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2022-187310膵がん化学療法における副作用発生リスクの予測を補助する方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2022187310
(43)【公開日】2022-12-19
(54)【発明の名称】膵がん化学療法における副作用発生リスクの予測を補助する方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/68 20180101AFI20221212BHJP
C12Q 1/6876 20180101ALI20221212BHJP
C12Q 1/6851 20180101ALN20221212BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/68
C12Q1/6876 Z ZNA
C12Q1/6851 Z
【審査請求】未請求
【請求項の数】7
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2021095283
(22)【出願日】2021-06-07
(71)【出願人】
【識別番号】304020177
【氏名又は名称】国立大学法人山口大学
(74)【代理人】
【識別番号】100177714
【弁理士】
【氏名又は名称】藤本 昌平
(72)【発明者】
【氏名】恒富 亮一
(72)【発明者】
【氏名】兼定 航
(72)【発明者】
【氏名】井岡 達也
(72)【発明者】
【氏名】硲 彰一
(72)【発明者】
【氏名】永野 浩昭
【テーマコード（参考）】
4B063
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA08
4B063QA13
4B063QA19
4B063QQ28
4B063QQ42
4B063QQ52
4B063QR08
4B063QR32
4B063QR35
4B063QR55
4B063QR62
4B063QS24
4B063QS25
4B063QX01
(57)【要約】
【課題】膵がんに対する化学療法において、副作用の発生リスクを予測するための簡便かつ効率的な手段を提供すること。
【解決手段】被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する、
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対する化学療法を行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する。
【選択図】なし
【解決手段】被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する、
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対する化学療法を行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する、
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
【請求項2】
前記ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型が、
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする請求項１記載の方法。
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項3】
前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはバリアント型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはリファレンス型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする請求項１又は２記載の方法。
【請求項4】
副作用が、好中球減少であることを特徴とする請求項１～３のいずれか記載の方法。
【請求項5】
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、又は（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を含む連続する５～５０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセット。
【請求項6】
前記ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型が、
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする請求項５記載のプローブセット。
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする請求項５記載のプローブセット。
【請求項7】
前記（ａ）若しくは（ａ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブ、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブ、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブとを含む、
ことを特徴とする請求項５又は６記載のプローブセット。
ことを特徴とする請求項５又は６記載のプローブセット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、膵がんに対して化学療法を行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法に関する。
【背景技術】
【0002】
膵がんは極めて予後不良ながん種である。現在の膵がん化学療法はｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ（５－フルオロウラシル＋ロイコボリン＋イリノテカン＋オキサリプラチン）療法又はＧＥＭ／ｎａｂ－ＰＴＸ（ゲムシタビン＋ナブパクリタキセル）療法が標準となっている。ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の方が奏効率に優れるとされているが、副作用頻度の点から本邦では用量等を改変したレジメンであるｍｏｄｉｆｉｅｄ ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ（以下、「ｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ」ともいう）療法でさえ選択は約１０％にとどまる。ｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の副作用予測を治療前に可能にすることで、個々のがん患者にあった適切な抗がん剤治療、いわゆる個別化医療を提供し、膵がん予後改善を図ることが望まれている。
【0003】
すでに個別化医療の一部は実用化されている。例えば、消化器がん等に対する所定の抗がん剤の投与においては、その副作用や効果の有無を遺伝子検査により予測し、治療方針の決定に役立てられている。イリノテカンの副作用については、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子における多型との相関が認められており、当該医薬品の添付文書にも、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型（＊６ホモ，＊２８ホモ、コンパウンドヘテロ）症例は４／５（８０％）が好中球減少（Ｇ３以上）を示し、それ以外のＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型症例（１０／５０（２０％）での上記副作用）に対してオッズ比は１５であり、使用にあたって十分注意するよう記載されている。しかしながら、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型（＊２８，＊６）に基づいて非ハイリスクとされる患者群においても、依然としてイリノテカンによる副作用が見られる。本発明者らは、かかる課題に対して取り組んで、ゲノムＤＮＡ上に存在するＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、ＭＫＫＳ遺伝子、ＥＤＥＭ３遺伝子、又はＡＣＯＸ１遺伝子をコードする領域における所定の一塩基多型を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、リファレンス型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定し、イリノテカンによる副作用の発生リスクの予測を補助する方法を開示した（特許文献１参照）。
【0004】
ところで、膵がんに対するｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法は、上記イリノテカンを含むためにＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型に応じて投与量を決定することが推奨されているが、依然として副作用頻度が高く、欧米での積極的利用とは対照的に本邦でｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法を選択するのは限定的であるのが現状である。また、現在までに膵がんに対するｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法における副作用を事前に予測する方法として実用化されているのは、ＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型の測定のみであるが、非ハイリスクとされる患者群においても、副作用が見られるのが現状である。
【0005】
また、ＵＧＴ１Ａ１＊２８は欧米で頻度が高いものの日本での頻度は低く、逆に＊６は欧米で頻度が低いものの日本での頻度が高い等、遺伝子多型頻度には人種間の差が見られることから、欧米での報告だけでなく、本邦での症例を用いての解析が必要である。実際、本発明が対象とするＲ３ＨＣＣ１における遺伝子多型はアジア人に偏りが見られることが知られている。
【0006】
こうしたなかで、奏効率に優れるとされる膵がんに対するｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の副作用予測を治療前に可能にすることで、ｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の安全性を向上し、膵がん予後改善をもたらすことが求められている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0007】
【特許文献1】国際公開第２０１６／１３２７３６号パンフレット
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0008】
膵がんに対する化学療法において、個々の患者での副作用の発生リスクの予測を可能として、個々のがん患者に適切な抗がん剤による治療、いわゆる個別化医療が求められている。そこで、本発明の課題は、膵がんに対する化学療法において、特定の遺伝子をコードする塩基配列の所定の領域における一塩基多型を分析することにより副作用の発生リスクを予測するための簡便かつ効率的な手段を提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【0009】
本発明者らは、上記課題を解決すべく鋭意検討した結果、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子、又はＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域における一塩基多型がｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法による副作用の発生リスクの予測を補助する因子であることを見いだし、本発明を完成した。
【0010】
すなわち、本発明は、以下のとおりである。
〔１〕被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する、
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
〔２〕前記ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型が、
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする上記〔１〕記載の方法。
〔３〕前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはバリアント型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはリファレンス型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする上記〔１〕又は〔２〕記載の方法。
〔４〕副作用が、好中球減少であることを特徴とする上記〔１〕～〔３〕のいずれか記載の方法。
〔５〕（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、又は（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を含む連続する５～５０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセット。
〔６〕前記ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型が、
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする上記〔５〕記載のプローブセット。
〔７〕前記（ａ）若しくは（ａ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブ、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブ、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブとを含む、
ことを特徴とする上記〔５〕又は〔６〕記載のプローブセット。
〔１〕被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する、
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法。
〔２〕前記ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型が、
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする上記〔１〕記載の方法。
〔３〕前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはバリアント型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはリファレンス型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することを特徴とする上記〔１〕又は〔２〕記載の方法。
〔４〕副作用が、好中球減少であることを特徴とする上記〔１〕～〔３〕のいずれか記載の方法。
〔５〕（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、又は（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を含む連続する５～５０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセット。
〔６〕前記ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型が、
（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であり、
前記Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型が、
（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であり、
前記ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型が、
（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型である、
ことを特徴とする上記〔５〕記載のプローブセット。
〔７〕前記（ａ）若しくは（ａ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブ、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブ、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）におけるリファレンス型に対応するリファレンス型プローブと、当該一塩基多型におけるバリアント型に対応するバリアント型プローブとを含む、
ことを特徴とする上記〔５〕又は〔６〕記載のプローブセット。
【発明の効果】
【0011】
本発明によれば、膵がんに対するｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンにおいて、副作用の発生リスクの予測を補助することが可能となる。かかる方法を用いて個々の患者での副作用を予測することで、膵がん患者により奏効率の高い治療の選択機会を提供することや、個々の膵がん患者に適切な抗がん剤による治療、いわゆる個別化医療を行うことが可能となる。
【発明を実施するための形態】
【0012】
（副作用の発生リスクの予測を補助する方法）
本明細書における膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法は、
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する、
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法であり、以下、「本件副作用の発生リスクの予測を補助する方法」ともいう。
本明細書における膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法は、
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する、
（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型；
の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を分析し、当該一塩基多型における遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいて、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助する方法であり、以下、「本件副作用の発生リスクの予測を補助する方法」ともいう。
【0013】
上記ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法とは、５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）、イリノテカン塩酸塩水和物（ＣＰＴ－１１）、及びオキサリプラチン（Ｌ－ＯＨＰ）の３種類の抗がん剤に５－ＦＵの増強剤であるｌ－ロイコボリン（レボホリナートカルシウム：ｌ－ＬＶ）とを併用投与する化学療法であり、膵がんに対する標準治療のひとつである。かかるＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の実施形態の１つとしては、
（１）８５ｍｇ／ｍ２（体表面積）のオキサリプラチンの点滴投与を２時間
（２）次いで２００ｍｇ／ｍ２（体表面積）のロイコボリンの点滴投与を２時間、及び前記ロイコボリンの静脈内注入から３０分後に１８０ｍｇ／ｍ２（体表面積）のイリノテカンの点滴投与を９０分
（３）次いで４００ｍｇ／ｍ２（体表面積）の５－ＦＵ静脈内注射、次いで２４００ｍｇ／ｍ２（体表面積）の５－ＦＵ持続静脈内注射を４６時間
の（１）～（３）を１サイクルとし、このサイクルを２週間毎に繰り返す治療を挙げることができる。
（１）８５ｍｇ／ｍ２（体表面積）のオキサリプラチンの点滴投与を２時間
（２）次いで２００ｍｇ／ｍ２（体表面積）のロイコボリンの点滴投与を２時間、及び前記ロイコボリンの静脈内注入から３０分後に１８０ｍｇ／ｍ２（体表面積）のイリノテカンの点滴投与を９０分
（３）次いで４００ｍｇ／ｍ２（体表面積）の５－ＦＵ静脈内注射、次いで２４００ｍｇ／ｍ２（体表面積）の５－ＦＵ持続静脈内注射を４６時間
の（１）～（３）を１サイクルとし、このサイクルを２週間毎に繰り返す治療を挙げることができる。
【0014】
また、ｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の実施形態としては、上記（２）においてイリノテカンの投与量を１５０ｍｇ／ｍ２（体表面積）に減量し、かつ（３）において４００ｍｇ／ｍ２（体表面積）の５－ＦＵの静脈内注射を除去した以下の（１）～（３’）を１サイクルとし、このサイクルを２週間毎に繰り返す治療を挙げることができる。
（１）８５ｍｇ／ｍ２（体表面積）のオキサリプラチンの点滴投与を２時間
（２’）次いで２００ｍｇ／ｍ２（体表面積）のロイコボリンの点滴投与を２時間、及び前記ロイコボリンの静脈内注入から３０分後に１５０ｍｇ／ｍ２（体表面積）のイリノテカンの点滴投与を９０分
（３’）次いで２４００ｍｇ／ｍ２（体表面積）の５－ＦＵ持続静脈内注射を４６時間
（１）８５ｍｇ／ｍ２（体表面積）のオキサリプラチンの点滴投与を２時間
（２’）次いで２００ｍｇ／ｍ２（体表面積）のロイコボリンの点滴投与を２時間、及び前記ロイコボリンの静脈内注入から３０分後に１５０ｍｇ／ｍ２（体表面積）のイリノテカンの点滴投与を９０分
（３’）次いで２４００ｍｇ／ｍ２（体表面積）の５－ＦＵ持続静脈内注射を４６時間
【0015】
上記ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法又はｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の改変レジメンとして、オキサリプラチンの投与量を、５０～８５、６５、又は５０ｍｇ／ｍ２（体表面積）に減量してもよく、イリノテカンの投与量を、９０～１５０、９０、又は１２０ｍｇ／ｍ２（体表面積）に減量してもよく５－ＦＵの投与量を、１２００～２４００、１２００、１８００ｍｇ／ｍ２（体表面積）に減量してもよい。
【0016】
上記ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法及びそれらの改変レジメンにおける各薬剤の投与量は、「“治癒切除不能な膵癌を適応とする併用化学療法（ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ法）の使用に当たっての留意事項について” 平成２５年１２月２０日付、薬食審査発１２２０第７号、厚生労働省医薬食品局審査管理課長通知：ＵＲＬ www.mhlw.go.jp/web/t_doc?dataId=00tb9751&dataType=1&pageNo=1」やOzakiらの論文（Cancer Chemotherapy and Pharmacology volume 81, pages1017-1023 (2018)）を参考に調整可能である。
【0017】
被検者から採取された生体試料としては、被検者のゲノムＤＮＡを含むものであれば特に制限されず、被検者から採取された血液及びこれに由来する血液関連試料（血液、血清及び血漿等）、リンパ液、汗、涙、唾液、尿、糞便、腹水及び髄液等の体液、ならびに細胞、組織又は臓器の破砕物及び抽出液等を挙げることができ、血液関連試料を好適に挙げることができる。
【0018】
被検者から採取した生体試料からゲノムＤＮＡを抽出する抽出手段としては、特に限定されず、前記生体試料から直接的にＤＮＡ成分を分離し、精製して回収できる手段であることが好ましい。
【0019】
上記（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型としては、Chr.20:58470611 on Build GRCh38として示されるゲノム上の位置における遺伝子多型であり、ＮＣＢＩアクセッション番号 ＮＭ＿１５３３６０．２（更新日 ２０１９年５月４日）の４１７番目の塩基における一塩基多型、具体的には、（ａ’）配列番号１に記載されたＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする塩基配列の１８６番目の塩基においてリファレンス型がアデニンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であることが好ましい。なお、上記ｒｓ１９８０５７６における「ｒｓ」はＮＣＢＩ ＳＮＰ データベース（www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/）のリファレンス番号である。以下、本発明においては、特定の一塩基多型を、上記ＮＣＢＩ ＳＮＰ データベースのｒｓ番号で記載する場合がある。
【0020】
上記（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型としては、Chr.8:23291427 on Build GRCh38として示されるゲノム上の位置における遺伝子多型であり、ＮＣＢＩアクセッション番号 ＮＭ＿００１１３６１０８．２（更新日 ２０１８年１０月２１日）の１００３番目の塩基における一塩基多型、具体的には、（ｂ’）配列番号２に記載されたＲ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする塩基配列の９１９番目の塩基においてリファレンス型がグアニンであり、バリアント型がアデニンである一塩基多型であることが好ましい。
【0021】
上記（Ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型としては、Chr.1:184694403 on Build GRCh38として示されるゲノム上の位置における遺伝子多型であり、ＮＣＢＩアクセッション番号 ＮＭ＿０２５１９１．３（更新日 ２０１８年６月２３日）の２７２０番目の塩基における一塩基多型、（ｃ’）配列番号３に記載されたＥＤＥＭ３遺伝子をコードする塩基配列の２４５９番目の塩基においてリファレンス型がチミンであり、バリアント型がグアニンである一塩基多型であることが好ましい。
【0022】
本明細書において、「連鎖不平衡」とは、生物の集団において、複数の遺伝子座の対立遺伝子又は遺伝的マーカー（多型）の間にランダムでない相関が見られる、すなわちそれらの特定の組合せ（ハプロタイプ）の頻度が有意に高くなる集団遺伝学的な現象を意味し、「遺伝的連鎖」とは、特定の対立遺伝子の組合せが、メンデルの独立の法則に従わずに親から子へ一緒に遺伝する遺伝学的現象を意味する。
【0023】
本明細書において、副作用としては特に制限されないが、好中球減少、白血球減少、下痢、嘔吐、全身倦怠感、食欲不振、脱毛等を挙げることができ、好中球減少を好適に挙げることができる。
【0024】
本明細書において、一塩基多型を分析する方法としては、公知の一塩基多型を分析する方法を用いることができ、リアルタイムＰＣＲ法、ダイレクトシーケンシング法、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ＰＣＲ法、インベーダー（登録商標）法、ルミネックス（登録商標）法、クエンチングプライマー／プローブ（ＱＰ）法、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ法、分子ビーコン法等を挙げることができる。具体的には、被検者（通常、ヒト被検者をさす）から採取した生体試料のゲノムＤＮＡを鋳型とする増幅反応によって測定対象の一塩基多型部位を含む核酸断片を、プライマーを用いてＰＣＲで増幅し、得られた核酸断片と、リファレンス型及びバリアント型に対応する一対のプローブとのハイブリダイゼーションを検出する方法や、上記ＰＣＲ増幅過程において、該一塩基多型部位に特異的なプローブ又はプライマーを用いることで、リファレンス型及びバリアント型を検出する方法を挙げることができる。
【0025】
（プローブセット）
本明細書における、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセットとしては、（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、又は（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を含む連続する５～５０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセットであればよく、以下、「本件プローブセット」ともいう。
本明細書における、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセットとしては、（ａ）ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、（ｂ）Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型、又は（ｃ）ＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型の（ａ）～（ｃ）のいずれかの一塩基多型を含む連続する５～５０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセットであればよく、以下、「本件プローブセット」ともいう。
【0026】
上記本件プローブセットにおいて用いるプローブは、分析対象の一塩基多型部位を含む連続する５～５０塩基、好ましくは１０～４０塩基、より好ましくは１５～３０塩基の配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドからなるプローブを挙げることができる。また、プローブとしてＬｏｃｋｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ（ＬＮＡ）等の人工核酸を用いて合成したオリゴプローブを用いることで、短い塩基でも特異的にハイブリダイズするプローブとすることが可能となる。
【0027】
ストリンジェントな条件下としては、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をいい、具体的には、６×ＳＳＣ（１．５Ｍ ＮａＣｌ，０．１５Ｍ クエン酸三ナトリウムを含む溶液を１０×ＳＳＣとする）、５０％フォルムアミドを含む溶液中で４５℃にてハイブリッドを形成させた後、２×ＳＳＣで５０℃にて洗浄するような条件（Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y. (1989), 6.3.1-6.3.6）や、３×ＳＳＣ／０．３×ＳＤＳを含む溶液中で５４℃にてハイブリッドを形成させた後、洗浄液Ａ（１０×ＳＳＣ／１％ＳＤＳ溶液）、洗浄液Ｂ（２０×ＳＳＣ）及び洗浄液Ｃ（５×ＳＳＣ）で順次洗浄するような条件（特開２０１１－２５０７２６号公報参照）等を挙げることができる。
【0028】
また、上記プローブは、担体上に固定して用いてもよく、担体としては、平面状の基板やビーズ状の球状担体を挙げることができ、具体的には、特開２０１１－２５０７２６号公報に記載された担体を挙げることができる。また、リファレンス型を検出するプローブとバリアント型を検出するプローブとを同一の担体に固定してもよいし、異なる担体に固定してもよい。
【0029】
上記プローブを用いて一塩基多型を分析する際に用いるプライマーとしては、ゲノムＤＮＡを鋳型として、分析対象の一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を核酸断片として増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマーであればよく、ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型部位、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型部位、又はＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基、好ましくは１０～５００塩基、より好ましくは２０～２００塩基、さらに好ましくは５０～１００塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマーを挙げることができる。
【0030】
また、分析対象の一塩基多型部位を含む連続する少なくとも５塩基を増幅する際に、あらかじめ標識したプライマーを用いるか、増幅反応に標識ヌクレオチドを基質として用いることで、増幅した配列を識別することが可能となる。標識物質としては特に限定されないが、放射性同位元素、蛍光色素、又はジゴキシゲニン（ＤＩＧ）やビオチン等の有機化合物等を挙げることができる。
【0031】
上記プローブ又はプライマーは、例えば、核酸合成装置によって化学的に合成することで取得することができる。核酸合成装置としては、ＤＮＡシンセサイザー、全自動核酸合成装置等を使用することができる。
【0032】
増幅した核酸断片が標識を有する場合、標識を検出することで各プローブにハイブリダイズした核酸断片を測定することができる。例えば、蛍光色素を標識として使用した場合には、当該蛍光色素に由来する蛍光強度を測定することによって、プローブにハイブリダイズした核酸断片を測定することができる。具体的には、リファレンス型を検出するプローブにハイブリダイズした核酸断片と、バリアント型を検出するプローブにハイブリダイズした核酸断片との比を算出するには、リファレンス型を検出するプローブにおける標識を検出したときの出力値と、バリアント型を検出するプローブにおける標識を検出したときの出力値とから算出することができる。
【0033】
より具体的に、バリアント型に対応するプローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する強度値を、バリアント型に対応するプローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する強度値及びリファレンス型に対応するプローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する強度値の平均値で除算することで判定値を算出することができる。この判定値は、核酸断片に含まれるバリアント型の存在量を正規化した値に近似する。よって、当該判定値の高さによって、被検者における一塩基多型を分析しバリアント型をホモとして有しているか、リファレンス型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判別することができる。
【0034】
当該判定値を使用する場合、被検者における一塩基多型を分析してバリアント型をホモとして有しているか、リファレンス型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判別するため、予め二段階の閾値（閾値Ａ及び閾値Ｂ）を設定することが好ましい。なお、ここで、閾値Ａ及び閾値Ｂは、（閾値Ａ＞閾値Ｂ）の関係を有しているものとする。すなわち、上述のように算出された判定値が閾値Ａを超えるとバリアント型をホモとして有していると判断し、当該判定値が閾値Ａ以下であり閾値Ｂを超えるとヘテロとして有していると判断し、当該判定値が閾値Ｂ以下であるとリファレンス型をホモとして有していると判断できる。
【0035】
これら閾値Ａ及び閾値Ｂは、上述した一塩基多型について設定する。閾値Ａ及び閾値Ｂの設定方法としては、特に限定されないが、予め遺伝子型が判別している試料を用いて上述のように判定値を算出し、上記バリアント型をホモとして有している場合、リファレンス型をホモとして有している場合、又はヘテロとして有している場合についてそれぞれ確率密度を正規分布として算出する方法を挙げることができる。このとき、確率密度が互いに重なる交点（確率密度の大小が入れ替わる位置で、それぞれの極大値の間）を求め、また、上記バリアント型をホモとして有している場合、リファレンス型をホモとして有している場合、又はヘテロとして有している場合それぞれ平均値を求める。そして、バリアント型をホモとして有している場合とヘテロとして有している場合の閾値としては、（バリアント型をホモとして有している場合の平均値とヘテロとして有している場合の平均値）の平均値と交点の平均値として算出することができる。同様にヘテロとして有している場合とリファレンス型をホモとして有している場合の閾値としては、（ヘテロとして有している場合の平均値とリファレンス型をホモとして有している場合の平均値）の平均値と交点の平均値として算出することができる。
【0036】
上記方法でＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型、若しくはＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型、又は当該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型を分析し、バリアント型をホモとして有しているか、リファレンス型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判定することで、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助することができる。たとえば、予め膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生が生じた患者と生じなかった患者におけるＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子におけるｒｓ１９８０５７６で特定される一塩基多型、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子におけるｒｓ２２７２７６１で特定される一塩基多型、若しくはＥＤＥＭ３遺伝子におけるｒｓ９４２５３４３で特定される一塩基多型、又は該一塩基多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある一塩基多型との関係を調べる。次に、対象となる患者の一塩基多型を調べ、予め調べた患者のデータと比較することで、対象となる患者において膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助することができる。
【0037】
具体的には、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはバリアント型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはリファレンス型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助することができる。
【0038】
さらに、上記（ａ）～（ｃ）の２種以上、あるいは３種以上、上記（ａ’）～（ｃ’）の２種以上、あるいは３種以上を組み合わせての一塩基多型において、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助してもよい。
【0039】
本件プローブセットには、上記プローブを含んでいれば特に制限されないが、上記プライマーや、一塩基多型を分析するための緩衝液、酵素等の試薬や、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助するための説明書を含んでもよい。
【0040】
また、本発明の他の実施態様としては、以下を含む。
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する一塩基多型における遺伝子型を分析する試薬の、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセットの製造における応用であって、前記一塩基多型が、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型；前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型；前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型；のいずれかであって、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはバリアント型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはリファレンス型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助する、応用。
被検者から採取された生体試料中のゲノムＤＮＡ上に存在する一塩基多型における遺伝子型を分析する試薬の、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測の補助に用いるためのプローブセットの製造における応用であって、前記一塩基多型が、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型；前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型；前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型；のいずれかであって、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはバリアント型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてバリアント型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが高いとの予測を補助し、前記（ａ）若しくは（ａ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合、前記（ｂ）若しくは（ｂ’）の一塩基多型においてヘテロ若しくはリファレンス型をホモとして有している場合、又は前記（ｃ）若しくは（ｃ’）の一塩基多型においてリファレンス型をホモとして有している場合には、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクが低いとの予測を補助する、応用。
【実施例0041】
（解析対象）
膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法を行った３０症例（ＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型によるイリノテカン副作用ハイリスク症例、すなわち＊６ホモ，＊２８ホモ，コンパウンドヘテロ症例は除外）の末梢血よりゲノムＤＮＡを調製した。なお、いずれの症例も日本人である。
（ゲノムＤＮＡの調製）
ゲノムＤＮＡは、ＥＤＴＡ含有チューブに採取した被検者の末梢血を用い、ヨウ化ナトリウム法（Wang et al., Nucleic Acids Res 34:195-201(2014)）に基づいて調製した。調製したＤＮＡは、１ｍＭ ＥＤＴＡ・２Ｎａを含む１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－塩酸緩衝液（ｐＨ８．０）に溶解し、使用するまで、４℃又は－２０℃で保存した。
膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法を行った３０症例（ＵＧＴ１Ａ１遺伝子多型によるイリノテカン副作用ハイリスク症例、すなわち＊６ホモ，＊２８ホモ，コンパウンドヘテロ症例は除外）の末梢血よりゲノムＤＮＡを調製した。なお、いずれの症例も日本人である。
（ゲノムＤＮＡの調製）
ゲノムＤＮＡは、ＥＤＴＡ含有チューブに採取した被検者の末梢血を用い、ヨウ化ナトリウム法（Wang et al., Nucleic Acids Res 34:195-201(2014)）に基づいて調製した。調製したＤＮＡは、１ｍＭ ＥＤＴＡ・２Ｎａを含む１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－塩酸緩衝液（ｐＨ８．０）に溶解し、使用するまで、４℃又は－２０℃で保存した。
【0042】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１９８０５７６、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ２２７２７６１、ＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ９４２５３４３について、ＴａｑＭａｎ（登録商標）ｐｒｏｂｅ法により、上記解析対象の臨床サンプルにて検証を行った。ゲノムＤＮＡ１０ｎｇにＴａｑＭａｎ ＳＮＰ Ａｓｓａｙｓ＿ Ｈｕｍａｎ(Applied Biosystems社製)及びＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ（登録商標）４８０ Ｐｒｏｂｅ Ｍａｓｔｅｒ（Roche Diagnostics社製）、Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ ＰｒｏｂｅＬｉｂｒａｒｙ（Roche Diagnostics社製）、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ４８０ Ｓｙｓｔｅｍ ＩＩ（Roche Diagnostics社製）を用いてジェノタイピングを行った。９５℃１０分間のインキュベーションの後、ＰＣＲを５５サイクル、（１サイクルあたり９２℃１５秒、６０℃６０秒）行い、ＰＣＲ産物の蛍光を測定した。
【0043】
（結果）
それぞれの遺伝子多型の頻度と膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法施行症例における副作用（グレード３以上の好中球減少）頻度との統計解析結果を表１に示す。表１におけるＣ－Ａ ｔｒｅｎｄ ｔｅｓｔはコクラン・アーミテージ傾向検定の結果であり、Ｆｉｓｈｅｒ’ｓ ｅｘａｃｔ ｔｅｓｔはフィッシャーの正確確率検定を行った結果である。表１中、Ｏｄｄ ｒａｔｉｏはフィッシャーの正確確率検定によるオッズ比を算出したものである。
それぞれの遺伝子多型の頻度と膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法施行症例における副作用（グレード３以上の好中球減少）頻度との統計解析結果を表１に示す。表１におけるＣ－Ａ ｔｒｅｎｄ ｔｅｓｔはコクラン・アーミテージ傾向検定の結果であり、Ｆｉｓｈｅｒ’ｓ ｅｘａｃｔ ｔｅｓｔはフィッシャーの正確確率検定を行った結果である。表１中、Ｏｄｄ ｒａｔｉｏはフィッシャーの正確確率検定によるオッズ比を算出したものである。
【0044】
【表1】
【0045】
ＡＰＣＤＤ１Ｌ遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ１９８０５７６においてＣ－Ａ ｔｒｅｎｄ ｔｅｓｔにおけるＰ Ｖａｌｕｅが０．０３５、Ｆｉｓｈｅｒ’ｓ ｅｘａｃｔ ｔｅｓｔにおけるＯｄｄ ｒａｔｉｏ（Ａ／Ａ ｖｓ Ａ／Ｇ，Ｇ／Ｇ）が６．５２、Ｐ Ｖａｌｕｅが０．０４６であった。したがって、一塩基多型ｒｓ１９８０５７６と膵がんに対するｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法による副作用頻度との間に有意な線形傾向（相関）及び頻度の差がみられた。また、膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ症例における副作用発生リスクに関して、リファレンス型ホモ（Ａ／Ａ）の場合には副作用の発生リスクが低く、ヘテロ（Ａ／Ｇ）又はバリアントホモの場合には副作用の発生リスクが高いとの予測を補助できることが判明した。
【0046】
Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ２２７２７６１においてＣ－Ａ ｔｒｅｎｄ ｔｅｓｔにおけるＰ Ｖａｌｕｅが０．０１３、Ｆｉｓｈｅｒ’ｓ ｅｘａｃｔ ｔｅｓｔにおけるＯｄｄ ｒａｔｉｏ（Ｇ／Ｇ ｖｓ Ｇ／Ａ，Ａ／Ａ）が９．８１、Ｐ Ｖａｌｕｅが０．００９であった。したがって、一塩基多型ｒｓ２２７２７６１と膵がんに対するｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法による副作用頻度との間に有意な線形傾向及び頻度の差がみられた。また、膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ症例における副作用発生リスクに関して、リファレンスホモ（Ｇ／Ｇ）又はヘテロ（Ａ／Ｇ）の場合には副作用の発生リスクが低く、バリアントホモの場合には副作用の発生リスクが高いとの予測を補助できることが判明した。
【0047】
上記特許文献１に記載されたＦＯＬＦＩＲＩ療法においては、Ｒ３ＨＣＣ１遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ２２７２７６１に関してカットオフとしてリファレンス型ホモ（Ｇ／Ｇ）の場合には副作用の発生リスクが低い、すなわち除外診断に用いることが可能であった。さらに、ヘテロ（Ｇ／Ａ）及びバリアントホモ（Ａ／Ａ）の場合には副作用の発生リスクが高いとする程の副作用頻度は見られなかった。ところが、膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ症例における副作用発生リスクの予測を補助する場合には、カットオフとしてバリアントホモ（Ａ／Ａ）の場合には副作用の発生リスクが高い、すなわち確定診断に用いることも可能であることが明らかとなった。
【0048】
ＥＤＥＭ３遺伝子をコードする領域の一塩基多型ｒｓ９４２５３４３においてＣ－Ａ ｔｒｅｎｄ ｔｅｓｔにおけるＰ Ｖａｌｕｅが０．００１、Ｆｉｓｈｅｒ’ｓ ｅｘａｃｔ ｔｅｓｔにおけるＯｄｄ ｒａｔｉｏ（Ｔ／Ｔ ｖｓ Ｔ／Ｇ，Ｇ／Ｇ）がＩｎｆ．（無限）、Ｐ Ｖａｌｕｅが０．００５であった。したがって、一塩基多型ｒｓ９４２５３４３と膵がんに対するｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法による副作用頻度との間に非常に有意な線形傾向及び頻度の差がみられた。すなわち、膵がんｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ症例における副作用発生リスクに関して、リファレンス型ホモ（Ｔ／Ｔ）の場合には副作用の発生リスクが低く、バリアントホモ（Ｇ／Ｇ）の場合には副作用の発生リスクが高いとの予測を補助できることが判明した。
【0049】
上記特許文献１のＦＯＬＦＩＲＩ療法においては、リファレンス型ホモ（Ｔ／Ｔ）の場合には副作用の発生リスクが高く、バリアントホモ（Ｇ／Ｇ）の場合には副作用の発生リスクが低いとしていたが、上記ｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法の場合には、リファレンス型ホモ（Ｔ／Ｔ）の場合には副作用の発生リスクが低いという逆の結果であることは驚くべきことであった。
【0050】
［参考例］
上記実施例では３種類の一塩基多型とｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法における副作用の発生リスクの予測について調べたが、同じ３種類の一塩基多型と膵がん治療におけるＧｅｍ／ｎａｂ－ＰＴＸ療法における副作用の発生リスクの予測についても調べた。
上記実施例では３種類の一塩基多型とｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法における副作用の発生リスクの予測について調べたが、同じ３種類の一塩基多型と膵がん治療におけるＧｅｍ／ｎａｂ－ＰＴＸ療法における副作用の発生リスクの予測についても調べた。
【0051】
解析対象としてＧｅｍ／ｎａｂ－ＰＴＸ療法を行った４１症例とした以外は上記実施例と同様に３種類の一塩基多型（ｒｓ１９８０５７６、ｒｓ２２７２７６１、ｒｓ９４２５３４３）と副作用（好中球減少）との関係を調べた。結果を表２に示す。
【0052】
【表2】
【0053】
表２から明らかなように、Ｇｅｍ／ｎａｂ－ＰＴＸ療法においては、何れの遺伝子多型も副作用の発生との間に有意な相関はみられなかった。
【産業上の利用可能性】
【0054】
本発明によると、膵がんに対してｍＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、ＦＯＬＦＩＲＩＮＯＸ療法、又はそれらの改変レジメンを行った場合における副作用の発生リスクの予測を補助することが可能となることから、医療分野で利用可能である。
【配列表】