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特許6872563分子コンピューティング構成要素及び分子コンピューティングの方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】特許公報(B2)
(11)【特許番号】6872563
(24)【登録日】2021年4月21日
(45)【発行日】2021年5月19日
(54)【発明の名称】分子コンピューティング構成要素及び分子コンピューティングの方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6811 20180101AFI20210510BHJP
C12Q 1/6844 20180101ALN20210510BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6811 ZZNA
!C12Q1/6844 Z
【請求項の数】14
【全頁数】31
(21)【出願番号】特願2018-561096(P2018-561096)
(86)(22)【出願日】2016年2月16日
(65)【公表番号】特表2019-508066(P2019-508066A)
(43)【公表日】2019年3月28日
(86)【国際出願番号】IB2016000419
(87)【国際公開番号】WO2017141068
(87)【国際公開日】20170824
【審査請求日】2018年10月12日
(73)【特許権者】
【識別番号】801000049
【氏名又は名称】一般財団法人生産技術研究奨励会
(73)【特許権者】
【識別番号】509304287
【氏名又は名称】サントル ナショナル ドゥラ ルシェルシュ シヤンティフィック
(74)【代理人】
【識別番号】100116207
【弁理士】
【氏名又は名称】青木 俊明
(72)【発明者】
【氏名】ギヨーム ジネス
(72)【発明者】
【氏名】ヤニック ロンドレーズ
(72)【発明者】
【氏名】藤井 輝夫
【審査官】
野村 英雄
(56)【参考文献】
【文献】
米国特許出願公開第２０１１／０１３６１０４（ＵＳ，Ａ１）
【文献】
米国特許出願公開第２０１３／０１３６９２５（ＵＳ，Ａ１）
【文献】
DINH, H.Q., wt al.，"AN EFFECTIVE METHOD FOR EVOLVING REACTION NETWORKS IN SYNTHETIC BIOCHEMICAL SYSTEMS."，IEEE TRANSACTIONS ON EVOLUTIONARY COMPUTATION，２０１５年 ６月，Vol.19, No.3，pp.374-386，ＵＲＬ，http://dx.doi.org/10.1109/TEVC.2014.2326863
【文献】
AUBERT, N., et al.，"COMPUTER-ASSISTED DESIGN FOR SCALING UP SYSTEMS BASED ON DNA REACTION NETWORKS."，JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACE，２０１４年 １月２２日，Vol.9, No.5，pp.1-12，ＵＲＬ，http://dx.doi.org/10.1098/rsif.2013.1167
【文献】
BACCOUCHE, A., et al.，"DYNAMIC DNA-TOOLBOX REACTION CIRCUITS: A WALKTHROUGH."，METHODS，２０１４年 ５月１５日，Vol.67, No.2，pp.234-249，ＵＲＬ，http://dx.doi.org/10.1016/j.ymeth.2014.01.015
(58)【調査した分野】（Int.Cl.，ＤＢ名）
Ｃ１２Ｑ １／００− ３／００
Ｃ１２Ｎ １５／００−１５／９０
Ｃ１２Ｍ １／００− ３／１０
ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）
ＰｕｂＭｅｄ
(57)【特許請求の範囲】
【請求項1】
分子ターゲットの検出用の構成要素であって、
細孔を含む微小球であって、少なくとも細孔のうちのいくつかは微小球の表面に開口している微小球と、
該微小球に付着する複数のモジュールであって、各々は核酸塩基の連続配列であり、各々の複数の複製が微小球に付着しているモジュールとを備え、
該モジュールは第１及び第２のモジュールを含み、前記第１のモジュールは、増幅テンプレートであって、部分的な繰り返し構造及びニッキング酵素認識部位を含み、前記第２のモジュールは、漏出吸収テンプレート（１００ｐｍｏｌ ｐＴα、Ｂｉｏｔｉｎ* Ａ* Ａ* ＡＡＡＡＣＴＣＧＴＣ ＡＧＡＡＴＧｐ）であって、前記第１のモジュールから非特異的反応の生成物を吸収して閾値効果を誘発し、
前記モジュールの少なくとも１つは、リンカー、スペーサ、エキソヌクレアーゼ保護修飾、蛍光修飾、及び、物理化学又は生化学の特性を変化させるための修飾から選択される他の修飾を有する、構成要素。
細孔を含む微小球であって、少なくとも細孔のうちのいくつかは微小球の表面に開口している微小球と、
該微小球に付着する複数のモジュールであって、各々は核酸塩基の連続配列であり、各々の複数の複製が微小球に付着しているモジュールとを備え、
該モジュールは第１及び第２のモジュールを含み、前記第１のモジュールは、増幅テンプレートであって、部分的な繰り返し構造及びニッキング酵素認識部位を含み、前記第２のモジュールは、漏出吸収テンプレート（１００ｐｍｏｌ ｐＴα、Ｂｉｏｔｉｎ* Ａ* Ａ* ＡＡＡＡＣＴＣＧＴＣ ＡＧＡＡＴＧｐ）であって、前記第１のモジュールから非特異的反応の生成物を吸収して閾値効果を誘発し、
前記モジュールの少なくとも１つは、リンカー、スペーサ、エキソヌクレアーゼ保護修飾、蛍光修飾、及び、物理化学又は生化学の特性を変化させるための修飾から選択される他の修飾を有する、構成要素。
【請求項2】
前記微小球上に移植されたモジュールは、局所的に協力してそれらの環境中の化学信号を感知し、レスポンスを演算して報告信号を生成する、請求項１に記載の構成要素。
【請求項3】
前記構成要素は複数の微小球を備え、該微小球は同時に同一の試料内に存在する、請求項２に記載の構成要素。
【請求項4】
前記微小球は異なるタイプであって、その上に移植された蛍光性のバーコードによって識別することができ、各微小球はモジュールの別個の組み合わせを有し、それにより、各微小球は異なる感知機能を発揮する、請求項３に記載の構成要素。
【請求項5】
感知機能は、微小球に付着するモジュールの組み合わせによって協力して遂行され、前記モジュールは、短いＤＮＡ鎖の交換を通じて微小球上で本質的に局所的に協力し、微小球が独立して機能することは物理的なコンパートメントを必要とせずに得られる、請求項１に記載の構成要素。
【請求項6】
前記構成要素は複数の微小球を備え、各微小球は、１つの溶液内で独立して感知機能を遂行する、請求項１に記載の構成要素。
【請求項7】
前記モジュールは、第３のモジュールとして、ターゲット変換モジュール、リポーターモジュール、及び、蛍光性バーコードモジュールから選択される１つのモジュールを含む、請求項１に記載の構成要素。
【請求項8】
前記モジュールの少なくとも１つは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドの配列を包含している、請求項１に記載の構成要素。
【請求項9】
前記モジュールの少なくとも１つは、１つの末端で１つ以上のビオチン修飾を有し、前記微小球はストレプトアビジンで被覆され、前記モジュールは、ビオチン−ストレプトアビジン接合によって前記微小球上で不動化されている、請求項１に記載の構成要素。
【請求項10】
細孔を含む複数の微小球であって、少なくとも細孔のうちのいくつかは微小球の表面に開口している微小球と、該微小球に移植された複数のモジュールであって、各モジュールはＤＮＡ鎖であり、前記モジュールは第１、第２及び第３のテンプレートを含み、前記第１のテンプレートは増幅テンプレートであり、第２のテンプレートは、漏出吸収テンプレート（１００ｐｍｏｌ ｐＴα、Ｂｉｏｔｉｎ* Ａ* Ａ* ＡＡＡＡＣＴＣＧＴＣ ＡＧＡＡＴＧｐ）であって、漏出反応を吸収して、微小球が酵素の混合物と接触するときの非特異的自発的な増幅を回避し、前記第３のテンプレートはターゲット変換テンプレートであり、これにより、第１のテンプレートが所定閾値を超えた刺激を受けるときに限り、ＤＮＡが指数関数的に増幅され、前記第３のテンプレートはターゲット核酸配列を補足することができ、その結果、前記第１のテンプレートを刺激し、前記所定閾値を超え、増幅が起きてターゲット配列の存在が感知されるモジュールとを備える構成要素を使用する分子コンピューティングの方法であって、
１つ以上の分子プログラムを作成するモジュール及びその組み合わせを設計するステップと、
各分子プログラムを１組の微小球に付着するステップと、
各々が自分の分子プログラムを搬送するいくつかの微小球を、１つ以上のターゲット化合物及び酵素の混合物を含む溶液と接触させるステップと、
ＤＮＡの生成及び交換が各微小球上で移植されたモジュール間で局所的に発生してターゲット配列を検出するように移植された微小球を酵素の混合物とともに一定温度で培養するステップと、を含む方法。
１つ以上の分子プログラムを作成するモジュール及びその組み合わせを設計するステップと、
各分子プログラムを１組の微小球に付着するステップと、
各々が自分の分子プログラムを搬送するいくつかの微小球を、１つ以上のターゲット化合物及び酵素の混合物を含む溶液と接触させるステップと、
ＤＮＡの生成及び交換が各微小球上で移植されたモジュール間で局所的に発生してターゲット配列を検出するように移植された微小球を酵素の混合物とともに一定温度で培養するステップと、を含む方法。
【請求項11】
前記酵素の混合物は、ポリメラーゼ、ニッカーゼ及びエキソヌクレアーゼのような活性の１つ以上を包含している、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記モジュールはリポーターモジュールを含み、該リポーターモジュールは、ターゲット配列の存在が報告されるように増幅テンプレートの生成物を使用して蛍光信号を生成する、請求項１０に記載の方法。
【請求項13】
前記微小球の蛍光性の特性が微小球の１セットのモジュールの性質、及び、微小球の機能を明らかにするように、前記モジュールはバーコード付モジュールを含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項14】
前記構成要素は、異なる微小球がユニークな酵素の混合物と接触するときに、異なる感知動作が異なるタイプの微小球によって同時に行われるように、前記モジュールの異なる組み合わせを備えた異なるタイプの微小球を備える、請求項１０に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、分子コンピューティング構成要素及び分子コンピューティングの方法に関するものである。
【背景技術】
【0002】
従来、分子プログラミングは、分子を使用して、新しい情報処理システムを作成することを試みる成長分野になっている：情報キャリアとしてのＤＮＡ鎖及び処理要素としての化学反応。この技術は、（例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質及び酵素を使用して）種々の生体分子ベースの回路を構築するアプローチの開発に導いた。この文脈において、ポリメラーゼ／エキソヌクレアーゼ／ニッカーゼ−ダイナミック−ネットワーク・アセンブリ（ＰＥＮ−ＤＮＡ）ツールボックスが開発された（例えば、非特許文献１及び２参照。）。
【0003】
ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスは、信号を伝達するＤＮＡ鎖の組立、交換及び分解を推進するために３酵素機構（ポリメラーゼ、エキソヌクレアーゼ、ニッカーゼ）を使用する：ＤＮＡポリメラーゼは、マッチングＤＮＡテンプレート（少数の単鎖のオリゴヌクレオチド、何十もの長い基部）の入力３’側で交雑する短い入力鎖を延長する；ニッカーゼは、結果として生じる全二重鎖に部位特異的ニックを行い、入力、及び、テンプレートの出力側と相補的な新単鎖ＤＮＡ出力の両方を解放する。エキソヌクレアーゼ（通常ＲｅｃＪファミリーのエキソヌクレアーゼであるが、他のエキソヌクレアーゼでもよい）は、保護されていないすべての単鎖のオリゴヌクレオチドを非特異的に分解するが、ＤＮＡ変性又は代用物を用いて保護されているテンプレート又はリポーター鎖は、分解せず、敏感な、平衡外状態にシステムを維持する。ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスは、溶液相生体分子反応ネットワーキングスキームとして、多安定的、振動的かつ励起的システムのような種々のダイナミック回路の構築を可能にした（例えば、非特許文献３〜５参照。）。例えば、分子プログラムは双安定的分子混合物を作成するために使用することができる。このようなシステムは、燃料が利用可能な限り、摂動がシステムを代替状態に切り替えるために適用されなければ、２つの可能なダイナミックな定常状態のうちの１つに留まるが、代替状態においては再びそこに留まり、適用された摂動の記憶を維持する。これらの状態は熱力学平衡にないが、これらすべての濃度が安定する（しかし、閉じたシステムでは燃料濃度が減少して廃棄物濃度が増加するだろう）ように回路合成物（ここでは短いＤＮＡ鎖）の一定の平衡な生成及び分解に対応するので、これらの状態は「ダイナミックな定常状態」と呼ばれる。このような双安定システムは、スイッチング閾値がノイズやバックグラウンド以上にセットされるので、分子のノイズ又はバックグラウンド反応によって影響されずに、分子ターゲットを検出するために使用することができる。このように、双安定を示すようにプログラムされた分子システムには、分子ターゲットの選択的な検出について、重要なポテンシャルがある。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0004】
【非特許文献1】Montagne K, Plasson R, Sakai Y, Fujii T, Rondelez Y. Programming an in vitro DNA oscillator using a molecular networking strategy. Mol Syst Biol. 2011 Feb 1;7:466.
【非特許文献2】Baccouche A, Montagne K, Padirac A, Fujii T, Rondelez Y. Dynamic DNA-toolbox reaction circuits: A walkthrough. Methods. 2014 May 15;67(2):234-49.
【非特許文献3】Padirac A, Fujii T, Rondelez Y. Bottom-up construction of in vitro switchable memories. Proc Natl Acad Sci. 2012 Nov 20;109(47):E3212-20.
【非特許文献4】Padirac A, Fujii T, Rondelez Y. Nucleic acids for the rational design of reaction circuits. Curr Opin Biotechnol. 2013 Aug;24(4):575-80.
【非特許文献5】Fujii T, Rondelez Y. Predator-Prey Molecular Ecosystems. ACS Nano. 2013 Jan 22;7(1):27-34.
【非特許文献6】Zadorin AS, Rondelez Y, Galas J-C, Estevez-Torres A. Synthesis of Programmable Reaction-Diffusion Fronts Using DNA Catalyzers. Phys Rev Lett. 2015 Feb 9;114(6):068301.
【非特許文献7】Chou J, Wong J, Christodoulides N, Floriano PN, Sanchez X, McDevitt J. Porous Bead-Based Diagnostic Platforms: Bridging the Gaps in Healthcare. Sensors. 2012 Nov 9;12(11):15467-99.
【非特許文献8】Wang Y, Shi J, Wu Y, Xu W, Wang Q, Zhang J, et al. Use of Luminex xMAP bead-based suspension array for detecting microRNA in NSCLC tissues and its clinical application. Tumori. 2012 Nov;98(6):792-9.
【非特許文献9】Bartosik M, Hrstka R, Palecek E, Vojtesek B. Magnetic bead-based hybridization assay for electrochemical detection of microRNA. Anal Chim Acta. 2014 Feb 27;813:35-40.
【非特許文献10】Ferguson JA, Steemers FJ, Walt DR. High-Density Fiber-Optic DNA Random Microsphere Array. Anal Chem. 2000 Nov 1;72(22):5618-24.
【非特許文献11】Gines G, Saint-Pierre C, Gasparutto D. A multiplex assay based on encoded microbeads conjugated to DNA NanoBeacons to monitor base excision repair activities by flow cytometry. Biosens Bioelectron. 2014 Aug 15;58:81-4.
【非特許文献12】Kellar KL, Kalwar RR, Dubois KA, Crouse D, Chafin WD, Kane B-E. Multiplexed fluorescent bead-based immunoassays for quantitation of human cytokines in serum and culture supernatants. Cytometry. 2001 Sep 1;45(1):27-36.
【非特許文献13】Joos B, Kuster H, Cone R. Covalent Attachment of Hybridizable Oligonucleotides to Glass Supports. Anal Biochem. 1997 Apr 5;247(1):96-101.
【非特許文献14】Wittebolle L, Verstuyft K, Verstraete W, Boon N. Optimisation of the amino-carboxy coupling of oligonucleotides to beads used in liquid arrays. J Chem Technol Biotechnol. 2006 Mar 1;81(3):476-80.
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【非特許文献27】Hoke GD, Draper K, Freier SM, Gonzalez C, Driver VB, Zounes MC, et al. Effects of phosphorothioate capping on antivense oligonucleotide stability, hybridization and antiviral efficacy versus herpes simplex virus infection. Nucleic Acids Res. 1991 Oct 25;19(20):5743-8.
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【非特許文献35】Gines G, Saint-Pierre C, Gasparutto D. On-bead fluorescent DNA nanoprobes to analyze base excision repair activities. Anal Chim Acta. 2014 Feb 17;812:168-75.
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【非特許文献37】K F, J S. Surprising lability of biotin-streptavidin bond during transcription of biotinylated DNA bound to paramagnetic streptavidin beads.BioTechniques. 1993 Apr;14(4):608-17.
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【非特許文献39】Xia Q-F, Xu S-X, Wang D-S, Wen Y-A, Qin X, Qian S-Y, et al. Development of a novel quantitative real-time assay using duplex scorpion primer for detection of Chlamydia trachomatis. Exp Mol Pathol. 2007 Aug;83(1):119-24.
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【非特許文献41】Zhang X, Liu C, Sun L, Duan X, Li Z. Lab on a single microbead: an ultrasensitive detection strategy enabling microRNA analysis at the single-molecule level. Chem Sci [Internet]. 2015 Aug 20 [cited 2015 Aug 28];Available from: http://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2015/sc/c5sc02641e
【非特許文献42】Qian J, Ferguson TM, Shinde DN, Ramirez-Borrero AJ, Hintze A, Adami C, et al. Sequence dependence of isothermal DNA amplification via EXPAR.Nucleic Acids Res.2012 Jun;40(11):e87.
【非特許文献43】Tan E, Erwin B, Dames S, Ferguson T, Buechel M, Irvine B, et al. Specific versus Nonspecific Isothermal DNA Amplification through Thermophilic Polymerase and Nicking Enzyme Activities †. Biochemistry (Mosc). 2008 Sep 23;47(38):9987-99.
【非特許文献44】Weitz M, Kim J, Kapsner K, Winfree E, Franco E, Simmel FC. Diversity in the dynamical behaviour of a compartmentalized programmable biochemical oscillator. Nat Chem. 2014 Apr;6(4):295-302.
【非特許文献45】Hasatani K, Leocmach M, Genot AJ, Estevez-Torres A, Fujii T, Rondelez Y. High-throughput and long-term observation of compartmentalized biochemical oscillators. Chem Commun Camb Engl. 2013 Sep 21;49(73):8090-2.
【非特許文献46】Taly V, Kelly BT, Griffiths AD. Droplets as microreactors for high-throughput biology. Chembiochem Eur J Chem Biol. 2007 Feb 12;8(3):263-72.
【非特許文献47】Mazutis L, Araghi AF, Miller OJ, Baret J-C, Frenz L, Janoshazi A, et al. Droplet-Based Microfluidic Systems for High-Throughput Single DNA Molecule Isothermal Amplification and Analysis. Anal Chem. 2009 Jun 15;81(12):4813-21.
【非特許文献48】Rondelez Y, Tresset G, Tabata KV, Arata H, Fujita H, Takeuchi S, et al. Microfabricated arrays of femtoliter chambers allow single molecule enzymology. Nat Biotechnol. 2005 Mar;23(3):361-5.
【非特許文献49】Thomson JM, Parker J, Perou CM, Hammond SM. A custom microarray platform for analysis of microRNA gene expression. Nat Methods. 2004 Oct;1(1):47-53.
【非特許文献50】Yashin R, Rudchenko S, Stojanovic MN. Networking Particles over Distance Using Oligonucleotide-Based Devices. J Am Chem Soc. 2007 Dec 1;129(50):15581-4.
【非特許文献51】Jung C, Allen PB, Ellington AD. A stochastic DNA walker that traverses a microparticle surface. Nat Nanotechnol [Internet]. 2015 Nov 2 [cited 2016 Jan 15];advance online publication.
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
しかし、前述のＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスでは、演算は、同じ試料において同時に作動する複数の独立したプログラムを有することが難しいので、多重化能力を制限するアモルファスの水溶液（典型的に試験管内の）中で行われる。これは、複合回路は酵素機構を共有する必要があり、例えば、設計された回路内で相互作用することが予期されていないＤＮＡ鎖の偽の結合によって、好ましくない方法（非特許文献２、５、６）で相互作用するかもしれないからである。あるいは各回路は異なる試験管内に用意されるべきであるが、そうすると、異なるタスクを行いたい場合には、これは、各試験管を用意するための複雑な操作及び多数要素のピペットで移す多数操作を含み、実験に誤りが生じるリスクが増大する。さらに、各実験のボリュームが数マイクロリットルであるので、酵素や合成オリゴヌクレオチドのような高価な試薬の総消費量は重要かもしれない。要するに、これらの理由は、バイオセンシング又は診断アプリケーション用のプログラムされた分子回路の応用範囲を狭める。
【0006】
本発明は、バックグラウンドノイズをフィルタリングし、非特異性信号の発生及び誤検出を回避して、希少な分子ターゲットの検出に使用することができ、しかも、小型化され、エンドユーザが容易に使用することができ、単一の試験管内で複数の操作を並行して行うことができる分子コンピューティング構成要素及び分子コンピューティングの方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0007】
そのために、本記載は、細孔を含む微小球であって、少なくとも細孔のうちのいくつかは微小球の表面に開口している微小球と、該微小球に付着する複数のモジュールであって、各々は核酸塩基の連続配列であり、各々の複数の複製が微小球に付着しているモジュールとを備える、分子ターゲットの検出用の構成要素を提供する。
【0008】
他の構成要素においては、前記微小球上に移植されたモジュールは、局所的に協力してそれら環境中の化学信号を評価し、適切であれば、レスポンスを演算して報告信号を生成する。
【0009】
更に他の構成要素においては、該構成要素は複数の微小球を備え、該微小球は同時に同一の試料内に存在する。
【0010】
更に他の構成要素においては、前記微小球は異なるタイプであり、各微小球はモジュールの別個の組み合わせを有し、それにより、各微小球は異なる機能を発揮する。
【0011】
更に他の構成要素においては、異なるタイプの微小球は、合成と同時にその上に移植された蛍光性のバーコードによって識別し得る。
【0012】
更に他の構成要素においては、感知機能を有する分子回路は、微小球に付着するモジュールの組み合わせによってコード化され、前記モジュールは、短いＤＮＡ鎖の交換を通じて微小球上で本質的に局所的に協力し、前記交換は構成要素の機能を定義する。
【0013】
更に他の構成要素においては、該構成要素は複数の微小球を備え、各微小球は、同一の溶液内で独立して機能を遂行する。
【0014】
本記載は、１つ以上の分子プログラムを作成するモジュール及びその組み合わせを設計するステップと、各分子プログラムを１組の微小球に付着するステップと、各々が自分の分子プログラムを搬送する１組の移植された微小球を、１つ以上のターゲット化合物及び酵素の混合物を含む溶液と接触させるステップと、微小球の特定の分子プログラムに従って、ＤＮＡの生成及び交換が各微小球上で移植されたモジュール間で局所的に発生するように移植された微小球を酵素の混合物とともに一定温度で培養するステップとを含む方法であって、細孔を含む複数の微小球であって、少なくとも細孔のうちのいくつかは微小球の表面に開口している微小球と、該微小球に移植された複数のモジュールであって、各々はＤＮＡ鎖であるモジュールとを備える構成要素を使用する分子コンピューティングの方法を提供する。
【0015】
他の方法においては、前記酵素の混合物は、ポリメラーゼ、ニッカーゼ及びエキソヌクレアーゼのような活性の１つ以上を包含している。
【0016】
更に他の方法においては、前記モジュールは第１及び第２のテンプレートを含み、前記第１のテンプレートは増幅テンプレートであり、第２のテンプレートは漏出反応を吸収して、微小球が酵素の混合物と接触するときの非特異的自発的な増幅を回避し、これにより、第１のテンプレートが特定のターゲット種用の所定濃度閾値を超えた刺激を受けるときに限り、ＤＮＡが指数関数的に増幅される。
【0017】
更に他の方法においては、前記モジュールは第３のテンプレートを含み、該第３のテンプレートはターゲット変換テンプレートであり、ターゲット核酸鎖を捕らえることができ、結果的に、閾値を超え、増幅が起こり、ターゲット鎖の存在が感知されるように第１のテンプレートを刺激する。
【0018】
更に他の方法においては、前記モジュールは第４のテンプレートを含み、該第４のテンプレートはリポーター鎖であり、該リポーター鎖はターゲット鎖の存在が報告されるように増幅テンプレートの生成物を使用して、蛍光信号を生成する。
【発明の効果】
【0019】
本開示によれば、分子コンピューティング構成要素は、プログラム可能で、モジュラー化され、小型化され、自律的で、再使用可能で、活性があり、多重化能力を有する。
【図面の簡単な説明】
【0020】
【図1】ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓの模式図である。
【図2】本実施の形態を通して使用される配列の表である。
【図3】ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスの模式図である。
【図4】エキソヌクレアーゼによる自由なテンプレートの分解の実験結果を示す模式図である。
【図6】ポリメラーゼと５’ストレプトアビジン接合ＤＮＡ鎖との間の相互作用を示す模式図である。
【図8】ビオチンＤＮＡ交換の力学を示す模式図である。
【図10】ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓ上の自触媒的ループの実行を示す模式図である。
【図12】ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓ上の自触媒的ループを示す模式図である。
【図14】ＤＮＡ鎖の存在／不在の検出の模式図である。
【図15】実施例３における実験条件を示す表である。
【図16】α及びβ鎖の同時検出のための二重アッセイの模式図である。
【図17】実施例４における実験条件を示す表である。
【図18】双安定システム（増幅＋漏出吸収テンプレートモジュール）及びターゲット変換モジュールが埋め込まれたＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓの模式図である。
【図19】実施例５における実験条件を示す表である。
【図20】特定のリポーター鎖が移植されたＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓを使用したターゲット検出の実験結果を示す模式図である。
【図21】実施例６における実験条件を示す表である。
【発明を実施するための形態】
【0021】
実施の形態について、図面を参照しながら詳細に説明する。
【0023】
それぞれの図は、多孔性の微小球内のＰＥＮ−ＤＮＡ分子プログラムの構成要素をコード化するすべてのＤＮＡの移植によって、自律的にプログラムされた粒子の組立を含む実施の形態を開示する。図１に示されるように、同一又は異なるプログラムが埋め込まれた何百万もの微小球を並行して合成することは可能である。これらの微小球の新規性は、（分子生物学又は診断法（非特許文献７〜９）において使用される他のビーズ又は粒子ベースの分子プロトコルと比較して）粒子の前コード化情報処理能力にあり、それは、ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスの規則コード化ＤＮＡテンプレートの移植による装飾から生じる。この分子プログラムの実施は、ほとんど単一のビーズの多孔物質内において、短いＤＮＡ単鎖の生産及び交換を通して、粒子が酵素活性、燃料分子及び分子入力の必須セットと接触すると、すぐに始動する。いくつかの生成されたオリゴヌクレオチドは拡散することができるが、それらが微小球から拡散し、エキソヌクレアーゼのような酵素と反応する際における移植されたオリゴヌクレオチドの局所的高濃度、それらの信号の希釈及び分解のために、局所的な挙動が支配的である。したがって、分子プログラムは、溶液全体に分布する代わりに、局所的に進行し、複数の、多分異なるプログラムが同じ溶液内の異なるビーズ上で進行可能である。その結果、プログラムされた微小球は、環境に応じて、自律的に感知し、計算し、報告することが可能である（例えば、ターゲット鎖の存在又は不在を検出する）こと、及び、これは局所的に、かつ、並行的に起こることが実証される。このＤＮＡプログラムされた微小球は、本明細書においては、簡潔化のために、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅ（ＣＳ）と呼ばれる。多くの会社がバイオ医学に適用するために、微小ビーズに基づいたアッセイ（ポリスチレン、ガラス製、磁石等）を提供することに、留意されたい。これらのビーズは、典型的には、特異なプローブ（抗体、核酸鎖）で機能的にされ、ターゲット（タンパク質、分析物、ＤＮＡ又はＲＮＡ鎖等）を包含している試料に曝されると、ターゲットに結合し、光学的又は電気化学的に読み出しすることができる。参考のために、国際公開第２００６−１２５１２４Ａ２又は非特許文献７〜９を参照されたい。これらのアッセイは本開示と異なり、本開示では、ビーズは、ＤＮＡの複数鎖を含み、向上した感知機能を提供するように設計された複合分子プログラムを備える。
【0024】
図１はＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅの模式図を示す。ＤＮＡに基づく分子プログラムは、多孔性の微小球上に１セットのコード化モジュールを移植することによって、溶液相フォーマットから粒子支持フォーマットに転換される。結果として生じるＤＮＡプログラムされた粒子は、容易な貯蔵、バッファ交換及び高い多重化能力のおかげで、バイオセンシングに適用するのにふさわしい。外表面がＤＮＡで装飾される他の粒子と比較して、種々のバイオテクノロジーの応用において使用される。ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅは、より具体的には、異なるモジュール（以下に定義されるように、例えば、１つ以上のターゲット変換モジュール、１つ以上の増幅モジュール、１つ以上の閾値モジュール、１つ以上のリポーターモジュール、及び、１つ以上のバーコードモジュールを含む）の共同移植のおかげで、大量の情報処理分子プログラムを局所化する多孔性の粒子を指す。
【0025】
ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、コード化モジュール及びバーコードの定義された混合物を用いて前もって用意することができるので、エンドユーザが非常に簡単に使用することができ、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓを溶液に接触させ、操作を開始させる（又は、恐らく各種の溶液を用いた接触／交換ステップのシーケンスを行う）ために一定温度で培養するだけでよい。したがって、本実施の形態は、取り扱い容易な粒子上における１又は複数の複数構成分子プログラムのパッケージングを提案し、試薬を制限的に使用する非常に並列な情報処理操作の可能性をもたらす。複雑な分子プロトコルの使用法において重要なブレークスルーをもたらすことが予想され、特に、小型化され、多重化されたスマートな分子診断アプローチ（バイオセンシング）に影響を与えると予想される。
【0026】
本実施の形態において、実験手続きは、ＤＮＡモジュール（分子プログラムの規則として作用し、例えば、ターゲット変換テンプレート、増幅テンプレート、閾値テンプレート、リポータープローブ等になり得て、表面結合のために修正されるオリゴヌクレオチド）の定義された混合物、及び、蛍光性バーコード要素を用いて、メソポーラスな粒子を機能的にすることによって始動する。この合成ステップの後、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅは洗浄され、４℃で数か月間保存されることができるか、又は、恐らく、乾燥させられ、室温で維持することができる。これらのＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅの応用は、典型的には、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅを１つ以上のターゲット（関心の対象である生体分子、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡ配列）を含む試料に曝し、酵素の混合物を加えて、一定温度で培養することにある。各ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅは、試料中の特定のターゲットの存在／不在及び濃度に依存する反応を演算し、結果を、各ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅの蛍光性バーコード及び報告信号を観ることによって検出可能なような、ＤＮＡ増幅として具体化する。以下の説明では、オリゴヌクレオチドを多孔質微小球に付着させるためにビオチン・アビディン結合が使用されるが、ＤＮＡ指令を、アミノ酸カップリング（非特許文献１３〜１５）、ジスルフィド結合（非特許文献１６）、自己組織化単分子膜（非特許文献１７）、他のチオール反応性化学（非特許文献１８）、クリックケミストリー（非特許文献１９）、デュアル・ビオチン・アビディン結合（非特許文献２０）、核酸リンカー媒介ハイブリダイゼーション（非特許文献２１）、並びに、任意の共有ライゲーション及び非共有固定化ケミストリー、又は、その他を含む多孔質微小球に付着させるために、他の多くの移植ケミストリーを使用することもできる。ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓが、
プログラム可能；例えば、各独立した粒子は、ユーザ定義の閾値を超えた特定のＤＮＡ又はＲＮＡターゲットの存在／不在を演算するように設計される。
自律性；ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、タスクを独力で行い、燃料ｄＮＴＰｓ及び触媒活性が提供される限り、陽性検出に対応する増幅状態を維持する。
再使用可能；燃料が除去され、触媒活性が除去されるか、又は、それらが洗浄されると、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは初期状態に戻る。
環境感度；ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、周囲の溶液中の分子を感知することができる（ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、他の多くの高スループット戦略のようでなく、物理的に仕切られていない。）。
モジュール化；各モジュールは、微小球のプログラミングを多様性のあるものとするように、設計され、独立して又は共同で微小球上に付着することができる。
多重化可能（多重操作可能）：異なる分子のプログラムを保持する粒子は、同じ溶液中で異なる感知動作を行うことができる。
であることを実証する。
【0027】
次の６つの実施例を通して、以下の（ａ）〜（ｆ）を示す。（ａ）ＤＮＡモジュールを備えた微小球のプログラミングは、よく混合された分子のプログラミングプロトコル（ここで、規則コード化テンプレートは、固相に付着しておらず、溶液中で自由である）に関して、いくつかの調節を必要とする。特に、ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスと比較して、コード化テンプレートの配列のデザインルールは変わらないが、適切なスペーサ及びリンカーを加える必要がある。これらの調節が行われると、質的な動的挙動、及び、その結果の分子プログラミングルールは、粒子上でも、溶液中と基本的に同じである。
（ｂ）ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、例えば、核酸ターゲットの検出に適用可能な、自律的な演算能力を示す。
（ｃ）ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは多重アッセイに適している。同じ溶液中の異なるＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは異なるタスクを行うことができ、結果は蛍光性リポーター及びバーコードを使用して抽出することができる。
（ｄ）多様性のあるアッセイは、簡易な設計ルールを使用し、（すべてのターゲットについて同じ）双安定な増幅モチーフと、（興味の対象である個々のターゲット用に具体的に設計された）ターゲット変換モジュールとを結合することによって設計され得る。
（ｅ）ＳｙｂｒＧｒｅｅｎ又はＥｖａＧｒｅｅｎのような非特異性リポーターは、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅに基づいたプロトコルの結果をモニターする簡単な方法を提供する。あるいは、特異性リポーター戦略は、より高い信号のより高い検知特異性を提供するか又はアッセイを多重化するために設計され得る。
（ｆ）あるＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅは、統合機能を提供するように協力する種々の装飾テンプレートを統合することができる。例えば、あるＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅは増幅モジュール、漏出吸収モジュール、ターゲット変換モジュール、特異性リポーター鎖及びスペクトル的に直交する蛍光性バーコードを保持することができる。
【0028】
表及び次の文では、ビオチン及びビオテグ（ｂｉｏｔｅｇ）は、アミノエトキシ・エトキシエタノール・リンカー、及び、より長いトリエチレン・グリコール・リンカーをそれぞれ使用するビオチン化されたシントンを指す。「* 」は、ホスホロチオエートバックボーン修正を表し、「ｐ」は３’リン酸エステル変形を表す。ニッキング（ｎｉｃｋｉｎｇ）酵素認識部位は、太字において示される。
【0029】
次に、微小球を結合したテンプレート用のＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスの調節を示す、実施例１を説明する。本実施例において使用される配列は、図２の表において示される。実施例１の前に、ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスの検討を行う。
【0030】
図３はＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスの模式図である。図４はエキソヌクレアーゼによる自由なテンプレートの分解の実験結果を示す模式図である。図５は実施例１における実験条件を示す第１の表である。図６はポリメラーゼと５’ストレプトアビジン接合ＤＮＡ鎖との間の相互作用を示す模式図である。図７は実施例１における実験条件を示す第２の表である。図８はストレプトアビジン接合粒子上のビオチンＤＮＡ交換の力学を示す模式図である。図９は実施例１における実験条件を示す第３の表である。
【0031】
ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスは、非特許文献１、２、４及び５に記載されているようなＤＮＡコード化指令を使用して、時計、メモリ、論理素子などの人工分子デバイスを設計するためのプログラム可能な方法を提供する。これらのシステムは、いくつかの酵素の存在状態において一定温度に維持されつつ、試験管内のよく混合された分子システムとして行われる。ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスは、回路の接続情報をコード化するために、短い合成ＤＮＡオリゴヌクレオチドが使用される溶液相生体分子の反応ネットワーキングスキームである。図３に示されるように、力学は、３つの酵素の普遍的な機構による処理において、明らかになる：ＤＮＡポリメラーゼは、マッチングテンプレートの入力側（３’）で交雑する入力鎖を延長する；ニッカーゼは、特定の部位で、結果として生じた二重鎖を切断し、入力及び新しい出力の両方を解放する。エキソヌクレアーゼは、すべての非保護のオリゴヌクレオチド（つまり、テンプレート以外のすべて）を非特異的に分解し、システムを敏感な非平衡状態外に維持する。異なるモジュールのカスケーディング（活性化、阻害、非活性化）は、分子のプログラム及び回路の構築を可能にする。
【0032】
実施例１は、多孔性の微小球に支持されたフォーマットにＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスを適応させるのに必要な調節を考慮する。ＤＮＡ基板上に固定された酵素の活性は、文献において集中的に研究されて報告されており、例えば、拘束されたＤＮＡプライマーは、熱力学的（ＤＮＡハイブリダイゼーション）、力学的（酵素及び生成物拡散）及び空間的（立体障害）制約によって、固相ＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）では溶液相ＰＣＲより典型的に不活性であることが示されている（例えば、非特許文献１８、２２及び２３参照。）。固体支持フォーマット上でのＤＮＡツールボックスの移送可能性を評価する始点として、ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスケミストリー上のＤＮＡテンプレートの終端におけるストレプトアビジン／ビオチン結合の影響が、拘束のモデルとして研究された。単一のデュアルリピート増幅テンプレート（入力鎖及び出力配列は同じである）とともに作動する基礎的な指数関数的な増幅プログラムは、システムの反応性を特徴付けるために使用された（図４、６及び８）。この実験のセットは、固体支持フォーマットにおけるＰＥＮ−ＤＮＡプログラムのために適切な性能をもたらすのに最も感度のよい重大なパラメータ（テンプレートの配向及び長さ、機能化密度並びに酵素パラメータ）を定義するために使用された。
【0033】
我々は、第１に、ストレプトアビジンが、他の変形がない状態でさえ、５’−ビオチン化されたテンプレートをＲｅｃＪエキソヌクレアーゼによる分解から保護することを示す：非特許文献１〜５、２４及び２５に記載されるようなバッチ状態で働く分子プログラムは、生成された種の分解によってシステムの時間応答性を保証するエキソ（リボ）ヌクレアーゼ活性を使用する。ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスは、特に、ｔｔＲｅｃＪと呼ばれる熱安定的な５’−＞３’単一鎖特異的エキソヌクレアーゼを使用する（非特許文献２６）。したがって、テンプレートを保護しなければならず、そうでないと、テンプレートは酵素によって消化されるであろう。ＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスの関係において、テンプレートは、典型的には、ヌクレアーゼ抵抗を提供するためのアンチセンスのオリゴヌクレオチド合成において従来使用された、５’末端におけるホスホロチオエートバックボーン修正の部位特異的な取り込みによって、保護される（非特許文献２７）。他のバックボーンヌクレアーゼ保護修正は、ホスホトリエステラーゼ、ボラノリン酸、アルキルホスホナート、ホスホロアミド酸、グアニジウム、（ペプチド核酸合成に使用された）Ｎ−（２−アミノエチル）グリシン等を含むが、これらに限定されずに利用可能である。さらに、２’−Ｏ−メチルヌクレオシド、２’−フルオロヌクレオシド、他のエンドブロッキング付加物内の３’−＞５’反転ヌクレオチド、（ロックされた核酸として参照される）２’−Ｏ−４’Ｃメチレン基ブリッジ等を含む不自然なヌクレオチド修正は、種々のヌクレアーゼに対する抵抗を提供する（非特許文献２８〜３２）。ビオチン／ストレプトアビジン接合又はナノ／マイクロ粒子配合を使用して修正されたオリゴヌクレオチドの安定性も実証された（非特許文献３３〜３５）。ここで、エキソヌクレアーゼｔｔＲｅｃＪによる処理におけるストレプトアビジンへのテンプレートの付着の影響が評価された。次の実験が行われた（図５は実験条件用の表を示す。）。
【0034】
５’端部に単一ビオチン修正を備えているが、バックボーン又はヌクレオシド修正のないオリゴヌクレオチド（ＯＤＮ１）は、ストレプトアビジンに付着され又は付着されずに、エキソヌクレアーゼとともに培養された。反応の進行は、ＥｖａＧｒｅｅｎによって発せられた蛍光信号により追跡された（この染料が大抵は二本鎖の特異的リポーターであっても、検出可能な蛍光信号は単鎖ＤＮＡテンプレートが存在する状態で生成され、これらのテンプレートが消化されると、減少する。）。図４に示されるこの実験の結果は、ストレプトアビジン結合テンプレートは完全に保護されているが、自由なテンプレートは、エキソヌクレアーゼによって３０分以内に量的に分解されることを実証する。
【0035】
図４は、５’におけるビオチン部が、他の修正がない状態でさえ、ストレプトアビジンが存在する状態で、エキソヌクレアーゼによる劣化からテンプレートを保護することを示している。５’ビオチン修正を備える１００ｎＭのテンプレートは、エキソヌクレアーゼ（ｔｔＲｅｃＪ）に曝される前に、ストレプトアビジンとともに又はストレプトアビジンなしで、培養される。ストレプトアビジンに結合したテンプレートが完全に保護されるのに対して、テンプレートだけでは、酵素活性によって量的に分解される。この結果は、エキソヌクレアーゼ活性への５’ビオチン／ストレプトアビジン接合によるオリゴヌクレオチドの保護を実証する。この結果は、テストされたすべてのタイプの５’ビオチン修正に有効であり、ストレプトアビジン被覆微小球上で固定されたテンプレートに直接に置換可能であり、それらは、５’ビオチン修正を通して付着されたのであれば、保護されることを意味する。この結果は、細胞核へのビオチン／ストレプトアビジン修正されたオリゴヌクレオチドの安定性を実証する従来の研究と一致している。
【0036】
第２に、我々は、５’ビオチン−ストレプトアビジンテンプレート上の入力の完全な拡張のために、ビオチン部分の前の５’スペーサが必要なことを示す：ポリメラーゼ効率におけるそれらの５’端部を介してのテンプレートの固定化の影響が調査された。その目的のために、二重繰り返し配列Ｔ１を使用する間接アッセイが考案された（図６Ａ）。この配列は、相補配列（α、ＣＡＴＴＣＴＧＡＣＧＡＧ）のポリメラーゼ／ニッカーゼ媒介指数関数的増幅のために、テンプレートとして使用される。自触媒的種αの増幅は、少量のｄＮＴＰｓが存在する状態でモニターされる。αに対応する蛍光信号は、最初の指数関数的な増幅位相とそれに続く安定水準（トリガーの生産がエキソヌクレアーゼｔｔＲｅｃＪによる分解に等しい定常状態に相当する）とを備える増幅プロフィールを示す。最後に、ｄＮＴＰｓが消耗すると、反応の終わりとなり、初期水準（これ以上生産はなく、分解のみ）に復帰する。テンプレートＴ１は、その出力側（５’端部）に位置付けられたビオチン部分（ｂｉｏｔｅｇ又はビオチン）の前方の０〜３デオキシアデノシンとともに拡張される（図６）。図７は実験条件用の表を示す。他のテンプレート上での更なる重合を準備することができない３’ミスマッチされたトリガーの生産によって、ポリメラーゼが（ポリ）ｄＡリンカーを横切って読む場合、増幅は生じない。
【0037】
図６Ｂに示されるこの実験の結果は、テンプレートＴ１は、拡張（Ｔ１ビオテグ）せずに、ストレプトアビジンがない状態でよく増幅し、一方、テンプレートがストレプトアビジンに結合しなければ反応が起きないことを実証する。この観察は、重合が拘束されたテンプレート上で不完全であると、融解温度が低すぎてテンプレートを効率的に結合することができない不完全な出力となる、ことを示唆する。しかしながら、１又は２のｄＡがビオテグ及びビオチン部分の前方にリンカーとして加えられると、指数関数的な増幅プロフィールがそれぞれ観察される。ｄＡを追加すると両方の場合で反応が禁止され、これらの場合、ポリメラーゼが余分なミスマッチングｄＴを組み入れることを示唆している。総合すれば、これらの結果は、それぞれ、テンプレートがビオテグ又はビオチン・リンカーによってストレプトアビジンに拘束されなければ、ポリメラーゼが（少なくとも大抵）１つ又は２つのヌクレオチドを失うことを実証する。
【0038】
図６は、ポリメラーゼと、テンプレートの最後のヌクレオチドについて重合をブロッキングする５’−ストレプトアビジングループとの間の立体の相互作用を説明する。図６Ａは、テンプレートがストレプトアビジンに接合すると、ポリメラーゼがどれだけ多くのヌクレオチドを失うかを決定するために使用される間接アッセイの模式図を示す。このアッセイから、テンプレートがビオテグ又はビオチンリンカーによって拘束されると、ポリメラーゼが（少なくとも大抵）最後の１つ又は２つのヌクレオチドを失うことを決定する。
【0039】
ここで、我々は、多孔質微小球にテンプレートを接続するビオチン／ストレプトアビジンリンクの動力学的安定性を評価する：オリゴヌクレオチドと微小球との間の結合安定は、特に多重アッセイの場合には、局所的な演算及び増幅を保証するのに極めて重要であって、なぜなら、各ビーズタイプが異なるセットの付着したＤＮＡ鎖及びバーコードを有し、ＤＮＡ鎖を交換するとビーズ集団が均質化するからである。ビオチン／ストレプトアビジン接合は、使用の容易さ及び高い結合定数（１０15 Ｍ-1）のおかげで、広く使用される。しかし、大きな置換基がビオチン部分に付着していると親和力が減少し、結合は他の共有結合の化学的性質と比較して、可逆的なままである。ビオチン付加された分子は、特定条件において、タンパク質から解離することができることが示された（例えば、非特許文献３６及び３７参照。）。
【0040】
粒子支持フォーマットへのＰＥＮ−ＤＮＡツールボックスの転換という関係において粒子にＤＮＡを付着させるために使用されるビオチン／ストレプトアビジンリンクの安定性を研究するために、ストレプトアビジン修正微小球の２つのバッチが、２つの異なる蛍光性オリゴヌクレオチドを用いて機能的にされた。ここ以降において、我々は、３４μｍの平均径を備えたストレプトアビジン修正粒子から成り、橋かけ重合されたアガロースから作られる市販されているＳｅｐｈａｒｏｓｅ樹脂を使用したが、他のいかなる多孔性粒子であっても使用可能なことは理解されるべきである。２つのバッチは貯留され、４５℃での接合されたテンプレートの交換の動力学が、フローサイトメトリーによって、調査された（実験条件は図９の表に示される。）。この実験の結果は、粒子がテンプレートで飽和すると（つまり、過剰なテンプレートがビーズ機能化中に使用された）、テンプレートは比較的速やかに交換する傾向があり、両方のビーズのバッチの蛍光平衡状態に移行する（図８Ａは、飽和したストレプトアビジン結合粒子についてのビオチンＤＮＡ交換の動力学を示す。）。これに反し、機能化水準が飽和水準未満である（つまり、各ビーズ上のストレプトアビジン結合部位のかなりの部分は、自由なままである）と、テンプレート交換現象は観察されない。このことは、両方の機能化された微小球の蛍光信号の安定性によってサポートされる（図８Ｂは、不飽和のストレプトアビジン結合粒子についてのビオチンＤＮＡ交換の動力学を示す。）。この結果は、飽和に近い場合のみ、結合部位から分離するビオチン関連テンプレートは、粒子から拡散することができる前に、多量のビーズ内に存在する他の利用可能なストレプトアビジン部位によって速やかに再捕捉され得る、という事実によって多分説明される。別の説明は、移植密度が減少するときにあまり重要でない機能化の飽和水準において、負方向にチャージされたオリゴヌクレオチドによって受けた高い反発力であろう。
【0041】
結論として、培養中に粒子間交換を防ぐため、ビオチン付加されたオリゴヌクレオチドを、限られた、飽和しない量だけ微小球に移植することは、重要である。次の実験のために、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、１ミリグラムの粒子当たり、合計で２ｎｍｏｌ未満のオリゴヌクレオチドによって機能化される（飽和水準は１ミリグラムの粒子当たり約３．３ｎｍｏｌであるが）。他のオプションは、ストレプトアビジン修正のサポートを使用する固相ＰＣＲへの適用に古典的に使用されるテンプレートのデュアルビオチン修正のような、固体支持体上でのテンプレートの拘束に利用可能であることに留意されたい（例えば、非特許文献２０参照。）。あるいは、多くのＤＮＡ付着ケミストリーが、例えば、共有結合を使用して、支持体上にＤＮＡを付着させるために知られている（非特許文献１３、１４及び１８）。粒子間の鎖の交換を回避するために、これらのオプションは、現在の情況に容易に適応することができる。最後に、ポリメラーゼ用の独立した基板として作用する、ポリエチレン・スペーサ又は脂肪族スペーサのような非重合性スペーサを、２つのオリゴヌクレオチドをリンクするために使用することができることも、周知である（そのような構造に関しては、非特許文献３８及び３９、並びに、ＵＳ８２５２５５８Ｂ２参照。）。したがって、直接微小球の表面へ付着させる代わりに、このようなスペーサを使用して、他の拘束されたモジュールの自由端へ、いくつかのモジュールを付着させることができるかもしれない。
【0042】
次に、多孔質微小球上の局所的な基礎的ポリメラーゼ−ニッカーゼ増幅システムの動作に関し、実施例２を説明する。
【0043】
図１０は微小球上の自触媒的ループの実行を示す模式図である。図１１は実施例２における実験条件を示す第１の表である。図１２は微小球上の自触媒的ループを示す模式図である。図１３は実施例２における実験条件を示す第２の表である。
【0044】
この実施例においては、微小球にサポートされたテンプレートが、自由拡散形態にある（つまり、均質の溶液中にある）テンプレートと質的に同一に働くのかどうかを、評価する。さらに、ここで示すのは、増幅反応は合計の溶液量の非常に小さな部分内のみで起こることであって、その小さな部分は、古典的な溶液ベースのアプローチと対照的に、ほぼ球体内に包含される量であり、そこにおいて増幅反応はその全量が均一に分配される。更に示すのは、溶液に開いた多孔質材料から作成されたにもかかわらず、数マイクロリットルのシステム内に唯一の微小球が存在し、これにより、反応が局所化される活性容量が試料全量の１／１０6 未満であるときでさえ、テンプレートが移植された微小球は溶液内で自律的にふるまい、拡散に直面しても活性を維持することができることである。
【0045】
実験：αｔｏαと呼ばれる単一のテンプレートによって符号化された単純システムが選択された（Ｂｉｏｔｅｇ* Ｃ* Ｔ* Ｃ* Ｇ* ＴＣＡＧＡＡＴＧＣＴＣＧＴＣＡＧＡＡＴｐ、* 及び、ｐは、それぞれ、ホスホロチオエート結合、及び、３’末端リン酸エステルを表す。）。このテンプレートがリピート構造を有し、ニッキング酵素認識を包含しているので、ポリメラーゼ、ニッキング酵素及びｄＮＴＰｓが存在する状態で、正確なバッファ、塩及び温度条件で培養されたとき、その相補的配列α（ＣＡＴ ＴＣＴ ＧＡＣ ＧＡＧ）の指数関数的な増幅が起こることは周知である（図１０Ａ）（国際公開第２００４−０６７７２６Ａ３及び非特許文献４０参照。）。さらに、反応がエキソヌクレアーゼが追加的に存在する状態（そして、テンプレートがエキソヌクレアーゼによって分解から保護されると仮定する）で行われる場合、ｄＮＴＰｓが溶液からすべて排出されるまでに、その反応は安定水準に達し、安定したままであることが報告されている。それから、テンプレートが単鎖の状態に戻っているが、ＤＮＡ生成反応はこれ以上保持されず、αの濃度は０まで戻る。蛍光性リポーターは、反応の進行を追跡するために使用することができ、したがって、蛍光信号について、特徴的増幅／安定水準／ベースライン形状への回帰を見ることができる（例えば、非特許文献２参照。）。
【0046】
こうして、ビオチン標識された増幅テンプレートαｔｏαは、高いイオン強度の結合バッファ（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ ｐＨ７．９ ２０ｍＭ、ＥＤＴＡ １０ｍＭ、ＮａＣｌ １Ｍ、Ｔｗｅｅｎ２０ ０．２％）内で、１５分間連続的な撹拌の下、５μＬの貯蔵された微小球懸濁液を使用して、３００ｐｍｏｌのテンプレートを培養することによって、ストレプトアビジン修正されたＳｅｐｈａｒｏｓｅに付着された。そして、機能化されたＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓ（ＣＳαM ）は、適切なバッファ（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ７．０、２ｍＭ ＭｇＳＯ4 １００ｍＭ ＮａＣｌ）内で、洗浄されて６か月まで格納される。
【0047】
次に、図１１の表に従って構成要素を組み合わせることによって得られた反応ミックスに、およそ１０3 の微小球が注がれる。ビオチンとストレプトアビジンとの間のリンクが強いので、先の実施例において実証されたように、溶液内で自由なテンプレートは、全くないか、又は、少なくとも非常に少ないと予想されることに留意されたい：圧倒的多数のテンプレートは微小球に結合される。二本鎖の染料（Ｅｖａｇｒｅｅｎ）は、反応の蛍光性モニタリングを可能とするために導入される。この合成物は、二本鎖ＤＮＡが存在する状態で、明るい緑の蛍光信号を生成し、ｄＮＴＰ及びｄＮＭＰのような単鎖ＤＮＡ又はモノマーが存在する状態で、制限された蛍光を生成する。
【0048】
そして、微小球と反応ミックスとの混合物は、スペーサによって分離されてエポキシ系接着剤（アラルダイト（Ｒ））を用いてシールされた２枚の顕微鏡カバーグラスの間に作られた培養チャンバ内に、導入される。この培養チャンバは、ＣｏｏｌＬＥＤ照明源及びｉＸｏｎ３８９７ ＥＭ−ＣＣＤカメラ（アンドール）を装備したオリンパスＩＸ７１倒立顕微鏡に移送される。培養チャンバの温度は、透明な熱電気加熱板（Ｔｏｋａｉ−Ｈｉｔ）のおかげで、４５℃に維持される。時間経過は、オープン・ソース顕微鏡検査ソフトウェアμＭａｎａｇｅｒ１．４によって、２ｘ又は４ｘの対物レンズ倍率を使用して記録される。
【0049】
図１０は微小球上の自触媒的ループの挙動を示すが、微小球は、ポリメラーゼ、ニッカーゼ及びｄＮＴＰｓが存在する状態で培養されたときにＤＮＡ増幅に導くポジティブ・フィードバック・ループ（自触媒的）をコード化する増幅テンプレートを使用して機能化される。微小球を、ポリメラーゼ、エキソヌクレアーゼ及びニッカーゼ活性の混合物と接触させ、４５℃で培養した。その反応は、二本鎖の特異的染料（Ｅｖａｇｒｅｅｎ）を使用し、蛍光顕微鏡検査法によってモニターされる。増幅プロフィール（第１次増幅、定常状態、ｄＮＴＰｓ枯渇の後の初期段階への回帰）は、微小球にサポートされたフォーマットにおける分子プログラムの適切な進行を示している。したがって、微小球は、それらがＤＮＡテンプレートを装飾することによってコード化された機能を行っている。
【0050】
結果：図１０Ｂは、ＣＳαM がα鎖を効率的に増幅し、急激な蛍光増加に帰着することを示す。指数関数的相の後、信号は定常状態（ここで、ポリメラーゼ／ニッカーゼ／テンプレートによるαの生成は、エキソヌクレアーゼによる分解と等しい）に対応する安定した安定水準に達する。ｄＮＴＰｓ枯渇後、生成は停止し、α鎖の緩やかな分解はテンプレートを初期の単鎖状態に戻し、それにより蛍光が減少する。溶液の残りの部分内で信号が観察されない（生成された単鎖のＤＮＡ鎖のうちのいくつかが微小球から拡散すると予想されても、それらは検出可能な蛍光信号を生成しない）一方で、球上では酵素反応が厳密に発生していることに留意することは重要である。この結果は、３つのＰＥＮ−ＤＮＡツールボックス酵素活性（ポリメラーゼ活性、ニッカーゼ活性、エキソヌクレアーゼ活性）が存在する状態で、多孔質微小球の大部分の内部での局所化された単純な増幅機能が適切に進行していることを示している。また、化学燃料（ｄＮＴＰ）が枯渇すると初期状態に戻る、というシステムの再使用可能性を示している。
【0051】
ここでは、同じ実験が繰り返されるが、微小球懸濁液は、最終的に培養チャンバの中に単一の微小球のみがあるようになるまで十分に希釈される（図１２）。図１３は実験条件用の表を示す。このセッティングでは、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは隣接するビーズから合成物を受け取ることができず、したがって、微小球上で観察されたどんな反応性も、多くの微小球の集合的挙動としてでなく、その微小球の自律特性としてであると考えることができる。図１２は、単一のＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅが大きなチャンバ内で培養され、蛍光信号が、まだ微小球上に局所化された指数関数的な増幅を明らかにすることを示す。
【0052】
図１２で観察された急激な信号の増加は、プログラム粒子が増幅反応を自律的に行うことができ、１８時間を超える間、高い生産率を保持可能なことを示す。その挙動は、基礎的信号への回帰が観察されないこと以外は、チャンバ内で複数の微小球について観察されたものを再現する。これは、単一の微小球が、多数のビーズを消費することができるよりも大幅に遅くｄＮＴＰを消費するからであり、したがって、高い状態をより大幅に長い時間維持することができる。とにかく、保持された高い蛍光水準は、酵素機構と接触したテンプレートに移植された微小球の反応性が、集団基準挙動ではなく、各微小球の自律的特性であることを、実証する。チャンらが、短いＤＮＡ鎖のポリメラーゼ−ニッカーゼベースの等温増幅がビーズサポートフォーマット上で行われた結果を発表したことに、留意すべきである（非特許文献４１）。しかし、この仕事は、より大きな（８０マイクロメートル）ビーズに注目するものであり、ビーズの（本体内でなく）外表面に移植されて（我々が次の実施例において示すような、ビーズの集団としてではなく）１つずつ使用された。さらに、このケースにおける単一のビーズには単一のＤＮＡ塩基配列が移植されたのに対して、本発明の焦点は、複数のＤＮＡ配列間での局所的交換して改良された感知能力（例えば、次の実施例３において示されるような漏出吸収モジュールを使用するバックグラウンド自由検知、又は、実施例５において示されるようなターゲット変換モジュールを付加的に使用する再プログラム可能な検出）を提供する完全な分子プログラムを付与することである。
【0053】
次に、２つ以上のモジュールを使用し、より複雑な分子プログラムを微小球サポートフォーマットにおいて実行することができることに関して、実施例３を説明する。具体的には、我々は、バックグラウンド増幅を回避する間に特定の核酸の存在／不在について報告するために、２つのテンプレートに基づいた双安定性プログラムを使用して移植されたＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅを使用することができることを示す。
【0055】
初期トリガーが完全に不在であってさえ、指数関数的増幅が最終的に観察されるという意味で、等温ポリメラーゼ−ニッカーゼ増幅システムがバックグラウンド増幅を表示することは、周知である（例えば、非特許文献４２及び４３参照。）。これは、核酸の検出について、他の多くの等温ＤＮＡ増幅スキームと同様に、これらのシステムの有用性を制限する。しかし、これは分子のプログラミング技術の使用によって管理することができる：バックグラウンド増幅現象を回避するために、多孔質微小球は、二本鎖を必要とする双安定性分子プログラムを用いてプログラムされた：第１のモジュールは、重要性のあるシーケンス（α）に相補的な部分的繰り返し構造（αｔｏα）を示す増幅テンプレートであり、一方、第２は自触媒的テンプレートの漏出反応を吸収して増幅閾値の調節を可能にする漏出吸収テンプレート（ｐＴα）である（図１４）。漏出吸収テンプレートは、増幅された入出力ＤＮＡ鎖を用いてより速く反応し、それらを不活性化フォームに変換するが、より低い濃度の中にあるので、漏出の吸収が得られる。溶液中にあるエキソヌクレアーゼは、ポリメラーゼ及びニッカーゼとともに、廃棄された生成物を処理するために使用される。この設計を使用すると、漏出吸収能力閾値を超えるときに限り、自触媒的増幅が開始することができる。したがって、トリガーイベントとしてターゲットがない状態でオフ状態に留まる双安定性ユニットとして、各微小球を得ることが予想される。しかし、（一定の閾値を超える濃度で）ターゲットの露出で、我々は、サポートされたテンプレートが増幅を促進し、その結果、急激に蛍光が増加すること、及び、微小球が検出を示す安定したオン状態に切り替わることを期待する。
【0056】
実験：ビーズ機能化：２つのビオチン化されたＤＮＡテンプレート（３００ｐｍｏｌ αｔｏα、Ｂｉｏｔｅｇ* Ｃ* Ｔ* Ｃ* Ｇ* ＴＣＡＧＡＡＴＧＣＴＣＧＴＣＡＧＡＡＴｐ）及び漏出吸収テンプレート（１００ｐｍｏｌ ｐＴα、Ｂｉｏｔｉｎ* Ａ* Ａ* ＡＡＡＡＣＴＣＧＴＣ ＡＧＡＡＴＧｐ）は、拘束力のあるバッファ（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ ｐＨ７．９ ２０ｍＭ、ＥＤＴＡ １０ｍＭ、ＮａＣｌ １Ｍ、Ｔｗｅｅｎ２０ ０．２％）内で、混合される（３：１の比率）。Ｓｅｐｈａｒｏｓｅビーズは、即座の攪拌を用いて、導入される（在庫懸濁液、３００μｇから５μＬ）。機能化された粒子（ＣＳαB ）は、貯蔵バッファ内で、洗浄されて６か月まで４℃で貯留される。
反応アセンブリ：異なる３つの反応が、０、８又は３２ｎＭのターゲット（α、ＣＡＴＴＣＴＧＡＣＧＡＧ）が追加されたマスター・ミックス（図１５の表において示される反応バッファ＋酵素）内にＣＳαB を導入することによって、組み立てられる。
反応モニタリング：３つの試料の各々は、４５℃で加熱され、二本鎖の特異的染料Ｅｖａｇｒｅｅｎを使用する低速度撮影の落射蛍光顕微鏡によって画像化される（実施例２参照。）。各ビーズの蛍光信号は、増幅反応の進行を示す。自触媒的反応が閾値未満で信号を増幅しない場合、低い蛍光信号は「オフ」状態に対応する。これに反して、急激な蛍光増加は、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅをその「オン」状態にする増幅反応に対応し、「オン」状態は非常に長い時間維持される（もし、十分なｄＮＴＰがバッファに含まれていれば、実施例２を参照。）。
【0057】
結果：図１４は実験結果を示す。具体的には、図１４は、増幅テンプレート及び漏出吸収テンプレート（ＣＳαB ）の混合物で機能化された微小球を使用し、ＤＮＡ鎖の存在／不在の検出を示す。部分Ａ（最上位部分）は、検出スキームの原理を示す。部分Ｂ（左下部分）は、３つの試料について得られた時間トレースを示す：ＣＳαB は、それぞれ、０、８又は３２ｎＭのターゲット鎖αが追加された反応ミックスを使用して培養される。部分Ｃ（右下部分）は蛍光像ｂ及び（α）を示す。ターゲットがない状態で、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、「オフ」レスポンスを報告して、不活性状態に留まる。ターゲットが反応ミックスに加えられると、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、ターゲットの存在を感知して配列を増幅し、強い蛍光状態（「オン」状態）への変更に移行する。図１４に示されるように、ターゲット（０ｎＭ α）がない状態で、ＣＳαB は１０００分までの間「オフ」状態に留まる。ターゲットが試料（３２ｎＭ）に導入されると、閾値を超え、微小球は「オン」に切り替わり、強い蛍光信号を発する。ターゲットが中間濃度（８ｎＭ α）では、ＣＳは、遅れて（約４００分）、「オン」状態に切り替わる。結論として、双安定性プログラムが埋め込まれる微粒子は、特定のターゲットの存在を検出し、ターゲットがない状態でのバックグラウンド増幅に敏感にならずに、対応する蛍光反応を表示することができる。
【0058】
次に、同じ試料の中にある２つの単鎖ＤＮＡターゲットの同時検出のための多重アッセイに関し、実施例４を説明する。
【0060】
同じ試料内のいくつかのターゲットの検出は、例えば、癌タイプ又は遺伝病に関連した病理学的バイオマーカーの発現パターンを評価するために、臨床診断にとって非常に重要である。ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、異なる粒子上に異なる分子プログラムを備え、同じ溶液内で独立して機能することができるので、このような目的に適している。各粒子タイプは、特に、異なるターゲット分子の存在／不在を自律的かつ独立的に検出し、この情報を蛍光信号を使用して報告するように設計されている。さらに、異なるタスクを進める異なるＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、蛍光性バーコードを使用して容易に識別可能になり得るので、したがって、（スペクトル分解された蛍光性リポーターを使用し、４〜５つのターゲットに制限された多重アッセイとは対照的に）単一の読み出しチャネルを使用することができる。
【0061】
実験：多重化の例として、２つの異なるプログラムが、図１７の表において示される２つの別個のＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓ集団を使用して実施された：一方はα（ＣＡＴＴＣＴＧＡＣＧＡＧ）と呼ばれる鎖を感知するが、他方はβ（ＣＡＴＴＣＡＧＧＡＴＣＧ）と呼ばれる鎖を感知するように設計されている。診断には、２つのターゲットが配列においてかなり類似している場合が多い。ここで、βは、αに類似しているが、少しミスマッチした配列で示されている。各粒子集団は、蛍光特性を使用して区別され得るように、（蛍光性のオリゴヌクレオチドラベル付けされたビオチンを共同移植することによって）合成の間に蛍光染料でバーコードが付与される。合成の後、両タイプの微小球は、一緒に貯留されて、入力なし；αのみ；βのみ；α及びβのうちのいずれかを包含する試料に曝される。
【0062】
結果：図１６は、プログラムされた各粒子が、その蛍光性のバーコードを使用して識別されることができ、そのターゲット鎖の存在／不在を独立して明確に検出し、予期された（同種のターゲットの存在における）「オン」／（トリガーの不在中における）「オフ」状態を採用することを示している。図１６に示されるように、２つのＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓバッチが合成される；一方はαを感知する双安定性モジュールで機能化されたものであり、他方は入力がβである双安定性モジュールが埋め込まれたものである。２つのＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓ集団は、別々にバーコードが付与され、一緒に貯留され、反応ミックスが追加され、ターゲットに曝された。各ビーズの演算は蛍光顕微鏡によってモニターされる。各実験条件について、システムは、対応するターゲットの不在（ＣＳ「オフ」状態）又は存在（ＣＳ「オン」状態）を効率的に報告するように見える。この結果は、同じ溶液内の異なってプログラムされた微小球を使用して、種々のターゲットの同時測定を行うことができることを実証する。同じ溶液に浸される間に異なる微小球が異なるタスクを遂行可能であることを示すので、これは、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓの大きな多重化能力の可能性を強調する。
【0063】
次に、ターゲット変換モジュール（検出）への２つのモジュール双安定モチーフ（バックグラウンドなしの増幅）の結合に関して、実施例５を説明する。
【0064】
図１８は双安定システム（増幅モジュール＋漏出吸収モジュール）及びターゲット変換モジュールが埋め込まれたＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓの模式図である。図１９は実施例５における実験条件を示す表である。
【0065】
評価される試料より非常に小さい容積の微小球上で検出及び増幅が共存することの大きな利点は、各々が、異なるターゲットのために、かつ、異なるＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅタイプに付着されるように設計された種々のターゲット変換モジュールに結合された単一の増幅ループ（及び単一の読み出し）からできている汎用性のある設計を理解することができるということである。さらに、上述されたバーコード付与戦略を使用し、異なる感知アッセイは、同時に同じ溶液内で機能することができる。
【0066】
実験：この原理を実証するために、双安定モジュール（増幅テンプレートβｔｏβ Ｂｉｏｔｉｎ* Ｃ* Ｇ* Ａ* ＴＣＣＴＧＡＡＴＧＣＧＡＴＣＣＴＧＡＡＴ−ｐ及び漏出吸収テンプレートｐＴβ、Ｂｉｏｔｉｎ* Ａ* Ａ* ＡＡＡＡＣＧＡＴＣＣＴＧＡＡＴＧ−ｐ）を有するＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓ ＣＳβB が合成された。粒子には、続いて、ターゲット変換モジュール（テンプレートαｔｏβ）が追加される。これらの粒子はＣＳα→βB と命名される。ＣＳβB 及びＣＳα→βB は、０又は１０ｎＭのターゲットαを包含している（図１９の表において示される）反応ミックス内で別々に培養され、反応は４５℃で蛍光顕微鏡法によってモニターされる。
【0067】
結果： 図１８は、双安定性モジュール（βｔｏβ及びｐＴβ）及びターゲット変換モジュール（αｔｏβ）が埋設されているＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、ターゲットとされた鎖（の存在を検出することができることを示す（エラーバーがグラフ内に表わされる）。これに反して、ターゲット変換モジュールのないＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓ ＣＳβB はターゲット（α鎖）の存在に鈍感である。これは、共存するターゲット変換モジュールだけがターゲットを捕らえ、双安定性モジュールのスイッチを局所的にトリガーするためにターゲットを使用することができ、粒子ＣＳα→βB （「オン」状態になって）上の増幅を観察するからである。ネガティブな制御として、ターゲットがない状態で、両方のＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは５００分以上「オフ」状態に留まる。この結果は、高度に多重化されたアッセイを作成するために異なるターゲット用の他のターゲット変換モジュールを設計するように、拡張され得る。
【0068】
次に、演算の詳細な報告に関して、実施例６を説明する。
【0070】
古典的な（シングルプレックス）ＲＴ−ＰＣＲアッセイ又は等温増幅方法（ＥＸＰＡＲ、ＬＡＭＰ、ＲＣＡ）は、典型的には、ＳｙＢＲＧｒｅｅｎ又はＥｖａｇｒｅｅｎのような二本鎖の選択的染料を使用する蛍光読み出しに依存する。しかし、Ｔａｑｍａｎプローブ及びその派生物のような特異的リポーターは、多重化を可能とするか又はアッセイの特異性を増加させるために使用される。ここで、特異的共存蛍光報告戦略を微小球にサポートされたアッセイに使用することができることを示す。
【0071】
実験：このケースでは、ターゲット特異的分子プログラムと並んで、リポーター鎖がＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅ合成の間に加えられる（図２０Ａ）。このリポーター鎖は、ビオチン部分の前方の５’ｐｏｌｙＴテールを用いて拡張されたステムループ構造からできている。ステムの両方の末端はフルオロフォア及び消光剤を用いて修正される。ループは双安定性モジュールのトリガーに相補的である。一旦トリガーがループに結合すると、ステムは不安定になり、トリガーはポリメラーゼによって延長される。この不可逆ステップがフルオロフォアを消光剤から離間させ、その結果、蛍光放射が強化される。微粒子（ＣＳα→βBR）は、４本鎖プログラム（図２１の表に示される増幅テンプレート、漏出吸収テンプレート、ターゲット変換テンプレート及びリポーター）を用いて機能化される。洗浄後、ＣＳα→βBRは、酵素機構及び０から１０ｎＭまでの範囲の濃度のターゲットαを用いて、４５℃で培養される。その反応は、赤色チャンネル（Ｃｙ５放射蛍光）を通して蛍光顕微鏡によってモニターされる。
【0072】
結果：図２０は、４つの試料（ターゲットの濃度＝０、０．１、１及び１０ｎＭ）についての顕微鏡実験の結果を示す。具体的には、図２０Ａは４本鎖プログラム（ＣＳα→βBR）が埋め込まれたＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅの模式図である。図２０Ｂは染料／消光剤プローブＲβを使用するメカニズムを示す。図２０Ｃは４つの試料について、時間トレース及びエラーバーを示す：ＣＳα→βBRは、反応ミックス及びターゲット（αの０、０．１、１又は１０ｎＭ）と一緒に培養される。そして、図２０Ｄは各試料の１つのＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅについての蛍光像を示す。ターゲットがない状態で、ＣＳα→βBRはオフ状態に留まり、１０００分以上の間低い蛍光水準を示し、リポーターは、粒子に付着していても、性能に影響を与えないことを実証する。我々は、０．１ｎＭのターゲットについて同様の結果（ビーズは「オフ」に留まる）を観察したが、これは、実験中に閾値を超えないことを示唆している。これに反して、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、１及び１０ｎＭのα鎖によってトリガーされる、というポジティブ信号を報告する。この実験において遂行された報告戦略は、いかなる増幅された配列に対しても適用可能な包括的な設計戦略を用いることによって、特異的蛍光信号の生成が可能であることを示す。他の多くの蛍光報告戦略が、アプリオリに、本実施の形態において示された微小球アプローチと互換性があることは、明らかである。
【0073】
次に、本実施の形態が解決する課題に関する検討について述べる。
【0074】
分子プログラミングでは、演算は溶液内に自由に浮かぶ分子によって行われる。望ましくない相互作用が（反応の組み合わせを扱う多くの生体分子プロトコールに見られるように、酵素資源の特定の競合において）起きるかもしれず、複数読み出しが制限されているので、同じ環境での独立した演算の統合は困難である。プログラムされた粒子は、所望の分子プログラムが別々に植え付けられ、個々に演算を行うので、本実施の形態は、従来の溶液ベースのアプローチとは概念的に異なる。それら溶液相のものと比較して、本実施の形態におけるプログラムされた粒子は下記（ａ）〜（ｅ）の利点を提示する：（ａ）分子のプログラムの容易な取り扱い及び蓄積
（ｂ）迅速で簡単なバッファ交換
（ｃ）プログラム再使用性
（ｄ）小型化及び並列化
（ｅ）多重化された動作及びリーディング（例えば、蛍光性バーコードを使用して）
【0075】
他の小型化及び並列化技術は、ほとんど、液滴（非特許文献４４〜４７）又はマイクロチャンバ（非特許文献４８及び４９）内への反応のコンパートメント化を含んでいる。これらの技術は産業的に開発されており、現在では市販されている（液滴に基づいたアッセイ用のＢｉｏｒａｄからのＲａｉｎｄａｎｃｅTM Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ及びＤｒｏｐｌｅｔ ＤｉｇｉｔａｌTMＰＣＲシステム、並びに、個別反応チャンバ内の分析のためのＦｌｕｉｇｄｉｍ（Ｒ）社参照。）。液滴に基づいた技術は、何千から何百万のコンパートメントの急速形成を可能にするが、連続したフロープロセスによって、多くの異なるプログラムが埋め込まれたエマルジョンの同時構成には不適当である。そのような方法は、使用時にマイクロ流体エマルジョンの生成を必要とし、それにより、複雑な装置を必要とし、時間を消費する（チップ製造、試料調製、カプセル化）。その上、多重化は、複数の特異的な光学的に別個のプローブ（別個の蛍光波長又は強度を備えた）を必要とし、市販の液滴技術は読み出しのための限られた数の利用可能な蛍光チャネルしか有していないので、液滴フォーマットにおいて未だに困難である。
【0076】
本実施の形態は、油中水型パーティショニング又は微細加工に関する制約を取り除くものである。代わりに、本実施の形態は、ワンポット合成前の何百万もの「スマート」微小球に、要素の正確な制御及び高い多様性（理論上、どんなＤＮＡプログラムも多孔質粒子上に設計して組み立てることができる）を提供する。多重直交分子プログラムも、並列の粒子機能化、バーコード付与及びその後の一般の試料において使用可能な混合物集団内での貯留のおかげで、可能である。その上、粒子は、非常に安定な構成要素（重合体のマトリックス、ＤＮＡ）のみから成るので、容易に取り扱うことができ、種々の処理又は貯留条件（乾燥、凝固、バッファ交換・・・）に使用し得る。簡単な操作（微小球を試料及び／又は酵素活性を包含する処理バッファと接触させること、一定温度で培養すること、遠心分離すること、洗浄すること、溶液間で微小球を転送すること）だけを行えばよいので、ユーザは、各微小球内で遂行される複雑で並列的な分子プログラムを利用することができる。
【0077】
分子プログラムは、溶液相中での分子プログラミングについて既に実証したように、ノイズをフィルタリングし、検出の所定の閾値を有し、（単一入力の代わりに）複数の入力のパターンを検出し、時間的に画定された反応（単一ピーク、振動）を生成する等を行うように設計することができる。これらの機能のすべては、よりスマートでより効率的な診断ツールを作成するのに有用となり得る。
【0078】
次に、臨床目的等のためのバイオセンシング応用のような、熟慮した応用について説明する。
【0079】
臨床目的のためのバイオセンシング応用：Ｃｉｒｃｕｌａｔｉｎｇ ｆｒｅｅ ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）は、プラズマ中において非常に低い濃度で存在するので、重要ではあるが困難なバイオマーカー候補である。血液サンプル中に存在するマイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）も種々の疾病に関連している。高感度で、特異性があり、ロバストで、安価な検出スキームはそれらを臨床診断にとって価値のあるものとするであろう。
【0080】
例えば、ｍｉＲＮＡの場合、ｍｉＲＮＡ調節の理解の複雑さにもかかわらず、基礎研究は、各組織が異質の生成水準を備える異なるｍｉＲＮＡ配列を示すことを確立した。同様に、各癌疾病は、種々のｍｉＲＮＡ調節解除を含み、特定のｍｉＲＮＡサインを示す。この観察から、ｍｉＲＮＡ発現パターンを明らかにすることができるアッセイを多重化することは、臨床診断、腫瘍の分類及び治療にとって原初のものであるように見える。
【0081】
概念の証明として、本実施の形態では既に、微小球は、特定のトリガー信号がない状態で非常に長い間不活性の状態を維持し、特定のターゲットに曝すと蛍光信号スイッチを入れるようにプログラムされ得ること、及び、これは複数のターゲットについて並行して行われ得ることを実証した。これは、１つの生体試料中の複数のｍｉＲＮＡの同時検出に適用することができ、それにより、腫瘍ｍｉＲＮＡパターンの精密分級を通じてよりロバスト診断を可能にする。分子プログラム技術が増幅閾値を調節することを可能にするので、各粒子の感度を調整することが可能であり、それにより、エンドポイント読み出しのみを使用し、検出の大きなダイナミックレンジを有することは可能である。例えば、同じターゲット用に、１０ナノモルから１ピコモルまでの閾値を備えた１０の異なるタイプのターゲット検出ＣＳ（各々は、容易に識別するための特定のバーコードサインを備える）を合成し、一緒に貯留し、試料をテストするために使用することができるかもしれない。より高い閾値を備えたＣＳがすべてオフに留まる一方で、より低い閾値を備えたＣＳがすべてオンに切り替わるので、読み出された情報は、ターゲットの実際の濃度を明らかにするであろう。
【0082】
次に、本実施の形態の関連性、新規性及び進歩性に関して論考する。
【0083】
複数の命令を必要とする分子プログラムが、統合された多孔質微小球プラットフォーム上に移植され、そこで、各微小球が（酵素活性のセットの存在の下で）自律的なプロセッサとして作用し、多種類が平行して使用され得ることは初めてである。ＤＮＡ装飾粒子に基づいた従来の研究は、たった１つのタイプの装飾鎖を使用した（したがって、一般に、分子プログラムと考えられない）か、又は、実行するためにビーズ間の拡散を必要とした（したがって、自律でない。）。例えば、従来の研究（非特許文献５０）は、演算が別個の粒子（つまり、ドナー及びアクセプタ粒子）のネットワークを通して行われる、ＤＮＡ演算要素による粒子の表面機能化を実証した。これらの粒子は、自律的に感知し、演算し、読み出しを表示することができず、多量の溶液内で集合的に活動するだけである。これに反して、本実施の形態は、メソ多孔質微小球内の感知及び検出モジュールの両方を統合し、これらのモジュールは、各微小球が自律的に感知構成要素（処理バッファに浸されたとき）として活動するように微小球内で局所的に協力する。チャンらは、核酸の検出のために大きなＤＮＡ機能化された磁性粒子の使用を報告した（非特許文献４１）。この研究は、粒子が、基礎的ＥＸＰＡＲ反応を促す単一のＤＮＡ鎖で表面機能化されるという点で、本発明とは基本的に異なる。読み出しは、マイクロ・マニピュレータを備えた落射蛍光顕微鏡の分野でもたらされた単一の微小球の蛍光によって与えられ、したがって、処理能力と多重化において制限される。最近、ユングらは、Ｃａｔａｌｙｔｉｃ Ｈａｉｒｐｉｎ Ａｓｓｅｍｂｌｙを微粒子の表面に適用した（非特許文献５１）。この場合も、粒子表面のＤＮＡ鎖は、１つのタイプのみであって、受動的基板（燃料分子）として活動し、拡散するＤＮＡウォーカー（触媒鎖）が表面に沿って動くことを可能にする。逆に、ここに記載した発明においては、テンプレート鎖（モジュール）は微小球に結合され、燃料分子（ｄＮＴＰｓ）を使用する短いＤＮＡ鎖のオンサイト制作を可能にする。もう１つの基本的な相違は、ユングらにおける触媒反応は非酵素プロセスによって媒介されるのに対して、ＣｏｍｐｕＳｐｈｅｒｅｓは、演算を行う酵素機構との接触を必要とする、ということである。
【0084】
核酸検出に関して、現在の方法は、ノーザンブロッティング、マイクロアレイ、シーケンシング、及び、種々の増幅に基づいた方法（以下に論じる）を含んでいる。学問研究においてまだ広く使用されるノーザンブロッティングは、感度不足に苦しみ、放射性標識ステップを誘発する冗長なプロトコルによって、臨床応用と互換性のない分離性の技術である。マイクロアレイは、その高い並列化キャパシティーによって、代替の検出システムのように見えるが、主として高圧縮固定された捕獲オリゴヌクレオチドへのターゲット配列の交雑に依存しているので、依然として高価で特異性が欠如している。さらに、マイクロアレイは、低レベルのターゲットの検出のための感度が十分ではない。
【0085】
ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）は、温度サイクルを通したターゲット増幅に基づいた分子生物学技術である。この高感度の方法は、少数の最初の分子から、何百万のターゲットＤＮＡ鎖の複製を作成することを可能にする。ｑＰＣＲと命名されたそのリアルタイムの実施は、配列及び変異の臨床的検出のための現在基準である。しかし、それは、プライマーの非特異的結合及び非完全なプライマーテンプレート２本鎖の拡張に起因し、間違った配列の増幅に帰着する特異性の欠如に悩む可能性がある。ｑＰＣＲプロトコールは、特に多重フォーマットで、ケース特異的であり、非常に低い感度に達するために個別の最適化を必要とする。さらに、ＰＣＲは、周期的温度変化、プライマー設計、及び、ＲＮＡ検出の場合には、バイアスを導入するかもしれない、逆転写ステップによる等価な使用可能なＤＮＡへのＲＮＡターゲットの変換を必要とする。
【0086】
等温増幅に基づいた技術は、ＰＣＲに対してより単純な選択肢を提示し、周期的温度変化の必要性を回避する。しかしながら、その技術は、しばしば非特異的増幅に起因するバックグラウンドによって影響を受ける。その結果、不明確な反応は信号を生成しない一方で、わずかなターゲット濃度が検出可能な信号をもたらす時間窓は、典型的に非常に制限されている。したがって、リアルタイムのモニタリングが必要とされ、終点測定（診断目的用の最も便利な読み出し技術）は依然として困難である。特に、複数の試料を同時に解析しなければならない場合、アッセイの非常に正確なタイミングを守ることは非常に問題となり得る。さらに、ＬＡＭＰのように、それらの技術の中で最も高感度なものは、複雑なプライマー設計を必要とし、多重化するのが難しい。
【0087】
ここで示したように、プログラムされた粒子は、複数のコード化するＤＮＡ鎖を使用して、システムを双安定又はほぼ双安定にする可能性のおかげで、非特異性増幅の問題を完全に解決することができる。したがって、バックグラウンド増幅は完全に除去することができる。本実施の形態は、ターゲットがない状態で、プログラムされた粒子がそれらのオフ状態に無期限に留まることを実証する。結果として、従来の方法では困難であった終点測定が可能である。
【0088】
非常に有用な多重の／並列のアッセイを有することは、癌診断に最高に重要になることである。
【0089】
上述のように、本実施の形態は、固体の微小球上にＤＮＡ指令の混合物を付着することによって、分子プログラムが局所的に実行され得ることを示している。特に、必要な酵素、補足因子、燃料及び入力分子を包含する溶液に浸されたとき、事前に画定された分子プログラムを行うことができる、貯蔵可能で、再使用可能で、かつ、プログラムされたビーズを得るために、ＤＮＡ鎖（指令）の混合物を微細なビーズに付着させる。プログラムが局所的に作動するので、同じ溶液内の異なる位置で、同一であるが独立した機能を平行に遂行することができる。これは、試薬コストの著しい低減をもたらすことができる。さらに、あらかじめＤＮＡ指令の異なるセットでプログラムされて一緒に貯留されたビーズを使用することによって、様々な機能を遂行することが可能である。この場合、各タイプのビーズは、それが有するプログラムの識別を可能にする異なるバーコード（例えば、蛍光性ラベルの特定のセット）を備えることができる。
【0090】
本明細書での開示は、上記実施の形態に制限されず、様々に修正及び変更されてもよい。したがって、修正及び変更はこの明細書に添付れた特許請求の範囲の保護の範囲から除外されない。
【産業上の利用可能性】
【0091】
本発明は、分子コンピューティング構成要素及び分子コンピューティングの方法に適用可能である。