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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】6483071
(24)【登録日】2019年2月22日
(45)【発行日】2019年3月13日
(54)【発明の名称】ペプチド癌抗原特異的Ｔ細胞のレセプター遺伝子
(51)【国際特許分類】
C12N 15/09 20060101AFI20190304BHJP
C07K 14/725 20060101ALI20190304BHJP
C07K 16/28 20060101ALI20190304BHJP
C12N 5/078 20100101ALI20190304BHJP
C12Q 1/68 20180101ALI20190304BHJP
G01N 33/574 20060101ALI20190304BHJP
【ＦＩ】
C12N15/09 ZZNA
C07K14/725
C07K16/28
C12N5/078
C12Q1/68
G01N33/574 A
G01N33/574 D
【請求項の数】7
【全頁数】29
(21)【出願番号】特願2016-193222(P2016-193222)
(22)【出願日】2016年9月30日
(62)【分割の表示】特願2013-522787(P2013-522787)の分割
【原出願日】2012年6月20日
(65)【公開番号】特開2017-46698(P2017-46698A)
(43)【公開日】2017年3月9日
【審査請求日】2016年10月28日
(31)【優先権主張番号】特願2011-143273(P2011-143273)
(32)【優先日】2011年6月28日
(33)【優先権主張国】JP
(73)【特許権者】
【識別番号】505443953
【氏名又は名称】株式会社癌免疫研究所
(74)【代理人】
【識別番号】100081422
【弁理士】
【氏名又は名称】田中 光雄
(74)【代理人】
【識別番号】100084146
【弁理士】
【氏名又は名称】山崎 宏
(74)【代理人】
【識別番号】100122301
【弁理士】
【氏名又は名称】冨田 憲史
(72)【発明者】
【氏名】杉山 治夫
【審査官】
山村 周平
(56)【参考文献】
【文献】
国際公開第２００８／１０８２５７（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
特表２００１−５１７９５８（ＪＰ，Ａ）
【文献】
特表２００２−５１５２４３（ＪＰ，Ａ）
【文献】
国際公開第２００３／０５９１５５（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
国際公開第２００５／１１６０７４（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
国際公開第１９９９／０２７９５７（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
河上 裕，メラノーマに対する免疫療法における最近の展開，Skin Cancer，２００４年，Vol.19，pp.25-33
【文献】
Ochsenreither Sebastian et al，"Wilms Tumor Protein 1" (WT1) Peptide Vaccination-induced Complete Remission in a Patient With Acute Myeloid Leukemia Is Accompanied by the Emergence of a Predominant T-cell Clone Both in Blood and Bone Marrow，Journal of immunotherapy，２０１１年 １月，vol.34,no.1，p85-91
(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）
Ｃ１２Ｎ １５／００−１５／９０
Ｃ０７Ｋ １／００−１９／００
Ｃ１２Ｎ ５／００−５／２８
Ｃ１２Ｑ １／００−１／７０
Ｇ０１Ｎ ３３／００−３３／９８
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者における癌にかかっている可能性を判定する方法であって、
治療前に該ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者から得られた試料中の、下記ポリヌクレオチドあるいは下記ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーを調べ、治療前の患者における下記ポリヌクレオチドのいずれかまたは下記ペプチドのいずれかを有する３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが大きいほど、あるいは３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が多いほど、該患者が癌にかかっている可能性が高いと判定することを特徴とし、
ポリヌクレオチドが、（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは（ｉｉ）配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列からなるＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなる（ｉ）記載のポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは（ｉｉ）配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなる（ｉ）記載のペプチドである、
方法。
治療前に該ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者から得られた試料中の、下記ポリヌクレオチドあるいは下記ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーを調べ、治療前の患者における下記ポリヌクレオチドのいずれかまたは下記ペプチドのいずれかを有する３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが大きいほど、あるいは３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が多いほど、該患者が癌にかかっている可能性が高いと判定することを特徴とし、
ポリヌクレオチドが、（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは（ｉｉ）配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列からなるＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなる（ｉ）記載のポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは（ｉｉ）配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなる（ｉ）記載のペプチドである、
方法。
【請求項2】
ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドに対する抗体であって、ペプチド中の、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を認識する抗体。
【請求項3】
下記ポリヌクレオチド、下記ペプチド、あるいは請求項２記載の抗体を含むチップであって、
ポリヌクレオチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなるポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列からなるペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなるペプチドである、
チップ。
ポリヌクレオチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなるポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列からなるペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなるペプチドである、
チップ。
【請求項4】
下記ポリヌクレオチドあるいは下記ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬを検出するための手段を含む、請求項１に記載の方法を用いることによる癌の診断キットであって、
ポリヌクレオチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列からなるＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなるポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列からなるペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなるペプチドである、
キット。
ポリヌクレオチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列からなるＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなるポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列からなるペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなるペプチドである、
キット。
【請求項5】
下記ポリヌクレオチドあるいは下記ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬを検出するための手段を含む、請求項１に記載の方法を用いることによる癌の診断装置であって、
ポリヌクレオチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列からなるＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなるポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列からなるペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなるペプチドである、
装置。
ポリヌクレオチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列からなるポリヌクレオチドであって、配列番号：１１、１２、１７、１８、２２、２３、２６、３７、４７、４９、６３、７０、８９、１２２、１４３、１７４、１８９、２０３、２０６、２１２、２２２、２４６、２４９、３１８、３３３、３４０、３７７、３８１、３８９、４６２、４６８、４７３、４７８、５００、５１３、５４９、５５５、５６４、５７７、５８３に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列からなるＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなるポリヌクレオチドであり、
ペプチドが、
（ｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドであるか、あるいは
（ｉｉ）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列からなるペプチドであって、配列番号：７６７、７６８、７７３、７７４、７７８、７７９、７８２、７９３、８０３、８０５、８１９、８２６、８４５、８７８、８９９、９３０、９４５、９５９、９６２、９６８、９７８、１００２、１００５、１０７４、１０８９、１０９６、１１３３、１１３７、１１４５、１２１８、１２２４、１２２９、１２３４、１２５６、１２６９、１３０５、１３１１、１３２０、１３３３、１３３９に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなるペプチドである、
装置。
【請求項6】
請求項３記載のチップを含む請求項４記載のキット。
【請求項7】
請求項３記載のチップが用いられる請求項５記載の装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、癌抗原特異的Ｔ細胞のレセプター遺伝子に含まれるポリヌクレオチドおよびそれによりコードされるペプチド、ならびにそれらを用いる癌の検査（診断、予後、治療モニタリング等）や癌の治療等に関する。
【背景技術】
【0002】
癌の治療には手術による切除、放射線治療、抗癌剤による治療、そして免疫療法がある。このうち、免疫療法は癌に対する選択性・特異性が高く、副作用もほとんどないので、近年、特に注目されている。なかでも、多くの癌細胞や白血病細胞に豊富に存在するＷＴ１蛋白を標的とした癌や白血病の治療の試みがさかんに行われている。このようなＷＴ１を標的とした抗癌治療のメカニズムを研究し、さらに治療効果を高めるためには、ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）遺伝子のヌクレオチド配列およびそれによりコードされるレセプターペプチドのアミノ酸配列を同定する必要がある。しかしながら、現在に至るまでいくつかの研究（特許文献１、非特許文献１−５等参照）がなされているが、依然として、かかるレセプター遺伝子およびレセプターペプチドの配列やそれらの利用について情報が少ない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0003】
【特許文献1】国際公開公報ＷＯ２００８／１０８２５７Ａ１
【非特許文献】
【0004】
【非特許文献1】Valmori D. et al., J. Immunol. 168:4231-4240, 2002
【非特許文献2】Dietrich PY. et al., Cancer Res. 61:2047-2054, 2001
【非特許文献3】Coulie PG. et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98:10290-10295, 2001
【非特許文献4】Godelaine D. et al. J. Immunol. 171:4893-4897, 2003
【非特許文献5】Mandruzzato S. et al., J. Immunol. 169:4017-4024, 2002
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
本発明の課題は、ＷＴ１蛋白に対するＷＴ１特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のアミノ酸配列およびそれをコードする遺伝子のヌクレオチド配列、特にそのＣＤＲ３領域のアミノ酸配列およびヌクレオチド配列を明らかにし、これらを癌の検査（診断、予後、治療モニタリング等）や癌治療に利用することであった。
【課題を解決するための手段】
【0006】
本発明者は、上記課題を解決せんと鋭意研究を重ね、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列を初めて決定し、本発明を完成するに至った。特に本発明は、ＷＴ１癌抗原ペプチド（ＷＴ１タンパクのアミノ酸１２６〜１３４番目、ＲＭＦＰＮＡＰＹＬ（配列番号：１５４３））を認識するＷＴ１特異的細胞傷害性Ｔ細胞のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）遺伝子の塩基配列を初めて同定した。すなわち、本発明は以下のものを提供する。
（１）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１〜７５６に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチド；
（２）配列番号：１〜７５６に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列からなるＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列からなる（１）記載のポリヌクレオチド；
（３）ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７５７〜１５１２に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチド；
（４）配列番号：７５７〜１５１２に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなる（３）記載のペプチド；
（５）（１）または（２）記載のポリヌクレオチドあるいは（３）または（４）記載のペプチドの、癌マーカーとしての使用；
（６）治療前にＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者から得られた試料中の、（１）または（２）記載のいずれかのポリヌクレオチドあるいは（３）または（４）記載のいずれかのペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーを調べることを特徴とする、癌の診断方法であって、該クロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬが存在する場合に、該クロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が多いほど、あるいは該クロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが大きいほど、患者が癌にかかっている可能性が高いと判定する方法；
（７）治療前の患者におけるいずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有する３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが大きいほど、あるいは３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が多いほど、該患者が癌にかかっている可能性が高いと判定する（６）記載の方法；
（８）治療前においてＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者から得られた試料中の、（１）または（２）記載のいずれかのポリヌクレオチドあるいは（３）または（４）記載のいずれかのペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬの種類およびクロナリティーを調べることを特徴とする、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する患者の感受性を調べる方法であって、該患者におけるクロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する無応答者のそれよりも多い場合に、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する該患者の感受性があると判定する方法；
（９）治療前の患者におけるクロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬクローンの種類が多いほど、あるいはクロナリティーが大きいほど、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する該患者の感受性が高いと判定する（８）記載の方法；
（１０）ＷＴ１ペプチド免疫療法の前後において、ＨＬＡ−Ａ＊２４０２陽性患者から得られた試料中の、（１）または（２）記載のいずれかのポリヌクレオチドあるいは（３）または（４）記載のいずれかのペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬクローンのクロナリティーを調べることを特徴とする、該患者におけるＷＴ１ペプチド免疫療法のモニタリング方法であって、いずれかのクローンに関してＷＴ１ペプチド免疫療法前よりもＷＴ１ペプチド免疫療法後において該ＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが増加した場合に、該患者がＷＴ１ペプチド免疫療法に応答したと判定する方法；
（１１）ＷＴ１ペプチド免疫療法後において、クロナリティーの増加の割合が大きいほど、あるいはクロナリティーが増加したクローンの種類が多いほど、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する応答性が高いと判定する（１０）記載の方法；
（１２）（３）または（４）記載のペプチドに対する抗体；
（１３）（１）または（２）記載のポリヌクレオチド、（３）または（４）記載のペプチド、あるいは（１２）記載の抗体を含むチップ；
（１４）配列番号：１５１３〜１５３８に示す配列から選択される配列を有するＣＤＲ３ポリペプチド増幅用プライマー；
（１５）（１）または（２）記載のポリヌクレオチドあるいは（３）または（４）記載のペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬを検出するための手段を含む、癌の診断キット、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する癌患者の感受性を調べるためのキット、またはＷＴ１ペプチド免疫療法のモニタリング用キット；
（１６）（１）または（２）記載のポリヌクレオチドあるいは（３）または（４）記載のペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬを検出するための手段を含む、癌の診断装置、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する癌患者の感受性を調べるための装置、またはＷＴ１ペプチド免疫療法のモニタリング用装置；
（１７）（１３）記載のチップまたは（１４）記載のプライマーを含む（１５）記載のキット；
（１８）（１３）記載のチップまたは（１４）記載のプライマーが用いられる（１６）記載の装置；
（１９）（１）または（２）記載のポリヌクレオチド配列を含むＴ細胞レセプター遺伝子を導入したＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性癌患者のリンパ球。
【0007】
さらに本発明は、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドを含むＴ細胞レセプター遺伝子を導入したＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性の人のリンパ球を用いた癌治療も提供する。
【0008】
さらに本発明は、ＣＤＲ３ペプチドに対する抗体およびその使用も提供する。
【発明の効果】
【0009】
本発明によれば、ＷＴ１特異的ＣＴＬのＴＣＲのＶβ鎖遺伝子に含まれるヌクレオチド配列およびそれらによりコードされるペプチドのアミノ酸配列、詳細には、ＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列が明らかとなり、これらのポリヌクレオチドまたはペプチドを用いて、広範な癌の検査（診断、予後、治療モニタリング等）、有効な癌の治療等を行うことができる。
【図面の簡単な説明】
【0010】
【図1-1】図１−１は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-2】図１−２は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-3】図１−３は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-4】図１−４は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-5】図１−５は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-6】図１−６は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-7】図１−７は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-8】図１−８は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図1-9】図１−９は、本発明において同定された健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列、それらのクローン数（クロナリティー）等を示す。ｃｌｏｎｅ＃はクローン番号であり、ドットの左の数字はＶβ鎖のファミリー番号、ドットの右の数字は整理番号である。ｎａｍｅの欄はクローンが由来した対象を示し、ＨＤ１、ＨＤ２、ＨＤ３、ＨＤ４、ＨＤ５はそれぞれ健常人を表し、ＰＴ１、ＰＴ２、ＰＴ３、ＰＴ４、ＰＴ５、ＰＴ６は固形癌患者を表し、それぞれ、グリオブラストーマ、原始神経外胚葉腫瘍、グリオブラストーマ、卵巣癌、盲腸癌、グリオブラストーマの患者である。Ｖｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅはＶ領域、Ｊ領域およびＤ領域がどのようなものかを示す。ヌクレオチド配列は、Ｖ領域、Ｎ１領域、Ｄ領域、（Ｐ）Ｎ２領域、Ｊ領域に由来する部分ごとに示される。ヌクレオチド配列の右隣の欄はヌクレオチド配列がどのような領域由来の配列から構成されているかを示す。各ヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配列は当業者に公知の１文字法で示される。アミノ酸配列の右側の２つの欄は、各健常人におけるクロナリティーおよび各癌患者におけるクロナリティーを示す。右端の欄は各クローンのクロナリティー合計を示す。
【図2-1】図２−１は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-2】図２−２は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-3】図２−３は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-4】図２−４は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-5】図２−５は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-6】図２−６は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-7】図２−７は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-8】図２−８は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-9】図２−９は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-10】図２−１０は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【図2-11】図２−１１は、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者から得られたＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のヌクレオチド配列およびアミノ酸配列をまとめたものである。左端のｎａｍｅ欄は健常者、癌患者を示し、符号の意味は図１と同じである。ｃｅｌｌ＃は各人から得られた細胞の番号である。ＴＲＢＶ、ＴＲＢＪおよびＴＲＢＤは、それぞれ図１のＶｎａｍｅ、ＪｎａｍｅおよびＤｎａｍｅと同じ意味である。ヌクレオチド配列の表示においてドット（図１では省略せず）を省略してある。アミノ酸配列の右の＊あるいは＊＊は、同じ配列が２つ以上並んでいることを示す。
【発明を実施するための形態】
【0011】
本発明者は、ＷＴ１ペプチド／ＨＬＡ−Ａ＊０２０１の複合体からなるＷＴ１テトラマーで癌患者の末梢血リンパ球を染色し、ＦＡＣＳを用いてＷＴ１テトラマー陽性細胞を１個ずつ分離し、各細胞からｃＤＮＡを作成し、ＰＣＲ法を適用することによってＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（以下において「ＷＴ１特異的ＣＴＬ」ということがある）のＴ細胞レセプター（以下において「ＴＣＲ」ということがある）のＶβ鎖に含まれるＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を決定した（図１−１〜図１−９、図２−１〜図２−１３、配列番号：１〜７５６）。これらの結果から該ＣＤＲ３のアミノ酸配列も決定した（図１−１〜図１−９、図２−１〜図２−１３、配列番号：７５７〜１５１２）。これらの配列は本発明により初めて同定されたものである。
【0012】
したがって、本発明は、１の態様において、健常人およびＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者のＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３をコードするヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドであって、配列番号：１〜７５６に示すいずれかのＣＤＲ３ヌクレオチド配列を有するＤＮＡ、またはその相補的ＲＮＡ、またはそれらの相補配列を有するポリヌクレオチドを提供するものである。本明細書において、これらのＤＮＡ、ＲＮＡ、それらの相補的ポリヌクレオチドをまとめて「ＣＤＲ３ポリヌクレオチド」という。例えば、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドは、配列番号：１〜７５６に示すヌクレオチド配列からなるＤＮＡのみならず、これらの配列を含むＤＮＡも包含する。また例えば、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドは、配列番号：１〜７５６に示すヌクレオチド配列からなるＤＮＡに相補的なＲＮＡのみならず、これらの配列を含むＲＮＡも包含する。さらに例えば、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドは、上記ＤＮＡまたはＲＮＡおよびＲＮＡに相補的な配列を有するポリヌクレオチドも包含する。また、「ＣＤＲポリヌクレオチド」には、「ＣＤＲ３ペプチド」をコードする縮重配列を有するものも包含される。
【0013】
また本発明は、別の態様において、ＷＴ１特異的細胞障害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）のＴ細胞レセプター（ＴＣＲ）のＶβ鎖のＣＤＲ３のアミノ酸配列を有するペプチドであって、配列番号：７５７〜１５１２に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列を有するペプチドを提供するものである。本明細書において、これらのペプチドをまとめて「ＣＤＲ３ペプチド」という。例えば、ＣＤＲ３ペプチドは、配列番号：７５７〜１５１２に示すいずれかのＣＤＲ３アミノ酸配列からなるペプチドのみならず、これらのＣＤＲ３アミノ酸配列を含むペプチドも包含する（例えば、Ｖβ鎖ペプチドまたはその一部分など）。さらに、配列番号：７５７〜１５１２に示すアミノ酸配列において、１個ないし数個、好ましくは１個ないし３個、１個ないし２個、あるいは１個のアミノ酸が置換、付加、欠失しているアミノ酸配列からなる、あるいは含むペプチドも「ＣＤＲ３ペプチド」に包含される。ただし、これらのペプチドが本来のペプチドと同等の機能を有することが条件となる。これらのＣＤＲ３ペプチドは上記のＣＤＲ３ポリヌクレオチドによってコードされるものである。
【0014】
ＣＤＲ３は最も多様性に富む領域であり、抗原認識の特異性に最も強く関与する部分である。それゆえ、本発明のＣＤＲ３ポリヌクレオチドの配列および本発明のＣＤＲ３ペプチドの配列は、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者におけるＷＴ１特異的ＣＴＬに特有の配列であると考えられる。したがって、あるＴ細胞のＴＣＲのＶβ鎖遺伝子のＣＤＲ３領域をコードするポリヌクレオチドまたはそのＣＤＲ３領域のペプチドが本発明のポリヌクレオチドまたは本発明のペプチドの配列を有していれば、そのＴ細胞はＷＴ１特異的であると考えられる。したがって、本発明のＣＤＲ３ポリヌクレオチドおよびＣＤＲ３ペプチドは、広範な癌のマーカーとして、癌の診断、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する該患者の感受性の診断、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する該患者の応答性の検査などに使用することができる。
【0015】
本発明のＣＤＲ３ポリヌクレオチドおよびＣＤＲ３ペプチドは、ＷＴ１を有する細胞に起因する癌であれば、いずれの種類の癌患者のリンパ球においても出現し得る。ＷＴ１は多くの種類の癌や血液悪性腫瘍において癌抗原となっていることが知られている。従って、本発明のＣＤＲ３ポリヌクレオチドおよびＣＤＲ３ペプチド、ならびに以下に説明する本発明の方法は、固形癌、血液癌を問わず殆どあらゆる種類の癌に適用することができ、例えば、急性骨髄性白血病、急性リンパ性白血病、悪性リンパ腫、多発性骨髄腫、慢性骨髄性白血病、骨髄異形成症候群、同種造血幹細胞移植後再発などの血液悪性疾患；舌癌、歯肉癌、口腔底癌、咽頭癌、喉頭癌、唾液腺癌、甲状腺癌などの固形癌；乳癌、肺癌、胸腺癌などの胸部の癌；大腸癌、小腸癌、胃癌、膵臓癌、肝癌、胆管癌、消化器内分泌腫瘍、消化管カルチノイドなどの消化器の癌；腎癌、尿路上皮癌、胚細胞腫、ウイルムス腫瘍、前立腺癌、子宮体癌、子宮頚癌、子宮肉腫、卵巣悪性腫瘍などの尿路生殖器系の癌；骨原発性悪性腫瘍（骨肉種、Ewing肉腫など）、軟部肉腫などの筋・骨格系の悪性腫瘍；その他皮膚癌、神経芽細胞腫、悪性神経膠腫（グリオブラストーマ）、中枢神経原発悪性リンパ腫、髄芽腫・ＰＮＥＴなどに適用できるが、これらの癌や腫瘍に限定されない。
【0016】
ＣＤＲ３ポリヌクレオチドあるいはＣＤＲ３ペプチドを製造する場合には、通常の遺伝子工学的手法および／または化学合成法を用いることができる。例えば、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドを細胞から単離してもよく、あるいは化学合成してもよい。ＣＤＲ３ポリヌクレオチドをＰＣＲ法などの公知方法にて増幅することもできる。また例えば、ＣＤＲ３ポリヌクレオチド（公知方法にて適当量まで増幅しておいてもよい）を適当なベクターに組み込んで適当な細胞に導入し、あるいは遺伝子銃やエレクトロポレーションなどによって適当な細胞に導入し、次いで、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドを導入された細胞を培養して、発現させることにより、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドおよびＣＤＲ３ペプチドを得ることができる。使用可能なベクターや細胞、遺伝子導入条件、培養条件、遺伝子やペプチドの単離方法などは当業者に公知であり、適宜選択して用いることができる。ＣＤＲ３ポリヌクレオチドあるいはＣＤＲ３ペプチドを製造するために化学合成法を用いてもよい。これらの化学合成法は公知であり、遺伝子の化学合成法としてはアミダイト法によるＤＮＡの固相合成や１−４ホスホネート法などがあり、ペプチドの化学合成法としてはＦｍｏｃ法などがある。
【0017】
したがって、本発明は、さらなる態様において、治療前のＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者から得られた試料中の、いずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーを調べることを特徴とする該患者における癌の診断方法であって、該クロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬが存在する場合に、該クロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が多いほど、あるいは該クロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが大きいほど、患者が癌にかかっている可能性が高いと判定する方法を提供する。本明細書において「クロナリティー」とは、同一のヌクレオチド配列またはアミノ酸配列を有する細胞が検出される頻度をいう。クロナリティーを調べるためには、細胞１個１個を識別することのできるセルソーターを用いるのが一般的である。「患者」とは、癌の疑いのあるヒト、癌にかかっているヒトの両方を包含する。この方法を実施する際に、癌にかかっていない人のクロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬの種類やクロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーと比較してもよい。
【0018】
本発明者は、患者におけるいずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドあるいはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーを調べることにより、該患者が癌にかかっているかどうかを判定できることを見出した。図１−１〜図１−９および図２−１〜図２−１３にも示されているように、健常人（ＨＤ１〜ＨＤ５）では、いずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーはほとんどのクローンに関して１、希に２または３、ごく希に４（１クローンのみ）であるのに対し、治療前におけるすべての癌患者（ＰＴ１〜ＰＴ６）では、いずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが複数のものが必ず存在しており、そのクロナリティー数およびそのような細胞の種類も健常人よりも多い。治療前における患者におけるクロナリティーの増加またはクロナリティーが複数である細胞の種類の増加は、患者において癌細胞に対する防御・攻撃が既に開始されている可能性を示すものである。
【0019】
これらのことより、被験者試料を調べた場合に、いずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのなかにクロナリティーが複数のものが存在すれば、該被験者は癌にかかっている可能性があると判定することができる。さらに、治療前の被験者におけるいずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが大きいほど、あるいは複数のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が多いほど、被験者が癌にかかっている可能性が高いと判定することができる。また、上記判定方法において、治療前の患者におけるいずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有する３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが大きいほど、あるいは３以上のクロナリティーを有するＷＴ１特異的ＣＴＬの種類が多いほど、患者が癌にかかっている可能性が高いと判定してもよい。
【0020】
本発明は、さらなる態様において、治療前においてＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者から得られた試料中の、請求項１記載のいずれかのポリヌクレオチドまたは請求項２記載のいずれかのペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬクローンの種類の数およびクロナリティーを調べることを特徴とする、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する患者の感受性を調べる方法であって、該患者におけるクロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬクローンの種類が、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する無応答者のそれよりも多い場合に、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する該患者の感受性があると判定する方法を提供する。
【0021】
患者における癌細胞に対抗して、いずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬが作用する。治療前において既にクロナリティーが複数であるクローンは、ＷＴ１ペプチド免疫療法によってクロナリティーをさらに増加させるか、あるいはそのクロナリティーを維持すると考えられる。また、できるだけ多種類のクローンが存在したほうが、全体として有効なＷＴ１特異的ＣＴＬクローンの数および種類が増加することとなり、ＷＴ１免疫療法の成功の可能性が高いと考えられる。より厳密には、患者におけるクロナリティーが複数であるＷＴ１特異的ＣＴＬクローンの種類が無応答者におけるそれよりも多い場合に、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する患者の感受性が高いと判定することができる。
【0022】
あるクローンのクロナリティーが増加したことは、ＷＴ１ペプチド免疫療法が一定期間奏功したことを示すと考えられる。あるクローンのクロナリティーが一時的に増加し、その後減少しても、他のクローンのクロナリティーが増加して、効果を補填するものと考えられる。癌細胞に対する効果からすると、クロナリティーの増加の割合が大きいほど望ましいと考えられる。したがって、ＷＴ１ペプチド免疫療法後において、クロナリティーの増加の割合が大きいほど、あるいはクロナリティーが増加したクローンの種類が多いほど、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する応答性が高かったと考えられる。
【0023】
本発明は、さらなる態様において、ＷＴ１ペプチド免疫療法の前後において、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者から得られた試料中の、請求項１記載のいずれかのポリヌクレオチドまたは請求項２記載のいずれかのペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬクローンのクロナリティーを調べることを特徴とする、該患者におけるＷＴ１ペプチド免疫療法のモニタリング方法であって、いずれかのクローンに関してＷＴ１ペプチド免疫療法前よりもＷＴ１ペプチド免疫療法後において該ＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが増加した場合に、該患者がＷＴ１ペプチド免疫療法に応答したと判定する方法を提供する。
【0024】
ＷＴ１ペプチド免疫療法によりクロナリティーが増えるクローンが存在することは、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する応答を示すものである。すなわち、クロナリティーが増加したことは、ＷＴ１ペプチド免疫療法が一定期間奏功したことを示すと考えられる。これらのクロナリティーの増加は一時的なものであってもよく、持続的なものであってもよい。あるクローンのクロナリティーが一時的に増加し、その後減少しても、他のＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが増加して、効果を補填するものと考えられる。癌細胞に対する効果からすると、クロナリティーの増加の割合が大きいほど望ましいと考えられる。したがって、ＷＴ１ペプチド免疫療法後において、クロナリティーの増加の割合が大きいほど、あるいはクロナリティーが増加したクローンの種類が多いほど、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する応答性が高いと判定することができる。癌の種類、部位などに応じて適切な方法を用いて癌細胞の数や性質を調べることができる。
【0025】
上記治療モニタリング方法において、ＷＴ１ペプチド免疫療法の前後でクロナリティーを比較するのであるが、該前後の時間間隔は任意であってよい。例えば、数日間、１週間、２週間、３週間、４週間、２ヶ月、３ヶ月またはそれ以上であってもよい。
【0026】
上で説明した本発明の方法において、クロナリティーを調べるための手段・方法、クローンの種類を調べる（すなわち、ＣＤＲ３ペプチドのアミノ酸配列あるいはそれをコードするヌクレオチド配列を決定する）ための手段・方法は、当業者に公知であり、当業者は適宜これらの作業を行うことができる。例えば、本明細書の実施例に示すように、ＦＡＣＳＡｒｉａ装置などの公知のソーティング装置、および例えばＰＣＲ法などの公知の遺伝子増幅方法（例えばプライマーセットとして表１に記載のものを使用する）などを用いることができる。本発明のＣＤＲ３ポリヌクレオチドあるいはＣＤＲペプチドの解析を、より厳密に、あるいはより確定的に行うためには、Ｖβ鎖遺伝子中のＣＤＲ３ヌクレオチド配列、ＩＭＧＴ、Ｊ領域およびＤ領域が図１−１〜図１−９および図２−１〜図２−１３に示すものであるかどうかを確認すればよい。かかる確認は当業者の通常行い得るところである。
【0027】
ＷＴ１ペプチド免疫療法も公知である。ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性患者に対しては、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１拘束性ＷＴ１ペプチド（例えば、ＷＴ１１２６：アミノ酸配列：ＲＭＦＰＮＡＰＹＬ（配列番号：１５４３）またはＷＴ１１８７：アミノ酸配列ＳＬＧＥＱＱＹＳＶ（配列番号：１５４４））を、例えば経皮的に投与することにより行うことができる。通常、１回の投与量はμｇ／ｂｏｄｙ〜ｍｇ／ｂｏｄｙのオーダーであり、１週間〜数週間間隔で投与することができる。
【0028】
本発明は、さらなる態様において、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはその相補的ポリヌクレオチドを含むチップ、あるいはＣＤＲ３ペプチドを含むチップ、ＣＤＲ３ペプチドに対する抗体を含むチップを提供する。これらのチップはマイクロチップ、マイクロアレイなどの形態であってもよい。これらのチップの作製は常法に従って行うことができ、例えば、ガラス基盤上にＣＤＲ３ポリヌクレオチドあるいはＣＤＲ３ペプチドに対する抗体を固定することができる。チップ上に固定されるＣＤＲ３ポリヌクレオチド、その相補的ポリヌクレオチド、ＣＤＲ３ペプチド、ＣＤＲ３ペプチドに対する抗体の種類は１種〜全種類であり、好ましくは全種類を固定して網羅的に解析する。例えば、配列番号：１〜７５６に示すヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなる全種類のポリヌクレオチドをチップ上に固定してもよく、また例えば、配列番号：７５７〜１５１２に示すアミノ酸配列からなる全種類のペプチドを特異的に認識して結合する抗体をチップ上に固定してもよい。チップ上のＣＤＲ３ポリヌクレオチド、その相補的ポリヌクレオチド、ＣＤＲ３ペプチド、ＣＤＲ３ペプチドに対する抗体の配置は任意である。
【0029】
これらのチップは、上記の癌の診断方法などにおいて使用することができる。試料としては、患部組織、血液、リンパ液などの体液、粘膜などであってよいが、好ましくは末梢血である。例えば、分析対象がＣＤＲ３ポリヌクレオチドである場合、常法に従って細胞から核酸を抽出し、配列番号：１〜７５６に示すヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列からなる全種類のポリヌクレオチドを固定したチップを用いて、ハイブリダイゼーションした試料中のＤＮＡの種類および量を調べることができる。また例えば、分析対象がＣＤＲ３ペプチドである場合には、配列番号：７５７〜１５１２に示すアミノ酸配列からなる全種類のペプチドを特異的に認識して結合する抗体を固定したチップを用いて、特異的結合した試料中のペプチドの種類および量を調べることができる。
【0030】
この点において、本発明は、ＣＤＲ３ペプチドを特異的に認識してこれに結合する抗体を提供する。好ましくは、かかる抗体は、配列番号：７５７〜１５１２に示すいずれかのアミノ酸配列を特異的に認識するものである。かかる抗体の作成方法は当業者に公知である。
【0031】
通常は、試料中のＤＮＡあるいはチップ上のＤＮＡ配列に、ハイブリダイゼーションの有無およびハイブリダイゼーション量を示すことのできる標識を付しておく。また例えば、配列番号：７５７〜１５１２のＣＤＲ３ペプチドに対する各抗体をチップ上に配列させ、試料中のＣＤＲ３ペプチドとの特異的結合を調べることにより、試料中のＣＤＲ３ペプチドの存在、および種類を同定することができる。通常は、試料中のペプチドあるいはチップ上の抗体に、特異的結合の有無を判別できる標識を付しておく。ハイブリダイゼーションや特異的結合の有無および量を示すことのできる標識は公知であり、例えば、蛍光標識、放射性標識、酵素標識、発色基を含むものなどがあり、適宜選択して用いることができる。上記のチップを用いることにより、同時に多検体を分析することが可能となる。
【0032】
本発明のＣＤＲ３ポリヌクレオチドおよびＣＤＲペプチドはこれらのチップを用いるほか、例えば、サザンブロット、ノーザンブロット、コロニーハイブリダイゼーション、ＥＬＩＳＡなどの公知の方法を用いて分析し同定することができる。
【0033】
上述のごとく、本発明のＣＤＲ３ ＤＮＡは実施例に示すプライマー、特に、表１に示すプライマーセットを用いて同定されたものである。したがって、本発明は、ＣＤＲポリヌクレオチドを増幅するための配列番号：１５１３〜１５３８に示す配列から選択される配列を有するプライマーを提供するものである。
【0034】
また本発明は、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドあるいはＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬを検出するための手段を含む、癌の診断キット、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する癌患者の感受性を調べるためのキット、またはＷＴ１ペプチド免疫療法のモニタリング用キットを提供する。さらに本発明は、ＣＤＲ３ポリヌクレオチドあるいはＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬを検出するための手段を含む、癌の診断装置、ＷＴ１ペプチド免疫療法に対する癌患者の感受性を調べるための装置、またはＷＴ１ペプチド免疫療法のモニタリング用装置も提供する。上述のプライマーセットなどの遺伝子増幅手段、上述のチップ、あるいはチップから得られる情報の解析手段などをかかるキットの構成成分とすることができ、あるいはかかる装置に用いることができる。
【0035】
本発明は、さらにもう１つの態様において、ＣＤＲ３ポリヌクレオチド配列を含むＴ細胞レセプター遺伝子を導入したＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性の人のリンパ球に関するものである。ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性の人は癌にかかっていない人および癌患者を包含する。ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性の人は、例えば健常人であってもよく、骨髄移植のドナーであってもよく、癌患者であってもよい。好ましくは、かかるリンパ球は、本発明のポリヌクレオチドであってＣＤＲ３ポリヌクレオチドを含むＷＴ１特異的ＣＴＬのＴＣＲのＶβ鎖遺伝子と、ＷＴ１特異的ＣＴＬのＴＣＲのＶα鎖遺伝子とを導入された癌患者の末梢血リンパ球である。このような末梢血リンパ球の調製にあたり、これらのＷＴ１特異的ＣＴＬのＴＣＲのＶβ鎖遺伝子１種類を用いて複数種類の末梢リンパ球を得て、それらを患者に導入してもよいが、ＷＴ１特異的ＣＴＬのＴＣＲのＶβ鎖遺伝子を複数種類用いて複数種類の末梢リンパ球を得て、それらを患者に導入することが、治療効果の向上の点から好ましい。あるいはまた、患者や癌の種類等によっては、治療に有効な遺伝子中のヌクレオチド配列が異なることもあり、個々の状況に応じて導入する遺伝子のヌクレオチド配列を選択することも好ましい。なお、本明細書において癌の「治療」とは、癌の進行を抑制すること、癌を縮小させること、癌を消失させる等の癌の処置だけでなく、癌の再発を防止することも含む。
【0036】
導入すべき遺伝子の調製方法、ならびに末梢血リンパ球への遺伝子導入方法は当業者に公知である。例えば、導入すべき遺伝子を適当なベクターに組み込んで適当な細胞に導入してもよく、あるいは遺伝子銃やエレクトロポレーションなどによって適当な細胞に導入してもよい。その他の遺伝子導入条件や細胞の培養条件などは当業者が適宜選択しうるものである。
【0037】
上記のように遺伝子を導入されたリンパ球を体外で培養して大量のＷＴ１特異的ＣＴＬを得ることができる。そして、得られたＷＴ１特異的ＣＴＬを癌患者に導入することにより、ＷＴ１を発現している癌を傷害させることができ、癌治療を行うことができる。このような癌治療を行う場合には、治療すべき癌患者から得られた末梢血リンパ球に上記にように遺伝子を導入し、得られたＷＴ１特異的ＣＴＬを同一の癌患者に導入することが好ましい。
【0038】
上記の癌治療は、抗ガン剤や放射線療法などの他の癌治療と併用することもできる。上記癌治療は広範な癌に適用することができ、それらは上で例示してあるが、これらに限らない。
【0039】
本発明は、さらにもう１つの態様において、ＣＤＲ３ペプチドに対する抗体ならびにその使用方法を提供する。かかる抗体の作成方法は当業者に公知である。かかる抗体を用いて、例えば、対象試料中の本発明のＣＤＲ３ペプチドのアミノ酸配列あるいはそれを有するアミノ酸配列をＶβ鎖中に有するリンパ球を検出あるいは同定することができる。例えば、配列番号：７５７〜１５１２のいずれかのアミノ酸配列からなるペプチドに対する抗体を用いて、癌特異的なリンパ球を検出または同定することができる。またこれらの抗体を用いて、上記の本発明の方法、例えば癌の診断などを行うことができる。
【0040】
また、かかる抗体を、それに対する本発明のＣＤＲ３アミノ酸配列を有するリンパ球と接触させて、活性化することもできる。このようにして活性化されたリンパ球を癌の治療に使用することができる。好ましくは、癌患者から得たリンパ球を活性化して、必要ならば増殖させて、当該患者に戻すことにより癌治療を行うことができる。また、かかる抗体を用いて、目的とするＷＴ１特異的Ｔ細胞を豊富化させることもできる。例えば、かかる抗体を用いて癌患者においてＷＴ１特異的Ｔ細胞を豊富化させ、癌治療に資することができる。
【0041】
さらなる態様において、本発明は、上で説明した本発明の末梢血リンパ球に検出可能な標識を付して患者に投与し、次いで、標識の存在位置および量を調べることを特徴とする、固形癌の位置および大きさの特定方法を提供する。標識はテクネシウム９９のごとき放射性標識、蛍光標識など公知のものを用いることができる。細胞の標識化方法も公知である。標識の検出およびシグナルの定量もまた当業者に公知であり、放射線カウンター、蛍光測定、あるいは生検による組織の採取などにより行うことができる。
【0042】
以下に実施例を示して本発明をさらに詳細かつ具体的に説明するが、実施例は本発明を限定するものと解してはならない。
【実施例1】
【0043】
Ａ．実験方法および使用材料（１）細胞試料
５人の健常人ボランティア（ＨＤ１〜ＨＤ５）ならびに６人のＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性固形癌患者（ＰＴ１〜ＰＴ６）から末梢血試料を得た。健常人および癌患者のＨＬＡ−アレルは、ＨＤ１：０２０１／２４０２、ＨＤ２：０２０１／０２０６、ＨＤ３：０２０１／２６０２、ＨＤ４：０２０１／３３０３、ＨＤ５：０２０１／２４０２、ＰＴ１：０２０１／２４０２、ＰＴ２：０２０１／２４０２、ＰＴ３：０２０１／２４０２、ＰＴ４：０２０１／２４０２、ＰＴ５：０２０１／２４０２、ＰＴ６：０２０１／２４０２であった。得られた末梢血試料をFicoll-Hypaque（Pharmacia, Uppsala, Sweden）を用いる密度勾配遠心分離に供して末梢血単核細胞（ＰＢＭＣｓ）を分離し、使用するまで−１７０℃にて冷凍した。
【0044】
（２）フローサイトメトリー分析およびソーティング先ず、１試料あたり２ｘ１０６個のＰＢＭＣｓを、ＦＡＣＳバッファー（２％ウシ胎児血清含有ＰＢＳ）中にて３７℃で３０分、ＰＥ抱合ＨＬＡ−Ａ＊０２０１−ＷＴ１ １２６−１３４テトラマー（MBL, Tokyo, Japan）にて染色した。次いで、下記の５色の蛍光標識モノクローナル抗体にて、暗所かつ氷上で２５分染色した：ＦＩＴＣ−標識抗−ＣＤ４、ＣＤ１４、ＣＤ１６、ＣＤ１９およびＣＤ５６、抗−ＣＤ３−ＰｅｒＣＰ、抗−ＣＤ８−ＡＰＣ−Ｃｙ７（BD Bioscience, San Jose, CA）、抗−ＣＤ４５ＲＡ−ＡＰＣおよび抗−ＣＣＲ７−ＰＥ−Ｃｙ７（BD Pharmingen, San Diego, CA）。染色された細胞をＦＡＣＳバッファーにて２回洗浄した。FACSAria装置（BD Biosciences）を用いてソーティングを行い、FACSDivaソフトウェア（BD Biosciences）にてデータ解析を行って、ＣＤ４−ＣＤ１４−ＣＤ１６−ＣＤ１９−ＣＤ５６−細胞フラクション中の単一のＨＬＡ−Ａ＊０２０１−ＷＴ１１２６−１３４テトラマー＋ＣＤ３＋ＣＤ８＋細胞を得て、ＷＴ１−Ｔｅｔ＋細胞と定義した。
【0045】
（３）ソーティングされた単一細胞からのＴＣＲ−β鎖のｃＤＮＡの合成上記のごとく得られた単一ＷＴ１−Ｔｅｔ＋細胞を反応ミックスを入れたＰＣＲチューブに直接ソーティングし（反応体積２０μｌ）、５０℃で９０分インキュベーションしてｃＤＮＡ合成を行い、次いで、反応を停止させるために９５℃で５分インキュベーションした。ＲＴ反応液組成を表１に示す。
【表1】
【0046】
（４）ＰＣＲ反応上記手順により得た１０μｌの合成ｃＤＮＡ生成物を、４０μｌの反応ミックス中に添加し、１ｓｔ ＰＣＲ反応を行った。ＰＣＲ手順は以下のとおりであった：プレ−ＰＣＲ加熱工程を９５℃で９分、次いで、９５℃で４５秒の変性工程、５７℃で４５秒のアニーリング工程および７２℃で５０秒の伸長工程からなるサイクルを４０サイクル。１ｓｔ ＰＣＲ反応液組成を表２に示す。
【表2】
Ｖｂ ＰＣＲ−２ミックスは、Ｓ３ミックス、Ｓ４ミックスおよびＳ８ミックスを含んでいた。
Ｖｂ ＰＣＲ−３ミックスは、Ｓ５ミックスおよびＳ６ミックスを含んでいた。
【0047】
次いで、上記ＰＣＲの生成物を２ｎｄ ＰＣＲ（スクリーニングＰＣＲ）に供した。上記ＰＣＲ生成物を各々８本の別個のチューブに入れ、各チューブに反応ミックスを入れた。ＰＣＲ手順は以下のとおりであった：プレ−ＰＣＲ加熱工程を９５℃で９分、次いで、９４℃で４５秒の変性工程、５７℃で４５秒のアニーリング工程および７２℃で４０秒の伸長工程からなるサイクルを３５サイクル。２ｎｄ ＰＣＲ反応液組成を表３に示す。【表3】
【0048】
各Ｓミックスプライマーは表４に示すプライマーを含んでいた。【表4】
表中＜＞はその中から１つの塩基を選択することを意味する。例えば....<ct>....と標記した場合は、....c....および....t....の２種の配列があることを意味する。
【0049】
８つのスクリーニングＰＣＲにおける陽性反応を確認するために、５μｌの各スクリーニングＰＣＲ生成物を２％アガロースゲル電気泳動に供した。次いで、さらなるＰＣＲを行った。このＰＣＲは、陽性と確認されたＳミックスプライマーセットのＶβ特異的フォワードプライマーをそれぞれ用いて上記のごとく得られた試料を鋳型として、３ｒｄ ＰＣＲ反応を行った。ＰＣＲ手順は以下のとおりであった：プレ−ＰＣＲ加熱工程を９５℃で９分、次いで、９４℃で４５秒の変性工程、５７℃で４５秒のアニーリング工程および７２℃で４０秒の伸長工程からなるサイクルを３５サイクル。２ｎｄ ＰＣＲ反応液組成を表５に示す。反応生成物を２％アガロースゲル電気泳動にかけ、陽性反応を確認した。陰性対照として、細胞を含まない系を用いて同じ手順で実験を行った。【表5】
【0050】
（５）ＴＣＲ−β相補性決定領域３（ＣＤＲ３）の配列決定分析３ｒｄ ＰＣＴ生成物を２％アガロースゲル電気泳動にかけ、陽性反応を確認した。増幅されたＴＣＲ−β遺伝子フラグメントを、QIAquick PCR Purification kit（Qiagen, Valencia, CA）により精製した。対応するＶｂプライマーを用いて配列決定を行った。配列決定にはABI PRIAM BigDye Terminator v 3.1 Cycle Sequencing kit（Applied Biosystems, Foster City, CA, USA）を用い、ABI PRISM 3100 Genetic Analyzer（Applied Biosystems）にて分析を行った。ＩＭＧＴヒトＴＣＲ遺伝子データベースのサイト
（http://imgt.cines.fr/IMGT_vquest/vquest?livret=0&Option=humanTcRfor）と比較することによりＣＤＲ３の配列データを分析した。
【0051】
Ｂ．結果本発明において、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１の５人の健常人（ＨＤ１〜ＨＤ５）および６人の癌患者（ＰＴ１〜ＰＴ６）の末梢血単核球中の６３６種のＴＣＲβ鎖遺伝子の塩基配列を決定し、それらがコードするアミノ酸配列も決定することができた。健常人（ＨＤ１〜ＨＤ５）および癌患者（ＰＴ１〜ＰＴ６）由来のＷＴ１特異的ＣＴＬのＶβ鎖遺伝子の配列、Ｊ領域の配列、Ｄ領域の配列、Ｎ領域の配列、ＣＤＲ３ヌクレオチド配列およびＣＤＲ３アミノ酸配列を図１−１〜図１−９に示す。各人のＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーを図２−１〜図２−１３に示す。また、ＣＤＲ３ヌクレオチド配列を配列番号：１〜６３６に示し、ＣＤＲ３アミノ酸配列を配列番号：７５７〜１３９２に示した。
【0052】
さらに、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１陽性である１人の甲状腺癌患者（ＰＴ７）および１人の健常人（ＨＤ６）の末梢血試料から上記と同じ手順にてＣＤＲ３ヌクレオチド配列およびＣＤＲ３アミノ酸配列を決定した。ＰＴ７およびＨＤ６から得られたＣＤＲ３ヌクレオチド配列を配列番号：６３７〜７５６に、アミノ酸配列を１３９３〜１５１２に示す。
【0053】
図２−１〜図２−１３からわかるように、健常人（ＨＤ１〜ＨＤ５）では、いずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーはほとんどのクローンに関して１、希に２または３、ごく希に４（１種類だけ）であるものが見られるのに対し、治療前におけるすべての癌患者（ＡＭＬおよびＭＤＳ）においては、いずれかのＣＤＲ３ポリヌクレオチドまたはいずれかのＣＤＲ３ペプチドを有するＷＴ１特異的ＣＴＬのクロナリティーが複数のものが必ず存在しており、そのクロナリティー数およびそのような細胞の種類も健常人よりも多い傾向が見られた。具体的には、ＰＴ１：４種（これらのクロナリティー合計３０）、ＰＴ２：１０種（これらのクロナリティー合計３８）、ＰＴ３：８種（これらのクロナリティー合計２６）、ＰＴ４：４種（これらのクロナリティー合計９）。ＰＴ５：９種（これらのクロナリティー合計２０）、ＰＴ６：５種（これらのクロナリティー合計１３種）。一方、健常人ＨＤ１〜ＨＤ５では、各人におけるクロナリティーが複数であるクローンの種類は１〜５種であり、クロナリティー合計は２〜１０であった。
【0054】
以上において、ＨＬＡ−ＡアリルがＡ*０２０１である場合について本発明を説明したが、本発明はＨＬＡ-ＡアリルがＡ*０２０６である場合にも適用可能な場合がある。
【産業上の利用可能性】
【0055】
本発明は、有用な抗癌治療用医薬、癌検査用キットまたは試薬、癌の研究試薬等が提供される。したがって、本発明は、癌の治療のための医薬品の分野、癌の検査用キットおよび試薬の分野、ならびに癌研究の分野などにおいて利用されうる。
【図1-1】
【図1-2】
【図1-3】
【図1-4】
【図1-5】
【図1-6】
【図1-7】
【図1-8】
【図1-9】
【図2-1】
【図2-2】
【図2-3】
【図2-4】
【図2-5】
【図2-6】
【図2-7】
【図2-8】
【図2-9】
【図2-10】
【図2-11】
【図2-12】
【図2-13】
【配列表】
[この文献には参照ファイルがあります.J-PlatPatにて入手可能です(IP Forceでは現在のところ参照ファイルは掲載していません)]