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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】6494859
(24)【登録日】2019年3月15日
(45)【発行日】2019年4月3日
(54)【発明の名称】細菌株を含む組成物
(51)【国際特許分類】
A61K 35/741 20150101AFI20190325BHJP
A61P 31/04 20060101ALI20190325BHJP
A61P 1/00 20060101ALI20190325BHJP
A61P 1/12 20060101ALI20190325BHJP
A61K 9/19 20060101ALI20190325BHJP
A23L 33/135 20160101ALI20190325BHJP
C12N 1/20 20060101ALN20190325BHJP
C12Q 1/689 20180101ALN20190325BHJP
C12N 15/00 20060101ALN20190325BHJP
【ＦＩ】
A61K35/741
A61P31/04
A61P1/00
A61P1/12
A61K9/19
A23L33/135ZNA
!C12N1/20 A
!C12Q1/689 Z
!C12N15/00 100Z
【請求項の数】14
【全頁数】40
(21)【出願番号】特願2018-505032(P2018-505032)
(86)(22)【出願日】2017年7月13日
(65)【公表番号】特表2018-531884(P2018-531884A)
(43)【公表日】2018年11月1日
(86)【国際出願番号】GB2017052076
(87)【国際公開番号】WO2018011593
(87)【国際公開日】20180118
【審査請求日】2018年5月1日
(31)【優先権主張番号】1612190.7
(32)【優先日】2016年7月13日
(33)【優先権主張国】GB
(31)【優先権主張番号】1616018.6
(32)【優先日】2016年9月20日
(33)【優先権主張国】GB
(31)【優先権主張番号】1616016.0
(32)【優先日】2016年9月20日
(33)【優先権主張国】GB
(31)【優先権主張番号】1703548.6
(32)【優先日】2017年3月6日
(33)【優先権主張国】GB
(31)【優先権主張番号】1703552.8
(32)【優先日】2017年3月6日
(33)【優先権主張国】GB
【早期審査対象出願】
(73)【特許権者】
【識別番号】518031664
【氏名又は名称】フォーディー ファーマ ピーエルシー
【氏名又は名称原語表記】４Ｄ ＰＨＡＲＭＡ ＰＬＣ
(74)【代理人】
【識別番号】100107984
【弁理士】
【氏名又は名称】廣田 雅紀
(74)【代理人】
【識別番号】100102255
【弁理士】
【氏名又は名称】小澤 誠次
(74)【代理人】
【識別番号】100096482
【弁理士】
【氏名又は名称】東海 裕作
(74)【代理人】
【識別番号】100188352
【弁理士】
【氏名又は名称】松田 一弘
(74)【代理人】
【識別番号】100131093
【弁理士】
【氏名又は名称】堀内 真
(74)【代理人】
【識別番号】100150902
【弁理士】
【氏名又は名称】山内 正子
(74)【代理人】
【識別番号】100141391
【弁理士】
【氏名又は名称】園元 修一
(74)【代理人】
【識別番号】100198074
【弁理士】
【氏名又は名称】山村 昭裕
(74)【代理人】
【識別番号】100145920
【弁理士】
【氏名又は名称】森川 聡
(74)【代理人】
【識別番号】100096013
【弁理士】
【氏名又は名称】富田 博行
(72)【発明者】
【氏名】クロウゼット ロウリーン
(72)【発明者】
【氏名】ハボウジット クロエ
(72)【発明者】
【氏名】ベルナリエ−ドナディレ アニク
【審査官】
馬場 亮人
(56)【参考文献】
【文献】
米国特許出願公開第２０１６／０１８４３７０（ＵＳ，Ａ１）
【文献】
国際公開第０２／００７７４１（ＷＯ，Ａ１）
【文献】
国際公開第２０１６／０５７６７１（ＷＯ，Ａ１）
(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）
Ａ６１Ｋ ３５／７４１
Ａ２３Ｌ ３３／１３５
Ａ６１Ｋ ９／１９
Ａ６１Ｐ １／００
Ａ６１Ｐ １／１２
Ａ６１Ｐ ３１／０４
Ｃ１２Ｎ １／２０
Ｃ１２Ｎ １５／００
Ｃ１２Ｑ １／６８９
ＣＡｐｌｕｓ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
胃腸管において病原性腸内細菌科細菌（Enterobacteriaceae）のレベルを低減する方法における使用のための、配列番号５と少なくとも９５％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有するブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種の細菌株を含む組成物。
【請求項2】
前記腸内細菌科細菌（Enterobacteriaceae）がエシェリヒア・コリ（E.coli）である、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項3】
胃腸管において病原性腸内細菌科細菌（Enterobacteriaceae）によって引き起こされる感染症の治療における使用のための、配列番号５と少なくとも９５％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有するブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種の細菌株を含む組成物。
【請求項4】
病原性腸内細菌科細菌（Enterobacteriaceae）によって引き起こされる前記感染症が、エシェリヒア・コリ（E.coli）感染症である、請求項３に記載の使用のための組成物。
【請求項5】
胃腸管において病原性腸内細菌科細菌（Enterobacteriaceae）のレベルの増加に関連する過敏性腸症候群（ＩＢＳ）の治療における使用のための、配列番号５と少なくとも９５％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有するブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種の細菌株を含む組成物。
【請求項6】
前記細菌株が、配列番号５と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％もしくは９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、または配列番号５の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する、請求項１〜５のいずれかに記載の使用のための組成物。
【請求項7】
ＩＢＳと診断された対象の胃腸管において腸内細菌科細菌（Enterobacteriaceae）のレベルを低減する方法における使用のための、配列番号５と少なくとも９５％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有するブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種の細菌株を含む、請求項１に記載の使用のための組成物。
【請求項8】
経口投与用である、請求項１〜７のいずれかに記載の使用のための組成物。
【請求項9】
１または２以上の薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含む、請求項１〜８のいずれかに記載の使用のための組成物。
【請求項10】
前記細菌株が、凍結乾燥されている、請求項１〜９のいずれかに記載の使用のための組成物。
【請求項11】
前記細菌株が、生存可能である、請求項１〜１０のいずれかに記載の使用のための組成物。
【請求項12】
単一株を含む、請求項１〜１１のいずれかに記載の使用のための組成物。
【請求項13】
ブラウチア ヒドロゲノトロフィカ（Blautia hydrogenotrophica）種の細菌株を微生物共同体の一部として含む、請求項１〜１２のいずれかに記載の使用のための組成物。
【請求項14】
請求項１〜１３のいずれかに記載の使用のための、請求項１〜１３のいずれかに記載の組成物を含む食品。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
この発明は、哺乳動物の消化管から単離された細菌株を含む組成物、及び疾患の治療におけるかかる組成物の使用の分野にある。
【背景技術】
【0002】
ヒトの腸は、子宮内では無菌と考えられているが、出生直後に様々な母体及び環境微生物に曝される。その後、微生物の定着及び遷移の動的期間が生じ、これは、分娩様式、環境、食事及び宿主遺伝子型などの因子によって影響され、これらの因子の全てが、特に若年期において、腸内微生物叢の組成に影響を及ぼす。その後、微生物叢は安定して成人様になる［１］。ヒト腸内微生物叢は、２つの主要な細菌分類（門）：Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｔｅｓ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ；が存在度レベルにおいて多数派を占める１５００を超える種々のファイロタイプを含有する［２−３］。ヒト腸の細菌定着から生じる成功裏の共生関係は、広範な代謝的、構造的、保護的及び他の有益な機能を生じさせてきた。定着した腸の代謝活性の向上は、さもなければ難消化性の食事成分が副生成物の放出と共に分解されて宿主に重要な栄養源及びさらなる健康効果をもたらすということを確実にする。同様に、腸内微生物叢の免疫学的重要性は、よく認識されており、共生細菌の導入後に機能的に再構成される損なわれた免疫系を有する無菌動物において実証されている［４−６］。
【0003】
微生物叢組成の劇的な変化は、胃腸障害、例えば、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）において記録されてきた。例えば、ＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩＶａ及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍクラスターＸＩ（Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ）細菌のレベルは、ＩＢＤ患者において低減されているが、Ｅ．Ｃｏｌｉの数は増加しており、腸内の共生生物と病原性共生生物とのバランスのシフトを示唆している［７−１１］。
【0004】
ある特定の細菌株が動物の腸において有し得る潜在的なプラス効果の認識において、種々の株が、種々の疾患の治療における使用のために提案されてきた（例えば、［１２−１５］を参照されたい）。大部分のＬａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ株を含めた多くの株が、種々の腸障害を治療する際の使用のために提案されてきた（レビューには［１６］を参照されたい）。また、Ｂｌａｕｔｉａ属の株が、ＩＢＳ患者において消化生態系の微生物バランスを調節する際の使用のために提案されてきた（ＷＯ０１／８５１８７）。しかし、種々の細菌株と種々の疾患との間の関係、ならびに、特定の細菌株の、腸に対する、全身レベルでの、及びいずれか特定のタイプの疾患に対しての正確な効果は、あまり特徴付けられていない。
【0005】
腸細菌を使用した新規の治療を開発することができるように特徴付けられる腸細菌の潜在的効果が必要とされている。
【0006】
ＵＳ２０１０／０２４７４８９は、消化系障害を治療するための無機栄養素の使用を記載している。ＵＳ‘７８９は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅを含めた多数の異なる細菌属も任意選択的に使用して結腸におけるガス形成を予防及び低減することを提案しており、そのため、この文献は、胃腸管においてＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ種を増加させることが、ある特定の疾患を治療するのに使用され得ることを示唆している。ＵＳ‘７８９は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ種を低減させるいずれの方法も議論していない。
【0007】
ＷＯ２０１６／０８６２０６は、Ｅｎｔｅｒｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｃｅ種を含めたＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ目の細菌が、腸内毒素症を治療または予防するのに使用され得ることを示唆している。ＷＯ’２０６には、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｃｅ種のレベルの低減が疾患を治療するのに使用され得ることは示唆されておらず、また、Ｅｎｔｅｒｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｃｅ種のレベルの低減がどのようにして達成されるかに関しての示唆もされていない。
【0008】
ＷＯ２０１２／１４２６０５は、微生物の組み合わせによって多くの異なる疾患を治療することが可能であり得ることを提案している。ＷＯ’６０５は、用いられ得る多数の可能な細菌種を示唆しているが、ＷＯ’６０５には、どのようにして、提案されている細菌種のいずれが、提案されている疾患のいずれを治療するのに使用され得るかについて教示されていない。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0009】
【特許文献1】［１２］ＷＯ２０１３／０５０７９２
【特許文献2】［１３］ＷＯ０３／０４６５８０
【特許文献3】［１４］ＷＯ２０１３／００８０３９
【特許文献4】［１５］ＷＯ２０１４／１６７３３８
【特許文献5】ＷＯ０１／８５１８７
【特許文献6】ＵＳ２０１０／０２４７４８９
【特許文献7】ＷＯ２０１６／０８６２０６
【特許文献8】ＷＯ２０１２／１４２６０５
【非特許文献】
【0010】
【非特許文献1】［１］Ｓｐｏｒ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．９（４）：２７９−９０．
【非特許文献2】［２］Ｅｃｋｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｓｃｉｅｎｃｅ．１０；３０８（５７２８）：１６３５−８．
【非特許文献3】［３］Ｔａｐ ｅｔ ａｌ．（２００９），Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ，１１（１０）：２５７４−８４．
【非特許文献4】［４］Ｍａｃｐｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ．３（１２）：１０２１−３５
【非特許文献5】［５］Ｍａｃｐｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００２） Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．５９（１２）：２０８８−９６．
【非特許文献6】［６］Ｍａｚｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｃｅｌｌ １５；１２２（１）：１０７−１８．
【非特許文献7】［７］Ｆｒａｎｋ ｅｔ ａｌ．（２００７） ＰＮＡＳ １０４（３４）：１３７８０−５．
【非特許文献8】［８］Ｓｃａｎｌａｎ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４４（１１）：３９８０−８．
【非特許文献9】［９］Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１０） Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ．１６（１２）：２０３４−４２．
【非特許文献10】［１０］Ｍａｃｈｉｅｌｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｇｕｔ．６３（８）：１２７５−８３．
【非特許文献11】［１１］Ｌｏｐｅｔｕｓｏ ｅｔ ａｌ．（２０１３），Ｇｕｔ Ｐａｔｈｏｇｅｎｓ，５：２３
【非特許文献12】［１６］Ｌｅｅ ａｎｄ Ｌｅｅ（２０１４） Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２０（２７）：８８８６−８８９７．
【発明の概要】
【0011】
本発明者らは、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、特にＥ．ｃｏｌｉに関連する疾患を治療及び予防するための新規の治療を開発した。特に、本発明者らは、Ｂｌａｕｔｉａ属由来の細菌株が胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減させるのに有効であり得るということを確認した。実施例において記載されているように、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含む組成物の経口投与は、Ｅ．ｃｏｌｉを含めた、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減させ得、また、ＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅまたはＥ．ｃｏｌｉに関連する疾患を治療または予防し得る。そのため、第１実施形態において、本発明は、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減させる方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
【0012】
本発明の全ての態様の好ましい実施形態において、ＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅはＥ．ｃｏｌｉである。本発明の全ての態様の好ましい実施形態において、細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのものであり、好ましくは、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌である。
【0013】
好ましい実施形態において、本発明は、Ｅ．ｃｏｌｉ感染症などのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ感染症に関連する疾患を治療または予防する方法における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、下痢、胃腸炎、尿路感染症または新生児髄膜炎を治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｅ．ｃｏｌｉ感染症などのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ感染症を治療または予防する際の使用のためのものである。
【0014】
さらに好ましい実施形態において、本発明の組成物は、ＩＢＳ、クローン病、潰瘍性結腸炎、機能性消化不良、下痢、胃腸炎、尿路感染症または新生児髄膜炎の治療または予防において、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベル、好ましくはＥ．ｃｏｌｉのレベルを低減する際の使用のためのものである。
【0015】
本発明者らは、下痢を治療及び予防するための新規の治療を開発した。特に、本発明者らは、Ｂｌａｕｔｉａ属由来の細菌株が下痢を低減させるのに有効であり得るということを確認した。実施例において記載されているように、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含む組成物の経口投与は、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を有する患者において下痢を低減し得る。
【0016】
本発明の好ましい実施形態において、組成物における細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのものである。近縁の株、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株が使用されてもよい。好ましくは、細菌株は、配列番号５と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。最も好ましくは、組成物における細菌株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株である。
【0017】
本発明のさらなる実施形態において、組成物における細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓのものである。近縁の株、例えばＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株が使用されてもよい。好ましくは、細菌株は、配列番号１または３と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号３に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号３によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。
【0018】
本発明のさらなる実施形態において、組成物における細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅのものである。近縁の株、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する細菌株が使用されてもよい。好ましくは、細菌株は、配列番号２または４と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号４に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号４によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。
【0019】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、経口投与用である。本発明の株の経口投与は、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減するのに有効であり得る。また、経口投与は、患者及び施術者にとって便利であり、腸への送達及び／または腸への部分もしくは全体定着を可能にする。
【0020】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、１または２以上の薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含む。
【0021】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、凍結乾燥されている細菌株を含む。凍結乾燥は、細菌の送達を可能にする安定な組成物を調製するのに有効かつ便利な技術であり、実施例において有効な組成物を提供することが示されている。
【0022】
ある特定の実施形態において、本発明は、上記に記載されている組成物を含む食品を提供する。
【0023】
ある特定の実施形態において、本発明は、上記に記載されている組成物を含むワクチン組成物を提供する。
【0024】
さらに、本発明は、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減し、これにより、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅに関連する疾患を治療または予防する方法であって、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を投与することを含む上記方法を提供する。
【図面の簡単な説明】
【0025】
【図1】ＢＨ集団のｑＰＣＲによる測定であり、ＢＨ凍結乾燥物が与えられたＩＢＳ ＨＭＩラットの１４及び２８日目のＢＨの増加を示している。
【図2】異なる濃度の細菌種が与えられた健常なＨＩＭラットの糞便サンプルにおけるＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのＨＩＭラット−ＲＴ−ＰＣＲ定量での投与研究。
【図3】健常なＨＩＭラットへの経口投与（１０９／日）後のＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの通過時間。
【図4】１４日間投与後（Ｂ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを１０１０／日／ラットで投与）の健常なＨＩＭラット（ＲＴ−ＰＣＲ定量）の糞便及び盲腸サンプルにおいて見られるＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａレベルの比較。
【図5】健常なヒト微生物叢関連ラットの糞便微生物叢組成物に対するＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ投与の効果。１０１０のＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ／日で１４日間投与（２の健常なヒト糞便微生物叢（２０ＨＩＭラット）−ｑＰＣＲ分析からの結果）。
【図6】ＩＢＳ−ＨＩＭラットにおける微生物集団に対するＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ投与の影響。
【図7a】Ｂｌａｕｔｉｘ処置の間及び後の患者の微生物叢のＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのレベルの変化。
【図7b】Ｂｌａｕｔｉｘ処置の間及び後の患者の微生物叢のＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａのレベルの変化。
【図8】Ｂｌａｕｔｉｘで処置したＩＢＳ患者（図８ａ）及びプラセボで処置したＩＢＳ患者（図８ｂ）に関する１日目、２日目、１５日目及び１６日目の水素呼気試験のＣｍａｘの結果。図８ｃは、１５及び１６日目の平均と１及び２日目の平均との間で水素が低減したＢｌａｕｔｉｘ処置患者の割合をこれらの時点の間で水素が低減したプラセボ処置患者の割合に対して比較しているグラフである。
【図9a】Ｂｌａｕｔｉｘ処置ＩＢＳ患者に関する１日目及び１５日目のデータをペアにした、未補正の水素及び補正された水素呼気試験。
【図9b】Ｂｌａｕｔｉｘ処置群に関する１日目及び１５日目の平均の未補正の水素呼気試験結果を比較するグラフ。
【図9c】Ｂｌａｕｔｉｘ処置群に関する１日目及び１５日目の平均の補正された水素呼気試験結果を比較するグラフ。
【図10a】プラセボ処置ＩＢＳ患者に関する１日目及び１５日目のデータをペアにした、未補正の水素及び補正された水素呼気試験。
【図10b】プラセボ群に関する１日目及び１５日目の平均の未補正の水素呼気試験結果を比較するグラフ。
【図10c】プラセボ群に関する１日目及び１５日目の平均の補正された水素呼気試験結果を比較するグラフ。
【図12】Ｂ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（ＢｌａｕｔｉＸ）を含む組成物で２８日間処置したまたは処置していないＩＢＳ−ＨＭＡラットの糞便サンプルにおけるＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ集団のｑＰＣＲ評価。
【図13】対照溶液と比較したＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（ＢｌａｕｔｉＸ）投与後のＩＢＳ ＨＭＡ−ラット糞便サンプルにおける細菌の計数。
【図14】第一相臨床試験の投与期間（１〜１６日目）の間の患者の症状の変化。
【図15】第一相臨床試験のウオッシュアウト期間の間の患者の症状の変化。
【発明を実施するための形態】
【0026】
細菌株本発明の組成物は、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む。実施例は、この属の細菌が、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、特にＥ．ｃｏｌｉのレベルを低減するのに有用であることを実証している。好ましい細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ及びＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ種のものである。本発明で使用される他の好ましい細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂｌａｕｔｉａ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ及びＢｌａｕｔｉａ ｈａｎｓｅｎｉｉである。最も好ましくは、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、特に、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌である。
【0027】
本発明で使用されるＢｌａｕｔｉａ株の例として、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂ．ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ、Ｂ．ｆａｅｃｉｓ、Ｂ．ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ、Ｂ．ｇｌｕｃｅｒａｓｅａ、Ｂ．ｈａｎｓｅｎｉｉ、Ｂ．ｌｕｔｉ、Ｂ．ｐｒｏｄｕｃｔａ、Ｂ．ｓｃｈｉｎｋｉｉ及びＢ．ｗｅｘｌｅｒａｅが挙げられる。Ｂｌａｕｔｉａ種は、球形または楕円形のいずれであってもよいグラム反応陽性の非運動性細菌であり、全てが、グルコース発酵の主な最終産物として酢酸を産生する偏性嫌気性菌である［１７］。Ｂｌａｕｔｉａは、ヒト腸から単離されてよいが、Ｂ．ｐｒｏｄｕｃｔａは、敗血症サンプルから単離されたものである。
【0028】
Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓとしてこれまでに知られている）は、哺乳動物の腸から単離されており、偏性嫌気性であり、また、Ｈ２／ＣＯ２を、ヒトの栄養及び健康に重要であり得る酢酸塩に代謝する。Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａのタイプの株は、Ｓ５ａ３３＝ＤＳＭ１０５０７＝ＪＣＭ１４６５６である。Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株Ｓ５ａ３６の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号は、Ｘ９５６２４．１である（配列番号５として本明細書に開示されている）。この例示的なＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株は、［１７］及び［１８］に記載されている。Ｓ５ａ３３株及びＳ５ａ３６株は、健常な対象の糞便サンプルから単離した株の２つのサブクローンに相当する。これらは、同一の形態、生理機能及び代謝を示し、同一の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有している。そのため、いくつかの実施形態において、本発明で使用されるＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａは、配列番号５の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。
【0029】
受託番号ＤＳＭ１０５０７で、また、受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ細菌を実施例において試験した。該細菌は、本明細書において株ＢＨとも称される。株ＢＨを、１９９６年１月２６日に受託番号ＤＳＭ１０５０７で「Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃｕｓ」として、また、２００１年５月１４日には「Ｓ５ａ３３」として受託番号ＤＳＭ１４２９４でもＤｅｕｔｓｃｈｅ Ｓａｍｍｌｕｎｇ ｖｏｎ Ｍｉｋｒｏｏｒｇａｎｉｓｍｅｎ［Ｇｅｒｍａｎ Ｍｉｃｒｏｏｒｇａｎｉｓｍ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ］（Ｍａｓｃｈｅｒｏｄｅｒ Ｗｅｇ １ｂ，３８１２４ Ｂｒａｕｎｓｃｈｗｅｉｇ，Ｇｅｒｍａｎｙ）に寄託した。寄託者は、ＩＮＲＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｉｒｅ ｄｅ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｅ ＣＲ ｄｅ Ｃｌｅｒｍｏｎｔ−Ｆｅｒｒａｎｄ／Ｔｈｅｉｘ ６３１２２ Ｓａｉｎｔ Ｇｅｎｅｓ Ｃｈａｍｐａｎｅｌｌｅ，Ｆｒａｎｃｅである。寄託物の所有者は、譲渡により４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｐｌｃに移った。
【0030】
Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株ＧＡＭ６−１Ｔの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号はＨＭ６２６１７７である（本明細書において配列番号１と開示されている）。例示的なＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株は、［１９］に記載されている。Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅのタイプの株は、ＷＡＬ１４５０７＝ＡＴＣＣ ＢＡＡ−１５６４＝ＤＳＭ１９８５０である［１７］。Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株ＷＡＬ１４５０７Ｔの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列のＧｅｎＢａｎｋ受託番号はＥＦ０３６４６７である（本明細書において配列番号２と開示されている）。この例示的なＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株は、［１７］に記載されている。
【0031】
好ましいＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株は、本明細書において株８３０とも称されている、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１で寄託されている株である。８３０株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号３において付与されている。株８３０を、「Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ８３０」として２０１５年３月１２日にＧＴ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって国際寄託当局ＮＣＩＭＢ，Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託し、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１が割り当てられた。ＧＴ Ｂｉｏｌｏｇｉｃｓ Ｌｔｄ．は、その後、その名称を４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｉｍｉｔｅｄに変更した。
【0032】
好ましいＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株は、本明細書において株ＭＲＸ００８とも称されている、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている株である。ＭＲＸ００８株の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号４において付与されている。株ＭＲＸ００８を、「Ｂｌａｑｕｔｉａ／Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ ＭＲｘ０００８」として２０１５年１１月１６日に４Ｄ Ｐｈａｒｍａ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｌｔｄ．（Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｉｎｎｏｖａｔｉｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２５ ２ＺＳ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）によって国際寄託当局ＮＣＩＭＢ、Ｌｔｄ．（Ｆｅｒｇｕｓｏｎ Ｂｕｉｌｄｉｎｇ，Ａｂｅｒｄｅｅｎ，ＡＢ２１ ９ＹＡ，Ｓｃｏｔｌａｎｄ）に寄託し、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６が割り当てられた。
【0033】
実施例において試験されている株と近縁の細菌株もまた、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、特にＥ．ｃｏｌｉのレベルを低減するのに有効であると期待される。ある特定の実施形態において、本発明において使用される細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号５と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。
【0034】
ある特定の実施形態において、本発明において使用される細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号１または配列番号３と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号３に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号３によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。ある特定の実施形態において、本発明において使用される細菌株は、Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅの細菌株の１６ｓ ｒＲＮＡ配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号２または配列番号４と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％同一の１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。好ましくは、配列同一性は、配列番号４に対するものである。好ましくは、本発明において使用される細菌株は、配列番号４によって表される１６ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。
【0035】
受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌のバイオタイプである、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１及びＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプである細菌株もまた、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、特にＥ．ｃｏｌｉのレベルを低減するのに効果的であることが期待されている。バイオタイプは、同じまたは非常に類似する生理的及び生化学的特徴を有する近縁の株である。
【0036】
受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプであり、本発明での使用に好適である株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌の他のヌクレオチド配列をシークエンスすることによって同定されてよい。例えば、実質的に全ゲノムがシークエンスされてよく、本発明で使用するバイオタイプ株は、その全ゲノムの少なくとも８０％にわたって（例えば、少なくとも８５％、９０％、９５％もしくは９９％にわたって、またはその全ゲノムにわたって）少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有していてよい。例えば、いくつかの実施形態において、バイオタイプ株は、そのゲノムの少なくとも９８％にわたって少なくとも９８％の配列同一性、またはそのゲノムの９９％にわたって少なくとも９９％の配列同一性を有する。バイオタイプ株を同定するのに使用される他の好適な配列は、ｈｓｐ６０または反復配列、例えば、ＢＯＸ、ＥＲＩＣ、（ＧＴＧ）５、もしくはＲＥＰまたは［２０］を含んでいてよい。バイオタイプ株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌の対応する配列と少なくとも９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有していてよい。いくつかの実施形態において、バイオタイプ株は、ＤＳＭ１０５０７／１４２９４として寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株の対応する配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有しており、配列番号５と少なくとも９９％同一の（例えば、少なくとも９９．５％または少なくとも９９．９％同一の）１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を含む。いくつかの実施形態において、バイオタイプ株は、ＤＳＭ１０５０７／１４２９４として寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株の対応する配列と少なくとも９７％、９８％、９９％、９９．５％または９９．９％の配列同一性を有する配列を有し、配列番号５の１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を有する。
【0037】
代替的には、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプでありかつ本発明での使用に好適である株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４の寄託物、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１の寄託物、または受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６の寄託物、ならびに制限断片分析及び／またはＰＣＲ分析を使用することによって、例えば、蛍光増幅断片長多型分析（ＦＡＦＬＰ）及び反復ＤＮＡ要素（ｒｅｐ）−ＰＣＲ指紋検査、またはタンパク質プロファイリング、または部分１６Ｓもしくは２３ｓ ｒＤＮＡシークエンシングを使用することによって同定されてよい。好ましい実施形態において、かかる技術は、他のＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓまたはＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株を同定するのに使用されてよい。
【0038】
ある特定の実施形態において、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプでありかつ本発明での使用に好適である株は、増幅リボソームＤＮＡ制限分析（ＡＲＤＲＡ）によって分析されるとき、例えば、Ｓａｕ３ＡＩ制限酵素（例示的な方法及びガイダンスについては、例えば［２１］を参照されたい）を使用するとき、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌と同じパターンを付与する株である。代替的には、バイオタイプ株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌と同じ炭水化物発酵パターンを有する株として同定される。
【0039】
本発明の組成物及び方法において有用である他のＢｌａｕｔｉａ株、例えば、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌のバイオタイプは、実施例において記載されているアッセイを含め、いずれの適切な方法またはストラテジーを使用して同定されてもよい。例えば、本発明で使用される株は、細菌を培養してラットに投与し、膨張アッセイにおいて試験することによって同定されてよい。特に、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている細菌と同様の成長パターン、代謝型及び／または表面抗原を有する細菌株は、本発明において有用であり得る。有用な株は、ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６株に匹敵する微生物叢調節活性を有する。特に、バイオタイプ株は、実施例において示されている効果に匹敵する、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅに対する効果を引き出し、これは、実施例において記載されている培養及び投与プロトコルを使用することによって同定されてよい。
【0040】
本発明の特に好ましい株は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株である。これは、実施例において試験されて、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、特にＥ．ｃｏｌｉのレベルを低減するのに効果的であることが示される例示的なＢＨ株である。そのため、本発明は、特に、本明細書に記載されている疾患の治療に使用される、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株またはその誘導体の細胞、例えば単離細胞を提供する。
【0041】
受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている株の誘導体は、娘株（子孫）、またはオリジナルから培養された（サブクローニングされた）株であってよい。本発明の株の誘導体は、生物活性を取り除くことなく、例えば、遺伝子レベルで修飾されてよい。特に、本発明の誘導体株は、治療的に活性である。誘導体株は、オリジナルのＤＳＭ１０５０７／１４２９４、ＮＣＩＭＢ４２３８１またはＮＣＩＭＢ４２４８６株と匹敵する微生物叢調節活性を有する。特に、誘導体株は、実施例において示されている効果と匹敵する、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅに対しての効果を引き出し、これは、実施例において記載されている培養及び投与プロトコルを使用することによって同定されてよい。ＤＳＭ１０５０７／１４２９４株の誘導体は、概して、ＤＳＭ１０５０７／１４２９４株のバイオタイプである。ＮＣＩＭＢ４２３８１株の誘導体は、概して、ＮＣＩＭＢ４２３８１株のバイオタイプである。ＮＣＩＭＢ４２４８６株の誘導体は、概して、ＮＣＩＭＢ４２４８６株のバイオタイプである。
【0042】
受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株の細胞への言及は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている株と同じ安全及び治療効能特性を有するいずれの細胞も包含し、かかる細胞は本発明によって包含される。受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株の細胞への言及は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２３８１で寄託されている株と同じ安全及び治療効能特性を有するいずれの細胞も包含し、かかる細胞は本発明によって包含される。受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株の細胞への言及は、受託番号ＮＣＩＭＢ４２４８６で寄託されている株と同じ安全及び治療効能特性を有するいずれの細胞も包含し、かかる細胞は本発明によって包含される。
【0043】
好ましい実施形態において、本発明の組成物における細菌株は生存可能であり、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。
【0044】
治療的使用ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減する際の使用のためのものである。胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの増加は、多数の病的状態及び疾患関連しており、実施例は、本発明の組成物が、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減するのに有効であり得ることを実証している。
【0045】
本発明の全ての態様の好ましい実施形態において、ＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅはＥ．ｃｏｌｉである。そのため、好ましくは、本発明の組成物は、胃腸管においてＥ．ｃｏｌｉのレベルを低減する際の使用のためのものである。
【0046】
ある特定の実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅは、病原株、例えばＥ．ｃｏｌｉ Ｏ１５７：Ｈ７、Ｏ１０４：Ｈ４、Ｏ１２１、Ｏ２６、Ｏ１０３、Ｏ１１１、Ｏ１４５、Ｏ１０４：Ｈ２１、またはＯ１０４：Ｈ４である。
【0047】
代替の実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅは、共生または非病原株である。かかるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの増加は、ＩＢＳ及びクローン病などの状態に寄与し得、実施例は、本発明の組成物が、ＩＢＳに関連するＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅに対する低減効果を与え得ることを実証している。
【0048】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｅ．ｃｏｌｉ感染症などのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ感染症に関連する疾患を治療又は予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、下痢、胃腸炎、尿路感染症または新生児髄膜炎を治療または予防する際の使用のためのものである。かかる実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅは、病原株であってよい。
【0049】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、例えばＥ．ｃｏｌｉのレベルの増加に関連する疾患を治療または予防する際の使用のためのものである。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、下痢、胃腸炎、尿路感染症または新生児髄膜炎を治療または予防する際の使用のためのものである。かかる実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅは、共生または非病原株であってよい。
【0050】
いくつかの実施形態において、疾患または状態の病因は、腸に影響する。いくつかの実施形態において、疾患または状態の病因は、腸に影響しない。いくつかの実施形態において、疾患または状態の病因は、腸において局所化されていない。いくつかの実施形態において、治療または予防は、腸以外の部位で生じる。いくつかの実施形態において、治療または予防は、腸において、また、腸以外の部位においても生じる。ある特定の実施形態において、疾患または状態は全身性である。
【0051】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｅ．ｃｏｌｉ感染症などのＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ感染症を治療または予防する際の使用のためのものである。好ましい実施形態において、本発明の組成物は、胃腸管、特に盲腸の感染症を治療または予防する際の使用のためのものである。かかる実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅは、病原株であってよい。
【0052】
いくつかの実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、対象における排せつ物において低減されている。いくつかの実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、対象からの排せつ物サンプルにおいて低減されている。いくつかの実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、対象の遠位腸において低減されている。いくつかの実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、盲腸において低減されている。いくつかの実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、結腸において低減されている。いくつかの実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、直腸において低減されている。いくつかの実施形態において、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、小腸において低減されている。
【0053】
好ましい実施形態において、本発明は、病原性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅによって引き起こされる感染症の治療における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
【0054】
好ましい実施形態において、本発明は、Ｅ．ｃｏｌｉ感染症の治療における使用のための、Ｂｌａｕｔｉａ属の細菌株を含む組成物を提供する。
【0055】
好ましい実施形態において、本発明の組成物は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの増加に関連する疾患、例えばＩＢＳ、クローン病、潰瘍性結腸炎、機能性消化不良、下痢、胃腸炎、尿路感染症または新生児髄膜炎の治療または予防における、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベル、好ましくはＥ．ｃｏｌｉのレベルを低減する際の使用のためのものである。Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ及び特にＥ．ｃｏｌｉは、クローン病及び潰瘍性結腸炎の潜在的な誘因であることが知られており、または、これらを悪化させることが知られており［２２−２４］、そのため、本発明の組成物に関する実施例において示されている効果は、これらの状態の治療において有益であり得る。
【0056】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、胃腸管においてＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減することによって、ＩＢＳ、クローン病、潰瘍性結腸炎、機能性消化不良、下痢、胃腸炎、尿路感染症または新生児髄膜炎を治療または予防する際の使用のためのものである。
【0057】
好ましい実施形態において、本発明の組成物は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌を含み、クローン病、潰瘍性結腸炎、機能性消化不良、または最も好ましくはＩＢＳの治療における、胃腸管においてＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減する際の使用のためのものである。さらに好ましい実施形態において、本発明の組成物は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されている細菌を含み、胃腸管においてＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減することによって、クローン病、潰瘍性結腸炎、機能性消化不良、または最も好ましくはＩＢＳを治療または予防する際の使用のためのものである。
【0058】
ある特定の実施形態において、組成物は、抗生物質、例えばフルオロキノロン、アジスロマイシン、シプロフロキサシンまたはリファキシミンと組み合わせて投与される。ある特定の実施形態において、組成物は、脱水治療、例えば水分補給用飲料と組み合わせて投与される。本発明の組成物は、抗生物質もしくは脱水治療と同時に、または抗生物質もしくは脱水治療と逐次的に投与されてよい。
【0059】
ある特定の実施形態において、組成物は、例えば、健常な対象、または健常な対象の集団と比較したときに、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの増加を示すまたは示すことが予期される患者における使用のためのものである。
【0060】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅによる胃腸管への定着を治療、予防または低減する方法における使用のためのものである。
【0061】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、健常な対象と比較して呼気において水素のレベルが増加している対象における胃腸管においてＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減する方法における使用のためのものである。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、胃腸管におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの増加を示しているまたは示すことが予期される対象の呼気における水素レベルを低減する際の使用のためのものである。対象は、好ましくは、ＩＢＳ、クローン病、潰瘍性結腸炎、機能性消化不良、下痢、胃腸炎、尿路感染症もしくは新生児髄膜炎及び／または病原性Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、例えばＥ．ｃｏｌｉによって引き起こされる感染症を有していると診断された対象である。実施例は、本発明の組成物による処置が、水素呼気試験において検出される水素のレベルを低減することを示している。したがって、水素レベルは、水素呼気試験を使用して好ましくは評価される。水素呼気試験は、当該分野において周知であり、そのため、当業者は、かかる試験をどのように行うかを知っている。いくつかの実施形態において、患者には、該試験において基質としてラクツロースが投与される。
【0062】
水素呼気試験はまた、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの低減、及び本発明の組成物を使用した治療または予防の有効性または推定有効性をモニタリングするための有用なツールでもある。例えば、本発明の組成物による治療の後に対象の呼気において検出される水素のレベルの低減は、該治療が、低減、治療または予防効果を有していることを示し得る。したがって、いくつかの実施形態において、本発明の方法及び使用は、本発明の組成物による治療の間及び／または後に対象の呼気における水素レベルをモニタリングすること、ならびにこれにより低減、治療または予防の有効性または推定有効性を評価することをさらに含む。例えば、水素レベルは、例えば、所望により、治療前、治療の開始時、治療の間、治療の最後及び／または治療後を含めた、１または２以上の（例えば、１、２、３、４または４を超える）回数でモニタリングされてよい。いくつかの実施形態において、投与期間（組成物が対象に投与される間）の最後及び／または後の対象の呼気における水素のレベルは、投与期間の開始時及び／または前のレベルと比較され、レベルの低減は、低減、治療または予防の有効性または推定有効性を示している。例えば、投与期間が１６日である実施形態において、１日目及び１６日目に、または例えば１日目、２日目、１５日目及び１６日目に測定値を採取することが望ましい場合がある。いくつかの実施形態において、複数の測定値を採取し、これらの測定値の平均を得る（例えば、１日目及び２日目の平均、ならびに１５日目及び１６日目の平均）。いくつかの実施形態において、水素レベルＣｍａｘにおける少なくとも４０ｐｐｍの低減は、低減、治療または予防が有効であるまたは恐らく有効であることを示している。いくつかの実施形態において、対象の呼気における水素レベルは、例えば、治療の最後または後にたった１回のみ測定され、該レベルが所望のレベルである、またはこれに近いという所見は、低減、治療または予防が恐らく有効であったことを示している。水素呼気試験は、標準的なアッセイであり、そのため、所定のレベルは当該分野において公知である。
【0063】
治療または予防とは、例えば、症状の重篤度の軽減、または患者にとって問題である増悪の頻度もしくは誘因の範囲の低減を称してよい。
【0064】
Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルは、標準的な技術、例えば実施例において使用されているｑＰＣＲ技術を使用して、患者からの糞便において検出されてよい。
【0065】
投与の形態好ましくは、本発明の組成物は、本発明の細菌株による腸への送達及び／または腸への部分もしくは全体定着を可能にするために胃腸管に投与されるべきである。概して、本発明の組成物は、経口で投与されるが、これらは、経直腸的に、鼻腔内に、または頬側もしくは舌下経路を介して投与されてよい。
【0066】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、フォームとして、スプレーまたはゲルとして投与されてよい。
【0067】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、坐薬、例えば肛門坐薬として、例えば、カカオ脂（ココアバター）、合成硬質脂肪（例えば、坐剤用基材、ウィテップゾール）、グリセロ−ゼラチン、ポリエチレングリコール、または石鹸グリセリン組成物の形態で投与されてよい。
【0068】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、チューブ、例えば、鼻腔栄養チューブ、経口胃チューブ、胃チューブ、経空腸チューブ（Ｊチューブ）、経皮的内視鏡下胃瘻造設術（ＰＥＧ）、またはポート、例えば胃、空腸及び他の好適なアクセスポートへのアクセスを付与する胸壁ポートを介して胃腸管に投与される。
【0069】
本発明の組成物は、一度で投与されてよく、または治療レジメンの部分として逐次的に投与されてよい。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、連日投与されるべきである。実施例は、連日投与が、成功裏に定着及び臨床的利益を付与することを実証している。
【0070】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、例えば毎日、２日おきに、または週１回、長期にわたって、例えば少なくとも１週間、２週間、１ヶ月間、２ヶ月間、６ヶ月間、または１年間定期的に投与される。実施例は、ＢＨ投与が、腸への永久定着を結果として生じない場合があり、そのため、長期にわたる定期的投与が、より大きな治療的利益を付与する場合があることも実証している。
【0071】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、７日間、１４日間、１６日間、２１日間もしくは２８日間、または７日、１４日、１６日、２１日もしくは２８日以下の間投与される。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、１６日間投与される。
【0072】
本発明のある特定の実施形態において、本発明による治療は、患者の腸内微生物叢のアセスメントによって達成される。治療は、本発明の株の送達及び／またはそれによる部分的もしくは全体的定着が達成されず、その結果、効能が観察されないことになるとき、繰り返されてよく、あるいは、治療は、送達及び／または部分的もしくは全体的定着が成功裏でありかつ効能が観察されるときに中止されてよい。
【0073】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、妊娠した動物、例えば、哺乳動物、例えば、ヒトに、その子宮内の胎児及び／または生まれた後の小児においてＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの上昇が発症するのを予防するために投与されてよい。
【0074】
本発明の組成物は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの上昇またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの上昇に関連する疾患もしくは状態と診断された、あるいはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの上昇のリスクがあると同定された患者に投与されてよい。組成物は、健常な患者におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの上昇の発症を予防するための予防対策として投与されてもよい。
【0075】
本発明の組成物は、異常な腸内微生物叢を有すると同定されている患者に投与されてよい。例えば、患者は、Ｂｌａｕｔｉａ、特にＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ、Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓまたはＢｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅによる定着が低減されているか、または該定着がないかであり得る。
【0076】
本発明の組成物は、食品、例えば栄養補助食品として投与されてよい。
【0077】
概して、本発明の組成物は、ヒトの治療のためのものであるが、単胃哺乳動物、例えば、家禽、ブタ、ネコ、イヌ、ウマまたはウサギを含めた動物を治療するのに使用されてよい。本発明の組成物は、動物の成長及びパフォーマンスを向上させるのに有用である場合がある。動物に投与されるとき、経口胃管栄養法が使用されてよい。
【0078】
いくつかの実施形態において、組成物が投与されるべき対象は、ヒト成人である。いくつかの実施形態において、組成物が投与されるべき対象は、ヒト乳児である。
【0079】
組成物概して、本発明の組成物は、細菌を含む。本発明の好ましい実施形態において、組成物は、凍結乾燥形態で調合される。例えば、本発明の組成物は、本発明の細菌株を含む顆粒またはゼラチンカプセル、例えば、硬質ゼラチンカプセルを含んでいてよい。
【0080】
好ましくは、本発明の組成物は、凍結乾燥されている細菌を含む。細菌の凍結乾燥は、確立された手順であり、関連のガイダンスは、例えば、参照文献［２５−２７］において入手可能である。実施例は、凍結乾燥物組成物が特に有効であることを実証している。
【0081】
代替的には、本発明の組成物は、生きている、活性な細菌培養物を含んでいてよい。実施例は、本発明の細菌の培養物が治療的に有効であることを実証している。
【0082】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、不活性化されていない、例えば、熱不活性化されていない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、殺傷されていない、例えば、熱殺傷されていない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、弱毒化されていない、例えば、熱弱毒化されていない。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、殺傷されていない、不活性化されていない及び／または弱毒化されていない。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、生きている。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、生存可能である。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物における細菌株は生存可能であり、腸に部分的または全体的に定着することが可能である。
【0083】
いくつかの実施形態において、組成物は、生きている細菌株と殺傷されている細菌株との混合物を含む。
【0084】
好ましい実施形態において、本発明の組成物は、腸への細菌株の送達を可能にするようにカプセル化されている。カプセル化は、目標箇所に送達するまで、例えばｐＨの変化によって引き起こされる場合がある化学的または物理的刺激、例えば圧力、酵素活性または物理的崩壊による破断を通しての劣化から組成物を保護する。いずれの適切なカプセル化方法が使用されてもよい。例示的なカプセル化技術として、多孔質マトリクス内への取り込み、固体担体表面への付着または吸着、凝集によるまたは架橋剤を用いた自己会合、及び微多孔膜またはマイクロカプセルの後の機械的拘束が挙げられる。本発明の組成物を調製するのに有用であり得るカプセル化についてのガイダンスは、例えば、参照文献［２８−２９］において入手可能である。
【0085】
組成物は、経口で投与されてよく、錠剤、カプセルまたは粉末の形態であってよい。カプセル化された製品が好ましい、なぜなら、Ｂｌａｕｔｉａが嫌気性生物であるからである。他の成分（例えばビタミンＣなど）が、生体内での送達及び／または部分的もしくは全体的定着ならびに生存を改善するように脱酸素剤及びプレバイオティック基質として含まれていてよい。代替的には、本発明のプロバイオティック組成物は、食品もしくは栄養製品、例えばミルクもしくはホエイベースの発酵乳製品として、または医薬製品として経口で投与されてよい。
【0086】
組成物は、プロバイオティックとして調合されてよい。
【0087】
本発明の組成物は、治療有効量の本発明の細菌株を含む。治療有効量の細菌株は、患者への有益な効果を発揮するのに十分である。治療有効量の細菌株は、患者の腸への送達及び／または部分的もしくは全体的定着を結果として生じさせるのに十分であり得る。
【0088】
例えばヒト成人への細菌の好適な１日量は、約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位（ＣＦＵ）；例えば、約１×１０７〜約１×１０１０ＣＦＵ；別の例において、約１×１０６〜約１×１０１０ＣＦＵ；別の例において、約１×１０７〜約１×１０１１ＣＦＵ；別の例において、約１×１０８〜約１×１０１０ＣＦＵ；別の例において、約１×１０８〜約１×１０１１ＣＦＵであってよい。
【0089】
ある特定の実施形態において、細菌の用量は、少なくとも１０９細胞／日、例えば少なくとも１０１０、少なくとも１０１１、または少なくとも１０１２細胞／日である。
【0090】
ある特定の実施形態において、組成物は、組成物の重量に対して約１×１０６〜約１×１０１１ＣＦＵ／ｇ；例えば約１×１０８〜約１×１０１０ＣＦＵ／ｇの量で細菌株を含有する。用量は、例えば、１ｇ、３ｇ、５ｇ及び１０ｇであってよい。
【0091】
典型的には、プロバイオティック、例えば本発明の組成物は、少なくとも１の好適なプレバイオティック化合物と任意選択的に組み合わされる。プレバイオティック化合物は、通常、上部消化管において分解または吸収されない、非消化性炭水化物、例えば、オリゴ−もしくは多糖、または糖アルコールである。公知のプレバイオティクスとして、市販品、例えば、インスリン及びトランスガラクト−オリゴ糖が挙げられる。
【0092】
ある特定の実施形態において、本発明のプロバイオティック組成物は、組成物の合計重量に対して約１〜約３０重量％（例えば、５〜２０重量％）の量でプレバイオティック化合物を含む。炭水化物は：フラクト−オリゴ糖（またはＦＯＳ）、短鎖フラクト−オリゴ糖、インスリン、イソマルト−オリゴ糖、ペクチン、キシロ−オリゴ糖（またはＸＯＳ）、キトサン−オリゴ糖（またはＣＯＳ）、β−グルカン、アラビアガム変性及び耐性デンプン、ポリデキストロース、Ｄ−タガトース、アカシアファイバ、イナゴマメ、オート麦、ならびにシトラスファイバ；からなる群から選択されてよい。一態様において、プレバイオティクスは短鎖フラクト−オリゴ糖（簡潔のために、以下本明細書においてＦＯＳｓ−ｃ．ｃと示す）であり；該ＦＯＳｓ−ｃ．ｃ．は、テンサイ糖の転換によって一般に得られ、３のグルコース分子が結合しているサッカロース分子を含んでいる消化性炭水化物ではない。
【0093】
本発明の組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤または担体を含んでいてよい。かかる好適な賦形剤の例は、参照文献［３０］において見出され得る。治療的使用のための許容可能な担体または希釈剤は、薬剤分野において周知されており、例えば参照文献［３１］において記載されている。好適な担体の例として、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが挙げられる。好適な希釈剤の例として、エタノール、グリセロール及び水が挙げられる。医薬担体、賦形剤または希釈剤の選択は、意図する投与経路及び標準の薬務に関して選択され得る。医薬組成物は、上記担体、賦形剤または希釈剤として、またはこれに加えて、いずれの好適な結合剤（複数可）、潤滑剤（複数可）、懸濁剤（複数可）、コーティング剤（複数可）、可溶化剤（複数可）を含んでいてもよい。好適な結合剤の例として、デンプン、ゼラチン、天然糖、例えばグルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、天然及び合成ガム、例えばアカシア、トラガカントまたはアルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロースならびにポリエチレングリコールが挙げられる。好適な潤滑剤の例として、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩化ナトリウムなどが挙げられる。防腐剤、安定剤、染料、及びさらなる香味剤が医薬組成物において付与されていてよい。防腐剤の例として、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、システイン、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられ、例えば、いくつかの実施形態において、防腐剤は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルから選択される。酸化防止剤及び懸濁剤が使用されてもよい。好適な担体のさらなる例は、サッカロースである。防腐剤のさらなる例は、システインである。
【0094】
本発明の組成物は、食品として調合されてよい。例えば、食品は、例えば栄養補助食品において、本発明の治療効果に加えて、栄養的利益を付与してよい。同様に、食品は、本発明の組成物の風味を向上するように、または組成物を、医薬組成物よりもむしろ、一般食料とより類似することによって、消費するのにより魅力的であるようにするように調合されてよい。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、ミルクベースの製品として調合される。用語「ミルクベースの製品」は、変動する脂肪分を有する、いずれの液体または半固体のミルク−またはホエイベースの製品も意味する。ミルクベースの製品は、例えば、ウシのミルク、ヤギのミルク、ヒツジのミルク、スキムミルク、ホールミルク、いずれの処理もしていない粉ミルク及びホエイからの還元ミルク、または加工品、例えばヨーグルト、凝固したミルク、カード、酸乳、酸全乳、バターミルク及び他の酸乳製品であり得る。別の重要な群として、ミルク飲料、例えばホエイ飲料、発酵乳、コンデンスミルク、乳幼児ミルク；フレーバーミルク、アイスクリーム；ミルク含有食品、例えば、スイーツが挙げられる。
【0095】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、Ｂｌａｕｔｉａ属の１または２以上の細菌株を含み、いずれの他の属からの細菌も含有せず、または、ほんの僅少なもしくは生物学的に関連のない量の別の属からの細菌を含む。
【0096】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、単一の細菌株または種を含有し、いずれの他の細菌株または種も含有しない。かかる組成物は、ほんの僅少なまたは生物学的に関連のない量の他の細菌株または種を含んでいてよい。かかる組成物は、他の種の生物を実質的に含まない培養物であってよい。いくつかの実施形態において、かかる組成物は、他の種の生物を実質的に含まない凍結乾燥物であってよい。
【0097】
ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｂｌａｕｔｉａ属の１または２以上の細菌株、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含み、かついずれの他の細菌属も含有せず、またはほんの僅少なもしくは生物学的に関連のない量の別の属からの細菌を含む。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、単一のＢｌａｕｔｉａ種、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含み、かついずれの他の細菌種も含有せず、またはほんの僅少なもしくは生物学的に関連のない量の別の種からの細菌を含む。ある特定の実施形態において、本発明の組成物は、Ｂｌａｕｔｉａ、例えば、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの単一株を含み、かついずれの他の細菌株もしくは種も含有せず、またはほんの僅少なまたは生物学的に関連のない量の別の株または種からの細菌を含む。
【0098】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、１を超える細菌株または種を含む。例えば、いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同種内からの１を超える株（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０または４５を超える株）を含み、任意選択的に、いずれの他の種からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同種内からの５０未満の株（例えば、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、９、８、７、６、５、４または３未満の株）を含み、任意選択的に、いずれの他の種からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同種内からの１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１９、１〜１８、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５、または３１〜５０株を含み、任意選択的に、いずれの他の種からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同属内からの１を超える種（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１２、１５、１７、２０、２３、２５、３０、３５または４０を超える種）を含み、任意選択的に、いずれの他の属からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同属内からの５０未満の種（例えば、５０、４５、４０、３５、３０、２５、２０、１５、１２、１０、８、７、６、５、４または３未満の種）を含み、任意選択的に、いずれの他の属からの細菌も含有しない。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、同属内からの１〜５０、１〜４０、１〜３０、１〜２０、１〜１５、１〜１０、１〜９、１〜８、１〜７、１〜６、１〜５、１〜４、１〜３、１〜２、２〜５０、２〜４０、２〜３０、２〜２０、２〜１５、２〜１０、２〜５、６〜３０、６〜１５、１６〜２５、または３１〜５０種を含み、任意選択的に、いずれの他の属からの細菌も含有しない。本発明は、上記のいずれの組み合わせも含む。
【0099】
いくつかの実施形態において、組成物は、微生物共同体を含む。例えば、いくつかの実施形態において、組成物は、微生物共同体の一部としてＢｌａｕｔｉａ細菌株を含む。例えば、いくつかの実施形態において、Ｂｌａｕｔｉａ細菌株は、腸において生体内で共生的に生きることができる、他の属からの１または２以上の（例えば、少なくとも２、３、４、５、１０、１５または２０の）他の細菌株と組み合わせて存在する。例えば、いくつかの実施形態において、組成物は、異なる属からの細菌株と組み合わせたＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの細菌株を含む。いくつかの実施形態において、微生物共同体は、単一の生物、例えば、ヒトの糞便サンプルから得られた２以上の細菌株を含む。いくつかの実施形態において、微生物共同体は、本来は一緒には見られない。例えば、いくつかの実施形態において、微生物共同体は、少なくとも２の異なる生物の糞便サンプルから得られた細菌株を含む。いくつかの実施形態において、該２の異なる生物は、同種、例えば、２の異なるヒトからのものである。いくつかの実施形態において、該２の異なる生物は、ヒト乳児及びヒト成人である。いくつかの実施形態において、該２の異なる生物は、ヒト及び非ヒト哺乳動物である。
【0100】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株と同じ安全及び治療効能特性を有するが、受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４で寄託されているＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株ではない、またはＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａでもなくＢｌａｕｔｉａでもない細菌株をさらに含む。
【0101】
本発明の組成物が１を超える細菌株、種または属を含むいくつかの実施形態において、個々の細菌株、種または属は、別々、同時または逐次投与用であってよい。例えば、組成物は、１を超える細菌株、種もしくは属の全てを含んでいてよく、または細菌株、種もしくは属は、別々に貯蔵されてよく、また、別々に、同時にもしくは逐次的に投与されてよい。いくつかの実施形態において、１を超える細菌株、種または属は、別々に貯蔵されているが、使用前に一緒に混合される。
【0102】
いくつかの実施形態において、本発明において使用される細菌株は、ヒト成人の糞便から得られる。本発明の組成物が１を超える細菌株を含むいくつかの実施形態において、細菌株の全てがヒト成人の糞便から得られ、または、他の細菌株が存在するとき、ほんの僅少な量で存在する。細菌は、ヒト成人の糞便から得られ本発明の組成物において使用された後に培養されてよい。
【0103】
いくつかの実施形態において、１または２以上のＢｌａｕｔｉａ細菌株は、本発明の組成物において唯一の治療的活性剤（複数可）である。いくつかの実施形態において、組成物における細菌株（複数可）は、本発明の組成物において唯一の治療的活性剤（複数可）である。
【0104】
本発明による使用のための組成物は、販売承認を必要としてもしなくてもよい。
【0105】
ある特定の実施形態において、本発明は、上記細菌株が凍結乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、上記細菌株が噴霧乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、生きている、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、生存可能である、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、腸に部分的または全体的に定着することが可能である、上記医薬組成物を提供する。ある特定の実施形態において、本発明は、細菌株が、凍結乾燥または噴霧乾燥されており、また、生存可能でありかつ腸に部分的または全体的に定着することが可能である、上記医薬組成物を提供する。
【0106】
いくつかの場合において、凍結乾燥または噴霧乾燥されている細菌株は、投与前に再構成される。いくつかの場合において、再構成は、本明細書に記載されている希釈剤の使用による。
【0107】
本発明の組成物は、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤または担体を含んでいてよい。
【0108】
ある特定の実施形態において、本発明は、本発明の細菌株と；薬学的に許容可能な賦形剤、担体または希釈剤とを含む医薬組成物であって；細菌株が、必要とする対象に投与されるとき、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルを低減する及び／またはＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの上昇に関連する障害を治療するのに十分な量であり；該障害が、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅのレベルの上昇に関連している、例えばクローン病、潰瘍性結腸炎、機能性消化不良、またはより好ましくは、ＩＢＳ、もしくは下痢、胃腸炎、尿路感染症もしくは新生児髄膜炎である、上記医薬組成物を提供する。
【0109】
ある特定の実施形態において、本発明は、上記医薬組成物であって、細菌株の量が、組成物の重量に対してグラム当たり約１×１０３〜約１×１０１１個のコロニー形成単位である、上記医薬組成物を提供する。
【0110】
ある特定の実施形態において、本発明は、１ｇ、３ｇ、５ｇまたは１０ｇの用量で投与される、上記医薬組成物を提供する。
【0111】
ある特定の実施形態において、本発明は、経口、直腸、皮下、鼻、頬側、及び舌下からなる群から選択される方法によって投与される、上記医薬組成物を提供する。
【0112】
ある特定の実施形態において、本発明は、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール及びソルビトールからなる群から選択される担体を含む上記医薬組成物を提供する。
【0113】
ある特定の実施形態において、本発明は、エタノール、グリセロール及び水からなる群から選択される希釈剤を含む上記医薬組成物を提供する。
【0114】
ある特定の実施形態において、本発明は、デンプン、ゼラチン、グルコース、無水ラクトース、自由流動ラクトース、β−ラクトース、コーンシロップ、アカシア、トラガカント、アルギン酸ナトリウム、カルボキシメチルセルロース、ポリエチレングリコール、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム及び塩化ナトリウムからなる群から選択される賦形剤を含む、上記医薬組成物を提供する。
【0115】
ある特定の実施形態において、本発明は、防腐剤、酸化防止剤及び安定剤の少なくとも１つをさらに含む、上記医薬組成物を提供する。
【0116】
ある特定の実施形態において、本発明は、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸、及びｐ−ヒドロキシ安息香酸のエステルからなる群から選択される防腐剤を含む、上記医薬組成物を提供する。
【0117】
ある特定の実施形態において、本発明の医薬組成物であって、いずれの鉱物も含まず、または、より詳細には、３３を超える原子番号を有するいずれの金属も含まず、例えば、セレン、モリブデン、タングステン、セレン化合物、モリブデン化合物及びタングステン化合物からなる群からのいずれの鉱物も含まない、上記組成物を提供する。
【0118】
ある特定の実施形態において、本発明は、上記細菌株が凍結乾燥されている、上記医薬組成物を提供する。
【0119】
ある特定の実施形態において、本発明は、組成物が約４℃または約２５℃で密閉容器に貯蔵されて容器が５０％の相対湿度を有する雰囲気に置かれているとき、コロニー形成単位で測定される細菌株の少なくとも８０％が、少なくとも約１ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１年、１．５年、２年、２．５年または３年の期間の後に残存している、上記医薬組成物を提供する。
【0120】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載されている組成物を含む密閉容器において付与される。いくつかの実施形態において、密閉容器は、サチェまたはボトルである。いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、本明細書に記載されている組成物を含むシリンジにおいて付与される。
【0121】
本発明の組成物は、いくつかの実施形態において、医薬製剤として付与されてよい。例えば、組成物は、錠剤またはカプセルとして提供されてよい。いくつかの実施形態において、カプセルは、ゼラチンカプセル（「ｇｅｌ−ｃａｐ」）である。
【0122】
いくつかの実施形態において、本発明の組成物は、経口投与される。経口投与は、嚥下を含んでいてよく、その結果、化合物が、胃腸管に入ることになり、かつ／または頬側、舌側、もしくは舌下投与によって化合物が口から直接血流に入ることになる。
【0123】
経口投与に好適な医薬製剤として、固体プラグ、固体微粒子状物、半固体及び液体（多相及び分散系を含む）、例えば錠剤；多−またはナノ−粒子状物を含有する軟質または硬質カプセル、液体（例えば、水溶液）、エマルジョンまたは粉末；ロゼンジ（液体が充填されたものを含む）；咀嚼剤；ゲル；急速分散剤形；フィルム；膣坐剤；スプレー；ならびに頬側／粘膜接着パッチが挙げられる。
【0124】
いくつかの実施形態において、医薬製剤は、腸溶性製剤、すなわち、経口投与による腸への本発明の組成物の送達に好適である胃耐性製剤（例えば、胃のｐＨに耐性）である。腸溶性製剤は、組成物の細菌または別の成分が酸感受性である、例えば、胃条件下で分解しやすいとき、特に有用であり得る。
【0125】
いくつかの実施形態において、腸溶性製剤は、腸溶性コーティングを含む。いくつかの実施形態において、該製剤は、腸溶性コーティングされた剤形である。例えば、該製剤は、腸溶性コーティングされた錠剤または腸溶性コーティングされたカプセルなどであってよい。腸溶性コーティングは、経口送達のための従来の腸溶性コーティング、例えば、錠剤、カプセルなどのための従来のコーティングであってよい。該製剤は、フィルムコーティング、例えば、腸溶性ポリマー、例えば酸不溶性ポリマーの薄膜層を含んでいてよい。
【0126】
いくつかの実施形態において、腸溶性製剤は、本質的に腸溶性であり、例えば、腸溶性コーティングを必要とすることない胃耐性である。そのため、いくつかの実施形態において、該製剤は、腸溶性コーティングを含まない腸溶性製剤である。いくつかの実施形態において、該製剤は、熱ゲル化材料から作製されたカプセルである。いくつかの実施形態において、熱ゲル化材料は、セルロース系材料、例えばメチルセルロース、ヒドロキシメチルセルロースまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）である。いくつかの実施形態において、カプセルは、いずれのフィルム形成ポリマーも含有しないシェルを含む。いくつかの実施形態において、カプセルは、シェルを含み、該シェルは、ヒドロキシプロピルメチルセルロースを含み、いずれのフィルム形成ポリマーも含まない（例えば、［３２］を参照されたい）。いくつかの実施形態において、該製剤は、本質的に腸溶性のカプセル（例えば、Ｃａｐｓｕｇｅｌ製Ｖｃａｐｓ（登録商標））である。
【0127】
いくつかの実施形態において、該製剤は、軟質カプセルである。軟質カプセルは、カプセルシェルに存在する軟化剤、例えば、グリセロール、ソルビトール、マルチトール及びポリエチレングリコールなどの添加のおかげで、ある特定の弾性及び柔軟性を有し得るカプセルである。軟質カプセルは、例えば、ゼラチンまたはデンプンベースで製造され得る。ゼラチンベースの軟質カプセルは、種々の供給者から市販されている。例えば経口または経直腸などの投与方法に応じて、軟質カプセルは、種々の形状を有することができ、例えば、円形、楕円形、長方形または魚雷型であり得る。軟質カプセルは、従来のプロセス、例えば、Ｓｃｈｅｒｅｒプロセス、Ａｃｃｏｇｅｌプロセスまたは液滴もしくは発泡プロセスなどによって製造され得る。
【0128】
培養方法本発明における使用のための細菌株は、例えば、参照文献［３３−３５］に詳述されている標準の微生物学的技術を使用して培養され得る。
【0129】
培養に使用される固体または液体培地は、例えば、ＹＣＦＡ寒天またはＹＣＦＡ培地であってよい。ＹＣＦＡ培地として（１００ｍｌ当たりの近似値）：Ｃａｓｉｔｏｎｅ（１．０ｇ）、酵母エキス（０．２５ｇ）、ＮａＨＣＯ３（０．４ｇ）、システイン（０．１ｇ）、Ｋ２ＨＰＯ４（０．０４５ｇ）、ＫＨ２ＰＯ４（０．０４５ｇ）、ＮａＣｌ（０．０９ｇ）、（ＮＨ４）２ＳＯ４（０．０９ｇ）、ＭｇＳＯ４・７Ｈ２Ｏ（０．００９ｇ）、ＣａＣｌ２（０．００９ｇ）、レザズリン（０．１ｍｇ）、ヘミン（１ｍｇ）、ビオチン（１μｇ）、コバラミン（１μｇ）、ｐ−アミノ安息香酸（３μｇ）、葉酸（５μｇ）、及びピリドキサミン（１５μｇ）を挙げることができる。
【0130】
総則本発明の実施は、別途示さない限り、当業者の範囲内の、化学、生化学、分子生物、免疫学及び薬理学の従来の方法を用いる。かかる技術は、文献において完全に説明されている。例えば、参照文献［３６−４３］などを参照されたい。
【0131】
用語「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」は、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（含む）」及び「ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ（からなる）」を包含し、例えば、組成物がＸを「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含む）」は、Ｘから排他的になってもよく、またはさらなる何か、例えば、Ｘ＋Ｙを含んでいてもよい。
【0132】
数値ｘに関係する用語「約」は、任意選択的であり、例えば、ｘ±１０％を意味する。
【0133】
語「実質的に」は、「完全に」を排除せず、例えば、Ｙを「実質的に含まない」組成物は、Ｙを完全に含まなくてよい。必要に応じて、語「実質的に」は、本発明の定義から省略されてよい。
【0134】
２つのヌクレオチド配列間の百分率の配列同一性への言及は、整列しているとき、ヌクレオチドの百分率が、２つの配列を比較したときに同じであることを意味する。このアラインメント及びパーセント相同性または配列同一性は、当該分野において公知のソフトウエアプログラム、例えば、参照文献［４４］のセクション７．７．１８に記載されているものを使用して決定され得る。好ましいアラインメントは、１２のギャップオープンペナルティ及び２のギャップエクステンションペナルティ、６２のＢＬＯＳＵＭマトリクスによるアフィンギャップ検索を使用してＳｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムによって決定される。Ｓｍｉｔｈ−Ｗａｔｅｒｍａｎ相同性検索アルゴリズムは、参照文献［４５］に開示されている。
【0135】
特に記述されていない限り、多数のステップを含むプロセスまたは方法は、方法の開始及び終了時にさらなるステップを含んでいてよく、またはさらなる介在するステップを含んでいてよい。また、ステップは、適切な場合、代替の順序で、組み合わされ、省略され、または実施されてよい。
【0136】
本発明の種々の実施形態は本明細書に記載されている。各実施形態において特定されている特徴は、他の特定されている特徴と組み合わされて、さらなる実施形態を付与してよいことが認識される。特に、好適な、典型的なまたは好ましいとして本明細書において強調されている実施形態は、互いに組み合わされてよい（これらが互いに排他的であるときを除く）。
【実施例】
【0137】
本発明を実施するための形態実施例１−ＩＢＳの腸の微生物叢を持つラットへの細菌接種の投与
概要
ラットに、ヒトＩＢＳ対象からの糞便微生物叢を接種した。次いで、ラットに、本発明による細菌株を含む組成物を投与し、Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａによる定着を分析した。
【0138】
株Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（ＢＨ）株ＤＳＭ１０５０７／１４２９４。
【0139】
組成物及び投与ＢＨまたは凍結乾燥物−経口胃管栄養法によって投与
対照溶液を経口胃管栄養法によって投与
【0140】
ラットＩＢＳ対象からのヒト腸微生物叢を接種した。
【0141】
研究デザイン１４日目−ラットにＩＢＳ対象からのヒト腸微生物叢を接種した
０〜２８日目−ＢＨもしくは凍結乾燥物、または対照溶液を連日投薬
０、１４及び２８日目−糞便サンプル中のＢＨ集団のｑＰＣＲ
【0142】
結果図１は、対照溶液（ＩＢＳ）またはＢＨ凍結乾燥物（ＩＢＳ＋ＢＨ）を投与したラットからの糞便サンプル中のＢＨ集団のｑＰＣＲ分析の結果を表す。ＢＨ集団の増加は、ラットにＢＨ凍結乾燥物が与えられた１４及び２８日目に見られ、成功裏の定着が確認された。
【0143】
結論Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａを含む組成物の投与は、成功裏の定着をもたらした。
【0144】
実施例２−健常なラット対する細菌凍結乾燥物の投与及びＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅに対する効果健常なＨＩＭラットに対するＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（ＢＨ）株ＤＳＭ１０５０７／１４２９４の凍結乾燥物の投与の効果を研究した。結果を図２〜５に報告する。実験に関するさらなる詳細は図の説明において上記に付与している。図２は、ラットにおけるＢＨの適切な用量が１０９細胞／日以上であることを示している。図３は、これらの実験においてＢＨがラット消化管に永久には定着しなかったことを示している。図４は、ＢＨが盲腸において主に見られることを示している。顕著には、図５は、ＢＨの投与がｑＰＣＲによって検出されているようにラット糞便におけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅの統計的に有意な低減を示している。
【0145】
実施例３−ＩＢＳのラットモデルにおける細菌凍結乾燥物の投与ＩＢＳのラットモデルに対するＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（ＢＨ）株ＤＳＭ１０５０７／１４２９４の凍結乾燥物の投与の効果をさらに調査した。無菌ラットにＣ−ＩＢＳ（便秘あり）またはＵ−ＩＢＳ（非亜型）患者からの糞便サンプルを接種した。結果は図６に報告されており、実験に関するさらなる詳細は図の説明において上記に付与している。図６において、ＢＨ凍結乾燥物の投与が主にＥ．ｃｏｌｉであるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅの統計的に有意な低減を引き起こすことが確認されている。予期されるように、ＢＨの増加もまた観察される。
【0146】
実施例４−患者の微生物叢のＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの比較Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（受託番号ＤＳＭ１０５０７／１４２９４でも寄託されている株「Ｂｌａｕｔｉｘ」）を、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を有するヒト患者に投与する第一相臨床試験を行った。患者にＢｌａｕｔｉｘを投与期間（１〜１６日目）に投与し、ウオッシュアウト期間が１９〜２３日目であった。Ｂｌａｕｔｉｘは、安全かつ耐容性良好の両方であることが分かった。患者の微生物叢のＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（Ｂｌａｕｔｉｘ）を研究の１日目、１６日目、及び最後（ＥＯＳ）に測定した。結果は以下の通りである：
表１：
【0147】
分析は、患者の排せつ物サンプルにおけるＢｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｉｃａレベルの傾向を示す（図７ａを参照されたい）。Ｂｌａｕｔｉｘを与えられた参加者では、投与期間後（１６日目）の排せつ物サンプルにおいて細菌のレベルが増加した。このことは、腸へのＢｌａｕｔｉｘの成功裏の送達を実証している。これらのレベルは、ウオッシュアウト期間後（研究の最後；ＥＯＳ）に正常に戻る。このように、Ｂｌａｕｔｉｘは、投薬を一旦中止したら、腸に永久には定着しない。観察は両方とも前臨床モデルと一致している。
【0148】
実施例５−患者の微生物叢のＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａの比較患者の微生物叢のＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａもまた、第一相臨床試験の際、１日目、１６日目及び研究の最後に測定した。結果は以下の通りである：
【0149】
分析は、患者の排せつ物サンプルにおけるＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａレベルの傾向を示す（図７ｂを参照されたい）。Ｂｌａｕｔｉｘで処置したＩＢＳ患者は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａが低減した。これは、前臨床モデルからの観察と一致している。
【0150】
実施例６−水素呼気試験結果呼気の水素レベルは、Ｂｌａｕｔｉｘ活性のバイオマーカーである−ＭｏＡは、酢酸を産生する内因性Ｈ２の代謝を含む。ヒト対象にラクツロースを投与し、水素（Ｈ２）レベル（Ｃｍａｘ）を４つの時点：１日目、２日目、１５日目及び１６日目；でサンプリングした。水素の未補正の結果を、水素の補正された結果に変換した。
【0151】
いくらかの患者を分析から除外した。対象を水素呼気試験分析に含まない３つの理由があった：１）これらは、４つのサンプリング日のうち１つにおいてＣＭＡＸの水素呼気試験結果が＜２０であり、そのため、該試験に対応していないと判断した；２）これらは、メタン産生体であった（呼気試験において水素よりもメタンをより産生するとされた）、このことは、水素応答に影響する；かつ／または３）水素呼気試験において異常値があった（２３２ｐｐｍ）。対象３．１２（Ｂｌａｕｔｉｘ）、３．２４（Ｂｌａｕｔｉｘ）、４．０７（Ｂｌａｕｔｉｘ）を非応答体として除外した。対象３．０３（Ｂｌａｕｔｉｘ）及び３．０８（プラセボ）をメタン産生体として除外した（上記で除外されると言及されている４．０７もまた、メタン産生体であった）。対象４．０９（プラセボ）を異常値に起因して除外した。
【0152】
投与期間の最後（１５／１６日目）からの補正された水素の分析の結果をベースライン（１／２日目）からの結果と比較した。Ｂｌａｕｔｉｘが与えられた１２患者のうち１０患者（８３％）において、この期間にわたって水素レベルが低減した（図８ａ及び８ｃ）。対照的に、プラセボが与えられた６患者のうち３患者（５０％）において、水素レベルが低減した（図８ｂ及び８ｃ）。
【0153】
図９は、Ｂｌａｕｔｉｘ（Ｖｅｒｕｍ）処置群に関する未補正及び補正された水素結果を、該結果の統計的分析と一緒に示す。未補正及び補正されたＨ２の両方に関する平均値は、１日目と１５日目との間で異なることが見出された。処置の１３．５日後、Ｃｍａｘ呼気試験においてＨ２の統計的に有意な（ｐ＜０．０５）現象が、ラクツロース刺激の後に検出された。対照的に、プラセボ群では、平均は、１日目及び１５日目で等しいことが見出された（ｐ＞０．０５）（図１０）。このように、未補正の水素結果及び補正された水素結果の両方について、処置群（ＶＥＲＵＭ群とも称される）での平均は、１日目と１５日目との間で減少するが、プラセボ群での平均は、１日目と１５日目との間で等しい（図１１）。
【0154】
実施例７−安定性試験本明細書に記載されている少なくとも１つの細菌株を含有する本明細書に記載されている組成物を、２５℃または４℃の密閉容器に貯蔵し、該容器を３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、９０％または９５％の相対湿度を有する雰囲気に置く。１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、６ヶ月、１年、１．５年、２年、２．５年または３年後、標準のプロトコルによって決定されるコロニー形成単位で測定したとき、細菌株の少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％または９０％が残存する。
【0155】
実施例８−Ｂ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａがヒト細菌叢関連ラット（ＨＭＡラット）モデルにおいて微生物叢を変更する能力概要
１６匹の無菌ラット群（対照群における８匹のラットと処置群における８匹のラットとを含む）にヒトＩＢＳ対象からの糞便微生物叢を接種した（ＩＢＳ−ＨＭＡラット）。３つの連続実験を３の異なるＩＢＳ患者からの糞便サンプルを使用して実施した。２つの他のラット群（ｎ＝１０）に、健常な対象（ｎ＝２対象；２つの健常なＨＭＡラット群）の糞便サンプルを対照として接種した。こうして、２４のＩＢＳ−微生物叢関連ラット（対照）、Ｂｌａｕｔｉｘで処置した２４のＩＢＳ微生物叢関連ラット、及び２０の健常な微生物叢関連ラットとした。ＩＢＳ−ＨＭＡラットの半分に、本発明によるＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの細菌株を含む組成物を２８日間投与しながら、他の半分の動物には対照溶液を与えた。投与後２８日目に、ＩＢＳ患者において影響されることが以前に見出されている、糞便微生物叢からの微生物のレベルを分析した。
【0156】
株Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（ＢＨ）株ＤＳＭ１０５０７Ｔ／１４２９４。
【0157】
組成物及び投与ＢＨ凍結乾燥物を１０１０細菌／ｍｌの濃度で無菌鉱液に懸濁した。２ｍｌのこの懸濁液を経口胃管栄養法によって２８日間、ＩＢＳ−ＨＭＡラットごとに連日投与した。
【0158】
対照溶液は、ＩＢＳ−ＨＭＡラットの対照群に経口胃管栄養法によって連日投与した（２ｍｌ／ラット）無菌鉱液であった。
【0159】
ラット無菌雄Ｆｉｓｈｅｒラット（１０週齢）にＩＢＳ対象（ＩＢＳ−ＨＭＡラット）からのヒト糞便微生物叢を接種した。１６匹のラットに同じヒト糞便接種材料を接種した。３つの連続実験を３つの異なるＩＢＳ対象からの糞便サンプルによって実施した。１０匹のラットのうちの２つの他の群に２の健常な対象（正常な感度の対照群）からの糞便サンプルを接種した。
【0160】
研究デザイン１４日目−ヒト糞便微生物叢を無菌ラットに接種。
０〜２８日目−経口胃管栄養法によりＢＨ凍結乾燥物（アッセイ群）または対照溶液（対照群）を連日投薬
０、１４及び２８日目−微生物の分析用の糞便サンプルの収集：ＢＨ集団及び他の片利共生微生物群の評価のためのｑＰＣＲ、ならびに選択培地及び偏性嫌気性方法を使用した微生物の機能群の計数。
【0161】
結果図１２は、対照溶液またはＢＨ凍結乾燥物が与えられたＩＢＳ−ＨＭＡラットからの糞便サンプルのＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ集団のｑＰＣＲ分析の結果を表す。ＢＨ凍結乾燥物が与えられたラットにおいて投与期間の最後（２８日目）にＢＨ集団の有意な増加が観察され、結腸におけるＢＨの成功裏の送達を確認した。
【0162】
図１３は、ＩＢＳ患者において影響されることが以前に見出されている、糞便微生物叢におけるある特定の微生物群に対するＢ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの投与の効果について報告する。Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ種のレベルは、Ｂ．ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ投与後に低減した。
【0163】
結論Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａの投与は、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅの低減を結果として生じさせた。
【0164】
実施例９−第一相臨床試験の際の患者の症状の変化Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ（受託番号ＤＳＭ１０５０７及び受託番号ＤＳＭ１４２９４でも寄託されている株「Ｂｌａｕｔｉｘ」）を、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）を有するヒト患者に投与する第一相臨床試験を行った。患者にＢｌａｕｔｉｘを投与期間（１〜１６日目）に投与し、ウオッシュアウト期間が１９〜２３日目であった。Ｂｌａｕｔｉｘは、安全かつ耐容性良好の両方であることが分かった。４つの症状をモニタリングし、そのうちの１つが下痢であった。研究において、患者がこれらの症状の改善を経験したか、変化が無かったか、または悪化したかを記録した。Ｂｌａｕｔｉｘが投与された患者からの結果を、プラセボが投与された患者を使用して得たものと比較した。症状を３つの時点：研究の１日目、１５／１６日目、及び最後；でモニタニングした。結果を図１４及び１５に示す。
【0165】
１６日目の患者の報告されている症状を、１日目からのベースラインと比較したとき、Ｂｌａｕｔｉｘが与えられた１７のＩＢＳ患者の８２％において症状の改善が報告された（図１４）。その１つが下痢である症状の改善は、下痢を治療または予防するためのＢｌａｕｔｉｘの使用をサポートする。
【0166】
プラセボが与えられた患者の５０％において症状の改善が報告された（図１４）。高いプラセボ応答率は、ＩＢＳ臨床研究において、確立された現象である。プラセボよりもかなり小さい改善を基準にしてＩＢＳを治療するＸｉｆａｘａｎが最近承認された（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ａｃｃｅｓｓｄａｔａ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｓｐｌ／ｄａｔａ／５ａｂ６ｆｃｅｂ−４ｄ２２−４４８０−８１ｆｃ−８ｂｃ２８ｃ１６７７０ｄ／５ａｂ６ｆｃｅｂ−４ｄ２２−４４８０−８１ｆｃ−８ｂｃ２８ｃ１６７７０ｄ．ｘｍｌを参照されたい）。
【0167】
投薬完了時（１６日目）に存在する症状と比較した研究完了時（１９〜２３日目）の症状の悪化は、本明細書に提示されている教示を基準にして予期される。この症状の悪化は、第一相臨床試験において見られ：ＩＢＳ患者の４１％においてＢｌａｕｔｉｘ投薬の中止後に症状の悪化が報告された（図１５）。Ｂｌａｕｔｉｘ投薬の中止後の、その１つが下痢である症状の悪化もまた、そのため、下痢を治療または予防する際のＢｌａｕｔｉｘの使用をサポートする。
【0168】
配列配列番号１（Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株ＧＡＭ６−１ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列−ＨＭ６２６１７７）
1 tgcaagtcga gcgaagcgct tacgacagaa ccttcggggg aagatgtaag ggactgagcg
61 gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct gcctcataca gggggataac agttggaaac
121 ggctgctaat accgcataag cgcacggtat cgcatgatac agtgtgaaaa actccggtgg
181 tatgagatgg acccgcgtct gattagctag ttggaggggt aacggcccac caaggcgacg
241 atcagtagcc ggcctgagag ggtgaacggc cacattggga ctgagacacg gcccagactc
301 ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc
361 gcgtgaagga agaagtatct cggtatgtaa acttctatca gcagggaaga aaatgacggt
421 acctgactaa gaagccccgg ctaactacgt gccagcagcc gcggtaatac gtagggggca
481 agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg gagcgtagac ggaagagcaa gtctgatgtg
541 aaaggctggg gcttaacccc aggactgcat tggaaactgt ttttcttgag tgccggagag
601 gtaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc
661 gaaggcggct tactggacgg taactgacgt tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg
721 attagatacc ctggtagtcc acgccgtaaa cgatgaatac taggtgttgg ggagcaaagc
781 tcttcggtgc cgcagcaaac gcaataagta ttccacctgg ggagtacgtt cgcaagaatg
841 aaactcaaag gaattgacgg ggacccgcac aagcggtgga gcatgtggtt taattcgaag
901 caacgcgaag aaccttacca agtcttgaca tcgatctgac cggttcgtaa tggaaccttt
961 ccttcgggac agagaagaca ggtggtgcat ggttgtcgtc agctcgtgtc gtgagatgtt
1021 gggttaagtc ccgcaacgag cgcaacccct atcctcagta gccagcaggt gaagctgggc
1081 actctgtgga gactgccagg gataacctgg aggaaggcgg ggacgacgtc aaatcatcat
1141 gccccttatg atttgggcta cacacgtgct acaatggcgt aaacaaaggg aagcgagccc
1201 gcgaggggga gcaaatccca aaaataacgt cccagttcgg actgcagtct gcaactcgac
1261 tgcacgaagc tggaatcgct agtaatcgcg aatcagaatg tcgcggtgaa tacgttcccg
1321 ggtcttgtac acaccgcccg tcacaccatg ggagtcagta acgcccgaag tc
【0169】
配列番号２（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株ＷＡＬ１４５０７ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列−ＥＦ０３６４６７）1 caagtcgaac gggaattant ttattgaaac ttcggtcgat ttaatttaat tctagtggcg
61 gacgggtgag taacgcgtgg gtaacctgcc ttatacaggg ggataacagt cagaaatggc
121 tgctaatacc gcataagcgc acagagctgc atggctcagt gtgaaaaact ccggtggtat
181 aagatggacc cgcgttggat tagcttgttg gtggggtaac ggcccaccaa ggcgacgatc
241 catagccggc ctgagagggt gaacggccac attgggactg agacacggcc cagactccta
301 cgggaggcag cagtggggaa tattgcacaa tgggggaaac cctgatgcag cgacgccgcg
361 tgaaggaaga agtatctcgg tatgtaaact tctatcagca gggaagatag tgacggtacc
421 tgactaagaa gccccggcta actacgtgcc agcagccgcg gtaatacgta gggggcaagc
481 gttatccgga tttactgggt gtaaagggag cgtagacggt gtggcaagtc tgatgtgaaa
541 ggcatgggct caacctgtgg actgcattgg aaactgtcat acttgagtgc cggaggggta
601 agcggaattc ctagtgtagc ggtgaaatgc gtagatatta ggaggaacac cagtggcgaa
661 ggcggcttac tggacggtaa ctgacgttga ggctcgaaag cgtggggagc aaacaggatt
721 agataccctg gtagtccacg ccgtaaacga tgaataacta ggtgtcgggt ggcaaagcca
781 ttcggtgccg tcgcaaacgc agtaagtatt ccacctgggg agtacgttcg caagaatgaa
841 actcaaagga attgacgggg acccgcacaa gcggtggagc atgtggttta attcgaagca
901 acgcgaagaa ccttaccaag tcttgacatc cgcctgaccg atccttaacc ggatctttcc
961 ttcgggacag gcgagacagg tggtgcatgg ttgtcgtcag ctcgtgtcgt gagatgttgg
1021 gttaagtccc gcaacgagcg caacccctat cctcagtagc cagcatttaa ggtgggcact
1081 ctggggagac tgccagggat aacctggagg aaggcgggga tgacgtcaaa tcatcatgcc
1141 ccttatgatt tgggctacac acgtgctaca atggcgtaaa caaagggaag cgagattgtg
1201 agatggagca aatcccaaaa ataacgtccc agttcggact gtagtctgca acccgactac
1261 acgaagctgg aatcgctagt aatcgcggat cagaatgccg cggtgaatac gttcccgggt
1321 cttgtacaca ccgcccgtca caccatggga gtcagtaacg cccgaagtca gtgacctaac
1381 tgcaaagaag gagctgccga aggcgggacc gatgactggg gtgaagtcgt aacaaggt
【0170】
配列番号３（Ｂｌａｕｔｉａ ｓｔｅｒｃｏｒｉｓ株８３０に関するコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）TTTKGTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTTACGACAGAACCTTCGGGGGAAGATGTAAGGGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTTGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCGATCTGACCGGTTCGTAATGGAACCTTTCCTTCGGGACAGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCGTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGCCCGCGAGGGGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTAGGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGATTGATAACTGGGGTGAAGTCTAGGGGGT
【0171】
配列番号４（Ｂｌａｕｔｉａ ｗｅｘｌｅｒａｅ株ＭＲＸ００８に関するコンセンサス１６Ｓ ｒＲＮＡ配列）TTCATTGAGACTTCGGTGGATTTAGATTCTATTTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTCAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAGCTGCATGGCTCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGTGGCAAGTCTGATGTGAAAGGCATGGGCTCAACCTGTGGACTGCATTGGAAACTGTCATACTTGAGTGCCGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCNGGGGAGCATGGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCGCCTGACCGATCCTTAACCGGATCTTTCCTTCGGGACAGGCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTCAGTAGCCAGCATTTAAGGTGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGATCGTGAGATGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACTGCAAAGAAGGAGCTGCCGAA
【0172】
配列番号５（Ｂｌａｕｔｉａ ｈｙｄｒｏｇｅｎｏｔｒｏｐｈｉｃａ株Ｓ５ａ３６ １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子、部分配列−Ｘ９５６２４．１）1 gatgaacgct ggcggcgtgc ttaacacatg caagtcgaac gaagcgatag agaacggaga
61 tttcggttga agttttctat tgactgagtg gcggacgggt gagtaacgcg tgggtaacct
121 gccctataca gggggataac agttagaaat gactgctaat accgcataag cgcacagctt
181 cgcatgaagc ggtgtgaaaa actgaggtgg tataggatgg acccgcgttg gattagctag
241 ttggtgaggt aacggcccac caaggcgacg atccatagcc ggcctgagag ggtgaacggc
301 cacattggga ctgagacacg gcccaaactc ctacgggagg cagcagtggg gaatattgca
361 caatggggga aaccctgatg cagcgacgcc gcgtgaagga agaagtatct cggtatgtaa
421 acttctatca gcagggaaga aagtgacggt acctgactaa gaagccccgg ctaattacgt
481 gccagcagcc gcggtaatac gtaaggggca agcgttatcc ggatttactg ggtgtaaagg
541 gagcgtagac ggtttggcaa gtctgatgtg aaaggcatgg gctcaacctg tggactgcat
601 tggaaactgt cagacttgag tgccggagag gcaagcggaa ttcctagtgt agcggtgaaa
661 tgcgtagata ttaggaggaa caccagtggc gaaggcggcc tgctggacgg taactgacgt
721 tgaggctcga aagcgtgggg agcaaacagg attagatacc ctggtagtcc acgctgtaaa
781 cgatgaatac taggtgtcgg gtggcaaagc cattcggtgc cgcagcaaac gcaataagta
841 ttcccacctg gggagtacgt tcgcaagaat gaaactcaaa ggaattgacg gggacccgca
901 caagcggtgg agcatgtggt ttaattcgaa gcaacgcgaa gaaccttacc aaatcttgac
961 atccctctga ccgggaagta atgttccctt ttcttcggaa cagaggagac aggtggtgca
1021 tggttgtcgt cagctcgtgt cgtgagatgt tgggttaagt cccgcaacga gcgcaaccct
1081 tattcttagt agccagcagg tagagctggg cactctaggg agactgccag ggataacctg
1141 gaggaaggtg gggatgacgt caaatcatca tgccccttat gatttgggct acacacgtgc
1201 tacaatggcg taaacaaagg gaagcgaagg ggtgacctgg agcaaatctc aaaaataacg
1261 tctcagttcg gattgtagtc tgcaactcga ctacatgaag ctggaatcgc tagtaatcgc
1321 gaatcagaat gtcgcggtga atacgttccc gggtcttgta cacaccgccc gtcacaccat
1381 gggagtcagt aacgcccgaa gtcagtgacc caaccnaaag gagggagctg ccgaaggtgg
1441 gactgataac tggggtga
【0173】
参照文献［１］Ｓｐｏｒ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．９（４）：２７９−９０．
［２］Ｅｃｋｂｕｒｇ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｓｃｉｅｎｃｅ．１０；３０８（５７２８）：１６３５−８．
［３］Ｔａｐ ｅｔ ａｌ．（２００９），Ｅｎｖｉｒｏｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ，１１（１０）：２５７４−８４．
［４］Ｍａｃｐｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｍｉｃｒｏｂｅｓ Ｉｎｆｅｃｔ．３（１２）：１０２１−３５
［５］Ｍａｃｐｈｅｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ．（２００２） Ｃｅｌｌ Ｍｏｌ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．５９（１２）：２０８８−９６．
［６］Ｍａｚｍａｎｉａｎ ｅｔ ａｌ．（２００５） Ｃｅｌｌ １５；１２２（１）：１０７−１８．
［７］Ｆｒａｎｋ ｅｔ ａｌ．（２００７） ＰＮＡＳ １０４（３４）：１３７８０−５．
［８］Ｓｃａｎｌａｎ ｅｔ ａｌ．（２００６） Ｊ Ｃｌｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．４４（１１）：３９８０−８．
［９］Ｋａｎｇ ｅｔ ａｌ．（２０１０） Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ．１６（１２）：２０３４−４２．
［１０］Ｍａｃｈｉｅｌｓ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｇｕｔ．６３（８）：１２７５−８３．
［１１］Ｌｏｐｅｔｕｓｏ ｅｔ ａｌ．（２０１３），Ｇｕｔ Ｐａｔｈｏｇｅｎｓ，５：２３
［１２］ＷＯ２０１３／０５０７９２
［１３］ＷＯ０３／０４６５８０
［１４］ＷＯ２０１３／００８０３９
［１５］ＷＯ２０１４／１６７３３８
［１６］Ｌｅｅ ａｎｄ Ｌｅｅ（２０１４） Ｗｏｒｌｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．２０（２７）：８８８６−８８９７．
［１７］Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．（２００８） Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ ５８，１８９６−１９０２．
［１８］Ｂｅｒｎａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９６） Ａｒｃｈ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１６６（３），１７６−１８３．
［１９］Ｐａｒｋ ｅｔ ａｌ．（２０１２） Ｉｎｔ Ｊ Ｓｙｓｔ Ｅｖｏｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６２（Ｐｔ ４）：７７６−９．
［２０］Ｍａｓｃｏ ｅｔ ａｌ．（２００３） Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，２６：５５７−５６３．
［２１］Ｓｒｕｔｋｏｖａ ｅｔ ａｌ．（２０１１） Ｊ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，８７（１）：１０−６．
［２２］Ｄａｒｆｅｕｉｌｌｅ−Ｍｉｃｈａｕｄ ｅｔ ａｌ．（２００４） Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ １２７（２）：４１２−２１．
［２３］Ｓｔｒｕｓ ｅｔ ａｌ．（２０１５） Ｃｅｎｔ Ｅｕｒ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．４０（４）：４２０−３０．
［２４］Ｐｅｔｅｒｓｅｎ ｅｔ ａｌ．（２０１５） Ｓｃａｎｄ Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ．；５０（１０）：１１９９−２０７．
［２５］Ｍｉｙａｍｏｔｏ−Ｓｈｉｎｏｈａｒａ ｅｔ ａｌ．（２００８） Ｊ．Ｇｅｎ．Ａｐｐｌ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．，５４，９−２４．
［２６］Ｃｒｙｏｐｒｅｓｅｒｖａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｆｒｅｅｚｅ−Ｄｒｙｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，ｅｄ．ｂｙ Ｄａｙ ａｎｄ ＭｃＬｅｌｌａｎ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ．
［２７］Ｌｅｓｌｉｅ ｅｔ ａｌ．（１９９５） Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．６１，３５９２−３５９７．
［２８］Ｍｉｔｒｏｐｏｕｌｏｕ ｅｔ ａｌ．（２０１３） Ｊ Ｎｕｔｒ Ｍｅｔａｂ．（２０１３） ７１６８６１．
［２９］Ｋａｉｌａｓａｐａｔｈｙ ｅｔ ａｌ．（２００２） Ｃｕｒｒ Ｉｓｓｕｅｓ Ｉｎｔｅｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．３（２）：３９−４８．
［３０］Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，（１９９４），Ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ａ Ｗａｄｅ ａｎｄ ＰＪ Ｗｅｌｌｅｒ
［３１］Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｍａｃｋ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏ．（Ａ．Ｒ．Ｇｅｎｎａｒｏ ｅｄｉｔ．１９８５）
［３２］ＵＳ２０１６／００６７１８８
［３３］Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｄｉａ，Ｆｏｕｒｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ（２０１０） Ｒｏｎａｌｄ Ａｔｌａｓ，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ．
［３４］Ｍａｉｎｔａｉｎｉｎｇ Ｃｕｌｔｕｒｅｓ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｉｎｄｕｓｔｒｙ（１９９６） Ｊｅｎｎｉｅ Ｃ．Ｈｕｎｔｅｒ−Ｃｅｖｅｒａ，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ
［３５］Ｓｔｒｏｂｅｌ（２００９） Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．５８１：２４７−６１．
［３６］Ｇｅｎｎａｒｏ（２０００） Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ．２０ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ，ＩＳＢＮ：０６８３３０６４７２．
［３７］Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ：Ａｎ Ｉｎｔｅｎｓｉｖｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｃｏｕｒｓｅ，（Ｒｅａｍ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９８，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ）．
［３８］Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ｓ．Ｃｏｌｏｗｉｃｋ ａｎｄ Ｎ．Ｋａｐｌａｎ，ｅｄｓ．，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）
［３９］Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｓ．Ｉ-ＩＶ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ，１９８６，Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ）
［４０］Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．（２００１） Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，３ｒｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ）．
［４１］Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｓｕｒｆａｃｅ ａｎｄ Ｃｏｌｌｏｉｄａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（Ｂｉｒｄｉ，Ｋ．Ｓ．ｅｄ．，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，１９９７）
［４２］Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．（ｅｄｓ）（２００２） Ｓｈｏｒｔ ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ，５ｔｈ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ）．
［４３］ＰＣＲ（Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ Ｓｅｒｉｅｓ），２ｎｄ ｅｄ．（Ｎｅｗｔｏｎ ＆ Ｇｒａｈａｍ ｅｄｓ．，１９９７，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ）
［４４］Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７） Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ ３０
［４５］Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ（１９８１） Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２−４８９．
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7a】
【図7b】
【図8a】
【図8b】
【図8c】
【図9a】
【図9b】
【図9c】
【図10a】
【図10b】
【図10c】
【図11a】
【図11b】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【配列表】
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