2023-24989 骨髄性悪性腫瘍の診断のための突然変異体カルレチクリン

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公開特許公報(A)

(11)【公開番号】P2023024989

(43)【公開日】2023-02-21

(54)【発明の名称】骨髄性悪性腫瘍の診断のための突然変異体カルレチクリン

(51)【国際特許分類】

   C12Q 1/6869 20180101AFI20230214BHJP

   C07K 14/47 20060101ALI20230214BHJP

   C12N 15/12 20060101ALI20230214BHJP

   C12N 15/63 20060101ALI20230214BHJP

   C12Q 1/6813 20180101ALI20230214BHJP

   C12Q 1/686 20180101ALI20230214BHJP

   C07K 16/18 20060101ALI20230214BHJP

   C12N 15/113 20100101ALI20230214BHJP

   C12P 21/02 20060101ALI20230214BHJP

   C12N 1/15 20060101ALI20230214BHJP

   C12N 1/19 20060101ALI20230214BHJP

   C12N 1/21 20060101ALI20230214BHJP

   C12N 5/10 20060101ALI20230214BHJP

   A61K 39/00 20060101ALI20230214BHJP

   A61K 39/39 20060101ALI20230214BHJP

   A61P 35/00 20060101ALI20230214BHJP

   A61K 9/08 20060101ALI20230214BHJP

   A61K 47/02 20060101ALI20230214BHJP

   A61K 47/10 20170101ALI20230214BHJP

   A61K 47/26 20060101ALI20230214BHJP

   A61P 7/00 20060101ALI20230214BHJP

   A61P 7/06 20060101ALI20230214BHJP

   A61P 35/02 20060101ALI20230214BHJP

   A61P 37/04 20060101ALI20230214BHJP

   A61P 43/00 20060101ALI20230214BHJP

   G01N 33/50 20060101ALI20230214BHJP

   G01N 33/68 20060101ALI20230214BHJP

【ＦＩ】

C12Q1/6869 Z ZNA

C07K14/47

C12N15/12

C12N15/63 Z

C12Q1/6813 Z

C12Q1/686 Z

C07K16/18

C12N15/113 Z

C12P21/02 C

C12N1/15

C12N1/19

C12N1/21

C12N5/10

A61K39/00 H

A61K39/39

A61P35/00

A61K9/08

A61K47/02

A61K47/10

A61K47/26

A61P7/00

A61P7/06

A61P35/02

A61P37/04

A61P43/00 105

G01N33/50 P

G01N33/68

【審査請求】有

【請求項の数】1

【出願形態】ＯＬ

【外国語出願】

(21)【出願番号】P 2022177306

(22)【出願日】2022-11-04

(62)【分割の表示】P 2020022378の分割

【原出願日】2014-09-15

(31)【優先権主張番号】13184632.1

(32)【優先日】2013-09-16

(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP

(31)【優先権主張番号】13186939.8

(32)【優先日】2013-10-01

(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP

(31)【優先権主張番号】61/909,313

(32)【優先日】2013-11-26

(33)【優先権主張国・地域又は機関】US

(71)【出願人】

【識別番号】515054000

【氏名又は名称】ツェーエムエム－フォルシュングスツェントルム フュア モレクラレ メディツィン ゲーエムベーハー

(74)【代理人】

【識別番号】100092783

【弁理士】

【氏名又は名称】小林 浩

(74)【代理人】

【識別番号】100120134

【弁理士】

【氏名又は名称】大森 規雄

(74)【代理人】

【識別番号】100135943

【弁理士】

【氏名又は名称】三橋 規樹

(72)【発明者】

【氏名】クラロヴィクス，ロバート

(72)【発明者】

【氏名】クランプフル，ソーステン

(72)【発明者】

【氏名】ギスリンガー，ハインツ

(57)【要約】      （修正有）

【課題】骨髄性悪性腫瘍の診断のための方法を提供する。
【解決手段】患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを評価するための方法であって、前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子の存在を決定するステップと、カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップとを含む、方法とする。また、突然変異体カルレチクリンのゲノム配列、ｃＤＮＡ配列、ｍＲＮＡ配列、およびタンパク質配列も、本発明の対象である。
【選択図】なし

【特許請求の範囲】

【請求項1】

患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうか
を評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－前記カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に
、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評
価するステップと
を含む、方法。

【請求項2】

前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコ
ードする核酸を含む、
請求項１に記載の方法。

【請求項3】

前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２に記載の方法。

【請求項4】

前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２または３に記載の方法。

【請求項5】

前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２から４のいずれか一項に記載の方法。

【請求項6】

前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２から５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項7】

前記カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、前記カルレチ
クリン遺伝子のエクソン９を包含する領域内にある、請求項１から６のいずれか一項に記
載の方法。

【請求項8】

前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、フレームシフト
突然変異を有する、請求項１から７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項9】

前記フレームシフト突然変異が、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン９内にある、請
求項８に記載の方法。

【請求項10】

前記フレームシフト突然変異が、１ヌクレオチドの欠失または２ヌクレオチドの付加で
ある、請求項８または９に記載の方法。

【請求項11】

（１＋（３×ｎ_０））ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子から欠失している、
請求項８または９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項12】

１、４、１９、２２、３１、３４、４６、５２ヌクレオチドが欠失している、請求項８
、９、および１１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項13】

１ヌクレオチドが欠失し、６ヌクレオチドが挿入されているか；
２ヌクレオチドが欠失し、４ヌクレオチドが挿入されているか；
３ヌクレオチドが欠失し、５ヌクレオチドが挿入されているか；
１２ヌクレオチドが欠失し、５ヌクレオチドが挿入されているか；
１８ヌクレオチドが欠失し、１１ヌクレオチドが挿入されているか；
１８ヌクレオチドが欠失し、１４ヌクレオチドが挿入されているか；
２０ヌクレオチドが欠失し、１ヌクレオチドが挿入されているか；
２８ヌクレオチドが欠失し、６ヌクレオチドが挿入されているか；
３５ヌクレオチドが欠失し、１ヌクレオチドが挿入されているか；または
３６ヌクレオチドが欠失し、２ヌクレオチドが挿入されている、
請求項８、９、１１、および１２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項14】

（２＋（３×ｎ_０））ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子に挿入されている、
請求項８または９に記載の方法。

【請求項15】

５ヌクレオチドが挿入されている、請求項１４に記載の方法。

【請求項16】

前記カルレチクリン遺伝子が、
（ａ）配列番号２９０に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２８９に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、請求項１から１５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項17】

前記ヌクレオチドが、前記カルレチクリン遺伝子のエクソン９から欠失し、かつ／また
は、これに挿入されている、請求項１０から１６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項18】

前記カルレチクリン遺伝子の前記エクソン９が、
（ａ）配列番号４３６に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号４３５に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、請求項９から１７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項19】

前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項１から１８のいずれか一項に記載の方法。

【請求項20】

前記突然変異対立遺伝子が、ＤＮＡ、好ましくは、ゲノムＤＮＡである、請求項１から
１９のいずれか一項に記載の方法。

【請求項21】

前記ＤＮＡの存在を、シークエンシングにより決定する、請求項２０に記載の方法。

【請求項22】

患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうか
を評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、また
は骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法。

【請求項23】

前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコ
ードする核酸を含む、
請求項２２に記載の方法。

【請求項24】

前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２３に記載の方法。

【請求項25】

前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２３または２４に記載の方法。

【請求項26】

前記カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２３から２５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項27】

前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、請求項２３から２６のいずれか一項に記載の方法。

【請求項28】

前記対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項２２から２７のいずれか一項に記載の方法
。

【請求項29】

前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項２２から２８のいずれか一項に記載の方法
。

【請求項30】

前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項２２から２９のいずれか一項に記載の方法
。

【請求項31】

前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項２２から３０のいずれか一項に記載の方法
。

【請求項32】

前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少な
くとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、請求項２２から３１のいずれか一項に記載の方法
。

【請求項33】

前記遺伝子産物が、
ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされ
るタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項２２から２８のいずれか一項に記
載の方法。

【請求項34】

前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項２２から２８、および３３のいず
れか一項に記載の方法。

【請求項35】

前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項２２から２８、３３、および３４
のいずれか一項に記載の方法。

【請求項36】

前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０％
の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、請求項２２から２８、および３３から３
５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項37】

前記遺伝子産物が、ｍＲＮＡである、請求項２２から３６のいずれか一項に記載の方法
。

【請求項38】

前記ｍＲＮＡの存在または量を、リアルタイムＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ、全トランス
クリプトームショットガンシークエンシング（ＲＮＡｓｅｑ）、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリ
ダイゼーション、またはマイクロアレイにより決定する、請求項３７に記載の方法。

【請求項39】

リアルタイムＰＣＲまたは逆転写酵素ＰＣＲによる前記決定が、
（ｉ）前記試料中の前記核酸を１つまたは２つのオリゴヌクレオチドと接触させるステッ
プと、
（ｉｉ）標的配列を含有する増幅産物を生成するステップと
をさらに含む、請求項３８に記載の方法。

【請求項40】

前記遺伝子産物が、タンパク質である、請求項２２から２８および３３から３６のいず
れか一項に記載の方法。

【請求項41】

前記タンパク質の存在または量を、免疫組織化学（ＩＨＣ）、イムノアッセイ、ゲルも
しくはブロットベースの方法、ＩＨＣ、質量分析、フローサイトメトリー、またはＦＡＣ
Ｓにより決定する、請求項４０に記載の方法。

【請求項42】

前記患者が、ヒト患者である、請求項１から４１のいずれか一項に記載の方法。

【請求項43】

前記試料が、骨髄試料である、請求項１から４２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項44】

前記試料が、血液試料である、請求項１から４２のいずれか一項に記載の方法。

【請求項45】

前記骨髄試料が、生検により得られる、請求項４３または４４に記載の方法。

【請求項46】

突然変異体カルレチクリンの阻害剤を、前記患者に投与するステップをさらに含む、請
求項１から４５のいずれか一項に記載の方法。

【請求項47】

（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。

【請求項48】

（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２、６、１０、１４、１８、２２、２６、３０、３４、３８、４２、４
６、５０、５４、５８、６２、６６、７０、７４、７８、８２、８６、９０、９４、９８
、１０２、１０６、１１０、１１４、１１８、１２２、１２６、１３０、１３４、１３８
、または１４２に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項４７に記載の核酸。

【請求項49】

（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、
３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、
３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、
４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示される
アミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９２、２９６、３００、３０４、３０８、３１２、３１６、３２０、
３２４、３２８、３３２、３３６、３４０、３４４、３４８、３５２、３５６、３６０、
３６４、３６８、３７２、３７６、３８０、３８４、３８８、３９２、３９６、４００、
４０４、４０８、４１２、４１６、４２０、４２４、４２８、または４３２に表示される
ヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項４７または４８に記載の核酸。

【請求項50】

（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示される
アミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４６、１５０、１５４、１５８、１６２、１６６、１７０、１７４、
１７８、１８２、１８６、１９０、１９４、１９８、２０２、２０６、２１０、２１４、
２１８、２２２、２２６、２３０、２３４、２３８、２４２、２４６、２５０、２５４、
２５８、２６２、２６６、２７０、２７４、２７８、２８２、または２８６に表示される
ヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項４７から４９のいずれか一項に記載の核酸。

【請求項51】

ｃＤＮＡである、請求項４７から５０のいずれか一項に記載の核酸。

【請求項52】

（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。

【請求項53】

（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４
７、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９
、１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９
、または１４３に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項５２に記載の核酸。

【請求項54】

（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、
３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、
３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、
４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示される
アミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、
３２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、
３６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、
４０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示される
ヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項５２または５３に記載の核酸。

【請求項55】

（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示される
アミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、
１７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、
２１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、
２５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示される
ヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項５２または５４に記載の核酸。

【請求項56】

ｍＲＮＡである、請求項５２から５５のいずれか一項に記載の核酸。

【請求項57】

（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される核酸。

【請求項58】

（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に表示されるアミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５
、４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、
１０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、
または１４１に表示されるヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項５７に記載の核酸。

【請求項59】

（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、
３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、
３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、
４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示される
アミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９１、２９５、２９９、３０３、３０７、３１１、３１５、３１９、
３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３４３、３４７、３５１、３５５、３５９、
３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３８３、３８７、３９１、３９５、３９９、
４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４２３、４２７、または４３１に表示される
ヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項５７または５８に記載の核酸。

【請求項60】

（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示される
アミノ酸配列からなるポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、
１７７、１８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、
２１７、２２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、
２５７、２６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、または２８５に表示される
ヌクレオチド配列からなる核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された前記核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの前記核酸のヌクレオチド配列に対して少
なくとも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列からなる核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列からなる核酸
からなる群から選択される、請求項５７から５９のいずれか一項に記載の核酸。

【請求項61】

ゲノムＤＮＡである、請求項５７から６０のいずれか一項に記載の核酸。

【請求項62】

（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコード
されるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子に
よりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０
％の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパ
ク質
からなる群から選択されるタンパク質。

【請求項63】

（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、
１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３
５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３
、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、
７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８
９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０
５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１
８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３
１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３
に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によ
りコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０
％の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパ
ク質
からなる群から選択される、請求項６２に記載のタンパク質。

【請求項64】

（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、
３０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、
３１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、
３２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、
３４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、
３５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、
３６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、
３８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、
３９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、
４０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、
４２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４
３３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、
３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、
３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、
４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるア
ミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、
３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、
３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、
４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるア
ミノ酸配列からなるタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０
％の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパ
ク質
からなる群から選択される、請求項６２または６３に記載のタンパク質。

【請求項65】

（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、
１５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、
１６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、
１８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、
１９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、
２０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、
２２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、
２３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、
２４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、
２６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、
２７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２
８７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるア
ミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるア
ミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つの前記タンパク質に対して少なくとも７０
％の同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列からなるタンパ
ク質
からなる群から選択される、請求項６２から６４のいずれか一項に記載のタンパク質。

【請求項66】

請求項６２または６３に記載のタンパク質を含むワクチン。

【請求項67】

請求項６２から６５のいずれか一項に記載のタンパク質に特異的に結合する抗体。

【請求項68】

請求項５２から５６のいずれか一項に記載の核酸を特異的にターゲティングするｓｉＲ
ＮＡ。

【請求項69】

少なくとも１０の連続した塩基を含む核酸分子からなる、請求項６８に記載のｓｉＲＮ
Ａ。

【請求項70】

前記連続した塩基のうちの最大１０％が、非相補的である、請求項６８または６９に記
載のｓｉＲＮＡ。

【請求項71】

５’端における少なくとも１つの塩基および／または３’端における少なくとも１つの
塩基をさらに含む、請求項６８から７０のいずれか一項に記載のｓｉＲＮＡ。

【請求項72】

骨髄性悪性腫瘍の処置における使用のための、突然変異体カルレチクリンの阻害剤。

【請求項73】

骨髄性悪性腫瘍患者を処置するための方法であって、有効量の突然変異体カルレチクリ
ンの阻害剤を、前記患者に投与するステップを含む、方法。

【請求項74】

前記突然変異体カルレチクリンが、請求項６２から６５のいずれか一項に記載の突然変
異体カルレチクリンタンパク質である、請求項７２に記載の阻害剤、または請求項４６も
しくは７３に記載の方法。

【請求項75】

前記阻害剤が、抗体である、請求項７２もしくは７４に記載の阻害剤、または請求項５
６、７３、もしくは７４に記載の方法。

【請求項76】

前記阻害剤が、細胞外結合性パートナー、低分子結合性分子、アプタマー、およびイン
トラマーからなる群から選択される、請求項７２もしくは７４に記載の阻害剤、または請
求項５６、７３、もしくは７４に記載の方法。

【請求項77】

前記突然変異体カルレチクリンが、請求項５２から５６のいずれか一項に記載の核酸で
ある、請求項７２に記載の阻害剤、または請求項４６もしくは７３に記載の方法。

【請求項78】

前記阻害剤が、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｄｓＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｔＲＮＡ、およ
びアンチセンス分子からなる群から選択される、請求項７２もしくは７７に記載の阻害剤
、または請求項４６、７３、および７７のいずれか一項に記載の方法。

【請求項79】

前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄増殖性新生物である、請求項７２および７４から７８のい
ずれか一項に記載の阻害剤；または請求項１から４６および７３から７８のいずれか一項
に記載の方法。

【請求項80】

前記骨髄増殖性新生物が、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）である、請求項７９に記載の阻
害剤；または請求項７９に記載の方法。

【請求項81】

前記骨髄増殖性新生物が、本態性血小板血症（ＥＴ）である、請求項７９に記載の阻害
剤；または請求項７９に記載の方法。

【請求項82】

前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄異形成症候群である、請求項７２および７４から７８のい
ずれか一項に記載の阻害剤；または請求項１から４６および７３から７８のいずれか一項
に記載の方法。

【請求項83】

前記骨髄異形成症候群が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－
Ｔ）である、請求項８２に記載の阻害剤；または請求項８２に記載の方法。

【請求項84】

処置される前記患者が、請求項１から４６のいずれか一項に記載の骨髄性悪性腫瘍を患
っているか、または請求項１から４６のいずれか一項に記載の骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いと評価される、請求項７２および７４から８３のいずれか一項に記載の阻害剤；または
請求項７３から８３のいずれか一項に記載の方法。

【請求項85】

医薬としての使用のための、請求項６２もしくは６３に記載のタンパク質、請求項６７
に記載の抗体、請求項６８から７１のいずれか一項に記載のｓｉＲＮＡ、または請求項７
２から７８のいずれか一項に記載の突然変異体カルレチクリンの阻害剤。

【請求項86】

請求項４７から５１および５７から６１のいずれか一項に記載の核酸を含むベクター。

【請求項87】

請求項４７から５１および５７から６１のいずれか一項に記載の核酸、または請求項８
６に記載のベクターを含む宿主細胞。

【請求項88】

請求項６２から６５に記載のポリペプチドを作製するための工程であって、請求項８７
に記載の宿主細胞を、前記ポリペプチドの発現を可能とする条件下で培養するステップと
、作製された前記ポリペプチドを培養物から回収するステップとを含む工程。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、骨髄性悪性腫瘍を診断するための方法であって、カルレチクリン遺伝子の突
然変異対立遺伝子の存在を決定するステップを含む、方法に関する。また、突然変異体カ
ルレチクリンのゲノム配列、ｃＤＮＡ配列、ｍＲＮＡ配列、およびタンパク質配列も、本
発明の対象である。さらに、本発明は、突然変異体カルレチクリンの阻害剤の医学的使用
に関する。

【背景技術】

【0002】

原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）、本態性血小板血症（ＥＴ）、および真性赤血球増加症（
ＰＶ）は、古典的なＢＣＲ－ＡＢＬ陰性骨髄増殖性新生物（ＭＰＮ）に属する、単クロー
ン性血液障害（Campbell & Green, 2006）である。２００５年における、ＪＡＫ２キナー
ゼ遺伝子内の体細胞突然変異の発見以来、ＭＰＮの分子診断、臨床管理、処置、および分
子的理解には、目覚ましい進歩がなされている。バリンからフェニルアラニンへの突然変
異（Ｖ６１７Ｆ）は、Ｊａｋ２キナーゼを構成的に活性化させる結果として、その基質（
Ｓｔａｔ５、Ｓｔａｔ３、Ｅｒｋなど）のリン酸化の増大をもたらし、骨髄細胞のサイト
カイン応答性の増大をもたらす（Baxter et al, 2005；James et al, 2005；Kralovics e
t al, 2005；Levine et al, 2005）。ＰＶにおけるＪＡＫ２エクソン１２内（Scott et a
l, 2007）、ならびにＰＭＦおよびＥＴにおける、トロンボポエチン受容体遺伝子ＭＰＬ
内（Pardanani et al, 2006；Pikman et al, 2006）など、さらなる突然変異の同定が、
すぐに続いてなされた。３つのＭＰＮの疾患実体は、それらの臨床症状が異なるが、多く
の分子特徴ならびに臨床特徴を共有する。ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆ突然変異は、それぞれ、
ＰＶ症例のうちの約９５％、ＰＭＦ症例のうちの６０％、およびＥＴ症例のうちの５０％
において存在する。ＪＡＫ２エクソン１２内の突然変異が、ＰＶ症例のうちの約３％に特
異的であるのに対し、ＭＰＬ突然変異は、ＰＭＦ（５％）およびＥＴ（３％）に限られる
。３つのＭＰＮ実体全てが、様々な程度で、血栓症、出血、および白血病性形質転換の素
因をなす（Sverdlow et al, 2008）。患者は、数年間にわたり、ＭＰＮの慢性期にとどま
りうるが、ＰＶおよびＥＴでは、疾患の進行は、続発性骨髄線維症の形態で生じ、様々な
程度の汎血球減少症を伴う加速期の発症に続いて、３つのＭＰＮ実体全てに影響を及ぼす
白血病性形質転換が生じる（Sverdlow et al, 2008）。

【0003】

体細胞突然変異は、ＭＰＮ性造血幹細胞のクローン進化全体の間に蓄積される。これら
の後天性遺伝子変化は、点突然変異、染色体損傷、および後成的欠損である可能性があり
、それら全てが、進化しつつあるクローンの適応度に寄与しうる（Klampfl et al, 2011
；Kralovics, 2008）。これらの突然変異は、多様な手段で増殖を加速化する場合もあり
、前駆細胞の分化能を低下させる場合もあり、それらのアポトーシスに対する感受性を低
下させる場合もある。これらの機構に影響を及ぼす突然変異は、ＭＰＮを含む様々な種類
の骨髄性悪性腫瘍（Milosevic & Kralovics, 2013）における、ＴＥＴ２（Delhommeau et
al, 2009）、ＥＺＨ２（Ernst et al, 2010）、ＤＮＭＴ３Ａ（Stegelmann et al, 2011
）、ＡＳＸＬ１（Stein et al, 2011）、およびＴＰ５３（Harutyunyan et al, 2011）な
どの遺伝子において記載されている。しかし、これまでのところ、ＪＡＫ２およびＭＰＬ
突然変異だけが、ＭＰＮに強く関連すると考えられており、それらはＭＰＮについての最
も有用な分子マーカーを表している。

【0004】

ＭＰＮの分子的発症機序の理解においてなされた進歩にも拘らず、ＰＭＦおよびＥＴを
伴う患者のうちの約半分は、ＪＡＫ２突然変異およびＭＰＬ突然変異の両方について陰性
であるので、診断のための分子マーカーを欠いている。

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

したがって、本発明の根底をなす技術上の問題は、骨髄性悪性腫瘍の診断のための手段
および方法の提供である。

【0006】

したがって、本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫
瘍を患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法に関する。

【課題を解決するための手段】

【0007】

技術上の問題は、特許請求の範囲において特徴づけられる実施形態の提供により解決さ
れる。

【0008】

本明細書の下記および付属の実施例で記載される通り、驚くべきことに、骨髄性悪性腫
瘍、好ましくは、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）および本態性血小板血症（ＥＴ）を患って
いる患者は、カルレチクリン（ＣＡＬＲ）遺伝子内に体細胞突然変異を有することが見出
されたので、本発明は、上記で同定された技術上の問題を解決する。別の驚くべき知見は
、ＭＰＮを伴う患者のＣＡＬＲ遺伝子内の、これらの骨髄細胞に特異的な体細胞突然変異
は、ＪＡＫ２突然変異およびＭＰＬ突然変異（かつて記載された、ＭＰＮにおける、疾患
の原因となる突然変異）の両方について陰性の患者と強く関連することであった。本明細
書で示される通り、ＣＡＬＲ突然変異は、ＪＡＫ２およびＭＰＬについて二重陰性である
、ＰＭＦ症例のうちの８８％、およびＥＴ症例のうちの６８％において見出されている。
したがって、本発明は、骨髄性悪性腫瘍についての信頼できる診断を提供する。本発明は
、ＪＡＫ２およびＭＰＬ突然変異について陰性の患者など、信頼できるマーカーが存在し
ない患者にとりわけ有用である。

【0009】

本明細書ではさらに、本明細書で提示される、カルレチクリン（ＣＡＬＲ）遺伝子内の
体細胞突然変異は、野生型カルレチクリンタンパク質と比較して、完全に異なる特徴を有
する、カルレチクリンタンパク質のＣ末端を結果としてもたらすことが見出された。これ
らの異なる特徴は、骨髄性悪性腫瘍、好ましくは、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）および本
態性血小板血症（ＥＴ）の発症を引き起こすか、またはこれに寄与すると考えられている
。

【0010】

本明細書で同定されるＣＡＬＲの突然変異は全て、タンパク質のＣ末端アミノ酸をコー
ドする最終端のエクソン９内にあり、主に、挿入／欠失突然変異である。突然変異の大半
は、ヘテロ接合性状態で存在し、代替的リーディングフレーム（図３Ａに示される、代替
的なフレーム１）へのフレームシフトを引き起こす。このフレームシフトは、カルレチク
リンのＣ末端の、負に帯電したアミノ酸（アスパラギン酸およびグルタミン酸に富む）の
、アルギニンおよびメチオニンに富む、主に正に帯電したポリペプチドによる置き換えを
結果としてもたらす。加えて、カルレチクリンの最終端の４アミノ酸（ＫＤＥＬ（配列番
号１３３１））は、小胞体（ＥＲ）保持シグナルを含有する。このシグナルは、突然変異
体カルレチクリン内に存在しないことから、突然変異体タンパク質は、ＥＲ内では、野生
型タンパク質と比較してそれほど代表的ではないことが示唆される。カルレチクリンの負
に帯電したＣ末端は、低アフィニティーで高キャパシティーのＣａ２＋結合性ドメインで
あるので、突然変異体タンパク質のＣａ２＋結合機能は失われていると考えられる。本明
細書では、ＣＡＬＲの主要な突然変異は、本明細書で規定される、１型および２型の突然
変異であることが裏付けられている（図３Ｅを参照されたい）。したがって、これらの突
然変異体および本発明に従うそれらの使用は好ましい。Ｃ末端をコードする核酸配列、な
らびに１型および２型のＣＡＬＲ突然変異のＣ末端のアミノ酸配列を、配列番号５～１２
に示す。本明細書では、１型および２型のＣＡＬＲ突然変異のさらなる核酸が開示される
。

【0011】

本発明は、以下の項目に関する。

【0012】

１．患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかど
うかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法。

【0013】

２．前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質
をコードする核酸を含む、
項目１に従う方法。

【0014】

３．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２に従う方法。

【0015】

４．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２または３に従う方法。

【0016】

５．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２～４のいずれか一項に従う方法。

【0017】

６．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２～５のいずれか一項に従う方法。

【0018】

７．カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、カルレチクリ
ン遺伝子のエクソン９を包含する領域内にある、項目１～６のいずれか一項に従う方法。

【0019】

８．前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、フレームシ
フト突然変異を有する、項目１～７のいずれか一項に従う方法。

【0020】

９．前記フレームシフト突然変異が、カルレチクリン遺伝子のエクソン９内にある、項
目８に従う方法。

【0021】

１０．前記フレームシフト突然変異が、１ヌクレオチドの欠失または２ヌクレオチドの
付加である、項目８または９に従う方法。

【0022】

１１．（１＋（３×ｎ_０））ヌクレオチドが、カルレチクリン遺伝子から欠失している
、項目８または９のいずれか一項に従う方法。

【0023】

１２．１、４、１９、２２、３１、３４、４６、５２ヌクレオチドが欠失している、項
目８、９、および１１のいずれか一項に従う方法。

【0024】

１３．１ヌクレオチドが欠失し、６ヌクレオチドが挿入されているか；
２ヌクレオチドが欠失し、４ヌクレオチドが挿入されているか；
３ヌクレオチドが欠失し、５ヌクレオチドが挿入されているか；
１２ヌクレオチドが欠失し、５ヌクレオチドが挿入されているか；
１８ヌクレオチドが欠失し、１１ヌクレオチドが挿入されているか；
１８ヌクレオチドが欠失し、１４ヌクレオチドが挿入されているか；
２０ヌクレオチドが欠失し、１ヌクレオチドが挿入されているか；
２８ヌクレオチドが欠失し、６ヌクレオチドが挿入されているか；
３５ヌクレオチドが欠失し、１ヌクレオチドが挿入されているか；または
３６ヌクレオチドが欠失し、２ヌクレオチドが挿入されている、
項目８、９、１１、および１２のいずれか一項に従う方法。

【0025】

１４．（２＋（３×ｎ_０））ヌクレオチドが、カルレチクリン遺伝子に挿入されている
、項目８または９に従う方法。

【0026】

１５．５ヌクレオチドが挿入されている、項目１４に従う方法。

【0027】

１６．前記カルレチクリン遺伝子が、
（ａ）配列番号２９０に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２８９に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、項目１～１５のいずれか一項に従う方法。

【0028】

１７．前記ヌクレオチドが、カルレチクリン遺伝子のエクソン９から欠失し、かつ／ま
たは、これに挿入されている、項目１０～１６のいずれか一項に従う方法。

【0029】

１８．カルレチクリン遺伝子の前記エクソン９が、
（ａ）配列番号４３６に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号４３５に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含む、項目９～１７のいずれか一項に従う方法。

【0030】

１９．前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、項目１～１８のいずれか一項に従う方法。

【0031】

２０．前記突然変異対立遺伝子が、ＤＮＡ、好ましくは、ゲノムＤＮＡである、項目１
～１９のいずれか一項に従う方法。

【0032】

２１．前記ＤＮＡの存在を、シークエンシングにより決定する、項目２０に従う方法。

【0033】

２２．患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいか
どうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、また
は骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法。

【0034】

２３．前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク
質をコードする核酸を含む、
項目２２に従う方法。

【0035】

２４．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２３に従う方法。

【0036】

２５．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２３または２４に従う方法。

【0037】

２６．前記カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２３～２５のいずれか一項に従う方法。

【0038】

２７．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目２３～２６のいずれか一項に従う方法。

【0039】

２８．前記対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、項目２２～２７のいずれか一項に従う方法。

【0040】

２９．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、項目２２～２８のいずれか一項に従う方法。

【0041】

３０．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、項目２２～２９のいずれか一項に従う方法。

【0042】

３１．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、項目２２～３０のいずれか一項に従う方法。

【0043】

３２．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、項目２２～３１のいずれか一項に従う方法。

【0044】

３３．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、項目２２～２８のいずれか一項に従う方
法。

【0045】

３４．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、項目２２～２８および３３のいずれか一
項に従う方法。

【0046】

３５．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、項目２２～２８、３３、および３４のい
ずれか一項に従う方法。

【0047】

３６．前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含む、項目２２～２８および３３～３５のいず
れか一項に従う方法。

【0048】

３７．前記遺伝子産物が、ｍＲＮＡである、項目２２～３６のいずれか一項に従う方法
。

【0049】

３８．前記ｍＲＮＡの存在または量を、リアルタイムＰＣＲ、逆転写酵素ＰＣＲ、全ト
ランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＲＮＡｓｅｑ）、ｉｎ ｓｉｔｕハ
イブリダイゼーション、またはマイクロアレイにより決定する、項目３７に従う方法。

【0050】

３９．リアルタイムＰＣＲまたは逆転写酵素ＰＣＲによる決定が、
（ｉ）試料中の核酸を１つまたは２つのオリゴヌクレオチドと接触させるステップと、
（ｉｉ）標的配列を含有する増幅産物を生成するステップと
をさらに含む、請求項３８に従う方法。

【0051】

４０．前記遺伝子産物が、タンパク質である、項目２２～２８および３３～３６のいず
れか一項に従う方法。

【0052】

４１．前記タンパク質の存在または量を、免疫組織化学（ＩＨＣ）、イムノアッセイ、
ゲルもしくはブロットベースの方法、ＩＨＣ、質量分析、フローサイトメトリー、または
ＦＡＣＳにより決定する、項目４０に従う方法。

【0053】

４２．前記患者が、ヒト患者である、項目１～４１のいずれか一項に従う方法。

【0054】

４３．前記試料が、骨髄試料である、項目１～４２のいずれか一項に従う方法。

【0055】

４４．前記試料が、血液試料である、項目１～４２のいずれか一項に従う方法。

【0056】

４５．前記骨髄試料が、生検により得られる、項目４３または４４に従う方法。

【0057】

４６．突然変異体カルレチクリンの阻害剤を、患者に投与するステップをさらに含む、
項目１～４５のいずれか一項に従う方法。

【0058】

４７．（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核
酸；
（ｂ）配列番号２に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸。

【0059】

４８．（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４
４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６
、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６
、１４０、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸
；
（ｂ）配列番号２、６、１０、１４、１８、２２、２６、３０、３４、３８、４２、４
６、５０、５４、５８、６２、６６、７０、７４、７８、８２、８６、９０、９４、９８
、１０２、１０６、１１０、１１４、１１８、１２２、１２６、１３０、１３４、１３８
、または１４２に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目４７に従う核酸。

【0060】

４９．（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３
２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３
６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４
０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示
されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９２、２９６、３００、３０４、３０８、３１２、３１６、３２０、
３２４、３２８、３３２、３３６、３４０、３４４、３４８、３５２、３５６、３６０、
３６４、３６８、３７２、３７６、３８０、３８４、３８８、３９２、３９６、４００、
４０４、４０８、４１２、４１６、４２０、４２４、４２８、または４３２に表示される
ヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目４７または４８に従う核酸。

【0061】

５０．（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１
７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２
１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２
５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示
されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４６、１５０、１５４、１５８、１６２、１６６、１７０、１７４、
１７８、１８２、１８６、１９０、１９４、１９８、２０２、２０６、２１０、２１４、
２１８、２２２、２２６、２３０、２３４、２３８、２４２、２４６、２５０、２５４、
２５８、２６２、２６６、２７０、２７４、２７８、２８２、または２８６に表示される
ヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目４７～４９のいずれか一項に従う核酸。

【0062】

５１．ｃＤＮＡである、項目４７～５０のいずれか一項に従う核酸。

【0063】

５２．（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核
酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸。

【0064】

５３．（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４
４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６
、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６
、１４０、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸
；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４
７、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９
、１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９
、または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目５２に従う核酸。

【0065】

５４．（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３
２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３
６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４
０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示
されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、
３２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、
３６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、
４０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示される
ヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目５２または５３に従う核酸。

【0066】

５５．（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１
７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２
１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２
５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示
されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、
１７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、
２１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、
２５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示される
ヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目５２または５４に従う核酸。

【0067】

５６．ｍＲＮＡである、項目５２～５５のいずれか一項に従う核酸。

【0068】

５７．（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核
酸；
（ｂ）配列番号１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸。

【0069】

５８．（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４
４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６
、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６
、１４０、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸
；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５
、４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、
１０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、
または１４１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目５７に従う核酸。

【0070】

５９．（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３
２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３
６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４
０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示
されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９１、２９５、２９９、３０３、３０７、３１１、３１５、３１９、
３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３４３、３４７、３５１、３５５、３５９、
３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３８３、３８７、３９１、３９５、３９９、
４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４２３、４２７、または４３１に表示される
ヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目５７または５８に従う核酸。

【0071】

６０．（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１
７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２
１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２
５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示
されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、
１７７、１８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、
２１７、２２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、
２５７、２６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、または２８５に表示される
ヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目５７～５９のいずれか一項に従う核酸。

【0072】

６１．ゲノムＤＮＡである、項目５７～６０のいずれか一項に従う核酸。

【0073】

６２．（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によ
りコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク
質
からなる群から選択されるタンパク質。

【0074】

６３．（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、
１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３
４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１
、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、
７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８
７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３
、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７
、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０
、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または
１４３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク
質
からなる群から選択される、項目６２に従うタンパク質。

【0075】

６４．（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３
００、３０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３
１３、３１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３
２７、３２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３
４０、３４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３
５３、３５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３
６７、３６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３
８０、３８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３
９３、３９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４
０７、４０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４
２０、４２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、ま
たは４３３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、
３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、
３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、
４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるア
ミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、
３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、
３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、
４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるア
ミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク
質
からなる群から選択される、項目６２または６３に従うタンパク質。

【0076】

６５．（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１
５４、１５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１
６７、１６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１
８１、１８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１
９４、１９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２
０７、２０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２
２１、２２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２
３４、２３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２
４７、２４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２
６１、２６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２
７４、２７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、ま
たは２８７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるア
ミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるア
ミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク
質
からなる群から選択される、項目６２～６４のいずれか一項に従うタンパク質。

【0077】

６６．項目６２または６３に従うタンパク質を含むワクチン。

【0078】

６７．項目６２～６５のいずれか一項のタンパク質に特異的に結合する抗体。

【0079】

６８．項目５２～５６のいずれか一項の核酸を特異的にターゲティングするｓｉＲＮＡ
。

【0080】

６９．少なくとも１０の連続した塩基を含む核酸分子からなる、項目６８に従うｓｉＲ
ＮＡ。

【0081】

７０．連続した塩基のうちの最大１０％が、非相補的である、項目６８または６９に従
うｓｉＲＮＡ。

【0082】

７１．５’端における少なくとも１つの塩基および／または３’端における少なくとも
１つの塩基をさらに含む、項目６８～７０のいずれか一項に従うｓｉＲＮＡ。

【0083】

７２．骨髄性悪性腫瘍の処置における使用のための、突然変異体カルレチクリンの阻害
剤。

【0084】

７３．骨髄性悪性腫瘍患者を処置するための方法であって、有効量の突然変異体カルレ
チクリンの阻害剤を、患者に投与するステップを含む、方法。

【0085】

７４．前記突然変異体カルレチクリンが、項目６２～６５のいずれか一項で規定された
突然変異体カルレチクリンタンパク質である、項目７２に従う阻害剤、または項目４６も
しくは７３に従う方法。

【0086】

７５．前記阻害剤が、抗体である、項目７２もしくは７４に従う阻害剤、または項目５
６、７３、もしくは７４に従う方法。

【0087】

７６．前記阻害剤が、細胞外結合性パートナー、低分子結合性分子、アプタマー、およ
びイントラマーからなる群から選択される、項目７２もしくは７４に従う阻害剤、または
項目５６、７３、もしくは７４に従う方法。

【0088】

７７．前記突然変異体カルレチクリンが、項目５２～５６のいずれか一項で規定された
核酸である、項目７２に従う阻害剤、または項目４６もしくは７３に従う方法。

【0089】

７８．前記阻害剤が、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ、ｄｓＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｔＲＮＡ
、およびアンチセンス分子からなる群から選択される、項目７２もしくは７７に従う阻害
剤、または項目４６、７３、および７７のいずれか一項に従う方法。

【0090】

７９．前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄増殖性新生物である、項目７２および７４～７８の
いずれか一項に従う阻害剤；または項目１～４６および７３～７８のいずれか一項に従う
方法。

【0091】

８０．前記骨髄増殖性新生物が、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）である、項目７９に従う
阻害剤；または項目７９に従う方法。

【0092】

８１．前記骨髄増殖性新生物が、本態性血小板血症（ＥＴ）である、項目７９に従う阻
害剤；または項目７９に従う方法。

【0093】

８２．前記骨髄性悪性腫瘍が、骨髄異形成症候群である、項目７２および７４～７８の
いずれか一項に従う阻害剤；または項目１～４６および７３～７８のいずれか一項に従う
方法。

【0094】

８３．前記骨髄異形成症候群が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡ
ＲＳ－Ｔ）である、項目８２に従う阻害剤；または項目８２に従う方法。

【0095】

８４．処置される患者が、項目１～４６のいずれか一項に従う骨髄性悪性腫瘍を患って
いるか、または項目１～４６のいずれか一項に従う骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価さ
れる、項目７２および７４～８３のいずれか一項に従う阻害剤；または項目７３～８３の
いずれか一項に従う方法。

【0096】

８５．医薬としての使用のための、項目６２もしくは６３に従うタンパク質、項目６７
に従う抗体、項目６８～７１のいずれか一項に従うｓｉＲＮＡ、または項目７２～７８の
いずれか一項で規定された突然変異体カルレチクリンの阻害剤。

【0097】

８６．項目４７～５１および５７～６１のいずれか一項に従う核酸を含むベクター。

【0098】

８７．項目４７～５１および５７～６１のいずれか一項に従う核酸、または項目８６に
従うベクターを含む宿主細胞。

【0099】

８８．項目６２～６５に従うポリペプチドを作製するための工程であって、項目８７に
従う宿主細胞を、ポリペプチドの発現を可能とする条件下で培養するステップと、作製さ
れたポリペプチドを培養物から回収するステップとを含む工程。

【発明を実施するための形態】

【0100】

本明細書で提示されるＣＡＬＲ突然変異の、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、ｃＤＮＡ、および
タンパク質のレベルにおける検出は、骨髄性悪性腫瘍の診断、例えば、患者が骨髄性悪性
腫瘍を有するかどうか、どの種類の骨髄性悪性腫瘍であるのか、および疾患の具体的な特
徴についての診断に有用である。

【0101】

本明細書で使用される「診断」とは、とりわけ、疾病の性格の同定または症状の根底を
なす生理学的もしくは病理学的問題の同定を指す。したがって、「骨髄性悪性腫瘍の診断
」とは、（ａ）患者が骨髄性悪性腫瘍を有するかどうか、および／または（ｂ）どの種類
の骨髄性悪性腫瘍であるのか、および／または（ｃ）具体的な骨髄性悪性腫瘍の特徴を決
定することを指す。診断は、例えば、症状の検討および／または補完的な検査（例えば、
細胞遺伝学的または分子的検査）に基づき実施することができる。

【0102】

本明細書では、「患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているかどうかを評価すること」およ
び「骨髄性悪性腫瘍を診断すること」という用語を互換的に使用することができる。診断
はまた、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうか、すなわち、患者に、骨髄性悪性
腫瘍を発症する危険性があるかどうかの評価も含みうるか、またはこれにも関しうる。

【0103】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法に関する。

【0104】

本明細書で提示される方法は、試料を患者から得るステップを含みうる。「～を得るこ
と」は、第三者により提供される試料の受領を包含する。例えば、血液または骨髄は、患
者から採取し、適切なレセプタクルに入れ、次いで、解析に供することができる。

【0105】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いかどうかを評価するための方法であって、
－試料を前記患者から得るステップと、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法に関する。

【0106】

本発明に従い、カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子が、前記患
者に由来する試料中、好ましくは、血液試料中に存在する場合に、患者を骨髄性悪性腫瘍
について「陽性」と評価する。

【0107】

本明細書で使用される「骨髄性悪性腫瘍」という用語は、骨髄性血液系統に影響を及ぼ
すクローン性血液疾患であって、慢性の臨床経過を伴う疾患および急性の臨床経過を伴う
疾患を含む、疾患を指す。骨髄性悪性腫瘍は、骨髄増殖性新生物、骨髄異形成症候群、お
よび急性骨髄性白血病を含む。本明細書では、骨髄性悪性腫瘍は、骨髄増殖性新生物、特
に、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）もしくは本態性血小板血症（ＥＴ）、または骨髄異形成
症候群、特に、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）であるこ
とが好ましい。

【0108】

したがって、骨髄性悪性腫瘍の診断は、疾患の亜型をさらに診断することでありうる。
さらなる実施形態では、診断では、血液化学、細胞学、および遺伝子解析など、さらなる
検査を組み合わせて活用する。骨髄増殖性新生物の性格に応じて、さらなる診断検査は、
赤血球量の決定（赤血球増加症のための）、骨髄吸引物および穿孔器生検、動脈血酸素飽
和度および一酸化炭素ヘモグロビンレベル、好中球アルカリホスファターゼレベル、ビタ
ミンＢ１２（またはＢ１２結合能）、ならびに血清尿酸を含みうる。遺伝子検査は、診断
においてますます重要となりつつあることが分かっている。

【0109】

以下の疾患を診断するには、以下の検査が従来行われている。例えば、Vardiman, et a
l. (2009). "The 2008 revision of the World Health Organization (WHO) classificat
ion of myeloid neoplasms and acute leukemia: Rationale and important changes". B
lood 114 (5): 937-51を参照されたい。

【0110】

慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）
３つの切断点：
・ｕ－ＢＣＲ－ＡＢＬ（ｐ２３０）：通例の好中球増加症および好塩基球増加症を伴う、
ＣＭＬをもたらす
・ｍｉｎｏｒ－ＢＣＲ－ＡＢＬ（ｐ１９０）：通例Ｂ前駆細胞性ＡＬＬであり、まれにＴ
前駆細胞性ＡＬＬである、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）となる傾向を有する、ＣＭ
Ｌをもたらす
・ｍａｊｏｒ－ＢＣＲ－ＡＢＬ（ｐ２１０）：正常な通例の切断点
を有するＢＣＲ－ＡＢＬ転座である、フィラデルフィア染色体における規定的な転座ｔ（
９；２２）を伴う

【0111】

本態性血小板血症（ＥＴ）
ＥＴは、症例のうちの最大５５％において、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ突然変異、および症例
のうちの最大５％において、ＭＰＬ（トロンボポエチン受容体）突然変異と関連する。
・細胞期－線維症を伴う大型の巨核球は増大させるが、他の骨髄エレメントの増大は小さ
い
・線維期－骨髄エレメントを欠如させた膠原線維症

【0112】

これらの障害は、より特異的な遺伝子突然変異と、どのくらいの頻度で患者が線維性骨
髄事象に至るのかとに従い、なおも見直されつつある。

【0113】

真性赤血球増加症（ＰＶ）
ＰＶは、症例のうちの９５％超において、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ突然変異と関連すること
が最も多いが、残りの症例は、ＪＡＫ２エクソン１２突然変異を有する。
・細胞期－クラスター化する巨核球の増大、レチクリン線維症、後期トリクロム線維症、
ならびに骨髄前駆細胞および赤血球前駆細胞の増大
・線維期－骨髄エレメントを欠如させた膠原線維症

【0114】

原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）
ＰＭＦは、症例のうちの最大５０％において、ＪＡＫ２Ｖ６１７Ｆ突然変異、症例のう
ちの１～２％において、ＪＡＫ２エクソン１２突然変異、および症例のうちの最大５％に
おいて、ＭＰＬ（トロンボポエチン受容体）突然変異と関連する。
・細胞期－クラスター化する巨核球の増大、レチクリン線維症、後期トリソミー（膠原）
線維症、および骨髄前駆細胞の増大
・線維期－骨髄エレメントを欠如させた膠原線維症

【0115】

顕著な血小板増加症と関連する環状鉄芽球を伴う不応性貧血（ＲＡＲＳ－Ｔ）は、骨髄
性悪性腫瘍と考えられることが多い。ＲＡＲＳ－Ｔの診断は従来、血液学および細胞学、
骨髄の解析、ならびにｄｅｌ（５ｑ）、ｔ（３；３）（ｑ２１；ｑ２６）またはｉｎｖ（
３）（ｑ２１；ｑ２６）など、核型異常の欠如を伴いうる。Broseus et al. "Clinical f
eatures and course of refractory anemia with ring sideroblast associated with ma
rked thrombocytosis" Haematologica 9 (7): 1036-1041 (2012)を参照されたい。

【0116】

骨髄性悪性腫瘍の種類は、診断および処置の指針となるが、個々の悪性腫瘍は、処置の
予後および経過をさらに決定する、特異的な突然変異を有しうる。遺伝子マーカーは、疾
患の根底的な発症機序を明らかにすることが多いため、特に有用である。

【0117】

本明細書で記載される、カルレチクリン遺伝子の１つ（または複数）の突然変異対立遺
伝子またはそれらの遺伝子産物の存在の決定は、単独解析として実施することができる。
代替的に、この解析は、ＪＡＫ２およびＭＰＬ突然変異など、骨髄性悪性腫瘍についての
他のマーカーについての解析を後続させることもでき、先行させることもできる。例えば
、骨髄増殖性新生物（および、特に、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）または本態性血小板血
症（ＥＴ））など、骨髄性悪性腫瘍を患っていることが疑われる患者は、まずＪＡＫ２突
然変異（特に、Ｖ６１７Ｆ突然変異）について検査することができる。それらを検査して
、ＪＡＫ２突然変異について陰性であれば、突然変異体カルレチクリンについて検査する
ことができる。次いで、それらを検査して、突然変異体カルレチクリンについて陰性であ
れば、ＭＰＬ突然変異、例えば、ＭＰＬ遺伝子のエクソン１０内の突然変異について検査
することができる。当然ながら、さらなるマーカーもまた検査することができる。本明細
書ではまた、ＪＡＫ２突然変異、突然変異体カルレチクリン、および／またはＭＰＬ突然
変異について検査する、異なる順序または方式、ならびに、任意選択で、さらなるマーカ
ーも想定されている。例えば、骨髄性悪性腫瘍についてのさらなる診断または予後診断評
価のために、陽性のＪＡＫ２突然変異検査の後で、突然変異体カルレチクリンについての
検査を行う（および逆の順序で行う）ことができる。また、このようなマーカーについて
の同時的決定も、ＪＡＫ２突然変異および突然変異体カルレチクリン（および、任意選択
で、さらなるマーカー）についての同時的検査、またはＪＡＫ２突然変異、突然変異体カ
ルレチクリン、およびＭＰＬ突然変異（および、任意選択で、さらなるマーカー）につい
ての同時的検査と同様に想定される。骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性
腫瘍を患いやすい患者（または患者に由来する試料）は、ＪＡＫ２突然変異およびＭＰＬ
突然変異の両方について陰性である、すなわち、ＪＡＫ２およびＭＰＬの突然変異は、本
発明に従い、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価
された患者において存在しないことが好ましい。言い換えると、本発明に従い、骨髄性悪
性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価された患者（または患
者に由来する試料）は、野生型ＪＡＫ２およびＭＰＬを存在させていることが好ましい。
さらなる診断のためには、さらなるマーカー／検査の使用が想定される。例えば、日常的
な骨髄検査を使用することができる。骨髄検査のような、このような、さらなるマーカー
／検査は、例えば、陽性の突然変異体カルレチクリン検査を検証するために使用すること
もでき、例えば、陰性の突然変異体カルレチクリン検査を追跡することもできる。

【0118】

ＪＡＫ２およびＭＰＬの野生型の核酸配列およびアミノ酸配列は公知であり、ＮＣＢＩ
など、それぞれのデータベースから導出することができる。野生型ＪＡＫ２の例示的な核
酸配列およびアミノ酸配列は、それぞれ、ＮＭ＿００４９７２．３（ＪＡＫ２ ｃＤＮＡ
）およびＮＰ＿００４９６３．１（ＪＡＫ２タンパク質）に示されている。野生型ＭＰＬ
の例示的な核酸配列およびアミノ酸配列は、ＮＭ＿００５３７３．２（ＭＰＬ ｃＤＮＡ
）およびＮＰ＿００５３６４．１（ＭＰＬタンパク質）に示されている。

【0119】

骨髄性悪性腫瘍内のＪＡＫ２およびＭＰＬの突然変異については、本明細書の上記で記
載した。このような突然変異は、例えば、ＪＡＫ２のＶ６１７Ｆ突然変異（ＪＡＫ２のア
ミノ酸配列の６１７位における、バリンからフェニルアラニンへの突然変異）、ＪＡＫ２
をコードする核酸配列のエクソン１２内の突然変異、および／またはＭＰＬのエクソン１
０内の突然変異である。

【0120】

バリンからフェニルアラニンへの（Ｖ６１７Ｆ）突然変異は、Baxter et al, 2005；Ja
mes et al, 2005；Kralovics et al, 2005；Levine et al, 2005において開示されている
。ＰＶにおける、ＪＡＫ２エクソン１２内の突然変異、ならびにＰＭＦおよびＥＴにおけ
る、トロンボポエチン受容体遺伝子ＭＰＬ内の突然変異は、それぞれ、Scott et al, 200
7およびPardanani et al, 2006；Pikman et al, 2006において開示されている。これらの
参考文献の全ては、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。

【0121】

ＪＡＫ２およびＭＰＬ突然変異の存在は、ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆ（ｒｅｆ）についての
対立遺伝子特異的ＰＣＲ、ならびにＪＡＫ２のエクソン１２およびＭＰＬのエクソン１０
についてのサンガーシークエンシングにより除外することができる。この文脈で使用しう
る、例示的なプロトコールは、参照により本明細書に組み込まれる、Kralovics R, Teo S
S, Li S, Theocharides A, Buser AS, Tichelli A, Skoda RC. Acquisition of the V617
F mutation of JAK2 is a late genetic event in a subset of patients with myelopro
liferative disorders. Blood. 2006 Aug 15;108 (4):1377-80. Epub 2006 May 4におい
て開示されている。

【0122】

したがって、本発明は、突然変異体カルレチクリンについて陽性であり、突然変異体Ｊ
ＡＫ２および突然変異体ＭＰＬについて陰性であると評価される、新規の骨髄性悪性腫瘍
患者群（または、言い換えれば、新規の骨髄性悪性腫瘍患者群を、突然変異体カルレチク
リンについて陽性であり、野生型ＪＡＫ２および野生型ＭＰＬについて陽性であると評価
する）を提供する。

【0123】

好ましい実施形態では、本発明の方法は、
－患者に由来する試料中の野生型ＪＡＫ２タンパク質または野生型ＪＡＫ２核酸の存在を
決定するステップおよび／または、
－患者に由来する試料中の、野生型ＭＰＬタンパク質または野生型ＭＰＬ核酸の存在を決
定するステップ
を含む。

【0124】

特に好ましい実施形態では、本発明の方法は、
－患者に由来する試料中の野生型ＪＡＫ２タンパク質または野生型ＪＡＫ２核酸の存在を
決定するステップと、
－患者に由来する試料中の、野生型ＭＰＬタンパク質または野生型ＭＰＬ核酸の存在を決
定するステップと
を含む。

【0125】

上記の、患者に由来する試料中の野生型ＪＡＫ２タンパク質または野生型ＪＡＫ２核酸
の存在を決定するステップ；および／または患者に由来する試料中の、野生型ＭＰＬタン
パク質または野生型ＭＰＬ核酸の存在を決定するステップは、本明細書で提示および規定
される通り、前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変
異対立遺伝子の存在を決定するステップの前に実施することもでき、この後で実施するこ
ともできる。

【0126】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－患者に由来する試料中の野生型ＪＡＫ２タンパク質または野生型ＪＡＫ２核酸の存在を
決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法に関する。

【0127】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－前記患者に由来する試料中の野生型ＭＰＬタンパク質または野生型ＭＰＬ核酸の存在を
決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法に関する。

【0128】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－前記患者に由来する試料中の野生型ＪＡＫ２タンパク質または野生型ＪＡＫ２核酸の存
在を決定するステップと、
－前記患者に由来する試料中の野生型ＭＰＬタンパク質または野生型ＭＰＬ核酸の存在を
決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法に関する。

【0129】

本発明の方法は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているかどうかの評価だけに関するこ
とが好ましい。

【0130】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているかどうかを評価するための方法であっ
て、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っていると評価するステップと
を含む方法に関する。

【0131】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含む方法に関する。

【0132】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含む方法に関する。

【0133】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症を患っているか、ま
たは環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症を患いやすいかどうかを評価するため
の方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症を患っているか、または環状鉄
芽球を伴う不応性貧血および血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含む方法に関する。

【0134】

本明細書で提示される方法は、患者に由来する試料中の、カルレチクリン遺伝子の、好
ましくは、ただ１つの突然変異対立遺伝子の存在を決定するステップを含む。方法は、ｉ
ｎ ｖｉｔｒｏ法であることが好ましい。本明細書で提示および開示される、カルレチク
リン遺伝子の突然変異は、体細胞突然変異である。これらの突然変異は、ホモ接合性の状
態で存在する場合もあり、ヘテロ接合性の状態で存在する場合もあるが、ヘテロ接合性の
状態で存在することが好ましい。

【0135】

カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子は、突然変異体カルレチク
リンタンパク質をコードする核酸を含みうる。本明細書で開示および提示される、突然変
異体カルレチクリンタンパク質は、共通のＣ末端アミノ酸配列を特徴とする。例えば、実
施例の表２から明らかな通り、突然変異体カルレチクリンタンパク質のＣ末端は、共通の
最小配列を有する。前記共通の最小配列は、配列番号４に表示されるアミノ酸配列に示さ
れ、配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされ
る。

【0136】

したがって、本発明に従い使用される、突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される。

【0137】

一実施形態では、本発明に従い使用される、突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号１、２、もしくは３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコード
されるタンパク質；または
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質である。

【0138】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0139】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、もしくは３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコード
されるタンパク質；または
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
である、方法に関する。

【0140】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0141】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、もしくは３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコード
されるタンパク質；または
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
である、方法に関する。

【0142】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0143】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、もしくは３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコード
されるタンパク質；または
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
である、方法に関する。

【0144】

本明細書で提示および使用される、突然変異体カルレチクリンタンパク質は、配列番号
４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、
６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０
８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０、および１４４
に示される、特徴的なＣ末端を有する。これらのＣ末端は、配列番号４に示されるアミノ
酸配列を含む。

【0145】

突然変異体カルレチクリンタンパク質は、上記に従い、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択することができる。

【0146】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0147】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0148】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0149】

一実施形態では、突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質からなる群から選択される。

【0150】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0151】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質からなる群から選択される、方
法に関する。

【0152】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0153】

本明細書では、３６種類の突然変異体カルレチクリンタンパク質が同定されている（全
長突然変異体カルレチクリンタンパク質のＣ末端を示す表２を参照されたい）。これらの
突然変異体タンパク質は、配列番号４に示される、それらの共通の特徴的なＣ末端により
１つにまとめられる。突然変異体カルレチクリンタンパク質の全長配列は、配列番号１４
８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８
８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２
８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６
８、２７２、２７６、２８０、２８４、および２８８に示されている。

【0154】

したがって、本明細書で提示および使用される、突然変異体カルレチクリンタンパク質
は、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択することができる。

【0155】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0156】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0157】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0158】

一実施形態では、本明細書で提示および使用される、突然変異体カルレチクリンタンパ
ク質は、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質からなる群から選択することができる。

【0159】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0160】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0161】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0162】

本明細書では、同定された突然変異が、カルレチクリン遺伝子のエクソン９内で生じる
ことが示されている。したがって、以下は、野生型カルレチクリン遺伝子内およびそのエ
クソン９内の突然変異に関する。

【0163】

野生型カルレチクリン遺伝子は、周知である。その核酸配列およびアミノ酸配列は、受
託番号ＮＧ＿０２９６６２．１（遺伝子）およびＮＰ＿００４３３４．１（タンパク質）
の下に、ＮＣＢＩのようなデータベースから得ることができる。

【0164】

野生型カルレチクリン遺伝子の例示的な核酸配列を、配列番号２８９に示す。対応する
アミノ酸配列を、配列番号２９０に示す。

【0165】

したがって、野生型カルレチクリン遺伝子は、
（ａ）配列番号２９０に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２８９に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含みうる。

【0166】

カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子は、上記で記載されたカル
レチクリン遺伝子のエクソン９を包含する領域内に存在しうる。カルレチクリン遺伝子の
エクソン９の野生型核酸配列を、配列番号４３５に示す。対応する野生型アミノ酸配列を
、配列番号４３６に示す。

【0167】

上記に従い、野生型カルレチクリン遺伝子のエクソン９は、
（ａ）配列番号４３６に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号４３５に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される配列を含みうる。

【0168】

本明細書で示される通り（例えば、表２を参照されたい）、本明細書で提示されるカル
レチクリン遺伝子の突然変異対立遺伝子は、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、フ
レームシフト突然変異を有する。フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝
子のエクソン９内に存在しうる。フレームシフト突然変異に起因して、野生型カルレチク
リン遺伝子のオープンリーディングフレームは、もはや使用されず、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質の特徴的なＣ末端の生成をもたらす、代替的なフレーム１が使用される
（突然変異体タンパク質の共通の最小のアミノ酸配列を、配列番号４に示す）。

【0169】

フレームシフト突然変異は、突然変異体タンパク質が、特徴的なＣ末端（配列番号４に
示される）またはその断片を含むことを条件として、１または複数のヌクレオチドの欠失
により引き起こすこともでき、２つ以上のヌクレオチドの挿入により引き起こすこともで
き、１または複数のヌクレオチドの挿入および欠失の組合せにより引き起こすこともでき
る。

【0170】

例えば、フレームシフト突然変異とは、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特
に、そのエクソン９からの、１ヌクレオチドの欠失、または野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、２ヌクレオチドの挿入である（またはこれら
により引き起こされる）。

【0171】

例えば、（１＋（３×ｎ_０））ヌクレオチドは、カルレチクリン遺伝子から（またはそ
のエクソン９から）欠失させることができる［式中、ｎ_０は、ゼロを含む任意の自然数で
ありうる］。本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核
酸を生成するのに、カルレチクリン遺伝子から（またはそのエクソン９から）欠失させう
る、ヌクレオチドの数の非限定的な例は、１、４、１９、２２、３１、３４、４６、５２
ヌクレオチドである。

【0172】

同様に、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９への、２ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこれにより引き起こさ
れうる）。したがって、（２＋（３×ｎ_０））ヌクレオチドを、カルレチクリン遺伝子に
（またはそのエクソン９に）挿入することができる［式中、ｎ_０は、ゼロを含む任意の自
然数でありうる］。例えば、５ヌクレオチドを、カルレチクリン遺伝子に（またはそのエ
クソン９に）挿入して、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質をコ
ードする核酸を生成することができる。

【0173】

フレームシフト突然変異はまた、結果として得られる突然変異体タンパク質が、特徴的
なＣ末端（配列番号４に示される）またはその断片を含むことを条件として、野生型カル
レチクリン遺伝子への１または複数のヌクレオチドの挿入と、野生型カルレチクリン遺伝
子からの１または複数のヌクレオチドの欠失と（またはそのエクソン９への挿入とこれか
ら欠失と）の組合せによっても引き起こすことができる。

【0174】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、１ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子の
コード配列、特に、そのエクソン９への、６ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこれ
らにより引き起こされうる）。

【0175】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、２ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子の
コード配列、特に、そのエクソン９への、４ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこれ
らにより引き起こされうる）。

【0176】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、３ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子の
コード配列、特に、そのエクソン９への、５ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこれ
らにより引き起こされうる）。

【0177】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、１２ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、５ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこ
れらにより引き起こされうる）。

【0178】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、１８ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、１１ヌクレオチドの挿入でありうる（または
これらにより引き起こされうる）。

【0179】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、１８ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、１４ヌクレオチドの挿入でありうる（または
これらにより引き起こされうる）。

【0180】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、２０ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、１ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこ
れらにより引き起こされうる）。

【0181】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、２８ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、６ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこ
れらにより引き起こされうる）。

【0182】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、３５ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、１ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこ
れらにより引き起こされうる）。

【0183】

例えば、フレームシフト突然変異は、野生型カルレチクリン遺伝子のコード配列、特に
、そのエクソン９からの、３６ヌクレオチドの欠失、および野生型カルレチクリン遺伝子
のコード配列、特に、そのエクソン９への、２ヌクレオチドの挿入でありうる（またはこ
れらにより引き起こされうる）。

【0184】

突然変異体カルレチクリンタンパク質の特徴的なＣ末端（突然変異体タンパク質の共通
の最小のアミノ酸配列を、配列番号４に示す）またはその断片の生成を結果としてもたら
す、挿入／欠失発明のさらなる組合せは、たやすく察知される。

【0185】

上記で記載された挿入、欠失、および挿入／欠失の組合せに起因して、フレームシフト
が、野生型カルレチクリン遺伝子、および、特に、そのエクソン９（のコード配列）に導
入される。したがって、本明細書で開示され、本発明に従い使用される、突然変異体カル
レチクリンタンパク質は、これらの突然変異体のエクソン９配列によりコードされる、突
然変異体のアミノ酸の連なりを含む。

【0186】

したがって、突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択することができる。

【0187】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0188】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0189】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0190】

一実施形態では、突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質からなる群から選択される。

【0191】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0192】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0193】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0194】

カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子の存在は、ゲノムレベル、
ｍＲＮＡレベル、またはタンパク質レベルで評価することができる。

【0195】

カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子の存在を、ゲノムレベルで
評価する場合、突然変異対立遺伝子は、ＤＮＡ、好ましくは、ゲノムＤＮＡを含むかまた
はこれからなりうる。

【0196】

例えば、突然変異対立遺伝子は、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含みうる。

【0197】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規
定された突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、方法に関する。

【0198】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規
定された突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、方法に関する。

【0199】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規
定された突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、方法に関する。

【0200】

一実施形態では、前記突然変異対立遺伝子は、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；および
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む。

【0201】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規
定された突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；および
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、方法に関する。

【0202】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患いやすいと評
価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、上記で規定された突
然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリン対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；および
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、方法に関する。

【0203】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っている
か、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすい
と評価するステップと
を含み、
カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規
定された突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；および
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含む、方法に関する。

【0204】

突然変異解析のために日常的に援用される任意の方法を、本発明に従い使用することが
できる。ゲノムレベルにおける突然変異対立遺伝子の存在は、例えば、シークエンシング
（サンガーシークエンシング、例えば、二方向サンガーシークエンシングなど）および／
またはＰＣＲサイズ決定アッセイ（すなわち、ＰＣＲに続いて、例えば、（高密度アガロ
ースゲル電気泳動のような）アガロースゲル電気泳動を介する断片解析を行う）など、Ｐ
ＣＲベースの検出戦略により決定することができる。

【0205】

核酸内の突然変異の検出は、直接シークエンシング、ゲノムＤＮＡの制限断片長多型同
定（ＲＦＬＰＩ）、ランダム増幅多型検出（ＲＡＰＤ）、増幅断片長多型検出（ＡＦＬＰ
Ｄ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＤＮＡシークエンシング、対立遺伝子特異的オ
リゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブ、ＤＮＡマイクロアレイまたはビーズとのハイブリ
ダイゼーション、高解像度溶融（ＨＲＭ）、およびＴａｑＭａｎプローブ原理を含む、当
技術分野で公知の方法により実施することができる。核酸は、ゲノムＤＮＡ、増幅された
ゲノムＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、または増幅されたｃＤＮＡでありうる。

【0206】

シークエンシングは、特異的に増幅された核酸に対して実施することが典型的である。
断片サイズ解析では、ＰＣＲ後における単位複製配列のサイズの差異を使用することが典
型的である。高解像度溶融（ＨＲＭ）は、二本鎖ＤＮＡの溶融点を正確に測定することに
より、ＤＮＡ内の突然変異を検出する（Gundry et al., “Amplicon Melting Analysis w
ith Labeled Primers: A Closed-Tube Method for Differentiating Homozygotes and He
terozygotes” Clinical Chemistry 49: 396-406 (2003)）。使用者は、彼らの目的の突
然変異が存在するＤＮＡ領域を増幅するのに、ＰＣＲを使用することが典型的である。次
いで、増幅されたＤＮＡを、鎖が分離されるまで、約５０℃から約９５℃まで正確に加熱
する。この工程は、蛍光色素でモニタリングすることが典型的である。

【0207】

本明細書で援用されうる１つの手法では、断片サイズ解析を使用した後で、シークエン
シングを行うかまたは行わずにおく。上述の通り、例えば、突然変異体カルレチクリンの
ゲノムＤＮＡを鋳型として使用するＰＣＲアッセイを、ＤＮＡの増幅に使用することがで
きる。その後、増幅されたＤＮＡを、例えば、アガロースゲル電気泳動を介する断片解析
にかけることができる。

【0208】

突然変異対立遺伝子の存在を、ｍＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルで決定するため
の方法は、下記にさらに記載する。

【0209】

ｍＲＮＡには、ＤＮＡのために使用された方法と同じ方法のうちの多くを、ｃＤＮＡを
生成する逆転写の後で実施することができる。他の方法は、リアルタイムＰＣＲ、逆転写
酵素ＰＣＲ、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＲＮＡｓｅｑ）、
ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、またはマイクロアレイを含む。リアルタイムＰ
ＣＲは、目的の配列を同時に増幅および検出する。特異的なプライマーおよび蛍光標識の
使用により、野生型と突然変異とを識別することができる。

【0210】

タンパク質は、免疫組織化学（ＩＨＣ）、イムノアッセイ、ゲルもしくはブロットベー
スの方法、質量分析、フローサイトメトリー、または蛍光活性化細胞分取（ＦＡＣＳ）を
含む方法により解析することができる。多くの方法は、抗体または抗体のセットの、野生
型形態と突然変異体形態の差異を検出する目的のタンパク質への結合をモニタリングする
。質量分析は、根底をなす配列についての情報を明らかにする、タンパク質およびその断
片のサイズの差異を検出する。例えば、実施例２で示される通り、突然変異体カルレチク
リンタンパク質に特異的に結合するポリクローナル抗体を使用することができる。

【0211】

本発明はまた、骨髄性悪性腫瘍を診断するために、カルレチクリン遺伝子の１または複
数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在の決定も利用する。

【0212】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、また
は骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法に関する。

【0213】

本明細書で提示される方法は、試料を患者から得るステップを含みうる。

【0214】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやす
いかどうかを評価するための方法であって、
－試料を前記患者から得るステップと、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、また
は骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法に関する。

【0215】

本明細書で提示される方法は、患者に由来する試料中の、カルレチクリン遺伝子の、好
ましくは、ただ１つの突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在を決定するステップを含む
。方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏ法であることが好ましい。

【0216】

本発明の方法は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているかどうかの評価だけに関するこ
とが好ましい。

【0217】

本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているかどうかを評価するための方法であっ
て、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っていると評価す
るステップと
を含む、方法に関する。

【0218】

骨髄性悪性腫瘍は、骨髄増殖性新生物および骨髄異形成症候群を含む。本明細書では、
骨髄性悪性腫瘍は、骨髄増殖性新生物、特に、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）もしくは本態
性血小板血症（ＥＴ）、または骨髄異形成症候群、特に、環状鉄芽球を伴う不応性貧血お
よび血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）であることが好ましい。

【0219】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法に関する。

【0220】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法に関する。

【0221】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法に関する。

【0222】

１または複数の突然変異対立遺伝子は、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコード
する核酸を含みうる。

【0223】

突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択することができる。

【0224】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0225】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0226】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0227】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0228】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0229】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0230】

突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択することができる。

【0231】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0232】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0233】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0234】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0235】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0236】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0237】

突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択することができる。

【0238】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0239】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0240】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0241】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0242】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0243】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸を含み、
前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0244】

突然変異対立遺伝子は、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含みうる。

【0245】

遺伝子産物は、ｍＲＮＡでありうる。例えば、遺伝子産物は、本明細書で提示される突
然変異体カルレチクリンタンパク質のＣ末端アミノ酸配列をコードするｍＲＮＡでありう
る。

【0246】

したがって、遺伝子産物は、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含みうる。

【0247】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0248】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；およ
び
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0249】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0250】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；およ
び
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0251】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0252】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；およ
び
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0253】

前記遺伝子産物は、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含みうる。

【0254】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0255】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0256】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0257】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0258】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0259】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0260】

遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含みうる。

【0261】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0262】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0263】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0264】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0265】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0266】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0267】

遺伝子産物は、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含みうる。

【0268】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0269】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0270】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0271】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0272】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0273】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；および
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、方法に関する。

【0274】

遺伝子産物がｍＲＮＡである場合、前記ｍＲＮＡの存在または量は、リアルタイムＰＣ
Ｒ、逆転写酵素ＰＣＲ、全トランスクリプトームショットガンシークエンシング（ＲＮＡ
ｓｅｑ）、サンガーシークエンシング、ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション、または
マイクロアレイなど、日常的な技法により決定することができる。

【0275】

したがって、リアルタイムＰＣＲまたは逆転写酵素ＰＣＲなどのＰＣＲ法による決定は
、
（ｉ）試料中の核酸を１つまたは２つのオリゴヌクレオチドと接触させるステップと、
（ｉｉ）標的配列を含有する増幅産物を生成するステップと
をさらに含みうる。

【0276】

本明細書では、例示的な突然変異特異的プローブおよびプライマーが提示および使用さ
れる。

【0277】

本発明に従い使用される、例示的なオリゴヌクレオチド（プライマー）は、
フォワード：ＡＣＡＡＣＴＴＣＣＴＣＡＴＣＡＣＣＡＡＣＧ（配列番号４３７）
および／または
リバース：ＧＧＣＣＴＣＡＧＴＣＣＡＧＣＣＣＴＧ（配列番号４３８）
フォワード：ＧＧＣＡＡＧＧＣＣＣＴＧＡＧＧＴＧＴ（配列番号４３９）
および／または
リバース：ＧＧＣＣＴＣＡＧＴＣＣＡＧＣＣＣＴＧ（配列番号４３８）
である。

【0278】

本発明における使用のための、さらに適する突然変異特異的プローブおよびプライマー
は、例えば、突然変異させたカルレチクリン遺伝子のｃＤＮＡ配列から導出することがで
きる。下記では、このようなｃＤＮＡ配列について提示および記載する。この文脈で使用
しうる、例示的なｃＤＮＡ配列は、配列番号２、６、１０、１４、１８、２２、２６、３
０、３４、３８、４２、４６、５０、５４、５８、６２、６６、７０、７４、７８、８２
、８６、９０、９４、９８、１０２、１０６、１１０、１１４、１１８、１２２、１２６
、１３０、１３４、１３８、１４２、１４６、１５０、１５４、１５８、１６２、１６６
、１７０、１７４、１７８、１８２、１８６、１９０、１９４、１９８、２０２、２０６
、２１０、２１４、２１８、２２２、２２６、２３０、２３４、２３８、２４２、２４６
、２５０、２５４、２５８、２６２、２６６、２７０、２７４、２７８、２８２、または
２８６；２９２、２９６、３００、３０４、３０８、３１２、３１６、３２０、３２４、
３２８、３３２、３３６、３４０、３４４、３４８、３５２、３５６、３６０、３６４、
３６８、３７２、３７６、３８０、３８４、３８８、３９２、３９６、４００、４０４、
４０８、４１２、４１６、４２０、４２４、４２８、または４３２に示されている。

【0279】

突然変異特異的プローブおよびプライマーをデザインするために使用しうる、さらに例
示的なｃＤＮＡ配列を、以下の表に表示する。

【0280】

【表1-1】

【0281】

【表1-2】

【0282】

以下は、遺伝子産物が、タンパク質／ポリペプチドである、実施形態に関する。

【0283】

遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含みうる。

【0284】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0285】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0286】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0287】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0288】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0289】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0290】

遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含みうる。

【0291】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドである、方法に関する。

【0292】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドである、方法に関する。

【0293】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドである、方法に関する。

【0294】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
からなる群から選択されるポリペプチドである、方法に関する。

【0295】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0296】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0297】

遺伝子産物は、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含みうる。

【0298】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0299】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
からなる群から選択される、方法に関する。

【0300】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0301】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0302】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0303】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0304】

遺伝子産物は、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるポリペプチドを含みうる。

【0305】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0306】

本発明は、患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、または原発性骨髄線維症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、原発性骨髄線維症を患っているか、ま
たは原発性骨髄線維症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0307】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0308】

本発明は、患者が、本態性血小板血症を患っているか、または本態性血小板血症を患い
やすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、本態性血小板血症を患っているか、ま
たは本態性血小板血症を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0309】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0310】

本発明は、患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を
患いやすいかどうかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患っているか、または環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血
小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）を患いやすいと評価するステップと
を含み、
前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、本明細書の上記で規定された突然変異体カル
レチクリンタンパク質をコードする核酸を含み、
前記遺伝子産物が、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；および
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、方法に関する。

【0311】

遺伝子産物が、タンパク質である場合、前記タンパク質の存在または量は、免疫組織化
学（ＩＨＣ）、イムノアッセイ、ゲルもしくはブロットベースの方法、ＩＨＣ、質量分析
、フローサイトメトリー、またはＦＡＣＳなど、日常的な技法により決定することができ
る。

【0312】

ＣＡＬＲ突然変異により、翻訳されるポリペプチドのフレームシフトが引き起こされる
ので、本明細書で記載および提示される、突然変異させたカルレチクリンタンパク質内に
は、特徴的なＣ末端アミノ酸配列が存在する。この特徴的なアミノ酸配列は、タンパク質
の全体的な電荷を変化させる。この特徴的なアミノ酸配列はまた、タンパク質の電気泳動
中に、突然変異させたカルレチクリンの泳動も変化させる。電荷および／または泳動挙動
のこの差異を、突然変異させたカルレチクリンタンパク質の存在を決定するために利用す
ることができる。例えば、突然変異体カルレチクリンタンパク質に特異的な抗体を使用し
て、例えば、ウェスタン免疫ブロット法により、前記突然変異体タンパク質を同定するこ
とができる。任意選択でまた、野生型カルレチクリンタンパク質に特異的な抗体も、（加
えて）対照として使用することができる。このような抗体は、日常的な技法により調製さ
れうる、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体を含みうる。

【0313】

患者は、ヒト患者であることが好ましい。患者は、骨髄性悪性腫瘍を患っていることが
疑われる場合もあり、骨髄性悪性腫瘍を患いやすいことが疑われる場合もある。

【0314】

以下は、本発明に従い使用される試料に関する。試料は、骨髄試料、血液試料、または
唾液試料でありうる。試料は、血液試料であることが好ましい。血液試料は、末梢顆粒球
を含むことが好ましい。試料は、日常的な技法、例えば、生検により、患者から得ること
ができる。

【0315】

本明細書の上記で提示された方法は、本明細書の上記で規定された突然変異体カルレチ
クリンの阻害剤を、患者に投与するステップをさらに含みうる。

【0316】

以下は、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードするｃＤ
ＮＡに関する。

【0317】

本発明は、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0318】

本発明は、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２、６、１０、１４、１８、２２、２６、３０、３４、３８、４２、４６
、５０、５４、５８、６２、６６、７０、７４、７８、８２、８６、９０、９４、９８、
１０２、１０６、１１０、１１４、１１８、１２２、１２６、１３０、１３４、１３８、
または１４２に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0319】

本発明は、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４６、１５０、１５４、１５８、１６２、１６６、１７０、１７４、１
７８、１８２、１８６、１９０、１９４、１９８、２０２、２０６、２１０、２１４、２
１８、２２２、２２６、２３０、２３４、２３８、２４２、２４６、２５０、２５４、２
５８、２６２、２６６、２７０、２７４、２７８、２８２、または２８６に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0320】

本発明は、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９２、２９６、３００、３０４、３０８、３１２、３１６、３２０、３
２４、３２８、３３２、３３６、３４０、３４４、３４８、３５２、３５６、３６０、３
６４、３６８、３７２、３７６、３８０、３８４、３８８、３９２、３９６、４００、４
０４、４０８、４１２、４１６、４２０、４２４、４２８、または４３２に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0321】

上記で規定された核酸は、ｃＤＮＡであることが好ましい。

【0322】

以下は、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードするｍＲ
ＮＡに関する。

【0323】

本発明は、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0324】

本発明は、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号３、７、１１、１５、１９、２３、２７、３１、３５、３９、４３、４７
、５１、５５、５９、６３、６７、７１、７５、７９、８３、８７、９１、９５、９９、
１０３、１０７、１１１、１１５、１１９、１２３、１２７、１３１、１３５、１３９、
または１４３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0325】

本発明は、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４７、１５１、１５５、１５９、１６３、１６７、１７１、１７５、１
７９、１８３、１８７、１９１、１９５、１９９、２０３、２０７、２１１、２１５、２
１９、２２３、２２７、２３１、２３５、２３９、２４３、２４７、２５１、２５５、２
５９、２６３、２６７、２７１、２７５、２７９、２８３、または２８７に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0326】

本発明は、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９３、２９７、３０１、３０５、３０９、３１３、３１７、３２１、３
２５、３２９、３３３、３３７、３４１、３４５、３４９、３５３、３５７、３６１、３
６５、３６９、３７３、３７７、３８１、３８５、３８９、３９３、３９７、４０１、４
０５、４０９、４１３、４１７、４２１、４２５、４２９、または４３３に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0327】

上記で規定された核酸は、ｍＲＮＡであることが好ましい。

【0328】

以下は、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードするゲノ
ムＤＮＡに関する。

【0329】

本発明は、
（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0330】

本発明は、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、ま
たは１４１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0331】

本発明は、
（ａ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１
７７、１８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２
１７、２２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２
５７、２６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、または２８５に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0332】

本発明は、
（ａ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるア
ミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核酸；
（ｂ）配列番号２９１、２９５、２９９、３０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３
２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３
６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４
０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４２３、４２７、または４３１に表示されるヌ
クレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸に関する。

【0333】

上記で規定された核酸は、ゲノムＤＮＡであることが好ましい。

【0334】

以下は、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質に関する。

【0335】

本発明は、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるタンパク質に関する。

【0336】

本発明は、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるタンパク質に関する。

【0337】

本発明は、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、または２８
７に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、または２８８に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるタンパク質に関する。

【0338】

本発明は、
（ａ）配列番号２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３
３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミ
ノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択されるタンパク質に関する。

【0339】

当技術分野では、「ポリペプチド」、「タンパク質」、および「核酸配列／分子」とい
う用語の意味が周知であり、本発明の文脈に応じて使用される。例えば、本明細書で使用
される「核酸配列／分子」とは、核酸および／または核酸配列／分子の、自然発生の種類
または組換えにより生成された種類の全ての形態、ならびに化学合成された核酸配列／分
子を指す。この用語はまた、核酸類似体および核酸誘導体も包含する。「核酸配列／分子
」という用語は、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）およびリボ核酸（ＲＮＡ）を指す場合があ
る。「核酸配列／分子」は、当業者に公知の合成化学的方法により作製することもでき、
組換え技術の使用により作製することもでき、天然の供給源から単離することもでき、こ
れらの組合せを介する場合もある。ＤＮＡおよびＲＮＡは、任意選択で、非天然のヌクレ
オチドを含むことが可能であり、一本鎖の場合もあり、二本鎖の場合もある。「核酸配列
／分子」はまた、センスおよびアンチセンスＤＮＡならびにセンスおよびアンチセンスＲ
ＮＡ、すなわち、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡ内のヌクレオチドの特異的な配列と相補的
なヌクレオチド配列も指す。さらに、「核酸配列／分子」という用語は、ＤＮＡもしくは
ＲＮＡまたはこれらのハイブリッド体あるいは現況技術で公知のこれらの任意の修飾（修
飾の例については、例えば、ＵＳ５５２５７１１、ＵＳ４７１１９５５、ＵＳ５７９２６
０８、またはＥＰ３０２１７５を参照されたい）を指す場合がある。核酸分子は、一本鎖
の場合もあり、二本鎖の場合もあり、直鎖状の場合もあり、環状の場合もあり、天然の場
合もあり、合成の場合もあり、いかなるサイズの限定も伴わない。例えば、核酸分子は、
ゲノムＤＮＡ、ｃＤＮＡ、ｍＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、またはこのようなＲＮＡもし
くはキメロプラストをコードするＤＮＡ（Colestrauss, Science (1996), 1386-1389）で
ありうる。前記核酸分子は、プラスミド、またはウイルスＤＮＡもしくはＲＮＡの形態で
ありうる。「核酸配列／分子」はまた、ホスホロチオエートまたはペプチド核酸（ＰＮＡ
）など、現況技術の修飾のうちのいずれかを含むオリゴヌクレオチドも指す場合がある。

【0340】

当業者は、本明細書で提示されるヒト配列に対してある特定のレベルの同一性を伴う核
酸配列を、当技術分野で公知の方法を使用して、例えば、ハイブリダイゼーションアッセ
イを使用することにより同定することもでき、アライメントを使用することにより同定す
ることもでき、手作業で同定することもでき、「ハイブリダイゼーション」という用語の
定義および相同性の程度との関連で、本明細書の下記で言及されるコンピュータプログラ
ムなどのコンピュータプログラムを使用することにより同定することもできる。

【0341】

核酸配列は、配列番号１に示される核酸配列と、少なくとも７０％同一でありうる。よ
り好ましくは、核酸配列は、配列番号１に示される核酸配列と、少なくとも９０％、９１
％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、または９８％同一であり、高値
が好ましい。最も好ましくは、核酸配列は、配列番号１に示される核酸配列と、少なくと
も９９％同一である。

【0342】

核酸配列は、配列番号２に示される核酸配列と、少なくとも７０％同一でありうる。よ
り好ましくは、核酸配列は、配列番号２に示される核酸配列と、少なくとも９０％、９１
％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、または９８％同一であり、高値
が好ましい。最も好ましくは、核酸配列は、配列番号２に示される核酸配列と、少なくと
も９９％同一である。

【0343】

核酸配列は、配列番号３に示される核酸配列と、少なくとも７０％同一でありうる。よ
り好ましくは、核酸配列は、配列番号３に示される核酸配列と、少なくとも９０％、９１
％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、または９８％同一であり、高値
が好ましい。最も好ましくは、核酸配列は、配列番号３に示される核酸配列と、少なくと
も９９％同一である。

【0344】

核酸配列は、配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、
１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３
４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１
、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、
７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８
７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３
、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７
、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０
、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、１４３
、１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１５５、１５７
、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１６９、１７０
、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１８２、１８３
、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１９５、１９７
、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２０９、２１０
、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３
、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２３５、２３７
、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２４９、２５０
、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２６２、２６３
、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２７５、２７７
、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、２８７、２９１、２９２
、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、３０３、３０４、３０５
、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、３１６、３１７、３１９
、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、３２９、３３１、３３２
、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、３４３、３４４、３４５
、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、３５６、３５７、３５９
、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、３６９、３７１、３７２
、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、３８３、３８４、３８５
、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、３９６、３９７、３９９
、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、４０９、４１１、４１２
、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、４２３、４２４、４２５
、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３３に示される核酸配列と、少な
くとも７０％同一でありうる。

【0345】

より好ましくは、核酸配列は、配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１
３、１４、１５、１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０
、３１、３３、３４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、
４９、５０、５１、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６
６、６７、６９、７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３
、８５、８６、８７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１
、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４
、１１５、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７
、１２９、１３０、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１
、１４２、１４３、１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４
、１５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７
、１６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１
、１８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４
、１９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７
、２０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１
、２２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４
、２３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７
、２４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１
、２６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４
、２７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、２８７
、２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、３０３
、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、３１６
、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、３２９
、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、３４３
、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、３５６
、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、３６９
、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、３８３
、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、３９６
、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、４０９
、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、４２３
、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３３に示される
核酸配列と、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９
７％、または９８％同一であり、高値が好ましい。

【0346】

最も好ましくは、核酸配列は、配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１
３、１４、１５、１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０
、３１、３３、３４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、
４９、５０、５１、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６
６、６７、６９、７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３
、８５、８６、８７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１
、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４
、１１５、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７
、１２９、１３０、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１
、１４２、１４３、１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４
、１５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７
、１６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１
、１８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４
、１９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７
、２０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１
、２２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４
、２３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７
、２４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１
、２６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４
、２７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、２８７
、２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、３０３
、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、３１６
、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、３２９
、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、３４３
、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、３５６
、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、３６９
、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、３８３
、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、３９６
、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、４０９
、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、４２３
、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３３に示される
核酸配列と、少なくとも９９％同一である。

【0347】

当技術分野では、本明細書で提示される核酸配列に対してある特定のレベルの同一性を
伴う核酸の特徴づけのためのハイブリダイゼーションアッセイが周知である（例えば、Sa
mbrook, Russell "Molecular Cloning, A Laboratory Manual", Cold Spring Harbor Lab
oratory, N.Y. (2001)；Ausubel, "Current Protocols in Molecular Biology", Green P
ublishing Associates and Wiley Interscience, N.Y. (1989)を参照されたい）。本明細
書で使用される「ハイブリダイゼーション」または「ハイブリダイズする」という用語は
、厳密な条件下におけるハイブリダイゼーションに関する場合もあり、厳密でない条件下
におけるハイブリダイゼーションに関する場合もある。さらに指定されない場合、条件は
厳密でないことが好ましい。前記ハイブリダイゼーション条件は、例えば、Sambrook (20
01) loc. cit.；Ausubel (1989) loc. cit.またはHiggins and Hames (Eds.) "Nucleic a
cid hybridization, a practical approach" IRL Press Oxford, Washington DC, (1985)
において記載されている、従来のプロトコールに従い、確立することができる。条件の設
定は、十分に当業者の技術の範囲内にあり、当技術分野で記載されているプロトコールに
従い決定することができる。したがって、特異的にハイブリダイズする配列のみの検出は
、通例、例えば、６５℃で０．１倍濃度のＳＳＣ、０．１％のＳＤＳ、または２倍濃度の
ＳＳＣ、６０℃、０．１％のＳＤＳの高度に厳密なハイブリダイゼーション条件など、厳
密なハイブリダイゼーションおよび洗浄条件を要求する。相同な配列または正確には相補
的でない配列の検出のための、低度に厳密なハイブリダイゼーション条件は、例えば、６
５℃で、６倍濃度のＳＳＣ、１％のＳＤＳに設定することができる。周知の通り、プロー
ブの長さおよび決定される核酸の組成は、ハイブリダイゼーション条件のさらなるパラメ
ータを構成する。本明細書では、核酸は、プライマーまたはプローブ、例えば、本明細書
の上記で規定および提示された、突然変異体カルレチクリン（または本明細書で規定され
るその断片）の核酸、または突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする（または
そのＣ末端をコードする）核酸、または突然変異体カルレチクリンのエクソン９などの相
補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸でありうることが想定される。プライマー
およびプローブは、１０～３０ヌクレオチドの範囲であることが多い。したがって、本発
明は、本明細書の上記で規定および提示された、核酸突然変異体カルレチクリンの相補鎖
と厳密な条件下でハイブリダイズする（プライマーまたはプローブのような）核酸であっ
て、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、４２、４１、４０、３９、３８
、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２９、２８、２７、２６、２５、
２４、２３、２２、２１、または２０ヌクレオチドより短く、５、６、７、８、９、１０
、１１、１２、１３、１４、または１５ヌクレオチドより長い、ハイブリダイズ核酸に関
する。核酸は、１０～３５ヌクレオチドの長さを有することが好ましく、より好ましくは
１５～２５ヌクレオチド、特に好ましくは１８～２１、例えば、１８、１９、２０、また
は２１ヌクレオチドの長さである。

【0348】

本発明に従い、２つ以上の核酸配列の文脈における「相同性」もしくは「相同性パーセ
ント」または「同一な」もしくは「同一性パーセント」または「同一性百分率」もしくは
「配列同一性」という用語は、最大の対応について、比較域にわたり（好ましくは、全長
にわたり）、または当技術分野で公知の配列比較アルゴリズムを使用して、もしくは手作
業によるアライメントおよび目視により測定される指定領域にわたり、比較および整列し
た場合に、同じであるか、または指定された百分率の、同じである（少なくとも７０％、
７５％、８０％、８５％、最も好ましくは、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％
、９４％、９５％、９６％、９７％、または９８％の同一性、最も好ましくは、少なくと
も９９％の同一性）ヌクレオチドを有する２つ以上の配列または部分配列を指す。例えば
、７５％～９０％以上の配列同一性を有する配列は、実質的に同一であると考えることが
できる。このような定義はまた、被験配列の相補体にも適用される。好ましくは、記載さ
れた同一性は、少なくとも約１５～２５ヌクレオチドの長さの領域にわたり、より好まし
くは少なくとも約５０～１００ヌクレオチドの長さの領域にわたり、最も好ましくは全長
にわたり存在する。当業者は、例えば、当技術分野で公知の、ＣＬＵＳＴＡＬＷコンピュ
ータプログラム（Thompson Nucl. Acids Res. 2 (1994), 4673-4680）またはＦＡＳＴＤ
Ｂ（Brutlag Comp. App. Biosci. 6 (1990), 237-245）に基づくアルゴリズムなどのアル
ゴリズムを使用して、配列間の同一性パーセントをどのようにして決定するのかに通じて
いるであろう。

【0349】

ＦＡＳＴＤＢアルゴリズムでは、配列内部のマッチしない欠失または付加、すなわち、
ギャップを、その計算において考慮しないことが典型的であるが、これは、手作業で補正
して、同一性％の過大評価を回避することができる。しかし、ＣＬＵＳＴＡＬＷでは、配
列のギャップを、その同一性の計算において考慮する。当業者にはまた、ＢＬＡＳＴおよ
びＢＬＡＳＴ ２．０アルゴリズム（Altschul, (1997) Nucl. Acids Res. 25:3389-3402
；Altschul (1993) J. Mol. Evol. 36:290-300；Altschul (1990) J. Mol. Biol. 215:40
3-410）も利用可能である。核酸配列のためのＢＬＡＳＴＮプログラムでは、ワード長（
Ｗ）の１１、期待値（Ｅ）の１０、Ｍ＝５、Ｎ＝４、および両方の鎖の比較を、デフォル
トとして使用する。ＢＬＯＳＵＭ６２スコアリング行列（Henikoff (1989) PNAS 89:1091
5）では、アライメント（Ｂ）の５０、期待値（Ｅ）の１０、Ｍ＝５、Ｎ＝４、および両
方の鎖の比較を使用する。

【0350】

核酸配列内のヌクレオチド残基が、例えば、配列番号１、２、３、５、６、７、９、１
０、１１、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７
、２９、３０、３１、３３、３４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、
４６、４７、４９、５０、５１、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６
３、６５、６６、６７、６９、７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１
、８２、８３、８５、８６、８７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、
９９、１０１、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１
１３、１１４、１１５、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１
２６、１２７、１２９、１３０、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１
３９、１４１、１４２、１４３、１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１
５３、１５４、１５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１
６６、１６７、１６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１
７９、１８１、１８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１
９３、１９４、１９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２
０６、２０７、２０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２
１９、２２１、２２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２
３３、２３４、２３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２
４６、２４７、２４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２
５９、２６１、２６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２
７３、２７４、２７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２
８６、２８７、２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３
０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３
１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３
２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３
４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３
５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３
６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３
８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３
９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４
０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４
２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、および４３
３のそれぞれのヌクレオチド配列内のある特定の位置に対応するかどうかを決定するため
に、当業者は、手作業で、または本明細書で言及されるコンピュータプログラムなどのコ
ンピュータプログラムを使用することにより、当技術分野で周知の手段および方法、例え
ば、アライメントを使用することができる。例えば、基本局所的アライメント検索ツール
ＢＬＡＳＴを表すＢＬＡＳＴ ２．０（Altschul (1997), loc. cit.；Altschul (1993),
loc. cit.；Altschul (1990), loc. cit.）を使用して、局所的な配列アライメントを検
索することができる。上記で論じたＢＬＡＳＴでは、ヌクレオチド配列のアライメントを
作成して、配列類似性を決定する。アライメントの局所的な性格のために、ＢＬＡＳＴは
、正確なマッチの決定または類似する配列の同定においてとりわけ有用である。ＢＬＡＳ
Ｔアルゴリズム出力の基礎単位は、高スコアセグメント対（ＨＳＰ）である。ＨＳＰは、
任意ではあるが等しい長さの２つの配列断片であって、そのアライメントが、局所的に最
大となり、そのアライメントスコアが、使用者により設定される閾値またはカットオフス
コアを満たすかまたは超える、配列断片からなる。ＢＬＡＳＴ法は、クエリー配列とデー
タベース配列との間のＨＳＰを探索し、見出された任意のマッチの統計学的有意性を査定
し、使用者により選択された有意性の閾値を満たすマッチだけを報告する。パラメータＥ
は、データベース配列とのマッチを報告するための、統計学的に有意な閾値を確立する。
Ｅは、全データベース検索の文脈では、ＨＳＰ（またはＨＳＰのセット）の発生する可能
性について期待される頻度の上界と解釈される。プログラム出力では、そのマッチがＥを
満たす任意のデータベース配列が報告される。

【0351】

ＢＬＡＳＴを使用する類似のコンピュータ技法（Altschul (1997), loc. cit.；Altsch
ul (1993), loc. cit.；Altschul (1990), loc. cit.）を使用して、ＧｅｎＢａｎｋまた
はＥＭＢＬなどのヌクレオチドデータベース内の同一または類縁の分子を検索する。この
解析は、複数回にわたる膜ベースのハイブリダイゼーションよりはるかに速い。加えて、
コンピュータによる検索の感度を改変して、任意の特定のマッチが、正確なマッチとして
類別されるのか、類似のマッチとして類別されるのかを決定することができる。検索の基
盤は、

【0352】

【数1】

として規定される積スコアであり、これにより、２つの配列の間の類似性の程度および配
列マッチの長さの両方を考慮に入れる。例えば、積スコアを４０とすると、マッチは、１
～２％の誤差の範囲内で正確となり、７０とすると、マッチは、正確となろう。通例、１
５～４０の間の積スコアを示す分子を選択することにより、類似の分子が同定されるが、
より低値のスコアでは、類縁の分子が同定されうる。配列アライメントを生成することが
可能なプログラムの別の例は、当技術分野で公知の、ＣＬＵＳＴＡＬＷコンピュータプロ
グラム（Thompson (1994) Nucl. Acids Res. 2:4673-4680）またはＦＡＳＴＤＢ（Brutla
g (1990) Comp. App. Biosci. 6:237-245）である。

【0353】

下記で説明される通り、「核酸配列の相同性／同一性」について、本明細書の上記で与
えられた説明および定義は、変更すべき点は変更して、それぞれ、配列番号４、８、１２
、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、
６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、
１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、
１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、
１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、
２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、
２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、
３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、
３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、
３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４
３４に表示される、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質の「アミ
ノ酸配列」に適用される。

【0354】

本発明に従い使用されるポリペプチドは、例えば、配列番号４に表示されるアミノ酸配
列を有するタンパク質に対して、少なくとも７０％の同一性／類似性を有しうる。より好
ましくは、ポリペプチドは、配列番号４に表示されるタンパク質に対して、少なくとも９
０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、または９８％の同一
性／類似性を有し、高値が好ましい。最も好ましくは、ポリペプチドは、配列番号４に表
示されるタンパク質に対して、少なくとも９９％の相同性を有する。

【0355】

本発明に従い使用されるポリペプチドは、例えば、それぞれ、配列番号４、８、１２、
１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６
８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１
１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１
５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１
９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２
３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２
７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３
１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３
５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３
９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４３
４に表示されるアミノ酸配列を有するタンパク質に対して、少なくとも７０％の同一性／
類似性を有しうる。より好ましくは、ポリペプチドは、それぞれ、配列番号４、８、１２
、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、
６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、
１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、
１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、
１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、
２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、
２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、
３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、
３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、
３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４
３４に表示されるタンパク質に対して、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９
４％、９５％、９６％、９７％、または９８％の同一性／類似性を有し、高値が好ましい
。最も好ましくは、ポリペプチドは、それぞれ、４、８、１２、１６、２０、２４、２８
、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、
８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、
１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、
１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、
２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、
２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、
２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、
３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、
３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、
４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４３４に表示されるタンパク
質に対して、少なくとも９９％の相同性を有する。

【0356】

本発明の要点から逸脱せずに述べると、本明細書で提示されるポリペプチドまたはタン
パク質の（機能的な）断片または（機能的な）誘導体、例えば、配列番号４に示される突
然変異体カルレチクリンの最小のＣ末端の（機能的な）断片または（機能的な）誘導体も
また使用することができる。さらに本明細書で提示される、突然変異体カルレチクリンの
ポリペプチドまたはタンパク質の（機能的な）断片または（機能的な）誘導体、例えば、
それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、
４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１
００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１
４０、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１
８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２
２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２
６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３
０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３
４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３
８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４
２２、４２６、４３０、および４３４に示されるポリペプチドの（機能的な）断片または
（機能的な）誘導体もまた使用することができる。

【0357】

したがって、本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上記のポリペプチド／タ
ンパク質の（機能的な）断片は、それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、
２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８
０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２
４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６
４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０
４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４
４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８
４、２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２
６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６
６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０
６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４３４のうちのいずれか
１つに示される、上記の特異的なポリペプチドのうちのいずれかであって、１または複数
のアミノ酸が欠失しているポリペプチドでありうる。

【0358】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上記のポリペプチド／タンパク質の（
機能的な）誘導体は、それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２
、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、
８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８
、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８
、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８
、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８
、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８
、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０
、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０
、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０
、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４３４に示される、上記の特異的な
ポリペプチドのうちのいずれかであって、１または複数のアミノ酸が挿入され、付加され
、または置換されているポリペプチドでありうる。

【0359】

好ましくは、１または複数のアミノ酸の欠失、挿入、付加、および／または置換は、本
明細書で提示される突然変異体カルレチクリンのＣ末端内、すなわち、配列番号４に示さ
れるポリペプチドのアミノ酸配列内にある。

【0360】

好ましくは、１または複数のアミノ酸の欠失、挿入、付加、および／または置換は、本
明細書で提示される突然変異体カルレチクリンのＣ末端内、すなわち、それぞれ、配列番
号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６
、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１
０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４に示
されるポリペプチドのアミノ酸配列内にある。

【0361】

１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、
１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３
０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸を、
好ましくは、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンのＣ末端内、すなわち、配
列番号４に示されるポリペプチドのアミノ酸配列内で、欠失させるか、挿入するか、付加
するか、または置換することができる。

【0362】

１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、５、１６、１
７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０
、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸を、好
ましくは、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンのＣ末端から、すなわち、配
列番号４に示されるポリペプチドのアミノ酸配列から、欠失させることができる。

【0363】

１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、
１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３
０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、または４０アミノ酸を、
好ましくは、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンのＣ末端内、すなわち、そ
れぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、１４４に示されるポリペプチドのアミノ酸配列内で、欠失させるか、挿入するか、付
加するか、かつ／または置換することができる。

【0364】

「１または複数のアミノ酸が欠失した」という用語は、本明細書で提示される、特異的
な突然変異体カルレチクリンタンパク質の（機能的な）断片に関する。

【0365】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの、好ましい（機
能的な）断片は、１５～２５の連続したアミノ酸からなる。したがって、本明細書で提示
され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断片は、１５、１６
、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５の連続したアミノ酸か
らなることが好ましい。

【0366】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号４に示されるアミノ酸配列のうちの１５～２５の連続したアミノ酸からな
ることが好ましい。

【0367】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号４に示されるアミノ酸配列のうちの１５、１６、１７、１８、１９、２０
、２１、２２、２３、２４、または２５の連続したアミノ酸からなることが好ましい。

【0368】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、
４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９
６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３
６、１４０、１４４に示されるポリペプチドのうちの１５～２５の連続したアミノ酸から
なることが好ましい。

【0369】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、
４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９
６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３
６、１４０、１４４に示されるポリペプチドのうちの１５、１６、１７、１８、１９、２
０、２１、２２、２３、２４、または２５の連続したアミノ酸からなることが好ましい。

【0370】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号４に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも４、５、６、７、８、９、
１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２
３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６
、３７、３８、３９、４０、４１、および最大４２の連続したアミノ酸からなりうる。

【0371】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号３２または１１２に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも４、５、６
、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、
２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３
４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、および最大４３の連続したアミ
ノ酸からなりうる。

【0372】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号８、１２８、１３２、または１４４に示されるアミノ酸配列のうちの少な
くとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１
８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１
、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、および
最大４４の連続したアミノ酸からなりうる。

【0373】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号１２、４４、１３６または１４０に示されるアミノ酸配列のうちの少なく
とも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８
、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、
３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、お
よび最大４５の連続したアミノ酸からなりうる。

【0374】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号１６または１２４に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも４、５、６
、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、
２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３
４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、および最大
４６の連続したアミノ酸からなりうる。

【0375】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号２４、４０、７６、１００または１２０に示されるアミノ酸配列のうちの
少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７
、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、
３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４
４、４５、４６、および最大４７の連続したアミノ酸からなりうる。

【0376】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号２８、３６、７２、８４、９６または１１６に示されるアミノ酸配列のう
ちの少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、
１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３
０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３
、４４、４５、４６、４７、および最大４８の連続したアミノ酸からなりうる。

【0377】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号２０、４８、６０、６４、６８または８０に示されるアミノ酸配列のうち
の少なくとも４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１
７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０
、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、
４４、４５、４６、４７、４８、および最大４９の連続したアミノ酸からなりうる。

【0378】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号５２または５６に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも４、５、６、
７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２
１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４
、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、
４８、４９、および最大５０の連続したアミノ酸からなりうる。

【0379】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号９２に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも４、５、６、７、８、９
、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、
２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３
６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９
、５０、５１、および最大５２の連続したアミノ酸からなりうる。

【0380】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号８８または１０４に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも４、５、６
、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、
２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３
４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７
、４８、４９、５０、５１、５２、および最大５３の連続したアミノ酸からなりうる。

【0381】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの（機能的な）断
片は、配列番号１０８に示されるアミノ酸配列のうちの少なくとも４、５、６、７、８、
９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２
、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、
３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４
９、５０、５１、５２、５３、および最大５４の連続したアミノ酸からなりうる。

【0382】

断片または誘導体は、それが由来する全長ポリペプチドと同じ（または本質的に同じ）
生物学的活性を有することが好ましく、全長ポリペプチドは、配列番号４、８、１２、１
６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８
、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１
６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１５
６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９
６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３
６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７
６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１
８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５
８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９
８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４３４
に示されるアミノ酸配列を有する。この意味で、断片または誘導体は、本明細書で使用さ
れる「機能的な」断片または誘導体である。

【0383】

本明細書で提示されるポリペプチド（例えば、それぞれ、配列番号４、８、１２、１６
、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、
７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６
、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１５６
、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６
、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６
、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６
、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８
、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８
、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８
、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４３４に
示される）は、それが由来するポリペプチドに特徴的な生物学的活性を本質的に維持する
という条件で、１または複数のアミノ酸を欠失させている場合もあり、挿入されている場
合もあり、付加されている場合もあり、かつ／または置換されている場合もある。

【0384】

好ましくは、任意のこのような欠失、挿入、付加、および／または置換（この文脈では
、特に、置換）は、保存的である、すなわち、アミノ酸は、同じまたは類似の特徴を有す
るアミノ酸で置換されている。例えば、疎水性のアミノ酸は、別の疎水性のアミノ酸など
で置換することが好ましい。

【0385】

本明細書で提示されるポリペプチドに特徴的な「生物学的活性」は、骨髄増殖性新生物
（特に、原発性骨髄線維症および本態性血小板血症）など、本明細書で規定される骨髄性
悪性腫瘍（の発症）を引き起こす活性と考えることができる。

【0386】

本発明はまた、突然変異体カルレチクリンの阻害剤も提供する。これらの阻害剤は、医
薬として使用することができる。

【0387】

「突然変異体カルレチクリンのアンタゴニスト」または「突然変異体カルレチクリンの
阻害剤」という用語は、本発明の文脈では、突然変異体カルレチクリンの生理学的活性お
よび／または発現レベルを、完全に、または部分的に、防止または低減することが可能な
化合物を意味する。本明細書では、「アンタゴニスト」または「阻害剤」という用語を互
換的に使用する。

【0388】

したがって、本発明の文脈では、前記アンタゴニストは、前記化合物／物質（すなわち
、アンタゴニスト／阻害剤）が、前記突然変異体カルレチクリンに結合すると、突然変異
体カルレチクリンの生理学的活性を防止、低減、阻害、または不活化しうる。本明細書で
使用される「アンタゴニスト」という用語はまた、とりわけ、Mutschler, “Arzneimitte
lwirkungen”(1986), Wissenschaftliche Verlagsgesellschaft mbH, Stuttgart, German
yにおいて記載されている、競合的アンタゴニスト、（可逆的）非競合的アンタゴニスト
、または非可逆的アンタゴニストも包含する。このような阻害は、基質回転を決定するこ
とにより測定することができる。

【0389】

突然変異体カルレチクリンの「アンタゴニスト」または「阻害剤」はまた、前記突然変
異体カルレチクリンをコードする核酸分子の発現を防止／低減することにより、突然変異
体カルレチクリンの機能を防止することが可能でもありうる。したがって、突然変異体カ
ルレチクリンのアンタゴニスト／阻害剤は、突然変異体カルレチクリンの発現レベルの低
下（例えば、突然変異体カルレチクリンｍＲＮＡおよび／または突然変異体カルレチクリ
ンタンパク質のレベルの低下）をもたらすことが可能であり、これは、突然変異体カルレ
チクリン活性の低下に反映されうる。活性および／または発現レベルの低下は、本明細書
でもまた記載される公知の方法により測定／検出することができる。

【0390】

「突然変異体カルレチクリンのアンタゴニスト／阻害剤」は、例えば、突然変異体カル
レチクリン遺伝子の転写、遺伝子産物（例えば、スプライシングされていないか、または
部分的にスプライシングされたｍＲＮＡ）のプロセシング（例えば、スプライシング、核
からの移出など）、および／または遺伝子産物（例えば、成熟ｍＲＮＡ）の翻訳に干渉し
うる。「突然変異体カルレチクリンのアンタゴニスト／阻害剤」はまた、突然変異体カル
レチクリン遺伝子によりコードされるポリペプチド／タンパク質のさらなる修飾（グリコ
シル化またはリン酸化など）に干渉し、これにより、本明細書の上記で記載された突然変
異体カルレチクリンタンパク質の活性を、完全に、または部分的に阻害することも可能で
ある。さらに、「突然変異体カルレチクリンのアンタゴニスト／阻害剤」は、突然変異体
カルレチクリンタンパク質の、他のタンパク質との相互作用に干渉する（したがって、例
えば、突然変異体カルレチクリンタンパク質を伴う複合体の活性に干渉する）か、または
、一般に、例えば、突然変異体カルレチクリン発現の上流のステップに干渉するか、もし
くは突然変異体カルレチクリンが関与するシグナル伝達経路に干渉することにより、その
合成に干渉することも可能である。作用方式に応じて、このようなアンタゴニストは、例
えば、「隔離型アンタゴニスト」または「シグナル伝達型アンタゴニスト」と称すること
ができる。

【0391】

まとめると、したがって、本明細書で記載される、突然変異体カルレチクリンアンタゴ
ニスト／阻害剤は、突然変異体カルレチクリンの発現レベルおよび／または活性の低下ま
たは低減をもたらし、これにより、本明細書で規定される骨髄性悪性腫瘍の発症または増
殖へのその寄与を低減するであろう。

【0392】

アンタゴニストは、ｓｈＲＮＡ（低分子ヘアピンＲＮＡ）、ｓｉＲＮＡ（低分子干渉Ｒ
ＮＡ）、ｍｉＲＮＡ（マイクロＲＮＡ）、ｄｓＲＮＡ（二本鎖ＲＮＡ）、ｓｔＲＮＡ（低
分子一時的ＲＮＡ）、アンチセンス分子、細胞外結合パートナー、低分子（結合性）分子
、アプタマー、イントラマー、または全長抗体（免疫グロブリン）、Ｆ（ａｂ）断片、Ｆ
（ａｂ）_２断片、単鎖抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、二価抗体構築物、合成抗
体、二特異性単鎖抗体、または交差クローニング抗体などの抗体分子でありうる。

【0393】

本発明は、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコードする核酸であって、とりわけ
、本明細書で規定されるｍＲＮＡである核酸を特異的にターゲティングするｓｉＲＮＡま
たはｓｈＲＮＡに関する。

【0394】

本明細書で提示されるｓｉＲＮＡまたはｓｈＲＮＡの連続した塩基のうちの最大１０％
は、非相補的でありうる。ｓｉＲＮＡは、５’端における少なくとも１つの塩基および／
または３’端における少なくとも１つの塩基をさらに含みうる。

【0395】

ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、アンチセンス分子などの核酸である、アンタゴニスト／阻害
剤は、公知の技法により、例えば、以下の標的配列を使用して、たやすく調製することが
できる。例えば、本明細書で援用されるｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなどは、下記の標的配列
のうちの１つに対応するＲＮＡ配列を含むかまたはこれからなりうる。この文脈では、「
～に対応するＲＮＡ配列」という用語は、標的配列のチミジン（Ｔ）残基を、ウラシル（
Ｕ）残基で置き換えることを除き、ＲＮＡ配列が、下記の標的配列のうちの１つと同一で
あることを意味する。ｓｉＲＮＡは、少なくとも１０の連続した塩基を含む核酸分子から
なりうる。例えば、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなどは、上記で規定された下記の標的配列の
うちの１つに対応するＲＮＡ配列のうちの少なくとも１０の連続した塩基を含みうる。ｓ
ｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなどは、上記で規定された下記の標的配列のうちの１つに対応する
ＲＮＡ配列のうちの１０の連続した塩基からなりうる。

【0396】

ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡなどは、下記の標的配列のうちの１つをターゲティングしうる
。これらの配列は、配列番号４７６～配列番号１３０９に関する。

【0397】

【表2-1】

【0398】

【表2-2】

【0399】

【表2-3】

【0400】

【表2-4】

【0401】

【表2-5】

【0402】

【表2-6】

【0403】

【表2-7】

【0404】

【表2-8】

【0405】

【表2-9】

【0406】

【表2-10】

【0407】

【表2-11】

【0408】

【表2-12】

【0409】

【表2-13】

【0410】

【表2-14】

【0411】

【表2-15】

【0412】

【表2-16】

【0413】

【表2-17】

【0414】

【表2-18】

【0415】

【表2-19】

【0416】

【表2-20】

【0417】

【表2-21】

【0418】

【表2-22】

【0419】

【表2-23】

【0420】

【表2-24】

【0421】

【表2-25】

【0422】

【表2-26】

【0423】

【表2-27】

【0424】

【表2-28】

【0425】

【表2-29】

【0426】

【表2-30】

【0427】

本明細書では、上記で提示された突然変異体カルレチクリンタンパク質に特異的に結合
する抗体が想定される。このような抗体を、本発明に従い、診断および治療目的で使用す
ることができる。例えば、突然変異させたカルレチクリンのＣ末端に固有のポリペプチド
に対して作製された抗体は、骨髄性悪性腫瘍についての診断検査をもたらす。また、この
固有のＣ末端に由来するペプチドの、質量分析による検出も、骨髄性悪性腫瘍についての
診断検査をもたらす。好ましくは、このような抗体は、突然変異体カルレチクリンの阻害
剤である。

【0428】

例えば、本明細書で使用される抗体は、以下の突然変異体カルレチクリンタンパク質で
あって、それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０
、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、
９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１
３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１
７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２
１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２
５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２
９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３
３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３
７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４
１８、４２２、４２６、４３０、および４３４に示されるタンパク質に特異的に結合しう
る。特に、このような抗体は、突然変異体カルレチクリンタンパク質のＣ末端、例えば、
それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、
４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１
００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１
４０、１４４に示されるタンパク質に特異的に結合しうる。

【0429】

本明細書では、抗体は、本明細書で規定される、突然変異体カルレチクリンタンパク質
の（機能的な）断片または（機能的な）誘導体に特異的に結合することが可能であり、例
えば、また、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質に対して、少な
くとも７０％以上の同一性を有するポリペプチドにも結合しうることが想定される。

【0430】

したがって、本発明は、本発明の方法におけるこれらの抗体の使用に関する。したがっ
て、本発明は、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いや
すいかどうかを評価するための、本明細書で記載され、提示される、突然変異体カルレチ
クリンタンパク質ポリペプチドのうちの１または複数に特異的に結合する、またはこれら
を特異的に認識する、本明細書の上記で記載された１つ／複数の抗体の使用に関する。

【0431】

本発明はまた、本発明の方法における使用のための診断用キットを調製するための、上
記で規定された１つ／複数の抗体、または前記１つ／複数の抗体を含む上記の組成物にも
関する。

【0432】

抗体は、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体、全長抗体（免疫グロブリン）、Ｆ
（ａｂ）断片、Ｆ（ａｂ）_２断片、単鎖抗体、キメラ抗体、ＣＤＲグラフト抗体、二価抗
体構築物、二特異性単鎖抗体、合成抗体、または交差クローニング抗体などでありうる。

【0433】

ポリクローナルもしくはモノクローナル抗体、または他の抗体（これらに由来する）は
、とりわけ、標準的な免疫化プロトコールを使用して、日常的に調製することができる（
Ed Harlow, David Lane, (December 1988), Antibodies: A Laboratory Manual, Cold Sp
ring Harbor Laboratory；またはEd Harlow, David Lane, (December 1998), Portable P
rotocols (Using Antibodies): A Laboratory Manual 2^nd edition, Cold Spring Harbor
Laboratoryを参照されたい）。

【0434】

例えば、免疫化は、本明細書で規定される、突然変異体カルレチクリンタンパク質／ポ
リペプチド（および／または断片、アイソフォーム、相同体など）の、哺乳動物（例えば
、マウス、ラット、ハムスターなどの齧歯動物）への腹腔内または皮下投与を伴いうる。
好ましくは、突然変異体タンパク質／ポリペプチドの断片であって、好ましくは、本明細
書で規定されるＣ末端（またはその断片）を保有する断片を使用する。

【0435】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上述のポリペプチド（すなわち、突然
変異体カルレチクリンタンパク質／ポリペプチド）の好ましい断片は、１５～２５の連続
したアミノ酸からなる。したがって、本明細書で提示され、本発明に従い使用される、上
述のポリペプチドの断片は、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、
２４、または２５の連続したアミノ酸からなることが好ましい。本明細書で提示され、本
発明に従い使用される、上述のポリペプチドの断片は、配列番号４に示されるアミノ酸配
列のうちの１５～２５の連続したアミノ酸からなることが好ましい。本明細書で提示され
、本発明に従い使用される、上述のポリペプチドの断片は、配列番号４に示されるアミノ
酸配列のうちの１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または
２５の連続したアミノ酸からなることが好ましい。

【0436】

原理の実証として、断片（ＲＲＫＭＳＰＡＲＰＲＴＳＣＲＥＡＣＬＱＧＷＴＥＡ）を使
用して、突然変異体カルレチクリン抗体に特異的に結合するポリクローナル抗体を生成し
た（実施例２を参照されたい）。この断片は、配列番号４に示されるアミノ酸配列のうち
の２４の連続したアミノ酸からなる。これらのポリクローナル抗体は、研究用ツールとし
て使用することもでき、かつ／または本明細書で提示される診断法で使用することもでき
る。突然変異体カルレチクリンタンパク質のこの断片（または本明細書で提示および規定
される他の断片）はまた、本明細書の下記でさらに記載される通り、ワクチンとしても使
用することができる。

【0437】

当技術分野では、突然変異体ポリペプチドに特異的に結合するか、またはこれを特異的
に認識する抗体の調製およびスクリーニングのための方法が公知である。例えば、突然変
異体タンパク質を認識する抗体は、アフィニティー精製することができる。ＥＬＩＳＡは
一般に、血清をスクリーニングし、かつ／またはアフィニティーカラム画分をアッセイす
るために使用される。ウェスタンブロットを使用して、抗体が、実際の目的のタンパク質
を検出しうることを裏付け、抗体が、目的のタンパク質だけを認識するのか、他のタンパ
ク質と交差反応するのかを査定することができる。

【0438】

当業者は、これらの文献の教示を、本発明の文脈で、本明細書で規定されるポリペプチ
ドに特異的に結合するか、またはこれを特異的に認識する抗体の作製および検証に適用し
、適応させることができる。

【0439】

以下は、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質の、ワクチンとし
ての使用に関する。したがって、突然変異体カルレチクリンタンパク質は、抗原として作
用する。したがって、本明細書の以下では、「突然変異体カルレチクリンタンパク質」お
よび「突然変異体カルレチクリンタンパク質抗原」などの用語を、互換的に使用すること
ができる。

【0440】

上記に従い、本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質を、ワクチン
として使用することができる。言い換えると、本明細書で提示される突然変異体カルレチ
クリンタンパク質を、能動免疫化で使用することができる。したがって、本発明は、ワク
チンとしての使用のための、本明細書で規定および提示される、突然変異体カルレチクリ
ンタンパク質（または本明細書で規定および提示される、突然変異体カルレチクリンタン
パク質をコードする核酸（またはこれらを含むベクター））に関する。突然変異体カルレ
チクリンタンパク質、それらの断片および誘導体については、本明細書の上記で極めて詳
細に記載した。これらの説明および定義は、変更すべき点は変更して、この文脈に適用さ
れる。ワクチンとしては特に、それぞれ、配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２
８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０
、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４
、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４に示される本明細書で提示される突然変異体
カルレチクリンタンパク質、ならびにそれらの断片のＣ末端を含むかまたはこれからなる
、タンパク質が有用である。この文脈では、配列番号４に示される最小のＣ末端またはそ
の断片を含むかまたはこれからなる、突然変異体カルレチクリンタンパク質が特に有用で
ある。

【0441】

本発明は、ワクチンとしての使用のためのタンパク質であって、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸が
欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイ
ズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、タンパク質に関する。

【0442】

本発明は、ワクチンとしての使用のためのタンパク質であって、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または１４３に
表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によりコ
ードされるタンパク質；
（ｄ）（ａ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸に
よりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｆ）（ａ）、（ｃ）、または（ｄ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、タンパク質に関する。

【0443】

本発明は、本明細書の上記で規定された、ワクチンとしての使用のためのタンパク質で
あって、配列番号４に示されるタンパク質のうちの１５～２５の連続したアミノ酸からな
るタンパク質に関する。

【0444】

配列番号４に示されるタンパク質のうちの、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１
、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、
２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３
８、３９、または４０アミノ酸を含むかまたはこれからなる配列番号４に示されるタンパ
ク質の断片を、ワクチンとして使用することが好ましい。配列番号４に示されるタンパク
質のうちの１５～２５の連続したアミノ酸を含むかまたはこれからなる配列番号４に示さ
れるタンパク質の断片が、ワクチンとしての使用のために特に好ましい。したがって、配
列番号４に示されるタンパク質のうちの、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、
２２、２３、２４、または２５の連続したアミノ酸を含むかまたはこれからなる配列番号
４に示されるタンパク質の断片を、ワクチンとして使用する。

【0445】

配列番号４に示されるタンパク質のこのような断片または誘導体は、キーホールリンペ
ットヘモシアニン（ＫＬＨ）、ウシ血清アルブミン（ＢＳＡ：bovine serum albumin）、
または細菌トキソイド（例えば、破傷風トキソイド、ジフテリアトキソイド）などのタン
パク質へとカップリングし、免疫化のために使用することができる。

【0446】

ワクチンは、本明細書で規定される骨髄性悪性腫瘍の処置において使用することができ
る。

【0447】

したがって、本発明は、本明細書で規定される、骨髄性悪性腫瘍の予防的または治療的
処置のための方法であって、有効量の、本明細書の上記で規定されたワクチンを、患者に
投与するステップを含む、方法に関する。言い換えると、本発明は、本明細書で規定され
る、骨髄性悪性腫瘍の予防的または治療的処置のための方法であって、有効量の、本明細
書の上記で規定された突然変異体カルレチクリンタンパク質を、患者に投与するステップ
を含む、方法に関する。

【0448】

例えば、患者は通常、自己寛容のために、ＣＡＬＲには反応しないが、ＣＡＬＲのエク
ソン９突然変異の多くは、突然変異体ＣＡＬＲのＣ末端部分が、野生型と異なるようにフ
レームシフトを引き起こし、したがって、自己寛容下に置かれない。突然変異体ポリペプ
チドによる免疫化は、突然変異体ＣＡＬＲに対する免疫応答を発生させるであろう。した
がって、ワクチンを治療的に使用して、既存のがんをターゲティングすることができる。

【0449】

ワクチンはまた、予防的に使用することもできるであろう。例えば、がんは、突然変異
し、進化して、宿主の免疫応答および抗がん処置を回避しうることが公知である。したが
って、ＣＡＬＲ突然変異を有さないか、または単一のＣＡＬＲ突然変異を有する、骨髄性
悪性腫瘍を伴う患者は、後にさらなるＣＡＬＲ突然変異を発現させる可能性がある。した
がって、他のＣＡＬＲ突然変異体形態に対する免疫化により、このようなＣＡＬＲ突然変
異体を選択することができる。

【0450】

ＣＡＬＲ突然変異体はまた、患者の治療における使用のために、抗体を、ｉｎ ｖｉｔ
ｒｏで、または別の動物において生成するのにも使用することができる。このような手法
は、抗体を、患者において忍容されるエピトープに対して産生させうるため、特に有用で
ある。このような抗体はまた、力価を正確に制御することができ、また、抗体を、ターゲ
ティング療法のための毒素または放射性核種へとコンジュゲートさせることもできるため
、治療にも有用である。

【0451】

能動免疫化の実施（または本明細書の上記で提示されたワクチンの使用）のための例示
的なプロトコールを以下に記載する。

【0452】

例えば、突然変異体または野生型カルレチクリンを発現させる骨髄細胞を移植する前に
、マウスを、ワクチン（例えば、配列番号４に示されるタンパク質に由来するペプチドま
たは配列番号４に示されるタンパク質の断片であるペプチドであって、ＫＬＨまたはＢＳ
Ａとカップリングさせたペプチド）で免疫化することができる。免疫化されたレシピエン
トマウスを、致死量未満でまたは致死量で照射して、生着を促進することもでき、全く照
射しないでおくこともできる。移植された細胞は、突然変異させたカルレチクリンを発現
させる細胞または野生型カルレチクリンを発現させる細胞の混合物でありうる。免疫化さ
れたマウスを、移植後において追跡する。免疫応答が、突然変異体カルレチクリンを発現
させる細胞に対して誘発されれば、生着は、好ましくは、野生型カルレチクリンを発現さ
せる細胞について生じているであろう。免疫化を伴わない対照マウスを使用する。代替的
に、免疫化は、マウスへの、野生型／突然変異させたカルレチクリンを発現させる細胞の
５０：５０（または他の比による）混合物の生着後に実施することができる。免疫応答が
、突然変異体カルレチクリンを発現させる細胞に対して誘発されれば、５０：５０の（ま
たは他の）比は、野生型カルレチクリンを発現させる細胞の側に変化するであろう。免疫
化を伴わない対照マウスを、比較のために使用する。

【0453】

本発明は、本明細書で規定される骨髄性悪性腫瘍を処置または防止するためのワクチン
組成物の製造のための、本明細書で提示され、本明細書の上記で規定された、抗原および
任意選択でアジュバントとしての、突然変異体カルレチクリンタンパク質の使用に関する
。

【0454】

突然変異体カルレチクリンタンパク質は、組換えにより作製する（すなわち、適切な宿
主細胞内で産生させる）こともでき、合成する（すなわち、化学合成する）こともできる
。本明細書では、突然変異体カルレチクリンタンパク質の組換えによる作製について記載
する。例えば、組換えによる作製は、当技術分野で公知の、分子クローニングおよび組換
え発現法のうちのいずれか１つを使用して達成することができる。例えば、突然変異体カ
ルレチクリンタンパク質をコードする核酸分子を、細菌、酵母細胞（例えば、ピキア（Pi
chia）属細胞）、昆虫細胞、または哺乳動物細胞（例えば、ＣＨＯ細胞）など、適切な宿
主細胞に導入することができる。コード核酸分子は、宿主細胞内の突然変異体カルレチク
リンタンパク質抗原の発現を実行することが可能なプロモーターとの作動可能な連結下に
置くことができる。宿主細胞により発現される突然変異体カルレチクリンタンパク質は、
日常的なタンパク質精製法を使用してたやすく精製することができる。

【0455】

例えば、配列番号１、２、もしくは３に示されるヌクレオチド配列、または配列番号４
に示される突然変異体カルレチクリンタンパク質抗原をコードする核酸配列、もしくは配
列番号４に示されるタンパク質のうちの１５～２５の連続したアミノ酸からなるタンパク
質など、その断片をコードする核酸配列を、発現ベクター内でクローニングし、温度感受
性のプロモーターとの作動可能な連結下に置くことができる。発現ベクターを、大腸菌（
Escherichia coli）に導入し、熱を誘導して、抗原を発現させることができる。細胞を溶
解させることができ、抗原が蓄積された封入体を、遠心分離により分離する。封入体内の
組換えタンパク質を、ＳＤＳ、または尿素、グアニジン塩酸塩、コール酸ナトリウム、タ
ウロコール酸ナトリウム、およびデオキシコール酸ナトリウムなど、当技術分野で公知の
他の可溶化剤を使用して可溶化させる。本発明に従い、精製された組換え突然変異体カル
レチクリンタンパク質を、薬学的に許容される担体と組み合わせて、ワクチン組成物を形
成する。

【0456】

本発明は、患者における、骨髄性悪性腫瘍に対する防御を付与するための免疫原性組成
物、突然変異体カルレチクリンタンパク質を含む組成物を提供する。組成物は、患者への
ｉｎ ｖｉｖｏ投与のためのワクチンとして調合することができる。組成物は、水酸化ア
ルミニウムまたはリン酸アルミニウムなどのアジュバントを含みうる。

【0457】

さらに、本発明は、医薬としての使用のための、本明細書の上記で規定された突然変異
体カルレチクリンタンパク質を含む免疫原性組成物を提供する。本明細書の上記で規定さ
れた突然変異体カルレチクリンタンパク質を含む組成物は、宿主または患者を疾患骨髄性
悪性腫瘍に対して免疫化するための医薬の製造のために使用することができる。

【0458】

本発明は、本明細書で規定される突然変異体カルレチクリンタンパク質抗原を含有する
ワクチン組成物（または「突然変異体カルレチクリンタンパク質ワクチン」）であって、
患者への投与に適し、患者を骨髄性悪性腫瘍に対して防御することが可能な、ワクチン組
成物を対象とする。

【0459】

「薬学的に許容される担体」という用語は、任意および全ての溶媒、分散媒、コーティ
ング、アジュバント、安定化剤、希釈剤、保存剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤、吸収
遅延剤などを含む。希釈剤は、水、生理食塩液、デキストロース、エタノール、グリセロ
ールなどを含みうる。等張剤は、とりわけ、塩化ナトリウム、デキストロース、マンニト
ール、ソルビトール、およびラクトースを含みうる。安定化剤は、とりわけ、アルブミン
を含む。

【0460】

本発明に従うワクチン組成物中の使用に適するアジュバントは、無機塩、例えば、アラ
ム、水酸化アルミニウム、リン酸アルミニウム、およびリン酸カルシウム；界面活性剤お
よび微粒子、例えば、非イオン性ブロックポリマーによる界面活性剤（例えば、コレステ
ロール）、ウィロソーム、サポニン（例えば、Ｑｕｉｌ Ａ、ＱＳ－２１、およびＧＰＩ
－０１００）、プロテオソーム、免疫刺激性複合体、コクリエート、第四級アミン（ジメ
チルジオクタデシルアンモニウムブロミド（ＤＤＡ））、アブリジン、ビタミンＡ、ビタ
ミンＥ；ＲＩＢＩアジュバント系（Ｒｉｂｉ Ｉｎｃ．）、マイコバクテリウム・フレイ
（Mycobacterum phlei）の細胞壁骨格（Ｄｅｔｏｘ（登録商標））、ムラミルジペプチド
（ＭＤＰ）およびムラミルトリペプチド（ＭＴＰ）、モノホスホリルリピドＡ、カルメッ
ト－ゲラン桿菌、易熱性大腸菌（E. coli）エンテロトキシン、コレラ毒素、トレハロー
スジミコレート、ＣｐＧオリゴデオキシヌクレオチドなどの細菌生成物；サイトカインお
よびホルモン、例えば、インターロイキン（ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－６、ＩＬ－１２
、ＩＬ－１５、ＩＬ－１８）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子、デヒドロエピア
ンドロステロン、１，２５－ジヒドロキシビタミンＤ３；ポリアニオン、例えば、デキス
トラン；ポリアクリル（例えば、ポリメチルメタクリレート、Ｃａｒｂｏｐｏｌ ９３４
Ｐ）；担体、例えば、破傷風トキソイド、ジフテリアトキソイド、コレラ毒素Ｂサブユニ
ット、腸管毒素原性大腸菌（E. coli）の突然変異体易熱性エンテロトキシン（ｒｍＬＴ
）、熱ショックタンパク質；水中油エマルジョン、例えば、ＡＭＰＨＩＧＥＮ（登録商標
）（Ｈｙｄｒｏｎｉｃｓ、ＵＳＡ）；ならびに、例えば、フロイント完全アジュバントお
よびフロイント不完全アジュバントなどの油中水エマルジョンなど、複数のアジュバント
クラスを含むがこれらに限定されない。

【0461】

本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質抗原と、薬学的に許容され
る担体とを、例えば、混合、溶解、懸濁、乳化、封入、吸着などにより、任意の好都合で
実際的な様式で組み合わせて、ワクチン組成物を形成し、注射、植込み、吸入、服用など
に適する錠剤、カプセル、粉末、シロップ、懸濁液などの処方物に作製することができる
。ワクチンは、患者に、注射により、約０．１～５ｍｌの用量で、または、好ましくは約
０．５～２．５ｍｌ、または、さらにより好ましくは約１ｍｌの用量で投与されうるよう
に調合することが好ましい。適切な場合、本発明の医薬組成物は、周知の手順により無菌
とすべきである。

【0462】

ワクチン中の本明細書で提示される突然変異体カルレチクリンタンパク質抗原の量は、
免疫化に有効であるべきであり、一般に、投与１回当たり０．５～１０００ｐｇの範囲に
ある。

【0463】

ワクチンにおける使用に適するアジュバントの量は、使用されるアジュバントの性格に
依存する。例えば、Ｑｕｉｌ Ａおよびコレステロールをアジュバントとして使用する場
合、Ｑｕｉｌ Ａは、一般に、投与１回当たり約１～１０００ｐｇの量であり；コレステ
ロールは、一般に、投与１回当たり約１～１０００ｐｇの量である。

【0464】

本開示に従い、ワクチンは、経口、鼻腔内、経粘膜、局所、経皮、および非経口（例え
ば、静脈内、腹腔内、皮内、皮下または筋内）を含む、任意の公知の経路により投与する
ことができる。投与はまた、無針送達デバイスを使用して達成することもできる。投与は
、経路の組合せ、例えば、非経口経路を使用する初回投与と、経粘膜経路を使用する後続
の投与とを使用して達成することができる。好ましい投与経路は、皮下および筋内投与を
含む。

【0465】

本発明は、組合せワクチンおよびこのような組合せワクチンを投与することにより患者
を防御するための方法を提供する。

【0466】

本発明は、本明細書の上記で規定および提示された、突然変異体カルレチクリンタンパ
ク質である免疫原性作用物質を提供する。前記作用物質は、患者において、突然変異体カ
ルレチクリンタンパク質に対する免疫原性応答を誘導するのに有効である。したがって、
免疫原性作用物質は、本明細書で規定される骨髄性悪性腫瘍の処置または防止において使
用することができる。

【0467】

さらに、本発明は、担体タンパク質に連結された免疫原性作用物質を含むコンジュゲー
トを提供する。免疫原性作用物質は、本明細書の上記で規定および提示された、突然変異
体カルレチクリンタンパク質である。担体タンパク質（とりわけ、血清アルブミンなど）
は、免疫応答を増強しうる。コンジュゲートは、担体タンパク質に融合させた免疫原性作
用物質（すなわち、本明細書の上記で規定および提示された、突然変異体カルレチクリン
タンパク質）を含む融合タンパク質でありうる。作用物質はまた、化学架橋により、担体
タンパク質に連結することもできる。作用物質は、担体タンパク質のアミノ末端に連結す
るかまたは融合させることができる。作用物質は、担体タンパク質のカルボキシルに連結
するかまたは融合させることができる。作用物質は、担体タンパク質の内部に連結するか
または融合させることができる。融合タンパク質などのコンジュゲート内には、作用物質
の複数のリピートまたは多量体が存在しうる。作用物質は、他のアミノ酸を伴う作用物質
を含む長鎖のポリペプチドの一部でありうる。作用物質は、粒子の成分でありうる。粒子
は、リポソームまたは微粒子でありうる。作用物質は、乳化させることもでき、リポソー
ムまたは微粒子などの粒子内に封入することもできる。

【0468】

本明細書で提示される、突然変異させたカルレチクリンタンパク質内の固有のＣ末端ポ
リペプチドの存在は、野生型タンパク質を無傷のまま放置しながら、突然変異体タンパク
質をターゲティングする可能性をもたらす。カルレチクリンエクソン９の－１リーディン
グフレームに由来するアミノ酸配列は、他のいかなる脊椎動物タンパク質との相同性も示
さないペプチドをコードするので、治療効果を有する（抗体（好ましくは、阻害性抗体）
、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、または低分子薬物のような）上記で規定された阻害剤を、こ
れに対して生成することができる。例えば、突然変異体カルレチクリンタンパク質のＣ末
端アミノ酸配列（エクソン９の代替的リーディングフレームに由来する突然変異体タンパ
ク質など）を、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体（好ましくは、阻害性抗体）の
作製のために使用することができる。したがって、本明細書で提示される突然変異体カル
レチクリンは、骨髄性悪性腫瘍の免疫療法のための有益な標的である。代替的に、突然変
異体ペプチドまたは組換え突然変異体タンパク質による患者の免疫化は、骨髄性悪性腫瘍
の治療的介入で使用することができる。

【0469】

カルレチクリンは、細胞から分泌され、血清中で検出されうることが示されている。カ
ルレチクリンはまた、細胞表面へとトラフィッキングされ、ここで、アポトーシス細胞の
食作用のための「イートミーシグナル」を提示する。

【0470】

したがって、本発明は、医薬としての使用のための、突然変異体カルレチクリンの阻害
剤を提供する。さらに、本発明は、医薬としての使用のための、本明細書で提示される突
然変異体カルレチクリンタンパク質、これに特異的に結合する抗体（好ましくは、阻害性
抗体）、本明細書で提示される核酸（特に、突然変異体カルレチクリンタンパク質をコー
ドする核酸）、本明細書で提示されるｓｉＲＮＡに関する。本明細書では、「医薬」およ
び「医薬組成物」という用語を互換的に使用する。したがって、「医薬組成物」に関して
本明細書で提示される定義および説明は、変更すべき点は変更して、「医薬」という用語
に適用される。

【0471】

本発明は、骨髄性悪性腫瘍の処置における使用のための、突然変異体カルレチクリンの
阻害剤に関する。

【0472】

本発明は、骨髄性悪性腫瘍患者を処置するための方法であって、有効量の突然変異体カ
ルレチクリンの阻害剤を、患者に投与するステップを含む、方法を提供する。

【0473】

処置される患者は、本発明に従い「陽性」と評価された患者、すなわち、その試料が、
カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子を存在させると決定されてい
る患者でありうる。

【0474】

したがって、本発明は、骨髄性悪性腫瘍の処置における使用のための、突然変異体カル
レチクリンの阻害剤であって、これにより、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄
性悪性腫瘍を患いやすい患者を処置し、これにより、カルレチクリン遺伝子の１または複
数の突然変異対立遺伝子（またはそれらの遺伝子産物）が、前記患者に由来する試料中に
存在すると決定する阻害剤に関する。

【0475】

カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝子の（またはそれらの遺伝子
産物の）、前記患者に由来する試料中の存在の決定に関して本明細書の上記で与えられた
、全ての定義および説明は、変更すべき点は変更して、この文脈に適用される。

【0476】

本発明は、骨髄性悪性腫瘍患者を処置するための方法であって、有効量の突然変異体カ
ルレチクリンの阻害剤を、患者に投与するステップを含む、方法を提供し、その方法は、
患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価する
ステップであって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の（またはそれらの遺伝子産物の）存在を決定することと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子（またはそれらの遺伝
子産物）が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性
悪性腫瘍を患いやすいと評価することと
を含むステップをさらに含む。

【0477】

前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の（またはそれらの遺伝子産物の）存在の決定に関して本明細書の上記で与えられた、
全ての定義および説明は、変更すべき点は変更して、この文脈に適用される。

【0478】

突然変異体カルレチクリンは、本明細書の上記で規定された突然変異体カルレチクリン
タンパク質でありうる。突然変異体カルレチクリンが、突然変異体カルレチクリンタンパ
ク質である場合、阻害剤は、抗体（好ましくは、阻害性抗体）、細胞外結合性パートナー
、低分子結合性分子、アプタマー、またはイントラマーでありうる。

【0479】

突然変異体カルレチクリンは、本明細書の上記で規定された突然変異体カルレチクリン
タンパク質をコードする核酸でありうる。突然変異体カルレチクリンが、このような核酸
（好ましくは、上記で提示および規定されたｍＲＮＡ）である場合、阻害剤は、ｓｉＲＮ
Ａ、ｍｉＲＮＡ、ｄｓＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｔＲＮＡ、およびアンチセンス分子であり
うる。

【0480】

上述の通り、骨髄性悪性腫瘍は、骨髄増殖性新生物または骨髄異形成症候群を含む。例
示的な骨髄増殖性新生物は、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）である。本明細書では、骨髄増
殖性新生物の治療、特に、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）の治療、または本態性血小板血症
（ＥＴ）の治療が好ましい。本発明に従う治療的介入下に置かれる例示的な骨髄異形成症
候群は、環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）である。

【0481】

本明細書では、「処置」、「～を処置すること」などの用語は一般に、所望の薬理学的
および／または生理学的効果を得ることを意味するように使用される。効果は、疾患もし
くはその症状を、完全に、もしくは部分的に、防止する点で予防的な場合もあり、かつ／
または疾患および／もしくは疾患に帰せられる有害作用を、部分的に、もしくは完全に、
治癒させる点で治療的な場合もある。本明細書で使用される「処置」という用語は、対象
における疾患の任意の処置をカバーし、（ａ）疾患に対して素因がある可能性のある対象
に関連する疾患を防止すること；（ｂ）疾患を阻害すること、すなわち、その発症を停止
させること；または（ｃ）疾患を軽減すること、すなわち、疾患の退縮を引き起こすこと
を含む。

【0482】

本発明の目的での「個体」、「患者」、または「対象」は、ヒトおよび他の動物、特に
、哺乳動物および他の生物の両方を含む。したがって、方法は、ヒトの治療および獣医学
的適用の両方に適用可能である。好ましくは、「個体」、「患者」、または「対象」は、
哺乳動物であり、最も好ましくは、「個体」、「患者」、または「対象」は、ヒトである
。

【0483】

突然変異体カルレチクリンの阻害剤は、単一の薬剤として（すなわち、単剤療法の形態
で）投与することもでき、例えば、ヒドロキシ尿素またはインターフェロンアルファ療法
のような、従来の療法との組合せ療法の形態で投与することもできる。

【0484】

医薬組成物は、個々の患者の臨床状態、医薬組成物の送達部位、投与法、投与スケジュ
ールの設定、および医療従事者に公知の他の因子を考慮に入れ、良質の医療のための原則
（good medical practice）に合致する様式で、調合および投与されるものとする。した
がって、本明細書の目的での医薬組成物の「有効量」は、このような検討事項により決定
される。

【0485】

当業者には、個体に投与される医薬組成物の有効量は、とりわけ、化合物の性格に依存
することが公知である。

【0486】

例えば、前記阻害剤が低分子である場合、経口投与される医薬組成物中の阻害剤の、投
与１回当たりの全（薬学的）有効量は、患者１日当たり約５０ｍｇの阻害剤～１日当たり
１０００ｍｇの阻害剤の範囲となろうが、上記で言及した通り、これは、治療的判断の下
に置かれる。より好ましくは、この用量は、１日当たり少なくとも５０ｍｇの阻害剤であ
り、最も好ましくは、ヒトでは、１日当たり約５０ｍｇ～６００ｍｇの間の阻害剤である
。例えば、阻害剤は、１日当たり体重１ｋｇ当たり１５ｍｇの用量で投与することができ
る。持続的に施される場合、阻害剤は、１日当たり約５０ｍｇ～１日当たり約６００ｍｇ
の投与速度で投与することが典型的である。また、静脈内溶液バッグも援用することがで
きる。変化を観察するのに必要とされる処置の長さ、および応答が生じるための処置後の
間隔は、所望の効果に応じて変化すると考えられる。特定の量は、当業者に周知の従来の
検査により決定することができる。

【0487】

本明細書で提示される組成物の投与は、とりわけ、毎日２回、毎日１回、隔日、３日ご
と、４日ごと、５日ごと、毎週１回、２週間ごとに１回、３週間ごとに１回、１カ月ごと
に１回の投与などを含みうる。

【0488】

例えば、前記化合物が、（ポリ）ペプチドまたはタンパク質である場合、非経口投与さ
れる医薬組成物の、投与１回当たりの全（薬学的）有効量は、患者の体重１ｋｇ当たり１
日当たり約１μｇのタンパク質～１ｋｇ当たり１日当たり１５ｍｇのタンパク質の範囲と
なろうが、上記で言及した通り、これは、治療的判断の下に置かれる。より好ましくは、
この用量は、１ｋｇ当たり１日当たり少なくとも０．０１ｍｇのタンパク質であり、最も
好ましくは、ヒトでは、１ｋｇ当たり１日当たり約０．０１～１ｍｇの間のタンパク質で
ある。持続的に施される場合、医薬組成物は、１日当たり１～４回の注射により、または
、例えば、ミニポンプを使用する持続皮下注入により、１ｋｇ当たり１時間当たり約１μ
ｇ～１ｋｇ当たり１時間当たり約５０μｇの投与速度で投与することが典型的である。ま
た、静脈内溶液バッグも援用することができる。変化を観察するのに必要とされる処置の
長さ、および応答が生じるための処置後の間隔は、所望の効果に応じて変化すると考えら
れる。特定の量は、当業者に周知の従来の検査により決定することができる。

【0489】

本発明の医薬組成物は、経口、直腸内、非経口、大槽内、膣内、腹腔内、局所（粉末、
軟膏、点滴剤または経皮パッチによる）、口腔内投与することもでき、経口または経鼻ス
プレーとして投与することもできる。

【0490】

本発明の医薬組成物は、薬学的に許容される担体を含むことが好ましい。「薬学的に許
容される担体」とは、非毒性の固体、半固体、または液体の、充填剤、希釈剤、封入材料
、または任意の種類の処方物補助剤を意味する。本明細書で使用される「非経口」という
用語は、静脈内、筋内、腹腔内、胸骨内、皮下、ならびに関節内注射および注入を含む投
与方式を指す。

【0491】

医薬組成物はまた、持続放出系により、適切に投与される。持続放出型組成物の適切な
例は、成型品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態の、半透性のポリマーマ
トリックスを含む。持続放出型マトリックスは、ポリラクチド（米国特許第３，７７３，
９１９号、ＥＰ５８，４８１）、Ｌ－グルタミン酸とガンマ－エチル－Ｌ－グルタメート
とのコポリマー（Sidman, U. et al., Biopolymers 22:547-556 (1983)）、ポリ（２－ヒ
ドロキシエチルメタクリレート）（R. Langer et al., J. Biomed. Mater. Res. 15:167-
277 (1981)、およびR. Langer, Chem. Tech. 12:98-105 (1982)）、エチレンビニルアセ
テート（R. Langer et al., Id.）またはポリ－Ｄ－（－）－３－ヒドロキシ酪酸（ＥＰ
１３３，９８８）を含む。持続放出型医薬組成物はまた、リポソーム封入型化合物も含む
。医薬組成物を含有するリポソームは、それ自体が公知の方法により調製される（ＤＥ３
，２１８，１２１；Epstein et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 82:3688-3692 (198
5)；Hwang et al., Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 77:4030-4034 (1980)；ＥＰ５２，３
２２；ＥＰ３６，６７６；ＥＰ８８，０４６；ＥＰ１４３，９４９；ＥＰ１４２，６４１
；日本特許出願第８３－１１８００８号；米国特許第４，４８５，０４５号および同第４
，５４４，５４５号；ならびにＥＰ１０２，３２４）。通常、リポソームは、脂質含量が
、約３０モルパーセントを超えるコレステロールである、小型（約２００～８００オング
ストローム）の単層型であり、選択される比率は、最適の治療のために調整される。

【0492】

非経口投与では、医薬組成物は、一般に、それを、注射用単位剤形（溶液、懸濁液、ま
たはエマルジョン）中に、所望の程度の純度で、薬学的に許容される担体、すなわち、レ
シピエントに対して、援用される投与量および濃度で非毒性であり、処方物の他の成分と
適合性である担体と混合することにより調合される。

【0493】

一般に、処方物は、医薬組成物の成分を、液体担体もしくは微粒化された固体担体また
はこれらの両方と、均一、かつ、緊密に接触させることにより調製される。次いで、必要
な場合、生成物を、所望の処方物に成型する。好ましくは、担体は、非経口担体、より好
ましくは、レシピエントの血液と等張性の溶液である。このような担体媒体の例は、水、
生理食塩液、リンゲル液、およびデキストロース溶液を含む。本明細書ではまた、固定油
およびオレイン酸エチルなどの非水性媒体も、リポソームと同様に有用である。担体は、
等張性および化学的安定性を増強する物質など、少量の添加剤を含有すると適切である。
このような材料は、レシピエントに対して、援用される投与量および濃度で非毒性であり
、リン酸、クエン酸、コハク酸、酢酸、および他の有機酸、もしくはこれらの塩などの緩
衝剤；アスコルビン酸などの抗酸化剤；低分子量（約１０残基未満）の（ポリ）ペプチド
、例えば、ポリアルギニンもしくはトリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは
免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシ
ン、グルタミン酸、アスパラギン酸、もしくはアルギニンなどのアミノ酸；セルロースも
しくはその誘導体、グルコース、マンノース、またはデキストリンを含む、単糖、二糖、
および他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート化剤；マンニトールもしくはソルビトール
などの糖アルコール；ナトリウムなどの対イオン；ならびに／またはポリソルベート、ポ
ロキサマー、もしくはＰＥＧなどの非イオン性界面活性剤を含む。

【0494】

治療的投与のために使用される医薬組成物の成分は、無菌でなければならない。無菌性
は、滅菌濾過膜（例えば、０．２ミクロンの膜）を通す濾過により、たやすく達成される
。医薬組成物の治療用成分は、一般に、無菌のアクセスポートを有する容器、例えば、皮
下注射針により穿刺可能な止栓を有する、静脈内溶液バッグまたはバイアルに入れられる
。

【0495】

医薬組成物の成分は、通常、単位用量容器または複数回用量容器内、例えば、密封され
たアンプル内またはバイアル内に、水溶液または再構成のための凍結乾燥処方物として保
存される。凍結乾燥処方物の例として述べると、１０ｍｌのバイアルを、滅菌濾過された
１％（ｗ／ｖ）の水溶液５ｍｌで満たし、結果として得られる混合物を凍結乾燥させる。
注入溶液は、注射用静菌水を使用して、凍結乾燥化合物を再構成することにより調製され
る。

【0496】

真性赤血球増加症のための処置の目的は、過剰な血液細胞の数を低減することである。
真性赤血球増加症の処置は、静脈切開術、静脈切開術を伴うかまたは伴わない化学療法、
インターフェロンアルファまたはＰＥＧ化インターフェロンアルファおよび低用量のアス
ピリンを使用する生物学的療法を含みうる。

【0497】

徴候も症状も伴わない患者における原発性骨髄線維症の処置は通例、注意深い待機であ
る。原発性骨髄線維症を伴う患者は、貧血の徴候または症状を有しうる。貧血は通例、症
状を軽減し、生活の質を改善するように、赤血球の注入で処置する。加えて、貧血は、赤
血球形成性増殖因子、プレドニゾン、ダナゾール、サリドマイド、レナリドミド、または
ポマリドミドで処置することができる。他の徴候または症状を伴う患者における、原発性
骨髄線維症の処置は、ルキソリチニブ（ＪＡＫ１およびＪＡＫ２の阻害剤）によるターゲ
ティング療法、化学療法、ドナー幹細胞移植、サリドマイド、レナリドミド、またはポマ
リドミド、脾臓摘出、脾臓、リンパ節、もしくは骨髄外の他の領域であって、血液細胞が
形成されつつある領域に対する放射線療法、インターフェロンアルファもしくは赤血球形
成性増殖因子を使用する生物学的療法、または他のターゲティング療法薬の臨床試験への
組入れを含みうる。

【0498】

徴候も症状も有さず、許容可能な血小板カウントを有する、６０歳より若齢の患者にお
ける、本態性血小板血症の処置は通例、注意深い待機である。場合によって、患者は、ア
スピリンを服用して、血栓を防止する一助とすることができる。他の患者の処置は、化学
療法、ヒドロキシ尿素、アナグレリド療法、インターフェロンアルファまたはＰＥＧ化イ
ンターフェロンアルファを使用する生物学的療法、血小板アフェレーシスを含みうる。

【0499】

ＪＡＫ結合阻害剤であるルキソリチニブは、治癒処置および支持処置への有望性を示す
。ルキソリチニブは、米国食品医薬品局により、高度および中等度の危険性の骨髄線維症
の処置における使用について、２０１１年に承認されている（Tefferi March 22, 2012;
Blood: 119 (12)を参照されたい）。また、Ostojicは、ルキソリチニブが、骨髄線維症の
治療において使用されることについて報告している（Ostojic Therapeutics and Clinica
l Risk Management 2012:8 95-103を参照されたい）。

【0500】

骨髄増殖性新生物についての臨床試験で現在使用されているＪＡＫ阻害剤は、ルキソリ
チニブのほかに、ＳＡＲ３０２５０３、ＣＹＴ３８７、レスタウルチニブ、ＳＢ１５１８
、ＡＺＤ１４８０、ＢＭＳ９１１５４３、ＬＹ２７８４５４４、ＮＳ－０１８、およびＸ
Ｌ０１９を含む（Tefferi March 22, 2012; Blood: 119 (12)を参照されたい）。

【0501】

ルキソリチニブ（（３Ｒ）－３－シクロペンチル－３－［４－（７Ｈ－ピロロ［２，３
－ｄ］ピリミジン－４－イル）ピラゾール－１－イル］プロパンニトリル；商品名：Ｊａ
ｋａｆｉ、Ｊａｋａｖｉ）の例示的な式を、以下に示す：

【0502】

【化1】

【0503】

環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症は、輸血および貧血を改善する他の支持
療法であって、高用量のピロドキシン（ビタミンＢ６）を含む支持療法を要求する場合が
ある。また、骨髄移植も、選択肢である。ＲＡＲＳ－Ｔはまた、白血病に進行する場合が
ある。

【0504】

上記の療法の使用は、本発明に従う突然変異体カルレチクリンの存在について陽性また
は陰性と診断された患者のために、単独で、または突然変異体カルレチクリンを特異的に
ターゲティングする療法（例えば、抗体）との組合せで想定される。したがって、突然変
異体ＣＡＬＲをターゲティングする療法（例えば、抗体）も同様に、単剤療法として、ま
たは他の療法と組み合わせて使用する場合、処置において有用でありうる。例えば、イン
ターフェロンアルファ療法を使用して、本発明に従う突然変異体カルレチクリンの存在に
ついて陽性と診断された、（本態性血小板血症患者のような）ＭＰＮを伴う患者を処置す
ることができる。

【0505】

例えば、患者が、検査で、突然変異体カルレチクリンおよびＪＡＫ２突然変異の存在に
ついて陽性とされた場合、本明細書では、（ルキソリチニブのような）ＪＡＫ阻害剤の使
用が想定される。臨床パラメータ（例えば、患者の年齢、予後）に応じて、例えば、検査
で突然変異体カルレチクリンの存在について陽性とされた患者を処置するのに、幹細胞移
植のような、さらなる療法もまた使用することができる。

【0506】

本明細書では、本発明に従う使用のための阻害剤が記載および提示される。本発明の文
脈ではまた、まだ生成されていない阻害剤、またはそれらの阻害活性について検査される
公知の化合物の使用も想定される。

【0507】

したがって、本発明は、本明細書で規定および提示される、突然変異体カルレチクリン
の阻害剤であることが疑われる候補分子の活性を評価するための方法であって、
（ａ）突然変異体カルレチクリンを含む細胞、組織、または非ヒト動物を前記候補分子と
接触させるステップと、
（ｂ）前記突然変異体カルレチクリンの活性の低下を検出するステップと、
（ｃ）前記突然変異体カルレチクリンの活性を低下させる候補分子を選択するステップと
を含み、
活性の低下により、選択された分子が、本明細書で規定される、骨髄性悪性腫瘍の処置
において有用となる能力が示される、方法を提供する。

【0508】

また、（発現）レベルの低下も、有用な阻害剤を指し示しうる。

【0509】

本発明は、本明細書で規定および提示される、突然変異体カルレチクリンの阻害剤であ
ることが疑われる候補分子の活性を評価するための方法であって、
（ａ）突然変異体カルレチクリンを含む細胞、組織、または非ヒト動物を前記候補分子と
接触させるステップと、
（ｂ）前記突然変異体カルレチクリンの（発現）レベルの低下を検出するステップと、
（ｃ）前記突然変異体カルレチクリンの（発現）レベルを低下させる候補分子を選択する
ステップと
を含み、
（発現）レベルの低下により、選択された分子が、本明細書で規定される、骨髄性悪性
腫瘍の処置において有用となる能力が示される、方法に関する。

【0510】

突然変異体カルレチクリンは、本明細書の上記で規定された突然変異体カルレチクリン
タンパク質／ポリペプチドのうちのいずれか、または本明細書で規定される核酸（特に、
ｍＲＮＡ）であって、突然変異体カルレチクリンタンパク質／ポリペプチドをコードする
核酸のうちのいずれかでありうる。

【0511】

突然変異体カルレチクリンタンパク質は、それぞれ、４、８、１２、１６、２０、２４
、２８、３２、３６、４０、４４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、
８０、８４、８８、９２、９６、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１
２４、１２８、１３２、１３６、１４０、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１
６４、１６８、１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２
０４、２０８、２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２
４４、２４８、２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２
８４、２８８、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３
２６、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３
６６、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４
０６、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、および４３４に示されるポリ
ペプチドのアミノ酸配列を含むかまたはこれからなりうる。この文脈ではまた、上記で規
定されたこれらのタンパク質の断片または誘導体の使用も想定される。

【0512】

突然変異体カルレチクリン核酸は、それぞれ、１、２、３、５、６、７、９、１０、１
１、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９
、３０、３１、３３、３４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、
４７、４９、５０、５１、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６
５、６６、６７、６９、７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２
、８３、８５、８６、８７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、
１０１、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、
１１４、１１５、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、
１２７、１２９、１３０、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、
１４１、１４２、１４３、１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、
１５４、１５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、
１６７、１６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、
１８１、１８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、
１９４、１９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、
２０７、２０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、
２２１、２２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、
２３４、２３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、
２４７、２４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、
２６１、２６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、
２７４、２７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、
２８７、２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、
３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、
３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、
３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、
３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、
３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、
３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、
３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、
３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、
４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、
４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、および４３３に示
される核酸を含むかまたはこれからなりうる。

【0513】

さらに、本発明は、本発明の方法のために、すなわち、患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っ
ているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかどうかを評価するために、本明細書で規
定される、カルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の存在、または
カルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしく
は量を検出することが可能な、核酸（例えば、下記で記載される、プライマー／プライマ
ー対またはプローブのようなオリゴヌクレオチド）または抗体の使用を提供する。

【0514】

オリゴヌクレオチドは、約１５～１００ヌクレオチドの長さでありうる。当業者は、自
らの一般的な知見および本明細書で提示される教示に基づき、本明細書で規定される、カ
ルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の存在、またはカルレチクリ
ン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしくは量を検出す
ることが可能な、オリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドを同定および／または調製
することが容易である。これらのオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチドは、本明細
書で提示される方法における、プローブまたはプライマーとして使用することができる。
プライマーおよび／またはプローブは、１０～３０ヌクレオチドの長さを有することが多
い。したがって、本発明は、本明細書で規定される、カルレチクリン遺伝子の１もしくは
複数の突然変異対立遺伝子の存在、またはカルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然
変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしくは量を検出することが可能な核酸（特に、プラ
イマーまたはプローブ）であって、５０、４９、４８、４７、４６、４５、４４、４３、
４２、４１、４０、３９、３８、３７、３６、３５、３４、３３、３２、３１、３０、２
９、２８、２７、２６、２５、２４、２３、２２、２１、または２０ヌクレオチドより短
く、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、または１５ヌクレオチドより
長い、核酸に関する。核酸は、１０～３５ヌクレオチドの長さを有することが好ましく、
より好ましくは１５～２５ヌクレオチド、特に好ましくは１８～２１、例えば、１８、１
９、２０、または２１ヌクレオチドの長さである。これらの核酸は、厳密な条件下で、本
明細書の上記で規定および提示された、核酸突然変異体カルレチクリンの相補鎖とハイブ
リダイズしうる。

【0515】

当業者は、例えば、対応するプローブ／プライマーの同定に有用でありうるコンピュー
タプログラムが、本明細書で使用されることを知るであろう。例えば、本明細書で開示さ
れる、例示的なコード配列の核酸配列（それぞれ、配列番号１、２、３、５、６、７、９
、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、
２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４
５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２
、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、
８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９
８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１
、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５
、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８
、１３９、１４１、１４２、１４３、１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１
、１５３、１５４、１５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５
、１６６、１６７、１６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８
、１７９、１８１、１８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１
、１９３、１９４、１９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５
、２０６、２０７、２０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８
、２１９、２２１、２２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１
、２３３、２３４、２３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５
、２４６、２４７、２４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８
、２５９、２６１、２６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１
、２７３、２７４、２７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５
、２８６、２８７、２９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００
、３０１、３０３、３０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３
、３１５、３１６、３１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７
、３２８、３２９、３３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０
、３４１、３４３、３４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３
、３５５、３５６、３５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７
、３６８、３６９、３７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０
、３８１、３８３、３８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３
、３９５、３９６、３９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７
、４０８、４０９、４１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０
、４２１、４２３、４２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、および
４３３）は、この文脈で使用することができる。

【0516】

また、以下の表で開示される配列も、この文脈で使用することができる。

【0517】

【表3】

【0518】

本明細書で提示され、本発明に従い使用される、例示的なオリゴヌクレオチド（プライ
マー）は、
フォワード：ＡＣＡＡＣＴＴＣＣＴＣＡＴＣＡＣＣＡＡＣＧ（配列番号４３７）
および／または
リバース：ＧＧＣＣＴＣＡＧＴＣＣＡＧＣＣＣＴＧ（配列番号４３８）
フォワード：ＧＧＣＡＡＧＧＣＣＣＴＧＡＧＧＴＧＴ（配列番号４３９）
および／または
リバース：ＧＧＣＣＴＣＡＧＴＣＣＡＧＣＣＣＴＧ（配列番号４３８）
である。

【0519】

一実施形態では、本発明は、本明細書で記載および説明される核酸を有する、トランス
ジェニック細胞または非ヒトトランスジェニック動物（またはこれを含むベクター）、例
えば、本明細書で規定される、カルレチクリン遺伝子の少なくとも１つまたは複数の突然
変異対立遺伝子を含む核酸に関する。このようなトランスジェニック細胞または非ヒトト
ランスジェニック動物を、骨髄性悪性腫瘍の処置のための医薬のスクリーニングおよび／
または検証に使用することができる。

【0520】

この文脈で使用される「細胞」という用語はまた、複数の細胞のほか、組織内に含まれ
る細胞も含みうる。スクリーニングまたは検証法で使用される細胞は、骨髄性悪性腫瘍を
患っている非ヒト（トランスジェニック）動物またはヒトに由来する試料から得ることが
できる。腫瘍細胞または細胞はまた、患者試料（例えば、生検）、特に、骨髄性悪性腫瘍
を患っている患者／対象に由来する１つ／複数の生検からも得ることができる。したがっ
て、細胞は、ヒト細胞でありうる。ここでもまた、本スクリーニングまたは検証法で使用
されるこのような細胞は、組織内、または試料生検のような組織試料中に含まれうる。

【0521】

使用される非ヒト動物または細胞は、トランスジェニックの場合もあり、非トランスジ
ェニックの場合もある。この文脈における「トランスジェニック」とは、特に、本明細書
で記載または規定される突然変異体カルレチクリンのうちの少なくとも１つを（過剰）発
現させていること、および／または突然変異体カルレチクリンのうちの少なくとも１つの
活性が存在する（またはこれを増大させている）ことを意味する。

【0522】

本発明の文脈における、好ましい非ヒト（トランスジェニック）動物または（トランス
ジェニック）細胞は、骨髄性悪性腫瘍を患っている。

【0523】

本明細書で使用される「非ヒトトランスジェニック動物」または「トランスジェニック
細胞」という用語は、ヒト以外の非ヒト動物または細胞であって、対応する野生型動物／
細胞の遺伝子材料とは異なる遺伝子材料を含む、動物または細胞を指す。この文脈におけ
る「遺伝子材料」は、任意の種類の核酸分子またはその類似体、例えば、本明細書で規定
される核酸分子またはその類似体でありうる。この文脈における「異なる」とは、野生型
動物／細胞のゲノムに照らして、付加的であるかもしくは僅少な遺伝子材料、および／ま
たは再配列された遺伝子材料、すなわち、野生型動物／細胞のゲノムに照らして、ゲノム
の異なる遺伝子座に存在する遺伝子材料を意味する。トランスジェニック細胞／動物を生
成するために使用される、異なる発現系の例についての概観は、例えば、Methods in Enz
ymology 153 (1987), 385-516、Bitter et al. (Methods in Enzymology 153 (1987), 51
6-544)、およびSawers et al. (Applied Microbiology and Biotechnology 46 (1996), 1
-9)、Billman-Jacobe (Current Opinion in Biotechnology 7 (1996), 500-4)、Hockney
(Trends in Biotechnology 12 (1994), 456-463)、Griffiths et al., (Methods in Mole
cular Biology 75 (1997), 427-440)に収載されている。

【0524】

好ましい実施形態では、非ヒト（トランスジェニック）動物または（トランスジェニッ
ク）細胞は、哺乳動物であるか、または哺乳動物から導出される。非ヒト（トランスジェ
ニック）動物または導出された（トランスジェニック）細胞の非限定的な例は、マウス、
ラット、ウサギ、およびモルモットからなる群から選択される。

【0525】

本発明はまた、本発明の核酸分子を含むベクターにも関する。

【0526】

分子生物学の当業者には、多くの適切なベクターであって、その選択が、所望の機能に
依存し、プラスミド、コスミド、ウイルス、バクテリオファージおよび遺伝子操作で従来
使用されている他のベクターを含む、ベクターが公知である。当業者に周知の方法を使用
して、多様なプラスミドおよびベクターを構築することができる。例えば、Sambrook et
al. (loc cit.)およびAusubel, Current Protocols in Molecular Biology, Green Publi
shing Associates and Wiley Interscience, N.Y. (1989), (1994)において記載されてい
る技法を参照されたい。代替的に、本発明のポリヌクレオチドおよびベクターは、標的細
胞への送達のために、リポソームに再構成することができる。下記でさらに詳細に論じら
れる通り、クローニングベクターを使用して、ＤＮＡの個々の配列を単離した。関与性の
配列は、特定のポリペプチドの発現が要求される発現ベクターに導入することができる。
典型的なクローニングベクターは、ｐＢｌｕｅｓｃｒｉｐｔ ＳＫ、ｐＧＥＭ、ｐＵＣ９
、ｐＢＲ３２２、およびｐＧＢＴ９を含む。典型的な発現ベクターは、ｐＴＲＥ、ｐＣＡ
Ｌ－ｎ－ＥＫ、ｐＥＳＰ－１、ｐＯＰ１３ＣＡＴを含む。

【0527】

好ましくは、前記ベクターは、本明細書で規定される前記核酸配列に作動可能に連結さ
れた調節配列である、核酸配列を含む。

【0528】

「調節配列」という用語は、それらがライゲーションされたコード配列の発現を実行す
るのに必要な、ＤＮＡ配列を指す。このような制御配列の性格は、宿主生物に応じて異な
る。原核生物では、制御配列は一般に、プロモーター、リボソーム結合性部位、およびタ
ーミネーターを含む。真核生物では一般に、制御配列は、プロモーター、ターミネーター
、および、場合によって、エンハンサー、トランス活性化因子、または転写因子を含む。
「制御配列」という用語は、最小限でも、それらの存在が発現に必要な全ての成分を含む
ことを意図し、また、さらなる有利な成分も含みうる。

【0529】

「作動可能に連結された」という用語は、そのように記載された成分が、それらの意図
される様式で機能することを可能とする関係にある並置を指す。コード配列に「作動可能
に連結された」制御配列は、コード配列の発現が、制御配列に適合する条件下で達成され
るような様式でライゲーションされている。制御配列がプロモーターである場合、当業者
には、二本鎖核酸を使用すると好ましいことが明らかである。

【0530】

したがって、言及されたベクターは、発現ベクターであることが好ましい。「発現ベク
ター」とは、選択された宿主を形質転換し、選択された宿主内のコード配列の発現をもた
らすのに使用しうる構築物である。発現ベクターは、例えば、クローニングベクター、バ
イナリーベクター、または組込みベクターでありうる。発現は、核酸分子の、好ましくは
、翻訳可能なｍＲＮＡへの転写を含む。当業者には、原核細胞および／または真核細胞内
の発現を確保する調節エレメントが周知である。真核細胞の場合、それらは通常、転写の
開始を確保するプロモーターと、任意選択で、転写の終結および転写物の安定化を確保す
るポリＡシグナルとを含む。原核宿主細胞内の発現を可能とする、可能な調節エレメント
は、例えば、大腸菌（E. coli）内のＰ_Ｌ、ｌａｃ、ｔｒｐ、またはｔａｃプロモーター
を含み、真核宿主細胞内の発現を可能とする調節エレメントの例は、酵母内のＡＯＸ１も
しくはＧＡＬ１プロモーター、または哺乳動物および他の動物細胞内の、ＣＭＶ、ＳＶ４
０、ＲＳＶプロモーター（ラウス肉腫ウイルス）、ＣＭＶエンハンサー、ＳＶ４０エンハ
ンサー、もしくはグロビンイントロンである。

【0531】

転写の開始の一因となるエレメントのほか、このような調節エレメントはまた、ポリヌ
クレオチドの下流の、ＳＶ４０－ポリＡ部位またはｔｋ－ポリＡ部位などの転写終結シグ
ナルも含みうる。さらに、使用される発現系に応じて、ポリペプチドを細胞内区画へと方
向付ける、またはそれを培地に分泌することが可能なリーダー配列を、言及された核酸配
列のコード配列に付加することができ、当技術分野では、これらが周知であるが、付属の
実施例もまた、参照されたい。リーダー配列は、翻訳、開始、および終結配列と適当な相
でアセンブルされ、翻訳されたタンパク質またはその部分の、ペリプラズム腔または細胞
外培地への分泌を方向付けることが可能であることが好ましいリーダー配列である。任意
選択で、異種配列は、所望の特徴、例えば、発現させた組換え産物の安定化またはその精
製の簡略化を付与するＮ末端同定ペプチドを含む融合タンパク質をコードすることが可能
である（前出を参照されたい）。当技術分野では、岡山－バーグｃＤＮＡ発現ベクターで
あるｐｃＤＶ１（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、ｐＣＤＭ８、ｐＲｃ／ＣＭＶ、ｐｃＤＮＡ１、
ｐｃＤＮＡ３（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、ｐＥＦ－ＤＨＦＲ、ｐＥＦ－ＡＤＡまたはｐＥ
Ｆ－ｎｅｏ（Mack et al. PNAS (1995) 92, 7021-7025；およびRaum et al. Cancer Immu
nol Immunother (2001) 50 (3), 141-150）またはｐＳＰＯＲＴ１（ＧＩＢＣＯ ＢＲＬ
）など、この文脈で適切な発現ベクターが公知である。

【0532】

発現制御配列は、真核宿主細胞を形質転換するか、またはこれらにトランスフェクトす
ることが可能なベクター内の真核プロモーター系であることが好ましかろうが、原核生物
宿主のための制御配列も使用することができる。ベクターを適切な宿主へと組み込んだら
、宿主を、ヌクレオチド配列の高レベルの発現に適する条件下で維持し、所望の場合、本
発明のポリペプチドの回収および精製を後続させることができる（例えば、付属の実施例
を参照されたい）。

【0533】

細胞周期相互作用性タンパク質を発現させるのに使用しうる、代替的な発現系は、昆虫
系である。１つのこのような系では、アウトグラファ・カリフォルニカ（Autographa cal
ifornica）核多角体病ウイルス（ＡｃＮＰＶ）を、ツマジロクサヨトウ（Spodoptera fru
giperda）細胞内またはトリコプルシア・ラルバエ（Trichoplusia larvae）内で外来遺伝
子を発現させるベクターとして使用する。言及された核酸分子のコード配列は、ポリヘド
リン遺伝子など、ウイルスの可欠領域にクローニングし、ポリヘドリンプロモーターの制
御下に置くことができる。前記コード配列の挿入が成功すれば、ポリヘドリン遺伝子は不
活性とされ、コートタンパク質を欠く組換えウイルスが産生される。次いで、組換えウイ
ルスを使用して、ツマジロクサヨトウ（S. frugiperda）細胞またはトリコプルシア・ラ
ルバエ（Trichoplusia larvae）に感染させ、ここで、本発明のタンパク質を発現させる
（Smith, J. Virol. 46 (1983), 584；Engelhard, Proc. Nat. Acad. Sci. USA 91 (1994
), 3224-3227）。

【0534】

さらなる調節エレメントは、転写ならびに翻訳エンハンサーを含みうる。上記で記載さ
れた本発明のベクターは、選択および／または評定マーカーを含むと有利である。

【0535】

形質転換された細胞の選択に有用な選択マーカー遺伝子は、当業者に周知であり、例え
ば、ｄｈｆｒについての選択の基盤としての代謝拮抗剤耐性であって、メトトレキサート
に対する耐性を付与する代謝拮抗剤耐性（Reiss, Plant Physiol. (Life Sci. Adv.) 13
(1994), 143-149）；アミノグリコシドであるネオマイシン、カナマイシン、およびパロ
マイシンに対する耐性を付与するｎｐｔ（Herrera-Estrella, EMBO J. 2 (1983), 987-99
5）；ならびにハイグロマイシンに対する耐性を付与するｈｙｇｒｏ（Marsh, Gene 32 (1
984), 481-485）を含む。さらなる選択遺伝子、すなわち、細胞がトリプトファンの代わ
りにインドールを使用することを可能にするｔｒｐＢ；細胞がヒスチジンの代わりにヒス
チノールを使用することを可能にするｈｉｓＤ（Hartman, Proc. Natl. Acad. Sci. USA
85 (1988), 8047）；細胞がマンノースを使用することを可能にするマンノース－６－リ
ン酸イソメラーゼ（ＷＯ９４／２０６２７）；およびオルニチンデカルボキシラーゼ阻害
剤である、２－（ジフルオロメチル）－ＤＬ－オルニチン（ＤＦＭＯ）に対する耐性を付
与するＯＤＣ（オルニチンデカルボキシラーゼ）（McConlogue, 1987, In: Current Comm
unications in Molecular Biology, Cold Spring Harbor Laboratory ed.）、またはブラ
ストサイジンＳに対する耐性を付与する、アスペルギルス・テレウス（Aspergillus terr
eus）に由来するデアミナーゼ（Tamura, Biosci. Biotechnol. Biochem. 59 (1995), 233
6-2338）が記載されている。

【0536】

有用な評定マーカーも当業者に公知であり、市販されている。前記マーカーは、ルシフ
ェラーゼ（Giacomin, Pl. Sci. 116 (1996), 59-72；Scikantha, J. Bact. 178 (1996),
121）、緑色蛍光タンパク質（Gerdes, FEBS Lett. 389 (1996), 44-47）、またはβ－グ
ルクロニダーゼ（Jefferson, EMBO J. 6 (1987), 3901-3907）をコードする遺伝子である
と有利である。この実施形態は、言及されたベクターを含有する細胞、組織、および生物
の簡単で迅速なスクリーニングに特に有用である。

【0537】

上記で記載した通り、言及された核酸分子は、例えば、精製のためであるが、また、遺
伝子治療の目的でも、本発明のポリペプチドを細胞内で発現させるように、単独で使用す
ることもでき、ベクターの一部として使用することもできる。上記で記載された本発明の
ポリペプチドのうちのいずれか１つをコードするＤＮＡ配列を含有する核酸分子またはベ
クターを細胞に導入すると、細胞は、目的のポリペプチドを産生する。ｅｘ ｖｉｖｏま
たはｉｎ ｖｉｖｏ法により治療用遺伝子を細胞に導入することに基づく遺伝子治療は、
遺伝子導入の最も重要な適用のうちの１つである。ｉｎ ｖｉｔｒｏまたはｉｎ ｖｉｖ
ｏにおける遺伝子治療に適する、ベクター、方法、または遺伝子送達系は、文献において
記載されており、当業者に公知である（例えば、Giordano, Nature Medicine 2 (1996),
534-539；Schaper, Circ. Res. 79 (1996), 911-919；Anderson, Science 256 (1992), 8
08-813；Verma, Nature 389 (1994), 239；Isner, Lancet 348 (1996), 370-374；Muhlha
user, Circ. Res. 77 (1995), 1077-1086；Onodera, Blood 91 (1998), 30-36；Verma, G
ene Ther. 5 (1998), 692-699；Nabel, Ann. N.Y. Acad. Sci. 811 (1997), 289-292；Ve
rzeletti, Hum. Gene Ther. 9 (1998), 2243-51；Wang, Nature Medicine 2 (1996), 714
-716；ＷＯ９４／２９４６９；ＷＯ９７／００９５７、ＵＳ５，５８０，８５９；ＵＳ５
，５８９，４６６；またはSchaper, Current Opinion in Biotechnology 7 (1996), 635-
640を参照されたい）。言及された核酸分子およびベクターは、直接的な導入のためにデ
ザインすることもでき、リポソームまたはウイルスベクター（例えば、アデノウイルス、
レトロウイルス）を介する細胞への導入のためにデザインすることもできる。好ましくは
、前記細胞は、生殖系列細胞、胚細胞、もしくは卵細胞であるか、またはこれらから導出
され、最も好ましくは、前記細胞は、幹細胞である。胚性幹細胞の例は、とりわけ、Nagy
, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90 (1993), 8424-8428において記載されている幹細胞で
ありうる。

【0538】

本発明はまた、本発明のベクターで形質転換されるか、または本発明のベクターをトラ
ンスフェクトされた宿主も提供する。前記宿主は、上記で記載された本発明のベクターま
たは上記で記載された本発明の核酸分子を宿主に導入することにより作製することができ
る。宿主内の少なくとも１つのベクターまたは少なくとも１つの核酸分子の存在は、上記
で記載された単鎖抗体構築物をコードする遺伝子の発現を媒介することができる。

【0539】

宿主内に導入される、記載された本発明の核酸分子またはベクターは、宿主のゲノム内
に組み込むこともでき、染色体外に維持することもできる。

【0540】

宿主は、任意の原核細胞または真核細胞でありうる。

【0541】

「原核生物」という用語は、本発明のタンパク質を発現させるためのＤＮＡまたはＲＮ
Ａ分子で形質転換されうるか、またはこれらをトランスフェクトされうる、全ての細菌を
含むことを意味する。原核生物宿主は、例えば、大腸菌（E. coli）、ネズミチフス菌（S
. typhimurium）、霊菌（Serratia marcescens）、および枯草菌（Bacillus subtilis）
などの、グラム陰性菌ならびにグラム陽性菌を含みうる。「真核」という用語は、酵母、
高等植物、昆虫、および好ましくは、哺乳動物細胞を含むことを意味する。組換えによる
作製手順で援用される宿主に応じて、本発明のポリヌクレオチドによりコードされるタン
パク質は、グリコシル化することもでき、グリコシル化せずにおくこともできる。本発明
のポリペプチドのコード配列を含有し、これにＮ末端のＦＬＡＧタグおよび／またはＣ末
端のＨｉｓタグを遺伝子融合させた、プラスミドまたはウイルスの使用が、とりわけ好ま
しい。好ましくは、前記ＦＬＡＧタグの長さは、約４～８アミノ酸であり、最も好ましく
は、８アミノ酸である。当業者に一般に公知の技法のうちのいずれかを使用して、宿主を
形質転換するか、またはこれにトランスフェクトするのに、上記で記載したポリヌクレオ
チドを使用することができる。当技術分野ではさらに、融合させ、作動可能に連結された
遺伝子を調製し、それらを、例えば、哺乳動物細胞および細菌内で発現させるための方法
が周知である（Sambrook, loc cit.）。

【0542】

好ましくは、前記宿主は、細菌または昆虫、真菌、植物、もしくは動物細胞である。

【0543】

言及された宿主は、哺乳動物細胞でありうることが特に想定される。特に好ましい宿主
細胞は、ＣＨＯ細胞、ＣＯＳ細胞、ＳＰ２／０またはＮＳ／０のような骨髄腫細胞系を含
む。付属の実施例で例示される通り、ＣＨＯ細胞は、宿主として特に好ましい。

【0544】

より好ましくは、前記宿主細胞は、ヒト細胞またはヒト細胞系、例えば、ｐｅｒ．ｃ６
（Kroos, Biotechnol. Prog., 2003, 19:163-168）である。

【0545】

したがって、さらなる実施形態では、本発明は、本発明のポリペプチドを作製するため
の工程であって、本発明の宿主を、本発明のポリペプチドの発現を可能とする条件下で培
養するステップと、作製されたポリペプチドを培養物から回収するステップとを含む工程
に関する。

【0546】

形質転換された宿主は、最適の細胞増殖を達成するように、発酵槽内で増殖させ、当技
術分野で公知の技法に従い培養することができる。次いで、本発明のポリペプチドを、増
殖培地、細胞溶解物、または細胞膜画分から単離することができる。例えば、微生物によ
り発現させた、本発明のポリペプチドの単離および精製は、例えば、調製的クロマトグラ
フィーによる分離、および、例えば、本発明のポリペプチドまたは付属の実施例において
記載されているポリペプチドのタグを指向する、モノクローナルまたはポリクローナル抗
体の使用を伴う分離などの、免疫学的分離など、任意の従来の手段を介することが可能で
ある。

【0547】

当技術分野では、発現を可能とする宿主を培養するための条件は、このような工程で使
用される宿主系および発現系／ベクターに依存することが公知である。当技術分野では、
組換えポリペプチドの発現を可能とする条件を達成するために改変されるパラメータが公
知である。したがって、当業者は、適切な条件を、さらなる発明の投入なしに決定するこ
とができる。

【0548】

発現させたら、本発明のポリペプチドを、硫酸アンモニウム沈殿、アフィニティーカラ
ム、カラムクロマトグラフィー、ゲル電気泳動などを含む、当技術分野の標準的な手順に
従い精製することができる（Scopes, "Protein Purification", Springer-Verlag, N.Y.
(1982)を参照されたい）。薬学的使用のためには、少なくとも約９０～９５％の均一性の
実質的に純粋なポリペプチドが好ましく、９８～９９％以上の均一性が最も好ましい。部
分的に、または所望の均一性まで精製したら、次いで、本発明のポリペプチドを、治療的
に（体外を含む）、またはアッセイ手順の開発および実施において使用することができる
。さらに、本発明のポリペプチドを培養物から回収するための方法の例については、付属
の実施例で詳細に記載される。

【0549】

さらに、本発明は、本発明の方法を実行するのに有用なキットであって、本明細書で規
定される、カルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の存在、または
カルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしく
は量を検出することが可能な核酸または抗体を含むキットを提供する。本明細書ではまた
、本明細書で提示される方法を実行するための、本明細書で記載されるキットの使用も想
定される。

【0550】

例えば、前記キットは、本明細書で規定される、カルレチクリン遺伝子の１もしくは複
数の突然変異対立遺伝子の存在、またはカルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変
異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしくは量を特異的に決定するために要求される化合物
を含みうる。さらに、本発明はまた、本明細書で規定される、カルレチクリン遺伝子の１
もしくは複数の突然変異対立遺伝子の存在、またはカルレチクリン遺伝子の１もしくは複
数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしくは量を特異的に決定するために要求さ
れる化合物の、本発明の方法を実行するためのキットを調製するための使用にも関する。
本発明の教示に基づいて、当業者は、どの化合物が、本明細書で規定される、カルレチク
リン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の存在、またはカルレチクリン遺伝子
の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしくは量を特異的に決定す
るために要求されるのかを知る。例えば、このような化合物は、例えば、抗体のような「
結合性分子」でありうる。特に、このような化合物は、本明細書で規定される、カルレチ
クリン遺伝子の少なくとも１つの突然変異対立遺伝子、またはカルレチクリン遺伝子の少
なくとも１つの突然変異対立遺伝子の遺伝子産物に特異的な、（ヌクレオチド）プローブ
、プライマー（対）、抗体、および／またはアプタマーでありうる。本発明の（文脈で調
製される）キットは、診断用キットでありうる。上述の通り、本明細書で記載される、カ
ルレチクリン遺伝子の１つの（または複数の）突然変異対立遺伝子またはそれらの遺伝子
産物の存在の決定は、単独解析として実施することができる。代替的に、この解析は、Ｊ
ＡＫ２およびＭＰＬ突然変異など、骨髄性悪性腫瘍についての他のマーカーについての解
析を後続させることもでき、先行させることもできる。また、このようなマーカーについ
ての同時的決定も、ＪＡＫ２突然変異および突然変異体カルレチクリン（および、任意選
択で、さらなるマーカー）についての同時的検査、またはＪＡＫ２突然変異、突然変異体
カルレチクリン、およびＭＰＬ突然変異（および、任意選択で、さらなるマーカー）につ
いての同時的検査と同様に想定される。キット（またはこのようなキットの使用）に従い
、本明細書では、このような後続のまたは同時的な検査のための手段を提供するキットが
想定される。例えば、前記キットは、カルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対
立遺伝子の（またはそれらの遺伝子産物の）存在（または量）を特異的に決定するために
要求される化合物に加えて、ＪＡＫ２および／またはＭＰＬ突然変異（および、任意選択
で、さらなるマーカー）の存在を特異的に決定するために要求される化合物、例えば、Ｊ
ＡＫ２およびＭＰＬ突然変異（および、任意選択で、さらなるマーカー）の特異的な検出
を可能とする、（ヌクレオチド）プローブ、プライマー（対）、抗体、および／またはア
プタマーを含みうる。

【0551】

本発明の（文脈で調製される）キットは、指示マニュアルをさらに含むか、またはこれ
を備える場合がある。例えば、前記指示マニュアルは、当業者に、本明細書で規定される
、カルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の存在、またはカルレチ
クリン遺伝子の１もしくは複数の突然変異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしくは量を（
どのようにして）決定するのか、および／あるいは骨髄性悪性腫瘍を（どのようにして）
診断するのかについての指針を与えることができる。前記指示マニュアルは、本明細書で
提示される方法または使用を使用または適用するための指針を含みうる。本発明の（文脈
で調製される）キットは、本発明の方法および使用を実行するのに適する／要求される、
物質／化学物質および／または器具をさらに含みうる。例えば、このような物質／化学物
質および／または器具は、本明細書で規定される、カルレチクリン遺伝子の１もしくは複
数の突然変異対立遺伝子の存在、またはカルレチクリン遺伝子の１もしくは複数の突然変
異対立遺伝子の遺伝子産物の存在もしくは量を特異的に決定するために要求される化合物
を安定化させ、かつ／または保存するための、溶媒、希釈剤、および／または緩衝液であ
る。

【0552】

本明細書で使用される「～を含むこと（comprising）」および「～を含むこと（includ
ing）」という用語、またはこれらの文法的変化形は、言明された特徴、整数、ステップ
、または構成要素を指定するものであると理解すべきであるが、１もしくは複数のさらな
る特徴、整数、ステップ、構成要素、またはこれらの群の付加を除外するものではない。
この用語は、「～からなること」および「～から本質的になること」という用語を包含す
る。したがって、「～を含むこと」／「～を含むこと」／「～を有すること」という用語
は、任意のさらなる構成要素（または同様に、特徴、整数、ステップなど）が存在しうる
ことを意味する。

【0553】

「～からなること」という用語は、さらなる構成要素（または同様に、特徴、整数、ス
テップなど）が存在しえないことを意味する。

【0554】

本明細書で使用される場合の「～から本質的になること」という用語、またはその文法
的変化形は、言明された特徴、整数、ステップ、または構成要素を指定するものであると
理解すべきであるが、さらなる特徴、整数、ステップ、構成要素、またはこれらの群が、
特許請求される組成物、デバイス、または方法の基本的な特徴および新規の特徴を、物質
的に変化させない場合に限り、１もしくは複数のさらなる特徴、整数、ステップ、構成要
素、またはこれらの群の付加を除外しない。

【0555】

したがって、「～から本質的になること」という用語は、具体的なさらなる構成要素（
または同様に、特徴、整数、ステップなど）が存在しうる、すなわち、これらが、組成物
、デバイス、または方法の本質的特徴に、物質的な影響を及ぼさないことを意味する。言
い換えると、「～から本質的になること」という用語（本明細書では「～を実質的に含む
こと」という用語と互換的に使用されうる）は、デバイスまたは方法の本質的特徴に他の
構成要素の存在の物質的な影響が及ばないことを条件として、組成物、デバイス、または
方法における、必須の構成要素（または同様に、特徴、整数、ステップなど）に加えた、
他の構成要素の存在を許容する。

【0556】

「方法」という用語は、所与の課題を達成するための、様式、手段、技法、および手順
であって、化学的、生物学的、および生物物理的技術分野の当業者に公知であるか、また
は化学的、生物学的、および生物物理的技術分野の当業者により、公知の様式、手段、技
法、および手順からたやすく開発される、様式、手段、技法、および手順を含むがこれら
に限定されない、様式、手段、技法、および手順を指す。

【0557】

本明細書で使用される「単離」という用語は、そのｉｎ ｖｉｖｏの位置から除去され
た組成物を指す。好ましくは、本発明の単離組成物または化合物は、それらのｉｎ ｖｉ
ｖｏの位置に存在する他の物質（例えば、他のタンパク質または他の化合物）を実質的に
含まない（すなわち、精製組成物もしくは精製化合物または半精製組成物もしくは半精製
化合物である）。

【0558】

本明細書で使用される「約」という用語は、±１０％を指す。

【0559】

本発明は、以下の項目に関する。

【0560】

１．患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかど
うかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の存在を決定するステップと、
－カルレチクリン遺伝子の前記１または複数の突然変異対立遺伝子が存在する場合に、前
記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価す
るステップと
を含む、方法。

【0561】

２．前記骨髄性悪性腫瘍が、原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）、本態性血小板血症（ＥＴ）
、ならびに環状鉄芽球を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）からなる群か
ら選択される、項目１に従う方法。

【0562】

３．前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質
をコードする核酸を含み、前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｄ）（ａ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸に
よりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｆ）（ａ）、（ｃ）、または（ｄ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、
項目１または２に従う方法。

【0563】

４．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、１４３、１４５
、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１５５、１５７、１５８
、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１６９、１７０、１７１
、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１８２、１８３、１８５
、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１９５、１９７、１９８
、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２０９、２１０、２１１
、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３、２２５
、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２３５、２３７、２３８
、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２４９、２５０、２５１
、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２６２、２６３、２６５
、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２７５、２７７、２７８
、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、２８７、２９１、２９２、２９３
、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、３０３、３０４、３０５、３０７
、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、３１６、３１７、３１９、３２０
、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、３２９、３３１、３３２、３３３
、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、３４３、３４４、３４５、３４７
、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、３５６、３５７、３５９、３６０
、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、３６９、３７１、３７２、３７３
、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、３８３、３８４、３８５、３８７
、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、３９６、３９７、３９９、４００
、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、４０９、４１１、４１２、４１３
、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、４２３、４２４、４２５、４２７
、４２８、４２９、４３１、４３２、４３３に表示される核酸配列を有する核酸分子によ
りコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、４３４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、４３４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分
子によりコードされるタンパク質；
（ｄ）（ａ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸に
よりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｆ）（ａ）、（ｃ）、または（ｄ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目３に従う方法。

【0564】

５．前記突然変異対立遺伝子が、野生型カルレチクリン遺伝子と比較して、カルレチク
リン遺伝子のエクソン９内に、フレームシフト突然変異を有し、前記フレームシフト突然
変異が、１ヌクレオチドの欠失または２ヌクレオチドの付加である、項目１～４のいずれ
か一項に従う方法。

【0565】

６．前記突然変異対立遺伝子が、
（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８；２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコード
する核酸；
（ｂ）配列番号１、５、９、１３、１７、２１、２５、２９、３３、３７、４１、４５、
４９、５３、５７、６１、６５、６９、７３、７７、８１、８５、８９、９３、９７、１
０１、１０５、１０９、１１３、１１７、１２１、１２５、１２９、１３３、１３７、１
４１、１４５、１４９、１５３、１５７、１６１、１６５、１６９、１７３、１７７、１
８１、１８５、１８９、１９３、１９７、２０１、２０５、２０９、２１３、２１７、２
２１、２２５、２２９、２３３、２３７、２４１、２４５、２４９、２５３、２５７、２
６１、２６５、２６９、２７３、２７７、２８１、２８５、２９１、２９５、２９９、３
０３、３０７、３１１、３１５、３１９、３２３、３２７、３３１、３３５、３３９、３
４３、３４７、３５１、３５５、３５９、３６３、３６７、３７１、３７５、３７９、３
８３、３８７、３９１、３９５、３９９、４０３、４０７、４１１、４１５、４１９、４
２３、４２７、または４３１に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズす
る核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なくと
も７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子コ
ードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸を含み、
前記突然変異対立遺伝子が、ＤＮＡ、好ましくは、ゲノムＤＮＡである、
項目１～５のいずれか一項に従う方法。

【0566】

７．患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、または骨髄性悪性腫瘍を患いやすいかど
うかを評価するための方法であって、
－前記患者に由来する試料中のカルレチクリン遺伝子の１または複数の突然変異対立遺伝
子の遺伝子産物の存在を決定するステップと、
－前記遺伝子産物が存在する場合に、前記患者が、骨髄性悪性腫瘍を患っているか、また
は骨髄性悪性腫瘍を患いやすいと評価するステップと
を含む、方法。

【0567】

８．前記１または複数の突然変異対立遺伝子が、突然変異体カルレチクリンタンパク質
をコードする核酸を含み、前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードさ
れるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｄ）（ａ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸に
よりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｆ）（ａ）、（ｃ）、または（ｄ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目７に従う方法。

【0568】

９．前記突然変異体カルレチクリンタンパク質が、
（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、１
８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３５
、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３、
５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、７
１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８９
、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０５
、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１８
、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３１
、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、１４３、１４５
、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１５５、１５７、１５８
、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１６９、１７０、１７１
、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１８２、１８３、１８５
、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１９５、１９７、１９８
、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２０９、２１０、２１１
、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３、２２５
、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２３５、２３７、２３８
、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２４９、２５０、２５１
、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２６２、２６３、２６５
、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２７５、２７７、２７８
、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、２８７、２９１、２９２、２９３
、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、３０３、３０４、３０５、３０７
、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、３１６、３１７、３１９、３２０
、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、３２９、３３１、３３２、３３３
、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、３４３、３４４、３４５、３４７
、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、３５６、３５７、３５９、３６０
、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、３６９、３７１、３７２、３７３
、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、３８３、３８４、３８５、３８７
、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、３９６、３９７、３９９、４００
、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、４０９、４１１、４１２、４１３
、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、４２３、４２４、４２５、４２７
、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３３に表示される核酸配列を有する核酸分
子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、２９４、２９８、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６
、３３０、３３４、３３８、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６
、３７０、３７４、３７８、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６
、４１０、４１４、４１８、４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミノ酸
配列を含むタンパク質；
（ｃ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４８
、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１００
、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４０
、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、１８０
、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、２２０
、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、２６０
、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、３０２
、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、３４２
、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、３８２
、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、４２２
、４２６、４３０、または４３４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする
核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｄ）（ａ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸に
よりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｅ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の同
一性を有するタンパク質；および
（ｆ）（ａ）、（ｃ）、または（ｄ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝
子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質
からなる群から選択される、項目７または８に従う方法。

【0569】

１０．前記遺伝子産物が、ｍＲＮＡまたはタンパク質である、項目７～９のいずれか一
項に従う方法。

【0570】

１１．（ａ）配列番号４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチドをコードする核
酸；
（ｂ）配列番号１、２、または３に表示されるヌクレオチド配列を含む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される核酸。

【0571】

１２．（ａ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４
４、４８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６
、１００、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６
、１４０、１４４、１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６
、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６
、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６
、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８
、３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８
、３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８
、３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８
、４２２、４２６、４３０、または４３４に表示されるアミノ酸配列を含むポリペプチド
をコードする核酸；
（ｂ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、１７、
１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３４、３
５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１、５３
、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、７０、
７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８７、８
９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３、１０
５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７、１１
８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０、１３
１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、１４３、１４
５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１５５、１５７、１５
８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１６９、１７０、１７
１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１８２、１８３、１８
５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１９５、１９７、１９
８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２０９、２１０、２１
１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２２２、２２３、２２
５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２３５、２３７、２３
８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２４９、２５０、２５
１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２６２、２６３、２６
５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２７５、２７７、２７
８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、２８７、２９１、２９２、２９
３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、３０３、３０４、３０５、３０
７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、３１６、３１７、３１９、３２
０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、３２９、３３１、３３２、３３
３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、３４３、３４４、３４５、３４
７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、３５６、３５７、３５９、３６
０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、３６９、３７１、３７２、３７
３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、３８３、３８４、３８５、３８
７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、３９６、３９７、３９９、４０
０、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、４０９、４１１、４１２、４１
３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、４２３、４２４、４２５、４２
７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３３に表示されるヌクレオチド配列を含
む核酸；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定された核酸の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズ
する核酸；
（ｄ）（ａ）～（ｃ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対して少なく
とも７０％の同一性を伴うヌクレオチド配列を含む核酸；および
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つの核酸のヌクレオチド配列に対する遺伝子
コードの結果として縮重であるヌクレオチド配列を含む核酸
からなる群から選択される、項目１１に従う核酸。

【0572】

１３．（ａ）配列番号１、２、または３に表示される核酸配列を有する核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）（ａ）または（ｂ）で規定されたタンパク質であって、１または複数のアミノ酸
が欠失し、挿入され、付加され、または置換されているタンパク質；
（ｄ）配列番号４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子によ
りコードされるタンパク質；
（ｅ）（ａ）または（ｃ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダ
イズする核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｄ）、または（ｅ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク
質
からなる群から選択されるタンパク質。

【0573】

１４．（ａ）配列番号１、２、３、５、６、７、９、１０、１１、１３、１４、１５、
１７、１８、１９、２１、２２、２３、２５、２６、２７、２９、３０、３１、３３、３
４、３５、３７、３８、３９、４１、４２、４３、４５、４６、４７、４９、５０、５１
、５３、５４、５５、５７、５８、５９、６１、６２、６３、６５、６６、６７、６９、
７０、７１、７３、７４、７５、７７、７８、７９、８１、８２、８３、８５、８６、８
７、８９、９０、９１、９３、９４、９５、９７、９８、９９、１０１、１０２、１０３
、１０５、１０６、１０７、１０９、１１０、１１１、１１３、１１４、１１５、１１７
、１１８、１１９、１２１、１２２、１２３、１２５、１２６、１２７、１２９、１３０
、１３１、１３３、１３４、１３５、１３７、１３８、１３９、１４１、１４２、または
１４３に表示される核酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）配列番号４、８、１２、１６、２０、２４、２８、３２、３６、４０、４４、４
８、５２、５６、６０、６４、６８、７２、７６、８０、８４、８８、９２、９６、１０
０、１０４、１０８、１１２、１１６、１２０、１２４、１２８、１３２、１３６、１４
０、または１４４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコードする核酸分子により
コードされるタンパク質；
（ｄ）（ａ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸
によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｆ）（ａ）、（ｃ）、または（ｄ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク
質
からなる群から選択される、項目１３に従うタンパク質。

【0574】

１５．前記タンパク質が、
（ａ）配列番号１４５、１４６、１４７、１４９、１５０、１５１、１５３、１５４、１
５５、１５７、１５８、１５９、１６１、１６２、１６３、１６５、１６６、１６７、１
６９、１７０、１７１、１７３、１７４、１７５、１７７、１７８、１７９、１８１、１
８２、１８３、１８５、１８６、１８７、１８９、１９０、１９１、１９３、１９４、１
９５、１９７、１９８、１９９、２０１、２０２、２０３、２０５、２０６、２０７、２
０９、２１０、２１１、２１３、２１４、２１５、２１７、２１８、２１９、２２１、２
２２、２２３、２２５、２２６、２２７、２２９、２３０、２３１、２３３、２３４、２
３５、２３７、２３８、２３９、２４１、２４２、２４３、２４５、２４６、２４７、２
４９、２５０、２５１、２５３、２５４、２５５、２５７、２５８、２５９、２６１、２
６２、２６３、２６５、２６６、２６７、２６９、２７０、２７１、２７３、２７４、２
７５、２７７、２７８、２７９、２８１、２８２、２８３、２８５、２８６、２８７、２
９１、２９２、２９３、２９５、２９６、２９７、２９９、３００、３０１、３０３、３
０４、３０５、３０７、３０８、３０９、３１１、３１２、３１３、３１５、３１６、３
１７、３１９、３２０、３２１、３２３、３２４、３２５、３２７、３２８、３２９、３
３１、３３２、３３３、３３５、３３６、３３７、３３９、３４０、３４１、３４３、３
４４、３４５、３４７、３４８、３４９、３５１、３５２、３５３、３５５、３５６、３
５７、３５９、３６０、３６１、３６３、３６４、３６５、３６７、３６８、３６９、３
７１、３７２、３７３、３７５、３７６、３７７、３７９、３８０、３８１、３８３、３
８４、３８５、３８７、３８８、３８９、３９１、３９２、３９３、３９５、３９６、３
９７、３９９、４００、４０１、４０３、４０４、４０５、４０７、４０８、４０９、４
１１、４１２、４１３、４１５、４１６、４１７、４１９、４２０、４２１、４２３、４
２４、４２５、４２７、４２８、４２９、４３１、４３２、または４３３に表示される核
酸配列を有する核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｂ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、
３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、
３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、
３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、
４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｃ）配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、１７２、１７６、
１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、２１２、２１６、
２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、２５２、２５６、
２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８、２９４、２９８、
３０２、３０６、３１０、３１４、３１８、３２２、３２６、３３０、３３４、３３８、
３４２、３４６、３５０、３５４、３５８、３６２、３６６、３７０、３７４、３７８、
３８２、３８６、３９０、３９４、３９８、４０２、４０６、４１０、４１４、４１８、
４２２、４２６、４３０、または４３４に示されるアミノ酸配列を含むタンパク質をコー
ドする核酸分子によりコードされるタンパク質；
（ｄ）（ａ）で規定された核酸分子の相補鎖と厳密な条件下でハイブリダイズする核酸
によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質；
（ｅ）（ａ）～（ｄ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｆ）（ａ）～（ｅ）のうちのいずれか１つのタンパク質に対して少なくとも７０％の
同一性を有するタンパク質；および
（ｇ）（ａ）、（ｃ）、または（ｄ）で規定された核酸のヌクレオチド配列に対する遺
伝子コードの結果として縮重である核酸によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク
質
からなる群から選択される、項目１３または１４に従うタンパク質。

【0575】

１６．ワクチンとしての使用のための、配列番号４に示されるタンパク質のうちの１５
～２５の連続したアミノ酸からなるタンパク質など、項目１３または１４に従うタンパク
質。

【0576】

１７．項目１３または１４のタンパク質に特異的に結合する抗体。

【0577】

１８．原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）、本態性血小板血症（ＥＴ）、もしくは環状鉄芽球
を伴う不応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）の処置における使用のための、突然
変異体カルレチクリンの阻害剤；または
原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）、本態性血小板血症（ＥＴ）、もしくは環状鉄芽球を伴う不
応性貧血および血小板血症（ＲＡＲＳ－Ｔ）の処置における、項目１６に従うワクチンと
しての使用のためのタンパク質であって、
前記突然変異体カルレチクリンが、項目１２～１４のいずれか一項で規定される、突然変
異体カルレチクリンタンパク質である、
阻害剤またはタンパク質。

【0578】

１９．前記阻害剤が、阻害性抗体である、項目１８に従う阻害剤。

【0579】

以下の非限定的な図および実施例を参照することにより、本発明をさらに記載する。

【0580】

図は、以下を示す。

【図面の簡単な説明】

【0581】

【図1】患者１９１および２９６における、サンガーシークエンシングによる、ＣＡＬＲ遺伝子突然変異の検証を示す図である。サンガーシークエンシングの出力波形が表示される。配列文字を囲むボックスは、欠失事象に起因して失われた塩基をマークする。図１は、配列番号１３２４～１３２７を示す。

【図2A-C】骨髄性悪性腫瘍における、ＣＡＬＲ突然変異の頻度を示す図である。Ａ：３つの古典的なＭＰＮの疾患実体内の、ＪＡＫ２、ＭＰＬ、およびＣＡＬＲ突然変異の分布を示す図である。Ｂ：異なる骨髄性悪性腫瘍における、突然変異体ＣＡＬＲを伴う患者の頻度を、暗色のバーで指し示す図である。Ｎ：特異的な疾患実体について解析された患者の総数である。Ｃ：顕著な血小板増加症と関連する環状鉄芽球を伴う不応性貧血を伴う、２４例の患者における、ＪＡＫ２、ＭＰＬ、ＣＡＬＲ、およびＳＦ３Ｂ１突然変異の分布を示す図である。ＰＶ：真性赤血球増加症；ＥＴ：本態性血小板血症；ＰＭＦ：原発性骨髄線維症；ｄｎＡＭＬ：急性骨髄性白血病（ｄｅ ｎｏｖｏ ＡＭＬ）；ＣＭＬ：慢性骨髄性白血病；ＭＤＳ：骨髄異形成症候群；ＣＭＭＬ：慢性骨髄単球性白血病；ＲＡＲＳ－Ｔ：顕著な血小板増加症と関連する環状鉄芽球を伴う不応性貧血。

【図3A-E】ＭＰＮ患者におけるＣＡＬＲ突然変異の突然変異パターンを示す図である。幅の広い黒色バーは、ＣＡＬＲのエクソン９を表し、幅の狭いバーは、遺伝子の３’ＵＴＲを表し、細線は、イントロンおよび遺伝子間領域を表す。Ａ：エクソン９の起始部および末端部におけるｃＤＮＡ配列を指し示す図である。ｃＤＮＡ配列の下方に、３つの代替的リーディングフレームに由来するアミノ酸配列がある。Ｂ：３つのリーディングフレームが、とりわけ、アミノ酸の電荷に関して、異なるペプチド組成を結果としてもたらすことを示す図である。Ｃ：ＭＰＮ患者において検出された全ての突然変異、およびＣＡＬＲエクソン９内のそれらの位置についての概要を示す図である。バーは、欠失事象を指し示し、文字は、挿入された配列を指し示す。独立の挿入および欠失を、エクソン９スキームの上方に表示し、組み合わされた挿入／欠失事象を下方に表示する。Ｄ：野生型ＣＡＬＲおよび２つの最も高頻度で検出される突然変異型の特異的なペプチド組成を示す図である。Ｂ、Ｄ：各ボックスは、アミノ酸を表す。「－」記号を伴う黒色ボックスは、負に帯電したアミノ酸であり、「＋」記号を伴うボックスは、正に帯電したアミノ酸である。×を付されたボックスは、終止コドンを表す。Ｅ：ＣＡＬＲ内で観察される、３６の突然変異型全ての相対頻度を示す図である。図３は、配列番号１３２８～１３３９を示す。

【図4A-B】複数の体細胞突然変異を伴う患者における、ＣＡＬＲ突然変異の、片親性ダイソミーおよびクローン階層との関連を示す図である。パネルＡ：Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＳＮＰ ６．０によるアレイデータを、ＣＡＬＲ突然変異の負荷が５０％を超えた３例の試料について示す図である。各ドットは、単一のＳＮＰを表す。ｘ軸は、ゲノム位置を示し、ｙ軸は、ＳＮＰの対立遺伝子状態（ヘテロ接合性状態＝対立遺伝子の差異が０である）を表示する。アレイデータは、３例の試料中の１９ｐにおける、異なるサイズの片親性ダイソミーを示す。ボックスは、片親性ダイソミーのゲノム領域を指し示す。各対立遺伝子の差異プロットの右側に、同じ試料についての、ＣＡＬＲエクソン９断片解析の結果を示す。各場合において、突然変異対立遺伝子の負荷は、野生型対立遺伝子の負荷より大きい。パネルＢ：造血系前駆細胞コロニーについての解析に由来するクローン階層を示す図である。患者Ｈ＿０１９１（上）は、合計４つの遺伝子内に、体細胞突然変異を保有した。バーチャートに示される通り、コロニーのうちの５１％が、ＣＡＬＲ、ＧＡＢ２、およびＭＥＴＴＬ１１Ｂ内に、突然変異を有した。コロニーのうちの他の半分（４８％）は、４つの遺伝子全てにおいて突然変異を有したことから、ＰＨＦ１６内の突然変異は、後で獲得されたものであり、サブクローンをもたらしたことが示される。加えて、１つのコロニーは、ＣＡＬＲ内に１塩基対の欠失を保有し、この患者の顆粒球試料中および他の全てのコロニー内で観察される、５２塩基対の欠失と異なっていた。このコロニーは、患者において観察される他の突然変異のうちのいずれも有さなかったので、これは、独立のクローンを表すが、この結論は、単一のコロニーだけに基づくものである。患者Ｈ＿０２９６（下）は、ＣＡＬＲ、ＰＩＫ３Ｒ１、およびＣ１０ＯＲＦ７１内に体細胞突然変異を有した。この患者について解析された全てのコロニーは、３つの突然変異全てを有した。１つのコロニーは、この患者において観察される１塩基対の欠失に加えて、ＣＡＬＲ内に１８塩基対の欠失を示した。突然変異は両方とも、同じ対立遺伝子上に存在した。

【図5A-C】ＣＡＬＲ突然変異の臨床的重要性を示す図である。それらの体細胞突然変異に従い層別化された、本態性血小板血症または原発性骨髄線維症を伴う患者における転帰の推定値である。パネルＡ：原発性骨髄線維症を伴う患者における全生存についてのカプラン－マイヤー解析を示す図である。亜群は、ログランク検定を使用して比較した。ＣＡＬＲの体細胞突然変異を保有する、骨髄線維症を伴う患者の全生存が、ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆ［中央値：それぞれ、２１．４年間（９５％ＣＩ：１７．１～２２．９）対１１．０年間（９５％ＣＩ：７．８～１４．４）；Ｐ＜０．００１］またはＭＰＬ突然変異［中央値：８．２年間（９５％ＣＩ：２．０～未到達）；Ｐ＜０．００１］を伴う患者より良好であるのに対し、後者の２つの亜群の間では、差異が観察されなかった。パネルＢ：本態性血小板血症を伴う患者における全生存についてのカプラン－マイヤー解析を示す図である。亜群は、ログランク検定を使用して比較した。いずれの亜群においても、全生存についての中央値には到達しなかった。ＣＡＬＲ突然変異を伴う患者の全生存は、ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆを保有する患者と比較して良好であった。１０年間の全生存は、後者における９１．１％（９５％ＣＩ：８７．１～９３．９％）と対比して、前者における９６．９％（９５％ＣＩ：９１．７～９８．８％）（Ｐ＝０．０４３）であった。パネルＣ：本態性血小板血症を伴う患者における血栓症の累積発生率を示す図である。目的の事象の非存在下における死亡は、競合事象と考え、亜群を、ペペ－森検定で比較した。ＣＡＬＲエクソン９突然変異を保有する患者の、血栓症の累積発生率は、ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆを保有する患者と比較して小さかった：１０年間の累積発生率は、後者における２１．０％（９５％ＣＩ：１６．６～２５．７％）と対比して、前者における１１．０％（９５％ＣＩ：６．３～１７．１％）（Ｐ＝０．００３）であった。

【図6A-D】ＣＡＬＲ１型突然変異についての機能解析を示す図である。パネルＡ：空ベクター（ＧＦＰ）、野生型ＣＡＬＲ（ＣＡＬＲ ｗｔ－ＧＦＰ）、または突然変異体ＣＡＬＲ（ＣＡＬＲ ｄｅｌ５２－ＧＦＰ）を発現させるＢａ／Ｆ３細胞の細胞生存率を、濃度を増大させるインターロイキン３の存在下において、７２時間後に評価したことを示す図である。ＲＬＵ：相対発光単位。誤差バーは、平均の標準誤差を表す。パネルＢ：インターロイキン３の非存在下における、空ベクター（ＧＦＰ）、野生型ＣＡＬＲ（ＣＡＬＲ ｗｔ－ＧＦＰ）、または突然変異体ＣＡＬＲ（ＣＡＬＲ ｄｅｌ５２－ＧＦＰ）を発現させるＢａ／Ｆ３細胞の細胞増殖を、７日間にわたり決定したことを示す図である。誤差バーは、平均の標準誤差を表す。パネルＣ：インターロイキン３に応答するＳＴＡＴ５の活性化を示す図である。空ベクター（ＧＦＰ）、野生型ＣＡＬＲ（ｗｔ）、またはＣＡＬＲ突然変異体（ｄｅｌ５２）を発現させるＢａ／Ｆ３細胞を、インターロイキン３を伴わずに、無血清培地中で４時間にわたり飢餓させ、次いで、表示の通り、１００ｐｇ／ｍｌおよび１ｎｇ／ｍｌのインターロイキン３で２０分間にわたり刺激した。ウェスタンブロットは、細胞溶解物に対して、ｐＹＳＴＡＴ５、ＳＴＡＴ５、およびＣＡＬＲに対する抗体により実施した。ＧＡＰＤＨに対する抗体を、ローディング対照として使用した。パネルＤ：免疫蛍光を、それぞれの構築物をトランスフェクトされたＨＥＫ２９３Ｔ内の、ＣＡＬＲ（３つ目のパネル）および小胞体特異的マーカー（カルネキシン、２つ目のパネル）に対して実施したことを示す図である。野生型ＣＡＬＲは、小胞体内で、カルネキシンと共に共局在化する（最後のパネル）。しかし、突然変異体ＣＡＬＲは、小胞体内に拘束されない。核を、色素であるＤＡＰＩで染色する（１つ目のパネル）。

【図7】Ｂａ／Ｆ３細胞の、ＳＡＲ３０２５０３に対する感受性を示す図である。空ベクター（ＧＦＰ）、ＣＡＬＲ野生型（ＣＡＬＲ ｗｔ－ＧＦＰ）またはＣＡＬＲ突然変異体（ＣＡＬＲ ｄｅｌ５２－ＧＦＰ）を発現させるＢａ／Ｆ３細胞について、減少させるＳＡＲ３０２５０３の存在下において、４８時間後に細胞生存率を規定することにより解析した。相対生存率のために、相対発光単位を、ＤＭＳＯ対照に照らして正規化した。誤差バーは、平均の標準誤差を表す。

【図8】ウェスタンブロット解析は、４匹の免疫化されたマウスの血清を、ＣＡＬＲ突然変異体ｄｅｌ５２を発現させるＨＥＫ２９３Ｔ細胞に由来する溶解物に対してプローブして実施したことを示す図である。図は、４匹の免疫化されたマウスの全てに由来する血清が、免疫化の前：ｐ（前免疫化レーン）において、突然変異体カルレチクリンペプチドに対して、いかなる抗体も有さなかったことを示す。血清は、２回にわたる追加投与の後において、特異的な抗体を生成した。

【図9】ウェスタンブロット解析は、４匹の免疫化されたマウスの血清を、ＣＡＬＲ Δエクソン９を発現させるＨＥＫ２９３Ｔ細胞に由来する溶解物に対してプローブして実施したことを示す図である。図は、４匹の免疫化されたマウスの全てに由来する血清が、前免疫化血清（ｐ）または追加投与後のいずれにおいても、ＣＡＬＲ Δエクソン９に対して、いかなる抗体も有さなかったことを示す。

【図10】ウェスタンブロット解析は、４匹の免疫化されたマウスの血清を、ＣＡＬＲ突然変異体ｄｅｌ５２を発現させるＨＥＫ２９３Ｔ細胞に由来する溶解物に対してプローブして実施したことを示す図である。図は、４匹の免疫化されたマウスの全ての血清が、３回目の追加投与後において、カルレチクリン突然変異体に対して、より特異的な抗体を有したことを示す。

【実施例0582】

実施例では、本発明について例示する。

【実施例0583】

原発性骨髄線維症および本態性血小板血症におけるカルレチクリンの体細胞突然変異
材料および方法
患者のサンプリング
本発明者らは、フィラデルフィア染色体陰性骨髄増殖性新生物を伴う患者であって、Ｔ
ｈｅ Ｍｅｄｉｃａｌ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ、
およびＴｈｅ Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅｍａｔｏｌｏｇｙ Ｏｎｃｏｌｏｇｙ
、Ｆｏｎｄａｚｉｏｎｅ ＩＲＣＣＳ Ｐｏｌｉｃｌｉｎｉｃｏ Ｓａｎ Ｍａｔｔｅｏ
、Ｐａｖｉａ、Ｉｔａｌｙにおいて追跡された、患者について研究した。研究は、両方の
施設の倫理委員会により承認され、全ての患者は、説明同意文書を提出した。真性赤血球
増加症、本態性血小板血症、および原発性骨髄線維症の診断は、世界保健機関による２０
０８年の基準（Sverdlow et al, 2008）に従い施した。

【0584】

診断基準
真性赤血球増加症、本態性血小板血症、および原発性骨髄線維症の診断は、既に報告さ
れている（Passamonti et al. 2004）通り、初回の観察時において使用されていた基準に
従って行った。２００２年に、世界保健機関（ＷＨＯ：World Health Organization）の
基準が採択され（Vardiman et al, 2002）、２００８年に、それらの改訂版が実装された
（Swerdlow et al, 2008）。ＪＡＫ２およびＭＰＬ突然変異についての解析は、パビアで
は、既に記載された（Passamonti et al, 2010a；Rumi et al, 2013；Passamonti et al,
2011）通りに、ウィーンでは、下記で概括される通りに実施した。骨髄線維症は、欧州
コンセンサスガイドライン（Thiele et al, 2005）に従って、半定量的に評価した。血栓
性事象は、既に詳細に記載されている（Marchioli et al, 2013）通りに規定した。患者
は、欧州白血病ネットにより、２０１１年に正式なものとされた推奨（Barbui et al, 20
11）に従い処置した。

【0585】

ウィーンにおける、ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆ、ＪＡＫ２－エクソン１２、およびＭＰＬ－Ｗ
５１５Ｌ突然変異の評価
対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイを使用して、ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆ突然変異を検出し
た。４μＭの共通フォワードプライマー（ｇｔｔｔｃｔｔＡＧＴＧＣＡＴＣＴＴＴＡＴＴ
ＡＴＧＧＣＡＧＡ（配列番号１３４０））、２μＭの野生型対立遺伝子に特異的なリバー
スプライマー（ＴＴＡＣＴＣＴＣＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＡＣ（配列番号１３４１））、お
よび２μＭの突然変異対立遺伝子に特異的なリバースプライマー（ａａａＴＴＡＣＴＣＴ
ＣＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＡＡ（配列番号１３４２））からなるプライマーミックスを調製
した。２つのリバースプライマーを、５’端において、６－カルボキシフルオレセイン（
６－ＦＡＭ）で蛍光標識した。ＰＣＲ反応は、１．１μｌの１０倍濃度ＰＣＲ ＧＯＬＤ
緩衝液、０．６６μｌの２５ｍＭ ＭｇＣｌ_２、０．４４μｌの２．５ｍＭ ｄＮＴＰ、
１．４μｌのプライマーミックス、０．０５μｌのＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ｐｏｌ
ｙｍｅｒａｓｅ（５Ｕ／μｌ）、６．３６μｌのＨ_２Ｏ、および１μｌのゲノムＤＮＡ（
１０ｎｇ／μｌ）を含有する、ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ＤＮＡ Ｐｏｌｙｍｅｒａ
ｓｅ ｗｉｔｈ Ｇｏｌｄ Ｂｕｆｆｅｒ ａｎｄ ＭｇＣｌ_２（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉ
ｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して準備した。ＰＣＲは、以下：９５℃で５分間～（９４℃で
３０秒間、６２．２℃で３０秒間、７２℃で３０秒間）を３６回～７２℃で１５分間～８
℃で保持、の通りに実施した。ＰＣＲ産物は、３１３０ｘｌ Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌ
ｙｚｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）上でサイズ決定し、およびデータは
、Ｇｅｎｅ Ｍａｐｐｅｒソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使
用して解析した。

【0586】

ＪＡＫ２エクソン１２内の突然変異を検出するのに使用されるアッセイについては、以
前に報告された（Li et al, 2008）。ＭＰＬ－Ｗ５１５Ｌについて調べるために、以下の
対立遺伝子特異的ＰＣＲアッセイを使用した。８μＭの共通フォワードプライマー（ＧＴ
ＴＴＣＴＴＣＣＧＡＡＧＴＣＴＧＡＣＣＣＴＴＴＴＴＧ（配列番号１３４３））、４μＭ
の野生型対立遺伝子に特異的なリバースプライマー（ＧＴＡＧＴＧＴＧＣＡＧＧＡＡＡＣ
ＴＧＣＣ（配列番号１３４４））、および４μＭの突然変異対立遺伝子に特異的なリバー
スプライマー（ＡＡＡＧＴＡＧＴＧＴＧＣＡＧＧＡＡＡＣＴＧＣＡ（配列番号１３４５）
）からなるプライマーミックスを調製した。２つのリバースプライマーを、５’端におい
て、６－カルボキシフルオレセイン（６－ＦＡＭ）で蛍光標識した。ＰＣＲ反応は、ＪＡ
Ｋ２－Ｖ６１７Ｆ突然変異について上記で記載した通りに準備した。ＰＣＲは、以下：９
４℃で１０分間～（９４℃で３０秒間、６２．２℃で３０秒間、７２℃で３０秒間）を３
０回～７２℃で１５分間～８℃で保持、の通りに実施した。ＰＣＲ産物は、３１３０ｘｌ
Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）上でサ
イズ決定し、データは、Ｇｅｎｅ Ｍａｐｐｅｒソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏ
ｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して解析した。

【0587】

全エクソームシークエンシング
ゲノムＤＮＡを、標準的な手順に従い、末梢血顆粒球（腫瘍組織）およびＣＤ３^＋Ｔリ
ンパ球（対照組織）から単離した。ＤＮＡライブラリーは、ＮＥＢ Ｎｅｘｔ ＤＮＡ
Ｓａｍｐｌｅ調製キット（試薬セット）（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ、Ｉ
ｐｓｗｉｃｈ、ＭＡ）を使用して生成し、全エクソームの濃縮は、製造元の指示書に従い
、Ｓｕｒｅ Ｓｅｌｅｃｔ Ｈｕｍａｎ Ａｌｌ Ｅｘｏｎキット（Ａｇｉｌｅｎｔ、Ｓ
ａｎｔａ Ｃｌａｒａ、ＣＡ）を使用して実施した。ライブラリーは、製造元の推奨に従
い、Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ２０００システム（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉ
ｅｇｏ、ＣＡ）上でシークエンシングした。全エクソームシークエンシングパラメータの
詳細については、付表１を参照されたい。

【0588】

【表4】

【0589】

【表5】

【0590】

全エクソームシークエンシング解析
シークエンシングリードは、ＢＷＡ ｖ０．５．９（Li & Durbin, 2009）を使用して
、ヒト基準ゲノム（ｈｇ１８）に照らして整列させた。ＧＡＴＫのベストプラクティスガ
イドラインｖ３に従い、ゲノム解析ツールキット（ＧＡＴＫ）ｖ１．５（McKenna et al,
2010）を使用して、アライメントを後処理した。付表１に提示されるカバレッジデータ
は、Ｐｉｃａｒｄ（http://picard.sourceforge.net）製のＣａｌｃｕｌａｔｅＨｓＭｅ
ｔｒｉｃｓ．ｊａｒスクリプトを使用して後処理されたアライメントファイルから計算し
た。後処理されたアライメントファイルを、２つの変異体のコーラーによりさらに解析し
た。
１．ＧＡＴＫ’ｓ Ｕｎｉｆｉｅｄ Ｇｅｎｏｔｙｐｅｒ（DePristo et al, 2011）を使
用して、顆粒球ＤＮＡ試料に由来する、一塩基変異体および小規模の挿入／欠失を判定し
た。Ｖａｒｉａｎｔ Ｑｕａｌｉｔｙ Ｓｃｏｒｅ Ｒｅｃａｌｉｂｒａｔｏｒ（ＧＡＴ
Ｋ）を使用して予備的な変異体リストを、さらに処理して、再調整された変異体リストを
作成した。変異体には、ＡＮＮＯＶＡＲ ｖｅｒｓｉｏｎ ２０１２－０５－２５（Wang
et al, 2010）を使用して注釈を施した。本発明者らは、コードエクソンにおいて見出さ
れ、タンパク質のアミノ酸組成に影響を及ぼす変異体についてのほか、スプライス部位に
おける変異体についてもフィルタリングした。
２．Ｖａｒｓｃａｎ ２．３．２ツール（Koboldt et al, 2012）を、顆粒球ＤＮＡ試料
に由来する、後処理されたアライメントを、同じ患者のＴリンパ球試料に由来するアライ
メントと比較して、体細胞変異体を判定するのに使用した。Ｖａｒｓｃａｎは、プログラ
マーの指示書に従い使用した。Ｓａｍｔｏｏｌｓ ０．１．１８（Li et al, 2009）によ
り、Ｖａｒｓｃａｎのための入力として必要とされるｍｐｉｌｅｕｐファイルを作成した
。Ｖａｒｓｃａｎによるヒットリストには、ＡＮＮＯＶＡＲにより注釈を施し、上記で記
載した通りにフィルタリングした。２つの変異体判定パイプラインから検索された変異体
リストを以下の通りに交差させることにより、最終的な変異体リストを作成した。ＧＡＴ
Ｋは、変異体が真の変異体である可能性についてのスコアであって、ＶＱＳＬＯＤスコア
である、スコアを提示する。Ｖａｒｓｃａｎは、変異体が、体細胞変異体であることにつ
いてのｐ値を提示する。最終的な一塩基変異体（ＳＮＶ）の判定のための基本的な要件は
、変異体は、両方の変異体判定パイプラインにより判定しなければならないこと、および
顆粒球試料中の変異体は、ＧＡＴＫにより「低品質」と分類されないことであった。この
範疇に収まる全てのＳＮＶから、ＶＱＳＬＯＤスコア＞０であり、かつ、体細胞ｐ値＜０
．０５である、全てのＳＮＶを判定した。本発明者らはまた、ＶＱＳＬＯＤが［－２；０
］である変異体も判定したが、これらには、体細胞ｐ値＜０．０１を要求した。挿入／欠
失変異体判定は、ＳＮＶ判定より複雑である。真の変異体を逸しないために、本発明者ら
は、挿入／欠失が、両方のパイプラインにより見出されることだけを要求した。これらの
変異体を判定するのに、さらなる品質尺度もｐ値も要求されなかった。

【0591】

サンガーシークエンシング
サンガーシークエンシングのためのプライマーは、ＰｒｉｍｅｒＺツール（http://ncb
i36.genepipe.ncgm.sinica.edu.tw/primerz/beginDesign.do）またはＰｒｉｍｅｒ３ツー
ル（http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi/）を使用し
てデザインした。プライマー配列を、付表２に列挙する。

【0592】

ＰＣＲは、ＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ３６０ Ｍａｓｔｅｒｍｉｘ（Ａｐｐｌｉｅ
ｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｐａｉｓｌｅｙ、Ｕ
Ｋ）を使用して実施した。

【0593】

ＰＣＲのためには、タッチダウンプログラム：９５℃で５分間～（９４℃で３０秒間～
６７℃で３０秒間［１サイクル当たり－１℃］～７２℃で３０秒間）を１０回～（９４℃
で３０秒間～５７℃で３０秒間～７２℃で３０秒間）を２９回～７２℃で１０分間～１０
℃で保持、を使用した。サンガーシークエンシングのためには、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍ
ｉｎａｔｏｒ ｖ３．１ Ｃｙｃｌｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇキット（Ａｐｐｌｉｅｄ
Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を、以下のプログラム：９６℃で１分間～（９６℃で１０秒間～
５０℃で５秒間～６０℃で４分間）を２５回～１０℃で保持、と共に使用した。シークエ
ンシングの出力波形は、３１３０ｘｌ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ｇｅｎｅｔ
ｉｃ Ａｎａｌｙｚｅｒ）（（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）上で読み取った
。配列解析は、Ｓｅｑｕｅｎｃｈｅｒ Ｓｏｆｔｗａｒｅ ４．９（Ｇｅｎｅ Ｃｏｄｅ
ｓ、Ａｎｎ Ａｒｂｏｒ、ＭＩ）を使用して行った。

【0594】

ＣＡＬＲ－エクソン９突然変異の検出のためのＰＣＲ断片解析
プライマーは、ＣＡＬＲエクソン９のためにデザインし、フォワードプライマーを、６
－ＦＡＭで標識した（付表２）。ＰＣＲは、以下：９５℃で１０分間～（９４℃で１５秒
間～５５℃で１５秒間～７２℃で３０秒間）を１０回～（８９℃で１５秒間～５５℃で１
５秒間～７２℃で３０秒間）を２０回～７２℃で２０分間～１０℃で保持、の通りに実施
した。ＰＣＲ産物は、水中で１：２５に希釈し、３１３０ｘｌ Ｇｅｎｏｍｉｃ Ａｎａ
ｌｙｚｅｒ（Ｇｅｎｅｔｉｃ Ａｎａｌｙｚｅｒ）（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅ
ｍｓ）上でサイズ決定した。結果について、Ｇｅｎｅ Ｍａｐｐｅｒソフトウェアｖｅｒ
ｓｉｏｎ ４．０（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）を使用して解析した。

【0595】

ＰＣＲ産物のサブクローニング
ＰＣＲ産物は、製造元の指示書に従い、ＴＯＰ－１０菌を使用して、ＴＯＰＯ ＴＡク
ローニングキット（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ／Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｐａ
ｉｓｌｅｙ、ＵＫ）によりサブクローニングした。翌日、単一の細菌コロニーを採取し、
一晩にわたる培養により増殖させた。プラスミドは、ＱＩＡｐｒｅｐ Ｓｐｉｎ Ｍｉｎ
ｉ Ｐｒｅｐキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）により抽出した。
シークエンシング反応は、ＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏｒ ｖ３．１ Ｃｙｃｌｅ
Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇキット（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）：５０～２０
０ｕｇのプラスミド、４ｕｌのプライマー、１ｕｌのＢｉｇＤｙｅ Ｔｅｒｍｉｎａｔｏ
ｒミックス、１ｕｌのシークエンシング緩衝液、および最大１０ｕｌのＨＰＬＣ水を使用
して準備した。シークエンシングプログラムは、９６℃で５分間～（９６℃で１分間～５
０℃で５秒間～６０℃で４分間）を２５回～１０℃で保持、であった。

【0596】

ＳＮＰマイクロアレイ解析
ＤＮＡ試料を処理し、製造元により供給されるプロトコールに従い、Ｇｅｎｏｍｅ－Ｗ
ｉｄｅ Ｈｕｍａｎ ＳＮＰ ６．０アレイ（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）とハイブリダイズ
させた。生データを、Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ｃｏｎｓｏｌｅ ｖｅｒｓｉｏｎ ３．０
．２ソフトウェア（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ）により解析した。Ｇｅｎｏｔｙｐｉｎｇ Ｃ
ｏｎｓｏｌｅソフトウェアで実装される通り、試料を、染色体異常（欠失、獲得、および
後天性片親性ダイソミー）について評価した。

【0597】

ＣＡＬＲエクソン９突然変異のクローニング
野生型および突然変異体ＣＡＬＲを、Ｓｏｕｒｃｅ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓから購入
されたクローンから増幅し、レトロウイルス構築物であるｐＭＳＣＶ－ＩＲＥＳ－ＧＦＰ
内のＸｈｏＩおよびＥｃｏＲＩ部位にクローニングした。野生型ＣＡＬＲは、以下のプラ
イマー－
（ＦＰ－ＡＴＧＣＣＴＣＧＡＧＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＣＴＧＣＴＡＴＣＣＧＴＧＣＣＧ
ＣＴＧＣＴＧＣＴＣ（配列番号１３４６）、およびＲＰ－ＡＴＧＣＧＡＡＴＴＣＣＴＡＣ
ＡＧＣＴＣＧＴＣＣＴＴＧＧＣＣＴＧＧＣＣ（配列番号１３４７））
を使用して増幅した。
突然変異体ＣＡＬＲを２つの断片内で増幅した後で、ネステッドＰＣＲ－（ＦＰ１－ＡＴ
ＧＣＣＴＣＧＡＧＣＣＧＣＣＡＣＣＡＴＧＣＴＧＣＴＡＴＣＣＧＴＧＣＣＧＣＴＧＣＴＧ
ＣＴＣ（配列番号１３４６）、ＲＰ１－ＣＣＴＣＡＴＣＡＴＣＣＴＣＣＴＴＧＴＣＣＴＣ
ＴＧＣＴＣＣＴＣＧＴＣＣＴＧ（配列番号１３４８）、
ＦＰ２－ＣＡＧＧＡＣＧＡＧＧＡＧＣＡＧＡＧＧＡＣＡＡＧＧＡＧＧＡＴＧＡＴＧＡＧＧ
（配列番号１３４９）、ＲＰ２－ＡＴＧＣＣＣＧＣＧＧＣＴＡＧＧＣＣＴＣＡＧＴＣＣＡ
ＧＣＣＣＴＧＧＡＧＧ（配列番号１３５０））
にかけた。

【0598】

ウイルスの作製および形質導入
以前記載された通りに、レトロウイルスを生成し、細胞に形質導入した（Zuber et al,
2013）。略述すると、Ｃａｌｃｉｕｍ Ｐｈｏｓｐｈａｔｅ Ｔｒａｎｓｆｅｃｔｉｏ
ｎ Ｋｉｔ（Ｓｉｇｍａ；型番ＣＡＰＨＯＳ）を使用して、ＰｌａｔＥ細胞（１０ｃｍの
ディッシュ内で７５％のコンフルエンシー）に、それぞれのウイルスベクター２０μｇず
つをトランスフェクトした。培地を２４時間後に交換し、トランスフェクションの３６、
４０、４４、および６０時間後にウイルス上清を回収した。Ｂａ／Ｆ３細胞１００万個に
、６ウェルプレート内に回収したばかりのウイルス上清を、全てのウイルス回収時点にお
いて、スピノキュレーション（４μｇ／ｍｌのポリブレン、３２℃で、１３５０ｇ、３０
分）により形質導入した。最後の形質導入ステップの４８時間後において、細胞を、フロ
ーサイトメトリーにより、形質導入効率について解析した。ＧＦＰ陽性細胞を、ＦＡＣＳ
により分取し、分取効率を、フローサイトメトリーにより解析した。

【0599】

増殖および生存率アッセイ
形質導入されたＢａ／Ｆ３細胞の生存率を、インターロイキン３の存在下において評価
するため、細胞を、９６ウェルプレート内に、インターロイキン３の希釈系列上、ウェル
１つ当たりの細胞５０００個、三連で（最高用量２５ｎｇ／ｍｌ）播種した。７２時間後
に、細胞生存率を、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ－Ｇｌｏ（登録商標）Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ
Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ａｓｓａｙ（Ｐｒｏｍｅｇａ）により決定した。

【0600】

インターロイキン３の非存在下における細胞増殖を決定するため、Ｂａ／Ｆ３細胞を、
１２ウェルプレート内に、ウェル１つ当たりの細胞１００００００個、三連で播種し、イ
ンターロイキン３を伴わない完全ＲＰＭＩ（１０％のＦＣＳ、ペニシリン／ストレプトマ
イシン、およびＬ－グルタミンを伴う）中で、７日間にわたり培養した。ＣＡＳＹ（登録
商標）Ｃｅｌｌ Ｃｏｕｎｔｅｒ（Ｒｏｃｈｅ Ｉｎｎｏｖａｔｉｓ）を使用して、２４
時間ごとに、細胞数を評価した。

【0601】

阻害剤であるＳＡＲ３０２５０３（Ｓａｎｏｆｉ）に対する感受性を規定するため、Ｂ
ａ／Ｆ３細胞を、９６ウェルプレート内に、ＳＡＲ３０２５０３の希釈系列上、１０ｎｇ
／ｍｌのインターロイキン３の存在下において、ウェル１つ当たりの細胞２５０００個、
三連で（最高濃度４０μＭ）播種した。４８時間後に、細胞生存率を、ＣｅｌｌＴｉｔｅ
ｒ－Ｇｌｏ（登録商標）Ｌｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔ Ｃｅｌｌ Ｖｉａｂｉｌｉｔｙ Ａｓ
ｓａｙ（Ｐｒｏｍｅｇａ）により決定した。

【0602】

インターロイキン３による刺激およびウェスタンブロット法
Ｂａ／Ｆ３細胞を、１ｎｇ／ｍｌのインターロイキン３の存在下、完全ＲＰＭＩ（１０
％のＦＣＳ、ペニシリン／ストレプトマイシン、Ｌ－グルタミン）中で培養した。細胞を
、インターロイキン３を伴わない無血清培地中で、４時間にわたり飢餓させた。刺激は、
それぞれの濃度のインターロイキン３により、２０分間にわたり実施した。細胞をペレッ
ト化し、タンパク質の抽出は、以前記載された（Corvinus et al, 2005）通りに行った。
略述すると、完全全細胞抽出物緩衝液（プロテアーゼおよびホスファターゼ阻害剤を含有
する）を細胞に添加し、溶解を、液体窒素を伴う３回連続の凍結融解サイクルにより行っ
た。溶解物は、２０，０００ｇで２０分間にわたる遠心分離の後で回収した。タンパク質
濃度は、Ｂｒａｄｆｏｒｄ試薬を使用して測定した。ウェスタンブロットは、標準的な技
法により実施し、ウェル１つ当たり５０μｇのタンパク質をロードした。以下の抗体－ｐ
ＹＳｔａｔ５（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ；型番７１－６９００）、Ｓｔａｔ５（Ｓａｎｔａ
Ｃｒｕｚ；ｓｃ－８３６）、カルレチクリン（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ；ＭＡＢＴ１４５）
、ＧＡＰＤＨ（Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ；ｓｃ－３２２３３）、抗ウサギＨＲＰ（ＧＥ；Ｎ
Ａ９３４）、および抗マウスＨＲＰ（ＧＥ；ＮＡ９３１）を使用した。

【0603】

免疫蛍光
製造元の指示書に従い、リポフェクション（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）により、ＨＥＫ２
９３Ｔ細胞を、ＣＭＶ－ＣＡＬＲ ｗｔおよびＣＭＶ－ＣＡＬＲ ｄｅｌ５２プラスミド
をトランスフェクトされた０．１％のゼラチンでコーティングされたガラス製のカバース
リップ上に、２４時間にわたり播種した。ＥＲ染色は、抗カルネキシン（ａｂ３１２９０
；ａｂｃａｍ）；二次抗マウスＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ５４６（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）
を使用して可視化した。抗カルレチクリン抗体（ＭＡＢＴ１４５；Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）
を使用して、ＣＡＬＲ；二次抗ウサギＡｌｅｘａＦｌｏｕｒ ５９４（Ｉｎｖｉｔｒｏｇ
ｅｎ）を染色した。スライドは、ＧａＡｓＰマルチ検出器ユニットおよび２つのＰＭＴを
伴う、ＬＳＭ７８０（Ｃａｒｌ Ｚｅｉｓｓ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を使用して可視化した。
ピンホールは、各チャネルにおいて、１ＡＵに設定した。画像は、逐次的に撮影し、チャ
ネルは、重複を低減するように選択した。画像は、１００倍で撮影し、ＩｍａｇｅＪ（Ｎ
ＩＨ；オープンソース）で解析した。

【0604】

統計学的解析
統計学的解析は、標準的な方法の使用により実施した。仮説の検定は、ノンパラメトリ
ック法により実行した。全ての検定は、両側であり、Ｐ値は、０．０５未満の場合に有意
と考えた。Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ Ｏｆｆｉｃｅ Ｅｘｃｅｌ（Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｍｉ
ｃｒｏｓｏｆｔ Ｃｏｒｐ）、Ｓｔａｔａ １１．２（Ｃｏｐｙｒｉｇｈｔ Ｓｔａｔａ
Ｃｏｒｐ ＬＰ）、およびＲ ２．１５．２（R Core Team, 2012）を、データの管理お
よび解析のために使用した。血栓性合併症の累積発生率は、カルプフライシュ－プレンテ
ィス法（Kalbfleisch & Prentice, 1980）に従う競合リスク法により推定した。目的の事
象の非存在下における死亡は、競合事象と考えた。

【0605】

結果
全エクソームシークエンシングは、ＰＭＦ（原発性骨髄線維症）におけるＣＡＬＲの反復
突然変異を明らかにする
全エクソームシークエンシングを使用して、ＰＭＦを伴う６例の患者に由来する末梢血
顆粒球（腫瘍組織）、およびＣＤ３^＋Ｔリンパ球（対照組織）に由来するゲノムＤＮＡを
解析した。古典的なサンガーシークエンシングを使用する検出された変異体についての独
立の検証により、患者１例当たり２～１２の間の遺伝子内で、体細胞突然変異が確認され
た。反復的に影響を受けた唯一の遺伝子は、カルレチクリンをコードするＣＡＬＲであっ
た。２例の患者は、体細胞内のＣＡＬＲのエクソン９内の欠失を保有した。ＰＣＲ産物の
サブクローニングおよびシークエンシングにより、患者１９１は、５２塩基対の欠失を有
し、患者２９６は、１塩基対の欠失を保有することが明らかになった（図１）。患者１９
１における５２塩基対の欠失には、本発明者らの変異体判定解析パイプラインにより、一
塩基変異体を伴う１塩基対の欠失とする、不正確な注釈が施されたので、患者１９１の配
列アライメントは、手作業で再検討した。突然変異部位をカバーするシークエンシングリ
ードのミスアライメントが観察された。不正確なアライメントは、影響を受けたゲノム領
域内のリピートエレメントに起因した。この知見について追跡する中で、残りの４例の患
者についての配列アライメントについて探索したところ、４例の患者全てにおいて、５ｂ
ｐの反復挿入が検出された。全エクソームシークエンシングにより、患者において見出さ
れたＣＡＬＲの突然変異は、マッチするＴリンパ球ＤＮＡ試料についてのサンガーシーク
エンシングにより、体細胞突然変異であることが確認された。まとめると、全エクソーム
シークエンシングにより解析された６例のＰＭＦ患者は全て、体細胞内のＣＡＬＲのエク
ソン９内の挿入または欠失突然変異を保有した。

【0606】

骨髄増殖性新生物（ＭＰＮ）患者におけるＣＡＬＲエクソン９突然変異の頻度
ＭＰＮにおけるＣＡＬＲ突然変異の保有率を推定するために、蛍光色素標識されたＰＣ
Ｒ産物についての高分解度のサイズ決定を使用して、８９６例のＭＰＮ患者のコホートを
、ＣＡＬＲエクソン９内の挿入および欠失突然変異についてスクリーニングした。このコ
ホートは、真性赤血球増加症（ＰＶ）を伴う３８２例の患者、本態性血小板血症（ＥＴ）
を伴う３１１例の患者、および原発性骨髄線維症（ＰＭＦ）を伴う２０３例の患者を含ん
だ（表１）。ＣＡＬＲ内に挿入または欠失を保有する１５０例の試料（１７％）が同定さ
れた。突然変異は、サンガーシークエンシングにより独立に検証した。ＰＶでは、ＣＡＬ
Ｒ突然変異は観察されなかった。ＥＴおよびＰＭＦでは、それぞれ、７８（２５％）およ
び７２（３５％）の患者が、ＣＡＬＲ内に突然変異を有した（表１）。全ての患者を、Ｊ
ＡＫ２－Ｖ６１７Ｆ突然変異について遺伝子型解析した。この突然変異について陰性のＰ
Ｖ患者は、ＪＡＫ２エクソン１２内の突然変異について調べた。野生型ＪＡＫ２を伴うＥ
Ｔ患者およびＰＭＦ患者は、ＭＰＬエクソン１０内の突然変異について調べた。

【0607】

３つのＭＰＮの疾患実体における、ＪＡＫ２、ＭＰＬ、およびＣＡＬＲ突然変異の分布
を、図２Ａに表示する。突然変異体ＣＡＬＲを伴う全ての患者は、野生型ＪＡＫ２および
ＭＰＬを有した。したがって、ＣＡＬＲ内の突然変異は、ＪＡＫ２およびＭＰＬ突然変異
について野生型である、ＥＴ（Ｐ＝９．３３×１０^－４５）およびＰＭＦ（Ｐ＝１．７１
×１０^－４４）と著明に関連する。全６７例のＭＰＮ患者について調べたところ、ＪＡＫ
２およびＭＰＬのほか、ＣＡＬＲエクソン９についても野生型であった。これらの「三重
陰性」症例のうち、１９例の患者を、ＣＡＬＲの９つ全てのエクソン内の突然変異につい
てサンガーシークエンシングにかけたが、突然変異は、検出されなかった。

【0608】

ＣＡＬＲ突然変異は、ＪＡＫ２およびＭＰＬが野生型のＥＴまたはＰＭＦと高度に関連
したので、この疾患範疇内に収まる別の２１１例の患者について解析した。合計で、ＪＡ
Ｋ２／ＭＰＬ野生型のＥＴ患者２８９例のうち、１９５例が突然変異体ＣＡＬＲ（６７％
）を有した。ＪＡＫ２／ＭＰＬが野生型のＰＭＦ患者を組み合わせた１２０例のうち、１
０５例がＣＡＬＲ内に突然変異を有した（８８％）。突然変異体ＣＡＬＲを伴う患者であ
って、マッチするＴリンパ球ＤＮＡが入手可能な患者１５０例では、突然変異は、体細胞
突然変異であった。

【0609】

【表6】

【0610】

他の骨髄性悪性腫瘍におけるＣＡＬＲ突然変異の頻度
ＣＡＬＲ突然変異が、他の骨髄性悪性腫瘍において存在するかどうかについて探索する
ため、本発明者らは、急性骨髄性白血病（ｄｅ ｎｏｖｏ ＡＭＬ）を伴う２５４例の患
者、慢性骨髄性白血病を伴う４５例の患者、骨髄異形成症候群を伴う７３例の患者、慢性
骨髄単球性白血病を伴う６４例の患者、および顕著な血小板増加症と関連する環状鉄芽球
を伴う不応性貧血を伴う２４例の患者を、ＣＡＬＲエクソン９内の突然変異についてスク
リーニングした。これらの患者のうちの大多数は、野生型ＣＡＬＲエクソン９を有したが
、顕著な血小板増加症と関連する環状鉄芽球を伴う不応性貧血を伴う、３例の患者は、Ｃ
ＡＬＲ内の突然変異を保有し（図２Ｂ）、それらの全ては、野生型ＪＡＫ２およびＭＰＬ
を有した（図２Ｃ）。スプライシング因子３Ｂサブユニット１（ＳＦ３Ｂ１：splicing f
actor 3B, subunit 1）をコードする遺伝子内の突然変異は、３つの遺伝子全てにおける
突然変異と共に同時発生した。５２４例の健常対象のうち、１例が、ＣＡＬＲ内の３ｂｐ
のインフレームの欠失を有した。

【0611】

ＣＡＬＲフレームシフト突然変異は、Ｃ末端アミノ酸配列を、代替的リーディングフレー
ムに由来する新規のペプチドで置換する
挿入、欠失、欠失と挿入との組合せのほか、挿入／欠失の一塩基変異体との組合せを含
む、ＣＡＬＲ内の全３６種類の異なる突然変異を検出した。観察された突然変異の全ては
、ＣＡＬＲの代替的リーディングフレーム１へのフレームシフト（図３Ａ）を結果として
もたらす。これは、突然変異体ＣＡＬＲタンパク質のＣ末端のアミノ酸組成の顕著な変化
をもたらす（図３Ｂ）。野生型ＣＡＬＲ内のエクソン９に由来するＣ末端が、高度に負に
帯電しているのに対し、代替的リーディングフレーム１に由来する突然変異体のペプチド
は、正に帯電している。代替的リーディングフレーム２は、いくつかの終止コドンを有す
るので、このフレームへのフレームシフト突然変異は、翻訳の早期終結およびタンパク質
の切断を結果としてもたらすであろう（図３Ｂ）。研究されたＭＰＮ患者では、代替的リ
ーディングフレーム２へのフレームシフト突然変異は観察されなかった。３６種類の突然
変異を、図３Ｃに表示する。突然変異のサイズおよび位置は異なるため、タンパク質のＣ
末端領域では、可変数のアミノ酸の獲得および喪失が見出される（表２）。全てのフレー
ムシフト突然変異は、新規のＣ末端アミノ酸配列を生成する（表２）。全ての突然変異体
の全長タンパク質配列は、配列番号１４８、１５２、１５６、１６０、１６４、１６８、
１７２、１７６、１８０、１８４、１８８、１９２、１９６、２００、２０４、２０８、
２１２、２１６、２２０、２２４、２２８、２３２、２３６、２４０、２４４、２４８、
２５２、２５６、２６０、２６４、２６８、２７２、２７６、２８０、２８４、２８８に
示されている。突然変異接合部近傍のｃＤＮＡ配列を、表３に提示する。

【0612】

【表7】

【0613】

【表8】

【0614】

ＣＡＬＲ遺伝子内の骨髄細胞に特異的な体細胞突然変異を、ＭＰＮを伴う患者において
同定した。突然変異は、ＪＡＫ２突然変異およびＭＰＬ突然変異（かつて記載された、Ｍ
ＰＮにおける、疾患の原因となる突然変異）の両方について陰性の患者と強く関連する。
ＣＡＬＲ突然変異は、ＪＡＫ２およびＭＰＬについて二重陰性である、ＰＭＦ症例のうち
の８８％、およびＥＴ症例のうちの６７％において見出されているので、ＣＡＬＲ突然変
異は、ＪＡＫ２／ＭＰＬ陰性のＥＴおよびＰＭＦについての診断における大きな欠落を埋
めると考えられる。したがって、ゲノムＤＮＡ、ＲＮＡ、またはｃＤＮＡのレベルにおけ
るＣＡＬＲ突然変異の検出は、ＭＰＮについての重要な診断検査をもたらす。

【0615】

同定された全てのＣＡＬＲの突然変異は、タンパク質のＣ末端アミノ酸をコードする、
最終端のエクソン９内にあり、主に、挿入／欠失突然変異である。突然変異のうちの大多
数は、ヘテロ接合性状態で存在し、それらは、同じ代替的リーディングフレームへのフレ
ームシフトを引き起こす。このフレームシフトは、カルレチクリンのＣ末端の、負に帯電
したアミノ酸（アスパラギン酸およびグルタミン酸に富む）の、アルギニンおよびメチオ
ニンに富む、主に正に帯電したポリペプチドによる置き換えを結果としてもたらす。加え
て、カルレチクリンの最終端の４アミノ酸（ＫＤＥＬ（配列番号１３３１））は、小胞体
保持シグナルを含有する。このシグナルは、突然変異体カルレチクリン内に存在しないこ
とから、突然変異体タンパク質は、ＥＲ内では、野生型タンパク質と比較してそれほど代
表的ではないことが示唆される。カルレチクリンの負に帯電したＣ末端は、低アフィニテ
ィーで高キャパシティーのＣａ２＋結合性ドメインであるので、突然変異体タンパク質の
Ｃａ２＋結合機能は失われていると考えられる。

【0616】

全てのＣＡＬＲ突然変異症例のうち、１型の突然変異（５２塩基対の欠失）および２型
の突然変異（５塩基対の挿入）が、それぞれ、５３％および３２％を占めていた（図３Ｄ
、Ｅ）。他の突然変異型は、はるかに低頻度で観察され、多くは、単一の患者だけにおい
て検出された（図３Ｅ）。３６の突然変異型は全て、代替的リーディングフレーム１へと
フレームシフトするので、結果として得られる突然変異体ＣＡＬＲタンパク質は、共通の
新規のアミノ酸配列を、Ｃ末端において共有する（表２）。代替的リーディングフレーム
１に由来するＣ末端ペプチドが、いくつかの正に帯電したアミノ酸を含有するのに対し、
野生型ＣＡＬＲのＣ末端は、大部分が負に帯電している（図３Ｂ）。加えて、野生型カル
レチクリンは、Ｃ末端において小胞体保持モチーフ（アミノ酸配列ＫＤＥＬ（配列番号１
３３１））を含有する。Ｃ末端のＫＤＥＬ（配列番号１３３１）は、全ての突然変異体で
失われる（表２）。突然変異の種類に応じて、突然変異体タンパク質は、野生型カルレチ
クリンのうちの、可変量の負に帯電したアミノ酸を保持する。１型の５２塩基対の欠失が
、ほぼ全ての負に帯電したアミノ酸を消失させるのに対し、２型の５塩基対の挿入は、負
に帯電したアミノ酸のうちの約半分を保持する（図３Ｄ）。これらの差異を踏まえ、本発
明者らは、１型および２型の突然変異が、定性的に異なる表現型と関連しうることを仮定
した。したがって、本発明者らは、１型の欠失が、原発性骨髄線維症において、本態性血
小板血症と比較して有意により高頻度である（Ｐ＝０．０００７）ことを見出した。加え
て、本発明者らは、染色体１９ｐの片親性ダイソミーと関連するＣＡＬＲ突然変異につい
てホモ接合性の患者は３例だけであり、３例全てが、２型の５塩基対の挿入を有すること
を検出した（図４Ａ）。

【0617】

ＣＡＬＲ突然変異は、クローン進化の早期に獲得されるものであり、突然変異体クローン
は安定である
ＣＡＬＲ内の突然変異が、患者のクローン履歴の早期に獲得されたのか、後期に獲得さ
れたのかについて探索するために、本発明者らは、２例の患者に由来する造血系前駆細胞
コロニーであって、本発明者らが、全エクソームシークエンシングに由来する突然変異プ
ロファイルを有する、コロニーについて解析した。患者Ｈ＿０１９１およびＨ＿０２９６
のクローン階層を、図４Ｂに示す。本発明者らは、ＣＡＬＲ内の突然変異が、解析された
２例の患者の主要なクローン内で早期に獲得されたと結論付ける。

【0618】

突然変異体ＣＡＬＲを伴う２４例の患者について、本発明者らには、調べた全てが突然
変異について陽性であった追跡試料が入手可能であった。

【0619】

ＣＡＬＲ突然変異の臨床的重要性
本発明者らは、本態性血小板血症または原発性骨髄線維症を伴う、合計で１２１５例の
患者について研究した（表４）。これらのうちで、６３．４％が、ＪＡＫ２－Ｖ６１７Ｆ
を保有し、４．４％が、ＭＰＬエクソン１０の活性化突然変異を保有し、２３．５％が、
ＣＡＬＲエクソン９の突然変異を保有し、前出のクローンマーカーのうちのいずれも有さ
ないのは８．８％だけであった。これらの後者の患者のうちの大半が、本態性血小板血症
亜群内にクラスター化されたことは注目に値する。本発明者らは、ウィルコクソンランク
サム検定を使用して、異なる突然変異体遺伝子を保有する患者における血液学値を比較し
た。本態性血小板血症を伴う患者のうち、ＣＡＬＲ突然変異を保有する患者のヘモグロビ
ンレベルは、診断時において、突然変異体ＪＡＫ２を保有する患者と比較して低く、白血
球カウントは小さく、血小板カウントは大きかった（全ての場合においてＰ＜０．００１
）。原発性骨髄線維症を伴う患者のうち、ＣＡＬＲ突然変異を保有する患者の白血球カウ
ントは、突然変異体ＪＡＫ２を伴う患者より小さく（Ｐ＝０．０２７）、血小板カウント
は大きかった（Ｐ＜０．００１）。全生存および血栓症の危険性については、ＪＡＫ２、
ＭＰＬ、またはＣＡＬＲ内に突然変異を保有する患者、すなわち、クローンマーカーを有
する患者だけにおいて解析した。本発明者らは、初回の診断以来、突然変異状態が時間と
共に変化しないことを仮定して、全ての解析を行った。追跡が不十分なために、６例の患
者を除外したので、合計１１０２例の患者について検討した。３つの遺伝子のうちのいず
れかが突然変異した患者の全コホートについての追跡の中央値は、５．７年間（範囲：０
～３１年間）であった。図５Ａに示される通り、原発性骨髄線維症を伴う患者の３つの亜
群の間では、全生存に有意差が見られた（Ｐ＜０．００１）。ＣＡＬＲの体細胞突然変異
を保有する患者の全生存は、ＪＡＫ２を伴う患者（Ｐ＜０．００１）またはＭＰＬ突然変
異を伴う患者（Ｐ＜０．００１）より良好であったが、後者の２つの亜群の間では、差異
が観察されなかった。全生存がはるかに長い本態性血小板血症を伴う患者では、ＣＡＬＲ
を突然変異させた患者と、ＪＡＫ２を突然変異させた患者との間に限り、有意差が見られ
た（Ｐ＝０．０４３、図５Ｂ）。全生存についてのコックス回帰による多変量解析であっ
て、骨髄新生物の種類（本態性血小板血症対原発性骨髄線維症）、突然変異体遺伝子の種
類、および患者コホート（パビア対ウィーン）を共変量として含む、多変量解析では、最
初の２つの因子は、独立の予後診断因子であることが見出された。予測される通り、原発
性骨髄線維症は、全生存が本態性血小板血症と比較して短いことと関連した（死亡のハザ
ード比：７．１、Ｐ＜０．００１、ＣＩ：４．９～１０．２）。加えて、突然変異体遺伝
子の種類は、生存に対して独立の影響を及ぼした。実際、ＣＡＬＲ突然変異を保有する患
者と比較して、ＪＡＫ２突然変異を伴う患者（ハザード比：３．１、Ｐ＜０．００１、Ｃ
Ｉ：２．０～４．７）およびＭＰＬ突然変異を保有する患者（ハザード比：３．５、Ｐ＜
０．００１、ＣＩ：１．８～６．７）の両方とも、死亡の危険性が高かった。本態性血小
板血症における血栓症の累積発生率を、全ての原因に由来する死亡を競合事象とする競合
リスク法により計算し、表５に報告する一方、実際の曲線を、図５Ｃに示す。ＣＡＬＲ突
然変異を保有する、本態性血小板血症を伴う患者は、血栓症の危険性が、ＪＡＫ２突然変
異を保有する患者より低かった（Ｐ＝０．００３）が、他の亜群間では、有意差が見出さ
れなかった。ＭＰＬ突然変異を保有する患者の亜群は、小さかったことに注目すべきであ
る。

【0620】

【表9】

【0621】

【表10】

【0622】

１型ＣＡＬＲ突然変異についての機能解析
突然変異体ＣＡＬＲの機能的効果について研究するために、本発明者らは、野生型ＣＡ
ＬＲおよび１型突然変異（５２塩基対の欠失）のｃＤＮＡを、レトロウイルス発現ベクタ
ーであるｐＭＳＣＶ－ＩＲＥＳ－ＧＦＰへとクローニングした。レトロウイルスの作製お
よびＣＡＬＲ ｃＤＮＡの、インターロイキン３依存性マウス細胞系であるＢａ／Ｆ３へ
のトランスフェクションの後、本発明者らは、トランス遺伝子陽性細胞を、ＧＦＰについ
てのフローサイトメトリーにより分取した。次に、本発明者らは、細胞のインターロイキ
ン３依存性増殖を測定した。１型ＣＡＬＲ突然変異を発現させる細胞は、インターロイキ
ン３非依存性の増殖およびインターロイキン３に対する過敏性を呈示した（図６Ａ）。本
発明者らが、インターロイキン３の非存在下における細胞の増殖を測定したところ、ＣＡ
ＬＲの５２塩基対の欠失突然変異だけが、細胞の有意な蓄積を呈示した（図６Ｂ）。ＣＡ
ＬＲの５２塩基対の欠失突然変異体細胞内のインターロイキン３非依存性が、ＪＡＫ－Ｓ
ＴＡＴシグナル伝達の活性化により引き起こされるかどうかについて探索するために、本
発明者らは、細胞の、ＪＡＫ２キナーゼ阻害剤であるＳＡＲ３０２５０３に対する感受性
を決定した。図７に示される通り、ＣＡＬＲの野生型および５２塩基対の欠失突然変異体
の両方とも、ＳＡＲ３０２５０３に対して同様の感受性を示したことから、突然変異体Ｃ
ＡＬＲ細胞のインターロイキン３非依存性の増殖が、ＳＡＲ３０２５０３によりターゲテ
ィングされる、ＪＡＫ２またはＪＡＫファミリーキナーゼに依存することが示唆される。
この仮説を確認するために、本発明者らは、対照細胞系およびＣＡＬＲをトランスフェク
トされた細胞系内の、インターロイキン３の存在下および非存在下における、ＳＴＡＴ５
のリン酸化について検討した。本発明者らは、ＣＡＬＲの５２塩基対の欠失突然変異体内
の、インターロイキン３の非存在下、および０．１ｎｇ／ｍｌのインターロイキン３濃度
において、ＳＴＡＴ５のリン酸化の増大を検出した（図６Ｃ）。したがって、ＪＡＫ－Ｓ
ＴＡＴシグナル伝達活性化の増大は、ＣＡＬＲの５２塩基対の欠失突然変異体を発現させ
る細胞のサイトカイン非依存性の増殖の一因となる可能性が高い。

【0623】

免疫蛍光顕微鏡法を使用して、野生型および１型突然変異体ＣＡＬＲの局在化を決定し
た。ＨＥＫ細胞内で過剰発現させたところ、野生型ＣＡＬＲは、小胞体（カルネキシンで
染色された）と共局在化した。１型突然変異体ＣＡＬＲの場合、この共局在化は、おそら
く、突然変異体ＣＡＬＲのＣ末端に由来するＫＤＥＬ配列（配列番号１３３１）の非存在
に起因して、それほど顕著ではなかった（図６Ｄ）。

【0624】

本発明者らは、原発性骨髄線維症および本態性血小板血症を伴う患者における、ＣＡＬ
Ｒ遺伝子内の体細胞突然変異を同定した。ＣＡＬＲ突然変異は、ＪＡＫ２およびＭＰＬの
両方における突然変異と相互に排他的である。ＪＡＫ２突然変異と特異的に関連する骨髄
増殖性新生物である、真性赤血球増加症では、ＣＡＬＲ突然変異は見出されなかった。Ｃ
ＡＬＲ突然変異は、骨髄増殖性新生物のうちで、ＪＡＫ２に次いで、２番目に高頻度の突
然変異である。本発明者らはまた、他の骨髄新生物を伴う患者についても研究したが、Ｃ
ＡＬＲ突然変異を見出したのは、典型的な骨髄異形成性／骨髄増殖性新生物である、顕著
な血小板増加症と関連する環状鉄芽球を伴う不応性貧血伴う症例のうちの１２．５％だけ
であった（Malcovati et al, 2009）。このことは、ＣＡＬＲ突然変異と過剰な血小板産
生との因果関係を強く裏付ける。

【0625】

ＣＡＬＲ突然変異は、ＪＡＫ２およびＭＰＬの変化を保有しない患者のうちの約７３％
において見出されているので、本発明者らは、これらが、骨髄増殖性新生物の現行の分子
診断における欠落を埋めるものと考える。まとめると、本態性血小板血症または原発性骨
髄線維症を伴う、本発明者らの患者で、ＪＡＫ２、ＭＰＬ、またはＣＡＬＲの体細胞突然
変異を保有しない患者は、１０％未満に過ぎない。これらの対象のうちの一部では、突然
変異したクローンは、現行の手法で検出されるには、あまりに少量でありうるだろう。希
少な突然変異体ドライバー遺伝子は、他の患者では役割を果たしうるが、一部の患者は、
クローン疾患を全く有さない可能性もあろう。クローン性血小板増加症と反応性血小板増
加症との鑑別診断は、クローンマーカーなしには困難でありうるので、これは、本態性血
小板血症の臨床診断を伴う患者について特に当てはまる（Schafer, 2004）。総じて、Ｃ
ＡＬＲ突然変異の評価は、本態性血小板血症または原発性骨髄線維症についての現行の診
断法を目覚ましく改善するものであり、これらの障害についてのＷＨＯ基準に組入れるべ
きものである（Sverdlow et al, 2008）。

【0626】

本発明者らが同定したＣＡＬＲの全ての突然変異は、タンパク質のＣ末端アミノ酸をコ
ードする最終端のエクソン内の挿入／欠失突然変異である。大半の突然変異は、ヘテロ接
合性状態で存在し、特異的な代替的リーディングフレームへのフレームシフトを引き起こ
す。このフレームシフトは、カルレチクリンのＣ末端の、負に帯電したアミノ酸の、アル
ギニンおよびメチオニンに富む、正に帯電したポリペプチドによる置き換えを結果として
もたらす。カルレチクリンの最終端の４アミノ酸（ＫＤＥＬ（配列番号１３３１））は、
小胞体保持シグナルを含有する。このシグナルは、突然変異体カルレチクリン内には存在
しない。結果として、突然変異体カルレチクリンは細胞内の局在化を変化させる。カルレ
チクリンの負に帯電したＣ末端は、低アフィニティーで高キャパシティーのＣａ２＋結合
性ドメインであるので、突然変異体タンパク質のＣａ２＋結合機能が損なわれうる。突然
変異したＣＡＬＲのＣ末端における代替的リーディングフレームに由来するペプチド配列
の存在は、がん特異的なエピトープを表すので、免疫学的ターゲティングの可能性をもた
らす。

【0627】

突然変異体カルレチクリンの発がん能についてさらに解析するため、本発明者らは、野
生型および１型突然変異体ＣＡＬＲ（５２塩基対の欠失－ｄｅｌ５２）の過剰発現を伴う
Ｂａ／Ｆ３細胞を生成した。興味深いことに、ＣＡＬＲ ｄｅｌ５２ Ｂａ／Ｆ３細胞は
、サイトカイン非依存性の増殖を示した。しかし、野生型カルレチクリンを発現させるＢ
ａ／Ｆ３細胞および突然変異体カルレチクリンを発現させるＢａ／Ｆ３細胞の増殖は、Ｊ
ＡＫ２キナーゼ阻害剤で処置すると、同等に抑制されたことから、突然変異体カルレチク
リンに誘導されるサイトカイン非依存性には、ＪＡＫ－ＳＴＡＴ経路が要求されることが
示唆される。したがって、本発明者らは、インターロイキン３による刺激の非存在下およ
び存在下の両方において、ｄｅｌ５２ Ｂａ／Ｆ３細胞内のＳＴＡＴ５のリン酸化の増大
を検出することができた。カルレチクリン／Ｃａ２＋／カルモジュリンは、Ｓｔａｔの活
性をモジュレートすることが既に示されている。カルレチクリンのＥＲｐ５７との複合体
は、小胞体内で、マウス胚性線維芽細胞内のＳｔａｔ３のリン酸化および転写活性を抑制
する（Coe et al, 2010）。さらに、Ｃａ２＋／カルモジュリン依存性キナーゼＩＩガン
マの阻害は、リン酸化Ｓｔａｔ１、Ｓｔａｔ３、およびＳｔａｔ５のレベルの低減を結果
としてもたらす（Si & Collins 2008）。興味深いことに、カルレチクリンの過剰発現は
、インターフェロンアルファに誘導されるＳｔａｔ１のリン酸化を弱める結果として、イ
ンターフェロン耐性をもたらす（Yue et al, 2012）。骨髄細胞内の突然変異体カルレチ
クリンによるＪＡＫ－ＳＴＡＴ経路の活性化機構を解明するには、さらなる研究が要求さ
れる。ＣＡＬＲ陽性患者における、ＪＡＫ－ＳＴＡＴシグナル伝達経路の関与はまた、原
発性骨髄線維症におけるＪＡＫ２阻害剤療法の有効性も説明しうる。しかし、本発明者ら
の結果は、ＪＡＫ２阻害剤は、突然変異したＣＡＬＲを発現させる細胞に対して、ＣＡＬ
Ｒ野生型細胞と比較して、選択性ではない可能性があることを示す。

【0628】

臨床転帰についての本発明者らの解析は、遡及的であるが、それらは、ＣＡＬＲ陽性骨
髄増殖性新生物は、ＪＡＫ２またはＭＰＬ突然変異と関連する、対応する障害より、良性
の臨床経過を有することを強く示唆する。ＭＰＬを突然変異させた患者の数が少ないため
、より信頼できる比較は、ＪＡＫ２を突然変異させた患者と、ＣＡＬＲを突然変異させた
患者との比較である。本発明者らの観察は、ＣＡＬＲを突然変異させた患者は、ＪＡＫ２
を突然変異させた患者より血栓症の危険性が小さく、全生存も良好であることを明確に示
す。血栓塞栓性合併症の発生率が小さいことは、ＣＡＬＲを突然変異させた患者は、ヘモ
グロビンレベルが低く、白血球カウントも小さいという事実と関連しうるであろう。良好
な全生存は、原発性骨髄線維症を伴う患者および本態性血小板血症を伴う患者の両方にお
いて観察されたが、前者においてより関与性であったことから、ＪＡＫ２突然変異を伴う
患者およびＪＡＫ２突然変異を伴わない患者についてのかつての知見（Campbell et al,
2006b；Rumi et al, 2013）が確認される。実際的な観点から述べると、原発性骨髄線維
症および本態性血小板血症のための既存の予後診断スコアリングシステムには、突然変異
体遺伝子の異なる影響が組み込まれる可能性があり（Passamonti 2010b、Passamonti 201
2）、これもまた、治療上の意思決定の指針となりうる。より具体的に、ＣＡＬＲの分子
的特徴づけは、本態性血小板血症および原発性骨髄線維症の将来の臨床管理の本質的構成
要素となるべきである。