【実施例】
【0154】
本明細書に記載される化合物は、本明細書に含まれる教示及び当該技術分野で知られる合成手順に基づくいくつかの方法によって調製することができる。以下に記載される合成方法の説明において、溶媒の選択、反応雰囲気、反応温度、実験期間、及びワークアップ手順を含む、提案される反応条件は全て、別段の指示がない限り、その反応に関して標準的な条件であるように選択され得ると理解されるものとする。分子の様々な部分に存在する官能基が、提案される試薬及び反応と適合性である必要があることは、有機合成の当業者には理解されている。反応条件と不適合の置換基は当業者に明らかであり、したがって代替の方法が示される。実施例のための出発材料は、市販であるか、既知の材料から標準的方法によって容易に調製されるかのいずれかである。
【0155】
以下のパラメータを用い、Waters Acquity UPLC/SQD2質量分析計で液体クロマトグラフィ質量分析(LCMS)を行った:カラム:ACE Excel 2 SuperC18、長さ:100mm、直径:2.1mm、孔径:2.0μm、カラム温度:40℃、試料温度:25℃または37℃。勾配溶離方法及び移動相溶離液を以下に示す。
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【0156】
酸性移動相の溶離液は、溶媒A(0.1%ギ酸水溶液、pH=2.6)及び溶媒B(0.1%ギ酸アセトニトリル溶液、pH=2.6)であった。
【0157】
塩基性移動相の溶離液は、溶媒A(0.1% NH
4OH水溶液、pH=10.63)及び溶媒B(100%アセトニトリル)であった。
【0158】
中性移動相の溶離液は、溶媒A(5mMギ酸アンモニウム水溶液、pH=7.7)及び溶媒B(100%アセトニトリル)であった。
【0159】
わずかに酸性の移動相の溶離液は、溶媒A(10mM酢酸アンモニウム水溶液、pH=6.33)及び溶媒B(100%アセトニトリル)であった。
【0160】
ChromScopeソフトウェアを使用し、UV/Vis検出器、2545 Binary Gradient Module、及びWaters Fraction Collector IIIを備えたWaters 2489 HPLCで、分取高速液体クロマトグラフィ(HPLC)を以下の条件下で行った:分取カラム:XBridge Prep C18 5mm;OBD 19×250mmカラム;カラム温度:25℃;試料温度:25℃。中性移動相の溶離液は、溶媒A(10mM炭酸水素アンモニウム水溶液、5%アセトニトリル、pH=7.4、脱気済み)及び溶媒B(100%アセトニトリル、脱気済み)であった。勾配溶離方法及び移動相溶離液を以下に示す。
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実施例1及び実施例6:
【化42】
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4−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ブタン−1−オール[実施例6]:
【化43】
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【0161】
4−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ブタン酸(1g、3.37mmol)のTHF溶液(20mL)に、ボラン−DMS(0.96mL、10.1mmol)を窒素雰囲気下において室温において滴下投入し、1時間さらに撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜15%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、805mg(85%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.49(d、J=3.42Hz、2H)、7.28−7.40(m、3H)、4.24(t、J=4.40Hz、1H)、3.31(d、J=5.38Hz、2H)、1.21−1.44(m、4H)、0.43−0.51(m、2H)、0.26(s、6H)、0.00(s、6H)。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.54(d、J=3.42Hz、2H)、7.35−7.40(m、3H)、3.17(q、J=6.68Hz、2H)、1.94(s、3H)、1.43−1.52(m、2H)、0.47−0.55(m、2H)、0.33(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES
+):m/z=263.91[M−18];LCMS:t
R=3.71分。
4−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ブタン酸[実施例1]:
【化44】
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【0162】
4−(クロロジメチルシリル)ブタン酸(2.3g、12.7mmol)のアセトニトリル溶液(115mL)に、ジメチル(フェニル)シラノール(969mg、6.36mmol)を投入し、室温で2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテル(40mL)中に溶解させ、濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、40〜70%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、900mg(24%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=11.91(br.s、1H)、7.46−7.51(m、2H)、7.28−7.37(m、3H)、2.15(t、J=7.09Hz、2H)、1.42−1.53(m、2H)、0.44〜0.52(m、2H)、0.25(s、6H)、〜0.03(s、6H)。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.54(d、J=3.42Hz、2H)、7.33−7.41(m、3H)、2.35(t、J=7.34Hz、2H)、1.66(td、J=7.70、15.90Hz、2H)、0.54−0.63(m、2H)、0.32(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES+):m/z=295.00[M〜H];LCMS:t
R=2.13分。
4−(クロロジメチルシリル)ブタン酸(2):
【化45】
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【0163】
4,4’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)二酪酸(2g、6.52mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(60mL)を、室温で2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、2.35gの粗製化合物を無色の油としてもたらした。この粗製化合物を、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=2.22(t、J=7.09Hz、2H)、1.50−1.55(m、2H)、0.45−0.56(m、2H)、0.05(s、6H)。
実施例2及び実施例3:
【化46】
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4−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ブタンアミド[実施例2]:
【化47】
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【0164】
化合物1(3.0g、9.8mmol)のジオキサン溶液(7mL)に、HCl−ジオキサン溶液(5N、5mL)を室温で添加した。この反応混合物を2時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去した。この残渣をACN(5mL×2)と共沸させて過剰な酸を除去し、次にACN(4mL)中に溶解させ、クロロジメチルフェニルシラン(5.0g、29.4mmol)及びH
2O(0.5mL)を順に添加した。この反応混合物を室温で2時間撹拌し、次に濃縮させた。この粗製生成物を分取HPLCによって精製して、350mg(10%収率)の表題化合物を得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d6):δ7.45〜7.50(m、2H)、7.32〜7.40(m、3H)、7.16(bs、1H)、6.65(bs、1H)、1.98(t、J=8.2Hz、2H)、1.45(m、2H)、0.45(m、2H)、0.25(s、6H)、0.00(s、6H)。C
14H
25NO
2Si
2のESI。実測値296.33[M+H]
+。
4,4’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ジブタンアミド(1)
【化48】
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【0165】
1,3−ビス(3−カルボキシプロピル)テトラメチルジシロキサン(3.06g、9.8mmol)及び塩化アンモニウム(1.3g、29.8mmol)のDMF溶液(50mL)に、HATU(9.3g、29.8mmol)を室温で添加した。DIPEA(3〜5mL)でpHを8〜9に調整し、次にこの反応混合物を室温で12時間撹拌し、次に水(200mL)でクエンチした。この混合物を3時間撹拌し、次に濾過した。固体を収集し、水(20mL×5)で洗浄し、乾燥させ、濃縮乾固させた。この粗製生成物をシリカゲル(DCM:MeOH=20:1〜10:1)でのカラムクロマトグラフィによって精製して、5.1g(約100%収率)の表題化合物を得た。
メチル4−(3−(4−アミノ−4−オキソブチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ベンゾエート[実施例3]:
【化49】
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【0166】
化合物2(3.0g、11.2mmol)と1,3−ビス(3−カルボキシプロピル)テトラメチルジシロキサン(3.4g、11mmol)との混合物のジオキサン溶液(5mL)に、HCl−ジオキサン溶液(5N、10mL)を室温で添加した。この反応混合物を2時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、この残渣をMeCN(10mL)中に溶解させ、続いてH
2O(約0.5mL)を添加した。この混合物を3時間撹拌した。溶媒を真空中で濃縮させ、この粗製生成物を分取HPLCによって精製して、500mg(12%収率)の表題化合物を得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d6):δ7.90(d、J=8.4Hz、2H)、7.63(d、J=8.4Hz、2H)、7.17(bs、1H)、6.65(bs、1H)、3.81(s、3H)、1.94(m、2H)、1.45(m、2H)、0.45(m、2H)、0.25(s、6H)、0.00(s、6H)。C
16H
27NO
4Si
2のESI。実測値354.73[M+H]
+。
実施例4及び実施例18:
【化50】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例4]:
【化51】
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【0167】
N−(3−(クロロジメチルシリル)プロピル)アセトアミド(3g、15.4mmol)のアセトニトリル溶液(150mL)に、ジメチル(フェニル)シラノール(1.17g、7.74mmol)を投入し、室温で2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテル中に溶解させ、濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、40〜70%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、2g(42%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.74(br.s、1H)、7.46−7.51(m、2H)、7.31−7.37(m、3H)、2.92(q、J=6.68Hz、2H)、1.73(s、3H)、1.34(td、J=7.70、15.90Hz、2H)、0.41−0.48(m、2H)、0.26(s、6H)、0.00(s、6H)、
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.54(d、J=3.42Hz、2H)、7.35−7.40(m、3H)、3.17(q、J=6.68Hz、2H)、1.94(s、3H)、1.43−1.52(m、2H)、0.47−0.55(m、2H)、0.33(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES+):m/z=310.00[M+H]
+;LCMS:t
R=3.08分。
N−(3−(クロロジメチルシリル)プロピル)アセトアミド(2):
【化52】
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【0168】
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(2.6g、7.81mmol)のジオキサン:HCl溶液(4M、78mL)を、室温で2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、3.02gの粗製化合物を無色の油としてもたらした。この粗製化合物を、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.89(br.s、1H)、2.99(d、J=5.38Hz、2H)、1.80(s、3H)、1.39(td、J=7.83、15.65Hz、2H)、0.44−0.50(m、2H)、0.05(s、6H)。
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド[実施例18]:
【化53】
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【0169】
0℃の3,3’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−1−アミン)(2g、8.04mmol)のジエチルエーテル溶液(100mL)に、トリエチルアミン(2.8mL、20.1mmol)及び塩化アセチル(1.4mL、19.2mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。沈殿した固体を濾過し、ジエチルエーテルで洗浄し、この濾液を真空中で濃縮させ、2.67gの表題化合物を無色の油としてもたらした。この粗製化合物を、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.77(br.s、2H)、2.94(d、J=6.36Hz、4H)、1.69−1.83(m、6H)、1.35(d、J=6.85Hz、4H)、0.36−0.50(m、4H)、0.00(s、12H)、
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=6.04(br.s、1H)、3.21(q、J=6.68Hz、4H)、1.93−2.07(m、6H)、1.53(td、J=7.83、15.65Hz、4H)、0.46−0.55(m、4H)、0.05(s、12H);MS(ESMS+):m/z=355.05[M+Na]
+;ESMS:t
R=0.13分、m/z=377.00[M+2Na]
+;ESMS:t
R=0.15分;MS(ES
+):m/z=333.00[M+H]
+;LCMS:t
R=2.07分。
合成スキーム:実施例5及び実施例91
【化54】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−((チアゾール−2−イルチオ)メチル)ジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例5]:
【化55】
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【0170】
2−(((3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)チアゾール(1g、3.210mmol)及びN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(1.03g、3.210mmol)の4M HCl−ジオキサン溶液(20mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体5及び6をもたらした。中間体5と6との混合物をアセトニトリル(20mL)中に溶解させ、続いて水(0.23mL、12.86mmol)、DIPEA(3.34mL、19.29mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、535mg(46%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.76(br.s、1H)、7.66(d、J=3.42Hz、1H)、7.60(d、J=3.42Hz、1H)、2.96(q、J=6.52Hz、2H)、1.75(s、3H)、1.32−1.42(m、2H)、0.44−0.50(m、2H)、0.17(s、6H)、0.05(s、6H)2Hプロトンは溶媒ピークで統合した。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.64(d、J=2.45Hz、1H)、7.20(d、J=2.93Hz、1H)、3.22(q、J=6.68Hz、2H)、2.50(s、2H)、1.96(s、3H)、1.60−1.65(m、2H)、0.51−0.59(m、2H)、0.23(s、6H)、0.10(s、6H)、MS(ES
+):m/z=363.05[M+H]
+;LCMS:t
R=3.16分。
2−(((3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)チアゾール[実施例91]:
【化56】
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【0171】
チアゾール−2−チオール(2g、17.09mmol)のアセトニトリル溶液(50mL)に、炭酸カリウム(4.7g、34.18mmol)及び1,3−ビス(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5.92g、25.64mmol)を室温で添加した。この反応混合物をさらに60℃に加熱し、1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜20%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、3.4g(65%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.68(d、J=3.42Hz、1H)、7.61(d、J=3.42Hz、1H)、2.87(s、2H)、2.53(s、2H)、0.21(s、6H)、0.17(s、6H);MS(ES
+):m/z=312.00[M+H]
+;LCMS:t
R=4.15分。
実施例7、実施例22、実施例23、及び実施例25:
【化57】
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4−(3−(4−エトキシ−4−オキソブチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸[実施例7]:
【化58】
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【0172】
化合物1(1.6g、5.5mmol)と実施例25(2.01g、5.5mmol)との混合物のジオキサン溶液(5mL)に、HCl−ジオキサン溶液(5N、5mL)を室温で添加した。この混合物を2時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、この残渣をACN(5mL×2)と共沸させて過剰な酸を除去し、次にACN(4mL)中に溶解させ、続いて5滴の水(約0.2mL)を添加した。この混合物を0.5時間撹拌した。この反応をLC−MS分析によって完了した。得られた混合物をEtOAc(50mL)で溶出させ、次にブライン(30mL×3)で洗浄し、乾燥させ、濃縮乾固させた。この残渣をシリカゲル(ヘキサン:EtOAc=10:1〜5:1)でのカラムクロマトグラフィによって精製して、所望の化合物(750mg、41%収率)を得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ4.07(m、2H)、2.30(m、2H)、2.26(m、2H)、1.57〜1.63(m、4H)、1.19(m、3H)、0.45〜0.53(m、4H)、0.01〜0.09(m、12H)。C
14H
30O
5Si
2のESI。実測値357.32[M+Na]
+
4−(3−(4−(ベンジルオキシ)−4−オキソブチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸[実施例22]:
【化59】
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【0173】
実施例6と同じ手順に従って、化合物1及び実施例23から化合物実施例22(890mg、55%収率)を調製した。
1H NMR(300MHz、CDCl3):δ7.36(m、5H)、5.14(s、2H)、2.36〜2.43(m、4H)、1.64〜1.69(m、4H)、0.52〜0.59(m、4H)、0.04〜0.09(m、12H)。C19H32O5Si2のESI。実測値395.5[M−H]−
ジベンジル4,4’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ジブチレート[実施例23]:
【化60】
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【0174】
化合物1(2.01g、6.5mmol)のACN溶液(20mL)に、K
2CO
3(1.80g、13mmol)を室温で添加した。この混合物を60℃で1時間加熱還流した。この混合物にnBr(2.20g、13mmol)を添加し、もう1時間還流した。この反応物を室温に冷ました後、固体を濾過した。濾液をEtOAc(50mL)で希釈し、ブライン(50mL×2)で洗浄し、無水Na
2SO
4で乾燥させた。溶媒を減圧下で除去した。粗製生成物をシリカゲル(ヘキサン:EtOAc=100:1〜80:1)でのカラムクロマトグラフィによって精製して、所望の生成物(2.41g、75%収率)を得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ7.30(m、10H)、5.07(s、4H)、2.33(m、4H)、1.62(m、4H)、0.48(m、4H)、0.01(m、12H)。C
26H
38O
5Si
2のESI。実測値509.5[M+Na]
+
ジエチル4,4’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ジブチレート[実施例25]:
【化61】
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【0175】
化合物1(4.00g、13mmol)のACN溶液(40mL)に、K2CO3(3.62g、26mmol)を室温で添加した。この混合物を60℃で還流させながら加熱し、1時間撹拌した。この混合物を40℃に冷まし、ヨードエタン(4.10g、26mmol)を慎重に添加した。この反応混合物を還流させながらさらに加熱し、2時間撹拌した。この反応混合物を室温に冷まし、次に濾過して固体を除去した。この濾液を濃縮乾固させた。この残渣をシリカゲル(ヘキサン:EtOAc=80:1)でのカラムクロマトグラフィによって精製して、所望の生成物(600mg、12%収率)を得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ4.06(m、4H)、2.26(m、4H)、1.59(m、4H)、1.20(m、4H)、0.89(m、12H)。C
16H
34O
5Si
2のESI。実測値385.29[M+Na]
+
実施例8:
【化62】
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2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン[実施例8]:
【化63】
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【0176】
ピリミジン−2−チオール(2g、17.8mmol)のアセトニトリル溶液(60mL)に、炭酸カリウム(3.69g、26.7mmol)及び1−(クロロメチル)−1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサン2(3.86g、19.6mmol)を室温で投入し、3時間にわたって55℃にさらに加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテルで希釈し、15分間撹拌した。沈殿した固体を濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3g(62%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.55(d、J=4.89Hz、2H)、7.12(t、J=4.65Hz、1H)、2.31(s、2H)、0.09(s、6H)、0.00(s、9H);MS(ES
+):m/z=273.05[M+H]
+;LCMS:t
R=3.46分。
実施例9:
【化64】
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2 4,6−ジメチル−2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン[実施例9]:
【化65】
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【0177】
4,6−ジメチルピリミジン−2−チオール(2g、14.2mmol)のアセトニトリル溶液(60mL)に、炭酸カリウム(2.95g、21.3mmol)及び1−(クロロメチル)−1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサン2(3.08g、15.6mmol)を室温で投入し、3時間にわたって55℃にさらに加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテルで希釈し、15分間撹拌した。沈殿した固体を濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3.5g(82%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=6.85(s、1H)、2.26(s、8H)、0.07(s、6H)、0.00(s、9H);MS(ES
+):m/z=301.05[M+H]
+;LCMS:t
R=3.81分。
実施例10:
【化66】
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2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)スルホニル)ピリミジン[実施例10]:
【化67】
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【0178】
2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン(2g、17.8mmol)のDCM溶液(30mL)に、ロットに分けた3−クロロベンゾペルオキシ酸(3.86g、19.6mmol)を室温で15分間かけて添加し、30分間さらに撹拌した。この反応混合物を飽和炭酸水素ナトリウム溶液で洗浄し、有機層を分離させた。分離した有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、20〜50%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.4g(84%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=9.01(d、J=4.40Hz、2H)、7.76(t、J=4.89Hz、1H)、3.26(s、3H)、0.22(s、6H)、0.00(s、9H)。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=8.94(d、J=4.40Hz、2H)、7.52(t、J=4.40Hz、1H)、3.21(s、2H)、0.42(s、6H)、0.11(s、9H);MS(ES
+):m/z=305.00[M+H]
+;LCMS:t
R=3.17分。
実施例11:
【化68】
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2−((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メトキシ)ピリミジン[実施例11]:
【化69】
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【0179】
トリエチルアミン(0.18mL、1.28mmol)及びトリメチルシラノール(154mg、1.71mmol)の溶液に、2−((クロロジメチルシリル)メトキシ)ピリミジン(173mg、0.85mmol)のアセトニトリル溶液(3mL)を投入し、室温で2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテル中に溶解させ、濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、5〜15%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、150mg(68%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.53(d、J=4.40Hz、2H)、7.05(t、J=4.89Hz、1H)、3.93(s、2H)、0.11(s、6H)、0.00(s、9H);MS(ES
+):m/z=257.08[M+H]
+;LCMS:t
R=3.55分。
2−((クロロジメチルシリル)メトキシ)ピリミジン(1):
【化70】
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【0180】
1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス((ピリミジン−2−イルオキシ)メチル)ジシロキサン(300mg、0.85mmol)のジオキサン:HCl溶液(4M、3mL)を室温で2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、173mgの粗製化合物を無色の油としてもたらした。この粗製化合物を、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.80(d、J=4.89Hz、1H)、7.53−7.59(m、1H)、7.38(d、J=5.38Hz、1H)、2.48(br.s、2H)、0.34(s、3H)、0.24(s、3H);MS(ES
+):m/z=289.03[M+ACN+2Na]
+;LCMS:t
R=3.76分。
実施例12、実施例13、及び実施例14:
【化71】
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2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)エチル)ピリミジン[実施例12]:
【化72】
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【0181】
(E)−2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ビニル)ピリミジンと(Z)−2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ビニル)ピリミジン(400mg、1.27mmol)との混合物のTHF溶液(4mL)に、エトキシジメチルシラン(397mg、3.81mmol)、酢酸パラジウム(28mg、0.13mmol)を、室温で30分間にわたりアルゴン雰囲気下において投入した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜35%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、350mg(87%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.65(d、J=4.89Hz、2H)、7.46−7.50(m、2H)、7.31−7.35(m、3H)、7.25(t、J=4.89Hz、1H)、2.80−2.85(m、2H)、0.95−1.00(m、2H)、0.25(s、6H)、0.00(s、6H);MS(ES
+):m/z=317.05[M+H]
+;LCMS:t
R=3.79分。
(E)−2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ビニル)ピリミジン[実施例13]:
【化73】
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【0182】
2−エチニルピリミジン(2g、19.2mmol)のトルエン溶液(20mL)に、1,1,3,3−テトラメチル−1−フェニルジシロキサン(4.04g、19.2mmol)を投入し、30分間アルゴンでパージした。得られた溶液に、1,1,3,3−テトラメチルジビニルジシロキサン白金(0)錯体をキシレンに溶かした2%溶液(23mL、0.96mmol)を添加し、室温で2時間撹拌した。この反応混合物を4時間にわたって90℃に加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、2.71g(45%収率)の表題化合物の無色の油を、シス&トランスの混合物として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.80(br.s、2H)、7.55(br.s、2H)、7.26−7.43(m、5H)、6.99(d、J=19.07Hz、1H)、0.34(br.s、6H)、0.24(br.s、6H);MS(ES
+):m/z=315.12[M+H]
+;LCMS:t
R=3.81分。
2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)エチル)ヘキサヒドロピリミジン[実施例14]:
【化74】
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【0183】
(E)−2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ビニル)ピリミジンと(Z)−2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ビニル)ピリミジン(300mg、0.95mmol)との混合物のDCM溶液(6mL)に、室温でアルゴン雰囲気下において10% Pd/C(30mg、10%w/w)を添加した。得られた溶液を、室温で6時間にわたり水素雰囲気下において撹拌した。この反応混合物をCeliteのパッドで濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜35%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、261mg(85%収率)の表題化合物を白色の半固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=9.47(br.s、2H)、7.49(dd、J=1.96、6.85Hz、2H)、7.32−7.39(m、3H)、3.23(t、J=5.62Hz、4H)、2.30(dd、J=4.65、8.56Hz、2H)、1.73−1.81(m、2H)、1.15−1.25(m、1H)、0.78−0.86(m、2H)、0.28(s、6H)、0.05(s、6H);MS(ES
+):m/z=322.10[M+];LCMS:t
R=2.32分。
実施例15、実施例16、及び実施例17:
【化75】
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1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス((ピリミジン−2−イルオキシ)メチル)ジシロキサン[実施例15]:
【化76】
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【0184】
(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ジメタノール(1g、5.14mmol)及び2−クロロピリミジン(1.17g、10.2mmol)のTHF溶液(10mL)に、ナトリウム(236mg、10.2mmol)を室温で添加し、30分にわたり60℃に加熱した。この反応混合物をジエチルエーテルで希釈し、Celiteのパッドで濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物(PLF−B−65とInt−5との混合物)をもたらし、これを、シリカゲルでのカラムクロマトグラフィ、続いて逆相Combi Flashカラムクロマトグラフィによって精製及び分離して、625mg(35%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.54−8.59(m、4H)、7.08(d、J=1.96Hz、2H)、3.97(d、J=1.47Hz、4H)、0.15(d、J=1.96Hz、12H)、
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=8.50(d、J=2.45Hz、4H)、6.87−6.91(m、2H)、4.03(s、4H)、0.24(s、12H);MS(ES
+):m/z=351.10[M+H]
+;LCMS:t
R=3.12分。
(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ジメタノール[実施例17]:
【化77】
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【0185】
(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン)ジアセテート(12g、43.1mmol)のメタノール溶液(480mL)に、濃HCl(1.2mL)を室温で添加し、24時間撹拌した。この反応混合物を固形の炭酸水素ナトリウムと共に撹拌し、真空中で濃縮させ、この残渣をエーテル中で撹拌し、濾過した。この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、7.5g(90%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=3.99−4.05(m、2H)、3.01(s、4H)、0.00(s、12H)、
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=3.34(s、4H)、0.15(s、12H);MS(ES
+):m/z=195.00[M+];LCMS:t
R=1.60分。
(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン)ジアセテート[実施例17]:
【化78】
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【0186】
酢酸(6.9mL、121.1mmol)のキシレン溶液(140mL)に、トリエチルアミン(16.9mL、121.1mmol)、1,3−ビス(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(14g、60.5mmol)を室温で投入し、14時間にわたって140℃に加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテルで希釈させ、沈殿した固体を濾過した。この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、5〜15%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、12.6g(75%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=3.60(s、4H)、1.94(s、6H)、0.06(s、12H);
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=3.71(s、4H)、2.06(s、6H)、0.16(s、12H)。
1,3−ビス(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(2):
【化79】
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【0187】
氷冷ピリジン(12.4mL、139.7mmol)及びH
2O(1.25mL、69.8mmol)のTHF溶液(600mL)に、クロロ(クロロメチル)ジメチルシラン(20g、139.7mmol)を滴下投入し、室温で1時間撹拌した。沈殿した固体を濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて、14.4gの表題化合物を無色の油として得た。この粗製化合物を、さらなる精製または分析なしで次のステップに使用した。
実施例19:
【化80】
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ベンジル4−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ブタノエート[実施例19]:
【0188】
触媒量のKarstedt触媒(白金−ジビニルテトラメチルジシロキサン錯体のキシレン溶液、Pt約2%、10mg)を、化合物2(2.1g、10mmol)及びベンジル2−(ベンジルオキシカルボニルアミノ)アクリレート(1.7g、10mmol)の乾燥トルエン溶液(5mL)に添加した。この反応混合物を、70℃で2時間にわたり窒素雰囲気下で撹拌した。溶媒を減圧下で除去し、この残渣をシリカゲル(ヘキサン:EtOAc=50:1)でのフラッシュカラムクロマトグラフィによって精製して、所望の生成物(2.7g、70.0%収率)を油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ7.45〜7.50(m、2H)、7.20〜7.40(m、9H)、5.06(s、2H)、2.28(t、J=7.6Hz、2H)、1.60(m、2H)、0.50(m、2H)、0.00(m、6H)。
ジメチル(フェニル)シラノール(1)
【化81】
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【0189】
炭酸アンモニウム(5.7g、59.3mmol)を含むエーテル(50mL)及び飽和NaCl水溶液(20mL)の急速に撹拌した懸濁液に、クロロジメチル(フェニル)シラン(5.0g、29mmol)を室温で5分かけて滴下添加した。この反応混合物をさらに10分間撹拌し、次に分離させた。そして水性層をエーテル(10mL×3)で再抽出した。合わせた有機層をNa
2SO
4で乾燥させ、濾過し、濃縮させて、1(4.5g、約100%収率)を得、これを、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
1,1,3,3−テトラメチル−1−フェニルジシロキサン(2)
【化82】
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【0190】
化合物1(4.5g、29mmol)及びトリエチルアミン(5.9g、58mmol)を含むDCMの撹拌溶液(20mL)に、クロロジメチルシラン(2.8g、29mmol)を室温で添加した。この反応混合物を30分間撹拌した。この混合物を飽和NaCl水溶液(10mL×2)で洗浄した。有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、濃縮させて、2(3.5g、57.6%収率)を得、これを、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
実施例20:
【化83】
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4−(3−(4−(メトキシカルボニル)フェニル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸[実施例20]:
【化84】
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【0191】
化合物3(2.6g、9mmol)と1,3−ビス(3−カルボキシプロピル)テトラメチルジシロキサン(3.4g、11mmol)との混合物のジオキサン溶液(5mL)に、HCl−ジオキサン溶液(5N、10mL)を室温で添加した。この反応混合物を2時間撹拌した。溶媒を減圧下で除去した。この残渣をACN(10mL)中に溶解させ、続いてH
2O(約0.5mL)を添加した。この混合物を3時間撹拌した。溶媒を回転蒸発によって除去した。この粗製生成物をシリカゲル(ヘキサン:EtOAc=20:1)でのカラムクロマトグラフィによって精製して、所望物(3.0g、88.3%収率)を得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ7.93(d、J=8.4Hz、2H)、7.53(d、J=8.4Hz、2H)、3.85(s、3H)、2.28(t、2H)、1.58(m、2H)、0.51(m、2H)、0.35(s、6H)、0.04(s、6H)。C
16H
26O
5Si
2のESI。実測値353.29[M−H]
−。
メチル4−[ジメチルシリルオキシ(ジメチル)シリル]ベンゾエート(2)
【化85】
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【0192】
メチル4−ヨードベンゾエート(3.0g、11mmol)の乾燥トルエン溶液(15mL)に、DIEA(2.95g、23mmol)を添加し、続いて、Pd(P(tBu)
3)
2(291mg、0.57mmol)及び1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(2.3g、17mmol)を、窒素雰囲気下において0℃で添加した。この反応混合物を2時間撹拌し、次に水(20mL)でクエンチした。有機相を分離させ、ブライン(20mL)で洗浄し、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濃縮乾固させて化合物1(2.6g、88.1%収率)を得、これを、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
実施例21:
【化86】
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ベンジル4−(3−(3−(((ベンジルオキシ)カルボニル)アミノ)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタノエート[実施例21]:
【化87】
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【0193】
化合物1(1.9g、10.0mmol)とジメチルシリルオキシ(ジメチル)シラン(1.3g、10.0mmol)との混合物のトルエン溶液(5mL)に、Pt(0)(Karstedt触媒、15mg)を、窒素雰囲気下において室温で添加した。その後、この混合物にベンジルブタ−3−エノエート(1.8g、10.0mmol)を添加した。この反応混合物を80℃に加熱し、2時間撹拌した。反応が完了したことをGC−MS分析によって判断し、次に濃縮させた。この粗製生成物をシリカゲル(ヘキサン:EtOAc=40:1)でのカラムクロマトグラフィによって精製して、所望の生成物(1.2g、64.5%収率)を得た。
1H NMR(300MHz、CDCl
3):δ7.33〜7.38(m、10H)、5.12〜5.14(m、4H)、4.93(s、1H)、3.17(m、2H)、2.40(m、2H)、1.68(m、3H)、1.52(m、2H)、0.95(d、J=7.5Hz、1H)、0.51〜0.57(m、4H)、0.05〜0.13(m、12H)。C
26H
39NO
5Si
2のESI。実測値502.5[M+H]
+。
ベンジルアリルカルバメート(1)
【化88】
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【0194】
アリルアミン(2.7g、54mmol)及びNa
2CO
3(12.5g、118mmol)を含むアセトニトリル(50mL)及びH
2O(100mL)の懸濁液に、Cbz−OSu(13.7g、58.8mmol)を室温で添加した。この反応混合物を2時間撹拌し、次にH
2O(100mL)で希釈した。この混合物をEtOAc(100mL×3)で抽出した。合わせた有機層をNa
2SO
4で乾燥させ、濃縮させて化合物1(9.1g、88.2%収率)を得た。
実施例24:
【化89】
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(E)及び(Z)−5−(1,1,3,3−テトラメチル−3−フェニルジシロキサニル)ペンタ−4−エン酸[実施例24]:
【化90】
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【0195】
ペンタ−4−イン酸(1g、10.19mmol)のトルエン溶液(10mL)に、1,1,3,3−テトラメチル−1−フェニルジシロキサン(2.14g、10.19mmol)を投入し、室温で30分間アルゴンでパージした。得られた溶液に、1,1,3,3−テトラメチル−1−ジビニルジシロキサン白金(0)錯体をキシレンに溶かした2%溶液(12.1mL、0.51mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、5〜20%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、2.5g(80%収率)の表題化合物のトランス−シス異性体を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=11.97(br.s、2H)、7.26−7.49(m、10H)、6.02(d、J=18.59Hz、2H)、5.46−5.58(m、2H)、2.22(d、J=15.65Hz、8H)、0.20及び0.22(2s、12H)、0.01及び0.03(2s、12H)、
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ7.33−7.59(m、10H)、6.09(d、J=19.07Hz、2H)、5.55−5.72(m、2H)、2.45(d、J=14.67Hz、8H)、0.34及び0.32(2s、12H)、0.15及び0.13(2s、12H);MS(ES
+):m/z=291.00[M−18]
+;LCMS:t
R=3.42分。
実施例26:
【化91】
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2,2’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(4,1−フェニレン))二酢酸[実施例26]:
【化92】
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【0196】
化合物1(900mg、1.5mmol)を室温でメタノール(20mL)中に溶解させ、続いてPd/C(10%、500mg)を添加した。この反応物をH
2下で5時間撹拌した。この混合物を濾過し、この濾液を濃縮乾固させて、所望の生成物(403mg、66.8%収率)を得た。
1H NMR(400MHz、DMSO):δ7.46(d、J=8.0Hz、4H)、7.25(d、J=8.0Hz、4H)、3.56(s、4H)、0.30(s、12H)。C
20H
26O
5Si
2のESI。実測値401.47[M−H]
−。
ジベンジル2,2’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(4,1−フェニレン))ジアセテート(1)
【化93】
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【0197】
化合物ベンジル2−(4−ヨードフェニル)アセテート(1.15g、3mmol)を、1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(225mg、1.5mmol)のTHF溶液(40mL)に窒素雰囲気下で添加した。その後、この混合物にPd(P(t−Bu)
3)
2(4mg)を添加し、続いてDIEA(800mg、6.5mmol)を添加した。この反応混合物を室温で2.5時間撹拌した。この混合物を濃縮乾固させ、この残渣を分取HPLCによって精製して、1(975mg、65%収率)を得た。
実施例27、実施例28、実施例29、実施例30、及び実施例31:
【化94】
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4−メチル−2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン[実施例27]:
【化95】
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【0198】
4−メチルピリミジン−2−チオール(2.5g、15.4mmol)及び18−クラウン−6(0.21g、0.8mmol)のトルエン溶液(50mL)に、K
2CO
3(4.3g、31mmol)を添加した。この混合物を120℃で1時間撹拌した。次に、クロロメチルペンタメチルジシロキサン(3.0g、15.2mmol)及びNaI(0.12g、0.8mmol)を添加した。この混合物を120℃でもう4時間撹拌した。室温に冷ました後、固体を濾過した。この濾液を濃縮乾固させた。この残渣をシリカゲル(EtOAc/ヘキサン=1:50〜1:30)でのフラッシュカラムクロマトグラフィによって精製して、所望の生成物(3.1g、68.2%収率)を得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ8.24〜8.25(d、J=5.2Hz、1H)、6.68〜6.70(d、J=5.2Hz、1H)、2.33(s、3H)、2.31(s、2H)、0.10(s、6H)、0.00(s、9H)。C
11H
22N
2OSSi
2のESI。実測値287.63[M+H]
+。
2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)−4−(トリフルオロメチル)ピリミジン[実施例28]:
【化96】
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【0199】
実施例27を合成するためのものと同じ手順に従って、4−(トリフルオロメチル)ピリミジン−2−チオールから実施例28(1.6g、75.3%収率)を調製した。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ8.62〜8.64(d、J=4.8Hz、1H)、7.14〜7.15(d、J=4.8Hz、1H)、2.34(s、2H)、0.10(s、6H)、0.00(s、9H)。C
11H
19F
3N
2OSSi
2のESI。実測値341.41[M+H]
+。
2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン[実施例29]:
【化97】
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【0200】
化合物実施例27と同じ手順に従って、ピリミジン−2−チオールから実施例29(5.6g、78.8%収率)を調製した。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ8.42(s、1H)、8.41(s、1H)、6.83〜6.86(t、1H)、2.31(s、2H)、0.10(s、6H)、0.00(s、9H)。C
10H
20N
2OSSi
2のESI。実測値273.58[M+H]
+。
2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリジン[実施例30]:
【化98】
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【0201】
化合物実施例27と同じ手順に従って、ピリジン−2−チオールから実施例30(1.6g、75.6%収率)を調製した。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ8.31(m、1H)、7.34〜7.38(m、1H)、7.10〜7.16(m、1H)、6.83〜6.87(m、1H)、2.28(s、2H)、0.10(s、6H)、0.00(s、9H)。C
11H
21NOSSi
2のESI。実測値272.2[M+H]
+。
2−(((1,1,3,3,3−ペンタメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピラジン[実施例31]:
【化99】
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【0202】
化合物実施例27と同じ手順に従って、ピラジン−2−チオールから実施例31(3.5g、75.3%収率)を調製した。
1H NMR(400MHz、CDCl
3):δ8.39〜8.40(d、J=2.4Hz、1H)、8.25〜8.26(m、1H)、8.07〜8.08(d、J=2.4Hz、1H)、2.26(s、2H)、0.10(s、6H)、0.00(s、9H)。C
10H
20N
2OSSi
2のESI。実測値273.65[M+H]
+。
実施例32:
【化100】
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(E)−2−(2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−ビニルジシロキサニル)ビニル)ピリミジン[実施例32]:
【化101】
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【0203】
2−クロロピリミジン(10g、87.3mmol)のDMF溶液(200mL)に、1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ジビニルジシロキサン(24.4g、131.0mmol)、酢酸パラジウム(1.96g、8.73mmol)、トリ(O−トリル)ホスフィン(5.3g、17.4mmol)、及び酢酸ナトリウム(21.4g、262.0mmol)のH
2O溶液(10mL)を室温で投入し、14時間にわたって120℃に加熱した。この反応混合物をH
2O及びDCMで希釈し、形成された乳濁液をCeliteのパッドで濾過した。分離した有機層をH
2Oで洗浄し、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、シリカゲルでのカラムクロマトグラフィ、続いてCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、3.40g(15%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.80(d、J=4.89Hz、2H)、7.38(t、J=4.89Hz、1H)、7.30(d、J=19.07Hz、1H)、6.98(d、J=18.59Hz、1H)、6.10−6.17(m、1H)、5.97(dd、J=3.91、14.67Hz、1H)、5.73−5.81(m、1H)、0.24(s、6H)、0.16(s、6H)、
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=8.60−8.77(m、2H)、7.38(d、J=19.07Hz、1H)、7.12(d、J=8.80Hz、2H)、6.09−6.22(m、1H)、5.95(d、J=14.18Hz、1H)、5.71−5.79(m、1H)、0.26(s、6H)、0.18(s、6H);MS(ES
+):m/z=265.07[M+H]
+;LCMS:t
R=3.72分。
実施例33及び実施例34:
【化102】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−((ピリミジン−2−イルチオ)メチル)ジシロキサニル)プロピル)イソブチルアミド[実施例34]:
【化103】
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【0204】
ピリミジン−2−チオール(91mg、0.81mmol)のアセトニトリル溶液(10mL)に、炭酸カリウム(111mg、0.81mmol)及びN−(3−(3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)イソブチルアミド(250mg、0.81mmol)を室温で投入し、3時間にわたって50℃にさらに加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、20〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、280mg(90%収率)の無色の油を得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.57(d、J=4.89Hz、2H)、7.62(br.s、1H)、7.14(t、J=4.89Hz、1H)、2.89−2.97(m、2H)、2.32(s、2H)、2.20−2.29(m、1H)、1.33(td、J=7.70、15.90Hz、2H)、0.92(d、J=6.85Hz、6H)、0.39−0.47(m、2H)、0.11(s、6H)、0.050(s、6H)。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=8.51(d、J=3.91Hz、2H)、6.95(br.s、1H)、3.22(d、J=6.36Hz、2H)、2.42(s、2H)、2.27−2.37(m、1H)、1.54(d、J=7.34Hz、2H)、1.15(d、J=6.36Hz、6H)、0.50−0.58(m、2H)、0.21(s、6H)、0.09(s、6H);MS(ES
+):m/z=385.85[M+H]
+;LCMS:t
R=3.43分。
N−(3−(3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)イソブチルアミド(4):
【化104】
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【0205】
N−(3−(クロロジメチルシリル)プロピル)イソブチルアミド(569mg、2.57mmol)のアセトニトリル溶液(10mL)に、(クロロメチル)ジメチルシラノール(319mg、2.57mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテル中に溶解させ、濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、557mg(70%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.62(br.s、1H)、2.88−2.96(m、2H)、2.78(s、2H)、2.21−2.29(m、1H)、1.27−1.36(m、2H)、0.91(d、J=6.85Hz、6H)、0.39−0.46(m、2H)、0.09(s、6H)、0.00(s、6H)。
N−(3−(クロロジメチルシリル)プロピル)イソブチルアミド(3):
【化105】
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【0206】
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(2−メチルプロパンアミド)(1g、2.57mmol)のジオキサン:HCl溶液(4M、10mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、569mgの表題化合物を無色の油としてもたらした。この粗製化合物を、さらなる精製及び分析なしで次のステップに使用した。
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(2−メチルプロパンアミド)[実施例33]:
【化106】
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【0207】
0℃の3,3’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−1−アミン)(1g、4.03mmol)のDCM溶液(10mL)に、トリエチルアミン(1.4mL、10.0mmol)及び塩化イソブチリル(0.92mL、8.80mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。沈殿した固体を濾過し、ジエチルエーテルで洗浄し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.25g(80%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.66(br.s、2H)、2.95(d、J=6.36Hz、4H)、2.29(t、J=6.60Hz、2H)、1.31−1.40(m、4H)、0.95(d、J=6.85Hz、12H)、0.38−0.47(m、4H)、0.00(s、12H);MS−ELSD(ES
+):m/z=411.00[M+Na]
+;LCMS:t
R=2.72分。
実施例35:
【化107】
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N−メチル−4−(1,1,3,3−テトラメチル−3−((ピリミジン−2−イルチオ)メチル)ジシロキサニル)ブタンアミド[実施例35]:
【化108】
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【0208】
4−(3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)−N−メチルブタンアミド(200mg、0.71mmol)のアセトニトリル溶液(10mL)に、炭酸カリウム(147mg、1.06mmol)及びピリミジン−2−チオール(79mg、0.71mmol)を室温で投入し、2時間にわたって50℃に加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、酢酸エチルで希釈し、15分間撹拌した。この固体を濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、40〜50%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、58mg(23%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.57(d、J=4.89Hz、2H)、7.61(br.s、1H)、7.14(t、J=4.89Hz、1H)、2.49(d、J=4.40Hz、2H)、2.33(s、2H)、1.99(t、J=7.34Hz、2H)、1.41−1.50(m、3H)、0.39−0.46(m、2H)、0.11(s、6H)、0.00(s、6H);MS(ESMS):m/z=380.00[M+Na]
+。
4−(3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)−N−メチルブタンアミド(5):
【化109】
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【0209】
4−(3−(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)−N−メチルブタンアミド(450mg、1.45mmol)のジオキサン:HCl溶液(4M、10mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製のクロロ中間体をもたらし、これを精製せずにさらに使用した。この粗製中間体をアセトニトリル(10mL)中に溶解させ、続いてDIPEA(0.5mL、2.91mmol)及び(クロロメチル)ジメチルシラノール(361mg、2.91mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、30〜60%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、204mg(50%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.66(br.s、1H)、2.54(d、J=4.40Hz、3H)、2.05(t、J=7.34Hz、2H)、1.66−1.76(m、1H)、1.46−1.56(m、2H)、0.56−0.63(m、1H)、0.43−0.51(m、2H)、0.15(s、3H)、0.06(s、6H)、0.04(s、3H)。
4−(3−(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)−N−メチルブタンアミド(3):
【化110】
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【0210】
4−(3−(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸(750mg、2.53mmol)のジクロロメタン溶液(10mL)に、炭酸カリウム(699mg、5.06mmol)、HATU(1.24g、3.29mmol)、2Mメチルアミン/THF溶液(2.5mL、5.06mmol)を投入し、室温で3時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、30〜60%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、469mg(60%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.62(br.s、1H)、3.56(t、J=5.96Hz、2H)、2.51(br.s、3H)、2.01(t、J=6.68Hz、2H)、1.68(d、J=6.68Hz、2H)、1.47(d、J=6.68Hz、2H)、0.57(d、J=8.11Hz、2H)、0.43(d、J=7.63Hz、2H)、0.01(br.s、12H)。
4−(3−(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸(2):
【化111】
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【0211】
マグネシウム(183mg、7.65mmol)のTHF溶液(10mL)に、ひとつまみのヨウ素及び1,3−ビス(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1g、3.48mmol)を室温で滴下添加し、2時間にわたって60℃にさらに加熱した。得られた溶液をゆっくりと−78℃に冷却し、ドライアイスを投入した。この反応混合物を室温に温め、希塩酸溶液でクエンチし、酢酸エチル(3×25mL)で抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、40〜50%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、772mg(75%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=11.95(br.s、1H)、3.52−3.66(m、3H)、2.21(t、J=6.44Hz、2H)、1.53(d、J=6.68Hz、2H)、0.47−0.63(m、5H)、0.04(br.s、12H)。
実施例36:
【化112】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−((ピリミジン−2−イルチオ)メチル)ジシロキサニル)プロピル)ベンゼンスルホンアミド[実施例36]:
【化113】
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【0212】
N−(3−(3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)ベンゼンスルホンアミド(600mg、1.57mmol)のアセトニトリル溶液(10mL)に、炭酸カリウム(326mg、2.36mmol)及びピリミジン−2−チオール(177mg、1.57mmol)を室温で投入し、3時間にわたって50℃に加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、酢酸エチルで希釈し、15分間撹拌した。沈殿した固体を濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、20〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、359mg(50%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.63(d、J=4.89Hz、2H)、7.79(d、J=6.85Hz、2H)、7.55−7.66(m、4H)、7.20(t、J=4.89Hz、1H)、2.67−2.75(m、2H)、2.36(s、2H)、1.36(td、J=7.83、15.65Hz、2H)、0.38−0.48(m、2H)、0.14(s、6H)、0.00(s、6H);MS(ELSD):m/z=411.00[M+Na]
+;LCMS:t
R=2.72分。
N−(3−(3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)ベンゼンスルホンアミド(4):
【化114】
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【0213】
N−(3−(ヒドロキシジメチルシリル)プロピル)ベンゼンスルホンアミド(600mg、2.19mmol)のアセトニトリル溶液(10mL)に、クロロ(クロロメチル)ジメチルシラン(312mg、2.19mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、15〜25%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、626mg(75%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.78(d、J=6.20Hz、2H)、7.60(d、J=6.20Hz、4H)、2.81(br.s、2H)、2.71(d、J=5.72Hz、2H)、1.35(br.s、2H)、0.43(d、J=7.15Hz、2H)、0.11(br.s、6H)、0.00(br.s、6H)。
N−(3−(ヒドロキシジメチルシリル)プロピル)ベンゼンスルホンアミド(3):
【化115】
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【0214】
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジベンゼンスルホンアミド(1g、1.89mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(10mL)を、室温で30分間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製のクロロ中間体をもたらし、これを精製せずにさらに使用した。この粗製中間体に、炭酸水素ナトリウム水溶液(20mL)を添加し、室温で30分間撹拌した。この反応混合物を酢酸エチル(3×25mL)で抽出し、合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、20〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、672mg(65%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.85(d、J=6.68Hz、2H)、7.67(d、J=7.15Hz、4H)、5.36(br.s、1H)、2.77(d、J=6.20Hz、2H)、1.43(br.s、2H)、0.45(d、J=7.15Hz、2H)、0.00(br.s、6H)。
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジベンゼンスルホンアミド(2):
【化116】
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【0215】
0℃の3 3,3’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−1−アミン)(1g、4.03mmol)のジクロロメタン溶液(50mL)に、トリエチルアミン(1.4mL、10.08mmol)及び塩化ベンゼンスルホニル(1.56g、8.87mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテルで希釈し、15分間撹拌した。この固体を濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、15〜25%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.89g(89%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.85(d、J=7.34Hz、4H)、7.62−7.72(m、8H)、2.76(q、J=6.68Hz、4H)、1.38(td、J=7.83、15.65Hz、4H)、0.39−0.47(m、4H)、0.00(s、12H)。
実施例37、実施例38、実施例39、及び実施例40:
【化117】
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1,3−ビス(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン[実施例40]:
【化118】
[この文献は図面を表示できません]
【0216】
1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1g、3.267mmol)のエタノール溶液(50mL)に、アジ化ナトリウム(1.84g、6.535mmol)を添加し、2時間加熱還流した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製の残渣をもたらし、これをジエチルエーテル中で撹拌した。この懸濁液を濾過し、この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、酢酸エチル/n−ヘキサンで溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.1g(90%収率)の表題化合物を灰白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.65(s、4H)、4.49(s、4H)、2.41(s、4H)、0.18(s、12H);MS(ES
+):m/z=256.00/256.05モノマー[M+H]
+;LCMS:t
R=2.54/3.74分。
1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン[実施例39]:
【化119】
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【0217】
((((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン))ビス(スルファンジイル))ビス(ピリミジン−2,5−ジイル))ジメタノール(15g、33.93mmol)のDCM溶液(200mL)を0℃に冷却し、DIPEA(17.7mL、101.8mmol)及び塩化トシル(14.2g、67.87mmol)を窒素雰囲気下で投入し、室温で5時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、30〜70%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、8.12g(50%収率)の表題化合物を灰白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.69(s、4H)、4.77(s、4H)、2.41(s、4H)、0.18(s、12H);MS(ES
+):m/z=248.95モノマー[M+H]
+、231.00モノマー[M−18]
+;LCMS:t
R=2.62/3.82分。
((((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン))ビス(スルファンジイル))ビス(ピリミジン−2,5−ジイル))ジメタノール[実施例38]:
【化120】
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【0218】
2,2’−(((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン))ビス(スルファンジイル))ビス(ピリミジン−5−カルバルデヒド)(22g、50.22mmol)のエタノール溶液(150mL)を0℃に冷却し、水素化ホウ素ナトリウム(1.89g、50.22mmol)を投入し、次に室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、40〜100%酢酸エチルで溶出するシリカゲルでのシリカゲルカラムクロマトグラフィによって精製して、15.54(70%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.54(s、4H)、5.34(t、J=5.55Hz、2H)、4.46(d、J=5.31Hz、4H)、2.40(s、4H)、0.18(s、12H);MS(ES
+):m/z=443.20[M+H]
+/465.25[M+Na]
+;LCMS:t
R=1.99/2.81分。
2,2’−(((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン))ビス(スルファンジイル))ビス(ピリミジン−5−カルバルデヒド)[実施例37]:
【化121】
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【0219】
2−メルカプトピリミジン−5−カルバルデヒド(34.5g、246.4mmol)のアセトニトリル溶液(100mL)に、炭酸カリウム(102g、739.2mmol)及び(クロロメチル)(エトキシ)ジメチルシラン(37.6g、246.4mmol)を添加し、60℃で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、20〜50%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、22.11g(35%収率)の表題化合物を灰白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=9.93(s、2H)、8.94(s、4H)、2.43(s、4H)、0.14(s、12H);MS(ES
+):m/z=229.00モノマー[M+H]
+;LCMS:t
R=3.52分。
Int−4アルデヒド:
【化122】
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【0220】
In−4アルデヒド(2−メルカプトピリミジン−5−カルバルデヒド)を、次の文献の調製法に従って調製した:Organic Letters 2014,16,1282−1285,2014。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=14.33(br.s、1H)、9.76(s、1H)、8.70(br.s、2H)、3.33(br.s、1H)。
実施例41及び実施例42:
【化123】
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5−(N−(3−(3−(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート[実施例42]:
【化124】
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【0221】
3−(3−(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン(40mg、0.109mmol)のDCM溶液(5mL)に、DIPEA(28mg、0.20mmol)及び5−(クロロスルホニル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(63mg、0.101mmol)を室温で添加し、1時間撹拌した。反応の完了をLCMSによって監視した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルカラムクロマトグラフィによって精製して、29mg(30%収率)の表題化合物を青紫色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.65(s、2H)、8.37−8.38(m、1H)、7.87−7.91(m、2H)、7.42(d、J=7.83Hz、1H)、6.94−6.98(m、3H)、6.90(d、J=1.47Hz、2H)、4.73(s、2H)、3.55−3.67(m、8H)、2.75−2.83(m、1H)、2.36(s、2H)、1.44(td、J=7.70、15.90Hz、2H)、1.14−1.21(m、12H)、0.77−0.84(m、2H)、0.43−0.51(m、2H)、0.11−0.15(m、6H)、0.01−0.04(m、6H);MS(ES
+):m/z=904.55[M+H]
+;LCMS:t
R=3.66分。
3−(3−(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例41]:
【化125】
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【0222】
1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1g、2.0mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(20mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製反応混合物をもたらした。この粗製物をアセトニトリル(50mL)中に溶解させ、続いて75mg及び(3−アミノプロピル)ジメチルシラノレートナトリウム(638mg、2.0mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、500mg(35%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.69(s、1H)、7.77(br.s、1H)、4.76(s、2H)、3.34(br.s、2H)、2.89−3.03(m、2H)、2.66−2.79(m、1H)、2.40(d、J=3.91Hz、1H)、1.47−1.61(m、1H)、0.92−1.00(m、2H)、0.48−0.56(m、1H)、0.17(d、J=2.45Hz、6H)、0.07(d、J=4.89Hz、6H);MS(ES+):m/z=364.10[M+H]
+;LCMS:t
R=2.20分。
実施例43:
【化126】
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N−(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例43]:
【化127】
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【0223】
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(400mg、1.2mmol)及び1,3−ビス(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(592mg、1.2mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(10mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、2−((3−(クロロジメチルシリル)プロピル)アミノ)−2−オキソエタン−1−イリウム(4)と5−(アジドメチル)−2−(((クロロジメチルシリル)メチル)チオ)ピリミジン(5)との粗製混合物をもたらした。この粗製混合物をアセトニトリル(10mL)中に溶解させ、水(43mg、2.4mmol)、続いてDIPEA(2.46g、7.2mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、40〜70%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、280mg(73%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.65(s、2H)、7.78(br.s、1H)、4.48(s、2H)、2.91−3.00(m、2H)、2.38(s、2H)、1.75(s、3H)、1.32−1.41(m、2H)、0.42−0.49(m、2H)、0.15(s、6H)、0.03(s、6H);MS(ES
+):m/z=413.09[M+H]
+;LCMS:t
R=3.26分。
実施例44及び実施例45:
【化128】
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3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例44]:
【化129】
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【0224】
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(3.4g、5.734mmol)の溶液に、エタノール性アンモニア(40mL)を投入し、室温で15時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、この粗製化合物を、0〜10%アンモニア飽和メタノール/DCM溶液で溶出するCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、1.10g(52%収率)の表題化合物を薄茶色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.67(s、2H)、4.51(s、2H)、2.45−2.52(m、4H)、2.39−2.43(m、2H)、1.31−1.41(m、2H)、0.46−0.53(m、2H)、0.18(s、6H)、0.06(s、6H);MS(ES
+):m/z=371.20[M+H]
+;LCMS:t
R=2.23分。
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート[実施例45]:
【化130】
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【0225】
1,3−ビス(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3テトラメチルジシロキサン(2.50g、3.45mmol)とビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(1.7g、3.45mmol)との混合物の溶液を、4M HCl/ジオキサン溶液(30mL)中に溶解させ、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、4と5との粗製混合物をもたらした。この4と5との混合物をアセトニトリル(30mL)中に溶解させ、次に、水(124mg、6.91mmol)、DIPEA(2.6g、20.7mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜25%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3.40g(85%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=8.50(s、2H)、7.78−7.83(m、2H)、7.64(d、J=7.34Hz、2H)、7.41−7.47(m、2H)、7.32−7.38(m、2H)、4.44(d、J=6.85Hz、2H)、4.34(s、2H)、4.23−4.30(m、1H)、3.18−3.26(m、2H)、2.47(s、2H)、1.53−1.61(m、1H)、1.28−1.33(m、2H)、0.55−0.63(m、2H)、0.27(s、6H)、0.15(s、6H)、MS(ES
+):m/z=593.35[M+H]
+;LCMS:t
R=4.03分。
ビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(3):
【化131】
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【0226】
3,3’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−1−アミン)(3g、12mmol)のDCM溶液(60mL)に、DIPEA(4.68g、36mmol)及びFmoc−Cl(6.8g、26.6mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を水で希釈し、分離した有機層を硫酸ナトリウムで乾燥させた。この有機層を10%メタノール/DCM溶液で希釈し、真空中で濃縮させ、粗製化合物をもたらした。この粗製化合物をメタノール中で撹拌し、濾過し、乾燥させて、7.96g(95%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.89(d、J=7.34Hz、4H)、7.68(d、J=7.34Hz、4H)、7.38−7.44(m、4H)、7.32(t、J=7.34Hz、4H)、4.29(d、J=6.85Hz、4H)、4.21(d、J=6.36Hz、2H)、4.04(q、J=7.17Hz、2H)、2.95(q、J=6.52Hz、4H)、1.41(td、J=7.58、15.16Hz、4H)、0.43−0.50(m、4H)、0.04(s、12H)。
実施例46、実施例47、実施例48、及び実施例49:
【化132】
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5−(N−(2−(4−(3−(((5−((3−(((3S,8S,11S,14R)−1−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)フェニル)−3,14−ジカルボキシ−8−(カルボキシメチル)−11−((3−(5,5−ジフルオロ−7−メチル−5H−5l4,6l4−ジピロロ[1,2−c:2’,1’−f][1,3,2]ジアザボリニン−3−イル)プロパンアミド)メチル)−1,6,9,12−テトラオキソ−2,7,10,13−テトラアザペンタデカン−15−イル)チオ)−2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタンアミド)エチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート[実施例46]:
【化133】
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【0227】
5−(N−(2−(4−(3−(((5−((3−(((3S,8S,11S,14R)−1−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)フェニル)−11−(アミノメチル)−3,14−ジカルボキシ−8−(カルボキシメチル)−1,6,9,12−テトラオキソ−2,7,10,13−テトラアザペンタデカン−15−イル)チオ)−2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタンアミド)エチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(68.8mg、0.0386mmol)の溶液に、2,5−ジオキソピロリジン−1−イル3−(5,5−ジフルオロ−7−メチル−5H−5l4,6l4−ジピロロ[1,2−c:2’,1’−f][1,3,2]ジアザボリニン−3−イル)プロパノエート(18mg、0.0463mmol)を室温で投入し、2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、酢酸エチルでの倍散によって精製して、30mg(38%収率)の表題化合物を青紫色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.64(br.s、2H)、8.51(br.s、1H)、8.41(br.s、1H)、8.05−8.22(m、4H)、7.94(d、J=8.31Hz、2H)、7.60−7.68(m、2H)、7.48(d、J=7.83Hz、1H)、7.03(d、J=8.80Hz、2H)、6.90−7.01(m、4H)、6.62(d、J=7.83Hz、2H)、6.26−6.34(m、2H)、5.43(br.s、2H)、4.60(br.s、2H)、4.44−4.56(m、5H)、4.26(br.s、4H)、4.13(br.s、2H)、4.04(d、J=7.34Hz、5H)、3.48−3.70(m、16H)、3.16(d、J=8.80Hz、3H)、2.84−3.12(m、11H)、2.68(br.s、3H)、2.29−2.35(m、2H)、2.25(br.s、2H)、1.98−2.10(m、4H)、1.51(br.s、3H)、1.17−1.28(m、8H)、0.85(d、J=6.36Hz、2H)、0.46(d、J=8.31Hz、2H)、0.14(s、6H)、0.04(s、6H)、MS(ES
+):m/z=1028[M/2+H]
+;LCMS:t
R=2.97分。
5−(N−(2−(4−(3−(((5−((3−(((3S,8S,11S,14R)−1−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)フェニル)−11−(アミノメチル)−3,14−ジカルボキシ−8−(カルボキシメチル)−1,6,9,12−テトラオキソ−2,7,10,13−テトラアザペンタデカン−15−イル)チオ)−2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタンアミド)エチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(10):
【化134】
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【0228】
2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)−5−(N−(2−(4−(3−(((5−((2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタンアミド)エチル)スルファモイル)ベンゼンスルホネート(40mg、0.0386mmol)のDMF溶液(1.5mL)に、DIPEA(0.02mL、0.115mmol)及びN5−((S)−1−(((S)−3−アミノ−1−(((R)−1−カルボキシ−2−メルカプトエチル)アミノ)−1−オキソプロパン−2−イル)アミノ)−3−カルボキシ−1−オキソプロパン−2−イル)−N2−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンゾイル)−L−グルタミン(28.6mg、0.0385mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この粗製反応混合物を、ワークアップまたはさらなる精製なしで次のステップに直接使用した。MS(ES
+):m/z=891.48[M/2+H]
+;LCMS:t
R=2.39分。
2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)−5−(N−(2−(4−(3−(((5−((2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタンアミド)エチル)スルファモイル)ベンゼンスルホネート[実施例47]:
【化135】
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【0229】
2,5−ジオキソピロリジン−1−イル4−(3−(((5−((2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタノエート(100mg、0.181mmol)のDMF溶液(2mL)に、DIPEA(0.09mL、0.545mmol)及び5−(N−(2−アンモニオエチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホン酸塩化物(110mg、0.181mmol)を投入し、室温で4時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、100mg(53%収率)の表題化合物を青紫色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.49(s、2H)、8.38(d、J=1.47Hz、1H)、7.98(t、J=5.62Hz、1H)、7.89(dd、J=1.47、7.83Hz、1H)、7.83(t、J=5.62Hz、1H)、7.44(d、J=8.31Hz、1H)、6.94−7.04(m、6H)、6.91(d、J=1.96Hz、2H)、4.55(s、2H)、3.56−3.67(m、8H)、3.07−3.14(m、3H)、2.82−2.91(m、3H)、2.57(s、2H)、2.27−2.34(m、3H)、2.03(t、J=7.34Hz、3H)、1.47(td、J=7.70、15.90Hz、3H)、1.20−1.24(m、2H)、0.78−0.86(m、2H)、0.40−0.49(m、3H)、0.11(s、6H)、−0.02(s、6H);MS(ES
+):m/z=1037.15[M+H]
+;LCMS:t
R=3.29分。
2,5−ジオキソピロリジン−1−イル4−(3−(((5−((2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタノエート[実施例49]:
【化136】
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【0230】
4−(3−(((5−((2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸(270mg、0.597mmol)のDCM溶液(5mL)に、DCC(135mg、0.657mmol)及びN−ヒドロキシサクシニミド(75mg、0.657mmol)を投入し、室温で15時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、222mg(68%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.50(s、2H)、7.03(s、2H)、4.55(s、2H)、2.78(s、4H)、2.60−2.66(m、2H)、2.35(s、2H)、1.59−1.68(m、2H)、0.56−0.62(m、2H)、0.14(s、6H)、0.03(s、6H);MS(ES
+):m/z=550.80[M+H]
+;LCMS:t
R=3.39分。
4−(3−(((5−((2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸[実施例48]:
【化137】
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【0231】
1,1’−(((((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン))ビス(スルファンジイル))ビス(ピリミジン−2,5−ジイル))ビス(メチレン))ビス(1H−ピロール−2,5−ジオン)(400mg、0.666mmol)及び4,4’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)二酪酸(203mg、0.666mmol)の溶液に、4M HCl/ジオキサン溶液(10mL)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体をもたらした。この粗製中間体をアセトニトリル(20mL)中に溶解させ、続いてDIPEA(0.69mL、3.999mmol)及び水(20mL)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、270mg(90%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=11.93(s、1H)、8.53(s、2H)、7.06(s、2H)、4.58(s、2H)、2.37(s、2H)、2.20(t、J=7.09Hz、2H)、1.47−1.59(m、2H)、0.47−0.56(m、2H)、0.17(s、6H)、0.05(s、6H);MS(ES
+):m/z=454.18[M+H]
+;LCMS:t
R=3.26分。
5−(N−(2−アンモニオエチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホン酸塩化物(4):
【化138】
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【0232】
5−(N−(2−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)エチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(170mg、0.242mmol)の6N HCl水溶液(4mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて、116mg(80%収率)の表題化合物を暗赤色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.45(d、J=1.47Hz、1H)、8.26(t、J=5.62Hz、1H)、7.96−7.99(m、1H)、7.92(br.s、2H)、7.53(d、J=7.83Hz、1H)、7.01−7.06(m、2H)、6.94−6.99(m、3H)、4.00−4.07(m、1H)、3.59−3.72(m、7H)、3.39(s、2H)、3.06−3.13(m、2H)、2.95(d、J=5.38Hz、2H)、1.15−1.26(m、12H);MS(ES
+):m/z=601.40[M+H]
+;LCMS:t
R=1.99分。
5−(N−(2−((tert−ブトキシカルボニル)アミノ)エチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(3):
【化139】
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【0233】
5−(クロロスルホニル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(170mg、0.242mmol)のDMF溶液(4mL)に、DIPEA(0.18mL、1.03mmol)及びtert−ブチル(2−アミノエチル)カルバメート(55.4mg、0.346mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、179mg(74%収率)の表題化合物をピンク色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.41(s、1H)、8.02(t、J=5.87Hz、1H)、7.93(d、J=7.83Hz、1H)、7.48(d、J=7.83Hz、1H)、6.97−7.06(m、4H)、6.94(s、2H)、6.87(br.s、1H)、3.58−3.70(m、8H)、2.99−3.06(m、2H)、2.85−2.91(m、2H)、1.37(s、9H)、1.21(t、J=6.85Hz、12H);MS(ES
+):m/z=701.35[M+H]
+;LCMS:t
R=2.92分。
実施例50:
【化140】
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3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(((5−(プロパ−2−イン−1−イル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)ジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例50]:
【化141】
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【0234】
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(((5−(プロパ−2−イン−1−イル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)ジシロキサニル)プロピル)カルバメート(2.50g、4.347mmol)の飽和エタノール性アンモニア溶液(50mL)を、室温で15時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物を、0〜10%アンモニア飽和メタノール/DCM溶液で溶出するCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、250mg(16%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.52(s、2H)、6.36(t、J=6.85Hz、1H)、5.39(d、J=6.85Hz、2H)、2.46(d、J=6.85Hz、2H)、2.38(s、2H)、1.66(br.s、2H)、1.29−1.38(m、2H)、0.44−0.51(m、2H)、0.16(s、6H)、0.05(s、6H);MS(ES
+):m/z=354.15[M+H]
+;LCMS:t
R=2.33分。
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(((5−(プロパ−2−イン−1−イル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)ジシロキサニル)プロピル)カルバメート(6):
【化142】
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【0235】
1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス(((5−(プロパ−2−イン−1−イル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)ジシロキサン(2.48g、5.050mmol)とビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(3.50g、5.05mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(35mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体4及び5をもたらした。4と5との混合物をアセトニトリル(350mL)中に溶解させ、続いて水(0.90mL、5.05mmol)及びDIPEA(2.63mL、15.15mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのクロマトグラフィによって精製して、2.50g(86%収率)の表題化合物を無色の油として得た。MS(ES
+):m/z=576.45[M+H]
+;LCMS:t
R=3.98分。
1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス(((5−(プロパ−2−イン−1−イル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)ジシロキサン(2):
【化143】
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【0236】
1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(6g、12.52mmol)のTHF溶液(200mL)に、ヨウ化銅(4.76g、25.05mmol)及び臭化エチニルマグネシウム(9.6g、75.15mmol)を室温で添加した。この反応混合物を70℃でさらに加熱還流し、もう12時間撹拌した。この反応混合物を濾過し、水(50mL)で希釈し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜20%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3.70g(60%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.53(s、4H)、3.59(d、J=2.45Hz、4H)、3.13(t、J=2.45Hz、2H)、2.37(s、4H)、0.15(s、12H)。
実施例51:
【化144】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−((ピリミジン−2−イルアミノ)メチル)ジシロキサニル)プロピル)イソブチルアミド[実施例51]:
【化145】
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【0237】
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン))ビス(ピリミジン−2−アミン)(500mg、1.436mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(2−メチルプロパンアミド)(567mg、1.436mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(15mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体6及び7をもたらした。6と7との混合物をアセトニトリル(50mL)中に溶解させ、続いて水(0.051mL、2.80mmol)、DIPEA(2.2g、17.05mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜30%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液を用いたシリカでのクロマトグラフィによって精製して、160mg(30%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.21(d、J=4.40Hz、2H)、7.62−7.69(m、1H)、6.82(t、J=5.14Hz、1H)、6.48(t、J=4.89Hz、1H)、2.97(q、J=6.85Hz、2H)、2.75(d、J=5.38Hz、2H)、2.31(quin、J=6.85Hz、1H)、1.32−1.42(m、2H)、0.97(d、J=6.85Hz、6H)、0.40−0.48(m、2H)、0.11(s、6H)、0.01(s、6H);MS(ES
+):m/z=184.08[M/2+H]
+;LCMS:t
R=1.42分。
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(メチレン))ビス(ピリミジン−2−アミン)(4):
【化146】
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【0238】
(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ジメタンアミン(3g、15.35mmol)のエタノール溶液(10mL)に、トリエチルアミン(12.8mL、92.10mmol)及び2−クロロピリミジン(3.5g、30.70mmol)を室温で投入した。この反応混合物を2時間にわたって60℃にさらに加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、3.2g(60%収率)の表題化合物を無色の油として得た。MS(ES
+):m/z=184.00[M/2+18]
+;LCMS:t
R=1.34分。
(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ジメタンアミン(3):
【化147】
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【0239】
1,3−ビス(アジドメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(4.5g、18.41mmol)のメタノール性アンモニア溶液(150mL)に、10% Pd/C(450mg、10重量%)をアルゴン雰囲気下で投入した。この反応混合物を、水素雰囲気下において室温のオートクレーブ内で2時間撹拌した。この反応混合物をCeliteのパッドで濾過し、メタノールで洗浄した。この濾液を真空中で濃縮させて、2.86g(90%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=2.48(br.s、4H)、2.01(s、2H)、0.06(3、12H)。
1,3−ビス(アジドメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(2):
【化148】
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【0240】
1,3−ビス(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5g、21.64mmol)のDMF溶液(50mL)に、アジ化ナトリウム(3g、47.61mmol)及びヨウ化ナトリウム(7g、47.61mmol)を室温で投入した。この反応混合物を12時間にわたって90℃にさらに加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、この残渣をエーテル(50mL)中で撹拌し、濾過した。この濾液を真空中で濃縮させて、4.40g(85%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=2.76(s、4H)、0.09(s、12H)。
実施例52及び実施例77:
【化149】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(2−(ピリミジン−2−イル)エチル)ジシロキサニル)プロピル)イソブチルアミド[実施例52]:
【化150】
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【0241】
((E)−N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(2−(ピリミジン−2−イル)ビニル)ジシロキサニル)プロピル)イソブチルアミド(600mg、1.643mmol)のTHF溶液(20mL)に、Pd(OAc)
2(73mg、0.328mmol)及びジメチルエトキシシラン(512mg、4.931mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物を、0〜10%アンモニア飽和メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、90mg(15%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.72(d、J=4.89Hz、2H)、7.70(br.s、1H)、7.32(t、J=4.89Hz、1H)、2.99(q、J=6.52Hz、2H)、2.83−2.92(m、2H)、2.28−2.36(m、1H)、1.39(td、J=7.83、15.65Hz、2H)、0.95−1.04(m、8H)、0.44−0.50(m、2H)、0.05(s、12H);MS(ES
+):m/z=182.95モノマー[M+H]
+;LCMS:t
R=1.89/2.12分。
(E)−N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(2−(ピリミジン−2−イル)ビニル)ジシロキサニル)プロピル)イソブチルアミド[実施例77]:
【化151】
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【0242】
1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス((E)−2−(ピリミジン−2−イル)ビニル)ジシロキサン(1g、2.923mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(2−メチルプロパンアミド)(1.13g、2.923mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(20mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体5及び6をもたらした。5と6との混合物をアセトニトリル(50mL)中に溶解させ、続いて水(0.105mL、5.846mmol)及びDIPEA(3mL、17.54mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、1.02g(48%収率)の表題化合物(シスとトランスとの混合物)を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=(シスとトランスとの混合物)8.81(d、J=4.89Hz、2H)、8.77(t、J=5.38Hz、2H)、7.68(br.s、2H)、7.39(q、J=4.40Hz、4H)、7.27−7.36(m、1H)、6.96−7.06(m、1H)、4.02−4.12(m、1H)、3.44(dt、J=3.42、15.16Hz、2H)、3.08−3.19(m、2H)、3.00(q、J=6.36Hz、4H)、2.32(td、J=6.30、13.33Hz、2H)、1.38−1.46(m、4H)、0.98(s、6H)、0.97(s、6H)、0.20−0.32(m、12H)、0.07−0.12(m、12H);MS(ES
+):m/z=366.15[M+H]
+;LCMS:t
R=3.22/3.31分。
1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス((E)−2−(ピリミジン−2−イル)ビニル)ジシロキサン(3):
【化152】
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【0243】
2−クロロピリミジン(5g、43.85mmol)のDMF溶液(95mL)に、1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ジビニルジシロキサン(4.07g、21.92mmol)、酢酸ナトリウム(10.8g、131.5mmol)、酢酸パラジウム(982mg、4.385mmol)、及びトリス−o−トルエンホスフィン(2.6g、8.771mmol)を室温で添加した。この反応混合物を120℃で14時間さらに加熱還流し、水で希釈し、Celiteのパッドで濾過した。分離した有機層を水で洗浄し、分離させた。有機層をNa
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜20%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、3.15g(21%収率)の表題化合物を無色の油として得た。MS(ES
+):m/z=342.55[M+H]
+;LCMS:181.08(モノマー);t
R=2.1分。
実施例53:
【化153】
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N−(3−(3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例53]:
【化154】
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【0244】
1,3−ビス(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(361mg、1.2mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(400mg、1.2mmol)との混合物の溶液を4M HCl/ジオキサン溶液(10mL)中に溶解させ、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、4と5との粗製混合物をもたらした。この粗製混合物に、アセトニトリル(10mL)及び水(43mg、2.4mmol)、続いてDIPEA(931mg、7.2mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、20〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルクロマトグラフィでのクロマトグラフィによって精製して、280mg(73%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.80(br.s、1H)、3.28(t、J=6.85Hz、2H)、2.93−3.01(m、2H)、1.76(s、3H)、1.49−1.58(m、2H)、1.32−1.41(m、2H)、0.50−0.55(m、2H)、0.42−0.49(m、2H)、0.05(s、6H)、0.03(s、6H);(ESMS):m/z=339.00[M+Na]
+及び360.85[M+ACN]
+
1,3−ビス(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(2):
【化155】
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【0245】
1,3−ビス(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(3g、10.4mmol)のDMF溶液(30mL)に、アジ化ナトリウム(1.49g、22.9mmol)を投入し、90℃で12時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、反応混合物をジエチルエーテル中に溶解させた。沈殿物をフリット漏斗で濾去し、この濾液を真空中で濃縮させて、2.80g(90%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=3.28(t、J=6.85Hz、4H)、1.49−1.59(m、4H)、0.49−0.57(m、4H)、0.06(s、12H)。
実施例54:
【化156】
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N−(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド[実施例54]:
【化157】
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【0246】
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(2,2,2−トリフルオロアセトアミド)(447mg、0.9mmol)及び1,3−ビス(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(400mg、0.9mmol)の溶液に、4M HCl/ジオキサン溶液(10mL)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、4と5との粗製混合物をもたらし、これに、アセトニトリル(10mL)及び水(32mg、1.8mmol)、続いてDIPEA(703mg、5.45mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのクロマトグラフィによって精製して、249mg(59%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=9.39(br.s、1H)、8.62−8.66(m、2H)、4.48(s、2H)、3.12(q、J=6.85Hz、2H)、2.38(s、2H)、1.41−1.52(m、2H)、0.43−0.51(m、2H)、0.15(s、6H)、0.04(s、6H);MS(ES
+):m/z=467.14[M+H]
+;LCMS:t
R=3.63分。
N,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ビス(2,2,2−トリフルオロアセトアミド)(2):
【化158】
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【0247】
3,3’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−1−アミン)(1g、4.03mmol)の溶液に、2,2,2−トリフルオロ酢酸エチル(1.70g、12.09mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で乾燥するまで濃縮させて、1.76g(80%収率)の表題化合物を無色の油として得た。この粗製化合物をさらなる精製なしで次のステップに直接使用した。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=9.40(br.s、2H)、3.13(q、J=6.85Hz、4H)、1.47(td、J=7.83、15.65Hz、4H)、0.42−0.50(m、4H)、0.03(s、12H)。
実施例55:
【化159】
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2−(((3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)−5−(クロロメチル)ピリミジン[実施例55]:
【化160】
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【0248】
1,3−ビス(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(2.0g、6.66mmol)と1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(3.19g、6.66mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(50mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、3と4との粗製混合物をもたらし、混合物アセトニトリル(20mL)及び水(239mg、13.32mmol)、及びDIPEA(10.3g、79.9mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜20%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのクロマトグラフィによって精製して、3.40g(85%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.64(s、2H)、4.71(s、2H)、3.20(t、J=6.85Hz、2H)、2.34(s、2H)、1.42−1.52(m、2H)、0.44−0.50(m、2H)、0.11(s、6H)、0.00(s、6H);MS(ES
+):m/z=389.80[M+H]
+;LCMS:t
R=4.11分。
実施例56:
【化161】
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N−(3−(3−(((5−((2−アジドエトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例56]:
【化162】
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【0249】
4M HCl/ジオキサン溶液(20mL)中に溶解した、1,3−ビス(((5−((2−アジドエトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(500mg、0.862mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(286mg、0.862mmol)との混合物の溶液を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体7及び8をもたらした。7と8との粗製混合物に、アセトニトリル(60mL)及び水(0.031mL、17.24mmol)、続いてDIPEA(0.89mL、51.72mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜70%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのクロマトグラフィによって精製して、595mg(75%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.58(s、2H)、7.77(br.s、1H)、4.51(s、2H)、3.64(t、J=4.65Hz、2H)、3.42(t、J=4.65Hz、2H)、2.95(q、J=6.36Hz、2H)、2.35−2.40(m、2H)、1.73−1.78(m、3H)、1.31−1.41(m、2H)、0.42−0.50(m、2H)、0.15(s、6H)、0.04(s、6H);MS(ES
+):m/z=457.29[M+H]
+;LCMS:t
R=3.25分。
実施例57:
【化163】
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N−(3−(3−(((5−((2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例57]:
【化164】
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【0250】
1,3−ビス(((5−((2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(500mg、0.748mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(248mg、0.748mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(20mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体7及び8をもたらした。中間体7と8との混合物に、アセトニトリル(60mL)及び水(0.026mL、1.497mmol)、続いてDIPEA(0.39mL、2.24mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、530mg(71%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.60(s、2H)、7.79(br.s、1H)、4.49(s、2H)、3.62−3.57(m、6H)、3.37−3.42(m、2H)、2.93−3.02(m、2H)、2.40(s、2H)、1.78(s、3H)、1.35−1.45(m、2H)、0.45−0.53(m、2H)、0.18(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES
+):m/z=501.37[M+H]
+;LCMS:t
R=3.21分。
実施例58:
【化165】
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N−(3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例58]:
【化166】
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【0251】
4M HCl/ジオキサン溶液(20mL)中に溶解した、1,3−ビス(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(600mg、0.797mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(263mg、0.797mmol)との混合物の溶液を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体7及び8をもたらした。中間体7と8との混合物に、アセトニトリル(60mL)及び水(0.014mL、0.797mmol)、続いてDIPEA(306mg、2.393mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、430mg(50%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.60(s、2H)、7.79(s、1H)、4.49(s、2H)、3.53−3.64(m、10H)、3.37−3.43(m、2H)、2.94−3.03(m、2H)、2.40(s、2H)、1.78(s、3H)、1.35−1.45(m、2H)、0.45−0.53(m、2H)、0.18(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES
+):m/z=545.30[M+H]
+;LCMS:t
R=3.19分。
実施例59:
【化167】
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3−(3−(((5−((2−アジドエトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例59]:
【化168】
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【0252】
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−((2−アジドエトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(4.4g、6.068mmol)の飽和エタノール性アンモニア溶液(132mL)を、室温で16時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物を、0〜10%アンモニア飽和メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.1g(36%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.62(s、2H)、4.54(s、2H)、3.64−3.69(m、2H)、3.43−3.47(m、2H)、2.46−2.50(m、2H)、2.40(s、2H)、1.73−2.25(m、2H)、1.30−1.41(m、2H)、0.46−0.54(m、2H)、0.18(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES
+):m/z=415.15[M+H]
+;LCMS:t
R=2.31分。
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−((2−アジドエトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(9):
【化169】
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【0253】
1,3−ビス(((5−((2−アジドエトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(4.0g、6.896mmol)とビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(4.7g、6.896mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(100mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体7及び8をもたらした。中間体7と8との混合物をアセトニトリル(300mL)中に溶解させ、続いて水(0.25mL、13.79mmol)及びDIPEA(7.2mL、41.37mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜70%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、4.40g(50.6%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.59(s、2H)、7.89(d、J=7.34Hz、2H)、7.69(d、J=7.34Hz、2H)、7.37−7.45(m、2H)、7.27−7.35(m、3H)、4.48−4.57(m、2H)、4.25−4.32(m、2H)、4.18−4.24(m、1H)、3.63−3.68(m、2H)、3.41−3.46(m、2H)、2.95(q、J=6.36Hz、2H)、2.36−2.42(m、2H)、1.42(td、J=7.46、15.41Hz、2H)、0.44−0.52(m、2H)、0.17(s、6H)、0.06(s、6H);MS(ES
+):m/z=637.90[M+H]
+;LCMS:t
R=4.00分。
1,3−ビス(((5−((2−アジドエトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5):
【化170】
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【0254】
0℃の2−アジドエタン−1−オール(2.40g、28.70mmol)のTHF溶液(300mL)に、水素化ナトリウム(1.37g、34.44mmol)を投入し、0℃で30分間撹拌した。次に、この反応混合物に、1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5.50g、11.48mmol)を投入し、得られた溶液を0℃でもう1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜100%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、5.94mg(60%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.70(s、2H)、8.59(s、2H)、4.78(s、2H)、4.52(s、2H)、3.64−3.67(m、2H)、3.58(br.s、2H)、3.41−3.46(m、2H)、3.24−3.28(m、1H)、2.41(d、J=2.93Hz、4H)、1.95−2.01(m、1H)、0.18(s、12H)。
実施例60:
【化171】
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3−(3−(((5−((2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例60]:
【化172】
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【0255】
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−((2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(3.80g、5.24mmol)の飽和エタノール性アンモニア溶液(76mL)を、室温で15時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物を、0〜10%アンモニア飽和メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、950mg(39%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.60(s、2H)、4.50(s、2H)、3.59−3.64(m、6H)、3.37−3.43(m、2H)、2.46−2.50(m、2H)、2.40(s、2H)、1.76(br.s、2H)、1.32−1.41(m、2H)、0.47−0.53(m、2H)、0.18(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES
+):m/z=459.79[M+H]
+;LCMS:t
R=2.23分。
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−((2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(9):
【化173】
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【0256】
1,3−ビス(((5−((2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(3.70g、5.538mmol)とビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(3.80g、5.538mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(100mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体7及び8をもたらした。中間体7と8との混合物をアセトニトリル(300mL)中に溶解させ、続いて水(0.199mL、11.07mmol)及びDIPEA(5.76mL、33.23mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3.8g(50.6%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.57(s、2H)、7.89(d、J=7.34Hz、2H)、7.69(d、J=7.34Hz、2H)、7.39−7.45(m、2H)、7.25−7.35(m、3H)、4.48(s、2H)、4.29(d、J=6.85Hz、2H)、4.17−4.24(m、1H)、3.57−3.63(m、6H)、3.35−3.41(m、2H)、2.95(q、J=6.85Hz、2H)、2.39(s、2H)、1.42(td、J=7.76、15.28Hz、2H)、0.44−0.52(m、2H)、0.17(s、6H)、0.06(s、6H);MS(ES
+):m/z=681.48[M+H]
+;LCMS:t
R=3.97分。
1,3−ビス(((5−((2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5):
【化174】
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【0257】
0℃の2−(2−アジドエトキシ)エタン−1−オール(3.76g、28.70mmol)のTHF溶液(300mL)に、水素化ナトリウム(1.37g、57.08mmol)を投入し、0℃で30分間撹拌した。次に、冷却した反応混合物に、1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5.5g、11.40mmol)を投入し、0℃でさらに1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、4.4g(58%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.55−8.60(m、4H)、4.60(t、J=5.38Hz、4H)、4.48(s、4H)、3.44−3.53(m、12H)、2.40(s、2H)、2.35(s、2H)、0.18(s、6H)、0.13(s、6H);MS(ES
+):m/z=334.10[M/2+H]
+;LCMS:t
R=2.65分。
実施例61:
【化175】
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3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例61]:
【化176】
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【0258】
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(3.69g、5.089mmol)の飽和エタノール性アンモニア溶液(73.8mL)を、室温で16時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物を、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.1g(44%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.60(s、2H)、4.49(s、2H)、3.53−3.63(m、10H)、3.36−3.42(m、2H)、2.47−2.50(m、2H)、2.40(s、2H)、1.77−1.93(m、2H)、1.31−1.40(m、2H)、0.47−0.53(m、2H)、0.18(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES
+):m/z=503.37[M+H]
+;LCMS:t
R=2.21分。
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(9):
【化177】
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【0259】
1,3−ビス(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(4.89g、6.459mmol)とビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(4.30g、6.459mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(50mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体7及び8をもたらした。中間体7と8との混合物をアセトニトリル(150mL)中に溶解させ、続いて水(0.114mL、6.459mmol)及びDIPEA(3.3mL、19.37mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、70〜100%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3.69mg(82%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.56(s、2H)、7.88(d、J=7.34Hz、2H)、7.67(d、J=7.34Hz、2H)、7.36−7.43(m、2H)、7.31(t、J=7.34Hz、2H)、7.27(br.s、1H)、4.45(s、2H)、4.27(d、J=6.85Hz、2H)、4.20(d、J=6.36Hz、1H)、3.51−3.60(m、10H)、3.34−3.39(m、2H)、2.90−2.98(m、2H)、2.38(s、2H)、1.34−1.45(m、2H)、0.43−0.50(m、2H)、0.15(s、6H)、0.05(s、6H);MS(ES
+):m/z=725.51[M+H]
+;LCMS:t
R=3.97分。
1,3−ビス(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5):
【化178】
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【0260】
2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エタン−1−オール(2.3g、13.14mmol)のTHF溶液(500mL)を0℃に冷却し、水素化ナトリウム(1.62g、39.42mmol)を投入し、0℃で30分間撹拌した。この反応物に、1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(6.5g、13.14mmol)を投入し、0℃でさらに1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、5.94g(60%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.57(s、4H)、4.57(t、J=5.62Hz、2H)、4.47(s、4H)、3.46−3.63(m、22H)、2.41(s、4H)、0.18(s、12H);MS(ES
+):m/z=380.00[M/2+H]
+;LCMS:t
R=3.66分。
実施例62:
【化179】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(((5−((4−フェニル−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)ジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例62]:
【化180】
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【0261】
エチニルベンゼン(14.85mg、0.145mmol)及びN−(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド(実施例43、50mg、0.121mmol)の溶液を、DMF(121μl)中に溶解させた。この反応混合物に、アスコルビン酸ナトリウム(24.00mg、0.121mmol)の水溶液(121μl)を投入し、続いて、硫酸銅五水和物(28.5mg、0.091mmol)の水溶液(121μl)を添加した。5分後、反応が完了し、この反応物をワークアップした。この反応混合物をDCMと水とに分配し、分離させた。この水性をDCM(3×)で抽出し、合わせたDCM画分をNa
2SO
4で乾燥させ、濾過し、濃縮させた。この粗製物を、シリカゲル[DCM中0%の(10% NH
4OH/MeOH)〜DCM中8%の(10% NH
4OH/MeOH)で溶出する4gカートリッジ]でのISCOクロマトグラフィによって精製し、17.3mg(27.7%収率)の表題化合物を透明無色の油としてもたらした。
1H NMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)8.55(s、2H)、7.79−7.83(m、2H)、7.78(s、1H)、7.40−7.46(m、2H)、7.31−7.38(m、1H)、5.54(s、2H)、3.16−3.23(m、2H)、2.96(s、1H)、2.89(s、1H)、2.41(s、2H)、1.97(s、3H)、1.66(s、2H)、1.45−1.55(m、2H)、1.26(s、4H)、0.48−0.55(m、2H)、0.21(s、6H)、0.08(s、6H)、MS(ES+):m/z=515.34[M+H]
+;LCMS:t
R=2.20分[polar_3min_1500]。
実施例63:
【化181】
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[実施例63]:
【化182】
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【0262】
N−(1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル)アセトアミド(10.00mg、0.036mmol)及びN−(3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例58](60.9mg、0.112mmol)の溶液を、DMF(36.1μl)中に溶解させた。この反応混合物に、アスコルビン酸ナトリウム(7.14mg、0.036mmol)の水溶液(36.1μl)を投入し、続いて、硫酸銅五水和物(8.47mg、0.027mmol)の水溶液(36.1μl)を添加した。15分後、この反応混合物をLCMSにより点検し、所望の生成物と一致する質量を有することを見出した。この反応混合物をDCMと水とに分配し、分離させた。この水性をDCM(3×)で抽出し、合わせた画分をNa
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製物をもたらし、これを、シリカゲル[DCM中0%の(10% NH
4OH/MeOH)〜DCM中8%の(10% NH
4OH/MeOH)で溶出する4gカートリッジ]でのISCOクロマトグラフィによって精製し、11.000mg(15.96%収率)の表題化合物を透明無色の油としてもたらした。
1H NMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)8.50(s、6H)、7.71(s、3H)、6.28(s、1H)、5.73−5.86(m、3H)、4.57(s、6H)、4.54(t、J=5.2Hz、6H)、4.50(s、6H)、3.86−3.90(m、6H)、3.81(s、6H)、3.63(d、J=10.9Hz、23H)、3.18−3.25(m、6H)、2.41(s、6H)、1.97(s、9H)、1.93(s、3H)、1.77(s、8H)、1.48−1.57(m、6H)、0.50−0.57(m、6H)、0.21(s、18H)、0.09(s、18H)、MS(ES+):m/z=1911.43、1912.44。1913.23[M+H]
+;LCMS:t
R=2.31分[polar_3min_1500]。
N−(1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル)アセトアミド(3):
【化183】
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【0263】
表題化合物を、次の文献に記載のように調製した:J.Org.Chem.,2008,73,5602−56−5。
実施例64及び実施例80:
【化184】
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(S)−24−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−1−(1−((2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((3S,5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−21−オキソ−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサ−20−アザペンタコサン−25−オイック酸[実施例80]:
【化185】
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【0264】
エッペンドルフバイアルに、DMF(219μl)を、(S)−26−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オイック酸(15.87mg、0.021mmol)と、(3R,5S,7R,9S)−メチル9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(18.2mg、0.016mmol)との混合物中に添加した。両方の反応物質を溶解させるために、さらなるDMF(219μL)を添加した。このバイアルを窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。次に、新しく調製したアスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、32.9μL、3.29μmol)の水溶液(55μL)を添加し、続いて、新しく調製した硫酸銅五水和物(100mM水溶液、32.9μL、3.29μmol)の水溶液(55μL)を添加した。このバイアルを窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。黄色の懸濁液が形成された。反応が進行するにつれ、さらなる固体を溶液中に入れた。2.5時間後、LCMSは、主に生成物を示した。反応を停止させた。全体を1.5mLのDMSO中に溶解させ、真空を用いてISCO固体充填フィルタプラグに通した。残渣については、約0.5mLのDMSOで溶解させ、同じフィルタプラグに通した。合わせた濾液(2mL)を、逆相分取HPLCによって精製した。10mM炭酸水素アンモニウム水溶液及びMeCN移動相を勾配1での逆相分取HPLCに使用して、凍結乾燥後に6.15mg(20.2%収率)の表題化合物を薄黄色の固体を得た。酸性移動相及び[polar_3min_0_1500]の方法を使用した1.51分間のLCMS(M+2)=1851.2、(M+2)/2=926.0、(M+3)/3=617.7、(M+4)/4=463.6。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm0.01−0.09(m、7H)0.16(s、7H)0.43−0.55(m、2H)0.63(brs、1H)0.70−0.88(m、7H)1.09−1.37(m、7H)1.38−1.66(m、5H)1.81−2.09(m、6H)2.16(brd、J=7.07Hz、2H)2.27−2.43(m、6H)2.60−2.77(m、8H)2.89(brd、J=9.85Hz、2H)3.01−3.22(m、15H)3.43−3.57(m、18H)3.71(s、5H)3.83(brd、J=5.81Hz、1H)3.91−4.11(m、3H)4.23(brs、1H)4.43−4.55(m、4H)5.52−5.73(m、5H)6.19(s、1H)6.44(s、1H)6.54−6.70(m、3H)6.86−7.05(m、5H)7.26(d、J=8.08Hz、1H)7.37(d、J=7.83Hz、1H)7.63(brd、J=8.34Hz、2H)7.77(brt、J=5.68Hz、1H)7.89(brs、1H)8.09(brs、1H)8.20(s、1H)8.48−8.73(m、4H)9.33(s、1H)。MS(ES+):m/z=(M+2)=1851.2、(M+2)/2=926.0、(M+3)/3=617.7、(M+4)/4=463.6。[M+H]
+;LCMS:t
R=1.51分[polar_3min_1500]。
メチル(3R,5S,7R,9S)−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート[実施例64]:
【化186】
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【0265】
(3R,5S,7R,9S)−メチル5−エチル−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−5−(ヒドラジンカルボニル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(200mg、0.260mmol)のアセトニトリル溶液(3.34ml)を−10℃に冷却し、1M HCl水溶液(12.33ml、12.33mmol)を投入し、−10℃に維持し、次に、固体亜硝酸ナトリウム(41.3mg、0.598mmol)を投入した(注:NaNO
2を添加すると、色が淡黄色/無色から黄味がかった茶色に変化した)。10分後、この黄味がかった茶色の溶液を、冷たい飽和NaHCO
3溶液の滴下添加(約13.2mLのNaHCO
3の添加)でpH約8.00に調整した。この溶液をDCM(5×10mL)で迅速に抽出し、合わせた有機層をブライン(1×20mL)で洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、約8.00mL〜10mLに濃縮させ、0℃に冷却し、3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例44](96mg、0.260mmol)のDCM溶液(8.0mL)を投入し、0℃で2時間撹拌させた。この反応混合物を真空中で濃縮させ、薄褐色の固体をもたらした。この粗製物を、シリカゲル[ISCO CombiFlash、DCM中0%の(10% 7N NH3/MeOH)〜8%の(10% 7N NH3/MeOH)で溶出する12gのGoldカートリッジでのクロマトグラフィによってさらに精製し、127mg(44%収率)の表題化合物を薄黄色の発泡固体としてもたらした。
1H NMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)9.47−9.59(m、1H)、8.49(s、2H)、8.04(s、1H)、7.54(d、J=8.1Hz、1H)、7.15−7.21(m、3H)、7.08−7.14(m、1H)、6.61(s、1H)、6.08(s、1H)、5.84(s、2H)、4.34(s、2H)、4.19(d、J=4.8Hz、1H)、3.92−4.03(m、1H)、3.78(s、3H)、3.63−3.74(m、1H)、3.61(s、3H)、3.38−3.45(m、2H)、3.07−3.37(m、8H)、2.83−2.89(m、1H)、2.79−2.83(m、5H)、2.62(s、1H)、2.60(d、J=4.8Hz、1H)、2.37−2.50(m、4H)、2.24−2.33(m、1H)、1.98−2.10(m、1H)、1.68−1.83(m、2H)、1.52−1.60(m、4H)、1.45−1.51(m、1H)、1.37−1.45(m、1H)、1.21−1.36(m、4H)、0.87−1.00(m、7H)、0.85(brd、J=6.1Hz、1H)、0.54−0.62(m、2H)、0.19−0.25(m、6H)、0.10(s、6H)、MS(ES+):m/z=1107.61、1108.56[M+H]
+;LCMS:t
R=1.62分[polar_3min_1500]。
メチル(3R,5S,7R,9S)−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(3):
【化187】
[この文献は図面を表示できません]
【0266】
ヒドラジン(12.77ml、407mmol)のエタノール溶液(15.03ml)に、(3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−メチル4−アセトキシ−3a−エチル−9−((3R,5S,7R,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−5−ヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキシレート、硫酸塩(2.5g、2.75mmol)を投入し、N
2雰囲気下で60℃に加熱した。この反応混合物を16時間にわたって60℃に加熱し、次に室温でさらに6時間撹拌した。この反応混合物を、90mLのHPLCグレード水に注ぎ、この水性を5×90mLのDCMで抽出し、合わせた有機画分を、水1×90mL及びブライン1×120mLで洗浄し、無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製生成物をもたらし、これを、シリカゲル[ISCO Combiflash、100% DCM〜DCM中8%の7N NH3/MeOHの勾配で溶出する12gの金カートリッジ]でのカラムクロマトグラフィによってさらに精製し、1.42g(67.1%収率)の表題化合物を灰白色の固体としてもたらした。
1H NMR(DMSO−d
6、400MHz):δ(ppm)9.31(s、1H)、8.87−9.03(m、1H)、8.81(brs、1H)、8.33(s、1H)、7.37(d、J=7.8Hz、1H)、7.26(d、J=8.1Hz、1H)、6.96−7.04(m、1H)、6.88−6.95(m、1H)、6.45(s、1H)、6.20(s、1H)、5.76(s、2H)、5.66−5.72(m、1H)、5.54−5.62(m、1H)、4.23(brd、J=3.8Hz、2H)、4.12(brd、J=3.5Hz、1H)、4.05(brdd、J=15.2、13.6Hz、1H)、3.90−3.97(m、2H)、3.82(d、J=6.1Hz、1H)、3.65−3.78(m、4H)、3.54(s、3H)、3.36(s、1H)、3.26(brd、J=14.1Hz、1H)、3.03−3.22(m、4H)、2.89(brdd、J=14.4、4.5Hz、1H)、2.61−2.77(m、6H)、2.28−2.42(m、2H)、1.97−2.05(m、1H)、1.88−1.97(m、1H)、1.74(s、2H)、1.51−1.66(m、2H)、1.25−1.38(m、2H)、1.12−1.21(m、3H)、0.71−0.85(m、6H)、0.56−0.67(m、1H)、MS(ES+):m/z=769.40、770.41[M+H]
+;LCMS:t
R=132分[polar_3min_1500]。
化合物6:
【化188】
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(R)−26−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オイック酸(6):
【化189】
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【0267】
tert−ブチル(R)−26−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート5(1.66g、2.080mmol)のDCM溶液(50mL)に、トリフルオロ酢酸(50mL)を投入し、室温で12時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、逆相Combiflashカラムクロマトグラフィ(アセトニトリル:水:0.1% TFA)によって精製して、650mg(42%収率)の表題化合物を黄色の個体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=12.49(s、1H)、8.66(s、1H)、8.20(d、J=7.34Hz、1H)、7.87−7.94(m、1H)、7.65(d、J=8.31Hz、2H)、7.12(br.s、2H)、6.63(d、J=8.31Hz、2H)、4.49(s、2H)、4.22−4.32(m、1H)、4.13(d、J=2.45Hz、2H)、3.45−3.56(m、20H)、3.43(t、J=2.20Hz、1H)、3.36(t、J=5.87Hz、2H)、3.17(q、J=5.87Hz、2H)、2.14−2.24(m、2H)、1.99−2.08(m、1H)、1.84−1.96(m、1H);MS(ES
+):m/z=743.41[M+H]
+;LCMS:t
R=1.83分。
tert−ブチル(R)−26−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート(5):
【化190】
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【0268】
tert−ブチル(R)−26−(4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート(2.0g、2.237mmol)のDMF溶液(40mL)に、0.1Mピペリジン溶液(40mL)を投入し、室温で3時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物をもたらした。この粗製化合物をジエチルエーテル(40mL)中で10分間撹拌し、固体を濾過し、ジエチルエーテル(20mL)で洗浄し、乾燥させて、1.60g(90%収率)の表題化合物を黄色の個体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.64(s、1H)、8.16−8.21(m、1H)、7.91(t、J=5.62Hz、1H)、7.64(d、J=8.31Hz、2H)、6.95(t、J=5.87Hz、1H)、6.63(d、J=8.80Hz、2H)、4.48(d、J=5.38Hz、2H)、4.16−4.23(m、1H)、4.13(d、J=1.96Hz、2H)、3.45−3.57(m、20H)、3.13−3.20(m、2H)、2.93−2.98(m、2H)、2.14−2.23(m、2H)、1.85−2.03(m、2H)、1.52−1.64(m、4H)、1.39(s、9H);MS(ES
+):m/z=799.40[M+H]
+;LCMS:t
R=2.20分。
tert−ブチル(R)−26−(4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート(4):
【化191】
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【0269】
2,5−ジオキソピロリジン−1−イル4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)ベンゾエート(2.10g、4.158mmol)及びtert−ブチル(R)−26−アミノ−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート(2.09g、4.158mmol)のDMF溶液(40mL)に、窒素雰囲気下で4時間にわたりDIPEA(1.44mL、8.316mmol)を添加した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物をもたらした。この粗製化合物をジエチルエーテル(250mL)中で15分間撹拌し、沈殿した固体を濾過し、ジエチルエーテル(100mL)で洗浄し、乾燥させて、3.25g(87%収率)の表題化合物を灰白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.73−8.78(m、1H)、8.62(s、1H)、7.89(d、J=7.34Hz、3H)、7.63(d、J=7.83Hz、2H)、6.88(s、3H)、5.11(br.s、2H)、4.20−4.28(m、1H)、4.13(s、2H)、3.45−3.58(m、17H)、3.38(dd、J=5.87、12.23Hz、4H)、3.13−3.22(m、2H)、2.17−2.28(m、2H)、1.84−2.09(m、4H)、1.40(s、9H);MS(ES
+):m/z=895.30[M+H]
+;LCMS:t
R=2.48分。
tert−ブチル(R)−26−アミノ−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート(3):
【化192】
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【0270】
封管内のtert−ブチル(R)−26−((((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート(9g、12.39mmol)の飽和エタノール性アンモニア溶液(50mL)を、室温で16時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するフラッシュカラムクロマトグラフィによって精製して、4.68g(75%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=6.65(s、1H)、6.08(s、2H)、4.21(d、J=2.45Hz、2H)、3.59−3.72(m、19H)、3.54−3.57(m、2H)、3.42−3.48(m、2H)、3.34(dd、J=4.65、9.05Hz、1H)、2.42−2.46(m、1H)、2.31−2.37(m、2H)、2.05−2.15(m、1H)、1.73−1.83(m、2H)、1.46(s、9H);MS(ES
+):m/z=505.00[M+H]
+;LCMS:t
R=2.46分。
tert−ブチル(R)−26−((((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オエート(2):
【化193】
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【0271】
3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘニコサ−20−イン−1−アミン(7g、21.94mmol)のDMF溶液(25mL)に、Fmoc−Glu−Ot−Bu(mg、21.94mmol)、HATU(12.5g、32.91mmol)、及びDIPEA(4.2mL、32.91mmol)を投入し、室温で16時間撹拌した。この反応混合物を水で希釈し、酢酸エチルで抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するCombiflashでのカラムクロマトグラフィによって精製して、9.2g(58%収率)の表題化合物を灰白色の半固体として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.77(d、J=7.34Hz、2H)、7.59−7.64(m、2H)、7.38−7.43(m、2H)、7.29−7.35(m、2H)、6.57(br.s、1H)、5.78(d、J=7.83Hz、1H)、4.39(dq、J=7.34、10.76Hz、2H)、4.22(t、J=7.09Hz、2H)、4.19(d、J=2.45Hz、2H)、3.59−3.70(m、20H)、3.53−3.57(m、2H)、3.41−3.47(m、2H)、2.43(t、J=2.45Hz、1H)、2.22−2.32(m、2H)、1.47(s、9H)、1.23−1.27(m、2H);MS(ES
+):m/z=727.51[M+H]
+;LCMS:t
R=3.18分。
2,5−ジオキソピロリジン−1−イル4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)ベンゾエート(1a):
【化194】
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【0272】
4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)安息香酸(550mg、1.348mmol)のDMF溶液(20mL)に、NHS(186mg、1.617mmol)、DCC(333mg、1.617mmol)を投入し、室温で14時間撹拌した。この反応混合物を水(25mL)でクエンチし、濾過し、水(20mL)で洗浄し、乾燥させて粗製化合物(580mg)をもたらした。この粗製化合物を、室温で1時間にわたりメタノール(25mL)中で撹拌した。この固体を濾過し、メタノール(5mL)で洗浄し、乾燥させて、350mg(51%収率)の表題化合物を灰白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=11.47(br.s、1H)、8.65(s、1H)、8.16(d、J=8.31Hz、2H)、7.80(d、J=8.31Hz、2H)、5.57(d、J=7.82Hz、2H)、2.89(br.s、2H)、1.68−1.76(m、2H)、1.57−1.66(m、2H);MS(ES
+):m/z=506.30[M+H]
+;LCMS:t
R=2.22分。
実施例65:
【化195】
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N−(3−(3−(((5−((2−(2−(2−(4−ベンジル−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)エトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例65]:
【化196】
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【0273】
N−(3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例58](30mg、0.055mmol)及びプロパ−2−イン−1−イルベンゼン(6.72mg、0.058mmol)の溶液を、DMF(55.1μl)中に溶解させ、アスコルビン酸ナトリウム(10.91mg、0.055mmol)の水溶液(55.1μl)を投入し、続いて、硫酸銅五水和物(12.94mg、0.041mmol)の水溶液(55.1μl)を添加し、30分間撹拌させた。この反応混合物をDCMと水とに分配し、分離させた。この水性をDCM(3×)で抽出し、合わせた有機画分をブライン(1×)で洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させ、24mg(66%収率)の表題化合物を淡黄色の油としてもたらした。1HNMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)8.38(s、2H)、7.06−7.23(m、5H)、5.57(brs、1H)、4.32−4.44(m、4H)、3.98(s、2H)、3.74(t、J=5.2Hz、2H)、3.42−3.53(m、8H)、3.07−3.18(m、2H)、2.31(s、2H)、1.84−1.93(m、3H)、1.36−1.47(m、2H)、0.38−0.50(m、2H)、0.09−0.14(m、6H)、−0.06−0.02(m、6H)、MS(ES+):m/z=661.41[M+H]
+;LCMS:t
R=2.17分[polar_3min_1500]。
実施例66:
【化197】
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N−(3−(3−(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例66]:
【化198】
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【0274】
1,3−ビス(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(4.90g、4.799mmol)及びN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(3.30g、4.799mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(100mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体5及び6をもたらした。中間体5及び6をアセトニトリル(250mL)中に溶解させ、続いて水(250mL)及びDIPEA(4.90mL、28.79mmol)を添加し、室温でもう1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、50〜80%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombiflashクロマトグラフィによって精製して、3.56g(55%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.60(s、2H)、7.76−7.82(m、1H)、4.47−4.51(m、2H)、3.49−3.64(m、22H)、3.37−3.42(m、2H)、2.94−3.02(m、2H)、2.36−2.42(m、2H)、1.78(s、3H)、1.34−1.45(m、2H)、0.44−0.53(m、2H)、0.18(s、6H)、0.07(s、6H);MS(ES
+):m/z=676.70[M+H]
+;LCMS:t
R=3.27分。
1,3−ビス(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(3):
【化199】
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【0275】
0℃の17−アジド−3,6,9,12,15−ペンタオキサヘプタデカン−1−オール(3g、9.771mmol)のTHF溶液(250mL)に、水素化ナトリウム(502mg、14.65mmol)を投入し、同じ温度で30分間撹拌した。続いて、得られた溶液に1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(7g、14.65mmol)を添加し、同じ温度でもう1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、5.90g(60%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.60(s、1H)、8.57(s、3H)、4.46−4.49(m、4H)、3.49−3.63(m、45H)、3.36−3.43(m、6H)、2.39−2.42(m、4H)、0.18(s、9H);MS(ES
+):m/z=511.40[M/2+H]
+;LCMS:t
R=3.53分。
実施例67:
【化200】
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(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート[実施例67]:
【化201】
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【0276】
1,3−ビス(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1g、0.979mmol)及びビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(325mg、0.979mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(30mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体5及び6をもたらした。中間体5と6との混合物をアセトニトリル(50mL)中に溶解させ、続いて水(0.07mL、3.917mmol)、DIPEA(1.01mL、5.876mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、50〜80%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、584mg(35%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.54(s、2H)、7.85(d、J=7.34Hz、2H)、7.64(d、J=7.34Hz、2H)、7.34−7.40(m、2H)、7.25−7.31(m、3H)、4.43(s、2H)、4.25(d、J=6.85Hz、2H)、4.13−4.19(m、1H)、3.45−3.57(m、20H)、3.34(t、J=5.14Hz、2H)、3.28(s、2H)、2.91(q、J=6.68Hz、2H)、2.35(s、2H)、1.33−1.44(m、2H)、0.41−0.47(m、2H)、0.13(s、6H)、0.02(s、6H);MS(ES
+):m/z=856.65[M+H]
+;LCMS:t
R=4.07分。
実施例68:
【化202】
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【0277】
tert−ブチル(1,3−ビス((4−エチニルベンジル)オキシ)−2−(((4−エチニルベンジル)オキシ)メチル)プロパン−2−イル)カルバメート(10.00mg、0.018mmol)及びN−(3−(3−(((4−(アジドメチル)フェニル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド(22.59mg、0.055mmol)の溶液を、DMF(40.0μl)中に溶解させた。この反応混合物に、アスコルビン酸ナトリウム(1.757mg、8.87μmol)の水溶液(80μl)を投入し、続いて、硫酸銅五水和物(2.78mg、8.87μmol)の水溶液(80μl)を添加した。5分後、この反応混合物をDCMと水とに分配し、分離させた。この水性をDCM(3×)で抽出し、合わせた有機画分をNa
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させた。得られた粗製材料を、シリカゲル[DCM中0%の(10% NH
4OH/MeOH)〜DCM中8%の(10% NH
4OH/MeOH)で溶出する4gカートリッジ]でのISCOクロマトグラフィによって精製し、11mg(20.13%収率)の表題化合物を透明無色の油としてもたらした。
1H NMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)8.55(s、6H)、7.69(s、3H)、5.96(s、1H)、5.65−5.82(m、3H)、5.52(s、6H)、4.58(s、6H)、3.76(s、6H)、3.14−3.25(m、7H)、2.40(s、6H)、1.96(s、9H)、1.91(s、3H)、1.71(s、7H)、1.46−1.56(m、7H)、0.49−0.55(m、6H)、0.20(s、18H)、0.08(s、18H)、MS(ES+):m/z=1514.96、1516.02[M+H]
+;LCMS:t
R=2.27分[nonpolar_3min]。
実施例69:
【化203】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(3−(4−フェニル−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)プロピル)ジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例69]:
【化204】
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【0278】
フェニルアセチレン(5μL、0.046mmol)及びN−(3−(3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド(21.6mg、0.068mmol)を、DMF(114μL)中に溶解させた。アスコルビン酸ナトリウム(2.71mg、0.014mmol)の水溶液(114μL)、続いて硫酸銅五水和物(1.43mg、4.55μmol)の水溶液(114μL)を添加した。このバイアルを窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。青色の溶液は、1分間で黄色の固体になった。10分後、反応物を水でクエンチした。この生成物をEtOAcで抽出した。有機層をブラインで洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させた。この粗製物を、50:50〜30:70のHex:EtOAcで溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィ(固体充填)によって精製して、14mg(73.4%収率)の表題化合物を透明のフィルムとして得た。
1H NMR(400MHz、クロロホルム−d)δppm0.04−0.06(m、6H)0.07−0.09(m、6H)0.43−0.62(m、4H)1.40−1.57(m、2H)1.92−2.08(m、5H)3.14−3.31(m、2H)4.39(t、J=7.07Hz、2H)7.31−7.38(m、1H)7.41−7.48(m、2H)7.79(s、1H)7.82−7.88(m、2H)、MS(ES+):m/z=419.36[M+H]
+;LCMS:t
R=2.22分[polar_3min_0_1500]。
実施例70:
【化205】
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(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート[実施例70]:
【化206】
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【0279】
1,3−ビス(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(400mg、1.333mmol)及びビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(923mg、1.333mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(30mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体4及び5をもたらした。中間体4及び5をアセトニトリル(50mL)中に溶解させ、続いて水(0.95mL)及びDIPEA(1.34mL、7.999mmol)を添加し、室温でもう1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜30%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、541mg(41%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.84−7.90(m、2H)、7.67(d、J=7.34Hz、2H)、7.37−7.42(m、2H)、7.30(t、J=7.58Hz、2H)、7.23−7.27(m、1H)、4.27(d、J=6.85Hz、2H)、4.20(d、J=6.36Hz、1H)、3.26(t、J=6.85Hz、2H)、2.93(q、J=6.52Hz、2H)、1.48−1.57(m、2H)、1.39(td、J=7.64、15.53Hz、2H)、0.49−0.55(m、2H)、0.41−0.48(m、2H)、0.04(s、6H)、0.03(s、6H);MS(ES
+):m/z=338[M+H]
+モノマー;LCMS:t
R=4.39分。
1,3−ビス(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(2):
【化207】
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【0280】
1,3−ビス(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1g、3.484mmol)のDMF溶液(20mL)に、ヨウ化ナトリウム(1.03g、6.912mmol)及びアジ化ナトリウム(566mg、8.707mmol)を室温で投入した。この反応混合物を14時間にわたって90℃に加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、この残渣を水で希釈し、DCM(3×)で抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて、810mg(78%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=3.26−3.31(m、4H)、1.49−1.59(m、4H)、0.50−0.56(m、4H)、0.06(s、12H)。
実施例71:
【化208】
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2,5−ジオキソピロリジン−1−イル4−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタノエート[実施例71]:
【化209】
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【0281】
4−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸(1g、3.007mmol)のDCM溶液(20mL)に、DCC(619mg、3.007mmol)及びN−ヒドロキシサクシニミド(345mg、3.007mmol)を投入し、室温でもう2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、アセトニトリルで希釈し、再濃縮させた。このスラリーを冷却し、固体を濾過し、洗浄した。この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜30%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、1.2g(81%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.64(s、2H)、4.47(s、2H)、2.78(s、4H)、2.64(t、J=6.85Hz、2H)、2.38(s、2H)、1.58−1.69(m、2H)、0.56−0.63(m、2H)、0.12−0.17(m、6H)、0.02−0.06(m、6H);MS(ES+):m/z=497.29;LCMS:t
R=3.58分。
4−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)ブタン酸(5):
【化210】
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【0282】
1,3−ビス(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1.5g、3.048mmol)及び4,4’−(1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)二酪酸(932mg、3.048mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(30mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体3及び4をもたらした。中間体3及び4をアセトニトリル(200mL)中に溶解させ、続いて水(0.11mL、6.097mmol)及びDIPEA(3.09mL、18.29mmol)を添加し、室温でもう1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、10〜30%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、1.2g(50%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=11.95(s、1H)、8.67(s、2H)、4.50(s、2H)、2.39−2.44(m、2H)、2.22(dt、J=3.67、7.21Hz、2H)、1.48−1.60(m、2H)、0.52(td、J=4.59、12.35Hz、2H)、0.18(s、6H)、0.06(s、6H)。
実施例72及び実施例82
【化211】
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メチル(3R,5S,7R,9S)−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート[実施例72]:
【化212】
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【0283】
(3R,5S,7R,9S)−メチル5−エチル−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−5−(ヒドラジンカルボニル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(100mg、0.130mmol)のアセトニトリル溶液(1.67ml)及び1M HCl水溶液(6.16ml、6.16mmol)を、−10℃に冷却し、次に亜硝酸ナトリウム(20.64mg、0.299mmol)を投入した。10分後、この黄味がかった茶色の溶液を、冷たい飽和NaHCO
3溶液の滴下添加(約6.6mLのNaHCO
3の添加)でpH約8.00に調整した。この溶液をDCM(5×5.0mL)で迅速に抽出し、合わせた有機層をブライン(1×10mL)で洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、約4.00mLに濃縮させ、0℃に冷却し、3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン(65.4mg、0.130mmol)のDCM溶液4.0mLを投入し、0℃で2時間撹拌させた。この反応混合物を真空中で濃縮させ、薄褐色の固体をもたらし、これを、シリカゲル[ISCO CombiFlash、DCM中0%の(10% 7N NH3/MeOH)〜8%の(10% 7N NH3/MeOH)で溶出する12gのGoldカートリッジでのクロマトグラフィによって精製し、65.5mg(41%収率)の表題化合物を薄黄色の固体としてもたらした。
1H NMR(DMSO−d
6、400MHz):δ(ppm)9.33(s、1H)、8.58(s、2H)、8.51(s、1H)、7.77(brt、J=5.8Hz、1H)、7.37(d、J=8.1Hz、1H)、7.26(d、J=8.1Hz、1H)、7.00(t、J=7.6Hz、1H)、6.88−6.95(m、1H)、6.44(s、1H)、6.19(s、1H)、5.69(brdd、J=10.7、5.4Hz、1H)、5.54−5.61(m、1H)、4.47(s、2H)、4.00−4.10(m、1H)、3.96(s、1H)、3.92(s、1H)、3.83(d、J=5.8Hz、1H)、3.68−3.76(m、4H)、3.49−3.62(m、13H)、3.36−3.40(m、2H)、3.30−3.34(m、6H)、2.98−3.28(m、7H)、2.84−2.93(m、1H)、2.59−2.77(m、6H)、2.52−2.55(m、1H)、2.48−2.52(m、7H)、2.30−2.42(m、4H)、1.89−2.05(m、2H)、1.42−1.65(m、4H)、1.12−1.36(m、5H)、0.69−0.85(m、6H)、0.57−0.68(m、1H)、0.46−0.55(m、2H)、0.17(s、6H)、0.07(s、6H)、MS(ES+):m/z=1240.00、1240.90[M+H]
+;LCMS:t
R=1.65分[polar_3min_1500]。
(31S)−31−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−1−(1−(2−(2−(2−((2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メトキシ)エトキシ)エトキシ)エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−4,4−ビス(((1−(2−(2−(2−((2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メトキシ)エトキシ)エトキシ)エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)メチル)−6,28−ジオキソ−2,9,12,15,18,21,24−ヘプタオキサ−5,27−ジアザドトリアコンタン−32−オイック酸[実施例82]:
【化213】
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【0284】
エッペンドルフバイアルに、DMF(134μL)を、(S)−33−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オイック酸(10mg、10.06μmol)と、(5S,7S,9S)−メチル9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(43.6mg、0.035mmol)との混合物に添加した。両方の反応物質を溶解させるために、さらなるDMF(134μL)を添加した。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。次に、新しく調製したアスコルビン酸ナトリウムの溶液(100mM水溶液、40.2μL、4.02μmol)を添加し、続いて、新しく調製した硫酸銅五水和物の溶液(100mM水溶液、20.12μL、2.01μmol)を添加した。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。1.5時間後、LCMSは、両方のSMを主に示したが、多くの粘着性固体がエッペンドルフバイアルに付着していた。さらなるアスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、80μL、8μmol)及び硫酸銅五水和物(100mM水溶液、40μL、4μmol)を添加した。15分後、反応を停止させた。真空を用いて、全体をISCO固体充填フィルタプラグに通した。残渣については、約0.5mLのDMSOで溶解させ、同じフィルタプラグに通した。合わせた濾液(1.7mL)を逆相分取HPLC[勾配2]によって精製し、2.12mg(4.47%収率)の表題化合物を淡黄色の固体としてもたらした。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm9.32(s、1H)8.63(s、1H)8.56(s、2H)7.98(s、2H)7.69−7.85(m、1H)7.61(brd、J=8.08Hz、1H)7.32−7.49(m、1H)7.16−7.32(m、1H)6.85−7.13(m、3H)6.63(brd、J=8.84Hz、1H)6.44(s、1H)6.19(s、1H)5.76(brs、1H)5.63−5.73(m、1H)5.49−5.63(m、1H)5.39(brd、J=7.58Hz、1H)4.37−4.67(m、9H)3.87−4.15(m、7H)3.74−3.87(m、6H)3.71(s、5H)3.63(brs、5H)3.41−3.57(m、26H)3.21−3.27(m、1H)3.00−3.21(m、4H)2.89(brd、J=10.36Hz、1H)2.70(s、4H)2.63(brd、J=14.15Hz、2H)2.53−2.58(m、1H)2.29−2.40(m、3H)1.86−2.03(m、1H)1.59(brdd、J=13.39、7.33Hz、1H)1.47(dt、J=15.85、7.61Hz、2H)1.20−1.36(m、3H)1.16(brd、J=7.83Hz、3H)0.67−0.86(m、5H)0.63(brs、1H)0.45−0.58(m、2H)0.16(s、5H)0.00−0.11(m、7H)。MS(ES+):m/z=(M+3)/3=1571.9、(M+4)/4=1179.4、(M+5)/5=943.7、(M+6)/6=786.6;LCMS:t
R=1.58分[polar_3min_1500]。
化合物6:
【化214】
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(S)−33−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オイック酸(6):
【化215】
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【0285】
tert−ブチル(S)−33−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(2.2g、2.095mmol)のDCM溶液(25mL)に、トリフルオロ酢酸(25mL)を投入し、室温で12時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物をもたらした。この粗製化合物を逆相Combiflashカラムクロマトグラフィ(アセトニトリル:水:0.1% TFA)によって精製して、91mg(4%収率)の表題化合物を黄色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=12.44(br.s、2H)、11.56(br.s、2H)、8.71(s、1H)、8.20(br.s、1H)、7.96(br.s、1H)、7.71(d、J=8.31Hz、2H)、7.37(br.s、1H)、6.97−7.03(m、2H)、6.70(d、J=8.31Hz、2H)、4.55(d、J=5.38Hz、1H)、4.31(br.s、1H)、4.18(br.s、4H)、3.71(s、4H)、3.35−3.65(m、31H)、3.23(d、J=5.38Hz、2H)、2.35−2.42(m、2H)、2.24(d、J=6.36Hz、2H)、2.04−2.19(m、1H)、1.87−2.00(m、1H)、MS(ES
+):m/z=994.55[M+H]
+;LCMS:t
R=2.23分。
tert−ブチル(S)−33−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(13):
【化216】
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【0286】
tert−ブチル(S)−33−(4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(2.9g、2.530mmol)のDMF溶液(25mL)に、ピペリジンの0.1M溶液(50mL)を投入し、室温で3時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物をもたらした。この粗製化合物をジエチルエーテル(40mL)中で10分間撹拌し、固体を濾過し、ジエチルエーテル(20mL)で洗浄し、乾燥させて、2.2g(83%収率)の表題化合物を黄色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.64(s、1H)、8.17(d、J=7.34Hz、1H)、7.95(s、2H)、7.89(t、J=5.38Hz、1H)、7.64(d、J=8.80Hz、2H)、7.30(s、1H)、6.89−6.94(m、2H)、6.64(d、J=8.80Hz、2H)、4.48(d、J=5.87Hz、2H)、4.17−4.23(m、1H)、4.11(d、J=1.47Hz、4H)、3.65(s、4H)、3.55(t、J=6.36Hz、2H)、3.35−3.51(m、27H)、3.14−3.21(m、2H)、2.32(t、J=6.11Hz、2H)、2.19(dd、J=7.09、11.49Hz、2H)、1.81−2.03(m、2H)、1.44−1.61(m、2H)、1.39(s、9H);MS(ES+):m/z=1050.00[M]
+;LCMS:t
R=1.90分。
tert−ブチル(S)−33−(4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)ベンズアミド)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(12):
【化217】
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【0287】
2,5−ジオキソピロリジン−1−イル4−(N−((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)−2,2,2−トリフルオロアセトアミド)ベンゾエート(1.5g、2.913mmol)及びtert−ブチル(S)−33−アミノ−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(2.2g、2.913mmol)のDMF溶液(25mL)に、窒素雰囲気下で4時間にわたりDIPEA(1.01mL、5.826mmol)を添加した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物をもたらした。この粗製化合物をジエチルエーテル(125mL)中で15分間撹拌し、沈殿した固体を濾過し、ジエチルエーテル(50mL)で洗浄し、乾燥させて、3g(90%収率)の表題化合物を黄色の半固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=11.42(s、2H)、8.76(d、J=6.85Hz、1H)、8.62(br.s、1H)、7.89(d、J=7.34Hz、2H)、7.63(d、J=7.82Hz、2H)、7.25−7.32(m、1H)、6.79−7.08(m、2H)、4.20−4.30(m、1H)、4.04−4.14(m、6H)、3.65(s、4H)、3.55(t、J=6.11Hz、3H)、3.38−3.51(m、20H)、3.09−3.22(m、8H)、2.32(t、J=5.87Hz、2H)、2.21(d、J=6.36Hz、2H)、1.99−2.11(m、2H)、1.91(dd、J=6.60、14.43Hz、2H)、1.40(s、9H);MS(ES
+):m/z=1146.63[M+H]
+;LCMS:t
R=2.64分。
tert−ブチル(S)−33−アミノ−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(11):
【化218】
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【0288】
tert−ブチル(S)−33−((((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(3.8g、3.885mmol)のジエチルアミン溶液(50mL)を、窒素雰囲気下で12時間にわたり室温で撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜15%アンモニア飽和メタノール/DCM溶液で溶出するフラッシュカラムクロマトグラフィによって精製して、2.2g(75%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=4.15(d、J=2.45Hz、6H)、3.83(s、6H)、3.70−3.75(m、3H)、3.62−3.69(m、19H)、3.59(t、J=5.14Hz、2H)、3.48−3.50(m、2H)、3.42−3.47(m、2H)、2.80(s、6H)、2.42−2.49(m、6H)、1.49(s、9H)。
tert−ブチル(S)−33−((((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オエート(10):
【化219】
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【0289】
1−アミノ−N−(1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル)−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−アミド(1.71g、4.035mmol)のDCM溶液(50mL)に、(R)−4−((((9H−フルオレン−9−イル)メトキシ)カルボニル)アミノ)−5−(tert−ブトキシ)−5−オキソペンタン酸(2.3g、4.035mmol)、HATU(2.3g、6.052mmol)、及びDIPEA(1.4mL、8.070mmol)を投入し、室温で16時間撹拌した。この反応混合物を水で希釈し、酢酸エチルで抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するCombiflashでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3.51g(89%収率)の表題化合物を黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.76(d、J=7.82Hz、2H)、7.59−7.64(m、2H)、7.37−7.43(m、2H)、7.29−7.34(m、2H)、6.44(br.s、1H)、6.26(br.s、1H)、5.74(d、J=7.82Hz、1H)、4.39(t、J=7.09Hz、2H)、4.23(t、J=6.85Hz、2H)、4.14(d、J=1.96Hz、5H)、3.83(s、4H)、3.60−3.73(m、16H)、3.56(t、J=4.89Hz、2H)、3.39−3.48(m、2H)、3.17(q、J=7.34Hz、1H)、2.80(s、4H)、2.41−2.46(m、4H)、2.15−2.32(m、2H)、1.90−2.04(m、1H)、1.54−1.60(m、6H)、1.47(s、9H);MS(ES
+):m/z=978.58[M+H]
+;LCMS:t
R=3.24分。
1−アミノ−N−(1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル)−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−アミド(8):
【化220】
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【0290】
1−アジド−N−(1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル)−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−アミド(3.2g、5.369mmol)のTHF:H
2O溶液(4:1、62.5mL)に、TPP(4.22g、16.11mmol)を投入し、室温で14時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、2.35g(77%収率)の表題化合物を薄黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=6.37(s、1H)、4.13−4.17(m、6H)、3.84(s、6H)、3.71(t、J=5.87Hz、2H)、3.61−3.68(m、23H)、3.48−3.53(m、2H)、2.86(t、J=5.38Hz、2H)、2.43−2.46(m、4H)。
1−アジド−N−(1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−イル)−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−アミド(7):
【化221】
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【0291】
1−アジド−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−オイック酸(2.6g、6.860mmol)のDCM溶液(50mL)に、塩化オキサリル(0.87mL、10.29mmol)及び触媒DMF(3滴)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体の酸塩化物をもたらし、これを、さらなる反応のために単離せずに直接使用した。0℃の得られた溶液に、DIPEA(4.7mL、27.44mmol)及び1,3−ビス(プロパ−2−イン−1−イルオキシ)−2−((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)プロパン−2−アミン(2.28g、6.860mmol)を添加し、室温で2時間撹拌した。この反応混合物を水で希釈し、酢酸エチルで抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて、3.6g(88%収率)の表題化合物を淡黄色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=6.59(s、1H)、4.13−4.19(m、6H)、3.82−3.89(m、6H)、3.61−3.71(m、25H)、3.39(t、J=4.89Hz、2H)、2.43−2.48(m、2H)、1.47−1.52(m、2H)。
1−アジド−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−オイック酸(5):
【化222】
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【0292】
0℃のエチル1−アジド−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−オエート(5g、12.27mmol)のTHF:H
2O溶液(4:1、40mL)に、水酸化リチウム(1.47g、61.35mmol)を投入し、室温で2時間撹拌した。反応混合物溶媒を蒸発させ、水層をDCMで洗浄した。分離した水層を2N HCl溶液で酸性化させ、10%メタノール/DCM溶液で抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、1〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3.8g(80%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=3.79(t、J=5.87Hz、2H)、3.63−3.71(m、23H)、3.40(t、J=4.89Hz、2H)、2.61(t、J=5.87Hz、2H)。
エチル1−アジド−3,6,9,12,15,18−ヘキサオキサヘンイコサン−21−オエート(4):
【化223】
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【0293】
0℃の17−アジド−3,6,9,12,15−ペンタオキサヘプタデカン−1−オール(10g、32.57mmol)のTHF溶液(100mL)に、30分間かけて水素化ナトリウム(1.94g、48.85mmol)を投入した。続いて、エチル3−ブロモプロパノエート(5mL、39.08mmol)を同じ温度で添加し、2時間撹拌した。この反応混合物を塩化アンモニウム溶液でクエンチし、酢酸エチルで抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、1〜3%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルカラムクロマトグラフィによって精製して、5.2g(40%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=4.11−4.19(m、2H)、3.73−3.79(m、2H)、3.60−3.70(m、21H)、3.36−3.43(m、2H)、2.56−2.62(m、2H)、1.26(t、J=7.09Hz、3H)。
17−アジド−3,6,9,12,15−ペンタオキサヘプタデカン−1−オール(3):
【化224】
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【0294】
17−ヒドロキシ−3,6,9,12,15−ペンタオキサヘプタデシル4−メチルベンゼンスルホネート(16g、36.69mmol)のエタノール溶液(200mL)に、アジ化ナトリウム(7.15g、110.1mmol)を投入し、80℃で8時間加熱した。この反応混合物を室温に冷まし、溶媒を乾燥するまで蒸発させた。得られた残渣を酢酸エチル中で撹拌し、濾過し、この濾液を真空中で濃縮させ、11.6gの粗製化合物を黄色の油としてもたらした。この粗製化合物を、さらなる精製なしで次のステップに使用した。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=3.59−3.77(m、23H)、3.37−3.41(m、2H)。
17−ヒドロキシ−3,6,9,12,15−ペンタオキサヘプタデシル4−メチルベンゼンスルホネート(2):
【化225】
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【0295】
0℃の3,6,9,12,15−ペンタオキサヘプタデカン−1,17−ジオール(25g、88.59mmol)のDCM溶液(900mL)に、酸化銀(30.5g、132.88mmol)、ヨウ化カリウム(2.94g、17.71mmol)、及び塩化トシル(18.51g、97.44mmol)を投入し、0℃で1時間撹拌した。この反応混合物を濾過し、DCMで洗浄し、濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、1〜3%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、16g(41%収率)の表題化合物を淡黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.80(d、J=7.83Hz、2H)、7.34(d、J=7.83Hz、2H)、4.14−4.18(m、2H)、3.57−3.75(m、23H)、2.45(s、3H)。
実施例73:
【化226】
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tert−ブチル(1,3−ビス((4−(1−((2−(((3−(3−アセトアミドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)ベンジル)オキシ)−2−(((4−(1−((2−(((3−(3−アセトアミドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)ベンジル)オキシ)メチル)プロパン−2−イル)カルバメート[実施例73]:
【化227】
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【0296】
tert−ブチル(1,3−ビス((4−エチニルベンジル)オキシ)−2−(((4−エチニルベンジル)オキシ)メチル)プロパン−2−イル)カルバメート(10.00mg、0.018mmol)及びN−(3−(3−(((4−(アジドメチル)フェニル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド(22.59mg、0.055mmol)の溶液を、DMF(40.0μl)中に溶解させた。この反応混合物に、アスコルビン酸ナトリウム(1.757mg、8.87μmol)の水溶液(80μl)を投入し、続いて、硫酸銅五水和物(2.78mg、8.87μmol)の水溶液(80μl)を添加した。(注:形成された反応混合物は、硫酸銅を添加すると茶色に変わり、次に黄色のゲル沈殿物に変わった)。5分後、この反応混合物をLCMSにより点検し、所望の生成物と一致する質量を有することを見出した。この反応混合物をDCMと水とに分配し、分離させた。この水性をDCM(3×)で抽出し、合わせた有機画分をLCMSにより点検し、これにより、生成物の質量と一致するピーク、及びsmアジド(sm azide)と一致するピークが示された。この粗製物を、シリカゲル[DCM中0%の(10% NH
4OH/MeOH)〜DCM中8%の(10% NH
4OH/MeOH)で溶出する4gカートリッジ]でのISCOクロマトグラフィによって精製し、12mg(37.5%収率)の表題化合物を透明無色の油としてもたらした。
1H NMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)8.59(s、6H)、7.90(s、3H)、7.65−7.70(m、6H)、7.26−7.27(m、3H)、7.23−7.26(m、3H)、5.64−5.72(m、2H)、5.55(s、6H)、4.49−4.53(m、6H)、3.75−3.81(m、6H)、3.16−3.23(m、6H)、2.40(s、6H)、1.96(s、9H)、1.58(s、17H)、1.46−1.56(m、6H)、1.43(s、9H)、0.47−0.57(m、5H)、0.21(s、18H)、0.08(s、18H)、MS(ES+):1802.66m/z=[M+H]
+;LCMS:t
R=2.55分[polar_3min_0_1500]。
化合物3:
【化228】
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tert−ブチル(1,3−ビス((4−エチニルベンジル)オキシ)−2−(((4−エチニルベンジル)オキシ)メチル)プロパン−2−イル)カルバメート(3):
【化229】
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【0297】
0℃のtert−ブチル(1,3−ジヒドロキシ−2−(ヒドロキシメチル)プロパン−2−イル)カルバメート(800mg、3.619mmol)のDMF溶液(5mL)に、1−(ブロモメチル)−4−エチニルベンゼン5(4.21g、21.71mmol)及び粉末状水酸化カリウム(1.18g、21.71mmol)を、30分間かけて少量に分けて投入した。この反応混合物を室温に到達させ、14時間撹拌した。この反応混合物を水で希釈し、DCMで抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.52g(75%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.44(d、J=7.82Hz、6H)、7.21(d、J=7.82Hz、6H)、4.96(s、1H)、4.47−4.50(m、6H)、3.76(s、6H)、3.07(s、3H)、1.41(s、9H);MS(ES
+):m/z=564.55[M+H]
+;LCMS:t
R=3.94分。
1−(ブロモメチル)−4−エチニルベンゼン(5):
【化230】
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【0298】
0℃のトリフェニルホスフィン(11.8g、45.45mmol)のDCM溶液(100mL)に、(4−エチニルフェニル)メタノール(3g、22.72mmol)、四臭化炭素(15g、45.45mmol)、及び2,6ルチジン(13.2mL、113.5mmol)のDCM溶液(mL)を投入した。この反応混合物を室温に到達させ、16時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、ジエチルエーテルで希釈し、15分間撹拌した。析出した固体を濾過し、この濾液を2N HCl溶液及び水で洗浄した。分離した有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するCombiflashでのカラムクロマトグラフィによって精製して、3g(70%収率)の表題化合物を黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.46(d、J=8.31Hz、2H)、7.35(d、J=7.83Hz、2H)、4.47(s、2H)、3.10(s、1H)。
(4−エチニルフェニル)メタノール(4):
【化231】
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【0299】
0℃の4−エチニルベンズアルデヒド(3.8g、29.23mmol)のメタノール溶液(80mL)に、水素化ホウ素ナトリウム(2.2g、58.46mmol)を少量に分けて投入した。この反応混合物を室温に到達させ、2時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、飽和塩化アンモニウム溶液でクエンチし、酢酸エチルで抽出した。合わせた有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて、3.47g(90%収率)の表題化合物を薄黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=7.49(d、J=7.83Hz、2H)、7.33(d、J=7.82Hz、2H)、4.71(s、2H)、3.07(s、1H)。
4−エチニルベンズアルデヒド(6):
【化232】
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【0300】
4−((トリメチルシリル)エチニル)ベンズアルデヒド(7.5g、37.12mmol)のメタノール溶液(100mL)に、炭酸カリウム(512mg、3.712mmol)を投入し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、酢酸エチルで希釈し、分離した有機層を水で洗浄した。分離した有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜20%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、1.2g(81%収率)の表題化合物を淡黄色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=10.02(s、1H)、7.85(d、J=7.83Hz、2H)、7.64(d、J=8.31Hz、2H)、3.30(s、1H)。
4−((トリメチルシリル)エチニル)ベンズアルデヒド(2):
【化233】
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【0301】
4−ブロモベンズアルデヒド(10g、54.64mmol)のジイソプロピルアミン溶液(500mL)に、二塩化ビス(トリフェニルホスフィン)パラジウム(II)(380mg、0.546mmol)及びヨウ化銅(205mg、1.09mmol)を投入し、20分間脱気した。この反応混合物を0℃に冷却し、続いて、トリメチルシリルアセチレン(11.2mL、81.06mmol)を30分間滴下添加した。この反応混合物を室温に到達させ、3時間さらに還流した。この反応混合物を室温に冷まし、形成されたHBr塩を濾過した。この濾液を真空中で濃縮させ、酢酸エチルで希釈し、1N HCl溶液、続いて飽和炭酸水素ナトリウム及び水で洗浄した。分離した有機層を無水Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、7.7g(70%収率)の表題化合物を灰白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=10.00(s、1H)、7.82(d、J=8.31Hz、2H)、7.60(d、J=7.83Hz、2H)、0.27(s、9H);MS(ES+):m/z=244.16[M+H]
+;LCMS:t
R=3.58分。
tert−ブチル(1,3−ジヒドロキシ−2−(ヒドロキシメチル)プロパン−2−イル)カルバメート(B):
【化234】
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【0302】
Boc無水物(81.2mL、619.0mmol)のtert−ブタノール溶液(150mL)に、2−アミノ−2−(ヒドロキシメチル)プロパン−1,3−ジオールA(50g、413.00mmol)のtert−ブタノール:メタノール混合溶液(1:1、250mL)を投入し、室温で24時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、白色の粉末としての粗製残渣をもたらし、これを、エタノール中での再結晶によって精製して、45.6g(50%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=5.74(s、1H)、4.45−4.51(m、3H)、3.52(d、J=5.87Hz、6H)、1.37(s、9H)。
実施例74:
【化235】
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【0303】
N−(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド(15.93mg、0.039mmol)のアセトニトリル/水3:1混合溶液0.766mLに、(1R,8S,9s)−ビシクロ[6.1.0]ノナ−4−イン−9−イルメタノール(5.8mg、0.039mmol)を投入し、室温で一晩撹拌した。この粗製反応混合物を真空中で濃縮させ、次に、シリカゲル、ISCO、4g金カートリッジ[100% DCM〜DCM中5%の(10% 7N NH3/MeOH)で溶出]でのクロマトグラフィによって精製し、13.7mg(63%収率)の表題化合物を濃い透明無色の油としてもたらした。
1H NMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)8.38(s、2H)、5.60(brs、1H)、5.41(s、2H)、3.61−3.82(m、2H)、3.18−3.24(m、2H)、3.09−3.17(m、1H)、2.80−2.97(m、2H)、2.63(ddd、J=16.1、10.5、3.4Hz、1H)、2.39(s、2H)、2.11−2.30(m、2H)、1.97(s、3H)、1.46−1.60(m、4H)、1.41(brs、1H)、1.26(s、1H)、1.20(dt、J=16.5、8.4Hz、1H)、1.04(dtd、J=10.8、8.9、5.1Hz、1H)、0.76−0.97(m、2H)、0.49−0.58(m、2H)、0.20(s、6H)、0.08(s、6H)、MS(ES+):m/z=563.45[M+H]
+;LCMS:t
R=1.93分[polar_3min_1500]。
実施例75:
【化236】
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(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート[実施例75]:
【化237】
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【0304】
1,3−ビス(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(4.89g、6.459mmol)とビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(4.30g、6.459mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(50mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体7及び8をもたらした。中間体7と8との混合物をアセトニトリル(150mL)中に溶解させ、続いて水(0.114mL、6.459mmol)、DIPEA(3.3mL、19.37mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、70〜100%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、3.69g(82%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.56(s、2H)、7.88(d、J=7.34Hz、2H)、7.67(d、J=7.34Hz、2H)、7.36−7.43(m、2H)、7.31(t、J=7.34Hz、2H)、7.27(br.s、1H)、4.45(s、2H)、4.27(d、J=6.85Hz、2H)、4.20(d、J=6.36Hz、1H)、3.51−3.60(m、10H)、3.34−3.39(m、2H)、2.90−2.98(m、2H)、2.38(s、2H)、1.34−1.45(m、2H)、0.43−0.50(m、2H)、0.15(s、6H)、0.05(s、6H);MS(ES
+):m/z=725.51[M+H]
+;LCMS:t
R=3.97分。
1,3−ビス(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5):
【化238】
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【0305】
0℃の2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エタン−1−オール(2.3g、13.14mmol)のTHF溶液(500mL)に、水素化ナトリウム(1.62g、39.42mmol)を投入し、同じ温度で30分間撹拌した。次に、この反応物に、1,3−ビス(((5−(クロロメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(6.5g、13.14mmol)を投入し、0℃で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombiflashカラムクロマトグラフィによって精製して、5.94g(60%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.57(s、4H)、4.57(t、J=5.62Hz、2H)、4.47(s、4H)、3.46−3.63(m、22H)、2.41(s、4H)、0.18(s、12H);MS(ES
+):m/z=380.00[M/2+H]
+;LCMS:t
R=3.66分。
実施例76:
【化239】
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メチル(3R,5S,7R,9S)−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート[実施例76]:
【化240】
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【0306】
(3R,5S,7R,9S)−メチル5−エチル−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−5−(ヒドラジンカルボニル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(200mg、0.260mmol)のアセトニトリル溶液(3.34ml)及び1M HCl水溶液(12.33ml、12.33mmol)を、−10℃に冷却し、次に固体亜硝酸ナトリウム(41.3mg、0.598mmol)を投入した。10分後、この黄味がかった茶色の溶液を、冷たい飽和NaHCO
3溶液の滴下添加(約13.2mLのNaHCO
3の添加)でpH約8.00に調整した。この溶液をDCM(5×10mL)で迅速に抽出し、合わせた有機層をブライン(1×20mL)で洗浄し、Na
2SO
4で乾燥させ、濾過し、約8.00mL〜10mLに濃縮させ、0℃に冷却し、3−(3−(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン(165mg、0.260mmol)のDCM溶液8.0mLを投入し、0℃で2時間撹拌させた。この反応混合物を真空中で濃縮させ、薄褐色の固体をもたらした。この粗製物を、シリカゲル[ISCO CombiFlash、DCM中0%の(10% 7N NH3/MeOH)〜8%の(10% 7N NH3/MeOH)で溶出する12gのGoldカートリッジでのクロマトグラフィによって精製し、137mg(38.4%収率)の表題化合物を薄オレンジ色の発泡固体としてもたらした。
1H NMR(クロロホルム−d、400MHz):δ(ppm)9.54(s、1H)、8.50(s、2H)、8.04(brs、1H)、7.54(d、J=8.1Hz、1H)、7.15−7.23(m、3H)、7.06−7.13(m、1H)、6.61(s、1H)、6.08(s、1H)、5.83(s、2H)、4.51(s、2H)、4.18(d、J=4.8Hz、1H)、3.90−4.03(m、1H)、3.76−3.81(m、3H)、3.64−3.72(m、24H)、3.57−3.63(m、4H)、3.37−3.41(m、3H)、3.18−3.35(m、6H)、3.09−3.16(m、2H)、2.79−2.90(m、6H)、2.58−2.64(m、2H)、2.37−2.49(m、4H)、2.22−2.32(m、1H)、1.97−2.11(m、1H)、1.69−1.83(m、2H)、1.17−1.66(m、13H)、0.86−1.00(m、7H)、0.84(brd、J=6.1Hz、1H)、0.53−0.62(m、2H)、0.17−0.24(m、6H)、0.10(s、6H)、MS(ES+):m/z=1371.50、1372.57[M+H]
+;LCMS:t
R=1.63分[polar_3min_1500]。
実施例77:
【化241】
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2−(((3−(3−アセトアミドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)安息香酸[実施例78]:
【化242】
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【0307】
2−(((3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)安息香酸(1g、2.873mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(954mg、2.873mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(50mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体5及び6をもたらした。中間体5と6との混合物をアセトニトリル(20mL)中に溶解させ、続いて水(0.21mL、11.78mmol)及びDIPEA(3.1mL、17.24mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、917mg(40%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=12.86(s、1H)、7.83(d、J=7.82Hz、1H)、7.74(s、1H)、7.43−7.53(m、2H)、7.13−7.18(m、1H)、2.92−2.99(m、2H)、2.10(s、2H)、1.74(s、3H)、1.33−1.42(m、2H)、0.45−0.51(m、2H)、0.18(s、6H)、0.06(s、6H)、MS(ES
+):m/z=400.10[M+H]
+;LCMS:t
R=3.19分。
2−(((3−(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)安息香酸[実施例92]:
【化243】
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【0308】
2−メルカプト安息香酸(2g、12.98mmol)の1,4ジオキサン溶液(50mL)に、トリエチルアミン(3.3mL、25.97mmol)及び1,3−ビス(クロロメチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(5.9g、25.89mmol)を添加し、室温で4時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashカラムクロマトグラフィによって精製して、1.80g(41%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=12.92(s、1H)、7.88(d、J=7.83Hz、1H)、7.47−7.58(m、2H)、7.20(t、J=7.34Hz、1H)、2.92(s、2H)、2.18(s、2H)、0.25(s、6H)、0.21(s、6H)、MS(ES
+):m/z=224.95モノマー[M+H]
+;LCMS:t
R=3.74分。
実施例79:
【化244】
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5−(N−((2−(((3−(3−(3−(((3S,8S,11S,14R)−1−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)フェニル)−3,14−ジカルボキシ−8−(カルボキシメチル)−11−((3−(5,5−ジフルオロ−7,9−ジメチル−5H−4l4,5l4−ジピロロ[1,2−c:2’,1’−f][1,3,2]ジアザボリニン−3−イル)プロパンアミド)メチル)−1,6,9,12−テトラオキソ−2,7,10,13−テトラアザペンタデカン−15−イル)チオ)−2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート[実施例79]:
【化245】
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【0309】
5−(N−((2−(((3−(3−(3−(((3S,8S,11S,14R)−1−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)フェニル)−11−(アミノメチル)−3,14−ジカルボキシ−8−(カルボキシメチル)−1,6,9,12−テトラオキソ−2,7,10,13−テトラアザペンタデカン−15−イル)チオ)−2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(17.62mg、10.30mmol)のDMF溶液に、室温で1時間撹拌したBodipy NHSエステルを添加した。TLCは、出発材料の消費を示した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体をもたらし、アセトニトリルでの倍散によって精製して、35mg(粗製)の表題化合物を青紫色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=12.98(s、1H)、12.45(s、1H)、12.28(s、1H)、11.38(s、1H)、8.62(br.s、1H)、8.55(s、1H)、8.44(br.s、2H)、8.26(s、2H)、8.20(d、J=6.36Hz、1H)、8.16(d、J=6.36Hz、1H)、8.01(s、2H)、7.85(d、J=7.83Hz、2H)、7.60−7.68(m、4H)、7.40(d、J=7.34Hz、1H)、6.85−7.06(m、8H)、6.61(d、J=7.34Hz、2H)、6.28(d、J=19.56Hz、2H)、4.45(br.s、4H)、4.25−4.38(m、4H)、4.13(br.s、2H)、3.98(d、J=16.63Hz、2H)、3.55−3.70(m、8H)、3.02−3.07(m、2H)、2.84−2.89(m、2H)、2.65(br.s、3H)、2.32(d、J=10.27Hz、4H)、2.22(br.s、6H)、1.82−2.11(m、8H)、1.42−1.46(m、2H)、1.12−1.27(m、12H)、0.10(br.s、6H)、0.03(br.s、6H);MS(ES
+):m/z=993.40[M+H]
+;LCMS:t
R=3.07分。
5−(N−((2−(((3−(3−(3−(((3S,8S,11S,14R)−1−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)フェニル)−11−(アミノメチル)−3,14−ジカルボキシ−8−(カルボキシメチル)−1,6,9,12−テトラオキソ−2,7,10,13−テトラアザペンタデカン−15−イル)チオ)−2,5−ジオキソピロリジン−1−イル)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)スルファモイル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(6):
【化246】
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【0310】
2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)−5−(N−((2−(((3−(3−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)スルファモイル)ベンゼンスルホネート(10mg、0.01mmol)及びN5−((S)−1−(((S)−3−アミノ−1−(((R)−1−カルボキシ−2−(l1−スルファニル)エチル)アミノ)−1−オキソプロパン−2−イル)アミノ)−3−カルボキシ−1−オキソプロパン−2−イル)−N2−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンゾイル)−L−グルタミン(7.7mg、0.01mmol)のDMF溶液(1mL)に、DIPEA(0.01mL、0.04mmol)を室温で添加し、1時間撹拌した。反応をLCMSによって監視した(80%の所望の生成物6を示した)。この反応混合物を、ワークアップなしで次のステップにそのまま使用した。MS(ES
+):m/z=857.15[M/2+H]
+;LCMS:t
R=2.47分。
2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)−5−(N−((2−(((3−(3−(2,5−ジオキソ−2,5−ジヒドロ−1H−ピロール−1−イル)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)スルファモイル)ベンゼンスルホネート(5a):
【化247】
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【0311】
1−(3−(3−(((5−(アミノメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)−1H−ピロール−2,5−ジオン(300mg、0.707mmol)のTHF溶液(10mL)に、DIPEA(0.24mL、1.41mmol)及び5−(クロロスルホニル)−2−(6−(ジエチルアミノ)−3−(ジエチルイミノ)−3H−キサンテン−9−イル)ベンゼンスルホネート(408mg、0.707mmol)を室温で添加し、1時間撹拌した。反応の完了をTLCによって監視した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、150mg(22%収率)の表題化合物を暗ピンク色の固体として得た。MS(ES
+):m/z=965.20[M+H]
+、483.40[M/2+H]
+;LCMS:t
R=3.47分。
1−(3−(3−(((5−(アミノメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)−1H−ピロール−2,5−ジオン(4):
【化248】
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【0312】
1−(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)−1H−ピロール−2,5−ジオン(750mg、1.66mmol)のTHF:H
2O溶液(2.25:0.75mL)に、TPP(1.3g、4.99mmol)を添加し、室温で10時間撹拌した。反応の完了をTLCによって監視した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、300mg(42%収率)の表題化合物を無色の油として得た。MS(ES
+):m/z=424.67[M+H]
+
1−(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)−1H−ピロール−2,5−ジオン(3):
【化249】
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【0313】
1,3−ビス(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1g、2.03mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(20mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体Int−1をもたらした。粗製中間体Int−1(1.1g、4.02mmol)をアセトニトリル(20mL)中に溶解させ、1−(3−(ヒドロキシジメチルシリル)プロピル)−1H−ピロール−2,5−ジオン2(865mg、4.06mmol)を添加し、トリエチルアミン(1.09mL、8.05mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜40%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのカラムクロマトグラフィによって精製して、750mg(82%収率)の表題化合物を無色の油として得た。MS(ES
+):m/z=450.66[M+H]
+。
実施例81:
【化250】
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(2S,5S,8S,11S,14S,19S)−19−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−5,8,14−トリス(カルボキシメチル)−2−((1−((2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((3S,5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)−11−(3−グアニジノプロピル)−4,7,10,13,16−ペンタオキソ−3,6,9,12,15−ペンタアザイコサン−1,20−二酸[実施例81]:
【化251】
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【0314】
エッペンドルフバイアルに、DMSO(1mL)を、(2S,5S,8S,11S,14S,19S)−19−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−5,8,14−トリス(カルボキシメチル)−11−(3−グアニジノプロピル)−4,7,10,13,16−ペンタオキソ−2−(プロパ−2−イン−1−イル)−3,6,9,12,15−ペンタアザイコサン−1,20−二酸(17.0mg、0.016mmol)と、(3R,5S,7R,9S)−メチル−9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(18.14mg、0.016mmol)との混合物に室温で添加した。このバイアルを窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。次に、新しく調製したアスコルビン酸ナトリウムの溶液(100mM水溶液、32.8μL、3.28μmol)を添加し、続いて、新しく調製した硫酸銅五水和物の溶液(100mM水溶液、32.8μL、3.28μmol)を添加した。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。1時間後、LCMSは、主に生成物を示した。反応を停止させた。真空を用いて、全体をISCO固体充填フィルタプラグに通した。残渣については、約0.5mLのDMSOで溶解させ、同じフィルタプラグに通した。合わせた濾液(2mL)を逆相分取HPLC[勾配1]によって精製し、凍結乾燥後に10.3mg(29.3%収率)の表題化合物を淡黄色の固体としてもたらした。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm8.52−8.70(m、4H)8.45(brs、1H)8.25(brd、J=6.32Hz、1H)8.17(brs、1H)7.98(s、1H)7.72−7.90(m、2H)7.63(m、J=8.84Hz、2H)7.54(brs、1H)7.35−7.43(m、1H)7.12−7.33(m、2H)6.85−7.11(m、6H)6.62(m、J=8.84Hz、2H)6.43(s、1H)6.20(s、1H)5.68(brdd、J=10.36、5.56Hz、1H)5.48−5.61(m、3H)4.53−4.79(m、2H)4.42−4.53(m、3H)4.25−4.41(m、3H)4.16(brd、J=5.31Hz、2H)3.94−4.10(m、3H)3.89(brs、1H)3.74−3.85(m、3H)3.62−3.74(m、5H)3.51−3.62(m、7H)3.03−3.33(m、36H)2.93(brs、4H)2.64−2.78(m、7H)2.53−2.64(m、2H)2.21−2.47(m、10H)1.80−2.05(m、5H)1.39−1.65(m、7H)1.13−1.39(m、6H)0.64−0.86(m、7H)0.44−0.61(m、2H)0.16(s、6H)−0.03−0.14(m、8H)、MS(ES
+):m/z=[M+2]=1073.3、[M+3]/3=716.1、[M+4]/4=537.4;LCMS:t
R=1.74分[polar_3min_0_1500]。
(2S,5S,8S,11S,14S,19S)−19−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−5,8,14−トリス(カルボキシメチル)−11−(3−グアニジノプロピル)−4,7,10,13,16−ペンタオキソ−2−(プロパ−2−イン−1−イル)−3,6,9,12,15−ペンタアザイコサン二酸(3):
【化252】
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【0315】
この表題化合物は、以下の公開文献に記載のものと同様の、L−プロパルギルリジンを使用した固相合成経路によって調製した:(1)Vlahov,Iontcho R.,et al.“Design and regioselective synthesis of a new generation of targeted chemotherapeutics.Part 1:EC145,a folic acid conjugate of desacetylvinblastine monohydrazide.”Bioorganic & medicinal chemistry letters 16.19(2006):5093−5096。(2)Vlahov,Iontcho R.,et al.“Design and regioselective synthesis of a new generation of targeted chemotherapeutics.Part II:Folic acid conjugates of tubulysins and their hydrazides.”Bioorganic & medicinal chemistry letters 18.16(2008):4558−4561。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm8.65(s、1H)8.25(brd、J=7.33Hz、1H)8.04−8.18(m、4H)7.95(d、J=7.58Hz、1H)7.82(brd、J=7.83Hz、1H)7.67(d、J=8.84Hz、2H)7.35(brs、1H)6.96(brs、3H)6.65(d、J=8.84Hz、3H)4.45−4.66(m、6H)4.15−4.36(m、4H)3.04(brd、J=6.57Hz、4H)2.83−2.90(m、1H)2.65−2.80(m、4H)2.54−2.64(m、4H)2.31(brt、J=7.96Hz、3H)1.80−2.08(m、3H)1.63−1.78(m、2H)1.38−1.59(m、4H)。
19F NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm−73.74。MS(ES
+):m/z=1038.3[M+H]
+、520.0[M+2H]
+/2;LCMS:t
R=1.19分[polar_3min_1500]。
実施例83:
【化253】
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(31S)−31−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−1−(1−((2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−4,4−ビス(((1−((2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−1,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−2H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メトキシ)メチル)−6,28−ジオキソ−2,9,12,15,18,21,24−ヘプタオキサ−5,27−ジアザドトリアコンタン−32−オイック酸[実施例83]:
【化254】
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【0316】
エッペンドルフバイアルに、DMF(87μL)を、(S)−33−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−8,30−ジオキソ−6,6−ビス((プロパ−2−イン−1−イルオキシ)メチル)−4,11,14,17,20,23,26−ヘプタオキサ−7,29−ジアザテトラトリアコンタ−1−イン−34−オイック酸(6.50mg、6.54μmol)と(3R,5S,7R,9S)−メチル9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(25.3mg、0.023mmol)との混合物に添加した。両方の反応物質を溶解させるための、さらなるDMF(87μL)。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。次に、新しく調製したアスコルビン酸ナトリウムの溶液(100mM推移溶液、26.2μL、2.62μmol)を添加し、続いて、新しく調製した硫酸銅五水和物の溶液(100mM水溶液、13.08μL、1.308μmol)を添加した。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温で1.5時間にわたりシェーカーで撹拌した。反応が不完全であったため、この反応混合物に追加のアスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、4.02μL、0.402μmol)及び硫酸銅五水和物(100mM水溶液、2.012μL、0.201μmol)を添加し、シェーカーで1時間撹拌した。全体を1mLのDMSOで希釈し、真空を用いてISCO固体充填フィルタプラグに通した。この残渣を約0.3mLのDMSOで溶解させ、同じフィルタプラグに通し、合わせた濾液(1〜2mL)を逆相分取HPLC[勾配2]によって精製し、1.94mg(6.87%収率)の表題化合物を淡黄色の固体としてもたらした。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm9.33(s、2H)8.61−8.71(m、7H)8.52(brs、2H)8.16(s、3H)7.97(brs、1H)7.77(s、3H)7.57(brs、2H)7.36(brd、J=7.58Hz、3H)7.26(brd、J=7.83Hz、3H)6.84−7.04(m、7H)6.63(d、J=8.59Hz、1H)6.53−6.71(m、1H)6.56(s、1H)6.44(s、2H)6.19(s、2H)5.50−5.80(m、11H)4.40−4.52(m、8H)3.91−4.11(m、11H)3.82(brd、J=5.81Hz、2H)3.71(s、15H)3.38−3.62(m、61H)2.96−3.22(m、21H)2.88(brd、J=10.61Hz、4H)2.59−2.77(m、17H)2.22−2.41(m、11H)1.86−2.14(m、7H)1.39−1.64(m、12H)1.10−1.37(m、28H)0.67−0.90(m、21H)0.63(brs、3H)0.42−0.54(m、6H)0.15(s、18H)−0.02−0.08(m、21H)、MS(ES
+):m/z=[M+3]/3=1439.3、[M+4]/4=1080.4、[M+5]/5=864.4、[M+6]/6=720.5;LCMS:t
R=1.52分[polar_3min_0_1500]
実施例84:
【化255】
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(24S)−24−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−1−(1−(2−(2−(2−((2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メトキシ)エトキシ)エトキシ)エチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−21−オキソ−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサ−20−アザペンタコサン−25−オイック酸[実施例84]
【化256】
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【0317】
実施例80と同様の手順を使用し、DMF(26μL)、(S)−26−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オイック酸(2mg、2.69μmol)、(5S,7S,9S)−メチル9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−((2−(2−(2−アジドエトキシ)エトキシ)エトキシ)メチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(5.01mg、4.04μmol)、アスコルビン酸ナトリウム(新しく調製した100mM水溶液、5.39μl、0.539μmol)、水(13.46μL)、硫酸銅五水和物(新しく調製した100mM水溶液、2.69μl、0.269μmol)、及び水(13.46μL)を使用して、実施例84を合成した。この試料を逆相HPLC[勾配1]によって精製し、凍結乾燥後に1.29mg(24.2%収率)の表題化合物を淡黄色の固体としてもたらした。酸性移動相及び方法polar_3min_0_1500(流量0.8mL/分)を使用したLCMSにより、98.0%純度(保持時間=1.56分)が示され、表題化合物が確認された。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm9.33(s、1H)8.47−8.73(m、4H)8.04(s、1H)7.95(brs、1H)7.78(s、1H)7.59(brd、J=8.08Hz、2H)7.37(d、J=7.83Hz、1H)7.26(d、J=8.34Hz、1H)6.86−7.08(m、4H)6.56−6.73(m、3H)6.44(s、1H)6.19(s、1H)5.50−5.78(m、2H)4.39−4.58(m、9H)3.67−4.03(m、13H)3.42−3.62(m、30H)2.99−3.19(m、1H)2.94−3.22(m、6H)2.89(brd、J=10.61Hz、1H)2.58−2.79(m、6H)2.28−2.42(m、4H)1.77−2.20(m、5H)1.07−1.66(m、10H)0.58−0.89(m、7H)0.52(brd、J=7.58Hz、2H)0.17(s、6H)0.06(s、8H)、MS(ES
+):m/z=[M+2]/2=992.2、[M+3]/3=661.8;LCMS:t
R=1.52分[polar_3min_0_1500]
実施例85:
【化257】
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(2S,5S,8S,11S,14S,19S)−19−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−5,8,14−トリス(カルボキシメチル)−2−((1−(1−(2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデカン−19−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)−11−(3−グアニジノプロピル)−4,7,10,13,16−ペンタオキソ−3,6,9,12,15−ペンタアザイコサン−1,20−二酸[実施例85]:
【化258】
[この文献は図面を表示できません]
【0318】
エッペンドルフバイアルに、DMSO(377μL)を、(2S,5S,8S,11S,14S,19S)−19−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−5,8,14−トリス(カルボキシメチル)−11−(3−グアニジノプロピル)−4,7,10,13,16−ペンタオキソ−2−(プロパ−2−イン−1−イル)−3,6,9,12,15−ペンタアザイコサン−1,20−二酸(15.66mg、0.015mmol)と、(5S,7S,9S)−メチル9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(20.7mg、0.015mmol)との混合物に室温で添加した。直ちに、固体が溶液から析出し、反応混合物が緑色になった。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。次に、新しく調製したアスコルビン酸ナトリウムの溶液(100mM水溶液、30.2μL、3.02μmol)、続いて、新しく調製した硫酸銅五水和物の溶液(100mM水溶液、15.09μL、1.509μmol)。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。暗茶色の均質溶液が形成された。1時間後、さらなるアスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、30.2μL、3.02μmol)、続いて硫酸銅五水和物(100mM水溶液、15.09μL、1.509μmol)。反応が不完全であったため、さらなるアルキンSM(8mg)、アスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、30.2μL、3.02μmol)、及び硫酸銅五水和物(100mM水溶液、15.09μL、1.51μmol)を添加し、もう1時間撹拌した。反応を停止させ、全体を1mLのDMSOで希釈し、真空を用いてISCO固体充填フィルタプラグに通した。残りの残渣を約0.3mLのDMSOで溶解させ、同じフィルタプラグに通し、合わせた濾液(2mL)を逆相分取HPLC[勾配1]によって精製し、凍結乾燥後に9.55mg(26.3%収率)の表題化合物を淡黄色の固体としてもたらした。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm10.08(brs、1H)9.34(s、1H)8.55−8.68(m、3H)8.15−8.54(m、5H)7.73−7.94(m、2H)7.64(brd、J=7.33Hz、2H)7.51(brs、1H)7.37(brd、J=7.83Hz、1H)7.26(d、J=8.08Hz、1H)6.87−7.18(m、5H)6.62(brd、J=8.08Hz、2H)6.44(s、1H)6.19(s、1H)5.65−5.74(m、1H)5.57(brd、J=10.36Hz、1H)4.25−4.65(m、10H)3.92−4.20(m、2H)3.67−3.89(m、11H)2.83−3.63(m、91H)2.58−2.78(m、9H)2.19−2.43(m、13H)1.73−2.10(m、9H)1.10−1.66(m、16H)0.59−0.85(m、7H)0.45−0.56(m、2H)0.17(s、6H)0.06(s、6H)、MS(ES
+):m/z=[M+2]/2=1206.4、[M+3]/3=804.2;LCMS:t
R=1.50分[polar_3min_0_1500]
実施例86:
【化259】
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(24S)−24−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−1−(1−(1−(2−(((3−(3−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−3a−エチル−9−((5S,7S,9S)−5−エチル−5−ヒドロキシ−9−(メトキシカルボニル)−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−イル)−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−5−カルボキサミド)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデカン−19−イル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)−21−オキソ−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサ−20−アザペンタコサン−25−オイック酸[実施例86]:
【化260】
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【0319】
エッペンドルフバイアルに、DMSO(359μL)を、(S)−26−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−23−オキソ−4,7,10,13,16,19−ヘキサオキサ−22−アザヘプタコサ−1−イン−27−オイック酸(12.0mg、0.016mmol)と、(5S,7S,9S)−メチル9−((3aR,3a1R,4R,5S,5aR,10bR)−5−((3−(3−(((5−(19−アジド−2,5,8,11,14,17−ヘキサオキサノナデシル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバモイル)−3a−エチル−4,5−ジヒドロキシ−8−メトキシ−6−メチル−3a,3a1,4,5,5a,6,11,12−オクタヒドロ−1H−インドリジノ[8,1−cd]カルバゾール−9−イル)−5−エチル−5−ヒドロキシ−2,4,5,6,7,8,9,10−オクタヒドロ−1H−3,7−メタノ[1]アザシクロウンデシノ[5,4−b]インドール−9−カルボキシレート(22.2mg、0.016mmol)との混合物中に添加した。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。次に、新しく調製したアスコルビン酸ナトリウムの溶液(100mM水溶液、32.3μL、3.23μmol)、続いて、新しく調製した硫酸銅五水和物の添加の溶液(100mM水溶液、16.2μL、1.62μmol)。暗茶色の均質溶液が形成された。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。1時間後、さらなるアスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、32.3μL、3.23μmol)及び硫酸銅五水和物(100mM水溶液、16.2μL、1.62μmol)を添加した。1時間後、反応を停止させた。全体を2.5mLのDMSOで希釈し、真空を用いてISCO固体充填フィルタプラグに通し、この残渣を約0.3mLのDMSOで溶解させ、同じフィルタプラグに通した。合わせた濾液(3mL)を逆相分取HPLC[勾配1]によって精製し、凍結乾燥後に9.55mg(28.0%収率)の表題化合物を淡黄色の固体としてもたらした。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm8.64(s、1H)8.58(s、2H)8.04(s、1H)7.64(brd、J=8.34Hz、1H)7.37(d、J=8.08Hz、1H)7.26(d、J=7.83Hz、1H)6.87−7.03(m、4H)6.64(brd、J=8.59Hz、2H)5.66−5.71(m、1H)4.44−4.52(m、8H)3.89−4.09(m、3H)3.69−3.84(m、8H)3.65(brd、J=9.09Hz、1H)3.42−3.56(m、49H)3.01−3.26(m、6H)2.90(brd、J=17.18Hz、2H)2.61−2.78(m、6H)2.30−2.46(m、4H)2.17(brs、2H)1.85−2.07(m、4H)1.54−1.63(m、2H)1.48(brdd、J=15.66、7.83Hz、2H)1.21−1.35(m、2H)1.13−1.21(m、3H)0.70−0.84(m、6H)0.64(brs、1H)0.46−0.54(m、2H)0.17(s、6H)0.06(s、7H)、MS(ES
+):m/z=[M+2]/2=1058.1、[M+3]/3=705.8;LCMS:t
R=1.57分[polar_3min_0_1500]。
実施例87:
【化261】
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(2S,5S,8S,11S,14S,19S)−2−((1−((2−(((3−(3−アセトアミドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)メチル)チオ)ピリミジン−5−イル)メチル)−1H−1,2,3−トリアゾール−4−イル)メチル)−19−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−5,8,14−トリス(カルボキシメチル)−11−(3−グアニジノプロピル)−4,7,10,13,16−ペンタオキソ−3,6,9,12,15−ペンタアザイコサン−1,20−二酸[実施例87]:
【化262】
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【0320】
エッペンドルフバイアルに、DMF(323μL)を、(2S,5S,8S,11S,14S,19S)−19−(4−(((2−アミノ−4−オキソ−3,4−ジヒドロプテリジン−6−イル)メチル)アミノ)ベンズアミド)−5,8,14−トリス(カルボキシメチル)−11−(3−グアニジノプロピル)−4,7,10,13,16−ペンタオキソ−2−(プロパ−2−イン−1−イル)−3,6,9,12,15−ペンタアザイコサン−1,20−二酸(32.7mg、0.032mmol)と、N−(3−(3−(((5−(アジドメチル)ピリミジン−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド(10mg、0.024mmol)との混合物中に添加した。アルキンSMを溶解させるために、さらなるDMF(323μL)を添加した。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。次に、新しく調製したアスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、48.5μl、4.85μmol)の水溶液(55μL)を添加し、続いて、硫酸銅五水和物(100mM水溶液、48.5μL、4.85μmol)の水溶液(55μL)を添加した。全体を窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。反応が進行するにつれ、さらなる固体を溶液中に入れた。2.5時間後、反応を停止させた。全体を1.5mLのDMSOで希釈し、真空を用いてISCO固体充填フィルタプラグに通した。この残渣を約0.5mLのDMSOで溶解させ、同じフィルタプラグに通し、合わせた濾液(2mL)を逆相分取HPLC[勾配1]によって精製し、凍結乾燥後に6mg(17.1%収率)の表題化合物を淡黄色の固体としてもたらした。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δppm0.04(s、6H)0.15(s、6H)0.36−0.58(m、2H)1.25−1.53(m、3H)1.92(brs、2H)2.22−2.42(m、3H)2.88−3.05(m、3H)4.24−4.70(m、6H)5.55(brs、2H)6.62(brs、2H)6.86−7.30(m、4H)7.35−7.72(m、3H)7.75−8.09(m、3H)8.13−8.52(m、2H)8.62(brs、4H)10.07(brs、1H)。(C57H79N21O19SSi2 − 計算値:79Hs、観測値:52Hs、一部は水ピークに隠れているか水と交換している場合がある)、MS(ES
+):m/z=1451.3[M+2]、726.3[M+2]/2;LCMS:t
R=1.53分[polar_3min_0_1500]。
実施例88:
【化263】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(2−(ピリミジン−2−イルチオ)エチル)ジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例88]:
【化264】
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【0321】
2−((2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−ビニルジシロキサニル)エチル)チオ)ピリミジン(500mg、1.677mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(570mg、1.677mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(25mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体5及び6をもたらした。中間体5と6との混合物をアセトニトリル(20mL)中に溶解させ、続いて水(0.12mL、6.711mmol)及びDIPEA(1.85mL、10.06mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、510mg(41%収率)の表題化合物を薄黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.55(d、J=4.89Hz、2H)、7.72(br.s、1H)、7.09−7.15(m、1H)、3.04−3.11(m、2H)、2.88−2.96(m、2H)、1.72(s、3H)、1.27−1.38(m、2H)、0.89−0.97(m、2H)、0.39−0.46(m、2H)、0.05(s、6H)、0.00(s、6H);MS(ES
+):m/z=372.10[M+H]
+;LCMS:t
R=3.20分。
2−((2−(1,1,3,3−テトラメチル−3−ビニルジシロキサニル)エチル)チオ)ピリミジン(3):
【化265】
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【0322】
ピリミジン−2−チオール(1g、8.928mmol)及び1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ジビニルジシロキサン(3.32g、17.85mmol)のTHF溶液(50mL)に、AIBN(146mg、0.892mmol)及びシリカ(100mg、10%w/w)を室温で添加した。得られた溶液を60℃で4時間加熱還流した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜100%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、1g(40%収率)の表題化合物を無色の油として得た。MS(ES
+):m/z=299.05[M+H]
+;LCMS:t
R=3.71、3.87、及び3.97分。
実施例89及び実施例94
【化266】
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N−(3−(1,1,3,3−テトラメチル−3−(3−(ピリミジン−2−イルチオ)プロピル)ジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例89]:
【化267】
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【0323】
1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス(3−(ピリミジン−2−イルチオ)プロピル)ジシロキサン(1g、2.283mmol)とN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド(757mg、2.283mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(50mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体5及び6をもたらした。中間体5と6との混合物をアセトニトリル(50mL)中に溶解させ、続いて水(0.16mL、9.132mmol)及びDIPEA(2.4mL、13.69mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜10%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、788mg(45%収率)の表題化合物を薄黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.61(d、J=4.89Hz、2H)、7.78(br.s、1H)、7.19(t、J=4.89Hz、1H)、3.10(t、J=7.09Hz、2H)、2.95(q、J=6.85Hz、2H)、1.77(s、3H)、1.63−1.73(m、2H)、1.29−1.40(m、2H)、0.60−0.68(m、2H)、0.40−0.47(m、2H)、0.04(s、6H)、0.00(s、6H);MS(ES
+):m/z=386.10[M+H]
+;LCMS:t
R=3.34分。
1,1,3,3−テトラメチル−1,3−ビス(3−(ピリミジン−2−イルチオ)プロピル)ジシロキサン[実施例94]:
【化268】
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【0324】
ピリミジン−2−チオール(2g、17.85mmol)のアセトニトリル溶液(50mL)に、炭酸カリウム(7.39g、53.57mmol)及び1,3−ビス(3−クロロプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(2.3g、8.035mmol)を室温で添加し、4時間にわたって60℃にさらに加熱した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、DCMで希釈し、無機材料を濾過した。この濾液を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜20%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、2.3g(30%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=8.59(d、J=4.89Hz、4H)、7.17(t、J=4.89Hz、2H)、3.06(t、J=7.09Hz、4H)、1.60−1.70(m、4H)、0.58−0.65(m、4H)、0.01(s、12H)、MS(ES
+):m/z=439.15[M+H]
+;LCMS:t
R=4.13分。
実施例90及び実施例93:
【化269】
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3−(3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロパン−1−アミン[実施例90]:
【化270】
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【0325】
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(1g、2.016mmol)の飽和エタノール性アンモニア溶液(50mL)を、室温で14時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製化合物を、0〜10%アンモニア飽和メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、375mg(68%収率)の表題化合物を薄黄色の油として得た。
1H NMR(400MHz、CDCl
3)δ=3.24(t、J=6.85Hz、2H)、2.67(t、J=7.09Hz、2H)、1.57−1.66(m、2H)、1.40−1.49(m、4H)、0.48−0.59(m、4H)、0.07(s、6H)、0.06(s、6H);MS(ES
+):m/z=275.00[M+H]
+;LCMS:t
R=5.55分。
(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート[実施例93]:
【化271】
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【0326】
1,3−ビス(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(1g、3.333mmol)とビス((9H−フルオレン−9−イル)メチル)((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジカルバメート(2.3g、3.333mmol)との混合物の4M HCl/ジオキサン溶液(50mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体3及び4をもたらした。中間体3と4との混合物をアセトニトリル(20mL)中に溶解させ、続いて水(0.24mL、13.33mmol)及びDIPEA(3.7mL、19.99mmol)を添加し、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜70%酢酸エチル/n−ヘキサン溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashクロマトグラフィによって精製して、1.48g(45%収率)の表題化合物を白色の固体として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=7.88(d、J=7.34Hz、2H)、7.67(d、J=7.34Hz、2H)、7.37−7.45(m、2H)、7.24−7.35(m、3H)、4.28(d、J=6.85Hz、2H)、4.20(d、J=6.85Hz、1H)、3.26(t、J=6.85Hz、2H)、2.94(q、J=6.68Hz、2H)、1.48−1.57(m、2H)、1.39(td、J=7.64、15.53Hz、2H)、0.42−0.56(m、4H)、0.04(s、6H)、0.03(s、6H);MS(ES
+):m/z=497.00[M+H]
+;LCMS:t
R=4.58分。
実施例95:
【化272】
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N−(3−(3−(((1H−ベンゾ[d]イミダゾール−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)アセトアミド[実施例95]:
【化273】
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【0327】
1,3−ビス(((1H−ベンゾ[d]イミダゾール−2−イル)チオ)メチル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン(250mg、0.545mmol)及びN,N’−((1,1,3,3−テトラメチルジシロキサン−1,3−ジイル)ビス(プロパン−3,1−ジイル))ジアセトアミド1(181mg、0.545mmol)の4M HCl/ジオキサン溶液(20mL)を、室温で1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させ、粗製中間体2及び3をもたらした。中間体2と3との混合物をアセトニトリル(30mL)中に溶解させ、続いて水(0.4mL、2.183mmol)及びDIPEA(0.6mL、3.275mmol)を添加し、室温でもう1時間撹拌した。この反応混合物を真空中で濃縮させて粗製化合物をもたらし、これを、0〜5%メタノール/DCM溶液で溶出するシリカゲルでのCombi Flashカラムクロマトグラフィによって精製して、129mg(30%収率)の表題化合物を無色の油として得た。
1H NMR(400MHz、DMSO−d
6)δ=12.45(s、1H)、7.82(br.s、1H)、7.47−7.51(m、1H)、7.32−7.37(m、1H)、7.07−7.13(m、2H)、2.99(q、J=6.85Hz、2H)、2.57(s、2H)、1.78(s、3H)、1.36−1.46(m、2H)、0.48−0.54(m、2H)、0.20(s、6H)、0.09(s、6H);MS(ES
+):m/z=239.00モノマー[M+H]
+;LCMS:t
R=1.65分。
実施例96:
【化274】
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(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(3−(4−ベンジル−1H−1,2,3−トリアゾール−1−イル)プロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート[実施例96]:
【化275】
[この文献は図面を表示できません]
【0328】
エッペンドルフバイアルに、DMF(171μL)を、(9H−フルオレン−9−イル)メチル(3−(3−(3−アジドプロピル)−1,1,3,3−テトラメチルジシロキサニル)プロピル)カルバメート(17mg、0.034mmol)と、3−フェニル−1−プロピン(5.11mL、0.041mmol)との混合物に添加した。両方の反応物質を溶解させるために、さらなるDMF(171mL)を添加した。このバイアルを窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理した。アスコルビン酸ナトリウム(100mM水溶液、68.4μL、6.84μmol)の水溶液(171μL)を添加し、続いて、硫酸銅五水和物(100mM水溶液、34.2μL、3.42μmol)の水溶液(171μL)を添加した。このバイアルを窒素ガスでパージし、蓋をし、5分間超音波処理し、室温にてシェーカーで撹拌した。黄色の懸濁液が形成され、5分後、反応物を水でクエンチした。この生成物をEtOAc(3×15mL)で抽出し、合わせた有機層をNa
2SO
4で乾燥させ、グラスウールのプラグで濾過し、真空中で濃縮させた。この粗製物は、70:30〜30:70のHex:EtOAcで溶出するシリカゲル[ISCO Combi−Flash、4gカートリッジ]でのカラムクロマトグラフィ(固体充填)による精製であり、8mg(38.1%収率)の表題化合物を無色の油として得た。LCMS(ESI+)、3分運転、20〜90%勾配、保持時間=2.45 m/z=613.51[M+1]+。
1H NMR(400MHz、クロロホルム−d)δppm0.05(d、J=2.78Hz、10H)0.19(brd、J=2.53Hz、1H)0.44−0.55(m、4H)0.80−0.97(m、1H)1.13−1.38(m、2H)1.40−1.54(m、2H)1.58(s、6H)1.71−1.97(m、3H)2.06(s、1H)3.16(q、J=6.57Hz、2H)4.09(s、2H)4.17−4.32(m、3H)4.40(d、J=7.07Hz、2H)5.06(brs、1H)7.14(s、1H)7.19−7.34(m、7H)7.40(t、J=7.33Hz、2H)7.53−7.68(m、2H)7.77(d、J=7.58Hz、2H)、MS(ES
+):m/z=[M+2]/2=1058.1、[M+3]/3=705.8;LCMS:t
R=1.57分[polar_3min_0_1500]。
実施例97:複合体の合成:
【0329】
複合体は、以下のスキーム1及び2に例示されるように合成される。スキーム1は、第1の標的化部分である葉酸が、DCC及びN−ヒドロキシサクシニミドとの反応により活性化され、次に、保護シロキサンまたはシリルエーテルコアと反応して標的化部分−コア複合体を形成する経路を示す。
【化276】
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【0330】
以下のスキーム2は、保護標的化部分−コア複合体が活性化されたペイロードと反応して、標的化部分−コア−ペイロード複合体を形成する、代替的な経路を示す。
【化277】
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実施例98:ビンブラスチン−葉酸複合体:
【0331】
ビンブラスチンペイロード及び葉酸標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。
【化278】
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実施例99:ビンブラスチン−アルギニルグリシルアスパラギン酸(ビンブラスチン−RGD)複合体:
【0332】
ビンブラスチンペイロード及びRGD標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。
【化279】
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実施例100:ビンブラスチン−2−[3−(1,3−ジカルボキシプロピル)ウレイド]ペンタン二酸(ビンブラスチン−DUPA)複合体:
【0333】
ビンブラスチンペイロード及びDUPA標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。
【化280】
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実施例101:カンプトテシン−葉酸複合体:
【0334】
カンプトテシンペイロード及び葉酸標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。
【化281】
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実施例102:白金(II)−葉酸複合体及び白金(IV)−DUPA酸複合体:
【0335】
白金(II)及び白金(IV)ペイロードならびにDUPA標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。これらの複合体を以下に図示する。
【化282】
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実施例103:フルオロフォア/クエンチャー・葉酸複合体:
【0336】
フルオロフォア(fluorophor)/クエンチャーペイロード及び葉酸標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。これらの複合体を以下に図示する。
【化283】
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【化284】
[この文献は図面を表示できません]
【化285】
[この文献は図面を表示できません]
実施例104:フルオレセイン−葉酸複合体:
【0337】
フルオレセインペイロード及び葉酸標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。これらの複合体を以下に図示する。
【化286】
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実施例105:シリルジエーテル及びシリルモノエーテル複合体:
【0338】
ペイロード及び標的化部分を有するシリルジエーテルならびにシリルモノエーテル複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。これらの複合体を以下に図示する。
【化287】
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【化288】
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実施例106:パクリタキセル−葉酸複合体:
【0339】
パクリタキセルペイロード及び葉酸標的化部分を有するシロキサン複合体は、実施例97に記載の経路に従って合成される。これらの複合体を以下に図示する。
【化289】
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(パクリタキセルC2位における結合)
【化290】
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(パクリタキセルC7位における結合)
【化291】
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(パクリタキセルC3’位における結合)
【化292】
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(パクリタキセルC10位における結合)
【化293】
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(パクリタキセルC7位における結合及びパクリタキセルC10位における修飾を有するC10/C7ハイブリッド)。
実施例107:加水分解研究:
【0340】
表1は、シリコンリンカー構築物及び複合体の代表的な加水分解データを示す。
【0341】
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【0342】
実施例108:エンドサイトーシス及びSi−O開裂を実証する撮像研究:
上に示した実施例79は、葉酸受容体標的化リガンドと、スペーサ部分と、シロキサンコアと、シロキサンコアのいずれかの側に位置する2つの異なる蛍光色素(BODIPY及びローダミン)とを含有する。葉酸受容体アルファを発現するKB細胞を、葉酸不含培地で培養した。これらの細胞を、50nMの実施例79と共に氷上で30分間インキュベートし、新鮮な培養培地で洗浄し、次に、所望の時間にわたって37℃の培地でインキュベートした。Zeiss LSM 780レーザー走査顕微鏡を用いた共焦点顕微鏡法を使用して、両方の色素の結末を同時に監視した。撮像研究により、赤色及び緑色のシグナルの共局在、ならびに細胞表面上の蛍光色素の重なりによって可視化されているように、t=0においてインタクトな実施例79が細胞表面上の葉酸受容体に結合したことが明らかとなり、それにより、本シリコン系複合体の葉酸受容体特異的結合が示された。t=30分において、BODIPY及びローダミンの蛍光シグナル、ならびに細胞内部(すなわち、エンドソーム内部)の色素の重なりによって可視化されているように、インタクトな実施例79の細胞内へのエンドサイトーシスが観察された。t=30分において、2つの蛍光色素の色分離によって可視化されているように、シロキサンコアの開裂が観察された。
【0343】
実施例109:細胞データ:
化合物を添加する1日前に、培養下のKB細胞を、10% FBSを含む葉酸塩不含RPMI培地中に5,000細胞/ウェルの密度で、白色透明底の96ウェル組織培養プレート内に播種した。細胞を血球計数器で視覚的に計数し、それに従って希釈して、所望の密度を得た。37℃のインキュベータ内の加湿CO
2雰囲気中で、細胞を24時間インキュベートさせた。消費された培地を吸引し、濃度が0.3〜2000nMの範囲であり、かつ最終的なDMSO濃度が0.1%である化合物の3倍段階希釈物を含有する、100μLの新鮮な培地を補充した。化合物を含まないブランクウェルも、0.1% DMSOを含有する培地で処理した。細胞を2時間インキュベートし、新鮮な培地で4回洗浄した。37℃のインキュベータにおいて、100uLの新鮮な葉酸塩不含RPMI中で、プレートをさらに70時間インキュベートした。70時間の最後に、消費された培地を除去し、新鮮な培地で細胞を1回洗浄し、次に100μLのPBS中に懸濁させた。100μLの構成されたCell titer−glo試薬を各ウェルに加え、製造業者のプロトコルに従ってVICTORプレートリーダーを用いて発光を記録した。
【0344】
表2は、シロキサン系複合体のEC50値を示す。
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【0345】
表3は、48時間におけるシリコン系複合体での細胞殺滅パーセントを示す。
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実施例110:合成致死ペイロード複合物(Synthetic lethal payload combinations):
【0346】
合成致死ペイロード複合物の送達によってVHL明細胞腎癌を治療するためのシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化294】
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【化295】
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【化296】
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【0347】
例えば、標的化リガンドとして葉酸を使用した、合成致死ペイロード複合物の送達によってトリプルネガティブ乳がんを治療するためのシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化297】
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【0348】
例えば、EGFR標的化手法によって、変異KRASがんを治療するためのシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化298】
[この文献は図面を表示できません]
【0349】
実施例111:複数の標的化部分:
上記のように、想定される本開示のシリコン系複合体は、細胞表面受容体に結合する標的化部分の数を増加させることによって結合力を増加させるように、複数の標的化部分を含有してもよい。標的化部分は、表4の縦列1に示される細胞、組織、及び器官に対して標的化される。標的化部分は、表4の縦列2に示される受容体に結合し、結合する標的化部分は括弧内に示されている。
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【0350】
インテグリン受容体に結合するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化299】
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【化300】
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【0351】
BCRシグナル伝達の制御因子であるCD22受容体(Siglec−2)に結合する、トリス−BPC−NeuAcα2−6Galβ1−4GlcNAc標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化301】
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【0352】
CD44受容体に結合するヒアルロン酸標的化部分のオリゴマー糖類を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化302】
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【0353】
葉酸受容体に結合する葉酸塩標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化303】
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【0354】
PSMA(前立腺特異的膜抗原)に結合する尿素系DUPA標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化304】
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【0355】
低密度受容体関連タンパク質1(LRP1)に結合するニューロテンシン(NT)トリアゾール類似体を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化305】
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【0356】
炭酸脱水酵素IX(CAIX)受容体に結合する炭酸脱水酵素IX標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化306】
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【化307】
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【0357】
肝細胞内のアシアロ糖タンパク質受容体のためのホーミング剤としてGalNAc(N−アセチル−D−ガラクトサミン)標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化308】
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【0358】
受容体媒介性エンドサイトーシスを伴わずに骨ヒドロキシアパタイトを標的化する、ビスホスホネート標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化309】
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【0359】
陽性疾患関連マクロファージに関連するCD206に結合するマンノース標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化310】
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【0360】
CCKRb及び葉酸受容体に結合する、混合したCCKRbリガンド及び葉酸塩標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化311】
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【0361】
葉酸塩及びCD33受容体に結合する、混合した葉酸塩標的化部分及び抗CD33抗体標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化312】
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【0362】
葉酸塩及びインテグリン受容体に結合する、混合した葉酸塩標的化部分及びRGD標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化313】
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【0363】
Gタンパク質結合ソマトスタチン及びCD33受容体に結合する、混合したソマトスタチン標的化部分及び抗CD33抗体標的化部分を有するシリコン系複合体は、以下のものを含む。
【化314】
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【0364】
実施例112:触媒部分:
上記のように、想定される本開示のシリコン系複合体は、シリコン−ヘテロ原子コア(例えば、シロキサン)に直接的または間接的に共有結合した1つ以上の任意選択の触媒部分を含有してもよい。ある実施形態において、本開示の触媒部分は、二価であり得る。特定の実施形態において、本開示の触媒部分(複数可)は、ペイロード部分が標的細胞または組織内に放出されるようにシロキサンのSi−O結合の結合開裂を最適化するように選択され得る。例えば、本開示の触媒部分(複数可)は、約7未満または約7.5超のpHにおいて本複合体からのペイロード部分のpH感受性放出を促進するように選択されてもよい。例示的な触媒部分としては、単環式または二環式のヘテロアリール系、例えば、任意選択により置換されているピロール、フラン、チオフェン、イミダゾール、ピラゾール、オキサゾール、イソキサゾール、チアゾール、イソチアゾール、ピリジン、ピリミジン、トリアゾール、テトラゾールなどを挙げることができるが、これらに限定されない。例えば、触媒部分は、以下のものを含み得るが、これらに限定されない。
【化315-1】
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【化315-2】
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【化315-3】
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【化315-4】
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【化315-5】
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【化315-6】
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【化315-7】
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【化315-8】
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【化315-9】
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【化315-10】
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【化315-11】
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【化315-14】
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【化315-17】
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【化315-20】
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【化315-21】
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【化315-25】
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【化315-27】
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【化315-30】
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【化315-34】
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【化315-36】
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【化315-38】
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【化315-39】
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【化315-40】
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【化315-41】
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【化315-42】
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【化315-43】
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【化315-44】
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【化315-45】
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【化315-46】
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【化315-47】
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【化315-48】
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【化315-49】
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(式中、R、R
1、R
2、R
3、及びR
4は、各事例で独立して、水素、C
1−6アルキル、C
2−6アルケニル、及びフェニルからなる群から選択され得る(または、R
1及びR
4、もしくはR
3及びR
2は、一緒になって複素環を形成し、Z
1、Z
2、及びZ
3は、各事例で独立して、結合、C
1−6アルキル、C
2−6アルケニル、及びフェニルからなる群から選択され得、ここで、C
1−6アルキル、C
2−6アルケニル、及びフェニルは、任意選択により置換されていてもよい。)
【0365】
参照による組み込み
以下に列記される項目を含め、本明細書に言及される公開文献及び特許は全て、個々の各公開文献または特許があたかも参照により明確かつ個別に組み込まれるかのように、参照によりそれらの全体があらゆる目的のために本明細書に組み込まれる。矛盾がある場合には、本明細書におけるいかなる定義をも含め、本出願が優先する。
【0366】
均等物
特定の実施形態を詳解してきたが、上記の明細は例証であり制限的ではない。本明細書を概観すれば、多くの変形形態が当業者に明らかとなるであろう。実施形態の全範囲は、請求項をそれらの均等物の全範囲と併せて参照し、また本明細書をかかる変形形態と併せて参照することによって決定されるべきである。
【0367】
別段の指示がない限り、本明細書及び請求項において使用される成分の量、反応条件などを表す数字は全て、全ての事例において「約」という用語で修飾されていると理解されるものとする。したがって、別段の指示がない限り、本明細書及び添付の特許請求の範囲に記載される数値パラメータは、達成が求められる所望の特性に応じて異なり得る近似値である。