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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2022046723
(43)【公開日】2022-03-23
(54)【発明の名称】多発性嚢胞腎の処置のためのアンチセンスオリゴマー
(51)【国際特許分類】
A61K 31/7088 20060101AFI20220315BHJP
A61P 13/12 20060101ALI20220315BHJP
A61K 48/00 20060101ALI20220315BHJP
A61K 38/17 20060101ALI20220315BHJP
A61P 43/00 20060101ALI20220315BHJP
C12N 15/113 20100101ALI20220315BHJP
【ＦＩ】
A61K31/7088 ZNA
A61P13/12
A61K48/00
A61K38/17
A61P43/00 111
C12N15/113
【審査請求】有
【請求項の数】16
【出願形態】ＯＬ
【外国語出願】
(21)【出願番号】P 2022000102
(22)【出願日】2022-01-04
(62)【分割の表示】P 2018529219の分割
【原出願日】2016-12-13
(31)【優先権主張番号】62/267,252
(32)【優先日】2015-12-14
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(71)【出願人】
【識別番号】504278156
【氏名又は名称】コールド スプリング ハーバー ラボラトリー
(71)【出願人】
【識別番号】518195690
【氏名又は名称】ストーク セラピューティクス，インク．
(74)【代理人】
【識別番号】100118902
【弁理士】
【氏名又は名称】山本 修
(74)【代理人】
【識別番号】100106208
【弁理士】
【氏名又は名称】宮前 徹
(74)【代理人】
【識別番号】100122644
【弁理士】
【氏名又は名称】寺地 拓己
(72)【発明者】
【氏名】アズナレズ，イザベル
(72)【発明者】
【氏名】ナッシュ，ヒュー エム．
(72)【発明者】
【氏名】クライナー，エイドリアン
(57)【要約】 （修正有）
【課題】ＰＣ－２タンパク質発現が不足している被験体、あるいは多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）を抱える被験体を処置するための方法と組成物を提供する。
【解決手段】被験体の細胞によって標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることにより、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法であって、細胞は保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、前記方法は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法である。
【選択図】図１
【解決手段】被験体の細胞によって標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることにより、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法であって、細胞は保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、前記方法は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法である。
【選択図】図１
【特許請求の範囲】
【請求項1】
被験体の細胞によって標的タンパク質または機能的ＲＮＡの発現を増加させることによ
り、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法であって、
細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、および、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆
体は標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、
前記方法は、
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に
相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、
これによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードす
るＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク
質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的
タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
り、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法であって、
細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、および、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆
体は標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、
前記方法は、
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に
相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、
これによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードす
るＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク
質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的
タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
【請求項2】
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有する細胞に
より、ＰＣ－２である標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接する
エクソンを含み、および、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＣ－２タンパク質をコードし、
前記方法は、
ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチ
センスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、
保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から
構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの
レベルを増加させ、細胞中のＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる、方法。
より、ＰＣ－２である標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接する
エクソンを含み、および、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＣ－２タンパク質をコードし、
前記方法は、
ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチ
センスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、
保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から
構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの
レベルを増加させ、細胞中のＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる、方法。
【請求項3】
標的タンパク質はＰＣ－２である、請求項１に記載の方法。
【請求項4】
標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足している
標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補
償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補
償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、請求項１に記載の方法。
【請求項5】
細胞は、ＰＣ－２タンパク質の不足している量または活性によって引き起こされた疾病
を抱える被験体中のものであるか、該被検体からのものである、請求項２に記載の方法。
を抱える被験体中のものであるか、該被検体からのものである、請求項２に記載の方法。
【請求項6】
標的タンパク質の不足している量は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こさ
れ、ここで、被験体は機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、標的タ
ンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、あるいは非機能的標的タンパク質をコードす
る第２の対立遺伝子とを有し、ここで、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子か
ら転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１－５のいずれか１
つに記載の方法。
れ、ここで、被験体は機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、標的タ
ンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、あるいは非機能的標的タンパク質をコードす
る第２の対立遺伝子とを有し、ここで、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子か
ら転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１－５のいずれか１
つに記載の方法。
【請求項7】
被験体は、標的タンパク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた
疾病を抱えており、ここで、被験体は、
（ａ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第１の変異対立遺伝子と、
（ｂ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第２の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対
立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対
立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは
（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ
）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）
（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子のいずれかから転写される、請求項１－５のいずれ
か１つに記載の方法。
疾病を抱えており、ここで、被験体は、
（ａ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第１の変異対立遺伝子と、
（ｂ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第２の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対
立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対
立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは
（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ
）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）
（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子のいずれかから転写される、請求項１－５のいずれ
か１つに記載の方法。
【請求項8】
標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形態で生成さ
れる、請求項７に記載の方法。
れる、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成さ
れる、請求項７に記載の方法。
れる、請求項７に記載の方法。
【請求項10】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に
対して＋６～保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の
保持されたイントロンにある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
対して＋６～保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の
保持されたイントロンにある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項11】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項12】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項13】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項１－９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項14】
標的タンパク質はＰＣ－２である、請求項１－１３のいずれか１つに記載の方法。
【請求項15】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０％、８５％、
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１
４に記載の方法。
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１
４に記載の方法。
【請求項16】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコ
ードされる、請求項１４に記載の方法。
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコ
ードされる、請求項１４に記載の方法。
【請求項17】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少なくとも８つ
の隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、ある
いは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１４に記載の方法。
の隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、ある
いは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項18】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１４に記
載の方法。
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１４に記
載の方法。
【請求項19】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位
に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項20】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１９に記
載の方法。
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項１９に記
載の方法。
【請求項21】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位
に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、請求項１４に記載の方法。
に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項22】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５
％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２１に記載
の方法。
％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２１に記載
の方法。
【請求項23】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に
対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項１４に記載の方
法。
対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項１４に記載の方
法。
【請求項24】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４－１４０のいずれか１つに少なくとも約８０％、
８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２３に
記載の方法。
８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２３に
記載の方法。
【請求項25】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に
対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項１４に記載の
方法。
対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項１４に記載の
方法。
【請求項26】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２５
に記載の方法。
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２５
に記載の方法。
【請求項27】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’スプライス部位
に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、請求項１４に記載の方法。
に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、請求項１４に記載の方法。
【請求項28】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２７
に記載の方法。
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項２７
に記載の方法。
【請求項29】
アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子か
ら転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１－２８のいずれか１つに記載の方
法。
ら転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１－２８のいずれか１つに記載の方
法。
【請求項30】
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の
突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質または
機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１－２９のいずれか１つに記載の方法。
突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパク質または
機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項１－２９のいずれか１つに記載の方法。
【請求項31】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシング、または
野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、請求項１－３０
のいずれか１つに記載の方法。
野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、請求項１－３０
のいずれか１つに記載の方法。
【請求項32】
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あ
るいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、請求項１－３１のいずれか１つに記載の方法。
るいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、請求項１－３１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項33】
生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、
請求項１－３２のいずれか１つに記載の方法。
請求項１－３２のいずれか１つに記載の方法。
【請求項34】
アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞中で生成された標的タンパク質または機能的
ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞中で生成された標的タンパク質または機
能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約
１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．
１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、
約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７
倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なく
とも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少
なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるい
は少なくとも約１０倍増加する、請求項１－３３のいずれか１つに記載の方法。
ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞中で生成された標的タンパク質または機
能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１～約１０倍、約１．５～約
１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍、約１．
１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～約５倍、
約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約３～約７
倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍、少なく
とも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少
なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、あるい
は少なくとも約１０倍増加する、請求項１－３３のいずれか１つに記載の方法。
【請求項35】
アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質の総量は
、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量として、約１．１～約１０倍、約１
．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍
、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～
約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約
３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍
、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．
５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍
、あるいは少なくとも約１０倍増加する、請求項１－３４のいずれか１つに記載の方法。
、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量として、約１．１～約１０倍、約１
．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍
、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～
約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約
３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍
、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．
５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍
、あるいは少なくとも約１０倍増加する、請求項１－３４のいずれか１つに記載の方法。
【請求項36】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
を含む骨格修飾を含む、請求項１－３５のいずれか１つに記載の方法。
を含む骨格修飾を含む、請求項１－３５のいずれか１つに記載の方法。
【請求項37】
アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド
核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含
む、請求項１－３６のいずれか１つに記載の方法。
核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含
む、請求項１－３６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項38】
アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項１－３７の
いずれか１つに記載の方法。
いずれか１つに記載の方法。
【請求項39】
それぞれの糖部は修飾された糖部である、請求項３８に記載の方法。
【請求項40】
アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、８～３５の核
酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核
酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核
酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の
核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０
～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩
基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５
の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１
２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸
塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、請求項１－３９
のいずれか１つに記載の方法。
酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核
酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核
酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の
核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０
～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩
基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５
の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１
２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸
塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、請求項１－３９
のいずれか１つに記載の方法。
【請求項41】
アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部
分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少な
くとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、請求項１－４０のい
ずれか１つに記載の方法。
分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少な
くとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、請求項１－４０のい
ずれか１つに記載の方法。
【請求項42】
細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は少なくとも１
つの保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１－４１
のいずれか１つに記載の方法。
ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は少なくとも１
つの保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１－４１
のいずれか１つに記載の方法。
【請求項43】
最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タン
パク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集
団からの少なくとも１つの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請
求項４２に記載の方法。
パク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集
団からの少なくとも１つの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請
求項４２に記載の方法。
【請求項44】
細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保
持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１－４３の
いずれか１つに記載の方法。
ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保
持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、請求項１－４３の
いずれか１つに記載の方法。
【請求項45】
２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的
タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求
項４４に記載の方法。
タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、請求
項４４に記載の方法。
【請求項46】
前記方法はＰＣ－２タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、請求項１－４５のい
ずれか１つに記載の方法。
ずれか１つに記載の方法。
【請求項47】
アンチセンスオリゴマーはＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、こ
こで、標的部分はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０から選択される配列である、請求項１
－４６のいずれか１つに記載の方法。
こで、標的部分はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０から選択される配列である、請求項１
－４６のいずれか１つに記載の方法。
【請求項48】
被験体はヒトである、請求項１－４７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項49】
被験体はヒト以外の動物である、請求項１－４７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項50】
被験体は胎児、胚、あるいは子供である、請求項１－４８のいずれか１つに記載の方法
。
。
【請求項51】
細胞はエクスビボである、請求項１－４７のいずれか１つに記載の方法。
【請求項52】
アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静
脈内注射によって投与される、請求項１－５１のいずれか１つに記載の方法。
脈内注射によって投与される、請求項１－５１のいずれか１つに記載の方法。
【請求項53】
５’スプライス部位に隣接するエクソンの－３ｅ～－１ｅと、保持されたイントロンの
＋１～＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１－
５２のいずれか１つに記載の方法。
＋１～＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１－
５２のいずれか１つに記載の方法。
【請求項54】
保持されたイントロンの－１５～－１と３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋１
ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１－５３のい
ずれか１つに記載の方法。
ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、請求項１－５３のい
ずれか１つに記載の方法。
【請求項55】
請求項１－５４のいずれか１つの方法で使用されるアンチセンスオリゴマー。
【請求項56】
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％
、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、アンチ
センスオリゴマー。
、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、アンチ
センスオリゴマー。
【請求項57】
請求項５５または５６のアンチセンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈
剤、または担体とを含む医薬組成物。
剤、または担体とを含む医薬組成物。
【請求項58】
腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって、請求項５７の医薬
組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
【請求項59】
不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡに関連付けられる被験体の多
発性嚢胞腎を処置するために細胞によって標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を
増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡは、被験体において量あるい
は活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能
的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前
駆体）の構成的なスプライシングを増強し、
ここで、
標的タンパク質は、
（ａ）不足しているタンパク質、あるいは
（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質であり、
ここで、
機能的ＲＮＡは、
（ｃ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
（ｄ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる
、補償機能的ＲＮＡであり、
ここで、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、保持されたイン
トロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から
スプライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの生
成あるいは活性を増加させる、組成物。
発性嚢胞腎を処置するために細胞によって標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を
増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡは、被験体において量あるい
は活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能
的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前
駆体）の構成的なスプライシングを増強し、
ここで、
標的タンパク質は、
（ａ）不足しているタンパク質、あるいは
（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質であり、
ここで、
機能的ＲＮＡは、
（ｃ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
（ｄ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる
、補償機能的ＲＮＡであり、
ここで、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、保持されたイン
トロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から
スプライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの生
成あるいは活性を増加させる、組成物。
【請求項60】
被験体においてＰＣ－２タンパク質に関連する疾病を処置する方法で使用されるアンチ
センスオリゴマーを含む組成物であって、
当該方法は、被験体の細胞によってＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる工程であっ
て、細胞が、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接
するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体を有し、および、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体がＰ
Ｃ－２タンパク質をコードする、工程と、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工
程であって、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードする
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体
の細胞においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＰＣ－２
タンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
センスオリゴマーを含む組成物であって、
当該方法は、被験体の細胞によってＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる工程であっ
て、細胞が、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接
するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体を有し、および、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体がＰ
Ｃ－２タンパク質をコードする、工程と、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工
程であって、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードする
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体
の細胞においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＰＣ－２
タンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
【請求項61】
疾病は疾患または障害である、請求項６０に記載の組成物。
【請求項62】
疾患または障害は多発性嚢胞腎である、請求項６１に記載の組成物。
【請求項63】
標的タンパク質とＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＫＤ２遺伝子によってコードされる、請
求項６２に記載の組成物。
求項６２に記載の組成物。
【請求項64】
アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６
から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の保持さ
れたイントロンにあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項５９－６３の
いずれか１つに記載の組成物。
から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の保持さ
れたイントロンにあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、請求項５９－６３の
いずれか１つに記載の組成物。
【請求項65】
アンチセンスオリゴマーはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、これは、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項５９－６４のいずれか１つに記載の組成物
。
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、請求項５９－６４のいずれか１つに記載の組成物
。
【請求項66】
アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５’スプライス
部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’ス
プライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
一部を標的とする、請求項５９－６３のいずれか１つに記載の組成物。
部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイントロンの３’ス
プライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
一部を標的とする、請求項５９－６３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項67】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、請求項５９－６３のいずれか１つに記載の組成物。
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、請求項５９－６３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項68】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部にある、請求項５９－６３のいずれか１つに記載の組成物。
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部にある、請求項５９－６３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項69】
標的タンパク質はＰＣ－２である、請求項５９－６８のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項70】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０％、８５％、
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項６
９に記載の組成物。
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項６
９に記載の組成物。
【請求項71】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコ
ードされる、請求項６９に記載の組成物。
９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコ
ードされる、請求項６９に記載の組成物。
【請求項72】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少なくとも８つ
の隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、ある
いは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項６９に記載の組成物。
の隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、ある
いは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項６９に記載の組成物。
【請求項73】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項６９に記
載の組成物。
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項６９に記
載の組成物。
【請求項74】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位
に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、請求項６９に記載の組成物
。
に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、請求項６９に記載の組成物
。
【請求項75】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項７４に記
載の組成物。
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項７４に記
載の組成物。
【請求項76】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプライス部位
に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、請求項６９に記載の組成物。
に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、請求項６９に記載の組成物。
【請求項77】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５
％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項７６に記載
の組成物。
％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項７６に記載
の組成物。
【請求項78】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に
対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項６９に記載の組
成物。
対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項６９に記載の組
成物。
【請求項79】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４－１４０のいずれか１つに少なくとも約８０％、
８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項７８に
記載の組成物。
８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項７８に
記載の組成物。
【請求項80】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に
対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項６９に記載の
組成物。
対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、請求項６９に記載の
組成物。
【請求項81】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項８０
に記載の組成物。
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項８０
に記載の組成物。
【請求項82】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’スプライス部位
に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、請求項６９に記載の組成物。
に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、請求項６９に記載の組成物。
【請求項83】
ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項８２
に記載の組成物。
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、請求項８２
に記載の組成物。
【請求項84】
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子か
ら転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項５９－８３のいずれか１つに記載の
組成物。
ら転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない、請求項５９－８３のいずれか１つに記載の
組成物。
【請求項85】
アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の
突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的ＲＮＡまたは機
能的タンパク質の量を増加させない、請求項５９－８４のいずれか１つに記載の組成物。
突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的ＲＮＡまたは機
能的タンパク質の量を増加させない、請求項５９－８４のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項86】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体、あるいは野生型のｍＲＮＡ前駆体
の部分的なスプライシングによって生成された、請求項５９－８５のいずれか１つに記載
の組成物。
の部分的なスプライシングによって生成された、請求項５９－８５のいずれか１つに記載
の組成物。
【請求項87】
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あ
るいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、請求項５９－８６のいずれか１つに記載の組成物。
るいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、請求項５９－８６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項88】
生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である、
請求項５９－８７のいずれか１つに記載の組成物。
請求項５９－８７のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項89】
保持されたイントロンは律速イントロンである、請求項５９－８８のいずれか１つに記
載の組成物。
載の組成物。
【請求項90】
前記保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保持されたイン
トロンである、請求項５９－８９のいずれか１つに記載の組成物。
トロンである、請求項５９－８９のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項91】
保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保持されたイン
トロンである、請求項５９－８９のいずれか１つに記載の組成物。
トロンである、請求項５９－８９のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項92】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
を含む骨格修飾を含む、請求項５９－９１のいずれか１つに記載の組成物。
を含む骨格修飾を含む、請求項５９－９１のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項93】
前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項５９－
９２のいずれか１つに記載の組成物。
９２のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項94】
アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド
核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含
む、請求項５９－９３のいずれか１つに記載の組成物。
核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含
む、請求項５９－９３のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項95】
アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項５９－９４
のいずれか１つに記載の組成物。
のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項96】
それぞれの糖部は修飾された糖部である、請求項９５に記載の組成物。
【請求項97】
アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、８～３５の核
酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核
酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核
酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の
核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０
～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩
基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５
の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１
２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸
塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、請求項５９－９
６のいずれか１つに記載の組成物。
酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核
酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核
酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の
核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０
～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩
基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５
の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１
２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸
塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、請求項５９－９
６のいずれか１つに記載の組成物。
【請求項98】
請求項５９－９７の組成物のいずれか１つのアンチセンスオリゴマーと、薬学的に許容
可能な賦形剤、希釈剤、または担体とを含む医薬組成物。
可能な賦形剤、希釈剤、または担体とを含む医薬組成物。
【請求項99】
腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって請求項９８の医薬組
成物を投与することにより被験体を処置する方法。
成物を投与することにより被験体を処置する方法。
【請求項100】
不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズされるアンチセ
ンスオリゴマーであって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が保持されたイント
ロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からの
保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、または担体とを含む、
医薬組成物。
ンスオリゴマーであって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が保持されたイント
ロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からの
保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、または担体とを含む、
医薬組成物。
【請求項101】
不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産
物である、請求項１００に記載の医薬組成物。
物である、請求項１００に記載の医薬組成物。
【請求項102】
ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、保持されたイントロンの５
’スプライス部位に対して約＋５００～保持されたイントロンの３’スプライス部位に対
して約－５００までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項１００または１０１
に記載の医薬組成物。
’スプライス部位に対して約＋５００～保持されたイントロンの３’スプライス部位に対
して約－５００までの領域内の保持されたイントロンにある、請求項１００または１０１
に記載の医薬組成物。
【請求項103】
ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に対して少な
くとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは
１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、請求項１００または１
０１に記載の医薬組成物。
くとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは
１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、請求項１００または１
０１に記載の医薬組成物。
【請求項104】
ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少な
くとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは
１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１００または１０１に記載の医薬組成
物。
くとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、あるいは
１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１００または１０１に記載の医薬組成
物。
【請求項105】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合
を含む骨格修飾を含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
を含む骨格修飾を含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
【請求項106】
アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項１００に記
載の医薬組成物。
載の医薬組成物。
【請求項107】
アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチ
ド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を
含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
ド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を
含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
【請求項108】
アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、請求項１００に記
載の医薬組成物。
載の医薬組成物。
【請求項109】
アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、８～３５の核
酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核
酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核
酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の
核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０
～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩
基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５
の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１
２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸
塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基を含む、請求項１００に記
載の医薬組成物。
酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核
酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核
酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の
核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０
～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩
基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５
の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１
２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸
塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基を含む、請求項１００に記
載の医薬組成物。
【請求項110】
アンチセンスオリゴマーは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分に
少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくと
も９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、請求項１００または１０
１に記載の医薬組成物。
少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくと
も９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、請求項１００または１０
１に記載の医薬組成物。
【請求項111】
ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８
１内にある、請求項１００または１０１に記載の医薬組成物。
１内にある、請求項１００または１０１に記載の医薬組成物。
【請求項112】
アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに対して
少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６
％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求
項１００に記載の医薬組成物。
少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６
％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む、請求
項１００に記載の医薬組成物。
【請求項113】
アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０から選択されたヌクレオ
チド配列を含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
チド配列を含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
【請求項114】
医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるい
は静脈内注射のために製剤される、請求項１００－１１３のいずれか１つに記載の医薬組
成物。
は静脈内注射のために製剤される、請求項１００－１１３のいずれか１つに記載の医薬組
成物。
【請求項115】
ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲＮＡ
転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足しているＰＫＤ
２ ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
（ｂ）不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物へアンチセンスオリゴマーをハイブリダ
イズする工程であって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が、ＰＣ－２タンパク
質の機能的な形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含
む、工程と、
（ｃ）ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲ
ＮＡ転写産物を生成するために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物から少なくとも
１つの保持されたイントロンを除去する工程と、
（ｄ）十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からＰＣ－２タンパク質の機能的な
形態を翻訳する工程、
を含む、方法。
転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足しているＰＫＤ
２ ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
（ｂ）不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物へアンチセンスオリゴマーをハイブリダ
イズする工程であって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が、ＰＣ－２タンパク
質の機能的な形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含
む、工程と、
（ｃ）ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲ
ＮＡ転写産物を生成するために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物から少なくとも
１つの保持されたイントロンを除去する工程と、
（ｄ）十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からＰＣ－２タンパク質の機能的な
形態を翻訳する工程、
を含む、方法。
【請求項116】
保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、請求項１１５に記載の方法
。
。
【請求項117】
不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体転写産物である
、請求項１１５に記載の方法。
、請求項１１５に記載の方法。
【請求項118】
ＰＣ２タンパク質の量と活性の不足によって引き起こされた疾病を抱える被験体を処置
する方法であって、
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％
、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるい
は９９％の配列同一性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体
に投与する工程を含む、方法。
する方法であって、
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％
、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるい
は９９％の配列同一性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体
に投与する工程を含む、方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
＜相互参照＞
【0002】
本出願は、２０１５年１２月１４日に出願された米国仮出願第６２／２６７，２５２号
の利益を主張するものであり、当該出願は参照により本明細書に組み込まれる。配列リス
トへの言及
の利益を主張するものであり、当該出願は参照により本明細書に組み込まれる。配列リス
トへの言及
【0003】
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出され、参照によって本明細書に組み
込まれる配列表を含んでいる。２０１６年１２月９日に作成された上記のＡＳＣＩＩコピ
ーは、４７９９１＿７０７＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、２５３，３３２バイトの
サイズである。
込まれる配列表を含んでいる。２０１６年１２月９日に作成された上記のＡＳＣＩＩコピ
ーは、４７９９１＿７０７＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔと命名され、２５３，３３２バイトの
サイズである。
【背景技術】
【0004】
常染色体優性多発性嚢胞腎（ＡＤＰＫＤ）は、腎嚢胞の進行と様々な腎外の徴候を特徴
とした疾病である、最も一般的な遺伝性の嚢胞性腎疾患の１つである（Ｔｏｒｒｅｓ ａ
ｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９， Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ （２
００９） ７６， １４９－１６８）。ＡＤＰＫＤに苛まれている患者は一般に、７０歳
までに末期の腎疾患（ＥＳＲＤ）を進行させ、これは最終的には腎透析などの介入を必要
とする。生まれながらのＡＤＰＫＤの罹患率は１：４００～１：１，０００の間であり、
米国で約６００，０００人に影響を与えていると推測される。
とした疾病である、最も一般的な遺伝性の嚢胞性腎疾患の１つである（Ｔｏｒｒｅｓ ａ
ｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９， Ｋｉｄｎｅｙ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ （２
００９） ７６， １４９－１６８）。ＡＤＰＫＤに苛まれている患者は一般に、７０歳
までに末期の腎疾患（ＥＳＲＤ）を進行させ、これは最終的には腎透析などの介入を必要
とする。生まれながらのＡＤＰＫＤの罹患率は１：４００～１：１，０００の間であり、
米国で約６００，０００人に影響を与えていると推測される。
【0005】
ＰＫＤ１あるいはＰＫＤ２遺伝子のいずれかの突然変異は、ＡＤＰＫＤとして現れ、Ｐ
ＫＤ２の突然変異はＡＤＰＫＤの後期の発症形態の原因であることが分かっている。ＰＫ
Ｄ１とＰＫＤ２の遺伝子はＰＣ－１とＰＣ－２のタンパク質をそれぞれコードする。こう
したタンパク質は、尿細管上皮の分化した表現型を維持するのに必要不可欠であると考え
られている（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）。
ＫＤ２の突然変異はＡＤＰＫＤの後期の発症形態の原因であることが分かっている。ＰＫ
Ｄ１とＰＫＤ２の遺伝子はＰＣ－１とＰＣ－２のタンパク質をそれぞれコードする。こう
したタンパク質は、尿細管上皮の分化した表現型を維持するのに必要不可欠であると考え
られている（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）。
【発明の概要】
【0006】
いくつかの実施形態では、被験体の細胞によって標的タンパク質または機能的ＲＮＡの
発現を増加させることにより、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法が本明細書で開示さ
れ、ここで、細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆
体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に
隣接するエクソン、３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、および、ここで、Ｒ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、当該方法は、標
的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補
的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これ
によって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質ま
たは機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的タン
パク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる。
発現を増加させることにより、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法が本明細書で開示さ
れ、ここで、細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆
体）を有し、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に
隣接するエクソン、３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、および、ここで、Ｒ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードし、当該方法は、標
的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補
的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これ
によって、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質ま
たは機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的タン
パク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる。
【0007】
さらにいくつかの実施形態では、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体）を有する細胞により、ＰＣ－２である標的タンパク質の発現を増加させ
る方法が本明細書に開示され、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持
されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３
’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、および、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
はＰＣ－２タンパク質をコードし、当該方法は、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、細胞を接
触させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコ
ードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ－
２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、細胞中のＰＣ－２タンパク質の
発現を増加させる。
ｍＲＮＡ前駆体）を有する細胞により、ＰＣ－２である標的タンパク質の発現を増加させ
る方法が本明細書に開示され、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持
されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３
’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、および、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
はＰＣ－２タンパク質をコードし、当該方法は、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、細胞を接
触させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコ
ードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ－
２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、細胞中のＰＣ－２タンパク質の
発現を増加させる。
【0008】
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質はＰＣ－
２である。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体
において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に
増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである。
いくつかの実施形態において、細胞は、ＰＣ－２タンパク質の不足している量または活性
によって引き起こされた疾病を抱える被験体中のものであるか、該被検体からのものであ
る。
２である。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡは、被験体
において量あるいは活性が不足している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に
増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである。
いくつかの実施形態において、細胞は、ＰＣ－２タンパク質の不足している量または活性
によって引き起こされた疾病を抱える被験体中のものであるか、該被検体からのものであ
る。
【0009】
前述の方法のうちのいずれかのいくつかの実施形態において、標的タンパク質の不足し
ている量は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被験体は機能
的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、標的タンパク質が生成されない第
２の対立遺伝子、あるいは非機能的標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子とを有
し、ここで、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の標的部分に結合する。いくつかの実施形態において、被験体は、標的タンパ
ク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、ここ
で、被験体は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、
減少したレベルで生成され、（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較し
て機能が低下した形態で生成され、あるいは、（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない
、第１の変異対立遺伝子と、（ｂ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成
と比較して、減少したレベルで生成され、（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパ
ク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、（ｉｉｉ）標的タンパク質が
生成されない、第２の変異対立遺伝子とを有し、ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子
（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（
ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、
第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、
および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から
転写される。いくつかの実施形態において、標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質
と比較して、機能が低下した形態で生成される。いくつかの実施形態において、標的タン
パク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される。
ている量は、標的タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、ここで、被験体は機能
的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、標的タンパク質が生成されない第
２の対立遺伝子、あるいは非機能的標的タンパク質をコードする第２の対立遺伝子とを有
し、ここで、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の標的部分に結合する。いくつかの実施形態において、被験体は、標的タンパ
ク質の量または機能の不足に起因する障害により引き起こされた疾病を抱えており、ここ
で、被験体は、（ａ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、
減少したレベルで生成され、（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較し
て機能が低下した形態で生成され、あるいは、（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない
、第１の変異対立遺伝子と、（ｂ）（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成
と比較して、減少したレベルで生成され、（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパ
ク質と比較して機能が低下した形態で生成され、あるいは、（ｉｉｉ）標的タンパク質が
生成されない、第２の変異対立遺伝子とを有し、ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子
（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（
ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、
第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、
および／または、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から
転写される。いくつかの実施形態において、標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質
と比較して、機能が低下した形態で生成される。いくつかの実施形態において、標的タン
パク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形態で生成される。
【0010】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的
部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～保持されたイントロ
ンの３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の保持されたイントロンにある。い
くつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部の保持さ
れたイントロンにある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６
～＋４９７の領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して
－１６～－４９６の領域。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的
部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接す
るエクソン中の＋２ｅ～－４ｅの領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４ｅの領域。いくつかの実施形態において
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部の保持されたイントロンにある：（
ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領域
；（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域；（
ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域；ある
いは、（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２
ｅの領域。いくつかの実施形態において、標的タンパク質はＰＣ－２である。
部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～保持されたイントロ
ンの３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の保持されたイントロンにある。い
くつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部の保持さ
れたイントロンにある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６
～＋４９７の領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して
－１６～－４９６の領域。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的
部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接す
るエクソン中の＋２ｅ～－４ｅの領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４ｅの領域。いくつかの実施形態において
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部の保持されたイントロンにある：（
ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領域
；（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域；（
ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域；ある
いは、（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２
ｅの領域。いくつかの実施形態において、標的タンパク質はＰＣ－２である。
【0011】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、Ｓ
ＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるい
は１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５
％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ Ｎ
Ｏ：２８１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９
０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの
実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイン
トロン５の５’スプライス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保
持されたイントロン５の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にあ
る。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれ
か１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補
的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
保持されたイントロン５の５’スプライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエ
クソン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４
３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１
００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標
的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内
の保持されたイントロン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ Ｉ
Ｄ ＮＯ：４４－１４０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％
、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－
１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある。いくつかの実施形態において
、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの
実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３
’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある。いくつかの
実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８０のいずれか１つに少
なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を
含む。
ＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるい
は１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５
％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ Ｎ
Ｏ：２８１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９
０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの
実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイン
トロン５の５’スプライス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保
持されたイントロン５の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にあ
る。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれ
か１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補
的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
保持されたイントロン５の５’スプライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエ
クソン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４
３のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１
００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標
的部分は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内
の保持されたイントロン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ Ｉ
Ｄ ＮＯ：４４－１４０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％
、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－
１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある。いくつかの実施形態において
、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％
、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの
実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３
’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある。いくつかの
実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８０のいずれか１つに少
なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を
含む。
【0012】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、機
能的ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選
択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増
加させない。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質
または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調
節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。いくつかの
実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプラ
イシング、または野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された
。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮ
Ａは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態
において、生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質で
ある。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞中で生成
された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞中で
生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、
約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約
１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、
約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～
約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約
４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも
約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも
約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態
において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質
の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１～約
１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１
．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約
９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３
～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、
約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少な
くとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少な
くとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。
能的ＲＮＡまたは標的タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選
択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増
加させない。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質
または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調
節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を増加させない。いくつかの
実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプラ
イシング、または野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された
。いくつかの実施形態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮ
Ａは、全長の成熟ｍＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態
において、生成された標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質で
ある。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞中で生成
された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞中で
生成された標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、
約１．１～約１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約
１０倍、約１．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、
約１．１～約９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～
約９倍、約３～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約
４～約８倍、約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも
約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも
約４倍、少なくとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。いくつかの実施形態
において、アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパク質
の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量と比較して、約１．１～約
１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１
．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約
９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３
～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、
約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少な
くとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少な
くとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する。
【0013】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ホ
スホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつか
の実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロッ
クド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メト
キシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは少なく
とも１つの修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態において、それぞれの糖部分は
修飾された糖部分である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、８
～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８
～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９
～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９
～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基
、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の
核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１
～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩
基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５
の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あ
るいは１２～１５の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリ
ゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０
％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少な
くとも９９％、あるいは１００％相補的である。
スホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつか
の実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロッ
クド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メト
キシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは少なく
とも１つの修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態において、それぞれの糖部分は
修飾された糖部分である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、８
～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８
～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９
～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９
～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基
、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の
核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１
～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩
基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５
の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あ
るいは１２～１５の核酸塩基からなる。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリ
ゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に少なくとも８０
％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少な
くとも９９％、あるいは１００％相補的である。
【0014】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、細胞は、標的タンパク質または
機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、
ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は少なくとも１つの保持されたイントロンを含み
、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊
富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、最も豊富な保持さ
れたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的
ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの少なくとも
１つの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形態に
おいて、細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写された
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以
上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの
実施形態において、２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマ
ーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウト
を誘発する。いくつかの実施形態において、当該方法はＰＣ－２タンパク質発現を評価す
る工程をさらに含む。
機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、
ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は少なくとも１つの保持されたイントロンを含み
、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊
富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの実施形態において、最も豊富な保持さ
れたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合は、標的タンパク質または機能的
ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団からの少なくとも
１つの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する。いくつかの実施形態に
おいて、細胞は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写された
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以
上の保持されたイントロンを含み、および、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する。いくつかの
実施形態において、２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマ
ーの結合は、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウト
を誘発する。いくつかの実施形態において、当該方法はＰＣ－２タンパク質発現を評価す
る工程をさらに含む。
【0015】
前述の方法のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはＰＫ
Ｄ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで、標的部分はＳＥＱ ＩＤ
ＮＯ：３－２８０から選択される配列である。いくつかの実施形態では、被験体はヒトで
ある。いくつかの実施形態では、被験体はヒト以外の動物である。いくつかの実施形態に
おいて、被験体は胎児、胚、あるいは子供である。いくつかの実施形態では、細胞はエク
スビボである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔
内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される。いくつかの実
施形態において、５’スプライス部位に隣接するエクソンの－３ｅ～－１ｅと、保持され
たイントロンの＋１～＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一であ
る。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンの－１５～－１と３’スプライ
ス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と
同一である。いくつかの実施形態では、前述の方法のいずれかに記載されるようなアンチ
センスオリゴマーが本明細書に開示される。
Ｄ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、ここで、標的部分はＳＥＱ ＩＤ
ＮＯ：３－２８０から選択される配列である。いくつかの実施形態では、被験体はヒトで
ある。いくつかの実施形態では、被験体はヒト以外の動物である。いくつかの実施形態に
おいて、被験体は胎児、胚、あるいは子供である。いくつかの実施形態では、細胞はエク
スビボである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔
内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって投与される。いくつかの実
施形態において、５’スプライス部位に隣接するエクソンの－３ｅ～－１ｅと、保持され
たイントロンの＋１～＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一であ
る。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンの－１５～－１と３’スプライ
ス部位に隣接するエクソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と
同一である。いくつかの実施形態では、前述の方法のいずれかに記載されるようなアンチ
センスオリゴマーが本明細書に開示される。
【0016】
いくつかの実施形態では、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに対して少
なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を
備えた配列を含むアンチセンスオリゴマーが本明細書で開示される。
なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を
備えた配列を含むアンチセンスオリゴマーが本明細書で開示される。
【0017】
さらにいくつかの実施形態では、前述のアンチセンスオリゴマーのいずれかと賦形剤を
含む医薬組成物が本明細書で開示される。
含む医薬組成物が本明細書で開示される。
【0018】
いくつかの実施形態では、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射に
よって前述の医薬組成物のいずれかを投与することにより、必要としている被験体を処置
する方法が本明細書で開示される。
よって前述の医薬組成物のいずれかを投与することにより、必要としている被験体を処置
する方法が本明細書で開示される。
【0019】
いくつかの実施形態では、不足しているタンパク質または不足している機能的ＲＮＡに
関連付けられる被験体の多発性嚢胞腎を処置するために細胞によって標的タンパク質ある
いは機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組
成物が本明細書で開示される。ここで、不足しているタンパク質または不足している機能
的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリ
ゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有
ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の構成的なスプライシングを増強し、ここで
、標的タンパク質は：（ａ）不足しているタンパク質；あるいは（ｂ）被験体において不
足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質で
あり、ここで、機能的ＲＮＡは：（ｃ）不足しているＲＮＡ；あるいは（ｄ）被験体の不
足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償機能的ＲＮ
Ａであり、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス
部位に隣接するエクソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで
、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは
機能的ＲＮＡの生成あるいは活性を増加させる。
関連付けられる被験体の多発性嚢胞腎を処置するために細胞によって標的タンパク質ある
いは機能的ＲＮＡの発現を増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組
成物が本明細書で開示される。ここで、不足しているタンパク質または不足している機能
的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリ
ゴマーは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする、保持されたイントロン含有
ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の構成的なスプライシングを増強し、ここで
、標的タンパク質は：（ａ）不足しているタンパク質；あるいは（ｂ）被験体において不
足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償タンパク質で
あり、ここで、機能的ＲＮＡは：（ｃ）不足しているＲＮＡ；あるいは（ｄ）被験体の不
足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる、補償機能的ＲＮ
Ａであり、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス
部位に隣接するエクソン、および３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで
、保持されたイントロンは、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体からスプライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは
機能的ＲＮＡの生成あるいは活性を増加させる。
【0020】
いくつかの実施形態では、被験体においてＰＣ－２タンパク質に関連する疾病を処置す
る方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で開示され、当該方
法は、被験体の細胞によってＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる工程を含み、ここで
、細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接す
るエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、保
持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体を有し、および、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆
体はＰＣ－２タンパク質をコードし、当該方法は、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触
させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコー
ドするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、
被験体の細胞においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、Ｐ
Ｃ－２タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、疾病は疾患または障害
である。いくつかの実施形態において、疾患または障害は多発性嚢胞腎である。いくつか
の実施形態において、標的タンパク質とＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＫＤ２遺伝子によっ
てコードされる。
る方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物が本明細書で開示され、当該方
法は、被験体の細胞によってＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる工程を含み、ここで
、細胞は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接す
るエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、保
持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体を有し、および、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆
体はＰＣ－２タンパク質をコードし、当該方法は、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触
させる工程を含み、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコー
ドするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、
被験体の細胞においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、Ｐ
Ｃ－２タンパク質の発現を増加させる。いくつかの実施形態では、疾病は疾患または障害
である。いくつかの実施形態において、疾患または障害は多発性嚢胞腎である。いくつか
の実施形態において、標的タンパク質とＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＫＤ２遺伝子によっ
てコードされる。
【0021】
前述の組成物のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、
保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの
３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴ
マーはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、これは、以下の内部の保持されたイン
トロンにある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９
７の領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～
－４９６の領域。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも
１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少
なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流
までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。いくつかの実施形態に
おいて、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイ
ントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４ｅの領域；あるいは
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の
内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，
０５４ｅの領域；（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４
９９の領域；（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９
６の領域；あるいは、（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ
～＋１，９１２ｅの領域。いくつかの実施形態において、標的タンパク質はＰＣ－２であ
る。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２
に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一
性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥ
Ｑ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは
１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態に
おいて、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少なくと
も８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％
、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、Ａ
ＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％
、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態
において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプラ
イス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５
の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある。いくつかの実施形
態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いく
つかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン
５の５’スプライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある。いく
つかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４３のいずれか１つに少
なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を
含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持された
イントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロ
ン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４－１４
０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１
００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標
的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域
内の保持されたイントロン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ
ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９
５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、Ｒ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’スプライス部位に対
して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある。いくつかの実施形態において、Ａ
ＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの
３’スプライス部位に対して－１６までの領域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴ
マーはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、これは、以下の内部の保持されたイン
トロンにある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９
７の領域；あるいは（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～
－４９６の領域。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、少なくとも
１つの保持されたイントロンの５’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少
なくとも１つの保持されたイントロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流
までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする。いくつかの実施形態に
おいて、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の内部にある：（ａ）保持されたイ
ントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４ｅの領域；あるいは
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、以下の
内部にある：（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，
０５４ｅの領域；（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４
９９の領域；（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９
６の領域；あるいは、（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ
～＋１，９１２ｅの領域。いくつかの実施形態において、標的タンパク質はＰＣ－２であ
る。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２
に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一
性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥ
Ｑ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは
１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。いくつかの実施形態に
おいて、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少なくと
も８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％
、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態において、Ａ
ＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％
、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態
において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’スプラ
イス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロン５
の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある。いくつかの実施形
態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに少なくとも約
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いく
つかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン
５の５’スプライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある。いく
つかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４３のいずれか１つに少
なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を
含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持された
イントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロ
ン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４－１４
０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１
００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標
的部分は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域
内の保持されたイントロン５にある。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＳＥＱ
ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７のいずれか１つに少なくとも約８０％、８５％、９０％、９
５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。いくつかの実施形態において、Ｒ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’スプライス部位に対
して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある。いくつかの実施形態において、Ａ
ＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８０のいずれか１つに少なくとも約８０％、８
５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む。
【0022】
前述の組成物のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の
選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を
増加させない。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク
質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを
調節することにより、機能的ＲＮＡまたは機能的タンパク質の量を増加させない。いくつ
かの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体、あるいは野
生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された。いくつかの実施形
態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍ
ＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態において、生成され
た標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である。いくつかの実
施形態において、保持されたイントロンは律速イントロンである。いくつかの実施形態に
おいて、保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保持されたイ
ントロンである。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保持されたイントロンである。
標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の
選択的スプライシングを調節することにより、標的タンパク質または機能的ＲＮＡの量を
増加させない。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク
質または機能的ＲＮＡをコードする遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを
調節することにより、機能的ＲＮＡまたは機能的タンパク質の量を増加させない。いくつ
かの実施形態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体、あるいは野
生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された。いくつかの実施形
態において、標的タンパク質または機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍ
ＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである。いくつかの実施形態において、生成され
た標的タンパク質は全長のタンパク質あるいは野生型のタンパク質である。いくつかの実
施形態において、保持されたイントロンは律速イントロンである。いくつかの実施形態に
おいて、保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保持されたイ
ントロンである。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保持されたイントロンである。
【0023】
前述の組成物のいずれかのいくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、
ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつ
かの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリ
ノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－
Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマー
は少なくとも１つの修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態において、それぞれの
糖部分は修飾された糖部分である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマ
ーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸
塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸
塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸
塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の
核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０
～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩
基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０
の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１
２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸
塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる。
ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾を含む。いくつ
かの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリ
ノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－
Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマー
は少なくとも１つの修飾された糖部分を含む。いくつかの実施形態において、それぞれの
糖部分は修飾された糖部分である。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマ
ーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸
塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸
塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸
塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の
核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０
～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩
基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０
の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１
２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸
塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる。
【0024】
いくつかの実施形態では、前述のアンチセンスオリゴマーのいずれかと賦形剤を含む医
薬組成物が本明細書で開示される。いくつかの実施形態では、腹腔内注射、筋肉内注射、
皮下注射、あるいは静脈内注射によって前述の医薬組成物を投与することにより、必要と
している被験体を処置する方法が本明細書で開示される。
薬組成物が本明細書で開示される。いくつかの実施形態では、腹腔内注射、筋肉内注射、
皮下注射、あるいは静脈内注射によって前述の医薬組成物を投与することにより、必要と
している被験体を処置する方法が本明細書で開示される。
【0025】
いくつかの実施形態において、医薬組成物が本明細書に開示され、該医薬組成物は、不
足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズされるアンチセンス
オリゴマーであって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が保持されたイントロン
を含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からの保持
されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、薬学
的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態において、不足しているＰＫＤ２
ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物である。いくつかの実施
形態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、保持されたイ
ントロンの５’スプライス部位に対して＋５００～保持されたイントロンの３’スプライ
ス部位に対して－５００までの領域内の保持されたイントロンにある。いくつかの実施形
態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に
対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％
、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。いくつかの
実施形態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ
：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、
９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態におい
て、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結
合を含む骨格修飾を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはアンチセ
ンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマー
は、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル
、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態
において、アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部分を含む。いくつ
かの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核
酸塩基、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核
酸塩基、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核
酸塩基、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核
酸塩基、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～
３０の核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基
、１１～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の
核酸塩基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２
～５０の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩
基、１２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基を含
む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体転写産物の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０
％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的
である。いくつかの実施形態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標
的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１内にある。いくつかの実施形態において、アンチ
センスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに対して少なくと
も約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７
％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実
施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０から選択され
たヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、髄腔内注射、
脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射のために製剤され
る。
足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズされるアンチセンス
オリゴマーであって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が保持されたイントロン
を含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からの保持
されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンスオリゴマーと、薬学
的に許容可能な賦形剤とを含む。いくつかの実施形態において、不足しているＰＫＤ２
ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物である。いくつかの実施
形態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、保持されたイ
ントロンの５’スプライス部位に対して＋５００～保持されたイントロンの３’スプライ
ス部位に対して－５００までの領域内の保持されたイントロンにある。いくつかの実施形
態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に
対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％
、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる。いくつかの
実施形態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ
：２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、
９９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む。いくつかの実施形態におい
て、アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合またはホスホロジアミデート結
合を含む骨格修飾を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴマーはアンチセ
ンスオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマー
は、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル
、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含む。いくつかの実施形態
において、アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部分を含む。いくつ
かの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核
酸塩基、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核
酸塩基、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核
酸塩基、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核
酸塩基、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～
３０の核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基
、１１～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の
核酸塩基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２
～５０の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩
基、１２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基を含
む。いくつかの実施形態において、アンチセンスオリゴマーは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体転写産物の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０
％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的
である。いくつかの実施形態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標
的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１内にある。いくつかの実施形態において、アンチ
センスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０のいずれか１つに対して少なくと
も約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７
％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配列を含む。いくつかの実
施形態では、アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－２８０から選択され
たヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、髄腔内注射、
脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射のために製剤され
る。
【0026】
いくつかの実施形態では、ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理
されたＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促す
ために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法が本明細書で開示
され、該方法は：（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と
、（ｂ）不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物へアンチセンスオリゴマーをハイブリ
ダイズする工程であって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が、ＰＣ－２タンパ
ク質の機能的な形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを
含む、工程と、（ｃ）ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理された
ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物を生成するために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物
から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程と、（ｄ）十分に処理された
ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からＰＣ－２タンパク質の機能的な形態を翻訳する工程を含
む。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンは保持されたイントロン全体で
ある。いくつかの実施形態において、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ
２ ｍＲＮＡ前駆体転写産物である。
されたＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促す
ために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法が本明細書で開示
され、該方法は：（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と
、（ｂ）不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物へアンチセンスオリゴマーをハイブリ
ダイズする工程であって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が、ＰＣ－２タンパ
ク質の機能的な形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを
含む、工程と、（ｃ）ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理された
ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物を生成するために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物
から少なくとも１つの保持されたイントロンを除去する工程と、（ｄ）十分に処理された
ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からＰＣ－２タンパク質の機能的な形態を翻訳する工程を含
む。いくつかの実施形態において、保持されたイントロンは保持されたイントロン全体で
ある。いくつかの実施形態において、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ
２ ｍＲＮＡ前駆体転写産物である。
【0027】
いくつかの実施形態では、ＰＣ２タンパク質の量と活性の不足によって引き起こされた
疾病を抱える被験体を処置する方法が本明細書で開示され、該方法は、ＳＥＱ ＩＤ Ｎ
Ｏ：３－２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、
９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一
性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含
む。
疾病を抱える被験体を処置する方法が本明細書で開示され、該方法は、ＳＥＱ ＩＤ Ｎ
Ｏ：３－２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、
９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一
性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体に投与する工程を含
む。
【0028】
＜参照による組み込み＞
本明細書で言及される出願公開、特許、および特許出願はすべて、あたかも個々の出願
公開、特許、あるいは特許出願がそれぞれ参照により組み込まれるように具体的かつ個々
に指示されるかのような同じ程度、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は以下の発明を包含する。
［項目１］ 被験体の細胞によって標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの発現を増加させる
ことにより、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法であって、
細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、及び、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
は標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードし、
前記方法は、
標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相
補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、こ
れによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質又
は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的タンパ
ク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
［項目２］ 保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有
する細胞により、ＰＣ－２である標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接する
エクソンを含み、及び、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＣ－２タンパク質をコードし、
前記方法は、
ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチ
センスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、
保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から
構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの
レベルを増加させ、細胞中のＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる、方法。
［項目３］ 標的タンパク質はＰＣ－２である、項目１に記載の方法。
［項目４］ 標的タンパク質又は機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足
している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、項目１に記載の方法。
［項目５］ 細胞は、ＰＣ－２タンパク質の不足している量又は活性によって引き起こさ
れた疾病を抱える被験体中のものであるか、該被検体からのものである、項目２に記載の
方法。
［項目６］ 標的タンパク質の不足している量は、標的タンパク質のハプロ不全によって
引き起こされ、ここで、被験体は機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子
と、標的タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、あるいは非機能的標的タンパク質
をコードする第２の対立遺伝子とを有し、ここで、アンチセンスオリゴマーは、第１の対
立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、項目１～５のい
ずれか１つに記載の方法。
［項目７］ 被験体は、標的タンパク質の量又は機能の不足に起因する障害により引き起
こされた疾病を抱えており、ここで、被験体は、
（ａ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第１の変異対立遺伝子と、
（ｂ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第２の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対
立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対
立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは
（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ
）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、及び／又は、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉ
ｉ）である第２の変異対立遺伝子のいずれかから転写される、項目１～５のいずれか１つ
に記載の方法。
［項目８］ 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形
態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目９］ 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形
態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目１０］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に対して＋６～保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６ま
での領域内の保持されたイントロンにある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１２］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１３］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１４］ 標的タンパク質はＰＣ－２である、項目１～１３のいずれか１つに記載の
方法。
［項目１５］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含
む、項目１４に記載の方法。
［項目１６］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配
列によってコードされる、項目１４に記載の方法。
［項目１７］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少
なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、
９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１４に記載の方法。
［項目１８］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目１４に記載の方法。
［項目１９］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロ
ン５の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、項目１４に記
載の方法。
［項目２０］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目１９に記載の方法。
［項目２１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、項目１４に記載
の方法。
［項目２２］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～４３のいずれか１つに少なくとも約
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目
２１に記載の方法。
［項目２３］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、項目１４
に記載の方法。
［項目２４］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４～１４０のいずれか１つに少なくと
も約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、
項目２３に記載の方法。
［項目２５］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、項目１
４に記載の方法。
［項目２６］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１～２３７のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目２５に記載の方法。
［項目２７］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、項目１４に記載
の方法。
［項目２８］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８～２８０のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目２７に記載の方法。
［項目２９］ アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡ又は標的タンパク質をコードす
る遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、
標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１～２８のいずれか１つに記
載の方法。
［項目３０］ アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードす
る遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１～２９のいずれか１つに記載の方法。
［項目３１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシ
ング、又は野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目
１～３０のいずれか１つに記載の方法。
［項目３２］ 標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍ
ＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目１～３１のいずれか１つに記載の方
法。
［項目３３］ 生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパ
ク質である、項目１～３２のいずれか１つに記載の方法。
［項目３４］ アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞中で生成された標的タンパク質
又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞中で生成された標的タンパク
質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１～約１０倍、約１
．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍
、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～
約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約
３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍
、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．
５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍
、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１～３３のいずれか１つに記載の方法。
［項目３５］ アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパ
ク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量として、約１．１～約
１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１
．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約
９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３
～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、
約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少な
くとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少な
くとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１～３４のいずれか１つに記
載の方法。
［項目３６］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミ
デート結合を含む骨格修飾を含む、項目１～３５のいずれか１つに記載の方法。
［項目３７］ アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核
酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエ
チル部分を含む、項目１～３６のいずれか１つに記載の方法。
［項目３８］ アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目
１～３７のいずれか１つに記載の方法。
［項目３９］ それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目３８に記載の方法。
［項目４０］ アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、
８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、
８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、
９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、
１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核
酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～
５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基
、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の
核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２
～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、項
目１～３９のいずれか１つに記載の方法。
［項目４１］ アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前
駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも
９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目１
～４０のいずれか１つに記載の方法。
［項目４２］ 細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写さ
れたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は少
なくとも１つの保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１
～４１のいずれか１つに記載の方法。
［項目４３］ 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合
は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ
前駆体の集団からの少なくとも１つの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘
発する、請求項４２に記載の方法。
［項目４４］ 細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写さ
れたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２
つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１～
４３のいずれか１つに記載の方法。
［項目４５］ ２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの
結合は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発
する、請求項４４に記載の方法。
［項目４６］ 前記方法はＰＣ－２タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、項目１
～４５のいずれか１つに記載の方法。
［項目４７］ アンチセンスオリゴマーはＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分
に結合し、ここで、標的部分はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０から選択される配列であ
る、項目１～４６のいずれか１つに記載の方法。
［項目４８］ 被験体はヒトである、項目１～４７のいずれか１つに記載の方法。
［項目４９］ 被験体はヒト以外の動物である、項目１～４７のいずれか１つに記載の方
法。
［項目５０］ 被験体は胎児、胚、あるいは子供である、項目１～４８のいずれか１つに
記載の方法。
［項目５１］ 細胞はエクスビボである、項目１～４７のいずれか１つに記載の方法。
［項目５２］ アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射
、あるいは静脈内注射によって投与される、項目１～５１のいずれか１つに記載の方法。
［項目５３］ ５’スプライス部位に隣接するエクソンの－３ｅ～－１ｅと、保持された
イントロンの＋１～＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である
、項目１～５２のいずれか１つに記載の方法。
［項目５４］ 保持されたイントロンの－１５～－１と３’スプライス部位に隣接するエ
クソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目１
～５３のいずれか１つに記載の方法。
［項目５５］ 項目１～５４のいずれか１つの方法で使用されるアンチセンスオリゴマー
。
［項目５６］ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８
０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を
含む、アンチセンスオリゴマー。
［項目５７］ 項目５５又は５６のアンチセンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形
剤、希釈剤、又は担体とを含む医薬組成物。
［項目５８］ 腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって、項目
５７の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
［項目５９］ 不足しているタンパク質又は不足している機能的ＲＮＡに関連付けられる
被験体の多発性嚢胞腎を処置するために細胞によって標的タンパク質あるいは機能的ＲＮ
Ａの発現を増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
不足しているタンパク質又は不足している機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは
活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的Ｒ
ＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
）の構成的なスプライシングを増強し、
ここで、
標的タンパク質は、
（ａ）不足しているタンパク質、あるいは
（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質であり、
ここで、
機能的ＲＮＡは、
（ｃ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
（ｄ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる
、補償機能的ＲＮＡであり、
ここで、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、及び３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、保持されたイント
ロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からスプ
ライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの生成あ
るいは活性を増加させる、組成物。
［項目６０］ 被験体においてＰＣ－２タンパク質に関連する疾病を処置する方法で使用
されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
当該方法は、被験体の細胞によってＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる工程であっ
て、細胞が、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接
するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体を有し、及び、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体がＰＣ
－２タンパク質をコードする、工程と、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工程
であって、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の
細胞においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＰＣ－２タ
ンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
［項目６１］ 疾病は疾患又は障害である、項目６０に記載の組成物。
［項目６２］ 疾患又は障害は多発性嚢胞腎である、項目６１に記載の組成物。
［項目６３］ 標的タンパク質とＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＫＤ２遺伝子によってコー
ドされる、請求項６２に記載の組成物。
［項目６４］ アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの５’スプライス部位
に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６までの領
域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５
９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６５］ アンチセンスオリゴマーはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、こ
れは、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目５９～６４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６６］ アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５
’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイント
ロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６７］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、項目５９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６８］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部にある、項目５９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６９］ 標的タンパク質はＰＣ－２である、項目５９～６８のいずれか１つに記載
の組成物。
［項目７０］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含
む、項目６９に記載の組成物。
［項目７１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配
列によってコードされる、項目６９に記載の組成物。
［項目７２］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少
なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、
９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目６９に記載の組成物。
［項目７３］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目６９に記載の組成物。
［項目７４］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロ
ン５の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、項目６９に記
載の組成物。
［項目７５］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目７４に記載の組成物。
［項目７６］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、項目６９に記載
の組成物。
［項目７７］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～４３のいずれか１つに少なくとも約
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目
７６に記載の組成物。
［項目７８］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、項目６９
に記載の組成物。
［項目７９］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４～１４０のいずれか１つに少なくと
も約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、
項目７８に記載の組成物。
［項目８０］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、項目６
９に記載の組成物。
［項目８１］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１～２３７のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目８０に記載の組成物。
［項目８２］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、項目６９に記載
の組成物。
［項目８３］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８～２８０のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目８２に記載の組成物。
［項目８４］ アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードす
る遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、
標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目５９～８３のいずれか１つに
記載の組成物。
［項目８５］ アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードす
る遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的ＲＮ
Ａ又は機能的タンパク質の量を増加させない、項目５９～８４のいずれか１つに記載の組
成物。
［項目８６］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体、あるいは野生型のｍ
ＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目５９～８５のいずれか
１つに記載の組成物。
［項目８７］ 標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍ
ＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目５９～８６のいずれか１つに記載の
組成物。
［項目８８］ 生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパ
ク質である、項目５９～８７のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８９］ 保持されたイントロンは律速イントロンである、項目５９～８８のいずれ
か１つに記載の組成物。
［項目９０］ 前記保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保
持されたイントロンである、項目５９～８９のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９１］ 保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保
持されたイントロンである、項目５９～８９のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９２］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミ
デート結合を含む骨格修飾を含む、項目５９～９１のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９３］ 前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、
項目５９～９２のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９４］ アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核
酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエ
チル部分を含む、項目５９～９３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９５］ アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目
５９～９４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９６］ それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目９５に記載の組成物。
［項目９７］ アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、
８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、
８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、
９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、
１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核
酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～
５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基
、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の
核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２
～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、項
目５９～９６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９８］ 項目５９～９７の組成物のいずれか１つのアンチセンスオリゴマーと、薬
学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む医薬組成物。
［項目９９］ 腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって項目９
８の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
［項目１００］ 不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズ
されるアンチセンスオリゴマーであって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が保
持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ
転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンス
オリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む、
医薬組成物。
［項目１０１］ 不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮ
Ａ前駆体転写産物である、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０２］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、保持された
イントロンの５’スプライス部位に対して約＋５００～保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に対して約－５００までの領域内の保持されたイントロンにある、項目１００
又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１０３］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：
１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９
９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、項目１
００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１０４］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：
２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９
９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１００又は１０１に記載
の医薬組成物。
［項目１０５］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジア
ミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０６］ アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項
目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０７］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロック
ド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキ
シエチル部分を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０８］ アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項
目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０９］ アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基
、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基
、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基
、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基
、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の
核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１
～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩
基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０
の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１
２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基を含む、項
目１００に記載の医薬組成物。
［項目１１０］ アンチセンスオリゴマーは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産
物の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９
５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目１０
０又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１１１］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、ＳＥＱ Ｉ
Ｄ ＮＯ：２８１内にある、項目１００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１１２］ アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれ
か１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％
、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配
列を含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
［項目１１３］ アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０から選択
されたヌクレオチド配列を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１１４］ 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮
下注射、あるいは静脈内注射のために製剤される、項目１００～１１３のいずれか１つに
記載の医薬組成物。
［項目１１５］ ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫ
Ｄ２ ｍＲＮＡ転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足
しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
（ｂ）不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物へアンチセンスオリゴマーをハイブリダ
イズする工程であって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が、ＰＣ－２タンパク
質の機能的な形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含
む、工程と、
（ｃ）ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲ
ＮＡ転写産物を生成するために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物から少なくとも
１つの保持されたイントロンを除去する工程と、
（ｄ）十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からＰＣ－２タンパク質の機能的な
形態を翻訳する工程、
を含む、方法。
［項目１１６］ 保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、項目１１５
に記載の方法。
［項目１１７］ 不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体
転写産物である、項目１１５に記載の方法。
［項目１１８］ ＰＣ２タンパク質の量と活性の不足によって引き起こされた疾病を抱え
る被験体を処置する方法であって、
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％
、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるい
は９９％の配列同一性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体
に投与する工程を含む、方法。
本明細書で言及される出願公開、特許、および特許出願はすべて、あたかも個々の出願
公開、特許、あるいは特許出願がそれぞれ参照により組み込まれるように具体的かつ個々
に指示されるかのような同じ程度、参照により本明細書に組み込まれる。
本願は以下の発明を包含する。
［項目１］ 被験体の細胞によって標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの発現を増加させる
ことにより、被験体の多発性嚢胞腎を処置する方法であって、
細胞は、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有し
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、及び、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
は標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードし、
前記方法は、
標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相
補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、こ
れによって、保持されたイントロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、標的タンパク質又
は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、被験体の細胞中の標的タンパ
ク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させる、方法。
［項目２］ 保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）を有
する細胞により、ＰＣ－２である標的タンパク質の発現を増加させる方法であって、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接する
エクソンを含み、及び、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＣ－２タンパク質をコードし、
前記方法は、
ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的なアンチ
センスオリゴマー（ＡＳＯ）に、被験体の細胞を接触させる工程を含み、これによって、
保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から
構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの
レベルを増加させ、細胞中のＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる、方法。
［項目３］ 標的タンパク質はＰＣ－２である、項目１に記載の方法。
［項目４］ 標的タンパク質又は機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは活性が不足
している標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質あるいは補償機能的ＲＮＡである、項目１に記載の方法。
［項目５］ 細胞は、ＰＣ－２タンパク質の不足している量又は活性によって引き起こさ
れた疾病を抱える被験体中のものであるか、該被検体からのものである、項目２に記載の
方法。
［項目６］ 標的タンパク質の不足している量は、標的タンパク質のハプロ不全によって
引き起こされ、ここで、被験体は機能的な標的タンパク質をコードする第１の対立遺伝子
と、標的タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子、あるいは非機能的標的タンパク質
をコードする第２の対立遺伝子とを有し、ここで、アンチセンスオリゴマーは、第１の対
立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、項目１～５のい
ずれか１つに記載の方法。
［項目７］ 被験体は、標的タンパク質の量又は機能の不足に起因する障害により引き起
こされた疾病を抱えており、ここで、被験体は、
（ａ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第１の変異対立遺伝子と、
（ｂ）
（ｉ）標的タンパク質が野生型対立遺伝子からの生成と比較して、減少したレベルで生
成され、
（ｉｉ）標的タンパク質が同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態で生
成され、あるいは、
（ｉｉｉ）標的タンパク質が生成されない、
第２の変異対立遺伝子とを有し、
ここで、被験体が第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有するとき、第２の変異対
立遺伝子は（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉｉ）であり、ここで、被験体が第２の変異対
立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有するとき、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）あるいは
（ａ）（ｉｉ）であり、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）あるいは（ａ
）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子、及び／又は、（ｂ）（ｉ）あるいは（ｂ）（ｉ
ｉ）である第２の変異対立遺伝子のいずれかから転写される、項目１～５のいずれか１つ
に記載の方法。
［項目８］ 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、機能が低下した形
態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目９］ 標的タンパク質は、同等の野性型タンパク質と比較して、十分に機能的な形
態で生成される、項目７に記載の方法。
［項目１０］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に対して＋６～保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６ま
での領域内の保持されたイントロンにある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１２］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１３］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目１～９のいずれか１つに記載の方法。
［項目１４］ 標的タンパク質はＰＣ－２である、項目１～１３のいずれか１つに記載の
方法。
［項目１５］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含
む、項目１４に記載の方法。
［項目１６］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配
列によってコードされる、項目１４に記載の方法。
［項目１７］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少
なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、
９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１４に記載の方法。
［項目１８］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目１４に記載の方法。
［項目１９］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロ
ン５の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、項目１４に記
載の方法。
［項目２０］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目１９に記載の方法。
［項目２１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、項目１４に記載
の方法。
［項目２２］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～４３のいずれか１つに少なくとも約
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目
２１に記載の方法。
［項目２３］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、項目１４
に記載の方法。
［項目２４］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４～１４０のいずれか１つに少なくと
も約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、
項目２３に記載の方法。
［項目２５］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、項目１
４に記載の方法。
［項目２６］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１～２３７のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目２５に記載の方法。
［項目２７］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、項目１４に記載
の方法。
［項目２８］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８～２８０のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目２７に記載の方法。
［項目２９］ アンチセンスオリゴマーは、機能的ＲＮＡ又は標的タンパク質をコードす
る遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、
標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１～２８のいずれか１つに記
載の方法。
［項目３０］ アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードす
る遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、標的タンパ
ク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目１～２９のいずれか１つに記載の方法。
［項目３１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシ
ング、又は野生型のｍＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目
１～３０のいずれか１つに記載の方法。
［項目３２］ 標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍ
ＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目１～３１のいずれか１つに記載の方
法。
［項目３３］ 生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパ
ク質である、項目１～３２のいずれか１つに記載の方法。
［項目３４］ アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞中で生成された標的タンパク質
又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量は、対照細胞中で生成された標的タンパク
質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡの総量と比較して、約１．１～約１０倍、約１
．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１．１～約５倍
、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約９倍、約２～
約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３～約６倍、約
３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、約４～約９倍
、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．
５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍
、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１～３３のいずれか１つに記載の方法。
［項目３５］ アンチセンスオリゴマーと接触させた細胞によって生成された標的タンパ
ク質の総量は、対照細胞によって生成された標的タンパク質の総量として、約１．１～約
１０倍、約１．５～約１０倍、約２～約１０倍、約３～約１０倍、約４～約１０倍、約１
．１～約５倍、約１．１～約６倍、約１．１～約７倍、約１．１～約８倍、約１．１～約
９倍、約２～約５倍、約２～約６倍、約２～約７倍、約２～約８倍、約２～約９倍、約３
～約６倍、約３～約７倍、約３～約８倍、約３～約９倍、約４～約７倍、約４～約８倍、
約４～約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少な
くとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少な
くとも約５倍、あるいは少なくとも約１０倍増加する、項目１～３４のいずれか１つに記
載の方法。
［項目３６］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミ
デート結合を含む骨格修飾を含む、項目１～３５のいずれか１つに記載の方法。
［項目３７］ アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核
酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエ
チル部分を含む、項目１～３６のいずれか１つに記載の方法。
［項目３８］ アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目
１～３７のいずれか１つに記載の方法。
［項目３９］ それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目３８に記載の方法。
［項目４０］ アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、
８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、
８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、
９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、
１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核
酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～
５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基
、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の
核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２
～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、項
目１～３９のいずれか１つに記載の方法。
［項目４１］ アンチセンスオリゴマーは、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前
駆体の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも
９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目１
～４０のいずれか１つに記載の方法。
［項目４２］ 細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写さ
れたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は少
なくとも１つの保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは
、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団で最も豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１
～４１のいずれか１つに記載の方法。
［項目４３］ 最も豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの結合
は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲＮＡ
前駆体の集団からの少なくとも１つの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘
発する、請求項４２に記載の方法。
［項目４４］ 細胞は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードする遺伝子から転写さ
れたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団を含み、ここで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２
つ以上の保持されたイントロンを含み、及び、ここで、アンチセンスオリゴマーは、ＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体の集団で２番目に豊富な保持されたイントロンに結合する、項目１～
４３のいずれか１つに記載の方法。
［項目４５］ ２番目に豊富な保持されたイントロンに対するアンチセンスオリゴマーの
結合は、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡを生成するＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の集団からの２つ以上の保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発
する、請求項４４に記載の方法。
［項目４６］ 前記方法はＰＣ－２タンパク質発現を評価する工程をさらに含む、項目１
～４５のいずれか１つに記載の方法。
［項目４７］ アンチセンスオリゴマーはＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分
に結合し、ここで、標的部分はＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０から選択される配列であ
る、項目１～４６のいずれか１つに記載の方法。
［項目４８］ 被験体はヒトである、項目１～４７のいずれか１つに記載の方法。
［項目４９］ 被験体はヒト以外の動物である、項目１～４７のいずれか１つに記載の方
法。
［項目５０］ 被験体は胎児、胚、あるいは子供である、項目１～４８のいずれか１つに
記載の方法。
［項目５１］ 細胞はエクスビボである、項目１～４７のいずれか１つに記載の方法。
［項目５２］ アンチセンスオリゴマーは、被験体の腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射
、あるいは静脈内注射によって投与される、項目１～５１のいずれか１つに記載の方法。
［項目５３］ ５’スプライス部位に隣接するエクソンの－３ｅ～－１ｅと、保持された
イントロンの＋１～＋６にある９つのヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である
、項目１～５２のいずれか１つに記載の方法。
［項目５４］ 保持されたイントロンの－１５～－１と３’スプライス部位に隣接するエ
クソンの＋１ｅにある１６のヌクレオチドは、対応する野性型配列と同一である、項目１
～５３のいずれか１つに記載の方法。
［項目５５］ 項目１～５４のいずれか１つの方法で使用されるアンチセンスオリゴマー
。
［項目５６］ ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８
０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を
含む、アンチセンスオリゴマー。
［項目５７］ 項目５５又は５６のアンチセンスオリゴマーと、薬学的に許容可能な賦形
剤、希釈剤、又は担体とを含む医薬組成物。
［項目５８］ 腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって、項目
５７の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
［項目５９］ 不足しているタンパク質又は不足している機能的ＲＮＡに関連付けられる
被験体の多発性嚢胞腎を処置するために細胞によって標的タンパク質あるいは機能的ＲＮ
Ａの発現を増加させる方法で使用されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
不足しているタンパク質又は不足している機能的ＲＮＡは、被験体において量あるいは
活性が不足しており、ここで、アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的Ｒ
ＮＡをコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
）の構成的なスプライシングを増強し、
ここで、
標的タンパク質は、
（ａ）不足しているタンパク質、あるいは
（ｂ）被験体において不足しているタンパク質を機能的に増大させるか、これに取って代
わる、補償タンパク質であり、
ここで、
機能的ＲＮＡは、
（ｃ）不足しているＲＮＡ、あるいは、
（ｄ）被験体の不足している機能的ＲＮＡを機能的に増大させるか、これに取って代わる
、補償機能的ＲＮＡであり、
ここで、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエ
クソン、及び３’スプライス部位に隣接するエクソンを含み、ここで、保持されたイント
ロンは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からスプ
ライシングされ、それによって、被験体の標的タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの生成あ
るいは活性を増加させる、組成物。
［項目６０］ 被験体においてＰＣ－２タンパク質に関連する疾病を処置する方法で使用
されるアンチセンスオリゴマーを含む組成物であって、
当該方法は、被験体の細胞によってＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる工程であっ
て、細胞が、保持されたイントロン、保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接
するエクソン、保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンを含む、
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体を有し、及び、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体がＰＣ
－２タンパク質をコードする、工程と、アンチセンスオリゴマーに細胞を接触させる工程
であって、これによって、保持されたイントロンは、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物から構成的にスプライシングされ、それにより、被験体の
細胞においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルを増加させ、ＰＣ－２タ
ンパク質の発現を増加させる、工程を含む、組成物。
［項目６１］ 疾病は疾患又は障害である、項目６０に記載の組成物。
［項目６２］ 疾患又は障害は多発性嚢胞腎である、項目６１に記載の組成物。
［項目６３］ 標的タンパク質とＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体はＰＫＤ２遺伝子によってコー
ドされる、請求項６２に記載の組成物。
［項目６４］ アンチセンスオリゴマーは、保持されたイントロンの５’スプライス部位
に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６までの領
域内の保持されたイントロンにあるＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５
９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６５］ アンチセンスオリゴマーはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の一部を標的とし、こ
れは、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９７の領域、ある
いは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、
の内部の保持されたイントロンにある、項目５９～６４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６６］ アンチセンスオリゴマーは、少なくとも１つの保持されたイントロンの５
’スプライス部位の約１００ヌクレオチド下流から、少なくとも１つの保持されたイント
ロンの３’スプライス部位の約１００ヌクレオチド上流までの領域内にあるＲＩＣ ｍＲ
ＮＡ前駆体の一部を標的とする、項目５９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６７］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、あるいは、
（ｂ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソン中の＋２ｅ～－４
ｅの領域、
の内部にある、項目５９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６８］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、
（ａ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して－４ｅ～－１，０５４ｅの領
域、
（ｂ）保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６～＋４９９の領域、
（ｃ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６～－４９６の領域、あ
るいは、
（ｄ）保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して＋２ｅ～＋１，９１２ｅの領
域、
の内部にある、項目５９～６３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目６９］ 標的タンパク質はＰＣ－２である、項目５９～６８のいずれか１つに記載
の組成物。
［項目７０］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含
む、項目６９に記載の組成物。
［項目７１］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１に少なくとも約８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配
列によってコードされる、項目６９に記載の組成物。
［項目７２］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少
なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、
９７％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目６９に記載の組成物。
［項目７３］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目６９に記載の組成物。
［項目７４］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～＋４９７までの領域内、あるいは保持されたイントロ
ン５の３’スプライス部位に対して－４９６～＋２１２ｅの領域内にある、項目６９に記
載の組成物。
［項目７５］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに少なくとも
約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項
目７４に記載の組成物。
［項目７６］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の５’ス
プライス部位に対して－２０４ｅ～－４ｅの領域内のエクソン５にある、項目６９に記載
の組成物。
［項目７７］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～４３のいずれか１つに少なくとも約
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、項目
７６に記載の組成物。
［項目７８］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの５’スプ
ライス部位に対して＋６～＋４９７の領域内の保持されたイントロン５にある、項目６９
に記載の組成物。
［項目７９］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４～１４０のいずれか１つに少なくと
も約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む、
項目７８に記載の組成物。
［項目８０］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に対して－１６～－４９６の領域内の保持されたイントロン５にある、項目６
９に記載の組成物。
［項目８１］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１～２３７のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目８０に記載の組成物。
［項目８２］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイントロン５の３’ス
プライス部位に対して＋２ｅ～＋２１２ｅの領域内のエクソン６にある、項目６９に記載
の組成物。
［項目８３］ ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８～２８０のいずれか１つに少なく
とも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、あるいは１００％相補的な配列を含む
、項目８２に記載の組成物。
［項目８４］ アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードす
る遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することにより、
標的タンパク質又は機能的ＲＮＡの量を増加させない、項目５９～８３のいずれか１つに
記載の組成物。
［項目８５］ アンチセンスオリゴマーは、標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードす
る遺伝子の突然変異に起因する異常なスプライシングを調節することにより、機能的ＲＮ
Ａ又は機能的タンパク質の量を増加させない、項目５９～８４のいずれか１つに記載の組
成物。
［項目８６］ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長のｍＲＮＡ前駆体、あるいは野生型のｍ
ＲＮＡ前駆体の部分的なスプライシングによって生成された、項目５９～８５のいずれか
１つに記載の組成物。
［項目８７］ 標的タンパク質又は機能的ＲＮＡをコードするｍＲＮＡは、全長の成熟ｍ
ＲＮＡ、あるいは野生型の成熟ｍＲＮＡである、項目５９～８６のいずれか１つに記載の
組成物。
［項目８８］ 生成された標的タンパク質は、全長のタンパク質あるいは野生型のタンパ
ク質である、項目５９～８７のいずれか１つに記載の組成物。
［項目８９］ 保持されたイントロンは律速イントロンである、項目５９～８８のいずれ
か１つに記載の組成物。
［項目９０］ 前記保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で最も豊富な保
持されたイントロンである、項目５９～８９のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９１］ 保持されたイントロンは前記ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体で２番目に豊富な保
持されたイントロンである、項目５９～８９のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９２］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジアミ
デート結合を含む骨格修飾を含む、項目５９～９１のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９３］ 前記アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、
項目５９～９２のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９４］ アンチセンスオリゴマーはホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核
酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキシエ
チル部分を含む、項目５９～９３のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９５］ アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項目
５９～９４のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９６］ それぞれの糖部は修飾された糖部である、項目９５に記載の組成物。
［項目９７］ アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基、
８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基、
８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基、
９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基、
１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の核
酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１～
５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩基
、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０の
核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１２
～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基からなる、項
目５９～９６のいずれか１つに記載の組成物。
［項目９８］ 項目５９～９７の組成物のいずれか１つのアンチセンスオリゴマーと、薬
学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む医薬組成物。
［項目９９］ 腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、あるいは静脈内注射によって項目９
８の医薬組成物を投与することにより被験体を処置する方法。
［項目１００］ 不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の標的配列にハイブリダイズ
されるアンチセンスオリゴマーであって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が保
持されたイントロンを含み、アンチセンスオリゴマーが不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ
転写産物からの保持されたイントロンのスプライシングアウトを誘発する、アンチセンス
オリゴマーと、
薬学的に許容可能な賦形剤、希釈剤、又は担体とを含む、
医薬組成物。
［項目１０１］ 不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮ
Ａ前駆体転写産物である、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０２］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、保持された
イントロンの５’スプライス部位に対して約＋５００～保持されたイントロンの３’スプ
ライス部位に対して約－５００までの領域内の保持されたイントロンにある、項目１００
又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１０３］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：
１に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９
９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた遺伝子配列によってコードされる、項目１
００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１０４］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物は、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：
２に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９
９％、あるいは１００％の配列同一性を備えた配列を含む、項目１００又は１０１に記載
の医薬組成物。
［項目１０５］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロチオエート結合又はホスホロジア
ミデート結合を含む骨格修飾を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０６］ アンチセンスオリゴマーはアンチセンスオリゴヌクレオチドである、項
目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０７］ アンチセンスオリゴマーは、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロック
ド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル、２’－フルオロ、あるいは２’－Ｏ－メトキ
シエチル部分を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０８］ アンチセンスオリゴマーは少なくとも１つの修飾された糖部を含む、項
目１００に記載の医薬組成物。
［項目１０９］ アンチセンスオリゴマーは、８～５０の核酸塩基、８～４０の核酸塩基
、８～３５の核酸塩基、８～３０の核酸塩基、８～２５の核酸塩基、８～２０の核酸塩基
、８～１５の核酸塩基、９～５０の核酸塩基、９～４０の核酸塩基、９～３５の核酸塩基
、９～３０の核酸塩基、９～２５の核酸塩基、９～２０の核酸塩基、９～１５の核酸塩基
、１０～５０の核酸塩基、１０～４０の核酸塩基、１０～３５の核酸塩基、１０～３０の
核酸塩基、１０～２５の核酸塩基、１０～２０の核酸塩基、１０～１５の核酸塩基、１１
～５０の核酸塩基、１１～４０の核酸塩基、１１～３５の核酸塩基、１１～３０の核酸塩
基、１１～２５の核酸塩基、１１～２０の核酸塩基、１１～１５の核酸塩基、１２～５０
の核酸塩基、１２～４０の核酸塩基、１２～３５の核酸塩基、１２～３０の核酸塩基、１
２～２５の核酸塩基、１２～２０の核酸塩基、あるいは１２～１５の核酸塩基を含む、項
目１００に記載の医薬組成物。
［項目１１０］ アンチセンスオリゴマーは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産
物の標的部分に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９
５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、あるいは１００％相補的である、項目１０
０又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１１１］ ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体転写産物の標的部分は、ＳＥＱ Ｉ
Ｄ ＮＯ：２８１内にある、項目１００又は１０１に記載の医薬組成物。
［項目１１２］ アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれ
か１つに対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％
、９５％、９６％、９７％、９８％、あるいは９９％の配列同一性であるヌクレオチド配
列を含む、請求項１００に記載の医薬組成物。
［項目１１３］ アンチセンスオリゴマーは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０から選択
されたヌクレオチド配列を含む、項目１００に記載の医薬組成物。
［項目１１４］ 医薬組成物は、髄腔内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮
下注射、あるいは静脈内注射のために製剤される、項目１００～１１３のいずれか１つに
記載の医薬組成物。
［項目１１５］ ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫ
Ｄ２ ｍＲＮＡ転写産物を生成するべく、保持されたイントロンの除去を促すために不足
しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物の処理を誘発する方法であって、
前記方法は、
（ａ）被験体の標的細胞へアンチセンスオリゴマーを接触させる工程と、
（ｂ）不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物へアンチセンスオリゴマーをハイブリダ
イズする工程であって、不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物が、ＰＣ－２タンパク
質の機能的な形態をコードすることができ、少なくとも１つの保持されたイントロンを含
む、工程と、
（ｃ）ＰＣ－２タンパク質の機能的な形態をコードする十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲ
ＮＡ転写産物を生成するために不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物から少なくとも
１つの保持されたイントロンを除去する工程と、
（ｄ）十分に処理されたＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物からＰＣ－２タンパク質の機能的な
形態を翻訳する工程、
を含む、方法。
［項目１１６］ 保持されたイントロンは保持されたイントロン全体である、項目１１５
に記載の方法。
［項目１１７］ 不足しているＰＫＤ２ ｍＲＮＡ転写産物はＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体
転写産物である、項目１１５に記載の方法。
［項目１１８］ ＰＣ２タンパク質の量と活性の不足によって引き起こされた疾病を抱え
る被験体を処置する方法であって、
ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０のいずれか１つに対して少なくとも約８０％、８５％
、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、あるい
は９９％の配列同一性を備えたヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴマーを被験体
に投与する工程を含む、方法。
【図面の簡単な説明】
【0029】
本発明の新規な特徴は、とりわけ添付の特許請求の範囲において説明される。本発明の
諸原則が利用される例示の実施形態について説明する以下の詳細な記載と、添付の図面を
参照することで、本発明の特徴および利点についてのよりよい理解が得られるであろう。
諸原則が利用される例示の実施形態について説明する以下の詳細な記載と、添付の図面を
参照することで、本発明の特徴および利点についてのよりよい理解が得られるであろう。
【図1】保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の例示的概略図を示す。図１では、５’スプライス部位コンセンサス配列は、－３ｅから－１ｅおよび＋１から＋６（「ｅ」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである）の、下線部の文字（文字はヌクレオチド、大文字はエクソン部分、小文字はイントロン部分）で示される。３’スプライス部位コンセンサス配列は、－１５から－１および＋１ｅ（「ｅ」と標識された数字はエクソンであり、標識されていない数字はイントロンである）の、下線部の文字（文字はヌクレオチド、大文字はエクソン部分、小文字はイントロン部分）で示される。ＡＳＯスクリーニングの、イントロンの標的領域は、保持されたイントロンの５’スプライス部位（左の矢印）に対する＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位（右の矢印）に対する－１６のヌクレオチドを含む。実施形態では、ＡＳＯスクリーニングの、イントロンの標的領域は、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から＋１００、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６から－１００のヌクレオチドを含む。エクソンの標的領域は、イントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソンの＋２ｅから－４ｅ、および保持されたイントロンの３’スプライス部位に隣接するエクソンの＋２ｅから－４ｅのヌクレオチドを含む。「ｎ」あるいは「Ｎ」はヌクレオチドを表し、「ｙ」はピリミジンを表す。図示された配列は、哺乳動物のスプライス部位のコンセンサス配列を表し、個々のイントロンおよびエクソンはすべての位置でコンセンサス配列を一致させる必要はない。
【図2A】核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）アプローチの概略図を示す。図２Ａは、核と細胞質区画に分割された細胞を示す。核では、エクソン（長方形）およびイントロン（接続ライン）から成る標的遺伝子のｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、ｍＲＮＡを産生するためにスプライシングを受け、このｍＲＮＡは細胞質に輸送され、標的タンパク質に翻訳される。この標的遺伝子については、イントロン１のスプライシングは非効率的であり、保持されたイントロン含有（ＲＩＣ）ｍＲＮＡ前駆体は、主として核に蓄積し、細胞質に輸送された場合は標的タンパク質産生に至ることなく劣化する。
【図2B】核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）アプローチの概略図を示す。図２Ｂは、核と細胞質区画に分割された同じ細胞の例を示す。アンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）による処置は、イントロン１のスプライシングを促進し、ｍＲＮＡの増加をもたらし、これは順に、高位レベルの標的タンパク質に翻訳される。
【図3】イントロン５をもつＰＫＤ２遺伝子におけるイントロン保持を詳細に示す。ＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）を用いた、ＰＫＤ２遺伝子におけるイントロン保持事象の特定は、ＵＣＳＣゲノムブラウザで視覚化されて示される。上パネルは、腎臓の上皮細胞内に発現し、細胞質（上部）あるいは核分画（底部）のいずれかに局在するＰＫＤ２転写産物に相当する読み取り密度を示す。このパネルの下部に、ＰＫＤ２遺伝子を図示したものが、スケールに合わせて示される。読み取り密度は、ピークで示される。最も高い読み取り密度は、エクソン（ブラックボックス）に相当する。一方、いずれの細胞分画においてもイントロンの大半で読み取りは観察されない。細胞質分画と比較してより高い読み取り密度は、核分画のイントロン５（矢印が示す部分）に対して検知され、これはイントロン５のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示している。保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、核内に保持され、細胞質には輸送されない。腎臓の上皮細胞内のイントロン５の読み取り密度は、下パネルに詳細に示される。
【図4】例示的ＰＫＤ２遺伝子イントロン５（ＩＶＳ ５）ＡＳＯウォーク（ｗａｌｋ）を示す。２’－Ｏ－Ｍｅ ＡＳＯ、ＰＳ骨格を使用して、５’スプライス部位のすぐ下流、あるいは３’スプライス部位の上流にある配列を標的とする、ＰＫＤ２ ＩＶＳ ５に対して行われたＡＳＯウォークが図示される。ＡＳＯは、一度に５つのヌクレオチドの位置を変えることによりこれらの領域をカバーするように設計された。ＰＫＤ２エクソン－イントロン構造はスケールに合わせて示される。
【図5】ＮＭ＿０００２９７に相応するＰＫＤ２のＲｅｆＳｅｑ Ｇｅｎｅの概略を図示する。イントロン５のイントロン保持率（ＰＩＲ）が詳述される。
【発明を実施するための形態】
【0030】
１つを超えるイントロンを有するタンパク質コード遺伝子の一次転写産物に含まれる個
々のイントロンは、異なる効率性で一次転写産物からスプライシングされる。ほとんどの
場合、完全にスプライシングされたｍＲＮＡだけが、続く細胞質での翻訳のために核膜孔
を通って輸送される。スプライシングされていない、あるいは部分的にスプライシングさ
れた転写産物は、核内で検出可能である。完全にスプライシングされていない転写産物の
核内蓄積は、タンパク質に翻訳されることもある、細胞質中の有害な恐れのあるｍＲＮＡ
の蓄積を防止するメカニズムであると一般的に考えられる。いくつかの遺伝子については
、最も効率性の低いイントロンのスプライシングは、細胞質での翻訳に先立ち、遺伝子発
現における律速的な転写後の工程である。
々のイントロンは、異なる効率性で一次転写産物からスプライシングされる。ほとんどの
場合、完全にスプライシングされたｍＲＮＡだけが、続く細胞質での翻訳のために核膜孔
を通って輸送される。スプライシングされていない、あるいは部分的にスプライシングさ
れた転写産物は、核内で検出可能である。完全にスプライシングされていない転写産物の
核内蓄積は、タンパク質に翻訳されることもある、細胞質中の有害な恐れのあるｍＲＮＡ
の蓄積を防止するメカニズムであると一般的に考えられる。いくつかの遺伝子については
、最も効率性の低いイントロンのスプライシングは、細胞質での翻訳に先立ち、遺伝子発
現における律速的な転写後の工程である。
【0031】
遺伝病である多発性嚢胞腎で不足しているＰＣ－２タンパク質をコードする、かなりの
レベルの部分的にスプライシングされたＰＫＤ２遺伝子の転写産物が、ヒト細胞の核内で
発見されている。これらのＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体種は少なくとも１つの保持されたイ
ントロンを含む。本発明は、完全にスプライシングされた成熟ｍＲＮＡの定常状態の産生
と翻訳されたＰＣ－２タンパク質レベルを増加させるための、遺伝子発現の核段階におい
て律速的である１つ以上の保持されたＰＫＤ２イントロンのスプライシングを増加させる
ための組成物と方法を提供する。これらの組成物および方法は、核に蓄積する保持された
イントロン含有ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体のイントロンスプライス部位における構成的ス
プライシングを促進するアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を活用する。したがって、実
施形態では、ＰＣ－２欠損症に起因する疾病を処置するために、本発明の方法を用いてＰ
Ｃ－２タンパク質を増加させる。
レベルの部分的にスプライシングされたＰＫＤ２遺伝子の転写産物が、ヒト細胞の核内で
発見されている。これらのＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体種は少なくとも１つの保持されたイ
ントロンを含む。本発明は、完全にスプライシングされた成熟ｍＲＮＡの定常状態の産生
と翻訳されたＰＣ－２タンパク質レベルを増加させるための、遺伝子発現の核段階におい
て律速的である１つ以上の保持されたＰＫＤ２イントロンのスプライシングを増加させる
ための組成物と方法を提供する。これらの組成物および方法は、核に蓄積する保持された
イントロン含有ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体のイントロンスプライス部位における構成的ス
プライシングを促進するアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）を活用する。したがって、実
施形態では、ＰＣ－２欠損症に起因する疾病を処置するために、本発明の方法を用いてＰ
Ｃ－２タンパク質を増加させる。
【0032】
他の実施形態では、必要とする被験体の疾病を処置するために、本発明の方法を使用し
てＰＣ－２産生を増加させる。実施形態では、被験体は、ＰＣ－２が野性型に対して必ず
しも不足していないが、それにも関わらずＰＣ－２の増加が疾病を緩和する疾病を有する
。実施形態では、疾病はＰＣ－２ハプロ不全によって引き起こされる。
多発性嚢胞腎
てＰＣ－２産生を増加させる。実施形態では、被験体は、ＰＣ－２が野性型に対して必ず
しも不足していないが、それにも関わらずＰＣ－２の増加が疾病を緩和する疾病を有する
。実施形態では、疾病はＰＣ－２ハプロ不全によって引き起こされる。
多発性嚢胞腎
【0033】
多発性嚢胞腎（ＰＫＤ）は、腎嚢胞の発達および様々な腎外の症状発現に特徴づけられ
る常染色体優性多系統障害である（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）
。主たる臨床的および病理的所見は、腎嚢胞の発達および腫脹に起因する腎疾患であり、
それは結果として嚢腫体積の増加と直接関連する腎臓体積の増加のような、腎臓の症状発
現をもたらす。他のＰＫＤ発現は、高血圧症、内皮の血管拡張、収縮性の一酸化窒素合成
酵素活性、多発性肝嚢胞症、頭蓋内動脈瘤、胸部大動脈解離、および冠動脈瘤を含む脈管
の症状発現、年齢７０までに末期腎疾患（ＥＳＲＤ）へと至る進行性の腎不全を含む。胎
児の超音波検査を用いることで、子宮内で、あるいは出生時に、ＰＫＤを診断することが
できるが、ＰＫＤは一般的に腎臓の超音波によって判定される腎嚢胞の検出により老年期
に診断される。世界的なＰＫＤ有病率は、～１．２男女比率で、１：４００から１：１０
００の間にあると推測される（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）。
る常染色体優性多系統障害である（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）
。主たる臨床的および病理的所見は、腎嚢胞の発達および腫脹に起因する腎疾患であり、
それは結果として嚢腫体積の増加と直接関連する腎臓体積の増加のような、腎臓の症状発
現をもたらす。他のＰＫＤ発現は、高血圧症、内皮の血管拡張、収縮性の一酸化窒素合成
酵素活性、多発性肝嚢胞症、頭蓋内動脈瘤、胸部大動脈解離、および冠動脈瘤を含む脈管
の症状発現、年齢７０までに末期腎疾患（ＥＳＲＤ）へと至る進行性の腎不全を含む。胎
児の超音波検査を用いることで、子宮内で、あるいは出生時に、ＰＫＤを診断することが
できるが、ＰＫＤは一般的に腎臓の超音波によって判定される腎嚢胞の検出により老年期
に診断される。世界的なＰＫＤ有病率は、～１．２男女比率で、１：４００から１：１０
００の間にあると推測される（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）。
【0034】
ＰＫＤ１あるいはＰＫＤ２遺伝子いずれかの突然変異は、ＰＫＤを引き起こすと報告さ
れている。ＰＫＤ１の突然変異は典型的に、ＰＫＤ２よりも若年期に発現し（ＥＳＲＤ時
の年齢はそれぞれ、ＰＫＤ１は５４．３、ＰＫＤ２は７４．０）、結果として、典型的に
より若年期の嚢腫発現に起因するより重篤な疾病状態をもたらす（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ
Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）。病態生理学におけるこの違いゆえに、ＰＫＤの遅発性の
形態は、一般的にＰＫＤ２遺伝子中の突然変異から発生する。ＰＫＤ２は、ＰＣ－２タン
パク質、繊毛モチーフのある短いＮ末端細胞質領域を含む９６８アミノ酸タンパク質、６
つの膜貫通領域、および短いＣ末端部分をコードする。ＰＫＤ２遺伝子のヒトゲノム配列
は、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｅ ＩＤ ５３１１に明らかにされており、タンパク質はＵｎｉＰ
ｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ：Ｑ１３５６３－１に明らかにされており、例えば、
Ｍｏｔｃｈｉｚｕｋｉ Ｔ，ｅｔ ａｌ．，１９９６，“ＰＫＤ２，ａ ｇｅｎｅ ｆｏ
ｒ ｐｏｌｙｃｙｓｔｉｃ ｋｉｄｎｅｙ ｄｉｓｅａｓｅ ｔｈａｔ ｅｎｃｏｄｅｓ
ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｌ ｍｅｍｂｒａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ
２７２：１３３９－１３４２に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。ＰＫＤ２
ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿０００２
９７．３．２に明らかにされており、Ｙａｎｇ Ｙ，ｅｔ ａｌ．，２０１５，“Ｏｌｉ
ｇｏｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｏｌｙｃｙｓｔｉｎ－２ Ｃ－ｔｅｒｍｉ
ｎａｌ ｔａｉｌ ａｎｄ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｎ ｉｔｓ Ｃａ２＋ ｂｉｎｄｉｎｇ
ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，”Ｊ．Ｂｉｏ Ｃｈｅｍ．２９０（１６），１０５４４－１０
５５４に記載され、いずれの文献も参照により本明細書に組み込まれる。ＰＫＤ２におけ
る突然変異は、最も蔓延している遺伝性の嚢胞性腎疾患である遅発性常染色体優性ＰＫＤ
（ＡＤＰＫＤ）をもたらす。
れている。ＰＫＤ１の突然変異は典型的に、ＰＫＤ２よりも若年期に発現し（ＥＳＲＤ時
の年齢はそれぞれ、ＰＫＤ１は５４．３、ＰＫＤ２は７４．０）、結果として、典型的に
より若年期の嚢腫発現に起因するより重篤な疾病状態をもたらす（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ
Ｈａｒｒｉｓ， ２００９）。病態生理学におけるこの違いゆえに、ＰＫＤの遅発性の
形態は、一般的にＰＫＤ２遺伝子中の突然変異から発生する。ＰＫＤ２は、ＰＣ－２タン
パク質、繊毛モチーフのある短いＮ末端細胞質領域を含む９６８アミノ酸タンパク質、６
つの膜貫通領域、および短いＣ末端部分をコードする。ＰＫＤ２遺伝子のヒトゲノム配列
は、ＮＣＢＩ Ｇｅｎｅ ＩＤ ５３１１に明らかにされており、タンパク質はＵｎｉＰ
ｒｏｔＫＢ／Ｓｗｉｓｓ－Ｐｒｏｔ：Ｑ１３５６３－１に明らかにされており、例えば、
Ｍｏｔｃｈｉｚｕｋｉ Ｔ，ｅｔ ａｌ．，１９９６，“ＰＫＤ２，ａ ｇｅｎｅ ｆｏ
ｒ ｐｏｌｙｃｙｓｔｉｃ ｋｉｄｎｅｙ ｄｉｓｅａｓｅ ｔｈａｔ ｅｎｃｏｄｅｓ
ａｎ ｉｎｔｅｇｒａｌ ｍｅｍｂｒａｎｃｅ ｐｒｏｔｅｉｎ，”Ｓｃｉｅｎｃｅ
２７２：１３３９－１３４２に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。ＰＫＤ２
ｍＲＮＡ配列は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＭ＿０００２
９７．３．２に明らかにされており、Ｙａｎｇ Ｙ，ｅｔ ａｌ．，２０１５，“Ｏｌｉ
ｇｏｍｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｐｏｌｙｃｙｓｔｉｎ－２ Ｃ－ｔｅｒｍｉ
ｎａｌ ｔａｉｌ ａｎｄ ｅｆｆｅｃｔｓ ｏｎ ｉｔｓ Ｃａ２＋ ｂｉｎｄｉｎｇ
ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ，”Ｊ．Ｂｉｏ Ｃｈｅｍ．２９０（１６），１０５４４－１０
５５４に記載され、いずれの文献も参照により本明細書に組み込まれる。ＰＫＤ２におけ
る突然変異は、最も蔓延している遺伝性の嚢胞性腎疾患である遅発性常染色体優性ＰＫＤ
（ＡＤＰＫＤ）をもたらす。
【0035】
ＰＫＤ２遺伝子は、１５のエクソンから成り、染色体４ｐ２２．１に位置する。ＰＫＤ
におけるＰＫＤ２の突然変異はＡＤＰＫＤ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＰＫ
Ｄ Ｆｏｕｎｄａｎｔｉｏｎ，８３３０ Ｗａｒｄ Ｐａｒｋｗａｙ，Ｓｕｉｔｅ ５１
０，Ｋａｎｓａｓ Ｃｉｔｙ，ＭＯ ６４１１４により管理）で報告されたように、ＰＫ
Ｄ２の９５の短縮型変異を伴い、全タンパク質に広がる。ＰＫＤ２におけるホモ接合の不
足は、出生と適合しないと予測されるため、ハプロ不全はＡＤＰＫＤ疾患の発現をもたら
すもっとも有力なメカニズムである（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９
）。ナンセンスおよび挿入／欠失などの突然変異は、一般的なＡＤＰＫＤ２表現型表示機
能ハプロ不全に関連する。結果としてＰＣ－２－Ｄ５１１Ｖタンパク質発現をもたらすＰ
ＫＤミスセンス変異は、安定性の観点から、野生型ＰＣ－２と判別不能であると予測され
た（Ｒｅｙｎｏｌｄｓ，ｅｔ ａｌ．，１９９９，Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．
１０：２３４２－２３５１）。ＰＣ－２－Ｄ５１１Ｖ変異体は、その安定性にもかかわら
ず、イオンチャネルとして作用する能力の予測された崩壊が原因で、機能不全を示した。
したがって、初期活性が崩壊させられた場合、安定した変異体であっても表現型を引き起
こす場合がある。その疾患は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＯＭＩＭ＃６
１３０９５（Ｏｎｌｉｎｅ Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａ
ｎ，Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，１９６６－２０１５）に記載
されている。
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）
におけるＰＫＤ２の突然変異はＡＤＰＫＤ Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＰＫ
Ｄ Ｆｏｕｎｄａｎｔｉｏｎ，８３３０ Ｗａｒｄ Ｐａｒｋｗａｙ，Ｓｕｉｔｅ ５１
０，Ｋａｎｓａｓ Ｃｉｔｙ，ＭＯ ６４１１４により管理）で報告されたように、ＰＫ
Ｄ２の９５の短縮型変異を伴い、全タンパク質に広がる。ＰＫＤ２におけるホモ接合の不
足は、出生と適合しないと予測されるため、ハプロ不全はＡＤＰＫＤ疾患の発現をもたら
すもっとも有力なメカニズムである（Ｔｏｒｒｅｓ ａｎｄ Ｈａｒｒｉｓ， ２００９
）。ナンセンスおよび挿入／欠失などの突然変異は、一般的なＡＤＰＫＤ２表現型表示機
能ハプロ不全に関連する。結果としてＰＣ－２－Ｄ５１１Ｖタンパク質発現をもたらすＰ
ＫＤミスセンス変異は、安定性の観点から、野生型ＰＣ－２と判別不能であると予測され
た（Ｒｅｙｎｏｌｄｓ，ｅｔ ａｌ．，１９９９，Ｊ．Ａｍ．Ｓｏｃ．Ｎｅｐｈｒｏｌ．
１０：２３４２－２３５１）。ＰＣ－２－Ｄ５１１Ｖ変異体は、その安定性にもかかわら
ず、イオンチャネルとして作用する能力の予測された崩壊が原因で、機能不全を示した。
したがって、初期活性が崩壊させられた場合、安定した変異体であっても表現型を引き起
こす場合がある。その疾患は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるＯＭＩＭ＃６
１３０９５（Ｏｎｌｉｎｅ Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ ｉｎ Ｍａ
ｎ，Ｊｏｈｎｓ Ｈｏｐｋｉｎｓ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，１９６６－２０１５）に記載
されている。
保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）
【0036】
実施形態では、本明細書に開示される方法は、細胞核内でＰＫＤ２遺伝子から転写され
、ＰＣ－２タンパク質をコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体）の存在を活用する。成熟し、完全にスプライシングされたＰＫＤ２
ｍＲＮＡを産生するための、特定されたＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体種のスプライ
シングは、保持されたイントロンのスプライシングアウトを刺激するＡＳＯを用いて誘発
される。結果としてもたらされる成熟ＰＫＤ２ ｍＲＮＡは、細胞質に輸送され翻訳され
うる。それによって被験体の細胞中のＰＣ－２タンパク質量を増加させ、多発性嚢胞腎疾
患の症状を緩和する。この方法は以下でさらに詳述されるが、核内遺伝子出力の標的とさ
れた増強（ＴＡＮＧＯ）として知られる。
ＰＫＤ２核の転写産物
、ＰＣ－２タンパク質をコードする、保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体）の存在を活用する。成熟し、完全にスプライシングされたＰＫＤ２
ｍＲＮＡを産生するための、特定されたＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体種のスプライ
シングは、保持されたイントロンのスプライシングアウトを刺激するＡＳＯを用いて誘発
される。結果としてもたらされる成熟ＰＫＤ２ ｍＲＮＡは、細胞質に輸送され翻訳され
うる。それによって被験体の細胞中のＰＣ－２タンパク質量を増加させ、多発性嚢胞腎疾
患の症状を緩和する。この方法は以下でさらに詳述されるが、核内遺伝子出力の標的とさ
れた増強（ＴＡＮＧＯ）として知られる。
ＰＫＤ２核の転写産物
【0037】
本明細書の実施例に記載されるように、ＰＫＤ２遺伝子はイントロン保持事象に対して
分析を施され、イントロン５の保持が観察された。ＵＣＳＣゲノムブラウザによって視覚
化されたＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）は、腎臓の上皮細胞に発現したＰＫＤ２転写産
物を示し、細胞質あるいは核分画のいずれかに局在した。いずれの分画においても、読み
取りは大多数のイントロンにおいて観察されなかった。しかしながら、細胞質分画と比較
してより高い読み取り密度が、核分画のイントロン５に対して検知され、これはイントロ
ン５のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示す。保
持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、主として核内に蓄積し、ＰＣ－２
タンパク質に翻訳されない。イントロン５の読み取り密度は、１８％のイントロン保持を
示した（図５）。イントロン５のイントロン保持率（ＰＩＲ）の値は、４つの値（２３、
１３、２２および１４）を平均化することにより得られた。それぞれの値は、４つの異な
るアルゴリズムのうちの１つを使用して、腎臓の上皮細胞において決定された。イントロ
ン保持事象を特定するための、ＥＮＣＯＤＥデータの分析（例えば、Ｔｉｌｇｎｅｒ，ｅ
ｔ ａｌ．，２０１２，“Ｄｅｅｐ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｓｕｂｃｅｌｌｕｌ
ａｒ ＲＮＡ ｆｒａｃｔｉｏｎｓ ｓｈｏｗｓ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｔｏ ｂｅ ｐｒ
ｅｄｏｍｉｎａｎｔｌｙ ｃｏ－ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕ
ｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｂｕｔ ｉｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｌｎｃＲＮＡｓ、”
Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２２（９）：１６１６－２５に記載）は、イントロン
５を保持されたものとして判定しなかった。
分析を施され、イントロン５の保持が観察された。ＵＣＳＣゲノムブラウザによって視覚
化されたＲＮＡ配列決定（ＲＮＡｓｅｑ）は、腎臓の上皮細胞に発現したＰＫＤ２転写産
物を示し、細胞質あるいは核分画のいずれかに局在した。いずれの分画においても、読み
取りは大多数のイントロンにおいて観察されなかった。しかしながら、細胞質分画と比較
してより高い読み取り密度が、核分画のイントロン５に対して検知され、これはイントロ
ン５のスプライシング効率が低く、結果としてイントロン保持をもたらすことを示す。保
持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、主として核内に蓄積し、ＰＣ－２
タンパク質に翻訳されない。イントロン５の読み取り密度は、１８％のイントロン保持を
示した（図５）。イントロン５のイントロン保持率（ＰＩＲ）の値は、４つの値（２３、
１３、２２および１４）を平均化することにより得られた。それぞれの値は、４つの異な
るアルゴリズムのうちの１つを使用して、腎臓の上皮細胞において決定された。イントロ
ン保持事象を特定するための、ＥＮＣＯＤＥデータの分析（例えば、Ｔｉｌｇｎｅｒ，ｅ
ｔ ａｌ．，２０１２，“Ｄｅｅｐ ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｏｆ ｓｕｂｃｅｌｌｕｌ
ａｒ ＲＮＡ ｆｒａｃｔｉｏｎｓ ｓｈｏｗｓ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｔｏ ｂｅ ｐｒ
ｅｄｏｍｉｎａｎｔｌｙ ｃｏ－ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌ ｉｎ ｔｈｅ ｈｕ
ｍａｎ ｇｅｎｏｍｅ ｂｕｔ ｉｎｅｆｆｉｃｉｅｎｔ ｆｏｒ ｌｎｃＲＮＡｓ、”
Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２２（９）：１６１６－２５に記載）は、イントロン
５を保持されたものとして判定しなかった。
【0038】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＰＫＤ２ゲノム配列から転
写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保
持されたイントロン５を含むＰＫＤ２のゲノム配列からのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写
産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１のＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持
されたイントロン５を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物
を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＰＫＤ２ Ｒ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持され
たイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体配列を標的とする。いくつかの
実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２で示されるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮ
Ａ前駆体配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン
５を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２で示されるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体配列を標
的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ Ｎ
Ｏ：２８１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３
－２８０で示されるいずれか１つの配列を有する。
写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保
持されたイントロン５を含むＰＫＤ２のゲノム配列からのＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写
産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１のＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持
されたイントロン５を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１のＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物
を標的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＰＫＤ２ Ｒ
ＩＣ ｍＲＮＡ前駆体配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持され
たイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体配列を標的とする。いくつかの
実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２で示されるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮ
Ａ前駆体配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン
５を含むＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２で示されるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体配列を標
的とする。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ Ｎ
Ｏ：２８１を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３
－２８０で示されるいずれか１つの配列を有する。
【0039】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体のエクソン５を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持
されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位より
も上流（あるいは５’）のエクソン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳ
Ｏは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライ
ス部位よりも約４から約２０４のヌクレオチド上流（あるいは５’）のエクソン配列を標
的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４３で示され
るいずれか１つの配列を有する。
ｍＲＮＡ前駆体のエクソン５を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持
されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位より
も上流（あるいは５’）のエクソン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳ
Ｏは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライ
ス部位よりも約４から約２０４のヌクレオチド上流（あるいは５’）のエクソン配列を標
的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３－４３で示され
るいずれか１つの配列を有する。
【0040】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体内のイントロン５を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、
保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位
よりも下流（あるいは３’）のイントロン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では
、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’ス
プライス部位よりも約６から約４９７のヌクレオチド下流（あるいは３’）の、イントロ
ン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４
－１４０で示されるいずれか１つの配列を有する。
ｍＲＮＡ前駆体内のイントロン５を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、
保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’スプライス部位
よりも下流（あるいは３’）のイントロン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では
、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の５’ス
プライス部位よりも約６から約４９７のヌクレオチド下流（あるいは３’）の、イントロ
ン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：４４
－１４０で示されるいずれか１つの配列を有する。
【0041】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のイントロン５配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫ
Ｄ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約４９６のヌクレ
オチド上流（あるいは５’）のイントロン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では
、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７で示されるいずれか１つの配列を有す
る。
ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも上流（あるいは５’）のイントロン５配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫ
Ｄ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よりも約１６から約４９６のヌクレ
オチド上流（あるいは５’）のイントロン５配列を標的とする。いくつかの実施形態では
、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：１４１－２３７で示されるいずれか１つの配列を有す
る。
【0042】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体内のエクソン６を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保
持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よ
りも下流（あるいは３’）のエクソン６配列を標的とする。いくつかの実施形態では、Ａ
ＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプラ
イス部位よりも約２から約２１２のヌクレオチド下流（あるいは３’）のエクソン６配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８
０で示されるいずれか１つの配列を有する。
ｍＲＮＡ前駆体内のエクソン６を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、保
持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプライス部位よ
りも下流（あるいは３’）のエクソン６配列を標的とする。いくつかの実施形態では、Ａ
ＳＯは、保持されたイントロン５を含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の３’スプラ
イス部位よりも約２から約２１２のヌクレオチド下流（あるいは３’）のエクソン６配列
を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２３８－２８
０で示されるいずれか１つの配列を有する。
【0043】
実施形態では、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分はイントロン５にある。
本明細書で使用されるＰＫＤ２イントロンの番号付けは、ＮＭ＿０００２９７．３におけ
るｍＲＮＡ配列に相当する。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へのＡＳ
Ｏのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン５のスプライス部位
（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）におけるスプライシングの増強と、
その後のＰＣ－２タンパク質産生の増加をもたらす。異なるＰＫＤ２ ｍＲＮＡアイソフ
ォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変更しうると解される。当業者は
、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはＮＭ＿０００２９７．３にお
けるｍＲＮＡ配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、任意のＰＫＤ２
アイソフォームにおいて対応するイントロン番号を判定することができる。当業者はさら
に、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはＮＭ＿０００２９７．３に
おけるｍＲＮＡ配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法
を使用して標的とする任意のＰＫＤ２アイソフォームの隣接するエクソンの配列を判定す
ることができる。実施形態では、本発明の組成物および方法は、例えば参照により本明細
書に組み込まれた、Ｇｅｎｅ ＩＤ ５３１１でのＮＣＢＩ Ｇｅｎｅ ＩＤデータベー
ス（生体および科学の情報のＮＣＢＩリポジトリ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆ
ｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌ
ｉｂｒａｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ， ８６００ Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ Ｐｉｋｅ，Ｂｅｔ
ｈｅｓｄａ，ＭＤ ＵＳＡ ２０８９４によって運営される）に記載される等の、任意の
既知のＰＫＤ２アイソフォームの発現を増加させるために使用される。
ＰＣ－２タンパク質発現
本明細書で使用されるＰＫＤ２イントロンの番号付けは、ＮＭ＿０００２９７．３におけ
るｍＲＮＡ配列に相当する。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へのＡＳ
Ｏのハイブリダイゼーションは、結果として、保持されたイントロン５のスプライス部位
（５’スプライス部位あるいは３’スプライス部位）におけるスプライシングの増強と、
その後のＰＣ－２タンパク質産生の増加をもたらす。異なるＰＫＤ２ ｍＲＮＡアイソフ
ォーム配列を参照することで、イントロンの番号付けは変更しうると解される。当業者は
、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはＮＭ＿０００２９７．３にお
けるｍＲＮＡ配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、任意のＰＫＤ２
アイソフォームにおいて対応するイントロン番号を判定することができる。当業者はさら
に、本明細書で提供されるイントロン配列に基づき、あるいはＮＭ＿０００２９７．３に
おけるｍＲＮＡ配列を参照して得られるイントロン番号を使用することで、本発明の方法
を使用して標的とする任意のＰＫＤ２アイソフォームの隣接するエクソンの配列を判定す
ることができる。実施形態では、本発明の組成物および方法は、例えば参照により本明細
書に組み込まれた、Ｇｅｎｅ ＩＤ ５３１１でのＮＣＢＩ Ｇｅｎｅ ＩＤデータベー
ス（生体および科学の情報のＮＣＢＩリポジトリ、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆ
ｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ， Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｌ
ｉｂｒａｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ， ８６００ Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ Ｐｉｋｅ，Ｂｅｔ
ｈｅｓｄａ，ＭＤ ＵＳＡ ２０８９４によって運営される）に記載される等の、任意の
既知のＰＫＤ２アイソフォームの発現を増加させるために使用される。
ＰＣ－２タンパク質発現
【0044】
上述したように、ＡＤＰＫＤにおけるＰＣ－２突然変異はＡＤＰＫＤ Ｍｕｔａｔｉｏ
ｎ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＰＫＤ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ）で報告されたように、９５ Ｐ
Ｃ－２短縮型変異を伴い、全タンパク質に広がる。
ｎ Ｄａｔａｂａｓｅ（ＰＫＤ Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ）で報告されたように、９５ Ｐ
Ｃ－２短縮型変異を伴い、全タンパク質に広がる。
【0045】
実施形態では、本明細書において記載される方法は、機能的ＰＣ－２タンパク質産生を
増加させるために使用される。本明細書において使用される用語「機能的」は、例えば多
発性嚢胞腎のような、処置される疾病の１つ以上の症状を除去するのに必要な活性または
量未満の、ＰＣ－２タンパク質の活性あるいは機能の量を指す。実施形態では、部分的機
能的ＰＣ－２タンパク質産生を増加させるために、前記方法は使用される。本明細書にお
いて使用される「部分的機能的」の用語は、疾患または疾病の１つ以上の症状を除去ある
いは予防するために必要なＰＣ－２タンパク質の活性あるいは機能の量を指す。いくつか
の実施形態では、部分的機能的タンパク質あるいはＲＮＡは、完全な機能的タンパク質あ
るいはＲＮＡに比して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少な
くとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７
５％、少なくとも８０％、８５％、少なくとも９０％、あるいは少なくとも９５％少ない
活性を持つだろう。
増加させるために使用される。本明細書において使用される用語「機能的」は、例えば多
発性嚢胞腎のような、処置される疾病の１つ以上の症状を除去するのに必要な活性または
量未満の、ＰＣ－２タンパク質の活性あるいは機能の量を指す。実施形態では、部分的機
能的ＰＣ－２タンパク質産生を増加させるために、前記方法は使用される。本明細書にお
いて使用される「部分的機能的」の用語は、疾患または疾病の１つ以上の症状を除去ある
いは予防するために必要なＰＣ－２タンパク質の活性あるいは機能の量を指す。いくつか
の実施形態では、部分的機能的タンパク質あるいはＲＮＡは、完全な機能的タンパク質あ
るいはＲＮＡに比して、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少な
くとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも７
５％、少なくとも８０％、８５％、少なくとも９０％、あるいは少なくとも９５％少ない
活性を持つだろう。
【0046】
実施形態では、該方法は、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を
有する被験体の細胞によって、ＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる方法であり、該被
験体は、ＰＣ－２タンパク質活性の量の不足に起因する多発性嚢胞腎を有し、および該Ｐ
Ｃ－２タンパク質量の不足は、ＰＣ－２タンパク質のハプロ不全に起因する。そのような
実施形態では、被験体は、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、
ＰＣ－２タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態
では、被験体は、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、非機能的
ＰＣ－２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態で
は、被験体は、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的機能
的ＰＣ－２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいず
れの場合でも、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的ＰＣ－２タンパク
質をコードする）から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、それによ
って、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘
発し、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡレベルの増加と、被験体の細
胞中のＰＣ－２タンパク質発現の増加をもたらす。
有する被験体の細胞によって、ＰＣ－２タンパク質の発現を増加させる方法であり、該被
験体は、ＰＣ－２タンパク質活性の量の不足に起因する多発性嚢胞腎を有し、および該Ｐ
Ｃ－２タンパク質量の不足は、ＰＣ－２タンパク質のハプロ不全に起因する。そのような
実施形態では、被験体は、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、
ＰＣ－２タンパク質が産生されない第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態
では、被験体は、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、非機能的
ＰＣ－２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。別のそのような実施形態で
は、被験体は、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と、部分的機能
的ＰＣ－２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有する。これらの実施形態のいず
れの場合でも、アンチセンスオリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的ＰＣ－２タンパク
質をコードする）から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し、それによ
って、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘
発し、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡレベルの増加と、被験体の細
胞中のＰＣ－２タンパク質発現の増加をもたらす。
【0047】
実施形態では、被験体は、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子と
、部分的機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンス
オリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする）から転写さ
れたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分、または第２の対立遺伝子（部分的機能的ＰＣ－
２タンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し
、それによって、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライ
シングを誘発し、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡレベルの増加と、
被験体の細胞中の機能的あるいは部分的機能的ＰＣ－２タンパク質発現の増加をもたらす
。
、部分的機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、アンチセンス
オリゴマーは、第１の対立遺伝子（機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする）から転写さ
れたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分、または第２の対立遺伝子（部分的機能的ＰＣ－
２タンパク質をコードする）から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合し
、それによって、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライ
シングを誘発し、機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡレベルの増加と、
被験体の細胞中の機能的あるいは部分的機能的ＰＣ－２タンパク質発現の増加をもたらす
。
【0048】
関連する実施形態では、該方法は、タンパク質あるいは機能的ＲＮＡの発現を増加させ
るためにＡＳＯを用いる方法である。実施形態では、ＡＳＯは、ＰＣ－２タンパク質をコ
ードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞中のＰＣ－２タンパク質発現を増
加させるために使用され、該被験体は、ＰＣ－２タンパク質の量または機能の不足、例え
ば多発性嚢胞腎を有する。
るためにＡＳＯを用いる方法である。実施形態では、ＡＳＯは、ＰＣ－２タンパク質をコ
ードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を有する被験体の細胞中のＰＣ－２タンパク質発現を増
加させるために使用され、該被験体は、ＰＣ－２タンパク質の量または機能の不足、例え
ば多発性嚢胞腎を有する。
【0049】
実施形態では、疾患または疾病の原因となる、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮ
Ａ前駆体の転写産物は、本明細書に記載されるＡＳＯによって標的化される。いくつかの
実施形態では、疾患の原因ではない、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
転写産物は、ＡＳＯによって標的化される。例えば、特定の経路における第１のタンパク
質の突然変異または不足の結果として生じる疾患は、第２のタンパク質をコードするＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体を標的とすることによって改善され得、それによって第２のタンパク
質産生は増加する。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の機能は、第１のタンパ
ク質の突然変異または不足を補うことができる。
Ａ前駆体の転写産物は、本明細書に記載されるＡＳＯによって標的化される。いくつかの
実施形態では、疾患の原因ではない、タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
転写産物は、ＡＳＯによって標的化される。例えば、特定の経路における第１のタンパク
質の突然変異または不足の結果として生じる疾患は、第２のタンパク質をコードするＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体を標的とすることによって改善され得、それによって第２のタンパク
質産生は増加する。いくつかの実施形態では、第２のタンパク質の機能は、第１のタンパ
ク質の突然変異または不足を補うことができる。
【0050】
実施形態では、被験体は：
（ａ）（ｉ）ＰＣ－２タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少した
レベルで産生され、
（ｉｉ）ＰＣ－２タンパク質が、同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態
で産生され、あるいは
（ｉｉｉ）ＰＣ－２タンパク質または機能的ＲＮＡが産生されない、第１の変異対立遺伝
子；および
（ｂ）（ｉ）ＰＣ－２タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少した
レベルで産生され、
（ｉｉ）ＰＣ－２タンパク質が、同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態
で産生され、あるいは
（ｉｉｉ）ＰＣ－２タンパク質が産生されない、第２の変異対立遺伝子を有し、ここで、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、第１の対立遺伝子および／または第２の対立遺伝子から転写
される。これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子または第２の対立遺伝子か
ら転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前
駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、ＰＣ－２タンパク質
をコードするｍＲＮＡレベルの増加を引き起こし、被験体の細胞中の標的タンパク質また
は機能的ＲＮＡの発現の増加をもたらす。
これらの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的ス
プライシングの結果として生じる、発現レベルの増加を有する標的タンパク質あるいは機
能的ＲＮＡは、同等の野性型タンパク質と比較して機能性の低い形態（部分的機能的）、
あるいは同等の野性型タンパク質と比較して完全な機能性を有する形態（完全機能的）、
のいずれかであり得る。
（ａ）（ｉ）ＰＣ－２タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少した
レベルで産生され、
（ｉｉ）ＰＣ－２タンパク質が、同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態
で産生され、あるいは
（ｉｉｉ）ＰＣ－２タンパク質または機能的ＲＮＡが産生されない、第１の変異対立遺伝
子；および
（ｂ）（ｉ）ＰＣ－２タンパク質が、野生型対立遺伝子からの産生と比較して、減少した
レベルで産生され、
（ｉｉ）ＰＣ－２タンパク質が、同等の野性型タンパク質と比較して機能が低下した形態
で産生され、あるいは
（ｉｉｉ）ＰＣ－２タンパク質が産生されない、第２の変異対立遺伝子を有し、ここで、
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、第１の対立遺伝子および／または第２の対立遺伝子から転写
される。これらの実施形態では、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子または第２の対立遺伝子か
ら転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することで、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前
駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、ＰＣ－２タンパク質
をコードするｍＲＮＡレベルの増加を引き起こし、被験体の細胞中の標的タンパク質また
は機能的ＲＮＡの発現の増加をもたらす。
これらの実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的ス
プライシングの結果として生じる、発現レベルの増加を有する標的タンパク質あるいは機
能的ＲＮＡは、同等の野性型タンパク質と比較して機能性の低い形態（部分的機能的）、
あるいは同等の野性型タンパク質と比較して完全な機能性を有する形態（完全機能的）、
のいずれかであり得る。
【0051】
実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡのレベルは、例えば、アンチ
センスオリゴマーで処置されない、あるいはＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部
分と結合しないアンチセンスオリゴマーで処置された、対照細胞内で産生されたＰＣ－２
をコードするｍＲＮＡの量と比較した場合、１．１倍から１０倍に増加する。
センスオリゴマーで処置されない、あるいはＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部
分と結合しないアンチセンスオリゴマーで処置された、対照細胞内で産生されたＰＣ－２
をコードするｍＲＮＡの量と比較した場合、１．１倍から１０倍に増加する。
【0052】
実施形態では、ＰＣ－２タンパク質の量あるいは活性の不足に起因する疾病は、ＡＳＯ
が標的とされる保持されたイントロンの選択的スプライシングあるいは異常スプライシン
グに起因する疾病ではない。実施形態では、ＰＣ－２タンパク質の量あるいは活性の不足
に起因する疾病は、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体内の保持さ
れたイントロンの、選択的スプライシングあるいは異常スプライシングに起因する疾病で
はない。実施形態では、選択的スプライシングあるいは異常スプライシングが、遺伝子か
ら転写されたｍＲＮＡ前駆体に生じうる。しかしながら、本発明の組成物および方法は、
ｍＲＮＡ前駆体内の選択的スプライシングあるいは異常スプライシングを予防しないし、
修正しない。
が標的とされる保持されたイントロンの選択的スプライシングあるいは異常スプライシン
グに起因する疾病ではない。実施形態では、ＰＣ－２タンパク質の量あるいは活性の不足
に起因する疾病は、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体内の保持さ
れたイントロンの、選択的スプライシングあるいは異常スプライシングに起因する疾病で
はない。実施形態では、選択的スプライシングあるいは異常スプライシングが、遺伝子か
ら転写されたｍＲＮＡ前駆体に生じうる。しかしながら、本発明の組成物および方法は、
ｍＲＮＡ前駆体内の選択的スプライシングあるいは異常スプライシングを予防しないし、
修正しない。
【0053】
実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子から部
分的機能的ＰＣ－２タンパク質を発現し、その部分的機能的ＰＣ－２タンパク質は、フレ
ームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失に起因
する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子か
ら非機能的ＰＣ－２タンパク質を発現し、その非機能的ＰＣ－２タンパク質は、１つの対
立遺伝子中の、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的
な遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を用いて処置された被験体は、１
つの対立遺伝子にＰＫＤ２全遺伝子欠失を有する。
分的機能的ＰＣ－２タンパク質を発現し、その部分的機能的ＰＣ－２タンパク質は、フレ
ームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的な遺伝子欠失に起因
する。実施形態では、本発明の方法を使用して処置された被験体は、１つの対立遺伝子か
ら非機能的ＰＣ－２タンパク質を発現し、その非機能的ＰＣ－２タンパク質は、１つの対
立遺伝子中の、フレームシフト変異、ナンセンス変異、ミスセンス変異、あるいは部分的
な遺伝子欠失に起因する。実施形態では、本発明の方法を用いて処置された被験体は、１
つの対立遺伝子にＰＫＤ２全遺伝子欠失を有する。
【0054】
実施形態では、被験体は、Ｍ１Ｋ、Ｐ２４Ｌ、Ｒ２８Ｐ、Ａ３５Ｄ、Ｒ６０Ｎ、Ｓ８０
Ｌ、Ｑ１０７Ｄ、Ｒ１１９Ｈ、Ｇ１２１Ａ、Ｇ１３５Ｖ、Ａ１４７Ｖ、Ａ１９０Ｔ、Ｖ２
６２Ｍ、Ｗ２９２Ｃ、Ｒ３０６Ｑ、Ｌ３１４Ｖ、Ｒ３２２Ｗ、Ｒ３２２Ｑ、Ｒ３２５Ｐ、
Ｒ３２５Ｑ、Ｃ３３１Ｓ、Ｓ３３２Ａ、Ｙ３２４Ｃ、Ｓ３４９Ｐ、Ａ３５６Ｐ、Ａ３８４
Ｐ、Ｇ３９０Ｓ、Ｗ４１４Ｇ、Ｇ４１８Ｖ、Ｔ４１９Ａ、Ｒ４２０Ｇ、Ａ４２１Ｓ、Ｒ４
４０Ｓ、Ｔ４４８Ｋ、Ｉ４５２Ｖ、Ｆ４８２Ｃ、Ｙ４８７Ｈ、Ｄ５１１Ｖ、Ｖ５１６Ｌ、
Ｌ５１７Ｒ、Ｖ５１９Ｍ、Ａ５５２Ｐ、Ｉ５５６Ｖ、Ｎ５７８Ｄ、Ｎ５８０Ｋ、Ｍ５８３
Ｉ、Ａ６１５Ｔ、Ｆ６２９Ｓ、Ｃ６３２Ｒ、Ｒ６３８Ｃ、Ｌ６５６Ｗ、Ｌ７１５Ｉ、Ｉ７
５８Ｖ、Ｒ７９８Ｃ、Ｍ８００Ｌ、Ｓ８０４Ｎ、Ｒ８０７Ｑ、Ｒ８４８Ｑ、Ｄ８８６Ｇ、
Ｒ８９３Ｇ、Ｖ９０９Ｉ、Ｄ９１９Ｎ、Ｔ９３１Ｍ、Ｒ９４５Ｈ、あるいはＳ９４９Ｆか
ら選択されたＰＣ－２ミスセンス変異を有する。実施形態では、被験体は、ＥＸ１＿ＥＸ
１３ｄｅｌ、ＩＶＳ２＿３’（ＡＢＣＧ２）ｄｅｌ８０ｋｂ＊、ＩＶＳ２＿３’（ＡＢＣ
Ｇ２）ｄｅｌ９８ｋｂ、ＩＶＳ４＋１４５２＿ＩＶＳ５－９６５ｄｅｌ５７２２、Ｓ３７
８ｄｅｌ、Ｆ６０５ｄｅｌ、ＩＶＳ９＿３’ｄｅｌ２８ｋｂ、２１８２＿２１８３ｄｅｌ
ＡＧ、Ｌ７３６＿Ｎ７３７ｄｅｌ２、またはＲ８７８ｄｅｌから選択されたＰＣ－２欠失
突然変異を有する。実施形態では、被験体はＰＣ－２重複突然変異Ｅｘ３ｄｕｐ＊を有す
る。実施形態では、当技術分野において既知の、あるいは、例えばＣｈａｎｇ，ｅｔ ａ
ｌ．，２００５，Ｒｅｎ Ｆａｉｌ ２７：９５－１００の文献に記載された任意のＰＣ
－２突然変異を有する被験体が、本発明の方法および組成物を用いて処置される。
ＰＣ－２タンパク質発現を増加させるためのＴＡＮＧＯの使用
Ｌ、Ｑ１０７Ｄ、Ｒ１１９Ｈ、Ｇ１２１Ａ、Ｇ１３５Ｖ、Ａ１４７Ｖ、Ａ１９０Ｔ、Ｖ２
６２Ｍ、Ｗ２９２Ｃ、Ｒ３０６Ｑ、Ｌ３１４Ｖ、Ｒ３２２Ｗ、Ｒ３２２Ｑ、Ｒ３２５Ｐ、
Ｒ３２５Ｑ、Ｃ３３１Ｓ、Ｓ３３２Ａ、Ｙ３２４Ｃ、Ｓ３４９Ｐ、Ａ３５６Ｐ、Ａ３８４
Ｐ、Ｇ３９０Ｓ、Ｗ４１４Ｇ、Ｇ４１８Ｖ、Ｔ４１９Ａ、Ｒ４２０Ｇ、Ａ４２１Ｓ、Ｒ４
４０Ｓ、Ｔ４４８Ｋ、Ｉ４５２Ｖ、Ｆ４８２Ｃ、Ｙ４８７Ｈ、Ｄ５１１Ｖ、Ｖ５１６Ｌ、
Ｌ５１７Ｒ、Ｖ５１９Ｍ、Ａ５５２Ｐ、Ｉ５５６Ｖ、Ｎ５７８Ｄ、Ｎ５８０Ｋ、Ｍ５８３
Ｉ、Ａ６１５Ｔ、Ｆ６２９Ｓ、Ｃ６３２Ｒ、Ｒ６３８Ｃ、Ｌ６５６Ｗ、Ｌ７１５Ｉ、Ｉ７
５８Ｖ、Ｒ７９８Ｃ、Ｍ８００Ｌ、Ｓ８０４Ｎ、Ｒ８０７Ｑ、Ｒ８４８Ｑ、Ｄ８８６Ｇ、
Ｒ８９３Ｇ、Ｖ９０９Ｉ、Ｄ９１９Ｎ、Ｔ９３１Ｍ、Ｒ９４５Ｈ、あるいはＳ９４９Ｆか
ら選択されたＰＣ－２ミスセンス変異を有する。実施形態では、被験体は、ＥＸ１＿ＥＸ
１３ｄｅｌ、ＩＶＳ２＿３’（ＡＢＣＧ２）ｄｅｌ８０ｋｂ＊、ＩＶＳ２＿３’（ＡＢＣ
Ｇ２）ｄｅｌ９８ｋｂ、ＩＶＳ４＋１４５２＿ＩＶＳ５－９６５ｄｅｌ５７２２、Ｓ３７
８ｄｅｌ、Ｆ６０５ｄｅｌ、ＩＶＳ９＿３’ｄｅｌ２８ｋｂ、２１８２＿２１８３ｄｅｌ
ＡＧ、Ｌ７３６＿Ｎ７３７ｄｅｌ２、またはＲ８７８ｄｅｌから選択されたＰＣ－２欠失
突然変異を有する。実施形態では、被験体はＰＣ－２重複突然変異Ｅｘ３ｄｕｐ＊を有す
る。実施形態では、当技術分野において既知の、あるいは、例えばＣｈａｎｇ，ｅｔ ａ
ｌ．，２００５，Ｒｅｎ Ｆａｉｌ ２７：９５－１００の文献に記載された任意のＰＣ
－２突然変異を有する被験体が、本発明の方法および組成物を用いて処置される。
ＰＣ－２タンパク質発現を増加させるためのＴＡＮＧＯの使用
【0055】
前述したように、実施形態では、核内遺伝子出力の標的とされた増強（ＴＡＮＧＯ）は
、ＰＣ－２タンパク質の発現を増加させるために、本発明の方法において使用される。こ
れらの実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮ
Ａ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）は、細胞の核内にある。ＰＣ－２タンパク質をコー
ドする、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、および３’ス
プライス部位に隣接するエクソンを含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を有する細胞
を、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的な、アンチセンスオリゴマー（Ａ
ＳＯ）と接触させる。ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へのＡＳＯのハイブリダイゼー
ションは、保持されたイントロンのスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’ス
プライス部位）のスプライシングを増強し、その後の標的タンパク質産生を増加させる。
、ＰＣ－２タンパク質の発現を増加させるために、本発明の方法において使用される。こ
れらの実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮ
Ａ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）は、細胞の核内にある。ＰＣ－２タンパク質をコー
ドする、保持されたイントロン、５’スプライス部位に隣接するエクソン、および３’ス
プライス部位に隣接するエクソンを含むＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を有する細胞
を、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的な、アンチセンスオリゴマー（Ａ
ＳＯ）と接触させる。ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分へのＡＳＯのハイブリダイゼー
ションは、保持されたイントロンのスプライス部位（５’スプライス部位あるいは３’ス
プライス部位）のスプライシングを増強し、その後の標的タンパク質産生を増加させる。
【0056】
用語「ｍＲＮＡ前駆体」および「ｍＲＮＡ前駆体の転写産物」は、交換可能に使用され
、少なくとも１つのイントロンを含むｍＲＮＡ前駆体種を指す。実施形態では、ｍＲＮＡ
前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’－７－メチルグアノシンキャップ、およ
び／またはポリＡ末端を含む。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転
写産物は、５’－７－メチルグアノシンキャップおよびポリＡ末端の両方を含む。いくつ
かの実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’－７－メチルグアノシンキャップ
、および／またはポリＡ末端を含まない。タンパク質に翻訳されない場合（あるいは核か
ら細胞質へと輸送された場合）、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は非生産的メッセンジャーＲ
ＮＡ（ｍＲＮＡ）分子である。
、少なくとも１つのイントロンを含むｍＲＮＡ前駆体種を指す。実施形態では、ｍＲＮＡ
前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’－７－メチルグアノシンキャップ、およ
び／またはポリＡ末端を含む。実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体またはｍＲＮＡ前駆体の転
写産物は、５’－７－メチルグアノシンキャップおよびポリＡ末端の両方を含む。いくつ
かの実施形態では、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は、５’－７－メチルグアノシンキャップ
、および／またはポリＡ末端を含まない。タンパク質に翻訳されない場合（あるいは核か
ら細胞質へと輸送された場合）、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物は非生産的メッセンジャーＲ
ＮＡ（ｍＲＮＡ）分子である。
【0057】
本明細書において使用されるように、「保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体」（
「ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体」）は、少なくとも１つの保持されたイントロンを含むｍＲＮ
Ａ前駆体の転写産物である。ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持さ
れたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’
スプライス部位に隣接するエクソンを含み、標的タンパク質をコードする。「標的タンパ
ク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体」は、完全にスプライシングされた場合に、標
的タンパク質をコードすると解される。「保持されたイントロン」は、同じ遺伝子によっ
てコードされた、隣接するイントロン等の１つ以上の他のイントロンが、同じｍＲＮＡ前
駆体の転写産物からスプライシングアウトされた場合に、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物に存
在するイントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、標的タン
パク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富なイントロンである。実施
形態では、保持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転
写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロンであり、当該ＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標
的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロン
に標的とされたアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とされた、あ
るいは結合する保持されたイントロンを含む集団内の、２つ以上の保持されたイントロン
のスプライシングアウトを誘発する。実施形態では、標的タンパク質をコードする成熟ｍ
ＲＮＡは、それによって産生される。「成熟ｍＲＮＡ」および「完全にスプライシングさ
れたｍＲＮＡ」の用語は、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡ（例え
ば、核から細胞質へと輸送され、標的タンパク質に翻訳されたｍＲＮＡ）、あるいは完全
に処理された機能的ＲＮＡを記載するように、本明細書において交換可能に使用される。
用語「生産的ｍＲＮＡ」もまた、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡ
について記載するように使用することができる。実施形態では、標的領域は、ＰＣ－２タ
ンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体に最も豊富に存在するイントロンである、
保持されたイントロンにある。実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体に最も保持されたイントロンは、イントロン５である。
「ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体」）は、少なくとも１つの保持されたイントロンを含むｍＲＮ
Ａ前駆体の転写産物である。ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、保持されたイントロン、保持さ
れたイントロンの５’スプライス部位に隣接するエクソン、保持されたイントロンの３’
スプライス部位に隣接するエクソンを含み、標的タンパク質をコードする。「標的タンパ
ク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体」は、完全にスプライシングされた場合に、標
的タンパク質をコードすると解される。「保持されたイントロン」は、同じ遺伝子によっ
てコードされた、隣接するイントロン等の１つ以上の他のイントロンが、同じｍＲＮＡ前
駆体の転写産物からスプライシングアウトされた場合に、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物に存
在するイントロンである。いくつかの実施形態では、保持されたイントロンは、標的タン
パク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において最も豊富なイントロンである。実施
形態では、保持されたイントロンは、細胞内の標的タンパク質をコードする遺伝子から転
写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロンであり、当該ＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体の集団は２つ以上の保持されたイントロンを含む。実施形態では、標
的タンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の集団において最も豊富なイントロン
に標的とされたアンチセンスオリゴマーは、アンチセンスオリゴマーが標的とされた、あ
るいは結合する保持されたイントロンを含む集団内の、２つ以上の保持されたイントロン
のスプライシングアウトを誘発する。実施形態では、標的タンパク質をコードする成熟ｍ
ＲＮＡは、それによって産生される。「成熟ｍＲＮＡ」および「完全にスプライシングさ
れたｍＲＮＡ」の用語は、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡ（例え
ば、核から細胞質へと輸送され、標的タンパク質に翻訳されたｍＲＮＡ）、あるいは完全
に処理された機能的ＲＮＡを記載するように、本明細書において交換可能に使用される。
用語「生産的ｍＲＮＡ」もまた、標的タンパク質をコードする完全に処理されたｍＲＮＡ
について記載するように使用することができる。実施形態では、標的領域は、ＰＣ－２タ
ンパク質をコードするＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体に最も豊富に存在するイントロンである、
保持されたイントロンにある。実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードするＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体に最も保持されたイントロンは、イントロン５である。
【0058】
実施形態では、保持されたイントロンは、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少
なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少
なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、あるいは少なくとも約５
０％の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである
。実施形態では、保持されたイントロンは、約５％から約１００％、約５％から約９５％
、約５％から約９０％、約５％から約８５％、約５％から約８０％、約５％から約７５％
、約５％から約７０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約５５％
、約５％から約５０％、約５％から約４５％、約５％から約４０％、約５％から約３５％
、約５％から約３０％、約５％から約２５％、約５％から約２０％、約５％から約１５％
、約１０％から約１００％、約１０％から約９５％、約１０％から約９０％、約１０％か
ら約８５％、約１０％から約８０％、約１０％から約７５％、約１０％から約７０％、約
１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約５５％、約１０％から約５
０％、約１０％から約４５％、約１０％から約４０％、約１０％から約３５％、約１０％
から約３０％、約１０％から約２５％、約１０％から約２０％、約１５％から約１００％
、約１５％から約９５％、約１５％から約９０％、約１５％から約８５％、約１５％から
約８０％、約１５％から約７５％、約１５％から約７０％、約１５％から約６５％、約１
５％から約６０％、約１５％から約５５％、約１５％から約５０％、約１５％から約４５
％、約１５％から約４０％、約１５％から約３５％、約１５％から約３０％、約１５％か
ら約２５％、約２０％から約１００％、約２０％から約９５％、約２０％から約９０％、
約２０％から約８５％、約２０％から約８０％、約２０％から約７５％、約２０％から約
７０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約５５％、約２０
％から約５０％、約２０％から約４５％、約２０％から約４０％、約２０％から約３５％
、約２０％から約３０％、約２５％から約１００％、約２５％から約９５％、約２５％か
ら約９０％、約２５％から約８５％、約２５％から約８０％、約２５％から約７５％、約
２５％から約７０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約５
５％、約２５％から約５０％、約２５％から約４５％、約２５％から約４０％、あるいは
約２５％から約３５％の、保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定され
たイントロンである。
なくとも約１５％、少なくとも約２０％、少なくとも約２５％、少なくとも約３０％、少
なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約４５％、あるいは少なくとも約５
０％の保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定されたイントロンである
。実施形態では、保持されたイントロンは、約５％から約１００％、約５％から約９５％
、約５％から約９０％、約５％から約８５％、約５％から約８０％、約５％から約７５％
、約５％から約７０％、約５％から約６５％、約５％から約６０％、約５％から約５５％
、約５％から約５０％、約５％から約４５％、約５％から約４０％、約５％から約３５％
、約５％から約３０％、約５％から約２５％、約５％から約２０％、約５％から約１５％
、約１０％から約１００％、約１０％から約９５％、約１０％から約９０％、約１０％か
ら約８５％、約１０％から約８０％、約１０％から約７５％、約１０％から約７０％、約
１０％から約６５％、約１０％から約６０％、約１０％から約５５％、約１０％から約５
０％、約１０％から約４５％、約１０％から約４０％、約１０％から約３５％、約１０％
から約３０％、約１０％から約２５％、約１０％から約２０％、約１５％から約１００％
、約１５％から約９５％、約１５％から約９０％、約１５％から約８５％、約１５％から
約８０％、約１５％から約７５％、約１５％から約７０％、約１５％から約６５％、約１
５％から約６０％、約１５％から約５５％、約１５％から約５０％、約１５％から約４５
％、約１５％から約４０％、約１５％から約３５％、約１５％から約３０％、約１５％か
ら約２５％、約２０％から約１００％、約２０％から約９５％、約２０％から約９０％、
約２０％から約８５％、約２０％から約８０％、約２０％から約７５％、約２０％から約
７０％、約２０％から約６５％、約２０％から約６０％、約２０％から約５５％、約２０
％から約５０％、約２０％から約４５％、約２０％から約４０％、約２０％から約３５％
、約２０％から約３０％、約２５％から約１００％、約２５％から約９５％、約２５％か
ら約９０％、約２５％から約８５％、約２５％から約８０％、約２５％から約７５％、約
２５％から約７０％、約２５％から約６５％、約２５％から約６０％、約２５％から約５
５％、約２５％から約５０％、約２５％から約４５％、約２５％から約４０％、あるいは
約２５％から約３５％の、保定の保持率に基づき、保持されたイントロンとして特定され
たイントロンである。
【0059】
本明細書において使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、あるいは「
含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」等の変化形は、
列挙された特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、定義された核酸塩基配列）を
含むが、他のいかなる特徴をも除外しないことを示すと解されるべきである。したがって
、本明細書において使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は包含的
で、追加の列挙されていない特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、追加の列挙
されていない核酸塩基の存在）を除外しない。
含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」等の変化形は、
列挙された特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、定義された核酸塩基配列）を
含むが、他のいかなる特徴をも除外しないことを示すと解されるべきである。したがって
、本明細書において使用されるように、用語「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は包含的
で、追加の列挙されていない特徴（例えば、アンチセンスオリゴマーの場合、追加の列挙
されていない核酸塩基の存在）を除外しない。
【0060】
本明細書において提供される組成物および方法のいずれかの実施形態において、「含む
（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎ
ｔｉａｌｌｙ）」または「から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」と置換可能である
。「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」という句は
、特定された特徴（例えば核酸塩基配列）と共に、請求される本発明の性質または機能に
実質的に影響しない特徴も必要とするために本明細書で使用される。本明細書で使用され
るように、用語「成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」は、列挙された特徴（例えば核酸塩基
配列）単独の存在を示すために使用される（その結果、特定された核酸塩基配列から成る
アンチセンスオリゴマーの場合には、追加の列挙されていない核酸塩基の存在は除外され
る）。
（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」は「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎ
ｔｉａｌｌｙ）」または「から成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｏｆ）」と置換可能である
。「から本質的に成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ ｅｓｓｅｎｔｉａｌｌｙ）」という句は
、特定された特徴（例えば核酸塩基配列）と共に、請求される本発明の性質または機能に
実質的に影響しない特徴も必要とするために本明細書で使用される。本明細書で使用され
るように、用語「成る（ｃｏｎｓｉｓｔｉｎｇ）」は、列挙された特徴（例えば核酸塩基
配列）単独の存在を示すために使用される（その結果、特定された核酸塩基配列から成る
アンチセンスオリゴマーの場合には、追加の列挙されていない核酸塩基の存在は除外され
る）。
【0061】
実施形態では、ＡＳＯは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保持されていないイントロ
ン内にある標的領域に相補的である。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分
は、保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から＋１００の領域
；または保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対して－１６から－１００
の領域内にある。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されていな
いイントロンの５’スプライス部位に対して＋１００の領域から、保持されていないイン
トロンの３’スプライス部位に対して－１００の領域内にある。領域または配列の場所を
特定するために使用されるように、「内（ｗｉｔｈｉｎ）」は、列挙される位置で残基を
含むように理解される。例えば、＋６から＋１００の領域は、位置＋６および＋１００で
残基を含む。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする完全にスプライ
シングされた（成熟）ＲＮＡが産生される。
ン内にある標的領域に相補的である。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分
は、保持されていないイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から＋１００の領域
；または保持されていないイントロンの３’スプライス部位に対して－１６から－１００
の領域内にある。実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されていな
いイントロンの５’スプライス部位に対して＋１００の領域から、保持されていないイン
トロンの３’スプライス部位に対して－１００の領域内にある。領域または配列の場所を
特定するために使用されるように、「内（ｗｉｔｈｉｎ）」は、列挙される位置で残基を
含むように理解される。例えば、＋６から＋１００の領域は、位置＋６および＋１００で
残基を含む。それによって、実施形態では、標的タンパク質をコードする完全にスプライ
シングされた（成熟）ＲＮＡが産生される。
【0062】
実施形態では、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の保持されたイントロンは、非効率的にスプラ
イシングされたイントロンである。本明細書で使用されるように、「非効率的にスプライ
シングされた」は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体における別のスプライス部位でのスプライシ
ングの頻度と比較した、保持されたイントロンに隣接しているスプライス部位（５’スプ
ライス部位または３’スプライス部位）でのスプライシングの比較的低い頻度を指し得る
。用語「非効率的にスプライシングされた」はまた、スプライス部位でのスプライシング
の相対速度または動態（ｋｉｎｅｔｉｃｓ）を指し得、ここで、「非効率的にスプライシ
ングされた」イントロンは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体における別のイントロンと比較して
、より遅い速度でスプライシングされ得るかまたは除去され得る。
イシングされたイントロンである。本明細書で使用されるように、「非効率的にスプライ
シングされた」は、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体における別のスプライス部位でのスプライシ
ングの頻度と比較した、保持されたイントロンに隣接しているスプライス部位（５’スプ
ライス部位または３’スプライス部位）でのスプライシングの比較的低い頻度を指し得る
。用語「非効率的にスプライシングされた」はまた、スプライス部位でのスプライシング
の相対速度または動態（ｋｉｎｅｔｉｃｓ）を指し得、ここで、「非効率的にスプライシ
ングされた」イントロンは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体における別のイントロンと比較して
、より遅い速度でスプライシングされ得るかまたは除去され得る。
【0063】
実施形態では、５’スプライス部位に隣接しているエクソンの－３ｅから－１ｅおよび
保持されたイントロンの＋１から＋６での９－ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列
と同一である。実施形態では、保持されたイントロンの－１５から－１および３’スプラ
イス部位に隣接しているエクソンの＋１ｅでの１６ヌクレオチド配列は、対応する野生型
配列と同一である。本明細書に使用されるように、「野生型配列」は、生体および科学の
情報のＮＣＢＩリポジトリに寄託された公開された参照ゲノムにおけるＰＫＤ２遺伝子に
対するヌクレオチド配列を指す。本明細書に使用されるように、「野生型配列」は、ＮＣ
ＢＩ Ｇｅｎｅ ＩＤ５３１１で見られるＰＫＤ２遺伝子に対する標準配列を指す。また本
明細書で使用されるように、「ｅ」で示されたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエク
ソン（例えば、５’スプライス部位に隣接しているエクソンまたは３’スプライス部位に
隣接しているエクソン）の配列中に存在することを示す。
保持されたイントロンの＋１から＋６での９－ヌクレオチド配列は、対応する野生型配列
と同一である。実施形態では、保持されたイントロンの－１５から－１および３’スプラ
イス部位に隣接しているエクソンの＋１ｅでの１６ヌクレオチド配列は、対応する野生型
配列と同一である。本明細書に使用されるように、「野生型配列」は、生体および科学の
情報のＮＣＢＩリポジトリに寄託された公開された参照ゲノムにおけるＰＫＤ２遺伝子に
対するヌクレオチド配列を指す。本明細書に使用されるように、「野生型配列」は、ＮＣ
ＢＩ Ｇｅｎｅ ＩＤ５３１１で見られるＰＫＤ２遺伝子に対する標準配列を指す。また本
明細書で使用されるように、「ｅ」で示されたヌクレオチド位置は、ヌクレオチドがエク
ソン（例えば、５’スプライス部位に隣接しているエクソンまたは３’スプライス部位に
隣接しているエクソン）の配列中に存在することを示す。
【0064】
該方法は、細胞を、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡ前駆体の一部に相補的で
あるＡＳＯと接触させる工程であって、結果としてＰＣ－２の発現が増加する工程を含む
。本明細書で使用されるように、「接触させる工程」または細胞に投与する工程は、ＡＳ
Ｏと細胞が相互作用するように、ＡＳＯを細胞に即座に近接させる方法を指す。ＡＳＯと
接触させられる細胞は、ＡＳＯを細胞へと取り込むまたは輸送する。該方法は、疾病また
は疾患に関係するまたは疾病または疾患に関連する細胞を、本明細書に記載されるＡＳＯ
のいずれかと接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＡＳＯを細胞
型に対して標的とする、ＡＳＯと疾病または疾患に関係するまたは疾病または疾患に関連
する細胞との間の接触を増強する、またはＡＳＯの取り込みを増強するために、さらに修
飾され得るかまたは別の分子に結合され得る（例えば、共有結合される）。
あるＡＳＯと接触させる工程であって、結果としてＰＣ－２の発現が増加する工程を含む
。本明細書で使用されるように、「接触させる工程」または細胞に投与する工程は、ＡＳ
Ｏと細胞が相互作用するように、ＡＳＯを細胞に即座に近接させる方法を指す。ＡＳＯと
接触させられる細胞は、ＡＳＯを細胞へと取り込むまたは輸送する。該方法は、疾病また
は疾患に関係するまたは疾病または疾患に関連する細胞を、本明細書に記載されるＡＳＯ
のいずれかと接触させる工程を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、ＡＳＯを細胞
型に対して標的とする、ＡＳＯと疾病または疾患に関係するまたは疾病または疾患に関連
する細胞との間の接触を増強する、またはＡＳＯの取り込みを増強するために、さらに修
飾され得るかまたは別の分子に結合され得る（例えば、共有結合される）。
【0065】
本明細書で使用されるように、用語「タンパク質産生を増加させる」または「標的タン
パク質の発現を増加させる」は、細胞においてｍＲＮＡから翻訳されるタンパク質の量を
増加させることを意味する。「標的タンパク質」は、発現／産生の増加が望まれるタンパ
ク質であり得る。
パク質の発現を増加させる」は、細胞においてｍＲＮＡから翻訳されるタンパク質の量を
増加させることを意味する。「標的タンパク質」は、発現／産生の増加が望まれるタンパ
ク質であり得る。
【0066】
実施形態では、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を発現する細胞をＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯと接触させる工程は、結果とし
て、ｍＲＮＡ前駆体によってコードされたＰＣ－２タンパク質（例えば標的タンパク質）
の量の測定可能な増加をもたらす。タンパク質の産生を測定または検出する方法は、当業
者に明白となり、あらゆる既知の方法、例えば、ウェスタンブロッティング、フローサイ
トメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡを含む。
ＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的であるＡＳＯと接触させる工程は、結果とし
て、ｍＲＮＡ前駆体によってコードされたＰＣ－２タンパク質（例えば標的タンパク質）
の量の測定可能な増加をもたらす。タンパク質の産生を測定または検出する方法は、当業
者に明白となり、あらゆる既知の方法、例えば、ウェスタンブロッティング、フローサイ
トメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡを含む。
【0067】
実施形態では、細胞をＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部分に相補的
であるＡＳＯと接触させる工程は、結果として、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細
胞によって産生されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、
５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０
、５００、または１０００％の産生されたＰＣ－２タンパク質の量の増加をもたらす。実
施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞によって産生されたＰＣ－２
タンパク質の合計量は、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から
約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１
倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、
約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍か
ら約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍
、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少
なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少
なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍
増加される。対照化合物は、例えば、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でない
オリゴヌクレオチドであり得る。
であるＡＳＯと接触させる工程は、結果として、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細
胞によって産生されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、
５０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０
、５００、または１０００％の産生されたＰＣ－２タンパク質の量の増加をもたらす。実
施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞によって産生されたＰＣ－２
タンパク質の合計量は、約１．１倍から約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から
約１０倍、約３倍から約１０倍、約４倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１
倍から約６倍、約１．１倍から約７倍、約１．１倍から約８倍、約１．１倍から約９倍、
約２倍から約５倍、約２倍から約６倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍か
ら約９倍、約３倍から約６倍、約３倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍
、約４倍から約７倍、約４倍から約８倍、約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少
なくとも約１．５倍、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少
なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍、少なくとも約５倍、または少なくとも約１０倍
増加される。対照化合物は、例えば、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でない
オリゴヌクレオチドであり得る。
【0068】
いくつかの実施形態では、細胞をＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の標的部
分に相補的であるＡＳＯと接触させる工程は、結果として、標的タンパク質をコードする
成熟ｍＲＮＡを含む、ＰＣ－２をコードするｍＲＮＡの量の増加をもたらす。いくつかの
実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク質を
コードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細胞によって産生
されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８
０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、また
は１０００％増加される。実施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞
において産生されたＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク
質をコードする成熟ｍＲＮＡの合計量は、未処理の細胞、例えば、未処理の細胞または対
照化合物で処理された細胞において産生された成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１倍か
ら約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４
倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍
、約１．１倍から約８倍、 約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６
倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３
倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約
８倍、 約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも
約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも
約４倍、少なくとも約５倍、 または少なくとも約１０倍増加される。対照化合物は、例
えば、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドで
あり得る。
分に相補的であるＡＳＯと接触させる工程は、結果として、標的タンパク質をコードする
成熟ｍＲＮＡを含む、ＰＣ－２をコードするｍＲＮＡの量の増加をもたらす。いくつかの
実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク質を
コードする成熟ｍＲＮＡの量は、ＡＳＯの欠如／処置の欠如下における細胞によって産生
されたタンパク質の量と比較して、少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、８
０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、また
は１０００％増加される。実施形態では、アンチセンスオリゴマーが接触させられた細胞
において産生されたＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク
質をコードする成熟ｍＲＮＡの合計量は、未処理の細胞、例えば、未処理の細胞または対
照化合物で処理された細胞において産生された成熟ＲＮＡの量と比較して、約１．１倍か
ら約１０倍、約１．５倍から約１０倍、約２倍から約１０倍、約３倍から約１０倍、約４
倍から約１０倍、約１．１倍から約５倍、約１．１倍から約６倍、約１．１倍から約７倍
、約１．１倍から約８倍、 約１．１倍から約９倍、約２倍から約５倍、約２倍から約６
倍、約２倍から約７倍、約２倍から約８倍、約２倍から約９倍、約３倍から約６倍、約３
倍から約７倍、約３倍から約８倍、約３倍から約９倍、約４倍から約７倍、約４倍から約
８倍、 約４倍から約９倍、少なくとも約１．１倍、少なくとも約１．５倍、少なくとも
約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも
約４倍、少なくとも約５倍、 または少なくとも約１０倍増加される。対照化合物は、例
えば、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に相補的でないオリゴヌクレオチドで
あり得る。
【0069】
＜ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシング＞
本明細書に提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチド組成物は、ＰＣ－２
タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ
のレベルを増加させることによって、例えば、ＰＣ－２タンパク質の量または活性の不足
によって引き起こされた多発性嚢胞腎を有している被験体において細胞におけるＰＣ－２
タンパク質の発現を増加させることに有用である。特に、本明細書に記載されるような方
法および組成物は、ＰＣ－２タンパク質をコードするＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
転写産物から保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、それによって、Ｐ
Ｃ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍ
ＲＮＡのレベルが増大し、ＰＣ－２タンパク質の発現が増大する。
本明細書に提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチド組成物は、ＰＣ－２
タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡ
のレベルを増加させることによって、例えば、ＰＣ－２タンパク質の量または活性の不足
によって引き起こされた多発性嚢胞腎を有している被験体において細胞におけるＰＣ－２
タンパク質の発現を増加させることに有用である。特に、本明細書に記載されるような方
法および組成物は、ＰＣ－２タンパク質をコードするＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
転写産物から保持されたイントロンの構成的スプライシングを誘発し、それによって、Ｐ
Ｃ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡ、またはＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍ
ＲＮＡのレベルが増大し、ＰＣ－２タンパク質の発現が増大する。
【0070】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、保持
されたイントロンをＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここで保持されたイント
ロンは、野生型スプライス配列を有する。構成的スプライシングは、本明細書で使用され
るように、遺伝子または対立遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシン
グまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有する遺伝子または対立遺伝子から
転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンのスプライシングを包含
しない。例えば、本明細書で提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを使
用して誘発された、保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ｍＲＮＡ前駆体に
おける異常スプライシングを訂正しないか、またはｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシン
グに影響せず、結果的に標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現が増加される。
されたイントロンをＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここで保持されたイント
ロンは、野生型スプライス配列を有する。構成的スプライシングは、本明細書で使用され
るように、遺伝子または対立遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシン
グまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有する遺伝子または対立遺伝子から
転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体からの保持されたイントロンのスプライシングを包含
しない。例えば、本明細書で提供される方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチドを使
用して誘発された、保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ｍＲＮＡ前駆体に
おける異常スプライシングを訂正しないか、またはｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシン
グに影響せず、結果的に標的タンパク質または機能性ＲＮＡの発現が増加される。
【0071】
実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍ
ＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここでＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、完全に機能
的な標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードする、野生型遺伝子または対立遺伝子あ
るいは多形性遺伝子または対立遺伝子から転写され、遺伝子または対立遺伝子は、保持さ
れたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異
を有さない。
ＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここでＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、完全に機能
的な標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードする、野生型遺伝子または対立遺伝子あ
るいは多形性遺伝子または対立遺伝子から転写され、遺伝子または対立遺伝子は、保持さ
れたイントロンの選択的スプライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異
を有さない。
【0072】
いくつかの実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードするＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ
前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ＰＣ－２タンパク質をコ
ードするＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンを正しく除去し、こ
こでＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、遺伝子または対立遺伝子から転写され、そこか
ら、標的遺伝子または機能性ＲＮＡが野生型対立遺伝子からの産生と比較して低下したレ
ベルで産生され、および遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプ
ライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形
態では、構成的にスプライシングした保持されたイントロンの正しい除去は、結果として
、等価な野生型タンパク質または機能性ＲＮＡと比較したときに機能的である標的タンパ
ク質または機能性ＲＮＡの産生をもたらす。
前駆体からの保持されたイントロンの構成的スプライシングは、ＰＣ－２タンパク質をコ
ードするＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から保持されたイントロンを正しく除去し、こ
こでＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、遺伝子または対立遺伝子から転写され、そこか
ら、標的遺伝子または機能性ＲＮＡが野生型対立遺伝子からの産生と比較して低下したレ
ベルで産生され、および遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプ
ライシングまたは異常スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形
態では、構成的にスプライシングした保持されたイントロンの正しい除去は、結果として
、等価な野生型タンパク質または機能性ＲＮＡと比較したときに機能的である標的タンパ
ク質または機能性ＲＮＡの産生をもたらす。
【0073】
他の実施形態では、構成的スプライシングは、保持されたイントロンをＰＫＤ２ ＲＩ
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここでＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、等価
な野生型タンパク質または機能性ＲＮＡと比較して低下した機能を有する形態で産生され
た標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードする遺伝子または対立遺伝子から転写され
、遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常
スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形態では、構成的にスプ
ライシングした保持されたイントロンの正しい除去は、結果として、部分的に機能的な標
的タンパク質、または等価な野生型タンパク質または機能性ＲＮＡと比較したときに部分
的に機能的である機能性ＲＮＡの産生をもたらす。
Ｃ ｍＲＮＡ前駆体から正しく除去し、ここでＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、等価
な野生型タンパク質または機能性ＲＮＡと比較して低下した機能を有する形態で産生され
た標的タンパク質または機能性ＲＮＡをコードする遺伝子または対立遺伝子から転写され
、遺伝子または対立遺伝子は、保持されたイントロンの選択的スプライシングまたは異常
スプライシングを引き起こす突然変異を有さない。これらの実施形態では、構成的にスプ
ライシングした保持されたイントロンの正しい除去は、結果として、部分的に機能的な標
的タンパク質、または等価な野生型タンパク質または機能性ＲＮＡと比較したときに部分
的に機能的である機能性ＲＮＡの産生をもたらす。
【0074】
構成的スプライシングによる保持されたイントロンの「正しい除去」は、エクソンの部
分の除去がない、全イントロンの除去を指す。
分の除去がない、全イントロンの除去を指す。
【0075】
実施形態では、本明細書に記載されるようなまたは本明細書に記載される方法に使用さ
れるアンチセンスオリゴマーは、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの量またはＰ
ＫＤ２遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングまたは異常スプライ
シングを調節することによるＰＣ－２タンパク質の量を増加させない。選択的スプライシ
ングまたは異常スプライシングの調節は、ＲＮＡ種の配列および長さを解析する既知の方
法を使用して、例えば、ＲＴ－ＰＣＲによって、および本明細書および文献中で別記され
る方法を使用して測定することができる。実施形態では、選択的スプライシングまたは異
常スプライシングの調節は、少なくとも１０％または１．１倍の対象のスプライシングさ
れた種の量の増加または減少に基づいて判定される。実施形態では、調節は、本発明の方
法においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの増加の判定に関して本明細書に記
載されるように、少なくとも１０％から１００％または１．１倍から１０倍であるレベル
での増加または減少に基づいて判定される。
れるアンチセンスオリゴマーは、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの量またはＰ
ＫＤ２遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングまたは異常スプライ
シングを調節することによるＰＣ－２タンパク質の量を増加させない。選択的スプライシ
ングまたは異常スプライシングの調節は、ＲＮＡ種の配列および長さを解析する既知の方
法を使用して、例えば、ＲＴ－ＰＣＲによって、および本明細書および文献中で別記され
る方法を使用して測定することができる。実施形態では、選択的スプライシングまたは異
常スプライシングの調節は、少なくとも１０％または１．１倍の対象のスプライシングさ
れた種の量の増加または減少に基づいて判定される。実施形態では、調節は、本発明の方
法においてＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡの増加の判定に関して本明細書に記
載されるように、少なくとも１０％から１００％または１．１倍から１０倍であるレベル
での増加または減少に基づいて判定される。
【0076】
実施形態では、本明細書に記載される方法は、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、野
生型ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された方法である。
実施形態では、該方法は、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、全長野生型ＰＫＤ２ ｍ
ＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された方法である。実施形態では、Ｐ
ＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシン
グによって産生された。これらの実施形態では、全長ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体は、野生
型スプライス部位配列を有する保持されたイントロンのスプライシングと比較して、保持
されたイントロンの正しいスプライシングを損なわない保持されたイントロンのスプライ
ス部位に多型性を有し得る。
生型ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された方法である。
実施形態では、該方法は、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、全長野生型ＰＫＤ２ ｍ
ＲＮＡ前駆体の部分的スプライシングによって産生された方法である。実施形態では、Ｐ
ＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、全長ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体の部分的スプライシン
グによって産生された。これらの実施形態では、全長ＰＫＤ２ ｍＲＮＡ前駆体は、野生
型スプライス部位配列を有する保持されたイントロンのスプライシングと比較して、保持
されたイントロンの正しいスプライシングを損なわない保持されたイントロンのスプライ
ス部位に多型性を有し得る。
【0077】
実施形態では、ＰＣ－２タンパク質をコードするｍＲＮＡは、全長成熟ｍＲＮＡまたは
野生型成熟ｍＲＮＡである。これらの実施形態では、全長成熟ｍＲＮＡは、野生型成熟ｍ
ＲＮＡによってコードされたＰＣ－２タンパク質の活性と比較して、成熟ｍＲＮＡによっ
てコードされた標的タンパク質または機能性ＲＮＡの活性に影響しない多型性を有し得る
。
野生型成熟ｍＲＮＡである。これらの実施形態では、全長成熟ｍＲＮＡは、野生型成熟ｍ
ＲＮＡによってコードされたＰＣ－２タンパク質の活性と比較して、成熟ｍＲＮＡによっ
てコードされた標的タンパク質または機能性ＲＮＡの活性に影響しない多型性を有し得る
。
【0078】
＜アンチセンスオリゴマー＞
本開示の一態様は、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することによっ
てスプライシングを増強するアンチセンスオリゴマーを含む組成物である。本明細書で使
用されるように、用語「ＡＳＯ」および「アンチセンスオリゴマー」は、交換可能に使用
され、ワトソン・クリック塩基対またはゆらぎ塩基対（Ｇ－Ｕ）によって標的核酸（例え
ば、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の配列にハイブリダイズする、核酸塩基を含む、
ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に相補的なまたはほぼ相
補性的である（例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でスプライシングを増強させ
るのに十分な相補性）正確な配列を有し得る。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、ｍＲＮＡ前
駆体の転写産物の標的部分）に結合し（ハイブリダイズし）、生理学的条件下でハイブリ
ダイズされたままであるように設計されている。典型的に、ＡＳＯは、意図した（標的と
された）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限られた数の配
列に（標的核酸以外の少数の部位に）ハイブリダイズする。ＡＳＯの設計は、ｍＲＮＡ前
駆体の転写産物の標的部分の核酸配列、またはゲノムまたは細胞ｍＲＮＡ前駆体またはト
ランスクリプトームにおける他の場所での十分類似した核酸配列の発生を考慮に入れるこ
とができ、その結果、ＡＳＯが他の部位に結合し「オフターゲット」効果を引き起こす可
能性は限定される。例えば、発明の名称「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ Ｎｏｎｓｅｎｓｅ－Ｍｅｄ
ｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ Ｄｅｃａｙ」のＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されたＰＣ
Ｔ国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１におけるものなどの、当業者に既知
のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用され得る
。
本開示の一態様は、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することによっ
てスプライシングを増強するアンチセンスオリゴマーを含む組成物である。本明細書で使
用されるように、用語「ＡＳＯ」および「アンチセンスオリゴマー」は、交換可能に使用
され、ワトソン・クリック塩基対またはゆらぎ塩基対（Ｇ－Ｕ）によって標的核酸（例え
ば、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の配列にハイブリダイズする、核酸塩基を含む、
ポリヌクレオチドなどのオリゴマーを指す。ＡＳＯは、標的配列に相補的なまたはほぼ相
補性的である（例えば、標的配列に結合し、スプライス部位でスプライシングを増強させ
るのに十分な相補性）正確な配列を有し得る。ＡＳＯは、標的核酸（例えば、ｍＲＮＡ前
駆体の転写産物の標的部分）に結合し（ハイブリダイズし）、生理学的条件下でハイブリ
ダイズされたままであるように設計されている。典型的に、ＡＳＯは、意図した（標的と
された）核酸配列以外の部位にハイブリダイズする場合、標的核酸でない限られた数の配
列に（標的核酸以外の少数の部位に）ハイブリダイズする。ＡＳＯの設計は、ｍＲＮＡ前
駆体の転写産物の標的部分の核酸配列、またはゲノムまたは細胞ｍＲＮＡ前駆体またはト
ランスクリプトームにおける他の場所での十分類似した核酸配列の発生を考慮に入れるこ
とができ、その結果、ＡＳＯが他の部位に結合し「オフターゲット」効果を引き起こす可
能性は限定される。例えば、発明の名称「Ｒｅｄｕｃｉｎｇ Ｎｏｎｓｅｎｓｅ－Ｍｅｄ
ｉａｔｅｄ ｍＲＮＡ Ｄｅｃａｙ」のＷＯ２０１５／０３５０９１として公開されたＰＣ
Ｔ国際出願番号ＰＣＴ／ＵＳ２０１４／０５４１５１におけるものなどの、当業者に既知
のアンチセンスオリゴマーは、本明細書に記載される方法を実施するために使用され得る
。
【0079】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、標的核酸またはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部
分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的である」。典型的に、そのようなハ
イブリダイゼーションは、３７℃より実質的に高い融解温度（Ｔｍ）で、好ましくは少な
くとも５０℃で、および典型的に６０℃からおよそ９０℃の間で生じる。そのようなハイ
ブリダイゼーションは、好ましくは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に
対応している。与えられたイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的
オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
分に「特異的にハイブリダイズする」または「特異的である」。典型的に、そのようなハ
イブリダイゼーションは、３７℃より実質的に高い融解温度（Ｔｍ）で、好ましくは少な
くとも５０℃で、および典型的に６０℃からおよそ９０℃の間で生じる。そのようなハイ
ブリダイゼーションは、好ましくは、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件に
対応している。与えられたイオン強度およびｐＨで、Ｔｍは、標的配列の５０％が相補的
オリゴヌクレオチドにハイブリダイズする温度である。
【0080】
オリゴヌクレオチドなどのオリゴマーは、ハイブリダイゼーションが２つの一本鎖ポリ
ヌクレオチド間の逆平行構成で生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌク
レオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の１つと第２のポリ
ヌクレオチドの鎖の１つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であ
り得る。相補性（１つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度）
は、一般に容認された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予期される対向
する鎖における塩基の割合（例えばパーセンテージ）の点から数量化できる。アンチセン
スオリゴマー（ＡＳＯ）の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相
補的である必要はない。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的とされる標的核酸配列内の
標的部位に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくと
も８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％
、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば
、オリゴマー化合物の２０の核酸塩基のうちの１８が標的部位に相補的であり、それ故、
特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、９０パーセントの相補性を表わす。この例におい
て、残りの相補的でない核酸塩基は、ともにクラスター化され得るか、または相補的な核
酸塩基と分散され（ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ）、互いにまたは相補的な核酸塩基に隣接
している必要はない。ＡＳＯの標的核酸の領域とのパーセント相補性は、当該技術分野で
既知のＢＬＡＳＴプログラム（基礎的なローカルアライメント検索ツール）およびＰｏｗ
ｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉ
ｏｌ．， １９９０， ２１５， ４０３－４１０； Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅ
ｎ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．， １９９７， ７， ６４９－６５６）を慣例的に使用
して判定され得る。
ヌクレオチド間の逆平行構成で生じるときに、互いに「相補的」である。二本鎖ポリヌク
レオチドは、ハイブリダイゼーションが第１のポリヌクレオチドの鎖の１つと第２のポリ
ヌクレオチドの鎖の１つとの間に生じる場合に、別のポリヌクレオチドに「相補的」であ
り得る。相補性（１つのポリヌクレオチドが別のポリヌクレオチドと相補的である程度）
は、一般に容認された塩基対合則に従って、互いに水素結合を形成すると予期される対向
する鎖における塩基の割合（例えばパーセンテージ）の点から数量化できる。アンチセン
スオリゴマー（ＡＳＯ）の配列は、ハイブリダイズするその標的核酸の配列に１００％相
補的である必要はない。特定の実施形態では、ＡＳＯは、標的とされる標的核酸配列内の
標的部位に対して、少なくとも７０％、少なくとも７５％、少なくとも８０％、少なくと
も８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％
、少なくとも９８％、または少なくとも９９％の配列相補性を含むことができる。例えば
、オリゴマー化合物の２０の核酸塩基のうちの１８が標的部位に相補的であり、それ故、
特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、９０パーセントの相補性を表わす。この例におい
て、残りの相補的でない核酸塩基は、ともにクラスター化され得るか、または相補的な核
酸塩基と分散され（ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ）、互いにまたは相補的な核酸塩基に隣接
している必要はない。ＡＳＯの標的核酸の領域とのパーセント相補性は、当該技術分野で
既知のＢＬＡＳＴプログラム（基礎的なローカルアライメント検索ツール）およびＰｏｗ
ｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｍｏｌ． Ｂｉ
ｏｌ．， １９９０， ２１５， ４０３－４１０； Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅ
ｎ， Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．， １９９７， ７， ６４９－６５６）を慣例的に使用
して判定され得る。
【0081】
ＡＳＯは、標的配列におけるすべての核酸塩基にハイブリダイズする必要はなく、それ
がハイブリダイズする核酸塩基は、隣接しているかまたは隣接していないかもしれない。
ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズ
し得、その結果、介在するまたは隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象に
関係しない（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）。特定の実施形態
では、ＡＳＯは、標的ｍＲＮＡ前駆体の転写産物において隣接していない核酸塩基にハイ
ブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、ＡＳＯがハイブリダイズしない１つ以上の核酸塩基
によって分離される、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物における核酸塩基にハイブリダイズする
ことができる。
がハイブリダイズする核酸塩基は、隣接しているかまたは隣接していないかもしれない。
ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物の１つ以上のセグメントにわたってハイブリダイズ
し得、その結果、介在するまたは隣接するセグメントは、ハイブリダイゼーション事象に
関係しない（例えば、ループ構造またはヘアピン構造が形成され得る）。特定の実施形態
では、ＡＳＯは、標的ｍＲＮＡ前駆体の転写産物において隣接していない核酸塩基にハイ
ブリダイズする。例えば、ＡＳＯは、ＡＳＯがハイブリダイズしない１つ以上の核酸塩基
によって分離される、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物における核酸塩基にハイブリダイズする
ことができる。
【0082】
本明細書に記載されるＡＳＯは、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に存在する核酸塩
基に相補的である核酸塩基を含む。用語「ＡＳＯ」は、オリゴヌクレオチド、および標的
ｍＲＮＡ上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペ
プチド核酸（ＰＮＡ）などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ＡＳＯ
は、自然発生のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾されたヌクレオチド、または
それらの２つまたは３つの任意の組み合わせを含み得る。用語「自然発生のヌクレオチド
」は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「修飾されたヌク
レオチド」は、修飾されたまたは置換された糖類および／または修飾された骨格を有する
ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯのヌクレオチドのすべてが、修飾
されたヌクレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性のあるＡＳ
Ｏの化学修飾およびのＡＳＯの成分は、当業者に明白であり、例えば、米国特許第８，２
５８，１０９号 Ｂ２、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開番号２０１２／
０１９０７２８、およびＤｉａｓ ａｎｄ Ｓｔｅｉｎ，Ｍｏｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ
．２００２，３４７－３５５で見られ得、それら全体が引用によって本明細書に組み込ま
れる。
基に相補的である核酸塩基を含む。用語「ＡＳＯ」は、オリゴヌクレオチド、および標的
ｍＲＮＡ上の相補的な核酸塩基にハイブリダイズすることができる核酸塩基を含むが、ペ
プチド核酸（ＰＮＡ）などの糖部を含まない、他のオリゴマー分子を具体化する。ＡＳＯ
は、自然発生のヌクレオチド、ヌクレオチドアナログ、修飾されたヌクレオチド、または
それらの２つまたは３つの任意の組み合わせを含み得る。用語「自然発生のヌクレオチド
」は、デオキシリボヌクレオチドおよびリボヌクレオチドを含む。用語「修飾されたヌク
レオチド」は、修飾されたまたは置換された糖類および／または修飾された骨格を有する
ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯのヌクレオチドのすべてが、修飾
されたヌクレオチドである。本明細書に記載される方法および組成物と適合性のあるＡＳ
Ｏの化学修飾およびのＡＳＯの成分は、当業者に明白であり、例えば、米国特許第８，２
５８，１０９号 Ｂ２、米国特許第５，６５６，６１２号、米国特許公開番号２０１２／
０１９０７２８、およびＤｉａｓ ａｎｄ Ｓｔｅｉｎ，Ｍｏｌ． Ｃａｎｃｅｒ Ｔｈｅｒ
．２００２，３４７－３５５で見られ得、それら全体が引用によって本明細書に組み込ま
れる。
【0083】
ＡＳＯの核酸塩基は、アデニン、グアニン、シトシン、チミンおよびウラシルなどの自
然発生の未修飾の核酸塩基、または標的ｍＲＮＡ前駆体上に存在する核酸塩基との水素結
合が可能であるように未修飾の核酸塩基に十分類似している合成または修飾された核酸塩
基であり得る。修飾された核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、キ
サンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、およ
び５－ヒドロキシメチルシトシンが挙げられる。
然発生の未修飾の核酸塩基、または標的ｍＲＮＡ前駆体上に存在する核酸塩基との水素結
合が可能であるように未修飾の核酸塩基に十分類似している合成または修飾された核酸塩
基であり得る。修飾された核酸塩基の例としては、限定されないが、ヒポキサンチン、キ
サンチン、７－メチルグアニン、５，６－ジヒドロウラシル、５－メチルシトシン、およ
び５－ヒドロキシメチルシトシンが挙げられる。
【0084】
本明細書に記載されるＡＳＯはまた、オリゴマーの成分に結合する骨格構造を含む。用
語「骨格構造」および「オリゴマー連鎖」は、交換可能に使用され、ＡＳＯの単量体間の
結合を指し得る。自然発生のオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部を結合
する３’－５’ホスホジエステル連鎖を含む。本明細書に記載されるＡＳＯの骨格構造ま
たはオリゴマー連鎖は、（限定されないが）ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート
、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホ
ラニラデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）、ホスホラミデート（ｐｈｏｓｐ
ｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）などを含む。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ， ｅｔ ａｌ．， Ｎ
ｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １４：９０８１ （１９８６）； Ｓｔｅｃ， ｅｔ
ａｌ．， Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． １０６：６０７７ （１９８４）， Ｓｔｅ
ｉｎ， ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １６：３２０９ （１９８
８）， Ｚｏｎ， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ６：５
３９ （１９９１）； Ｚｏｎ， ｅｔ ａｌ．， Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎ
ｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， ｐｐ． ８７－１
０８ （Ｆ． Ｅｃｋｓｔｅｉｎ， Ｅｄ．， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅ
ｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ （１９９１））； Ｓｔｅｃ， ｅｔ ａｌ．，米国
特許第５，１５１，５１０号； Ｕｈｌｍａｎｎ ａｎｄ Ｐｅｙｍａｎ， Ｃｈｅｍｉｃａ
ｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ９０：５４３ （１９９０）を参照。いくつかの実施形態では、ＡＳ
Ｏの骨格構造は、亜リン酸を含有していないが、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、また
はカルバミン酸塩、アミド、および直鎖および環式の炭化水素基を含む連結基において、
ペプチド結合を含有している。いくつかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホロチオエー
ト連鎖である。いくつかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホラミデート連鎖である。
語「骨格構造」および「オリゴマー連鎖」は、交換可能に使用され、ＡＳＯの単量体間の
結合を指し得る。自然発生のオリゴヌクレオチドでは、骨格は、オリゴマーの糖部を結合
する３’－５’ホスホジエステル連鎖を含む。本明細書に記載されるＡＳＯの骨格構造ま
たはオリゴマー連鎖は、（限定されないが）ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート
、ホスホロセレノエート、ホスホロジセレノエート、ホスホロアニロチオエート、ホスホ
ラニラデート（ｐｈｏｓｐｈｏｒａｎｉｌａｄａｔｅ）、ホスホラミデート（ｐｈｏｓｐ
ｈｏｒａｍｉｄａｔｅ）などを含む。例えば、ＬａＰｌａｎｃｈｅ， ｅｔ ａｌ．， Ｎ
ｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １４：９０８１ （１９８６）； Ｓｔｅｃ， ｅｔ
ａｌ．， Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． １０６：６０７７ （１９８４）， Ｓｔｅ
ｉｎ， ｅｔ ａｌ．， Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ． １６：３２０９ （１９８
８）， Ｚｏｎ， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉ Ｃａｎｃｅｒ Ｄｒｕｇ Ｄｅｓｉｇｎ ６：５
３９ （１９９１）； Ｚｏｎ， ｅｔ ａｌ．， Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎ
ｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ： Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ， ｐｐ． ８７－１
０８ （Ｆ． Ｅｃｋｓｔｅｉｎ， Ｅｄ．， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅ
ｓｓ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｅｎｇｌａｎｄ （１９９１））； Ｓｔｅｃ， ｅｔ ａｌ．，米国
特許第５，１５１，５１０号； Ｕｈｌｍａｎｎ ａｎｄ Ｐｅｙｍａｎ， Ｃｈｅｍｉｃａ
ｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ９０：５４３ （１９９０）を参照。いくつかの実施形態では、ＡＳ
Ｏの骨格構造は、亜リン酸を含有していないが、例えば、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、また
はカルバミン酸塩、アミド、および直鎖および環式の炭化水素基を含む連結基において、
ペプチド結合を含有している。いくつかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホロチオエー
ト連鎖である。いくつかの実施形態では、骨格修飾は、ホスホラミデート連鎖である。
【0085】
実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の連鎖の各々での立体化学は、ランダ
ムである。実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の連鎖の各々での立体化学は
、制御され、ランダムではない。例えば、引用によって本明細書に組み込まれた米国特許
公開番号２０１４／０１９４６１０、「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｙｎｔｈｅｓ
ｉｓ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴ
マーにおいて各リン原子でキラリティーの利き手（ｈａｎｄｅｄｎｅｓｓ）を独立して選
択する方法について記載している。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明
記されるＡＳＯのいずれかを含む、本開示の方法に使用されるＡＳＯは、ランダムでない
リンヌクレオチド間の連鎖を有するＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用さ
れる組成物は、純粋なジアステレオマーＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使
用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少
なくとも約９３％ある、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％
、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％含む、少なくとも約９９％、約１００％、約
９０％～約１００％、約９１％～約１００％、約９２％～約１００％、約９３％～約１０
０％、約９４％～約１００％、約９５％～約１００％、約９６％～約１００％、約９７％
～約１００％、約９８％～約１００％、または約９９％～約１００％のジアステレオマー
純度を有するＡＳＯを含む。
ムである。実施形態では、ＡＳＯ骨格のリンヌクレオチド間の連鎖の各々での立体化学は
、制御され、ランダムではない。例えば、引用によって本明細書に組み込まれた米国特許
公開番号２０１４／０１９４６１０、「Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ｓｙｎｔｈｅｓ
ｉｓ ｏｆ Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｉｚｅｄ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ」は、核酸オリゴ
マーにおいて各リン原子でキラリティーの利き手（ｈａｎｄｅｄｎｅｓｓ）を独立して選
択する方法について記載している。実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明
記されるＡＳＯのいずれかを含む、本開示の方法に使用されるＡＳＯは、ランダムでない
リンヌクレオチド間の連鎖を有するＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使用さ
れる組成物は、純粋なジアステレオマーＡＳＯを含む。実施形態では、本発明の方法に使
用される組成物は、少なくとも約９０％、少なくとも約９１％、少なくとも約９２％、少
なくとも約９３％ある、少なくとも約９４％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％
、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％含む、少なくとも約９９％、約１００％、約
９０％～約１００％、約９１％～約１００％、約９２％～約１００％、約９３％～約１０
０％、約９４％～約１００％、約９５％～約１００％、約９６％～約１００％、約９７％
～約１００％、約９８％～約１００％、または約９９％～約１００％のジアステレオマー
純度を有するＡＳＯを含む。
【0086】
実施形態では、ＡＳＯは、そのリンヌクレオチド間の連鎖でＲｐおよびＳｐの構成のラ
ンダムでない混合物を有している。例えば、ＲｐとＳｐの混合物が、アンチセンスオリゴ
ヌクレオチドにおいて、優れた活性とヌクレアーゼ安定性との間のバランスを達成する必
要があることが示唆されてきた（Ｗａｎ， ｅｔ ａｌ．， ２０１４，「Ｓｙｎｔｈｅｓ
ｉｓ， ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ
ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｓｅｃｏｎｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌ
ｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｃｈｉｒａｌ ｐｈｏｓｐｈｏｒ
ｏｔｈｉｏａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅｓ，」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ
４２（２２）： １３４５６－１３４６８、引用によって本明細書に組み込まれる）。実
施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本
発明の方法に使用されるＡＳＯは、約５－１００％のＲｐ、少なくとも約５％のＲｐ、少
なくとも約１０％のＲｐ、少なくとも約１５％のＲｐ、少なくとも約２０％のＲｐ、少な
くとも約２５％のＲｐ、少なくとも約３０％のＲｐ、少なくとも約３５％のＲｐ、少なく
とも約４０％のＲｐ、少なくとも約４５％のＲｐ、少なくとも約５０％のＲｐ、少なくと
も約５５％のＲｐ、少なくとも約６０％のＲｐ、少なくとも約６５％のＲｐ、少なくとも
約７０％のＲｐ、少なくとも約７５％のＲｐ、少なくとも約８０％のＲｐ、少なくとも約
８５％のＲｐ、少なくとも約９０％のＲｐ、または少なくとも約９５％のＲｐと、残りの
Ｓｐ、あるいは約１００％のＲｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書で表
１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１０％
から約１００％のＲｐ、約１５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約１００％のＲｐ
、約２５％から約１００％のＲｐ、約３０％から約１００％のＲｐ、約３５％から約１０
０％のＲｐ、約４０％から約１００％のＲｐ、約４５％から約１００％のＲｐ、約５０％
から約１００％のＲｐ、約５５％から約１００％のＲｐ、約６０％から約１００％のＲｐ
、約６５％から約１００％のＲｐ、約７０％から約１００％のＲｐ、約７５％から約１０
０％のＲｐ、約８０％から約１００％のＲｐ、約８５％から約１００％のＲｐ、約９０％
約１００％のＲｐ、または約９５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約８０％のＲｐ
、約２５％から約７５％のＲｐ、約３０％から約７０％のＲｐ、約４０％から約６０％の
Ｒｐ、または約４５％から約５５％のＲｐと、残りのＳｐを含む。
ンダムでない混合物を有している。例えば、ＲｐとＳｐの混合物が、アンチセンスオリゴ
ヌクレオチドにおいて、優れた活性とヌクレアーゼ安定性との間のバランスを達成する必
要があることが示唆されてきた（Ｗａｎ， ｅｔ ａｌ．， ２０１４，「Ｓｙｎｔｈｅｓ
ｉｓ， ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａｌ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ ａｎｄ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ
ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｓｅｃｏｎｄ ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｏｌ
ｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｃｈｉｒａｌ ｐｈｏｓｐｈｏｒ
ｏｔｈｉｏａｔｅ ｌｉｎｋａｇｅｓ，」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ
４２（２２）： １３４５６－１３４６８、引用によって本明細書に組み込まれる）。実
施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本
発明の方法に使用されるＡＳＯは、約５－１００％のＲｐ、少なくとも約５％のＲｐ、少
なくとも約１０％のＲｐ、少なくとも約１５％のＲｐ、少なくとも約２０％のＲｐ、少な
くとも約２５％のＲｐ、少なくとも約３０％のＲｐ、少なくとも約３５％のＲｐ、少なく
とも約４０％のＲｐ、少なくとも約４５％のＲｐ、少なくとも約５０％のＲｐ、少なくと
も約５５％のＲｐ、少なくとも約６０％のＲｐ、少なくとも約６５％のＲｐ、少なくとも
約７０％のＲｐ、少なくとも約７５％のＲｐ、少なくとも約８０％のＲｐ、少なくとも約
８５％のＲｐ、少なくとも約９０％のＲｐ、または少なくとも約９５％のＲｐと、残りの
Ｓｐ、あるいは約１００％のＲｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書で表
１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１０％
から約１００％のＲｐ、約１５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約１００％のＲｐ
、約２５％から約１００％のＲｐ、約３０％から約１００％のＲｐ、約３５％から約１０
０％のＲｐ、約４０％から約１００％のＲｐ、約４５％から約１００％のＲｐ、約５０％
から約１００％のＲｐ、約５５％から約１００％のＲｐ、約６０％から約１００％のＲｐ
、約６５％から約１００％のＲｐ、約７０％から約１００％のＲｐ、約７５％から約１０
０％のＲｐ、約８０％から約１００％のＲｐ、約８５％から約１００％のＲｐ、約９０％
約１００％のＲｐ、または約９５％から約１００％のＲｐ、約２０％から約８０％のＲｐ
、約２５％から約７５％のＲｐ、約３０％から約７０％のＲｐ、約４０％から約６０％の
Ｒｐ、または約４５％から約５５％のＲｐと、残りのＳｐを含む。
【0087】
実施形態では、限定されないが、本明細書で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む
、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約５－１００％のＳｐ、少なくとも約５％のＳｐ
、少なくとも約１０％のＳｐ、少なくとも約１５％のＳｐ、少なくとも約２０％のＳｐ、
少なくとも約２５％のＳｐ、少なくとも約３０％のＳｐ、少なくとも約３５％のＳｐ、少
なくとも約４０％のＳｐ、少なくとも約４５％のＳｐ、少なくとも約５０％のＳｐ、少な
くとも約５５％のＳｐ、少なくとも約６０％のＳｐ、少なくとも約６５％のＳｐ、少なく
とも約７０％のＳｐ、少なくとも約７５％のＳｐ、少なくとも約８０％のＳｐ、少なくと
も約８５％のＳｐ、少なくとも約９０％のＳｐ、または少なくとも約９５％のＳｐと、残
りのＲｐ、あるいは約１００％のＳｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書
で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１
０％から約１００％のＳｐ、約１５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約１００％の
Ｓｐ、約２５％から約１００％のＳｐ、約３０％から約１００％のＳｐ、約３５％から約
１００％のＳｐ、約４０％から約１００％のＳｐ、約４５％から約１００％のＳｐ、約５
０％から約１００％のＳｐ、約５５％から約１００％のＳｐ、約６０％から約１００％の
Ｓｐ、約６５％から約１００％のＳｐ、約７０％から約１００％のＳｐ、約７５％から約
１００％のＳｐ、約８０％から約１００％のＳｐ、約８５％から約１００％のＳｐ、約９
０％から約１００％のＳｐ、または約９５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約８０
％のＳｐ、約２５％から約７５％のＳｐ、約３０％から約７０％のＳｐ、約４０％から約
６０％のＳｐ、または約４５％から約５５％のＳｐと、残りのＲｐを含む。
、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約５－１００％のＳｐ、少なくとも約５％のＳｐ
、少なくとも約１０％のＳｐ、少なくとも約１５％のＳｐ、少なくとも約２０％のＳｐ、
少なくとも約２５％のＳｐ、少なくとも約３０％のＳｐ、少なくとも約３５％のＳｐ、少
なくとも約４０％のＳｐ、少なくとも約４５％のＳｐ、少なくとも約５０％のＳｐ、少な
くとも約５５％のＳｐ、少なくとも約６０％のＳｐ、少なくとも約６５％のＳｐ、少なく
とも約７０％のＳｐ、少なくとも約７５％のＳｐ、少なくとも約８０％のＳｐ、少なくと
も約８５％のＳｐ、少なくとも約９０％のＳｐ、または少なくとも約９５％のＳｐと、残
りのＲｐ、あるいは約１００％のＳｐを含む。実施形態では、限定されないが、本明細書
で表１に明記されるＡＳＯのいずれかを含む、本発明の方法に使用されるＡＳＯは、約１
０％から約１００％のＳｐ、約１５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約１００％の
Ｓｐ、約２５％から約１００％のＳｐ、約３０％から約１００％のＳｐ、約３５％から約
１００％のＳｐ、約４０％から約１００％のＳｐ、約４５％から約１００％のＳｐ、約５
０％から約１００％のＳｐ、約５５％から約１００％のＳｐ、約６０％から約１００％の
Ｓｐ、約６５％から約１００％のＳｐ、約７０％から約１００％のＳｐ、約７５％から約
１００％のＳｐ、約８０％から約１００％のＳｐ、約８５％から約１００％のＳｐ、約９
０％から約１００％のＳｐ、または約９５％から約１００％のＳｐ、約２０％から約８０
％のＳｐ、約２５％から約７５％のＳｐ、約３０％から約７０％のＳｐ、約４０％から約
６０％のＳｐ、または約４５％から約５５％のＳｐと、残りのＲｐを含む。
【0088】
本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかは、自然発生のヌクレオチド中に存在する、リ
ボースまたはデオキシリボースを含む糖部、あるいはモルホリン環を含む、修飾された糖
部または糖アナログを含有し得る。修飾された糖部の限定しない例としては、２’－Ｏ－
メチル（２’－Ｏ－Ｍｅ）、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミ
ノエチル、２’Ｆ；Ｎ３’－＞Ｐ５’ホスホラミデート、２’ジメチルアミノオキシエト
キシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－グアニジニウム（ｇｕａｎｉｄｉｎ
ｉｄｉｕｍ）、２’－Ｏ－グアニジニウムエチル、カルバミン酸塩修飾した糖、および二
環式修飾した糖などの、２’置換基が挙げられる。いくつかの実施形態では、糖部修飾は
、２’－Ｏ－Ｍｅ、２’Ｆ、および２’ＭＯＥから選択される。いくつかの実施形態では
、糖部修飾は、ロックド核酸（ＬＮＡ）におけるような追加の架橋結合である。いくつか
の実施形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）などのモル
ホリン環を含有している。いくつかの実施形態では、糖部は、リボフラノシルまたは２’
デオキシリボフラノシルの修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部は、２’４’抑制
された（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）２’Ｏ－メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む
。いくつかの実施形態では、糖部は、ｃＥｔ ２’，４抑制された２’－ＯエチルＢＮＡ
修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を
含む。いくつかの実施形態では、糖部は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。いくつか
の実施形態では、糖部は、ＭＣＥ修飾を含む。修飾は当該技術分野で既知であり、文献、
例えば、Ｊａｒｖｅｒ， ｅｔ ａｌ．， ２０１４，「Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｖｉｅｗ ｏ
ｆ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｏｎ Ｓｋｉｐｐｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅ
ｌａｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒ
ａｐｅｕｔｉｃｓ ２４（１）： ３７－４７に記載され、これは、この目的のための引用
によって本明細書に組み込まれる。
ボースまたはデオキシリボースを含む糖部、あるいはモルホリン環を含む、修飾された糖
部または糖アナログを含有し得る。修飾された糖部の限定しない例としては、２’－Ｏ－
メチル（２’－Ｏ－Ｍｅ）、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’ＭＯＥ）、２’－Ｏ－アミ
ノエチル、２’Ｆ；Ｎ３’－＞Ｐ５’ホスホラミデート、２’ジメチルアミノオキシエト
キシ、２’ジメチルアミノエトキシエトキシ、２’－グアニジニウム（ｇｕａｎｉｄｉｎ
ｉｄｉｕｍ）、２’－Ｏ－グアニジニウムエチル、カルバミン酸塩修飾した糖、および二
環式修飾した糖などの、２’置換基が挙げられる。いくつかの実施形態では、糖部修飾は
、２’－Ｏ－Ｍｅ、２’Ｆ、および２’ＭＯＥから選択される。いくつかの実施形態では
、糖部修飾は、ロックド核酸（ＬＮＡ）におけるような追加の架橋結合である。いくつか
の実施形態では、糖アナログは、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）などのモル
ホリン環を含有している。いくつかの実施形態では、糖部は、リボフラノシルまたは２’
デオキシリボフラノシルの修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部は、２’４’抑制
された（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ）２’Ｏ－メチルオキシエチル（ｃＭＯＥ）修飾を含む
。いくつかの実施形態では、糖部は、ｃＥｔ ２’，４抑制された２’－ＯエチルＢＮＡ
修飾を含む。いくつかの実施形態では、糖部は、トリシクロＤＮＡ（ｔｃＤＮＡ）修飾を
含む。いくつかの実施形態では、糖部は、エチレン核酸（ＥＮＡ）修飾を含む。いくつか
の実施形態では、糖部は、ＭＣＥ修飾を含む。修飾は当該技術分野で既知であり、文献、
例えば、Ｊａｒｖｅｒ， ｅｔ ａｌ．， ２０１４，「Ａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｖｉｅｗ ｏ
ｆ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ｆｏｒ Ｅｘｏｎ Ｓｋｉｐｐｉｎｇ ａｎｄ Ｒｅ
ｌａｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，」Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｔｈｅｒ
ａｐｅｕｔｉｃｓ ２４（１）： ３７－４７に記載され、これは、この目的のための引用
によって本明細書に組み込まれる。
【0089】
いくつかの例では、ＡＳＯの各単量体は、同じ方法で修飾され、例えば、ＡＳＯの骨格
の各連鎖はホスホロチオエート連鎖を含む、または各リボース糖部は２’Ｏ－メチル修飾
を含む。ＡＳＯの単量体成分の各々の上に存在する、そのような修飾は、「均一な修飾」
と呼ばれる。いくつかの例では、異なる修飾の組み合わせが望まれ得、例えば、ＡＳＯは
、ホスホロジアミデート連鎖とモルホリン環を含む糖部（モルホリノ）との組み合わせを
含み得る。ＡＳＯへの異なる修飾の組み合わせは、「混合修飾」または「混合化学作用」
と呼ばれる。
の各連鎖はホスホロチオエート連鎖を含む、または各リボース糖部は２’Ｏ－メチル修飾
を含む。ＡＳＯの単量体成分の各々の上に存在する、そのような修飾は、「均一な修飾」
と呼ばれる。いくつかの例では、異なる修飾の組み合わせが望まれ得、例えば、ＡＳＯは
、ホスホロジアミデート連鎖とモルホリン環を含む糖部（モルホリノ）との組み合わせを
含み得る。ＡＳＯへの異なる修飾の組み合わせは、「混合修飾」または「混合化学作用」
と呼ばれる。
【0090】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ以上の骨格修飾を含む。いくつかの実施形態
では、ＡＳＯは、１つ以上の糖部修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ
以上の骨格修飾および１つ以上の糖部修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、
２’ＭＯＥ修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ
は、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳ
Ｏは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかまたはＡ
ＳＯの成分（例えば、核酸塩基、糖部、骨格）は、ＡＳＯの望ましい特性または活性を達
成するためにまたはＡＳＯの望ましくない特性または活性を減少させるために修飾されて
もよい。例えば、ＡＳＯまたは任意のＡＳＯの１つ以上の成分は、ｍＲＮＡ前駆体の転写
産物上の標的配列への結合親和性を増強する；非標的配列への結合を減少させる；細胞の
ヌクレアーゼ（つまり、ＲＮａｓｅ Ｈ）による分解を減少させる；細胞および／または
細胞の核へのＡＳＯの取り込みを改善する；ＡＳＯの薬物動態（ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ
ｅｔｉｃｓ）または薬力（ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓ）を変更する；およびＡＳ
Ｏの半減期を調節するために修飾され得る。
では、ＡＳＯは、１つ以上の糖部修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、１つ
以上の骨格修飾および１つ以上の糖部修飾を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、
２’ＭＯＥ修飾およびホスホロチオエート骨格を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳＯ
は、ホスホロジアミデートモルホリノ（ＰＭＯ）を含む。いくつかの実施形態では、ＡＳ
Ｏは、ペプチド核酸（ＰＮＡ）を含む。本明細書に記載されるＡＳＯのいずれかまたはＡ
ＳＯの成分（例えば、核酸塩基、糖部、骨格）は、ＡＳＯの望ましい特性または活性を達
成するためにまたはＡＳＯの望ましくない特性または活性を減少させるために修飾されて
もよい。例えば、ＡＳＯまたは任意のＡＳＯの１つ以上の成分は、ｍＲＮＡ前駆体の転写
産物上の標的配列への結合親和性を増強する；非標的配列への結合を減少させる；細胞の
ヌクレアーゼ（つまり、ＲＮａｓｅ Ｈ）による分解を減少させる；細胞および／または
細胞の核へのＡＳＯの取り込みを改善する；ＡＳＯの薬物動態（ｐｈａｒｍａｃｏｋｉｎ
ｅｔｉｃｓ）または薬力（ｐｈａｒｍａｃｏｄｙｎａｍｉｃｓ）を変更する；およびＡＳ
Ｏの半減期を調節するために修飾され得る。
【0091】
いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）（ＭＯＥ）の
ホスホロチオエート修飾されたヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構
成されたＡＳＯは、特に、本明細書で開示される方法によく適しており、そのような修飾
を有しているオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された耐性および増加
したバイオアベイラビリティを有すると示されており、これによって、例えば、本明細書
に記載されるいくつかの実施形態における経口送達に適するようになる。例えば、Ｇｅａ
ｒｙ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ． ２００１； ２９６（
３）：８９０－７； Ｇｅａｒｙ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈ
ｅｒ． ２００１； ２９６（３）：８９８－９０４を参照。
ホスホロチオエート修飾されたヌクレオチドで構成される。そのようなヌクレオチドで構
成されたＡＳＯは、特に、本明細書で開示される方法によく適しており、そのような修飾
を有しているオリゴマーは、ヌクレアーゼ分解に対する著しく増強された耐性および増加
したバイオアベイラビリティを有すると示されており、これによって、例えば、本明細書
に記載されるいくつかの実施形態における経口送達に適するようになる。例えば、Ｇｅａ
ｒｙ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈｅｒ． ２００１； ２９６（
３）：８９０－７； Ｇｅａｒｙ， ｅｔ ａｌ．， Ｊ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｅｘｐ Ｔｈ
ｅｒ． ２００１； ２９６（３）：８９８－９０４を参照。
【0092】
ＡＳＯを合成する方法は当業者に既知である。代替的にまたは加えて、ＡＳＯは商用源
から得られ得る。
から得られ得る。
【0093】
他に明記されない限り、一本鎖核酸（例えば、ｍＲＮＡ前駆体の転写産物、オリゴヌク
レオチド、ＡＳＯなど）配列の左端は、５’末端であり、一本鎖または二本鎖の核酸配列
の左方向は、５’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列（一本鎖または二本鎖）の右端また
は右方向は、３’末端または３’方向である。一般に、核酸中の基準点に対する５’にあ
る領域または配列は、「上流」として言及され、核酸中の基準点に対する３’にある領域
または配列は、「下流」として言及される。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または５’末端
は、開始コドン（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｏｒ ｓｔａｒｔ ｃｏｄｏｎ）が位置する場所
であり、一方で、３’末端または３’方向は、終止コドンが位置する場所である。いくつ
かの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定され、
基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定され得る。例えば、基準点（例
えば、ｍＲＮＡ中のエクソン－エクソン連結）は「ゼロ」部位として指定され得、基準点
に直接隣接しその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス１」、例えば「－１」と指定さ
れ、一方で、基準点に直接隣接しその下流にあるヌクレオチドは、「プラス１」、例えば
「＋１」と指定される。
レオチド、ＡＳＯなど）配列の左端は、５’末端であり、一本鎖または二本鎖の核酸配列
の左方向は、５’方向と呼ばれる。同様に、核酸配列（一本鎖または二本鎖）の右端また
は右方向は、３’末端または３’方向である。一般に、核酸中の基準点に対する５’にあ
る領域または配列は、「上流」として言及され、核酸中の基準点に対する３’にある領域
または配列は、「下流」として言及される。一般に、ｍＲＮＡの５’方向または５’末端
は、開始コドン（ｉｎｉｔｉａｔｉｏｎ ｏｒ ｓｔａｒｔ ｃｏｄｏｎ）が位置する場所
であり、一方で、３’末端または３’方向は、終止コドンが位置する場所である。いくつ
かの態様では、核酸中の基準点の上流にあるヌクレオチドは、負の数によって指定され、
基準点の下流にあるヌクレオチドは、正の数によって指定され得る。例えば、基準点（例
えば、ｍＲＮＡ中のエクソン－エクソン連結）は「ゼロ」部位として指定され得、基準点
に直接隣接しその上流にあるヌクレオチドは、「マイナス１」、例えば「－１」と指定さ
れ、一方で、基準点に直接隣接しその下流にあるヌクレオチドは、「プラス１」、例えば
「＋１」と指定される。
【0094】
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保
持されたイントロンの５’スプライス部位の下流（３’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して、正の数で示された方向
）に対して相補的であ（り、その部分に結合す）る（図１）。いくつかの実施形態におい
て、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約＋６から約＋５
００の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して、＋１から＋５ま
でのヌクレオチド（５’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の５つのヌクレオチ
ド）に対して相補的ではない。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持されたイン
トロンの５’スプライス部位に対して、約＋６から約＋４９７の間の領域内にあるＰＫＤ
２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であることもある。いくつかの態様
では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、約＋６から約＋
５００、約＋６から約＋４９０、約＋６から約＋４８０、約＋６から約＋４７０、約＋６
から約＋４６０、約＋６から約＋４５０、約＋６から約＋４４０、約＋６から約＋４３０
、約＋６から約＋４２０、約＋６から約＋４１０、約＋６から約＋４００、約＋６から約
＋３９０、約＋６から約＋３８０、約＋６から約＋３７０、約＋６から約＋３６０、約＋
６から約＋３５０、約＋６から約＋３４０、約＋６から約＋３３０、約＋６から約＋３２
０、約＋６から約＋３１０、約＋６から約＋３００、約＋６から約＋２９０、約＋６から
約＋２８０、約＋６から約＋２７０、約＋６から約＋２６０、約＋６から約＋２５０、約
＋６から約＋２４０、約＋６から約＋２３０、約＋６から約＋２２０、約＋６から約＋２
１０、約＋６から約＋２００、約＋６から約＋１９０、約＋６から約＋１８０、約＋６か
ら約＋１７０、約＋６から約＋１６０、約＋６から約＋１５０、約＋６から約＋１４０、
約＋６から約＋１３０、約＋６から約＋１２０、約＋６から約＋１１０、約＋６から約＋
１００、約＋６から約＋９０、約＋６から約＋８０、約＋６から約＋７０、約＋６から約
＋６０、約＋６から約＋５０、約＋６から約＋４０、約＋６から約＋３０、または約＋６
から約＋２０の領域内の標的部分に対して相補的である。
持されたイントロンの５’スプライス部位の下流（３’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して、正の数で示された方向
）に対して相補的であ（り、その部分に結合す）る（図１）。いくつかの実施形態におい
て、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約＋６から約＋５
００の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して、＋１から＋５ま
でのヌクレオチド（５’スプライス部位の下流に位置付けられた最初の５つのヌクレオチ
ド）に対して相補的ではない。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持されたイン
トロンの５’スプライス部位に対して、約＋６から約＋４９７の間の領域内にあるＰＫＤ
２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であることもある。いくつかの態様
では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、約＋６から約＋
５００、約＋６から約＋４９０、約＋６から約＋４８０、約＋６から約＋４７０、約＋６
から約＋４６０、約＋６から約＋４５０、約＋６から約＋４４０、約＋６から約＋４３０
、約＋６から約＋４２０、約＋６から約＋４１０、約＋６から約＋４００、約＋６から約
＋３９０、約＋６から約＋３８０、約＋６から約＋３７０、約＋６から約＋３６０、約＋
６から約＋３５０、約＋６から約＋３４０、約＋６から約＋３３０、約＋６から約＋３２
０、約＋６から約＋３１０、約＋６から約＋３００、約＋６から約＋２９０、約＋６から
約＋２８０、約＋６から約＋２７０、約＋６から約＋２６０、約＋６から約＋２５０、約
＋６から約＋２４０、約＋６から約＋２３０、約＋６から約＋２２０、約＋６から約＋２
１０、約＋６から約＋２００、約＋６から約＋１９０、約＋６から約＋１８０、約＋６か
ら約＋１７０、約＋６から約＋１６０、約＋６から約＋１５０、約＋６から約＋１４０、
約＋６から約＋１３０、約＋６から約＋１２０、約＋６から約＋１１０、約＋６から約＋
１００、約＋６から約＋９０、約＋６から約＋８０、約＋６から約＋７０、約＋６から約
＋６０、約＋６から約＋５０、約＋６から約＋４０、約＋６から約＋３０、または約＋６
から約＋２０の領域内の標的部分に対して相補的である。
【0095】
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保
持されたイントロンの５’スプライス部位の上流（５’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して、負の数で示された方向
）に対して相補的であ（り、その部分に結合す）る（図１）。いくつかの実施形態におい
て、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約－４ｅから約－
２１０ｅの領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であ
る。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して、－１ｅから
－３ｅまでのヌクレオチド（５’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の５つのヌ
クレオチド）には相補的ではない。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持された
イントロンの５’スプライス部位に対して、－４ｅから約－２０４ｅの間の領域内にある
ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であることもある。いくつか
の態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、約－４ｅ
から約－２１０ｅ、約－４ｅから約－２００ｅ、約－４ｅから約－１９０ｅ、約－４ｅか
ら約－１８０ｅ、約－４ｅから約－１７０ｅ、約－４ｅから約－１６０ｅ、約－４ｅから
約－１５０ｅ、約－４ｅから約－１４０ｅ、約－４ｅから約－１３０ｅ、約－４ｅから約
－１２０ｅ、約－４ｅから約－１１０ｅ、約－４ｅから約－１２０ｅ、約－４ｅから約－
１１０ｅ、約－４ｅから約－９０ｅ、約－４ｅから約－８０ｅ、約－４ｅから約－７０ｅ
、約－４ｅから約－５０ｅ、約－４ｅから約－４０ｅ、約－４ｅから約－３０ｅ、または
約－４ｅから約－２０ｅの領域内にある標的部分に対して相補的である。
持されたイントロンの５’スプライス部位の上流（５’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的部分（例えば５’スプライス部位に対して、負の数で示された方向
）に対して相補的であ（り、その部分に結合す）る（図１）。いくつかの実施形態におい
て、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して、約－４ｅから約－
２１０ｅの領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であ
る。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、５’スプライス部位に対して、－１ｅから
－３ｅまでのヌクレオチド（５’スプライス部位の上流に位置付けられた最初の５つのヌ
クレオチド）には相補的ではない。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持された
イントロンの５’スプライス部位に対して、－４ｅから約－２０４ｅの間の領域内にある
ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であることもある。いくつか
の態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対する、約－４ｅ
から約－２１０ｅ、約－４ｅから約－２００ｅ、約－４ｅから約－１９０ｅ、約－４ｅか
ら約－１８０ｅ、約－４ｅから約－１７０ｅ、約－４ｅから約－１６０ｅ、約－４ｅから
約－１５０ｅ、約－４ｅから約－１４０ｅ、約－４ｅから約－１３０ｅ、約－４ｅから約
－１２０ｅ、約－４ｅから約－１１０ｅ、約－４ｅから約－１２０ｅ、約－４ｅから約－
１１０ｅ、約－４ｅから約－９０ｅ、約－４ｅから約－８０ｅ、約－４ｅから約－７０ｅ
、約－４ｅから約－５０ｅ、約－４ｅから約－４０ｅ、約－４ｅから約－３０ｅ、または
約－４ｅから約－２０ｅの領域内にある標的部分に対して相補的である。
【0096】
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保
持されたイントロンの３’スプライス部位の上流（５’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば負の数で示された方向）に対して相補的である（図１
）。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部
位に対して、約－１６から約－５００の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
標的部分に対して相補的である。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、３’スプライ
ス部位に対して、－１から－１５までのヌクレオチド（３’スプライス部位の上流に位置
付けられた最初の１５のヌクレオチド）には相補的ではない。いくつかの実施形態におい
て、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、－１６から－４９
６の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。い
くつかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する、約
－１６から約－５００、約－１６から約－４９０、約－１６から約－４８０、約－１６か
ら約－４７０、約－１６から約－４６０、約－１６から約－４５０、約－１６から約－４
４０、約－１６から約－４３０、約－１６から約－４２０、約－１６から約－４１０、約
－１６から約－４００、約－１６から約－３９０、約－１６から約－３８０、約－１６か
ら約－３７０、約－１６から約－３６０、約－１６から約－３５０、約－１６から約－３
４０、約－１６から約－３３０、約－１６から約－３２０、約－１６から約－３１０、約
－１６から約－３００、約－１６から約－２９０、約－１６から約－２８０、約－１６か
ら約－２７０、約－１６から約－２６０、約－１６から約－２５０、約－１６から約－２
４０、約－１６から約－２３０、約－１６から約－２２０、約－１６から約－２１０、約
－１６から約－２００、約－１６から約－１９０、約－１６から約－１８０、約－１６か
ら約－１７０、約－１６から約－１６０、約－１６から約－１５０、約－１６から約－１
４０、約－１６から約－１３０、約－１６から約－１２０、約－１６から約－１１０、約
－１６から約－１００、約－１６から約－９０、約－１６から約－８０、約－１６から約
－７０、約－１６から約－６０、約－１６から約－５０、約－１６から約－４０、または
約－１６から約－３０の領域内にある標的部分に対して相補的である。
持されたイントロンの３’スプライス部位の上流（５’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば負の数で示された方向）に対して相補的である（図１
）。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部
位に対して、約－１６から約－５００の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の
標的部分に対して相補的である。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、３’スプライ
ス部位に対して、－１から－１５までのヌクレオチド（３’スプライス部位の上流に位置
付けられた最初の１５のヌクレオチド）には相補的ではない。いくつかの実施形態におい
て、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、－１６から－４９
６の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的である。い
くつかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対する、約
－１６から約－５００、約－１６から約－４９０、約－１６から約－４８０、約－１６か
ら約－４７０、約－１６から約－４６０、約－１６から約－４５０、約－１６から約－４
４０、約－１６から約－４３０、約－１６から約－４２０、約－１６から約－４１０、約
－１６から約－４００、約－１６から約－３９０、約－１６から約－３８０、約－１６か
ら約－３７０、約－１６から約－３６０、約－１６から約－３５０、約－１６から約－３
４０、約－１６から約－３３０、約－１６から約－３２０、約－１６から約－３１０、約
－１６から約－３００、約－１６から約－２９０、約－１６から約－２８０、約－１６か
ら約－２７０、約－１６から約－２６０、約－１６から約－２５０、約－１６から約－２
４０、約－１６から約－２３０、約－１６から約－２２０、約－１６から約－２１０、約
－１６から約－２００、約－１６から約－１９０、約－１６から約－１８０、約－１６か
ら約－１７０、約－１６から約－１６０、約－１６から約－１５０、約－１６から約－１
４０、約－１６から約－１３０、約－１６から約－１２０、約－１６から約－１１０、約
－１６から約－１００、約－１６から約－９０、約－１６から約－８０、約－１６から約
－７０、約－１６から約－６０、約－１６から約－５０、約－１６から約－４０、または
約－１６から約－３０の領域内にある標的部分に対して相補的である。
【0097】
いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体において保
持されたイントロンの３’スプライス部位の下流（３’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば正の数で示された方向）に対して相補的である（図１
）。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部
位に対して、約＋２ｅから約＋２２０ｅの領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
の標的部分に対して相補的である。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、３’スプラ
イス部位に対して、＋１ｅのヌクレオチド（３’スプライス部位の下流に位置付けられた
最初の５つのヌクレオチド）には相補的ではない。いくつかの実施形態において、ＡＳＯ
は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約＋２ｅから約＋２１２ｅの
間の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であること
もある。いくつかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に
対する、約＋２ｅから約＋２２０ｅ、約＋２ｅから約＋２１０ｅ、約＋２ｅから約＋２０
０ｅ、約＋２ｅから約＋１９０ｅ、約＋２ｅから約＋１８０ｅ、約＋２ｅから約＋１７０
ｅ、約＋２ｅから約＋１６０ｅ、約＋２ｅから約＋１５０ｅ、約＋２ｅから約＋１４０ｅ
、約＋２ｅから約＋１３０ｅ、約＋２ｅから約＋１２０ｅ、約＋２ｅから約＋１１０ｅ、
約＋２ｅから約＋１００ｅ、約＋２ｅから約＋９０ｅ、約＋２ｅから約＋８０ｅ、約＋２
ｅから約＋７０ｅ、約＋２ｅから約＋６０ｅ、約＋２ｅから約＋５０ｅ、約＋２ｅから約
＋４０ｅ、約＋２ｅから約＋３０ｅ、約＋２ｅから約＋２０ｅ、または約＋２ｅから約＋
１０ｅの領域内にある標的部分に対して相補的である。
持されたイントロンの３’スプライス部位の下流（３’の方向）であるＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域（例えば正の数で示された方向）に対して相補的である（図１
）。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部
位に対して、約＋２ｅから約＋２２０ｅの領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
の標的部分に対して相補的である。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは、３’スプラ
イス部位に対して、＋１ｅのヌクレオチド（３’スプライス部位の下流に位置付けられた
最初の５つのヌクレオチド）には相補的ではない。いくつかの実施形態において、ＡＳＯ
は、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して、約＋２ｅから約＋２１２ｅの
間の領域内にあるＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に対して相補的であること
もある。いくつかの態様では、ＡＳＯは、保持されたイントロンの３’スプライス部位に
対する、約＋２ｅから約＋２２０ｅ、約＋２ｅから約＋２１０ｅ、約＋２ｅから約＋２０
０ｅ、約＋２ｅから約＋１９０ｅ、約＋２ｅから約＋１８０ｅ、約＋２ｅから約＋１７０
ｅ、約＋２ｅから約＋１６０ｅ、約＋２ｅから約＋１５０ｅ、約＋２ｅから約＋１４０ｅ
、約＋２ｅから約＋１３０ｅ、約＋２ｅから約＋１２０ｅ、約＋２ｅから約＋１１０ｅ、
約＋２ｅから約＋１００ｅ、約＋２ｅから約＋９０ｅ、約＋２ｅから約＋８０ｅ、約＋２
ｅから約＋７０ｅ、約＋２ｅから約＋６０ｅ、約＋２ｅから約＋５０ｅ、約＋２ｅから約
＋４０ｅ、約＋２ｅから約＋３０ｅ、約＋２ｅから約＋２０ｅ、または約＋２ｅから約＋
１０ｅの領域内にある標的部分に対して相補的である。
【0098】
実施形態において、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は、保持されたイント
ロンの５’スプライス部位に対する＋１００から、保持されたイントロンの３’スプライ
ス部位に対する－１００までの領域内に存在する。
ロンの５’スプライス部位に対する＋１００から、保持されたイントロンの３’スプライ
ス部位に対する－１００までの領域内に存在する。
【0099】
ＡＳＯは、スプライシングの特異的結合および効果的な増強作用に適する任意の長さで
ありうる。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは８から５０の核酸塩基から成る。例え
ば、ＡＳＯは長さが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８
、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、
３２、３３、３４、３５、４５または５０の核酸塩基であってもよい。いくつかの実施形
態において、ＡＳＯは５０よりも多い核酸塩基から成る。いくつかの実施形態において、
ＡＳＯは長さが、８から５０の核酸塩基、８から４０の核酸塩基、８から３５の核酸塩基
、８から３０の核酸塩基、８から２５の核酸塩基、８から２０の核酸塩基、８から１５の
核酸塩基、９から５０の核酸塩基、９から４０の核酸塩基、９から３５の核酸塩基、９か
ら３０の核酸塩基、９から２５の核酸塩基、９から２０の核酸塩基、９から１５の核酸塩
基、１０から５０の核酸塩基、１０から４０の核酸塩基、１０から３５の核酸塩基、１０
から３０の核酸塩基、１０から２５の核酸塩基、１０から２０の核酸塩基、１０から１５
の核酸塩基、１１から５０の核酸塩基、１１から４０の核酸塩基、１１から３５の核酸塩
基、１１から３０の核酸塩基、１１から２５の核酸塩基、１１から２０の核酸塩基、１１
から１５の核酸塩基、１２から５０の核酸塩基、１２から４０の核酸塩基、１２から３５
の核酸塩基、１２から３０の核酸塩基、１２から２５の核酸塩基、１２から２０の核酸塩
基、１２から１５の核酸塩基、１３から５０の核酸塩基、１３から４０の核酸塩基、１３
から３５の核酸塩基、１３から３０の核酸塩基、１３から２５の核酸塩基、１３から２０
の核酸塩基、１４から５０の核酸塩基、１４から４０の核酸塩基、１４から３５の核酸塩
基、１４から３０の核酸塩基、１４から２５の核酸塩基、１４から２０の核酸塩基、１５
から５０の核酸塩基、１５から４０の核酸塩基、１５から３５の核酸塩基、１５から３０
の核酸塩基、１５から２５の核酸塩基、１５から２０の核酸塩基、２０から５０の核酸塩
基、２０から４０の核酸塩基、２０から３５の核酸塩基、２０から３０の核酸塩基、２０
から２５の核酸塩基、２５から５０の核酸塩基、２５から４０の核酸塩基、２５から３５
の核酸塩基、または２５から３０の核酸塩基である。いくつかの実施形態において、ＡＳ
Ｏは長さが１８ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは長さが１５
ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは長さが２５ヌクレオチドで
ある。
ありうる。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは８から５０の核酸塩基から成る。例え
ば、ＡＳＯは長さが、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８
、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、
３２、３３、３４、３５、４５または５０の核酸塩基であってもよい。いくつかの実施形
態において、ＡＳＯは５０よりも多い核酸塩基から成る。いくつかの実施形態において、
ＡＳＯは長さが、８から５０の核酸塩基、８から４０の核酸塩基、８から３５の核酸塩基
、８から３０の核酸塩基、８から２５の核酸塩基、８から２０の核酸塩基、８から１５の
核酸塩基、９から５０の核酸塩基、９から４０の核酸塩基、９から３５の核酸塩基、９か
ら３０の核酸塩基、９から２５の核酸塩基、９から２０の核酸塩基、９から１５の核酸塩
基、１０から５０の核酸塩基、１０から４０の核酸塩基、１０から３５の核酸塩基、１０
から３０の核酸塩基、１０から２５の核酸塩基、１０から２０の核酸塩基、１０から１５
の核酸塩基、１１から５０の核酸塩基、１１から４０の核酸塩基、１１から３５の核酸塩
基、１１から３０の核酸塩基、１１から２５の核酸塩基、１１から２０の核酸塩基、１１
から１５の核酸塩基、１２から５０の核酸塩基、１２から４０の核酸塩基、１２から３５
の核酸塩基、１２から３０の核酸塩基、１２から２５の核酸塩基、１２から２０の核酸塩
基、１２から１５の核酸塩基、１３から５０の核酸塩基、１３から４０の核酸塩基、１３
から３５の核酸塩基、１３から３０の核酸塩基、１３から２５の核酸塩基、１３から２０
の核酸塩基、１４から５０の核酸塩基、１４から４０の核酸塩基、１４から３５の核酸塩
基、１４から３０の核酸塩基、１４から２５の核酸塩基、１４から２０の核酸塩基、１５
から５０の核酸塩基、１５から４０の核酸塩基、１５から３５の核酸塩基、１５から３０
の核酸塩基、１５から２５の核酸塩基、１５から２０の核酸塩基、２０から５０の核酸塩
基、２０から４０の核酸塩基、２０から３５の核酸塩基、２０から３０の核酸塩基、２０
から２５の核酸塩基、２５から５０の核酸塩基、２５から４０の核酸塩基、２５から３５
の核酸塩基、または２５から３０の核酸塩基である。いくつかの実施形態において、ＡＳ
Ｏは長さが１８ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは長さが１５
ヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ＡＳＯは長さが２５ヌクレオチドで
ある。
【0100】
いくつかの実施形態において、異なる化学的性質を有するが、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
の同じ標的部分に対して相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。いくつかの実施形
態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の異なる標的部分に対して相補的である２つ以上の
ＡＳＯが使用される。
の同じ標的部分に対して相補的である２つ以上のＡＳＯが使用される。いくつかの実施形
態において、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の異なる標的部分に対して相補的である２つ以上の
ＡＳＯが使用される。
【0101】
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の部分または抱
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または
他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレ
ステロール部分、コレステリル部分、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基など
の脂肪族鎖、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、または、アダマンタン酢酸と
して、脂質部分が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公
開文献において述べられている。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは
、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプ
チド、例えばＮ－アセチルガラクトサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、Ｎ－Ａｃグルコサミン（Ｇ
ａｌＮＡｃ）などの炭水化物、もしくはマンノース（例えばマンノース－６－リン酸）、
脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。抱合体は、当該技術分野で理
解され文献に記載されるように、例えばリンカーを用いて、糖、塩基またはリン酸基上の
いくつかの位置のうちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレ
オチドの１つ以上に連結されうる。リンカーは二価または三価の分岐したリンカーを含む
ことができる。実施形態において、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端
に付いている。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば米国特許第８，４５
０，４６７号の「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅ
ｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載されており、引
用することで本明細書に組み込まれる。
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または
他の抱合体に化学的に連結される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレ
ステロール部分、コレステリル部分、例えばドデカンジオールまたはウンデシル残基など
の脂肪族鎖、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖、または、アダマンタン酢酸と
して、脂質部分が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公
開文献において述べられている。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは
、限定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプ
チド、例えばＮ－アセチルガラクトサミン（ＧｌｕＮＡｃ）、Ｎ－Ａｃグルコサミン（Ｇ
ａｌＮＡｃ）などの炭水化物、もしくはマンノース（例えばマンノース－６－リン酸）、
脂質、またはポリ炭化水素化合物を含む部分で抱合される。抱合体は、当該技術分野で理
解され文献に記載されるように、例えばリンカーを用いて、糖、塩基またはリン酸基上の
いくつかの位置のうちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレ
オチドの１つ以上に連結されうる。リンカーは二価または三価の分岐したリンカーを含む
ことができる。実施形態において、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端
に付いている。オリゴヌクレオチド抱合体を調製する方法は、例えば米国特許第８，４５
０，４６７号の「Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅ
ｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載されており、引
用することで本明細書に組み込まれる。
【0102】
いくつかの実施形態において、ＡＳＯによって標的とされる核酸は、真核細胞などの細
胞内に発現したＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体である。いくつかの実施形態において、
用語「細胞」は、細胞の集団を指すこともある。いくつかの実施形態において、細胞は被
験体内に存在する。いくつかの実施形態において、細胞は被験体から単離されている。い
くつかの実施形態において、細胞はエクスビボである。いくつかの実施形態において、細
胞は疾病もしくは疾患関連細胞、または細胞株である。いくつかの実施形態において、細
胞はインビトロである（例えば細胞培養液中）。
胞内に発現したＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体である。いくつかの実施形態において、
用語「細胞」は、細胞の集団を指すこともある。いくつかの実施形態において、細胞は被
験体内に存在する。いくつかの実施形態において、細胞は被験体から単離されている。い
くつかの実施形態において、細胞はエクスビボである。いくつかの実施形態において、細
胞は疾病もしくは疾患関連細胞、または細胞株である。いくつかの実施形態において、細
胞はインビトロである（例えば細胞培養液中）。
【0103】
＜医薬組成物＞
記載された組成物のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、上記方法のいずれかにお
いて使用するための医薬組成物または製剤は、医薬品産業において周知の従来の技術に従
って調製することができ、かつ公開文献においても記載されている。実施形態において、
被験体を処置するための医薬組成物または製剤は、上記のような任意のアンチセンスオリ
ゴマーの有効量を含むか、または薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、それらの水和物もし
くはエステル、および薬学的に許容可能な希釈液を含む。医薬製剤のアンチセンスオリゴ
マーはさらに、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈液または担体を含むこともある。
記載された組成物のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、上記方法のいずれかにお
いて使用するための医薬組成物または製剤は、医薬品産業において周知の従来の技術に従
って調製することができ、かつ公開文献においても記載されている。実施形態において、
被験体を処置するための医薬組成物または製剤は、上記のような任意のアンチセンスオリ
ゴマーの有効量を含むか、または薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、それらの水和物もし
くはエステル、および薬学的に許容可能な希釈液を含む。医薬製剤のアンチセンスオリゴ
マーはさらに、薬学的に許容可能な賦形剤、希釈液または担体を含むこともある。
【0104】
薬学的に許容可能な塩は、過度の毒性反応、刺激反応、アレルギー反応等を持たないヒ
トおよび下等動物の組織に接する使用に適しており、かつ適切なベネフィット・リスク比
に見合う。（例えば、本発明の目的のために引用によって本明細書に組み込まれたＳ．Ｍ
．Ｂｅｒｇｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６
６：１－１９（１９７７）を参照）。その塩は、化合物の最終的な単離および精製中に、
または遊離塩基の官能基を適切な有機酸と個別に反応させることにより、インサイチュで
調製されうる。薬学的に許容可能で無毒な酸付加塩の例は、塩化水素、臭化水素酸、リン
酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸か、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエ
ン酸、コハク酸もしくはマロン酸などの有機酸か、またはイオン交換などの他の文書で立
証された方法を用いることによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に許容可
能な塩は、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼ
ンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸
塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エ
タンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グル
コン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ
－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リ
ンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸
塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペ
クチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル
酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、チオシアン酸塩
、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などを含む。代表的なアルカリ
またはアルカリ土類金属の塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネ
シウムなどを含む。さらに薬学的に許容可能な塩は、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化
物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルのスルホン酸塩、およびア
リールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成された、無毒なアンモニウム、第四級
アンモニウム、およびアミンのカチオンを含む。
トおよび下等動物の組織に接する使用に適しており、かつ適切なベネフィット・リスク比
に見合う。（例えば、本発明の目的のために引用によって本明細書に組み込まれたＳ．Ｍ
．Ｂｅｒｇｅ，ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，６
６：１－１９（１９７７）を参照）。その塩は、化合物の最終的な単離および精製中に、
または遊離塩基の官能基を適切な有機酸と個別に反応させることにより、インサイチュで
調製されうる。薬学的に許容可能で無毒な酸付加塩の例は、塩化水素、臭化水素酸、リン
酸、硫酸、および過塩素酸などの無機酸か、酢酸、シュウ酸、マレイン酸、酒石酸、クエ
ン酸、コハク酸もしくはマロン酸などの有機酸か、またはイオン交換などの他の文書で立
証された方法を用いることによって形成されたアミノ基の塩である。他の薬学的に許容可
能な塩は、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼ
ンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、樟脳酸塩、樟脳スルホン酸
塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エ
タンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、グル
コン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ
－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リ
ンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸
塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペ
クチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル
酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸、チオシアン酸塩
、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などを含む。代表的なアルカリ
またはアルカリ土類金属の塩は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネ
シウムなどを含む。さらに薬学的に許容可能な塩は、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化
物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、低級アルキルのスルホン酸塩、およびア
リールスルホン酸塩などの対イオンを使用して形成された、無毒なアンモニウム、第四級
アンモニウム、およびアミンのカチオンを含む。
【0105】
実施形態において、組成物は、限定されないが、錠剤、カプセル剤、ゲルカプセル剤、
液体シロップ剤、ソフトゲル剤、坐薬および浣腸剤などの多くの可能な剤形いずれかへと
製剤される。実施形態において、組成物は、水性媒体、非水性媒体、または混合媒体状の
懸濁液として製剤される。水性懸濁液は、例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム
、ソルビトール、および／またはデキストランを含む懸濁液の粘度を増加させる物質をさ
らに含むこともある。その懸濁液は、安定化剤も含むこともある。実施形態において、本
発明の医薬製剤または組成物は、限定されないが、溶液、エマルジョン、マイクロエマル
ジョン、発泡体またはリポソーム含有製剤（例えばカチオンリポソームまたは非カチオン
リポソーム）を含む。
液体シロップ剤、ソフトゲル剤、坐薬および浣腸剤などの多くの可能な剤形いずれかへと
製剤される。実施形態において、組成物は、水性媒体、非水性媒体、または混合媒体状の
懸濁液として製剤される。水性懸濁液は、例えばカルボキシメチルセルロースナトリウム
、ソルビトール、および／またはデキストランを含む懸濁液の粘度を増加させる物質をさ
らに含むこともある。その懸濁液は、安定化剤も含むこともある。実施形態において、本
発明の医薬製剤または組成物は、限定されないが、溶液、エマルジョン、マイクロエマル
ジョン、発泡体またはリポソーム含有製剤（例えばカチオンリポソームまたは非カチオン
リポソーム）を含む。
【0106】
本発明の医薬組成物または製剤は、適切で当業者に周知なように、または公開文献にお
いて記載されているように、１つ以上の透過促進剤、担体、賦形剤、または他の活性成分
もしくは非活性成分を含むこともある。実施形態において、リポソームは立体的に安定し
たリポソーム、例えば１つ以上の特定の脂質を含むリポソームも含む。これらの特定の脂
質は、循環寿命が増強されたリポソームを結果としてもたらす。実施形態において、立体
的に安定したリポソームは、１つ以上の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール
（ＰＥＧ）部分などの１つ以上の親油性高分子を用いて誘導される。実施形態において、
界面活性剤は医薬製剤または組成物中に含まれる。薬物製品、製剤およびエマルジョンに
おける界面活性剤の使用は、当技術分野においてよく知られている。実施形態において、
本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達を成し遂げるために透過促進
剤を利用し、例えば、細胞膜を介する拡散を補助する、および／または親油性薬物の浸透
性を高める。実施形態において、透過促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁塩、キレート
剤、または非キレート非界面活性剤である。
いて記載されているように、１つ以上の透過促進剤、担体、賦形剤、または他の活性成分
もしくは非活性成分を含むこともある。実施形態において、リポソームは立体的に安定し
たリポソーム、例えば１つ以上の特定の脂質を含むリポソームも含む。これらの特定の脂
質は、循環寿命が増強されたリポソームを結果としてもたらす。実施形態において、立体
的に安定したリポソームは、１つ以上の糖脂質を含むか、またはポリエチレングリコール
（ＰＥＧ）部分などの１つ以上の親油性高分子を用いて誘導される。実施形態において、
界面活性剤は医薬製剤または組成物中に含まれる。薬物製品、製剤およびエマルジョンに
おける界面活性剤の使用は、当技術分野においてよく知られている。実施形態において、
本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの効率的な送達を成し遂げるために透過促進
剤を利用し、例えば、細胞膜を介する拡散を補助する、および／または親油性薬物の浸透
性を高める。実施形態において、透過促進剤は、界面活性剤、脂肪酸、胆汁塩、キレート
剤、または非キレート非界面活性剤である。
【0107】
実施形態において、医薬製剤は複数のアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む。実施形
態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは他の薬物または治療剤と組み合わせて投
与される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において
知られている任意の方法によって、血液脳関門を介する主題のアンチセンスオリゴヌクレ
オチドの浸透を促進することができる１つ以上の薬剤と共に投与される。例えば、筋組織
内の運動ニューロンへアデノウイルスベクターを投与することによる薬剤の送達は、引用
によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，６３２，４２７号「Ａｄｅｎｏｖｉｒａ
ｌ－ｖｅｃｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌ
ｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」に記載されている。脳、例えば線条体、視床、海
馬、黒質へのベクターの直接的な送達は、例えば、引用によって本明細書に組み込まれる
米国特許第６，７５６，５２３号「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈ
ｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈ
ｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒ
ａｉｎ」に記載されている。
態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは他の薬物または治療剤と組み合わせて投
与される。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、当技術分野において
知られている任意の方法によって、血液脳関門を介する主題のアンチセンスオリゴヌクレ
オチドの浸透を促進することができる１つ以上の薬剤と共に投与される。例えば、筋組織
内の運動ニューロンへアデノウイルスベクターを投与することによる薬剤の送達は、引用
によって本明細書に組み込まれる米国特許第６，６３２，４２７号「Ａｄｅｎｏｖｉｒａ
ｌ－ｖｅｃｔｏｒ－ｍｅｄｉａｔｅｄ ｇｅｎｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｉｎｔｏ ｍｅｄｕｌ
ｌａｒｙ ｍｏｔｏｒ ｎｅｕｒｏｎｓ」に記載されている。脳、例えば線条体、視床、海
馬、黒質へのベクターの直接的な送達は、例えば、引用によって本明細書に組み込まれる
米国特許第６，７５６，５２３号「Ａｄｅｎｏｖｉｒｕｓ ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ ｔｈ
ｅ ｔｒａｎｓｆｅｒ ｏｆ ｆｏｒｅｉｇｎ ｇｅｎｅｓ ｉｎｔｏ ｃｅｌｌｓ ｏｆ ｔｈ
ｅ ｃｅｎｔｒａｌ ｎｅｒｖｏｕｓ ｓｙｓｔｅｍ ｐａｒｔｉｃｕｌａｒｌｙ ｉｎ ｂｒ
ａｉｎ」に記載されている。
【0108】
実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、望ましい薬理学的性質または
薬力学的性質を提供する薬剤に結合されるか抱合される。実施形態において、アンチセン
スオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を介する浸透または輸送を促進するために当技術分
野において知られている物質、例えばトランスフェリン受容体に対する抗体に連結される
。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス組成物
をより効果的にするために、または血液脳関門を介する輸送を増加させるためにウイルス
ベクターに結合される。実施形態において、浸透性の血液脳関門の破壊は、砂糖、例えば
メソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（
＋）キシロース、ズルシトール、ミオ－イノシトール、Ｌ（－）フルクトース、Ｄ（－）
マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（－）アラビノース、セ
ロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋
）メリビオース、Ｄ（－）リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（－）ア
ラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（－）フコース、Ｄ（－）リキソース、Ｌ（＋）リキ
ソース、およびＬ（－）リキソース、またはアミノ酸、例えばグルタミン、リジン、アル
ギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチ
ジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロ
シン、バリン、およびタウリンを注入することにより促進される。血液脳関門の浸透性を
高める方法および材料は、例えば米国特許第４，８６６，０４２号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏ
ｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔ
ｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号「Ｍ
ａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ－ｂｒａｉ
ｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、および米国特許第６，９３６，５８９号「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ
ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」に記載されており、各々は引用によって本明細書に
組み込まれる。
薬力学的性質を提供する薬剤に結合されるか抱合される。実施形態において、アンチセン
スオリゴヌクレオチドは、血液脳関門を介する浸透または輸送を促進するために当技術分
野において知られている物質、例えばトランスフェリン受容体に対する抗体に連結される
。実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、例えば、アンチセンス組成物
をより効果的にするために、または血液脳関門を介する輸送を増加させるためにウイルス
ベクターに結合される。実施形態において、浸透性の血液脳関門の破壊は、砂糖、例えば
メソエリスリトール、キシリトール、Ｄ（＋）ガラクトース、Ｄ（＋）ラクトース、Ｄ（
＋）キシロース、ズルシトール、ミオ－イノシトール、Ｌ（－）フルクトース、Ｄ（－）
マンニトール、Ｄ（＋）グルコース、Ｄ（＋）アラビノース、Ｄ（－）アラビノース、セ
ロビオース、Ｄ（＋）マルトース、Ｄ（＋）ラフィノース、Ｌ（＋）ラムノース、Ｄ（＋
）メリビオース、Ｄ（－）リボース、アドニトール、Ｄ（＋）アラビトール、Ｌ（－）ア
ラビトール、Ｄ（＋）フコース、Ｌ（－）フコース、Ｄ（－）リキソース、Ｌ（＋）リキ
ソース、およびＬ（－）リキソース、またはアミノ酸、例えばグルタミン、リジン、アル
ギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、システイン、グルタミン酸、グリシン、ヒスチ
ジン、ロイシン、メチオニン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、トレオニン、チロ
シン、バリン、およびタウリンを注入することにより促進される。血液脳関門の浸透性を
高める方法および材料は、例えば米国特許第４，８６６，０４２号「Ｍｅｔｈｏｄ ｆｏ
ｒ ｔｈｅ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｏｆ ｇｅｎｅｔｉｃ ｍａｔｅｒｉａｌ ａｃｒｏｓｓ ｔ
ｈｅ ｂｌｏｏｄ ｂｒａｉｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、米国特許第６，２９４，５２０号「Ｍ
ａｔｅｒｉａｌ ｆｏｒ ｐａｓｓａｇｅ ｔｈｒｏｕｇｈ ｔｈｅ ｂｌｏｏｄ－ｂｒａｉ
ｎ ｂａｒｒｉｅｒ」、および米国特許第６，９３６，５８９号「Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ
ｄｅｌｉｖｅｒｙ ｓｙｓｔｅｍｓ」に記載されており、各々は引用によって本明細書に
組み込まれる。
【0109】
実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、１つ以上の部分または抱
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または
他の抱合体に化学的に結合される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレ
ステロール部分、コレステリル部分などの脂質部分、例えばドデカンジオールまたはウン
デシルの残基、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖などの脂肪族鎖、または、ア
ダマンタン酢酸が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公
開された文献に記載されている。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限
定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド
、炭水化物、例えばＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ－Ａｃ－グルコサ
ミン（ＧｌｕＮＡｃ）、またはマンノース（例えばマンノース６－リン酸）、脂質、ポリ
炭化水素化合物）を含む部分と結合する。当該技術分野で理解され文献に記載されるよう
に、例えばリンカーを用いて、抱合体は、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置の
うちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つ以上
に連結することができる。リンカーは二価または三価の分枝リンカーを含み得る。実施形
態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に付いている。オリゴヌク
レオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号「Ｃａｒｂ
ｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆ
ｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載され、参照により本明細書に組み込ま
れる。
合体、例えば、オリゴヌクレオチドの活性または細胞取り込みを増強する標的部分または
他の抱合体に化学的に結合される。そのような部分には、限定されないが、例えば、コレ
ステロール部分、コレステリル部分などの脂質部分、例えばドデカンジオールまたはウン
デシルの残基、ポリアミンまたはポリエチレングリコール鎖などの脂肪族鎖、または、ア
ダマンタン酢酸が含まれる。親油性部分を含むオリゴヌクレオチドおよび調製方法は、公
開された文献に記載されている。実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、限
定されないが、脱塩基ヌクレオチド、ポリエーテル、ポリアミン、ポリアミド、ペプチド
、炭水化物、例えばＮ－アセチルガラクトサミン（ＧａｌＮＡｃ）、Ｎ－Ａｃ－グルコサ
ミン（ＧｌｕＮＡｃ）、またはマンノース（例えばマンノース６－リン酸）、脂質、ポリ
炭化水素化合物）を含む部分と結合する。当該技術分野で理解され文献に記載されるよう
に、例えばリンカーを用いて、抱合体は、糖、塩基またはリン酸基上のいくつかの位置の
うちのいずれかでアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む任意のヌクレオチドの１つ以上
に連結することができる。リンカーは二価または三価の分枝リンカーを含み得る。実施形
態では、抱合体はアンチセンスオリゴヌクレオチドの３’末端に付いている。オリゴヌク
レオチド抱合体を調製する方法は、例えば、米国特許第８，４５０，４６７号「Ｃａｒｂ
ｏｈｙｄｒａｔｅ ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ ａｓ ｄｅｌｉｖｅｒｙ ａｇｅｎｔｓ ｆ
ｏｒ ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ」に記載され、参照により本明細書に組み込ま
れる。
【0110】
被験体の処置
本明細書に提供される組成物のうちのいずれかが個体に投与されうる。「個体」は、「
被験体」または「患者」と交換可能に使用されてもよい。個体は哺乳動物でもよく、例え
ば人間、または、人類以外の霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、馬、ロバ、ヤ
ギ、猫、犬、雌牛、ブタ、あるいは羊などの動物である。実施形態では、個体はヒトであ
る。実施形態では、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態では、個体は植物
などの別の真核生物であってもよい。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される化
合物は細胞にエクスビボで投与される。
本明細書に提供される組成物のうちのいずれかが個体に投与されうる。「個体」は、「
被験体」または「患者」と交換可能に使用されてもよい。個体は哺乳動物でもよく、例え
ば人間、または、人類以外の霊長類、げっ歯類、ウサギ、ラット、マウス、馬、ロバ、ヤ
ギ、猫、犬、雌牛、ブタ、あるいは羊などの動物である。実施形態では、個体はヒトであ
る。実施形態では、個体は胎児、胚、または小児である。他の実施形態では、個体は植物
などの別の真核生物であってもよい。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される化
合物は細胞にエクスビボで投与される。
【0111】
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物は、疾患または障害を処置する
方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述された
疾患のいずれかなどの遺伝病を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記
述された疾患のいずれかなどの疾患を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個
体は、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾
患または障害を有するリスクが増大している。個体が、不十分な量のタンパク質または不
十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾患または障害を有するリスクが増大して
いる場合、方法は防止的または予防的な処置を含む。例えば、個体は、その疾患の家族健
康歴のために、そのような疾患または障害を有するリスクが増大している場合がある。典
型的には、そのような疾患または障害を有するリスクが増大している個体は、予防的処置
（例えば、疾患または障害の発症または悪化を予防するかまたは遅らせることによる）か
ら利益を受ける。
方法として個体に投与される。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記述された
疾患のいずれかなどの遺伝病を有する。いくつかの実施形態では、個体は、本明細書に記
述された疾患のいずれかなどの疾患を有するリスクがある。いくつかの実施形態では、個
体は、不十分な量のタンパク質または不十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾
患または障害を有するリスクが増大している。個体が、不十分な量のタンパク質または不
十分な活性のタンパク質により引き起こされる疾患または障害を有するリスクが増大して
いる場合、方法は防止的または予防的な処置を含む。例えば、個体は、その疾患の家族健
康歴のために、そのような疾患または障害を有するリスクが増大している場合がある。典
型的には、そのような疾患または障害を有するリスクが増大している個体は、予防的処置
（例えば、疾患または障害の発症または悪化を予防するかまたは遅らせることによる）か
ら利益を受ける。
【0112】
本発明のＡＳＯの投与に適切な経路は、ＡＳＯの送達が所望される細胞型に応じて変わ
りうる。多数の組織および器官は多発性嚢胞腎によって影響を受け、腎臓が最も著しく影
響を受ける組織である。本発明のＡＳＯは、例えば、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射
または静脈内注射によって、患者に非経口的に投与されてもよい。
りうる。多数の組織および器官は多発性嚢胞腎によって影響を受け、腎臓が最も著しく影
響を受ける組織である。本発明のＡＳＯは、例えば、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射
または静脈内注射によって、患者に非経口的に投与されてもよい。
【0113】
被験体は、任意の適切なマーカーを使用して、処置への反応について評価される。実施
形態では、腎臓病の被験者は、クレアチニン、クレアチニンクリアランス、血圧、２４時
間の尿量、２４時間の尿タンパク、ｖＷＡｇおよびアラキドン酸による血小板凝集を含む
、腎臓病についての特定のマーカーを測定することにより、処置への反応について評価さ
れる。
形態では、腎臓病の被験者は、クレアチニン、クレアチニンクリアランス、血圧、２４時
間の尿量、２４時間の尿タンパク、ｖＷＡｇおよびアラキドン酸による血小板凝集を含む
、腎臓病についての特定のマーカーを測定することにより、処置への反応について評価さ
れる。
【0114】
スプライシングを増強する追加のＡＳＯを特定する方法
本発明の範囲内にはまた、特に標的イントロンでのＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
のスプライシングを増強する追加のＡＳＯを特定する（判定する）方法がある。ｍＲＮＡ
前駆体の標的領域内で様々なヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、標的
イントロンのスプライシングの速度および／または程度を改善するＡＳＯを特定する（判
定する）ためにスクリーニングされてもよい。いくつかの実施形態では、ＡＳＯはスプラ
イシング抑制因子／サイレンサーの結合部位をブロックまたは妨害することがある。当該
技術分野において既知の任意の方法が、イントロンの標的領域にハイブリダイズされた時
に所望の効果（例えばスプライシング、タンパク質または機能的ＲＮＡ産生の増強）をも
たらすＡＳＯを特定する（判定する）ために使用されてもよい。これらの方法はまた、保
持されたイントロンに隣接するエクソン中、または保持されていないイントロン中の標的
領域へ結合することにより、保持されたイントロンのスプライシングを増強するＡＳＯの
特定のために使用することができる。使用されうる方法の一例が下記に提供される。
本発明の範囲内にはまた、特に標的イントロンでのＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体
のスプライシングを増強する追加のＡＳＯを特定する（判定する）方法がある。ｍＲＮＡ
前駆体の標的領域内で様々なヌクレオチドに特異的にハイブリダイズするＡＳＯは、標的
イントロンのスプライシングの速度および／または程度を改善するＡＳＯを特定する（判
定する）ためにスクリーニングされてもよい。いくつかの実施形態では、ＡＳＯはスプラ
イシング抑制因子／サイレンサーの結合部位をブロックまたは妨害することがある。当該
技術分野において既知の任意の方法が、イントロンの標的領域にハイブリダイズされた時
に所望の効果（例えばスプライシング、タンパク質または機能的ＲＮＡ産生の増強）をも
たらすＡＳＯを特定する（判定する）ために使用されてもよい。これらの方法はまた、保
持されたイントロンに隣接するエクソン中、または保持されていないイントロン中の標的
領域へ結合することにより、保持されたイントロンのスプライシングを増強するＡＳＯの
特定のために使用することができる。使用されうる方法の一例が下記に提供される。
【0115】
ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを用いて、ＡＳ
Ｏ「ウォーク」（ｗａｌｋ）と呼ばれる、一ラウンドのスクリーニングを行いうる。例え
ば、ＡＳＯウォークに使用されるＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位
のおよそ１００ヌクレオチド上流（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの上流
に位置するエクソンの配列の一部）から、標的とされた／保持されたイントロンの５’ス
プライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流まで、および／または、保持されたイント
ロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流から、標的とされた／保持さ
れたイントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流（例えば、標的と
された／保持されたイントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部）まで、５つのヌ
クレオチドごとに敷き詰められ得る。例えば、１５ヌクレオチドの長さの第１のＡＳＯは
、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対しヌクレオチド＋６か
ら＋２０に特異的にハイブリダイズするように設計され得る。第２のＡＳＯは、標的とさ
れた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋１１から＋２
５に特異的にハイブリダイズするように設計されている。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の標
的領域に及ぶように設計されている。実施形態では、ＡＳＯは、より密に、例えば、１、
２、３、または４つのヌクレオチドごとに敷き詰められ得る。さらに、ＡＳＯは、５’ス
プライス部位の１００ヌクレオチド下流から、３’スプライス部位の１００ヌクレオチド
上流まで敷き詰められ得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位の
約２１０ヌクレオチド上流から、５’スプライス部位の約５００ヌクレオチド下流まで敷
き詰められ得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位の約５００ヌ
クレオチド上流から、３’スプライス部位の約２２０ヌクレオチド下流まで敷き詰められ
得る。
Ｏ「ウォーク」（ｗａｌｋ）と呼ばれる、一ラウンドのスクリーニングを行いうる。例え
ば、ＡＳＯウォークに使用されるＡＳＯは、保持されたイントロンの５’スプライス部位
のおよそ１００ヌクレオチド上流（例えば、標的とされた／保持されたイントロンの上流
に位置するエクソンの配列の一部）から、標的とされた／保持されたイントロンの５’ス
プライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流まで、および／または、保持されたイント
ロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド上流から、標的とされた／保持さ
れたイントロンの３’スプライス部位のおよそ１００ヌクレオチド下流（例えば、標的と
された／保持されたイントロンの下流に位置するエクソンの配列の一部）まで、５つのヌ
クレオチドごとに敷き詰められ得る。例えば、１５ヌクレオチドの長さの第１のＡＳＯは
、標的とされた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対しヌクレオチド＋６か
ら＋２０に特異的にハイブリダイズするように設計され得る。第２のＡＳＯは、標的とさ
れた／保持されたイントロンの５’スプライス部位に対するヌクレオチド＋１１から＋２
５に特異的にハイブリダイズするように設計されている。ＡＳＯは、ｍＲＮＡ前駆体の標
的領域に及ぶように設計されている。実施形態では、ＡＳＯは、より密に、例えば、１、
２、３、または４つのヌクレオチドごとに敷き詰められ得る。さらに、ＡＳＯは、５’ス
プライス部位の１００ヌクレオチド下流から、３’スプライス部位の１００ヌクレオチド
上流まで敷き詰められ得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、５’スプライス部位の
約２１０ヌクレオチド上流から、５’スプライス部位の約５００ヌクレオチド下流まで敷
き詰められ得る。いくつかの実施形態では、ＡＳＯは、３’スプライス部位の約５００ヌ
クレオチド上流から、３’スプライス部位の約２２０ヌクレオチド下流まで敷き詰められ
得る。
【0116】
１つ以上のＡＳＯ、または１つの対照ＡＳＯ（標的領域にハイブリダイズするとは予期
されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）は、例えばトランスフェク
ションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体（例えば、本明細書で別記されるＲＩＣ ｍＲＮＡ
前駆体）を発現する疾患関連の細胞株へと送達される。ＡＳＯの各々のスプライシングを
誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、ス
プライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）－ＰＣＲによっ
て評価され得る（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と
比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを
使用して生成されたＲＴ－ＰＣＲ産物が減少または欠如していることは、標的イントロン
のスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシ
ング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍ
ＲＮＡ前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書
に記載のＡＳＯを使用して改善され得る。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコードされるタン
パク質または機能的ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増
強）を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウェスタンブロッティング、フ
ローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生
を評価および／または定量するための当該技術分野で既知の方法も使用することができる
。
されていない配列である、スクランブル配列を有するＡＳＯ）は、例えばトランスフェク
ションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体（例えば、本明細書で別記されるＲＩＣ ｍＲＮＡ
前駆体）を発現する疾患関連の細胞株へと送達される。ＡＳＯの各々のスプライシングを
誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野で既知の方法、例えば、ス
プライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵素（ＲＴ）－ＰＣＲによっ
て評価され得る（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対照ＡＳＯ処理された細胞と
比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンクションに及ぶプライマーを
使用して生成されたＲＴ－ＰＣＲ産物が減少または欠如していることは、標的イントロン
のスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施形態では、スプライシ
ング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するスプライシングされたｍ
ＲＮＡ前駆体の比率、スプライシングの速度、またはスプライシングの程度は、本明細書
に記載のＡＳＯを使用して改善され得る。標的ｍＲＮＡ前駆体によってコードされるタン
パク質または機能的ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（例えば、タンパク質産生の増
強）を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウェスタンブロッティング、フ
ローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩＳＡなどの、タンパク質産生
を評価および／または定量するための当該技術分野で既知の方法も使用することができる
。
【0117】
ＡＳＯ「ミクロウォーク」（ｍｉｃｒｏ－ｗａｌｋ）と呼ばれる第２ラウンドのスクリ
ーニングは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを
使用して実行され得る。ＡＳＯミクロウォークに使用されるＡＳＯは、ＡＳＯでハイブリ
ダイズされたときに結果的にスプライシングを増強させるｍＲＮＡ前駆体のヌクレオチド
酸配列をさらに改良する（ｒｅｆｉｎｅ）ために、１つのヌクレオチドごとに敷き詰めら
れる。
ーニングは、ｍＲＮＡ前駆体の標的領域にハイブリダイズするように設計されたＡＳＯを
使用して実行され得る。ＡＳＯミクロウォークに使用されるＡＳＯは、ＡＳＯでハイブリ
ダイズされたときに結果的にスプライシングを増強させるｍＲＮＡ前駆体のヌクレオチド
酸配列をさらに改良する（ｒｅｆｉｎｅ）ために、１つのヌクレオチドごとに敷き詰めら
れる。
【0118】
標的イントロンのスプライシングを促進するＡＳＯによって定義される領域は、１－ｎ
ｔ工程（１－ｎｔ ｓｔｅｐｓ）で配置されたＡＳＯ、ならびに、典型的には１８－２５
ｎｔである、より長いＡＳＯを含む、ＡＳＯ「ミクロウォーク」によって、より詳細に調
査される。
ｔ工程（１－ｎｔ ｓｔｅｐｓ）で配置されたＡＳＯ、ならびに、典型的には１８－２５
ｎｔである、より長いＡＳＯを含む、ＡＳＯ「ミクロウォーク」によって、より詳細に調
査される。
【0119】
上記でＡＳＯウォークに関して記載されたように、１つ以上のＡＳＯ、または対照ＡＳ
Ｏ（標的領域にハイブリダイズすると予期されていない配列である、スクランブル配列を
有するＡＳＯ）を、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体を発現す
る疾患関連細胞株へと送達することにより、ＡＳＯミクロウォークが実行される。ＡＳＯ
の各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野
で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵
素（ＲＴ）－ＰＣＲによって評価され得る（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対
照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンク
ションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ－ＰＣＲ産物が減少または欠如するこ
とは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施
形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するス
プライシングされたｍＲＮＡ前駆体の割合、スプライシングの速度、またはスプライシン
グの程度は、本明細書に記載されるＡＳＯを使用して改善され得る。標的ｍＲＮＡ前駆体
によってコード化されるタンパク質または機能的ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（
例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウ
ェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩ
ＳＡなどの、タンパク質産生を評価しおよび／または定量するための、当該技術分野で既
知の方法も使用することができる。
Ｏ（標的領域にハイブリダイズすると予期されていない配列である、スクランブル配列を
有するＡＳＯ）を、例えばトランスフェクションによって、標的ｍＲＮＡ前駆体を発現す
る疾患関連細胞株へと送達することにより、ＡＳＯミクロウォークが実行される。ＡＳＯ
の各々のスプライシングを誘発する効果は、本明細書で記載されるように、当該技術分野
で既知の方法、例えば、スプライスジャンクションに及ぶプライマーを使用する逆転写酵
素（ＲＴ）－ＰＣＲによって評価され得る（「イントロン保持事象の特定」を参照）。対
照ＡＳＯ処理された細胞と比較して、ＡＳＯ処理された細胞におけるスプライスジャンク
ションに及ぶプライマーを使用して生成されたＲＴ－ＰＣＲ産物が減少または欠如するこ
とは、標的イントロンのスプライシングが増強されたことを示している。いくつかの実施
形態では、スプライシング効率、スプライシングされていないｍＲＮＡ前駆体に対するス
プライシングされたｍＲＮＡ前駆体の割合、スプライシングの速度、またはスプライシン
グの程度は、本明細書に記載されるＡＳＯを使用して改善され得る。標的ｍＲＮＡ前駆体
によってコード化されるタンパク質または機能的ＲＮＡの量も、各ＡＳＯが所望の効果（
例えば、タンパク質産生の増強）を達成したかどうかを判定するために評価され得る。ウ
ェスタンブロッティング、フローサイトメトリー、免疫蛍光顕微鏡検査法、およびＥＬＩ
ＳＡなどの、タンパク質産生を評価しおよび／または定量するための、当該技術分野で既
知の方法も使用することができる。
【0120】
ｍＲＮＡ前駆体の領域にハイブリダイズされたときに、結果的にスプライシングを増強
させ、タンパク質産生を増加させるＡＳＯは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノ
ックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用
して、インビボで試験され得る。ＡＳＯの投与に適した経路は、ＡＳＯの送達が望まれる
疾患および／または細胞型に応じて変化し得る。ＡＳＯは、例えば、腹腔内注射、筋肉注
射、皮下注射、または静脈注射によって投与され得る。投与後に、モデル動物の細胞、組
織、および／または臓器は、当該技術分野に既知の方法および本明細書に記載される方法
によって、例えば、スプライシング（効率、速度、程度）およびタンパク質産生を評価す
ることにより、ＡＳＯ処置の効果を判定するために評価され得る。動物モデルはまた、疾
患または疾患重症度の表現型の徴候または行動的な徴候であり得る。
させ、タンパク質産生を増加させるＡＳＯは、動物モデル、例えば、全長ヒト遺伝子がノ
ックインされたトランスジェニックマウスモデルまたは疾患のヒト化マウスモデルを使用
して、インビボで試験され得る。ＡＳＯの投与に適した経路は、ＡＳＯの送達が望まれる
疾患および／または細胞型に応じて変化し得る。ＡＳＯは、例えば、腹腔内注射、筋肉注
射、皮下注射、または静脈注射によって投与され得る。投与後に、モデル動物の細胞、組
織、および／または臓器は、当該技術分野に既知の方法および本明細書に記載される方法
によって、例えば、スプライシング（効率、速度、程度）およびタンパク質産生を評価す
ることにより、ＡＳＯ処置の効果を判定するために評価され得る。動物モデルはまた、疾
患または疾患重症度の表現型の徴候または行動的な徴候であり得る。
【0121】
＜実施例＞
以下の実施例は本発明の例証的な実施形態を提供する。当業者であれば、本開示の精神
または範囲を変更することなく実行され得る多数の修正および変更を認識するであろう。
こうした修正と変更は本開示の範囲内に包含される。実施例はいかなる意味でも本明細書
中に記載される開示を限定するものではない。
以下の実施例は本発明の例証的な実施形態を提供する。当業者であれば、本開示の精神
または範囲を変更することなく実行され得る多数の修正および変更を認識するであろう。
こうした修正と変更は本開示の範囲内に包含される。実施例はいかなる意味でも本明細書
中に記載される開示を限定するものではない。
【0122】
実施例１：次世代配列決定を用いたＲＮＡｓｅｑによるＰＫＤ２転写産物のイントロン保
持事象の特定
イントロン保持事象を特定するためにＰＫＤ２遺伝子によって生成された転写産物のス
ナップショットを明らかにするために、次世代配列決定を使用して、全トランスクリプト
ームのショットガン配列決定を実行した。このために、腎上皮細胞の核および細胞質の分
画からのｐｏｌｙＡ＋ ＲＮＡを分離し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎ
ｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリＰｒｅｐキットを用いてｃＤＮＡライブラリを構築した。
ライブラリを対末端配列決定（ｐａｉｒ－ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ）し、結果として
、ヒトゲノムにマッピングされた１００ヌクレオチドの読み取りをもたらした（２００９
年２月、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９アセンブリ）。ＰＫＤ２についての配列決定の結果を、
図３に示す。簡潔に言うと、図３は（ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ
Ｇｒｏｕｐ （Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ
＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，
Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， １１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕ
ｚ， ＣＡ ９５０６４）によって操作され、かつ、例えばＲｏｓｅｎｂｌｏｏｍ， ｅ
ｔ ａｌ．， ２０１５，”Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔ
ａｂａｓｅ： ２０１５ ｕｐｄａｔｅ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒ
ｃｈ ４３， Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇ
ｋｕ１１７７に記載された）ＵＣＳＣのゲノムブラウザを使用して視覚化されたマッピン
グされた読み取りを示し、読み取りの範囲および数はピーク信号によって推論され得る。
ピークの高さは、特定の領域における読み取り密度によって与えられた発現のレベルを示
している。ピークをＰＫＤ２エクソン領域およびイントロン領域に一致させられるように
、（読み取りシグナルの下に）ＵＣＳＣゲノムブラウザによってＰＫＤ２の模式図（縮尺
通りに描かれている）が提供される。このディスプレイに基づいて、ＨＣＮの核分画にお
いて高い読み取り密度を有するが、（図３の下のダイアグラム中のイントロン５について
示されるように）これらの細胞の細胞質分画においては読み取りが非常に低いかまたは無
い、一つのイントロン（示されるように、イントロン５）を特定した。これは、イントロ
ン５が保持され、イントロン５含有転写産物が核内に残っていることを示し、この保持さ
れたＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、細胞質に排出されないので、非生産的である
ことを示唆している。
持事象の特定
イントロン保持事象を特定するためにＰＫＤ２遺伝子によって生成された転写産物のス
ナップショットを明らかにするために、次世代配列決定を使用して、全トランスクリプト
ームのショットガン配列決定を実行した。このために、腎上皮細胞の核および細胞質の分
画からのｐｏｌｙＡ＋ ＲＮＡを分離し、ＩｌｌｕｍｉｎａのＴｒｕＳｅｑ Ｓｔｒａｎ
ｄｅｄ ｍＲＮＡライブラリＰｒｅｐキットを用いてｃＤＮＡライブラリを構築した。
ライブラリを対末端配列決定（ｐａｉｒ－ｅｎｄ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ）し、結果として
、ヒトゲノムにマッピングされた１００ヌクレオチドの読み取りをもたらした（２００９
年２月、ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９アセンブリ）。ＰＫＤ２についての配列決定の結果を、
図３に示す。簡潔に言うと、図３は（ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ
Ｇｒｏｕｐ （Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｓｃｉｅｎｃｅ
＆ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ，
Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ， １１５６ Ｈｉｇｈ Ｓｔｒｅｅｔ， Ｓａｎｔａ Ｃｒｕ
ｚ， ＣＡ ９５０６４）によって操作され、かつ、例えばＲｏｓｅｎｂｌｏｏｍ， ｅ
ｔ ａｌ．， ２０１５，”Ｔｈｅ ＵＣＳＣ Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｒｏｗｓｅｒ ｄａｔ
ａｂａｓｅ： ２０１５ ｕｐｄａｔｅ，”Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒ
ｃｈ ４３， Ｄａｔａｂａｓｅ Ｉｓｓｕｅ ｄｏｉ： １０．１０９３／ｎａｒ／ｇ
ｋｕ１１７７に記載された）ＵＣＳＣのゲノムブラウザを使用して視覚化されたマッピン
グされた読み取りを示し、読み取りの範囲および数はピーク信号によって推論され得る。
ピークの高さは、特定の領域における読み取り密度によって与えられた発現のレベルを示
している。ピークをＰＫＤ２エクソン領域およびイントロン領域に一致させられるように
、（読み取りシグナルの下に）ＵＣＳＣゲノムブラウザによってＰＫＤ２の模式図（縮尺
通りに描かれている）が提供される。このディスプレイに基づいて、ＨＣＮの核分画にお
いて高い読み取り密度を有するが、（図３の下のダイアグラム中のイントロン５について
示されるように）これらの細胞の細胞質分画においては読み取りが非常に低いかまたは無
い、一つのイントロン（示されるように、イントロン５）を特定した。これは、イントロ
ン５が保持され、イントロン５含有転写産物が核内に残っていることを示し、この保持さ
れたＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、細胞質に排出されないので、非生産的である
ことを示唆している。
【0123】
実施例２：ＰＫＤ２のＡＳＯウォーク標的イントロン５の設計
ＡＳＯウォークは、本明細書中（図４；表１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：３～２８０）に
記載された方法を使用して、イントロン５を標的とするよう設計された。ヌクレオチド＋
４９７から－２０４ｅにおよびントロン５の５’スプライス部位のすぐ上流および下流の
領域、および、およびヌクレオチド－４９６から２１２ｅに及ぶイントロン５の３’スプ
ライス部位のすぐ上流および下流の領域が、保持されたイントロン５ ＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体を標的とするようにＡＳＯを設計するために利用される。表１は、設計
された例示的なＡＳＯおよびそれらの標的配列を列挙する。この設計から、５ヌクレオチ
ド間隔だけシフトした２’－Ｏ－ＭｅＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８量体ＡＳＯを産生し、ＰＣ
－２タンパク質産生を増加させるために、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的化す
るよう利用することができる。
ＡＳＯウォークは、本明細書中（図４；表１、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯＳ：３～２８０）に
記載された方法を使用して、イントロン５を標的とするよう設計された。ヌクレオチド＋
４９７から－２０４ｅにおよびントロン５の５’スプライス部位のすぐ上流および下流の
領域、および、およびヌクレオチド－４９６から２１２ｅに及ぶイントロン５の３’スプ
ライス部位のすぐ上流および下流の領域が、保持されたイントロン５ ＰＫＤ２ ＲＩＣ
ｍＲＮＡ前駆体を標的とするようにＡＳＯを設計するために利用される。表１は、設計
された例示的なＡＳＯおよびそれらの標的配列を列挙する。この設計から、５ヌクレオチ
ド間隔だけシフトした２’－Ｏ－ＭｅＲＮＡ、ＰＳ骨格、１８量体ＡＳＯを産生し、ＰＣ
－２タンパク質産生を増加させるために、ＰＫＤ２ ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を標的化す
るよう利用することができる。
【0124】
【表1】
【0125】
実施例３：ＰＫＤ２イントロン５のＡＳＯ標的化による改善したスプライシング効率は転
写レベルを増加させる
ＡＳＯを使用してＰＫＤ２イントロン５のスプライシング効率を改善することにより、
ＰＫＤ２発現における増加を達成しうるかどうかを判断するために、本明細書に記述され
た方法が使用されうる。対象の細胞株（例えばＡＲＰＥ－１９細胞、すなわちヒトの網膜
の上皮細胞株（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ
（ＡＴＣＣ），ＵＳＡ）、またはＨｕｈ－７、すなわちヒトの肝細胞腫細胞株（ＮＩＢＩ
ＯＨＮ，Ｊａｐａｎ）、またはＳＫ－Ｎ－ＡＳ、すなわちヒトの神経芽細胞腫細胞株（Ａ
ＴＣＣ））は、偽トランスフェクト（ｍｏｃｋ－ｔｒａｎｓｆｅｃｔ）されるか、または
表１に記載の標的ＡＳＯでトランスフェクトされる。細胞を、製造業者の仕様書に従って
、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍ
ｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いてトランスフェクトする。簡潔に述べると、ＡＳＯを９６ウェ
ル組織培養プレートに播種し、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭで希釈したＲＮＡｉＭａｘと組み合わせ
る。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全培地に再懸濁し、約２５，０００個の細胞を
ＡＳＯ－トランスフェクション混合物に加える。トランスフェクション実験は三通りのプ
レート複製において実行される。最終的なＡＳＯ濃度は８０ｎＭである。製造業者の仕様
書に従って、培地をトランスフェクションの６時間後に交換し、細胞をＣｅｌｌｓ－ｔｏ
－Ｃｔ溶解試薬を用い、ＤＮＡｓｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で試薬を補充し、２
４時間で採取する。製造業者の仕様書に従い、ｃＤＮＡをＣｅｌｌｓ－ｔｏ－Ｃｔ ＲＴ
試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で生成する。対象のイントロンでのスプライシング
の量を定量化するために、表１に列挙した、対応するエクソン－エクソンジャンクション
に及ぶプローブでＴａｑｍａｎアッセイ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いて、定量
ＰＣＲが実行される。Ｔａｑｍａｎアッセイは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ７Ｆｌｅｘ
Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）上で製造業者の仕
様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、ＲＰＬ３２（ｄｅｌｔａＣｔ）および
プレート適合偽トランスフェクションサンプル（ｄｅｌｔａ－ｄｅｌｔａ Ｃｔ）に対し
て正規化し、モック定量（２＾－（ｄｅｌｔａ－ｄｅｌｔａ Ｃｔ）に対して倍率変化を
生成する。３つのプレート複製のモック（ｍｏｃｋ）に対する平均倍率変化をプロットす
る。標的遺伝子発現を閾値量の分増加させるものと特定されたＡＳＯは、その標的イント
ロンでのスプライシングの増加を示唆する。標的イントロン（図３）の保持を確認する全
トランスクリプトームデータと共に、これらの結果は、ＡＳＯが律速のイントロンのスプ
ライシング効率を改善し得ることを確認する。
写レベルを増加させる
ＡＳＯを使用してＰＫＤ２イントロン５のスプライシング効率を改善することにより、
ＰＫＤ２発現における増加を達成しうるかどうかを判断するために、本明細書に記述され
た方法が使用されうる。対象の細胞株（例えばＡＲＰＥ－１９細胞、すなわちヒトの網膜
の上皮細胞株（Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ
（ＡＴＣＣ），ＵＳＡ）、またはＨｕｈ－７、すなわちヒトの肝細胞腫細胞株（ＮＩＢＩ
ＯＨＮ，Ｊａｐａｎ）、またはＳＫ－Ｎ－ＡＳ、すなわちヒトの神経芽細胞腫細胞株（Ａ
ＴＣＣ））は、偽トランスフェクト（ｍｏｃｋ－ｔｒａｎｓｆｅｃｔ）されるか、または
表１に記載の標的ＡＳＯでトランスフェクトされる。細胞を、製造業者の仕様書に従って
、Ｌｉｐｏｆｅｃｔａｍｉｎｅ ＲＮＡｉＭａｘトランスフェクション試薬（Ｔｈｅｒｍ
ｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いてトランスフェクトする。簡潔に述べると、ＡＳＯを９６ウェ
ル組織培養プレートに播種し、Ｏｐｔｉ－ＭＥＭで希釈したＲＮＡｉＭａｘと組み合わせ
る。トリプシンを用いて細胞を剥離し、完全培地に再懸濁し、約２５，０００個の細胞を
ＡＳＯ－トランスフェクション混合物に加える。トランスフェクション実験は三通りのプ
レート複製において実行される。最終的なＡＳＯ濃度は８０ｎＭである。製造業者の仕様
書に従って、培地をトランスフェクションの６時間後に交換し、細胞をＣｅｌｌｓ－ｔｏ
－Ｃｔ溶解試薬を用い、ＤＮＡｓｅ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で試薬を補充し、２
４時間で採取する。製造業者の仕様書に従い、ｃＤＮＡをＣｅｌｌｓ－ｔｏ－Ｃｔ ＲＴ
試薬（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）で生成する。対象のイントロンでのスプライシング
の量を定量化するために、表１に列挙した、対応するエクソン－エクソンジャンクション
に及ぶプローブでＴａｑｍａｎアッセイ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を用いて、定量
ＰＣＲが実行される。Ｔａｑｍａｎアッセイは、ＱｕａｎｔＳｔｕｄｉｏ ７Ｆｌｅｘ
Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＰＣＲシステム（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）上で製造業者の仕
様書に従い実行される。標的遺伝子アッセイ値を、ＲＰＬ３２（ｄｅｌｔａＣｔ）および
プレート適合偽トランスフェクションサンプル（ｄｅｌｔａ－ｄｅｌｔａ Ｃｔ）に対し
て正規化し、モック定量（２＾－（ｄｅｌｔａ－ｄｅｌｔａ Ｃｔ）に対して倍率変化を
生成する。３つのプレート複製のモック（ｍｏｃｋ）に対する平均倍率変化をプロットす
る。標的遺伝子発現を閾値量の分増加させるものと特定されたＡＳＯは、その標的イント
ロンでのスプライシングの増加を示唆する。標的イントロン（図３）の保持を確認する全
トランスクリプトームデータと共に、これらの結果は、ＡＳＯが律速のイントロンのスプ
ライシング効率を改善し得ることを確認する。
【0126】
本発明の好ましい実施形態が本明細書中に示され記述された一方、そのような実施形態
が一例としてしか提供されていないことは当業者にとって明白だろう。多くの変更、変化
および置換が、本発明から逸脱することなく、当業者の心に思い浮かぶであろう。本明細
書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかも
しれないことを理解されたい。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この
請求項とその均等物の範囲内の方法および構造体がそれによって包含されるものであると
いうことが意図されている。
が一例としてしか提供されていないことは当業者にとって明白だろう。多くの変更、変化
および置換が、本発明から逸脱することなく、当業者の心に思い浮かぶであろう。本明細
書に記載される本発明の実施形態の様々な代案が、本発明の実施において利用されるかも
しれないことを理解されたい。以下の請求項は本発明の範囲を定義するものであり、この
請求項とその均等物の範囲内の方法および構造体がそれによって包含されるものであると
いうことが意図されている。
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図3】
【図4】
【図5】
【配列表】
【手続補正書】
【提出日】2022-02-03
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＰＣ－２タンパク質をコードする保持されたイントロン含有ｍＲＮＡ前駆体（ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体）の標的部分に相補的なアンチセンスオリゴマー（ＡＳＯ）であって、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は保持されたイントロンを含み、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体を発現する細胞においてＡＳＯがＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合することにより、保持されたイントロンはＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体から構成的にスプライシングされ、それにより、ＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡのレベルを細胞内で増加させ、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分は保持されたイントロン内にある、前記ＡＳＯ。
【請求項2】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、保持されたイントロンの５’スプライス部位に対して＋６から、保持されたイントロンの３’スプライス部位に対して－１６の領域内にある、請求項１に記載のＡＳＯ。
【請求項3】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、又は１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１又は２に記載のＡＳＯ。
【請求項4】
ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分が、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：２８１の少なくとも８つの隣接する核酸を含む領域に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、又は１００％の配列同一性を備えた配列を含む、請求項１～３のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
【請求項5】
ＡＳＯが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０から選択される配列を含む、請求項１～４のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
【請求項6】
ＡＳＯが、ＳＥＱ ＩＤ ＮＯ：３～２８０から選択される配列から成る、請求項１～４のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
【請求項7】
ＰＣ－２タンパク質が、同等の野生型タンパク質と比較して：
ｉ） 機能が低下した形態；又は
ｉｉ） 十分に機能的な形態、
で生成される、請求項１～６のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
ｉ） 機能が低下した形態；又は
ｉｉ） 十分に機能的な形態、
で生成される、請求項１～６のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
【請求項8】
ＡＳＯが、ホスホロチオエート結合若しくはホスホロジアミデート結合を含む骨格修飾；又は修飾された糖部若しくは糖アナログを含み、ホスホロジアミデートモルホリノ、ロックド核酸、ペプチド核酸、２’－Ｏ－メチル部分、２’－フルオロ部分、又は２’－Ｏ－メトキシエチル部分を含んでいてもよい、請求項１～７のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
【請求項9】
ＡＳＯが８～５０の核酸塩基から成る、請求項１～８のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
【請求項10】
ＡＳＯが、ＰＣ－２タンパク質をコードする遺伝子から転写されたｍＲＮＡ前駆体の選択的スプライシングを調節することによっては、細胞内のＰＣ－２タンパク質をコードする成熟ｍＲＮＡの量を増加させない、請求項１～９のいずれか１項に記載のＡＳＯ。
【請求項11】
請求項１～１０のいずれか１項に記載のＡＳＯを含むポリヌクレオチドをコードするウイルスベクター。
【請求項12】
被験体においてＰＣ－２タンパク質の量又は機能が不足していることを特徴とする疾患又は疾病を処置するための医薬組成物であって、請求項１～１０のいずれか１項に記載のＡＳＯ又は請求項１１に記載のウイルスベクターを含む、前記医薬組成物。
【請求項13】
疾患又は疾病が多発性嚢胞腎である、請求項１２に記載の医薬組成物。
【請求項14】
ＰＣ－２タンパク質の不足した量は、ＰＣ－２タンパク質のハプロ不全によって引き起こされ、被験体は、機能的なＰＣ－２タンパク質をコードする第１の対立遺伝子、及びＰＣ－２タンパク質が生成されない第２の対立遺伝子又は非機能的ＰＣ－２タンパク質をコードする第２の対立遺伝子を有し、ＡＳＯは、第１の対立遺伝子から転写されたＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体の標的部分に結合する、請求項１２又は１３に記載の医薬組成物。
【請求項15】
被験体は、第１の変異対立遺伝子及び第２の変異対立遺伝子を有し、ＰＣ－２タンパク質は：
（ａ） 第１の変異対立遺伝子から：
（ｉ） 野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される；
（ｉｉ） 同等の野生型ＰＣ－２タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成される；又は
（ｉｉｉ） 生成されない、及び
（ｂ） 第２の変異対立遺伝子から：
（ｉ） 野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される；
（ｉｉ） 同等の野生型ＰＣ－２タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成される；又は
（ｉｉｉ） 生成されない、
ここで、被験体が、第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有する場合、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）又は（ｂ）（ｉｉ）であり、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有する場合、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）又は（ａ）（ｉｉ）であり、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）若しくは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子又は（ｂ）（ｉ）若しくは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写される、請求項１２～１４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
（ａ） 第１の変異対立遺伝子から：
（ｉ） 野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される；
（ｉｉ） 同等の野生型ＰＣ－２タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成される；又は
（ｉｉｉ） 生成されない、及び
（ｂ） 第２の変異対立遺伝子から：
（ｉ） 野生型対立遺伝子からの生成と比較して減少したレベルで生成される；
（ｉｉ） 同等の野生型ＰＣ－２タンパク質と比較して機能が低下した形態で生成される；又は
（ｉｉｉ） 生成されない、
ここで、被験体が、第１の変異対立遺伝子（ａ）（ｉｉｉ）を有する場合、第２の変異対立遺伝子は（ｂ）（ｉ）又は（ｂ）（ｉｉ）であり、被験体が第２の変異対立遺伝子（ｂ）（ｉｉｉ）を有する場合、第１の変異対立遺伝子は（ａ）（ｉ）又は（ａ）（ｉｉ）であり、ＲＩＣ ｍＲＮＡ前駆体は、（ａ）（ｉ）若しくは（ａ）（ｉｉ）である第１の変異対立遺伝子又は（ｂ）（ｉ）若しくは（ｂ）（ｉｉ）である第２の変異対立遺伝子から転写される、請求項１２～１４のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【請求項16】
髄空内注射、脳室内注射、腹腔内注射、筋肉内注射、皮下注射、又は静脈内注射による投与用である、請求項１２～１５のいずれか１項に記載の医薬組成物。
【外国語明細書】