特許 6462675 分子を設計する方法、システム、及びデバイス

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】6462675

(24)【登録日】2019年1月11日

(45)【発行日】2019年1月30日

(54)【発明の名称】分子を設計する方法、システム、及びデバイス

(51)【国際特許分類】

   G16C 20/64 20190101AFI20190121BHJP

【ＦＩ】

   C40B30/02

【請求項の数】10

【全頁数】25

(21)【出願番号】特願2016-522767(P2016-522767)

(86)(22)【出願日】2014年10月23日

(65)【公表番号】特表2016-538255(P2016-538255A)

(43)【公表日】2016年12月8日

(86)【国際出願番号】US2014062023

(87)【国際公開番号】WO2015061602

(87)【国際公開日】20150430

【審査請求日】2017年10月10日

(31)【優先権主張番号】61/894,756

(32)【優先日】2013年10月23日

(33)【優先権主張国】US

(73)【特許権者】

【識別番号】502141050

【氏名又は名称】ダウ グローバル テクノロジーズ エルエルシー

(73)【特許権者】

【識別番号】507238218

【氏名又は名称】ザ リージェンツ オブ ザ ユニバーシティ オブ ミシガン

(74)【代理人】

【識別番号】100099759

【弁理士】

【氏名又は名称】青木 篤

(74)【代理人】

【識別番号】100077517

【弁理士】

【氏名又は名称】石田 敬

(74)【代理人】

【識別番号】100087413

【弁理士】

【氏名又は名称】古賀 哲次

(74)【代理人】

【識別番号】100128495

【弁理士】

【氏名又は名称】出野 知

(74)【代理人】

【識別番号】100173107

【弁理士】

【氏名又は名称】胡田 尚則

(74)【代理人】

【識別番号】100142387

【弁理士】

【氏名又は名称】齋藤 都子

(72)【発明者】

【氏名】ロナルド ラーソン

(72)【発明者】

【氏名】プラティーク ジャ

(72)【発明者】

【氏名】ロバート シュミット

(72)【発明者】

【氏名】ウィリアム ポーター，ザ サード

【審査官】 塩田 徳彦

(56)【参考文献】

【文献】 特開２００５−１８７３７４（ＪＰ，Ａ）

【文献】 米国特許出願公開第２０１１／００５９８６０（ＵＳ，Ａ１）

(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）

Ｃ４０Ｂ ３０／０２

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

コンピュータデバイスにより、分子シミュレーターを用いてＭ組のシミュレーションデータを生成することと、
Ｍ組のシミュレーションデータの各々に関して、α種とβ種との接触の可能性を決定してＭの接触の可能性を与えることと、
Ｍの接触の可能性の少なくとも１つに基づいてシミュレーション結果を決定することと、
ディスプレイデバイスにシミュレーション結果を示す情報を表示させることとを含む方法であって、
Ｍ組のシミュレーションデータの各々が、（ｉ）参照分子の分子と、（ｉｉ）Ｍの試験分子の１つの分子との溶媒中のシミュレーションされた位置を示すシミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルを含み、
（ａ）Ｍが正の整数であり、（ｂ）参照分子が活性薬剤成分であり、（ｃ）Ｍの試験分子が各々ポリマー又はオリゴマー添加剤であり、
接触は、β種の粒子が、α種の粒子からのラジアル距離の範囲内にあるときに生じ、
α種とβ種の各々が、参照分子、溶媒、又はＭの試験分子の１つ、の１つである、方法。

【請求項2】

さらに、参照分子、Ｍの試験分子、又は溶媒の少なくとも１つを示す情報を含むユーザーインターフェースを介して、コンピュータデバイスにより１つ又はそれより多くの入力を受信することを含む、請求項１に記載の方法。

【請求項3】

Ｍの試験分子を受信するために、コンピュータデバイスが、ユーザーインターフェースを介して：
ポリマー又はオリゴマーの選択と、
１つ又はそれより多くの置換基の選択と、
１つ又はそれより多くの置換基の各々がポリマー又はオリゴマーに結合している位置の選択と、
を受信するように構成された、請求項２に記載の方法。

【請求項4】

ポリマー又はオリゴマーが、ポリエチレンオキシド、ポリビニルピロリドン、セルロース、又はシクロデキストリンの１つである、請求項３に記載の方法。

【請求項5】

１つ又はそれより多くの置換基が、
１つ又はそれより多くのモノマーアルキル、アシル、又はカチオン性基；又は
別のポリマー若しくはオリゴマーにグラフトすることができる１つ若しくはそれより多くのポリマー若しくはオリゴマー基、
を含む、請求項３又は４に記載の方法。

【請求項6】

さらに、Ｍ組のシミュレーションデータを生成するより前に、分子シミュレーターを用いてＭ組の熱力学的平衡条件を決定することを含む方法であって、
Ｍ組の熱力学的平衡条件の各々が、参照分子と、Ｍの試験分子の１つとを含む溶媒系に関して１つ又はそれより多くの熱力学的平衡条件を含み、
分子シミュレーターが、Ｍ組の熱力学的平衡条件の１組を用いてＭ組のシミュレーションデータの各々を生成し、
Ｍ組の熱力学的平衡条件の各々を決定するために分子シミュレーターにより用いられる分子の数が、Ｍ組のシミュレーションデータの各々を生成するために分子シミュレーターにより用いられる分子の数より少ない、請求項１〜５のいずれか１項に記載の方法。

【請求項7】

α種の粒子が、α種の原子、分子、又は化学的部分の１つであり、
β種の粒子が、β種の原子、分子、又は化学的部分の１つである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。

【請求項8】

Ｍの接触の可能性を決定することが、Ｍの平均動径分布関数を決定することを含み、
Ｍの平均動径分布関数の各々を決定することが、
Ｍ組のシミュレーションデータの１組に含まれるシミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルの各々に関して動径分布関数を決定して、１つ又はそれより多くの動径分布関数を与えることと、
１つ又はそれより多くの動径分布関数の各々を規格化して、１つ又はそれより多くの規格化された動径分布関数を与えることと、
１つ又はそれより多くの規格化された動径分布関数を平均化して平均動径分布関数を与えることと、
Ｍの平均動径分布関数の各々の最大値を決定してＭの最大値を与えることとを含み、
１つ又はそれより多くの動径分布関数の各々が、α種の粒子からのラジアル距離の範囲内にあるβ種の粒子の数に基づいており、
Ｍの最大値の各々が、Ｍの試験分子の１つと関連付けられている、請求項１〜７のいずれか１項に記載の方法。

【請求項9】

ユーザーインターフェース要素と、ディスプレイデバイスと、プロセッサと、請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法を実施するように、プロセッサにより実行可能な命令を含む非一時的なデータストレージとを含む、コンピュータデバイス。

【請求項10】

ユーザーインターフェースを含むコンピュータデバイスと、
請求項１〜８のいずれか１項に記載の方法のステップを実施するように構成されたサーバーとを含むシステムであって、
コンピュータデバイスが、
ユーザーインターフェースの入力要素を介して１つ又はそれより多くの入力を受信し、
シミュレーション結果を示す情報をユーザーインターフェースの出力要素に表示するように構成された、システム。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

関連出願の相互参照
優先権は、参照によりその内容が本開示に組み入れられる、２０１３年１０月２３日に出願された米国仮出願第６１／８９４７５６号に関して主張される。

【0002】

分野
本発明は、医薬品添加剤等の分子の設計に関し、より具体的には、所定の溶液中で参照分子の特性を向上させる分子の設計に用いるのに好適な方法、システム、及びデバイスに関する。

【背景技術】

【0003】

医薬品化合物のデリバリーにおいて、ポリマー及びオリゴマーは添加剤として一般的に用いられる。ポリマー及びオリゴマーを用いる１つの理由は、それらが多官能性であり（すなわち、多くの置換位置を有する）、かつ添加剤として用いられる低分子量化合物と比較して、薬剤分子との相互作用をより容易にする協働的な挙動を示す（すなわち、置換基間の相互作用）ことである。低溶解性活性医薬成分（ＡＰＩ）に関して、添加剤ポリマー及びオリゴマーは、非共有結合又は分子相互作用（例えば、会合、双極子相互作用、水素結合、分散力、親水性相互作用等）によるＡＰＩの凝集及び結晶化を防止することができるため、ＡＰＩの生物学的利用能を向上させる。ポリマー及びオリゴマーのある程度の設計の柔軟性があれば、ポリマー又はオリゴマー添加剤は、特定の用途に関する薬剤放出性を向上させるために、特定のＡＰＩ用に設計することができる。

【発明の概要】

【0004】

低溶解性ＡＰＩを含む医薬品の開発における１つの目標は、水性環境中のＡＰＩの溶解度を向上させる添加剤を特定することである場合がある。「ＡＰＩ」は、従来、動物、特にヒトに投与されたときに、有益な予防及び／又は治療特性を有する化合物を指す。「低溶解性ＡＰＩ」は、薬剤が、生理学的に適切なｐＨ（例えばｐＨ１〜８）において約０．５ｍｇ／ｍＬ以下の水溶性を有することを意味する。本発明は、薬剤の水溶性が減少するときに、より大きな有用性を見出す。したがって、本発明の方法は、水溶性が０．１ｍｇ／ｍＬ未満、又は０．０５ｍｇ／ｍＬ未満、又は０．０２ｍｇ／ｍＬ未満、又は０．０１ｍｇ／ｍＬ未満である低溶解性ＡＰＩに関して好ましい。この水溶性（ｍｇ／ｍＬ）は、胃と腸のバッファーを模したＵＳＰを含む任意の生理学的に適切な水溶液（例えばそのｐＨ値は１〜８である）中で観察される最小値である。活性成分は、本発明の恩恵を受けるために、低溶解性活性成分である必要はないが、低溶解性活性成分は、本発明での使用に関して好ましい分類を象徴する。所望の使用環境において相当の水溶性を呈する活性成分の水溶性は、最大１〜２ｍｇ／ｍＬ、又は２０〜４０ｍｇ／ｍＬであってよい。有用な低溶解性ＡＰＩは、国際特許出願公開第２００５／１１５３３０号の第１７頁〜２２頁に列記される。

【0005】

医薬品を開発する際、研究化学者（及び／又は他の科学者）は、ＡＰＩと共に用いられる好適な１種又は複数種の添加剤を特定する実験を実施する場合がある。例えば、研究化学者は、溶解度を向上させること、ＡＰＩの凝集又は結晶化を最小限にすること、及び／又は生体利用能に影響するＡＰＩの任意の他の特性を向上させることにより、ＡＰＩの生体利用能を向上させる１種又はそれより多くの添加剤を特定することを試みる場合がある。

【0006】

ポリマー及びオリゴマーは、それらを、医薬品中で添加剤として用いるのに好適であるようにする場合のある、多くの潜在的な利益を提供する。ポリマー又はオリゴマーは、優先的にＡＰＩと相互作用することにより、ＡＰＩの凝集及び結晶化を防止する場合がある。疎水性ポリマー又はオリゴマーは、低溶解性ＡＰＩの溶解度を十分に向上させる場合があるため、疎水性ポリマー及びオリゴマーは、特に魅力的な添加剤候補になる場合がある。多くの潜在的な置換位置、分子量及び鎖組成のため、研究化学者は、具体的に所定のＡＰＩに関してポリマー又はオリゴマー添加剤を設計することができる場合がある。

【0007】

しかし、多くの利用可能な骨格及び置換位置のために、多くの潜在的なポリマー及びオリゴマー添加剤が、所定のＡＰＩに関して存在する場合がある。したがって、研究化学者は、多くのポリマー及びオリゴマー添加剤を用いて実験する場合があり、その多くは、統計的にいうと、ＡＰＩの生体利用能を十分に向上させない。その結果として、実行可能な医薬品を製造するＡＰＩと共に用いることのできるポリマー及びオリゴマー添加剤を特定することなく、多くの時間と材料が消費される場合がある。

【0008】

本開示の方法、システム、及びデバイスは、参照分子と多くの試験分子との分子相互作用をシミュレーションすることによって、所定のＡＰＩと共に用いるのに好適な添加剤を特定するのに必要な実験的試験の量を低減させる場合がある。例は、コンピュータデバイスにより、分子シミュレーターを用いてＭ組のシミュレーションデータ（Ｍは正の整数である）を生成することを含んでよい。Ｍ組のシミュレーションデータの各々は、溶媒中の参照分子の分子と、試験分子の分子のシミュレーションされた位置を示すシミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルを含んでよい。例の方法は、Ｍ組のシミュレーションデータの各々に関して、アルファ（α）種とベータ（β）種との接触の可能性を決定してＭの接触の可能性を与えることも含んでよい。接触は、β種の粒子が、α種の粒子からのラジアル距離の範囲内にあるときに生じてよい。この例において、α種及びβ種の各々は、参照分子、試験分子、又は溶媒の１つであってよい。例の方法は、さらに、Ｍの接触の可能性の少なくとも１つに基づいてシミュレーション結果を決定することと、ディスプレイデバイスにシミュレーション結果を表示させることを含んでよい。

【0009】

この側面において、例の方法は、研究化学者が、参照分子とＭの試験分子との溶媒中での分子相互作用をシミュレーションすることを可能にする場合がある。これは、同様に、参照分子の特性に最大の改善を与える特定の分子構造に注目する研究化学者を助ける場合がある。例えば、医薬用途において、研究化学者は、ポリマー及びオリゴマーの構造、又は場合によっては水溶液中でのＡＰＩの溶解度を向上させる特定のポリマー及びオリゴマーを特定することができる場合がある。例の方法は、他の生物学的活性成分（例えばビタミン及び薬草又はミネラルサプリメント）、及び非生物学的活性成分（例えば、肥料、除草剤、又は殺虫剤）に関する添加剤の系としての試験に有用である場合もある。

【0010】

したがって、例の方法の１つの実施態様において、参照分子はＡＰＩであってよく、Ｍの試験分子は、Ｍのポリマー又はオリゴマー添加剤であってよく、溶媒は、水又は有機溶媒であってよい。

【0011】

例の方法の別の実施態様において、コンピュータデバイスは、参照分子、Ｍの試験分子、又は溶媒の１つを示す情報を含む１つ又は複数の入力を受信してよい。コンピュータデバイスは、グラフィカルユーザーインターフェース（ＧＵＩ）等のユーザーインターフェースを介して１つ又はそれより多くの入力を受信してよい。例えば、Ｍの試験添加剤の各々を受信するために、ポリマー及びオリゴマーを選択するためのフィールドと、１つ又はそれより多くの置換基を選択するためのフィールドと、１つ又はそれより多くの置換基の各々が、ポリマー及びオリゴマーと結合する（又はグラフトする）位置を選択するためのフィールドとを表示するように、ＧＵＩを構成してよい。ポリマー、オリゴマー、及び置換基の制限されない例は、さらに以下に列記される。

【0012】

さらに別の例の実施態様において、例の方法は、Ｍ組のシミュレーションデータを生成するより前に、分子シミュレーターを用いてＭ組の熱力学的平衡条件を与えることを含んでよい。Ｍ組の熱力学的平衡条件の各々は、参照分子と、Ｍの試験分子の１つと、溶媒とを含む系に関して１つ又はそれより多くの熱力学的平衡条件を含んでよい。分子シミュレーターは、Ｍ組の熱力学的平衡条件の１組を用いてＭ組のシミュレーションデータの各々を生成してもよい。さらに、Ｍ組の熱力学的平衡条件の各々を決定するために分子シミュレーターにより用いられる分子の数は、Ｍ組のシミュレーションデータの各々を生成するために分子シミュレーターにより用いられる分子の数より少なくてよい。

【0013】

Ｍの接触の可能性を決定するステップは、異なる形態をとってよい。１つの実施態様において、α種の粒子は、α種の原子、分子、又は化学的部分の１つであってよい。追加的に、β種の粒子は、β種の原子、分子、又は化学的部分の１つであってよい。

【0014】

別の実施態様において、Ｍの接触の可能性を決定することは、Ｍの平均動径分布関数を決定することを含む。Ｍの平均動径分布関数の各々を決定することは、１つ又はそれより多くの動径分布関数を与えるＭ組のシミュレーションデータの１つに含まれるシミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルの各々に関する動径分布関数を決定することを含んでよい。１つ又はそれより多くの動径分布の各々は、α種の粒子からのラジアル距離の範囲内にあるβ種の粒子の数に基づいてよい。方法は、１つ又はそれより多くの動径分布関数の各々を規格化して１つ又はそれより多くの規格化された動径分布関数を与えることと、１つ又はそれより多くの規格化された動径分布関数を平均化して平均動径分布関数を与えることを含んでもよい。

【0015】

さらなる実施態様において、方法は、Ｍの平均動径分布関数の各々の最大値を決定してＭの最大値を与えることを含んでよい。Ｍの最大値の各々は、Ｍの試験分子の１つに対応してよい。この側面において、シミュレーション結果は、（ｉ）Ｍの試験分子に含まれる１つ又はそれより多くの試験分子と、（ｉｉ）１つ又はそれより多くの試験分子の各々に関連付けられる最大値とを示す情報を含んでよい。追加的に又は代替的に、例の方法は、１つ又はそれより多くの試験分子の各々に関連付けられる最大値の順に、Ｍの試験分子に含まれる１つ又はそれより多くの試験分子を並べた表を生成することを含んでよい。シミュレーション結果は、表を示す情報を含んでよい。

【0016】

さらなる実施態様において、例の方法は、各試験分子に関連付けられる最大値に基づいて、Ｍの試験分子から好ましい試験分子を特定することを含んでよい。シミュレーション結果は、Ｍの好ましい分子を示す情報を含んでよい。例えば、α種とβ種が参照分子である場合、好ましい試験分子は最小の最大値に対応する、Ｍの試験分子に含まれる試験分子であってよい。代替的に、α種又はβ種の少なくとも１つが、溶媒の１つ又はＭの試験分子の１つである場合、好ましい試験分子は、最大の最大値に対応する、Ｍの試験分子に含まれる試験分子であってよい。

【0017】

追加的に、例の方法を実施するように構成されたコンピュータデバイス及びシステムが、本開示で開示される。

【図面の簡単な説明】

【0018】

【図1】図１は、例の実施態様による分散コンピューティングアーキテクチャの簡易化した略図である。

【図2】図２は、例の実施態様によるコンピュータデバイスのブロック図である。

【図3】図３は、例の実施態様によるサーバーデバイスのブロック図である。

【図4】図４〜７は、例の実施態様による方法のフロー図である。

【図5】図４〜７は、例の実施態様による方法のフロー図である。

【図6】図４〜７は、例の実施態様による方法のフロー図である。

【図7】図４〜７は、例の実施態様による方法のフロー図である。

【図8】図８Ａ〜８Ｂは、例の実施態様による平均動径分布関数のグラフである。

【発明を実施するための形態】

【0019】

以下の詳細な説明は、添付の図面に関して開示されたシステム、方法、及びデバイスの種々の特徴、機能、及び特性を記載する。図面において、文脈の別段の示唆がない限り、同様の記号は、典型的には同様の要素を特定する。本開示に記載された例示的な実施態様は、制限することを意味しない。本開示の側面は、本開示で概して記載され、図面に描かれるように、種々の構成において配列し、置換し、組み合わせ、分離し、設計することができ、そのすべてが本開示で企図されることが容易に解されるであろう。

【0020】

図１は、本開示で記載される種々の実施態様を用いることができる、分散コンピュータアーキテクチャの簡略化したブロック図である。コンピュータシステム１００は、ネットワーク１０４を介して他のコンピュータデバイスと通信してよいコンピュータ端子１０２を含む。したがって、１つのコンピュータ端子だけが図１に示されるが、通信システム１００は、ネットワーク１０４に接続された複数の追加のコンピュータ端子を含んでよい。

【0021】

コンピュータ端子１０２は、有線及び／又は無線接続の使用によりネットワーク１０４に接続してよい。１つの例において、ネットワーク１０４は、専用イントラネットであってよい。別の例において、ネットワーク１０４は、インターネット等のパブリックネットワークであってよい。他の例も可能であってよい。

【0022】

ネットワーク１０４を、インターネットプロトコル（ＩＰ）ネットワークとして構成してよい。したがって、コンピュータ端子１０２は、パケット交換機技術によりネットワーク１０４に接続された他のデバイスと通信してよい。代替的に又は追加的に、ネットワーク１０４は回路交換技術を組み入れてよく、この場合において、コンピュータ端子１０２は、回路交換及び／又はパケット交換を介して通信してよい。

【0023】

通信システム１００は、ネットワーク１０４を介して他のコンピュータデバイスと通信してもよいサーバーデバイス１０６も含む。別の例において、コンピュータシステム１００は、サーバーデバイス１０６に加えて１つ又はそれより多くのサーバーデバイスを含んでよい。例えば、コンピュータシステム１００は、プロセシングリソースを共有するように構成されたサーバーバンク又はサーバークラスターとして配置された複数のサーバーデバイスを含んでよい。

【0024】

アプリケーションに応じて、サーバーデバイス１０６は、他のコンピュータデバイスと通信して、ネットワークベース又はクラウドベースのコンピュータの使用を容易にしてよい。例えば、サーバーデバイス１０６は、コンピュータ端子１０２の使用者により要求されたタスクを実行するために、１つ若しくはそれより多くのネットワークプロトコル及び／又はアプリケーションレベルプロトコルにしたがってコンピュータ端子１０２と通信してよい。

【0025】

コンピュータ端子１０２及びサーバーデバイス１０６は、ネットワーク１０４を介してサーバーデータストレージ１０８にアクセスしてもよい。図１に示されるように、サーバーデバイス１０６をサーバーデータストレージ１０８に直接的に接続してもよい。さらに、コンピュータシステム１００は、サーバーデバイス１０６及び／又はコンピュータ端子１０２に直接的に及び／又は間接的に接続された追加のサーバーデータストレージ、並びに図１に示されていないコンピュータシステム１００に含まれる他のサーバーデバイス及び／又はコンピュータデバイスを含んでもよい。サーバーデータストレージ１０８は、コンピュータ端子１０２及び／又はサーバーデバイス１０６により実行されるアプリケーションの動作を容易にするために用いられるアプリケーションデータを保存してよい。

【0026】

図２は、例の実施態様によるコンピュータ端子２００のブロック図である。コンピュータ端子２００は、図１に示されるコンピュータ端子１０２の１つの例である。コンピュータ端子２００は、例えばデスクトップ、ラップトップ、ノートブック、又はタブレットコンピュータ等のパーソナルコンピュータデバイスであってよい。

【0027】

コンピュータ端子２００は、ユーザーインターフェース２０２と、データストレージ２０４と、プロセッサ２０６と、コミュニケーションインターフェース２０８とを含み、その全ては、システムバス、ネットワーク、又は他の通信手段２１０により通信可能に接続されてよい。

【0028】

ユーザーインターフェース２０２は、使用者のコンピュータ端子２００とのやりとりが可能となるように機能してよい。ユーザーインターフェース２０２は、入力デバイス２１２と、ディスプレイデバイス２１４とを含んでよい。入力デバイス２１２は、キーボード、キーパッド、コンピュータマウス、及び／又はトラックボール等の使用者からの入力を受信するのに好適な１つ又はそれより多くの要素を含んでよい。使用者は、入力デバイス２１２とやりとりをして入力を行ってよい。追加的に又は代替的に、入力デバイス２１２は、ユニバーサルシリアルバス（ＵＳＢ）ポート等のデータポートを含んでよい。本例において、入力デバイス２１２は、入力、又はＵＳＢポートに挿入されたポータブルＵＳＢストレージデバイスからの他の情報を受信してよい。入力デバイス２１２は、入力を受信し、次いでプロセッサ２０６等のコンピュータ端子２００の別の要素に送信されてよい入力信号を生成してよい。

【0029】

ディスプレイデバイス２１４は、ブラウン管ディスプレイ、液晶ディスプレイ、発光ダイオードディスプレイ、デジタルライトプロセシング技術を用いたディスプレイ、プリンター、及び／又は現在知られており、若しくは後に開発される、情報を視覚的に表示するのに好適な任意の他のデバイス等の視覚的出力を生成するのに好適な１つ又はそれより多くの要素を含んでよい。ディスプレイデバイス２１４は、プロセッサ２０６等のコンピュータ端子２００の要素からの出力信号を受信してよい。次いで、ディスプレイデバイス２１４は、使用者に表示される視覚的出力を生成してよく、それによって出力信号に含まれる情報の視覚的表示を使用者に示す。

【0030】

１つの例において、入力デバイス２１２及びディスプレイデバイス２１４は、タッチセンサー式又は感圧式ディスプレイスクリーン等の単一のデバイスに組み合わされてよい。他の例も可能であってよい。

【0031】

データストレージ２０４は、プロセッサ２０６等のコンピュータ端子２００の要素により実行可能なプログラム命令２１６を保存するように構成される、現在知られており、又は後に開発される、非一時的で有形のコンピュータ読み込み可能なメディアの任意の型を含んでよい。データストレージ２０４は、コンピュータ端子２００に関連付けられる他のプログラムデータ２１８を保存してもよい。例の方法により、プログラム命令２１６は、コンピュータ端子２００にインストールされたオペレーティングシステム及び１つ又はそれより多くのアプリケーションプログラムを含んでよい。プログラムデータ２１８は、オペレーティングシステムとアプリケーションプログラムに各々関連付けられるプログラムコードを実行するために、コンピュータ端子２００の要素によりアクセス可能なオペレーティングシステムデータとアプリケーションデータを含んでよい。

【0032】

プロセッサ２０６は、１つ若しくはそれより多くの汎用プロセッサ（例えば、１つ又はそれより多くのマイクロプロセッサ）、及び／又は１つ若しくはそれより多くの専用プロセッサ（例えば、１つ又はそれより多くのデジタル信号プロセッサ、グラフィックスプロセシングユニット、浮動小数点ユニット、ネットワークプロセッサ、及び／又は特定用途向け集積回路）を含んでよい。

【0033】

プロセッサ２０６は、入力デバイス２１２からの入力信号（ｉｎｐｕｔ ｓｉｇｎａｌ）を受信し、処理してよい。プロセッサ２０６は、コミュニケーションインターフェース２０８からの入力信号（ｉｎｃｏｍｉｎｇ ｓｉｇｎａｌ）を受信し、処理してもよい。入力信号及び／又は入力信号を処理することによって、プロセッサ２０６は、データストレージ２０４にアクセスすることによりプログラム命令２１６を実行してよい。プログラム命令２１６を実行することによって、プロセッサ２０６はデータを読み込み、及び／又はプログラムデータ２１８にデータを書き込み、ディスプレイデバイス２１４への出力信号（ｏｕｔｐｕｔ ｓｉｇｎａｌ）を生成し、送信し、及び／又はコミュニケーションインターフェース２０８への出力信号（ｏｕｔｇｏｉｎｇ ｓｉｇｎａｌ）を生成し、送信してよい。

【0034】

コミュニケーションインターフェース２０８は、コンピュータ端子２００が、図１に示されるネットワーク１０４等の１つ又はそれより多くのネットワークを介して他のコンピュータデバイスと通信することを可能にしてよい。例えば、コミュニケーションインターフェース２０８は、コンピュータ端子２００がサーバーデバイス１０６と通信し、及び／又はサーバーデータストレージ１０８にアクセスすることを可能にしてよい。したがって、コミュニケーションインターフェース２０８は、回路交換及び／又はパケット交換ネットワークを介した通信に好適な要素を含んでよい。コミュニケーションインターフェース２０８は、有線及び／又は無線接続を介して１つ又はそれより多くのネットワークにコンピュータ端子２００を接続するのに好適な要素を含んでもよい。

【0035】

コミュニケーションインターフェース２０８は、１つ又はそれより多くのネットワークを介して、別のデバイスからの入力信号を受信してよい。コミュニケーションインターフェース２０８は、次いでプロセッサ２０６への入力信号を送信してよい。コミュニケーションインターフェース２０８は、プロセッサ２０６からの出力信号を受信し、１つ又はそれより多くのネットワークを介して、１つ又はそれより多くの追加のデバイスに出力信号を送信してもよい。

【0036】

図３は、例の実施態様に係るサーバー３００のブロック図である。サーバー３００は、図１に示されるサーバーデバイス１０６の１つの例である。サーバー３００は、データストレージ３０２と、プロセッサ３０４と、コミュニケーションインターフェース３０６とを含んでよく、その全ては、システムバス、ネットワーク、又は他の接続手段３０８により通信可能に接続されてよい。

【0037】

データストレージ３０２、プロセッサ３０４、及びコミュニケーションインターフェース３０６は、図２に関して記載されたデータストレージ２０４、プロセッサ２０６、及びコミュニケーションインターフェース２０８と各々同一又は実質的に同一であってよい。同様に、データストレージ３０２は、図２に関して記載されたプログラム命令２１６及びプログラムデータ２１８と各々同一又は実質的に同一であるプログラム命令３１０とプログラムデータ３１２とを含んでよい。

【0038】

図４は、方法４００のブロック図である。図１〜３に示されたコンピュータデバイスの１つ又はそれより多く等のコンピュータデバイスは、方法４００を用いて、参照分子と、１つ又はそれより多くの試験分子との溶媒系中での分子相互作用のシミュレーションに基づくシミュレーション結果を決定してよい。

【0039】

ブロック４０２において、方法４００は、参照分子、Ｍの試験分子、溶媒、及び／又は接触の可能性の型を示す情報を含む、１つ又はそれより多くの入力を受信することを含む。１つの例において、コンピュータデバイスは、ディスプレイデバイスにグラフィカルユーザーインターフェース（ＧＵＩ）を表示させてよい。ＧＵＩは、参照分子、Ｍの試験分子、溶媒、及び／又は接触の可能性の型を選択するためのフィールドを含んでよい。別の例において、コンピュータデバイスは、例えば、コマンドライン命令等の異なるユーザーインターフェースを介して、１つ又はそれより多くの入力を受信してよい。さらに別の例において、コンピュータデバイスは、現在知られており、又は後に開発される任意のハードウェア要素、及び／又はソフトウェアインターフェースを介して、１つ又はそれより多くの入力を受信してよい。したがって、方法４００と他の方法は、ＧＵＩを介して１つ又はそれより多くの入力を受信することに関して記載されるが、他の例も可能であることが理解される。

【0040】

使用者は、ＧＵＩ上に含まれる参照分子フィールドから参照分子を選択してよい。１つの例において、参照分子フィールドは、使用者が参照分子の化学式を入力するテキストボックスを含んでよい。別の例において、参照分子フィールドは、１つ又はそれより多くの既定の参照分子のドロップダウンメニュー（又は類似の提示）を含んでよい。１つ又はそれより多くの既定の参照分子の識別情報を、例えば、コンピュータデバイスの内部データストレージ、又はコンピュータデバイスが接続されるサーバーデータストレージ又はポータブルストレージデバイス等の外部のソースに保存してよい。

【0041】

使用者は、ＧＵＩとやり取りをしてＭの試験分子を設計してよい。Ｍの試験分子の各々に関して、使用者は、場合によっては、多くの可能性のあるポリマー及びオリゴマーを列記するドロップダウンメニューからポリマー又はオリゴマーを選択してよい。ＧＵＩは、使用者がポリマー又はオリゴマー上の１つ又はそれより多くの位置において、ポリマー又はオリゴマーに結合する（又はグラフトする）１つ又はそれより多くの置換基を選択することも可能にしてよい。このように、ＧＵＩは、使用者が、シミュレーションされた環境での試験分子の参照分子との各々の相互作用に基づいて、比較評価可能な複数の試験分子を設計することを可能にしてよい。代替的に、ポリマー及び／オリゴマーフィールド、及び／又は１つ若しくはそれより多くの置換基フィールドは、使用者が、Ｍの試験分子の１つに関する化学式を入力することのできるテキストフィールドを含んでよい。

【0042】

可能性があるポリマーとしては、以下に限定されないが、ポリサッカライド、ゼラチン、ポリビニルピロリドン、ポリ（アスパラギン酸）又はポリ（グルタミン酸）等のポリ（アミノ酸）；ポリ乳酸又は係るポリマー酸の塩；又はエチレンオキシドホモポリマー及びエチレンオキシドコポリマー等のポリアルキレンオキシドからなる群より選択される合成ポリマー、エチレンオキシド又はプロピレンオキシド等のアルキレンオキシドを重合形態で含む、ホモポリマー及びコポリマー（ブロックコポリマーを含む）等のポリエチレングリコール；アクリル酸、メタクリル酸、又はこれらの塩等の不飽和酸又はこれらの塩；アクリルアミド等の不飽和アミド；ビニルエステル；ビニルアルコール；ビニルアセテート等のアセテート；エチレンイミン等のアルキレンイミン；オキシエチレンアルキルエーテル、ビニルピロリドン、ビニルオキサゾリドン、ビニルメチルオキサゾリドン、エチレンスルホン酸、ビニルアミン、ビニルピリジン、又はエチレン性不飽和サルフェート又はスルホネートを挙げてよい。例示的なポリサッカライドは、マンノース繰り返し単位を含むポリサッカライド親水コロイドを含む澱粉天然ゴム、カラギーナン、アラビアガム、キサンタンゴム、カラヤゴム、トラガカントゴム、ガティガム、カラギーナン、デキストラン、アルギネート、寒天、ジェランガム、そのようなペクチン、澱粉、澱粉誘導体、特にグアー誘導体、セルロースである。本発明の目的に関して、ポリマーは、典型的には少なくとも５０の繰り返し単位、より典型的には少なくとも１００の繰り返し単位を含む。

【0043】

可能性のあるオリゴマーとしては、以下に限定されないが、ポリエチレングリコール及びシクロデキストランを挙げてよい。本発明の目的に関して、ポリマーは、典型的には４〜５０未満、より典型的には６〜２０の繰り返し単位を含む。

【0044】

可能性のある置換基の１種としては、以下に限定されないが、Ｃ_1‐3アルキル基（メチル、エチル又はプロピル等）等のアルキル基；ヒドロキシ‐Ｃ_2‐4‐アルキル基（ヒドロキシエチル、ヒドロキシプロピル又はヒドロキシブチル等）等のヒドロキシアルキル基；６又はそれより多くの炭素数を有する、長鎖の分岐及び非分岐のアルキル基、アルキルアリール基又はアリールアルキル基；アセテート、プロピオネート、ブチレート、スクシネート、フタレート、マレアート、トリメリテート又はラクテート基等のアシル基；カルボキシ‐Ｃ₁‐Ｃ₃‐アルキル（カルボキシメチル等）、スクシネート、フタレート、マレアート又はトリメリテート等のカチオン性基、を含むモノマー基が挙げられる。

【0045】

他の可能性がある置換基としては、ポリエチレンオキシド又はポリビニルアセテート等の別のポリマー又はオリゴマーにグラフトすることができるオリゴマー基及びポリマー基が挙げられる。別の例として、分子量が２００００ダルトン未満のエチレンオキシドのオリゴマー及びポリマーを概して指すポリエチレングリコール（「ＰＥＧ」）が、置換基の別の分類であってよい。ＧＵＩは、使用者が、ペグ化により別のポリマー又はオリゴマーに、１つ又はそれより多くのＰＥＧを共有結合的にグラフトすることを可能にしてよい。さらに、１つ又はそれより多くのＰＥＧは、１つ又はそれより多くのＰＥＧを結合して（又はグラフトして）添加剤を形成してよい位置に、影響を与えてよい異なる幾何を有してよい。例えば、分岐ＰＥＧ又は星型ＰＥＧは、中心コア基又は分子から生じる１つ又はそれより多くのＰＥＧ鎖を有してよく、及び／又はくし型ＰＥＧは、別のポリマー又はオリゴマーにグラフトすることができる複数のＰＥＧ鎖を有してよい。ポリマー又はオリゴマー置換基の他の例も可能である。

【0046】

置換基は、ポリマー又はオリゴマー中のアルキル水素、ヒドロキシ水素、又はアミン水素等の水素原子と置き換わる。結合に利用可能な置換基及び利用可能な位置は、選択されるポリマー又はオリゴマーに依存してよい。例えば、ポリマーがポリビニルピロリドンである場合、ＧＵＩは、使用者が複数の置換基の１つを選択して、ポリマー鎖又はピロリドン環上のアルキル水素を置き換えることを可能にしてよい。別の可能性は、ポリビニルピロリドンアルキル水素をグラフト化ポリビニルアセテートと置き換えることであってよい。

【0047】

別の例として、ポリマー又はオリゴマーがセルロース又はシクロデキストリンである場合、多くの置換基は、Ｄ‐グルコピラノース単位の２、３及び６位におけるエーテル又はエステル結合によりポリマー又はオリゴマーと結合してよい。したがって、複数の可能な繰り返し単位Ｎが存在してよく、可能な繰り返し単位の数は、固有の水素でない置換基の数ｎに依存する。例えば、以下の式は、ｎ個の固有の置換基を含むセルロースポリマーを含む溶解度向上添加剤に関して生じることのできる固有の繰り返し単位の数を規定する：Ｎ＝（２）³ⁿ＝８ⁿ

【0048】

結合に利用可能な置換基及び利用可能な位置は、選択されたポリマー又はオリゴマーに依存してよい。ポリエチレンオキシドは、使用者がビニルポリマーに結合させることができる場合がある置換基の１つの例の分類である。追加的に又は代替的に、ポリエチレンオキシドを含む適切な側鎖をポリマーにグラフトしてよい。

【0049】

使用者は、参照分子及びＭの試験分子の分子の数を選択してもよい。１つの例において、使用者は、参照分子及びＭの試験分子の各々に関して分子の特定の数を選択してよい。別の例において、使用者は、Ｍの試験分子の各々に関して、参照分子の分子と試験分子の分子との比を選択してよい。さらに別の例において、使用者は、溶媒系中の参照分子とＭの試験分子の各々との濃度を、場合によっては質量パーセントで選択してよい。参照分子及びＭの試験分子の各々の分子の数を選択する他の例も可能であってよい。

【0050】

使用者は、溶媒フィールドから溶媒を選択してよい。１つの例において、溶媒フィールドは、使用者が参照分子の化学式を入力するテキストボックスを含んでよい。別の例において、溶媒フィールドは、１つ又はそれより多くの既定の溶媒のドロップダウンメニュー、又は類似の提示を含んでよい。１つ又はそれより多くの既定の溶媒は、１つ又はそれより多くの既定の参照分子と同一の又は実質的に同一の方法で保存してよい。代替的に、使用者は、溶媒を選択しなくてよい。この例において、水等の初期設定の溶媒が、１つ又はそれより多くの入力に含まれてよい。

【0051】

使用者は、広範な有機及び水性溶媒から溶媒を選択してよい。典型的な溶媒は、水であり、また、酸素、窒素、又は塩素等のハロゲン等の１つ又はそれより多くのヘテロ原子を有する極性有機溶媒である。典型的な有機溶媒は、アルコール、例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、ポリプロピレングリコール又はグリセロール等の多官能性アルコール；又はメタノール、エタノール、イソプロパノール又はｎ‐プロパノール等の単官能性アルコール；テトラヒドロフラン等のエーテル、アセトン、メチルエチルケトン、又はメチルイソブチルケトン等のケトン；エチルアセテート等のアセテート；塩化メチレン等のハロゲン化炭化水素；又はアセトニトリル等のニトリルである。典型的に、有機溶媒の炭素数は１〜６、より典型的には１〜４である。

【0052】

使用者は、接触の可能性フィールドから接触の可能性の型を選択してよい。１つの例において、使用者は、以下の接触の可能性の型の１つから選択する：参照分子‐参照分子、参照分子‐試験分子、参照分子‐溶媒、及び／又は試験分子‐溶媒。追加的に、使用者は、１つより多くの接触の可能性の型を選択してよい。使用者が接触の可能性の型を選択しない場合、場合によっては参照分子‐試験分子型等の接触の可能性の初期設定の型が、１つ又はそれより多くの入力に含まれてよい。

【0053】

さらなる実施態様において、使用者は、ＧＵＩを介して追加的なフィールドを選択してよい。使用者は、１つ又はそれより多くの接触の可能性を決定するのに用いられるビン幅（δｒ）を選択してよい。使用者は、δｒが、接触の可能性の十分に滑らかな分布を得るのに十分な大きさである一方、分子の対（例えば、β種の粒子と対になったα種の粒子）の空間的変動を構成するのに十分小さいように、δｒを選択してよい。１つの例において、使用者は、Ｍの試験分子の各々に関してδｒを選択してよい。別の例において、使用者は、Ｍの試験分子の１つより多くに関して用いられる１つのδｒを選択してよい。代替的に、コンピュータデバイスは、場合によっては参照分子及び／又はＭの試験分子に基づいて、Ｍの試験分子の１つ又はそれより多くに関してδｒを選択するように構成されてよい。

【0054】

代替的に又は追加的に、使用者は参照分子、Ｍの試験分子、溶媒、及び／又は接触の可能性の型の１つを示す情報を、ポータブルユニバーサルシリアルバス（ＵＳＢ）ドライブ等のポータブルメモリデバイスに保存してよい。使用者は、コンピュータデバイスのユーザーインターフェースに含まれるＵＳＢポートにＵＳＢドライブを挿入してよく、コンピュータデバイスは、ＵＳＢドライブから１つ又はそれより多くの入力を受信してよい。代替的に又は追加的に、プロセッサは、場合によってはコンピュータネットワーク１０４等の有線又は無線接続を介して、コンピュータデバイスと接続されたリモートコンピュータデバイスから１つ又はそれより多くの入力を受信してよい。

【0055】

ブロック４０４において、方法４００は、Ｍ組のシミュレーションデータを生成する分子シミュレーターを用いることを含む。分子シミュレーターは、任意のアルゴリズム、方法、プロセス、又はシステムの分子力場をシミュレーションする現在知られている技術、又は後に開発される技術を用いてよい。１つの例において、分子シミュレーターは、システムをシミュレーションする分子ダイナミクスモデルを用いてよい。別の例において、分子シミュレーターは、システムをシミュレーションするＭｅｔｒｏｐｏｌｉｓ Ｍｏｎｔｅ Ｃａｒｌｏモデルを用いてよい。他の例も可能であってよい。

【0056】

分子シミュレーターは、参照分子とＭの試験分子の各々との溶媒系での分子相互作用のシミュレーションに関して１組のシミュレーションデータを生成して、Ｍ組のシミュレーションデータを与えてよい。Ｍ組のシミュレーションデータの各々を決定する方法の例は、図５に関して記載される。

【0057】

ブロック４０６において、方法４００は、Ｍ組のシミュレーションデータの各々に関して、α種とβ種結果との接触の可能性の結果を決定してＭの接触の可能性を与えることを含む。α種とβ種の各々の識別情報は、接触の可能性の型に依存してよい。１つの例として、以下の表は、接触の可能性の型に基づいてα種とβ種を規定してよい。

【0058】

【表1】

【0059】

接触の可能性の他の型も可能であってよい。
１つの例において、ＧＵＩを介して使用者から受信される選択された接触の可能性の型に基づいて、コンピュータデバイスは接触の可能性を決定する。代替的に、コンピュータデバイスは、接触の可能性の型の１つ又はそれより多く、又は場合によっては全てに関して、Ｍの接触の可能性を決定してよい。Ｍ組のシミュレーションデータの各々に関して接触の可能性を決定する方法の例は、図６に関して記載される。

【0060】

ブロック４０８において、方法４００は、Ｍの接触の可能性の少なくとも１つに基づいて、シミュレーション結果を決定することを含む。１つの例において、シミュレーション結果は、Ｍの接触の可能性を示す情報を含んでよい。別の例において、シミュレーション結果は、Ｍの接触の可能性の１つ又はそれより多くの各々のフーリエ変換であってよい。この例において、コンピュータは、各接触の可能性のフーリエ変換を決定し、シミュレーションされた結果中に各フーリエ変換を含んでよい。

【0061】

別の例において、シミュレーション結果は、Ｍの試験分子の各々に関連付けられる接触の可能性に基づいて、Ｍの試験分子、場合によってはＭの溶質の表又はリスト等を比較するのに使用できる情報を含んでよい。別の実施態様において、シミュレーション結果は、表及び／又はＭの接触の可能性に基づいて、Ｍの試験分子から選択される好ましい試験分子の識別情報である。他の例も可能であってよい。シミュレーション結果を決定する方法の例は、図７に関して記載される。

【0062】

ブロック４１０において、方法４００は、ディスプレイデバイスに結果を示す情報を表示させることを含む。１つの例において、コンピュータデバイスは、ディスプレイデバイスに、ＧＵＩ上でシミュレーション結果を示す情報を表示させてよい。結果を示す情報は、表、グラフ、テキスト、及び／又はシミュレーション結果の任意の他の好適な提示の１つ又はそれより多くを含んでよい。

【0063】

使用者は、ＧＵＩとやり取りをして、シミュレーション結果を示す情報の所望の表示を選択してもよい。例えば、使用者は、ＧＵＩとやり取りをして、Ｍの試験分子及び接触の可能性及び／又は好ましい試験分子の表を選択してよい。コンピュータデバイスは、場合によってはＧＵＩとやり取りをする使用者から受信した追加の入力に応答して、１組又はそれより多くのシミュレーションデータを示す情報を表示するように構成されてもよい。

【0064】

図４において、方法４００のブロックは、連続して実施されるように記載される。１つの例において、コンピュータデバイスは、方法４００のブロックの１つ又はそれより多くのステップを同時に実施してよい。例えば、コンピュータデバイスは、ブロック４０４〜４０８の２つ又はそれより多くの部分を同時に実施してよい。他の例も可能であってよい。

【0065】

図５は、方法５００のフロー図である。コンピュータデバイスは、方法５００の１つ又はそれより多くのブロックのステップを実施して、分子シミュレーターにより１組のシミュレーションデータを生成してよい。方法５００は、方法４００のブロック４０４のステップを実施する際に、コンピュータデバイスが用いてよい方法の１つの例である。すなわち、コンピュータデバイスは、方法５００を実施して、Ｍの分子の各々に関して１組のシミュレーションデータを決定してよい。

【0066】

方法５００に関して記載されたシミュレーションを実施する際、コンピュータデバイスは、１つ又はそれより多くのシミュレーションエンジンを用いてよい。シミュレーションエンジンは、参照分子と試験分子との分子相互作用をシミュレーションするのに好適である、現在知られており、又は後に開発される任意のシミュレーションエンジンであってよい。

【0067】

上記で説明したように、参照分子は、ポリマー又はオリゴマーであってよい。本開示で記載されるシミュレーションを実施する際、コンピュータデバイスは、試験分子のフラグメントを用いてよく、各フラグメントは、試験分子の約４〜５のモノマー単位を含む。別の例において、コンピュータデバイスは、試験分子のより長い、又はより短いフラグメントを用いてよい。例えば、試験分子の長さは、参照分子の長さの倍数であってよい。１つの例として、試験分子の長さは、参照分子の長さの４〜５倍であってよい。他の倍数の例も可能である。

【0068】

ブロック５０２において、方法５００は、初期のシミュレーションを実施して、参照分子と試験分子の熱力学的平衡条件を決定することを含む。１つの例において、熱力学的平衡条件は、例えば、溶液体積中の参照分子及び／又は試験分子の平衡温度、平衡時間、平衡圧力、及び／又は平衡密度を含んでよい。別の例において、熱力学的平衡条件は、他の、及び／又は追加の条件を含んでよい。

【0069】

コンピュータデバイスは、参照分子と試験分子の熱力学的平衡条件を決定する分子シミュレーターを用いてよい。１つの例において、分子シミュレーターは、初期のシミュレーションを実施する際に、場合によっては参照分子の分子及び試験分子の分子の総数の１〜５パーセント程度の、参照分子と試験分子の少数の分子のエネルギーを評価してよい。参照分子と試験分子の量の他の例も可能であってよい。

【0070】

ブロック５０４において、方法５００は、熱力学的平衡条件において、参照分子と試験分子の生成物シミュレーションを実施することを含む。概して、参照分子と試験分子の生成物シミュレーションは、参照分子と試験分子のより多くの数の分子の間の分子相互作用を評価することを含んでよい。この方法において、分子シミュレーターは、参照分子と試験分子との分子相互作用を評価するのに用いることができるほど十分に多いデータを生成してよい。

【0071】

ブロック５０６において、方法５００は、１回又はそれより多くのシミュレーション回数においてシミュレーションデータのサンプルを生成して、シミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルを含む１組のシミュレーションデータを与えることを含む。シミュレーションデータの各サンプルは、シミュレーション時間の各々における参照分子と試験分子の各々の複数の分子の位置を示す情報を含んでよい（すなわち、シミュレーションされた溶液中の分子の３次元の位置及び配向）。

【0072】

１つの例において、一定の時間間隔が１回又はそれより多くのシミュレーション回数の各々を分離してよい。生成物シミュレーションの間のデータの別の例において、各連続するシミュレーション時間の間の時間はランダムである。例えば、コンピュータデバイスは、ランダムに、生成物シミュレーションの間にシミュレーションデータの５００個のサンプルを取得してよい。他の例も可能である。

【0073】

図６は、方法６００のフロー図である。コンピュータデバイスは、方法６００のブロックの１つ又はそれより多くのステップを実施して、１組のシミュレーションデータに基づいて、２つの分子の種の間の接触の可能性を決定してよい。方法６００は、方法４００のブロック４０６のステップを実施する際に、コンピュータデバイスが実施してよい方法の１つの例である。すなわち、Ｍの接触の可能性を与えるために、コンピュータデバイスは、方法４００のステップを実施して、Ｍ組のシミュレーションデータの各々に関して接触の可能性を決定してよい。

【0074】

ブロック６０２において、方法６００は、シミュレーションデータの組に含まれるシミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルの各々に関して複数の動径分布関数を決定して、１つ又はそれより多くの動径分布関数を与えることを含む。ｇ_αβ（ｒ）と表されてよい動径分布関数を決定するために、コンピュータデバイスは、α種の各粒子からのラジアル距離（ｒ）の範囲内のβ種の粒子の数を決定してよい。α種とβ種の各々に関して、粒子は、各々の種の原子、分子、又は化学的部分であってよい。ラジアル距離の範囲は、δｒに依存してよい。１つの例において、ラジアル距離の範囲は、ｒ−δｒ／２〜ｒ＋δｒ／２であってよい。他の例も可能であってよい。コンピュータデバイスは、シミュレーションデータの組に含まれるシミュレーションデータの各サンプルに関して、動径分布関数を決定してよい。

【0075】

ブロック６０４において、方法６００は、１つ又はそれより多くの動径分布関数の各々に関して、規格化された動径分布関数を決定して、１つ又はそれより多くの規格化された動径分布関数を与えることを含む。コンピュータデバイスは、現在知られており、又は後に開発される任意の好適な方法、アルゴリズム、プロセス、又は手順により、１つ又はそれより多くの動径分布関数の各々を規格化してよい。１つの例において、コンピュータデバイスは、以下の式を用いて各動径分布関数を規格化してよい。

【0076】

【数1】

【0077】

式中、Ｘ_αはα種の原子（又は分子）の数であり、ρ_βは、β種の分子の平均密度であり、Ｖ_δrは、ラジアル距離ｒ−δｒ／２〜ｒ＋δｒ／２の球面シェルの体積である。

【0078】

ブロック６０６において、方法６００は、規格化された動径分布関数を平均化して平均動径分布関数を与えることを含む。シミュレーションデータの組に関する平均動径分布関数は、シミュレーションデータの組を生成するのに用いられる試験分子の接触の可能性であってよい。１つの例において、コンピュータデバイスは、複数の規格化された動径分布関数に含まれる各規格化された動径分布関数を用いて平均動径分布関数を与えてよい。別の例において、コンピュータデバイスは、１つ又はそれより多くの動径分布関数のサブセットを用いて平均動径分布関数を与えてよい。

【0079】

図７は、方法７００のフロー図である。コンピュータデバイスは、方法７００の１つ又はそれより多くのブロックのステップを実施してシミュレーション結果を決定してよい。方法の１つの例において、コンピュータデバイスは方法７００を方法４００のブロック４０８のステップを実施する際に実施してよい。すなわち、コンピュータデバイスは、方法７００のステップを実施して、Ｍの接触の可能性の少なくとも１つに基づいて、シミュレーション結果を決定してよい。

【0080】

ブロック７０２において、方法７００は、Ｍの平均の接触の可能性の各々の最大値を決定してＭの最大値を与えることを含む。接触の可能性を平均動径分布関数として規定する例において、接触の可能性の最大値は、平均動径分布関数の最大ピークの値である。別の例において、別の動径分布関数により接触の可能性を規定してよい。この例において、動径分布関数の最大ピーク値は、接触の可能性の最大値であってよい。他の例も可能であってよい。

【0081】

ブロック７０４において、方法７００は、Ｍの最大値に基づいてＭの試験分子を並べる表を生成することを含む。各最大値は、Ｍの試験分子の１つに対応する（例えば、試験分子を用いてシミュレーションデータの組を生成し、その組から接触の可能性を決定した）。コンピュータデバイスは、１つ又はそれより多くの試験分子に対応する最大値の順に、１つ又はそれより多くの試験分子を並べることにより、表を生成してよい。１つ又はそれより多くの試験分子を昇順で並べるか降順で並べるかは、Ｍの接触の可能性の決定に用いられる接触の可能性の型に依存してよい。

【0082】

１つの例において、コンピュータデバイスは、接触の可能性の参照分子‐参照分子の型を用いてよい。この例において、コンピュータデバイスは、Ｍの試験分子の１つ又はそれより多くを昇順で並べることにより、表を生成してよい（例えば、コンピュータデバイスは、最小の最大値から最大の最大値へ１つ又はそれより多くのＭの試験分子を並べてよい）。

【0083】

薬学的応用の文脈において、研究化学者は、接触の可能性の参照分子‐参照分子の型を用いて、溶媒系（例えば水性環境）でのＡＰＩ（すなわち参照分子）の凝集の防止に対する添加剤（すなわち試験分子）の効果を評価してよい。添加剤が、他の接触の可能性の最大値と比較して、より低い接触の可能性の最大値をもたらす場合、研究化学者は、その添加剤が他の添加剤より、ＡＰＩの凝集の防止に対してより効果的であることを決定してよい。それらの対応する最大値の順に、１つ又はそれより多くの添加剤を昇順で並べることにより、使用者は、ＡＰＩの凝集の防止に対してより効果的である１種又は複数種の添加剤を迅速に特定することができる場合がある。

【0084】

別の例において、コンピュータデバイスは、接触の可能性の参照分子‐試験分子、接触の可能性の参照分子‐溶媒、又は接触の可能性の溶質‐溶媒等のＭの接触の可能性を生成する際、異なる接触の可能性の型を用いてよい。この例において、コンピュータデバイスは、Ｍの試験分子の１つ又はそれより多くを降順で並べてよい（例えば、コンピュータデバイスは、１つ又はそれより多くの試験分子を最大の最大値から最小の最大値へ並べてよい）。

【0085】

薬学的応用の文脈において、研究化学者は、接触の可能性の参照分子‐試験分子の型を用いて、水性環境中のＡＰＩの溶解度を向上させる添加剤の効果を評価してよい。接触の他の可能性の最大値と比較して、添加剤がより大きい最大値をもたらす場合、研究化学者は、添加剤が、他の添加剤よりＡＰＩの溶解度を向上させることに対してより効果的であることを決定してよい。その対応する最大値の順に、降順で１つ又はそれより多くの添加剤を並べることにより、使用者はＡＰＩの溶解度の向上に対してより効果的である１種又は複数種の添加剤を迅速に特定することができる場合がある。

【0086】

同様に、研究化学者は、接触の可能性の参照分子‐溶媒又は試験分子‐溶媒の型を用いて、溶媒中、例えば水性環境でのＡＰＩの溶解度に対する添加剤の効果を評価してよい。上記の例と同様に、接触の可能性のより大きい最大値は、添加剤が、ＡＰＩの溶解度の向上に対して、他の添加剤よりも効果的であることを研究化学者に知らせてよい。その対応する最大値の順に、降順で１つ又はそれより多くの添加剤を並べることにより、使用者はＡＰＩの溶解度の向上に対してより効果的である１種又は複数種の添加剤を迅速に特定することができる場合がある。追加的に、研究化学者は、連続的なシミュレーションの最大値を比較することにより、シミュレーション条件を評価できる場合がある。同一の添加剤に関する２つの最大値が統計誤差の範囲内でない場合、研究化学者、又は場合によってはコンピュータデバイスは、シミュレーションが熱力学的平衡条件で実施されていないことを決定してよい。それに応じて、研究化学者（又はコンピュータデバイス）は、１つ又はそれより多くのシミュレーションパラメータ（例えば、δｒ、平衡シミュレーションの時間又は生成シミュレーションの時間、サンプルサイズ又は生成シミュレーションの間のサンプリング頻度）を調整してよい。

【0087】

ブロック７０６において、方法７００は、Ｍの最大値に基づいて、Ｍの試験分子から好ましい試験分子を選択することを含む。好ましい試験分子は、Ｍの接触の可能性の生成に用いられる接触の可能性の型に依存してよい。例えば、α種及びβ種の両方が参照分子である場合、コンピュータデバイスは最小の最大値に対応する試験分子を好ましい試験分子として選択してよい。別の例において、α種及びβ種の少なくとも１つが、試験分子の１つ又は溶媒であるときのように、コンピュータデバイスは、最も大きい最大値に対応する溶質を好ましい試験分子として選択してよい。さらに他の例において、他の基準を用いて好ましい試験分子を選択してよい。

【0088】

記載された方法を実施するように構成されたコンピュータデバイスの動作を示すために、以下の例を検討する。これらの例は、薬学的応用に関して記載されるが、コンピュータデバイスは、他の応用において記載される方法を実施してよいことが理解される。

【0089】

ブロック４０２のステップを実施することにおいて、コンピュータデバイスは、ＡＰＩと３種の試験添加剤（添加剤Ａ、添加剤Ｂ、及び添加剤Ｃ）を示す入力を受信してよい。コンピュータデバイスは、溶媒が水であることを示す入力を（場合によっては初期設定により）受信してもよい。コンピュータデバイスは、接触の可能性の型を特定する入力を受信してもよい。

【0090】

ブロック４０４と方法５００のステップを実施することにおいて、コンピュータデバイスは、３組のシミュレーションデータを生成してよく、その各々は、ＡＰＩと添加剤の１つとの間の水性環境での分子相互作用のシミュレーションから生成される。シミュレーションデータの各組は、シミュレーションデータの組が生成された添加剤に対応してよい。すなわち、第一のシミュレーションデータの組は添加剤Ａに対応してよく、第二のシミュレーションデータの組は添加剤Ｂに対応してよく、第三のシミュレーションデータの組は添加剤Ｃに対応してよい。

【0091】

ブロック４０６及び方法６００のステップを実施することにおいて、コンピュータデバイスは、３つの接触の可能性の決定を実施してよい。コンピュータデバイスは、３組のシミュレーションデータの１つから決定された平均動径分布関数として、各接触の可能性を決定してよい。

【0092】

ブロック４０８及び／又は方法７００のステップを実行することにおいて、コンピュータデバイスは、３つの接触の可能性に基づいてシミュレーション結果を決定してよい。コンピュータデバイスは、平均動径分布関数の最大ピークに基づいて、各接触の可能性の最大値を決定してよい。説明の目的のために、ＭＶ_Aは、添加剤Ａに対応する接触の可能性の最大値であってよく、ＭＶ_Bは、添加剤Ｂに対応する接触の可能性の最大値であってよく、ＭＶ_Cは、添加剤Ｃに対応する接触の可能性の最大値であってよい。追加的に、ＭＶ_AはＭＶ_Bより大きくてよく、ＭＶ_BはＭＶ_Cより大きくてよい。

【0093】

コンピュータデバイスは、対応する最大値の順に、３種の添加剤を並べる表を生成してよい。ブロック７０４に関して記載されるように、コンピュータデバイスが表をどのように生成するかは、選択される接触の可能性の型に依存してよい。接触の可能性の型が、参照分子‐参照分子（例えば、ＡＰＩ‐ＡＰＩ）型である例において、コンピュータデバイスは、その各々の最大値の順に、昇順で３種の添加剤を並べてよい。すなわちコンピュータデバイスは、添加剤Ｃが第一列、添加剤Ｂが第二列、添加剤Ａが第三列にあるように、表を生成してよい。追加的に、コンピュータデバイスは、添加剤Ｃを好ましい試験分子として特定してよい。

【0094】

接触の可能性の型が参照分子‐参照分子型の型でない例において、コンピュータデバイスは、その各々の最大値の順に、降順で３種の添加剤を並べてよい。すなわち、コンピュータデバイスは、添加剤Ａが第一列、添加剤Ｂが第二列、添加剤Ｃが第三列にあるように表を生成してよい。追加的に、コンピュータデバイスは、好ましい試験分子として添加剤Ａを特定してよい。

【0095】

追加的な例として、参照分子が低溶解性ＡＰＩである以下の薬学的応用を検討する。この例において、使用者は、ＧＵＩとやり取りをして、ＡＰＩ（すなわち、参照分子）としてフェニトイン（ＩＵＰＡＣ名：５，５‐ジフェニルイミダゾリジン‐２，４‐ジオン）を選択してよい。使用者は、ＧＵＩとやり取りをして２種の添加剤（すなわち、試験分子）を選択してもよい。第一の添加剤は、モル当たりの置換度が２．０メチル、０．２ヒドロキシプロピル、及び０．８アセテートであるセルロース誘導体ヒドロキシプロピルメチルセルロースアセテートである。第二の添加剤は、モル当たりの置換度が２．０メチル、０．２ヒドロキシプロピル、及び０．８スクシネートであるヒドロキシプロピルメチルセルローススクシネートである。使用者は、ＧＵＩとやり取りをして、溶媒として水を選択し、また、ＡＰＩ‐添加剤水分散液中の参照分子と、試験分子の各々の質量パーセント濃度を、各々１０％及び３．３％と各々選択してもよい。

【0096】

コンピュータデバイスは、次いで方法４００、５００、６００、及び７００のステップを実施して、フェニトインと２種の添加剤との分子相互作用をシミュレーションしてよい。図８Ａと８Ｂは、コンピュータデバイスが、方法６００のステップ６０６において生成してよい平均動径分布関数の例のグラフである。より具体的には、図８Ａは、ＡＰＩと添加剤の各々との間のＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数のグラフ８００ａである。第一の曲線８０１ａは、ＡＰＩと第一の添加剤のシミュレーションに関する第一のＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数を表し、第二の曲線８０２ａは、ＡＰＩと第二の添加剤のシミュレーションに関する第二のＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数を表す。

【0097】

グラフ８００ａにより示されるように、コンピュータデバイスは、各ＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数（ｇ（ｒ））の最大値が、約０．５ｎｍのラジアル距離（ｒ）において生じることを決定してよい。この例において、コンピュータデバイスは、ブロック７０２のステップを実施して、第一のＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数の最大値が約０．９であり、第二のＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数の最大値が約０．６であることを決定してよい。したがって、コンピュータデバイスは、第一のＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数の最大値が、第二のＡＰＩ‐添加剤平均動径分布関数の最大値より大きいことを決定してよい。

【0098】

ブロック７０４において、コンピュータデバイスは、平均動径分布関数の最大値を降順で並べる表を生成してよい。すなわち、コンピュータデバイスは、第一の添加剤が第一列に、第二の添加剤が第二の列にあるように、表を生成してよい。追加的に、コンピュータデバイスは、ブロック７０６において、好ましい試験分子として第一の添加剤を特定してよく、コンピュータデバイスは、ブロック４１０において、表、グラフ８００ａ、及び／又は好ましい試験分子の識別情報を表示してよい。

【0099】

追加的な例として、図８Ｂは、各シミュレーションに関するＡＰＩ‐ＡＰＩ（すなわち、参照分子‐参照分子）平均動径分布関数のグラフ８００ｂである。第一の曲線８０１ｂは、ＡＰＩと第一の添加剤のシミュレーションに関する第一のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数を表し、第二の曲線８０２ｂは、ＡＰＩと第二の添加剤のシミュレーションに関する第二のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数を表す。

【0100】

グラフ８００ｂにより示されるように、コンピュータデバイスは、第一のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数の最大値が、約０．９ｎｍにおいて生じることを決定してよい。コンピュータデバイスは、第二のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数（ｇ（ｒ））の最大値が、約０．４ｎｍのラジアル距離（ｒ）において生じることを決定してもよい。この例において、コンピュータデバイスは、ブロック７０２のステップを実施して、第一のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数の最大値が約０．９であり、第二のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数の最大値が約０．６５であることを決定してよい。したがって、コンピュータデバイスは、第一のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数の最大値が、第二のＡＰＩ‐ＡＰＩ平均動径分布関数の最大値より小さいことを決定してよい。

【0101】

ブロック７０４において、コンピュータデバイスは、平均動径分布関数の最大値を昇順で並べる表を生成してよい。上記の例のように、コンピュータデバイスは、第一の添加剤が第一列に、第二の添加剤が第二列にあるように、表を生成してよい。追加的に、コンピュータデバイスは、ブロック７０６において、好ましい試験分子として第一の添加剤を特定してよく、コンピュータデバイスは、ブロック４１０において、表、グラフ８００ｂ、及び／又は好ましい試験分子の識別情報を表示してよい。

【0102】

上記の例において、コンピュータデバイスは、Ｍの接触の可能性の１つ又はそれより多く、Ｍの最大値の１つ又はそれより多く、表、及び／又は好ましい試験分子を示す情報を含んでよい。コンピュータデバイスは、方法４００のブロック４１０のステップを実施する際、表、及び／又は好ましい試験分子等のシミュレーション結果を示す情報をディスプレイデバイスに表示させてよい。

【0103】

上記の方法及び例が、方法を実施する単一のコンピュータデバイスに関して記載される一方、各方法のステップを、１つ又はそれより多くのコンピュータデバイスにより実施してよい。例えば、方法の１つ又はそれより多くは、図１に関して記載される分散コンピューティングシステム１００等の分散コンピューティングシステムにより実施してよい。例えば、コンピュータ端子１０２は、１つ又はそれより多くの入力信号を受信するように構成されるＧＵＩを表示してよい。コンピュータ端子は、次いで１つ又はそれより多くの入力信号を、ネットワーク１０４を介してサーバーデバイス１０６に送信してよい。サーバーデバイス１０６は、方法４００のステップが完了すると、例えば、ネットワーク１０４を介してコンピュータ端子１０２に信号を送信してよく、それは、コンピュータ端子１０２の要素にシミュレーション結果を示す情報を表示させる。

【0104】

図面中のメッセージフロー図、シナリオ、及びフローチャートのいずれか又は全てに関して本開示で議論されるように、各ステップ、ブロック及び／又は通信は、例の実施態様による情報の処理、及び／又は情報の伝送を表してよい。代替的な実施態様は、これらの例の実施態様の範囲内に含まれる。これらの代替的な実施態様において、例えば、ステップ、ブロック、伝送、通信、要求、応答、及び／又はメッセージとして記載される機能は、示された又は議論されたものから、含まれる機能性に応じて、実質的に同時又は逆順を含むアウトオブオーダーで実行されてよい。さらに、より多い又は少ないステップ、ブロック及び／又は機能が、本開示で議論されるメッセージフロー図、シナリオ、及びフローチャートのいずれかと共に用いられてよく、これらのメッセージフロー図、シナリオ、及びフローチャートは、部分的に又は全体的に互いに組み合わされてよい。

【0105】

情報の処理を表すステップ又はブロックは、本開示で記載される方法又は技術の特定の論理機能を実施するように構成することができる回路に対応してよい。代替的に又は追加的に、情報の処理を表すステップ又はブロックは、モジュール、セグメント、又はプログラムコードの部分（関係するデータを含む）に対応してよい。プログラムコードは、方法又は技術において、特定の論理機能又は動作を実施するプロセッサにより実行可能な１つ又はそれより多くの命令を含んでよい。プログラムコード及び／又は関係するデータは、ディスクドライブ、ハードドライブ、又は他のストレージメディアを含むストレージデバイス等のコンピュータ読み込み可能なメディアの任意の型に保存してよい。

【0106】

コンピュータ読み込み可能なメディアは、記録メモリ、プロセッサキャッシュ、及び／又はランダムアクセスメモリ（ＲＡＭ）等の短い時間の間データを保存するコンピュータ読み込み可能なメディア等の非一時的なコンピュータ読み込み可能なメディアを含んでもよい。コンピュータ読み込み可能なメディアは、より長い時間の間、プログラムコード及び／又はデータを保存する非一時的なコンピュータ読み込み可能なメディア、例えば、セカンダリ又は持続性長期間ストレージ、読み込み専用メモリ（ＲＯＭ）等、光又は磁気ディスク、及び／又はコンパクトディスク読み込み専用メモリ（ＣＤ‐ＲＯＭ）等を含んでもよい。コンピュータ読み込み可能なメディアは、任意の他の揮発性又は不揮発性ストレージシステムであってもよい。コンピュータ読み込み可能なメディアは、コンピュータ読み込み可能なストレージメディア、例えば、又は有形ストレージデバイスと考えてよい。

【0107】

さらに、１つ又はそれより多くの情報伝送を表すステップ又はブロックは、同一の物理的デバイスにおける、ソフトウェア及び／又はハードウェアモジュール間の情報伝送に対応してよい。しかし、他の情報伝送は、異なる物理的デバイスにおけるソフトウェアモジュール及び／又はハードウェアモジュール間であってよい。

【0108】

本発明が、好ましい実施態様にしたがって上記に記載されている一方、本開示の範囲内で変更することができる。この応用は、したがって本開示で開示される基本原理を用いる本発明の任意の変更、使用又は適合に及ぶことが意図される。さらに、応用は、本発明に関連し、以下の特許請求の範囲の制限内にある分野の周知又は慣行に近い本開示からのそのような発展に及ぶことが意図される。
本開示は以下も包含する。
［１］
コンピュータデバイスにより、分子シミュレーターを用いてＭ組のシミュレーションデータを生成することと、
Ｍ組のシミュレーションデータの各々に関して、α種とβ種との接触の可能性を決定してＭの接触の可能性を与えることと、
Ｍの接触の可能性の少なくとも１つに基づいてシミュレーション結果を決定することと、
ディスプレイデバイスにシミュレーション結果を示す情報を表示させることとを含む方法であって、
Ｍ組のシミュレーションデータの各々が、（ｉ）参照分子の分子と、（ｉｉ）Ｍの試験分子の１つの分子との溶媒中のシミュレーションされた位置を示すシミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルを含み、
（ａ）Ｍが正の整数であり、（ｂ）参照分子が活性薬剤成分であり、（ｃ）Ｍの試験分子が各々ポリマー又はオリゴマー添加剤であり、
接触は、β種の粒子が、α種の粒子からのラジアル距離の範囲内にあるときに生じ、
α種とβ種の各々が、参照分子、溶媒、又はＭの試験分子の１つ、の１つである、方法。
［２］
さらに、参照分子、Ｍの試験分子、又は溶媒の少なくとも１つを示す情報を含むユーザーインターフェースを介して、コンピュータデバイスにより１つ又はそれより多くの入力を受信することを含む、上記態様１に記載の方法。
［３］
Ｍの試験分子を受信するために、コンピュータデバイスが、ユーザーインターフェースを介して：
ポリマー又はオリゴマーの選択と、
１つ又はそれより多くの置換基の選択と、
１つ又はそれより多くの置換基の各々がポリマー又はオリゴマーに結合している位置の選択と、
を受信するように構成された、上記態様２に記載の方法。
［４］
ポリマー又はオリゴマーが、ポリエチレンオキシド、ポリビニルピロリドン、セルロース、又はシクロデキストリンの１つである、上記態様３に記載の方法。
［５］
１つ又はそれより多くの置換基が、
１つ又はそれより多くのモノマーアルキル、アシル、又はカチオン性基；又は
別のポリマー若しくはオリゴマーにグラフトすることができる１つ若しくはそれより多くのポリマー若しくはオリゴマー基、
を含む、上記態様３又は４に記載の方法。
［６］
さらに、Ｍ組のシミュレーションデータを生成するより前に、分子シミュレーターを用いてＭ組の熱力学的平衡条件を決定することを含む方法であって、
Ｍ組の熱力学的平衡条件の各々が、参照分子と、Ｍの試験分子の１つとを含む溶媒系に関して１つ又はそれより多くの熱力学的平衡条件を含み、
分子シミュレーターが、Ｍ組の熱力学的平衡条件の１組を用いてＭ組のシミュレーションデータの各々を生成し、
Ｍ組の熱力学的平衡条件の各々を決定するために分子シミュレーターにより用いられる分子の数が、Ｍ組のシミュレーションデータの各々を生成するために分子シミュレーターにより用いられる分子の数より少ない、上記態様１〜５のいずれかに記載の方法。
［７］
α種の粒子が、α種の原子、分子、又は化学的部分の１つであり、
β種の粒子が、β種の原子、分子、又は化学的部分の１つである、上記態様１〜６のいずれかに記載の方法。
［８］
Ｍの接触の可能性を決定することが、Ｍの平均動径分布関数を決定することを含み、
Ｍの平均動径分布関数の各々を決定することが、
Ｍ組のシミュレーションデータの１組に含まれるシミュレーションデータの１つ又はそれより多くのサンプルの各々に関して動径分布関数を決定して、１つ又はそれより多くの動径分布関数を与えることと、
１つ又はそれより多くの動径分布関数の各々を規格化して、１つ又はそれより多くの規格化された動径分布関数を与えることと、
１つ又はそれより多くの規格化された動径分布関数を平均化して平均動径分布関数を与えることと、
Ｍの平均動径分布関数の各々の最大値を決定してＭの最大値を与えることとを含み、
１つ又はそれより多くの動径分布関数の各々が、α種の粒子からのラジアル距離の範囲内にあるβ種の粒子の数に基づいており、
Ｍの最大値の各々が、Ｍの試験分子の１つと関連付けられている、上記態様１〜７のいずれかに記載の方法。
［９］
シミュレーション結果が、（ｉ）Ｍの試験分子に含まれる１つ又はそれより多くの試験分子と、（ｉｉ）１つ又はそれより多くの試験分子の各々に関連付けられる最大値とを示す情報を含む、上記態様８に記載の方法。
［１０］
さらに、Ｍの試験分子に含まれる１つ又はそれより多くの試験分子を、１つ又はそれより多くの試験分子の各々に関連付けられる最大値の順に並べた表を生成することと、
表を示す情報をディスプレイデバイスに表示させることと、
を含む、上記態様８又は９に記載の方法。
［１１］
さらに、各試験分子と関連付けられる最大値に基づいて、Ｍの試験分子から好ましい試験分子を特定することを含み、シミュレーション結果が、好ましい試験分子を示す情報を含む、上記態様８〜１０のいずれかに記載の方法。
［１２］
α種及びβ種がＡＰＩであるときに、好ましい試験分子が、最小の最大値と関連付けられる、Ｍの試験分子に含まれるポリマー添加剤である、上記態様１１に記載の方法。
［１３］
α種又はβ種の少なくとも１つが溶媒の１つ又はＭの試験分子の１つであるときに、好ましい試験分子が、最大の最大値と関連付けられる、Ｍの試験分子に含まれる試験分子である、上記態様１１に記載の方法。
［１４］
ユーザーインターフェース要素と、ディスプレイデバイスと、プロセッサと、上記態様１〜１３のいずれかに記載の方法を実施するように、プロセッサにより実行可能な命令を含む非一時的なデータストレージとを含む、コンピュータデバイス。
［１５］
ユーザーインターフェースを含むコンピュータデバイスと、
上記態様１〜１３のいずれかに記載の方法のステップを実施するように構成されたサーバーとを含むシステムであって、
コンピュータデバイスが、
ユーザーインターフェースの入力要素を介して１つ又はそれより多くの入力を受信し、
シミュレーション結果を示す情報をユーザーインターフェースの出力要素に表示するように構成された、システム。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8A】

【図8B】