特許 6788586 ＨＮＬを用いる診断方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】6788586

(24)【登録日】2020年11月4日

(45)【発行日】2020年11月25日

(54)【発明の名称】ＨＮＬを用いる診断方法

(51)【国際特許分類】

   C07K 16/18 20060101AFI20201116BHJP

   G01N 33/53 20060101ALI20201116BHJP

   G01N 33/569 20060101ALI20201116BHJP

   C12P 21/08 20060101ALN20201116BHJP

   C12N 15/13 20060101ALN20201116BHJP

【ＦＩ】

   C07K16/18ZNA

   G01N33/53 D

   G01N33/569 B

   G01N33/53 K

   !C12P21/08

   !C12N15/13

【請求項の数】3

【全頁数】82

(21)【出願番号】特願2017-526552(P2017-526552)

(86)(22)【出願日】2015年11月19日

(65)【公表番号】特表2017-536361(P2017-536361A)

(43)【公表日】2017年12月7日

(86)【国際出願番号】EP2015077045

(87)【国際公開番号】WO2016079219

(87)【国際公開日】20160526

【審査請求日】2018年11月16日

(31)【優先権主張番号】14193886.0

(32)【優先日】2014年11月19日

(33)【優先権主張国】EP

【前置審査】

(73)【特許権者】

【識別番号】590000248

【氏名又は名称】コーニンクレッカ フィリップス エヌ ヴェ

【氏名又は名称原語表記】ＫＯＮＩＮＫＬＩＪＫＥ ＰＨＩＬＩＰＳ Ｎ．Ｖ．

(74)【代理人】

【識別番号】100107766

【弁理士】

【氏名又は名称】伊東 忠重

(74)【代理人】

【識別番号】100070150

【弁理士】

【氏名又は名称】伊東 忠彦

(74)【代理人】

【識別番号】100091214

【弁理士】

【氏名又は名称】大貫 進介

(72)【発明者】

【氏名】ファン ロースマーレン，マルキュス ヘンドリキュス

(72)【発明者】

【氏名】セミョーノフ，ヴェロニク

(72)【発明者】

【氏名】ニーウェンハイス，イェルーン ハンス

(72)【発明者】

【氏名】ヴェンゲ，ペール

【審査官】 池上 京子

(56)【参考文献】

【文献】 米国特許出願公開第２００４／０１１５７２８（ＵＳ，Ａ１）

【文献】 特表２０１１−５０１６７３（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特表２０１５−５１０１２２（ＪＰ，Ａ）

【文献】 特表２０１２−５０３２０５（ＪＰ，Ａ）

【文献】 Biopolymers，vol.93, no.7，p.657-667

【文献】 Biochimica et Biophysica Acta，２０００年，vol.1482，p.298-307

(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）

Ｃ０７Ｋ １６／００−１６／４６

Ｃ１２Ｎ １５／００−１５／９０

ＣＡｐｌｕｓ／ＲＥＧＩＳＴＲＹ／ＭＥＤＬＩＮＥ／ＥＭＢＡＳＥ／ＢＩＯＳＩＳ（ＳＴＮ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

ヒト好中球リポカリン（ＨＮＬ）のポリペプチドエピトープと特異的に結合するように構成された結合剤であって、
前記ポリペプチドエピトープが、当該結合剤が結合する配列番号１で定義されるＨＮＬのアミノ酸１４１〜１５６を含み、
当該結合剤が、配列番号８〜１３、１４〜１９、及び２０〜２５で示される少なくとも１、２、３、４、５、又は６つのエピトープ結合アミノ酸配列領域を含み、
結合親和性が、配列番号８〜１３、１４〜１９、及び２０〜２５で示されるエピトープ結合アミノ酸配列領域で達成される結合特異性と比較して、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、１００％又はそれより高く、
当該結合剤が、軽鎖可変領域が配列番号２で示される配列を有し、重鎖可変領域が配列番号３で示される配列を有するモノクローナル抗体、軽鎖可変領域が配列番号４で示される配列を有し、重鎖可変領域が配列番号５で示される配列を有するモノクローナル抗体、軽鎖可変領域が配列番号６で示される配列を有し、重鎖可変領域が配列番号７で示される配列を有するモノクローナル抗体から選択され、且つ、配列番号８〜１３、１４〜１９、及び２０〜２５で示されるようなＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２若しくはＣＤＲＬ３のうちいずれか１、２、３、４、５又は６つを保持する、結合剤。

【請求項2】

請求項１に記載の結合剤を含む、診断用組成物。

【請求項3】

請求項１に記載の結合剤、場合により、使用説明書、緩衝液及び血液、血漿、血清、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）、骨髄、唾液若しくは痰試料分析用デバイス、を含む、診断用キット。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、細菌感染症の検出手段及び方法、ウイルス感染症と細菌感染症とを判別する(detection)方法、後の処置及びさらなる診断のために患者を層別化する(stratifying)方法、並びに抗生物質治療をモニターする方法に関する。本発明は、特異的結合剤(specific binding agents)を使用するヒト好中球リポカリン（human neutrophil lipocalin,ＨＮＬ）の特異的エピトープの検出に基づく。

【背景技術】

【0002】

一般的な感染性疾患を処置する能力を脅かし、結果として最近まで普通の人生を継続することができた個体(individuals)が死亡したり身体障害になったりする新たな抗生物質耐性メカニズムが出現し、世界中に広まっている。有効な抗感染処置をしなければ、多くの標準的処置は失敗するか、又は非常に高リスクの手技に移行することになる（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｗｈｏ．ｉｎｔ／ｍｅｄｉａｃｅｎｔｒｅ／ｆａｃｔｓｈｅｅｔｓ／ｆｓｌ９４／ｅｎ／；Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ−Ｆａｃｔ ｓｈｅｅｔ Ｎ°１９４、２０１４年４月更新）。

【0003】

２０１２年には多剤耐性結核（ＭＤＲ−ＴＢ）の新規症例が約４５０，０００件あった。広範囲薬剤耐性結核（ＸＤＲ−ＴＢ）が９２カ国で確認されている。ＭＤＲ−ＴＢには、非耐性ＴＢのものよりはるかに長く効果の低い処置過程が求められる。世界全域でよく見られる感染症（例えば、尿路感染症、肺炎、血流感染症）の原因となる細菌に抗生物質耐性（ＡＢＲ）の割合が高い。院内感染の高いパーセンテージが高耐性菌、例えば、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ａｕｒｅｕｓ）（ＭＲＳＡ）又は多剤耐性グラム陰性菌に起因する。淋病の最後手段である処置（第三世代セファロスポリン）に対する耐性に起因する処置失敗が今や１０カ国から報告されている。ワクチンも新たな薬物も開発されていないため、淋病はすぐに処置できなくなる可能性がある。薬剤耐性菌に起因する感染症を有する患者は、一般に、非耐性の同じ細菌に感染した患者より、臨床転帰不良及び死亡のリスクが高く、多くの医療資源を消費する。

【0004】

一例として、病院で処置される一般的な耐性菌に起因する重篤感染症を有する患者の死亡率は、同じ非耐性菌に起因する感染症を有する患者の死亡率の約２倍でありうる。例えば、地域社会及び病院におけるもう１つの一般的な重篤感染症源であるＭＲＳＡを有する人は、非耐性型のその感染症の人より死亡する可能性が６４％高いと推定される。

【0005】

様々な行動様式がＡＭＲの発生に有利に働く。例えば、抗生物質は、動物育種及び畜産業において予防のために、例えば、体重増加を増進するために広範に使用されている。これは、これらの動物における耐性菌の発生、これらの動物と共に作業する人間への又は罹患した動物若しくは農場からの製品を購入及び使用する消費者への耐性菌の伝播を引き起こす。もう１つの問題は、家畜を取り巻く環境の汚染である。さらに、ＡＭＲの発生は、例えば、疾病の重症度に抗生物質の使用の正当性が認められないか又は疾病が細菌感染症に起因しないためにこれらの薬物を必要としない患者への、抗菌薬、例えば抗生物質の不注意な処方及び配給に起因することもある。加えて、抗生物質は、数々の国で市販薬として自由に入手できる。患者は、十分な長さの期間にわたってこれらの抗生物質を使用しないことが多く、彼らのそれぞれの疾病にとって正しい抗生物質を使用せず、又は残りの抗生物質を正しく廃棄せずに、例えばトイレに流すことによって、環境に放出する。

【0006】

細菌感染症とウイルス感染症を判別する(discriminate)必要性、及び細菌感染症が確認された患者のみに抗生物質を投与する必要性が、当分野で増している。本発明の１つの目的は、このための手段及び方法を提供することである。

【0007】

ヒト好中球リポカリン（ＨＮＬ）（別名、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（ＮＧＡＬ））は、元々はヒト好中球から単離された偏在性の糖タンパク質であり、それらの特異的顆粒内に局在する。ＨＮＬ／ＮＧＡＬは、２５ｋＤ単量体として又は４５ｋＤジスルフィド結合ホモ二量体として存在し、分子間ジスルフィド架橋によって１３５ｋＤヘテロ二量体形としてゼラチナーゼ（マトリックスメタロプロテイナーゼ９）と共有結合で結合体化している（Ｃａｉら、Ｃｌｉｎ Ｊ Ａｍ Ｓｏｃ Ｎｅｐｈｒｏｌ．２０１０年１２月；５（１２）：２２２９〜２２３５）。ＨＮＬのアミノ酸配列は、配列番号１で示され、これは、ｗｗｗ．ｕｎｉｐｒｏｔ．ｏｒｇ／ｕｎｉｐｒｏｔ／Ｐ８０１８８において見出されるタンパク質配列に対応し、特に、アイソフォーム１を指す。

【0008】

急性ウイルス感染症と急性細菌感染症の判別に関するＨＮＬの判別力(discriminatory power)は、７５〜９４％の感度(sensitivities)及び特異度(specificities)のばらつきを示した。下の方の数値は臨床状況では明らかに不十分であるので、開発の目標は、抗生物質で感染症を処置する必要性を低減させるために急性感染症の原因としての細菌を容易に除外するＨＮＬアッセイであるべきである。第２の目標は、抗生物質処置を必要とする急性感染症の容易な同定(identification)であるべきである。

【0009】

血清又は血漿中のＨＮＬ（ヒト好中球リポカリン）の測定は、ＥＰ０７５６７０８Ｂ１に開示されているように、ウイルスに起因する急性感染症と細菌に起因するものとを判別するために使用することができる。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0010】

本発明の目的は、ＨＮＬを特異的に認識する新たな結合剤を提供すること、並びにそのような結合剤の、例えば、細菌感染症の検出、患者の適切な処置の選択などに関する、方法及び使用を提供することである。

【0011】

本発明のもう１つの目的は、抗生物質治療を受けている敗血症患者のモニタリング、例えば、様々な時点で患者の試料を繰り返し検査することによる処置の効力の判定及び抗生物質中止時期の決定を助けるためのモニタリングである。

【課題を解決するための手段】

【0012】

本発明は、試料中のＨＮＬを検出するための手段及び方法を提供する。これらの手段は、結合剤、例えば、結合領域（例えば、ＣＤＲ領域）はもちろん、ＨＮＬに特異的に結合する能力も特徴とする抗体又はそれらの誘導体である。本発明の結合剤は、ＨＮＬの特異的検出に使用することができ、細菌感染症とウイルス感染症の区別を可能にする。一部の実施形態では、パラメータとしてのＨＮＬの量は、細菌感染症の同定及び／又は細菌感染症とウイルス感染症の区別に好適であり、疾患の診断、臨床転帰の予後予測、又は抗菌処置の経過のモニタリングに使用することができる。急性細菌感染症の正確な診断によって、例えば血液試料又は尿試料中の、ＨＮＬの存在又は不在又は量について試料が分析される対象への抗生物質の適切な処方が可能になる。

【0013】

本発明の実施形態では、生体試料を好中球活性化因子で前処置して、ＨＮＬの検出を向上させること及びさらに本明細書開示の方法を向上させることができる。好ましい実施形態では、好中球活性化因子は、Ｎ−ホルミルペプチド、より好ましくはトリペプチドｆＭＬＰである。さらなる実施形態では、好中球活性化因子は、プロテインＡであり、又はｆＭＬＰとプロテインＡの組合せであることもある。本発明は、好中球活性化因子がリポ多糖（ＬＰＳ）、血小板活性化因子、非メチル化ＣｐＧオリゴヌクレオチド、又は腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）であることをさらに想定している。したがって、本発明の特定の実施形態によると、好中球活性化因子は、ｆＭＬＰ、プロテインＡ、リポ多糖（ＬＰＳ）、血小板活性化因子、非メチル化ＣｐＧオリゴヌクレオチド、及び腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）からなる群から選択される要素の２つ以上についてのいずれの(any)組合せであってもよい。

【0014】

本発明の一実施形態では、ＨＮＬのアミノ酸８３〜１５４に対応するアミノ酸配列を含むポリペプチド、例えば組換え産生ポリペプチド、又はヒト血漿／血清から精製された単量体若しくは二量体ＨＮＬは、ＨＮＬを特異的に認識する結合剤の産生に使用されうる。前記ポリペプチドを使用して、動物を免疫し、抗体産生細胞を得、ハイブリドーマ細胞を産生させ、抗体を採取し、場合によってはそれらの配列を解明し、さらに場合によって組換え抗体を産生させることができ、これらの抗体をＨＮＬに特異的に結合するそれらの能力について特徴づけることができ、及びこれらの抗体を試料中のＨＮＬレベルの判定による細菌感染症の診断に使用することができる。前記抗体を本明細書において下に記載するように修飾されてよい。本発明の実施形態では、細菌及び／若しくはウイルス感染症を検出又は診断する方法、又はウイルス感染症と細菌感染症の判別を可能にする方法であって、図１に示すように内及び外縁面に露出されているＨＮＬのエピトープのアミノ酸と特異的に結合する結合剤を使用して試料中のＨＮＬレベルを測定することを特徴とし、これらのエピトープが、配列番号１で示されるＨＮＬのアミノ酸８３〜８８（好ましくはアミノ酸８２〜１０２）及び／又は１４１〜１５６を好ましくは含むものである方法を提供する。追加の実施形態では、これらのエピトープは、配列番号１で示されるＨＮＬのアミノ酸５１〜７６及び／又は１１３〜１３２をさらに含む。

【0015】

したがって、一部の実施形態では、本明細書に開示する結合剤、及び前記結合剤を使用する方法は、ＨＮＬ（配列番号１）のアミノ酸５１〜７６及び／又は８２〜１０２及び／又は１１３〜１３２及び／又は１４１〜１５６によって構成されるアミノ酸を特異的に認識する。特に好ましい実施形態では、結合剤は、ＨＮＬのポリペプチドエピトープと特異的に結合することができ、前記ポリペプチドエピトープは、配列番号１で定義されるＨＮＬのアミノ酸１４１〜１５６を含むか、又は前記ポリペプチドエピトープは、配列番号２６のペプチドによって構成される立体構造(conformational)エピトープである。

【0016】

本発明の好ましい実施形態では、結合剤は、少なくとも大部分が好中球によって産生されるＨＮＬと結合する。

【0017】

本発明の一部の実施形態では、本明細書において開示及び使用される結合剤は、配列番号２６で示される配列によって構成される(comprised by)ＨＮＬの領域と結合する。

【0018】

本発明の一部の実施形態では、結合剤は、配列番号８〜１３、１４〜１９、及び２０〜２５で示される少なくとも１、２、３、４、５又は６つのアミノ酸配列又はその機能的誘導体(functional derivative)を含む、ＨＮＬエピトープ特異的結合領域を含む。

【0019】

本発明の別の実施形態では、例えば抗生物質での処置の過程で、感染症、例えば細菌感染症を診断するか若しくは細菌感染症を再検査する方法、又は試料、例えば、細菌若しくはウイルス感染症に罹患している疑いがある対象から得た試料を、配列番号２６で示される配列と特異的に結合するか若しくは本明細書において上で定義した結合剤を使用してＨＮＬレベルの存在について分析することを特徴とする、細菌感染症をウイルス感染症から識別する(differentiating)方法を提供する。前記方法は、以下のステップ：
ａ）前記結合剤の存在下で試料をインキュベートするステップ、
ｂ）場合により(optionally)、未結合(unbound)試料物質を洗浄除去するステップ、
ｃ）細菌又はウイルス感染症に罹患している疑いがある対象からの試料中のＨＮＬのレベルを測定するステップ、
ｄ）ステップｃ）で測定されたＨＮＬのレベルを、
（ｉ）健常対象、
（ｉ）細菌感染症に罹患していることが分かっている対象、及び
（ｉｉｉ）ウイルス感染症に罹患していることが分かっている対象
から場合により得た１つ又は複数の対照試料と比較するステップ、及び／又は
場合により、ステップｃ）で測定されたＨＮＬのレベルを、健常対象、ウイルス感染症の対象及び／若しくは細菌感染症の対象を示す１つ若しくは複数の正規化された対照値と比較するステップ、
を含む。

【0020】

特定の実施形態では、前記方法は、ステップｃ）でのＨＮＬのレベルが、健常対象の及び（ｉｉｉ）ウイルス感染症に罹患していることが分かっている患者の対照(control)試料（ｉ）中で検出されたレベルより有意に高い場合、細菌感染症と診断するさらなるステップを含む。

【0021】

別の態様では、本発明は、対象(subject)において細菌感染症を除外する(ruling out)方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の(pre-determined)第１の閾値(threshold value)より低い場合、前記対象について細菌感染症を除外するステップ、
を含む方法に関する。

【0022】

さらなる態様では、本発明は、対象においてウイルス感染症を除外する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より高い場合、前記対象についてウイルス感染症を除外するステップ、
を含む方法を提供する。

【0023】

さらに別の態様では、本発明は、対象において細菌感染症を確定診断する(ruling in)方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より高い場合、前記対象について細菌感染症を確定診断するステップ、
を含む方法に関する。

【0024】

さらに別の態様では、本発明は、対象においてウイルス感染症を確定診断する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より低い場合、前記対象についてウイルス感染症を確定診断するステップ、
を含む方法を提供する。

【0025】

一実施形態では、細菌感染症を除外するか又はウイルス感染症を確定診断する上記方法は、
ａ）対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より高い場合、前記対象について細菌感染症を除外するか又はウイルス感染症を確定診断するステップ、
をさらに含む。

【0026】

別の実施形態では、ウイルス感染症を除外する上記方法又は細菌感染症を確定診断する方法は、
ａ）対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より低い場合、前記対象について細菌感染症を確定診断するか又はウイルス感染症を除外するステップ、
をさらに含む。

【0027】

さらなる態様では、本発明は、対象において細菌感染症とウイルス感染症を区別する(distinguishing)方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬ及びＣＲＰの、場合によりＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、
ｂ）前記ＨＮＬ及びＣＲＰ並びに場合によりＴＲＡＩＬの濃度（the concentrations）に所定の数学関数を適用してスコアを計算するステップ、
ｃ）前記スコアを所定の基準値と比較するステップ、
を含む方法に関する。

【0028】

さらに別の態様では、本発明は、対象において細菌又は混合感染症とウイルス感染症とを区別する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬ及びＣＲＰの、場合によりＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、
ｂ）前記ＨＮＬ及びＣＲＰ並びに場合によりＴＲＡＩＬの濃度（the concentrations）に所定の数学関数を適用してスコアを計算するステップ、
ｃ）前記スコアを所定の基準値と比較するステップ
を含む方法を提供する。

【0029】

さらなる態様によると、本発明は、対象への処置推奨を提供する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、前記対象が抗生物質処置を受けることを推奨する(recommending)ステップ、
ｃ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、患者が抗生物質処置を受けないことを推奨するステップ、又は
ｄ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、患者が抗ウイルス処置を受けることを推奨するステップ、
を含む方法を提供する。

【0030】

一実施形態では、対象への処置推奨を提供する方法は、
ステップａ）において対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度をさらに測定すること、及び
ステップｂ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬの濃度が所定の閾値より低い場合、前記対象が抗生物質処置を受けることを推奨すること、
ステップｃ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、患者が抗生物質処置を受けないことを推奨すること、又は
ステップｄ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、患者が抗ウイルス処置を受けることを推奨すること、
をさらに含む。

【0031】

別の態様によると、本発明は、対象への診断検査推奨を提供する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、前記試料を細菌の存在について検査することを推奨するステップ、又は
ｃ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、前記試料をウイルスの存在について検査することを推奨するステップ、
を含む方法に関する。

【0032】

一実施形態によると、対象への診断検査推奨を提供する方法は、
ステップａ）において、対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度をさらに測定すること、及び
ステップｂ）において、ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬの濃度が所定の閾値より低い場合、前記試料を細菌の存在について検査することを推奨すること、
ステップｃ）において、ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、前記試料をウイルスの存在について検査することを推奨すること
をさらに含む。

【0033】

本発明は、別の態様では、対象において感染性疾患、好ましくは細菌性又はウイルス性疾患を除外する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度と、ＴＲＡＩＬ、ＩＰ１０、ＩＬ１Ｒａ又はＭａｃ−２ＢＰからなる群から選択される１つ又は複数のポリペプチドのポリペプチド濃度とを測定するステップ、
ｂ）測定された前記ポリペプチドの濃度（the concentrations）に所定の数学関数を適用してスコアを計算するステップ、
ｃ）前記スコアを所定の基準値と比較するステップ、
を含む方法をさらに提供する。

【0034】

さらに別の態様では、本発明は、対象において感染症のタイプ、好ましくは細菌又はウイルス感染症を同定する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度と、ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｍａｃ−２ＢＰ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＩＬ１ａ、ＭＣＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩｇＧ非特異的結合分子、ＩＬ１、Ｉ−ＴＡＣ及びＴＮＦＲ１からなる群から選択される第１のポリペプチド決定基(determinant)のレベルとを測定するステップ、及び
ｂ）（ｉ）ポリペプチド決定基ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｍａｃ−２ＢＰ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＩＬ１ａ、ＭＣＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩｇＧ非特異的結合分子、ＩＬ１、Ｉ−ＴＡＣ及びＴＮＦＲ１、
（ｉｉ）ポリペプチド決定基ＩＦＩＴＭ３、ＩＦＩＴ３、ＥＩＦ４Ｂ、ＩＦＩＴ１、ＬＯＣ２６０１０、ＭＢＯＡＴ２、ＭＸ１、ＯＡＳ２、ＲＳＡＤ２、ＡＤＩＰＯＲ１、ＣＤ１５、ＣＤ８Ａ、ＩＦＩＴＭ１、及びＩＬ７、
（ｉｉｉ）ポリペプチド決定基ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＴＲＥＭ−１、ＰＣＴ、ＩＬ−８、ＴＲＥＭ−１及びＩＬ６、又は
（ｉｖ）非ポリペプチド決定基：年齢、絶対好中球数（absolute neutrophil count,ＡＮＣ）、絶対リンパ球数（absolute lymphocyte count,ＡＬＣ）、好中球（neutrophil）％（Ｎｅｕ（％））、リンパ球(lymphocyte)％（Ｌｙｍ（％））、単球(monocyte)％（Ｍｏｎｏ（％））、最大温度、発症からの期間、クレアチニン（Creatinine,Ｃｒ）、カリウム（Ｋ）、脈拍及び尿素、
からなる群から選択される第２の決定基のレベルを測定するステップ、
ｃ）ＨＮＬ、第１及び第２の決定基のレベルを基準値と比較することによって前記対象において感染症のタイプを同定するステップ、
を含み、前記第１及び／又は第２の決定基の測定がＨＮＬの測定による(over)感染症のタイプの同定精度を増加させる、方法に関する。

【0035】

さらなる態様では、本発明は、対象において感染症のタイプ、好ましくは細菌又はウイルス感染症を同定する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度と、ＡＢＴＢ１、ＡＤＩＰＯＲ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＡＲＰＣ２、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、Ｃｌｏｒｆ８３、ＣＤ１５、ＣＥＳ１、ＣＯＲＯ１Ａ、ＣＳＤＡ、ＥＩＦ４Ｂ、ＥＰＳＴＩ１、ＧＡＳ７、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ６、ＫＩＡＡ００８２、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴＭ１、ＩＦＩＴＭ３、ＬＩＰＴ１、ＩＬ７Ｒ、ＩＳＧ２０、ＬＯＣ２６０１０、ＬＹ６Ｅ、ＬＲＤＤ、ＬＴＡ４Ｈ、ＭＡＮ１Ｃ１、ＭＢＯＡＴ２、ＮＰＭ１、ＯＡＳ２、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＱＡＲＳ、ＲＡＢ１３、ＲＡＢ３１、ＲＡＣ２、ＲＰＬ３４、ＰＤＩＡ６、ＰＴＥＮ、ＲＳＡＤ２、ＳＡＲＴ３、ＳＤＣＢＰ、ＳＭＡＤ９、ＳＯＣＳ３、ＴＲＩＭ２２、ＳＡＲＴ３、ＵＢＥ２Ｎ、ＸＡＦ１、ＺＢＰ１、ＣＲＰ及びＭＸ１からなる群から選択される１つ又は複数のポリペプチド決定基のレベルを測定するステップと、
ｂ）前記ＨＮＬのレベル及び前記１つ又は複数のポリペプチド決定基のレベルを基準値と比較することによって前記対象において感染症のタイプを同定するステップと、
を含む方法に関する。

【0036】

一実施形態では、感染症のタイプを同定する方法は、年齢、絶対好中球数（ＡＮＣ）、絶対リンパ球数（ＡＬＣ）、好中球％（Ｎｅｕ（％））、リンパ球％（Ｌｙｍ（％））、単球％（Ｍｏｎｏ（％））、最大温度、発症からの期間(time)、クレアチニン（Ｃｒ）、カリウム（Ｋ）、脈拍及び尿素からなる群から選択される１つ又は複数の非ポリペプチド決定基のレベルを測定するステップをさらに含む。

【0037】

別の実施形態では、決定基(the determinants)絶対好中球数（ＡＮＣ）のレベル及び好中球％（ＮＥＵ（％））は、ＨＮＬのレベルを正規化するために使用される。

【0038】

本発明の別の実施形態では、対象を細菌性疾患に罹患している者と細菌性疾患に罹患していない者に層別化する方法であって、上記ステップを含み、細菌に感染していると同定された対象に抗生物質を治療的に投与するステップを場合により含む方法を提供する。

【0039】

本発明の一部の実施形態では、試料は、血液（すなわち全血）若しくはその画分、例えば血清、血漿、並びに／又は尿、脳脊髄液（cerebrospinal fluid,ＣＳＦ）、骨髄、唾液及び痰からなる群から選択される。

【0040】

本明細書において開示する検査を使用されてよい及び記載する方法を行うことがされてよい場所は、集中治療室（ＩＣＵ）、病院、特に救急科、新生児科、ＧＰ／医師の診療施設、薬局、地域病院、並びにレベル１及びレベル２環境である。

【0041】

別の実施形態では、本発明は、細菌感染症を診断するためのデバイスであって、本明細書に記載の結合剤を含む区画、例えば接触領域を少なくとも含むデバイスを提供する。このデバイスは、少なくともその表面（の一部）に結合剤が固定化されている検査ストリップ、少なくともその表面（の一部）に固定化された結合剤を担持している粒子などでありうる。前記表面は、三次元であることがあり、例えば、部分的に多孔質の表面（層）を有する粒子が上記結合剤を担持していることがある。前記デバイスは、分析される試料、例えば、ＨＮＬを含有する疑いがある試料に曝露することができる接触領域を含むことが重要である。本発明のデバイスの実施形態では、ＨＮＬレベルの判定が可能である。さらなる実施形態では、前記デバイスは、他のデバイス、例えば、細菌感染症に罹患している疑いがある対象からの血液試料の採取に好適なもの、と接続されることがあり、又は本明細書において開示する結合剤（複数可）と試料中に存在するＨＮＬとの相互作用の分析及び測定を可能にするコンピュータ若しくは装置に接続されることもある。前記相互作用は、ＨＮＬと本明細書に記載の結合剤の結合時に特異的に発生する物理的、化学的又は生物学的シグナルを使用して測定されてよい。前記相互作用は、相互作用が起こっていない対照と比較して、測定可能なシグナル、例えば、発色シグナル、蛍光発生シグナル、分光法により測定可能なシグナル、イオン化の変化、導電率の変化などを生じさせることがされてよい。

【0042】

特定の実施形態では、上述のデバイスは、上述のさらなるポリペプチド決定基の１つ又は複数のための結合剤をさらに含み、ここで前記反応は前記ポリペプチド決定基の相互作用を示し、さらに場合により、それによって前記試料中の前記ポリペプチド決定基のレベルの判定が可能になる。

【0043】

特定の実施形態では、本発明は、Ｃ反応性タンパク質レベル及び／若しくはＴＲＡＩＬレベル及び／若しくはプロカルシトニンレベル及び／若しくはＣＤ６４レベルの測定、並びに／又は白血球数の判定、並びに／又は好中球数の判定をさらに含む、本明細書において上で定義した方法に関する。

【0044】

別の実施形態では、本発明は、抗体を産生させる方法であって、
配列番号２６の配列を含む抗原に以前に曝露された動物から得た抗体産生細胞を培養するステップ、及び
抗体を提供するステップであって、得られた抗体を場合によりさらに修飾するステップを含む方法を提供する。好ましくは、前記抗体は、配列番号１〜６、７〜１２、及び１３〜１８で示されるアミノ酸配列又はその機能的誘導体(functional derivative)を少なくとも１、２、３、４、５又は６つ含む結合領域を含む。

【0045】

上述の概要は、本発明のあらゆる態様を定義することを意図したものではなく、さらなる態様を他の節、例えば「発明を実施するための形態」で説明する。本文書全体は、統合開示として関連づけられることを意図したものであり、本明細書に記載する特徴のすべての組合せが、そのような特徴の組合せを本文書の同じ文又は段落又は節中で一緒に見出されなかったとしても、企図されうることを理解されたい。

【0046】

上述に加えて、本発明は、本明細書中の特定の段落によって定義される変形形態より多少範囲が狭い本発明のすべての実施形態をさらなる態様として含むことができる。例えば、属と記載されている本発明のある特定の態様であれば、属のあらゆるメンバーが個々に本発明の態様であると解されたい。また、属と記載されている又は属のメンバーを選択する態様は、その属の２つ以上のメンバーの組合せを包含すると解されたい。

【0047】

本明細書では様々な実施形態を様々な状況下で「含む」という語を使用して提示しているが、関連実施形態を「からなる」又は「から本質的になる」という語を使用して記載することもあることを理解されたい。

【図面の簡単な説明】

【0048】

【図1】ＨＮＬ分子のグラフィック表示である。

【図2】ｆＭＬＰを使用する、患者及び健常対照の血液から精製した好中球に関する活性化実験の結果を示す図である。好中球を様々な濃度のｆＭＬＰに曝露し、１５分間、３７℃でインキュベートし、その後、遠心分離し、上清をＨＮＬの存在についてアッセイした。ｆＭＬＰの放出に最適な濃度は、５×１０^−８ｍｏｌ／Ｌであることが判明した。ＨＮＬの放出の反応速度を研究するために、精製細胞を様々な時間長にわたってインキュベートした。有意な放出が５分のインキュベーション後に見られ、インキュベーション延長によってさらに増加された。

【図3】ｆＭＬＰとのインキュベーション後の好中球によるＨＮＬの放出傾向に関する検査を示す図である。凝固後の全血において、急性感染症のＸＸ患者及びＹＹ健常対象からの精製した好中球からのＨＮＬの放出を、それぞれの対象の血清ＨＮＬ濃度と比較した。有意な線形相関（ｒ＝０．７４３、ｐ＝０．００２）が上清とＨＮＬの血清濃度間で得られた。

【図4】図４ａ及びｂは、２０分間、３７℃で、ＥＤＴＡ血漿中でのｆＭＬＰ活性化後の全血中のＨＮＬ濃度を示す図である。健常対象のｆＭＬＰ活性化全血中のＨＮＬ濃度（幾何平均９８μｇ／Ｌ、９５％ＣＩ ９０〜１０７μｇ／Ｌ）は、細菌感染症を有する患者で測定された濃度（幾何平均３３７μｇ／Ｌ、９５％ＣＩ ３００〜３７９μｇ／Ｌ）（ｐ＜０．０００１）及びウイルス感染症を有する患者で測定された濃度（幾何平均１１７μｇ／Ｌ、９５％ＣＩ １０１〜１３６μｇ／Ｌ）（ｐ＜０．０５）より有意に低い。

【図5】図５ａ及びｂは、２つのＨＮＬアッセイの、すなわち、ｆＭＬＰ活性化全血中及びＥＤＴＡ血漿中の、診断性能を示す図である。健常な感染していない対象と細菌感染症が確認された対象との差異を受信者動作特性（receiver operating characteristics,ＲＯＣ）曲線によって示す。ｆＭＬＰ活性化全血でのＨＮＬ検査についての曲線下面積（area under the curve,ＡＵＣ）は、ＥＤＴＡ血漿中のＨＮＬ検査についての０．８８（９５％ＣＩ ０．８４〜０．９１）と比較して０．０９５（９５％ ０．９１〜０．９７）、ｐ＝０．０００３であった。ｆＭＬＰ活性化全血について、１２５μｇ／Ｌ ＨＮＬでの陰性的中率（negative predictive value,ＮＰＶ）は９０％（９５％ＣＩ ８２〜９６％）であり、陽性値は８３％（９５％ＣＩ ７７〜８９％）であった。４０μｇ／ＬのＨＮＬ濃度でのＥＤＴＡ血漿について、ＮＰＶは８６％（９５％ＣＩ ７２〜９５％）であり、ＰＰＶは６３％（９５％ＣＩ ５７〜６９％）であった。細菌感染症とウイルス感染症の差異に関して、ｆＭＬＰ活性化全血のＡＵＣは０．９２（９５％ＣＩ ０．８７〜０．９６）であり、ＥＤＴＡ血漿のＡＵＣは０．７９（９５％ＣＩ ０．７１〜０．８５）、ｐ＝０．０００６であった。１１０μｇ／Ｌの濃度で、ｆＭＬＰ活性化全血についてのＮＰＶは９３％（９５％ＣＩ ６８〜１００％）でありＰＰＶは８５％（７７〜９０％）であった。ＥＤＴＡ血漿中４０μｇ／Ｌでの濃度のＨＮＬについての対応する数値は、ＮＰＶ ５２％（９５％ＣＩ ３７〜６７％）及びＰＰＶ ８５％（９５％ＣＩ ７８〜９０％）であった。ＮＰＶは、ＥＤＴＡ血漿中のいずれのＨＮＬ濃度でも６０％を超えなかった。したがって、ｆＭＬＰ活性化全血中のＨＮＬの臨床成績は、健常対象と細菌感染症の差異に関しても、細菌感染症とウイルス感染症の差異に関しても、ＥＤＴＡ血漿中のＨＮＬに勝っていた。

【図6-1】図６ａ〜ｄは、研究対象集団におけるバイオマーカー：ＣＲＰ、血中好中球数、血中好中球上でのＣＤ６４発現、及びプロカルシトニン、の分布を示す図である。好中球数を除いて、他のすべてのバイオマーカーは、細菌感染症とウイルス感染症両方において健常対象と比較して有意に上昇した（ｐ＜０．０００１）。

【図6-2】図６ａ〜ｄは、研究対象集団におけるバイオマーカー：ＣＲＰ、血中好中球数、血中好中球上でのＣＤ６４発現、及びプロカルシトニン、の分布を示す図である。好中球数を除いて、他のすべてのバイオマーカーは、細菌感染症とウイルス感染症両方において健常対象と比較して有意に上昇した（ｐ＜０．０００１）。

【図7】ＨＮＬ二量体を示す図である。ＨＮＬ二量体は、２つのＨＮＬ単量体構造の間の黒色で示したシステイン架橋によって安定化されている。抗体抗原結合に関与する領域を黒色で示す（図の左及び右手）。

【発明を実施するための形態】

【0049】

本発明を特定の実施形態に関して説明することにするが、この説明を限定の意味に解釈すべきでない。本発明の詳細な例示的実施形態を説明する前に、本発明を理解するために重要な定義を与える。

【0050】

本明細書及び添付の特許請求の範囲において使用する場合、単数形「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」は、文脈による別段の明白な指図がない限り、それぞれの複数形も含む。

【0051】

本発明に関して、用語「約」及び「おおよそ」は、当業者によって問題の特徴の技術的効果がまだ保証されると解釈されることになる精度区画を示す。この用語は、示されている数値からの±２０％、好ましくは±１５％、より好ましくは±１０％及びよりいっそう好ましくは±５％の偏差を通常は示す。

【0052】

当然のことながら、用語「含む」は限定的でない。本発明では、用語「からなる」は、用語「含む(comprising of)」の好ましい実施形態であると考えられる。以降、群が少なくともある特定の数の実施形態を含むと定義されている場合、これは、これらの実施形態のみから好ましくはなる群も包含することが意図される。

【0053】

さらに、本明細書及び添付の特許請求の範囲における用語「第１の」、「第２の」、「第三の」又は「（ａ）」、「（ｂ）」、「（ｃ）」、「（ｄ）」など及びこれらに類するものは、類似の要素間の区別のために使用され、必ずしも起こった順番又は発生した順番を記載するために使用されるとは限らない。そのように使用される前記用語が適切な状況下では交換可能であること、本明細書に記載する本発明の実施形態が、本明細書に記載又は図示する以外の順序での施行が可能であることを理解されたい。

【0054】

用語「第１の」、「第２の」、「第三の」又は「（ａ）」、「（ｂ）」、「（ｃ）」、「（ｄ）」などが方法又は使用のステップに関する場合、本明細書において上又は下で述べる本出願では別段の指示がない限り、これらのステップ間には時間の統一性も時間間隔の統一性もなく、すなわち、これらのステップを同時に行ってもよく、又はそのようなステップ間に数秒、数分、数時間、数日、数週間、数カ月若しくはさらには数年の時間間隔があってもよい。本発明が本明細書に記載する特定の方法論、プロトコル、タンパク質、細菌、ベクター、試薬などに限定されないことを理解されたい。これらは変わってもよいからである。本明細書において使用する専門用語が、特定の実施形態の説明を目的にしたものに過ぎずないこと、及び添付の請求の範囲によってしか限定されない本発明の範囲を限定することを意図したものでないことも理解されたい。別段の定義がない限り、本明細書において使用する全ての専門及び科学用語は、当業者によって一般に理解されているのと同じ意味を有する。

【0055】

本発明に関して、用語「結合剤」は、任意の分子、例えば、それらがＨＮＬの本明細書に記載の領域又はエピトープの配列と特異的に結合することを可能にする天然及び／又は修飾アミノ酸を含むペプチド、例えば、図１（３Ｄ画像の色の濃い部分）で示されるような前記分子の内及び／又は外縁に露出されているＨＮＬの領域と結合する結合剤を示す。結合剤は、配列番号１で示されるようなＨＮＬのアミノ酸５１〜７６及び／又は８２〜１０２及び／又は１１３〜１３２及び／又は１４１〜１５６を含む／そのようなアミノ酸によって構成されるアミノ酸を特異的に認識し、特に、配列番号２６のペプチドによって構成される不連続の、好ましくは非直鎖状の、立体構造エピトープを特異的に認識する。好ましい結合剤は、抗体又はそれらの機能的断片若しくは誘導体である。

【0056】

本出願に関して、エピトープは、上で定義したＨＮＬと特異的に結合する結合剤によって認識されることを条件に、わずかに異なってもよく、例えば、約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％同一でありうる。好ましくは、認識される結合剤は、好中球によって産生されるＨＮＬである。

【0057】

本出願に関して、結合剤の結合特異性は、上記のＨＮＬと結合する結合剤の結合親和性の、例えば少なくとも約８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％に等しいか又はそれより高い特異性であってもよい。

【0058】

本発明の意義の範囲内で、「有意に(significantly)」結合されるはまた、可能性のある結合パートナーと同等に接近可能な複数の異なる抗原のプールの中から、ＨＮＬが、ＨＮＬとは異なる他のいずれの（any）抗原より（速度論的な意味で）少なくとも１０倍、例えば５０倍、例えば１００倍又は以上高い頻度で結合されることを意味する。そのような反応速度測定は、Ｂｉａｃｏｒｅ装置で行うことができる。

【0059】

本明細書で使用する場合の用語「レベル」は、試料中で検出されるＨＮＬの量又は濃度を指す。

【0060】

「ポリヌクレオチド」は、ヌクレオチドのあらゆる長さの高分子形態、リボヌクレオチド又はデオキシリボヌクレオチドのどちらか、である。この用語は、分子の一次構造を単に指す。したがって、この用語は、二本鎖及び一本鎖ＤＮＡ及びＲＮＡを含む。この用語はまた、当技術分野において公知の標識、メチル化、「キャップ」、天然に存在する１つ又は複数のヌクレオチドのアナログ(an analog)での置換、及びヌクレオチド間修飾、例えば非荷電結合（例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエートなど）を含む公知のタイプの修飾、並びにポリヌクレオチドの未修飾形態をも含む。

【0061】

本発明に従って、モノクローナル抗体又はその機能的断片は、例えば蛍光部分、放射性部分、発色基質などで、誘導体化されることがある。

【0062】

典型的な免疫グロブリン（抗体）構造単位が四量体を含むことは公知である。各四量体は、各対が１本の「軽」鎖（約２５ｋＤ）と１本の「重」鎖（約５０〜７０ｋＤ）を有する、同一の２対のポリペプチド鎖で構成されている。各鎖のＮ末端は、抗原認識を主に担当する、アミノ酸約１００〜１１０以上の可変領域を規定する。用語可変軽鎖（variable light chain,ＶＬ）及び可変重鎖（variable heavy chain,ＶＨ）は、それぞれ、これらの軽鎖及び重鎖を指す。各鎖のカルボキシ末端部分は、エフェクター機能を主に担当する定常領域を規定する。免疫グロブリンは、それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に依存して異なるクラスに割り当てることができる。重鎖は、ミュー（μ）、デルタ（δ）、ガンマ（γ）、アルファ（α）及びイプシロン（ε）として分類され、抗体のアイソタイプをそれぞれＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＧ、ＩｇＡ及びＩｇＥとして定義する。これらのうちの幾つかは、サブクラス又はアイソタイプ、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２にさらに分けられることがある。異なるアイソタイプは異なるエフェクター機能を有し、例えば、ＩｇＧ１及びＩｇＧ３アイソタイプは、抗体依存性細胞傷害（ＡＤＣＣ）活性を有する。ヒト軽鎖は、カッパ（Ｋ）及びラムダ（［ラムダ］）軽鎖として分類される。軽鎖及び重鎖内の可変及び定常領域は、アミノ酸約１２以上の「Ｊ」領域によって連結されており、重鎖は、アミノがさらに約１０個多い「Ｄ」領域も含む。一般に、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、７章（Ｐａｕｌ，Ｗ．編、第２版、Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ、Ｎ．Ｙ．（１９８９））を参照されたい。

【0063】

アロタイプは、免疫原性であることができ且つヒトの特定のアレル(alleles)によってコードされている抗体配列のバリエーションであり、しばしば定常領域(constant region)のバリエーションである。アロタイプは、ヒトＩＧＨＣ遺伝子のうちの５つ、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＡ２及びＩＧＨＥ遺伝子について同定されており、それぞれ、ＧＩｍ、Ｇ２ｍ、Ｇ３ｍ、Ａ２ｍ及びＥｍアロタイプと呼ばれる。抗体の構造及び産生の詳細な説明については、参照によりその全体が本明細書に組み入れられているＲｏｔｈ，Ｄ．Ｂ．及びＣｒａｉｇ，Ｎ．Ｌ．、Ｃｅｌｌ、９４：４１１〜４１４（１９９８）を参照されたい。簡単に言うと、重鎖及び軽鎖免疫グロブリン配列をコードするＤＮＡを産生するプロセスは、主としてＢ細胞の発生中に起こる。様々な免疫グロブリン遺伝子セグメントの再編成及び連結前、Ｖ、Ｄ、Ｊ及び定常（Ｃ）遺伝子セグメントは、一般に、単一の染色体上に比較的ごく近接して見いだされる。Ｂ細胞分化中に、Ｖ、Ｄ、Ｊ（又は軽鎖遺伝子の場合はＶ及びＪのみ）遺伝子セグメントの各々の適切なファミリーメンバーのうちの１つが組み換えられて、重及び軽免疫グロブリン遺伝子の機能的に再編成された可変領域を形成する。この遺伝子セグメント再編成プロセスは、逐次的であるように見える。先ず、重鎖のＤとＪの連結部が作られ、その後、重鎖のＶとＤＪの連結部及び軽鎖のＶとＪの連結部が作られる。Ｖ、Ｄ及びＪセグメントの再編成に加えて、軽鎖のＶセグメントとＪセグメントが連結される位置及び重鎖のＤセグメントとＪセグメントが連結される位置での可変的組換えによって、免疫グロブリン重及び軽鎖の一次レパートリーのさらなる多様性が生ずる。軽鎖のそのようなバリエーションは、Ｖ遺伝子セグメントの最後のコドン及びＪセグメントの最初のコドン内で通常は起こる。連結に関して同様の不正確さが重鎖染色体のＤセグメントとＪＨセグメント間に存在し、１０ヌクレオチドほどもの多くのヌクレオチドにわたることもある。さらに、Ｄ遺伝子セグメントとＪＨ遺伝子セグメントの間及びＶＨ遺伝子セグメントとＤ遺伝子セグメントの間に、ゲノムＤＮＡによってコードされていない幾つかのヌクレオチドが挿入されることもある。これらのヌクレオチドの付加は、Ｎ領域多様性として公知である。可変領域遺伝子セグメントのそのような再編成及びそのような連結中に起こることがある可変組換えの正味の効果は、一次抗体レパートリーの産生である。

【0064】

用語「抗体」を最も広い意味で使用しており、この用語は、完全に構築された抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、抗原に結合することができる抗体断片（Ｆａｂ’、Ｆ’（ａｂ）２、Ｆｖ、一本鎖抗体、ダイアボディ(diabodies)を含む）、及び所望の生物学的活性を示すのであれば上述のものを含む組換えペプチドを含む。化学的に誘導体化された抗体を含む、無傷の分子及び／又は断片の多量体又は凝集物が考えられる。ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＡ及びＩｇＥ、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２を含む、あらゆるアイソタイプクラス若しくはサブクラス、又はあらゆるアロタイプ、の抗体が考えられる。

【0065】

用語「超可変(hypervariable)」領域は、相補性決定領域(complementarity determining region)すなわちＣＤＲからのアミノ酸残基（すなわち、Ｋａｂａｔら、Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ、第５版、Ｐｕｂｌｉｃ Ｈｅａｌｔｈ Ｓｅｒｖｉｃｅ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅｓ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、Ｍｄ．（１９９１）に記載の軽鎖可変ドメインの残基２４〜３４（Ｌ１）、５０〜５６（Ｌ２）及び８９〜９７（Ｌ３）並びに重鎖可変ドメインの残基３１〜３５（Ｈ１）、５０〜６５（Ｈ２）及び９５〜１０２（Ｈ３）を指す。単一のＣＤＲであっても、ＣＤＲのすべてを含有する抗原結合部位全体より低い親和性でだが、抗原を認識し、抗原に結合されてよい。

【0066】

超可変「ループ」からの残基の代替定義は、Ｃｈｏｔｈｉａら、Ｊ．Ｍｏｌ．ＢｉｏＬ、１９６：９０１〜９１７（１９８７）によって、軽鎖可変ドメインの残基２６〜３２（Ｌ１）、５０〜５２（Ｌ２）及び９１〜９６（Ｌ３）並びに重鎖可変ドメインの残基２６〜３２（Ｈ１）、５３〜５５（Ｈ２）及び９６〜１０１（Ｈ３）と記載されている。

【0067】

「フレームワーク」すなわちＦＲ残基は、超可変領域残基以外の可変領域残基である。

【0068】

「抗体断片」は、無傷免疫グロブリンの一部分、例えば、無傷抗体の抗原結合又は可変領域を含み、抗体断片から形成された多重特異性（二重特異性、三重特異性など）抗体を包含する。免疫グロブリンの断片は、組換えＤＮＡ技術によって産生されることもあり、又は無傷抗体の酵素的若しくは化学的切断によって産生されることもある。抗体断片の非限定的な例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ（可変領域）、ドメイン抗体（ｄＡｂ、これはＶＨドメインを含有する；Ｗａｒｄら、Ｎａｔｕｒｅ、３４１、５４４〜５４６、１９８９）、相補性決定領域（ＣＤＲ）断片、一本鎖抗体（ｓｃＦｖ、これは単一ポリペプチド鎖上にＶＨ及びＶＬドメインを含有する）（Ｂｉｒｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４２：４２３〜４２６、１９８８、及びＨｕｓｔｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ ８５：５８７９〜５８８３、１９８８、場合によってはポリペプチドリンカーを含むもの；並びに場合によっては多重特異性のもの、Ｇｒｕｂｅｒら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ、１５２：５３６８（１９９４））、一本鎖抗体断片、ダイアボディ（別の鎖の相補的ＶＬ及びＶＨドメインと対合する単一ポリペプチド鎖上のＶＨ及びＶＬドメイン）（ＥＰ４０４，０９７；ＷＯ９３／１１１６１；及びＨｏｌｌｉｇｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，ＵＳＡ、９０：６４４４〜６４４８（１９９３））、トリアボディ、テトラボディ、ミニボディ（ペプチドリンカーによって（ヒンジレス）又はＩｇＧヒンジによってＣＨ３に融合されているｓｃＦｖ）、線形抗体（タンデムＦｄセグメント（ＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１）（Ｚａｐａｔａら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．、８（１０）：１０５７〜１０６２（１９９５））；キレート組換え抗体（ｃｒＡｂ、これは、同じ抗原の２つの隣接するエピトープと結合することができる）、ビボディ（二重特異性Ｆａｂ−ｓｃＦｖ）又はトリボディ（三重特異性Ｆａｂ−（ｓｃＦｖ）（２））（Ｓｃｈｏｏｎｊａｎｓら、Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１６５：７０５０〜５７、２０００；Ｗｉｌｌｅｍｓら、Ｊ．Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ．Ｂ．Ａｎａｌｙｔ．Ｔｅｃｈｎｏｌ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｌｉｆｅ Ｓｃｉ．、７８６：１６１〜７６、２００３）、ナノボディ（重鎖のおおよそ１５ｋＤａ可変ドメイン）（Ｃｏｒｔｅｚ−Ｒｅｔａｍｏｚｏら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ６４：２８５３〜５７、２００４）、抗原結合ドメイン免疫グロブリン融合タンパク質、ラクダ化抗体（ＶＨが、ヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３ドメインを含有する定常領域と組み換えられる）（Ｄｅｓｍｙｔｅｒら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．、２７６：２６２８５〜９０、２００１；Ｅｗｅｒｔら、Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、４１：３６２８〜３６、２００２；米国特許出願公開第２００５／０１３６０４９号及び同第２００５／００３７４２１号）、ＶＨＨ含有抗体、重鎖抗体（ＨＣＡｂ、これは構造Ｈ２Ｌ２を有する２本の重鎖のホモ二量体である）、又はこれらのバリアント(variants,変異体)若しくは誘導体、並びに抗体が所望の生物学的活性を保持するのであれば、ポリペプチドとの特異的抗原結合をもたらすために十分である免疫グロブリンの少なくとも一部分、例えば、ＣＤＲ配列が挙げられる。

【0069】

用語「バリアント」は、可変領域に少なくとも１つのアミノ酸置換、欠失若しくは挿入を含有する抗体のポリペプチド配列を指すか、又はそのバリアントが所望の結合親和性若しくは生物学的活性を保持することを条件に、可変領域と等価の部分を指す。

【0070】

用語「修飾」は、１つ又は複数のアミノ酸変化（置換、挿入又は欠失を含む）；ＨＮＬ結合活性に干渉しない化学的修飾；診断剤との結合(conjugation)による共有結合性修飾；標識（例えば、放射性核種又は様々な酵素での標識）；共有結合性ポリマー結合、例えばＰＥＧ化（ポリエチレングリコールでの誘導体化）；及び非天然アミノ酸の化学合成による挿入又は置換を含むが、これらに限定されない。一部の実施形態では、修飾ポリペプチド（抗体を含む）は、非修飾分子の結合特性を保持することになる。

【0071】

用語「誘導体」は、診断剤との結合、標識（例えば、放射性核種又は様々な酵素での標識）、共有結合性ポリマー結合、例えばＰＥＧ化（ポリエチレングリコールでの誘導体化）及び非天然アミノ酸の化学合成による挿入又は置換によって共有結合的に修飾されている、抗体又はポリペプチドを指す。一部の実施形態では、誘導体は、非誘導体化(underivatized)分子の結合特性を保持することになる。

【0072】

本明細書で使用する場合の用語「モノクローナル抗体」は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体（抗体という用語は本明細書で定義する通り）を指し、すなわち、前記集団を構成する個々の抗体は、ハイブリドーマ技術から産生されようと、組換えＤＮＡ技術から産生されようと、少量で存在することがある可能性のある天然に起こる修飾又は代替的翻訳後修飾を除いて、同一である。モノクローナル抗体の非限定的な例としては、マウス、ウサギ、ラット、ニワトリ、キメラ、ヒト化若しくはヒト抗体、完全に構築された抗体、多重特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、抗原に結合することができる抗体断片（Ｆａｂ’、Ｆ’（ａｂ）２、Ｆｖ、一本鎖抗体、ダイアボディを含む）、マキシボディ(maxibodies)、ナノボディ(nanobodies)、及び所望の生物学的活性を示すのであれば上述のものを含む組換えペプチド、又はこれらのバリアント若しくは誘導体が挙げられる。よりヒトに近くなるように抗体をヒト化(humanizing)又は修飾することは、例えば、Ｊｏｎｅｓら、Ｎａｔｕｒｅ ３２１：５２２ ５２５（１９８６）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．ＳｃＬｌ Ｕ．Ｓ．Ａ．、８１：６８５１ ６８５５（１９８４）；Ｍｏｒｒｉｓｏｎ及びＯｉ、Ａｄｖ．Ｉｍｍｕｎｏｌ、４４：６５ ９２（１９８８）；Ｖｅｒｈｏｅｙｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３９：１５３４ １５３６（１９８８）；Ｐａｄｌａｎ、Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎ．、２８：４８９ ４９８（１９９１）；Ｐａｄｌａｎ、Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ、３１（３）：１６９ ２１７（１９９４）；並びにＫｅｔｔｌｅｂｏｒｏｕｇｈ，ＣＡ．ら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．、４（７）：７７３ ８３（１９９１）；Ｃｏ，Ｍ．Ｓ．ら、（１９９４）、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ １５２、２９６８〜２９７６；Ｓｒｕｄｎｉｃｋａら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ７：８０５〜８１４（１９９４）に記載されており、これらの参考文献の各々はその全体が参照により本明細書に組み入れられている。ヒトモノクローナル抗体を単離するための１つの方法は、ファージディスプレイ技術の使用である。ファージディスプレイは、例えば、Ｄｏｗｅｒら、ＷＯ９１／１７２７１；ＭｃＣａｆｆｅｒｔｙら、ＷＯ９２／０１０４７；並びにＣａｔｏｎ及びＫｏｐｒｏｗｓｋｉ、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８７：６４５０〜６４５４（１９９０）に記載されており、これらの参考文献の各々はその全体が参照により本明細書に組み入れられている。ヒトモノクローナル抗体を単離するためのもう１つの方法は、内因性免疫グロブリン産生がなく、ヒト免疫グロブリン座位(loci)を含有するように操作されている、トランスジェニック動物の使用である。例えば、各々その全体が参照により本明細書に組み入れられている、Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、９０：２５５１（１９９３）；Ｊａｋｏｂｏｖｉｔｓら、Ｎａｔｕｒｅ、３６２：２５５〜２５８（１９９３）；Ｂｒｕｇｇｅｒｍａｎｎら、Ｙｅａｒ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏ．、７：３３（１９９３）；ＷＯ９１／１０７４１、ＷＯ９６／３４０９６、ＷＯ９８／２４８９３、又は米国特許出願公開第２００３／０１９４４０４号、同第２００３／００３１６６７号若しくは同第２００２／０１９９２１３号を参照されたい。

【0073】

本発明の抗体は、ラクダ科動物からの抗体などの、重鎖二量体も含む。ラクダ科動物における重鎖二量体ＩｇＧのＶＨ領域は軽鎖と疎水性相互作用をする必要がないので、通常は軽鎖と接触する重鎖の領域がラクダ科動物では疎水性アミノ酸残基に変更される。重鎖二量体ＩｇＧのＶＨドメインは、ＶＨＨドメインと呼ばれる。本発明において使用するための抗体は、シングルドメイン抗体（ｄＡｂ）及びナノボディ（例えば、Ｃｏｒｔｅｚ−Ｒｅｔａｍｏｚｏら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．６４、２８５３〜２８５７、２００４を参照されたい）を含む。

【0074】

本明細書で使用する場合、「Ｖ領域」は、ＣＤＲ３及びフレームワーク４を含む、フレームワーク１、ＣＤＲ１、フレームワーク２、ＣＤＲ２及びフレームワーク３のセグメントを含む抗体可変領域ドメインであって、前記セグメントがＢ細胞分化中の重鎖及び軽鎖Ｖ領域遺伝子の再編成の結果としてＶセグメントに付加される抗体可変領域ドメインを指す。本明細書で使用する場合の「Ｖセグメント」は、Ｖ遺伝子によってコードされているＶ領域（重鎖又は軽鎖）の領域を指す。

【0075】

本明細書で使用する場合、「相補性決定領域（ＣＤＲ）」は、軽鎖及び重鎖可変領域によって確立される４つの「フレームワーク」領域に割り込んでいる、各鎖内の３つの超可変領域を指す。ＣＤＲは、抗原のエピトープとの結合を主に担当する。各鎖のＣＤＲは、通常は、Ｎ末端から開始して逐次的に番号付与してＣＤＲ１、ＣＤ２及びＣＤＲ３と呼ばれ、そしてまた、通常は、その特定のＣＤＲが位置する鎖によって定義される。したがって、例えば、ＶＨ ＣＤＲ３は、それが見いだされる抗体の重鎖の可変ドメイン内に位置し、これに対してＶＬ ＣＤＲ１は、それが見いだされる抗体の軽鎖の可変領域からのＣＤＲ１である。異なる軽鎖又は重鎖のフレームワーク領域の配列は、種内で比較的保存される。構成要素軽鎖及び重鎖の複合フレームワーク領域である、抗体のフレームワーク領域は、三次元空間でのＣＤＲの配置決め及び整列に役立つ。

【0076】

ＣＤＲ及びフレームワーク領域のアミノ酸配列は、当技術分野において周知の様々な定義、例えば、カバット（Ｋａｂａｔ）、コチア（Ｃｈｏｔｈｉａ）、国際ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓデータベース（ＩＭＧＴ）、及びＡｂＭを使用して決定することができる（例えば、Ｊｏｈｎｓｏｎら、上掲；Ｃｈｏｔｈｉａ及びＬｅｓｋ、１９８７、Ｃａｎｏｎｉｃａｌ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ ｒｅｇｉｏｎｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ．Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１９６、９０１〜９１７；Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃ．ら、１９８９、Ｃｏｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎ ｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅ ｒｅｇｉｏｎｓ．Ｎａｔｕｒｅ ３４２、８７７〜８８３；Ｃｈｏｔｈｉａ Ｃ．ら、１９９２、ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ ｒｅｐｅｒｔｏｉｒｅ ｏｆ ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ＶＨ ｓｅｇｍｅｎｔｓ Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２７、７９９〜８１７；Ａｌ−Ｌａｚｉｋａｎｉら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ １９９７、２７３（４）を参照されたい）。抗原結合部位の定義は、以下のものにも記載されている：Ｒｕｉｚら、ＩＭＧＴ、ｔｈｅ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ ｄａｔａｂａｓｅ、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．、２８、２１９〜２２１（２０００）；及びＬｅｆｒａｎｃ，Ｍ．−Ｐ．ＩＭＧＴ、ｔｈｅ ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ＩｍＭｕｎｏＧｅｎｅＴｉｃｓ ｄａｔａｂａｓｅ、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．Ｊａｎ １；２９（１）：２０７〜９（２００１）；ＭａｃＣａｌｌｕｍら、Ａｎｔｉｂｏｄｙ ａｎｔｉｇｅｎ ｉｎｔｅｒａｃｔｉｏｎｓ：Ｃｏｎｔａｃｔ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ｂｉｎｄｉｎｇ ｓｉｔｅ ｔｏｐｏｇｒａｐｈｙ、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ、２６２（５）、７３２〜７４５（１９９６）；及びＭａｒｔｉｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８６、９２６８〜９２７２（１９８９）；Ｍａｒｔｉｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ ＥｎｚｙｍｏＬ，２０３、１２１〜１５３（１９９１）；Ｐｅｄｅｒｓｅｎら、Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ、１、１２６（１９９２）；及びＲｅｅｓら、Ｉｎ Ｓｔｅｒｎｂｅｒｇ Ｍ．Ｊ．Ｅ．（編集）、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ．Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、１４１〜１７２（１９９６）。

【0077】

「エピトープ」又は「抗原決定基」は、抗体が結合する抗原上の部位を指す。エピトープは、連続アミノ酸、又はタンパク質の三次折り畳みによって並置された非連続アミノ酸、両方から形成されうる。連続アミノ酸から形成されるエピトープは、変性溶媒に曝露されても概して保持されるが、三次折り畳みによって形成されるエピトープ（不連続エピトープとも呼ばれる）は、変性溶媒で処理されると概して失われる。エピトープは、概して少なくとも３、より通常は少なくとも５又は８〜１０個のアミノ酸を固有の空間立体構造で含む。エピトープの空間立体構造を決定する(determining)方法としては、例えば、Ｘ線結晶解析及び２次元核磁気共鳴が挙げられる。例えば、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ、６６巻、Ｇｌｅｎｎ Ｅ．Ｍｏｒｒｉｓ編（１９９６）を参照されたい。

【0078】

用語「組換え」は、例えば細胞又は核酸、タンパク質若しくはベクターに関して使用する場合、細胞、核酸、タンパク質又はベクターが、異種核酸若しくはタンパク質の導入、又はネイティブ(native)核酸若しくはタンパク質の改変(alteration)、によって修飾されている(modified)こと、或いは細胞が、そのように修飾された細胞に由来する(derived)ことを示す。したがって、例えば、組換え細胞は、ネイティブ（非組み換え）型の細胞内では見いだされない遺伝子を発現するか、又は別様に(otherwise)異常に発現されるか、低発現される(under expressed)か、若しくは全く発現されてないネイティブ遺伝子を発現する。本明細書における用語「組換え核酸」は、本来、in vitroで、一般に、核酸の操作によって、例えばポリメラーゼ及びエンドヌクレアーゼを使用して形成される、通常は自然界に見られない形態の核酸を意味する。このようにして、異なる配列の作動可能な連結が達成される。したがって、直鎖状の形態の単離された核酸、又は正常に連結されないＤＮＡ分子のライゲーション(ligating)によってin vitroで形成された発現ベクターは、両方とも、本発明では組換え体と見なす。一旦組換え核酸が作製され、宿主細胞又は生物に再導入されると、その核酸が非組換え的に、すなわちin vitro操作ではなく宿主細胞のin vivo細胞機構を使用して、複製されることになることは理解しているが、そのような核酸は、一旦組換え産生されれば、後に非組換え的に複製されたとしても、本発明では組換え体となお見なす。同様に、「組換えタンパク質」は、組換え技術を使用して、すなわち、上に示したような組換え核酸の発現によって、製造されるタンパク質である。

【0079】

抗体の重鎖可変領域又は軽鎖可変領域の１、２及び／又は３つのＣＤＲを含む様々な組成物(a variety of compositions)を、当技術分野において公知の手法によって産生されてよい。

【0080】

本明細書に記載するモノクローナル抗体をコードする単離された核酸であって、宿主細胞よって認識される制御配列に場合によっては作動可能に(operably)連結されている核酸；前記核酸を含むベクター及び宿主細胞；並びに前記抗体を産生させるための組換え技術であって、前記宿主細胞を培養して前記核酸を発現させるステップと、場合により、前記宿主細胞培養物又は培養培地から前記抗体を回収するステップとを含む組換え技術も、提供する。

【0081】

目的の免疫グロブリンからの関連アミノ酸配列は、直接タンパク質シークエンシングによって決定できると予想され、コードされる好適なヌクレオチド配列をユニバーサルコドン表に従って設計することができる。或いは、モノクローナル抗体をコードするゲノム又はｃＤＮＡを単離し、そのような抗体を産生する細胞から従来の手順を使用して（例えば、モノクローナル抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子と特異的に結合することができるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）シークエンシングされてよい。クローニングは、標準的手法を使用して行われる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｇｕｉｄｅ、第１〜３巻、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓを参照されたく、この参考文献は参照により本明細書に組み入れられている）。例えば、ｃＤＮＡライブラリーをポリＡ＋ｍＲＮＡ、例えば膜結合型ｍＲＮＡ、の逆転写によって構築し、ヒト免疫グロブリンポリペプチド遺伝子配列に特異的なプローブを使用してそのライブラリーをスクリーニングしてもよい。しかし、一実施形態では、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を使用して、目的の免疫グロブリン遺伝子セグメント（例えば、軽鎖又は重鎖可変セグメント）をコードするｃＤＮＡ（又は完全長ｃＤＮＡの部分）を増幅させる。増幅された配列は、あらゆる好適なベクター、例えば、発現ベクター、ミニ遺伝子ベクター、又はファージディスプレイベクターに、容易にクローニングすることができる。目的の(of interest)免疫グロブリンポリペプチドの何らかの部分の配列を決定することが可能でありさえすれば使用される特定のクローニング方法が重要でないことは理解されると予想される。

【0082】

タンパク質又はペプチドに言及するときの、抗体と「特異的に（又は選択的に）結合する」という語句、又は「と特異的に（又は選択的に）免疫反応性の」という語句は、タンパク質と他の生物学的物質の異種集団中のタンパク質の存在を決定する結合反応を指す。したがって、指定イムノアッセイ条件下では、明記する抗体は、特定のタンパク質配列とバックグラウンドの少なくとも２倍結合し、より典型的にはバックグラウンドの１０〜１００倍より多く（more than 10 to 100 times）結合する。この用語は、ＨＮＬと結合する、特に、配列番号２６のペプチドによって構成される不連続エピトープと結合する、結合剤、抗体又はその機能的断片若しくは誘導体の能力も指す。

【0083】

一部の実施形態では、約１０^−６Ｍ〜１０^−８Ｍの親和性ＫＤでＨＮＬと結合する、単離された抗体又は誘導体又は断片を提供する。

【0084】

本明細書で使用する場合の用語「結合親和性」又は「親和性」は、各抗原−抗体相互作用に関連する平衡解離定数（Ｋ_Ｄ）を指す。一部の実施形態では、本明細書に記載する抗体は、ＨＮＬに対するＫ_Ｄによって測定してｐＨ７．４で１×１０^−６Ｍ以下の範囲、又は下は１０^−１６Ｍ以下（例えば、１０^−６、１０^−７、１０^−８、１０^−９、１０^−１０、１０^−１１、１０^−１２、１０^−１３、１０^−１４、１０^−１５、１０^−１６Ｍ以下）に及ぶ範囲の結合親和性（この場合、より低いＫＤがより良好な親和性を示す）などの、望ましい特性を示す。平衡解離定数は、例えばＢＩＡｃｏｒｅを使用する、溶液平衡アッセイで決定することができる。

【0085】

結合親和性は、速度論的結合速度(kinetic on-rate)（一般に、単位時間当りの濃度、例えばＭ／ｓ、の単位で報告される）で割った速度論的解離速度（kinetic off-rate）（一般に、時間の逆数、例えば秒^−１、の単位で報告される）の比に直接関係づけられる。解離速度分析はin vivoで起こる相互作用を推定することができる。遅い解離速度によって、長期間にわたる、より大きい相互作度が予測されるからである。

【0086】

他の実施形態では、本明細書に記載する抗体は、ＨＮＬに対する特異性を示す、又はＨＮＬと特異的に結合する。本明細書で使用する場合、抗体は、異なるファミリーの他の無関係なタンパク質と比較してＨＮＬに対して有意に高い結合親和性を有し、その結果としてＨＮＬを区別することができる場合、ＨＮＬ「に対して特異的」である、又はＨＮＬ「に特異的に結合する」。一部の実施形態では、そのような抗体は、マウス、ラット又は霊長類(primate)ＨＮＬなどの、他の種のＨＮＬと交差反応することもあるが、他の実施形態では、前記抗体は、ヒトＨＮＬのみと結合する。上述のいずれの抗体も、モノクローナル抗体であることがあり、又はキメラ、ヒト化、若しくはヒト抗体であることがある。一部の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４アイソタイプなどの、ＩｇＧアイソタイプである。

【0087】

別の態様では、本発明の実施形態は、上述の抗体のいずれかをコードするヌクレオチド配列を含む単離された核酸分子、調節制御配列に作動可能に連結されている前記単離された核酸を含む発現ベクター、そのような単離された核酸分子又はベクターを含む宿主細胞、及びそのような宿主細胞を使用して抗体を産生させる方法を含む。そのような産生方法は、核酸が発現されて抗体を産生するために好適な条件下で宿主細胞を培養するステップ、及び場合により、前記宿主細胞又は培養培地から前記抗体を回収するステップを含む。関連実施形態では、上述の方法によって産生される単離された抗体又は作用物質(agent)を提供する。

【0088】

本明細書に記載する実施形態は、上述の結合剤、例えば抗体、のいずれかを含有する組成物、例えば診断用組成物を含む。

【0089】

一部の実施形態では、本発明は、
１）結合剤、例えば、配列番号８〜１３、１４〜１９、及び２０〜２５で示されるようなＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２若しくはＣＤＲＬ３、又はそれらの誘導体、のいずれか１、２、３、４、５又は６つを保持する抗体、
２）結合剤、例えば、ＣＤＲＨ１、ＣＤＲＨ２、ＣＤＲＨ３のすべてを保持し、場合によりそのようなＣＤＲに１つ又は２つの変異を含む抗体であって、配列番号２６に含まれるＨＮＬエピトープとの特異的結合を示す抗体、
３）結合剤、例えば、ＣＤＲＬ１、ＣＤＲＬ２、ＣＤＲＬ３のすべてを保持し、場合によりそのようなＣＤＲに１つ又は２つの変異を含む抗体、場合によりそのようなＣＤＲに１つ又は２つの変異を含む抗体であって、配列番号２６に含まれるＨＮＬエピトープとの特異的結合を示す抗体、
４）結合剤、例えば抗体であって、例えばＸ線結晶解析によって判定して、本明細書に記載の抗体とＨＮＬの同じエピトープに結合する抗体、或いは(or)（例えば、競合的ＥＬＩＳＡ若しくはＢｉａｃｏｒｅによって又は当技術分野において公知の他の方法によって評価して）約７５％より多く、約８０％より多く、又は約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％若しくは９５％より多くが（ヒト）ＨＮＬと結合するための、配列番号２６に含まれるアミノ酸を含む立体構造エピトープに結合する抗体、
に関する。

【0090】

別の態様では、ＨＮＬに対する、特に配列番号２６によって構成されるエピトープに対する、特異的結合親和性を保持する本発明による抗体を変異させる方法を提供する。前記抗体は、そのような方法によって産生される抗ＨＮＬ抗体であることができる。変異の候補残基としては、指向された接触部位、又は抗体−抗原結合界面に沿った電荷間相互作用の形成に寄与する部位である残基が挙げられる。他の候補残基としては、抗体の保存領域内の残基が挙げられる。さらに他の候補残基としては、少なくとも１０％表面露出されており、ＣＤＲ残基の４．５Å（オングストローム）以内にある、フレームワーク残基が挙げられる。さらなる候補残基としては、ＣＤＲ又は選択フレームワーク残基に近接している、アミノ酸の３次元構造モデルの目視検査によって選択されるものが挙げられる。所望のアミノ酸をアミノ酸配列内の単一又は複数の位置で変異させることができる。例えば、単一変異として何らかの差異を示す結合効果を生じさせる変異を二重、三重又はより多重の変異として組み合わせることができる。そのような要領で変異させた抗体を、次に、差異を示す、例えば改善された、結合についてスクリーニングし、そしてその後、他の特性についてさらにスクリーニングすることができる。

【0091】

一態様では、前記抗体の重鎖可変領域内の少なくとも１、２、３、４、５、６つ以上の残基が欠失され、別の残基で置換される。別の態様では、前記抗体の軽鎖可変領域内の少なくとも１、２、３、４、５、６つ以上の残基が欠失され、異なる残基で置換される。一部の態様では、前記抗体の特異的結合活性が維持されることを条件に、前記抗体の軽鎖可変領域からの少なくとも１つの残基及び前記抗体の重鎖可変領域からの少なくとも１つの残基が異なる残基で置換される。

【0092】

一実施形態では、抗体は、配列番号８〜１３、１４〜１９、及び２０〜２５からなる群から選択されるアミノ酸配列の少なくとも１、２、３、４、５つ又はすべてを含む。一部の実施形態では、抗体は、３つの軽鎖ＣＤＲすべて、３つの重鎖ＣＤＲすべて、又は６つＣＤＲすべてを含む。一部の実施形態では、抗体からの２つの軽鎖ＣＤＲを異なる抗体からの第三の軽鎖ＣＤＲと組み合わせることもある。或いは、１つの抗体からのＣＤＲＬ１と異なる抗体からのＣＤＲＬ２及びさらに別の抗体からのＣＤＲＬ３とを、特に前記ＣＤＲが高相同性である場合、組み合わせることができる。同様に、抗体からの２つの重鎖ＣＤＲと異なる抗体からの第三の重鎖ＣＤＲとを組み合わせてもよく、又は１つの抗体からのＣＤＲＨ１と異なる抗体からのＣＤＲＨ２及びさらに別の抗体からのＣＤＲＨ３とを、特に前記ＣＤＲが高相同性である場合に、組み合わせることができる。

【0093】

抗体核酸の１つの源(source)は、目的の抗原で免疫処置した動物からのＢ細胞を得、それを不死細胞と融合させることよって産生された、ハイブリドーマである。或いは、免疫処置した動物のＢ細胞（又は全脾臓）から核酸を単離することができる。抗体をコードする核酸のさらに別の源は、例えばファージディスプレイ技術によって産生された、そのような核酸のライブラリーである。目的のペプチド（peptides）、例えば、所望の結合特性を有する可変領域ペプチドをコードするポリヌクレオチドは、パンニング(panning)などの標準的手法によって同定することができる。

【0094】

免疫グロブリンポリペプチドの全可変領域をコードする配列を決定してもよいが、可変領域の一部分、例えば、ＣＤＲをコードしている部分をシークエンシングするだけで十分にあることもあると予想される。シークエンシングは、標準的手法を使用して行われる（例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｇｕｉｄｅ、第１〜３巻、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、及びＳａｎｇｅｒ，Ｆ．ら（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、７４：５４６３〜５４６７を参照されたく、これらの参考文献は、参照により本明細書に組み入れられている）。クローニングされた核酸の配列を免疫グロブリン遺伝子及びｃＤＮＡの公開配列と比較することにより、当業者は、シークエンシングされた領域に依存して、（ｉ）ハイブリドーマ免疫グロブリンポリペプチド（重鎖のアイソタイプを含む）の生殖細胞系列セグメント使用頻度(usage)と、（ｉｉ）Ｎ領域付加及び体細胞変異プロセスの結果として生ずる配列を含む重鎖及び軽鎖可変領域の配列とを、容易に判定されてよい。１つの免疫グロブリン遺伝子配列情報源は、メリーランド州ベセスダの国立衛生研究所、国立医学図書館、国立生物学情報センターである。

【0095】

本明細書で使用する場合、「単離された」核酸分子又は「単離された」核酸配列は、
（１）天然の核酸源中で同定され、通常は付随する少なくとも１つの混入核酸分子から分離された、又は
（２）バックグラウンド核酸からクローニングされた、増幅された、タグが付けられた、若しくは別様に区別された、
いずれかである核酸分子であり、したがって、目的の核酸の配列を決定する(determined)ことができる。単離された核酸分子は、該核酸分子(it)が自然界で見いだされる形態又は環境(setting)におけるもの以外である。しかし、単離された核酸分子は、抗体を通常に発現する細胞に含有される核酸分子を、例えば、該核酸分子が天然細胞のものとは異なる染色体位置にある場合には含む。

【0096】

一旦単離したら、そのＤＮＡを発現制御配列に作動可能に連結してもよく、又は発現ベクター内に配置してもよく、それをその後、そうしなければ(otherwise)免疫グロブリンタンパク質を産生しない宿主細胞にトランスフェクトして、それらの組換え宿主細胞においてモノクローナル抗体の合成を誘導する。抗体の組換え産生は、当技術分野において周知である。発現制御配列は、特定の宿主生物における作動可能に連結されたコード配列の発現に必要なＤＮＡ配列を指す。原核生物に好適である制御配列としては、例えば、プロモーター、場合によってはオペレーター配列、及びリボソーム結合部位が挙げられる。真核細胞がプロモーター、ポリアデニル化シグナル、及びエンハンサーを利用することは公知である。核酸は、別の核酸配列と機能的関係に置かれているとき、作動可能に連結されている。例えば、プレ配列又は分泌リーダーのＤＮＡは、ポリペプチドの分泌に関与するタンパク質前駆体として発現される場合、ポリペプチドのＤＮＡに作動可能に連結されており、プロモーター若しくはエンハンサーは、コード配列の転写(transcription)に影響を与える場合、コード配列に作動可能に連結されており、又はリボソーム結合部位は、翻訳(translation)を促進する(facilitate)ように位置決めする場合、コード配列に作動可能に連結されている。一般に、作動可能に連結されるは、連結されるＤＮＡ配列が隣接していること、及び分泌リーダーの場合は、隣接しており且つ読み取り相にあることを意味する。しかし、エンハンサーが隣接している必要はない。連結は、従来の制限部位でのライゲーションによって果たされる。そのような部位が存在しない場合、合成オリゴヌクレオチドアダプター又はリンカーが従来の慣例に従って使用される。

【0097】

多くのベクターが当技術分野において公知である。ベクター成分は、シグナル配列（例えば、抗体の分泌を誘導されてよい）、複製起点、１つ又は複数の選択マーカー遺伝子（例えば、抗生物質若しくは他の薬物耐性を付与する、栄養要求性欠損を補う、又は培地で入手できない重要な栄養素を供給されてよい）、エンハンサー要素、プロモーター及び転写終結配列のうちの１つ又は複数を含むことがあり、これらのすべてが当技術分野において周知である。

【0098】

トランスフェクション又は形質転換によってベクターに含まれた遺伝子情報を発現する例示的宿主細胞としては、原核生物、酵母又は高等真核生物（すなわち、多細胞生物）細胞が挙げられる。原核宿主細胞としては、真正細菌、例えばグラム陰性又はグラム陽性生物、例えば、腸内細菌科、例えば大腸菌属、例えば大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）、エンテロバクター属、エルウィニア属、クレブシエラ属、プロテウス属、サルモネラ属、例えばネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）、セラチア属、例えば霊菌（Ｓｅｒｒａｔｉａ ｍａｒｃｅｓｃａｎｓ）、及び赤痢菌属、並びに桿菌、例えば枯草菌（Ｂ．Ｓｕｂｔｉｌｉｓ）及びバチルス・リケニフォルミス（Ｂ．Ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）、シュードモナス属、及びストレプトマイセス属が挙げられる。真核微生物、例えば糸状菌又は酵母は、組換えポリペプチド又は抗体の好適なクローニング又は発現宿主である。出芽酵母（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｃｅｒｅｖｉｓｉａｅ）、又は一般的パン酵母は、下等真核宿主微生物の中で最も一般的に使用されている。しかし、ピキア属、例えばピキア・パストリス（Ｐ．ｐａｓｔｏｒｉｓ）、分裂酵母（Ｓｃｈｉｚｏｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ ｐｏｍｂｅ）；クリベロミセス属、ヤロウイア属；カンジダ属；トリコデルマ・リーシア（Ｔｒｉｃｈｏｄｅｒｍａ ｒｅｅｓｉａ）；アカパンカビ（Ｎｅｕｒｏｓｐｏｒａ ｃｒａｓｓａ）；シュワニオミセス属、例えばシュワニオミセス・オクシデンタリス（Ｓｃｈｗａｎｎｉｏｍｙｃｅｓ ｏｃｃｉｄｅｎｔａｌｉｓ）；並びに糸状菌、例えば、アカパンカビ属、アオカビ属、トリポクラジウム属、並びにコウジカビ属宿主、例えば偽巣性コウジ菌（Ａ．ｎｉｄｕｌａｎｓ）及びクロコウジカビ（Ａ．ｎｉｇｅｒ）などのような、多数の他の属、種及び株が、ここで一般に利用可能であり、有用である。

【0099】

グリコシル化ポリペプチド又は抗体の発現のための宿主細胞は、多細胞生物から誘導され(derived)得る。無脊椎動物細胞の例としては、植物及び昆虫細胞が挙げられる。ツマジロクサヨトウ（Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）（イモムシ）、ネッタイシマカ（Ａｅｄｅｓ ａｅｇｙｐｙ）（蚊）、ヒトスジシマカ（Ａｅｄｅｓ ａｌｂｏｐｉｃｔｕｓ）（蚊）、キイロショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｏｇａｓｔｅｒ）（ショウジョウバエ）、及びカイコ（Ｂｏｍｂｙｘ ｍｏｒｉ）などの宿主からの非常に多くのバキュロウイルス株及びバリアント並びに対応する許容昆虫宿主細胞が同定されている。そのような細胞のトランスフェクションのための様々なウイルス株、例えば、キンウワバ科（Ａｕｔｏｇｒａｐｈａ ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ）ＮＰＶのＬ−Ｉバリアント、及びカイコＮＰＶのＢｍ−５株が、公的に入手可能である。脊椎動物宿主細胞も公的な宿主であり、そのような細胞からのポリペプチド又は抗体の産生は、常例的な手順になっている。有用な哺乳動物宿主細胞株の例は、ＣＨＯＫ１細胞（ＡＴＣＣ ＣＣＬ６１）、ＤＸＢ−１１、ＤＧ−４４及びチャイニーズハムスター卵巣細胞／−ＤＨＦＲを含む、チャイニーズハムスター卵巣細胞（ＣＨＯ、Ｕｒｌａｕｂら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、７４：４２１６（１９８０））；ＳＶ４０によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１系統（ＣＯＳ−７、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １６５１）；ヒト胎児由来腎臓系統（２９３細胞、又は浮遊培養での増殖用にサブクローニングされた２９３ 細胞）［Ｇｒａｈａｍら、Ｊ．Ｇｅｎ Ｖｉｒｏｌ．３６：５９（１９７７）］；ベビーハムスター腎臓細胞（ＢＨＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ １０）；マウスセルトリ細胞（ＴＭ４，Ｍａｔｈｅｒ，Ｂｉｏｌ．Ｒｅｐｒｏｄ．、２３：２４３〜２５１（１９８０））；サル腎臓細胞（ＣＶ１ ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７０）；アフリカミドリザル腎臓細胞（ＶＥＲＯ−７６、ＡＴＣＣ ＣＲＬ− １５８７）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ２）；イヌ腎臓細胞（ＭＤＣＫ、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ３４）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ ３Ａ、ＡＴＣＣ ＣＲＬ １４４２）；ヒト肺細胞（Ｗ １３８、ＡＴＣＣ ＣＣＬ ７５）；ヒト肝細胞癌細胞（Ｈｅｐ Ｇ２、ＨＢ ８０６５）；マウス乳がん（ＭＭＴ ０６０５６２、ＡＴＣＣ ＣＣＬ５１）；ＴＲＩ細胞（Ｍａｔｈｅｒら、Ａｎｎａｌｓ Ｎ．Ｙ Ａｃａｄ．Ｓｃｉ、３８３：４４〜６８（１９８２））；ＭＲＣ ５細胞若しくはＦＳ４細胞；又は哺乳動物骨髄腫細胞である。抗体産生のために宿主細胞を上記核酸若しくはベクターで形質転換し又は宿主細胞に上記核酸若しくはベクターをトランスフェクトし、プロモーターの誘導、形質転換体の選択、又は所望の配列をコードする遺伝子の増幅のために必要に応じて修飾された従来の栄養培地で培養する。加えて、選択マーカーによって隔てられた転写ユニットの複数のコピーを有する、新規ベクター及びトランスフェクト(transfected)細胞株は、抗体の発現に特に有用である。

【0100】

本明細書に記載する抗体の産生に使用する宿主細胞は、様々な培地で培養されてよい。ハムＦ１０（Ｓｉｇｍａ）、最小必須培地（（ＭＥＭ）、Ｓｉｇｍａ）、ＲＰＭＩ−１６４０（Ｓｉｇｍａ）及びダルベッコ変性イーグル培地（（ＤＭＥＭ）、Ｓｉｇｍａ）などの市販の培地は、宿主細胞の培養に好適である。加えて、Ｈａｍら、Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚ．、５８：４４（１９７９）；Ｂａｒｎｅｓら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．、１０２：２５５（１９８０）；米国特許第４，７６７，７０４号、同第４，６５７，８６６号、同第４，９２７，７６２号、同第４，５６０，６５５号若しくは同第５，１２２，４６９号；ＷＯ９０／０３４３０；ＷＯ８７／００１９５；又は米国特許再発行第３０，９８５号に記載されているいずれの培地を宿主細胞のための培養培地として使用してもよい。これらのいずれの培地にも、必要に応じて、ホルモン及び／又は他の増殖因子（例えば、インスリン、トランスフェリン若しくは上皮増殖因子）、塩（例えば、塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム及びリン酸塩）、緩衝液（例えば、ＨＥＰＥＳ）、ヌクレオチド（例えば、アデノシン及びチミジン）、抗生物質（例えば、Ｇｅｎｔａｍｙｃｉｎ（商標）薬）、微量元素（マイクロモル範囲の最終濃度で通常は存在する無機化合物と定義する）、並びにグルコース又は等価のエネルギー源を補足されてよい。他の何らかの必要サプリメントを当業者には公知である適切な濃度で含めることもできる。温度、ｐＨなどのような培養条件は、発現のために選択された宿主細胞に関して以前に使用されたものであり、当業者には明らかである。

【0101】

宿主細胞を培養する際、抗体を細胞内で細胞膜周辺腔において産生させることができ、又は培地に直接分泌させることができる。抗体を細胞内で産生させる場合、第１のステップとして、粒子状デブリ(debris)（宿主細胞又は溶解断片のいずれか）を、例えば遠心分離又は限外濾過によって、除去する。

【0102】

抗体は、例えば、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、陽イオン若しくは陰イオン交換クロマトグラフィー、又はアフィニティーリガンドとして目的の抗原若しくはプロテインＡ若しくはプロテインＧを使用するアフィニティークロマトグラフィーを使用して、精製することができる。プロテインＡは、ヒトγ１、γ２又はγ４重鎖に基づく抗体を精製するために使用することができる（Ｌｉｎｄｍａｒｋら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．６２：１〜１３（１９８３））。プロテインＧは、すべてのマウスアイソタイプに及びヒトγ３に推奨される（Ｇｕｓｓら、ＥＭＢＯ Ｊ．５：１５６７１５７５（１９８６））。アフィニティーリガンドが結合されるマトリックスは、アガロースであることが最も多いが、他のマトリックスも利用可能である。機械的に安定なマトリックス、例えば、細孔制御ガラス又はポリ（スチレンビニル）ベンゼンは、アガロースで達成することができるものより速い流速及び短い処理時間を可能にする。抗体がＣＨ３ドメインを含む場合、Ｂａｋｅｒｂｏｎｄ ＡＢＸ（商標）樹脂（Ｊ．Ｔ．Ｂａｋｅｒ、Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ、ＮＪ．）が精製に有用である。回収すべき抗体に依存して、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ及び硫酸アンモニウム沈殿などの他のタンパク質精製手法も可能である。

【0103】

他のＨＮＬ特異的結合剤は、例えば、抗体からのＣＤＲに基づいて調製することができ、又はヒトＨＮＬへの所望の結合特性を示すペプチド若しくは化合物について多種多様なペプチド若しくは有機化合物のライブラリーをスクリーニングすることによって調製することができる。ＨＮＬ特異的結合剤は、本明細書において開示する１つ又は複数のＣＤＲと少なくとも８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上同一であるアミノ酸配列を含有するペプチドを含む。ＨＮＬ特異的結合剤は、ペプチボディ(peptibodies)をも含む。用語「ペプチボディ」は、少なくとも１つのペプチドに結合している抗体Ｆｃドメインを含む分子を指す。ペプチボディの産生は、２０００年５月４日に公開されたＰＣＴ公開ＷＯ００／２４７８２に一般に記載されている。これらのいずれのペプチボディも、リンカーで又はリンカーなしで、タンデムに（すなわち逐次的に）連結されて(linked)よい。システイニル残基を含有するペプチドと別のＣｙｓ含有ペプチド（これらのいずれか又は両方がビヒクルに連結されていてもよい）を架橋させることがされてよい。１つより多くのＣｙｓ残基を有するあらゆるペプチドが、ペプチド内ジスルフィド結合も形成されてよい。これらのいずれのペプチドも誘導体化されてよい。例えば、カルボキシル末端をアミノ基でキャップしてもよく、システインをキャップしもよく、又はアミノ酸残基をアミノ酸残基以外の部分によって置換してもよい（例えば、Ｂｈａｔｎａｇａｒら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、３９：３８１４〜９（１９９６）、及びＣｕｔｈｂｅｒｔｓｏｎら、Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．、４０：２８７６〜８２（１９９７）を参照されたく、これらの参考文献はそれら全体が参照により本明細書に組み入れられている）。ペプチド配列は、抗体の親和性成熟に類似して、最適化されてよく、或いは別様に(otherwise)アラニンスキャニング又はランダム若しくは定方向変異誘発によって変化させ、その後(followed by)、最良の結合剤を同定するためにスクリーニングしてよい。Ｌｏｗｍａｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｓｔｒｕｃｔ．、２６：４０１〜２４（１９９７）。様々な分子を特異的結合剤構造に、例えば、その特異的結合剤のペプチド部分自体の中に又はペプチド部分とビヒクル部分の間に挿入することが、特異的結合剤の所望の活性を保持したままできる。例えば、Ｆｃドメイン又はその断片、ポリエチレングリコール又は他の関連分子、例えばデキストラン、脂肪酸、脂質、コレステロール基、小さい炭水化物、ペプチド、本明細書に記載の検出可能部分（蛍光剤、放射標識、例えば放射性同位元素を含む）、オリゴ糖、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド、干渉（又は他の）ＲＮＡ、酵素、ホルモンなどのような分子を容易に挿入することができる。この方法での挿入に好適な他の分子は、当業者には分かると予想され、本発明の範囲に包含される。これは、例えば、好適なリンカーによって場合により連結されている、連続する２つのアミノ酸の間への所望の分子の挿入を含む。

【0104】

ＨＮＬに結合する、及び／又は本明細書に記載する例示的抗体を交差遮断する、及び／又はＨＮＬ活性を阻害する抗体又は特異的結合剤を同定する方法も提供する。抗体又は特異的結合剤を当技術分野において公知の方法によって結合親和性についてスクリーニングされてよい。例えば、ゲルシフトアッセイ、ウエスタンブロット、放射標識競合アッセイ、クロマトグラフィーによる共分画、共沈、架橋、ＥＬＩＳＡなどを使用してもよく、これらは、例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（１９９９）Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ、ＮＹに記載されており、この参考文献はその全体が参照により本明細書に組み入れられている。一実施形態では、標的抗原ペプチドへの好適な結合親和性を有する抗体断片又はＣＤＲ（該ＣＤＲ内のアミノ酸に１、２、３つ以上の修飾を有するもの）についてのハイスループットスクリーニングを用いる。本明細書において開示する抗ＨＮＬ抗体は、当業者に周知の手法によって容易に修飾することができる。可能性のある変異としては、１つ又は複数の残基の挿入、欠失又は置換が挙げられる。一部の実施形態では、挿入又は欠失は、約１〜５アミノ酸の範囲、約１〜３アミノ酸の範囲、又は約１若しくは２アミノ酸の範囲である。欠失バリアントは、任意のアミノ酸配列の少なくとも１つのアミノ酸残基が除去されているポリペプチドである。欠失は、タンパク質の一方若しくは両方の末端で果たされることもあり、又はポリペプチドの中の（すなわち内部の）１つ若しくは複数の残基の除去で果たされることもある。欠失バリアントの調製方法は、当技術分野では常例的である。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（１９８９）Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｇｕｉｄｅ、第１〜３巻、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓを参照されたく、この開示はその全体が参照により本明細書に組み入れられている）。

【0105】

アミノ酸配列挿入は、１つの残基から数百以上の残基を含有するポリペプチドまで長さに幅があるアミノ及び／又はカルボキシル末端融合、並びに１つ又は複数の網ノン酸の内部配列挿入を含む。本明細書に記載する様々なバリアントのいずれかと同様に、挿入バリアントは、結果として生ずるポリペプチドが、同じ生物学的特性を保持するように、又はそのペプチドが由来した親ペプチドと関連のない新たな物理的、化学的及び／若しくは生物学的特性を示すように設計することができる。挿入バリアントの調製方法も常例的で有り、当技術分野において周知である（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、上掲）。

【0106】

本明細書に記載する抗ＨＮＬ抗体を含むポリペプチドと異種ポリペプチドとを含む融合タンパク質は、本明細書において企図される挿入バリアントの特異的タイプである。目的のポリペプチドに融合することができる異種ポリペプチドの非限定的な例としては、循環半減期が長いタンパク質、例えば、これに限定されるわけではないが、免疫グロブリン定常領域（例えば、Ｆｃ領域）；目的のポリペプチドの同定を可能にするマーカー配列；目的のポリペプチドの精製を促進する配列；及び多量体タンパク質の形成を促進する配列が挙げられる。抗体融合タンパク質を製造する方法は、当技術分野において周知である。例えば、米国特許第６，３０６，３９３号を参照されたく、この特許文献の開示はその全体が参照により本明細書に組み入れられている。ある特定の実施形態では、キメラｓｃＦｖ抗体を異種タンパク質部分と接続する可動性リンカーを含みうる融合タンパク質が産生される。適切なリンカー配列は、結果として生ずる融合タンパク質の、該タンパク質のＶドメインによって特異的に結合されるエピトープを認識し、該エピトープに結合する能力に、影響を与えないものである（例えば、ＷＯ９８／２５９６５を参照されたく、この特許文献の開示はその全体が参照により本明細書に組み入れられている）。

【0107】

置換バリアントは、ポリペプチドアミノ酸配列内の少なくとも１つの残基が除去され、異なる残基がその位置に挿入されているものである。抗体の生物学的特性の修飾は、（ａ）置換領域におけるポリペプチド骨格の構造、例えば、シート若しくはらせん立体構造のような構造、（ｂ）分子の標的部位における電荷若しくは疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩、の維持に対するそれらの効果の点で有意に異ならない置換を選択することによって果たされる。ある特定の実施形態では、置換変異体を設計し、すなわち、１つ又は複数の特定の（ランダムの対語として）アミノ酸残基を特定のアミノ酸残基で置換する。これらのタイプの典型的な変化は、保存的置換、及び／又はネイティブ残基と置換する残基の類似した特性に基づく、ある残基の別の残基での置換を含む。

【0108】

保存的置換を下に示す。最も保存的な置換は、「好ましい置換」の見出しの下にある。そのような置換が生物学的活性の変化をもたらさない場合には、より実質的な変化を導入し、生成物をスクリーニングしてもよい。

原型 例示的 好ましい置換
Ａｌａ（Ａ） ｖａｌ；ｌｅｕ；ｉｌｅ； ｖａｌ
Ａｒｇ（Ｒ） ｌｙｓ；ｇｌｎ；ａｓｎ； ｌｙｓ
Ａｓｎ（Ｎ） ｇｌｎ；ｈｉｓ；ａｓｐ，ｌｙｓ； ｇｌｎ；ａｒｇ
Ａｓｐ（Ｄ） ｇｌｕ；ａｓｎ ｇｌｕ
Ｃｙｓ（Ｃ） ｓｅｒ；ａｌａ ｓｅｒ
Ｇｌｎ（Ｑ） ａｓｎ；ｇｌｕ ａｓｎ
Ｇｌｕ（Ｅ） ａｓｐ；ｇｌｎ ａｓｐ
Ｇｌｙ（Ｇ） ａｌａ
Ｈｉｓ（Ｈ） ａｓｎ；ｇｉｎ；ｌｙｓ；ａｒｇ
Ｉｌｅ（Ｉ） ｌｅｕ；ｖａｌ；ｍｅｔ；ａｌａ；ｌｅｕ；
ｐｈｅ；ノルロイシン ｌｅｕ
Ｌｅｕ（Ｌ） ノルロイシン；ｉｌｅ；ｖａｌ；ｍｅｔ；
ａｌａ；ｐｈｅ ｉｌｅ
Ｌｙｓ（Ｋ） ａｒｇ；ｇｌｎ；ａｓｎ ａｒｇ
Ｍｅｔ（Ｍ） ｌｅｕ；ｐｈｅ；ｉｌｅ ｌｅｕ
Ｐｈｅ（Ｆ） ｌｅｕ；ｖａｌ；ｉｌｅ；ａｌａ；ｔｙｒ
Ｐｒｏ（Ｐ） ａｌａ
Ｓｅｒ（Ｓ） ｔｈｒ
Ｔｈｒ（Ｔ） ｓｅｒ
Ｔｒｐ（Ｗ） ｔｙｒ；ｐｈｅ ｔｙｒ
Ｔｙｒ（Ｙ） ｔｒｐ；ｐｈｅ；ｔｈｒ；ｓｅｒ ｐｈｅ
Ｖａｌ（Ｖ） ｉｌｅ；ｌｅｕ；ｍｅｔ；ｐｈｅ；ａｌａ；
ノルロイシン ｌｅｕ

【0109】

共通の側鎖特性を共有するアミノ酸残基は、多くの場合、次のように分類される：
（１）疎水性：ノルロイシン、ｍｅｔ、ａｌａ、ｖａｌ、ｌｅｕ、ｉｌｅ、
（２）中性親水性：ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｈｒ、
（３）酸性：ａｓｐ、ｇｌｕ、
（４）塩基性：ａｓｎ、ｇｌｎ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、ａｒｇ、
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：ｇｌｙ、ｐｒｏ、及び
（６）芳香族：ｔｒｐ、ｔｙｒ、ｐｈｅ。

【0110】

ある特定の場合、抗体バリアントは、エピトープ結合に直接関与するアミノ酸残基を修飾する目的で調製される。他の実施形態では、エピトープ結合に直接関与しない残基又はエピトープ結合にいかなる形でも関与しない残基の修飾が、本明細書で論ずる目的には望ましい。あらゆるＣＤＲ領域及び／又はフレームワーク領域内での変異誘発が企図される。

【0111】

どの抗体アミノ酸残基がエピトープ認識及び結合に重要であるのかを決定するために、アラニンスキャニング変異誘発を行って置換バリアントを産生させる。例えば、Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４４：１０８１〜１０８５（１９８９）を参照されたく、この参考文献の開示はその全体が参照により本明細書に組み入れられている。この方法では、個々のアミノ酸残基をアラニン残基で一度に置換し、得られた抗ＨＮＬ抗体をその特異的エピトープに結合するその能力について非修飾抗体と比較してスクリーニングする。結合能が低減された修飾抗体をシークエンシングして、どの残基が変化したのかを判定し、その結果が、結合又は生物学的特性の点でのその有意性を示す。

【0112】

抗体の置換バリアントは、ランダムアミノ酸変化が親抗体配列に導入される親和性成熟によって調製することができる。例えば、Ｏｕｗｅｈａｎｄら、Ｖｏｘ Ｓａｎｇ ７４（補遺２）：２２３〜２３２、１９９８；Ｒａｄｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：８９１０〜８９１５、１９９８；ＤａｌｌＡｃｑｕａら、Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ、８：４４３〜４５０、１９９８を参照されたく、これらの参考文献の開示はそれら全体が参照により本明細書に組み入れられている。親和性成熟は、抗ＨＮＬ抗体又はそれらのバリアントの調製し、スクリーニングすること、及び得られたバリアントから、親抗ＨＮＬ抗体と比較して増加された結合親和性などの修飾された生物学的特性を有するものを選択することを含む。置換変異体を生成するための便利な方法は、ファージディスプレイを用いた親和性成熟である。簡単に言うと、幾つかの超可領域部位を変異させて各部位で可能なすべてのアミノ酸置換を生じさせる。このようにして産生されたバリアントは、繊維状ファージ粒子の表面で、各粒子内にパッケージングされたＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物への融合物として、一価型で発現される。その後、それらのファージディスプレイしたバリアントをそれらの生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングする。例えば、ＷＯ９２／０１０４７、ＷＯ９３／１１２３６６、ＷＯ９５／１５３８８及びＷＯ９３／１９１７２を参照されたい。

【0113】

現行の(current)抗体親和性成熟法は、確率的及び非確率的である２つの変異誘発カテゴリーに属する。エラープローン(error prone)ＰＣＲ、ミューテーター細菌株（Ｌｏｗら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６０、３５９〜６８、１９９６）、及び飽和変異誘発（Ｎｉｓｈｉｍｉｙａら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２７５：１２８１３〜２０、２０００；Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ，Ｐ．Ｓ．、Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．１７８、２６９〜８５、２００２）は、確率的変異誘発法の典型的な例である（Ｒａｊｐａｌら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１０２，８４６６〜７１、２００５）。非確率的手法は、多くの場合、アラニンスキャニング又は定方向変異誘発を使用して特定の突然変異タンパク質の限定コレクションを産生させる。一部の方法を下でさらに詳細に説明する。組換え抗体の親和性成熟は、漸減量の抗原の存在下での候補抗体の数ラウンドのパンニングによって一般に行われる。ラウンドごとに抗原量を減少させることで抗原への最も高い親和性を有する抗体を選択することにより、出発物質の大きいプールから高親和性の抗体が得られる。パンニングによる親和性成熟は、当技術分野において周知であり、例えば、Ｈｕｌｓら（Ｃａｎｃｅｒ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒ．５０：１６３〜７１、２００１）に記載されている。ファージディスプレイ技術を使用する親和性成熟法は、本明細書の他の箇所で説明しており、当技術分野において公知である（例えば、Ｄａｕｇｈｅｒｔｙら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ、９１：２０２９〜３４、２０００を参照されたい）。

【0114】

ルックスルー変異誘発（Look-through mutagenesis,ＬＴＭ）（Ｒａｊｐａｌら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．１０２：８４６６〜７１、２００５）は、抗体結合部位の容易なマッピング方法を提供する。ＬＴＭのために、２０の天然アミノ酸によって提供される主要側鎖化学的要素の代表を選択して、抗体の６つすべてのＣＤＲ内のあらゆる位置での結合へのその機能性側鎖の寄与を精査する。ＬＭＴは、各「野生型」残基が９つの選択されたアミノ酸の１つによって系統的に置換される、ＣＤＲ内の一連の位置の単一変異である。変異したＣＤＲを組み合わせて、すべての突然変異タンパク質の定量的提示に対して抑止的になることなく複雑性及びサイズが漸増するコンビナトリアル一本鎖可変断片（ｓｃＦｖ）ライブラリーを産生させる。陽性選択後、結合が向上したクローンをシークエンシングし、有益な変異をマッピングする。

【0115】

エラープローンＰＣＲは、異なる選択ラウンド間の核酸のランダム化を含む。ランダム化は、使用するポリメラーゼの固有のエラー率によって低速で起こるが、転写中に高い固有エラー率を有するポリメラーゼ（Ｈａｗｋｉｎｓら、Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２２６：８８９〜９６、１９９２）を使用するエラープローンＰＣＲによってそれを増進することができる（Ｚａｃｃｏｌｏら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８５：７７５〜７８３、１９９９）。変異サイクル後、抗原に対する親和性が向上したクローンを、当技術分野における常例的方法を使用して選択する。

【0116】

遺伝子シャフリング及び定向進化を利用する手法を使用して、抗ＨＮＬ抗体又はそれらのバリアントを調製し、所望の活性についてスクリーニングしてもよい。例えば、Ｊｅｒｍｕｔｕｓら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．、９８（１）：７５〜８０（２００１）には、リボソームディスプレイに基づく、目的に合わせたｉｎ ｖｉｔｒｏ選択戦略を、ＤＮＡシャフリングによるｉｎ ｖｉｔｒｏ多様化と併用して、ｓｃＦｖの解離速度安定性又は熱力学的安定性を発生させたことが示されており；Ｆｅｒｍｅｒら、Ｔｕｍｏｕｒ Ｂｉｏｌ．２００４ Ｊａｎ−Ａｐｒ；２５（１〜２）：７〜１３には、ファージディスプレイとＤＮＡシャフリングの併用が親和性をほぼ３桁(three orders of magnitude)分上昇させたことが報告されている。Ｄｏｕｇｈｅｒｔｙら、Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ．２０００ Ｆｅｂ．２９；９７（５）：２０２９〜２０３４には、（ｉ）機能的クローンが超変異ライブラリーにおいて予想外に高い頻度で発生すること、（ｉｉ）機能獲得型変異体がそのようなライブラリーにおいて十分に説明されること、及び（ｉｉｉ）より高い親和性をもたらすｓｃＦＶ変異の大多数が結合部位から離れている残基に対応することが報告されている。

【0117】

或いは、又は加えて、抗原−抗体複合体の結晶構造を分析して抗体と抗原との接触点を同定すること又はコンピュータソフトウェアを使用してそのような接触点をモデル化することは、有益でありうる。そのような接触残基及び隣接残基は、本明細書において詳述する手法による置換の候補である。そのようなバリアントを産生させたら、それらを本明細書に記載のスクリーニングに付し、１種又は複数の適切なアッセイで優れた特性を有する抗体をさらなる開発のために選択されてよい。

【0118】

別の態様では、試料中のヒトＨＮＬを検出する方法であって、ヒトからの試料と上述の抗体のいずれかとを、前記抗体とヒトＨＮＬの結合を可能にする条件下で接触させるステップ、及び結合した抗体を検出するステップを含む方法を提供する。一実施形態では、ＨＮＬに対する一次抗体を捕捉試薬として固体支持体上に固定化し、ＨＮＬに対する二次抗体を検出試薬として使用する。関連態様では、結合した抗体の量を測定することによって、試料中のＨＮＬの量を定量する。前記検出方法は、ＨＮＬ関連障害を診断する方法、炎症性疾患を非炎症性疾患と識別する方法、及び抗ＨＮＬ抗体で治療をモニターする方法を含む、様々な診断、予後予測及びモニタリング方法に使用することができる。そのような方法では、ある一定の閾より上のＨＮＬレベルは、ＨＮＬ関連障害の存在と相関性があり、その一方で前記閾より下のレベルは、患者がＨＮＬ関連障害に罹患している可能性が低いことを示す。同様に、ある一定の閾より上のＨＮＬレベルは、細菌感染症の存在と相関性があり、その一方で前記閾より下のレベルは、患者が細菌感染症に罹患している可能性が低いことを示す。細菌感染症の存在又は不在を決定するために、患者からの生体試料と本明細書において開示する抗ＨＮＬ抗体の１つ又は複数とを、免疫複合体の形成を可能にするのに十分な条件下で及び十分な時間にわたって接触させる。その後、生体試料中の抗ＨＮＬ抗体とＨＮＬとで形成された免疫複合体を検出する。抗体とＨＮＬとで形成された免疫複合体の量を測定することによって、試料中のＨＮＬの量を定量する。ある特定の方法の中で、生体試料が患者から単離され、本明細書において開示する抗ＨＮＬ抗体の１つ又は複数とともにインキュベートされ、ある特定の閾(threshold)より上の抗体ＨＮＬ複合体レベルは、細菌感染症の存在と相関性があり、前記閾より下のレベルは、患者が細菌感染症に罹患している可能性が低いことを示す。

【0119】

細菌感染症と闘うことを目的にした治療の開始後、治療中又は治療後のＨＮＬの存在について患者を再検査することを含む治療のモニタリングについては、ある特定の閾より下のＨＮＬレベルは、その治療（薬物及び／又は用量）が有効であることを示し、前記閾より上のレベルは、その治療が有効でないことを示す。したがって、本発明の実施形態は、細菌感染症に罹患している疑いが有る対象を（再）処置する（すなわち、異なる時点でＨＮＬを測定する）方法であって、
− 前記結合剤の存在下で試料をインキュベートするステップ、
− 場合により、未結合試料物質を洗浄除去するステップ、
− 細菌感染症に罹患している疑いがあるか又は細菌感染症が確認されており、抗生物質治療を受けている対象からの試料中のＨＮＬのレベルを測定するステップ、
− 場合により、ステップｃ）で測定されたＨＮＬのレベルを、
（ｉ）健常対象、
（ｉｉ）細菌感染症に罹患していることが分かっている対象
から場合により得た、１つ又は複数の対照試料と比較するステップ、
さらに場合により、ステップｃ）で測定されたＨＮＬのレベルを、健常対象及び／若しくは細菌感染症の対象を示す１つ若しくは複数の正規化対照ＨＮＬ値、並びに／又は処置前の患者からの試料におけるＨＮＬのレベルと比較するステップ、
を含み、
細菌性疾患と診断された対象からの試料中のＨＮＬのレベルを抗菌処置開始後の少なくも１つのさらなる時点で判定し、場合により、前記分析を反復するステップ、及びさらに場合により、抗菌治療前、その間及び／又はその後のＨＮＬレベルを比較するステップを含む方法を提供する。

【0120】

本発明の別の実施形態では、前記対象が、敗血症の原因となる細菌及び／又は抗生物質耐性菌の保菌者と同定された場合に、例えば特異的抗生物質での、抗菌処置の効率のよさ又は効率の悪さをモニターする方法を提供する。

【0121】

本明細書において開示する方法のいずれにおいても、好ましくはＮ−ホルミルペプチド、より好ましくはトリペプチドｆＭＬＰである予備活性化物質を使用して、検査方法の感度を増加させる。プロテインＡの使用も想定することが好ましい。本発明は、リポ多糖（ＬＰＳ）、血小板活性化因子、非メチル化ＣｐＧオリゴヌクレオチド、又は腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）などの、さらなる代替好中球活性化因子の使用をさらに想定している。これらの活性化因子を単独で使用してもよく、又はあらゆる組合せで、例えば、ｆＭＬＰ及び／若しくはプロテインＡ及び／若しくはリポ多糖（ＬＰＳ）及び／若しくは血小板活性化因子及び／若しくは腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）の形態で、例えば、プロテインＡとの組合せでｆＭＬＰ、ＬＰＳとの組合せでｆＭＬＰ、血小板活性化因子との組合せでｆＭＬＰ、非メチル化ＣｐＧオリゴジヌクレオチドとの組合せで若しくはＴＮＦなどとの組合せでｆＭＬＰなどを使用してよい。ＬＰＳとの組合せでプロテインＡ、血小板活性化因子との組合せでプロテインＡ、非メチル化ＣｐＧオリゴジヌクレオチドとの組合せで、若しくはＴＮＦとの組合せでプロテインＡ、又は上述の任意の他の活性化因子との組合せでＬＰＳ、又は上述の任意の他の活性化因子との組合せで非メチル化ＣｐＧオリゴジヌクレオチド、又は上述の任意の他の活性化因子との組合せでＴＮＦなどの、活性化因子のさらなる組合せも想定される。好ましい実施形態では、活性化因子は、ｆＭＬＰ、又は上述の他の活性化因子の１つ若しくは複数との組合せである。

【0122】

細菌感染症を非細菌感染症と識別する(differentiating)方法も提供する。当技術分野において公知の様々なイムノアッセイを使用することができ、そのようなイムノアッセイは、これらに限定されるものではないが、以下のもの含む：ラジオイムノアッセイ、ＥＬＩＳＡ（酵素結合免疫吸着測定法）、「サンドイッチ」イムノアッセイ、免疫放射定量測定法、ゲル拡散沈殿反応、免疫拡散アッセイ、in situイムノアッセイ（例えば、コロイド金、酵素又は放射性同位元素標識を使用するもの）、ウエスタンブロット、沈殿反応、凝集アッセイ（例えば、ゲル凝集アッセイ、赤血球凝集アッセイ）、免疫蛍光アッセイ、プロテインＡアッセイ及び免疫電気泳動アッセイなどのような手法を使用する、競合及び非競合アッセイシステム、並びに例えば、目的の分析物の磁性ベースの分離を含む分析物検出用デバイス（例えば、ＷＯ２００８／０７２１５６、ＷＯ２００８／１０２２１８、ＷＯ２０１０／０３５２０４及びＷＯ２０１１／０３６６３８において開示されているデバイス（前記特許文献はそれら全体が本明細書に組み入れられている））。一実施形態では、一次抗体の標識を検出することによって、抗体結合を検出する。別の実施形態では、一次抗体との二次抗体又は試薬の結合を検出することによって、一次抗体を検出する。さらなる実施形態では、二次抗体を標識する。イムノアッセイで結合を検出するための多くの手段が当技術分野において公知であり、そのような手段は本発明の範囲内である。抗体：Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅによるＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８８）若しくはより最新版；イムノアッセイ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ、Ｇｏｓｌｉｎｇ，Ｊ．Ｐ．（編）（２００１）若しくはより最新版、及び／又は定期的に改定されるＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｕｓｕｂｅｌら）。そのようなアッセイの例は、表面又はマトリックスに抗体を結合させ、患者血清を添加し、複合体が形成される時間、放置し、未結合複合体を除去するために好適な洗浄手順に付し、その後、二次抗体を添加して複合体の検出を可能にする（サンドイッチＥＬＩＳＡ）、又はＨＮＬの検出可能バージョンを添加して抗体表面の空いているＨＮＬ結合部位の検出を可能にする（競合ＥＬＩＳＡ）ことを通常は含む。上述の方法によって検出して、ある一定の閾より上のＨＮＬレベルは、炎症性疾患の存在と相関性があり、前記閾より下のレベルは、患者が炎症性疾患に罹患している可能性が低いことを示す。患者は、ＨＮＬレベルが正常範囲内にある場合、細菌感染病に罹患している可能性が低い。患者は、ＨＮＬレベルが正常範を超える場合、細菌性疾患に罹患している可能性が高い。

【0123】

一部の実施形態では、患者から得た生体試料をＨＮＬレベルについて検査する。生体試料を本明細書において開示する抗ＨＮＬ抗体の１つ又は複数とともに、免疫複合体の形成を可能にするのに十分な条件下で及び十分な時間にわたってインキュベートする。その後、ＨＮＬと、該ＨＮＬと特異的に結合する生体試料中の抗体とで形成された免疫複合体を検出する。そのような方法の中で使用するための生体試料は、ＨＮＬを含有すると予想される患者から得られるいずれの試料であってもよい。好適な生体試料としては、血液、血清、血漿、尿、脳脊髄液（ＣＳＦ）及び骨髄が挙げられる。好適な抗体は、ヒト細胞、齧歯動物、ウサギ、ヤギ、ラクダ又は他のあらゆる種からの抗体を含む。

【0124】

生体試料を反応混合物中の抗体とともに、ＨＮＬとＨＮＬに免疫特異的である抗体との免疫複合体の形成を可能にするのに十分な条件下で及び十分な時間にわたってインキュベートする。インキュベーション後、反応混合物を免疫複合体の存在について検査する。抗ＨＮＬ抗体と生体試料中に存在するＨＮＬとで形成された免疫複合体の検出は、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）及び酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）などの様々な公知手法によって果たすことができる。好適なアッセイは当技術分野において周知であり、科学及び特許文献（Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ、１９８８）に十分に記載されている。使用できるアッセイとしては、二重モノクローナル抗体サンドイッチイムノアッセイ法（米国特許第４，３７６，１１０号）；モノクローナル−ポリクローナル抗体サンドイッチアッセイ（Ｗｉｄｅ Ｌ．、「Ｓｏｌｉｄ Ｐｈａｓｅ Ａｎｔｉｇｅｎ−Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ」、Ｒａｄｉｏｉｍｍｕｎｏａｓｓａｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ：Ｅｕｒｏｐｅａｎ Ｗｏｒｋｓｈｏｐ Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ １５〜１７ １９７０ Ｅｄｉｎｂｕｒｇｈ、Ｋｉｒｋｈａｍ及びＨｕｎｔｅｒ編（Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎ、Ｅｄｅｎｂｕｒｇｈ、（１９７１））４０５〜４１２頁）；「ウエスタンブロット」法（米国特許第４，４５２，９０１号）；標識リガンドの免疫沈降法（Ｂｒｏｗｎら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．４９８０〜４９８３、１９８０）；酵素結合免疫吸着測定法；蛍光色素の使用を伴う免疫細胞化学的手法（Ｂｒｏｏｋｓら、ＣＨｎ．Ｅｘｐ．Ｉｍｍｕｎｏｌ、３９：４７７、１９８０）；及び活性の中和（Ｂｏｗｅｎ− Ｐｏｐｅら、Ｓｃｉｅｎｃｅ、２２６：７０１〜７０３、１９８４）が挙げられるが、これらに限定されない。他のイムノアッセイとしては、米国特許第３，８５０，７５２号、同第３，９０１，６５４号、同第３，９３５，０７４号、同第３，９８４，５３３号、同第３，９９６，３４５号、同第４，０３４，０７４号及び同第４，０９８，８７６号に記載されているものが挙げられるが、これらに限定されない。検出のために、抗ＨＮＬ抗体を標識してもよく、又はしなくてもよい。非標識抗体は、凝集アッセイで使用されることがあり、又は免疫複合体と結合する標識された検出試薬（例えば、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロテインＡ若しくはレクチン及び二次抗体、若しくはＨＮＬと特異的に結合する抗体と結合することができるその抗原結合断片）と併用されることもある。抗ＨＮＬ抗体を標識する場合、レポーター基は、放射性同位元素、蛍光基（例えば、フルオレセイン又はローダミン）、発光基、酵素、ビオチン及び染料粒子をはじめとする、当技術分野において公知のいずれの好適なレポーター基であってもよい。それら自体を直接検出することができる標識としては、蛍光若しくは発光染料、金属若しくは金属キレート、電気化学的標識、放射性核種（例えば、３２Ｐ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ若しくは１３１Ｉ）、磁性標識若しくは磁性ビーズ（例えば、ＤＹＮＡＢＥＡＤＳ）、常磁性標識、又は比色分析用標識（例えば、コロイド金、着色ガラス若しくはプラスチックビーズ）が挙げられる。そのような検出可能な標識を、抗ＨＮＬ抗体若しくは検出試薬と直接結合させてもよく、又は抗ＨＮＬ抗体若しくは検出試薬に結合されたビーズ若しくは粒子と会合させてもよい。標識された特異的結合パートナーの結合によって検出することができる標識としては、ビオチン、ジゴキシゲニン、マルトース、オリゴヒスチジン、２，４−ジニトロベンゼン、フェニルアルセネート、ｓｓＤＮＡ又はｄｓＤＮＡが挙げられる。検出可能な反応生成物の生成によって間接的に検出することができる間接的標識としては、適切な基質を切断して着色又は蛍光反応生成物を形成する、当技術分野において周知の様々な酵素、例えば、アルカリホスファターゼ、ホースラディッシュペルオキシダーゼ、β−ガラクトシダーゼ、キサンチンオキシダーゼ、グルコースオキシダーゼ若しくは他の糖類オキシダーゼ、又はルシフェラーゼが挙げられる。

【0125】

ある特定のアッセイの中で、非標識抗ＨＮＬ抗体は、生体試料の中のＨＮＬを捕捉する「捕捉剤」（又は試薬）として使用するために、固体支持体上に固定化される。固体支持体は、抗体が結合されうる、当業者に公知のいずれの物質であってもよい。例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートの検査ウェルであってもよく、又はニトロセルロース若しくは他の好適な膜であってもよい。或いは、支持体は、ガラス、ガラス繊維、ラテックス又はプラスチック材料、例えばポリエチレン、ポリプロピレン、ポリスチレン若しくはポリ塩化ビニル、又は多孔性マトリックスなどの、チューブ、ビーズ、粒子又はディスクであってもよい。他の材料としては、アガロース、デキストラン、ポリアクリルアミド、ナイロン、セファデックス、セルロース又は多糖が挙げられる。支持体は、例えば米国特許第５，３５９，６８１号に開示されているものなどの、磁性粒子又は光ファイバーセンサーであってもよい。固定化される抗ＨＮＬ抗体は、ポリクローナル抗体であってもよく、１つ若しくは複数の抗体、例えば本明細書に記載するものであってもよく、又はポリクローナル抗体と１つ若しくは複数のモノクローナル抗体との組合せであってもよい。抗体は、特許及び科学文献に十分に記載されている、当業者には公知の様々な手法を使用して、固体支持体に固定化されてよい。本発明に関して、用語「固定化」は、吸着などの非共有結合性会合と、共有結合（抗原と支持体上の官能基との直接的連結であってもよく、又は架橋剤による連結であってもよい）の両方を指す。マイクロタイタープレートのウェルへの又は膜への吸着による固定化が企図される。そのような場合、吸着は、好適な緩衝液中で抗ＨＮＬ抗体を固体支持体と好適な時間接触させることによって達成されてよい。接触時間は、温度によって変わるが、通常は約１時間〜約１日の間である。一般に、適切な量のペプチドを固定化するには、（ポリスチレン又はポリ塩化ビニルを含む）プラスチック製マイクロタータープレートのウェルを約１０ｎｇ〜約１０μｇ、約１００ｎｇ〜約１μｇの範囲の量のペプチドと接触させるので十分である。固定化後、支持体上の残存タンパク質結合部位を通常はブロックする。ウシ血清アルブミン、Ｔｗｅｅｎ（商標）２０（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、Ｍｏ．）、熱失活正常ヤギ血清（ＮＧＳ）、又はＢＬＯＴＴＯ（保存薬、塩及び消泡剤も含有する、脱脂粉乳の緩衝溶液）をはじめとする、当業者に公知の任意の好適なブロッキング剤を使用することができる。その後、支持体を、ＨＮＬを含有する疑いがある生体試料とともにインキュベートする。試料は、未希釈で利用することができ、又は、より多くの場合、希釈すること、通常は、ＢＳＡ、ＮＧＳ若しくはＢＬＯＴＴＯなどの少量（０．１重量％〜５．０重量％）のタンパク質を含有する緩衝溶液で希釈することができる。一般に、適切な接触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、ＨＮＬを含有する試料の中のＨＮＬに免疫特異的である抗体又は抗原結合断片の存在を検出するのに十分である期間である。一部の実施形態では、接触時間は、結合した抗体又は抗体断片と未結合の抗体又は抗体断片との平衡時に達成されるものの少なくとも約９５％である結合レベルを達成するのに十分な時間である。ある期間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって、平衡の達成に必要な時間を容易に決定されてよいということは、当業者には理解されると予想される。室温で、約１０〜３０分のインキュベーション時間で一般には十分である。

【0126】

その後、０．１％Ｔｗｅｅｎ（商標）２０を含有するＰＢＳなどの、適切な緩衝液で固体支持体を洗浄することによって、未結合試料を除去できる。その後、（捕捉剤と試料からのＨＮＬの結合によって形成された）免疫複合体中のＨＮＬと結合する検出試薬を添加できる。そのような検出試薬は、ポリクローナル抗体であってもよく、１つ若しくは複数の抗体、例えば本明細書に記載するものであってもよく、又はポリクローナル抗体と、１つ若しくは複数のモノクローナル抗体、例えば本明細書に記載するもの若しくは任意の抗体のＦａｂ画分、との組合せであってもよい。検出試薬は、直接標識されることがあり、すなわち、少なくとも第１の検出可能な標識又は「レポーター」分子を含む。或いは、検出試薬は、非標識抗ＨＮＬ抗体であることもある。その場合、この非標識抗ＨＮＬ（一次）抗体は、該一抗体と標識された二次抗体又は試薬の結合を検出することによって検出される。例えば、一次抗体がマウス免疫グロブリンである場合、二次抗体は、標識された抗マウス免疫グロブリン抗体でありうる。同様に、一次抗体がウサギ免疫グロブリンである場合、二次抗体は、標識された抗ウサギ免疫グロブリン抗体でありうる。

【0127】

検出試薬を免疫複合体とともに、結合した抗体又はその抗原結合断片を検出するのに十分な量の(an amount of)時間インキュベートする。適切な量の時間は、一般に、ある期間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって決定されてよい。その後、未結合の標識又は検出試薬を除去し、結合した標識又は検出試薬を、好適なアッセイ又は分析機器を使用して検出する。レポーター基の検出に用いる方法は、そのレポーター基の性質に依存する。放射性標識には、シンチレーション測定又はオートラジオグラフィー法が一般に適している。分光法を使用して、染料、発光又は化学発光部分及び様々な色素原、蛍光標識などを検出してもよい。ビオチンは、様々なレポーター基（一般に放射性基、蛍光基又は酵素）に連結されたアビジンを使用して検出されてよい。酵素レポーター基（ホースラディッシュペルオキシダーゼ、［ベータ］−ガラクトシダーゼ、アルカリホスファターゼ及びグルコースオキシダーゼを含む）は、一般に、基質の（一般に、特定の期間にわたっての）添加、その後の生成物の分光分析又は他の分析によって検出されてよい。用いられる特定の方法に関係なく、バックグラウンド（すなわち、正常なＨＮＬレベルを有する個体から得た生体試料について観察されるレベル）より少なくとも２倍大きい、結合した検出試薬のレベルは、ＨＮＬの発現に関連する障害の存在を示す。

【0128】

代替実施形態では、試料及び検出試薬を、後に添加するのではなく、捕捉剤と同時に接触させることがある。さらに別の代替実施形態では、試料及び検出試薬をプレインキュベートし、その後、捕捉剤に添加することもある。他の変形形態は、当業者には容易に分かる。

【0129】

別の実施形態では、試料中に存在するＨＮＬの量を競合結合アッセイによって決定する。競合結合アッセイは、限られた量の抗ＨＮＬ抗体との結合について検査試料分析物（ＨＮＬポリペプチド）と競合する標識標準物質（例えば、ＨＮＬポリペプチド、又はその免疫反応性の部分）の能力に依存する。遊離ＨＮＬと結合ＨＮＬの分離後、結合／未結合ＨＮＬの既知標準物質に対する比を関係づけることによってＨＮＬを定量する。試験試料中のＨＮＬポリペプチドの量は、抗体に結合する標準物質量に反比例する。結合される標準物質の量の決定を容易にするために、抗体は、典型的には固体支持体上に固定化され、それにより、抗体に結合した標準物質及び検体が、非結合のままである標準物質及び検体から都合よく分離され得る。したがって、そのような実施形態において、生物学的試料を標識成熟ＨＮＬ（又はＨＮＬの抗原性を保持するその標識されたフラグメント）及び成熟ＨＮＬに結合する抗体と接触させ、且つ、形成された抗体標識ＨＮＬ複合体の量を検出することも企図される。

【0130】

固体支持体又は検出可能な標識との複合体の調製は、化学的架橋剤の使用を含むことが多い。架橋試薬は少なくとも２つの反応性基を含有し、一般に、（同一の反応性基を含有する）ホモ官能性架橋剤と（同一でない反応性基を含有する）ヘテロ官能性架橋剤とに分けられる。アミン、スルフヒドリルによって連結するか又は非特異的に反応するホモ官能性架橋剤は、多くの商業的供給源から入手可能である。マレイミド、アルキル及びアリールハリド、アルファ−ハロアシル、並びにピリジルジスルフィドは、チオール反応性基である。マレイミド、アルキル及びアリールハリド並びにアルファ−ハロアシルは、スルフヒドリルと反応してチオエーテル結合を形成し、これに対してピリジルジスルフィドは、スルフヒドリルと反応して混合ジスルフィドを生成する。このピリジルジスルフィド生成物は分裂可能(cleavable)である。

【0131】

ヘテロ二官能性架橋剤は、望ましくない重合又は自己共役を最小にしてタンパク質の特定の基との逐次的結合を可能にする、２つ以上の異なる反応性基を有する。ヘテロ二官能性試薬は、アミンの修飾に問題のある場合にも使用される。アミンは、時には高分子の活性部位で見いだされることもあり、これらの修飾は、活性喪失につながることがある。スルフヒドリル、カルボキシル、フェノール及び炭水化物などの他の部分は、より適切な標的であり得る。２ステップ戦略は、そのアミンの改変を許容し得るタンパク質と、他の接近可能な基を有するタンパク質とのカップリングを可能にする。成功したコンジュゲーションのために異なる属性をそれぞれ組み合わせた様々なヘテロ二官能性架橋剤が市販されている。一方の末端でアミン反応性であり、他方の末端でスルフヒドリル反応性である架橋剤は、かなり一般的である(quite common)。ヘテロ二官能性試薬を使用する場合、最も不安定な基が、典型的には最初に反応して効果的な架橋を確実にし、且つ、望ましくない重合を回避する。

【0132】

一部の実施形態では、抗生物質での治療の有効性をモニターする方法は、試料中の又は動物、例えば哺乳動物、例えばヒト患者におけるＨＮＬのレベルの変化をモニターすることを含む。ＨＮＬレベルをモニターする方法は、（ａ）治療前の患者から得た第１の生体試料を本明細書において開示する抗ＨＮＬ抗体の１つ又は複数とともにインキュベートするステップであって、前記インキュベーションを、免疫複合体の形成を可能にするのに十分な条件下で十分な時間にわたって行うステップ、（ｂ）前記生体試料中のＨＮＬとＨＮＬに特異的に結合する抗体又は抗原結合断片とで形成された免疫複合体を検出するステップ、及び（ｃ）前記患者からその後に、例えば１つ又は複数の抗生物質での治療後などに、採取した第２の生体試料を使用してステップ（ａ）及び（ｂ）を反復するステップ、及び（ｄ）前記第１の生体試料において検出された免疫複合体の数を前記第２の生体試料において検出された免疫複合体の数と比較するステップを含みうる。そのような方法の中で使用するための生体試料は、ＨＮＬを含有すると予想される患者から得られるいずれの試料であってもよい。例示的生体試料としては、血液、血漿、血清、尿、ＣＳＦ、骨髄、唾液及び痰が挙げられる。第１の生体試料を治療の開始前に得てもよく、又は治療レジーム(regime)の途中で得てもよい。第２の生体試料は、同様に、しかしさらなる治療後に、得るべきである。第２の試料を治療の完了時に得てもよく、又は治療の途中で得てもよいが、ただし、治療の少なくとも一部が第１の生体試料の単離と第２の生体試料の単離の間に行われることを条件とする。両方の試料についてのインキュベーション及び検出手順は、一般に、上で説明したように行うことがされてよい。第１の試料と比較して第２の試料中の免疫複合体数の増加は、ＨＮＬレベルの増加を示し、治療成功を表す。

【0133】

本明細書に記載する病態の診断及び本明細書に記載の治療モニタリングのために適切な閾(threshold)を設定する方法は、当技術分野において周知である。例として、十分な代表数の正常対象（例えば、状態が検出されない健常集団）からの試料中ＨＮＬのレベルを、同じプロトコルを使用して十分な代表数の罹病対象（例えば、疾患又は状態に罹患していることが確認された集団）からのＨＮＬレベルと比較して分析する。正常集団の大部分を罹病集団の大部分と識別する閾カットオフを決定することができる。或いは、陰性結果、不確実結果及び陽性結果についての有用なエンドポイント値をデータから決定することができる。例えば、正常集団の大部分についてのＨＮＬを含むが罹病集団のほぼすべてを含まない、（陰性結果を示す）正常範囲を決定することができる。相応じて、罹病集団の大部分についてのＨＮＬを含むが正常集団のほぼすべてを含まない、陽性結果を示す範囲を決定することができる。前記閾についての適切なエンドポイント値は、所望の特異度又は感度を最適化するために決定されることがあり、医学的及び疫学的因子全体を考慮に入れることもある。考慮される因子としては、ＩＶＤ検査の臨床目的、及び高い陽性的中率を有する必要があるのか、高い陰性的中率を有する必要があるのか、並びに被検集団における疾患の有病率が挙げられる。

【0134】

本発明は、対象において細菌感染症を除外する方法、ウイルス感染症を除外する方法、細菌感染症を確定診断する方法、及びウイルス感染症を確定診断する方法にさらに関する。一般に、細菌感染症に罹患している患者の試料中のＨＮＬポリペプチド濃度は、健常患者試料中又はウイルス感染症に罹患している患者の試料中のものより高い。したがって、感染症を「確定診断すること」は、対象がそのタイプの感染症に罹患していることを意味する。感染症を「除外すること」は、対象がそのタイプの感染症に罹患していないことを意味する。

【0135】

例えば、細菌感染症に罹患している患者の試料中のＨＮＬポリペプチド濃度は、健常患者集団と比較して濃度の平均より１．５標準偏差高い閾を超える場合、健常患者試料中の濃度より高いと見なされる。好ましくは、患者試料中のＨＮＬポリペプチド濃度は、そのＨＮＬ濃度が健常患者集団と比較して濃度の平均より２標準偏差高い閾を超える場合、高い。より好ましくは、患者試料中のＨＮＬポリペプチド濃度は、そのＨＮＬ濃度が健常患者集団と比較して濃度の平均より３標準偏差高い閾を超える場合、高い。

【0136】

したがって、本発明は、ある特定の実施形態では、患者生体試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度を全ＨＮＬペプチドの統計学的に検証された閾と比較することによる、及び患者生体試料中の決定基濃度を特異的決定基(specific determinant)（複数可）各々についての統計学的に検証された閾と比較することによる、細菌感染症の診断（すなわち、細菌感染症を確定診断すること）に関する。全ＨＮＬポリペプチドについての統計学的に検証された閾は、対照集団から、例えば、健常患者、又は細菌感染症以外の疾患、例えばウイルス感染症、に罹患している患者から得た比較試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度に基づく。特異的決定基における決定基濃度についての統計学的に検証された閾は、対照集団からの、例えば、健常患者、又は細菌感染症以外の疾患に罹患している患者からの、比較対照生体試料中の特定の決定基各々における決定基濃度に基づく。様々な対照集団を本明細書に別様に記載する。

【0137】

本発明は、ある特定の実施形態では、患者生体試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度を全ＨＮＬペプチドの統計学的に検証された閾と比較することによる、及び患者生体試料中の決定基濃度を特異的決定基各々についての統計学的に検証された閾と比較することによる、細菌感染症の除外に関する。全ＨＮＬポリペプチドについての統計学的に検証された閾は、対照集団から、例えば、細菌感染症に罹患している患者から得た比較試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度に基づく。特異的(specific)決定基における決定基濃度についての統計学的に検証された閾は、対照集団からの、例えば細菌感染症に罹患している患者からの、比較対照生体試料中の特異的(specific)決定基各々における決定基濃度に基づく。様々な対照集団を本明細書に別様に記載する。

【0138】

対象において細菌感染症を除外する方法、ウイルス感染症を除外する方法、細菌感染症を確定診断する方法、及びウイルス感染症を確定診断する方法は、以下のステップを本質的に含みうる：
ａ）本明細書において上で定義した結合剤又は本明細書において上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）（ｉ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より低い場合、前記対象について細菌感染症を除外するステップ、又は
ｂ）（ｉｉ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より高い場合、前記対象についてウイルス感染症を除外するステップ、又は
ｂ）（ｉｉｉ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より高い場合、前記対象について細菌感染症を確定診断するステップ、又は
ｂ）（ｉｖ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より低い場合、前記対象についてウイルス感染症を確定診断するステップ。

【0139】

細菌感染症を除外する(ruling out)ことに関連して、所定の第１の閾は、細菌感染症に罹患している患者からの比較対照生体試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度に基づく、全ＨＮＬポリペプチドについての統計学的に検証された閾でありうる。

【0140】

ウイルス感染症を除外することに関連して、所定の第１の閾は、ウイルス感染症に罹患している患者からの比較対照生体試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度に基づく、全ＨＮＬポリペプチドについての統計学的に検証された閾でありうる。

【0141】

細菌感染症を確定診断する(ruling in)ことに関連して、所定の第１の閾は、健常患者又はウイルス感染症に罹患している患者からの比較対照生体試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度に基づく、全ＨＮＬポリペプチドについての統計学的に検証された閾でありうる。

【0142】

ウイルス感染症を確定診断することに関連して、所定の第１の閾は、健常患者又はウイルス感染症に罹患している患者からの比較対照生体試料中のＨＮＬポリペプチドの全濃度に基づく、全ＨＮＬポリペプチドについての統計学的に検証された閾でありうる。

【0143】

さらなる態様によると、本発明は、対象への処置推奨を提供する方法であって、ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、前記対象が抗生物質処置を受けることを推奨するステップ、
ｃ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、患者が抗生物質処置を受けないことを推奨するステップ、又は
ｄ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が本明細書において上で定義した所定の閾値より低い場合、患者が抗ウイルス処置を受けることを推奨するステップ、
を含む方法に関する。

【0144】

さらに、本発明は、対象への診断検査推奨を提供する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、前記試料を細菌の存在について検査することを推奨するステップ、又は
ｃ）ステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、前記試料をウイルスの存在について検査することを推奨するステップ
を含む方法に関する。

【0145】

統計学的に検証された閾は、対象又は患者から得た生体試料中の全ＨＮＬ濃度と１以上の特定の(specific)他の決定基(複数可)の濃度の両方を特徴づけるために使用される値に関係づけられる。したがって、全ＨＮＬ濃度又は決定基濃度が絶対値である場合には、対照値も絶対値に基づく。他の決定基は、本明細書において定義する感染症の決定基に関する予測値を有する任意のマーカー、例えば、ポリペプチドマーカー又は二次マーカーであることができる。したがって、これらの他の決定基には、所定の閾値に関して上で提供した定義が適用される。本発明に関して「決定基」は、限定ではないが、ポリペプチド、ペプチド、タンパク質、タンパク質アイソフォーム（例えば、デコイ受容体アイソフォーム）を包含する。決定基は、変異タンパク質も含むことができる。

【0146】

したがって、「決定基」（単数）又は「決定基」（複数）は、感染症に罹患している対象ではそのレベルが変化するすべてのポリペプチドの１つ又は複数を包含する。例えば、個々の決定基は、ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｍａｃ−２ＢＰ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＩＬ１ａ、ＭＣＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩｇＧ非特異的結合分子、ＩＬ１、Ｉ−ＴＡＣ、ＴＮＦＲ１、ＡＢＴＢ１、ＡＤＩＰＯＲ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＡＲＰＣ２、ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ、Ｃｌｏｒｆ８３、ＣＤ１５、ＣＥＳ１、ＣＯＲＯＩＡ、ＣＲＰ、ＣＳＤＡ、ＥＩＦ４Ｂ、ＥＰＳＴＩ１、ＧＡＳ７、ＨＥＲＣ５、ＩＦＩ６、ＫＩＡＡ００８２、ＩＦＩＴ１、ＩＦＩＴ３、ＩＦＩＴＭ１、ＩＦＩＴＭ３、ＬＩＰＴ１、ＩＬ７Ｒ、ＩＳＧ２０、ＬＯＣ２６０１０、ＬＹ６Ｅ、ＬＲＤＤ、ＬＴＡ４Ｈ、ＭＡＮ１Ｃ１、ＭＢＯＡＴ２、ＭＸ１、ＮＰＭ１、ＯＡＳ２、ＰＡＲＰ１２、ＰＡＲＰ９、ＱＡＲＳ、ＲＡＢ１３、ＲＡＢ３１、ＲＡＣ２、ＲＰＬ３４、ＰＤＩＡ６、ＰＴＥＮ、ＲＳＡＤ２、ＳＡＲＴ３、ＳＤＣＢＰ、ＴＲＩＭ２２、ＳＭＡＤ９、ＳＯＣＳ３、ＵＢＥ２Ｎ、ＸＡＦ１又はＺＢＰ１、並びにこれらのいずれの組合せ、例えば、これらの決定基の１つより多く、例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０以上又はすべてを含むことができる。本発明は、上述の決定基のいずれか、特に、存在する場合にはポリペプチドのような決定基、に対する結合剤であって、しかしある特定の実施形態では核酸結合分子も含む結合剤の提供及び／又は使用をさらに想定している。そのような結合剤、好ましくは抗体は、当業者に公知の手順、若しくはＨＮＬとの関連で本明細書において概要を述べる手順に従って得ることが可能であるか又は商業的供給源から入手可能であると予想される。さらなる情報は、例えば、Ｋｊｅｌｄｓｅｎら、Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ．、１９９３年５月１５日、２６８（１４）：１０４２５〜３２、「Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ａｎｄ ｐｒｉｍａｒｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ＮＧＡＬ，ａ ｎｏｖｅｌ ｐｒｏｔｅｉｎ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｈｕｍａｎ ｎｅｕｔｒｏｐｈｉｌ ｇｅｌａｔｉｎａｓｅ」から得ることがされてよい。

【0147】

決定基は、健常状態の非ポリペプチド因子、非血液感染性因子又は非分析物生理学的マーカー、例えば、本明細書において定義する「臨床パラメータ」はもちろん、同じく本明細書において定義する「従来の検査室リスク因子」も包含しうる。

【0148】

例えば、本明細書で使用する場合、決定基は、非ポリペプチド特徴(features)（すなわち、非ポリペプチド決定基）、例えば、好中球％（Ｎｅｕ（％）と略記する）、リンパ球％（Ｌｙｍ（％）と略記する）、単球％（Ｍｏｎ（％）と略記する）、絶対好中球数（ＡＮＣと略記する）及び絶対リンパ球数（ＡＬＣと略記する）、白血球数（ＷＢＣと略記する）、年齢、性別、並びに最大温度（すなわち、症状が最初に出現してからの最大深部体温）を含みうる。

【0149】

決定基は、数学的に生成されるあらゆる算定インデックス、又は時間的傾向及び相違を含む、上述の測定値のいずれか１つ又は複数についての組合せも含みうる。利用可能な場合、且つ本明細書に別段の記載がない限り、遺伝子産物である決定基は、国際ヒトゲノム構成命名委員会（Ｈｕｍａｎ Ｇｅｎｏｍｅ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ Ｎａｍｉｎｇ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ：ＨＧＮＣ）によって指定された、及び本出願日の時点で、Ｅｎｔｒｅｚ Ｇｅｎｅとしても公知の米国国立生物学情報センター（ＮＣＢＩ）ウェブサイトに収載されている、公式の文字略語又は遺伝子記号に基づいて明記する。好ましい実施形態では、決定基は、ポリペプチド及び非ポリペプチド特徴を含む。

【0150】

上述の及び本発明によって想定されるそのような決定基の例を以下に提供する。

【0151】

ＡＢＴＢ１： この遺伝子は、アンキリン反復領域とタンパク質間相互作用に関与すると考えられる２つのＢＴＢ／ＰＯＺドメインとを有するタンパク質をコードする。この遺伝子の発現は、腫瘍抑制因子であるホスファターゼ・テンシン・ホモログによって活性化される。選択的スプライシングの結果、３つの転写バリアントが生ずる。それは、ＰＴＥＮ増殖抑制シグナル経路のメディエーターとして作用しうる。それは、発生プロセスに関与しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり(would be know)、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0152】

ＡＤＩＰＯＲ１： ＡＤＩＰＯＲ１は、脂肪細胞によって分泌され抗糖尿病薬として作用する必須ホルモンである、球状で完全長のアディポネクチン（ＡＰＭ１）の受容体である。それは、脂肪酸酸化などの脂質代謝を調節する代謝経路にほぼ確実に関与する。それは、ＡＭＰＫ増加、ＰＰＡＲＡリガンド活性、脂肪酸酸化及びアディポネクチンによるグルコース取り込みを媒介する。ＡＤＩＰＯＲ１は、球状アディポネクチンの幾つかの高親和性受容体、及び完全長アディポネクチンの低親和性受容体を有する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0153】

ＡＲＨＧＤＩＢ： Ｒｈｏタンパク質からのＧＤＰの解離の阻害及びその後のＲｈｏタンパク質とのＧＴＰの結合によってＲｈｏタンパク質のＧＤＰ／ＧＴＰ交換反応を調節する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0154】

ＡＲＰＣ２： アクチン重合の調節に関与するＡｒｐ２／３複合体のアクチン結合成分として機能し、活性化核形成促進因子（ＮＰＦ）と共に分枝アクチンネットワークの形成を媒介する。母アクチンフィラメントと接触しているように見えるこの決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者に知られているか、又は適切なデータベースエントリー、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで、２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0155】

ＡＴＰ６Ｖ０Ｂ： Ｈ＜＋＞−ＡＴＰアーゼ（液胞型ＡＴＰアーゼ、Ｖ−ＡＴＰアーゼ）は、真核細胞の細胞内区画を酸性化するように機能する酵素輸送体である。それは、偏在的に発現され、細胞内膜小器官、例えば液胞、リソソーム、エンドソーム、ゴルジ体、クロム親和性顆粒及び被覆小胞内に存在することはもちろん、細胞膜中にも存在する。Ｈ＜＋＞−ＡＧＰアーゼは、２つのドメインで構成されているマルチサブユニット複合体である。ＶＩドメインがＡＴＰ加水分解を担当し、Ｖ０ドメインがタンパク質移行を担当する。Ｈ＜＋＞−ＡＴＰアーゼ活性を調節する主要メカニズムが２つある：細胞膜への及びからのＨ＜＋＞−ＡＴＰアーゼ含有小胞の再循環と、ホロ酵素複合体のグルコース感受性構築／分解。これらの輸送体は、受容体依存性エンドサイトーシス、タンパク質分解、及び共役輸送などのプロセスに重要な役割を果たす。それらには骨再吸収の機能があり、Ａ３遺伝子の変異は劣性骨粗鬆症の原因となる。さらに、Ｈ＜＋＞−ＡＴＰアーゼは、腫瘍転移並びに精子運動能及び成熟に関係づけられている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0156】

Ｂ２Ｍ： Ｂ２Ｍのさらなる別名(alias)としては、限定ではないが、ベータ−２−ミクログロブリン及びＣＤＡＢＰ００９２が挙げられる。Ｂ２Ｍは、すべての有核細胞上に存在する、ＭＨＣクラスＩ分子の成分である。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、血清中に存在するアイソフォームもコードする。このタンパク質は、一部の病的状態でアミロイド線維を形成することができるベータ−プリーツシート構造を主に有する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0157】

ＢＣＡ１： ＢＣＡ１は、Ｂリンパ球走化性因子（chemoattractant）であり、独立してクローニングされ、Ａｎｇｉｅと命名されており、脾臓、リンパ節及びパイエル板の濾胞内で強く発現されるＣＸＣケモカインである。それは、どうやら、バーキットリンパ腫受容体１（ＢＬＲ−１）を発現する細胞へのカルシウム流入及び前記細胞の化学遊走を刺激することによって、Ｂリンパ球の遊走を（Ｔ細胞及びマクロファージと比較して）優先的に促進する。したがって、これは濾胞へのＢリンパ球のホーミングにおいて機能を果たしうる（ＲｅｆＳｅｑにより提供された）。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0158】

Ｃｌｏｒｆ８３： 機能が十分に特徴づけられていない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0159】

ＣＤ１１２： この遺伝子は、２つのＩｇ様Ｃ２型ドメインとＩｇ様Ｖ型ドメインとを有する、１回膜貫通Ｉ型膜糖タンパク質をコードする。このタンパク質は、接着結合の細胞膜成分の１つである。それは、単純ヘルペスウイルス及び仮性狂犬病ウイルスのある特定の変異体株の入口としての機能も果たし、これらのウイルスの細胞間伝播に関与する。この遺伝子のバリエーションは、多発性硬化症の重症度の差に関連づけられている。異なるアイソフォームをコードする選択的転写スプライスバリアントが特徴づけられている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0160】

ＣＤ１３４： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、ＴＮＦ受容体スーパーファミリーのメンバーである。この受容体は、アダプタータンパク質ＴＲＡＦ２及びＴＲＡＦ５とのその相互作用によってＮＦ−カッパＢを活性化することが証明されている。マウスでのノックアウト研究は、この受容体がアポトーシス阻害剤ＢＣＬ２及びＢＣＬ２１Ｌ１／ＢＣＬ２−ＸＬの発現を促進し、このようにしてアポトーシスを抑制することを示唆した。前記ノックアウト研究は、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答におけるこの受容体の役割、並びにＴ細胞依存性Ｂ細胞増殖及び分化も示唆した。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0161】

ＣＤ１５（ＦＵＴ４）： この遺伝子の産物は、フコースをＮ−アセチルラクトサミン多糖に導入して、フコシル化炭水化物構造を生成する。それは、非シアリル化抗原、ルイスｘ（ＣＤ１５）の合成を触媒する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0162】

ＣＤ１８２： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、Ｇタンパク質共役型受容体スーパーファミリーのメンバーである。このタンパク質は、インターロイキン８（ＩＬ８）の受容体である。それは、ＩＬ８と高親和性で結合し、Ｇタンパク質活性化二次メッセンジャー系によってシグナルを伝達する。この受容体は、黒色腫増殖刺激活性を有するタンパク質であるケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１（ＣＸＣＬ１／ＭＧＳＡ）とも結合し、またこの受容体は、血清依存性黒色腫細胞増殖に必要な腫瘍成分であることが証明されている。この受容体は、炎症部位への好中球遊走を媒介する。腸微小血管内皮細胞におけるＩＬ８の血管新生効果は、この受容体によって媒介されることが判明している。マウスでのノックアウト研究は、この受容体が、発育期の脊髄内でのオリゴデンドロサイト前駆細胞の配置を、それらの遊走を阻止することによって制御することを示唆した。ある領域内の遺伝子クラスターからのこの遺伝子、ＩＬ８ＲＡ（別の高親和性ＩＬ８受容体をコードする遺伝子）及びＩＬ８ＲＢＰ（ＩＬ８ＲＢの偽遺伝子）は、２番染色体ｑ３３〜ｑ３６にマッピングされる領域において遺伝子クラスターを形成する。同じタンパク質をコードする、選択的スプライシングを受けたバリアントが、同定されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0163】

ＣＤ２３１： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、テトラスパニンフェミリーとしても公知のトランスメンブレン４スーパーファミリーのメンバーである。これらのメンバーの大部分は、４つの疎水性ドメインの存在を特徴とする膜表面タンパク質である。このタンパク質は、細胞発生、活性化、増殖及び運動性の調節に関与するシグナル伝達事象を媒介する。これにコードされるタンパク質は、細胞表面糖タンパク質であり、神経突起伸長の制御に関与しうる。それはインテグリンと複合体を形成することが公知である。この遺伝子は、Ｘ連鎖精神遅滞及び神経精神疾患、例えば、ハンチントン舞踏病、脆弱Ｘ症候群及び筋強直性ジストロフィーに関連づけられる（ＲｅｆＳｅｑにより提供された）。

【0164】

ＣＤ２３５ａ： ＣＤ２３５ａは、赤血球の主要内在性膜タンパク質である。赤血球膜の外側にあるＮ末端グリコシル化セグメントは、Ｍ血液型受容体を有する。ＳＬＣ４Ａ１の機能にとって重要であるようであり、高いＳＬＣ４Ａ１活性に必要とされる。ＳＬＣ４Ａ１の細胞膜への転位に関与しうる。インフルエンザウイルスの受容体である。熱帯熱マラリア原虫赤血球結合抗原１７５（ＥＢＡ−１７５）の受容体であり、ＥＢＡ−１７５の結合は、Ｏ結合型グリカンのシアル酸残基に依存する。Ａ型肝炎ウイルス（ＨＡＶ）の受容体であるようである。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0165】

ＣＤ３３５： 活性化されたナチュラルキラー（Ｋ）細胞が腫瘍細胞溶解を媒介する効率の増加に寄与しうる細胞傷害性活性化受容体。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0166】

ＣＤ３３７： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、ＮＫ細胞による腫瘍細胞の溶解を促進しうる自然細胞傷害性受容体（ＮＣＲ）である。コードされるタンパク質は、Ｔ細胞受容体であるＣＤ３−ゼータ（ＣＤ２４７）と相互作用する。この遺伝子の５’非翻訳領域の一塩基多型は、軽症マラリア感受性に関連づけられている。異なるアイソフォームをコードする３つの転写バリアントがこの遺伝子について判明している。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得。

【0167】

ＣＤ４５： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、タンパク質チロシンホスファターゼ（ＰＴＰ）ファミリーのメンバーである。ＰＴＰが細胞増殖、分化、有糸分裂周期及び発癌性形質転換をはじめとする様々な細胞プロセスを調節するシグナル伝達分子であることは公知である。このＰＴＰは、細胞外ドメイン、単一の膜貫通セグメント及び２つのタンデム細胞質内触媒ドメインを含有し、受容体型ＰＴＰに属する。この遺伝子は、造血細胞において発現される。このＰＴＰは、Ｔ細胞及びＢ細胞抗原受容体シグナル伝達の必須調節因子であることが証明されている。それは、抗原受容体複合体の成分と直接相互作用によって、又は抗原受容体シグナル伝達に必要とされる様々なＳｒｃファミリーキナーゼを活性化することによって、機能する。このＰＴＰはまた、ＪＡＫキナーゼを抑制し、このようにしてサイトカイン受容体シグナル伝達の調節因子として機能する。固有のアイソフォームをコードする、この遺伝子の選択的スプライシングを受けた幾つかの転写産物が報告されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0168】

ＣＤ４９ｄ： この遺伝子の産物は、タンパク質のインテグリンアルファ鎖ファミリーに属する。インテグリンは、アルファ鎖及びベータ鎖で構成されているヘテロ二量体内在性膜タンパク質である。この遺伝子は、アルファ４鎖をコードする。他のインテグリンアルファ鎖とは異なり、アルファ４は、Ｉドメインを含有せず、ジスルフィド結合切断も受けない。アルファ４鎖は、ベータ１鎖又はベータ７鎖のどちらか一方と会合している。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0169】

ＣＤ６２Ｌ： この遺伝子は、接着／ホーミング受容体のファミリーに属する細胞表面接着分子をコードする。コードされる遺伝子は、Ｃ型レクチン様ドメイン、カルシウム結合上皮増殖因子様ドメイン、及び２つの短い補体様ドメインを含有する。遺伝子産物は、内皮細胞上の白血球への結合及びその後の回転、二次リンパ器官及び炎症不意へのそれらの遊走の促進に必要とされる。この遺伝子の一塩基多型は、免疫グロブリンＡ腎症をはじめとする様々な疾患に関連づけられている。選択的スプライシングを受けた転写バリアントがこの遺伝子について判明している（ＲｅｆＳｅｑにより提供された）。この遺伝子によってコードされるタンパク質には、ｓＣＤ６２Ｌと表される可溶型がある。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であると予想され、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0170】

ＣＤ６４： この遺伝子は、単量体ＩｇＧ型抗体に高親和性で結合するＦｃ受容体として公知の膜内在性糖タンパク質をコードする。構造的に、ＣＤ６４は、細胞の表面へのその輸送を可能にするシグナルペプチドと、抗体に結合するために使用するＣ２型の３つの免疫グロブリンドメインと、疎水性膜貫通ドメインと、短い細胞質側末端とで構成されている。ＣＤ６４は、マクロファージ及び単球上でのみ構成的に見いだされる。ＩＦＮγ及びＧ−ＣＳＦのようなサイトカインでの多形核白血球の処置は、これらの細胞上でのＣＤ６４発現を誘導することができる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0171】

ＣＤ６６ａ： この遺伝子は、免疫グロブリンスーパーファミリーに属する癌胎児抗原（ＣＥＡ）遺伝子ファミリーのメンバーをコードする。ＣＥＡファミリーの２つのサブグループ、ＣＥＡ細胞接着分子及び妊娠特異的糖タンパク質、は、１９番染色体の長腕上の１．２Ｍｂクラスター内に位置する。ＣＥＡ細胞接着分子サブグループの１１の偽遺伝がこのクラスター内で見いだされる。コードされるタンパク質は、肝臓の胆管内の胆汁糖タンパク質として最初に記載された。その後、白血球、上皮及び内皮上で検出された細胞間接着分子であることが判明した。コードされるタンパク質は、細胞接着を同種分子間結合によってはもちろん、そのサブグループの他のタンパク質との異種分子間結合によっても媒介する。組織三次元構造の分化及び配置、血管新生、アポトーシス、主要抑制、転移、並びに自然及び適応免疫応答をはじめとする、複数の細胞活性が、コードされるタンパク質の結果であると考えられている。異なるアイソフォームをコードする複数の転写バリアントが報告されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であると予想され、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0172】

ＣＤ６６ｃ： 癌胎児抗原（ＣＥＡ；ＭＩＭ １１４８９０）は、癌腫の血清イムノアッセイ決定の際に最も広く使用されている腫瘍マーカーの１つである。ＣＥＡの絶対がん特異性の明らかな欠如は、一つには、１８０ｋＤ型のＣＥＡと抗原決定基を共有する抗原の正常及び腫瘍性組織における存在に起因する（Ｂａｒｎｅｔｔら、１９８８（ＰｕｂＭｅｄ ３２２０４７８））。遺伝子のＣＥＡファミリーに関するバックグラウンド情報については、ＣＥＡＣＡＭ１（ＭＩＭ １０９７７０）を参照されたい。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0173】

ＣＤ６６ｄ： この遺伝子は、宿主細胞に結合して侵入するために幾つかの細菌病原体によって使用される、癌胎児抗原関連細胞接着分子（ＣＥＡＣＡＭ）のファミリーのメンバーをコードする。コードされる膜貫通タンパク質は、低分子量ＧＴＰアーゼＲａｃに依存性である幾つかの細菌腫のファゴサイトーシスを誘導する。それは、自然免疫系によるヒト特異的病原体の制御において重要な役割と果たすと考えられる。選択的スプライシングを受けた転写バリアントが記載されているが、それらの生物学的有益性は判定されていない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0174】

ＣＤ６６ｅ： ＣＥＡＣＡＭサブファミリーのメンバーであるＣＤ６６ｅは、細胞接着に及び細胞内シグナル伝達に関与する表面糖タンパク質として機能する。ＣＤ６６ｅは、大腸菌Ｄｒアドヘシンの受容体としても機能する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0175】

ＣＤ７３： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、細胞外ヌクレオチドの膜透過性ヌクレオシドへの変換を触媒する細胞膜タンパク質である。コードされるタンパク質は、リンパ球分化の決定基として使用される。この遺伝子の欠損は、関節及び動脈の石灰化につながりうる。異なるアイソフォームをコードする２つの転写バリアントがこの遺伝子について判明している。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0176】

ＣＤ８４： ＣＤ８４は、同種分子間相互作用によって及びクラスター形成によって機能する接着受容体としての役割を果たし、ＳＨ２ドメイン含有タンパク質ＳＨ２Ｄ１Ａ ＳＡＰを補充する。活性化Ｔ細胞及びＳＨ２Ｄ１Ａ ＳＡＰの増殖応答増加は、このプロセスには必要ではないようである。同種分子間相互作用は、リンパ球におけるインターフェロンガンマ／ＩＦＮＧ分泌を増進し、ＳＨ２Ｄ１ Ａ／ＳＡＰ依存性経路経由で血小板刺激を誘導する。ＣＤ８４は、造血前駆細胞のマーカーとしての機能も果たしうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0177】

ＣＤ８Ａ： ＣＤ８抗原は、免疫系内の効率的細胞間相互作用を媒介する最も細胞傷害性が高いＴリンパ球上に見いだされる細胞表面糖タンパク質である。ＣＤ８抗原は、補助抑制因子としてＴ細胞受容体とともにＴリンパ球に作用して、クラスＩのＭＨＣ分子との関連で抗原提示細胞（ＡＰＣ）によって提示される抗原を認識する。この共受容体は、２本のアルファ鎖で構成されているホモ二量体として、又は１本のアルファ鎖と１本のベータ鎖とで構成されているヘテロ二量体として、機能する。アルファ鎖とベータ鎖の両方が免疫グロブリン可変軽鎖と有意な相同性を共有する。この遺伝子は、ＣＤ８アルファ鎖アイソフォームをコードする。異なるアイソフォームをコードする複数の転写バリアントがこの遺伝子について判明している。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0178】

ＣＥＳ１： 生体異物の解毒に、並びにエステル及びアミドプロドラッグの活性化に関与する。芳香族及び脂肪族エステルを加水分解するが、アミド又は脂肪酸−ＣｏＡエステルに対する触媒活性を有する。コカインのメチルエステル基を加水分解してベンゾオイルエクゴニンを形成する。コカインのエステル交換反応を触媒してコカエチレンを形成する。オレイン酸のエチルオレエートへのエチルエステルかを触媒する脂肪酸エチルエステルシンターゼ活性を提示する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0179】

ＣＨＩ３Ｌ１： キチナーゼ３様１（軟骨糖タンパク質−３９）；ＣＨＩ３Ｌ１のさらなる別名としては、限定ではないが、ＡＳＲＴ７、ＣＧＰ−３９、ＧＰ−３９、ＧＰ３９、ＨＣ−ｇｐ３９、ＨＣＧＰ−３Ｐ、ＹＫＬ−４０、ＹＫＬ４０、ＹＹＬ−４０及びｈＣＧＰ−３９が挙げられる。キチナーゼは、昆虫外骨格及び真菌の細胞壁にある豊富な糖重合体であるキチンの加水分解を触媒する。キチナーゼのグリコシドヒドロラーゼ１８ファミリーは、８つのヒトファミリーメンバーを含む。この遺伝子は、活性化されたマクロファージ、軟骨細胞、好中球及び滑膜細胞によって分泌されうる、キチナーゼ活性を欠くグリコシドヒドロラーゼ１８ファミリーの糖タンパク質メンバーをコードする。ＣＨＩ３Ｌ１は、オキシダント誘導性肺損傷を阻害し、Ｔｈ２免疫を増大させ、アポトーシスを調節し、選択的マクロファージ活性化を刺激し、線維症及び創傷治癒の一因となる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0180】

ＣＨＰ： この遺伝子は、Ｎａ＋／Ｈ＋交換輸送体ＮＨＥ１と結合するリン酸化タンパク質をコードする。このタンパク質は、ＮＨＥファミリーメンバーの生理活性を支持する必須補因子としての機能を果たし、ＮＨＥ１の細胞分裂促進性調節に関与しうる。このタンパク質は、カルシニューリンＢ及びカルモジュリンと類似性を共有し、カルシニューリン活性の内在性阻害因子であることも公知である（ＲｅｆＳｅｑにより提供された）。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0181】

ＣＭＰＫ２： この遺伝子は、ミトコンドリアにおけるｄＵＴＰ及びｄＣＴＰ合成に関与しうるタンパク質をコードする。リン酸供与体としてのＡＴＰで、ｄＵＭＰ、ｄＣＭＰ、ＣＭＰ、ＵＭＰ、並びにピリミジンヌクレオシドアナログｄｄＣ、ｄＦｄＣ、ａｒａＣ、ＢＶＤＵ及びＦｄＵｒｄの一リン酸塩を、リン酸化することができる。効力はｄＵＭＰが一番高く、それにｄＣＭＰが続き、ＣＭＰ及びＵＭＰは不良な基質である。ｄｄＣ又は他のピリミジンアナログでの長期処置によって起こるｍｔＤＮＡ欠乏に関与しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0182】

ＣＯＲＯ１Ａ： 運動性が高い細胞の細胞骨格の極めて重要な成分であって、大きい細胞膜片の陥入においても、細胞遊走に関与する細胞膜突起の形成においても機能を果たす成分でありうる。マイコバクテリア感染細胞では、ファゴソーム膜上にそれが保持されることによってファゴソームとリソソームとの融合が防止される。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0183】

ＣＲＰ： Ｃ反応性タンパク質。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、ペントラキシンファミリーに属する。それは、宿主の外来性病原体及び損傷細胞を認識し、それらの除去を血液中の体液性及び細胞性エフェクター系との相互作用によって開始させるその能力に基づく、幾つかの宿主防御関連機能に関与する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0184】

ＣＳＤＡ： ＧＭ−ＣＳＦプロモーターと結合し、抑制因子として作用するようである。完全長ｍＲＮＡとも結合し、コンセンサス部位５’−ＵＣＣＡＵＣＡ−３’を含有する短いＲＮＡ配列とも結合する。翻訳抑制に関与しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0185】

ＥＧＦＲ： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、プロテインキナーゼスーパーファミリーのメンバーである膜貫通糖タンパク質である。このタンパク質は、上皮増殖因子ファミリーのメンバーの受容体である。ＥＧＦＲは、上皮増殖因子と結合する細胞表面タンパク質である。このタンパク質のリガンドとの結合は、受容体二量体化及びチロシン自己リン酸化を誘導し、細胞増殖につながる。この遺伝子の変異は、肺がんに関連する。異なるタンパク質アイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた複数の転写バリアントがこの遺伝子について判明している。

【0186】

ＧＰＲ１６２： この遺伝子は、ヒト１２番染色体ｐ１３の高遺伝子密度領域のゲノム解析によって同定された。主として脳内で発現されるようであるが、その機能は不明である。異なるアイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた転写バリアントが同定されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0187】

ＥＩＦ２ＡＫ２： ＥＩＦ２ＡＫ２は、二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲ Ａ）によって媒介されるプロセスである自己リン酸化後に酵素的活性を獲得する、タンパク質セリン／トレオニンキナーゼである。さらなる別名としては、限定ではないが、ＰＫＲ、ＰＲＫＲ、ＥＩＦ２ＡＫ１、プロテインキナーゼ、インターフェロン誘導性二本鎖ＲＮＡ依存性、ｐ６８キナーゼなどが挙げられる。ＥＩＦ２ＡＫ２の活性化は、このキナーゼを、タンパク質合成の阻害をもたらすその天然基質（真核生物タンパク質合成開始因子−２のアルファサブユニット（ＥＩＦ２−アルファ；ＭＩＭ ６０３９０７））へとリン酸化させる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0188】

ＥＩＦ４Ｂ： ｍＲＮＡのリボソームとの結合に必要とされる。ＥＩＦ４−Ｆ及びＥＩＦ４−Ａと密接に関連して機能する。それは、ＥＩＦ−４Ｆ及びＡＴＰの存在下でｍＲＮＡの５’末端キャップ付近に結合する。それは、ＥＩＦ４−ＡとＥＩＦ４−Ｆ両方のＡＴＰアーゼ活性及びＡＴＰ依存性ＲＮＡ巻き戻し活性を促進する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0189】

エオタキシン： この遺伝子は、１７番染色体のｑ腕上にクラスターを形成している幾つかのＣｙｓ−Ｃｙｓ（ＣＣ）サイトカイン遺伝子の１つである。サイトカインは、免疫調節プロセス及び炎症プロセスに関与する分泌タンパク質のファミリーである。ＣＣサイトカインは、２つの隣接するシステインを特徴とするタンパク質である。この遺伝子によってコードされるサイトカインは、好酸球に対して化学遊走活性を示すが、単核細胞に対しても好中球に対しても示さない。この好酸球特異的ケモカインは、好酸球性炎症性疾患、例えば、アトピー性皮膚炎、アレルギー性鼻炎、喘息及び寄生虫感染症に関与すると想定された。アレルゲンの存在に反応して、このタンパク質は、アレルギー性炎症反応の顕著な特徴である好酸球蓄積を直接促進する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0190】

ＥＰＳＴＩ１： 機能がまだ十分に特徴づけられていない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0191】

ＧＡＳ７： 成長停止特異的７(Growth arrest-specific 7)は、高分化した(terminally differentiated)脳細胞において主として発現され、成熟小脳プルキンエ神経細胞において発現されることが圧倒的に多い。ＧＡＳ７は、神経発達に関与すると推定される。Ｎ末端が異なるタンパク質をコードする幾つかの転写バリアントが記載されている。それは、小脳神経細胞の成熟及び形態的分化の促進に関与しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0192】

ＨＥＲＣ５： ＩＳＧ１５結合のための主要Ｅ３リガーゼ。インターフェロンによって誘導される細胞における自然抗ウイルス応答の正の調節因子として作用する。標的タンパク質と広範に且つ比較的特異的に認識するＩＳＧ化機構の一部をなす。持続的活性化をもたらすＩＲＦ３のＩＳＧ化を触媒する。それは、ＩＲＦ３ユビキチンか及び分解に拮抗するＩＲＦ３−ＰＩＮ１相互作用を減弱させ、抗ウイルス応答を促進する。病原性を減弱する、Ａ型インフルエンザウイルスＮＳ１のＩＳＧ化を触媒する；ＩＳＧ化ＮＳ１は、ホモ二量体を形成することができず、したがってそのＲＮＡ標的と相互作用することができない。それは、ウイルスの感染性に対してドミナントネガティブ効果をもたらす、パピローマウイルス１６ＬＩ型タンパク質のＩＳＧ化を触媒する。ポリリボソームと物理的に会合しており、新たに合成されたタンパク質を同時翻訳様式で広範に修飾する。インターフェロンによって刺激された細胞では、新たに翻訳されたウイルスタンパク質がＩＳＧ１５の主な標的である。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0193】

ＨＬＡ−Ａ： ＨＬＡ−Ａは、ＨＬＡクラスＩ重鎖パラログ(paralogues)に属する。このクラスＩ分子は、重鎖及び軽鎖（ベータ−２ミクログロブリン）からなるヘテロ二量体である。重鎖は、膜に固着されている。クラスＩ分子は、小胞体内腔に由来するペプチドを提示することによって免疫系で中心的な役割を果たす。それらは、ほぼすべての細胞において発現される。重鎖は、おおよそ４５ｋＤａであり、その遺伝子は、８つのエクソンを含有する。エクソン１は、リーダーペプチドをコードし、エクソン２及び３は、アルファ及びアルファ２ドメインをコードし、前記両方のドメインが前記ペプチドに結合するものであり、エクソン４は、アルファ３ドメインをコードし、エクソン５は、膜貫通領域をコードし、エクソン６及び７は、細胞質側末端をコードする。エクソン２及びエクソン３内の多型は、各クラス１分子のペプチド結合特性の原因となる。これらの多型のタイピングは、骨髄及び腎臓移植のために常例的に行われている。何百ものＨＬＡ−Ａアレルが記載されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0194】

ＨＬＡ−Ｂ： ＨＬＡ−Ｂは、ＨＬＡクラスＩ重鎖パラログに属する。このクラスＩ分子は、重鎖及び軽鎖（ベータ−２ミクログロブリン）からなるヘテロ二量体である。重鎖は、膜に固着されている。クラスＩ分子は、小胞体内腔に由来するペプチドを提示することによって免疫系で中心的な役割を果たす。それらは、ほぼすべての細胞において発現される。重鎖は、おおよそ４５ｋＤａであり、その遺伝子は、８つのエクソンを含有する。エクソン１は、リーダーペプチドをコードし、エクソン２及び３は、アルファ及びアルファ２ドメインをコードし、前記両方のドメインが前記ペプチドに結合するものであり、エクソン４は、アルファ３ドメインをコードし、エクソン５は、膜貫通領域をコードし、エクソン６及び７は、細胞質側末端をコードする。エクソン２及びエクソン３内の多型は、各クラス１分子のペプチド結合特性の原因となる。これらの多型のタイピングは、骨髄及び腎臓移植のために常例的に行われている。何百ものＨＬＡ−Ｂアレルが記載されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0195】

ＨＬＡ−Ｃ： ＨＬＡ−Ｃは、ＨＬＡクラスＩ重鎖パラログに属する。このクラスＩ分子は、重鎖及び軽鎖（ベータ−２ミクログロブリン）からなるヘテロ二量体である。重鎖は、膜に固着されている。クラスＩ分子は、小胞体内腔に由来するペプチドを提示することによって免疫系で中心的な役割を果たす。それらは、ほぼすべての細胞において発現される。重鎖は、おおよそ４５ｋＤａであり、その遺伝子は、８つのエクソンを含有する。エクソン１は、リーダーペプチドをコードし、エクソン２及び３は、アルファ及びアルファ２ドメインをコードし、前記両方のドメインが前記ペプチドに結合するものであり、エクソン４は、アルファ３ドメインをコードし、エクソン５は、膜貫通領域をコードし、エクソン６及び７は、細胞質側末端をコードする。エクソン２及びエクソン３内の多型は、各クラス１分子のペプチド結合特性の原因となる。これらの多型のタイピングは、骨髄及び腎臓移植のために常例的に行われている。１００を超えるＨＬＡ−Ｃアレルが記載されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0196】

ＩＦＩ６： この遺伝子は、そもそも(first)、インターフェロンによって誘導される多くの遺伝子の１つとして同定された。コードされるタンパク質は、アポトーシスの調節に肝要な役割を果たしうる。哺乳動物スプライスコンセンサス配列に似ている１２ヌクレオチド反復エレメントの２６の反復からなるミニサテライトが、第２エクソンの末端付近で始まる。２つの顆粒反復ユニットをスプライス供与部位として使用することによって異なるアイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた転写バリアントが記載されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0197】

ＩＦＩＴ１： テトラトリコペプチド反復(repeats)を有する、インターフェロン誘導タンパク質。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0198】

ＩＦＩＴ３： 機能がまだ十分に特徴づけられていない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0199】

ＩＦＩＴＭ１： 複製の初期段階を阻害することによって、少なくとも３つの主要ヒト病原体、すなわち、Ａ型インフルエンザＨ１Ｎ１ウイルス、ウエストナイルウイルス及びデングウイルスに対する細胞自然免疫を媒介する、ＩＦＮ誘導抗ウイルス性タンパク質。ＥＲＫ活性化を阻害することにより、又はｐ５３依存的にＧ１期での細胞成長を阻止することにより、ＩＦＮ−ガンマの抗増殖作用に重要な役割を果たす。細胞成長の制御に関係づけられている。抗増殖及び同型接着シグナルの伝達に関与する多量体複合体の成分。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0200】

ＩＦＩＴＭ３ ＩＦＩＴＭ２： 複製の初期段階を阻害することによって、少なくとも３つの主要ヒト病原体、すなわち、Ａ型インフルエンザＨ１Ｎ１ウイルス、ウエストナイルウイルス（ＷＮＶ）及びデングウイルス（ＷＮＶ）に対する細胞自然免疫を媒介する、ＩＦＮ誘導抗ウイルス性タンパク質。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0201】

ＩＬ１ａ： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、インターロイキン１サイトカインファミリーのメンバーである。このサイトカインは、様々な免疫応答、炎症プロセス及び造血に関与する多面発現性サイトカインである。単球及びマクロファージは、このサイトカインを、細胞傷害に応答してタンパク質分解的にプロセッシングされ、放出され、このようにしてアポトーシスを誘導するプロタンパク質として、産生することができる。この遺伝子及び他の８つのインターロイキン１ファミリー遺伝子が２番染色体上でサイトカイン遺伝子クラスターを形成する。ＩＬ−１タンパク質は、炎症反応に関与し、内因性発熱物質として同定されており、滑膜細胞からのプロスタグランジン及びコラゲナーゼの放出を刺激すると報告されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0202】

ＩＬ１ＲＡ： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、インターロイキン１受容体ファミリーのメンバーである。このタンパク質は、インターロイキンアルファ（ＩＬ１Ａ）の受容体、インターロイキンベータ（ＩＬ１Ｂ）の受容体、及びインターロイキン１受容体、１型（ＩＬ１ＲＩ／ＩＬ１ＲＡ）である。それは、多くのサイトカインによって誘導される免疫応答及び炎症反応に関与する、重要なメディエーターである。この遺伝子のさらなる名称としては、限定ではないが、ＣＤ１２１Ａ、ＩＬ−１ＲＴ１、ｐ８０、ＣＤ１２１ａ抗原、ＣＤ１２１Ａ、ＩＬ１Ｒ及びＩＬ１ｒａが挙げられる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0203】

ＩＬ６：こ の遺伝子は、炎症及びＢ細胞の成熟において機能するサイトカインをコードする。加えて、コードされるタンパク質は、自己免疫疾患又は感染症の人々において発熱を誘導しうる内因性発熱物質であることが証明されている。前記タンパク質は、主として急性及び慢性炎症部位で産生され、そこで血清に分泌され、インターロイキン６受容体アルファによって転写炎症反応を誘導する。この遺伝子の機能は、糖尿病及び全身性若年性関節リウマチへの易罹患性を含む、多種多様な炎症関連病態に関係づけられている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0204】

ＩＬ７Ｒ： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、インターロイキン７（ＩＬ７）の受容体である。この受容体の機能は、インターロイキン２、４、７、９及び１５をはじめとする様々なサイトカインの受容体によって共有される共通のガンマ鎖である、インターロイキン２受容体、ガンマ鎖（ＩＬ２ＲＧ）を必要とする。このタンパク質がリンパ球発生中のＶ（Ｄ）Ｊ組換えに肝要な役割を果たすことは公知である。このタンパク質は、ＳＴＡＴ５によるＴＣＲガンマ遺伝子座の到達性及びヒストンアセチル化を制御することも判明している。マウスのノックアウト研究は、アポトーシスの阻止がＴリンパ球の分化及び活性化中のこのタンパク質の本質的機能であることを示唆した。このタンパク質の機能的欠陥は、重症複合免疫不全（ＳＣＩＤ）の発病に関連しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0205】

ＩＬ−８： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、ＣＸＣケモカインファミリーのメンバーである。ＩＬ−８のさらなる別名としては、限定ではないが、インターロイキン８、Ｋ６０、ＣＸＣＬ８、ＳＣＹＢ８、ＧＣＰ−１、ＴＳＧ−１、ＭＤＮＣＦ、ｂ−ＥＮＡＰ、ＭＯＮＡＰ、肺胞マクロファージ走化性因子Ｉ、ＮＡＰ−１、ベータ内皮細胞由来好中球活性化ペプチド、ＧＣＰ１、ベータ−トロンボグロブリン様タンパク質、ＬＥＣＴ、ケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド８、ＬＵＣＴ、エモクタキン、ＬＹＮＡＰ、インターロイキン−８、ＮＡＦ、肺巨細胞癌由来走化性タンパク質、ＮＡＰ１、リンパ球由来好中球活性化ペプチド、ＩＬ−８、好中球活性化ペプチド１、顆粒球走化性タンパク質１、低分子量誘導性サイトカインサブファミリーＢ、メンバー８、単球由来好中球走化性因子、腫瘍壊死因子誘導遺伝子１、単球由来好中球活性化ペプチド、エモクタキン、Ｔ細胞走化性因子、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン８、３−１ＯＣ、好中球活性化タンパク質１、ＡＭＣＦ−Ｉ及びプロテイン３−１ＯＣが挙げられる。このケモカインは、炎症反応の主要メディエーターの１つである。このケモカインは、幾つかの細胞型によって分泌される。それは、走化性因子として機能し、強力な血管新生因子でもある。この遺伝子は、ウイルス感染によって起こる一般的な呼吸器疾患である気管支炎の発病に関与すると考えられている。ＣＸＣケモカイン遺伝子ファミリーのこの遺伝子及び他の１０のメンバーは、４番染色体ｑにマッピングされた領域においてケモカイン遺伝子クラスターを形成する。ＩＬ−８は、単球ではなく好中球、好塩基球及びＴ細胞を誘引する走化性因子である。それは、好中球活性化にも関与する。それぞれＩＬ−８（１〜７７）と比較して、ＩＬ−８（６〜７７）のほうが好中球活性化に関して５〜１０倍高い活性を有し、ＩＬ−８（５〜７７）のほうが好中球活性化に関して活性が増加されており、ＩＬ−８（７〜７７）のほうが受容体ＣＸＣＲ１及びＣＸＣＲ２への親和性が高い。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0206】

ＩＰ１０： この遺伝子は、ＣＸＣサブファミリーのケモカインと受容体ＣＸＣＲ３のリガンドとをコードする。このタンパク質のＣＸＣＲ３との結合は、単球、ナチュラルキラー及びＴ細胞遊走の刺激並びに接着分子発現の修飾を含む、多面的効果をもたらす。この遺伝子のさらなる名称としては、限定ではないが、ＣＸＣＬ１０、ガンマ−ＩＰ、ＩＮＰ１０及びケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド１０が挙げられる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0207】

ＩＳＧ１５： ＩＳＧ１５ユビキチン様修飾因子(modifier)；ＩＳＧ１５のさらなる別名としては、限定ではないが、Ｇ１Ｐ２、ＩＦＩ１５、ＩＰ１７、ＵＣＲＰ及びｈＵＣＲＰが挙げられる。このユビキチン様タンパク質は、ＩＦＮ−アルファ又はＩＦＮ−ベータ刺激後、細胞内標的タンパク質と結合する。その酵素的経路は、ユビキチンのものとは部分的に異なり、基質特異性及びライゲーションする酵素との相互作用が異なる。ＩＳＧ１５結合経路は、Ｅ１酵素を使用するが、特異的Ｅ２酵素のレベルでＵｂ結合経路と合流するようである。標的は、ＳＴＡＴ１、ＳＥＲＰＩＮＡ３Ｇ／ＳＰＩ２Ａ、ＪＡＫ１、ＭＡＰＫ３／ＥＲＫ１、ＰＬＣＧｌ、ＥＩＦ２ＡＫ２／ＰＫＲ、ＭＸｌ／ＭｘＡ、及びＲＩＧ−１を含む。好中球に対して特異的走化活性を示し、好中球を活性化して好酸球走化性因子の放出を誘導する。ライゲーションされる標的タンパク質の中間経線維との会合を誘導するトランス作用性結合因子としての機能を果たしうる。ことによるとある程度は単球及びマクロファージによるＩＦＮ−ガンマ分泌を誘導することによって、細胞間シグナル伝達におけるような、自己分泌、パラ分泌及び内分泌メカニズムにも関与しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0208】

ＩＴＧＡＭ： この遺伝子は、インテグリンアルファＭ鎖をコードする。インテグリンは、アルファ鎖及びベータ鎖で構成されているヘテロ二量体内在性膜タンパク質である。アルファインテグリンを含有するこのＩドメインは、ベータ２鎖（ＩＴＧＢ２）と化合して、マクロファージ受容体１（「Ｍａｃ−１」）又は不活性化Ｃ３ｂ（ｉＣ３ｂ）受容体３（「ＣＲ３」）と呼ばれる、白血球特異的インテグリンを形成する。アルファＭベータ２インテグリンは、刺激を受けた内皮への好中球及び単球の接着において重要であり、補体被覆粒子のファゴサイトーシスにおいても重要である。異なるアイソフォームをコードする複数の転写バリアントがこの遺伝子について判明している。

【0209】

Ｍａｃ−２−ＢＰ： ＭＡＣ−２−ＢＰのさらなる別名としては、限定ではないが、ＬＧＡＬＳ３ＢＰ、９０Ｋ、血清タンパク質９０Ｋ、ＢＴＢＤ１７Ｂ、Ｍ２ＢＰ及びレクチン、ガラクトシド結合、可溶性、３結合タンパク質が挙げられる。ガレクチンは、細胞間相互作用及び細胞・マトリックス相互作用の修飾に関係づけられているベータ−ガラクトシド結合タンパク質のファミリーである。ＭＡＣ−２−ＢＰのレベルは癌患者の血清では上昇していることが判明している。それは、ナチュラルキラー（ＮＫ）及びリンフォカイン活性化キラー（ＬＡＫ）細胞の細胞傷害性(cell cytotoxicity)に関連する免疫応答に関係づけられるようである。このネイティブタンパク質は、Ｍａｃ−２として公知のヒトマクロファージ結合レクチンとはもちろんガレクチン１とも特異的に結合することができる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0210】

ＭＣＰ：この遺伝子によってコードされるタンパク質は、Ｉ型膜タンパク質であり、補体系の調節部である。コードされるタンパク質は、血清因子Ｉによる補体成分Ｃ３ｂ及びＣ４ｂの不活性化の補因子活性であって、宿主細胞を補体による損傷から保護する活性を有する。加えて、コードされるタンパク質は、麻疹ウイルスエドモンストン株、ヒトヘルペスウイルス−６及び病原性ナイセリアのＩＶ型線毛の受容体として作用することができる。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、受精中の精子と卵母細胞融合に関与しうる。この遺伝子座での変異は、溶血性尿毒症症候群に対する易罹患性と関連づけられている。異なるアイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた転写バリアントが記載されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0211】

ＩＳＧ２０： 一本鎖ＲＮＡに対する特異性を有するエクソヌクレアーゼであり、より少ない程度ではＤＮＡに対する特異性を有する。一本鎖ＤＮＡの速度よりも約３５倍高い速度でＲＮＡを分解する。ＲＮＡウイルスに対するＩＦＮの抗ウイルス機能に関与する。

【0212】

ＫＩＡＡ００８２（ＦＴＳＪＤ２）： ｍＲＮＡの５’キャップ構造へのｍＲＮＡキャップ１ ２’−Ｏ−リボースメチル化を媒介する、Ｓ−アデノシル−Ｌ−メチオニン依存性メチルトランスフェラーゼ。ｍ（７）ＧｐｐｐＧキャップ化ｍＲＮＡの第１のヌクレオチドのリボースをメチル化して、ｍ（７）ＧｐｐｐＮｍｐ（キャップ１）を生じさせる。キャップ１修飾は、より高い翻訳レベルに関連づけられる。インターフェロン応答経路に関与しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0213】

ＬＩＰＴ１： リポ酸のタンパク質への転移プロセスは、２ステッププロセスである。第１のステップは、リポシル−ＡＭＰを形成するためのリポ酸活性化酵素によるリポ酸の活性化である。第２のステップについては、この遺伝子によってコードされるタンパク質がそのリポシル部分をアポタンパク質に転移させる。この遺伝子の５’ＵＴＲにおける選択的スプライシングの結果、同じタンパク質をコードする５つの転写バリアントが生ずる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0214】

ＬＯＣ２６０１０（ＳＰＡＴＳ２）： 機能がまだ十分に特徴づけられていない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0215】

ＬＲＤＤ： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、ロイシンリッチな（rich)）反復及びデスドメイン(death domain)を含有する。このタンパク質は、他のデスドメインタンパク質、例えば、Ｆａｓ（ＴＮＦＲＳＦ６）関連ビアデスドメイン（ＦＡＤＤ）及びＭＡＰキナーゼ活性化デスドメイン含有タンパク質（ＭＡＤＤ）と相互作用すること、したがって細胞死関連シグナル伝達プロセスにおいてアダプタータンパク質として機能しうることが証明されている。この遺伝子のマウス対応物の発現は、腫瘍抑制因子ｐ５３によって正に調節されること及びＤＮＡ損傷に反応して細胞アポトーシスを誘導することが判明しており、これは、ｐ５３依存性アプト−シスのエフェクターとしてのこの遺伝子の役割を示唆する。選択的スプライシングの結果、複数の転写バリアントが生ずる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0216】

ＬＴＡ４Ｈ： ロイコトリエンＡ４（ＬＴＡ−４）のエポキシド部分を加水分解してロイコトリエンＢ４（ＬＴＢ−４）を形成する。この酵素には多少のペプチダーゼ活性もある。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0217】

ＬＹ６Ｅ： 機能がまだ十分に特徴づけられていない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0218】

ＭＡＮ１Ｃ１： マンノシダーゼは、広い発現パターンを提示する２つのサブタイプ：Ｉ及びＩＩ（それぞれＥＣ番号３．２．１．１１３及び３．２．１．１１４）に分けられる。マンノシダーゼＩは、オリゴマンノースオリゴ糖Ｍａｎ９（ＧｌｃＮａｃ）２の（１，２）−結合アルファ−Ｄ−マンノース残基を加水分解し、マンノシダーゼＩＩは、Ｍａｎ５（ＧｌｃＮＡｃ）３の（１，３）結合及び（１，６）結合アルファ−Ｄ−マンノース残基を加水分解する。両方のサブタイプが二価陽イオン補因子を必要とする。マンノシダーゼの変異は、マンノース症（マンノシダーゼＩ欠損）の原因になりうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0219】

ＭＢＯＡＴ２： リゾホスファチジル−エタノールアミン（１−アシル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン又はＬＰＥ）のホスファチジル−エタノールアミン（１，２−ジアシル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホエタノールアミン又はＰＥ）への変換（ＬＰＥＡＴ活性）を媒介するアシルトランスフェラーゼ。リゾホスファチジン酸（ＬＰＡ）のホスファチジン酸（ＰＡ）へのアシル化（ＬＰＡＡＴ活性）も触媒する。非常に弱いリゾホスファチジル−コリンアシルトランスフェラーゼ（ＬＰＣＡＴ活性）も有する。オレオイル−ＣｏＡをアシル供与体として好む。リゾリン脂質アシルトランスフェラーゼ（ＬＰＬＡＴ）は、ランズ回路としても公知のリン脂質リモデリング経路の再アシル化ステップを触媒する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0220】

ＭＸ１／ＭＸＡ： マウスにおいて、インターフェロン誘導性Ｍｘタンパク質は、インフルエンザウイルス感染症に対する特異的抗ウイルス状態の原因となる。この遺伝子によってコードされるタンパク質は、その抗原的関連性、誘導状態、物理化学的特性及びアミノ酸分析によって判定してマウスタンパク質に類似している。この細胞質タンパク質は、ダイナミンファミリーと大型ＧＴＰアーゼのファミリーの両方のメンバーである。同じタンパク質をコードする２つの転写バリアントがこの遺伝子について判明している。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0221】

ＮＰＭ１： ＮＰＭ１(it)は、多種多様な細胞プロセス、例えば、リボソーム新生、中心体複製、タンパク質シャペロニング、ヒストン集合、細胞増殖、並びに腫瘍抑制因子ＴＰ５３／ｐ５３及びＡＲＦの調節に関与する。それは、リボソームに結合して、おそらくリボソーム核輸送を駆動する。ＮＰＭ１(it)は、核小体リボ核タンパク質構造と会合し、一本鎖核酸に結合する。コアヒストンＨ３、Ｈ２Ｂ及びＨ４のシャペロニンとして作用する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0222】

ＮＲＧ１： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、当初、ＮＥＵ／ＥＲＢＢ２受容体チロシンキナーゼと相互作用してチロシン残基上のそのリン酸化を増加させる４４ｋＤ糖タンパク質として同定された。このタンパク質は、細胞−細胞相互作用を媒介し、多臓器系の成長及び発達において重要な役割を果たすシグナル伝達タンパク質である。異なるアイソフォームの異常な多様性(an extraordinary variety)が、代替的なプロモーターの使用及びスプライシングを介してこの遺伝子から産生されることが知られている。これらのアイソフォームは、組織特異的に発現され、それらの構造が大きく異なるため、これらのアイソフォームはＩ、ＩＩ、ＩＩＩ、ＩＶ、Ｖ及びＶＩ型に分類される。遺伝子調節不全は、癌、統合失調症及び双極性障害（ＢＰＤ）などの疾患に関連している。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者に知られているか、又は適切なデータベースエントリー、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで、２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。。

【0223】

ＯＡＳ２： この遺伝子は、ウイルス感染症に対する自然免疫応答に関与する必須タンパク質である、２−５Ａシンターゼファミリーのメンバーをコードする。コードされるタンパク質は、インターフェロンによって誘導され、２’特異的ヌクレオチジル転移反応においてアデノシン三リン酸を使用して２’，５’−オリゴアデニル酸（２−５Ａ）を合成する。これらの分子は、不活性型リボヌクレアーゼＬを活性化し、その結果、ウイルスＲＮＡが分解され、ウイルス複製が阻害されることになる。この遺伝子ファミリーの３つの公知メンバーは、１２番染色体上のクラスター内に位置する。異なるアイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた転写バリアントが記載されている。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0224】

ＰＡＲＰ９： ポリ（ＡＤＰ−リボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）は、複数のＡＤＰ−リボース部分の付加によるタンパク質の翻訳後修飾を触媒する。ＰＡＲＰは、ＡＤＰ−リボースをニコチンアミドジヌクレオチド（ＮＡＤ）から基質タンパク質上のｇｌｕ／ａｓｐ残基に転移させ、そしてまたＡＤＰ−リボースを重合して長／分岐鎖ポリマーを形成する。ＰＡＲＰ阻害剤は、がん、糖尿病、脳卒中及び心血管疾患をはじめとする多数の病態に使用するために開発中である。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0225】

ＰＡＲＰ１２： ポリ（ＡＤＰ−リボース）ポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）は、複数のＡＤＰ−リボース部分の付加によるタンパク質の翻訳後修飾を触媒する。ＰＡＲＰは、ＡＤＰ−リボースをニコチンアミドジヌクレオチド（ＮＡＤ）から基質タンパク質上のｇｌｕ／ａｓｐ残基に転移させ、そしてまたＡＤＰ−リボースを重合して長／分岐鎖ポリマーを形成する。ＰＡＲＰ阻害剤は、がん、糖尿病、脳卒中及び心血管疾患をはじめとする多数の病態に使用するために開発中である。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0226】

ＰＣＴ： プロカルシトニン（ＰＣＴ）は、ホルモンカルシトニンのペプチド前駆体であり、ホルモンカルシトニンは、カルシウム恒常性に関係する。プロカルシトニンレベルは、炎症誘発性刺激に反応して上昇する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0227】

ＰＤＩＡ６： ＰＤＩＡ６などの、タンパク質ジスルフィドイソメラーゼ（ＥＣ５．３．４．１）は、タンパク質におけるジスルフィド結合の形成、還元及び異性体化を触媒する小胞体（ＥＲ）常在性タンパク質であって、ジスルフィド結合しているタンパク質の折り畳みに関与すると考えられているタンパク質である。それは、誤って折り畳まれたタンパク質の凝集を阻害するシャペロンとして機能しうる。コンブルキシン、コラーゲン及びトロンビンなどのアゴニストによる血小板凝集及び活性化に関与する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0228】

プロカルシトニン： カルシウム恒常性に関係するホルモンカルシトニンのペプチド前駆体である。プロカルシトニンレベルは、炎症誘発性刺激、特に、細菌に起因する炎症誘発性刺激に反応して上昇する。この場合、それは、主として肺及び腸の細胞によって生ずる。それは、ウイルス又は非感染性炎症に伴って有意に上昇しない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0229】

ＰＴＥＮ： 腫瘍抑制因子。チロシンリン酸化タンパク質、セリンリン酸化タンパク質及びトレオニンリン酸化タンパク質を脱リン酸化する、二重特異性タンパク質ホスファターゼとして作用する。ホスファチジルイノシトール（ＰＩ）３，４，５−三リン酸、ＰＩ３，４−二リン酸、ＰＩ３−リン酸及びイノシトール１，３，４，５−四リン酸からイノシトール環のＤ３位のリン酸をｉｎ ｖｉｔｒｏ基質優先順序ＰｔｄＩｎｓ（３，４，５）Ｐ３＞ＰｔｄＩｎｓ（３，４）Ｐ２＞ＰｔｄＩｎｓ３Ｐ＞Ｉｎｓ（ｌ，３，４，５）Ｐ４で除去する、脂質ホスファターゼとしても作用する。脂質ホスファターゼ活性は、その腫瘍抑制因子機能に肝要である。ホスホイノシチドを脱リン酸化することによりＰＩ３Ｋ−ＡＫＴ／ＰＫＢシグナル伝達経路を遮断することによって、細胞周期進行及び細胞生存を調節する。その非リン酸化形は、ＡＩＰ１と協働してＡＫＴ１活性化を抑制する。チロシンリン酸化接着斑キナーゼを脱リン酸化し、細胞遊走並びにインテグリン媒介細胞細胞伸展及び接着斑形成を阻害する。神経細胞配置、樹状突起発達及びシナプス形成を含む成体神経新生の過程で新生神経細胞の組み込みプロセスのテンポを制御するＡＫＴ−ｍＴＯＲシグナル伝達経路の重要な調節因子としての役割を果たす。脂肪組織におけるインスリンシグナル伝達及びグルコース代謝の負の制御調節でありうる。核のモノユビキチン化型は、より大きいアポトーシスの可能性を有するが、細胞質のモノユビキチン化型は、低い腫瘍抑制能力を誘導する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0230】

ＲＡＢ１３： 極性輸送に、タイトジャンクションの構築(assembly)及び／又は活性に関与することができる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0231】

ＲＡＰ１Ｂ： 固有のＧＴＰアーゼ活性を有するＧＴＰ結合タンパク質。適正な内皮細胞極性及び血管内腔の確立及び維持におけるＫＲＩＴ１及びＣＤＨ５の極性化活性の一因となる。細胞結合部位へのリン酸化ＰＲ、ＣＺ、ＰＡＲＤ３及びＴＩＡＭ１の局在化に必要とされる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0232】

ＲＴＮ３： 初期分泌経路の膜輸送に関与しうる。ＢＡＣＥ１活性及びアミロイド前駆体タンパク質プロセッシングを阻害する。カスパーゼ−８カスケード及びアポトーシスを誘導しうる。小胞体ストレスに基づくミトコンドリアへのＢＣＬ２転位を支持しうる。エンテロウイルス感染症の場合、ＲＴＮ３は、ウイルス複製又は発病に関与しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0233】

ＳＡＡ： アポリポタンパク質の血清アミロイドＡファミリーのメンバーをコードする。コードされるタンパク質は、炎症及び組織傷害に反応して高度に発現される。このタンパク質は、ＨＤＬ代謝及びコレステロール恒常性に重要な役割を果たす。このタンパク質の高いレベルは、アテローム動脈硬化症、関節リウマチ、アルツハイマー病及びクローン病をはじめとする慢性炎症性疾患に関連づけられる。このタンパク質は、ある特定の腫瘍の潜在的バイオマーカーでもありうる。選択的スプライシングの結果、同タンパク質をコードする複数の転写バリアントが生ずる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0234】

ＱＡＲＳ： アミノアシル−ｔＲＮＡシンセターゼは、それらの同族アミノ酸によるｔＲＮＡのアミノアシル化を触媒する。ｔＲＮＡに含有されるヌクレオチドトリプレットとアミノ酸の連結におけるそれらの中心的役割のため、アミノアシル−ｔＲＮＡシンセターゼは、進化中に出現した最初のタンパク質のであると考えられる。後生動物では、グルタミン（ｇｌｎ）、グルタミン酸（ｇｌｕ）及び７つの他のアミノ酸に特異的な９つのアミノアシル−ｔＲＮＡシンセターゼが多酵素複合体の中で会合している。真核生物に存在するが、グルタミル−ｔＲＮＡシンセターゼ（ＱＡＲＳ）は、Ｇｌｎ−ｔＲＮＡ（Ｇｌｎ）がミスアシル化Ｇｌｕ−ｔＲＮＡ（Ｇｌｎ）のアミド基転移によって形成される多くの原核生物、ミトコンドリア及び葉緑体には不在である。グルタミル−ｔＲＮＡシンセターゼは、クラスＩアミノアシル−ｔＲＮＡシンセターゼファミリーに属する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0235】

ＲＡＢ１３： 極性輸送に、タイトジャンクションの構築及び／又は活性に関与できる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0236】

ＲＡＢ３１： ＲＡＢファミリーの低分子量ＧＴＰ結合タンパク質、例えばＲＡＢ３１は、小胞及び顆粒標的化において不可欠な役割を果たす。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0237】

ＲＡＣ２： 低分子量Ｇタンパク質（低分子量ＧＴＰアーゼ）は、Ｇアルファタンパク質のホモログであり、多くの場合、Ｒａｓ癌原遺伝子スーパーファミリーと呼ばれる。Ｒａｓスーパーファミリーは、８ファミリー：Ｒａｓ、Ｒｈｏ、Ｒａｂ、Ｒａｐ、Ａｒｆ、Ｒａｎ、Ｒｈｅｂ及びＲａｄに分類される、１００を超える低分子量ＧＴＰアーゼを含有する。低分子量ＧＴＰアーゼは、増殖、分化、運動及び脂質小胞輸送をはじめとする、細胞の多種多様なプロセスを調節する。Ｇアルファタンパク質同様、低分子量ＧＴＰアーゼは、交互に（ＧＴＰと結合している）オン状態と（ＧＤＰと結合している）オフ状態になる。この周期的プロセスは、グアニンヌクレオチド交換因子（ＧＥＦ）及びＧＴＰアーゼ活性化タンパク質（ＧＡＰ）を必要とする。低分子量ＧＴＰアーゼは、大部分の受容体チロシンキナーゼ（ＲＴＫ）の下流エフェクターであり、２つのタンパク質、ＧＲＢ２及びＳＯＳを介して連結される。それらは、ＭＡＰＫ経路を含む細胞内シグナル伝達カスケードに、Ｒａｆキナーゼとの相互作用によって連結される。通常、低分子量ＧＴＰアーゼの活性化は、ＲＴＫとのリガンド結合によって誘導される。多くの形質転換では、ＧＴＰアーゼ、多くの場合Ｒａｓ、の活性化変異は、リガンド不在下で細胞応答を生じさせ、このようにして悪性進行を促進する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0238】

ＲＰＬ３４： タンパク質合成を触媒するオルガネラであるリボソームは、小さな４０Ｓサブユニットと大きな６０Ｓサブユニットでからなる。これらのサブユニットはともに、４つのＲＮＡ種と約８０の構造的に異なるタンパク質とから構成される。この遺伝子は、６０Ｓサブユニットの成分であるリボソームタンパク質をコードする。このタンパク質はリボソームタンパク質のＬ３４Ｅファミリーに属する。それは細胞質に位置している。この遺伝子はもともと１７ｑ２１に位置すると考えられていたが、４ｑにマッピングされていた。選択的スプライシング、代替転写開始部位および／または代替ポリアデニル化に由来する転写産物変異体が存在する；これらの変異体は同じタンパク質をコードする。リボソームタンパク質をコードする遺伝子に典型的であるように、ゲノムを介して分散されたこの遺伝子の複数の(multiple)処理された偽遺伝子が存在する。この決定基のアミノ酸および／またはヌクレオチド配列は、当業者に知られているか、または適切なデータベースエントリー、例えば、ＧｅｎｂａｎｋまたはＵｎｉｐｒｏｔで、２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0239】

ＲＳＡＤ２： 抗ウイルス防御に関与する。多くのウイルスの出芽過程に不可欠である特徴部である細胞膜の脂質ラフトを破壊することによってウイルス出芽を減じさせうる。コレステロール、ファルネシル化及びゲラニル化タンパク質、ユビキノンドリコール及びヘムの合成に関与する酵素である、ＦＰＰＳと結合し、ＦＰＰＳを活性化することによって作用する。Ｉ型及びＩＩ型インターフェロンによって誘導される細胞抗ウイルス状態に関与する。ＨＩＶ−１ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヒトサイトメガロウイルス及びアルファウイルスに対して抗ウイルス効果を示すが、ベシクロウイルスに対しては示さない。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0240】

ＳＡＲＴ３： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、腫瘍拒絶抗原であるＲＮＡ結合核タンパク質である。この抗原は、がん患者においてＨＬＡ−Ａ２４制限及び腫瘍特異的細胞傷害性Ｔリンパ球を誘導することができる腫瘍エピトープを有し、特定の免疫治療に有用でありうる。この遺伝子産物は、ＨＩＶ−１遺伝子発現及びウイルス複製に重要な細胞因子であることが判明している。それはまた、スプライソソームサイクルのリサイクル期中にＵ６及びＵ４／Ｕ６ ｓｎＲＮＰと一時的に会合する。このコードされるタンパク質は、ｍＲＮＡスプライシングの調節に関与すると考えられる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0241】

ＳＤＣＢＰ： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、最初、細胞骨格へのシンデカン介在シグナル伝達を関連づける分子として同定された。シンテニンタンパク質は、様々な膜貫通タンパク質の細胞質Ｃドメインに結合するタンデム反復ＰＤＺドメインを含有する。このタンパク質は、細胞骨格の膜構成、細胞接着、タンパク質輸送、及び転写因子の活性化にも影響しうる。このタンパク質は、主として膜結合型接着結合部位及び接着点に主として局在するが、小胞体及び核でも見いだされる。選択的スプライシングの結果、異なるアイソフォームをコードする複数の転写バリアントが生ずる。それは、転写因子ＳＯＸ４をＩＬ−５受容体（ＩＬ５ＲＡ）に連結させるようである。小胞輸送に関与することがあり、初期分泌経路におけるＴＧＦＡの細胞表面への標的化に必要とされるようである。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0242】

ＳＥＬＩ： この遺伝子は、その活性部位にセレノシステイン（Ｓｅｃ）を含有するセレノプロテインをコードする。セレノシステインは、通常は翻訳終結シグナルを伝達するＵＧＡコドンによってコードされる。セレノプロテイン遺伝子の３’ＵＴＲは、ＵＧＡの認識に必要とされる一般的なステムループ構造、ｓｅｃ挿入配列（ＳＥＣＩＳ）を、停止シグナルとしてではなく、Ｓｅｃコドンとして有する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0243】

ＳＰＩＮＴ２： この遺伝子は、様々なセリンプロテアーゼを阻害する２つの細胞外クニッツドメインを有する膜貫通タンパク質をコードする。このタンパク質は、活性肝細胞増殖因子の形成を妨げるＨＧＦ活性化因子を阻害する。この遺伝子は、推定腫瘍抑制因子であり、この遺伝子の変異に起因して、先天性ナトリウム下痢症が生ずる。異なるアイソフォームをコードする複数の転写バリアントがこの遺伝子について判明している。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0244】

ＳＭＡＤ９： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、ＴＧＦ−ベータファミリーメンバーからのシグナルを伝達するＳＭＡＤファミリーのメンバーである。コードされるタンパク質は、骨形成タンパク質によって活性化され、ＳＭＡＤ４と相互作用する。異なるアイソフォームをコードする２つの転写バリアントがこの遺伝子について判明している。ＢＭＰ（骨形成タンパク質）１型受容体キナーゼによって活性化される転写修飾因子。ＳＭＡＤ９は、受容体制御型ＳＭＡＤ（Ｒ−ＳＭＡＤ）である。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0245】

ＳＯＣＳ３： ＳＯＣＳファミリータンパク質は、サイトカインシグナル伝達を調節する古典的な負のフィードバックシステムの一部を構成する。ＳＯＣＳ３は、ＪＡＫ／ＳＴＡＴ経路によってシグナル伝達するサイトカインの負の調節に関与する。ｇｐｌ３０、ＬＩＦ、エリスロポエチン、インスリン、ＩＬ１２、ＧＣＳＦ及びレプチン受容体をはじめとするチロシンキナーゼ受容体と結合することによって、サイトカインシグナル伝達を阻害する。ＪＡＫ２との結合は、そのキナーゼ活性を阻害する。胎児肝臓エリスロポエチンを抑制する。Ｔヘルパー２型細胞によって媒介されるアレルギー反応の発生及び維持を調節する。ｉｎ ｖｉｖｏ ＩＬ−６シグナル伝達を（類似性によって）調節する。標的タンパク質のユビキチン化及びその後のプロテアソーム分解を場解する、ＳＣＦ様ＥＣＳ（エロンギンＢＣ−ＣＵＬ２／５−ＳＯＣＳボックスタンパク質）Ｅ３ユビキチン−タンパク質リガーゼ複合体のほぼ確実な基質認識成分。ＩＬ６ＳＴを（類似性によって）認識するようである。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0246】

ＴＲＡＩＬ： この遺伝子によってコードされるタンパク質は、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）リガンドファミリーに属するサイトカインである。この遺伝子のさらなる別名(Additional names)としては、限定ではないが、ＡＰ０２Ｌ、ＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド、ＴＮＦＳＦ１０及びＣＤ２５３が挙げられる。ＴＲＡＩＬは、膜結合型及び可溶型で存在し、両方の型は、形質転換腫瘍細胞などの異なる細胞のアポトーシスを誘導することができる。このタンパク質は、ＴＮＦ受容体スーパーファミリーの幾つかのメンバー、例えば、ＴＮＦＲＳＦ １０Ａ／ＴＲＡＩＬＲ１、ＮＦＲＳＦ １０Ｂ／ＴＲＡＩＬＲ２、ＮＦＲＳＦ １０Ｃ／ＴＲＡＩＬＲ３、ＴＮＦＲＳＦ １０Ｄ／ＴＲＡＩＬＲ４と結合し、ことによるとＮＦＲＳＦ１１Ｂ／ＯＰＧとも結合する。このタンパク質の活性は、アポトーシスを誘導することができないデコイ受容体、例えば、ＮＦＲＳＦ １０Ｃ／ＴＲＡＩＬＲ３、ＴＮＦＲＳＦ １０Ｄ／ＴＲＡＩＬＲ４、及びＮＦＲＳＦ １１Ｂ／ＯＰＧと結合することによって調節されうる。このタンパク質のその受容体との結合は、ＭＡＰＫ８／ＪＮＫ、カスパーゼ８及びカスパーゼ３の活性化を標的にすることが証明されている。異なるアイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた転写バリアントがこの遺伝子について判明している。ＴＲＡＩＬは、細胞表面からタンパク質分解的に切断されて、ホモ三量体構造を有する可溶型を生じさせることができる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0247】

ＴＲＥＭ１： 骨髄腫細胞で発現される誘発性受容体１（Ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｏｎ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌｓ １）；ＴＲＥＭ１のさらなる別名は、ＣＤ３５４及びＴＲＥＭ−１である。この遺伝子は、骨髄腫細胞に発現するＩｇスーパーファミリーに属する受容体をコードする。このタンパク質は、炎症誘発性ケモカイン及びサイトカインの放出を刺激することによって、細菌及び真菌感染症により誘発される好中球及び単球媒介炎症反応を増幅させる。異なるアイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた転写バリアントがこの遺伝子について記述されている。この遺伝子によってコードされるタンパク質には、ｓＴＲＥＭ１によって表される可溶型がある。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0248】

ＴＲＩＭ２２： 細胞自然免疫に関与するインターフェロン誘導ウイルスタンパク質。抗ウイルス活性は、一部は、ウイルスタンパク質のＴＲＩＭ２２依存性ユビキチン化によって媒介されうる。ＨＩＶ−１、脳心筋炎ウイルス（ＥＭＣＶ）及びＢ型肝炎ウイルス（ＨＢＶ）の複製の制限に関与する。ＨＢＶコアプロモーターの転写抑制因子として作用する。Ｅ３ユビキチン・タンパク質リガーゼ活性を有しうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0249】

ＵＢＥ２Ｎ： ＵＢＥ２Ｖ１−ＵＢＥ２Ｎ及びＵＢＥ２Ｖ２−ＵＢＥ２Ｎヘテロ二量体は非標準「Ｌｙｓ−６３」結合ポリユビキチン鎖の合成を触媒する。このタイプのポリユビキチン化は、プロテアソームによるタンパク質分解をもたらさない。それは、標的遺伝子の転写活性化を媒介する。それは、細胞周期及び分化による進行の制御に関与する。誤りのないＤＮＡ修復経路に関与し、ＤＮＡ損傷後の細胞の生存の一因となる。ＤＮＡ修復に必要とされる、遺伝毒性ストレスに基づくＰＣＮＡの「Ｌｙｓ−６３」結合ポリユビキチン化において、Ｅ３リガーゼ、ＨＬＴＦ及びＳＨＰＲＨ、とともに作用する。それは、ＪＫＡＭＰの「Ｌｙｓ−６３」結合ポリユビキチン化においてＥ３リガーゼＲＮＦ５とともに作用することによって、プロテアソーム及びＥＲＡＤの成分とのその会合を減少させることによりＪＫＡＭＰ機能を調節するようである。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0250】

ＶＥＧＦＲ２： 血管内皮増殖因子（ＶＥＧＦ）は、内皮細胞の主要増殖因子である。この遺伝子は、ＶＥＧＦの２つの受容体の一方をコードする。キナーゼインサートドメイン受容体受容体としても公知のこの受容体は、ＩＩＩ型受容体チロシンキナーゼである。それは、ＶＥＧＦ誘導内皮増殖、生存、遊走、管状形態形成及び出芽の主要メディエーターとして機能する。この受容体のシグナル伝達及び輸送は、Ｒａｂ ＧＴＰアーゼ、Ｐ２Ｙプリンヌクレオチド受容体、インテグリンアルファＶベータ３、Ｔ細胞タンパク質チロシンホスファターゼなどを含む、複数の因子によって調節される。この遺伝子の変異は、乳児毛細血管腫に関係づけられている（ＲｅｆＳｅｑにより提供された）。この遺伝子によってコードされるタンパク質には、ｓＶＥＧＦＲ２と表される可溶型がある。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0251】

ＸＡＦ１： ＩＡＰ（アポトーシスタンパク質阻害剤）ファミリーのメンバーの負の調節因子として機能するようである。ＢＩＲＣ４の抗カスパーゼ活性を阻害する。カスパーゼ活性化とは無関係にＢＩＲＣ４の切断及び不活性化を誘導する。ＴＮＦ−アルファ誘導アポトーシスを媒介し、栄養膜細胞のアポトーシスに関与する。ミトコンドリアアポトーシス経路を活性化することにより間接的にＢＩＲＣ４を阻害しうる。ミトコンドリアへの転位後、ＢＡＸのミトコンドリアへの転位及びミトコンドリアからのチトクロムｃ放出を促進する。細胞質内で起こるようであるＢＩＲＣ４不活性化とはほぼ確実に無関係に、細胞質から核へのＢＩＲＣ４の再分布を促進するようである。ＢＩＲＣ４−ＸＡＦ１複合体は、ＢＩＲＣ５／サバイビンのダウンレギュレーションを媒介する；このプロセスは、ＢＩＲＣ４のＥ３リガーゼ活性を必要とする。ＴＲＡＩＬのアポトーシス促進性作用に対する細胞の感受性に関与するようである。がん細胞のアポトーシス抵抗性を媒介することにより腫瘍抑制因子でありうる。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0252】

ＺＢＰ１： ＤＬＭ１は、Ｚ−ＤＮＡ結合タンパク質をコードする。Ｚ−ＤＮＡ形成は、主に高次コイル形成量によって制御される、動的プロセスである。腫瘍及び病原体に対する宿主防御に関与しうる。Ｚ−ＤＮＡに（類似性により）結合する。この決定基のアミノ酸及び／又はヌクレオチド配列は、当業者には公知であり、又は好適なデータベースエントリから、例えば、Ｇｅｎｂａｎｋ又はＵｎｉｐｒｏｔで２０１５年１１月１１日の日付で誘導され得る。

【0253】

本発明は、年齢、絶対好中球数（ＡＮＣ）、絶対リンパ球数（ＡＬＣ）、好中球％（Ｎｅｕ（％））、リンパ球％（Ｌｙｍ（％））、単球％（Ｍｏｎｏ（％））、最大温度、発症からの期間、クレアチニン（Ｃｒ）、カリウム（Ｋ）、脈拍及び尿素などの非ポリペプチド決定基の形態の他の決定基の使用も想定している。用語「好中球％（Ｎｅｕ（％））」は、リンパ球である、白血球画分を指す。用語「リンパ球％（Ｌｙｍ（％））」は、リンパ球である、白血球画分を指す。用語「単球％（Ｍｏｎｏ（％））」は、単球である、白血球画分を指す。

【0254】

特に好ましい他の決定基は、ＴＲＡＩＬ及びＣＲＰである。プロカルシトニン、ＣＤ６４、ＩＰ１０、ＩＬ１Ｒａ又はＭａｃ−２ＢＰなどの決定基も好ましい。したがって、本発明は、ＴＲＡＩＬとの組合せでのＨＮＬの測定、ＣＲＰとの組合せでのＨＮＬの測定はもちろん、プロカルシトニンとの組合せでのＨＮＬの測定、ＣＤ６４との組合せでのＨＮＬの測定、ＩＰ１０との組合せでのＨＮＬの測定、ＩＬ１Ｒａとの組合せでのＨＮＬの測定、Ｍａｃ−２ＢＰとの組合せでのＨＮＬの測定、又はＴＲＡＩＬ、ＩＰ１０、ＩＬ１Ｒａ及びＭａｃ−２ＢＰのうちの１つ若しくは複数との組合せでのＨＮＬの測定も想定している。非ポリペプチド決定基絶対好中球数（ＡＮＣ）及び好中球％（Ｎｅｕ（％））も好ましい。

【0255】

別の実施形態では、決定基絶対好中球数（ＡＮＣ）のレベル及び好中球％（ＮＥＵ（％））は、ＨＮＬのレベルを正規化するために使用される。そのような正規化は、測定されたＨＮＬに好中球（ＡＮＣ）又はＮｅｕ％を相関させることによって行うことがされてよい。

【0256】

したがって、細菌感染症を除外するか又はウイルス感染症を確定診断する上記方法の一実施形態では、前記方法は、
ａ）対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より高い場合、前記対象について細菌感染症を除外するか又はウイルス感染症を確定診断するステップ、
をさらに含む。

【0257】

別の実施形態では、ウイルス感染症を除外する上記方法又は細菌感染症を確定診断する方法の別の実施形態では、前記方法は、
ａ）対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、及び
ｂ）ステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の第１の閾値より低い場合、前記対象について細菌感染症を確定診断するか又はウイルス感染症を除外するステップ、
をさらに含む。

【0258】

さらに、さらなる実施形態では、対象への処置推奨を提供する方法は、
ステップａ）において対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度をさらに測定すること、及び
ステップｂ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬの濃度が所定の閾値より低い場合、前記対象が抗生物質処置を受けることを推奨すること、
ステップｃ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、患者が抗生物質処置を受けないことを推奨すること、又は
ステップｄ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が、本明細書において上で定義した所定の閾値より低い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、患者が抗ウイルス処置を受けることを推奨すること、
をさらに含む。

【0259】

別の実施形態によると、対象への診断検査推奨を提供する方法は、
ステップａ）において対象から得た試料中のＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度をさらに測定すること、及び
ステップｂ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬの濃度が所定の閾値より低い場合、前記試料を細菌の存在について検査することを推奨すること、
ステップｃ）においてステップ（ａ）で決定されたＨＮＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より低い場合、及びステップ（ａ）で決定されたＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度が所定の閾値より高い場合、前記試料をウイルスの存在について検査することを推奨すること、
をさらに含む。

【0260】

また、対象において感染性疾患、好ましくは細菌性又はウイルス性疾患を除外する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度と、ＴＲＡＩＬ、ＩＰ１０、ＩＬ１Ｒａ又はＭａｃ−２ＢＰからなる群から選択される１つ又は複数のポリペプチドのポリペプチド濃度とを測定するステップ、
ｂ）測定された前記ポリペプチドの濃度（the concentrations）に所定の数学関数を適用してスコアを計算するステップ、
ｃ）前記スコアを所定の基準値と比較するステップ、
を含む方法も想定される。

【0261】

本明細書で使用する場合の「基準値」は、同じ感染症に罹患している上述の対象、同じ若しくは類似の年連範囲を有する対象、同じ若しくは類似の民族の対象を限定ではないが含む、集団研究から導出された値に対して相対的であることがあり、又は感染症の処置を受けた対象の出発試料に対して相対的であることがある。そのような基準値は、集団の統計解析、並びに／又は数学アルゴリズム及び計算感染インデックスから得られる集団のリスク予測データから導出することができる。アルゴリズム並びに他の統計及び構造分類方法を使用して、基準となる決定基インデックスを構成し、使用することもできる。

【0262】

本発明の一実施形態では、基準値は、感染症に罹患していない１名又は複数名の対象（すなわち、健常、及び又は非感染個体）から採取された対照試料中の決定基の量（すなわち、レベル）である。さらなる実施形態では、そのような検査後に診断に妥当な期間にわたってそのような対象をモニター及び／又は定期的に再検査して、感染症不在が続いていることを検証する。そのような期間は、基準値の決定のための最初の検査日から１日、２日、２〜５日、５日、５〜１０日、１０日、又は１０日以上であることがある。

【0263】

さらに、適切に預けられた過去の対象試料中の決定基の遡及測定をこれらの基準値の確立に使用し、このようにして必要な研究時間を短縮されてよい。

【0264】

基準値は、感染症の処置及び／又は治療の結果として発生を示す、対象由来の(derived from)決定基の量も含むことができる。基準値は、公知の手法によって感染が確認された対象由来の決定基の量も含むことができる。

【0265】

別の実施形態では、基準値は、インデックス値又はベースライン値である。インデックス値又はベースライン値は、感染症に罹患していない１名又は複数名の対象からの決定基の有効量の複合サンプルである。ベースライン値は、感染症の処置又は治療の向上を示した対象由来の試料中の決定基の量も含むことができる。この実施形態では、対象由来試料との比較を行うために、決定基の量を同様に算出し、インデックス値と比較する。場合により、感染症に罹患していると同定された対象は、進行を遅らせる又は感染症を除去するための治療レジメン(regimen)を受けることに選ばれる。

【0266】

さらに、決定基の量を検査試料で測定し、カットオフポイント及び正常値を定義するために基準限界値、判別限界値又はリスク定義閾などの手法を利用して「正常対照値」と比較することができる。「正常対照値」は、感染症に罹患していない対象において通常は見いだされる１つ若しくは複数の決定基又は結合された決定基インデックスのレベルを意味する。そのような正常対照レベル及びカットオフポイントは、決定基を単独で使用するのか、決定基を他の決定基と結合させて１つのインデックスにする式で使用するのかに基づいて変わりうる。或いは、正常対照レベルは、以前に検査した対象からの決定基パターンのデータベースでありうる。

【0267】

処置レジメンの有効性は、ある期間にわたって対象から得た（１つ又は複数であり得る）有効量の試料中の決定基を検出し、検出された決定基の量を比較することによってモニターすることができる。例えば、第１の試料は、対象が処置を受ける前に得ることができ、１つ又は複数のその後の試料は、対象の処置後又は処置中に採取される。

【0268】

例えば、本発明の方法は、細菌感染症とウイルス感染症と混合感染症（すなわち、細菌とウイルスへの同時感染）とを判別するために使用することができる。これによって、患者を層別化し、相応じて処置することが可能になる。

【0269】

決定基の結果を結合させて本発明の実施に有用なインデックスにするために、いずれの式を使用してもよい。上で示したように、及び限定ではないが、そのようなインデックスは、様々なことを示す中でも特に、確率、尤度、絶対若しくは相対リスク、ある病態が別の病態に転換するまでの時間若しくは転換率を示すことができ、又は感染症についての将来のバイオマーカー測定値の予測できる。これは、特定の期間若しくは発生段階についてであることもあり、又は生涯リスクの維持についてであることもあり、又は単に、別の他基準対象集団に対するインデックスとして提供されることもある。

【0270】

様々な好ましい式をここに記載するが、本明細書において言及するもの及び上記定義の中で言及したもの以外の幾つかの他のモデル及び式のタイプが当業者には周知である。使用する実際のモデルタイプ又は式自体は、訓練集団でのその結果の性能及び診断精度特性に基づいて、可能性のあるモデルの範囲から選択されてよい。式自体の細目は、適切な訓練集団における決定基の結果から一般に導出されてよい。数ある使用の中でも特に、そのような式は、１つ若しくは複数の決定基入力量から導出される特徴空間を（例えば、対象のクラスメンバーシップを正常なもの、感染症に罹患しているものと予測するのに有用な）一連の対象クラスにマッピングすること、ベイズ的(Bayesian)アプローチを使用してリスクの確率関数の推定値を導出すること、又はクラス条件付き確率を推定し、次いでベイズの規則(Bayes’ rule)を使用して前の場合のようにクラス確率関数を生成することを意図したものでありうる。

【0271】

好ましい式には、広範な種類の統計的分類アルゴリズム、特に判別分析（discriminant analysis）の使用が含まれる。判別分析の目的は、以前に識別された一連の特徴からクラスメンバーシップを予測することである。線形判別分析（ＬＤＡ）の場合、いくつかの基準によってグループ間の分離を最大にする特徴の線形結合が識別される。特徴は、異なる閾値を有する固有遺伝子ベースの(eigengene based)アプローチ（ＥＬＤ Ａ）または多変量分散解析（ＭＡＮＯＶＡ）に基づくステッピングアルゴリズムを使用して、ＬＤＡについて同定することができる。Ｈｏｔｅｌｌｉｎｇ−Ｌａｗｌｅｙ統計に基づいて分離の確率を最小限に抑える前方、後方および階段状アルゴリズムを実行することができる。

【0272】

固有遺伝子ベースの線形判別分析（Eigengene-based Linear Discriminant Analysis,）は、Ｓｈｅｎら（２００６）によって開発された特徴選択手法である。この式は、最も重要な固有ベクトル(eigenvectors)に関連づけられる特徴を同定するために変形固有値解析を使用して多変量の枠組みの中で特徴（例えば、バイオマーカー）を選択する。「重要な」は、何らかの閾を基準にして分類することを試みるサンプル間の差の最も大きい分散を説明するこれら固有ベクトル(eigenvectors)と定義する。

【0273】

サポートベクターマシン（support vector machine,ＳＶＭ）は、２つのクラスを分離する超平面の発見を試みる分類式である。この超平面は、まさしくこの超平面からのマージン距離であるデータ点である、サポートベクトルを含有する。分離超平面がデータの現次元に存在しない可能性が高い事象の場合、元の変数の非線形関数を用いることによってデータをより大きい次元に投影することにより、次元数を拡大する。必要というわけではないが、ＳＶＭの特徴のフィルタリングは、予測を向上させることが多い。ノンパラメトリック・クラスカル−ウォリス（ＫＷ）検定を使用して最良の単変量特徴を選択することにより、サポートベクターマシンのための特徴（例えば、バイオマーカー）を特定することができる。ランダムフォレスト（ＲＦ、Ｂｒｅｉｍａｎ、２００１）又は再帰分割（ＲＰＡＲＴ、Ｂｒｅｉｍａｎら、１９８４）を別々に使用して又は併用して、最も重要であるバイオマーカーの組合せを特定することもできる。ＫＷとＲＦは両方とも、多数の特徴を全特徴から選択する必要がある。ＲＰＡＲＴは、利用可能なバイオマーカーのサブセットを使用して単一の分類木を作成する。他の式を使用して、個々の決定基測定結果を予測式への提示前に前処理して、より価値のある情報形態にしてもよい。最も注目すべきこととして、正規分布又は他の分布の位置としての一般的の数学的変換、例えば対数関数又はロジスティック関数のいずれかを使用する、集団の平均値などに対するバイオマーカー結果の正規化は、すべて、当業者には周知である。特定の式を単にクラス内の対象に対して使用するか又は入力量としての臨床的決定基を連続的に結合させて使用する、年齢、発症からの期間、性別、人種、又は性などの臨床的決定基に基づく一連の正規化は、特に関心が高い。他の場合、分析物に基づくバイオマーカーを結合させて算出する変数にすることができ、その後、それらの変数を式に提示する。

【0274】

正規化される可能性のある１対象の個々のパラメータ値に加えて、すべての対象についての又は任意の既知対象クラスについての全予測式自体を、Ｄ’Ａｇｏｓｔｉｎｏら、（２００１）ＪＡＭＡ ２８６：１８０〜１８７に概要が述べられている手法による集団の予測有病率及び平均バイオマーカーパラメータ値の補正又は他の類似の正規化及び再較正法に基づいて、再較正又は別様に補正されてよい。そのような疫学的補正統計量は、機械可読であることもあり、そうでないこともある、モデルに提示された過去のデータのレジストリによって、又はときには保存サンプルの後向きクエリ若しくはそのようなパラメータ及び統計量の過去の研究の参照によって、継続的に計算、確認、改善及びアップデートされてよい。式の再較正又は他の補正の対象になりうるさらなるサンプルとしては、オッズ比の制約を用いるＰｅｐｅ，Ｍ．Ｓ．ら、２００４による研究、ＲＯＣ曲線に関するＣｏｏｋ，Ｎ．Ｒ．、２００７による研究で使用された統計量が挙げられる。最後に、分類器式の数値結果自体を、実際の臨床集団及び研究結果及び観察されたエンドポイントに対するその参照によって後処理して変換して、絶対リスクに合わせて較正し、分類器又はリスク式の様々な数値結果の信頼区間(confidence intervals)を得ることができる。

【0275】

一部の決定基は、本明細書において上で説明したように非ポリペプチド決定基として使用されうる患者年齢に依存する傾向を示すことがある（例えば、集団ベースラインは、年齢の関数として上昇又は下降することがある）。したがって、年齢依存性正規化又は層別化スキームを使用して、年連関連差について補正されてよい。年齢依存性正規化又は層別化は、異なる感染症タイプ間を識別する決定基の精度を向上させるために使用することができる。例えば、当業者は、各決定基の集団平均レベルを当てはめる関数を年齢の関数として生成し、それを使用して異なる年齢にわたって個々の対象レベルの決定基を正規化することができる。別の例は、対象を彼らの年齢に従って層別化し、年齢特異的閾又は各年齢群のインデックス値を独立して決定することである。

【0276】

本発明の性能、したがって絶対及び相対臨床的有用性を、上で述べたような様々な方法で評価されてよい。性能の様々な評価の中でも、本発明は、臨床診断及び予後予測の精度の提供を意図したものである。診断若しくは予後予測検査の精度、又は感染症に罹患している対象間を区別する検査、アッセイ若しくは方法に関する方法は、対象が、決定基のレベルで「有意な(significant)変化」（例えば、臨床的に有意な「診断的に有意な変化」）を有するかどうかに基づく。「有効量」は、所定のカットオフポイント（又は閾値）とは異なる、したがって前記決定基が決定基である感染症に罹患している対象を示す、「有意な変化」（例えば、決定基の発現又は活性のレベル）を生じさせるのに適している数（１つであることもあり、又は複数であることもある）の決定基の測定値を意味する。決定基のレベルの差は、統計的に有意であることが好ましい。下で述べるように、及び本発明に対するいずれの制限もなく、統計的有意性、したがって分析、診断及び臨床的精度の達成には、パネル内で一緒に使用される幾つかの決定基の組合せであって、統計的に有意な決定基インデックスを実現するために数学的アルゴリズムと結合された前記決定基の組合せが、常にではないが一般に必要である。

【0277】

病態のカテゴリー診断では、検査（又はアッセイ）のカットポイント又は閾値の変化は、通常、感度及び特異度を、定性的に逆の関係でだが、変化させる。したがって、対象の状態を評価するための、提案する医学的検査、アッセイ又は方法の精度及び有用性の評価では、常に、感度と特異度の両方を考慮に入れるべきであり、感度及び特異度は、カットポイントの範囲にわたって有意に変化しうるので、どのようなカットポイントが感度及び特異度を報告するポイントであるのかに気を配るべきである。これを達成する１つの方法は、感度と特異度の両方に依存するＭＣＣ測定基準を使用することによる方法である。可能性のあるすべてのカットポイント値を包含する統計量、例えばＡＵＣの使用は、本発明を使用するほとんどのカテゴリーリスク測定に好ましいが、連続リスク測定には、観察結果又は他の黄金律に対する適合度及び較正の統計が好ましい。

【0278】

用語「ＭＣＣ」は、マシューズ相関係数(Mathews Correlation coefficient)を意味し、次のように算定される：ＭＣＣ＝（ＴＰ＊ＴＮ−ＦＰ＊ＦＮ）／｛（ＴＰ＋ＦＮ）＊（ＴＰ＋ＦＰ）＊（ＴＮ＋ＦＰ）＊（ＴＮ＋ＦＮ）｝＜Ａ＞０．５（式中、ＴＰ、ＦＰ、ＴＮ、ＦＮは、それぞれ、真陽性、偽陽性、真陰性及び偽陰性である）。ＭＣＣ値が、完全に誤った分類及び完璧な分類をそれぞれ示す、−１と＋１の間の範囲であることに留意されたい。０のＭＣＣは、ランダムな分類を示す。ＭＣＣは、感度と特異度を結合させて単一の測定基準にするのに有用であることが証明されている（Ｂａｌｄｉ、Ｂｒｕｎａｋら、２０００）。ＭＣＣは、クラスサイズのバランスがとれている場合、分類精度の測定及び最適化にも有用である（Ｂａｌｄｉ、Ｂｒｕｎａｋら、２０００）。

【0279】

ＭＣＣ値は、完全に誤った分類及び完璧な分類をそれぞれ示す、−１と＋１の間の範囲でありうる。０のＭＣＣは、ランダムな分類を示す。ＭＣＣは、クラスサイズのバランスがとれている場合、分類精度の測定及び最適化に特に有用であることが証明されている（Ｂａｌｄｉ、Ｂｒｕｎａｋら、２０００）。訓練セットのＭＣＣを最大化するカットオフを計算し、次いでそれを使用して検査セットの患者を分類する、線形分類スキームを使用して、決定基の識別診断を評価してもよい。

【0280】

用語「ＴＰ」は、「真陽性(true positive)」、すなわち、検査される活性を正確に反映する陽性検査結果を意味する。例えば、本発明に関して、ＴＰは、これに限定されるわけではないが、例えば、細菌感染症を真にそのように分類することである。

【0281】

「ＴＮ」は、「真陰性(true negative)」であり、検査される活性を正確に反映する陰性検査結果を意味する。例えば、本発明に関して、ＴＮは、これに限定されるわけではないが、例えば、ウイルス感染症を真にそのように分類することである。

【0282】

「ＦＮ」は、偽陰性(false negative)であり、状況を明らかにすることはできないが陰性に見える結果を意味する。例えば、本発明に関して、ＦＮは、これに限定されるわけではないが、例えば、細菌感染症を誤ってウイルス感染症と分類することである。

【0283】

「ＦＰ」は、偽陽性(false positive)であり、陽性カテゴリーに間違って分類される検査結果を意味する。例えば、本発明に関して、ＦＰは、これに限定されるわけではないが、例えば、ウイルス感染症を誤って細菌感染症と分類することである。

【0284】

「感度」は、ＴＰ／（ＴＰ＋ＦＮ）、又は疾患対象の真陽性率によって算定される。「特異度」は、ＴＮ／（ＴＮ＋ＦＰ）、又は非疾患若しくは正常対象の真陰性率によって算定される。「総合精度」は、（ＴＮ＋ＴＰ）／（ＴＮ＋ＦＰ＋ＴＰ＋ＦＮ）によって算定される。「陽性的中率」又は「ＰＰＶ」は、ＴＰ／（ＴＰ＋ＦＰ）、又は全陽性検査結果の真陽性率によって算定される。陽性的中率は、疾患の有病率、及び検査する予定の集団の検査前確率による影響を本質的に受ける。「陰性的中率」又は「ＮＰＶ」は、ＴＮ／（ＴＮ＋ＦＮ）、又は全陰性検査結果の真陰性率によって算定される。陰性的中率もまた、疾患の有病率、及び検査する予定の集団の検査前確率による影響を本質的に受ける。例えば、検査、例えば臨床診断検査、の特異度、感度並びに陽性及び陰性的中率を論じている、Ｏ’Ｍａｒｃａｉｇｈ ＡＳ、Ｊａｃｏｂｓｏｎ ＲＭ、「Ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ Ｔｈｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ Ｖａｌｕｅ Ｏｆ Ａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ Ｔｅｓｔ，Ｈｏｗ Ｔｏ Ｐｒｅｖｅｎｔ Ｍｉｓｌｅａｄｉｎｇ Ｏｒ Ｃｏｎｆｕｓｉｎｇ Ｒｅｓｕｌｔｓ」、Ｃｌｉｎ．Ｐｅｄ．１９９３、３２（８）：４８５〜４９１を参照されたい。

【0285】

用語「精度」は、測定又は算定された量（検査報告値）のその実際の（又は真の）値に対する一致度を指す。臨床精度は、真の転帰（真陽性（ＴＰ）又は真陰性（ＴＮ））の誤分類された転帰（偽陽性（ＦＰ）又は偽陰性（ＦＮ））に対する割合に関係し、感度、特異度、陽性的中率（Positive predictive value,ＰＰＶ）若しくは陰性的中率（ＮＰＶ）、マシューズ相関係数（ＭＣＣ）と称されることがあり、又は数ある測度の中でも特に、尤度、オッズ比、受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線、曲線下面積（Area Under the Curve,ＡＵＣ）と称されることがある。

【0286】

多くの場合、連続診断検査測定を使用する二項病態分類アプローチについての感度及び特異度は、Ｐｅｐｅら、「Ｌｉｍｉｔａｔｉｏｎｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｏｄｄｓ Ｒａｔｉｏ ｉｎ Ｇａｕｇｉｎｇ ｔｈｅ Ｐｅｒｆｏｒｍａｎｃｅ ｏｆ ａ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ，Ｐｒｏｇｎｏｓｔｉｃ，ｏｒ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｍａｒｋｅｒ」、Ａｍ．Ｊ．Ｅｐｉｄｅｍｉｏｌ ２００４、１５９（９）：８８２〜８９０に従って受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線によって要約され、並びに検査（又はアッセイ）カットポイントの全範囲にわたって検査、アッセイ又は方法の感度及び特異度を１つだけの値で表すことを可能にする指標である、曲線下面積（ＡＵＣ）又はｃ統計量（c-statistic）によって要約される。例えば、Ｓｈｕｌｔｚ、「Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎ Ｏｆ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ」、Ｔｅｉｔｚ，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌｓ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、Ｂｕｒｔｉｓ ａｎｄ Ａｓｈｗｏｏｄ（編）、第４版、１９９６、Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ Ｃｏｍｐａｎｙ、１４章、１９２〜１９９頁、及びＺｗｅｉｇら、「ＲＯＣ Ｃｕｒｖｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ：Ａｎ Ｅｘａｍｐｌｅ Ｓｈｏｗｉｎｇ Ｔｈｅ Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ Ａｍｏｎｇ Ｓｅｒｕｍ Ｌｉｐｉｄ Ａｎｄ Ａｐｏｌｉｐｏｐｒｏｔｅｉｎ Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎｓ Ｉｎ Ｉｄｅｎｔｉｆｙｉｎｇ Ｓｕｂｊｅｃｔｓ Ｗｉｔｈ Ｃｏｒｏｎｏｒｙ Ａｒｔｅｒｙ Ｄｉｓｅａｓｅ」、Ｃｌｉｎ．Ｃｈｅｍ．、１９９２、３８（８）：１４２５〜１４２８も参照されたい。尤度関数、オッズ比、情報理論、予測値、較正（適合度を含む）及び再分類測定を使用する代替アプローチは、Ｃｏｏｋ、「Ｕｓｅ ａｎｄ Ｍｉｓｕｓｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｒｅｃｅｉｖｅｒ Ｏｐｅｒａｔｉｎｇ Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃ Ｃｕｒｖｅ ｉｎ Ｒｉｓｋ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ」、Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ ２００７、１１５：９２８〜９３５に従って要約される。

【0287】

本明細書で使用する場合の「式」、「アルゴリズム」又は「モデル」は、あらゆる数学的方程式、アルゴリズム的、分析的若しくはプログラムされたプロセスであり、又は１つ若しくは複数の連続的若しくはカテゴリー入力（本明細書では「パラメータ」と呼ぶ）を用いて、「インデックス」又は「インデックス値」と呼ばれることもある出力値を算定する、統計的手法である。「式」の非限定的な例としては、合計、比及び回帰演算子、例えば係数又は指数、バイオマーカー値変換及び正規化（限定ではないが、臨床的決定基、例えば性別、年齢若しくは民族性を含む）、規則及びガイドライン、統計的分類モデル、並びに過去の集団で訓練されたニューラルネットワークが挙げられる。決定基を結合させるのに特に有用であるのは、対象試料において検出された決定基のレベル間の関係性及び感染症又はある特定のタイプの感染症に罹患している対象の確率を決定するための、線形及び非線形方程式並びに統計的分類分析である。パネル及び組合せの構成において、特に関心が高いのは、構造及び構文統計的分類アルゴリズム、並びにパターン認識特徴を利用するインデックス構成方法であり、これらは、確立された手法、例えば、数ある中でも特に、相互相関、主成分分析（Principal Components Analysis,ＰＣＡ）、因子軸の回転、ロジスティック回帰（ＬｏｇＲｅｇ）、線形判別分析（ＬＤＡ）、固有遺伝子線形判別分析（Eigengene Linear Discriminant Analysis,ＥＬＤＡ）、サポートベクターマシン（ＳＶＭ）、ランダムフォレスト（ＲＦ）、再帰分割木（ＲＰＡＲＴ）、及び他の関連決定木分類手法、収縮重心法（Shrunken Centroids,ＳＣ）、ｓｔｅｐＡＩＣ、ｋ近傍法（Kth-Nearest Neighbor）、ブースティング、決定木、ニューラルネットワーク、ベイジアンネットワーク、及び隠れマルコフモデルを含む。当業者には周知のコックス、ワイブル、カプラン・マイヤー及びグリーンウッドモデルを含む他の手法を、生存及び時間事象ハザード分析に使用してもよい。これらの手法の多くは、決定基選択手法、例えば、前向き選択、後向き選択、若しくは段階的選択、所与のサイズの可能性のある全パネルの全数調査、遺伝的アルゴリズムと併用されたとき有用であり、又はそれら自体が、それらの独自の手法にバイオマーカー選択方法論を含むこともある。これらを情報量基準、例えば、赤池の情報量基準（ＡＩＣ）又はベイズ情報量基準（ＢＩＣ）と併用して、追加のバイオマーカー間のトレードオフ及びモデル向上を定量すること並びにオーバーフィットの最小化を促進されてよい。結果として生ずる予測モデルを、他の研究でブートストラップ、リーブワンアウト（ＬＯＯ）及び１０倍交差検証（１０倍ＣＶ）のような手法を使用して検証してもよく、又はそれらを最初に訓練した研究で交差検証してもよい。様々な段階で、当技術分野において公知の手法による値並べ替えによって、偽陽性率を推定されてよい。「医療経済的有用性関数」は、理想的な適用可能患者集団において標準治療への診断的又は治療的介入の導入前及び導入後両方の臨床転帰の範囲について予想された確率の組合せから導出される式である。これは、そのような介入の精度、有効性及び性能の推定値と、ケア（サービス、供給品、デバイス及び薬物など）についての実際の保健制度の費用から及び／又は各転帰をもたらす質調整生存年（quality adjusted life year,ＱＡＬＹ）当りの推定許容値として導出されうる、各転帰に関連する費用及び／又は値測定値（有用性）とを包含する。転帰の予測集団サイズにそれぞれの転帰の予想有用性を掛けた積の、予測転帰すべてにわたる、合計が、所与の標準治療の全医療経済的有用性である。（ｉ）介入を伴う標準治療について算定される全医療経済的有用性と（ｉｉ）介入を伴わない標準治療についての全医療経済的有用性との差は、結果的に、介入の医療経済費用又は値の総合的評価基準になる。これ自体が、分析する全患者群間で（又はもっぱら介入群間で）分割されて、単位介入当りの費用になり、並びに市場位置づけ、価格設定、及び保健制度受け入れの仮定のような決定の指針になりうる。そのような医療経済的有用性関数は、介入の対費用効果を比較するために一般に使用されるが、医療制度が出費をいとわないＱＡＬＹ当りの許容値、又は新たな介入が必要な許容される対費用効果の高い臨床成績特性を推定するために変換されることもある。

【0288】

本発明の診断的（又は予後予測的）介入については、各転帰（疾患分類診断検査はＴＰであっても、ＦＰであっても、ＴＮであっても、又はＦＮであってもよい）が異なる費用を負担するので、医療経済的有用性関数は、臨床状況と個々の転帰の費用及び価値に基づいて特異度より感度に又はＮＰＶよりＰＰＶに優先的に有利に働き、したがって、より直接的な臨床又は分析性能評価基準とは異なりうる健康経済的性能の別の評価基準をもたらす。これらの異なる測定値及び相対的トレードオフは、一般に、程度に差はあるがすべての性能評価基準が不完全より有利である完全検査の場合にのみゼロエラー率（別名、ゼロ予測対象転帰誤分類又はＦＰ及びＦＮ）に収斂することになる。

【0289】

したがって、さらなる態様では、本発明は、対象において細菌感染症とウイルス感染症を区別する(distinguishing)方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬ及びＣＲＰの、場合によりＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、
ｂ）前記ＨＮＬ及びＣＲＰ並びに場合によりＴＲＡＩＬの濃度（the concentrations）に所定の数学関数を適用してスコアを計算するステップ、
ｃ）本明細書において上で定義したスコアを、本明細書において上で定義した所定の基準値と比較するステップ、
を含む方法に関する。

【0290】

したがって、さらなる態様では、本発明は、対象において細菌又は混合感染症とウイルス感染症とを区別する方法であって、
ａ）上で定義した結合剤又は上で定義した診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬ及びＣＲＰの、場合によりＴＲＡＩＬのポリペプチド濃度を測定するステップ、
ｂ）前記ＨＮＬ及びＣＲＰ並びに場合によりＴＲＡＩの濃度（the concentrations）に所定の数学関数を適用してスコアを計算するステップ、
ｃ）本明細書において上で定義した、スコアを、本明細書において上で定義した所定の基準値と比較するステップ
を含む方法を提供する。

【0291】

さらに別の態様では、対象において感染症のタイプ、好ましくは細菌又はウイルス感染症を同定する(identifying)方法であって、
ａ）請求項１〜５のいずれか一項に記載の結合剤又は請求項６若しくは７に記載の診断用組成物若しくはキットを使用して、対象から得た試料中のＨＮＬのポリペプチド濃度と、ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｍａｃ−２ＢＰ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＩＬ１ａ、ＭＣＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩｇＧ非特異的結合分子、ＩＬ１、Ｉ−ＴＡＣ及びＴＮＦＲ１からなる群から選択される本明細書において上で定義した第１のポリペプチド決定基のレベルとを測定するステップ、及び
ｂ）（ｉ）本明細書において上で定義したポリペプチド決定基、ＴＲＡＩＬ、ＩＬ１ＲＡ、ＩＰ１０、Ｍａｃ−２ＢＰ、Ｂ２Ｍ、ＢＣＡ−１、ＣＨＩ３Ｌ１、エオタキシン、ＩＬ１ａ、ＭＣＰ、ＣＤ６２Ｌ、ＶＥＧＦＲ２、ＣＨＰ、ＣＭＰＫ２、ＣＯＲＯ１Ｃ、ＥＩＦ２ＡＫ２、ＩＳＧ１５、ＲＰＬ２２Ｌ１、ＲＴＮ３、ＣＤ１１２、ＣＤ１３４、ＣＤ１８２、ＣＤ２３１、ＣＤ２３５Ａ、ＣＤ３３５、ＣＤ３３７、ＣＤ４５、ＣＤ４９Ｄ、ＣＤ６６Ａ／Ｃ／Ｄ／Ｅ、ＣＤ７３、ＣＤ８４、ＥＧＦＲ、ＧＰＲ１６２、ＨＬＡ−Ａ／Ｂ／Ｃ、ＩＴＧＡＭ、ＮＲＧ１、ＲＡＰ１Ｂ、ＳＥＬＩ、ＳＰＩＮＴ２、ＳＳＥＡ１、ＩｇＧ非特異的結合分子、ＩＬ１、Ｉ−ＴＡＣ及びＴＮＦＲ１、
（ｉｉ）本明細書において上で定義したポリペプチド決定基、ＩＦＩＴＭ３、ＩＦＩＴ３、ＥＩＦ４Ｂ、ＩＦＩＴ１、ＬＯＣ２６０１０、ＭＢＯＡＴ２、ＭＸ１、ＯＡＳ２、ＲＳＡＤ２、ＡＤＩＰＯＲ１、ＣＤ１５、ＣＤ８Ａ、ＩＦＩＴＭ１、及びＩＬ７、
（ｉｉｉ）本明細書において上で定義したポリペプチド決定基、ＣＲＰ、ＳＡＡ、ＴＲＥＭ−１、ＰＣＴ、ＩＬ−８、ＴＲＥＭ−１及びＩＬ６、又は
（ｉｖ）本明細書において上で定義した非ポリペプチド決定基：年齢、絶対好中球数（ＡＮＣ）、絶対リンパ球数（ＡＬＣ）、好中球％（Ｎｅｕ（％））、リンパ球％（Ｌｙｍ（％））、単球％（Ｍｏｎｏ（％））、最大温度、発症からの期間、クレアチニン（Ｃｒ）、カリウム（Ｋ）、脈拍及び尿素、
からなる群から選択される第２の決定基のレベルを測定するステップ、
ｃ）ＨＮＬ、第１及び第２の決定基のレベルを基準値と比較することによって前記対象において感染症のタイプを同定するステップ、
を含み、前記第１及び／又は第２の決定基の測定がＨＮＬの測定による感染症のタイプの同定精度を増加させる、方法を提供する。

【0292】

本明細書で使用する場合の「感染症のタイプ」は、細菌感染症、ウイルス感染症、混合感染症、非感染症（すなわち、非感染性）を含むことを意味する。より具体的には、本発明の一部の方法は、細菌感染症に罹患している患者と、ウイルス感染症に罹患している患者と、混合感染症（すなわち、細菌とウイルスへの同時感染）に罹患している患者と、非感染性疾患を有する患者と、健常個体とを区別するために使用される。

【0293】

便宜上、本明細書において開示する抗体を、キット、すなわち所定量の試薬と診断アッセイを行うための説明書との包装済みの組合せ、で提供することができる。抗体が酵素で標識されている場合、キットは、前記酵素によって必要とされ基質及び補因子（例えば、検出可能な発色団又はフルオロフォアを提供する基質前駆体）を含むことになる。加えて、他の添加剤、例えば、安定剤、緩衝液（例えば、ブロック用緩衝液又は溶解用緩衝液）などを含むこともある。様々な試薬の相対量は、アッセイの感度を実質的に最適化する試薬の溶液中濃度を得るために広範に変えることがされてよい。特に、試薬は、乾燥粉末、通常は凍結乾燥されたもの、として備えられることがあり、そのような試薬には、溶解すると適切な濃度を有する試薬溶液を生じさせることになる賦形剤が含まれる。

【0294】

例えばイムノアッセイ、例えばＥＬＩＳＡ（サンドイッチ型又は競合形式）をはじめとする様々な診断アッセイで使用するための、診断試薬及び１つ又は複数のそのような試薬を含むキットも提供する。一部の実施形態では、そのようなキットは、少なくとも第１のペプチド（場合により、本明細書に記載の正しく折り畳まれた成熟ＨＮＬ標準物質）、又は本明細書に記載する一次抗体若しくは抗原結合断片、その機能的断片、又はそのカクテル、及びシグナル発生のための手段を含むことがある。キットの成分は、固体支持体に予め結合されていることもあり、又はキットを使用するときに固体支持体の表面に適用されることもある。一部の実施形態では、シグナル発生手段は、本明細書に記載する抗体と予め会合している状態になっていることもあり、又は１つ若しくは複数の成分、例えば、緩衝液、抗体・酵素結合体若しくは酵素基質などと使用前に併せる必要があることもある。キットは、さらなる試薬、例えば、固相表面との非特異的結合を低減させるためのブロッキング試薬、洗浄試薬及び酵素基質なども含むことがある。固相表面は、タンパク質、ペプチド又はポリペプチを固定化するのに好適なチューブ、ビーズ、マイクロタイタープレート、小球体又は他の材料の形態でありうる。一部の実施形態では、化学発光若しくは発色生成物の形成又は化学発光若しくは発色基質の還元を触媒する酵素が、シグナル発生手段の成分である。そのような酵素は、当技術分野において周知である。キットは、本明細書に記載するあらゆる捕捉剤及び検出試薬を含むことがされてよい。場合により、キットは、本明細書に記載する方法を行うための説明書も含むことがある。キットは、他の生物学的パラメータの検出及び測定のための試薬、例えば、プロカルシトニン、Ｃ反応性タンパク質、ＣＤ６４の、又は本明細書において上で述べたあらゆるポリペプチド決定基の、発現及び量を測定するための試薬、及び白血球、例えば、好中球、Ｔ細胞、Ｂ細胞、単球、好酸球、好塩基球の数の判定のための試薬をさらに含むことがある。

【0295】

本明細書において開示する抗体、ペプチド、抗原結合断片又はポリヌクレオチドのうちの少なくとも１つと、組成物を診断試薬又は治療剤として使用するための説明書とを含む、本明細書に開示する診断キットも、作製されてよい。そのようなキットに使用するための容器は、診断用及び／又は治療用組成物の１つ又は複数を入れること及び好適には等分されてよい、少なくとも１つのバイアル、試験管、フラスコ、ボトル、注射器又は他の好適な容器を、通常は含むことがされてよい。第２の治療剤も備えている場合、キットは、この第２の診断用及び／又は治療用組成物を入れることがされてよい第２の別個の容器も含むことがある。或いは、複数の成分が単一の医薬組成物に調製されていることもあり、単一の容器手段、例えば、バイアル、フラスコ、注射器、ボトル若しくは他の好適な単一容器に包装されていることもある。本発明のキットはまた、典型的には、例えば、所望のバイアルが保持される注入又はブロー成形されたプラスチック容器のような、バイアル(複数可)を密閉して商業的に販売するための手段を含む。放射性標識、色素形成、蛍光発生、又は他のタイプの検出可能な標識又は検出手段がキットに含まれる場合、標識剤は、診断又は治療用組成物自体と同じ容器に入れてもよいし、あるいは、この第２の組成物がその中に配置され、適切に分注され得る別個の容器手段内に配置されてもよい。あるいは、検出試薬及び標識は、単一の容器手段で調製することができ、大抵の場合、キットは、商業的販売及び／又は便利な包装及び送達のために密閉してバイアル（単数又は複数）を収容するための手段も典型的に含む。

【0296】

本明細書に記載する診断又はモニター方法を行うためのデバイス又は装置も提供する。そのような装置は、試料を投入することができるチャンバー又はチューブと、デバイスを通る試料の流れを方向づけるための弁又はポンプを場合により含む流体取り扱いシステムと、場合により、血液から血漿又は血清を分離するためのフィルターと、捕捉剤又は検出試薬の添加のための混合チャンバーと、場合により、捕捉剤免疫複合体に結合された検出可能標識の量を検出するための検出デバイスとを含むことがある。試料の流れは、受動的である（例えば、毛管力、静浮力、若しくは一旦試料を適用したらデバイスのさらなる操作を必要としない他の力による）こともあり、又は能動的である（例えば、機械式ポンプ、電気浸透流ポンプ、遠心力若しくは空気圧増加によって生じる力の印加による）こともあり、又は能動的な力と受動的な力の組合せによることもある。目的の分析物の磁性ベースの分離を含む分析物分離のためのデバイス（例えば、ＷＯ２００８／０７２１５６、ＷＯ２００８／１０２２１８、ＷＯ２０１０／０３５２０４及びＷＯ２０１１／０３６６３８に開示されているデバイス）を使用して、本明細書において開示する検査を行うこともできる。

【0297】

関連実施形態では、プロセッサと、コンピュータ可読メモリーと、前記コンピュータ可読メモリーに記憶されたルーチンも提供し、前記ルーチンは、明細書に記載する任意の方法の遂行を前記プロセッサで実行するように構成されており、並びに／又はＨＮＬの検出レベル、及び「正常」範囲外のレベルが本明細書に記載する状態の１つ若しくは複数と相関するような「正常」と見なされる閾レベル若しくは閾レベル範囲を出力として生成するように構成されている。一部の実施形態では、同様の機能を遂行するためのプログラム又はルーチンを含有するコンピュータ可読媒体も提供する。好適な計算システム、環境及び／又は構成の例としては、パーソナルコンピュータ、サーバーコンピュータ、携帯用若しくはラップトップ型デバイス、マルチプロセッサシステム、マイクロプロセッサベースシステム、セットトップボックス、プログラム可能な家庭用電化製品、ネットワークＰＣ、ミニコンピュータ、メインフレームコンピュータ、上記システム若しくはデバイスのいずれか又は当技術分野において公知の任意の他のシステムを含む分散コンピューティング環境が挙げられる。

【0298】

本明細書において開示する抗体は、標的抗原についての診断アッセイ、例えば、特定の細胞、組織又は血清中でのその発現を検出する診断アッセイにおいて使用されてよい。前記抗体は、ｉｎ ｖｉｖｏ診断アッセイにも使用されてよい。一般に、これらの目的のために、抗体は、免疫シンチグラフィーを使用してその部位の場所を突き止めることができるように放射性核種で標識される。

【0299】

本明細書に記載する抗体を、競合結合アッセイ、直接的及び間接的サンドイッチアッセイ、例えばＥＬＩＳＡ、並びに免疫沈降アッセイなどの、いずれの公知アッセイ方法で用いてもよい。Ｚｏｌａ、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｍａｎｕａｌ ｏｆ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ、１４７〜１５８頁（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．１９８７）。前記抗体を免疫組織化学的検査に使用して、当技術分野において公知の方法を使用して細胞試料を標識することもされてよい。

【実施例】

【0300】

１．抗体及びＨＮＬエピトープの特徴づけ
Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ質量分析によるエピトープマッピング
エピトープマッピングを開始する前に、Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ分析を各試料（抗体及び抗原）に関して行って、それらの完全性及び凝集レベルを検証した。完全性／凝集試験については、ＣｏｖａｌＸのＨＭ３相互作用モジュールを装備したＵｌｔｒａｆｌｅｘ ＩＩＩ ＭＡＬＤＩ ＴｏＦ質量分析計（Ｂｒｕｋｅｒ）を使用して測定を行った。ＣｏｖａｌＸの相互作用モジュールは、ナノモル感度で２ＭＤａまでの検出を最適化するように設計された特別な検出システムを含む。２０μｌの各タンパク質試料（抗ＨＮＬクローンＭＡＢ１；クローンＭＡＢ２及びクローンＭＡＢ３及びＨＮＬ）をピペッティングして、最終体積が１０μである８つの希釈物(dilutions)を調製した。これらの希釈物中の抗体の濃度は、１．０ｍｇ／ｍｌ、０．５ｍｇ／ｍｌ、２５０μｇ／ｍｌ、１２５μｇ／ｍｌ、６２．５μｇ／ｍｌ、３１．２５μｇ／ｍｌ、１５．６３μｇ／ｍｌ、７．８２μｇ／ｍｌであった。ＨＮＬ抗原を希釈して、以下の濃度を得た：３５０μｇ／ｍｌ、１７５μｇ／ｍｌ、８７．５μｇ／ｍｌ、４３．７５μｇ／ｍｌ、２１．８８μｇ／ｍｌ、１０．９４μｇ／ｍｌ、５．４７μｇ／ｍｌ、及び２．７４μｇ／ｍｌ。これら８つの試料希釈物を下記の予想濃度が得られるように調製した。

【0301】

得られた各希釈物１μｌを、アセトニトリル／水（１：１ ｖ／ｖ）、ＴＦＡ０．１％中の再結晶シナピン酸マトリックス（１０ｍｇ／ｍｌ）で構成されているマトリックス（Ｋ２００ ＭＡＬＤＩ Ｋｉｔ）１μｌと混合した。混合後、１μｌの各試料をＭＡＬＤＩプレート（ＳＣＯＵＴ３８４）にスポッティングした。室温で晶出後、プレートをＭＡＬＤＩ質量分析計に導入し、直ちにＨｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩモードで分析した。分析を３回ずつ繰り返した。

【0302】

架橋(cross-linking)実験によって、Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ質量分析による非共有結合性相互作用の直接分析が可能になる。共有結合性相互作用を有するタンパク質試料と特別に開発された架橋混合物（Ｂｉｃｈ，Ｃ．ら、Ａｎａｌ．Ｃｈｅｍ．、２０１０、８２（１）、１７２〜１７９頁）を混合することによって、非共有結合性複合体を高感度で特異的に検出することができる。生ずる共有結合によって、相互作用化学種は試料調製プロセス及びＭＡＬＤＩイオン化を生き延びることができる。特別なＨｉｇｈ−Ｍａｓｓ検出システムは、Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓレンジの相互作用特徴づけを可能にする。

【0303】

対照実験のために調製した各混合物を（９μｌ残して）、ＣｏｖａｌＸのＫ２００ ＭＡＬＤＩ ＭＳ分析キットを使用する架橋に付した。前記混合物の９μｌ（１〜１／１２８）は、１μｌのＫ２００ Ｓｔａｂｉｌｉｚｅｒ試薬（２ｍｇ／ｍｌ）と混合し、室温でインキュベートする。インキュベーション時間（１８０分）後、対照実験の場合と同様にＭＡＬＤＩ分析のための試料を調製した。晶出後直ちにＨｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ分析によって試料を分析する。ＭＡＬＤＩ Ｔｏｆ ＭＳ分析は、標準窒素レーザーを備えたＣｏｖａｌＸのＨＭ３相互作用モジュールを使用して、０〜１５００ｋＤａの様々な質量範囲に焦点を合わせて行った。分析には、以下のパラメータを適用した：質量分析計：リニア及びポジティブモード、イオン源１：２０ｋＶ、イオン源２：１７ｋＶ、レンズ：１２ｋＶ、パルスイオン抽出：４００ｎｓ、ＨＭ３：ゲイン電圧：３．１４Ｖ、加速電圧：２０ｋＶ。

【0304】

結果
抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ１
対照実験では、１〜１／６４のすべての希釈物についてＭＨ＋＝１４６．９３５±０．０９８ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、１４６．９３５±０．０９８ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ１である。

【0305】

架橋実験では、１〜１／６４のすべての希釈物についてＭＨ＋＝１４８．７１７±０．１１２ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、１４８．７１７±０．１１２ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ１である。他の非共有結合性複合体は、より高い質量範囲で検出されなかった。さらに、Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒソフトウェアを使用して非共有結合性複合体なし（検出されなかった）。

【0306】

抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ２
対照実験では、１〜１／６４のすべての希釈物についてＭＨ＋＝１５２．６５７±０．１１５ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、１５２．６５７±０．１１５ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ２である。

【0307】

架橋実験では、１〜１／６４のすべての希釈物についてＭＨ＋＝１５４．５２１±０．１４２ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、１５４．５２１±０．１４２ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ２である。他の非共有結合性複合体は、より高い質量範囲で検出されなかった。Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒソフトウェアを使用して、非共有結合性複合体は検出されなかった。

【0308】

抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ３
対照実験では、１〜１／６４のすべての希釈物についてＭＨ＋＝１４７．７１７±０．１３３ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、１４７．７１７±０．１３３ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ３である。

【0309】

架橋実験では、１〜１／６４のすべての希釈物についてＭＨ＋＝１４９．１３４±０．０８９ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、１４９．１３４±０．０８９ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ３である。他の非共有結合性複合体は、より高い質量範囲で検出されなかった。Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒソフトウェアを使用して、非共有結合性複合体は検出されなかった。

【0310】

抗原ＨＮＬ
対照実験では、１〜１／３２のすべての希釈物についてＭＨ＋＝４５．４３１±０．３３ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、４５．４３１±０．３３である。

【0311】

架橋実験では、１〜１／３２のすべての希釈物についてＭＨ＋＝４８．５０９±０．０５２ｋＤａを有する１つの主ピークが検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、４８．５０９±０．０５２である。他の非共有結合性複合体は、より高い質量範囲で検出されなかった。Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒソフトウェアを使用して、非共有結合性複合体は検出されなかった。

【0312】

凝集試験の結論
Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ質量分析及び化学的架橋を使用して、抗体抗ＨＮＬと抗原ＨＮＬの多量体との非共有結合性凝集物は検出されなかった。

【0313】

エピトープの性質の特徴づけ
エピトープの性質（すなわち、直鎖状又は立体構造的）を決定するために、抗原タンパク質と抗体間の相互作用が、抗原のタンパク質分解によって産生される不定形ペプチドによって阻害されうるかどうかを評価した。

【0314】

− 抗原の完全タンパク質分解によって産生されるペプチドが、抗体上に対する抗原の結合を阻害することができる場合、相互作用は立体構造に基づかない。この場合、エピトープは直鎖状である。エピトープの配列を決定するには、抗原の配列から産生される重複ペプチドのバンクを用いる単純競合アッセイで十分であると予想される。

【0315】

− 抗原の完全タンパク質分解によって産生されるペプチドが、抗体に対する抗原の結合を阻害することができない場合、立体構造が相互作用に必要である。この場合、エピトープは、連続的である（特異的立体構造、すなわちループを有する）こともあり、又は（三次構造のため）不連続であることもある。この場合、共有結合性標識、ペプチドマッピング、及び高分解能質量分析の使用が必要となる。

【0316】

エピトープの性質を特徴づけるために、ＣｏｖａｌＸのＨＭ３ Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓシステムを装備したＵｌｔｒａｆｌｅｘ ＩＩＩ ＭＡＬＤＩ ＴｏＦ質量分析計（Ｂｒｕｋｅｒ）を使用して測定を行った。

【0317】

対照実験
ｍＡｂ／Ａｇの混合物（抗ＨＮＬ ＭＡＢ１／ＨＮＬ、抗ＨＮＬ ＭＡＢ２／ＨＮＬ及び抗ＨＮＬ ＭＡＢ３／ＨＮＬ）を調製した。得られた混合物１μｌを、アセトニトリル／水（１：１ ｖ／ｖ）、ＴＦＡ０．１％中の再結晶シナピン酸マトリックス（１０ｍｇ／ｍｌ）で構成されているマトリックス（Ｋ２００ ＭＡＬＤＩ Ｋｉｔ）１μｌと混合した。混合後、１μｌの各試料をＭＡＬＤＩプレート（ＳＣＯＵＴ３８４）にスポッティングした。室温で晶出後、プレートをＭＡＬＤＩ質量分析計に導入し、直ちに分析した。分析を３回ずつ繰り返した。

【0318】

架橋(cross-link)実験
対照実験のために調製した混合物を（９μｌ残して）、ＣｏｖａｌＸのＫ２００ ＭＡＬＤＩ ＭＳ分析キットを使用する架橋に付した。前記混合物の９μｌは、１μｌのＫ２００ Ｓｔａｂｉｌｉｚｅｒ試薬（２ｍｇ／ｍｌ）と混合し、室温でインキュベートする。インキュベーション時間（１８０分）後、対照実験の場合と同様にＭＡＬＤＩ分析のための試料を調製した。晶出後直ちにＨｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ分析によって試料を分析する。

【0319】

競合アッセイ
エピトープの性質を決定するために、固定化ペプシンでのＨＮＬ抗原のタンパク質分解を行った。１０μＭの濃度を有する２５μｌの抗原を固定化ペプシン２．５μＭと混合し、室温で３０分間インキュベートした。インキュベーション時間の後、試料を遠心分離し、その上ずみをピペッティングした。タンパク質分解の完了を線形モード及びリフレクトロンモードでのＨｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ質量分析によって制御する。ペプシンタンパク質分解を最適化して、１０００〜３５００Ｄａ範囲の大量のペプチドを得た。タンパク質分解によって産生された５μｌの抗原ペプチド（７．６μＭ）を５μｌの抗ＨＮＬ抗体（３．８μＭ）と混合し、３７°で２時間インキュベートした。抗体と抗原ペプチドのインキュベーション後、５μｌの混合物を５μｌの無傷抗原（３．８μＭ）と混合する。

【0320】

相互作用分析
競合アッセイについての抗体／抗原相互作用分析は、上に記載したのと同じプロトコル（対照及び架橋実験）で行った。

【0321】

Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ分析
ＭＡＬＤＩ Ｔｏｆ ＭＳ分析は、標準窒素レーザーを備えたＣｏｖａｌＸのＨＭ３相互作用モジュールを使用して、０〜２０００ｋＤａの様々な質量範囲に焦点を合わせて行った。分析には、以下のパラメータを適用した：質量分析計：リニア及びポジティブモード、イオン源１：２０ｋＶ、イオン源２：１７ｋＶ、レンズ：１２ｋＶ、パルスイオン抽出：４００ｎｓ、ＨＭ３：ゲイン電圧：３．１４Ｖ、加速電圧：２０ｋＶ。計器を較正するために、インスリン、ＢＳＡ及びＩｇＧのクラスターでの外部較正を適用した。各試料について３スポットを分析した（スポット当り３００のレーザーショット）。提示スペクトルは、合計３００のレーザーショットに対応する。ＭＳデータは、ＣｏｖａｌＸのＣｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒ分析ソフトウェアバージョン２．０を使用して分析した。

【0322】

結果
抗ＨＮＬ ＭＡＢ１／ＨＮＬ
対照実験では、抗原及び抗体は、ＭＨ＋＝４５．８６２ｋＤａ及びＭＨ＋＝１４８．５７７ｋＤａを有した。観測分子量（ｋＤａ）４５．７２５ ＨＮＬ；１４８．４３１ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ１。

【0323】

架橋剤Ｋ２００との１８０分のインキュベーション時間後、架橋実験を完了した。架橋後、ＭＨ＋＝１９５．９４１ｋＤａ及びＭＨ＋＝２４１．６１９ｋＤａを有する２つのさらなるピークが検出された。Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒソフトウェアを使用して、本発明者らは、対照スペクトルと架橋スペクトルを重ね合わせた。次の化学量論組成を有する２つの非共有結合性複合体が検出された。観測分子量（ｋＤａ）化学量論組成は、それぞれ、１９４．８６５［抗ＨＮＬ ＭＡＢ１／ＨＮＬ］及び２４１．２８７［抗ＨＮＬ ＭＡＢ１／２ＨＮＬ］であった。

【0324】

競合実験では、抗体抗ＨＮＬと抗原ＨＮＬの結合に対する阻害は検出されなかった。抗原のペプチドは、抗体の抗原への結合を阻害しなかった。

【0325】

抗ＨＮＬ ＭＡＢ２／ＨＮＬ
対照実験では、抗原及び抗体は、それぞれ、ＭＨ＋＝４５．７５５ｋＤａ及びＭＨ＋＝１４８．５３１ｋＤａを有した。観測分子量（ｋＤａ）は、４５．７５５ ＨＮＬ、及び１４８．５３１ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ２であった。

【0326】

架橋剤Ｋ２００との１８０分のインキュベーション時間後、架橋実験を完了した。架橋後、２つのさらなるピークが、ＭＨ＋＝２０１．７９３ｋＤａ及びＭＨ＋＝２４８．６９６ｋＤａで検出された。Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒソフトウェアを使用して、対照スペクトルと架橋スペクトルを重ね合わせた。次の化学量論組成を有する２つの非共有結合性複合体が検出された：観測分子量（ｋＤａ）化学量論組成１９４．８８１［抗ＨＮＬ ＭＡＢ２／ＨＮＬ］及び２４０．９７８［抗ＨＮＬ ＭＡＢ２／２ＨＮＬ］。

【0327】

競合実験では、抗体抗ＨＮＬと抗原ＨＮＬの結合に対する阻害は検出されなかった。抗原のペプチドは、抗体の抗原への結合を阻害しなかった。

【0328】

抗ＨＮＬ ＭＡＢ３／ＨＮＬ
対照実験では、抗原及び抗体が、ＭＨ＋＝４５．７４２ｋＤａ及びＭＨ＋＝１４８．５５４ｋＤａで検出された。観測分子量（ｋＤａ）は、それぞれ、４５．７４２ ＨＮＬ、及び１４８．５５４ 抗ＨＮＬ ＭＡＢ３であった。

【0329】

架橋剤Ｋ２００との１８０分のインキュベーション時間後、架橋実験を完了した。架橋後、２つのさらなるピークが、ＭＨ＋＝１９６．４８２ｋＤａ及びＭＨ＋＝２４３．４６８ｋＤａで検出された。Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｔｒａｃｋｅｒソフトウェアを使用して、本発明者らは、対照スペクトルと架橋スペクトルを重ね合わせた。次の化学量論組成を有する２つの非共有結合性複合体が検出された。観測分子量（ｋＤａ）化学量論組成は、それぞれ、１９４．１３０［抗ＨＮＬ ＭＡＢ３／ＨＮＬ］及び２４０．７９３［抗ＨＮＬ ＭＡＢ３／２ＨＮＬ］であった。

【0330】

競合実験では、抗体抗ＨＮＬと抗原ＨＮＬの結合に対する阻害は検出されなかった。抗原のペプチドは、抗原に対する抗体の結合を阻害しなかった。

【0331】

競合アッセイの結論
競合アッセイは、抗原のペプチドが抗原に対する抗体の結合を阻害しないことを示した。ＨＮＬ上の抗ＨＮＬのエピトープは、直鎖状でない。

【0332】

抗原ＨＮＬの特徴づけ及びペプチド質量フィンガープリント
ＨＮＬを特徴づけるために、その試料をＡＳＰ−Ｎ、トリプシン、キモトリプシン、エラスターゼ及びサーモリシンタンパク質分解に付し、その後、ＬＣ−ＬＴＱ Ｏｒｂｉｔｒａｐ ＭＳ／ＭＳ分析に付した。抗原の特徴づけのために、Ｕｌｔｉｍａｔｅ ３０００（Ｄｉｏｎｅｘ）システムをＬＴＱ Ｏｒｂｉｔｒａｐ ＸＬ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ）とインラインで使用してナノ−ＬＣクロマトグラフィーを処理した。１０μｌの抗原（０．３５ｍｇ／ｍＬ）を４０μｌの重炭酸アンモニウム（２５ｍＭ、ｐＨ８．３）と混合した。混合後、２μｌのＤＴＴ（５００ｍＭ）をその溶液に添加する。その後、その混合物を１時間、５５℃でインキュベートする。インキュベーション後、２μｌのヨードアセトアミド（１Ｍ）を添加し、その後、１時間、室温で、暗所でインキュベートする。インキュベーション後、その溶液を、トリプシン、キモトリプシン、ＡＳＰ−Ｎ、エラスターゼ又はサーモリシンでのタンパク質分解に使用した緩衝液１２０μｌの添加によって、１／５希釈する：

【0333】

− １４５μｌの還元(reduced)／アルキル化(alkyled)抗原を０．７μｌのトリプシン（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／１００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、３７℃でインキュベートした。

【0334】

− １４５μｌの還元／アルキル化抗原を０．３５μｌのキモトリプシン（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／２００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、２５°Ｃでインキュベートした。

【0335】

− １４５μｌの還元／アルキル化抗原を０．３５μｌのＡＳＰ−Ｎ（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／２００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、３７°Ｃでインキュベートした。

【0336】

− １４５μｌの還元／アルキル化抗原を０．７０μｌのエラスターゼ（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／１００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、３７°Ｃでインキュベートした。

【0337】

− １４５μｌの還元／アルキル化抗原を１．４０μｌのサーモリシン（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／５０で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、７０°Ｃでインキュベートした。

【0338】

タンパク質分解後、タンパク質分解によって産生された１０μｌのペプチドをナノ液体クロマトグラフィーシステム（Ｕｌｔｉｍａｔｅ ３０００，Ｄｉｏｎｅｘ）に負荷し、分析に付した。ＤＴＡ生成及びフィルタリングは、ＬＴＱ ＯｒｂｉＴｒａｐを使用して行った。

【0339】

分子界面の特徴づけ
ＨＮＬ抗原上の抗ＨＮＬ ＭＡＢ１、抗ＨＮＬ ＭＡＢ２及び抗ＨＮＬ ＭＡＢ３のエピトープを高分解能で決定するために、これらの抗体／抗原複合体を重水素化された架橋剤とともにインキュベートし、多酵素切断に付す。架橋ペプチドの富化後、試料を高分解能質量分析（ｎＬＣ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ ＭＳ）によって分析し、生成されたデータを、ＸＱｕｅｓｔ及びＳｔａｖｒｏｘソフトウェアを使用して分析する。

【0340】

抗体／抗原複合体
５μｌの抗原試料（濃度３．８μＭ）を５μｌの抗体試料（濃度１．９μＭ）と混合して、最終濃度０．９５μＭ／１．９μＭを有する抗体／抗原混合物を得た。この混合物を３７℃で１８０分間インキュベートした。

【0341】

第１のステップでは、１ｍｇのｄ０架橋剤を１ｍｇのｄ１２架橋剤と混合した。調製した２ｍｇを１ｍｌのＤＭＦと混合して、ＤＳＳ ｄ０／ｄ１２の２ｍｇ／ｍｌ溶液を得た。前もって調製した１０μｌの抗体／抗原混合物を、調製した架橋剤ｄ０／ｄ１２（２ｍｇ／ｍｌ）の１μｌ溶液と混合した。架橋反応を達成するために、その溶液を１８０分間、室温でインキュベートする。

【0342】

１０μｌの抗原（０．３５ｍｇ／ｍＬ）を４０μｌの重炭酸アンモニウム（２５ｍＭ、ｐＨ８．３）と混合した。混合後、２μｌのＤＴＴ（５００ｍＭ）をその溶液に添加する。その後、その混合物を１時間、５５℃でインキュベートする。インキュベーション後、２μｌのヨードアセトアミド（１Ｍ）を添加し、その後、１時間、室温で、暗所でインキュベートする。インキュベーション後、その溶液を、タンパク質分解に使用した緩衝液１２０μｌの添加によって、１／５希釈する。

【0343】

１４５μｌの還元／アルキル化抗原を０．７μｌのトリプシン（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／１００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、３７°Ｃでインキュベートした。

【0344】

１４５μｌの還元／アルキル化抗原を０．３５μｌのキモトリプシン（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／２００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、２５°Ｃでインキュベートした。

【0345】

１４５μｌの還元／アルキル化抗原を０．３５μｌのＡＳＰ−Ｎ（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／２００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、３７°Ｃでインキュベートした。

【0346】

１４５μｌの還元／アルキル化抗原を０．７０μｌのエラスターゼ（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／１００で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、３７°Ｃでインキュベートした。

【0347】

１４５μｌの還元／アルキル化抗原を１．４０μｌのサーモリシン（Ｒｏｃｈｅ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ）と比率１／５０で混合した。そのタンパク質分解混合物を一晩、７０°Ｃでインキュベートした。

【0348】

Ｘｑｕｅｓｔバージョン２．０及びＳｔａｖｒｏｘ ２．１ソフトウェアを使用して、架橋剤ペプチドを分析した。

【0349】

抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ１
架橋後、多酵素的タンパク質分解によって産生されたペプチドは、全抗原配列を９５％カバーしている。

【0350】

用意した抗ＨＮＬ ＭＡＢ１ハイブリドーマを使用してｃＤＮＡシークエンシングを行い、次の結果であった：
軽鎖可変領域：
ＤＩＶＭＴＱＴＰＡＴＬＳＶＴＰＧＤＳＶＳＬＳＣＲＡＳＱＳＩＩＴＤＬＨＷＹＱＱＲＳＨＥＳＰＲＬＬＩＫＳＡＳＱＳＩＳＧＩＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＮＳＶＥＴＥＤＦＧＭＹＦＣＱＱＳＮＳＷＰＬＴＦＧＡＧＴＫＬＥＬＫＲＡＤＡＡＰＴＶＳ
重鎖可変領域：
ＶＱＬＱＥＳＧＰＤＬＶＡＰＳＱＳＬＳＩＴＣＴＶＳＧＦＳＬＳＳＹＧＶＨＷＶＲＱＰＰＧＫＧＬＥＷＬＩＶＭＷＳＤＧＳＴＴＳＮＳＡＬＫＳＲＬＳＩＳＫＤＮＳＫＳＱＶＦＬＫＶＮＳＬＱＳＤＤＴＡＩＹＹＣＡＲＨＹＧＹＦＴＭＤＹＷＧＱＧＴＳＶＴＶＳＳ

【0351】

化学的架橋、Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ質量分析及びｎＬＣ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析を使用して、抗原ＨＮＬとモノクローナル抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ１間の相互作用界面を特徴づけた。このモノクローナル抗体のエピトープは、次のアミノ酸をＨＮＬ抗原上に含む：１４４、１４５、１５４。抗体上の、パラトープは、次のアミノ酸を含む：重鎖：８０、８６。

【0352】

抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ２
架橋後、多酵素的タンパク質分解によって産生されたペプチドは、全抗原配列を９５％カバーしている。用意した抗ＨＮＬ ＭＡＢ２ハイブリドーマを使用してｃＤＮＡシークエンシングを行い、次の結果であった：
軽鎖可変領域：
ＤＩＶＬＴＱＳＴＳＳＬＳＶＳＬＧＤＲＶＴＩＮＣＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮＷＹＱＥＫＰＤＧＴＶＫＬＬＩＹＦＴＳＲＬＨＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＹＳＬＴＩＴＮＬＥＱＥＤＩＡＴＹＦＣＱＱＧＮＴＬＰＷＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫＲＡＤＡＡＰＴＶ
重鎖可変領域：
ＥＶＱＬＥＥＳＧＰＧＬＶＡＰＳＱＳＬＳＩＴＣＴＩＳＧＦＳＬＴＳＹＧＩＨＷＬＲＱＰＰＧＫＤＬＥＷＬＶＶＩＷＧＤＧＳＴＴＳＮＳＡＬＫＳＲＬＳＩＳＫＤＮＳＫＳＱＶＦＦＫＭＳＧＬＱＴＤＤＴＡＩＹＹＣＡＲＨＲＹＳＤＹＨＡＭＤＹＷＧＰＧＴＳＶＴＶＳ

【0353】

化学的架橋、Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ質量分析及びｎＬＣ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析を使用して、抗原ＨＮＬとモノクローナル抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ２間の相互作用界面を特徴づけた。この分析は、このモノクローナル抗体のエピトープが次のアミノ酸をＨＮＬ抗原上に含むことを示す：８３、８８、１４５、１５４。抗体上の、パラトープは、次のアミノ酸を含む：重鎖：７６、軽鎖：１１４。

【0354】

抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ３
架橋後、多酵素的タンパク質分解によって産生されたペプチドは、全抗原配列を９５％カバーしている。用意した抗ＨＮＬ ＭＡＢ３ハイブリドーマを使用してｃＤＮＡシークエンシングを行い、次の結果であった：
軽鎖可変領域：
ＤＩＶＬＴＱＴＴＳＳＬＳＶＳＬＧＤＲＶＴＩＮＣＲＡＳＱＤＩＳＮＹＬＮＷＹＱＥＫＰＤＧＴＶＫＬＬＩＹＦＴＳＲＬＨＳＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＹＳＬＴＩＴＮＬＥＱＥＤＩＡＴＹＦＣＱＱＧＮＴＬＰＷＴＦＧＧＧＴＫＬＥＩＫＲＡＤＡＡＰＴＶ
重鎖可変領域：
ＥＶＫＬＱＥＳＧＰＧＬＶＡＰＳＱＳＬＳＩＴＣＴＩＳＧＦＳＬＴＳＹＧＩＨＷＬＲＱＰＰＧＫＤＬＥＷＬＶＶＩＷＧＤＧＳＴＴＳＮＳＡＬＫＳＲＬＳＩＳＫＤＮＳＫＳＱＶＦＦＫＭＳＧＬＱＴＤＤＴＡＩＹＹＣＡＲＨＲＹＳＤＹＨＡＭＤＹＷＧＰＧＴＳＶＴＶＳＳ

【0355】

化学的架橋、Ｈｉｇｈ−Ｍａｓｓ ＭＡＬＤＩ質量分析及びｎＬＣ−Ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析を使用して、抗原ＨＮＬとモノクローナル抗体抗ＨＮＬ ＭＡＢ３間の相互作用界面を特徴づけた。この分析は、このモノクローナル抗体のエピトープが次のアミノ酸をＨＮＬ抗原上に含むことを示す：１４５、１５４。抗体上の、パラトープは、次のアミノ酸を含む：軽鎖：７４、７６、８５。

【0356】

２．抗ＨＮＬ抗体を使用する臨床試料の分析
ＨＮＬの高い判別力は、血清中の測定値で最も強調されるがＥＤＴＡ血漿ではされず、これは、血清調製時にｅｘ ｖｉｖｏで試験管中の好中球がそれらのＨＮＬを放出し続けることを示唆するように思われる。この放出活性は、ウイルスによってではなく細菌曝露によって誘導された好中球の活性化状態を表す。救急科において及び診療所において有用であるために、採血から任意のバイオマーカーの結果までの全アッセイ時間は、短い、すなわち１５〜２０分未満であるべきであり、これは、ポイントオブケア（ＰＯＣ）アッセイの開発の背景にある理念である。そのような要件は、ＨＮＬの血清測定に関しては相当困難である。上に示したように、ＨＮＬの血清測定は、好中球のかなり長い予備活性化を必要とするからである。確立した好中球活性化因子トリペプチドｆＭＬＰによる血液中の好中球の活性化がこの問題を回避する可能性を検査した。前記好中球活性化因子を使用して全血凝固中に起こる好中球活性化を模倣し、前記好中球活性化因子は長期インキュベーション後に血清中のＨＮＬを測定する要求を置換する。

【0357】

この実施例では、急性感染症の兆候がある患者の大コホートから血液を採取して、ｆＭＬＰでの活性化後の全血中のＨＮＬ濃度の診断性能を非活性化血漿中のＨＮＬの診断性能と比較した。加えて、この原則を使用してＨＮＬ検査の診断性能を血中好中球数、ＣＲＰ、ＩｇＧ１受容体ＣＤ６４の好中球上での発現及びプロカルシトニンなどの、現行の検査の診断性能と比較した。

【0358】

ｆＭＬＰによる好中球の活性化
患者及び正常者の血液から精製した好中球を様々な濃度のｆＭＬＰに曝露し、１５分間、３７℃でインキュベートし、その後、遠心分離し、上清をＨＮＬの存在についてアッセイした。ｆＭＬＰの放出に最適な濃度は、５ｘ１０^−８ｍｏｌ／Ｌであることが判明した。ＨＮＬの放出の反応速度を研究するために、精製細胞を様々な時間長にわたってインキュベートした。有意な放出が５分のインキュベーション後に見られ、インキュベーション延長によってさらに増加された（図２）。

【0359】

ｆＭＬＰとのインキュベーション後の好中球の放出傾向が、凝集後の全血におけるＨＮＬの放出を反映する可能性を検査するために、急性感染症を有する患者２３名及び健常対象２０名から精製した好中球からのＨＮＬの放出をそれぞれの対象の血清ＨＮＬ濃度と比較した。図３から分かるように、有意な線形相関（ｒ＝０．７４３、ｐ＝０．００２）が上清とＨＮＬの血清濃度間で得られた。

【0360】

臨床結果
ヘパリン化全血及びＥＤＴＡ血漿を、急性感染症の症状がある患者６００名及び感染していないように見える健常対象１４４名から採取した。調査したバイオマーカー（ＨＮＬ、ＰＣＴ、及び血中好中球上でのＣＤ６４発現）結果の知識を持たずに、感染患者を臨床的理由で細菌性の病因又はウイルス性の病因を有すると分類した。この分類は、ＣＲＰの白血球の濃度及び差異の知識を含んだ。患者２４０名を彼らの感染症について可能性の高い原因として細菌又はウイルスを有すると分類し、患者３２５名を彼らの感染症について可能性のある又は不確かな原因を有すると判断した。患者３５名は、彼らの感染原因としてマイコプラズマを有した。彼らの感染症について可能性の高い原因を有する患者に関して、細菌培養及び／若しくはＰＣＲなどの客観的検査、並びに／又は他の客観的検査によって感染症を確認した。ＣＲＰ及び白血球数も診断に含めた。マイコプラズマ感染性に罹患している者がいない、この後者の患者群は、対象総計３８４名（健常：１４４名、細菌感染症：１８５名、ウイルス感染症：５５名）を構成し、この報告書でバイオマーカーの診断性能を調査するために使用した群であった。

【0361】

急性細菌感染症の診断についてのＨＮＬの診断性能
図４ａ及びｂに、２０分間、３７℃で、ＥＤＴＡ血漿中でのｆＭＬＰ活性化後の全血中のＨＮＬ濃度を示す。健常対象のｆＭＬＰ活性化全血中のＨＮＬ濃度（幾何平均９８μｇ／Ｌ、９５％ＣＩ ９０〜１０７μｇ／Ｌ）と比較して、細菌感染症を有する患者で測定された濃度（幾何平均３３７μｇ／Ｌ、９５％ＣＩ ３００〜３７９μｇ／Ｌ）（ｐ＜０．０００１）及びウイルス感染症を有する患者で測定された濃度（幾何平均１１７μｇ／Ｌ、９５％ＣＩ １０１〜１３６μｇ／Ｌ）（ｐ＜０．０５）は、有意に上昇された。

【0362】

健常対象の血漿中のＨＮＬ濃度は、３５μｇ／Ｌ（幾何平均、９５％ＣＩ ３４〜３６μｇ／Ｌ）であり、細菌感染症を有する患者における濃度、６４μｇ／Ｌ（幾何平均、９５％ＣＩ ６０〜６９）（ｐ＜０．０００１）及びウイルス感染症を有する患者における濃度、４３μｇ／Ｌ（幾何平均、９５％ＣＩ ３８〜４９）（ｐ＝０．０００１）のほうが有意に高かった。健常のものと細菌のものとの重複はＥＤＴＡ血漿でのほうが大きいようである。平均して、ｆＭＬＰによって活性化された全血中の好中球から放出された追加のＨＮＬ量は、健常対象については２．８倍、細菌感染症を有する患者については５．３倍、及びウイルス感染症の者については２．７倍であった。したがって、健常対象を上回るＨＮＬの追加の放出は、ｆＭＬＰ活性化全血では見られなかった。

【0363】

図５ａ及びｂは、２つのＨＮＬアッセイの、すなわち、ｆＭＬＰ活性化全血中及びＥＤＴＡ血漿中の、診断性能を示す。図５ａに、健常な感染していない対象と細菌感染症が確認された対象との差異を受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線によって示す。ｆＭＬＰ活性化全血でのＨＮＬ検査についての曲線下面積（ＡＵＣ）は、ＥＤＴＡ血漿でのＨＮＬ検査についての０．８８（９５％ＣＩ ０．８４〜０．９１）と比較して０．０９５（９５％ ０．９１〜０．９７）、ｐ＝０．０００３であった。ｆＭＬＰ活性化全血について、１２５μｇ／Ｌ ＨＮＬでの陰性的中率（ＮＰＶ）は９０％（９５％ＣＩ ８２〜９６％）であり、陽性値は８３％（９５％ＣＩ ７７〜８９％）であった。４０μｇ／ＬのＨＮＬ濃度でのＥＤＴＡ血漿について、ＮＰＶは８６％（９５％ＣＩ ７２〜９５％）であり、ＰＰＶは６３％（９５％ＣＩ ５７〜６９％）であった。細菌感染症とウイルス感染症の差異に関して、ｆＭＬＰ活性化全血のＡＵＶは０．９２（９５％ＣＩ ０．８７〜０．９６）であり、ＥＤＴＡ血漿のＡＵＶは０．７９（９５％ＣＩ ０．７１〜０．８５）、ｐ＝０．０００６であった。１１０μｇ／Ｌの濃度で、ｆＭＬＰ活性化全血についてのＮＰＶは９３％（９５％ＣＩ ６８〜１００％）でありＰＰＶは８５％（７７〜９０％）であった。ＥＤＴＡ血漿中４０μｇ／Ｌでの濃度のＨＮＬについての対応する数値は、ＮＰＶ ５２％（９５％ＣＩ ３７〜６７％）及びＰＰＶ ８５％（９５％ＣＩ ７８〜９０％）であった。ＮＰＶは、ＥＤＴＡ血漿中のいずれのＨＮＬ濃度でも６０％を超えなかった。したがって、ｆＭＬＰ活性化全血中のＨＮＬの臨床成績は、健常対象と細菌感染症の差異に関しても、細菌感染症とウイルス感染症の差異に関しても、ＥＤＴＡ血漿中のＨＮＬに勝っていた。

【0364】

急性細菌感染症の診断についてのＣＲＰ、血中好中球数、好中球上でのＣＤ６４発現及びプロカルシトニンの診断性能
図６ａ〜ｄは、研究対象集団におけるバイオマーカー：ＣＲＰ、血中好中球数、血中好中球上でのＣＤ６４発現、及びプロカルシトニン、の分布を示す。好中球数を除いて、他のすべてのバイオマーカーは、細菌感染症とウイルス感染症両方において健常対象と比較して有意に上昇した。バイオマーカーはすべて、ウイルス感染症に対して細菌感染症でのほうが有意に高かった（ｐ＜０．００１）。平均濃度を表１に示す。

【0365】

表１ バイオマーカー４種の濃度及び発現

【表1】

【0366】

ＡＵＣを表２に与える。健常と細菌感染症間の差異に関して、４つのバイオマーカーはＡＵＣ＞９０を示し、これらは、ＣＲＰ、ｆＭＬＰ活性化全血中のＨＮＬ、血中好中球上でのＣＤ６４の発現、及び血中好中球数であった。ｆＭＬＰ活性化全血中のＨＮＬのＡＵＣは、ＥＤＴＡ血漿中のＨＮＬのＡＵＣ（ｐ＜０．００１）及びプロカルシトニンのＡＵＣ（ｐ＜０．０５）より有意に高く、好中球上でのＣＤ６４の発現のＡＵＣは、ＥＤＴＡ血漿ＨＮＬより高かった（ｐ＝０．００２）が、ＰＣＴとは有意差がなかった（ｐ＝０．０６）。ＣＲＰは、最高ＡＵＣを示したが、固有のバイアスリスクのため統計量を算定しなかった。

【0367】

細菌感染症とウイルス感染症間の差異に関して、ｆＭＬＰ活性化全血のＡＵＣのみが＞９０％であった。これは、ＥＤＴＡ血漿ＨＮＬと有意差があり（ｐ＝０．００３）、好中球上でのＣＤ６４発現及びプロカルシトニンと有意差があった（両方の比較についてｐ＜０．０００１）。ＥＤＴＡ血漿ＨＮＬのＡＵＣは、プロカルシトニンのものより有意に高かった（ｐ＝０．０１）。

【0368】

表２ すべての研究されたバイオマーカーのＲＯＣ曲線下面積

【表2】

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6-1】

【図6-2】

【図7】

【配列表】

[この文献には参照ファイルがあります.J-PlatPatにて入手可能です(IP Forceでは現在のところ参照ファイルは掲載していません)]