【実施例】
【0041】
実施例1
抗体の作製
ヒト末梢抗体を産生する記憶B細胞は、インフォームドコンセントの下で、回復した敗血症患者から、または匿名の血液バンクドナーから取得した。該細胞は、インフルエンザウイルス由来のDNABIIタンパク質に結合する能力を判定するために、CellSpot(商標)アッセイに供した。CellSpot(商標)アッセイは、米国特許第7,413,868号および第7,939,344号に記載されている。全血からB細胞を単離した後、それらをサイトカインとマイトジェンで刺激して、短期間の増殖および抗体分泌を開始させ(約10日間持続する)、アッセイに供するためにプレーティングした;コーディング核酸を抽出して、抗体を組換え的に産生させるために使用した。
【0042】
DNABIIタンパク質またはその断片の少なくとも1つへの結合に基づいて選択された抗体の特性を評価した:TRL295、TRL1012、TRL1068、TRL1070、TRL1087、TRL1215、TRL1216、TRL1218、TRL1230、TRL1232、TRL1242およびTRL1245。親和性は、オン速度(on rate)とオフ速度(off rate)(その比はKdをもたらす)を測定するために、ForteBio(商標)社製のOctet(商標)バイオセンサを用いて測定した。その結果から、高親和性の異種菌株間(cross−strain)結合性抗体を単離するための集中的なスクリーニングの実現可能性が確立される。
【0043】
TRL295 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGNGADSYYADSVKGRFTTSRDKSKNTVYLQMNRLRAEDTAVYYCAKDMRRYHYDSSGLHFWGQGTLVTVSS (配列番号1);
TRL295 軽鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIELTQAPSVSVYPGQTARITCSGDALPKQYAYWYQQKPGQAPVVVIYKDSERPSGISERFSGSSSGTTVTLTISGVQAGDEADYYCQSVDTSVSYYVVFGGGTKLTVL (配列番号2);
【0044】
TRL1012 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFSSYAMSWVRQAPGKGLEWVSAISGNGADSYYADSVKGRFTTSRDKSKNTVYLQMNRLRAEDTAVYYCAKDMRRYHYDSSGLHFWGQGTLVTVSS (配列番号3);
TRL1012 軽鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIMLTQPPSVSAAPGQKVTISCSGSSSNIGTNYVSWFQQVPGTAPKFLIYDNYKRPSETPDRFSGSKSGTSATLDITGLQTGDEANYYCATWDSSLSAWVFGGGTKVTVL (配列番号4);
【0045】
TRL1068 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVESGPGLVKPSETLSLTCRVSGDSNRPSYWSWIRQAPGKAMEWIGYVYDSGVTIYNPSLKGRVTISLDTSKTRFSLKLTSVIAADTAVYYCARERFDRTSYKSWWGQGTQVTVSS (配列番号5);
TRL1068 軽鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIVLTQAPGTLSLSPGDRATLSCRASQRLGGTSLAWYQHRSGQAPRLILYGTSNRATDTPDRFSGSGSGTDFVLTISSLEPEDFAVYYCQQYGSPPYTFGQGTTLDIK (配列番号6);
【0046】
TRL1070 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVQSGGTLVQPGGSLRLSCAASGFTFSYYSMSWVRQAPGKGLEWVANIKHDGTERNYVDSVKGRFTISRDNSEKSLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKYYYGAGTNYPLKYWGQGTRVTVSS (配列番号7);
TRL1070 軽鎖κ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DILMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGIRNDLGWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCLQDYNYPLTFGGGTKVEIKR (配列番号8);
【0047】
TRL1087 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLLESGPGLVRPSDTLSLTCTFSADLSTNAYWTWIRQPPGKGLEWIGYMSHSGGRDYNPSFNRRVTISVDTSKNQVFLRLTSVTSADTAVYFCVREVGSYYDYWGQGILVTVSS (配列番号9);
TRL1087 軽鎖κ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIEMTQSPSSLSASVGDRITITCRASQGISTWLAWYQQKPGKAPKSLIFSTSSLHSGVPSKFSGSGSGTDFTLTITNLQPEDFATYYCQQKWETPYSFGQGTKLDMIR (配列番号10);
【0048】
TRL1215 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVESGTEVKNPGASVKVSCTASGYKFDEYGVSWVRQSPGQGLEWMGWISVYNGKTNYSQNFQGRLTLTTETSTDTAYMELTSLRPDDTAVYYCATDKNWFDPWGPGTLVTVSS (配列番号11);
TRL1215 軽鎖λ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIVMTQSPSASGSPGQSITISCTGTNTDYNYVSWYQHHPGKAPKVIIYDVKKRPSGVPSRFSGSRSGNTATLTVSGLQTEDEADYYCVSYADNNHYVFGSGTKVTVL (配列番号12);
【0049】
TRL1216 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVESGGGVVQPGGSLRVSCAASAFSFRDYGIHWVRQAPGKGLQWVAVISHDGGKKFYADSVRGRFTISRDNSENTLYLQMNSLRSDDTAVYYCARLVASCSGSTCTTQPAAFDIWGPGTLVTVSS (配列番号13);
TRL1216 軽鎖λ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIMLTQPPSVSVSPGQTARITCSGDALPKKYTYWYQQKSGQAPVLLIYEDRKRPSEIPERFSAFTSWTTATLTITGAQVRDEADYYCYSTDISGDIGVFGGGTKLTVL (配列番号14);
【0050】
TRL1218 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLLESGADMVQPGRSLRLSCAASGFNFRTYAMHWVRQAPGKGLEWVAVMSHDGYTKYYSDSVRGQFTISRDNSKNTLYLQMNNLRPDDTAIYYCARGLTGLSVGFDYWGQGTLVTVSS (配列番号15);
TRL1218 軽鎖λ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIVLTQSASVSGSPGQSITISCTGTSSDVGGYNYVSWYQQHPGKAPKLMIYDVTTRPSGVSDRFSGSKSGNTASLTISGLQAEDEADYYCSSYSSGSTPALFGGGTQLTVL (配列番号16);
【0051】
TRL1230 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVQSGGGLVKPGGSLRLSCGASGFNLSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSISSRSSYIYYADSVQGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAIYYCARVSPSTYYYYGMDVWGQGTTVTVSS (配列番号17);
TRL1230 軽鎖λ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIVLTQPSSVSVSPGQTARITCSGDELPKQYAYWYQQKPGQAPVLVIYKDNERPSGIPERFSGSSSGTTVTLTISGVQAEDEADYYCQSADSSGTYVVFGGGTKLTVL (配列番号18);
【0052】
TRL1232 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVESGAEVKKPGALVKVSCKASGYTFSGYYMHWVRQAPGQGLEWMGWINPKSGGTKYAQKFQGRVTMTRDTSISTAYMELSRLRSDDTAVYFCARGGPSNLERFLERLQPRYSYDDKYAMDVWGQGTTVTVSS (配列番号19);
TRL1232 軽鎖κ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIVMTQSPGTLSLSPGARATLSCRASQSVSSIYLAWYQQKPGQAPRLLIFGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGSSPYTFGQGTKLEIKR (配列番号20);
【0053】
TRL1242 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVQSGTEVKKPGESLKISCEGSRYNFARYWIGWVRQMPGKGLDWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVSISADKSISTAYLQWNSLKASDTAMYYCARLGSELGVVSDYYFDSWGQGTLVTVSS (配列番号21);
TRL1242 軽鎖κ可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIVLTQSPDSLAVSLGERATINCKSSQSVLDRSNNKNCVAWYQQKPGQPPKLLIYRAATRESGVPDRFSGSGSGTDFSLTISSLQAEDVAVYFCQQYYSIPNTFGQGTKLEIKR (配列番号22); かつ
【0054】
TRL1245 重鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
QVQLVESGGGLVKAGGSLRLSCVASGFTFSDYYMSWIRQAPGKGLEWISFISSSGDTIFYADSVKGRFTVSRDSAKNSLYLQMNSLKVEDTAVYYCARKGVSDEELLRFWGQGTLVTVSS (配列番号23);
TRL1245 軽鎖可変領域は次のアミノ酸配列を有する:
DIVLTQDPSVSVSPGQTARITCSGDALPKKYAYWYQQKSGQAPVLVIYEDTKRPSGIPERFSGSSSGTVATLTISGAQVEDEADYYCYSTDSSGNQRVFGGGTKLTVL (配列番号24)。
【0055】
TRL295の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtgcagtctgggggaggcttggtacagcctggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctggatttaccttcagtgattatagtatgaactgggtccgccaggctccagggaagggactggaatggctttcatacattagtcacactattactaccatatactacgccgactctgtgaagggccgattcaccatctccagagacaatgccgacagctcactgtatctccaaatgaacagcctgggagacgaggacacggctgtgtattactgtgcgagagctccattagtaaactgtagtactagtggctgccagtccggaagctggttcgacacctggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca (配列番号25);
軽鎖:
gatatcgagctgactcaggcaccctcggtgtcagtgtatccaggacagacggccaggatcacctgctctggagatgcactgccaaagcaatatgcttattggtaccagcagaagccaggccaggcccctgtggtggtgatatataaagacagtgagaggccctcagggatctctgagcgattctctggctccagctcggggacaacagtcacgttgaccatcagtggagtccaggcaggggacgaggctgactattattgtcaatcagttgacaccagtgtttcttattatgtggtcttcggcggagggaccaagttgaccgtccta (配列番号26)
【0056】
TRL1012の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtggagtccgggggaggcttggtacagcctggggggtccctgagactttcctgtgccgcctctggattccccttcagtagttatgccatgagttgggtccgtcaggctccagggaaggggctggagtgggtctcagccatcagtggcaacggcgctgactcatattacgcagactccgtgaagggccgcttcaccacttccagagacaagtccaagaatacagtttatttgcaaatgaacagactcagggccgaggacacggccgtatattactgtgcgaaagatatgcgacggtatcattatgacagtagtggtctgcacttctggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca (配列番号27);
軽鎖:
gatatcatgctgactcagcccccctcagtgtctgcggcccccggacagaaggtcaccatctcctgctctggaagcagctccaacattgggacgaattatgtgtcctggttccagcaggtcccaggaacagcccccaaattcctcatttatgacaattataaacgaccctcagaaactcctgaccgattctctggctccaagtctggcacgtcggccaccctggacatcaccggactccagactggggacgaggccaattattactgcgcaacatgggacagtagcctgagtgcttgggtgttcggcggagggaccaaggtgaccgtcctg (配列番号28)
【0057】
TRL1068の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtggagtccggcccaggactggtgaagccttcggagaccctgtccctcacctgcagggtctctggtgactccaatcggccttcctactggagctggatcaggcaggccccagggaaggcaatggagtggataggttatgtctatgacagtggggtcaccatctacaatccctccctcaagggtcgagtcacaatatcactagacacgtcgaagacgcggttctccctgaaactgacctctgtgatcgctgcggacacggccgtatattattgtgcgcgagaacgttttgatcggacatcgtataagagttggtggggccagggaacgcaggtcaccgtctcctca (配列番号29);
軽鎖:
gatatcgtgctgactcaggccccaggcactctgtctttgtctccaggggacagagccaccctctcctgtagggccagtcagcgtcttggcggcacgtccttagcctggtaccagcacagatctggccaggctcccaggctcatcctctacggaacttcaaacagggccactgacacccctgacaggtttagtggcagtgggtctgggacagacttcgttctcaccatcagttccctggagcctgaagattttgcagtgtattactgtcagcaatatggcagcccaccgtacacttttggccaggggaccactctggacatcaaa (配列番号30)
【0058】
TRL1070の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtgcagtctgggggaaccttggtccagccgggggggtccctgagactctcctgtgcagcctctggattcacctttagttactactcgatgagctgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtggccaacataaagcacgatggaactgagagaaattatgtggactctgtgaagggccgattcaccatctccagagacaacagcgagaagtctctttacctgcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggctgtgtattactgtgcgaagtattattatggtgccgggactaattatccccttaagtactggggccagggaacccgggtcaccgtctcctca (配列番号31);
軽鎖:
gatatcctgatgacccagtctccatcctccctgtctgcatctgtaggagacagagtcaccatcacttgccgggcaagtcagggcattagaaatgatttaggctggtatcagcagaaaccagggaaagcccctaagctcctgatctatgctgcatccagtttacaaagtggggtcccatcaaggttcagcggcagtggatctggcacagatttcactctcaccatcagcagcctgcagcctgaagattttgcaacttattactgtctacaagattacaattacccgctcactttcggcggagggaccaaggtggagatcaaacga (配列番号32)
【0059】
TRL1087の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctgctcgagtcaggcccaggcctggttaggccctcggacaccctgtccctcacctgcactttttccgctgacctcagcaccaacgcctattggacctggatccggcagcccccaggaaagggactggagtggattggctatatgtctcatagtgggggaagggattacaatccctccttcaaccggcgagtcaccatttcagtggacacgtcgaagaaccaggttttcttgaggctgacgtcagtgacctctgcggacacggccgtctatttctgtgtgagagaagtcggcagttactacgactactggggccagggaatcctggtcaccgtctcctca (配列番号33);
軽鎖:
gatatcgagatgacccagtctccatcctctttgtctgcatctgtcggagacagaatcaccatcacttgtcgggcgagtcagggtattagcacctggttagcctggtatcagcagaaaccggggaaagcccctaagtccctgatcttttctacgtccagcctgcatagtggggtcccctcaaagttcagcggcagtgggtctgggacagacttcactctcaccatcaccaacctgcagcctgaagattttgcaacttattactgccaacagaaatgggagaccccttatagttttggccaggggaccaagctggacatgatacga (配列番号34)
【0060】
TRL1215の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtggagtctggaactgaggtgaagaaccctggagcctcagtgaaggtctcctgcacggcctctggttacaaatttgacgaatatggtgtcagttgggtgcgacagtcccctggacaaggacttgagtggatgggatggatcagtgtttataatggcaagacaaactatagccagaactttcagggcagactcaccctgaccacagagacatccaccgacacagcctacatggagcttacgagcctcagacctgacgacacggccgtctattactgtgcgacagacaaaaactggttcgacccctggggcccgggaaccctggtcaccgtctcctca (配列番号35);
軽鎖:
gatatcgtgatgacccagtctccctccgcgtccgggtctcctggacagtcaatcaccatctcctgcactggaaccaacactgattataattatgtttcctggtaccagcaccaccccggcaaagcccccaaagtcattatttatgacgtcaaaaagcggccctcgggggtccctagtcgcttctctggctccaggtctggcaacacggccaccctgaccgtctctgggctccagactgaggatgaggctgattattattgtgtctcatatgcagacaacaatcattatgtcttcggaagtgggaccaaggtcaccgtcctg (配列番号36)
【0061】
TRL1216の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtggagtccgggggaggcgtggtccagcctggagggtccctgagagtctcctgtgcagcctctgcgttcagtttcagggattatggcatacactgggtccgccaggctccaggcaaggggctgcaatgggtggcggttatttcacatgatggaggtaagaaattctatgcagactccgtgaggggccgattcaccatctccagagacaattccgagaacacactgtatctccaaatgaacagcctgagatctgacgacacggctgtctattactgtgcgaggctcgttgccagttgcagtggttccacctgcacaacgcaacctgctgcctttgacatttggggcccagggacattggtcaccgtctcttca (配列番号37);
軽鎖:
gatatcatgctgactcagccgccctcggtgtcagtgtccccaggacaaacggccaggatcacctgctctggagatgcattgccaaaaaaatatacttattggtatcagcagaagtcaggccaggcccctgttctgctcatctatgaggacaggaaacgaccctccgagatccctgagagattctctgccttcacctcatggacgacggccaccttgactatcactggggcccaggtgagagatgaagctgactactactgttattcaacagacatcagtggtgatataggagtgttcggcggagggaccaagctgaccgtccta (配列番号38)
【0062】
TRL1218の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
gatatcgtgctgactcagtcggcctccgtgtctgggtctcctggacagtcgatcaccatctcctgcactggaaccagcagtgacgttggtggatataactatgtctcctggtaccaacaacacccaggcaaagcccccaaactcatgatttatgatgtcactactcggccttcaggggtttctgatcgcttctctggctccaagtctggcaacacggcctccctgaccatctctgggctgcaggctgaggacgaggctgattattattgcagctcatattcaagcggctccacacctgctctgtttggggggggcacccagctgaccgtcctc (配列番号39);
軽鎖:
gatatcgtgctgactcagtcggcctccgtgtctgggtctcctggacagtcgatcaccatctcctgcactggaaccagcagtgacgttggtggatataactatgtctcctggtaccaacaacacccaggcaaagcccccaaactcatgatttatgatgtcactactcggccttcaggggtttctgatcgcttctctggctccaagtctggcaacacggcctccctgaccatctctgggctgcaggctgaggacgaggctgattattattgcagctcatattcaagcggctccacacctgctctgtttggggggggcacccagctgaccgtcctc (配列番号40)
【0063】
TRL1230の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtgcagtctgggggaggcctggtcaagcctggggggtccctgagactctcctgtggagcctctggatttaacctcagtagttatagcatgaactgggtccgccaggctccagggaaggggctggagtgggtctcatccattagtagtagaagtagttacatatactatgcagactcagtgcagggccgattcaccatctccagagacaacgccaagaactcactgtatctgcaaatgaacagcctgagagccgaggacacggctatatattactgtgcgagagtatctccgtccacctattattattatggtatggacgtctggggccaagggaccacggtcaccgtctcctca (配列番号41);
軽鎖:
gatatcgtactcactcagccgtcctcggtgtcagtgtccccaggacagacggccaggatcacctgctctggagatgaattgccaaagcaatatgcttattggtaccagcagaagccaggccaggcccctgtgttggtaatatataaagacaatgagaggccctcagggatccctgagcgattctctggctccagctcagggacaacagtcacgttgaccatcagtggagtccaggcagaagacgaggctgactattactgtcaatcagcagacagtagtggtacttatgtggtgttcggcggagggaccaagctgaccgtccta (配列番号42)
【0064】
TRL1232の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtggagtctggggctgaggtgaagaagcctggggccttagtgaaggtctcctgcaaggcttctggatacaccttcagcggctactatatgcactgggtgcgacaggcccctggacaagggcttgagtggatgggatggatcaaccctaagagtggtggcacaaagtatgcacagaagtttcagggccgggtcaccatgaccagggacacgtccatcagcacagcctacatggagttgagcaggctaagatctgacgacacggccgtgtatttctgtgcgagaggcggaccttcaaatttggaacgatttttggagaggttacaaccccgctacagttacgacgacaagtatgctatggacgtctggggccaagggaccacggtcaccgtctcctca (配列番号43);
軽鎖:
gatatcgtgatgacccagtctccaggcaccctgtctttgtctccaggggcaagagccaccctctcctgcagggccagtcagagtgttagcagcatctatttagcctggtaccagcagaaacctggccaggctcccaggctcctcatctttggtgcatccagcagggccactggcatcccagacaggttcagtggcagtgggtctgggacagacttcactctcaccatcagcagactggagcctgaagattttgcagtgtattactgtcagcagtatggtagctcaccgtacacttttggccaggggaccaagctggagatcaaacgaa (配列番号44)
【0065】
TRL1242の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtgcagtctggaacagaagtgaaaaagcccggggagtctctgaagatctcctgtgagggttctcgatacaactttgccaggtactggatcggctgggtgcgccagatgcccggaaaaggcctggactggatggggatcatctatcctggtgactccgataccagatacagcccgtccttccaaggccaggtcagcatctcagccgacaagtccatcagtaccgcctacctgcagtggaacagcctgaaggcctcggacaccgccatgtattattgtgcgagacttgggagcgagcttggagtggtctctgattattactttgactcctggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca (配列番号45);
軽鎖:
gatatcgtgttgactcagtctccagactccctggctgtgtctctgggcgagagggccaccatcaactgcaagtccagccagagtgttttagacaggtccaacaataagaactgtgtagcttggtaccagcagaaaccgggacagcctcctaaactgctcatttaccgggctgctacccgggaatccggggtccctgatcgattcagtggcagcgggtctgggacagacttcagtctcaccatcagcagcctgcaggctgaagatgtggcagtttatttctgtcagcaatattatagtattccgaacacttttggccaggggaccaagctggagatcaaacga (配列番号46)
【0066】
TRL1245の可変領域をコードするヌクレオチド配列は次のとおりである:
重鎖:
caggtgcagctggtggagtctgggggaggcttggtcaaggctggagggtccctgagactctcctgtgtagcctctggattcaccttcagcgactactacatgtcctggattcgccaggctccagggaaggggctggagtggatttcatttattagtagtagtggtgataccatattttacgcagactctgtgaagggccgattcaccgtctccagggacagcgccaagaactcactgtatcttcaaatgaacagcctgaaagtcgaggacacggccgtgtattactgtgcgaggaagggggtgtccgacgaggaactactgcgcttctggggccagggaaccctggtcaccgtctcctca (配列番号47);
軽鎖:
gatatcgtgctgactcaggacccctcggtgtcagtgtccccaggacaaacggccaggatcacctgctctggagatgcattgccaaaaaaatatgcttattggtaccagcagaagtcaggccaggcccctgtgctggtcatctatgaggacaccaaacgaccctccgggatccctgagagattctctggctccagctcagggacagtggccaccttgactatcagtggggcccaggtggaggatgaagctgactactattgttactcaacagacagcagcggtaatcagagggtattcggcggagggaccaagctgaccgtccta (配列番号48)
【0067】
実施例2
親和性の測定
アッセイ法の実施には、約1mgのIHFを必要とした。IHFを細菌において発現させるのは困難である(それは遺伝子調節に係る二重機能を有しており、高レベルを発現する細菌に毒性をもたらすからである)。したがって、mAb探索に十分な量の物質を細菌供給源から取得することは、困難(かつ高価)である。そのため、該タンパク質をHEK293(哺乳動物)細胞において発現させ、精製を容易にするためにポリヒスチジンタグを用いた。黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus (Sa))、緑膿菌(Pseudomonas aeruginosa (Pa))、肺炎桿菌(Klebsiella pneumoniae (KP))およびインフルエンザ菌(Haemophilus influenzae (Hi))からのホモログは、すべてこの方法で調製した。これらの4種は、DNABIIファミリーの配列の多様性のかなりの部分にわたっているので、特に有用である。
【0068】
TRL295は、インフルエンザ菌のIHFペプチドに高い親和性で結合し、さらに追加の細菌種からのIHFに結合することが示された。
【0069】
以下の表は、さまざまな細菌種由来の種々のIHFおよびHUタンパク質のインフルエンザ菌に対する同一性の程度を示している。
【0070】
【表1】
【0071】
さらに、TRL295の高親和性結合は、以下に示すように、pHが生理的pH(pH7.5)からpH4.5に低下したときでさえ、保持されることが示された。
【0072】
【表2】
【0073】
細菌は、免疫系の攻撃を阻止する方法として、局所微小環境のpHを低下させる乳酸を分泌することが多いことから、この結果は重要である。
【0074】
以下の表は、種々のDNABIIタンパク質の結合を測定するためのELISAアッセイを行った結果を示す。数字は、TRL1068との比較のために有用なOD値を表す−より高い数値はより高い結合親和性を表す。TRL1068は、4種すべてのホモログに対して同様の結合を示すが、BSAに対しては低い結合を示し、TRL1215も同様である。略語は次のとおりである:
Hi=インフルエンザ菌;Kp=肺炎桿菌;
Pa=緑膿菌;Sa=黄色ブドウ球菌
【0075】
【表3】
【0076】
標的タンパク質に対するTRL1068の親和性は、ForteBio社製Octet(商標)バイオセンサモデルQK(Pall Corporation; Menlo Park, CA)を用いて直接測定し、オン速度とオフ速度の比を測定する標準的な方法によりKdを求めた(Ho D,et al.,BioPharm.International(2013)48−51)。その値は次のとおりであった:黄色ブドウ球菌(Sa)に関して1nM、緑膿菌(Pa)に関して1nM、肺炎桿菌(Kp)に関して7nM、およびインフルエンザ菌(Hi)に関して350nM。
【0077】
実施例3
集中的mAb探索のためのエピトープ選択
抗原性(抗体応答の誘導)の可能性を分析するためのコンピュータによる方法は、当技術分野で公知である(BMC Bioinformatics(2008)9:514中でJ.Ponomarenkoらによってレビュー)。これらの発表された方法の改良法を用いて、インフルエンザ菌由来のIHFについて、プロテイン・データ・バンクで見出された公開構造(pdb 1OWF)に基づく構造モデルから可能性のあるエピトープのマップを作成した(
図1B)。
図1Aの表示では、それぞれ11アミノ酸セグメントの中点の残基に数値を割り当てた。0.9以上の数値は、抗体結合を起こす可能性が高い領域を示す。
【0078】
3つの領域が抗体によって認識される可能性が高いとして同定された:領域10−25、56−78、および86−96。
【0079】
図2に示すように、IHFタンパク質の残基56−78の領域は、複数の臨床的に重要な細菌種間で実質的に保存されている。複数の種由来のIHFの構造モデリングから、相同性は、特にDNA結合領域において、高いことが確認された(Swinger,K.K.,et al.,Current Opinion in Structural Biology(2004)14:28−35)。この最適な領域と部分的にしか重複しないペプチドは、関連する三次元構造に自然発生的に折りたたまれにくく、かつ、その立体構造に固定するために化学的に架橋することもより困難である。このようにして天然のタンパク質に忠実となるように最適化することは、mAb探索および免疫原としての該ペプチドの使用のどちらにも有利である。
【0080】
上述したように、このようにして同定されたエピトープは、インフルエンザ菌IHFの10−25番目:IEYLSDKYHLSKQDTK (配列番号49);インフルエンザ菌IHFの56−78番目:RDKSSRPGRNPKTGDVVAASARR (配列番号50);およびインフルエンザ菌IHFの86−96番目:QKLRARVEKTK (配列番号51)である。
【0081】
図3Aは、DNAと複合体化したIHF二量体のコンピュータによる構築を示す。本発明のB細胞エピトープは
図3Bに示される。
図3Aは、結合した場合、エピトープがDNAによって部分的にマスクされることを示す。しかし、露出した場合には、該タンパク質のこれらの部分は、それらに結合可能な高親和性の抗体を生成させることができ、バイオフィルムの形成を防止し、またはDNABIIタンパク質が抗体によって隔離されるので確立されたバイオフィルムの構造的完全性を失わせることが可能である。DNABIIタンパク質上の他の部位もまた、バイオフィルムの構成要素に対する該タンパク質の親和性と比較して、より高い親和性のmAbによる結合により、バイオフィルムから該タンパク質を引き抜きくことを達成するのに十分でありうる。
【0082】
実施例4
インビトロ生物活性評価
TRL1068は、Innovotech社(Edmonton,Alberta;カナダ)からの市販のアッセイを用いて生物活性について試験した。バイオフィルムは、緑膿菌(ATCC 27853)または黄色ブドウ球菌(ATCC 29213)を含む培地に曝した96ウェルマイクロプレートフォーマットのピン上に複数を複製するよう形成させた。バイオフィルムの形成後、ピンを、非免疫性のアイソタイプ対照mAb、または1.2μg/mL(約10nM)のTRL1068で異なるウェルを12時間処理した。
図4の処理表面の走査型電子顕微鏡写真から明らかなように、TRL1068は、バイオフィルムを溶解させるのに非常に有効であった。これらの結果から、このmAbはバイオフィルムを分解することができ、それによって付着した細菌を除去することが立証される。
【0083】
実施例5
インビボ生物活性評価
いくつかの動物モデルが活性の評価のために存在する。例えば、バーゼル大学病院(University Hospital Basel(スイス))では、移植補綴物上のバイオフィルムのためのモデルは、テフロン(登録商標)組織ケージ(Angst+Pfister社;チューリッヒ,スイス)をBALB/cマウスに皮下移植し、次いで該マウスを2週間治癒させることを含む。ケージから流体を抽出することによってケージの無菌性を確認した後、その部位に、周術期感染を模倣する接種材料として4×10
3CFU(コロニー形成単位)の黄色ブドウ球菌(ATCC 35556)を感染させる。24時間後、その部位に薬物を注入する。72時間後、マウスを屠殺して、組織ケージを回収する。血液寒天上にプレーティングすることによって生菌をカウントする(Nowakowska J.,et al.,Antimicrob Agents Chemother(2013)57:333)。
【0084】
2番目の例は、心臓弁上にバイオフィルムを誘導することを含むモデルであり、自然発症弁心内膜炎を模倣するものである(Tattevin P.,et al.,Antimicrob Agents Chemother(2013)57:1157)。ニュージーランド白ウサギに麻酔をかける。右頸動脈を切断し、大動脈弁を横切ってポリエチレンカテーテルを配置し、所定の位置に固定する。24時間後、1mLの生理食塩水と8×10
7CFUの黄色ブドウ球菌をカテーテルから注入すると、動物の95%においてバイオフィルム感染を誘導する。薬物(抗バイオフィルムおよび抗生物質)を静脈内投与し、4日後に組織病理および血中細菌レベルにより有効性を評価する。