＡＮＧＬを介して、細胞遊走および腫瘍転移を含めた腫瘍発生の様々な態様に不可欠であるという証拠が出現している９。
【0004】
カノニカルＷｎｔシグナリング活性および非カノニカルＷｎｔシグナリング活性の両方が、Ｗｎｔリガンドに依存性である。Ｗｎｔリガンドの生合成中、Ｗｎｔは、Ｐｏｒｃｕｐｉｎｅ（ＰＯＲＣＮ）、膜結合Ｏ−アシルトランスフェラーゼによって媒介される翻訳後アシル化を受ける３，１０。ＰＯＲＣＮは、後続のＷｎｔ分泌に必要とされるＷｎｔ翻訳後アシル化に特異的および専用的である１１。ＰＯＲＣＮの欠損は、ノックアウトマウスモデルにおけるＷｎｔリガンド推進シグナリング活性の阻害に至る１２，１３。ヒトにおいて、ＰＯＲＣＮ遺伝子の機能欠損（ＬｏＦ）突然変異は、ヘテロ接合体およびＰＯＲＣＮ遺伝子のためのモザイク現象を有するものの両方における様々な先天性異常に関連するＸ連結優性障害において巣状皮膚低形成を引き起こす。この表現型は、胚発生および発達中のＷｎｔシグナリング経路の役割と一致する１４，１５。
【0005】
Ｗｎｔシグナリングを治療標的にすることにおける今までの成功は、限られたものであった。これは、大きくは、Ｗｎｔ経路における標的について有効な治療剤の欠如、およびＷｎｔ阻害剤に感受性である患者集団の定義の欠如による。細胞周期および示差的遺伝子発現における調節機序の複合カスケードにおける差異への結果として、異なる癌型は、同じ活性化合物に対して異なって応答し得る。ＰＯＲＣＮ阻害剤またはＷｎｔ阻害剤を用いる治療に対する細胞の感受性を示す特異的バイオマーカーに関する知識も乏しい。
【0006】
発明の概要本発明は、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７Ａおよび／またはＤＴＸ３Ｌが、Ｗｎｔ阻害剤に対する細胞の感受性を決定する際の特異的バイオマーカーとして作用するという分析に関する。本発明は、表１から選択されるバイオマーカーの少なくとも１つが、癌細胞または癌がＷｎｔ阻害剤に感受性であることを予測する際の正確性および特異性を増加させたＷｎｔ阻害剤のための「遺伝子サイン」を提供するという分析に関する。該方法は、患者から取られた癌試料における、表１から選択されるバイオマーカーの少なくとも１つの発現、遺伝子発現、突然変異状態、タンパク質レベルまたは機能を分析し、対照と比較して、Ｗｎｔ阻害剤に対する癌試料の感受性を予測する。発現レベル変化のパターンは、好ましい応答または好ましくない応答を示し得る。加えて、表１から選択される遺伝子サインは増加予測値を有し、なぜならば、それは、Ｗｎｔ経路が機能的であることも示すからである。本開示は、患者はその個体に特異的である機能的ゲノムサインに基づいて処置される「個人化医療」の例も提供する。
【0007】
本明細書に開示されている少なくとも１つのバイオマーカーの予測値は、患者が処置に対して感受性のままであるかを決定するために、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置の後に使用することもできる。Ｗｎｔ阻害剤が投与されると、バイオマーカーは、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者の感受性の持続をモニタリングするために使用される。本開示は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置の前後における、同定遺伝子の発現の上方または下方調節にも関する。これは、患者が処置の正しい過程を受けていると決定することに有用である。本発明は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者の感受性を予測およびモニタリングする方法を含む。該方法には、患者へのＷｎｔ阻害剤の投与、および患者から得られる生物学的試料上のバイオマーカー遺伝子発現の測定のステップが含まれる。患者の応答は、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの遺伝子発現の検出に基づいて評価される。対照と比較した少なくとも１つのバイオマーカーの発現のレベルにおける検出および／または変更は、処置に対する患者の感受性を示す。発現レベル変化のパターンは、好ましい患者応答または好ましくない患者応答を示し得る。
【0008】
本開示は、頭頸部癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤も提供する。特に良好な治療的応答は、対照と比較して表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的下方調節発現を癌試料中に有する患者において予測される。
【0009】
本開示の態様、特色および実施形態は以下の項目に要約され、それぞれ単独でまたは組合せで使用することができる。１．Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を予測する方法であって、
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること
ｂ）前記患者から得られた癌試料における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；および
ｃ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること、
ｄ）遺伝子発現比較における増加または減少を、前記Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者感受性と相関させること
を含む前記方法。
２．Ｗｎｔ阻害剤で癌患者を処置する方法であって、
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること
ｂ）前記患者から得られた前記癌試料における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｄ）前記Ｗｎｔ阻害剤に対する患者の感受性を決定すること；および
ｅ）前記Ｗｎｔ阻害剤の有効量を、前記Ｗｎｔ阻害剤に対して感受性であると決定された患者に投与すること
を含む前記方法。
３．Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を予測する方法であって、ａ）前記細胞における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；ｂ）表１から選択される前記少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を、正常細胞または対照細胞からの遺伝子発現と比較すること；
ｃ）前記示差的遺伝子発現の前記比較から、Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を予測すること
を含む前記方法。
４．Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を決定する方法であって、
ａ）癌細胞と少なくとも１つのＷｎｔ阻害剤とを接触させること；
ｂ）前記Ｗｎｔ阻害剤と接触させた前記細胞における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を、未処置またはプラセボ処置の対照細胞からの前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｄ）前記未処置またはプラセボ処置の対照細胞からの前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記発現と比較した場合の、前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記発現における増加または減少を、Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性に相関させること
を含む前記方法。
５．１つ超のバイオマーカーが表１から選択される、項目１から４のいずれか１つの方法。
６．前記バイオマーカーがノッチ１である、項目１から５のいずれか１つの方法。
７．前記ノッチ１が細胞外ドメインにおける突然変異である、項目６の方法。
８．前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料の遺伝子発現と比較することで、機能的Ｗｎｔ経路を示す、項目１から７のいずれか１つの方法。
９．前記癌が頭頸部扁平細胞癌腫である、項目１から８のいずれか１つの方法。
１０．前記癌が、Ｗｎｔ阻害剤で処置され、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である癌試料における発現と比較してＡｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の示差的発現を示す、項目２または４の方法。
１１．少なくとも１つのＷｎｔ阻害剤と接触させた前記癌細胞のＩＣ５０が、１μＭ未満、好ましくは０．５μＭ未満、より好ましくは０．２μＭ未満である、項目１から１０のいずれか１つの方法。
１２．前記細胞が、Ｗｎｔ阻害剤によって少なくとも２つの異なる時点で接触される、項目１１の方法。
１３．前記細胞が、２つの異なるＷｎｔ阻害剤によって、ステップａ）で同時にまたは順次に接触される、項目４、１１または１２のいずれか１つの方法。
１４．ステップｂ）およびｃ）が、前記Ｗｎｔ阻害剤の各用量の投与後、４時間、８時間、１６時間、２４時間、４８時間、３日、１週、１カ月および数カ月からなる群から選択される時点で反復される、項目４、または１１から１３のいずれか１つの方法。
１５．患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤であって、前記患者が、
ａ）患者から得られる癌試料における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｂ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｃ）前記Ｗｎｔ阻害剤に対する前記患者の感受性を決定すること；および
ｄ）前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性である患者を選択すること
に基づいて選択される前記Ｗｎｔ阻害剤。
１６．対照遺伝子発現と比較した場合に表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を有する患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤であって、前記示差的遺伝子発現は、前記患者がＷｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、前記Ｗｎｔ阻害剤。
１７．１つ超のバイオマーカーが表１から選択される、項目１５または１６による癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
１８．前記バイオマーカーがノッチ１である、項目１５から１７のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
１９．前記ノッチ１が、細胞外ドメインにおける突然変異を有する、項目１５から１８のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
２０．癌が頭頸部扁平細胞癌腫であり、好ましくは、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置後の癌試料が、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である癌試料のＡｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の発現を示している、項目１５から１９のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
２１．患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、前記患者が、正常の対照細胞試料と比較して前記患者から得られる癌細胞試料において表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの遺伝子発現を示すことに基づいて選択され、前記示差的遺伝子発現は、前記患者がＷｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、前記医薬組成物。
２２．対照遺伝子発現と比較した場合に表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を示す患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、前記示差的遺伝子発現は、前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、前記医薬組成物。
２３．１つ超のバイオマーカーが表１から選択される、項目２１または２２による癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
２４．前記バイオマーカーがノッチ１である、項目２１から２３のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
２５．前記ノッチ１が、細胞外ドメインにおける突然変異を有する、項目２１から２４のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
２６．癌が頭頸部扁平細胞癌腫である、項目２１から２５のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
２７．Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を予測するためのキットであって、
ｉ）表１から選択されるバイオマーカーの発現を検出するための手段；および
ｉｉ）前記キットを使用する方法についての指示書
を含む前記キット。
２８．項目１から１４の方法のいずれかのための、項目２７によるキットの使用。
２９．頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３０．前記Ｗｎｔ阻害剤が、対照遺伝子発現と比較して表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を示す癌を有する患者に投与され、前記示差的遺伝子発現は、前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、項目２９による頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３１．前記バイオマーカーがノッチ１である、項目３０による頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３２．前記Ｗｎｔ阻害剤が治療有効量で投与される、項目１から１４のいずれか１つの方法、項目１５から２０のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、項目２１から２６のいずれか１つによる医薬組成物、または項目２９による頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３３．前記Ｗｎｔ阻害剤の治療有効量が前記患者に投与される、項目１５から２０のいずれか１つによる患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３４．前記Ｗｎｔ阻害剤の前記治療有効量が、前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性と決定される患者に選択的に投与されるか、または患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性でないことに基づいて、患者に前記Ｗｎｔ阻害剤以外の薬物の治療有効量を選択的に投与する、項目３３による患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３５．前記Ｗｎｔ阻害剤が、式（１）：
【0010】
【化1】
Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３およびＸ４が、ＮおよびＣＲ７から選択され、
Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７およびＸ８の１つがＮであり、他がＣＨであり、
Ｘ９が、ＮおよびＣＨから選択され、
Ｚが、フェニル、ピラジニル、ピリジニル、ピリダジニルおよびピペラジニルから選択され；Ｚの各フェニル、ピラジニル、ピリジニル、ピリダジニルまたはピペラジニルが、Ｒ６基で任意選択により置換されており、
Ｒ１、Ｒ２およびＲ３が、水素であり、
ｍが、１であり、
Ｒ４が、水素、ハロ、ジフルオロメチル、トリフルオロメチルおよびメチルから選択され、
Ｒ６が、水素、ハロおよび−Ｃ（Ｏ）Ｒ１０から選択され；ここでＲ１０がメチルであり、
Ｒ７が、水素、ハロ、シアノ、メチルおよびトリフルオロメチルから選択される]
の化合物、またはその生理学的に許容される塩である、項目１から１４のいずれか１つの方法、項目１５から２０、３３もしくは３４のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、項目２１から２６のいずれか１つによる医薬組成物、項目２７によるキット、または項目２９から３２のいずれか１つによる頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３６．前記Ｗｎｔ阻害剤が、Ｎ−［５−（３−フルオロフェニル）ピリジン−２−イル］−２−［５−メチル−６−（ピリダジン−４−イル）ピリジン−３−イル］アセトアミド；
２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミド；
Ｎ−（２，３’−ビピリジン−６’−イル）−２−（２’，３−ジメチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；
Ｎ−（５−（４−アセチルピペラジン−１−イル）ピリジン−２−イル）−２−（２’−メチル−３−（トリフルオロメチル）−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；
Ｎ−（５−（４−アセチルピペラジン−１−イル）ピリジン−２−イル）−２−（２’−フルオロ−３−メチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；および
２−（２’−フルオロ−３−メチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）−Ｎ−（５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル）アセトアミド
の群から選択される化合物またはその薬学的に許容される塩である、項目１から１４のいずれか１つの方法、項目１５から２０、３３もしくは３４のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、項目２１から２６のいずれか１つによる医薬組成物、項目２７によるキット、または項目２９から３２のいずれか１つによる頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３７．前記Ｗｎｔ阻害剤が２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドである、項目１から１４のいずれか１つの方法、項目１５から２０、３３もしくは３４のいずれか１つによる癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、項目２１から２６のいずれか１つによる医薬組成物、項目２７によるキット、または項目２９から３２のいずれか１つによる頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
３８．発現または遺伝子発現が、ＤＮＡ発現、ＤＮＡコピー数、ｍＲＮＡ発現、ｃＤＮＡ発現、タンパク質転写、タンパク質発現、ＤＮＡ修飾、ｃＤＮＡ修飾、ｍＲＮＡ修飾、タンパク質修飾、ＤＮＡ機能、ｃＤＮＡ機能、ｍＲＮＡ機能、タンパク質機能、ＤＮＡ突然変異、ｃＤＮＡ突然変異、ｍＲＮＡ突然変異、タンパク質突然変異、またはその組合せであり、好ましくはＤＮＡ突然変異である、項目１から３７のいずれか１つ。
３９．前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から選択される、項目１から３８のいずれか１つ。
４０．前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から選択される、項目１から３８のいずれか１つ。
４１．前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４およびＤＫＫ２の群から選択される、項目１から３８のいずれか１つ。
４２．前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２およびノッチ３の群から選択される、項目１から３８のいずれか１つ。
４３．前記バイオマーカーがノッチ１である、項目１から３８のいずれか１つ。
４４．前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３およびＷＮＴ７Ａの群から選択される、項目１から３８のいずれか１つ。
４５．前記バイオマーカーがＨＲＡＳまたはＦＡＴ１である、項目１から３８のいずれか１つ。
４６．前記バイオマーカーが、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ノッチ１、ＯＲ７Ｇ３、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７およびＣＤＫＮ２Ａからなる群から選択される、項目１から３８のいずれか１つ。
４７．前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から、好ましくはノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３およびＤＴＸ３Ｌの群から選択される、項目１から３８のいずれか１つの実施形態。
４８．バイオマーカーとしての表１から選択される化合物の使用。
４９．バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から選択される化合物の使用。
５０．バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４およびＤＫＫ２の群から選択される化合物の使用。
５１．バイオマーカーとしてのノッチ１、ノッチ２およびノッチ３の群から選択される化合物の使用。
５２．バイオマーカーとしての化合物ノッチ１の使用。
５３．バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３およびＷＮＴ７Ａの群から選択される化合物の使用。
５４．バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から選択される化合物の使用。
５５．バイオマーカーとしての化合物ＨＲＡＳまたはＦＡＴ１の使用。
５６．バイオマーカーとしてのＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ノッチ１、ＯＲ７Ｇ３、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７およびＣＤＫＮ２Ａからなる群から選択される化合物の使用。
５７．バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から、好ましくはノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、およびＤＴＸ３Ｌの群から選択される化合物の使用。
５８．Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を示す、項目４８から５７のいずれか１つによる化合物の使用。
５９．少なくとも２つのバイオマーカー、少なくとも３つまたは少なくとも４つのバイオマーカーが、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を一緒に示すために使用される、項目３９から４２、４４から５１、または５３から５８のいずれか１つ。
６０．
− 患者試料におけるＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３またはＷＮＴ７Ａの発現が、対照と比較してより高く、前記発現が、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性を示し；
− 患者試料におけるＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１またはＮＫＤ１の発現が、前処理対象と比較して処置後に減少され、前記発現が、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性を示し；
− ノッチ１、ノッチ２またはノッチ３の発現が低減され、特に活性または機能が、対照と比較して患者試料において減少増加し、前記発現、特に活性または機能の減少が、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性を示し；
− 患者試料におけるＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４またはＤＫＫ２の発現が、対照と比較してより低く、前記発現が、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性を示し；
− 対照と比較して患者試料において、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３またはＤＴＸ３Ｌの発現がより低く、特に機能欠損がより高く、前記発現、特に機能欠損が、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性を示し；
− 対照と比較して患者試料において、ＨＲＡＳ発現がより高く、特に機能における獲得が、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性を示す、
項目１から５９のいずれか１つ。
６１．Ｗｎｔ阻害剤が、項目３５から３７のいずれか１つに定義されている通りである、項目６０。
【図面の簡単な説明】
【0011】
【図2】図２ＡはＰＯＲＣＮへの３Ｈ放射標識化合物Ｂの結合を示すグラフである。化合物ＢとＰＯＲＣＮとの間の特異的相互作用は、非標識化合物Ｂによって競合され得る（図２Ａ）。図２ＢはＰＯＲＣＮへの化合物Ａの結合を示すグラフである。
【図3】図３Ａは０．４ｎＭのＩＣ５０で、Ｗｎｔ共培養アッセイにおけるＷｎｔシグナリングの化合物Ａ強力阻害を示すグラフである。図３Ｂは阻害効果が外因性Ｗｎｔ３Ａ条件付け培地の添加によって救われたことを描写するグラフである。
【図4】ＨＡ−Ｗｎｔ３Ａでトランスフェクトされた２９３Ａ細胞に対する化合物Ａの様々な用量の効果を示す図である。図４に示されている通り、化合物Ａは、上澄みにおけるＨＡ−Ｗｎｔ３Ａの存在度を強力に減弱した一方で、ライセートＨＡ−Ｗｎｔ３Ａを残し、Ｗｎｔ３Ａ分泌が用量依存性方式における化合物Ａによって実質的に阻害されることを示唆した。
【図5】図５Ａは、化合物Ａが、実際に、Ｗｎｔ３Ａを過剰発現させるマウス乳腺細胞株のオートクリンＬ−Ｗｎｔ３Ａ細胞におけるＬＲＰ６のＷｎｔ依存性リン酸化を強く遮断したことを実証する図である。図５Ｂは推定Ｗｎｔパルミトイル化部位、Ｓｅｒ２０９の周りの残留物が、全ての１９のＷｎｔの間で保存されていることを示す図である。図５Ｃは、化合物Ａが、Ｗｎｔ１、２、３、３Ａ、６、７Ａおよび９Ａを含めた全ての試験Ｗｎｔに対して匹敵できる阻害活性を実証したことを示す表である。
【図6】化合物Ａを用いる処置への癌型毎の様々な細胞株の応答を示すグラフである。応答性細胞株は、１０〜１００ｎＭの化合物Ａを用いる４８時間の間の処置後に５０％を超えるＡＸＩＮ２ ｍＲＮＡ低減を達成すると定義される。図６に示されている通り、頭頸部癌細胞（ＨＮＳＣＣ）株は、化合物Ａに応答性であった上位癌型の１つである。
【図7】ＨＮＳＣＣ細胞株の中で、９６個のうち３１個が、化合物Ａの処置でＷｎｔ経路阻害を示したことを示すグラフである。
【図8】図８Ａは、化合物Ａが、０．３ｎＭのＩＣ５０で、ＨＮ３０におけるＷｎｔ依存性ＡＸＩＮ２生産を強力に阻害したことを示すグラフである。図８Ｂは、化合物Ａが、右シフト化ＩＣ５０であるがＨＮ３０コロニー形成を強く減弱したことを描写するグラフである。
【図9】図９Ａは、化合物Ａのコロニー形成効果の低減が、優性β−カテニンの過剰発現で部分的に救われ得ることを示すグラフである。図９Ｂは、化合物Ａの細胞効果が、ＰＯＲＣＮ依存性Ｗｎｔシグナリング活性の阻害に一致したこと；ＰＯＲＣＮに対するｓｈＲＮＡが、Ｗｎｔ標的遺伝子ＡＸＩＮ２の発現を実質的に阻害したことを確証するグラフである。図９Ｃは、ＰＯＲＣＮに対するｓｈＲＮＡが、インビトロにおけるＨＮ３０細胞のコロニー形成も阻害したことを示すグラフである。
【図10】化合物Ａのインビボ抗腫瘍活性、即ちＨＮＳＣＣ ＨＮ３０のマウス皮下異種グラフトモデルにおける該活性を示すグラフである。１日１回投薬される場合、化合物Ａは、用量依存性効力を誘発し、腫瘍重量を低減した（図１０Ａ）。３ｍｇ／ｋｇでの化合物Ａの単回用量後、腫瘍におけるＡＸＩＮ２ ｍＲＮＡ発現のレベルは、用量後５時間から１０時間の間で約６０〜９５％低減された（図１０Ｂ）。追加として、図１０Ｃに示されている通り、ＨＮ３０腫瘍におけるｐＬＲＰ６レベルは、時間依存性方式で実質的に低減された。
【図11】上位のオンコジーンまたは腫瘍サプレッサー遺伝子が、ＨＮＳＣＣ細胞株のセット中で突然変異したことを示す表である。
【図12】凝集性機能欠損突然変異が、ＨＮＳＣＣ細胞株からの化合物Ａ ＰＤ応答データと最も相互に関連した、上位候補遺伝子を示す表である。
【図13】図１３Ａおよび図１３Ｂは、化合物Ａ応答性頭頸部癌細胞株における高濃縮ノッチ１機能欠損（ＬｏＦ）突然変異を示す表とグラフである。Ａ）頭頸部癌細胞株におけるノッチ１の潜在的ＬｏＦ突然変異の図表である。Ｎ：Ｎ末端；Ｃ：Ｃ末端；ＬＮＲ：Ｌｉｎ１２−ノッチ反復；ＴＭＤ：膜貫通ドメイン；ＰＥＳＴ：プロリン、グルタミン酸、セリン、トレオニンリッチ（ＰＥＳＴ）ドメイン。フレームシフト（ｆｓ）およびナンセンス突然変異（Ｘ）としては、Ｅ４８８ｆｓ、Ａ４９５ｆｓ、Ｋ５３８ｆｓ、Ｇ１９２Ｘ、Ｐ４６０ｆｓ、Ｅ２１６Ｘが挙げられ、赤色で強調されている。Ｂ）頭頸部癌細胞株におけるノッチ１フレームシフトおよびナンセンス突然変異のリスト。Ｃ）ノッチ１ Ｃ４７８Ｆは、ＤＬＬ１刺激の有無におけるノッチ１レポーター遺伝子アッセイにおいて、野生型と比較して活性の完全な低減を示した。
【図14】化合物Ａのインビボ効力を示す表とグラフである。マウスにおけるＳＮＵ１０７６異種グラフトモデルにおいて、５ｍｇ／ｋｇの用量での化合物Ａは、処置の１４日後に腫瘍成長を有意に阻害した（Ｔ／Ｃ：２５％）（図１４Ａ）。化合物Ａは、ＡＸＩＮ２の７０％低減によって示される通り、Ｗｎｔ経路を実質的に阻害した（図１４Ｂ）。
【図15】頭頸部癌細胞株におけるＦＡＴ１突然変異を示す表である。ＦＡＴ１突然変異は、化合物Ａ応答性頭頸部癌細胞株に濃縮されている。
【図16】頭頸部癌細胞株におけるＨＲＡＳ突然変異を示す表である。ＨＲＡＳ突然変異は、化合物Ａ応答性頭頸部癌細胞株に濃縮されている。
【0012】
発明の説明定義
明細書および請求項において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」および「ｔｈｅ」には、別段に文脈が明らかに指示していない限り、複数の言及が含まれる。例えば、「細胞」という用語には、その混合物を含めて、複数の細胞が含まれる。
【0013】
全ての数値の名称、例えば、範囲を含めたｐＨ、温度、時間、濃度および分子量は、０．１の増分ずつ（＋）または（−）に変動される近似値である。常にはっきりと明記されているわけではないが、全ての数値の名称は「約」という用語によって先行されていると理解されるべきである。その上、常にはっきりと明記されているわけではないが、本明細書に記載されている試薬は単に例証的であるとともにこうしたものの均等物は当技術分野において公知であると理解されるべきである。
【0014】
「マーカー」または「バイオマーカー」という用語は、本明細書において互換的に使用される。バイオマーカーは、核酸またはポリペプチドであり、核酸またはポリペプチドの存在、非存在または示差的発現であり、遺伝子数、遺伝子またはタンパク質突然変異、機能または活性を記載するパラメータは、任意のＷｎｔ阻害剤への感受性を決定するために使用される。例えば、ノッチ１はバイオマーカーであり、癌試料細胞におけるノッチ１のｍＲＮＡ発現は、正常（非癌性）組織または対照組織におけるノッチ１発現と比較した場合に減少される。
【0015】
「ＰＯＲＣＮ」は、Ｗｎｔ翻訳後修飾に必要とされる膜結合アシルトランスフェラーゼのＰｏｒｃｕｐｉｎｅを指す。別段具体的に明記されていない限り、ＰＯＲＣＮは、本明細書で使用される場合、ヒトＰＯＲＣＮ−受託番号ＮＭ＿０１７６１７．３／ＮＰ＿０６００８７（４８５１／Ｐ４６５３１．４）を指す。
【0016】
「ノッチ１」は、ノッチ相同体１を指す。それは、ノッチシグナリングにおける１回膜貫通受容体である。別段具体的に明記されていない限り、ノッチ１は、本明細書で使用される場合、ヒトノッチ１−受託番号ＮＭ＿０１７６１７．３／ＮＰ＿０６００８７／ＧＩ：１４８８３３５０８（４８５１／Ｐ４６５３１．４）を指す。「ノッチ２」は、神経原性座位ノッチ相同体タンパク質２、ノッチシグナリングにおける１回膜貫通受容体を指す。別段具体的に明記されていない限り、ノッチ２は、本明細書で使用される場合、ヒトノッチ２−受託番号ＮＭ＿０２４４０８．３／ＮＰ＿０７７７１９／ＧＩ：２４０４１０３５（４８５３／Ｑ０４７２１．３）を指す。「ノッチ３」は、神経原性座位ノッチ相同体タンパク質３、ノッチシグナリングにおける１回膜貫通受容体を指す。別段具体的に明記されていない限り、ノッチ３は、本明細書で使用される場合、ヒトノッチ３−受託番号ＮＭ＿０００４３５．２／ＮＰ＿０００４２６／ＧＩ：１３４２４４２８５（４８５４／Ｑ９ＵＭ４７．２）を指す。
【0017】
「ＡＸＩＮ２」は、ａｘｉｓ阻害タンパク質２を指す。それは、ベータ−カテニンの安定性の調節において重要な役割を有する細胞質ゾルタンパク質である。別段具体的に明記されていない限り、ＡＸＩＮ２は、本明細書で使用される場合、ヒトＡＸＩＮ２−受託番号ＮＭ＿００４６５５．３／ＮＰ＿００４６４６／ＧＩ：１９５９２７０５９（８３１３／Ｑ９Ｙ２Ｔ１）を指す。
【0018】
「ＬＥＦ１」は、リンパ系エンハンサー結合因子１を指す。それは、β−カテニンと複合体を形成するとともに下流標的遺伝子発現を推進する核タンパク質である。別段具体的に明記されていない限り、ＬＥＦ１は、本明細書で使用される場合、ヒトＬＥＦ１−受託番号ＮＭ＿０１６２６９／ＮＰ＿００１１２４１８５／ＧＩ：７７０５９１７（５１１７６／Ｑ９ＵＪＵ２．１）を指す。
【0019】
「ＮＫＤ１」は、ネイキッドクチクラ１を指す。それは、ディシブルドと相互作用する細胞質ゾルタンパク質である。別段具体的に明記されていない限り、ＮＫＤ１は、本明細書で使用される場合、ヒトＮＫＤ１−受託番号ＮＭ＿０３３１１９／ＮＰ＿１４９１１０／ＧＩ：１４９１６４３３（８５４０７／Ｑ９６９Ｇ９．１）を指す。
【0020】
「ＳＦＲＰ２」は、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質２を指す。それは、Ｗｎｔシグナリングの可溶性モジュレーターである。別段具体的に明記されていない限り、ＳＦＲＰ２は、本明細書で使用される場合、ヒトＳＦＲＰ２−受託番号ＮＭ＿００３０１３．２／ＮＰ＿００３００４／ＧＩ：４８４７５０５２（６４２３／Ｑ９６ＨＦ１．２）を指す。
【0021】
「ＦＲＺＢ」は、ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質、その上Ｗｎｔシグナリングの可溶性モジュレーターを指す。別段具体的に明記されていない限り、ＦＲＺＢは、本明細書で使用される場合、ヒトＦＲＺＢ−受託番号ＮＭ＿００１４６３．３／ＮＰ＿００１４５４／ＧＩ：３８４５５３８８（２４８７／Ｑ９２７６５．２）を指す。
【0022】
「ＳＦＲＰ４」は、分泌ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質４、その上Ｗｎｔシグナリングの可溶性モジュレーターを指す。別段具体的に明記されていない限り、ＳＦＲＰ４は、本明細書で使用される場合、ヒトＳＦＲＰ４−受託番号ＮＭ＿００３０１４．３／ＮＰ＿００３００５／ＧＩ：１７０７８４８３８（６４２４／Ｑ６ＦＨＪ７．２）を指す。
【0023】
「ＤＫＫ２」は、ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質２、その上Ｗｎｔシグナリングの可溶性モジュレーターを指す。別段具体的に明記されていない限り、ＤＫＫ２は、本明細書で使用される場合、ヒトＤＫＫ２−受託番号ＮＭ＿０１４４２１．２／ＮＰ＿０５５２３６／ＧＩ：７６５７０２３（２７１２３／Ｑ９ＵＢＵ２．１）を指す。
【0024】
「ＷＮＴ１１」は、ＷＮＴ １１を指す。それは、分泌Ｗｎｔリガンドタンパク質である。別段具体的に明記されていない限り、ＷＮＴ１１は、本明細書で使用される場合、ヒトＷＮＴ１１−受託番号ＮＭ＿００４６２６．２／ＮＰ＿００４６１７／ＧＩ：１７０１７９７４（７４８１／Ｏ９６０１４）を指す。
【0025】
「ＷＮＴ１０Ａ」は、ＷＮＴ１０Ａ、その上分泌Ｗｎｔリガンドタンパク質を指す。別段具体的に明記されていない限り、ＷＮＴ１０Ａは、本明細書で使用される場合、ヒトＷＮＴ１０Ａ−受託番号ＮＭ＿０２５２１６．２／ＮＰ＿０７９４９２／ＧＩ：１６９３６５２０（８０３２６／Ｑ９ＧＺＴ５）を指す。
【0026】
「ＷＮＴ３」は、ＷＮＴ３、その上分泌Ｗｎｔリガンドタンパク質を指す。別段具体的に明記されていない限り、ＷＮＴ３は、本明細書で使用される場合、ヒトＷＮＴ３−受託番号ＮＭ＿０３０７５３．３／ＮＰ＿１１０３８０／ＧＩ：１３５４０４７７（７４７３／Ｐ５６７０３）を指す。
【0027】
「ＷＮＴ７Ａ」は、ＷＮＴ７Ａ、その上分泌Ｗｎｔリガンドタンパク質を指す。別段具体的に明記されていない限り、ＷＮＴ７Ａは、本明細書で使用される場合、ヒトＷＮＴ７Ａ−受託番号ＮＭ＿００４６２５．３／ＮＰ＿００４６１６／ＧＩ：１７５０５１９１（７４７６／Ｏ００７５５）を指す。
【0028】
「ＦＡＭ５８Ａ」は、配列類似性５８を有するファミリー、メンバーＡを指す。この遺伝子は、サイクリン−ボックス−フォールドドメインを含有し、核細胞分裂周期を制御することにおいて役割を有し得る。別段具体的に明記されていない限り、ＦＡＭ５８Ａは、本明細書で使用される場合、ヒトＦＡＭ５８Ａ−受託番号ＮＭ＿１５２２７４．３／ＮＰ＿６８９４８７／ＧＩ：１９６０４９３８２（９２００２／Ｑ８Ｎ１Ｂ３）を指す。
【0029】
「ＦＬＪ４３８６０」は、ＦＬＪ４３８６０タンパク質、不明な機能を有する特徴づけられていないタンパク質を指す。別段具体的に明記されていない限り、ＦＬＪ４３８６０は、本明細書で使用される場合、ヒトＦＬＪ４３８６０−受託番号ＮＭ＿２０７４１４．２／ＮＰ＿９９７２９７／ＧＩ：１４８７２７３１１（３８９６９０／Ｑ６ＺＵＡ９）を指す。
【0030】
「ＣＤＫＮ２Ａ」は、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤２Ａ、細胞周期進行のための主要な阻害剤を指す。別段具体的に明記されていない限り、ＣＤＫＮ２Ａは、本明細書で使用される場合、ヒトＣＤＫＮ２Ａ−受託番号ＮＭ＿００００７７．４／ＮＰ＿４７８１０４／ＧＩ：４５０２７４９（１０２９／Ｐ４２７７１）を指す。
【0031】
「ＯＲ７Ｇ３」は、嗅覚受容体７Ｇ３、嗅覚Ｇタンパク質共役型受容体（ＧＰＣＲ）受容体の１つを指す。別段具体的に明記されていない限り、ＯＲ７Ｇ３は、本明細書で使用される場合、ヒトＯＲ７Ｇ３−受託番号ＮＭ＿００１００１９５８．１／ＮＰ＿００１００１９５８／ＧＩ：５００８０２０１（３９０８８３／Ｑ８ＮＧ９５）を指す。
【0032】
「ＤＴＸ３Ｌ」は、Ｄｅｌｔｅｘ ３様、Ｅ３ユビキチンリガーゼを指し、それのショウジョウバエ（Drosophila）相同体Ｄｅｌｔｅｘは、ショウジョウバエ（Drosophila）におけるノッチシグナリングの正の調節因子である。別段具体的に明記されていない限り、ＤＴＸ３Ｌは、本明細書で使用される場合、ヒトＤＴＸ３Ｌ−受託番号ＮＭ＿１３８２８７．３／ＮＰ＿６１２１４４．１／ＧＩ：１９９２３７１７（１５１６３６／Ｑ８ＴＤＢ６）を指す。
【0033】
「ＣＣＤＣ１６８」は、コイルドコイルドメイン含有１６８を指し、コイルドコイルドメインを有するタンパク質である。別段具体的に明記されていない限り、ＣＣＤＣ１６８は、本明細書で使用される場合、ヒトＣＣＤＣ１６８−受託番号ＮＭ＿００１１４６１９７．１／ＮＰ＿００１１３９６６９．１／ＧＩ：２２６２４６５５３（６４３６７７／Ｑ８ＮＤＨ２）を指す。
【0034】
「ＺＮＦ５２７」は、亜鉛フィンガータンパク質５２７を指し、亜鉛フィンガータンパク質ファミリーに属する。別段具体的に明記されていない限り、ＺＮＦ５２７は、本明細書で使用される場合、ヒトＺＮＦ５２７−受託番号ＮＭ＿０３２４５３．１／ＮＰ＿１１５８２９／ＧＩ：１４９１９２８４０（８４５０３／Ｑ８ＮＢ４２）を指す。
【0035】
「ＨＲＡＳ」は、ハーベイラット肉腫ウイルスオンコジーン相同体を指し、ＭＡＰキナーゼ経路を活性化する小さいＧタンパク質である。別段具体的に明記されていない限り、ＨＲＡＳは、本明細書で使用される場合、ヒトＨＲＡＳ−受託番号ＮＭ＿００５３４３．２／ＮＭ＿１７６７９５．３ＮＭ＿００１１３０４４２．１／ＮＰ＿００１１２３９１４．１／ＧＩ：４７１１７６９７／ＧＩ：１９４３６３７６０／ＧＩ：１９４３６３７６１（３２６５／Ｐ０１１１２）を指す。
【0036】
「ＦＡＴ１」は、β−カテニンに結合するとともにおよびそれの核転座を防止すると報告されているプロトカドヘリンタンパク質であるＦＡＴ１を指す。別段具体的に明記されていない限り、ＦＡＴ１は、ヒトＦＡＴ１−受託番号ＮＭ＿００５２４５．３／ＮＰ＿００５２３６／ＧＩ：７５８１３６２２（２１９５／Ｑ１４５１７）を指す。
【0037】
本明細書において、任意の所与遺伝子について、ただ１つの遺伝子受託番号をリストした。遺伝子に関連する任意のスプライシング形態が本開示によって企図されると理解されるべきである。スプライシング形態によって、本明細書において、単一遺伝子からのｍＲＮＡが、単一遺伝子から複数のタンパク質変異体の発現をもたらす代替のやり方でスプライスされていると意味される。例えば、ノッチ２は、２つのスプライシング変異体、ＮＭ＿０２４４０８およびＮＭ＿００１２００００１を有する。ノッチ２について、ＮＭ＿０２４４０８だけがリストされている。
【0038】
「感受性」は、本明細書で使用される場合、Ｗｎｔ阻害剤の効果により、腫瘍の成長、侵襲性または転移が遅延、停止、抑制されるか、または腫瘍の収縮もしくは後退が達成されるという意味において、細胞または患者がＷｎｔ阻害剤に応答することを意味する。本発明のなお別の実施形態において、細胞または患者試料が１０〜１００ｎＭの化合物Ａで４８時間かけて処置される場合に、細胞または患者試料が、５０％を超えるＡｘｉｎ２低減（Ｗｎｔ経路阻害）、例えばＡｘｉｎ２ ｍＲＮＡまたはタンパク質レベルの低減で処置に応答するならば、細胞または患者試料はＷｎｔ阻害剤に対する「感受性」を有する。特定の態様において、細胞または患者試料が５０ｎＭの化合物Ａで４８時間かけて処置される場合に、細胞または患者試料が、Ａｘｉｎ２ ｍＲＮＡレベルにおいて５０％を超える低減で処置に応答するならば、細胞または患者試料はＷｎｔ阻害剤に対する「感受性」を有する。
【0039】
表１から選択されるバイオマーカーの少なくとも１つが、対照と比較して示差的に下方調節される場合に、細胞は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる阻害について「感受性」であるか、または「感受性」を呈する。代替として、バイオマーカーの１つ超、２つ超、３つ超、またはセット全体が示差的に発現される場合に、細胞は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる阻害について「感受性」である。
【0040】
「対照細胞」または「正常細胞」は、非癌性の組織または細胞を指す。
【0041】
「対照組織」または「正常組織」は、非癌性の組織または細胞を指す。
【0042】
「対照試料」または「正常試料」は、非癌性の組織または細胞を指す。
【0043】
「対照」は、本明細書で使用される場合、対照細胞、対照組織もしくは対照試料におけるバイオマーカー発現であるか、または正常もしくは健康なバイオマーカー発現、即ち正常の非癌性の細胞、試料もしくは組織におけるバイオマーカー発現とよく相関する値を記載するパラメータもしくは数値である。
【0044】
ノッチ１「細胞外ドメイン」は、本明細書において、アミノ酸１から１７３５のノッチ１領域を示す。
【0045】
「核酸」および「ポリヌクレオチド」という用語は、互換的に使用され、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドのいずれかまたはその類似体を指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有することができ、任意の機能を実施し得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である：遺伝子または遺伝子断片（例えば、プローブ、プライマー、ＥＳＴまたはＳＡＧＥタグ）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、転位ＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分岐ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離ＤＮＡ、任意の配列の単離ＲＮＡ、核酸プローブ、およびプライマー。ポリヌクレオチドは、修飾ヌクレオチド、例えばメチル化ヌクレオチドおよびヌクレオチド類似体を含むことができる。存在するならば、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーのアセンブリの前または後で付与することができる。ヌクレオチドの配列は、非ヌクレオチド構成成分によって中断することができる。ポリヌクレオチドは、重合後、標識用構成成分とのコンジュゲーションなどによってさらに修飾することができる。該用語は、その上、二本鎖分子および一本鎖分子の両方を指す。別段に指定または必要とされていない限り、ポリヌクレオチドであるこの発明の任意の実施形態は、二本鎖形態、および二本鎖形態を構成すると知られているまたは予測される２つの相補的一本鎖形態の各々の両方を包含する。
【0046】
「遺伝子」は、転写および翻訳された後で特別なポリペプチドまたはタンパク質をコード化できる少なくとも１つのオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含有するポリヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチド配列は、より大きい断片またはそれらが関連する遺伝子の全長コード配列を同定するために使用することができる。より大きい断片配列を単離する方法は、当業者に知られている。
【0047】
「遺伝子発現」、「遺伝子産物」または「発現」は全て、本明細書において互換的に使用され、遺伝子が転写および翻訳される時に生成される核酸またはアミノ酸（例えば、ペプチドまたはポリペプチド）、バイオマーカーのＤＮＡコピー数、バイオマーカーのゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡまたはＲＮＡ配列；バイオマーカー遺伝子発現、バイオマーカータンパク質発現、バイオマーカーｍＲＮＡ発現；バイオマーカータンパク質の機能効果；バイオマーカー遺伝子、ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡの機能効果；タンパク質、ｃＤＮＡ、遺伝子もしくはｍＲＮＡ活性またはその欠損、または例えばフレーム−シフト突然変異、欠失、転座、挿入、重複、反転、機能突然変異のような突然変異状態；あるいはその組合せを指す。
【0048】
特別な実施形態において「遺伝子発現」、「遺伝子産物」または「発現」は、ＤＮＡ発現、ＤＮＡコピー数、ｍＲＮＡ発現、ｃＤＮＡ発現、タンパク質転写、タンパク質発現、ＤＮＡ修飾、ｃＤＮＡ修飾、ｍＲＮＡ修飾、タンパク質修飾、ＤＮＡ機能、ｃＤＮＡ機能、ｍＲＮＡ機能、タンパク質機能、ＤＮＡ突然変異、ｃＤＮＡ突然変異、ｍＲＮＡ突然変異、タンパク質突然変異、またはその組合せを示し、好ましくはＤＮＡ突然変異である。ＤＮＡ修飾としては、ＤＮＡアルキル化またはアシル化が挙げられる。例えば、メチル化は、シトシンまたはアデニンＤＮＡヌクレオチドへのメチル基の付加を伴う生化学プロセスである。ｍＲＮＡ修飾としてはＲＮＡ編集が挙げられ、これは、配列を形成するためにＲＮＡポリメラーゼによって生成された後のヌクレオチドの変化を伴う生化学プロセスである。ｃＤＮＡ修飾としては、ｍＲＮＡレベルでなされるとともにｃＤＮＡ修飾に翻訳される任意の修飾が挙げられる。タンパク質修飾としては、翻訳された後のアミノ酸の変化を伴う生化学プロセスが挙げられる。タンパク質機能は、タンパク質が、シグナル伝達、酵素反応などの促進を含めて、遺伝子においてコード化された情報によって特定化された義務を実施することと理解される。
【0049】
「ポリペプチド」という用語は、「タンパク質」という用語と互換的に使用され、それの最も広い意味において、２つ以上のサブユニットアミノ酸、アミノ酸類似体またはペプチド模倣物の化合物を指す。サブユニットは、ペプチド結合によって連結することができる。別の実施形態において、サブユニットは、他の結合、例えば、エステル、エーテルなどによって連結することができる。
【0050】
本明細書で使用される場合、「アミノ酸」という用語は、天然アミノ酸および／または非天然アミノ酸もしくは合成アミノ酸のいずれか、ならびにＤおよびＬ光学異性体の両方、アミノ酸類似体、ならびにペプチド模倣物を指す。３種以上のアミノ酸のペプチドは、ペプチド鎖が短いならば、共通してオリゴペプチドと呼ばれる。ペプチド鎖が長いならば、ペプチドは、ポリペプチドまたはタンパク質と共通して呼ばれる。
【0051】
「単離された」という用語は、ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体または断片（単数または複数）が本来正常に関連する細胞およびその他の構成要素から分離されたことを意味する。例えば、単離ポリヌクレオチドは、それの自然または天然の環境内で、例えば染色体上で、それが正常に関連する３’および５’近接ヌクレオチドから分離される。当業者に明らかである通り、非自然発生のポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体、またはその断片（単数または複数）は、それの自然発生対応物からそれを区別するのに「単離」を必要としない。加えて、「濃縮された」「分離された」または「希釈された」ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片（単数または複数）は、１体積当たりの分子の濃度または数が、それの自然発生の対応物のそれよりも、「濃縮された」バージョンにおいて大きいかまたは「分離された」バージョンにおいて小さいという点において、それの自然発生の対応物と区別可能である。ポリヌクレオチド、ペプチド、ポリペプチド、タンパク質、抗体またはその断片（単数または複数）であって、それの一次配列において、例えば、それのグリコシル化パターンによって、自然発生の対応物と異なるものは、それの単離形態で存在する必要がなく、というのは、それが、それの一次配列によって、または代替としてグリコシル化パターンなどの別の特徴によって、それの自然発生の対応物と区別可能であるからである。したがって、非自然発生ポリヌクレオチドは、単離された自然発生ポリヌクレオチドからの別々の実施形態として提供される。細菌細胞において産生されたタンパク質は、それが本来産生される真核細胞から単離された自然発生タンパク質からの別々の実施形態として提供される。
【0052】
ポリヌクレオチド操作の文脈において使用される場合の「プローブ」は、標的とハイブリダイズすることによって興味対象の試料に潜在的に存在する標的を検出するための試薬として提供されるオリゴヌクレオチドを指す。通常、プローブは、標識、または標識がハイブリダイゼーション反応の前もしくは後でのいずれかで付着され得る手段を含む。適当な標識としては、以下に限定されないが、放射性同位体、蛍光色素、化学発光化合物、染料、および酵素を含めたタンパク質が挙げられる。
【0053】
「プライマー」は、標的とハイブリダイズすること、およびその後、標的に相補的なポリヌクレオチドの重合を促進させることによって、興味対象の試料において潜在的に存在する標的または「テンプレート」に結合する遊離３’−ＯＨ基を一般に有する短いポリヌクレオチドである。「ポリメラーゼ連鎖反応」（「ＰＣＲ」）は、「上流」および「下流」のプライマーからなる「プライマーの対」または「プライマーのセット」、ならびに重合の触媒、例えばＤＮＡポリメラーゼ、および典型的には熱的に安定なポリメラーゼ酵素を使用して、複製コピーが標的ポリヌクレオチドから作製される反応である。ＰＣＲのための方法は、当技術分野においてよく知られており、例えばPCR: A Practical Approach, M. MacPherson et al., IRL Press at Oxford University Press (1991)において教示されている。ＰＣＲまたは遺伝子クローニングなど、ポリヌクレオチドの複製コピーを生産する全てのプロセスは、集合的に、本明細書において「複製」と称される。プライマーは、サザンまたはノーザンブロット分析などのハイブリダイゼーション反応におけるプローブとして使用することもできる(Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition (1989))。
【0054】
「示差的発現された」は、本明細書で使用される場合、通常対照と比較した場合の発現における測定可能な差異を意味する。例えば、遺伝子に適用される場合、それは、正常細胞における正常の野生型機能遺伝子と比較して、遺伝子の示差的突然変異状態を指すことができる。示差的突然変異遺伝子は、野生型遺伝子と比較した場合に突然変異することができ、これは、突然変異遺伝子の機能欠損を引き起こす。それは、遺伝子から転写および／もしくは翻訳されたｍＲＮＡまたは遺伝子によってコード化されたタンパク質生成物の示差的生産も指すことができる。示差的発現遺伝子は、正常細胞または対照細胞の発現レベルと比較した場合に過剰発現または低発現することがある。しかしながら、本明細書で使用される場合、過剰発現は、遺伝子発現の増加であり、一般に、正常または対照の対応物の細胞または組織において検出された発現より、少なくとも１．２５倍、または代替として少なくとも１．５倍、または代替として少なくとも２倍、または代替として少なくとも３倍、または代替として少なくとも４倍高い発現である。本明細書で使用される場合、低発現は、遺伝子発現の低減であり、一般に、正常または対照の対応物の細胞または組織において検出された発現より、少なくとも１．２５倍、または代替として少なくとも１．５倍、または代替として少なくとも２倍、または代替として少なくとも３倍、または代替として少なくとも４倍低い発現である。「示差的発現された」という用語は、癌細胞または癌性組織における発現が、対照（例えば対照細胞または正常組織、例えば非癌性の細胞または組織）における発現と比較して異なる場合も指す。例として、該バイオマーカーは、癌試料における発現が、対照における発現と比較して少なくとも１．２５倍、または代替として少なくとも１．５倍、または代替として少なくとも２倍、または代替として少なくとも３倍、または代替として少なくとも４倍低いならば、示差的に発現されるかまたは示差的に下方調節される。
【0055】
遺伝子の高い発現レベルは、遺伝子の過剰発現または遺伝子コピー数の増加により発生し得る。該遺伝子は、負の調節因子の調節解除または非存在により、タンパク質レベルの増加に翻訳されることもある。
【0056】
「ｃＤＮＡ」という用語は、相補的ＤＮＡ、即ち、逆転写酵素などの酵素でｃＤＮＡになる、細胞または生物体に存在するｍＲＮＡ分子を指す。「ｃＤＮＡライブラリー」は、細胞または生物体に存在するｍＲＮＡ分子の全てのコレクションであり、全てが酵素逆転写酵素でｃＤＮＡ分子に転じ、次いで「ベクター」に挿入される（外来ＤＮＡの添加後に複製し続けることができる他のＤＮＡ分子）。ライブラリーのための例証的ベクターとしては、バクテリオファージ（「ファージ」としても知られている）、細菌に感染するウイルス、例えば、ラムダファージが挙げられる。該ライブラリーは、次いで、興味対象の特定のｃＤＮＡ（およびしたがってｍＲＮＡ）についてプローブすることができる。
【0057】
例として、転写活性は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（登録商標）ＨＧ−Ｕ１３３−Ｐｌｕｓ−２ ＧｅｎｅＣｈｉｐｓなどの遺伝子チップを使用して、メッセンジャーＲＮＡのレベルを測定することによって判定することができる。高スループット、興味対象の多数の遺伝子のＲＮＡのリアルタイム定量化は、したがって、再現可能な系において可能になる。
【0058】
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」という用語は、核酸プローブが、それの標的部分配列に特異的にハイブリダイズし、他の配列にはハイブリダイズしない条件を指す。ハイブリダイゼーションのストリンジェンシーを決定する条件には、温度、イオン強度、およびホルムアミドなどの変性剤の濃度が含まれる。これらの因子の１つを変動することは、別の因子に影響を及ぼすことがあり、当分野の技術者は、ストリンジェンシーの所望のレベルを維持するための条件における変化を理解されよう。高ストリンジェントなハイブリダイゼーションの例は、６５〜６８℃で０．０１５Ｍ塩化ナトリウム、０．００１５Ｍクエン酸ナトリウム、または４２℃で０．０１５Ｍ塩化ナトリウム、０．００１５Ｍクエン酸ナトリウムおよび５０％ホルムアミドである（上記のＳａｍｂｒｏｏｋを参照されたい）。「中程度にストリンジェントな」ハイブリダイゼーションの例は、５０〜６５℃で０．０１５Ｍ塩化ナトリウム、０．００１５Ｍクエン酸ナトリウム、または３７〜５０℃で０．０１５Ｍ塩化ナトリウム、０．００１５Ｍクエン酸ナトリウムおよび２０％ホルムアミドの条件である。中程度にストリンジェントな条件は、中程度の量の核酸ミスマッチが所望される場合に使用される。当分野の技術者は、洗浄することがハイブリダイゼーション条件の一部であることを理解されよう。例えば、洗浄条件には、０２．Ｘ〜０．１Ｘ ＳＳＣ／０．１％ ＳＤＳおよび４２〜６８℃の温度が含まれることがあり、ここで、温度を増加させることは、洗浄条件のストリンジェンシーを増加させる。
【0059】
ハイブリダイゼーションが、２つの一本鎖ポリヌクレオチド間の逆平行立体配置で発生する場合、反応は「アニーリング」と呼ばれ、それらのポリヌクレオチドは「相補的」とみなされる。二本鎖ポリヌクレオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の１つと第２のポリヌクレオチドの鎖の１つとの間に発生し得るならば、別のポリヌクレオチドに「相補的」または「相同的」であり得る。「相補性」または「相同性」（１つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的であるという程度）は、一般に認容されている塩基対合規則に従って互いと水素結合を形成すると予想される対抗鎖における塩基の割合の点から、定量化可能である。
【0060】
ポリヌクレオチドまたはポリヌクレオチド領域（またはポリペプチドもしくはポリペプチド領域）は、整列させた場合、塩基（またはアミノ酸）の百分率が、２種の配列を比較する際に同じである別の配列手段に対して、ある特定の百分率（例えば、８０％、８５％、９０％、９５％、９８％または９９％）の「配列同一性」を有する。この整列化およびパーセント相同性または配列同一性は、当技術分野において知られているソフトウェアプログラム、例えばCurrent Protocols in Molecular Biology, Ausubel et al., eds., (1987) Supplement 30, section 7.7.18, Table 7.7.1に記載されているものを使用して決定することができる。好ましくは、デフォルトパラメータは、整列化のために使用される。好ましい整列化プログラムは、デフォルトパラメータを使用するＢＬＡＳＴである。特に、好ましいプログラムは、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＰであり、以下のデフォルトパラメータを使用する：遺伝子コード＝標準；フィルター＝なし；鎖＝両方；カットオフ＝６０；予想＝１０；マトリックス＝ＢＬＯＳＵＭ６２；記載＝５０配列；選別＝ＨＩＧＨ ＳＣＯＲＥ；データベース＝非冗長。
【0061】
本発明におけるバイオマーカーとしては、少なくとも９５％の配列同一性を有する遺伝子変異体および遺伝子が挙げられる。
【0062】
「細胞増殖性障害」という用語には、異常細胞の成長および／もしくは分裂または機能欠損を特徴とする正常生理機能の調節不全が含まれる。「細胞増殖性障害」の例としては、以下に限定されないが、過形成、腫瘍症、化生、および様々な自己免疫障害、例えば、Ｔ細胞アポトーシスの調節不全を特徴とするものが挙げられる。
【0063】
本明細書で使用される場合、「新生物細胞」、「新生物疾患」、「腫瘍症」、「腫瘍」、「腫瘍細胞」、「癌」および「癌細胞」（互換的に使用される）という用語は、相対的に自律的成長を呈することで、細胞増殖の制御の著しい欠損（即ち、脱調節細胞分裂）を特徴とする異常成長表現型を呈する細胞を指す。新生物細胞は、悪性または良性であり得る。転移性の細胞または組織は、該細胞が隣接する身体構造に侵入および破壊し得ることを意味する。
【0064】
「頭頸部癌」または「頭頸部扁平細胞癌腫」は、互換的に使用され、頭部または頸部の領域に起こる癌を指す１６。主にそれは、鼻腔、洞、唇、口、唾液腺、のどまたは喉頭の癌である。頭頸部癌の９０パーセントは、頭頸部扁平細胞癌腫として分類される。それは、世界的に発生率が第６位の癌であり、世界的に１年当たりおよそ６００，０００の症例がある。そして、ＨＮＳＣＣ患者の５年生存率は約４０〜５０％である。
【0065】
「腫瘍成長を抑制すること」は、腫瘍細胞成長の低減を示し、これは、以下に限定されないが、腫瘍サイズを測定すること、３Ｈ−チミジン取り込みアッセイを使用して腫瘍細胞が増殖しているかを決定すること、ＦＤＧ−ＰＥＴ（フルオロデオキシグルコースポジトロン放出断層撮影法）イメージングによってグルコース取込みを測定すること、または腫瘍細胞をカウントすることを含めて、当技術分野において知られている任意の手段によって判定することができる。腫瘍細胞成長「を抑制すること」は、以下の状態：腫瘍成長を減速、遅延および停止すること、ならびに腫瘍収縮のいずれかまたは全てを意味する。
【0066】
「医薬組成物」は、活性薬剤および別の担体、例えば、不活性（例えば、検出可能な薬剤または標識）または活性の化合物または組成物、例えば、アジュバント、希釈剤、バインダー、安定剤、緩衝液、塩、親油性溶媒、保存料またはアジュバントなどの組合せである。担体としては、医薬賦形剤および添加剤、例えば；タンパク質、ペプチド、アミノ酸、脂質、および炭水化物（例えば、単糖類およびオリゴ糖類を含めた糖類；アルジトール、アルドン酸およびエステル化糖類などの誘導体化糖類；ならびに多糖類または糖ポリマー）も挙げられ、これらは、単一または組合せで存在することができ、単独または組合せで重量または体積により１〜９９．９９％を構成する。炭水化物賦形剤としては、例えば；フルクトース、マルトース、ガラクトース、グルコース、Ｄ−マンノースおよびソルボースなどの単糖類；ラクトース、スクロース、トレハロースおよびセロビオースなどの二糖類；ラフィノース、メレチトース、マルトデキストリン、デキストランおよびデンプンなどの多糖類；ならびにマンニトール、キシリトール、マルチトール、ラクチトール、キシリトールソルビトール（グルシトール）およびミオイノシトールなどのアルジトールが挙げられる。
【0067】
例証的なタンパク質賦形剤としては、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）などの血清アルブミン、組換えヒトアルブミン（ｒＨＡ）、ゼラチンおよびカゼインなどが挙げられる。緩衝容量において機能することもできる代表的なアミノ酸／抗体構成成分としては、アラニン、グリシン、アルギニン、ベタイン、ヒスチジン、グルタミン酸、アスパラギン酸、システイン、リシン、ロイシン、イソロイシン、バリン、メチオニン、フェニルアラニンおよびアスパルテーム、などが挙げられる。
【0068】
「担体」という用語には、緩衝剤またはｐＨ調整剤がさらに含まれ、典型的に、緩衝剤は、有機酸または塩基から調製される塩である。代表的な緩衝剤としては、クエン酸、アスコルビン酸、グルコン酸、炭酸、酒石酸、コハク酸、酢酸またはフタル酸の塩などの有機酸塩；トリス、トロメタミン塩酸塩、またはリン酸緩衝液が挙げられる。追加の担体としては、ポリマー性賦形剤／添加剤、例えばポリビニルピロリドン、フィコール（ポリマー性糖）、デキストレート類（例えば、２−ヒドロキシプロピル−クアドラチュア−シクロデキストリン（2-hydroxypropyl-quadrature-cyclodextrin）などのシクロデキストリン）、ポリエチレングリコール、香味剤、抗微生物剤、甘味剤、抗酸化剤、帯電防止剤、界面活性剤（ＴＷＥＥＮ ２０（商標）およびＴＷＥＥＮ ８０（商標）などのポリソルベート）、脂質（例えば、リン脂質、脂肪酸）、ステロイド（例えば、コレステロール）、およびキレート化剤（例えば、ＥＤＴＡ）が挙げられる。
【0069】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」という用語は、標準的な医薬担体、例えばリン酸緩衝生理食塩水溶液、水、およびエマルジョン、例えば油／水または水／油のエマルジョン、および様々な型の湿潤剤のいずれかを包含する。該組成物には、安定剤および保存料ならびに上記担体のいずれかも含まれ得るが、ただし、それらがインビボにおける使用のために許容されることをさらなる条件とする。担体、安定剤およびアジュバントの例には、Remington’s Pharmaceutical Science., 15th Ed. (Mack Publ. Co., Easton (1975)およびPhysician’s Desk Reference, 52nd ed., Medical Economics, Montvale, N.J. (1998)を参照されたい。
【0070】
「有効量」は、感受性の細胞または患者試料における有益なまたは所望の結果を成し遂げるのに、例えば腫瘍成長を防止するのに充分な量である。それは、Ｗｎｔ経路を阻害する量を示すこともある。有効量は、１回または複数の投与、適用または投与量で投与することができる。
【0071】
「対象」、「個体」または「患者」は、本明細書において互換的に使用され、これは、脊椎動物、好ましくは哺乳動物、より好ましくはヒトを指す。哺乳動物としては、以下に限定されないが、マウス、サル、ヒト、農場動物、スポーツ動物およびペットが挙げられる。
【0072】
「Ｗｎｔ阻害剤」は、本明細書で使用される場合、Ｗｎｔ経路の活性を低減する。Ｗｎｔ阻害剤は、Ｗｎｔシグナリング経路を阻害することができる化合物であり、ＰＯＲＣＮ阻害剤が挙げられる。この阻害には、例えば、ＰＯＲＣＮを阻害すること、およびＷｎｔのそれのパルミトイル化、またはＦｒｉｚｚｌｅｄおよびディシブルドを含めたＷｎｔ経路構成成分間の会合を低減することが含まれる。好ましくは、Ｗｎｔ阻害剤はＰＯＲＣＮ阻害剤である。
【0073】
特別な実施形態において、本明細書に記載されている通りの処置のために使用されるＷｎｔ阻害剤は、ＷＯ２０１０／１０１８４９Ａ１（ＰＣＴ／ＵＳ１０／０２５８１３）に開示されている通りの任意の適当な化合物、好ましくは式（１）の化合物：
【0074】
【化2】
Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３およびＸ４は、ＮおよびＣＲ７から選択され、
Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７およびＸ８の１つはＮであり、その他はＣＨであり、
Ｘ９は、ＮおよびＣＨから選択され、
Ｚは、フェニル、ピラジニル、ピリジニル、ピリダジニルおよびピペラジニルから選択され、Ｚの各フェニル、ピラジニル、ピリジニル、ピリダジニルまたはピペラジニルは、Ｒ６基で任意選択により置換されており、
Ｒ１、Ｒ２およびＲ３は、水素であり、
ｍは、１であり、
Ｒ４は、水素、ハロ、ジフルオロメチル、トリフルオロメチルおよびメチルから選択され、
Ｒ６は、水素、ハロおよび−Ｃ（Ｏ）Ｒ１０から選択され、ここで、Ｒ１０はメチルであり、
Ｒ７は、水素、ハロ、シアノ、メチルおよびトリフルオロメチルから選択される。
特にＷｎｔ阻害剤は、Ｎ−［５−（３−フルオロフェニル）ピリジン−２−イル］−２−［５−メチル−６−（ピリダジン−４−イル）ピリジン−３−イル］アセトアミド；
２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミド；
Ｎ−（２，３’−ビピリジン−６’−イル）−２−（２’，３−ジメチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；
Ｎ−（５−（４−アセチルピペラジン−１−イル）ピリジン−２−イル）−２−（２’−メチル−３−（トリフルオロメチル）−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；
Ｎ−（５−（４−アセチルピペラジン−１−イル）ピリジン−２−イル）−２−（２’−フルオロ−３−メチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；および
２−（２’−フルオロ−３−メチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）−Ｎ−（５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル）アセトアミド；
の群から選択される化合物またはその薬学的に許容される塩であり得る。
別々の実施形態において、Ｗｎｔ阻害剤は、２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミド（化合物Ａ）である。
ＷＯ２０１１／１２３７８５（ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０３０９５０）またはＷＯ２０１１／０８８１２３（ＰＣＴ／ＵＳ２０１１／０２０９９４）に開示されている通りのさらなるＷｎｔ阻害剤が、本開示に従って使用することができる。
【0075】
発明の詳細な説明多数の遺伝子が、現在、Ｗｎｔ阻害剤のためのバイオマーカーとして働くことができると同定されている。それらは表１にリストされている。これらのバイオマーカーは、阻害剤に対する癌患者の感受性を決定するとともに治療薬を受けるそれらの患者の応答をモニタリングするのを助けるために使用することができる。さらに、よく定義されているバイオマーカーは、どの患者が治療薬を受けるべきか示すことができ、即ち、患者層別化のために使用し、化合物が患者における応答を最終的に導出する機会を増加させることができる。それらは、試行錯誤手法とは対極的に、よりタイムリーなおよび攻撃的な処置を可能にする。該バイオマーカーは、処置の有効性をモニタリングするために使用することもできる。患者が処置に非感受性になったことをバイオマーカーが示すならば、投与される投与量は、増加されるか、減少されるか、完全に中断され得るか、または追加の治療薬が投与され得る。このように、同定されたバイオマーカー、即ち、表１から選択される任意のバイオマーカーは、Ｗｎｔ阻害剤またはＰＯＲＣＮ阻害剤と関連する適当なバイオマーカーである。バイオマーカーを使用する手法は、正しい患者が適切な処置を受け、処置の過程中、患者が、Ｗｎｔ阻害剤、特にＰＯＲＣＮ阻害剤感受性の持続についてモニタリングされ得ることを確実にする。該処置方法における癌患者は、Ｗｎｔ阻害剤に対するそれらの感受性に依存して選択的に処置してもらうことができる。該バイオマーカーは、細胞株およびマウス異種グラフトにおける実験を行うことによって同定されるか、またはバイオインフォマティクス分析に基づいて決定された。
【0076】
本発明において同定されたバイオマーカーの１つまたは複数の遺伝子発現の減少は、任意のＷｎｔ阻害剤に対する患者感受性を決定するために使用することができ、例えば、バイオマーカーの減少または過剰発現は、癌患者がＷｎｔ阻害剤、特に化合物Ａに感受性であるとともにその投与に有利に応答することを示す。別の例として、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置後、患者試料を得ることができ、該試料は感受性についてアッセイされて、患者がＷｎｔ阻害剤を用いる処置にまだ感受性であるかを見出すことができる。代替として、表１から選択される１つ超のバイオマーカーの組合せがアッセイされることで、該結果を得ることができる。Ｗｎｔ阻害剤、特に、本明細書において定義されている通りのもの、具体的には化合物Ａを用いる処置が選択され得る。これは、感受性と同定されるような患者、またはＷｎｔ阻害剤を用いる処置に応答することが可能である患者と同定されるような患者だけがＷｎｔ阻害剤を受けることを意味する。他は、任意選択により、他の薬物を用いる代替処置を受けることができる。
【0077】
対照試料と比較した場合、処置の前または後の患者試料における活性または機能の欠損または獲得を含めて、前記バイオマーカーの遺伝子発現の変動は、患者がＷｎｔ阻害剤を用いる処置に応答することを示し得ることが決定された。例えば、Ｗｎｔ阻害剤は化合物Ａであり得る。より具体的には、対照と比較して患者試料におけるＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７Ａのより高い発現は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者の可能な感受性を示す。他方で、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者の可能な感受性は、対照発現と比較してＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１の発現の減少によって示される。ノッチ１、ノッチ２またはノッチ３の発現が低減されるならば、または特に、それらの活性または機能が、対照と比較した場合に減少されるならば、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者の可能な感受性を示す。前記活性または機能は、突然変異によって引き起こされることがある。対照と比較した場合の患者試料におけるより低いＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４またはＤＫＫ２の発現の検出は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性を示すことができる。対照レベルと比較した場合のＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３またはＤＴＸ３Ｌのより低い発現、特にそれらの機能欠損は、患者が、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に応答する可能性があることを示すことができる。患者試料が、対照と比較した場合のＨＲＡＳのより高い発現、特に機能の獲得を示す場合、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための患者感受性は、より可能性がある。
【0078】
頭頸部癌細胞は、Ｗｎｔ阻害剤に高応答性であることが実証された。頭頸部癌を有する癌患者は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置から利益を得ることができる。一般に、本発明の化合物は、単一または１種もしくは複数の治療剤との組合せのいずれかで、当技術分野において知られている通常および許容される様式のいずれかを介して、治療有効量で投与される。治療有効量は、疾患の重症度、対象の年齢および相対的健康、使用化合物の効力、ならびに他の因子に依存して広く変動してよい。一般に、満足のいく結果は、体重当たりで約０．０３から２．５ｍｇ／ｋｇの１日投与量で全身的に得られると示されている。より大きい哺乳動物、例えばヒトにおける、示されている１日投与量は、例えば最大１日４回までの分割用量で好都合には投与される約０．５ｍｇから約１００ｍｇの範囲である。経口投与のための適当な単位剤形は、約１から５０ｍｇの活性成分を含む。
【0079】
特に、対照と比較して表１から選択されるバイオマーカーの示差的下方調節発現を持つ頭頸部癌を有する患者は、Ｗｎｔ阻害剤、好ましくは化合物Ａを用いる処置から利益を得ることができる。こうした患者が応答する機会が最も高い。同様に、他の腫瘍型を患う患者も、表１から選択されるバイオマーカーの示差的発現が、対照と比較してそれらの癌試料において下方調節される限り、処置することができる。Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置が開始すると、阻害剤の有効性は、Ａｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の示差的発現を、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である癌試料における発現と比較することによってモニタリングすることができる。通常には、Ｗｎｔ阻害剤が有効であるならば、Ａｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の発現は下方調節される。Ａｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の不十分に下方調節された発現は、用量調整の必要について示しているか、またはＷｎｔ阻害剤と別の抗腫瘍剤とを組み合わせることを必要とし得る。
【0080】
遺伝子発現の測定遺伝子発現は、例えば、遺伝子から転写されるｍＲＮＡの定量、または遺伝子から転写されるｍＲＮＡの逆転写から生産されるｃＤＮＡの定量、または遺伝子によってコード化されるポリペプチドまたはタンパク質の定量を検出することを含めて、任意の適切な方法によって検出することができる。これらの方法は、試料ごとに試料上で実施することができるか、または高いスループット分析のために修飾することもできる。例えば、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（商標）Ｕ１３３マイクロアレイチップを使用する。
【0081】
一態様において、遺伝子発現は、そのバイオマーカーのための適切なプローブに特異的にハイブリダイズするプローブへのハイブリダイゼーションによって検出および定量化される。プローブは、当技術分野において知られている方法を使用するハイスループットスクリーニングアッセイにおける使用のための固体支持体に付着させることもできる。ＷＯ９７／１０３６５および米国特許第５，４０５，７８３号、同５，４１２，０８７号および同５，４４５，９３４号は、例えば、本明細書に開示されている配列の１種または複数を含有することができる高密度オリゴヌクレオチドチップの構築を開示している。米国特許第５，４０５，７８３号、同５，４１２，０８７号および同５，４４５，９３４号に開示されている方法を使用して、この発明のプローブは、誘導体化ガラス表面上で合成される。光防護されたヌクレオシドホスホラミダイトは、ガラス表面にカップリングされ、フォトリソグラフィーマスクを介する光分解によって選択的に脱保護され、第２の保護されたヌクレオシドホスホラミダイトと反応させる。カップリング／脱保護プロセスは、所望のプローブが完成するまで反復される。
【0082】
一態様において、遺伝子の発現レベルは、プローブ修飾チップへの核酸試料の曝露を介して決定される。抽出された核酸は、例えば、蛍光タグを用いて、好ましくは増幅ステップ中に標識される。標識試料のハイブリダイゼーションは、適切なストリンジェンシーレベルで実施される。プローブ−核酸ハイブリダイゼーションの程度は、検出装置を使用して定量的に測定される。米国特許第５，５７８，８３２号および同５，６３１，７３４号を参照されたい。
【0083】
代替として、遺伝子コピー数、転写または翻訳のいずれか１つは、公知の技法を使用して決定することができる。例えば、ＰＣＲなどの増幅方法が有用であり得る。ＰＣＲのための一般的手順は、MacPherson et al., PCR: A Practical Approach, (IRL Press at Oxford University Press (1991))に教示されている。しかしながら、各適用反応のために使用されるＰＣＲ条件は、経験的に決定される。多数のパラメータが反応の成功に影響を及ぼす。それらの中には、アニーリングの温度および時間、伸長時間、Ｍｇ２＋および／またはＡＴＰ濃度、ｐＨ、ならびにプライマー、テンプレートおよびデオキシリボヌクレオチドの相対的濃度がある。増幅後、結果として得られるＤＮＡ断片は、アガロースゲル電気泳動法、続いて、臭化エチジウム染色法および紫外線照明を用いる可視化によって検出することができる。
【0084】
一実施形態において、ハイブリダイズ核酸は、試料核酸に付着されている１つまたは複数の標識を検出することによって検出される。標識は、当業者によく知られている多数の手段のいずれかによって組み込むことができる。しかしながら、一態様において、標識は、試料核酸の調製における増幅ステップ中に同時に組み込まれる。したがって、例えば、標識プライマーまたは標識ヌクレオチドとのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、標識増幅生成物を提供する。別々の実施形態において、標識ヌクレオチド（例えばフルオレセイン標識ＵＴＰおよび／またはＣＴＰ）を使用する、上に記載されている通りの転写増幅は、転写された核酸に標識を組み込む。
【0085】
代替として、標識は、元の核酸試料（例えば、ｍＲＮＡ、ポリＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡなど）に、または増幅が完了した後の増幅生成物に、直接付加することができる。標識を核酸に付着させる手段は、当業者によく知られており、例えば、核酸のキナーゼ化、および後続の、試料核酸を標識（例えば、フルオロフォア）に接合する核酸リンカーの付着（ライゲーション）によるニック翻訳または端部標識化（例えば、標識ＲＮＡを用いる）が挙げられる。
【0086】
本発明における使用に適当な検出可能な標識としては、分光学的、光化学的、生化学的、免疫化学的、電気的、光学的または化学的な手段によって検出可能な任意の組成物が挙げられる。本発明における有用な標識としては、標識ストレプトアビジンコンジュゲートで染色するためのビオチン、磁気ビーズ（例えば、Ｄｙｎａｂｅａｄｓ（商標））、蛍光染料（例えば、フルオレセイン、テキサスレッド、ローダミンおよび緑色蛍光タンパク質など）、放射標識（例えば、３Ｈ、１２５Ｉ、３５Ｓ、１４Ｃまたは３２Ｐ）酵素（例えば、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、およびＥＬＩＳＡにおいて共通して使用される他の物）、および熱量測定標識、例えばコロイド金または色ガラスまたはプラスチック（例えば、ポリスチレン、ポリプロピレン、ラテックスなど）ビーズが挙げられる。こうした標識の使用を教示している特許としては、米国特許第３，８１７，８３７号；同３，８５０，７５２号；同３，９３９，３５０号；同３，９９６，３４５号；同４，２７７，４３７号；同４，２７５，１４９号；および同４，３６６，２４１号が挙げられる。
【0087】
標識の検出は、当業者によく知られている。したがって、例えば、放射標識は、写真フィルムまたはシンチレーションカウンターを使用して検出することができ、蛍光マーカーは、放射光を検出するための光検出器を使用して検出することができる。酵素標識は、典型的に、酵素に基質を提供すること、および基板への酵素の作用によって生産される反応生成物を検出することによって検出され、熱量測定標識は、色標識を単純に可視化することによって検出される。
【0088】
検出可能な標識は、ＷＯ９７／１０３６５などに記載されているハイブリダイゼーションの前または後に、標的（試料）核酸（単数または複数）を添加することができる。これらの検出可能な標識は、直接、ハイブリダイゼーションの前に標的（試料）核酸に付着されるかまたは組み込まれる。対照的に、「間接的標識」は、ハイブリダイゼーション後のハイブリッド二重鎖に接合される。一般に、間接的標識は、ハイブリダイゼーションの前の標的核酸に付着されていた結合用部分に付着される。例えば、標的核酸は、ハイブリダイゼーション後にビオチン化することができる。ハイブリダイゼーション後、アビジンコンジュゲートフルオロフォアは、容易に検出される標識を提供するハイブリッド二重鎖を保有するビオチンを結合する。核酸を標識する方法、および標識されたハイブリダイズ核酸を検出する方法の詳しい概説については、Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, Vol. 24: Hybridization with Nucleic Acid Probes, P. Tijssen, ed. Elsevier, N.Y. (1993)を参照されたい。
【0089】
ポリペプチドの検出バイオマーカーの発現レベルは、表１から選択されるバイオマーカー少なくとも１つのタンパク質発現またはタンパク質生成物を検査するによって決定することもできる。タンパク質レベルを決定することは、患者から得られる試料におけるバイオマーカーのポリペプチドを選択的に認識および結合する抗体の間に発生する任意の免疫特異的結合の量を測定すること、および対照試料における少なくとも１つのバイオマーカーの免疫特異的結合の量とこれを比較することを伴う。バイオマーカーのタンパク質発現の量は、対照発現と比較した場合に増加または低減され得る。代替として、表１から選択されるバイオマーカーの１つ超の組合せがアッセイされ得る。
【0090】
タンパク質分析のための様々な技法が、当技術分野において利用可能である。それらとしては、以下に限定されないが、ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素連結免疫吸着アッセイ）、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫放射線測定アッセイ、インサイチュイムノアッセイ（例えば、コロイド金、酵素または放射性同位体の標識を使用する）、ウエスタンブロット分析、免疫沈殿アッセイ、免疫蛍光アッセイ、フローサイトメトリー、免疫組織化学的検査、共焦点顕微鏡法、酵素アッセイ、表面プラズモン共鳴およびＰＡＧＥ−ＳＤＳが挙げられる。
【0091】
バイオマーカーおよびＷｎｔ阻害剤を用いる処置に関するアッセイ患者がＷｎｔ阻害剤に感受性であると予測されると、患者への任意のＷｎｔ阻害剤の投与は、処置の過程の全体にわたって連続的にまたは断続的に、１つの用量で成し遂げることができる。投与の最も有効な手段および投与量を決定する方法は、当業者によく知られており、治療のために使用される組成物、治療の目的、処置されている標的細胞、および処置されている対象とともに変動する。単回または複数の投与は、処置する医師によって選択される用量レベルおよびパターンで実施することができる。適当な投与処方物および薬剤を投与する方法は、経験的に調整することができる。
【0092】
表１から選択されるバイオマーカーの少なくとも１つは、患者がＷｎｔ阻害剤を用いる処置に感受性のままであるかを決定するために、Ｗｎｔ阻害剤の投与後についてアッセイすることができる。加えて、少なくとも１つのバイオマーカーは、阻害剤の単回投与後に複数の時点でアッセイすることができる。例えば、Ｗｎｔ阻害剤の初期ボーラスが投与され、少なくとも１つのバイオマーカーは、第１の処置の１時間後、２時間後、３時間後、４時間後、８時間後、１６時間後、２４時間後、４８時間後、３日後、１週後、または１カ月後もしくは数カ月後にアッセイされる。代替として、表１から選択されるバイオマーカーの１つ超、例えば２つ、３つ、４つ、５つまたは全てが一緒にアッセイされ得る。
【0093】
表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーは、Ｗｎｔ阻害剤の各投与後にアッセイすることができるので、Ｗｎｔ阻害剤の複数の投与があるならば、少なくとも１つのバイオマーカーが各投与後にアッセイされることで、患者感受性の持続を決定することができる。患者はＷｎｔ阻害剤の複数の投与を受け、バイオマーカーは、次いで、異なる時点でアッセイされる。例えば、処置の過程は、Ｗｎｔ阻害剤の初期用量、特定の時間期間後に第２の用量、およびまた第２の用量の数時間後に第３の用量の投与を必要とし得る。少なくとも１つのバイオマーカーは、Ｗｎｔ阻害剤の各用量の投与の１時間後、２時間後、３時間後、４時間後、８時間後、１６時間後、２４時間後、４８時間後、３日後、１週後、または１カ月後もしくは数カ月後にアッセイすることができる。代替として、表１から選択されるバイオマーカーの１つ超、例えば２つ、３つ、４つ、５つまたは全てが一緒にアッセイされ得る。
【0094】
異なるバイオマーカーが異なる時点でアッセイされることも、本発明の範囲内である。いずれか１つの理論に結び付けられることなく、Ｗｎｔ阻害剤の作用機序またはバイオマーカーの作用機序によりＷｎｔ阻害剤への応答は遅延され、少なくとも１つのバイオマーカーは、患者が該薬物の投与に感受性のままであるかを決定するために、投与後の任意の時にアッセイされる。Ｗｎｔ阻害剤の各投与後の表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーに関するアッセイは、処置の手段、投与量および過程についてのガイダンスを提供する。
【0095】
最終的に、異なるＷｎｔ阻害剤の投与があり、およびその後、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーに関するアッセイが続く。この実施形態において、１つ超のＷｎｔ阻害剤が選択され、患者に投与される。表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーは、次いで、各異なるＷｎｔ阻害剤の投与後にアッセイすることができる。上記の通り、このアッセイは、異なるＷｎｔ阻害剤の投与後の複数の時点で行うこともできる。例えば、第１のＷｎｔ阻害剤が患者に投与され、少なくとも１つのバイオマーカーが、投与の１時間後、２時間後、３時間後、４時間後、８時間後、１６時間後、２４時間後、４８時間後、３日後、１週後、または１カ月後もしくは数カ月後にアッセイされ得る。第２の阻害剤が次いで投与され、少なくとも１つのバイオマーカーが、第２のＷｎｔ阻害剤の投与の１時間後、２時間後、３時間後、４時間後、８時間後、１６時間後、２４時間後、４８時間後、３日後、１週後、または１カ月後もしくは数カ月後に再びアッセイされ得る。代替として、表１から選択されるバイオマーカーの１つ超、例えば２つ、３つ、４つ、５つまたは全てが一緒にアッセイされ得る。
【0096】
本発明の別の態様は、Ｗｎｔ阻害剤の投与後にバイオマーカーの少なくとも１つの示差的発現をモニタリングすることを含む、Ｗｎｔ阻害剤の適当な用量レベルを判定する方法を提供する。例えば、Ｗｎｔ阻害剤の第１のボーラスの投与後に、少なくとも１つのバイオマーカーが分析され、この結果に基づいて、Ｗｎｔ阻害剤投与量の増加または減少が推奨される。Ｗｎｔ阻害剤の調整投与量の投与後に、少なくとも１つのバイオマーカーの分析は、患者が調整用量にまだ感受性であるか、および調整用量が予想利益を提供していること、例えば、腫瘍成長を抑制していることを決定する。代替として、表１から選択されるバイオマーカーの１つ超、例えば２つ、３つ、４つ、５つまたは全てが、Ｗｎｔ阻害剤の用量に対する感受性を判定するために一緒にアッセイされ得る。
【0097】
初期感受性腫瘍におけるＷｎｔ阻害剤の効力の延長を判定するための全ての実施形態の代替において、ＮＫＤ１、ＬＥＦ１および／またはＡｘｉｎ２の示差的発現は、感受性腫瘍試料における発現と比較することができる。感受性腫瘍試料は、５０ｎＭの化合物Ａを用いる４８時間かけての処置で５０％超のＡｘｉｎ２低減（Ｗｎｔ経路阻害）を示す腫瘍とも定義される。
【0098】
任意のＷｎｔ阻害剤の活性を判定するためのキットが作製され得る。例えば、表１から選択されるバイオマーカーのための、ＰＣＲまたはマイクロアレイハイブリダイゼーション用の核酸プライマーを含むキットは、Ｗｎｔ阻害剤に対する感受性を判定するために使用することができる。代替として、該バイオマーカーの少なくとも１つのための抗体が供給されているキットが、Ｗｎｔ阻害剤に対する感受性をアッセイすることに有用である。
【0099】
癌が化学療法処置に抵抗性になることがあり、殊にその処置が延長される場合にそうなることが当技術分野においてよく知られている。表１から選択されるバイオマーカーの少なくとも１つの示差的発現についてアッセイすることは、癌がＷｎｔ阻害剤に感受性であるかを決定するために任意の化学療法薬を用いる延長処置後に行うことができる。患者が別の化学療法薬または別のＷｎｔ阻害剤で前に処置されているならば、腫瘍がＷｎｔ阻害剤に感受性であるかを決定するために表１から選択されるバイオマーカーの少なくとも１つについてアッセイすることは、患者にとって有用な情報である。このアッセイは、癌が寛解に入り、次いで再成長するか、または異なる部位に転移しているならば、患者に殊に有益であり得る。
【0100】
Ｗｎｔ阻害剤に関するスクリーニング他のＷｎｔ阻害剤についてスクリーニングするために表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーについてアッセイすることが可能である。この方法は、少なくとも１つのバイオマーカーで細胞をアッセイすることを含み、これは、該細胞がＷｎｔ候補阻害剤に感受性であるかを予測し、次いで細胞が候補Ｗｎｔ阻害剤と接触され、処置細胞のＩＣ５０が、感受性細胞と接触する公知のＷｎｔ阻害剤と比較される。例えば、少なくとも１つのバイオマーカーの示差的発現によって決定される通り任意のＷｎｔ阻害剤に感受性であると予測された細胞について、候補Ｗｎｔ阻害剤は、ＩＣ５０≦３μＭを有する。少なくとも１つのバイオマーカー発現の測定は、前に記載されている方法、例えば、ＰＣＲまたはマイクロアレイ分析によって行うことができる。代替として、該バイオマーカーの１つ超の組合せが、この目的のためにアッセイされ得る。
【0101】
【表1-1】
【表1-2】
【実施例】
【0102】
実施例１：化合物Ａおよび化合物Ｂ（それぞれ、図１Ａおよび１Ｂ）は、生化学的アッセイおよび細胞アッセイにおいて強力なＰＯＲＣＮ阻害剤である。
【0103】
放射性リガンド結合アッセイ：膜調製：Ｆｕｇｅｎｅ ６（Ｒｏｃｈｅ）を使用して、ヒトＰＯＲＣＮを保有するｐｃＤＮＡ ３．１構築物（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で、およそ１０８個の２９３細胞をトランスフェクトした。４８時間後に、細胞をＰＢＳ中で擦過することによって収集し、１，０００×ｇで１０分間遠心分離した。緩衝剤を吸引した。細胞ペレットをドライアイス浴中で凍結し、次いで、ＥＤＴＡフリーのプロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｓｉｇｍａ）を含有する５０ｍＭのトリスｐＨ７．５、２５０ｍＭのスクロースの緩衝剤１０ｍｌ中に穏やかに再懸濁した。ポリトロン（Ｂｒｉｎｋｍａｎ）を使用して、細胞を溶解した。溶解細胞を１，６００×ｇにて２０分間４℃で遠心分離し、上澄みを移し、２０，０００ｒｐｍでＳＳ３４回転子中にて２０分間４℃で遠心分離した。上澄みを捨て、ポリトロンを用いて１０秒パルスを使用して、１０％のスクロース、５０ｍＭのトリスｐＨ７．５、５ｍＭのＭｇＣｌ２、１ｍＭのＥＤＴＡの溶液中に、ペレットを再懸濁した。
【0104】
化合物Ｂの放射性リガンド標識化：化合物Ｃは、それの構造が下記
【0105】
【化3】
【0106】
放射性リガンド結合アッセイ：前述の膜調製物を使用して、濾過結合アッセイを以下の通りに実施した。非特異的結合を低減するため、９６ウェル濾過プレート（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）を、製造者によって示差されている通りに０．１％のＢＳＡで予備被覆し、０．１％のＢＳＡで４回洗浄した。ポリプロピレン９６ウェルプレート中にて、６．６ｎＭの３Ｈ−化合物Ｂを用いて、化合物Ａの存在または非存在において、結合緩衝剤（５０ｍＭのトリスｐＨ７．５、５ｍＭのＭｇＣｌ２、１ｍＭのＥＤＴＡ、０．１％のウシ血清アルブミン）プラスＥＤＴＡフリープロテアーゼ阻害剤カクテル（Ｓｉｇｍａ）中にて、１５０μｌの最終体積で３時間の間室温で、膜調製物（５０μｇの総タンパク質）をインキュベートした。次いで結合反応混合物を、予備被覆９６ウェル濾過プレート（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）に移し、９６ピンのＦｉｌｔｅｒＭａｔｅ Ｈａｒｖｅｓｔｅｒ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）を使用して濾過および洗浄した。マイクロプレートシンチレーションカウンター、ＴｏｐＣｏｕｎｔ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）を使用して、放射活性シグナルを得た。放射性リガンドＰＯＲＣＮ結合活性を、ＴｏｐＣｏｕｎｔ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）によって測定した。プリズムを使用して、曲線フィッティングを実施した。
【0107】
図２Ａに示されている通り、トリチウム標識化合物Ｂは、ＰＯＲＣＮでトランスフェクトされた２９３細胞からの膜調製物に大きく結合し、Ｗｎｔなしまたはベクター対照トランスフェクト細胞からのものに結合せず、化合物ＢがＰＯＲＣＮと特異的に相互作用することを示した。さらに、化合物ＢとＰＯＲＣＮとの間の特異的相互作用は、非標識化合物Ｂによって競合され得る（図２Ａ）。試験用冷化合物との競合のため、化合物ＢはＰＯＲＣＮに結合し、インビトロ生化学的ＰＯＲＣＮ結合アッセイにおいて熱い放射性リガンドとして働いた。３Ｈ−化合物Ｂを使用するＰＯＲＣＮに対する放射性リガンド結合アッセイにおいて、化合物Ａは１ｎＭのＩＣ５０を示した（図２Ｂ）。
【0108】
実施例２：化合物ＡによるＰＯＲＣＮの阻害は、インビトロＷｎｔシグナリングを遮断する
【0109】
レポーター遺伝子アッセイ：マウスライディッヒ細胞ＴＭ３細胞（アメリカンタイプカルチャーコレクション、ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡから得られた）を、２．５％のＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）および５％のウマ血清（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）、５０単位／ｍＬのペニシリンおよび５０μｇ／ｍＬのストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）が補充されたＨａｍ Ｆ１２培地およびダルベッコ変法イーグル培地（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）の１：１混合物中にて、３７℃で５％のＣＯ２を用いて空気雰囲気中で培養した。１０ｃｍ皿中のＴＭ３細胞を、製造者のプロトコールに従って３０μＬのＦｕＧＥＮＥ６（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）とともにＷｎｔ応答エレメントおよび２μｇのｐｃＤＮＡ３．１−Ｎｅｏ（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）によって推進されたルシフェラーゼ遺伝子を含有する８μｇのＳＴＦ−レポータープラスミドで同時トランスフェクションした。安定な細胞株（ＴＭ３ Ｗｎｔ−Ｌｕｃ）を、４００μｇ／ｍＬのＧ４１８（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）で選択した。ＴＭ３ Ｗｎｔ−Ｌｕｃ細胞およびＬ細胞Ｗｎｔ３Ａ細胞（アメリカンタイプカルチャーコレクション、ＡＴＣＣ、Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡから得られた）を、１０％のＦＢＳ（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）および５０単位／ｍＬのペニシリンおよび５０μｇ／ｍＬのストレプトマイシン（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）が補充されたダルベッコ変法イーグル培地（Ｇｉｂｃｏ／Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）中にて、３７℃で５％のＣＯ２を用いて空気雰囲気中で培養し、２％のＦＢＳが補充されたＤＭＥＭ培地を有する３８４ウェルプレートでトリプシン処理および共培養し、本発明の化合物の異なる濃度で処置した。２４時間後に、Ｂｒｉｇｈｔ−Ｇｌｏ（商標）ルシフェラーゼアッセイ系（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）を用いてホタルルシフェラーゼ活性をアッセイする。該化合物の効果が発光シグナルを５０％低減する時にＩＣ５０を測定する。
【0110】
化合物Ａは、Ｗｎｔ共培養アッセイにおいて０．４ｎＭのＩＣ５０でＷｎｔシグナリングを強力に阻害した（図３Ａ）。この阻害効果を外因性Ｗｎｔ３Ａ条件付け培地の添加によって救った（図３Ｂ）。ＰＯＲＣＮ依存性Ｗｎｔ分泌におけるそれの機能をさらに確証するため、２９３Ａ細胞をＨＡタグ付けＷｎｔ３ａ（ＨＡ−Ｗｎｔ３Ａ）でトランスフェクトし、化合物Ａの様々な用量で処置した。図４に示されている通り、化合物Ａは、上澄み中におけるＨＡ−Ｗｎｔ３Ａの存在度を強力に減弱する一方でライセートＨＡ−Ｗｎｔ３Ａを残して、Ｗｎｔ３Ａ分泌が化合物Ａによって用量依存性方式で実質的に阻害されることを示唆した。分泌Ｗｎｔは引き続いてＷｎｔ受容細胞上で機能し、これが、Ｗｎｔ共レポーターＬＲＰ６のリン酸化に至る。オートクリンＬ−Ｗｎｔ３Ａ細胞、Ｗｎｔ３Ａを過剰発現するマウス乳腺細胞株を使用して、我々は、化合物Ａが実際にＬＲＰ６（低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質６）のＷｎｔ依存性リン酸化を強く遮断することを実証した（図５Ａ）。ＰＯＲＣＮは総Ｗｎｔ翻訳後のパルミトイル化を遂行すると報告された１７−１８。推定Ｗｎｔパルミトイル化部位、Ｓｅｒ２０９の周囲の残留物は、全ての１９のＷｎｔの間で保存されており（図５Ｂ）、ＣＨＧ×ＳＧＳＣパルミトイル化モチーフはプロテオームの全体にわたって他のどのタンパク質においても同定されなかった。化合物Ａが遺伝的にＰＯＲＣＮの欠損の帰結を繰り返すことができるかを試験するため、我々は、Ｗｎｔ１、２、３、３Ａ、６、７Ａ、および９Ａを含めて、Ｗｎｔ依存性ＳＴＦレポーターアッセイにおいて１セットのカノニカルＷｎｔに焦点を当てた。図５Ｃに示されている通り、化合物Ａは、全ての試験Ｗｎｔに対して匹敵できる阻害活性を実証し、これは、ＰＯＲＣＮ表現型の欠損と一致する。追加として、化合物Ａは、最大２０μＭまで、細胞における主要な細胞毒性を示さなかった。
【0111】
実施例３：ヒト頭頸部癌細胞株におけるＷｎｔ阻害剤の細胞機能的効果
【0112】
ｐｏｒｃｕｐｉｎｅ阻害に応答するヒト癌細胞株を同定するため、我々は、読み取りとしてＡＸＩＮ２のｍＲＮＡ発現レベルを使用して、３００を超える細胞株をプロファイリングした。加湿インキュベーター内にて３７℃で５％のＣＯ２を使用して、全ての細胞株を培養した。ＨＮ３０細胞（Ｗａｙｎｅ Ｓｔａｔｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）およびＵＭＳＣＣ細胞（Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｉｃｈｉｇａｎ）は、ヒト頭頸部扁平細胞癌腫（ＨＮＳＣＣ）患者腫瘍試料から誘導される。Ｑｉａｇｅｎ ＲＮｅａｓｙおよびＤＮｅａｓｙ血液および組織キットを使用して、それぞれ製造者の指示に従って、全ＲＮＡまたはＤＮＡを単離した。簡潔には、緩衝剤ＲＬＴを添加することによって細胞を崩壊し、ＱＩＡｓｈｒｅｄｄｅｒスピンカラムを使用してホモジナイズした。１体積の７０％エタノールを、ホモジナイズしたライセートに添加し、徹底的に混合した後、該試料をＲＮｅａｓｙスピンカラムに移した。遠心の後でフロースルーを捨てた。ＲＮｅａｓｙスピンカラムを緩衝剤ＲＷ１および緩衝剤ＲＰＥで２回洗浄した後、ＲＮｅａｓｙスピンカラムをＲＮａｓｅフリーの水で溶出することによって、ＲＮＡ試料を回収した。ＴａｑＭａｎアッセイのために、１ウェル当たり２×１０６個の細胞を６ウェル細胞培養プレートに平板培養し、最も高い最終濃度として５μＭから出発する複数点の用量−応答において化合物の有無で処置した。４８時間後に、ＲＮＡ試料を回収した。
【0113】
応答性細胞株は、１０〜１００ｎＭの化合物Ａを用いる４８時間の間の処置後に、好ましくは５０ｎＭの化合物Ａを用いる４８時間の間の処置後に、５０％超のＡＸＩＮ２ ｍＲＮＡ低減を達成すると定義される。図６に示されている通り、頭頸部癌細胞（ＨＮＳＣＣ）株は、化合物Ａに応答性であった上位の癌型の１つである。ＨＮＳＣＣ細胞株の中で、９６個のうち３１個が、化合物Ａの処置で経路阻害を示す（図７）。
【0114】
経路阻害を細胞機能と相関させるために、ヒトＨＮＳＣＣ細胞株ＨＮ３０をさらなるインビトロおよびインビボ特徴付けのために使用した。コロニー形成アッセイのため、１ウェル当たり２×１０３個の細胞を、化合物処置の有無における６ウェル細胞培養プレートに平板培養した。細胞をクリスタルバイオレットで１週後に染色した。
【0115】
化合物Ａは、ＨＮ３０におけるＷｎｔ依存性ＡＸＩＮ２メッセージ生産を０．３ｎＭのＩＣ５０で強力に阻害した（図８Ａ）。それは、右シフトＩＣ５０であるがＨＮ３０コロニー形成を強く減弱した（図８Ｂ）。化合物Ａによる低減コロニー形成効果は、優性β−カテニンの過剰発現で部分的に救われ得る（図９Ａ）。化合物Ａの細胞効果がＰＯＲＣＮ依存性Ｗｎｔシグナリング活性の阻害によるものかをさらに確証するため、ｓｈＲＮＡ実験を実施した。ＰＯＲＣＮに対するｓｈＲＮＡは、Ｗｎｔ標的遺伝子ＡＸＩＮ２の発現（図９Ｂ）およびインビトロにおけるＨＮ３０細胞のコロニー形成（図９Ｃ）を実質的に阻害し、化合物Ａデータと一致した。
【0116】
実施例４：Ｗｎｔ依存性ヒトＨＮＳＣＣのマウスモデルにおけるＷｎｔ阻害剤の効力
【0117】
化合物Ａの抗腫瘍活性を試験するため、ＨＮＳＣＣ ＨＮ３０のマウス異種グラフトモデルを樹立した。ＨＮ３０腫瘍を保有するヌードマウスを腫瘍体積に従ってランダム化した。化合物Ａを１０％クエン酸緩衝液ｐＨ２．８／９０％クエン酸緩衝液ｐＨ３．０、または０．５％ＭＣ／０．５％Ｔｗｅｅｎ８０中に処方し、経口胃管栄養法によって動物体重の１０μＬ／ｇの投薬体積で投与した。体重を毎日モニタリングし、腫瘍が触診可能になると腫瘍サイズを週３回判定した。ノギス測定を使用することによって、腫瘍サイズを決定した。式（長さ×幅×高さ）／２を用いて、腫瘍体積を算出した。腫瘍保有ヌードマウスにおける化合物Ａの血漿濃度および曝露（１投薬群当たりｎ＝２）を１４日目に決定した。連続的後眼窩サンプリングによって用量の１時間後、３時間後、７時間後、１６時間後および２４時間後に、血液試料（５０μＬ）を回収した。血液試料を遠心分離し、血漿を分離し、ＬＣ／ＭＳ／ＭＳによる分析まで凍結した。
【0118】
図１０Ａに示されている通り、化合物Ａは、１日１回投薬した場合に用量依存性効力を誘発した。各処置（Ｔ）群および対照（Ｃ）群に関する腫瘍重量の変化を測定し、Ｔ／Ｃ比によって表された通りの成長遅延を算出するために使用した。処置の１４日後、０．１ｍｇ／ｋｇの用量は、中程度の腫瘍成長遅延に至り（Ｔ／Ｃ：６９％）、０．３ｍｇ／ｋｇの用量は腫瘍成長を有意に阻害し（Ｔ／Ｃ：２６％）、１．０ｍｇ／ｋｇおよび３．０ｍｇ／ｋｇの用量は、実質的腫瘍後退をもたらした（Ｔ／Ｃ：それぞれ−３１％および−５０％）（図１０Ａ）。該レジメンは非常に耐容性であり、著しい動物体重欠損はなかった。１日２回０．５ｍｇ／ｋｇの用量で−４４％のＴ／Ｃにてこのモデルにおいて、１日２回投薬した場合に、同様の結果が得られた。
【0119】
ＡＸＩＮ２ ｍＲＮＡおよびｐＬＲＰ６のレベル（実施例３における通りに決定された）を、ＨＮ３０マウス異種グラフトモデルにおける観察された抗腫瘍活性に結びつけるための薬力学的マーカーとして利用した。３ｍｇ／ｋｇでの化合物Ａの単回用量後、腫瘍におけるＡＸＩＮ２ ｍＲＮＡ発現のレベルは、用量の５時間から１０時間後の間に約６０〜９５％低減され、効果は、薬物濃度を減少するとともに１６時間で減退し始めた（図１０Ｂ）。時間遅延をピーク薬物濃度（１時間で）と最大ＡＸＩＮ２ ｍＲＮＡ阻害（１０時間で）との間で観察した。追加として、図１０Ｃに示されている通り、ＨＮ３０腫瘍におけるｐＬＲＰ６レベルは、時間依存性方式で実質的に低減された。最大効果は用量の７〜１０時間後に達成し、ｐＬＲＰ６レベルは正常に２４時間で大きく戻った。化合物Ａを用いる処置は、ＬＥＦ１について８４％の下方調節およびＮＫＤ１について６７％の下方調節も引き起こした。この薬物動態学的（ＰＫ）、ＰＤおよび効力の関係は、持続性経路阻害が、このＨＮ３０異種グラフトモデルにおける腫瘍後退を誘発するのに必要とされないことを説明しており、これは、治療的窓を達成するための、腫瘍と正常組織との間の主要な分化因子を提供することができる。Ｗｎｔ阻害剤、特に化合物Ａは、頭頸部癌の処置において使用することができると結論付けられ得る。
【0120】
実施例５：ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４およびＤＫＫ２の遺伝子発現を判定することによる、ヒト原発腫瘍マウス異種グラフトモデルおよびヒト原発腫瘍におけるＷｎｔ阻害剤感受性の予測：
【0121】
インビボにおける化合物Ａの処置によって調節された他のＷｎｔ関連遺伝子を検査するため、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＧｅｎｅＣａｒｄ分析は、ＬＥＦ１およびＮＫＤ１を含めたいくつかの他の公知Ｗｎｔ標的遺伝子ならびにＷｎｔ３およびＷｎｔ９Ｂを含めたＷｎｔリガンドの下方調節を明らかにした。
【0122】
このため、２ステップＴａｑＭａｎＲＴ−ＰＣＲ分析を、ＰＴＣ−２００ペルチェサーマルサイクラー（ＭＪ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）およびＡＢＩ ＰＲＩＳＭ ７９００ＨＴ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎシステム（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）上で実施した。第１に、Ｈｉｇｈ−Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ａｒｃｈｉｖｅ ｃＤＮＡ Ａｒｃｈｉｖｅキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用し、製造者の指示に従って、ｃＤＮＡを合成した。簡潔には、Ｈｉｇｈ−Ｃａｐａｃｉｔｙ ｃＤＮＡ Ａｒｃｈｉｖｅ ｃＤＮＡ Ａｒｃｈｉｖｅキットの非酵素的、酵素的構成成分および単離ＲＮＡ試料を混合することによって、ＲＴ反応を調製し、その後、サーマルサイクラーを使用して２５℃で１０分間および３７℃で１２０分間のタンデムインキュベーションが続いた。第２に、ＴａｑＭａｎ Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｍａｓｔｅｒ ミックス（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）ならびにＡＸＩＮ２およびＧＡＰＤＨプローブ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用し、製造者の指示に従って、ＴａｑＭａｎ分析を実施した。簡潔には、Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｍａｓｔｅｒミックス、ＴａｑＭａｎプローブおよび合成ｃＤＮＡ試料を混合することによって、ＰＣＲ反応を調製した。ＰＣＲサイクルは以下の通りである：９５℃で１０分間、およびタンデムインキュベーション４０サイクル、９５℃で１５秒間および６０℃で１分間。標的遺伝子に関するｍＲＮＡ発現レベルをＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡレベルに標準化し、相対的ＲＮＡ定量を算出するためにＳＤＳ ２．０ソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用してデータを分析した。プリズムを使用して、曲線フィッティングを実施した。
【0123】
ＧｅｎｅＣａｒｄ分析のため、９６ウェルＴａｑＭａｎアレイ遺伝子カードを、製造者の指示に従って使用した。遺伝子カードアッセイをＡＢＩ ７９００ＨＴ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）上で実行し、ΔΔＣｔ方法で分析した。
【0124】
ＧｅｎｅＣａｒｄ分析を使用して、ＨＮ３０腫瘍と正常のヒト中咽頭組織との間の遺伝子発現パターンを比較した場合、Ｗｎｔ３、７Ａ、１０Ａおよび１１を含めたＷｎｔリガンドは、ＨＮ３０腫瘍において実質的に過剰発現されていたが、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４およびＤＫＫ２などの公知のＷｎｔ阻害遺伝は、実質的に下方調節されており、これは、Ｗｎｔシグナリングが病原学的標的であるという仮説と一致する。このデータは、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４またはＤＫＫ２遺伝子発現が、対照と比較して示差的に下方調節されていると分かった場合、細胞株、癌試料、または癌型を有する患者がＷｎｔ阻害剤に感受性である可能性が、より高いことを示す。対照と比較して示差的に下方調節された癌試料またはＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４もしくはＤＫＫ２の遺伝子発現を有する癌は、対照に匹敵できる遺伝子発現を呈する癌試料または癌と比較して、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である可能性が、より高い。この概念は患者層別化プロセスにおいて適用することができ、ここで、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に応答する可能性が最も高い患者が選択および処置される。
【0125】
ＨＮ３０細胞を含めて、化合物Ａ処置に応答した細胞における作用機序をさらに理解するために、２５個の応答性株および１５個の非応答性株を用いる４０個のＨＮＳＣＣ細胞株でエクソーム配列決定を実施した。ＴＰ５３、ＣＤＫＮ２Ａ、ノッチ１／２／３、ＰＴＥＮ、ＨＲＡＳおよびＰＩＫ３ＣＡは、このセットの細胞株において突然変異された上位のオンコジーンまたは腫瘍サプレッサー遺伝子の中にある（図１１）。
【0126】
全エクソーム捕捉するライブラリー調製および配列決定：Ｒｏｃｈｅ ＮｉｍｂｌｅＧｅｎ Ｖ２（４４．１Ｍｂｐ）エクソーム濃縮キット（Ｏｔｏｇｅｎｅｔｉｃｓ）を使用して、エクソーム捕捉ライブラリー構築を行った。捕捉されたエクソンの対合端部配列決定（２×１００ｂｐ）を、５０Ｘの平均カバレッジを有するＩｌｌｕｍｉｎａ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｎａｌｙｚｅｒ ＩＩｘプラットフォーム（Ｏｔｏｇｅｎｅｔｉｃｓ）上で実施した。
【0127】
配列データ加工：Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ Ｔｏｏｌ Ｋｉｔ（ＧＡＴＫ）によって推奨された標準的パイプラインによって、配列決定データを加工した：
【0128】
Ｂｕｒｒｏｗｓ−Ｗｈｅｅｌｅｒ Ａｌｉｇｎｅｒバージョン０．５．９（http://bio-bwa.sourceforge.net）を使用して、各試料についての読み取りおよび品質スコアを有する未加工配列決定ｆａｓｔｑファイルを、ＮＣＢＩヒト参照ゲノムＧＲＣｈ３７に対して整列させた。各試料について、参照ゲノムに対するそれらの整列化を有する単一選別化Ｂｉｎａｒｙ Ａｌｉｇｎｍｅｎｔ Ｍａｐ（ＢＡＭ）ファイルを作成した。
【0129】
該整列化からのＢＡＭファイルを、「公知のインデルおよび再較正を有する試料レベル再整列化」方法を使用してさらにクリーニングした。（http://www.broadinstitute.org/gatk/guide）
【0130】
ＳＮＰ、多ヌクレオチド多型（ＭＮＰ）およびインデルを生じさせるための各再較正およびクリーニングされたＢＡＭファイルのために、ＧＡＴＫ統合ゲノタイパーを使用した。各試料に関する変異体コール後、それらを多試料ＳＮＰおよびインデルコーリングに合併した。分離された変異体コールフォーマット（ＶＣＦ）ファイルを、ＳＮＰおよびインデルコーリングのために生産した。
【0131】
次いで、全ての変異体コールを、対応するタンパク質生成物に対するそれらの機能的衝撃を予測するためにＳｎｐＥｆｆ（v2.1b http://snpeff.sourceforge.net/）によって、および追加のアノテーションのためにＧＡＴＫ変異体アノテーターによって加工した。ｄｂＳＮＰ ｖ．１３５、ＣＯＳＭＩＣ ｖ．５８、およびＥＳＰ５４００を含めて、様々な公的に利用可能なデータベースを使用することで、ゲノム変化を公知の変異体にマッピングした。
【0132】
変異体の分析：配列決定アーチファクトを低減するため、変異体品質＜３０、マッピング品質＜３０、変異体信頼＜２、および標準化Ｐｈｒｅｄスケールの尤度＞８０を含めて、様々な濾過が用いられる。参照エクソームと比較して、ゲノム変化を持つ合計１８３４９個の遺伝子がある。全ての４０個のＨＮＳＣＣ細胞株におけるゲノム変化の合計数は約１６９ｋである。しかしながら、それらの大部分（８９％）は、上に記述されている公開データベースにおいてアノテーションされている公知の変異体である。新規な変異体の中で、約半分（合計６％）の変異体は、突然変異、切断、挿入、および欠失などのタンパク質配列修飾をもたらす。配列決定することは全て、マッチしない正常物が利用可能である細胞株についてであったことに留意されたい。そのため、ここで見られる新規な変異体の一部は、潜在的に、ＳＮＰであり得る。細胞株継代中に獲得される突然変異も可能であり、癌の発達および進行中に獲得されるものから区別することができる。ＵＭ−ＳＣＣ株は、各々、独特のゲノタイプを有し、最も低い可能な継代数、初期培養から通常１００未満の継代で使用した。
【0133】
ゲノム変化の機能的衝撃をＳｎｐＥｆｆによって判定した。高衝撃突然変異としては、フレームシフト、スプライス部位突然変異、開始コドン欠損、停止コドン獲得、および停止コドン欠損が挙げられる。中程度衝撃突然変異としては、インフレームの挿入または欠失、および非同義突然変異が挙げられる。潜在的な生殖系列突然変異を、ＳＮＰ対立遺伝子起源（ＳＡＯ）＜２を有するｄｂＳＮＰにおいて、またはＥＳＰ５４００エントリーにおいて、およびＣＯＳＭＩＣにおいてでなく、突然変異がアノテーションされるかによって決定した。
【0134】
機能欠損突然変異と化合物Ａ薬理学的機能との間の相関関係を研究するため、我々は全ての可能な機能欠損（ＬｏＦ）変異体を１つのカテゴリーに集めたが、遺伝子のＬｏＦ突然変異が、広範囲のタンパク質配列にわたって拡散する突然変異を有し得ることが知られているからである。突然変異としては、停止コドン獲得、フレームシフト、開始コドン欠損、およびスプライス部位突然変異などの高衝撃変異体が挙げられる。我々は、その上、極めて低いカバレッジ変異体を除去するため、野生型および突然変異体対立遺伝子に関する配列深度の組合せが少なくとも５であることを必要とした。配列決定された４０個のＨＮＳＣＣ細胞株からの変異体コールを使用して、我々は、各遺伝子について化合物Ａ ＰＤ応答に対するＬｏＦ変異体の濃縮効果を評価した。濃縮係数を以下の通りに定義する（即ちオッズ比）。
【0135】
Ｅ（ＬｏＦ）＝（Ｐ（応答│突然変異体）［１−Ｐ（応答）］）／（Ｐ（応答）［１−Ｐ（応答｜突然変異体）］）
【0136】
ここで、Ｐ（応答｜突然変異体）は、ＬｏＦ突然変異を持つ遺伝子に与えられた化合物Ａ処置に応答する確率を表し、Ｐ（応答）は、偶然によって化合物Ａ処置に応答する確率を表す。
【0137】
実施例６：ノッチ１は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための最も予測的バイオマーカーである
【0138】
Ｅ＞２、および３より大きいＬｏＦ発生の数に基づいて、候補遺伝子を選択した。上位の候補の中で、ノッチ１ ＬｏＦは、最も高い濃縮因子の１つ、ランダム選択より３倍の濃縮を有する。ノッチ１突然変異／変異体を、癌細胞株（ＧｅｎｅＷｉｚ）のｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡの配列決定によって検証した。Ｓｅｑｕｅｎｃｈｅｒ（ＧｅｎｅＣｏｄｅｓ）を使用して、配列を分析した。
【0139】
このデータから、我々は、遺伝子突然変異状態および化合物Ａへの細胞株経路阻害応答を相関させる最も際立った特色が応答性細胞株におけるノッチ１機能欠損（ＬｏＦ）突然変異であったと結論付けることができる。
【0140】
図１３Ａおよび１３Ｂに示されている通り、５つのフレームシフト／ナンセンス突然変異が応答性細胞株の中で同定され、１つのノッチ１ナンセンス突然変異は非応答性細胞株の中である。興味深いことに、ノッチ１突然変異を有する全ての細胞は、ノッチ１のＮ末端に影響する少なくとも１つの突然変異体対立遺伝子を持っていた。これは、ノッチ１のＮ末端が、それの機能のために必要とされ、Ｎ末端のＥＧＦ反復がリガンド−受容体相互作用１７の責任を担っていることで、この領域における突然変異がＬｏＦ突然変異である可能性が、より高いという概念と一致する。ＨＮ３０細胞において同定されたノッチ１Ｃ４７８Ｆなどのミスセンス突然変異の機能的帰結をさらに特徴付けるため、野生型またはＣ４７８Ｆ突然変異体の過剰発現で、ノッチレポーター遺伝子アッセイを実施した（図１３Ｃ）。Ｃ４７８Ｆ突然変異は、ノッチ１の細胞外ドメインに位置しており、これは、おそらく、ノッチ受容体およびリガンド相互作用に不可欠である。実際に、ノッチリガンドＤＬＬ１の存在下で、突然変異体Ｃ４７８Ｆノッチ１の活性は、このノッチレポーター遺伝子アッセイにおいて消滅された（図１３Ｃ）。
【0141】
これは全て、例えば化合物ＡなどのＰＯＲＣＮ阻害剤の臨床的処置を支持して、患者選択にガイダンスを提供し得る。
【0142】
ＤＴＸ３Ｌ（Ｄｅｌｔｅｘ ３様、その上、ＢＢＡＰ、Ｂリンパ腫およびＢＡＬ関連タンパク質と呼ばれる）ヘテロ接合ナンセンス突然変異を、ＨＮＳＣＣ細胞株ＳＮＵ１０７６において同定した。ＤＴＸ３ＬはＥ３ユビキチンリガーゼである。哺乳動物ノッチ経路におけるそれの細胞機能は明らかでないが、それのショウジョウバエ（Drosophila）相同体Ｄｅｌｔｅｘは、ショウジョウバエ（Drosophila）におけるノッチシグナリングの正の調節因子である。マウスにおけるＳＮＵ１０７６異種グラフトモデル中で、５ｍｇ／ｋｇの用量での化合物Ａは、処置の１４日後に腫瘍成長を有意に阻害した（Ｔ／Ｃ：２５％）（図１４Ａ）。さらに、化合物Ａは、ＡＸＩＮ２の７０％低減によって示される通り（図１４Ｂ）、Ｗｎｔ経路を実質的に阻害した。ＤＴＸ３Ｌの欠損は、ノッチシグナリング経路を不活性化する代替機序に、Ｗｎｔシグナリングの後続活性化を提供し得る。
【0143】
実施例７：Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための予測的マーカーとしてのＨＲＡＳおよびＦＡＴ１。
【0144】
我々のエクソーム配列決定および細胞株プロファイリングの努力から、我々は、ＦＡＴ１突然変異体頭頸部癌細胞株における化合物Ａ応答物の濃縮を観察した（図１５）。さらに、我々の分析から、ＨＲＡＳ突然変異を持つ５個の細胞株うち４個が化合物Ａに応答した（図１６）。
【0145】
実施例８：ゲノムデータおよび臨床的含意からの、Ｗｎｔ阻害剤に対する細胞株化学的感受性の予測。
【0146】
エクソーム配列決定によって決定された通り、ノッチ１遺伝子発現（例えば突然変異状態）は、Ｗｎｔ阻害剤感受性の最も有力なインジケーターの１つであり、そのため、例えば化合物ＡなどのＷｎｔ阻害剤に応答性である癌患者を選択するために考えられるべき層別化バイオマーカーとして使用することができる。癌関連細胞株のパネルにおけるＷｎｔ阻害剤の化学的感受性に対するノッチ１ ＬｏＦ突然変異の会合は、ノッチ１がＷｎｔ阻害剤に対する患者感受性を予測するのに役立つことを示した。ノッチ１ ＬｏＦ突然変異は、４０個の頭頸部癌細胞株（上に記載されている通り）のバイオインフォマティクス分析に基づく経路阻害応答の予測に関する。ノッチ１に加えておよび腫瘍モデルに基づいて、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４およびＤＫＫ２は、Ｗｎｔ阻害剤の効力とも相互に関連していた。本明細書に記載されているバイオマーカーから少なくとも２つのバイオマーカーのセットが、感受性を予測するために使用される場合、ずっと良好な予測力が予想される。バイオインフォマティクスの助けで、患者層別化のために使用することができる有用なバイオマーカーのさらなるセット、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ノッチ１、ＣＤＫＮ２Ａ、ＯＲ７Ｇ３、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳおよびＦＡＴ１が同定された。ノッチ１ ＬｏＦ突然変異の発生率はＨＮＳＣＣ患者において相対的に高いので、ノッチ１遺伝子発現は、ＨＮＳＣＣ患者を選択するのに特に適当である。癌細胞株のパネルにおけるＷｎｔ阻害剤の化学的感受性に対するノッチ１ ＬｏＦ突然変異の会合は、ノッチ１がランダム選択より３倍の濃縮の予測値を有することを示した。他の前述のバイオマーカーも、Ｗｎｔ阻害剤に感受性であった前臨床モデルに関連する。臨床状況に対する外挿法として、前述バイオマーカーに基づく患者選択は、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置での臨床応答の尤度を増加させる。本発明は以下の態様を包含し得る。
［１］ Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を予測する方法であって、
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること
ｂ）前記患者から得られた前記癌試料における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；および
ｃ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること、
ｄ）遺伝子発現比較における増加または減少を、前記Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置に対する患者感受性と相関させること
を含む前記方法。
［２］ Ｗｎｔ阻害剤で癌患者を処置する方法であって、
ａ）癌患者からの癌試料を用意すること
ｂ）前記患者から得られた前記癌試料における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｄ）前記Ｗｎｔ阻害剤に対する患者の感受性を決定すること；および
ｅ）前記Ｗｎｔ阻害剤の有効量を、前記Ｗｎｔ阻害剤に対して感受性であると決定された患者に投与すること
を含む前記方法。
［３］ Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を予測する方法であって、ａ）前記細胞における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；ｂ）表１から選択される前記少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を、正常細胞または対照細胞からの遺伝子発現と比較すること；
ｃ）前記示差的遺伝子発現の前記比較から、Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を予測すること
を含む前記方法。
［４］ Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性を決定する方法であって、
ａ）癌細胞と少なくとも１つのＷｎｔ阻害剤とを接触させること；
ｂ）前記Ｗｎｔ阻害剤と接触させた前記細胞における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｃ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を、未処置またはプラセボ処置の対照細胞からの前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｄ）前記未処置またはプラセボ処置の対照細胞からの前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記発現と比較した場合の、前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記発現における増加または減少を、Ｗｎｔ阻害剤に対する癌細胞の感受性に相関させること
を含む前記方法。
［５］ １つ超のバイオマーカーが表１から選択される、上記［１］から［４］のいずれか一項に記載の方法。
［６］ 前記バイオマーカーがノッチ１である、上記［１］から［５］のいずれか一項に記載の方法。
［７］ 前記ノッチ１が、細胞外ドメインにおける突然変異を有する、上記［６］に記載の方法。
［８］ 前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料の遺伝子発現と比較することで、機能的Ｗｎｔ経路を示す、上記［１］から［７］のいずれか一項に記載の方法。
［９］ 前記癌が頭頸部扁平細胞癌腫である、上記［１］から［８］のいずれか一項に記載の方法。
［１０］ 前記癌が、Ｗｎｔ阻害剤で処置され、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である癌試料における発現と比較してＡｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の示差的発現を示す、上記［２］または［４］に記載の方法。
［１１］ 少なくとも１つのＷｎｔ阻害剤と接触させた前記癌細胞のＩＣ５０が、１μＭ未満、好ましくは０．５μＭ未満、より好ましくは０．２μＭ未満である、上記［１］から［１０］のいずれか一項に記載の方法。
［１２］ 前記細胞が、Ｗｎｔ阻害剤によって少なくとも２つの異なる時点で接触される、上記［１１］に記載の方法。
［１３］ 前記細胞が、２つの異なるＷｎｔ阻害剤によって、ステップａ）で同時にまたは順次に接触される、上記［４］、［１１］または［１２］のいずれか一項に記載の方法。
［１４］ ステップｂ）およびｃ）が、前記Ｗｎｔ阻害剤の各用量の投与後、４時間、８時間、１６時間、２４時間、４８時間、３日、１週、１カ月および数カ月からなる群から選択される時点で反復される、上記［４］、または［１１］から［１３］のいずれか一項に記載の方法。
［１５］ 患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤であって、前記患者が、
ａ）患者から得られる癌試料における、表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を測定すること；
ｂ）前記少なくとも１つのバイオマーカーの前記示差的遺伝子発現を、対照試料における前記バイオマーカーの遺伝子発現と比較すること；
ｃ）前記Ｗｎｔ阻害剤に対する前記患者の感受性を決定すること；および
ｄ）前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性である患者を選択すること
に基づいて選択される前記Ｗｎｔ阻害剤。
［１６］ 対照遺伝子発現と比較した場合に表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を有する患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤であって、前記示差的遺伝子発現は、前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、前記Ｗｎｔ阻害剤。
［１７］ １つ超のバイオマーカーが表１から選択される、上記［１５］または［１６］に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［１８］ 前記バイオマーカーがノッチ１である、上記［１５］から［１７］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［１９］ 前記ノッチ１が、細胞外ドメインにおける突然変異を有する、上記［１５］から［１８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［２０］ 癌が頭頸部扁平細胞癌腫であり、好ましくは、Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置後の癌試料が、Ｗｎｔ阻害剤に感受性である癌試料のＡｘｉｎ２、ＬＥＦ１および／またはＮＫＤ１の発現を示している、上記［１５］から［１９］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［２１］ 患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、前記患者が、正常の対照細胞試料と比較して前記患者から得られる癌細胞試料において表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの遺伝子発現を示すことに基づいて選択され、示差的遺伝子発現は、前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、前記医薬組成物。
［２２］ 対照遺伝子発現と比較した場合に表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を示す患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物であって、前記示差的遺伝子発現は、前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、前記医薬組成物。
［２３］ １つ超のバイオマーカーが表１から選択される、上記［２１］または［２２］に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
［２４］ 前記バイオマーカーがノッチ１である、上記［２１］から［２３］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
［２５］ 前記ノッチ１が、細胞外ドメインにおける突然変異を有する、上記［２１］から［２４］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
［２６］ 癌が頭頸部扁平細胞癌腫である、上記［２１］から［２５］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤を含む医薬組成物。
［２７］ Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を予測するためのキットであって、
ｉ）表１から選択されるバイオマーカーの発現を検出するための手段；および
ｉｉ）前記キットを使用する方法についての指示書
を含む前記キット。
［２８］ 上記［１］から［１４］に記載の方法のいずれかのための、上記［２７］に記載のキットの使用。
［２９］ 頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３０］ 前記Ｗｎｔ阻害剤が、対照遺伝子発現と比較して表１から選択される少なくとも１つのバイオマーカーの示差的遺伝子発現を示す癌を有する患者に投与され、前記示差的遺伝子発現は、前記患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性であることと相関する、上記［２９］に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３１］ 前記バイオマーカーがノッチ１である、上記［３０］に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３２］ 前記Ｗｎｔ阻害剤が治療有効量で投与される、上記［１］から［１４］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］のいずれか一項に記載の医薬組成物、または上記［２９］もしくは［３０］に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３３］ 前記Ｗｎｔ阻害剤の治療有効量が前記患者に投与される、上記［１５］から［２０］のいずれか一項に記載の患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３４］ 前記Ｗｎｔ阻害剤の前記治療有効量が、前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性と決定された患者に選択的に投与されるか、または患者が前記Ｗｎｔ阻害剤に感受性でないことに基づいて、患者に前記Ｗｎｔ阻害剤以外の薬物の治療有効量を選択的に投与する、上記［３３］に記載の患者における癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３５］ 前記Ｗｎｔ阻害剤が、式（１）：
【化4】
Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３およびＸ４は、ＮおよびＣＲ７から選択され、
Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７およびＸ８の１つはＮであり、他はＣＨであり、
Ｘ９は、ＮおよびＣＨから選択され、
Ｚは、フェニル、ピラジニル、ピリジニル、ピリダジニルおよびピペラジニルから選択され；Ｚの各フェニル、ピラジニル、ピリジニル、ピリダジニルまたはピペラジニルは、Ｒ６基で任意選択により置換されており、
Ｒ１、Ｒ２およびＲ３は水素であり、
ｍは、１であり、
Ｒ４は、水素、ハロ、ジフルオロメチル、トリフルオロメチルおよびメチルから選択され、
Ｒ６は、水素、ハロおよび−Ｃ（Ｏ）Ｒ１０から選択され、Ｒ１０はメチルであり、
Ｒ７は、水素、ハロ、シアノ、メチルおよびトリフルオロメチルから選択される］
の化合物またはその生理学的に許容される塩である、上記［１］から［１４］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］もしくは［３４］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３６］ 前記Ｗｎｔ阻害剤が、Ｎ−［５−（３−フルオロフェニル）ピリジン−２−イル］−２−［５−メチル−６−（ピリダジン−４−イル）ピリジン−３−イル］アセトアミド；
２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミド；
Ｎ−（２，３’−ビピリジン−６’−イル）−２−（２’，３−ジメチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；
Ｎ−（５−（４−アセチルピペラジン−１−イル）ピリジン−２−イル）−２−（２’−メチル−３−（トリフルオロメチル）−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；
Ｎ−（５−（４−アセチルピペラジン−１−イル）ピリジン−２−イル）−２−（２’−フルオロ−３−メチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）アセトアミド；および
２−（２’−フルオロ−３−メチル−２，４’−ビピリジン−５−イル）−Ｎ−（５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル）アセトアミド
の群から選択される化合物またはその薬学的に許容される塩である、上記［１］から［１４］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］もしくは［３４］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３７］ 前記Ｗｎｔ阻害剤が２−［５−メチル−６−（２−メチルピリジン−４−イル）ピリジン−３−イル］−Ｎ−［５−（ピラジン−２−イル）ピリジン−２−イル］アセトアミドである、上記［１］から［１４］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］もしくは［３４］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３８］ 発現または遺伝子発現が、ＤＮＡ発現、ＤＮＡコピー数、ｍＲＮＡ発現、ｃＤＮＡ発現、タンパク質転写、タンパク質発現、ＤＮＡ修飾、ｃＤＮＡ修飾、ｍＲＮＡ修飾、タンパク質修飾、ＤＮＡ機能、ｃＤＮＡ機能、ｍＲＮＡ機能、タンパク質機能、ＤＮＡ突然変異、ｃＤＮＡ突然変異、ｍＲＮＡ突然変異、タンパク質突然変異、またはその組合せであり、好ましくはＤＮＡ突然変異である、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３７］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３７］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から［３７］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは［３５］から［３７］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［３９］ 前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から選択される、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは３５］から３８］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［４０］ 前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４およびＤＫＫ２の群から選択される、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［４１］ 前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２およびノッチ３の群から選択される、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［４２］ 前記バイオマーカーがノッチ１である、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［４３］ 前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌ、好ましくは、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３およびＷＮＴ７Ａの群から選択される、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から３８］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［４４］ 前記バイオマーカーがＨＲＡＳまたはＦＡＴ１である、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［４５］ 前記バイオマーカーが、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から、好ましくは、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３およびＤＴＸ３Ｌの群から選択される、上記［１］から［１４］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の方法、上記［１５］から［２０］、［３３］から［３８］のいずれか一項に記載の癌の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤、上記［２１］から［２６］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の医薬組成物、上記［２７］もしくは［３５］から［３７］に記載のキット、または上記［２９］から［３２］もしくは［３５］から［３８］のいずれか一項に記載の頭頸部扁平細胞癌腫の処置における使用のためのＷｎｔ阻害剤。
［４６］ バイオマーカーとしての表１から選択される化合物の使用。
［４７］ バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＡＸＩＮ２、ＬＥＦ１、ＮＫＤ１、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から選択される化合物の使用。
［４８］ バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４およびＤＫＫ２の群から選択される化合物の使用。
［４９］ バイオマーカーとしてのノッチ１、ノッチ２およびノッチ３の群から選択される化合物の使用。
［５０］ バイオマーカーとしての化合物ノッチ１の使用。
［５１］ バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＳＦＲＰ２、ＦＲＺＢ、ＳＦＲＰ４、ＤＫＫ２、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３およびＷＮＴ７Ａの群から選択される化合物の使用。
［５２］ バイオマーカーとしての化合物ＨＲＡＳまたはＦＡＴ１の使用。
［５３］ バイオマーカーとしての、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３、ＷＮＴ１１、ＷＮＴ１０Ａ、ＷＮＴ３、ＷＮＴ７ＡおよびＤＴＸ３Ｌの群から、好ましくは、ノッチ１、ノッチ２、ノッチ３、ＦＡＭ５８Ａ、ＦＬＪ４３８６０、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＣＤＣ１６８、ＺＮＦ５２７、ＨＲＡＳ、ＦＡＴ１、ＯＲ７Ｇ３およびＤＴＸ３Ｌの群から選択される化合物の使用。
［５４］ Ｗｎｔ阻害剤を用いる処置のための癌患者の感受性を示す、上記［４６］から５３］のいずれか一項に記載の化合物の使用。
【0147】
（参考文献）【表2-1】
【表2-2】
【表2-3】