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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2022184988
(43)【公開日】2022-12-13
(54)【発明の名称】抗体エピトープ
(51)【国際特許分類】
C12N 15/13 20060101AFI20221206BHJP
C07K 16/24 20060101ALI20221206BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20221206BHJP
A61P 19/02 20060101ALI20221206BHJP
A61P 29/00 20060101ALI20221206BHJP
A61P 1/04 20060101ALI20221206BHJP
A61P 17/06 20060101ALI20221206BHJP
A61P 25/28 20060101ALI20221206BHJP
A61P 25/16 20060101ALI20221206BHJP
A61P 25/04 20060101ALI20221206BHJP
A61P 25/08 20060101ALI20221206BHJP
A61P 19/10 20060101ALI20221206BHJP
A61P 11/06 20060101ALI20221206BHJP
A61P 37/06 20060101ALI20221206BHJP
A61P 25/00 20060101ALI20221206BHJP
A61K 49/00 20060101ALI20221206BHJP
【ＦＩ】
C12N15/13
C07K16/24 ZNA
A61K39/395 U
A61K39/395 D
A61P19/02
A61P29/00 101
A61P1/04
A61P29/00
A61P17/06
A61P25/28
A61P25/16
A61P25/04
A61P25/08
A61P19/10
A61P11/06
A61P37/06
A61P25/00
A61K49/00
【審査請求】有
【請求項の数】1
【出願形態】ＯＬ
【外国語出願】
(21)【出願番号】P 2022150888
(22)【出願日】2022-09-22
(62)【分割の表示】P 2019533144の分割
【原出願日】2017-12-13
(31)【優先権主張番号】1621907.3
(32)【優先日】2016-12-21
(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＴＷＥＥＮ
(71)【出願人】
【識別番号】514232085
【氏名又は名称】ユーシービー バイオファルマ エスアールエル
(71)【出願人】
【識別番号】504456798
【氏名又は名称】サノフイ
【氏名又は名称原語表記】ＳＡＮＯＦＩ
(74)【代理人】
【識別番号】110000855
【氏名又は名称】弁理士法人浅村特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】ローソン、アラステア デイビッド グリフィフィシズ
(72)【発明者】
【氏名】ライトウッド、ダニエル ジョン
(72)【発明者】
【氏名】ムンロ、レベッカ ジェイン
(72)【発明者】
【氏名】オコンネル、ジェイムズ フィリップ
(72)【発明者】
【氏名】ポーター、ジョン ロバート
(57)【要約】
【課題】抗体、特に、ＴＮＦαの低分子モジュレータをスクリーニングするために使用することができる特異的エピトープを認識する抗体の提供。
【解決手段】ある特定の化合物がＴＮＦに結合し、ＴＮＦ受容体に結合するトリマーＴＮＦのコンフォメーションを安定化することが証明された。そのような化合物の複合体とＴＮＦスーパーファミリーメンバーとの複合体に選択的に結合する抗体が開示される。これらの抗体を使用して、同じ活性を有し、ターゲットエンゲージメントバイオマーカーとしての、さらなる化合物を検出することができる。
【選択図】なし
【解決手段】ある特定の化合物がＴＮＦに結合し、ＴＮＦ受容体に結合するトリマーＴＮＦのコンフォメーションを安定化することが証明された。そのような化合物の複合体とＴＮＦスーパーファミリーメンバーとの複合体に選択的に結合する抗体が開示される。これらの抗体を使用して、同じ活性を有し、ターゲットエンゲージメントバイオマーカーとしての、さらなる化合物を検出することができる。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
トリマーＴＮＦαの少なくとも以下の残基：
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、かつ残基ナンバリングが配列番号３６に従う、上記抗体。
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、かつ残基ナンバリングが配列番号３６に従う、上記抗体。
【請求項2】
トリマーＴＮＦαのＣ鎖上のＥ１４６若しくはトリマーＴＮＦαのＣ鎖上のＰ１１７、又はＥ１４６及びＰ１１７の両方をさらに含むエピトープに結合する、請求項１に記載の抗体。
【請求項3】
トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基であるＡ１４５をさらに含むエピトープに結合する、請求項１又は２に記載の抗体。
【請求項4】
ＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基であるＱ８８をさらに含むエピトープに結合する、請求項１から３までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項5】
（ａ）Ｌ６３；
（ｂ）Ｌ９４；
（ｃ）Ｓ９５；及び
（ｄ）Ａ９６
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｌ６３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＬ９４、Ｓ９５及びＡ９６が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から４までのいずれか一項に記載の抗体。
（ｂ）Ｌ９４；
（ｃ）Ｓ９５；及び
（ｄ）Ａ９６
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｌ６３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＬ９４、Ｓ９５及びＡ９６が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から４までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項6】
（ａ）Ｉ９７；
（ｂ）Ｌ９３；及び
（ｃ）Ｓ８１
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｉ９７、Ｌ９３及びＳ８１が、全てトリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から５までのいずれか一項に記載の抗体。
（ｂ）Ｌ９３；及び
（ｃ）Ｓ８１
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｉ９７、Ｌ９３及びＳ８１が、全てトリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から５までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項7】
（ａ）Ｋ６５；
（ｂ）Ｑ６７；
（ｃ）Ｐ１１３；
（ｄ）Ｄ１４３；
（ｅ）Ｔ７７；
（ｆ）Ｔ７９；
（ｇ）Ｉ８３；
（ｈ）Ｔ８９；
（ｇ）Ｋ９０；
（ｉ）Ｖ９１；
（ｊ）Ｎ９２；
（ｋ）Ｅ１３５；
（ｌ）Ｉ１３６；及び
（ｍ）Ｒ１３８
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３及びＤ１４３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＴ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｅ１３５、Ｉ１３６及びＲ１３８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から６までのいずれか一項に記載の抗体。
（ｂ）Ｑ６７；
（ｃ）Ｐ１１３；
（ｄ）Ｄ１４３；
（ｅ）Ｔ７７；
（ｆ）Ｔ７９；
（ｇ）Ｉ８３；
（ｈ）Ｔ８９；
（ｇ）Ｋ９０；
（ｉ）Ｖ９１；
（ｊ）Ｎ９２；
（ｋ）Ｅ１３５；
（ｌ）Ｉ１３６；及び
（ｍ）Ｒ１３８
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３及びＤ１４３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＴ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｅ１３５、Ｉ１３６及びＲ１３８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から６までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項8】
（ａ）Ｙ１１９；
（ｂ）Ｑ４７；及び
（ｃ）Ｓ１３３
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、
Ｙ１１９、Ｑ４７及びＳ１３３の全てが、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から７までのいずれか一項に記載の抗体。
（ｂ）Ｑ４７；及び
（ｃ）Ｓ１３３
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、
Ｙ１１９、Ｑ４７及びＳ１３３の全てが、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、請求項１から７までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項9】
配列番号３６のＴＮＦαの以下の残基：
（ａ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｙ１１５、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｂ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｃ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；又は
（ｄ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｑ２７、Ｑ４７、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｙ１１９、Ｒ１３１、Ｓ１３３、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９
を含むエピトープに結合する、請求項１に記載の抗体。
（ａ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｙ１１５、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｂ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｃ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；又は
（ｄ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｑ２７、Ｑ４７、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｙ１１９、Ｒ１３１、Ｓ１３３、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９
を含むエピトープに結合する、請求項１に記載の抗体。
【請求項10】
１ｎＭ以下の親和性（ＫＤ－ａｂ）を有する、請求項１から９までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項11】
２００ｐＭ以下の親和性を有する、請求項１０に記載の抗体。
【請求項12】
ヒト化抗体である、請求項１から１１までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項13】
Ｆａｂ、改変型Ｆａｂ、Ｆａｂ’、改変型Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、単一ドメイン抗体又はｓｃＦｖである、請求項１から１２までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項14】
トリマーＴＮＦαと、化合物（１）～（７）：
のいずれか１つとの複合体に結合する、請求項１から１３までのいずれか一項に記載の抗体。
【化1-1】
【化1-2】
【化1-3】
のいずれか１つとの複合体に結合する、請求項１から１３までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項15】
トリマー－化合物複合体に対して１ｎＭ以下の親和性（ＫＤ－ａｂ）を有する、請求項１４に記載の抗体。
【請求項16】
親和性が２００ｐＭ以下である、請求項１５に記載の抗体。
【請求項17】
ＴＮＦαへの結合について請求項１から１６までのいずれか一項に記載の抗体と競合する抗体。
【請求項18】
請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド。
【請求項19】
治療によるヒト又は動物の身体の処置の方法における使用のための請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体。
【請求項20】
請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体と、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体とを含む医薬組成物。
【請求項21】
対象から得られた試料中の化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメント（ｔａｒｇｅｔ ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ）バイオマーカーとしての請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体の使用であって、前記抗体が検出可能であり、前記複合体がトリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それにより、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節する、上記抗体の使用。
【請求項22】
化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、トリマーＴＮＦαへの化合物のターゲットエンゲージメントを検出する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体と、前記試料及び対照試料とを接触させるステップであって、前記抗体が検出可能である、ステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記試料への結合が前記検出可能抗体の前記対照試料への結合よりも高いことが、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法。
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体と、前記試料及び対照試料とを接触させるステップであって、前記抗体が検出可能である、ステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記試料への結合が前記検出可能抗体の前記対照試料への結合よりも高いことが、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法。
【請求項23】
トリマーＴＮＦαのコンフォメーション変化を惹起する化合物のスクリーニングにおける請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体の使用であって、前記コンフォメーション変化が、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要な受容体のシグナル伝達を調節する、上記使用。
【請求項24】
ＴＮＦαトリマーと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、前記複合体が、１ｎＭ以下のＫＤ－ａｂで請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体に結合する、上記複合体。
【請求項25】
ＴＮＦαトリマーに結合して複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体が１ｎＭ以下のＫＤ－ａｂで請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体に結合する、上記化合物。
【請求項26】
ＴＮＦαトリマーに結合し、必要な受容体を介するトリマーのシグナル伝達を調節することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＴＮＦαトリマーと試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
（ｃ）ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合、その測定された結合親和性が許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法。
（ａ）ＴＮＦαトリマーと試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する請求項１から１７までのいずれか一項に記載の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
（ｃ）ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合、その測定された結合親和性が許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法。
【請求項27】
抗体が、ＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合及び／又は化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合と比較して、ＴＮＦαトリマー－化合物複合体に選択的に結合する、請求項２６に記載の方法。
【請求項28】
抗体が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合及び／又はＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合に関するＫＤ－ａｂの少なくとも１００分の１のＫＤ－ａｂでＴＮＦαのトリマー－化合物複合体に結合する、請求項２７に記載の方法。
【請求項29】
抗体が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合及び／又はＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合に関するＫＤ－ａｂの少なくとも２００分の１のＫＤ－ａｂでＴＮＦαのトリマー－化合物複合体に結合する、請求項２８に記載の方法。
【請求項30】
高効率アッセイである、請求項２６から２９までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの安定性と比較して、ＴＮＦαトリマーの安定性を増加させる、請求項２６から３０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
安定性の増加が、少なくとも１℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔｍ）の増加をもたらす、請求項３１に記載の方法。
【請求項33】
安定性の増加が、少なくとも１０℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔｍ）の増加をもたらす、請求項３２に記載の方法。
【請求項34】
ＴＮＦαトリマーのＴｍの増加が１０℃～２０℃である、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合親和性と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、請求項２６から３４までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項36】
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合に関する結合速度（ｋｏｎ－ｒ）及び解離速度（ｋｏｆｆ－ｒ）値と比較して、ｋｏｎ－ｒを増加させること及び／又はｋｏｆｆ－ｒを減少させることによって、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、請求項３５に記載の方法。
【請求項37】
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合に関する結合速度（ｋｏｎ－ｒ）値と比較して、ｋｏｎ－ｒを増加させることによって、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、請求項３５に記載の方法。
【請求項38】
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫＤ－ｒと比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫＤ－ｒを減少させ、
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫＤ－ｒと比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫＤ－ｒを少なくとも１０分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫＤ－ｒ値が１０ｎＭ未満である、請求項３５、３６又は３７に記載の方法。
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫＤ－ｒと比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫＤ－ｒを少なくとも１０分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫＤ－ｒ値が１０ｎＭ未満である、請求項３５、３６又は３７に記載の方法。
【請求項39】
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫＤ－ｒと比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫＤ－ｒを減少させ、
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫＤ－ｒと比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫＤ－ｒを少なくとも４分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫＤ－ｒ値が６００ｐＭ未満である、請求項３５、３６又は３７に記載の方法。
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫＤ－ｒと比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫＤ－ｒを少なくとも４分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫＤ－ｒ値が６００ｐＭ未満である、請求項３５、３６又は３７に記載の方法。
【請求項40】
化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫＤ－ｒ値が２００ｐＭ未満である、請求項３９に記載の方法。
【請求項41】
前記試験化合物が５００ｎＭ以下のＩＣ５０値を有する、請求項２６から４０までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項42】
ステップ（ｂ）における化合物が、化合物（１）～（７）、又はその塩若しくは溶媒和物からなる群から選択される、請求項２６から４１までのいずれか一項に記載の方法。
【請求項43】
受容体がＴＮＦ受容体である、請求項２６から４２までのいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、抗体、特に、ＴＮＦαの低分子モジュレータをスクリーニングするために使用することができる特異的エピトープを認識する抗体に関する。本発明は、そのようなＴＮＦα低分子モジュレータ複合体に選択的に結合する抗体、及びそのような抗体の使用に関する。本発明はまた、前記抗体を使用してＴＮＦαの新規モジュレータを同定するためのアッセイにも関する。
【背景技術】
【0002】
腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）スーパーファミリーは、細胞生存及び細胞死を調節する主な機能を共有するタンパク質ファミリーである。ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーは、「ジェリーロール」β構造を形成する、逆平行β鎖を含む２つの逆平行βプリーツシートを含む、共通のコアモチーフを共有する。ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーにより共有される別の共通の特徴は、ホモ又はヘテロトリマー複合体の形成である。それは、特定のＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合し、活性化するＴＮＦスーパーファミリーメンバーのこれらのトリマー形態である。
【0003】
ＴＮＦαは、ＴＮＦスーパーファミリーの典型的なメンバーである。ＴＮＦα産生の調節異常は、有意に医学的に重要ないくつかの病状に関与してきた。例えば、ＴＮＦαは、関節リウマチ、炎症性腸疾患（クローン病を含む）、乾癬、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、疼痛、てんかん、骨粗鬆症、喘息、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）及び多発性硬化症（ＭＳ）に関与してきた。ＴＮＦスーパーファミリーの他のメンバーも、自己免疫疾患を含む病状に関与してきた。
【0004】
ＴＮＦスーパーファミリーメンバーの従来のアンタゴニストは、大分子であり、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーの、その受容体に対する結合を阻害することによって作用する。従来のアンタゴニストの例としては、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標））、アダリムマブ（Ｈｕｍｉｒａ（登録商標））及びセルトリズマブペゴール（Ｃｉｍｚｉａ（登録商標））などの抗ＴＮＦα抗体、特に、モノクローナル抗体、又はエタネルセプト（Ｅｎｂｒｅｌ（登録商標））などの可溶性ＴＮＦα受容体融合タンパク質が挙げられる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
本発明者らは、ＴＮＦαを調節する低分子実体（ＳＭＥ）のクラスを同定した。これらの化合物は、ホモトリマー形態のＴＮＦαに結合すること、並びにＴＮＦαのホモトリマーのコンフォメーション変化を誘導すること、及び／又は安定化することによって作用する。例えば、化合物が結合したＴＮＦαのホモトリマーは、ＴＮＦα受容体に結合することができるが、ＴＮＦα受容体の下流のシグナル伝達を開始することがほとんどできないか、又は開始することができない。これらの化合物を、ＴＮＦαによって媒介される状態の処置において使用することができる。
【0006】
本発明者らは、そのような化合物と、ＴＮＦαとを含む複合体に選択的に結合する抗体を開発した。これらの抗体を使用して、この様式でＴＮＦαを阻害することができ、また、ターゲットエンゲージメント（ｔａｒｇｅｔ ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ）バイオマーカーとして使用することができるさらなる化合物を同定することができる。
【課題を解決するための手段】
【0007】
したがって、本発明は、トリマーＴＮＦαの少なくとも以下の残基：
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、残基ナンバリングが、配列番号３６に従う、抗体を提供する。
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、残基ナンバリングが、配列番号３６に従う、抗体を提供する。
【0008】
本発明はまた、
－ ＴＮＦαへの結合について、上記で定義された抗体と競合する抗体、
－ 本発明の抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド、
－ 治療によるヒト又は動物の身体の処置の方法における使用のための本発明の抗体、
－ 本発明の抗体と、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体とを含む医薬組成物、
－ 対象から得られた試料中の化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメントバイオマーカーとしての本発明の抗体の使用であって、前記抗体は、検出可能であり、前記複合体は、トリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それによって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、上記使用、
－ 化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、化合物の、トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを検出する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得すること；
（ｂ）検出可能である本発明の抗体を、前記試料及び対照試料と接触させること；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定すること
を含み、前記検出可能抗体の前記対照試料への結合より高い、前記検出可能抗体の前記試料への結合が、前記化合物の、前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法、
－ ＴＮＦαのコンフォメーション変化を惹起する化合物のスクリーニングにおける本発明の抗体の使用であって、前記コンフォメーション変化が、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要な受容体のシグナル伝達を調節する、上記使用、
－ トリマーＴＮＦαと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節し、１ｎＭ以下のＫＤ－ａｂで本発明の抗体に結合する、上記複合体、
－ ＴＮＦαトリマーに結合して、複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体が、１ｎＭ以下のＫＤ－ａｂで本発明の抗体に結合する、上記化合物、
－ ＴＮＦαトリマーに結合し、必要な受容体を介するトリマーのシグナル伝達を調節することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＴＮＦαトリマーと、試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する本発明の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性を、ステップ（ａ）に記載の抗体に対して高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性と比較するステップ；及び
（ｃ）その測定された結合親和性が、ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合に許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法
も提供する。
－ ＴＮＦαへの結合について、上記で定義された抗体と競合する抗体、
－ 本発明の抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド、
－ 治療によるヒト又は動物の身体の処置の方法における使用のための本発明の抗体、
－ 本発明の抗体と、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体とを含む医薬組成物、
－ 対象から得られた試料中の化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメントバイオマーカーとしての本発明の抗体の使用であって、前記抗体は、検出可能であり、前記複合体は、トリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それによって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、上記使用、
－ 化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、化合物の、トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを検出する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得すること；
（ｂ）検出可能である本発明の抗体を、前記試料及び対照試料と接触させること；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定すること
を含み、前記検出可能抗体の前記対照試料への結合より高い、前記検出可能抗体の前記試料への結合が、前記化合物の、前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法、
－ ＴＮＦαのコンフォメーション変化を惹起する化合物のスクリーニングにおける本発明の抗体の使用であって、前記コンフォメーション変化が、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要な受容体のシグナル伝達を調節する、上記使用、
－ トリマーＴＮＦαと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節し、１ｎＭ以下のＫＤ－ａｂで本発明の抗体に結合する、上記複合体、
－ ＴＮＦαトリマーに結合して、複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体が、１ｎＭ以下のＫＤ－ａｂで本発明の抗体に結合する、上記化合物、
－ ＴＮＦαトリマーに結合し、必要な受容体を介するトリマーのシグナル伝達を調節することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＴＮＦαトリマーと、試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する本発明の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性を、ステップ（ａ）に記載の抗体に対して高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性と比較するステップ；及び
（ｃ）その測定された結合親和性が、ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合に許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法
も提供する。
【図面の簡単な説明】
【0009】
【図1】ヒトＴＮＦαの結晶構造における残基Ｎ１６８、Ｉ１９４、Ｆ２２０及びＡ２２１を強調した図である。
【図2】ＣＡ１８５＿０１９７４ｍＦａｂ及び化合物（１）を用いたＨＰＬＣ実験の結果を示す。過剰のＦａｂに相当するピークは、１．５×及び２．０×過剰に現れる。したがって、化学量論は、１Ｆａｂ：１ＴＮＦαトリマーと決定された。
【図3】ＣＡ１８５＿０１９７９ｍＦａｂ及び化合物（１）を用いたＨＰＬＣ実験の結果を示す。再度、過剰のＦａｂに相当するピークは、１．５×及び２．０×過剰に現れる。したがってこの場合も、化学量論は、１Ｆａｂ：１ＴＮＦαトリマーと決定された。
【図4】市販の抗ＴＮＦαポリクローナル抗体を使用した、化合物（３）、（４）及び（５）との全ＴＮＦαＥＬＩＳＡの結果を示す。
【図5】ＣＡ１８５＿０１９７４．０並びに化合物（３）、（４）及び（５）を用いたコンフォメーション特異的ＴＮＦαＥＬＩＳＡの結果を示す。アポＴＮＦαはこのアッセイでシグナルを示さず、化合物結合ＴＮＦαに対する抗体ＣＡ１８５＿０１９７４の結合の特異的性質を実証する。
【図6】１及び１０μｇ／ｍｌのＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５＿０１９７９を用いた染色のＦＡＣＳヒストグラムプロットを示す。これらのプロットは、抗体が、化合物（１）とプレインキュベートしたＴＮＦαのみを認識することを実証する。ＤＭＳＯ対照では染色はなかった。
【図7】親ＮＳ０細胞系と、膜ＴＮＦαを過剰発現する改変ＮＳ０細胞系とに対する、ＣＡ１８５＿０１９７４を用いた染色のＦＡＣＳヒストグラムプロットを示す。細胞を化合物（１）又はＤＭＳＯと共にインキュベートし、抗体Ｆａｂ断片を用いて染色した。結果は再びＤＭＳＯ対照で（親細胞系又は改変細胞系のいずれについても）染色がないことを示す。しかしながら、化合物（１）の存在下で改変細胞系について染色が観察される。
【図8】カニクイザルＴＮＦαを使用したＣＡ１８５＿０１９７４に対する親和性値の決定のためのセンソグラムを示す。対照（上部パネル）には、カニクイザルＴＮＦα及びＤＭＳＯを含めた。次いで下部パネルは、化合物（４）と複合体化されたカニクイザルＴＮＦαについての二連の実験を示す。
【図9】ヒトＴＮＦαを使用したＣＡ１８５＿０１９７４に対する親和性値の決定のためのセンソグラムを示す。対照（上部パネル）には、ヒトＴＮＦα及びＤＭＳＯを含めた。次いで下部パネルは、化合物（４）と複合体化されたヒトＴＮＦαについての二連の実験を示す。
【図10】化合物（１）～（７）の構造を示す。
【図11】ヒトＴＮＦα非対称トリマーと、化合物（２）と、２つのヒトＴＮＦＲ１受容体との複合体に結合したＦａｂ１９７４の構造を示す。
【図12】図１１と同じ構造であるが、計算的にモデル化した対称トリマーを伴う場合を（つまり、化合物の非存在下で）示す。この対称トリマーを伴う場合、トリマーのＡ鎖は、Ｆａｂ断片との相互作用を保持している。しかしながら、Ｆａｂ断片とトリマーのＣ鎖との間の立体的衝突がある。
【図13】ＣＡ１８５＿１９７４を伴う、ＴＮＦαトリマーのＡ鎖及びＣ鎖で実験的に決定されたエピトープを球として示す。
【図14】ＣＡ１８５＿１９７４が、複合体生物学的マトリックスにおける標的占有率を測定するための好適な試薬であることを示す。ＣＡ１８５＿１９７４を捕捉試薬として使って、市販の抗ＴＮＦα抗体を検出試薬として用いる高感度ＥＬＩＳＡを使用して、化合物（２）と複合体化されたＴＮＦαを測定した。過剰な化合物又はＤＭＳＯのいずれかとプレインキュベートしたＴＮＦαを、（内因性ＴＮＦαを枯渇させた）純粋なヒト血漿へ注入し、種々な濃度に希釈した。ＴＮＦα－低分子阻害剤複合体により生じたシグナルは、ＴＮＦα注入濃度に比例して明らかに増加した。ＤＭＳＯとプレ－インキュベートしたＴＮＦα（アポＴＮＦ）では、試験したどのＴＮＦα注入濃度でも、有意な検出は認められなかった。ＴＮＦα－低分子複合体のシグナルは、アポＴＮＦαバックグラウンドより有意に高く、２５ｐｇ／ｍｌ以上のＴＮＦα濃度で少なくとも０．９９９の確率であった。
【発明を実施するための形態】
【0010】
配列表の簡単な説明
配列番号１は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＤＲ１を示す。
配列番号２は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＤＲ２を示す。
配列番号３は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＤＲ３を示す。
配列番号４は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＤＲ１を示す。
配列番号５は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＤＲ２を示す。
配列番号６は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＤＲ３を示す。
配列番号７は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号８は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号９は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号１０は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号１１は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のカッパ軽鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号１２は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＩｇＧ１重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号１３は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号１４は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のカッパ軽鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号１５は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＩｇＧ１重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号１６は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号１７は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＤＲ２を示す。
配列番号１８は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＤＲ３を示す。
配列番号１９は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＤＲ１を示す。
配列番号２０は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＤＲ２を示す。
配列番号２１は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＤＲ３を示す。
配列番号２２は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号２３は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号２４は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号２５は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号２６は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のカッパ軽鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号２７は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＩｇＧ１重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号２８は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号２９は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のカッパ軽鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号３０は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＩｇＧ１重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号３１は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号３２は、ラットＴＮＦαのアミノ酸配列を示す。
配列番号３３は、マウスＴＮＦαのアミノ酸配列を示す。
配列番号３４は、ヒトＴＮＦαのアミノ酸配列を示す。
配列番号３５は、ヒトＴＮＦαの可溶性形態のアミノ酸配列を示す。
配列番号３６は、ヒトＴＮＦαの可溶性形態のアミノ酸配列であるが、（配列番号３５におけるクローニングの人為生成物である）最初の「Ｓ」がない、配列を示す。
配列番号３７は、Ｎ５４Ｄ及びＣ１８２Ｓ変異を有するヒトＴＮＦＲ１の細胞外ドメインのアミノ酸配列を示す。
配列番号３８は、配列番号３７のアミノ酸配列であるが、クローニングの人為生成物である最初の「Ｇ」がない、配列を示す。
配列番号１は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＤＲ１を示す。
配列番号２は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＤＲ２を示す。
配列番号３は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＤＲ３を示す。
配列番号４は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＤＲ１を示す。
配列番号５は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＤＲ２を示す。
配列番号６は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＤＲ３を示す。
配列番号７は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号８は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号９は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＬＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号１０は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のＨＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号１１は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のカッパ軽鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号１２は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＩｇＧ１重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号１３は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号１４は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のカッパ軽鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号１５は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＩｇＧ１重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号１６は、ＣＡ１８５＿０１９７４．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号１７は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＤＲ２を示す。
配列番号１８は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＤＲ３を示す。
配列番号１９は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＤＲ１を示す。
配列番号２０は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＤＲ２を示す。
配列番号２１は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＤＲ３を示す。
配列番号２２は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号２３は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＶＲのアミノ酸配列を示す。
配列番号２４は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＬＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号２５は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のＨＣＶＲのＤＮＡ配列を示す。
配列番号２６は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のカッパ軽鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号２７は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＩｇＧ１重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号２８は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のアミノ酸配列を示す。
配列番号２９は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のカッパ軽鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号３０は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＩｇＧ１重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号３１は、ＣＡ１８５＿０１９７９．０のｍＦａｂ（ヒンジなし）重鎖のＤＮＡ配列を示す。
配列番号３２は、ラットＴＮＦαのアミノ酸配列を示す。
配列番号３３は、マウスＴＮＦαのアミノ酸配列を示す。
配列番号３４は、ヒトＴＮＦαのアミノ酸配列を示す。
配列番号３５は、ヒトＴＮＦαの可溶性形態のアミノ酸配列を示す。
配列番号３６は、ヒトＴＮＦαの可溶性形態のアミノ酸配列であるが、（配列番号３５におけるクローニングの人為生成物である）最初の「Ｓ」がない、配列を示す。
配列番号３７は、Ｎ５４Ｄ及びＣ１８２Ｓ変異を有するヒトＴＮＦＲ１の細胞外ドメインのアミノ酸配列を示す。
配列番号３８は、配列番号３７のアミノ酸配列であるが、クローニングの人為生成物である最初の「Ｇ」がない、配列を示す。
【0011】
ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのモジュレータ
トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する試験化合物が同定された。以下の開示は一般的に、本発明の実施形態は、具体的には、そのような化合物のＴＮＦαへの結合に関する。
トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する試験化合物が同定された。以下の開示は一般的に、本発明の実施形態は、具体的には、そのような化合物のＴＮＦαへの結合に関する。
【0012】
試験化合物は、１０００Ｄａ以下、７５０Ｄａ以下、又は６００Ｄａ以下の分子量を有する低分子実体（ＳＭＥ）である。分子量は、約５０～約１０００Ｄａ、又は約１００～約１０００Ｄａの範囲にあってもよい。これらの化合物は、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合し、受容体のシグナル伝達を調節するトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーのコンフォメーションを安定化する。そのような化合物の例としては、式（１）～（７）の化合物が挙げられる。
【0013】
トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに対する化合物の安定化効果を、化合物の存在下及び非存在下でトリマーの温度遷移中点（Ｔｍ）を測定することによって定量することができる。Ｔｍは、生物分子の５０％がアンフォールディングされる温度を意味する。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマーを安定化する化合物は、トリマーのＴｍを増加させる。Ｔｍを、当業界で公知の任意の適切な技術を使用して、例えば、示差走査熱量測定（ＤＳＣ）又は蛍光プローブ熱変性アッセイを使用して決定することができる。
【0014】
化合物は、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマー内に存在する中心空間（すなわち、トリマーのコア）の内部に結合してもよい。
【0015】
これらの化合物は、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーを、ＴＮＦスーパーファミリー受容体アンタゴニストに変化させることができる。これらの化合物は、したがって、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーとその受容体との高親和性相互作用と競合する必要なく、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのシグナル伝達を遮断することができる。
【0016】
或いは、化合物は、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合し、受容体のシグナル伝達を増強するトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーのコンフォメーションを安定化することができる。これらの化合物は、したがって、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーとその受容体との高親和性相互作用と競合する必要なく、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのシグナル伝達を増加させることができる。
【0017】
ここで、化合物がアンタゴニストとして記載される場合、化合物は同様にアゴニストでもあり、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマーと、そのようなアゴニスト化合物との複合体に結合するＴＮＦスーパーファミリー受容体によるシグナル伝達を増加させることができることが理解される。同様に、他の開示がアンタゴニスト化合物、そのような化合物を同定する方法及びそのような化合物の使用を指す場合、本開示は、同様にアゴニスト化合物を指してもよい。
【0018】
本明細書に記載の化合物は、ＴＮＦスーパーファミリー受容体の天然のアゴニスト、すなわち、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合し、これらのトリマーに、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体に依然として結合し、受容体によるシグナル伝達を調節するコンフォメーションを採用させる、アロステリックなモジュレータである。調節することにより、化合物が拮抗効果を有し、したがって、ＴＮＦスーパーファミリー受容体によるシグナル伝達を減少させるか、又は他には刺激効果を有し、したがって、ＴＮＦスーパーファミリー受容体によるシグナル伝達を増加若しくは増強することができることが理解される。
【0019】
これらの化合物は、天然のＴＮＦスーパーファミリーメンバーアゴニストを、アンタゴニストに変換することができる。対照的に、従来のＴＮＦスーパーファミリーメンバーアンタゴニストは、ＴＮＦスーパーファミリーメンバー又はＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合し、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーの、必要な受容体への結合を防止する。別の方法では、化合物は、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーが化合物の非存在下で結合する場合のＴＮＦスーパーファミリー受容体によるシグナル伝達のレベルと比較して、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーが結合する場合のＴＮＦスーパーファミリー受容体によるシグナル伝達を増加させることができる。化合物は、したがって、天然のＴＮＦスーパーファミリーメンバーアゴニストを、いわゆる「スーパーアゴニスト」に変換することができる。化合物は、したがって、リガンド活性のアロステリックモジュレータ（ＡＭＬＡ）としても公知であってよい。
【0020】
化合物は、それらが少なくとも１つのＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合し、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合し、ＴＮＦスーパーファミリー受容体のシグナル伝達を調節するトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーのコンフォメーションを安定化するという条件で、その化学式又は構造に関して限定されない。化合物は、したがって、本明細書に記載の抗体及び方法を使用して同定することができる。非限定的な例は、ベンゾイミダゾール部分又はそのイソスターを含みうる化合物である。
【0021】
化合物は、化合物の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバーの、必要な受容体に対する結合親和性と比較して、ＴＮＦスーパーファミリーメンバー（化合物－トリマー複合体の形態にある）の、必要な受容体に対する結合親和性を増加させることができる。
【0022】
化合物は、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する。そのような化合物は、トリマー形態の１又は複数のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに特異的（又は選択的）に結合してもよい。化合物は、ただ１つのＴＮＦスーパーファミリーメンバーに特異的（又は選択的）に結合するが、任意の他のＴＮＦスーパーファミリーメンバーには結合しなくてもよい。化合物はまた、２、３、４又は最大で全てのＴＮＦスーパーファミリーメンバーに特異的に結合してもよい。特異的（又は選択的）とは、化合物が、ＴＮＦスーパーファミリーの他のメンバーを含んでもよい、任意の他の分子と有意に交差反応することなく、目的の分子又は複数の分子、この場合、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合することと理解される。交差反応性を、任意の好適な方法、例えば、表面プラズモン共鳴によって評価することができる。トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーの化合物と、トリマー形態のその特定のＴＮＦスーパーファミリーメンバー以外の分子との交差反応を、化合物がトリマー形態の目的のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する強さの少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％又は１００％の強さで他の分子に結合する場合、有意と考えることができる。例えば、化合物がトリマー形態の目的のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する強さの約５％～約１００％、典型的には、約２０％～約１００％、又は約５０％～約１００％の強さで他の分子に結合する場合、交差反応を有意と考えることができる。トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに特異的（又は選択的）である化合物は、それがトリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する強さの約９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％又は２０％未満の強さで別の分子に結合してもよい（ゼロ結合に下がる）。化合物は、それがトリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する強さの約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満、又は約５％未満、約２％未満又は約１％未満の強さで他の分子に結合してもよい（ゼロ結合に下がる）。
【0023】
試験化合物がＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する速度は、本明細書では「結合」速度、ｋｏｎ－ｃと呼ばれ、試験化合物がＴＮＦスーパーファミリーメンバーから解離する速度は、本明細書では「解離」速度又はｋｏｆｆ－ｃと呼ばれる。本明細書で使用される場合、記号「ＫＤ－ｃ」は、試験化合物のＴＮＦスーパーファミリーメンバーに対する結合親和性（解離定数）を示す。ＫＤ－ｃは、ｋｏｆｆ－ｃ／ｋｏｎ－ｃと定義される。試験化合物は、遅い「結合」速度を有してもよく、ＴＮＦスーパーファミリーメンバー及び化合物－トリマー複合体のピーク強度の質量分析によって分で測定することができる。試験化合物のＫＤ－ｃ値を、異なるＴＮＦスーパーファミリーメンバー：化合物－トリマー複合体比でこの測定を繰り返すことによって見積もることができる。非限定的な例として、化合物のＴＮＦスーパーファミリーのトリマーへの結合は、約１０７Ｍ－１ｓ－１の速い「結合」速度と共に、遅い「解離」速度、例えば、１０－３ｓ－１、１０－４ｓ－１の値、又は測定可能な「解離」速度がないことを特徴とすることができる。
【0024】
本明細書で使用する場合、記号「ｋｏｎ－ｒ」は、化合物－トリマー複合体がＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する速度（「結合」速度）を示す。本明細書で使用する場合、記号「ｋｏｆｆ－ｒ」は、化合物－トリマー複合体がＴＮＦスーパーファミリー受容体から解離する速度（「解離」速度）を示す。本明細書で使用する場合、記号「ＫＤ－ｒ」は、化合物－トリマー複合体の、スーパーファミリー受容体に対する結合親和性（解離定数）を示す。ＫＤ－ｒは、ｋｏｆｆ－ｒ／ｋｏｎ－ｒと定義される。
【0025】
試験化合物の存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバー（すなわち、化合物－トリマー複合体の形態にある）の、その受容体への結合に関するＫＤ－ｒ値は、試験化合物の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバーのその受容体への結合に関するＫＤ－ｒ値の、少なくとも約１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、１００分の１でもよい。化合物－トリマー複合体の、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーへの結合に関するＫＤ－ｒ値を、試験化合物の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーのトリマーの、ＴＮＦスーパーファミリー受容体への結合のＫＤ－ｒ値の、少なくとも約１．５分の１、又は少なくとも約３分の１、又は少なくとも４分の１に減少させることができる、すなわち、化合物－トリマー複合体の、ＴＮＦスーパーファミリー受容体に対する結合親和性を、試験化合物の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのＴＮＦスーパーファミリー受容体に対する結合親和性と比較して少なくとも約１．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約４倍増加させることができる。
【0026】
本明細書に記載の化合物は、化合物の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバーのその受容体に対する結合親和性と比較して、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのその受容体に対する結合親和性を約２倍、３倍、４倍、５倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍以上増加させることができる。
【0027】
結合親和性を、結合親和性（ＫＤ－ｒ）単位として与えることができ、μＭ、ｎＭ又はｐＭなどの任意の適切な単位で与えることができる。ＫＤ－ｒ値が小さいほど、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのその受容体に対する結合親和性が大きい。
【0028】
化合物の存在下でのその受容体への結合に関するＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＫＤ－ｒ値は、試験化合物の非存在下でのその受容体への結合に関するＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＫＤ－ｒ値の、少なくとも約１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、１００分の１でもよい。
【0029】
ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合するＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのみのＫＤ－ｒ値と比較した、ＴＮＦスーパーファミリー受容体への結合に関する化合物－トリマー複合体のＫＤ－ｒ値の減少は、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのみと比較したＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の結合速度（ｋｏｎ－ｒ）の増加、及び／又はＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのみと比較した解離速度（ｋｏｆｆ－ｒ）の減少の結果生じてもよい。ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の結合速度（ｋｏｎ－ｒ）は、一般的には、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのみと比較して増加する。ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の解離速度（ｋｏｆｆ－ｒ）は、一般的には、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのみと比較して減少する。最も好適には、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのみと比較して、ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の結合速度（ｋｏｎ－ｒ）は増加し、ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の解離速度（ｋｏｆｆ－ｒ）は減少する。化合物－トリマー複合体の、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体に対するｋｏｎ－ｒ値は、化合物の非存在下でその受容体に結合するＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのｋｏｎ－ｒ値と比較して少なくとも約１．５倍若しくは少なくとも約２倍、若しくは少なくとも約３倍増加してもよく、及び／又は化合物－トリマー複合体の、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体に対するｋｏｆｆ－ｒ値は、化合物の非存在下でその受容体に結合するＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのｋｏｆｆ－ｒ値と比較して少なくとも約１．２分の１、少なくとも約１．６分の１、少なくとも約２分の１、より好適には少なくとも約２．４分の１に減少してもよい。
【0030】
ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーに結合する化合物の結合速度（ｋｏｎ－ｃ）は、典型的には、ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の結合速度（ｋｏｎ－ｒ）よりも速い。ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の解離速度（ｋｏｆｆ－ｒ）も、典型的には、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーに結合する化合物の解離速度（ｋｏｆｆ－ｃ）よりも速い。本発明の実施形態では、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーに結合する化合物の結合速度（ｋｏｎ－ｃ）は、ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の結合速度（ｋｏｎ－ｒ）よりも速く、ＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合する化合物－トリマー複合体の解離速度（ｋｏｆｆ－ｒ）は、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーに結合する化合物の解離速度（ｋｏｆｆ－ｃ）よりも速い。ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーへの結合に関する化合物のＫＤ－ｃ値は、一般的には、ＴＮＦスーパーファミリー受容体への結合に関する化合物－トリマー複合体のＫＤ－ｒ値よりも低い、すなわち、化合物は、化合物－トリマー複合体が受容体に対して有するよりも高いトリマーに対する親和性を有する。
【0031】
必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体に対する化合物－トリマー複合体とＴＮＦスーパーファミリーのトリマーの両方のｋｏｎ－ｒ、ｋｏｆｆ－ｒ、及びＫＤ－ｒ値を、任意の適切な技術、例えば、表面プラズモン共鳴、質量分析及び等温熱量測定を使用して決定することができる。試験化合物の存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバーの、その受容体への結合に関するＫＤ－ｒ値は、１μＭ、１００ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、１ｎＭ、１００ｐＭ、１０ｐＭ以下（約１ｐＭのより低い値に向かって下がる）であってもよい。試験化合物の存在下での（すなわち、化合物－トリマー複合体中での）ＴＮＦスーパーファミリーメンバーの、その受容体への結合に関するＫＤ－ｒ値は、１ｎＭ以下であってもよい。化合物－トリマー複合体の、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体への結合に関するＫＤ－ｒ値は、６００ｐＭ未満、５００ｐＭ未満、４００ｐＭ未満、３００ｐＭ未満、２００ｐＭ未満、１００ｐＭ未満又は５０ｐＭ未満（再度、約１ｐＭのより低い値に向かって下がる）であってもよい。化合物－トリマー複合体の、必要なＴＮＦスーパーファミリー受容体への結合に関するＫＤ－ｒ値は、約２００ｐＭ未満（約１ｐＭまで）であってもよい。
【0032】
ＴＮＦスーパーファミリーメンバー及び化合物の試料中でのトリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＫＤ－ｒを決定すること；試料中でのトリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＫＤ－ｒを対照試料と比較すること；並びに化合物を選択することを含むアッセイによって、化合物を同定することができる。対照は、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのその受容体への結合親和性を増加させることが既知である陽性対照であってもよい。ここで、試験化合物は、陽性対照と同じ、又は陽性対照より低い（より良い）ＫＤ－ｒを有していてもよい。
【0033】
化合物は、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーを安定化する。試験化合物が、試験化合物の非存在下でＴＮＦスーパーファミリーメンバー及び不安定化剤を含有する試料について観察されるトリマーの量と比較してトリマーの割合を増加させる場合、安定化が起こると考えられる。試験化合物は、試験化合物の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバー及び不安定化剤を含有する試料中に存在するトリマーの量と比較して、トリマーの量を約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％以上増加させてもよい。
【0034】
試験化合物はまた、不安定化剤と試験化合物の両方の非存在下でＴＮＦスーパーファミリーメンバーの試料について観察されるものと比較してトリマーの量を増加させてもよい。試験化合物は、不安定化剤と試験化合物の両方の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバーを含有する試料中に存在するトリマーの量と比較して、トリマーの量を約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％以上増加させてもよい。
【0035】
試験化合物は、試験化合物の非存在下でＴＮＦスーパーファミリーメンバーを含有する試料中でその受容体に結合したＴＮＦスーパーファミリーメンバーの量と比較して、その受容体に結合したＴＮＦスーパーファミリーメンバーの量を約１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、１００％、１５０％、２００％、３００％、４００％以上増加させてもよい。
【0036】
試験化合物は、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーの安定性を増強してもよい。トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーの増強された安定性は、試験化合物が、試験化合物の非存在下でＴＮＦスーパーファミリーメンバーと不安定化剤とを含有する試料について観察されるトリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＴｍと比較して、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーの温度遷移中点（Ｔｍ）を増加させる場合に起こると考えられる。トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーＴｍは、生物分子の５０％がアンフォールディングされる温度である。試験化合物の存在下及び／又は非存在下でのトリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＴｍを、当業界で公知の任意の適切な技術を使用して、例えば、示差走査熱量測定（ＤＳＣ）又は蛍光プローブ熱変性アッセイを使用して測定することができる。
【0037】
試験化合物は、試験化合物の非存在下でのＴＮＦスーパーファミリーメンバーを含有する試料中のトリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＴｍと比較して、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＴｍを少なくとも１℃、少なくとも２℃、少なくとも５℃、少なくとも１０℃、少なくとも１５℃、少なくとも２０℃以上増加させてもよい。試験化合物は、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのＴｍを、少なくとも１℃、少なくとも１０℃、１０℃～２０℃増加させてもよい。
【0038】
化合物は、化合物－トリマー複合体の形態にあるＴＮＦスーパーファミリーメンバーが受容体に結合する場合、ＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達を完全に又は部分的に阻害することができる。化合物は、ＴＮＦスーパーファミリー受容体を介するシグナル伝達を、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％又は１００％減少させるように作用することができる。或いは、化合物は、化合物－トリマー複合体の形態にあるＴＮＦスーパーファミリーメンバーが受容体に結合する場合、ＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達を増加させることができる。化合物は、ＴＮＦスーパーファミリー受容体を介するシグナル伝達を、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％又は２００％増加させるように作用することができる。シグナル伝達のレベルの任意の変化を、アルカリホスファターゼ若しくはルシフェラーゼによるリポーター遺伝子活性、Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ Ａｒｒａｙｓｃａｎなどの機械を使用するＮＦ－κＢ転座、下流エフェクターのリン酸化、シグナル伝達分子の動員、又は細胞死の測定を含む任意の適切な技術によって測定してもよいが、それだけに限定されない。
【0039】
化合物は、化合物－トリマー複合体の形態にあるＴＮＦスーパーファミリーメンバーが受容体に結合する場合、ＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達の下流の効果の少なくとも１つを調節することができる。そのような効果は、本明細書で考察され、ＴＮＦスーパーファミリー誘導性ＩＬ－８、ＩＬ１７Ａ／Ｆ、ＩＬ２及びＶＣＡＭ産生、ＴＮＦスーパーファミリー誘導性ＮＦ－κＢ活性化及び好中球動員を含む。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーの下流の効果を測定するための標準的な技術が当業界で公知である。化合物は、ＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達の下流の効果の少なくとも１、２、３、４、５、１０又は最大で全部を調節することができる。
【0040】
化合物の活性を、ＩＣ５０又は半数最大効果濃度（ＥＣ５０）値などの標準的な用語を使用して定量することができる。ＩＣ５０値は、特定の生物学的又は生化学的機能の５０％の阻害にとって必要とされる化合物の濃度である。ＥＣ５０値は、その最大効果の５０％にとって必要とされる化合物の濃度である。化合物は、５００ｎＭ、４００ｎＭ、３００ｎＭ、２００ｎＭ、１００ｎＭ、９０ｎＭ、８０ｎＭ、７０ｎＭ、６０ｎＭ、５０ｎＭ、４０ｎＭ、３０ｎＭ、２０ｎＭ、１０ｎＭ、５ｎＭ、１ｎＭ、１００ｐＭ以下のＩＣ５０又はＥＣ５０値を有してもよい（約１０ｐＭ又は１ｐＭのより低い値に向かって下がる）。ＩＣ５０及びＥＣ５０値を、任意の適切な技術を使用して測定することができ、例えば、サイトカイン産生を、ＥＬＩＳＡを使用して定量することができる。次いで、ＩＣ５０及びＥＣ５０値を、シグモイド型用量応答モデルとしても公知の標準的な４パラメータロジスティックモデルを使用して生成することができる。
【0041】
上記のように、ＴＮＦに結合し、シグナル伝達を調節することができる化合物の例は、式（１）～（７）の化合物である。
【0042】
モジュレータ－ＴＮＦスーパーファミリーメンバー複合体
本発明の実施形態では、本明細書に記載の化合物の、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーへの結合が、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのコンフォメーション変化をもたらすことを同定した。さらなる実施形態では、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマーは、本明細書に開示される化合物が結合した場合、変形した、又は歪んだコンフォメーションを取る。
本発明の実施形態では、本明細書に記載の化合物の、トリマー形態のＴＮＦスーパーファミリーメンバーへの結合が、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーのコンフォメーション変化をもたらすことを同定した。さらなる実施形態では、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマーは、本明細書に開示される化合物が結合した場合、変形した、又は歪んだコンフォメーションを取る。
【0043】
例えば、化合物（１）～（７）がヒトＴＮＦαの可溶性ドメインに結合する場合、ＴＮＦはそのトリマー構造を保持するが、Ａ及びＣサブユニットは互いに遠ざかり、Ｃは回転して、これらのサブユニット間に裂け目を生成する。
【0044】
理論によって束縛されるものではないが、化合物の非存在下では、トリマーＴＮＦαを含むトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーは、３つの別々のダイマーＴＮＦスーパーファミリーメンバー受容体に結合することができると考えられる。それぞれのダイマーＴＮＦスーパーファミリーメンバー受容体は、２つの別々のＴＮＦスーパーファミリーのトリマーに結合することができる。この結果、複数のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマー及びＴＮＦスーパーファミリーメンバー受容体ダイマーが凝集し、下流のシグナル伝達を開始するシグナル伝達ラフトを作出する。
【0045】
トリマーＴＮＦαが化合物に結合する場合、得られる複合体のコンフォメーションは変形する。したがって、理論によって束縛されるものではないが、本明細書に開示される化合物の存在下では、トリマーＴＮＦαを含むトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーのみが、２つの別々のダイマーＴＮＦスーパーファミリーメンバー受容体に結合することができると考えられる。３つよりもむしろ、２つのみの別々のダイマーＴＮＦスーパーファミリーメンバー受容体がトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合するという事実は、複数のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマー及びＴＮＦスーパーファミリーメンバー受容体ダイマーの凝集を減少させるか、又は阻害する。これは、シグナル伝達ラフトの形成を減少させるか、又は阻害し、したがって、下流のシグナル伝達を減少させるか、又は阻害する。
【0046】
本発明の抗体を使用して、本明細書に開示される化合物の結合の結果として、歪曲したコンフォメーションを有するＴＮＦαを検出することができる。典型的には、歪曲した、又は変形したコンフォメーションを有するＴＮＦαは、トリマーＴＮＦαである。しかしながら、本発明の抗体は、他の形態のＴＮＦαに結合することもできる。例えば、本発明の抗体は、ＴＮＦαモノマーに結合することができる。
【0047】
ＴＮＦαは、典型的には、トリマーＴＮＦαであり、トリマーＴＮＦαｓ（又は、トリマーＴＮＦαｓ）であってもよい。
【0048】
したがって、本発明は、ＴＮＦαトリマーと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要なＴＮＦα受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、少なくとも１ｎＭ（すなわち、１ｎＭ以下であり、約１ｐＭに向かって下がる）の親和性で本発明の抗体に結合する、上記複合体を提供する。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーは、典型的には、ＴＮＦαｓである。
【0049】
さらに、抗体は、一般的には、ＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合に関する、及び／又は化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合に関する親和性と比較して、少なくとも約１００分の１であり（親和性は少なくとも約１００倍改善される）、約２００分の１の親和性で複合体に結合する。
【0050】
本発明はさらに、ＴＮＦαトリマーに結合して、複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体は必要なＴＮＦα受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体は、１ｎＭ以下（約１ｐＭに向かって下がる）のＫＤ－ａｂで本発明の抗体に結合する、上記複合体を提供する。ＴＮＦαは、典型的には、ＴＮＦαｓである。
【0051】
抗体は、ＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合及び／又は化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合に関する親和性と比較して、少なくとも約１００分の１（親和性が少なくとも約１００倍改善される）、約２００分の１の親和性で複合体に結合することができる。
【0052】
化合物－トリマー複合体は、本発明の任意の抗体に結合することができる。
【0053】
本明細書に記載の化合物又は複合体を、病状の処置及び／又は予防において使用することができる。したがって、ヒト又は動物の身体に対して実行される治療方法における使用のための本発明の化合物又は複合体が提供される。本発明はまた、対象への本発明の化合物又は複合体の投与を含む治療方法も提供する。本発明の化合物又は複合体を、本明細書に記載の任意の治療指標及び／又は医薬組成物において使用することができる。
【0054】
抗体
本発明は、本明細書に開示される少なくとも１つの化合物と、ＴＮＦαトリマーとを含む少なくとも１つの化合物－トリマー複合体に選択的に結合する抗体を提供する。
本発明は、本明細書に開示される少なくとも１つの化合物と、ＴＮＦαトリマーとを含む少なくとも１つの化合物－トリマー複合体に選択的に結合する抗体を提供する。
【0055】
典型的には、本発明の抗体の、化合物－（トリマー）複合体への選択的結合は、ＴＮＦαの非存在下での抗体の化合物への結合、又は化合物の非存在下でのＴＮＦαへの結合又は他の（異なる）化合物－（トリマー）複合体への結合と比較して測定される。
【0056】
化合物は、化合物（１）～（７）（又はその塩若しくは溶媒和物）を含む、本明細書に記載の任意の化合物であってもよい。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーは、ＴＮＦαである。ＴＮＦαは、ヒトＴＮＦα、特に、可溶性ＴＮＦα（ＴＮＦαＳ）であってもよい。ＴＮＦαは、ヒトＴＮＦα、特に、可溶性ＴＮＦα（ＴＮＦαｓ）であってもよい。ＴＮＦαｓは、配列番号３５又は配列番号３６（配列番号３５からＮ末端の「Ｓ」を欠く）の配列を有してもよく、又はそのバリアントであってもよい。そのようなバリアントは、典型的には、配列番号３５又は配列番号３６に対する少なくとも約６０％、７０％、８０％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％又は９５％の同一性（又はさらには約９６％、９７％、９８％若しくは９９％の同一性）を保持する。換言すれば、そのようなバリアントは、配列番号３５若しくは配列番号３６に対する約６０％～約９９％の同一性、配列番号３５若しくは配列番号３６に対する約８０％～約９９％の同一性、配列番号３５若しくは配列番号３６に対する約９０％～約９９％の同一性、配列番号３５若しくは配列番号３６に対する約９５％～約９９％の同一性を保持してもよい。バリアントは、以下にさらに記載される。
【0057】
本発明の抗体は、他の形態のＴＮＦαに結合することもできる。例証するために、本出願の実施例は、ＣＡ１８５＿０１７９抗体がトリマーＴＮＦαに結合することを証明する。しかしながら、図１（化合物（１）の存在下でＴＮＦαモノマーに結合したＣＡ１８５＿０１７９抗体の結晶構造）に示されるように、抗体はモノマーＴＮＦαに結合するとも考えられる。理論によって束縛されるものではないが、化合物の存在下では、ＴＮＦの可溶性ドメインはそのトリマー構造を保持すると考えられる。しかしながら、Ａ及びＣサブユニットは互いに遠ざかり（及びＣサブユニットは回転する）、これらの２つのサブユニット間に裂け目を生成する。したがって、本発明の抗体は歪曲したトリマーに結合するが、トリマー構造がモノマーに押し開かれる場合、抗体は依然として結合することも可能である（「Ａ」及び「Ｃ」サブユニットのさらなる考察については、以下を参照されたい）。
【0058】
本明細書に記載される用語「抗体」は、全抗体及び任意の抗原結合断片（すなわち、「抗原結合部分」）又はその単鎖を含む。抗体は、ジスルフィド結合により相互接続された少なくとも２個の重（Ｈ）鎖と、２個の軽（Ｌ）鎖とを含む糖タンパク質、又はその抗原結合部分を指す。それぞれの重鎖は、重鎖可変領域（本明細書ではＨＣＶＲ又はＶＨと省略される）と、重鎖定常領域とを含む。それぞれの軽鎖は、軽鎖可変領域（本明細書ではＬＣＶＲ又はＶＬと省略される）と、軽鎖定常領域とを含む。重鎖及び軽鎖の可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含有する。ＶＨ及びＶＬ領域は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる、より保存された領域が散在する、相補性決定領域（ＣＤＲ）と呼ばれる超可変領域に細分される。
【0059】
抗体の定常領域は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）及び古典的補体系の第１成分（Ｃ１ｑ）の様々な細胞を含む、宿主組織又は因子への免疫グロブリンの結合を媒介することができる。
【0060】
本発明の抗体は、モノクローナル抗体又はポリクローナル抗体であってもよく、典型的には、モノクローナル抗体である。本発明の抗体は、キメラ抗体、ＣＤＲ移植抗体、ナノボディ、ヒト若しくはヒト化抗体又はそれらのいずれかの抗原結合部分であってもよい。モノクローナル抗体とポリクローナル抗体との両方の産生について、実験動物は、典型的にはヤギ、ウサギ、ラット又はマウスなどの非ヒト哺乳動物であるが、抗体を他の種において生じさせることもできる。
【0061】
ポリクローナル抗体を、目的の抗原を用いる、好適な動物の免疫化などの日常的な方法によって産生させることができる。次いで、血液を動物から取り出し、ＩｇＧ画分を精製することができる。
【0062】
本発明の化合物－トリマー複合体に対して生成された抗体を、動物の免疫化が必要である場合、周知且つ日常的なプロトコールを使用して、ポリペプチドを動物、例えば、非ヒト動物に投与することによって取得することができる。例えば、Handbook of Experimental Immunology, D. M. Weir (ed.), Vol 4, Blackwell Scientific Publishers, Oxford, England, 1986を参照されたい。ウサギ、マウス、ラット、ヒツジ、ウシ、ラクダ又はブタなどの多くの温血動物を免疫することができる。しかしながら、マウス、ウサギ、ブタ及びラットが一般的には最も好適である。
【0063】
モノクローナル抗体を、ハイブリドーマ技術（Kohler & Milstein, 1975, Nature, 256:495-497）、トリオーマ技術、ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術（Kozbor et al., 1983, Immunology Today, 4:72）及びＥＢＶ－ハイブリドーマ技術（Cole et al., Monoclonal Antibodies and Cancer Therapy, pp77-96, Alan R Liss, Inc., 1985）などの当業界で公知の任意の方法によって調製することができる。
【0064】
本発明の抗体を、例えば、Babcook, J. et al., 1996, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93(15): 7843-7848l；ＷＯ９２／０２５５１；ＷＯ２００４／０５１２６８及びＷＯ２００４／１０６３７７により記載された方法により、特異的抗体の産生のために選択された単一リンパ球から生成される免疫グロブリン可変領域ｃＤＮＡをクローニング及び発現させることによる単一リンパ球抗体法を使用して生成することもできる。
【0065】
本発明の抗体を、当業界で公知の様々なファージディスプレイ法を使用して生成することもでき、Brinkman et al. (J. Immunol. Methods, 1995, 182: 41-50)、Ames et al. (J. Immunol. Methods, 1995, 184:177-186)、Kettleborough et al. (Eur. J. Immunol. 1994, 24:952-958)、Persic et al. (Gene, 1997 187 9-18)、Burton et al. (Advances in Immunology, 1994, 57:191-280）及びＷＯ９０／０２８０９；ＷＯ９１／１０７３７；ＷＯ９２／０１０４７；ＷＯ９２／１８６１９；ＷＯ９３／１１２３６；ＷＯ９５／１５９８２；ＷＯ９５／２０４０１；及びＵＳ５，６９８，４２６；５，２２３，４０９；５，４０３，４８４；５，５８０，７１７；５，４２７，９０８；５，７５０，７５３；５，８２１，０４７；５，５７１，６９８；５，４２７，９０８；５，５１６，６３７；５，７８０，２２５；５，６５８，７２７；５，７３３，７４３及び５，９６９，１０８により開示されたものが挙げられる。
【0066】
完全ヒト抗体は、重鎖と軽鎖の両方の可変領域及び定常領域（存在する場合）が全てヒト起源のものであるか、又はヒト起源の配列と実質的に同一であるが、同じ抗体に由来する必要はない抗体である。完全ヒト抗体の例としては、例えば、上記のファージディスプレイ法により産生された抗体並びにマウス免疫グロブリン可変領域及び場合により、定常領域遺伝子が、例えば、ＥＰ０５４６０７３、米国特許第５，５４５，８０６号、米国特許第５，５６９，８２５号、米国特許第５，６２５，１２６号、米国特許第５，６３３，４２５号、米国特許第５，６６１，０１６号、米国特許第５，７７０，４２９号、ＥＰ０４３８４７４号及びＥＰ０４６３１５１に一般的な用語で記載されたそのヒト対応物によって置き換えられたマウスによって産生された抗体が挙げられる。
【0067】
或いは、本発明による抗体を、トリマーＴＮＦαと、本明細書に開示される化合物との化合物－トリマー複合体を含む免疫原で非ヒト哺乳動物を免疫すること；前記哺乳動物から抗体調製物を取得すること；前記複合体を選択的に認識するモノクローナル抗体を、それから誘導すること、並びに化合物の存在下でのみＴＮＦαに結合するモノクローナル抗体について、モノクローナル抗体の集団をスクリーニングすることを含む方法によって産生することができる。
【0068】
本発明の抗体分子は、完全長重鎖及び軽鎖を有する完全抗体分子又はその断片若しくは抗原結合部分を含んでもよい。抗体の用語「抗原結合部分」とは、抗原に選択的に結合する能力を保持する抗体の１又は複数の断片を指す。抗体の抗原結合機能を、完全長抗体の断片によって実行させることができることが示されている。抗体並びにその断片及び抗原結合部分は、限定されるものではないが、Ｆａｂ、改変型Ｆａｂ、Ｆａｂ’、改変型Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖ、単一ドメイン抗体（例えば、ＶＨ又はＶＬ又はＶＨＨ）、ｓｃＦｖ、二価、三価又は四価抗体、Ｂｉｓ－ｓｃＦｖ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディ並びに上記のいずれかのエピトープ結合断片であってもよい（例えば、Holliger and Hudson, 2005, Nature Biotech. 23(9):1126-1136；Adair and Lawson, 2005, Drug Design Reviews - Online 2(3), 209-217を参照されたい）。これらの抗体断片を作出及び製造するための方法は、当業界で周知である（例えば、Verma et al., 1998, Journal of Immunological Methods, 216, 165-181を参照されたい）。本発明における使用のための他の抗体断片としては、国際特許出願ＷＯ２００５／００３１６９、ＷＯ２００５／００３１７０及びＷＯ２００５／００３１７１に記載されたＦａｂ及びＦａｂ’断片並びに国際特許出願ＷＯ２００９／０４０５６２に記載されたＦａｂ－ｄＡｂ断片が挙げられる。多価抗体は、多特異性を含んでもよく、又は一特異的であってもよい（例えば、ＷＯ９２／２２８５３及びＷＯ０５／１１３６０５を参照されたい）。これらの抗体断片を、当業者には公知の従来の技術を使用して取得し、断片を、無傷抗体と同じ様式での使用のためにスクリーニングすることができる。
【0069】
存在する場合、本発明の抗体分子の定常領域ドメインを、抗体分子の提唱された機能、特に、必要とされるエフェクター機能を考慮して選択することができる。例えば、定常領域ドメインは、ヒトＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ又はＩｇＭドメインであってもよい。特に、抗体分子が治療的使用を意図され、抗体エフェクター機能が必要とされる場合、特に、ＩｇＧ１及びＩｇＧ３アイソタイプのヒトＩｇＧ定常領域ドメインを使用することができる。或いは、抗体分子が治療目的を意図され、抗体エフェクター機能が必要とされない場合、ＩｇＧ２及びＩｇＧ４アイソタイプを使用することができる。
【0070】
（ａ）目的の免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニック若しくは導入染色体である動物（例えば、マウス）又はそれから調製されたハイブリドーマから単離された抗体、（ｂ）目的の抗体を発現するように形質転換された宿主細胞、例えば、トランスフェクトーマから単離された抗体、（ｃ）組換え、コンビナトリアル抗体ライブラリーから単離された抗体、並びに（ｄ）免疫グロブリン遺伝子配列の他のＤＮＡ配列へのスプライシングを含む任意の他の手段によって調製、発現、作出又は単離された抗体などの本発明の抗体を、組換え手段によって調製する、発現させる、作出する、又は単離することができる。
【0071】
本発明の抗体は、ヒト抗体又はヒト化抗体であってもよい。本明細書で使用される場合、用語「ヒト抗体」は、フレームワーク領域とＣＤＲ領域の両方がヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する抗体を含むことが意図される。さらに、抗体が定常領域を含有する場合、定常領域も、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列に由来する。本発明のヒト抗体は、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列によってコードされないアミノ酸残基（例えば、ｉｎ ｖｉｔｒｏでの無作為若しくは部位特異的突然変異誘発又はｉｎ ｖｉｖｏでの体細胞突然変異によって導入される突然変異）を含んでもよい。しかしながら、本明細書で使用される場合、用語「ヒト抗体」は、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上に移植された抗体を含むことは意図しない。
【0072】
そのようなヒト抗体は、ヒトモノクローナル抗体であってもよい。そのようなヒトモノクローナル抗体を、不死化細胞に融合されたヒト重鎖トランスジーン及び軽鎖トランスジーンを含むゲノムを有する、トランスジェニック非ヒト動物、例えば、トランスジェニックマウスから得られたＢ細胞を含むハイブリドーマによって産生させることができる。
【0073】
ヒト抗体を、ヒトリンパ球のｉｎ ｖｉｔｒｏでの免疫化、次いで、エプスタイン・バーウイルスによるリンパ球の形質転換によって調製することができる。
【0074】
用語「ヒト抗体誘導体」とは、任意の改変型のヒト抗体、例えば、抗体と別の薬剤又は抗体とのコンジュゲートを指す。
【0075】
用語「ヒト化抗体」は、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上に移植されたＣＤＲ移植抗体分子を指すように意図される。さらなるフレームワーク領域改変を、ヒトフレームワーク配列内で作製することができる。
【0076】
本明細書で使用される場合、用語「ＣＤＲ移植抗体分子」とは、重鎖及び／又は軽鎖が、アクセプター抗体（例えば、ヒト抗体）の重鎖及び／又は軽鎖可変領域フレームワーク中に移植されたドナー抗体（例えば、マウス又はラットモノクローナル抗体）に由来する１又は複数のＣＤＲ（必要に応じて、１又は複数の改変されたＣＤＲを含む）を含有する抗体分子を指す。概説については、Vaughan et al, Nature Biotechnology, 16, 535-539, 1998を参照されたい。一実施形態では、ＣＤＲ全体が導入されるよりもむしろ、本明細書の上記のＣＤＲのいずれか１つに由来する１又は複数の特異性決定残基のみがヒト抗体フレームワークに導入される（例えば、Kashmiri et al., 2005, Methods, 36, 25-34を参照されたい）。一実施形態では、本明細書の上記の１又は複数のＣＤＲに由来する特異性決定残基のみが、ヒト抗体フレームワークに導入される。別の実施形態では、本明細書の上記のそれぞれのＣＤＲに由来する特異性決定残基のみがヒト抗体フレームワークに導入される。
【0077】
ＣＤＲ又は特異性決定残基が移植される場合、任意の適切なアクセプター可変領域フレームワーク配列を、マウス、霊長類及びヒトフレームワーク領域を含む、ＣＤＲが由来するドナー抗体のクラス／タイプを考慮して使用することができる。好適には、本発明によるＣＤＲ移植抗体は、ヒトアクセプターフレームワーク領域並びに上記の１又は複数のＣＤＲ又は特異性決定残基を含む可変ドメインを有する。したがって、一実施形態では、可変ドメインがヒトアクセプターフレームワーク領域と非ヒトドナーＣＤＲとを含む中和ＣＤＲ移植抗体が提供される。
【0078】
本発明において使用することができるヒトフレームワークの例は、ＫＯＬ、ＮＥＷＭ、ＲＥＩ、ＥＵ、ＴＵＲ、ＴＥＩ、ＬＡＹ及びＰＯＭ（Kabat et al.、上掲）である。例えば、ＫＯＬ及びＮＥＷＭを重鎖のために使用し、ＲＥＩを軽鎖のために使用し、ＥＵ、ＬＡＹ及びＰＯＭを重鎖と軽鎖の両方のために使用することができる。或いは、ヒト生殖系列配列を使用してもよい；これらのものは、例えば、http://www.vbase2.org/で入手可能である（Retter et al, Nucl. Acids Res. (2005) 33 (supplement 1), D671-D674を参照されたい）。
【0079】
本発明のＣＤＲ移植抗体では、アクセプター重鎖及び軽鎖は、同じ抗体に由来する必要はなく、必要に応じて、異なる鎖に由来するフレームワーク領域を有する複合鎖を含んでもよい。
【0080】
また、本発明のＣＤＲ移植抗体では、フレームワーク領域は、アクセプター抗体のものと全く同じ配列を有する必要はない。例えば、非通常残基を、そのアクセプター鎖クラス又はタイプについてより頻繁に存在する残基に変化させてもよい。或いは、アクセプターフレームワーク領域中の選択された残基を、それらがドナー抗体中の同じ位置に見出される残基と一致するように変化させてもよい（Reichmann et al., 1998, Nature, 332, 323-324を参照されたい）。そのような変化は、ドナー抗体の親和性を回復させる最小限の必要性を保持するべきである。変化させる必要があり得るアクセプターフレームワーク領域中の残基を選択するためのプロトコールは、ＷＯ９１／０９９６７に記載されている。
【0081】
また、抗体が様々な翻訳後改変を受けてもよいことが当業者には理解されるであろう。これらの改変の型及び程度は、抗体を発現させるのに使用される宿主細胞系並びに培養条件に依存することが多い。そのような改変は、グリコシル化、メチオニン酸化、ジケトピペラジン形成、アスパラギン酸異性化及びアスパラギン脱アミド化の変化を含んでもよい。よくある改変は、カルボキシペプチダーゼの作用によるカルボキシ末端塩基性残基（リシン又はアルギニンなど）の喪失である（Harris, RJ. Journal of Chromatography 705:129-134, 1995に記載されている）。
【0082】
一実施形態では、抗体重鎖は、ＣＨ１ドメインを含み、抗体軽鎖はＣＬドメイン、カッパ又はラムダのいずれかを含む。
【0083】
抗体又は断片などの生物分子は、酸性及び／又は塩基性官能基を含有し、それにより、分子に正味の正電荷又は負電荷を与える。全体の「観察される」電荷の量は、実体の絶対アミノ酸配列、３Ｄ構造における荷電した基の部分環境及び分子の環境条件に依存するであろう。等電点（ｐＩ）は、特定の分子又は表面が正味の電荷を担持しないｐＨである。一実施形態では、本開示による抗体又は断片は、少なくとも７の等電点（ｐＩ）を有する。一実施形態では、抗体又は断片は、少なくとも８、例えば、８．５、８．６、８．７、８．８又は９の等電点を有する。一実施形態では、抗体のｐＩは８である。＊＊ＥｘＰＡＳＹ http://www.expasy.ch/tools/pi_tool.html_（Walker, The Proteomics Protocols Handbook, Humana Press (2005), 571-607を参照されたい）のようなプログラムを使用して、抗体又は断片の等電点を予測することができる。
【0084】
本明細書に開示されるエピトープに結合する抗体は、配列番号４～６（それぞれ、ＨＣＤＲ１／ＨＣＤＲ２／ＨＣＤＲ３）の少なくとも１つ、少なくとも２つ、又は３つ全部の重鎖ＣＤＲ配列を含んでもよい。これらのものは、実施例のＣＡ１８５＿０１９７４抗体のＨＣＤＲ１／ＨＣＤＲ２／ＨＣＤＲ３配列である。場合によって、抗体は、配列番号４～６のＣＤＲを含まない（つまり、抗体は、配列番号４～６のいずれか１つ又は全てのＣＤＲを含まない）。
【0085】
さらに、そのような抗体は、配列番号１～３（それぞれ、ＬＣＤＲ１／ＬＣＤＲ２／ＬＣＤＲ３）の少なくとも１つ、少なくとも２つ又は３つ全部の軽鎖ＣＤＲ配列を含んでもよい。これらのものは、実施例のＣＡ１８５＿０１９７４抗体のＬＣＤＲ１／ＬＣＤＲ２／ＬＣＤＲ３配列である。場合によって、抗体は、配列番号１～３のＣＤＲを含まない（つまり、抗体は、配列番号１～３のいずれか１つ又は全てのＣＤＲを含まない）。
【0086】
抗体は、配列番号６の少なくとも１つのＨＣＤＲ３配列を含む。一実施形態では、抗体は、配列番号４～６から選択される少なくとも１つの重鎖ＣＤＲ配列と、配列番号１～３から選択される少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲ配列とを含む。抗体は、配列番号４～６から選択される少なくとも２つの重鎖ＣＤＲ配列と、配列番号１～３から選択される少なくとも２つの軽鎖ＣＤＲ配列とを含んでもよい。抗体は、配列番号４～６の３つ全部の重鎖ＣＤＲ配列（それぞれ、ＨＣＤＲ１／ＨＣＤＲ２／ＨＣＤＲ３）と、配列番号１～３の３つ全部の軽鎖ＣＤＲ配列（それぞれ、ＬＣＤＲ１／ＬＣＤＲ２／ＬＣＤＲ３）とを含む。抗体は、キメラ、ヒト又はヒト化抗体であってもよい。場合によって、抗体は、配列番号１～６のいずれか１つ又は全てのＣＤＲを含まない。
【0087】
抗体はまた、配列番号１９～２１の少なくとも１つ、少なくとも２つ又は３つ全部の重鎖ＣＤＲ配列（それぞれ、ＨＣＤＲ１／ＨＣＤＲ２／ＨＣＤＲ３）を含んでもよい。これらのものは、実施例のＣＡ１８５＿０１９７９抗体のＨＣＤＲ１／ＨＣＤＲ２／ＨＣＤＲ３配列である。場合によって、抗体は、配列番号１９～２１のＣＤＲを含まない（つまり、配列番号１９～２１のいずれか１つ又は全てのＣＤＲを含まない）。
【0088】
抗体は、配列番号２１のＨＣＤＲ３配列を含む。
【0089】
抗体はまた、配列番号１、１７、１８の少なくとも１つ、少なくとも２つ又は３つ全部の軽鎖ＣＤＲ配列（それぞれ、ＬＣＤＲ１／ＬＣＤＲ２／ＬＣＤＲ３）を含んでもよい。これらのものは、実施例のＣＡ１８５＿０１９７９抗体のＬＣＤＲ１／ＬＣＤＲ２／ＬＣＤＲ３配列である。場合によって、抗体は、配列番号１、１７又は１８のＣＤＲを含まない（つまり、配列番号１、１７又は１８のいずれか１つ又は全てのＣＤＲを含まない）。
【0090】
本発明の一実施形態では、抗体は、配列番号１９～２１から選択される少なくとも１つの重鎖ＣＤＲと、配列番号１、１７、１８から選択される少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲ配列とを含む。抗体は、配列番号１９～２１から選択される少なくとも２つの重鎖ＣＤＲ配列と、配列番号１、１７、１８から選択される少なくとも２つの軽鎖ＣＤＲ配列とを含んでもよい。抗体は、配列番号１９～２１（それぞれ、ＨＣＤＲ１／ＨＣＤＲ２／ＨＣＤＲ３）の３つ全部の重鎖ＣＤＲ配列と、配列番号１、１７、１８（それぞれ、ＬＣＤＲ１／ＬＣＤＲ２／ＬＣＤＲ３）の３つ全部の軽鎖ＣＤＲ配列とを含んでもよい。抗体は、キメラ、ヒト又はヒト化抗体であってもよい。場合によって、抗体は、配列番号１、１７、１８、１９、２０又は２１のいずれか１つ又は全てのＣＤＲを含まない。
【0091】
抗体は、ＣＡ１８５＿０１９７４抗体とＣＡ１８５＿０１９７９抗体のＣＤＲ配列の任意の組合せを含んでもよい。特に、抗体は、配列番号４～６及び１９～２１から選択される少なくとも１つのＨＣＤＲ配列並びに／又は配列番号１～３、１７及び１８から選択される少なくとも１つのＬＣＤＲ配列を含んでもよい。
【0092】
抗体は、
－ 配列番号４及び１９から選択されるＨＣＤＲ１；並びに／又は
－ 配列番号５及び２０から選択されるＨＣＤＲ２；並びに／又は
－ 配列番号６及び２１から選択されるＨＣＤＲ３；並びに／又は
－ 配列番号１のＬＣＤＲ１；並びに／又は
－ 配列番号２及び１７から選択されるＬＣＤＲ２；並びに／又は
－ 配列番号３及び１８から選択されるＬＣＤＲ３
を含んでもよい。
－ 配列番号４及び１９から選択されるＨＣＤＲ１；並びに／又は
－ 配列番号５及び２０から選択されるＨＣＤＲ２；並びに／又は
－ 配列番号６及び２１から選択されるＨＣＤＲ３；並びに／又は
－ 配列番号１のＬＣＤＲ１；並びに／又は
－ 配列番号２及び１７から選択されるＬＣＤＲ２；並びに／又は
－ 配列番号３及び１８から選択されるＬＣＤＲ３
を含んでもよい。
【0093】
場合によって、抗体は、以下の配列：配列番号１～６及び１７～２１のいずれか１つのＣＤＲを含まない。
【0094】
抗体は、配列番号８の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）配列（ＣＡ１８５＿０１９７４のＨＣＶＲ）を含んでもよい。抗体は、配列番号７の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）配列（ＣＡ１８５＿０１９７４のＬＣＶＲ）を含んでもよい。抗体は、好適には、配列番号８の重鎖可変領域配列と、配列番号７の軽鎖可変領域配列とを含む。
【0095】
場合によって、抗体は、配列番号８のＨＣＶＲ及び／又は配列番号７のＬＣＶＲを含まない。
【0096】
抗体はまた、配列番号２３の重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）配列（ＣＡ１８５＿０１９７９のＨＣＶＲ）を含んでもよい。抗体は、配列番号２２の軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）配列（ＣＡ１８５＿０１９７９のＬＣＶＲ）を含んでもよい。抗体は、好適には、配列番号２３の重鎖可変領域配列と、配列番号２２の軽鎖可変領域配列とを含む。場合によって、抗体は、配列番号２３のＨＣＶＲ及び／又は配列番号２２のＬＣＶＲを含まない。
【0097】
抗体は、ＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５＿０１９７９抗体に由来する重鎖及び軽鎖可変領域の組合せを含んでもよい。換言すれば、抗体は、配列番号８若しくは２３の重鎖可変領域及び／又は配列番号７若しくは２２の軽鎖可変領域を含んでもよい。
【0098】
場合によって、抗体は、配列番号８若しくは２３の重鎖可変部及び／又は配列番号７若しくは２２の軽鎖可変部を含まない。
【0099】
抗体は、配列番号１２（ＣＡ１８５＿０１９７４ ｍＩｇＧ１）又は配列番号１３（ＣＡ１８５＿０１９７４ ｍＦａｂ（ヒンジなし））の重鎖（Ｈ鎖）配列を含んでもよい。抗体は、配列番号１１（ＣＡ１８５＿０１９７４ カッパ軽鎖）の軽鎖（Ｌ鎖）配列を含んでもよい。抗体は、配列番号１２／１３の重鎖配列と、配列番号１１の軽鎖配列とを含んでもよい。抗体は、キメラ、ヒト又はヒト化抗体であってもよい。場合によって、抗体は、これらの配列の重鎖及び／又は軽鎖を含まない。
【0100】
抗体は、配列番号２７（ＣＡ１８５＿０１９７９ ｍＩｇＧ１）又は配列番号２８（ＣＡ１８５＿０１９７９ ｍＦａｂ（ヒンジなし））の重鎖配列を含んでもよい。抗体は、配列番号２６（ＣＡ１８５＿０１９７９ カッパ軽鎖）の軽鎖配列を含んでもよい。抗体は、配列番号２７／２８の重鎖配列と、配列番号２６の軽鎖配列とを含む。抗体は、キメラ、ヒト又はヒト化抗体であってもよい。再度、ＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５＿０１９７９に由来する配列を組み合わせることができる。場合によって、抗体は、これらの配列の重鎖及び／又は軽鎖を含まない。
【0101】
或いは、抗体は、上記の特定の配列の１つのバリアントであるか、又はそれを含んでもよい。例えば、バリアントは、上記のアミノ酸配列のいずれかの置換、欠失又は付加バリアントであってもよい。
【0102】
バリアント抗体は、上記で考察された特定の配列に由来する１、２、３、４、５、最大１０、最大２０個以上（典型的には、最大５０個まで）のアミノ酸置換及び／又は欠失を含んでもよい。「欠失」バリアントは、個々のアミノ酸の欠失、２、３、４若しくは５個のアミノ酸などの少数のアミノ酸の欠失、又は特定のアミノ酸ドメイン若しくは他の特徴部の欠失などのより大きいアミノ酸領域の欠失を含んでもよい。「置換」バリアントは、典型的には、１又は複数のアミノ酸の、同じ数のアミノ酸による置き換えを含み、保存的アミノ酸置換を作製する。例えば、アミノ酸を、類似する特性を有する代替アミノ酸、例えば、別の塩基性アミノ酸、別の酸性アミノ酸、別の中性アミノ酸、別の荷電アミノ酸、別の親水性アミノ酸、別の疎水性アミノ酸、別の極性アミノ酸、別の芳香族アミノ酸又は別の脂肪族アミノ酸で置換してもよい。好適な置換を選択するために使用することができる２０種の主なアミノ酸のいくつかの特性は、以下の通りである。
【表1】
【0103】
「誘導体」又は「バリアント」は一般的に、天然アミノ酸の代わりに、配列中に出現するアミノ酸がその構造的類似体であるものを含む。抗体の機能が有意に有害に作用しないという条件で、配列中で使用されるアミノ酸を、誘導体化又は改変する、例えば、標識することもできる。
【0104】
上記の誘導体及びバリアントを、抗体の合成中に、又は産生後改変により、又は抗体が組換え形態にある場合、部位特異的突然変異誘発、無作為突然変異誘発、若しくは酵素的切断及び／若しくは核酸のライゲーションの公知の技術を使用して調製することができる。
【0105】
バリアント抗体は、本明細書に開示されるアミノ酸配列に対する約６０％を超える、又は約７０％を超える、例えば、７５又は８０％、約８５％を超える、例えば、約９０又は９５％を超えるアミノ酸同一性を有するアミノ酸配列を有してもよい（特に、ＨＣＶＲ／ＬＣＶＲ配列並びにＨ及びＬ鎖配列）。さらに、抗体は、これらの配列について開示された正確なＣＤＲを保持しながら、本明細書に開示されるＨＣＶＲ／ＬＣＶＲ配列並びにＨ及びＬ鎖配列に対する約６０％を超える、又は約７０％を超える、例えば、７５又は８０％、約８５％を超える、例えば、約９０又は９５％を超えるアミノ酸同一性を有するバリアントであってもよい。バリアントは、本明細書に開示されるＨＣＶＲ／ＬＣＶＲ配列並びにＨ及びＬ鎖配列に対する少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の同一性を保持してもよい（いくつかの環境では、正確なＣＤＲを保持しながら）。場合によって、抗体は、本明細書に記載の配列のいずれかに対する６０、７０、７５、８０、８５、９０又は９５％を超える同一性を有するバリアントではない（つまり、抗体は、本明細書に記載のＨＣＶＲ及び／若しくはＬＶＣＲ配列又はＨ鎖及び／若しくはＬ鎖配列に対する６０、７０、７５、８０、８５、９０又は９５％の同一性を有していない）。
【0106】
バリアントは、約６０％～約９９％の同一性、約８０％～約９９％の同一性、約９０％～約９９％の同一性又は９５％～約９９％の同一性を保持する。このレベルのアミノ酸同一性は、関連する配列番号の配列の全長にわたって、又は完全長ポリペプチドのサイズに応じて、約２０、３０、５０、７５、１００、１５０、２００個以上のアミノ酸にわたるなど、配列の一部にわたって見ることができる。
【0107】
アミノ酸配列に関連して、「配列同一性」とは、ＣｌｕｓｔａｌＷ（Thompson et al., 1994、上掲）を使用して評価した場合、以下のパラメータに関する開始値を有する配列を指す。
【0108】
ペアワイズアラインメントパラメータ－方法：正確、マトリックス：ＰＡＭ、Ｇａｐオープンペナルティ：１０．００、Ｇａｐ伸長ペナルティ：０．１０。
【0109】
複数アラインメントパラメータ－マトリックス：ＰＡＭ、Ｇａｐオープンペナルティ：１０．００、遅延に関する％同一性：３０、末端ギャップペナルティ：オン、Ｇａｐ分離距離：０、ネガティブマトリックス：なし、Ｇａｐ伸長ペナルティ：０．２０、残基特異的ギャップペナルティ：オン、親水性ギャップペナルティ：オン、親水性残基：ＧＰＳＮＤＱＥＫＲ。特定の残基での配列同一性は、単に誘導体化された同一の残基を含むことが意図される。
【0110】
したがって、特定の配列を有する抗体及びこれらの鎖の機能又は活性を維持するバリアントが提供される。
【0111】
本発明はまた、本発明の抗体分子の重鎖及び／又は軽鎖可変領域（単数又は複数）をコードする単離されたＤＮＡ配列も提供する。
【0112】
配列番号１０の単離されたＤＮＡ配列は、配列番号８の重鎖可変領域をコードする。配列番号９の単離されたＤＮＡ配列は、配列番号７の軽鎖可変領域をコードする。
【0113】
配列番号２５の単離されたＤＮＡ配列は、配列番号２３の重鎖可変領域をコードする。配列番号２４の単離されたＤＮＡ配列は、配列番号２２の軽鎖可変領域をコードする。
【0114】
本発明はまた、本発明の任意の抗体分子の重鎖及び／又は軽鎖（単数又は複数）をコードする単離されたＤＮＡ配列も提供する。好適には、ＤＮＡ配列は、本発明の抗体分子の重鎖又は軽鎖をコードする。
【0115】
配列番号１５又は１６の単離されたＤＮＡ配列は、それぞれ、配列番号１２及び配列番号１３の重鎖をコードする。配列番号１４の単離されたＤＮＡ配列は、配列番号１１の軽鎖をコードする。
【0116】
配列番号３０又は３１の単離されたＤＮＡ配列は、それぞれ、配列番号２７及び配列番号２８の重鎖をコードする。配列番号２９の単離されたＤＮＡ配列は、配列番号２６の軽鎖をコードする。
【0117】
好適なポリヌクレオチド配列は、或いは、これらの特定のポリヌクレオチド配列の１つのバリアントであってもよい。例えば、バリアントは、上記の核酸配列のいずれかの置換、欠失又は付加バリアントであってもよい。バリアントポリヌクレオチドは、配列表に与えられる配列に由来する１、２、３、４、５、最大１０、最大２０、最大３０、最大４０、最大５０、最大７５個以上までの核酸置換及び／又は欠失を含んでもよい。一般的には、バリアントは、１～２０、１～５０、１～７５又は１～１００個の置換及び／又は欠失を有する。
【0118】
好適なバリアントは、本明細書に開示される核酸配列のいずれか１つのポリヌクレオチドと少なくとも約７０％相同であってもよく、典型的には、それと少なくとも約８０又は９０％、少なくとも約９５％、９７％又は９９％相同であってもよい。バリアントは、少なくとも約９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の同一性を保持してもよい。バリアントは、約６０％～約９９％の同一性、約８０％～約９９％の同一性、約９０％～約９９％の同一性又は約９５％～約９９％の同一性を保持する。これらのレベルでの相同性及び同一性は、一般的には、少なくともポリヌクレオチドのコード領域に関して存在する。相同性を測定する方法は当業界で周知であり、当業者であれば、本発明の文脈で、相同性が核酸同一性に基づいて算出されることを理解できる。そのような相同性は、少なくとも約１５、少なくとも約３０、例えば、少なくとも約４０、６０、１００、２００個以上の連続するヌクレオチド（長さに応じて）の領域にわたって存在してもよい。そのような相同性は、非改変ポリヌクレオチド配列の全長にわたって存在してもよい。
【0119】
ポリヌクレオチドの相同性又は同一性を測定する方法は、当業界で公知である。例えば、ＵＷＧＣＧ Ｐａｃｋａｇｅは、相同性を算出するために使用することができるＢＥＳＴＦＩＴプログラム（例えば、そのデフォルト設定で使用される）を提供する（Devereux et al (1984) Nucleic Acids Research 12, p387-395）。
【0120】
例えば、Altschul S.F. (1993) J Mol Evol 36:290-300；Altschul, S, F et al (1990) J Mol Biol 215:403-10に記載されたように、ＰＩＬＥＵＰ及びＢＬＡＳＴアルゴリズムを使用して、相同性を算出するか、又は配列を並べることもできる（典型的には、そのデフォルト設定で）。
【0121】
ＢＬＡＳＴ分析を実行するためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｒｅ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）を介して公共的に利用可能である。このアルゴリズムは、データベース配列中の同じ長さのワードと整列させた場合、いくつかの正の値の閾値スコアＴと一致するか、又はそれを満たす問合せ配列中の短いワード長Ｗを同定することにより、高スコアリング配列対（ＨＳＰ）を最初に同定することを含む。Ｔは、近隣ワードスコア閾値と呼ばれる（Altschul et al, 上掲）。これらの初期近隣ワードヒットは、それらを含有するＨＳＰを発見するための検索を開始するためのシードとして作用する。ワードヒットは、累積アラインメントスコアを増大させることができる限り、それぞれの配列に沿って両方向に伸長される。それぞれの方向におけるワードヒットに関する伸長は、累積アラインメントスコアが、１若しくは複数の負のスコアの残基アラインメントの蓄積のため、ゼロ以下に行く場合；又はいずれかの配列の末端に達する場合、停止される。ＢＬＡＳＴアルゴリズムパラメータＷ、Ｔ及びＸは、アラインメントの感度及び速度を決定する。ＢＬＡＳＴプログラムは、デフォルトとして、１１のワード長（Ｗ）、５０のＢＬＯＳＵＭ６２スコアリングマトリックス（Henikoff and Henikoff (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89:10915-10919を参照されたい）アラインメント（Ｂ）、１０の期待値（Ｅ）、Ｍ＝５、Ｎ＝４、及び両鎖の比較を使用する。
【0122】
ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、２つの配列間の類似性の統計分析を実行する；例えば、Karlin and Altschul (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:5873-5787を参照されたい。ＢＬＡＳＴアルゴリズムにより提供される類似性の１つの尺度は、２つのヌクレオチド又はアミノ酸配列間の一致が偶然存在する確率の指標を提供する、最小合計確率（Ｐ（Ｎ））である。例えば、第１の配列と第２の配列との比較における最小合計確率が約１未満、典型的には約０．１未満、好適には約０．０１未満、最も好適には約０．００１未満である場合、ある配列は別の配列と類似すると考えられる。例えば、最小合計確率は、約１～約０．００１、多くは約０．０１～約０．００１の範囲にあってよい。
【0123】
相同体は、約３、５、１０、１５、２０個未満又はそれ以上の突然変異（それぞれ、置換、欠失又は挿入であってもよい）によって関連するポリヌクレオチド中の配列と異なっていてもよい。例えば、相同体は、３～５０個の突然変異、多くは３～２０個の突然変異によって異なってもよい。これらの突然変異を、相同体の少なくとも３０個、例えば、少なくとも約４０、６０又は１００個以上の連続するヌクレオチドの領域にわたって測定することができる。
【0124】
一実施形態では、バリアント配列は、遺伝子コードにおける冗長性のため配列表に与えられる特定の配列によって異なってもよい。ＤＮＡコードは、４種の主要核酸残基（Ａ、Ｔ、Ｃ及びＧ）を有し、生物の遺伝子中でコードされるタンパク質のアミノ酸を表す３文字コドンを「綴る」ためにこれらのものを使用する。ＤＮＡ分子に沿ったコドンの線形配列は、これらの遺伝子によってコードされるタンパク質（単数又は複数）中のアミノ酸の線形配列に翻訳される。コードは高度に縮重性であり、６１個のコドンが２０個の天然アミノ酸をコードし、３個のコドンが「停止」シグナルを表す。したがって、多くのアミノ酸は、１より多いコドンによってコードされ、事実、いくつかは４個以上の異なるコドンによってコードされる。本発明のバリアントポリヌクレオチドは、したがって、本発明の別のポリヌクレオチドと同じポリペプチド配列をコードしてもよいが、同じアミノ酸をコードする異なるコドンの使用のため、異なる核酸配列を有してもよい。
【0125】
本発明のＤＮＡ配列は、例えば、化学的プロセッシング、ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡ又はその任意の組合せにより産生される合成ＤＮＡを含んでもよい。
【0126】
本発明の抗体分子をコードするＤＮＡ配列を、当業者には周知の方法によって取得することができる。例えば、抗体重鎖及び軽鎖の一部又は全部をコードするＤＮＡ配列を、必要に応じて、決定されたＤＮＡ配列から、又は対応するアミノ酸配列に基づいて合成することができる。
【0127】
ベクターを構築することができる一般的方法、トランスフェクション方法及び培養方法は、当業者には周知である。これに関して、「Current Protocols in Molecular Biology」, 1999, F. M. Ausubel (ed), Wiley Interscience, New York及びCold Spring Harbor Publishingにより製造されたManiatis Manualが参照される。
【0128】
また、本発明の抗体をコードする１又は複数のＤＮＡ配列を含む１又は複数のクローニング又は発現ベクターを含む宿主細胞も提供される。任意の好適な宿主細胞／ベクター系を、本発明の抗体分子をコードするＤＮＡ配列の発現のために使用することができる。細菌、例えば、大腸菌、及び他の微生物系を使用してもよく、又は真核生物、例えば、哺乳動物宿主細胞発現系を使用してもよい。好適な哺乳動物宿主細胞としては、ＣＨＯ、ミエローマ細胞又はハイブリドーマ細胞が挙げられる。
【0129】
本発明はまた、本発明の抗体分子をコードするＤＮＡからのタンパク質の発現をもたらすのに好適な条件下で本発明のベクターを含有する宿主細胞を培養すること、及び抗体分子を単離することを含む、本発明による抗体分子の産生のためのプロセスも提供する。
【0130】
本明細書に記載のスクリーニング方法を使用して、化合物－トリマー複合体に結合することができる好適な抗体を同定することができる。したがって、本明細書に記載のスクリーニング方法を実行して、目的の抗体を試験することができる。
【0131】
本発明の抗体を、例えば、標準的なＥＬＩＳＡ又はウェスタンブロッティングにより、化合物－トリマー複合体に対する結合について試験することができる。ＥＬＩＳＡアッセイを使用して、標的タンパク質との陽性反応性を示すハイブリドーマについてスクリーニングすることもできる。抗体の結合選択性を、例えば、フローサイトメトリーにより、抗体の、標的タンパク質を発現する細胞に対する結合をモニタリングすることによって決定することもできる。したがって、本発明のスクリーニング方法は、ＥＬＩＳＡ若しくはウェスタンブロットを実行することにより、又はフローサイトメトリーにより、化合物－トリマー複合体を結合することができる抗体を同定するステップを含んでもよい。
【0132】
本発明の抗体は、ＴＮＦαトリマー－化合物複合体、すなわち、化合物－トリマー複合体中のエピトープを選択的（又は特異的）に認識する。抗体、又は他の化合物は、それが選択的であるが、他のタンパク質には実質的に結合しない、又は低い親和性で結合するタンパク質に対して優先的に、又は高い親和性で結合する場合、タンパク質「に選択的に結合する」又は「を選択的に認識する」。標的である化合物－トリマー複合体に対する本発明の抗体の選択性を、抗体が上記で考察された他の関連する化合物－トリマー複合体に結合するかどうか、又はそれがそれらを識別するかどうかを決定することによってさらに試験することができる。
【0133】
抗体は、他のトリマー形態の１又は複数のＴＮＦスーパーファミリーメンバーを含む化合物－トリマー複合体を特異的（又は選択的）に結合してもよい。例えば、抗体は、ＴＮＦαを含む化合物－トリマー複合体、ＴＮＦβを含む化合物－トリマー複合体及びＣＤ４０Ｌを含む化合物－トリマー複合体に結合することができる。或いは、抗体は、ＴＮＦαのみを含む化合物－トリマー複合体に特異的（又は選択的）に結合するが、他の任意のＴＮＦスーパーファミリーメンバーを含む化合物－トリマー複合体には結合することができない。例えば、抗体は、ＴＮＦαを含む化合物－トリマー複合体に結合するが、ＴＮＦβを含む化合物－トリマー複合体又はＣＤ４０Ｌを含む化合物－トリマー複合体には結合することができない。抗体は、最大２つ、３つ、４つ又は最大で全部のＴＮＦスーパーファミリーメンバーを含む化合物－トリマー複合体に特異的（又は選択的）に結合することができる。
【0134】
特異的（又は選択的）とは、抗体が、ＴＮＦスーパーファミリーのトリマーの非存在下の試験化合物又は試験化合物の非存在下のＴＮＦスーパーファミリーメンバーのトリマーを含んでもよい、任意の他の分子に有意に交差反応することなく、目的の化合物－トリマー複合体に結合することと理解される。交差反応性を、本明細書に記載の任意の好適な方法によって評価することができる。化合物－トリマー複合体の抗体と、化合物－トリマー複合体以外の分子との交差反応性は、抗体が目的の化合物－トリマー複合体に結合する強さの少なくとも約５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％９５％又は１００％の強さで他の分子に結合する場合、有意と考えることができる。化合物－トリマー複合体に特異的（又は選択的）である抗体は、それが化合物－トリマー複合体に結合する強さの約９０％、８５％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％又は２０％未満の強さで別の分子に結合することができる。抗体は、それが化合物－トリマー複合体に結合する強さの約２０％未満、約１５％未満、約１０％未満又は約５％未満、約２％未満又は約１％未満の強さで他の分子に結合することができる。抗体は、（ｉ）化合物の非存在下のトリマー形態のＴＮＦα及び／又は（ｉｉ）ＴＮＦαトリマーの非存在下の化合物と比較して化合物－トリマー複合体に特異的（又は選択的）に結合する。
【0135】
抗体が化合物－トリマー複合体に結合する速度は、本明細書では「結合」速度ｋｏｎ－ａｂと呼ばれ、抗体が化合物－トリマー複合体から解離する速度は、本明細書では「解離」速度又はｋｏｆｆ－ａｂと呼ばれる。本明細書で使用される記号「ＫＤ－ａｂ」は、化合物－トリマー複合体に対する抗体の結合親和性（解離定数）を指す。ＫＤ－ａｂはｋｏｆｆ－ａｂ／ｋｏｎ－ａｂと定義される。抗体は、化合物－トリマー複合体の質量スペクトル分析及び抗体のピーク強度によって分で測定することができる遅い「結合」速度を有してもよい。抗体のＫＤ－ａｂ値を、異なる抗体：化合物－トリマー複合体比でこの測定を繰り返すことによって見積もることができる。
【0136】
化合物－トリマー複合体に対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値は、化合物の非存在下でのトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下での化合物に対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値の少なくとも約１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、１００分の１、２００分の１、３００分の１又は４００分の１でもよい。化合物－トリマー複合体に対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値は、試験化合物の非存在下でＴＮＦスーパーファミリー受容体に結合するＴＮＦスーパーファミリートリマーのＫＤ－ａｂ値の約１０分の１、約１００分の１、約２００分の１、又は約３００分の１に減少してもよい、すなわち、化合物－トリマー複合体に対する抗体の結合親和性は、典型的には、化合物の非存在下でのトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに対する抗体の結合親和性及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下での化合物に対する抗体の結合親和性と比較して少なくとも約１０倍、好適には少なくとも約１００倍、より好適には少なくとも約２００倍、最も好適には少なくとも約３００倍増加する。
【0137】
結合親和性を、結合親和性（ＫＤ－ａｂ）を単位として与えることができ、μＭ、ｎＭ又はｐＭなどの任意の適切な単位で与えることができる。ＫＤ－ａｂ値が小さいほど、化合物－トリマー複合体に対する抗体の結合親和性は大きい。
【0138】
化合物－トリマー複合体に対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値は、化合物の非存在下でのトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下での化合物に対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値の少なくとも約１．５分の１、２分の１、３分の１、４分の１、５分の１、１０分の１、２０分の１、３０分の１、４０分の１、５０分の１、６０分の１、７０分の１、８０分の１、９０分の１、１００分の１であるか、又はさらに低くてもよい。
【0139】
化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体のＫＤ－ａｂ値及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下での化合物に対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値と比較した化合物－トリマー複合体に対する結合に関する抗体のＫＤ－ａｂ値の減少は、化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下で化合物に結合する抗体と比較した、化合物－トリマー複合体に結合する抗体の結合速度（ｋｏｎ－ａｂ）の増加；並びに／又は化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下で化合物に結合する抗体と比較した解離速度（ｋｏｆｆ－ａｂ）の減少の結果生じてもよい。
【0140】
化合物－トリマー複合体に結合する抗体の結合速度（ｋｏｎ－ａｂ）は、化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下で化合物に結合する抗体の結合速度と比較して増加する。化合物－トリマー複合体に結合する抗体の解離速度（ｋｏｆｆ－ａｂ）は、化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下で化合物に結合する抗体の解離速度と比較して減少する。化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下で化合物に結合する抗体と比較して、化合物－トリマー複合体に結合する抗体の結合速度（ｋｏｎ－ａｂ）は増加し、化合物－トリマー複合体に結合する抗体の解離速度（ｋｏｆｆ－ａｂ）は減少する。
【0141】
化合物－トリマー複合体に結合する抗体のｋｏｎ－ａｂ値は、化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体及び／又はトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下で化合物に結合する抗体のｋｏｎ－ａｂ値と比較して少なくとも約１．５倍若しくは少なくとも２倍、少なくとも約３倍増加してもよく、並びに／又は化合物－トリマー複合体に結合する抗体のｋｏｆｆ－ａｂ値は、化合物の非存在下でトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーに結合する抗体及び／若しくはトリマーＴＮＦスーパーファミリーメンバーの非存在下で化合物に結合する抗体のｋｏｆｆ－ａｂ値と比較して、約２分の１、約１０分の１、約２０分の１、約３０分の１、約４０分の１、約５０分の１、約６０分の１、約７０分の１、約８０分の１、より好適には約９０分の１に減少してもよい。
【0142】
ｋｏｎ－ａｂ値、ｋｏｆｆ－ａｂ値、及びＫＤ－ａｂ値を、任意の適切な技術、例えば、表面プラズモン共鳴、質量分析及び等温熱量測定を使用して決定することができる。
【0143】
化合物－トリマー複合体に結合する抗体のＫＤ－ａｂ値は、１ｎＭ、９００ｐＭ、７００ｐＭ、５００ｐＭ、１００ｐＭ、１０ｐＭ以下（典型的には約１ｐＭまで下がる）であってもよい。本発明の抗体は、高い親和性で、例えば、ピコモル濃度範囲で本発明の化合物－トリマー複合体に結合する。化合物－トリマー複合体に結合する抗体のＫＤ－ａｂ値は、１ｎＭ以下、９００ｐＭ以下、７００ｐＭ以下、５００ｐＭ以下、４００ｐＭ以下、３００ｐＭ以下、２００ｐＭ以下、１００ｐＭ以下、９０ｐＭ以下、８０ｐＭ以下、７０ｐＭ以下、６０ｐＭ以下、５０ｐＭ以下、４０ｐＭ以下、３０ｐＭ以下、２０ｐＭ以下、１０ｐＭ以下（再度、約１ｐＭまで下がる）であってもよい。
【0144】
一度、好適な抗体が同定及び選択されたら、抗体のアミノ酸配列を、当業界で公知の方法によって同定することができる。抗体をコードする遺伝子を、縮重プライマーを使用してクローニングすることができる。抗体を、日常的な方法によって組換え的に産生させることができる。
【0145】
抗体は、ＴＮＦαへの結合について、Ｈ鎖／Ｌ鎖、ＨＣＶＲ／ＬＣＶＲ又はＣＤＲ配列に関して上記で定義されたものと同じエピトープと競合するか、又はそれに結合することができる。特に、抗体は、ＴＮＦαへの結合について、配列番号４／５／６／１／２／３又は配列番号１９／２０／２１／１／１７／１８のＨＣＤＲ１／ＨＣＤＲ２／ＨＣＤＲ３／ＬＣＤＲ１／ＬＣＤＲ２／ＬＣＤＲ３配列組合せを含む抗体と同じエピトープと競合するか、又はそれに結合することができる。抗体は、ＴＮＦαへの結合について、配列番号８／７又は配列番号２３／２２のＨＣＶＲ及びＬＣＶＲ配列対を含む抗体と同じエピトープと競合するか、又はそれに結合することができる。
【0146】
用語「エピトープ」は、抗体により結合される抗原の領域である。エピトープを、構造的又は機能的と定義することができる。機能的エピトープは、一般的には、構造的エピトープのサブセットであり、相互作用の親和性に直接寄与する残基を有する。エピトープはまた、立体的であってもよい、すなわち、非線状アミノ酸から構成されていてもよい。ある特定の実施形態では、エピトープは、アミノ酸、糖側鎖、ホスホリル基、又はスルホニル基などの分子の化学的に活性な表面基である決定基を含んでもよく、ある特定の実施形態では、特異的な三次元構造特性、及び／又は特異的電荷特性を有してもよい。
【0147】
当業者であれば、当業界で公知の日常的な方法を使用して、抗体が参照抗体と同じエピトープに結合するか、又はそれと結合について競合するかどうかを決定することができる。例えば、試験抗体が本発明の参照抗体と同じエピトープに結合するかどうかを決定するために、参照抗体を、飽和条件下でタンパク質又はペプチドに結合させる。次に、試験抗体がタンパク質又はペプチドに結合する能力を評価する。試験抗体が参照抗体との飽和結合後にタンパク質又はペプチドに結合することができる場合、試験抗体は参照抗体と異なるエピトープに結合すると結論付けることができる。他方、試験抗体が参照抗体との飽和結合後にタンパク質又はペプチドに結合することができない場合、試験抗体は本発明の参照抗体により結合されるエピトープと同じエピトープに結合することができる。
【0148】
抗体が参照抗体と結合について競合するかどうかを決定するために、上記の結合方法を２つの方向で実施する。第１の方向では、参照抗体を、飽和条件下でタンパク質／ペプチドに結合させた後、試験抗体の、タンパク質／ペプチド分子に対する結合を評価する。第２の方向では、試験抗体を飽和条件下でタンパク質／ペプチドに結合させた後、参照抗体のタンパク質／ペプチドに対する結合を評価する。両方向において、第１の（飽和）抗体のみがタンパク質／ペプチドに結合することができる場合、試験抗体と参照抗体はタンパク質／ペプチドに対する結合について競合すると結論付けられる。当業者であれば理解できるように、参照抗体と結合について競合する抗体は、参照抗体と同一のエピトープに必ずしも結合しないが、重複又は隣接エピトープに結合することによって参照抗体の結合を立体的に遮断してもよい。
【0149】
２つの抗体は、それぞれが他方の、抗原に対する結合を競合的に阻害する（遮断する）場合、同じか、又は重複するエピトープに結合する。すなわち、１、５、１０、２０又は１００倍過剰の一方の抗体は、競合結合アッセイ（例えば、Ｊｕｎｇｈａｎｓら、Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ、１９９０：５０：１４９５～１５０２頁を参照されたい）において測定された場合、他方の結合を少なくとも５０％、７５％、９０％又はさらには９９％阻害する。或いは、２つの抗体は、一方の抗体の結合を減少させるか、又は除去する抗原中の本質的に全てのアミノ酸突然変異が他方の結合を減少させるか、又は除去する場合、同じエピトープを有する。２つの抗体は、一方の抗体の結合を減少させるか、又は除去するいくつかのアミノ酸突然変異が他方の結合を減少させるか、又は除去する場合、重複エピトープを有する。
【0150】
次いで、さらなる日常的な実験（例えば、ペプチド突然変異及び結合分析）を実行して、試験抗体の結合の観察される欠如が実際に参照抗体と同じエピトープに対する結合に起因するかどうか、又は立体的な遮断（若しくは別の現象）が観察される結合の欠如の原因となるかどうかを確認することができる。この種類の実験を、ＥＬＩＳＡ、ＲＩＡ、表面プラズモン共鳴、フローサイトメトリー又は当業界で利用可能な他の任意の定量的若しくは定性的抗体結合アッセイを使用して実施することができる。
【0151】
本発明の抗体は、トリマーＴＮＦαの少なくとも以下の残基：（ａ）Ｙ１１５；（ｂ）Ｑ１４９；並びに（ｃ）Ｎ１３７及び／又はＫ９８（つまり、Ｎ１３７若しくはＫ９８、又はＮ１３７及びＫ９８の両方）を含むエピトープに結合し、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、残基ナンバリングが配列番号３６のＴＮＦαに相当する（に従う）。以下でさらに考察されるように、配列番号３６は、ヒト可溶性ＴＮＦαの配列である。場合によって、抗体は、Ｙ１１５、Ｑ１４９、Ｎ１３７及びＫ９８の全てを含むエピトープに結合する。
【0152】
これらの残基はヒト可溶性ＴＮＦαの特定の配列について提供されるが、当業者であれば、日常的な技術を使用して、これらの残基の位置を他のＴＮＦα配列（マウス又はラット）に容易に外挿することができる。したがって、これらの他のＴＮＦ配列内の対応する残基を含むエピトープに結合する抗体も、本発明によって提供される。
【0153】
Ｙ１１５及びＱ１４９は、化合物の非存在下ではＴＮＦαトリマー内に隠れている（及び非接近性である）。しかしながら、ＴＮＦトリマーが本明細書に開示される化合物によって結合される場合、これらの残基は、トリマーの歪曲したコンフォメーション内で接近可能となる。したがって、少なくともＹ１１５及びＱ１４９を含むエピトープに結合する本発明の抗体は、トリマーの歪曲したコンフォメーション（ＴＮＦのシグナル伝達を調節する）を認識するが、化合物の非存在下でトリマーの通常のコンフォメーションを認識しない。 Ｋ９８はまた、対称ＴＮＦトリマー中にある程度埋め込まれている。
【0154】
「Ａ」及び「Ｃ」鎖とは、ＴＮＦトリマーを構成する第１及び第３のモノマーを指す。したがって、本発明の抗体は、ＴＮＦトリマーの２個のモノマーにわたる立体構造エピトープを認識する。
【0155】
より詳細には、ＴＮＦαトリマーの結晶構造を側面から見た場合、それはほぼピラミッド／コーンのような形状である。モノマー終端が見る者の方に向かっているＮ及びＣ末端を有するトリマー軸を見下ろすと、トリマーの「太い」末端が見える。化合物を含む歪んだ構造では、裂け目はＡとＣサブユニットの間で開き、理論によって束縛されるものではないが、そこに本発明の抗体が結合する。
【0156】
どの鎖がＡ、Ｂ又はＣであるかを、３個の同一の残基、例えば、それぞれの鎖中のＰ１１７（Ｇ１２１も適切である）の３個のＣ－アルファ原子間の３つの距離を測定することによって確認することができる。
【0157】
３つの距離は、アポＴＮＦ中では等辺であるが、化合物が結合する場合は歪曲している三角形を形成する。最も短い距離はＢＣ間であり、最も長い距離はＡＣ間である（例えば、ＡＣ＝１３．８Å、ＡＢ＝１２．３Å、ＢＣ＝１０．２Å）；したがって、見る者に向かって指し示すＮ／Ｃ末端を有する分子の軸を介して下を見ると、最も長い距離はＣを規定し、次いで、Ａ鎖は反時計回りに進み、次いで、Ｂ及びＣは再度反時計回りに続く。
【0158】
本発明の抗体は、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上にＥ１４６、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上にＰ１１７、又はＥ１４６及びＰ１１７の両方をさらに含むエピトープに結合してもよい。Ｐ１１７はまた、（化合物の非存在下で）アポ形態のＴＮＦトリマー中に実質的に埋め込まれている。場合によって、本発明の抗体は、Ｅ１４６及びＰ１１７の両方を含むエピトープに結合する。
【0159】
本発明の抗体はまた、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基であるＡ１４５をさらに含むエピトープに結合してもよい。
【0160】
本発明の抗体はまた、ＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基であるＱ８８をさらに含むエピトープに結合してもよい。
【0161】
エピトープはまた、
（ａ）Ｌ６３；
（ｂ）Ｌ９４；
（ｃ）Ｓ９５；及び
（ｄ）Ａ９６
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含んでもよく、Ｌ６３は、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｌ９４、Ｓ９５及びＡ９６は、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。これらの残基は全て、アポ形態のＴＮＦトリマー中にある程度埋め込まれている。
（ａ）Ｌ６３；
（ｂ）Ｌ９４；
（ｃ）Ｓ９５；及び
（ｄ）Ａ９６
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含んでもよく、Ｌ６３は、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｌ９４、Ｓ９５及びＡ９６は、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。これらの残基は全て、アポ形態のＴＮＦトリマー中にある程度埋め込まれている。
【0162】
場合によって、本発明の抗体は、Ｌ６３、Ｌ９４、Ｓ９５及びＡ９６の全てをさらに含むエピトープに結合する。
【0163】
エピトープはまた、
（ａ）Ｉ９７；
（ｂ）Ｌ９３；及び
（ｃ）Ｓ８１
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含んでもよく、Ｉ９７、Ｌ９３及びＳ８１は、全てトリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。場合によって、抗体は、これらの残基の全てをさらに含むエピトープに結合する。
（ａ）Ｉ９７；
（ｂ）Ｌ９３；及び
（ｃ）Ｓ８１
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含んでもよく、Ｉ９７、Ｌ９３及びＳ８１は、全てトリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。場合によって、抗体は、これらの残基の全てをさらに含むエピトープに結合する。
【0164】
さらに、抗体は、以下の群：
（ａ）Ｋ６５；
（ｂ）Ｑ６７；
（ｃ）Ｐ１１３；
（ｄ）Ｄ１４３；
（ｅ）Ｔ７７；
（ｆ）Ｔ７９；
（ｇ）Ｉ８３；
（ｈ）Ｔ８９；
（ｇ）Ｋ９０；
（ｉ）Ｖ９１；
（ｊ）Ｎ９２；
（ｋ）Ｅ１３５；
（ｌ）Ｉ１３６；及び
（ｍ）Ｒ１３８
から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合してもよく、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３及びＤ１４３は、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｅ１３５、Ｉ１３６及びＲ１３８は、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。場合によって、本発明の抗体は、これらの残基の全てをさらに含むエピトープに結合する。
（ａ）Ｋ６５；
（ｂ）Ｑ６７；
（ｃ）Ｐ１１３；
（ｄ）Ｄ１４３；
（ｅ）Ｔ７７；
（ｆ）Ｔ７９；
（ｇ）Ｉ８３；
（ｈ）Ｔ８９；
（ｇ）Ｋ９０；
（ｉ）Ｖ９１；
（ｊ）Ｎ９２；
（ｋ）Ｅ１３５；
（ｌ）Ｉ１３６；及び
（ｍ）Ｒ１３８
から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合してもよく、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３及びＤ１４３は、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｅ１３５、Ｉ１３６及びＲ１３８は、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。場合によって、本発明の抗体は、これらの残基の全てをさらに含むエピトープに結合する。
【0165】
本発明の抗体はまた、以下の群から選択される１又は複数の残基：
（ａ）Ｙ１１９；
（ｂ）Ｑ４７；及び
（ｃ）Ｓ１３３
をさらに含むエピトープに結合してもよく、Ｙ１１９、Ｑ４７及びＳ１３３の全ては、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。場合によって、本発明の抗体は、これらの残基の全てをさらに含むエピトープに結合してもよい。
（ａ）Ｙ１１９；
（ｂ）Ｑ４７；及び
（ｃ）Ｓ１３３
をさらに含むエピトープに結合してもよく、Ｙ１１９、Ｑ４７及びＳ１３３の全ては、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。場合によって、本発明の抗体は、これらの残基の全てをさらに含むエピトープに結合してもよい。
【0166】
場合によって、本発明の抗体は、Ｑ２７若しくはＲ１３１のいずれか、又はＱ２７及びＲ１３１の両方をさらに含むエピトープに結合してもよく、これらの残基は、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する。
【0167】
上記で考察された通り、残基ナンバリングは、配列番号３６に従って示す。
【0168】
本発明の抗体は、配列番号３６のＴＮＦαの以下の残基：
（ａ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｙ１１５、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｂ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｃ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｄ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｑ２７、Ｑ４７、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｙ１１９、Ｒ１３１、Ｓ１３３、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９
の全てを含むエピトープに結合してもよい。
（ａ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｙ１１５、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｂ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｃ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｄ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｑ２７、Ｑ４７、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｙ１１９、Ｒ１３１、Ｓ１３３、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９
の全てを含むエピトープに結合してもよい。
【0169】
特定のエピトープに結合する抗体をスクリーニングするために、Antibodies, Harlow and Lane (Cold Spring Harbor Press, Cold Spring Harb., NY)に記載されたものなど通常の遮断アッセイを実行することができる。他の方法としては、アラニン走査突然変異体、ペプチドブロット（Reineke (2004) Methods Mol Biol 248:443-63）、又はペプチド切断分析が挙げられる。さらに、エピトープ切り出し、エピトープ抽出及び抗原の化学的改変などの方法を用いることができる（Tomer (2000) Protein Science 9: 487-496）。そのような方法は、当業界で周知である。
【0170】
抗体エピトープを、Ｘ線結晶解析によって決定することもできる。したがって、本発明の抗体を、ＴＮＦαトリマーに結合した抗体のＸ線結晶解析によって評価することができる。特に、抗体パラトープ残基の４Å以内のＴＮＦα上の残基を決定することにより、この方法でエピトープを同定することができる。また５Åを限界として使用して残基を決定してもよい。
【0171】
本発明の抗体はまた、本明細書に記載のＴＮＦα残基を含むエピトープに結合する抗体と競合してもよい。そのような抗体を同定する方法は、本発明において考察されている。
【0172】
本発明の抗体を使用して、本明細書に記載の本発明の化合物を同定することができる。本発明の抗体を、ターゲットエンゲージメントバイオマーカーとして使用することもできる。ターゲットエンゲージメントバイオマーカーを使用して、遭遇、すなわち、リガンドの、目的の標的に対する結合を検出することができる。本発明の場合、本発明の抗体は、本発明の化合物とトリマーＴＮＦαとの複合体にのみ結合する。したがって、本発明の抗体が化合物－トリマー複合体に結合することができる場合、これは、リガンド（化合物）が目的の標的（ＴＮＦαトリマー）に結合したことの証拠である。本発明の抗体を改変して、本明細書に記載の検出可能マーカーを付加することができる。したがって、本発明の化合物と標的ＴＮＦαとの遭遇を、そのような抗体を使用して検出することができる。
【0173】
ターゲットエンゲージメントバイオマーカーとしての本発明の抗体の使用は、試料を、本発明に従って処置される対象から取得することができる臨床又は前臨床環境において潜在的に有用である。対象から得られる試料を、本発明の抗体で処理して、対象を処置するために使用される化合物が標的ＴＮＦαに結合したかどうか（又は本発明の非対称性ＴＮＦαトリマーが対象中で形成されたこと）を決定することができる。対象から得られる試料は、血液、血漿又は尿などの、任意の適切な組織又は流体であってよい。対象は、ヒトを含む任意の哺乳動物であってよい。
【0174】
したがって、本発明は、トリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それによって、化合物－トリマー複合体が、必要なＴＮＦα受容体に結合し、対象から得られた試料中で受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節する化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメントバイオマーカーとしての本発明の抗体の使用を提供する。調節は、好適には、ＴＮＦＲ１のシグナル伝達の拮抗作用である。
【0175】
同様に、本発明は、化合物のトリマーＴＮＦαとのターゲットエンゲージメントを検出し、それにより、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）本発明の抗体が検出可能である場合、前記抗体を、前記試料及び対照試料と接触させるステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料に対する結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記対照試料に対する結合よりも高い、前記検出可能抗体の前記試料に対する結合が、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαに対するターゲットエンゲージメントを示す、上記方法を提供する。
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）本発明の抗体が検出可能である場合、前記抗体を、前記試料及び対照試料と接触させるステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料に対する結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記対照試料に対する結合よりも高い、前記検出可能抗体の前記試料に対する結合が、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαに対するターゲットエンゲージメントを示す、上記方法を提供する。
【0176】
抗体を検出する方法、及び抗体の標的に対する結合の量を測定する方法は、当業界で周知である。典型的には、抗体を標識することができる。そのような標識としては、酵素、ビオチン／ストレプトアビジン、蛍光タンパク質及び蛍光染料が挙げられる。
【0177】
抗体の標的に対する結合を、例えば、イムノアッセイ法によって測定することができる。イムノアッセイとしては、ウェスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡ、免疫蛍光、免疫組織化学及びフローサイトメトリーが挙げられる。任意の適切な技術を使用して、抗体のＴＮＦαに対する結合を測定することができる。
【0178】
検出可能抗体の、化合物を投与された対象からの試料に対する結合を、抗体の対象試料に対する結合と比較する。対象試料は、任意の適切な試料であってもよい。対象試料は、典型的には、化合物の非存在下での抗体のトリマーＴＮＦαに対する結合を表す「陰性対照」である。例えば、試料を、化合物の投与前に患者から取得することができる。対象試料はまた、例えば、化合物の非存在下で異なる対象に由来するいくつかの試料から以前に決定された測定値に基づくものであってもよい。約５、１０、２０、５０又は１００の対象に由来する測定値を、対照値の決定において使用することができる。対照は、平均値、又は得られた全ての値の範囲であってもよい。
【0179】
実験条件、例えば、検出方法は、化合物を投与された対象に由来する試料について、及び対照試料について同じである。抗体も、両事例において同じである。
【0180】
抗体の対照試料に対する結合と比較して、検出可能抗体の、化合物を投与された患者由来試料に対する結合が高いほど（結合が増加するほど）、化合物のトリマーＴＮＦαに対するターゲットエンゲージメントを示す。換言すれば、対照と比較して化合物を投与された患者由来試料について等価な、又はそれより低い結合（結合の低下）は、前記化合物のターゲットエンゲージメントがないことを示す。換言すれば、２つの量における有意差がないことは、ターゲットエンゲージメントがないことを示す。
【0181】
当業者であれば、対照と比較して結合の増加が存在する場合を容易に決定することができる。例えば、対照がデータの範囲である場合、ターゲットエンゲージメントを、データの広がり、対照データと、問題の試料中での抗体の検出される結合との差異、及び算出される信頼レベルに基づいて決定することができる。また、問題の試料に関する検出される結合が任意の陰性対照中で検出される結合の最大量よりも高い場合、ターゲットエンゲージメントを同定することもできる。
【0182】
抗体の結合が対照範囲における最高量と比較して約３０％以上増加する場合、ターゲットエンゲージメントを検出することができる。また、抗体の結合が対照範囲と比較して約４０％以上、又は約５０％以上増加する場合、ターゲットエンゲージメントを検出することもできる。対照が平均値、又は化合物の投与前の患者由来試料に基づく単一の値である場合、同じことが適用される。勿論、対照と比較した増加パーセンテージに上限はない。
【0183】
本発明の抗体を使用して、トリマーＴＮＦαにおけるコンフォメーション変化であって、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要なＴＮＦα受容体のシグナル伝達を調節する、上記コンフォメーション変化を惹起する化合物についてスクリーニングすることができる。非限定的な例では、調節は、ＴＮＦＲ１のシグナル伝達の拮抗作用であってもよい。
【0184】
本発明の抗体を、病状の処置及び／又は予防において使用することができる。したがって、ヒト又は動物の身体に対して実行される治療方法における使用のための本発明の抗体が提供される。本発明はまた、本発明の抗体の対象への投与を含む治療方法も提供する。本発明の抗体を、本明細書に記載の任意の治療適応及び／又は医薬組成物において使用することができる。
【0185】
抗体アッセイ
本明細書に記載されるように、本発明は、化合物のみに対する、又は化合物の非存在下ではＴＮＦαに対するその結合と比較して、本明細書に記載の少なくとも１つの化合物－トリマー複合体に選択的に結合する抗体を提供する。これらの抗体を使用して、同じ特性を有するさらなる化合物又は化合物のクラスを同定することができる。
本明細書に記載されるように、本発明は、化合物のみに対する、又は化合物の非存在下ではＴＮＦαに対するその結合と比較して、本明細書に記載の少なくとも１つの化合物－トリマー複合体に選択的に結合する抗体を提供する。これらの抗体を使用して、同じ特性を有するさらなる化合物又は化合物のクラスを同定することができる。
【0186】
モノクローナル抗体を、本明細書に記載の標準的な技術を使用して、ＴＮＦαに対して生成させることができる。次いで、これらの抗ＴＮＦα抗体を、本発明の化合物－トリマー複合体に結合する抗体について、又はＴＮＦαへの結合が本明細書に記載の化合物によって阻害されるモノクローナル抗体についてスクリーニングすることができる。
【0187】
或いは、モノクローナル抗体を、特定のＴＮＦαのトリマー－化合物複合体に対して生成させることができる。次いで、これらの抗体を、化合物の非存在下でのＴＮＦαへのその結合と比較して、化合物の存在下でＴＮＦαに選択的に結合するモノクローナル抗体についてスクリーニングすることができる。
【0188】
一度、化合物のみ又は化合物の非存在下でのＴＮＦαへのその結合と比較して本発明の少なくとも１つの化合物－トリマー複合体に選択的に結合する抗体が生成されたら、それを使用して、試験化合物と同じ活性を有する他の化合物についてスクリーニングするために使用することができる。例えば、本明細書に記載のような化合物（１）～（７）を、他の化合物についてスクリーニングするために使用することができる。
【0189】
したがって、本発明は、本発明の化合物を同定するためのアッセイであって、
ａ）試験化合物－トリマー複合体の、本発明の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが知られる異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
ｃ）その測定された結合親和性が、ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合に許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記アッセイを提供する。
ａ）試験化合物－トリマー複合体の、本発明の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが知られる異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
ｃ）その測定された結合親和性が、ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合に許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記アッセイを提供する。
【0190】
理解されるように、上記のステップ（ｂ）に記載された「異なる」化合物－トリマー複合体は、一般的には、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体と同じＴＮＦαトリマーであるが、異なる化合物を含有する複合体である。ステップ（ｂ）の化合物は、化合物（１）～（７）のいずれかであってよい。
【0191】
ステップ（ｃ）における「許容される」とは、ステップ（ａ）に記載の化合物－トリマー複合体の結合親和性と、ステップ（ｂ）に記載の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とが少なくとも同等であることを意味する。ステップ（ａ）に記載の化合物－トリマー複合体の結合親和性は、ステップ（ｂ）に記載の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性に対して少なくとも同じであってよい。結合親和性は、ステップ（ｂ）の化合物と比較してステップ（ａ）の化合物がさらに高く（つまり、より低いＫＤ値）てもよい。前記抗体の前記複合体に対する選択的結合は、化合物の非存在下での前記抗体のＴＮＦαに対する結合又はＴＮＦαの非存在下での前記抗体の化合物に対する結合と比較して測定される。
【0192】
ステップ（ａ）に記載の化合物－トリマー複合体の結合親和性は、一般に、ステップ（ｂ）に記載の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性よりも優れている。ステップ（ｂ）に記載の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性と比較したステップ（ａ）に記載の化合物－トリマー複合体の結合親和性の差異は、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍又は５００倍の限界内にある。
【0193】
化合物のライブラリーを、本発明の抗体を使用してアッセイすることができる。ライブラリー化合物を、ＴＮＦαの存在下及び非存在下で前記抗体と共にインキュベートすることができる。ＴＮＦαと化合物の両方の存在下でのみ本発明の抗体に結合する化合物－トリマー複合体の一部を形成する化合物は、本明細書に記載の化合物と同じ活性を有する候補である可能性が高い。次いで、本明細書に開示されるアッセイを使用して、試験化合物が本明細書に記載の化合物であるかどうかを検証することができる。
【0194】
本発明の１又は複数の抗体を、アッセイにおいて使用することができる。本発明の任意の化合物と、特定のＴＮＦαとの複合体に結合することができる一般的抗体を、本発明の抗体アッセイにおいて使用することができる。
【0195】
異なる化合物－トリマー複合体に特異的である本発明の複数の抗体のパネルを、本発明の抗体アッセイにおいて使用することができる。抗体のパネルは、少なくとも５、少なくとも１０、少なくとも１５、少なくとも２０、少なくとも３０、少なくとも４０又は少なくとも５０の抗体（例えば、最大７５の抗体）を含んでもよい。
【0196】
本発明の抗体アッセイは、短期間で多数の試験化合物をスクリーニングして、本発明の化合物を同定することができる高効率アッセイであってもよい。
【0197】
ＴＮＦα及びその受容体を、精製するか、又は培養細胞、組織試料、体液若しくは培養培地中などの混合物中に提供することができる。定性的又は定量的であるアッセイを開発することができ、後者は試験化合物の、トリマー形態のＴＮＦαに対する結合パラメータ（親和性定数及び動力学）、また、化合物－トリマー複合体の必要なＴＮＦ受容体に対する結合パラメータを決定するのに有用である。
【0198】
ＴＮＦαと化合物とを含む試料は、不安定化剤をさらに含んでもよい。カオトロピックとしても知られる不安定化剤は、低モル濃度（例えば、１Ｍ）の尿素、グアニジン又はアセトニトリル、高濃度（例えば、６Ｍ以上）のこれらの試薬を含み、ＴＮＦαトリマーの完全な解離及び構成するＴＮＦαモノマーサブユニットのアンフォールディングをもたらす。不安定化剤は、ＤＭＳＯであり、典型的には、５％、１０％以上の濃度であってもよい。
【0199】
試験化合物は、上記で考察された特性のいずれか又は／全部を有してもよい。
【0200】
ＴＮＦスーパーファミリー及びその受容体
現在公知の２２種のＴＮＦスーパーファミリーメンバーが存在する：ＴＮＦα（ＴＮＦＳＦ１Ａ）、ＴＮＦβ（ＴＮＦＳＦ１Ｂ）、ＣＤ４０Ｌ（ＴＮＦＳＦ５）、ＢＡＦＦ（ＴＮＦＳＦ１３Ｂ／ＢｌｙＳ）、ＡＰＲＩＬ（ＴＮＦＳＦ１３）、ＯＸ４０Ｌ（ＴＮＦＳＦ４）、ＲＡＮＫＬ（ＴＮＦＳＦ１１／ＴＲＡＮＣＥ）、ＴＷＥＡＫ（ＴＮＦＳＦ１２）、ＴＲＡＩＬ（ＴＮＦＳＦ１０）、ＴＬ１Ａ（ＴＮＦＳＦ１５）、ＬＩＧＨＴ（ＴＮＦＳＦ１４）、リンホトキシン、リンホトキシンβ（ＴＮＦＳＦ３）、４－１ＢＢＬ（ＴＮＦＳＦ９）、ＣＤ２７Ｌ（ＴＮＦＳＦ７）、ＣＤ３０Ｌ（ＴＮＦＳＦ８）、ＥＤＡ（エクトジスプラシン）、ＥＤＡ－Ａ１（エクトジスプラシンＡ１）、ＥＤＡ－Ａ２（エクトジスプラシンＡ２）、ＦＡＳＬ（ＴＮＦＳＦ６）、ＮＧＦ及びＧＩＴＲＬ（ＴＮＦＳＦ１８）。
現在公知の２２種のＴＮＦスーパーファミリーメンバーが存在する：ＴＮＦα（ＴＮＦＳＦ１Ａ）、ＴＮＦβ（ＴＮＦＳＦ１Ｂ）、ＣＤ４０Ｌ（ＴＮＦＳＦ５）、ＢＡＦＦ（ＴＮＦＳＦ１３Ｂ／ＢｌｙＳ）、ＡＰＲＩＬ（ＴＮＦＳＦ１３）、ＯＸ４０Ｌ（ＴＮＦＳＦ４）、ＲＡＮＫＬ（ＴＮＦＳＦ１１／ＴＲＡＮＣＥ）、ＴＷＥＡＫ（ＴＮＦＳＦ１２）、ＴＲＡＩＬ（ＴＮＦＳＦ１０）、ＴＬ１Ａ（ＴＮＦＳＦ１５）、ＬＩＧＨＴ（ＴＮＦＳＦ１４）、リンホトキシン、リンホトキシンβ（ＴＮＦＳＦ３）、４－１ＢＢＬ（ＴＮＦＳＦ９）、ＣＤ２７Ｌ（ＴＮＦＳＦ７）、ＣＤ３０Ｌ（ＴＮＦＳＦ８）、ＥＤＡ（エクトジスプラシン）、ＥＤＡ－Ａ１（エクトジスプラシンＡ１）、ＥＤＡ－Ａ２（エクトジスプラシンＡ２）、ＦＡＳＬ（ＴＮＦＳＦ６）、ＮＧＦ及びＧＩＴＲＬ（ＴＮＦＳＦ１８）。
【0201】
本発明では、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーはＴＮＦαである。ＴＮＦαは、可溶性（ＴＮＦαｓ）と膜結合型（ＴＮＦαｍ）の両方で存在する。本明細書でＴＮＦαを言う場合、これはＴＮＦαｓ型とＴＮＦαｍ型の両方を包含する。ＴＮＦαは、典型的には、ＴＮＦαｓ型にある。ＴＮＦαｓは、配列番号３５若しくは配列番号３６、又はそのバリアント（上記）の配列を含んでもよい。
【0202】
本発明のアッセイを使用して、ＴＮＦαのモジュレータを同定することができる。具体的には、本発明のアッセイを使用して、ＴＮＦα、特に、トリマー形態のＴＮＦαに結合し、必要なＴＮＦ受容体に結合することができ、前記受容体を介するシグナル伝達を調節するコンフォメーションにこれらのトリマーを安定化する化合物を同定することができる。ＴＮＦαは、ＴＮＦαｓであってもよい。
【0203】
本明細書に記載の化合物は、少なくともＴＮＦαのモジュレータであってもよい。ＴＮＦαは、典型的にはＴＮＦαｓである。
【0204】
本発明の化合物－トリマー複合体は、ＴＮＦαのトリマー形態を含む。ＴＮＦαは、典型的には、ＴＮＦαｓである。
【0205】
ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーは、ＴＮＦ受容体に結合し、それを介するシグナル伝達を開始させる。現在、３４種の公知のＴＮＦ受容体が存在する：４－１ＢＢ（ＴＮＦＲＳＦ９／ＣＤ１３７）、ＮＧＦ Ｒ（ＴＮＦＲＳＦ１６）、ＢＡＦＦ Ｒ（ＴＮＦＲＳＦ１３Ｃ）、オステオプロテグリン（ＴＮＦＲＳＦ１１Ｂ）、ＢＣＭＡ（ＴＮＦＲＳＦ１７）、ＯＸ４０（ＴＮＦＲＳＦ４）、ＣＤ２７（ＴＮＦＲＳＦ７）、ＲＡＮＫ（ＴＮＦＲＳＦ１１Ａ）、ＣＤ３０（ＴＮＦＲＳＦ８）、ＲＥＬＴ（ＴＮＦＲＳＦ１９Ｌ）、ＣＤ４０（ＴＮＦＲＳＦ５）、ＴＡＣＩ（ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ）、ＤｃＲ３（ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ）、ＴＮＦＲＨ３（ＴＮＦＲＳＦ２６）、ＤｃＴＲＡＩＬ Ｒ１（ＴＮＦＲＳＦ２３）、ＤｃＴＲＡＩＬ Ｒ２（ＴＮＦＲＳＦ２２）、ＴＮＦ－Ｒ１（ＴＮＦＲＳＦ１Ａ）、ＴＮＦ－Ｒ２（ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ）、ＤＲ３（ＴＮＦＲＳＦ２５）、ＴＲＡＩＬ Ｒ１（ＴＮＦＲＳＦ１０Ａ）、ＤＲ６（ＴＮＦＲＳＦ２１）、ＴＲＡＩＬ Ｒ２（ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ）、ＥＤＡＲ、ＴＲＡＩＬ Ｒ３（ＴＮＦＲＳＦ１０Ｃ）、Ｆａｓ（ＴＮＦＲＳＦ６／ＣＤ９５）、ＴＲＡＩＬ Ｒ４（ＴＮＦＲＳＦ１０Ｄ）、ＧＩＴＲ（ＴＮＦＲＳＦ１８）、ＴＲＯＹ（ＴＮＦＲＳＦ１９）、ＨＶＥＭ（ＴＮＦＲＳＦ１４）、ＴＷＥＡＫ Ｒ（ＴＮＦＲＳＦ１２Ａ）、ＴＲＡＭＰ（ＴＮＦＲＳＦ２５）、リンホトキシンβ Ｒ（ＴＮＦＲＳＦ３）及びＸＥＤＡＲ。
【0206】
本明細書に記載されるＴＮＦ－Ｒは、ＴＮＦ－Ｒ１とＴＮＦ－Ｒ２の細胞外ドメイン（ＥＣＤ）などの、ＴＮＦ－Ｒ１とＴＮＦ－Ｒ２の両方を包含する。本発明のアッセイを使用して、任意の必要なＴＮＦ受容体を介するＴＮＦαのシグナル伝達を調節する化合物を同定することができる。本発明のアッセイを使用して、ＴＮＦ－Ｒ１又はＴＮＦ－Ｒを介するＴＮＦαのシグナル伝達を調節する化合物を同定することができる。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーはＴＮＦαであり、ＴＮＦ受容体はＴＮＦ－Ｒ１であってもよい。本発明の実施形態では、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーはＴＮＦαｓであてもよく、ＴＮＦ受容体はＴＮＦ－Ｒ１であってもよい。本発明のアッセイを使用して、ＴＮＦ－Ｒ１を介するＴＮＦαのシグナル伝達を特異的に調節することによって作用する化合物を同定することができる。特に、化合物は、ＴＮＦ－Ｒ１を介するＴＮＦαのシグナル伝達を調節することによって作用することができるが、ＴＮＦ－Ｒ２を介するＴＮＦαのシグナル伝達に対する効果はない。
【0207】
治療指標
ＴＮＦαは、ＴＮＦスーパーファミリーの典型的なメンバーである。ＴＮＦαは、免疫調節及び炎症応答を媒介する多面的なサイトカインである。ｉｎ ｖｉｖｏでは、ＴＮＦαは細菌、寄生虫及びウイルス感染に対する応答に関与することも知られている。特に、ＴＮＦαは、関節リウマチ（ＲＡ）、炎症性腸疾患（クローン病を含む）、乾癬、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、疼痛、てんかん、骨粗鬆症、喘息、敗血症、発熱、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）及び多発性硬化症（ＭＳ）並びにがんにおいて役割を有することが知られている。ＴＮＦαはまた、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、虚血性脳卒中、免疫複合体媒介性糸球体腎炎、ループス腎炎（ＬＮ）、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ－）関連糸球体腎炎、微小変化型疾患、糖尿病性腎症（ＤＮ）、急性腎傷害（ＡＫＩ）、閉塞性尿路疾患、腎同種移植拒絶、シスプラチン誘導性ＡＫＩ及び閉塞性尿路疾患における役割を有することが知られている。
ＴＮＦαは、ＴＮＦスーパーファミリーの典型的なメンバーである。ＴＮＦαは、免疫調節及び炎症応答を媒介する多面的なサイトカインである。ｉｎ ｖｉｖｏでは、ＴＮＦαは細菌、寄生虫及びウイルス感染に対する応答に関与することも知られている。特に、ＴＮＦαは、関節リウマチ（ＲＡ）、炎症性腸疾患（クローン病を含む）、乾癬、アルツハイマー病（ＡＤ）、パーキンソン病（ＰＤ）、疼痛、てんかん、骨粗鬆症、喘息、敗血症、発熱、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）及び多発性硬化症（ＭＳ）並びにがんにおいて役割を有することが知られている。ＴＮＦαはまた、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、虚血性脳卒中、免疫複合体媒介性糸球体腎炎、ループス腎炎（ＬＮ）、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ－）関連糸球体腎炎、微小変化型疾患、糖尿病性腎症（ＤＮ）、急性腎傷害（ＡＫＩ）、閉塞性尿路疾患、腎同種移植拒絶、シスプラチン誘導性ＡＫＩ及び閉塞性尿路疾患における役割を有することが知られている。
【0208】
ＴＮＦスーパーファミリーの他のメンバーは、自己免疫疾患及び免疫不全に関与することが公知である。特に、ＴＮＦスーパーファミリーのメンバーは、ＲＡ、ＳＬＥ、がん、ＭＳ、喘息、鼻炎、骨粗鬆症及び多発性ミエローマ（ＭＭ）に関与することが公知である。ＴＬ１Ａは、臓器移植片拒絶において役割を果たすことが公知である。
【0209】
本明細書に記載の化合物を使用して、従来のＴＮＦスーパーファミリーメンバーモジュレータによって処置、防止又は改善することができる任意の状態を処置、防止又は改善することができる。化合物を、単独で、又は従来のＴＮＦスーパーファミリーメンバーモジュレータと組み合わせて使用することができる。原理的には、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーによるＴＮＦ受容体を介する病的シグナル伝達から、又はＴＮＦスーパーファミリーメンバーによるＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達の欠陥から、部分的又は全体的に生じる任意の状態を、処置、防止又は改善することができる。ＴＮＦスーパーファミリーメンバーによるＴＮＦ受容体を介する病的シグナル伝達は、正常な生理学的レベルのシグナル伝達を超えるＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達の増加、最初は正常であったが、正常な生理学的シグナルに応答して停止することができないＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達、及び正常の生理学的規模範囲内にあるが、非生理的手段によって開始するＴＮＦ受容体を介するシグナル伝達を含むが、それだけに限定されない。本発明は、ＴＮＦαによって媒介又は影響される状態の処置、防止又は改善に関する。
【0210】
ＴＮＦαと相互作用する化合物は、したがって、様々なヒトの病気の処置及び／又は防止において有益である。これらのものとしては、自己免疫障害及び炎症障害；神経障害及び神経変性障害；疼痛障害及び侵害障害；並びに心血管障害が挙げられる。
【0211】
炎症障害及び自己免疫障害としては、全身性自己免疫障害、自己免疫性内分泌障害及び臓器特異的自己免疫障害が挙げられる。全身性自己免疫障害としては、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、乾癬、血管炎、多発性筋炎、強皮症、多発性硬化症、強直性脊椎炎、関節リウマチ及びシェーグレン症候群が挙げられる。自己免疫性内分泌障害としては、甲状腺炎が挙げられる。臓器特異的自己免疫障害としては、アジソン病、溶血性貧血又は悪性貧血、糸球体腎炎（グッドパスチャー症候群を含む）、グレーブス病、特発性血小板減少性紫斑病、インスリン依存性糖尿病、若年性糖尿病、ブドウ膜炎、炎症性腸疾患（クローン病及び潰瘍性大腸炎を含む）、天疱瘡、アトピー性皮膚炎、自己免疫性肝炎、原発性胆汁性肝硬変、自己免疫性肺炎、自己免疫性心臓炎、重症筋無力症、自然不妊症、骨粗鬆症、喘息及び筋ジストロフィー（デュシェンヌ型筋ジストロフィーを含む）が挙げられる。
【0212】
神経障害及び神経変性障害としては、アルツハイマー病、パーキンソン病、ハンチントン病、脳卒中、筋萎縮性側索硬化症、脊髄損傷、頭部外傷、発作及びてんかんが挙げられる。
【0213】
心血管障害としては、血栓症、心臓肥大、高血圧、心臓の不規則収縮（例えば、心不全中の）、及び性的障害（勃起障害及び女性性的機能障害を含む）が挙げられる。
【0214】
化合物を使用して、炎症障害、ＣＮＳ障害、免疫障害及び自己免疫障害、疼痛、骨粗鬆症、発熱及び臓器移植拒絶を処置又は防止することができる。化合物を使用して、関節リウマチ、炎症性腸疾患（クローン病を含む）、乾癬、アルツハイマー病、パーキンソン病、てんかん、喘息、敗血症、全身性エリテマトーデス、多発性硬化症、喘息、鼻炎、がん及び骨粗鬆症を処置又は防止することができる。化合物を使用して、関節リウマチ（ＲＡ）、非特異的炎症性関節炎、浸食性骨疾患、軟骨炎、軟骨変性及び／又は破壊、若年性炎症性関節炎、スティル病（若年及び／又は成人開始型）、若年性特発性関節炎、若年性特発性関節炎（少関節炎型と多関節炎型の両方）、炎症性腸疾患（クローン病、潰瘍性大腸炎、不確定大腸炎、回腸嚢炎を含む）、乾癬、乾癬性関節症、強直性脊椎炎、シェーグレン病、アルツハイマー病（ＡＤ）、ベーチェット病、パーキンソン病（ＰＤ）、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、虚血性脳卒中、疼痛、てんかん、骨粗鬆症、骨減少症、慢性疾患の貧血、悪液質、糖尿病、脂質異常症、代謝症候群、喘息、慢性閉塞性気道（又は肺）疾患、敗血症、発熱、呼吸窮迫症候群、全身性エリテマトーデス（ＳＬＥ）、多発性硬化症（ＭＳ）、免疫複合体媒介性糸球体腎炎、ループス腎炎（ＬＮ）、抗好中球細胞質抗体（ＡＮＣＡ－）関連糸球体腎炎、微小変化型疾患、糖尿病性腎症（ＤＮ）、急性腎傷害（ＡＫＩ）、閉塞性尿路疾患、腎同種移植拒絶、シスプラチン誘導性ＡＫＩ及び閉塞性尿路疾患、眼疾患（糖尿病性網膜症、糖尿病性黄斑浮腫、未熟児網膜症、加齢黄斑変性、黄斑浮腫、増殖性及び／又は非増殖性網膜症、新血管形成を含む角膜血管新生、網膜静脈閉塞、様々な形態のブドウ膜炎及び角膜炎を含む）、甲状腺炎、様々な形態の肝線維症、様々な形態の肺線維症を含む線維化障害、全身硬化症、強皮症、がん並びにがん関連合併症（骨格合併症、悪液質及び貧血を含む）を処置又は防止することができる。
【0215】
上記で考察された通り、本発明の抗体を、本明細書に記載の化合物又は複合体による処置の有効性を評価するためのターゲットエンゲージメントバイオマーカーとして使用することができる。一実施形態では、本明細書に記載の化合物又は複合体で処置された対象から採取された試料を、本発明の抗体と接触させることができる。次いで、抗体を使用して、試料中に存在するＴＮＦα－化合物複合体の量を決定することができる。抗体を使用して決定された複合体の量を、処置の有効性と関連付けることができる。例えば、本発明の抗体によって検出される複合体が多いほど、処置は有効である。抗体を使用して決定された複合体の量は、処置の有効性に正比例する。例えば、抗体を使用して決定された複合体の量が２倍になることは、処置の有効性も２倍になることを示してもよい。
【0216】
任意の適切な技術を使用して、本発明の抗体を使用して化合物－トリマー複合体の量を決定することができる。標準的な技術は当業界で公知であり、本明細書に開示される。例えば、本発明の抗体を用いるＥＬＩＳＡ及びウェスタンブロッティングを使用して、化合物－トリマー複合体の量を決定することができる。
【0217】
化合物－トリマー複合体の量を、化合物－トリマー複合体の質量、化合物－トリマー複合体の濃度、及び化合物－トリマー複合体のモル濃度を測定することによって決定することができる。この量を、任意の適切な単位で与えることができる。例えば、化合物－トリマー複合体の濃度を、ｐｇ／ｍｌ、ｎｇ／ｍｌ又はμｇ／ｍｌで与えることができる。化合物－トリマー複合体の質量を、ｐｇ、ｎｇ又はμｇで与えることができる。
【0218】
目的の試料中の化合物－トリマー複合体の量を、本明細書に記載のように、対照試料などの別の試料中の化合物－トリマー複合体のレベルと比較することができる。そのような方法では、試料中の化合物－トリマー複合体の質量、モル量、濃度又はモル濃度などの、化合物－トリマー複合体の実際の量を評価することができる。化合物－トリマー複合体の量を、化合物－トリマー複合体の質量、モル量、濃度又はモル濃度を定量することなく、別の試料中でのものと比較することができる。したがって、本発明による試料中の化合物－トリマー複合体の量を、２つ以上の試料間の比較に基づいて、化合物－トリマー複合体の相対質量、相対モル量、相対濃度又は相対モル濃度などの、相対量として評価することができる。
【0219】
医薬組成物、用量及び用量レジメン
本発明の抗体、化合物又は複合体を、医薬組成物中に提供することができる。医薬組成物は、通常、滅菌されており、典型的には、薬学的に許容される担体及び／又はアジュバントを含む。本発明の医薬組成物は、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体をさらに含んでもよい。
本発明の抗体、化合物又は複合体を、医薬組成物中に提供することができる。医薬組成物は、通常、滅菌されており、典型的には、薬学的に許容される担体及び／又はアジュバントを含む。本発明の医薬組成物は、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体をさらに含んでもよい。
【0220】
本明細書で使用される場合、「薬学的に許容される担体」は、生理的に適合する任意且つ全ての溶媒、分散媒体、コーティング、抗細菌剤及び抗真菌剤、等張剤及び吸収遅延剤などを含む。担体は、例えば、注射又は輸注による、非経口、例えば、静脈内、筋肉内、皮内、眼内、腹腔内、皮下、脊髄又は他の非経口投与経路にとって好適であってよい。或いは、担体は、局所、表皮又は粘膜投与経路などの非経口（ｎｏｎ－ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ）投与にとって好適であってよい。担体は、経口投与にとって好適なものであってもよい。投与経路に応じて、モジュレータを、酸の作用及び化合物を不活化し得る他の自然条件から化合物を保護するための材料中でコーティングすることができる。
【0221】
本発明の医薬組成物は、１又は複数の薬学的に許容される塩を含んでもよい。「薬学的に許容される塩」とは、親化合物の望ましい生物活性を保持し、いかなる望ましくない毒性効果も与えない塩を指す。そのような塩の例としては、酸付加塩及び塩基付加塩が挙げられる。
【0222】
薬学的に許容される担体は、水性担体又は希釈剤を含む。本発明の医薬組成物中で用いることができる好適な水性担体の例としては、水、緩衝化水及び塩水が挙げられる。他の担体の例としては、エタノール、ポリオール（グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、及びその好適な混合物、オリーブ油などの植物油、並びにオレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステルが挙げられる。多くの場合、組成物中に、等張剤、例えば、糖、マンニトール、ソルビトールなどのポリアルコール、又は塩化ナトリウムを含むことが望ましい。
【0223】
治療組成物は、典型的には、製造及び保存の条件下で無菌性であり、安定でなければならない。組成物を、溶液、マイクロエマルジョン、リポソーム、又は高い薬物濃度にとって好適な他の規則的構造として製剤化することができる。
【0224】
本発明の医薬組成物は、さらなる活性成分を含んでもよい。
【0225】
また、本発明の抗体、化合物及び／又は複合体と、使用のための指示書とを含むキットも本発明の範囲内にある。キットは、上記で考察されたさらなる治療剤又は予防剤などの、１又は複数のさらなる試薬をさらに含有してもよい。
【0226】
本発明の方法及び／又は抗体によって同定される化合物、並びに本発明の抗体又はその製剤若しくは組成物を、予防的及び／又は治療的処置のために投与することができる。
【0227】
治療的適用では、化合物を、状態又は１若しくは複数のその症状を治癒させる、軽減する、又は部分的に停止させるのに十分な量で、上記の障害又は状態に既に罹患している対象に投与する。そのような治療的処置は、疾患症状の重症度の低下、又は無症状期間の頻度若しくは持続時間の増大をもたらし得る。これを達成するのに十分な量を、「治療有効量」と定義する。
【0228】
予防的適用では、製剤を、状態又は１若しくは複数のその症状のその後の効果を防止する、又は減少させるのに十分な量で、上記の障害又は状態のリスクがある対象に投与する。これを達成するのに十分な量を、「予防有効量」と定義する。それぞれの目的のための有効量は、疾患又は傷害の重症度並びに対象の体重及び全身状態に依存する。
【0229】
投与のための対象は、ヒト又は非ヒト動物であってもよい。用語「非ヒト動物」は、全ての脊椎動物、例えば、哺乳動物及び非哺乳動物、例えば、非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ネコ、ウマ、ウシ、ニワトリ、両生類、は虫類などを含む。本発明の実施形態は、ヒトへの投与である。
【0230】
本発明の化合物又は医薬組成物を、１又は複数の当業界で公知の様々な方法を使用して、１又は複数の投与経路により投与することができる。当業者であれば理解できるように、投与の経路及び／又は様式は、所望の結果に応じて変化する。本発明の化合物又は医薬組成物のための投与経路の例としては、例えば、注射又は輸注による、静脈内、筋肉内、皮内、眼内、腹腔内、皮下、脊髄又は他の非経口投与経路が挙げられる。本明細書で使用される語句「非経口投与」は、通常は注射による、腸内投与及び局所投与以外の投与様式を意味する。或いは、本発明の化合物又は医薬組成物を、局所、表皮又は粘膜投与経路などの、非非経口経路により投与することができる。本発明の化合物又は医薬組成物は、経口投与のためのものであってもよい。
【0231】
本発明の化合物又は医薬組成物の好適な用量を、技術のある医師によって決定することができる。本発明の医薬組成物中の活性成分の実際の用量レベルは、患者にとって毒性的であることなく、特定の患者のための望ましい治療応答、組成、及び投与様式を達成するのに有効である活性成分の量を得るために変化し得る。選択される用量レベルは、用いられる本発明の特定の組成物の活性、投与経路、投与の時間、用いられる特定の化合物の排出速度、処置の持続時間、用いられる特定の組成物と共に使用される他の薬物、化合物及び／又は材料、年齢、性別、体重、状態、処置される患者の全身の健康及び以前の病歴、並びに医学界で周知の因子などの、様々な薬物動態学的因子に依存する。
【0232】
好適な用量は、例えば、処置される患者の約０．０１μｇ／ｋｇ～約１０００ｍｇ／ｋｇ体重、又は約０．１μｇ／ｋｇ～約１００ｍｇ／ｋｇ体重の範囲であってもよい。非限定的な例として、好適な用量は、１日当たり約１μｇ／ｋｇ～約１０ｍｇ／ｋｇ体重又は１日当たり約１０μｇ／ｋｇ～約５ｍｇ／ｋｇ体重であってもよい。
【0233】
用量レジメンを、最適な望ましい応答（例えば、治療応答）を提供するように調整することができる。例えば、治療状況の緊急性によって示されるように、単回用量を投与してもよく、数回に分割された用量を経時的に投与してもよく、又は用量を比例的に減少若しくは増加させてもよい。本明細書で使用される用量単位形態とは、処置される対象にとって単一用量として適する物理的に個別の単位を指す；それぞれの単位は、必要とされる薬学的担体と関連する所望の治療効果をもたらすように算出される活性化合物の所定量を含有する。
【0234】
投与は、単一又は複数の用量にあってもよい。複数用量を、同じか、又は異なる経路により、同じか、又は異なる位置に投与することができる。或いは、用量は、持続放出製剤によるものであってもよく、その場合、低頻度の投与が必要である。用量及び頻度は、患者におけるアンタゴニストの半減期及び望ましい処置の持続時間に応じて変化してもよい。
【0235】
上記のように、本発明の化合物又は医薬組成物を、１又は複数の他の治療剤と共に同時投与することができる。例えば、他の薬剤は、鎮痛剤、麻酔剤、免疫抑制剤又は抗炎症剤であってもよい。
【0236】
２つ以上の薬剤の組合せ投与を、いくつかの異なる方法で達成することができる。両方とも単一の組成物中で一緒に投与するか、又はそれらを組合せ治療の一部として別々の組成物中で投与してもよい。例えば、一方を、他方の前、後に、又はそれと同時に投与してもよい。
【0237】
以下の例を、どのように本発明の方法及び組成を作製し、使用するかの完全な開示及び説明を当業者に提供するために下記に示す。これらの例は、発明者等が彼らの発明とみなすことの範囲を限定することを意図するものではない。
【実施例0238】
（例１） － 化合物の合成
（例１（Ａ）） － 式（１）～（６３）及び（６５）の化合物の合成
化合物（１）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例４４）に開示されている。
化合物（２）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例８９）に開示されている。
化合物（３）の合成は、ＷＯ２０１４／００９２９５（例１２９）に開示されている。
化合物（４）の合成は、ＷＯ２０１４／００９２９５（例１７３）に開示されている。
化合物（５）の合成は、ＷＯ２０１４／００９２９５（例３１９）に開示されている。
化合物（６）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例４９０）に開示されている。
化合物（７）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例１５６）に開示されている。
（例１（Ａ）） － 式（１）～（６３）及び（６５）の化合物の合成
化合物（１）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例４４）に開示されている。
化合物（２）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例８９）に開示されている。
化合物（３）の合成は、ＷＯ２０１４／００９２９５（例１２９）に開示されている。
化合物（４）の合成は、ＷＯ２０１４／００９２９５（例１７３）に開示されている。
化合物（５）の合成は、ＷＯ２０１４／００９２９５（例３１９）に開示されている。
化合物（６）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例４９０）に開示されている。
化合物（７）の合成は、ＷＯ２０１３／１８６２２９（例１５６）に開示されている。
【0239】
（例２） － 抗体誘導
５匹のＳｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットを、ベンゾイミダゾール化合物（１）との複合体のヒトＴＮＦαで免疫した後、免疫Ｂ細胞を９６ウェルプレートで培養して、クローン増殖及び抗体分泌を誘導した（Tickle, S. et al., High throughput screening for high affinity antibodies Journal of Laboratory Automation 2009 14: 303-307）。均一なビーズベースＦＭＡＴアッセイにおいて、培養上清を、アポヒトＴＮＦαと比較して化合物（１）との複合体のヒトＴＮＦαに優先的に（５０倍モル過剰で）結合するＩｇＧ抗体について、スクリーニングした。ヒトＴＮＦα（＋／－化合物（１））を、ビオチン化抗ヒトＦｃ（Ｊａｃｋｓｏｎカタログ番号１０９－０６６－０９８）に結合されたヒトＴＮＦ－受容体Ｉ－Ｆｃ融合タンパク質（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓカタログ番号３７２－Ｒｌ－０５０）を使用する捕捉システムによって、ビーズ表面（ｓｕｐｅｒａｖｉｄｉｎ被覆Ｂａｎｇｓ Ｂｅａｄｓ、カタログ番号ＣＰ０１Ｎ）に提示した。
５匹のＳｐｒａｇｕｅ Ｄａｗｌｅｙラットを、ベンゾイミダゾール化合物（１）との複合体のヒトＴＮＦαで免疫した後、免疫Ｂ細胞を９６ウェルプレートで培養して、クローン増殖及び抗体分泌を誘導した（Tickle, S. et al., High throughput screening for high affinity antibodies Journal of Laboratory Automation 2009 14: 303-307）。均一なビーズベースＦＭＡＴアッセイにおいて、培養上清を、アポヒトＴＮＦαと比較して化合物（１）との複合体のヒトＴＮＦαに優先的に（５０倍モル過剰で）結合するＩｇＧ抗体について、スクリーニングした。ヒトＴＮＦα（＋／－化合物（１））を、ビオチン化抗ヒトＦｃ（Ｊａｃｋｓｏｎカタログ番号１０９－０６６－０９８）に結合されたヒトＴＮＦ－受容体Ｉ－Ｆｃ融合タンパク質（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓカタログ番号３７２－Ｒｌ－０５０）を使用する捕捉システムによって、ビーズ表面（ｓｕｐｅｒａｖｉｄｉｎ被覆Ｂａｎｇｓ Ｂｅａｄｓ、カタログ番号ＣＰ０１Ｎ）に提示した。
【0240】
ＴＮＦα－化合物（１）複合体への優先的な結合を示した抗体を「コンフォメーション選択的」と名付け、クローニングへ進めた。蛍光Ｆｏｃｉ法（米国特許第７９９３８６４号／欧州特許第１５７０２６７Ｂ１号）を使用して陽性ウェル由来の抗原特異的Ｂ細胞を識別及び単離し、特異的抗体可変領域遺伝子を逆転写（ＲＴ）－ＰＣＲによって単一細胞から収集した。
【0241】
ヒト及びマウスＴＮＦα＋化合物の両方にコンフォメーション選択的結合を示した２つの代表的な抗体、ＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５＿０１９７９のアミノ酸配列を以下に示す：
ＣＡ１８５＿０１９７４．０（ＶＲ０００１８３７）
軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）配列番号７（ＣＤＲは下線部）
重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）配列番号８（ＣＤＲは下線部）
ＣＡ１８５＿０１９７９．０（ＶＲ０００１８４２）
軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）配列番号２２（ＣＤＲは下線部）
重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）配列番号２３（ＣＤＲは下線部）
ＣＡ１８５＿０１９７４．０（ＶＲ０００１８３７）
軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）配列番号７（ＣＤＲは下線部）
【数1】
重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）配列番号８（ＣＤＲは下線部）
【数2】
ＣＡ１８５＿０１９７９．０（ＶＲ０００１８４２）
軽鎖可変領域（ＬＣＶＲ）配列番号２２（ＣＤＲは下線部）
【数3】
重鎖可変領域（ＨＣＶＲ）配列番号２３（ＣＤＲは下線部）
【数4】
【0242】
（例３） － 誘導された抗体の潜在的エピトープ
ラット誘導抗体が化合物の存在下でヒト及びマウスＴＮＦαの両方に結合する能力を考慮して、ラット、マウス及びヒトアミノ酸配列の詳細な解析並びにＴＮＦαのＸ線結晶構造を、可能性のあるエピトープが決定されうるかを確認するために行った。
ラット誘導抗体が化合物の存在下でヒト及びマウスＴＮＦαの両方に結合する能力を考慮して、ラット、マウス及びヒトアミノ酸配列の詳細な解析並びにＴＮＦαのＸ線結晶構造を、可能性のあるエピトープが決定されうるかを確認するために行った。
【0243】
ラット ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ１６５９９（配列番号３２）
マウス ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ０６８０４（配列番号３３）
ヒト ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ０１３７５（配列番号３４）
【数5】
マウス ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ０６８０４（配列番号３３）
【数6】
ヒト ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ０１３７５（配列番号３４）
【数7】
【0244】
ラット、マウス及びヒトのＴＮＦαＵｎｉＰｒｏｔ配列のアラインメント及び比較から、成熟した切断産物においてラットアミノ酸配列がヒトと異なり、ヒト配列とマウス配列とが一致する例には、Ｎ１６８、Ｉ１９４、Ｆ２２０及びＡ２２１（ヒト配列からの残基及びナンバリング）が含まれる。
【0245】
これらの残基を、ヒトＴＮＦαの結晶構造（１ＴＮＦ）において強調する（図１）。これらのアミノ酸のいずれかが抗体ＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５＿０１９７９によって標的とされるエピトープに含まれている可能性がある。
【0246】
マウスＩｇＧ及びマウスＦａｂ（ヒンジなし）ベクターへ抗体可変領域をクローニングした後、抗体ＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５＿０１９７９の結合のコンフォメーション選択的性質を、ＴＮＦαに結合する様々な試験化合物を使用して、ＨＰＬＣ、ＢＩＡｃｏｒｅ、ＥＬＩＳＡ及び細胞ベースアッセイで確認した。
【0247】
ＣＡ１８５＿０１９７９に対するエピトープのより包括的な解析を下記例９及び１０に示す。
【0248】
（例４） － 抗体特徴を決定するための高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）
マウスＦａｂ断片の特異的結合を、サイズ排除クロマトグラフィーを使用して、ＣＡ１８５＿０１９７４と化合物（１）で複合体化したヒトＴＮＦαとの間の複合体形成により実証した。結果を図２に示す。この図に示されるように、０．５×モル過剰のＦａｂでの優勢ピークは、結合したＦａｂ及びトリマー－化合物複合体に相当する（但し、Ｆａｂに結合していない一部のトリマー－化合物複合体の存在を示す小さなピークがある）。１．０×モル過剰のＦａｂに、トリマー－化合物複合体に結合したＦａｂに相当する、１つのより高分子量のピークがある。１．５×及び２×モル過剰のＦａｂに、未結合のＦａｂに相当する増大するより低分子量のピークがある。
マウスＦａｂ断片の特異的結合を、サイズ排除クロマトグラフィーを使用して、ＣＡ１８５＿０１９７４と化合物（１）で複合体化したヒトＴＮＦαとの間の複合体形成により実証した。結果を図２に示す。この図に示されるように、０．５×モル過剰のＦａｂでの優勢ピークは、結合したＦａｂ及びトリマー－化合物複合体に相当する（但し、Ｆａｂに結合していない一部のトリマー－化合物複合体の存在を示す小さなピークがある）。１．０×モル過剰のＦａｂに、トリマー－化合物複合体に結合したＦａｂに相当する、１つのより高分子量のピークがある。１．５×及び２×モル過剰のＦａｂに、未結合のＦａｂに相当する増大するより低分子量のピークがある。
【0249】
したがって、化学量論は、１．５×及び２×のモル過剰を示す過剰Ｆａｂを有する、１Ｆａｂ：１ＴＮＦαトリマーと決定された。
【0250】
また化合物（１）で複合体化したヒトＴＮＦα複合体へのＣＡ１８５＿０１９７９の結合を、サイズ排除クロマトグラフィーを使用して調べた。結果を図３に示す。ＣＡ１８５＿０１９７４について、化学量論は、１．５×及び２×のモル過剰を示す過剰Ｆａｂを有する、１Ｆａｂ：１ＴＮＦαトリマーと決定された。
【0251】
（例５） － 抗体特徴を決定するためのＢＩＡｃｏｒｅアッセイ
表面プラズモン共鳴を、２５℃でＢＩＡｃｏｒｅＴ２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して行った。抗マウスＦｃ（Ｊａｃｋｓｏｎ１１５－００６－０７１）を、ＣＭ５センサチップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）に、アミンカップリング化学を介して固定化し、約６０００反応単位の捕捉レベルとした。ＨＢＳ－ＥＰバッファー（１０ｍＭのＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４、０．１５ＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、０．０５％（ｖ／ｖ）界面活性剤Ｐ２０－ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）＋１％ＤＭＳＯを、ランニングバッファーとして使用した。各ＩｇＧの１μｇ／ｍｌでの１０μｌの注入液を、固定化抗マウスＦｃによる捕捉のために使用して、ＴＮＦα－結合表面を作製した。ヒト又はマウスＴＮＦα（インハウス）を５０ｎＭで、ＨＢＳ－ＥＰ＋（１％ＤＭＳＯ）中２μＭの化合物と共に５時間プレインキュベートした。
表面プラズモン共鳴を、２５℃でＢＩＡｃｏｒｅＴ２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して行った。抗マウスＦｃ（Ｊａｃｋｓｏｎ１１５－００６－０７１）を、ＣＭ５センサチップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）に、アミンカップリング化学を介して固定化し、約６０００反応単位の捕捉レベルとした。ＨＢＳ－ＥＰバッファー（１０ｍＭのＨＥＰＥＳ ｐＨ７．４、０．１５ＭのＮａＣｌ、３ｍＭのＥＤＴＡ、０．０５％（ｖ／ｖ）界面活性剤Ｐ２０－ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）＋１％ＤＭＳＯを、ランニングバッファーとして使用した。各ＩｇＧの１μｇ／ｍｌでの１０μｌの注入液を、固定化抗マウスＦｃによる捕捉のために使用して、ＴＮＦα－結合表面を作製した。ヒト又はマウスＴＮＦα（インハウス）を５０ｎＭで、ＨＢＳ－ＥＰ＋（１％ＤＭＳＯ）中２μＭの化合物と共に５時間プレインキュベートした。
【0252】
ヒト又はマウスのＴＮＦα＋／－試験化合物の３分注入液を、３０μｌ／分の流量で各捕捉ＩｇＧに通した。表面を１０μｌ／分の流量で、６０秒の４０ｍＭのＨＣｌ×２及び３０秒の５ｍＭのＮａＯＨの注入により再生した。二重参照バックグラウンド減算結合曲線を、Ｔ２００ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェア（バージョン１．０）を使用して標準手法に従って解析した。動態パラメータを適応アルゴリズムから決定した。
【0253】
２つの化合物系統からの試験化合物の存在下及び非存在下におけるヒト及びマウスＴＮＦαの動態結合データを、下記表１及び２に示す。
【表2】
【0254】
２つの化合物系統からの代表的試験化合物であるＣＡ１８５＿０１９７４とＣＡ１８５＿０１９７９の両方が、化合物－変形したヒトＴＮＦαに対して、＞２ｌｏｇの選択的結合を示した。
【表3】
【0255】
２つの化合物系統からの代表的試験化合物であるＣＡ１８５＿０１９７４とＣＡ１８５＿０１９７９の両方が、化合物－変形したマウスＴＮＦαに対して、＞１．５及び＞２ｌｏｇの選択的結合を示した。
【0256】
（例６） － 抗体特徴を決定するためのＥＬＩＳＡ
サンドイッチＥＬＩＳＡを展開して、本発明の化合物に結合されたＴＮＦαの濃度を、これらの化合物との複合体であるときのＴＮＦαのコンフォメーションを特異的に検出する抗体ＣＡ１８５＿０１９７４．０を使用して測定した。簡単に述べると、試験化合物との複合体のＴＮＦαを固定化するために、マイクロタイタープレートを、ＣＡ１８５＿０１９７４．０でコーティングした。ＴＮＦαを５０×モル過剰の試験化合物と共に２～８℃で一晩インキュベートした。この一晩のインキュベーション後、ＴＮＦαを、ヘテロフィリックな抗体ブロッカーの存在下、内因性ＴＮＦαを枯渇させた純粋なヒト血漿で段階的に希釈して、コーティングされたプレートに加えた。曲線を０．７８ｐｇ／ｍｌ～５０ｐｇ／ｍｌのＴＮＦαの濃度範囲で作成した。ビオチン化ポリクローナル抗ＴＮＦα抗体を使用して、結合されたＴＮＦαを検出し、ストレプトアビジン－ペルオキシダーゼ及びＴＭＢ基質を用いて比色定量シグナルを得た。Ｐｅｒｋｉｎ ＥｌｍｅｒからのＥＬＡＳＴキットを使用し、ストレプトアビジン－ペルオキシダーゼとＴＭＢ基質との間の追加ステップとしてチラミドシグナル増幅を使用して、アッセイの感度を増加させた。
サンドイッチＥＬＩＳＡを展開して、本発明の化合物に結合されたＴＮＦαの濃度を、これらの化合物との複合体であるときのＴＮＦαのコンフォメーションを特異的に検出する抗体ＣＡ１８５＿０１９７４．０を使用して測定した。簡単に述べると、試験化合物との複合体のＴＮＦαを固定化するために、マイクロタイタープレートを、ＣＡ１８５＿０１９７４．０でコーティングした。ＴＮＦαを５０×モル過剰の試験化合物と共に２～８℃で一晩インキュベートした。この一晩のインキュベーション後、ＴＮＦαを、ヘテロフィリックな抗体ブロッカーの存在下、内因性ＴＮＦαを枯渇させた純粋なヒト血漿で段階的に希釈して、コーティングされたプレートに加えた。曲線を０．７８ｐｇ／ｍｌ～５０ｐｇ／ｍｌのＴＮＦαの濃度範囲で作成した。ビオチン化ポリクローナル抗ＴＮＦα抗体を使用して、結合されたＴＮＦαを検出し、ストレプトアビジン－ペルオキシダーゼ及びＴＭＢ基質を用いて比色定量シグナルを得た。Ｐｅｒｋｉｎ ＥｌｍｅｒからのＥＬＡＳＴキットを使用し、ストレプトアビジン－ペルオキシダーゼとＴＭＢ基質との間の追加ステップとしてチラミドシグナル増幅を使用して、アッセイの感度を増加させた。
【0257】
またＥＬＩＳＡを展開して、全ＴＮＦα（遊離ＴＮＦα＋試験化合物との複合体でのＴＮＦα）を並行して測定した。このアッセイのために、コーティング抗体を、市販の抗ＴＮＦαポリクローナル抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ ＡＨＣ３８１２）に置き換えた。また試料インキュベーション時間を３時間に増加させた。他の全てのステップは、コンフォメーション特異的アッセイと同一であった。これにより、試験化合物との複合体でのＴＮＦαの量を、全ＴＮＦαに対する割合として計算することができる。
【0258】
化合物（３）、（４）及び（５）との全ＴＮＦαＥＬＩＳＡの結果を図４に示す。
【0259】
ＣＡ１８５＿０１９７４．０並びに化合物（３）、（４）及び（５）を用いたコンフォメーション特異的ＴＮＦαＥＬＩＳＡの結果を図５に示す。アポＴＮＦαはこのアッセイでシグナルを示さず、化合物結合ＴＮＦαに対する抗体ＣＡ１８５＿０１９７４の結合の特異的性質を実証した。抗体は、様々な化合物系統由来の様々な試験化合物で結合されたＴＮＦαを認識することができた。
【0260】
（例７） － 抗体特徴を決定するための細胞ベースアッセイ
組換え抗体をまた、化合物－変形したＴＮＦαに対する結合について、ＦＡＣＳアッセイで、１μｇ／ｍｌのドキシサイクリンで２．５時間誘導した後のＴＮＦ－ＲＩを過剰発現するヒト胚性腎（ＨＥＫ）ＪｕｍｐＩｎ細胞を使用して試験した。ＨＥＫ細胞をトリプシン処理し、培地中で２時間インキュベートして消化ＴＮＦＲＩレベルを回復させた。２μｇ／ｍＬのヒトＴＮＦαを、４０μＭの化合物（１）又は０．４％のＤＭＳＯと共に３７℃で１時間プレインキュベートした。プレインキュベーション混合物を、氷上で１時間、細胞に加えた（１：４希釈液、最終濃度：０．５μｇ／ｍＬのヒト－ＴＮＦα＋／－１０μＭの化合物（１）又は０．１％のＤＭＳＯ）。細胞を洗浄し、固定して（１．５％ＰＦＡ）、氷上で１時間、１又は１０μｇ／ｍＬの抗体（二次抗体：抗マウス－Ａｌｅｘａ４８８）を用いて染色した後、受容体結合ＴＮＦαについて解析した。
組換え抗体をまた、化合物－変形したＴＮＦαに対する結合について、ＦＡＣＳアッセイで、１μｇ／ｍｌのドキシサイクリンで２．５時間誘導した後のＴＮＦ－ＲＩを過剰発現するヒト胚性腎（ＨＥＫ）ＪｕｍｐＩｎ細胞を使用して試験した。ＨＥＫ細胞をトリプシン処理し、培地中で２時間インキュベートして消化ＴＮＦＲＩレベルを回復させた。２μｇ／ｍＬのヒトＴＮＦαを、４０μＭの化合物（１）又は０．４％のＤＭＳＯと共に３７℃で１時間プレインキュベートした。プレインキュベーション混合物を、氷上で１時間、細胞に加えた（１：４希釈液、最終濃度：０．５μｇ／ｍＬのヒト－ＴＮＦα＋／－１０μＭの化合物（１）又は０．１％のＤＭＳＯ）。細胞を洗浄し、固定して（１．５％ＰＦＡ）、氷上で１時間、１又は１０μｇ／ｍＬの抗体（二次抗体：抗マウス－Ａｌｅｘａ４８８）を用いて染色した後、受容体結合ＴＮＦαについて解析した。
【0261】
図６に示されるように、１及び１０μｇ／ｍｌのＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５＿０１９７９を用いた染色のＦＡＣＳヒストグラムプロットは、抗体が、化合物（１）とプレインキュベートしたＴＮＦαのみを認識することを実証する。ＤＭＳＯ対照では染色はなかった。
【0262】
さらに、ＣＡ１８５＿０１９７４及びＣＡ１８５－０１９７９Ｆａｂ断片の特異的結合が、化合物－変形した膜結合ＴＮＦαを用いて実証された。ＴＡＣＥ切断部位のノックアウトにより膜ＴＮＦαを過剰発現する改変ＮＳ０細胞系を、０．００１～１０μＭの化合物（１）又は０．１％のＤＭＳＯと共に３７℃で１時間インキュベートした。細胞を洗浄し、固定して、氷上で１時間、０．０１又は０．１μｇ／ｍｌの抗体Ｆａｂ断片を用いて染色した（二次抗体は、Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈからの抗マウスＦａｂ－ＤｙｅＬｉｇｈｔ４８８を用いた）。
【0263】
ＣＡ１８５＿０１９７４（図７）及びＣＡ１８５＿０１９７９Ｆａｂ断片を用いた染色のＦＡＣＳヒストグラムプロットは、抗体が、化合物（１）とプレインキュベートしたＴＮＦのみを認識することを実証する。ＤＭＳＯ対照では染色はなかった。
【0264】
（例８） － 抗体ＣＡ１８５＿０１９７４は、ヒトＴＮＦ－化合物（４）複合体に対して３００倍の選択性を示す
化合物（４）を、ヒト及びカニクイザルＴＮＦとインキュベートし、マウス全長抗体ＣＡ１８５＿０１９７４に対して滴定して、正確な親和性値を決定した。実験には、以下の対照を含めた：（ｉ）１９７４に対してヒト又はカニクイザルＴＮＦ＋ＤＭＳＯ；（ｉｉ）抗体なしに対してヒト又はカニクイザルＴＮＦ＋ＤＭＳＯ；及び（ｉｉｉ）抗体なしに対してヒト又はカニクイザルＴＮＦ＋化合物（４）。それぞれの試料及び対照は二連で実施し、それぞれ複製で４種の濃度を使用した。
化合物（４）を、ヒト及びカニクイザルＴＮＦとインキュベートし、マウス全長抗体ＣＡ１８５＿０１９７４に対して滴定して、正確な親和性値を決定した。実験には、以下の対照を含めた：（ｉ）１９７４に対してヒト又はカニクイザルＴＮＦ＋ＤＭＳＯ；（ｉｉ）抗体なしに対してヒト又はカニクイザルＴＮＦ＋ＤＭＳＯ；及び（ｉｉｉ）抗体なしに対してヒト又はカニクイザルＴＮＦ＋化合物（４）。それぞれの試料及び対照は二連で実施し、それぞれ複製で４種の濃度を使用した。
【0265】
図８及び９に示されるように、ｈＴＮＦ＋化合物（４）及びｃＴＮＦ＋化合物（４）のバックグラウンド結合は、アッセイの経過にわたって５～１０ＲＵ増加した。これは、第２の二連における、ＣＡ１８５＿０１９７４に対するｈ／ｃＴＮＦ＋化合物（４）結合のより高い応答でみられる。化合物（４）の非存在下でのｈＴＮＦ及びｃＴＮＦの結合は一貫して非常に低かった。
【0266】
このアッセイにおけるマウス全長ＩｇＧ ＣＡ１８５＿１９７４＿Ｐ８に結合するｈＴＮＦ＋ＤＭＳＯの動態は、先の単一濃度解析と非常に類似していた。しかしながら、マウス全長ＩｇＧ ＣＡ１８５＿１９７４＿Ｐ８に対するカニクイザルＴＮＦの親和性は類似しているが、動態は異なる。
【0267】
表３は、ＣＡ１８５＿１９７４＿Ｐ８に対する各解析物の結合の動態を示す。表４は、ＣＡ１８５＿１９７４＿ｐ８に対するＴＮＦの動態の平均値及び＋／－化合物（４）の倍率差を示す。図８は、ｃＴＮＦ＋／－化合物（４）の二連両方のセンソグラムを示す。図９は、ｈＴＮＦ＋／－化合物（４）の二連両方のセンソグラムを示す。
【表4】
【表5】
【0268】
（例９） － Ｍａら（２０１４）及びＳｉｌｖｉａｎら（２０１１）の化合物及び複合体は、本発明の化合物及び複合体と異なる特徴を有する
Ma et al. (2014) JBC 289:12457-12466, C87の１２４５８頁に記載されているように、Ｃ８７は、ＴＮＦβの外部表面との相互作用において、ＴＮＦＲ１のループ２／ドメイン２由来の７アミノ酸ペプチドによって占められる空間に適応する分子を見つけることを試みるバーチャルスクリーニングを通じて発見された。ＭａらからのＣ８７化合物、及びSilvian et al. (2011) ACS Chemical Biology 6:636-647からのＢＩＯ８８９８化合物を、本発明者によって試験した。
Ma et al. (2014) JBC 289:12457-12466, C87の１２４５８頁に記載されているように、Ｃ８７は、ＴＮＦβの外部表面との相互作用において、ＴＮＦＲ１のループ２／ドメイン２由来の７アミノ酸ペプチドによって占められる空間に適応する分子を見つけることを試みるバーチャルスクリーニングを通じて発見された。ＭａらからのＣ８７化合物、及びSilvian et al. (2011) ACS Chemical Biology 6:636-647からのＢＩＯ８８９８化合物を、本発明者によって試験した。
【0269】
知見の要約
Ｍａらで記載されたＣ８７についてのＢｉａｃｏｒｅ観察結果は再現することができなかった。
Ｍａらで記載されたＣ８７についてのＢｉａｃｏｒｅ観察結果は再現することができなかった。
【0270】
細胞におけるＴＮＦ特異的阻害の証拠は観察されなかった。
【0271】
さらにＣ８７は、ミリモルの親和性に感受性である質量分析で結合が観察されなかった。
【0272】
広範な結晶学的試みで、アポ－ＴＮＦ（化合物なしのＴＮＦ）のみが製造された。
【0273】
蛍光偏光（ＦＰ）アッセイにおいて、Ｃ８７は、蛍光読出しを有する化合物の干渉レベルを超える有意な阻害を示さなかった。
【0274】
ＴＮＦαの熱融解温度の安定化を測定するＴｈｅｒｍｏｆｌｕｏｒで、Ｃ８７についての小さな安定化が示された。
【0275】
要約すると、トリマーの中心にＣ８７が結合している証拠は見つからなかった。圧倒的多数のデータが、ＴＮＦαとの直接的相互作用がないことを示唆した。ＢＩＯ８８９８もＴＮＦαに結合しないことが分かった。
【0276】
細胞－ＴＮＦ誘導性ＨＥＫ ＮＦＫＢレポーター遺伝子アッセイ
Ｃ８７を、ＴＮＦαと１時間プレインキュベートしてから、ＮＦκＢの制御下にＳＥＡＰで安定的にトランスフェクトしたＨＥＫ－２９３細胞に加えた。適切なカウンタースクリーンも、非ＴＮＦ関連（オフターゲット）活性を検出するために試験した。アッセイを一晩インキュベートした後、阻害を、対照化合物による１００％ブロッキングと比較して測定した。最大Ｃ８７濃度は１０，０００ｎＭであり、３倍段階希釈した。
Ｃ８７を、ＴＮＦαと１時間プレインキュベートしてから、ＮＦκＢの制御下にＳＥＡＰで安定的にトランスフェクトしたＨＥＫ－２９３細胞に加えた。適切なカウンタースクリーンも、非ＴＮＦ関連（オフターゲット）活性を検出するために試験した。アッセイを一晩インキュベートした後、阻害を、対照化合物による１００％ブロッキングと比較して測定した。最大Ｃ８７濃度は１０，０００ｎＭであり、３倍段階希釈した。
【0277】
阻害効果は検出されず、オフターゲット活性に帰属させることはできなかった。
【0278】
Ｂｉａｃｏｒｅ
ａｖｉ－タグリンカーを使用してＴＮＦを固定化し、Ｃ８７にチップを通過させた。一実験では、最高濃度の１０μＭからＣ８７の用量応答を行った。結合は何ら観察されなかった。
ａｖｉ－タグリンカーを使用してＴＮＦを固定化し、Ｃ８７にチップを通過させた。一実験では、最高濃度の１０μＭからＣ８７の用量応答を行った。結合は何ら観察されなかった。
【0279】
第２の実験では、チップを通過するＣ８７の流量は減少した。小さなシフトが観察されたが、全体的な結合は無視できる程度であった。
【0280】
Ｍａらに記載のＴＮＦへのＣ８７の結合は、Ｙ軸上のＲＵ値に基づいた超化学量論である可能性が高かった。チップ上の標準ＴＮＦ密度で、この値は、単純な１：１結合について、予測されるよりも３０倍高い領域にあった。
【0281】
別の実験では、ＢＩＯ８８９８を、Ｂｉａｃｏｒｅ４０００機器のＳＰＲにより、ＣＤ４０Ｌの固定化可溶性形態及びＴＮＦαの可溶性形態に対して試験した。１７μＭの幾何平均ＩＣ５０がＣＤ４０Ｌに対する結合について決定され、一方で、このアッセイにおいて、ＴＮＦαに対する結合は１００μＭまでの濃度で検出されなかった。
【0282】
質量分析
４００μＭの濃度でＣ８７のヒトＴＮＦα（２０μＭ）への結合の証拠はなかった。より低い分子量（約４７３Ｄａ）種が、５％未満の占有率で結合しているようである。Ｃ８７は、５０３Ｄａの分子量を有する。４００μＭの濃度での占有率に基づいて、低分子量種の１ｍＭを超える親和性が予測される。
４００μＭの濃度でＣ８７のヒトＴＮＦα（２０μＭ）への結合の証拠はなかった。より低い分子量（約４７３Ｄａ）種が、５％未満の占有率で結合しているようである。Ｃ８７は、５０３Ｄａの分子量を有する。４００μＭの濃度での占有率に基づいて、低分子量種の１ｍＭを超える親和性が予測される。
【0283】
結晶学
全体的に、ＴＮＦαとのＣ８７の結晶化について、本出願に記載の化合物における通常的手段の試験条件を含め、多大な努力が注がれた。これには、様々リガンド濃度、様々なタンパク質濃度、及び様々な浸漬時間での多数の結晶化の試みの設定が含まれる。いくつかの結晶が観察され、解析によって、塩、つまり化合物を有しないＴＮＦであることが分かった。
全体的に、ＴＮＦαとのＣ８７の結晶化について、本出願に記載の化合物における通常的手段の試験条件を含め、多大な努力が注がれた。これには、様々リガンド濃度、様々なタンパク質濃度、及び様々な浸漬時間での多数の結晶化の試みの設定が含まれる。いくつかの結晶が観察され、解析によって、塩、つまり化合物を有しないＴＮＦであることが分かった。
【0284】
蛍光偏光（ＦＰ）
Ｃ８７を、蛍光化合物（プローブ）に対するアッセイの前に１時間、ＴＮＦαと共にプレインキュベートした。蛍光化合物との直接的（同じ部位で結合する）又は間接的（ＴＮＦを妨害する）のいずれかの競合が、ＦＰの減少により検出される。
Ｃ８７を、蛍光化合物（プローブ）に対するアッセイの前に１時間、ＴＮＦαと共にプレインキュベートした。蛍光化合物との直接的（同じ部位で結合する）又は間接的（ＴＮＦを妨害する）のいずれかの競合が、ＦＰの減少により検出される。
【0285】
阻害曲線の外挿により、約１００μＭのＩＣ５０が得られた。しかしながら、最高濃度の阻害剤で蛍光消光が観察され、差し引くと、このアッセイでＣ８７の阻害は無視できる程度となった。
【0286】
Ｔｈｅｒｍｏｆｌｕｏｒ
Ｔｈｅｒｍｏｆｌｕｏｒは、タンパク質を安定化又は妨害のいずれかをする化合物によるＴＮＦαの融解温度（Ｔｍ）の変化を測定する。３．８℃での安定化効果が５００μＭの濃度のＣ８７で観察されることから、非特異的でありうる弱い結合の可能性が示唆される。
Ｔｈｅｒｍｏｆｌｕｏｒは、タンパク質を安定化又は妨害のいずれかをする化合物によるＴＮＦαの融解温度（Ｔｍ）の変化を測定する。３．８℃での安定化効果が５００μＭの濃度のＣ８７で観察されることから、非特異的でありうる弱い結合の可能性が示唆される。
【0287】
（例１０） － ｈＴＮＦα及びＦａｂ１９７４複合体構造
１）タンパク質発現及び精製
ヒトＴＮＦα（ＣＩＤ２０４３、ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ０１３７５、残基７７～２３３）の可溶性形態を、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）で融合タンパク質として発現させ、以下の最終配列を得た：
を得た。
１）タンパク質発現及び精製
ヒトＴＮＦα（ＣＩＤ２０４３、ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ０１３７５、残基７７～２３３）の可溶性形態を、大腸菌（Ｅ．Ｃｏｌｉ）で融合タンパク質として発現させ、以下の最終配列を得た：
【数8】
を得た。
【0288】
配列番号３５の最初の「Ｓ」は、クローニングの人為生成物で、ＴＮＦの天然配列の一部ではない。したがって、配列番号３５の残基番号は、Ｖから開始する、つまりＶ１、Ｒ２、Ｓ３などである。配列番号３６は、この最初の「Ｓ」残基がない配列番号３５を表し、つまり
である。
【数9】
である。
【0289】
細胞を濃縮培地中３７℃でプレインキュベートし、０．１％のアラビノースの添加で誘導し、２５℃で一晩、ベクターｐＥＭＢ５４で発現させた。このベクターは、切断可能なＮ末端Ｈｉｓ６Ｓｍｔ－タグを導入する。細胞を溶解し、Ｎｉ－ＮＴＡキレートクロマトグラフィーにより精製した。融合タンパク質を、イミダゾールを含有するバッファーを用いて溶出し、プロテアーゼの添加により切断した。最終切断ＴＮＦαタンパク質を、減算型Ｎｉキレートクロマトグラフィー工程で精製して融合タグを除去し、さらに、サイズ排除クロマトグラフィーで精製して残余の不純物を除去した。最終ＴＮＦα産物を、典型的に２０．０ｍｇ／ｍｌに濃縮し、液体窒素中で急速凍結した。
【0290】
Ｎ５４Ｄ及びＣ１８２Ｓ変異を有するヒトＴＮＦＲ１（ＣＩＤ５６０２、ＵｎｉＰｒｏｔ Ｐ１９４３８、残基４２－１８４）の細胞外ドメインを、バキュロウイルスを感染させた昆虫細胞中で分泌タンパク質として発現させ、以下の最終配列を得た：
【数10】
【0291】
配列番号３７の最初の「Ｇ」は、クローニングの人為生成物で、ＴＮＦＲ１の天然配列の一部ではない。したがって、配列番号３７の残基ナンバリングは、Ｓから開始する、つまり、Ｓ１、Ｖ２、Ｃ３などである。配列番号３８は、この最初の「Ｇ」残基がない配列番号３７、つまり、
である。
【数11】
である。
【0292】
融合タンパク質プラスミドを、ｐＥＭＢ５０発現ベクターへクローニングした。これは切断可能なＮ末端の分泌シグナル及びＨｉｓ－タグ付け融合タンパク質をコードする。ウイルスを、バキュロウイルス発現システムを使用して作出した。感染した昆虫細胞は、培地中に融合タンパク質を分泌した。融合タンパク質を、Ｎｉ－ＮＴＡキレートクロマトグラフィーにより精製し、イミダゾール濃度勾配を使用してＮｉカラムから溶出した。溶出タンパク質をプロテアーゼで切断して、Ｎ末端Ｈｉｓ－融合タグを外した。次いで、切断ＴＮＦＲ１を減算型Ｎｉキレートクロマトグラフィー工程で精製し、さらに、サイズ排除クロマトグラフィーで精製した。最終ＴＮＦＲ１産物を、典型的に１０．０ｍｇ／ｍｌに濃縮し、液体窒素中で急速凍結した。
【0293】
複合体を形成するために、３３３μｌの３００ｍＭの精製ヒトＴＮＦαを、４，５６７μｌのＳＥＣバッファー（１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、１５０ｍＭのＮａＣｌ）及び１００μＬの化合物（２）（ＤＭＳＯ中１０ｍＭ、約１０モル過剰）と混合し、４℃で一晩インキュベートした。翌日、４０８０μｌのＳＥＣバッファーを、７００μｌのＴＮＦＲ１、５，０００μｌのＴＮＦα／ＵＣＢ１４７８７３３混合物及び２２０μｌの５００ｍＭのＦａｂ１９７４へ添加して、複合体を形成した；反応物の全量は１０ｍｌで、最終モル比は、３ＴＮＦαモノマー（１トリマーに対して当量）：２．５ＴＮＦＲ１受容体：１．２Ｆａｂであった。三元複合体（サイトカイン、リガンド、受容体、及びＦａｂ）を、４℃で１時間インキュベートした。次いで、試料を、１．５ｍｌまで濃縮し、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．５、１５０ｍＭのＮａＣｌで予め平衡化したＳｕｐｅｒｄｅｘ２００ １６／６００サイズ排除カラム（１２０ｍｌ）に１回の注入で載せた。三元複合体のピーク画分を選択し、１３．７ｍｇ／ｍｌまで濃縮し、直ちに結晶化の試みに用いた。
【0294】
２）結晶化
三元複合体を、０．５μｌの複合体と０．５μｌのＷｉｚａｒｄ ＩＩＩ／ＩＶ：０．１ＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．０、１０％のＰＥＧ６，０００（条件Ｂ８）を、８０μｌの同じ結晶化溶液の上方で混合することによる、シッティングドロップ蒸気拡散法により結晶化した。結晶を、初期設定後約２カ月、データ収集のために採取した。結晶を、５－１０－１５％のグリセロールで段階的に凍結保護し、次いで、２０１６年６月８日の、Ａｒｇｏｎｎｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙのＡｄｖａｎｃｅｄ Ｐｈｏｔｏｎ ＳｏｕｒｃｅでのＬｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ Ａｃｃｅｓｓ Ｔｅａｍ（ＬＳ－ＣＡＴ）、ビームライン２１－ＩＤ－Ｆでのデータ収集のために、液体窒素中で直接凍結した。
三元複合体を、０．５μｌの複合体と０．５μｌのＷｉｚａｒｄ ＩＩＩ／ＩＶ：０．１ＭのＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．０、１０％のＰＥＧ６，０００（条件Ｂ８）を、８０μｌの同じ結晶化溶液の上方で混合することによる、シッティングドロップ蒸気拡散法により結晶化した。結晶を、初期設定後約２カ月、データ収集のために採取した。結晶を、５－１０－１５％のグリセロールで段階的に凍結保護し、次いで、２０１６年６月８日の、Ａｒｇｏｎｎｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ ＬａｂｏｒａｔｏｒｙのＡｄｖａｎｃｅｄ Ｐｈｏｔｏｎ ＳｏｕｒｃｅでのＬｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ Ａｃｃｅｓｓ Ｔｅａｍ（ＬＳ－ＣＡＴ）、ビームライン２１－ＩＤ－Ｆでのデータ収集のために、液体窒素中で直接凍結した。
【0295】
３）構造決定
リガンド化合物（２）を伴った、ヒトＴＮＦα（ＣＩＤ２０４３）とヒトＴＮＦＲ１（ＣＩＤ５６０２）とＦａｂ１９７４との複合体の構造を、Ｐｈｅｎｉｘ．Ｐｈａｓｅｒを使用して、既に決定されている、ＵＣＢ１４７８７３３と結合したヒトＴＮＦα、ヒトＴＮＦＲ１、Ｆａｂ１９７９の構造、及び別で決定された単離Ｆａｂ１９７４の構造に基づいた導入モデルを用いて、分子置換により解明した。データをＸＤＳで積分し、ＸＳＣＡＬＥ１を使用してスケーリングした。初期構造決定及び精密化には、単結晶からの３．００Å分解能までのデータを使用した。Ｐｈｅｎｉｘ．Ｒｅｆｉｎｅ２でＣｏｏｔ３を使用して、反復マニュアルモデル構築を、Ｒ及びＲｆｒｅｅがＲ＝０．２０１、Ｒｆｒｅｅ＝０．２５９となるまで継続した。モデルの質を、Ｃｏｏｔ及びＭｏｌＰｒｏｂｉｔｙ４を使用して検証した。最終データ処理及び精密化統計を下表に列挙する。
リガンド化合物（２）を伴った、ヒトＴＮＦα（ＣＩＤ２０４３）とヒトＴＮＦＲ１（ＣＩＤ５６０２）とＦａｂ１９７４との複合体の構造を、Ｐｈｅｎｉｘ．Ｐｈａｓｅｒを使用して、既に決定されている、ＵＣＢ１４７８７３３と結合したヒトＴＮＦα、ヒトＴＮＦＲ１、Ｆａｂ１９７９の構造、及び別で決定された単離Ｆａｂ１９７４の構造に基づいた導入モデルを用いて、分子置換により解明した。データをＸＤＳで積分し、ＸＳＣＡＬＥ１を使用してスケーリングした。初期構造決定及び精密化には、単結晶からの３．００Å分解能までのデータを使用した。Ｐｈｅｎｉｘ．Ｒｅｆｉｎｅ２でＣｏｏｔ３を使用して、反復マニュアルモデル構築を、Ｒ及びＲｆｒｅｅがＲ＝０．２０１、Ｒｆｒｅｅ＝０．２５９となるまで継続した。モデルの質を、Ｃｏｏｔ及びＭｏｌＰｒｏｂｉｔｙ４を使用して検証した。最終データ処理及び精密化統計を下表に列挙する。
【0296】
４）参考文献
【0297】
【表6】
【0298】
６）構造の考察及び図
図１１は、ヒトＴＮＦα非対称トリマーと化合物（２）と２つのヒトＴＮＦＲ１受容体との複合体に結合したＦａｂ１９７４の構造を示す。
図１１は、ヒトＴＮＦα非対称トリマーと化合物（２）と２つのヒトＴＮＦＲ１受容体との複合体に結合したＦａｂ１９７４の構造を示す。
【0299】
ＴＮＦαとＦａｂとの間の主な接触は、重鎖及び置換ＴＮＦαモノマーＡを介する。重鎖ＣＤＲ２及び３は、モノマーＡの外表面との接触を形成し、ＣＤＲ３は、歪んだＡ／Ｃ受容体結合部位の開いた裂け目の中へ深く突き出ている。この裂け目中にＣＤＲ３が位置することによって、ＣＤＲ３のＴｙｒ１０３とモノマーＣのＴｙｒ１１５との間でパイスタッキングが生じる、ＣＡ１９７４重鎖とＴＮＦαモノマーＣとの間の接触だけがもたらされる。
【0300】
ＣＡ１９７４の軽鎖もまた、ＴＮＦαとの実質的な接触を形成し、歪んだＡ／Ｃ受容体結合裂け目と架橋する。軽鎖ＣＤＲ２は、裂け目の下部に向かって、排他的にモノマーＣと接触する。ＣＤＲ１の２残基のみが裂け目の内表面上でＴＮＦαと接触し、１つはモノマーＣと、もう１つはモノマーＡと結合する。軽鎖ＣＤＲ３は、モノマーＡと単独で会合し、裂け目の上部に向かって残基と相互作用する。
【0301】
図１２に、図１１と同じ構造であるが、計算的にモデル化した対称トリマー（つまり、リガンドの非存在下での変形していないトリマー）を伴う場合を示す。この対称トリマーを伴う場合、トリマーのＡ鎖は、Ｆａｂ断片との相互作用を保持している。しかしながら、Ｆａｂ断片とトリマーのＣ鎖との間の立体的衝突がある。
【0302】
（例１１） － エピトープ残基の同定
プログラムＮＣＯＮＴ（ＣＣＰ４結晶解析プログラムパッケージの一部）を使用して、Ｆａｂ１９７４とＴＮＦ非対称トリマーとの間の、４．０Å以内の距離にある残基を同定した。その距離内にある残基由来のＴＮＦαの全ての原子を、エピトープ残基として同定した。エピトープを、抗体原子の４．０Å以内にある抗原の原子として定義することは、当技術分野の常套手段である（例えば、Andersen et al(2006), Protein Science, 15, 2258-2567を参照されたい）。
プログラムＮＣＯＮＴ（ＣＣＰ４結晶解析プログラムパッケージの一部）を使用して、Ｆａｂ１９７４とＴＮＦ非対称トリマーとの間の、４．０Å以内の距離にある残基を同定した。その距離内にある残基由来のＴＮＦαの全ての原子を、エピトープ残基として同定した。エピトープを、抗体原子の４．０Å以内にある抗原の原子として定義することは、当技術分野の常套手段である（例えば、Andersen et al(2006), Protein Science, 15, 2258-2567を参照されたい）。
【0303】
この実験的に決定されたエピトープの結果を図１３に示す。このように同定されたＴＮＦαのＡ鎖の残基は、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８であった。この方法で同定されたＴＮＦαのＣ鎖上の残基は、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９であった。残基ナンバリングは、配列番号３６（「Ｓ」クローニング人為生成物のない可溶性ヒトＴＮＦα配列）に基づく。
【0304】
５．０Å近接内に次のさらなるＡ鎖残基（これらの残基もより広範なエピトープの一部を潜在的に形成する）を同定した：Ｑ２７、Ｑ４７、Ｓ８１、Ｑ８８、Ｙ１１９、Ｒ１３１及びＳ１３３。５．０Å近接内に（これらの残基もより広範なエピトープの一部を潜在的に形成する）次のさらなるＣ鎖残基：Ｐ１１７を同定した。再度、残基ナンバリングは、配列番号３６に基づく。これらの４．０及び５．０Å残基を、Ｆａｂ１９７４上の残基と共に下記の表にまとめる。
【表7】
【0305】
（例１２） － 標的占有率試薬としての１９７４の評価
ＣＡ１９７４の、飽和レベルの低分子とプレインキュベートした組換えヒトＴＮＦαの様々な濃度の範囲を検出する能力を試験した。ＴＮＦαの過剰の化合物とのプレインキュベーションは、０．１％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ／ＰＢＳ中で、１０μｇ／ｍｌのＴＮＦαを、１％（ｖ／ｖ）ＤＭＳＯ又は１０μＭの化合物（２）いずれかと混合し、低分子阻害剤をＴＮＦαの約５０倍のモル過剰にすることにより達成した。
ＣＡ１９７４の、飽和レベルの低分子とプレインキュベートした組換えヒトＴＮＦαの様々な濃度の範囲を検出する能力を試験した。ＴＮＦαの過剰の化合物とのプレインキュベーションは、０．１％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ／ＰＢＳ中で、１０μｇ／ｍｌのＴＮＦαを、１％（ｖ／ｖ）ＤＭＳＯ又は１０μＭの化合物（２）いずれかと混合し、低分子阻害剤をＴＮＦαの約５０倍のモル過剰にすることにより達成した。
【0306】
一晩インキュベーションした後、複合体を、インハウス抗ＴＮＦαモノクローナル抗体を使用する免疫沈降法により内因性ＴＮＦαを枯渇させたヒト血漿で、様々な濃度に希釈した。低分子結合ＴＮＦαを、サンドウィッチＥＬＩＳＡを使用して測定した。９６ウェルＥＬＩＳＡプレート（Ｎｕｎｃ）を、ＰＢＳ中０．１μｇ／ｍｌのＣＡ１９７４で、４℃で一晩コーティングした。プレートを、洗浄バッファー（０．０５％（ｖ／ｖ）Ｔｗｅｅｎ－２０／ＰＢＳ）で３回洗浄した後、２％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ／ＰＢＳで、室温で少なくとも１時間ブロッキングした。各試料１００μｌを、ブロッキングしたＥＬＩＳＡプレートに載せ、室温で、２００ｒｐｍで振盪しながら３０分間インキュベートした。プレートは、洗浄バッファーで３回洗浄した後、ウェル当たり１００μｌのビオチン化抗ＴＮＦα検出抗体（ＢＡＦ２１０、Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ）を１％（ｗ／ｖ）ＢＳＡ／洗浄バッファー中０．１μｇ／ｍｌの濃度で添加し、室温で１時間、２００ｒｐｍで振盪した。３回の洗浄の後、１％ＢＳＡ／洗浄バッファー中１００ｎｇ／ｍｌストレプトアビジン－ホースラディッシュペルオキシダーゼ（ＳＡ－ＨＲＰ、Ｓｉｇｍａ）をウェル当たり１００μｌ添加し、室温で、２００ｒｐｍで振盪しながら４５分間インキュベートした。プレートを洗浄バッファーで３回洗浄した後、Ｐｅｒｋｉｎ ＥｌｍｅｒからのＥＬＡＳＴシステムを使用して、ビオチン－チラミド（Ｂ－Ｔ）増幅工程を組み込み、さらなる増幅を得た。Ｂ－Ｔ溶液をＥＬＡＳＴバッファーで１００倍に希釈し、ウェル当たり１００μｌを添加し、プレートを、室温で、２００ｒｐｍで振盪しながら、正確に１５分間インキュベートした後、洗浄バッファーで４回洗浄した。ＥＬＡＳＴ ＳＡ－ＨＲＰとのインキュベーションを実行した後、４回洗浄し、ウェル当たり１００μｌのＴＭＢ（二液式、ＫＰＬ）を添加した。適切な色の変化に達した時点で、ウェル当たり１００μｌの２．５Ｍ硫酸を添加して反応を停止した。４５０ｎｍでの吸光度を、Ａｓｃｅｎｔ Ｓｏｆｔｗａｒｅバージョン２．６（Ｔｈｅｒｍｏ）を備えるＭｕｌｔｉｓｋａｎ ＥＸプレートリーダーを使用して測定した。
【0307】
アポＴＮＦαバックグラウンドを超える、ＴＮＦα＋過剰の低分子阻害剤が検出されうる濃度を決定するために、ＴＮＦα＋ＤＭＳＯのＯＤの結果の３つの標準偏差を、これらの値の平均に加えた。この値を超えるＴＮＦα＋低分子の注入の結果は全て、少なくとも０．９９９の確率で、アポＴＮＦαに対して有意に異なると考えられた。
【0308】
図１４にみられるように、ＴＮＦα－低分子複合体は、純粋な血漿中では２５ｐｇ／ｍｌ以上で検出することができ（少なくとも０．９９９の確率で）、アポＴＮＦαとのバックグラウンド交差反応性は認められなかった。このことは、ＣＡ１９７４が、複合体生物学的試料における標的占有率の測定に有用な試薬でありうることを実証する。
【0309】
（例１３） － 直接固定化された又はＣＡ１９７４による捕捉を介するヒトＴＮＦαへ結合する化合物（１）のシングルサイクルカイネティクス
化合物（１）の、直接固定化されたＴＮＦα又はＣＡ１９７４で捕捉されたＴＮＦαのいずれかに対するシングルサイクルカイネティクスのプロファイリングのために、表面プラズモン共鳴を、２５℃でＢＩＡｃｏｒｅ Ｔ２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して行った。ヒトＴＮＦαを、流路（Ｆｃ）２上に繋ぎ留めた（約２０００ＲＵ）。ＣＡ１９７４ ＩｇＧ（＞１０，０００反応単位）を、ＣＭ５センサチップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）に固定化したＦｃ３、４及びＦｃ１ブランク上に、アミンカップリング化学を介して繋ぎ留めた。表面を、ランニングバッファーとして使用したＨＢＳ－Ｐバッファー（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、０．１５ＭのＮａＣｌ、０．０００５％（ｖ／ｖ）界面活性剤Ｐ２０、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）＋５％ＤＭＳＯで安定化した。ヒトＴＮＦαを、約２，０００ＲＵの捕捉レベルまで、Ｆｃ４上へ流した。化合物（１）を、直列の４つのフローセル（１．８７５μＭ、３．７５μＭ、７．５μＭ及び３０μＭ）全てにわたって１００μｌ／分で流した。二重参照バックグラウンド－減算結合曲線を、Ｔ２００ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウエア（バージョン１．０）を使用して標準手法に従って作成した。結果を図１５に示す。
化合物（１）の、直接固定化されたＴＮＦα又はＣＡ１９７４で捕捉されたＴＮＦαのいずれかに対するシングルサイクルカイネティクスのプロファイリングのために、表面プラズモン共鳴を、２５℃でＢＩＡｃｏｒｅ Ｔ２００（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を使用して行った。ヒトＴＮＦαを、流路（Ｆｃ）２上に繋ぎ留めた（約２０００ＲＵ）。ＣＡ１９７４ ＩｇＧ（＞１０，０００反応単位）を、ＣＭ５センサチップ（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）に固定化したＦｃ３、４及びＦｃ１ブランク上に、アミンカップリング化学を介して繋ぎ留めた。表面を、ランニングバッファーとして使用したＨＢＳ－Ｐバッファー（１０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、ｐＨ７．４、０．１５ＭのＮａＣｌ、０．０００５％（ｖ／ｖ）界面活性剤Ｐ２０、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）＋５％ＤＭＳＯで安定化した。ヒトＴＮＦαを、約２，０００ＲＵの捕捉レベルまで、Ｆｃ４上へ流した。化合物（１）を、直列の４つのフローセル（１．８７５μＭ、３．７５μＭ、７．５μＭ及び３０μＭ）全てにわたって１００μｌ／分で流した。二重参照バックグラウンド－減算結合曲線を、Ｔ２００ Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウエア（バージョン１．０）を使用して標準手法に従って作成した。結果を図１５に示す。
【0310】
示したように、動態は、コンフォメーション選択的抗体ＣＡ１９７４を介して捕捉した場合、直接固定化されたアポＴＮＦとの「遅い結合－遅い解離」から「速い結合－速い解離」へ変わる。このことは、抗体が、通常の環境下ではエントロピー的に不利である新規の化学物質の同定を容易にする可能性がある、代替の、おそらく開いたコンフォメーションを、安定化することができることを示す。
【0311】
興味深いことに、ＣＡ１９７４は、構造モデルから、対称形態のアポＴＮＦαとの主要側鎖の衝突が示されているものの（図１２）、Ｂｉａｃｏｒｅ及びＳＥ－ＨＰＬＣの両実験から、アポＴＮＦαと相互作用しうることが示唆された。その相互作用の親和性は、典型的には、ＴＮＦα－低分子複合体で観察された親和性の１００分の１未満であった。ＳＥ－ＨＰＬＣから、ＣＡ１９７４が、アポＴＮＦαの低分子画分（２１％）と相互作用し、１：１（Ｆａｂ：アポＴＮＦαトリマー）複合体と一致する溶出特性を有する複合体を産生することが示唆された。まとめると、これらの観察は、アポＴＮＦαが、対称分子上の部分的エピトープへの抗体結合よりもむしろ抗体認識を可能にする「開いた」コンフォメーションを自然に採用するという仮説を支持する。Ｆａｂ－ＴＮＦα－低分子複合体と比較してＳＥ－ＨＰＬＣ実験で存在する複合体が少量であることと、観察されたアポＴＮＦαへの親和性がより低かったことは、この「開いた」コンフォメーションが、自然にとられるが一時的に存在するものであること、また、この形態のアポＴＮＦαが、低分子で安定化された形態よりもエネルギー的に安定性が非常に低く、それ故、抗体相互作用が損なわれることを意味する可能性がある。これらの知見は、これまでの分子動力学シミュレーション研究と、任意の１回にトリマーの６％が自然にとられた非対称の開いた状態を採用すると予想する、スピン標識ＴＮＦαを用いたＤＥＥＲ実験とで得られた結論を支持する。ＳＥＣ ＨＰＬＣ実験におけるＣＡ１９７４の存在は、開いた状態のコンフォメーションをとる方向へ平衡を導き、非対称トリマーの割合を高める可能性が高い。
【0312】
これは、標的タンパク質の稀にとられるコンフォメーションを規定する抗体が、どのように、他のエントロピー的に不利な化合物の結合を可能にすることにより低分子断片のスクリーニングを容易にしうるのか（図１５）、又は既定の不活性コンフォメーションを安定化しうる新規化学物質を検出する「センサ」として作用するのかを強調する。逆に言えば、標的タンパク質の稀にとられるコンフォメーションを安定化する低分子によって、誘導された新生エピトープを認識する抗体の生成を増大させることが可能である。
【数12-1】
【数12-2】
【数12-3】
【数12-4】
【数12-5】
【配列表フリーテキスト】
【0313】
配列番号１：＜２２３＞１９７４のＬＣＤＲ１
配列番号２：＜２２３＞１９７４のＬＣＤＲ２
配列番号３：＜２２３＞１９７４のＬＣＤＲ３
配列番号４：＜２２３＞１９７４のＨＣＤＲ１
配列番号５：＜２２３＞１９７４のＨＣＤＲ２
配列番号６：＜２２３＞１９７４のＨＣＤＲ３
配列番号７：＜２２３＞１９７４のＬＣＶＲ
配列番号８：＜２２３＞１９７４のＨＣＶＲ
配列番号９：＜２２３＞１９７４のＬＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号１０：＜２２３＞１９７４のＨＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号１１：＜２２３＞１９７４ ＬＣカッパ全長
配列番号１２：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ｍＩｇＧ１全長
配列番号１３：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号１４：＜２２３＞１９７４ ＬＣ ＤＮＡカッパ全長
配列番号１５：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ＤＮＡ ｍＩｇＧ１全長
配列番号１６：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ＤＮＡ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号１７：＜２２３＞１９７９のＬＣＤＲ２
配列番号１８：＜２２３＞１９７９のＬＣＤＲ３
配列番号１９：＜２２３＞１９７９のＨＣＤＲ１
配列番号２０：＜２２３＞１９７９のＨＣＤＲ２
配列番号２１：＜２２３＞１９７９のＨＣＤＲ３
配列番号２２：＜２２３＞１９７９のＬＣＶＲ
配列番号２３：＜２２３＞１９７９のＨＣＶＲ
配列番号２４：＜２２３＞１９７９のＬＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号２５：＜２２３＞１９７９のＨＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号２６：＜２２３＞１９７９ ＬＣカッパ全長
配列番号２７：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ｍＩｇＧ１全長
配列番号２８：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号２９：＜２２３＞１９７９ ＬＣ ＤＮＡカッパ全長
配列番号３０：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ＤＮＡ ｍＩｇＧ１全長
配列番号３１：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ＤＮＡ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号３７～３８：＜２２３＞Ｎ５４Ｄ及びＣ１８２Ｓ変異を有するヒトＴＮＦＲ１の細胞外ドメイン
配列番号２：＜２２３＞１９７４のＬＣＤＲ２
配列番号３：＜２２３＞１９７４のＬＣＤＲ３
配列番号４：＜２２３＞１９７４のＨＣＤＲ１
配列番号５：＜２２３＞１９７４のＨＣＤＲ２
配列番号６：＜２２３＞１９７４のＨＣＤＲ３
配列番号７：＜２２３＞１９７４のＬＣＶＲ
配列番号８：＜２２３＞１９７４のＨＣＶＲ
配列番号９：＜２２３＞１９７４のＬＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号１０：＜２２３＞１９７４のＨＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号１１：＜２２３＞１９７４ ＬＣカッパ全長
配列番号１２：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ｍＩｇＧ１全長
配列番号１３：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号１４：＜２２３＞１９７４ ＬＣ ＤＮＡカッパ全長
配列番号１５：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ＤＮＡ ｍＩｇＧ１全長
配列番号１６：＜２２３＞１９７４ ＨＣ ＤＮＡ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号１７：＜２２３＞１９７９のＬＣＤＲ２
配列番号１８：＜２２３＞１９７９のＬＣＤＲ３
配列番号１９：＜２２３＞１９７９のＨＣＤＲ１
配列番号２０：＜２２３＞１９７９のＨＣＤＲ２
配列番号２１：＜２２３＞１９７９のＨＣＤＲ３
配列番号２２：＜２２３＞１９７９のＬＣＶＲ
配列番号２３：＜２２３＞１９７９のＨＣＶＲ
配列番号２４：＜２２３＞１９７９のＬＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号２５：＜２２３＞１９７９のＨＣＶＲ ＤＮＡ
配列番号２６：＜２２３＞１９７９ ＬＣカッパ全長
配列番号２７：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ｍＩｇＧ１全長
配列番号２８：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号２９：＜２２３＞１９７９ ＬＣ ＤＮＡカッパ全長
配列番号３０：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ＤＮＡ ｍＩｇＧ１全長
配列番号３１：＜２２３＞１９７９ ＨＣ ＤＮＡ ｍＦａｂヒンジなし全長
配列番号３７～３８：＜２２３＞Ｎ５４Ｄ及びＣ１８２Ｓ変異を有するヒトＴＮＦＲ１の細胞外ドメイン
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10-1】
【図10-2】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【配列表】
【手続補正書】
【提出日】2022-10-13
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
トリマーＴＮＦαの少なくとも以下の残基：
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、かつ残基ナンバリングが配列番号３６に従う、上記抗体、
ＴＮＦαへの結合について上記抗体と競合する抗体、
上記抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド、
上記抗体と、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体とを含む医薬組成物、
対象から得られた試料中の化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメント（ｔａｒｇｅｔ ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ）バイオマーカーとしての上記抗体の使用であって、前記抗体が検出可能であり、前記複合体がトリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それにより、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節する、上記抗体の使用、
化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、トリマーＴＮＦαへの化合物のターゲットエンゲージメントを検出する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）上記抗体と、前記試料及び対照試料とを接触させるステップであって、前記抗体が検出可能である、ステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記試料への結合が前記検出可能抗体の前記対照試料への結合よりも高いことが、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法、
トリマーＴＮＦαのコンフォメーション変化を惹起する化合物のスクリーニングにおける上記抗体の使用であって、前記コンフォメーション変化が、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要な受容体のシグナル伝達を調節する、上記使用、
ＴＮＦαトリマーと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、前記複合体が、１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で上記抗体に結合する、上記複合体、
ＴＮＦαトリマーに結合して複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体が１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で上記抗体に結合する、上記化合物、或いは
ＴＮＦαトリマーに結合し、必要な受容体を介するトリマーのシグナル伝達を調節することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＴＮＦαトリマーと試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する上記抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
（ｃ）ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合、その測定された結合親和性が許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法。
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、かつ残基ナンバリングが配列番号３６に従う、上記抗体、
ＴＮＦαへの結合について上記抗体と競合する抗体、
上記抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド、
上記抗体と、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体とを含む医薬組成物、
対象から得られた試料中の化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメント（ｔａｒｇｅｔ ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ）バイオマーカーとしての上記抗体の使用であって、前記抗体が検出可能であり、前記複合体がトリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それにより、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節する、上記抗体の使用、
化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、トリマーＴＮＦαへの化合物のターゲットエンゲージメントを検出する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）上記抗体と、前記試料及び対照試料とを接触させるステップであって、前記抗体が検出可能である、ステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記試料への結合が前記検出可能抗体の前記対照試料への結合よりも高いことが、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法、
トリマーＴＮＦαのコンフォメーション変化を惹起する化合物のスクリーニングにおける上記抗体の使用であって、前記コンフォメーション変化が、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要な受容体のシグナル伝達を調節する、上記使用、
ＴＮＦαトリマーと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、前記複合体が、１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で上記抗体に結合する、上記複合体、
ＴＮＦαトリマーに結合して複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体が１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で上記抗体に結合する、上記化合物、或いは
ＴＮＦαトリマーに結合し、必要な受容体を介するトリマーのシグナル伝達を調節することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＴＮＦαトリマーと試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する上記抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
（ｃ）ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合、その測定された結合親和性が許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法。
【手続補正2】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】０２３６
【補正方法】変更
【補正の内容】
【0236】
２つ以上の薬剤の組合せ投与を、いくつかの異なる方法で達成することができる。両方とも単一の組成物中で一緒に投与するか、又はそれらを組合せ治療の一部として別々の組成物中で投与してもよい。例えば、一方を、他方の前、後に、又はそれと同時に投与してもよい。
本発明は以下の好ましい態様を含む。
（１）
トリマーＴＮＦαの少なくとも以下の残基：
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、かつ残基ナンバリングが配列番号３６に従う、上記抗体。
（２）
トリマーＴＮＦαのＣ鎖上のＥ１４６若しくはトリマーＴＮＦαのＣ鎖上のＰ１１７、又はＥ１４６及びＰ１１７の両方をさらに含むエピトープに結合する、（１）に記載の抗体。
（３）
トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基であるＡ１４５をさらに含むエピトープに結合する、（１）又は（２）に記載の抗体。
（４）
ＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基であるＱ８８をさらに含むエピトープに結合する、（１）から（３）までのいずれかに記載の抗体。
（５）
（ａ）Ｌ６３；
（ｂ）Ｌ９４；
（ｃ）Ｓ９５；及び
（ｄ）Ａ９６
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｌ６３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＬ９４、Ｓ９５及びＡ９６が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（４）までのいずれかに記載の抗体。
（６）
（ａ）Ｉ９７；
（ｂ）Ｌ９３；及び
（ｃ）Ｓ８１
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｉ９７、Ｌ９３及びＳ８１が、全てトリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（５）までのいずれかに記載の抗体。
（７）
（ａ）Ｋ６５；
（ｂ）Ｑ６７；
（ｃ）Ｐ１１３；
（ｄ）Ｄ１４３；
（ｅ）Ｔ７７；
（ｆ）Ｔ７９；
（ｇ）Ｉ８３；
（ｈ）Ｔ８９；
（ｇ）Ｋ９０；
（ｉ）Ｖ９１；
（ｊ）Ｎ９２；
（ｋ）Ｅ１３５；
（ｌ）Ｉ１３６；及び
（ｍ）Ｒ１３８
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３及びＤ１４３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＴ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｅ１３５、Ｉ１３６及びＲ１３８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（６）までのいずれかに記載の抗体。
（８）
（ａ）Ｙ１１９；
（ｂ）Ｑ４７；及び
（ｃ）Ｓ１３３
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、
Ｙ１１９、Ｑ４７及びＳ１３３の全てが、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（７）までのいずれかに記載の抗体。
（９）
配列番号３６のＴＮＦαの以下の残基：
（ａ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｙ１１５、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｂ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｃ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；又は
（ｄ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｑ２７、Ｑ４７、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｙ１１９、Ｒ１３１、Ｓ１３３、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９
を含むエピトープに結合する、（１）に記載の抗体。
（１０）
１ｎＭ以下の親和性（Ｋ Ｄ－ａｂ ）を有する、（１）から（９）までのいずれかに記載の抗体。
（１１）
２００ｐＭ以下の親和性を有する、（１０）に記載の抗体。
（１２）
ヒト化抗体である、（１）から（１１）までのいずれかに記載の抗体。
（１３）
Ｆａｂ、改変型Ｆａｂ、Ｆａｂ’、改変型Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’） ２ 、Ｆｖ、単一ドメイン抗体又はｓｃＦｖである、（１）から（１２）までのいずれかに記載の抗体。
（１４）
トリマーＴＮＦαと、化合物（１）～（７）：
のいずれか１つとの複合体に結合する、（１）から（１３）までのいずれかに記載の抗体。
（１５）
トリマー－化合物複合体に対して１ｎＭ以下の親和性（Ｋ Ｄ－ａｂ ）を有する、（１４）に記載の抗体。
（１６）
親和性が２００ｐＭ以下である、（１５）に記載の抗体。
（１７）
ＴＮＦαへの結合について（１）から（１６）までのいずれかに記載の抗体と競合する抗体。
（１８）
（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド。
（１９）
治療によるヒト又は動物の身体の処置の方法における使用のための（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体。
（２０）
（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体と、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体とを含む医薬組成物。
（２１）
対象から得られた試料中の化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメント（ｔａｒｇｅｔ ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ）バイオマーカーとしての（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体の使用であって、前記抗体が検出可能であり、前記複合体がトリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それにより、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節する、上記抗体の使用。
（２２）
化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、トリマーＴＮＦαへの化合物のターゲットエンゲージメントを検出する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体と、前記試料及び対照試料とを接触させるステップであって、前記抗体が検出可能である、ステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記試料への結合が前記検出可能抗体の前記対照試料への結合よりも高いことが、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法。
（２３）
トリマーＴＮＦαのコンフォメーション変化を惹起する化合物のスクリーニングにおける（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体の使用であって、前記コンフォメーション変化が、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要な受容体のシグナル伝達を調節する、上記使用。
（２４）
ＴＮＦαトリマーと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、前記複合体が、１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体に結合する、上記複合体。
（２５）
ＴＮＦαトリマーに結合して複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体が１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体に結合する、上記化合物。
（２６）
ＴＮＦαトリマーに結合し、必要な受容体を介するトリマーのシグナル伝達を調節することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＴＮＦαトリマーと試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
（ｃ）ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合、その測定された結合親和性が許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法。
（２７）
抗体が、ＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合及び／又は化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合と比較して、ＴＮＦαトリマー－化合物複合体に選択的に結合する、（２６）に記載の方法。
（２８）
抗体が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合及び／又はＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合に関するＫ Ｄ－ａｂ の少なくとも１００分の１のＫ Ｄ－ａｂ でＴＮＦαのトリマー－化合物複合体に結合する、（２７）に記載の方法。
（２９）
抗体が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合及び／又はＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合に関するＫ Ｄ－ａｂ の少なくとも２００分の１のＫ Ｄ－ａｂ でＴＮＦαのトリマー－化合物複合体に結合する、（２８）に記載の方法。
（３０）
高効率アッセイである、（２６）から（２９）までのいずれかに記載の方法。
（３１）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの安定性と比較して、ＴＮＦαトリマーの安定性を増加させる、（２６）から（３０）までのいずれかに記載の方法。
（３２）
安定性の増加が、少なくとも１℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔ ｍ ）の増加をもたらす、（３１）に記載の方法。
（３３）
安定性の増加が、少なくとも１０℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔ ｍ ）の増加をもたらす、（３２）に記載の方法。
（３４）
ＴＮＦαトリマーのＴ ｍ の増加が１０℃～２０℃である、（３３）に記載の方法。
（３５）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合親和性と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、（２６）から（３４）までのいずれかに記載の方法。
（３６）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合に関する結合速度（ｋ ｏｎ－ｒ ）及び解離速度（ｋ ｏｆｆ－ｒ ）値と比較して、ｋ ｏｎ－ｒ を増加させること及び／又はｋ ｏｆｆ－ｒ を減少させることによって、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、（３５）に記載の方法。
（３７）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合に関する結合速度（ｋ ｏｎ－ｒ ）値と比較して、ｋ ｏｎ－ｒ を増加させることによって、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、（３５）に記載の方法。
（３８）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を減少させ、
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を少なくとも１０分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫ Ｄ－ｒ 値が１０ｎＭ未満である、（３５）、（３６）又は（３７）に記載の方法。
（３９）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を減少させ、
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を少なくとも４分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫ Ｄ－ｒ 値が６００ｐＭ未満である、（３５）、（３６）又は（３７）に記載の方法。
（４０）
化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫ Ｄ－ｒ 値が２００ｐＭ未満である、（３９）に記載の方法。
（４１）
前記試験化合物が５００ｎＭ以下のＩＣ ５０ 値を有する、（２６）から（４０）までのいずれかに記載の方法。
（４２）
ステップ（ｂ）における化合物が、化合物（１）～（７）、又はその塩若しくは溶媒和物からなる群から選択される、（２６）から（４１）までのいずれかに記載の方法。
（４３）
受容体がＴＮＦ受容体である、（２６）から（４２）までのいずれかに記載の方法。
本発明は以下の好ましい態様を含む。
（１）
トリマーＴＮＦαの少なくとも以下の残基：
（ａ）Ｙ１１５
（ｂ）Ｑ１４９；及び
（ｃ）Ｎ１３７若しくはＫ９８、又は両方
を含むエピトープに結合する抗体であって、Ｙ１１５及びＱ１４９が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、Ｎ１３７及びＫ９８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在し、かつ残基ナンバリングが配列番号３６に従う、上記抗体。
（２）
トリマーＴＮＦαのＣ鎖上のＥ１４６若しくはトリマーＴＮＦαのＣ鎖上のＰ１１７、又はＥ１４６及びＰ１１７の両方をさらに含むエピトープに結合する、（１）に記載の抗体。
（３）
トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基であるＡ１４５をさらに含むエピトープに結合する、（１）又は（２）に記載の抗体。
（４）
ＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基であるＱ８８をさらに含むエピトープに結合する、（１）から（３）までのいずれかに記載の抗体。
（５）
（ａ）Ｌ６３；
（ｂ）Ｌ９４；
（ｃ）Ｓ９５；及び
（ｄ）Ａ９６
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｌ６３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＬ９４、Ｓ９５及びＡ９６が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（４）までのいずれかに記載の抗体。
（６）
（ａ）Ｉ９７；
（ｂ）Ｌ９３；及び
（ｃ）Ｓ８１
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｉ９７、Ｌ９３及びＳ８１が、全てトリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（５）までのいずれかに記載の抗体。
（７）
（ａ）Ｋ６５；
（ｂ）Ｑ６７；
（ｃ）Ｐ１１３；
（ｄ）Ｄ１４３；
（ｅ）Ｔ７７；
（ｆ）Ｔ７９；
（ｇ）Ｉ８３；
（ｈ）Ｔ８９；
（ｇ）Ｋ９０；
（ｉ）Ｖ９１；
（ｊ）Ｎ９２；
（ｋ）Ｅ１３５；
（ｌ）Ｉ１３６；及び
（ｍ）Ｒ１３８
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３及びＤ１４３が、トリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在し、かつＴ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｅ１３５、Ｉ１３６及びＲ１３８が、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（６）までのいずれかに記載の抗体。
（８）
（ａ）Ｙ１１９；
（ｂ）Ｑ４７；及び
（ｃ）Ｓ１３３
からなる群から選択される１又は複数の残基をさらに含むエピトープに結合し、
Ｙ１１９、Ｑ４７及びＳ１３３の全てが、トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する、（１）から（７）までのいずれかに記載の抗体。
（９）
配列番号３６のＴＮＦαの以下の残基：
（ａ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｙ１１５、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｂ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｉ８３、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；
（ｃ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９；又は
（ｄ）トリマーＴＮＦαのＡ鎖上に存在する残基である、Ｑ２７、Ｑ４７、Ｔ７７、Ｔ７９、Ｓ８１、Ｉ８３、Ｑ８８、Ｔ８９、Ｋ９０、Ｖ９１、Ｎ９２、Ｌ９３、Ｌ９４、Ｓ９５、Ａ９６、Ｉ９７、Ｋ９８、Ｙ１１９、Ｒ１３１、Ｓ１３３、Ｅ１３５、Ｉ１３６、Ｎ１３７及びＲ１３８、並びにトリマーＴＮＦαのＣ鎖上に存在する残基である、Ｌ６３、Ｋ６５、Ｑ６７、Ｐ１１３、Ｙ１１５、Ｐ１１７、Ｄ１４３、Ａ１４５、Ｅ１４６及びＱ１４９
を含むエピトープに結合する、（１）に記載の抗体。
（１０）
１ｎＭ以下の親和性（Ｋ Ｄ－ａｂ ）を有する、（１）から（９）までのいずれかに記載の抗体。
（１１）
２００ｐＭ以下の親和性を有する、（１０）に記載の抗体。
（１２）
ヒト化抗体である、（１）から（１１）までのいずれかに記載の抗体。
（１３）
Ｆａｂ、改変型Ｆａｂ、Ｆａｂ’、改変型Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’） ２ 、Ｆｖ、単一ドメイン抗体又はｓｃＦｖである、（１）から（１２）までのいずれかに記載の抗体。
（１４）
トリマーＴＮＦαと、化合物（１）～（７）：
【化1-1】
【化1-2】
【化1-3】
のいずれか１つとの複合体に結合する、（１）から（１３）までのいずれかに記載の抗体。
（１５）
トリマー－化合物複合体に対して１ｎＭ以下の親和性（Ｋ Ｄ－ａｂ ）を有する、（１４）に記載の抗体。
（１６）
親和性が２００ｐＭ以下である、（１５）に記載の抗体。
（１７）
ＴＮＦαへの結合について（１）から（１６）までのいずれかに記載の抗体と競合する抗体。
（１８）
（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体をコードする単離されたポリヌクレオチド。
（１９）
治療によるヒト又は動物の身体の処置の方法における使用のための（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体。
（２０）
（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体と、薬学的に許容されるアジュバント及び／又は担体とを含む医薬組成物。
（２１）
対象から得られた試料中の化合物－トリマー複合体の検出のためのターゲットエンゲージメント（ｔａｒｇｅｔ ｅｎｇａｇｅｍｅｎｔ）バイオマーカーとしての（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体の使用であって、前記抗体が検出可能であり、前記複合体がトリマーＴＮＦαと、トリマーＴＮＦαに結合することができる化合物とを含み、それにより、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節する、上記抗体の使用。
（２２）
化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーによって誘導されるシグナル伝達を調節する、トリマーＴＮＦαへの化合物のターゲットエンゲージメントを検出する方法であって、
（ａ）前記化合物を投与された対象から試料を取得するステップ；
（ｂ）（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体と、前記試料及び対照試料とを接触させるステップであって、前記抗体が検出可能である、ステップ；
（ｃ）前記検出可能抗体の、前記試料及び前記対照試料への結合の量を決定するステップ
を含み、前記検出可能抗体の前記試料への結合が前記検出可能抗体の前記対照試料への結合よりも高いことが、前記化合物の前記トリマーＴＮＦαへのターゲットエンゲージメントを示す、上記方法。
（２３）
トリマーＴＮＦαのコンフォメーション変化を惹起する化合物のスクリーニングにおける（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体の使用であって、前記コンフォメーション変化が、トリマーＴＮＦαの結合に対する必要な受容体のシグナル伝達を調節する、上記使用。
（２４）
ＴＮＦαトリマーと、それに結合する化合物とを含む複合体であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、前記複合体が、１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体に結合する、上記複合体。
（２５）
ＴＮＦαトリマーに結合して複合体を形成することができる化合物であって、化合物－トリマー複合体が、必要な受容体に結合し、受容体を介してトリマーにより誘導されるシグナル伝達を調節し、化合物－トリマー複合体が１ｎＭ以下のＫ Ｄ－ａｂ で（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体に結合する、上記化合物。
（２６）
ＴＮＦαトリマーに結合し、必要な受容体を介するトリマーのシグナル伝達を調節することができる化合物を同定する方法であって、
（ａ）ＴＮＦαトリマーと試験化合物とを含む試験化合物－トリマー複合体の、前記複合体に選択的に結合する（１）から（１７）までのいずれかに記載の抗体に対する結合親和性を測定するための結合アッセイを実行するステップ；
（ｂ）ステップ（ａ）で測定された結合親和性と、ステップ（ａ）に記載の抗体に高い親和性で結合することが公知の異なる化合物－トリマー複合体の結合親和性とを比較するステップ；及び
（ｃ）ステップ（ｂ）に記載の比較に照らして考慮した場合、その測定された結合親和性が許容される場合、ステップ（ａ）の化合物－トリマー複合体中に存在する化合物を選択するステップ
を含む、上記方法。
（２７）
抗体が、ＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合及び／又は化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合と比較して、ＴＮＦαトリマー－化合物複合体に選択的に結合する、（２６）に記載の方法。
（２８）
抗体が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合及び／又はＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合に関するＫ Ｄ－ａｂ の少なくとも１００分の１のＫ Ｄ－ａｂ でＴＮＦαのトリマー－化合物複合体に結合する、（２７）に記載の方法。
（２９）
抗体が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーへの結合及び／又はＴＮＦαトリマーの非存在下での化合物への結合に関するＫ Ｄ－ａｂ の少なくとも２００分の１のＫ Ｄ－ａｂ でＴＮＦαのトリマー－化合物複合体に結合する、（２８）に記載の方法。
（３０）
高効率アッセイである、（２６）から（２９）までのいずれかに記載の方法。
（３１）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの安定性と比較して、ＴＮＦαトリマーの安定性を増加させる、（２６）から（３０）までのいずれかに記載の方法。
（３２）
安定性の増加が、少なくとも１℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔ ｍ ）の増加をもたらす、（３１）に記載の方法。
（３３）
安定性の増加が、少なくとも１０℃のＴＮＦαトリマーの温度遷移中点（Ｔ ｍ ）の増加をもたらす、（３２）に記載の方法。
（３４）
ＴＮＦαトリマーのＴ ｍ の増加が１０℃～２０℃である、（３３）に記載の方法。
（３５）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合親和性と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、（２６）から（３４）までのいずれかに記載の方法。
（３６）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合に関する結合速度（ｋ ｏｎ－ｒ ）及び解離速度（ｋ ｏｆｆ－ｒ ）値と比較して、ｋ ｏｎ－ｒ を増加させること及び／又はｋ ｏｆｆ－ｒ を減少させることによって、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、（３５）に記載の方法。
（３７）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対する結合に関する結合速度（ｋ ｏｎ－ｒ ）値と比較して、ｋ ｏｎ－ｒ を増加させることによって、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対する結合親和性を増加させる、（３５）に記載の方法。
（３８）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を減少させ、
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を少なくとも１０分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫ Ｄ－ｒ 値が１０ｎＭ未満である、（３５）、（３６）又は（３７）に記載の方法。
（３９）
試験化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を減少させ、
ａ）化合物が、化合物の非存在下でのＴＮＦαトリマーの、その受容体に対するＫ Ｄ－ｒ と比較して、ＴＮＦαトリマーの、必要な受容体に対するＫ Ｄ－ｒ を少なくとも４分の１に減少させ、
ｂ）化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫ Ｄ－ｒ 値が６００ｐＭ未満である、（３５）、（３６）又は（３７）に記載の方法。
（４０）
化合物の存在下での、必要な受容体への結合に関するＴＮＦαトリマーのＫ Ｄ－ｒ 値が２００ｐＭ未満である、（３９）に記載の方法。
（４１）
前記試験化合物が５００ｎＭ以下のＩＣ ５０ 値を有する、（２６）から（４０）までのいずれかに記載の方法。
（４２）
ステップ（ｂ）における化合物が、化合物（１）～（７）、又はその塩若しくは溶媒和物からなる群から選択される、（２６）から（４１）までのいずれかに記載の方法。
（４３）
受容体がＴＮＦ受容体である、（２６）から（４２）までのいずれかに記載の方法。
【手続補正書】
【提出日】2022-10-17
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
【外国語明細書】