特開2023-129696IP Force 特許公報全文掲載

技術分野

関連出願の引用 本願は、2014年12月20日に出願した米国仮出願第62/094,980号および2015年7月28日に出願した米国仮出願第62/198,097号の優先権の利益を主張する。これらの出願の内容は、その全体がこれにより、本明細書中に参考として援用される。

要約特許出願時に添付された[要約書]

【課題】メタゲノム解析のための低コストの効率的な方法および組成物を提供する。
【解決手段】試料から標的化核酸配列を枯渇させ、試料から目的の配列について富化し、かつ/または試料から配列を分割するための方法および組成物が本明細書に提供されている。この方法および組成物は、生体試料、臨床試料、法医学試料、および環境試料に適用可能である。一態様では、試料を目的の配列について富化する方法が提供され、本方法は、(a)目的の配列および枯渇のための標的化配列を含む試料を準備するステップであって、目的の配列は、試料の30%未満を構成する、ステップと;(b)試料を複数のCRISPR/Cas系タンパク質-gRNA複合体と接触させるステップであって、gRNAは、標的化配列に相補的であり、それによって標的化配列が切断される、ステップとを含む。
【選択図】図1

課題を解決するための手段[発明の詳細な説明]から抜粋

試料から標的化核酸配列を枯渇させ、試料から目的の配列について富化し、かつ/または試料から配列を分割するための方法および組成物が本明細書に提供されている。この方法および組成物は、生体試料、臨床試料、法医学試料、および環境試料に適用可能である。

この発明についての権利主張の範囲[特許請求の範囲]

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この特許公報に記載されている図面[図面の簡単な説明]から抜粋

【図1】 図1は、Cas9を用いてライブラリーにおける標的配列を選択的に切断する枯渇法の一般的な概略図を示す。
【図2】 図2は、触媒不活性であるCas9を用いてライブラリーを標的配列および非標的配列に分割する枯渇法の一般的な概略図を示す。
【図3】 図3は、シークエンシングライブラリーからミトコンドリアDNAを枯渇し、非ミトコンドリアDNAのみを配列決定のために残す例示的な戦略を示す。
【図4】 図4は、ミトコンドリアDNAが約44%枯渇された(qPCRによって測定)、枯渇実験の結果を示す。
【図5】 図5は、多数のガイドRNAが使用され、ミトコンドリアDNAが約70%枯渇された(qPCRによって測定)、第2の実験の結果を示す。
【図6A】 図6Aは、ミトコンドリアDNAの枯渇の前後でのライブラリーの配列決定の結果を示す。
【図6B】 図6Bは、異なる数のgRNAを用いるミトコンドリアDNAの枯渇を示す。
【図7】 図7は、DNAのCas9ニッカーゼ媒介性枯渇を示す。
【図8】 図8は、Cas9媒介性枯渇、次いでエキソヌクレアーゼIII処理を示す。
【図9】 図9は、Cas9媒介性枯渇、次いでエキソヌクレアーゼBal-31処理を示す。
【図10】 図10は、Cas9媒介性枯渇の間のビオチン標識を示す。
【図11】 図11は、Cas9媒介性枯渇の効率を増加させるため熱安定性Cas9を用いることを示す。

選択図 図1出願人が指定した本件の代表的な図

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