(58)【調査した分野】(Int.Cl.,DB名)
【発明を実施するための形態】
【0010】
詳細な説明
引用された参考文献は全て、全体として参照により本明細書に組み入れられる。本出願において、他に断りがなければ、用いられた技術は、Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Sambrook, et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press)、Gene Expression Technology (Methods in Enzymology, Vol. 185, edited by D. Goeddel, 1991. Academic Press, San Diego, CA)、Methods in Enzymology内の“Guide to Protein Purification” (M.P. Deutshcer, ed., (1990) Academic Press, Inc.); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, et al. 1990. Academic Press, San Diego, CA)、Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique, 2
nd Ed. (R.I. Freshney. 1987. Liss, Inc. New York, NY)、Gene Transfer and Expression Protocols, pp. 109−128, ed. E.J. Murray, The Humana Press Inc., Clifton, N.J.),およびthe Ambion 1998 Catalog (Ambion, Austin, TX)などの複数の周知参考資料のいずれかに見出され得る。
【0011】
本明細書で用いられる単数形態の「a」、「an」および「the」は、他に明確な断りがなければ、複数の対象物を含む。本明細書で用いられる「および」は、他に明白な断りがなければ、「または」と互換的に用いられる。
【0012】
本明細書で用いられるアミノ酸残基は、以下の通り省略される:アラニン(Ala;A)、アスパラギン(Asn;N)、アスパラギン酸(Asp; D)、アルギニン(Arg; R)、システイン(Cys; C)、グルタミン酸(Glu; E)、グルタミン(Gln; Q)、グリシン(Gly; G)、ヒスチジン(His; H)、イソロイシン(Ile; I)、ロイシン(Leu; L)、リシン(Lys; K)、メチオニン(Met; M)、フェニルアラニン(Phe; F)、プロリン(Pro; P)、セリン(Ser; S)、トレオニン(Thr; T)、トリプトファン(Trp; W)、チロシン(Tyr; Y)、およびバリン(Val; V)。
【0013】
本発明の任意の態様の全ての実施形態は、他に明確な断りがなければ、組み合わせて用いることができる。
【0014】
第一の態様において、本発明は、以下のもの:
相同体1
MAPSDVEIVDPVAPEERITVTVLLRRRSSIPDQLIEGPDTLSRAELADRHGADPADVEAVRVAMSGAGLTVVGTDLPSRRVTVAGTAEALMRTFGAELQIVRDASGFQHRARSGELRIPAALDGIVIAVLGLDNRPQAEARFRASQPEAARSFRPDALGRVYRFPANTDGTGQTIAIVELGGGFRQSELDTYFGGLGIPAPQVLAVGVDGGQNLPSGDAGSADGEVLLDIEVAGALAPGARQVVYFAPNTDRGFVDAVTTAVHADPTPAAVSISWGAPEDKWTAQARRAFDAALADAAALGVTVTAAAGDRGSADGEGGGGLHTDFPASSPHLLACGGTKLAVADGGTVASETVWNGGERGGATGGGVSVAFGLPAYQRNAGVDKRRKTGKPGRGVPDVAAVADPATGYEVLVDGEQLVFGGTSAVAPLWAALVARLTQALGRPLGLLNTALYDGAQPGRTQPGFRDVTEGDNDISGKHGPYPARAGWDACTGLGVPDGEALLAALRKPGKE(SEQ ID NO:74);
相同体2
MQRGTKEGLNMARHLQADREPRIVPESKCLGQCDPAERIHVTIMLRRQEEGQLDALVHQLATGDARAKPVSRDAFAQRFSANPDDIRKTEDFAHRHQLTVDRVDPVESVVVLSGT
(I/V/D)AQFEAAFSVKLERFEHRSIGQYRGRSGPIVLPDDIGDAVTAVLGLDSRPQARPHFRFRPPFKPARGAAAVTFTPIQLASLYDFPAGDGAGQCIAIIELGGGYRAADIQQYFRGLGITTPPKLVDVNVGTGRNAPTGEP(N/S/K/G)GPDGEVALDIEIAGAIAPAAKIAVYFAP(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFIQAVNAAVTDKTNQPSVISISW(G/S)GPEAIWQAQSAQAFNRVLQAAAAQGITVCAASGD(S/N)GS(G/T/A)(D/N/G)GL(Q/D)DGADHV(D/S/H)FPASSPYVLGCGGTQLDALPGQGIRSEVTWNDEASGGGAGGGGVSALFDLPAWQQGLKVARADGTTTPLAKRGVPDVAGDASPQTGYEVSVAGTPAVMGGTSAVAPLWAALIARINAANGASAGWINPVLYKHPGALRDITKGSNGTYAAASGWDACTGLGSPNGAQLATILARKPSS(SEQ ID NO:95);
相同体4
MANHPLNGSERECLKDAQPIGKADPNERLEVTMLVRRRSHDAFEKHISALAAQGASAKHIDHDEFTKHFGADSADLAAVHAFAQKHGLSVVESHEARRAVVLSGT(V/D)AQFDAAFGVSLQQYEHDGGTYRGRTGPIHLPDELNGVVDAVMGLDNRPQARPSFRTRAQGNVRWTARAAGASTFTPVQLASLYDFPQGDGQNQCIGIIELGGGYRPADLKTYFASLNMKAPSVTAVSVDHGRNHPTGDP(N/S/K/G)GPDGEVMLDIEVAGAVAPGAKIVVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)AGFIDAIGTAIHDTKNKPSVISISW(G/S)GPESAWTQQAMNAFDQAFQSAAALGVTICAASGD(N/S)GS(G/T/A)(D/N/G)GV(G/Q/D)DGADHV(D/S/H)FPASSPYALGCGGTSLQASGNGIASETVWNDGANGGATGGGVSSFFALPAWQEGLRVTRAGGAHSPLAMRGVPDVAGNADPVTGYEVRVDGHDMVIGGTSAVAPLWAGLIARINAIKGAPVGYINPHLYKDPLALVDITKGNNDDFHATAGWDACTGLGRPDGKKVKDAVS(SEQ ID NO:75);
相同体5
MNHDHSPTGGELSNWVRVPGSERAAVQGSRKVGPADPNEQMSVTVVVRRPAADTAVTSMIEKVGAQPLSERRHLTREEFASTHGANPADLSKVEKFAHEHNLQVKEVNAAAGTMVLSGT(V/D)TSFSKAFGVELSTYEHPDFTYRGRIGHVHIPDYLADTIQSVLGLDNRPQASPRFRVLKEEGGVTTAHAGRTSYTPLEVAALYNFPSIHCKDQCIGILELGGGYRPADLQTYFNGLGIPQPNITDVSVGGAANRPTGDP(N/S/K/G)GPDGEVVLDIEVAAAVTPGAKIAVYFAD(N/D)(S/T)(D/A/T/N)DGFLNAITTAIHDTRNKPSVISISW(G/S)KAEIGWTPQAINAMNQAFRDAAALGVTICCASGD(D/S/N)GS(T/A)(D//N/G)RV(Q/D)DGRYHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTRLESSGSTITQEVVWNEGALGGGATGGGVSDVFDRPNWQANANVPTSANPERRIGRGVPDWAGNADPATGYQILVDGTRAVIGGTSAVAPLFAGLIAIINQKLGHSVGFINPILYNLSAQHNVFHDITSGNNDMSGQNGPYEAQPGWDACTGLGSPDGTKLMNAISEAHRLVSVG(SEQ ID NO:76);
相同体6
MAPEERRTLPGSAMPRPAGAQVLGQIPDDERVEVTVVLQPRAPLPEPGPTPMSRAELADLRSPPEGALEAIARYVAGQGLEVIAADAPRRRIVLAGSAARIAALFGISFVRLQLEGRRYRTYEGEISLPAELAPLVVAVLGLDTRPFARSHRRPAVAPNAPTTAPTVARAYDFPTAYDGRGTTIGFIELGGGFQESDLVRYCEGLGLSTPQVSVVGVDGARNAPTGDPNGPDAEVMLDLEVATGVANGADLVLYMAANTDAAFYSAIATALRDATHAPVAISISWGAPEESYPATTIAAFESVLEEAVHVGVTVLVAAGDQGSTDGVDDGRAHVDYPAASPYVLACGGTRLDLDGTTIVAETVWNDLPNGGATGGGISALFPVPSWQAGIAMPPSANPGAGPGRGVPDVAGNADPDTGYRIVVDGVATVVGGTSAVAPLWAGLVARCHQAGARGGFWNPLLYAARGSSAFHEITVGSNGAYDAGPIWNACCGLGSPNGTAILQTLRA(SEQ ID NO:77);
相同体6変異体
MAPEERRTLPGSAMPRPAGAQVLGQIPDDERVEVTVVLQPRAPLPEPGPTPMSRAELADLRSPPEGALEAIARYVAGQGLEVIAADAPRRRIVLAGSAARIAALFGISFVRLQLEGRRYRTYEGEISLPAELAPLVVAVLGLDTRPFARSHRRPAVAPNAPTTAPTVARAYDFPTAYDGRGTTIGFIELGGGFQESDLVRYCEGLGLSTPQVSVVGVDGARNAPTGDPNGPDAEVMLDLEVATGVANGADLVLYMAANTDAAFYSAIATALRDATHAPVAISISWSAPEESYPATTIAAFESVLEEAVHVGVTVLVAAGDQGSTGGVDDGRAHVHYPAASPYVLACGGTRLDLDGTTIVAETVWNDLPNGGATGGGISALFPVPSWQAGIAMPPSANPGAGPGRGVPDVAGNADPDTGYRIVVDGVATVVGGTSAVAPLWAGLVARCHQAGARGGFWNPLLYAARGSSAFHEITVGSNGAYDAGPIWNACCGLGSPNGTAILQTLRA(SEQ ID NO:78);
相同体9
MTKQPVSGSSDKIHPDDAKCIGDCDPSEQIEVIVMLRRKDEAGFRQMMSRIDAGEAPGQAVSREEFDRRFTASDEDIDKVKAFAKQYGLSVERAETETRSVVLKGT(I/V/D)EQFQKAFDVKLERFQHHNIGEYRGRTGPVNVPDEMHDAVTAVLGLDSKPQARPHFRFRPPFKPLRGAAPASFSPVDLAKLYDFPDGDGAGQCIAIIELGGGYRDSDLSAYFSKLGVKAPTVVPVGVDGGKNAPTGNP(N/S/K/G)GPDGEVTLDIEIAGAIAPGARIAVYFAP(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFVDAVNRALHDAANKPSVISISW(G/S)GPESNWSPQSMSAFNDVLQSAAALGVTVCAASGD(G/S/N)GS(A/T)(D/N/G)GV(G/Q/D)DGADHV(D/S/H)FPASSPYVLGCGGTSLAASGAGIAKEVVWNDGDQGGAGGGGVSGTFALPVWQKGLSVTRNGKHIALAKRGVPDVAGDASPQTGYEVLIDGEDTVVGGTSAVAPLWAALIARINAIDASPAGFVNPKLYKAKTAFRDITEGNNGSFSAAAGWDACTGMGSPDGGKIAAALKPAKPSQSAGQQ(SEQ ID NO:79);
相同体10
MGRLQGSYRPSLGTPVGPVPDDQPIDVTVVLRPTAADDFRADPDDVAAVRAFAGRAGLDVAEVDEPARTVRLRGP(A/V/D)AAARTAFDTPLALYDSGGRAIRGREGDLGLPDELDDRVVAVLGLDERPAARPRFQPAASARQGLTALQVARAYDFPAATGEGQTIAIIELGGGFGQADLDTYFGGLDLPTPAVSAVGVQGAANVPGGDP(/S/K/G)DGADGEVLLDIEVAGAVAPGAAQVVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)AGFLAAINAAAAATPRPAAISISWG(G/S)PESSWTAQAMRAYDQAFAAARAAGITVLAAAGD(A/S/N)GA(D/T/A)(D/S/N/G)(A/Q/D)TDRLVA(D/S/H)FPAGSPNVIACGGTKLTLDAAGARASEVVWNEAADSATGGGYSATFTRPAWQPAAVGRYRGLPDISGNADPQTGYRVVVDGQPTVVGGTSAVAPLLAGLVARLAQLTGAPVADLAAVAYANPAAFTDITAGDNQGYPARSGWDPASGLGSPVGTKLLTAVGGPTPPPTTPPPTTPPPTTPPPTIPPPTTPPTQTVDAADRALWSAVATWAGGTHTGANARAAKAVRAWAQAKSLA(SEQ ID NO:80);
相同体12
MTQPRYTPLPGSEREAPLLAARSNATAARASRAQTASATVVLRRRSELPEALVLDQQFISSDELAARYGADPVDIEKVRSVLERFKVSVVEVDAASRRVKVEGA(V/D)ADIERAFNIALHSASGTDPHSGRGFEYRYRTGVLSVPAELGGIVTAVLGLDNRRQAETRLRVVPAAALGSSYTPVQLGEIYNFPQDATGAGQRIAIIELGGGYTPAGLRRYFASLGVVPPKVAAVSVDGAQNAPGPDP(G/S/K/G)ADGEVQLDVEVAGALAPGAHVLVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFLDAVSQAAHATPPPTAISISW(G/S)ASEDSWTASARDALNQALRDAAALGVTVTAAAGD(S/N)GS(S/T/A)(D/N/G)GV(P/Q/D)DRRAHV(D/S/H)FPASSPYVLATGGTSLRADPATGVVQSETVWNDSQGSTGGGVSDVFPRPAWQAHVDVPHAGRGVPDVSAVADPATGYQVLVDNQPAVIGGTSAVAPLWAALVARLAESLGRPLGLLQPLVYPRTPGSTAYPGFRDITIGNNGAYKAGKGWDAATGLGVPDGTELLAHLRGLNGSE(SEQ ID NO:81);
相同体13
MARHLHAGSEPKVITESKCIGACDPAERIHVTVMLRREGEQALDALVDKLASGDPAAKPVSREDFAKRFGARADDIQHTEAFAKRHQLTVERVDPVQSVVELAGT(I/V/D)AQFENAFGVKLEKYEHHAIGSFRARTGAIALPDELHDAVTAVLGLDTRPQAHPHFRFRPPFQPARSGAGTSYTPLQLASIYNFPEGDGAGQCIALVELGGGYRAADIRQYFEQLGVKPPKLVDVSVNGGRNAPTDDP(N/S/K/G)GPDGEVALDIEVAGAIAPGATIAVYFAG(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFIQSVNQAIHDSTNRPSVVSISW(G/S)GPEASWTQQSITAFNNVLKTAASLGVTVCAASGD(S//N)GS(S/T/A)(D/N/G)GL(Q/D)DGSNHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTTLDAQAGQGIRREVVWNDEAASGGAGGGGVSAVFPAPSYQKGLSAKATGGGSTPLSQRGVPDVAGDASPTTGYIISIAGTTAVLGGTSAVAPLWAALIARINANGKSPVGWANPKLYAQPGAFHDITQGNNGAFAASEGWDACTGLGSPDGAKVAAALQGASGGSQQGRATGA(SEQ ID NO:82);
相同体14
MTKHPLPGSERVLAPGSKVVAQCDPSETIEVVVVLRRKNEQQFAQMMKTIEAGAAGARPLTREELEQRFGALPEDIAKLKAFAAQHGLSVVREDASARTVVLSGR(I/V/D)EQFQQAFDVQLQHYEHQSMGRFRGRTGAISVPDELHGVVTAVLGLDDRPQARPHFRIRPPFQPARAQSASSFTPLQLASLYRFPQGDGSGQCIGIVELGGGYRTADLDSYFSSLGVGSPKVVAVGVDQSGNQPTGDP(N/S/K/G)GPDGEVTLDIEIAGALAPAATIAVYFTT(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFIDAVSQAVHDRTNQPSVISISW(G/S)APESMWTAQSMKALNDVLQSAAAIGVTVCAASGD(S/N)GS(S/T/A)(D/N/G)GV(G/Q/D)DGRDHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTSLQGSGRTVAHEVVWNDGSNGGATGGGVSGAFPVPAWQEGLSTSAAQGGQRALTGRGVPDVAGDASPLTGYDVIVDGNNTVIGGTSAVAPLWAALIARINGAKGAPVGFVNPKLYKASACNDITQGNNGSYAATTGWDACTGLGSPDGVKVAAAL(SEQ ID NO:83);
相同体15
MSPIASRRSALPLSERPAPENARALAAVEPDRTMTVSVLVRRKKPLVLADLEGKKLTHREFERRYGASEKDFATIAKFAAGHGLAVDHHASSLARRTVVLRGT(A/V/D)RQMQQAFGVTLHDYEDSETQQRYHSFTGAITVPAAHARIIESVLGLDARPIAKPHFRVRKRSAAATGAVSFNPPQVASLYSFPTGVDGSGETIGILELGGGYETSDIQQYFSGLGIQPPTVVAVSVDGAVNAPGNP(N/S/K/G)GADGEVALDIQVAGSIAPGAKLAVYFAP(N/D)(T/S)(E/D/A/T/N)QGFVDAITTAVHDTANKPSVLSISW(G/S)GPESSWPQAAAQSLNNACESAAALGVTITVASGD(N/S)GS(T/A)(D/N/G)GV(Q/D)DGQNHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTYLAAVNNGVPQESVWDDLASGGGATGGGVSALFPLPAWQTGANVPGGSMRGVPDVAGDASPESGYNVLVDGQPQVVGGTSAVAPLWAALIALVNQQKGEAAGFVNAALYQNPSAFHDITQGSNGAYAAAPGWDPCTGLGSPMGTAIAKILA(SEQ ID NO:84);
相同体16
MSAFDQLVPLPGSEKTVPDAAPSQTLDPNEVLTVTIRIRRKRTLASLVSTTAPVTEVVSRSEYASRFGADPAIVKQVEAFASAYDLSLVEQSLARRSVLLRGT(V/D)AQMEQAFGVSLANYQLADGTVFRGRTGVVNVPSELVEHIEGVFGLDNRPQARAHFQVYKPEKGTKVAPRAGGISYTPPQLARLYNFPTGVTGKGQCIAIIELGGGFRTADIKTYFGGLGLKPPTVVAVSVDGGHNAPSTA(D/S/K/G)SADGEVMLDIDVAGGVAPGAKIVVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFLDAITTAMHDTKNKPSVISISW(G/S)AAESNWTPQALTSFNQAFQAAAALGITVCAAAGD(T/S/N)GS(D/T/A)(D/N/G)SV(G/Q/D)DGKAHV(D/S/H)FPASSPFVLACGGTKLTATDNVIASEVVWHESKTSATGGGVSDVFDLPDYQQKSHVPPSVNDKTRIGRGVPDVAAVADPVTGYAVRVDGSNLVFGGTSAVAPLMAGLIALINQQRGKAVGFIHPLIYANPSAFRDITQGNNTTTTGNKGYAATTGWDACTGLGVADGKKLASVLTATPVA(SEQ ID NO:85);
相同体17
MAATPRFASQPRVTLPGSQKHPLTTDTEVPPPAPVKAAATKLSATPFTVTVIVKRKNPLNLKQVLKPAGRLTHAAFAKAHGPSPDGVKLVKAFAKEFGLTVAPAPGQGRRALYLTGT(A/V/D)AAMQTAFGVTFATKIMEGTKYRVREGDICLPKELIGHVDAVLGLDNRPQAKPHFRHHKPAATSVSYTPVQVGQLYGFPSGAKATGQTIGLIELGGGFRAADITAYFKTLGQTAPKVTAVLVDKAKNTPTTS(S/K/G)SADGEVMLDIEVAAAVAPGANIAVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFIDAISQAVHDTVNKPSVISISW(G/S)GPESTWTAQSLAALDAACQSAAALGITITVAAGD(D/S/N)GS(T/A)(D/N/G)GV(K/Q/D)GTVNHV(D/S/H)FPASSPHVLGCGGTKLLGSGTTITSEVVWNELTANEGATGGGVSNVFPLPTWQAKSNVPKPTVAAGGRGVPDVSGNADPSTGYTVRVDGSTFPIGGTSAVAPLWAGLIALCNAQNKTTAGFINPALYAAAAAKSFRDITSGNNGGFKAGPGWDACTGLGSPIGTAIAKTLAPATKSTSKTAVKNAPEIRFRPHKKAPTKTAAKTPALRRLK(SEQ ID NO:86);
相同体19
MPTSSRFASQSRVPLPGSERKPFVPAGAPKAAKTPKVSTAVKTVPATGRIRVSLIVPPKQPLDTKRLGKLDARLSRAQFAARHGADPASVRLVKAFAKEFGLTVEPITQPGRCTVQLSGT(C/V/D)AAMRKAFAISLVEHTTEQGKFRLREGEISLPAELEGHVLAVLGLDNRPQAKPHFRIAKPRATNVSYTPVQVAQMYGFPAGATATGQTIGIIELGGGYRAADLTAYFKTLGLPAPTVTAVPIDGGKNTPGNA(N/S/K/G)GADGEVMLDIEVCAAVAQGAKIAVYFTT(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFIDAITTAVHDSTNKPSVISISW(G//S)GPESSWTEQSMTALDAACQAAAAVGVTITVAAGD(N/S)GS(S/T/S)(D/N/G)GA(S/Q/D)GDNV(D/S/H)FPASSPHVLACGGTKLVGSGSTITSEVVWDETSNDEGATGGGVSTVFALPTWQKNANVPSPTTSAGGRGVPDVSGDADPSTGYTIRVDSETTVIGGTSAVAPLWAGLIALANAQNKVAAGFVNPALYAAGAKKAFRDITQGNNGSFSAGPGWDACTGLGSPVGNLVIQAVAPKSTTTKKAKKGKTK(SEQ ID NO:87);および
相同体26
MHSYLKQQSHMQSYLEQENHMRSYLEMRKKPYFDDLANIRPGGLTPAQVCQAYQFAKVQPVRPVKLGIVSLAGQYLSSDMSKAFTGYGLPTPVVSTAGSQVLGDLWSNVE(N/S/K/G)MMDIEIAGAAWAYATGTAATLLMQFEP(N/D)(N/T/S)(E/D/A/T/N)TGIPNAINALVAAGCEVISISW(G/S)APANLQTMEAITARKEACKQAAVQNVHVFAASGD(E/S/N)SL(N/T/A)(D/N/G)(G/Q/D)TNSRTP(D/S/H)DPCCDPNVWGVGGTRLVLQADGSIAQESAWGDGNAADKGGGGGFDSREPLPDYQVGVVHSEHRGSPDSSANADPGTGYAIVANGQWLIGGGTSASAPLTAGYVAAILSTLPGPISQSVLQRKLYTAHKTAFRDILLGSNGAPARPGWEEATGLGSINGPGLAAALQS(SEQ ID NO:88)、
またはそれらの処理された型からなる群から選択されるポリペプチドのアミノ酸配列を含む、または該アミノ酸配列からなる1つまたは複数のポリペプチドのセリアックスプルーを処置するのに有効な量を、セリアックスプルーの対象に投与することを含む、セリアックスプルーを処置する方法を提供する。
【0015】
本明細書に開示されたポリペプチドは、ほとんどのセリアックスプルー患者において免疫反応の大部分を担うと考えられる「グリアジン」として知られるグルテンのプロリン(P)−およびグルタミン(Q)−リッチ成分を加水分解する際に、クマモリシン−Asに比較して類似の活性、改善された活性、または補足的な活性を有すると同定されたクマモリシン相同体ポリペプチドおよびその改変された型である。本発明者によりテストされた他の数多くのクマモリシン相同体は、そのようなグリアジン加水分解活性をほとんど、または全く有さなかった。つまり本明細書に開示されたポリペプチドは、セリアックスプルーを処置するのに用いることができる。本明細書に開示されたアミノ酸配列は、該ポリペプチドの前処理された型に関するものであり、処理された形態で基質を加水分解することができる。つまり、該ポリペプチドの処理された型の使用が、本明細書に包含される。当業者には理解されるであろうが、ポリペプチドの厳密な処理は、一方の細胞型または条件設定と他のものとで異なり得る。一実施形態において、以下の表1は、クマモリシンおよび本明細書に開示された相同体の前処理された形態には存在するが処理された形態には存在しない残基の比較であり、該相同体の処理された形態は、以下の表1に示された残基を含まない。
【表1】
【0016】
一実施形態において、該1つまたは複数のポリペプチドは、以下のもの:
相同体1(NCBI YP_005536585)
MAPSDVEIVDPVAPEERITVTVLLRRRSSIPDQLIEGPDTLSRAELADRHGADPADVEAVRVAMSGAGLTVVGTDLPSRRVTVAGTAEALMRTFGAELQIVRDASGFQHRARSGELRIPAALDGIVIAVLGLDNRPQAEARFRASQPEAARSFRPDALGRVYRFPANTDGTGQTIAIVELGGGFRQSELDTYFGGLGIPAPQVLAVGVDGGQNLPSGDAGSADGEVLLDIEVAGALAPGARQVVYFAPNTDRGFVDAVTTAVHADPTPAAVSISWGAPEDKWTAQARRAFDAALADAAALGVTVTAAAGDRGSADGEGGGGLHTDFPASSPHLLACGGTKLAVADGGTVASETVWNGGERGGATGGGVSVAFGLPAYQRNAGVDKRRKTGKPGRGVPDVAAVADPATGYEVLVDGEQLVFGGTSAVAPLWAALVARLTQALGRPLGLLNTALYDGAQPGRTQPGFRDVTEGDNDISGKHGPYPARAGWDACTGLGVPDGEALLAALRKPGKE(SEQ ID NO:74);
相同体2(NCBI ZP_04943175)
MQRGTKEGLNMARHLQADREPRIVPESKCLGQCDPAERIHVTIMLRRQEEGQLDALVHQLATGDARAKPVSRDAFAQRFSANPDDIRKTEDFAHRHQLTVDRVDPVESVVVLSGTIAQFEAAFSVKLERFEHRSIGQYRGRSGPIVLPDDIGDAVTAVLGLDSRPQARPHFRFRPPFKPARGAAAVTFTPIQLASLYDFPAGDGAGQCIAIIELGGGYRAADIQQYFRGLGITTPPKLVDVNVGTGRNAPTGEPNGPDGEVALDIEIAGAIAPAAKIAVYFAPNSDAGFIQAVNAAVTDKTNQPSVISISWGGPEAIWQAQSAQAFNRVLQAAAAQGITVCAASGDSGSGDGLQDGADHVDFPASSPYVLGCGGTQLDALPGQGIRSEVTWNDEASGGGAGGGGVSALFDLPAWQQGLKVARADGTTTPLAKRGVPDVAGDASPQTGYEVSVAGTPAVMGGTSAVAPLWAALIARINAANGASAGWINPVLYKHPGALRDITKGSNGTYAAASGWDACTGLGSPNGAQLATILARKPSS(SEQ ID NO:97);
相同体4(NCBI ZP_10028298)
MANHPLNGSERECLKDAQPIGKADPNERLEVTMLVRRRSHDAFEKHISALAAQGASAKHIDHDEFTKHFGADSADLAAVHAFAQKHGLSVVESHEARRAVVLSGTVAQFDAAFGVSLQQYEHDGGTYRGRTGPIHLPDELNGVVDAVMGLDNRPQARPSFRTRAQGNVRWTARAAGASTFTPVQLASLYDFPQGDGQNQCIGIIELGGGYRPADLKTYFASLNMKAPSVTAVSVDHGRNHPTGDPNGPDGEVMLDIEVAGAVAPGAKIVVYFAPNTDAGFIDAIGTAIHDTKNKPSVISISWGGPESAWTQQAMNAFDQAFQSAAALGVTICAASGDNGSGDGVGDGADHVDFPASSPYALGCGGTSLQASGNGIASETVWNDGANGGATGGGVSSFFALPAWQEGLRVTRAGGAHSPLAMRGVPDVAGNADPVTGYEVRVDGHDMVIGGTSAVAPLWAGLIARINAIKGAPVGYINPHLYKDPLALVDITKGNNDDFHATAGWDACTGLGRPDGKKVKDAVS(SEQ ID NO:98);
相同体5(NCBI ZP_09078202)
AGRTSYTPLEVAALYNFPSIHCKDQCIGILELGGGYRPADLQTYFNGLGIPQPNITDVSVGGAANRPTGDPNGPDGEVVLDIEVAAAVTPGAKIAVYFADNSDDGFLNAITTAIHDTRNKPSVISISWGKAEIGWTPQAINAMNQAFRDAAALGVTICCASGDDGSTDRVQDGRYHVDFPASSPYVLACGGTRLESSGSTITQEVVWNEGALGGGATGGGVSDVFDRPNWQANANVPTSANPERRIGRGVPDWAGNADPATGYQILVDGTRAVIGGTSAVAPLFAGLIAIINQKLGHSVGFINPILYNLSAQHNVFHDITSGNNDMSGQNGPYEAQPGWDACTGLGSPDGTKLMNAISEAHRLVSVG(SEQ ID NO:99);
相同体6(NCBI YP_003109679)
MAPEERRTLPGSAMPRPAGAQVLGQIPDDERVEVTVVLQPRAPLPEPGPTPMSRAELADLRSPPEGALEAIARYVAGQGLEVIAADAPRRRIVLAGSAARIAALFGISFVRLQLEGRRYRTYEGEISLPAELAPLVVAVLGLDTRPFARSHRRPAVAPNAPTTAPTVARAYDFPTAYDGRGTTIGFIELGGGFQESDLVRYCEGLGLSTPQVSVVGVDGARNAPTGDPNGPDAEVMLDLEVATGVANGADLVLYMAANTDAAFYSAIATALRDATHAPVAISISWGAPEESYPATTIAAFESVLEEAVHVGVTVLVAAGDQGSTDGVDDGRAHVDYPAASPYVLACGGTRLDLDGTTIVAETVWNDLPNGGATGGGISALFPVPSWQAGIAMPPSANPGAGPGRGVPDVAGNADPDTGYRIVVDGVATVVGGTSAVAPLWAGLVARCHQAGARGGFWNPLLYAARGSSAFHEITVGSNGAYDAGPIWNACCGLGSPNGTAILQTLRA(SEQ ID NO:77);
相同体6変異体:
MAPEERRTLPGSAMPRPAGAQVLGQIPDDERVEVTVVLQPRAPLPEPGPTPMSRAELADLRSPPEGALEAIARYVAGQGLEVIAADAPRRRIVLAGSAARIAALFGISFVRLQLEGRRYRTYEGEISLPAELAPLVVAVLGLDTRPFARSHRRPAVAPNAPTTAPTVARAYDFPTAYDGRGTTIGFIELGGGFQESDLVRYCEGLGLSTPQVSVVGVDGARNAPTGDPNGPDAEVMLDLEVATGVANGADLVLYMAANTDAAFYSAIATALRDATHAPVAISISWSAPEESYPATTIAAFESVLEEAVHVGVTVLVAAGDQGSTGGVDDGRAHVHYPAASPYVLACGGTRLDLDGTTIVAETVWNDLPNGGATGGGISALFPVPSWQAGIAMPPSANPGAGPGRGVPDVAGNADPDTGYRIVVDGVATVVGGTSAVAPLWAGLVARCHQAGARGGFWNPLLYAARGSSAFHEITVGSNGAYDAGPIWNACCGLGSPNGTAILQTLRA(SEQ ID NO:78);
相同体9(NCBI YP_005042475)
MTKQPVSGSSDKIHPDDAKCIGDCDPSEQIEVIVMLRRKDEAGFRQMMSRIDAGEAPGQAVSREEFDRRFTASDEDIDKVKAFAKQYGLSVERAETETRSVVLKGTIEQFQKAFDVKLERFQHHNIGEYRGRTGPVNVPDEMHDAVTAVLGLDSKPQARPHFRFRPPFKPLRGAAPASFSPVDLAKLYDFPDGDGAGQCIAIIELGGGYRDSDLSAYFSKLGVKAPTVVPVGVDGGKNAPTGNPNGPDGEVTLDIEIAGAIAPGARIAVYFAPNSDAGFVDAVNRALHDAANKPSVISISWGGPESNWSPQSMSAFNDVLQSAAALGVTVCAASGDGGSADGVGDGADHVDFPASSPYVLGCGGTSLAASGAGIAKEVVWNDGDQGGAGGGGVSGTFALPVWQKGLSVTRNGKHIALAKRGVPDVAGDASPQTGYEVLIDGEDTVVGGTSAVAPLWAALIARINAIDASPAGFVNPKLYKAKTAFRDITEGNNGSFSAAAGWDACTGMGSPDGGKIAAALKPAKPSQSAGQQ(SEQ ID NO:102);
相同体10(NCBI YP_711059)
MGRLQGSYRPSLGTPVGPVPDDQPIDVTVVLRPTAADDFRADPDDVAAVRAFAGRAGLDVAEVDEPARTVRLRGPAAAARTAFDTPLALYDSGGRAIRGREGDLGLPDELDDRVVAVLGLDERPAARPRFQPAASARQGLTALQVARAYDFPAATGEGQTIAIIELGGGFGQADLDTYFGGLDLPTPAVSAVGVQGAANVPGGDPDGADGEVLLDIEVAGAVAPGAAQVVYFAPNTDAGFLAAINAAAAATPRPAAISISWGGPESSWTAQAMRAYDQAFAAARAAGITVLAAAGDAGADDATDRLVADFPAGSPNVIACGGTKLTLDAAGARASEVVWNEAADSATGGGYSATFTRPAWQPAAVGRYRGLPDISGNADPQTGYRVVVDGQPTVVGGTSAVAPLLAGLVARLAQLTGAPVADLAAVAYANPAAFTDITAGDNQGYPARSGWDPASGLGSPVGTKLLTAVGGPTPPPTTPPPTTPPPTTPPPTIPPPTTPPTQTVDAADRALWSAVATWAGGTHTGANARAAKAVRAWAQAKSLA(SEQ ID NO:103);
相同体12(NCBI YP_003658449)
MTQPRYTPLPGSEREAPLLAARSNATAARASRAQTASATVVLRRRSELPEALVLDQQFISSDELAARYGADPVDIEKVRSVLERFKVSVVEVDAASRRVKVEGAVADIERAFNIALHSASGTDPHSGRGFEYRYRTGVLSVPAELGGIVTAVLGLDNRRQAETRLRVVPAAALGSSYTPVQLGEIYNFPQDATGAGQRIAIIELGGGYTPAGLRRYFASLGVVPPKVAAVSVDGAQNAPGPDPGADGEVQLDVEVAGALAPGAHVLVYFAPNTDQGFLDAVSQAAHATPPPTAISISWGASEDSWTASARDALNQALRDAAALGVTVTAAAGDSGSSDGVPDRRAHVDFPASSPYVLATGGTSLRADPATGVVQSETVWNDSQGSTGGGVSDVFPRPAWQAHVDVPHAGRGVPDVSAVADPATGYQVLVDNQPAVIGGTSAVAPLWAALVARLAESLGRPLGLLQPLVYPRTPGSTAYPGFRDITIGNNGAYKAGKGWDAATGLGVPDGTELLAHLRGLNGSE(SEQ ID NO:104);
相同体13(NCBI YP_004348568)
MARHLHAGSEPKVITESKCIGACDPAERIHVTVMLRREGEQALDALVDKLASGDPAAKPVSREDFAKRFGARADDIQHTEAFAKRHQLTVERVDPVQSVVELAGTIAQFENAFGVKLEKYEHHAIGSFRARTGAIALPDELHDAVTAVLGLDTRPQAHPHFRFRPPFQPARSGAGTSYTPLQLASIYNFPEGDGAGQCIALVELGGGYRAADIRQYFEQLGVKPPKLVDVSVNGGRNAPTDDPNGPDGEVALDIEVAGAIAPGATIAVYFAGNSDAGFIQSVNQAIHDSTNRPSVVSISWGGPEASWTQQSITAFNNVLKTAASLGVTVCAASGDSGSSDGLQDGSNHVDFPASSPYVLACGGTTLDAQAGQGIRREVVWNDEAASGGAGGGGVSAVFPAPSYQKGLSAKATGGGSTPLSQRGVPDVAGDASPTTGYIISIAGTTAVLGGTSAVAPLWAALIARINANGKSPVGWANPKLYAQPGAFHDITQGNNGAFAASEGWDACTGLGSPDGAKVAAALQGASGGSQQGRATGA(SEQ ID NO:105);
相同体14(NCBI YP_001861188)
HMTKHPLPGSERVLAPGSKVVAQCDPSETIEVVVVLRRKNEQQFAQMMKTIEAGAAGARPLTREELEQRFGALPEDIAKLKAFAAQHGLSVVREDASARTVVLSGRIEQFQQAFDVQLQHYEHQSMGRFRGRTGAISVPDELHGVVTAVLGLDDRPQARPHFRIRPPFQPARAQSASSFTPLQLASLYRFPQGDGSGQCIGIVELGGGYRTADLDSYFSSLGVGSPKVVAVGVDQSGNQPTGDPNGPDGEVTLDIEIAGALAPAATIAVYFTTNSDAGFIDAVSQAVHDRTNQPSVISISWGAPESMWTAQSMKALNDVLQSAAAIGVTVCAASGDSGSSDGVGDGRDHVDFPASSPYVLACGGTSLQGSGRTVAHEVVWNDGSNGGATGGGVSGAFPVPAWQEGLSTSAAQGGQRALTGRGVPDVAGDASPLTGYDVIVDGNNTVIGGTSAVAPLWAALIARINGAKGAPVGFVNPKLYKASACNDITQGNNGSYAATTGWDACTGLGSPDGVKVAAAL(SEQ ID NO:106);
相同体15(NCBI YP_002754884)
MSPIASRRSALPLSERPAPENARALAAVEPDRTMTVSVLVRRKKPLVLADLEGKKLTHREFERRYGASEKDFATIAKFAAGHGLAVDHHASSLARRTVVLRGTARQMQQAFGVTLHDYEDSETQQRYHSFTGAITVPAAHARIIESVLGLDARPIAKPHFRVRKRSAAATGAVSFNPPQVASLYSFPTGVDGSGETIGILELGGGYETSDIQQYFSGLGIQPPTVVAVSVDGAVNAPGNPNGADGEVALDIQVAGSIAPGAKLAVYFAPNTEQGFVDAITTAVHDTANKPSVLSISWGGPESSWPQAAAQSLNNACESAAALGVTITVASGDNGSTDGVQDGQNHVDFPASSPYVLACGGTYLAAVNNGVPQESVWDDLASGGGATGGGVSALFPLPAWQTGANVPGGSMRGVPDVAGDASPESGYNVLVDGQPQVVGGTSAVAPLWAALIALVNQQKGEAAGFVNAALYQNPSAFHDITQGSNGAYAAAPGWDPCTGLGSPMGTAIAKILA(SEQ ID NO:107);
相同体16(NCBI YP_003387700)
MSAFDQLVPLPGSEKTVPDAAPSQTLDPNEVLTVTIRIRRKRTLASLVSTTAPVTEVVSRSEYASRFGADPAIVKQVEAFASAYDLSLVEQSLARRSVLLRGTVAQMEQAFGVSLANYQLADGTVFRGRTGVVNVPSELVEHIEGVFGLDNRPQARAHFQVYKPEKGTKVAPRAGGISYTPPQLARLYNFPTGVTGKGQCIAIIELGGGFRTADIKTYFGGLGLKPPTVVAVSVDGGHNAPSTADSADGEVMLDIDVAGGVAPGAKIVVYFAPNTDQGFLDAITTAMHDTKNKPSVISISWGAAESNWTPQALTSFNQAFQAAAALGITVCAAAGDTGSDDSVGDGKAHVDFPASSPFVLACGGTKLTATDNVIASEVVWHESKTSATGGGVSDVFDLPDYQQKSHVPPSVNDKTRIGRGVPDVAAVADPVTGYAVRVDGSNLVFGGTSAVAPLMAGLIALINQQRGKAVGFIHPLIYANPSAFRDITQGNNTTTTGNKGYAATTGWDACTGLGVADGKKLASVLTATPVA(SEQ ID NO:108);
相同体17(NCBI YP_004216463)
MAATPRFASQPRVTLPGSQKHPLTTDTEVPPPAPVKAAATKLSATPFTVTVIVKRKNPLNLKQVLKPAGRLTHAAFAKAHGPSPDGVKLVKAFAKEFGLTVAPAPGQGRRALYLTGTAAAMQTAFGVTFATKIMEGTKYRVREGDICLPKELIGHVDAVLGLDNRPQAKPHFRHHKPAATSVSYTPVQVGQLYGFPSGAKATGQTIGLIELGGGFRAADITAYFKTLGQTAPKVTAVLVDKAKNTPTTSSSADGEVMLDIEVAAAVAPGANIAVYFAPNTDQGFIDAISQAVHDTVNKPSVISISWGGPESTWTAQSLAALDAACQSAAALGITITVAAGDDGSTDGVKGTVNHVDFPASSPHVLGCGGTKLLGSGTTITSEVVWNELTANEGATGGGVSNVFPLPTWQAKSNVPKPTVAAGGRGVPDVSGNADPSTGYTVRVDGSTFPIGGTSAVAPLWAGLIALCNAQNKTTAGFINPALYAAAAAKSFRDITSGNNGGFKAGPGWDACTGLGSPIGTAIAKTLAPATKSTSKTAVKNAPEIRFRPHKKAPTKTAAKTPALRRLK(SEQ ID NO:109);
相同体19(NCBI YP_005056054)
MPTSSRFASQSRVPLPGSERKPFVPAGAPKAAKTPKVSTAVKTVPATGRIRVSLIVPPKQPLDTKRLGKLDARLSRAQFAARHGADPASVRLVKAFAKEFGLTVEPITQPGRCTVQLSGTCAAMRKAFAISLVEHTTEQGKFRLREGEISLPAELEGHVLAVLGLDNRPQAKPHFRIAKPRATNVSYTPVQVAQMYGFPAGATATGQTIGIIELGGGYRAADLTAYFKTLGLPAPTVTAVPIDGGKNTPGNANGADGEVMLDIEVCAAVAQGAKIAVYFTTNTDQGFIDAITTAVHDSTNKPSVISISWGGPESSWTEQSMTALDAACQAAAAVGVTITVAAGDNGSSDGASGDNVDFPASSPHVLACGGTKLVGSGSTITSEVVWDETSNDEGATGGGVSTVFALPTWQKNANVPSPTTSAGGRGVPDVSGDADPSTGYTIRVDSETTVIGGTSAVAPLWAGLIALANAQNKVAAGFVNPALYAAGAKKAFRDITQGNNGSFSAGPGWDACTGLGSPVGNLVIQAVAPKSTTTKKAKKGKTK(SEQ ID NO:110);および
相同体26(NCBI YP_004030750)
MHSYLKQQSHMQSYLEQENHMRSYLEMRKKPYFDDLANIRPGGLTPAQVCQAYQFAKVQPVRPVKLGIVSLAGQYLSSDMSKAFTGYGLPTPVVSTAGSQVLGDLWSNVENMMDIEIAGAAWAYATGTAATLLMQFEPNNETGIPNAINALVAAGCEVISISWGAPANLQTMEAITARKEACKQAAVQNVHVFAASGDESLNDGTNSRTPDDPCCDPNVWGVGGTRLVLQADGSIAQESAWGDGNAADKGGGGGFDSREPLPDYQVGVVHSEHRGSPDSSANADPGTGYAIVANGQWLIGGGTSASAPLTAGYVAAILSTLPGPISQSVLQRKLYTAHKTAFRDILLGSNGAPARPGWEEATGLGSINGPGLAAALQS(SEQ ID NO:111)、
またはそれらの処理された型からなる群から選択される。
【0017】
一実施形態において、該1つまたは複数のポリペプチドは、SEQ ID NO:74、75、77、78、82、88、98、105、111またはそれらの処理された型からなる群から選択されるポリペプチドのアミノ酸配列を含む、または該アミノ酸配列からなる1つまたは複数のポリペプチドを含む。さらなる実施形態において、該1つまたは複数のポリペプチドは、アミノ酸配列:
相同体4変異体
MANHPLNGSERECLKDAQPIGKADPNERLEVTMLVRRRSHDAFEKHISALAAQGASAKHIDHDEFTKHFGADSADLAAVHAFAQKHGLSVVESHEARRAVVLSGTVAQFDAAFGVSLQQYEHDGGTYRGRTGPIHLPDELNGVVDAVMGLDNRPQARPSFRTRAQGNVRWTARAAGASTFTPVQLASLYDFPQGDGQNQCIGIIELGGGYRPADLKTYFASLNMKAPSVTAVSVDHGRNHPTGDPNGPDGEVMLDIEVAGAVAPGAKIVVYFAPNTDAGFIDAIGTAIHDTKNKPSVISISWSGPESAWTQQAMNAFDQAFQSAAALGVTICAASGDNGSGGGVGDGADHVHFPASSPYALGCGGTSLQASGNGIASETVWNDGANGGATGGGVSSFFALPAWQEGLRVTRAGGAHSPLAMRGVPDVAGNADPVTGYEVRVDGHDMVIGGTSAVAPLWAGLIARINAIKGAPVGYINPHLYKDPLALVDITKGNNDDFHATAGWDACTGLGRPDGKKVKDAVS(SEQ ID NO:89)、
もしくはその処理された型を含む、または該アミノ酸配列もしくはその処理された型からなるポリペプチド。
【0018】
該方法は、セリアックスプルーを処置するための、1つまたは複数のポリペプチドの、任意の他の適切な活性剤と一緒の投与を含み得る。様々な非限定的実施形態において、該方法は、1つまたは複数のさらなるポリペプチドの一定量を該対象に投与することをさらに含み、該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、
(A)SEQ ID NO:35のアミノ酸配列と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または100%同一であり、
(i)該ポリペプチドがpH4でPQPQLP(SEQ ID NO:34)ペプチドを分解し;そして
(ii)残基278がSerであり、残基78がGluであり、残基82がAspである、
アミノ酸配列;および
(B)SEQ ID NO:1のアミノ酸配列と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または100%同一であり、
(i)該ポリペプチドがpH4でPQPQLP(SEQ ID NO:34)ペプチドを分解し;そして
(ii)残基467がSerであり、残基267がGluであり、残基271がAspである、
アミノ酸配列
からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
【0019】
該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、セリアックスプルーを処置する際の使用に関して開示されている(WO2013/023151参照)。該さらなるポリペプチドは、クマモリシン−Asの処理された型(SEQ ID NO:67)もしくはクマモリシン−Asの前処理された型(SEQ ID NO:33)、またはそれらの修飾された型のいずれかであり、それらは、セリン−カルボキシルペプチダーゼのセドリシンファミリーの1種として知られており、処理された形態では重要な触媒三残基Ser
278−Glu
78−Asp
82(前処理された形態ではSer
467−Glu
267−Asp
271)を使用して基質を加水分解する。その最大活性は、およそpH4.0で生じる。クマモリシン−Asの本来の基質は未知であるが、酸性条件下でコラーゲンを分解することがこれまでに示されている。加えてこの酵素は、熱安定性があり、理想的な温度が60℃であるが、37℃でも顕著な活性を示すことが示されている。
【0020】
さらなるポリペプチドは、残基73、102、103、104、130、165、168、169、172、および179(野生型の処理されたクマモリシン−Asのアミノ酸配列に基づいたナンバリング)からなる群から選択される1つまたは複数の残基におけるSEQ ID NO:67(野生型の処理されたクマモリシン−As)からの1つまたは複数のアミノ酸改変を含み得る。非限定的実施形態において、野生型の処理されたクマモリシン−Asのアミノ酸配列(SEQ ID NO:67)に対する1つまたは複数の改変は、
野生型残基番号 AA改変
S73 K、G
N102 D
T103 S
D104 A、T、N
G130 S
S165 N
T168 A
D169 N、G
Q172 D
D179 S、H
からなる群から選択され得る。
【0021】
様々なさらなる非限定的実施形態において、野生型の処理されたクマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともN102Dを含み得る。別の実施形態において、野生型クマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともN102DおよびD169NまたはD169Gを含み得る。別の実施形態において、野生型クマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともN102D、D169G、およびD179Hを含み得る。別の実施形態において、野生型クマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともS73K、D104T、N102D、G130S、D169GおよびD179Hを含み得る。
【0022】
さらなるポリペプチドは、残基119、262、291、292、293、319、354、357、358、361および368(野生型の前処理されたクマモリシン−Asのアミノ酸配列に基づきナンバリング)からなる群から選択される1つまたは複数の残基におけるSEQ ID NO:33(野生型の前処理されたクマモリシン−As)からの1つまたは複数のアミノ酸改変を含み得る。非限定的実施形態において、野生型クマモリシン−Asのアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、
野生型残基番号 AA改変
V119 D
S262 K、G
N291 D
T292 S
D293 A、T、N
G319 S
S354 N
T357 A
D358 N、G
Q361 D
D368 S、H
からなる群から選択され得る。
【0023】
様々なさらなる非限定的実施形態において、野生型クマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともN291Dを含み得る。別の実施形態において、野生型クマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともN291Dおよび358Nまたは358Gを含み得る。別の実施形態において、野生型クマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともN291D、358G、および368Hを含み得る。別の実施形態において、野生型クマモリシン−Asアミノ酸配列に対する該1つまたは複数の改変は、少なくともV119D、S262K、D293T、N291D、G319S、D358G、およびD368Hを含み得る。
【0024】
本明細書で用いられる「少なくとも75%同一」は、ポリペプチドが全長アミノ酸配列においてSEQ ID NO:1または35により定義されるポリペプチドと25%以下だけ異なること(任意のアミノ酸置換、欠失、付加または挿入など)を意味する。
【0025】
様々なさらなる実施形態において、該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、SEQ ID NO:2〜33または36〜67、あるいは2〜32または36〜66の任意の1つと少なくとも75%同一のアミノ酸配列を含む、または該アミノ酸配列からなる。これらの配列番号で表されるポリペプチドは、野生型クマモリシン−Asに比較して、オリゴペプチドPQPQLP(SEQ ID NO:34)(グリアジンの代表的な基質)に対してpH4でのプロテアーゼ活性が改善されたポリペプチドの具体例である。様々な好ましい実施形態において、該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、SEQ ID NO:36〜66の任意の1つのアミノ酸配列と少なくとも76%、77%、78%、79%、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、または99%同一のアミノ酸配列を含む、または該アミノ酸配列からなる。さらなる実施形態において、該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、SEQ ID NO:2〜33または36〜67、あるいは2〜32または36〜66のいずれか1つによるアミノ酸配列を含む、または該アミノ酸配列からなる。
【0026】
一実施形態において、該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、以下に示されたアミノ酸配列を含むポリペプチド(KumaMax(商標)):
MSDMEKPWKEGEEARAVLQGHARAQAPQAVDKGPVAGDERMAVTVVLRRQRAGELAAHVERQAAIAPHAREHLKREAFAASHGASLDDFAELRRFADAHGLALDRANVAAGTAVLSGPDDAINRAFGVELRHFDHPDGSYRSYLGEVTVPASIAPMIEAVLGLDTRPVARPHFRMQRRAEGGFEARSQAAAPTAYTPLDVAQAYQFPEGLDGQGQCIAIIELGGGYDEASLAQYFASLGVPAPQVVSVSVDGASNQPTGDPKGPDGEVELDIEVAGALAPGAKFAVYFAPDTTAGFLDAITTAIHDPTLKPSVVSISWSGPEDSWTSAAIAAMNRAFLDAAALGVTVLAAAGDSGSTGGEQDGLYHVHFPAASPYVLACGGTRLVASGGRIAQETVWNDGPDGGATGGGVSRIFPLPAWQEHANVPPSANPGASSGRGVPDLAGNADPATGYEVVIDGEATVIGGTSAVAPLFAALVARINQKLGKAVGYLNPTLYQLPADVFHDITEGNNDIANRAQIYQAGPGWDPCTGLGSPIGVRLLQALLPSASQPQP(SEQ ID NO:90)、
またはその処理された型を含む、またはそれらからなる。
【0027】
一実施形態において、該方法は、相同体4もしくは全長変異型相同体4(SEQ ID NO:75、89、および/または98)、またはそれらの処理された型を、非限定的にKumaMa(商標)x(SEQ ID NO:90)またはその処理された型をはじめとする本明細書に開示されたさらなるポリペプチドの1つまたは複数と共に投与することを含む。以下の実施例に示された通り、相同体4(SEQ ID NO:98)は、クマモリシンポリペプチドに比較してγ−グリアジンペプチド(アミノ酸配列IQPQQPAQL(SEQ ID NO:92))に対して高い活性を有する。つまり相同体4(SEQ ID NO:98)またはその処理された型と1つまたは複数のクマモリシンポリペプチド(KumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)またはその処理された型など)との組み合わせの投与が、グルテン消化のための改善された治療を提供し得る。さらなる実施形態において、相同体4ペプチドは、セリアック病に特異的に関連した胃内グルテンの分解産物:33量体ペプチド(LQLQPFPQPQLPYPQPQLPYPQPQLPYPQPQPF(SEQ ID NO:72))および26量体ペプチド(FLQPQQPFPQQPQQPYPQQPQQPFPQ(SEQ ID NO:73))に対して有意に改善された活性を提供することが以下の実施例において示される、全長相同体4変異体(SEQ ID NO:89)またはその処理された型を含むか、またはそれらからなる。
【0028】
別の実施形態において、該方法は、相同体1(SEQ ID NO:74)、相同体6(SEQ ID NO:77)、および/もしくは相同体6変異体(SEQ ID NO:78)、またはそれらの処理された型を、非限定的にKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)またはその処理された型をはじめとする本明細書に開示されたさらなるポリペプチドの1つまたは複数と共に投与することを含む。以下の実施例で実証された通り、相同体1(SEQ ID NO:74)は、pH5までで最適な活性となり、相同体6変異体は、他の相同体およびさらなるクマモリシンポリ関連ポリペプチドよりも低いpHレベルで最適な活性を示す。その結果、相同体1(SEQ ID NO:74)、相同体6(SEQ ID NO:77)、および/もしくは相同体6変異体(SEQ ID NO:78)、またはそれらの処理された型を、適当なpH環境で単独で用いること、または1つもしくは複数のさらなるポリペプチドと共に用いて1つまたは複数のさらなるポリペプチドのpHプロファイルを拡張し、例えば胃のpHをより正確に再現することができる。
【0029】
さらなる実施形態において、該方法は、相同体26(SEQ ID NO:88または111)またはそれらの処理された型を、非限定的にKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)またはその処理された型をはじめとする1つまたは複数のさらなるポリペプチドと共に投与することを含む。以下の実施例に示される通り、相同体26(SEQ ID NO:111)は、33量体グリアジンペプチドを分解する際の非常に強い活性を有し、つまり単独で、または非限定的にKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)をはじめとする1つまたは複数のさらなるポリペプチドと共に、セリアックスプルー病を処置するのに用いることができる。
【0030】
セリアックスプルー(セリアック病またはグルテン不耐性としても知られる)は、「グルテン」として知られる小麦、大麦、およびライ麦製品中に見出される食物タンパク質が、遺伝的素因のある個体の小腸で免疫反応を誘発する、非常に高頻度の疾患である。生じた炎症は、小腸の絨毛を分解して、栄養の吸収を妨げる可能性がある。症状は、幼少期または高齢期に現れる可能性があり、下痢から、疲労、体重減少、腹痛、膨満、ガス過剰、消化不良、便秘、腹部膨隆、吐き気/嘔吐、貧血、あざができ易い、うつ、不安、小児の発育遅延、脱毛、皮膚炎、月経停止、口内潰瘍、筋痙攣、関節痛、鼻血、発作、手または足の刺痛またはしびれ、遅発思春期、歯エナメル質の欠損、および運動失調または感覚異常などの神経症状まで広範囲の重症度になり得る。現在、食事からグルテンを全て排除する以外に、この生涯にわたる疾患の効果的治療法はない。セリアックスプルーは、大半が過小診断されているが、米国および欧米の罹患率は、人口の0.5〜1.0%と推定される。
【0031】
本明細書で用いられる「セリアックスプルーを処置すること」は、以下のものの1つまたは複数を完遂することを意味する:(a)セリアックスプルーの重症度を低減すること;(b)セリアックスプルーに特徴的な症状の発現を制限または予防すること;(c)セリアックスプルーに特徴的な症状の増悪を阻害すること;(d)セリアックスプルーを過去に有した患者においてこの障害の再発を制限または予防すること;(e)過去にセリアックスプルーの症状を有した患者の症状再発を制限または予防すること;および(f)セリアックスプルーを発症するリスクのある対象、またはセリアックスプルーの臨床効果をまだ示していない対象においてセリアックスプルーの発症を制限すること。
【0032】
本発明の方法により処置される対象は、ヒト対象をはじめとするセリアックスプルーに罹患した任意の対象であり得る。該対象は、既に症状を表した対象または無症状の対象であり得る。
【0033】
一実施形態において、該対象は、HLA−DQ2血清型を有し得、別の実施形態において、該対象は、HLA−DQA血清型を有し得る。γ−グリアジンに対して高い活性を有するポリペプチド(相同体1、4、5、および9(SEQ ID NO:74、75、76、79、89、98、99、および102))は、HLA−DQ8血清型の対象を処置するのに特に有用になり得る。α2−グリアジンおよびα9−グリアジンに対して高い活性を有するポリペプチドならびに/または本明細書に記載されたグルテンの33量体および26量体分解産物(相同体4変異体(SEQ ID NO:89)ならびに相同体13および26(SEQ ID NO:82、88、105、および111))は、HLA−DQ2血清型の対象を処置するのに特に有用になり得る。
【0034】
本明細書で用いられる「有効な量」は、セリアックスプルーを処置するのに有効となるポリペプチドの量を指す。該ポリペプチドは、典型的には先に開示されたものなどの医薬組成物として配合され、従来の医薬的に許容し得る担体、アジュバント、およびビヒクルを含有する投与単位配合剤中で経口、非経口、吸入スプレーまたは局所をはじめとする任意の適切な経路で投与することができる。好ましい実施形態において、該医薬組成物および配合剤は、錠剤、丸薬、トローチ剤、エリキシル、懸濁剤、エマルジョン、溶液、またはシロップなどにより経口投与される。
【0035】
投薬レジメンは、最適な所望の応答(例えば、治療的または防御的応答)をもたらすように適合され得る。適切な投薬範囲は、例えば0.1μg/kg体重〜100mg/kg体重であってもよく;あるいはそれは、0.5μg/kg体重〜50mg/kg体重、1μg/kg体重〜25mg/kg体重または5μg/kg体重〜10mg/kg体重であってもよい。該ポリペプチドは、単一ボーラス投与で送達され得、または担当医による決定で1回を超えて(例えば、2、3、4、5回またはそれを超えて)投与されてもよい。
【0036】
別の態様において、本発明は、以下のポリペプチドまたはそれらの処理された型からなる群から選択される単離されたポリペプチドを提供する。
【0037】
相同体2
MQRGTKEGLNMARHLQADREPRIVPESKCLGQCDPAERIHVTIMLRRQEEGQLDALVHQLATGDARAKPVSRDAFAQRFSANPDDIRKTEDFAHRHQLTVDRVDPVESVVVLSGT(I/V/D)AQFEAAFSVKLERFEHRSIGQYRGRSGPIVLPDDIGDAVTAVLGLDSRPQARPHFRFRPPFKPARGAAAVTFTPIQLASLYDFPAGDGAGQCIAIIELGGGYRAADIQQYFRGLGITTPPKLVDVNVGTGRNAPTGEP(N/S/K/G)GPDGEVALDIEIAGAIAPAAKIAVYFAP(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFIQAVNAAVTDKTNQPSVISISW(G/S)GPEAIWQAQSAQAFNRVLQAAAAQGITVCAASGD(S/N)GS(G/T/A)(D/N/G)GL(Q/D)DGADHV(D/S/H)FPASSPYVLGCGGTQLDALPGQGIRSEVTWNDEASGGGAGGGGVSALFDLPAWQQGLKVARADGTTTPLAKRGVPDVAGDASPQTGYEVSVAGTPAVMGGTSAVAPLWAALIARINAANGASAGWINPVLYKHPGALRDITKGSNGTYAAASGWDACTGLGSPNGAQLATILARKPSS(SEQ ID NO:95)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基116がVまたはDである;(ii)AA残基255がS、KまたはGである;(iii)AA残基284がDである;(iv)AA残基285がTである;(v)AA残基286がA、T、またはNである;(vi)AA残基312がSである;(vii)AA残基347がNである;(viii)AA残基350がTまたはAである;(iv)AA残基351がNまたはGである;(x)AA残基354がDである;そして(xi)AA残基361がSまたはHである);
相同体4
MANHPLNGSERECLKDAQPIGKADPNERLEVTMLVRRRSHDAFEKHISALAAQGASAKHIDHDEFTKHFGADSADLAAVHAFAQKHGLSVVESHEARRAVVLSGT(V/D)AQFDAAFGVSLQQYEHDGGTYRGRTGPIHLPDELNGVVDAVMGLDNRPQARPSFRTRAQGNVRWTARAAGASTFTPVQLASLYDFPQGDGQNQCIGIIELGGGYRPADLKTYFASLNMKAPSVTAVSVDHGRNHPTGDP(N/S/K/G)GPDGEVMLDIEVAGAVAPGAKIVVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)AGFIDAIGTAIHDTKNKPSVISISW(G/S)GPESAWTQQAMNAFDQAFQSAAALGVTICAASGD(N/S)GS(G/T/A)(D/N/G)GV(G/Q/D)DGADHV(D/S/H)FPASSPYALGCGGTSLQASGNGIASETVWNDGANGGATGGGVSSFFALPAWQEGLRVTRAGGAHSPLAMRGVPDVAGNADPVTGYEVRVDGHDMVIGGTSAVAPLWAGLIARINAIKGAPVGYINPHLYKDPLALVDITKGNNDDFHATAGWDACTGLGRPDGKKVKDAVS(SEQ ID NO:75)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基106がDである;(ii)AA残基246がS、KまたはGである;(iii)AA残基275がDである;(iv)AA残基276がSである;(v)AA残基277がA、T、またはNである;(vi)AA残基303がSである;(vii)AA残基338がSである;(viii)AA残基341がTまたはAである;(ix)AA残基342がNまたはGである;(x)AA残基345がQまたはDである;そして(xi)AA残基352がSまたはHである);
相同体5
MNHDHSPTGGELSNWVRVPGSERAAVQGSRKVGPADPNEQMSVTVVVRRPAADTAVTSMIEKVGAQPLSERRHLTREEFASTHGANPADLSKVEKFAHEHNLQVKEVNAAAGTMVLSGT(V/D)TSFSKAFGVELSTYEHPDFTYRGRIGHVHIPDYLADTIQSVLGLDNRPQASPRFRVLKEEGGVTTAHAGRTSYTPLEVAALYNFPSIHCKDQCIGILELGGGYRPADLQTYFNGLGIPQPNITDVSVGGAANRPTGDP(N/S/K/G)GPDGEVVLDIEVAAAVTPGAKIAVYFAD(N/D)(S/T)(D/A/T/N)DGFLNAITTAIHDTRNKPSVISISW(G/S)KAEIGWTPQAINAMNQAFRDAAALGVTICCASGD(D/S/N)GS(T/A)(D//N/G)RV(Q/D)DGRYHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTRLESSGSTITQEVVWNEGALGGGATGGGVSDVFDRPNWQANANVPTSANPERRIGRGVPDWAGNADPATGYQILVDGTRAVIGGTSAVAPLFAGLIAIINQKLGHSVGFINPILYNLSAQHNVFHDITSGNNDMSGQNGPYEAQPGWDACTGLGSPDGTKLMNAISEAHRLVSVG(SEQ ID NO:76)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基120がDである;(ii)AA残基259がS、KまたはGである;(iii)AA残基288がDである;(iv)AA残基289がTである;(v)AA残基290がA、T、またはNである;(vi)AA残基316がSである;(vii)AA残基351がSまたはNである;(viii)AA残基354がAである;(ix)AA残基355がNまたはGである;(x)AA残基358がDである;そして(xi)AA残基365がSまたはHである);
相同体6変異体:
MAPEERRTLPGSAMPRPAGAQVLGQIPDDERVEVTVVLQPRAPLPEPGPTPMSRAELADLRSPPEGALEAIARYVAGQGLEVIAADAPRRRIVLAGSAARIAALFGISFVRLQLEGRRYRTYEGEISLPAELAPLVVAVLGLDTRPFARSHRRPAVAPNAPTTAPTVARAYDFPTAYDGRGTTIGFIELGGGFQESDLVRYCEGLGLSTPQVSVVGVDGARNAPTGDPNGPDAEVMLDLEVATGVANGADLVLYMAANTDAAFYSAIATALRDATHAPVAISISWSAPEESYPATTIAAFESVLEEAVHVGVTVLVAAGDQGSTGGVDDGRAHVHYPAASPYVLACGGTRLDLDGTTIVAETVWNDLPNGGATGGGISALFPVPSWQAGIAMPPSANPGAGPGRGVPDVAGNADPDTGYRIVVDGVATVVGGTSAVAPLWAGLVARCHQAGARGGFWNPLLYAARGSSAFHEITVGSNGAYDAGPIWNACCGLGSPNGTAILQTLRA(SEQ ID NO:78);
相同体9
MTKQPVSGSSDKIHPDDAKCIGDCDPSEQIEVIVMLRRKDEAGFRQMMSRIDAGEAPGQAVSREEFDRRFTASDEDIDKVKAFAKQYGLSVERAETETRSVVLKGT(I/V/D)EQFQKAFDVKLERFQHHNIGEYRGRTGPVNVPDEMHDAVTAVLGLDSKPQARPHFRFRPPFKPLRGAAPASFSPVDLAKLYDFPDGDGAGQCIAIIELGGGYRDSDLSAYFSKLGVKAPTVVPVGVDGGKNAPTGNP(N/S/K/G)GPDGEVTLDIEIAGAIAPGARIAVYFAP(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFVDAVNRALHDAANKPSVISISW(G/S)GPESNWSPQSMSAFNDVLQSAAALGVTVCAASGD(G/S/N)GS(A/T)(D/N/G)GV(G/Q/D)DGADHV(D/S/H)FPASSPYVLGCGGTSLAASGAGIAKEVVWNDGDQGGAGGGGVSGTFALPVWQKGLSVTRNGKHIALAKRGVPDVAGDASPQTGYEVLIDGEDTVVGGTSAVAPLWAALIARINAIDASPAGFVNPKLYKAKTAFRDITEGNNGSFSAAAGWDACTGMGSPDGGKIAAALKPAKPSQSAGQQ(SEQ ID NO:79)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基107がVまたはDである;(ii)AA残基245がS、KまたはGである;(iii)AA残基274がDである;(iv)AA残基275がTである;(v)AA残基276がA、TまたはNである;(vi)AA残基302がSである;(vii)AA残基337がSまたはNである;(viii)AA残基340がTまたはAである;(ix)AA残基341がNまたはGである;(x)AA残基344がQまたはDである;そして(xi)AA残基351がSまたはHである);
相同体10
MGRLQGSYRPSLGTPVGPVPDDQPIDVTVVLRPTAADDFRADPDDVAAVRAFAGRAGLDVAEVDEPARTVRLRGP(A/V/D)AAARTAFDTPLALYDSGGRAIRGREGDLGLPDELDDRVVAVLGLDERPAARPRFQPAASARQGLTALQVARAYDFPAATGEGQTIAIIELGGGFGQADLDTYFGGLDLPTPAVSAVGVQGAANVPGGDP(/S/K/G)DGADGEVLLDIEVAGAVAPGAAQVVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)AGFLAAINAAAAATPRPAAISISWG(G/S)PESSWTAQAMRAYDQAFAAARAAGITVLAAAGD(A/S/N)GA(D/T/A)(D/S/N/G)(A/Q/D)TDRLVA(D/S/H)FPAGSPNVIACGGTKLTLDAAGARASEVVWNEAADSATGGGYSATFTRPAWQPAAVGRYRGLPDISGNADPQTGYRVVVDGQPTVVGGTSAVAPLLAGLVARLAQLTGAPVADLAAVAYANPAAFTDITAGDNQGYPARSGWDPASGLGSPVGTKLLTAVGGPTPPPTTPPPTTPPPTTPPPTIPPPTTPPTQTVDAADRALWSAVATWAGGTHTGANARAAKAVRAWAQAKSLA(SEQ ID NO:80)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基76がVまたはDである;(ii)AA残基206がS、KまたはGである;(iii)AA残基235がDである;(iv)AA残基236がSである;(v)AA残基237がA、T、またはNである;(vi)AA残基262がSである;(vii)AA残基297がSまたはNである;(viii)AA残基300がTまたはAである;(ix)AA残基301がNまたはGである;(x)AA残基302がQまたはDである;そして(xi)AA残基309がSまたはHである);
相同体12
MTQPRYTPLPGSEREAPLLAARSNATAARASRAQTASATVVLRRRSELPEALVLDQQFISSDELAARYGADPVDIEKVRSVLERFKVSVVEVDAASRRVKVEGA(V/D)ADIERAFNIALHSASGTDPHSGRGFEYRYRTGVLSVPAELGGIVTAVLGLDNRRQAETRLRVVPAAALGSSYTPVQLGEIYNFPQDATGAGQRIAIIELGGGYTPAGLRRYFASLGVVPPKVAAVSVDGAQNAPGPDP(G/S/K/G)ADGEVQLDVEVAGALAPGAHVLVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFLDAVSQAAHATPPPTAISISW(G/S)ASEDSWTASARDALNQALRDAAALGVTVTAAAGD(S/N)GS(S/T/A)(D/N/G)GV(P/Q/D)DRRAHV(D/S/H)FPASSPYVLATGGTSLRADPATGVVQSETVWNDSQGSTGGGVSDVFPRPAWQAHVDVPHAGRGVPDVSAVADPATGYQVLVDNQPAVIGGTSAVAPLWAALVARLAESLGRPLGLLQPLVYPRTPGSTAYPGFRDITIGNNGAYKAGKGWDAATGLGVPDGTELLAHLRGLNGSE(SEQ ID NO:81)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基105がDである;(ii)AA残基244がSまたはKである;(iii)AA残基272がDである;(iv)AA残基273がSである;(v)AA残基274がA、T、またはNである;(vi)AA残基299がSである;(vii)AA残基334がNである;(viii)AA残基337がTまたはAである;(ix)AA残基338がNまたはGである;(x)AA残基341がQまたはDである;そして(xi)AA残基348がSまたはHである);
相同体13
MARHLHAGSEPKVITESKCIGACDPAERIHVTVMLRREGEQALDALVDKLASGDPAAKPVSREDFAKRFGARADDIQHTEAFAKRHQLTVERVDPVQSVVELAGT(I/V/D)AQFENAFGVKLEKYEHHAIGSFRARTGAIALPDELHDAVTAVLGLDTRPQAHPHFRFRPPFQPARSGAGTSYTPLQLASIYNFPEGDGAGQCIALVELGGGYRAADIRQYFEQLGVKPPKLVDVSVNGGRNAPTDDP(N/S/K/G)GPDGEVALDIEVAGAIAPGATIAVYFAG(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFIQSVNQAIHDSTNRPSVVSISW(G/S)GPEASWTQQSITAFNNVLKTAASLGVTVCAASGD(S//N)GS(S/T/A)(D/N/G)GL(Q/D)DGSNHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTTLDAQAGQGIRREVVWNDEAASGGAGGGGVSAVFPAPSYQKGLSAKATGGGSTPLSQRGVPDVAGDASPTTGYIISIAGTTAVLGGTSAVAPLWAALIARINANGKSPVGWANPKLYAQPGAFHDITQGNNGAFAASEGWDACTGLGSPDGAKVAAALQGASGGSQQGRATGA(SEQ ID NO:82)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基106がVまたはDである;(ii)AA残基244がS、KまたはGである;(iii)AA残基273がDである;(iv)AA残基274がTである;(v)AA残基275がA、T、またはNである;(vi)AA残基301がSである;(vii)AA残基336がNである;(viii)AA残基339がTまたはAである;(ix)AA残基340がNまたはGである;(x)AA残基343がDである;そして(xi)AA残基350がSまたはHである);
相同体14
MTKHPLPGSERVLAPGSKVVAQCDPSETIEVVVVLRRKNEQQFAQMMKTIEAGAAGARPLTREELEQRFGALPEDIAKLKAFAAQHGLSVVREDASARTVVLSGR(I/V/D)EQFQQAFDVQLQHYEHQSMGRFRGRTGAISVPDELHGVVTAVLGLDDRPQARPHFRIRPPFQPARAQSASSFTPLQLASLYRFPQGDGSGQCIGIVELGGGYRTADLDSYFSSLGVGSPKVVAVGVDQSGNQPTGDP(N/S/K/G)GPDGEVTLDIEIAGALAPAATIAVYFTT(N/D)(S/T)(D/A/T/N)AGFIDAVSQAVHDRTNQPSVISISW(G/S)APESMWTAQSMKALNDVLQSAAAIGVTVCAASGD(S/N)GS(S/T/A)(D/N/G)GV(G/Q/D)DGRDHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTSLQGSGRTVAHEVVWNDGSNGGATGGGVSGAFPVPAWQEGLSTSAAQGGQRALTGRGVPDVAGDASPLTGYDVIVDGNNTVIGGTSAVAPLWAALIARINGAKGAPVGFVNPKLYKASACNDITQGNNGSYAATTGWDACTGLGSPDGVKVAAAL(SEQ ID NO:83)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基107がVまたはDである;(ii)AA残基245がS、KまたはGである;(iii)AA残基274がDである;(iv)AA残基275がTである;(v)AA残基276がA、T、またはNである;(vi)AA残基302がSである;(vii)AA残基337がNである;(viii)AA残基340がTまたはAである;(ix)AA残基341がNまたはGである;(x)AA残基344がQまたはDである;そして(xi)AA残基351がSまたはHである);
相同体15
MSPIASRRSALPLSERPAPENARALAAVEPDRTMTVSVLVRRKKPLVLADLEGKKLTHREFERRYGASEKDFATIAKFAAGHGLAVDHHASSLARRTVVLRGT(A/V/D)RQMQQAFGVTLHDYEDSETQQRYHSFTGAITVPAAHARIIESVLGLDARPIAKPHFRVRKRSAAATGAVSFNPPQVASLYSFPTGVDGSGETIGILELGGGYETSDIQQYFSGLGIQPPTVVAVSVDGAVNAPGNP(N/S/K/G)GADGEVALDIQVAGSIAPGAKLAVYFAP(N/D)(T/S)(E/D/A/T/N)QGFVDAITTAVHDTANKPSVLSISW(G/S)GPESSWPQAAAQSLNNACESAAALGVTITVASGD(N/S)GS(T/A)(D/N/G)GV(Q/D)DGQNHV(D/S/H)FPASSPYVLACGGTYLAAVNNGVPQESVWDDLASGGGATGGGVSALFPLPAWQTGANVPGGSMRGVPDVAGDASPESGYNVLVDGQPQVVGGTSAVAPLWAALIALVNQQKGEAAGFVNAALYQNPSAFHDITQGSNGAYAAAPGWDPCTGLGSPMGTAIAKILA(SEQ ID NO:84)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基104がVまたはDである;(ii)AA残基241がS、KまたはGである;(iii)AA残基270がDである;(iv)AA残基271がSである;(v)AA残基272がD、A、T、またはNである;(vi)AA残基398がSである;(vii)AA残基33がSである;(viii)AA残基336がAである;(ix)AA残基337がNまたはGである;(x)AA残基340がDである;そして(xi)AA残基347がSまたはHである);
相同体16
MSAFDQLVPLPGSEKTVPDAAPSQTLDPNEVLTVTIRIRRKRTLASLVSTTAPVTEVVSRSEYASRFGADPAIVKQVEAFASAYDLSLVEQSLARRSVLLRGT(V/D)AQMEQAFGVSLANYQLADGTVFRGRTGVVNVPSELVEHIEGVFGLDNRPQARAHFQVYKPEKGTKVAPRAGGISYTPPQLARLYNFPTGVTGKGQCIAIIELGGGFRTADIKTYFGGLGLKPPTVVAVSVDGGHNAPSTA(D/S/K/G)SADGEVMLDIDVAGGVAPGAKIVVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFLDAITTAMHDTKNKPSVISISW(G/S)AAESNWTPQALTSFNQAFQAAAALGITVCAAAGD(T/S/N)GS(D/T/A)(D/N/G)SV(G/Q/D)DGKAHV(D/S/H)FPASSPFVLACGGTKLTATDNVIASEVVWHESKTSATGGGVSDVFDLPDYQQKSHVPPSVNDKTRIGRGVPDVAAVADPVTGYAVRVDGSNLVFGGTSAVAPLMAGLIALINQQRGKAVGFIHPLIYANPSAFRDITQGNNTTTTGNKGYAATTGWDACTGLGVADGKKLASVLTATPVA(SEQ ID NO:85)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基104がDである;(ii)AA残基245がS、KまたはGである;(iii)AA残基274がDである;(iv)AA残基275がSである;(v)AA残基276がA、T、またはNである;(vi)AA残基302がSである;(vii)AA残基337がSまたはNである;(viii)AA残基340がTまたはAである;(ix)AA残基341がNまたはGである;(x)AA残基344がQまたはDである;そして(xi)AA残基351がSまたはHである);
相同体17
MAATPRFASQPRVTLPGSQKHPLTTDTEVPPPAPVKAAATKLSATPFTVTVIVKRKNPLNLKQVLKPAGRLTHAAFAKAHGPSPDGVKLVKAFAKEFGLTVAPAPGQGRRALYLTGT(A/V/D)AAMQTAFGVTFATKIMEGTKYRVREGDICLPKELIGHVDAVLGLDNRPQAKPHFRHHKPAATSVSYTPVQVGQLYGFPSGAKATGQTIGLIELGGGFRAADITAYFKTLGQTAPKVTAVLVDKAKNTPTTS(S/K/G)SADGEVMLDIEVAAAVAPGANIAVYFAP(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFIDAISQAVHDTVNKPSVISISW(G/S)GPESTWTAQSLAALDAACQSAAALGITITVAAGD(D/S/N)GS(T/A)(D/N/G)GV(K/Q/D)GTVNHV(D/S/H)FPASSPHVLGCGGTKLLGSGTTITSEVVWNELTANEGATGGGVSNVFPLPTWQAKSNVPKPTVAAGGRGVPDVSGNADPSTGYTVRVDGSTFPIGGTSAVAPLWAGLIALCNAQNKTTAGFINPALYAAAAAKSFRDITSGNNGGFKAGPGWDACTGLGSPIGTAIAKTLAPATKSTSKTAVKNAPEIRFRPHKKAPTKTAAKTPALRRLK(SEQ ID NO:86)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基118がVまたはDである;(ii)AA残基250がKまたはGである;(iii)AA残基279がDである;(iv)AA残基280がSである;(v)AA残基281がA、T、またはNである;(vi)AA残基307がSである;(vii)AA残基342がSまたはNである;(viii)AA残基345がAである;(ix)AA残基346がNまたはGである;(x)AA残基349がQまたはDである;そして(xi)AA残基356がSまたはHである);
相同体19
MPTSSRFASQSRVPLPGSERKPFVPAGAPKAAKTPKVSTAVKTVPATGRIRVSLIVPPKQPLDTKRLGKLDARLSRAQFAARHGADPASVRLVKAFAKEFGLTVEPITQPGRCTVQLSGT(C/V/D)AAMRKAFAISLVEHTTEQGKFRLREGEISLPAELEGHVLAVLGLDNRPQAKPHFRIAKPRATNVSYTPVQVAQMYGFPAGATATGQTIGIIELGGGYRAADLTAYFKTLGLPAPTVTAVPIDGGKNTPGNA(N/S/K/G)GADGEVMLDIEVCAAVAQGAKIAVYFTT(N/D)(T/S)(D/A/T/N)QGFIDAITTAVHDSTNKPSVISISW(G//S)GPESSWTEQSMTALDAACQAAAAVGVTITVAAGD(N/S)GS(S/T/S)(D/N/G)GA(S/Q/D)GDNV(D/S/H)FPASSPHVLACGGTKLVGSGSTITSEVVWDETSNDEGATGGGVSTVFALPTWQKNANVPSPTTSAGGRGVPDVSGDADPSTGYTIRVDSETTVIGGTSAVAPLWAGLIALANAQNKVAAGFVNPALYAAGAKKAFRDITQGNNGSFSAGPGWDACTGLGSPVGNLVIQAVAPKSTTTKKAKKGKTK(SEQ ID NO:87)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基121がVまたはDである;(ii)AA残基253がS、KまたはGである;(iii)AA残基282がDである;(iv)AA残基283がSである;(v)AA残基284がA、T、またはNである;(vi)AA残基310がSである;(vii)AA残基345がSである;(viii)AA残基348がTまたはAである;(ix)AA残基349がNまたはGである;(x)AA残基352がQまたはDである;そして(xi)AA残基357がSまたはHである);
相同体26
MHSYLKQQSHMQSYLEQENHMRSYLEMRKKPYFDDLANIRPGGLTPAQVCQAYQFAKVQPVRPVKLGIVSLAGQYLSSDMSKAFTGYGLPTPVVSTAGSQVLGDLWSNVE(N/S/K/G)MMDIEIAGAAWAYATGTAATLLMQFEP(N/D)(N/T/S)(E/D/A/T/N)TGIPNAINALVAAGCEVISISW(G/S)APANLQTMEAITARKEACKQAAVQNVHVFAASGD(E/S/N)SL(N/T/A)(D/N/G)(G/Q/D)TNSRTP(D/S/H)DPCCDPNVWGVGGTRLVLQADGSIAQESAWGDGNAADKGGGGGFDSREPLPDYQVGVVHSEHRGSPDSSANADPGTGYAIVANGQWLIGGGTSASAPLTAGYVAAILSTLPGPISQSVLQRKLYTAHKTAFRDILLGSNGAPARPGWEEATGLGSINGPGLAAALQS(SEQ ID NO:88)
(ここで、以下のうちの1、2、3、4、5、6、7、8、9、10または11全てがあてはまる:(i)AA残基111がS、KまたはGである;(ii)AA残基139がDである;(iii)AA残基140がTまたはSである;(iv)AA残基141がD、A、T、またはNである;(v)AA残基164がSである;(vi)AA残基199がSまたはNである;(vii)AA残基202がTまたはAである;(viii)AA残基203がNまたはGである;(ix)AA残基204がQまたはDである;そして(x)AA残基211がSまたはHである)。
【0038】
該ポリペプチドは、列挙されたポリペプチドの処理された型であってもよく、本明細書で特許請求されたポリペプチドは、列挙されたポリペプチドの任意のそのような処理された型を包含する。該ポリペプチドの処理された型は、先に定義された通りである。
【0039】
一実施形態において、該単離されたポリペプチドは、相同体4、相同体6変異体、ならびに相同体13と26、またはそれらの処理された型から選択されるポリペプチドのアミノ酸配列を含む。別の実施形態において、該単離されたポリペプチドは、相同体4変異体:
MANHPLNGSERECLKDAQPIGKADPNERLEVTMLVRRRSHDAFEKHISALAAQGASAKHIDHDEFTKHFGADSADLAAVHAFAQKHGLSVVESHEARRAVVLSGTVAQFDAAFGVSLQQYEHDGGTYRGRTGPIHLPDELNGVVDAVMGLDNRPQARPSFRTRAQGNVRWTARAAGASTFTPVQLASLYDFPQGDGQNQCIGIIELGGGYRPADLKTYFASLNMKAPSVTAVSVDHGRNHPTGDPNGPDGEVMLDIEVAGAVAPGAKIVVYFAPNTDAGFIDAIGTAIHDTKNKPSVISISWSGPESAWTQQAMNAFDQAFQSAAALGVTICAASGDNGSGGGVGDGADHVHFPASSPYALGCGGTSLQASGNGIASETVWNDGANGGATGGGVSSFFALPAWQEGLRVTRAGGAHSPLAMRGVPDVAGNADPVTGYEVRVDGHDMVIGGTSAVAPLWAGLIARINAIKGAPVGYINPHLYKDPLALVDITKGNNDDFHATAGWDACTGLGRPDGKKVKDAVS(SEQ ID NO:89)、またはその処理された型のアミノ酸配列を含む。
【0040】
本明細書に開示されたポリペプチドは、ほとんどのセリアックスプルー患者の免疫反応の大部分を担うと考えられる「グリアジン」として知られるグルテンのプロリン(P)−およびグルタミン(Q)−リッチ成分を加水分解する際に、クマモリシン−関連ペプチドに比較して類似の活性、改善された活性および補足的な活性を有すると同定されている。本発明者によりテストされた他の数多くのクマモリシン相同体は、そのようなグリアジン加水分解活性をほとんど、または全く有さなかった。つまり該ポリペプチドは、セリアックスプルーを処置するのに用いることができる。本発明のこの態様のポリペプチドは、様々なpHでグリアジンを分解する。そのような分解は、以下の実施例に開示された条件下で起こる。
【0041】
本出願全体で用いられる用語「ポリペプチド」は、天然由来か、または合成起源かにかかわらず、サブユニットアミノ酸の配列を指すために最も広い意味で用いられている。本発明のポリペプチドは、L−アミノ酸、D−アミノ酸(インビボではL−アミノ酸特異性プロテアーゼに対して耐性がある)、またはD−アミノ酸とL−アミノ酸の組み合わせを含み得る。本明細書に記載されたポリペプチドは、化学合成されていても、または組換え技術で発現されてもよい。該ポリペプチドは、PEG化、HES化、PAS化、またはグリコシル化などによりインビボでの半減期延長を促進するために他の化合物と連結されてもよい。そのような連結は、当業者に理解される通り、共有結合または非共有結合であり得る。該ポリペプチドは、非限定的に精製または検出に用いられ得る任意リンカー(FLAGまたはHisタグなど)をはじめとする、任意の他の適切なリンカーに連結され得る。
【0042】
さらなる態様において、本発明は、
(a)SEQ ID NO:74〜89、95、97〜99および102〜111、またはそれらの処理された型からなる群から選択されるポリペプチドのアミノ酸配列を含む1つまたは複数のポリペプチドと;
(b)1つまたは複数のさらなるポリペプチドであって、
(A)SEQ ID NO:35のアミノ酸配列と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または100%同一であり、
(i)該ポリペプチドがpH4でPQPQLP(SEQ ID NO:34)ペプチドを分解し;そして
(ii)残基278がSerであり、残基78がGluであり、残基82がAspである、
アミノ酸配列;および
(B)SEQ ID NO:1のアミノ酸配列と少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または100%同一であり、
(i)該ポリペプチドがpH4でPQPQLP(SEQ ID NO:34)ペプチドを分解し;そして
(ii)残基467がSerであり、残基267がGluであり、残基271がAspである、
アミノ酸配列
からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、該1つまたは複数のさらなるポリペプチドと、
を含む組成物を提供する。
【0043】
該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、先に記載されたいずれであってもよい。例えば該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、SEQ ID NO:2〜33または36〜67、あるいは2〜32または36〜66の任意の1つと少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、または100%同一のアミノ酸配列を含んでいても、または該アミノ酸配列からなってもよい。別の実施形態において、該1つまたは複数のさらなるポリペプチドは、KumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)またはその処理された型を含む、またはそれらからなる。
【0044】
一実施形態において、該組成物は、相同体:4(SEQ ID NO:75または98)もしくは全長変異型相同体4(SEQ ID NO:89)、またはそれらの処理された型を、非限定的にKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)またはその処理された型をはじめとする本明細書に開示されたさらなるポリペプチドの1つまたは複数と共に含む。別の実施形態において、該組成物は、SEQ ID NO:74、SEQ ID NO:77、および/もしくはSEQ ID NO:78 (相同体1、相同体6、および/または相同体6変異体)、またはそれらの処理された型を、非限定的にKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)またはその処理された型をはじめとする本明細書に開示されたさらなるポリペプチドの1つまたは複数と共に含む。更なる実施形態において、該方法は、SEQ ID NO:88および/もしくは111 (相同体26)、またはそれらの処理された型を、非限定的にKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)またはその処理された型をはじめとする1つまたは複数のさらなるポリペプチドと共に投与することを含む。
【0045】
別の態様において、本発明は、本発明の任意の態様または実施形態のポリペプチドをコードする単離された核酸を提供する。該単離された核酸の配列は、RNAまたはDNAを含み得る。本明細書で用いられる「単離された核酸」は、ゲノムまたはcDNA配列内の正常な周囲の核酸配列から取り出された核酸である。そのような単離された核酸配列は、非限定的にポリA配列、修飾コザック配列、ならびにエピトープタグ、移行シグナル、分泌シグナル、核局在化シグナルおよび形質膜局在化シグナルをコードする配列をはじめとする、コードされたタンパク質の発現および/または精製を促進するのに有用な追加の配列を含み得る。本明細書の技術に基づけば、どの核酸配列が本発明のポリペプチドをコードするかが、当業者に認識されよう。
【0046】
さらなる態様において、本発明は、適切な制御配列に動作可能に連結された本発明の任意の実施形態の単離された核酸を含む核酸発現ベクターを提供する。「組換え発現ベクター」は、核酸をコードする領域または遺伝子を、遺伝子産物の発現を実行することが可能な任意の制御配列に動作可能に連結するベクターを包含する。本発明の核酸配列に動作可能に連結された「制御配列」は、核酸分子の発現を実行することが可能な核酸配列である。制御配列は、その発現を誘導するよう機能する限りにおいては、該核酸配列に隣接している必要はない。つまり、例えば介在する非翻訳であるが転写された配列が、プロモータ配列と核酸配列の間に存在してもよく、それでもプロモータ配列は、コード配列に「動作可能に連結されている」と見なすことができる。他のそのような制御配列としては、ポリアデニル化シグナル、終結シグナル、およびリボソーム結合部位が挙げられるが、これらに限定されない。そのような発現ベクターは、非限定的にプラスミドおよびウイルスに基づく発現ベクターなど、当該技術分野で知られる任意の型であってもよい。哺乳動物系で開示された核酸配列の発現を駆動するのに用いられる制御配列は、構成性(非限定的にCMV、SV40、RSV、アクチン、EFをはじめとする様々なプロモータのいずれかにより駆動される)または誘導性(非限定的にテトラサイクリン、エクジソン、ステロイド反応性をはじめとする複数の誘導性プロモータにいずれかにより駆動される)であり得る。原核細胞をトランスフェクトするのに用いられる発現ベクターの構成もまた、当該技術分野で周知であり、つまり標準的技術により完遂することができる(例えば、Sambrook, Fritsch, and Maniatis: Molecular Cloning, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989; Gene Transfer and Expression Protocols, pp. 109−128, ed. E.J. Murray, The Humana Press Inc., Clifton, N.J、およびthe Ambion 1998 Catalog(Ambion, Austin, TX)参照)。該発現ベクターは、エピソームとして、または宿主染色体DNAへの取り込みにより、宿主生物体において複製可能でなければならない。好ましい実施形態において、該発現ベクターは、プラスミドを含む。しかし本発明は、ウイルスベクターなどの同等な機能を示す他の発現ベクターを含むものとする。
【0047】
別の態様において、本発明は、本発明の核酸発現ベクターを含む組換え宿主細胞を提供する。該宿主細胞は、原核細胞または真核細胞のいずれかであり得る。該細胞は、一過性に、または安定してトランスフェクトまたは形質導入され得る。原核細胞および真核細胞への発現ベクターのそのようなトランスフェクションおよび形質導入は、非限定的に標準的な細菌形質転換、リン酸カルシウム共沈法、電気穿孔法、またはリポソームによるトランスフェクション、DEAEデキストランによるトランスフェクション、ポリカチオンによるトランスフェクション、もしくはウイルスによるトランスフェクションなど、当該技術分野で知られる任意の技術により完遂することができる(例えば、Molecular Cloning: A Laboratory Manual (Sambrook, et al., 1989, Cold Spring Harbor Laboratory Press; Culture of Animal Cells: A Manual of Basic Technique, 2
nd Ed. (R.I. Freshney. 1987. Liss, Inc. New York, NY)参照)。本発明によるポリペプチドを製造する方法は、本発明の追加的部分である。該方法は、(a)該ポリペプチドの発現に誘導的な条件下で本発明のこの態様による宿主を培養するステップと、(b)場合により該発現されたポリペプチドを回収するステップと、を含む。該発現されたポリペプチドは、無細胞抽出物、細胞ペレット、または培地から回収することができる。組換え技術で発現されたポリペプチドを精製する方法は、当業者に周知である。
【0048】
さらなる態様において、本発明は、該ポリペプチド、核酸、核酸発現ベクター、該組換え宿主細胞、または本発明の任意の態様もしくは実施形態の組成物を、医薬的に許容し得る担体と共に含む医薬組成物を提供する。本発明の医薬組成物は、例えば以下に記載された本発明の方法において、用いることができる。該医薬組成物は、本発明のポリペプチド、核酸などに加えて、(a)凍結乾燥防止剤(lyoprotectant);(b)界面活性剤;(d)増量剤;(d)等張化剤;(e)安定化剤;(f)防腐剤および/または(h)緩衝剤を含み得る。
【0049】
幾つかの実施形態において、該医薬組成物中の緩衝剤は、トリス緩衝剤、ヒスチジン緩衝剤、リン酸塩緩衝剤、クエン酸塩緩衝剤または酢酸塩緩衝剤である。該医薬組成物は、凍結乾燥防止剤、例えばスクロース、ソルビトールまたはトレハロースも含み得る。特定の実施形態において、該医薬組成物は、防腐剤、例えば塩化ベンザルコニウム、ベンゼトニウム、クロロヘキシジン、フェノール、m−クレゾール、ベンジルアルコール、メチルパラベン、プロピルパラベン、クロロブタノール、o−クレゾール、p−クレゾール、クロロクレゾール、硝酸フェニル水銀、チメロサール、安息香酸、およびそれらの様々な混合物を含む。別の実施形態において、該医薬組成物は、グリシンのような増量剤を含む。さらに別の実施形態において、該医薬組成物は、界面活性剤、例えばポリソルベート−20、ポリソルベート−40、ポリソルベート−60、ポリソルベート−65、ポリソルベート−80、ポリソルベート−85、ポロキサマー−188、モノラウリン酸ソルビタン、モノパルミチン酸ソルビタン、モノステアリン酸ソルビタン、モノオレイン酸ソルビタン、トリラウリン酸ソルビタン、トリステアリン酸ソルビタン、トリオレイン酸ソルビタン、またはそれらの組み合わせを含む。該医薬組成物は、等張化剤、例えば該配合剤をヒトの血液と実質的に等張または等浸透圧にする化合物も含み得る。例示的な等張化剤としては、スクロース、ソルビトール、グリシン、メチオニン、マンニトール、デキストロース、イノシトール、塩化ナトリウム、アルギニンおよび塩酸アルギニンが挙げられる。別の実施形態において、該医薬組成物は、追加として、安定化剤、例えば該当するタンパク質と混和すると、凍結乾燥または液体形態の該当するタンパク質の化学的および/または物理的不安定性を実質的に予防または低減する分子を含む。例示的安定化剤としては、スクロース、ソルビトール、グリシン、イノシトール、塩化ナトリウム、メチオニン、アルギニン、および塩酸アルギニンが挙げられる。
【0050】
本発明のポリペプチド、核酸などは、該医薬組成物中の唯一の活性剤であってもよく、または該組成物が、意図する用途に適した1種または複数の他の活性剤をさらに含んでいてもよい。
【0051】
本明細書に記載された医薬組成物は、一般に、本明細書に記載された化合物と、医薬的に許容し得る担体、希釈剤または賦形剤との組み合わせを含む。そのような組成物は、医薬的に許容し得ない成分を実質的に含まず、即ち、本出願を出願する時点で米国の規制要件で許容されるものよりも少量の医薬的に許容し得ない成分を含有する。この態様の幾つかの実施形態において、該化合物が水に溶解または懸濁される場合、該組成物は、場合により追加の医薬的に許容し得る担体、希釈剤、または賦形剤をさらに含む。別の実施形態において、本明細書に記載された医薬組成物は、固体医薬組成物(例えば、錠剤、カプセルなど)である。
【0052】
これらの組成物は、医薬業界で周知の手法で調製することができ、任意の適切な経路で投与することができる。 好ましい実施形態において、該医薬組成物および配合剤は、経口投与用に設計されている。従来の医薬担体、水性、粉末性、または油性基剤、増粘剤などが、必要となる場合、または望ましい場合がある
【0053】
該医薬組成物は、非限定的に錠剤、丸薬、粉末、トローチ剤、サシェ剤、カシェ剤、エリキシル、懸濁剤、エマルジョン、溶液、シロップ、エアロゾル(固体として、または液体媒体中の)、例えば最大10重量%の活性化合物を含有する軟膏、軟および硬ゼラチンカプセル、滅菌注射可能溶液、ならびに滅菌包装粉末をはじめとする、任意の適切な形態であり得る。
【0054】
実施例
セリアック病は、人口のおよそ1%が罹患する自己免疫障害である(1、2)。この疾患は、小麦粉中の主要タンパク質であるグルテンへの、そして大麦およびライ麦中の関連タンパク質への炎症反応を特徴とする(2)。グルテンは、糖タンパク質グリアジンとグルテニンとの不均一混合物で構成される(3)。摂取する際に、α−グリアジンが、胃および腸内プロテアーゼにより一部がオリゴペプチドに分解されるが、それは通常、高いプロリンおよびグルタミン含量であるためさらなるタンパク質分解に抵抗する(3)。不完全なタンパク質分解から生じる免疫原性オリゴペプチドは、PQモチーフを多く含み(4、5)、セリアック病の人々の腸内で炎症および傷害を刺激する。現在、この疾患の唯一の処置は、食事からグルテンを完全に排除することであるが、現代の食物製品にはこのタンパク質が遍在することから、実現が困難である(6)。
【0055】
免疫原性ペプチドが炎症の惹起を可能にする前に、経口投与されたプロテアーゼを用いて免疫原性ペプチドを加水分解する経口酵素療法(OET)が、現在、グルテン不耐性の処置として模索されつつある。この目的で、プロリンまたはグルタミン残基のいずれかの後の切断特異性により、複数の異なるプロテアーゼが考慮された。しかしこれらの酵素は多くの場合、グルテン分解のためのOETにおける使用を妨害する特性を示す。これらのペプチダーゼのほとんどが、中性pHで最適な触媒活性を示すが、ヒトの胃のpHは、2〜4の範囲内である。それゆえこれらの酵素は、pHが中性の小腸に到達すると最大活性になるが、ここはグルテン由来の病気が発生する部位であるため、セリアック病を効果的に予防するには遅すぎる。加えて、これらの酵素の複数は、ヒトの胃の低pHにおいて不安定性を示すか、消化プロテアーゼによるタンパク質分解を受けやすいか、または精製の間に大規模なリフォールディング手順が必要になり、これらの全てが臨床使用のための労作を妨げる特性となる。
【0056】
グルテン不耐性の処置においてOETを適用するための理想的なプロテアーゼは、以下の特徴を組み合わせることになろう:低pHでの最適な活性、容易な精製、ヒトの胃の条件下での安定性、およびグルテン由来の免疫原性オリゴペプチド中に見出されるアミノ酸モチーフへの高い特異性。本発明者らは、過去に、酸性条件で高活性であるプロテアーゼ、つまり好酸性菌アリシクロバチルス・センダイエンシス由来のクマモリシン−As(KumaWT)を同定し、算定モデリングツールを用いて所望のオリゴペプチド特異性に向けて遺伝子操作した。KumaMax(商標)と称される例示的な算定設計された酵素は、野生型KumaWTに比較して100倍を超えて高いタンパク質分解活性および800倍の標的PQモチーフへの基質特異性変換を示した。加えて、KumaMax(商標)は、一般的な胃内プロテアーゼに耐性を示し、リフォールディングを必要とせずに大腸菌内で高収率で生成される。過去に設計されたタンパク質を、PQLP(SEQ ID NO:68)ペプチドへの触媒活性について評価し、例示的結果を表2に示している。
【表2】
表2.野生型クマモリシン−Asに対する、全ての精製および配列決定された変異体のPQモチーフへの加水分解活性の倍率変化。これらは、精製され、配列決定されて、純粋なタンパク質アッセイで野生型クマモリシンに対してテストされた全ての変異体についての倍率変化の結果である。アッセイは、pH4、酵素の最終濃度0.0125mg/mL、および基質濃度5μMで実施された。
【0057】
本試験において、本発明者らは、グリアジンタンパク質を分解する際の活性について、非常に様々な生物体から得られた多数のクマモリシン相同体をテストした。それらは、クマモリシン−As中に存在する触媒三残基(クマモリシン−As前処理型ではSer
467−Glu
267−Asp
271)を共有する。これらの相同体がグルテンを標的とする相対的能力を評価するために、精製された相同体を、セリアック患者の問題となるグルテン分画であるグリアジン全体の免疫原性領域を表す精製ペプチドを含むタンパク質と共にインキュベートした。
【0058】
相同体を、検査室での模擬的胃内条件(NaOAc緩衝液、37℃でpH4.0)でフルオロフォアおよびクエンチャーにコンジュゲートされたグリアジンの蛍光類似体、つまりヘキサペプチド(QPQLPY(SEQ ID NO:91))を分解する能力について評価した。分解速度は、経時的な蛍光シグナル測定から計算することができる。その活性を、クマモリシン(以後、KWTと表示)の活性に比較した。クマモリシンは、これらのグリアジン基質を分解する若干の活性を有する。例示的結果を
図1に示す。注目され得る通り、テストされた相同体(1、2、4、8および9)の一部のみが、これらの条件下でクマモリシンと同等、またはクマモリシンよりも良好な活性を有した。
【0059】
更なる試験において、pHレベルを変動させ、該相同体を異なるpHレベルでの活性についてテストした。データを
図2に示す。テストされた相同体のほとんどが、クマモリシン(以後「WT」と表す)およびKumaMax(商標)(「Max」と表す)の両方のpH範囲内で活性を示した。興味深いこととして、相同体のうちの2種が、クマモリシンに比較して広いpH範囲を有した。相同体1は、pH5まで最適な活性となり、相同体6は、他の相同体およびクマモリシン/KumaMaxよりも低いpHレベルで最適な活性を示しており、pH4で実施された蛍光実験においてこの相同体で活性が全く認められない原因が説明された。このことから、例えばクマモリシン関連ポリペプチドのpHプロファイルを拡張して胃内のpH条件をより近く再現するために、相同体1および6を用い得ることが示される。
【0060】
本発明者らは、セリアック病に関連づけられた異なる非蛍光標識ペプチドを分解するこれらの相同体の能力をさらにテストした。結果を表3に示しており、+および−は、示されたペプチドを分解する相同体の能力の視覚的表示を表す:−<+/−<++/−<+<++<+++<++++。数値は、80分間のインキュベーション後に相同体により分解されたペプチドの%率であり(つまり数値が小さい程、相同体が効果的)、(未検出)は、ペプチドが80分後に検出限界未満になったことを意味する。
【0061】
理解され得る通り、クマモリシンおよびKumaMax(商標)は、γ−グリアジンペプチドに対してかなり低いレベルの活性を有したが、相同体4は、このペプチドに対して高い活性を有し、相同体4が単独で、またはクマモリシン関連ポリペプチドとの併用療法で、グルテン消化の効果的治療となり得ることが示唆される。
【表3】
【0062】
これらは、配列同一性%率が低いクマモリシン相同体であるため、本発明者らは、KumaMaxを作製するためにクマモリシンに施すのと同じ変異を相同体内で施した。本発明者らは、胃内のグルテン分解産物であり、セリアック病に特異的に関係づけられた2種のペプチド:33量体ペプチド(LQLQPFPQPQLPYPQPQLPYPQPQLPYPQPQPF(SEQ ID NO:72))および26量体ペプチド(FLQPQQPFPQQPQQPYPQQPQQPFPQ(SEQ ID NO:73))に対するこれらの相同体の活性をテストした。特に、33量体ペプチドは、セリアック病に強く関連づけられている。加えて、相同体中のKumaMax(商標)変異は、クマモリシンのバックグランドでこれら3活性部位の変異を単独で作製することを本発明者らに発案させた(KumaMax(商標)がクマモリシンからの合計7つの変異を含むが、3つだけが活性部位内にあることに注意)。これらの活性部位変異のみを含むこの変異体を、以後、K3変異体と呼ぶ。データを表4および
図3に示す。本発明者らは、これらの複数の相同体がこれらの非常に重要な2つのペプチドへの活性を示すこと、および興味深いこととして相同体4(SEQ ID NO:75)においてKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)変異が両方のペプチドへの活性を上昇させることを見出し、事実、相同体4の変異体(SEQ ID NO:89)は、KumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)を含む、以下に示された実験でテストされた全体的に最良の酵素である。このことから、K3変異体がKumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)と組み合わせてより強力な治療薬を作製し得ることも示される。(NA=活性なし)。
【表4】
【0063】
クマモリシンの追加的相同体を使用して、更なる試験を実施した。これらの相同体の一部(相同体13および26)が、33量体ペプチドに対して有意な活性を示した(
図4参照)。特に野生型形態の相同体26は、33量体ペプチドを分解することにおいてKumaMax(商標)と同等の非常に強力な活性を有した。
【0064】
その後、本発明者らは、60分間インキュベート後のHPLCによる消化された33量体のプロファイルに注目したところ、1つよりも多い場所で33量体が分解されることで顕著な治療利益がもたらされる。野生型クマモリシンは、1つの場所のみで33量体を分解するが(WT様)、KumaMax(商標)は、複数の場所で33量体を分解する(Max様)。データを表5に示す。
【表5】
【0065】
データの全体的概要は、相同体4(SEQ ID NO:75)ならびに相同体4変異体(SEQ ID NO:89)、13および26をはじめとする複数の相同体が、セリアック病を処置するための治療薬として用いられ得る、ということである。相同体26(SEQ ID NO:88)は、KumaMax(商標)(SEQ ID NO:90)とほぼ同程度の強度であり、これは任意の遺伝子操作を含まず、相同体4は、KumaMax(商標)に施された変異による活性の上昇を示した。さらにこれらの相同体(特に相同体6(相同体6変異体を含む)および相同体1)のpHプロファイルから、これらの相同体が単独または併用でヒトの胃における治療有効性のpH範囲を拡大し得ることが示唆される。
【0066】
方法
タンパク質の発現および精製
pET29bプラスミド内に含まれる該当する各タンパク質をコードする遺伝子を、大腸菌BL21(DE3)細胞に形質転換した。個々のコロニーを選別し、50μg/μLカナマイシンを含むTerrific Broth(商標)(TB+Kan)に接種して、37℃で一夜インキュベートした。一夜培養物500μLを、自己誘導培地500mL(トリプトン5g、酵母エキス2.5g、ddH
2O 465mL)に添加して、37℃でおよそ4時間振とうし、その後、自己誘導成分(MgSO
4 500μL、1000×微量金属500μL、20×NPS 25mL、20×5052 10mL、50mg/mLカナマイシン 500μL)を添加した。その後、培養物を18℃で30分間浸透した後、遠沈させた。ペレットを1×PBS 10mLに再懸濁し、その後、溶解緩衝液(50mM HEPES、500mM NaCl、1mM bME、2mg/mLリソザイム、0.2mg/mL DNase、ddH
2O)5mLと共に音波処理して溶解し、遠沈させた。その後、該タンパク質をTALONコバルトアフィニティーカラムで精製した。KumaMax、KumaWT、およびSC Pepを洗浄緩衝液(10mMイミダゾール、50mM HEPES、500mM NaCl、1mM bME、ddH
2O)20mLで3回洗浄し、その後、溶離緩衝液(200mMイミダゾール、50mM HEPES、500mM NaCl、1mM bME、)15mLで溶出させた。EP−B2をカラムでリフォールディングしなければならず、そのため溶解後に、ddH
2Oの代わりに塩酸グアニジンに希釈さしてEp−B2封入体の変性を可能にすることだけが洗浄緩衝液と異なるEP−B2緩衝液10mLで、ペレットを再懸濁させた。この再懸濁物をペレット化し、上清(変性したEP−B2を含む)を0.8μmフィルターでカラム上にろ過した。EP−B2をEP−B2緩衝液20mLで1回洗浄した後、洗浄緩衝液20mLで2回洗浄してカラム上のタンパク質をリフォールディングさせた。タンパク質を溶離緩衝液15mLで溶出させた。タンパク質は全て、15mLから約500μLに濃縮し、その後、透析緩衝液(20%グリセロール、50mM HEPES、500mM NaCl、1mM bME)1Lで1回透析した。吸光係数をKumaWTおよびKumaWT変異体では53,985M
−1cm
−1、SC Pepでは152,290M
−1cm
−1、およびEP−B2では58,245M
−1cm
−1として、タンパク質濃度を分光光度測定で計算した。
【0067】
精製された酵素のアッセイ
活性スクリーンにおいてFQ基質での最大活性を示したクマモリシン−Asの変異体を配列決定し、その後、小規模で精製した。TB+Kan一夜培養物500μLをTB+Kan 50mLに添加し、光学濃度0.5〜0.8に達するまで37℃で発育させた。IPTGを0.5mMになるように添加し、培養物を22℃で16〜24時間発現させた。細胞を遠沈させ、洗浄緩衝液(1×PBS、5mMイミダゾール、ddH
2O)500μLに再懸濁させ、2mLエッペンドルフ管に移し替えて、溶解緩衝液(1×PBS、5mMイミダゾール、2×Bug Buster(商標)、2mg/mLリソザイム、0.2mg/mL DNase、ddH
2O)1mLに溶解させた。遠心分離後、上清を新しい管にデカントした。TALONコバルト樹脂200μLを含むカラムをエッペンドルフ管に入れて、上清をカラムに注ぎ、20分間揺すった後、遠沈させ、透過分画を廃棄した。タンパク質を洗浄緩衝液500μLで3回洗浄して、洗浄と洗浄の間に透過分画を廃棄した。酵素を溶離緩衝液(1×PBS、200mMイミダゾール、ddH
2O)200μLで溶出させ、吸光係数53,985M
−1cm
−1を利用して濃度を分光光度測定で計算した。
【0068】
アッセイでは、クマモリシン−As変異体をpH4の100mM酢酸ナトリウム緩衝液中で15分間インキュベートした。酵素を5μM基質に添加して、最終的なタンパク質濃度を0.0125mg/mLにした。蛍光を30秒間隔で1時間測定した。
【0069】
反応速度論的特性
グルテン分解のための酵素変異体の性質を、基質としての、蛍光クエンチα−グリアジンヘキサペプチド類似体QXL520−PQPQLP−K(5−FAM)−NH2(FQ)(SEQ ID NO:69)の加水分解により測定した。各酵素を100mM pH4酢酸ナトリウム緩衝液中、室温で15分間インキュベートした。15分後、蛍光基質50μLを100、50、25、12.5、6.25、および0μMペプチドの最終濃度範囲で添加して、全ての基質濃度範囲で0.05μM KumaMax(商標)、0.5μM KumaWT、0.5μM SC Pep、および0.5μM EP−B2の濃度を維持した。直後に、励起波長455nmを用い、発光波長485nmを測定して、プレートを分光光度法により1時間測定した。
【0070】
該酵素は、異なるジペプチドモチーフへの特異性についても、加水分解時にp−ニトロアニリン(pNA)を放出する様々な発色性基質:[Suc−APQ−pNA]、[Suc−AQP−pNA]、[Suc−APE−pNA]、および[Suc−APR−pNA]を用いてテストした。同じく、各酵素を100mMpH4酢酸ナトリウム緩衝液中、室温で15分間インキュベートした。15分後、基質20μLを酵素インキュベーション物に添加して、基質の最終濃度を1000、500、250、125、62.5、31.25、15.625、および0μMの範囲内にして、テストされている酵素全てを0.5μMの濃度で終了させた。直後に、プレートを分光光度法により1時間測定して、385nmでの反応により吸収をモニタリングした。
【0071】
蛍光ペプチドの標準曲線には、pH4緩衝液中、様々な濃度で基質と生成物を互いに混合することが含まれた。基質濃度は、100、50、25、12.5、6.25および0μMであり、生成物の濃度は、20、5、1.25、0.3125、0.078125、0μMであった。
【0072】
吸収性ペプチドの標準曲線には、pH4緩衝液で希釈された生成物濃度100、50、25、12.5、6.25、3.125、1.5625、0.78125、0.390625、0.1953125、0.09765625、および0μMが含まれた。
【0073】
プロテアーゼの安定性
酵素の安定性を、消化プロテアーゼであるペプシンおよびトリプシンの存在下で計測した。KumaWT、KumaMax(商標)、SC Pep、およびEP−B2を、各消化プロテアーゼの本来のpH環境に適合する緩衝液中でインキュベートした。pH3.5 100mM酢酸ナトリウムを用いて、ペプシン消化アッセイでは該酵素をプレインキュベートし、トリプシン消化アッセイではpH7.5透析緩衝液(「タンパク質の発現および精製」参照)をプレインキュベートした。各実験酵素は、各緩衝液中、0.2mg/mLの濃度で37℃で15分間インキュベートした。
【0074】
適切な緩衝液中でプレインキュベートした後、0.1mg/mL消化プロテアーゼを添加した。反応は三重測定で実施し、37℃で30分間インキュベートした。SDSを添加し、5分間煮沸することで、消化プロテアーゼの不活化を確実にした。SDS−PAGEゲルにより、ImageJを用いた酵素分解の定量が可能になった。
【0075】
タンパク質自己分解の速度を、ペプシンまたはトリプシンの非存在下、pH4および7.5で計測した。0.2mg/mLの濃度の各酵素を、100mM pH4酢酸ナトリウム緩衝液およびpH7.5透析緩衝液中でインキュベートした。20、40および60分後を、タイムポイントとした。SDSを添加して、アリコットを5分間煮沸して、酵素の変性およびさらなる自己タンパク質分解の阻害を確実にした。同じくImageJを用いたSDS−PAGEゲルにより、酵素の自己タンパク質分解の定量を可能にした。
【0076】
LCMSグリアジン分解アッセイ
全長α9−グリアジンへの酵素活性を、高速液体クロマトグラフィー−質量分析法を利用して測定した。各酵素については、1M pH4酢酸ナトリウム緩衝液7μLを5μM酵素28μLに添加して、グリアジン3μLの別個の試験管と並べて37℃で15分間インキュベートした。次に、各酵素混合物27μL、および対照としての透析緩衝液27μLを、グリアジンの各試験管に添加した。これらを37℃でもう一度インキュベートし、試料5μLを10、20、30、40、および50分目に採取した。各タイムポイントの試料を、1%ギ酸およびおよそ33μMロイペプチンを含む80%アセトニトリル95μL中でクエンチした。試料をHPLCで分析して、異なるプロテアーゼによるグリアジン分解を経時的に比較した。
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