特開2022-123892乳酸菌検出プライマーセットおよびそのプライマーセットを用いた検出方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2022123892
(43)【公開日】2022-08-24
(54)【発明の名称】乳酸菌検出プライマーセットおよびそのプライマーセットを用いた検出方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/689 20180101AFI20220817BHJP
C12N 15/09 20060101ALI20220817BHJP
C12N 15/11 20060101ALI20220817BHJP
C12N 1/20 20060101ALI20220817BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/689 Z
C12N15/09 Z ZNA
C12N15/11 Z
C12N1/20 A
C12N1/20 C
【審査請求】未請求
【請求項の数】5
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2022097282
(22)【出願日】2022-06-16
(62)【分割の表示】P 2021021102の分割
【原出願日】2021-02-12
(71)【出願人】
【識別番号】597155376
【氏名又は名称】日本ベルム株式会社
(74)【代理人】
【識別番号】100078282
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 秀策
(74)【代理人】
【識別番号】100113413
【弁理士】
【氏名又は名称】森下 夏樹
(74)【代理人】
【識別番号】100181674
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 貴敏
(74)【代理人】
【識別番号】100181641
【弁理士】
【氏名又は名称】石川 大輔
(74)【代理人】
【識別番号】230113332
【弁護士】
【氏名又は名称】山本 健策
(72)【発明者】
【氏名】小笠原 明彦
(72)【発明者】
【氏名】岩佐 正弘
【テーマコード（参考）】
4B063
4B065
【Ｆターム（参考）】
4B063QA18
4B063QQ05
4B063QQ42
4B063QR32
4B063QR75
4B063QS25
4B065AA01X
4B065AC20
4B065CA46
(57)【要約】
【課題】 乳酸菌ＥＦ－２００１株を特異的に識別できるプライマーセットおよび該プライマーセットを用いた検出方法を提供すること。
【解決手段】 配列番号１および配列番号２、配列番号４および５、配列番号７および８、配列番号１０および１１、配列番号１３および１４、配列番号１６および１７、配列番号１９および２０、配列番号２２および２３、配列番号２５および２６、及び／または配列番号２８および２９の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチド、または配列番号１および配列番号３、配列番号４および６、配列番号７および９、配列番号１０および１２、配列番号１３および１５、配列番号１６および１８、配列番号１９および２１、配列番号２２および２４、配列番号２５および２７、及び／または配列番号２８および３０の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む、乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセット。
【選択図】 なし
【解決手段】 配列番号１および配列番号２、配列番号４および５、配列番号７および８、配列番号１０および１１、配列番号１３および１４、配列番号１６および１７、配列番号１９および２０、配列番号２２および２３、配列番号２５および２６、及び／または配列番号２８および２９の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチド、または配列番号１および配列番号３、配列番号４および６、配列番号７および９、配列番号１０および１２、配列番号１３および１５、配列番号１６および１８、配列番号１９および２１、配列番号２２および２４、配列番号２５および２７、及び／または配列番号２８および３０の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む、乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセット。
【選択図】 なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
乳酸菌組成物であって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群より選択される１または複数のプライマーセットによって増幅されず、かつ、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群から選択される１または複数のプライマーセットによって増幅される核酸断片を含む、乳酸菌組成物。
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群より選択される１または複数のプライマーセットによって増幅されず、かつ、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群から選択される１または複数のプライマーセットによって増幅される核酸断片を含む、乳酸菌組成物。
【請求項2】
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのプライマーセットによって増幅されず、かつ配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのプライマーセットによって増幅される核酸断片を含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項3】
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を少なくとも約７０℃にて加熱処理した乳酸菌加熱処理物を含む、請求項１または２に記載の組成物。
【請求項4】
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を少なくとも約９０℃にて加熱処理した乳酸菌加熱処理物を含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項5】
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットで増幅されることを特徴とするポリヌクレオチドであって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３９で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４０で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４９で表されるポリヌクレオチド、または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号５０で表されるポリヌクレオチド。
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３９で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４０で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４９で表されるポリヌクレオチド、または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号５０で表されるポリヌクレオチド。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、特定の乳酸菌の検出方法に関する。具体的には、エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株の検出用プライマーセットおよび該プライマーセットを用いた検出方法に関する。
【背景技術】
【0002】
乳酸菌は、様々な作用を有することが知られており、近年はプロバイオティクスとして消化管内の細菌叢の改善による整腸効果、免疫力向上効果、抗腫瘍効果などの種々の健康保持効果を有することから、人類にとって健康に深く関わる有用な微生物資源として利用されている。
【0003】
一方で乳酸菌の一種であるエンテロコッカス・フェカリスの中には日和見感染を引き起こすことが知られている菌体も存在し、日和見病原体として、尿路感染症をはじめ、細菌血症、心内膜炎、髄膜炎などの生命を脅かす感染症まで、さまざまな病気を引き起こす可能性がある。そのため、プロバイオティクスとして利用できる菌体と病原性の菌体とを区別することは極めて重要である。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【0004】
エンテロコッカス・フェカリスの１つであるＥＦ－２００１株は抗炎症および免疫調節を含むさまざまな生物調節活性を有することが報告されており、サプリメントや機能性食品のプロバイオティクスとして広く利用されている。本発明は、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を特異的に迅速かつ簡便に識別できるプライマーセットおよび該プライマーセットを用いた検出方法を提供する。
【0005】
したがって、本開示は以下を提供する。
（項目１）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に由来する核酸を特異的に検出するためのプライマーセットであって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２または３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５または６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８または９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１または１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４または１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７または１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０または２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３または２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６または２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９または３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
を含む、プライマーセット。
（項目２）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に由来する核酸を特異的に検出するためのプライマーセットであって、
（ａ）配列番号５１の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCGAAGGCGAAACAGAGGAT（配列番号２）
（ｂ）配列番号５１の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（２）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCCAGACATAATCGCATGGC（配列番号３）
（ｃ）配列番号５２の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（３）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAGAATACTTGGGCGGTCGTG（配列番号５）
（ｄ）配列番号５２の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（４）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAATTCAGCTTCGCTAGATAAGGC（配列番号６）
（ｅ）配列番号５３の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（５）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーAGGATTGTTTGACGGTGCAA（配列番号８）
（ｆ）配列番号５３の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（６）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーACATGAGATAGTTGGGGTAGACA（配列番号９）
（ｇ）配列番号５４の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（７）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーTACTTTTTAGCTGCCCGCCC（配列番号１１）
（ｈ）配列番号５４の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（８）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーGGGTTGTAGCCCTACCCGAT（配列番号１２）
（ｉ）配列番号５５の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（９）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーATGCCAGTACGTCGCGTTAA（配列番号１４）
（ｊ）配列番号５５の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１０）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーCGATTGTCAACTAATTGTGCCGA（配列番号１５）
（ｋ）配列番号５６の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１１）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCGCAACAACTACATACTACCA（配列番号１７）
（ｌ）配列番号５６の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１２）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCAAAAGGAACGCTACCAGT（配列番号１８）
（ｍ）配列番号５７の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１３）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーAATGAACGCCCTTCAGCAGA（配列番号２０）
（ｎ）配列番号５７の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１４）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーGGCTCCTCTACCTGAACAAACT（配列番号２１）
（ｏ）配列番号５８の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１５）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーTACAAGGCTTGCGAGGTAGC（配列番号２３）
（ｐ）配列番号５８の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１６）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーGCTGCAATGGAAAGCAAATCG（配列番号２４）
（ｑ）配列番号５９の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１７）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーGAGCATCACAGAGCCTCGAA（配列番号２６）
（ｒ）配列番号５９の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１８）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーAGAGATTTTTCAGTATTGCTGGGT（配列番号２７）
（ｓ）配列番号６０の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１９）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーTGTACCGTCAACCTCGTTCG（配列番号２９）または
（ｔ）配列番号６０の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（２０）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーAACGGGTTGCGACTCTTTTT（配列番号３０）
からなる群から選択される、プライマーセット。
（項目３）
項目１または２に記載のプライマーセットを含むことを特徴とする、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株検出用キット。
（項目４）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に由来する核酸を特異的に検出する方法であって、
項目１または２に記載のプライマーセットを用いて核酸断片を増幅する工程と
増幅する工程で得られた核酸断片を検出する工程と
を含む、方法。
（項目５）
乳酸菌組成物であって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群より選択される１または複数のプライマーセットによって増幅されず、かつ、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群から選択される１または複数のプライマーセットによって増幅される核酸断片を含む、乳酸菌組成物。
（項目６）
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのプライマーセットによって増幅されず、かつ配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのプライマーセットによって増幅される核酸断片を含む、項目５に記載の組成物。
（項目７）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を少なくとも約７０℃にて加熱処理した乳酸菌加熱処理物を含む、項目５または６に記載の組成物。
（項目８）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を少なくとも約９０℃にて加熱処理した乳酸菌加熱処理物を含む、項目５～７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９）
乳酸菌組成物を製造する方法であって、
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を加熱して、複数の乳酸菌加熱処理物のロットを得る工程と、
前記乳酸菌加熱処理物のロットの１つにおいて核酸断片を抽出する工程と、
項目１または２に記載のプライマーセットのうちの少なくとも１つを用いて前記核酸断片を増幅する工程と、
増幅する工程で得られた核酸断片を検出する工程と、
前記核酸断片が検出された乳酸菌加熱処理物のロットを選択する工程と
を含む、方法。
（項目１０）
前記加熱が少なくとも約７０℃での加熱である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記加熱が少なくとも約９０℃での加熱である、項目９または１０に記載の方法。
（項目１２）
前記核酸断片が、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群から選択される１または複数のプライマーセットによって増幅され、かつ
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群より選択される１または複数のプライマーセットによって増幅されない、項目９～１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットで増幅されることを特徴とするポリヌクレオチドであって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３９で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４０で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４９で表されるポリヌクレオチド、または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号５０で表されるポリヌクレオチド。
（項目１）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に由来する核酸を特異的に検出するためのプライマーセットであって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２または３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５または６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８または９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１または１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４または１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７または１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０または２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３または２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６または２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９または３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
を含む、プライマーセット。
（項目２）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に由来する核酸を特異的に検出するためのプライマーセットであって、
（ａ）配列番号５１の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCGAAGGCGAAACAGAGGAT（配列番号２）
（ｂ）配列番号５１の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（２）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCCAGACATAATCGCATGGC（配列番号３）
（ｃ）配列番号５２の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（３）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAGAATACTTGGGCGGTCGTG（配列番号５）
（ｄ）配列番号５２の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（４）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAATTCAGCTTCGCTAGATAAGGC（配列番号６）
（ｅ）配列番号５３の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（５）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーAGGATTGTTTGACGGTGCAA（配列番号８）
（ｆ）配列番号５３の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（６）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーACATGAGATAGTTGGGGTAGACA（配列番号９）
（ｇ）配列番号５４の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（７）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーTACTTTTTAGCTGCCCGCCC（配列番号１１）
（ｈ）配列番号５４の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（８）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーGGGTTGTAGCCCTACCCGAT（配列番号１２）
（ｉ）配列番号５５の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（９）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーATGCCAGTACGTCGCGTTAA（配列番号１４）
（ｊ）配列番号５５の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１０）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーCGATTGTCAACTAATTGTGCCGA（配列番号１５）
（ｋ）配列番号５６の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１１）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCGCAACAACTACATACTACCA（配列番号１７）
（ｌ）配列番号５６の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１２）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCAAAAGGAACGCTACCAGT（配列番号１８）
（ｍ）配列番号５７の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１３）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーAATGAACGCCCTTCAGCAGA（配列番号２０）
（ｎ）配列番号５７の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１４）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーGGCTCCTCTACCTGAACAAACT（配列番号２１）
（ｏ）配列番号５８の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１５）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーTACAAGGCTTGCGAGGTAGC（配列番号２３）
（ｐ）配列番号５８の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１６）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーGCTGCAATGGAAAGCAAATCG（配列番号２４）
（ｑ）配列番号５９の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１７）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーGAGCATCACAGAGCCTCGAA（配列番号２６）
（ｒ）配列番号５９の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１８）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーAGAGATTTTTCAGTATTGCTGGGT（配列番号２７）
（ｓ）配列番号６０の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（１９）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーTGTACCGTCAACCTCGTTCG（配列番号２９）または
（ｔ）配列番号６０の塩基配列の一部を増幅するためのプライマーセット（２０）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーAACGGGTTGCGACTCTTTTT（配列番号３０）
からなる群から選択される、プライマーセット。
（項目３）
項目１または２に記載のプライマーセットを含むことを特徴とする、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株検出用キット。
（項目４）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に由来する核酸を特異的に検出する方法であって、
項目１または２に記載のプライマーセットを用いて核酸断片を増幅する工程と
増幅する工程で得られた核酸断片を検出する工程と
を含む、方法。
（項目５）
乳酸菌組成物であって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群より選択される１または複数のプライマーセットによって増幅されず、かつ、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群から選択される１または複数のプライマーセットによって増幅される核酸断片を含む、乳酸菌組成物。
（項目６）
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのプライマーセットによって増幅されず、かつ配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドのプライマーセットによって増幅される核酸断片を含む、項目５に記載の組成物。
（項目７）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を少なくとも約７０℃にて加熱処理した乳酸菌加熱処理物を含む、項目５または６に記載の組成物。
（項目８）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を少なくとも約９０℃にて加熱処理した乳酸菌加熱処理物を含む、項目５～７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９）
乳酸菌組成物を製造する方法であって、
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を加熱して、複数の乳酸菌加熱処理物のロットを得る工程と、
前記乳酸菌加熱処理物のロットの１つにおいて核酸断片を抽出する工程と、
項目１または２に記載のプライマーセットのうちの少なくとも１つを用いて前記核酸断片を増幅する工程と、
増幅する工程で得られた核酸断片を検出する工程と、
前記核酸断片が検出された乳酸菌加熱処理物のロットを選択する工程と
を含む、方法。
（項目１０）
前記加熱が少なくとも約７０℃での加熱である、項目９に記載の方法。
（項目１１）
前記加熱が少なくとも約９０℃での加熱である、項目９または１０に記載の方法。
（項目１２）
前記核酸断片が、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群から選択される１または複数のプライマーセットによって増幅され、かつ
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、及び／または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
からなる群より選択される１または複数のプライマーセットによって増幅されない、項目９～１１のいずれか一項に記載の方法。
（項目１３）
乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットで増幅されることを特徴とするポリヌクレオチドであって、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号３９で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４０で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４１で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４２で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４３で表されるポリヌクレオチド、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４４で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４５で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４６で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４７で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４８で表されるポリヌクレオチド、
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号４９で表されるポリヌクレオチド、または
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される、配列番号５０で表されるポリヌクレオチド。
【0006】
本開示において、上記の１つまたは複数の特徴は、明示された組み合わせに加え、さらに組み合わせて提供され得ることが意図される。なお、本開示のさらなる実施形態および利点は、必要に応じて以下の詳細な説明を読んで理解すれば、当業者に認識される。
【0007】
なお、上記した以外の本開示の特徴及び顕著な作用・効果は、以下の発明の実施形態の項及び図面を参照することで、当業者にとって明確となる。
【発明の効果】
【0008】
本発明により、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を簡便かつ迅速に、かつ乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に近縁の菌株を認識することなく、検出することが可能となり、非常に有用である。
【図面の簡単な説明】
【0009】
【図1】図１は、本発明の一実施形態に係るプライマーセットを用いて乳酸菌ＥＦ－２００１株と、種々のEnterococcus faecalis亜種のＤＮＡを鋳型に核酸を検出した結果を示す電気泳動の結果である。（Ａ）乳酸菌ＥＦ－２００１株と、Enterococcus faecalis亜種である（Ｂ）E.faecalis NBRC3971、（Ｃ）E.faecalis NBRC3989、（Ｄ）E. faecalis NBRC12970、（Ｅ）E.faecalis NBRC100480、（Ｆ）E.faecalis NBRC100482、（Ｇ）E. faecalis NBRC100483、（Ｈ）E.faecalis NBRC100484。
【図2】図２は、本発明の一実施形態に係るプライマーセットを用いて乳酸菌ＥＦ－２００１株、種々の他の乳酸菌のＤＮＡを鋳型に核酸を検出した結果を示す電気泳動の結果である。（Ｂ）E.faecium Aus0004、（Ｃ）E. gallinarum LMG13129、（Ｄ）Lactobacillus rhamnosus NBRC3425、（Ｅ）L.plantarum NBRC15891、（Ｆ）L.paracasei NBRC15906、（Ｇ）L. lactis NBRC102622。
【発明を実施するための形態】
【0010】
以下、本開示を最良の形態を示しながら説明する。本明細書の全体にわたり、単数形の表現は、特に言及しない限り、その複数形の概念をも含むことが理解されるべきである。従って、単数形の冠詞（例えば、英語の場合は「ａ」、「ａｎ」、「ｔｈｅ」など）は、特に言及しない限り、その複数形の概念をも含むことが理解されるべきである。また、本明細書において使用される用語は、特に言及しない限り、当該分野で通常用いられる意味で用いられることが理解されるべきである。したがって、他に定義されない限り、本明細書中で使用される全ての専門用語および科学技術用語は、本開示の属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。矛盾する場合、本明細書（定義を含めて）が優先する。
【0011】
以下に本明細書において特に使用される用語の定義および／または基本的技術内容を適宜説明する。
【0012】
本明細書において、「約」とは、後に続く数値の±１０％を意味する。
【0013】
（好ましい実施形態）
以下に本開示の好ましい実施形態を説明する。以下に提供される実施形態は、本開示のよりよい理解のために提供されるものであり、本開示の範囲は以下の記載に限定されるべきでない。したがって、当業者は、本明細書中の記載を参酌して、本開示の範囲内で適宜改変を行うことができることは明らかである。また、本開示の以下の実施形態は単独でも使用されあるいはそれらを組み合わせて使用することができる。
以下に本開示の好ましい実施形態を説明する。以下に提供される実施形態は、本開示のよりよい理解のために提供されるものであり、本開示の範囲は以下の記載に限定されるべきでない。したがって、当業者は、本明細書中の記載を参酌して、本開示の範囲内で適宜改変を行うことができることは明らかである。また、本開示の以下の実施形態は単独でも使用されあるいはそれらを組み合わせて使用することができる。
【0014】
本発明のプライマーセットは、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に特異的な塩基配列を有する染色体ＤＮＡ領域をＰＣＲ（ポリメラーゼ連鎖反応）により増幅することができ、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株に近縁の菌株を認識することなく、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を特異的に認識して検出することが可能である。
【0015】
本発明のプライマーセットは、以下の方法で設計した。
まず、乳酸菌ＥＦ－２００１株の完全長ゲノムの配列を、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ ＩｏｎＰＧＭからのＳｈｏｒｔ ＲｅａｄとＯｘｆｏｒｄＮａｎｏｐｏｒｅ ＭｉｎＩＯＮからのＬｏｎｇ Ｒｅａｄを使用したハイブリッドアセンブリアプローチを用いて決定した。このＳｈｏｒｔ Ｒｅａｄから得られたＤｒａｆｔ Ｇｅｎｏｍｅ配列を決定する際に、以下の表１の４２株と比較してマッチングしなかった１ｋｂｐ以上の遺伝子断片をＥＦ－２００１に特異的な遺伝子配列であるとして絞り込んだ。
これらのそれぞれの配列から、約１００～約２５０ｂｐの長さのＰＣＲ産物が得られるＰＣＲプライマーと、フォワードプライマーを共通として、約５００～約６００ｂｐの長さのＰＣＲ産物が得られるＰＣＲプライマーを作製した。ＥＦ－２００１株、および比較菌株から調製したゲノムＤＮＡを鋳型に用いて、当該プライマーによるＰＣＲを行ない、ＥＦ－２００１株のみにおいて目的のＰＣＲ産物が得られ、他の菌株のＤＮＡを鋳型に用いてもＰＣＲ産物は得られないプライマーセットを選抜した。
まず、乳酸菌ＥＦ－２００１株の完全長ゲノムの配列を、ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ ＩｏｎＰＧＭからのＳｈｏｒｔ ＲｅａｄとＯｘｆｏｒｄＮａｎｏｐｏｒｅ ＭｉｎＩＯＮからのＬｏｎｇ Ｒｅａｄを使用したハイブリッドアセンブリアプローチを用いて決定した。このＳｈｏｒｔ Ｒｅａｄから得られたＤｒａｆｔ Ｇｅｎｏｍｅ配列を決定する際に、以下の表１の４２株と比較してマッチングしなかった１ｋｂｐ以上の遺伝子断片をＥＦ－２００１に特異的な遺伝子配列であるとして絞り込んだ。
【表1】
これらのそれぞれの配列から、約１００～約２５０ｂｐの長さのＰＣＲ産物が得られるＰＣＲプライマーと、フォワードプライマーを共通として、約５００～約６００ｂｐの長さのＰＣＲ産物が得られるＰＣＲプライマーを作製した。ＥＦ－２００１株、および比較菌株から調製したゲノムＤＮＡを鋳型に用いて、当該プライマーによるＰＣＲを行ない、ＥＦ－２００１株のみにおいて目的のＰＣＲ産物が得られ、他の菌株のＤＮＡを鋳型に用いてもＰＣＲ産物は得られないプライマーセットを選抜した。
【0016】
＜本発明のプライマーセットについて＞
本発明の一つの局面において、本発明のプライマーセットは以下のものを含むことができる。
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２または３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５または６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８または９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１または１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４または１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７または１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０または２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３または２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６または２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９または３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
本発明の一つの局面において、本発明のプライマーセットは以下のものを含むことができる。
配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２または３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５または６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８または９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１または１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４または１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７または１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０または２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３または２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６または２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対、
配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９または３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対
【0017】
また本発明の他の局面において、本発明のプライマーセットは以下のものを含むことができる。
（ａ）配列番号５１の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１）の一部を増幅するためのプライマーセット（１）（ｃｏｎｔｉｇ１ロング）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCGAAGGCGAAACAGAGGAT（配列番号２）
（ｂ）配列番号５１の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１）の一部を増幅するためのプライマーセット（２）（ｃｏｎｔｉｇ１ショート）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCCAGACATAATCGCATGGC（配列番号３）
（ｃ）配列番号５２の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４）の一部を増幅するためのプライマーセット（３）（ｃｏｎｔｉｇ４ロング）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAGAATACTTGGGCGGTCGTG（配列番号５）
（ｄ）配列番号５２の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４）の一部を増幅するためのプライマーセット（４）（ｃｏｎｔｉｇ４ショート）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAATTCAGCTTCGCTAGATAAGGC（配列番号６）
（ｅ）配列番号５３の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ７）の一部を増幅するためのプライマーセット（５）（ｃｏｎｔｉｇ７ロング）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーAGGATTGTTTGACGGTGCAA（配列番号８）
（ｆ）配列番号５３の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ７）の一部を増幅するためのプライマーセット（６）（ｃｏｎｔｉｇ７ショート）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーACATGAGATAGTTGGGGTAGACA（配列番号９）
（ｇ）配列番号５４の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１１）の一部を増幅するためのプライマーセット（７）（ｃｏｎｔｉｇ１１ロング）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーTACTTTTTAGCTGCCCGCCC（配列番号１１）
（ｈ）配列番号５４の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１１）の一部を増幅するためのプライマーセット（８）（ｃｏｎｔｉｇ１１ショート）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーGGGTTGTAGCCCTACCCGAT（配列番号１２）
（ｉ）配列番号５５の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１３）の一部を増幅するためのプライマーセット（９）（ｃｏｎｔｉｇ１３ロング）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーATGCCAGTACGTCGCGTTAA（配列番号１４）
（ｊ）配列番号５５の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１３）の一部を増幅するためのプライマーセット（１０）（ｃｏｎｔｉｇ１３ショート）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーCGATTGTCAACTAATTGTGCCGA（配列番号１５）
（ｋ）配列番号５６の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１６）の一部を増幅するためのプライマーセット（１１）（ｃｏｎｔｉｇ１６ロング）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCGCAACAACTACATACTACCA（配列番号１７）
（ｌ）配列番号５６の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１６）の一部を増幅するためのプライマーセット（１２）（ｃｏｎｔｉｇ１６ショート）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCAAAAGGAACGCTACCAGT（配列番号１８）
（ｍ）配列番号５７の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２２）の一部を増幅するためのプライマーセット（１３）（ｃｏｎｔｉｇ２２ロング）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーAATGAACGCCCTTCAGCAGA（配列番号２０）
（ｎ）配列番号５７の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２２）の一部を増幅するためのプライマーセット（１４）（ｃｏｎｔｉｇ２２ショート）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーGGCTCCTCTACCTGAACAAACT（配列番号２１）
（ｏ）配列番号５８の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２５）の一部を増幅するためのプライマーセット（１５）（ｃｏｎｔｉｇ２５ロング）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーTACAAGGCTTGCGAGGTAGC（配列番号２３）
（ｐ）配列番号５８の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２５）の一部を増幅するためのプライマーセット（１６）（ｃｏｎｔｉｇ２５ショート）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーGCTGCAATGGAAAGCAAATCG（配列番号２４）
（ｑ）配列番号５９の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ３１）の一部を増幅するためのプライマーセット（１７）（ｃｏｎｔｉｇ３１ロング）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーGAGCATCACAGAGCCTCGAA（配列番号２６）
（ｒ）配列番号５９の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ３１）の一部を増幅するためのプライマーセット（１８）（ｃｏｎｔｉｇ３１ショート）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーAGAGATTTTTCAGTATTGCTGGGT（配列番号２７）
（ｓ）配列番号６０の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４３）の一部を増幅するためのプライマーセット（１９）（ｃｏｎｔｉｇ４３ロング）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーTGTACCGTCAACCTCGTTCG（配列番号２９）
（ｔ）配列番号６０の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４３）の一部を増幅するためのプライマーセット（２０）（ｃｏｎｔｉｇ４３ショート）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーAACGGGTTGCGACTCTTTTT（配列番号３０）
（ａ）配列番号５１の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１）の一部を増幅するためのプライマーセット（１）（ｃｏｎｔｉｇ１ロング）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCGAAGGCGAAACAGAGGAT（配列番号２）
（ｂ）配列番号５１の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１）の一部を増幅するためのプライマーセット（２）（ｃｏｎｔｉｇ１ショート）：
フォワードプライマーCGAAAAGGATGTAGTCAGCGG（配列番号１）
リバースプライマーCCCAGACATAATCGCATGGC（配列番号３）
（ｃ）配列番号５２の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４）の一部を増幅するためのプライマーセット（３）（ｃｏｎｔｉｇ４ロング）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAGAATACTTGGGCGGTCGTG（配列番号５）
（ｄ）配列番号５２の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４）の一部を増幅するためのプライマーセット（４）（ｃｏｎｔｉｇ４ショート）：
フォワードプライマーGCGGCTGCACAATTTATTGC（配列番号４）
リバースプライマーAATTCAGCTTCGCTAGATAAGGC（配列番号６）
（ｅ）配列番号５３の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ７）の一部を増幅するためのプライマーセット（５）（ｃｏｎｔｉｇ７ロング）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーAGGATTGTTTGACGGTGCAA（配列番号８）
（ｆ）配列番号５３の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ７）の一部を増幅するためのプライマーセット（６）（ｃｏｎｔｉｇ７ショート）：
フォワードプライマーCGCGTATGACTTGCAATCGA（配列番号７）
リバースプライマーACATGAGATAGTTGGGGTAGACA（配列番号９）
（ｇ）配列番号５４の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１１）の一部を増幅するためのプライマーセット（７）（ｃｏｎｔｉｇ１１ロング）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーTACTTTTTAGCTGCCCGCCC（配列番号１１）
（ｈ）配列番号５４の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１１）の一部を増幅するためのプライマーセット（８）（ｃｏｎｔｉｇ１１ショート）：
フォワードプライマーCTTCAGAGAGCTGGGCGAAG（配列番号１０）
リバースプライマーGGGTTGTAGCCCTACCCGAT（配列番号１２）
（ｉ）配列番号５５の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１３）の一部を増幅するためのプライマーセット（９）（ｃｏｎｔｉｇ１３ロング）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーATGCCAGTACGTCGCGTTAA（配列番号１４）
（ｊ）配列番号５５の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１３）の一部を増幅するためのプライマーセット（１０）（ｃｏｎｔｉｇ１３ショート）：
フォワードプライマーCGTAACGTGACATTGCGGAC（配列番号１３）
リバースプライマーCGATTGTCAACTAATTGTGCCGA（配列番号１５）
（ｋ）配列番号５６の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１６）の一部を増幅するためのプライマーセット（１１）（ｃｏｎｔｉｇ１６ロング）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCGCAACAACTACATACTACCA（配列番号１７）
（ｌ）配列番号５６の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ１６）の一部を増幅するためのプライマーセット（１２）（ｃｏｎｔｉｇ１６ショート）：
フォワードプライマーCATGGCTTGCCGTTTCACAA（配列番号１６）
リバースプライマーACCAAAAGGAACGCTACCAGT（配列番号１８）
（ｍ）配列番号５７の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２２）の一部を増幅するためのプライマーセット（１３）（ｃｏｎｔｉｇ２２ロング）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーAATGAACGCCCTTCAGCAGA（配列番号２０）
（ｎ）配列番号５７の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２２）の一部を増幅するためのプライマーセット（１４）（ｃｏｎｔｉｇ２２ショート）：
フォワードプライマーTCAGCATAATCCCCAGACGT（配列番号１９）
リバースプライマーGGCTCCTCTACCTGAACAAACT（配列番号２１）
（ｏ）配列番号５８の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２５）の一部を増幅するためのプライマーセット（１５）（ｃｏｎｔｉｇ２５ロング）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーTACAAGGCTTGCGAGGTAGC（配列番号２３）
（ｐ）配列番号５８の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ２５）の一部を増幅するためのプライマーセット（１６）（ｃｏｎｔｉｇ２５ショート）：
フォワードプライマーGCGTTCAAACTGTTCTGGTGT（配列番号２２）
リバースプライマーGCTGCAATGGAAAGCAAATCG（配列番号２４）
（ｑ）配列番号５９の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ３１）の一部を増幅するためのプライマーセット（１７）（ｃｏｎｔｉｇ３１ロング）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーGAGCATCACAGAGCCTCGAA（配列番号２６）
（ｒ）配列番号５９の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ３１）の一部を増幅するためのプライマーセット（１８）（ｃｏｎｔｉｇ３１ショート）：
フォワードプライマーAGGCATATGGGTCATCTGCT（配列番号２５）
リバースプライマーAGAGATTTTTCAGTATTGCTGGGT（配列番号２７）
（ｓ）配列番号６０の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４３）の一部を増幅するためのプライマーセット（１９）（ｃｏｎｔｉｇ４３ロング）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーTGTACCGTCAACCTCGTTCG（配列番号２９）
（ｔ）配列番号６０の塩基配列（ｃｏｎｔｉｇ４３）の一部を増幅するためのプライマーセット（２０）（ｃｏｎｔｉｇ４３ショート）：
フォワードプライマーCGTTGGGTGTGCAGAAATGG（配列番号２８）
リバースプライマーAACGGGTTGCGACTCTTTTT（配列番号３０）
【0018】
また、本発明の検出方法において使用できるプライマーセットは、塩基長やＰＣＲ条件等に依存して、配列番号１～３０の塩基配列と実質的に相同な塩基配列を有するオリゴヌクレオチドからなるプライマーセットも含まれる。ここで、実質的に相同とは、ＰＣＲ用プライマー等として機能し得る程度の断片長と相同性を有することを意味し、好ましくは約９０％以上の配列同一性を有する。
【0019】
例えば、本発明のプライマーセットは、使用目的や条件によっては、必ずしも配列番号１～３０の塩基配列と１００％の相同性を有している必要はなく、目的とする領域のプライマーの５’末端付近で数塩基が異なっていてもよい。そのようなプライマーを使用しても、アニーリング温度等を検討することによって目的ＤＮＡ断片を適宜増幅させることは可能である。
【0020】
例えば、乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出に際し、高い特異性が要求される場合には、完全に相同な配列部位（配列番号１～３０の塩基配列）を使用し、かつ、そのような配列でしかアニーリングしないＰＣＲ条件を選択すればよい。その反面、比較的特異性の低い条件が許容される場合には、配列番号１～３０の塩基配列とは数塩基異なる配列（例えば約９０％以上の配列同一性を有する配列）を使用し、かつ、それでもアニーリングするようなＰＣＲ条件を選択することができる。
【0021】
本発明のプライマーセットは、当業者によく知られた通常のＤＮＡの合成法により、例えば、ＤＮＡ合成機を用いて合成することができる。また、ＤＮＡ合成業者に合成を委託することによっても、本発明のプライマーを得ることができる。
【0022】
本発明のプライマーセットを用いて、試料に含まれる被検菌の染色体ＤＮＡを鋳型とするＰＣＲを行い、増幅産物の有無を決定することにより、試料中の乳酸菌ＥＦ－２００１株を検出することができる。すなわち、プライマーの配列に特異的なＰＣＲの反応が起こると、乳酸菌ＥＦ－２００１株の染色体ＤＮＡ内の、対となる各プライマーの配列に相当する配列に挟まれた領域（標的領域）が増幅される。
【0023】
したがって、本発明のプライマーセットを用いて増幅産物が得られれば、被検菌は乳酸菌ＥＦ－２００１株であると同定されるか、または少なくとも被検菌に乳酸菌ＥＦ－２００１株が含まれていると判定される。
【0024】
また、増幅産物が得られる場合は、増幅産物の有無の決定には、増幅産物の長さの決定が含まれてもよい。例えば、配列番号１および配列番号２、配列番号４および５、配列番号７および８、配列番号１０および１１、配列番号１３および１４、配列番号１６および１７、配列番号１９および２０、配列番号２２および２３、配列番号２５および２６、または配列番号２８および２９の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットを用いた場合、被検菌に乳酸菌ＥＦ－２００１株が含まれていれば、通常は各々約５００～約６００ｂｐの増幅産物が得られる。また配列番号１および配列番号３、配列番号４および６、配列番号７および９、配列番号１０および１２、配列番号１３および１５、配列番号１６および１８、配列番号１９および２１、配列番号２２および２４、配列番号２５および２７、または配列番号２８および３０の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットを用いた場合、被検菌に乳酸菌ＥＦ－２００１株が含まれていれば、通常は各々約１００～約２５０ｂｐの増幅産物が得られる。
【0025】
本発明のオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットを用いた場合に得られる増幅産物は以下のとおりである。
配列番号３１：配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３２：配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３３：配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３４：配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３５：配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３６：配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３７：配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３８：配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３９：配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４０：配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４１：配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４２：配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４３：配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４４：配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４５：配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４６：配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４７：配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４８：配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４９：配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号５０：配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３１：配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３２：配列番号１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３３：配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３４：配列番号４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３５：配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３６：配列番号７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３７：配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３８：配列番号１０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号３９：配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４０：配列番号１３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４１：配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４２：配列番号１６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号１８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４３：配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４４：配列番号１９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２１の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４５：配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２３の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４６：配列番号２２の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２４の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４７：配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２６の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４８：配列番号２５の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２７の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号４９：配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号２９の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
配列番号５０：配列番号２８の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドと、配列番号３０の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットで増幅される増幅産物
【0026】
また配列番号３１～５０の塩基配列のそれぞれは配列番号５１～６０のいずれかの塩基配列の一部である。
【0027】
配列番号１～３０の各プライマー配列、並びに配列番号３１～５０の塩基配列および配列番号５１～６０の塩基配列は、乳酸菌ＥＦ－２００１株に特異的な配列であることから、これらの一部の配列をＤＮＡプローブとしたＦＩＳＨ法やサザンハイブリダイゼーション、ドットハイブリダイゼーションなどを実施することも可能である。
【0028】
本発明において、乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出とは、試料中に乳酸菌ＥＦ－２００１株が存在するか否かを検出すること、および被検菌が単一種である場合には、同被検菌が乳酸菌ＥＦ－２００１株であるか否かを同定することを含む。
【0029】
本発明の一実施形態において、乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出に用いる試料としては、乳酸菌ＥＦ－２００１株が存在する、または存在する可能性のある試料であればどのようなものであってもよく、例えば、乳酸菌の混合培養物、味噌、醤油、ワインなどの酒類、漬物、ヨーグルト、チーズなどの微生物を含む発酵食品、マウスやラットなどの実験動物やヒトの糞便、土壌等の環境中に存在する細菌等を挙げることができる。被検菌は、分離された単一種であってもよく、複数の菌種を含む混合物であってもよい。
【0030】
本発明の一実施形態において、被検菌として死菌を用いる場合には、試料からそのままＤＮＡを調製してＰＣＲに用いてもよく、また生菌を用いる場合には、試料からコロニー分離等により被検菌体を分離して、被検菌体からＤＮＡを調製してからＰＣＲに供してもよい。これらの試料から核酸を抽出する方法は、例えば、Kaneka Easy DNA Extraction Kit version 2などの動物細胞、植物細胞、微生物などの培養細胞から核酸の抽出が可能な汎用性の高いキットや、または一般的に乳酸菌のゲノムＤＮＡ調製に用いるような、細胞壁をＬｙｓｏｚｙｍｅなどの酵素で分解またはビーズなどで物理的に破壊したのちに、市販の抽出キット（ＤＮｅａｓｙ Ｂｌｏｏｄ＆Ｔｉｓｓｕｅ ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ社製）、Ｉｓｏｇｅｎなど）を使用することも可能であり、特に限定されるものではない。
【0031】
＜本発明の検出方法について＞
本発明の一局面において、本発明の乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出方法は、（１）本発明のプライマーセットを用いて核酸断片を増幅する工程と、（２）工程（１）で得られた核酸断片を検出する工程を含むことができる。
本発明の一局面において、本発明の乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出方法は、（１）本発明のプライマーセットを用いて核酸断片を増幅する工程と、（２）工程（１）で得られた核酸断片を検出する工程を含むことができる。
【0032】
本発明の検出方法として、具体的には、例えば、ＰＣＲ法、ＦＩＳＨ法、サザンハイブリダイゼーションやドットハイブリダイゼーション等を挙げることができる。中でも、ＰＣＲ法が好ましい。このうち、ＰＣＲ法による乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出方法では、本発明のプライマーセットを用いる以外は、通常用いられるＤＮＡポリメラーゼ等のＰＣＲ試薬および機器を使用することも可能であり、特に限定されるものではない。
【0033】
一実施形態において、ＰＣＲに用いるＤＮＡポリメラーゼとしては、特に限定はされないが、例えば、ＫＯＤ ＦＸ Ｎｅｏ（東洋紡社製）、ＥｘＴａｑ（タカラバイオ社製)
、ＫＯＤ ＤＮＡポリメラーゼ（東洋紡社製）、ＫＯＤ－ｐｌｕｓ－ポリメラーゼ（東洋紡社製）等が好ましい。
、ＫＯＤ ＤＮＡポリメラーゼ（東洋紡社製）、ＫＯＤ－ｐｌｕｓ－ポリメラーゼ（東洋紡社製）等が好ましい。
【0034】
一実施形態において、ＰＣＲ反応条件については、用いるＤＮＡポリメラーゼの最適温度、合成するＤＮＡの長さや種類等により適宜設定することができるが、サイクル条件であれば「９０～９８℃で５～３０秒（熱変性・解離）→５５～６０℃で５～３０秒（アニーリング）→６５～８０℃で３０～６０秒（合成・伸長）」を１サイクルとして合計２０～４０サイクル行う条件とすることができ、例えば「９８℃で１０秒→６０℃で３０秒→６８℃で３０秒」で２５サイクル行うこともできる。この場合、アニーリング温度はプライマーの設計に使用した温度を用いることができるが、例えばポリメラーゼとしてＫＯＤ
ＦＸ Ｎｅｏを用いる場合にはプライマーサイズに応じて（例えば２０ｍｅｒ以上）、アニーリング温度を省いた２ステップ反応とすることもできる。また、鋳型ＤＮＡとプライマーの量比は、例えば生菌の場合は鋳型ＤＮＡ２００ｎｇに対して各プライマーを０．３μＭ使用することができ、死菌の場合は熱処理の状況に応じて鋳型ＤＮＡを増やすことで電気泳動の際のバンドをより明確にすることもできる。
ＦＸ Ｎｅｏを用いる場合にはプライマーサイズに応じて（例えば２０ｍｅｒ以上）、アニーリング温度を省いた２ステップ反応とすることもできる。また、鋳型ＤＮＡとプライマーの量比は、例えば生菌の場合は鋳型ＤＮＡ２００ｎｇに対して各プライマーを０．３μＭ使用することができ、死菌の場合は熱処理の状況に応じて鋳型ＤＮＡを増やすことで電気泳動の際のバンドをより明確にすることもできる。
【0035】
ＰＣＲにより得られる増幅産物の有無またはその大きさは、通常の核酸の検出法によって、決定することができる。例えば、アガロース電気泳動によって電気泳動した後、エチジウムブロマイドやＳＹＢＲＧｒｅｅｎＩで染色することによって、増幅産物を検出することができる。また、蛍光強度によって増幅産物の量を、分子量マーカーとの比較によって分子量を決定することができる。ＰＣＲ産物をサイクルシーケンスした後、ＤＮＡシーケンサーを用いて塩基配列と長さを測定することによっても、増幅産物の有無を確認することができる。また、リアルタイムＰＣＲ法によれば、経時的に増幅反応を検出することができる。
【0036】
本発明の一局面において、本発明のプライマーセットは、他の要素と併せて、乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用キットとすることができる。他の要素としては、例えば、核酸の抽出、ＰＣＲ、および増幅産物の検出に必要な試薬類の任意の１種または２種以上が挙げられる。また、この乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用キットは、陽性コントロールとして、乳酸菌ＥＦ－２００１株の染色体ＤＮＡの配列の一部を有し、本発明のプライマーセットにより増幅され得るＤＮＡ断片、および／または、陰性コントロールとして、本発明のプライマーセットに対応するが、１塩基または数塩基のミスマッチを有する塩基配列を有するＤＮＡ断片を含んでいてもよい。
【0037】
本発明のプライマーセットは、上記のとおり、乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出に用いることができる。また、本発明のプライマーセットを用いることにより、乳酸菌ＥＦ－２００１株菌体または同菌体を含む飲食品等を工業的に製造するに際し、菌数の測定や発酵状態の管理を容易に行うことができる。
【0038】
＜本発明の乳酸菌組成物について＞
本発明の一局面において、本発明の乳酸菌組成物は、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株の生菌を加熱して得ることができる乳酸菌加熱処理物を含むことができる。一実施形態において、本発明の乳酸菌組成物は、好ましくは配列番号１および配列番号２、配列番号４および５、配列番号７および８、配列番号１０および１１、配列番号１３および１４、配列番号１６および１７、配列番号１９および２０、配列番号２２および２３、配列番号２５および２６、及び／または配列番号２８および２９の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットのうちのいずれか１つまたは複数を用いた場合に増幅されずに、かつ配列番号１および配列番号３、配列番号４および６、配列番号７および９、配列番号１０および１２、配列番号１３および１５、配列番号１６および１８、配列番号１９および２１、配列番号２２および２４、配列番号２５および２７、または配列番号２８および３０の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットのうちのいずれか１つまたは複数を用いた場合に増幅される核酸断片を含むものである。
本発明の一局面において、本発明の乳酸菌組成物は、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株の生菌を加熱して得ることができる乳酸菌加熱処理物を含むことができる。一実施形態において、本発明の乳酸菌組成物は、好ましくは配列番号１および配列番号２、配列番号４および５、配列番号７および８、配列番号１０および１１、配列番号１３および１４、配列番号１６および１７、配列番号１９および２０、配列番号２２および２３、配列番号２５および２６、及び／または配列番号２８および２９の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットのうちのいずれか１つまたは複数を用いた場合に増幅されずに、かつ配列番号１および配列番号３、配列番号４および６、配列番号７および９、配列番号１０および１２、配列番号１３および１５、配列番号１６および１８、配列番号１９および２１、配列番号２２および２４、配列番号２５および２７、または配列番号２８および３０の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットのうちのいずれか１つまたは複数を用いた場合に増幅される核酸断片を含むものである。
【0039】
本明細書において、「核酸断片が増幅されない」または「バンドが消失する」とは、本発明の乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットを用いて乳酸菌ＥＦ－２００１株の核酸断片を増幅させた場合に、未処理（例えば加熱処理なし）の乳酸菌ＥＦ－２００１株由来の核酸断片の増幅効率または増幅量と比べて、約３０％未満となることをいう。一実施形態において、「核酸断片が増幅されない」または「バンドが消失する」とは、本発明の乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットを用いて乳酸菌ＥＦ－２００１株の核酸断片を増幅させた場合に、未処理（例えば加熱処理なし）の乳酸菌ＥＦ－２００１株由来の核酸断片の増幅効率または増幅量と比べて、約２０％未満、好ましくは約１０％未満、またはさらに好ましくは約５％未満となることをいう。
【0040】
一実施形態において、本発明の乳酸菌組成物は加熱して死菌体とし、凍結乾燥、噴霧乾燥、またはドラムドライヤで乾燥した粉末状の乾燥菌体とすることができる。これにより安全性や保存性を高めることができ、あらゆる食品に利用することができる。乳酸菌ＥＦ－２００１株の加熱は死菌体を得ることができる任意の時間および温度で行うことができ、例えば約５０℃以上、約６０℃以上、約７０℃以上、約８０℃以上、約９０℃以上、約１００℃以上、約１１０℃以上、または約１２０℃以上などの温度で、例えば約５分以上、約１０分以上、約１５分以上、約２０分以上、約２５分以上、約３０分以上、約４５分以上、または約６０分以上にわたって加熱することができ、加熱によって滅菌ないし死菌体を得ることができるものであればどのような温度と時間の組み合わせであってもよい。
【0041】
本発明の一実施形態において、本発明の乳酸菌組成物を得る場合には、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を上記のような温度および時間で加熱して、複数の乳酸菌加熱処理物のロットを得て、この乳酸菌加熱処理物から核酸断片を抽出する。その後、本明細書の他の箇所で説明した本発明のプライマーセットのうちの少なくとも１つを用いてこの核酸断片を増幅する。そして、増幅された核酸断片が検出された乳酸菌加熱処理物のロットを選択し、このロットに含まれる乳酸菌加熱処理物を本発明の乳酸菌組成物とすることができる。加熱や核酸増幅は本分野に通常用いられる機器や手法を採用することができ、例えば本明細書の他の箇所に記載された検出方法において用いることができる機器や手法を採用することができる。菌体を加熱する際には、一般的には攪拌機が装備された第一種圧力容器を用いることができ、温度によっては第二種圧力容器を用いることもできる。また液量が少なければ小型圧力容器なども用いることができる。他の実施形態において、熱伝導体としてプレートやチューブを利用した連続殺菌機を用いることもできる。
【0042】
本発明の一実施形態において、本発明の乳酸菌組成物は、加熱して安定化させることにより、ＴＮＦ－α産生量が増加したものとすることができる。好ましくは本発明の乳酸菌組成物は、配列番号１および配列番号２、配列番号４および５、配列番号７および８、配列番号１０および１１、配列番号１３および１４、配列番号１６および１７、配列番号１９および２０、配列番号２２および２３、配列番号２５および２６、及び／または配列番号２８および２９の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットのうちのいずれか１つまたは複数を用いた場合に増幅されずに、かつ配列番号１および配列番号３、配列番号４および６、配列番号７および９、配列番号１０および１２、配列番号１３および１５、配列番号１６および１８、配列番号１９および２１、配列番号２２および２４、配列番号２５および２７、及び／または配列番号２８および３０の各組み合わせからなるオリゴヌクレオチドを含む乳酸菌ＥＦ－２００１株検出用プライマーセットのうちのいずれか１つまたは複数を用いた場合に増幅される核酸断片を含むものである。
【0043】
一実施形態において、本発明の乳酸菌組成物のＴＮＦ－α産生量が増加したかどうかは、ロングを検出するプライマーセットのバンドが消失し、かつショートを検出するプライマーセットのバンドが残ることを指標として確認することができる。例えば、ｃｏｎｔｉｇ１６の塩基配列の一部を増幅する配列番号１６および１７のプライマーセット（ロング）によっては核酸断片が増幅されず、配列番号１６および１８のプライマーセット（ショート）によって核酸断片が増幅されることを指標として、そのような増幅結果を示す加熱処理がされた本発明の乳酸菌組成物を、ＴＮＦ－α産生量が増加しているものとすることができる。
【0044】
本発明の一実施形態において、本発明の乳酸菌組成物は、個々の菌体を隔離した状態に置き、それにより各菌体が食品等に添加されて吸水したときに凝集しないようにするための任意の希釈剤を混合することができる。希釈剤は菌体との均一混合を容易にするため、微粉末状であるだけでなく、なるべく流動性のよいものであることが好ましい。希釈剤としては、食品に添加した場合の安全性や食品の風味や性状に対する影響等を考慮すると、多糖類やタンパク質とすることが好ましく、例えば多糖類としては乳糖、ポリデキストロース、シクロデキストリン、コーンスターチ、微結晶セルロース、でんぷん、ガラクトマンナンなどの天然多糖類や、それらの酵素処理加水分解物などを挙げることができ、またタンパク質としては大豆タンパク質、カゼイン、小麦グルテイン、卵白アルブミンなどを挙げることができ、これらの任意の２種以上を併用することもできる。
【0045】
本明細書において「または」は、文章中に列挙されている事項の「少なくとも１つ以上」を採用できるときに使用される。「もしくは」も同様である。本明細書において「２つの値」の「範囲内」と明記した場合、その範囲には２つの値自体も含む。
本明細書において引用された、科学文献、特許、特許出願などの参考文献は、その全体が、各々具体的に記載されたのと同じ程度に本明細書において参考として援用される。
本明細書において引用された、科学文献、特許、特許出願などの参考文献は、その全体が、各々具体的に記載されたのと同じ程度に本明細書において参考として援用される。
【0046】
以上、本開示を、理解の容易のために好ましい実施形態を示して説明してきた。以下に、実施例に基づいて本開示を説明するが、上述の説明および以下の実施例は、例示の目的のみに提供され、本開示を限定する目的で提供したのではない。従って、本開示の範囲は、本明細書に具体的に記載された実施形態にも実施例にも限定されず、特許請求の範囲によってのみ限定される。
【実施例0047】
（実施例１：乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出１（Enterococcus faecalis亜種との比較））
（１）試験菌株
試験菌株として、（Ａ）乳酸菌ＥＦ－２００１株と、Enterococcus faecalis亜種である（Ｂ）E. faecalis NBRC3971、（Ｃ）E.faecalis NBRC3989、（Ｄ）E.faecalis NBRC12970、（Ｅ）E. faecalis NBRC100480、（Ｆ）E.faecalis NBRC100482、（Ｇ）E.faecalis NBRC100483、（Ｈ）E. faecalis NBRC100484を使用した。
（１）試験菌株
試験菌株として、（Ａ）乳酸菌ＥＦ－２００１株と、Enterococcus faecalis亜種である（Ｂ）E. faecalis NBRC3971、（Ｃ）E.faecalis NBRC3989、（Ｄ）E.faecalis NBRC12970、（Ｅ）E. faecalis NBRC100480、（Ｆ）E.faecalis NBRC100482、（Ｇ）E.faecalis NBRC100483、（Ｈ）E. faecalis NBRC100484を使用した。
【0048】
（２）乳酸菌ＤＮＡの調製
各菌体の培養液から回収した上記菌体にリゾチームなどの酵素を含む緩衝液を加え、細胞膜を分解した。プロテイナーゼおよびＲＮａｓｅで処理した後、酢酸ナトリウムを加えてエタノールで沈殿させた沈殿物をエタノールでリンスした後、乾燥させた。これにＴＥなどの緩衝液を加えて溶解した溶液をＰＣＲ用のＤＮＡ溶液として用いた。また、ＤＮＡ溶液は市販のＤＮＡ抽出キットを用いて調整することもできる。
各菌体の培養液から回収した上記菌体にリゾチームなどの酵素を含む緩衝液を加え、細胞膜を分解した。プロテイナーゼおよびＲＮａｓｅで処理した後、酢酸ナトリウムを加えてエタノールで沈殿させた沈殿物をエタノールでリンスした後、乾燥させた。これにＴＥなどの緩衝液を加えて溶解した溶液をＰＣＲ用のＤＮＡ溶液として用いた。また、ＤＮＡ溶液は市販のＤＮＡ抽出キットを用いて調整することもできる。
【0049】
（３）ＰＣＲ反応
上記（２）において得た試験菌株のＤＮＡ溶液を鋳型とし、配列番号１および配列番号２（ｃｏｎｔｉｇ１）、配列番号４および５（ｃｏｎｔｉｇ４）、配列番号７および８（ｃｏｎｔｉｇ７）、配列番号１０および１１（ｃｏｎｔｉｇ１１）、配列番号１３および１４（ｃｏｎｔｉｇ１３）、配列番号１６および１７（ｃｏｎｔｉｇ１６）、配列番号１９および２０（ｃｏｎｔｉｇ２２）、配列番号２２および２３（ｃｏｎｔｉｇ２５）、配列番号２５および２６（ｃｏｎｔｉｇ３１）、並びに配列番号２８および２９（ｃｏｎｔｉｇ４３）の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットと、配列番号１および配列番号３（ｃｏｎｔｉｇ１）、配列番号４および６（ｃｏｎｔｉｇ４）、配列番号７および９（ｃｏｎｔｉｇ７）、配列番号１０および１２（ｃｏｎｔｉｇ１１）、配列番号１３および１５（ｃｏｎｔｉｇ１３）、配列番号１６および１８（ｃｏｎｔｉｇ１６）、配列番号１９および２１（ｃｏｎｔｉｇ２２）、配列番号２２および２４（ｃｏｎｔｉｇ２５）、配列番号２５および２７（ｃｏｎｔｉｇ３１）、並びに配列番号２８および３０（ｃｏｎｔｉｇ４３）の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットとを用い、ＰＣＲ反応試薬キットであるＫＯＤ ＦＸ Ｎｅｏ（東洋紡）の方法にしたがってＰＣＲ反応を行った。ＰＣＲ反応液の総量を５０μＬとすると、キット付属の２×ＰＣＲ緩衝液２５．０μＬ、２ｍＭ ｄＮＴＰｓ １０．０μＬ、ＤＮＡポリメラーゼ１．０Ｕ、プライマー混合液０．２μＬ、及び鋳型ＤＮＡ１０～２００ｎｇ（生菌の場合）、または１０～４００ｎｇ（死菌の場合）を含む反応液を、Ｔｈｅｒｍａｌ ｃｙｃｌｅｒ ＧｅｎＡｔｌａｓ（ＡＳＴＥＣ）を用いて、９４℃で１０秒の予備加熱後、変性を９８℃で１０秒、アニーリングを６０℃で３０秒、伸長を６８℃で３０秒のサイクルを２５サイクル行った。
上記（２）において得た試験菌株のＤＮＡ溶液を鋳型とし、配列番号１および配列番号２（ｃｏｎｔｉｇ１）、配列番号４および５（ｃｏｎｔｉｇ４）、配列番号７および８（ｃｏｎｔｉｇ７）、配列番号１０および１１（ｃｏｎｔｉｇ１１）、配列番号１３および１４（ｃｏｎｔｉｇ１３）、配列番号１６および１７（ｃｏｎｔｉｇ１６）、配列番号１９および２０（ｃｏｎｔｉｇ２２）、配列番号２２および２３（ｃｏｎｔｉｇ２５）、配列番号２５および２６（ｃｏｎｔｉｇ３１）、並びに配列番号２８および２９（ｃｏｎｔｉｇ４３）の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットと、配列番号１および配列番号３（ｃｏｎｔｉｇ１）、配列番号４および６（ｃｏｎｔｉｇ４）、配列番号７および９（ｃｏｎｔｉｇ７）、配列番号１０および１２（ｃｏｎｔｉｇ１１）、配列番号１３および１５（ｃｏｎｔｉｇ１３）、配列番号１６および１８（ｃｏｎｔｉｇ１６）、配列番号１９および２１（ｃｏｎｔｉｇ２２）、配列番号２２および２４（ｃｏｎｔｉｇ２５）、配列番号２５および２７（ｃｏｎｔｉｇ３１）、並びに配列番号２８および３０（ｃｏｎｔｉｇ４３）の塩基配列を含むオリゴヌクレオチドの対からなるプライマーセットとを用い、ＰＣＲ反応試薬キットであるＫＯＤ ＦＸ Ｎｅｏ（東洋紡）の方法にしたがってＰＣＲ反応を行った。ＰＣＲ反応液の総量を５０μＬとすると、キット付属の２×ＰＣＲ緩衝液２５．０μＬ、２ｍＭ ｄＮＴＰｓ １０．０μＬ、ＤＮＡポリメラーゼ１．０Ｕ、プライマー混合液０．２μＬ、及び鋳型ＤＮＡ１０～２００ｎｇ（生菌の場合）、または１０～４００ｎｇ（死菌の場合）を含む反応液を、Ｔｈｅｒｍａｌ ｃｙｃｌｅｒ ＧｅｎＡｔｌａｓ（ＡＳＴＥＣ）を用いて、９４℃で１０秒の予備加熱後、変性を９８℃で１０秒、アニーリングを６０℃で３０秒、伸長を６８℃で３０秒のサイクルを２５サイクル行った。
【0050】
なお、ポジティブコントロールとしては、乳酸菌ＥＦ－２００１株の１６Ｓ ｒＤＮＡを鋳型として増幅産物が２００～３００ｂｐとなるように設計したプライマー（Ｆ：配列番号６１、Ｒ：配列番号６２）を用いた。
【0051】
（４）アガロース電気泳動
ＰＣＲ反応によって得られたＰＣＲ産物を、ＧｅｌＲｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ
Ｇｅｌ Ｓｔａｉｎ（ＦＵＪＩＦＩＬＮ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．）を含む１．４％アガロースゲルで１００Ｖ、３０分電気泳動した。次に、ＷＳＥ－５４００－ＵＰ Ｐｒｉｎｔｇｒａｐｈ Ｃｌａｓｓｉｃ（ＡＴＴＯ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．）でＰＣＲ産物の増幅を示すバンドを観察した。結果を図１に示した。
ＰＣＲ反応によって得られたＰＣＲ産物を、ＧｅｌＲｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ
Ｇｅｌ Ｓｔａｉｎ（ＦＵＪＩＦＩＬＮ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．）を含む１．４％アガロースゲルで１００Ｖ、３０分電気泳動した。次に、ＷＳＥ－５４００－ＵＰ Ｐｒｉｎｔｇｒａｐｈ Ｃｌａｓｓｉｃ（ＡＴＴＯ Ｃｏ．，Ｌｔｄ．）でＰＣＲ産物の増幅を示すバンドを観察した。結果を図１に示した。
【0052】
図１に示すとおり、ここで使用したEnterococcus faecalisのすべての亜種に約２８４ｂｐのポジティブコントロールのバンドが観察されたが、ＥＦ－２００１株のＤＮＡを使用した場合にのみ約１００～約２５０ｂｐのバンドおよび約５００～約６００ｂｐのバンドが観察され（図１（Ａ））、本発明のプライマーセットにより、Enterococcus faecalis亜種の中から乳酸菌ＥＦ－２００１株だけを特異的に検出できることが確認された。
【0053】
＜実施例２：乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出２（他の乳酸菌との比較）＞
試験菌株として、（Ａ）乳酸菌ＥＦ－２００１株と、他の乳酸菌である（Ｂ）E. faecium Aus0004、（Ｃ）E. gallinarum LMG13129、（Ｄ）Lactobacillus rhamnosus NBRC3425、（Ｅ）L.plantarum NBRC15891、（Ｆ）L.paracasei NBRC15906、（Ｇ）L. lactis NBRC102622を用いたこと以外は、すべて実施例１と同様に行った。結果を図２に示した。
試験菌株として、（Ａ）乳酸菌ＥＦ－２００１株と、他の乳酸菌である（Ｂ）E. faecium Aus0004、（Ｃ）E. gallinarum LMG13129、（Ｄ）Lactobacillus rhamnosus NBRC3425、（Ｅ）L.plantarum NBRC15891、（Ｆ）L.paracasei NBRC15906、（Ｇ）L. lactis NBRC102622を用いたこと以外は、すべて実施例１と同様に行った。結果を図２に示した。
【0054】
図２に示すとおり、乳酸菌ＥＦ－２００１株のＤＮＡを使用した場合にのみ、約２８４ｂｐのポジティブコントロールのバンド、約１００～約２５０ｂｐのバンド、および約５００～約６００ｂｐのバンドが観察され（図２（Ａ））、乳酸菌ＥＦ－２００１株以外の乳酸菌では、いずれのバンドも観察されなかった。これにより、本発明のプライマーセットにより、他の乳酸菌の中から乳酸菌ＥＦ－２００１株だけを特異的に検出できることが確認された。
【0055】
＜実施例３：乳酸菌ＥＦ－２００１株の検出３（生菌と加熱菌）＞
（１）試験菌株
試験菌株として乳酸菌ＥＦ－２００１株を用い、生菌（図３（Ａ）培養液）、死菌（図３（Ｂ）加熱処理後液）、死菌（図３（Ｃ）製品原末）の３種類の菌体から抽出したＤＮＡを鋳型として核酸を検出した。
（２）ＤＮＡの調製、ＰＣＲ条件、およびＰＣＲプライマーは実施例１及び２と同様にして行った。実施例１及び２と同様の条件でアガロース電気泳動を行った結果を図３に示した。
（１）試験菌株
試験菌株として乳酸菌ＥＦ－２００１株を用い、生菌（図３（Ａ）培養液）、死菌（図３（Ｂ）加熱処理後液）、死菌（図３（Ｃ）製品原末）の３種類の菌体から抽出したＤＮＡを鋳型として核酸を検出した。
（２）ＤＮＡの調製、ＰＣＲ条件、およびＰＣＲプライマーは実施例１及び２と同様にして行った。実施例１及び２と同様の条件でアガロース電気泳動を行った結果を図３に示した。
【0056】
図３に示すとおり、乳酸菌ＥＦ－２００１株の生菌および死菌のいずれの場合でも約１００～約２５０ｂｐのバンドが観察され、本発明のプライマーセットは、乳酸菌ＥＦ－２００１株の生菌のみならず加熱処理菌（死菌）に対しても、特異的な検出能を発揮することが明らかとなった。これは、乳酸菌ＥＦ－２００１株の生菌を利用した製品等はもとより、加熱処理した乳酸菌ＥＦ－２００１株を利用した製品等においても、乳酸菌ＥＦ－２００１株を検出できることを意味する結果であり、非常に有用である。
【0057】
＜実施例４：加熱によるバンド消失＞
試験菌株として乳酸菌ＥＦ－２００１株を用い、加熱処理による本発明のプライマーセットのバンドの消失について確認した。未処理のもの（生菌）に加え、７０℃、９０℃、１１０℃で加熱処理した乳酸菌ＥＦ－２００１株を用いた。
試験菌株として乳酸菌ＥＦ－２００１株を用い、加熱処理による本発明のプライマーセットのバンドの消失について確認した。未処理のもの（生菌）に加え、７０℃、９０℃、１１０℃で加熱処理した乳酸菌ＥＦ－２００１株を用いた。
【0058】
一例として、ｃｏｎｔｉｇ１６の塩基配列の一部を増幅する配列番号１６および１７、並びに配列番号１６および１８のプライマーを用い、ＰＣＲ条件などは実施例１と同様にして、核酸断片の増幅能を調べた。結果を図４に示す。
【0059】
図４に示したとおり、配列番号１６および１７のプライマーセット（ロング）は加熱温度を上昇させるにつれてバンドが消失することがわかった。加熱処理した乳酸菌ＥＦ－２００１株を利用した製品においては、一定の熱履歴を必要とするため、このロングを検出するプライマーのバンドが消失することは、一定の熱履歴を与えていることを意味する結果であり、非常に有用である。一方で、配列番号１６および１８のプライマーセット（ショート）は１１０℃で加熱した場合でも、電気泳動をした際のバンドを確認することができた。
【0060】
＜実施例５：ＴＮＦ－α産生量の測定＞
試験菌株として乳酸菌ＥＦ－２００１株を用い、加熱処理による乳酸菌ＥＦ－２００１株のＴＮＦ－α産生量の変化を確認した。未処理のもの（生菌）と１１０℃で加熱処理した乳酸菌ＥＦ－２００１株を用いた。
試験菌株として乳酸菌ＥＦ－２００１株を用い、加熱処理による乳酸菌ＥＦ－２００１株のＴＮＦ－α産生量の変化を確認した。未処理のもの（生菌）と１１０℃で加熱処理した乳酸菌ＥＦ－２００１株を用いた。
【0061】
まず、ＲＡＷ２６４．７細胞を使ってＴＮＦ－αを誘導させた。１．０×１０６細胞／ｍＬに調整したＲＡＷ２６４．７細胞溶液を１ｗｅｌｌあたり１００μＬずつ９６ｗｅｌｌに分注し、３７℃の５％ＣＯ２恒温槽で２４時間培養した。培養上清を取り除き、ＦＢＳを含まないＲＰＭＩ－１６４０培地で洗浄した後、サンプル溶液１００μＬを加えて、３７℃の５％ＣＯ２恒温槽で６時間反応させた。サンプルは、１ｍｇ／ｍＬのＥＦ－２００１溶液を、ＦＢＳを含まないRPMI-1640Mediumwith L-glutamine and sodium bicarbonale, liquid, sterile-filterd,suitable forcell culture (R8758-500ML;SIGMA)で作成し、適宜希釈して調整した。
【0062】
６時間後、上清を回収し、ＴＮＦ－α測定時まで－８０℃で保管し、サンプルを適宜希釈した後、「Ｍｏｕｓｅ ＴＮＦ－α Ｑｕａｎｔｉｋｉｎｅ ＥＬｌＳＡ Ｋｉｔ」のプロトコルに従って誘導生産されたＴＮＦ－α濃度を測定した。その結果を図５に示した。
【0063】
図５に示すとおり、乳酸菌ＥＦ－２００１株に加熱処理（１１０℃）を加えることによって、ＴＮＦ－α産生量が増大したことが確認できた。これは加熱処理した乳酸菌ＥＦ－２００１株を利用した製品においては、ＴＮＦ－α産生量が増大していることを意味する。一定の熱履歴を与えることにより、ロングを検出するプライマーのバンドが消失し、かつショートを検出するプライマーのバンドが残るという実施例４で示された結果と組み合わせることで、ロングを検出するプライマーのバンドが消失し、かつショートを検出するプライマーのバンドが残ることを確認することにより、ＴＮＦ－α産生量が増大した乳酸菌ＥＦ－２００１株が得られたかどうかの指標となり得る可能性が示された。
【0064】
（注記）
以上のように、本開示の好ましい実施形態を用いて本開示を例示してきたが、本開示は、特許請求の範囲によってのみその範囲が解釈されるべきであることが理解される。本明細書において引用した特許、特許出願及び他の文献は、その内容自体が具体的に本明細書に記載されているのと同様にその内容が本明細書に対する参考として援用されるべきであることが理解される。
以上のように、本開示の好ましい実施形態を用いて本開示を例示してきたが、本開示は、特許請求の範囲によってのみその範囲が解釈されるべきであることが理解される。本明細書において引用した特許、特許出願及び他の文献は、その内容自体が具体的に本明細書に記載されているのと同様にその内容が本明細書に対する参考として援用されるべきであることが理解される。
【産業上の利用可能性】
【0065】
本発明の方法によって、乳酸菌エンテロコッカス・フェカリス（Enterococcus faecalis）ＥＦ－２００１株を簡便かつ迅速に、かつ特異的に検出することが可能になるため、ＥＦ－２００１株の多様な活性に関与する遺伝子の推測や、その遺伝子を用いた機能性食品やサプリメントの開発など幅広い応用が期待できる。
【配列表フリーテキスト】
【0066】
配列番号１：ｃｏｎｔｉｇ１におけるフォワードプライマー
配列番号２：ｃｏｎｔｉｇ１におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号３：ｃｏｎｔｉｇ１におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号４：ｃｏｎｔｉｇ４におけるフォワードプライマー
配列番号５：ｃｏｎｔｉｇ４におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号６：ｃｏｎｔｉｇ４におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号７：ｃｏｎｔｉｇ７におけるフォワードプライマー
配列番号８：ｃｏｎｔｉｇ７におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号９：ｃｏｎｔｉｇ７におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１０：ｃｏｎｔｉｇ１１におけるフォワードプライマー
配列番号１１：ｃｏｎｔｉｇ１１におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号１２：ｃｏｎｔｉｇ１１におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１３：ｃｏｎｔｉｇ１３におけるフォワードプライマー
配列番号１４：ｃｏｎｔｉｇ１３におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号１５：ｃｏｎｔｉｇ１３におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１６：ｃｏｎｔｉｇ１６におけるフォワードプライマー
配列番号１７：ｃｏｎｔｉｇ１６におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号１８：ｃｏｎｔｉｇ１６におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１９：ｃｏｎｔｉｇ２２におけるフォワードプライマー
配列番号２０：ｃｏｎｔｉｇ２２におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号２１：ｃｏｎｔｉｇ２２におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号２２：ｃｏｎｔｉｇ２５におけるフォワードプライマー
配列番号２３：ｃｏｎｔｉｇ２５におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号２４：ｃｏｎｔｉｇ２５におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号２５：ｃｏｎｔｉｇ３１におけるフォワードプライマー
配列番号２６：ｃｏｎｔｉｇ３１におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号２７：ｃｏｎｔｉｇ３１におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号２８：ｃｏｎｔｉｇ４３におけるフォワードプライマー
配列番号２９：ｃｏｎｔｉｇ４３におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号３０：ｃｏｎｔｉｇ４３におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号３１：ｃｏｎｔｉｇ１の増幅産物（ロング）
配列番号３２：ｃｏｎｔｉｇ１の増幅産物（ショート）
配列番号３３：ｃｏｎｔｉｇ４の増幅産物（ロング）
配列番号３４：ｃｏｎｔｉｇ４の増幅産物（ショート）
配列番号３５：ｃｏｎｔｉｇ７の増幅産物（ロング）
配列番号３６：ｃｏｎｔｉｇ７の増幅産物（ショート）
配列番号３７：ｃｏｎｔｉｇ１１の増幅産物（ロング）
配列番号３８：ｃｏｎｔｉｇ１１の増幅産物（ショート）
配列番号３９：ｃｏｎｔｉｇ１３の増幅産物（ロング）
配列番号４０：ｃｏｎｔｉｇ１３の増幅産物（ショート）
配列番号４１：ｃｏｎｔｉｇ１６の増幅産物（ロング）
配列番号４２：ｃｏｎｔｉｇ１６の増幅産物（ショート）
配列番号４３：ｃｏｎｔｉｇ２２の増幅産物（ロング）
配列番号４４：ｃｏｎｔｉｇ２２の増幅産物（ショート）
配列番号４５：ｃｏｎｔｉｇ２５の増幅産物（ロング）
配列番号４６：ｃｏｎｔｉｇ２５の増幅産物（ショート）
配列番号４７：ｃｏｎｔｉｇ３１の増幅産物（ロング）
配列番号４８：ｃｏｎｔｉｇ３１の増幅産物（ショート）
配列番号４９：ｃｏｎｔｉｇ４３の増幅産物（ロング）
配列番号５０：ｃｏｎｔｉｇ４３の増幅産物（ショート）
配列番号５１：ｃｏｎｔｉｇ１
配列番号５２：ｃｏｎｔｉｇ４
配列番号５３：ｃｏｎｔｉｇ７
配列番号５４：ｃｏｎｔｉｇ１１
配列番号５５：ｃｏｎｔｉｇ１３
配列番号５６：ｃｏｎｔｉｇ１６
配列番号５７：ｃｏｎｔｉｇ２２
配列番号５８：ｃｏｎｔｉｇ２５
配列番号５９：ｃｏｎｔｉｇ３１
配列番号６０：ｃｏｎｔｉｇ４３
配列番号６１：ポジティブコントロールのフォワードプライマー
配列番号６２：ポジティブコントロールのリバースプライマー
配列番号２：ｃｏｎｔｉｇ１におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号３：ｃｏｎｔｉｇ１におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号４：ｃｏｎｔｉｇ４におけるフォワードプライマー
配列番号５：ｃｏｎｔｉｇ４におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号６：ｃｏｎｔｉｇ４におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号７：ｃｏｎｔｉｇ７におけるフォワードプライマー
配列番号８：ｃｏｎｔｉｇ７におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号９：ｃｏｎｔｉｇ７におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１０：ｃｏｎｔｉｇ１１におけるフォワードプライマー
配列番号１１：ｃｏｎｔｉｇ１１におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号１２：ｃｏｎｔｉｇ１１におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１３：ｃｏｎｔｉｇ１３におけるフォワードプライマー
配列番号１４：ｃｏｎｔｉｇ１３におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号１５：ｃｏｎｔｉｇ１３におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１６：ｃｏｎｔｉｇ１６におけるフォワードプライマー
配列番号１７：ｃｏｎｔｉｇ１６におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号１８：ｃｏｎｔｉｇ１６におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号１９：ｃｏｎｔｉｇ２２におけるフォワードプライマー
配列番号２０：ｃｏｎｔｉｇ２２におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号２１：ｃｏｎｔｉｇ２２におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号２２：ｃｏｎｔｉｇ２５におけるフォワードプライマー
配列番号２３：ｃｏｎｔｉｇ２５におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号２４：ｃｏｎｔｉｇ２５におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号２５：ｃｏｎｔｉｇ３１におけるフォワードプライマー
配列番号２６：ｃｏｎｔｉｇ３１におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号２７：ｃｏｎｔｉｇ３１におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号２８：ｃｏｎｔｉｇ４３におけるフォワードプライマー
配列番号２９：ｃｏｎｔｉｇ４３におけるリバースプライマー（ロング）
配列番号３０：ｃｏｎｔｉｇ４３におけるリバースプライマー（ショート）
配列番号３１：ｃｏｎｔｉｇ１の増幅産物（ロング）
配列番号３２：ｃｏｎｔｉｇ１の増幅産物（ショート）
配列番号３３：ｃｏｎｔｉｇ４の増幅産物（ロング）
配列番号３４：ｃｏｎｔｉｇ４の増幅産物（ショート）
配列番号３５：ｃｏｎｔｉｇ７の増幅産物（ロング）
配列番号３６：ｃｏｎｔｉｇ７の増幅産物（ショート）
配列番号３７：ｃｏｎｔｉｇ１１の増幅産物（ロング）
配列番号３８：ｃｏｎｔｉｇ１１の増幅産物（ショート）
配列番号３９：ｃｏｎｔｉｇ１３の増幅産物（ロング）
配列番号４０：ｃｏｎｔｉｇ１３の増幅産物（ショート）
配列番号４１：ｃｏｎｔｉｇ１６の増幅産物（ロング）
配列番号４２：ｃｏｎｔｉｇ１６の増幅産物（ショート）
配列番号４３：ｃｏｎｔｉｇ２２の増幅産物（ロング）
配列番号４４：ｃｏｎｔｉｇ２２の増幅産物（ショート）
配列番号４５：ｃｏｎｔｉｇ２５の増幅産物（ロング）
配列番号４６：ｃｏｎｔｉｇ２５の増幅産物（ショート）
配列番号４７：ｃｏｎｔｉｇ３１の増幅産物（ロング）
配列番号４８：ｃｏｎｔｉｇ３１の増幅産物（ショート）
配列番号４９：ｃｏｎｔｉｇ４３の増幅産物（ロング）
配列番号５０：ｃｏｎｔｉｇ４３の増幅産物（ショート）
配列番号５１：ｃｏｎｔｉｇ１
配列番号５２：ｃｏｎｔｉｇ４
配列番号５３：ｃｏｎｔｉｇ７
配列番号５４：ｃｏｎｔｉｇ１１
配列番号５５：ｃｏｎｔｉｇ１３
配列番号５６：ｃｏｎｔｉｇ１６
配列番号５７：ｃｏｎｔｉｇ２２
配列番号５８：ｃｏｎｔｉｇ２５
配列番号５９：ｃｏｎｔｉｇ３１
配列番号６０：ｃｏｎｔｉｇ４３
配列番号６１：ポジティブコントロールのフォワードプライマー
配列番号６２：ポジティブコントロールのリバースプライマー
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【配列表】