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特開2022-115347表示処理方法、データ解析装置およびプログラム
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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2022115347
(43)【公開日】2022-08-09
(54)【発明の名称】表示処理方法、データ解析装置およびプログラム
(51)【国際特許分類】
   G01N 27/447 20060101AFI20220802BHJP
【FI】
G01N27/447 325D
【審査請求】未請求
【請求項の数】9
【出願形態】OL
(21)【出願番号】P 2021011900
(22)【出願日】2021-01-28
(71)【出願人】
【識別番号】000001993
【氏名又は名称】株式会社島津製作所
(74)【代理人】
【識別番号】110001195
【氏名又は名称】弁理士法人深見特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】荻野 康太
(57)【要約】
【課題】分析後の複数のデータを簡単に並べ替えて表示することが可能な、表示処理方法、データ解析装置およびプログラムを提供する。
【解決手段】表示処理方法は、複数のデータをデータファイルから取得するステップ(S1)と、取得した複数のデータにそれぞれ対応する複数のゲルイメージを、予め定められた順番で並べて表示するステップ(S2)と、複数のゲルイメージを予め定められた順番とは異なる表示順に並べ替えて表示するかをユーザに問い合わせるステップ(S3)と、表示順に複数のゲルイメージを並べ替えて表示するステップ(S4)とを備える。
【選択図】図3
【特許請求の範囲】
【請求項1】
複数のサンプルについて電気泳動分離によりそれぞれ得られた複数のデータの表示処理方法であって、
前記複数のデータをデータファイルから取得するステップと、
取得した前記複数のデータにそれぞれ対応する複数のゲルイメージを、予め定められた順番で並べて表示するステップと、
前記複数のゲルイメージを前記予め定められた順番とは異なる表示順に並べ替えて表示するかをユーザに問い合わせるステップと、
前記表示順に前記複数のゲルイメージを並べ替えて表示するステップとを備える、表示処理方法。
【請求項2】
前記複数のサンプルは、プレート上に行列状に配置された複数のウェルにそれぞれ配置された状態で電気泳動分離装置にセットされ、
前記複数のデータは、前記複数のサンプルの各々について前記電気泳動分離装置によって電気泳動分離が実行された結果と、前記複数のサンプルの各々に対応するウェルの位置情報とを含み、
前記予め定められた順番とは異なる前記表示順は、前記複数のウェルの行および列のいずれか一方の番号順に前記ゲルイメージを並べる順番である、請求項1に記載の表示処理方法。
【請求項3】
前記予め定められた順番は、前記行および列のいずれか一方とは異なる他方の番号順に前記ゲルイメージを並べる順番である、請求項2に記載の表示処理方法。
【請求項4】
前記並べ替えて表示するステップは、
前記予め定められた順番で並べて表示された前記複数のゲルイメージから1つのゲルイメージを選択させるステップと、
選択された前記1つのゲルイメージを前記予め定められた順番で並べて表示された前記複数のゲルイメージの中に挿入する位置を指定させるステップとを含む、請求項1に記載の表示処理方法。
【請求項5】
Nを自然数とすると、
前記並べ替えて表示するステップは、
前記予め定められた順番で並べて表示された前記複数のゲルイメージからN番目に表示させる1つのゲルイメージを選択させるステップと、
選択された前記1つのゲルイメージを前記予め定められた順番で並べて表示された前記複数のゲルイメージのN番目の位置に挿入して表示を更新するステップとを含む、請求項1に記載の表示処理方法。
【請求項6】
前記複数のサンプルの分離データは、前記複数のサンプルの分析が行なわれた順と、エレクトロフェログラムのピーク位置に基づいてグループ分けが実行された結果とを含み、
前記予め定められた順番は、前記複数のサンプルの分析が行なわれた順に基づいて前記ゲルイメージを並べる順番であり、
前記予め定められた順番とは異なる前記表示順は、前記グループ分けされたグループ番号順に前記ゲルイメージを並べる順番である、請求項1に記載の表示処理方法。
【請求項7】
前記予め定められた順番とは異なる前記表示順を前記データファイルに追記するステップをさらに備える、請求項2~6のいずれか1項に記載の表示処理方法。
【請求項8】
前記データファイルを記憶する記憶部と、
請求項1~7のいずれか1項に記載の表示処理方法を実行するプロセッサと、
前記複数のゲルイメージを表示する表示部とを備える、データ解析装置。
【請求項9】
請求項1~6のいずれか1項に記載の表示処理方法をコンピュータに実行させるプログラム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本開示は、表示処理方法、データ解析装置およびプログラムに関する。
【背景技術】
【0002】
従来、電気泳動データを解析・表示するソフトウェアでは、検出されたデータをエレクトロフェログラムおよびゲルイメージの形態で表示する。
【0003】
特開2020-20725号公報(特許文献1)には、検出されたデータを上記のエレクトロフェログラムおよびゲルイメージの形態で表示する電気泳動で分離されたサンプルのデータ解析装置の一例が開示されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
【特許文献1】特開2020-20725号公報
【特許文献2】特開2020-76613号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
一般にデータ解析装置におけるゲルイメージの表示順は、サンプルを分析した順である。しかしながら、多くのサンプルに対して、自動的に電気泳動分離等の分析を実行する分析装置でデータを取得した後に、分析した順とは異なる順にゲルイメージを並べ替えたいというニーズが存在する。従来は、並べ替えのためにユーザの手間がかかり、簡単にゲルイメージの並べ替えを行なうことができなかった。そのため、分析をやり直す等の無駄が生じる場合があった。
【0006】
本開示の目的は、分析後の複数のデータを簡単に並べ替えて表示することが可能な、表示処理方法、データ解析装置およびプログラムを提供することである。
【課題を解決するための手段】
【0007】
本開示の第1の態様は、複数のサンプルについて電気泳動分離によりそれぞれ得られた複数のデータの表示処理方法に関する。表示処理方法は、複数のデータをデータファイルから取得するステップと、取得した複数のデータにそれぞれ対応する複数のゲルイメージを、予め定められた順番で並べて表示するステップと、複数のゲルイメージを予め定められた順番とは異なる表示順に並べ替えて表示するかをユーザに問い合わせるステップと、表示順に複数のゲルイメージを並べ替えて表示するステップとを備える。
【発明の効果】
【0008】
本開示における表示処理方法、データ解析装置およびプログラムでは、ユーザの指示に基づいて、予め定められた順番とは異なる表示順にゲルイメージを並べ替えて表示することが可能であるので、分析後の評価が容易となり、再度分析を行なうなどの無駄を無くすことができる。
【図面の簡単な説明】
【0009】
図1】分析システムの全体の構成を示す図である。
図2】表示部14に表示される画面の一例を示す図である。
図3】データ解析装置の表示処理を説明するためのフローチャートである。
図4】横方向順から縦方向順に並べ替えた前後の各ウェルの並び順を示した図である。
図5】横方向順から縦方向順に並べ替えた前後のゲルイメージの並び順を示した図である。
図6】縦方向順から横方向順に並べ替えた前後の各ウェルの並び順を示した図である。
図7】縦方向順から横方向順に並べ替えた前後のゲルイメージの並び順を示した図である。
図8】横方向または縦方向の並び替えを実行する処理を説明するためのフローチャートである。
図9】ドラッグ・ドロップ操作による並べ替えについて説明するための図である。
図10】ドラッグ・ドロップ操作による並べ替え処理について説明するためのフローチャートである。
図11】ウェルクリック操作による並べ替え処理について説明するためのフローチャートである。
図12】クリックによる並び順の指定について説明するための図である。
図13】クリックによる並び順の指定を行なう場合の並べ替え処理を説明するためのフローチャートである。
図14】グループ順の並べ替え(サンプル数降順)について説明するための図である。
図15】グループ順の並べ替え(サンプル数昇順)について説明するための図である。
図16】グループ順への並べ替えを行なう場合の並べ替え処理を説明するためのフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【0010】
以下、本発明の実施の形態について、図面を参照しながら詳細に説明する。なお、図中同一または相当部分には同一符号を付してその説明は繰返さない。
【0011】
図1は、分析システムの全体の構成を示す図である。図1に示されているように、分析システム100は、データ解析装置1と電気泳動装置2とを含む。
【0012】
電気泳動装置2は、行列状にウェルが形成されたプレート21にセットされた複数のサンプルを自動的に連続分析する。データ解析装置1は、電気泳動で得られた分離データを電気泳動装置2から取得して、データ解析処理を実施する。
【0013】
データ解析装置1は、CPU(Central Processing Unit)11と、メモリ12(ROM(Read Only Memory)、RAM(Random Access Memory)、不揮発性メモリ)と、入力部13と表示部14とを備える。入力部13は、たとえば、キーボードおよびマウス等を含む。表示部14は、液晶ディスプレイ等を含む。CPU11は、ROMに格納されているプログラムをRAM等に展開して実行する。ROMに格納されるプログラムは、データ解析装置1の処理手順が記されたプログラムである。不揮発性メモリは、電気泳動装置2から送られてきたデータをデータファイルとして記憶する。なお、メモリ12は、不揮発性メモリに代えてまたはこれに加えてハードディスク装置を含んでいても良い。データ解析装置1は、処理手順が記されたプログラムに従って、表示用データを生成し、表示部14に表示させる。この制御については、ソフトウェアによる処理に限られず、専用のハードウェア(電子回路)で処理することも可能である。
【0014】
図2は、表示部14に表示される画面の一例を示す図である。表示部14には、ウインドウ141~144が表示されている。
【0015】
ウインドウ141には、図1のプレート21に形成されている行列状のウェルの配置に対応する画像が表示されている。ウインドウ142には、複数のサンプルのゲルイメージが並べて表示されている。ウインドウ143には、いずれか1つのサンプルのエレクトロフェルグラムが表示されている。
【0016】
エレクトロフェログラムは、電気泳動装置2で得られた分離データに基づいて作成される。たとえば、試料がDNAであり、電気泳動装置2がゲル電気泳動を実施するものである場合には、横軸を泳動時間(sec)、縦軸を信号強度(mV)とするエレクトロフェログラムが作成される。図2のエレクトロフェログラムでは、電気泳動により分離された成分が約22のピークとして現れている。
【0017】
ゲルイメージの各々は、複数のサンプルの各々のエレクトロフェログラムを簡易な表現で表わしている。ゲルイメージには、複数の縞が表示されているが、各縞の濃度はエレクトロフェログラムの各々の成分のピーク波形の面積から求めることができる。
【0018】
ウインドウ144には、ユーザの操作によって表示部14にポップアップ表示される並べ替えメニューが示されている。図2の例では、並べ替えモードが選択中であり、「ウェルの縦方向(列方向)に並べ替え」「ウェルの横方向(行方向)に並べ替え」「グループごとに並べ替える」という3つのメニューのいずれか1つをユーザが選択することができる。
【0019】
ウインドウ141には、1~12列、A~H,X行の、合計12×9=108個のウェルが表示されている。各ウェルの中に表示されている数字は、そのウェルがウインドウ142のゲルイメージの何番目に表示されているかを示す並び順である。たとえば、電気泳動を実行する未知サンプルを、A~H行(8行)×12列の96ウェルに入れ、それと比較する既知サンプルをX行(1行)×12列に入れるような使い方ができる。
【0020】
データ解析装置1に読み込まれたデータファイルは、各サンプルのウェルの位置、分析順、ゲルイメージの並び順の情報を含む。
【0021】
図2の例では、データ解析装置1に読み込まれたデータファイルでは、ウェルX1と、ウェルA2~A7と、ウェルB2~B7と、ウェルC2~C7とが使用されている。そして、ゲルイメージを表示するウインドウ142には、分析順が(1)~(22)として示され、ウェルの位置がその下に示されている。この例では、1回の分析で4つのサンプルの電気泳動が可能な装置が使用されている。ウェルX1に基準サンプルが配置され、初回分析に4つの電気泳動流路上に同じウェルX1のサンプルが滴下され分析が実行されたため、分析順(1)~(4)の下には同じウェルX1が示されている。
【0022】
データファイルを読み出した際に、特に並べ替えが行なわれていないデータであれば、データ解析装置1は並び順を分析順とするように設定されているので、ウインドウ142には、分析順(1)~(22)の順にゲルイメージが並べられている。
【0023】
図3は、データ解析装置の表示処理を説明するためのフローチャートである。まず、ステップS1において、CPU11は、メモリ12に記憶されているデータファイルを開く。そして、ステップS2において、図2の例に示すようにウインドウ142にゲルイメージを表示する。CPU11は、特に指定がなければ、サンプル番号順(分析順)に並べてゲルイメージを表示部14に表示するが、データファイルに並べ替え順が記憶されていれば、記憶されている並べ替え順に従って並べ替えてゲルイメージを表示部14に表示する。なお、電気泳動装置2は、1回の分析に同時に複数個のサンプルを分析可能な場合が多いが、たとえば4つの電気泳動流路を有し、電気泳動装置2が1回の分析に4サンプルを同時に分析する場合でも、4サンプルには異なる分析順が適宜割り振られる。このため本明細書では分析順をサンプル番号順とも称する。
【0024】
続いて、ステップS3においてCPU11は、並べ替えモードに指定されたか否かを判断する。たとえば、入力部13(たとえばマウス)を用いてウインドウ142に表示された並べ替えボタンをユーザが選択した場合に、CPU11は、並べ替えモードに指定されたと判断する。
【0025】
続いてCPU11は、ゲルイメージの並べ替え表示処理を実行する。並べ替え表示処理は、メニュー表示からユーザが希望する並べ替えを選択することができるようになっている。並べ替え表示処理の詳細については、図4以降で説明する。
【0026】
並べ替え表示処理が実行された後に、ステップS5においてCPU11は、ユーザに対して並べ替え順を反映するか否かを問い合わせる。
【0027】
並べ替え順を反映させる場合(S5でYES)、CPU11は、ステップS6において、ユーザの希望する並べ替えを実行した後の並び順を確定させ、ステップS7においてデータファイルに並べ替え順を追記または上書きする。一度も並べ替えを実行していなかった場合は、デフォルトとして並び順は分析順となっているので、並べ替え順がデータファイルに追記される。また、既に並べ替えを実行したことがあった場合には、データファイルに記録されている並び順は、ステップS4において実行された並べ替え後の並び順に上書きされる。
【0028】
一方、並べ替え順を反映させない場合(S5でNO)、CPU11は、ステップS8においてユーザに再度の並べ替えを試行するか否かを問い合わせる。再度並べ替え順を試行する場合(S8でYES)、CPU11は、再びステップS4以降の処理を繰返す。再度並べ替え順を試行しない場合(S8でNO)、CPU11は、ステップS4において並べ替えた並び順をステップS9において破棄して処理を終了する。このように、本実施の形態の分析装置では、並べ替えた順をデータファイルに保存するため、並べ替え順と分析順(サンプル番号順)を自由に切り替えて表示することが可能である。
【0029】
[並べ替えモード(縦横並べ替え)]
図1に示したプレート21は、行列状に並んだウェルが多数配置されている。連続測定するサンプルが多い場合、ユーザは、行または列ごとにサンプルの内容を変えることが多い。
【0030】
たとえば、電気泳動を実行する未知サンプルを配置するウェルが、8行×12列の96ウェルがある場合、実験者によって、96ウェルにどう検体を置くか(縦方向/横方向)は意味を持つ場合が多い。
【0031】
たとえば、1列目に実験条件Aの検体を置き、2列目に実験条件Bの検体を置くという運用をしていた場合、縦方向順(列方向順)に分析するべきである。しかし、実験者が誤って横方向順(行方向順)に分析してしまった場合は、ゲルイメージは、実験条件AとBのイメージが交互に表示されてしまう。
【0032】
またたとえば、3つの研究グループが1台の分析装置を共有し、終夜運転で分析を実行させる場合、第1グループがA行を使用し、第2グループがB行を使用し、第3グループがC行を使用するなどの行単位の使用法が想定される。
【0033】
逆に、第1グループが第2列を使用し、第2グループが第3列を使用し、第3グループが第4列を使用し、第4グループが第5列を使用し、第5グループが第6列を使用し、第6グループが第7列を使用するなどの列単位の使用法も想定される。
【0034】
どのような運用をするかは、研究施設、研究グループの構成メンバー、などによってまちまちであり、行単位の使用法のプレートと列単位の使用法のプレートが混在する場合も考えられる。このような場合、列優先昇順で分析した場合であっても行優先昇順に並べて表示したり、行優先昇順で分析した場合であっても列優先昇順に並べて表示したりする並べ替えが簡単な操作で実行できると便利である。
【0035】
特に、ゲルイメージをウェルの縦方向順から横方向順または横方向順から縦方向順に一括で並べ替えられることは非常に便利である。
【0036】
図4は、横方向順から縦方向順に並べ替えた前後の各ウェルの並び順を示した図である。図2のウインドウ141に表示される内容が図4に示されている。図5は、横方向順から縦方向順に並べ替えた前後のゲルイメージの並び順を示した図である。図2のウインドウ142に表示される内容が図5に示されている。なお、図5において、ウェルの表示の下には実際には図2に示すようにゲルイメージが表示されるが、ゲルイメージは図5では省略している。
【0037】
並べ替え前は、最初の4つのイメージは、ウェルX1に配置された基準サンプルのゲルイメージであり、並び順第5番目から第10番目は、ウェルA2~A7に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第11番目から第16番目は、ウェルB2~B7に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第17番目から第22番目は、ウェルC2~C7に配置されたサンプルのゲルイメージである。
【0038】
このような表示がされている状態で、ユーザが図1のウインドウ144の「ウェルの縦方向に並べ替え」のメニューを選択すると、縦方向順(列優先昇順)の並べ替えが実行される。
【0039】
その結果、最初の4つイメージは、ウェルX1に配置された基準サンプルのゲルイメージである点は変わらないが、行列状に複数のサンプルが配置されたウェルに対応するゲルイメージの表示順が以下のように並べ替えられる。
【0040】
並び順第5番目から第7番目が、ウェルA2,B2,C2に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第8番目から第10番目が、ウェルA3,B3,C3に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第11番目から第13番目が、ウェルA4,B4,C4に配置されたサンプルのゲルイメージである。
【0041】
さらに、並び順第14番目から第16番目が、ウェルA5,B5,C5に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第17番目から第19番目が、ウェルA6,B6,C6に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第20番目から第22番目が、ウェルA7,B7,C7に配置されたサンプルのゲルイメージである。
【0042】
図6は、縦方向順から横方向順に並べ替えた前後の各ウェルの並び順を示した図である。図2のウインドウ141に表示される内容が図6に示されている。図7は、縦方向順から横方向順に並べ替えた前後のゲルイメージの並び順を示した図である。図2のウインドウ142に表示される内容が図7に示されている。なお、図7において、ウェルの表示の下には実際には図2に示すようにゲルイメージが表示されるが、ゲルイメージは図7では省略している。
【0043】
並べ替え前は、最初の4つイメージは、ウェルX1に配置された基準サンプルのゲルイメージであり、並び順第5番目から第7番目が、ウェルA2,B2,C2に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第8番目から第10番目が、ウェルA3,B3,C3に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第11番目から第13番目が、ウェルA4,B4,C4に配置されたサンプルのゲルイメージである。
【0044】
さらに、並び順第14番目から第16番目が、ウェルA5,B5,C5に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第17番目から第19番目が、ウェルA6,B6,C6に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第20番目から第22番目が、ウェルA7,B7,C7に配置されたサンプルのゲルイメージである。
【0045】
このような表示がされている状態で、ユーザが図1のウインドウ144の「ウェルの横方向に並べ替え」のメニューを選択すると、横方向順(行優先昇順)の並べ替えが実行される。
【0046】
その結果、最初の4つイメージは、ウェルX1に配置された基準サンプルのゲルイメージである点は変わらないが、行列状に複数のサンプルが配置されたウェルに対応するゲルイメージの表示順が以下のように並べ替えられる。
【0047】
並び順第5番目から第10番目は、ウェルA2~A7に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第11番目から第16番目は、ウェルB2~B7に配置されたサンプルのゲルイメージであり、並び順第17番目から第22番目は、ウェルC2~C7に配置されたサンプルのゲルイメージである。
【0048】
図8は、横方向または縦方向の並び替えを実行する処理を説明するためのフローチャートである。まずステップS11において、CPU11は、並べ替えモードが指定されたか否かを判断する。たとえばウインドウ142の対応する並べ替えボタンが選択された場合、CPU11は並べ替えモードが選択されたと判断する。
【0049】
並べ替えモードが選択された場合(S11でYES)、ステップS12においてCPU11は、縦方向順への並び替え指定がされたか否かを判断する。たとえば、ウインドウ144の「ウェルの縦方向に並べ替え」が選択された場合、CPU11は、縦方向順への並び替え指定がされたと判断する。
【0050】
縦方向順への並び替え指定がされた場合(S12でYES)、ステップS13において、CPU11は、図4図5で説明したように、ゲルイメージを列優先の昇順に並べてウインドウ142を再表示する。
【0051】
縦方向順への並び替え指定がされていない場合(S12でNO)、ステップS14においてCPU11は、横方向順への並び替え指定がされたか否かを判断する。たとえば、ウインドウ144の「ウェルの横方向に並べ替え」が選択された場合、CPU11は、横方向順への並び替え指定がされたと判断する。
【0052】
横方向順への並び替え指定がされた場合(S14でYES)、ステップS15において、CPU11は、図6図7で説明したように、ゲルイメージを行優先の昇順に並べてウインドウ142を再表示する。
【0053】
以上説明したように、並べ替えモードでは、行優先昇順と列優先昇順との間の並べ替えを簡単な操作で実行することができ、その結果をデータファイルに保存することも可能である。したがって、プレート21のウェルにサンプルをグループ分け配置した状態と、分析順とがうまく一致していなかった場合であっても、見やすい順にゲルイメージを直ちに並べ替えて表示することができ、ユーザにとって便利である。
【0054】
[並べ替えモード(ドラッグ・ドロップ)]
次に、並べ替え処理の他の例としてドラッグ・ドロップ操作について説明する。
【0055】
図9は、ドラッグ・ドロップ操作による並べ替えについて説明するための図である。図9では、並び順第5番目のウェルA2のゲルイメージがマウスなどによって選択され、移動先の並び順第2番目までドラッグされ移動先にドロップされた様子が示されている。その結果、並び順第2番目から第4番目のウェルは、各々が並び順に1が加算され、並び順第3番目から第5番目に平行移動する。
【0056】
図10は、ドラッグ・ドロップ操作による並べ替え処理について説明するためのフローチャートである。まずステップS21において、CPU11は、並べ替えモードが指定されたか否かを判断する。たとえばウインドウ142の対応する並べ替えボタンが選択された場合、CPU11は並べ替えモードが選択されたと判断する。
【0057】
並べ替えモードが選択された場合(S21でYES)、ステップS22においてCPU11は、ゲルイメージのドラッグ操作の検出の有無を判断する。ドラッグ操作が検出された場合、CPU11は、ステップS23においてドラッグされたゲルイメージをマウス操作に従って移動させる。続いてステップS24において、CPU11は、ゲルイメージのドロップ操作の検出の有無を判断する。ドロップ操作が検出されない場合(S24でNO)、CPU11はステップS23からの処理を繰返す。
【0058】
ドロップ操作が検出された場合(S24でYES)、CPU11は、ステップS25においてゲルイメージをドロップ位置に対応するレーンに挿入して、全体を並べ替え表示する。
【0059】
以上説明したように、CPUは、図9に示したようなドラッグ・ドロップによる並べ替え処理を実行する。このような並べ替えは、2つのサンプルのゲルイメージを隣同士に並べて表示して見比べる場合などに便利である。ドラッグ・ドロップ操作による並べ替えでは、ユーザは、直感的にゲルイメージを並べ替えることが可能である。
【0060】
ドラッグ・ドロップ操作でなくても同様な並べ替えは可能である。図11は、ウェルクリック操作による並べ替え処理について説明するためのフローチャートである。まずステップS31において、CPU11は、並べ替えモードが指定されたか否かを判断する。たとえばウインドウ142の対応する並べ替えボタンが選択された場合、CPU11は並べ替えモードが選択されたと判断する。
【0061】
並べ替えモードが選択された場合(S31でYES)、ステップS32においてCPU11は、移動後にゲルイメージを挿入する場所に対するマウスクリックの有無を検出する。クリックが検出された場合(S32でYES)、ステップS33においてCPU11は挿入対象である移動するゲルイメージを指定するマウスクリックを要求する。
【0062】
クリックが検出された場合(S34でYES)、ステップS35においてCPU11はウインドウ142のゲルイメージを並べ替えて再表示する。
【0063】
以上のような処理によっても、図9図10で説明したドラッグ・ドロップ処理と同様な並べ替えを行なうことができる。なお、ステップS32の移動先の選択とステップS34の移動対象の選択は、順番を入れ替えても良い。
【0064】
[クリックによる並び順の指定]
ドラッグ・ドロップによって、並べ替えるとマウスポインタを画面上で大きく移動させなければならず、また、図11に示したウェルクリックによる方法でも移動先を毎回指定するのは手間がかかるので、クリックされた順にゲルイメージを次々に並べ替えることも考えられる。
【0065】
図12は、クリックによる並び順の指定について説明するための図である。図12を参照して、以下、ウェルのクリックによる並び順の指定について説明する。
【0066】
初回にウインドウ141のウェルA2(分析順5)の位置をマウスでクリックすると、ウインドウ142においてそのウェルA2に対応するゲルイメージが5番目から先頭に移動され、分析順(1)~(4)のゲルイメージは、1つずつ右にずれて配置される。
【0067】
さらに、続いて第2回目にウインドウ141のウェルA3(分析順6)の位置をマウスでクリックすると、ウインドウ142においてそのウェルA3に対応するゲルイメージが6番目から第2番目に移動され、分析順(1)~(4)のゲルイメージは、さらに1つずつ右にずれて配置される。
【0068】
このようにすれば、ドラッグ・ドロップの操作よりも簡単なクリック動作によって複数のゲルイメージの並び順を変更することができる。
【0069】
図13は、クリックによる並び順の指定を行なう場合の並べ替え処理を説明するためのフローチャートである。まずステップS41において、CPU11は、並べ替えモードが指定されたか否かを判断する。たとえばウインドウ142の対応する並べ替えボタンが選択された場合、CPU11は並べ替えモードが選択されたと判断する。
【0070】
並べ替えモードが選択された場合(S41でYES)、ステップS42においてCPU11は、ウェル位置を問い合わせするゲルイメージの配置を示す変数Nを1に設定する。続いて、CPU11は、ステップS43において、N番目に表示するウェルの選択をユーザに要求し、ステップS44においてユーザによってウェルがマウスクリックによって選択されるのを待つ。
【0071】
ステップS44において、ユーザによるウェルの選択を検出した場合、CPU11は、ステップS45において選択されたウェルのゲルイメージをウインドウ142における並び順でN番目に配置し、元のN番目以降のゲルイメージの位置を再配置する。そして、ステップS46において並べ替え表示終了か否かを判断する。
【0072】
たとえば、Nが分析サンプルの数に到達した場合、またはユーザによって並べ替え終了の指示が入力された場合、CPU11は、ステップS46において並べ替え表示終了と判断する。
【0073】
並べ替え表示が終了ではない場合(S46でNO)、CPU11は、変数Nに1を加算し、再びステップS43以降の処理を実行する。
【0074】
並べ替えの数が少ない場合には、ドラッグ・ドロップによる並べ替えが便利であるが、並べ替え数が多い場合および先頭から順に全体を並べ替えたい場合などは、移動先をいちいち指定する必要がないので、クリックによる並び順の指定が便利である。
【0075】
[グループ順に並べ替える処理]
従来、電気泳動で測定されたデータを解析・表示するソフトウェアでは、測定されたデータをエレクトロフェログラムおよびゲルイメージ等の形態で表示すると共に、ピークの検出を行ない、検出したピークに関する時間、サイズ、面積、濃度、モル濃度等を出力する。また、このようなソフトウェアには、ピークの検出結果を利用する任意の条件式を作成し、その条件式を用いてデータの分類を行なうものが存在する(たとえば、特開2020-76613号公報(特許文献2)参照)。
【0076】
このような分類処理が行なわれた場合、同じグループに分類されたサンプルのゲルイメージをグループに属するサンプル数の昇順または降順に簡単に並べ替え表示ができれば、分析サンプル全体の傾向をつかむのに便利である。
【0077】
図14は、グループ順の並べ替え(サンプル数降順)について説明するための図である。左側の初期状態の並びでは、分類処理が実行され、各々のゲルイメージの下にそのゲルイメージのサンプルがどのグループに分類されたかが示されている。図14の例では、ウェルX1(分析順1~4)が、グループ1に分類され、ウェルA1(分析順5)、ウェルD1(分析順8)、ウェルE1(分析順9)がグループ2に分類され、ウェルB1(分析順6)、ウェルC1(分析順7)がグループ3に分類されたことが示されている。
【0078】
この状態で、ユーザがサンプル数降順(サンプル数が多い順)のグループ並べ替えを指定すると、ウインドウ142のゲルイメージが図14の右のように、グループ1、グループ2、グループ3の順となるように並びが変更される。
【0079】
図15は、グループ順の並べ替え(サンプル数昇順)について説明するための図である。図15の左側の初期状態の並びは図14と同じであるので説明は繰返さない。
【0080】
この状態で、ユーザがサンプル数昇順(サンプル数が少ない順)のグループ並べ替えを指定すると、ウインドウ142のゲルイメージが図14の右のように、グループ3、グループ2、グループ1の順となるように並びが変更される。
【0081】
図16は、グループ順への並べ替えを行なう場合の並べ替え処理を説明するためのフローチャートである。まずステップS51において、CPU11は、並べ替えモードが指定されたか否かを判断する。たとえばウインドウ142の対応する並べ替えボタンが選択された場合、CPU11は並べ替えモードが選択されたと判断する。
【0082】
続いてCPU11は、ステップS52において、並べ替え指定がグループに属するサンプル数の多い順(サンプル数降順)であるか否かを判断する。並べ替え指定が、サンプル数の多い順(S52でYES)であった場合、CPU11は、図14で説明したように、サンプル数降順となるようにゲルイメージの配置を並べ替える。
【0083】
並べ替え指定が、サンプル数の多い順ではない場合(S52でNO)、CPU11は、ステップS54に処理を進める。ステップS54では、CPU11は、並べ替え指定がグループに属するサンプル数の少ない順(サンプル数昇順)であるか否かを判断する。並べ替え指定が、サンプル数の少ない順(S54でYES)であった場合、CPU11は、図15で説明したように、サンプル数昇順となるようにゲルイメージの配置を並べ替える。
【0084】
なお、ステップS54において並べ替え順が指定されていない場合(S54でNO)、CPU11は、ステップS52に処理を戻す。
【0085】
[態様]
上述した例示的な実施の形態は、以下の態様の具体例であることが当業者により理解される。
【0086】
(第1項)本開示の第1の態様は、複数のサンプルについて電気泳動分離によりそれぞれ得られた複数のデータの表示処理方法に関する。表示処理方法は、複数のデータをデータファイルから取得するステップと、取得した複数のデータにそれぞれ対応する複数のゲルイメージを、予め定められた順番で並べて表示するステップと、複数のゲルイメージを予め定められた順番とは異なる表示順に並べ替えて表示するかをユーザに問い合わせるステップと、表示順に複数のゲルイメージを並べ替えて表示するステップとを備える。
【0087】
第1項の表示処理方法によれば、たとえば、分析順に表示されたゲルイメージを必要に応じて容易に並べ替えて表示させ、検討することができる。
【0088】
(第2項)第1項に記載の表示処理方法において、複数のサンプルは、プレート上に行列状に配置された複数のウェルにそれぞれ配置された状態で電気泳動分離装置にセットされたものである。複数のデータは、複数のサンプルの各々について電気泳動分離装置によって電気泳動分離が実行された結果と、複数のサンプルの各々に対応するウェルの位置情報とを含む。予め定められた順番とは異なる表示順は、複数のウェルの行および列のいずれか一方の番号順にゲルイメージを並べる順番である。
【0089】
第2項の表示処理方法によれば、複数のサンプルをプレートに配置する場合に、行を列に列を行に取り違えて配置してしまい、分析順が所望の順番にならなかった場合でも、容易に所望の順番にゲルイメージを並べ替えることができる。
【0090】
(第3項)第2項に記載の表示処理方法において、予め定められた順番は、行および列のいずれか一方とは異なる他方の番号順にゲルイメージを並べる順番である。
【0091】
第3項の表示処理方法によれば、複数のサンプルをプレートに配置する場合に、予め定められた順番で並べると所望の順番ではなかった場合に限って並べ替え操作をすればよく、ユーザの手間が減る。
【0092】
(第4項)第1項に記載の表示処理方法において、並べ替えて表示するステップは、予め定められた順番で並べて表示された複数のゲルイメージから1つのゲルイメージを選択させるステップと、選択された1つのゲルイメージを予め定められた順番で並べて表示された複数のゲルイメージの中に挿入する位置を指定させるステップとを含む。
【0093】
第4項の表示処理方法によれば、分析順が所望の順番にならなかった場合でも、たとえば、ドラッグ・ドロップまたは移動先と移動対象のクリックなどの簡単な操作で所望の順番にゲルイメージを並べ替えることができる。
【0094】
(第5項)Nを自然数とすると、第1項に記載の表示処理方法において、並べ替えて表示するステップは、予め定められた順番で並べて表示された複数のゲルイメージからN番目に表示させる1つのゲルイメージを選択させるステップと、選択された1つのゲルイメージを予め定められた順番で並べて表示された複数のゲルイメージのN番目の位置に挿入して表示を更新するステップとを含む。
【0095】
第5項の表示処理方法によれば、ユーザが並べ替え後の配置場所を一回ずつ指定しなくてすむため並べ替えに要する操作が簡単になり、ユーザの手間が減る。
【0096】
(第6項)第1項に記載の表示処理方法において、複数のサンプルの分離データは、複数のサンプルの分析が行なわれた順と、エレクトロフェログラムのピーク位置に基づいてグループ分けが実行された結果とを含む。予め定められた順番は、複数のサンプルの分析が行なわれた順に基づいてゲルイメージを並べる順番である。予め定められた順番とは異なる表示順は、グループ分けされたグループ番号順にゲルイメージを並べる順番である。
【0097】
第6項の表示処理方法によれば、ユーザが並べ替え後の配置場所を一回ずつ指定しなくてすむため並べ替えに要する操作が簡単になり、ユーザの手間が減る。
【0098】
(第7項)第2項~第6項のいずれか1項に記載の表示処理方法は、予め定められた順番とは異なる表示順をデータファイルに追記するステップをさらに備える。
【0099】
第7項の表示処理方法によれば、標準的な並び順とは別に、ユーザが並べ替え後の表示順が保存されるので、再度ファイルからデータを読み込んだときに、ユーザは適切な並び順のゲルイメージを直ちに見ることができる。
【0100】
(第8項)本開示の他の局面に従うデータ解析装置は、データファイルを記憶する記憶部と、第1項~第7項のいずれか1項に記載の表示処理方法を実行するプロセッサと、複数のゲルイメージを表示する表示部とを備える。
【0101】
(第9項)本開示の他の局面に従うプログラムは、第1項~第6項のいずれか1項に記載の表示処理方法をコンピュータに実行させる。
【0102】
今回開示された実施の形態は、全ての点で例示であって制限的なものではないと考えられるべきである。本発明の範囲は、上記した実施の形態の説明ではなくて特許請求の範囲によって示され、特許請求の範囲と均等の意味および範囲内での全ての変更が含まれることが意図される。
【符号の説明】
【0103】
1 データ解析装置、2 電気泳動装置、11 CPU、12 メモリ、13 入力部、14 表示部、21 プレート、100 分析システム、141,142,143,144 ウインドウ、A1~A7,B1~B7,C1~C7,X1 ウェル。
図1
図2
図3
図4
図5
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