特開 2022-61491 慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法、およびその利用

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公開特許公報(A)

(11)【公開番号】P2022061491

(43)【公開日】2022-04-18

(54)【発明の名称】慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法、およびその利用

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6813 20180101AFI20220411BHJP

   C12Q 1/6876 20180101ALI20220411BHJP

   C12N 15/09 20060101ALI20220411BHJP

   C12M 1/34 20060101ALI20220411BHJP

   C12M 1/00 20060101ALI20220411BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6813 Z

C12Q1/6876 Z

C12N15/09 200

C12M1/34 Z

C12M1/00 A

【審査請求】未請求

【請求項の数】16

【出願形態】ＯＬ

(21)【出願番号】P 2021163583

(22)【出願日】2021-10-04

(31)【優先権主張番号】P 2020169189

(32)【優先日】2020-10-06

(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP

(71)【出願人】

【識別番号】504145320

【氏名又は名称】国立大学法人福井大学

(71)【出願人】

【識別番号】504171134

【氏名又は名称】国立大学法人 筑波大学

(74)【代理人】

【識別番号】110000338

【氏名又は名称】特許業務法人ＨＡＲＡＫＥＮＺＯ ＷＯＲＬＤ ＰＡＴＥＮＴ ＆ ＴＲＡＤＥＭＡＲＫ

(72)【発明者】

【氏名】藤枝 重治

(72)【発明者】

【氏名】木戸口 正典

(72)【発明者】

【氏名】小山 佳祐

(72)【発明者】

【氏名】野口 恵美子

【テーマコード（参考）】

4B029

4B063

【Ｆターム（参考）】

4B029AA07

4B029BB11

4B029FA04

4B029FA10

4B029FA12

4B029GB02

4B063QA01

4B063QA19

4B063QQ02

4B063QQ42

4B063QQ52

4B063QQ79

4B063QR55

4B063QS32

4B063QS33

4B063QS34

4B063QX01

(57)【要約】

【課題】慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法、慢性副鼻腔炎の患者の分類用キット、慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイ、および慢性副鼻腔炎の患者の分類用装置を提供する。
【解決手段】本発明の一実施形態は、特定の複数の遺伝子からなる遺伝子群に含まれる少なくとも３つの遺伝子の発現を指標とする。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

被験体から採取した試料中の、下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法：
上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【請求項2】

更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、請求項１に記載のデータの取得方法。

【請求項3】

更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、請求項１または２に記載のデータの取得方法。

【請求項4】

上記検出工程で得られた上記遺伝子の発現データに対して、ウォード法による統計処理を行う統計処理工程を更に含む、請求項１～３の何れか１項に記載のデータの取得方法。

【請求項5】

上記遺伝子の発現データは、下記の遺伝子群に含まれる遺伝子の発現データを含む、請求項４に記載のデータの取得方法：
上記遺伝子群は、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４からなる遺伝子群。

【請求項6】

上記被験体は、慢性副鼻腔炎の治療薬を投与した被験体である、請求項１～５の何れか１項に記載のデータの取得方法。

【請求項7】

被験体から採取した試料中に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現データに対して、ウォード法による統計処理を行う統計処理工程を含む、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法。

【請求項8】

上記遺伝子の発現データは、下記の遺伝子群に含まれる遺伝子の発現データを含む、請求項７に記載のデータの取得方法：
上記遺伝子群は、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４からなる遺伝子群。

【請求項9】

上記被験体は、慢性副鼻腔炎の治療薬を投与した被験体である、請求項７または８に記載のデータの取得方法。

【請求項10】

下記の遺伝子群に含まれる遺伝子の少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、慢性副鼻腔炎の患者の分類用キット：
上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【請求項11】

更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、請求項１０に記載のキット。

【請求項12】

更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、請求項１０または１１に記載のキット。

【請求項13】

下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイ：
上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【請求項14】

更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、請求項１３に記載のアレイ。

【請求項15】

更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、請求項１３または１４に記載のアレイ。

【請求項16】

請求項１３～１５の何れか１項に記載の慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイと、
上記プローブに由来するシグナルを検出するスキャナーと、を備えている、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータ取得装置。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法、およびその利用に関する。

【背景技術】

【0002】

慢性副鼻腔炎は、副鼻腔である上顎洞、篩骨洞、前頭洞、および蝶形骨洞のうちの１つ以上において、ウイルスまたは菌などの感染によって慢性的な炎症を起こし、そこに粘液および／または膿が溜まる疾患である。

【0003】

慢性副鼻腔炎の重症度は、例えば鼻茸の有無、または好酸球性副鼻腔炎診断基準（ＪＥＳＲＥＣ ｓｃｏｒｅ）等による臨床像（フェノタイプ）に基づいて分類され、重症度に応じて治療方法が選択される（例えば、非特許文献１～５参照）。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0004】

【非特許文献1】Tokunaga T. et al.,“Novel scoring system and algorithm for classifying chronic rhinosinusitis: the JESREC Study” Allergy, 2015, 70(8), 995-1003

【非特許文献2】藤枝 重, 坂下 雅, 徳永 貴, 岡野 光, 春名 威, 吉川 衛, et al. 好酸球性副鼻腔炎: 診断ガイドライン (JESREC Study). Nippon Jibiinkoka Gakkai Kaiho 2015; 118:728-35.

【非特許文献3】Tomassen P. et al.,“Inflammatory endotypes of chronic rhinosinusitis based on cluster analysis of biomarkers” J. Allergy Clin Immunol., 2016, 137(5), 1449-1456.

【非特許文献4】Liao B. et al.,“Multidimensional endotypes of chronic rhinosinusitis and their association with treatment” Allergy, 2018, 73(7), 1459-1469.

【非特許文献5】Bachert C, Zhang N, Hellings PW, Bousquet J. Endotype-driven care pathways in patients with chronic rhinosinusitis. J Allergy Clin Immunol 2018; 141:1543-51.

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

しかしながら、従来の慢性副鼻腔炎の重症度の分類は、臨床経過と必ずしも一致せず、症例毎に、術後経過および／または抗モノクローナル抗体薬への応答性にバラツキがあるという問題点がある。このため、慢性副鼻腔炎を分類するための新たな技術の開発が望まれていた。

【0006】

本発明は、上記従来の問題点に鑑みなされたものであって、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法、慢性副鼻腔炎の患者の分類用キット、慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイ、および慢性副鼻腔炎の患者の分類用装置を提供することを目的とする。

【課題を解決するための手段】

【0007】

本発明者らは、慢性副鼻腔炎を患っている患者間で発現量に差異がある遺伝子、換言すれば、慢性副鼻腔炎を患っている患者同士を好適に区別し得る遺伝子を見出し、本発明を完成するに至った。

【0008】

すなわち、本発明は以下の構成を含む。

【0009】

＜１＞被験体から採取した試料中の、下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法：上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【0010】

＜２＞更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞に記載のデータの取得方法。

【0011】

＜３＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞または＜２＞に記載のデータの取得方法。

【0012】

＜４＞上記検出工程で得られた上記遺伝子の発現データに対して、ウォード法による統計処理を行う統計処理工程を更に含む、＜１＞～＜３＞の何れかに記載のデータの取得方法。

【0013】

＜５＞上記遺伝子の発現データは、下記の遺伝子群に含まれる遺伝子の発現データを含む、＜４＞に記載のデータの取得方法：上記遺伝子群は、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４からなる遺伝子群。

【0014】

＜６＞上記被験体は、慢性副鼻腔炎の治療薬を投与した被験体である、＜１＞～＜５＞の何れかに記載のデータの取得方法。

【0015】

＜７＞被験体から採取した試料中に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現データに対して、ウォード法による統計処理を行う統計処理工程を含む、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法。

【0016】

＜８＞上記遺伝子の発現データは、下記の遺伝子群に含まれる遺伝子の発現データを含む、＜７＞に記載のデータの取得方法：上記遺伝子群は、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４からなる遺伝子群。

【0017】

＜９＞上記被験体は、慢性副鼻腔炎の治療薬を投与した被験体である、＜７＞または＜８＞に記載のデータの取得方法。

【0018】

＜１０＞下記の遺伝子群に含まれる遺伝子の少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、慢性副鼻腔炎の患者の分類用キット：上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【0019】

＜１１＞更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、＜１０＞に記載のキット。

【0020】

＜１２＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、＜１０＞または＜１１＞に記載のキット。

【0021】

＜１３＞下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイ：上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【0022】

＜１４＞更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、＜１３＞に記載のアレイ。

【0023】

＜１５＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、＜１３＞または＜１４＞に記載のアレイ。

【0024】

＜１６＞上記＜１３＞～＜１５＞の何れかに記載の慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイと、上記プローブに由来するシグナルを検出するスキャナーと、を備えている、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータ取得装置。

【発明の効果】

【0025】

本発明の一態様によれば、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法、慢性副鼻腔炎の患者の分類用キット、慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイ、および慢性副鼻腔炎の患者の分類用装置を提供することができる。

【図面の簡単な説明】

【0026】

【図1】鼻茸組織中の遺伝子の発現結果に基づいて作成した、クラスターの分類を示すグラフである。

【図2】各クラスターにおいて発現している主要な遺伝子と、症状の重症度を示した図である。

【図3】本発明の実施例に係る、各クラスターの鼻茸組織中の遺伝子の発現量を表したグラフである。

【図4】鼻茸組織中の遺伝子の発現結果に基づいて作成した、クラスターの分類を示すグラフである。

【図5】本発明の実施例に係る、各クラスターの患者の条件、症状、および予後について示した表である。

【発明を実施するための形態】

【0027】

本発明の一実施形態について以下に説明するが、本発明はこれに限定されるものではない。本発明は、以下に説明する各構成に限定されるものではなく、特許請求の範囲に示した範囲で種々の変更が可能であり、異なる実施形態や実施例にそれぞれ開示された技術的手段を適宜組み合わせて得られる実施形態や実施例についても本発明の技術的範囲に含まれる。また、本明細書中に記載された学術文献及び特許文献の全てが、本明細書中において参考文献として援用される。また、本明細書において特記しない限り、数値範囲を表す「Ａ～Ｂ」は、「Ａ以上、Ｂ以下」を意図する。

【0028】

本明細書において「慢性副鼻腔炎」とは、副鼻腔である上顎洞、篩骨洞、前頭洞、および蝶形骨洞のうちの１つ以上において、慢性的（例えば、１２週間以上）な炎症が生じる疾患を意図する。より具体的に、「慢性副鼻腔炎」とは、副鼻腔である上顎洞、篩骨洞、前頭洞、および蝶形骨洞のうちの１つ以上において、慢性的（例えば、１２週間以上）な炎症が生じる疾患であって、かつ、鼻茸が形成される疾患を意図する。慢性副鼻腔炎の具体例としては、好酸球性副鼻腔炎、非好酸球副鼻腔炎（例えば、アスピリン喘息に伴う鼻茸、後鼻孔ポリープおよび嚢胞性線維症など）などを挙げることができる。

【0029】

〔１．データの取得方法〕
本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法は、被験体から採取した試料中の、下記の遺伝子群（第１の遺伝子群とも呼ぶ）に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む：上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【0030】

上記遺伝子は、慢性副膜鼻腔炎の患者の中で比較（例えば、好酸球性副鼻腔炎の患者と、非好酸球副鼻腔炎の患者とを比較）したときに、発現量に非常に大きな差異があった遺伝子である。

【0031】

上記構成であれば、慢性副鼻腔炎の重症化などに関連する遺伝子の発現量を測定することが可能になる。これによって、慢性副鼻腔炎を、新規な基準に基づいて詳細に分類および診断することができる。したがって、当該方法であれば、慢性副鼻腔炎の適切な治療方法を選択することができる。

【0032】

従来、慢性副鼻腔炎は、フェノタイプを基に分類され、その病態に応じた診断および治療方針の検討が行われていた。現在提唱されている分類方法として、鼻ポリープ有無などの臨床病態、好酸球値の検出、または合併症の程度等に基づいた、重症度スコアによる分類が行われてきた。だが実臨床においては、選択される治療方法は必ずしも適切ではなかった。一方で、現時点では特異的な遺伝子に基づいた慢性副鼻腔炎の分類はなされていなかった。そのため、本発明によって、表現型に左右されない遺伝子に対応した慢性副鼻腔炎のエンドタイプ分類が可能であることは驚くべきことである。

【0033】

本発明者らは、表現型で分類した慢性副鼻腔炎患者群間での遺伝子発現を比較したところ、患者の症状に応じて、発現量に優位な差が認められた遺伝子（例えば、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８等）が存在することを発見した。これらの遺伝子の発現量に基づいて、好酸球性副鼻腔炎患者と、非好酸球性副鼻腔炎患者とを区別することができる。

【0034】

本発明の一実施形態において、患者を上記第１の遺伝子群の遺伝子の発現量に基づいて分類する場合、患者が分類されるクラスターの数は特に限定されない。患者が分類されるクラスターは、例えば、２種類以上、３種類以上、４種類以上、５種類以上、９種類以上、１０種類以上であってもよい。分類されるクラスターの数の上限は特に限定されないが、現実的には２０種類以下であってもよい。

【0035】

本発明の一実施形態において、被験体はヒトである。本発明の一実施形態において、被験体は、非ヒト哺乳動物である。非ヒト哺乳動物の例としては、偶蹄類（ウシ、イノシシ、ブタ、ヒツジ、ヤギなど）、奇蹄類（ウマなど）、齧歯類（マウス、ラット、ハムスター、リスなど）、ウサギ目（ウサギなど）、食肉類（イヌ、ネコ、フェレットなど）などが挙げられる。上述した非ヒト哺乳動物には、家畜またはコンパニオンアニマル（愛玩動物）に加えて、野生動物も包含される。

【0036】

本明細書において、「試料」とは、被験体から採取される「試料」全般を意図する。当該「試料」には、（ｉ）生体試料（例えば、鼻茸、鼻粘膜組織、鼻汁、鼻粘膜擦過物、鼻洗浄液、鼻腔ぬぐい液、血液）、および、生体試料を固定化液（例えば、ホルマリン）によって固定することによって作製された病理標本、（ｉｉ）上記（ｉ）に記載のものを所望の溶液に可溶化させた可溶化物、も包含される。

【0037】

本発明の一実施形態において、上記第１の遺伝子群から選択される遺伝子（換言すれば、検出工程にて発現が検出される遺伝子）は、少なくとも３つ以上である。第１の遺伝子群から選択される遺伝子は、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、２１以上、２２以上、２３以上、２４以上、２５以上、２６以上、２７以上、２８以上、２９以上、または、３３であってもよい。選択される遺伝子が多ければ多い程、慢性副鼻腔炎を、より詳細に分類および診断することができる。

【0038】

上記第１の遺伝子群から選択される遺伝子の組み合わせは、特に限定されず、所望の組み合わせであってもよい。

【0039】

慢性副鼻腔炎の分類の精度を向上させる観点から、検出工程で検出される少なくとも３つ以上の遺伝子（第１の遺伝子群から選択される遺伝子）は、ＣＬＣ、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＭ、ＩＬ３２、ＩＬ３３、ＬＣＰ１、ＩＴＬＮ１、ＰＴＧＤＲ２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が含まれていることが好ましく、Ｓ１００Ａ８、ＩＬ３２、ＩＬ３３からなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子が含まれていることがより好ましい。

【0040】

上記方法において、検出される遺伝子の種類の総数は、上記第１の遺伝子群の少なくとも３つを含む、３以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、６０以上、７０以上、８０以上、９０以上、１００以上、１１０以上、１２０以上、１３０以上、１４０以上、１５０以上、２００以上、３００以上、４００以上、５００以上、６００以上、７００以上、または８００以上であってもよい。慢性副鼻腔炎の分類の精度を向上させる観点から、検出される遺伝子の総数は、多ければ多い程好ましい。検出される遺伝子の種類の総数の上限値は、特に限定されないが、２０００以下、１５００以下、１０００以下、９００以下、または、８００以下であってもよい。当該構成であれば、慢性副鼻腔炎の分類の精度を向上させることができるのみならず、検出作業を簡便にすることができる。

【0041】

上記遺伝子の発現を検出する方法は特に限定されず、公知の方法を用いることができる。例えば、当該遺伝子のｍＲＮＡまたはタンパク質を検出してもよい。ｍＲＮＡを検出する方法としては、例えば、分子バーコード法、ＰＣＲ法、ＲＮＡ－ｓｅｑ法、ノザンブロット法、マイクロアレイ法等が挙げられる。またタンパク質を検出する方法としては、例えば、分子バーコード法、ウエスタンブロット法、ＥＬＩＳＡ等が挙げられる。これらの中でも、多くの対象を簡便に測定できる観点から、ｎＣｏｕｎｔｅｒ（登録商標）等を用いた分子バーコード法が好ましい。なお、これらの方法は、公知の工程を経て行われ得る。

【0042】

上記データの取得方法は、更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群（第２の遺伝子群とも呼ぶ）から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する工程を含んでいてもよい。

【0043】

上記遺伝子は、慢性副膜鼻腔炎の患者の中で比較（例えば、好酸球性副鼻腔炎の患者と、非好酸球副鼻腔炎の患者とを比較）したときに、発現量に大きな差異があった遺伝子である。

【0044】

上記構成であれば、慢性副鼻腔炎への関与が大きいと考えられる遺伝子をさらに検出することができる。したがって、慢性副鼻腔炎を、より高い精度にて詳細に分類および診断することができる。

【0045】

上記第２の遺伝子群から選択される遺伝子（換言すれば、検出工程にて発現が検出される遺伝子）は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、１１以上、１２以上、１３以上、１４以上、１５以上、１６以上、１７以上、１８以上、１９以上、２０以上、または、２１であってもよい。選択される遺伝子が多ければ多い程、慢性副鼻腔炎を、より詳細に分類および診断することができる。

【0046】

上記第２の遺伝子群から選択される遺伝子の組み合わせは、特に限定されず、所望の組み合わせを選択することができる。

【0047】

慢性副鼻腔炎の分類の精度を向上させる観点から、検出工程で検出される遺伝子（第２の遺伝子群から選択される遺伝子）は、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２６、およびＭＡＲＣＯからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子であることが好ましく、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、およびＭＡＲＣＯからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子であることがより好ましい。

【0048】

更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群（第３の遺伝子群とも呼ぶ）から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子発現を検出する工程を含んでいてもよい。

【0049】

上記遺伝子は、慢性副膜鼻腔炎の患者の中で比較（例えば、好酸球性副鼻腔炎の患者と、非好酸球副鼻腔炎の患者とを比較）したときに、発現量に差異があった遺伝子である。

【0050】

上記構成であれば、慢性副鼻腔炎へ関与すると考えられる遺伝子をさらに検出することができる。したがって、慢性副鼻腔炎を、より高い精度にて詳細に分類および診断することができる。

【0051】

上記第３の遺伝子群から選択される遺伝子（換言すれば、検出工程にて発現が検出される遺伝子）は、２つ以上、３つ以上、４つ以上、５つ以上、６つ以上、７つ以上、８つ以上、９つ以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、６０以上、７０以上、８０以上、９０以上、１００以上、１１０以上、１２０以上、または、１２３であってもよい。選択される遺伝子が多ければ多い程、慢性副鼻腔炎を、より詳細に分類および診断することができる。

【0052】

上記第３の遺伝子群から選択される遺伝子の組み合わせは特に限定されず、所望の組み合わせを選択することができる。

【0053】

慢性副鼻腔炎の分類の精度を向上させる観点から、検出工程で検出される遺伝子（第３の遺伝子群から選択される遺伝子）は、Ｃ１ＱＢ、ＳＴＡＴ６、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＬ１３ＲＡ１、Ｃ３、およびＣ４Ａ/Ｂからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子であることが好ましく、ＳＴＡＴ６、ＩＬ１３ＲＡ１、Ｃ３、およびＣ４Ａ／Ｂからなる群から選択される少なくとも１つの遺伝子であることがより好ましい。

【0054】

上記データの検出方法は、上記検出工程で得られた上記遺伝子の発現データに対して、ウォード法による統計処理を行う統計処理工程を更に含むことが好ましい。上記統計処理工程を含むことにより、得られたデータに基づいて被験体をより正確に分類することができる。

【0055】

上記データの検出方法が上記統計処理工程を含む場合、上記遺伝子の発現データは、下記の遺伝子群（第４の遺伝子群とも呼ぶ）に含まれる遺伝子の発現データを含むことが好ましい：上記遺伝子群は、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４からなる遺伝子群。

【0056】

上記遺伝子は、慢性副鼻腔炎が重症であったにも関わらず、治療後の慢性副鼻腔炎の再発率が低かった患者において、発現量に非常に大きな差異があった遺伝子である。

【0057】

上記構成であれば、慢性副鼻腔炎の重症化、再発などに関連する遺伝子の発現量に基づいて、患者を分類するためのデータを取得することができる。従来、慢性副鼻腔炎が重症である患者は症状の再発率も高いと考えられていた。しかしながら、上述した通り上記第４の遺伝子群の発現量の差異が大きい患者は再発率が低く、予後良好である。したがって、上記遺伝子の発現データが上記第４の遺伝子群の発現データを含むことにより、慢性副鼻腔炎の患者の予後をより正確に予測することができる。

【0058】

上記被験体は、慢性副鼻腔炎の治療薬を投与した被験体であることが好ましい。上記構成であれば、治療薬を投与したことによって被験体の分類が変化したかどうかを判定することができる。

【0059】

本発明の別の実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法は、被験体から採取した試料中の、被験体から採取した試料中に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現データに対して、ウォード法による統計処理を行う統計処理工程を含む。なお、本発明の別の実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法の好ましい態様については、上述した本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法の記載を適宜援用することができるため、記載を省略する。

【0060】

〔２．キット〕
本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類用キットは、下記の遺伝子群（第１の遺伝子群とも呼ぶ）に含まれる遺伝子の少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える：ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【0061】

〔１．データの取得方法〕において既に記載した事項については、以下では説明を省略する。

【0062】

本明細書において「キット」とは、任意の用途に用いられる、任意の試薬などの組み合わせを意味する。この用途は、医学用途であってもよいし、実験用途であってもよい。当該用途は、具体的に、診断用途であってもよい。

【0063】

上記キットは、例えば、遺伝子に由来するｍＲＮＡを検出するための物品を備えているものであってもよいし、遺伝子に由来するタンパク質を検出するための物品を備えているものであってもよいし、遺伝子に由来するｍＲＮＡおよびタンパク質を検出するための物品を備えているものであってもよい。

【0064】

上記遺伝子に由来するｍＲＮＡを検出するための物品としては、例えば、上記遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブ（例えば、ｍＲＮＡにハイブリダイズするポリヌクレオチド）、ＰＣＲ法にて上記遺伝子の発現を検出するためのプライマー、ｍＲＮＡの遺伝子配列を（例えば、ＲＮＡ－ｓｅｑによって）網羅的に解読するためのライブラリ作成試薬が挙げられる。

【0065】

上記遺伝子に由来するタンパク質を検出するための物品としては、例えば、上記タンパク質に特異的に結合する抗体等が挙げられる。

【0066】

上記物品は、例えば、（ｉ）自ら検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発するものであってもよいし、（ｉｉ）検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発する他の構成と結合するものであってもよいし、（ｉｉｉ）検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発する他の構成と結合したｍＲＮＡまたはタンパク質と結合するものであってもよい。

【0067】

一実施形態において、キットは、診断に用いられる試薬および／または補助的な物質を備えていてもよい。一実施形態において、キットは、試薬および／または補助的な物質を格納する、１つ以上の格納容器（ボックス、ボトル、ディッシュなど）を備えていてもよい。

【0068】

更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群（第２の遺伝子群とも呼ぶ）から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備えていてもよい。

【0069】

更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群（第３の遺伝子群とも呼ぶ）から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備えていてもよい。

【0070】

本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類用キットは、上述した本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法を実施するために用いられ得る。それ故に、本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類用キットに備えられる物品の数（例えば、第１の遺伝子群に属する遺伝子の発現を検出するための物品の数、第２の遺伝子群に属する遺伝子の発現を検出するための物品の数、第３の遺伝子群に属する遺伝子の発現を検出するための物品の数、および／または、分類用キットに備えられる物品の総数）は、〔１．データの取得方法〕の欄にて説明した数と同じに設定することができる。

【0071】

〔３．アレイ〕
本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイは、下記の遺伝子群（第１の遺伝子群とも呼ぶ）に含まれる少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える：ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【0072】

上記アレイの種類は特に限定されず、使用可能なアレイとしては例えば、マイクロアレイ等が挙げられる。

【0073】

上記アレイは、遺伝子の発現を当該遺伝子に由来するｍＲＮＡにて検出するものであってもよいし、遺伝子の発現を当該遺伝子に由来するタンパク質にて検出するものであってもよい。遺伝子の発現を当該遺伝子に由来するｍＲＮＡにて検出する場合、上記プローブとしては、上記遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブ（例えば、遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするポリヌクレオチド）、ＰＣＲ法にて上記遺伝子の発現を検出するためのプライマー等が挙げられる。遺伝子の発現を当該遺伝子に由来するタンパク質にて検出する場合、上記プローブとしては、上記タンパク質に特異的に結合する抗体等が挙げられる。

【0074】

上記プローブは、例えば、（ｉ）自ら検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発するものであってもよいし、（ｉｉ）検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発する他の構成と結合するものであってもよいし、（ｉｉｉ）検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発する他の構成と結合したｍＲＮＡまたはタンパク質と結合するものであってもよい。

【0075】

アレイは、ウェルを備えていてもよい。ウェルのサイズおよび間隔は、プローブの種類によって適宜、設定され得る。アレイがウェルを備えている場合、各プローブは、各プローブに対応する別々のウェルの中に固定化されていることが好ましい。

【0076】

上記アレイは更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群（第２の遺伝子群とも呼ぶ）から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備えていてもよい。

【0077】

上記アレイは更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群（第３の遺伝子群とも呼ぶ）から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備えていてもよい。

【0078】

本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイは、上述した本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法を実施するために用いられ得る。それ故に、本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイに備えられるプローブの数（例えば、第１の遺伝子群に属する遺伝子の発現を検出するためのプローブの数、第２の遺伝子群に属する遺伝子の発現を検出するためのプローブの数、第３の遺伝子群に属する遺伝子の発現を検出するためのプローブの数、および／または、分類用キットに備えられるプローブの総数）は、〔１．データの取得方法〕の欄にて説明した数と同じに設定することができる。

【0079】

〔４．装置〕
本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類するためのデータ取得装置は、本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイと、上記プローブに由来するシグナルを検出するスキャナーと、を備えている。

【0080】

上記プローブは、例えば、（ｉ）自ら検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発するものであってもよいし、（ｉｉ）検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発する他の構成と結合するものであってもよいし、（ｉｉｉ）検出可能なシグナル（例えば、蛍光）を発する他の構成と結合したｍＲＮＡまたはタンパク質と結合するものであってもよい。

【0081】

上記スキャナーは、上述したシグナルを検出できるものであればよく、適宜、公知のスキャナーを用いればよい。

【0082】

本発明の一実施形態に係る慢性副鼻腔炎の患者の分類するためのデータ取得装置は、スキャナーによって検出したシグナルを、デジタル分子バーコード技術に基づいて解析する解析部を備えていてもよい。当該解析部としては、適宜、公知の解析部を用いればよい。

【0083】

上記構成部は、例えば、各機能を実現するソフトウェアであるプログラムの命令を実行するコンピュータを備え得る。このコンピュータは、例えば少なくとも１つのプロセッサを備えていると共に、上記プログラムを記憶したコンピュータ読み取り可能な少なくとも１つの記録媒体を備えている。そして、上記コンピュータにおいて、上記プロセッサが上記プログラムを上記記録媒体から読み取って実行することにより、本発明の目的が達成される。上記プロセッサとしては、例えばＣＰＵ（Central Processing Unit）を用いることができる。上記記録媒体としては、「一時的でない有形の媒体」、例えば、ＲＯＭ（Read Only Memory）等の他、テープ、ディスク、カード、半導体メモリ、プログラマブルな論理回路などを用いることができる。また、上記プログラムを展開するＲＡＭ（Random Access Memory）などをさらに備えていてもよい。また、上記プログラムは、該プログラムを伝送可能な任意の伝送媒体（通信ネットワークや放送波等）を介して上記コンピュータに供給されてもよい。なお、本発明の一態様は、上記プログラムが電子的な伝送によって具現化された、搬送波に埋め込まれたデータ信号の形態でも実現され得る。

【0084】

〔５．その他〕
本発明の一実施形態は、以下のように構成することも可能である。

【0085】

＜１＞被験体における、下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、慢性副鼻腔炎の患者を診断する方法：
上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＦＧＦ２、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、ＶＥＧＦＡ、ＩＴＬＮ１、ＩＬ３２、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＣＬ１８、ＣＸＣＬ１３、およびＳ１００Ａ８からなる遺伝子群。

【0086】

＜２＞更に、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＣＸＣＬ１０、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅ、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＭＡＲＣＯ、ＣＸＣＬ１、およびＳ１００Ａ９からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞に記載の慢性副鼻腔炎の患者を診断する方法。

【0087】

＜３＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、ＴＧＦＢＩ、ＰＯＳＴＮ、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＣＤ７４、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞または＜２＞に記載の慢性副鼻腔炎の患者を診断する方法。

【0088】

また、本発明の別の実施形態は、以下のように構成されてもよい。

【0089】

＜１＞被験体から採取した試料中の、下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法：
上記遺伝子群は、ＬＡＧＬＳ３、ＪＡＫ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＣＤ５３、ＣＬＣ、および、ＴＲＡＦ６からなる遺伝子群。

【0090】

＜２＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ２４、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、および、ＳＭＡＤ３からなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞に記載のデータの取得方法。

【0091】

＜３＞更に、ＧＰＲ９７、ＡＬＯＸ１５、ＡＲＥＧ、ＣＳＦ３、ＣＳＴ１、ＦＧＦ２、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＯＳＴＮ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、および、ＶＥＧＦＡからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞または＜２＞に記載のデータの取得方法。

【0092】

＜４＞更に、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２６、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＩＴＬＮ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、および、ＴＧＦＢＩからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞～＜３＞の何れかに記載のデータの取得方法。

【0093】

＜５＞更に、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＩＬ３２、ＣＤ７４、ＸＢＰ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ3、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ４４、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、Ｓ１００Ａ９、１Ｌ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、Ｓ１００Ａ８、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＣＸＣＬ１、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ2、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞～＜４＞の何れかに記載のデータの取得方法。

【0094】

また、本発明の更に別の実施形態は、以下のように構成されてもよい。

【0095】

＜１＞被験体から採取した試料中の、下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータの取得方法：
上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＬＯＸ１５、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＣＳＴ１、ＦＧＦ２、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＯＳＴＮ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、および、ＶＥＧＦＡからなる遺伝子群。

【0096】

＜２＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ２４、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２６、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＩＴＬＮ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、および、ＴＧＦＢＩからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞に記載のデータの取得方法。

【0097】

＜３＞更に、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＩＬ３２、ＣＤ７４、ＸＢＰ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ４４、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、Ｓ１００Ａ９、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、Ｓ１００Ａ８、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＣＸＣＬ１、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出する検出工程を含む、＜１＞または＜２＞に記載のデータの取得方法。

【0098】

＜４＞下記の遺伝子群に含まれる遺伝子の少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、慢性副鼻腔炎の患者の分類用キット：
上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＬＯＸ１５、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＣＳＴ１、ＦＧＦ２、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＯＳＴＮ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、および、ＶＥＧＦＡからなる遺伝子群。

【0099】

＜５＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ２４、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２６、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＩＴＬＮ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、および、ＴＧＦＢＩからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を備える、＜４＞に記載のキット。

【0100】

＜６＞更に、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＩＬ３２、ＣＤ７４、ＸＢＰ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ４４、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、Ｓ１００Ａ９、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、Ｓ１００Ａ８、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＣＸＣＬ１、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するための物品を含む、＜４＞または＜５＞に記載のキット。

【0101】

＜７＞下記の遺伝子群に含まれる少なくとも３つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイ：
上記遺伝子群は、ＧＰＲ９７、ＡＬＯＸ１５、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＣＳＦ３、ＣＳＴ１、ＦＧＦ２、ＩＧＨＥ、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＧＨＭ、ＩＬ２５、ＩＬ３３、ＩＬ５ＲＡ、ＬＣＰ１、ＭＰＯ、ＰＬＡＴ、ＰＯＳＴＮ、ＰＴＧＤＲ２、ＲＮＡＳＥ３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＴＲＰＶ３、ＴＳＬＰ、および、ＶＥＧＦＡからなる遺伝子群。

【0102】

＜８＞更に、ＣＤ１６４、ＣＤ９、ＬＧＡＬＳ３、ＰＴＫ２、ＴＲＡＦ４、ＣＳＦ１Ｒ、ＩＬ２１Ｒ、ＪＡＫ３、ＴＬＲ９、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＣＲＡＤＤ、ＧＰ１ＢＢ、ＩＲＦ３、ＬＴＢ４Ｒ、ＰＤＣＤ２、Ｃ１Ｒ、Ｃ１Ｓ、ＣＤ５３、ＮＦＡＴＣ３、ＳＴＡＴ５Ｂ、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ１８、ＣＣＬ２４、ＣＤ２０９、ＣＵＬ９、ＭＡＰ４Ｋ４、ＭＸ１、ＳＭＡＤ３、ＴＲＡＦ６、ＢＡＴＦ３、ＣＡＲＤ９、ＣＣＬ２３、ＣＣＬ２６、ＣＣＮＤ３、ＣＤ１Ａ、ＣＤ２７４、ＣＤ３６、ＣＦＩ、ＣＩＳＨ、ＣＬＥＣ４Ａ、ＣＴＳＣ、ＣＴＳＧ、ＤＰＰ４、ＩＬ１３、ＩＬ１８Ｒ１、ＩＴＬＮ１、ＫＩＴ、ＭＢＰ、ＮＯＳ２、ＰＲＫＣＤ、ＰＴＡＦＲ、ＳＯＣＳ１、および、ＴＧＦＢＩからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、＜７＞に記載のアレイ。

【0103】

＜９＞更に、Ｂ２Ｍ、ＰＩＧＲ、ＬＴＦ、ＩＬ３２、ＣＤ７４、ＸＢＰ１、ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＤ５９、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－ＤＲＡ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ８１、ＡＰＰ、ＣＤ４４、ＣＤ９９、ＨＬＡ－Ａ、ＭＣＬ１、ＳＥＲＰＩＮＧ１、ＨＬＡ－ＤＰＢ１、ＣＴＮＮＢ１、ＩＦＩＴＭ１、ＣＤ２４、Ｓ１００Ａ９、ＩＬ６ＳＴ、ＳＴＡＴ３、ＩＴＧＢ１、ＦＮ１、ＣＸＣＲ４、ＮＦＫＢＩＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ１、ＴＡＰＢＰ、ＦＣＧＲＴ、Ｓ１００Ａ８、ＣＦＨ、ＡＨＲ、ＣＴＳＳ、ＣＸＣＬ１、ＳＯＣＳ３、ＭＩＦ、ＣＤ４６、ＰＥＣＡＭ１、ＩＬＦ３、ＣＸＣＬ１２、ＰＴＰＲＣ＿ａｌｌ、ＥＧＲ１、ＬＩＴＡＦ、ＰＤＧＦＲＢ、ＣＸＣＬ２、ＳＴＡＴ２、ＭＵＣ１、ＴＮＦＳＦ１０、ＣＥＢＰＢ、ＴＭＥＭ１７３、ＨＬＡ－ＤＱＡ１、ＡＲＨＧＤＩＢ、ＰＳＭＢ７、ＢＣＬ６、ＰＳＭＤ７、ＳＴＡＴ６、ＢＣＡＰ３１、Ｃ１４ｏｒｆ１６６、ＩＦＮＧＲ１、ＴＧＦＢＲ２、ＣＤ７９Ａ、ＧＰＩ、ＴＣＦ４、ＰＳＭＢ８、ＮＯＴＣＨ２、ＳＫＩ、Ｃ１ＱＢ、ＩＦＩ１６、Ｃ１ＱＢＰ、ＣＳＦ２ＲＢ、ＩＦＮＡＲ２、ＩＬ１３ＲＡ１、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＰＭＬ、ＩＴＧＡ６、ＪＡＫ１、Ｃ３、ＣＤ１４、および、Ｃ４Ａ／Ｂからなる遺伝子群から選択される少なくとも１つ以上の遺伝子の発現を検出するためのプローブを備える、＜７＞または＜８＞に記載のアレイ。

【0104】

＜１０＞
＜７＞～＜９＞の何れか１項に記載の慢性副鼻腔炎の患者の分類用アレイと、
上記プローブに由来するシグナルを検出するスキャナーと、を備えている、慢性副鼻腔炎の患者を分類するためのデータ取得装置。

【実施例0105】

以下、本発明を実施例に基づいて説明する。なお、以下で示す実施例は一例であり、本発明を以下の実施例に限定する意図はない。

【0106】

〔実施例１〕
＜試験方法＞
福井大学耳鼻咽喉科・頭頚部外科、広島大学耳鼻咽喉科・頭頸部外科、筑波大学耳鼻咽喉科・頭頸部外科、松脇クリニック品川において、内視鏡下鼻副鼻腔手術を行った慢性副鼻腔炎患者３００名より鼻茸（鼻腔ポリープ）を採取した。採取した鼻茸の組織内において発現している遺伝子と、その発現量を調査した。

【0107】

病理学的診断を行うために、採取した鼻茸をホルマリンで６～４８時間程度固定し、パラフィンで包埋することによって、ホルマリン固定パラフィン包埋（formalin-fixedparaffin-embedded;ＦＦＰＥ）検体を作製した。作製したＦＦＰＥ検体を、ミクロトームを用いて薄切し、RNeasy FFPE Kit（Qiagen製）を用いて、プロトコルに沿ってＲＮＡを抽出した。抽出したＲＮＡはQubit Fluorometer（Thermo Fisher Scientific製）およびTapeStation 2100（Agilent technology製）にて品質チェックを行い、得られたＲＮＡ濃度、ＲＮＡ分解度において一定値をクリアしたサンプルを後述するnCounter測定ならびに解析に使用した。

【0108】

nCounter（登録商標）Human Immunology V2 Panelと、Panel plus（Nanostrings製）とを用いて、既存の５７９個の遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブと、本発明者が独自に選択した３０個の遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブとが固定化されたアレイを作製した。

【0109】

今回用いたアレイに包含される遺伝子は下記のとおりである。
ABCB1、ABL1、ADA、AHR、AICDA、AIRE、ALOX15、APP、AREG、ARG1、ARG2、ARHGDIB、ATG10、ATG12、ATG16L1、ATG5、ATG7、ATM、B2M、B3GAT1、BATF、BATF3、BAX、BCAP31、BCL10、BCL2、BCL2L11、BCL3、BCL6、BID、BLNK、BST1、BST2、BTK、BTLA、C14orf166、C1QA、C1QB、C1QBP、C1R、C1S、C2、C3、C4A/B、C4BPA、C5、C6、C7、C8A、C8B、C8G、C9、CAMP、CARD9、CASP1、CASP10、CASP2、CASP3、CASP8、CCBP2、CCL11、CCL13、CCL15、CCL16、CCL18、CCL19、CCL2、CCL20、CCL22、CCL23、CCL24、CCL26、CCL3、CCL4、CCL5、CCL7、CCL8、CCND3、CCR1、CCR10、CCR2、CCR5、CCR6、CCR7、CCR8、CCRL1、CCRL2、CD14、CD160、CD163、CD164、CD19、CD1A、CD1D、CD2、CD209、CD22、CD24、CD244、CD247、CD27、CD274、CD276、CD28、CD34、CD36、CD3D、CD3E、CD3EAP、CD4、CD40、CD40LG、CD44、CD45R0、CD45RA、CD45RB、CD46、CD48、CD5、CD53、CD55、CD58、CD59、CD6、CD7、CD70、CD74、CD79A、CD79B、CD80、CD81、CD82、CD83、CD86、CD8A、CD8B、CD9、CD96、CD97、CD99、CDH5、CDKN1A、CEACAM1、CEACAM6、CEACAM8、CEBPB、CFB、CFD、CFH、CFI、CFP、CHUK、CIITA、CISH、CLC、CLEC4A、CLEC4E、CLEC5A、CLEC6A、CLEC7A、CLU、CMKLR1、CR1、CR2、CRADD、CSF1、CSF1R、CSF2、CSF2RB、CSF3、CSF3R、CST1、CTLA4-TM、CTLA4_all、CTNNB1、CTSC、CTSG、CTSS、CUL9、CX3CL1、CX3CR1、CXCL1、CXCL10、CXCL11、CXCL12、CXCL13、CXCL2、CXCL9、CXCR1、CXCR2、CXCR3、CXCR4、CXCR6、CYBB、DEFB1、DEFB103A、DEFB103B、DEFB4A、DPP4、DUSP4、EBI3、EDNRB、EGR1、EGR2、ENTPD1、EOMES、ETS1、FADD、FAS、FCAR、FCER1A、FCER1G、FCGR1A/B、FCGR2A、FCGR2A/C、FCGR2B、FCGR3A/B、FCGRT、FGF2、FKBP5、FN1、FOXP3、FYN、GATA3、GBP1、GBP5、GFI1、GNLY、GP1BB、GPI、GPR183、GPR97、GZMA、GZMB、GZMK、HAMP、HAVCR2、HFE、HLA-A、HLA-B、HLA-C、HLA-DMA、HLA-DMB、HLA-DOB、HLA-DPA1、HLA-DPB1、HLA-DQA1、HLA-DQB1、HLA-DRA、HLA-DRB1、HLA-DRB3、HRAS、ICAM1、ICAM2、ICAM3、ICAM4、ICAM5、ICOS、ICOSLG、IDO1、IFI16、IFI35、IFIH1、IFIT2、IFITM1、IFNA1/13、IFNA2、IFNAR1、IFNAR2、IFNB1、IFNG、IFNGR1、IGF2R、IGHE、IGHG1、IGHG2、IGHG3、IGHG4、IGHM、IKBKAP、IKBKB、IKBKE、IKBKG、IKZF1、IKZF2、IKZF3、IL10、IL10RA、IL11RA、IL12A、IL12B、IL12RB1、IL13、IL13RA1、IL15、IL16、IL17A、IL17B、IL17F、IL18、IL18R1、IL18RAP、IL19、IL1A、IL1B、IL1R1、IL1R2、IL1RAP、IL1RL1、IL1RL2、IL1RN、IL2、IL20、IL21、IL21R、IL22、IL22RA2、IL23A、IL23R、IL25、IL26、IL27、IL28A、IL28A/B、IL29、IL2RA、IL2RB、IL2RG、IL3、IL32、IL33、IL4、IL4R、IL5、IL5RA、IL6、IL6R、IL6ST、IL7、IL7R、IL8、IL9、ILF3、IRAK1、IRAK2、IRAK3、IRAK4、IRF1、IRF3、IRF4、IRF5、IRF7、IRF8、IRGM、ITGA2B、ITGA4、ITGA5、ITGA6、ITGAE、ITGAL、ITGAM、ITGAX、ITGB1、ITGB2、ITLN1、ITLN2、JAK1、JAK2、JAK3、KCNJ2、KIR3DL1、KIR3DL2、KIR3DL3、KIR_Activating_Subgroup_1、KIR_Activating_Subgroup_2、KIR_Inhibiting_Subgroup_1、KIR_Inhibiting_Subgroup_2、KIT、KLRAP1、KLRB1、KLRC1、KLRC2、KLRC3、KLRC4、KLRD1、KLRF1、KLRF2、KLRG1、KLRG2、KLRK1、LAG3、LAIR1、LAMP3、LCK、LCP1、LCP2、LEF1、LGALS3、LIF、LILRA1、LILRA2、LILRA3、LILRA4、LILRA5、LILRA6、LILRB1、LILRB2、LILRB3、LILRB4、LILRB5、LITAF、LTA、LTB4R、LTB4R2、LTBR、LTF、LY96、MAF、MALT1、MAP4K1、MAP4K2、MAP4K4、MAPK1、MAPK11、MAPK14、MAPKAPK2、MARCO、MASP1、MASP2、MBL2、MBP、MCL1、MIF、MME、MPO、MR1、MRC1、MS4A1、MSR1、MUC1、MX1、MYD88、NCAM1、NCF4、NCR1、NFATC1、NFATC2、NFATC3、NFIL3、NFKB1、NFKB2、NFKBIA、NFKBIZ、NLRP3、NOD1、NOD2、NOS2、NOTCH1、NOTCH2、NT5E、PAX5、PDCD1、PDCD1LG2、PDCD2、PDGFB、PDGFRB、PECAM1、PIGR、PLA2G2A、PLA2G2E、PLAT、PLAU、PLAUR、PML、POSTN、POU2F2、PPARG、PPBP、PRDM1、PRF1、PRKCD、PSMB10、PSMB5、PSMB7、PSMB8、PSMB9、PSMC2、PSMD7、PTAFR、PTGDR2、PTGER4、PTGS2、PTK2、PTPN2、PTPN22、PTPN6、PTPRC_all、PYCARD、RAF1、RAG1、RAG2、RARRES3、RELA、RELB、RNASE3、RORC、RUNX1、S100A8、S100A9、S1PR1、SELE、SELL、SELPLG、SERPINB3、SERPINE1、SERPING1、SH2D1A、SIGIRR、SIGLEC8、SKI、SLAMF1、SLAMF6、SLAMF7、SLC2A1、SMAD3、SMAD5、SOCS1、SOCS3、SPP1、SRC、STAT1、STAT2、STAT3、STAT4、STAT5A、STAT5B、STAT6、SYK、TAGAP、TAL1、TAP1、TAP2、TAPBP、TBK1、TBX21、TCF4、TCF7、TFRC、TGFB1、TGFBI、TGFBR1、TGFBR2、THY1、TICAM1、TIGIT、TIRAP、TLR1、TLR2、TLR3、TLR4、TLR5、TLR7、TLR8、TLR9、TMEM173、TNF、TNFAIP3、TNFAIP6、TNFRSF10C、TNFRSF11A、TNFRSF13B、TNFRSF13C、TNFRSF14、TNFRSF17、TNFRSF1B、TNFRSF25、TNFRSF4、TNFRSF6B、TNFRSF8、TNFRSF9、TNFSF10、TNFSF11、TNFSF12、TNFSF13B、TNFSF15、TNFSF4、TNFSF8、TOLLIP、TP53、TRAF1、TRAF2、TRAF3、TRAF4、TRAF5、TRAF6、TRPV3、TSLP、TYK2、UBE2L3、VCAM1、VEGFA、VTN、XBP1、XCL1、XCR1、ZAP70、ZBTB16、ZEB1、sCTLA4。

【0110】

プロトコルに沿って、上記アレイに固定化されたプローブに、抽出したＲＮＡをハイブリダイズさせた。その後、nCounter（登録商標）MAX Analysis System（Nanostrings製）を用いて鼻茸組織中の遺伝子発現量を測定した。測定したデータはnSolver^TMData Analysis（Nanostrings製）を用いて、慢性副鼻腔炎の表現型（好酸球性副鼻腔炎、非好酸球性副鼻腔炎）と、遺伝子発現との関連性を解析した。

【0111】

＜試験結果＞
解析は遺伝子の発現に基づいて主成分分析（ＰＣＡ）の手法を用いて行った。図１に、解析結果を示す。図１の縦軸はＰＣ１（クラスター分類に最も貢献した要素）を、横軸はＰＣ２（ＰＣ１に次いでクラスター分類に貢献した要素）を意味する。ＰＣはそれぞれ、解析結果に寄与（貢献）している部分の大きいＰＣから順番に、ＰＣ１、ＰＣ２、ＰＣ３・・・と機械学習的に振り分けされる。つまり、ＰＣ１とＰＣ２とで構成される平面図が、各クラスターを説明するための情報量が最も多いと言える。それぞれのＰＣは、複雑な項目の組み合わせで形成されている。図１は、各患者における６０９個の遺伝子の発現量に基づいて、高次元で構成される遺伝子の組み合わせにより生じた患者間の差異を認識しやすいように２次元に圧縮し、各患者を平面上にプロットした図面である。得られた結果より、本試験の患者は、５つのクラスターに分類可能であることが分かった。

【0112】

図２に、各クラスターにおいて高発現している主要な遺伝子を記載する。なお、図２中、ｎｏｎ－ＥＣＲＳは非好酸球性副鼻腔炎を、ＥＣＲＳは好酸球性副鼻腔炎を意味する。また、右端の「ＣＴｓｃｏｒｅ Ｔｉｓｓｕｅ Ｅｏ」は、各クラスターの患者における症状の程度について、臨床評価項目として汎用されているLund-MackayＣＴスコアと、組織中の好酸球スコアとの相対的な数値量を示す図形である。当該数値量は、クラスター１が最も低く、クラスター５が最も高かった。

【0113】

図３は、測定された遺伝子の発現量のうち、第１の遺伝子群の遺伝子に関するものをプロットしたグラフである。図３の縦軸は、各遺伝子の発現量をｌｏｇ２対数で表した数値である。図３の横軸は、遺伝子の種類を意味する。なお、図３中、１つの遺伝子に関するデータが、縦軸に対して略平行な一直線上に並んでいる。図３において、遺伝子のプロット順は、右上から左下に、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ４、ＡＬＯＸ１５、ＩＧＨＭ、ＰＯＳＴＮ、ＰＬＡＴ、ＩＬ３３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＳＥＲＰＩＮＥ１、ＶＥＧＦＡ、ＬＣＰ１、ＣＳＴ１、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ、ＦＧＦ２、ＩＬ５ＲＡ、ＩＧＨＥ、ＡＲＥＧ、ＣＬＣ、ＴＳＬＰ、ＧＰＲ９７、ＩＬ２５、ＲＡＮＳＥ３、ＰＴＧＤＲ２、ＳＩＧＬＥＣ８、ＴＲＰＶ３、ＭＰＯ、ＣＳＦ３である。図３において、縦方向の距離が離れているほど、クラスター間で発現量に差異があった遺伝子である。

【0114】

図３から、好酸球性副鼻腔炎の患者から採取した鼻茸組織における、第１の遺伝子群の遺伝子の発現量について、各クラスター間において明確な差異があることが明らかになった。

【0115】

上記の結果より、慢性副鼻腔炎の種類を遺伝子の発現量に基づいた解析によって、より正確に分類できることが示された。

【0116】

上記解析結果を基に、それぞれの遺伝子発現量の差異に応じて慢性副鼻腔炎の患者を複数のクラスターに分類した。以下に、分類した５つのクラスターと副鼻腔炎の分類との、遺伝子発現量の関連性について記載する。

【0117】

クラスター１
分類：非好酸球性副鼻腔炎
臨床的特徴：好酸球浸潤が少ない、合併症はまれ、予後良好
新規遺伝子の発現量の特徴：ＰＬＡＴ、ＩＬ３３、ＳＥＲＰＩＮＢがいずれも高発現である。それ以外の遺伝子は比較的低発現である。
既知遺伝子の発現量の特徴：ＩｇＥ,ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－１３、ＴＳＬＰ、ＩＬ１７、ＩＬ－２２、ＩＦＮ－γはいずれも低発現である。

【0118】

クラスター２
分類：好酸球性副鼻腔炎（予後良好型）
臨床的特徴：好酸球浸潤が多い、合併症は中等度、予後良好
既知遺伝子の発現量の特徴：ＩｇＥ、ＩＬ－５、ＩＬ－８、ＭＰＯ、ＴＳＬＰがいずれも高発現である。
新規遺伝子発現量の特徴：ＰＬＡＴ、ＩＬ３３、ＬＣＰ１、ＶＥＧＦＡ、ＣＳＦ３、ＴＳＬＰ、ＭＰＯが高発現である。一方でＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４は低発現である。

【0119】

クラスター３
分類：好酸球性副鼻腔炎（炎症過多型）
臨床的特徴：患者は比較的女性が多い、好酸球浸潤が多い、合併症が多い、予後不良
既知遺伝子の発現量の特徴：ＩＬ－５、ＩＬ－４、ＩＬ－１３、ＴＳＬＰ、ＩＦＮ－γがいずれも高発現である。ただし、ＡＬＯＸ１５は低発現である。
新規遺伝子発現量の特徴：ＩＧＨＧ１、ＩＧＨＧ２、ＩＧＨＧ３、ＩＧＨＧ４、ＩＬ－２４、ＲＡＮＳＥ３、ＭＰＯがいずれも高発現である。一方で、ＴＳＬＰ等は低発現である。

【0120】

クラスター４
分類：好酸球性副鼻腔炎（古典型）
臨床的特徴：好酸球浸潤が多い、合併症が多い、予後不良
既知遺伝子の発現量の特徴：ＩＬ－５、ＰＯＳＴＮ、ＡＬＯＸ１５が高発現である。ただし、ＩＬ－４、ＩＬ－１３は低発現である。
新規遺伝子発現量の特徴：ＩＧＨＧ１、ＬＣＰ１、ＣＬＣ、ＳＩＧＬＥＣ８がいずれも高発現である。一方で、ＰＬＡＴ、ＴＲＰＶ３、ＣＳＦ３は低発現である。

【0121】

クラスター５
分類：好酸球性副鼻腔炎（with Type3炎症型）
臨床的特徴：患者は高齢男性が多い、好酸球浸潤が多い、合併症は中等度、予後不良
既知遺伝子の発現量の特徴：ＩｇＥ、ＴＧＦβ、ＩＬ－５、ＩＬ－４／ＩＬ－１３が高発現であることに加え、ＩＬ－１７/ＩＬ－２２が高発現である。
新規遺伝子発現量の特徴：ＩＧＨＧ２、ＧＰＲ９７、ＴＮＦＲＳＦ２５、ＲＡＮＳＥ３がいずれも高発現である。一方で、ＩＬ３３、ＳＥＲＰＩＮＢ３、ＬＣＰ１、ＦＧＦ２、ＴＲＰＶ３、ＣＳＦ３は低発現である。

【0122】

上記より、クラスターごとに患者の特徴（例えば、性別、または年齢）が分かれることを確認できた。また、これらのクラスターの分類結果と当該患者の臨床的特徴とについて照らし合わせたところ、分類と臨床的特徴が一致しており、相違ないことが分かった。また、一部ではこれまでに明確な分類がされなかった領域についても分類ができることが示された。

【0123】

上記のクラスター分類に基づいて、慢性副鼻腔炎の分類に応じた抗モノクローナル抗体薬を投与することで、治療を行うことができる。

【0124】

〔実施例２〕
＜試験方法＞
福井大学耳鼻咽喉科・頭頚部外科、広島大学耳鼻咽喉科・頭頸部外科、筑波大学耳鼻咽喉科・頭頸部外科、松脇クリニック品川において、内視鏡下鼻副鼻腔手術を行った慢性副鼻腔炎患者４３４名より鼻茸（鼻腔ポリープ）を採取した。採取した鼻茸のうち、２５３例について組織内において発現している遺伝子と、その発現量を調査した。

【0125】

採取した鼻茸から、実施例１と同様にしてＦＦＰＥ検体を作製し、ＲＮＡを抽出した。抽出したＲＮＡはQubit Fluorometer（Thermo Fisher Scientific製）およびTapeStation 4200（Agilent technology製）にて品質チェックを行い、ＲＮＡ濃度、ＲＮＡ分解度において一定値をクリアしたサンプルを後述するnCounter測定ならびに解析に使用した。

【0126】

各サンプルをnCounter用に調製するために、Reagent packハイブリダイゼーションを行った。nCounter（登録商標）Human Immunology V2 Panel（５９４遺伝子）と、本発明者が独自に選択した３０個の遺伝子を用いて、ｍＲＮＡのデジタルカウントによる発現測定を行った。なお、５９４遺伝子のうち１５遺伝子は、どの検体においても変化がないとされるhousekeeping遺伝子と呼ばれる遺伝子である。得られた測定値について、nSolverソフトウェア（nanostrings社製）によってデータを形成し、外部に出力した。さらに、出力したデータについて、統計ソフトウェア「Ｒ」を用いて解析を行った。

【0127】

＜試験結果＞
解析は遺伝子の発現に基づいて、ウォード法の手法を用いて行った。図４に解析結果を示す。図４の縦軸は、tsne1（クラスター分類に最も貢献した要素）を、横軸はtsne2（tsne1に次いでクラスター分類に貢献した要素）を意味する。図４は、６２４遺伝子について、高次元で構成される遺伝子の組み合わせにより生じた患者間の差異を認識しやすいように２次元に圧縮し、各患者を平面上にプロットした図面である。得られた解析結果より、本試験の患者は９つのクラスターに分類可能であることが分かった。

【0128】

図５に、各クラスターにおける患者の条件、症状、再発率を記載する。また、分類した９つのクラスターと副鼻腔炎の分類との、遺伝子発現量の関連性について以下に記載する。

【0129】

クラスター１
臨床的特徴：Non-ECRS（非好酸球性副鼻腔炎）が患者の半数を占めており、予後不良。患者は女性が多い。
遺伝子の発現量の特徴：ＣＸＣＬ１０が高発現である。一方、ＩＴＬＮ１、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＡＬＯＸ１５は低発現である。

【0130】

クラスター２
臨床的特徴：Severe-ECRS（重症好酸球性副鼻腔炎）が患者の多くを占めるが予後良好。合併症は喘息（特にアスピリン喘息）が多く、患者の血中および組織中の好酸球数が多い。患者は男性が多い。
遺伝子の発現量の特徴：ＩＬ３２、ＩＧＨＥ、ＩＬ６、ＣＣＬ４が高発現である。一方、ＰＬＡ２Ｇ２Ａは低発現である。

【0131】

クラスター３
臨床的特徴：ECRS（好酸球性副鼻腔炎）の患者とNon-ECRSの患者の人数比は約７：３であるが、再発率は比較的低く、予後良好である。患者の性差はほとんどない。
遺伝子の発現量の特徴：ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａ、ＴＮＦＳＦ１３Ｅが高発現である。一方、ＰＬＡ２Ｇ２Ａは低発現である。

【0132】

クラスター４
臨床的特徴：合併症の喘息を発症した患者が見られなかったクラスター。患者は女性が多い。Mild-ECRS（軽症好酸球性副鼻腔炎）の患者の割合が高い。
遺伝子の発現量の特徴：ＨＬＡ－ＤＲＢ３、ＣＤ４４、ＴＧＦＢ１、ＸＢＰ１が高発現である。一方、ＣＣＬ１８は低発現である。

【0133】

クラスター５
臨床的特徴：予後不良であり、Severe-ECRSおよびMild-ECRSの患者が多い。合併症の喘息を発症した患者が多い。また、患者の血中および組織中において、好酸球数が多い。
遺伝子の発現量の特徴：ＣＳＴ１が高発現である。一方、ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＣＫＣＬ１３、ＩＬ３２、ＣＸＣＬ９は低発現である。

【0134】

クラスター６
臨床的特徴：Non-ECRSの患者が半数を占める。患者の組織中・血中の好酸球数が低い。
遺伝子の発現量の特徴：ＣＣＬ１８、ＣＣＬ１３、ＣＣＬ２４、ＣＣＬ２６、ＭＡＲＣＯが低発現である。

【0135】

クラスター７
臨床的特徴：Lund-Mackay Score（副鼻腔ＣＴスコア）が高い、合併症が多い、早期から予後不良の傾向にある。
遺伝子の発現量の特徴：ＣＸＣＬ１３、Ｓ１００Ａ８、ＣＲ２、ＩＬ９、ＣＬＥＣ６Ａが低発現である。

【0136】

クラスター８
臨床的特徴：患者は男性が多く、年齢が低い傾向にある。Severe-ECRSおよびModerate-ECRS（中等好酸球性副鼻腔炎）の患者が多い。
遺伝子の発現量の特徴：ＰＬＡ２Ｇ２Ａ、ＣＣＬ２６、ＩＨＧＨ２、ＩＧＨＥ、ＣＲ２が低発現である。

【0137】

クラスター９
臨床的特徴：予後は比較的良好、Non-ECRSの患者が半数を占める。
遺伝子の発現量の特徴：ＣＸＣＬ１０が高発現である。一方、ＩＴＬＮ１、ＣＣＬ２６、ＣＳＴ１、ＡＬＯＸ１５は低発現である。

【0138】

上記より、クラスターごとに臨床的特徴が分かれることを確認できた。また、これらのクラスターの分類結果と当該患者の臨床的特徴とについて照らし合わせたところ、分類と臨床的特徴が一致しており、相違ないことが分かった。また、一部ではこれまでに明確な分類がされなかった領域についても分類ができることが示された。

【0139】

具体的には、これらのクラスターのうち、クラスター２、５、７は合併症が多く、重症の患者が多かった。一方で、クラスター２はクラスター５および７と比べて、症状が再発した患者が有意に少なかった。したがって、特定の遺伝子発現パターンを示す患者は、重症であったとしても再発する可能性が少ないことが分かった。

【産業上の利用可能性】

【0140】

本発明は、慢性副鼻腔炎の患者を分類、および診断するために利用することができる。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】