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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2023014070
(43)【公開日】2023-01-26
(54)【発明の名称】細胞の品質管理方法及び細胞を製造する方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/686 20180101AFI20230119BHJP
C12N 5/0775 20100101ALI20230119BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20230119BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/686 Z
C12N5/0775
C12N5/10
【審査請求】有
【請求項の数】9
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2022151011
(22)【出願日】2022-09-22
(62)【分割の表示】P 2022516385の分割
【原出願日】2022-02-10
(31)【優先権主張番号】P 2021117019
(32)【優先日】2021-07-15
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
(31)【優先権主張番号】P 2021177737
(32)【優先日】2021-10-29
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
(71)【出願人】
【識別番号】306037311
【氏名又は名称】富士フイルム株式会社
(74)【代理人】
【識別番号】110000109
【氏名又は名称】弁理士法人特許事務所サイクス
(72)【発明者】
【氏名】中村 健太郎
(72)【発明者】
【氏名】北橋 宗
(72)【発明者】
【氏名】芳野 雄一
(72)【発明者】
【氏名】古川 諒
【テーマコード（参考）】
4B063
4B065
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA18
4B063QQ08
4B063QQ53
4B063QR08
4B063QR55
4B063QR62
4B063QS25
4B063QS28
4B063QS36
4B063QX01
4B065AA90X
4B065AB01
4B065BA01
4B065BA25
4B065CA44
(57)【要約】
【課題】本発明は、薬効を有する細胞を選別することができるような、細胞の品質管理方法、及び上記の品質管理方法を利用した細胞を製造する方法を提供することを課題とする。
【解決手段】本発明によれば、治療又は創薬のための細胞の品質管理方法であって、細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することと、上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること、とを含む、方法が提供される。
【選択図】なし
【解決手段】本発明によれば、治療又は創薬のための細胞の品質管理方法であって、細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することと、上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること、とを含む、方法が提供される。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
治療又は創薬のための細胞の品質管理方法であって、
細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することと、
前記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること、
とを含み、
前記特定蛋白質分子が、細胞表面抗原であり、
前記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、５０～２０００個の遺伝子から構成され、
前記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、免疫関連遺伝子群、炎症関連遺伝子群、血管新生関連遺伝子群、神経再生関連遺伝子群、軟骨形成関連遺伝子群、骨形成関連遺伝子群、脂肪形成関連遺伝子群、線維化関連遺伝子群、免疫原性関連遺伝子群、遊走関連遺伝子群、接着関連遺伝子群、老化関連遺伝子群、間葉系幹細胞マーカー関連遺伝子群、表面マーカー関連遺伝子群、成長因子関連遺伝子群、及びケモカイン又はサイトカイン関連遺伝子群のうちの少なくとも１以上から選ばれ、
前記の細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理することにおいて、前記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現状態を測定することにより得られた前記遺伝子群の発現パターンと、基準となる発現パターンとの相関が一定以上である場合に、細胞は使用可能であると判定し、
前記の相関が一定以上である場合が、相関係数又は決定係数、あるいは相関係数と決定係数、を評価し前記相関係数又は前記決定係数が一定以上である場合である、
方法。
細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することと、
前記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること、
とを含み、
前記特定蛋白質分子が、細胞表面抗原であり、
前記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、５０～２０００個の遺伝子から構成され、
前記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、免疫関連遺伝子群、炎症関連遺伝子群、血管新生関連遺伝子群、神経再生関連遺伝子群、軟骨形成関連遺伝子群、骨形成関連遺伝子群、脂肪形成関連遺伝子群、線維化関連遺伝子群、免疫原性関連遺伝子群、遊走関連遺伝子群、接着関連遺伝子群、老化関連遺伝子群、間葉系幹細胞マーカー関連遺伝子群、表面マーカー関連遺伝子群、成長因子関連遺伝子群、及びケモカイン又はサイトカイン関連遺伝子群のうちの少なくとも１以上から選ばれ、
前記の細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理することにおいて、前記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現状態を測定することにより得られた前記遺伝子群の発現パターンと、基準となる発現パターンとの相関が一定以上である場合に、細胞は使用可能であると判定し、
前記の相関が一定以上である場合が、相関係数又は決定係数、あるいは相関係数と決定係数、を評価し前記相関係数又は前記決定係数が一定以上である場合である、
方法。
【請求項2】
前記相関係数あるいは前記決定係数を評価する場合において、
（ｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定下限値に代替する、
（ｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定値のうちの最低値に代替する、又は、（ｉｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、以下の式：各遺伝子のリードカウント＋（１×遺伝子長／遺伝子長の平均）で処理をする、
の何れかを行うことにより、前記相関係数あるいは前記決定係数を算出する、
請求項１に記載の方法。
（ｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定下限値に代替する、
（ｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定値のうちの最低値に代替する、又は、（ｉｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、以下の式：各遺伝子のリードカウント＋（１×遺伝子長／遺伝子長の平均）で処理をする、
の何れかを行うことにより、前記相関係数あるいは前記決定係数を算出する、
請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記特定蛋白質分子の挙動が、発現レベルである、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項4】
前記細胞が、体性幹細胞、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、体性幹細胞由来の分化細胞、人工多能性幹細胞由来の分化細胞、および胚性幹細胞由来の分化細胞からなる群より選ばれる少なくとも一種の細胞である、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項5】
前記細胞が、間葉系幹細胞である、請求項１から４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項6】
前記細胞が、滑膜間葉系幹細胞である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項7】
前記細胞が、半月板治療薬または変形性関節症治療薬として使用される滑膜間葉系幹細胞である、請求項１から６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
前記細胞が、創薬のための滑膜間葉系幹細胞である、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項9】
請求項１から８のいずれか一項に記載の方法により、治療又は創薬のための細胞の候補を含む細胞集団の中から、基準を満たす細胞を選別すること、及び
選別された細胞をｅｘ ｖｉｖｏで増殖すること
を含む、治療又は創薬のための細胞を製造する方法。
選別された細胞をｅｘ ｖｉｖｏで増殖すること
を含む、治療又は創薬のための細胞を製造する方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、治療効果の発現に必須である特定蛋白質分子の挙動を管理することと、細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理することとを含む、治療又は創薬のための細胞の品質管理方法に関する。本発明は、上記の品質管理方法を利用した、細胞を製造する方法にも関する。
【背景技術】
【0002】
近年、再生医療技術および細胞治療技術の進歩により、自家、同種又は異種の細胞を用いた各種の細胞治療や研究用細胞製品開発が盛んに実施されている。例えば、間葉系幹細胞（ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ：ＭＳＣ）は、有用な細胞治療の細胞源として期待されている。間葉系幹細胞は種々の体組織から採取が可能であり、骨髄組織（非特許文献１）、脂肪組織（非特許文献２）、筋肉組織（非特許文献３）、滑膜組織（非特許文献４）、又は骨膜組織（非特許文献５）などから単離できることが報告されている。特に、滑膜由来間葉系幹細胞は、骨髄などのさまざまな間葉系組織由来の間葉系幹細胞に比べて高い増殖能および軟骨形成能を有することが報告されている（非特許文献６）。
【0003】
また、特許文献１及び２には、滑膜由来間葉系幹細胞を用いて関節軟骨損傷や半月板損傷を治療する方法が開示されている。
【0004】
一方、細胞製品の品質管理において、各ロットの同等性・同一性を担保することが、極めて難しいことが知られている。これは、主として製品を構成する細胞自体が完全なる均一構成物ではなく、その特徴を特定することが困難であることによる。従って、製品の品質を管理するにあたり、最終製品の品質試験だけではなく、医療機器で適用されてきたＱＭＳ概念を取り入れ、製造原料・材料管理・製造工程管理・工程管理試験を記録、制御することにより、プロセス全体での管理が実施されてきた。しかしながら、科学技術の進展に伴い、最終製品たる細胞自体の特徴を同定し、記述していく重要性が高まってきている。細胞の品質管理方法としては、例えば、数個の特定蛋白質発現を指標とする方法（特許文献３）等が報告されているが、いまだ十分に満足できるものではなかった。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0005】
【非特許文献1】Prockop, D.J., 1997, Science. 276:71-4
【非特許文献2】Zuk, P.A. et al., 2002, Mol Biol Cell. 13:4279-95
【非特許文献3】Cao et al., 2003, Nat Cell Biol. 5:640-6
【非特許文献4】De Bari, C. et al., 2001, Arthritis Rheum. 44:1928-42
【非特許文献5】Fukumoto, T. et al., 2003, OsteoarthritisCartilage. 11:55-64
【非特許文献6】Sakaguchi, et al. , 2005, Arthritis Rhum. 52:2521-9
【特許文献】
【0006】
【特許文献1】特許第５９２８９６１号公報
【特許文献2】特許第５６５６１８３号公報
【特許文献3】特開２０１８－１１７５８２号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0007】
従来は、特許文献３に記載されているように、細胞製品の品質管理においては、数個の特定蛋白質発現量を管理する手法が開示されている。しかし、上記の手法は、細胞というクルードな物を同定管理する方法として十分ではなく、結果として細胞製品の同等性・同質性を管理しきれないという課題が明らかとなってきた。加えて、細胞治療製品においては、直接的な薬効に関わる分子を同定し、管理制御することも求められてきた。
【0008】
本発明は、薬効を有する細胞を選別することができるような、細胞の品質管理方法、及び上記の品質管理方法を利用した細胞を製造する方法を提供することを解決すべき課題とする。
【課題を解決するための手段】
【0009】
本発明者は上記課題を解決するために鋭意検討した結果、本発明により、作用機序に関わる薬効に必須な特定蛋白質分子の管理と、当該細胞集団に特徴的な関連遺伝子群発現挙動パターンの管理とを組み合わせることにより、類似する細胞集団を切り分けて管理しながらも、作用機序分子により確実な薬効を有する細胞を選別することに成功した。本発明は上記の知見に基づいて完成したものである。
【0010】
即ち、本発明によれば、以下の発明が提供される。
＜１＞ 治療又は創薬のための細胞の品質管理方法であって、
細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することと、
上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること、
とを含む、方法。
＜２＞ 上記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、１０～２０００個の遺伝子から構成される、＜１＞に記載の方法。
＜３＞ 上記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、免疫関連遺伝子群、炎症関連遺伝子群、血管新生関連遺伝子群、神経再生関連遺伝子群、軟骨形成関連遺伝子群、骨形成関連遺伝子群、脂肪形成関連遺伝子群、線維化関連遺伝子群、免疫原性関連遺伝子群、遊走関連遺伝子群、接着関連遺伝子群、老化関連遺伝子群、間葉系幹細胞マーカー関連遺伝子群、表面マーカー関連遺伝子群、成長因子関連遺伝子群、及びケモカイン又はサイトカイン関連遺伝子群のうちの少なくとも１以上から選ばれる、＜１＞又は＜２＞に記載の方法。
＜４＞ 上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理することにおいて、上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現状態を測定することにより得られた上記遺伝子群の発現パターンと、基準となる発現パターンとの相関が一定以上である場合に、細胞は使用可能であると判定する、＜１＞から＜３＞の何れか一に記載の方法。
＜５＞ 上記の相関が一定以上である場合が、相関係数又は決定係数、あるいは相関係数と決定係数、を評価し上記相関係数又は上記決定係数が一定以上である場合である、＜４＞に記載の方法。
＜６＞ 上記相関係数あるいは上記決定係数を評価する場合において、
（ｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定下限値に代替する、
（ｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定値のうちの最低値に代替する、又は、
（ｉｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、以下の式：各遺伝子のリードカウント＋（１×遺伝子長／遺伝子長の平均）で処理をする、
の何れかを行うことにより、上記相関係数あるいは上記決定係数を算出する、
＜５＞に記載の方法。
＜７＞ 上記特定蛋白質分子が、細胞表面抗原である、＜１＞から＜６＞のいずれか一に記載の方法。
＜８＞ 上記特定蛋白質分子が、ＣＤ２９及びＣＤ１４０ｂのうちの一以上を含む、＜１＞から＜７＞のいずれか一に記載の方法。
＜９＞ 上記特定蛋白質分子の挙動が、発現レベルである、＜１＞から＜８＞のいずれか一に記載の方法。
＜１０＞ 上記細胞が、体性幹細胞、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、体性幹細胞由来の分化細胞、人工多能性幹細胞由来の分化細胞、および胚性幹細胞由来の分化細胞からなる群より選ばれる少なくとも一種の細胞である、＜１＞から＜９＞のいずれか一に記載の方法。
＜１１＞ 上記細胞が、間葉系幹細胞である、＜１＞から＜１０＞のいずれか一に記載の方法。
＜１２＞ 上記細胞が、関節症治療薬として使用される細胞である、＜１＞から＜１１＞のいずれか一に記載の方法。
＜１３＞ 上記細胞が、半月板治療薬または変形性関節症治療薬として使用される細胞である、＜１＞から＜１２＞のいずれか一に記載の方法。
＜１４＞ 上記細胞が、創薬のための細胞である、＜１＞から＜１１＞のいずれか一に記載の方法。
＜１５＞ 治療又は創薬のための細胞の候補を含む細胞集団を入手すること、及び
＜１＞から＜１４＞のいずれか一に記載の方法により、上記細胞集団の中から、基準を満たす細胞を選別すること、
を含む、治療又は創薬のための細胞を製造する方法。
＜１＞ 治療又は創薬のための細胞の品質管理方法であって、
細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することと、
上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること、
とを含む、方法。
＜２＞ 上記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、１０～２０００個の遺伝子から構成される、＜１＞に記載の方法。
＜３＞ 上記細胞に特徴的な関連遺伝子群が、免疫関連遺伝子群、炎症関連遺伝子群、血管新生関連遺伝子群、神経再生関連遺伝子群、軟骨形成関連遺伝子群、骨形成関連遺伝子群、脂肪形成関連遺伝子群、線維化関連遺伝子群、免疫原性関連遺伝子群、遊走関連遺伝子群、接着関連遺伝子群、老化関連遺伝子群、間葉系幹細胞マーカー関連遺伝子群、表面マーカー関連遺伝子群、成長因子関連遺伝子群、及びケモカイン又はサイトカイン関連遺伝子群のうちの少なくとも１以上から選ばれる、＜１＞又は＜２＞に記載の方法。
＜４＞ 上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理することにおいて、上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現状態を測定することにより得られた上記遺伝子群の発現パターンと、基準となる発現パターンとの相関が一定以上である場合に、細胞は使用可能であると判定する、＜１＞から＜３＞の何れか一に記載の方法。
＜５＞ 上記の相関が一定以上である場合が、相関係数又は決定係数、あるいは相関係数と決定係数、を評価し上記相関係数又は上記決定係数が一定以上である場合である、＜４＞に記載の方法。
＜６＞ 上記相関係数あるいは上記決定係数を評価する場合において、
（ｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定下限値に代替する、
（ｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定値のうちの最低値に代替する、又は、
（ｉｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、以下の式：各遺伝子のリードカウント＋（１×遺伝子長／遺伝子長の平均）で処理をする、
の何れかを行うことにより、上記相関係数あるいは上記決定係数を算出する、
＜５＞に記載の方法。
＜７＞ 上記特定蛋白質分子が、細胞表面抗原である、＜１＞から＜６＞のいずれか一に記載の方法。
＜８＞ 上記特定蛋白質分子が、ＣＤ２９及びＣＤ１４０ｂのうちの一以上を含む、＜１＞から＜７＞のいずれか一に記載の方法。
＜９＞ 上記特定蛋白質分子の挙動が、発現レベルである、＜１＞から＜８＞のいずれか一に記載の方法。
＜１０＞ 上記細胞が、体性幹細胞、人工多能性幹細胞、胚性幹細胞、体性幹細胞由来の分化細胞、人工多能性幹細胞由来の分化細胞、および胚性幹細胞由来の分化細胞からなる群より選ばれる少なくとも一種の細胞である、＜１＞から＜９＞のいずれか一に記載の方法。
＜１１＞ 上記細胞が、間葉系幹細胞である、＜１＞から＜１０＞のいずれか一に記載の方法。
＜１２＞ 上記細胞が、関節症治療薬として使用される細胞である、＜１＞から＜１１＞のいずれか一に記載の方法。
＜１３＞ 上記細胞が、半月板治療薬または変形性関節症治療薬として使用される細胞である、＜１＞から＜１２＞のいずれか一に記載の方法。
＜１４＞ 上記細胞が、創薬のための細胞である、＜１＞から＜１１＞のいずれか一に記載の方法。
＜１５＞ 治療又は創薬のための細胞の候補を含む細胞集団を入手すること、及び
＜１＞から＜１４＞のいずれか一に記載の方法により、上記細胞集団の中から、基準を満たす細胞を選別すること、
を含む、治療又は創薬のための細胞を製造する方法。
【発明の効果】
【0011】
本発明によれば、治療細胞にとって最も重要である薬効発現に必須の分子を同定管理することにより、治療効果を担保することができる。さらに本発明によれば、類似細胞との区別が可能となることにより、薬効発現だけでは担保しきれない細胞の同等性及び同質性を明示した品質管理が可能になる。
【図面の簡単な説明】
【0012】
【発明を実施するための形態】
【0013】
以下において、本発明の内容について詳細に説明する。なお、本明細書において「～」とはその前後に記載される数値を下限値および上限値として含む意味で使用される。
【0014】
本発明による治療又は創薬のための細胞の品質管理方法は、細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することと、上記細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること、とを含む、方法である。
【0015】
細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理することは、細胞が有する直接的な薬効へ必須な作用機序分子の同定管理に基づく品質管理（第一の品質管理）である。
細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理することとは、直接的には細胞の薬効に必須とは限らない非作用機序分子を含む細胞集団に特有な遺伝子発現パターンを見出し、当該パターンによりクルードな集団から細胞を特定する品質管理（第二の品質管理）である。
細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理することとは、直接的には細胞の薬効に必須とは限らない非作用機序分子を含む細胞集団に特有な遺伝子発現パターンを見出し、当該パターンによりクルードな集団から細胞を特定する品質管理（第二の品質管理）である。
【0016】
本発明の特徴は、上記した二つの品質管理を組み合わせたことにある。上記した第一の品質管理により、確実な薬効を示す細胞を製造することができ、薬効に対する有効性の同等性及び同質性を管理できるようになる。上記した第二の品質管理により、細胞集団の同等性及び同質性を管理できるようになる。本発明においては、上記した二つの品質管理により、有効性、安全性、同等性及び同質性を担保する、細胞の品質管理が可能となり、細胞治療製品の提供が可能になる。
【0017】
＜細胞＞
細胞としては、特に限定されないが、好ましくは、体性幹細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）、胚性幹細胞（ＥＳ細胞）、体性幹細胞由来の分化細胞、人工多能性幹細胞由来の分化細胞、および胚性幹細胞由来の分化細胞からなる群より選ばれる少なくとも一種の細胞を使用することができる。
細胞としては、特に限定されないが、好ましくは、体性幹細胞、人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）、胚性幹細胞（ＥＳ細胞）、体性幹細胞由来の分化細胞、人工多能性幹細胞由来の分化細胞、および胚性幹細胞由来の分化細胞からなる群より選ばれる少なくとも一種の細胞を使用することができる。
【0018】
体性幹細胞としては、骨髄、血液、皮膚（表皮、真皮、皮下組織）、脂肪、毛包、脳、神経、肝臓、膵臓、腎臓、筋肉やその他の組織に存在する体性幹細胞を使用することができる。体性幹細胞としては、好ましくは、間葉系幹細胞を使用することができる。
【0019】
間葉幹細胞は骨髄、滑膜、骨膜、脂肪組織、筋肉組織などに存在することが知られており、そして骨芽細胞、軟骨細胞、脂肪細胞、および筋細胞に分化する能力を有することが知られている。上記の間葉幹細胞の中でも、滑膜由来間葉幹細胞は、高い軟骨形成能を有することが知られている。
【0020】
人工多能性幹細胞（ｉＰＳ細胞）とは、初期化因子の導入などにより体細胞をリプログラミングすることによって作製される、多能性（多分化能）と増殖能を有する細胞である。ｉＰＳ細胞の作製に使用する体細胞は特に限定されず、分化した体細胞でもよいし、未分化の幹細胞でもよい。
【0021】
ｉＰＳ細胞の作製法の基本的な手法は、転写因子であるＯｃｔ３／４、Ｓｏｘ２、Ｋｌｆ４およびｃ－Ｍｙｃの４因子を、ウイルスを利用して細胞へ導入する方法である。ヒトｉＰＳ細胞についてはＯｃｔ４、Ｓｏｘ２、Ｌｉｎ２８およびＮｏｎｏｇの４因子の導入による樹立の報告がある。ｃ－Ｍｙｃを除く３因子、Ｏｃｔ３／４およびＫｌｆ４の２因子、あるいはＯｃｔ３／４のみの導入によるｉＰＳ細胞の樹立も報告されている。また、遺伝子の発現産物である蛋白質を細胞に導入する手法も報告されている。遺伝子導入法についても、レトロウイルス、レンチウイルス、アデノウイルス、プラスミド、トランスポゾンベクター、又はエピソーマルベクターを利用した技術が開発されている。
【0022】
胚性幹細胞（ＥＳ細胞）は、例えば、着床以前の初期胚、上記の初期胚を構成する内部細胞塊、単一割球等を培養することによって樹立することができる。初期胚として、体細胞の核を核移植することによって作製された初期胚を用いてもよい。初期胚として、単為発生胚を用いてもよい。ＥＳ細胞の中には、保存機関から入手可能なもの、或いは市販されているものもある。例えば、ヒトＥＳ細胞については国立成育医療研究センター研究所（例えば、ＳＥＥＳ１～７）、京都大学再生医科学研究所（例えばＫｈＥＳ－１、ＫｈＥＳ－２およびＫｈＥＳ－３）、ＷｉＣｅｌｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＥＳＩ ＢＩＯなどから入手可能である。
【0023】
細胞の由来は特に限定はされず、例えば、ヒト、サル、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、ネコ、イヌ、ウマ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ブタ等の哺乳動物の細胞を使用することができる。
【0024】
本発明の方法において管理される細胞を治療のために使用する場合、細胞は、自家の細胞でも他家の細胞でもよいが、好ましくは自家の細胞である。
【0025】
本発明においては、体性幹細胞由来の分化細胞、人工多能性幹細胞由来の分化細胞、又は胚性幹細胞由来の分化細胞を使用してもよい。
分化細胞を得るための分化誘導のための培養方法の条件及び操作は、当技術分野で公知である。
分化細胞を得るための分化誘導のための培養方法の条件及び操作は、当技術分野で公知である。
【0026】
幹細胞の分化誘導のための培地には、幹細胞の生存及び増殖に必要な成分（無機塩、炭水化物、ホルモン、必須アミノ酸、非必須アミノ酸、ビタミン、脂肪酸）を含む基本培地、例えば、Ｄｕｌｂｅｃｏ’ｓ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｅａｇｌｅ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｄ－ＭＥＭ）、Ｍｉｎｉｍｕｍ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｍｅｄｉｕｍ（ＭＥＭ）、ＲＰＭＩ１６４０、Ｂａｓａｌ Ｍｅｄｉｕｍ Ｅａｇｌｅ（ＢＭＥ）、Ｄｕｌｂｅｃｏ’ｓ Ｍｏｄｉｆｉｅｄ Ｅａｇｌｅ Ｍｅｄｉｕｍ：Ｎｕｔｒｉｅｎｔ Ｍｉｘｔｕｒｅ Ｆ－１２（Ｄ－ＭＥＭ／Ｆ－１２）、Ｇｌａｓｇｏｗ Ｍｉｎｉｍｕｍ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ Ｍｅｄｉｕｍ（Ｇｌａｓｇｏｗ ＭＥＭ）、ハンクス液（Ｈａｎｋ’ｓ ｂａｌａｎｃｅｄ ｓａｌｔ ｓｏｌｕｔｉｏｎ）に、分化誘導の目的とする細胞に応じた分化誘導因子を少なくとも１種添加した培地が用いられる。脂肪細胞分化誘導因子としては、例えば、デキサメタゾン（ＤＥＸ）、３－イソブチル－１－メチルキサンチン（ＩＢＭＸ）、インドメタシン（ＩＤＭ）、インスリン（Ｉｎｓ）、トログリタゾン、ビオチン等が挙げられる。骨芽細胞分化誘導因子としては、例えば、デキサメタゾン（ＤＥＸ）、ハイドロコルチゾン、β－グリセロフォスフェート、アスコルビン酸、ＢＭＰ４、ＢＭＰ２等が挙げられる。軟骨細胞分化誘導因子としては、例えば、ＴＧＦ－β３、デキサメタゾン（ＤＥＸ）、アスコルビン酸二リン酸等が挙げられる。また、上記培地には、細胞の増殖速度を増大させるために、必要に応じて、塩基性線維芽細胞増殖因子（ｂＦＧＦ）、上皮細胞増殖因子（ＥＧＦ）等の増殖因子、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、ビタミン類、インターロイキン類、インスリン、トランスフェリン、ヘパリン、ヘパラン硫酸、コラーゲン、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ）、フィブロネクチン、プロゲステロン、セレナイト、Ｂ２７－サプリメント、Ｎ２－サプリメント、ＩＴＳ－サプリメント等を添加してもよく、また、抗生物質（ペニシリン、ストレプトマイシン等）などを添加してもよい。培地の各成分は、各々適する方法で滅菌して使用する。また、上記以外には、１～２０％の含有率で血清（例えば、１０％ウシ胎児血清（ＦＢＳ））が含まれることが好ましい。
【0027】
目的とする細胞の分化誘導因子を添加した分化誘導用培地は市販されており、これらの市販品の培地を用いてもよい。
【0028】
幹細胞の増殖及び分化誘導のための培養温度は、細胞の由来により異なるが、例えばヒト由来の場合３０℃～４０℃が好ましく、３６～３８℃がより好ましい。また、ＣＯ２ガス濃度は、例えば約１～１０％が好ましく、約２～５％がより好ましい。
【0029】
目的とする細胞への分化誘導の確認は、分化細胞の種類に応じて公知の方法にて行うことができる。例えば、脂肪細胞への分化誘導確認は、細胞をオイルレッドＯで染色する方法、細胞内のトリグリセリド量を測定する方法、細胞内のペルオキシゾーム増殖剤活性化受容体－γ（ＰＰＡＲγ）遺伝子の発現量を測定する方法等により行うことができる。骨芽細胞への分化誘導確認は、細胞のカルシウム沈着量を定量する方法、細胞をアルカリフォスファターゼで染色する方法、細胞のアルカリフォスファターゼ活性を測定する方法、細胞内のオステリックス（Ｏｓｔｅｒｉｘ）の発現量を測定する方法等により行うことができる。軟骨細胞への分化誘導確認は、細胞のグリコサミノグリカン量を定量する方法、細胞をアルシアンブルーで染色する方法、細胞内のＣｏｌｌａｇｅｎ ｔｙｐｅ ＩＩの発現量を測定する方法等により行うことができる。
【0030】
＜細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理すること＞
第一の品質管理においては、細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理する。
特定蛋白質分子としては、特に限定されないが、好ましくは細胞表面抗原であり、より好ましくはＣＤ２９及びＣＤ１４０ｂのうちの一以上を含む。
第一の品質管理においては、細胞による治療効果の発現に必須である、一つ以上の特定蛋白質分子の挙動を管理する。
特定蛋白質分子としては、特に限定されないが、好ましくは細胞表面抗原であり、より好ましくはＣＤ２９及びＣＤ１４０ｂのうちの一以上を含む。
【0031】
特定蛋白質分子の挙動を管理するとは、具体的には、特定蛋白質分子の発現レベルを管理することが挙げられる。
【0032】
特定蛋白質分子の発現レベルとは、特定蛋白質の遺伝子の発現量、又は特定蛋白質の発現量のことをいう。特定蛋白質分子の発現レベルは、絶対値又は相対値（比較対照又は基準発現量との比率や差など）として算出することができる。
【0033】
特定蛋白質分子の発現レベルは、当業者に公知の任意の方法により測定することができ常法に従って実施することができる。特定蛋白質分子の発現レベルの測定としては、遺伝子の転写産物であるｍＲＮＡ量を測定してもよい。ｍＲＮＡ量の測定は、所望のｍＲＮＡ量を測定できる方法であれば特に限定されず、公知の方法から適宜選択して用いることができる。例えば、特定蛋白質分子をコードする遺伝子にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドをプライマーとした遺伝子増幅法、又は、特定蛋白質分子をコードする遺伝子にハイブリダイズするオリゴ（ポリ）ヌクレオチドをプローブとしたハイブリダイゼーション法を利用することができる。具体的には、ＲＴ－ＰＣＲ（逆転写ポリメラーゼ連鎖反応）法、リアルタイムＲＴ－ＰＣＲ法、ＤＮＡマイクロアレイ法、セルアレイ法、ノーザンブロット法、ドットブロット法、ＲＮアーゼプロテクションアッセイ法などが挙げられる。
【0034】
上記の測定方法に用いるプライマーやプローブは、標識し、当該標識のシグナル強度を調べることによりｍＲＮＡ量を測定することができる。リアルタイムＲＴ－ＰＣＲ法はＲＮＡを直接サンプルに使用でき、遺伝子増幅過程を光学的に測定することで増幅に必要な温度サイクルの回数から遺伝子定量が可能である上で好ましい。また、コントロールとして、ハウスキーピング遺伝子であるグリセルアルデヒド－３－リン酸デヒドロゲナーゼ（ＧＡＰＤＨ）や、ベータアクチンなどのｍＲＮＡの発現量を用い、特定蛋白質分子をコードする遺伝子の発現量を標準化することができる。なお、上記の測定方法に用いるプライマー及びプローブは、特定蛋白質分子をコードする遺伝子の塩基配列の情報に基づいて当業者であれば適宜設計し、調製することができる。
【0035】
蛋白質の発現レベルの測定は、例えば、特定蛋白質に対する抗体又は抗体断片を用いて免疫学的に測定する方法を用いることができる。具体的には、フローサイトメトリー、ウェスタンブロッティング法、酵素免疫測定法（ＥＬＩＳＡ）、放射線免疫測定法（ＲＩＡ）、蛍光抗体法、セルアレイ法等を挙げることができる。これらの測定方法についても、常法のプロトコール、又は常法のプロトコールを適宜修正・変更したプロトコールによって実施することができる。
【0036】
例えば、フローサイトメトリーにより細胞における蛋白質の発現レベルを測定する場合には、特定蛋白質の陽性率が、好ましくは７０％以上、より好ましくは８０％以上、さらに好ましくは９０％以上の場合に、細胞の品質が高いと評価することができる。
【0037】
本発明において、第一の品質管理は、例えば、上記の方法で測定した細胞における特定蛋白質分子の発現レベルと、予め定めた基準発現量とを比較することにより行うことができる。基準発現量としては、例えば、一定の品質を有することが既に確認されている細胞（ポジティブコントロール）の特定蛋白質分子の発現レベルであってもよく、一定の品質を有していないことが既に確認されている細胞（ネガティブコントロール）の発現レベルであってもよい。
【0038】
細胞の特定蛋白質分子の発現レベルと、基準発現レベルとの比較により、細胞の特定蛋白質分子の発現レベルがポジティブコントロールの発現量と同等以上の場合には、細胞の品質が高いと評価でき、細胞の特定蛋白質分子の発現レベルがネガティブコントロールの発現量と同等以下の場合には、細胞の品質が低いと評価することができる。
【0039】
また、特定蛋白質分子の発現レベルのカットオフ値を予め設定しておき、細胞について測定した特定蛋白質分子の発現レベルとカットオフ値とを比較してもよい。カットオフ値は、例えば、特定蛋白質分子の発現量と、治療効果との相関を示す回帰直線に基づき、所望の治療効果を与える特定蛋白質分子の発現レベルとすることができる。例えば、細胞の特定蛋白質分子の発現レベルがカットオフ値以上である場合には、細胞の品質が高いと評価でき、カットオフ値以下である場合には、細胞の品質が低いと評価できる。
【0040】
＜細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理すること＞
第二の品質管理においては、細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理する。
細胞に特徴的な関連遺伝子群が、好ましくは１０～５０００個の遺伝子から構成される。より好ましくは１０～２０００個の遺伝子から構成される。遺伝子の数の下限は、２０個以上、３０個以上、４０個以上、５０個以上、１００個以上、２００個以上、３００個以上、又は５００個以上でもよい。遺伝子の数の上限は、４０００個以下、３０００個以下、２０００個以下、１５００個以下でもよい。
第二の品質管理においては、細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現挙動を管理する。
細胞に特徴的な関連遺伝子群が、好ましくは１０～５０００個の遺伝子から構成される。より好ましくは１０～２０００個の遺伝子から構成される。遺伝子の数の下限は、２０個以上、３０個以上、４０個以上、５０個以上、１００個以上、２００個以上、３００個以上、又は５００個以上でもよい。遺伝子の数の上限は、４０００個以下、３０００個以下、２０００個以下、１５００個以下でもよい。
【0041】
細胞に特徴的な関連遺伝子群としては、特に限定されず、細胞の種類に応じて適宜選択することができる。一例として、細胞が間葉系幹細胞の場合には、例えば、免疫関連遺伝子群、炎症関連遺伝子群、血管新生関連遺伝子群、神経再生関連遺伝子群、軟骨形成関連遺伝子群、骨形成関連遺伝子群、脂肪形成関連遺伝子群、線維化関連遺伝子群、免疫原性関連遺伝子群、遊走関連遺伝子群、接着関連遺伝子群、老化関連遺伝子群、間葉系幹細胞マーカー関連遺伝子群、表面マーカー関連遺伝子群、成長因子関連遺伝子群、及びケモカイン又はサイトカイン関連遺伝子群のうちの少なくとも１以上（例えば、上記した遺伝子群のうちの２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５又は１６の遺伝子群でもよい）から選ぶことができる。
【0042】
上記した各種の遺伝子群は、例えば、市販のパネル、文献情報、マイクロアレイのデータ、公知のデータベース（例えば、Ontology database（http://www.informatics.jax.org/vocab/gene_ontology/）など）を用いて、収集することができる。また、収集された遺伝子群の中から、登場頻度の高い遺伝子を選抜して使用することができる。
【0043】
第二の品質管理においては、細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現状態を測定することにより得られた上記遺伝子群の発現パターンと、基準となる発現パターンとの相関により細胞が使用可能であると判定することができる。具体的には、細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現状態を測定することにより得られた上記遺伝子群の発現パターンと、基準となる発現パターンとの相関が一定以上である場合に、細胞は使用可能であると判定することができる。例えば、細胞に特徴的な関連遺伝子群の発現状態を測定することにより得られた上記遺伝子群の発現パターンと、基準となる発現パターンとの相関係数又は決定係数、あるいは相関係数と決定係数、を評価し、上記相関係数又は上記決定係数が一定以上である場合に、細胞は使用可能であると判定することができる。
【0044】
発現状態の測定方法は特に限定されないが、ｍＲＮＡ量を測定することができる。ｍＲＮＡ量の測定は、所望のｍＲＮＡ量を測定できる方法であれば特に限定されず、公知の方法から適宜選択して用いることができる。例えば、ＲＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）、ＲＴ－ＰＣＲ法、リアルタイムＲＴ－ＰＣＲ法などを使用することができる。
【0045】
決定係数の算出方法としては、様々な方法を採用することができ、特に限定されない。一例としては、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ（登録商標）に採用されているＲＳＱ関数を用いる方法を使用することができる。ＲＳＱ関数により、一つ目の対象サンプルにおける、とある遺伝子の発現量ｙと、二つ目の対象サンプルにおける同遺伝子の発現量ｘからなる、総遺伝子群の（ｘ、ｙ）ペアを用いた回帰直線を対象に、ｒを２乗した値（決定係数）の値を返すことで、二つの対象サンプル間の決定係数とすることができる。
【0046】
相関係数の算出方法としては、様々な方法を採用することができ、特に限定されない。一例としては、Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ（登録商標）に採用されているＣＯＲＲＥＬ関数を用いる方法を使用することができる。ＣＯＲＲＥＬ関数により、一つ目の対象サンプルにおける、とある遺伝子の発現量ｙと、二つ目の対象サンプルにおける同遺伝子の発現量ｘからなる、総遺伝子群の（ｘ、ｙ）ペアに対する相関係数の値を返すことで、二つの対象サンプル間の相関係数とすることができる。
【0047】
相関係数あるいは決定係数を評価する場合においては、
（ｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定下限値に代替する、
（ｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定値のうちの最低値に代替する、又は、
（ｉｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、以下の式：各遺伝子のリードカウント＋（１×遺伝子長／遺伝子長の平均）で処理をする、
の何れかを行うことにより、上記相関係数あるいは上記決定係数を算出することが好ましい。
（ｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定下限値に代替する、
（ｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、測定値のうちの最低値に代替する、又は、
（ｉｉｉ）遺伝子の発現量を測定できない欠損値を、以下の式：各遺伝子のリードカウント＋（１×遺伝子長／遺伝子長の平均）で処理をする、
の何れかを行うことにより、上記相関係数あるいは上記決定係数を算出することが好ましい。
【0048】
ＲＮＡ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ法（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）はシークエンサーを利用した遺伝子発現量の定量方法の一つである。解析の流れとして、（１） シークエンサーから出力されたリードに対してクオリティコントロールを行い、（２） リードをリファレンス配列にマッピングし、そして、（３） どの遺伝子領域に何本のリードがマッピングされたかを集計する。このように遺伝子領域毎に集計されるリード数は、その遺伝子の相対発現量とみなすことができる。即ち、各遺伝子のリードカウントとは、遺伝子発現解析で一般的に得られる出力結果であり、遺伝子領域ごとに集計される値である。
【0049】
決定係数又は相関係数の閾値としては、区別する細胞種に応じて、例えば、０．７０以上、０．７１以上、０．７２以上、０．７３以上、０．７４以上、０．７５以上、０．７６以上、０．７７以上、０．７８以上、０．７９以上、０．８０以上、０．８１以上、０．８２以上、０．８３以上、０．８４以上、０．８５以上、０．８６以上、０．８７以上、０．８８以上、０．８９以上などから選択することができる。
【0050】
＜治療又は創薬のための細胞の製造方法、及び細胞の利用＞
本発明によれば、治療又は創薬のための細胞の候補を含む細胞集団を入手した後に、本発明による細胞の品質管理方法により、細胞集団の中から、基準を満たす細胞を選別することによって、治療又は創薬のための細胞を製造することができる。
本発明によれば、治療又は創薬のための細胞の候補を含む細胞集団を入手した後に、本発明による細胞の品質管理方法により、細胞集団の中から、基準を満たす細胞を選別することによって、治療又は創薬のための細胞を製造することができる。
【0051】
本発明により品質が確認された細胞は、再生医療や基礎研究（例えば、創薬など）のために使用することができる。例えば、本発明により品質が確認された細胞は、生体組織の損傷や障害の治療や美容を目的とした移植材料として用いることができる。本発明の一例においては、細胞は、関節症治療薬として使用される細胞である。例えば、細胞は、半月板治療薬または変形性関節症治療薬として使用される細胞でもよい。
【0052】
一例として、滑膜由来の間葉系幹細胞を、関節症治療薬（変形性関節症治療薬など）又は半月板治療薬として使用する場合を以下に説明する。
【0053】
滑膜組織は、麻酔下で関節から採取することができる。切除された滑膜組織はコラゲナーゼ又はトリプシンなどのプロテアーゼで酵素処理し、酵素処理した細胞をメッシュフィルターを通して濾過する。上記の方法で回収した有核細胞を、本発明の方法において品質管理により選別し、選別された細胞を、治療のために使用することができる。
【0054】
滑膜由来間葉幹細胞は、分化培地により事前に分化誘導させることなく、ｅｘ ｖｉｖｏで培養し、増殖させることができる。このようにして増殖した未分化の滑膜由来間葉幹細胞を、患者に移植することができる。効率的な治療を達成するためには、１０ｃｍ２程度の大きさの軟骨欠損部または半月板欠損部あたり、好ましくは５×１０７個以上、より好ましくは１×１０８個以上の間葉系幹細胞を移植すればよい。
【0055】
本発明の別の例においては、細胞は、創薬のために使用することができる。一例としては、本発明の方法により品質を管理された細胞を用いて、候補薬物の薬効又は毒性を評価し、候補薬物をスクリーニングすることができる。例えば、細胞に候補薬物を接触させた場合における細胞の特性を、候補薬物を接触させない場合と比較することにより、候補薬物の薬効又は毒性を評価することができる。
【0056】
以下の実施例により本発明をさらに具体的に説明するが、本発明は実施例によって限定されるものではない。
【実施例0057】
実施例１～５においては、半月板損傷モデルを作成し、滑膜幹細胞による治療効果に必須な特定蛋白質分子を阻害することにより、薬効に必須な特定蛋白質を同定及び実証した。なお、特定蛋白質分子の阻害方法としては、特定蛋白質分子に対する抗体で阻害した細胞を用いる方法、または特定蛋白質分子を遺伝子ノックアウトにより欠失させた細胞を用いる方法を使用することにより、半月板再生効果が有意に減じた場合、薬効に必須な特定蛋白質分子であることを実証することができる。
【0058】
実施例１：治療細胞となる滑膜幹細胞の作製
滑膜由来間葉幹細胞の樹立に、５週齢のＬｅｗｉｓラットを用いた。イソフルラン麻酔下にて採取した滑膜組織は、濃度２０％となるようにＦｅｔａｌ Ｂｏｖｉｎｅ Ｓｅｒｕｍ（ＧｉｂｃｏＣａｔ．＃１０２７０）また濃度１％となるようにＡｎｔｉｂｉｏｔｉｃ－Ａｎｔｉｍｙｃｏｔｉｃ（１００Ｘ）（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃａｔ．＃１５２４００６２）を加えたｍＭＥＭα ｗｉｔｈ Ｌ－Ａｌａｎｙｌ－Ｌ－Ｇｌｕｔａｍｉｎｅ， Ｐｈｅｎｏｌ Ｒｅｄ ａｎｄ Ｓｏｄｉｕｍ Ｐｙｒｕｖａｔｅ（富士フイルムＷＡＫＯ Ｃａｔ． ＃ ２８２－９８６７５）培地に対して２．０ｍｇ／ｍＬとなるようにＣｏｌｌａｇｅｎａｓｅＶ（Ｓｉｇｍａ Ｃａｔ＃ Ｃ９２６３）を添加し、３７℃にて２時間反応させた。冷却した培地を添加して反応を止め、４０μｍのセルストレーナーに通し、残渣組織を除去した。回収した細胞を７５ｃｍ２細胞培養フラスコ（Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｉｎｃ．，型番：３５３１３６）に播種し、ＣＯ２濃度５％，３７℃で８日間培養した。８日間培養後、フラスコ内の培地を破棄しリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄したのち、４ｍＬのＴｒｙｐＬＥ Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を添加し，３７℃のインキュベーターで５分間静置，細胞を間葉幹細胞として回収し、生死細胞オートアナライザーＶｉ－ＣＥＬＬ（ＢＥＣＫＭＡＮ ＣＯＵＬＴＥＲ，型番：７３１０５０）にて細胞数を算出した。遠心により上清を破棄，ＣＯＳ－ｂａｎｋｅｒに置換し、滑膜幹細胞の凍結のストックを作製した。
滑膜由来間葉幹細胞の樹立に、５週齢のＬｅｗｉｓラットを用いた。イソフルラン麻酔下にて採取した滑膜組織は、濃度２０％となるようにＦｅｔａｌ Ｂｏｖｉｎｅ Ｓｅｒｕｍ（ＧｉｂｃｏＣａｔ．＃１０２７０）また濃度１％となるようにＡｎｔｉｂｉｏｔｉｃ－Ａｎｔｉｍｙｃｏｔｉｃ（１００Ｘ）（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃａｔ．＃１５２４００６２）を加えたｍＭＥＭα ｗｉｔｈ Ｌ－Ａｌａｎｙｌ－Ｌ－Ｇｌｕｔａｍｉｎｅ， Ｐｈｅｎｏｌ Ｒｅｄ ａｎｄ Ｓｏｄｉｕｍ Ｐｙｒｕｖａｔｅ（富士フイルムＷＡＫＯ Ｃａｔ． ＃ ２８２－９８６７５）培地に対して２．０ｍｇ／ｍＬとなるようにＣｏｌｌａｇｅｎａｓｅＶ（Ｓｉｇｍａ Ｃａｔ＃ Ｃ９２６３）を添加し、３７℃にて２時間反応させた。冷却した培地を添加して反応を止め、４０μｍのセルストレーナーに通し、残渣組織を除去した。回収した細胞を７５ｃｍ２細胞培養フラスコ（Ｃｏｒｎｉｎｇ Ｉｎｃ．，型番：３５３１３６）に播種し、ＣＯ２濃度５％，３７℃で８日間培養した。８日間培養後、フラスコ内の培地を破棄しリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）で２回洗浄したのち、４ｍＬのＴｒｙｐＬＥ Ｅｘｐｒｅｓｓ（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ）を添加し，３７℃のインキュベーターで５分間静置，細胞を間葉幹細胞として回収し、生死細胞オートアナライザーＶｉ－ＣＥＬＬ（ＢＥＣＫＭＡＮ ＣＯＵＬＴＥＲ，型番：７３１０５０）にて細胞数を算出した。遠心により上清を破棄，ＣＯＳ－ｂａｎｋｅｒに置換し、滑膜幹細胞の凍結のストックを作製した。
【0059】
実施例２：半月板損傷モデルの作製
半月板再生効果を評価するための半月板損傷モデルの作製に１０週齢のＬｅｗｉｓラットを用いた。半月板損傷および間葉幹細胞を移植する方法は、イソフルラン麻酔下にて膝関節部皮膚を切開し、膝関節を露出させた。膝蓋下の内側関節包を露出させ、縦方向にメスで切開し大腿骨遠位部の軟骨を露出させた。内側半月板を滑膜より剥離し、内側半月板を露出させ、全体の約２／３を切除した。膝蓋腱と滑膜を縫合し、その後筋肉を縫合した。半月板損傷処置の後、実施例１で用意したラット滑膜由来間葉幹細胞（滑膜幹細胞）群および対照としてＰＢＳ群の２群に分けた。滑膜幹細胞群では投与する間葉幹細胞は滑膜より樹立・凍結した細胞を２０％Ｆｅｔａｌ Ｂｏｖｉｎｅ Ｓｅｒｕｍ （Ｇｉｂｃｏ Ｃａｔ＃ １０２７０）、１％Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ－Ａｎｔｉｍｙｃｏｔｉｃ（１００Ｘ）（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃａｔ＃ １５２４００６２）入りｍＭＥＭα ｗｉｔｈ Ｌ－Ａｌａｎｙｌ－Ｌ－Ｇｌｕｔａｍｉｎｅ，Ｐｈｅｎｏｌ Ｒｅｄ ａｎｄ Ｓｏｄｉｕｍ Ｐｙｒｕｖａｔｅ（富士フイルムＷＡＫＯ Ｃａｔ＃ ２８２－９８６７５）培地にて起眠、１週間培養し、回収した細胞数５ｘ１０６ｃｅｌｌｓを注射針を用いて、縫合部位から膝関節と垂直方向に針を穿刺し、膝関節内に移植し皮膚を縫合した。術後、すべてのラットをケージに戻し、運動および飲食を自由にさせた。動物は処置３週後に剖検を行った。動物はイソフルラン麻酔下で下大動脈切断により放血を行い、安楽死させた。その後、膝関節を外して半月板を露出させ、内側半月板を摘出し、写真撮影した。摘出した両膝関節内側半月板の画像を図１に示す。正常半月板との色調および形状の違いから再生部分を画像から特定し、線で囲った。ＰＢＳ群では半月板が中節部までの形状を有するものが半数を占めていたが、滑膜幹細胞群では前節部まで半月板が再生している例が多数見られることから、滑膜幹細胞移植による半月板再生効果が確認できた。
半月板再生効果を評価するための半月板損傷モデルの作製に１０週齢のＬｅｗｉｓラットを用いた。半月板損傷および間葉幹細胞を移植する方法は、イソフルラン麻酔下にて膝関節部皮膚を切開し、膝関節を露出させた。膝蓋下の内側関節包を露出させ、縦方向にメスで切開し大腿骨遠位部の軟骨を露出させた。内側半月板を滑膜より剥離し、内側半月板を露出させ、全体の約２／３を切除した。膝蓋腱と滑膜を縫合し、その後筋肉を縫合した。半月板損傷処置の後、実施例１で用意したラット滑膜由来間葉幹細胞（滑膜幹細胞）群および対照としてＰＢＳ群の２群に分けた。滑膜幹細胞群では投与する間葉幹細胞は滑膜より樹立・凍結した細胞を２０％Ｆｅｔａｌ Ｂｏｖｉｎｅ Ｓｅｒｕｍ （Ｇｉｂｃｏ Ｃａｔ＃ １０２７０）、１％Ａｎｔｉｂｉｏｔｉｃ－Ａｎｔｉｍｙｃｏｔｉｃ（１００Ｘ）（Ｔｈｅｒｍｏｆｉｓｈｅｒ ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｃａｔ＃ １５２４００６２）入りｍＭＥＭα ｗｉｔｈ Ｌ－Ａｌａｎｙｌ－Ｌ－Ｇｌｕｔａｍｉｎｅ，Ｐｈｅｎｏｌ Ｒｅｄ ａｎｄ Ｓｏｄｉｕｍ Ｐｙｒｕｖａｔｅ（富士フイルムＷＡＫＯ Ｃａｔ＃ ２８２－９８６７５）培地にて起眠、１週間培養し、回収した細胞数５ｘ１０６ｃｅｌｌｓを注射針を用いて、縫合部位から膝関節と垂直方向に針を穿刺し、膝関節内に移植し皮膚を縫合した。術後、すべてのラットをケージに戻し、運動および飲食を自由にさせた。動物は処置３週後に剖検を行った。動物はイソフルラン麻酔下で下大動脈切断により放血を行い、安楽死させた。その後、膝関節を外して半月板を露出させ、内側半月板を摘出し、写真撮影した。摘出した両膝関節内側半月板の画像を図１に示す。正常半月板との色調および形状の違いから再生部分を画像から特定し、線で囲った。ＰＢＳ群では半月板が中節部までの形状を有するものが半数を占めていたが、滑膜幹細胞群では前節部まで半月板が再生している例が多数見られることから、滑膜幹細胞移植による半月板再生効果が確認できた。
【0060】
滑膜幹細胞群およびＰＢＳ群で半月板再生効果を定量比較するために、半月板再生部分（線内）の面積をＩｍａｇｅＪ（ｖｅｒｓｉｏｎ １．５２）にて計測した。半月板再生部分を半月板の色調および形状から目視判断し、次の式にて面積を算出した。
【0061】
半月板再生部分面積（ｍｍ２）＝半月板再生部分エリアのピクセル数／１ｍｍ２当たりのピクセル数
【0062】
各群の再生部分面積の平均値、標準偏差および統計学的解析はすべてＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ（登録商標）２００７（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｃｏｒｐ．）にて行った。統計学的解析は滑膜幹細胞群およびＰＢＳ群間にてＳｔｕｄｅｎｔ’ｓ Ｔ－Ｔｅｓｔを実施し、有意水準５％未満（Ｐ＜０．０５）を差分ありとした。
【0063】
滑膜幹細胞群およびＰＢＳ群の半月板再生部面積の値を表１に示す。ＰＢＳ群の半月板再生部分面積は１．１ｍｍ２に対して、滑膜幹細胞群では２．０ｍｍ２と約２倍の再生面積を有しており、統計学的有意差（Ｐ＜０．０１）を示した。このことから、滑膜幹細胞は半月板再生治療効果を有することが実証された。以後の実施例では、本実施例に記載の半月板損傷モデルに対して、特定蛋白質分子を阻害させた細胞を投与することにより、薬効に必須な特定蛋白質分子を同定、実証した。
【0064】
【表1】
【0065】
実施例３：特定蛋白質を阻害した滑膜幹細胞の調整、及び半月板損傷モデルでの薬効評価
実施例１にて取得した滑膜幹細胞に対して、表面抗原ＣＤ２９の中和抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ Ｃａｔ＃１０２２０２）、表面抗原ＣＤ１４０ｂの中和抗体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｃａｔ＃ ＡＦ３８５）、表面抗原ＣＤ４４の中和抗体（Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃａｔ ＃ Ａｂ００６２８－２３．０）を準備し、それらを一種類ずつ滑膜幹細胞とインキュベートし、該当の特定蛋白質分子を阻害した滑膜幹細胞を調整した。それぞれＣＤ２９阻害滑膜幹細胞、ＣＤ１４０ｂ阻害滑膜幹細胞、ＣＤ４４阻害滑膜幹細胞とした。同時に、滑膜幹細胞に対して分子阻害を示さないＩｇＧを滑膜幹細胞とインキュベートしたＩｇＧ反応滑膜幹細胞をコントロールとして準備した。これらの細胞を実施例２と同様に半月板損傷モデルへ投与し、３週間後の半月板再生部分の面積を実施例２と同様に取得した。結果を図２に示した。
実施例１にて取得した滑膜幹細胞に対して、表面抗原ＣＤ２９の中和抗体（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ Ｃａｔ＃１０２２０２）、表面抗原ＣＤ１４０ｂの中和抗体（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｃａｔ＃ ＡＦ３８５）、表面抗原ＣＤ４４の中和抗体（Ａｂｓｏｌｕｔｅ Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｃａｔ ＃ Ａｂ００６２８－２３．０）を準備し、それらを一種類ずつ滑膜幹細胞とインキュベートし、該当の特定蛋白質分子を阻害した滑膜幹細胞を調整した。それぞれＣＤ２９阻害滑膜幹細胞、ＣＤ１４０ｂ阻害滑膜幹細胞、ＣＤ４４阻害滑膜幹細胞とした。同時に、滑膜幹細胞に対して分子阻害を示さないＩｇＧを滑膜幹細胞とインキュベートしたＩｇＧ反応滑膜幹細胞をコントロールとして準備した。これらの細胞を実施例２と同様に半月板損傷モデルへ投与し、３週間後の半月板再生部分の面積を実施例２と同様に取得した。結果を図２に示した。
【0066】
その結果、ＣＤ２９阻害滑膜幹細胞では、ＩｇＧ反応滑膜幹細胞と比べて統計学的有意に半月板再生治療効果が消失することが分かった。同様にＣＤ１４０ｂ阻害滑膜幹細胞でもＩｇＧ反応滑膜幹細胞と比べて統計学的に有意に半月板再生治療効果が減じることが分かった。これらのことからＣＤ２９やＣＤ１４０ｂは、薬効に必須な特定蛋白質分子である、ということが同定出来た。一方で、ＣＤ４４阻害滑膜幹細胞では、ＩｇＧ反応滑膜幹細胞と比べて半月板再生治療効果には有意な減少は認められなかった。このことから、ＣＤ４４は、薬効に必須な特定蛋白質分子とはいえないことが分かった。
【0067】
実施例４：特定蛋白質を遺伝子ノックアウトにより欠失させた滑膜幹細胞の調整、及び半月板損傷モデルでの薬効評価
実施例１にて取得した滑膜幹細胞に対して、ＴＮＦαＲ１、ＶＣＡＭ１、Ｃｏｌ２ａ１をそれぞれ個別に遺伝子ノックアウトを実施した。これによりＴＮＦαＲ１、ＶＣＡＭ１、Ｃｏｌ２ａ１の特定蛋白質分子を個別に消失させた滑膜幹細胞として、ＴＮＦαＲ１ノックアウト滑膜幹細胞、ＶＣＡＭ１ノックアウト滑膜幹細胞、Ｃｏｌ２ａ１ノックアウト滑膜幹細胞、を準備した。これらについて半月板損傷モデルを使って、ノックアウトしていないコントロール細胞であるＴＮＦαＲ１ＷＴ滑膜幹細胞、ＶＣＡＭ１ＷＴ滑膜幹細胞、Ｃｏｌ２ａ１ＷＴ滑膜幹細胞、と半月板再生効果を比較した。半月板再生効果の評価は実施例２と同様に、各細胞を半月板損傷モデルに投与し、３週間後の半月板再生部分の面積を実施例２と同様に取得した。結果を図３に示した。
実施例１にて取得した滑膜幹細胞に対して、ＴＮＦαＲ１、ＶＣＡＭ１、Ｃｏｌ２ａ１をそれぞれ個別に遺伝子ノックアウトを実施した。これによりＴＮＦαＲ１、ＶＣＡＭ１、Ｃｏｌ２ａ１の特定蛋白質分子を個別に消失させた滑膜幹細胞として、ＴＮＦαＲ１ノックアウト滑膜幹細胞、ＶＣＡＭ１ノックアウト滑膜幹細胞、Ｃｏｌ２ａ１ノックアウト滑膜幹細胞、を準備した。これらについて半月板損傷モデルを使って、ノックアウトしていないコントロール細胞であるＴＮＦαＲ１ＷＴ滑膜幹細胞、ＶＣＡＭ１ＷＴ滑膜幹細胞、Ｃｏｌ２ａ１ＷＴ滑膜幹細胞、と半月板再生効果を比較した。半月板再生効果の評価は実施例２と同様に、各細胞を半月板損傷モデルに投与し、３週間後の半月板再生部分の面積を実施例２と同様に取得した。結果を図３に示した。
【0068】
その結果、ＴＮＦαＲ１ノックアウト滑膜幹細胞では、ノックアウトしていない滑膜幹細胞と比べて統計学的な有意差はなく、半月板再生治療効果が減じることはなかった。ＶＣＡＭ１ノックアウト滑膜幹細胞でも、ノックアウトしていない滑膜幹細胞と比べて統計学的な有意差はなく、半月板再生治療効果が減じることはなかった。これらのことから、ＴＮＦαＲ１とＶＣＡＭ１は薬効に必須な特定蛋白質分子とはいえないことがわかった。一方、Ｃｏｌ２ａ１ノックアウト滑膜幹細胞では、ノックアウトしていない滑膜幹細胞と比べて統計学的な有意差をともなって半月板再生治療効果が減じていた。このことから、Ｃｏｌ２ａ１は薬効に必須な特定蛋白質分子である、ということが分かった。
【0069】
実施例５：
実施例１にて取得した滑膜幹細胞に対して、実施例３で明らかとなった薬効に必須な蛋白質分子であるＣＤ２９、ＣＤ１４０ｂの陽性率をフローサイトメトリーにより計測した。抗体としては、それぞれＣＤ２９（ＰＥ ａｎｔｉ－ｍｏｕｓｅ／ｒａｔ ＣＤ２９ Ａｎｔｉｂｏｄｙ，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ Ｃａｔ＃１０２２０７）、ＣＤ１４０ｂ（Ａｎｔｉ－ＰＤＧＦ Ｒｅｃｅｐｔｏｒβ，Ｈｕｍａｎ，Ｇｏａｔ－Ｐｏｌｙ，Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｃａｔ＃ＡＦ３８５）を用いた。
実施例１にて取得した滑膜幹細胞に対して、実施例３で明らかとなった薬効に必須な蛋白質分子であるＣＤ２９、ＣＤ１４０ｂの陽性率をフローサイトメトリーにより計測した。抗体としては、それぞれＣＤ２９（ＰＥ ａｎｔｉ－ｍｏｕｓｅ／ｒａｔ ＣＤ２９ Ａｎｔｉｂｏｄｙ，ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ Ｃａｔ＃１０２２０７）、ＣＤ１４０ｂ（Ａｎｔｉ－ＰＤＧＦ Ｒｅｃｅｐｔｏｒβ，Ｈｕｍａｎ，Ｇｏａｔ－Ｐｏｌｙ，Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ Ｃａｔ＃ＡＦ３８５）を用いた。
【0070】
その結果、ＣＤ２９の表面抗原陽性率は、９８．７％、ＣＤ１４０ｂの表面抗原陽性率は、９１．６％であることが分かった。このことから、規格値として、ＣＤ２９では９０％以上、ＣＤ１４０ｂでは８０％以上、として管理することが妥当であると分かった。
【0071】
また、Ａｒｔｉｃｕｌａｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ社より購入した、ヒト滑膜由来幹細胞（Ｃｒｙｏｐｒｅｓｅｒｖｅｄ Ｓｙｎｏｖｉｏｃｙｔｅｓ，Ｎｏｒｍａｌ，Ｐ１ 型番：ＣＤＤ－Ｈ－２９１０－Ｎ、ロット：ＳＴ１４１４， ＳＴ１４２０，ＳＴ１４３４， ＳＴ１４６２）についても、同様に、薬効に必須な蛋白質分子であるＣＤ２９、ＣＤ１４０ｂの陽性率をフローサイトメトリーにより計測した。抗体としては、それぞれＣＤ２９（ＡＰＣ Ｍｏｕｓｅ Ａｎｔｉ－Ｈｕｍａｎ ＣＤ２９ Ｃａｔ：５５９８８３）、ＣＤ１４０ｂ（ Ａｎｔｉ－ＰＤＧＦ Ｒｅｃｅｐｔｏｒβ，Ｈｕｍａｎ，Ｇｏａｔ－Ｐｏｌｙ Ｃａｔ：ＡＦ３８５）を用いた。
【0072】
その結果、ＣＤ２９の表面抗原陽性率は、ロット毎に９９．４％、９９．６％、９９．６％、９９．５％であった。また、ＣＤ１４０ｂの表面抗原陽性率は、ロット毎に、９２．２％、９０．７％、９５．２％、８５．９％であることが分かった。このことから、規格値として、ＣＤ２９では９０％以上、ＣＤ１４０ｂでは８０％以上、として管理することが妥当であると分かった。
【0073】
以下の実施例６～１０においては、薬効に必須であるかに関わらず、細胞集団を特徴づける関連遺伝子群発現を選定し、それらの遺伝子群発現パターンを使うことで、細胞集団を相関から区分け管理することを実証した。
【0074】
実施例６：細胞調整と各細胞のｍＲＮＡサンプル調整
実施例６－１：ＭＳＣ細胞とそのｍＲＮＡの調整
（１）細胞
以下の細胞を用意した。
実施例６－１：ＭＳＣ細胞とそのｍＲＮＡの調整
（１）細胞
以下の細胞を用意した。
【0075】
滑膜ＭＳＣ：滑膜幹細胞（市販）の調整（４Ｌｏｔ）
Ａｒｔｉｃｕｌａｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ社より購入した、凍結滑膜由来幹細胞（Ｃｒｙｏｐｒｅｓｅｒｖｅｄ Ｓｙｎｏｖｉｏｃｙｔｅｓ，Ｎｏｒｍａｌ，Ｐ１ 型番：ＣＤＤ－Ｈ－２９１０－Ｎ、ロット：ＳＴ１４１４，ＳＴ１４２０，ＳＴ１４３４，ＳＴ１４６２）を使用した。
Ａｒｔｉｃｕｌａｒ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ社より購入した、凍結滑膜由来幹細胞（Ｃｒｙｏｐｒｅｓｅｒｖｅｄ Ｓｙｎｏｖｉｏｃｙｔｅｓ，Ｎｏｒｍａｌ，Ｐ１ 型番：ＣＤＤ－Ｈ－２９１０－Ｎ、ロット：ＳＴ１４１４，ＳＴ１４２０，ＳＴ１４３４，ＳＴ１４６２）を使用した。
【0076】
Ｌ骨髄ＭＳＣ：骨髄由来間葉系幹細胞（Ｌｏｎｚａ製）の調整（３Ｌｏｔ．）
ＬＯＮＺＡ社より購入した、骨髄由来間葉系幹細胞（Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ Ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ｃｒｙｏ ａｍｐ型番：ＰＴ－２５０１、ロット：１８ＴＬ２４１９０９，００００４９４６７８，１９ＴＬ１５５６７７）を使用した。
ＬＯＮＺＡ社より購入した、骨髄由来間葉系幹細胞（Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ Ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ ｃｒｙｏ ａｍｐ型番：ＰＴ－２５０１、ロット：１８ＴＬ２４１９０９，００００４９４６７８，１９ＴＬ１５５６７７）を使用した。
【0077】
Ｊ骨髄ＭＳＣ：骨髄由来間葉系幹細胞（Ｊ－ＴＥＣ製）の調整（３Ｌｏｔ．）
ジャパン・ティッシュ・エンジニアリング（Ｊ－ＴＥＣ）社で作製した骨髄由来間葉系幹細胞（ロット：ＢＫＸＨ）を使用した。
ジャパン・ティッシュ・エンジニアリング（Ｊ－ＴＥＣ）社で作製した骨髄由来間葉系幹細胞（ロット：ＢＫＸＨ）を使用した。
【0078】
Ｆ骨髄ＭＳＣ：骨髄由来間葉系幹細胞（ＦＦ製）の調整（３Ｌｏｔ．）
Ａｌｌｃｅｌｌｓ社より購入した、骨髄液（Ｗｈｏｌｅ Ｂｏｎｅ Ｍａｒｒｏｗ， Ｆｒｅｓｈ，１０ｍＬ、型番：ＡＬＬ－ＡＢＭ００１、ロット：３０２４６２４，３０２４６２５）から単離した骨髄由来間葉系幹細胞を使用した。
Ａｌｌｃｅｌｌｓ社より購入した、骨髄液（Ｗｈｏｌｅ Ｂｏｎｅ Ｍａｒｒｏｗ， Ｆｒｅｓｈ，１０ｍＬ、型番：ＡＬＬ－ＡＢＭ００１、ロット：３０２４６２４，３０２４６２５）から単離した骨髄由来間葉系幹細胞を使用した。
【0079】
ＲＥＣ－ＭＳＣ：骨髄由来間葉系幹細胞（ＲＥＣ：ＰｕＲＥＣ製）の調整（３Ｌｏｔ．）
ＰＵＲＥＣ社より購入した、超高純度ヒト間葉系幹細胞（ＲＥＣ）（型番：３８７－１６５９１、ロット：０５０７８０６１４，２００３７０２０７，１１１０９０６０５）を使用した。
ＰＵＲＥＣ社より購入した、超高純度ヒト間葉系幹細胞（ＲＥＣ）（型番：３８７－１６５９１、ロット：０５０７８０６１４，２００３７０２０７，１１１０９０６０５）を使用した。
【0080】
ｉＰＳＣ－ＭＳＣ：ｉＰＳＣ由来間葉系幹細胞（ＦＣＤＩ製）の調整（１Ｌｏｔ．）
ＦＵＪＩＦＩＬＭ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ社より購入した、ｉＣｅｌｌ間葉系幹細胞（型番：Ｒ１０９８、ロット：０００４）を使用した。
ＦＵＪＩＦＩＬＭ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ社より購入した、ｉＣｅｌｌ間葉系幹細胞（型番：Ｒ１０９８、ロット：０００４）を使用した。
【0081】
Ｌ脂肪ＭＳＣ：脂肪由来間葉系幹細胞（Ｌｏｎｚａ製）の調整（３Ｌｏｔ．）
ＬＯＮＺＡ社より購入した、脂肪由来間葉系幹細胞（Ａｄｉｐｏｓｅ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ（ａｍｐ）型番：ＰＴ－５６０６、ロット：１８ＴＬ２４１９０９，００００４９４６７８，１９ＴＬ１５５６７７）を使用した。
ＬＯＮＺＡ社より購入した、脂肪由来間葉系幹細胞（Ａｄｉｐｏｓｅ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｓｔｅｍ ｃｅｌｌｓ（ａｍｐ）型番：ＰＴ－５６０６、ロット：１８ＴＬ２４１９０９，００００４９４６７８，１９ＴＬ１５５６７７）を使用した。
【0082】
（２）培地
基礎培地：ＭＥＭα（Ｌ－アラニル－Ｌ－グルタミン、フェノールレッド、ピルビン酸ナトリウム含有）（型番：２８９－３３３６５、ロット：ＳＫＨ９４７１）に抗生物質としてゲンタマイシン硫酸塩（「高田製薬ゲンタシン注６０」）を２０μｇ／ｍＬ、および、牛胎児血清（Ｓｅｌｂｏｒｎｅ社 型番：ＦＢＳ－０４）を最終濃度１５％（ｖ／ｖ）になるように添加し、使用した。以下、上記の培地を培養培地と称する。
基礎培地：ＭＥＭα（Ｌ－アラニル－Ｌ－グルタミン、フェノールレッド、ピルビン酸ナトリウム含有）（型番：２８９－３３３６５、ロット：ＳＫＨ９４７１）に抗生物質としてゲンタマイシン硫酸塩（「高田製薬ゲンタシン注６０」）を２０μｇ／ｍＬ、および、牛胎児血清（Ｓｅｌｂｏｒｎｅ社 型番：ＦＢＳ－０４）を最終濃度１５％（ｖ／ｖ）になるように添加し、使用した。以下、上記の培地を培養培地と称する。
【0083】
（３）骨髄液からの骨髄由来間葉系幹細胞の単離（Ａｌｌｃｅｌｌｓ社骨髄液由来間葉系幹細胞）
間葉系幹細胞の単離は、購入した骨髄液（ロット：３０２４６２４，３０２４６２５）を１０００ｒｐｍで１０分間遠心を行い、血漿を除去したものに、培養培地を血漿除去する前の１０倍量になるように加え、０．２０ｍＬ／ｃｍ２になるようにフラスコに播種し、３７℃、５％ＣＯ２雰囲気下のインキュベータ内で培養を行った。３日または４日間ごとに培地交換を行い、播種から１２日～１３日間培養を行ったのち、０．０５％トリプシン－ＥＤＴＡ（エチレンジアミン四酢酸）溶液（以下、トリプシン、ライフテクノロジーズ型番：２５３００）で剥離を行った。剥離後、等量の培地でトリプシンの中和を行い、別に用意したチューブに移した。培養フラスコをさらに等量の培地で洗いこみを行い、上記チューブに加え、残った細胞を回収した。チューブは２００×ｇで５分間遠心を行い、その上清を除去した。残ったペレットに適切な量の培地を加え、血球計算板を用いて、細胞カウントを行った。最終濃度が０．２０～０．５０×１０４ｃｅｌｌｓ／ｃｍ２ になるようにフラスコに播種し、３７℃、５％ＣＯ２雰囲気下のインキュベータ内で培養をした。３日もしくは４日間培養し、フラスコ底面の６０％以上を細胞が満たしたときに、上記と同様の操作で継代を繰り返し、２継代目終了時、の細胞を遠心し、終濃度が１０％（ｖ／ｖ）ジメチルスルホキシド（ＳＩＧＭＡ－ＡＬＤＲＩＣＨ 型番：Ｄ２６５０）となるように、培養培地に混ぜた凍結液で１００×１０４ｃｅｌｌｓ／ｍＬ になるように調整した。
間葉系幹細胞の単離は、購入した骨髄液（ロット：３０２４６２４，３０２４６２５）を１０００ｒｐｍで１０分間遠心を行い、血漿を除去したものに、培養培地を血漿除去する前の１０倍量になるように加え、０．２０ｍＬ／ｃｍ２になるようにフラスコに播種し、３７℃、５％ＣＯ２雰囲気下のインキュベータ内で培養を行った。３日または４日間ごとに培地交換を行い、播種から１２日～１３日間培養を行ったのち、０．０５％トリプシン－ＥＤＴＡ（エチレンジアミン四酢酸）溶液（以下、トリプシン、ライフテクノロジーズ型番：２５３００）で剥離を行った。剥離後、等量の培地でトリプシンの中和を行い、別に用意したチューブに移した。培養フラスコをさらに等量の培地で洗いこみを行い、上記チューブに加え、残った細胞を回収した。チューブは２００×ｇで５分間遠心を行い、その上清を除去した。残ったペレットに適切な量の培地を加え、血球計算板を用いて、細胞カウントを行った。最終濃度が０．２０～０．５０×１０４ｃｅｌｌｓ／ｃｍ２ になるようにフラスコに播種し、３７℃、５％ＣＯ２雰囲気下のインキュベータ内で培養をした。３日もしくは４日間培養し、フラスコ底面の６０％以上を細胞が満たしたときに、上記と同様の操作で継代を繰り返し、２継代目終了時、の細胞を遠心し、終濃度が１０％（ｖ／ｖ）ジメチルスルホキシド（ＳＩＧＭＡ－ＡＬＤＲＩＣＨ 型番：Ｄ２６５０）となるように、培養培地に混ぜた凍結液で１００×１０４ｃｅｌｌｓ／ｍＬ になるように調整した。
【0084】
（４）間葉系幹細胞の培養、及び遺伝子の抽出
用意した間葉系幹細胞（上記の７種、計１７ロット）はそれぞれ、推奨培地が異なるが、遺伝子解析に培地による影響を少なくするために、それぞれの細胞を上記（２）に記載した培養培地を用いて培養を行った。各ＭＳＣの凍結ストックを３７℃ウォーターバスにて解凍し、２００×ｇで５分間遠心し、凍結液を除去し、それぞれの培地を加え、０．２５～０．５０×１０４ｃｅｌｌｓ／ｃｍ２になるようにフラスコに播種し、３７℃、５％ＣＯ２雰囲気下のインキュベータ内で培養を３日もしくは４日間行った。フラスコ底面の６０％以上を細胞が満たしたときに、上記した方法で、継代を２回行った。回収した細胞は、ＱＩＡＧＥＮ ＲＮｅａｓｙ（ＱＩＡＧＥＮ，７４１０４）ＲＬＴ ＢｕｆｆｅｒにＤＴＴ（Ｗａｋｏ，０４７－０８９７３）を添加したＬｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒを添加しピペッティングにより攪拌し、Ｌｙｓａｔｅを作製し、－８０℃で保管した。ＲＮＡ抽出はＱＩＡＧＥＮ社プロトコールに従って実施した。得られたＲＮＡ水溶液は核酸濃度を測定し、必要に応じて希釈した。
用意した間葉系幹細胞（上記の７種、計１７ロット）はそれぞれ、推奨培地が異なるが、遺伝子解析に培地による影響を少なくするために、それぞれの細胞を上記（２）に記載した培養培地を用いて培養を行った。各ＭＳＣの凍結ストックを３７℃ウォーターバスにて解凍し、２００×ｇで５分間遠心し、凍結液を除去し、それぞれの培地を加え、０．２５～０．５０×１０４ｃｅｌｌｓ／ｃｍ２になるようにフラスコに播種し、３７℃、５％ＣＯ２雰囲気下のインキュベータ内で培養を３日もしくは４日間行った。フラスコ底面の６０％以上を細胞が満たしたときに、上記した方法で、継代を２回行った。回収した細胞は、ＱＩＡＧＥＮ ＲＮｅａｓｙ（ＱＩＡＧＥＮ，７４１０４）ＲＬＴ ＢｕｆｆｅｒにＤＴＴ（Ｗａｋｏ，０４７－０８９７３）を添加したＬｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒを添加しピペッティングにより攪拌し、Ｌｙｓａｔｅを作製し、－８０℃で保管した。ＲＮＡ抽出はＱＩＡＧＥＮ社プロトコールに従って実施した。得られたＲＮＡ水溶液は核酸濃度を測定し、必要に応じて希釈した。
【0085】
実施例６－２：非ＭＳＣ細胞とそのｍＲＮＡの調整
（１）細胞
以下の細胞を用意した。
ＬＯＮＺＡ社 線維芽細胞（ＦＢ）ＣＣ－２５０９
ＡＴＣＣ 肺動脈内皮細胞（ＰＡＥＣ）ＰＣＳ－１００－０２２
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 内臓脂肪細胞（ＷＰ）Ｃ－１２７３２
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 軟骨細胞（ＣＨ）Ｃ－１２７１０
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 造血前駆細胞（ＣＤ３４細胞）Ｃ－１２９２１
ＬＯＮＺＡ社 Ｔ細胞（Ｔｃｅｌｌ）２Ｗ－２００
ＡＴＣＣ Ｂ細胞（Ｂｃｅｌｌ）ＰＣＳ－８００－０１８
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 単球（ＣＤ１４細胞）Ｃ－１２９０９
末梢血由来ｉＰＳＣ細胞（ｉＰＳＣ）
（１）細胞
以下の細胞を用意した。
ＬＯＮＺＡ社 線維芽細胞（ＦＢ）ＣＣ－２５０９
ＡＴＣＣ 肺動脈内皮細胞（ＰＡＥＣ）ＰＣＳ－１００－０２２
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 内臓脂肪細胞（ＷＰ）Ｃ－１２７３２
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 軟骨細胞（ＣＨ）Ｃ－１２７１０
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 造血前駆細胞（ＣＤ３４細胞）Ｃ－１２９２１
ＬＯＮＺＡ社 Ｔ細胞（Ｔｃｅｌｌ）２Ｗ－２００
ＡＴＣＣ Ｂ細胞（Ｂｃｅｌｌ）ＰＣＳ－８００－０１８
ＰｒｏｍｏＣｅｌｌ社 単球（ＣＤ１４細胞）Ｃ－１２９０９
末梢血由来ｉＰＳＣ細胞（ｉＰＳＣ）
【0086】
（２）間葉系幹細胞以外の細胞の準備と遺伝子抽出
線維芽細胞、肺動脈内皮細胞、内臓脂肪細胞、軟骨細胞、造血前駆細胞、単球は凍結バイアルを３７℃ウォーターバスで融解し、加温したＭＥＭα／１５％ＦＢＳ／２０μｇ／ｍＬゲンタシンの培地１０ｍＬにゆっくり添加したのち、セルカウントした。遠心（３００ｘＧ、５分、室温）後、上清をできるだけ除去し、ＱＩＡＧＥＮ ＲＮｅａｓｙ（ＱＩＡＧＥＮ，７４１０４） ＲＬＴ ＢｕｆｆｅｒにＤＴＴ（Ｗａｋｏ，０４７－０８９７３）を添加したＬｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒを添加し、ピペッティングにより攪拌し、Ｌｙｓａｔｅを作製した。Ｌｙｓａｔｅを３５０μＬずつ１．５ ｍＬｔｕｂｅに移し、ＲＮＡ抽出に供した。
線維芽細胞、肺動脈内皮細胞、内臓脂肪細胞、軟骨細胞、造血前駆細胞、単球は凍結バイアルを３７℃ウォーターバスで融解し、加温したＭＥＭα／１５％ＦＢＳ／２０μｇ／ｍＬゲンタシンの培地１０ｍＬにゆっくり添加したのち、セルカウントした。遠心（３００ｘＧ、５分、室温）後、上清をできるだけ除去し、ＱＩＡＧＥＮ ＲＮｅａｓｙ（ＱＩＡＧＥＮ，７４１０４） ＲＬＴ ＢｕｆｆｅｒにＤＴＴ（Ｗａｋｏ，０４７－０８９７３）を添加したＬｙｓｉｓ ｂｕｆｆｅｒを添加し、ピペッティングにより攪拌し、Ｌｙｓａｔｅを作製した。Ｌｙｓａｔｅを３５０μＬずつ１．５ ｍＬｔｕｂｅに移し、ＲＮＡ抽出に供した。
【0087】
Ｔ細胞は３７℃ウォーターバスで融解し、５０ｍｌｃｏｎｉｃａｌ ｔｕｂｅに移した。そこに加温したＲＰＭＩ／ＮＥＡＡ／１ｍｍｏｌ／Ｌ Ｓｏｄｉｕｍ Ｐｙｒｕｖａｔｅ／２ｍｍｏｌ／Ｌ Ｌ－Ａｌａｎｉｎｅ ＆ Ｌ－Ｇｌｕｔａｍｍｉｎｅ／１０ｍｍｏｌ／Ｌ ＨＥＰＥＳ／１０％ＦＢＳ／２０Ｕ／ｍＬ ＤＮａｓｅＩ（１ｍＬ）をゆっくり添加した。加温した上記培地１ｍＬを空になったバイアルへ入れ、このリンス液を５０ｍＬ ｔｕｂｅに数滴入れては優しく攪拌することを繰り返し、１～２分かけて全量添加した。ここへ上記培地を数滴入れては優しく攪拌することを繰り返し、最終容量５０ｍＬになるまで数分かけて添加した。セルカウント後、遠心（３００ｘＧ、５分、室温）し、上清をできるだけ除去し、ＲＬＴ／ＤＴＴ＋を添加し、ピペッティングにより攪拌した。Ｌｙｓａｔｅを３５０μＬずつ１．５ｍＬｔｕｂｅに移し、ＲＮＡ抽出に供した。
【0088】
Ｂ細胞は凍結バイアルを３７℃ウォーターバスで融解し、加温したＨＢＳＳ／１０＆ ＨＳＡ（５ｍＬ）にゆっくり添加したのち、セルカウントした。遠心（３００ｘＧ、５分、室温）後、上清をできるだけ除去し、ＲＬＴ／ＤＴＴ＋を添加しピペッティングにより攪拌した。Ｌｙｓａｔｅを３５０μＬずつ１．５ｍＬ ｔｕｂｅに移し、ＲＮＡ抽出に供した。
【0089】
ｉＰＳ細胞は６ｗｅｌｌ ｐｌａｔｅにて培養し、上清を除去したのちＲＬＴ／ＤＴＴ＋３５０μＬ／ｗｅｌｌを添加し、ピペッティングにより溶解した。１ｗｅｌｌのＬｙｓａｔｅを１本の１．５ｍＬｔｕｂｅに入れてＲＮＡ抽出に供した。
【0090】
いずれの細胞も１回のＲＮＡ抽出に使用する細胞数は４ｘ１０６個を超えないようにした。またＬｙｓａｔｅ作製後すぐにＲＮＡ抽出を実施しない場合は－８０℃にて保存し、ＲＮＡ抽出実施日に氷上にて融解しＲＮＡ抽出に使用した。ＲＮＡ抽出はＱＩＡＧＥＮ社プロトコルに従って実施した。得られたＲＮＡ水溶液は核酸濃度を測定し、必要に応じて希釈した。
【0091】
実施例７：遺伝子発現パターンパネルの作製
（１）ＭＳＣに特徴的な遺伝子群の選定
Ａｍｐｌｉｃｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅは、１２００遺伝子以下であれば、精度よく測定できることがわかっている。そのため、ＭＳＣの機能や状態、マーカーとされている遺伝子を１２００遺伝子まで絞り、ハイスループットな評価系を構築する。ＭＳＣの機能・状態を評価する項目としては、市販の遺伝子発現解析のパネルを参考に、ＭＳＣに関係する項目として１６項目を選定した（表２）。
（１）ＭＳＣに特徴的な遺伝子群の選定
Ａｍｐｌｉｃｏｎ ｓｅｑｕｅｎｃｅは、１２００遺伝子以下であれば、精度よく測定できることがわかっている。そのため、ＭＳＣの機能や状態、マーカーとされている遺伝子を１２００遺伝子まで絞り、ハイスループットな評価系を構築する。ＭＳＣの機能・状態を評価する項目としては、市販の遺伝子発現解析のパネルを参考に、ＭＳＣに関係する項目として１６項目を選定した（表２）。
【0092】
遺伝子の選定方法としては、１６項目の各項目について市販のパネル（Ｔｈｅｒｍｏ社、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社、Ｑｉａｇｅｎ社、ＢＩＯ－ＲＡＤ社）、文献、マイクロアレイのデータ、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ．ｊａｘ．ｏｒｇ／ｖｏｃａｂ／ｇｅｎｅ＿ｏｎｔｏｌｏｇｙ／）を用いて、登場頻度の高い遺伝子を選抜した。
【0093】
【表2】
【0094】
その結果、市販パネル２６種、文献２９４報、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ、マイクロアレイデータをもとに、その登場頻度から優先順位をつけ、遺伝子を選抜した。項目ごとに重複する遺伝子を整理した結果、合計１１０７遺伝子を抽出することができた。さらに、マイクロアレイのデータから９２遺伝子を選抜した。残りの１遺伝子としては、Ｈｏｕｓｅ ｋｅｅｐｉｎｇ遺伝子として、ＧＡＰＤＨを選択し、合計１２００遺伝子とした。以下に項目ごとの遺伝子の選抜方法と選抜した遺伝子を示す。
【0095】
＜１＞骨形成関連遺伝子の選抜
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０４９Ｚ「Ｏｓｔｅｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（Ｏｓｔｅｏｇｅｎｅｓｉｓ）から３９２種類、ＭＳＣ・Ｏｓｔｅｏｇｅｎｅｓｉｓに関する文献２３報から９２種類の合計４７７種類の遺伝子を抽出した。分化予測マーカー１１種を加え、登場頻度の高い順に優先順位をつけて、９６遺伝子を選抜した。
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０４９Ｚ「Ｏｓｔｅｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（Ｏｓｔｅｏｇｅｎｅｓｉｓ）から３９２種類、ＭＳＣ・Ｏｓｔｅｏｇｅｎｅｓｉｓに関する文献２３報から９２種類の合計４７７種類の遺伝子を抽出した。分化予測マーカー１１種を加え、登場頻度の高い順に優先順位をつけて、９６遺伝子を選抜した。
【0096】
＜２＞脂肪形成関連遺伝子の選抜
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０２６Ｚ「Ａｄｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ａｄｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓ）から２７０種類、ＭＳＣ・Ａｄｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓに関する文献２３報から９７種類の合計３５４種類の遺伝子を抽出した。分化予測マーカー９種を加え、登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１０１遺伝子を選抜した。
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０２６Ｚ「Ａｄｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ａｄｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓ）から２７０種類、ＭＳＣ・Ａｄｉｐｏｇｅｎｅｓｉｓに関する文献２３報から９７種類の合計３５４種類の遺伝子を抽出した。分化予測マーカー９種を加え、登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１０１遺伝子を選抜した。
【0097】
＜３＞軟骨形成関連遺伝子の選抜
軟骨に関する市販のパネルがなかったため、ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ、Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓの軟骨マーカー、文献、軟骨基質をベースに選定した。Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅｓｉｓ）から２１４種類、Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓのｗｅｂ ｓｉｔｅから３０種類、ＭＳＣ・Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅｓｉｓに関する論文（５２報）から２４９種類、軟骨基質１４種類の合計３９８種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１９遺伝子を選抜した。
軟骨に関する市販のパネルがなかったため、ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ、Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓの軟骨マーカー、文献、軟骨基質をベースに選定した。Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅｓｉｓ）から２１４種類、Ｒ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓのｗｅｂ ｓｉｔｅから３０種類、ＭＳＣ・Ｃｈｏｎｄｒｏｇｅｎｅｓｉｓに関する論文（５２報）から２４９種類、軟骨基質１４種類の合計３９８種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１９遺伝子を選抜した。
【0098】
＜４＞免疫関連遺伝子の選抜
以下の市販のパネル３種類から選抜した（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０５２Ｚ「Ｉｎｎａｔｅ ＆ Ａｄａｐｔｉｖｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、Ｔｈｅｒｍｏ社 ＃４４１４０７３ 「ＴａｑＭａｎTM Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ」９６種類、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社 ＃２００１９１６９「ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｐａｎｅｌ」４０１種類）、ＭＳＣ・免疫に関する文献１５報から１０７種類の合計５１２種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、２８２遺伝子を選抜した。
以下の市販のパネル３種類から選抜した（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０５２Ｚ「Ｉｎｎａｔｅ ＆ Ａｄａｐｔｉｖｅ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、Ｔｈｅｒｍｏ社 ＃４４１４０７３ 「ＴａｑＭａｎTM Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ」９６種類、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社 ＃２００１９１６９「ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｍｍｕｎｅ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｐａｎｅｌ」４０１種類）、ＭＳＣ・免疫に関する文献１５報から１０７種類の合計５１２種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、２８２遺伝子を選抜した。
【0099】
＜５＞炎症関連遺伝子の選抜
以下の市販のパネル６種類から７９８種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０１１Ｚ 「Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ＆ Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」、 Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－３８０３Ｚ「Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ａｎｄ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ ３８４Ｈ」、Ｔｈｅｒｍｏ社 ＥＰＸ２００－１２１８５－９０１ 「Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ２０－Ｐｌｅｘ Ｈｕｍａｎ ＰｒｏｃａｒｔａＰｌｅｘTM Ｐａｎｅｌ」、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社 ＃２００２０４９６「ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＲＮＡ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｎｅｌ」、ＢＩＯ－ＲＡＤ社 ＃１７１ＡＬ００１Ｍ 「Ｂｉｏ－Ｐｌｅｘ ＰｒｏヒトＩｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎアッセイキット」、及びＢＩＯ－ＲＡＤ社 ＃１２００７２８３ 「Ｂｉｏ－Ｐｌｅｘ ＰｒｏTM ヒト サイトカイン スクリーニング ４８－Ｐｌｅｘ パネル」）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅ）から７１５種類、ＭＳＣ・抗炎症に関する文献２９報から１１０種類、の合計１２５７種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、３０３遺伝子を選抜した。
以下の市販のパネル６種類から７９８種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０１１Ｚ 「Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ＆ Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」、 Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－３８０３Ｚ「Ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ａｎｄ Ａｕｔｏｉｍｍｕｎｉｔｙ ３８４Ｈ」、Ｔｈｅｒｍｏ社 ＥＰＸ２００－１２１８５－９０１ 「Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ２０－Ｐｌｅｘ Ｈｕｍａｎ ＰｒｏｃａｒｔａＰｌｅｘTM Ｐａｎｅｌ」、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社 ＃２００２０４９６「ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＲＮＡ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｎｅｌ」、ＢＩＯ－ＲＡＤ社 ＃１７１ＡＬ００１Ｍ 「Ｂｉｏ－Ｐｌｅｘ ＰｒｏヒトＩｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎアッセイキット」、及びＢＩＯ－ＲＡＤ社 ＃１２００７２８３ 「Ｂｉｏ－Ｐｌｅｘ ＰｒｏTM ヒト サイトカイン スクリーニング ４８－Ｐｌｅｘ パネル」）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ｉｎｆｌａｍｍａｔｏｒｙ ｒｅｓｐｏｎｓｅ）から７１５種類、ＭＳＣ・抗炎症に関する文献２９報から１１０種類、の合計１２５７種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、３０３遺伝子を選抜した。
【0100】
＜６＞血管新生関連遺伝子の選抜
以下の市販のパネル３種類から１６６種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０２４Ｚ 「Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」、Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０７２Ｚ「Ａｎｇｉｏｇｅｎｉｃ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」、及びＴｈｅｒｍｏ社 ＃４４１４０７１ 「ＴａｑＭａｎTM Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ」）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）から５３１種類、ＭＳＣ・Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓに関する文献１５報から１７９種類、の合計６４７種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１２１遺伝子を選抜した。
以下の市販のパネル３種類から１６６種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０２４Ｚ 「Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」、Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０７２Ｚ「Ａｎｇｉｏｇｅｎｉｃ Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」、及びＴｈｅｒｍｏ社 ＃４４１４０７１ 「ＴａｑＭａｎTM Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ」）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓ）から５３１種類、ＭＳＣ・Ａｎｇｉｏｇｅｎｅｓｉｓに関する文献１５報から１７９種類、の合計６４７種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１２１遺伝子を選抜した。
【0101】
＜７＞ 神経再生関連遺伝子の選抜
以下の市販のパネル３種類から２４６種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－４０４Ｚ 「Ｎｅｕｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０３１Ｚ「Ｎｅｕｒｏｔｒｏｐｈｉｎ ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、及びＴｈｅｒｍｏ社 ＃４４１４０９４ 「ＴａｑＭａｎTM Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ Ｎｅｕｒｏｔｒａｎｓｍｉｔｔｅｒｓ」９２種類）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ｎｅｒｖｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）から８０種類、ＭＳＣ・神経再生に関する文献１６報から９２種類、の合計３８０種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１０９遺伝子を選抜した。
以下の市販のパネル３種類から２４６種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－４０４Ｚ 「Ｎｅｕｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０３１Ｚ「Ｎｅｕｒｏｔｒｏｐｈｉｎ ａｎｄ Ｒｅｃｅｐｔｏｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、及びＴｈｅｒｍｏ社 ＃４４１４０９４ 「ＴａｑＭａｎTM Ａｒｒａｙ Ｈｕｍａｎ Ｎｅｕｒｏｔｒａｎｓｍｉｔｔｅｒｓ」９２種類）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ（ｎｅｒｖｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ）から８０種類、ＭＳＣ・神経再生に関する文献１６報から９２種類、の合計３８０種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１０９遺伝子を選抜した。
【0102】
＜８＞線維化関連遺伝子の選抜
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０２６Ｚ「Ｆｉｂｒｏｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ；ｃｏｌｌａｇｅｎ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｐｒｏｃｅｓｓ（ＧＯ：００３２９６３）、ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００４８１４４）、ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｅ ｔｉｓｓｕｅ ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ（ＧＯ：００９７７０９）、ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ （ＧＯ：００１０７６１） から２６８種類、ＭＳＣ・Ｆｉｂｒｏｓｉｓに関する文献１９報から５９種類、の合計３４６種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１２遺伝子を選抜した。
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０２６Ｚ「Ｆｉｂｒｏｓｉｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ；ｃｏｌｌａｇｅｎ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｐｒｏｃｅｓｓ（ＧＯ：００３２９６３）、ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｐｒｏｌｉｆｅｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００４８１４４）、ｃｏｎｎｅｃｔｉｖｅ ｔｉｓｓｕｅ ｒｅｐｌａｃｅｍｅｎｔ（ＧＯ：００９７７０９）、ｆｉｂｒｏｂｌａｓｔ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ （ＧＯ：００１０７６１） から２６８種類、ＭＳＣ・Ｆｉｂｒｏｓｉｓに関する文献１９報から５９種類、の合計３４６種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１２遺伝子を選抜した。
【0103】
＜９＞免疫原性関連遺伝子の選抜
免疫原性に関する市販のパネルがなかったため、文献２０報から、計４２遺伝子を選抜した。
免疫原性に関する市販のパネルがなかったため、文献２０報から、計４２遺伝子を選抜した。
【0104】
＜１０＞遊走関連遺伝子の選抜
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－１２８Ｚ「Ｃｅｌｌ Ｍｏｔｉｌｉｔｙ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ；ｎｅｇａｔｉｖｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００３０３３６）、ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００３０３３５）、ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００３０３３４）、ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：１９０５３１９）から９２５種類、ＭＳＣ・遊走に関する文献１５報から１３７種類、の合計１９９種類の遺伝子を抽出した。但し、ｏｎｔｏｌｏｇｙの遺伝子数が多かったため、ｏｎｔｏｌｏｇｙのみで登場する遺伝子は除外した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１３７遺伝子を選抜した。
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－１２８Ｚ「Ｃｅｌｌ Ｍｏｔｉｌｉｔｙ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ；ｎｅｇａｔｉｖｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００３０３３６）、ｐｏｓｉｔｉｖｅ ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００３０３３５）、ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ ｏｆ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：００３０３３４）、ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ ｓｔｅｍ ｃｅｌｌ ｍｉｇｒａｔｉｏｎ（ＧＯ：１９０５３１９）から９２５種類、ＭＳＣ・遊走に関する文献１５報から１３７種類、の合計１９９種類の遺伝子を抽出した。但し、ｏｎｔｏｌｏｇｙの遺伝子数が多かったため、ｏｎｔｏｌｏｇｙのみで登場する遺伝子は除外した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１３７遺伝子を選抜した。
【0105】
＜１１＞接着関連遺伝子の選抜
Thermo社 #4418778「TaqManTMArray, Human Extracellular Matrix & Adhesion Molecules」から92種類、Ontology database；cell adhesion mediated by integrin (GO:0033627)、negative regulation of cell adhesion (GO:0007162)、positive regulation of cell adhesion (GO:0045785)、regulation of cell adhesion (GO:0030155)他14項目から952種類、MSC・接着/生着に関する文献16報から78種類、接着分子として、34種類、の合計138種類の遺伝子を抽出した。但し、ontologyの遺伝子数が多かったため、ontologyのみで登場する遺伝子は除外した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、95遺伝子を選抜した。
Thermo社 #4418778「TaqManTMArray, Human Extracellular Matrix & Adhesion Molecules」から92種類、Ontology database；cell adhesion mediated by integrin (GO:0033627)、negative regulation of cell adhesion (GO:0007162)、positive regulation of cell adhesion (GO:0045785)、regulation of cell adhesion (GO:0030155)他14項目から952種類、MSC・接着/生着に関する文献16報から78種類、接着分子として、34種類、の合計138種類の遺伝子を抽出した。但し、ontologyの遺伝子数が多かったため、ontologyのみで登場する遺伝子は除外した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、95遺伝子を選抜した。
【0106】
＜１２＞老化関連遺伝子の選抜
以下の市販のパネル２種類から１６３種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－１７８Ｚ 「Ａｇｉｎｇ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、及びＱｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０５０Ｚ「Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｓｅｎｅｓｃｅｎｃｅ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ；Ｃｅｌｌ ａｇｉｎｇ （ＧＯ：０００７５６９）から１５３種類、ＭＳＣ・老化に関する文献２０報から２７３種類、の合計４９３種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１３遺伝子を選抜した。
以下の市販のパネル２種類から１６３種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－１７８Ｚ 「Ａｇｉｎｇ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、及びＱｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０５０Ｚ「Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｓｅｎｅｓｃｅｎｃｅ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類）、Ｏｎｔｏｌｏｇｙ ｄａｔａｂａｓｅ；Ｃｅｌｌ ａｇｉｎｇ （ＧＯ：０００７５６９）から１５３種類、ＭＳＣ・老化に関する文献２０報から２７３種類、の合計４９３種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１３遺伝子を選抜した。
【0107】
＜１３＞、＜１４＞成長因子、サイトカイン関連遺伝子の選抜
成長因子とサイトカインの項目内の遺伝子は類似しているため、まとめて選抜を行った。
以下の市販のパネル２種類から１４４種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０４１Ｚ 「Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、及びＱｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－１５０Ｚ「Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類）、ＭＳＣの分泌する成長因子、サイトカインに関する文献１５報から２０５種類、さらに、Ｊ骨髄ＭＳＣ、Ｆ骨髄ＭＳＣ、及びｉＰＳＣ－ＭＳＣを上記の方法でＰ６まで継代したＭＳＣの上清をＲ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ社のＰｒｏｔｅｏｍｅ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ Ｈｕｍａｎ ＸＬ Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ａｒｒａｙ Ｋｉｔ（型番：ＡＲＹ０２２）でプロトコールの通りの操作を行い、ＬＡＳ－３０００（ＧＥ ヘルスケア）で検出されたサイトカイン３８種類、の合計３５０種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１７７遺伝子を選抜した。
成長因子とサイトカインの項目内の遺伝子は類似しているため、まとめて選抜を行った。
以下の市販のパネル２種類から１４４種類（Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０４１Ｚ 「Ｇｒｏｗｔｈ Ｆａｃｔｏｒ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類、及びＱｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－１５０Ｚ「Ｃｙｔｏｋｉｎｅｓ ａｎｄ Ｃｈｅｍｏｋｉｎｅｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」８４種類）、ＭＳＣの分泌する成長因子、サイトカインに関する文献１５報から２０５種類、さらに、Ｊ骨髄ＭＳＣ、Ｆ骨髄ＭＳＣ、及びｉＰＳＣ－ＭＳＣを上記の方法でＰ６まで継代したＭＳＣの上清をＲ＆Ｄ ｓｙｓｔｅｍｓ社のＰｒｏｔｅｏｍｅ Ｐｒｏｆｉｌｅｒ Ｈｕｍａｎ ＸＬ Ｃｙｔｏｋｉｎｅ Ａｒｒａｙ Ｋｉｔ（型番：ＡＲＹ０２２）でプロトコールの通りの操作を行い、ＬＡＳ－３０００（ＧＥ ヘルスケア）で検出されたサイトカイン３８種類、の合計３５０種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１７７遺伝子を選抜した。
【0108】
＜１５＞ＭＳＣマーカー関連遺伝子の選抜
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０８２Ｚ「Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、ＭＳＣマーカーに関する文献１６報から１６５種類、の合計２１２種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１０遺伝子を選抜した。
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０８２Ｚ「Ｍｅｓｅｎｃｈｙｍａｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から８４種類、ＭＳＣマーカーに関する文献１６報から１６５種類、の合計２１２種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、１１０遺伝子を選抜した。
【0109】
＜１６＞表面マーカー関連遺伝子の選抜
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０５５Ｚ「Ｃｅｌｌ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｍａｒｋｅｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から９０種類、ＭＳＣマーカーで選択しなかった候補遺伝子群から１０１種類、さらに、Ｊ骨髄ＭＳＣ、Ｆ骨髄ＭＳＣ、及びｉＰＳＣ－ＭＳＣを上記の方法でＰ６まで継代したＭＳＣをＢＤ社のＬｙｏｐｌａｔｅTM Ｈｕｍａｎ Ｃｅｌｌ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｍａｒｋｅｒ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｐａｎｅｌ（型番：５６０７４７）で２４２種類の表面マーカーを網羅的に解析したデータから、（陽性率が高いもの（５０％以上）、及びサンプル間で値の差が大きいもの（５０％以上）という２つの観点から優先度を設定した。操作はプロトコール通りに実施し、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴで検出を行った。合計３４８種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、８７遺伝子を選抜した。
Ｑｉａｇｅｎ社 ＰＡＨＳ－０５５Ｚ「Ｃｅｌｌ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｍａｒｋｅｒｓ ＰＣＲ Ａｒｒａｙ」から９０種類、ＭＳＣマーカーで選択しなかった候補遺伝子群から１０１種類、さらに、Ｊ骨髄ＭＳＣ、Ｆ骨髄ＭＳＣ、及びｉＰＳＣ－ＭＳＣを上記の方法でＰ６まで継代したＭＳＣをＢＤ社のＬｙｏｐｌａｔｅTM Ｈｕｍａｎ Ｃｅｌｌ Ｓｕｒｆａｃｅ Ｍａｒｋｅｒ Ｓｃｒｅｅｎｉｎｇ Ｐａｎｅｌ（型番：５６０７４７）で２４２種類の表面マーカーを網羅的に解析したデータから、（陽性率が高いもの（５０％以上）、及びサンプル間で値の差が大きいもの（５０％以上）という２つの観点から優先度を設定した。操作はプロトコール通りに実施し、Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ社Ａｔｔｕｎｅ ＮｘＴで検出を行った。合計３４８種類の遺伝子を抽出した。登場頻度の高い順に優先順位をつけて、８７遺伝子を選抜した。
【0110】
＜選択された１２００遺伝子＞
ABCB1（ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 1A）、Abl1（c-abl oncogene 1, non-receptor tyrosine kinase）、ACACB（acetyl-Coenzyme A carboxylase beta）、Acan（aggrecan）、ACHE（acetylcholinesterase）、Ackr2（atypical chemokine receptor 2）、ackr3（atypical chemokine receptor 3）、ACLY（ATP citrate lyase）、ACTA2（Actin, alpha 2, smooth muscle, aorta）、ACTB（actin, beta）、ACTG2（actin, gamma 2, smooth muscle, enteric）、ACTN3（actinin alpha 3）、ACTR2（ARP2 actin-related protein 2）、ACTR3（ARP3 actin-related protein 3）、Acvr1（activin A receptor, type 1）、Acvr2a（activin receptor IIA）、Acvr2b（activin receptor IIB）、ADAMTS1（a disintegrin-like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif, 1）、ADAMTS5（a disintegrin-like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif, 5 (aggrecanase-2) ）、Adgrb1（adhesion G protein-coupled receptor B1）、Adig（adipogenin）、Adipoq（adiponectin, C1Q and collagen domain containing）、Adora1（adenosine A1 receptor）、Adora2a（adenosine A2a receptor）、Adrb2（adrenergic receptor, beta 2）、Afap1l2（actin filament associated protein 1-like 2）、Ager（advanced glycosylation end-product specific receptor）、AgRP（Agouti related protein）、AGT（angiotensinogen (serpin peptidase inhibitor, clade A, member 8) ）、Ahsg（alpha-2-HS-glycoprotein）、Aif1（allograft inflammatory factor1）、Aimp1（aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein 1）、Akt1（thymoma viral proto-oncogene 1）、Akt3（thymoma viral proto-oncogene 3）、Alcam（activated leukocyte cell adhesion molecule）、Alox15（arachidonate 15-lipoxygenase）、Alox5（arachidonate 5-lipoxygenase）、Alox5ap（arachidonate 5-lipoxygenase activating protein）、Alpl（alkaline phosphatase, liver/bone/kidney）、AMOT（Angiomotin）、Ang（Angiogenin）、ANGEL2（angel homolog 2）、ANGPT1（angiopoietin 1）、ANGPT2（angiopoietin 2）、ANGPT4（angiopoietin 4）、ANGPTL1（Angiopoietin-like 1）、ANGPTL3（Angiopoietin-like 3）、ANGPTL4（Angiopoietin-like 4）、ANPEP（Alanyl (membrane) aminopeptidase）、Anxa1（annexin A1）、ANXA3（annexin A3）、ANXA5（annexin A5）、Anxa6（annexin A6）、Aoah（acyloxyacyl hydrolase）、Aoc3（amine oxidase, copper containing 3）、APAF1（apoptotic peptidase activating factor 1）、APBA1（amyloid beta (A4) precursor protein binding, family A, member 1）、APBA2（amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 2）、Apoa1（apolipoprotein A-I）、
APOE（apolipoprotein E）、Areg（Amphiregulin）、ARF6（ADP-ribosylation factor 6）、
ARG1（arginase, liver）、ARG2（arginase type II）、Arhgap29（Rho GTPase activating protein 29）、ARHGAP35（Rho GTPase activating protein 35）、ARL6IP6（ADP-ribosylation factor-like 6 interacting protein 6）、Artn（Artemin）、Atm（ataxia telangiectasia mutated）、Atrn（attractin）、AURKB（aurora kinase B）、
Axin1（axin 1）、Axl（AXL receptor tyrosine kinase）、B2M（beta-2 microglobulin）、B3gat1（beta-1,3-glucuronyltransferase 1）、B4GALNT1（beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyltransferase 1）、B4galt1（UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4- galactosyltransferase, polypeptide 1）、BAIAP2(brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2）、BCAR1(breast cancer anti-estrogen resistance 1）、BCL2(B cell leukemia/lymphoma 2）、Bcl6(B cell leukemia/lymphoma 6）、
Bdkrb1(bradykinin receptor, beta 1）、Bdkrb2(bradykinin receptor, beta 2）、BDNF(Brain-derived neurotrophic factor）、Bglap(bone gamma carboxyglutamate protein）、BGN(biglycan）、BMI1(Bmi1 polycomb ring finger oncogene）、Bmp1(bone morphogenetic protein 1）、Bmp2(bone morphogenetic protein 2）、Bmp3(bone morphogenetic protein 3）、Bmp4(bone morphogenetic protein 4）、Bmp5(bone morphogenetic protein 5）、Bmp6(bone morphogenetic protein 6）、Bmp7(bone morphogenetic protein 7）、Bmpr1a(bone morphogenetic protein receptor, type 1A）、Bmpr1b(bone morphogenetic protein receptor, type 1B）、Bmpr2(bone morphogenetic protein receptor, type II (serine/threonine kinase) ）、Bsg(basigin）、BST1(bone marrow stromal cell antigen 1）、BTC(Betacellulin）、Btk(Bruton agammaglobulinemia tyrosine kinase）、BTLA (B and T lymphocyte associated）、Btn2a2(butyrophilin, subfamily 2, member A2）、C1qa(complement component 1, q subcomponent, alpha polypeptide）、C1QC(complement component 1, q subcomponent, C chain）、C1R(complement component 1, r subcomponent A）、C1S(complement component 1, s subcomponent 1）、C2cd4a(C2 calcium-dependent domain containing 4A）、C3(complement component 3）、C3ar1(complement component 3a receptor 1）、Cadm1(cell adhesion molecule 1）、CALB1(calbindin 1）、Calcr(calcitonin receptor）Calr（calreticulin）、
Camp（cathelicidin antimicrobial peptide）、CAPN2（calpain 2）、Casp1（caspase 1）、CASP3（Caspase 3, apoptosis-related cysteine peptidase）、CAV1（caveolin 1）、CBLN2（cerebellin 2 precursor protein）、CCL1（chemokine (C-C motif) ligand 1）、CCL11（chemokine (C-C motif) ligand 11）、CCL13（chemokine (C-C motif) ligand 13）、CCL15（chemokine (C-C motif) ligand 15）、CCL16（chemokine (C-C motif) ligand 16）、CCL17（chemokine (C-C motif) ligand 17）、CCL18（chemokine (C-C motif) ligand 18）、CCL19（chemokine (C-C motif) ligand 19）、CCL2（chemokine (C-C motif) ligand 2）、Ccl20（chemokine (C-C motif) ligand 20）、CCL21（chemokine (C-C motif) ligand 21）、CCL22（chemokine (C-C motif) ligand 22）、CCL23（chemokine (C-C motif) ligand 23）、CCL24（chemokine (C-C motif) ligand 24）、CCL25（chemokine (C-C motif) ligand 25）、CCL26（chemokine (C-C motif) ligand 26）、CCL27（chemokine (C-C motif) ligand 27）、CCL3（chemokine (C-C motif) ligand 3）、CCL4（chemokine (C-C motif) ligand 4）、CCL5（chemokine (C-C motif) ligand 5）、CCL7（chemokine (C-C motif) ligand 7）、CCL8（chemokine (C-C motif) ligand 8）、Ccn1（cellular communication network factor 1）、Ccn2（cellular communication network factor 2）、Ccn3（cellular communication network factor 3）、Ccn4（cellular communication network factor 4）、Ccnd1（cyclin D1）、Ccr1（chemokine (C-C motif) receptor 1）、CCR10（chemokine (C-C motif) receptor 10）、CCR2（chemokine (C-C motif) receptor 2）、CCR3（chemokine (C-C motif) receptor 3）、CCR4（chemokine (C-C motif) receptor 4）、CCR5（chemokine (C-C motif) receptor 5）、CCR6（chemokine (C-C motif) receptor 6）、CCR7（chemokine (C-C motif) receptor 7）、CCR8（chemokine (C-C motif) receptor 8）、CCR9（chemokine (C-C motif) receptor 9）、Ccrl2（chemokine (C-C motif) receptor-like 2）、CD14（CD14 antigen）、CD151（CD151 antigen）、CD160（CD160 antigen）、CD163（CD163 antigen）、CD164（CD164 antigen）、CD165（CD165 antigen）、CD180（CD180 antigen）、CD19（CD19 antigen）、CD1B（CD1b molecule）、CD1C（CD1c molecule）、CD1D（CD1d molecule）、CD2（CD2 antigen）、CD200（CD200 antigen）、CD209（CD209 molecule）、CD22（CD22 molecule）、CD226（CD226 molecule）、CD24（CD24 molecule）、CD244（CD244 molecule, natural killer cell receptor 2B4）、CD247（CD247 molecule）、CD248（CD248 antigen, endosialin）、CD27（CD27 molecule）、CD274（CD274 antigen）、CD276（CD276 antigen）、CD28（CD28 antigen）、CD33（CD33 antigen）、CD34（CD34 antigen）、CD36（CD36 molecule）、CD37（CD37 molecule）、CD38（CD38 antigen）、CD3D（CD3d molecule）、CD3E（CD3 antigen, epsilon polypeptide）、CD3G（CD3g molecule）、CD4（CD4 antigen）、CD40（CD40 antigen）、CD40lg（CD40 ligand）、CD44（CD44 antigen）、
CD47（CD47 antigen (Rh-related antigen, integrin-associated signal transducer) ）、CD48（CD48 antigen）、CD52（CD52 molecule）、CD53（CD53 molecule）、CD55（CD55 molecule）、CD58（CD58 molecule）、CD59（CD59 molecule）、CD6（CD6 molecule）、CD63（CD63 molecule）、CD68（CD68 antigen）、CD69（CD69 molecule）、CD70（CD70 antigen）、CD74（CD74 antigen）、CD79A（CD79a molecule, immunoglobulin-associated alpha）、CD79B（CD79b molecule, immunoglobulin-associated beta）、CD80（CD80 antigen）、CD83（CD83 molecule）、CD86（CD86 antigen）、CD8A（CD8 antigen, alpha chain）、CD8B（CD8b molecule）、CD9（CD9 antigen）、CD93（CD93 antigen）、CD99（CD99 antigen）、CDH1（cadherin 1）、CDH11（cadherin 11）、CDH2（cadherin 2）、CDH3（cadherin 3）、CDH4（cadherin 4）、CDH5（Cadherin 5, type 2 (vascular endothelium) ）、CDK4（cyclin-dependent kinase 4）、CDK6（cyclin-dependent kinase 6）、CDKN1A（cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (P21) ）、CDKN1B（cyclin-dependent kinase inhibitor 1B）、CDKN1C（cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (P57) ）、CDKN2a（cyclin dependent kinase inhibitor 2A）、CDKN2b（cyclin dependent kinase inhibitor 2B）、CDKN2D（cyclin dependent kinase inhibitor 2D）、CEACAM1（carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1）、CEACAM3（CEA cell adhesion molecule 3）、CEACAM5（CEA cell adhesion molecule 5）、CEACAM6（CEA cell adhesion molecule 6）、CEACAM8（CEA cell adhesion molecule 8）、Cebpa（CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), alpha）、Cebpb（CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), beta）、Cebpd（CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), delta）、CFD（complement factor D (adipsin) ）、Cfh（complement component factor h）、CFI（complement component factor i）、CFL1（cofilin 1, non-muscle）、CHAD（chondroadherin）、Chadl（chondroadherin-like）、CHAT（choline acetyltransferase）、CHEK1（checkpoint kinase 1）、Chek2（checkpoint kinase 2）、CHI3L1（chitinase 3 like 1）、Chrd（chordin）、CHRM2（cholinergic receptor, muscarinic 2, cardiac）、Chrna7（cholinergic receptor, nicotinic, alpha polypeptide 7）、CHRNB2（cholinergic receptor, nicotinic, beta polypeptide 2 (neuronal) ）、Chst11（carbohydrate sulfotransferase 11）、Chst4（carbohydrate sulfotransferase 4）、CIITA（class II transactivator）、Clcf1（cardiotrophin-like cytokine factor 1）、CLEC11A（Stem cell growth factor）、CLSTN2（calsyntenin 2）、
Clu（clusterin）、Cmklr1（chemokine-like receptor 1）、Cnmd（chondromodulin）、CNTF（Ciliary neurotrophic factor）、COL10A1（collagen, type X, alpha 1）、COL11A1（collagen, type XI, alpha 1）、COL11A2（collagen, type XI, alpha 2）、COL12A1（collagen, type XII, alpha 1）、COL14A1（collagen, type XIV, alpha 1）、COL15A1（collagen, type XV, alpha 1）、COL16A1（collagen, type XVI, alpha 1）、COL18A1（Collagen, type XVIII, alpha 1）、COL1A1（collagen, type I, alpha 1）、COL1A2（collagen, type I, alpha 2）、COL2A1（collagen, type II, alpha 1）、COL3A1（collagen, type III, alpha 1）、COL4A2（collagen, type IV, alpha 2）、COL4A3（Collagen, type IV, alpha 3 (Goodpasture antigen) ）、COL4A6（collagen, type IV, alpha 6）、COL5A1（collagen, type V, alpha 1）、COL6A1（collagen, type VI, alpha 1）、COL8A1（collagen, type VIII, alpha 1）、COL9A1（collagen, type IX, alpha 1）、COL9A2（collagen, type IX, alpha 2）、COL9A3（collagen, type IX, alpha 3）、Comp（cartilage oligomeric matrix protein）、Cr2（complement receptor 2）、Creb1（cAMP responsive element binding protein 1）、CRK（v-crk avian sarcoma virus CT10 oncogene homolog）、Crp（C-reactive protein, pentraxin-related）、Crppa（CDP-L-ribitol pyrophosphorylase A）、CryAB（crystallin, alpha B）、CSF1（colony stimulating factor 1 (macrophage)CSF2（colony stimulating factor 2 (granulocyte-macrophage)CSF3（colony stimulating factor 3 (granulocyte)Cst3（Cystatin C）、Ctbp1（C-terminal binding protein 1）、Ctbp2（C-terminal binding protein 2）、CTLA4（cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4）、Ctnnal1（catenin (cadherin associated protein), alpha-like 1）、CTNNB1（catenin (cadherin associated protein), beta 1）、CTNND1（catenin (cadherin associated protein), delta 1）、CTTN（cortactin）、Cx3cl1（chemokine (C-X3-C motif) ligand 1）、
Cx3cr1（chemokine (C-X3-C motif) receptor 1）、CXCL1（chemokine (C-X-C motif) ligand 1）、CXCL10（chemokine (C-X-C motif) ligand 10）、CXCL11（chemokine (C-X-C motif) ligand 11）、CXCL12（chemokine (C-X-C motif) ligand 12）、CXCL13（chemokine (C-X-C motif) ligand 13）、CXCL16（chemokine (C-X-C motif) ligand 16）、CXCL2（chemokine (C-X-C motif) ligand 2）、CXCL3（chemokine (C-X-C motif) ligand 3）、CXCL5（chemokine (C-X-C motif) ligand 5）、CXCL6（Granulocyte chemotactic protein2）、CXCL8（C-X-C motif chemokine ligand 8）、CXCL9（chemokine (C-X-C motif) ligand 9）、CXCR1（chemokine (C-X-C motif) receptor 1）、CXCR2（chemokine (C-X-C motif) receptor 2）、CXCR3（chemokine (C-X-C motif) receptor 3）、CXCR4（chemokine (C-X-C motif) receptor 4）、CXCR5（chemokine (C-X-C motif) receptor 5）、CXCR6（chemokine (C-X-C motif) receptor 6）、Cybb（cytochrome b-245, beta polypeptide）、Cygb（cytoglobin）、Cyp26b1（cytochrome P450, family 26, subfamily b, polypeptide 1）、DAPK3（death-associated protein kinase 3）、DCN（decorin）、Ddit3（DNA-damage inducible transcript 3）、Ddr2（discoidin domain receptor tyrosine kinase 2）、DDX58（DEAD/H box helicase 58）、DIAPH1（diaphanous related formin 1）、Dio2（deiodinase, iodothyronine, type II）、Dkk1（dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 1）、Dlk1（delta like non-canonical Notch ligand 1）、Dlx5（distal-less homeobox 5）、DLX6（distal-less homeobox 6）、DPF1（D4, zinc and double PHD fingers family 1）、DPF3（D4, zinc and double PHD fingers, family 3）、DPP4（dipeptidylpeptidase 4）、Dpt（dermatopontin）、DRD2（dopamine receptor D2）、DSCAM（DS cell adhesion molecule）、E2f1（E2F transcription factor 1）、EBI3（Epstein-Barr virus induced gene 3）、EDIL3（EGF-like repeats and discoidin I-like domains 3）、EDN1（endothelin 1）、Efemp1（epidermal growth factor-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1）、EFNB2（Ephrin-B2）、EGF（epidermal growth factor）、Egfr（epidermal growth factor receptor）、Egr2（early growth response 2）、Elane（elastase, neutrophil expressed）、Elf3（E74-like factor 3）、ENC1（ectodermal-neural cortex 1）、Eng（endoglin）、Enpp3（ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 3）、ENTPD1（ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1）、EP300（E1A binding protein p300）、EPAS1（endothelial PAS domain protein 1）、Epcam（epithelial cell adhesion molecule）、Epha2（Eph receptor A2）、Ephb2（Eph receptor B2）、Ephb3（Eph receptor B3）、Ephx2（epoxide hydrolase 2, cytoplasmic）、Epo（erythropoietin）、Epyc（epiphycan）、ERBB2（"V-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2, neuro/glioblastoma derived oncogene homolog (avian) "）、EXT1（exostosin glycosyltransferase 1）、EZR（ezrin）、F2（coagulation factor II）、F2r（coagulation factor II (thrombin) receptor）、F2rl1（coagulation factor II (thrombin) receptor-like 1F3（coagulation factor IIIF8（coagulation factor VIIIFabp4（fatty acid binding protein 4, adipocyteFAP（fibroblast activation proteinFAS（Fas (TNF receptor superfamily member 6)Fasl（Fas ligand (TNF superfamily, member 6)FASN（fatty acid synthase）、Fbxo5（F-box protein 5）、Fcer1a（Fc receptor, IgE, high affinity I, alpha polypeptide）、
FCER1G（Fc receptor, IgE, high affinity I, gamma polypeptide）、Fcgr1a（Fc fragment of IgG receptor Ia）、FCGR3B（Fc fragment of IgG receptor IIIa）、FGF1（fibroblast growth factor 1）、FGF10（fibroblast growth factor 10）、FGF19（Fibroblast growth factor 19）、FGF2（fibroblast growth factor 2）、FGF4（Fibroblast growth factor 4）、FGF6（Fibroblast growth factor 6）、FGF7（Fibroblast growth factor 7）、FGF9（Fibroblast growth factor 9 (glia-activating factor) ）、FGFR1（fibroblast growth factor receptor 1）、FGFR2（fibroblast growth factor receptor 2）、FGFR3（fibroblast growth factor receptor 3）、FGFR4（fibroblast growth factor receptor 4）、FLRT3（fibronectin leucine rich transmembrane protein 3）、FLT1（FMS-like tyrosine kinase 1）、FLT3LG（FMS-like tyrosine kinase 3 ligan）、FMOD（fibromodulin）、FN1（fibronectin 1）、FOXC2（forkhead box C2）、FOXD1（forkhead box D1）、FOXO1（forkhead box O1）、FOXO3（forkhead box O3）、FOXP3（forkhead box P3）、Fpr1（formyl peptide receptor 1）、Fpr2（formyl peptide receptor 2）、Frzb（frizzled-related protein）、FUT1（Fucosyltransferase 1 (galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase, H blood group) ）、FUT4（fucosyltransferase 4）、FZD9（Frizzled family receptor 9）、GABRA5（gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, subunit alpha 5）、GABRB2（gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, subunit beta 2）、GABRB3（gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, subunit beta 3）、GAD1（glutamate decarboxylase 1）、GADD45A（growth arrest and DNA-damage-inducible 45 alpha）、Gal（galanin and GMAP prepropeptide）、GALNT5（polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 5）、GATA2（GATA binding protein 2）、GATA3（GATA binding protein 3）、GATA4（GATA binding protein 4）、GBX2（gastrulation brain homeobox 2）、Gdf10（growth differentiation factor 10）、GDF15（Growth differentiation factor 15）、GDF5（growth differentiation factor 5）、GDF6（growth differentiation factor 6）、GDF7（Growth differentiation factor 7）、GDNF（Glial cell derived neurotrophic factor）、Ghsr（growth hormone secretagogue receptor）、GLB1（galactosidase, beta 1）、Gli1（GLI-Kruppel family member GLI1）、GNLY（granulysin）、GPC3（glypican3）、
GPC4（glypican4）、GPI（Glucose-6-phosphate isomerase）、Gpm6b（glycoprotein m6b）、Gpr17（G protein-coupled receptor 17）、Gpx4（glutathione peroxidase 4）、Grem1（gremlin 1, DAN family BMP antagonist）、Grn（granulin）、GTF3A（General transcription factor IIIA）、GUSB（glucuronidase, beta）、Gypa（glycophorin A）、GZMB（granzyme B）、H2ac21（H2A clustered histone 21）、HAPLN1（hyaluronan and proteoglycan link protein 1）、HAS1（hyaluronan synthase 1）、HAT1（Histone acetyltransferase 1）、Havcr2（hepatitis A virus cellular receptor 2）、Hbegf（heparin-binding EGF-like growth factor）、Hck（hemopoietic cell kinase）、HDAC1（Histone deacetylase 1）、Hdac5（histone deacetylase 5）、Hdac7（histone deacetylase 7）、Hdac9（histone deacetylase 9）、Hes1（hes family bHLH transcription factor 1）、Hgf（hepatocyte growth factor）、Hif1a（hypoxia inducible factor 1, alpha subunit）、HLA-A（major histocompatibility complex, class I, A）、HLA-B（major histocompatibility complex, class I, B）、HLA-C（major histocompatibility complex, class I, C）、HLA-DMA（major histocompatibility complex, class II, DM alpha）、HLA-DMB（major histocompatibility complex, class II, DM beta）、HLA-DOA（major histocompatibility complex, class II, DO alpha）、HLA-DOB（major histocompatibility complex, class II, DO beta）、HLA-DPA1（major histocompatibility complex, class II, DP alpha 1）、HLA-DPB1（major histocompatibility complex, class II, DP beta 1）、HLA-DQA1（major histocompatibility complex, class II, DQ alpha 1）、HLA-DQA2（major histocompatibility complex, class II, DQ alpha 2）、HLA-DQB1（major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1）、HLA-DQB2（major histocompatibility complex, class II, DQ bete 2）、HLA-DRA1（major histocompatibility complex, class II, DR alpha）、HLA-DRB1（major histocompatibility complex, class II, DR bete 1）、HLA-DRB5（major histocompatibility complex, class II, DR beta 5）、HLA-E（major histocompatibility complex, class I, E）、HLA-F（major histocompatibility complex, class I, F）、HLA-F-AS1（HLA-F antisense RNA 1）、HLA-G（major histocompatibility complex, class I, G）、Hmga2（high mobility group AT-hook 2）、Hmox1（heme oxygenase 1）、HNF1A（HNF1 homeobox A）、HPSE（Heparanase）、
Hras（Harvey rat sarcoma virus oncogene）、HSD11B1（hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 1）、HSF1（heat shock factor 1）、HSPA9（heat shock protein 9）、Hspd1（heat shock protein 1 (chaperonin) ）、Ibsp（integrin binding sialoprotein）、ICAM1（intercellular adhesion molecule 1）、ICAM2（intercellular cell adhesion molecule）、ICAM5（intercellular adhesion molecule 5, telencephalin）、ICOS（inducible T cell co-stimulator）、ICOSLG（icos ligand）、ID1（inhibitor of DNA binding 1, HLH protein）、ID2（inhibitor of DNA binding 2）、ID4（inhibitor of DNA binding 4）、IDO1（indoleamine 2,3-dioxygenase 1）、IDO2（indoleamine 2,3-dioxygenase 2）、IFI27（interferon, alpha-inducible protein 27）、IFI35（interferon-induced protein 35）、IFI44L（interferon-induced protein 44 like）、IFI6（interferon alpha inducible protein 6）、IFIH1（interferon induced with helicase C domain 1）、IFIT1（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1）、IFIT2（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2）、IFIT3（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3）、IFITM1（interferon induced transmembrane protein 1）、IFITM2（interferon induced transmembrane protein 2）、IFNA1（interferon alpha 1）、IFNA17（interferon alpha 17）、IFNA2（Interferon, alpha 2）、IFNAR1（interferon (alpha and beta) receptor 1）、IFNB1（interferon beta 1, fibroblast）、Ifng（interferon gamma）、Ifngr1（interferon gamma receptor 1）、Ifngr2（interferon gamma receptor 2）、IGF1（insulin-like growth factor 1）、IGF1R（insulin-like growth factor I receptor）、IGF2（insulin-like growth factor 2）、IGF2R（insulin-like growth factor 2 receptor）、IGFBP1（insulin-like growth factor binding protein 1）、IGFBP2（insulin-like growth factor binding protein 2）、IGFBP3（insulin-like growth factor binding protein 3）、IGFBP4（insulin-like growth factor binding protein 4）、IGFBP5（insulin-like growth factor binding protein 5）、IGFBP6（insulin-like growth factor binding protein 6）、IGFBP7（insulin-like growth factor binding protein 7）、Igsf11（immunoglobulin superfamily, member 11）、Ihh（Indian hedgehog）、IL10（interleukin 10）、IL10RA（interleukin 10 receptor, alpha）、IL11（Interleukin 11）、IL12A（interleukin 12a）、IL12B（interleukin 12b）、IL13（interleukin 13）、IL13RA2（interleukin 13 receptor subunit alpha 2）、IL15（interleukin 15）、IL16（interleukin 16）、IL17a（interleukin 17A）、IL17b（interleukin 17B）、IL17c（interleukin 17C）、IL17d（interleukin 17D）、
IL17f（interleukin 17F）、IL17ra（interleukin 17 receptor A）、IL17rb（interleukin 17 receptor B）、IL17rc（interleukin 17 receptor C）、IL17re（interleukin 17 receptor E）、IL18（interleukin 18）、IL18r1（interleukin 18 receptor 1）、IL18rap（interleukin 18 receptor accessory protein）、IL1a（interleukin 1 alpha）、IL1b（interleukin 1 beta）、IL1f10（interleukin 1 family, member 10）、IL1r1（interleukin 1 receptor, type I）、IL1r2（interleukin 1 receptor, type II）、IL1rap（interleukin 1 receptor accessory protein）、IL1rl1（interleukin 1 receptor-like 1）、IL1rl2（interleukin 1 receptor-like 2）、IL1rn（interleukin 1 receptor antagonist）、IL2（interleukin 2）、IL21（interleukin 21）、IL22（interleukin 22）、IL22ra2（interleukin 22 receptor, alpha 2）、IL23a（interleukin 23, alpha subunit p19）、IL23r（interleukin 23 receptor）、IL24（Interleukin 24）、IL25（interleukin 25）、IL27（interleukin 27）、IL2ra（interleukin 2 receptor, alpha chain）、IL2RB（interleukin 2 receptor, beta chain）、IL2RG（interleukin 2 receptor, gamma chain）、IL3（interleukin 3）、IL31ra（interleukin 31 receptor A）、IL33（interleukin 33）、IL34（interleukin 34）、IL3RA（interleukin 3 receptor, alpha chain）、IL4（interleukin 4）、IL5（interleukin 5）、IL5ra（interleukin 5 receptor, alpha）、IL6（interleukin 6）、IL6R（interleukin 6 receptor, alpha）、IL6ST（interleukin 6 signal transducer）、IL7（interleukin 7）、IL7R（interleukin 7 receptor）、IL9（interleukin 9）、ILK（integrin linked kinase）、INHBA（Inhibin, beta A）、INHBE（inhibin subunit beta E）、INS（Insulin）、INSC（INSC spindle orientation adaptor protein）、INSR（insulin receptor）、Irak2（interleukin-1 receptor-associated kinase 2）、IRF1（interferon regulatory factor 1）、IRF3（interferon regulatory factor 3）、IRF4（interferon regulatory factor 4）、IRF7（interferon regulatory factor 7）、IRF9（interferon regulatory factor 9）、IRS1（insulin receptor substrate 1）、IRS2（insulin receptor substrate 2）、ITGA1（integrin a1）、ITGA10（integrin, alpha 10）、ITGA11（integrin alpha 11）、ITGA2（integrin alpha 2）、ITGA2b（integrin alpha 2b）、
ITGA3（integrin a3）、ITGA4（integrin alpha 4）、ITGA5（integrin alpha 5）、ITGA6（integrin alpha 6）、ITGA7（integrin alpha 7）、ITGA8（integrin alpha 8）、ITGA9（integrin alpha 9）、ITGAD（integrin, alpha D）、ITGAE（integrin alpha E, epithelial-associated）、ITGAL（integrin alpha L）、ITGAM（integrin alpha M）、ITGAV（integrin alpha V）、ITGAX（integrin alpha X）、ITGB1（integrin beta 1 (fibronectin receptor beta) ）、ITGB2（integrin beta 2）、ITGB3（integrin beta 3）、ITGB4（integrin beta 4）、ITGB5（integrin b5）、ITGB6（integrin beta 6）、ITGB7（integrin beta 7）、ITGB8（integrin subunit beta 8）、Itih4（inter alpha-trypsin inhibitor, heavy chain 4）、JAG1（jagged 1）、JAG2（jagged 2）、JAK1（Janus kinase 1）、JAK2（Janus kinase 2）、JAKMIP3（janus kinase and microtubule interacting protein 3）、JCAD（junctional cadherin 5 associated）、JUN（jun proto-oncogene）、KAT2B（K(lysine) acetyltransferase 2B）、Kdr（kinase insert domain protein receptor）、KIF20B（kinesin family member 20B）、KIRREL3（kirre like nephrin family adhesion molecule 3）、Kit（KIT proto-oncogene receptor tyrosine kinase）、KITLG（kit ligand）、KLF15（Kruppel-like factor 15）、KLF2（Kruppel-like factor 2 (lung) ）、KLF3（Kruppel-like factor 3 (basic) ）、KLF4（Kruppel-like factor 4 (gut) ）、KLF5（Kruppel-like factor 5）、Klkb1（kallikrein B, plasma 1）、KLRG1（killer cell lectin-like receptor subfamily G, member 1）、Kng1（kininogen 1）、KRT1（keratin 1）、KRT18（keratin 18）、KRT8（Keratin 8）、L1CAM（L1 cell adhesion molecule）、LAMA1（laminin, alpha 1）、LAMA2（laminin, alpha 2）、LAMA3（laminin, alpha 3）、LAMA4（laminin, alpha 4）、LAMB1（laminin B1）、Lamp1（lysosomal-associated membrane protein 1）、Lamp2（lysosomal-associated membrane protein 2）、Lamtor2（late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 2）、Lbp（lipopolysaccharide binding protein）、Lep（leptin）、Lgals1（lectin, galactose binding, soluble 1）、LGALS3（lectin, galactose binding, soluble 3）、Lgals9（lectin, galactose binding, soluble 9）、LIF（leukemia inhibitory factor）、LIMK1（LIM-domain containing, protein kinase）、LIPE（lipase, hormone sensitive）、Lmna（lamin A）、LMNB1（lamin B1）、LMNB2（lamin B2）、LOX（lysyl oxidase）、Lpl（lipoprotein lipase）、Lrp1（low density lipoprotein receptor-related protein 1）、Lrp5（low density lipoprotein receptor-related protein 5）、LRRTM2（leucine rich repeat transmembrane neuronal 2）、LSAMP（limbic system-associated membrane protein）、LSM5（LSM5 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated）、Lta（lymphotoxin A）、Ltbp1（latent transforming growth factor beta binding protein 1）、Ly86（lymphocyte antigen 86）、Ly96（lymphocyte antigen 96）、Lyn（LYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase）、LYZ（lysozyme 1）、MAFK（v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene family, protein K (avian) ）、MAGEA1（melanoma antigen, family A, 1）、
MAGEA10（melanoma antigen family A, 10）、MAGEA12（MAGE family member A12）、MAGEA3（melanoma antigen, family A, 3）、MAGEA4（melanoma antigen, family A, 4）、MAP2（microtubule-associated protein 2）、MAP2K1（mitogen-activated protein kinase kinase 1）、MAPK1（mitogen-activated protein kinase 1）、MAPK14（mitogen-activated protein kinase 14）、MAPK3（mitogen-activated protein kinase 3）、MAPK8（mitogen-activated protein kinase 8）、MAPKAPK2（MAP kinase-activated protein kinase 2）、Matn1（matrilin 1, cartilage matrix protein）、Matn3（matrilin 3）、Matn4（matrilin 4）、MBP（myelin basic protein）、MCAM（melanoma cell adhesion molecule）、Mdk（midkine）、MEF2C（myocyte enhancer factor 2C）、Mefv（Mediterranean fever）、MEG3（maternally expressed 3）、MET（met proto-oncogene）、Mgll（monoglyceride lipase）、MICA（MHC class I polypeptide-related sequence A）、MICB（MHC class I polypeptide-related sequence B）、Mif（macrophage migration inhibitory factor）、Mir34a（microRNA 34a）、Mki67（antigen identified by monoclonal antibody Ki 67）、Mme（membrane metallo endopeptidase）、MMP1（matrix metallopeptidase 1）、MMP12（matrix metallopeptidase 12）、MMP13（matrix metallopeptidase 13）、MMP14（matrix metallopeptidase 14 (membrane-inserted) ）、MMP15（matrix metallopeptidase 15）、MMP16（matrix metallopeptidase 16）、MMP2（matrix metallopeptidase 2）、MMP25（matrix metallopeptidase 25）、MMP3（matrix metallopeptidase 3）、MMP7（matrix metallopeptidase 7）、MMP8（matrix metallopeptidase 8）、MMP9（matrix metallopeptidase 9）、Morc3（microrchidia 3）、MPO（myeloperoxidase）、Mrap（melanocortin 2 receptor accessory protein）、MST1（macrophage stimulating 1）、MSTN（Myostatin）、Msx1（msh homeobox 1）、Msx2（msh homeobox 2）、MX1（MX dynamin-like GTPase 1）、Myc（MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor）、Myd88（myeloid differentiation primary response gene 88）、MYL9（myosin, light polypeptide 9, regulatory）、MYLK（myosin, light polypeptide kinase）、Nampt（nicotinamide phosphoribosyltransferase）、Nanog（Nanog homeobox）、NCAM（neural cell adhesion molecule 1）、NCOA2（nuclear receptor coactivator 2）、
Ncor2（nuclear receptor co-repressor 2）、NCR3LG1（natural killer cell cytotoxicity receptor 3 ligand 1）、NDP（Norrie disease (pseudoglioma) (human) ）、Ndst1（N-deacetylase/N-sulfotransferase (heparan glucosaminyl) 1）、NECTIN2（nectin cell adhesion molecule 2）、NES（Nestin）、NETO1（neuropilin (NRP) and tolloid (TLL)-like 1）、Neurog1（neurogenin 1）、NF1（neurofibromin 1）、Nfe2l1（nuclear factor, erythroid derived 2,-like 1）、Nfe2l2（nuclear factor, erythroid derived 2, like 2）、Nfkb1（nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells 1, p105）、Nfkbia（nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells inhibitor, alpha）、Nfkbid（nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells inhibitor, delta）、NGF（Nerve growth factor (beta polypeptide) ）、NGFR（nerve growth factor receptor (TNFR superfamily, member 16) ）、Ninj1（ninjurin 1）、Nlrp12（NLR family, pyrin domain containing 12）、Nlrp3（NLR family, pyrin domain containing 3）、NODAL（Nodal homolog (mouse)）、Nog（noggin）、NOS1（nitric oxide synthase 1, inducible）、NOS2（nitric oxide synthase 2, inducible）、NOS3（Nitric oxide synthase 3 (endothelial cell) ）、NOTCH1（Notch 1）、Nox4（NADPH oxidase 4）、NR0B2（nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2）、Nr1d1（nuclear receptor subfamily 1, group D, member 1）、NR1H3（nuclear receptor subfamily 1, group H, member 3）、NR3C1（nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1）、NRF1（nuclear respiratory factor 1）、NRG1（Neuregulin 1）、NRGN（neurogranin）、NRP1（neuropilin 1）、NRP2（Neuropilin 2）、NT5E（5' nucleotidase, ecto）、NTF3（Neurotrophin 3）、NTF4（Neurotrophin 4）、NTN4（netrin 4）、Ntrk1（neurotrophic tyrosine kinase, receptor, type 1）、NUDT6（Nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 6）、Ogn（osteoglycin）、Olr1（oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1）、Orm1（orosomucoid 1）、Orm2（orosomucoid 2）、Osm（oncostatin M）、Otor（otoraplin）、OXTR（oxytocin receptor）、P2rx7（purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 7）、Pak1（p21 (RAC1) activated kinase 1）、PAK4（p21 (RAC1) activated kinase 4）、
PAM（peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase）、Parp4（poly (ADP-ribose) polymerase family, member 4）、PCM1（pericentriolar material 1）、PCNA（proliferating cell nuclear antigen）、PDCD1（programmed cell death 1）、Pdcd1lg2（programmed cell death 1 ligand 2）、PDGFA（platelet derived growth factor, alpha）、PDGFb（platelet derived growth factor, B polypeptide）、PDGFRA（platelet derived growth factor receptor, alpha polypeptide）、PDGFRB（platelet derived growth factor receptor, beta polypeptide）、PECAM1（platelet/endothelial cell adhesion molecule 1）、PENK（preproenkephalin）、PF4（Platelet factor 4）、PGF（Placental growth factor）、Pglyrp1（peptidoglycan recognition protein 1）、Phex（phosphate regulating endopeptidase homolog, X-linked）、PHOX2A（paired-like homeobox 2a）、PIGF（phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class F）、PIGS（Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class S）、PIK3CA（phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha）、Pik3cd（phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta）、Pik3cg（phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma）、Pknox1（Pbx/knotted 1 homeobox）、Pla2g2d（phospholipase A2, group IID）、Pla2g5（phospholipase A2, group V）、Pla2g7（phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma) ）、PLAT（plasminogen activator, tissue type）、PLAU（plasminogen activator, urokinase）、PLAUR（plasminogen activator, urokinase receptor）、PLCG1（phospholipase C, gamma 1）、PLD1（phospholipase D1）、PLG（plasminogen）、Plin1（perilipin 1）、Pml（PML nuclear body scaffold）、POT1（protection of telomeres 1A）、Pou4f1（POU domain, class 4, transcription factor 1）、POU5F1（POU class 5 homeobox 1）、PPARA（peroxisome proliferator activated receptor alpha）、Ppard（peroxisome proliferator activator receptor delta）、Pparg（peroxisome proliferator activated receptor gamma）、Ppargc1a（peroxisome proliferative activated receptor, gamma, coactivator 1 alpha）、PPARGC1B（peroxisome proliferative activated receptor, gamma, coactivator 1 beta）、Ppbp（pro-platelet basic protein）、Prdm16（PR domain containing 16）、PRDX4（peroxiredoxin 4）、PRF1（perforin 1 (pore forming protein)Prg4（proteoglycan 4 (megakaryocyte stimulating factor, articular superficial zone protein)Prkca（protein kinase C, alpha）、Prkcd（protein kinase C, delta）、Prkcz（protein kinase C, zeta）、PRL（Prolactin）、PROCR（protein C receptor, endothelial）、PROK1（Prokineticin 1）、PROK2（Prokineticin 2）、PROM1（Prominin 1）、Pspn（Persefin）、Ptafr（platelet-activating factor receptor）、
PTEN（phosphatase and tensin homolog）、PTGES（prostaglandin E synthase）、Ptgfr（prostaglandin F receptor）、Ptgis（prostaglandin I2 (prostacyclin) synthase）、Ptgs1（prostaglandin-endoperoxide synthase 1）、Ptgs2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2）、Pthlh（parathyroid hormone-like peptide）、Ptk2（PTK2 protein tyrosine kinase 2）、Ptn（pleiotrophin）、PTPRC（protein tyrosine phosphatase, receptor type, C）、PTX3（pentraxin related gene）、Pvr（poliovirus receptor）、pxn（paxillin）、Pycard（PYD and CARD domain containing）、RAB8A（RAB8A, member RAS oncogene family）、RAC1（Rac family small GTPase 1）、Rara（retinoic acid receptor, alpha）、RASA1（RAS p21 protein activator 1）、RB1（RB transcriptional corepressor 1）、Rbl1（RB transcriptional corepressor like 1）、Reg3a（regenerating islet-derived 3 alpha）、Reg3g（regenerating islet-derived 3 gamma）、Rel（reticuloendotheliosis oncogene）、Rela（v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (avian) ）、Retn（resistin）、RHO（rhodopsin）、Rhoa（ras homolog family member A）、RHOB（ras homolog family member B）、RND3（Rho family GTPase 3）、robo1（roundabout guidance receptor 1）、ROBO3（roundabout guidance receptor 3）、Rock1（Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1）、Rock2（Rho associated coiled-coil containing protein kinase 2）、Ror2（receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 2）、RORC（RAR-related orphan receptor gamma）、ROS1（Ros1 proto-oncogene）、Rpl13a（ribosomal protein L13A）、Runx1t1（RUNX1 translocation partner 1）、Runx2（runt related transcription factor 2）、RXRA（retinoid X receptor alpha）、S100a8（S100 calcium binding protein A8 (calgranulin A) ）、S100a9（S100 calcium binding protein A9 (calgranulin B) ）、S1P3（sphingosine-1-phosphate receptor 3）、S1PR1（Sphingosine-1-phosphate receptor 1）、Saa4（serum amyloid A 4）、Scgb1a1（secretoglobin, family 1A, member 1 (uteroglobin) ）、SCN1B（sodium channel, voltage-gated, type I, beta）、SCN3B（sodium channel, voltage-gated, type III, beta）、SDC2（syndecan2）、SDC3（syndecan3）、Sele（selectin, endothelial cell）、SELL（selectin, lymphocyte）、Selp（selectin, platelet）、selplg（selectin, platelet (p-selectin) ligand）、SEMA3A（sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphorin) 3A）、Sema7a（sema domain, immunoglobulin domain (Ig), and GPI membrane anchor, (semaphorin) 7A）、SERPINA1（serpin family A member 1）、SERPINB5（serpin family B member 5）、SERPINC1（Serpin peptidase inhibitor, clade C (antithrombin), member 1）、Serpine1（serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade E, member 1）、SERPINF1（"Serpin peptidase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1"）、
Serpinf2（serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade F, member 2）、SERPINH1（serpin family H member 1）、Sfrp1（secreted frizzled-related protein 1）、SFRP5（secreted frizzled-related sequence protein 5）、SH2B2（SH2B adaptor protein 2）、SH3PXD2A（SH3 and PX domains 2A）、SHB（src homology 2 domain-containing transforming protein B）、SHBG（sex hormone binding globulin）、SHH（sonic hedgehog）、Shox2（short stature homeobox 2）、Sigirr（single immunoglobulin and toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain）、SIRT1（sirtuin 1）、SIRT2（sirtuin 2）、SIRT3（sirtuin 3）、SIRT6（sirtuin 6）、SLC17A5（Solute carrier family 17 (anion/sugar transporter), member 5）、SLC1A3（solute carrier family 1 (glial high affinity glutamate transporter), member 3）、Slc2a4（solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 4）、Slc3a2（solute carrier family 3 (activators of dibasic and neutral amino acid transport), member 2）、Slc7a5（solute carrier family 7 member 5）、SLC9A6（solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), member 6）、SLIT3（slit guidance ligand 3）、Slitrk6（SLIT and NTRK-like family, member 6）、SMAD1（SMAD family member 1）、SMAD2（SMAD family member 2）、SMAD3（SMAD family member 3）、SMAD4（SMAD family member 4）、SMAD5（SMAD family member 5）、SMAD6（SMAD family member 6）、SMAD7（SMAD family member 7）、Smurf1（SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 1）、SMURF2（SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2）、SNAI1（snail family transcriptional repressor 1）、Snai2（snail family zinc finger 2）、SNCA（synuclein, alpha）、Snx19（sorting nexin 19）、Socs3（suppressor of cytokine signaling 3）、Socs5（suppressor of cytokine signaling 5）、Sod1（superoxide dismutase 1, soluble）、Sort1（sortilin 1）、Sost（sclerostin）、SOX2（SRY (sex determining region Y)-box 2）、SOX4（SRY (sex determining region Y)-box 4）、SOX5（SRY (sex determining region Y)-box 5）、SOX6（SRY (sex determining region Y)-box 6）、SOX9（SRY (sex determining region Y)-box 9）、SP1（Sp1 transcription factor）、Sp7（Sp7 transcription factor 7）、Sparc（secreted acidic cysteine rich glycoprotein）、SPG7（SPG7, paraplegin matrix AAA peptidase subunit）、SPHK1（Sphingosine kinase 1）、Spn（sialophorin）、SPON2（spondin 2, extracellular matrix protein）、Spp1（secreted phosphoprotein 1）、SPTBN5（spectrin beta, non-erythrocytic 5）、SRC（Rous sarcoma oncogene）、Srebf1（sterol regulatory element binding transcription factor 1）、ST3GAL2（ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 2）、ST6GAL1（beta galactoside alpha 2,6 sialyltransferase 1）、
Stab1（stabilin 1）、STAT1（signal transducer and activator of transcription 1）、STAT3（signal transducer and activator of transcription 3）、STAT4（signal transducer and activator of transcription 4）、STAT5a（signal transducer and activator of transcription 5A）、STAT5b（signal transducer and activator of transcription 5B）、STAT6（signal transducer and activator of transcription 6）、STC1（stanniocalcin 1）、STMN3（stathmin-like 3）、HSPA8（heat shock protein 8）、SVIL（supervillin）、Syk（spleen tyrosine kinase）、SYNGR1（synaptogyrin 1）、TAZ（tafazzin）、Tbx2（T-box 2）、TBX21（T-box 21）、Tbx3（T-box 3）、TBX5（T-box 5）、Tcf7l2（transcription factor 7 like 2, T cell specific, HMG box）、Tek（TEK receptor tyrosine kinase）、TENM2（teneurin transmembrane protein 2）、TERF1（telomeric repeat binding factor 1）、Terf2（telomeric repeat binding factor 2）、Tert（telomerase reverse transcriptase）、TFAM（transcription factor A, mitochondrial）、TFRC（transferrin receptor）、TGFA（Transforming growth factor, alpha）、Tgfb1（transforming growth factor, beta 1）、Tgfb2（transforming growth factor, beta 2）、TGFb3（transforming growth factor, beta 3）、TGFBR1（transforming growth factor, beta receptor I）、TGFBR2（transforming growth factor, beta receptor II）、TGFBR3（transforming growth factor, beta receptor III）、TGIF1（TGFB induced factor homeobox 1）、TGM2（transglutaminase 2, C polypeptide）、Thbs1（thrombospondin 1）、THBS2（thrombospondin 2）、THPO（Thrombopoietin）、THY1（Thy-1 cell surface antigen）、TIE1（Tyrosine kinase with immunoglobulin-like and EGF-like domains 1）、TIGIT（T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains）、TIMP1（tissue inhibitor of metalloproteinase 1）、TIMP2（tissue inhibitor of metalloproteinase 2）、TIMP3（tissue inhibitor of metalloproteinase 3）、TIMP4（tissue inhibitor of metalloproteinase 4）、Tirap（toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain-containing adaptor protein）、Tlr1（toll-like receptor 1）、
Tlr2（toll-like receptor 2）、Tlr3（toll-like receptor 3）、Tlr4（toll-like receptor 4）、Tlr5（toll-like receptor 5）、Tlr6（toll-like receptor 6）、Tlr7（toll-like receptor 7）、Tlr8（toll-like receptor 8）、Tlr9（toll-like receptor 9）、TMEM33（transmembrane protein 33）、TMSB15A（thymosin beta 15a）、TNC（tenascin C）、Tnf（tumor necrosis factor）、Tnfaip3（tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3）、Tnfaip6（tumor necrosis factor alpha induced protein 6）、TNFAIP8（tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8）、TNFRSF10C（TNF receptor superfamily member 10c）、TNFRSF10D（TNF receptor superfamily member 10c）、Tnfrsf11b（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b）、Tnfrsf14（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 14 (herpesvirus entry mediator) ）、TNFRSF17（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 17）、TNFRSF18（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 18）、Tnfrsf1a（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1a）、Tnfrsf1b（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1b）、Tnfrsf4（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 4）、TNFRSF9（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9）、Tnfsf10（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 10）、Tnfsf11（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 11）、TNFSF13（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 13）、TNFSF13B（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 13b）、Tnfsf14（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 14）、Tnfsf15（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 15）、Tnfsf18（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 18）、Tnfsf4（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 4）、Tnfsf8（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 8）、Tnfsf9（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 9）、Tollip（toll interacting protein）、TRA（T cell receptor alpha locus）、Traf6（TNF receptor-associated factor 6）、TRB（T cell receptor beta locus）、Trem1（triggering receptor expressed on myeloid cells 1）、Trem2（triggering receptor expressed on myeloid cells 2）、TRIM3（tripartite motif-containing 3）、Trp53（transformation related protein 53）、Trp53bp1（transformation related protein 53 binding protein 1）、Trpv1（transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 1）、Tsc2（TSC complex subunit 2）、
TSC22D3（TSC22 domain family, member 3）、Tslp（thymic stromal lymphopoietin）、Twist1（twist basic helix-loop-helix transcription factor 1）、Twist2（twist basic helix-loop-helix transcription factor 2）、TXNIP（thioredoxin interacting protein）、TYMP（Thymidine phosphorylase）、Ucp1（uncoupling protein 1 (mitochondrial, proton carrier)Uts2（urotensin 2）、VASH1（vasohibin 1）、VASP（vasodilator-stimulated phosphoprotein）、VCAM1（vascular cell adhesion molecule 1）、Vcan（versican）、vcl（vinculin）、VDR（vitamin D (1,25-dihydroxyvitamin D3) receptor）、Vegfa（vascular endothelial growth factor A）、VEGFB（Vascular endothelial growth factor B）、VEGFC（vascular endothelial growth factor C）、VEGFD（vascular endothelial growth factor D）、VIM（Vimentin）、VPS13A（vacuolar protein sorting 13A）、VPS13C（vacuolar protein sorting 13C）、Vsir（V-set immunoregulatory receptor）、Vtcn1（V-set domain containing T cell activation inhibitor 1）、VTN（vitronectin）、VWA5A（von Willebrand factor A domain containing 5A）、VWF（Von Willebrand factor）、WEE1（WEE 1 homolog 1 (S. pombe)WIPF1（WAS/WASL interacting protein family, member 1）、Wnt1（wingless-type MMTV integration site family, member 1）、Wnt10b（wingless-type MMTV integration site family, member 10B）、Wnt3a（wingless-type MMTV integration site family, member 3A）、Wnt5a（wingless-type MMTV integration site family, member 5A）、Wnt5b（wingless-type MMTV integration site family, member 5B）、Wrn（Werner syndrome RecQ like helicase）、Xcl1（chemokine (C motif) ligand 1）、Xcr1（chemokine (C motif) receptor 1）、Ywhaz（tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide）、Zfp36（zinc finger protein 36）、ZFP42（Zinc finger protein 42 homolog (mouse) ）、Zhx3（zinc fingers and homeoboxes 3）、Zmpste24（zinc metallopeptidase, STE24）、ZNF25（zinc finger protein 25）、ACTC1（actin, alpha, cardiac muscle 1）、AFF3（AF4/FMR2 family, member 3）、AGMO（alkylglycerol monooxygenase）、AHNAK2（AHNAK nucleoprotein 2）、AK4（adenylate kinase 4）、AKR1C1（aldo-keto reductase family 1, member C1）、ANKRD1（ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) ）、ANXA10（annexin A10）、B3GALT2（UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,3-galactosyltransferase 2）、BST2（bone marrow stromal cell antigen 2）、C1orf198（chromosome 1 open reading frame 198）、C2orf88（chromosome 2 open reading frame 88）、CCND2（cyclin D2）、CEMIP（cell migration inducing protein, hyaluronan binding）、
CHAC1（ChaC glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase 1）、CHRNA1（cholinergic receptor, nicotinic alpha 1）、CLDN1（claudin 1）、CLDN11（claudin 11）、CNIH3（cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3）、CNN1（calponin 1, basic, smooth muscle）、CSGALNACT1（chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1）、CTSS（cathepsin S）、CYP1B1（cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1）、DAPK1（death-associated protein kinase 1）、DDIT4（DNA damage inducible transcript 4）、DIRAS3（DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3）、EBF2（early B-cell factor 2）、ELN（elastin）、ESM1（endothelial cell-specific molecule 1）、ETV1（ets variant 1）、FABP3（fatty acid binding protein 3, muscle and heart）、FHL1（four and a half LIM domains 1）、FLG（filaggrin）、FOSB（FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog B）、GBP4（guanylate binding protein 4）、GBP5（guanylate binding protein 5）、GFRA1（GDNF family receptor alpha 1）、HAS2（hyaluronan synthase 2）、HHIP（hedgehog interacting protein）、H2AC8（histone cluster 1, H2ae）、H2ac7（histone cluster 1, H2ad）、H3C4（histone cluster 1, H3d）、H3C8（histone cluster 1, H3g）、HSPB6（heat shock protein, alpha-crystallin-related, B6）、IL18BP（interleukin 18 binding protein）、IL32（interleukin 32）、Acod1（immunoresponsive 1 homolog (mouse) ）、KCTD16（potassium channel tetramerization domain containing 16）、KLF10（Kruppel-like factor 10）、KRT34（keratin 34, type I）、KRTAP1-1（keratin associated protein 1-1）、KRTAP1-5（keratin associated protein 1-5）、LMOD1（leiomodin 1 (smooth muscle) ）、LRIG3（leucine-rich repeats and immunoglobulin-like domains 3）、LRRC15（leucine rich repeat containing 15）、LRRC17（leucine rich repeat containing 17）、LYPD6B（LY6/PLAUR domain containing 6B）、MALL（mal, T-cell differentiation protein-like）、MFAP4（microfibrillar associated protein 4）、MKX（mohawk homeobox）、MYCT1（myc target 1）、NEFM（neurofilament, medium polypeptide）、NFASC（neurofascin）、NFATC2（nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic, calcineurin-dependent 2）、NTSR1（neurotensin receptor 1 (high affinity) ）、OAS1（2-5-oligoadenylate synthetase 1）、PHLDA1（pleckstrin homology-like domain, family A, member 1）、PITX2（paired-like homeodomain 2）、PREX1（phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchange factor 1）、PSAT1（phosphoserine aminotransferase 1）、PSG9（pregnancy specific beta-1-glycoprotein 9）、RAB27B（RAB27B, member RAS oncogene family）、
RCAN2（regulator of calcineurin 2）、RDH5（retinol dehydrogenase 5 (11-cis/9-cis) ）、RGCC（regulator of cell cycle）、RIMS1（regulating synaptic membrane exocytosis 1）、RORA（RAR-related orphan receptor A）、RPL12（Zhang2013 ALT_ACCEPTOR, ALT_DONOR, coding, INTERNAL, intronic best transcript NM_000976）、RSAD2（radical S-adenosyl methionine domain containing 2）、SCRG1（stimulator of chondrogenesis 1）、SERPINB2（serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 2）、SLAMF8（SLAM family member 8）、SLC14A1（solute carrier family 14 (urea transporter), member 1 (Kidd blood group) ）、SLC38A1（solute carrier family 38, member 1）、SYT1（synaptotagmin I）、TFPI2（tissue factor pathway inhibitor 2）、THBS4（thrombospondin 4）、TINAGL1（tubulointerstitial nephritis antigen-like 1）、TMEM130（transmembrane protein 130）、TNMD（tenomodulin）、UBD（ubiquitin D）、VIT（vitrin）、XG（Xg blood group; Xg pseudogene, Y-linked 2）、GAPDH（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase）、CMRF-56
ABCB1（ATP-binding cassette, sub-family B (MDR/TAP), member 1A）、Abl1（c-abl oncogene 1, non-receptor tyrosine kinase）、ACACB（acetyl-Coenzyme A carboxylase beta）、Acan（aggrecan）、ACHE（acetylcholinesterase）、Ackr2（atypical chemokine receptor 2）、ackr3（atypical chemokine receptor 3）、ACLY（ATP citrate lyase）、ACTA2（Actin, alpha 2, smooth muscle, aorta）、ACTB（actin, beta）、ACTG2（actin, gamma 2, smooth muscle, enteric）、ACTN3（actinin alpha 3）、ACTR2（ARP2 actin-related protein 2）、ACTR3（ARP3 actin-related protein 3）、Acvr1（activin A receptor, type 1）、Acvr2a（activin receptor IIA）、Acvr2b（activin receptor IIB）、ADAMTS1（a disintegrin-like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif, 1）、ADAMTS5（a disintegrin-like and metallopeptidase (reprolysin type) with thrombospondin type 1 motif, 5 (aggrecanase-2) ）、Adgrb1（adhesion G protein-coupled receptor B1）、Adig（adipogenin）、Adipoq（adiponectin, C1Q and collagen domain containing）、Adora1（adenosine A1 receptor）、Adora2a（adenosine A2a receptor）、Adrb2（adrenergic receptor, beta 2）、Afap1l2（actin filament associated protein 1-like 2）、Ager（advanced glycosylation end-product specific receptor）、AgRP（Agouti related protein）、AGT（angiotensinogen (serpin peptidase inhibitor, clade A, member 8) ）、Ahsg（alpha-2-HS-glycoprotein）、Aif1（allograft inflammatory factor1）、Aimp1（aminoacyl tRNA synthetase complex-interacting multifunctional protein 1）、Akt1（thymoma viral proto-oncogene 1）、Akt3（thymoma viral proto-oncogene 3）、Alcam（activated leukocyte cell adhesion molecule）、Alox15（arachidonate 15-lipoxygenase）、Alox5（arachidonate 5-lipoxygenase）、Alox5ap（arachidonate 5-lipoxygenase activating protein）、Alpl（alkaline phosphatase, liver/bone/kidney）、AMOT（Angiomotin）、Ang（Angiogenin）、ANGEL2（angel homolog 2）、ANGPT1（angiopoietin 1）、ANGPT2（angiopoietin 2）、ANGPT4（angiopoietin 4）、ANGPTL1（Angiopoietin-like 1）、ANGPTL3（Angiopoietin-like 3）、ANGPTL4（Angiopoietin-like 4）、ANPEP（Alanyl (membrane) aminopeptidase）、Anxa1（annexin A1）、ANXA3（annexin A3）、ANXA5（annexin A5）、Anxa6（annexin A6）、Aoah（acyloxyacyl hydrolase）、Aoc3（amine oxidase, copper containing 3）、APAF1（apoptotic peptidase activating factor 1）、APBA1（amyloid beta (A4) precursor protein binding, family A, member 1）、APBA2（amyloid beta (A4) precursor protein-binding, family A, member 2）、Apoa1（apolipoprotein A-I）、
APOE（apolipoprotein E）、Areg（Amphiregulin）、ARF6（ADP-ribosylation factor 6）、
ARG1（arginase, liver）、ARG2（arginase type II）、Arhgap29（Rho GTPase activating protein 29）、ARHGAP35（Rho GTPase activating protein 35）、ARL6IP6（ADP-ribosylation factor-like 6 interacting protein 6）、Artn（Artemin）、Atm（ataxia telangiectasia mutated）、Atrn（attractin）、AURKB（aurora kinase B）、
Axin1（axin 1）、Axl（AXL receptor tyrosine kinase）、B2M（beta-2 microglobulin）、B3gat1（beta-1,3-glucuronyltransferase 1）、B4GALNT1（beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyltransferase 1）、B4galt1（UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,4- galactosyltransferase, polypeptide 1）、BAIAP2(brain-specific angiogenesis inhibitor 1-associated protein 2）、BCAR1(breast cancer anti-estrogen resistance 1）、BCL2(B cell leukemia/lymphoma 2）、Bcl6(B cell leukemia/lymphoma 6）、
Bdkrb1(bradykinin receptor, beta 1）、Bdkrb2(bradykinin receptor, beta 2）、BDNF(Brain-derived neurotrophic factor）、Bglap(bone gamma carboxyglutamate protein）、BGN(biglycan）、BMI1(Bmi1 polycomb ring finger oncogene）、Bmp1(bone morphogenetic protein 1）、Bmp2(bone morphogenetic protein 2）、Bmp3(bone morphogenetic protein 3）、Bmp4(bone morphogenetic protein 4）、Bmp5(bone morphogenetic protein 5）、Bmp6(bone morphogenetic protein 6）、Bmp7(bone morphogenetic protein 7）、Bmpr1a(bone morphogenetic protein receptor, type 1A）、Bmpr1b(bone morphogenetic protein receptor, type 1B）、Bmpr2(bone morphogenetic protein receptor, type II (serine/threonine kinase) ）、Bsg(basigin）、BST1(bone marrow stromal cell antigen 1）、BTC(Betacellulin）、Btk(Bruton agammaglobulinemia tyrosine kinase）、BTLA (B and T lymphocyte associated）、Btn2a2(butyrophilin, subfamily 2, member A2）、C1qa(complement component 1, q subcomponent, alpha polypeptide）、C1QC(complement component 1, q subcomponent, C chain）、C1R(complement component 1, r subcomponent A）、C1S(complement component 1, s subcomponent 1）、C2cd4a(C2 calcium-dependent domain containing 4A）、C3(complement component 3）、C3ar1(complement component 3a receptor 1）、Cadm1(cell adhesion molecule 1）、CALB1(calbindin 1）、Calcr(calcitonin receptor）Calr（calreticulin）、
Camp（cathelicidin antimicrobial peptide）、CAPN2（calpain 2）、Casp1（caspase 1）、CASP3（Caspase 3, apoptosis-related cysteine peptidase）、CAV1（caveolin 1）、CBLN2（cerebellin 2 precursor protein）、CCL1（chemokine (C-C motif) ligand 1）、CCL11（chemokine (C-C motif) ligand 11）、CCL13（chemokine (C-C motif) ligand 13）、CCL15（chemokine (C-C motif) ligand 15）、CCL16（chemokine (C-C motif) ligand 16）、CCL17（chemokine (C-C motif) ligand 17）、CCL18（chemokine (C-C motif) ligand 18）、CCL19（chemokine (C-C motif) ligand 19）、CCL2（chemokine (C-C motif) ligand 2）、Ccl20（chemokine (C-C motif) ligand 20）、CCL21（chemokine (C-C motif) ligand 21）、CCL22（chemokine (C-C motif) ligand 22）、CCL23（chemokine (C-C motif) ligand 23）、CCL24（chemokine (C-C motif) ligand 24）、CCL25（chemokine (C-C motif) ligand 25）、CCL26（chemokine (C-C motif) ligand 26）、CCL27（chemokine (C-C motif) ligand 27）、CCL3（chemokine (C-C motif) ligand 3）、CCL4（chemokine (C-C motif) ligand 4）、CCL5（chemokine (C-C motif) ligand 5）、CCL7（chemokine (C-C motif) ligand 7）、CCL8（chemokine (C-C motif) ligand 8）、Ccn1（cellular communication network factor 1）、Ccn2（cellular communication network factor 2）、Ccn3（cellular communication network factor 3）、Ccn4（cellular communication network factor 4）、Ccnd1（cyclin D1）、Ccr1（chemokine (C-C motif) receptor 1）、CCR10（chemokine (C-C motif) receptor 10）、CCR2（chemokine (C-C motif) receptor 2）、CCR3（chemokine (C-C motif) receptor 3）、CCR4（chemokine (C-C motif) receptor 4）、CCR5（chemokine (C-C motif) receptor 5）、CCR6（chemokine (C-C motif) receptor 6）、CCR7（chemokine (C-C motif) receptor 7）、CCR8（chemokine (C-C motif) receptor 8）、CCR9（chemokine (C-C motif) receptor 9）、Ccrl2（chemokine (C-C motif) receptor-like 2）、CD14（CD14 antigen）、CD151（CD151 antigen）、CD160（CD160 antigen）、CD163（CD163 antigen）、CD164（CD164 antigen）、CD165（CD165 antigen）、CD180（CD180 antigen）、CD19（CD19 antigen）、CD1B（CD1b molecule）、CD1C（CD1c molecule）、CD1D（CD1d molecule）、CD2（CD2 antigen）、CD200（CD200 antigen）、CD209（CD209 molecule）、CD22（CD22 molecule）、CD226（CD226 molecule）、CD24（CD24 molecule）、CD244（CD244 molecule, natural killer cell receptor 2B4）、CD247（CD247 molecule）、CD248（CD248 antigen, endosialin）、CD27（CD27 molecule）、CD274（CD274 antigen）、CD276（CD276 antigen）、CD28（CD28 antigen）、CD33（CD33 antigen）、CD34（CD34 antigen）、CD36（CD36 molecule）、CD37（CD37 molecule）、CD38（CD38 antigen）、CD3D（CD3d molecule）、CD3E（CD3 antigen, epsilon polypeptide）、CD3G（CD3g molecule）、CD4（CD4 antigen）、CD40（CD40 antigen）、CD40lg（CD40 ligand）、CD44（CD44 antigen）、
CD47（CD47 antigen (Rh-related antigen, integrin-associated signal transducer) ）、CD48（CD48 antigen）、CD52（CD52 molecule）、CD53（CD53 molecule）、CD55（CD55 molecule）、CD58（CD58 molecule）、CD59（CD59 molecule）、CD6（CD6 molecule）、CD63（CD63 molecule）、CD68（CD68 antigen）、CD69（CD69 molecule）、CD70（CD70 antigen）、CD74（CD74 antigen）、CD79A（CD79a molecule, immunoglobulin-associated alpha）、CD79B（CD79b molecule, immunoglobulin-associated beta）、CD80（CD80 antigen）、CD83（CD83 molecule）、CD86（CD86 antigen）、CD8A（CD8 antigen, alpha chain）、CD8B（CD8b molecule）、CD9（CD9 antigen）、CD93（CD93 antigen）、CD99（CD99 antigen）、CDH1（cadherin 1）、CDH11（cadherin 11）、CDH2（cadherin 2）、CDH3（cadherin 3）、CDH4（cadherin 4）、CDH5（Cadherin 5, type 2 (vascular endothelium) ）、CDK4（cyclin-dependent kinase 4）、CDK6（cyclin-dependent kinase 6）、CDKN1A（cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (P21) ）、CDKN1B（cyclin-dependent kinase inhibitor 1B）、CDKN1C（cyclin-dependent kinase inhibitor 1C (P57) ）、CDKN2a（cyclin dependent kinase inhibitor 2A）、CDKN2b（cyclin dependent kinase inhibitor 2B）、CDKN2D（cyclin dependent kinase inhibitor 2D）、CEACAM1（carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1）、CEACAM3（CEA cell adhesion molecule 3）、CEACAM5（CEA cell adhesion molecule 5）、CEACAM6（CEA cell adhesion molecule 6）、CEACAM8（CEA cell adhesion molecule 8）、Cebpa（CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), alpha）、Cebpb（CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), beta）、Cebpd（CCAAT/enhancer binding protein (C/EBP), delta）、CFD（complement factor D (adipsin) ）、Cfh（complement component factor h）、CFI（complement component factor i）、CFL1（cofilin 1, non-muscle）、CHAD（chondroadherin）、Chadl（chondroadherin-like）、CHAT（choline acetyltransferase）、CHEK1（checkpoint kinase 1）、Chek2（checkpoint kinase 2）、CHI3L1（chitinase 3 like 1）、Chrd（chordin）、CHRM2（cholinergic receptor, muscarinic 2, cardiac）、Chrna7（cholinergic receptor, nicotinic, alpha polypeptide 7）、CHRNB2（cholinergic receptor, nicotinic, beta polypeptide 2 (neuronal) ）、Chst11（carbohydrate sulfotransferase 11）、Chst4（carbohydrate sulfotransferase 4）、CIITA（class II transactivator）、Clcf1（cardiotrophin-like cytokine factor 1）、CLEC11A（Stem cell growth factor）、CLSTN2（calsyntenin 2）、
Clu（clusterin）、Cmklr1（chemokine-like receptor 1）、Cnmd（chondromodulin）、CNTF（Ciliary neurotrophic factor）、COL10A1（collagen, type X, alpha 1）、COL11A1（collagen, type XI, alpha 1）、COL11A2（collagen, type XI, alpha 2）、COL12A1（collagen, type XII, alpha 1）、COL14A1（collagen, type XIV, alpha 1）、COL15A1（collagen, type XV, alpha 1）、COL16A1（collagen, type XVI, alpha 1）、COL18A1（Collagen, type XVIII, alpha 1）、COL1A1（collagen, type I, alpha 1）、COL1A2（collagen, type I, alpha 2）、COL2A1（collagen, type II, alpha 1）、COL3A1（collagen, type III, alpha 1）、COL4A2（collagen, type IV, alpha 2）、COL4A3（Collagen, type IV, alpha 3 (Goodpasture antigen) ）、COL4A6（collagen, type IV, alpha 6）、COL5A1（collagen, type V, alpha 1）、COL6A1（collagen, type VI, alpha 1）、COL8A1（collagen, type VIII, alpha 1）、COL9A1（collagen, type IX, alpha 1）、COL9A2（collagen, type IX, alpha 2）、COL9A3（collagen, type IX, alpha 3）、Comp（cartilage oligomeric matrix protein）、Cr2（complement receptor 2）、Creb1（cAMP responsive element binding protein 1）、CRK（v-crk avian sarcoma virus CT10 oncogene homolog）、Crp（C-reactive protein, pentraxin-related）、Crppa（CDP-L-ribitol pyrophosphorylase A）、CryAB（crystallin, alpha B）、CSF1（colony stimulating factor 1 (macrophage)CSF2（colony stimulating factor 2 (granulocyte-macrophage)CSF3（colony stimulating factor 3 (granulocyte)Cst3（Cystatin C）、Ctbp1（C-terminal binding protein 1）、Ctbp2（C-terminal binding protein 2）、CTLA4（cytotoxic T-lymphocyte-associated protein 4）、Ctnnal1（catenin (cadherin associated protein), alpha-like 1）、CTNNB1（catenin (cadherin associated protein), beta 1）、CTNND1（catenin (cadherin associated protein), delta 1）、CTTN（cortactin）、Cx3cl1（chemokine (C-X3-C motif) ligand 1）、
Cx3cr1（chemokine (C-X3-C motif) receptor 1）、CXCL1（chemokine (C-X-C motif) ligand 1）、CXCL10（chemokine (C-X-C motif) ligand 10）、CXCL11（chemokine (C-X-C motif) ligand 11）、CXCL12（chemokine (C-X-C motif) ligand 12）、CXCL13（chemokine (C-X-C motif) ligand 13）、CXCL16（chemokine (C-X-C motif) ligand 16）、CXCL2（chemokine (C-X-C motif) ligand 2）、CXCL3（chemokine (C-X-C motif) ligand 3）、CXCL5（chemokine (C-X-C motif) ligand 5）、CXCL6（Granulocyte chemotactic protein2）、CXCL8（C-X-C motif chemokine ligand 8）、CXCL9（chemokine (C-X-C motif) ligand 9）、CXCR1（chemokine (C-X-C motif) receptor 1）、CXCR2（chemokine (C-X-C motif) receptor 2）、CXCR3（chemokine (C-X-C motif) receptor 3）、CXCR4（chemokine (C-X-C motif) receptor 4）、CXCR5（chemokine (C-X-C motif) receptor 5）、CXCR6（chemokine (C-X-C motif) receptor 6）、Cybb（cytochrome b-245, beta polypeptide）、Cygb（cytoglobin）、Cyp26b1（cytochrome P450, family 26, subfamily b, polypeptide 1）、DAPK3（death-associated protein kinase 3）、DCN（decorin）、Ddit3（DNA-damage inducible transcript 3）、Ddr2（discoidin domain receptor tyrosine kinase 2）、DDX58（DEAD/H box helicase 58）、DIAPH1（diaphanous related formin 1）、Dio2（deiodinase, iodothyronine, type II）、Dkk1（dickkopf WNT signaling pathway inhibitor 1）、Dlk1（delta like non-canonical Notch ligand 1）、Dlx5（distal-less homeobox 5）、DLX6（distal-less homeobox 6）、DPF1（D4, zinc and double PHD fingers family 1）、DPF3（D4, zinc and double PHD fingers, family 3）、DPP4（dipeptidylpeptidase 4）、Dpt（dermatopontin）、DRD2（dopamine receptor D2）、DSCAM（DS cell adhesion molecule）、E2f1（E2F transcription factor 1）、EBI3（Epstein-Barr virus induced gene 3）、EDIL3（EGF-like repeats and discoidin I-like domains 3）、EDN1（endothelin 1）、Efemp1（epidermal growth factor-containing fibulin-like extracellular matrix protein 1）、EFNB2（Ephrin-B2）、EGF（epidermal growth factor）、Egfr（epidermal growth factor receptor）、Egr2（early growth response 2）、Elane（elastase, neutrophil expressed）、Elf3（E74-like factor 3）、ENC1（ectodermal-neural cortex 1）、Eng（endoglin）、Enpp3（ectonucleotide pyrophosphatase/phosphodiesterase 3）、ENTPD1（ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 1）、EP300（E1A binding protein p300）、EPAS1（endothelial PAS domain protein 1）、Epcam（epithelial cell adhesion molecule）、Epha2（Eph receptor A2）、Ephb2（Eph receptor B2）、Ephb3（Eph receptor B3）、Ephx2（epoxide hydrolase 2, cytoplasmic）、Epo（erythropoietin）、Epyc（epiphycan）、ERBB2（"V-erb-b2 erythroblastic leukemia viral oncogene homolog 2, neuro/glioblastoma derived oncogene homolog (avian) "）、EXT1（exostosin glycosyltransferase 1）、EZR（ezrin）、F2（coagulation factor II）、F2r（coagulation factor II (thrombin) receptor）、F2rl1（coagulation factor II (thrombin) receptor-like 1F3（coagulation factor IIIF8（coagulation factor VIIIFabp4（fatty acid binding protein 4, adipocyteFAP（fibroblast activation proteinFAS（Fas (TNF receptor superfamily member 6)Fasl（Fas ligand (TNF superfamily, member 6)FASN（fatty acid synthase）、Fbxo5（F-box protein 5）、Fcer1a（Fc receptor, IgE, high affinity I, alpha polypeptide）、
FCER1G（Fc receptor, IgE, high affinity I, gamma polypeptide）、Fcgr1a（Fc fragment of IgG receptor Ia）、FCGR3B（Fc fragment of IgG receptor IIIa）、FGF1（fibroblast growth factor 1）、FGF10（fibroblast growth factor 10）、FGF19（Fibroblast growth factor 19）、FGF2（fibroblast growth factor 2）、FGF4（Fibroblast growth factor 4）、FGF6（Fibroblast growth factor 6）、FGF7（Fibroblast growth factor 7）、FGF9（Fibroblast growth factor 9 (glia-activating factor) ）、FGFR1（fibroblast growth factor receptor 1）、FGFR2（fibroblast growth factor receptor 2）、FGFR3（fibroblast growth factor receptor 3）、FGFR4（fibroblast growth factor receptor 4）、FLRT3（fibronectin leucine rich transmembrane protein 3）、FLT1（FMS-like tyrosine kinase 1）、FLT3LG（FMS-like tyrosine kinase 3 ligan）、FMOD（fibromodulin）、FN1（fibronectin 1）、FOXC2（forkhead box C2）、FOXD1（forkhead box D1）、FOXO1（forkhead box O1）、FOXO3（forkhead box O3）、FOXP3（forkhead box P3）、Fpr1（formyl peptide receptor 1）、Fpr2（formyl peptide receptor 2）、Frzb（frizzled-related protein）、FUT1（Fucosyltransferase 1 (galactoside 2-alpha-L-fucosyltransferase, H blood group) ）、FUT4（fucosyltransferase 4）、FZD9（Frizzled family receptor 9）、GABRA5（gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, subunit alpha 5）、GABRB2（gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, subunit beta 2）、GABRB3（gamma-aminobutyric acid (GABA) A receptor, subunit beta 3）、GAD1（glutamate decarboxylase 1）、GADD45A（growth arrest and DNA-damage-inducible 45 alpha）、Gal（galanin and GMAP prepropeptide）、GALNT5（polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 5）、GATA2（GATA binding protein 2）、GATA3（GATA binding protein 3）、GATA4（GATA binding protein 4）、GBX2（gastrulation brain homeobox 2）、Gdf10（growth differentiation factor 10）、GDF15（Growth differentiation factor 15）、GDF5（growth differentiation factor 5）、GDF6（growth differentiation factor 6）、GDF7（Growth differentiation factor 7）、GDNF（Glial cell derived neurotrophic factor）、Ghsr（growth hormone secretagogue receptor）、GLB1（galactosidase, beta 1）、Gli1（GLI-Kruppel family member GLI1）、GNLY（granulysin）、GPC3（glypican3）、
GPC4（glypican4）、GPI（Glucose-6-phosphate isomerase）、Gpm6b（glycoprotein m6b）、Gpr17（G protein-coupled receptor 17）、Gpx4（glutathione peroxidase 4）、Grem1（gremlin 1, DAN family BMP antagonist）、Grn（granulin）、GTF3A（General transcription factor IIIA）、GUSB（glucuronidase, beta）、Gypa（glycophorin A）、GZMB（granzyme B）、H2ac21（H2A clustered histone 21）、HAPLN1（hyaluronan and proteoglycan link protein 1）、HAS1（hyaluronan synthase 1）、HAT1（Histone acetyltransferase 1）、Havcr2（hepatitis A virus cellular receptor 2）、Hbegf（heparin-binding EGF-like growth factor）、Hck（hemopoietic cell kinase）、HDAC1（Histone deacetylase 1）、Hdac5（histone deacetylase 5）、Hdac7（histone deacetylase 7）、Hdac9（histone deacetylase 9）、Hes1（hes family bHLH transcription factor 1）、Hgf（hepatocyte growth factor）、Hif1a（hypoxia inducible factor 1, alpha subunit）、HLA-A（major histocompatibility complex, class I, A）、HLA-B（major histocompatibility complex, class I, B）、HLA-C（major histocompatibility complex, class I, C）、HLA-DMA（major histocompatibility complex, class II, DM alpha）、HLA-DMB（major histocompatibility complex, class II, DM beta）、HLA-DOA（major histocompatibility complex, class II, DO alpha）、HLA-DOB（major histocompatibility complex, class II, DO beta）、HLA-DPA1（major histocompatibility complex, class II, DP alpha 1）、HLA-DPB1（major histocompatibility complex, class II, DP beta 1）、HLA-DQA1（major histocompatibility complex, class II, DQ alpha 1）、HLA-DQA2（major histocompatibility complex, class II, DQ alpha 2）、HLA-DQB1（major histocompatibility complex, class II, DQ beta 1）、HLA-DQB2（major histocompatibility complex, class II, DQ bete 2）、HLA-DRA1（major histocompatibility complex, class II, DR alpha）、HLA-DRB1（major histocompatibility complex, class II, DR bete 1）、HLA-DRB5（major histocompatibility complex, class II, DR beta 5）、HLA-E（major histocompatibility complex, class I, E）、HLA-F（major histocompatibility complex, class I, F）、HLA-F-AS1（HLA-F antisense RNA 1）、HLA-G（major histocompatibility complex, class I, G）、Hmga2（high mobility group AT-hook 2）、Hmox1（heme oxygenase 1）、HNF1A（HNF1 homeobox A）、HPSE（Heparanase）、
Hras（Harvey rat sarcoma virus oncogene）、HSD11B1（hydroxysteroid 11-beta dehydrogenase 1）、HSF1（heat shock factor 1）、HSPA9（heat shock protein 9）、Hspd1（heat shock protein 1 (chaperonin) ）、Ibsp（integrin binding sialoprotein）、ICAM1（intercellular adhesion molecule 1）、ICAM2（intercellular cell adhesion molecule）、ICAM5（intercellular adhesion molecule 5, telencephalin）、ICOS（inducible T cell co-stimulator）、ICOSLG（icos ligand）、ID1（inhibitor of DNA binding 1, HLH protein）、ID2（inhibitor of DNA binding 2）、ID4（inhibitor of DNA binding 4）、IDO1（indoleamine 2,3-dioxygenase 1）、IDO2（indoleamine 2,3-dioxygenase 2）、IFI27（interferon, alpha-inducible protein 27）、IFI35（interferon-induced protein 35）、IFI44L（interferon-induced protein 44 like）、IFI6（interferon alpha inducible protein 6）、IFIH1（interferon induced with helicase C domain 1）、IFIT1（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 1）、IFIT2（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 2）、IFIT3（interferon-induced protein with tetratricopeptide repeats 3）、IFITM1（interferon induced transmembrane protein 1）、IFITM2（interferon induced transmembrane protein 2）、IFNA1（interferon alpha 1）、IFNA17（interferon alpha 17）、IFNA2（Interferon, alpha 2）、IFNAR1（interferon (alpha and beta) receptor 1）、IFNB1（interferon beta 1, fibroblast）、Ifng（interferon gamma）、Ifngr1（interferon gamma receptor 1）、Ifngr2（interferon gamma receptor 2）、IGF1（insulin-like growth factor 1）、IGF1R（insulin-like growth factor I receptor）、IGF2（insulin-like growth factor 2）、IGF2R（insulin-like growth factor 2 receptor）、IGFBP1（insulin-like growth factor binding protein 1）、IGFBP2（insulin-like growth factor binding protein 2）、IGFBP3（insulin-like growth factor binding protein 3）、IGFBP4（insulin-like growth factor binding protein 4）、IGFBP5（insulin-like growth factor binding protein 5）、IGFBP6（insulin-like growth factor binding protein 6）、IGFBP7（insulin-like growth factor binding protein 7）、Igsf11（immunoglobulin superfamily, member 11）、Ihh（Indian hedgehog）、IL10（interleukin 10）、IL10RA（interleukin 10 receptor, alpha）、IL11（Interleukin 11）、IL12A（interleukin 12a）、IL12B（interleukin 12b）、IL13（interleukin 13）、IL13RA2（interleukin 13 receptor subunit alpha 2）、IL15（interleukin 15）、IL16（interleukin 16）、IL17a（interleukin 17A）、IL17b（interleukin 17B）、IL17c（interleukin 17C）、IL17d（interleukin 17D）、
IL17f（interleukin 17F）、IL17ra（interleukin 17 receptor A）、IL17rb（interleukin 17 receptor B）、IL17rc（interleukin 17 receptor C）、IL17re（interleukin 17 receptor E）、IL18（interleukin 18）、IL18r1（interleukin 18 receptor 1）、IL18rap（interleukin 18 receptor accessory protein）、IL1a（interleukin 1 alpha）、IL1b（interleukin 1 beta）、IL1f10（interleukin 1 family, member 10）、IL1r1（interleukin 1 receptor, type I）、IL1r2（interleukin 1 receptor, type II）、IL1rap（interleukin 1 receptor accessory protein）、IL1rl1（interleukin 1 receptor-like 1）、IL1rl2（interleukin 1 receptor-like 2）、IL1rn（interleukin 1 receptor antagonist）、IL2（interleukin 2）、IL21（interleukin 21）、IL22（interleukin 22）、IL22ra2（interleukin 22 receptor, alpha 2）、IL23a（interleukin 23, alpha subunit p19）、IL23r（interleukin 23 receptor）、IL24（Interleukin 24）、IL25（interleukin 25）、IL27（interleukin 27）、IL2ra（interleukin 2 receptor, alpha chain）、IL2RB（interleukin 2 receptor, beta chain）、IL2RG（interleukin 2 receptor, gamma chain）、IL3（interleukin 3）、IL31ra（interleukin 31 receptor A）、IL33（interleukin 33）、IL34（interleukin 34）、IL3RA（interleukin 3 receptor, alpha chain）、IL4（interleukin 4）、IL5（interleukin 5）、IL5ra（interleukin 5 receptor, alpha）、IL6（interleukin 6）、IL6R（interleukin 6 receptor, alpha）、IL6ST（interleukin 6 signal transducer）、IL7（interleukin 7）、IL7R（interleukin 7 receptor）、IL9（interleukin 9）、ILK（integrin linked kinase）、INHBA（Inhibin, beta A）、INHBE（inhibin subunit beta E）、INS（Insulin）、INSC（INSC spindle orientation adaptor protein）、INSR（insulin receptor）、Irak2（interleukin-1 receptor-associated kinase 2）、IRF1（interferon regulatory factor 1）、IRF3（interferon regulatory factor 3）、IRF4（interferon regulatory factor 4）、IRF7（interferon regulatory factor 7）、IRF9（interferon regulatory factor 9）、IRS1（insulin receptor substrate 1）、IRS2（insulin receptor substrate 2）、ITGA1（integrin a1）、ITGA10（integrin, alpha 10）、ITGA11（integrin alpha 11）、ITGA2（integrin alpha 2）、ITGA2b（integrin alpha 2b）、
ITGA3（integrin a3）、ITGA4（integrin alpha 4）、ITGA5（integrin alpha 5）、ITGA6（integrin alpha 6）、ITGA7（integrin alpha 7）、ITGA8（integrin alpha 8）、ITGA9（integrin alpha 9）、ITGAD（integrin, alpha D）、ITGAE（integrin alpha E, epithelial-associated）、ITGAL（integrin alpha L）、ITGAM（integrin alpha M）、ITGAV（integrin alpha V）、ITGAX（integrin alpha X）、ITGB1（integrin beta 1 (fibronectin receptor beta) ）、ITGB2（integrin beta 2）、ITGB3（integrin beta 3）、ITGB4（integrin beta 4）、ITGB5（integrin b5）、ITGB6（integrin beta 6）、ITGB7（integrin beta 7）、ITGB8（integrin subunit beta 8）、Itih4（inter alpha-trypsin inhibitor, heavy chain 4）、JAG1（jagged 1）、JAG2（jagged 2）、JAK1（Janus kinase 1）、JAK2（Janus kinase 2）、JAKMIP3（janus kinase and microtubule interacting protein 3）、JCAD（junctional cadherin 5 associated）、JUN（jun proto-oncogene）、KAT2B（K(lysine) acetyltransferase 2B）、Kdr（kinase insert domain protein receptor）、KIF20B（kinesin family member 20B）、KIRREL3（kirre like nephrin family adhesion molecule 3）、Kit（KIT proto-oncogene receptor tyrosine kinase）、KITLG（kit ligand）、KLF15（Kruppel-like factor 15）、KLF2（Kruppel-like factor 2 (lung) ）、KLF3（Kruppel-like factor 3 (basic) ）、KLF4（Kruppel-like factor 4 (gut) ）、KLF5（Kruppel-like factor 5）、Klkb1（kallikrein B, plasma 1）、KLRG1（killer cell lectin-like receptor subfamily G, member 1）、Kng1（kininogen 1）、KRT1（keratin 1）、KRT18（keratin 18）、KRT8（Keratin 8）、L1CAM（L1 cell adhesion molecule）、LAMA1（laminin, alpha 1）、LAMA2（laminin, alpha 2）、LAMA3（laminin, alpha 3）、LAMA4（laminin, alpha 4）、LAMB1（laminin B1）、Lamp1（lysosomal-associated membrane protein 1）、Lamp2（lysosomal-associated membrane protein 2）、Lamtor2（late endosomal/lysosomal adaptor, MAPK and MTOR activator 2）、Lbp（lipopolysaccharide binding protein）、Lep（leptin）、Lgals1（lectin, galactose binding, soluble 1）、LGALS3（lectin, galactose binding, soluble 3）、Lgals9（lectin, galactose binding, soluble 9）、LIF（leukemia inhibitory factor）、LIMK1（LIM-domain containing, protein kinase）、LIPE（lipase, hormone sensitive）、Lmna（lamin A）、LMNB1（lamin B1）、LMNB2（lamin B2）、LOX（lysyl oxidase）、Lpl（lipoprotein lipase）、Lrp1（low density lipoprotein receptor-related protein 1）、Lrp5（low density lipoprotein receptor-related protein 5）、LRRTM2（leucine rich repeat transmembrane neuronal 2）、LSAMP（limbic system-associated membrane protein）、LSM5（LSM5 homolog, U6 small nuclear RNA and mRNA degradation associated）、Lta（lymphotoxin A）、Ltbp1（latent transforming growth factor beta binding protein 1）、Ly86（lymphocyte antigen 86）、Ly96（lymphocyte antigen 96）、Lyn（LYN proto-oncogene, Src family tyrosine kinase）、LYZ（lysozyme 1）、MAFK（v-maf musculoaponeurotic fibrosarcoma oncogene family, protein K (avian) ）、MAGEA1（melanoma antigen, family A, 1）、
MAGEA10（melanoma antigen family A, 10）、MAGEA12（MAGE family member A12）、MAGEA3（melanoma antigen, family A, 3）、MAGEA4（melanoma antigen, family A, 4）、MAP2（microtubule-associated protein 2）、MAP2K1（mitogen-activated protein kinase kinase 1）、MAPK1（mitogen-activated protein kinase 1）、MAPK14（mitogen-activated protein kinase 14）、MAPK3（mitogen-activated protein kinase 3）、MAPK8（mitogen-activated protein kinase 8）、MAPKAPK2（MAP kinase-activated protein kinase 2）、Matn1（matrilin 1, cartilage matrix protein）、Matn3（matrilin 3）、Matn4（matrilin 4）、MBP（myelin basic protein）、MCAM（melanoma cell adhesion molecule）、Mdk（midkine）、MEF2C（myocyte enhancer factor 2C）、Mefv（Mediterranean fever）、MEG3（maternally expressed 3）、MET（met proto-oncogene）、Mgll（monoglyceride lipase）、MICA（MHC class I polypeptide-related sequence A）、MICB（MHC class I polypeptide-related sequence B）、Mif（macrophage migration inhibitory factor）、Mir34a（microRNA 34a）、Mki67（antigen identified by monoclonal antibody Ki 67）、Mme（membrane metallo endopeptidase）、MMP1（matrix metallopeptidase 1）、MMP12（matrix metallopeptidase 12）、MMP13（matrix metallopeptidase 13）、MMP14（matrix metallopeptidase 14 (membrane-inserted) ）、MMP15（matrix metallopeptidase 15）、MMP16（matrix metallopeptidase 16）、MMP2（matrix metallopeptidase 2）、MMP25（matrix metallopeptidase 25）、MMP3（matrix metallopeptidase 3）、MMP7（matrix metallopeptidase 7）、MMP8（matrix metallopeptidase 8）、MMP9（matrix metallopeptidase 9）、Morc3（microrchidia 3）、MPO（myeloperoxidase）、Mrap（melanocortin 2 receptor accessory protein）、MST1（macrophage stimulating 1）、MSTN（Myostatin）、Msx1（msh homeobox 1）、Msx2（msh homeobox 2）、MX1（MX dynamin-like GTPase 1）、Myc（MYC proto-oncogene, bHLH transcription factor）、Myd88（myeloid differentiation primary response gene 88）、MYL9（myosin, light polypeptide 9, regulatory）、MYLK（myosin, light polypeptide kinase）、Nampt（nicotinamide phosphoribosyltransferase）、Nanog（Nanog homeobox）、NCAM（neural cell adhesion molecule 1）、NCOA2（nuclear receptor coactivator 2）、
Ncor2（nuclear receptor co-repressor 2）、NCR3LG1（natural killer cell cytotoxicity receptor 3 ligand 1）、NDP（Norrie disease (pseudoglioma) (human) ）、Ndst1（N-deacetylase/N-sulfotransferase (heparan glucosaminyl) 1）、NECTIN2（nectin cell adhesion molecule 2）、NES（Nestin）、NETO1（neuropilin (NRP) and tolloid (TLL)-like 1）、Neurog1（neurogenin 1）、NF1（neurofibromin 1）、Nfe2l1（nuclear factor, erythroid derived 2,-like 1）、Nfe2l2（nuclear factor, erythroid derived 2, like 2）、Nfkb1（nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells 1, p105）、Nfkbia（nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells inhibitor, alpha）、Nfkbid（nuclear factor of kappa light polypeptide gene enhancer in B cells inhibitor, delta）、NGF（Nerve growth factor (beta polypeptide) ）、NGFR（nerve growth factor receptor (TNFR superfamily, member 16) ）、Ninj1（ninjurin 1）、Nlrp12（NLR family, pyrin domain containing 12）、Nlrp3（NLR family, pyrin domain containing 3）、NODAL（Nodal homolog (mouse)）、Nog（noggin）、NOS1（nitric oxide synthase 1, inducible）、NOS2（nitric oxide synthase 2, inducible）、NOS3（Nitric oxide synthase 3 (endothelial cell) ）、NOTCH1（Notch 1）、Nox4（NADPH oxidase 4）、NR0B2（nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2）、Nr1d1（nuclear receptor subfamily 1, group D, member 1）、NR1H3（nuclear receptor subfamily 1, group H, member 3）、NR3C1（nuclear receptor subfamily 3, group C, member 1）、NRF1（nuclear respiratory factor 1）、NRG1（Neuregulin 1）、NRGN（neurogranin）、NRP1（neuropilin 1）、NRP2（Neuropilin 2）、NT5E（5' nucleotidase, ecto）、NTF3（Neurotrophin 3）、NTF4（Neurotrophin 4）、NTN4（netrin 4）、Ntrk1（neurotrophic tyrosine kinase, receptor, type 1）、NUDT6（Nudix (nucleoside diphosphate linked moiety X)-type motif 6）、Ogn（osteoglycin）、Olr1（oxidized low density lipoprotein (lectin-like) receptor 1）、Orm1（orosomucoid 1）、Orm2（orosomucoid 2）、Osm（oncostatin M）、Otor（otoraplin）、OXTR（oxytocin receptor）、P2rx7（purinergic receptor P2X, ligand-gated ion channel, 7）、Pak1（p21 (RAC1) activated kinase 1）、PAK4（p21 (RAC1) activated kinase 4）、
PAM（peptidylglycine alpha-amidating monooxygenase）、Parp4（poly (ADP-ribose) polymerase family, member 4）、PCM1（pericentriolar material 1）、PCNA（proliferating cell nuclear antigen）、PDCD1（programmed cell death 1）、Pdcd1lg2（programmed cell death 1 ligand 2）、PDGFA（platelet derived growth factor, alpha）、PDGFb（platelet derived growth factor, B polypeptide）、PDGFRA（platelet derived growth factor receptor, alpha polypeptide）、PDGFRB（platelet derived growth factor receptor, beta polypeptide）、PECAM1（platelet/endothelial cell adhesion molecule 1）、PENK（preproenkephalin）、PF4（Platelet factor 4）、PGF（Placental growth factor）、Pglyrp1（peptidoglycan recognition protein 1）、Phex（phosphate regulating endopeptidase homolog, X-linked）、PHOX2A（paired-like homeobox 2a）、PIGF（phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class F）、PIGS（Phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis, class S）、PIK3CA（phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha）、Pik3cd（phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta）、Pik3cg（phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit gamma）、Pknox1（Pbx/knotted 1 homeobox）、Pla2g2d（phospholipase A2, group IID）、Pla2g5（phospholipase A2, group V）、Pla2g7（phospholipase A2, group VII (platelet-activating factor acetylhydrolase, plasma) ）、PLAT（plasminogen activator, tissue type）、PLAU（plasminogen activator, urokinase）、PLAUR（plasminogen activator, urokinase receptor）、PLCG1（phospholipase C, gamma 1）、PLD1（phospholipase D1）、PLG（plasminogen）、Plin1（perilipin 1）、Pml（PML nuclear body scaffold）、POT1（protection of telomeres 1A）、Pou4f1（POU domain, class 4, transcription factor 1）、POU5F1（POU class 5 homeobox 1）、PPARA（peroxisome proliferator activated receptor alpha）、Ppard（peroxisome proliferator activator receptor delta）、Pparg（peroxisome proliferator activated receptor gamma）、Ppargc1a（peroxisome proliferative activated receptor, gamma, coactivator 1 alpha）、PPARGC1B（peroxisome proliferative activated receptor, gamma, coactivator 1 beta）、Ppbp（pro-platelet basic protein）、Prdm16（PR domain containing 16）、PRDX4（peroxiredoxin 4）、PRF1（perforin 1 (pore forming protein)Prg4（proteoglycan 4 (megakaryocyte stimulating factor, articular superficial zone protein)Prkca（protein kinase C, alpha）、Prkcd（protein kinase C, delta）、Prkcz（protein kinase C, zeta）、PRL（Prolactin）、PROCR（protein C receptor, endothelial）、PROK1（Prokineticin 1）、PROK2（Prokineticin 2）、PROM1（Prominin 1）、Pspn（Persefin）、Ptafr（platelet-activating factor receptor）、
PTEN（phosphatase and tensin homolog）、PTGES（prostaglandin E synthase）、Ptgfr（prostaglandin F receptor）、Ptgis（prostaglandin I2 (prostacyclin) synthase）、Ptgs1（prostaglandin-endoperoxide synthase 1）、Ptgs2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2）、Pthlh（parathyroid hormone-like peptide）、Ptk2（PTK2 protein tyrosine kinase 2）、Ptn（pleiotrophin）、PTPRC（protein tyrosine phosphatase, receptor type, C）、PTX3（pentraxin related gene）、Pvr（poliovirus receptor）、pxn（paxillin）、Pycard（PYD and CARD domain containing）、RAB8A（RAB8A, member RAS oncogene family）、RAC1（Rac family small GTPase 1）、Rara（retinoic acid receptor, alpha）、RASA1（RAS p21 protein activator 1）、RB1（RB transcriptional corepressor 1）、Rbl1（RB transcriptional corepressor like 1）、Reg3a（regenerating islet-derived 3 alpha）、Reg3g（regenerating islet-derived 3 gamma）、Rel（reticuloendotheliosis oncogene）、Rela（v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (avian) ）、Retn（resistin）、RHO（rhodopsin）、Rhoa（ras homolog family member A）、RHOB（ras homolog family member B）、RND3（Rho family GTPase 3）、robo1（roundabout guidance receptor 1）、ROBO3（roundabout guidance receptor 3）、Rock1（Rho associated coiled-coil containing protein kinase 1）、Rock2（Rho associated coiled-coil containing protein kinase 2）、Ror2（receptor tyrosine kinase-like orphan receptor 2）、RORC（RAR-related orphan receptor gamma）、ROS1（Ros1 proto-oncogene）、Rpl13a（ribosomal protein L13A）、Runx1t1（RUNX1 translocation partner 1）、Runx2（runt related transcription factor 2）、RXRA（retinoid X receptor alpha）、S100a8（S100 calcium binding protein A8 (calgranulin A) ）、S100a9（S100 calcium binding protein A9 (calgranulin B) ）、S1P3（sphingosine-1-phosphate receptor 3）、S1PR1（Sphingosine-1-phosphate receptor 1）、Saa4（serum amyloid A 4）、Scgb1a1（secretoglobin, family 1A, member 1 (uteroglobin) ）、SCN1B（sodium channel, voltage-gated, type I, beta）、SCN3B（sodium channel, voltage-gated, type III, beta）、SDC2（syndecan2）、SDC3（syndecan3）、Sele（selectin, endothelial cell）、SELL（selectin, lymphocyte）、Selp（selectin, platelet）、selplg（selectin, platelet (p-selectin) ligand）、SEMA3A（sema domain, immunoglobulin domain (Ig), short basic domain, secreted, (semaphorin) 3A）、Sema7a（sema domain, immunoglobulin domain (Ig), and GPI membrane anchor, (semaphorin) 7A）、SERPINA1（serpin family A member 1）、SERPINB5（serpin family B member 5）、SERPINC1（Serpin peptidase inhibitor, clade C (antithrombin), member 1）、Serpine1（serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade E, member 1）、SERPINF1（"Serpin peptidase inhibitor, clade F (alpha-2 antiplasmin, pigment epithelium derived factor), member 1"）、
Serpinf2（serine (or cysteine) peptidase inhibitor, clade F, member 2）、SERPINH1（serpin family H member 1）、Sfrp1（secreted frizzled-related protein 1）、SFRP5（secreted frizzled-related sequence protein 5）、SH2B2（SH2B adaptor protein 2）、SH3PXD2A（SH3 and PX domains 2A）、SHB（src homology 2 domain-containing transforming protein B）、SHBG（sex hormone binding globulin）、SHH（sonic hedgehog）、Shox2（short stature homeobox 2）、Sigirr（single immunoglobulin and toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain）、SIRT1（sirtuin 1）、SIRT2（sirtuin 2）、SIRT3（sirtuin 3）、SIRT6（sirtuin 6）、SLC17A5（Solute carrier family 17 (anion/sugar transporter), member 5）、SLC1A3（solute carrier family 1 (glial high affinity glutamate transporter), member 3）、Slc2a4（solute carrier family 2 (facilitated glucose transporter), member 4）、Slc3a2（solute carrier family 3 (activators of dibasic and neutral amino acid transport), member 2）、Slc7a5（solute carrier family 7 member 5）、SLC9A6（solute carrier family 9 (sodium/hydrogen exchanger), member 6）、SLIT3（slit guidance ligand 3）、Slitrk6（SLIT and NTRK-like family, member 6）、SMAD1（SMAD family member 1）、SMAD2（SMAD family member 2）、SMAD3（SMAD family member 3）、SMAD4（SMAD family member 4）、SMAD5（SMAD family member 5）、SMAD6（SMAD family member 6）、SMAD7（SMAD family member 7）、Smurf1（SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 1）、SMURF2（SMAD specific E3 ubiquitin protein ligase 2）、SNAI1（snail family transcriptional repressor 1）、Snai2（snail family zinc finger 2）、SNCA（synuclein, alpha）、Snx19（sorting nexin 19）、Socs3（suppressor of cytokine signaling 3）、Socs5（suppressor of cytokine signaling 5）、Sod1（superoxide dismutase 1, soluble）、Sort1（sortilin 1）、Sost（sclerostin）、SOX2（SRY (sex determining region Y)-box 2）、SOX4（SRY (sex determining region Y)-box 4）、SOX5（SRY (sex determining region Y)-box 5）、SOX6（SRY (sex determining region Y)-box 6）、SOX9（SRY (sex determining region Y)-box 9）、SP1（Sp1 transcription factor）、Sp7（Sp7 transcription factor 7）、Sparc（secreted acidic cysteine rich glycoprotein）、SPG7（SPG7, paraplegin matrix AAA peptidase subunit）、SPHK1（Sphingosine kinase 1）、Spn（sialophorin）、SPON2（spondin 2, extracellular matrix protein）、Spp1（secreted phosphoprotein 1）、SPTBN5（spectrin beta, non-erythrocytic 5）、SRC（Rous sarcoma oncogene）、Srebf1（sterol regulatory element binding transcription factor 1）、ST3GAL2（ST3 beta-galactoside alpha-2,3-sialyltransferase 2）、ST6GAL1（beta galactoside alpha 2,6 sialyltransferase 1）、
Stab1（stabilin 1）、STAT1（signal transducer and activator of transcription 1）、STAT3（signal transducer and activator of transcription 3）、STAT4（signal transducer and activator of transcription 4）、STAT5a（signal transducer and activator of transcription 5A）、STAT5b（signal transducer and activator of transcription 5B）、STAT6（signal transducer and activator of transcription 6）、STC1（stanniocalcin 1）、STMN3（stathmin-like 3）、HSPA8（heat shock protein 8）、SVIL（supervillin）、Syk（spleen tyrosine kinase）、SYNGR1（synaptogyrin 1）、TAZ（tafazzin）、Tbx2（T-box 2）、TBX21（T-box 21）、Tbx3（T-box 3）、TBX5（T-box 5）、Tcf7l2（transcription factor 7 like 2, T cell specific, HMG box）、Tek（TEK receptor tyrosine kinase）、TENM2（teneurin transmembrane protein 2）、TERF1（telomeric repeat binding factor 1）、Terf2（telomeric repeat binding factor 2）、Tert（telomerase reverse transcriptase）、TFAM（transcription factor A, mitochondrial）、TFRC（transferrin receptor）、TGFA（Transforming growth factor, alpha）、Tgfb1（transforming growth factor, beta 1）、Tgfb2（transforming growth factor, beta 2）、TGFb3（transforming growth factor, beta 3）、TGFBR1（transforming growth factor, beta receptor I）、TGFBR2（transforming growth factor, beta receptor II）、TGFBR3（transforming growth factor, beta receptor III）、TGIF1（TGFB induced factor homeobox 1）、TGM2（transglutaminase 2, C polypeptide）、Thbs1（thrombospondin 1）、THBS2（thrombospondin 2）、THPO（Thrombopoietin）、THY1（Thy-1 cell surface antigen）、TIE1（Tyrosine kinase with immunoglobulin-like and EGF-like domains 1）、TIGIT（T cell immunoreceptor with Ig and ITIM domains）、TIMP1（tissue inhibitor of metalloproteinase 1）、TIMP2（tissue inhibitor of metalloproteinase 2）、TIMP3（tissue inhibitor of metalloproteinase 3）、TIMP4（tissue inhibitor of metalloproteinase 4）、Tirap（toll-interleukin 1 receptor (TIR) domain-containing adaptor protein）、Tlr1（toll-like receptor 1）、
Tlr2（toll-like receptor 2）、Tlr3（toll-like receptor 3）、Tlr4（toll-like receptor 4）、Tlr5（toll-like receptor 5）、Tlr6（toll-like receptor 6）、Tlr7（toll-like receptor 7）、Tlr8（toll-like receptor 8）、Tlr9（toll-like receptor 9）、TMEM33（transmembrane protein 33）、TMSB15A（thymosin beta 15a）、TNC（tenascin C）、Tnf（tumor necrosis factor）、Tnfaip3（tumor necrosis factor, alpha-induced protein 3）、Tnfaip6（tumor necrosis factor alpha induced protein 6）、TNFAIP8（tumor necrosis factor, alpha-induced protein 8）、TNFRSF10C（TNF receptor superfamily member 10c）、TNFRSF10D（TNF receptor superfamily member 10c）、Tnfrsf11b（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 11b）、Tnfrsf14（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 14 (herpesvirus entry mediator) ）、TNFRSF17（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 17）、TNFRSF18（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 18）、Tnfrsf1a（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1a）、Tnfrsf1b（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 1b）、Tnfrsf4（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 4）、TNFRSF9（tumor necrosis factor receptor superfamily, member 9）、Tnfsf10（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 10）、Tnfsf11（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 11）、TNFSF13（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 13）、TNFSF13B（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 13b）、Tnfsf14（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 14）、Tnfsf15（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 15）、Tnfsf18（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 18）、Tnfsf4（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 4）、Tnfsf8（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 8）、Tnfsf9（tumor necrosis factor (ligand) superfamily, member 9）、Tollip（toll interacting protein）、TRA（T cell receptor alpha locus）、Traf6（TNF receptor-associated factor 6）、TRB（T cell receptor beta locus）、Trem1（triggering receptor expressed on myeloid cells 1）、Trem2（triggering receptor expressed on myeloid cells 2）、TRIM3（tripartite motif-containing 3）、Trp53（transformation related protein 53）、Trp53bp1（transformation related protein 53 binding protein 1）、Trpv1（transient receptor potential cation channel, subfamily V, member 1）、Tsc2（TSC complex subunit 2）、
TSC22D3（TSC22 domain family, member 3）、Tslp（thymic stromal lymphopoietin）、Twist1（twist basic helix-loop-helix transcription factor 1）、Twist2（twist basic helix-loop-helix transcription factor 2）、TXNIP（thioredoxin interacting protein）、TYMP（Thymidine phosphorylase）、Ucp1（uncoupling protein 1 (mitochondrial, proton carrier)Uts2（urotensin 2）、VASH1（vasohibin 1）、VASP（vasodilator-stimulated phosphoprotein）、VCAM1（vascular cell adhesion molecule 1）、Vcan（versican）、vcl（vinculin）、VDR（vitamin D (1,25-dihydroxyvitamin D3) receptor）、Vegfa（vascular endothelial growth factor A）、VEGFB（Vascular endothelial growth factor B）、VEGFC（vascular endothelial growth factor C）、VEGFD（vascular endothelial growth factor D）、VIM（Vimentin）、VPS13A（vacuolar protein sorting 13A）、VPS13C（vacuolar protein sorting 13C）、Vsir（V-set immunoregulatory receptor）、Vtcn1（V-set domain containing T cell activation inhibitor 1）、VTN（vitronectin）、VWA5A（von Willebrand factor A domain containing 5A）、VWF（Von Willebrand factor）、WEE1（WEE 1 homolog 1 (S. pombe)WIPF1（WAS/WASL interacting protein family, member 1）、Wnt1（wingless-type MMTV integration site family, member 1）、Wnt10b（wingless-type MMTV integration site family, member 10B）、Wnt3a（wingless-type MMTV integration site family, member 3A）、Wnt5a（wingless-type MMTV integration site family, member 5A）、Wnt5b（wingless-type MMTV integration site family, member 5B）、Wrn（Werner syndrome RecQ like helicase）、Xcl1（chemokine (C motif) ligand 1）、Xcr1（chemokine (C motif) receptor 1）、Ywhaz（tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, zeta polypeptide）、Zfp36（zinc finger protein 36）、ZFP42（Zinc finger protein 42 homolog (mouse) ）、Zhx3（zinc fingers and homeoboxes 3）、Zmpste24（zinc metallopeptidase, STE24）、ZNF25（zinc finger protein 25）、ACTC1（actin, alpha, cardiac muscle 1）、AFF3（AF4/FMR2 family, member 3）、AGMO（alkylglycerol monooxygenase）、AHNAK2（AHNAK nucleoprotein 2）、AK4（adenylate kinase 4）、AKR1C1（aldo-keto reductase family 1, member C1）、ANKRD1（ankyrin repeat domain 1 (cardiac muscle) ）、ANXA10（annexin A10）、B3GALT2（UDP-Gal:betaGlcNAc beta 1,3-galactosyltransferase 2）、BST2（bone marrow stromal cell antigen 2）、C1orf198（chromosome 1 open reading frame 198）、C2orf88（chromosome 2 open reading frame 88）、CCND2（cyclin D2）、CEMIP（cell migration inducing protein, hyaluronan binding）、
CHAC1（ChaC glutathione-specific gamma-glutamylcyclotransferase 1）、CHRNA1（cholinergic receptor, nicotinic alpha 1）、CLDN1（claudin 1）、CLDN11（claudin 11）、CNIH3（cornichon family AMPA receptor auxiliary protein 3）、CNN1（calponin 1, basic, smooth muscle）、CSGALNACT1（chondroitin sulfate N-acetylgalactosaminyltransferase 1）、CTSS（cathepsin S）、CYP1B1（cytochrome P450, family 1, subfamily B, polypeptide 1）、DAPK1（death-associated protein kinase 1）、DDIT4（DNA damage inducible transcript 4）、DIRAS3（DIRAS family, GTP-binding RAS-like 3）、EBF2（early B-cell factor 2）、ELN（elastin）、ESM1（endothelial cell-specific molecule 1）、ETV1（ets variant 1）、FABP3（fatty acid binding protein 3, muscle and heart）、FHL1（four and a half LIM domains 1）、FLG（filaggrin）、FOSB（FBJ murine osteosarcoma viral oncogene homolog B）、GBP4（guanylate binding protein 4）、GBP5（guanylate binding protein 5）、GFRA1（GDNF family receptor alpha 1）、HAS2（hyaluronan synthase 2）、HHIP（hedgehog interacting protein）、H2AC8（histone cluster 1, H2ae）、H2ac7（histone cluster 1, H2ad）、H3C4（histone cluster 1, H3d）、H3C8（histone cluster 1, H3g）、HSPB6（heat shock protein, alpha-crystallin-related, B6）、IL18BP（interleukin 18 binding protein）、IL32（interleukin 32）、Acod1（immunoresponsive 1 homolog (mouse) ）、KCTD16（potassium channel tetramerization domain containing 16）、KLF10（Kruppel-like factor 10）、KRT34（keratin 34, type I）、KRTAP1-1（keratin associated protein 1-1）、KRTAP1-5（keratin associated protein 1-5）、LMOD1（leiomodin 1 (smooth muscle) ）、LRIG3（leucine-rich repeats and immunoglobulin-like domains 3）、LRRC15（leucine rich repeat containing 15）、LRRC17（leucine rich repeat containing 17）、LYPD6B（LY6/PLAUR domain containing 6B）、MALL（mal, T-cell differentiation protein-like）、MFAP4（microfibrillar associated protein 4）、MKX（mohawk homeobox）、MYCT1（myc target 1）、NEFM（neurofilament, medium polypeptide）、NFASC（neurofascin）、NFATC2（nuclear factor of activated T-cells, cytoplasmic, calcineurin-dependent 2）、NTSR1（neurotensin receptor 1 (high affinity) ）、OAS1（2-5-oligoadenylate synthetase 1）、PHLDA1（pleckstrin homology-like domain, family A, member 1）、PITX2（paired-like homeodomain 2）、PREX1（phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate-dependent Rac exchange factor 1）、PSAT1（phosphoserine aminotransferase 1）、PSG9（pregnancy specific beta-1-glycoprotein 9）、RAB27B（RAB27B, member RAS oncogene family）、
RCAN2（regulator of calcineurin 2）、RDH5（retinol dehydrogenase 5 (11-cis/9-cis) ）、RGCC（regulator of cell cycle）、RIMS1（regulating synaptic membrane exocytosis 1）、RORA（RAR-related orphan receptor A）、RPL12（Zhang2013 ALT_ACCEPTOR, ALT_DONOR, coding, INTERNAL, intronic best transcript NM_000976）、RSAD2（radical S-adenosyl methionine domain containing 2）、SCRG1（stimulator of chondrogenesis 1）、SERPINB2（serpin peptidase inhibitor, clade B (ovalbumin), member 2）、SLAMF8（SLAM family member 8）、SLC14A1（solute carrier family 14 (urea transporter), member 1 (Kidd blood group) ）、SLC38A1（solute carrier family 38, member 1）、SYT1（synaptotagmin I）、TFPI2（tissue factor pathway inhibitor 2）、THBS4（thrombospondin 4）、TINAGL1（tubulointerstitial nephritis antigen-like 1）、TMEM130（transmembrane protein 130）、TNMD（tenomodulin）、UBD（ubiquitin D）、VIT（vitrin）、XG（Xg blood group; Xg pseudogene, Y-linked 2）、GAPDH（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase）、CMRF-56
【0111】
（２）特定遺伝子の除去
上記の（１）で選択した遺伝子のうちＣＭＲＦ－５６は樹状細胞マーカーのため除去した。イルミナ社にＰｒｉｍｅｒを発注する際、イルミナ社で販売していない遺伝子が１８遺伝子あったことからこれを除去した。この１８遺伝子は以下の通りである。
HLA-DRB5、NTF4、UTS2、MIF、CD24、CD70、IL17D、C2ORF88、HLA-DQB1、CEMIP、CD165、TRA、TRB、XCL1、ACOD1、CCR10、CXCR3、MIR34A
上記の（１）で選択した遺伝子のうちＣＭＲＦ－５６は樹状細胞マーカーのため除去した。イルミナ社にＰｒｉｍｅｒを発注する際、イルミナ社で販売していない遺伝子が１８遺伝子あったことからこれを除去した。この１８遺伝子は以下の通りである。
HLA-DRB5、NTF4、UTS2、MIF、CD24、CD70、IL17D、C2ORF88、HLA-DQB1、CEMIP、CD165、TRA、TRB、XCL1、ACOD1、CCR10、CXCR3、MIR34A
【0112】
（３）２種類のＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔの作製
以下の２種類のＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔを作製した。
・高発現遺伝子を含むＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔ
・高発現遺伝子を除外したＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔ
以下の２種類のＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔを作製した。
・高発現遺伝子を含むＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔ
・高発現遺伝子を除外したＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔ
【0113】
ＣＭＲＦ－５６と上記１８遺伝子を除く１１８１遺伝子のうち３８遺伝子について、高発現のため別の遺伝子への置換を検討した。高発現遺伝子がＰｒｉｍｅｒ Ｓｅｔに含まれる場合、それら遺伝子のリードカウントに占める率が多くなってしまうことを懸念し、高発現遺伝子を含まないＰｒｉｍｅｒ Ｓｅｔ（１１４３遺伝子）と、高発現遺伝子を含むＰｒｉｍｅｒ Ｓｅｔ（１１８１遺伝子）の２種類を作製した。高発現遺伝子３８種類は、以下である。
【0114】
ACTB、Ahsg、B2M、Bsg、C3、Calr、CD63、CFL1、Clu、COL6A1
CTNNB1、FASN、FN1、GPC3、GPI、HLA-A、HLA-B、Hspd1、IGFBP3、IGFBP4
IGFBP5、KRT18、KRT8、Lgals1、Mki67、Nfe2l1、SERPINA1、SERPINH1、Slc7a5、Sparc
HSPA8、TFRC、THBS2、TIMP2、TNC、VIM、Ywhaz、GAPDH
CTNNB1、FASN、FN1、GPC3、GPI、HLA-A、HLA-B、Hspd1、IGFBP3、IGFBP4
IGFBP5、KRT18、KRT8、Lgals1、Mki67、Nfe2l1、SERPINA1、SERPINH1、Slc7a5、Sparc
HSPA8、TFRC、THBS2、TIMP2、TNC、VIM、Ywhaz、GAPDH
【0115】
実施例８：遺伝子発現の測定
（１）逆転写
Ａｍｐｌｉｓｅｑ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００２２６５４）を用いた。メーカープロトコルに従い、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｃＤＮＡ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｉｘ、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ＲＴ Ｅｎｚｙｍｅｒ Ｍｉｘ、及び、調整済みのｍＲＮＡを混合した。これをサーマルサイクラーにセットし、ＲＴ反応を行った。（４２℃、３０分を１サイクル、続いて８５℃、５分を１サイクル、その後１０℃に維持し完了）
（１）逆転写
Ａｍｐｌｉｓｅｑ ｃＤＮＡ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００２２６５４）を用いた。メーカープロトコルに従い、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｃＤＮＡ Ｒｅａｃｔｉｏｎ Ｍｉｘ、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ＲＴ Ｅｎｚｙｍｅｒ Ｍｉｘ、及び、調整済みのｍＲＮＡを混合した。これをサーマルサイクラーにセットし、ＲＴ反応を行った。（４２℃、３０分を１サイクル、続いて８５℃、５分を１サイクル、その後１０℃に維持し完了）
【0116】
（２）ＰＣＲ反応（１回目）
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｃｕｓｔｏｍ ＲＮＡ Ｐａｎｅｌ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００２０４９６）、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１９１０２）を用いた。メーカープロトコルに従い、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ＨｉＦｉ Ｍｉｘ、ＡｍｐｌｉＳｅｑ Ｃｕｓｔｏｍ ＲＮＡ Ｐａｎｅ、ｃＤＮＡを混合し、サーマルサイクラーにセットし、ＰＣＲ反応を行った。（９９℃、２分を１サイクル、９９℃、１５秒、続いて６０℃、８分を１５サイクル、その後１０℃に維持し完了）
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｃｕｓｔｏｍ ＲＮＡ Ｐａｎｅｌ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００２０４９６）、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１９１０２）を用いた。メーカープロトコルに従い、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ＨｉＦｉ Ｍｉｘ、ＡｍｐｌｉＳｅｑ Ｃｕｓｔｏｍ ＲＮＡ Ｐａｎｅ、ｃＤＮＡを混合し、サーマルサイクラーにセットし、ＰＣＲ反応を行った。（９９℃、２分を１サイクル、９９℃、１５秒、続いて６０℃、８分を１５サイクル、その後１０℃に維持し完了）
【0117】
（３）アンプリコンの部分消化
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１９１０２）を用いた。ＰＣＲ反応液にＦｕＰａ Ｒｅａｇｅｎｔを添加し、混合したのち、サーマルサイクラーにセットし反応を行った。（５０℃、１０分、５５℃、１０分、６２℃、２０分を各１サイクル。その後１０℃に維持し完了）
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１９１０２）を用いた。ＰＣＲ反応液にＦｕＰａ Ｒｅａｇｅｎｔを添加し、混合したのち、サーマルサイクラーにセットし反応を行った。（５０℃、１０分、５５℃、１０分、６２℃、２０分を各１サイクル。その後１０℃に維持し完了）
【0118】
（４）インデックスアダプターのライゲーション
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１９１０２）、および、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＣＤ Ｉｎｄｅｘｅｓ Ｓｅｔ Ａ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００２９１０５）を用いた。前工程のあと、速やかにＳｗｉｔｃｈ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ＣＤ ｉｎｄｅｘｓ、ＤＮＡ Ｌｉｇａｓｅの順に添加した。混合後、サーマルサイクラーにセットしライゲーション反応を行った。（２２℃、３０分、６８℃、５分、７２℃、５分を各１サイクル。その後１０℃に維持し完了）
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１９１０２）、および、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＣＤ Ｉｎｄｅｘｅｓ Ｓｅｔ Ａ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００２９１０５）を用いた。前工程のあと、速やかにＳｗｉｔｃｈ Ｓｏｌｕｔｉｏｎ、ＡｍｐｌｉＳｅｑ ＣＤ ｉｎｄｅｘｓ、ＤＮＡ Ｌｉｇａｓｅの順に添加した。混合後、サーマルサイクラーにセットしライゲーション反応を行った。（２２℃、３０分、６８℃、５分、７２℃、５分を各１サイクル。その後１０℃に維持し完了）
【0119】
（５）精製
ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ ４５０ｍＬ Ｋｉｔ（ＢＥＣＫＭＡＮ ＣＯＵＬＴＥＲ、Ａ６３８８２）を用いた。ライゲーション反応液にＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズを添加し攪拌したのち、室温で５分静置した。マグネットスタンドにセットし、２分間静置後、上清を除去した。７０％エタノールを添加し、３０秒静置後、上清を除去した。これを２回繰り返した。１０分間風乾した。
ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ ４５０ｍＬ Ｋｉｔ（ＢＥＣＫＭＡＮ ＣＯＵＬＴＥＲ、Ａ６３８８２）を用いた。ライゲーション反応液にＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズを添加し攪拌したのち、室温で５分静置した。マグネットスタンドにセットし、２分間静置後、上清を除去した。７０％エタノールを添加し、３０秒静置後、上清を除去した。これを２回繰り返した。１０分間風乾した。
【0120】
（６）ＰＣＲ反応（２回目）
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳを用いた。Ｌｉｂ Ａｍｐ Ｍｉｘ、Ｌｉｂｒａｒｙ Ａｍｐ Ｐｒｉｍｅｒｓを混合し、精製後サンプルに添加し攪拌した。サーマルサイクラーにセットし、ＰＣＲ反応を行い、ライブラリを作製した。（９８℃、２分を１サイクル、９８℃、１５秒、６４℃、１分を７サイクル。その後１０℃に維持し完了）
ＡｍｐｌｉＳｅｑ ｆｏｒ Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｌｉｂｒａｒｙ ＰＬＵＳを用いた。Ｌｉｂ Ａｍｐ Ｍｉｘ、Ｌｉｂｒａｒｙ Ａｍｐ Ｐｒｉｍｅｒｓを混合し、精製後サンプルに添加し攪拌した。サーマルサイクラーにセットし、ＰＣＲ反応を行い、ライブラリを作製した。（９８℃、２分を１サイクル、９８℃、１５秒、６４℃、１分を７サイクル。その後１０℃に維持し完了）
【0121】
（７）精製
ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ ４５０ ｍＬ Ｋｉｔを用いて精製した。ＰＣＲ反応液にＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズを添加し攪拌したのち、室温で５分静置した。マグネットスタンドにセットし、５分間静置後、上清を除去した。７０％エタノールを添加し、３０秒静置後、上清を除去した。これを２回繰り返した。これを５分間風乾した。マグネットスタンドより取りはずし、Ｌｏｗ ＴＥを添加し、攪拌した。マグネットスタンドにセットし、５分静置した。上清を回収し、ＮＧＳライブラリとした。
ＡＭＰｕｒｅ ＸＰ ４５０ ｍＬ Ｋｉｔを用いて精製した。ＰＣＲ反応液にＡＭＰｕｒｅ ＸＰビーズを添加し攪拌したのち、室温で５分静置した。マグネットスタンドにセットし、５分間静置後、上清を除去した。７０％エタノールを添加し、３０秒静置後、上清を除去した。これを２回繰り返した。これを５分間風乾した。マグネットスタンドより取りはずし、Ｌｏｗ ＴＥを添加し、攪拌した。マグネットスタンドにセットし、５分静置した。上清を回収し、ＮＧＳライブラリとした。
【0122】
（８）定量
ＫＡＰＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＫＡＰＡ ＢＩＯＳＹＳＴＥＭＳ）を用いた。ＮＧＳライブラリを濃度調整し、ＫＡＰＡ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘと混合した。Ｓｔａｎｄａｒｄも同様にＫＡＰＡ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘと混合した。ＣＦＸ９６ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＳｙｓｔｅｍにてｑＰＣＲを行い、定量した。
ＫＡＰＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ Ｋｉｔ（ＫＡＰＡ ＢＩＯＳＹＳＴＥＭＳ）を用いた。ＮＧＳライブラリを濃度調整し、ＫＡＰＡ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘと混合した。Ｓｔａｎｄａｒｄも同様にＫＡＰＡ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘと混合した。ＣＦＸ９６ Ｒｅａｌ－Ｔｉｍｅ ＳｙｓｔｅｍにてｑＰＣＲを行い、定量した。
【0123】
（９）シークエンス
ＰｈｉＸ Ｃｏｎｔｒｏｌ ｋｉｔ ｖ３（Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＴＧ－１１０－３００１）を用いた。ライブラリを希釈し、０．２Ｎ ＮａＯＨ溶液を添加してｓｓＤＮＡに変性させた。ここにＨＴ１を添加した。ＰｈｉＸコントロールＤＮＡも同様に変性させた。これらをキットの試薬カートリッジに添加し、ＭｉＳｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）にてシークエンスを行った。
ＰｈｉＸ Ｃｏｎｔｒｏｌ ｋｉｔ ｖ３（Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＴＧ－１１０－３００１）を用いた。ライブラリを希釈し、０．２Ｎ ＮａＯＨ溶液を添加してｓｓＤＮＡに変性させた。ここにＨＴ１を添加した。ＰｈｉＸコントロールＤＮＡも同様に変性させた。これらをキットの試薬カートリッジに添加し、ＭｉＳｅｑ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）にてシークエンスを行った。
【0124】
実施例９：遺伝子発現のデータ処理
ＱＩＡＧＥＮ社ＣＬＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｗｏｒｋｂｅｎｃｈにリードデータをインポートした。インポートの際に参照する配列情報はＨｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｃｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅを使用した。リードデータは、各塩基ごとにエラーの確率の値を持っている。ＣＬＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｗｏｒｋｂｅｎｃｈにリードデータをインポートすると、Ｐｈｒｅｄ Ｓｃｏｒｅに変換されるようになっている。Ｐｈｒｅｄ Ｓｃｏｒｅとは、塩基のエラー確立のＬｏｇを取り、－１０を掛けてスコア化したものである（下式）。
ＱＩＡＧＥＮ社ＣＬＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｗｏｒｋｂｅｎｃｈにリードデータをインポートした。インポートの際に参照する配列情報はＨｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｃｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅを使用した。リードデータは、各塩基ごとにエラーの確率の値を持っている。ＣＬＣ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｗｏｒｋｂｅｎｃｈにリードデータをインポートすると、Ｐｈｒｅｄ Ｓｃｏｒｅに変換されるようになっている。Ｐｈｒｅｄ Ｓｃｏｒｅとは、塩基のエラー確立のＬｏｇを取り、－１０を掛けてスコア化したものである（下式）。
【0125】
Ｐｈｒｅｄ Ｓｃｏｒｅ ＝ －１０×ｌｏｇ１０ Ｐｅｒｒ
【0126】
Ｐｈｒｅｄ Ｓｃｏｒｅを用い、クオリティトリミングを実施した。クオリティトリミングの手順を以下に示した。まず、Ｐｈｒｅｄ Ｓｃｏｒｅをｐ値へ変換した（下式）。
【0127】
Ｐｅｒｒ ＝ １０－ｐｈｒｅｄＳｃｏｒｅ／１０
【0128】
次にトリミング時に設定したＬｉｍｉｔ（０．０５）とｐ値の差を計算し、差の累積和を計算した。この時、０以下の値は０とした。トリミング後のリード開始点は累積和が初めて０以上になった点、トリミング後のリード終了点は累積和が最大の点とした。
クオリティトリミング後、以下の手順でリード数を発現量へ変換した。まずリード配列をゲノム上で最も類似した領域へアラインメントした。次に、下式を用いてＲＰＫＭ（Ｒｅａｄ Ｐｅｒ Ｋｉｌｏｂａｓｅ Ｍｉｌｌｉｏｎ）を算出した。
クオリティトリミング後、以下の手順でリード数を発現量へ変換した。まずリード配列をゲノム上で最も類似した領域へアラインメントした。次に、下式を用いてＲＰＫＭ（Ｒｅａｄ Ｐｅｒ Ｋｉｌｏｂａｓｅ Ｍｉｌｌｉｏｎ）を算出した。
【0129】
ＲＰＫＭ＝エクソン領域にマップされたリード数÷［そのサンプルにマップされた全リード数（百万単位）×エクソンの長さ（ｋｂ）］
【0130】
ＲＰＫＭをＲＰＫＭの和で除した値をＴＰＭ（Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔ Ｐｅｒ Ｍｉｌｌｉｏｎ）として算出した。
ＴＰＭを対数処理する場合は、「各遺伝子のリードカウント＋（１×ｇｅｎｅ ｌｅｎｇｔｈ／ａｖｅｒａｇｅ ｏｆ ｇｅｎｅ ｌｅｎｇｔｈ）」の式によって欠損値を処理し、その後ＲＰＫＭ、ＴＰＭを算出した。
ＴＰＭを対数処理する場合は、「各遺伝子のリードカウント＋（１×ｇｅｎｅ ｌｅｎｇｔｈ／ａｖｅｒａｇｅ ｏｆ ｇｅｎｅ ｌｅｎｇｔｈ）」の式によって欠損値を処理し、その後ＲＰＫＭ、ＴＰＭを算出した。
【0131】
また、欠損値の処理は、検出された最小値を使用する、あるいは検出下限値を挿入する場合においても、同様の解析結果を得ることができた。
【0132】
実施例１０：遺伝子発現データ解析
各遺伝子発現データのＴＰＭ値を対数処理した値を用いて、測定遺伝子群による相関係数及び決定係数を計算した。相関係数は、本明細書にて上記したＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ（登録商標）に採用されているＣＯＲＲＥＬ関数を用いて算出し、決定係数は、本明細書にて上記したＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ（登録商標）に採用されているＲＳＱ関数を用いて算出した。また、各細胞集団の中央値を採用した、滑膜ＭＳＣ集団の中央値、Ｌ骨髄ＭＳＣ集団の中央値、ＲＥＣ－ＭＳＣ集団の中央値もあわせて算出した。当該決定係数の数値を１Ｌｏｔの細胞値と比べた形で以下の表３に記した。
各遺伝子発現データのＴＰＭ値を対数処理した値を用いて、測定遺伝子群による相関係数及び決定係数を計算した。相関係数は、本明細書にて上記したＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ（登録商標）に採用されているＣＯＲＲＥＬ関数を用いて算出し、決定係数は、本明細書にて上記したＭｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｅｘｃｅｌ（登録商標）に採用されているＲＳＱ関数を用いて算出した。また、各細胞集団の中央値を採用した、滑膜ＭＳＣ集団の中央値、Ｌ骨髄ＭＳＣ集団の中央値、ＲＥＣ－ＭＳＣ集団の中央値もあわせて算出した。当該決定係数の数値を１Ｌｏｔの細胞値と比べた形で以下の表３に記した。
【0133】
【表3】
【0134】
その結果、それぞれのＭＳＣについて、品質管理していく際、別のＭＳＣ集団との境界値、また非ＭＳＣ集団との境界値というものを設定することが可能となった。
【0135】
滑膜ＭＳＣであれば、滑膜ＭＳＣとして別ロット滑膜ＭＳＣとは、０．８８６の決定係数を有しており、滑膜ＭＳＣ集団の中央値とであれば、０．９４９の決定係数を有することが分かる。また、他組織由来のＭＳＣとの比較では、０．８２１、０．７８６、０．８２１、０．６６３となっており、ＭＳＣ集団の中で滑膜ＭＳＣを規定するには、０．８３以上の決定係数を閾値として採用することで管理が可能であると分かる。また、非ＭＳＣ細胞種との比較では、０．０９３～０．７２０程度の決定係数であり、生体組織由来ＭＳＣとしての閾値管理は０．７５程度に設定出来ることも分かる。
【0136】
また、Ｌ骨髄ＭＳＣであれば、骨髄ＭＳＣとして別ロット滑膜ＭＳＣとは、０．９１６の決定係数を有しており、骨髄ＭＳＣ集団の中央値とであれば、０．９６１の決定係数を有することが分かる。また、他組織由来のＭＳＣとの比較では、０．８６４、０．８７３、０．８３３、０．７５５となっており、ＭＳＣ集団の中で骨髄ＭＳＣを規定するには、０．８８以上の決定係数を閾値として採用することで管理が可能であると分かる。また、非ＭＳＣ細胞種との比較では、０．１１１～０．７７３程度の決定係数であり、生体組織由来ＭＳＣとしての閾値管理は０．７８程度に設定出来ることも分かる。
【0137】
また、Ｌ脂肪ＭＳＣであれば、脂肪ＭＳＣとして別ロット滑膜ＭＳＣとは、０．９０５の決定係数を有しており、脂肪ＭＳＣ集団の中央値とであれば、０．９６０の決定係数を有することが分かる。また、他組織由来のＭＳＣとの比較では、０．８４１、０．８２３０．８２６、０．７１１となっており、ＭＳＣ集団の中で骨髄ＭＳＣを規定するには、０．８５以上の決定係数を閾値として採用することで管理が可能であると分かる。また、非ＭＳＣ細胞種との比較では、０．１１３～０．７４６程度の決定係数であり、生体組織由来ＭＳＣとしての閾値管理は０．７５程度に設定できることも分かる。
【0138】
また、いずれのケースにおいても、ｉＰＳＣ－ＭＳＣはＭＳＣ細胞種の中では低い決定係数を有しており、ＦＢ（線維芽細胞）と区別が付けられない程度に、生体組織由来ＭＳＣとは異なる性質であることも分かった。このことは、ｉＰＳＣ－ＭＳＣが特殊な分化誘導により人工的に作られた細胞であり、製造工程が著しく異なることを鑑みると、非常にリーズナブルな結果であると考えられた。
【0139】
また、高発現遺伝子を含むことによる測定結果およびその後の品質管理への影響を鑑み、高発現遺伝子を含まないＰｒｉｍｅｒ Ｓｅｔ（１１４３遺伝子）と、高発現遺伝子を含むＰｒｉｍｅｒ Ｓｅｔ（１１８１遺伝子）を用意して実施したが、結果としていずれのＰｒｉｍｅｒ Ｓｅｔを使っても同じことが可能であり、その差異はないことが分かった。これらの結果から、細胞の品質管理において、当該細胞特有の複数遺伝子発現群のパターンを管理していくことが、同等性・同質性を証明する上で、極めて有用であることが分かった。
【0140】
実施例１１：全遺伝子発現解析
実施例６で調整した各細胞のｍＲＮＡサンプルに対して、Ｈｕｍａｎ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ解析を株式会社理研ジェネシスにて実施した。ＮｏｖａＳｅｑ６０００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１２８５０）により検体のシーケンス解析を実施した後、リードデータをＤＲＡＧＥＮ ｖｅｒ．３．７．５を用いて解析することで、全遺伝子（２５，１９２）の遺伝子発現レベルをＴＰＭとして算出した。全遺伝子（２５，１９２）の遺伝子名を本実施例の最後に記載する。
実施例６で調整した各細胞のｍＲＮＡサンプルに対して、Ｈｕｍａｎ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ解析を株式会社理研ジェネシスにて実施した。ＮｏｖａＳｅｑ６０００（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、２００１２８５０）により検体のシーケンス解析を実施した後、リードデータをＤＲＡＧＥＮ ｖｅｒ．３．７．５を用いて解析することで、全遺伝子（２５，１９２）の遺伝子発現レベルをＴＰＭとして算出した。全遺伝子（２５，１９２）の遺伝子名を本実施例の最後に記載する。
【0141】
上記の全２５，１９２遺伝子発現の組み合わせ、および、全２５，１９２遺伝子発現の中から無作為抽出した１，１４３遺伝子の組合せについて、実施例１０と同様の解析を行った。尚、細胞の品質管理における遺伝子セットの有用性を比較する為に、検出力を算出した。
まず、それぞれの遺伝子セットにおける対象細胞集団の中央値に対する各種細胞の変動係数を算出した。その上で、以下の式に基づき、検出力を算出した。
まず、それぞれの遺伝子セットにおける対象細胞集団の中央値に対する各種細胞の変動係数を算出した。その上で、以下の式に基づき、検出力を算出した。
【0142】
検出力（ランダム１１４３に対する選別１１４３）＝｛「実施例７で選別した高発現遺伝子を除外したＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔ １１４３遺伝子発現」の変動係数｝÷｛「実施例１１で無作為抽出したランダム１１４３遺伝子発現」の変動係数｝
【0143】
検出力（全２５１９２に対する選別１１４３）＝｛「実施例７で選別した高発現遺伝子を除外したＰｒｉｍｅｒ ｓｅｔ １１４３遺伝子発現」の変動係数｝÷｛「実施例１１で取得した全２５１９２遺伝子発現」の変動係数｝
【0144】
上記のように求めた変動係数と実施例１０と同様に求めた決定係数を、表４，５，６にまとめた。
【0145】
【表4】
【0146】
【表5】
【0147】
【表6】
【0148】
その結果、全２５，１９２遺伝子セットを用いることでも、無作為抽出した１，１４３遺伝子セットを用いることでも、それぞれのＭＳＣについて、品質管理していく際、別のＭＳＣ集団との境界値、また非ＭＳＣ集団との境界値を設定することが可能であることが分かった。
例えば、滑膜ＭＳＣであれば、滑膜ＭＳＣとして別ロット滑膜ＭＳＣとは、ランダム１，１４３遺伝子で０．９５０、全２５，１９２遺伝子で０．９４７の決定係数を有しており、滑膜ＭＳＣ集団の中央値とであれば、ランダム１，１４３遺伝子で０．９７８、全２５，１９２遺伝子で０．９７８の決定係数を有することが分かる。また、他組織由来のＭＳＣとの比較では、ランダム１，１４３遺伝子で０．９５０、０．９１０、０．９２１、全２５，１９２遺伝子で０．９２８、０．９１２、０．９１９となっており、ＭＳＣ集団の中で滑膜ＭＳＣを規定するには、ランダム１，１４３遺伝子で０．９６以上、全２５，１９２遺伝子で０．９３以上の決定係数を閾値として採用することで管理が可能であると分かる。また、非ＭＳＣ細胞種との比較では、ランダム１，１４３遺伝子で０．５４１～０．８９６、全２５，１９２遺伝子で０．５９２～０．８８６程度の決定係数であり、生体組織由来ＭＳＣとしての閾値管理はランダム１，１４３遺伝子、全２５，１９２遺伝子ともに０．９０程度に設定出来ることも分かる。Ｌ骨髄ＭＳＣやＬ脂肪ＭＳＣでも同様に閾値管理が可能であることが分かる。
例えば、滑膜ＭＳＣであれば、滑膜ＭＳＣとして別ロット滑膜ＭＳＣとは、ランダム１，１４３遺伝子で０．９５０、全２５，１９２遺伝子で０．９４７の決定係数を有しており、滑膜ＭＳＣ集団の中央値とであれば、ランダム１，１４３遺伝子で０．９７８、全２５，１９２遺伝子で０．９７８の決定係数を有することが分かる。また、他組織由来のＭＳＣとの比較では、ランダム１，１４３遺伝子で０．９５０、０．９１０、０．９２１、全２５，１９２遺伝子で０．９２８、０．９１２、０．９１９となっており、ＭＳＣ集団の中で滑膜ＭＳＣを規定するには、ランダム１，１４３遺伝子で０．９６以上、全２５，１９２遺伝子で０．９３以上の決定係数を閾値として採用することで管理が可能であると分かる。また、非ＭＳＣ細胞種との比較では、ランダム１，１４３遺伝子で０．５４１～０．８９６、全２５，１９２遺伝子で０．５９２～０．８８６程度の決定係数であり、生体組織由来ＭＳＣとしての閾値管理はランダム１，１４３遺伝子、全２５，１９２遺伝子ともに０．９０程度に設定出来ることも分かる。Ｌ骨髄ＭＳＣやＬ脂肪ＭＳＣでも同様に閾値管理が可能であることが分かる。
【0149】
一方で、検出力を比較すると、実施例７で選別した１，１４３遺伝子セットにおいては、全２５，１９２遺伝子を用いた場合に比べて、検出力が２．０７倍～２．９９倍を示し、ランダム１，１４３遺伝子を用いた場合と比べても、１．９０倍～４．６７倍を示しており、各種細胞との違いを検出力高く示すことが出来る遺伝子セットであることが分かる。
実際、各細胞種との決定係数も、ランダム１，１４３遺伝子セットや全２５，１９２遺伝子セットを用いた場合と比べて、顕著に低いことからも、この細胞種における品質管理の遺伝子セットとしては、優れた遺伝子セットであることが分かる。よって、全遺伝子セットを用いることでも、また、無作為抽出した遺伝子セットを用いることでも、本発明の品質管理が実現可能であることが分かるとともに、より鋭敏な遺伝子セットを選別することで、さらに精度の高い品質管理が可能であることが実証された。
実際、各細胞種との決定係数も、ランダム１，１４３遺伝子セットや全２５，１９２遺伝子セットを用いた場合と比べて、顕著に低いことからも、この細胞種における品質管理の遺伝子セットとしては、優れた遺伝子セットであることが分かる。よって、全遺伝子セットを用いることでも、また、無作為抽出した遺伝子セットを用いることでも、本発明の品質管理が実現可能であることが分かるとともに、より鋭敏な遺伝子セットを選別することで、さらに精度の高い品質管理が可能であることが実証された。
【0150】
DDX11L1、WASH7P、MIR1302-2、FAM138A、OR4F5、LOC729737、LOC100996522、LOC100132287、LOC100288646、OR4F29、OR4F16、LOC100133331、LOC100288069、LOC100287934、FAM87B、LINC00115、LOC643837、FAM41C、LOC284600、LOC100130417、SAMD11、NOC2L、KLHL17、PLEKHN1、C1orf170、HES4、ISG15、AGRN、RNF223、C1orf159、LOC254099、MIR200B、MIR200A、MIR429、TTLL10、TNFRSF18、TNFRSF4、SDF4、B3GALT6、FAM132A、UBE2J2、SCNN1D、ACAP3、PUSL1、CPSF3L、GLTPD1、TAS1R3、DVL1、MXRA8、AURKAIP1、CCNL2、LOC148413、MRPL20、ANKRD65、TMEM88B、VWA1、ATAD3C、ATAD3B、ATAD3A、TMEM240、SSU72、C1orf233、MIB2、MMP23B、CDK11B、SLC35E2B、MMP23A、CDK11A、SLC35E2、NADK、GNB1、CALML6、TMEM52、C1orf222、KIAA1751、GABRD、PRKCZ、C1orf86、SKI、MORN1、LOC100129534、RER1、PEX10、PLCH2、PANK4、HES5、LOC115110、LOC100133445、TNFRSF14、LOC100996583、FAM213B、MMEL1、TTC34、ACTRT2、FLJ42875、LOC100996587、PRDM16、MIR4251、ARHGEF16、MEGF6、MIR551A、TPRG1L、WRAP73、TP73、TP73-AS1、CCDC27、SMIM1、LRRC47、CEP104、DFFB、C1orf174、LOC100133612、LOC728716、LOC284661、AJAP1、MIR4417、MIR4689、NPHP4、KCNAB2、CHD5、RPL22、RNF207、ICMT、LINC00337、HES3、GPR153、ACOT7、LOC100130071、HES2、ESPN、MIR4252、TNFRSF25、PLEKHG5、NOL9、TAS1R1、ZBTB48、KLHL21、PHF13、THAP3、DNAJC11、LOC100505887、LOC100996592、CAMTA1、LOC100129476、VAMP3、PER3、UTS2、TNFRSF9、PARK7、ERRFI1、SLC45A1、RERE、ENO1、ENO1-AS1、CA6、SLC2A7、SLC2A5、GPR157、MIR34A、H6PD、SPSB1、LOC100506022、SLC25A33、TMEM201、PIK3CD、C1orf200、CLSTN1、FLJ16126、CTNNBIP1、LZIC、NMNAT1、MIR5697、RBP7、UBE4B、KIF1B、MIR1273D、PGD、APITD1-CORT、APITD1、CORT、DFFA、PEX14、CASZ1、C1orf127、TARDBP、MASP2、SRM、EXOSC10、MTOR、MTOR-AS1、ANGPTL7、UBIAD1、PTCHD2、FBXO2、FBXO44、FBXO6、MAD2L2、DRAXIN、LOC100996614、AGTRAP、C1orf167、LOC100506310、MTHFR、CLCN6、NPPA-AS1、NPPA、NPPB、RNU5E-1、KIAA2013、PLOD1、MFN2、MIIP、TNFRSF8、TNFRSF1B、MIR4632、VPS13D、SNORA59A、DHRS3、AADACL4、AADACL3、C1orf158、PRAMEF12、PRAMEF1、PRAMEF11、HNRNPCL1、PRAMEF2、PRAMEF4、PRAMEF10、PRAMEF7、PRAMEF6、PRAMEF22、PRAMEF23、PRAMEF25、LOC440563、LOC645359、PRAMEF3、PRAMEF5、PRAMEF8、PRAMEF9、PRAMEF13、PRAMEF18、PRAMEF16、PRAMEF21、PRAMEF15、PRAMEF14、PRAMEF19、PRAMEF17、PRAMEF20、LRRC38、PDPN、PRDM2、KAZN、C1orf126、TMEM51、FHAD1、EFHD2、CTRC、CELA2A、CELA2B、CASP9、DNAJC16、AGMAT、DDI2、RSC1A1、PLEKHM2、SLC25A34、TMEM82、FBLIM1、UQCRHL、FLJ37453、SPEN、ZBTB17、
C1orf64、HSPB7、CLCNKA、CLCNKB、FAM131C、EPHA2、ARHGEF19、RSG1、FBXO42、SZRD1、SPATA21、NECAP2、CROCCP3、RNU1-1、LOC100506533、LOC100133301、NBPF1、CROCCP2、MST1P2、RNU1-3、LOC729574、ESPNP、LOC729587、RNU1-4、MST1L、MIR3675、RNU1-2、CROCC、MFAP2、ATP13A2、SDHB、PADI2、LOC400743、PADI1、PADI3、MIR3972、PADI4、PADI6、RCC2、ARHGEF10L、ACTL8、IGSF21、KLHDC7A、PAX7、TAS1R2、ALDH4A1、MIR4695、MIR1290、IFFO2、UBR4、EMC1、MRTO4、AKR7L、AKR7A3、LOC100506730、AKR7A2、PQLC2、CAPZB、LOC644083、MINOS1、C1orf151-NBL1、NBL1、HTR6、TMCO4、RNF186、OTUD3、PLA2G2E、PLA2G2A、PLA2G5、PLA2G2D、PLA2G2F、PLA2G2C、UBXN10、VWA5B1、LOC339505、CAMK2N1、MUL1、FAM43B、CDA、PINK1、DDOST、KIF17、SH2D5、HP1BP3、EIF4G3、MIR1256、ECE1、LOC100506801、NBPF3、ALPL、RAP1GAP、USP48、LDLRAD2、HSPG2、CELA3B、CELA3A、LINC00339、CDC42、WNT4、MIR4418、ZBTB40、EPHA8、C1QA、C1QC、C1QB、EPHB2、MIR4684、MIR4253、LACTBL1、LOC729059、KDM1A、MIR3115、MIR4419A、LUZP1、HTR1D、LOC100996511、HNRNPR、ZNF436、C1orf213、TCEA3、ASAP3、E2F2、ID3、MDS2、RPL11、TCEB3、LOC100506963、PITHD1、LYPLA2、GALE、HMGCL、FUCA1、CNR2、MIR378F、PNRC2、SRSF10、MYOM3、IL22RA1、IL28RA、LOC284632、GRHL3、STPG1、NIPAL3、RCAN3AS、RCAN3、NCMAP、SRRM1、CLIC4、RUNX3、MIR4425、SYF2、C1orf63、RHD、TMEM50A、RHCE、TMEM57、LDLRAP1、MAN1C1、SEPN1、FAM54B、LOC646471、AUNIP、PAQR7、STMN1、MIR3917、PAFAH2、EXTL1、SLC30A2、TRIM63、PDIK1L、FAM110D、ZNF593、CNKSR1、CATSPER4、CEP85、SH3BGRL3、UBXN11、CD52、AIM1L、ZNF683、LIN28A、DHDDS、HMGN2、RPS6KA1、MIR1976、ARID1A、PIGV、ZDHHC18、SFN、GPN2、GPATCH3、NR0B2、NUDC、C1orf172、OSTCP2、TRNP1、FAM46B、SLC9A1、WDTC1、TMEM222、LOC644961、RNU6-48、SYTL1、MAP3K6、FCN3、CD164L2、GPR3、WASF2、AHDC1、FGR、IFI6、FAM76A、STX12、PPP1R8、SCARNA1、THEMIS2、RPA2、SMPDL3B、XKR8、EYA3、PTAFR、DNAJC8、ATPIF1、SESN2、MED18、PHACTR4、RCC1、SNHG3、SNORA73A、RNU105A、TRNAU1AP、SNHG12、SNORD99、SNORA61、SNORA44、SNORA16A、RAB42、TAF12、RNU11、GMEB1、YTHDF2、OPRD1、EPB41、TMEM200B、SRSF4、MECR、PTPRU、MATN1、MATN1-AS1、LAPTM5、MIR4420、SDC3、PUM1、SNORD103A、SNORD103B、SNORD85、NKAIN1、SNRNP40、ZCCHC17、FABP3、SERINC2、LOC149086、LOC284551、TINAGL1、HCRTR1、PEF1、COL16A1、BAI2、MIR4254、SPOCD1、PTP4A2、KHDRBS1、TMEM39B、MIR5585、KPNA6、TXLNA、CCDC28B、IQCC、DCDC2B、TMEM234、EIF3I、MTMR9LP、FAM167B、LCK、HDAC1、MARCKSL1、LOC100128071、TSSK3、BSDC1、ZBTB8B、ZBTB8A、ZBTB8OS、RBBP4、SYNC、KIAA1522、YARS、S100PBP、FNDC5、HPCA、TMEM54、RNF19B、AK2、ADC、TRIM62、
ZNF362、PHC2、MIR3605、ZSCAN20、CSMD2、HMGB4、LOC402779、C1orf94、MIR552、GJB5、GJB4、GJB3、GJA4、C1orf212、DLGAP3、LOC653160、ZMYM6NB、ZMYM6、ZMYM1、LOC100996496、SFPQ、ZMYM4、KIAA0319L、NCDN、TFAP2E、PSMB2、C1orf216、CLSPN、EIF2C4、EIF2C1、EIF2C3、TEKT2、ADPRHL2、COL8A2、TRAPPC3、MAP7D1、THRAP3、SH3D21、EVA1B、LOC100127947、STK40、LSM10、OSCP1、MRPS15、CSF3R、GRIK3、MIR4255、LOC728431、ZC3H12A、MEAF6、MIR5581、SNIP1、DNALI1、GNL2、RSPO1、C1orf109、CDCA8、EPHA10、MANEAL、YRDC、C1orf122、MTF1、INPP5B、SF3A3、FHL3、UTP11L、POU3F1、MIR3659、LOC339442、RRAGC、GJA9-MYCBP、MYCBP、GJA9、RHBDL2、AKIRIN1、NDUFS5、MACF1、KIAA0754、BMP8A、PPIEL、PABPC4、SNORA55、HEYL、NT5C1A、HPCAL4、PPIE、BMP8B、OXCT2、TRIT1、MYCL1、MFSD2A、CAP1、PPT1、RLF、TMCO2、ZMPSTE24、COL9A2、SMAP2、ZNF643、ZNF642、EXO5、ZNF684、RIMS3、LOC100130557、NFYC、MIR30E、MIR30C1、KCNQ4、CITED4、CTPS1、SLFNL1-AS1、SLFNL1、SCMH1、FOXO6、EDN2、HIVEP3、GUCA2B、GUCA2A、FOXJ3、RIMKLA、ZMYND12、PPCS、CCDC30、PPIH、YBX1、CLDN19、LEPRE1、C1orf50、LOC100129924、CCDC23、ERMAP、ZNF691、SLC2A1、SLC2A1-AS1、FAM183A、EBNA1BP2、WDR65、TMEM125、C1orf210、TIE1、MPL、CDC20、ELOVL1、MED8、SZT2、HYI、PTPRF、KDM4A、KDM4A-AS1、ST3GAL3、ARTN、IPO13、DPH2、ATP6V0B、B4GALT2、CCDC24、SLC6A9、KLF17、DMAP1、ERI3、RNF220、MIR5584、TMEM53、C1orf228、RNU5F-1、RNU5D-1、KIF2C、RPS8、SNORD55、SNORD46、SNORD38A、SNORD38B、BEST4、PLK3、TCTEX1D4、BTBD19、PTCH2、EIF2B3、HECTD3、UROD、ZSWIM5、LOC400752、HPDL、MUTYH、TOE1、TESK2、CCDC163P、MMACHC、PRDX1、AKR1A1、NASP、CCDC17、GPBP1L1、RPS15AP10、TMEM69、IPP、MAST2、PIK3R3、TSPAN1、POMGNT1、LURAP1、RAD54L、LRRC41、UQCRH、NSUN4、FAAH、LOC729041、DMBX1、MKNK1-AS1、KNCN、MKNK1、MOB3C、ATPAF1、TEX38、KIAA0494-AS1、KIAA0494、CYP4B1、CYP4Z2P、CYP4A11、CYP4X1、CYP4Z1、CYP4A22、PDZK1IP1-AS1、PDZK1IP1、TAL1、STIL、CMPK1、FOXE3、FOXD2-AS1、FOXD2、TRABD2B、SKINTL、SLC5A9、SPATA6、AGBL4、BEND5、ELAVL4、DMRTA2、FAF1、CDKN2C、MIR4421、C1orf185、RNF11、TTC39A、EPS15、OSBPL9、NRD1、MIR761、RAB3B、TXNDC12、KTI12、BTF3L4、ZFYVE9、CC2D1B、ORC1、PRPF38A、ZCCHC11、GPX7、FAM159A、SELRC1、ZYG11B、ZYG11A、ECHDC2、SCP2、MIR1273F、MIR5095、MIR1273G、PODN、SLC1A7、CPT2、C1orf123、MAGOH、LOC100507564、LRP8、SLC25A3P1、DMRTB1、GLIS1、TMEM48、YIPF1、DIO1、HSPB11、LRRC42、LDLRAD1、TMEM59、TCEANC2、MIR4781、CDCP2、CYB5RL、MRPL37、SSBP3、C1orf191、ACOT11、FAM151A、HEATR8、HEATR8-TTC4、TTC4、PARS2、TTC22、C1orf177、DHCR24、TMEM61、BSND、PCSK9、USP24、
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【図1】
【図2】
【図3】
