特開 2023-49045 ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】公開特許公報(A)

(11)【公開番号】P2023049045

(43)【公開日】2023-04-07

(54)【発明の名称】ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物

(51)【国際特許分類】

   A01H 6/34 20180101AFI20230331BHJP

   A01H 5/00 20180101ALI20230331BHJP

   A01H 5/10 20180101ALI20230331BHJP

   A01H 1/02 20060101ALI20230331BHJP

   A01H 1/00 20060101ALI20230331BHJP

   C12Q 1/68 20180101ALI20230331BHJP

   C12Q 1/6895 20180101ALN20230331BHJP

   C12N 15/29 20060101ALN20230331BHJP

   C12N 15/11 20060101ALN20230331BHJP

【ＦＩ】

A01H6/34

A01H5/00 Z ZNA

A01H5/10

A01H1/02 Z

A01H1/00 A

A01H5/00 A

C12Q1/68

C12Q1/6895 Z

C12N15/29

C12N15/11 Z

【審査請求】未請求

【請求項の数】23

【出願形態】ＯＬ

(21)【出願番号】P 2022155561

(22)【出願日】2022-09-28

(31)【優先権主張番号】P 2021158509

(32)【優先日】2021-09-28

(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP

(71)【出願人】

【識別番号】390028130

【氏名又は名称】タキイ種苗株式会社

(74)【代理人】

【識別番号】110003557

【氏名又は名称】弁理士法人レクシード・テック

(72)【発明者】

【氏名】阪口 敬太郎

(72)【発明者】

【氏名】加野 彰人

(72)【発明者】

【氏名】芦原 紗也加

【テーマコード（参考）】

2B030

4B063

【Ｆターム（参考）】

2B030AA02

2B030AB03

2B030AD04

2B030CA04

2B030CA05

4B063QA07

4B063QA13

4B063QQ04

4B063QQ42

4B063QQ43

4B063QR32

4B063QR73

(57)【要約】      （修正有）

【課題】ホモプシス根腐病抵抗性を示すカボチャ植物を提供する。
【解決手段】ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む、カボチャ植物。前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定されてよい。
【選択図】図１

【特許請求の範囲】

【請求項1】

ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、
第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む、カボチャ植物。

【請求項2】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、請求項１に記載のカボチャ植物。

【請求項3】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、請求項２に記載のカボチャ植物。

【請求項4】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、請求項１または２に記載のカボチャ植物：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。

【請求項5】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、請求項４に記載のカボチャ植物。

【請求項6】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗している、請求項１または２に記載のカボチャ植物。

【請求項7】

前記カボチャ植物は、日本種カボチャ（Cucurbita moschata）である、請求項１または２に記載のカボチャ植物。

【請求項8】

前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、請求項７に記載のカボチャ植物。

【請求項9】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、請求項１または２に記載のカボチャ植物。

【請求項10】

請求項１または２に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分。

【請求項11】

前記植物の部分が、種子である、請求項１０に記載の植物の部分。

【請求項12】

下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法：
（ａ）請求項１または２に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程；
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。

【請求項13】

前記（ａ）工程に先立って、下記（ｘ）工程を含む、請求項１２に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法：
（ｘ）被検カボチャ植物から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程であり、
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物である。

【請求項14】

前記（ｘ）工程における前記選抜が、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項１３に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。

【請求項15】

前記（ｘ）工程における前記選抜が、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項１４に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。

【請求項16】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｘ）工程における前記選抜が、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項１５に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。

【請求項17】

前記（ｘ）工程における前記選抜が、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項１４または１５に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。

【請求項18】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から少なくとも１つの選択されたポリヌクレオチドで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項１７に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。

【請求項19】

前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、請求項１４または１５に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。

【請求項20】

第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする、カボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法。

【請求項21】

請求項１または２に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と交雑することにより、前記第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を導入する、請求項２０に記載の付与方法。

【請求項22】

カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、
被検カボチャ植物について、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む、方法。

【請求項23】

ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、
被検カボチャ植物から、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む、スクリーニング方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物に関する。

【背景技術】

【0002】

糸状菌（Phomopsis sclerotioides）は、ウリ科植物のホモプシス根腐病の病原菌である。前記ホモプシス根腐病では、前記糸状菌がウリ科植物の根に感染して根腐れ症状を引き起こす。ついで、前記ホモプシス根腐病では、収穫期においてウリ科植物の地上部に激しい萎凋症状が生じ、最終的に感染したウリ科植物は、枯死する。このため、前記ホモプシス根腐病が流行すると、果実を取得できなくなる。

【0003】

ウリ科植物は、一般的に、台木に対して、ウリ科植物由来の穂木を接ぎ木した接木体として生育される。前記台木の植物としては、日本種カボチャ植物（以下、「ニホンカボチャ植物」ともいう、Cucurbita moschata）が広く用いられているが、ニホンカボチャ植物には、ホモプシス根腐病抵抗性の品種はない。このため、キュウリ植物の生産者は、クロルピクリンによる土壌消毒を対策として行っているが（非特許文献１）、防除効果は限定的である。また、クロルピクリンによる土壌消毒は費用が高額という問題がある。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0004】

【非特許文献1】宍戸邦明、「露地キュウリ栽培におけるキュウリホモプシス根腐病の生物検定法」、２０１４年、植物防疫、第６８巻、第９号、５３５－５３８頁

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

ウリ科植物の台木に用いる植物において、クロダネカボチャ植物（Cucurbita ficifolia）は、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことがしられている。しかしながら、クロダネカボチャ植物の台木に対して、キュウリ植物の穂木を用いて接ぎ木植物を生産すると、得られるキュウリ植物の果実においてブルーム（果実表面の白い粉）が生じるという問題がある。

【0006】

他方、他のウリ科植物の台木として用いられる日本種カボチャ植物（Cucurbita moschata）には、前記ブルームが生じるブルーム系統と、前記ブルームが生じないブルームレス系統が存在する。前記ブルームレス系統を台木として用いた場合、前記台木とキュウリ植物の穂木とを用いて生産した接ぎ木植物では、得られるキュウリ植物の果実においてブルームは生じない。また、セイヨウカボチャ植物（Cucurbita maxima）およびペポカボチャ植物（Cucurbita pepo）も、ブルームが生じにくい系統が存在する。そして、前記ブルームが生じにくい系統は、前記ウリ科植物の台木として使用しうる。このため、クロダネカボチャ植物は、ニホンカボチャ植物等の他の台木に用いられる植物との交雑および胚培養により、ホモプシス根腐病抵抗性のカボチャ植物を育種することが考えられる。しかしながら、前記日本種カボチャ植物、セイヨウカボチャ植物、またはペポカボチャ植物と、前記クロダネカボチャ植物との交雑および胚培養では、自殖可能な後代系統が育種できないため、クロダネカボチャ植物を用いて、ホモプシス根腐病抵抗性を示すカボチャ植物を育種すること困難である。

【0007】

このため、ウリ科植物の台木として用いるために、新たなホモプシス根腐病抵抗性のカボチャ植物が求められている。

【0008】

そこで、本発明は、ホモプシス根腐病抵抗性を示すカボチャ植物の提供を目的とする。

【課題を解決するための手段】

【0009】

前記目的を達成するため、本発明のカボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、
第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。

【0010】

本発明の植物の部分は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分である。

【0011】

本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法（以下、「製造方法」という）は、下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする：
（ａ）前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程；
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。

【0012】

本発明のカボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法（以下、「付与方法」という）は、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする。

【0013】

本発明の検出方法は、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、被検カボチャ植物について、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む。

【0014】

本発明のスクリーニング方法は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、
被検カボチャ植物から、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む。

【発明の効果】

【0015】

本発明によれば、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物を提供できる。

【図面の簡単な説明】

【0016】

【図1】図１は、第１１染色体におけるＳＮＰ（single nucleotide polymorphism）等の相対的な座乗位置を示す模式図である。

【図2】図２は、実施例１における第１１染色体上におけるＬＯＤ値を示すグラフである。

【図3】図３は、実施例１におけるニホンカボチャ植物の発病指数の評価基準を示す写真である。

【図4】図４は、実施例１における発病度を示すグラフである。

【図5】図５は、実施例２における病勢進展曲線下部面積（ＡＵＤＰＣ）を示すグラフである。

【図6】図６は、実施例３における発病度の平均値を示すグラフである。

【図7】図７は、実施例４におけるＦ３系統の抵抗性と各ＳＮＰの多型を示す図である。

【発明を実施するための形態】

【0017】

＜定義＞
本明細書において、「カボチャ植物」は、ウリ科（Cucurbitaceae）のカボチャ属（Cucurbita）に分類される植物を意味する。

【0018】

本明細書において、「日本種カボチャ植物」または「ニホンカボチャ植物」は、ウリ科（Cucurbitaceae）のカボチャ属（Cucurbita）のニホンカボチャ種（Cucurbita moschata）に分類される植物を意味する。

【0019】

本明細書において、「セイヨウカボチャ植物」は、ウリ科（Cucurbitaceae）のカボチャ属（Cucurbita）のセイヨウカボチャ種（Cucurbita maxima）に分類される植物を意味する。

【0020】

本明細書において、「ペポカボチャ植物」は、ウリ科（Cucurbitaceae）のカボチャ属（Cucurbita）のペポカボチャ種（Cucurbita pepo）に分類される植物を意味する。

【0021】

本明細書において、「ウリ科植物」は、ウリ科（Cucurbitaceae）に分類される植物を意味する。

【0022】

本明細書において、「ホモプシス根腐病」は、糸状菌（Phomopsis sp.）、特に、糸状菌（ホモプシス・スクレロティデス：Phomopsis sclerotioides）により引き起こされる土壌伝染性病害を意味する。前記ホモプシス根腐病では、感染した植物体の根腐れ症状、地上部の萎凋症状、および枯死が引き起こされることが知られている。

【0023】

本明細書において、「ホモプシス根腐病の病原菌」または「病原菌」（以下、「ホモプシス根腐病菌」ともいう）は、バルサ科（Valsaceae）のホモプシス属（Phomopsis）に分類される真菌を意味し、特に、スクレロティデス種（sclerotioides）に分類される真菌を意味する。

【0024】

本明細書において、「ホモプシス根腐病抵抗性」は、ホモプシス根腐病菌の感染による病害の発生および／または発生した病害の進行に対する、阻害能または抑制能を意味する。具体例として、前記「ホモプシス根腐病抵抗性」は、例えば、ホモプシス根腐病菌の感染による病害の未発生、および／または、発生した病害の進行の停止、阻害、抑止、低減、もしくは遅延を意味する。前記ホモプシス根腐病抵抗性は、ホモプシス根腐病耐性またはホモプシス根腐病耐病性ということもできる。

【0025】

本明細書において、「ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座」（以下、「抵抗性遺伝子座」という）は、ホモプシス根腐病抵抗性を供与する量的形質遺伝子座（Quantitative Traits Loci：QTL）または遺伝子領域を意味する。前記量的形質遺伝子座は、一般に、量的形質の発現に関与する染色体領域を意味する。

【0026】

本明細書において、「植物体」または「植物」は、植物全体を示す植物個体を意味する。

【0027】

本明細書において、「植物体の部分」または「植物の部分」は、植物個体の部分を意味する。

【0028】

本明細書において、「接ぎ木植物」（以下、「接ぎ木」という）は、同一の植物個体または異なる植物個体の組織どうしを接着癒合させ、成長可能とした植物体を意味する。

【0029】

本明細書において、「台木」は、接ぎ木植物における台となる植物個体の組織を意味する。一般的に、前記台木は、植物個体の地下部（例えば、根）と、地上部（例えば、茎、葉等）の一部とを有する。

【0030】

本明細書において、「穂木」は、接ぎ木植物の台に接着癒合させる植物個体の組織を意味する。一般的に、前記穂木は、地上部（例えば、茎、葉等）を有する。

【0031】

以下、本発明について例をあげて説明するが、本発明は以下の例等に限定されるものではなく、任意に変更して実施できる。また、本発明における各説明は、特に言及がない限り、互いに援用可能である。なお、本明細書において、「～」という表現を用いた場合、その前後の数値または物理値を含む意味で用いる。また、本明細書において、「Ａおよび／またはＢ」という表現には、「Ａのみ」、「Ｂのみ」、「ＡおよびＢの双方」が含まれる。

【0032】

＜カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカー＞
ある態様において、本発明は、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病抵抗性の指標として使用可能なマーカーを提供する。本発明のマーカーは、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーであって、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むこと、すなわち、第１１染色体上のホモプシス根腐病遺伝子座を指標とすることを特徴とする。本発明のマーカーによれば、ホモプシス根腐病抵抗性の有無を検出できる。

【0033】

前記カボチャ植物は、例えば、ニホンカボチャ植物、セイヨウカボチャ植物、ペポカボチャ植物等があげられる。前記カボチャ植物は、各植物種の純型のカボチャ植物でもよいし、対象のカボチャ植物と、前記対象のカボチャ植物の近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、前記カボチャ属植物における各植物種があげられる。

【0034】

前記ニホンカボチャ植物は、近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、ペポカボチャ植物（Cucurbita pepo）、セイヨウカボチャ植物（Cucurbita maxima）等があげられる。前記近縁種は、例えば、クロダネカボチャ植物（Cucurbita ficifolia）を含まない。

【0035】

前記セイヨウカボチャ植物は、近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、ペポカボチャ植物（Cucurbita pepo）、ニホンカボチャ植物（Cucurbita moschata）等があげられる。前記近縁種は、例えば、クロダネカボチャ植物（Cucurbita ficifolia）を含まない。

【0036】

前記ペポカボチャ植物は、近縁種との交雑種でもよい。前記近縁種は、例えば、ニホンカボチャ植物（Cucurbita moschata）、セイヨウカボチャ植物（Cucurbita maxima）等があげられる。前記近縁種は、例えば、クロダネカボチャ植物（Cucurbita ficifolia）を含まない。

【0037】

前記カボチャ植物は、第１～第２０染色体を有する。前記カボチャ植物における各染色体は、リファレンスのゲノムの塩基配列情報を用いて決定できる。

【0038】

前記ニホンカボチャ植物は、第１～第２０染色体を有する。前記ニホンカボチャ植物における各染色体は、例えば、Cucurbita moschata (品種名：Rifu)のゲノムの塩基配列情報に基づき、対象のカボチャ植物のゲノムの塩基配列情報と、Rifuのゲノムの塩基配列情報とを比較することにより、決定できる。前記比較は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。Rifuのゲノムの塩基配列情報は、例えば、ウリ科ゲノムデータベース（Cucurbit Genomics Database）のwebサイト（http://www.icugi.org/、http://cucurbitgenomics.org/、http://cucurbitgenomics.org/organism/9）から入手可能である。

【0039】

前記セイヨウカボチャ植物は、第１～２０染色体を有する。前記セイヨウカボチャ植物における各染色体は、例えば、Cucurbita maxima (品種名：Rimu)のゲノムの塩基配列情報に基づき、対象のセイヨウカボチャ植物のゲノムの塩基配列情報と、Rimuのゲノムの塩基配列情報とを比較することにより、決定できる。前記比較は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。Rimuのゲノムの塩基配列情報は、例えば、ウリ科ゲノムデータベース（Cucurbit Genomics Database）のwebサイト（http://www.icugi.org/、http://cucurbitgenomics.org/、http://cucurbitgenomics.org/organism/8）から入手可能である。

【0040】

前記ペポカボチャ植物は、第１～２０染色体を有する。前記ペポカボチャ植物における各染色体は、例えば、Cucurbita pepo (品種名：Zucchini)のゲノムの塩基配列情報に基づき、対象のセイヨウカボチャ植物のゲノムの塩基配列情報と、Zucchiniのゲノムの塩基配列情報とを比較することにより、決定できる。前記比較は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータで実施できる。Zucchiniのゲノムの塩基配列情報は、例えば、ウリ科ゲノムデータベース（Cucurbit Genomics Database）のwebサイト（http://www.icugi.org/、http://cucurbitgenomics.org/、http://cucurbitgenomics.org/organism/14）から入手可能である。

【0041】

本発明のマーカーは、前記第１１染色体上の抵抗性遺伝子座を指標とする。しかしながら、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物は、例えば、第１１染色体に代えて、第１１染色体以外のどの染色体上に、前記第１１染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。つまり、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物は、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１２染色体、第１３染色体、第１４染色体、第１５染色体、第１６染色体、第１７染色体、第１８染色体、第１９染色体、および第２０染色体のいずれかの染色体上に、前記第１１染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。

【0042】

前記抵抗性遺伝子座は、優性の遺伝子座である。このため、本発明のマーカーは、例えば、前記第１１染色体上の抵抗性遺伝子座をヘテロ接合型で含んでもよいし、ホモ接合型で含んでもよい。後者の場合、前記抵抗性カボチャ植物は、少なくとも一方の抵抗性マーカーを第１１染色体以外の染色体上に含んでもよく、例えば、１つの抵抗性遺伝子座を第１１染色体以外の染色体上に含んでもよいし、２つの抵抗性遺伝子座を第１１染色体以外の染色体上に含んでもよい。２つの抵抗性遺伝子座を第１１染色体以外の染色体上に含む場合、前記抵抗性カボチャ植物は、例えば、前記２つの抵抗性遺伝子座を同じ染色体上に含んでもよいし、異なる染色体上に含んでもよい。

【0043】

前記抵抗性遺伝子座は、染色体上の座、すなわち、位置を示す分子マーカーを利用して規定できる、すなわち、目的とする遺伝子座と連鎖する分子マーカーを用いて特定できる。前記分子マーカーを用いてＱＴＬ等の遺伝子座を規定する技術は、本願技術分野において周知の技術を利用できる。

【0044】

前記抵抗性遺伝子座の規定に使用する分子マーカーは、特に制限されない。前記分子マーカーは、例えば、ＳＮＰマーカー、ＡＦＬＰ（分子増幅断片長多型、amplified fragment length polymorphism）マーカー、ＲＦＬＰ（restriction fragment length polymorphism）マーカー、マイクロサテライトマーカー、ＳＣＡＲ（sequence-characterized amplified region）マーカー、またはＣＡＰＳ（cleaved amplified polymorphic sequence）マーカー等があげられる。本発明において、前記分子マーカーは、１種類を用いてもよいし、２種類以上を併用してもよい。前記分子マーカーとしてＳＮＰマーカーを用いる場合、前記ＳＮＰマーカーは、例えば、１個のＳＮＰを前記ＳＮＰマーカーとしてもよいし、２個以上のＳＮＰの組合せを前記ＳＮＰマーカー、すなわち、ＳＮＰマーカーセットとしてもよい。

【0045】

前記抵抗性遺伝子座は、後述するＳＮＰマーカーと連鎖している。このため、本発明は、例えば、前記ＳＮＰマーカーを用いることにより、前記抵抗性遺伝子座を規定できる。具体例として、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、（１）前記ＳＮＰマーカーによって規定（以下、「特定」ともいう）されてもよいし、（２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよいし、（３）２つの前記ＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって規定されてもよいし、これらの組合せにより規定されてもよい。前記組合せによって規定する場合、前記組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
前記（１）および前記（２）の組合せ；
前記（１）および前記（３）の組合せ；
前記（２）および前記（３）の組合せ；
前記（１）、前記（２）および前記（３）の組合せ。

【0046】

（１）ＳＮＰマーカーによる特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記（１）に示すように、例えば、前記ＳＮＰマーカーによって規定されてもよい。前記ＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４等があげられる。なお、これらのＳＮＰ解析は、例えば、下記参考文献１を参照できる。また、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４は、本発明者らが新たに同定したＳＮＰマーカーであり、当該技術分野における当業者であれば、後述するこれらのＳＮＰマーカーを含む塩基配列に基づき、前記ＳＮＰマーカーの座乗位置を特定できる。
参考文献１：Guoyu Zhang et.al. （2012） “A high-density genetic map for anchoring genome sequences and identifying QTLs associated with dwarf vine in pumpkin (Cucurbita maxima Duch.)”, 2005, BMC Genomics, 16:1101

【0047】

後述の図１に示すように、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する２つの抵抗性遺伝子の座乗領域を含む、すなわち、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座（以下、「第１の抵抗性遺伝子座」ともいう）と、第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座（以下、「第２の抵抗性遺伝子座」ともいう）とを含む。前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座は、例えば、それぞれが、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与し、両抵抗性遺伝子座を組合せることにより、ホモプシス根腐病抵抗性をより向上できる。前記第１の抵抗性遺伝子座は、例えば、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、および／またはＳＳＰ＿８９５６６７（以下、「第１のＳＮＰマーカーセット」ともいう）により規定できる。また、前記第２の抵抗性遺伝子座は、例えば、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、および／またはＳＳＰ＿１２５６１５０（以下、「第２のＳＮＰマーカーセット」ともいう）により規定できる。

【0048】

前記ＳＳＰ＿５５０６７４（以下、「ＳＮＰ（ａ）」ともいう）は、配列番号１の塩基配列におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１の８番目の塩基）が、Ｃである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ａ）が、Ｃの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｃ以外の塩基の場合（例えば、Ｔの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ａ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１：5'-CAGTCAT[C]TTCGGC-3'

【0049】

前記ＳＳＰ＿６０３１７４（以下、「ＳＮＰ（ｂ）」ともいう）は、下記配列番号２の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号２の８番目の塩基）が、Ｃである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｂ）が、Ｃの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｃ以外の塩基の場合（例えば、Ｔの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号２の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｂ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号２：5'-TCAAAAG[C]TTAACTTTC-3'

【0050】

前記ＳＳＰ＿７４７９７４（以下、「ＳＮＰ（ｃ）」ともいう）は、下記配列番号３の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号３の６番目の塩基）が、Ｇである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｃ）が、Ｇの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｇ以外の塩基の場合（例えば、Ａの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号３の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｃ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号３：5'-ATTTC[G]TCGAACAGATAGCG-3'

【0051】

前記ＳＳＰ＿８２０８２９（以下、「ＳＮＰ（ｄ）」ともいう）は、下記配列番号４の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号４の８番目の塩基）が、Ａである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｄ）が、Ａの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ａ以外の塩基の場合（例えば、Ｔの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号４の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｄ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号４：5'-GAATTTC[A]TCGTCTG-3'

【0052】

前記ＳＳＰ＿９７４７８２（以下、「ＳＮＰ（ｅ）」ともいう）は、下記配列番号５の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号５の９番目の塩基）が、Ａである多型を示す。すなわち、例えば、前記ＳＮＰ（ｅ）が、Ａの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ａ以外の塩基の場合（例えば、Ｇの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号５の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｅ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号５：5'-GGAATCTG[A]GAACCC-3'

【0053】

前記ＳＳＰ＿１１７２１８０（以下、「ＳＮＰ（ｆ）」ともいう）は、下記配列番号６の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号６の８番目の塩基）が、Ｔである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｆ）が、Ｔの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基の場合（例えば、Ａの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号６の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｆ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号６：5'-AGTCCAT[T]CAGCTGAGTAAG-3'

【0054】

前記ＳＳＰ＿１３６３５０２（以下、「ＳＮＰ（ｇ）」ともいう）は、下記配列番号７の塩基配列における、かっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号７の９番目の塩基）が、Ｔである多型を示す。つまり、例えば、前記ＳＮＰ（ｇ）が、Ｔの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｔ以外の塩基の場合（例えば、Ｃの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号７の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｇ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号７：5'-GCTTCTCC[T]AAGGCG-3'

【0055】

前記ＳＳＰ＿１９７３０１４（以下、「ＳＮＰ（ｈ）」ともいう）は、例えば、配列番号８におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号８の８番目の塩基）が、Ａである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｈ）が、Ａの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ａ以外の塩基の場合（例えば、Ｔの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号８の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｈ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号８：5'-TTCAACC[A]ATTTGTGG-3'

【0056】

前記ＳＳＰ＿８９５６６７（以下、「ＳＮＰ（ｐ）」ともいう）は、例えば、配列番号１６におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１６の９番目の塩基）が、Ｇである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｐ）が、Ｇの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｇ以外の塩基の場合（例えば、Ａの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１６の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｐ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１６：5'-ATACAACC[G]CAACAGTA-3'

【0057】

前記ＳＳＰ＿９４８６９３（以下、「ＳＮＰ（ｑ）」ともいう）は、例えば、配列番号１７におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１７の１１番目の塩基）が、Ｇである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｑ）が、Ｇの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｇ以外の塩基の場合（例えば、Ａの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１７の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｑ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１７：5'-CAGAATGAAC[G]GATTGTTATC-3'

【0058】

前記ＳＳＰ＿１０２５２３６（以下、「ＳＮＰ（ｒ）」ともいう）は、例えば、配列番号１８におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１８の１５番目の塩基）が、Ｃである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｒ）が、Ｃの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｃ以外の塩基の場合（例えば、Ｇの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１８の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｒ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１８：5'-GGTTTGCTCAACTT[C]AGAA-3'

【0059】

前記ＳＳＰ＿１２１３２９９（以下、「ＳＮＰ（ｓ）」ともいう）は、例えば、配列番号１９におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号１９の１６番目の塩基）が、Ｃである多型を示す。すなわち、前記ＳＮＰ（ｓ）が、Ｃの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ｃ以外の塩基の場合（例えば、Ｔの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号１９の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｓ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１９：5'-TCTCCACCTGTCCTC[C]TTTT-3'

【0060】

前記ＳＳＰ＿１２５６１５０（以下、「ＴＮＰ（ｔ）」ともいう）は、例えば、配列番号２０におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（配列番号２０の１４番目の塩基）が、Ａである多型を示す。すなわち、前記ＴＮＰ（ｔ）が、Ａの場合、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性であり、Ａ以外の塩基の場合（例えば、Ｇの場合）、カボチャ植物は、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。また、前記配列番号２０の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＴＮＰ（ｔ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号２０：5'-CACATTCCTTATAG[A]AATTCAAAAC-3'

【0061】

前記染色体における前記ＳＮＰマーカーの座乗位置は、特に制限されない。前記ＳＮＰマーカーは、図１に示すように、例えば、カボチャ植物の第１１染色体上において、上流側（ＳＳＰ＿２４０８０９８側）から下流側（ＳＳＰ＿９７３０１側）にかけて、ＳＳＰ＿２２８３８６０、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、およびＳＳＰ＿３９９３７４が、この順序で座乗している。なお、図１において、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８は、カボチャ植物の第１１染色体におけるＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４の座乗位置を示すのに使用しているが、いずれか一つまたは両者をＳＮＰマーカーとして使用してもよい。この場合、後述する、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８の説明において、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物の多型である場合、カボチャ植物は、例えば、ホモプシス根腐病抵抗性であり、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物の多型以外の塩基の場合、カボチャ植物は、例えば、ホモプシス根腐病罹病性であることを示す。ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８のいずれか１つ以上をＳＮＰマーカーとして使用する場合、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群からなる群から選択された少なくとも一つと組合せて用いてもよい。

【0062】

前記抵抗性遺伝子座が有する前記ＳＮＰマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記ＳＮＰマーカーのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、または１３個全てであってもよい。なお、これら１３種類の多型（ＳＮＰマーカー）とホモプシス根腐病抵抗性との関連性は、これまでに報告されておらず、本発明者らにより初めて見出された、ホモプシス根腐病抵抗性に関与する新規の多型である。

【0063】

前記ＳＮＰマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｆ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｆ）およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｇ）およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）の組合せ；
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｇ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ。

【0064】

前記第１の抵抗性遺伝子座が有する前記ＳＮＰマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記第１のＳＮＰマーカーセットのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、または５個全てであってもよい。

【0065】

前記ＳＮＰマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｂ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｄ）およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｃ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ；
ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）の組合せ。

【0066】

前記第２の抵抗性遺伝子座が有する前記ＳＮＰマーカーの個数は、特に制限されず、例えば、前記第２のＳＮＰマーカーセットのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、５個、または６個全てであってもよい。

【0067】

前記ＳＮＰマーカーの組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
ＳＮＰ（ｑ）およびＳＮＰ（ｅ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）およびＳＮＰ（ｒ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｒ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｒ）およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｒ）およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｒ）およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｆ）およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｆ）およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｓ）およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｒ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｆ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ；
ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）の組合せ。

【0068】

（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前記（２）に示すように、例えば、前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列によって規定されてもよい。前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記塩基配列からなるものでもよいし、前記塩基配列を含むものでもよい。

【0069】

前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列は、特に制限されず、例えば、後述する（ａ）、（ｂ）（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチド等があげられる。前記（ａ）、（ｂ）（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｐ）、ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）のＳＮＰマーカーを含む塩基配列に相当する。

【0070】

前記図１に示すように、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する２つの抵抗性遺伝子の座乗領域を含む、すなわち、第１の抵抗性遺伝子座と、第２の抵抗性遺伝子座とを含む。前記第１の抵抗性遺伝子座および前記第２の抵抗性遺伝子座は、例えば、それぞれが、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与し、両抵抗性遺伝子座を組合せることにより、ホモプシス根腐病抵抗性をより向上できる。前記第１の抵抗性遺伝子座は、例えば、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および／または、（ｐ）のポリヌクレオチド（以下、「第１のヌクレオチドマーカーセット」ともいう）により規定できる。また、前記第２の抵抗性遺伝子座は、例えば、（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および／または、（ｔ）のポリヌクレオチド（以下、「第２のヌクレオチドマーカーセット」ともいう）により規定できる。

【0071】

前記（ａ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ａ）、すなわち、ＳＳＰ＿５５０６７４を含む塩基配列であり、例えば、下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチドである。前記（ａ２）および（ａ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ａ２）または（ａ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0072】

前記（ａ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｃ）が、前記ＳＮＰ（ａ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ａ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0073】

前記（ａ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１８個、１～１２個、１～８個、１～４個、１～３個、１個または２個である。本発明において、塩基数等の個数の数値範囲は、例えば、その範囲に属する正の整数を全て開示するものである。つまり、例えば、「１～５個」との記載は、「１、２、３、４、５個」の全ての開示を意味する（以下、同様）。

【0074】

前記（ａ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。前記同一性は、２つの塩基配列をアライメントすることによって求めることができる（以下、同様）。具体的には、前記同一性は、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＦＡＳＴＡ等の解析ソフトウェアを用いて、デフォルトのパラメータにより算出できる（以下、同様）。

【0075】

前記（ｂ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｂ）、すなわち、ＳＳＰ＿６０３１７４を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｂ２）および（ｂ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｂ２）または（ｂ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。
（ｂ） 下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0076】

前記（ｂ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号２におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｃ）が、前記ＳＮＰ（ｂ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｂ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0077】

前記（ｂ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１８個、１～１２個、１～８個、１～４個、１～３個、１個または２個である。

【0078】

前記（ｂ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0079】

前記（ｃ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｃ）、すなわち、ＳＳＰ＿７４７９７４を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｃ２）および（ｃ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｃ２）または（ｃ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0080】

（ｃ） 下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0081】

前記（ｃ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号３におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｇ）が、前記ＳＮＰ（ｃ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｃ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0082】

前記（ｃ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１７個、１～１３個、１～８個、１～４個、１～３個、１個または２個である。

【0083】

前記（ｃ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0084】

前記（ｄ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｄ）、すなわち、ＳＳＰ＿８２０８２９を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｄ２）および（ｄ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｄ２）または（ｄ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0085】

（ｄ） 下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0086】

前記（ｄ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号４におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ａ）が、前記ＳＮＰ（ｄ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｄ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0087】

前記（ｄ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～３個、１個または２個である。

【0088】

前記（ｄ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0089】

前記（ｅ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｅ）、すなわち、ＳＳＰ＿９７４７８２を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｅ２）および（ｅ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｅ２）または（ｅ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0090】

（ｅ） 下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0091】

前記（ｅ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号５におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ａ）が、前記ＳＮＰ（ｅ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｅ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0092】

前記（ｅ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～３個、１個または２個である。

【0093】

前記（ｅ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0094】

前記（ｆ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｆ）、すなわち、ＳＳＰ＿１１７２１８０を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｆ２）および（ｆ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｆ２）または（ｆ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0095】

（ｆ） 下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0096】

前記（ｆ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号６におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｔ）が、前記ＳＮＰ（ｆ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｆ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0097】

前記（ｆ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～３個、１個または２個である。

【0098】

前記（ｆ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0099】

前記（ｇ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｇ）、すなわち、ＳＳＰ＿１３６３５０２を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｇ２）および（ｇ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｇ２）または（ｇ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0100】

（ｇ） 下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0101】

前記（ｇ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号７におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｔ）が、前記ＳＮＰ（ｇ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｇ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0102】

前記（ｇ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～３個、１個または２個である。

【0103】

前記（ｇ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0104】

前記（ｈ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｈ）、すなわち、ＳＳＰ＿１９７３０１４を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｈ２）および（ｈ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｈ２）または（ｈ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0105】

（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0106】

前記（ｈ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号８におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ａ）が、前記ＳＮＰ（ｈ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｈ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0107】

前記（ｈ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～３個、１個または２個である。

【0108】

前記（ｈ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0109】

前記（ｐ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｐ）、すなわち、ＳＳＰ＿８９５６６７を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｐ２）および（ｐ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｐ２）または（ｐ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0110】

（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0111】

前記（ｐ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１６におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｇ）が、前記ＳＮＰ（ｐ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｐ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0112】

前記（ｐ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～３個、１個または２個である。

【0113】

前記（ｐ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0114】

前記（ｑ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｑ）、すなわち、ＳＳＰ＿９４８６９３を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｑ２）および（ｑ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｑ２）または（ｑ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0115】

（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0116】

前記（ｑ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１７におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｇ）が、前記ＳＮＰ（ｑ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｑ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＱＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0117】

前記（ｑ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～４個、１～３個、１個または２個である。

【0118】

前記（ｑ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0119】

前記（ｒ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｒ）、すなわち、ＳＳＰ＿１０２５２３６を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｒ２）および（ｒ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｒ２）または（ｒ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0120】

（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0121】

前記（ｒ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１８におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｃ）が、前記ＳＮＰ（ｒ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｒ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＱＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0122】

前記（ｒ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～４個、１～３個、１個または２個である。

【0123】

前記（ｒ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0124】

前記（ｓ）のポリヌクレオチドは、前記ＳＮＰ（ｓ）、すなわち、ＳＳＰ＿１２１３２９９を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｓ２）および（ｓ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｓ２）または（ｓ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0125】

（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0126】

前記（ｓ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号１９におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ｃ）が、前記ＳＮＰ（ｓ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｓ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＱＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0127】

前記（ｓ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～４個、１～３個、１個または２個である。

【0128】

前記（ｓ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0129】

前記（ｔ）のポリヌクレオチドは、前記ＴＮＰ（ｔ）、すなわち、ＳＳＰ＿１２５６１５０を含む塩基配列であり、例えば、下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチドである。前記（ｔ２）および（ｔ３）のポリヌクレオチドは、それぞれ、前記抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチドである。前記同等の機能は、例えば、前記（ｔ２）または（ｔ３）のポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことを意味する。

【0130】

（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチド

【0131】

前記（ｔ１）のポリヌクレオチドにおいて、配列番号２０におけるかっこで囲んだ下線部の塩基（Ａ）が、前記ＳＮＰ（ｔ）の多型に対応する塩基である。また、前記（ｔ１）のポリヌクレオチドは、例えば、後述する受託番号ＦＥＱＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。

【0132】

前記（ｔ２）のポリヌクレオチドにおいて、前記１もしくは数個は、例えば、１～１３個、１～６個、１～４個、１～３個、１個または２個である。

【0133】

前記（ｔ３）のポリヌクレオチドにおいて、前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。

【0134】

前記抵抗性遺伝子座が有する、前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数、すなわち、前記抵抗性遺伝子座と連鎖するＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記（ａ）、（ｂ）（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、または１３個全てであってもよい。

【0135】

前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
（ａ）および（ｂ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｆ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｆ）および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｇ）および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、および（ｈ）のポリヌクレオチドの組合せ；
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
（ｂ）および（ｇ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ。

【0136】

前記第１の抵抗性遺伝子座が有する前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数、すなわち、前記第１の抵抗性遺伝子座と連鎖するＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記第１のヌクレオチドマーカーセットのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、または５個全てであってもよい。

【0137】

前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
（ａ）および（ｂ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｄ）および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｃ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｄ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドの組合せ。

【0138】

前記第２の抵抗性遺伝子座が有する前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数、すなわち、前記第２の抵抗性遺伝子座と連鎖するＳＮＰマーカーを含む塩基配列の個数は、特に制限されず、例えば、前記第２のヌクレオチドマーカーセットのうち、いずれか１個、または２個以上、すなわち、２個、３個、４個、５個、または６個全てであってもよい。

【0139】

前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列の組合せは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
（ｑ）および（ｅ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）および（ｒ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）および（ｒ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｒ）および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｒ）および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｒ）および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｆ）および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｆ）および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｓ）および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、および（ｒ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｒ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｒ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｒ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｆ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｆ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｒ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｒ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｒ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｆ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｆ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｒ）、（ｆ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｒ）、（ｆ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、および（ｆ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｆ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｒ）、（ｆ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｒ）、（ｆ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、および（ｓ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ；
（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドの組合せ。

【0140】

前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列としては、例えば、ＳＳＰ＿９７３０１を含む塩基配列（配列番号９の塩基配列からなるポリヌクレオチド）、ＳＳＰ＿３９９３７４を含む塩基配列（配列番号１０の塩基配列からなるポリヌクレオチド）、ＳＳＰ＿４９４５７３を含む塩基配列（配列番号１１の塩基配列からなるポリヌクレオチド）、ＳＳＰ＿２１５１７１１を含む塩基配列（配列番号１２の塩基配列からなるポリヌクレオチド）、ＳＳＰ＿２２００１１９を含む塩基配列（配列番号１３の塩基配列からなるポリヌクレオチド）、ＳＳＰ＿２２８３８６０を含む塩基配列（配列番号１４の塩基配列からなるポリヌクレオチド）、および／またはＳＳＰ＿２４０８０９８を含む塩基配列（配列番号１５の塩基配列からなるポリヌクレオチド）、を用いてもよい。この場合、各ポリヌクレオチドは、例えば、各ポリヌクレオチドの多型または下線で示す塩基が保存され、前記各ポリヌクレオチドの塩基配列において、１もしくは数個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなるポリヌクレオチド、または、前記各ポリヌクレオチドの多型または下線で示す塩基が保存され、前記各ポリヌクレオチドの塩基配列に対して８０％以上の同一性を有する塩基配列からなるポリヌクレオチドであってもよい。前記１もしくは数個および同一性は、例えば、前記（ａ２）および（ａ３）の説明を援用できる。前記各ポリヌクレオチドは、例えば、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つと組合せて用いてもよい。

【0141】

（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域による特定
前記抵抗性遺伝子座は、前述のように、ＳＮＰマーカーと連鎖する。このため、前記抵抗性遺伝子座は、前記（３）に示すように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列、または前記２つのＳＮＰマーカーにより規定される領域（座乗位置またはマッピング領域ともいう）によって規定されてもよい。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、特に制限されず、例えば、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列等があげられる。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物（以下、「寄託系統」ともいう）における対応する２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を参照できる。前記寄託系統の塩基配列を参照する場合、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記寄託系統の塩基配列と完全または部分的に一致する。後者の場合、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列で特定される抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物が、ホモプシス根腐病抵抗性を示せばよい。前記部分的な一致は、例えば、前記寄託系統の塩基配列に対する同一性により規定できる。前記同一性は、例えば、８０％以上、８５％以上、８９％以上、９０％以上、９５％以上、９６％以上、９７％以上、９８％以上、９９％以上である。前記抵抗性遺伝子座が前記（３）で特定される場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗しているということもできる。前記抵抗性遺伝子座を座乗している領域により特定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記ＳＮＰマーカーまたは前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列と組合わせて特定してもよい。以下の説明において、「領域の塩基配列を含む」は、「領域に座乗している」ということもできる。

【0142】

前記ＳＳＰ＿９７３０１（以下、「ＳＮＰ（ｉ）」ともいう）は、例えば、配列番号９におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記ＳＮＰ（ｉ）は、Ｇである多型を示すが、前記ＳＮＰ（ｉ）は、例えば、Ｇ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＣでもよい。また、前記配列番号９の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｉ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号９：5'-CCGCCAT[G]TGACCCAA-3'

【0143】

前記ＳＳＰ＿３９９３７４（以下、「ＳＮＰ（ｊ）」ともいう）は、例えば、配列番号１０におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記ＳＮＰ（ｊ）は、Ｔである多型を示すが、前記ＳＮＰ（ｊ）は、例えば、Ｔ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｇ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１０の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｊ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１０：5'-ACACTTC[T]ACGAGCAT-3'

【0144】

前記ＳＳＰ＿４９４５７３（以下、「ＳＮＰ（ｋ）」ともいう）は、例えば、配列番号１１におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記ＳＮＰ（ｋ）は、Ｇである多型を示すが、前記ＳＮＰ（ｋ）は、例えば、Ｇ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１１の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｋ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１１：5'-CAGGGAT[G]TAGGTA-3'

【0145】

前記ＳＳＰ＿２１５１７１１（以下、「ＳＮＰ（ｌ）」ともいう）は、例えば、配列番号１２におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記ＳＮＰ（ｌ）は、Ｃである多型を示すが、前記ＳＮＰ（ｌ）は、例えば、Ｃ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＧでもよい。また、前記配列番号１２の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｌ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１２：5'-ATTTAT[C]GGTGGAGGC-3'

【0146】

前記ＳＳＰ＿２２００１１９（以下、「ＳＮＰ（ｍ）」ともいう）は、例えば、配列番号１３におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記ＳＮＰ（ｍ）は、Ｔである多型を示すが、前記ＳＮＰ（ｍ）は、例えば、Ｔ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｇ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１３の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｍ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１３：5'-GACATTCACCAT[T]AACTC-3'

【0147】

前記ＳＳＰ＿２２８３８６０（以下、「ＳＮＰ（ｎ）」ともいう）は、例えば、配列番号１４におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記ＳＮＰ（ｎ）は、Ｇである多型を示すが、前記ＳＮＰ（ｎ）は、例えば、Ｇ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｔ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１４の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｎ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１４：5'-AACGCCGTC[G]TTTCTGG-3'

【0148】

前記ＳＳＰ＿２４０８０９８（以下、「ＳＮＰ（ｏ）」ともいう）は、例えば、配列番号１５におけるかっこで囲んだ下線部の塩基の多型を示す。後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物において、前記ＳＮＰ（ｏ）は、Ｔである多型を示すが、前記ＳＮＰ（ｏ）は、例えば、Ｔ以外の塩基、すなわち、Ａ、Ｇ、またはＣでもよい。また、前記配列番号１５の塩基配列は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物から得ることができる。前記ＳＮＰ（ｏ）は、例えば、前述のwebサイト等のデータベース上の公知の情報からも特定できる。
配列番号１５：5'-CGGTGT[T]CGCGAAG-3'

【0149】

前記領域は、前述のように、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位によって、上流側端部と下流側端部とを特定できる。前記領域は、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間であればよく、例えば、前記２つのＳＮＰマーカーの部位の両方または一方を含んでもよいし、含まなくてもよい。また、前記領域が、前記ＳＮＰマーカーの部位を含む場合、前記領域の前記上流側端部と前記下流側端部とは、前記ＳＮＰマーカーの部位となるが、前記上流側端部と前記下流側端部との塩基は、例えば、前述した塩基配列における下線部の塩基でもよいし、それ以外の塩基でもよい。

【0150】

前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
（１）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（２）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（３）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｍ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（４）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（５）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（６）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｍ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（７）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｎ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（８）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（９）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）またはＳＮＰ（ｉ）である；
（１０）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｊ）である；
（１１）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｋ）である；
（１２）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｊ）である；
（１３）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｈ）、またはＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（１４）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）である；
（１５）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ａ）である；
（１６）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｋ）である；
（１７）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｈ）、またはＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）である；
（１８）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｈ）、またはＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｋ）である；
（１９）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｈ）、またはＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ａ）である；
（２０）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（２１）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（２２）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
前記（２）～（１２）の組合せ；
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がさらに高いことから、より好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）である；
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｌ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｋ）である；
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｈ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ａ）である。

【0151】

前記抵抗性遺伝子座が前記第１の抵抗性遺伝子座である場合、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
（２３）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｐ）、またはＳＮＰ（ｑ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である；
（２４）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｄ）、またはＳＮＰ（ｐ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）である。
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｑ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｋ）である；
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｐ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ａ）である；
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｄ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｂ）である。

【0152】

前記抵抗性遺伝子座が前記第２の抵抗性遺伝子座である場合、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、以下の組合せが例示できる。
（２５）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｓ）、ＳＮＰ（ｔ）、ＳＮＰ（ｇ）、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｑ）、またはＳＮＰ（ｐ）である；
（２６）上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｓ）、ＳＮＰ（ｔ）、またはＳＮＰ（ｇ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｑ）、またはＳＮＰ（ｐ）である。
前記組合せのうち、ホモプシス根腐病抵抗性との相関性がより高いことから、好ましくは、例えば、以下の組合せである。
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｇ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｐ）である；
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｔ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｑ）である；
上流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｓ）であり、下流側端部のＳＮＰが、ＳＮＰ（ｅ）である。

【0153】

前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列によって、前記抵抗性遺伝子座を規定する場合、前記抵抗性遺伝子座は、さらに、前記領域の塩基配列において、前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーを有することが好ましい。具体的には、前記抵抗性遺伝子座は、前記領域の塩基配列において、例えば、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを有することが好ましい。

【0154】

前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーは、例えば、前記染色体上において、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーの部位のうち一方または両方の部位でもよいし、前記領域を規定する前記２つのＳＮＰマーカーの部位間に座乗するＳＮＰマーカーでもよい。前者を、前記領域の末端のＳＮＰマーカーともいい、後者を、前記領域の内部のＳＮＰマーカーともいう。前記領域に座乗する前記ＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域の末端のＳＮＰマーカーおよび前記領域の内部のＳＮＰマーカーの両方であってもよい。

【0155】

前記領域の内部のＳＮＰマーカーは、例えば、前記領域を規定する上流側の前記ＳＮＰマーカーの部位と下流側の前記ＳＮＰマーカーの部位との間に座乗しているＳＮＰマーカーがあげられ、例えば、図１に示す前記ＳＮＰマーカーの座乗位置に基づき、適宜決定できる。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間における前記ＳＮＰマーカーの個数は、例えば、１個以上であればよく、具体例としては、前記領域を規定するＳＮＰマーカーの部位間に座乗する全てのＳＮＰマーカーである。

【0156】

前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記ＳＮＰマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件（ｉ）、（ii）、（iii）、または（iv）があげられる。
条件（ｉ）：
前記染色体における、ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｇ）の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する；
条件（ii）：
前記染色体における、ＳＮＰ（ｋ）およびＳＮＰ（ｌ）の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、より好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する；
条件（iii）：
前記染色体における、ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｈ）の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、より好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する；
条件（iv）
前記染色体における、ＳＮＰ（ｈ）、ＳＮＰ（ｌ）、ＳＮＰ（ｍ）、ＳＮＰ（ｎ）、またはＳＮＰ（ｏ）と、ＳＮＰ（ｉ）、ＳＮＰ（ｊ）、ＳＮＰ（ｋ）、またはＳＮＰ（ａ）との部位間、好ましくは、前記（２）～（１２）の組合せのＳＮＰ部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ａ）ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｇ）、およびＳＮＰ（ｈ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｇ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、より好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する。

【0157】

前記抵抗性遺伝子座が前記第１の抵抗遺伝子座である場合、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記ＳＮＰマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件（ｖ）または（vi）があげられる。
条件（ｖ）
前記染色体における、ＳＮＰ（ａ）およびＳＮＰ（ｐ）の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ａ）、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ（ｄ）、およびＳＮＰ（ｐ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、好ましくは、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、およびＳＮＰ（ｄ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する。
条件（vi）
前記染色体における、ＳＮＰ（ｂ）およびＳＮＰ（ｄ）の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ｂ）、ＳＮＰ（ｃ）、ＳＮＰ、および（ｄ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する。

【0158】

前記抵抗性遺伝子座が前記第２の抵抗遺伝子座である場合、前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列と前記領域の塩基配列における前記ＳＮＰマーカーとの組合せは、特に制限されず、例えば、下記条件（vii）または（viii）があげられる。
条件（vii）
前記染色体における、ＳＮＰ（ｑ）およびＳＮＰ（ｔ）の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ｑ）、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、ＳＮＰ（ｓ）、およびＳＮＰ（ｔ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有し、好ましくは、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する。
条件（viii）
前記染色体における、ＳＮＰ（ｅ）およびＳＮＰ（ｓ）の部位間の領域の塩基配列を含み、且つ、
前記領域の塩基配列において、ＳＮＰ（ｅ）、ＳＮＰ（ｒ）、ＳＮＰ（ｆ）、およびＳＮＰ（ｓ）からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有する。

【0159】

前記抵抗性遺伝子座は、例えば、後述する受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物の第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座である。

【0160】

本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーによれば、例えば、カボチャ植物に対して、ホモプシス根腐病抵抗性を付与することができる。本発明において、カボチャ植物の前記ホモプシス根腐病抵抗性の程度は、後述する実施例１の方法に準じて、カボチャ植物の発病指数を評価し、前記発病指数から算出する発病度により表わすことができる。この方法による前記発病度の算出は、後述する実施例１の説明を援用でき、例えば、発病度２未満を耐病性、発病度２以上を罹病性と設定できる。前記発病度により前記ホモプシス根腐病抵抗性を判断する場合、前記発病度は、複数のカボチャ植物の平均の発病度である。前記ホモプシス根腐病抵抗性の判断に使用するカボチャ植物の数は、例えば、ホモプシス根腐病罹病性カボチャ植物との統計学的な検定が可能な数であり、具体例として、４０～５０株である。

【0161】

前記ホモプシス根腐病抵抗性は、前記発病度に基づき、３段階以上で評価してもよい。具体例として、前記ホモプシス根腐病抵抗性は、例えば、高度な耐病性、中程度の耐病性、および罹病性の３段階の抵抗性で評価してもよい。この場合、カボチャ植物の前記ホモプシス根腐病抵抗性の程度は、後述の実施例１の方法に準じて、カボチャ植物の発病指数を評価し、前記発病指数から算出する発病度により表わすことができる。この方法による前記発病度の算出は、後述する実施例１の説明を援用でき、例えば、発病度２以下を高度な耐病性、発病度２を超え、３以下を中程度の耐病性、発病度３を超えると罹病性と設定できる。前記発病度により前記ホモプシス根腐病抵抗性を判断する場合、前記発病度は、複数のカボチャ植物の平均の発病度である。前記ホモプシス根腐病抵抗性の判断に使用するカボチャ植物の数は、例えば、ホモプシス根腐病罹病性カボチャ植物との統計学的な検定が可能な数であり、具体例として、４０～５０株である。

【0162】

＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物＞
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物を提供する。本発明のカボチャ植物は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。本発明のカボチャ植物は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことから、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すことができる。本発明のカボチャ植物の説明において、前記第１１染色体上の前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーと読み替え可能である。

【0163】

本発明のカボチャ植物において、前記ホモプシス根腐病抵抗性は、前述のように、前記第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座によってもたらされる。本発明のカボチャ植物は、前記抵抗性遺伝子座を第１１染色体上に有するが、例えば、第１１染色体に代えて、第１１染色体以外のどの染色体上に、前記第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有してもよい。すなわち、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物は、第１染色体、第２染色体、第３染色体、第４染色体、第５染色体、第６染色体、第７染色体、第８染色体、第９染色体、第１０染色体、第１２染色体、第１３染色体、第１４染色体、第１５染色体、第１６染色体、第１７染色体、第１８染色体、第１９染色体、および第２０染色体のいずれかの染色体上に、前記第１１染色体上の前記抵抗性遺伝子座を有してもよい。

【0164】

本発明のカボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を１つ含んでもよいし、２つ以上含んでもよく、具体例として、１対の染色体において、一方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよく（ヘテロ接合型）、両方の染色体が前記抵抗性遺伝子座を含んでもよい（ホモ接合型）。

【0165】

本発明のカボチャ植物において、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、前記本発明のカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーにおけるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。

【0166】

本発明のカボチャ植物において、前記抵抗性遺伝子座について前記「（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域による特定」を行なう場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、２つのＳＮＰマーカー間に座乗する抵抗性遺伝子座ということもできる。すなわち、本発明のカボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座として、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間に座乗する抵抗性遺伝子座を含むということもできる。前記２つのＳＮＰマーカーの組合せは、前記本発明のマーカーにおける「（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域による特定」の説明を援用できる。この場合、前記抵抗性遺伝子座は、例えば、さらに、前記本発明のマーカーにおける「（１）ＳＮＰマーカーによる特定」および／または「（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定」と組合せて特定されてもよい。この場合、前記抵抗性遺伝子座の特定に用いるＳＮＰマーカーおよびＳＮＰマーカーを含む塩基配列は、前記本発明のマーカーにおける「（１）ＳＮＰマーカーによる特定」および「（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用できる。

【0167】

本発明のカボチャ植物は、一例として、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物（Cucurbita moschata）またはその後代系統があげられる。前記後代系統は、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有する。寄託の情報を以下に示す。
寄託の種類：国際寄託
寄託機関名：独立行政法人製品評価技術基盤機構 特許生物寄託センター
あて名：日本国 〒２９２－０８１８ 千葉県木更津市かずさ鎌足２－５－８ １２０号室
受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５
識別のための表示：Ｔａｋｉｉ ２０
受領日：２０２１年７月２９日

【0168】

本発明のカボチャ植物は、前記領番号ＦＥＲＭ ＡＢＰ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物の第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含んでもよい。

【0169】

本発明のカボチャ植物は、例えば、カボチャ植物に、前記抵抗性遺伝子座を導入することによっても製造できる。前記カボチャ植物への前記抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されず、例えば、本発明のカボチャ植物との交雑もしくは胚培養、または従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。前記遺伝子工学的手法としては、例えば、遺伝子組み換え技術、ゲノム編集技術を用いた方法等があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。本発明のカボチャ植物との交雑により導入する場合、交雑に用いる本発明のカボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。

【0170】

本発明のカボチャ植物について、ホモプシス根腐病抵抗性以外の特徴、例えば、形質的、生態的特徴等は、特に限定されない。

【0171】

本発明のカボチャ植物は、さらに、他の抵抗性を有してもよい。

【0172】

＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分＞
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に抵抗性を示すカボチャ植物の部分を提供する。本発明は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分である。本発明のカボチャ植物は、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む。本発明のカボチャ植物の部分は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことから、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すことができる。本発明のカボチャ植物の説明において、前記第１１染色体上の前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、例えば、本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーと読み替え可能である。

【0173】

前記植物の部分は、例えば、植物細胞、植物プロトプラスト、植物体を再生可能な植物細胞培養物または組織培養物、植物カルス、植物塊（plant clumps）、植物または植物の部分から単離した植物細胞、分裂組織細胞（meristematic cell）、花、花弁、花芽、雌しべ、花冠、花粉、葉、葉柄、葉髄、子葉、子房（ovary）、胚、胚珠、胚軸、胚嚢、卵細胞、小胞子（microspore）、葯、雌しべ、花、子房（ovary）、挿し木、穂木（接ぎ穂）、台木、根、根の先端（根端）、種子、果実、幹、茎、苗等があげられる。前記植物の部分は、例えば、器官、組織、細胞または栄養繁殖体等があげられ、いずれでもよい。前記器官は、例えば、花弁、花冠、花、葉、種子、果実、茎、根等があげられる。前記組織は、例えば、前記器官の部分である。前記花粉は、成熟した花粉でも、未成熟の花粉でもよい。

【0174】

前記植物の部分が、根を含む場合、本発明の植物の部分は、後述のウリ科植物との接ぎ木用台木に用いるためのカボチャ植物として好適に使用できる。

【0175】

本発明の植物の部分は、例えば、本発明のカボチャ植物において、目的の部位を取得することにより製造できる。

【0176】

＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木＞
別の態様において、本発明は、ウリ科植物との接ぎ木により、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できる台木を提供する。本発明のカボチャ植物の台木（以下、「台木」という）は、ウリ科植物との接ぎ木の台木に用いるためのカボチャ植物の台木であって、前記カボチャ植物は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。このため、本発明の台木は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いることにより、得られた接ぎ木植物は、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことができる。このため、本発明の台木によれば、ウリ科植物との接ぎ木により、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できる。

【0177】

前記ウリ科植物は、例えば、キュウリ植物（Cucumis sativus）、スイカ植物（Citrullus lanatus）、メロン植物（Cucumis melo）等があげられる。前記ウリ科植物は、前記接ぎ木植物において、前記台木に接ぐ穂木（接ぎ穂）として使用する。

【0178】

前記台木は、前記本発明のカボチャ植物の根を含み、好ましくは、前記本発明のカボチャ植物の根および茎（根茎）を含む。

【0179】

前記穂木は、前記ウリ科植物の茎を含み、好ましくは、前記ウリ科植物の茎および葉（茎葉）を含む。前記穂木は、ホモプシス根腐病抵抗性でもよいし、ホモプシス根腐病罹病性でもよいが、ホモプシス根腐病抵抗性が好ましい。

【0180】

前記接ぎ木植物において、前記台木と前記穂木とは、同じ植物個体に由来してもよいし、異なる植物個体に由来してもよいが、好ましくは、異なる植物個体に由来する。また、前記台木と前記穂木とは、同じ品種の植物個体に由来してもよいし、異なる品種の植物個体に由来してもよいが、好ましくは、異なる品種に由来する。さらに、前記台木と前記穂木とは、前記ウリ科植物において、同じ属および／または種に属する植物個体に由来してもよいし、異なる属および／または種に属する植物個体に由来してもよいが、好ましくは、異なる属および／または種に属する植物個体に由来する。

【0181】

＜ホモプシス根腐病抵抗性接ぎ木植物＞
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、接ぎ木植物を提供する。本発明の接ぎ木植物は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物であって、前記接ぎ木植物は、穂木と台木とを含み、前記穂木は、ウリ科植物であり、前記台木は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前述のように、前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。本発明の接ぎ木植物は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いるため、ホモプシス根腐病抵抗性を示すことができる。

【0182】

＜ホモプシス根腐病抵抗性接ぎ木植物の製造方法＞
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す接ぎ木植物の製造方法を提供する。本発明の製造方法（以下、「接ぎ木植物の製造方法」ともいう）は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造方法であって、ウリ科植物の穂木を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する接木工程を含み、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である。前述のように、前記ホモプシス根腐病菌は、一般的に、ウリ科植物の根に侵入することで、感染を確立する。本発明の接ぎ木植物の製造方法は、前記本発明のカボチャ植物を台木として用いるため、ホモプシス根腐病抵抗性を示す接ぎ木植物を製造できる。

【0183】

本発明の接ぎ木植物の製造方法は、ウリ科植物の穂木を台木に接ぐ。このため、本発明の接ぎ木植物の製造方法は、前記接木工程に先立ち、ウリ科植物から穂木を調製する調製工程を含んでもよい。前記調製工程において、前記穂木の調製方法は、公知の接ぎ穂の調製方法を利用でき、前記ウリ科植物の種類に応じて適宜設定できる。前記穂木は、前述のように、茎葉を含むことが好ましい。

【0184】

つぎに、前記接木工程では、前記ウリ科植物の穂木を、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する。前記台木と前記穂木との接木方法は、特に制限されず、例えば、カボチャ植物を台木とする公知の接木方法が利用でき、具体例として、呼び接ぎ、挿し接ぎ、ピン接ぎ等により実施できる。前記呼び接ぎは、下向きに切り込みが設けられた台木と、上向きに切り込みが設けられた穂木とについて、切り込み部分を密着（接着）させ、クリップ、ピン等の固定具を用いて、密着面（接着面）を固定（維持）することにより、接ぎ木する方法である。前記挿し接ぎは、台木の茎の切断面または側面に穴を開け、前記穴に、先端をクサビ型に形成した穂木の茎を挿入して接ぎ木する方法である。前記ピン接ぎは、台木と穂木とをピンを介して接ぐ方法である。前記ピンは、セラミック製のピン等があげられる。具体的に、前記ピン接ぎは、例えば、台木に用いるウリ科植物の穂木を切除し、穂木に用いるウリ科植物の台木を切除する。そして、前記ピン接ぎは、前記ピンの一端を、得られた台木の切断面の略中心に挿し込み、前記ピンの他端を、得られた穂木の切断面の略中心に挿し込み、両切断面を密着（接触）させることにより接ぎ木する方法である。前記ピンの大きさは、得られた台木と穂木と密着させた際に、両者が安定的に密着（接触）可能な大きさに設定でき、例えば、前記ピンの径が、約０．５ｍｍであり、前記ピンの長さが、約１５ｍｍである。前記接木工程において、前記台木は、例えば、断根を行なってもよいし、行なわなくてもよい。

【0185】

本発明は、ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造のための、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用ということもできる。

【0186】

＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法＞
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、カボチャ植物の製造方法を提供する。本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法（以下、「製造方法」ともいう）は、下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする。

【0187】

（ａ）前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑（交配）する工程；
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。

【0188】

本発明の製造方法によれば、前記本発明のカボチャ植物を他のカボチャ植物と交雑することにより、得られた後代系統から、ホモプシス根腐病に抵抗性を示すカボチャ植物を得ることができる。本発明の製造方法によれば、任意のカボチャ植物を用いて、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物の品種を育種できる。このため、本発明の製造方法は、例えば、育種方法または育成方法ということもできる。

【0189】

本発明の製造方法において、前記抵抗性遺伝子座は、前記本発明のマーカーにおける抵抗性遺伝子座の説明を援用できる。また、本発明において、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記本発明の抵抗性マーカーと言いかえることができ、その説明を援用できる。

【0190】

前記（ａ）工程において、第一の親として使用するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、前記本発明の抵抗性カボチャ植物であればよい。前記抵抗性カボチャ植物は、例えば、前述のような受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託されたニホンカボチャ植物またはその後代系統が好ましい。前記（ａ）工程において、第一の親として使用するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、例えば、後述する本発明のスクリーニング方法により得ることもできる。このため、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、例えば、前記（ａ）工程に先立って、例えば、被検カボチャ植物から、下記（ｘ）工程により選抜して準備してもよい。

【0191】

（ｘ）被検カボチャ植物から、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。

【0192】

前記（ｘ）工程において、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、例えば、被検カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性を直接および／または間接的に評価し、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜することにより実施できる。前記直接的な評価は、前述のホモプシス根腐病抵抗性の発病度を用いた評価方法の説明を援用できる。

【0193】

前記間接的評価により実施する場合、前記（ｘ）工程において、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜ということができる。このため、前記（ｘ）工程は、例えば、下記（ｘ１）工程および（ｘ２）工程により行うことができる。

【0194】

（ｘ１）前記被検カボチャ植物の染色体上における、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
（ｘ２）前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の存在により、前記被検カボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程

【0195】

前記（ｘ）工程における前記選抜は、前述のように、例えば、前記抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜であり、具体的には、前記被検カボチャ植物について、前記抵抗性遺伝子座を検出することによって、前記抵抗性カボチャ植物を選抜できる。前記（ｘ２）工程において、例えば、一対の染色体における一方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合に、前記被検カボチャ植物を、前記抵抗性カボチャ植物として選抜してもよいし、一対の染色体における両方の染色体において前記抵抗性遺伝子座が存在する場合、前記被検カボチャ植物を、前記抵抗性カボチャ植物として選抜してもよいが、後者が好ましい。前記（ｘ１）工程における前記抵抗性遺伝子座の検出は、例えば、前記本発明のマーカーにおいて説明したように、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を規定する、（１）前記ＳＮＰマーカー、（２）前記ＳＮＰマーカーを含む塩基配列、（３）前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域、およびこれらの組合せを用いて検出できる。具体的には、前記（ｘ１）工程では、例えば、前記被検カボチャ植物の染色体上における、前記抵抗性遺伝子座と関連するＳＮＰ等の分子マーカーを検出し、得られた検出結果から前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する。

【0196】

前記（ｘ）工程では、前記抵抗性遺伝子座として、前記第１の抵抗性遺伝子座を検出してもよいし、前記第２の抵抗性遺伝子座を検出してもよいし、両者を検出してもよい。

【0197】

前記（ｘ）工程における前記選抜について、以下の具体例をあげるが、本発明は、これらには限定されない。また、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に関しては、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーにおける説明を援用できる。

【0198】

（１）ＳＮＰマーカーによる特定
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記選択されるＳＮＰマーカーは、特に制限されず、例えば、前記本発明のマーカーにおける「（１）ＳＮＰマーカーによる特定」の説明を援用できる。

【0199】

前記抵抗性遺伝子座が前記第１の抵抗性遺伝子座である場合、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択されたＳＮＰマーカーで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。また、前記抵抗性遺伝子座が前記第２の抵抗性遺伝子座である場合、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択されたＳＮＰマーカーで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。

【0200】

（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記（ａ）、（ｂ）（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）からなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記（ａ）、（ｂ）（ｃ）、（ｄ）、（ｅ）、（ｆ）、（ｇ）、（ｈ）、（ｐ）、（ｑ）、（ｒ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドは、例えば、前記本発明のマーカーにおける「（２）ＳＮＰマーカーを含む塩基配列による特定」の説明を援用できる。

【0201】

前記抵抗性遺伝子座が前記第１の抵抗性遺伝子座である場合、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。また、前記抵抗性遺伝子座が前記第２の抵抗性遺伝子座である場合、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも一つのポリヌクレオチドで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。

【0202】

（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域による特定
前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列を含むホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜である。前記２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域の塩基配列は、例えば、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーにおける「（３）２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域による特定」の説明を援用できる。

【0203】

前記抵抗性遺伝子座が前記第１の抵抗性遺伝子座である場合、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、ＳＳＰ＿５５０６７４またはＳＳＰ＿６０３１７４と、ＳＳＰ＿８２０８２９またはＳＳＰ＿８９５６６７とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。また、前記抵抗性遺伝子座が前記第２の抵抗性遺伝子座である場合、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記染色体における、ＳＳＰ＿９４８６９３またはＳＳＰ＿９７４７８２と、ＳＳＰ＿１２１３２９９またはＳＳＰ＿１２５６１５０とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である。

【0204】

具体例として、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記領域の塩基配列において、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーを有するホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜があげられる。

【0205】

また、前記（ｘ）工程における前記選抜は、例えば、前記条件（ｉ）、（ii）、（iii）、（iv）、（ｖ）、（vi）、（vii）、または（viii）を満たすホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物の選抜でもよい。

【0206】

前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する染色体は、好ましくは、第１１染色体である。

【0207】

また、前記（ａ）工程において、他方の親として使用するカボチャ植物は、特に制限されず、例えば、既知のホモプシス根腐病抵抗性を有するまたは有さないカボチャ植物でもよいし、他の抵抗性を有するまたは有さないカボチャ植物でもよいし、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物でもよい。

【0208】

前記（ａ）工程において、前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と前記他のカボチャ植物との交雑方法は、特に制限されず、公知の方法が採用できる。

【0209】

前記（ｂ）工程において、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する対象は、例えば、前記（ａ）工程より得られたカボチャ植物でもよいし、さらに、そのカボチャ植物から得られた後代系統でもよい。具体的に、前記対象は、例えば、前記（ａ）工程の交雑によって得られたＦ１のカボチャ植物でもよいし、その後代系統でもよい。前記後代系統は、例えば、前記（ａ）工程の交雑によって得られたＦ１のカボチャ植物の自殖交雑後代または戻し交雑後代でもよいし、前記Ｆ１のカボチャ植物と他のカボチャ植物とを交雑することによって得られたカボチャ植物であってもよい。

【0210】

前記（ｂ）工程において、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、例えば、ホモプシス根腐病抵抗性を、直接的または間接的に確認することにより行うことができる。

【0211】

前記（ｂ）工程において、前記直接的な確認は、得られた前記Ｆ１のカボチャ植物またはその後代系統について、例えば、ホモプシス根腐病抵抗性を、前述の発病度によって評価することで行える。具体的には、例えば、前記Ｆ１のカボチャ植物またはその後代系統に対して、例えば、ホモプシス根腐病菌を接種して、ホモプシス根腐病抵抗性を、前記発病度によって評価することで確認できる。この場合、例えば、２未満の発病度を示す前記Ｆ１のカボチャ植物またはその後代系統を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜できる。

【0212】

また、前記（ｂ）工程において、前記間接的な確認による選抜は、例えば、下記（ｂ１）および（ｂ２）工程によって行うことができる。
（ｂ１）前記（ａ）工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統について、染色体上における、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する検出工程
（ｂ２）前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の存在により、前記（ａ）工程により得られたカボチャ植物またはその後代系統を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程

【0213】

前記（ｂ）工程におけるホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の間接的な確認による選抜は、例えば、前記（ｘ）工程において説明した方法と同様であり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、より具体的には、前記分子マーカーを使用した前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無の検出によって、行うことができる。

【0214】

本発明の製造方法は、前記（ｂ）工程において選抜されたホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を、さらに育成することが好ましい。

【0215】

このように、前記ホモプシス根腐病抵抗性が確認された前記カボチャ植物またはその後代系統を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜できる。

【0216】

本発明の製造方法は、さらに、交雑により得られた前記後代系統から、種子を採取する採種工程を含んでもよい。

【0217】

本発明の製造方法は、前記（ａ）工程および前記（ｂ）工程を含むが、本発明はこれに限定されず、前記（ａ）工程のみを含んでもよい。この場合、前記（ａ）工程で用いる本発明のカボチャ植物は、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。

【0218】

＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法＞
別の態様において、本発明は、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す、カボチャ植物をスクリーニングする方法を提供する。本発明のスクリーニング方法は、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、被検カボチャ植物から、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む。本発明のスクリーニング方法によれば、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示す可能性があるカボチャ植物をスクリーニングできる。また、本発明のスクリーニング方法によれば、交雑によりホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を生産するための親をスクリーニングすることができる。

【0219】

前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜は、例えば、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法における前記（ｘ）工程の説明を援用できる。

【0220】

＜カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法＞
別の態様において、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病に対する抵抗性を検出またはスクリーニングする方法を提供する。本発明の検出方法は、カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、被検カボチャ植物の第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む。本発明の検出方法によれば、対象のカボチャ植物がホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すかを検出できる。本発明のカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法は、例えば、カボチャ植物におけるホモプシス根腐病抵抗性のスクリーニング方法ということもできる。

【0221】

前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の検出は、例えば、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法における前記（ｘ）工程の間接的な選抜、すなわち、前記（ｘ１）工程の説明を援用できる。具体例として、前記検出工程では、例えば、前記被検カボチャ植物の染色体上における、前記抵抗性遺伝子座と関連するＳＮＰ等の分子マーカーを検出し、得られた検出結果から前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の有無を検出する。検出を行なう染色体は、好ましくは、第１１染色体である。

【0222】

＜カボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法＞
別の態様において、本発明は、カボチャ植物に、ホモプシス根腐病の抵抗性を付与する方法を提供する。本発明のカボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法は、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする。本発明の付与方法によれば、前記第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、すなわち、前記本発明のホモプシス根腐病抵抗性マーカーを導入することにより、カボチャ植物にホモプシス根腐病抵抗性を付与できる。

【0223】

前記導入工程において、前記第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の導入方法は、特に制限されない。前記導入方法は、例えば、前記抵抗性カボチャ植物と交雑または胚培養、従来公知の遺伝子工学的手法があげられる。導入する前記抵抗性遺伝子座は、前述の抵抗性遺伝子座が例示できる。前記抵抗性カボチャ植物との交雑により導入する場合、前記抵抗性カボチャ植物は、例えば、前記抵抗性遺伝子座をホモ接合型で含むことが好ましい。

【実施例0224】

以下、実施例を用いて本発明を詳細に説明するが、本発明は実施例に記載された態様に限定されるものではない。なお、特に示さない限り、市販の試薬およびキット等は、そのプロトコルに従い使用した。

【0225】

［実施例１］
新規なホモプシス根腐病抵抗性ニホンカボチャ植物について、ホモプシス根腐病菌に対し抵抗性を示すことを確認し、また、新規なホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の特定を行なった。

【0226】

ホモプシス根腐病抵抗性を示す新規ニホンカボチャ植物を開発するために、タキイ種苗株式会社農場で継代育種により採取された大量のニホンカボチャ系統の種子について、育種を行い、ホモプシス根腐病抵抗性の試験を行った。その結果、ホモプシス根腐病抵抗性を示す、新規のホモプシス根腐病抵抗性ニホンカボチャ系統（Cucurbita moschata）を得た。以下、このホモプシス根腐病抵抗性ニホンカボチャ植物を親系統という。また、前記親系統は、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で寄託した。以下、親系統を、寄託系統ともいう。

【0227】

（１）抵抗性遺伝子座の特定
ホモプシス根腐病抵抗性系統と、ホモプシス根腐病罹病性ニホンカボチャ植物の固定系統（以下、「第１の罹病系統」ともいう）とを交雑後、自殖することにより得られた１８４個体のＦ２集団（以下、「１８４系統」という）を作製し、そのＤＮＡを抽出した。そして、前記ＤＮＡについて、事前に作成したゲノムワイドマーカー（ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８を含むＳＮＰマーカー群）の遺伝子型（多型）を決定しソフトウェア（MSTmap）を用いた連鎖地図の作製、およびソフトウェア（R/qtl）を用いた連鎖解析をおこなった。この結果を図２に示す。

【0228】

図２は、第１１染色体上におけるＬＯＤ値を示すグラフである。図２において、横軸は、第１１染色体上の位置およびＳＮＰマーカーを示し、縦軸は、ＬＯＤ値を示す。図２に示すように、第１１染色体上に、CIM(composite interval mapping)で算出されるＬＯＤ値のピーク値が３．９７を示すＱＴＬを１つ検出した。なお、ＬＯＤ値が最も高かったＳＮＰマーカーは、ＳＳＰ＿８２０８２９であり、ついで、ＳＳＰ＿７４７９７４およびＳＳＰ＿６０３１７４の順であった。また、遺伝子座の両端に当たるＳＳＰ＿１９７３０１４とＳＳＰ＿５５０６７４との距離は、３．５ｃＭであることがわかった。

【0229】

（２）抵抗性の検定
前記寄託系統、前記第１の罹病系統および前記１８４系統に対し、前記非特許文献１に準じて、ホモプシス根腐病菌を用いて接種試験を行なった。具体的には、ホモプシス根腐病菌の接種試験は、以下のように行った。

【0230】

ホモプシス根腐病菌（Phomopsis sclerotioides）は、福島県農業総合センターのカボチャ圃場において、自然発病したホモプシス根腐病罹病ニホンカボチャ植物に由来するものを使用した。前記ホモプシス根腐病菌は、下記の接種試験により、前記罹病性ニホンカボチャ植物に感染可能な病原菌であることを確認した。

【0231】

液状のＰＳＡ（Potato Sucrose Agar）培地 ２００ｍｌにホモプシス根腐病菌片を添加後、２０～２５℃の条件下、５００ｍｌフラスコ内で３日間培養した。前記培養後、１００ｍｌの培養液を１ｌのふすま培土（滅菌済）に添加し、２８日間ふすま培土内で静置した。前記静置後、使用する土壌（果菜培土）に、５倍希釈となるよう菌培養したふすま培土を添加し、攪拌することにより、汚染土を調製した。そして、２．５寸ポットに、約１００ｇの汚染を充填し、検定対象の各品種について、双葉が完全展開した苗を移植し、２１日間生育した。そして、移植後２１日目において発病調査を行なった。

【0232】

発病調査は、発病指数を、以下の基準にしたがって評価することにより実施した。また、発病指数の評価基準として発病指数０～４の個体の代表例を図３の写真に示す。
発病指数０：病徴無し
発病指数１：双葉の黄化、萎れ、もしくは軽微な生育抑制
発病指数２：第一本葉の黄化、萎れ、および軽微な生育抑制
発病指数３：第二本葉の黄化、萎れ、および顕著な生育抑制
発病指数４：枯死

【0233】

そして、各個体について、それぞれ、前記基準に従って発病指数を調査し、下記式より、各系統の発病度を求めた。
発病度（Ｎ）＝［（０×ｎ_０）＋（１×ｎ_１）＋（２×ｎ_２）＋（３×ｎ_３）＋（４×ｎ_４）］／調査個体数
前記式において、「０、１、２、３、４」は、それぞれ発病指数を示し、「ｎ_０、ｎ_１、ｎ_２、ｎ_３、ｎ_４」は、それぞれ、発病指数０、発病指数１、発病指数２、発病指数３、および発病指数４の個体数を示す。

【0234】

また、前記寄託系統、前記第１の罹病系統および前記１８４系統について、そのゲノムＤＮＡを抽出し、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型を解析した。なお、系統間の発病度に関する多重検定は、チューキー・クレーマー検定により実施した。これらの結果を、図４に示す。

【0235】

図４は、発病度を示すグラフである。図４において、横軸は、植物の種類を示し、縦軸は、発病度を示す。図４において、parent1は、前記寄託系統を示し、parent2は、前記第１の罹病系統を示し、F2-1Homoは、前記１８４系統において、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型が抵抗性のホモ接合型の個体を示し、F2-2Homoは、前記１８４系統において、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型が罹病性のホモ接合型の個体を示す。図中において異なるアルファベットを付記したサンプル間では、前記統計検定において有意差が検出された（以下、同様）。図４に示すように、前記１８４系統において、ＳＳＰ＿７４７９７４を抵抗性のホモ接合型で有する植物は、罹病性系統およびＳＳＰ＿７４７９７４を罹病性のホモ接合型で有する植物と比較して、有意に発病度が低かった。また、ＳＳＰ＿７４７９７４を抵抗性のホモ接合型で有する植物は、寄託系統と同程度の発病度を示した。これらの結果から、新たに特定された、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ホモプシス根腐病菌に対して有効であること、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の特定に、ＬＯＤ値が有意に高い、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１１７２１８０、およびＳＳＰ＿１３６３５０２のＳＮＰマーカーが利用できることがわかった。

【0236】

［実施例２］
寄託系統のホモプシス根腐病抵抗性の程度を検討した。

【0237】

前記寄託系統について、ホモプシス根腐病耐病性であるクロダネカボチャ系統（Cucurbita ficifolia、黒タネ南瓜、タキイ種苗株式会社製）およびホモプシス根腐病罹病性であるカボチャ系統（きらめき、タキイ種苗株式会社製）と、ホモプシス根腐病の抵抗性を比較した。

【0238】

前記寄託系統、前記クロダネカボチャ系統、およびきらめきの各１６個体について、前記実施例１（２）と同様にして接種試験を実施し、発病指数を評価した。そして、各系統について、下記式（ｉ）（https://www.apsnet.org/edcenter/disimpactmngmnt/topc/EcologyAndEpidemiologyInR/DiseaseProgress/Pages/AUDPC.aspx参照）により、ＡＵＤＰＣ（病勢進展曲線下部面積）を算出し、これを耐病性の表現型値とした。これらの結果を図５に示す。

【0239】

【数1】

【0240】

図５は、ＡＵＤＰＣを示すグラフである。図５において、横軸は、系統を示し、縦軸は、ＡＵＤＰＣを示す。図５に示すように、寄託系統およびクロダネカボチャ系統とは、ホモプシス根腐病罹病性である、きらめきと比較して、有意にＡＵＤＰＣが低下していた、すなわち、発病指数が低下していた。また、寄託系統およびクロダネカボチャ系統とのＡＵＤＰＣは同程度であり、ホモプシス根腐病に対する耐病性も同程度であることがわかった。

【0241】

［実施例３］
ＳＮＰマーカーを用いて、ホモプシス根腐病抵抗性のニホンカボチャ植物を選抜できることを確認した。

【0242】

前記寄託系統と、タキイ種苗株式会社が保有する別のホモプシス根腐病罹病性のニホンカボチャ植物（第２の罹病系統）とを交雑後、自殖することにより、Ｆ２系統を得た。得られたＦ２系統について自殖させ、９５個体のＦ３系統を得た（９５系統）。得られた各Ｆ３系統について、７個体ずつ、前記実施例１（２）と同様にして接種試験を実施し、発病度を算出した。

【0243】

つぎに、前記Ｆ３系統の親個体（Ｆ２系統の個体）について、そのゲノムＤＮＡを抽出し、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型を解析した。そして、Ｆ２系統の各個体について、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型の遺伝子型（抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、または罹病性のホモ接合型）により分類した。この結果、抵抗性のホモ接合型、ヘテロ接合型、および罹病性のホモ接合型であるＦ２系統は、それぞれ、２１個体、５７個体、および１７個体であった。そして、遺伝子型毎に、当該遺伝子型を有するＦ２系統に由来するＦ３系統の発病度を用いて、発病度の平均値を算出した。また、前記寄託系統および前記第２の罹病系統についても、同様にして接種試験を実施し、発病度を算出した。なお、遺伝子型間の発病度に関する多重検定は、チューキー・クレーマー検定により実施した。これらの結果を、図６に示す。

【0244】

図６は、発病度の平均値を示すグラフである。図６において、横軸は、Ｆ２系統の遺伝子型または品種を示し、縦軸は、発病度の平均値を示す。図６において、parent1は、前記寄託系統を示し、parent2は、前記第１の罹病系統を示し、F2-1Homoは、前記１８４系統において、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型が抵抗性のホモ接合型の個体を示し、F2-2Homoは、前記１８４系統において、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型が罹病性のホモ接合型の個体を示し、F2-2Heteroは、ＳＳＰ＿７４７９７４の多型が罹病性のヘテロ接合型の個体を示す。図６に示すように、親系統が抵抗性遺伝子座を含む場合、前記第２の罹病系統と比較して、発病度の平均値が低下した。また、Ｆ２系統がヘテロ接合型の場合も、Ｆ３系統において、前記第２の罹病系統と比較して、発病度の平均値が低下していることから、前記抵抗性遺伝子座は、優性遺伝すると推定された。これらのことから、異なる遺伝的バックグラウンドを有するニホンカボチャ植物に対しても、ホモプシス根腐病抵抗性を付与できること、および前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座の特定に、ＬＯＤ値が有意に高い、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１１７２１８０、およびＳＳＰ＿１３６３５０２のＳＮＰマーカーが利用できることがわかった。また、これらのＳＮＰと連鎖する領域に、前記抵抗性遺伝子座が存在していることから、前記抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿１９７３０１４またはＳＳＰ＿２１５１７１１と、ＳＳＰ＿４９４５７３またはＳＳＰ＿５５０６７４との間の領域座乗していることがわかった。

【0245】

［実施例４］
新規なホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座から、２つのホモプシス根腐病抵抗性遺伝子が座乗する染色体領域を、それぞれ特定した。

【0246】

まず、前記実施例１（１）で特定したホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座内に、前記実施例１（１）と同様にして、新たに５つＳＮＰマーカー（ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０）を設計し、前記抵抗性遺伝子座の特定に利用できることを確認した。

【0247】

つぎに、前記寄託系統と前記第１の罹病系統とを交雑後、得られたＦ１系統同士を交雑し、５００個体のＦ２系統を取得した。前記Ｆ２系統について、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４の多型を検出した。そして、前記Ｆ２系統について、ＳＳＰ＿５５０６７４およびＳＳＰ＿１９７３０１４の間で組み換えが起きている個体を選抜し、これを自殖させ、Ｆ３系統を得た。得られたＦ３系統のうち５系統について、各系統１２０個体の接種を行い、前記実施例１（２）と同様にして、発病度（抵抗性スコア）を求めた。

【0248】

各Ｆ３系統について、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４の多型を検出した。

【0249】

前記寄託系統、前記第１の罹病系統およびクロダネカボチャについても同様にして、発病度を取得し、多型を検出した。これらの結果を図７に示す。なお、系統間の発病度に関する多重検定は、チューキー・クレーマー検定により実施した（*：有意差有り）。

【0250】

図７は、Ｆ３系統の抵抗性と各ＳＮＰの多型を示す図である。図７において、Ａは、抵抗性の多型を示し、Ｂは、罹病性の多型を示す。図７に示すように、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、およびＳＳＰ＿８２０８２９により特定される染色体領域を有する中程度の抵抗性（ＩＲ）が付与された。また、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９により特定される染色体領域を有する中程度の抵抗性（ＩＲ）が付与された。これらの結果から、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、２つのホモプシス根腐病抵抗性遺伝子を含む抵抗性遺伝子座であること、および各ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子を含む抵抗性遺伝子座を含むことにより、中程度の抵抗性を付与できることがわかった。また、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、およびＳＳＰ＿８２０８２９により特定される第１の抵抗性遺伝子座は、両端間の距離が、約２００ｋｂｐであり、いずれのＳＮＰも、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子との連鎖が切れない距離に座乗しているといえる。このため、第１の抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、およびＳＳＰ＿８２０８２９のいずれかのＳＮＰマーカーを検出することにより特定できるといえる。さらに、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９により特定される第２の抵抗性遺伝子座は、両端間の距離が、約２４０ｋｂｐであり、いずれのＳＮＰも、ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子との連鎖が切れない距離に座乗しているといえる。このため、第２の抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９のいずれかのＳＮＰマーカーを検出することにより特定できるといえる。

【0251】

つぎに、遺伝学的距離を計算可能なソフトウェア（MSTmap：http://www.mstmap.org/）を用いて、前記Ｆ２系統の各ＳＮＰの解析結果を用いて、ＳＳＰ＿５５０６７４およびＳＳＰ＿８９５６６７間と、ＳＳＰ＿９４８６９３およびＳＳＰ＿１２５６１５０間との遺伝学的距離を算出した。この結果、ＳＳＰ＿５５０６７４およびＳＳＰ＿８９５６６７間の遺伝学的距離は、０．７２９ｃＭ（センチモルガン）であった。また、ＳＳＰ＿９４８６９３およびＳＳＰ＿１２５６１５０間との遺伝学的距離は、０．６２５ｃＭであった。本願分野において、一般的に、遺伝学的距離が、１ｃＭ未満となると、２つのＳＮＰ間での染色体の乗換えがほとんど生じず、当該領域に座乗している遺伝子座とＳＮＰとは連鎖していると考えられている。このため、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７のうちいずれか１つ以上のＳＮＰを用いれば、ＳＳＰ＿５５０６７４およびＳＳＰ＿８９５６６７間に座乗し、かつホモプシス根腐病抵抗性を付与する遺伝子座（第１の遺伝子座）を特定できるといえる。また、同様に、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０のうちいずれか１つ以上のＳＮＰを用いれば、ＳＳＰ＿９４８６９３およびＳＳＰ＿１２５６１５０間に座乗し、かつホモプシス根腐病抵抗性を付与する遺伝子座（第２の遺伝子座）を特定できるといえる。

【0252】

以上、実施形態および実施例を参照して本発明を説明したが、本発明は、上記実施形態および実施例に限定されるものではない。本発明の構成や詳細には、本発明のスコープ内で当業者が理解し得る様々な変更をすることができる。

【0253】

この出願は、２０２１年９月２８日に出願された日本出願特願２０２１－１５８５０９を基礎とする優先権を主張し、その開示の全てをここに取り込む。

【0254】

＜付記＞
上記の実施形態および実施例の一部または全部は、以下の付記のように記載されうるが、以下には限られない。
＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物＞
（付記１）
ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物であって、
第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含む、カボチャ植物。
（付記２）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、付記１に記載のカボチャ植物。
（付記３）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、付記１または２に記載のカボチャ植物。
（付記４）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記３に記載のカボチャ植物。
（付記５）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、付記１から４のいずれかに記載のカボチャ植物：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
（付記６）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、付記５に記載のカボチャ植物。
（付記７）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記６に記載のカボチャ植物。
（付記８）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗している、付記１から３のいずれかに記載のカボチャ植物。
（付記９）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿５５０６７４またはＳＳＰ＿６０３１７４と、ＳＳＰ＿８２０８２９またはＳＳＰ＿８９５６６７とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗し、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿９４８６９３またはＳＳＰ＿９７４７８２と、ＳＳＰ＿１２１３２９９またはＳＳＰ＿１２５６１５０とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗している、付記１から８のいずれかに記載のカボチャ植物。
（付記１０）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記９に記載のカボチャ植物。
（付記１１）
前記カボチャ植物は、日本種カボチャ（Cucurbita moschata）である、付記１から１０のいずれかに記載のカボチャ植物。
（付記１２）
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、付記１１に記載のカボチャ植物。
（付記１３）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、および／または、存在する、付記１から１２のいずれかに記載のカボチャ植物。
＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分＞
（付記１４）
付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の部分。
（付記１５）
前記植物の部分が、種子である、付記１４に記載の植物の部分。
＜接ぎ木用台木＞
（付記１６）
ウリ科植物との接ぎ木の台木に用いるためのカボチャ植物の台木であって、
前記カボチャ植物は、付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、カボチャ植物の台木。
＜接ぎ木植物＞
（付記１７）
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物であって、
前記接ぎ木植物は、穂木と台木とを含み、
前記穂木は、ウリ科植物であり、
前記台木は、付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、接ぎ木植物。
（付記１８）
前記穂木と前記台木とは、異なる植物体に由来する、付記１７に記載の接ぎ木植物。
（付記１９）
前記ウリ科植物は、キュウリ属植物またはスイカ属植物である、付記１７または１８に記載の接ぎ木植物。
（付記２０）
前記穂木は、ホモプシス根腐病罹病性である、付記１７から１９のいずれかに記載の接ぎ木植物。
＜製造方法＞
（付記２１）
下記（ａ）および（ｂ）工程を含むことを特徴とする、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法：
（ａ）付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と、他のカボチャ植物とを交雑する工程；
（ｂ）前記（ａ）工程より得られたカボチャ植物またはその後代系統から、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程。
（付記２２）
前記（ａ）工程に先立って、下記（ｘ）工程を含む、付記２１に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（ｘ）被検カボチャ植物から、付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物を選抜する工程
（付記２３）
前記（ｘ）工程における前記選抜が、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２２に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記２４）
前記（ｘ）工程における前記選抜が、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２３に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記２５）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｘ）工程における前記選抜が、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２３または２４に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記２６）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記２５記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記２７）
前記（ｘ）工程における前記選抜が、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２３から２６のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
（付記２８）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２７に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記２９）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記２８に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３０）
前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２３から２９のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３１）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｘ）工程における前記選抜が、前記染色体における、ＳＳＰ＿５５０６７４またはＳＳＰ＿６０３１７４と、ＳＳＰ＿８２０８２９またはＳＳＰ＿８９５６６７とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、前記染色体における、ＳＳＰ＿９４８６９３またはＳＳＰ＿９７４７８２と、ＳＳＰ＿１２１３２９９またはＳＳＰ＿１２５６１５０とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記３０に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３２）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記３１に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３３）
前記（ｂ）工程における前記選抜が、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２１から３２のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３４）
前記（ｂ）工程における前記選抜が、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２１から３３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３５）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｂ）工程における前記選抜が、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択されたＳＮＰマーカーで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択されたＳＮＰマーカーで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記３４に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３６）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記３５に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３７）
前記（ｂ）工程における前記選抜が、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２１から３６のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
（付記３８）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｂ）工程における前記選抜が、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記３７に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記３９）
前記（ｂ）工程における前記選抜が、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記２１から３８のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記４０）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記（ｂ）工程における前記選抜が、前記染色体における、ＳＳＰ＿５５０６７４またはＳＳＰ＿６０３１７４と、ＳＳＰ＿８２０８２９またはＳＳＰ＿８９５６６７とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、前記染色体における、ＳＳＰ＿９４８６９３またはＳＳＰ＿９７４７８２と、ＳＳＰ＿１２１３２９９またはＳＳＰ＿１２５６１５０とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の選抜である、付記３９に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
（付記４１）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記４０に記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の製造方法。
＜付与方法＞
（付記４２）
第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を、カボチャ植物に導入する導入工程を含むことを特徴とする、カボチャ植物へのホモプシス根腐病抵抗性の付与方法。
（付記４３）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定される、付記４２に付与方法。
（付記４４）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、付記４２または４３に記載の付与方法。
（付記４５）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記４４に記載の付与方法。
（付記４６）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、付記４２から４５のいずれかに付与方法：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
（付記４７）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、付記５に記載の付与方法。
（付記４８）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記４７に記載の付与方法。
（付記４９）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗している、付記４２から４８のいずれかに記載の付与方法。
（付記５０）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、付記４２から４９のいずれかに記載の付与方法。
（付記５１）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記５０に記載の付与方法。
（付記５２）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で特定されるニホンカボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座に由来する、付記４２から５１のいずれかに記載の付与方法。
（付記５３）
付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物と交雑することにより、前記第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を導入する、付記４２から５２のいずれかに記載の付与方法。
（付記５４）
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、受託番号ＦＥＲＭ Ｐ－２２４２５で特定されるニホンカボチャ植物またはその後代系統である、付記５３に記載の付与方法。
（付記５５）
前記カボチャ植物は、日本種カボチャ（Cucurbita moschata）である、付記４２から５４のいずれかに記載の付与方法。
＜カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカー＞
（付記５６）
カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性マーカーであって、
第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むことを特徴とする、マーカー。
（付記５７）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも一つのＳＮＰマーカーで特定される、付記５６に記載のマーカー。
（付記５８）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される、付記５６または５７に記載のマーカー。
（付記５９）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、付記５６から５８のいずれかに記載のマーカー：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
（付記６０）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定され、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される、付記５９に記載のマーカー。
（付記６１）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗している、付記５６から６０のいずれかに記載のマーカー。
（付記６２）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿５５０６７４またはＳＳＰ＿６０３１７４と、ＳＳＰ＿８２０８２９またはＳＳＰ＿８９５６６７とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗し、
前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、前記染色体における、ＳＳＰ＿９４８６９３またはＳＳＰ＿９７４７８２と、ＳＳＰ＿１２１３２９９またはＳＳＰ＿１２５６１５０とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗している、付記５６から６１のいずれかに記載のマーカー。
＜カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法＞
（付記６３）
カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性の検出方法であって、
被検カボチャ植物について、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する検出工程を含む、方法。
（付記６４）
前記検出工程において、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１１７２１８０、およびＳＳＰ＿１３６３５０２からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出することにより、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記６３に記載の検出方法。
（付記６５）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出することにより、前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および／または、
ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーを検出することにより、前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記６３または６４に記載の検出方法。
（付記６６）
前記検出工程において、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記６３から６５のいずれかに記載の検出方法：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
（付記６７）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および／または、
前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドを検出することにより、前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記６６に記載の検出方法。
（付記６８）
前記検出工程において、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記６３から６７のいずれかに記載の検出方法。
（付記６９）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記検出工程において、
前記染色体における、ＳＳＰ＿５５０６７４またはＳＳＰ＿６０３１７４と、ＳＳＰ＿８２０８２９またはＳＳＰ＿８９５６６７とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、および／または
前記染色体における、ＳＳＰ＿９４８６９３またはＳＳＰ＿９７４７８２と、ＳＳＰ＿１２１３２９９またはＳＳＰ＿１２５６１５０とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗している前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を検出する、付記６３から６８のいずれかに記載の検出方法。
＜カボチャ植物のホモプシス根腐病抵抗性のスクリーニング方法＞
（付記７０）
ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物のスクリーニング方法であって、
被検カボチャ植物から、第１１染色体上のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含むカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する選抜工程を含む、スクリーニング方法。
（付記７１）
前記選抜工程において、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、およびＳＳＰ＿１９７３０１４からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記７０に記載のスクリーニング方法。
（付記７２）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、およびＳＳＰ＿８９５６６７からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、およびＳＳＰ＿１２５６１５０からなる群から選択された少なくとも１つのＳＮＰマーカーで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記７０または７１に記載のスクリーニング方法。
（付記７３）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記７２に記載のスクリーニング方法。
（付記７４）
前記選抜工程において、下記（ａ）～（ｈ）および（ｐ）～（ｔ）からなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定されるホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記７０から７２のいずれかに記載のスクリーニング方法：
（ａ）下記（ａ１）、（ａ２）、または（ａ３）のポリヌクレオチド：
（ａ１）配列番号１の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ａ２）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ａ３）前記（ａ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ａ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ａ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ）下記（ｂ１）、（ｂ２）、または（ｂ３）のポリヌクレオチド：
（ｂ１）配列番号２の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｂ２）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｂ３）前記（ｂ１）の８番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｂ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｂ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ）下記（ｃ１）、（ｃ２）、または（ｃ３）のポリヌクレオチド：
（ｃ１）配列番号３の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｃ２）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｃ３）前記（ｃ１）の６番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｃ１）の塩基配列に対して、９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｃ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ）下記（ｄ１）、（ｄ２）、または（ｄ３）のポリヌクレオチド：
（ｄ１）配列番号４の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｄ２）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｄ３）前記（ｄ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｄ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｄ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ）下記（ｅ１）、（ｅ２）、または（ｅ３）のポリヌクレオチド：
（ｅ１）配列番号５の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｅ２）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｅ３）前記（ｅ１）の９番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｅ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｅ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ）下記（ｆ１）、（ｆ２）、または（ｆ３）のポリヌクレオチド：
（ｆ１）配列番号６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｆ２）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｆ３）前記（ｆ１）の８番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｆ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｆ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ）下記（ｇ１）、（ｇ２）、または（ｇ３）のポリヌクレオチド：
（ｇ１）配列番号７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｇ２）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｇ３）前記（ｇ１）の９番目の塩基（Ｔ）が保存され、前記（ｇ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｇ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ）下記（ｈ１）、（ｈ２）、または（ｈ３）のポリヌクレオチド：
（ｈ１）配列番号８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｈ２）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｈ３）前記（ｈ１）の８番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｈ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｈ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｐ）下記（ｐ１）、（ｐ２）、または（ｐ３）のポリヌクレオチド：
（ｐ１）配列番号１６の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｐ２）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｐ３）前記（ｐ１）の９番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｐ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｐ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｑ）下記（ｑ１）、（ｑ２）、または（ｑ３）のポリヌクレオチド：
（ｑ１）配列番号１７の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｑ２）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｑ３）前記（ｑ１）の１１番目の塩基（Ｇ）が保存され、前記（ｑ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｑ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｒ）下記（ｒ１）、（ｒ２）、または（ｒ３）のポリヌクレオチド：
（ｒ１）配列番号１８の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｒ２）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｒ３）前記（ｒ１）の１５番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｒ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｒ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｓ）下記（ｓ１）、（ｓ２）、または（ｓ３）のポリヌクレオチド：
（ｓ１）配列番号１９の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｓ２）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｓ３）前記（ｓ１）の１６番目の塩基（Ｃ）が保存され、前記（ｓ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｓ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド：
（ｔ）下記（ｔ１）、（ｔ２）、または（ｔ３）のポリヌクレオチド：
（ｔ１）配列番号２０の塩基配列からなるポリヌクレオチド；
（ｔ２）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列において、１または２個の塩基が欠失、置換、挿入および／または付加された塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド；
（ｔ３）前記（ｔ１）の１４番目の塩基（Ａ）が保存され、前記（ｔ１）の塩基配列に対して９０％以上の同一性を有する塩基配列からなり、前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座において、前記ホモプシス根腐病抵抗性に関して前記（ｔ１）のポリヌクレオチドと同等の機能を有するポリヌクレオチド。
（付記７５）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、前記（ａ）、（ｂ）、（ｃ）、（ｄ）、および（ｐ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、前記（ｑ）、（ｅ）、（ｒ）、（ｆ）、（ｓ）、および（ｔ）のポリヌクレオチドからなる群から選択された少なくとも１つのポリヌクレオチドで特定される第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記７４に記載のスクリーニング方法。
（付記７６）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記７５に記載のスクリーニング方法。
（付記７７）
前記選抜工程において、前記染色体における、ＳＳＰ＿９７３０１、ＳＳＰ＿３９９３７４、ＳＳＰ＿４９４５７３、ＳＳＰ＿５５０６７４、ＳＳＰ＿６０３１７４、ＳＳＰ＿７４７９７４、ＳＳＰ＿８２０８２９、ＳＳＰ＿８９５６６７、ＳＳＰ＿９４８６９３、ＳＳＰ＿９７４７８２、ＳＳＰ＿１０２５２３６、ＳＳＰ＿１１７２１８０、ＳＳＰ＿１２１３２９９、ＳＳＰ＿１２５６１５０、ＳＳＰ＿１３６３５０２、ＳＳＰ＿１９７３０１４、ＳＳＰ＿２１５１７１１、ＳＳＰ＿２２００１１９、ＳＳＰ＿２２８３８６０、およびＳＳＰ＿２４０８０９８からなる群から選択された２つのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗しているホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記７０から７６のいずれかに記載のスクリーニング方法。
（付記７８）
前記ホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を含み、
前記選抜工程において、前記染色体における、ＳＳＰ＿５５０６７４またはＳＳＰ＿６０３１７４と、ＳＳＰ＿８２０８２９またはＳＳＰ＿８９５６６７とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座、および／または、前記染色体における、ＳＳＰ＿９４８６９３またはＳＳＰ＿９７４７８２と、ＳＳＰ＿１２１３２９９またはＳＳＰ＿１２５６１５０とのＳＮＰマーカーの部位間の領域に座乗する第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座を有するカボチャ植物を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物として選抜する、付記７７のいずれかに記載のスクリーニング方法。
（付記７９）
前記第１のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座および／または前記第２のホモプシス根腐病抵抗性遺伝子座は、それぞれ、前記カボチャ植物に、ホモプシス根腐病抵抗性を付与する、付記７８に記載のスクリーニング方法。
＜接ぎ木植物の製造方法＞
（付記８０）
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造方法であって、
ウリ科植物から穂木を調製する調製工程と、
前記穂木を、ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の台木に接ぎ木する接木工程とを含み、
前記ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物は、付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物である、製造方法。
（付記８１）
前記穂木と前記台木とは、異なる植物体に由来する、付記８０に記載の製造方法。
（付記８２）
前記ウリ科植物は、キュウリ属植物またはスイカ属植物である、付記８０または８１に記載の製造方法。
（付記８３）
前記穂木は、ホモプシス根腐病罹病性である、付記８０から８２のいずれかに記載の製造方法。
＜ホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用＞
（付記８４）
ホモプシス根腐病抵抗性の接ぎ木植物の製造のための、付記１から１３のいずれかに記載のホモプシス根腐病抵抗性カボチャ植物の使用。

【産業上の利用可能性】

【0255】

以上のように、本発明によれば、ホモプシス根腐病に対して抵抗性を示すカボチャ植物を提供できる。このため、本発明によれば、ホモプシス根腐病による病害により影響を受けるウリ科植物の栽培において、ホモプシス根腐病に対する抵抗性を付与できる。このため、本発明は、例えば、農業分野、育種分野等において極めて有用である。

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】

【図7】

【配列表】

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