2022-50448 ポリペプチド及びイムノモジュレーション

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公開特許公報(A)

(11)【公開番号】P2022050448

(43)【公開日】2022-03-30

(54)【発明の名称】ポリペプチド及びイムノモジュレーション

(51)【国際特許分類】

   C07K 14/195 20060101AFI20220323BHJP

   A61P 29/00 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 1/04 20060101ALI20220323BHJP

   A61K 35/76 20150101ALI20220323BHJP

   A61K 31/7088 20060101ALI20220323BHJP

   A61K 48/00 20060101ALI20220323BHJP

   A61K 35/74 20150101ALI20220323BHJP

   A61K 38/16 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 37/02 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 19/02 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 17/06 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 25/00 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 3/10 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 37/08 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 17/00 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 11/02 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 1/14 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 7/00 20060101ALI20220323BHJP

   A61K 9/48 20060101ALI20220323BHJP

   A61P 3/02 20060101ALI20220323BHJP

   C12N 15/31 20060101ALI20220323BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20220323BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20220323BHJP

   A23L 33/13 20160101ALI20220323BHJP

   A23L 33/135 20160101ALI20220323BHJP

   A23L 33/195 20160101ALI20220323BHJP

   A23K 20/147 20160101ALI20220323BHJP

【ＦＩ】

C07K14/195

A61P29/00 ZNA

A61P1/04

A61K35/76

A61K31/7088

A61K48/00

A61K35/74 C

A61K38/16

A61P43/00 111

A61P37/02

A61P19/02

A61P29/00 101

A61P17/06

A61P25/00

A61P3/10

A61P37/08

A61P17/00

A61P11/02

A61P1/14

A61P43/00 107

A61P7/00

A61K9/48

A61P3/02

C12N15/31

C12N15/63 Z

C12N1/21

A23L33/13

A23L33/135

A23L33/195

A23K20/147

A61K35/74 A

【審査請求】有

【請求項の数】1

【出願形態】ＯＬ

(21)【出願番号】P 2021207786

(22)【出願日】2021-12-22

(62)【分割の表示】P 2019238189の分割

【原出願日】2014-04-10

(31)【優先権主張番号】1306536.2

(32)【優先日】2013-04-10

(33)【優先権主張国・地域又は機関】GB

【公序良俗違反の表示】

（特許庁注：以下のものは登録商標）

１．ＴＲＩＴＯＮ

(71)【出願人】

【識別番号】514079985

【氏名又は名称】フォーディー ファーマ リサーチ リミテッド

【氏名又は名称原語表記】４Ｄ ＰＨＡＲＭＡ ＲＥＳＥＡＲＣＨ ＬＩＭＩＴＥＤ

(74)【代理人】

【識別番号】100107984

【弁理士】

【氏名又は名称】廣田 雅紀

(74)【代理人】

【識別番号】100096482

【弁理士】

【氏名又は名称】東海 裕作

(74)【代理人】

【識別番号】100131093

【弁理士】

【氏名又は名称】堀内 真

(74)【代理人】

【識別番号】100150902

【弁理士】

【氏名又は名称】山内 正子

(74)【代理人】

【識別番号】100141391

【弁理士】

【氏名又は名称】園元 修一

(72)【発明者】

【氏名】ケリー デニス

(72)【発明者】

【氏名】パターソン アンジェラ

(72)【発明者】

【氏名】モナイス エドゥアルド

(72)【発明者】

【氏名】ムルダー イムケ

(57)【要約】      （修正有）

【課題】対象における組織又は器官の炎症をモジュレートするのに使用するためのポリヌクレオチド、ベクター、宿主細胞などを提供する。
【解決手段】ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を提供する。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

明細書に記載の発明。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、種々の治療及び栄養利用のための、ロゼブリア属（Roseburia）フラジェリ
ン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞に関する。

【背景技術】

【0002】

ヒトの腸は、子宮内では無菌であると考えられるが、出生直後、種々の母親及び環境微生物に曝露される。その後、出産様式、環境、食事及び宿主遺伝子型などの因子が影響を及ぼす、動的期間の微生物の定着及び遷移が起こり、それら因子の全てが、特に若年期に腸内微生物叢の組成に対して強い影響を及ぼす。続いて微生物叢は安定化し、成人様となる（Spor, A., Koren, O. & Ley, R. 2011, "Unravelling theeffectsof the environment and host genotype on the gut microbiome",Naturereviews.Microbiology, vol. 9,
no. 4, pp. 279-290）。ヒト腸内微生物叢は、２つの主要な細菌門、バクテロイデス
門（Bacteroidetes）及びフィルミクテス門（Firmicutes）に実質的に属する、５００～
１０００を超える様々なフィロタイプを含む（Eckburg, P.B., Bik,E.M.,Bernstein, C.N., Purdom, E., Dethlefsen, L., Sargent, M., Gill, S.R.,Nelson,K.E. & Relman,
D.A. 2005, "Diversity of the human intestinal microbialflora",Science (New York, N.Y.), vol. 308, no. 5728, pp. 1635-1638）。ヒトの腸の細菌定着から生じる共生関係の成功により、種々の代謝、構造、保護及び他の有益な機能が得られる。定着した腸の増強された代謝活性は、そうでなければ消化されない食事成分が分解され、副産物の遊離により宿主に対する重要な栄養源が得られることを確実にする。同様に、腸内微生物叢の免疫学的重要性が十分に認識されており、片利共生細菌の導入に続いて機能的に再構築される、障害のある免疫系を有する無菌動物において例示される（Macpherson, A.J., Hunziker, L., McCoy, K. & Lamarre, A.2001,"IgA responses in the intestinal mucosa against pathogenicandnon-pathogenic microorganisms", Microbes and infection / InstitutPasteur,vol. 3, no. 12, pp. 1021-1035、Macpherson,A.J.,Martinic, M.M. & Harris, N. 2002, "The functions of mucosal Tcells incontaining the indigenous commensal flora of the intestine",Cellular andmolecular life sciences : CMLS, vol. 59, no. 12, pp. 2088-2096、Mazmanian, S.K., Liu, C.H., Tzianabos, A.O. & Kasper, D.L.2005,"An immunomodulatory molecule of symbiotic bacteria directsmaturation ofthe host immune system", Cell, vol. 122, no. 1, pp. 107-118）。

【0003】

本質的に微生物定着が影響を及ぼす、分泌型腸ＩｇＡの産生とははっきりと異なり（Chung, H.&Kasper, D.L. 2010, "Microbiota-stimulated immune mechanisms tomaintaingut homeostasis", Current opinion in immunology, vol. 22, no. 4,pp.455-460、Macpherson, A.J. 2006, "IgA adaptationtothe presence of commensal bacteria in the intestine", Current topicsinmicrobiology and immunology, vol. 308, pp. 117-136
）、Ｔ細胞発生及び分化は、特定の片利共生微生物による定着を必要とすると考えられている。クロストリジウム属（Clostridium）種、とりわけ胞子形成性分節型糸状菌（
ＳＦＢ，segmented filamentous bacteria）が、腸及び結腸Ｔｈ１、Ｔｈ１７及びＴｒｅｇの分化及び成熟に対する強力な刺激であると考えられている（Gaboriau-Routhiau, V.,Rakotobe, S., Lecuyer, E., Mulder, I., Lan,A., Bridonneau, C., Rochet, V.,Pisi,
A., De Paepe, M., Brandi, G., Eberl, G., Snel, J., Kelly, D.&Cerf-Bensussan, N. 2009, "The key role of segmented filamentousbacteriain the coordinated maturation of gut helper T cell responses",Immunity,vol. 31, no. 4, pp. 677-689
、Ivanov, I.I., Atarashi, K., Manel, N., Brodie,E.L.,Shima, T., Karaoz, U., Wei, D., Goldfarb, K.C., Santee, C.A., Lynch,S.V.,Tanoue, T., Imaoka, A., Itoh, K., Takeda, K., Umesaki, Y., Honda, K.&Littman, D.R. 2009, "Induction of intestinal Th17 cells bysegmentedfilamentous bacteria", Cell, vol. 139, no. 3, pp. 485-498）。最近の研究では、クロストリジウムクラスターIV及びXIVａ、及び改変Schaedler
フローラ（ＡＳＦ，Altered Schaedler Flora）の細菌を含む他の腸内細菌が、Ｔｒｅｇ
の新規生成を誘導することができ、一方で、バクテロイデス・フラギリス（Bacteroides fragilis）による単一の定着が、Ｔｒｅｇの拡大を促進することにより、無菌マウスにおいてＴｈ１／Ｔｈ２不均衡を是正できることが実証されている（Mazmanian, S.K., Liu, C.H., Tzianabos, A.O. & Kasper, D.L.2005,"An immunomodulatory molecule of symbiotic bacteria directsmaturation ofthe host immune system", Cell, vol. 122, no. 1, pp. 107-118、Geuking, M.B., Cahenzli, J., Lawson, M.A., Ng, D.C., Slack,E.,Hapfelmeier, S., McCoy, K.D. & Macpherson, A.J. 2011,"Intestinalbacterial colonization induces mutualistic regulatory T cellresponses",Immunity, vol. 34, no. 5, pp. 794-806、Atarashi,K.,Tanoue, T., Shima, T., Imaoka, A., Kuwahara,
T., Momose, Y., Cheng, G., Yamasaki, S., Saito, T., Ohba, Y., Taniguchi,T.,Takeda, K., Hori, S., Ivanov, I.I., Umesaki, Y., Itoh, K. & Honda, K.2011,"Induction of colonic regulatory T cells by indigenousClostridiumspecies", Science (New York, N.Y.), vol. 331, no. 6015, pp.337-341）。これらのデータは、他の常在腸内細菌の重要な免疫調節効果を暗示する。明らかに、Ｔ細胞分化経路に対する片利共生細菌の効果は多様であり、すでに仮定されているように、特定の細菌に関連することが分かっているＴＬＲリガンドのアレイによる影響を受け得る（Nutsch, K.M. & Hsieh, C.S. 2012,
"T cell tolerance andimmunity to commensal bacteria", Current opinionin immunology, vol. 24,no. 4, pp. 385-391）。例えば、ＳＦＢがＴ細胞応答に影響を与える機構は現在未知であるが、フラジェリン遺伝子の存在を確認した最近のゲノム研究は、ＴＬＲ５－フラジェリン相互作用を介して媒介された自然応答が重要であろうことを示唆している（Prakash, T., Oshima, K., Morita, H., Fukuda, S., Imaoka, A.,Kumar,N., Sharma, V.K., Kim, S.W., Takahashi, M., Saitou, N., Taylor, T.D.,Ohno, H.,Umesaki, Y. & Hattori, M. 2011, "Complete genome sequences ofrat andmouse segmented filamentous bacteria, a potent inducer of th17 celldifferentiation",Cell host & microbe, vol. 10, no. 3, pp. 273-284、Sczesnak,A., Segata, N., Qin, X., Gevers, D.,
Petrosino, J.F.,Huttenhower, C., Littman, D.R. & Ivanov, I.I. 2011,"The genome
ofth17 cell-inducing segmented filamentous bacteria reveals extensiveauxotrophyand adaptations to the intestinal environment", Cell host &microbe,vol. 10, no. 3, pp. 260-272）。さらに、Ｂ．フラギリスのＴｒｅｇ増強効果が、ＰＳＡ、及びＴＬＲ２シグナリング事象による媒介に関連付けられた（Round, J.L., Lee, S.M., Li, J., Tran, G., Jabri, B., Chatila,T.A.& Mazmanian, S.K. 2011, "The Toll-like receptor 2 pathwayestablishescolonization by a commensal of the human microbiota", Science(New York,N.Y.), vol. 332, no. 6032, pp. 974-977）。

【0004】

微生物叢組成の劇的な変化が、炎症性腸疾患（ＩＢＤ，inflammatory bowel disease）などの胃腸障害において報告されている。例えば、クロストリジウムクラスターXIVａ細
菌のレベルが、ＩＢＤ患者において減少し、一方で大腸菌（E. coli）の数が増加し、こ
れは、腸内での共生生物及び病原生物の均衡のシフトを示唆している（Frank, D.N., StAmand,A.L., Feldman, R.A., Boedeker, E.C., Harpaz, N. & Pace, N.R.2007,"Molecular-phylogenetic characterization of microbial communityimbalancesin human inflammatory bowel diseases", Proceedings of theNational Academyof Sciences of the United States of America, vol. 104, no. 34,pp. 13780-13785、Scanlan, P.D., Shanahan, F., O'Mahony,C. & Marchesi, J.R. 2006,"Culture-independent analyses of temporalvariation of the dominant fecalmicrobiota and targeted bacterial sub
groups in Crohn's disease", Journal of clinical microbiology, vol. 44,no.11, pp. 3980-3988、Kang, S., Denman, S.E., Morrison,M.,Yu, Z., Dore, J., Leclerc, M. & McSweeney, C.S. 2010, "Dysbiosis offecalmicrobiota in Crohn's disease patients as revealed by a customphylogeneticmicroarray", Inflammatory bowel diseases, vol. 16, no. 12,pp. 2034-2042、Machiels K., Joossens M., Sabino J., DePreter V.,
Arijs I., Ballet V., Claes K., Verhaegen J., Van Assche G.,Rutgeerts P. &Vermeire S. 2013, "Predominant dysbiosis in patientswith ulcerativecolitis is different from Crohn's disease patients",Inflammatory BowelDiseases. 8th Congress of ECCO, Feb 14-16, 2013）。興味深いことに、この微生物腸内毒素症はまた、Ｔエフェク
ター細胞集団の不均衡に関連付けられる。

【0005】

ロゼブリア属は、フィルミクテス門の系統発生学的クラスターXIVａに属する。現在、
ロゼブリア属内で、ロゼブリア・セシコラ（Roseburia cecicola）、ロゼブリア・ファエシス（Roseburia faecis）、ロゼブリア・ホミニス（Roseburiahominis）、ロゼブリア
・インテスチナリス（Roseburia intestinalis）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Roseburia inulinivorans）の５つの種が同定され、特徴付けられている（Stanton and Savage 1983、Duncan, S.H.,Aminov,R.I., Scott, K.P., Louis, P., Stanton, T.B. & Flint, H.J.2006,"Proposal of Roseburia faecis sp. nov., Roseburia hominis sp. nov.
and Roseburia inulinivorans sp. nov., based on isolates from humanfaeces",International Journal of Systematic and EvolutionaryMicrobiology, vol. 56, no.Pt 10,
pp. 2437-2441）。これらの細菌は有鞭毛片利共生嫌気性生物であり、また主要なブ
チレート産生体である（Duncan, S.H., Aminov, R.I., Scott, K.P.,Louis, P., Stanton, T.B. & Flint, H.J. 2006,"Proposal of Roseburiafaecis sp. nov., Roseburia hominis sp. nov. andRoseburia inulinivorans sp.nov., based on isolates from human faeces",International Journal ofSystematic and Evolutionary Microbiology, vol. 56, no.Pt 10, pp. 2437-2441）。ヒトの腸に定着しているこれらの細菌の正確な数
は、正確に推定されていないが、ロゼブリア属種が、健康なヒトの腸内で優性であり、ＩＢＤ患者において過小提示される（Machiels K., Joossens M., Sabino J., De Preter V., Arijs I.,BalletV., Claes K., Verhaegen J., Van Assche G., Rutgeerts P. & Vermeire S.2013,"Predominant dysbiosis in patients with ulcerative colitis isdifferentfrom Crohn's disease patients", Inflammatory Bowel Diseases. 8thCongressof
ECCO, Feb 14-16, 2013）。

【0006】

マウスの腸への定着及び適応に関与する細菌遺伝子、特にフラジェリン、並びにロゼブリア属細菌による定着に応答している宿主免疫遺伝子の役割が開示される。本発明者らは、Ｒ．ホミニス及びＲ．インテスチナリスなどのロゼブリア属菌の特定のフラジェリン構造が、他の有鞭毛腸内細菌に対して、上皮細胞と樹状細胞の両方において異なるシグナリング応答を誘導することを示す。宿主適応応答、とりわけＴｒｅｇ応答を指向することにおける、ＴＬＲ５－Ｒ．ホミニスなどのＴＬＲ５－ロゼブリア属菌相互作用の重要性が示される。本明細書に記載のＲ．ホミニスに対する完全ゲノム配列及び注釈が、ＧｅｎＢａｎｋにおいて受託番号ＣＰ００３０４０（バージョン１）で示されている。本明細書に記載のＲ．インテスチナリス（１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子株Ｌ１－８２に対するＧｅｎＢａｎｋ受託番号：ＡＪ３１２３８５）に対して、参照ゲノム配列が、ＧｅｎＢａｎｋにおいて受託番号ＡＢＹＪ０２００００００（バージョン２）で示されており、配列ＡＢＹＪ０２０００００１～ＡＢＹＪ０２０００４０９からなる。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0007】

【非特許文献1】Spor, A., Koren, O. & Ley, R.2011,"Unravelling the effectsof the environment and host genotype on thegut microbiome", Naturereviews.Microbiology, vol. 9, no. 4, pp. 279-290

【非特許文献2】Eckburg, P.B., Bik, E.M., Bernstein,C.N.,Purdom, E., Dethlefsen, L., Sargent, M., Gill, S.R., Nelson, K.E. &Relman,D.A. 2005, "Diversityofthe human intestinal microbial flora", Science (New York, N.Y.), vol.308,no. 5728, pp. 1635-1638

【非特許文献3】Macpherson, A.J., Hunziker, L., McCoy,K.& Lamarre, A. 2001,"IgA responses in the intestinal mucosa againstpathogenic andnon-pathogenic microorganisms", Microbes and infection /Institut Pasteur,vol. 3, no. 12, pp. 1021-1035

【非特許文献4】Macpherson, A.J., Martinic, M.M. &Harris,N. 2002, "The functions of mucosal T cells in containing theindigenouscommensal flora of the intestine", Cellular and molecular lifesciences :CMLS, vol. 59, no. 12, pp. 2088-2096

【非特許文献5】Mazmanian, S.K., Liu, C.H., Tzianabos, A.O.&Kasper, D.L. 2005, "An immunomodulatory molecule of symbioticbacteriadirects maturation of thehost immune system", Cell, vol. 122, no. 1, pp.107-118

【非特許文献6】Chung, H. & Kasper, D.L.2010,"Microbiota-stimulated immunemechanisms to maintain gut homeostasis",Current opinion in immunology,vol. 22, no. 4, pp. 455-460

【非特許文献7】Macpherson, A.J. 2006, "IgA adaptationtothe presence of commensal bacteria in the intestine", Current topicsinmicrobiology and immunology,vol. 308, pp. 117-136

【非特許文献8】Gaboriau-Routhiau, V., Rakotobe, S.,Lecuyer,E., Mulder, I.,Lan, A., Bridonneau, C., Rochet, V., Pisi, A., De Paepe, M.,Brandi, G., Eberl,G., Snel, J., Kelly, D. & Cerf-Bensussan, N. 2009,"The key role ofsegmented filamentous bacteria in the coordinatedmaturation of gut helper Tcell responses", Immunity, vol. 31, no. 4, pp.677-689

【非特許文献9】Ivanov, I.I., Atarashi, K., Manel, N.,Brodie,E.L., Shima, T., Karaoz, U., Wei, D., Goldfarb, K.C., Santee, C.A.,Lynch, S.V.,Tanoue, T., Imaoka, A., Itoh, K., Takeda, K., Umesaki, Y., Honda,K. &Littman, D.R. 2009, "Induction of intestinal Th17 cells bysegmentedfilamentous bacteria", Cell, vol. 139, no. 3, pp. 485-498

【非特許文献10】Geuking, M.B., Cahenzli, J., Lawson,M.A.,Ng, D.C., Slack,E., Hapfelmeier, S., McCoy, K.D. & Macpherson, A.J. 2011,"Intestinalbacterial colonization induces mutualistic regulatory T cellresponses",Immunity, vol. 34,no. 5, pp. 794-806

【非特許文献11】Atarashi, K., Tanoue, T., Shima, T.,Imaoka,A., Kuwahara,T., Momose, Y., Cheng, G., Yamasaki, S., Saito, T., Ohba,Y., Taniguchi, T.,Takeda, K., Hori, S., Ivanov, I.I., Umesaki, Y., Itoh, K.& Honda, K. 2011,"Inductionof colonic regulatory T cells by indigenous Clostridiumspecies", Science(New York, N.Y.), vol. 331, no. 6015, pp. 337-341

【非特許文献12】Nutsch, K.M. & Hsieh, C.S. 2012,"Tcell tolerance and immunity to commensal bacteria", Current opinioninimmunology, vol. 24, no. 4, pp.385-391

【非特許文献13】Prakash, T., Oshima, K., Morita, H.,Fukuda,S., Imaoka, A., Kumar, N., Sharma, V.K., Kim, S.W., Takahashi, M.,Saitou, N.,Taylor, T.D., Ohno, H., Umesaki, Y. & Hattori, M. 2011,"Completegenome sequences of rat and mouse segmented filamentous bacteria,a potentinducer of th17 cell differentiation", Cell host & microbe,vol. 10,no. 3, pp. 273-284

【非特許文献14】Sczesnak, A., Segata, N., Qin, X.,Gevers,D., Petrosino, J.F., Huttenhower, C., Littman, D.R. & Ivanov, I.I. 2011, "The genomeofth17 cell-inducing segmented filamentous bacteria reveals extensiveauxotrophyand adaptations to the intestinal environment", Cell host &microbe,vol. 10, no. 3, pp.260-272

【非特許文献15】Round, J.L., Lee, S.M., Li, J., Tran,G.,Jabri, B., Chatila, T.A. & Mazmanian, S.K. 2011, "TheToll-likereceptor 2 pathway establishes colonization by a commensal of thehumanmicrobiota", Science (New York, N.Y.), vol.332, no. 6032, pp. 974-977

【非特許文献16】Frank, D.N., St Amand, A.L., Feldman,R.A.,Boedeker, E.C.,Harpaz, N. & Pace, N.R. 2007, "Molecular-phylogeneticcharacterizationof microbial community imbalances in human inflammatory boweldiseases",Proceedings oftheNational Academy of Sciences of the United States of America, vol. 104, no.34,pp. 13780-13785

【非特許文献17】Scanlan, P.D., Shanahan, F., O'Mahony,C.& Marchesi, J.R.2006, "Culture-independent analyses of temporalvariation of the dominantfecalmicrobiota and targeted bacterial subgroups inCrohn's disease", Journalof clinicalmicrobiology, vol. 44, no. 11, pp. 3980-3988

【非特許文献18】Kang, S., Denman, S.E., Morrison, M., Yu,Z.,Dore, J., Leclerc, M. & McSweeney, C.S. 2010, "Dysbiosis of fecalmicrobiotain Crohn's disease patients as revealed by a customphylogeneticmicroarray", Inflammatory bowel diseases, vol. 16, no. 12, pp.2034-2042

【非特許文献19】Machiels K., Joossens M., Sabino J.,DePreter V., Arijs I., Ballet V., Claes K., Verhaegen J., Van Assche G.,RutgeertsP. & Vermeire S. 2013, "Predominant dysbiosis in patientswithulcerative colitis is different from Crohn's disease patients",Inflammatory Bowel Diseases. 8th Congress of ECCO,Feb14-16, 2013

【非特許文献20】Stanton and Savage 1983

【非特許文献21】Duncan, S.H., Aminov, R.I., Scott,K.P.,Louis, P., Stanton, T.B. & Flint, H.J. 2006, "Proposal ofRoseburiafaecis sp. nov., Roseburia hominis sp. nov. and Roseburiainulinivorans sp.nov., based on isolates from human faeces", InternationalJournal ofSystematic and Evolutionary Microbiology, vol. 56, no. Pt 10, pp.2437-2441

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0008】

驚くべきことに、本発明者らは、ロゼブリア属フラジェリンタンパク質が、免疫応答をモジュレートする上で重要であることを発見した。

【0009】

さらに、本発明者らは、驚くべきことに、ロゼブリア・ホミニス又はロゼブリア・インテスチナリスから誘導され、又は誘導可能であるフラジェリンタンパク質が、免疫応答をモジュレートする上で重要であることを発見した。

【課題を解決するための手段】

【0010】

本発明は、対象における（腸などの）組織又は器官の炎症をモジュレートするのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。すなわち本発明は以下に関する。
（１）対象における組織又は器官の炎症をモジュレートするのに使用するための、ロゼブ
リア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２）ロゼブリア属フラジェリンが、
配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、又は配列番号１２、若しくはそのバリアント、ホモログ、断片又は誘導体と少なくとも７５％の同一性を有するポリペプチド、及びその組合せ
からなる群から選択され、
ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列が、
配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、又は配列番号１２、若しくはそのバリアント、ホモログ、断片、又は誘導体と少なくとも７５％の同一性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列；
配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、又は配列番号１１、若しくはそのバリアント、ホモログ、断片、又は誘導体と少なくとも７５％の同一性を有するポリヌクレオチド配列；
及びその組合せ
からなる群から選択される、上記（１）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（３）組織又は器官の炎症を軽減する、上記（１）又は（２）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（４）組織又は器官の上皮細胞による炎症を軽減する、上記（３）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（５）上皮細胞が消化管の上皮細胞である、上記（４）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（６）対象におけるＴ細胞の産生をモジュレートするのに使用するためのロゼブリア属フラジェリン、又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞であって；好ましくは、対象における制御性Ｔ細胞の産生を増加する、ロゼブリア属フラジェリン、又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（７）免疫寛容を修復するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（８）対象の免疫系を調節し、免疫寛容を修復するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（９）対象の適応免疫系を調節するのに使用するための、上記（８）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１０）対象の自然免疫系を調節するのに使用するための、上記（８）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１１）対象における、炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である障害を治療するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１２）障害が対象の消化管又はその切片に影響を与える、上記（１１）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１３）障害が、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、１型糖尿病、セリアック病、アトピー性皮膚炎、鼻炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、大腸炎、炎症性腸障害（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、嚢炎、クローン病、機能性消化不良、アトピー性疾患、壊死性腸炎、及びそれらの組合せからなる群から選択される、上記（１１）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１４）対象の組織又は器官における樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートするのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１５）樹状細胞及び／又は上皮細胞を活性化させる、上記（１４）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１６）対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１７）ＩＬ－１０の産生が樹状細胞による、上記（１６）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１８）ＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を上方調節する、上記（１６）又は（１７）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（１９）対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェ
リンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２０）ＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生が樹状細胞による、上記（１９）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２１）ＣＤ４０及び／又はＩ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生を上方調節する、上記（１９）又は（２０）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２２）対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２３）対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２４）対象における腸内微生物叢を改善するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２５）対象における食欲を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２６）対象における食欲を刺激する、上記（２４）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。
（２７）対象の血液におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）のレベルが減少する、上記（２５）又は（２６）に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２８）対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（２９）対象における消化管の健康状態を改善するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（３０）カプセル化されている、上記（１）～（２９）のいずれかに記載の、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（３１）ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物。
（３２）ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞がカプセル化されている、上記（３１）に記載の医薬組成物。
（３３）ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞と、栄養学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む栄養補助剤。
（３４）ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞がカプセル化されている、上記（３３）に記載の栄養補助剤。
（３５）ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を含む飼料、食品、栄養補助食品、又は食品添加物。
（３６）カプセル化されている、上記（３５）に記載の飼料、食品、栄養補助食品、又は食品添加物。
（３７）上記（３１）に記載の医薬組成物を製造する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合するステップを含み、
前記ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む前記宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む前記宿主細胞がカプセル化されていてもよい、前記方法。
（３８）上記（３３）に記載の栄養補助剤を製造する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を、栄養学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合するステップを含み、
前記ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む前記宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む前記宿主細胞がカプセル化されていてもよい、前記方法。
（３９）対象における組織又は器官の炎症をモジュレートする方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配
列を含む細菌を含む宿主細胞を対象に投与するステップを含み、
前記対象における組織又は器官の炎症がモジュレートされる、前記方法。
（４０）対象におけるＴ細胞の産生をモジュレートする方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象におけるＴ細胞、特に制御性Ｔ細胞の産生がモジュレートされる、前記方法。
（４１）対象の免疫系を調節する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象の免疫系が調節される、前記方法。
（４２）対象における障害を治療する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記障害が炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である、前記方法。
（４３）対象における樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートする方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象における樹状細胞及び／又は上皮細胞がモジュレートされる、前記方法。
（４４）対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を対象に投与するステップを含み、
前記対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生が調節される、前記方法。
（４５）対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生を調節する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を対象に投与するステップを含み、
前記対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生が調節される、前記方法。
（４６）対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現を調節する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、
及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現が調節される、前記方法。
（４７）対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節する方法であって、前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現が調節される、前記方法。
（４８）対象における腸内微生物叢を改善する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象における腸内微生物叢が改善される、前記方法。
（４９）対象における食欲を調節する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象における食欲が調節される、前記方法。
（５０）対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現が調節される、前記方法。
（５１）対象における消化管の健康状態を改善する方法であって、
前記方法が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、
前記対象における消化管の健康状態が改善される、前記方法。
（５２）対象における組織又は器官の炎症をモジュレートするための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（５３）対象におけるＴ細胞の産生をモジュレートするための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（５４）対象の免疫系を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン
、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（５５）対象における障害の治療のための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用であって、前記障害が炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である、前記使用。
（５６）対象の組織又は器官における樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートするための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（５７）対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（５８）対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０及び／又はＩ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（５９）対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（６０）対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（６１）対象における腸内微生物叢を改善するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（６２）対象における食欲を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（６３）対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（６４）対象における消化管の健康状態を改善するための医薬の製造のための、ロゼブリ
ア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（６５）対象における免疫寛容を修復するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。
（６６）対象における免疫寛容を修復する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を投与するステップを含み、前記対象における免疫寛容が修復される、前記方法。
（６７）実質的に本明細書に記載の使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞。
（６８）実質的に本明細書に記載の、医薬組成物、又は栄養補助剤、又は飼料、食品、栄養補助食品若しくは食品添加物、又は医薬組成物を製造する方法、又は栄養組成物を製造する方法、又はロゼブリア属フラジェリン、及び／若しくは前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／若しくは前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／若しくは前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／若しくは前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞を使用する方法、又はロゼブリア属フラジェリン、及び／若しくは前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／若しくは前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／若しくは前記ベクターを含む細菌を含む宿主細胞、及び／若しくは前記ポリヌクレオチド配列を含む細菌を含む宿主細胞の使用。

【0011】

別の態様において、本発明は、対象におけるＴ細胞（例えば、ＴＬＲ５を発現可能な制御性Ｔ細胞などの制御性Ｔ細胞）の産生をモジュレートするのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0012】

本発明は、免疫寛容を修復するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0013】

さらなる態様において、本発明は、対象の免疫系を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0014】

別の態様において、本発明は、対象における障害を治療するのに使用するための、前記障害が炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0015】

本発明は、別の態様において、対象の組織又は器官における（骨髄樹状細胞などの）樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートするのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0016】

本発明は、さらなる態様において、対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0017】

さらなる態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0018】

別の態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子（例えば、ＩＦＮ－β１、ＩＦＮ－β３、Ｉｆｉ２０２ｂ、Ｉｆｉ２０３、ＩＦＩ４４、ＩＦＴＩ、ＭＸＩ、ＯＡＳＩ、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＡＳＬ、Ｉｒｆ３及びＩｒｆ４からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現を調節する（例えば、下方調節する）のに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0019】

本発明は、さらなる態様において、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上の炎症誘発性遺伝子（例えば、ＩＬ１－β、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１２、ＩＬ１３、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３、ＩＬ２７、ＩＦＮγ、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２０、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３及びＴＮＦ－αからなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現を調節する（例えば、下方調節する）のに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベ
クターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0020】

本発明は、別の態様において、対象における腸内微生物叢を改善するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0021】

別の態様において、本発明は、対象における食欲を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0022】

さらなる態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節する（例えば、下方調節する）のに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0023】

本発明は、さらなる態様において、対象における消化管の健康状態を改善するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0024】

本発明は、別の態様において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物に関する。

【0025】

別の態様において、本発明は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌と、栄養学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む栄養補助剤に関する。

【0026】

さらなる態様において、本発明は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチ
ド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を含む飼料、食品、栄養補助食品、又は食品添加物に関する。

【0027】

本発明は、さらなる態様において、本発明による医薬組成物を製造する方法（process
）であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合することを含み、前記ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ベクター、及び／又は前記ベクターを含む前記宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む前記宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）前記ロゼブリア属菌がカプセル化されていてもよい、方法に関する。

【0028】

さらなる態様において、本発明は、本発明による栄養補助剤を製造する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を、栄養学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合することを含み、前記ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ベクター、及び／又は前記ベクターを含む前記宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む前記宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）前記ロゼブリア属菌がカプセル化されていてもよい、方法に関する。

【0029】

別の態様において、本発明は、対象における（腸などの）組織又は器官の炎症をモジュレートする方法（method）であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を対象に投与することを含み、対象における（腸などの）組織又は器官の炎症がモジュレートされる、方法に関する。

【0030】

本発明は、別の態様において、対象におけるＴ細胞（例えば、ＴＬＲ５を発現可能な制御性Ｔ細胞などの制御性Ｔ細胞）の産生をモジュレートする方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象におけるＴ細胞（例えば、ＴＬＲ５を発現可能な制御性Ｔ細胞などの制御性Ｔ細胞）の産生がモジュレートされる、方法に関する。

【0031】

本発明は、さらなる態様において、対象の免疫系を調節する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細
菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象の免疫系が調節される、方法に関する。

【0032】

さらなる態様において、本発明は、対象における障害を治療する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、前記障害は、炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である、方法に関する。

【0033】

別の態様において、本発明は、対象における（骨髄樹状細胞などの）樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートする方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象における（骨髄樹状細胞などの）樹状細胞及び／又は上皮細胞がモジュレートされる、方法に関する。

【0034】

さらなる態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を対象に投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生がモジュレートされる、方法に関する。

【0035】

本発明は、別の態様において、対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生を調節する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を対象に投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生が調節される、方法に関する。

【0036】

別の態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子（例えば、ＩＦＮ－β１、ＩＦＮ－β３、Ｉｆｉ２０２ｂ、Ｉｆｉ２０３、ＩＦＩ４４、ＩＦＴＩ、ＭＸＩ、ＯＡＳＩ、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＡＳＬ、Ｉｒｆ３及びＩｒｆ４からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現を調節する（例えば下方調節する）方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブ
リア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子（例えば、ＩＦＮ－β１、ＩＦＮ－β３、Ｉｆｉ２０２ｂ、Ｉｆｉ２０３、ＩＦＩ４４、ＩＦＴＩ、ＭＸＩ、ＯＡＳＩ、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＡＳＬ、Ｉｒｆ３及びＩｒｆ４からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現が調節される、方法に関する。

【0037】

さらなる態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上の炎症誘発性遺伝子（例えば、ＩＬ１－β、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１２、ＩＬ１３、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３、ＩＬ２７、ＩＦＮγ、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２０、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３及びＴＮＦ－αからなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現を調節する（例えば、下方調節する）方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上の炎症誘発性遺伝子（例えば、ＩＬ１－β、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１２、ＩＬ１３、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３、ＩＬ２７、ＩＦＮγ、ＣＣＬ３、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２０、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３及びＴＮＦ－αからなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現が調節される、方法に関する。

【0038】

本発明は、さらなる態様において、対象における腸内微生物叢を改善する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象における腸内微生物叢が改善される、方法に関する。

【0039】

別の態様において、本発明は、対象における食欲を調節する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象における食欲が調節される、方法に関する。

【0040】

本発明は、別の態様において、対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ，cholecystokinin）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ，glucagon）をコードする遺伝子の発現を調節する（例えば、下方調節する）方法であって
、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現が調節される、方法に関する。

【0041】

さらなる態様において、本発明は、対象における消化管の健康状態を改善する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象における消化管の健康状態が改善される、方法に関する。

【0042】

本発明は、さらなる態様において、対象における組織又は（腸などの）器官の炎症をモジュレートするための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0043】

本発明は、別の態様において、対象におけるＴ細胞（例えば、ＴＬＲ５を発現可能な制御性Ｔ細胞などの制御性Ｔ細胞）の産生をモジュレートするための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0044】

さらなる態様において、本発明は、対象の免疫系を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0045】

本発明は、さらなる態様において、対象における障害の治療のための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用であって、前記障害が炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である、使用に関する。

【0046】

本発明は、別の態様において、対象の組織又は器官における（骨髄樹状細胞などの）樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートするための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0047】

別の態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及
び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0048】

本発明は、さらなる態様において、対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は同等種などの免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0049】

さらなる態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子（例えば、ＩＦＮ－β１、ＩＦＮ－β３、Ｉｆｉ２０２ｂ、Ｉｆｉ２０３、ＩＦＩ４４、ＩＦＴＩ、ＭＸＩ、ＯＡＳＩ、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＡＳＬ、Ｉｒｆ３及びＩｒｆ４からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現を調節する（例えば、下方調節する）ための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0050】

別の態様において、本発明は、対象の１又は２以上の細胞における、１又は２以上の炎症誘発性遺伝子（例えば、ＩＬ１－β、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ８、ＩＬ１２、ＩＬ１３、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３、ＩＬ２７、ＩＦＮγ、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２０、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３及びＴＮＦ－αからなる群から選択される１又は２以上の遺伝子であるが、これらに制限されない）の発現を調節する（例えば、下方調節する）ための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0051】

本発明は、さらなる態様において、対象における腸内微生物叢を改善するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0052】

本発明は、別の態様において、対象における食欲を調節するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0053】

本発明は、さらなる態様において、対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節する（例えば、下方調節する）ための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0054】

本発明は、別の態様において、対象における消化管の健康状態を改善するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0055】

別の態様において、本発明は、医薬における使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0056】

さらなる態様において、本発明は、免疫寛容を修復することにおける使用のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0057】

別の態様において、本発明は、対象における免疫寛容を修復するための医薬の製造のための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の使用に関する。

【0058】

本発明は、別の態様において、対象における免疫寛容を修復する方法であって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を投与することを含み、対象における免疫寛容が修復される、方法に関する。

【図面の簡単な説明】

【0059】

【図1A】Ｒ．ホミニスゲノムの配列。Ｒ．ホミニスＡ２－１８３の完全ゲノム配列を生成した。これは、４つのリボソームオペロン、６６個のＲＮＡ及び３，２７３個の予測タンパク質を有する、単一の３，５９２，１２５ｂｐ染色体によって表される。（Ａ）プライマーが標的とする領域中に示されたＰＣＲ実験（表Ｓ１）の位置を有するＲ．ホミニス環状ゲノムマップ。外側トラック０から開始したゲノムマップ上のトラックは以下の通りである。トラック０（青色）－番号付けした目盛によって示されるリアルタイムＰＣＲ実験。トラック１（淡青色）－フォワードＣＤＳ。トラック２（淡青色）－リバースＣＤＳ。トラック３（灰色）－ｒＲＮＡ。トラック４（緑色）－ｔＲＮＡ。トラック５（赤色）－リアルタイムＰＣＲが標的とするＳＴＳマーキング領域。グラフ１－ＧＣ含量。グラフ２－ＧＣバイアス。

【図1B】Ｒ．ホミニスゲノムの注釈。Ｒ．ホミニスＡ２－１８３の完全ゲノム配列を生成した。これは、４つのリボソームオペロン、６６個のＲＮＡ及び３，２７３個の予測タンパク質を有する、単一の３，５９２，１２５ｂｐ染色体によって表される。（Ｂ）Ｒ．ホミニスゲノムの機能的注釈は、最大数の遺伝子が、炭水化物、タンパク質代謝及びアミノ酸及び誘導体に属することを示す。

【図2A-2B】Ｒ．ホミニスは、運動性、モビリゼーション及び走化性を上方調節することによって、腸内環境に応答する。無菌ＧＦ Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ雄マウスに、２８日間、強制飼養によってＲ．ホミニス培養液を与え、無菌対照動物と比較した。１４日目及び２８日目に、Ｒ．ホミニス処置動物（Ｎ＝５）及び対照動物（Ｎ＝４）を犠牲死させ、回腸、結腸及び盲腸を回収した。（Ａ）コンジュゲーション／モビリゼーション輸送に関与する遺伝子のリアルタイムＰＣＲ検証。（Ｂ）運動性及び走化性に関与する遺伝子のリアルタイムＰＣＲ検証。

【図2C】Ｒ．ホミニスは、運動性、モビリゼーション及び走化性を上方調節することによって、腸内環境に応答する。無菌ＧＦ Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ雄マウスに、２８日間、強制飼養によってＲ．ホミニス培養液を与え、無菌対照動物と比較した。１４日目及び２８日目に、Ｒ．ホミニス処置動物（Ｎ＝５）及び対照動物（Ｎ＝４）を犠牲死させ、回腸、結腸及び盲腸を回収した。（Ｃ）ＵＶ照射標準マウス食餌の存在下、インビトロにて増殖したＲ．ホミニスの、アフィニティー精製Ｆｌａ１抗体、Ｆｌａ２特異的抗血清及び抗ＤＮＡギラーゼＡ抗体で免疫染色したウエスタンブロット（レーン１：食餌なし、レーン２：０．０１ｇ食餌／Ｒ．ホミニス培養液１０ｍＬ、レーン３：０．０２ｇ食餌／１０ｍＬ、レーン４：０．０５ｇ食餌／１０ｍＬ、レーン５：０．１ｇ食餌／１０ｍＬ、レーン６：０．２ｇ食餌／１０ｍＬ、レーン７：０．５ｇ食餌／１０ｍＬ、レーン８：１ｇ食餌／１０ｍＬ）。鞭毛（黒矢印）を示している電子顕微鏡（ＥＭ）写真。定着マウスの内腔成分から、及びＦｌａＡ１及びＦｌａＡ２特異的抗血清を用いてインビトロで増殖したＲ．ホミニスからの細菌に対して実施した免疫細胞化学。本来の倍率×１０００。

【図2D-2E】Ｒ．ホミニスは、運動性、モビリゼーション及び走化性を上方調節することによって、腸内環境に応答する。無菌ＧＦ Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ雄マウスに、２８日間、強制飼養によってＲ．ホミニス培養液を与え、無菌対照動物と比較した。１４日目及び２８日目に、Ｒ．ホミニス処置動物（Ｎ＝５）及び対照動物（Ｎ＝４）を犠牲死させ、回腸、結腸及び盲腸を回収した。（Ｄ）ブチレート代謝に関与する遺伝子のリアルタイムＰＣＲ検証。（Ｅ）ヒト腸上皮細胞へのインビトロ曝露の間の、Ｒ．ホミニス転写物のリアルタイムＰＣＲ解析。リアルタイムＰＣＲ結果は、倍数変化として表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。

【図3A】Ｒ．ホミニスとの単一連関後、マウス腸内に示差的に発現した転写物の同定。（Ａ）ＧＦ（Ｎ＝４）に対して、Ｒ．ホミニス定着マウス（Ｎ＝５）中の、示差的に発現した遺伝子のアフィメトリックスマイクロアレイ解析。棒グラフは、１４及び２８日後、より高く、及びより低く発現した遺伝子の数を表している。

【図3B】Ｒ．ホミニスとの単一連関後、マウス腸内に示差的に発現した転写物の同定。（Ｂ）１４日目及び２８日目にて、ＧＦとＲ．ホミニス定着マウス間の機能的有意差を有する、示差的に発現した遺伝子から生成したヒートマップ。

【図3C】Ｒ．ホミニスとの単一連関後、マウス腸内に示差的に発現した転写物の同定。（Ｃ）Ｒ．ホミニス定着とＧＦマウスとの間で有意に異なることを示した遺伝子のリアルタイムＰＣＲ検証。リアルタイムＰＣＲ結果は、倍数変化として表す。＊Ｐ＜０．０５、＊＊Ｐ＜０．０１、＊＊＊Ｐ＜０．００１。

【図4】ロゼブリア・ホミニスによる、ＦｏｘＰ３＋Ｔｒｅｇ細胞の誘導。Ｒ．ホミニスで１４日間処置した従来のＣ３Ｈ／ＨｅＮの固有層（対照とＲ．ホミニス処置との間Ｐ＝０．０４２５）及び腸間膜リンパ節（Ｐ＝０．０６８３）中のＦｏｘＰ３＋Ｔｒｅｇ細胞のフローサイトメトリー解析。

【図5A】結腸Ｔ細胞マーカーが、Ｒ．ホミニス単一定着によって有意に誘導される。（Ａ）無菌及びＲ．ホミニス単一定着Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ（Ｎ＝８）及びＣ５７Ｂｌ／６（Ｎ＝３）マウスにおける、抗ＣＤ３及び抗ＦｏｘＰ３での上行結腸固有層細胞の免疫蛍光解析。

【図5B-1】結腸Ｔ細胞マーカーが、Ｒ．ホミニス単一定着によって有意に誘導される。（Ｂ）ＧＦ及びＲ．ホミニス処置Ｃ３Ｈ／ＨｅＮマウスの上行結腸における（ｉ）抗Ｌｙ６Ｇで標識した、固有層細胞の免疫蛍光解析。ＧＦマウス（Ｎ＝７～８）及びＲ．ホミニス処置マウス（Ｎ＝８～１０）における、視野あたりの陽性細胞数として表すデータ。＊Ｐ＜０．０５。本来の倍率×６３０。

【図5B-2】結腸Ｔ細胞マーカーが、Ｒ．ホミニス単一定着によって有意に誘導される。（Ｂ）ＧＦ及びＲ．ホミニス処置Ｃ３Ｈ／ＨｅＮマウスの上行結腸における(ii)抗ＣＤ１１ｂで標識した、固有層細胞の免疫蛍光解析。ＧＦマウス（Ｎ＝７～８）及びＲ．ホミニス処置マウス（Ｎ＝８～１０）における、視野あたりの陽性細胞数として表すデータ。＊Ｐ＜０．０５。本来の倍率×６３０。

【図5B-3】結腸Ｔ細胞マーカーが、Ｒ．ホミニス単一定着によって有意に誘導される。（Ｂ）ＧＦ及びＲ．ホミニス処置Ｃ３Ｈ／ＨｅＮマウスの上行結腸における(iii)抗ＣＤ３で標識した、固有層細胞の免疫蛍光解析。ＧＦマウス（Ｎ＝７～８）及びＲ．ホミニス処置マウス（Ｎ＝８～１０）における、視野あたりの陽性細胞数として表すデータ。＊Ｐ＜０．０５。本来の倍率×６３０。

【図5B-4】結腸Ｔ細胞マーカーが、Ｒ．ホミニス単一定着によって有意に誘導される。（Ｂ）ＧＦ及びＲ．ホミニス処置Ｃ３Ｈ／ＨｅＮマウスの上行結腸における（iv）抗ＣＤ３と抗ＦｏｘＰ３で標識した、固有層細胞の免疫蛍光解析。ＧＦマウス（Ｎ＝７～８）及びＲ．ホミニス処置マウス（Ｎ＝８～１０）における、視野あたりの陽性細胞数として表すデータ。＊Ｐ＜０．０５。本来の倍率×６３０。

【図6A】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ａ）異なる細菌フラジェリン、サルモネラ・エンテリティディス（Salmonella enteritidis）（ＳＥ）、大腸菌Ｋ１２（ＥＣ）、ＲＨ１及びＲＨ２で処置したＣａｃｏ－２腸上皮細胞（Ｎ＝１）中の、示差的に発現した遺伝子から発生したヒートマップ。

【図6B-1】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ｂ）従来のＣ３Ｈ／ＨｅＮ、対照（青色）からの、フローサイトメトリーによって決定した、組換えフラジェリン（ＳＥ、Ｋ１２、ＲＨ１、ＲＨ２、緑色）との２４時間インキュベーション後の、ＣＤ１１ｃ＋Ｂ２２０＋ＣＤ３１７＋Ｆｌｔ３Ｌ－誘導樹状細胞による、（ｉ）ＣＤ４０及び（ii）Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅの発現。ヒストグラムは、３つの実験からのデータを示す。

【図6B-2】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ｂ）従来のＣ３Ｈ／ＨｅＮ、対照（青色）からの、フローサイトメトリーによって決定した、組換えフラジェリン（ＳＥ、Ｋ１２、ＲＨ１、ＲＨ２、緑色）との２４時間インキュベーション後の、ＣＤ１１ｃ＋Ｂ２２０＋ＣＤ３１７＋Ｆｌｔ３Ｌ－誘導樹状細胞による、（ii）Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ及び（iii）ＣＤ１０３の発現。ヒストグラムは、３つの実験からのデータを示す。

【図6B-3】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ｂ）従来のＣ３Ｈ／ＨｅＮ、対照（青色）からの、フローサイトメトリーによって決定した、組換えフラジェリン（ＳＥ、Ｋ１２、ＲＨ１、ＲＨ２、緑色）との２４時間インキュベーション後の、ＣＤ１１ｃ＋Ｂ２２０＋ＣＤ３１７＋Ｆｌｔ３Ｌ－誘導樹状細胞による、（ｉ）ＣＤ４０の発現。ヒストグラムは、３つの実験からのデータを示す。

【図6B-4】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ｂ）従来のＣ３Ｈ／ＨｅＮ、対照（青色）からの、フローサイトメトリーによって決定した、組換えフラジェリン（ＳＥ、Ｋ１２、ＲＨ１、ＲＨ２、緑色）との２４時間インキュベーション後の、ＣＤ１１ｃ＋Ｂ２２０＋ＣＤ３１７＋Ｆｌｔ３Ｌ－誘導樹状細胞による、（ii）Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅの発現。ヒストグラムは、３つの実験からのデータを示す。

【図6B-5】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ｂ）従来のＣ３Ｈ／ＨｅＮ、対照（青色）からの、フローサイトメトリーによって決定した、組換えフラジェリン（ＳＥ、Ｋ１２、ＲＨ１、ＲＨ２、緑色）との２４時間インキュベーション後の、ＣＤ１１ｃ＋Ｂ２２０＋ＣＤ３１７＋Ｆｌｔ３Ｌ－誘導樹状細胞による、（iii）ＣＤ１０３の発現。ヒストグラムは、３つの実験からのデータを示す。

【図6C】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ｃ）それぞれＣＤ１１ｃ＋Ｂ２２０＋ＣＤ３１７＋細胞及びＣＤ１１ｃ＋ＣＤ１１ｂ＋Ｂ２２０－細胞上でゲーティングした従来のＣ３Ｈ／ＨｅＮからの、組換えフラジェリン（ＳＥ、Ｋ１２、ＲＨ１、ＲＨ２）処置Ｆｌｔ３Ｌ－及びＧＭＣＳＦ－誘導樹状細胞集団の頻度。総、生及びシングレット細胞の百分率、３つの実験からの平均値±ＳＥＭとして表したデータ。

【図6D-6E】Ｒ．ホミニスフラジェリンＲＨ１は、腸上皮細胞及びマウス骨髄誘導樹状細胞において特定の効果を有する。（Ｄ）サイトカインＩＬ－１０及びＩＬ－１２のタンパク質発現を、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ／６から誘導した、対照（未刺激ＤＣ；Ｎ＝３）及びＲＨ１処置ＤＣ（Ｎ＝３）からの上清中の、ＣＢＡによって測定した。データは、平均値±ＳＤで表す。＊＊＊Ｐ＜０．００１。（Ｅ）無菌及びＲ．ホミニス単一定着ＴＬＲ５ＫＯマウス（Ｎ＝２）中の、上行結腸固有層細胞の、抗ＣＤ３及び抗ＦｏｘＰ３での免疫蛍光標識の定量解析。

【図7A-7C】Ｒ．ホミニスは、大腸炎の実験モデルにおける炎症を弱める。２２匹の雌Ｃ５７ＢＬ／６マウスを使用して、ＤＳＳ誘導大腸炎の間の、Ｒ．ホミニスの治療効果を査定した。処置したマウスには、１４日間、１０９ＣＦＵのＲ．ホミニスを毎日投与した。８日目から、マウスに、その飲み水中ＤＳＳを６日間与えた。動物を１４日目に安楽死させ、腸組織サンプリングを実施した。（Ａ）未処置ＤＳＳマウス（Ｎ＝８）は、対照マウス（Ｎ＝４）と比較して、全ての遺伝子の強力な上昇を有し、一方で、示差的な遺伝子発現は、Ｒ．ホミニス処置動物（Ｎ＝１０）にてより低かった。リアルタイムＰＣＲ結果を、倍数変化として示した。＊＊＊Ｐ＜０．００１。（Ｂ）該グレードにて視野の平均百分率として示した、組織病理学的組織スコアリング。ＤＳＳ処置は、グレード０、２、３及び４にて、全ての視野を有意に変えた。Ｒ．ホミニスは、グレード４病理に対する％視野を有意に減少させ（Ｐ＝０．０２）、グレード０に対して％視野を増加させた。データを、平均値±ＳＤとして表す。（Ｃ）対照、ＤＳＳ処置及びＤＳＳ／Ｒ．ホミニス処置ＩＬ－１０ＫＯ動物の上行結腸（ヘマトキシリン／エオシン染色）。示した画像は、各処置群からの代表的処視野である。本来の倍率×１００。［補足図］

【図8A-8C】Ｒ．ホミニスは、単一定着マウスの上行結腸に優先的に定着する。（Ａ）Ｒ．ホミニスは、Ａ２－１８３（Ｒ．ホミニス特異的プローブ；ＦＩＴＣ）、Ｅｕｂ３３８（ユニバーサル１６Ｓプローブ；Ｃｙ３）及びＤＡＰＩ（核；青色）を用いてＦＩＳＨによって検出した、宿主上皮細胞への細菌の近接した連関で、マウス腸の上行結腸に定着する。Ａ２－１８３＋Ｅｕｂ３３８及びＥｕｂ３３８＋ＤＡＰＩの重ね合わせも示す。赤色チャネルに対するガンマを、標識化された細菌を示すために、Ｅｕｂ３３８＋ＤＡＰＩ重ね合わせにて増加させた。本来の倍率×６３０。（Ｂ）Ｒ．ホミニス特異的プライマーを用いるＰＣＲが、定着後糞ＤＮＡ中で強い陽性シグナルを示し、一方でＧＦ動物の糞は、任意の細菌の存在に対して陰性であった。（Ｃ）Ｒ．ホミニス／ｇ糞の定着レベルを示しているリアルタイムＰＣＲ解析。糞から単離した細菌ＤＮＡを、培養液中で増殖したＲ．ホミニスの公知の標準濃度に対して比較した。同様の細菌レベルが、全ての単一定着マウス中で検出され、およそ１×１０１０細菌／ｇ糞であった。試験したＧＦ動物の糞は、任意の細菌の存在に対して陰性であった。なお、以下、図８を便宜上、図Ｓ１ということがある。

【図9-1】上行結腸において、２８日目に上方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。データの遺伝子オントロジー（ＧＯ）に基づく機能的通訳を、ＤＡＶＩＤ（http://david.abcc.ncifcrf.gov)を用いて実施した。有意に濃縮されたＧＯ条件を見つけるために、有意に異なる転写物（Ｐ＜０．０５）を、ＧＯカテゴリー「生物学的過程」に配置した。「アクチン重合」（ＧＯ：００３００４１）と、「Ｉ－カッパＢキナーゼ/ＮＦ－カッパＢカスケードの負の調節」（ＧＯ：００４３１２４）に対するＧＯ生物学的過程が影響を受けた。なお、以下、図９を便宜上、図Ｓ２ということがある。

【図9-2】上行結腸において、２８日目に上方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。データの遺伝子オントロジー（ＧＯ）に基づく機能的通訳を、ＤＡＶＩＤ（http://david.abcc.ncifcrf.gov)を用いて実施した。有意に濃縮されたＧＯ条件を見つけるために、有意に異なる転写物（Ｐ＜０．０５）を、ＧＯカテゴリー「生物学的過程」に配置した。「アクチン重合」（ＧＯ：００３００４１）と、「Ｉ－カッパＢキナーゼ/ＮＦ－カッパＢカスケードの負の調節」（ＧＯ：００４３１２４）に対するＧＯ生物学的過程が影響を受けた。

【図9-3】上行結腸において、２８日目に上方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。データの遺伝子オントロジー（ＧＯ）に基づく機能的通訳を、ＤＡＶＩＤ（http://david.abcc.ncifcrf.gov)を用いて実施した。有意に濃縮されたＧＯ条件を見つけるために、有意に異なる転写物（Ｐ＜０．０５）を、ＧＯカテゴリー「生物学的過程」に配置した。「アクチン重合」（ＧＯ：００３００４１）と、「Ｉ－カッパＢキナーゼ/ＮＦ－カッパＢカスケードの負の調節」（ＧＯ：００４３１２４）に対するＧＯ生物学的過程が影響を受けた。

【図10A-10C】大腸菌との単一連関後、マウス腸内で示差的に発現した転写物の同定。（Ａ）ある期間にわたる大腸菌及びＲ．ホミニス定着マウスにおける示差的に発現された遺伝子のアフィメトリックスマイクロアレイ解析。棒グラフは、それぞれ２２及び２８日後に、より高く、及びより低く発現した遺伝子数を表す。（Ｂ）２２日目対１０日目での、大腸菌定着マウス中、機能的有意差を有して示差的に発現した遺伝子から作製されたヒートマップ。なお、以下、図１０を便宜上、図Ｓ３ということがある。

【図11A-11D】Ｒ．ホミニスとの単一連関後、ＴＬＲ５ＫＯマウス腸内で示差的に発現した転写物の同定。（Ａ）２８日目での、Ｒ．ホミニス定着ＴＬＲ５ＫＯ（Ｎ＝３）及び野生型マウス（Ｎ＝３）の上行結腸中の、示差的に発現した遺伝子から生成したヒートマップ。（Ｂ）２８日目での、Ｒ．ホミニス定着ＴＬＲ５ＫＯ及び野生型マウスの上行結腸中の、示差的に発現した免疫関連遺伝子から生成したヒートマップ。（Ｃ）２８日目での、Ｒ．ホミニス定着ＴＬＲ５ＫＯ及び野生型マウスの回腸中に示差的に発現した遺伝子から生成したヒートマップ。（Ｄ）２８日目での、Ｒ．ホミニス定着ＴＬＲ５ＫＯ及び野生型マウスの回腸中に示差的に発現した免疫関連遺伝子から生成したヒートマップ。なお、以下、図１１を便宜上、図Ｓ４ということがある。

【図12-1】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。なお、以下、図１２を便宜上、図Ｓ５ということがある。

【図12-2】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-3】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-4】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-5】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-6】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-7】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-8】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-9】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-10】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図12-11】上行結腸中、２８日目で下方調節された遺伝子上で実施した遺伝子オントロジー解析。「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）などの、食欲調節に関与したＧＯ生物学的過程がもっとも影響を受けた。

【図13A-13B】Ｒ．ホミニス定着は、満腹遺伝子及び体重に影響を与える。乾燥体重及び脂質枝肉解析を実施した。（Ａ）Ｒ．ホミニス関連マウスの乾燥枝肉重量は、ＧＦ動物に比べて有意に重かった。（Ｂ）枝肉脂質解析は、総肥満がまた、１４日目における、Ｒ．ホミニス処置動物において有意に高かったことを示した。データは平均値±ＳＤで示す。なお、以下、図１３を便宜上、図Ｓ６ということがある。

【図14A】細胞溶解後不溶性の組換えフラジェリンをクローニングするために使用した、クローニングベクターpCR-BluntII-TOPOの表示。これは、平滑末端ＰＣＲ産物の高効率ＤＮＡクローニングを可能にする。これは、大腸菌内での選択のための、カナマイシンとゼオシン耐性遺伝子をコードし、挿入物に、切断のための多重制限部位が隣接する。なお、以下、図１４Ａを便宜上、図１Ａということがある。

【図15A】細胞溶解後不溶性の組換えフラジェリンをクローニングするために使用した、発現ベクターT7-MAT-Tag-FLAG-の表示。多重クローニング部位（ＭＣＳ）に、ＭＡＴ（金属アフィニティータグ）配列及びＦＬＡＧペプチド（Ａｓｐ－Ｔｙｒ－Ｌｙｓ－Ａｓｐ－Ａｓｐ－Ａｓｐ－Ａｓｐ－Ｌｙｓ）配列が隣接し、さらにアフィニティーカラムによってさらに精製可能な二重タグ化フラジェリンの産生をもたらす。この発現ベクターは、MAT-ORF-FLAG組換えフラジェリンのＩＰＴＧ誘導性、高レベル発現のための、ｐＴ７／ｌａｃ（ファージＴ７ ｌａｃオペロン）プロモーター、任意の大腸菌宿主内の基底状態にて、転写を抑制する内部ｌａｃＩ遺伝子、及びアンピシリン選択のためのＡｍｐＲ遺伝子もコードする。なお、以下、図１５Ａを便宜上、図２Ａということがある。

【図16A】pCR-Blunt II-TOPOクローニングベクターでクローニングし、pT7-MAT-Tag-FLAG-2発現ベクターを通して発現した、組換えフラジェリンのＳＤＳ－ＰＡＧＥ上での可視化。レーンの記述：１、タンパク質標準（ｋＤａ）；２、ＲＨ１。なお、以下、図１６Ａを便宜上、図３Ａということがある。

【図17A】以下、図１７Ａを便宜上、図４Ａということがある。

【図18A-18B】組換えフラジェリンのＳＤＳ－解析を示す図である。（Ａ）Ｋ１２（大腸菌Ｋ１２）；ＥＲ（エウバクテリウム・レクタル（Eubacterium rectale）３３６５６）；ＲＩ１（ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１）；ＲＩ２（ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２）；（Ｂ）ＲＨ１（ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１）；ＲＨ２（ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２）；ＲＩ３（ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ３）；ＲＩ４（ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４）。なお、以下、図１８を便宜上、図Ｂ１ということがある。

【図19-1】フラジェリンヌクレオチド配列を確認する多重配列アラインメント及び受託番号。

【図19-2】フラジェリンヌクレオチド配列を確認する多重配列アラインメント及び受託番号。

【図20】フラジェリンヌクレオチド配列を確認する多重配列アラインメント及び受託番号。

【図21】フラジェリンヌクレオチド配列を確認する多重配列アラインメント及び受託番号。

【図22-1】フラジェリンヌクレオチド配列を確認する多重配列アラインメント及び受託番号。

【図22-2】フラジェリンヌクレオチド配列を確認する多重配列アラインメント及び受託番号。

【図23】異なるフラジェリンによるＣＣＬ２０遺伝子誘導の比較分析。ＨＴ－２９とＣａｃｏ－２細胞を、１００ｎｇ／ｍＬの濃度にて、単一組換えフラジェリンで２時間刺激した。全ＲＮＡを抽出し、遺伝子ＣＣＬ２０とβ－アクチンに対する、リアルタイム定量ＰＣＲ解析にかけた。実験を、３つの異なる場合にて三重に実施した。表Ｄ２は、ＨＴ－２９にて対応のあるｔ検定で計算した、各処置間の有意な差を示す。なお、以下、図２３を便宜上、図Ｄ２ということがある。

【図24-1】ＨＴ－２９及びＣａｃｏ－２細胞におけるフラジェリン媒介ケモカイン分泌。表Ｄ３ａ、Ｄ３ｂ、Ｄ３ｃ及びＤ３ｄは、対応のあるｔ検定にて計算した各処置間の有意な差を示す。なお、以下、図２４を便宜上、図Ｄ３ということがある。

【図24-2】ＨＴ－２９及びＣａｃｏ－２細胞におけるフラジェリン媒介ケモカイン分泌。表Ｄ３ａ、Ｄ３ｂ、Ｄ３ｃ及びＤ３ｄは、対応のあるｔ検定にて計算した各処置間の有意な差を示す。

【図24-3】ＨＴ－２９及びＣａｃｏ－２細胞におけるフラジェリン媒介ケモカイン分泌。表Ｄ３ａ、Ｄ３ｂ、Ｄ３ｃ及びＤ３ｄは、対応のあるｔ検定にて計算した各処置間の有意な差を示す。

【図25】抗ＴＬＲ５特異的抗体でのＴＬＲ５の中和。なお、以下、図２５を便宜上、図Ｄ４ということがある。

【図26A】組換えフラジェリンで刺激したＧＭ－ＣＳＦ／ＩＬ－４誘導樹状細胞の頻度、未刺激ＧＭ－ＣＳＦ／ＩＬ－４誘導樹状細胞と比較した倍数変化として示されたデータ。なお、以下、図２６を便宜上、図Ｄ５ということがある。

【図26B】組換えフラジェリンで刺激した、Ｆｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞の頻度、未刺激Ｆｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞と比較した倍数変化として示されたデータ。

【図27A-27B】Ｒ．ホミニスで処置されたＢＯＹ／Ｊ ＷＴ及びＴＬＲ５ＫＯマウスの固有層中の、ＦｏｘＰ３＋ Ｔｒｅｇのフローサイトメトリー解析。なお、以下、図２７を便宜上、図Ｄ６ということがある。

【発明を実施するための形態】

【0060】

フラジェリン
フラジェリンは、細菌鞭毛の主成分であり、ほぼ全ての有鞭毛細菌上で大量に存在する。典型的には、フラジェリンは、細菌の鞭毛内にフィラメントを形成するために、中空シリンダ内に配置される球状タンパク質である。

【0061】

フラジェリン構造タンパク質及び遺伝子配列の多様性は、十分に認識されており、細菌種、地理的及び臨床及び環境起源によって様々である。数千のフラジェリン及び関連フラジェリン遺伝子が存在する。消化管細菌における重要なフラジェリンのいくつかには、ＦＬＡ、ＦｌｉＣ、ＦｌｇＣ、ＦＬｉＥ、ＦｌａＢ、ＭｏＡ及びＦｌｉＧのフラジェリンが含まれる。

【0062】

種々の型のＦＬＡ（Ｆｌａ）ポリペプチドが存在する。ＦｌａＡ１、ＦｌａＡ２、ＦｌａＡ３、ＦｌａＡ４及びＦｌａＢがＦＬＡポリペプチドの例である。

【0063】

ポリペプチドＦｌａＡ１
本明細書で使用される用語「ポリペプチドＦｌａＡ１」は、フラジェリンタンパク質ＦｌａＡ１を意味する。そのようなポリペプチドの例としては、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス及びロゼブリア・イヌリニボランスのＦｌａＡ１ポリペプチド、配列番号２又は配列番号６として示されるポリペプチド配列、配列番号２若しくは配列番号６、又はそのバリアント、ホモログ、断片、若しくは誘導体に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％同一性を有するポリペプチドが挙げられる。

【0064】

配列番号２は以下の配列を有する。
MVVQHNLTAMNANRQLGITTGAQAKSSEKLSSGYKINRAADDAAGLTISEKMRSQVRGLNKASDNAQDGVSLIQVAEGALSETHSILQRMNELATQAANDTNTTSDRTAVQQEINQLASEITRIASTTQFNTMNLIDGNFTSKKLQVGSLCGQAITIDISDMSATGLGVSGLVVSSFSAAGKAMSAAQDAISYVSSMRSKLGALQNRLEHTISHLDNISEHTSSAESRIRDTDMAEEMVEYSKNNILAQAGQSMLAQANQSTQGVLSLLQ

【0065】

配列番号２は、受託番号ＡＢＩ４８２９７．１としてＮＣＢＩに寄託されている。

【0066】

用語「ポリペプチドＦｌａＡ１」及び「ＦｌａＡ１ポリペプチド」は、本明細書で互換的に使用される。

【0067】

用語「ＦｌａＡ１」、「Ｆｌａ１」及び「ＲＨ１」は、本明細書で互換的に使用されうる。

【0068】

一実施形態において、ポリペプチドＦｌａＡ１は、配列番号２に、又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、
９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有する。一態様において、配列番号２（又はその等価物）の７９～１１７位及び４０８～４３９位、並びに４１１、４１２、４２０位のアミノ酸が重要であると考えられる。一態様において、配列番号２（又はその等価物）の４１１、４１２、４２０位のアミノ酸はそれぞれ、アラニン（Ａ）、グルタミン（Ｑ）及びセリン（Ｓ）である。

【0069】

一実施形態において、ポリペプチドＦｌａＡ１は、配列番号２又は配列番号６として示したポリペプチドである。

【0070】

ＦｌａＡ１ポリペプチドは、特定の微生物から誘導されうる。一態様において、ＦｌａＡ１ポリペプチドは、フィルミクテスなどの細菌から誘導される。さらなる態様において、ＦｌａＡ１ポリペプチドは、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス又はロゼブリア・イヌリニボランスなどのロゼブリア属種から誘導される。

【0071】

ロゼブリア・ホミニス及びロゼブリア・インテスチナリスは、ヒト消化管中の細菌の優性群に属し、主要なブチレート産生体でもある、フィルミクテス門内の系統発生学クラスターXIVａの最近報告された片利共生消化管嫌気性生物である。ロゼブリア・ホミニスの
例は、受託番号ＮＣＩＭＢ１４０２９^Ｔロゼブリア・ホミニスＡ２－１８３^Ｔ（ＤＳＭ＝１６８３９^Ｔ）として、Rowett Research Instituteにより、２００４年１０月２１日に
、ＮＣＩＭＢ（National Collections of Industrial, FoodandMarine Bacteria）、NCIMB Ltd、FergusonBuilding,Craibstone Estate, Bucksburn, Aberdeen, UK, AB21 9YAに、ブダペスト条約の条項の下、寄託された株である。細菌種の別の例は、Duncan, S. H.,
Aminov, R. I., Scott, K. P., Louis, P., Stanton, T.B., & Flint, H. J.(2006)
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 56: 2437-2441に記載されている、ロゼブリア・ホミ
ニスである。ロゼブリア・インテスチナリスの例は、受託番号ＮＣＩＭＢ１３８１０ロゼブリア・インテスチナリスＬ１－８２^Ｔ（ＤＳＭ＝１４６１０^Ｔ）として寄託された株である。細菌種の別の例は、Duncan, S. H., Aminov, R. I., Scott, K. P., Louis, P., Stanton,T.B., & Flint, H. J. (2006) Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 56: 2437-244
1に記載されている、ロゼブリア・ホミニスである。

【0072】

本明細書で使用される用語「ポリペプチドＦｌａＡ１をコードするポリヌクレオチド配列」は、フラジェリンタンパク質ＦｌａＡ１をコードするポリヌクレオチド配列を意味する。そのようなポリヌクレオチド配列の例としては、Ｒ．ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス又はロゼブリア・イヌリニボランスの遺伝子ＦｌａＡ１、配列番号１又は配列番号５として示したポリヌクレオチド配列、配列番号２又は配列番号６として示したポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、配列番号１若しくは配列番号５、又はそのバリアント、ホモログ、断片、若しくは誘導体に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するポリヌクレオチド配列、配列番号２又は配列番号６として示したポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、又は配列番号２又は配列番号６として示したポリペプチド、又はそのバリアント、ホモログ、断片、若しくは誘導体に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列が挙げられる。

【0073】

配列番号１は以下の配列を有する。
ATGGTAGTACAGCACAATCTTACAGCAATGAACGCTAACAGACAGTTAGGTATCACAACAGGCGCACAGGCTAAGTCTTCTGAGAAGTTATCTTCTGGTTACAAGATCAACCGCGCAGCAGATGACGCAGCAGGTCTTACGATTTCCGAGAAGATGAGAAGCCAGGTTAGAGGCTTAAATAAAGCTTCTGACAACGCACAGGATGGTGTATCCCTTATTCAGGTAGCTGAGGGTGCATTAAGTGAGACACACTCCATCTTACAGCGTATGAATGAGTTAGCAACTCAGGCAGCAAACGATACCAATACAACCTCAGACAG
AACTGCAGTTCAGCAGGAGATCAACCAGTTAGCATCTGAGATCACCAGAATCGCTTCTACAACTCAGTTCAACACAATGAACCTGATCGATGGTAACTTCACAAGTAAGAAGCTTCAGGTAGGTTCCCTTTGCGGACAGGCTATCACAATCGATATCTCTGATATGTCTGCTACAGGTCTTGGCGTTAGCGGATTAGTAGTATCTTCCTTCTCTGCAGCTGGTAAGGCAATGTCTGCAGCTCAGGATGCTATCAGCTACGTATCTTCTATGCGTTCTAAGCTGGGTGCATTACAGAACAGACTTGAGCACACAATCTCCCACCTGGACAACATTTCTGAGCACACATCTTCTGCAGAGTCTCGTATCCGTGATACAGATATGGCTGAAGAGATGGTTGAGTACAGCAAGAACAACATCCTTGCTCAGGCAGGACAGTCTATGCTTGCTCAGGCTAACCAGTCTACTCAGGGTGTATTATCCTTATTACAGTAA

【0074】

配列番号１は、受託番号ＤＱ７８９１４０．１としてＮＣＢＩに寄託されている。

【0075】

一実施形態において、ポリペプチドＦｌａＡ１をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号１又は配列番号５として示したポリヌクレオチド配列、又はそのバリアント、ホモログ、断片若しくは誘導体に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％又は９９％の同一性を有する。

【0076】

一実施形態において、ポリペプチドＦｌａＡ１をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号２又は配列番号６として示したポリペプチド、又は配列番号２又は配列番号６として示したポリペプチド、若しくはそのバリアント、ホモログ、断片、若しくは誘導体に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するポリペプチドをコードする。

【0077】

一実施形態において、ポリペプチドＦｌａＡ１は、切断型ＦｌａＡ１ポリペプチドである。例えば、切断型ポリペプチドは、配列番号２又は配列番号６として示したポリペプチドの、少なくとも２０、３０、４０、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５又は２００アミノ酸を含む。

【0078】

理論に束縛されることを望まずに、ＴＬＲ５の認識及び活性化に関与するフラジェリンタンパク質の２つの必須領域は、配列番号２のアミノ酸７９～１１７（Ｎ－Ｄ１ドメイン）と、配列番号２のアミノ酸４０８～４３９（Ｃ－Ｄ１ドメイン）である。理論に束縛されることを望まずに、アミノ酸Ａ４１１、Ｑ４１２、Ｓ４２０が重要なアミノ酸である。

【0079】

切断型ＦｌａＡ１ポリペプチドの例としては、配列番号２のアミノ酸７９～１１７及びアミノ酸４０８～４３９を含むポリペプチド、配列番号２のアミノ酸７９～１１７及びアミノ酸４０８～４３９と、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するポリペプチド、配列番号２のアミノ酸７９～１１７及びアミノ酸４０８～４３９と、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有し、４１１位のアミノ酸（又はそれに等価物）がアラニン（Ａ）であり、及び／又は２１４位のアミノ酸がグルタミン（Ｑ）及び／又は４２０位のアミノ酸がセリン（Ｓ）である、ポリペプチド、配列番号２のアミノ酸７９～４３９を含むポリペプチド、配列番号２のアミノ酸７９～４３９を含み、４１１位のアミノ酸（又はそれに等価物）がアラニン（Ａ）である、ポリペプチド、配列番号２のアミノ酸７９～４３９と、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有するポリペプチド、及び配列番号２のアミノ酸７９～４３９と、少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、又は９９％の同一性を有し、４１１位のアミノ酸（又はそれへの等価物）がアラニン（Ａ）であり、及び／又は２１４位のアミノ酸がグルタミン（Ｑ）及び／又は４２０位のアミノ酸がセリン（Ｓ）である、ポリペプチドが挙げられる。

【0080】

一態様において、切断型ＦｌａＡ１ポリペプチド中の配列番号２の４１１、４１２、４２０位のアミノ酸（又はそれへの等価物）が、それぞれアラニン（Ａ）、グルタミン（Ｑ
）及びセリン（Ｓ）である。

【0081】

一実施形態において、ポリペプチドＦｌａＡ１をコードするポリヌクレオチド配列は、切断型ＦｌａＡ１ポリペプチドをコードする。

【0082】

一実施形態において、ポリペプチドＦｌａＡ１は融合ポリペプチドである。例えば、ポリペプチドは、グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）に融合する。

【0083】

ロゼブリア属
ロゼブリア属細菌は、強く嫌気性で、哺乳動物腸に常在する、わずかに曲がった棒状細胞である。この細菌は、ブチレート産生性であり、凹面側に沿って１つの末端にクラスターとして存在する複数の鞭毛を介して活発に運動する（Stanton and Savage 1983）。現
在、ロゼブリア属内で、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・インテスチナリス及びロゼブリア・イヌリニボランスの５つの種が同定され、特徴付けられている（Stanton and Savage 1983、Duncan et al 2006）。

【0084】

Stanton and Savage（1983-Roseburia cecicola gen. nov., sp. nov., a motile, obligatelyanaerobicbacterium from a mouse cecum. Int. J. Syst. Bacteriol., 1983, 33, 618-627.）が、ロゼブリア・セシコラを記述する。

【0085】

Duncan et al.（2006 -Proposalof Roseburia faecis sp. nov., Roseburia hominis
sp. nov. and Roseburia inulinivorans sp. nov., based on isolates fromhumanfaeces. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, 56, 2437-2441）が、ロゼブリア・ファエシスを記述する。

【0086】

Duncan et al.（2006 -Proposalof Roseburia faecis sp. nov., Roseburia hominis
sp. nov. and Roseburia inulinivorans sp. nov., based on isolates fromhumanfaeces. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, 56, 2437-2441）が、ロゼブリア・ホミニスを記述する。

【0087】

Duncan et al.（2002 -Roseburiaintestinalis sp. nov., a novel saccharolytic, butyrate-producingbacterium fromhuman faeces. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2002, 52, 1615-1620）が、ロゼブリア・インテスチナリスを記述する。

【0088】

Duncan et al.（2006 -Proposalof Roseburia faecis sp. nov., Roseburia hominis
sp. nov. and Roseburia inulinivorans sp. nov., based on isolates fromhumanfaeces. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2006, 56, 2437-2441）が、ロゼブリア・イヌリニボランスを記述する。

【0089】

ロゼブリア属フラジェリン
本明細書で使用される用語「ロゼブリア属フラジェリン」は、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス及びロゼブリア・イヌリニボランスなどのロゼブリア属細菌から誘導され、又は誘導可能であるフラジェリンタンパク質を意味する。

【0090】

ロゼブリア属フラジェリンは、ｆｌａＡ１、ｆｌａＡ２、ｆｌａＡ３、ｆｌａＡ４又はその組合せであってもよい。

【0091】

用語「ＦｌａＡ１」、「Ｆｌａ１」、「ｆｌａＡ１」及び「ｆｌａ１」は、本明細書で互換的に使用される。

【0092】

用語「ＦｌａＡ２」、「Ｆｌａ２」、「ｆｌａＡ２」及び「ｆｌａ２］は、本明細書で互換的に使用される。

【0093】

用語Ｆｌａは、ｆｌａＡ１、ｆｌａＡ２、ｆｌａＡ３、ｆｌａＡ４又はｆｌｉＣであってもよいポリペプチドを包含するために本明細書で使用される。

【0094】

一実施形態において、本発明は、少なくとも１つのロゼブリア属フラジェリンの使用を包含する。例えば、本発明は、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、又は少なくとも５つのロゼブリア属フラジェリンの組合せの使用を包含する。

【0095】

一部の実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンの組合せには、少なくとも２つ、３つ、４つ又は少なくとも５つの異なるロゼブリア属種から誘導され、又は誘導可能であるフラジェリンが含まれる。

【0096】

ロゼブリア属フラジェリンの例としては、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス及びロゼブリア・イヌリニボランスなどのロゼブリア属細菌から誘導され、又は誘導可能であるフラジェリンが挙げられる。一実施形態において、フラジェリンは、ロゼブリア・ホミニスから誘導され、又は誘導可能である。別の実施形態において、フラジェリンは、ロゼブリア・インテスチナリスから誘導され、又は誘導可能である。

【0097】

ロゼブリア属フラジェリンの例としては、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、若しくは配列番号１２、又はそのバリアント、ホモログ、断片、若しくは誘導体に対して少なくとも７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％又は９９％の同一性を有するポリペプチド配列が挙げられる。

【0098】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンは、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、又は配列番号１２として示したポリペプチド配列を有する。

【0099】

ロゼブリア・ホミニスのフラジェリンの例は、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１及びＦｌａ２である。

【0100】

ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１の例は、配列番号２として示す。ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１はまた、ＲｈＦｌａＡ１、ＲＨＦｌａＡ１、ＲｈＦｌａ１、ＲＨＦｌａ１、ＲＨ１、又はＲｈ１としても本明細書で引用される。

【0101】

配列番号２は以下の配列を有する。
MVVQHNLTAMNANRQLGITTGAQAKSSEKLSSGYKINRAADDAAGLTISEKMRSQVRGLNKASDNAQDGVSLIQVAEGALSETHSILQRMNELATQAANDTNTTSDRTAVQQEINQLASEITRIASTTQFNTMNLIDGNFTSKKLQVGSLCGQAITIDISDMSATGLGVSGLVVSSFSAAGKAMSAAQDAISYVSSMRSKLGALQNRLEHTISHLDNISEHTSSAESRIRDTDMAEEMVEYSKNNILAQAGQSMLAQANQSTQGVLSLLQ

【0102】

配列番号２は、受託番号ＡＢＩ４８２９７．１としてＮＣＢＩに寄託されている。

【0103】

ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２の例は、配列番号４として示す。ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２はまた、ＲｈＦｌａＡ２、ＲＨＦｌａＡ２、ＲｈＦｌａ２、ＲＨＦｌａ２、Ｒｈ２、又はＲＨ２としても本明細書で引用される。

【0104】

配列番号４は以下の配列を有する。
MVVNHNMAAICESRQLRYNVKKMEKSSKKLATGYKLNTANDDAAGLQISETMRHHVKGLNKASRNSQDGISMLQTADAALQETQDVLDRMVELTTQAANDINTDSDRRAIQDELDQLNKEVDRIAYTTHFNQQYMLAEGTPQAAPGYYRIQSGALNGQAIDIHFVNASKESLGTDKVNVSSHAKASESITMVQDAIEQAALWRDEFGSQQERLEHAVRNTDNTSQNTQSAESGIRDTNMNMEMVLYSTNRILVHASQSILAQYNDDAKSVLEILK

【0105】

ロゼブリア・インテスチナリスのフラジェリンの例としては、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１、Ｆｌａ２、Ｆｌａ３、及びＦｌａ４が挙げられる。

【0106】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１の例は、配列番号６に示す。ロゼブリア・インテスチナリスはまた、ＲｉＦｌａＡ１、ＲＩＦｌａＡ１、ＲｉＦｌａ１、ＲＩＦｌａ１、Ｒｉ１、又はＲＩ１としても引用される。

【0107】

配列番号６は以下の配列を有する。
MRINYNVSAAIANKHLLGIEDNLSASMERLSSGLKINHSKDNPAGMAISNKMKAQIDGLNRASQNASDGISVIQIADGALSETTSILQRMRELSVQAASDATMTPADKEAIQKEITSLKDEVDRISTDTEYNSKTLLDGSLDTRVYTKNATRVDISDHVKAGQYQLSIDTAATQAGPVTANQNYNSTAPVGASGTMSINGSKVEIEAADTYAEAFEKIRNAAETGETTVKIEKNGALSFTAEQYGMSSILEIAFDDKQLANALGFTADGGNSVVEDPENKGSYVYGQIQNGKVIVPSGTDAEVTLTKPSDGTGFGDTATVKTDGNKITVTDRAGFEMSFLADAGYTGKLDFDVTDIGTMALHIGANEDQETRVRIPEVSCKSLYIDDADVTTVNGAGRGITQFDDAISKVSEVRSRLGAYQNRLESTVSSLDTFEENMTGAQSRLTDADMASEMTDYTHQNVLNQAAISVLTQANDLPQ

【0108】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２の例は、配列番号８に示す。ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２は本明細書でまた、ＲｉＦｌａＡ２又はＲＩＦｌａＡ２又はＲｉ２又はＲＩ２としても引用される。

【0109】

配列番号８は以下の配列を有する。
MVVNHNMALICESRQLRCNVKNMEKSSKKLATGYKLLGANDDAAGLQISETMRHQTRGLNKASRNSQDGISMLQTADAALQETQEVLDRMTDLTTQAANDINTDADRRAIQDEIDQLNQEVDRIAYTTNFNQQYILADGTPQARPGYYMIQTGSLAGQGIEIKFVNASKESLGVDKVDVSSHAKATESIAVVQNAIEKAASFRDTFGAQQERLEHALRGTDNTSESTQRAESSRRDTNMNMEMVQYSTNRILVQASQSILAQYNDDAKYVLEMLKQVLQILQ

【0110】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ３の例は、配列番号１０に示す。ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ３は本明細書でまた、ＲｉＦｌａ３又はＲＩＦｌａ３又はＲｉ３又はＲＩ３としても引用される。

【0111】

配列番号１０は以下の配列を有する。
MVVQHNMTAMNANRMLGVTTSAQAKSSEKLSSGYRINRAGDDAAGLTISEKMRSQIRGLNKASDNAQDGISLIQVAEGALSETHSILQRMNELATQAANDTNTTADRGAIQDEINQLTSEINRISSTTQFNTQNLIDGTFANKNLQVGSICGQRITVSIDSMSAGSLNVSANLVKVNTFSAAGEAMSNIQGAISAISTQRSYLGALQNRLEHTISNLDNISENTQSAESRIRDTDMAEEMVTYSKNNILAQAGQSMLAQANQSTQGVLSLLQ

【0112】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４の例は、配列番号１２に示す。ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４は本明細書でまた、ＲｉＦｌａ４又はＲＩＦｌａ４又はＲｉ４又はＲＩ４としても引用される。

【0113】

配列番号１２は以下の配列を有する。
MAMVVQHNMSAMNANRNLGVTTGMQAKSSEKLSSGYKINRAADDAAGLSISEKMRSQIRGLNKASDNAQDGISLIQTAEGALNESHSILQRMRELSVQAANGTETDDDREAVQNEVSQLQEELTRISETTEFNTMKLLDGSQSGSTSSTGSGPKFGVVDATLDGALVTSNVKGIKVATAAATTTKAGQETAIWAADGKTLTLNLSKNKVYTQDEIDDLIANAKQEDSSATGAPAEVKVSLKNGIFNADADTTAGTVTAGGVKAVSDEGTVTGFVGADTISFTANKYGAEFNDTVFKFKFDKAAGKEEVETNTAIEIDGAN
AVTAGEYTIHLAAGKEYTAEDLEDVLKTAGFDFDVKLSGNTPDEPNTLFATSGASTVTDITMGAGTAGAGLGSTDAMWGQAGYDSVSSGAGITLQIGANEGQTMSFSIDDMSARALGVDGNKVDLSTQAGAQKATDTIDAAIKKVSAQRGRMGAIQNRLEHTISNLDTAAENTQTAESRIRDTDMAEEMVEYSKNNILAQAGQSMLAQANQSTQGVLSLLQ

【0114】

用語「ポリペプチドＦｌａＡ１」、「ＦｌａＡ１ポリペプチド」、「ポリペプチドＦｌａ１」及び「Ｆｌａ１ポリペプチド」は本明細書で互換的に使用される。用語「ポリペプチドＦｌａ２」及び「Ｆｌａ２ポリペプチド」は本明細書で互換的に使用される。用語「ポリペプチドＦｌａ３」及び「Ｆｌａ３ポリペプチド」は本明細書で互換的に使用される。用語「ポリペプチドＦｌａ４」及び「Ｆｌａ４ポリペプチド」は本明細書で互換的に使用される。

【0115】

一態様において、ロゼブリア属フラジェリンは、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、Ｆｌａ３及びＦｌａ４からなる群から選択される。一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンは、Ｆｌａ２、Ｆｌａ１、Ｆｌａ４及びその組合せからなる群から選択される。さらなる実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンはＦｌａ２である。

【0116】

一態様において、ロゼブリア属フラジェリンは、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ３、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４からなる群から選択される。一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンは、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４、及びその組合せからなる群から選択される。さらなる実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンは、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２及びその組合せから選択される。別の実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンは、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２である。

【0117】

一実施形態において、本発明は、ロゼブリア属フラジェリンをコードする、少なくとも１つのポリヌクレオチド配列の使用を包含している。例えば、本発明は、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、又は少なくとも５つのロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の組合せの使用を包含している。

【0118】

一実施形態において、本発明は、少なくとも１つのロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の使用を包含している。例えば、本発明は、少なくとも２つ、少なくとも３つ、少なくとも４つ、又は少なくとも５つのロゼブリア属フラジェリンをコードするポリペプチド配列の組合せをコードするポリヌクレオチド配列の使用を包含している。

【0119】

ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、ＦｌａＡ１、ＦｌａＡ２、ｆｌａ３、ｆｌａ４又はその組合せをコードしてもよい。

【0120】

一部の実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の組合せには、少なくとも２つ、３つ、４つ又は５つの異なるロゼブリア属種から誘導され、又は誘導可能であるフラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列を含む。

【0121】

一部の実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、少なくとも２つ、３つ、４つ又は５つの異なるロゼブリア属種から誘導され、又は誘導可能であるロゼブリア・ラジェリンの組合せをコードする。

【0122】

別の実施形態において、本発明は、少なくとも１つのロゼブリア属フラジェリンと、ロ
ゼブリア属フラジェリンをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド配列の組合せの使用を包含する。

【0123】

ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の例としては、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス及びロゼブリア・イヌリニボランスなどのロゼブリア属細菌から誘導され、又は誘導可能であるフラジェリンが挙げられる。一実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、ロゼブリア・ホミニスから誘導され、又は誘導可能であるロゼブリア属フラジェリンをコードする。別の実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、ロゼブリア・インテスチナリスから誘導され、又は誘導可能であるロゼブリア属フラジェリンをコードする。

【0124】

ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の例としては、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、若しくは配列番号１２、又はそのバリアント、ホモログ、断片、若しくは誘導体に対して少なくとも７５％同一性を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９若しくは配列番号１１、又はそのバリアント、ホモログ、断片、若しくは誘導体に対して少なくとも７５％同一性を有するポリヌクレオチド配列が挙げられる。

【0125】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、又は配列番号１２として示した配列を有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を有する。

【0126】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号１、配列番号３、配列番号５、配列番号７、配列番号９、又は配列番号１１として示したポリヌクレオチド配列を有する。

【0127】

ロゼブリア・ホミニスのフラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の例は、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１及びＦｌａ２をコードしているポリヌクレオチド配列である。

【0128】

ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１をコードするポリヌクレオチド配列の例を、配列番号１として示す。

【0129】

配列番号１は以下の配列を有する。
ATGGTAGTACAGCACAATCTTACAGCAATGAACGCTAACAGACAGTTAGGTATCACAACAGGCGCACAGGCTAAGTCTTCTGAGAAGTTATCTTCTGGTTACAAGATCAACCGCGCAGCAGATGACGCAGCAGGTCTTACGATTTCCGAGAAGATGAGAAGCCAGGTTAGAGGCTTAAATAAAGCTTCTGACAACGCACAGGATGGTGTATCCCTTATTCAGGTAGCTGAGGGTGCATTAAGTGAGACACACTCCATCTTACAGCGTATGAATGAGTTAGCAACTCAGGCAGCAAACGATACCAATACAACCTCAGACAGAACTGCAGTTCAGCAGGAGATCAACCAGTTAGCATCTGAGATCACCAGAATCGCTTCTACAACTCAGTTCAACACAATGAACCTGATCGATGGTAACTTCACAAGTAAGAAGCTTCAGGTAGGTTCCCTTTGCGGACAGGCTATCACAATCGATATCTCTGATATGTCTGCTACAGGTCTTGGCGTTAGCGGATTAGTAGTATCTTCCTTCTCTGCAGCTGGTAAGGCAATGTCTGCAGCTCAGGATGCTATCAGCTACGTATCTTCTATGCGTTCTAAGCTGGGTGCATTACAGAACAGACTTGAGCACACAATCTCCCACCTGGACAACATTTCTGAGCACACATCTTCTGCAGAGTCTCGTATCCGTGATACAGATATGGCTGAAGAGATGGTTGAGTACAGCAAGAACAACATCCTTGCTCAGGCAGGACAGTCTATGCTTGCTCAGGCTAACCAGTCTACTCAGGGTGTATTATCCTTATTACAGTAA

【0130】

ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列の例を、配列番号３として示す。

【0131】

配列番号３は以下の配列を有する。
ATGGTGGTTAATCATAATATGGCGGCAATCTGTGAGAGCAGGCAGCTGCGCTATAACGTGAAGAAGATGGAAAAATCTTCCAAAAAGCTTGCGACAGGGTACAAGCTGAACACAGCAAATGATGATGCGGCAGGCTTGCAGATATCAGAGACGATGCGGCATCATGTGAAAGGGCTGAACAAAGCCTCCCGGAATTCACAGGACGGCATCAGTATGCTGCAGACGGCGGATGCAGCGCTCCAAGAGACGCAGGATGTTCTCGATCGTATGGTGGAGCTGACGACGCAGGCAGCCAATGACATCAACACAGACTCGGATCGCAGGGCTATTCAGGATGAGTTGGATCAGCTGAACAAGGAAGTGGACCGCATCGCCTATACGACGCACTTCAATCAGCAGTATATGTTGGCGGAGGGAACGCCGCAGGCGGCACCGGGATATTACCGCATACAGTCCGGGGCACTGAACGGACAGGCGATAGATATCCATTTTGTAAATGCGAGCAAGGAGAGCCTTGGCACAGACAAAGTGAATGTATCTTCGCATGCGAAGGCGTCGGAATCCATCACGATGGTTCAGGACGCGATTGAACAGGCGGCGCTCTGGAGAGACGAGTTCGGCAGCCAGCAGGAGCGTCTGGAACATGCCGTGCGCAATACGGACAACACATCACAAAATACGCAGAGTGCGGAGTCAGGGATCAGAGACACCAACATGAATATGGAGATGGTATTATATTCGACCAACCGGATTCTGGTGCATGCATCCCAGAGTATTCTGGCACAGTATAATGATGATGCAAAATCAGTGCTTGAGATTTTGAAATAG

【0132】

ロゼブリア・インテスチナリスのフラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の例は、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１、Ｆｌａ２、Ｆｌａ３及びＦｌａ４をコードするポリヌクレオチド配列である。

【0133】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１をコードするポリヌクレオチド配列の例を、配列番号５として示す。

【0134】

配列番号５は以下の配列を有する。
ATGCGTGGCGGAGACAATAGAAGGAGAAACAGAATGAGAATTAATTACAATGTGTCAGCAGCGATTGCGAATAAACATTTACTTGGAATTGAGGATAATTTAAGTGCATCGATGGAACGGCTTTCATCGGGACTTAAGATCAACCATTCCAAGGACAATCCGGCAGGAATGGCTATTTCCAACAAGATGAAAGCACAGATTGATGGTTTAAACCGGGCTTCCCAGAATGCATCGGATGGTATTTCTGTTATTCAGATCGCAGATGGTGCGCTGAGTGAAACGACCAGTATTTTACAGCGTATGAGAGAACTTTCCGTGCAGGCAGCGAGTGATGCAACAATGACACCGGCGGATAAAGAAGCAATCCAGAAAGAAATCACTTCATTAAAAGATGAAGTTGACCGTATTTCTACAGATACAGAGTATAACAGCAAAACACTTTTAGATGGTTCATTAGATACCAGGGTTTACACCAAAAATGCAACAAGAGTGGACATTTCTGATCATGTGAAAGCAGGACAGTATCAGCTTTCCATTGATACTGCAGCTACACAGGCCGGACCGGTAACAGCAAATCAGAATTATAATTCCACAGCACCGGTCGGTGCGTCCGGAACAATGAGTATTAATGGTTCTAAAGTAGAGATAGAGGCAGCCGACACCTATGCGGAGGCTTTTGAGAAGATCAGAAATGCAGCAGAGACTGGTGAAACAACCGTTAAGATTGAAAAGAATGGAGCACTTTCATTTACCGCAGAACAGTACGGAATGTCAAGCATCTTAGAGATCGCATTNNTGATGATAAGCAGCTTGCTAATGCACTTGGATTTACAGCAGACGGAGGAAACAGTGTTGTAGAAGATCCAGAGAATAAAGGCAGCTATGTATACGGACAGATTCAGAATGGCAAAGTGATCGTACCTTCCGGTACAGATGCCGAAGTAACGCTCACAAAACCGAGTGATGGAACCGGATTTGGTGATACAGCTACGGTAAAAACAGATGGAAATAAGATTACGGTTACAGACAGAGCCGGATTTGAGATGTCATTTCTTGCTGATGCAGGTTATACGGGTAAGCTGGATTTTGATGTCACGGATATCGGAACGATGGCACTTCATATTGGAGCAAATGAGGATCAGGAAACAAGAGTGCGTATTCCGGAGGTTTCCTGCAAGAGCCTTTACATTGATGATGCAGACGTGACGACTGTAAATGGAGCAGGCAGAGGTATCACACAGTTTGACGATGCCATTTCAAAGGTCAGTGAAGTGCGTTCAAGACTTGGTGCATACCAGAATCGTCTTGAGAGTACGGTATCAAGCCTGGATACGTTTGAAGAAAATATGACAGGAGCCCAGTCACGACTGACAGATGCGGATATGGCATCGGAAATGACAGATTATACACATCAGAATGTATTAAATCAGGCAGCAATCTCTGTTTTGACACAGGCAAACGATCTGCCACAGCAGGTATTGCAGATTCTGCAGTAA

【0135】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列の例を、配列番号７として示す。

【0136】

配列番号７は以下の配列を有する。
ATGGTAGTTAATCATAATATGGCATTGATCTGTGAGAGTAGACAGTTACGATGTAATGTGAAGAACATGGAGAAGTCTTCAAAAAAGCTGGCAACAGGTTATAAATTGCTTGGAGCAAATGATGATGCAGCAGGATTACAGATATCAGAAACCATGCGTCATCAGACCAGAGGTCTTAACAAAGCATCCAGAAATTCGCAAGATGGAATTAGTATGCTGCAGACAGCAGATGCAGCATTACAGGAGACACAGGAAGTGTTGGATCGAATGACGGATCTGACAACACAGGCAGCTAATGATATCAATACGGATGCGGATCGTCGTGCAATTCAGGATGAAATCGATCAGTTAAATCAGGAAGTGGATCGTATTGCATATACGACGAATTTTAATCAGCAGTATATATTAGCGGATGGAACTCCGCAGGCAAGACCAGGATACTATATGATACAGACAGGAAGTCTTGCGGGACAGGGAATA
GAGATTAAGTTTGTTAATGCGAGCAAAGAGAGCTTGGGTGTGGACAAGGTTGATGTATCATCGCATGCAAAAGCGACAGAATCTATAGCAGTGGTACAGAATGCAATTGAAAAGGCAGCTTCGTTTAGAGATACATTTGGGGCACAACAGGAGCGGTTAGAACACGCATTGCGTGGAACGGATAATACATCAGAAAGTACACAGAGGGCAGAATCAAGTAGACGCGATACCAACATGAATATGGAGATGGTACAATATTCTACAAACCGTATTTTAGTACAGGCATCTCAGAGTATTTTAGCACAGTACAATGATGATGCAAAATATGTGTTGGAAATGTTAAAATAG

【0137】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ３をコードするポリヌクレオチド配列の例を、配列番号９として示す。

【0138】

配列番号９は以下の配列を有する。
ATGGTAGTACAGCACAATATGACCGCAATGAATGCGAACAGAATGTTAGGCGTTACAACAAGCGCACAGGCAAAATCTTCAGAGAAATTATCTTCTGGTTACAGAATCAACCGTGCAGGTGATGACGCTGCTGGTTTAACAATTTCTGAGAAGATGAGAAGCCAGATCCGTGGATTAAACAAAGCTTCTGACAACGCACAGGATGGTATTTCCTTAATCCAGGTTGCTGAGGGTGCATTATCTGAGACACATTCTATCTTACAGCGTATGAATGAGTTAGCTACTCAGGCTGCTAACGATACCAATACAACTGCTGATAGAGGAGCTATTCAGGATGAGATCAACCAGTTAACATCTGAGATTAACAGAATCTCTTCTACAACTCAGTTCAATACTCAGAACCTCATCGATGGTACATTCGCAAATAAAAACCTTCAGGTTGGTTCTATCTGTGGACAGAGAATTACTGTTTCTATCGACAGTATGTCTGCTGGTAGCTTAAATGTATCTGCTAACTTAGTAAAGGTTAACACTTTCAGTGCAGCAGGTGAAGCAATGTCCAATATTCAGGGTGCTATTTCTGCAATTTCTACACAGCGTTCTTACTTAGGAGCTCTTCAGAATCGTCTGGAGCATACAATCTCCAACTTGGACAACATTTCTGAGAATACTCAGTCTGCTGAATCTCGTATCCGTGATACAGATATGGCTGAAGAGATGGTTACTTACAGCAAGAACAATATTCTTGCTCAGGCAGGACAGTCTATGCTTGCTCAGGCTAACCAGTCTACTCAGGGTGTACTTTCTCTGTTACAGTAA

【0139】

ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４をコードするポリヌクレオチド配列の例を、配列番号１１として示す。

【0140】

配列番号１１は以下の配列を有する。
ATGGCAATGGTAGTACAGCACAACATGTCCGCAATGAATGCGAACAGAAATTTAGGTGTTACAACAGGAATGCAGGCAAAATCATCAGAGAAGTTATCTTCCGGTTACAAGATCAACCGTGCAGCAGATGATGCAGCAGGACTTTCTATTTCTGAGAAGATGAGAAGCCAGATCCGCGGTTTAAATAAAGCATCTGACAATGCACAGGATGGTATCTCTTTAATCCAGACCGCTGAGGGAGCATTAAATGAGTCCCACTCTATTTTACAGAGAATGAGAGAGTTATCCGTACAGGCAGCCAACGGTACAGAGACAGATGACGACCGCGAGGCAGTACAGAACGAGGTTTCCCAGTTACAGGAAGAGCTGACAAGAATTTCTGAGACAACAGAGTTCAACACGATGAAGCTGCTGGATGGTTCTCAGAGTGGAAGTACATCTTCAACCGGGTCAGGTCCGAAGTTTGGTGTTGTAGATGCAACATTAGACGGTGCACTTGTAACATCTAACGTGAAAGGTATTAAAGTAGCAACAGCAGCTGCCACAACAACAAAGGCAGGTCAGGAGACTGCTATCTGGGCTGCTGATGGAAAGACATTAACTTTAAATCTTTCGAAAAATAAGGTATATACACAGGACGAAATTGATGACTTGATCGCAAATGCAAAACAGGAAGACAGTTCTGCAACGGGTGCACCGGCTGAAGTGAAAGTATCTTTAAAGAATGGTATTTTTAATGCAGATGCAGACACAACTGCCGGAACTGTAACAGCCGGTGGTGTGAAGGCAGTATCTGATGAAGGAACAGTAACTGGATTTGTTGGTGCAGATACAATTTCATTTACGGCAAATAAGTATGGAGCAGAGTTCAATGATACTGTATTTAAATTCAAATTTGATAAGGCAGCAGGCAAAGAAGAAGTAGAGACAAATACAGCAATTGAAATTGATGGAGCAAATGCGGTAACAGCAGGTGAATATACAATTCATCTTGCAGCAGGCAAAGAATATACGGCAGAAGATTTAGAAGATGTTCTTAAAACGGCAGGATTCGACTTTGATGTTAAATTAAGTGGAAATACACCAGATGAGCCAAATACTTTATTTGCAACCAGTGGCGCATCAACTGTGACTGATATTACAATGGGTGCTGGCACCGCCGGAGCTGGTCTTGGAAGTACAGATGCTATGTGGGGGCAAGCTGGTTATGACAGTTATCTTCTGGTGCTGGCATTACCTTGCAGATTGGTGCAAATGAAGGTCAGACCATGAGTTTCTCTATCGATGACATGAGTGCAAGAGCACTTGGCGTAGATGGCAACAAAGTTGATTTAAGCACACAGGCTGGCGCACAGAAAGCAACTGATACCATTGATGCAGCAATCAAGAAAGTATCTGCACAGCGTGGTAGAATGGGTGCGATCCAGAACCGTCTGGAGCACACCATCAGCAACCTTGATACAGCAGCAGAGAATACCCAGACTGCAGAGTCCCGTATCCGTGATACAGATATGGCAGAAGAGATGGTTGAGTACTCCAAGAACAACATTCTTGCACAGGCAGGTCAGTCTATGCTTGCACAGGCGAACCAGTCTACACAGGGTGTACTCTCCTTATTACAGTAA

【0141】

一態様において、ポリヌクレオチド配列は、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、Ｆｌａ３及びＦｌａ４からなる群から選択される、ロゼブリア属フラジェリンをコードする。一実施形態にお
いて、ポリヌクレオチド配列は、Ｆｌａ２、Ｆｌａ１、Ｆｌａ４及びその組合せからなる群から選択されるロゼブリア属フラジェリンをコードする。さらなる実施形態において、ポリヌクレオチド配列は、ロゼブリア属フラジェリンＦｌａ２をコードする。

【0142】

一態様において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ３をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４をコードするポリヌクレオチド配列からなる群から選択される。一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ１をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ４をコードするポリヌクレオチド配列又はその組合せからなる群から選択される。さらなる実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、ロゼブリア・ホミニスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列及びその組合せからなる群から選択される。別の実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａ２をコードするポリヌクレオチド配列である。

【0143】

フラジェリンの治療効果は、機能アッセイによって本発明者らによって評価された。

【0144】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンは、切断型ロゼブリア属フラジェリンである。例えば、切断型ロゼブリア属フラジェリンは、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０、又は配列番号１２として示したポリペプチドの、少なくとも２０、３０、４０、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、又は２００アミノ酸を含む。

【0145】

一実施形態において、切断型ロゼブリア属フラジェリンは、切断型ロゼブリア・ホミニスのフラジェリン又は切断型ロゼブリア・インテスチナリスのフラジェリンである。

【0146】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、切断型ＦｌａＡ１、Ｆｌａ２、Ｆｌａ３又はＦｌａ４をコードする。例えば、ポリヌクレオチド配列は、配列番号２、配列番号４、配列番号６、配列番号８、配列番号１０又は配列番号１２として示したポリペプチドの、少なくとも２０、３０、４０、５０、７５、１００、１２５、１５０、１７５、又は２００アミノ酸を含む切断型ロゼブリア属フラジェリンをコードする。

【0147】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列は、切断型ＦｌａＡ１又はＦｌａ３をコードする。

【0148】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリンは融合ポリペプチドである。例えば、ポリペプチドは、グルタチオンＳ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）に融合している。

【0149】

【表1】

【0150】

【表2】

【0151】

モジュレーション／調節
用語「モジュレーション」及び「調節」は、本明細書において互換的に使用される。

【0152】

一実施形態において、用語「モジュレーション」は、増加、及び／又は誘導、及び／又は促進、及び／又は活性化を意味する。他の実施形態において、用語「モジュレーション」は、減少、及び／又は軽減、及び／又は阻害を意味する。

【0153】

一実施形態において、用語「調節」は、上方調節を意味する。他の実施形態において、用語「調節」は、下方調節を意味する。

【0154】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又はロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が、組織又は器官の炎症を軽減する。

【0155】

例えば、（腸などの）消化管又はその部分の炎症が軽減される。

【0156】

本明細書で使用される用語「炎症」は、発赤、腫れ、痛み、圧痛、熱及び免疫系の過剰反応によって引き起こされた、炎症過程による組織又は器官の乱れた機能の１又は２以上を意味する。

【0157】

対象における炎症の軽減は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前後の、対象中の組織、血清及び／又は便試料中の、炎症誘発性サイトカイン及びケモカインのレベルを決定することによって決定することができる。例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－４、ＩＬ５、ＩＬ６、ＩＬ－８、ＩＬ－１２、ＩＬ－１３、ＩＬ－１７、ＩＬ－２１、ＩＬ－２２、ＩＬ２３、ＴＮＦα、ＩＦＮγ、ＣＸＣＬ１、ＣＸＣＬ１０、ＣＣＬ２、ＣＣＬ２０血清、及び便カルプロテクチン、ＳＡ１００９／ＳＡ１００８カルシウム結合タンパク質、及び１型インターフェロン、ＣＤ１６３、ＣＤ１４などのＣＤマーカー、ＮＦ－κＢ、ＳＴＡＴ及びＭＡＰキナーゼなどの炎症性転写因子、ｃ－応答性タンパク質（ＣＲＰ）、赤血球沈殿速度（ＥＳＲ）、補体タンパク質、血清アルブミン、標的組織及び器官の組織学的評価、疾患活性指標のうちの１又は２以上のレベルをモニタリングすることができる。さらに、ヒトの研究において、生活の質（ＱｏＬ）質問を、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前後に実施することができる。

【0158】

一実施形態において、対象において炎症する組織又は器官の量は、ロゼブリア属フラジ
ェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前に、対象において炎症する組織又は器官の量と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％、又は５０％低い。

【0159】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、組織又は器官の上皮細胞による炎症を軽減する。

【0160】

例えば、上皮細胞は、（腸などの）消化管又はその部分の上皮細胞である。

【0161】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、対象におけるＴ細胞の産生を増加させる。

【0162】

一実施形態において、Ｔ細胞は、ＴＬＲ５（Ｔｏｌｌ様受容体５）を発現可能な制御性Ｔ細胞などの制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇとも呼ばれる）である。

【0163】

理論に束縛されることを望まずに、Ｔｒｅｇ数の増加が、炎症、自己免疫及びアレルギー／アトピー状態を駆動するＴｈ１、Ｔｈ１７及びＴｈ２などの他のエフェクターＴ細胞（またＴｅｆｆｓとも呼ばれる）の効果に対抗するであろう。したがって、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌のその性質は、Ｔｅｆｆ／Ｔｒｅｇ細胞バランスが欠損する多くの疾患、例えばクローン病及び潰瘍性大腸炎に取り組むために活用可能である。

【0164】

一実施形態において、対象におけるＴ細胞の産生は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＴ細胞の数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多いＴ細胞、又は
１００％を超えて多いＴ細胞が存在するように、増加される。

【0165】

本明細書で使用される用語「免疫系」は、適応免疫系及び／又は自然免疫系を意味しうる。

【0166】

一態様において、本発明は、対象の適応免疫系を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0167】

本明細書で使用される場合、用語「適応免疫系」は、「特異的免疫系」としても公知であり、病原体増殖を排除又は阻止する、高度に特殊化した全身の細胞及び過程を意味する。適応免疫応答は、脊椎動物免疫系に、（免疫を生じるために）特定の病原体を認識し、記憶し、病原体に遭遇するたびに、より強力な攻撃を開始する能力を付与する。

【0168】

本明細書で使用される場合、「適応免疫系を調節すること」は、適応免疫系の活性を誘導すること、及び／又は活性のベースラインレベルに対して、活性のレベルを増加させることによって、免疫ホメオスタシス機構を促進することを意味する。好ましくは、適応免疫系は、免疫調節に対してモジュレートされ（免疫活性化には向かわず、したがって炎症を減少させる）。

【0169】

適応免疫系に関連する、とりわけＴ細胞の機能に関係する欠損及び障害は、多くの炎症及び自己免疫疾患に関連する。Ｔｈ１、Ｔｈ２及びＴｈ１７に関連するＴ細胞応答は、アトピー性、炎症性及び自己免疫疾患に関連する。制御性Ｔ細胞（Ｔｒｅｇ）集団を改善又は増加させる治療が、過剰なＴｈ１、Ｔｈ２及びＴｈ１７細胞応答によって駆動された疾患を制御する上で重要である。

【0170】

本発明の別の態様は、対象の自然免疫系を調節するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。

【0171】

本明細書で使用される場合、用語「自然免疫系」は、非特異的免疫系としても公知であり、他の生物による感染に対する即時防御を非特異的に宿主に付与する細胞及び機構を含む。これは、自然系の細胞が、包括的に病原体を認識し、それに応答するが、適応免疫系とは異なり、宿主に持続性又は保護免疫を付与しないことを意味する。

【0172】

本明細書で使用される場合、用語「自然免疫系を調節すること」は、自然免疫系の活性を誘導すること、及び／又は免疫ホメオスタシスを促進するように、活性のベースラインレベルに対する活性のレベルを増加させることを意味する。

【0173】

上皮バリア、デフェンシン、ケモカイン及びサイトカインなどの自然免疫ペプチドの欠損、又は不完全なＴＬＲシグナリングのいずれかに起因する、自然免疫機能の欠損又は異常調節は、腸を含む種々の体器官において、炎症性疾患のリスクの増加と関連する。その
ような疾患には、炎症性腸疾患が含まれる。

【0174】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は免疫寛容を修復する。

【0175】

本明細書で使用される場合、用語「免疫寛容」は、免疫系が自己抗原などの抗原を攻撃しない過程を意味する。

【0176】

本明細書で使用される場合、用語「免疫寛容を修復すること」は、抗原に対する免疫寛容のレベルが、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合、より高くなるような、対象における１又は２以上の（自己抗原などの）抗原に対する免疫寛容の修復を意味する。

【0177】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、樹状細胞及び／又は上皮細胞を活性化する。

【0178】

本明細書で使用される場合、用語「樹状細胞を活性化する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合の、対象における（樹状細胞などの）細胞による、１又は２以上の（Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカー、ＣＤ８０及びＣＤ８６及びＣＤ４０などの）細胞マーカーの上方調節、及び／又は１又は２以上の（ＩＬ－１０及びＴＧＦβなどの）サイトカインの産生の増加を意味する。

【0179】

本明細書で使用される用語「Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ」は、ＭＨＣクラスIIの細胞マーカーを意味する。

【0180】

ＣＤ４０は、免疫において必須の役割を有し、共刺激分子の最も十分に特徴付けられたものの１つである。この受容体、腫瘍壊死因子受容体ファミリーの一メンバーは、樹状細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞によって発現される。ＣＤ４０は、そのリガンドＣＤ４０Ｌに結合し、このリガンドは、炎症状態の下、Ｔ細胞及び他の非免疫細胞上に
一過性に発現する。

【0181】

ＣＤ４０Ｌは、Ｔ細胞マーカーの一例である。ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、ＣＴＬＡ－４、Ｌｙ６ｇ及びＣＤ１１ｂが、さらなるＴ細胞マーカーの例である。

【0182】

ＣＤ８０及びＣＤ８６は、（樹状細胞などの）抗原提示細胞上に発現し、Ｔ細胞応答の発達及び共刺激に必要である。Ｔ細胞上のＣＤ２８及びＣＴＬＡ－４分子は、ＣＤ８０及びＣＤ８６共刺激抗原に対する受容体として働く。

【0183】

ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ２５、ＦｏｘＰ３、ＣＴＬＡ－４、Ｌｙ６ｇ及びＣＤ１１ｂが、結腸制御性Ｔ細胞のマーカーの例である。

【0184】

理論に束縛されること望まずに、Ｌｙ６ｇ（例えば、Ｌｙ６ｇ６ｃ及びｌｙ６ｇ６ｅ）の枯渇が、腸及び気道の両方で、感染リスクを増加させ、好中球減少症などの疾患に関連する。したがって、一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、好中球減少症を処置するのに使用される。

【0185】

本発明の別の態様は、対象における免疫ホメオスタシスを維持するのに使用するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌に関する。本明細書で使用される場合、「免疫ホメオスタシスを維持すること」は、変化している状態に応答して、経口寛容又は免疫安定性を維持するための、体の免疫系の自己調節を意味する。経口寛容は、健康な腸における、食物及び片利共生細菌に対する通常の免疫応答を意味する。これらは、セリアック病、クローン病や潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患において欠損する。したがって、一態様において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、セリアック病、クローン病や潰瘍性大腸炎などの炎症性腸疾患を処置するのに使用される。

【0186】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上の細胞マーカーの数が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上の細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％
、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上の細胞マーカー、又は細胞（複数可）上の１００％を超えて多く、細胞（複数可）上の細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに又はあるいは、細胞マーカーを有する対象における細胞の数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象における細胞マーカーを有する細胞の数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0187】

一態様において、細胞はＴ細胞である。

【0188】

別の態様において、細胞は、（腸の細胞などの）消化管の細胞である。

【0189】

さらなる態様において、細胞は、結腸及び／又は小腸制御性Ｔ細胞であり、ＣＤ４又はＣＤ８陽性のいずれかであってもよい。

【0190】

一態様において、細胞マーカーは、Ｔ細胞マーカーである。別の態様において、細胞マーカーは、結腸Ｔ細胞マーカーである。

【0191】

タイプＩ－Ａ／Ｉ－Ｅであるマーカーは、細胞マーカーの例である。ＣＤ４０は、樹状細胞上に両方見られる細胞マーカーの別の例である。

【0192】

一実施形態において、対象におけるサイトカインのレベルは、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるサイトカインレベルと比較した場合、サイトカインレベルが、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％高く、又は１００％を超えて高く、増加する。

【0193】

樹状細胞の例としては、骨髄樹状細胞及び腸粘膜樹状細胞が挙げられる。

【0194】

本明細書で使用される用語「上皮細胞を活性化する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象における発現レベルと比較した場合の、対象における上皮細胞による１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現における増加を意味する。

【0195】

本明細書で使用される用語「炎症誘発性遺伝子」は、発現すると、炎症を促進する遺伝子を意味する。炎症誘発性遺伝子の例としては、ＩＬ１－β、ＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ６、
ＩＬ８、ＩＬ１２、ＩＬ１３、ＩＬ１７、ＩＬ２１、ＩＬ２２、ＩＬ２３、ＩＬ２７、ＩＦＮγ、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ５、ＣＣＬ２０、ＣＸＣＬ５、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１２、ＣＸＣＬ１３及びＴＮＦ－αをコードする遺伝子が挙げられるが、これらに制限はされない。

【0196】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、サイトカインの産生を上方調節する。

【0197】

本明細書で使用される用語「サイトカインの産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるサイトカインのレベルと比較した、対象におけるサイトカインのレベルの増加を意味する。

【0198】

一実施形態において、対象におけるサイトカインのレベルは、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合、サイトカインレベルが、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％高い、又は１００％を超えて高いように、増加する。

【0199】

別の実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、ＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を上方調節する。

【0200】

本明細書で使用される用語「ＩＬ－１０の産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＩＬ－１０のレベルと比較した、対象におけるＩＬ－１０のレベルの増加を意味する。

【0201】

一実施形態において、対象におけるＩＬ－１０のレベルは、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合、レベルが、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％高い、又は１００％を超えて高いように、増加する。

【0202】

一部の態様において、ＩＬ－１０は、特定のＣＤ１０３＋サブセット中、骨髄由来樹状細胞及び腸粘膜樹状細胞などの樹状細胞によって産生される。

【0203】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチド、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）Ｆｌａポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、対象の１又は２以上の細胞における、免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの産生を上方調節する。

【0204】

免疫応答及び抗原認識に関与する細胞表面マーカーの例としては、ＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ１０３、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ及び／又は種同等物が挙げられる。

【0205】

細胞表面マーカー（例えば、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２）が、異なる種において異なる名前で呼ばれてもよく、又は細胞表面マーカーは、特定の種の細胞においてまだ同定されていなくてもよい。本明細書で使用される用語「種同等物」は、これらの細胞表面マーカーを包含する。

【0206】

本明細書で使用される用語「ＣＤ４０の産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ４０のレベルと比較した、対象におけるＣＤ４０のレベルの増加を意味する。例えば、細胞マーカーＣＤ４０を有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＣＤ４０マーカーの数が増加する。

【0207】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＣＤ４０細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上の細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％
、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上の細胞マーカー、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上の細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに、又はあるいは、細胞マーカーＣＤ４０を有する対象における細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象における細胞マーカーを有する細胞数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0208】

本明細書で使用される用語「Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＩ－Ａ／Ｉ－Ｅのレベルと比較した、対象におけるＩ－Ａ／Ｉ－Ｅのレベルの増加を意味する。例えば、１又は２以上のＩ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーを有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＩ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーの数が増加する。

【0209】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＩ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上のＩ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上のＩ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーが、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上のＩ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに、又はあるいは、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーを有する対象における細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＩ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーを有する細胞数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0210】

本明細書で使用される用語「ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２の産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又はポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、
及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ３１７／ＢＳＴ－２のレベルと比較した、対象におけるＣＤ３１７／ＢＳＴ－２のレベルの増加を意味する。例えば、１又は２以上のＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーを有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーの数が増加する。

【0211】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又はポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上のＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上のＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーが、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上のＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに、又はあるいは、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーを有する対象における細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記Ｆｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーを有する細胞数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0212】

本明細書で使用される用語「ＣＤ１０３の産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又はポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ１０３のレベルと比較した、対象におけるＣＤ１０３のレベルの増加を意味する。例えば、１又は２以上のＣＤ１０３細胞マーカーを有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＣＤ１０３細胞マーカーの数が増加する。

【0213】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＣＤ１０３細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上のＣＤ１０３細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上のＣＤ１０３細胞マーカーが、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上のＣＤ１０３細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに、又はあるいは、ＣＤ１０３細胞マーカーを有する対象における細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（Ｆｌ
ａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記Ｆｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ１０３細胞マーカーを有する細胞数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、ＣＤ１０３細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、ＣＤ１０３細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0214】

本明細書で使用される用語「ＣＤ８０の産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又はポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ８０のレベルと比較した、対象におけるＣＤ８０のレベルの増加を意味する。例えば、１又は２以上のＣＤ８０細胞マーカーを有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＣＤ８０細胞マーカーの数が増加する。

【0215】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＣＤ８０細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上のＣＤ８０細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上のＣＤ８０細胞マーカーが、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上のＣＤ８０細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに、又はあるいは、ＣＤ８０細胞マーカーを有する対象内の細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記Ｆｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ８０細胞マーカーを有する細胞数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、ＣＤ８０細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、ＣＤ８０細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0216】

本明細書で使用される用語「ＣＤ８６の産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又はポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象内のＣＤ８６のレベルと比較した、対象内のＣＤ８６のレベルの増加を意味する。例えば、１又は２以上のＣＤ８６細胞マーカーを有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＣＤ８６細胞マーカーの数が増加する。

【0217】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＣＤ８６細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上のＣＤ８６細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上のＣＤ８６細胞マーカーが、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上のＣＤ８６細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに、又はあるいは、ＣＤ８６細胞マーカーを有する対象内の細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ８６細胞マーカーを有する細胞の数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、ＣＤ８６細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、ＣＤ８６細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0218】

本明細書で使用される用語「ＣＤ８３の産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又はポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ８３のレベルと比較した、対象におけるＣＤ８３のレベルの増加を意味する。例えば、１又は２以上のＣＤ８３細胞マーカーを有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＣＤ８３細胞マーカーの数が増加する。

【0219】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＣＤ８３細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上のＣＤ８３細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上のＣＤ８３細胞マーカーが、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上のＣＤ８３細胞マーカーが存在するように、上方調節される、さらに、又はあるいは、ＣＤ８３細胞マーカーを有する対象内の細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＣＤ８３細胞マーカーを有する細胞の数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、ＣＤ８３細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、ＣＤ８３細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0220】

本明細書で使用される用語「Ｓｉｇｌｅｃ－Ｈの産生を上方調節する」は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象内のＳｉｇｌｅｃ－Ｈのレベルと比較した、対象内Ｓｉｇｌｅｃ－Ｈのレベルの増加を意味する。例えば、１又は２以上Ｓｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーを有している細胞数が増加し、及び／又は細胞上のＳｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーの数が増加する。

【0221】

一実施形態において、対象の細胞（複数可）上のＳｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーの数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象の細胞（複数可）上のＳｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーの数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、細胞（複数可）上のＳｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーが、又は１００％を超えて多く、細胞（複数可）上のＳｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーが存在するように、上方調節される。さらに、又はあるいは、Ｓｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーを有する対象内の細胞数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又はポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるＳｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーを有する細胞の数と比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多く、Ｓｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーを有する細胞が、又は１００％を超えて多く、Ｓｉｇｌｅｃ－Ｈ細胞マーカーを有する細胞が存在するように、増加する。

【0222】

一部の態様において、ＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＣＤ３１７／ＢＳＴ－２、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ８３及び／又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈの産生は、（ＦＬＴ３Ｌにより拡大した寛容性ＣＤ１０３^＋樹状細胞などの）樹状細胞によってである。

【0223】

一実施形態において、対象の１又は２以上の細胞中の、１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現が下方調節される。

【0224】

一実施形態において、１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現レベルは、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合、レベルが少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％少ないように減少する。

【0225】

Ｉ型ＩＦＮ遺伝子の例としては、ＩＦＮ－β１、ＩＦＮ－β３、Ｉｆｉ２０２ｂ、Ｉｆｉ２０３、ＩＦＩ４４、ＩＦＴＩ、ＭＸＩ、ＯＡＳＩ、ＯＡＳ２、ＯＡＳ３、ＯＡＳＬ、Ｉｒｆ３及びＩｒｆ４が挙げられるが、これらに制限はされない。

【0226】

一実施形態において、対象の１又は２以上の細胞中の、１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現が下方調節される。

【0227】

一実施形態において、１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現レベルは、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合、レベルが少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％少ないように減少する。

【0228】

本明細書で使用される用語「腸内微生物叢」は、宿主動物の消化管に生息する微生物を意味する。これらの微生物は、広く様々な、代謝、構造、保護及び他の有利な機能を果たす。

【0229】

本明細書で使用される場合、用語「腸内微生物叢を改善すること」は、対象（例えば宿主）の腸内に存在する微生物の数及び／又は型を増加させること、及び／又はそれらの代謝、構造、保護及び他の有利な機能に関して、前記微生物の活性を増加させることを意味する。例えば、クロストリジウムクラスターXIVａ細菌の数（すなわちレベル）が増加し
、大腸菌の数が減少し、そのような腸内微生物叢における改善が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与されると、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の対象において起こりうる。

【0230】

一実施形態において、対象（例えば宿主）の腸に存在する微生物の数は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合、微生物の数が、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％多い、又は１００％を超えて多いように増加する。さらに、又はあるいは、対象（例えば宿主）の腸に存在する微生物の型は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象における型と比較
した場合、少なくとも５％、１０％又は１５％多く、微生物の型が存在するように増加する。

【0231】

本明細書で使用される用語「食欲を調節すること」は、食物を食する対象の望みをモジュレート（すなわち増加又は減少）するための能力を意味する。

【0232】

一実施形態において、対象における食欲は、刺激（すなわち増加）される。

【0233】

理論に束縛されることを望まずに、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、（満腹ホルモンをコードする遺伝子などの）食欲を抑制することに関係する遺伝子の発現を下方調節することによって、対象の食欲における刺激効果を発揮する。Ａｇｔ、Ｃａｒｔｐｔ、Ｃｃｋ、Ｃｘｃｌ１２及びＧｃｇは、食欲を調節することに関係する遺伝子の例であり、１又は２以上のこれらの遺伝子の下方調節は、食欲の抑制に関係する。

【0234】

Ｃｃｋ及びＧｃｇは、満腹ホルモンの例である。

【0235】

一態様において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象と比較した場合、対象が少なくとも５％、１０％又は１５％多くの食物を摂取するように、対象の食欲を刺激する。さらに、又はあるいは、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の対象と比較した場合、投与の１カ月後に、対象の体重が、少なくとも２％、５％又は１０％多いように、対象における食欲を刺激する。

【0236】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、対象の血中の、コレシストキニン（Ｃｃｋ, cholecystokinin）及び／又は
グルカゴン（Ｇｃｇ，glucagon）のレベルを減少させる。

【0237】

一態様において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の対象と比較した場合、少なくとも５％、１０％、１５％又は２０％まで対象の血中の、コレシストキニン（Ｃｃｋ）及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）のレベルを減少させる。

【0238】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、対象の１又は２以上の細胞中の、コレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現、及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を下方調節する。

【0239】

一態様において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の対象における発現レベルと比較した場合、発現レベルが、少なくとも５％、１０％、１５％又は２０％少ないように、コレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝
子の発現を減少させる。

【0240】

一態様において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の対象における発現レベルと比較した場合、発現レベルが、少なくとも５％、１０％、１５％又は２０％少ないように、グルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を減少させる。

【0241】

本明細書で使用される用語「消化管の健康状態を改善すること」は、消化管又はその部分における炎症レベルを減少させること、及び／又は腸内微生物叢を改善することを意味する。

【0242】

一実施形態において、消化管における炎症レベルは、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の対象の消化管における炎症レベルと比較した場合、少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％低い。

【0243】

一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、Ｔｌｒ５、Ｔｌｒ１、Ｖｎｎ１、Ｄｅｆｂ３７、Ｐｌａ２ｇ、Ｍｕｃ１６、Ｉｔｌｎ、Ｓｐｒｒ１ａ、Ｃｌｄｎ４、Ｐｍｐ２２、Ｃｒｂ３、Ｍａｇｉ３、Ｍａｒｖｅｌｄ３、Ｍｐｐ７、Ｄｅｆｃｒ２０、Ｐｃｇｆ２、Ｌｔｂｐ４、Ｉｇｓｆ８及びＴｃｆｅ２ａから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現を調節する。これらの遺伝子の多くは、腸バリア遺伝子であり、抗細菌性であり、したがって腸内病原体の浸潤性を減少させ、生存能力のある病原体の数も減少させる。

【0244】

一実施形態において、対象の１又は２以上の細胞中の、ＴＬＲ関連遺伝子（例えば、Ｔｌｒ５、Ｔｌｒ１及びＶｎｎ１）、抗細菌ペプチドをコードする遺伝子（例えば、Ｄｅｆｂ３７、Ｐｌａ２ｇ、Ｍｕｃ１６及びＩｔｌｎ）、腸バリア機能遺伝子（例えばＳｐｒｒ１ａ、Ｃｌｄｎ４、Ｐｍｐ２２、Ｃｒｂ３及びＭａｇｉ３）、自然免疫遺伝子（例えばＤｅｆｃｒ２０、Ｐｃｇｆ２、Ｌｔｂｐ４、Ｉｇｓｆ８及びＴｃｆｅ２ａ）からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子の発現が上方調節される。

【0245】

一実施形態において、ＴＬＲ関連遺伝子（例えば、Ｔｌｒ５、Ｔｌｒ１及びＶｎｎ１）、抗細菌ペプチドをコードする遺伝子（例えば、Ｄｅｆｂ３７、Ｐｌａ２ｇ、Ｍｕｃ１６及びＩｔｌｎ）、腸バリア機能遺伝子（例えば、Ｓｐｒｒ１ａ、Ｃｌｄｎ４、Ｐｍｐ２２、Ｃｒｂ３及びＭａｇｉ３）、自然免疫遺伝子（例えばＤｅｆｃｒ２０、Ｐｃｇｆ２、Ｌｔｂｐ４、Ｉｇｓｆ８及びＴｃｆｅ２ａ）からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子の発現が、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較する場合、レベルが少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％高い、又は１００％を超えて高いように、増加する。

【0246】

一実施形態において、Ｔｌｒ５、Ｔｌｒ１、Ｖｎｎ１、Ｄｅｆｂ３７、Ｐｌａ２ｇ、Ｍｕｃ１６、Ｉｔｌｎ、Ｓｐｒｒ１ａ、Ｃｌｄｎ４、Ｐｍｐ２２、Ｃｒｂ３、Ｍａｇｉ３、Ｍａｒｖｅｌｄ３、Ｍｐｐ７、Ｄｅｆｃｒ２０、Ｐｃｇｆ２、Ｌｔｂｐ４、Ｉｇｓｆ８及びＴｃｆｅ２ａからなる群から選択される１又は２以上の遺伝子の発現が、対象の１又は２以上の細胞において上方調節される。

【0247】

一実施形態において、Ｔｌｒ５、Ｔｌｒ１、Ｖｎｎ１、Ｄｅｆｂ３７、Ｐｌａ２ｇ、Ｍｕｃ１６、Ｉｔｌｎ、Ｓｐｒｒ１ａ、Ｃｌｄｎ４、Ｐｍｐ２２、Ｃｒｂ３、Ｍａｇｉ３、Ｍａｒｖｅｌｄ３、Ｍｐｐ７、Ｄｅｆｃｒ２０、Ｐｃｇｆ２、Ｌｔｂｐ４、Ｉｇｓｆ８及びＴｃｆｅ２ａからなる群から選択される１又は２以上の遺伝子の発現レベルが、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較する場合、レベルが少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％高い、又は１００％を超えて高いように、増加する。

【0248】

一実施形態において、対象の１又は２以上の細胞における、アセチル－ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、３－ヒドロキシアシル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ブチリル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ及びホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ［ＡＴＰ］をコードする遺伝子からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子の発現がモジュレートされる。

【0249】

一実施形態において、アセチル－ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、３－ヒドロキシアシル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ブチリル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ及びホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ［ＡＴＰ］をコードする遺伝子からなる群から選択される１又は２以上の遺伝子の発現レベルが、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスな
どの）ロゼブリア属菌が対象に投与される前の、対象におけるレベルと比較した場合、レベルが少なくとも１０％、２０％、３０％、４０％又は５０％高い又は低いように、モジュレートされる。

【0250】

さらなる態様において、本発明は、ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などのフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）の発現が、形質転換前の等価の微生物と比較して増強される（ファーミキューティス、例えばＲ．ホミニス又はＲ．インテスチナリスなどのロゼブリア属などの）形質転換された微生物、及び本明細書で記述したような種々の治療的及び栄養学的使用のためのそれらの使用に関する。例えば、形質転換された微生物は、その微生物が、ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などのフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）をコードする遺伝子の発現を上方調節可能であるように、（プロモーターなどの）ヌクレオチド配列で形質転換されてもよい。別の例において、形質転換された微生物は、その微生物が、ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などのフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）をコードする遺伝子を過剰発現可能であるように、（プロモーターなどの）調節配列に作動可能に連結したＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などのフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターで形質転換されてもよい。

【0251】

本明細書で使用される、用語「発現ベクター」は、宿主において、コード配列の発現に影響を与えることが可能な、１又は２以上の好適な制御配列（複数可）に作動可能に連結する、ＤＮＡコード配列（例えば遺伝子配列）を含むＤＮＡ構築物を意味する。そのような制御配列には、転写をもたらすためのプロモーター、そのような転写を制御するための任意のオペレータ配列、好適なｍＲＮＡリボソーム結合部位をコードする配列、及び転写及び翻訳の終結を制御する配列が含まれる。ベクターは、プラスミド、ファージ粒子、又は単に可能性あるゲノム挿入物であってもよい。好適な宿主に形質転換されると、ベクターは、複製され、宿主ゲノムと独立して機能するか、又はいくつかの例において、そのゲノム自体に統合されうる。プラスミドは、発現ベクターの最も一般的に使用される形態である。しかしながら、本記述は、等価の機能を果たす、当技術分野で公知の、又は公知になる発現ベクターの他の形態も含むことを意図する。

【0252】

用語「作動可能に連結する」は、要素が、機能的に関係することを可能にする配置である、並置を意味する。例えば、プロモーターは、コード配列の転写を制御する場合に、コード配列に作動可能に連結する。

【0253】

組織
一実施形態において、組織又は器官は、消化管又はその部分（例えば食道、胃又は小腸又は大腸などの腸及び結腸）、又は（鼻腔及び肺などの）別の粘膜部位である。

【0254】

一実施形態において、組織又は器官は、消化管又はその部分である。

【0255】

消化管の部分の例としては、食道、胃及び（小腸（例えば十二指腸、空腸及び回腸）及び／又は大腸（例えば盲腸、上行結腸、横行結腸、下行結腸及びＳ字結腸などの）腸が挙げられる。

【0256】

対象
一実施形態において、対象は単胃動物である。

【0257】

単胃動物の例としては、家禽、ヒト、ラット、ブタ、イヌ、ネコ、ウマ及びウサギが挙げられる。

【0258】

別の実施形態において、対象は、単胃哺乳動物などの哺乳動物である。

【0259】

単胃哺乳動物の例としては、（ヒト、ラット及びブタなどの）雑食性動物、（イヌ及びネコなどの）肉食性動物、及び（ウマ及びウサギなどの）草食性動物が挙げられる。

【0260】

一実施形態において、対象はヒトである。

【0261】

典型的に、ＴＬＲ５は、前記対象の細胞において発現されうる。

【0262】

障害
ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリアを、対象における障害を処置することにおいて使用してよく、そこで前記障害は、炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である。

【0263】

一実施形態において、炎症性障害及び／又は自己免疫性障害は、前記対象の消化管、又はその部分に影響を与える。

【0264】

一実施形態において、炎症性障害及び／又は自己免疫性障害は、対象の粘膜部位に影響を与える。粘膜部位の例としては、消化管又はその部分（例えば食道、胃又は小腸又は大腸及び結腸などの腸）、鼻腔及び肺が挙げられる。

【0265】

一実施形態において、炎症性障害及び／又は自己免疫性障害は、リウマチ様関節炎、乾癬、多発性硬化症、Ｉ型糖尿病、セリアック病、アトピー性皮膚炎、鼻炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ，irritable bowel syndrome）、大腸炎、炎症性腸障害（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、クローン病、機能性消化不良、アトピー性疾患、壊死性腸炎及びこれらの組合せからなる群から選択される。

【0266】

一態様において、炎症性障害は大腸炎である。さらなる態様において、炎症性疾患はクローン病、潰瘍性大腸炎又は回腸嚢炎である。

【0267】

一態様において、炎症性障害及び／又は自己免疫性障害は、腸に影響を与える。

【0268】

一態様において、腸障害はＩＢＳである。ＩＢＳの正確な病因は、解明されるべきまま残っている。最近の研究により、ＩＢＳ患者における腸内微生物叢における粘膜炎症と変更と、腸感染との疾患相関を記述された。

【0269】

さらなる態様において、腸障害はクローン病である。

【0270】

一態様において、障害は自己免疫性障害である。

【0271】

一態様において、自己免疫性障害は、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、リウマチ様関節炎、乾癬、多発性硬化症、Ｉ型糖尿病、（セリアック病を含む）アレルギー、アトピー性皮膚炎及び鼻炎からなる群から選択される。

【0272】

特に、免疫寛容を回復することにおけるその機能のために、自己免疫性疾患、リウマチ
様関節炎、乾癬、多発性硬化症、Ｉ型糖尿病が、特に関連する。

【0273】

本明細書で使用される用語「医薬」は、ヒト及び獣医学医薬品における、ヒト及び動物利用両方に対する医薬を包含する。加えて、本明細書で使用される用語「医薬」は、治療的及び／又は有益な効果を提供する、任意の物質を意味する。本明細書で使用される用語「医薬」は、承認が必要な物質に制限される必要はなく、化粧品、栄養補給食品、（例えば餌及び飲料を含む）食物、プロバイオティクス培養、栄養補助剤及び天然医薬品において使用可能である。さらに、本明細書で使用される用語「医薬」は、動物餌、例えば家畜餌及び／又はペットフードへの組込のために設計された産物を包含する。

【0274】

予防適用
本発明による、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリアを、予防適用において使用してもよい。予防適用において、本発明によるロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリアを、疾患を発症するリスクを少なくとも部分的に減少させるのに十分な量で、特定の疾患の疑いのある、又はリスクのある患者に投与する。そのような量は、「予防的有効用量」であると定義される。正確な量は、対象の健康状態と体重などの、いくつかの特定の因子に依存する。

【0275】

カプセル化
一実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａの前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、カプセル化されている。

【0276】

さらなる実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を含む医薬組成物は、カプセル化されている。

【0277】

別の実施形態において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は
（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を含む栄養補助剤は、カプセル化されている。

【0278】

さらなる実施形態において、飼料、食物製品、栄養補助食品又は食物添加物は、カプセル化されている。

【0279】

本明細書で使用される用語「カプセル化される」は、ポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が、標的部位上で効果を持つことができるように、分解又は著しい分解なしに、標的部位（例えば腸）に伝達されうるように、物理的分離によって、不適合環境から、ポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を保護するための手段を意味する。

【0280】

カプセル化の目的が、ポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の、その周辺からの単離である時にさえ、保護コーディング又はシェルは、望む活性の時間にて破裂されなければならない。保護コーティング又はシェルの破裂は典型的に、圧力、酵素攻撃、化学反応及び物理的崩壊などの化学的及び物理的刺激の適用をおよそ通して引き起こされる。

【0281】

例えば、カプセル化は、ポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が、腸内での効果を産生するのに効果的である量で、腸（すなわち標的部位）に伝達され得るように、ポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド配列、及び／又はベクター、及び／又は宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌が接種されることを確かにする。

【0282】

医薬組成物
医薬組成物は、任意の医薬組成物であってもよい。一態様において、医薬組成物は、経口、腸内又は直腸内に投与されるべきである。例えば、組成物は食用組成物であってもよい。「食用」は、ヒト又は動物による消費が認められた材料を意味する。

【0283】

医薬組成物は、医学及び獣医学におけるヒト又は動物での使用のためであってもよい。

【0284】

本明細書で記述した種々の異なる形態の医薬組成物のためのそのような好適な賦形剤の例は、「HandbookofPharmaceutical Excipients, 2nd Edition, (1994), Edited by A Wade and PJWeller」に見出されうる。

【0285】

治療的使用のための許容される担体又は希釈剤は、医薬技術分野で周知であり、例えば、Remington'sPharmaceuticalSciences, Mack Publishing Co. (A. R. Gennaro edit. 1985)に記載されている。

【0286】

好適な担体の例としては、ラクトース、デンプン、グルコース、メチルセルロース、ステアリン酸マグネシウム、マンニトール、ソルビトールなどが挙げられる。好適の希釈剤の例としては、エタノール、グリセロール及び水が挙げられる。

【0287】

医薬担体、賦形剤又は希釈剤の選択は、意図する投与経路及び標準の医薬実施に関して
選択可能である。医薬組成物は、担体、賦形剤又は希釈剤として、又は担体、賦形剤又は希釈剤に加えて、任意の好適な結合剤（複数可）、滑沢剤（複数可）、懸濁剤（複数可）、コーティング剤（複数可）、可溶化剤（複数可）を含んでもよい。

【0288】

好適な結合剤の例としては、デンプン、ゼラチン、グルコースなどの天然糖、無水ラクトース、フリーフローラクトース、ベータ－ラクトース、トウモロコシ甘味剤、アカシア、トラガカント又はアルギン酸ナトリウムなどの天然及び合成ガム、カルボキシメチルセルロース及びポリエチレングリコールが挙げられる。

【0289】

好適な滑沢剤の例としては、オレイン酸ナトリウム、ステアリン酸ナトリウム、ステアリン酸マグネシウム、安息香酸ナトリウム、酢酸ナトリウム、塩酸ナトリウムなどが挙げられる。

【0290】

保存剤、安定化剤、色素及びさらには香味剤を、医薬組成物中で提供してもよい。保存剤の例としては、安息香酸ナトリウム、ソルビン酸及びｐ－ヒドロキシ安息香酸のエステルが挙げられる。抗酸化剤及び懸濁剤を使用されてもよい。

【0291】

栄養補助剤
栄養学的に許容される担体、希釈剤及び賦形剤には、ヒト又は動物消費のために好適な、食物業界で標準として使用されるものが含まれる。典型的な栄養学的に許容される担体、希釈剤及び賦形剤が当業者に知られている。

【0292】

飼料／産物
本発明のさらなる態様は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を含む飼料、食品、栄養補助食品及び食品添加物に関する。

【0293】

本明細書で使用される用語「飼料」、「食品」、「食品添加物」及び「栄養補助食品」は、固体、ジェル状又は液体でありうるすべての消費可能な産物をカバーする意図がある。

【0294】

好適な食品には、例えば機能性食品、食物組成物、ペットフード、家畜餌、健康食品に、飼料などが含まれうる。一態様において、食品は健康食品である。

【0295】

本明細書で使用される用語「機能性食品」は、栄養学的効果を提供可能であるのみでなく、さらなる有益な効果を消費者に伝達可能でもある食物を意味する。したがって、機能性食品は、純粋に栄養学的な効果以外に、特定の機能、例えば医学的又は生理学的利益を食物に付与する、（本明細書で記述されたものなどの）成分又は内容物が内部に配合された通常の食物である。

【0296】

本発明に適用可能な特定の食品の例としては、乳に基づく産物、加工食デザート、例えば乳又は水で再構成するための粉末、チョコレート乳飲料、モルト飲料、加工食、ヒトに対するインスタント食又は飲料、又はペット又は家畜に対して意図された完全又は部分的食餌を表している食物組成物が挙げられる。

【0297】

一態様において、本発明による飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、単胃動物
などのヒト、ペット又は家畜用である。飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、イヌ、ネコ、ブタ、ウシ又は家禽からなる群から選択される動物用であってもよい。さらなる実施形態において、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、成体種、とりわけヒト成人用である。

【0298】

本明細書で使用される用語「乳に基づく産物」は、様々な脂肪含量を有する任意の液体又は半固体牛乳、又は乳清に基づく産物を意味する。乳に基づく産物は、例えば牛乳、山羊乳、羊乳、スキムミルク、全乳、加工なしで粉末乳及び乳清から還元されたミルク、又はヨーグルト、凝固乳、凝乳、酸乳、酸全乳、バターミルク及び他の酸乳産物などの加工製品でありうる。別の重要な群には、乳清飲料、発酵乳、コンデンスミルク、幼児又は乳児乳、フレーバーミルク、アイスクリーム、スイーツなどの乳含有食物などの乳飲料が含まれる。

【0299】

本発明の飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、本明細書において食品又は栄養学的補助食品又は食品添加物とも呼ばれる補助食品であってもよく、又はそれに添加してもよい。

【0300】

本発明による飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物をまた、とりわけ早期離乳期間及び成長肥育期間において、動物栄養素（例えばブタ栄養素）中で使用してもよい。飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、例えばフィード変換効率を増加させることを通して、免疫機能を増強し、感染性疾患を減少及び予防し、微生物叢組成物を有利に変更し、動物の成長と能力を改善することが予期される。

【0301】

プロバイオティクス又は生きた生物学的治療薬
ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、プロバイオティクス又は生きた生物学的治療薬中で使用してもよい。

【0302】

本発明の別の態様は、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌を含む、プロバイオティクス組成物に関する。

【0303】

本明細書で使用される用語「プロバイオティクス」は、宿主の健康又は福祉において有利な効果を有する微生物細胞調製物又は微生物細胞の成分を意味する（Salminen S, Ouwehand A. Benno Y. et al "Probiotics: howshouldthey be defined" Trends Food Sci.
Technol. 1999:10 107-10）。

【0304】

一態様において、プロバイオティクス組成物は、代謝的に活性な、すなわち生及び／又は凍結乾燥、又は非生熱殺、放射照射又は溶解プロバイオティクス細菌の経口投与可能な組成物である。プロバイオティクス組成物は、他の内容物を含んでもよい。プロバイオティクス組成物は、経口、すなわち錠剤、カプセル又は粉末の形態で投与可能である。プロバイオティクス組成物には、細菌種Ｒ．ホミニス又はＲ．インテスチナリスが含まれうる
。それらが嫌気性生物であるので、カプセル化産物がＲ．ホミニス及びＲ．インテスチナリスに対して好ましい。（例えばビタミンＣなどの）他の内容物が、酸素スカベンジャー及び（インビボにて、定着及び生存を改善するような）プレバイオティクス基質として含まれてもよい。あるいは、本発明のプロバイオティクス組成物は、ミルク又は乳清に基づく発酵乳製品などの食物又は栄養学的産物として、又は医薬産物として経口投与されてもよい。

【0305】

プロバイオティクス細菌の好適な一日用量は、約１×１０^３～約１×１０^１１コロニー形成単位（ＣＦＵ，colony-forming unit）、例えば、約１×１０^７～約１×１０^１０Ｃ
ＦＵ、別の例では、約１×１０^６～約１×１０^１０ＣＦＵである。

【0306】

一態様において、プロバイオティクス組成物は、細菌種及び／又はその細胞成分を、活性内容物として、組成物の重量に関して、１×１０^６～約１×１０^１１ＣＦＵ／ｇ、例えば約１×１０^８～約１×１０^１０ＣＦＵ／ｇで含む。用量は１ｇ、３ｇ、５ｇ及び１０ｇであってもよい。

【0307】

典型的に、プロバイオティクスは、少なくとも１つの好適なプレバイオティクス化合物と組み合わされていてもよい。プレバイオティクスは通常、上部消化管中で分解又は吸収されない、オリゴ糖又は多糖などの消化不能炭水化物、又は糖アルコールである。公知のプレバイオティクスには、イヌリン及びトランスガラクト－オリゴ糖などの市販製品が含まれる。

【0308】

一態様において、本発明のプロバイオティクス組成物は、総重量組成物に関して、約１～約３０重量％（例えば５～２０重量％）の量で、プレバイオティクスを含む。炭水化物は、フルクト－オリゴ糖（又はＦＯＳ）、短鎖フルクト－オリゴ糖、インスリン、イソマルト－オリゴ糖、ペクチン、キシロ－オリゴ糖（又はＸＯＳ）、キトサン－オリゴ糖（又はＣＯＳ）、ベータ－グルカン、アラビアゴム加工及び耐性スターチ、ポリデキストロース、Ｄ－タガトース、アカシア繊維、イナゴマメ、オート麦及びシトラス繊維からなる群から選択されてもよい。一態様において、プレバイオティクスは、短鎖フルクト－オリゴ糖（単に、本明細書以下ＦＯＳｓ－ｃ．ｃと示す）であり、前記ＦＯＳｓ－ｃ．ｃ．は、ビート糖の変換によって一般に得られ、３つのグルコース分子が結合するサッカロース分子を含む、消化可能炭化水素ではない。

【0309】

投与
本発明の医薬組成物、栄養補助剤、飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、経口、腸内、膣内、非経口、筋肉内、腹腔内、動脈内、くも膜下、気管支内、皮下、皮内、静脈内、経鼻、バッカル又は舌下投与経路用に適合させることもできる。

【0310】

一態様において、本発明の医薬組成物、栄養補助剤、飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、経口、腸内、膣内、非経口、経鼻、バッカル又は舌下投与経路用に適合される。

【0311】

さらなる態様において、本発明の医薬組成物、栄養補助剤、飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、経口投与用に適合される。

【0312】

経口投与用には、圧縮錠剤、丸剤、錠剤、ゲル剤、ドロップ剤、及びカプセル剤が特に有用である。

【0313】

他の投与形態には、静脈内、動脈内、くも膜下、皮下、皮内、腹腔内、又は筋肉内で注射されてもよい、及び無菌又は滅菌可能な溶液から調製される、溶液又はエマルジョンが
含まれる。本発明の医薬組成物はまた、座薬、ペッサリー、懸濁液、エマルジョン、ローション、軟膏、クリーム、ゲル、スプレー、溶液又は打ち粉の形態であってもよい。

【0314】

経皮投与の他の手段は、皮膚パッチを使用することによる。例えば、活性内容物を、ポリエチレングリコール又は液体パラフィンの水性エマルジョンからなるクリーム内に組み込むことが可能である。別の例において、活性内容物はまた、必要に応じてそのような安定剤及び保存剤と一緒に、白ワックス又は白軟パラフィン基体からなる軟膏内に組み込むことも可能である。

【0315】

医薬組成物、栄養補助剤、飼料、食品、栄養補助食品又は食品添加物は、単位剤形、すなわち単位用量を含む別個の部分、又は単位用量の複数又はサブユニットの形態で製剤化されてもよい。

【0316】

用量
当業者は、不必要な実験なしに対象に投与するための、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌の適切な用量を、簡単に決定可能である。典型的に、医師は、個々の患者に対してもっとも好適であろう実際の用量を決定するだろうし、使用した特定の細菌株の活性、その株の代謝安定性及び作用の長さ、年齢、体重、一般的健康状態、性別、食事、投与様式と時間、排出速度、薬物組合せ、特定の状態の重症度、及び個々の実施されている治療を含む種々の因子に依存するであろう。本明細書で開示された用量は、平均の場合の例示である。もちろん、より高い、又はより低い用量範囲にメリットがある個々の例も存在してよく、そのようなものは本発明の範囲内である。

【0317】

組合せ
一態様において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、少なくとも１又は２、又は３又は４又は５の他の活性剤と組み合わせて投与される。そのような場合において、ロゼブリア属フラジェリン、及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリン及び／又は（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞、及び／又は（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌は、１又は２以上の他の活性剤と、連続して（consecutively）、同時に又は連続
して（sequentially）投与されうる。

【0318】

少なくとも１又は２、又は３又は４又は５の他の活性剤は、ロゼブリア属フラジェリン、（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）ポリペプチドＦｌａ、前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列（複数可）、（ＦｌａＡ１又はＦｌａＡ２などの）前記ポリペプチドＦｌａをコードするポリヌクレオチド配列（複数可）、は前記ポリヌクレオチド配列（複数可）を含むベクター（複数可）、前記ベクター（複数可）を含む宿
主細胞（複数可）、前記ポリヌクレオチド配列（複数可）を含む宿主細胞（複数可）、及び（例えばＲ・ホミニス及び／又はＲ・インテスチナリスなどのロゼブリア属菌）微生物からなる群から選択されうる。

【0319】

少なくとも１又は２、又は３又は４又は５の他の活性剤は、（例えばＲ・ホミニス及び／又はＲ・インテスチナリスなどのロゼブリア属菌）微生物であってもよい。好適な微生物の例としては、ロゼブリア・ホミニスＡ２－１８３及びロゼブリア・インテスチナリスＬ１－８２が挙げられる。

【0320】

配列同一性又は配列相同性
用語「ポリペプチド」、「ポリペプチド配列」、「タンパク質」及び「アミノ酸配列」は、本明細書で互換的に使用される。

【0321】

用語「ポリヌクレオチド配列」及び「ヌクレオチド配列」は、本明細書で互換的に使用される。

【0322】

本発明はまた、本明細書に記述したポリペプチドのアミノ酸配列（複数可）とある程度の配列同一性又は配列相同性を有する配列（例えばバリアント、ホモログ及び誘導体）、又はそのようなポリペプチドをコードする任意のヌクレオチド配列（本明細書以下、「ホモログ配列（複数可）」と呼ぶ）の使用を包含する。したがって、用語「ホモログ」は、対象アミノ酸配列及び対象ヌクレオチド配列と特定の相同性を有するエンティティを意味する。したがって、用語「相同性」は、「同一性」と等しくてもよい。

【0323】

本文脈において、ホモログ配列は、対象配列と、少なくとも５０、６０、７０、７５、８０、８５又は９０％同一、一部の実施形態において、少なくとも９５、９６、９７、９８又は９９％同一であってもよいアミノ酸又はヌクレオチド配列を含むと取られる。相同性はまた、類似性に関して考慮可能でもある（すなわち同様の化学特性／機能を有するアミノ酸残基）けれども、本発明の文脈において、配列同一性に関して、相同性を表すことが好ましい。

【0324】

一部の実施形態において、ホモログ配列は、対象配列と比較して、１又は数個の付加、欠失及び／又は置換を有する、アミノ酸配列又はヌクレオチド配列を含むと取られる。

【0325】

一部の実施形態において、本発明は、そのアミノ酸配列が、本明細書において提示されるタンパク質、又は親タンパク質のアミノ酸配列中の２、３、４、５、６、７、８、９又は１０などのそれ以上のアミノ酸、又は１０を超えるアミノ酸などの、１又は数個のアミノ酸の置換、欠失又は付加によって、この（親）タンパク質から誘導され、親タンパク質の活性を有するタンパク質の使用に関する。

【0326】

一部の実施形態において、本発明は、そのアミノ酸配列が、本明細書において提示されるタンパク質をコードする、又は親タンパク質のアミノ酸配列中の２、３、４、５、６、７、８、９又は１０などのそれ以上のアミノ酸、又は１０を超えるアミノ酸などの、１又は数個のアミノ酸の置換、欠失又は付加によって、この（親）タンパク質から誘導され、親タンパク質の活性を有するタンパク質をコードする、核酸配列（又は遺伝子）の使用に関する。

【0327】

本文脈において、ホモログ配列は、本明細書で記述したポリペプチドをコードするヌクレオチド配列（対象配列）に対して、少なくとも５０、６０、７０、７５、８５又は９０％同一、一部の実施形態において、少なくとも９５、９６、９７、９８又は９９％同一であってもよいヌクレオチド配列を含むと取られる。典型的に、ホモログは、対象配列と同
一又は等価の、ドメイン（複数可）等をコードする配列を含むであろう。ホモログはまた、類似性に関して考慮可能でもある（すなわち同様の化学特性／機能を有するアミノ酸残基）けれども、本発明の文脈において、配列同一性に関して、相同性を表すことが好ましい。

【0328】

ホモログアミノ酸配列及び／又はヌクレオチド配列は、ポリペプチドの機能的活性を維持し、及び／又は活性を増強するポリペプチドを提供及び／又はコードしてもよい。

【0329】

一部の態様において、本明細書で記述したようなアミノ酸配列は、対象配列と、少なくとも５０、６０、７０、７５、８０、８５又は９０％の同一性、一部の実施形態において、少なくとも９５、９６、９７、９８又は９９％の同一性を有する。

【0330】

一部の態様において、本明細書で記述したようなヌクレオチド配列は、対象配列と、少なくとも５０、６０、７０、７５、８０、８５又は９０％の同一性、一部の実施形態において、少なくとも９５、９６、９７、９８又は９９％の同一性を有する。

【0331】

相同性比較は、目によって、又はより通常、簡単に利用可能な配列比較プログラムの助けで実施可能である。これらの市販コンピュータプログラムは、２又は３以上の配列間の％相同性を計算可能である。

【0332】

％相同性は、連続配列上で計算されてよく、すなわち１つの配列を他の配列とアラインメントし、１度に１残基、１つの配列中の各アミノ酸を、他の配列中の相当するアミノ酸と直接比較する。これは、「ギャップのない」アラインメントと呼ばれる。典型的に、そのようなギャップのないアラインメントは、比較的短い残基数上でのみ実施される。

【0333】

これは非常に単純で、一貫性のある方法であるが、例えば配列の別の同一対において、１つの挿入又は欠失が、続くアミノ酸残基をアラインメントから押し出してしまい、したがって潜在的に、グローバルアラインメントが実施される時に、％相同性の大きな減少をもたらすであろうことを考慮にいれることができない。結果として、ほとんどの配列比較法が、総相同性スコアに過度に不利益をもたらすことなしに、可能性のある挿入及び欠失を考慮する最適アラインメントを産するように設計される。これは、局所相同性を最大化することを試みるために、配列アラインメントに「ギャップ」を挿入することによって達成される。

【0334】

しかしながら、これらのより複雑な方法は、同数の同一のアミノ酸に対して、可能な限り少ないギャップを有する配列アラインメント－２つの比較した配列間のより高い関連性を反映している－が、多くのギャップを有するものよりもより高いスコアを達成するであろうように、アラインメント内に発生した各ギャップを、「ギャップペナルティ」として割り当てる。「アフィンギャップコスト」は、ギャップの存在に対して比較的高いコストをチャージし、ギャップ内の各続く残基に対してより小さいペナルティーをチャージするように、典型的に使用される。これは、もっとも一般的に使用されるギャップスコアリングシステムである。高ギャップペナルティはもちろん、より少ないギャップを有する最適化アラインメントを生成するであろう。ほとんどのアラインメントプログラムが、ギャップペナルティを改変可能とする。典型的に、デフォルト値を、配列比較のためにそのようなソフトウェアを使用する時に使用する。

【0335】

最大％相同性の計算はしたがって、ギャップペナルティを考慮して、最適アラインメントの生成をまず必要とする。そのようなアラインメントを実施するための好適なコンピュータプログラムは、Vector NTI（Invitrogen社）である。配列比較を実施可能なソフトウェアの例としては、例えばBLASTパッケージ（Ausubel et al 1999 ShortProtocolsin M
olecular Biology, 4th Ed - Chapter 18を参照のこと）、BLAST2（FEMS Microbiol Lett1999 174(2): 247-50; FEMS Microbiol Lett 1999177(1): 187-8及び[e-mail]を参照のこと）、FASTA（Altschul et al 1990 J. Mol. Biol.403-410）及びAlignXが挙げられるが、これらに制限はされない。少なくともBLAST、BLAST2及びFASTAが、
オフライン及びオンライン検索のために利用可能である（例えばAusubel et al 1999, pages7-58 to 7-60を参照のこと）。

【0336】

最終％相同性は、同一性に関して測定可能であるけれども、アラインメント工程それ自身は典型的に、全部かゼロかの対比較に基づかない。代わりに、スケール化した類似性スコアマトリックスが一般に、化学類似性又は進化的距離に基づいた各対比較に対してスコアを割り当てて使用される。一般に使用されるそのようなマトリックスの例は、BLOSUM62マトリックス－プログラムのBLASTスイートに対するデフォルトマトリックスである。Vector NTIプログラムは一般に、公的デフォルト値、又は供給される場合、カスタムシンボ
ル比較表のいずれかを用いる（さらなる詳細はユーザーマニュアルを参照のこと）。いくつかの適用のために、VectorNTIパッケージに対するデフォルト値を使用するのが好まし
い。

【0337】

あるいは、パーセンテージ相同性は、CLUSTAL（HigginsDG& Sharp PM (1988), Gene 73(1), 237-244）に類似の、アルゴリズムに基づいた、Vector NTI（Invitrogen社）にお
ける、マルチプルアラインメントフィーチャを使用して計算してもよい。

【0338】

ソフトウェアが最適アラインメントを生成すると、％相同性、例えば％配列同一性を計算可能である。ソフトウェアは典型的に、配列比較の一部としてこれを実施し、数的結果を生じる。

【0339】

配列同一性を決定するときに、ギャップペナルティが使用されるべきであり、次いで以下のパラメータを、例えば対アラインメントのために使用可能である。

【0340】

【表3】

【0341】

【表4】

【0342】

一実施形態において、ＣＬＵＳＴＡＬは、以上で定義したように設定したギャップペナルティ及びギャップ伸張とともに使用してもよい。

【0343】

一実施形態において、ヌクレオチド配列に関する同一性の程度は、少なくとも２０連続ヌクレオチドにわたり、例えば、少なくとも３０連続ヌクレオチドにわたり、例えば、少なくとも４０連続ヌクレオチドにわたり、例えば、少なくとも５０連続ヌクレオチドにわたり、例えば、少なくとも６０連続ヌクレオチドにわたり、例えば、少なくとも１００連続ヌクレオチドにわたり、例えば、少なくとも２００連続ヌクレオチドにわたり、例えば、少なくとも３００連続ヌクレオチドにわたり、決定される。

【0344】

一実施形態において、ヌクレオチオ配列に関する同一性の程度は、全配列にわたって決定されてもよい。

【0345】

組換え体
一態様において、本発明における使用のための、ロゼブリア属フラジェリンポリペプチド及び／又はポリヌクレオチド配列は、組換え配列、すなわち組換えＤＮＡ技術を使用して調製された配列である。

【0346】

これらの組換えＤＮＡ技術は、当業者の能力内である。そのような技術は、文献、例えばJ. Sambrook,E.F. Fritsch, and T. Maniatis, 1989, Molecular Cloning: A LaboratoryManual,Second Edition, Books 1-3, Cold Spring Harbor Laboratory Press.中に説明されている。

【0347】

合成
一態様において、本発明における使用のためのロゼブリア属フラジェリンポリヌクレオチド配列は、合成配列、すなわちインビトロ化学的又は酵素的合成によって調製された配列である。これは、メチルトロピック酵母ピチア（Pichia）及びハンセヌラ（Hansenula
）などの、宿主生物に対する最適コドン使用で作成した配列を含むが、これに制限はされない。

【0348】

酵素の発現
本発明における使用のためのヌクレオチド配列を、組換え複製可能ベクター内に組み込んでもよい。ベクターは、タンパク質形態で、適合可能な宿主細胞内及び／又は適合可能な宿主細胞から、ヌクレオチド配列を複製及び発現するために使用してもよい。

【0349】

発現は、制御配列、例えば調節配列を使用して制御してもよい。

【0350】

ヌクレオチド配列の発現による、宿主組換え細胞によって産生されたタンパク質は、使用した配列及び／又はベクターに依存して、分泌されるか、又は細胞内に含まれてもよい。コード配列は、特定の原核生物又は真核生物細胞膜を通して、物質コード配列の分泌を指向するシグナル配列で設計されてもよい。

【0351】

発現ベクター
一態様において、本発明は、少なくとも１つのロゼブリア属フラジェリンをコードする少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む（発現ベクターなどの）ベクターに関する。

【0352】

用語「発現ベクター」は、インビボ又はインビトロ発現可能な構築物を意味する。

【0353】

一実施形態において、発現ベクターは、好適な宿主生物のゲノム内に組み込まれる。一
態様において、用語「組み込まれた」は、ゲノム内への安定な組込をカバーする。

【0354】

本記述のヌクレオチド配列は、その中でヌクレオチド配列が、好適な宿主細胞又は宿主生物によるヌクレオチド配列の発現を提供可能である調節配列に作動可能に連結されるベクター内に存在してもよい。

【0355】

本発明での使用のためのベクターは、本記述のポリペプチドの発現を提供するために、本明細書で記述されたような、好適な宿主細胞又は宿主生物内に形質転換されてもよい。

【0356】

ベクター、例えばプラスミド、コスミド又はファージベクターの選択は、しばしば、導入されるべき宿主細胞に依存するであろう。

【0357】

本発明における使用のためのベクターは、抗生物質耐性、例えばアンピシリン、カナマイシン、クロラムフェニコール又はテトラサイクリン耐性を授ける遺伝子などの、１又は２以上の選択可能なマーカー遺伝子を含んでもよい。あるいは、選択は、（国際公開第ＷＯ９１／１７２４３号パンフレットに記載されるように）共形質転換によって実施されてもよい。

【0358】

ベクターは、例えばＲＮＡの産生のために、インビトロで使用されてよく、又は宿主細胞をトランスフェクトする、形質転換する、形質導入する、又は感染するために使用してもよい。

【0359】

したがって、さらなる実施形態において、本記述は、複製可能ベクター内に、本記述のヌクレオチド配列を導入することと、適合可能な宿主細胞内にベクターを導入することと、ベクターの複製を引き起こす条件下で、宿主細胞を増殖させることとによって、本記述のヌクレオチド配列を作製する方法を提供する。

【0360】

ベクターにはさらに、問題の宿主細胞中でベクターが複製可能にするヌクレオチド配列を含んでもよい。そのような配列の例は、プラスミドpUC19、pACYC177、pUB110、pE194、pAMB1及びpIJ702の複製起点である。

【0361】

発現ベクターは、少なくとも２、３、４又は５つのロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列を含んでもよい。

【0362】

発現ベクターの例としては、pGEX-6P-1、pCR-BluntII-TOPO及びT7-MAT-Tag-FLAG-が挙
げられる。

【0363】

発現ベクターpGEX-6P-1は、組換えフラジェリンをクローニングするために使用しても
よい。発現ベクターpGEX-6P-1は、GSTタグ化組換タンパク質の化学的に誘導可能な、高レベル発現のためのｔａｃプロモーターと、任意の大腸菌宿主内での使用のための内部ｌａｃＩ_ｑ遺伝子と、アンピシリン選択のためのＡｍｐＲ遺伝子と、開裂のためのＰｒｅＳｃｉｓｓｉｏｎ Ｐｒｏｔｅａｓｅ部位と、望むのならば、融合産物からのタンパク質と、を含む。

【0364】

クローニングベクターpCR-Blunt II-TOPOは、組換えフラジェリン、とりわけ細胞溶解
後に不溶性であるものをクローニングするために使用してもよい。典型的に、本ベクターは、平滑末端ＰＣＲ産物の高効率ＤＮＡクローニングを許容する。ベクターは、大腸菌内での選択のためのカナマイシン及びゼオシン耐性遺伝子を含み、挿入物が、切除のための多重制限部位によって隣接する。

【0365】

発現ベクターT7-MAT-Tag-FLAG-は、組換えフラジェリン、とりわけ細胞溶解後に不溶性であるものをクローニングするために使用してもよい。多重クローニング部位（ＭＣＳ，multi cloning site）が、さらにアフィニティーカラムで精製可能である、二重タグ化フラジェリンの産生をもたらす、金属アフィニティータグ（ＭＡＴ，Metal Affinity Tag）配列と、ＦＬＡＧペプチド（Ａｓｐ－Ｔｙｒ－Ｌｙｓ－Ａｓｐ－Ａｓｐ－Ａｓｐ－Ａｓｐ－Ｌｙｓ）配列に隣接する。本発現ベクターはまた、ＭＡＴ－ＯＲＦ－ＦＬＡＧ組換えフラジェリンのＩＰＴＧ誘導可能、高レベル発現のためのｐＴ７／ｌａｃ（ファージＴ７ ｌａｃオペロン）プロモーターと、任意の大腸菌宿主中の基底状態での転写を抑止するための内部ｌａｃＩ遺伝子と、アンピシリン選択のためのＡｍｐＲ遺伝子とも含む。

【0366】

調節配列
一部の適用において、本発明における使用のためのヌクレオチド配列は、選択した宿主細胞によってなどの、ヌクレオチド配列の発現を提供可能である、調節配列に作動可能に連結する。例として、本発明は、そのような調節配列に作動可能に連結した、本発明のヌクレオチド配列を含むベクターをカバーし、すなわちベクターは発現ベクターである。

【0367】

用語「作動可能に連結した」は、記述した成分が、それらの意図する様式で、機能することを可能にする関係である並置を意味する。コード配列に「作動可能に連結した」調節配列は、コード配列の発現が、制御配列と適合可能な条件下で達成されるような方法でライゲーションされる。

【0368】

用語「調節配列」は、プロモーターと、エンハンサーと、他の発現調節シグナルを含む。

【0369】

用語「プロモーター」は、当技術分野で通常の意味で、例えばＲＮＡポリメラーゼ結合部位で使用される。

【0370】

本記述のフラジェリンをコードするヌクレオチド配列の増強した発現が、異種調節領域、例えばプロモーター、分泌リーダー及びターミネーター領域の選択によって達成されてもよい。

【0371】

一実施形態において、本明細書によるヌクレオチド配列は、少なくともプロモーターに作動可能に連結する。

【0372】

他のプロモーターはまた本記述のポリペプチドの発現を指向するために使用されてもよい。

【0373】

細菌、真菌又は酵母宿主細胞内のヌクレオチド配列の転写を指向するための好適なプロモーターの例が、当技術分野で周知である。

【0374】

プロモーターはさらに、好適な宿主における発現を確かにする、又は増加するための特徴を含みうる。例えば、特徴は、Ｐｒｉｂｎｏｗ Ｂｏｘ又はＴＡＴＡボックスなどの保存領域でありうる。

【0375】

構築物
「コンジュゲート」、「カセット」及び「ハイブリッド」などの用語と同義である、用語「構築物」は、プロモーターに直接的又は間接的に結合した、本発明による使用のための、ヌクレオチド配列を含む。

【0376】

間接的結合の例は、本記述のプロモーターとヌクレオチド配列の中間、Ｓｈ１－イント
ロン又はＡＤＨイントロンなどの、イントロン配列などの好適なスペーサー基の提供である。これは、直接的又は間接的結合を含む、本記述に関連した用語「融合した」にも当てはまる。場合によって、本用語は、それらが両方その天然の環境中にある場合、野生型遺伝子プロモーターに通常関連したタンパク質をコードするヌクレオチド配列の天然の組合せをカバーしない。

【0377】

構築物は、遺伝的構築物の選択を可能にする、マーカーを含むか、又は発現してもよい。

【0378】

一部の適用のために、本記述の構築物は、少なくとも、プロモーターに作動可能に連結した、本記述のヌクレオチド配列を含む。

【0379】

宿主細胞
本記述に関連した用語「宿主細胞」は、本明細書で記述したようなヌクレオチド配列及び／又は発現ベクターを含む任意の細胞を含む。典型的に、宿主細胞は、本明細書で定義したような特定の特性を有するタンパク質の組換え産生が可能である。

【0380】

宿主細胞の例としては、ロゼブリア種などの細菌、及びコンピテントセルが挙げられる。ロゼブリア種の例は、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス及びロゼブリア・イヌリニボランスである。コンピテントセルの例としては、（大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）ｐＬｙｓＳ及び／又は大腸菌Ｂ２１ Ｒｏｓｅｔｔａなどの）コンピテント大腸菌セルが挙げられる。

【0381】

したがって、本記述のさらなる実施形態は、本記述のヌクレオチド配列を形質転換又はトランスフェクトした宿主細胞を提供する。さらに、又はあるいは、本記述のさらなる実施形態は、形質転換前の等価の微生物と比較して、本記述のフラジェリンをコードするヌクレオチド配列（例えば、ホモログ遺伝子又は内因性遺伝子などの遺伝子）の発現を上方調節（過剰発現）可能である、ヌクレオチド（例えば、異種プロモーター又は内因性などのプロモーター）で形質転換又はトランスフェクトした宿主細胞を提供する。細胞は、前記ベクターと適合可能であるように選択されるであろうし、細菌（例えば原核生物）、真菌又は酵母細胞であってもよい。

【0382】

本記述のフラジェリンをコードするヌクレオチド配列は、宿主細胞に対して異種又は相同であってもよい。典型的に、フラジェリンをコードするヌクレオチド配列が、宿主細胞に相同である場合、宿主細胞には、ヌクレオチド配列の多重コピーが含まれる。さらに、又はあるいは、フラジェリンをコードするヌクレオチド配列は、異種プロモーターに作動可能に連結し、典型的に前記プロモーターは、フラジェリンをコードする相同ヌクレオチド配列を上方調節（過剰発現）可能である。

【0383】

１つの例において、宿主細胞は、異種又は外来プロモーターの制御下、（相同又は内因性ヌクレオチド配列などの）本記述のフラジェリンポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。

【0384】

一実施形態において、宿主細胞を、Ｆｌａ１、Ｆｌａ２、Ｆｌａ３及びＦｌａ４からなる群から選択される、少なくとも１つのフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）をコードする１又は２以上のヌクレオチド配列で形質導入又はトランスフェクトする。別の実施形態において、宿主細胞を、Ｆｌａ２、Ｆｌａ１及びＦｌａ４からなる群から選択される、少なくとも１つのフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）をコードする１又は２以上のヌクレオチド配列で形質導入又はトランスフェクトする。さらなる実施形態において、宿主細胞を、フラジェリン（例えば、ロゼブリア属フラジェリン）Ｆｌ
ａ２をコードするヌクレオチド配列で形質導入又はトランスフェクトする。

【0385】

宿主細胞は、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の多重コピーを含んでもよい。

【0386】

宿主細胞は、１、２、３、４又は５つのロゼブリア属フラジェリンをコードする、少なくとも１、２、３、４又は５つのポリヌクレオチド配列を含んでもよい。

【0387】

一実施形態において、宿主細胞は、１つのロゼブリア属種から誘導した、又は誘導可能な、少なくとも１つのロゼブリア属フラジェリンと、異なるロゼブリア属種から誘導した、又は誘導可能な、少なくとも１つのロゼブリア属菌をコードする、少なくとも１つのさらなるポリヌクレオチド配列と、を含む。例えば、宿主細胞は、Ｒ．ホミニスフラジェリン（例えばＦｌａ１又はＦｌａ２）をコードする、少なくとも１つのポリヌクレオチド配列と、Ｒ．インテスチナリスフラジェリン（例えばＦｌａ１又はＦｌａ２）をコードする、少なくとも１つのポリヌクレオチド配列と、を含む。

【0388】

宿主細胞は、ロゼブリア属フラジェリンをコードする、少なくとも１、２、３、４又は５つのポリヌクレオチド配列を含む、少なくとも１、２、３、４又は５つの発現ベクターを含んでもよい。

【0389】

一実施形態において、宿主細胞は、１つのロゼブリア属種から誘導した、又は誘導可能なロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列を含む発現ベクターと、異なるロゼブリア属種から誘導した、又は誘導可能な、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列を含む、少なくとも１つのさらなる発現ベクターと、を含む。例えば、宿主細胞は、Ｒ．ホミニスフラジェリン（例えばＦｌａ１又はＦｌａ２）をコードする、少なくとも１つのポリヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの発現ベクターと、Ｒ．インテスチナリスフラジェリン（例えばＦｌａ１又はＦｌａ２）をコードする、ポリヌクレオチド配列を含む少なくとも１つの発現ベクターと、を含む。

【0390】

フラジェリンをコードするヌクレオチド配列は、宿主細胞に対して、内因性又は外因性であってもよい。典型的に、フラジェリンをコードするヌクレオチド配列は、宿主細胞に対して内因性である場合、宿主細胞は、ヌクレオチド配列の多重コピーを含む。さらに、又はあるいは、フラジェリンをコードするヌクレオチド配列は、外因性プロモーターに作動可能に連結し、典型的に前記プロモーターは、フラジェリンをコードする内因性ヌクレオチド配列を上方調節（過剰発現）可能である。

【0391】

好適な細菌宿主生物は、グラム陽性又はグラム陰性細菌種である。

【0392】

一実施形態において、宿主細胞は微生物である。

【0393】

一実施形態において、宿主細胞は、乳酸菌種、ラクトコッカス属（Lactococcus）種、
ビフィドバクテリウム属（Bifidobacterium）種、ラクトバチルス属（Lactobacillus）種又はプロピオニバクテリウム属（Propionibacterium）種である。

【0394】

乳酸菌の例としては、ラクトバチルス属種、ロイコノストック属（Leuconostoc）種、
ペジオコッカス属（Pediococcus）種、ラクトコッカス属種、ストレプトコッカス属（Streptococcus）種、アエロコッカス属（Aerococcus）種、カルノバクテリウム属（Carnobacterium）種、エンテロコッカス属（Enterococcus）種、オエノコッカス属（Oenococcus）種、スポロラクトバチルス属（Sporolactobacillus）種、テトラゲノコッカス属（Tetragenococcus）種、バゴコッカス属（Vagococcus）種及びウェイセラ属（Weisella）種が挙
げられるが、これらに制限はされない。

【0395】

ラクトバチルス属種の例としては、ラクトバチルス・パラカセイ（Lactobacillus paracasei）、Ｌ．アシドフィルス（L. acidophilus）、Ｌ．フェルメンタム（L. fermentum
）、Ｌ．ブレビス（L. brevis）、Ｌ．ガセリ（L.gasseri）、Ｌ．プランタラム（L. plantarum）、Ｌ．ブルカリカス（L. bulgaricus）、Ｌ．ヘルベチカス（L. helveticus）
、Ｌ．ロイテリ（L. reuteri）、Ｌ．カセイ（L.casei）、Ｌ．ジェンセニ（L. jensenii）、Ｌ．ラムノサス（L. rhamnosus）、Ｌ．クリスパタス（L. crispatus）、Ｌ．ジョ
ンソニ（L. johnsonii）、Ｌ．サリバリウス（L.salivarius）、Ｌ．アセトトレランス
（L. acetotolerans）、Ｌ．アシディファリナエ（L.acidifarinae）、Ｌ．アシディピ
スシス（L. acidipiscis）、Ｌ．アギリス（L.agilis）、Ｌ．アルギダス（L. algidus
）、Ｌ．アリメンタリウス（L. alimentarius）、Ｌ．アミロリチクス（L. amylolyticus）、Ｌ．アミロフィルス（L. amylophilus）、Ｌ．アミロトロフィカス（L. amylotrophicus）、Ｌ．アミロボラス（L. amylovorus）、Ｌ．アニマリス（L. animalis）、Ｌ．ア
ントリ（L. antri）、Ｌ．アポデミ（L. apodemi）、Ｌ．アビアリウス（L. aviarius）
、Ｌ．ビフェルメンタンス（L. bifermentans）、Ｌ．ブチネリ（L. buchneri）、Ｌ．カメリアエ（L. camelliae）、Ｌ．カテナホルミス（L. catenaformis）、Ｌ．セチ（L. ceti）、Ｌ．コレオホミニス（L. coleohominis）、Ｌ．コリノイデス（L. collinoides）
、Ｌ．コンポスチ（L. composti）、Ｌ．コンカバス（L.concavus）、Ｌ．コリニホルミ
ス（L. coryniformis）、Ｌ．クルストラム（L.crustorum）、Ｌ．クルバタス（L. curvatus）、Ｌ．デルブルエキ亜種デルブルエキ（L. delbrueckii subsp. delbrueckii）、
Ｌ．デルブルエキ亜種ブルガリカス（L. delbrueckii subsp. bulgaricus）、Ｌ．デルブルエキ亜種ラクチス（L. delbrueckii subsp. lactis）、Ｌ．デキストリニカス（L.dextrinicus）、Ｌ．ジオリボランス（L. diolivorans）、Ｌ．エクイ（L. equi）、Ｌ．エ
クイゲネロシ（L. equigenerosi）、Ｌ．ファラギニス（L. farraginis）、Ｌ．ファルシミニス（L. farciminis）、Ｌ．ホルニカリス（L. fornicalis）、Ｌ．フルクチボランス（L. fructivorans）、Ｌ．フルメチ（L. frumenti）、Ｌ．フチエンシス（L. fuchuensis）、Ｌ．ガルウンアルム（L. galUnarum）、Ｌ．ガストリカス（L. gastricus）、Ｌ．
ガネンシス（L. ghanensis）、Ｌ．グラミニス（L.graminis）、Ｌ．ハメシ（L. hammesii）、Ｌ．ハムステリ（L. hamsteri）、Ｌ．ハルビネンシス（L. harbinensis）、Ｌ．
ハヤキテンシス（L. hayakitensis）、Ｌ．ヒルガルジ（L. hilgardii）、Ｌ．ホモヒオ
チ（L. homohiochii）、Ｌ．イネルス（L.iners）、Ｌ．イングルビエイ（L. ingluviei
）、Ｌ．インテスチナリス（L. intestinalis）、Ｌ．カリキセンシス（L. kalixensis）、Ｌ．ケフィラノファシエンス（L.kefiranofaciens）、Ｌ．ケフィリ（L. kefiri）、
Ｌ．キムチ（L. kimchii）、Ｌ．キタサトニス（L.kitasatonis）、Ｌ．クンケエイ（L.
kunkeei）、Ｌ．レイチマンニ（L. leichmannii）、Ｌ．リンデリ（L. lindneri）、Ｌ
．マレフェルメンタンス（L. malefermentans）、Ｌ．マイル（L. mail）、Ｌ．マニホチボランス（L. manihotivorans）、Ｌ．ミンデンシス（L. mindensis）、Ｌ．ムコサエ（L. mucosae）、Ｌ．ムリヌス（L. murinus）、Ｌ．ナゲリ（L. nagelii）、Ｌ．ナムレン
シス（L. namurensis）、Ｌ．ナンテシス（L.nantensis）、Ｌ．オリゴフェルメンタン
ス（L. oligofermentans）、Ｌ．オリス（L.oris）、Ｌ．パニス（L. panis）、Ｌ．パ
ンセリス（L. pantheris）、Ｌ．パラブレビス（L.parabrevis）、Ｌ．パラブチネリ（L.
parabuchneri）、Ｌ．パラコリノイデス（L. paracollinoides）、Ｌ．パラファラギニ
ス（L.parafarraginis）、Ｌ．パラケフィリ（L.parakefiri）、Ｌ．パラリメンタリウ
ス（L. paralimentarius）、Ｌ．パラプランタラム（L.paraplantarum）、Ｌ．ペントサ
ス（L. pentosus）、Ｌ．ペロレンス（L.perolens）、Ｌ．ポンティス（L. pontis）、
Ｌ．プシタチ（L. psittaci）、Ｌ．レニニ（L.rennini）、Ｌ．リマエ（L. rimae）、
Ｌ．ロゴサエ（L. rogosae）、Ｌ．ロシアエ（L.rossiae）、Ｌ．ルミニス（L. ruminis）、Ｌ．サエリムネリ（L. saerimneri）、Ｌ．サケイ（L. sakei）、Ｌ．サンフランシ
スセンシス（L. sanfranciscensis）、Ｌ．サツメンシス（L. satsumensis）、Ｌ．セカ
リフィルス（L. secaliphilus）、Ｌ．シャーペアエ（L. sharpeae）、Ｌ．シリギニス（L. siliginis）、Ｌ．スフィチェリ（L. spicheri）、Ｌ．スエビカス（L.suebicus）、
Ｌ．サイランデンシス（L. thailandensis）、Ｌ．ウルツネンシス（L. ultunensis）、
Ｌ．バクシノステルカス（L. vaccinostercus）、Ｌ．バギナリス（L. vaginalis）、Ｌ
．ヴェルスモルデンシス（L. versmoldensis）、Ｌ．ビニ（L. vini）、Ｌ．ビツリナス
（L. vitulinus）、Ｌ．ゼアエ（L. zeae）及びＬ．ジマエ（L. zymae）が挙げられる。

【0396】

プロピオニバクテリウム属菌の例としては、プロピオニバクテリウム・フレウデンレチ亜種シェルマニ（Propionibacteriumfreudenrechlisubsp. shermanii（ＰＡＢ）、プロ
ピオニバクテリウム・アシジファシエンス（Propionibacterium acidifaciens）、プロピオニバクテリウム・アシジプロピオニシ（Propionibacterium acidipropionici）、プロ
ピオニバクテリウム・アクネス（Propionibacterium acnes）、プロピオニバクテリウム
・オウストラリエンセ（Propionibacterium australiense）、プロピオニバクテリウム・アビダム（Propionibacterium avidum）、プロピオニバクテリウム・シクロヘキサニカム（Propionibacterium cyclohexanicum）、プロピオニバクテリウム・フレウデンレルクリ亜種フレウデンレルクリ（Propionibacterium freudenrelchli subsp. freudenrelchli）、プロピオニバクテリウム・グラニュロサム（Propionibacterium granulosum）、プロピオニバクテリウム・ジェンセニ（Propionibacterium jensenii）、プロピオニバクテリウム・ミクロアエロフィルム（Propionibacterium microaerophilum）、プロピオニバクテ
リウム・プロピオニカム（Propionibacterium propionicum）及びプロピオニバクテリウ
ム・ソエニ（Propionibacterium thoenii）が挙げられるが、これらに制限はされない。

【0397】

一実施形態において、プロピオニバクテリウム属菌は、プロピオニバクテリウム・フレウデンレチ亜種シェルマニ（ＰＡＢ）である。

【0398】

ビフィドバクテリウム属菌の例としては、ビフィドバクテリウム・アドレセンティス（Bifidobacteriumadolescentis）、Ｂ．ブレブ（B. breve）、Ｂ．ロンガム（B. longum
）、Ｂ．アニマリス（B. animalis）、Ｂ．インファンティス（B. infantis）、Ｂ．スルモフィルム（B. thermophilum）、Ｂ．ビフィダム（B. bifidum）、ビフィドバクテリウ
ム・カテヌラタム（Bifidobacterium catenulatum）、ビフィドバクテリウム・シュード
カテヌラタム（Bifidobacterium pseudocatenulatum）、ビフィドバクテリウム・アング
ラタム（Bifidobacterium angulatum）及びＢ．ラクチス（B. lactis）が挙げられるが、これらに制限はされない。

【0399】

別の実施形態において、宿主細胞は、フィルミクテス門、例えばロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス又はロゼブリア・イヌリニボランスなどのロゼブリア属種である。一実施形態において、宿主細胞は、ロゼブリア属フラジェリンをコードする、少なくとも１つの異種ポリヌクレオチド配列を含む。さらに、又はあるいは、宿主細胞は、ロゼブリア属フラジェリンをコードするホモログポリヌクレオチド配列の、少なくとも２つのコピーを含み、例えば、宿主細胞は、ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド配列の、少なくとも３、４、５つのホモログコピーを含む。

【0400】

本記述のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列の性質、及び／又は発現したタンパク質のさらなる処理の望ましさに依存して、酵母又は他の真菌などの真核生物宿主を使用してもよい。一般に、酵母細胞は、取扱がより簡単であるので、真菌細胞よりも使用される。しかしながら、いくつかのタンパク質は、酵母細胞からの分泌が乏しいか、いくつかの場合で、正しく処理されない（例えば酵母中の高糖付加）。これらの例において、異なる真菌宿主生物を選択すべきである。

【0401】

酵母、真菌及び植物宿主細胞などの好適な宿主細胞の使用が、本記述の組換え発現産物における最適な生物学的活性を授けるために必要であろうように、翻訳後修飾（例えば、ミリストイル化、グリコシル化、短化、脂質化及びチロシン、セリン又はスレオニンリン酸化）を提供してもよい。

【0402】

宿主細胞は、プロテアーゼ欠損又はプロテアーゼマイナス株であってもよい。これは例えば、「ａｌｐ」と呼ばれるアルカリプロテアーゼ遺伝子を欠失したプロテアーゼ欠損株アスペルギルス・オリザエ（Aspergillus oryzae）ＪａＬ１２５であってもよい。本株は、国際公開第９７／３５９５６号パンフレットで記述されている。

【0403】

用語「宿主細胞」は、その天然環境中であるそれらの自然のプロモーターの制御下にある時に、それらの天然の環境における、自然のヌクレオチドコード配列はカバーしない。

【0404】

生物
本記述に関連した用語「生物」は、本明細書によるポリペプチドをコードしているヌクレオチド、及び／又はそれより得た産物を含みうる任意の生物を含み、及び／又はプロモーターは、生物内に存在する場合に、本明細書によるヌクレオチド配列の発現を許容可能である。

【0405】

好適な生物には、（原核生物などの）細菌、真菌、酵母又は植物が含まれうる。

【0406】

本記述に関連した用語「トランスジェニック生物」は、本明細書によるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、及び／又はそれより得た産物を含む、任意の生物を含み、及び／又はプロモーターは、生物内で本明細書によるヌクレオチド配列の発現を許容可能である。一実施形態において、ヌクレオチド配列は、生物のゲノム内に組み込まれる。

【0407】

用語「トランスジェニック生物」は、またその天然環境中であるそれらの自然のプロモーターの制御下である時に、それらの天然の環境中の、自然のヌクレオチドコード配列はカバーしない。

【0408】

したがって、本記述のトランスジェニック生物には、本明細書によるポリペプチドをコードするヌクレオチド配列、本明細書による構築物、本明細書によるベクター、本明細書によるプラスミド、本明細書による細胞又はその産物の任意の１つ、又は組合せを含む生物を含む。

【0409】

例えば、トランスジェニック生物は、異種プロモーターの制御下、（ホモログヌクレオチド配列などの）本記述のポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含んでもよい。

【0410】

宿主細胞／生物の形質転換
先に示唆したように、宿主生物は、原核又は真核生物であり得る。好適な原核宿主には、ロゼブリア・ホミニス、ロゼブリア・セシコラ、ロゼブリア・ファエシス、ロゼブリア・インテスチナリス、ロゼブリア・イヌリニボランス、大腸菌及びバチルス・サブチリスが含まれる。

【0411】

原核宿主の形質転換における教示が当技術分野でよく報告されており、例えば、Sambrook etal(Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd edition, 1989, Cold Spring
Harbor Laboratory Press)を参照のこと。真核宿主が使用される場合、ヌクレオチド配
列は、イントロンの除去によってのように、形質転換前に、好適に改変される必要があってもよい。

【0412】

糸状菌細胞を、プロトプラスト形成とプロトプラスト形質転換、続いて公知の様式での細胞壁の再生を含む工程などの、当技術分野で公知の種々の方法を使用して形質転換してもよい。宿主微生物としてアスペルギルスの使用が、欧州特許第０２３８０２３号明細書で記述されている。

【0413】

別の宿主生物は植物でありうる。植物を形質転換するために使用した一般技術の概説は、Potrykus(AnnuRev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42:205-225)及びChristou
(Agro-Food-Industry Hi-Tech March/April 1994 17-27)による論文にて見ることができ
る。植物形質転換におけるさらなる教示は、欧州特許第ＥＰ－Ａ－０４４９３７５号明細書にて見られる。

【0414】

真菌、酵母及び植物の形質転換における一般教示は、以下の項目で提示する。

【0415】

形質転換された真菌
宿主生物は、かびなどの真菌であってもよい。好適なそのような宿主の例としては、サーモミセス属（Thermomyces）、アクレモニウム属（Acremonium）、アスペルギルス属、
ペニシリウム属、ケカビ属（Mucor）、ニューロスポラ属（Neurospora）、トリコデルマ
属（Trichoderma）などに属する任意のメンバーが挙げられる。

【0416】

一実施形態において、宿主生物は、糸状菌であってもよい。

【0417】

糸状菌を形質転換することは、糸状菌の形質転換のための標準技術を言及する米国特許第ＵＳ－Ａ－５７４１６６５号明細書で議論されており、真菌を培養することは、当技術分野で周知である。Ｎ．クラッサ（N. crassa）に適用するような技術の広い概説は、例
えば、Davis and de Serres, Methods Enzymol (1971)17A:79-143で見ることができる
。

【0418】

糸状菌を形質転換することにおいて使用してもよいさらなる教示が、米国特許第Ａ－５６７４７０７号明細書で概説される。

【0419】

さらに、糸状菌における遺伝子発現は、Punt et al. (2002) TrendsBiotechnol2002 May;20(5):200-6, Archer & Peberdy Crit Rev Biotechnol(1997)17(4):273-306にて教示れている。

【0420】

本記述は、これらの標準技術の使用によって調製された、本明細書によるトランスジェニック糸状菌の産生を包含する。

【0421】

一態様において、宿主生物は、アスペルギルス・ニゲルなどの、属アスペルギルスのものでありうる。

【0422】

本明細書によるトランスジェニックアスペルギルスをまた、以下の、例えばTurner G.1994(Vectors for genetic manipulation. In: Martinelli S.D., KinghornJ.R.(Editors)Aspergillus: 50 years on. Progress in industrial microbiology vol29. ElsevierAmsterdam 1994. pp. 641-666)の教示によって調製することもできる。

【0423】

形質転換された酵母
別の実施形態において、トランスジェニック生物は酵母でありうる。

【0424】

酵母における異種遺伝子発現の原理の概説は、例えば、Methods Mol Biol(1995),49:341-54, and Curr Opin Biotechnol (1997) Oct;8(5):554-60にて提供される。

【0425】

これに関して、種サッカロミセス・セレビシ（Saccharomyces cerevisi）又はピチア・パストリス（Pichia pastoris）（FEMSMicrobiol Rev (200024(1):45-66を参照のこと
）などの酵母を、異種遺伝子発現のための媒体として使用してもよい。

【0426】

サッカロミセス・セレビシエにおける異種遺伝子発現と、遺伝子産物の分泌の原理の概説は、EHinchcliffeE Kenny (1993, "Yeast as a vehicle for the expression ofheterologousgenes", Yeasts, Vol 5, Anthony H Rose and J Stuart Harrison,eds, 2ndedition, Academic Press Ltd.)によって与えられる。

【0427】

酵母の形質転換のために、種々の形質転換プロトコールが開発されてきた。例えば、本明細書によるトランスジェニックサッカロミセスを、Hinnen et al., (1978, Proceedings of the National Academy ofSciencesof the USA 75, 1929)；Beggs, J D (1978, Nature,London,275, 104)；及びIto, H et al (1983, J Bacteriology153,163-168)の
教示に従うことによって調製可能である。

【0428】

形質転換された酵母細胞は、栄養要求性マーカードミナント抗生物質耐性マーカーなどの、種々の選択マーカーを使用して選択されてもよい。

【0429】

形質転換された植物／植物細胞
本記述に好適な宿主生物は植物であってもよい。これに関して、遺伝的に改変された植物の構築における基礎的な原則は、挿入された遺伝材料の安定的な維持を得るように、遺伝情報を植物ゲノムに挿入することである。一般技術の概説は、Potrykus (Annu Rev Plant Physiol Plant Mol Biol [1991] 42:205-225)及びChristou (Agro-Food-Industry Hi-Tech March/April 1994 17-27)による論文に見出されうる。

【0430】

アグロバクテリウムによる植物組織の直接感染が、広く使用されてきており、Butcher D.N. etal.,(1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds.: D.S. Ingrams 及びJ.P. Helgeson, 203-208に記載される簡単な技術である。

【0431】

植物を形質転換するための他の技術には、弾道（ballistic）形質転換、シリコンウィ
スカ炭化物技術（Frame BR, Drayton PR, Bagnaall SV, LewnauCJ,Bullock WP, Wilson
HM, Dunwell JM, Thompson JA & Wang K (1994) Production of fertiletransgenicmaize plants by silicon carbide whisker-mediated transformation, ThePlantJournal
6: 941-948を参照のこと）及びウイルス形質転換技術（例えば、Meyer P, HeidmannI&
Niedenhof I (1992) The use of cassava mosaic virus as a vector systemforplants,
Gene 110: 213-217を参照のこと）が含まれる。

【0432】

植物形質転換におけるさらなる教示は、欧州特許第ＥＰ－Ａ－０４４９３７５号明細書に見出されうる。

【0433】

植物細胞は、細胞を、アミノ酸、植物ホルモン、ビタミンなどなどの必要な増殖因子を供給した好適な培養培地中で培養することなどの、周知の組織培養方法に従って増殖され、維持される。

【0434】

さらなる態様において、本記述は、本明細書によるヌクレオチド配列又は構築物を有する、ヌクレオチド配列又は構築物を、植物などの生物のゲノムに導入することが可能な、ベクター系に関する。ベクター系は、１つのベクターを含んでもよいが、２つのベクターを含んでもよい。２つのベクターの場合、ベクター系は通常、二元ベクター系と呼ばれる。二元ベクター系は、Gynheung An et al., (1980), Binary Vectors, Plant Molecular
BiologyManual A3, 1-19にてより詳細に記述される。

【0435】

植物細胞の形質転換のために１つの例示的に使用される系は、アグロバクテリウム・ツメファシエンス（Agrobacteriumtumefaciens）からのＴｉプラスミド、又はアグロバク
テリウム・リゾジーン（Agrobacterium rhizogenes）からのＲｉプラスミドを使用する。An et al., (1986), Plant Physiol. 81, 301-305 and Butcher D.N.etal., (1980), Tissue Culture Methods for Plant Pathologists, eds.: D.S.Ingramsand J.P. Helgeson, 203-208。植物における、本明細書による、望むプロモーター又は構築物又はヌクレ
オチド配列の各導入方法の後、さらなるＤＮＡ配列の存在及び／又は挿入が必要であってもよい。もし例えば、形質転換のために、植物細胞のＴｉ－又はＲｉ－プラスミドを使用する場合、導入した遺伝子の隣接領域として、植物細胞のＴｉ－又はＲｉ－プラスミドＴ－ＤＮＡの、少なくとも右境界、しかしながらしばしば右と左境界を連結可能である。植物細胞の形質転換のためにＴ－ＤＮＡを使用することは、集中的に研究されてきており、欧州特許第ＥＰ－Ａ－１２０５１６号明細書；Hoekema, in: The Binary Plant Vector System Offset-drukkerijKantersB.B., Alblasserdam, 1985, Chapter V; Fraley, et al., Crit. Rev. PlantSci.,4:1-46; and An et al., EMBO J. (1985) 4:277-284に記述される。

【0436】

培養及び産生
本記述のヌクレオチド配列、及び／又は本記述物の発現ベクターで形質転換した宿主細胞を、コードされたポリペプチドの産生に伝導性であり、細胞及び／又は培養培地からポリペプチドの回収を促進する条件下で培養してもよい。

【0437】

細胞を培養するために使用した培地は、問題の宿主細胞を増殖させ、ポリペプチドの発現を得るために好適な、任意の従来の培地であってもよい。

【0438】

組換え細胞によって産生されたタンパク質は、細胞の表面上に提示されてもよい。

【0439】

タンパク質は、宿主細胞から分泌されてもよく、周知の手順を使用して、培養培地から従来通り回収されてもよい。

【0440】

分泌
一部の実施形態において、タンパク質を、発現ベクターから培養培地に分泌させ、そこからタンパク質が回収されてもよい。本記述に従って、分泌リーダー配列が、望む発現宿主の基礎に基づいて選択されてもよい。ハイブリッドシグナル配列をまた、本記述の文脈にて使用してもよい。

【0441】

異種分泌リーダー配列の典型的な例は、真菌アミログルコシダーゼ（ＡＧ）遺伝子（ｇｌａＡ－例えばアスペルギルスからの１８と２４のアミノ酸バージョン）、ａ－因子遺伝子（酵母、例えばサッカロミセス、クルイベロミセス（Kluyveromyces）及びハンセニュ
ラ（Hansenula））、又はα－アミラーゼ遺伝子（バチルス）から由来するものである。

【0442】

例として、大腸菌内での異種タンパク質の分泌が、Methods Enzymol(1990)182:132-43で概説される。

【0443】

検出
アミノ酸配列の発現を検出及び測定するための種々のプロトコールが、当技術分野で公知である。例としては、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ法（ＲＩＡ）及び蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）が挙げられる。

【0444】

広く種々の標識及びコンジュゲーション技術が当業者によって知られており、種々の核酸及びアミノ酸アッセイにて使用可能である。

【0445】

Pharmacia Biotech社（Piscataway、NJ）、Promega社（Madison、WI）及びUS Biochemical社（Cleveland、OH）などのいくつかの会社が、これらの手順のための市販キット及びプロトコールを提供する。

【0446】

好適なレポーター分子又は標識には、放射性核種、酵素、蛍光、化学発光又は発色剤、並びに基質、共因子、阻害剤、磁気粒子などが含まれる。そのような標識の使用を教示している特許には、米国特許第Ａ－３，８１７，８３７号明細書、同第Ａ－３，８５０，７５２号明細書、同第Ａ－３，９３９，３５０号明細書、同第Ａ－３，９９６，３４５号明細書、同第４，２７７，４３７号明細書、同第Ａ－４，２７５，１４９号明細書及び同第Ａ－４，３６６，２４１号明細書が含まれる。

【0447】

また、組換え免疫グロブリンを、米国特許第Ａ－４，８１６，５６７号明細書にて示されたように生成してもよい。

【0448】

融合タンパク質
本明細書による使用のためのアミノ酸配列を、例えば抽出及び精製を補助するために、融合タンパク質として生成してもよい。融合タンパク質パートナーの例としては、グルタチオン－Ｓ－トランスフェラーゼ（ＧＳＴ）、６×Ｈｉｓ、ＧＡＬ４（ＤＮＡ結合及び／又は転写活性化ドメイン）及び（β－ガラクトシダーゼ）が挙げられる。これはまた、融合タンパク質配列の除去を許容するために、融合タンパク質パートナーと、目的のタンパク質配列の間に、タンパク質分解開裂部位を含んでもよい。

【0449】

典型的に、融合タンパク質は、タンパク質配列の活性を妨害しないであろう。

【0450】

大腸菌内の遺伝子融合タンパク質系は、Curr Opin Biotechnol(1995)6(5):501－6にて概
説された。

【0451】

別の実施形態において、アミノ酸配列を、融合タンパク質をコードするために、異種配列にライゲーションしてもよい。例えば、物質活性に影響を与えることが可能な薬剤に対する、ペプチドライブラリーのスクリーニングのために、市販の抗体によって認識される、異種エピトープを発現しているキメラ物質をコードすることが有用であってもよい。

【0452】

本発明はさらに、以下の非制限的な実施例によって記述される。
［実施例］

【0453】

本発明の実施は、他に指摘しない限り、当業者の能力内である、化学、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ及び免疫学の従来技術を使用するであろう。そのような技術は、文献に説明されている。例えば、J. Sambrook, E. F. Fritsch, and T. Maniatis, 1989, MolecularCloning:A Laboratory Manual, Second Edition, Books 1-3, Col d Spring HarborLaboratoryPress; Ausubel, F. M. et al. (1995 and periodic supplements; CurrentProtocolsin Molecular Biology, ch. 9, 13, and 16, John Wiley & Sons, NewYork, N.Y.);B. Roe, J. Crabtree, and A. Kahn, 1996, DNA Isolation andSequencing: EssentialTechniques, John Wiley & Sons; J. M. Polak and JamesO'D. McGee, 1990, In
Situ Hybridization: Principles and Practice; OxfordUniversity Press; M. J. Gait
(Editor), 1984, Oligonucleotide Synthesis: APractical Approach, Irl Press; D.M. J. Lilley and J. E. Dahlberg, 1992,Methods of Enzymology: DNA Structure PartA: Synthesis and Physical Analysis ofDNA Methods in Enzymology, Academic Press;a
nd E. M. Shevach and W. Strober, 1992and periodic supplements, CurrentProtocols
in Immunology, John Wiley &Sons, New York, NYを参照のこと。これらの
一般的文書のそれぞれは、参照により本明細書に組み込まれる。

【0454】

材料と方法
ロゼブリア属フラジェリン
フラジェリン多様性
ロゼブリア属細菌、とりわけ、ロゼブリア・ホミニス及びロゼブリア・インテスチナリスからのフラジェリンをクローニングし、発現させ、精製して解析した。

【0455】

図Ｂ１Ａ及びＢ１Ｂは、組換えフラジェリンのＳＤＳ解析を示す。

【0456】

フラジェリンタンパク質命名：
ロゼブリア属
ロゼブリア種
ロゼブリア・ホミニス
ロゼブリア／ホミニスＦｌａＡ１（これはまた本明細書において、ＲｈＦｌａＡ１又はＲｈ１とも呼ばれる）
ロゼブリア／ホミニスＦｌａＡ２（これはまた本明細書において、ＲｈＦｌａＡ２又はＲｈ２とも呼ばれる）
ロゼブリア・インテスチナリス
ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａＡ１（これはまた本明細書において、ＲｉＦｌａＡ１又はＲｉ１又はＲＩ１とも呼ばれる）
ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａＡ２（これはまた本明細書において、ＲｉＦｌａＡ２又はＲｉ２又はＲＩ２とも呼ばれる）
ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａＡ３（これはまた本明細書において、ＲｉＦｌａＡ３又はＲｉ３又はＲＩ３とも呼ばれる）
ロゼブリア・インテスチナリスＦｌａＡ４（これはまた本明細書において、ＲｉＦｌａＡ１又はＲｉ４又はＲＩ４とも呼ばれる）

【0457】

以下を参照のこと。
ELY, B., ELY, T.W., CRYMES, W.B.,JR and MINNICH, S.A., 2000. A family ofsixflagellin genes contributes to the Caulobacter crescentus flagellar filament.Journal
of Bacteriology, 182(17), pp. 5001-5004.
IBRAHIM, G.F., FLEET, G.H., LYONS, M.J. and WALKER, R.A., 1985. Method fortheisolation of highly purified Salmonella flagellins. Journal ofclinicalmicrobiology, 22(6), pp. 1040-1044.
NEVILLE, B.A., FORDE, B.M., CLAESSON, M.J., DARBY, T., COGHLAN, A., NALLY, K.,ROSS, R.P. and O'TOOLE, P.W., 2012. Characterization ofpro-inflammatoryflagellin proteins produced by Lactobacillus ruminis andrelated motileLactobacilli. PloS one, 7(7), pp. e40592.
NG, S.Y., CHABAN, B. and JARRELL, K.F., 2006. Archaeal flagella,bacterialflagella and type IV pili: a comparison of genes and posttranslationalmodifications.
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 11(3-5), pp. 167-191.
WATSON, R.O. and GALAN, J.E., 2005. Signal transduction inCampylobacterjejuni-induced cytokine production. Cellular microbiology, 7(5),pp. 655-665.

【0458】

細菌増殖条件
Ｒ．ホミニスＡ２－１８３^Ｔ（＝ＤＳＭ １６８３９^Ｔ＝ＮＣＩＭＢ １４０２９^Ｔ）を、ＹＣＦＡ培地中３７℃にて嫌気的に増殖させた。培養液をスピンダウンし、ペレット
を１ｍＬの、２％システイン（ｗ／ｖ、Sigma-Aldrich社）及び３％アスコルビン酸（ｗ
／ｖ、Sigma-Aldrich社）を補充したＹＣＦＡ培地中に再懸濁させた。

【0459】

Ｒ．インテスチナリスＬ１－８２^Ｔ（＝ＤＳＭ １４６１０^Ｔ＝ＮＣＩＭＢ １３８１０^Ｔ）を、ＹＣＦＡ培地中３７℃にて嫌気的に増殖させた。培養液をスピンダウンし、ペレットを１ｍＬの、２％システイン（ｗ／ｖ、Sigma-Aldrich社）及び３％アスコルビン
酸（ｗ／ｖ、Sigma-Aldrich社）を補充したＹＣＦＡ培地中に再懸濁させた。

【0460】

マウス
Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ／６を、Harlan Laboratories社より購入した。ＧＦ
Ｃ３Ｈ／ＨｅＮは、Jouy-en-Josas（ＡＮＡＸＥＭプラットフォーム、Institut Micalis,INRA,Jouy-en-Josas,France）のＩＮＲＡノトバイオート齧歯類ブリーディング施設中で
提供され、維持した。ＧＦ ＴＬＲ５ＫＯ及び野生型Ｃ５７Ｂｌ／６は、Andrew Gewirtz（Center for Inflammation, Immunity, and Infection and DepartmentofBiology, Georgia State University, Atlanta, GA 30303, USA）によって提供され、Jouy-en-Josas
のＩＮＲＡノトバイオート齧歯類ブリーディング施設中で維持された。従来のＴＬＲ５ＫＯ及び野生型ＢＯＹ／Ｊは、AdamCunningham（MRC Centre for Immune Regulation, Instituteof Microbiology andInfection, Division of Immunity and Infection University ofBirmingham UK）より提供された。マネージメント及び実験手順は、それぞれのロー
カル倫理レビュー委員会によって許可された。

【0461】

動物実験
無菌動物実験を、Jouy-en-Josas（ＡＮＡＸＥＭプラットフォーム、Institut Micalis,INRA,Jouy-en-Josas,France）のＩＮＲＡノトバイオート齧歯類ブリーディング施設にて
実施した。ＧＦ Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ雄マウスを、対照（Ｎ＝８）と処置（Ｎ＝１０）群に割り当て、個々にプラスチック単離体中にケージした。０、１、２日目に、処置群の動物に、１００μＬのＲ．ホミニス培養液を、強制飼養によって与え、一方で対照動物には１００μＬ ＹＣＦＡ培地を与えた。回腸、上行結腸及び盲腸試料を１４日及び２８日で回収した。６匹のＧＦ Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ雄マウスを、以上で記述したように、大腸菌ＭＧ１６５５（Ｋ１２）で処置し、３匹の動物を１０日及び２２日で犠牲死させ、Ｎ＝３を得た。３匹のＧＦ ＴＬＲ５ＫＯマウスと３匹のＣ５７Ｂｌ／６ ＷＴマウスに、以上で記述したようにＲ．ホミニス培養液を接種させ、Ｒ．ホミニスフラジェリンの機能的重要性を評価した。２８日後、３匹の動物を、それらのＧＦカウンターパートと一緒に犠牲死させた。２２匹の雌Ｃ５７ＢＬ／６マウスに、毎日５０μＬの１０^９ＣＦＵ Ｒ．ホミニスを、１４日間投与した。対照動物に、培養培地のみを投与した。８日から、マウスに、それらの飲み水中ＤＳＳ（ＭＷ ５０ｋＤａ、３０ｇ／ｌ）を、６日間与えた。動物を１４日目に安楽死させ、組織サンプリングを以上で記述したように実施した。

【0462】

組織培養実験
Ｃａｃｏ－２（ホモ・サピエンス（Homo sapiens）上皮結腸直腸がん細胞）及びＨＴ２９（ホモ・サピエンス結腸直腸がん）細胞を、トランスウェルプレート内で、嫌気ワークステーション内で増殖させた。Ｒ．ホミニスＡ２－１８３培養液又はＲ．インテスチナリスＬ１－８２^Ｔを、指数増殖期に回収し、１００μＬの細菌懸濁液（１０^８ＣＦＵ／ｍｌ）を実験ウェルに加えた。細菌（非接着及び接着）及び真核細胞（Ｃａｃｏ－２及びＨＴ－２９）を、２時間及び４時間インキュベーション後に回収し、RNAlater中に保存した。組換えフラジェリンでの組織培養実験のために、５×１０^４ Ｃａｃｏ－２細胞を、５％ＣＯ２の７５％加湿大気中、３７℃にて２４ウェルプレート中で増殖させた。細胞が、５～６日目にコンフルエンスに達し、コンフルエンス３日後使用した。細胞を、５％ＣＯ_２の７５％加湿大気中、３７℃にて２時間、最終濃度１００ｎｇ／μｌにて、組換えフラジェリンとともにインキュベートした。

【0463】

ＦＩＳＨ解析
ＦＩＳＨ解析を、一般的細菌プローブＥｕｂ３３８と、新規に設計したＲ．ホミニスＡ２－１８３特異的プローブと、Ｒ．インテスチナリスＬ１－８２^Ｔ特異的プローブを使用して、中性緩衝化ホルマリン固定腸組織切片上で実施した。

【0464】

Ｒ．ホミニスライブラリー構築
小サイズライブラリー構築とパイロシークエンシングのためのＲ．ホミニスクロモソームＤＮＡを、UltraClean（商標）Microbial DNA Isolation Kit（MoBioLaboratories社
）を使用して単離し、ホスミドライブラリーのための高分子量ＤＮＡを、WizardGenomic
DNA Purificationキット（Promega社）を使用して単離した。

【0465】

マイクロアレイ解析
細菌マイクロアレイ
細菌ＲＮＡを、マウス盲腸内容物から単離し、さらに製造業者の推奨に従って、市販のキットを使用してさらに処理した。Ｒ．ホミニスの大腸菌プラスミドライブラリー中、６０００クローンから増幅したＰＣＲ産物を、MicroGrid II TAS（BioRobotics社）を使用
して、アミノシラン－コート顕微鏡スライド（Corning社）上で二重にアレイした。

【0466】

マウスマイクロアレイ解析
全ＲＮＡを回腸と上行結腸組織から抽出し、（使用したAffymetrixキットに依存して）ビオチン標識ｃＲＮＡ／ａＲＮＡ内に処理し、標準技術を使用して、GeneChip NuGO Mouse Array及びGeneChipMouseGenome Array（Affymetrix社）にハイブリッド形成した。デ
ータ解析を、ソフトウェアパッケージＲ（http://www.r-project.org）とBioconductor（http://www.bioconductor.org）にて実施した。

【0467】

ＲＴ－ＰＣＲ解析
Ｒ．ホミニス－特異的プライマー5'-CCCACTGACAGAGTATGTAATGTAC-3'及び5'-GCACCACCTGTCACCAC-3'を、糞試料のＰＣＲ解析のために使用して、腸内定着レベルを検証した。リアルタイムＰＣＲ解析を、Power SYBR Green PCR Master Mix（AppliedBiosystems社）に
て、7500 Fast Real-Time PCR System（Applied Biosystems社）を使用して実施した。全ての試料を三重で走らせた。GyrAを、標準化の参照遺伝子として使用した。宿主遺伝子発現のために、回腸及び上行結腸から単離された真核生物全ＲＮＡを、High Capacity cDNAReverse Transcription Kit（AppliedBiosystems社）を使用して、ｃＤＮＡ内に逆転写
した。リアルタイムＰＣＲ解析を、QuantiFast SYBR Green PCR Kit（Qiagen社）及びQuantiTect Primer Assays（Qiagen社）にて、7500 Fast Real-Time PCR System（AppliedBiosystems社）を使用して実施した。全ての試料を三重で走らせた。Ｈｐｒｔを、標準化
のための参照遺伝子として選択した。全てのＲＴ－ＰＣＲデータを、Ｐ＜０．０５の有意差カットオフにて、一方向ＡＮＯＶＡにより塩基２を有するログスケール上で解析した。差違を逆変換して倍数変化を計算した。

【0468】

ウエスタンブロット
ロゼブリア・ホミニスＦｌａＡ１及びＦｌａＡ２に対する免疫精製ウサギポリクローナル抗体を、（Duck,L.W.,Walter, M.R., Novak, J., Kelly, D., Tomasi, M., Cong, Y.
& Elson, C.O. 2007, "Isolation of flagellated bacteria implicatedinCrohn's disease", Inflammatory bowel diseases, vol. 13, no. 10,pp.1191-1201）にて記述さ
れたように生成した。ウエスタンブロットのために、Ｒ．ホミニスを、種々の量（０．０１ｇ～１ｇ 食餌／１０ｍＬの培養液）のＵＶ照射標準マウス食の存在下、３時間増殖させ、濾過して食餌成分を除き、８Ｍ尿素を含むレムリー緩衝液中に希釈した。試料をNuPAGE（登録商標）Novex（登録商標）４～１２％Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓゲル（Invitrogen社）上
にロードし、電気泳動させ、続いてWesternBreezeChromogenicImmunodetection System
（Invitrogen社）を使用してさらに処理した。ＦｌａＡ１及びＦｌａＡ２抗体を、１：１０００で使用し、１:３００にてローディング対照抗ＤＮＡギラーゼＡ（Abcam社）、続いてアルカリホスファターゼコンジュゲート抗ウサギを使用した。検出を、ローディイング対照発色と比べた、基質発色によって行った。

【0469】

免疫蛍光
Ｒ．ホミニスフラジェリンの免疫局在化を、ＦｌａＡ１及びＦｌａＡ２フラジェリンタンパク質両方からの定義されたペプチド配列に対して作製させた特定の抗血清を使用して、マウスの結腸内容物にて試験した。腸内容物の塗抹したものを、前もって冷却したメタノールで固定し、抗ＦｌａＡ１及び抗ＦｌａＡ２ウサギ抗血清（CovaLabs社）とともに４℃にて終夜インキュベートし、Ａｌｅｘａロバ抗ウサギ４８８（MolecularProbes社）を
使用して可視化した。

【0470】

Ｔ細胞マーカーを、連続８μｍクライオセクション上で試験した。固定した組織切片を、Ｌｙ６Ｇ－ＦＩＴＣ、ＣＤ３－ＦＩＴＣ、ＣＤ１１ｂ－ＦＩＴＣ（BD Biosciences社）とともにインキュベートし、ＦｏｘＰ３（Abcam社）及びＣＤ３－ＦＩＴＣ（BD Biosciences社）一次抗体又はイソ特異的ＩｇＧで二重標識した。切片を、ＤＡＰＩで対比染色し
、Vectashield（VectorLaboratories社）をマウントした。陽性細胞の定量化のために、
それぞれのマウス切片から最小５視野を試験した。

【0471】

組換えフラジェリンのクローニング及び精製
フラジェリン遺伝子を、ＰＣＲ増幅と精製によって、Ｒ．ホミニス、Ｒ．インテスチナリス、Ｓ．トリフィムリウム、Ｓ．エンテリティディス、エウバクテリウム・レクタル３３６５６及び大腸菌Ｋ１２の液体細菌培養液から単離した。Ｃａｃｏ－２細胞を、５％ＣＯ２の７５％加湿大気中、３７℃にて２時間、最終濃度１００μｇ／μＬにて、組換えフラジェリンとインキュベートした。

【0472】

腸及びＭＬＮ細胞の単離
細胞を、小さな変更を行って、先に記述されるように（Monteleone, I., Platt,A.M.,Jaensson, E., Agace, W.W. & Mowat, A.M. 2008, "IL-10-dependentpartialrefractoriness to Toll-like receptor stimulation modulates gutmucosaldendritic cell function", European journal of immunology, vol. 38,no. 6,pp. 1533-1547）、小腸及び腸間膜リンパ節から単離した。簡単に、細胞懸濁液を、２０％ＦＢＳを補充したＲＰＭＩ中、１００Ｕ／ｍＬのコラゲナーゼVIII（Sigma-Aldrich社）と共に、３７℃にて２０
分間（腸間膜リンパ節）又は１時間（腸部分）インキュベートした。単一細胞懸濁液を次いで、（示したように）フローサイトメトリーで解析した。

【0473】

骨髄誘導樹状細胞及び培養液の生成
骨髄を、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ６マウスの大腿骨及び脛骨から回収した。ＧＭＣＳＦ誘導樹状細胞のために、骨髄細胞を、１０％ＦＣＳ及び２０ｎｇ／ｍＬ ｒｍＧＭ－ＣＳＦを補充したＲＰＭＩ中、１×１０^６／ｍＬにて再懸濁させ、１００ｍｍ^２組織培養プレート中、１０ｍＬ／プレートにて播いた。３日培養後、緩く接着性の細胞を集め、ＧＭ－ＣＳＦ補充培地で、１２ウェル組織培養プレート中、１×１０^６／ｍＬで再プレーティングした。５日目に細胞を１００ｎｇ／ｍＬフラジェリンで刺激して、６日目に回収した。Ｆｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞のために、骨髄細胞を、１０％ＦＣＳ及び２００ｎｇ／ｍＬ ｒｍＦｌｔ３を補充したＲＰＭＩ中、２×１０^６／ｍＬで再懸濁し、２ｍＬ／ウェルにて、１２－ウェル組織培養プレート中に播いた。細胞を１０日間、４日目に各ウェルに加えた、Ｆｌｔ３補充培地で培養した。９日目に細胞を１００ｎｇ／ｍＬフラジェリンで刺激し、１０日目に回収して、フローサイトメトリーによって解析した。

【0474】

フローサイトメトリー
固有層細胞及び樹状細胞の単一細胞懸濁液を、特定の蛍光団コンジュゲート抗体で染色する前に、４℃にて１５分間、（血清及びＣＤ１６／ＣＤ３２抗体を含む）ブロッキング緩衝中でインキュベートした。固有層細胞を、マウスＣＤ４－ＦＩＴＣ及びＣＤ２５－ＡＰＣ（eBioscience社）、ＣＤ８－ＡＰＣ－Ｃｙ７及びＣＤ３－ＰｅｒＣＰ（Biolegend社）に対する抗体で標識した。細胞内ＦｏｘＰ３標識を、製造業者の説明書（eBioscience
社）に従って、細胞外染色と細胞固定／透過性上昇の後に実施した。ＧＭＣＳＦ誘導樹状細胞を、抗体ＣＤ１１ｃ－ＰＥ－Ｃｙ７、ＣＤ１１－ＰｅｒＣＰ Ｃｙ５、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、ＡＰＣ－Ｃｙ７、ＣＤ８０－ＰＥ、ＣＤ８６－ＡＰＣ、ＣＤ８－ＦＩＴＣ、Ｂ２２０－ＢＶ５７０で標識した。Ｆｌｔ３誘導樹状細胞を、ＣＤ１１ｃ－ＰＥ－Ｃｙ７－、ＣＤ１１ｂ－又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ－ＰｅｒＣＰ Ｃｙ５－、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ－ＡＰＣ－Ｃｙ７、ＣＤ３１７、－ＰＥ、ＣＤ４０－ＡＰＣ、ＣＤ１０３－ＦＩＴＣ、Ｂ２２０－ＢＶ５７０で標識した。細胞を、FACSArria（BD Biosciences社）及びFlowJoソフトウェアバー
ジョン７．２．５を使用して解析した。

【0475】

サイトメトリックビーズアレイ（ＣＢＡ）
骨髄細胞を、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ／６マウスの大腿骨及び脛骨から単離し、先に記述したように、ＲＰＭＩ培地でＦｌｔ３Ｌ増殖させた。細胞を、１００ｎｇ／ｍＬフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）で、培養の９日後に刺激し、上清を１０日目に回収した。実験を、Ｎ＝３を作製するために、３つの別の機会で実施した。

【0476】

ＣＢＡ解析を、Cytometric Bead Array Mouse EnhancedSensitivityMaster Buffer Kit（BD Bioscience社）を使用して細胞上清上で実施した。標準と試料をFACSArray（BD Biosciences社）内での測定のために、９６ウェルプレート上にロードした。結果を、BD FCAPソフトウェア（BD Biosciences社）を使用して解析した。

【0477】

組織学的分析
上行結腸組織試料を、中性緩衝化ホルマリン（Sigma社）中で固定し、冷硬化樹脂中に
包埋し、４μｍ組織切片を、標準のヘモトキシン／エオシン法を使用して染色した。各動物からの大腸の、完全横行交差区画領域を、Image Pro Plusソフトウェアによって制御されたQimagingカメラを使用して、Zeiss Axioskop顕微鏡上、×２００倍率で撮像した。各視野を次いで、（Berg,D.J.,Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland, G.,Thompson-Snipes, L.,Leach, M.W. & Rennick, D. 1996, "Enterocolitisand colon cancer ininterleukin-10-deficient mice are associated with aberrantcytokine productionand CD4(+) TH1-like responses", The Journal ofclinical investigation,
vol. 98, no. 4, pp. 1010-1020）に基づいた方法に従って、０～４までスコア化
した。該グレードでの視野の平均百分率を計算し、処置群をスチューデントのｔ検定を使用して比較した。

【0478】

さらなる詳細なプロトコールを、補足材料及び方法において記載する。

【0479】

補足情報（ＳＩ）材料及び方法
細菌増殖条件
Ｒ．ホミニスＡ２－１８３^Ｔ（＝ＤＳＭ １６８３９^Ｔ＝ＮＣＩＭＢ １４０２９^Ｔ）を、ＹＣＦＡ培地中３７℃にて嫌気的に増殖させた。培養液を、Hungateチューブ内に、
凍結ストックから接種して、３７℃にて終夜インキュベートした。細菌を、MACS-MG-1000嫌気ワークステーション（Don Whitley Scientific社）中、８０％Ｎ_２、１０％ＣＯ_２及び１０％Ｈ_２のもと、３７℃にて４８時間、Ｍ２ＧＳＣ寒天プレート上で増殖させた。ムチンの効果をIII型ブタ胃からの０．５％（ｗ／ｖ）ムチン（Sigma-Aldrich社）をＹＣＦ
Ａ培地に加えることで調査した。

【0480】

無菌（ＧＦ）マウスへの定着のために、Ｒ．ホミニスを、３７℃にて終夜ＹＣＦＡ培地中で増殖させた。培養液を、培養液をスピンダウンし、ペレットを１ｍＬの、２％システイン（ｗ／ｖ、Sigma-Aldrich社）及び３％アスコルビン酸（ｗ／ｖ、Sigma-Aldrich社）を補充したＹＣＦＡ培地中に再懸濁させた。

【0481】

マウス
Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ／６を、Harlan Laboratories社より購入した。ＧＦ
Ｃ３Ｈ／ＨｅＮは、Jouy-en-Josas（ANAXEMプラットフォーム、Institut Micalis、INRA
、Jouy-en-Josas、France）のＩＮＲＡノトバイオート齧歯類ブリーディング施設中で提
供され、維持した。無菌ＴＬＲ５ＫＯ及び野生型Ｃ５７Ｂｌ／６は、Andrew Gewirtz（Center for Inflammation, Immunity, and Infection and DepartmentofBiology, Georgia
State University, Atlanta, GA 30303, USA）によって提供され、Jouy-en-JosasのＩ
ＮＲＡノトバイオート齧歯類ブリーディング施設中で維持された。マネージメント及び実験手順は、それぞれのローカル倫理レビュー委員会によって許可された。

【0482】

マウス実験
１８匹のＧＦ Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ雄マウスを、対照（Ｎ＝８）と処置（Ｎ＝１０）群に割り当て、個々にプラスチック単離体中にケージした。マウスに滅菌した市販の食餌（Ｒ０３－４０；ＵＡＲ）を不断給餌した。０、１、２日目に、処置群の動物に、１００μＬのＲ．ホミニス培養液を、強制飼養によって与え、一方で対照動物には１００μＬ ＹＣＦＡ培地を与えた。１４日目及び２８日目に、４匹の対照動物と５匹のＲ．ホミニス－処置動物を犠牲死させた。回腸、上行結腸及び盲腸試料を４つの等しい部分に分け、RNAlater（Ambion社）、中性緩衝化ホルマリン（ＮＢＦ、Sigma-Aldrich社）又は液体窒素に移し
た。全盲腸をRNAlaterに移した。

【0483】

Ｒ．ホミニスに対する応答の特異性を示すために、６匹のＧＦ Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ雄マウスを、大腸菌ＭＧ１６５５（Ｋ１２）で処理し、以上で記述したように、３匹の動物を１０日及び２２日に犠牲死させ、Ｎ＝３を得た。

【0484】

３匹のＧＦ ＴＬＲ５ＫＯマウスと、３匹のＣ５７Ｂｌ／６ ＷＴマウスに、以上で記述したように、Ｒ．ホミニス培養液を接種し、Ｒ．ホミニスフラジェリンの機能的重要性を評価した。２８日後、これらの動物を、それらのＧＦカウンターパートと一緒に犠牲死させた。

【0485】

２２匹の雌Ｃ５７ＢＬ／６マウス（６週齢）を使用して、ＤＳＳ－誘導大腸炎の間の、Ｒ．ホミニスの治療的効果を評価するために使用した。７～１０日の順応期間の後、マウスに、毎日５０μＬの１０^９ＣＦＵ Ｒ．ホミニスを、１４日間投与した。対照動物に、培養培地のみを投与した。８日目から、マウスに、それらの飲み水中ＤＳＳ（ＭＷ ５０ｋＤａ、３０ｇ／ｌ）を、６日間与えた。動物を１４日目に安楽死させ、組織サンプリングを以上で記述したように実施した。

【0486】

組織培養実験
全ての細胞培養試薬は、他に特定しない限り、Sigma-Aldrich社により供給された。嫌
気性条件中の組織培養実験のために、熱不活性化ウシ胎児血清（Gibco社）、ペニシリン
、ストレプトマイシン、アンホテリシンＢ及びＬ－グルタミンを補充した、１．５ｍＬ ＤＭＥＭ（高グルコース、ＨＥＰＥＳ）培地中、２×１０^５ Ｃａｃｏ－２又はＨＴ２９細胞を、６ウェルトランスウェルプレート（Corning社）の上コンパートメントに播いた
。下コンパートメントは、３．０ｍＬの同一の培地を含んだ。細胞を、コンフルエンス３
日後まで、３７℃にて、５％ＣＯ_２大気中でインキュベートし、Ｈａｎｋｓの溶液で洗浄して、抗生物質とＦＣＳを除去し、Ｌ－グルタミン、ナトリウムセレナイト及びトランスフェリンを補充したＤＭＥＭ中で、抗生物質なして２４時間ステップダウンした。トランスウェル挿入物を次いで、嫌気性ワークステーション内の嫌気性培養箱に、３７℃で移した。各挿入物の上コンパートメントを、嫌気性ＤＭＥＭ細胞培地で満たし、一方で下コンパートメントを、酸素化ＤＭＥＭで満たした。

【0487】

Ｒ．ホミニスＡ２－１８３培養液を、３，５００×ｇにて５分間の遠心分離によって、指数増殖期で回収した。ペレットを洗浄し、０．８ｍＬ嫌気性ＤＭＥＭ中に再懸濁させた。１００マイクロリットルの細菌懸濁液（１０^８ＣＦＵ／ｍＬ）を実験ウェルに加えた。対照ウェルに、細菌細胞を含まない同量の培地を入れた。さらなる対照は、Ｃａｃｏ－２又はＨＴ２９細胞なしでインキュベートした細菌細胞を含んだ。細菌及び原核細胞を、２時間及び４時間インキュベーションの後に回収した。被接触及び接触細菌両方を吸引し、RNAlater（Ambion社）中に保存した。Ｒ．ホミニス細胞の生存力を、ＹＣＦＡプレート上へのプレーティングによって試験した。Ｃａｃｏ－２細胞又はＨＴ－２９細胞をウェルから回収し、RNAlaterにて保存した。

【0488】

Ｒ．インテスチナリスＬ１－８２^Ｔ（＝ＤＳＭ １４６１０^Ｔ＝ＮＣＩＭＢ １３８１０^Ｔ）培養液を、３，５００×ｇにて５分間の遠心分離によって、指数増殖期で回収した。ペレットを洗浄し、０．８ｍＬ嫌気性ＤＭＥＭ中に再懸濁させた。１００マイクロリットルの細菌懸濁液（１０^８ＣＦＵ／ｍＬ）を実験ウェルに加えた。対照ウェルに、細菌細胞を含まない同量の培地を入れた。さらなる対照は、Ｃａｃｏ－２又はＨＴ２９細胞なしでインキュベートした細菌細胞を含んだ。細菌及び原核細胞を、２時間及び４時間インキュベーションの後に回収した。被接触及び接触細菌両方を吸引し、RNAlater（Ambion社）中に保存した。Ｒ．インテスチナリス細胞の生存力を、ＹＣＦＡプレート上へのプレーティングによって試験した。Ｃａｃｏ－２細胞又はＨＴ－２９細胞をウェルから回収し、RNAlaterにて保存した。

【0489】

組換えフラジェリンでの組織培養実験のために、５×１０^４ Ｃａｃｏ－２細胞を、５％ＣＯ２の７５％加湿大気中、３７℃にて、熱不活性化ウシ胎児血清（Gibco社）、ペニ
シリン、ストレプトマイシン、アンホテリシンＢ及びＬ－グルタミンを補充したＤＭＥＭ（高グルコース、ＨＥＰＥＳ）培地中で、２４ウェルプレートに播いた。細胞が、５～６日目にコンフルエンスに達し、コンフルエンス３日後に使用した。処理の前に、細胞をHanks Balanced Salt Solutionで２回洗浄し、Ｌ－グルタミン、セレン及びトランスフェリンを補充したＤＭＥＭ中で２４時間保持した。

【0490】

Ｒ．ホミニスライブラリー構築
小サイズライブラリー構築及びパイロシークエンシングのためのＲ．ホミニスクロモソームＤＮＡを、UltraClean（商標）Microbial DNA Isolation Kit（MoBioLaboratories
社）を使用して単離し、ホスミドライブラリーのための高分子量ＤＮＡを、WizardGenomic DNAPurificationキット（Promega社）を使用して単離した。ＤＮＡ完全性を、ゲル電
気泳動によって確認した。

【0491】

ＤＮＡを、Nebulizer Kit（Invitrogen社）を使用して機械的に剪断し、ゲル電気泳動
で分画した。所望のサイズのＤＮＡ断片をゲルから切り取り、Wizard（登録商標）SV Gel及びPCR Clean-upシステム（Promega社）を使用して精製した。末端修復を、DNA TerminatorEndRepair Kit（Lucigen社）で実施した。１．５～３．５ｋｂ断片を、CloneSmart
（登録商標）LCAmp Kit（Lucigen社）を使用してクローニングし、４～８ｋｂライブラリーを、pJAZZ（登録商標）OC Vector（Lucigen社）を使用して構築した。ホスミドライブ
ラリーを、CopyControl（商標）CopyControl（Epicentre Biotechnologies社）を使用し
て構築した。コロニーを、自動化コロニーピッカー（BioRobotics BioPick社、Genomic Solutions社）を使用して採取し、７０μＬの、１０％グリセロール及び相当する抗生物質を補充した２×ＬＢ培地を含む３８４ウェルマイクロタイタープレートに保管した。細胞を３７℃にて終夜、振とうしながら増殖させ、－８０℃にて保存した。

【0492】

シークエンシング、アセンブリ及び注釈
小サイズライブラリーのシークエンシングの鋳型を、１μのクローンバイオマスと、pSMART-LCAmpのクローニング部位の周辺であるプライマーＳＬ１及びＳＲ２を使用して、ＰＣＲによって産生した。ＰＣＲ産物を、Multiscreen PCR Clean-upフィルタープレート（Millipore社）を使用して精製した。pJAZZ（登録商標）-OCクローンからの組換えＤＮＡ
を、Wizard（登録商標）SV96 PlasmidDNAPurification System（Promega社）を使用し
て単離した。ホスミドDNAを、FosmidMAX（商標）DNA Purification Kit（Epicentre社）
を使用して単離した。異なる挿入物サイズを有するＲ．ホミニスＷＧＳライブラリーの末端リードを、CEQ8000（Beckman Coulter社）及びABI3770（Applied Biosystems社）DNAシークエンサーを使用して得た。Ｒ．ホミニスからのゲノムＤＮＡをまた、454 GS20（454 Life Sciences社）及び454 FLX sequencers（Roche社）を使用して配列決定した。Sanger及び４５４データを、ＭＩＲＡバージョン３（http://chevreux.org/projects_mira.html;Genomesequenceassembly using trace signals and additional sequence information.ComputerScience and Biology: Proceedings of the German Conference onBioinformatics (GCB);1999。ＲＡＳＴ注釈パイプライン（http://rast.nmpdr.org;AzizRK, BartelsD, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA, et al. The RAST Server:rapidannotations using subsystems technology. BMC Genomics 2008 Feb8;9:75-2164-9-75）を、ゲノムの自動化及びマニュアル注釈のためにも、比較ゲノム解析のためにも使用してもよい。Ｒ．ホミニスＡ２－１８３の注釈されたゲノム配列を受託番号ＣＰ００３０４０下、ＧｅｎＢａｎｋに申請した。

【0493】

マイクロアレイ解析
細菌マイクロアレイ
細菌ＲＮＡを、RNeasy Mini Kit（Qiagen社）を使用してマウス盲腸内容物から単離し
、さらにMICROBEnrich（商標）Kit（Ambion社）、MICROBExpress（商標）Bacterial mRNAEnrichment Kit（Ambion社）、及びMessageAmp（商標）II-Bacteria RNA Amplification
Kit（Applied Biosystems社）で処理した。ＲＮＡを、ｃＤＮＡ合成（CyScribe First Strand cDNA Labelling Kit；Amersham社）の間、ｄＣＴＰ－Ｃｙ３又はｄＣＴＰ－Ｃｙ５
のいずれかで標識した。標識した産物を、CyScribe GFX Purification Kit（Amersham社
）を使用して精製した。ＰＣＲ産物を、Ｒ．ホミニスの大腸菌プラスミドRA8ライブラリ
ー中、６０００クローンから増幅し、MicroGrid II TAS（BioRobotics社）を使用して、
アミノシラン被覆顕微鏡スライド（Corning社）上で二重にアレイした。ハウスキーピン
グ遺伝子ｒｐｏＤとｇｙｒＡの増幅した断片を、無作為に、対照としてアレイに分布させた。マイクロアレイハイブリダイゼーションを、GeneTAC hybridization station（GenomicSolutions社）中で実施した。色素標識を、第二ハイブリッド形成のためにスワップし
、別のＲＮＡ精製を標識し、２回ハイブリダイズし、再現性を確かにし、統計学的に有意な結果を得た。全部で、４つのスライドを、合計１２のハイブリダイゼーションスポット／増幅したクローンに対して、各比較のためにハイブリッド形成した。蛍光を、GeneTac Integratorバージョン３．０．１ソフトウェアと共に、GeneTACLSIV（Genomic Solutions）を使用して２チャンネルで測定した。スポット強度をログ変換し、Ｌｏｅｓｓ標準化
を適用して、プローブ標識とハイブリダイゼーション効率における差違を取り除いた。１標本ｔ検定を、ログ－比値上で使用して、異なる発現に対して試験した。データは、倍数変化＞２及びＰ＜０．０５の時に有意であると考えた。

【0494】

マウスマイクロアレイ解析
回腸及び上行結腸組織をRNAlaterから除去し、Trizol（Invitrogen社）中に溶解した。ＲＮＡを標準のクロロホルム／イソプロパノールステップを使用して単離した。全ＲＮＡをさらに、ＲＮａｓｅフリーＤＮａｓｅ Ｉ（Qiagen社）消化ステップを含む、RNeasy Kit（Qiagen社）で精製した。ＲＮＡ完全性を、Agilent 2100Bioanalyzer（AgilentTechnologies社）を使用して決定した。全ＲＮＡを、One-Cycle Target LabelingKit（Affymetrix社）を使用してビオチン標識ｃＲＮＡ内に、又は3'IVT Express Kit（Affymetrix社）を使用してビオチン標識ａＲＮＡ内に処理した。GeneChip Fluidics Station 450（Affymetrix社）上GeneChip NuGo Mouse Array及びGeneChipMouseGenome Array（Affymetrix社）へのハイブリダイザーションを、Institute of Medical Sciences Microarray Core
Facility（University of Aberdeen、UK）にて実施した。チップを、Affymetrix GeneChipScanner3000（Affymetrix社）でスキャンした。イメージ品質解析を、Gene Chip Operating Software（ＧＣＯＳ）（Affymetrix社）を使用して実施した。さらに、データ解
析を、自由に利用可能なソフトウェアパッケージＲ（http://www.r-project.org）及びBioconductor（http://www.bioconductor.org）にて実施した。Bioconductorパッケージリ
マによって提供された調整Ｆ検定を使用して、異なった発現について試験した。データは、BenjaminiandHochberg偽発見法を使用して、Ｐ＜０．０５である時に有意であると考
慮した。統計解析を、２つの時間点のそれぞれに対して別々に実施した。全ての示差的に発現した遺伝子（Ｐ＜０．０５）を、MetaCore解析ソフトウェア（GeneGo社、St Joseph
、MI）に入力し、経路マップを作製した。統合された経路の濃縮解析を、知識に基づく標準的な経路と外因性代謝経路を使用して実施した。関連する統合された経路のランク付けは、超幾何学的分布を使用して計算したＰ値に基づいた。Ｐ値は、偶然に、マップ内の特定の数の遺伝子と適合するために、入力リストからの該遺伝指数の可能性を提示し、実験における遺伝指数と、マップ上の全ての遺伝子の完全組内のマップ中の遺伝子数とを考慮する。

【0495】

データの遺伝子オントロジー（ＧＯ，Gene Ontology）に基づく機能通訳を、ＤＡＶＩ
Ｄ（http://david.abcc.ncifcrf.gov）、本来のウェブアクセス可能なプログラムの拡張
バージョンを使用して実施した（Dennis G,Jr, Sherman BT, Hosack DA,YangJ, Gao W,
Lane HC, et al. DAVID: Database for Annotation, Visualization, andIntegratedDiscovery. Genome Biol 2003;4(5):P3）。有意に異なった転写（Ｐ＜０．０５）を、特定のＧＯ条件に対して有意に濃縮された遺伝子発現の明るみに出たパターンに対して、ＧＯカテゴリー「Biological Process」を配置した。

【0496】

マイクロアレイデータを、National Center forBiotechnologyInformation（ＮＣＢ
Ｉ）Gene Expression Omnibus（受託番号ＧＳＥ２５５４４；http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo）に提出した。

【0497】

ＲＴ－ＰＣＲ解析
Ｒ．ホミニス特異的プライマー5'-CCCACTGACAGAGTATGTAATGTAC-3'及び5'-GCACCACCTGTCACCAC-3'を、糞試料の半定量、リアルタイムＰＣＲ解析のために使用して、腸内定着レベルを検証した。さらに、細菌ＰＣＲプライマーを、オンラインツールPrimer3Plus（Untergasser A, Nijveen H, RaoX,Bisseling T, Geurts R, Leunissen JA. Primer3Plus, an
enhanced web interface to Primer3. Nucleic Acids Res 2007 Jul;35(WebServerissue):W71-4）を使用して設計し、Sigma-Aldrich社から購入した。リアルタイムＰＣＲ解析を、Power SYBR Green PCR Master Mix（AppliedBiosystems社）にて、7500 Fast Real-Time PCR System（AppliedBiosystems社）を使用して実施した。ＰＣＲを、以下のよう
に実施した。９５℃にて１０分間を１サイクル、続いて９５℃にて１５秒間及び６０℃にて１分間を４０サイクル、解離ステップにて終了。全ての試料を三重に走らせた。ＧｙｒＡを、その試料間での低い変化により、標準化のための参照遺伝子として使用した。

【0498】

宿主遺伝子発現のために、盲腸及び上行結腸から単離した２μｇの真核生物全ＲＮＡを、無作為プライマーにて、HighCapacitycDNA Reverse Transcription Kit（Applied Bi
osystems社）を使用して、ｃＤＮＡ内に逆転写した。リアルタイムＰＣＲ解析を、QuantiFastSYBRGreen PCR Kit（Qiagen社）及びQuantiTectPrimerAssays（Qiagen社）にて
、7500 Fast Real-Time PCR System（Applied Biosystems社）を使用して実施した。ＰＣＲサイクル条件は、以下のようであった。９５℃にて５分間を１サイクル、続いて、９５℃にて１０秒間と６０℃にて３０秒間を４０サイクル、解離ステップにて終了。全ての試料を三重で走らせた。Ｈｐｒｔを、その試料間での低い変化により、標準化のための参照遺伝子として選択した。

【0499】

全てのＲＴ－ＰＣＲデータを、Ｐ＜０．０５の有意差カットオフにて、一方向ＡＮＯＶＡにより塩基２を有するログスケール上で解析した。差違を形質転換戻して、倍数変化を計算した。

【0500】

ウエスタンブロット
ロゼブリア・ホミニスＦｌａ１及びＦｌａ２に対する免疫精製ウサギポリクローナル抗体を、DuckLW,Walter MR, Novak J, Kelly D, Tomasi M, Cong Y, et al. Isolation of
flagellatedbacteria implicated in Crohn's disease. Inflamm Bowel Dis2007Oct;13(10):1191-1201において報告された通りに産生した。簡単に、ニュージーランド白メ
スウサギを、完全フロイトアジュバント中合成ペプチドで免疫化し、数回ブーストした。Ｒ．ホミニスＦｌａ１のために、ペプチドNH2-CRSQVRGLNKASDNA-CONH₂とペプチドNH2-IDGNFTSKKLQVGSLC-COOHとを使用し、一方でＲ．ホミニスＦｌａ２のためにペプチドC-AQYNDDAKSVLEILK-COOHとペプチドC-GLNKASRNSQDGIS-CONH₂とを使用した。免疫化に続いて、抗体を、ペプチドを１ｍＬの活性化セファロースビーズに結合することによって調製した免疫アフィニティーカラム上で精製した。

【0501】

ウエスタンブロットのために、Ｒ．ホミニスを、種々の量（０．０１ｇ～１ｇ食餌／１０ｍＬの培養液）のＵＶ照射標準マウス食の存在下、３時間増殖させ、濾過して食餌成分を除き、８Ｍ尿素を含むレムリー緩衝液中に希釈した。３０μＬの各試料を、NuPAGE（登録商標）Novex（登録商標）４～１２％Ｂｉｓ－Ｔｒｉｓゲル（Invitrogen社）上にロー
ドし、電気泳動させ、続いてWesternBreeze ChromogenicImmunodetectionSystem（Invitrogen社）を使用してさらに処理した。Ｆｌａ１及びＦｌａ２抗体を、１：１０００で希
釈し、４℃にて終夜インキュベートし、抗体希釈剤中１:３００にて希釈した対照抗ＤＮ
ＡギラーゼＡ（Abcam社）にロードし、続いてアルカリホスファターゼ共役抗ウサギにて
１時間、室温にてインキュベートした。検出を、ローディング対照発色と比べた、基質発色によって行った。

【0502】

ＦＩＳＨ解析
中性緩衝化ホルマリン中で固定した組織を、Technovit 8100（Heraeus Kulzer社）中に包埋した。２ミクロン切片を、ロータリーマイクロトーム（Leica/Reichert Autocut社）を使用して切断した。１００μｍ、２００μｍ及び３００μｍにてスライドごとに３つの切片を組織内に取り、動物あたり９つの切片を得た。

【0503】

スライドを、５０％（ｖ／ｖ）、８０％及び９６％エタノール中の連続インキュベーションによって脱水し、室温（ＲＴ）にて乾燥させた。使用した１６Ｓ ｒＲＮＡ ＦＩＳＨプローブを、一般細菌プローブEub338（GCTGCCTCCCGTAGGAGT；Ｃｙ３）と、腸細菌単離物のパネルに対する特異性を広範囲にわたりに試験した、新規に設計したＲ．ホミニスＡ２－１８３特異的プローブ（GTACATTACATACTCTGTCAGTG；ＦＩＴＣ）であった。１００μ
Ｌハイブリッド形成緩衝液中の１０マイクロリットルプローブ（３０ｎｇ／μＬ）を、脱水した試料に適用し、プローブ特異的温度でインキュベートした。スライドを、５０℃に
て３０分間、洗浄緩衝液で洗浄し、氷冷水中に漬けて残留する洗浄緩衝液を除去し、圧縮空気流下乾燥させた。対比染色を、４’，６’－ジアミジノ－２－フェニルインドール（ＤＡＰＩ；Vector Laboratories Inc社）で実施し、スライドに蛍光用のVectashieldMounting Medium（VectorLaboratories Inc社）をマウントして、減衰を防止した。細菌を
、Leica DM RBE蛍光顕微鏡（Leitz GMBH社）を使用して可視化し、Penguin 600CLカメラ
（Pixera社）とViewfinder 3.0ソフトウェア（Studio Lite社）で撮影した。高倍率画像
（×６３０）を、Apochromaticsシステム（Leica社）を使用してレトリーブした。

【0504】

免疫蛍光
Ｒ．ホミニスフラジェリンの免疫局在化を、Ｆｌａ１及びＦｌａ２フラジェリンタンパク質両方から、定義したペプチド配列に対して作製した特定の抗血清を使用して、Ｒ．ホミニスが定着したマウスの、結腸内容物中で試験した。腸内容物をＰＢＳ中で希釈し、ガラススライド上に塗り、風乾した。塗ったものを、前もって冷却したメタノール中、５分間－２０℃にて固定し、抗Ｆｌａ１又は抗Ｆｌａ２ウサギ抗血清（１：１２５、CovaLabs社）と４℃にて終夜インキュベートし、Ａｌｅｘａロバ抗ウサギ４８８（１：１０００、Molecular Probes社）を使用して可視化した。

【0505】

切片を、先に冷却したメタノール中、－２０℃にて３０分間固定した。Ｔ細胞マーカーの免疫局在化を、連続低温切開片（８μｍ）上で試験した。切片を、先に冷却したメタノール中、－２０℃にて３０分間（Ｌｙ６Ｇ ＦＩＴＣ、ＣＤ３ ＦＩＴＣ、ＣＤ１１ｂ ＦＩＴＣ、すべて１：５０（BD Biosciences社））、又は１％パラホルムアルデヒド（ＰＦＡ）中、ＲＴにて２分間固定した、ＣＤ３ ＦＩＴＣ（１：１００、BD Biosciences社）で二重標識したFoxP3（１：５００、Abcam社）のために続いてＰＢＳ中０．０１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ中３分間、いずれかで固定した。すべての切片を、ＰＢＳ（ｐＨ７．４）中１０％関連前免疫血清を含む、１０％ＢＳＡ（Sigma社）でブロックした。メタノール固
定組織を、一次抗体と一緒に、ＲＴにて１時間インキュベートした。ＰＦＡ固定切片を、抗体と共に、４℃にて終夜インキュベートした。ＦｏｘＰ３を、Ａｌｅｘａヤギ抗ウサギ５９４（１：１０００、Molecular Probes社）を使用して可視化した。切片を、ＤＡＰＩにて対比標識し、Vectashield（Vector Laboratories社）でマウントした。陽性細胞の定量のために、それぞれのマウス切片から、最小５視野を、以上で記述した、イメージングソフトウェアと顕微鏡設定を使用して試験した。

【0506】

組織学
上行結腸組織試料を、一定に撹拌しながら、室温にて中性緩衝化ホルマリン（Sigma社
）中で３時間固定した。試料をＰＢＳ中ですすいで、次いで７０％エタノールに移し、横断セクショニングまで室温にて保存し、製造業者説明書に従って、Technovit 8100（Heraeus Kulzer社）を使用して冷硬化樹脂中に包埋した。包埋した組織を、Technovit 3040（Heraeus Kulzer社）を使用して、Histoblocs上にマウントした。４μ切片を、ガラスナイフ（TAABLaboratoriesEquipment社）を備えたロータリーマイクロトーム（Leica Autocut社）を使用して切断した。組織切片を、標準のヘモトキシン／エオシン法を使用して染
色した。各動物からの大腸の、完全横行交差区画領域を、Image Pro Plusソフトウェアによって制御されたQimagingカメラを使用して、Zeiss Axioskop顕微鏡上、×２００倍率でイメージ化した。次いで、BergDJ, Davidson N, Kuhn R, Muller W, Menon S, Holland G,Thompson-Snipes L, LeachMW, Rennick D. Enterocolitis and colon cancer ininterleukin-10-deficient miceare associated with aberrant cytokine productionand CD4(+) TH1-like responses.J.Clin.Invest., 1996, 98, 4, 1010-1020に基づいた方法
に従って、各視野を、０～４までスコア化した。組織病理スコアは、０＝浅い腺窩、浸潤性炎症細胞なし又はわずか。完全なままの上皮、ゴブレット細胞は、完全なムチンに見える（病原なし）；１＝腺窩は、わずかに上皮細胞過形成を示しえ、いくつか拡散浸潤炎症細胞が腺窩間でみられ得、内腔上皮が完全なままに見え、ゴブレット細胞がムチンのわず
か枯渇を表してもよい；２＝粘膜下層にて、浸潤は見られないけれども、腺窩が、上皮過形成、ゴブレット細胞からのムチンの枯渇、浸潤炎症細胞が明確の異なる証拠を有してより深くなる；３＝病変が粘膜のより広い面積に関与し、及び／又はグレード２で見るよりも頻度が高い。病変は粘膜下層には関与しない。内腔上皮細胞は、小さな浸食を示す。病変は貫壁性ではない；４＝腺窩上皮が浸食して見える。膿瘍が存在してもよい。内腔上皮細胞が異常に見え、しばしば完全に欠損。経粘膜浸潤が観察される－しばしば内腔への上皮細胞の完全な欠損に関連する。

【0507】

既定のグレードでの視野の平均百分率を計算し、処置群をスチューデントのｔ検定を使用して比較した。

【0508】

組換えフラジェリンのクローニング及び精製
フラジェリン遺伝子を、ＰＣＲ増幅と精製によって、Ｒ．ホミニス、Ｒ．インテスチナリス、Ｓ．トリフィムリウム、Ｓ．エンテリティディス、エウバクテリウム・レクタル３３６５６及び大腸菌Ｋ１２の液体細菌培養液から単離した。Ｒ．ホミニスからの精製したフラジェリン断片を、発現ベクターpT7-MAT-Tag-FLAG（Sigma社）内に挿入し、Ｓ．エン
テリティディス及び大腸菌Ｋ１２からのフラジェリン断片を、発現ベクターpGEX-6P-1（GE Healthcare社）内に挿入した。組換えフラジェリンを、プラスミドＤＮＡの、それぞれ大腸菌ＢＬ２１ Ｒｏｓｅｔｔａ及び大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）細胞への形質転換と、１ｍＭ ＩＰＴＧ（イソプロピルｂ－Ｄ－ガラクトシダーゼ）での誘導によって発現させた。フラジェリンを、製造業者の説明書に従って、ＦＬＡＧビーズ（Sigma社）とＮｉ－Ｎ
ＴＡ（ニッケル－酢酸ニトリル）ビーズ（Clontech社、Takara社）で、細胞溶解物から回収した。調製物の純度を、クーマシーブルー溶液にて染色したＳＤＳ－ＰＡＧＥによって査定した。フラジェリン断片の活性を、ＮＦ－κＢ形質転換したＣａｃｏ－２細胞株を使用して、製造業者の説明書に従って、Luciferase Assay（Promega社）によって決定した
。

【0509】

Ｃａｃｏ－２細胞を、最終濃度１００ｎｇ／μＬにて、組換えフラジェリンとともに、５％ＣＯ２の７５％加湿大気中、３７℃にて２時間インキュベートした。処理の後、細胞を、ＰＢＳ溶液で２回洗浄し、全ＲＮＡ単離のために回収した。

【0510】

腸及びＭＬＮ細胞の単離
細胞を、小さな変更を行って、以前に報告された通り（Monteleone I, PlattAM,Jaensson E, Agace WW, Mowat AM. IL-10-dependent partial refractoriness toToll-likereceptor stimulation modulates gut mucosal dendritic cell function.Eur JImmunol. 2008 38(6):1533-47）、小腸及び腸間膜リンパ節から単離した。簡単に、細胞懸濁液
を、２０％ＦＢＳを補充したＲＰＭＩ中、１００Ｕ／ｍＬのコラゲナーゼVIII（Sigma-Aldrich社）と共に、３７℃にて２０分間（腸間膜リンパ節）又は１時間（腸部分）インキ
ュベートした。単一細胞懸濁液を次いで、（示したように）フローサイトメトリーで解析した。

【0511】

骨髄誘導樹状細胞及び培養液の作製
骨髄を、以前に報告された通り（Inaba K, Inaba M, Romani N, AyaH,Deguchi M, Ikehara S, et al. Generation of large numbers of dendriticcellsfrom mouse bone marrow cultures supplemented withgranulocyte/macrophagecolony-stimulating factor. J Exp Med 1992 Dec1;176(6):1693-1702、Brasel K, De Smedt T, Smith JL,Maliszewski CR. Generation of murinedendritic cells fromflt3-ligand-supplemented bone marrow cultures. Blood 2000Nov 1;96(9):3029-3039、Weigel BJ, Nath N, Taylor PA,Panoskaltsis-Mortari A, Chen W, KriegAM, et al. Comparative analysis of murinemarrow-derived dendritic cellsgenerated by Flt3L or GM-CSF/IL-4 and maturedwith imm
une stimulatory agents on the in vivo induction of antileukemiaresponses. Blood2002 Dec 1;100(12):4169-4176、Xu Y,Zhan Y, Lew AM, NaikSH, Kershaw MH
. Differential development of murine dendritic cells by GM-CSF versusFlt3ligand
has implications for inflammation and trafficking. J Immunol 2007Dec1;179(11):7577-7584）、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ６マウスの大腿骨及び脛骨から回収した
。ＧＭＣＳＦ誘導樹状細胞のために、骨髄細胞を、１０％ＦＣＳ及び２０ｎｇ／ｍＬ ｒｍＧＭ－ＣＳＦを補充したＲＰＭＩ中、１×１０^６／ｍＬにて再懸濁させ、１００ｍｍ^２組織培養プレート中、１０ｍＬ／プレートにて播いた。３日培養後、緩く接着性の細胞を集め、ＧＭ－ＣＦＳ補充培地で、１２ウェル組織培養プレート中、１×１０^６／ｍＬで再プレーティングした。５日目に細胞を１００ｎｇ／ｍＬフラジェリンで刺激して、６日目に回収した。Ｆｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞のために、骨髄細胞を、１０％ＦＣＳ及び２００ｎｇ／ｍＬ ｒｍＦｌｔ３を補充したＲＰＭＩ中、２×１０^６／ｍＬで再懸濁し、２ｍＬ／ウェルにて、１２－ウェル組織培養プレート中に播いた。細胞を１０日間、４日目に各ウェルに加えた、Ｆｌｔ３補充培地で培養した。９日目に、細胞を１００ｎｇ／ｍＬフラジェリンで刺激し、１０日目に回収した。細胞を、穏やかにピペッティングすることによって、プレートより回収し、フローサイトメトリーによって解析した。

【0512】

フローサイトメトリー
固有層細胞、腸間膜リンパ節細胞及び樹状細胞の単一細胞懸濁液を、特定の蛍光団共役抗体で染色する前に、４℃にて１５分間、（血清及びＣＤ１６／ＣＤ３２抗体を含む）ブロッキング緩衝中でインキュベートした。固有層細胞を、マウスＣＤ４－ＦＩＴＣ及びＣＤ２５－ＡＰＣ（eBioscience社）、ＣＤ８－ＡＰＣ－Ｃｙ７及びＣＤ３－ＰｅｒＣＰ
Ｃｙ５．５及びＢ２２０－ＢＶ５７０（Biolegend社）に対する抗体で標識した。細胞内
ＦｏｘＰ３標識を、製造業者の説明書（eBioscience社）に従って、細胞外染色と細胞固
定／透過性上昇の後に実施した。ＧＭＣＳＦ－誘導樹状細胞を、抗体ＣＤ１１ｂ－ＰｅｒＣＰ Ｃｙ５．５（BDBiosciences社）、ＣＤ１１ｃ－ＰＥ－Ｃｙ７、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ、
ＡＰＣ－Ｃｙ７、ＣＤ８０－ＰＥ、ＣＤ８６－ＡＰＣ、ＣＤ８－ＦＩＴＣ、Ｂ２２０－ＢＶ５７０（Bioegend社）で標識した。Ｆｌｔ３誘導樹状細胞を、ＣＤ１１ｃ－ＰＥ－Ｃｙ７－、ＣＤ１１ｂ－又はＳｉｇｌｅｃ－Ｈ－ＰｅｒＣＰ Ｃｙ５．５（Bioegend社）、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ －ＡＰＣ－Ｃｙ７、ＣＤ３１７－ＰＥ、ＣＤ４０－Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ６４７、ＣＤ１０３－ＦＩＴＣ、Ｂ２２０－ＢＶ５７０で標識した。細胞を、FACSAriaII（BD Biosciences社）及びFlowJoソフトウェアバージョン７．２．５を使用して解析した。

【0513】

サイトメトリックビーズアレイ（ＣＢＡ）
骨髄細胞を、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ／６マウスの大腿骨及び脛骨から単離し、先に記述したように、ＲＰＭＩ培地でＦｌｔ３Ｌ増殖させた。細胞を、１００ｎｇ／ｍＬフラジェリン（例えばロゼブリア属フラジェリン）で、培養の９日後に刺激し、上清を１０日目に回収した。実験を、Ｎ＝３を作製するために、３つの別の機会で実施した。

【0514】

ＣＢＡ解析を、製造業者の説明書に従ってCytometric Bead Array MouseEnhancedSensitivity Master Buffer Kit（BD Bioscience社）を使用して細胞上清上で実施した。標
準と試料をFACSArray（BD Biosciences社）内での測定のために、９６ウェルプレート上
にロードした。結果を、BD FCAPソフトウェア（BDBiosciences社）を使用して解析した
。

【0515】

乾燥体重及び脂質枝肉解析
取り出したマウス枝肉を計量し、一定重量まで凍結乾燥し、ついで解析のために粉砕した。脂質含量を、以前に報告された通り（Olivera L, Canul RR, Pereira-Pacheco F, Cockburn J, SoldaniF,McKenzie NH, et al. Nutritional and physiological responses
of young growing rats to diets containing raw cowpea seed meal, protein isolate
(globulins), or starch. J Agric Food Chem 2003 Jan 1;51(1):319-325）、クロロホ
ルム／メタノール（２：１ ｖ／ｖ）での抽出（１：１００ ｗ／ｖ）によって決定した。

【0516】

ロゼブリア属フラジェリンのクローニング
液体細菌培養液からのフラジェリン遺伝子のＰＣＲによる増幅
ロゼブリア・ホミニスＡ２－１８３フラジェリン配列を、National Centerforbiotechnology Information（ＮＣＢＩ）ウェブサイト（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）より
検索した。

【0517】

ロゼブリア・インテスチナリスＬ１－８２^Ｔ（ＮＣＩＭＢ＝１３８１０；ＤＳＭ＝１４６１０^Ｔ）フラジェリン配列を、National Center for biotechnology Information（Ｎ
ＣＢＩ）ウェブサイト（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）より検索した。フラジェリン遺伝子とタンパク質の受託番号は、表Ｂにて提供される（表Ｂ－本明細書で記述したロゼブリア属フラジェリンに対する受託番号の要約）^＊＊＊。

【0518】

細菌からの全ＲＮＡ単離
全ＲＮＡを、ＲＮａｓｅフリーＤＮａｓｅＩ（Qiagen社）消化に連結し、製造業者のプロトコールに基づいた、RNAeasyミニキット（Qiagen社、Sussex、UK）１ｍＬのログ相細
菌液体培養液から単離した。簡単に、１００ミリリットルの液体培養液を、１．５ｍＬチューブに入れ、５，０００×ｇにて５分間、４℃にて遠心分離し、上清を捨てた。細菌ペレットを、１００μＬのリソザイム含有ＴＥ緩衝液（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、１ｍＭ ＥＤＴＡ、ｐＨ８．０）中に再懸濁し、ＲＴ（室温）にてインキュベートした。グラム陽性細菌ＲＨ（ロゼブリア・ホミニス）を、３ｍｇ／ｍＬのリソザイム濃度にて１０分間インキュベートした。３５０マイクロリットルの、１％β－メルカプト－エタノールを含む溶解緩衝液をついで、チューブに加えて、ボルテックスすることによって細胞を破壊し、２５０μＬの１００％エタノール（分子グレード、Merck社）を加えた。７００マイ
クロリットルの得られた懸濁液を、受領チューブを適合したRNeasyミニカラムに適用し、８．０００×ｇにて１５秒間遠心分離し、キャッチを空にした。再び、３５０μｌの洗浄緩衝液をカラムに適用し、８．０００×ｇにて１５秒間遠心分離し、フロースルーを捨てた。ＤＮＡ消化を、各カラムに、７０μｌのＲＤＤ緩衝液と混合した３０ユニットのＤＮａｓｅＩを加え、ＲＴにて１５分間インキュベートすることによって実施した。カラムを先に記述したように、３５０μＬの洗浄緩衝液で、次いで５００μＬのＲＰＥ緩衝液で２回洗浄した。空のカラムの、８．０００×ｇにて１分間の遠心分離によるカラムの風乾の後、４０μＬのＲＮａｓｅフリー水を、カラム上に直接加え、ＲＴにて１分間インキュベートして、８．０００×ｇにて１分間遠心分離した。全ＲＮＡを含む溶出液を、Ｎａｎｏｄｒｏｐ技術を使用して分光光度法で測定し濃度を決定した。RINHゲノム部（Universityof Aberdeen、UK）によってＲＮＡ完全性が、Agilent2100 Bioanalyzer（Agilent Technologies社）にて確認された。９．５～１０の間の完全性番号を有するＲＮＡ（ＲＩＮ）が、優れた品質であると考えられた。全ＲＮＡを、後の使用まで、－８０℃にて保存した。

【0519】

逆転写
全ＲＮＡを、製造業者の説明書に従って、Quantitect reverse TranscriptionKit（Qiagen社）を使用して逆転写した。簡単に、１２μＬの総容量中１マイクログラムの全ＲＮ
Ａを、１×ｇＤＮＡワイプアウト緩衝液にて、４２℃で２分間、インキュベートし、さらに最終容量２０μＬで、１×QuantiscriptRT緩衝液（３μＬ）、ＲＴプライマーミック
ス（２μＬ）及びQuantiscript逆転写酵素（１μＬ）と混合した。逆転写プログラムは、４２℃にて１５分間、続いて９５℃にて３分間であり、酵素を不活化させた。得られた相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）濃度は、５０ｎｇ／μＬであり、ｃＤＮＡを、後の使用まで－２０
℃にて保存した。

【0520】

フラジェリン遺伝子のＰＣＲ増幅
ゲノムＤＮＡからフラジェリンを増幅するために、フォワード及びリバースプライマーを手動で設計して、Sigma-Aldrich社（Poole、UK）から購入した。フラジェリン断片のＰＣＲによる増幅を、５’末端にBglII制限部位を挿入するフォワードプライマーと、３’
末端にてXhoI制限を挿入するリバースプライマーで実施した。

【0521】

ロゼブリア・ホミニス（ｆｌａ１）
フォワードプライマー（５’－３’）：CTCGAGATATGGTAGTACAGCACAA
リバースプライマー（５’－３’）：CTTAGATCTCTGTAATAAGGATAATA
ロゼブリア・ホミニス（ｆｌａ２）
フォワードプライマー（５’－３’）：CTCGAGATATGGTGGTTAATCATAA
リバースプライマー（５’－３’）：CTTAGATCTTTTCAAAATCTCAAGCAC
ロゼブリア・インテスチナリス（Ｆｌａ１）
フォワードプライマー（５’－３’）：GCAGGATCCATGCGTGGCGGAGACAAT
リバースプライマー（５’－３’）：AATGTGGTGGTGGTGGTGGTGCTGCAGAATCTGCAA
ロゼブリア・インテスチナリス（Ｆｌａ２）
フォワードプライマー（５’－３’）：CTCGAGATATGGTAGTTAATCATAA
リバースプライマー（５’－３’）：CTTAGATCTTTTTAACATTTCCAACAC
ロゼブリア・インテスチナリス（Ｆｌａ３）
フォワードプライマー（５’－３’）：CTCGAGATATGGTAGTACAGCACAA
リバースプライマー（５’－３’）：CTTAGATCTCTGTAACAGAGAAAGTA
ロゼブリア・インテスチナリス（Ｆｌａ４）
フォワードプライマー（５’－３’）：CCGGGATCCATGGTAGTACAGCACAAT
リバースプライマー（５’－３’）：TTAGTGGTGGTGATGATGATGCTGTAACAGAGAAAG

【0522】

鋳型として１μＬの細菌培養液を使用して、フラジェリン遺伝子を、ＰＣＲによって増幅した。増幅のための温度プログラムを、最適ＫＯＤポリメラーゼ（Novagen社、Madison、WI）機能に対してFermentas社（Fermentas GMBH社、Germany）から適合し、ＫＯＤポリメラーゼを使用して、ポリメラーゼ活性化のために９５℃にて２分間、続いて３４サイクルの増幅、９５℃にて２０秒間、アニーリング温度にて１０秒間、及び７０℃にて２０秒間、そして７０℃にて２分間で終了した。ＰＣＲミックスの詳細は表１に提示する。ＰＣＲ産物を、１％アガロースゲル上で３０分間、１２０Ｖにて走らせ、目的のバンドを切り取り、精製した。挿入物をまず、製造業者の説明書に従って、Zero Blunt TOPO PCRクロ
ーニングキット（Invitrogen社）を使用して、そして図１Ａ及び表１にて記述したように混合することによって、クローニングベクターpCR（商標）-Blunt II-TOPO内にクローニ
ングした。

【0523】

【表5】

【0524】

ＰＣＲ産物の電気泳動分離及び精製
ＰＣＲによって増幅した単離フラジェリン産物を見るために、ＰＣＲ反応液を、１×Blue-orangeローディング色素（Promega社）と混合し、核酸を染色するための０．５μｇ／ｍＬの臭化エチジウムを含む（煮沸し、ゲルトレイに注いだＴＡＥ緩衝液（４０ｍＭ Ｔｒｉｓ塩基、０．１％（ｖ／ｖ）酢酸、１ｍＭ ＥＤＴＡ）中に希釈したアガロース１％から作製した）１％アガロースゲル上にロードした。試料を、ランニング緩衝液としてＴＡＥを使用して、１２０Ｖのもと、３０分間移動した。移動が完了した時に、ゲルを紫外線（ＵＶ）下で可視化し、産物を、参照標準を使用して同定子、きれいなスカルペルで切除した。ゲルスライスを次いで、先に計量したエッペンドルフチューブに移し、その重量を、空のチューブ重量から差し引いて計量した。ＰＣＲ産物を精製した。膜結合溶液をゲルスライスに、１０μＬ溶液／１０ｍｇアガロースゲルスライスの比で加えた。混合液をついで、頻繁にボルテックスしながら、６５℃にて１０分間、ゲルスライスが完全に溶解するまでインキュベートした。チューブをＲＴにて簡単に遠心分離して、ＤＮＡ精製を進める前に、全ての含有物がチューブの底に存在したことを確かにした。この点から後、ＰＣＲを精製することには、製造業者の説明書に従って、Wizard（登録商標）SV Gel及びPCRClean-upシステム（Promega社、Southampton、UK）を使用することが含まれた。１ＳＶ
ミニカラム／ＰＣＲ産物を回収チューブ内に配置した。ＰＣＲ産物をＳＶミニカラムアセンブリに加え、室温（ＲＴ）にて１分間インキュベートした。カラムを、１６，０００×ｇにて１分間遠心分離し、流出を捨てた。次いで、カラムを７００μＬの膜洗浄溶液を加えることによって洗浄し、ＲＴにて５分間遠心分離した。流出液を捨て、アセンブリを１分間再び回転させ、ＲＴにて２分間乾燥させて、残余エタノールを蒸発させた。カラムをついで、未使用の１．５ｍＬヌクレアーゼフリーチューブに移した。ＰＣＲ産物を回収するために、２５μＬのヌクレアーゼフリー水を、カラムの中心に適用し、ＤＮＡをＲＴにて１分間インキュベーションによって溶出し、１６．０００×ｇにて１分間回転させた。溶出液の濃度を、Nanodrop（Thermo Fisher Scientific社）を使用して分光光度法で測定
し、－２０℃で保存した。

【0525】

フラジェリンと発現ベクターの消化
２００マイクロリットルの新たに解凍したＤＨ５αコンピテントセルを、氷及び４μＬのＰＣＲ産物ミックス上で維持し、氷上に５分間置いた。熱ショックを、４２℃にて１分間実施し、細胞を５分間氷上に戻し、４００μＬのＳＯＣ培地を加えた。ＳＯＣ培地（Sigma社）は、主に、大腸菌コンピテントセル形質転換の回収ステップにて使用される、富
栄養培地である。ＳＯＣの利用が、コンピテントセルの形質転換効率を最大化する。

【0526】

細胞を３７℃にて１時間増殖させ、２００μＬのミックスを、カナマイシン５０μｇ／ｍＬを補充したＬＢ寒天プレート上にプレーティングした。陽性クローンを、ミニプレップとして調製し、ナノドロップし、BamH1及びXho１にて、２時間消化して、フラジェリンを切除した。図２Ａに描写した、発現ベクターpT7-MAT-Tag-FLAG-2（Sigma社）をまた、BamH1及びXho1にて消化した。１％アガロースゲル上の産物の分離の後、消化したベクターと断片の精製の後、すなわちベクターと挿入物を、４℃にて終夜ライゲーションして、大腸菌ＤＨ５ａに形質転換した。ライゲーション産物を、アンピシリン１００μｇ／ｍＬを補充したＬＢ寒天にプレーティングした。陽性クローンをミニプレップで調製し、大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）コンピテントセルに形質転換した。陽性コロニーを、適切なプライマーにて配列決定して、挿入物の存在を確認した。グリセロールアリコートを、陽性クローンから作製した。ロゼブリア属フラジェリンをコードする発現ベクターをさらに、ミニプレップとして調製し、大腸菌コンピテントセルに形質転換して、精製の収率を改善し、Ｒｈ１、Ｒｈ２及びＲｉ２に対して、大腸菌コンピテントセルは大腸菌ＢＬ２１ Ｒｏｓｅｔｔａであり、ＲＩ３、Ｒｉ１、Ｒｉ４、Ｓｅ、Ｓｔ、Ｋ１２及びＥｒに対して、大腸菌コンピテントセルは、大腸菌ＢＬ２１（ＤＥ３）であった。

【0527】

ロゼブリア属フラジェリンの発現と精製
フラジェリン遺伝子（ＲＨ１又はＦｌａＡ１）をコードする形質転換大腸菌（例えばＢＬ２１ Ｒｏｓｅｔｔａ）を、１８０ｒｐｍでの振とう下、３７℃にて、ログ相まで、アンピシリン（１００μｇ／ｍＬ）を含む１リットルＬＢ培地中で増殖させ、Ｒｏｓｅｔｔａ細胞に対してクロラムフェニコール（５０μｇ／ｍＬ）を補充した。培養液を３時間、同一の条件下で、１ｍＭ ＩＰＴＧで誘導して、フラジェリンタンパク質の特定の発現を可能にした。細菌を、遠心分離４，０００×ｇ、４℃、１０分間によってペレットとし、６０ｍＬの緩衝液１（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ）中に再懸濁し、Soniprep 150（Sanyo社、日本）で、ＢＬ２１（ＤＥ３）を使用する場合は１
分間、Ｒｏｓｅｔｔａを使用する場合は３分間、それぞれの分の後に１分間休憩で超音波処理した。細胞溶解物を、９．０００×ｇにて１０分間、４℃にて遠心分離し、上清を捨てた。不溶性タンパク質を含むペレットを、６０ｍＬの緩衝液２（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ８．０）、１００ｍＭ ＮａＣｌ、５ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５％ Ｔｒｉｔｏｎ－Ｘ１００、１ｍＭ ＤＴＴ）中に再懸濁させ、完全な再懸濁まで再び超音波処理し、５．０００×ｇにて１５分間、４℃にて遠心分離した。不溶性画分を２回目、及び３回目で、緩衝液２で洗浄した。不溶性画分を、緩衝液２にて２回及び３回洗浄した。最後の洗浄を、以上で記述したように、Ｔｘ－１００及びＤＴＴなしの緩衝液２を使用して実施した。タンパク質を可溶化するために、不溶性画分を、４ｍＬの尿素緩衝液（２Ｍ尿素、５０ｍＭ
Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ）中に、超音波処理を使用して再懸濁させ、５．０００×ｇにて５分間、ＲＴにて遠心分離した。上清をデカントすることによって捨て、ペレットを、２ｍＬの４Ｍ尿素、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ中に、超音波処理によって再懸濁させ、５．０００×ｇ、５分間、ＲＴにて遠心分離した。上清をデカントすることにより回収し、ペレットを、２ｍＬの８Ｍ尿素、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ溶液中に、超音波処理によって再懸濁させ、５．０００×ｇ、５分間、ＲＴにて遠心分離した。上清をデカントする
ことにより回収し、４Ｍ尿素画分に混合し、可溶化フラジェリンを含む６Ｍ尿素溶液を作製した。１ミリリットルのＴａｌｏｎ樹脂（Clontech社、Takara、UK）を、２ｍＬの緩衝液１（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ）で２回洗浄し、１．０００×ｇ、２分間、ＲＴにて遠心分離した。上清を捨て、フラジェリンを含む６Ｍ尿素画分を加え、４℃で１時間回転させた。遠心分離後、１．０００×ｇ、２分間、ＲＴにて樹脂を、２Ｍ尿素、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１５ｍＭイミダゾールを含む緩衝液で２回洗浄した。遠心分離後、樹脂を１０分間、３００μＬの溶出緩衝液（３６０ｍＭ Ｔｒｉｓ－ＨＣｌ、６８０ｍＭイミダゾール、３６０ｍＭ ＮａＣｌ、０．３５Ｎ ＨＣｌ、１．４３Ｍ尿素）と共にインキュベートし、穏やかに混合し、溶出液を、２．０００×ｇにて２分間、ＲＴでの遠心分離の後に回収した。溶出を一度繰り返し、２つの溶出液を混合した。抗ＦＬＡＧ Ｍ２磁気ビーズ（Sigma社）を使
用した第二精製ステップを実施して、タンパク質調製物の純度を改善した。４００マイクロリットルの超純水をゆっくりと、Ｔａｌｏｎ樹脂の溶出液に加え、ＦＬＡＧビーズに好適な、０．９Ｍ尿素の最終濃度を得た。２５０マイクロリットルのＦＬＡＧ磁気ビーズを、７５０μＬの緩衝液１で、上清を除去するために混合し、磁気スタンド（Ambion社）上で放置することで、２回洗浄した。Ｔａｌｏｎ－溶出液をビーズに加え、３０分間４℃にて回転させた。ビーズを１ｍＬの０．９Ｍ尿素、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌで５回洗浄した。溶出は、ビーズに、０．９Ｍ尿素、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ（ｐＨ７．４）、１５０ｍＭ ＮａＣｌを含む、２５０μＬの２００μｇ／ｍＬ ＦＬＡＧペプチド溶液を加えることと、よく混合することと、ＲＴにて３０分間インキュベートすることと、からなる。チューブを、磁気スタンド上に配置し、最終産物を回収した。この溶出ステップを一度繰り返し、５００μＬの最終産物をさらに、０．９Ｍ尿素を含むＰＢＳ中、４℃にて１時間透析して、アリコートとして調製し、－８０℃にて保存した。調製物の純度を、クーマシーブルー溶液で染色したＳＤＳ－ＰＡＧＥによって査定した（図３Ａ）。使用の直前、タンパク質アリコートを、２０ｋＤａ分子量カットオフのslide-a-lyser（Pierce社、UK）中、緩衝液を二回替えて、ＰＢＳに対して１時間透析し、タ
ンパク質濃度を、Ｂｒａｎｄｆｏｒｄ方法を使用して測定した。内毒素測定確認値は、＜０．２５ＥＵ／ｍＬであった。

【0528】

Ｆｌａ１をコードするヌクレオチド配列を、配列番号１に示し、Ｆｌａ１のアミノ酸配列を、配列番号２に示す。
ATGGTAGTACAGCACAATCTTACAGCAATGAACGCTAACAGACAGTTAGGTATCACAACAGGCGCACAGGCTAAGTCTTCTGAGAAGTTATCTTCTGGTTACAAGATCAACCGCGCAGCAGATGACGCAGCAGGTCTTACGATTTCCGAGAAGATGAGAAGCCAGGTTAGAGGCTTAAATAAAGCTTCTGACAACGCACAGGATGGTGTATCCCTTATTCAGGTAGCTGAGGGTGCATTAAGTGAGACACACTCCATCTTACAGCGTATGAATGAGTTAGCAACTCAGGCAGCAAACGATACCAATACAACCTCAGACAGAACTGCAGTTCAGCAGGAGATCAACCAGTTAGCATCTGAGATCACCAGAATCGCTTCTACAACTCAGTTCAACACAATGAACCTGATCGATGGTAACTTCACAAGTAAGAAGCTTCAGGTAGGTTCCCTTTGCGGACAGGCTATCACAATCGATATCTCTGATATGTCTGCTACAGGTCTTGGCGTTAGCGGATTAGTAGTATCTTCCTTCTCTGCAGCTGGTAAGGCAATGTCTGCAGCTCAGGATGCTATCAGCTACGTATCTTCTATGCGTTCTAAGCTGGGTGCATTACAGAACAGACTTGAGCACACAATCTCCCACCTGGACAACATTTCTGAGCACACATCTTCTGCAGAGTCTCGTATCCGTGATACAGATATGGCTGAAGAGATGGTTGAGTACAGCAAGAACAACATCCTTGCTCAGGCAGGACAGTCTATGCTTGCTCAGGCTAACCAGTCTACTCAGGGTGTATTATCCTTATTACAGTAA（配列番号１）。
MVVQHNLTAMNANRQLGITTGAQAKSSEKLSSGYKINRAADDAAGLTISEKMRSQVRGLNKASDNAQDGVSLIQVAEGALSETHSILQRMNELATQAANDTNTTSDRTAVQQEINQLASEITRIASTTQFNTMNLIDGNFTSKKLQVGSLCGQAITIDISDMSATGLGVSGLVVSSFSAAGKAMSAAQDAISYVSSMRSKLGALQNRLEHTISHLDNISEHTSSAESRIRDTDMAEEMVEYSKNNILAQAGQSMLAQANQSTQGVLSLLQ（配列番号２）。

【0529】

４つのドメインＤＯ、Ｄ１、Ｄ２及びＤ３からなるフラジェリン構造。図４Ａを参照のこと。
Ｄ０：Ｎ末端α－ヘリックスはＧｌｎ２から始まり、Ｓｅｒ３２（ＮＤ０）まで上方に伸
びる。Ｃ末端α－ヘリックスは、Ａｌａ４５９から始まり、Ｓｅｒ４９１（ＣＤ０）まで下方に伸びる。
Ｄ０及びＤ１ドメインをつなぎ、２つの鎖（Ｎｓ及びＣｓ）からなり、１つがＳｅｒ３２～Ａｌａ４４であり、他がＧｌｕ４５４～Ａｌａ４５９である、スポーク領域。
Ｄ１：Ａｌａ４４～Ｇｌｎ１７６で伸びるＮ末端区画と、Ａｓｎ４０６～Ｇｌｕ４５４で伸びるＣ末端区画。Ｎ－末端区画は、α－ヘリックス（Ａｌａ４４～Ａｌａ９９）（ＮＤ１ａ）からなり、下方に行く第二の、より短いα－ヘリックス（ＮＤ１ｂ）を連結しているループによって続き、鎖は、下方に位置している２つのβ－ターン、β－ヘアピンにと続き、伸張鎖が上方に行き、鎖の残りが最終的にドメインＤ２に入る。ドメイン１（ＣＤ１）中のＣ末端α－ヘリックスが、Ａｓｎ４０６から始まり、Ｇｌｕ４５４まで伸びる。ドメインＤ０とＤ１は、Ｎ－Ｄ０が外側に向かい、Ｃ－Ｄ０が中央チャネルに曝露されるように、プロトフィラメント構造にパックされる。
Ｄ２ドメインは、２つの区画：Ｌｙｓ１７７～Ｇｌｙ１８９のＮ末端区画と、Ａｌａ２８４～Ｇｌｕ４０５のＣ末端区画を有する。これはほとんど、２つのヘリックス２８５～２８９及び２８８～２９８を想定しているβ鎖からなる。
Ｄ３ドメインは、Ｔｙｒ１９０～Ｖａｌ２８３の中央区画を含む。ヘリックス折り畳み（１９９～２０９）の１つの短いストレッチを有するβ鎖からほとんどなる。

【0530】

理論に束縛されることを望まずに、ＴＬＲ５の認識及び活性化に関与するフラジェリンタンパク質の２つの必須領域が、配列番号２の７９～１１７位でのアミノ酸（Ｎ－Ｄ１ドメイン）と、配列番号２の４０８～４３９位でのアミノ酸（Ｃ－Ｄ１ドメイン）、並びに配列番号２の４１１位でのアミノ酸アラニン（Ａ）、配列番号２の４１２位でのアミノ酸グルタミン（Ｑ）、及び配列番号２の４２０位でのアミノ酸セリン（Ｓ）であると考えられる。
［実施例］

【0531】

Ｒ．ホミニスは、結腸に優先的に定着する。
Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ無菌（ＧＦ）マウスを、連続した日に、Ｒ．ホミニスの３つの強制飼養で接種させた。本発明者らは、フィルミクテス門からの単一細菌種での、無菌マウスの最初の成功した単一定着を報告している。成功した定着は、その酸素応答性細菌を保護するために、３％アスコルビン酸と２％システインを含む接種培地を使用して達成した。ｉｎ
ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ，in situ hybridization）による腸組織
の解析により、Ｒ．ホミニスが、回腸及び結腸両方に定着することが明らかになったが、結腸において非常により多くの数が発見された。細菌はまた、結腸粘膜に密接に関連して発見される（図Ｓ１Ａ）。定着をさらに、およそ１×１０^１０細菌／ｇ糞の数で、Ｒ．ホミニス特異的プライマーを使用するＰＣＲによって検証し、定量した（図Ｓ１Ｂ～Ｃ）。試験したＧＦ動物の糞は、任意の細菌の存在に対して陰性であった。

【0532】

Ｒ．ホミニスゲノムは、宿主相互作用を促進している固有の遺伝子を明らかにする。
Ｒ．ホミニスの完全ゲノム配列Ａ２－１８３を生成し、単一の３，５９２，１２５ｂｐクロモソーム（図１Ａによって表す）。ＲＡＳＴプラットフォームを使用するゲノムの自動化及び手動注釈により、４つのリボソームオペロンの存在、６６種のＲＮＡ及び３，２７３種の予測タンパク質が明らかになった。もっとも大きな群の遺伝子は、炭水化物代謝に関与するタンパク質をコードするサブシステムカテゴリー炭水化物（Subsystem Category Carbohydrates）（２７１の遺伝子）に属し、続いて、タンパク質代謝（Protein Metabolism）（１９７）及びアミノ酸及び誘導体（Aminoacidsand Derivatives）（１７５
）である（図１Ｂ）。他の重要な機能カテゴリーには、運動性及び走化性（MotilityandChemotaxis）（４９）及び休眠及び胞子形成（Dormancy and Sporulation）（１２）が
含まれた。比較ゲノム解析は、完全細菌ゲノムの間の、ゲノム構造と機能に関してもっとも近い相関が、エウバクテリウム・レクタル（Mahowald, M.A., Rey, F.E., Seedorf, H.
, Turnbaugh, P.J., Fulton,R.S., Wollam, A., Shah, N., Wang, C., Magrini, V., Wi
lson, R.K., Cantarel, B.L., Coutinho, P.M., Henrissat, B., Crock, L.W.,Russell,
A., Verberkmoes, N.C., Hettich, R.L. & Gordon, J.I.2009,"Characterizing a model
human gut microbiota composed of members of itstwo dominant bacterialphyla", Proceedings of the National Academy ofSciences of the UnitedStates of America, vol. 106, no. 14, pp. 5859-5864）であり、これらの生物に関係なく、近い分類上の同系性を与えることは驚くべきことではないことが確立された（Duncan, S.H., Aminov, R.I., Scott, K.P., Louis, P., Stanton,T.B.& Flint, H.J. 2006, "Proposal of Roseburia faecis sp. nov.,Roseburiahominis sp. nov. and Roseburia inulinivorans sp. nov., based onisolates fromhuman faeces", International Journal of Systematic andEvolutionaryMicrobiology, vol. 56, no. Pt 10, pp. 2437-2441、Aminov,R.I., Walker, A.W., Duncan, S.H., Harmsen, H.J., Welling,G.W. & Flint,H.J. 2006, "Molecular
diversity, cultivation, and improved detection byfluorescent in situ
hybridization of a dominant group of human gut bacteria related toRoseburiaspp.
or Eubacterium rectale", Applied and Environmental Microbiology, vol.72,no.
9, pp. 6371-6376）。１，０９５遺伝子での２つのゲノムの比較再構築により、これら
が、およそ２５％の遺伝子まで異なることを明らかにした。特に、これらの差違は、宿主との相互作用に関する重要な機能をコードする遺伝子を包含した。例えば、ＩＶ型線毛集合タンパク質ＰｉｌＢ及びＰｉｌＣをコードする運動性及び走化性遺伝子が、Ｅ．レクタルには存在するが、Ｒ．ホミニスには存在せず、一方で、鞭毛基底本体ロッドタンパク質ＦｌｇＣ、鞭毛フック基底本体複合体タンパク質ＦｌｉＥ、鞭毛タンパク質ＦｌａＢ及び鞭毛モータースイッチタンパク質ＦｌｉＧは、Ｒ．ホミニスに固有であった（表Ｓ１）。２つの細菌ゲノムは、４２の炭水化物遺伝子まで異なり、それらの異なる栄養学的要求を表している。興味深いことに、Ｒ．ホミニスは、サルモネラ及び大腸菌細菌種によって提示されるＦｌｉＣに相同の鞭毛とは反対に、両ＦＬＡ型である２つの鞭毛遺伝子を発現するということで固有である。

【0533】

表Ｓ１ Ｒ．ホミニスとＥ．レクタルゲノムの比較解析
比較ゲノム解析により、エウバクテリウム・レクタルが、ゲノム構造及び機能に関して、Ｒ．ホミニスの最も近い公知の相関するものであることと、２つのゲノムが、ゲノムのおよそ２５％まで異なったことが示された。（Ａ）Ｒ．ホミニスに存在し、Ｅ．レクタルに存在しない遺伝子と（Ｂ）Ｅ．レクタルに存在し、Ｒ．ホミニスに存在しない遺伝子。

【0534】

【表6】

【0535】

【表7】

【0536】

Ｒ．ホミニスは、運動性、モビリゼーション及び走化性遺伝子を上方調節することによって、腸環境に応答する。
宿主及び食餌との関連に対する応答において、Ｒ．ホミニスによって示差的に発現された遺伝子を決定するために、マイクロアレイを、小挿入物サイズシークエンシングライブラリーからの６，０００ＰＣＲ断片を使用して構築した。続くリアルタイムＰＣＲ検証を、図２Ａにて図示するように、Ｒ．ホミニスゲノムの特定の領域にてクラスター形成する
、４２の示差的に発現した遺伝子（表Ｓ２及びＳ３）上で実施した。腸環境と食餌成分の効果間を区別するために、細菌ＲＮＡを、４つの異なる実験条件から単離した。（ｉ）単一関連マウスの盲腸からのインビボ、（ii）培養培地中で増殖した細菌からのインビトロ、（iii）食餌成分の存在下で増殖した細菌からのインビトロ、（iv）コンフルエントＣ
ａｃｏ－２及びＨＴ－２９細胞の表面上でインキュベートした細菌から。

【0537】

表Ｓ２ Ｒ．ホミニス特異的プライマーを使用する細菌ＲＮＡ上でのリアルタイムＰＣＲ解析
細菌ＰＣＲプライマーを、Primer3Plusを使用して、示差的に発現した遺伝子に対して
設計した。全ての試料を３連で泳動させた。ＧｙｒＡを、標準化のための参照遺伝子として使用した。

【0538】

【表8】

【0539】

【表9】

【0540】

５０の示差的に発現した遺伝子を単離した（インビボ対インビトロ）。最も驚くべき発見は、コンジュゲーション／モビリゼーション輸送に関与する遺伝子、ｍｏｂＡ及びｍｏｂＬ様遺伝子のインビボでの高い上方調節であった（図２Ａ）。転写研究におけるそのような遺伝子の存在は、サブシステムカテゴリー特徴における、ファージ（Phages）、プロファージ（Prophages）、転位因子（Transposable Elements）及びプラスミド（Plasmids）に対して同定可能な遺伝子が割り当てられなかったため、驚くべきことであった。遺伝子検出及び割当におけるこの差は、サブシステムカテゴリー注釈の認識された制限による可能性がある。食餌化合物の刺激効果は、非常にわずかに公表されており、これは、腸環境が本質的に水平遺伝子輸送に関与する遺伝子の主要な誘導因子であることを示唆している。

【0541】

他の腸環境誘導サブシステムには、膜輸送（Membrane Transport）、とりわけマグネシウム輸送と、複数のメチル基受容走化性タンパク質と、鞭毛オペロンの遺伝子を含む運動性及び走化性が含まれた（図２Ｂ）。Ｒ．ホミニスは、複数のフラジェリン遺伝子、ｆｌａＡ１、ｆｌａＡ２、ｆｌａＡ３及びｆｌａＢを有する。マウス腸環境において、フラジェリン発現を、組換えフラジェリンタンパク質ＦｌａＡ１及びＦｌａＡ２に対して作製された特異的抗体（ＲＨ１及びＲＨ２）で、インビボ定着マウス、及び食餌の存在下増殖したインビトロ培養液両方から単離した細菌を使用する、ウエスタンブロットと免疫細胞化学によって検証した（図２Ｃ）。インビボでのフラジェリン発現のこの陽性の検証は、細菌タンパク質の活性の発現を活発に下方調節する他の細菌種は異なり、フィルミクテス門の特定のサブセットのみがインビボにて鞭毛を生成することを示唆している先のレポート（Turnbaugh, P.J., Backhed, F., Fulton, L. & Gordon, J.I.2008,"Diet-induced obesity is linked to marked but reversible alterationsinthe mouse distal gut micro
biome", Cell host & microbe, vol. 3, no. 4,pp. 213-223）と一致している。腸環
境中のＲ．ホミニスにおける異化作用代謝遺伝子の発現がまた、腸環境によって影響を受けた（図２Ｄ）。関連した遺伝子には、アセチル－ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、３－ヒドロキシアシル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ブチリル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ及びホスホエノールピルビン酸カルボキシキナーゼ［ＡＴＰ］が含まれる。

【0542】

Ｒ．ホミニストランスクリプトームにおける宿主適応の効果をさらに調査するために、ヒト腸上皮細胞（Ｃａｃｏ－２及びＨＴ－２９）のインビトロ刺激を実施した。これは、マウス腸への適合によって誘導された、コンジュゲーション／モビリゼーション輸送遺伝子ｍｏｂＡ／ｍｏｂＬタンパク質１がまた、両方の細胞株中で増加したことを示した（図２Ｅ）。インビボデータと一致して、フラジェリン遺伝子ＭｏｔＡは、Ｃａｃｏ－２細胞にて上方調節された。ブチル酸代謝に関与した遺伝子は、２つの細胞株間で差違を示し、下方調節がＣａｃｏ－２細胞で見られ、上方調節がＨＴ－２９細胞で見られた。

【0543】

Ｒ．ホミニスは、主に結腸内の宿主先天性シグナリング経路に影響を与える
ＧＦマウスへのＲ．ホミニスによる定着が、宿主遺伝子発現の増加と相関し、結腸にて最も高かった（図３Ａ及び表Ｓ４）。示差的な発現は、定着後２８日でもっとも見られ、１５９個の遺伝子が上方調節され、１４３個の遺伝子が下方調節される。１４日に回腸において示差的に発現した遺伝子の数は、上行結腸と同様であり、７９個の遺伝子が上方調節され、１１９個の遺伝子が下方調節される。回腸における示差的な発現は、２８日で非常に低く、定着レベルの減少と一致する。ヒートマップ解析によって有意な転写物の明確な分離によって示されるように（図３Ｂ）、転写的応答が、２つの時間点で異なった。アフィメトリックスデータの陽性のリアルタイムＰＣＲ検証を図３Ｃに示す。

【0544】

表Ｓ４ Ｒ．ホミニス接種動物とＧＦ動物間のアフィメトリックスデータ
アフィメトリックスマイクロアレイ解析を、上行結腸及び回腸組織から単離したＲＮＡ上で実施した。データは、BenjaminiandHochberg疑発見法を使用して、Ｐ＜０．０５の
時に有意であると考えた。（Ａ）１４日に上行結腸にて示差的に発現した転写物。（Ｂ）２８日に上行結腸にて示差的に発現した転写物。（Ｃ）１４日に回腸にて示差的に発現した転写物。（Ｄ）２８日にて回腸にて示差的に発現した転写物。

【0545】

【表10】

【0546】

【表11】

【0547】

【表12】

【0548】

【表13】

【0549】

自然免疫と腸バリア機能に関与した遺伝子は、上行結腸において、Ｒ．ホミニスの存在によって有意に誘導された。ＧＯ－プロセス「自然免疫応答」（ＧＯ：００４５０８７）が上方調節され、重要なＴＬＲ関連遺伝子Ｔｌｒ５、Ｔｌｒ１及びＶｎｎ１が含まれた。腸内定着の間のＲ．ホミニスにおける相当する鞭毛遺伝子とフラジェリンタンパク質の誘導を考慮すると、Ｔｌｒ５の上方調節は、特に興味深いものであり、自然及び適応免疫応答を媒介することにおける、この自然シグナリング経路に対する役割を暗示する。Ｒ．ホミニスによって、結腸にて影響がある他の自然免疫遺伝子には、抗細菌ペプチドＤｅｆｂ３７、Ｐｌａ２ｇ３、Ｍｕｃ１６及びＩｔｌｎ、及び腸バリア機能遺伝子Ｓｐｒｒ１ａ、Ｃｌｄｎ４、Ｐｍｐ２２、Ｃｒｂ３及びＭａｇｉ３が含まれた。Ｒ．ホミニスへの応答において、回腸にて上方調節を示している自然免疫遺伝子には、Ｄｅｆｃｒ２０、Ｐｃｇｆ２、Ｌｔｂｐ４、Ｉｇｓｆ８及びＴｃｆｅ２ａが含まれた。興味深いことに、本明細書で、Ｒ．ホミニスによるＮＦ－κＢ経路の負の調節が示され（ＧＯ：００４３１２４）（図Ｓ２）、これはＢ．セタイオタオミクロン（B. thetaiotaomicron）（Kelly, D.,Campbell,J.I., King, T.P., Grant, G., Jansson, E.A., Coutts, A.G., Pettersson,S. &Conway, S. 2004, "Commensal anaerobic gut bacteria attenuateinflammationby regulating nuclear-cytoplasmic shuttling of PPAR-gamma andRelA",Nature immunology,
vol. 5, no. 1, pp. 104-112）と同様に、この炎症カスケードを下方調節することによ
って、免疫ホメオスタシスに寄与しうる。

【0550】

これらの応答が、Ｒ．ホミニスに特異的であることを実証するために、無菌動物の、別の片利共生細菌に対する応答を調査した。大腸菌ＭＧ１６５５（Ｋ１２）での定着に対する遺伝子発現応答を、定着後１０～１４日及び２２～２８日後、Ｒ．ホミニスと比較した。この時間間隔にわたり、遺伝子発現において大きな差違が、Ｒ．ホミニスに対する応答で観察されたが、大腸菌に対しては観察されず、これは、大腸菌の最小のインパクトとは反対に、Ｒ．ホミニスが、腸内で、生物学的に非常に活性であることを示唆している（図Ｓ３）。上行結腸における遺伝子発現データから推定された大腸菌に対する応答は、主に、Ｂ細胞媒介抗体応答であるように見える。

【0551】

Ｒ．ホミニスは、主に結腸中でＴ細胞経路に影響を与える
１４日に影響を受けた主要な経路は、カテゴリー細胞分化、細胞周期調節及び組織リモデリングにグループ化された。重要なことに、免疫応答は、上行結腸において、２８日に誘導される主要な経路であった。本カテゴリー内の有意に影響を受けた経路は、ＩＬ－１０シグナリング及びＣＴＬＡ－４によるＴ細胞機能の調節を含む、Ｔ細胞機能にほとんど関与した（図Ｓ５）。これらの経路に含まれた遺伝子は、上方調節及び下方調節両方を示し、これらの経路が、Ｒ．ホミニスの存在によって有意に影響を受けた一方で、Ｔ細胞分化における正確な正味機能効果はさらなる調査が必要であった。Ｔ細胞分化に関連したＲ
．ホミニスの役割を明確にするために、Ｒ．ホミニスを有する従来のマウスを、１４日間処置し、固有層と腸間膜リンパ節（ＭＬＮ，mesenteric lymph nodes）両方におけるＴ細胞サブセットにおけるインパクトを決定した。Ｒ．ホミニスでの処置が、両方の場所にて、ＣＤ３^＋ＣＤ４^＋ＣＤ２５^＋ＦｏｘＰ３^＋ Ｔ細胞の集団を増加させた（図４）。査定を、単一関連Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ６動物の上行及び下行結腸の固有層中の二重陽性ＣＤ３^＋ＦｏｘＰ３^＋の数で実施し、Ｒ．ホミニス処置マウスにおける制御性Ｔ細胞における有意な増加を確認した（図５Ａ）。「アクチン重合」（ＧＯ：００３００４１）に対するＧＯ－プロセス（Ａｒｐｃ３、Ｃａｐｇ、Ｃｄｃ４２ｅｐ５及びＲｈｏｃ）が、Ｒ．ホミニス定着マウス中、結腸において２８日に上方調節された（図Ｓ２）。免疫シナプスでのアクチン重合が、Ｔ細胞活性化とエフェクター機能を必要とした。総合で、このデータは、Ｒ．ホミニスが、Ｔ細胞調節に陽性に影響を与えることによって、結腸における適応免疫応答に、活発に効果を与えることを示唆している。

【0552】

表Ｓ５ ２８日にて、Ｒ．ホミニス処置マウスと無菌マウス間の上行結腸にて示差的に発現した転写物の、免疫系応答経路解析
示差的に発現した遺伝子（Ｐ＜０．０５）を、GeneGo MetaCore解析ソフトウェアに入
力し、各群での、有意に濃縮された標準的な経路を決定した。^＊特定の処置比較にて示差的に発現する、各マップ上の遺伝子の数。^＊＊各マップ上の遺伝子の総数。

【0553】

【表14】

【0554】

上行結腸におけるＬｙ６遺伝子ファミリーの誘導が、これらの結果に関連した。とりわけ、Ｌｙ６ｇ６ｃのＧＰＩ－アンカー遺伝子産物が、２５倍上方調節され、関連遺伝子Ｌｙ６ｇ６ｃは、２８日に２倍に上方調節された。好中球及び形質細胞様樹状細胞を含む、ほとんどの造血細胞が、Ｌｙ６ファミリーの１又は２以上のメンバーを発現する。さらに、Ｔ細胞活性化、分化及び成熟における、Ｌｙ６の可能性のある役割が提案されてきた（Mallya, M., Campbell, R.D. & Aguado, B.2006,"Characterization of the five novel
Ly-6 superfamily members encoded inthe MHC, and detection of cells expressing
their potential ligands", Protein science : a publication of theProteinSociety,
vol. 15, no. 10, pp. 2244-2256）。免疫細胞化学により、Ｒ．ホミニス定着マウス
における、Ｌｙ６Ｇ^＋、ＣＤ１１ｂ^＋及びＣＤ３^＋ＦｏｘＰ３^＋細胞の存在の増加を確認した（図５Ｂ）。

【0555】

Ｒ．ホミニスフラジェリンは、Ｔ細胞分化をモジュレートする。
Ｔ細胞の分化における細菌の影響は、ＴＬＲリガンドのアレイが提示されたことを反映
してもよい。例えば、ＴＬＲ５シグナリングと、ＣＤ４^＋Ｔ細胞応答間の連結が細菌、鞭毛病原体に対して示されてきた（Letran, S.E., Lee, S.J., Atif, S.M., Flores-Langarica, A.,Uematsu,S., Akira, S., Cunningham, A.F. & McSorley, S.J. 2011, "TLR5-d
eficient mice lack basal inflammatory and metabolic defects but exhibitimpaired
CD4 T cell responses to a flagellated pathogen", Journal ofimmunology(Baltimore, Md.: 1950), vol. 186, no. 9, pp. 5406-5412）。興味深いことに、実験設定に依存して、フラジェリンは、Ｔｈ１、Ｔｈ２、Ｔｈ１７及びＴｒｅｇ応答を含む広範なＴ細胞応答を用意可能である（Wilson, R.H., Maruoka, S., Whitehead, G.S., Foley, J.F., Flake,G.P.,Sever, M.L., Zeldin, D.C., Kraft, M., Garantziotis, S., Nakano, H. &
Cook, D.N. 2012, "The Toll-like receptor 5 ligand flagellin promotesasthmaby priming allergic responses to indoor allergens", Naturemedicine, vol.18, no. 11, pp. 1705-1710）。

【0556】

細菌フラジェリンＦｌａＡ１（ＲＨ１）及びＦｌａＡ２（ＲＨ２）の機能性を、固有のＲ．ホミニスフラジェリン配列に対して作製された、新規可溶性組換えフラジェリンタンパク質を使用して調査した。ＲＨ１とＲＨ２の能力を、同一のプロトコールを使用して作製した、様々な片利共生病原性フラジェリンと比較し、対比させて、ＦＬＴ３Ｌ又はＧＭ－ＣＳＦのいずれかで増殖した腸上皮細胞株と骨髄誘導樹状細胞におけるシグナリング応答を活性化した。

【0557】

同一の濃度の異なる細菌フラジェリンで処置した上皮細胞は、遺伝子発現の異なるパターンを明らかにした（図６Ａ）。重要なことに、内毒素共雑は、組換えタンパク質調製物中で検出されなかった。サルモネラ・エンテリティディス（ＳＥ）は、大腸菌Ｋ１２（ＥＣ）又はＲＨ１フラジェリンよりも強力であった。ＲＨ１フラジェリンはまた、強力な応答を示したが、片利共生ＥＣに沿って、異なるクラッドにてクラスター化された。応答は、ドミナントネガティブＴＬＲ５を発現している上皮細胞を使用して、ＴＬＲ５依存的であることが示された。反対にＲＨ２は、最小の活性であることが示され、一般に非炎症誘発性ではなく、他の組換え細菌フラジェリンによって誘導された保存遺伝子特性（ＩＬ－８、ＣＸＣＬ－１、ＣＸＣＬ－２及びＣＸＣＬ－１０）を活性化しなかった。両方の組換えタンパク質が、インビボにおいて発現したけれども、ＲＨ１フラジェリンタンパク質は、インビトロにおいて、ＲＨ２よりも生物学的に活性であり、ＲＨ１はまた、インビボにて、遺伝子発現レベルにおいて有意に上方調節された。これは、Ｒ．ホミニスからのＲＨ１フラジェリンが、片利共生大腸菌及び病原性サルモネラ・エンテリティディスに対して、Ｆｌｔ３Ｌ及びＧＭ－ＣＳＦ誘導樹状細胞における異なる応答を誘導したことを説明した（図６Ｂ～Ｃ）。特に、ＲＨ１は、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ／６マウス両方からの骨髄誘導ＤＣｓによる、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅ及びＣＤ４０の上方調節と、ＩＬ－１０の産生を伴った、そのＦｌｔ３Ｌ増殖ＤＣを活性化する能力において固有であった。ＩＬ－１０／ＩＬ－１２比は、Ｃ５７Ｂｌ／６ ＤＣにて有意に上昇し（図６Ｄ）、これは、ＣＤ１０３^＋Ｓｉｇｌｅｃ－Ｈ^＋であるとわかった。本明細書の観察と一致して、いくつかの最近の報告がまた、フラジェリンがＣＤ１０３＋ＤＣ集団を活性化可能であることを示した（Flores-Langarica, A., Marshall, J.L., Hitchcock, J., Cook,C.,Jobanputra, J.,
Bobat, S., Ross, E.A., Coughlan, R.E., Henderson, I.R., Uematsu, S., Akira,S.& Cunningham, A.F. 2012, "Systemic flagellin immunizationstimulatesmucosal CD103+
dendritic cells and drives Foxp3+ regulatory T CELL and IgAresponses in the
mesenteric lymph node", Journal of immunology (Baltimore, Md.: 1950),vol.189,
no. 12, pp. 5745-5754、Kinnebrew, M.A., Buffie,C.G.,Diehl, G.E., Zenewicz, L.A., Leiner, I., Hohl, T.M., Flavell, R.A.,Littman,D.R. & Pamer, E.G. 2012, "Interleukin 23 production byintestinalCD103(+)CD11b(+) dendritic cells in response to bacterial flagellinenhancesmucosal innate immune defense", Immunity, vol. 36,
no. 2, pp. 276-287）。

【0558】

Ｒ．ホミニスとそのフラジェリンの機能的重要性を評価するために、無菌ＴＬＲ５ＫＯとＷＴマウスを単一定着した。Ｒ．ホミニスが定着したＴＬＲ５ＫＯと野生型両方に対して、示差的に発現した遺伝子を示しているヒートマップが、ＴＬＲ５の非常に強力な効果を明らかにした（図Ｓ４）。Ｔ細胞経路がまだ、ＴＬＲ５ＫＯマウスにおけるＲ．ホミニス定着によって影響を受けたけれども、応答は、よりＩＬ４、ＩＬ５、ＩＬ－６、ＩＬ－９経路に関係し、ＩＬ－１０及びＣＴＬＡ－４には関連しなかった（図Ｓ６）。さらに、ＴＬＲ５ＫＯマウスの固有層中の二重陽性ＣＤ３^＋ＦｏｘＰ３^＋細胞の数は、単一関連Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ６動物（図５Ａ）と対称的に、Ｒ．ホミニス処置によって増加しなかった（図６Ｅ）。

【0559】

表Ｓ６ Ｒ．ホミニスが単一定着したＴＬＲ５ＫＯマウスとＷＴマウスとの間で、上行結腸において示差的に発現した転写物の、免疫系応答経路解析。示差的に発現した遺伝子（Ｐ＜０．０５）を、GeneGo MetaCore解析ソフトウェアに入力し、各群における、有意に
濃縮された標準的な経路を決定した。^＊特定の処置比較にて示差的に発現する、各マップ上の遺伝子の数。^＊＊各マップ上の遺伝子の総数。

【0560】

【表15】

【0561】

Ｒ．ホミニスが、従来の、そして無菌のマウスにおいてＴｒｅｇｓに影響を与えたが、ＴＬＲ５ＫＯでは与えなかったという本明細書の観察は、ＣＤ４^＋ＣＤ２５^＋ＦｏｘＰ３^＋制御性Ｔ細胞を促進しているフラジェリン－ＴＬＲ５相互作用の報告（Crellin, N.K.,Garcia, R.V., Hadisfar, O., Allan, S.E., Steiner, T.S.& Levings, M.K.2005, "Human CD4+ T cells express TLR5 and its ligandflagellin enhancesthe suppressive
capacity and expression of FOXP3 in CD4+CD25+ T regulatory cells",Journalof immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 175, no. 12, pp. 8051-8059、Hossain, M.S.,
Jaye, D.L., Pollack, B.P., Farris, A.B., Tselanyane,M.L., David, E., Roback,
J.D., Gewirtz, A.T. & Waller, E.K. 2011, "Flagellin, a TLR5 agonist,reducesgraft-versus-host disease in allogeneic hematopoietic stem celltransplantationrecipients while enhancing antiviral immunity", Journal ofimmunology(Baltimore, Md.:
1950), vol. 187, no. 10, pp. 5130-5140）と一致する。同様に、ＩＬ－１０依存機構
を介した、ＯＶＡ－Ｔ細胞受容体ＣＤ４（＋）Ｔ細胞によるＩＬ－４産生を抑制する、フラジェリン－オボアルブミン融合タンパク質の能力が最近記述され（Schulke, S., Burggraf, M., Waibler, Z., Wangorsch, A.,Wolfheimer,S., Kalinke, U., Vieths, S., Toda, M. & Scheurer, S. 2011,"A fusionprotein of flagellin and ovalbumin suppresses the TH2 responseand preventsmurine intestinal allergy", The Journal of allergy andclinicalimmunology, vol. 128, no. 6, pp. 1340-1348.e12）、Ｔ細胞サブセットの方向性のある分化に影響を与えることが可能であることを示唆している。加えて、Ｒ．ホミニスによって駆動された、Ｔ細胞応答におけるＴＬＲ５ＫＯのインパクトが、ＲＨ１（シグナリングフラジェリン）が、Ｔｒｅｇ応答を媒介することにおいて極めて重要であり、ＲＨ２（非シグナリングフラジェリン）はそうではないことを暗示する。最後に、追加の観察が、（Ｉｆｉ２０２ｂ、Ｉｆｉ２０３及びＩｒｆ４を含む）ＴＬＲ５ＫＯにおけるＩ型ＩＦＮ遺伝子の増強であり、これは、ＴＬＲ５シグナリングが、Ｉ型インターフェロン応答を削ぐことを示唆している。

【0562】

Ｒ．ホミニスは、回腸及び結腸両方における自然免疫応答遺伝子をモジュレートし、ＤＳＳ処置マウスにおける大腸炎を弱める。
ＤＳＳマウスモデルを使用して、炎症経路の制御、並びに単一関連マウスにおけるＴｒｅｇ誘導における陽性の効果による、Ｒ．ホミニスの治療効果を試験した。マウスに、１４日の期間、毎日投与し（約５０μＬ、１０^９ＣＦＵ）、８日以降、それらの飲み水中でＤＳＳ（ＭＷ ５０ｋＤａ、３０ｇ／ｌ）を与えた。炎症誘発性バイオマーカーのパネルの遺伝子発現は、未処置ＤＳＳマウスが、４～４９倍の範囲の遺伝子誘導で、野生型マウスと比較して、全ての調査した遺伝子の強力な上昇を有したことを示した（図７Ａ）。炎症誘発性遺伝子誘導は、未処置マウスに比べて、Ｒ．ホミニス処置にて有意に低かった。組織学的解析は、未処置ＤＳＳの上行結腸における重度の炎症の存在を示し、一方で、Ｒ．ホミニス処置動物の大腸粘膜は、低レベル炎症を有して、正常であり、炎症性遺伝子発現の減少と一致する（図７Ｂ及びＣ）。

【0563】

Ｒ．ホミニス定着化は、体組成と満腹遺伝子の発現に影響を与える。
単一関連マウスにおける、Ｒ．ホミニスの代謝活性がまた明白であった。ＧＯ－プロセス「食物に対する応答の負の調節」（ＧＯ：００３２０９６）、「食欲の負の調節」（ＧＯ：００３２０９９）及び「カテコールアミン分泌の調節」（ＧＯ：００５０４３３）が、Ｒ．ホミニスによる定着の後、下行結腸において、全て下方調節された（図Ｓ５）。このデータは、Ｒ．ホミニスが、宿主食欲における刺激効果を発揮することを暗示する。これらの工程に関与する遺伝子は、Ａｇｔ、Ｃａｒｔｐｔ、Ｃｃｋ及びＣｘｃｌ１２であり、２～１２倍の範囲の倍数変化を有した。Ｃｃｋはとりわけ、飢え抑制剤として、消化及び満腹において主要な役割を果たす。Ｇｃｇもまた、この腸部位にて、下方調節を示した。

【0564】

これらの遺伝子変化が、食物取込及び体組成に関して、生理学的関連性を有したかどうかを確立するために、乾燥枝肉重量と組成解析を実施した。Ｒ．ホミニス関連マウスの乾燥枝肉重量は、ＧＦ動物と比較して、有意に重く、差は、１４日でもっとも認められた（図Ｓ６Ａ）。さらなる枝肉脂質解析が、総脂肪症がまた、Ｒ．ホミニス処置動物にて、１４日に有意に高かったことを示した（図Ｓ６Ｂ）。これらの発見は、食物発酵を通したエネルギー収穫におけるフィルミクテス門の役割を明らかにしている最近のデータと一致するが、しかしまた、腸内細菌が、実際に、脳腸軸と、食欲調節ホルモンとをモジュレート
できるという見解を支持する。

【0565】

議論
宿主－微生物共生の長期間の共同進化が、その大部分が、他の生態系において高く提示されていない、腸内における機能的に重要な細菌種の選別を駆動した可能性がある。現在、微生物コミュニティの個々のメンバーの、とりわけ粘膜免疫系の発達に関して、腸機能への寄与に関する情報は限られている。

【0566】

大腸菌（ＨＡ１０７）に基づく、可逆性定着モデルを使用する最近の研究は、ＩｇＡにおける免疫誘導効果のために、生細菌が、１０^８ＣＦＵ／含有物グラムに近づく数字にて必要とされることを明らかにした（Hapfelmeier, S., Lawson, M.A., Slack, E., Kirundi, J.K., Stoel,M.,Heikenwalder, M., Cahenzli, J., Velykoredko, Y., Balmer, M.L., Endt,K.,Geuking, M.B., Curtiss, R.,3rd, McCoy, K.D. & Macpherson, A.J.2010,"Reversible microbial colonization of germ-free mice reveals thedynamicsof IgA immune responses", Science (New York, N.Y.), vol. 328, no.5986,pp. 1705-1709）。ＳＦＢ及びバクテロイデス・フラジリスの特定の機能が、Ｔ細胞生物学におけるそ
れらの寄与を定義するために、マウス腸内で調査されてきており、両方のこれらの細菌が、Ｔｒｅｇｓ及びＴｈ１７細胞の強力な誘導剤であると示されてきた（Mazmanian, S.K.,Liu, C.H., Tzianabos, A.O. & Kasper, D.L. 2005,"An immunomodulatorymolecule of symbiotic bacteria directs maturation ofthe host immune system",Cell, vol. 122,
no. 1, pp. 107-118、Gaboriau-Routhiau,V., Rakotobe, S.,Lecuyer, E., Mulder, I., Lan, A., Bridonneau, C., Rochet, V.,Pisi, A., DePaepe, M., Brandi, G., Eberl,
G., Snel, J., Kelly, D. &Cerf-Bensussan, N. 2009, "The key role ofsegmented filamentous bacteriain the coordinated maturation of gut helper Tcell responses",
Immunity,vol. 31, no. 4, pp. 677-689、Ivanov, I.I.,Atarashi, K.,Manel, N., Brodie, E.L., Shima, T., Karaoz, U., Wei, D., Goldfarb,K.C.,Santee, C.A., Lynch, S.V., Tanoue, T., Imaoka, A., Itoh, K., Takeda,K.,Umesaki, Y., Honda,
K. & Littman, D.R. 2009, "Induction of intestinal Th17 cellsbysegmented filamentous bacteria", Cell, vol. 139, no. 3, pp. 485-498）。ＡＳＦ中のそれらの存在、及びまたＴ細胞分化に影響を与える、４６のクロストリジアル株の混合培養の寄与が留意されてきたけれども（Geuking, M.B., Cahenzli, J., Lawson, M.A., Ng, D.C., Slack,E.,Hapfelmeier, S., McCoy, K.D. & Macpherson, A.J. 2011,"Intestinalbacterial colonization induces mutualistic regulatory T cellresponses",Immunity, vol. 34, no.
5, pp. 794-806、Atarashi, K.,Tanoue, T., Shima, T.,Imaoka, A., Kuwahara,
T., Momose, Y., Cheng, G., Yamasaki, S., Saito, T., Ohba, Y., Taniguchi,T.,Takeda, K., Hori, S., Ivanov, I.I., Umesaki, Y., Itoh, K. & Honda, K.2011,"Induction of colonic regulatory T cells by indigenousClostridiumspecies", Science (New York, N.Y.), vol. 331, no. 6015, pp.337-341）、クラスターXIVａフィルミクテ
ス門の個々のメンバーの効果は以前には報告されていない。

【0567】

ここで報告されるのは、フィルミクテス門のメンバーである、嫌気細菌Ｒ．ホミニスでの、無菌マウス腸の最初の成功した単一関連である。ロゼブリア属菌のような細菌の極端な酸素感受性が、厳格な嫌気性培養技術を要求し、機能的特性化を実施することを難しくしている。無菌マウス内のＲ．ホミニスの安定単一定着が確立されてきており、その代謝、組織、生理学及び共生特性を明らかにするための完全な注釈付きゲノム配列が生成されてきた。定着に続くＲ．ホミニスの転写応答が、宿主腸環境と食餌両方に帰しうることが見出された。宿主駆動効果は、単一関連に続いて、Ｒ．ホミニスの応答を支配する。これらには、遺伝子伝達、各輸送、走化性及び運動性サブシステムが含まれた。モビリゼーション伝達に関与した遺伝子の強力な上方調節が、腸環境が、腸内細菌の膜間の水平遺伝子交換に対して高く伝導性であるという見解を支持する。したがって、この環境は、腸生態
系内での細菌生存、定着、及び機能に対して重要な遺伝子の散布を加速しうる。宿主定着における運動性及び鞭毛装置の役割は、病原性細菌に対してよく詳細に述べられているが、しかし、片利共生細菌における鞭毛タンパク質の役割についてはほとんど知られていない。インビボ実験によって、フラジェリン遺伝子の発現における、宿主腸環境の刺激効果が明らかになった。

【0568】

マウス結腸における、腸バリア機能と、天然免疫を促進することにおけるＲ．ホミニスの明確な役割が確立されてきた。密着結合、ギャップ結合及び接着結合が、細菌転座を、上皮下層に制限するように働く（Werth, M., Walentin, K., Aue, A., Schonheit, J., Wuebken,A.,Pode-Shakked, N., Vilianovitch, L., Erdmann, B., Dekel, B., Bader, M.,Barasch,J., Rosenbauer, F., Luft, F.C. & Schmidt-Ott, K.M. 2010,"Thetranscription factor grainyhead-like 2 regulates the molecularcomposition ofthe epithelial apical junctional complex", Development(Cambridge,England), vol. 137, no. 22, pp. 3835-3845）。クローン病と潰瘍性大腸炎両方が、バリア機能と密着結合完全性の
欠損によって特徴づけられる。興味深いことに、ＩＢＤにおける腸内微生物叢の腸内毒素症が、フィルミクテス門の減少と関連した（Spor, A., Koren, O. & Ley, R. 2011, "Unravelling theeffectsof the environment and host genotype on the gut microbiome",Naturereviews.Microbiology, vol. 9, no. 4, pp. 279-290、Qin,J., Li, R., Raes, J., Arumugam, M., Burgdorf, K.S., Manichanh,C., Nielsen, T.,Pons, N., Levenez, F., Yamada, T., Mende, D.R., Li, J., Xu,J., Li, S., Li, D.,Cao, J., Wang, B., Liang, H., Zheng, H., Xie, Y., Tap, J.,Lepage, P., Bertalan,M., Batto, J.M., Hansen, T., Le Paslier, D., Linneberg,A., Nielsen, H.B.,Pelletier, E., Renault, P., Sicheritz-Ponten, T., Turner,K., Zhu, H., Yu, C.,Li, S., Jian, M.,
Zhou, Y., Li, Y., Zhang, X., Li, S., Qin, N., Yang, H., Wang, J., Brunak,S.,Dore, J., Guarner, F., Kristiansen, K., Pedersen, O., Parkhill,J.,Weissenbach, J.,
MetaHIT Consortium, Bork, P., Ehrlich, S.D. & Wang, J.2010, "A humangut microbial gene catalogue established by metagenomicsequencing",Nature, vol. 464,
no. 7285, pp. 59-65）。Ｒ．ホミニスが、バリア遺伝子の発現を活発に促進するという
本明細書での観察は、ＩＢＤ患者におけるそれらの欠損が、機能的に有意でありうることを示唆する。密着結合複合体の活性化が、Ｒ．ホミニスの特権というだけでなく、バクテロイデス・セタイオタオミクロン及びラクトバチルス・アシドフィルスのような他の片利共生生物もまた、粘膜バリア機能を増強し（Hooper, L.V., Wong, M.H., Thelin, A., Hansson, L., Falk, P.G.&Gordon, J.I. 2001, "Molecular analysis of commensal host-microbialrelationshipsin the intestine", Science (New York, N.Y.), vol. 291, no.5505, pp.881-884、Ukena, S.N., Singh, A., Dringenberg,U.,Engelhardt, R., Seidler, U., Hansen, W., Bleich, A., Bruder, D., Franzke,A.,Rogler, G., Suerbaum, S., Buer, J., Gunzer, F. & Westendorf, A.M.2007,"Probiotic Escherichia coli Nissle 1917 inhibits leaky gut byenhancingmucosal integrity", PloS one, vol.
2, no. 12, pp. e1308）、ヒトＩＢＤにおけるこれらの細菌での、プロバイオティクス
機会をほのめかしている。

【0569】

腸免疫系におけるＲ．ホミニスの効果は、好奇心をそそるものである。もっとも強力な効果が、上行性結腸にて留意され、Ｌｙ６ｇ６ｃのような遺伝子が、Ｔ細胞活性化及びエフェクター機能に関与する、Ｔ細胞調節及び分化に関与する経路、及び免疫シナプスでのアクチン重合と同様に、強く上方調節された。もっとも影響を受けたＴ細胞経路には、ＩＬ－１０、ＩＣＯＳ及びＣＴＬＡ－４に関連したものが含まれ、これらは全て、Ｔｒｅｇ分化を支持することに関与する。重要なことに、フローサイトメトリー及び免疫細胞化学両方を使用する、Ｒ．ホミニスが定着した、無菌動物及び従来のマウスの結腸中のＣＤ３^＋ＣＤ４＋ＣＤ２５＋ＦｏｘＰ３^＋細胞における有意な増加が実証されてきた。これらの発見は、Ｔｒｅｇ分化を駆動する他のクロストリジウム属種における細菌のデータを補足
する。明確に、Ｒ．ホミニスは、単一細菌種として、粘膜Ｔ細胞増殖を促進し、Ｔ細胞分化に影響を与えうる。

【0570】

フラジェリンシグナルは、宿主ＴＬＲ５受容体によって把握され、多くの病原性フラジェリン構造が、強力な炎症促進性応答を誘導する（Hayashi, F., Smith, K.D., Ozinsky,A., Hawn, T.R., Yi, E.C.,Goodlett, D.R., Eng, J.K., Akira, S., Underhill, D.M.
& Aderem, A. 2001, "The innate immune response to bacterialflagellinis mediated
by Toll-like receptor 5", Nature, vol. 410, no. 6832, pp.1099-1103）。定住有鞭
毛片利共生生物に対する応答におけるＴＬＲ５を通したシグナリングが、ＴＬＲ５の欠損が、マウスにおける突発性大腸炎をもたらすので、ホメオスタシスのために重要でありうる（Vijay-Kumar, M., Sanders, C.J., Taylor, R.T., Kumar, A.,Aitken,J.D., Sitaraman, S.V., Neish, A.S., Uematsu, S., Akira, S., Williams,I.R.& Gewirtz, A.T. 2007, "Deletion of TLR5 results in spontaneouscolitisin mice", The Journal of clinical investigation, vol. 117, no. 12,pp.3909-3921）。インビボでのＲ．ホ
ミニスフラジェリンＦｌａＡ１（ＲＨ１）の増強された発現と、上皮細胞とＢＭＤＣｓを活性化することにおけるその強度が、大きな興味である。他の研究が、大腸菌フラジェリン変異体が、おそらく、ＴＬＲ５シグナリングによる天然認識がないことにより、野生型有鞭毛株に対して、定着アドバンテージを有することを示した（De Paepe, M., Gaboriau-Routhiau, V., Rainteau, D., Rakotobe,S.,Taddei, F. & Cerf-Bensussan, N. 2011,
"Trade-off between bile resistance and nutritional competencedrivesEscherichia coli diversification in the mouse gut", PLoS genetics,vol. 7,no. 6, pp. e1002107、Giraud, A., Arous, S., DePaepe,M., Gaboriau-Routhiau, V., Bambou, J.C., Rakotobe, S., Lindner, A.B.,Taddei,F. & Cerf-Bensussan, N. 2008, "Dissecting the geneticcomponents ofadaptation of Escherichia coli to the mouse gut", PLoSgenetics, vol. 4,no. 1, pp. e2）。本明細書で、特定のフィルミクテス門に対して、
フラジェリンの発現、又はおそらく上方調節が、腸内定着に対する天然の応答であることを示した。Ｒ．ホミニスフラジェリンタンパク質は、インビボにて発現したままであり、維持された定着、顕在的炎症と、調節表現型のＴ細胞の増殖がないことと相関する。ＳＦＢにおけるフラジェリン遺伝子の細菌の最近の確認（Prakash, T., Oshima, K., Morita,H., Fukuda, S., Imaoka, A., Kumar,N., Sharma, V.K., Kim, S.W., Takahashi, M.,Saitou, N., Taylor, T.D., Ohno, H.,Umesaki, Y. & Hattori, M. 2011,"Complete genome sequences of rat andmouse segmented filamentousbacteria, a potent inducer
of th17 cell differentiation", Cell host & microbe, vol. 10, no. 3,pp.273-284、Sczesnak, A., Segata, N., Qin, X., Gevers,D.,Petrosino, J.F., Huttenhower, C., Littman, D.R. & Ivanov, I.I.2011,"The genome of th17 cell-inducing segmented filamentous bacteriarevealsextensive auxotrophy and adaptations to the intestinal
environment", Cellhost & microbe, vol. 10, no. 3, pp. 260-272）が、この細菌によって誘導された宿主Ｔ細胞応答と相関した（Gaboriau-Routhiau, V., Rakotobe, S., Lecuyer, E., Mulder, I.,Lan,A., Bridonneau, C., Rochet, V., Pisi, A., De Paepe, M., Brandi, G., Eberl,G.,Snel, J., Kelly, D. & Cerf-Bensussan, N. 2009, "The key roleofsegmented filamentous bacteria in the coordinated maturation of gut helperTcell responses", Immunity, vol. 31, no. 4, pp. 677-689、Ivanov, I.I., Atarashi, K., Manel, N., Brodie, E.L., Shima,T.,Karaoz, U., Wei, D., Goldfarb, K.C., Santee, C.A., Lynch, S.V., Tanoue, T.,Imaoka,A., Itoh, K., Takeda, K., Umesaki, Y., Honda, K. & Littman, D.R.2009,"Induction of intestinal Th17 cells by segmentedfilamentousbacteria", Cell, vol. 139, no. 3, pp. 485-498）。興味深いことに、全ての試験した構造が、ＴＬＲ５に結合し活性化するフラジェリンに関連した保存されたＡｒｇ９０を有する（Yoon, S.I., Kurnasov, O., Natarajan, V., Hong,
M., Gudkov, A.V., Osterman, A.L. & Wilson, I.A. 2012, "Structuralbasisof TLR5-flagellin recognition and signaling", Science (New York,N.Y.),vol. 335, no. 6070
, pp. 859-864）けれども、他のフラジェリンに比べて、ＲＨ１は、上皮及びＤＣ培養
液両方における固有の効果を誘導し、これは他の配列／構造差違がＲＨ１によって媒介された固有のシグナリング応答の主要因でありうることを示唆している。Ｒ．ホミニスによって誘導されたＴｒｅｇ応答における、フラジェリン－ＴＬＲ５シグナリングの有意差を、ＴＬＲ５ＫＯを使用して確認した。理論に束縛されることを望まずに、特定の片利共生性フラジェリン構造が、ＣＤ１０３＋ＤＣ又はＴｒｅｇサブセットいずれか上で発現したＴＬＲ５を通して、免疫寛容応答を指向することに寄与しうる（Flores-Langarica, A., Marshall, J.L., Hitchcock, J., Cook,C.,Jobanputra, J., Bobat, S., Ross, E.A., Coughlan, R.E., Henderson,I.R.,Uematsu, S., Akira, S. & Cunningham, A.F. 2012,
"Systemic flagellin immunization stimulates mucosal CD103+ dendriticcellsand drives Foxp3+ regulatory T CELL and IgA responses in the mesentericlymphnode",
Journal of immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 189, no. 12, pp. 5745-5754、Kinnebrew, M.A., Buffie, C.G., Diehl, G.E., Zenewicz, L.A.,Leiner,I., Hohl, T.M., Flavell, R.A., Littman, D.R. & Pamer, E.G.2012,"Interleukin 23 production by intestinal CD103(+)CD11b(+) dendriticcellsin response to bacterial flagellin enhances mucosal innateimmunedefense", Immunity, vol. 36, no. 2, pp. 276-287、Crellin,N.K., Garcia, R.V., Hadisfar, O., Allan, S.E., Steiner, T.S.& Levings,M.K.
2005, "Human CD4+ T cells express TLR5 and its ligand flagellinenhances
the suppressive capacity and expression of FOXP3 in CD4+CD25+ Tregulatorycells", Journal of immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 175,no. 12,pp. 8051-8059）。さらに、ブチル酸塩のような他のシグナリング部位がまた、免疫寛容に寄与しうる
が、Ｒ．ホミニスの免疫ホメオスタシス効果が、ＤＳＳ処置マウスにて確認された。このデータは、ＩＢＤにおけるＲ．ホミニスの可能性ある治療利益を提案する。

【0571】

Ｒ．ホミニス定着の興味深いさらなる生物学的効果は、食物に対する応答と、食欲の制御に影響を与えている遺伝子の調節であった。特に、満腹ホルモンＣｃｋ及びＧｃｇが有意に減少した。食物取込におけるＣｃｋの効果が、迷走神経求心性を介して媒介される。これは、それによって接種した栄養に関する情報が、腸機能と摂取挙動両方に影響を与えるために、中枢神経系に到達する、主要な神経経路である。Ｃｃｋは、食欲と摂取を刺激する分子の発現を減少させるため、及び摂取を阻害し、食欲を減らす分子の発現を増加させるために、迷走神経系上で働く（Ｎｐｙ２ｒ及びＣａｒｔｐｔ、両方が、本研究にて、２倍下方調節された）。Ｃｃｋ、Ｇｃｇと片利共生生物細菌間のリンクはここまで報告されてきていないが、脂肪酸とタンパク質の両方が、ＣｃｋとＧｃｇの強力な誘導剤である（Geraedts, M.C., Troost, F.J., Tinnemans, R., Soderholm,J.D.,Brummer, R.J. & Saris, W.H. 2010, "Release of satiety hormonesinresponse to specific dietary proteins is different between human andmurinesmall intestinal mucosa", Annals of Nutrition & Metabolism, vol.56,no. 4, pp. 308-313）。Ｒ．ホミニスは、６炭素
未満の脂肪族テールを有するブチル酸塩のような、短鎖脂肪酸を産生し、この代謝活性は、より長い鎖脂肪酸にて観察された血漿Ｃｃｋにおける刺激効果を減少するように働いた（McLaughlin, J., Grazia Luca, M., Jones, M.N., D'Amato, M.,Dockray,G.J. & Thompson, D.G. 1999, "Fatty acid chain lengthdeterminescholecystokinin secretion and effect on human gastricmotility",Gastroenterology, vol. 116, no. 1, pp. 46-53）。枝肉重量解析によって、体重と脂質含量の両方が、Ｒ．ホミニスで、実際に有意
に増加し、無菌マウスの伝統化にて観察された重量増加と一致する（Turnbaugh, P.J.,Backhed,F., Fulton, L. & Gordon, J.I. 2008, "Diet-induced obesity islinked tomarked but reversible alterations in the mouse distal gutmicrobiome", Cellhost & microbe, vol. 3, no. 4, pp. 213-223）。ＣｃｋとＧｃｇの関与は以前に報告されて
きていないので、これが、本研究にて見られるような満腹ホルモンにおける減少の直接効果であるかどうかは、観察すべきままである。しかしながら、部分的にＳＣＦＡの放出を通して、微生物叢定着と、食餌からのエネルギー収穫間のリンクが先に示されて来た（Tu
rnbaugh, P.J., Ley, R.E., Mahowald, M.A., Magrini, V., Mardis,E.R. &Gordon, J.
I. 2006, "An obesity-associated gut microbiome with increased capacityforenergy
harvest", Nature, vol. 444, no. 7122, pp. 1027-1031、Tremaroli, V., Kovatcheva-Datchary, P. & Backhed, F.2010,"A role for the gut microbiota in energy harvesting?", Gut, vol.59,no. 12, pp. 1589-1590、Tremaroli,V.,Kovatcheva-Datchary, P.
& Backhed, F. 2010, "A role for the gutmicrobiota in energyharvesting?", Gut, vol. 59, no. 12, pp. 1589-1590）という理解は重要である。Ｒ．ホミニスが主要
なブチル酸塩生産物であることを考慮すると、この機構はまた、Ｒ．ホミニス処置の後に観察された代謝効率に寄与する可能性がある。

【0572】

まとめると、マウス腸の、Ｒ．ホミニスによる単一関連は、片利共生細菌適合と宿主寛容において頂点に達している、強力な二方向性遺伝子発現事象を誘導した。フラジェリン産物ＲＨ１は、好ましくＴｒｅｇｓの増殖を駆動する、固有のシグナリング効果を発揮するように見える。Ｔｒｅｇ分化と増殖を指向することにおけるＴＬＲ５の重要性が実証されてきた。合わせると、本データは、片利共生性フラジェリンのさらなる機能性、ＴＬＲ５シグナリング及び粘膜Ｔ細胞応答の正味方向を強調する。

【0573】

機能アッセイ
インビトロモデル
異なる組換えフラジェリンに対する、腸上皮細胞（ＩＥＣ，intestinal epithelial cell）の応答の解析
異なる組換えフラジェリン（図Ｄ．２）病原性フラジェリン（ＳＥ、ＳＴ、ＬＦ及びＨＭ）誘導に対するＩＥＣの刺激後の、ＣＣＬ２０遺伝子発現（炎症誘発性遺伝子）の分子解析は、ＣＣＬ２０ ｍＲＮＡの同様だが同一ではないレベルを誘導し、片利共生性フラジェリンが、非常により可変の誘導レベルを表示した。ＥＲ（エウバクテリウム・レクタル３３６５６）、Ｋ１２（大腸菌Ｋ１２）、ＲＨ１及びＲＩ３フラジェリンは、病原体フラジェリンと同様のレベルにて、ＣＣＬ２０を誘導し、ＲＩ１とＲＩ４は、中間の刺激活性を有し、ＲＨ２は、ＨＴ－２９にてＣＣＬ２０の低誘導剤として明らかになり、Ｃａｃｏ－２細胞にてアゴニスト潜在力を欠き、ＲＩ２は、両方の細胞株にて観察可能な活性を有しなかった。結論として、本発明者らは、ＴＬＲ５アゴニストの３つのカテゴリーを区別した。（ｉ）免疫刺激活性がないか、少ないもの、（ii）中間の免疫刺激活性を有するもの、及び（iii）高い免疫刺激活性を有するもの。

【0574】

【表16】

【0575】

表Ｄ２は、ＨＴ－２９（上右）及びＣａｃｏ－２（下左）における対となるｔ検定で計算した、各処置間の有意差を示唆している。使用したＴ検定は、処置を未刺激細胞（ｕｎｓｔｉｍ）と比較するために片側であり、１つの処置を他と比較するために両側であった。ＮＳ（有意差なし）；^＊（ｐ＜０．０５）；^＊＊（ｐ＜０．０１）；^＊＊＊（ｐ＜０．００１）。

【0576】

ＩＥＣにおける組換えフラジェリンの効果の細胞及び免疫学的解析を、分泌されたサイトカイン、ＣＸＣＬ８、ＣＸＣＬ１０及びＣＣＬ２（ＭＣＰ－１）の測定によって決定した。ＩＥＣＳを、組換えフラジェリンで２４時間刺激した（図Ｄ３）。

【0577】

フラジェリンＳＴ、ＳＥ、Ｋ１２、ＥＲ、ＲＩ３及びＲＨ１が、可変の、しかし同様のレベルの、ＩＬ－８、ＩＰ－１０及びＭＣＰ－１ケモカインの分泌を誘導し、一方で、とりわけＣａｃｏ－２において、ＲＩ１、ＲＩ２、ＲＩ４及びＲＨ２が、ＴＬＲ５の低アゴニストとして挙動し、これは、有意に低い量の分泌したケモカインを誘導する。

【0578】

【表17】

【0579】

表Ｄ３ａ、Ｄ３ｂ、Ｄ３ｃ及びＤ３ｄは、対となるｔ検定で計算した、各処置間の有意差を示唆している。表Ｄ３ａとＤ３ｂの上右側が、ＩＬ－８に対するｔ値を与え、下左側が、ＩＰ－１０に対して与え、図Ｄ３ｃ及びＤ３ｄが、ＭＣＰ－１に対するｔ値を与えた。ＮＳ（有意ではない）；；^＊（ｐ＜０．０５）；^＊＊（ｐ＜０．０１）；^＊＊＊（ｐ＜０．００１）。

【0580】

図Ｄ４で示したように、抗ＴＬＲ５特異的抗体でのＴＬＲ５の中和は、フラジェリンの片利共生性又は病原性起源から独立して、フラジェリン媒介炎症応答を無効にした。したがって、Ｃａｃｏ－２細胞にて観察された、フラジェリンの炎症誘発性効果は、ＴＬＲ５活性化に依存する。

【0581】

骨髄誘導樹状細胞及び培養の発生
骨髄を、Ｃ３Ｈ／ＨｅＮ及びＣ５７Ｂｌ６マウスの大腿骨及び脛骨から回収した。ＧＭＣＳＦ誘導樹状細胞のために、骨髄細胞を、１０％ＦＣＳ及び２０ｎｇ／ｍＬ ｒｍＧＭ－ＣＳＦを補充したＲＰＭＩ中、１×１０^６／ｍＬにて再懸濁させ、１００ｍｍ^２組織培養プレート中、１０ｍＬ／プレートにて播いた。３日培養後、緩く接着性の細胞を集め、ＧＭ－ＣＳＦ補充培地で、１２ウェル組織培養プレート中、１×１０^６／ｍＬで再プレーティングした。５日目に細胞を１００ｎｇ／ｍＬフラジェリンで刺激して、６日目に回収した。Ｆｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞のために、骨髄細胞を、１０％ＦＣＳ及び２００ｎｇ／ｍＬ ｒｍＦｌｔ３を補充したＲＰＭＩ中、２×１０^６／ｍＬで再懸濁し、２ｍＬ／ウェルにて、１２ウェル組織培養プレート中に播いた。細胞を１０日間、４日目に各ウェルに加えた、Ｆｌｔ３補充培地で培養した。９日目に、細胞を１００ｎｇ／ｍＬフラジェリンで刺激し、１０日目に回収して、フローサイトメトリーによって解析した。

【0582】

組換えフラジェリンで刺激したＧＭ－ＣＳＦ／ＩＬ－４誘導樹状細胞（図Ｄ５）及びＦｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞（図Ｄ６）のフローサイトメトリー解析を実施した。フラジェリンＲｈ１は、片利共生性フラジェリンＫ１２及びＥｒと、病原性フラジェリンＳＥ及びＳＴに対して同様の応答を持つ、Ｒｉ４及びＲｉ３を有するＧＭ－ＣＳＦ／ＩＬ－４誘導樹状細胞における細胞応答を有することにおいて、最も強力であった。Ｒｈ２と反対に、Ｒｉ２は、ＧＭ－ＣＳＦ／ＩＬ－４誘導樹状細胞との細胞応答を誘導せず、しかし、Ｆｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞に対する細胞応答を有意に増加した。これらのフラジェリン、とりわけＲｉ１は、Ｆｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞の活性化に応答して、差を導き出すそれらの能力において典型的である。この応答は、樹状細胞の特異的サブセットに対するフラジェリンの特異性を示す。これらのＦｌｔ３Ｌ誘導樹状細胞は、免疫学的寛容において重要な役割を果たす、形質細胞様樹状細胞としてカテゴリー化される。

【0583】

インビボモデル
ＢＯＹ／Ｊ ＷＴ及びＴＬＲ５ＫＯマウスを使用して、Ｒ．ホミニス及びそのフラジェリンの機能的重要性を評価した。マウスにＲ．ホミニスを定着させた。動物を安楽死させ、腸組織サンプリングを実施した。小腸を、フローサイトメトリーによる免疫学的解析のために回収した。

【0584】

小腸固有層中のＴ細胞集団、とりわけ制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞のフローサイトメトリー解析を実施した（図６Ａ及びＢ）。ＣＤ４＋Ｔ細胞集団中のＦｏｘＰ３＋ＣＤ２５＋細胞の百分率は、ＴＬＲ５ＫＯマウスと比較して、ＢＯＹ／Ｊ ＷＴマウスにて有意に高かった。これは、Ｒ．ホミニス、よりとりわけフラジェリンが、ＣＤ４＋ＦｏｘＰ３＋ＣＤ２５＋制御性Ｔ細胞を促進することによって、Ｔｒｅｇｓに影響を与えることを示唆する。したがって、フラジェリンが、ＴＬＲ５相互作用を通して、宿主免疫応答を指向することにおいて、重要であることを結論づけることが可能である。

【0585】

要約条項
本発明は、特許請求の範囲及び付随する明細書中で定義される。便宜上、本発明の他の態様を、番号付けした条項の方法によって、本明細書で提示する。

【0586】

１．対象の免疫系を調節するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0587】

２．対象の適応免疫系を調節するのに使用するための、条項１に記載の、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0588】

３．対象の自然免疫系を調節するのに使用するための、条項１に記載の、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0589】

４．対象における免疫ホメオスタシスを維持するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0590】

５．対象における免疫障害を処置するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0591】

６．免疫障害が、潰瘍性大腸炎、回腸嚢炎、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症を含む他の自己免疫状態、セリアック病、アトピー性皮膚炎及び鼻炎を含むアレルギーから選択される、条項５に記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0592】

７．対象における炎症性障害、免疫障害及び腸障害から選択される障害を処置するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0593】

８．障害が、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、大腸炎、クローン病及び潰瘍性大腸炎を含む炎症性腸障害（ＩＢＤ）、回腸嚢炎、機能性消化不良、（抗生物質関連下痢、旅行者下痢及び小児下痢を含む）機能性下痢、機能性腹痛、機能性腫脹、上腹部痛症候群、食後苦痛症
候群、胃食道逆流症（ＧＥＲＤ）、糖尿病、関節炎、多発性硬化症及び乾癬アレルギーのような自己免疫性障害、アトピー疾患、例えば、アトピー性皮膚炎、壊死性腸炎、他の感染及びこれらの組合せから選択される、条項７に記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0594】

９．対象における腸内微生物叢を改善するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0595】

１０．対象における食欲を調節するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0596】

１１．対象における腸の健康を促進するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0597】

１２．対象の免疫系におけるＴｒｅｇｓ細胞及び寛容機構を促進するのに使用するための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0598】

１３．少なくとも１つのモビリゼーション又は走化性遺伝子の誘導及び／又は発現を調節する、条項１～１２のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0599】

１４．少なくとも１つのモビリゼーション又は走化性遺伝子の発現を上方調節し、前記遺伝子が、ＭｏｂＡ及びＭｏｂＬから選択される、条項１３に記載の使用のための、（細菌
種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0600】

１５．ＦｌａＡ１、Ｆｌａ２、ＦｌａＡ３及びＦｌａＢから選択される少なくとも１つの遺伝子を調節する、条項１～１４のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0601】

１６．以下の、アセチル－ＣｏＡアセチルトランスフェラーゼ、３－ヒドロキシアシル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、ブチリル－ＣｏＡデヒドロゲナーゼ、電子伝達フラボタンパク質ベータサブユニット、電子伝達フラボタンパク質アルファサブユニットの少なくとも１つの発現を調節する、条項１～１５のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0602】

１７．Ａｇｔ、Ｃａｒｔｐｔ、Ｃｃｋ、Ｃｘｃｌ１２及びＧｃｇから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現を下方調節する、条項１～１６のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0603】

１８．結腸又は回腸における、少なくとも１つの免疫応答遺伝子を活性化する、条項１～１７のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0604】

１９．Ｔ細胞調節に関係する遺伝子の誘導及び／又は発現を調節することによって、適応免疫応答を活性化する、条項１～１８のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0605】

２０．上行結腸におけるＬｙ６ｇ６ｃ及びＬｙ６ｇ６ｅから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現を上方調節する、条項１～１９のいずれかに記載の使用のための、（細菌種
ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0606】

２１．Ｔｌｒ５、Ｔｌｒ１、Ｖｎｎ１，Ｄｅｆｂ３７、Ｐｌａ２ｇ、Ｍｕｃ１６、Ｉｔｌｎ、Ｓｐｒｒ１ａ、Ｃｌｄｎ４、Ｐｍｐ２２、Ｃｒｂ３、Ｍａｇｉ３、Ｍａｒｖｅｌｄ３、Ｍｐｐ７、Ｄｅｆｃｒ２０、Ｐｃｇｆ２、Ｌｔｂｐ４、Ｉｇｓｆ８及びＴｃｆｅ２ａから選択される少なくとも１つの遺伝子の発現を調節する、条項１～２０のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0607】

２２．対象の免疫系を調節するための医薬の調製における、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞の使用。

【0608】

２３．対象の自然免疫系を調節するための医薬の調製における、条項２２に記載の（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞の使用。

【0609】

２４．対象の適応免疫系を調節するための医薬の調製における、条項２２に記載の（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞の使用。

【0610】

２５．対象における免疫ホメオスタシスを維持するための医薬の調製における、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞の使用。

【0611】

２６．対象の免疫障害を処置するための医薬の調製における、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列
、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞の使用。

【0612】

２７．対象の免疫系を調節する方法であって、前記方法は、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を含む組成物を対象に投与することを含む方法。

【0613】

２８．対象の自然免疫系を活性化する方法であって、前記方法は、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を含む組成物を対象に投与することを含む方法。

【0614】

２９．対象の適応免疫系を活性化する方法であって、前記方法は、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を含む組成物を対象に投与することを含む方法。

【0615】

３０．対象における免疫障害を処置する方法であって、前記方法は、薬学的に有効な量の（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を対象に投与することを含む方法。

【0616】

３１．対象が哺乳動物である、条項１～２１のいずれかに記載の使用、又は条項２７～３０のいずれかに記載の方法、又は条項２２～２６のいずれかに記載の使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞。

【0617】

３２．医薬における使用のための、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌ
クレオチド配列を含む宿主細胞。

【0618】

３３．（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物。

【0619】

３４．（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞と、栄養学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む栄養補助剤。

【0620】

３５．（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を含むプロバイオティクス組成物。

【0621】

３６．（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含むベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を含む、飼料、食品、栄養補助食品、栄養補助剤、又は食品添加物。

【0622】

３７．条項３２に記載の医薬組成物を製造するためのプロセスであって、前記プロセスは、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合することを含むプロセス。

【0623】

３８．条項３３に記載の栄養補助剤を製造するためのプロセスであって、前記プロセスは、（細菌種ロゼブリア・ホミニス、又は細菌種ロゼブリア・インテスチナリスなどの）ロゼブリア属菌、及び／又はポリペプチドＦｌａＡ１、及び／又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列、及び／又はロゼブリア属フラジェリン、及び／又は前記ロゼブリア属フラジェリンをコードするポリヌクレオチド、及び／又はベクター、及び／又は前記ベクターを含む宿主細胞、及び／又は前記ポリヌクレオチド配列を含む宿主細胞を、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合することを含むプロセス。

【0624】

要約段落
便宜上、本発明の他の態様を、番号付けした段落の方法によって、本明細書で提示する。

【0625】

１．対象における組織又は器官の炎症をモジュレートするのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0626】

２．組織又は器官の炎症を減少させる、段落１に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0627】

３．組織又は器官の上皮細胞による炎症を減少させる、段落２に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0628】

４．前記上皮細胞が、消化管の上皮細胞である、段落３に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0629】

５．対象におけるＴ細胞の産生をモジュレートするのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列であって、好ましくはポリペプチド又はポリヌクレオチドは、対象における制御性Ｔ細胞の産生を増加させる。

【0630】

６．免疫寛容を修復するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0631】

７．対象の免疫系を調節し、免疫寛容を修復するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0632】

８．対象の適応免疫系を調節するのに使用するための、段落７に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0633】

９．対象の自然免疫系を調節するのに使用するための、段落７に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0634】

１０．対象における障害を処置するのに使用するための、前記障害が炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0635】

１１．前記障害が、前記対象の消化管又はその切片に影響を与える、段落１０に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0636】

１２．前記障害が、関節リウマチ、乾癬、多発性硬化症、１型糖尿病、セリアック病、アトピー性皮膚炎、鼻炎、過敏性腸症候群（ＩＢＳ）、大腸炎、炎症性腸障害（ＩＢＤ）、潰瘍性大腸炎、嚢炎、クローン病、機能性消化不良、アトピー性疾患、壊死性腸炎、及びそれらの組合せからなる群から選択される、段落１０に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0637】

１３．対象の組織又は器官における樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートするのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0638】

１４．樹状細胞及び／又は上皮細胞を活性化する、段落１３に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0639】

１５．対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0640】

１６．ＩＬ－１０の産生が、樹状細胞によってである、段落１５に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0641】

１７．ＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を上方調節する、段落１５又は１６に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0642】

１８．対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０及び／又はＩ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生を調節するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0643】

１９．ＣＤ４０及び／又はＩ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生が樹状細胞による、段落１８に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0644】

２０．ＣＤ４０及び／又はＩ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生を上方調節する、段落１８又は１９に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0645】

２１．対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0646】

２２．対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0647】

２３．対象における腸内微生物叢を改善するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0648】

２４．対象における食欲を調節するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0649】

２５．対象の食欲を刺激する、段落２４に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0650】

２６．対象の血液におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）のレベルが減少する、段落２４又は２５に記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0651】

２７．対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0652】

２８．対象における消化管の健康状態を改善するのに使用するための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列。

【0653】

２９．カプセル化されている、段落１～２８のいずれかに記載のポリペプチド又はポリヌクレオチド。

【0654】

３０．ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む医薬組成物。

【0655】

３１．前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドがカプセル化されている、段落３０に記載の医薬組成物。

【0656】

３２．ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列と、栄養学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤とを含む栄養補助剤。

【0657】

３３．前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドがカプセル化されている、段落３２に記載の栄養補助剤。

【0658】

３４．ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を含む、飼料、食品、栄養補助食品、又は食品添加物。

【0659】

３５．カプセル化されている、段落３４に記載の飼料、食品、栄養補助食品、又は食品添加物。

【0660】

３６．段落３０に記載の医薬組成物を製造する方法であって、前記方法が、前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドを、薬学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合することを含み、任意選択で前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドがカプセル化されている、方法。

【0661】

３７．段落３２に記載の栄養補助剤を製造する方法であって、前記方法が、前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドを、栄養学的に許容される賦形剤、担体又は希釈剤と混合することを含み、任意選択で前記ポリペプチド又はポリヌクレオチドがカプセル化されている、方法。

【0662】

３８．対象における組織又は器官の炎症をモジュレートする方法であって、前記方法が、対象にポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象における組織又は器官の炎症がモジュレートされる、方法。

【0663】

３９．対象におけるＴ細胞の産生をモジュレートする方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象におけるＴ細胞、特に制御性Ｔ細胞の産生がモジュレートされる、方法。

【0664】

４０．対象の免疫系を調節する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象の免疫系が調節される、方法。

【0665】

４１．対象における障害を治療する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、前記障害が炎症性障害及び／又は自己免疫性障害である、方法。

【0666】

４２．対象における樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートする方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象における樹状細胞及び／又は上皮細胞がモジュレートされる、方法。

【0667】

４３．対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生が調節される、方法。

【0668】

４４．対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生を調節する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０、Ｉ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生が調節される、方法。

【0669】

４５．対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現を調節する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現が調節される、方法。

【0670】

４６．対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現が調節される、方法。

【0671】

４７．対象における腸内微生物叢を改善する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象における腸内微生物叢が改善される、方法。

【0672】

４８．対象における食欲を調節する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象における食欲が調節される、方法。

【0673】

４９．対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現が調節される、方法。

【0674】

５０．対象における消化管の健康状態を改善する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象における消化管の健康状態が改善される、方法。

【0675】

５１．対象における組織又は器官の炎症をモジュレートするための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0676】

５２．対象におけるＴ細胞の産生をモジュレートするための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0677】

５３．対象の免疫系を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0678】

５４．対象における障害の治療のための医薬の製造のための、前記障害が炎症性障害及び
／又は自己免疫性障害である、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0679】

５５．対象の組織又は器官における樹状細胞及び／又は上皮細胞をモジュレートするための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0680】

５６．対象の１又は２以上の細胞におけるＩＬ－１０及び／又はＴＧＦβの産生を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0681】

５７．対象の１又は２以上の細胞におけるＣＤ４０及び／又はＩ－Ａ／Ｉ－Ｅの産生を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0682】

５８．対象の１又は２以上の細胞における対象の１又は２以上のＩ型ＩＦＮ遺伝子の発現を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0683】

５９．対象の１又は２以上の細胞における１又は２以上の炎症誘発性遺伝子の発現を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0684】

６０．対象における腸内微生物叢を改善するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0685】

６１．対象における食欲を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0686】

６２．対象の１又は２以上の細胞におけるコレシストキニン（Ｃｃｋ）をコードする遺伝子の発現及び／又はグルカゴン（Ｇｃｇ）をコードする遺伝子の発現を調節するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0687】

６３．対象における消化管の健康状態を改善するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0688】

６４．対象における免疫寛容を修復するための医薬の製造のための、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列の使用。

【0689】

６５．対象における免疫寛容を修復する方法であって、前記方法が、ポリペプチドＦｌａＡ１又は前記ポリペプチドをコードするポリヌクレオチド配列を投与することを含み、対象における免疫寛容が修復される、方法。

【0690】

（参考文献）
Aminov, R.I., Walker, A.W., Duncan, S.H., Harmsen, H.J., Welling, G.W.&Flint, H.J. 2006, "Molecular diversity, cultivation, andimproveddetection by fluorescent in situ hybridization of a dominant group ofhuman gutbacteria related to Roseburia spp. or Eubacterium rectale",Applied andEnvironmental Microbiology, vol. 72, no. 9, pp. 6371-6376.
Atarashi, K., Tanoue, T., Shima, T., Imaoka, A., Kuwahara, T., Momose,Y.,Cheng,
G., Yamasaki, S., Saito, T., Ohba, Y., Taniguchi, T., Takeda, K., Hori,S.,Ivanov, I.I., Umesaki, Y., Itoh, K. & Honda, K. 2011, "Inductionofcolonic regula
tory T cells by indigenous Clostridium species", Science (New York,N.Y.),vol. 331, no. 6015, pp. 337-341.
Berg, D.J., Davidson, N., Kuhn, R., Muller, W., Menon, S., Holland,G.,Thompson-Snipes, L., Leach, M.W. & Rennick, D. 1996,"Enterocolitisand colon cancer in interleukin-10-deficient mice areassociated with aberrantcytokine production and CD4(+) TH1-likeresponses", The Journal ofclinical investigation, vol. 98, no. 4, pp.1010-1020.
Chung, H. & Kasper, D.L. 2010, "Microbiota-stimulated immunemechanismsto maintain gut homeostasis", Current opinion in immunology,vol. 22, no.4, pp. 455-460.
Crellin, N.K., Garcia, R.V., Hadisfar, O., Allan, S.E., Steiner, T.S.&Levings,
M.K. 2005, "Human CD4+ T cells express TLR5 and its ligandflagellinenhances the
suppressive capacity and expression of FOXP3 in CD4+CD25+ Tregulatorycells", Journal of immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 175,no. 12, pp.8051-8059.De Paepe, M., Gaboriau-Routhiau, V., Rainteau, D.,Rakotobe, S.,Taddei, F. & Cerf-Bensussan, N. 2011, "Trade-off betweenbileresistance and nutritional competence drives Escherichia colidiversification inthe mouse gut", PLoS genetics, vol. 7, no. 6, pp.e1002107.
Duck, L.W., Walter, M.R., Novak, J., Kelly, D., Tomasi, M., Cong, Y.&Elson, C.O. 2007, "Isolation of flagellated bacteria implicated inCrohn'sdisease", Inflammatory bowel diseases, vol. 13, no. 10, pp.1191-1201.
Duncan, S.H., Aminov, R.I., Scott, K.P., Louis, P., Stanton, T.B. &Flint,H.J. 2006, "Proposal of Roseburia faecis sp. nov., Roseburia hominissp.nov. and Roseburia inulinivorans sp. nov., based on isolates from humanfaeces",International Journal of Systematic and EvolutionaryMicrobiology, vol. 56, no.Pt 10, pp. 2437-2441.
Eckburg, P.B., Bik, E.M., Bernstein, C.N., Purdom, E., Dethlefsen, L.,Sargent,M., Gill, S.R., Nelson, K.E. & Relman, D.A. 2005, "Diversityof thehuman intestinal microbial flora", Science (New York, N.Y.), vol.308, no.5728, pp. 1635-1638.Flores-Langarica, A., Marshall, J.L., Hitchcock,J., Cook, C., Jobanputra, J.,Bobat, S., Ross, E.A., Coughlan, R.E., Henderson,I.R., Uematsu, S., Akira, S.& Cunningham, A.F. 2012, "Systemicflagellin immunization stimulatesmucosal CD103+ dendritic cells and drivesFoxp3+ regulatory T CELL and IgAresponses in the mesenteric lymph node",Journal of immunology (Baltimore,Md.: 1950), vol. 189, no. 12, pp. 5745-5754.
Frank, D.N., St Amand, A.L., Feldman, R.A., Boedeker, E.C., Harpaz, N.&Pace, N.R. 2007, "Molecular-phylogenetic characterization ofmicrobialcommunity imbalances in human inflammatory bowel diseases",Proceedings ofthe National Academy of Sciences of the United States of America,vol. 104, no.34, pp. 13780-13785.
Gaboriau-Routhiau, V., Rakotobe, S., Lecuyer, E., Mulder, I., Lan,A.,Bridonneau, C., Rochet, V., Pisi, A., De Paepe, M., Brandi, G., Eberl,G.,Snel, J., Kelly,
D. & Cerf-Bensussan, N. 2009, "The key role of segmentedfilamentousbacteria
in the coordinated maturation of gut helper T cell responses",Immunity,vol. 31,
no. 4, pp. 677-689.
Geraedts, M.C., Troost, F.J., Tinnemans, R., Soderholm, J.D., Brummer,R.J.& Saris, W.H. 2010, "Release of satiety hormones in responsetospecific dietary proteins is different between human and murinesmallintestinal mucosa", Annals of Nutrition & Metabolism, vol. 56,no. 4,pp. 308-313.
Geuking, M.B., Cahenzli, J., Lawson, M.A., Ng, D.C., Slack, E., Hapfelmeier,S.,
McCoy, K.D. & Macpherson, A.J. 2011, "Intestinal bacterialcolonizationinduces
mutualistic regulatory T cell responses", Immunity, vol. 34, no. 5,pp.794-806.
Giraud, A., Arous, S., De Paepe, M., Gaboriau-Routhiau, V., Bambou,J.C.,Rakotobe, S., Lindner, A.B., Taddei, F. & Cerf-Bensussan, N.2008,"Dissecting the genetic components of adaptation of Escherichia colitothe mouse gut", PLoS genetics,
vol. 4, no. 1, pp. e2.
Hapfelmeier, S., Lawson, M.A., Slack, E., Kirundi, J.K., Stoel,M.,Heikenwalder,
M., Cahenzli, J., Velykoredko, Y., Balmer, M.L., Endt, K.,Geuking, M.B.,Curtiss, R.,3rd, McCoy, K.D. & Macpherson, A.J. 2010,"Reversiblemicrobial colonization of germ-free mice reveals the dynamicsof IgA immuneresponses", Science (New York, N.Y.), vol. 328, no. 5986,pp. 1705-1709.
Hayashi, F., Smith, K.D., Ozinsky, A., Hawn, T.R., Yi, E.C., Goodlett,D.R.,Eng,
J.K., Akira, S., Underhill, D.M. & Aderem, A. 2001, "The innateimmuneresponse to bacterial flagellin is mediated by Toll-like receptor5",Nature, vol. 410,
no. 6832, pp. 1099-1103.
Hooper, L.V., Wong, M.H., Thelin, A., Hansson, L., Falk, P.G. & Gordon,J.I.2001, "Molecular analysis of commensal host-microbial relationshipsin theintestine", Science (New York, N.Y.), vol. 291, no. 5505, pp.881-884.
Hossain, M.S., Jaye, D.L., Pollack, B.P., Farris, A.B., Tselanyane, M.L.,David,
E., Roback, J.D., Gewirtz, A.T. & Waller, E.K. 2011, "Flagellin, aTLR5agonist, reduces graft-versus-host disease in allogeneic hematopoieticstem celltransplantation recipients while enhancing antiviral immunity",Journal ofimmunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 187, no. 10, pp. 5130-5140.
Ivanov, I.I., Atarashi, K., Manel, N., Brodie, E.L., Shima, T., Karaoz, U.,Wei,
D., Goldfarb, K.C., Santee, C.A., Lynch, S.V., Tanoue, T., Imaoka, A., Itoh,K.,Takeda, K., Umesaki, Y., Honda, K. & Littman, D.R. 2009,"Induction ofintestinal
Th17 cells by segmented filamentousbacteria", Cell, vol. 139, no. 3, pp.485-498.
Kang, S., Denman, S.E., Morrison, M., Yu, Z., Dore, J., Leclerc, M.&McSweeney,
C.S. 2010, "Dysbiosis of fecal microbiota in Crohn's disease patientsasrevealed
by a custom phylogenetic microarray", Inflammatory boweldiseases, vol. 16,no. 12, pp. 2034-2042.
Kelly, D., Campbell, J.I., King, T.P., Grant, G., Jansson, E.A., Coutts,A.G.,Pettersson, S. & Conway, S. 2004, "Commensal anaerobic gutbacteriaattenuate inflammation by regulating nuclear-cytoplasmic shuttlingofPPAR-gamma and RelA", Nature immunology, vol. 5, no. 1, pp. 104-112.
Kinnebrew, M.A., Buffie, C.G., Diehl, G.E., Zenewicz, L.A., Leiner, I.,Hohl,T.M., Flavell, R.A., Littman, D.R. & Pamer, E.G. 2012,"Interleukin 23production by
intestinal CD103(+)CD11b(+) dendritic cells in response tobacterial flagellinenhances mucosal innate immune defense", Immunity,vol. 36, no. 2, pp. 276-287.
Letran, S.E., Lee, S.J., Atif, S.M., Flores-Langarica, A., Uematsu, S.,Akira,S., Cunningham, A.F. & McSorley, S.J. 2011, "TLR5-deficient micelackbasal inflammatory and metabolic defects but exhibit impaired CD4 Tcellresponses to a flagellated pathogen", Journal of immunology(Baltimore,Md.: 1950), vol. 186, no. 9, pp. 5406-5412.
Machiels K., Joossens M., Sabino J., De Preter V., Arijs I., Ballet V.,ClaesK.,
Verhaegen J., Van Assche G., Rutgeerts P. & Vermeire S.2013,"Predominant dysbiosis in patients with ulcerative colitis isdifferentfrom Crohn's disease pat
ients", Inflammatory Bowel Diseases. 8th Congress of ECCO, Feb 14-16,2013.
Macpherson, A.J. 2006, "IgA adaptation to the presence ofcommensalbacteria in the intestine", Current topics in microbiology andimmunology,vol. 308, pp. 117-136.
Macpherson, A.J., Hunziker, L., McCoy, K. & Lamarre, A. 2001,"IgAresponses in the intestinal mucosa against pathogenic andnon-pathogenicmicroorganisms", Microbes and infection / Institut Pasteur,vol. 3, no.12, pp. 1021-1035.
Macpherson, A.J., Martinic, M.M. & Harris, N. 2002, "The functionsofmucosal T cells in containing the indigenous commensal flora oftheintestine", Cellular and
molecular life sciences : CMLS, vol. 59, no. 12,pp. 2088-2096.
Mahowald, M.A., Rey, F.E., Seedorf, H., Turnbaugh, P.J., Fulton, R.S.,Wollam,A., Shah, N., Wang, C., Magrini, V., Wilson, R.K., Cantarel, B.L.,Coutinho,P.M., Henrissat, B., Crock, L.W., Russell, A., Verberkmoes, N.C.,Hettich, R.L.& Gordon, J.I. 2009, "Characterizing a model human gutmicrobiotacomposed of members of
its two dominant bacterial phyla", Proceedings ofthe National Academy ofSciences of the United States of America, vol. 106, no.14, pp. 5859-5864.
Mallya, M., Campbell, R.D. & Aguado, B. 2006, "Characterization ofthefive novel
Ly-6 superfamily members encoded in the MHC, and detection of cellsexpressing
their potential ligands", Protein science : a publication of theProteinSociety,
vol. 15, no. 10, pp. 2244-2256.
Mazmanian, S.K., Liu, C.H., Tzianabos, A.O. & Kasper, D.L. 2005,"Animmunomodulatory molecule of symbiotic bacteria directs maturation ofthe hostimmune system", Cell, vol. 122, no. 1, pp. 107-118.
McLaughlin, J., Grazia Luca, M., Jones, M.N., D'Amato, M., Dockray, G.J.&Thompson, D.G. 1999, "Fatty acid chain length determinescholecystokininsecretion and effect on human gastric motility",Gastroenterology, vol.116, no. 1, pp. 46-53.
Monteleone, I., Platt, A.M., Jaensson, E., Agace, W.W. & Mowat, A.M.2008,"IL-10-dependent partial refractoriness to Toll-like receptorstimulationmodulates gut
mucosal dendritic cell function", European journal ofimmunology, vol. 38,no. 6, pp. 1533-1547.
Nutsch, K.M. & Hsieh, C.S. 2012, "T cell tolerance and immunitytocommensal bacteria", Current opinion in immunology, vol. 24, no. 4,pp.385-391.
Prakash, T., Oshima, K., Morita, H., Fukuda, S., Imaoka, A., Kumar, N.,Sharma,V.K., Kim, S.W., Takahashi, M., Saitou, N., Taylor, T.D., Ohno, H.,Umesaki, Y.& Hattori, M. 2011, "Complete genome sequences of rat andmousesegmented filamentous bacteria, a potent inducer of th17celldifferentiation", Cell host & microbe,
vol. 10, no. 3, pp. 273-284.
Qin, J., Li, R., Raes, J., Arumugam, M., Burgdorf, K.S., Manichanh, C.,Nielsen,
T., Pons, N., Levenez, F., Yamada, T., Mende, D.R., Li, J., Xu, J., Li, S., Li,
D., Cao, J., Wang, B., Liang, H., Zheng, H., Xie, Y., Tap, J., Lepage,P.,Bertalan, M., Batto, J.M., Hansen, T., Le Paslier, D., Linneberg, A.,Nielsen,H.B.,
Pelletier, E., Renault, P., Sicheritz-Ponten, T., Turner, K., Zhu, H., Yu,C.,Li, S., Jian, M., Zhou, Y., Li, Y., Zhang, X., Li, S., Qin, N., Yang, H.,Wang,J.,
Brunak, S., Dore, J., Guarner, F., Kristiansen, K., Pedersen, O., Parkhill,J.,Weissenbach, J., MetaHIT Consortium, Bork, P., Ehrlich, S.D. & Wang,J.2010, "A human gut microbial gene catalogue established bymetagenomicsequencing", Nature, vol. 464, no. 7285, pp. 59-65.
Round, J.L., Lee, S.M., Li, J., Tran, G., Jabri, B., Chatila, T.A.&Mazmanian, S.K. 2011, "The Toll-like receptor 2 pathwayestablishescolonization by a comme
nsal of the human microbiota", Science (New York, N.Y.), vol. 332,no.6032, pp.
974-977.
Scanlan, P.D., Shanahan, F., O'Mahony, C. & Marchesi, J.R.2006,"Culture-independent analyses of temporal variation of the dominantfecalmicrobiota and targeted
bacterial subgroups in Crohn's disease", Journalof clinical microbiology,vol. 44, no. 11, pp. 3980-3988.
Schulke, S., Burggraf, M., Waibler, Z., Wangorsch, A., Wolfheimer, S.,Kalinke,U., Vieths, S., Toda, M. & Scheurer, S. 2011, "A fusionprotein offlagellin and
ovalbumin suppresses the TH2 response and prevents murineintestinalallergy", The Journal of allergy and clinical immunology, vol.128, no. 6,pp. 1340-1348.e12.Sczesnak, A., Segata, N., Qin, X., Gevers, D.,Petrosino, J.F., Huttenhower,C.,
Littman, D.R. & Ivanov, I.I. 2011, "The genome of th17cell-inducingsegmented filamentous bacteria reveals extensive auxotrophy andadaptations tothe intestinal
environment", Cell host & microbe, vol. 10, no. 3, pp.260-272.
Spor, A., Koren, O. & Ley, R. 2011, "Unravelling the effects oftheenvironment and host genotype on the gut microbiome",Naturereviews.Microbiology, vol. 9, no.
4, pp. 279-290.
Tremaroli, V., Kovatcheva-Datchary, P. & Backhed, F. 2010, "A roleforthe gut microbiota in energy harvesting?", Gut, vol. 59, no. 12,pp.1589-1590.
Turnbaugh, P.J., Backhed, F., Fulton, L. & Gordon, J.I.2008,"Diet-induced obesity is linked to marked but reversible alterationsinthe mouse distal gut microbiome", Cell host & microbe, vol. 3, no.4,pp. 213-223.
Turnbaugh, P.J., Ley, R.E., Mahowald, M.A., Magrini, V., Mardis, E.R.&Gordon, J.I. 2006, "An obesity-associated gut microbiome withincreasedcapacity for energy harvest", Nature, vol. 444, no. 7122, pp.1027-1031.
Ukena, S.N., Singh, A., Dringenberg, U., Engelhardt, R., Seidler, U.,Hansen,W.,
Bleich, A., Bruder, D., Franzke, A., Rogler, G., Suerbaum, S., Buer, J.,Gunzer,
F. & Westendorf, A.M. 2007, "Probiotic Escherichia coli Nissle1917inhibits leaky gut by enhancing mucosal integrity", PloS one, vol. 2,no.12, pp. e1308.
Vijay-Kumar, M., Sanders, C.J., Taylor, R.T., Kumar, A., Aitken,J.D.,Sitaraman,
S.V., Neish, A.S., Uematsu, S., Akira, S., Williams, I.R. &Gewirtz, A.T.2007, "Deletion of TLR5 results in spontaneous colitis inmice", TheJournal of clinical investigation, vol. 117, no. 12, pp.3909-3921.
Werth, M., Walentin, K., Aue, A., Schonheit, J., Wuebken, A., Pode-Shakked,N.,Vilianovitch, L., Erdmann, B., Dekel, B., Bader, M., Barasch, J.,Rosenbauer,F., Luft, F.C. & Schmidt-Ott, K.M. 2010, "The transcriptionfactorgrainyhead-like
2 regulates the molecular composition of the epithelial apicaljunctionalcomplex", Development (Cambridge, England), vol. 137, no. 22,pp.3835-3845.
Wilson, R.H., Maruoka, S., Whitehead, G.S., Foley, J.F., Flake, G.P., Sever,M.L.,Zeldin, D.C., Kraft, M., Garantziotis, S., Nakano, H. & Cook, D.N.2012,"The
Toll-like receptor 5 ligand flagellin promotes asthma by primingallergicresponses to indoor allergens", Nature medicine, vol. 18, no. 11,pp.1705-1710.
４９．Yoon, S.I., Kurnasov, O., Natarajan, V., Hong,M.,Gudkov, A.V., Osterman,
A.L. & Wilson, I.A. 2012, "Structural basis ofTLR5-flagellinrecognition and signaling", Science (New York, N.Y.), vol.335, no. 6070,pp. 859-864.
（補足情報の参考文献リスト）
(1) Genome sequence assembly using trace signals and additionalsequenceinformation. Computer Science and Biology: Proceedings of the GermanConferenceon Bioinformatics (GCB); 1999.
(2) Aziz RK, Bartels D, Best AA, DeJongh M, Disz T, Edwards RA, et al. TheRASTServer: rapid annotations using subsystems technology. BMC Genomics 2008Feb8;9:75-2164-9-75.
(3) Dennis G,Jr, Sherman BT, Hosack DA, Yang J, Gao W, Lane HC, et al.DAVID:Database for Annotation, Visualization, and Integrated Discovery. GenomeBiol2003;4(5):P3.
(4) Untergasser A, Nijveen H, Rao X, Bisseling T, Geurts R, LeunissenJA.Primer3Plus, an enhanced web interface to Primer3. Nucleic Acids Res 2007Jul;35(WebServer issue):W71-4.
(5) Duck LW, Walter MR, Novak J, Kelly D, Tomasi M, Cong Y, et al. Isolationofflagellated bacteria implicated in Crohn's disease. Inflamm Bowel Dis2007Oct;13(10):1191-1201.
(6) Berg DJ, Davidson N, Kuhn R, Muller W, Menon S, Holland G,Thompson-SnipesL,
Leach MW, Rennick D. Enterocolitis and colon cancer ininterleukin-10-deficientmice are associated with aberrant cytokine productionand CD4(+) TH1-likeresponses. J.Clin.Invest., 1996, 98, 4, 1010-1020.
(7) Monteleone I, Platt AM, Jaensson E, Agace WW, Mowat AM.IL-10-dependentpartial refractoriness to Toll-like receptor stimulationmodulates gut mucosaldendritic cell function. Eur J Immunol. 2008 38(6):1533-47
(8) Inaba K, Inaba M, Romani N, Aya H, Deguchi M, Ikehara S, et al.Generationof
large numbers of dendritic cells from mouse bone marrow culturessupplementedwith granulocyte/macrophage colony-stimulating factor. J Exp Med1992 Dec1;176(6):1693-1702.
(9) Brasel K, De Smedt T, Smith JL, Maliszewski CR. Generation ofmurinedendritic cells from flt3-ligand-supplemented bone marrow cultures. Blood2000Nov 1;96(9):3029-3039.
(10) Weigel BJ, Nath N, Taylor PA, Panoskaltsis-Mortari A, Chen W, Krieg AM,etal. Comparative analysis of murine marrow-derived dendritic cells generatedbyFlt3L or GM-CSF/IL-4 and matured with immune stimulatory agents on the invivoinduction of antileukemia responses. Blood 2002 Dec 1;100(12):4169-4176.
(10) Xu Y, Zhan Y, Lew AM, Naik SH, Kershaw MH. Differential developmentofmurine dendritic cells by GM-CSF versus Flt3 ligand has implicationsforinflammation and trafficking. J Immunol 2007 Dec 1;179
(11):7577-7584.
(12) Olivera L, Canul RR, Pereira-Pacheco F, Cockburn J, Soldani F, McKenzieNH,
et al. Nutritional and physiological responses of young growing rats todietscontaining raw cowpea seed meal, protein isolate (globulins), or starch.JAgric Food Chem 2003 Jan 1;51(1):319-325.

【0691】

以上の明細書にて言及された全ての刊行物は、参照によって本明細書に組み込まれている。記述した方法、及び本発明のシステムの種々の改変及び変化が、本発明の範囲と意図を逸脱せずに、当業者に対して明らかであろう。本発明は、特定の好ましい実施形態に連結して記述されてきたが、特許請求したような本発明は、そのような特定の実施形態に過度に制限されるべきではないことが理解されるべきである。実際に、生化学及び分子生物学、又は関連する分野の当業者に明白である、本発明を実施するための記述したモードの種々の改変が、以下の特許請求の範囲の範囲内であることが意図される。

【図1A】

【図1B】

【図2A-2B】

【図2C】

【図2D-2E】

【図3A】

【図3B】

【図3C】

【図4】

【図5A】

【図5B-1】

【図5B-2】

【図5B-3】

【図5B-4】

【図6A】

【図6B-1】

【図6B-2】

【図6B-3】

【図6B-4】

【図6B-5】

【図6C】

【図6D-6E】

【図7A-7C】

【図8A-8C】

【図9-1】

【図9-2】

【図9-3】

【図10A】

【図10B-10C】

【図11A】

【図11B-1】

【図11B-2】

【図11B-3】

【図11C】

【図11D】

【図12-1】

【図12-2】

【図12-3】

【図12-4】

【図12-5】

【図12-6】

【図12-7】

【図12-8】

【図12-9】

【図12-10】

【図12-11】

【図13A-13B】

【図14A】

【図15A】

【図16A】

【図17A】

【図18A-18B】

【図19-1】

【図19-2】

【図20】

【図21】

【図22-1】

【図22-2】

【図23】

【図24-1】

【図24-2】

【図24-3】

【図25】

【図26A-26B】

【図27A】

【図27B-1】

【図27B-2】

【配列表】

2022050448000001.app