特開 2022-65021 細菌における抗微生物剤耐性を検出するための組成物、方法、システムおよび／またはキット

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公開特許公報(A)

(11)【公開番号】P2022065021

(43)【公開日】2022-04-26

(54)【発明の名称】細菌における抗微生物剤耐性を検出するための組成物、方法、システムおよび／またはキット

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/34 20060101AFI20220419BHJP

   C12Q 1/04 20060101ALI20220419BHJP

   C12M 1/34 20060101ALI20220419BHJP

   C12N 1/20 20060101ALN20220419BHJP

   C12N 9/99 20060101ALN20220419BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/34

C12Q1/04

C12M1/34 D

C12M1/34 E

C12N1/20 A

C12N9/99

【審査請求】有

【請求項の数】17

【出願形態】ＯＬ

(21)【出願番号】P 2022017128

(22)【出願日】2022-02-07

(62)【分割の表示】P 2018567784の分割

【原出願日】2017-06-26

(31)【優先権主張番号】62/466,987

(32)【優先日】2017-03-03

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】62/443,590

(32)【優先日】2017-01-06

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(31)【優先権主張番号】62/355,169

(32)【優先日】2016-06-27

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(71)【出願人】

【識別番号】595117091

【氏名又は名称】ベクトン・ディキンソン・アンド・カンパニー

【氏名又は名称原語表記】ＢＥＣＴＯＮ， ＤＩＣＫＩＮＳＯＮ ＡＮＤ ＣＯＭＰＡＮＹ

【住所又は居所原語表記】１ ＢＥＣＴＯＮ ＤＲＩＶＥ， ＦＲＡＮＫＬＩＮ ＬＡＫＥＳ， ＮＥＷ ＪＥＲＳＥＹ ０７４１７－１８８０， ＵＮＩＴＥＤ ＳＴＡＴＥＳ ＯＦ ＡＭＥＲＩＣＡ

(74)【代理人】

【識別番号】110001243

【氏名又は名称】特許業務法人 谷・阿部特許事務所

(72)【発明者】

【氏名】ウィリアム ビー．ブラッソ

(72)【発明者】

【氏名】デイビッド ジェイ．ターナー

(72)【発明者】

【氏名】スーザン エム．キルヒャー

(72)【発明者】

【氏名】ファーティマ アルラシディ－ブルックス

(57)【要約】      （修正有）

【課題】カルバペネマーゼ産生グラム陰性細菌の検出及び／又は同定のための組成物、方法、システム及び／又はキットを提供する。
【解決手段】腸内細菌を含むサンプルを提供するステップと、試験サンプル中の腸内細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも５つの試験組成物に適用するステップであって、複数の少なくとも５つの試験組成物のそれぞれは、増殖培地及び抗生物質を含み、少なくとも５つの試験組成物のうち少なくとも１つは、カルバペネマーゼ阻害剤をさらに含むステップと、腸内細菌によって発現されたアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定し、且つ、腸内細菌によって発現されたアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定するステップとを含む、１つ又は複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを判定、且つ、同定する方法である。
【選択図】図１

【特許請求の範囲】

【請求項1】

腸内細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定し、且つ、腸内細菌によって発現された前記１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定するための方法であって、
前記腸内細菌を含むサンプルを提供するステップと、
試験サンプル中の前記腸内細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも５つの試験組成物に適用するステップであって、前記複数の少なくとも５つの試験組成物のそれぞれは、増殖培地および抗生物質を含み、前記少なくとも５つの試験組成物のうち少なくとも１つは、少なくとも１つのカルバペネマーゼ阻害剤をさらに含むステップと、
前記持続期間後における前記複数の少なくとも５つの試験組成物のそれぞれにおける前記腸内細菌の増殖の存在または阻害を検出することによって、前記腸内細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定し、且つ、腸内細菌によって発現された前記１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定するステップと、を含む方法：
第１の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のメロペネム、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、またはそれらからなる、
第２の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、６μｇ／ｍｌから１２８μｇ／ｍｌである第１の濃度のテモシリン、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、またはそれらからなる、
第３の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のドリペネム、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、またはそれらからなる、
第４の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のメロペネム、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、またはそれらからなる、
第５の試験組成物中の前記抗生物質は、第２の濃度のドリペネムを含む、またはそれからなる。

【請求項2】

第１の試験組成物における増殖の存在を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの存在を判定するステップ、
第１の試験組成物における増殖の阻害を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの非存在を判定するステップ、
を、更に含む請求項１に記載の方法。

【請求項3】

以下のことを検出することによって、腸内細菌によって発現された前記１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＤであることを判定するステップを含む請求項１に記載の方法：
第１の試験組成物における増殖の存在、および、
第２の試験組成物における増殖の存在。

【請求項4】

以下のことを検出することによって、腸内細菌によって発現された前記１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＡであることを判定するステップを含む請求項１に記載の方法：
第１の試験組成物における増殖の存在、
第２の試験組成物における増殖の阻害、
第３の試験組成物における増殖の存在、および、
第４の試験組成物における増殖の阻害。

【請求項5】

以下のことを検出することによって、腸内細菌によって発現された前記１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＢであることを判定するステップを含む請求項１記載の方法：
第１の試験組成物における増殖の存在、
第２の試験組成物における増殖の阻害、
第３の試験組成物における増殖の阻害、および、
第５の試験組成物における増殖の存在。

【請求項6】

以下のことを検出することによって、腸内細菌によって発現された前記１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＤであることを判定するステップを含む請求項１に記載の方法：
第１の試験組成物における増殖の存在、
第２の試験組成物における増殖の阻害、
第３の試験組成物における増殖の阻害、および、
第５の試験組成物における増殖の阻害。

【請求項7】

以下のことを検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定する（ここで、アンブラークラスは同定しない）ステップを含む請求項１に記載の方法：
第１の試験組成物における増殖の存在、
第２の試験組成物における増殖の阻害、
第３の試験組成物における増殖の存在、および、
第４の試験組成物における増殖の存在。

【請求項8】

前記アンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤は、バボルバクタム（ＲＰＸ－７００９）、アビバクタム、クラブラン酸、ボロン酸、タゾバクタム、スルバクタム、およびＢＬＩ－４８９からなる群から選択される化合物を含む請求項１～７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項9】

前記第１の濃度のメロペネムと組み合わせた前記アンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤は、バボルバクタム（ＲＰＸ－７００９）を含む請求項１～８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項10】

前記アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤は、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ジピコリン酸およびデフェロキサミンからなる群から選択される化合物を含む請求項１～９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項11】

前記第１の濃度のテモシリンおよび／または前記第１の濃度のドリペネムと組み合わせた前記アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＥＤＴＡを含む請求項１～１０のいずれか一項に記載の方法。

【請求項12】

前記アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤は、クロキサシリン、ジクロキサシリンおよびフルクロキサシリンからなる群から選択される化合物を含む請求項１～１１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項13】

前記アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤は、クロキサシリンを含む請求項１～１２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項14】

第１の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、メロペネム、およびクロキサシリンを含み、
第２の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、テモシリン、およびＥＤＴＡを含み、
第３の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のドリペネム、クロキサシリン、およびＥＤＴＡを含み、
第４の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、メロペネム、クロキサシリン、およびバボルバクタム（ＲＰＸ－７００９）を含み、及び、
第５の試験組成物中の前記抗生物質は、第２の濃度のドリペネムを含む、請求項１～１３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項15】

第１の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、 ０．０６μｇ／ｍｌのメロペネム、および０．１ｍｇ／ｍｌのクロキサシリンを含み、
第２の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、６４μｇ／ｍｌのテモシリン、および２５０μｇ／ｍｌのＥＤＴＡを含み、
第３の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、０．０６μｇ／ｍｌのドリペネム、０．１ｍｇ／ｍｌのクロキサシリン、および２５０μｇ／ｍｌのＥＤＴＡを含み、
第４の試験組成物中の前記抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、０．０６μｇ／ｍｌのメロペネム、０．１ｍｇ／ｍｌのクロキサシリン、および８μｇ／ｍｌのバボルバクタム（ＲＰＸ－７００９）を含み、
第５の試験組成物中の前記抗生物質は、０．１２５μｇ／ｍｌのドリペネムを含む、請求項１４に記載の方法。

【請求項16】

腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定するためのキットであって、複数の区画を有する基板またはパネルを含み、前記複数の区画のそれぞれは、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法に記載の試験組成物を含むキット。

【請求項17】

請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法を実行するための自動システムであって、
複数の区画であって、前記複数の前記区画のそれぞれは、請求項１～１５のいずれかの方法に記載の試験組成物を含む複数の区画と、
前記複数の区画に、腸内細菌を含むサンプルを供給するための手段と、
前記腸内細菌が供給された前記複数の区画から、第１のシグナルを得るための機器と、
前記腸内細菌が供給された前記複数の区画を、持続期間にわたりインキュベートするためのインキュベーターと、
腸内細菌を含む前記複数の区画から、第２のシグナルを得るための機器と、
前記第１のシグナルおよび第２のシグナルを比較することによって、前記腸内細菌が供給された前記複数の区画における増殖の存在または阻害を検出するための検出器と、
前記検出器からの結果のアウトプットを生成するためのコンピューターと、
前記結果のアウトプットを解釈するためのアナライザーと
を備えた自動システム。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本開示は、一般的に、薬物に対する耐性を付与する酵素を用いた細菌の検出のための組成物、方法、システムおよび／またはキットを含む検出試験に関する。本開示のある特定の実施形態は、カルバペネマーゼ産生グラム陰性細菌の検出および／または同定のための組成物、方法、システムおよび／またはキットを含む検出試験に関する。

【背景技術】

【0002】

カルバペネマーゼ産生グラム陰性細菌は、これらの病原体に対して使用するための次世代の抗生物質として利用可能な選択肢がわずかしかないことから、世界的に公衆衛生上主要かつ深刻な脅威となっている。製薬会社は現在、パイプライン上にある多数の新しい抗生物質をターゲットにしているが、これらの細菌が獲得し得るカルバペネマーゼ酵素のタイプ（クラス）の全てにわたり適用範囲を有するものはない。

【0003】

カルバペネマーゼ産生の正確な検出、およびβ－ラクタマーゼクラスの識別は、抗微生物剤療法、疫学および感染制御手段の決定にとって重要である。

【先行技術文献】

【特許文献】

【0004】

【特許文献1】米国特許第５９２２５９３号明細書

【特許文献2】米国特許第６０９６２７２号明細書

【特許文献3】米国特許第６３７２４８５号明細書

【特許文献4】米国特許第７１１５３８４号明細書

【特許文献5】米国特許第９３０４１４１号明細書

【特許文献6】米国特許出願公開第２００９／０１４２７９６号明細書

【発明の概要】

【0005】

一実施形態は、腸内細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するための方法であって、腸内細菌を含むサンプルを提供するステップと、試験サンプル中の腸内細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも４つの試験組成物に適用するステップであって、複数の少なくとも４つの試験組成物のそれぞれは、増殖培地および抗生物質を含み、少なくとも４つの試験組成物のうち少なくとも１つは、少なくとも１つのカルバペネマーゼ阻害剤をさらに含むステップと、持続期間後における複数の少なくとも４つの試験組成物のそれぞれにおける腸内細菌の増殖の存在または阻害を検出することによって、腸内細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するステップと、を含む方法を包含する。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭ、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラーＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質は、第２の濃度のＤＯＲを含む、それからなる、またはそれから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭおよびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＤであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭ、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第３の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる、増殖の阻害と、を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＡであることを判定するステップを包含していてもよい。

【0006】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、抗生物質として第１の濃度のＴＥＭを含み、それらからなり、またはそれらから本質的になり、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤をさらに含む増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、並びに第４の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質は、第２の濃度のＤＯＲを含む、それからなる、またはそれから本質的になる増殖の存在とを検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＢであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭ、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、並びに第４の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質は、第２の濃度のＤＯＲを含む、それからなる、またはそれから本質的になる増殖の阻害と、を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＤであることを判定するステップを包含していてもよい。

【0007】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するステップを包含していてもよく、ここでアンブラークラスは同定されないが、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭ、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに複数の少なくとも４つの試験組成物のうち第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、抗生物質として第１の濃度のＭＥＭを含み、それらからなり、またはそれらから本質的になり、さらにアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、増殖の存在と、を検出することによって判定される。

【0008】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭ、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの存在を判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第３の濃度のＭＥＭ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭ、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、複数の少なくとも４つの試験組成物のうち第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第５の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＭＥＭ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定することに関して回答が得られないことを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＴＥＭ、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第５の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＭＥＭ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在とを検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの存在を判定するステップを包含していてもよい。

【0009】

一実施形態は、腸内細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するための方法であって、腸内細菌を含むサンプルを提供するステップと、試験サンプル中の腸内細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも４つの試験組成物に適用するステップであって、複数の少なくとも４つの試験組成物のそれぞれは、増殖培地および抗生物質を含み、少なくとも４つの試験組成物のうち少なくとも１つは、少なくとも１つのカルバペネマーゼ阻害剤をさらに含むステップと、持続期間後における複数の少なくとも４つの試験組成物のそれぞれにおける腸内細菌の増殖の存在または阻害を検出することによって、腸内細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するステップと、を含む方法を包含する。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラーＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第２の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラーＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第２の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＡであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第２の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＢであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在を検出すること、並びに第３の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＡであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第４の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害とを検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＤであることを判定するステップを包含していてもよい。

【0010】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第４の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在とを検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの存在を判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第４の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在とを検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定することに関して回答が得られないことを判定するステップを包含していてもよい。

【0011】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、試験サンプル中の腸内細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも５つの試験組成物に適用するステップを包含していてもよく、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭおよびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭおよびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの存在を判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第１の濃度のＭＥＭおよびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害を検出することによって、腸内細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの非存在を判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、非発酵性細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定するための方法を包含していてもよく、本方法は、非発酵性細菌を含むサンプルを提供するステップと、試験サンプル中の非発酵性細菌を、持続期間にわたり、増殖培地および抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤を含む試験組成物に適用するステップと、持続期間後における試験組成物中の非発酵性細菌の増殖の存在または阻害を検出することによって、非発酵性細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するステップと、を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲおよびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの存在を判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの非存在を判定するステップを包含していてもよい。

【0012】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、非発酵性細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するための方法をさらに包含していてもよく、方法は、非発酵性細菌を含むサンプルを提供するステップと、試験サンプル中の非発酵性細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも３つの試験組成物に適用するステップであって、複数の少なくとも３つの試験組成物のそれぞれは、増殖培地および抗生物質を含み、少なくとも３つの試験組成物のうち少なくとも１つは、少なくとも１つのカルバペネマーゼ阻害剤をさらに含むステップと、持続期間後における複数の少なくとも３つの試験組成物のそれぞれにおける非発酵性細菌の増殖の存在または阻害を検出することによって、非発酵性細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するステップとを含む。

【0013】

一実施形態は、非発酵性細菌によって発現されたゼロ、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するための方法であって、非発酵性細菌を含むサンプルを提供するステップと、試験サンプル中の非発酵性細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも３つの試験組成物に適用するステップであって、複数の少なくとも３つの試験組成物のそれぞれは、増殖培地および抗生物質を含み、少なくとも３つの試験組成物のうち少なくとも１つは、少なくとも１つのカルバペネマーゼ阻害剤をさらに含むステップと、持続期間後における複数の少なくとも３つの試験組成物のそれぞれにおける非発酵性細菌の増殖の存在または阻害を検出することによって、非発酵性細菌によって発現されたゼロ、１つまたはさらなる１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼの存在を判定するステップと、を含む方法を包含する。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第５の濃度のＤＯＲ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼをクラスＢとして判定することを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第２の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼをクラスＤとして判定することを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、および第３の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第５の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害とを検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼをクラスＡとして判定することを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第５の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在とを検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスＡ、ＢまたはＤのカルバペネマーゼの存在を判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第４の濃度のＤＯＲ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼが、クラスＡ、Ｂ、またはＤのいずれかであることを判定するステップを包含していてもよい。

【0014】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる、増殖の存在と、および第２の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＤであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第３の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＤＯＲ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＢであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、第３の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＤＯＲ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定することに関して回答が得られないことを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害と、並びに第３の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＤＯＲ、およびアンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる、増殖の阻害と、を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼが、クラスＡ、Ｂ、またはＤのいずれかであることを判定するステップを包含していてもよい。

【0015】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、試験サンプル中の非発酵性細菌を、持続期間にわたり、複数の少なくとも４つの試験組成物に適用するステップを包含していてもよく、少なくとも１つの試験組成物中の抗生物質およびカルバペネマーゼ阻害剤は、第５の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、並びに第４の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第５の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、を検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼが、クラスＡ、Ｂ、またはＤのいずれかであることを判定するステップを包含していてもよい。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、第１の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第３の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第２の試験組成物における増殖の存在であって、抗生物質および阻害剤は、第４の濃度のＭＥＭ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の存在と、第４の試験組成物における増殖の阻害であって、抗生物質および阻害剤は、第５の濃度のＤＯＲ、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤、およびアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる増殖の阻害とを検出することによって、非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼがクラスＡであることを判定するステップを包含していてもよい。

【0016】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、本方法は、サンプル中の細菌が、腸内、非発酵性、またはその両方であるかどうかを判定するステップをさらに包含していてもよい。

【0017】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＴＥＭの第１の濃度は、約６μｇ／ｍｌから約１２８μｇ／ｍｌ、約３２μｇ／ｍｌから約１２８μｇ／ｍｌ、約３２μｇ／ｍｌから約８０μｇ／ｍｌ、または約６４μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＤＯＲの第１の濃度、約０．００６μｇ／ｍｌから約０．７５μｇ／ｍｌ、約０．０３１２５μｇ／ｍｌから約０．１μｇ／ｍｌ、または約０．０６２５μｇ／ｍｌまたは約０．０６μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＤＯＲの第２の濃度、約０．０１２５μｇ／ｍｌから約２μｇ／ｍｌ、０．０６２５μｇ／ｍｌから約０．２５μｇ／ｍｌ、または約０．１２５μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＤＯＲの第３の濃度、約０．１μｇ／ｍｌから約４００μｇ／ｍｌ、約０．５μｇ／ｍｌから約３μｇ／ｍｌ、または約１μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＤＯＲの第４の濃度、約０．２μｇ／ｍｌから約４０μｇ／ｍｌ、約０．５μｇ／ｍｌから約４μｇ／ｍｌ、または約２μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＤＯＲの第５の濃度、約０．０３１２５μｇ／ｍｌから約８０μｇ／ｍｌ、約２μｇ／ｍｌから約２４μｇ／ｍｌ、または約８μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＭＥＭの第１の濃度、０．０３１２５μｇ／ｍｌから１μｇ／ｍｌ、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌ、０．０１５６２５μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌ、約０．００６μｇ／ｍｌから約０．６０μｇ／ｍｌ、約０．０１５μｇ／ｍｌから約０．２４μｇ／ｍｌ、約０．０３μｇ／ｍｌから約０．２５μｇ／ｍｌ、約０．０３μｇ／ｍｌから約０．２μｇ／ｍｌ、約０．０６２５μｇ／ｍｌまたは約０．０６０μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＭＥＭの第２の濃度、約０．０１５６２５μｇ／ｍｌから約０．１２５μｇ／ｍｌ、約０．００３μｇ／ｍｌから約０．３μｇ／ｍｌ、約０．００７５μｇ／ｍｌから約０．１２μｇ／ｍｌ、約０．０１μｇ／ｍｌから約０．１２μｇ／ｍｌ、または約０．０３μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＭＥＭの第３の濃度、約０．０１２５μｇ／ｍｌから約５μｇ／ｍｌ、約０．１２５μｇ／ｍｌから約１μｇ／ｍｌ、または約０．５μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＭＥＭの第４の濃度、約０．４μｇ／ｍｌから約４０μｇ／ｍｌ、約１μｇ／ｍｌから約１６μｇ／ｍｌ、約２μｇ／ｍｌから約８μｇ／ｍｌ、または約４μｇ／ｍｌである。

【0018】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、アンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＡＶＩ、クラブラン酸、ボロン酸、タゾバクタム、スルバクタム、バボルバクタム（ＲＰＸ－７００９）およびＢＬＩ－４８９からなる群から選択される化合物を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤は、金属キレート化剤である。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、アンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＥＤＴＡ、ＤＰＡおよびデフェロキサミンからなる群から選択される化合物を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＣＬＯＸ、ジクロキサシリンおよびフルクロキサシリンからなる群から選択される化合物を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、アンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤は、バボルバクタム（ＲＰＸ－７００９）、ＡＶＩ、クラブラン酸、ボロン酸、タゾバクタム、スルバクタム、およびＢＬＩ－４８９からなる群から選択される化合物を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、アンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＢＬＩ、ＡＶＩ、クラブラン酸、ボロン酸、タゾバクタム、スルバクタム、バボルバクタムおよび（ＲＰＸ－７００９）からなる群から選択される化合物を含む。

【0019】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、第１の濃度のＴＥＭおよび／または第１の濃度のＤＯＲと組み合わせたアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＥＤＴＡを含む、それからなる、またはそれから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、アンブラークラスＣのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＣＬＯＸを含む、それからなる、またはそれから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、第１の濃度のＭＥＭおよび／または第２の濃度のＭＥＭと組み合わせたアンブラークラスＡのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＲＰＸを含む、それからなる、またはそれから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、第１の濃度のＭＥＭおよび／または第３の濃度のＤＯＲと組み合わせたアンブラークラスＢのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＤＰＡを含む、それからなる、またはそれから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、第１の濃度のＤＯＲおよび／または第５の濃度のＤＯＲと組み合わせたアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤は、ＡＶＩを含む、それからなる、またはそれから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、第４の濃度のＭＥＭと組み合わせたアンブラークラスＤのカルバペネマーゼ阻害剤は、第１の濃度のＢＬＩを含む、それからなる、またはそれから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＥＤＴＡの濃度は、約０．０２５ｍｇ／ｍｌから約１０ｍｇ／ｍｌ、約０．０５ｍｇ／ｍｌから約１．２５ｍｇ／ｍｌ、または約０．２５ｍｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＣＬＯＸの濃度は、約０．００２５ｍｇ／ｍｌから約４０ｍｇ／ｍｌ、約０．０２０ｍｇ／ｍｌから約０．５ｍｇ／ｍｌ、または約０．１ｍｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＲＰＸの濃度は、約０．２μｇ／ｍｌから約３２０μｇ／ｍｌ、約１．５μｇ／ｍｌから約４０μｇ／ｍｌ、または約８μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＤＰＡの濃度は、約０．０１８ｍｇ／ｍｌから約１．８ｍｇ／ｍｌ、約０．０７ｍｇ／ｍｌから約０．７３ｍｇ／ｍｌ、または約０．１７８ｍｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＡＶＩの濃度は、約０．１μｇ／ｍｌから約４０μｇ／ｍｌ、約０．５μｇ／ｍｌから約２０μｇ／ｍｌ、または約４μｇ／ｍｌである。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、ＢＬＩの濃度は、約０．１μｇ／ｍｌから約２００μｇ／ｍｌ、約１μｇ／ｍｌから約２５μｇ／ｍｌ、または約５μｇ／ｍｌである。

【0020】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、増殖の存在または阻害を検出するための持続期間は、約２４時間未満、約１８時間未満、約１６未満、または約１４時間未満である。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、腸内細菌の増殖の存在または阻害を検出するための持続期間は、約６時間から約８時間である。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、腸内細菌の増殖の存在または阻害を検出するための持続期間は、約７時間である。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、非発酵性細菌の増殖の存在または阻害を検出するための持続期間は、約８時間から約１１時間である。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、非発酵性細菌の増殖の存在または阻害を検出するための持続期間は、約１０時間である。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、腸内細菌は、肺炎桿菌（Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）、大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）、およびエンテロバクター・アエロゲネス（Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ａｅｒｏｇｅｎｅｓ）からなる群から選択される細菌を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、非発酵性細菌は、緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、およびアシネトバクター・バウマンニ複合株（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ ｂａｕｍａｎｉｉ ｃｏｍｐｌｅｘ）からなる群から選択される細菌を含む。

【0021】

本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、増殖の存在または阻害を検出することは、細胞形態の変化を画像化することによって実行されない。

【0022】

一実施形態は、本明細書で開示された実施形態のいずれかの方法を実行するためのシステムであって、複数の区画であって、複数の区画のそれぞれは、前述の請求項のいずれかの方法に記載の試験組成物を含む複数の区画と、複数の区画に、腸内細菌、非発酵性細菌、またはその両方を含むサンプルを提供するための手段と、腸内細菌、非発酵性細菌、またはその両方が供給された複数の区画から、第１のシグナルを得るための機器と、腸内細菌、非発酵性細菌、またはその両方が供給された複数の区画を、持続期間にわたりインキュベートするためのインキュベーターと、腸内細菌、非発酵性細菌、またはその両方を含む複数の区画から、第２のシグナルを得るための機器と、第１のシグナルおよび第２のシグナルを比較することによって、腸内細菌、非発酵性細菌、またはその両方が供給された複数の区画における増殖の存在または阻害を検出するための検出器と、検出器からの結果のアウトプットを生成するためのコンピューターと、結果のアウトプットを解釈するためのアナライザーとを含む自動システムを包含する。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、複数の区画は、ウェル、プレート、およびチューブからなる群から選択される区画を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、システムは、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよび／またはシステムを含む。

【0023】

一実施形態は、腸内細菌および／または非発酵性細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定するためのキットであって、複数の区画を有する基板またはパネルを含み、複数の区画のそれぞれは、本明細書で開示された実施形態のいずれかの方法に係る試験組成物を含むキットを包含する。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、基板は、少なくとも３つの、または少なくとも４つの異なる試験組成物を含む。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、キットは、複数の区画を含む第２の基板を含み、複数の区画のそれぞれは、請求項１～９０のいずれか一項に記載の方法に係る試験組成物を含み、第１の基板中の複数の試験組成物は、少なくとも１つの試験組成物が、第２の基板中の複数の試験組成物と異なっている。

【0024】

複数の試験組成物を含む、本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１～１４で開示された試験組成物から選択される試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１～５で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１、６、７、３、８および９で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１０、１１、１２および１３で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１０、１１、１２、１３および１４で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１、６、７、３および９で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１、６、７、９、３および１０で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１、６、７、３、９、１０、１１、１２および１４で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。本明細書で開示された実施形態のいずれかにおいて、試験組成物は、ボックス１、１０、１１、１２および１４で開示された試験組成物を含む、それらからなる、またはそれらから本質的になる。

【図面の簡単な説明】

【0025】

【図1】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＴＥＭ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図2】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＴＥＭ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図3】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＴＥＭ／ＣＬＯＸ／ＥＤＴＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図4】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＴＥＭ／ＣＬＯＸ／ＥＤＴＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図5】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＴＥＭ／ＣＬＯＸ／ＥＤＴＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図6】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＴＥＭ／ＣＬＯＸ／ＥＤＴＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図7】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図8】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図9】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ／ＤＰＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図10】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ／ＤＰＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図11】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ／ＲＰＸ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図12】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ／ＲＰＸ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図13】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ／ＡＶＩ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図14】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ／ＡＶＩ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図15】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ／ＥＤＴＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図16】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ／ＥＤＴＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図17】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＤＯＲ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図18】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＤＯＲ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図19】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図20】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図21】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ／ＤＰＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図22】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＤＯＲ／ＣＬＯＸ／ＤＰＡ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図23】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する腸内細菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ／ＢＬＩ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図24】クラスＡ、クラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼのいずれかを発現する非発酵性グラム陰性桿菌に関するＭＥＭ／ＣＬＯＸ／ＢＬＩ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図25】グラム陰性腸内細菌に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図26】グラム陰性腸内細菌に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図27】グラム陰性腸内細菌に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図28】非発酵性グラム陰性桿菌に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図29】非発酵性グラム陰性桿菌に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図30】非発酵性グラム陰性桿菌に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図31】クラスＣカルバペネマーゼを発現する腸内細菌に関するＭＥＭ ＧＡＭデータおよびＭＥＭ／ＣＬＯＸ ＧＡＭデータのボックスプロットを示す図である。

【図32】クラスＡ、ＢまたはＤへの腸内細菌科の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図33】クラスＢまたはＤへの非発酵性株（ｎｏｎｆｅｒｍｅｎｔｅｒ）の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図34】クラスＡ、ＢまたはＤへの腸内細菌科の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図35】クラスＡ、ＢまたはＤへの非発酵性株の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図36】腸内細菌科および非発酵性株に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図37】腸内細菌科および非発酵性株ならびに腸内細菌科の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図38】腸内細菌科および非発酵性株、ならびに腸内細菌科および非発酵性株の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【図39】腸内細菌科および非発酵性株ならびに非発酵性株の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す図である。

【発明を実施するための形態】

【0026】

抗生物質耐性が増加と抗生物質供給の減少により、完全にまたはほぼ完全に抗生物質耐性のグラム陰性細菌に感染する患者の数がますます増えるという世界的な公衆衛生危機が起こっている。カルバペネマーゼ産生生物（ＣＰＯ）は、細菌感染の処置にとって脅威であるだけでなく、がん化学療法、移植手術、心臓手術、関節置換術を受けた患者を保護するための、さらには出産を経た患者をも保護するための抗生物質の使用にとっても脅威である処置不可能な病原体の発生を助長する原動力になりつつある。

【0027】

ＣＰＯを迅速かつ正確に検出することは、臨床試験所にとって主要な課題である。ほとんどの細菌感染とは異なり、ＣＰＯによる感染に対する最適な療法は、全抗生物質耐性菌の出現および伝播ならびに患者の死亡を防ぐために少なくとも２つの活性な抗生物質を必要とする。すなわち医師にとって、これらの感染のための有効な療法を選択する機会はわずか１回しかないことがある。それゆえに、試験所としては、併用療法の必要性を医師に警告するためにＣＰＯを迅速かつ正確に検出することが重要である。

【0028】

ほとんどの試験所は現在、終夜のインキュベーションを必要とする不正確なカルバペネマーゼ表現型検出試験を使用している。正確であるが不便な表現型試験、またはいくつかの未解決の精度問題を有するより高価なＰＣＲベースの試験を使用しているのは少数派である。現在の表現型試験は、自動化されていない。それゆえに、抗微生物剤耐性細菌の検出および制御を進歩させるための迅速な診断試験が求められている。

【0029】

現在市販されているｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験は、手動の独立型試験であるが、これは、カルバペネマーゼを検出するがそれを分類しない。したがって、カルバペネマーゼを分子グループに分類する治療上の必要性もある。

【0030】

ＣＰＯを検出するため、細菌によって発現されたカルバペネマーゼ酵素のアンブラークラスをさらに同定および分類するための、組成物、方法、システムおよび／またはキットを含む新規の検出試験が本明細書で開示される。一実施形態において、これらの新規のＣＰＯ検出試験は、これまでに開発された、カルバペネマーゼ発現細菌を検出するためのＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘグラム陰性同定（Ｇｒａｍ－Ｎｅｇａｔｉｖｅ Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ）（ＩＤ）／抗菌感度試験（Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂｉｃ Ｓｕｓｃｅｐｔｉｂｉｌｉｔｙ Ｔｅｓｔ）（ＡＳＴ）パネルに組み込まれている。一部の実施形態において、この検出試験は、サンプル中の全てのグラム陰性細菌（例えば、臨床分離株）に適用して、サンプル中のカルバペネマーゼのアンブラークラスをさらに同定することが可能である。

【0031】

一部の実施形態において、この検出試験は、細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼのより正確かつ迅速な同定を可能にする試験において、１つまたは複数の抗生物質、および任意選択で１つまたは複数の阻害剤が組み込まれている。１つまたは複数の抗生物質は、サンプル中のグラム陰性細菌の増殖を阻害する。しかしながら、グラム陰性細菌が１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを発現するためにそれが１つまたは複数の抗生物質に耐性である場合、細菌によって発現された１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼのより正確かつ迅速な同定を可能にするために、１つまたは複数の阻害剤が包含されていてもよい。一部の実施形態において、同定試験は、阻害剤を伴う／伴わない、１つのみの抗生物質または抗生物質の組合せにサンプルを曝すことを含む。他の実施形態において、試験は、１回の試験で阻害剤を伴う／伴わない１つより多くの抗生物質または抗生物質の組合せに対してサンプルが試験されるように、複数のウェルで、阻害剤を伴う／伴わない複数の異なる抗生物質にサンプルの一部を曝すことを含んでいてもよい。これらの複数の組合せは、典型的には、各組合せを別個のウェルに入れてサンプルの一部が同時に組合せの全てに曝されるように平行して試行されるが、連続して様々な組合せにサンプルの一部を曝すことによって試験を試行することも可能である。本明細書で説明されるように、阻害剤を伴う／伴わない特定の抗生物質を含む複数のウェルは、所与のサンプルに応じて試行することができる（例えば、抗生物質および阻害剤の特定の組合せの２回繰り返す、３回繰り返すなど）。

【0032】

β－ラクタマーゼの少なくとも４つのアンブラークラス、すなわちクラスＡ、Ｂ、ＣおよびＤが公知である。しかしながら、クラスＡ、ＢおよびＤのみが、カルバペネマーゼと考えられる。カルバペネマーゼの１つのクラスを産生するＣＰＯによる感染は、抗生物質の影響を受けやすい場合があるが、それに対してカルバペネマーゼの他のクラスを産生するＣＰＯによる感染は、同じ抗生物質の影響を受けにくい場合がある。例えば、アンブラークラスＡカルバペネマーゼは、新しい抗生物質であるセフタジジム／アビバクタムを用いた療法のための候補であり、一方でクラスＢ産生ＣＰＯは本質的にこの薬剤に対して耐性であることから、クラスＡおよびクラスＢカルバペネマーゼを産生するＣＰＯを区別することによって、患者管理がより一層有効になると予想される。つまり、ＣＰＯの迅速な、正確で便利な検出および分類への、緊急的な未だ満たされていない必要性がある。

【0033】

一部の実施形態において、検出試験は、アンブラークラスＡカルバペネマーゼのより正確かつ迅速な同定を可能にする試験に、１つまたは複数の抗生物質と１つまたは複数の阻害剤との組合せを組み込む。

【0034】

一部の実施形態において、検出試験は、アンブラークラスＢカルバペネマーゼのより正確かつ迅速な同定を可能にする試験に、１つまたは複数の抗生物質と１つまたは複数の阻害剤との組合せを組み込む。

【0035】

一部の実施形態において、検出試験は、アンブラークラスＣのβ－ラクタマーゼのより正確な識別を可能にする試験に、１つまたは複数の抗生物質と１つまたは複数の阻害剤との組合せが組み込まれていてもよい。

【0036】

一部の実施形態において、検出試験は、アンブラークラスＤカルバペネマーゼのより正確かつ迅速な同定を可能にする試験に、１つまたは複数の抗生物質と１つまたは複数の阻害剤との組合せを取り入れる。例えば、検出試験は、アンブラークラスＤカルバペネマーゼ酵素のより正確かつ迅速な同定を可能にする単一の試験に、テモシリン（ＴＥＭ）、カルボキシペニシリン抗生物質、および選択的阻害剤を組み込む。

【0037】

本明細書で提供される様々な検出試験は、細菌によるカルバペネマーゼ発現の表現型検出、および任意選択で細菌によるカルバペネマーゼ発現のアンブラー分類を自動化するための１つまたは複数のアルゴリズムを利用する自動検出システムと組み合わせることができる。

【0038】

（ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステム）
微生物学的診断試験ならびに微生物同定（ＩＤ）および抗微生物剤感度判定（ＡＳＴ）のためのシステムが、例えば、それらの全体が本明細書に組み込まれている、特許（例えば、特許文献１、特許文献２、特許文献３、特許文献４、特許文献５参照）、および出願公開（例えば、特許文献６参照）に記載されている。これらの参考文献は、微生物およびそれらの１つまたは複数の抗生物質に対する感度のＩＤ／ＡＳＴためのＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘグラム陰性同定（ＩＤ）／抗菌感度試験（ＡＳＴ）パネルおよびシステム（ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステム）と称されるパネルおよびシステムを開示する。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステムは、様々なＡＳＴ判定方法に適している。機器によって試験しようとうする微生物サンプルを添加する直前に、例えば酸化還元－緩衝化された酸化－還元のインジケーターであるａｌａｍａｒＢｌｕｅ（商標）が、ＡＳＴ接種物流体に添加され混合される。光の赤色、緑色、青色、および蛍光波長に対応する読取り値を得るために、可視光源およびＵＶ光源が使用される（例えば、それらの全体が本明細書に組み込まれている特許文献６を参照）。

【0039】

ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステムは、液体培地に懸濁した細菌および試薬の特定の組合せ（例えば、阻害剤を伴う／伴わない抗生物質）を受けるのに適合した複数の試験ウェルを有する基板を含む。パネル中の特定の組合せの試薬に対する細菌の応答は、異なる波長（例えば、赤色、緑色、青色、および蛍光波長）を放出する複数の光源（例えば、可視光源およびＵＶ源）を含むパネル機器システムを設置することにより測定される。この機器システムは、パネルを受け、比色および／または蛍光測定による検出に基づいて微生物のＩＤ／ＡＳＴを実行することができる（例えば、その全体が本明細書に組み込まれている特許文献６を参照）。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステムの結果に基づいて、抗生物質に対する微生物（例えば、グラム陰性細菌）の感度が判定される。加えて、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステムは、腸内細菌と非発酵性細菌とを区別することができる。

【0040】

当業者であれば、上述の特許および出願を検討することによって最先端技術を容易に理解できるものと予想される。当業者であれば、本明細書で開示された組成物、方法、システムおよびキットを含む新規の検出試験が提供する、現存のＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステムなどの最先端技術を超える改善も認識できるものと予想される。

【0041】

[ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト（ＣＰＯ Ｄｅｔｅｃｔ）（Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト）]
ＣＰＯの検出を含ませることによりＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステム上で拡張される検出試験を含む、Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトとしても公知の新規のＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトが本明細書で提供される。ＣＰＯディテクトは、カルバペネマーゼの１つまたは複数のクラスを発現する細菌の検出および同定ための、迅速で高い感度を有する特定のアルゴリズムベースの自動検出試験を提供する。

【0042】

ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト検出試験は、１つまたは複数の抗生物質、カルバペネマーゼの様々なクラスの１つまたは複数の阻害剤、および細菌によって発現されたカルバペネマーゼのクラスを特異的に同定するための１つまたは複数の検出試薬を組み合わせることによって、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘパネルおよびシステムを拡張する。

【0043】

クラスＡ、ＢおよびＤカルバペネマーゼの１つまたは複数が細菌によって発現されるかどうかを識別するために、クラスＡ、ＢおよびＤカルバペネマーゼの１つまたは複数を発現するグラム陰性細菌のサンプル中の増殖を阻害する１つまたは複数の抗生物質が使用される。一部の実施形態において、グラム陰性細菌が１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを発現するためにそれが１つまたは複数の抗生物質に耐性である場合、１つまたは複数の阻害剤は、１つまたは複数のアンブラークラスのカルバペネマーゼを同定するのに使用される。カルバペネマーゼのアンブラークラスのより正確かつ迅速な識別および同定ために、典型的には、異なるウェル中に阻害剤を伴う／伴わない抗生物質の異なる組合せを含む複数のウェル中で試行されるサンプルを含む試験において、１つまたは複数の抗生物質および１つまたは複数の阻害剤が使用される。

【0044】

一部の実施形態において、ＢＤ ＣＰＯディテクトは、２つの結果：（１）カルバペネマーゼ検出のための最初の検出ベースの陽性／陰性の結果、（２）カルバペネマーゼの分子クラスに従った、ステップ（１）からの陽性単離株の追跡調査分類を提供することができる。対照的に、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験は、最初の検出ベースの陽性／陰性の結果のみを提供し、このレベルの分析が、市販されている表現型試験ための現行の標準である。

【0045】

本明細書で使用される場合、カルバペネマーゼ検出のための最初の検出ベースの陽性／陰性の結果の文脈において、試験の「感度」または検出の「感度」は、試験の陽性／陰性フェーズで検出されたＣＰＯのパーセントと定義される。

【0046】

本明細書で使用される場合、カルバペネマーゼ検出のための最初の検出ベースの陽性／陰性の結果の文脈において、検出の「特異度」または検出の試験「特異度」は、試験の陽性／陰性フェーズにおいてそのようなものとして正しく同定されたカルバペネマーゼ陰性単離株のパーセントと定義される。

【0047】

本明細書で使用される場合、カルバペネマーゼの分子クラスに従った陽性単離株の分類の文脈において、分類の結果が、正確な分類、またはタイプ不明であるが陽性の結果のいずれかである場合、その分類の結果は良好とみなされる。分類されなくともカルバペネマーゼを検出することは重要であり、患者管理にとって高度に有益である。カルバペネマーゼを正確に分類することは、結果の価値を高める。カルバペネマーゼがクラスＡに属する場合、セフタジジム／アビバクタムが、療法のための可能性がある候補である。クラスＢカルバペネマーゼの検出は、セフタジジム／アビバクタム療法に禁忌を示すが、これは、クラスＢのＣＰＯがこの薬剤に対して本質的に耐性であるためである。クラスＤカルバペネマーゼ産生株による感染に関しては、現在のところセフタジジム／アビバクタム療法に対するはっきりした示唆はない。また正確な陰性の結果も、患者管理のガイドおよび感染制御にとって良好な結果である。

【0048】

カルバペネマーゼをクラスＢまたはクラスＤとして誤分類することは、役に立たないが相対的に害がないとみなされる。この誤分類は、カルバペネマーゼの検出の価値を下げないが、感度の結果が利用可能になるまでセフタジジム／アビバクタム療法の検討を遅延させる可能性がある。また「回答なし」の結果も、それが利益も損害も付与しないという点で役に立たない。

【0049】

有害な可能性があるとみなされる結果としては、クラスＢカルバペネマーゼをクラスＡカルバペネマーゼとして間違って分類することが挙げられる。これは、患者に効果がないセフタジジム／アビバクタム療法を受けることを引き起こす可能性がある。偽陰性の結果はまた、ＣＰＯが未検出であることの帰結は、効果がない療法が施されることである、および／または感染制御措置が実行されないことである可能性があるため、有害な可能性があるともみなされる。

【0050】

細菌、抗生物質、阻害剤および検出試薬の非限定的な例が本明細書で提供される。また、この抗生物質および阻害剤の濃度範囲の非限定的な例も提供される。しかしながら、当業者は、検出試験は、他の細菌、抗生物質、阻害剤および検出試薬を用いても実行できるように適合させることができ、さらにこの抗生物質および阻害剤の他の濃度範囲を用いても実行できることを容易に認識すると予想される。

【0051】

（抗生物質）
抗生物質の非限定的な例としては、テモシリン（ＴＥＭ）、ドリペネム（ＤＯＲ）またはメロペネム（ＭＥＭ）が挙げられる。ＴＥＭ（６ベータ－（２－カルボキシ－２－チエン－３－イルアセトアミド）－６アルファ－メトキシペニシラン酸二ナトリウム）は、基質拡張型β－ラクタマーゼ（ＥＳＢＬ）およびＡｍｐＣ型β－ラクタマーゼを含む染色体およびプラスミドのβ－ラクタマーゼの加水分解に対して安定なカルボキシペニシリンである。ＴＥＭは現在、ベルギーとイギリスで多剤耐性の腸内細菌科の処置のために使用されている。

【0052】

一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＴＥＭの濃度範囲は、６μｇ／ｍｌから１０２４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＴＥＭの濃度範囲は、１２μｇ／ｍｌから５１２μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である（図１～図６）。他の濃度範囲は、３２μｇ／ｍｌから１２４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約６４μｇ／ｍｌの濃度を有する。一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＴＥＭの濃度範囲は、３２μｇ／ｍｌから１００μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＴＥＭの濃度範囲は、３２μｇ／ｍｌから７５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＴＥＭの濃度範囲は、５５μｇ／ｍｌから７５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。

【0053】

ＭＥＭは、多種多様の感染を処置するのに使用される超広帯域注射用抗生物質である。これは、β－ラクタムであり、カルバペネムのサブグループに属する。これは、髄液、胆汁、心臓弁、肺、および腹腔液を含む多くの組織および体液に効果的に侵入する。ＭＥＭは、殺菌性を有するが、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）に対しては静菌性である。これは、他のβ－ラクタム抗生物質のように細菌の細胞壁の合成を阻害する。

【0054】

一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＭＥＭの濃度範囲は、０．００３９μｇ／ｍｌから１２８μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＭＥＭの濃度範囲は、０．００７８μｇ／ｍｌから６４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である（図７～図１２、図２３および図２４）。一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＭＥＭの濃度範囲は、０．０１５６μｇ／ｍｌから６４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である（図３１）。他の濃度範囲は、約０．０１６μｇ／ｍｌから約１μｇ／ｍｌであり、一部の実施形態では、約０．０６２５μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0055】

ＤＯＲは、超広帯域注射用抗生物質である。これは、ベータ－ラクタムであり、カルバペネムのサブグループに属する。ＤＯＲは、細菌感染、例えば複合的な腹部感染、病院内の肺炎、および敗血症に伴う腎臓感染を含む尿路の合併感染に使用することができる。ＤＯＲは、細胞壁成長のプロセスを低減し、それにより最終的に、感染性細胞である細菌の完全な消滅を引き起こす。

【0056】

一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＤＯＲの濃度範囲は、０．００７８μｇ／ｍｌから１２８μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、本明細書で提供される検出試験におけるＤＯＲの濃度範囲は、０．０１５６μｇ／ｍｌから６４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である（図１３～図２２）。他の濃度範囲は、０．０３１３μｇ／ｍｌから４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約１μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0057】

他の抗微生物剤の非限定的な例としては、ＣＬＯＸ、ＥＤＴＡ、およびＲＰＸ７００９、アビバクタム、ＢＬＩ－４８９、およびＤＰＡが挙げられる。

【0058】

一部の実施形態において、ＣＬＯＸの濃度範囲は、４０μｇ／ｍｌから１６０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約１００μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0059】

一部の実施形態において、ＥＤＴＡの濃度範囲は、１００μｇ／ｍｌから４００μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約２５０μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0060】

一部の実施形態において、ＲＰＸ７００９の濃度範囲は、３μｇ／ｍｌから１５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約８μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0061】

一部の実施形態において、アビバクタムの濃度範囲は、１μｇ／ｍｌから１０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約４μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0062】

一部の実施形態において、ＢＬＩ－４８９の濃度範囲は、１μｇ／ｍｌから１０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約５μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0063】

一部の実施形態において、ＤＰＡの濃度範囲は、５０μｇ／ｍｌから４００μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、約１７８μｇ／ｍｌの濃度を有する。

【0064】

（アンブラークラスのカルバペネマーゼ）
カルバペネマーゼは、多様な加水分解活性を有するβ－ラクタマーゼ酵素（β－ラクタマーゼ）である。カルバペネマーゼは、ペニシリン、セファロスポリン、モノバクタム、およびカルバペネムを加水分解することが可能である。腸内細菌科および非発酵性の細菌などの臨床的に重要な細菌、例えばアシネトバクター属菌およびシュードモナス属（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）菌などにおいてこれらの酵素が迅速に広がることは、公衆衛生を大きな脅威にさらすことになる。

【0065】

カルバペネマーゼは、２つの主要なファミリーに属する。この２つの主要なファミリーは、その活性部位における加水分解メカニズム（亜鉛またはセリンのいずれか）によって区別される。アミノ酸相同性に基づく分類（アンブラー分類）により、４つの主要なクラス、すなわち、アンブラークラスＡ、Ｂ、Ｃ、およびＤがもたらされた。

【0066】

アンブラークラスＡカルバペネマーゼは、その活性部位にアミノ酸セリンを含有する。アンブラークラスＡカルバペネマーゼを発現する細菌は、メカニズムベースの阻害剤（ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｂａｓｅｄ ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ）に対して感受性がある。メカニズムベースの阻害は、「正常な」触媒作用反応中に、酵素が基質類似体と結合し、それと共有結合を介して不可逆的な複合体を形成するときに起こる酵素阻害の不可逆的な形態である。クラスＡカルバペネマーゼの非限定的な例としては、ＫＰＣ（例えば、ＫＰＣ様、ＫＰＣ－２またはＫＰＣ－３）、ＮＭＣ－Ａ、ＩＭＩおよびＳＭＥ酵素が挙げられる。

【0067】

アンブラークラスＢカルバペネマーゼは、その活性部位に金属亜鉛を含有する。アンブラークラスＢカルバペネマーゼを発現する細菌は、クラスＢカルバペネマーゼの活性部位からの亜鉛（金属イオン）と結合してそれを除去するキレート剤に対して感受性がある。クラスＢカルバペネマーゼ（メタロ－β－ラクタマーゼ）の非限定的な例としては、ＮＤＭ（例えば、ＮＤＭ様またはＮＤＭ－１）、ＧＩＭ、ＳＰＭ（例えば、ＳＰＭ様またはＳＰＭ－１）、ＩＭＰ（例えば、ＩＭＰ様またはＩＭＰ－１）、およびＶＩＭ（例えば、ＶＩＭ様またはＶＩＭ－１）酵素が含まれる。

【0068】

アンブラークラスＡカルバペネマーゼと同様に、アンブラークラスＣのβ－ラクタマーゼは、その活性部位にアミノ酸セリンを含有する。しかしながら、アンブラークラスＣのβ－ラクタマーゼは、カルバペネムを加水分解しない。細菌におけるアンブラークラスＣのβ－ラクタマーゼの過剰発現は、カルバペネムに対してそれらを非感受性にしないことから、これはカルバペネマーゼではない。それにもかかわらず、外膜におけるポリンの損失または排出ポンプの活性化を含む他の突然変異が存在する場合、カルバペネム耐性が生じる可能性がある。細菌におけるアンブラークラスＣのβ－ラクタマーゼの過剰発現は、広帯域セファロスポリンに対して細菌を非感受性にする。

【0069】

アンブラークラスＣのβ－ラクタマーゼを発現する細菌（本明細書では、便宜上、クラスＣカルバペネマーゼと称する）はカルバペネムに対して感受性であり得るが、それでもなおそれらは、他のメカニズムによってカルバペネムに対して非感受性になる可能性がある。クラスＡ、ＢおよびＤカルバペネマーゼを検出するために、表現型試験において、クラスＣカルバペネマーゼを発現する細菌は、選択的に感受性にされなければならない。そうでなければ、偽陽性の解釈が得られる可能性がある。

【0070】

アンブラークラスＡおよびＣと同様に、アンブラークラスＤカルバペネマーゼも、その活性部位にアミノ酸セリンを含有する。しかしながら、現段階で、クラスＤカルバペネマーゼは、公知の共通の特異的な阻害剤がない。したがって、クラスＤカルバペネマーゼの同定のための表現型試験は、典型的には、耐性がクラスＡ、ＢまたはＣに起因しないことを判定し、仮の同定としてクラスＤを残すことによって間接的になされる。例えば、クラスＤカルバペネマーゼの同定のための表現型試験は、カルバペネマーゼの他のアンブラークラスの消去プロセスによって間接的に実行される。クラスＤカルバペネマーゼの非限定的な例としては、ＯＸＡ－２３、４０、４８、５８、７２、１８１、および２３２酵素が挙げられる。

【0071】

一部のケースにおいて、カルバペネマーゼの１つより多くのクラスは、生物によって産生されてもよい。例えば、一部の実施形態において、２、３または４つのカルバペネマーゼのクラスは、生物によって産生される。

【0072】

非カルバペネマーゼ耐性メカニズムの非限定的な例としては、ＥＳＢＬ（例えば、ＣＴＸ－Ｍ－１、ＣＴＸ－Ｍ－２ＣＴＸ－Ｍ－９、ＣＴＸ－Ｍ－１２、ＣＴＸ－Ｍ１４、ＣＴＸ－Ｍ－１５、ＣＴＸ－Ｍ－１５様、ＣＴＸ－Ｍ－２８、ＳＨＶ ＥＳＢＬ、ＳＨＶ－５、ＳＨＶ－５様、ＳＨＶ－１２、ＳＨＶ－１２様、ＳＨＶ－１８、ＴＥＭ ＥＳＢＬ、ＯＸＡ－４５）、ＡｍｐＣ（過剰産生株を含む）（例えば、プラスミド媒介ＡｍｐＣ、例えばＡＣＴ－１、ＡＣＴ様、ＣＭＹ（ＣＭＹ様、ＣＭＹ－２、ＣＭＹ－２様）、ＣＭＹ－１６、ＤＨＡ－１、ＤＨＡ様、ＦＯＸ－１、ＦＯＸ－５、ＬＡＴ－４、ＭＩＲ様、ＭＯＸ－１、Ｋ１）、広帯域β－ラクタマーゼおよびポリン突然変異体が挙げられる。

【0073】

（カルバペネマーゼ阻害剤および識別因子）
カルバペネマーゼの阻害剤の非限定的なクラスとしては、メカニズムベースの阻害剤、キレート剤およびβ－ラクタム抗生物質が挙げられる。

【0074】

メカニズムベースの阻害剤の非限定的な例としては、β－ラクタマーゼ阻害剤が挙げられ、これらに限定されないが、ボロン酸ベースの阻害剤、バボルバクタム（ＲＰＸ７００９）、ＢＬＩ－４８９、ＣＬＯＸ、クラブラン酸塩、タゾバクタム、またはアビバクタムが挙げられる。

【0075】

加えて、アンブラークラスＡカルバペネマーゼを発現する細菌は、典型的には、アンブラークラスＢまたはクラスＤカルバペネマーゼを発現するほとんどの細菌より低い濃度でテモシリンに対しても感受性である。

【0076】

アンブラークラスＡカルバペネマーゼを発現する細菌は、より低い濃度で、例えば、約６μｇ／ｍｌから約１２μｇ／ｍｌの範囲のＴＥＭ濃度で、ＴＥＭに対して感受性である（図１）。一方で、クラスＤを発現する細菌は、典型的には、ＴＥＭに対して上昇したＭＩＣを呈示し、それゆえに、よりかなり高い濃度のＴＥＭで、例えば、約１２８μｇ／ｍｌ以上で、感受性である（図１）。

【0077】

したがって、クラスＡを発現する細菌の増殖を阻害するテモシリン濃度は、クラスＤを発現する細菌の増殖を阻害しないと予想され、テモシリンは、クラスＡカルバペネマーゼを発現する細菌と、クラスＤカルバペネマーゼを発現する細菌とを識別するのに使用することができる。

【0078】

キレート剤の非限定的な例としては、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）およびジピコリン酸（ＤＰＡ）が挙げられ、これらは金属イオンに結合してそれを封鎖するものである。

【0079】

アンブラークラスＢカルバペネマーゼを発現する細菌は、２５０μｇ／ｍｌでＥＤＴＡに対して感受性であり（図３、図４、図１５および図１６）、２８０μｇ／ｍｌでＥＤＴＡに対して感受性であり（図５および図６）、１８０μｇ／ｍｌでＤＰＡに対して感受性である（図９、図１０、図２１および図２２）。

【0080】

クラスＣのβ－ラクタマーゼのための識別因子の非限定的な例は、クロキサシリン（ＣＬＯＸ）であり、これは、ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉ）によって引き起こされた感染の処置に有用なペニシリン誘導体である。クラスＣのβ－ラクタマーゼを発現する細菌は、約１００μｇ／ｍｌの濃度でＣＬＯＸに対して感受性であるが、クラスＡ、ＢまたはＤを発現する細菌は、典型的にはそうではないことから、クラスＣを、クラスＡ、ＢおよびＤから識別することが可能になる（図３１）。

【0081】

（ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト検出試験）
ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト検出試験は、細菌におけるカルバペネマーゼの発現を表現型で検出する定性的なインビトロでの診断試験として使用することができる。カルバペネマーゼを発現する細菌の検出を提供することに加えて、これは、カルバペネマーゼ酵素のタイプをアンブラークラスＡ、クラスＢまたはクラスＤにさらに区別する。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト検出試験を用いれば、臨床試験所は、患者サンプルから単離した全てのグラム陰性細菌を、単離株の同定および抗生物質感受性に関して試験することに加え、細菌によるアンブラークラスのカルバペネマーゼ発現を同定できるようになると予想される。

【0082】

一部の実施形態において、サンプルの非限定的な例は、血液、尿、便、痰、唾液などの１つまたは複数を含んでいてもよい。サンプルは、ヒト、１つまたは複数のコンパニオンアニマル、または１つまたは複数の商業的に重要な動物から収集される。一部の実施形態において、ヒト、１つまたは複数のコンパニオンアニマル、または１つまたは複数の商業的に重要な動物は、細菌感染を有していてもよい。細菌感染は、腸内細菌または非発酵性細菌に起因するものであってもよい。一部の実施形態において、細菌は、腸内細菌または非発酵性細菌以外のものであってもよい。

【0083】

腸内細菌の非限定的な例としては、肺炎桿菌、大腸菌およびエンテロバクター・アエロゲネスが挙げられる。

【0084】

非発酵性細菌の非限定的な例としては、緑膿菌およびアシネトバクター・バウマンニ複合株が挙げられる。

【0085】

当業者であれば、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、腸内細菌および非発酵性細菌以外の細菌にも適合させることが可能であることを理解しているものと予想される。

【0086】

この手順は、適切な抗生物質処置および監視に必要なアンブラー分類の識別と共にカルバペネマーゼ産生を正確に同定するための簡易化した方法を提供し、それにより、他の非感染患者から適切な患者を隔離することが可能になる。提唱されている試験は、慣例的な感度試験（ＡＳＴ）と共に組み込むことができ、それゆえに追加の試験またはコストを必要としない。またこの試験は、ＡＳＴを進行させながらカルバペネマーゼの迅速な同定も提供する。これは、ＣＰＯのための別個の試験が医師によって指示される必要がないため、病院および患者にとって時間とコストの節約になると予想される。

【0087】

検出試験は、複数のウェルを含む。一部の実施形態において、各ウェル中のインプットは、１つまたは複数の細菌、１つまたは複数の抗生物質、任意選択で１つまたは複数の阻害剤、および１つまたは複数の検出試薬を含むサンプルの組合せである。検出試験のための適切な対照が複数のウェルを構成していてもよく、その場合、各ウェルは、１つまたは複数の細菌、および／または１つまたは複数の抗生物質、および／または１つまたは複数の阻害剤、および／または１つまたは複数の検出試薬を含むサンプルを含む。一部の実施形態において、サンプルは、ウェルの各タイプに応じて（例えば、特定の抗生物質／阻害剤の組合せに応じて）、２回繰り返す、３回繰り返す、またはそれ以上繰り返して試行される。

【0088】

図１～図２４および図３１に、１つまたは複数の抗生物質の様々な濃度範囲、および１つまたは複数の阻害剤の様々な濃度範囲を用いた、腸内細菌および非発酵性細菌のための検出試験の非限定的な実施形態を示す。これらの図は、ｘ軸に沿って試験される抗生物質の濃度を例示し（μｇ／ｍｌで）（いずれの図においても、全ての濃度が試験されるわけではない）、ｙ軸にはサンプル中における細菌増殖の量を例示する。ボックスは、中央値、四分位数間範囲、外れ値ではない最小値および最大値を例示し、アスタリスクは単一の外れ値を表す。各図は、クラスＡ、クラスＢ、およびクラスＤを産生する細菌に関するパネル、加えて、非カルバペネマーゼ産生細菌（ＮＥＧ）に関するパネルを有する。一部の実施形態において、本明細書に記載される検出試験は、細胞形態の変化を画像化することによって実行されない。

【0089】

一例として、図１は、数々の濃度のＴＥＭの存在下で増殖した様々な腸内細菌の試験を例示する。図１で示されるように、クラスＡおよびＮＥＧ細菌は、ＴＥＭに対してクラスＢまたはＤより感受性である。２４μｇ／ｍｌの濃度で、試験されたほぼ全てのクラスＡ腸内細菌株がＴＥＭによって阻害されるが、一方でクラスＤは、濃度が１９２μｇ／ｍｌに達するまで影響を受けない。ほぼ全てのＮＥＧ腸内細菌は、最も低い濃度のＴＥＭに対して感受性である。試験されたクラスＢ腸内細菌は、平均増殖ラインの減少で証明されるように４８μｇ／ｍｌで感受性を示し始め、３８４μｇ／ｍｌでほとんどのクラスＢ腸内細菌の増殖が阻害される。図１～図２４および図３１は、クラスＡ、Ｂ、ＤならびにＮＥＧ腸内細菌および非発酵性細菌を識別するのに使用できる阻害剤を伴うおよび伴わない抗生物質の多数の組合せの結果を実証する。

【0090】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、および約１２μｇ／ｍｌから約５１２μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＴＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１）。

【0091】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌および約１２μｇ／ｍｌから約５１２μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＴＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図２）。

【0092】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、２５０μｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および約１２μｇ／ｍｌから約５１２μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＴＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図３）。

【0093】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、２５０μｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および約１２μｇ／ｍｌから約５１２μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＴＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図４）。

【0094】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、２８０μｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および約１２μｇ／ｍｌから約５１２μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＴＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図５）。

【0095】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、２８０μｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および約１２μｇ／ｍｌから約５１２μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＴＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図６）。

【0096】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図７）。

【0097】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図８）。

【0098】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図９）。

【0099】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１０）。

【0100】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１１）。

【0101】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１２）。

【0102】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、４μｇ／ｍｌのＡＶＩ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１３）。

【0103】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、４μｇ／ｍｌのＡＶＩ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１４）。

【0104】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１５）。

【0105】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１６）。

【0106】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１７）。

【0107】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１８）。

【0108】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図１９）。

【0109】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図２０）。

【0110】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図２１）。

【0111】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＤＯＲを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図２２）。

【0112】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図２３）。

【0113】

一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩ、および約０．００７８μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図２４）。

【0114】

一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および約０．０１５６μｇ／ｍｌから約６４μｇ／ｍｌの濃度範囲にわたるＭＥＭを含む複数のウェルを含んでいてもよい（図３１）。

【0115】

検出試験において、特定の濃度の抗生物質の存在下で細菌が増殖するかまたは増殖しないかどうかに基づいて、その細菌が本明細書で提供される１つまたは複数の抗生物質に対して感受性であるかどうかの判定が達成される。１つまたは複数の抗生物質に対して細菌が非感受性である場合、この抗生物質に対する不感受性を付与する、細菌によって発現されたカルバペネマーゼの１つまたは複数のクラスの同定は、本明細書で提供される１つまたは複数のカルバペネマーゼ阻害剤または識別因子を使用することによって達成される。

【0116】

カルバペネマーゼの１つまたは複数のアンブラークラスの腸内または非発酵性細菌による発現を同定するための検出試験の非限定的な例（実施例１～実施例４）を提供する。サンプルが腸内または非発酵性細菌を含むかどうかの判定は、当技術分野において公知の方法によって、例えば、スポットオキシダーゼ試験、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦおよびＰｈｏｅｎｉｘ ＩＤシステムを含む生化学試験によってなされ得る。以下の実施例で開示された抗生物質および阻害剤の濃度は、例示的であり、非限定的である。許容できる濃度の他の濃度または範囲は、図面を含む本発明の開示に開示される。

【0117】

一部の実施形態において、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、１つまたは複数のカルバペネマーゼ阻害剤を伴う／伴わない、１つまたは複数の細菌、１つまたは複数の検出試薬、および１つまたは複数の抗生物質を含むインプットサンプルを含むウェル（または任意選択で数々の同一なウェル）を含む。一部の実施形態において、ウェルは、１つまたは複数のカルバペネマーゼ阻害剤を伴う／伴わない、１つまたは複数の抗生物質を含む、以下の表０．１で開示された組合せの１つを含む。

【0118】

【表1】

【0119】

表０．１に提供される組合せ１～１０のいずれかにおいて、ＣＬＯＸの濃度は、２．５μｇ／ｍｌから４００００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＣＬＯＸの濃度は、２０μｇ／ｍｌから５００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＣＬＯＸの濃度は、２０μｇ／ｍｌから１５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＣＬＯＸの濃度は、１５０μｇ／ｍｌから２５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＣＬＯＸの濃度は、２５０μｇ／ｍｌから３５０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、またはＣＬＯＸの濃度は、３５０μｇ／ｍｌから５００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、１００μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその濃度を有する。一部の実施形態において、ＣＬＯＸの濃度は、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、１０００、５０００、１０，０００、もしくは４０，０００であるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0120】

表０．１に提供される組合せ１～１０のいずれかにおいて、ＡＶＩの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから２０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＡＶＩの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＡＶＩの濃度は、５μｇ／ｍｌから１０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＡＶＩの濃度は、１０μｇ／ｍｌから１５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＡＶＩの濃度は、１５μｇ／ｍｌから１０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその濃度を有する。一部の実施形態において、ＡＶＩの濃度は、０．５、１、１．５、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、７．５、１０、１２．５、１５、１７．５、もしくは２０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0121】

表０．１に提供される組合せ１～１０のいずれかにおいて、ＢＬＩ－４８９の濃度は、１μｇ／ｍｌから２５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＢＬＩ－４８９の濃度は、１μｇ／ｍｌから５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＢＬＩ－４８９の濃度は、５μｇ／ｍｌから１０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＢＬＩ－４８９の濃度は、１０μｇ／ｍｌから１７．５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＢＬＩ－４８９の濃度は、１７．５μｇ／ｍｌから２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその濃度を有する。一部の実施形態において、ＢＬＩ－４８９の濃度は、１、２．５、３、３．５、４、４．５、５、７．５、１０、１２．５、１５、１７．５、２０、２２．５、もしくは２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0122】

表０．１に提供される組合せ１～１０のいずれかにおいて、ＤＰＡの濃度は、３５μｇ／ｍｌから９００μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＰＡの濃度は、３５μｇ／ｍｌから１５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＰＡの濃度は、１５０μｇ／ｍｌから３００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＰＡの濃度は、３００μｇ／ｍｌから６５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＤＰＡの濃度は、６５０μｇ／ｍｌから９００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、１７８μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその濃度を有する。一部の実施形態において、ＤＰＡの濃度は、３５、７０、１４０、１７８、２００、２８０、３５０、４５０、５６０、６４０、７３０、８２０、もしくは９００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0123】

表０．１に提供される組合せ１～１０のいずれかにおいて、ＥＤＴＡの濃度は、５０μｇ／ｍｌから１２５０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＥＤＴＡの濃度は、５０μｇ／ｍｌから２５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＥＤＴＡの濃度は、２５０μｇ／ｍｌから５００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＥＤＴＡの濃度は、５００μｇ／ｍｌから７５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＥＤＴＡの濃度は、７５０μｇ／ｍｌから１２５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、２５０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその濃度を有する。一部の実施形態において、ＥＤＴＡの濃度は、５０、７５、１５０、２００、２５０、３００、３５０、５００、６００、７５０、１０００、もしくは１２５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0124】

表０．１に提供される組合せ１～１０のいずれかにおいて、ＲＰＸ７００９の濃度は、１．５μｇ／ｍｌから４０μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＲＰＸ７００９の濃度は、１．５μｇ／ｍｌから３μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＲＰＸ７００９の濃度は、３μｇ／ｍｌから１５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＲＰＸ７００９の濃度は、１５μｇ／ｍｌから２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＲＰＸ７００９の濃度は、約２５μｇ／ｍｌから４０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、一部の実施形態では、８μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその濃度を有する。一部の実施形態において、ＲＰＸ７００９の濃度範囲は、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、８．５、９、９．５、１０、１０．５、１１、１１．５、１２、１２．５、１３、１３．５、１４、１４．５もしくは１５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0125】

組合せ１において、ＤＯＲの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．２５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０１２５μｇ／ｍｌから１．２５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．０８２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．０８２５μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．１２５μｇ／ｍｌから０．１７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＤＯＲの濃度は、０．１７５μｇ／ｍｌから０．２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０１２５、０．０６２５、０．０７、０．０７５、０．０８、０．０８５、０．０９、０．０９５、０．１、０．１２５、０．１５、０．１７５、０．２、０．２２５、０．２５、０．５、０．７５、１．０、もしくは１．２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0126】

組合せ２において、ＤＯＲの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから４０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから１０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．２μｇ／ｍｌから２０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、１μｇ／ｍｌから２μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、２μｇ／ｍｌから３μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＤＯＲの濃度は、３μｇ／ｍｌから４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．１、０．１５、０．２、０．２５、０．５、１、１．２５、１．５、１．７５、２、２．２５、２．５、２．７５、３、３．２５、３．５、３．７５、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、３０、もしくは４０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0127】

組合せ３において、ＤＯＲの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから１６μｇ／ｍｌ、または０．０２μｇ／ｍｌから６００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０３１２６μｇ／ｍｌから１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、１μｇ／ｍｌから４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、４μｇ／ｍｌから８μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＤＯＲの濃度は、８μｇ／ｍｌから１６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０３１２５、０．０６２５、０．１、０．５、０．７５、１、２、４、５、６、８、１０、１２、１４、１６、２４、３２、４０、４８、５６、６０、８０もしくは１００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．００６μｇ／ｍｌから０．６μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．０６２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．０１５μｇ／ｍｌから０．２４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．０７７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．０７７５μｇ／ｍｌから０．１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＤＯＲの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０３、０．０３１２５、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．１１、０．１２、０．１２５、０．１５、０．２、０．４、０．５、もしくは０．６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0128】

組合せ４において、ＤＯＲの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから２μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから１０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．２５μｇ／ｍｌから４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから０．７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．７５μｇ／ｍｌから１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、１μｇ／ｍｌから１．５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＤＯＲの濃度は、１．５μｇ／ｍｌから２μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．５、０．５５、０．６、０．６５、０．７、０．７５、１、１．２５、１．５、１．７５、もしくは２μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0129】

組合せ５において、ＤＯＲの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．０６２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．０７７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＤＯＲの濃度は、０．０７７５μｇ／ｍｌから０．１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＤＯＲの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．００６μｇ／ｍｌから０．６μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．０１５μｇ／ｍｌから０．２４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＤＯＲの濃度は、０．００６、０．０１、０．０１５、０．０３、０．０３１２５、０．０４、０．０５、０．０６、０．０６２５、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．１１５、０．１２、０．１２５、０．１５、０．２、０．４、０．５、もしくは０．６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0130】

組合せ６において、ＭＥＭの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから１μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．０１２５μｇ／ｍｌから５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．０６２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．１２５μｇ／ｍｌから０．５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．１２５μｇ／ｍｌから２μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＭＥＭの濃度は、０．５μｇ／ｍｌから１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．０１２５、０．０３、０．０３１２５、０．０６２５、０．０７５、０．１、０．１２５、０．２５、０．５、０．６、０．６２５、０．７、０．７２５、０．８、０．８７５、０．９、１、１．５、２、２．５、もしくは５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．００６μｇ／ｍｌから０．６μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．０６２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０１５μｇ／ｍｌから０．２４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．０７７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０７７５μｇ／ｍｌから０．１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＭＥＭの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．０３、０．０３１２５、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．１１、０．１２、０．１２５、０．１５、０．２、０．４、０．５、もしくは０．６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0131】

組合せ７において、ＭＥＭの濃度は、２μｇ／ｍｌから８μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．４μｇ／ｍｌから４０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、１μｇ／ｍｌから１６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、２μｇ／ｍｌから４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、４μｇ／ｍｌから６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、６μｇ／ｍｌから７．５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＭＥＭの濃度は、７．５μｇ／ｍｌから８μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．４、１、２、２．５、３、３．５、４、４．５、５、５．５、６、６．５、７、７．５、８、１２、１６、２０、２５、３０、３５、もしくは４０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0132】

組合せ８において、ＭＥＭの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．０６２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．０７７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０７７５μｇ／ｍｌから０．１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＭＥＭの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．００６μｇ／ｍｌから０．６μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．０１５μｇ／ｍｌから０．２４μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．００６、０．０１、０．０１５、０．０３、０．０３１２５、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．１１、０．１２、０．１２５、０．１５、０．２、０．４、０．５、もしくは０．６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0133】

組合せ９において、ＭＥＭの濃度は、０．０１５６２５μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．０３１２５μｇ／ｍｌから０．０６２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０６２５μｇ／ｍｌから０．０７７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０７７５μｇ／ｍｌから０．１μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＭＥＭの濃度は、０．１μｇ／ｍｌから０．１２５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．００６μｇ／ｍｌから０．６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．０１５μｇ／ｍｌから０．２４μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＭＥＭの濃度は、０．００３μｇ／ｍｌから０．３μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＭＥＭの濃度は、０．００７５μｇ／ｍｌから０．１２μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＭＥＭの濃度は、０．００３、０．００７５、０．０１、０．０１５、０．０１、０．０１５６２５、０．０２、０．０３、０．０４、０．０５、０．０６、０．０７、０．０８、０．０９、０．１、０．１２、０．１２５、０．１５、０．２、０．３、０．４、０．５、もしくは０．６μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0134】

組合せ１０において、ＴＥＭの濃度は、３２μｇ／ｍｌから１２８μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＴＥＭの濃度は、２４μｇ／ｍｌから１２８μｇ／ｍｌであるかまたはおよそその範囲であり、ＴＥＭの濃度は、３２μｇ／ｍｌから７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＴＥＭの濃度は、３２μｇ／ｍｌから５０μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＴＥＭの濃度は、５０μｇ／ｍｌから７５μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、ＴＥＭの濃度は、７５μｇ／ｍｌから１００μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、またはＴＥＭの濃度は、１００μｇ／ｍｌから１２８μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲である。一部の実施形態において、ＴＥＭの濃度は、３２、４０、５０、６０、６４、７０、７５、８０、９０、１００、１１０、１２０、もしくは１２８μｇ／ｍｌであるかもしくはおよそその範囲であり、または上述の値のいずれか２つによって定義される範囲内である。

【0135】

本明細書で提供されるアルゴリズムは、例示的であり、非限定的であり、当業者であれば、ＣＰＯ検出および／またはカルバペネマーゼのアンブラー分類に関して要求される情報を得るために、本明細書に記載されるアルゴリズムで提供されるボックスのあらゆる組合せに基づいてアルゴリズムを設計することができる。

【0136】

例えば、一部の実施形態において、実施例１０．１から実施例１０．４では、アルゴリズム中の各「ボックス」は、１つまたは複数のカルバペネマーゼ阻害剤を伴う／伴わない、１つまたは複数の細菌、１つまたは複数の検出試薬、および１つまたは複数の抗生物質を含むインプットサンプルを含む、本明細書で提供される検出試験の試験場所（例えば、ウェル、または任意選択で平均数個の同一なウェル）を表し、腸内細菌のためのアルゴリズムのＣＰＯ検出および／または分類ウェルは、ＣＰＯ腸内細菌、ＣＰＯ非発酵性細菌もしくはその両方の検出、および／または腸内細菌、非発酵性細菌もしくはその両方のアンブラー分類を達成するために、非発酵性細菌のためのアルゴリズムのＣＰＯ検出および／または分類ウェルと順序を変えたり、および／またはそれと組み合わせたりすることができる。

【0137】

一部の実施形態において、ウェルは、表０．１で開示された１つまたは複数のカルバペネマーゼ阻害剤を伴う／伴わない、１つまたは複数の抗生物質を含む組合せの１つを含む。一部の実施形態において、試験は、少なくとも２つのウェルを含み、ここで１つのウェルは、ＣＰＯ腸内細菌の検出のためであり、１つのウェルは、ＣＰＯ非発酵性細菌の検出のためである（例えば、図３６）。

【0138】

一部の実施形態において、試験は、少なくとも６つのウェルを含み、ここで１つのウェルは、ＣＰＯ腸内細菌の検出のためであり、１つのウェルは、ＣＰＯ非発酵性細菌の検出のためであり、４つのウェルは、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のためである（例えば、図３７）。したがって、一部の実施形態において、少なくとも４つのウェルは、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類を可能にする（例えば、図３７）。一部の実施形態において、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２から５である。一部の実施形態において、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２、３、４、５つまたはそれ以上である。

【0139】

一部の実施形態において、試験は、少なくとも９つのウェルを含み、ここで１つのウェルは、ＣＰＯ腸内細菌の検出のためであり、１つのウェルは、ＣＰＯ非発酵性細菌の検出のためであり、４つのウェルは、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のためであり、３つのウェルは、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のためである（例えば、図３８）。したがって、一部の実施形態において、少なくとも４つのウェルは、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類を可能にし、少なくとも３つのウェルは、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類を可能にし、少なくとも７つのウェルは、腸内細菌および非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類を可能にする（例えば、図３８）。一部の実施形態において、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２から５であり、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２から４である。一部の実施形態において、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２、３、４、５つまたはそれ以上であり、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２、３、４、５つまたはそれ以上である。一部の実施形態において、腸内細菌および非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、４から９である。一部の実施形態において、腸内細菌および非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、４、５、６、７、８、９つまたはそれ以上である。

【0140】

一部の実施形態において、試験は、少なくとも５つのウェルを含み、ここで１つのウェルは、ＣＰＯ腸内細菌の検出のためであり、１つのウェルは、ＣＰＯ非発酵性細菌の検出のためであり、３つのウェルは、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のためである（例えば、図３９）。したがって、一部の実施形態において、少なくとも３つのウェルは、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類を可能にする（例えば、図３９）。一部の実施形態において、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２から４である。一部の実施形態において、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのアンブラー分類のために使用されるウェルの数は、２、３、４つまたはそれ以上である。

【0141】

一部の実施形態において、カルバペネマーゼのアンブラー分類のためのウェルの数は、カルバペネマーゼが腸内または非発酵性細菌によって産生されるかどうかに関係なく、９であり、ここで４つのウェルは、非発酵性細菌のためであり、５つのウェルは、腸内細菌のためである（例えば、図３８）。

【実施例0142】

（実施例１）
（クラスＡカルバペネマーゼ発現の同定）
（腸内細菌）
腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、０．０６ｍｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖せず、０．０３ｍｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＡカルバペネマーゼの発現を示す。

【0143】

腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、０．０６ｍｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖し、０．０６ｍｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＡカルバペネマーゼの発現を示す。

【0144】

腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、６４μｇ／ｍｌのＴＥＭ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖せず、０．０６μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖し、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＡカルバペネマーゼの発現を示す。

【0145】

（非発酵性細菌）
非発酵性細菌が、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖し、４μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩの存在下で増殖し、８μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、４μｇ／ｍｌのＡＶＩの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＡカルバペネマーゼの発現を示す。

【0146】

（実施例２）
（クラスＢカルバペネマーゼ発現の同定）
（腸内細菌）
腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖せず、０．０３μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸの存在下で増殖する場合、検出試験は、この細菌によるクラスＢカルバペネマーゼの発現を示す。

【0147】

腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、６４μｇ／ｍｌのＴＥＭ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖せず、０．０６μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖せず、０．１２５μｇ／ｍｌのＤＯＲの存在下で増殖する場合、検出試験は、この細菌によるクラスＢカルバペネマーゼの発現を示す。

【0148】

（非発酵性細菌）
非発酵性細菌が、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＢカルバペネマーゼの発現を示し、２μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ中での増殖は、クラスＢの発現を示す。

【0149】

非発酵性細菌が、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡ中で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＢカルバペネマーゼの発現を示し、２μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ中での増殖は、クラスＢの発現を示す。

【0150】

（実施例３）
（クラスＤカルバペネマーゼ発現の同定）
（腸内細菌）
腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖し、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸの存在下で増殖し、０．０６μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、４μｇ／ｍｌのＡＶＩの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0151】

腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、６４μｇ／ｍｌのＴＥＭ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖する場合、検出試験は、この細菌によるクラスＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0152】

腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、６４μｇ／ｍｌのＴＥＭ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖せず、０．０６μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖せず、０．１２５μｇ／ｍｌのＤＯＲの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0153】

（非発酵性細菌）
非発酵性細菌が、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖し、４μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0154】

非発酵性細菌が、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖し、４μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩの存在下で増殖しない場合、検出試験は、この細菌によるクラスＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0155】

（実施例４）
（クラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼ発現の同定）
（腸内細菌）
腸内細菌が、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、６４μｇ／ｍｌのＴＥＭ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖せず、０．０６μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡの存在下で増殖し、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸの存在下で増殖し、０．５μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖する場合、検出試験は、この細菌によるクラスＡ、Ｂおよび／またはＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0156】

（非発酵性細菌）
非発酵性細菌が、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖し、４μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩの存在下で増殖する場合、検出試験は、この細菌によるクラスＡ、Ｂおよび／またはＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0157】

非発酵性細菌が、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸの存在下で増殖し、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡの存在下で増殖し、４μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩの存在下で増殖し、８μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、４μｇ／ｍｌのＡＶＩの存在下で増殖する場合、検出試験は、この細菌によるクラスＡ、Ｂおよび／またはＤカルバペネマーゼの発現を示す。

【0158】

（インキュベーションの持続時間）
検出試験は、既定のインキュベーション期間にわたり実行される。一部の実施形態において、インキュベーション期間は、検出反応が完了するのにかかる時間である。一部の実施形態において、インキュベーション期間は、予め決定されており、使用者によって定義される。検出試験のためのインキュベーション時間は、約３時間から約１６時間の範囲であってもよい。したがって、検出試験の増殖有りまたは増殖無しという帰結は、インキュベーション時間によって定義される時間枠以内に得られる。

【0159】

従来のアッセイ（例えば、プレートベースのアッセイ）は、抗生物質耐性細菌の同定のために、少なくとも１６時間から約２４時間またはそれ以上の時間を必要とする。対照的に、本開示は、より迅速な検出試験を提供する。例えば、各ウェル中の検出試験のための時間枠は、１５分から３時間であるかまたはおよそその範囲である。一部の実施形態において、検出試験の持続時間は、約５時間から約１０時間の範囲であってもよい。一部の実施形態において、腸内細菌のための検出試験の持続時間は、約６時間から約８時間の範囲である。一部の実施形態において、腸内細菌のための検出試験の持続時間は、約５時間から約７時間の範囲である。一部の実施形態において、非発酵性細菌のための検出試験の持続時間は、約８時間から約１１時間の範囲である。一部の実施形態において、非発酵性細菌のための検出試験の持続時間は、約７時間から約１４時間の範囲である。

【0160】

１つまたは複数の抗生物質および１つまたは複数の阻害剤の様々な組合せの存在下における細菌増殖の存在または非存在を測定することによって検出試験の結果を測定する１つまたは複数の検出器が提供される。検出器は、既定のインキュベーション期間とそれに続いて検出が実行されるまで、検出試験の結果を定期的に測定する。検出器は、迅速な自動化された様式で、増殖有り、または増殖無し、を検出する。例えば、検出器が複数のウェル中で検出試験の結果を測定するための時間枠は、約５分から約１０分であってもよい。

【0161】

一部の実施形態において、検出器は、複数のウェルにおける検出試験の結果を、連続的に分析することができる。一部の実施形態において、検出器は、複数のウェルにおける検出試験の結果を、同時に分析することができる。複数のウェルにおける検出試験の結果を同時に分析することが、より効率的である。

【0162】

複数のウェルのそれぞれにおける検出試験は、酸化還元反応ベースであり、ウェル中の１つまたは複数の検出試薬は、増殖の非存在または存在の酸化還元反応ベースの検出を可能にする。一部の実施形態において、増殖を検出するための複数のウェルのそれぞれにおける検出試験は、複数のウェルのそれぞれにおける濁度に基づく。一部の実施形態において、増殖を検出するための複数のウェルのそれぞれにおける検出試験は、複数のウェルのそれぞれにおける酸化還元反応と濁度との組合せに基づく。

【0163】

酸化還元反応は、当技術分野において周知であり、原子の酸化状態が変更される化学反応を含む。酸化還元反応は、２つ以上の化学種間での電子の移動を含む。化学種から１つまたは複数の電子が移動すると、その化学種は酸化され、それに対して化学種に１つまたは複数の電子が移動すると、その化学種は還元される。濁度に基づく増殖の検出は、当技術分野において周知である。濁度に基づく増殖の検出の非限定的な例は、６００ｎｍの波長で光の吸光度を測定することを含む。

【0164】

酸化還元反応の非限定的な例としては、化合、分解、置換、酸化、および不均化型の酸化還元反応が挙げられる。一部の実施形態において、酸化還元反応は、ｐＨ、色などの変化に基づいていてもよい。

【0165】

検出器は、ウェル中の酸化還元反応の帰結を検出することによって、複数のウェルにおける検出試験の結果を分析する。検出器は、迅速な自動化された方式で、酸化還元反応の結果を分析する。

【0166】

一部の実施形態において、検出試験の帰結は、複数のウェルにおいて１つまたは複数の細菌が増殖することである。一部の実施形態において、検出試験の帰結は、複数のウェルにおけるサンプル中で１つまたは複数の細菌が増殖しないことである。

【0167】

これまでに開示されたアッセイは、腸内細菌に対してのみ使用することができる。対照的に、一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌に使用することができる。一部の実施形態において、検出試験は、非発酵性細菌に使用することができる。一部の実施形態において、検出試験は、腸内細菌および非発酵性細菌の両方に使用することができる。

【0168】

一部の実施形態において、検出試験は、異なるカルバペネマーゼのクラスの迅速な識別および同定を可能にするように自動化に改めることができる。一部の実施形態において、検出試験は、数時間以内でカルバペネマーゼ産生の表現型検出およびカルバペネマーゼのアンブラー分類を自動的に行うアルゴリズムと組み合わされる。

【0169】

１つまたは複数のアルゴリズムは、１つまたは複数の検出器からのデータを処理して、ウェル中の結果を問い合わせる。アルゴリズムは、データを処理するのにおよそ１分から１０分を要する。ウェル中の細菌増殖の存在または非存在に基づいて、アルゴリズムは、ウェル中における増殖有り、または増殖無し、のアウトプットを提供する。一部の実施形態において、アルゴリズム全体のための時間枠は、約６時間から約１２時間である。一部の実施形態において、アルゴリズム全体のための時間枠は、約５時間から約７時間である。

【0170】

本開示は終始「ウェル」中でなされる試験について述べているが、当業者であれば、多数の試験場所が本明細書で開示された試験にとって好適であり、それゆえに「ウェル」は非限定的であることを認識していると予想される。例えば、マイクロタイタープレート、キュベット、試験管、または当技術分野において公知の他のあらゆる好適な構造を使用することができる。

【0171】

実施例６（図２５）～実施例１０（図３０）に、アルゴリズムの非限定的な例を提供する。アルゴリズム中の各「ボックス」は、本明細書で提供される検出試験のアッセイウェルを表す。

【0172】

（ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトアルゴリズム）
一部の実施形態において、カルバペネマーゼのアンブラークラスの同定と共に、カルバペネマーゼ発現細菌の迅速な自動化された同定を可能にする１つまたは複数のアルゴリズムが提供される。自動化プラットフォームにアルゴリズムを包含させることによって、高いレベルの精度および結果までの時間の改善がもたらされた。

【0173】

一部の実施形態において、ＣＰＯディテクトを使用して得られた検出試験の結果を分析して解釈するのに本明細書で提供されるアルゴリズムの１つまたは複数を使用するコンピューターまたはコンピューターシステムが提供される。例えば、コンピューターは、複数のウェルで得られた検出試験の結果を問い合わせ、アルゴリズムで定義される通りに問い合わされた検出試験からの結果（例えば、増殖有り、または増殖無し）に基づいてアウトプットを提供する。システムに提供された検出試験結果は、所定時間枠以内での、検出試験の１つまたは複数のウェルにおいて、増殖陽性（Ｇ）、または増殖無し（ＮＧ）のいずれかである。問い合わされたウェルに関して提供された結果（増殖有り、または増殖無し）に基づいて、システムは、アルゴリズムで定義される通りに次の問い合わせに進む。システムは、アルゴリズム中のアウトプットポイントにシステムが到達するまで複数の試験結果を問い合わせ、そのポイントにきたらシステムはアウトプットの結果を生成する。

【0174】

以下に、アルゴリズムの非限定的な例（実施例５～実施例１０）を提供する。アルゴリズム中の各「ボックス」は、１つまたは複数のカルバペネマーゼ阻害剤を伴う／伴わない、１つまたは複数の細菌、１つまたは複数の検出試薬、および１つまたは複数の抗生物質を含むインプットサンプルを含む、本明細書で提供される検出試験のウェル（または任意選択で平均数個の同一なウェル）を表す。例えば、図２５におけるボックス１は、１つまたは複数の腸内細菌、１つまたは複数の検出試薬、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、および０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸを含むインプットサンプルの組合せを含む検出試験のウェルを表す。論じられるように、サンプルが腸内または非発酵性細菌を含むかどうかの判定は、当技術分野において公知の方法によって、例えば、スポットオキシダーゼ試験、ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦおよびＰｈｏｅｎｉｘ ＩＤシステムを含む生化学試験によってなされ得る。判定は、サンプルを試験に通す前に、またはサンプルを通した後になすことができる。本明細書で示されたアルゴリズムの例において、サンプルが腸内または非発酵性細菌を含有するかどうかの判定は、示されるアルゴリズムのステップの前または後のいずれかでなされる。一部の実施形態において、本明細書で示されたアルゴリズムは、サンプルが腸内または非発酵性細菌を含有するかどうかを先行して判定せずに試行することができる。試験が、判定されたＣＰＯ検出および／または細菌のタイプ（例えば、非発酵性または腸内）の分類を試験が試行された後に提供するのに適切ではない場合、その試験結果は、単に無視することができる。

【0175】

（実施例５）
図２５で例示されるアルゴリズムのフローチャートは、サンプルがクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌を含有するかどうかを判定するのに使用される。ボックス１は、１つまたは複数の腸内細菌、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。腸内細菌に関して図２５で示されるように、システムは、ボックス１における検出試験の結果を問い合わせることができる。ボックス１における試験の結果が増殖（Ｇ）である場合、システムは、サンプル中のクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌の存在を示す陽性のアウトプットの結果を報告する。ボックス１における試験の結果が増殖無し（ＮＧ）である場合、報告されたアウトプットの結果は、陰性であり、すなわちサンプルは、クラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌を含有しない。本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が腸内であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0176】

（実施例６）
（腸内細菌に関するカルバペネマーゼクラスの同定）
図２６は、サンプル中の腸内細菌がカルバペネマーゼを産生するかどうか、産生するのであればどのクラスか、を判定するためのアルゴリズムの実施形態のフローチャートを例示する。腸内細菌に関して図２６で示されるように、システムがボックス１の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス２の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス２は、１つまたは複数の腸内細菌、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス２の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、ボックス５の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス５は、１つまたは複数の腸内細菌、０．０３μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス５を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス２を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、ボックス５の試験の結果を問い合わせると予想される。システムがボックス５を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＢカルバペネマーゼを発現する細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス２を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス３の試験の結果に関して問い合わせると予想される。ボックス３は、１つまたは複数の腸内細菌、０．０６μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、８μｇ／ｍｌのＲＰＸ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス３を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス３を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス４の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス４は、１つまたは複数の腸内細菌、０．０６μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、４μｇ／ｍｌのＡＶＩ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス４を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス４を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは問い合わせを終わらせ、それは腸内細菌がカルバペネマーゼのどのクラスを発現するかを判定することができなかったという結果をアウトプットすると予想される。

【0177】

本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が腸内であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0178】

（実施例７）
（腸内細菌に関するカルバペネマーゼクラスの同定）
図２７は、サンプル中の腸内細菌がカルバペネマーゼを産生するかどうか、産生するのであればどのクラスかを判定するためのアルゴリズムの実施形態のフローチャートを例示する。腸内細菌に関して図２７で示されるように、システムがボックス１の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス６の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス６は、１つまたは複数の腸内細菌、６４μｇ／ｍｌのＴＥＭ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス６の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、ボックス７の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス７は、１つまたは複数の腸内細菌、０．０６μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．２５ｍｇ／ｍｌのＥＤＴＡ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス７の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス３の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。アルゴリズムがボックス３の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス６の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、ボックス７の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。アルゴリズムがボックス７の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、ボックス９の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス９は、１つまたは複数の腸内細菌、０．１２５μｇ／ｍｌのＤＯＲ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス９の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＢカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス６の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス９の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス３の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス８の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス８は、１つまたは複数の腸内細菌、０．５μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス８の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼの１つまたは複数を発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス８の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、それは、腸内細菌がカルバペネマーゼのどのクラスを発現するかを判定することができなかったという結果をアウトプットすると予想される。

【0179】

本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が腸内であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0180】

（実施例８）
図２８は、サンプルがクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する非発酵性細菌を含有するかどうかを判定するためのアルゴリズムの実施形態のフローチャートを例示する。ボックス１０は、１つまたは複数の腸内細菌、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。非発酵性細菌に関して図２８で示されるように、システムは、ボックス１０における検出試験の結果を問い合わせることができる。ボックス１０における試験の結果が増殖（Ｇ）である場合、システムは、サンプル中のクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌の存在を示す陽性のアウトプットの結果を報告する。ボックス１０における試験の結果が増殖無し（ＮＧ）である場合、報告されたアウトプットの結果は、陰性であり、すなわちサンプルは、クラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する非発酵性細菌を含有しない。本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が非発酵性であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0181】

（実施例９）
（非発酵性細菌に関するカルバペネマーゼクラスの同定）
図２９は、サンプル中の非発酵性細菌がカルバペネマーゼを産生するかどうか、産生するのであればどのクラスかを判定するためのアルゴリズムの実施形態のフローチャートを例示する。非発酵性細菌に関して図２９で示されるように、システムがボックス１０の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス１１の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス１１は、１つまたは複数の非発酵性細菌、１μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、０．１８ｍｇ／ｍｌのＤＰＡ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス１１の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、ボックス１３の試験の結果を問い合わせると予想される。ボックス１３は、１つまたは複数の非発酵性細菌、２μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス１３の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＢカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１１の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス１２の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。ボックス１２は、１つまたは複数の非発酵性細菌、４μｇ／ｍｌのＭＥＭ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、５μｇ／ｍｌのＢＬＩ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス１２の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１２の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼの１つまたは複数を発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１３の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、それが、非発酵性細菌がカルバペネマーゼのどのクラスを発現するかを判定することができなかったという結果をアウトプットすると予想される。

【0182】

本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が非発酵性であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0183】

（実施例１０）
（非発酵性細菌に関するカルバペネマーゼクラスの同定）
図３０は、サンプル中の非発酵性細菌がカルバペネマーゼを産生するかどうか、産生するのであればどのクラスかを判定するためのアルゴリズムの実施形態のフローチャートを例示する。非発酵性細菌に関して図３０で示されるように、システムがボックス１０を問い合わせ、増殖を検出する場合、それは、ボックス１１を問い合わせると予想される。システムがボックス１１を問い合わせ、増殖を検出する場合、それは、ボックス１２を問い合わせると予想される。システムがボックス１２の試験の結果を問い合わせ、増殖を検出する場合、それは、ボックス１４の試験の結果を問い合わせると予想される。ボックス１４は、１つまたは複数の非発酵性細菌、８μｇ／ｍｌのＤＯＲ、０．１ｍｇ／ｍｌのＣＬＯＸ、４μｇ／ｍｌのＡＶＩ、および１つまたは複数の検出試薬を含むインプットサンプルの組合せを含むウェルを表す。システムがボックス１４の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１１の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、ボックス１３の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス１３の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＢカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１１の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス１２の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス１２の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１２の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス１４の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス１４の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼの１つまたは複数を発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１３の試験の結果を問い合わせ、増殖無しが報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、それは非発酵性細菌がカルバペネマーゼのどのクラスを発現するかを判定することができなかったという結果をアウトプットすると予想される。

【0184】

本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が非発酵性であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0185】

（実施例１０．１）
（腸内細菌科および非発酵性株に関するカルバペネマーゼ検出）
図３６は、腸内細菌科および非発酵性株のＣＰＯ検出に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す。腸内細菌に関して図３６で示されるように、システムは、ボックス１における検出試験の結果を問い合わせることができる。ボックス１における試験の結果が増殖である場合、システムは、サンプル中のクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌の存在を示す陽性のアウトプットの結果を報告する。ボックス１における試験の結果が増殖無し（阻害）である場合、報告されたアウトプットの結果は、陰性であり、すなわちサンプルは、クラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌を含有しない。非発酵性細菌に関して図３６で示されるように、システムは、ボックス１０における検出試験の結果を問い合わせることができる。ボックス１０における試験の結果が増殖である場合、システムは、サンプル中のクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する非発酵性細菌の存在を示す陽性のアウトプットの結果を報告する。ボックス１０における試験の結果が増殖無し（阻害）である場合、報告されたアウトプットの結果は、陰性であり、すなわちサンプルは、クラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する非発酵性細菌を含有しない。

【0186】

本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が腸内および／または非発酵性であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0187】

（実施例１０．２）
（腸内細菌科および非発酵性株に関するカルバペネマーゼ検出および腸内細菌科に関するアンブラー分類）
図３７は、腸内細菌科および非発酵性株のＣＰＯ検出および腸内細菌科の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す。図３７におけるアルゴリズムは、図３６におけるアルゴリズムを基礎としている。腸内細菌に関して図３７で示されるように、システムは、ボックス１における検出試験の結果を問い合わせることができる。ボックス１における試験の結果が増殖である場合、システムは、サンプル中のクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌の存在を示す陽性のアウトプットの結果を報告する。ボックス１における試験の結果が増殖無し（阻害）である場合、報告されたアウトプットの結果は、陰性であり、すなわちサンプルは、クラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する腸内細菌を含有しない。非発酵性細菌に関して図３７で示されるように、システムは、ボックス１０における検出試験の結果を問い合わせることができる。ボックス１０における試験の結果が増殖である場合、システムは、サンプル中のクラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する非発酵性細菌の存在を示す陽性のアウトプットの結果を報告する。ボックス１０における試験の結果が増殖無し（阻害）である場合、報告されたアウトプットの結果は、陰性であり、すなわちサンプルは、クラスＡ、ＢまたはＤカルバペネマーゼを産生する非発酵性細菌を含有しない。

【0188】

図３７におけるアルゴリズムは、腸内細菌によって産生されたカルバペネマーゼのクラスの判定をさらに可能にする。腸内細菌に関して図３７で示されるように、システムがボックス１の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス６の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス６を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス６の試験の結果を問い合わせ、増殖無し（阻害）が報告される場合、それは、ボックス７の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス７を問い合わせ、増殖無し（阻害）が報告される場合、それは、ボックス９の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス９を問い合わせ、増殖無し（阻害）が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス７を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス３の試験の結果を問い合わせると予想される。システムがボックス３を問い合わせ、増殖無し（阻害）が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス９を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＢカルバペネマーゼを発現する腸内細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス３を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、それは、腸内細菌がカルバペネマーゼのどのクラスを発現するかを判定することができなかったという結果をアウトプットすると予想される。

【0189】

本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が腸内細菌および／または非発酵性細菌であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0190】

（実施例１０．３）
（腸内細菌科および非発酵性株に関するカルバペネマーゼ検出およびアンブラー分類）
図３８は、腸内細菌科および非発酵性株のＣＰＯ検出ならびに腸内細菌科および非発酵性株の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す。図３８におけるアルゴリズムは、図３７におけるアルゴリズムを基礎としている。

【0191】

図３７に関して記載された手順および結果に加えて、図３８におけるアルゴリズムは、非発酵性細菌によって産生されたカルバペネマーゼのクラスの判定をさらに可能にする。腸内細菌に関して図３８で示されるように、システムがボックス１０の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス１１の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス１１を問い合わせ、増殖無し（阻害）が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＢカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１１の試験の結果を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス１２の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス１２を問い合わせ、増殖無し（阻害）が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＤカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１２を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、ボックス１４の試験の結果を問い合わせることに進むと予想される。システムがボックス１４を問い合わせ、増殖無し（阻害）が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、サンプルがクラスＡカルバペネマーゼを発現する非発酵性細菌を含有するという結果をアウトプットすると予想される。システムがボックス１４を問い合わせ、増殖が報告される場合、それは、問い合わせを終わらせ、それが、非発酵性細菌がカルバペネマーゼのどのクラスを発現するかを判定することができなかったという結果をアウトプットすると予想される。

【0192】

本明細書で論じられるように、存在する細菌のタイプに応じて適したアルゴリズムが使用されるのを確実にするように、試験が試行される前または後のいずれにおいても、試験されている細菌が腸内および／または非発酵性であることを判定することによって、結果の報告が左右される。

【0193】

（実施例１０．４）
（腸内細菌科および非発酵性株に関するカルバペネマーゼ検出ならびに非発酵性株に関するアンブラー分類）
図３９は、腸内細菌科および非発酵性株のＣＰＯ検出ならびに非発酵性株の分類に関するアルゴリズムの実施形態のフローチャートを示す。図３９におけるアルゴリズムは、腸内細菌の分類のためのアルゴリズムの一部が包含されていないことを除いて図３８と同じである。

【0194】

（実施例１１）
（ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト試験とｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験との比較）
この実施例におけるデータは、現在の臨床的な必要性を満たすために、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトの性能を査定するように設計された研究に関する。本明細書で開示されたように、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト試験は、ＣＰＯ検出とカルバペネマーゼ分類の両方を提供して操作員の時間を低減し、カルバペネマーゼの報告を迅速化するために、感度パネルに統合するように設計される。比較試験は、カルバペネマーゼを検出するが、それを分類しない現在市販されている独立型試験であるｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験であった。したがって、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトＩＵＯパネルと、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験とを、精度およびワークフローに対する影響に関して比較した。

【0195】

（実施例１１．１）手法
ＢＤ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓｐａｒｋｓ、ＭＤの試験所で、試験所およびコンピューティング支援を提供するＢＤの調査スタッフにより研究を実行した。ＧＫＩＤ Ｉｎｃ．が、両方の試験のための接種物を調製し、全てのｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験を解釈した。ＢＤスタッフは、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験のいかなる局面にも関与しなかった。両方の試験を盲検化し、製造元の推奨に従って実行した。接種物は、不安定な単離株におけるカルバペネマーゼをコードするプラスミドの保持を強化するために使用されたイミペネムディスクに隣接してＢＤ血液寒天プレート上で終夜増殖させたものから調製された。

【0196】

ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験は、時には解釈が困難であった。陽性試験の製造元の定義は、試験ウェルと試験対照ウェルとの間で「有意な色の変動」が生じることである。これは有意な色の変動と有意ではない色の変動との境界をもたらさなかったため、この定義は問題であった。例えば、陽性試験をもたらすと予想されるＥ．クロアカエ（Ｅ．ｃｌｏａｃａｅ）０１６４（ＩＭＩクラスＡカルバペネマーゼ）、陽性試験をもたらすと予想される大腸菌０１０４（ＫＰＣクラスＡカルバペネマーゼ）、陰性試験をもたらすと予想される大腸菌００５８（ＥＳＢＬ）、および陰性試験をもたらすと予想される肺炎桿菌Ｇ１６７３（ＣＭＹ－２プラスミド媒介ＡｍｐＣ）を用いたところ、有意な色の変動は観察されなかった。この理由のために、ボーダーラインの結果は、陽性（解釈１）として解釈され、また陰性（解釈２）としても解釈された。これは、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰの結果の２つのセットを提供する。

【0197】

（実施例１１．２）単離株
２９４の単離株に加えて３つの品質管理株を試験した。試験単離株は、単一のカルバペネマーゼを産生する腸内細菌科、緑膿菌およびアシネトバクター・バウマンニに属する２３６の単離株、２つのカルバペネマーゼを産生する７つ、ならびに５１の陰性対照で構成された。表１．１、表１．２および表１．３に、単離株のタイプの要約（各種に属する単離株の数、加えて、耐性メカニズムのグループ）を提供する。表１．３に、表１．１～１．３のためのメカニズムの記号を提供する。

【0198】

単離株を、以下から得た：

【0199】

カルバペネマーゼおよび非カルバペネマーゼ産生グラム陰性桿菌のＦＤＡ／ＣＤＣチャレンジパネル；

【0200】

ＧＫＩＤ Ｉｎｃ．によって提供されたカルバペネマーゼおよび非カルバペネマーゼ産生グラム陰性桿菌の十分特徴付けられた単離株；および

【0201】

ＡＴＣＣ品質管理単離株：

【0202】

肺炎桿菌ＢＡＡ－１７０５（陽性、ＫＰＣ）－両方の試験に使用される。

【0203】

肺炎桿菌ＡＴＣＣ７００６０３（陰性）－両方の試験に使用される。

【0204】

大腸菌ＡＴＣＣ ＢＡＡ２４５２（陽性、ＮＤＭ－１）－ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトのみに使用される。

【0205】

これらは慣例的な臨床分離株ではなかった。これらは、診断能力の極端な試験を提供するために選ばれた。参照標準は、分子、表現型、および生化学の試験による先行の特徴付けであった。ＫＰＣ、ＮＭＣ－Ａ、ＩＭＩおよびＳＭＥ酵素を包含するクラスＡカルバペネマーゼの１１０の産生株、ＮＤＭ、ＧＩＭ、ＳＰＭ、ＩＭＰ、およびＶＩＭ酵素を包含するクラスＢカルバペネマーゼ（メタロ－β－ラクタマーゼ）の９１の産生株、ＯＸＡ－２３、４０、４８、５８、７２、１８１、および２３２を包含するクラスＤカルバペネマーゼの３５の産生株、ならびに２つのカルバペネマーゼを産生する７つの単離株が存在した。５１の陰性対照（３５のＡｍｐＣおよび１６の他の非ＡｍｐＣ）は、ＥＳＢＬ、ＡｍｐＣ（過剰産生株を包含する）、Ｋ１、広帯域β－ラクタマーゼおよびポリン突然変異体を産生した。

【0206】

【表2】

【0207】

【表3-1】

【0208】

【表3-2】

【0209】

【表4】

【0210】

（実施例１１．３）全てのカルバペネマーゼの検出の感度
試験単離株の一部における極端な診断の困難さを考慮すれば、このようにして得られたＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトおよびｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰの両方の結果は、カルバペネマーゼの全てのタイプの検出のための総合的な感度の観点で傑出していた。

【0211】

ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、９７．１％の感度を達成した（２４３のＣＰＯのうち２３６が検出された）。ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験に関する感度は、解釈１を使用した場合９８．８％であり、解釈２を使用した場合９７．１％であった。

【0212】

（実施例１１．４）カルバペネマーゼの分子クラスの検出の感度
ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトおよびｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰの両方の検出の感度は、カルバペネマーゼの各分子クラスの観点で非常に良好であった。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、１つの単離株の緑膿菌Ｇ１５３０３に関するパネルを中断した。慣例的な臨床試験所では、即座にこの単離株に反復試験が実行され結果が得られると予想される。

【0213】

（クラスＡカルバペネマーゼ検出の感度）
ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、クラスＡカルバペネマーゼ産生株の９７．３％（１１０の単離株に対して１０７）の検出の感度を達成した。ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰは、解釈１を使用した場合１００．０％（１１０の単離株に対して１１０）の感度を達成し、解釈２を使用した場合９８．２％（１１０の単離株に対して１０８）の感度を達成した。この極めて難度の高い評価におけるクラスＡ産生株の９７．３％の検出は、意義がある成果である。

【0214】

クラスＡ検出のＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトの感度に関して、以下の３つのＫＰＣ（クラスＡ）産生株は偽陰性の結果をもたらした。

【0215】

Ｃ．フロインディ（Ｃ．ｆｒｅｕｎｄｉｉ）Ｇ１７０６－この単離株は、１μｇ／ｍｌの相対的に低いエルタペネムのＭＩＣを有していた（ほとんどのＣＰＯは＞１μｇ／ｍｌであった）。メロペネムのＭＩＣ（０．２５μｇ／ｍｌ）はＣＰＯに関して異常に低かった。イミペネムのＭＩＣは顕著に上昇したが（２μｇ／ｍｌ）、耐性範囲内ではなかった。このタイプのＣＰＯは、カルバペネムの加水分解を検出できない試験で検出することが難しい。これは、メロペネムが試験された唯一のカルバペネムである場合、疑いを生じさせなかったと予想される。

【0216】

ＫＰＣ－４産生肺炎桿菌Ｇ１５１１－ＫＰＣ－４は、弱い活性の酵素である。ＭＩＣがはっきりと上昇したため（エルタペネム＞１；イミペネム４；メロペネム２μｇ／ｍｌ）、単離株は、カルバペネムに感受性を有するとして不当に報告されないと予想される。これは、ほとんどの表現型試験にとって、ＣＰＯとして確認することが極めて難しい単離株である。

【0217】

Ｋ．オキシトカ（Ｋ．ｏｘｙｔｏｃａ）０１４７－この単離株は、エルタペネム＞１；イミペネム＞８；メロペネム＞８μｇ／ｍｌの、高いスケール外のカルバペネムのＭＩＣを有していたことから、カルバペネムに感受性を有するとして不当に報告されないと予想される。なぜそのカルバペネマーゼ産生の可能性が認識されなかったかは不明である。

【0218】

これらの３つの単離株は、現在のところ強力なアルゴリズムを生成するのに利用可能なデータがわずかしかない可能性があることから、あまり一般的なタイプのＣＰＯではない。それらのうち２つは、明白にカルバペネムに感受性を有さないとして報告されると予想され、それゆえにカルバペネム療法の候補ではないと予想される。

【0219】

（クラスＢカルバペネマーゼ検出の感度）
ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、クラスＢ産生株の９５．６％（９１の単離株に対して８７）の検出の感度を達成した。ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰは、解釈１および２を使用して９８．９％（９１の単離株に対して９０）の感度を達成した。

【0220】

クラスＢ検出のＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトの感度に関して、４つのクラスＢ（メタロ－β－ラクタマーゼ）産生株は偽陰性の結果をもたらした。３つ（２つの緑膿菌および１つのＰ．ミラビリス（Ｐ．ｍｉｒａｂｉｌｉｓ））は、高いカルバペネムのＭＩＣを有していたことから、カルバペネム感受性を有するとして報告されないと予想される。それらの表現型は、非カルバペネマーゼメカニズムによって付与されたものに類似していたことから、それらをＣＰＯとして認識するのを難しくした可能性がある。第４の単離株であるＥ．クロアカエＧ１６９１は、低いＭＥＭのＭＩＣを有していたことから、これが試験された唯一のカルバペネムであった場合、ＣＰＯとして疑いを生じさせなかった可能性がある。

【0221】

４つの単離株は、以下の通りであった。

【0222】

ＩＭＰ－８産生Ｅ．クロアカエＧ１６９１：ＥＲＴ＞１；ＩＭＰ４；およびＭＥＭ０．５μｇ／ｍｌの上昇したＭＩＣにもかかわらず、この生物の異常な表現型、特に、低いが上昇したＭＥＭのＭＩＣは、偽陰性試験に寄与した可能性がある。

【0223】

ＶＩＭ産生緑膿菌Ｇ１５５５７およびＶＩＭ－２産生緑膿菌：これらは、同一な表現型、すなわちＥＲＴ＞１；ＩＭＰ＞８；ＭＥＭ４μｇ／ｍｌを有していた。これは、ＯｐｒＤポリン産生の低減に関連する頻繁に遭遇する表現型である。これは、偽陰性試験に寄与した可能性がある。

【0224】

第４の単離株は、ＩＭＰ－２７産生プロテウス・ミラビリス（Ｐｒｏｔｅｕｓ ｍｉｒａｂｉｌｉｓ）であった。ＥＲＴ＞１；ＩＭＰ８；ＭＥＭ＞８μｇ／ｍｌのカルバペネムのＭＩＣは、この種のイミペネムに対する固有の低下した感受性とははっきりと異なっていたが、他のカルバペネムに関してはそうではなかった。不規則な表現型は、カルバペネマーゼ産生の疑いを引き起こしたと予想されるが、ＩＭＰ－２７は、表現型試験での検出が極めて難しいカルバペネマーゼである。

【0225】

（クラスＤカルバペネマーゼ検出の感度）
ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトおよびｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰはいずれも、アシネトバクター属菌および腸内細菌科によるクラスＤカルバペネマーゼ産生を検出することに関して優秀であった。

【0226】

ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、クラスＤ産生株の１００％（３５の単離株に対して３５）の検出の感度を達成した。クラスＤカルバペネマーゼは弱い活性しかなく、一部の現在の試験で検出することは非常に難しいかほとんど不可能であるため、クラスＤ産生は最も難しい診断上の課題を提供することを考えれば、これはとりわけ先例がないことである。

【0227】

ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰは、解釈１および２を使用して９４．３％（３５の単離株に対して３３）を達成した。ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰは、２つのＯＸＡ－４８様産生株を見逃した。

【0228】

（２つのカルバペネマーゼを産生する単離株の検出の感度）
２つのカルバペネマーゼを産生する全ての７つの単離株は、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトおよびｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰの両方によってカルバペネマーゼ陽性として報告された。

【0229】

（実施例１１．５）全てのカルバペネマーゼの検出の特異度
陰性対照単離株の極めて困難な性質が、通常より低い特異度に寄与していた。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、６８．６％（５１の単離株に対して３５）の特異度をもたらした。ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰは、解釈１を使用して６０．８％（５１の単離株に対して３１）の特異度をもたらし、解釈２を使用して７８．４％（５１の単離株に対して４０）の特異度をもたらした。

【0230】

両方の試験は、ＡｍｐＣ産生株および非ＡｍｐＣ産生株の両方を用いた場合、問題を有していた。ＡｍｐＣ産生株の場合、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、７４．３％（３５の単離株に対して２６）の特異度をもたらし、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰは、解釈１を使用して５７．１％（３５の単離株に対して２０）の特異度をもたらし、解釈２を使用して７７．１％（３５の単離株に対して２７）の特異度をもたらした。

【0231】

他の非ＡｍｐＣ産生株の場合、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、４３．８％（１６の単離株に対して７）の特異度をもたらし、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰは、解釈１および２を使用して６２．５％（１６の単離株に対して１０）の特異度をもたらした。

【0232】

表２に、偽陽性結果をもたらす単離株、それらの耐性メカニズムの特徴付けおよびそれらのカルバペネムのＭＩＣを列挙する。高いレベルのＡｍｐＣ産生に起因する偽陽性結果は、多くのカルバペネマーゼ検出試験にとって問題である。高いレベルのＡｍｐＣ産生それ自体は、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト試験を用いた場合、偽陽性結果を説明しない。この試験は、非常に高いレベルのＡｍｐＣ産生株である大腸菌Ｇ１６３４およびＧ１７００に関しては、正しく陰性の呼び出しをもたらした。これは、他のＡｍｐＣ産生株での偽陽性結果に関する説明として、ＡｍｐＣ産生を除外する傾向になる。同様に、ＥＳＢＬ産生株に関する偽陽性結果がＥＳＢＬ産生そのものによって引き起こされた可能性は低い。より考えられる説明は、これらの単離株に関する偽陽性結果はポリン突然変異に起因していたということである。わずかながら考えられる説明は、カルバペネムを加水分解する広域ＡｍｐＣの産生である。他の考えられる説明は、クラスＢカルバペネマーゼ検出試験におけるキレート化剤による阻害である。これは、ＥＳＢＬまたはＡｍｐＣ産生株の試験がクラスＢカルバペネマーゼ産生に関して偽陽性になるという結果を引き起こす可能性がある。

【0233】

表２に列挙した単離株の同定は、説明としてのポリン突然変異の可能性に対する裏付けを追加するものである。１７の単離株のうち１５は、肺炎桿菌、大腸菌およびエンテロバクター属菌であった。これらのなかでも肺炎桿菌は、ポリン突然変異がカルバペネムのＭＩＣ、特にエルタペネムおよびメロペネムのＭＩＣを上昇させる腸内細菌科の最も一般的なメンバーである。また大腸菌およびエンテロバクター属菌は、ポリン突然変異を起こす傾向が比較的高い。表２において、全ての単離株が、少なくとも１つのカルバペネムの上昇したスケール外のＭＩＣを有し、ほとんどが、全てのカルバペネムのスケール外のＭＩＣを有する。ポリン突然変異の確認は通常、冗長で費用がかかり、技術的に難しいため、試みられない。ポリン突然変異体とカルバペネマーゼ産生株とを区別することは、カルバペネム加水分解の存在または非存在を検出する試験によって最も良好に達成される。

【0234】

Ｐ．ミラビリスＧ１７４５に関する偽陽性結果は、場合によってはソフトウェア編集を用いて修正することができる。この単離株は、エルタペネムおよびメロペネムより特徴的に高いイミペネムのＭＩＣを有する種の典型である。この単離株に関してイミペネムのＭＩＣのみが上昇したことは、カルバペネマーゼによって引き起こされた可能性は低い。

【0235】

【表5】

【0236】

（実施例１１．６）カルバペネマーゼの分類
分子クラスＡ、ＢおよびＤへのカルバペネマーゼの分類は、治療上の重要性を有する。これはまた、感染制御、疫学および調査にとっても有用である。カルバペネマーゼ産生のタイプを分類するそれらの能力について、４つのＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトアルゴリズムを分析した。

【0237】

ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験は、カルバペネマーゼを分類できない。現在のところ、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトのカルバペネマーゼを分類する能力は他に類を見ない。このタイプの試験を評価するための規格はない。実際に、いかなる正しいカルバペネマーゼの分類も、臨床上の利益を有する可能性がある。

【0238】

アルゴリズム１は、腸内細菌科をクラスＡ、ＢまたはＤに分類した（図３２）。アルゴリズム１は、非発酵性株をクラスＢまたはＤのみに分類した（図３３）。アルゴリズム２は、腸内細菌科（図３４）および非発酵性株（図３５）の両方をクラスＡ、ＢまたはＤに分類した。アルゴリズム３は、アルゴリズム１と同じであるが、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトが「回答なし」の結果を生じる可能性があることを除く（腸内細菌科については図２６、および非発酵性株については図２９）。アルゴリズム４は、アルゴリズム２と同じであるが、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトが「回答なし」の結果を生じる可能性があることを除く（腸内細菌科については図２７、および非発酵性株については図３０）

【0239】

アルゴリズム１～４（図２６、図２７、図２９、図３０および図３２～図３５）は、例示的であり、非限定的である。アルゴリズム１～４（図２６、図２７、図２９、図３０および図３２～図３５）で提供される抗生物質濃度は、表２．１で開示された抗生物質の濃度範囲内であった。アルゴリズム１～４（図２６、図２７、図２９、図３０および図３２～図３５）および表２．１において、ＣＬＯＸの濃度は１００μｇ／ｍＬであり、ＤＰＡは１７８μｇ／ｍＬであり、ＡＶＩは４μｇ／ｍＬであり、ＢＬＩは５μｇ／ｍＬであり、ＥＤＴＡは２５０μｇ／ｍＬであり、ＲＰＸは８μｇ／ｍＬであった。

【0240】

【表6】

【0241】

アルゴリズム１～４（図２６、図２７、図２９、図３０および図３２～図３５）は、これまでに図２５～図３０で説明したようにして作動する。例えば、アルゴリズム１～４における各「ボックス」（例えば、図３２におけるボックス１）は、１つまたは複数のカルバペネマーゼ阻害剤を伴う／伴わない、１つまたは複数の細菌、１つまたは複数の検出試薬、および１つまたは複数の抗生物質を含むインプットサンプルを含む、本明細書で提供される検出試験のウェル（または任意選択で平均数個の同一なウェル）を表す。システムに提供された検出試験結果は、所定時間枠以内での、検出試験の１つまたは複数のウェルにおける、増殖陽性（Ｇ）または増殖無し（ＮＧ）のいずれかである。問い合わされたウェルに関して提供された結果（増殖有り、または増殖無し）に基づいて、システムは、アルゴリズムで定義される通りに次の問い合わせに進む。システムは、アルゴリズム中のアウトプットポイントにシステムが到達するまで複数の試験結果を問い合わせ、そのポイントにきたらシステムはアウトプットの結果を生成する。

【0242】

表３は、７つの二重カルバペネマーゼ産生株を除いた全ての単離株に関するアルゴリズムの結果を要約する。表３の左側に、良好な結果、すなわち、正しい分類、正しい陰性の結果、未分類のカルバペネマーゼ（タイプ未分類）、および分類されたかまたは未分類かどうか（すなわち、カラム「Ａ、Ｂ、Ｄまたはタイプ不明」／タイプ未分類の欄に割り振られる）にかかわらず正しい検出の合計を記載する。

【0243】

【表7】

【0244】

全てのアルゴリズムは、うまく機能して、クラスＡ産生ＣＰＯの少なくとも８０％を同定した。アルゴリズム２および４は、クラスＡ産生株の１１０のうち９１（８２．７％）を正しく分類したことから、アルゴリズム１および３（８１．２％）よりわずかに正確であった。誤分類の発生率は非常に低く、臨床上重要なことに、クラスＡ産生株として誤って分類された単離株はクラスＢ産生株ではなかった。１つの単離株、ＯＸＡ－４０産生Ａ．バウマンニ（Ａ．Ｂａｕｍａｎｎｉｉ）Ｇ１７３４だけが、アルゴリズム２および４を用いたところ偽陽性のクラスＡの結果を生じた。３つの単離株、ＣＴＸ－Ｍ－９産生大腸菌００８６、ＣＭＹ産生Ｐ．ミラビリスＧ１７４５およびＡｍｐＣ過剰産生Ｍ．モルガニイ（Ｍ． ｍｏｒｇａｎｉｉ）Ｇ１７５１が、アルゴリズム１および３を用いたところ偽陽性のクラスＡの結果を生じた。クラスＡ産生ＣＰＯを高いレベルで同定する精度は、セフタジジム／アビバクタム療法の利用可能性が、重要であるが現在のところ未だ満たされていない臨床的な必要性を満たすことを示す。

【0245】

全てのアルゴリズムが、クラスＢ産生株の９１のうち６３（６９．２％）を正しく分類した。これは、セフタジジム／アビバクタムを使用すべきではない場合を同定するのに有用である。これは結果的に、患者が、効果がないセフタジジム／アビバクタム療法を受けないようにすることによって命を救うことができる。偽陽性のクラスＢ分類の帰結としては、有効なセフタジジム／アビバクタム療法の開始または代替的な抗ＣＰＯ療法の開始を遅延させる可能性があることが挙げられる。一般的に、これらは、追加の試験（例えば分子の）が実行されるまでの間にのみ当てはまり得る、生命を脅かすほどではない帰結であると予想される。アルゴリズム２および４は、１３の偽陽性結果を示したが、これは、アルゴリズム１および３における偽陽性の数の２倍を超えるほどの多さであった。総合すると、クラスＢ産生株の同定におけるＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトの性能は、臨床上の利益に関するかなりの可能性と、患者を重篤なリスクの状態にする最小の可能性を提供する。

【0246】

アルゴリズム２は、ほとんどのクラスＤ産生株を正しく分類し、すなわち３５の単離株のうち３１（８８．６％）でそうであった。全てのカルバペネマーゼのなかでも、これらは、分類はもちろんのこと検出することが最も難しい。クラスＤ産生株での全てのアルゴリズムの性能は素晴らしいものであった。偽陽性クラスＤの呼び出しは、不必要な分離を引き起こす可能性がある。アルゴリズム２および４は、それぞれ４つの不正確な呼び出しがあったが、それぞれ２０の偽陽性の呼び出しを生じたアルゴリズム１および３より優れていた。またアルゴリズム３および４の「回答なし」の結果も、それが利益も損害も付与しないという点で役に立たない。

【0247】

全てのアルゴリズムが、５１のカルバペネマーゼ陰性単離株のうち３３（６４．７％）を陰性と正しく報告した。慣例的な臨床性能において、この研究と比べて診断の困難さがよりかなり低いはずである場合、正しい陰性の結果のパーセントは、それより有意に高いはずである。

【0248】

まとめると、全てのアルゴリズムが、クラスＡおよびクラスＤカルバペネマーゼの少なくとも８０％、ならびにクラスＢカルバペネマーゼのほぼ７０％を正しく分類した。これは、表現型試験において重要な成果および大きな進歩である。総合すると、アルゴリズム２は、カルバペネマーゼを正しく分類することに関してその他のアルゴリズムよりわずかに優れており、それはまた、最も良好な試験を提供した。

【0249】

表４．１および表４．２にそれぞれ、不正確な分類をもたらしたカルバペネマーゼ産生および非カルバペネマーゼ産生単離株ならびにそれらのカルバペネムのＭＩＣを示す。この研究における非常に検出が難しいＣＰＯの展望において、試験された２４４のＣＰＯのうち７つの偽陰性率（２．９％）は、驚くほどのものではない。カルバペネマーゼ検出試験は完璧ではないが、偽陰性率を１％に下げることが望ましい。各アルゴリズムによるこれらの７つの偽陰性の結果とは別に、他の不正確な分類は、損害を引き起こす可能性は最小である。

【0250】

【表8】

【0251】

【表9】

【0252】

（実施例１１．７）非発酵性株対腸内細菌科に関するアルゴリズムの性能
実施例１１．６に記載されるアルゴリズムを、単一のカルバペネマーゼを産生する非発酵性株および腸内細菌科を分類するそれらの能力に関して試験した。非発酵性株、例えば緑膿菌およびＡ．バウマンニは、クラスＡおよびクラスＢカルバペネマーゼの予想外のリザーバである可能性があり、またＡ．バウマンニも、内因性のクラスＤカルバペネマーゼを有し、伝播性の他のクラスＤカルバペネマーゼを獲得している可能性がある。非発酵性株によって産生されたカルバペネマーゼの正確な検出は、重要であるが技術的に難しい課題である。これは、カルバペネム耐性の他のメカニズムがカルバペネマーゼと同じ表現型を生じる可能性があるためである。

【0253】

表５．１および表５．２で示されるように、腸内細菌科のカルバペネマーゼの分類は、非発酵性株の場合より高いレベルの精度を達成することができた。しかしながら、それらの多数の単離株およびβ－ラクタマーゼ産生のタイプにおいて各生物グループ間で差があることから、比較は理想的なものではなかった。これは、クラスＡ産生株（非発酵性株の場合の５つに対して、腸内細菌科の場合は１０５）、陰性対照単離株（非発酵性株の場合の０に対して、腸内細菌科の場合は５１）、およびＣＰＯの総数（非発酵性株の場合の５１に対して、腸内細菌科の場合の１８５）に関して得られた数が大きく異なっていたことに反映されている。

【0254】

【表10】

【0255】

【表11】

【0256】

アルゴリズム２は、生物の両方のグループにとって最良の総合的なアルゴリズムのようであった。これは、クラスＡ産生株でうまく機能し、非発酵性株グループにおいて全５つおよび腸内細菌科グループにおいて８１．９％を正しく分類した。これは、非発酵性株（６１．３％）よりも良好に腸内細菌科のクラスＢ産生株（７３．３％正しい）を正しく分類し、腸内細菌科のクラスＤ産生株を分類することにおいてもより正確であった（９０．９％対７８．６％）。

【0257】

（実施例１１．７）２つのカルバペネマーゼを産生する単離株に関するアルゴリズム性能
２つのカルバペネマーゼを産生する７つの単離株は以下の通りであった：
Ａ．バウマンニ００６３：ＯＸＡ－２３＋ＯＸＡ－４０
Ａ．バウマンニ００８３：ＯＸＡ－２３＋ＮＤＭ
肺炎桿菌００６８：ＯＸＡ－１８１＋ＮＤＭ
肺炎桿菌０１５３：ＯＸＡ－２３２＋ＮＤＭ
肺炎桿菌Ｇ１５４０６：ＯＸＡ－１８１＋ＮＤＭ
Ｅ．クロアカエＧ６８０９：ＫＰＣ－１８＋ＶＩＭ－１
Ｅ．クロアカエＧ６８１０：ＫＰＣ－１８＋ＶＩＭ－１。

【0258】

表６に、各アルゴリズムに対するカルバペネマーゼ分類の分布を示す。

【0259】

【表12】

【0260】

各単離株を、試験の陽性／陰性フェーズにおいてカルバペネマーゼ陽性として正しく報告した。アルゴリズム１、２および４は、全ての単離株を、いずれかの分子クラスまたはカルバペネマーゼ陽性のタイプ不明のカテゴリーに割り振った。アルゴリズム２および４は、７つの単離株のうち５つを特定のカルバペネマーゼクラスの産生株として分類し、アルゴリズム１および３はそれぞれ、１つのみの単離株を特定のクラスに割り振った。アルゴリズム３は、５つの単離株を「回答なし」のカテゴリーに割り振った。

【0261】

アルゴリズムがＣＰＯをカルバペネマーゼ産生の特定のクラスに割り振ったそれぞれのケースにおいて、それは、２つのカルバペネマーゼのうち１つにつき正しいクラスであるか、または２つのクラスＤカルバペネマーゼを産生したＡ．バウマンニ００６３のケースにおいて、それは、両方のカルバペネマーゼにとって正しかった。二重カルバペネマーゼ産生株に関する分類の傾向を分析するのに十分な単離株ではなかったが、カルバペネマーゼをクラスＤに割り振るために可能な選択のようであった。

【0262】

（実施例１１．８）ワークフローの比較
ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験より必要な手動の時間がより短く、さらにこの試験は、パネルを機器にローディングした後に操作員の関与を必要としないため、待ち時間を含まなかった。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトの試験１回当たりの手動の時間は、１分３４秒であったが、それと比較して、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰの試験１回当たりの手動の時間は、３０分のインキュベーション期間後の陽性（すなわち完了）の試験で２分３秒であり、そして３０分で陰性の試験で２分２４秒であり、したがって、追加の処理とインキュベーションを必要とする。表７に、ワークフロー分析の要約を提供する。

【0263】

【表13】

【0264】

（実施例１１．９）展望／要約／結論
この実施例は、自動化ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ ＣＰＯディテクト試験およびｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験による、カルバペネマーゼ産生生物（ＣＰＯ）を検出および分類する能力を比較するために設計された研究の結果を提供する。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、カルバペネマーゼを検出および分類するための感受性パネルと統合された革新的な試験である。ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験は、独立型カルバペネマーゼ検出試験である。腸内細菌科、緑膿菌およびアシネトバクター・バウマンニの２９４の研究単離株を選択したところ、診断は極めて困難なものとなった。これらはこれまでに、β－ラクタマーゼ産生のタイプに関して、分子試験、表現型の試験、および生化学の試験によって特徴付けられてきた。両方の試験を盲検化し、製造元の推奨にしたがって実行した。

【0265】

この研究は、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトおよびｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験のカルバペネマーゼを検出する能力に対して非常に困難な評価を示した。両方の試験は非常に高い感度を示した。ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトによるクラスＤ産生ＣＰＯの１００％の検出は申し分なく、これらは全てのカルバペネマーゼのうち最も検出が難しいものであるため見事な成果として認識されるべきである。カルバペネマーゼ陰性単離株の極めて困難な性質は、通常の特異性よりも低く寄与していた。通常の臨床用途では、偽陽性試験の原因となった単離株タイプに会うことはまれであり、この特異性はより有意に高いはずである。

【0266】

ＢＤ ＣＰＯディテクトは、２つの結果：カルバペネマーゼ検出のための陽性／陰性の結果、それに続くカルバペネマーゼの分子クラスに従った陽性単離株に関する分類を提供できる。試験の陽性／陰性フェーズにおいて、両方の試験は、カルバペネマーゼ検出の高い感度を呈示した（ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトについては９７．１％、ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験については９７．１％から９８．８％）。両方の試験は、この研究において、カルバペネマーゼ陰性単離株の極めて困難な性質のために、通常より低い特異性を呈示した。

【0267】

ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、カルバペネマーゼを検出できる最初の自動化試験であり、慣例的な感受性試験に組み込むことができる。これは、カルバペネマーゼ検出試験がセットアップされるべきかどうかの決定が個人によって左右されることを回避することから、主要な技術上の進歩である。この試験はまた、カルバペネマーゼを異なる分子クラスに割り振ることもできる。現在の研究において、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、クラスＡカルバペネマーゼを産生するＣＰＯとクラスＢカルバペネマーゼを産生するＣＰＯとを検出し、それらを区別する高い能力を実証した。この診断特性は、可能性がある治療選択としてのセフタジジム／アビバクタムの妥当性を判定するために臨床的に重要である。４つの調査アルゴリズムのうち３つは、カルバペネマーゼの９０％より多くを、Ａ、Ｂ、Ｄおよびタイプ不明の陽性カルバペネマーゼのいずれかとして正しく分類し、アルゴリズム２は若干優れた性能を示した。

【0268】

試験の分類段階において、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトが、カルバペネマーゼの９０％より多くを、クラスＡ、Ｂ、Ｄまたはタイプ不明の陽性カルバペネマーゼのいずれかとして正しく分類した。これは、クラスＡカルバペネマーゼを産生するＣＰＯとクラスＢカルバペネマーゼを産生するＣＰＯとを検出し、それらを区別する高い能力、可能性がある治療選択としてのセフタジジム／アビバクタムの妥当性を判定するために臨床的に重要であるという診断上の特徴を実証した。ｂｉｏＭｅｒｉｅｕｘ Ｒａｐｉｄｅｃ（登録商標）Ｃａｒｂａ ＮＰ試験は、カルバペネマーゼを分類する能力を有していなかった。全体として、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクトは、現在市販されている試験には相当するものがない様々な性能を有する完全に新しいタイプの表現型試験である。これは、重要な臨床的な必要性を満たすことにおける顕著な進歩の象徴である。

【0269】

複数のカルバペネマーゼの産生は現状においてまれであり、その検出は、重要な診断上および治療上の課題である。現状において調査は、このタイプの利用可能な単離株が極めて少ないことによって妨げられている。良好な試験が利用可能になるまで、複数のカルバペネマーゼ産生株による感染のための不適切なセフタジジム／アビバクタム療法から患者を保護する結果を提供することが、現在の試験にとって重要になってくる。この研究において、ＫＰＣ－１８＋ＶＩＭ－１を産生する２つのＥ．クロアカエ単離株を、クラスＢカルバペネマーゼの産生株として分類し、これにより、セフタジジム／アビバクタムを用いる療法への禁忌を正しく示した。クラスＢおよびクラスＤカルバペネマーゼの両方を産生した２つのＡ．バウマンニ単離株は、両方ともクラスＤ産生株として分類された。この結果もまた、患者が不適切なセフタジジム／アビバクタム療法を受けることを防いだ。

【0270】

（実施例１２）臨床分離株におけるカルバペネマーゼ産生生物の検出および分類のための、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）自動化微生物学システムにおけるＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト試験の多施設評価
この研究の目的は、腸内細菌科、緑膿菌、およびアシネトバクター・バウマンニの臨床分離株によってカルバペネマーゼ産生を検出および分類するために、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト試験（ＣＰＯディテクト）の性能（ＢＤ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓｐａｒｋｓ ＭＤ）、実施例１１で述べられた増殖ベースのカルバペネマーゼスクリーニングアッセイを評価することであった。

【0271】

３つの医療施設で、７２２の腸内細菌科および３１２の非発酵性株（緑膿菌およびアシネトバクター・バウマンニ）を含む合計１０３４の新しい凍結単離株を、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト試験によってカルバペネマーゼ産生に関して評価した。単離株を、改変されたカルバペネマーゼ不活性化方法（ｍＣＩＭ）ならびに参照方法としてメロペネムおよびエルタペネムＭＩＣによって、平行して評価した。カルバペネマーゼのアンブラー分類（クラスＡ、Ｂ、またはＤ）を、ＢＤによって実行したマルチプレックスＰＣＲによって判定した。ＣＰＯディテクトの結果と参照方法の結果間の陽性および陰性パーセントの一致（それぞれＰＰＡおよびＮＰＡ）を判定した。不一致の結果は、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘシステムおよび適切な参照方法において重複して繰り返した。データを、表８．１（腸内細菌科に関して）、表８．２（非発酵性株に関して）および表８．３（腸内細菌科および非発酵性株の組合せ）に示す。

【0272】

【表14】

【0273】

【表15】

【0274】

【表16】

【0275】

これらの結果は、腸内細菌科に関して、９９．４％のＰＰＡ（参照システムがカルバペネマーゼを検出し、％Ｐｈｏｅｎｉｘがカルバペネマーゼを検出する場合）、９６．０％のＮＰＡ（参照システムがカルバペネマーゼを検出せず、％Ｐｈｏｅｎｉｘがカルバペネマーゼを検出しない場合）、および９８．２％の分類精度（Ｐｈｏｅｎｉｘおよび参照システムの両方が陽性であり、分類を提供し、％Ｐｈｏｅｎｉｘが正しい場合）であったことを示す。非発酵性株に関して、９６．０％のＰＰＡ（参照システムがカルバペネマーゼを検出し、％Ｐｈｏｅｎｉｘがカルバペネマーゼを検出する場合）、９５．０％のＮＰＡ（参照システムがカルバペネマーゼを検出せず、％Ｐｈｏｅｎｉｘがカルバペネマーゼを検出しない場合）、および９６．３％の分類精度（Ｐｈｏｅｎｉｘおよび参照システムがどちらも陽性であり、分類を提供し、％Ｐｈｏｅｎｉｘが正しい場合）であった。組合わせた結果として、９８．３％のＰＰＡ（参照システムがカルバペネマーゼを検出し、％Ｐｈｏｅｎｉｘがカルバペネマーゼを検出する場合）、９５．７％のＮＰＡ（参照システムがカルバペネマーゼを検出せず、％Ｐｈｏｅｎｉｘがカルバペネマーゼを検出しない場合）、および９７．７％の分類精度（Ｐｈｏｅｎｉｘおよび参照システムがどちらも陽性であり、分類を提供し、％Ｐｈｏｅｎｉｘが正しい場合）であった。

【0276】

結果は、ＣＰＯディテクトによるカルバペネマーゼの検出に関して試験および分析された１０３４の規格に準拠した臨床分離株に対して提供される。矛盾する分析の後、腸内細菌科におけるＰＰＡおよびＮＰＡはそれぞれ９９．４％および９６．０％であった。１６の偽陽性（２．２％）と２つの偽陰性（０．３％）が観察された。非発酵性株に関して、ＰＰＡおよびＮＰＡはそれぞれ９６．０％および９５．０％であり、８つの偽陽性結果（２．６％）、および６つの偽陰性の結果（１．９％）が得られた。試験された規格に準拠した単離株のなかでも、３８５のＣＰＯディテクトの結果を、カルバペネマーゼ分類のためのマルチプレックスＰＣＲと比較した。総合的なクラス精度は、腸内細菌科に関して９８．２％（２７２／２７７）、および非発酵性株に関して９６．３％（１０４／１０８）であった。

【0277】

ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ（商標）ＣＰＯディテクト試験は、ＢＤ Ｐｈｏｅｎｉｘ自動化ＡＳＴ試験システムに容易に組み込まれ、腸内細菌科、緑膿菌、およびＡ．バウマンニからカルバペネマーゼを検出および分類するための新規のかつ信頼できる方法を提供する。

【0278】

（略語）
ＣＬＯＸ クロキサシリン

【0279】

ＥＤＴＡ エチレンジアミン四酢酸

【0280】

ＤＰＡ ジピコリン酸

【0281】

ＲＰＸ バボルバクタム（ＲＰＸ－７００９）

【0282】

ＡＶＩ アビバクタム

【0283】

ＢＬＩ ＢＬＩ（ＢＬＩ－４８９、ベータラクタマーゼ阻害剤）

【0284】

ＤＯＲ ドリペネム

【0285】

ＭＥＭ メロペネム

【0286】

ＴＥＭ テモシリン

【0287】

ＧＡＭ 一般化加法モデル

【0288】

ＥＲＴ エルタペネム

【0289】

ＩＰＭ イミペネム。

【0290】

（定義）
本明細書で使用される場合、ＭＩＣは、最低阻害濃度を指す。

【0291】

本明細書で使用される場合、ＧＡＭは、一般化加法モデルを指し、これは、機器の読取り値の増殖の測定値への変換である。

【0292】

本明細書で使用される場合、章の見出しは、単に系統化の目的であり、記載された主題を制限するものとして決して解釈されないものとする。本出願で引用された全ての参考文献および類似の資料、例えば、これらに限定されないが、特許、特許出願、論文、書籍、専門書、およびインターネットのウェブページなどは、それらの全体があらゆる目的のために参照により明示的に組み込まれている。組み込まれた参考文献における用語の定義が、本発明の教示で提供される定義とは異なるような場合には、本発明の教示で提供される定義が優先されるものとする。本発明の教示で論じられた温度、濃度、時間などの前に言外の「約」が存在し、わずかな実質的ではない逸脱が本明細書における本発明の教示の範囲内になることが認識されているものとする。

【0293】

本出願において、単数形の使用は、特に別段の規定がない限り複数形を包含する。同様に「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、「含むこと」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎ）」、「含有する（ｃｏｎｔａｉｎｓ）」、「含有すること」、「包含する（ｉｎｃｌｕｄｅ）」、「包含する（ｉｎｃｌｕｄｅｓ）」、および「包含すること」の使用も、限定を意図しない。

【0294】

明細書および特許請求の範囲で使用される場合、単数形「１つの（ａ）」、「１つの（ａｎ）」および「その（ｔｈｅ）」は、内容が明らかにそうではないことを指示しない限り、複数形の対象を包含する。

【0295】

本明細書で使用される場合、「約（およそ）」は、数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量または長さが、参照の数量、レベル、値、数、頻度、パーセンテージ、寸法、サイズ、量、重量または長さに対して、２０、１５、１０、９、８、７、６、５、４、３、２または１％の程度で異なることを意味する。

【0296】

ある特定の実施形態および実施例の文脈において本発明を開示したが、当業者であれば、本発明は、具体的に開示された実施形態を超えて、本発明の他の代替的実施形態および／または使用、ならびにそれらの明白な改変および均等物にも拡張されることを理解するものと予想される。加えて、本発明の数々のバリエーションを示し、詳細に説明したが、他の改変も本発明の範囲内であり、当業者であればそれらは本開示に基づき容易に明らかになると予想される。また、実施形態の特定のフィーチャおよび態様の様々な組合せまたは下位組合せも作成することができ、それでもなお本発明の範囲内に含めることができることが予期される。開示された実施形態の様々な特徴および態様は、開示された発明の様々な様式または実施形態を形成するために、互いに組み合わせたり、または置き換えたりすることができることが理解されるものとする。したがって、本明細書において開示された本発明の範囲は、上述された特定の開示された実施形態によって限定されるべきではないことが意図される。

【0297】

しかしながら、当業者であれば本発明の本質および範囲内の様々な変更および改変は明らかになると予想されるため、この詳細な説明は、本発明の実施形態を示すが、単に例証として示されただけであることを理解されたい。

【0298】

本明細書で示された説明で使用される用語は、いかなる限定的または制限的な方式でも解釈されないことが意図される。むしろ、用語は単に、システム、方法および関連する構成要素の実施形態の詳細な説明と併せて利用されている。さらに、実施形態は、単独で所望の特性の原因となっているか、または本明細書に記載された本発明を実施するのに必須と考えられるものは一つも含まれない数々の新規の特徴を含んでいてもよい。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【図8】

【図9】

【図10】

【図11】

【図12】

【図13】

【図14】

【図15】

【図16】

【図17】

【図18】

【図19】

【図20】

【図21】

【図22】

【図23】

【図24】

【図25】

【図26】

【図27】

【図28】

【図29】

【図30】

【図31】

【図32】

【図33】

【図34】

【図35】

【図36】

【図37】

【図38】

【図39】