(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2023052321
(43)【公開日】2023-04-11
(54)【発明の名称】胆道がんの検出キット又はデバイス及び検出方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6886 20180101AFI20230404BHJP
C12Q 1/6837 20180101ALI20230404BHJP
C12Q 1/686 20180101ALI20230404BHJP
C12N 15/11 20060101ALI20230404BHJP
【FI】
C12Q1/6886 Z ZNA
C12Q1/6837 Z
C12Q1/686 Z
C12N15/11 Z
【審査請求】有
【請求項の数】19
【出願形態】OL
(21)【出願番号】P 2023002409
(22)【出願日】2023-01-11
(62)【分割の表示】P 2021128676の分割
【原出願日】2015-06-11
(31)【優先権主張番号】P 2014120884
(32)【優先日】2014-06-11
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
(31)【優先権主張番号】P 2014185733
(32)【優先日】2014-09-11
(33)【優先権主張国・地域又は機関】JP
【公序良俗違反の表示】
(特許庁注:以下のものは登録商標)
1.TRITON
2.TWEEN
【国等の委託研究の成果に係る記載事項】(出願人による申告)平成27年度、国立研究開発法人日本医療研究開発機構、「次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業、体液中マイクロRNA測定技術基盤開発」に係る委託研究、産業技術力強化法第17条の適用を受ける特許出願
(71)【出願人】
【識別番号】000003159
【氏名又は名称】東レ株式会社
(71)【出願人】
【識別番号】510097747
【氏名又は名称】国立研究開発法人国立がん研究センター
(74)【代理人】
【識別番号】110002572
【氏名又は名称】弁理士法人平木国際特許事務所
(72)【発明者】
【氏名】河内 淳平
(72)【発明者】
【氏名】信正 均
(72)【発明者】
【氏名】小園 聡子
(72)【発明者】
【氏名】近藤 哲司
(72)【発明者】
【氏名】須藤 裕子
(72)【発明者】
【氏名】落合 淳志
(72)【発明者】
【氏名】小嶋 基寛
(57)【要約】 (修正有)
【課題】胆道がんの検出用キット又はデバイス、並びに検出方法を提供する。
【解決手段】一態様として、胆道がんマーカーであるmiR-4665-5p又はその前駆体のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又はポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、胆道がんの検出用キット、又は、前記miR-4665-5p又はその前駆体のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又はポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、胆道がんの検出用デバイス、並びにキット又はデバイスを用いた胆道がんの検出方法を提供する。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
胆道がんマーカーであるmiR-4665-5p又はその前駆体のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、胆道がんの検出用キット。
【請求項2】
miR-4665-5pがhsa-miR-4665-5pである、請求項1に記載のキット。
【請求項3】
前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(a)~(c)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項1又は2に記載のキット:
(a)(1)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(2)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(3)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(4)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(1)~(3)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(b)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(c)以下の(5)~(8)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(5)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(6)(5)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(7)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(5)又は(6)のポリヌクレオチド又はその断片、
(8)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項4】
前記キットが、別の胆道がんマーカーである、miR-125a-3p、miR-6893-5p、miR-4476、miR-4294、miR-150-3p、miR-6729-5p、miR-7641、miR-6765-3p、miR-6820-5p、miR-575、miR-1469、miR-663a、miR-6075、miR-4634、miR-423-5p、miR-4454、miR-7109-5p、miR-6789-5p、miR-6877-5p、miR-4792、miR-4530、miR-7975、miR-6724-5p、miR-8073、miR-7977、miR-1231、miR-6799-5p、miR-615-5p、miR-4450、miR-6726-5p、miR-6875-5p、miR-4734、miR-16-5p、miR-602、miR-4651、miR-8069、miR-1238-5p、miR-6880-5p、miR-8072、miR-4723-5p、miR-4732-5p、miR-6125、miR-6090、miR-7114-5p、miR-564、miR-451a、miR-3135b、miR-4497、miR-3622a-5p、miR-6850-5p、miR-6821-5p、miR-5100、miR-6872-3p、miR-4433-3p、miR-1227-5p、miR-3188、miR-7704、miR-3185、miR-1908-3p、miR-6781-5p、miR-6805-5p、miR-8089、miR-4486、miR-6722-3p、miR-1260a、miR-4707-5p、miR-6741-5p、miR-1260b、miR-1246、miR-6845-5p、miR-4638-5p、miR-6085、miR-1228-3p、miR-4534、miR-5585-3p、miR-4741、miR-4433b-3p、miR-197-5p、miR-718、miR-4513、miR-4446-3p、miR-619-5p、miR-6816-5p、miR-6778-5p、miR-24-3p、miR-1915-3p、miR-4665-3p、miR-4449、miR-6889-5p、miR-486-3p、miR-7113-3p、miR-642a-3p、miR-7847-3p、miR-6768-5p、miR-1290、miR-7108-5p、miR-92b-5p、miR-663b、miR-3940-5p、miR-4467、miR-6858-5p、miR-4417、miR-3665、miR-4736、miR-4687-3p、miR-1908-5p、miR-5195-3p、miR-4286、miR-3679-3p、miR-6791-5p、miR-1202、miR-3656、miR-4746-3p、miR-3184-5p、miR-3937、miR-6515-3p、miR-6132、miR-187-5p、miR-7111-5p、miR-5787、miR-6779-5p、miR-4516、miR-4649-5p、miR-760、miR-3162-5p、miR-3178、miR-940、miR-4271、miR-6769b-5p、miR-4508、miR-6826-5p、miR-6757-5p、miR-3131、及び、miR-1343-3p;及び/又は、miR-6808-5p、miR-6774-5p、miR-4656、miR-6806-5p、miR-1233-5p、miR-328-5p、miR-4674、miR-2110、miR-6076、miR-3619-3p、miR-92a-2-5p、miR-128-1-5p、miR-638、miR-2861、miR-371a-5p、miR-211-3p、miR-1273g-3p、miR-1203、miR-122-5p、miR-4258、miR-4484、miR-4648及びmiR-6780b-5p、並びにそれらの前駆体からなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項1~3のいずれか一項に記載のキット。
【請求項5】
miR-125a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-6893-5pがhsa-miR-6893-5pであり、miR-4476がhsa-miR-4476であり、miR-4294がhsa-miR-4294であり、miR-150-3pがhsa-miR-150-3pであり、miR-6729-5pがhsa-miR-6729-5pであり、miR-7641がhsa-miR-7641であり、miR-6765-3pがhsa-miR-6765-3pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-6820-5pであり、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-1469がhsa-miR-1469であり、miR-663aがhsa-miR-663aであり、miR-6075がhsa-miR-6075であり、miR-4634がhsa-miR-4634であり、miR-423-5pがhsa-miR-423-5pであり、miR-4454がhsa-miR-4454であり、miR-7109-5pがhsa-miR-7109-5pであり、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり、miR-6877-5pがhsa-miR-6877-5pであり、miR-4792がhsa-miR-4792であり、miR-4530がhsa-miR-4530であり、miR-7975がhsa-miR-7975であり、miR-6724-5pがhsa-miR-6724-5pであり、miR-8073がhsa-miR-8073であり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、miR-1231がhsa-miR-1231であり、miR-6799-5pがhsa-miR-6799-5pであり、miR-615-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-4450がhsa-miR-4450であり、miR-6726-5pがhsa-miR-6726-5pであり、miR-6875-5pがhsa-miR-6875-5pであり、miR-4734がhsa-miR-4734であり、miR-16-5pがhsa-miR-16-5pであり、miR-602がhsa-miR-602であり、miR-4651がhsa-miR-4651であり、miR-8069がhsa-miR-8069であり、miR-1238-5pがhsa-miR-1238-5pであり、miR-6880-5pがhsa-miR-6880-5pであり、miR-8072がhsa-miR-8072であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5pであり、miR-4732-5pがhsa-miR-4732-5pであり、miR-6125がhsa-miR-6125であり、miR-6090がhsa-miR-6090であり、miR-7114-5pがhsa-miR-7114-5pであり、miR-564がhsa-miR-564であり、miR-451aがhsa-miR-451aであり、miR-3135bがhsa-miR-3135bであり、miR-4497がhsa-miR-4497であり、miR-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pであり、miR-6850-5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-6821-5pがhsa-miR-6821-5pであり、miR-5100がhsa-miR-5100であり、miR-6872-3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR-4433-3pがhsa-miR-4433-3pであり、miR-1227-5pがhsa-miR-1227-5pであり、miR-3188がhsa-miR-3188であり、miR-7704がhsa-miR-7704であり、miR-3185がhsa-miR-3185であり、miR-1908-3pがhsa-miR-1908-3pであり、miR-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、miR-6805-5pがhsa-miR-6805-5pであり、miR-8089がhsa-miR-8089であり、miR-4486がhsa-miR-4486であり、miR-6722-3pがhsa-miR-6722-3pであり、miR-1260aがhsa-miR-1260aであり、miR-4707-5pがhsa-miR-4707-5pであり、miR-6741-5pがhsa-miR-6741-5pであり、miR-1260bがhsa-miR-1260bであり、miR-1246がhsa-miR-1246であり、miR-6845-5pがhsa-miR-6845-5pであり、miR-4638-5pがhsa-miR-4638-5pであり、miR-6085がhsa-miR-6085であり、miR-1228-3pがhsa-miR-1228-3pであり、miR-4534がhsa-miR-4534であり、miR-5585-3pがhsa-miR-5585-3pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり、miR-4433b-3pがhsa-miR-4433b-3pであり、miR-197-5pがhsa-miR-197-5pであり、miR-718がhsa-miR-718であり、miR-4513がhsa-miR-4513であり、miR-4446-3pがhsa-miR-4446-3pであり、miR-619-5pがhsa-miR-619-5pであり、miR-6816-5pがhsa-miR-6816-5pであり、miR-6778-5pがhsa-miR-6778-5pであり、miR-24-3pがhsa-miR-24-3pであり、miR-1915-3pがhsa-miR-1915-3pであり、miR-4665-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-4449がhsa-miR-4449であり、miR-6889-5pがhsa-miR-6889-5pであり、miR-486-3pがhsa-miR-486-3pであり、miR-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、miR-642a-3pがhsa-miR-642a-3pであり、miR-7847-3pがhsa-miR-7847-3pであり、miR-6768-5pがhsa-miR-6768-5pであり、miR-1290がhsa-miR-1290であり、miR-7108-5pがhsa-miR-7108-5pであり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-5pであり、miR-663bがhsa-miR-663bであり、miR-3940-5pがhsa-miR-3940-5pであり、miR-4467がhsa-miR-4467であり、miR-6858-5pがhsa-miR-6858-5pであり、miR-4417がhsa-miR-4417であり、miR-3665がhsa-miR-3665であり、miR-4736がhsa-miR-4736であり、miR-4687-3pがhsa-miR-4687-3pであり、miR-1908-5pがhsa-miR-1908-5pであり、miR-5195-3pがhsa-miR-5195-3pであり、miR-4286がhsa-miR-4286であり、miR-3679-3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-6791-5pがhsa-miR-6791-5pであり、miR-1202がhsa-miR-1202であり、miR-3656がhsa-miR-3656であり、miR-4746-3pがhsa-miR-4746-3pであり、miR-3184-5pがhsa-miR-3184-5pであり、miR-3937がhsa-miR-3937であり、miR-6515-3pがhsa-miR-6515-3pであり、miR-6132がhsa-miR-6132であり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5pであり、miR-7111-5pがhsa-miR-7111-5pであり、miR-5787がhsa-miR-5787であり、miR-6779-5pがhsa-miR-6779-5pであり、miR-4516がhsa-miR-4516であり、miR-4649-5pがhsa-miR-4649-5pであり、miR-760がhsa-miR-760であり、miR-3162-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-3178がhsa-miR-3178であり、miR-940がhsa-miR-940であり、miR-4271がhsa-miR-4271であり、miR-6769b-5pがhsa-miR-6769b-5pであり、miR-4508がhsa-miR-4508であり、miR-6826-5pがhsa-miR-6826-5pであり、miR-6757-5pがhsa-miR-6757-5pであり、miR-3131がhsa-miR-3131であり、miR-1343-3pがhsa-miR-1343-3pであり、miR-6808-5pがhsa-miR-6808-5pであり、miR-6774-5pがhsa-miR-6774-5pであり、miR-4656がhsa-miR-4656であり、miR-6806-5pがhsa-miR-6806-5pであり、miR-1233-5pがhsa-miR-1233-5pであり、miR-328-5pがhsa-miR-328-5pであり、miR-4674がhsa-miR-4674であり、miR-2110がhsa-miR-2110であり、miR-6076がhsa-miR-6076であり、miR-3619-3pがhsa-miR-3619-3pであり、miR-92a-2-5pがhsa-miR-92a-2-5pであり、miR-128-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR-638がhsa-miR-638であり、miR-2861がhsa-miR-2861であり、miR-371a-5pがhsa-miR-371a-5pであり、miR-211-3pがhsa-miR-211-3pであり、miR-1273g-3pがhsa-miR-1273g-3pであり、miR-1203がhsa-miR-1203であり、miR-122-5pがhsa-miR-122-5pであり、miR-4258がhsa-miR-4258であり、miR-4484がhsa-miR-4484であり、miR-4648がhsa-miR-4648であり、及び、miR-6780b-5pがhsa-miR-6780b-5pである、請求項4に記載のキット。
【請求項6】
請求項4に記載された核酸プローブ又はプライマーが、下記の(d)~(f)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項4又は5に記載のキット:
(d)(9)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(10)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(11)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(12)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(9)~(11)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(e)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(f)以下の(13)~(16)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(13)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(14)(13)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(15)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(13)又は(14)のポリヌクレオチド又はその断片、又は
(16)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項7】
胆道がんマーカーであるmiR-4665-5p又はその前駆体のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーを含む、胆道がんの検出用デバイス。
【請求項8】
miR-4665-5pがhsa-miR-4665-5pである、請求項7に記載のデバイス。
【請求項9】
前記核酸プローブ又はプライマーが、下記の(a)~(c)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項7又は8に記載のデバイス:(a)(1)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(2)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(3)(1)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(4)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(1)~(3)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(b)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(c)以下の(5)~(8)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(5)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(6)(5)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(7)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(5)又は(6)のポリヌクレオチド又はその断片、
(8)配列番号51で表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項10】
前記デバイスが、別の胆道がんマーカーである、miR-125a-3p、miR-6893-5p、miR-4476、miR-4294、miR-150-3p、miR-6729-5p、miR-7641、miR-6765-3p、miR-6820-5p、miR-575、miR-1469、miR-663a、miR-6075、miR-4634、miR-423-5p、miR-4454、miR-7109-5p、miR-6789-5p、miR-6877-5p、miR-4792、miR-4530、miR-7975、miR-6724-5p、miR-8073、miR-7977、miR-1231、miR-6799-5p、miR-615-5p、miR-4450、miR-6726-5p、miR-6875-5p、miR-4734、miR-16-5p、miR-602、miR-4651、miR-8069、miR-1238-5p、miR-6880-5p、miR-8072、miR-4723-5p、miR-4732-5p、miR-6125、miR-6090、miR-7114-5p、miR-564、miR-451a、miR-3135b、miR-4497、miR-3622a-5p、miR-6850-5p、miR-6821-5p、miR-5100、miR-6872-3p、miR-4433-3p、miR-1227-5p、miR-3188、miR-7704、miR-3185、miR-1908-3p、miR-6781-5p、miR-6805-5p、miR-8089、miR-4486、miR-6722-3p、miR-1260a、miR-4707-5p、miR-6741-5p、miR-1260b、miR-1246、miR-6845-5p、miR-4638-5p、miR-6085、miR-1228-3p、miR-4534、miR-5585-3p、miR-4741、miR-4433b-3p、miR-197-5p、miR-718、miR-4513、miR-4446-3p、miR-619-5p、miR-6816-5p、miR-6778-5p、miR-24-3p、miR-1915-3p、miR-4665-3p、miR-4449、miR-6889-5p、miR-486-3p、miR-7113-3p、miR-642a-3p、miR-7847-3p、miR-6768-5p、miR-1290、miR-7108-5p、miR-92b-5p、miR-663b、miR-3940-5p、miR-4467、miR-6858-5p、miR-4417、miR-3665、miR-4736、miR-4687-3p、miR-1908-5p、miR-5195-3p、miR-4286、miR-3679-3p、miR-6791-5p、miR-1202、miR-3656、miR-4746-3p、miR-3184-5p、miR-3937、miR-6515-3p、miR-6132、miR-187-5p、miR-7111-5p、miR-5787、miR-6779-5p、miR-4516、miR-4649-5p、miR-760、miR-3162-5p、miR-3178、miR-940、miR-4271、miR-6769b-5p、miR-4508、miR-6826-5p、miR-6757-5p、miR-3131、及び、miR-1343-3p;及び/又は、miR-6808-5p、miR-6774-5p、miR-4656、miR-6806-5p、miR-1233-5p、miR-328-5p、miR-4674、miR-2110、miR-6076、miR-3619-3p、miR-92a-2-5p、miR-128-1-5p、miR-638、miR-2861、miR-371a-5p、miR-211-3p、miR-1273g-3p、miR-1203、miR-122-5p、miR-4258、miR-4484、miR-4648及びmiR-6780b-5p、並びにそれらの前駆体からなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ及び/又は該ポリヌクレオチドを特異的に認識し増幅するプライマーをさらに含む、請求項7~9のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項11】
miR-125a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-6893-5pがhsa-miR-6893-5pであり、miR-4476がhsa-miR-4476であり、miR-4294がhsa-miR-4294であり、miR-150-3pがhsa-miR-150-3pであり、miR-6729-5pがhsa-miR-6729-5pであり、miR-7641がhsa-miR-7641であり、miR-6765-3pがhsa-miR-6765-3pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-6820-5pであり、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-1469がhsa-miR-1469であり、miR-663aがhsa-miR-663aであり、miR-6075がhsa-miR-6075であり、miR-4634がhsa-miR-4634であり、miR-423-5pがhsa-miR-423-5pであり、miR-4454がhsa-miR-4454であり、miR-7109-5pがhsa-miR-7109-5pであり、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり、miR-6877-5pがhsa-miR-6877-5pであり、miR-4792がhsa-miR-4792であり、miR-4530がhsa-miR-4530であり、miR-7975がhsa-miR-7975であり、miR-6724-5pがhsa-miR-6724-5pであり、miR-8073がhsa-miR-8073であり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、miR-1231がhsa-miR-1231であり、miR-6799-5pがhsa-miR-6799-5pであり、miR-615-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-4450がhsa-miR-4450であり、miR-6726-5pがhsa-miR-6726-5pであり、miR-6875-5pがhsa-miR-6875-5pであり、miR-4734がhsa-miR-4734であり、miR-16-5pがhsa-miR-16-5pであり、miR-602がhsa-miR-602であり、miR-4651がhsa-miR-4651であり、miR-8069がhsa-miR-8069であり、miR-1238-5pがhsa-miR-1238-5pであり、miR-6880-5pがhsa-miR-6880-5pであり、miR-8072がhsa-miR-8072であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5pであり、miR-4732-5pがhsa-miR-4732-5pであり、miR-6125がhsa-miR-6125であり、miR-6090がhsa-miR-6090であり、miR-7114-5pがhsa-miR-7114-5pであり、miR-564がhsa-miR-564であり、miR-451aがhsa-miR-451aであり、miR-3135bがhsa-miR-3135bであり、miR-4497がhsa-miR-4497であり、miR-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pであり、miR-6850-5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-6821-5pがhsa-miR-6821-5pであり、miR-5100がhsa-miR-5100であり、miR-6872-3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR-4433-3pがhsa-miR-4433-3pであり、miR-1227-5pがhsa-miR-1227-5pであり、miR-3188がhsa-miR-3188であり、miR-7704がhsa-miR-7704であり、miR-3185がhsa-miR-3185であり、miR-1908-3pがhsa-miR-1908-3pであり、miR-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、miR-6805-5pがhsa-miR-6805-5pであり、miR-8089がhsa-miR-8089であり、miR-4486がhsa-miR-4486であり、miR-6722-3pがhsa-miR-6722-3pであり、miR-1260aがhsa-miR-1260aであり、miR-4707-5pがhsa-miR-4707-5pであり、miR-6741-5pがhsa-miR-6741-5pであり、miR-1260bがhsa-miR-1260bであり、miR-1246がhsa-miR-1246であり、miR-6845-5pがhsa-miR-6845-5pであり、miR-4638-5pがhsa-miR-4638-5pであり、miR-6085がhsa-miR-6085であり、miR-1228-3pがhsa-miR-1228-3pであり、miR-4534がhsa-miR-4534であり、miR-5585-3pがhsa-miR-5585-3pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり、miR-4433b-3pがhsa-miR-4433b-3pであり、miR-197-5pがhsa-miR-197-5pであり、miR-718がhsa-miR-718であり、miR-4513がhsa-miR-4513であり、miR-4446-3pがhsa-miR-4446-3pであり、miR-619-5pがhsa-miR-619-5pであり、miR-6816-5pがhsa-miR-6816-5pであり、miR-6778-5pがhsa-miR-6778-5pであり、miR-24-3pがhsa-miR-24-3pであり、miR-1915-3pがhsa-miR-1915-3pであり、miR-4665-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-4449がhsa-miR-4449であり、miR-6889-5pがhsa-miR-6889-5pであり、miR-486-3pがhsa-miR-486-3pであり、miR-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、miR-642a-3pがhsa-miR-642a-3pであり、miR-7847-3pがhsa-miR-7847-3pであり、miR-6768-5pがhsa-miR-6768-5pであり、miR-1290がhsa-miR-1290であり、miR-7108-5pがhsa-miR-7108-5pであり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-5pであり、miR-663bがhsa-miR-663bであり、miR-3940-5pがhsa-miR-3940-5pであり、miR-4467がhsa-miR-4467であり、miR-6858-5pがhsa-miR-6858-5pであり、miR-4417がhsa-miR-4417であり、miR-3665がhsa-miR-3665であり、miR-4736がhsa-miR-4736であり、miR-4687-3pがhsa-miR-4687-3pであり、miR-1908-5pがhsa-miR-1908-5pであり、miR-5195-3pがhsa-miR-5195-3pであり、miR-4286がhsa-miR-4286であり、miR-3679-3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-6791-5pがhsa-miR-6791-5pであり、miR-1202がhsa-miR-1202であり、miR-3656がhsa-miR-3656であり、miR-4746-3pがhsa-miR-4746-3pであり、miR-3184-5pがhsa-miR-3184-5pであり、miR-3937がhsa-miR-3937であり、miR-6515-3pがhsa-miR-6515-3pであり、miR-6132がhsa-miR-6132であり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5pであり、miR-7111-5pがhsa-miR-7111-5pであり、miR-5787がhsa-miR-5787であり、miR-6779-5pがhsa-miR-6779-5pであり、miR-4516がhsa-miR-4516であり、miR-4649-5pがhsa-miR-4649-5pであり、miR-760がhsa-miR-760であり、miR-3162-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-3178がhsa-miR-3178であり、miR-940がhsa-miR-940であり、miR-4271がhsa-miR-4271であり、miR-6769b-5pがhsa-miR-6769b-5pであり、miR-4508がhsa-miR-4508であり、miR-6826-5pがhsa-miR-6826-5pであり、miR-6757-5pがhsa-miR-6757-5pであり、miR-3131がhsa-miR-3131であり、miR-1343-3pがhsa-miR-1343-3pであり、miR-6808-5pがhsa-miR-6808-5pであり、miR-6774-5pがhsa-miR-6774-5pであり、miR-4656がhsa-miR-4656であり、miR-6806-5pがhsa-miR-6806-5pであり、miR-1233-5pがhsa-miR-1233-5pであり、miR-328-5pがhsa-miR-328-5pであり、miR-4674がhsa-miR-4674であり、miR-2110がhsa-miR-2110であり、miR-6076がhsa-miR-6076であり、miR-3619-3pがhsa-miR-3619-3pであり、miR-92a-2-5pがhsa-miR-92a-2-5pであり、miR-128-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR-638がhsa-miR-638であり、miR-2861がhsa-miR-2861であり、miR-371a-5pがhsa-miR-371a-5pであり、miR-211-3pがhsa-miR-211-3pであり、miR-1273g-3pがhsa-miR-1273g-3pであり、miR-1203がhsa-miR-1203であり、miR-122-5pがhsa-miR-122-5pであり、miR-4258がhsa-miR-4258であり、miR-4484がhsa-miR-4484であり、miR-4648がhsa-miR-4648であり、及び、miR-6780b-5pがhsa-miR-6780b-5pである、請求項10に記載のデバイス。
【請求項12】
請求項10に記載された核酸プローブ又はプライマーが、下記の(d)~(f)に示す、ポリヌクレオチド又はその断片からなる群から選択されるものを含む、請求項10又は11に記載のデバイス:
(d)(9)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(10)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(11)(9)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片の塩基配列と90%以上の%同一性を示す、ポリヌクレオチド又はその断片、又は
(12)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(9)~(11)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片、
(e)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、及び
(f)以下の(13)~(16)のいずれかの、ポリヌクレオチド又はその断片と、ストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド:
(13)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(14)(13)の前記ポリヌクレオチド又は前記断片において1又は2塩基の欠失、置換、付加又は挿入を含む、ポリヌクレオチド又はその断片、
(15)修飾核酸及び/又は修飾ヌクレオチドを含む、(13)又は(14)のポリヌクレオチド又はその断片、又は
(16)配列番号1、2、4~11、13~50、52~65、67~125、126~148、及び466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列を含むポリヌクレオチド、又は15以上の連続した塩基を含むその断片。
【請求項13】
前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスである、請求項7~12のいずれか一項に記載のデバイス。
【請求項14】
前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、請求項13に記載のデバイス。
【請求項15】
請求項1~6のいずれか一項に記載のキット又は請求項7~14のいずれか一項に記載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて、被験体が胆道がんに罹患していること、又は胆道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含む、胆道がんの有無を評価する方法。
【請求項16】
前記被験体が、ヒトである、請求項15に記載の方法。
【請求項17】
前記検体が、血液、血清又は血漿である、請求項15又は16に記載の方法。
【請求項18】
miR-4665-5p、その前駆体又はそのisomiRのポリヌクレオチドの、胆道がんの有無を評価するための胆道がんマーカーとしての使用。
【請求項19】
前記のmiR-4665-5p、その前駆体又はそのisomiRのポリヌクレオチドが、miR-125a-3p、miR-6893-5p、miR-4476、miR-4294、miR-150-3p、miR-6729-5p、miR-7641、miR-6765-3p、miR-6820-5p、miR-575、miR-1469、miR-663a、miR-6075、miR-4634、miR-423-5p、miR-4454、miR-7109-5p、miR-6789-5p、miR-6877-5p、miR-4792、miR-4530、miR-7975、miR-6724-5p、miR-8073、miR-7977、miR-1231、miR-6799-5p、miR-615-5p、miR-4450、miR-6726-5p、miR-6875-5p、miR-4734、miR-16-5p、miR-602、miR-4651、miR-8069、miR-1238-5p、miR-6880-5p、miR-8072、miR-4723-5p、miR-4732-5p、miR-6125、miR-6090、miR-7114-5p、miR-564、miR-451a、miR-3135b、miR-4497、miR-3622a-5p、miR-6850-5p、miR-6821-5p、miR-5100、miR-6872-3p、miR-4433-3p、miR-1227-5p、miR-3188、miR-7704、miR-3185、miR-1908-3p、miR-6781-5p、miR-6805-5p、miR-8089、miR-4486、miR-6722-3p、miR-1260a、miR-4707-5p、miR-6741-5p、miR-1260b、miR-1246、miR-6845-5p、miR-4638-5p、miR-6085、miR-1228-3p、miR-4534、miR-5585-3p、miR-4741、miR-4433b-3p、miR-197-5p、miR-718、miR-4513、miR-4446-3p、miR-619-5p、miR-6816-5p、miR-6778-5p、miR-24-3p、miR-1915-3p、miR-4665-3p、miR-4449、miR-6889-5p、miR-486-3p、miR-7113-3p、miR-642a-3p、miR-7847-3p、miR-6768-5p、miR-1290、miR-7108-5p、miR-92b-5p、miR-663b、miR-3940-5p、miR-4467、miR-6858-5p、miR-4417、miR-3665、miR-4736、miR-4687-3p、miR-1908-5p、miR-5195-3p、miR-4286、miR-3679-3p、miR-6791-5p、miR-1202、miR-3656、miR-4746-3p、miR-3184-5p、miR-3937、miR-6515-3p、miR-6132、miR-187-5p、miR-7111-5p、miR-5787、miR-6779-5p、miR-4516、miR-4649-5p、miR-760、miR-3162-5p、miR-3178、miR-940、miR-4271、miR-6769b-5p、miR-4508、miR-6826-5p、miR-6757-5p、miR-3131、及び、miR-1343-3p;及び/又は、miR-6808-5p、miR-6774-5p、miR-4656、miR-6806-5p、miR-1233-5p、miR-328-5p、miR-4674、miR-2110、miR-6076、miR-3619-3p、miR-92a-2-5p、miR-128-1-5p、miR-638、miR-2861、miR-371a-5p、miR-211-3p、miR-1273g-3p、miR-1203、miR-122-5p、miR-4258、miR-4484、miR-4648及びmiR-6780b-5p;並びにそれらの前駆体及びそれらのisomiRからなる群から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと組み合わせて、胆道がんの有無を評価するための胆道がんマーカーとして使用される、請求項18に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、被験体において胆道がんへの罹患の有無の検査のために使用される、特定の
miRNAと特異的に結合可能な核酸を含む胆道がんの検出用キット又はデバイス、及び
当該核酸を用いて当該miRNAの発現量を測定することを含む胆道がんの検出方法に関
する。
【背景技術】
【0002】
胆道は肝細胞から分泌された胆汁が十二指腸に流出するまでの全排泄経路を指し、肝臓
内の肝内胆管と、肝臓外の肝外胆道系に大別される。肝外胆道系は、肝臓から十二指腸ま
で胆汁が輸出される肝外胆管、胆汁を一時的に保管して濃縮する胆嚢及び胆管と主膵管が
十二指腸内腔へ開口する部位である十二指腸乳頭部又は乳頭部の3つに大別される。
【0003】
胆道がんの大部分は内腔を覆う胆管上皮細胞ががん化したものであり、化学療法や放射
線治療は効果が薄く、早期発見による外科切除が唯一の根治治療である。しかし、初期の
胆道がんに自覚症状はなく、例えばがんが進行して胆管が閉塞し、胆汁が血管に逆流して
初めて黄疸やかゆみといった自覚症状が生じるため、進行がんの状態で発見されることが
多い。また、肝内胆管がんについては、肝外胆管を閉塞させることが少ないため、多くは
黄疸症状が出ずに無症状のまま病気が進行してしまう。国立研究開発法人国立がん研究セ
ンターがん対策情報センターが開示する2011年の日本国内における部位別のがん死亡
率の統計によると、胆道がんの死亡数は18,186人にのぼり、2003~2005年
の部位別5年相対生存率は男性で22.5%、女性で19.9%と膵臓がんに次いで悪い
。胆道は肝臓や膵臓といった重要な臓器と密接に関係しているため、これらの臓器にがん
が転移して予後を悪化させる要因となっている。
【0004】
胆道がんは発生した部位によって肝外胆管がん、胆嚢がん、乳頭部がんの3つに大別さ
れる。更に肝外胆管がんは、肝臓の入り口の肝門部(肝門部胆管がん)、肝門部から胆嚢
までの上部(上部胆管がん)、胆嚢から膵臓までの中部(中部胆管がん)、膵臓から十二
指腸乳頭部までの下部(下部胆管がん)の4つに分けられ、肝臓に近い胆管に生じたがん
ほど手術が困難であり、予後が悪いことが知られている。
【0005】
UICC(Unio Internationalis Contra Cancru
m)による肝外胆管がん、胆嚢がん及び乳頭部がんの進行度は、「胆道癌取扱い規約第5
版」(日本胆道外科研究会編、金原出版株式会社、2003年、p109)に定められて
おり、リンパ節転移、腹腔外遠隔他臓器転移、肉眼的胆管周囲進展度などによってステー
ジ0、IA、IB,IIA、IIB,III、IVa、IVbに分類される。UICCに
よる肝内胆管がんの進行度は、「TNM悪性腫瘍の分類 第7版 日本語版」(UICC
日本委員会、TNM委員会訳、金原出版株式会社、2012年、p110)に定められて
おり、リンパ節転移、腹腔外遠隔他臓器転移、肉眼的胆管周囲進展度などによってステー
ジI、II、III、IVa、IVbに分類される。
【0006】
胆道がんの最初の診断には、一般に、低侵襲的な血液生化学検査、腫瘍マーカー検査及
び腹部超音波検査が用いられる(非特許文献1)。胆道がん検出のための血液生化学検査
には、例えば肝機能障害で上昇するアルカリフォスファターゼ、γ-GTP、ビリルビン
などが用いられる。胆道がん検出のための腫瘍マーカーには、例えば、CEA、CA19
-9、DUPAN-2、CA195、CA242、IL-6などが知られている。これら
の腫瘍マーカーの使い方としては、その血中濃度が予め設けておいた基準値より高い又は
低い場合にがんが疑われる。例えば非特許文献2に記載されているように、CEAの基準
値は5ng/mL、CA19-9の基準値は37U/mLと設定されており、それ以上の
値を示す場合には、胆道がんを含むがんが疑われる。
【0007】
また研究段階ではあるが血液をはじめとする生体サンプル中のタンパク質や遺伝子の発
現量を用いて胆道がんを検出するという報告がある。
【0008】
特許文献1には、胆道組織中のタンパク質の発現量を用いて胆道がんを検出する方法が
記載されている。
【0009】
特許文献2では、血液中の細胞(単核球など)から抽出されたmRNA遺伝子を用いて
胆道がんを含む消化器がんを診断する方法が記載されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0010】
【特許文献1】特開2012-237685号公報
【特許文献2】特開2013-223520号公報
【非特許文献】
【0011】
【非特許文献1】胆道癌診療ガイドライン作成出版委員会編、「エビデンスに基づいた胆道癌診療ガイドライン」、医学図書出版株式会社、2007年、p38-39
【非特許文献2】黒川清、臨床検査データブック、2013年、p633、636
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0012】
本発明の課題は、新規な胆道がん腫瘍マーカーを見出し、当該マーカーに特異的に結合
可能な核酸を用いて胆道がんを効果的に検出できる方法を提供することである。非特許文
献1に記載されるように、胆道がんの最初の診断には、一般に、低侵襲的な血液生化学検
査、腫瘍マーカー検査及び腹部超音波検査が用いられる。腹部超音波検査による胆道がん
の腫瘍描出率(画像によりがんが発見できる確率)は21~90%(非特許文献1)と幅
があり、特にがん占拠部位が下部胆管の場合は描出率が低下してしまう。血液生化学検査
では、例えば肝機能障害で上昇するアルカリフォスファターゼ、γ-GTP、ビリルビン
などが胆道がん検出にも用いられるが、これらの血液生化学検査は胆道がんを特異的に検
出するわけではない。また、胆道がん検出用の腫瘍マーカーとして、例えば、CEA、C
A19-9、DUPAN-2、CA195、CA242、IL-6などが知られている。
このうち、CEAは胆道がん患者の40~70%で上昇すること、CA19-9は50~
79%の胆道がん患者で上昇することが知られているが(非特許文献1)、胆道がんに特
異的ではなく、また非特許文献1において早期診断に用いることは困難であると記載され
ている。また、DUPAN-2、CA195、CA242、IL-6については、非特許
文献1において、その臨床的有用性がはっきりしていないと記載されている。そのため、
従来の腫瘍マーカーを用いた場合には、他のがん、及び/又は胆道及び/又は胆道周辺臓
器の良性腫瘍及び/又は良性疾患などを誤検出する可能性も考えられる。
【0013】
また研究段階ではあるが血液をはじめとする生体サンプル中のタンパク質や遺伝子の発
現量を用いて胆道がんを検出するという報告が下記のようにあるが、いずれも実用化に至
ってはいない。
【0014】
特許文献1では、胆道組織中のタンパク質の発現量を用いて胆道がんを検出する方法が
記載されている。しかしながら、本検出方法では検体入手のために外科手術による組織切
除が必須であり、この工程は患者に与える肉体的負担が重いため、検査方法としては好ま
しくない。また特許文献1には、本検出方法に関して、胆道がんを判別する具体的な精度
、感度、特異度などの検出性能についての記載が無く、産業的実用性に乏しい。
【0015】
特許文献2では、血液中の細胞(単核球など)から抽出されたmRNA遺伝子を用いて
胆道がんを含む消化器がんを診断する方法が記載されている。しかしながら、本検出方法
は数十個から数百個のmRNAを組み合わせて使用する必要があり、実際に検査として開
発した場合には検査費用の増大と判別アルゴリズムの複雑性が懸念される。また、mRN
Aは血液中では分解し易く不安定であるとされることから、検査対象としては好ましくな
い。
【0016】
このように、胆道がんの検出において、既存の腫瘍マーカーはその性能が低いか、また
研究段階のマーカーについては性能や検出の方法が具体的に示されていないため、これら
を利用した場合には、健常体を胆道がん患者と誤検出することによる無駄な追加検査の実
施や、胆道がん患者を見落とすことによる治療機会の逸失がおこる可能性がある。また、
数十個~数百個からなる遺伝子を測定することは検査費用を増大させるため、健康診断の
ような大規模なスクリーニングには使用しづらい。また、腫瘍マーカーを測定するために
胆道組織を採取することは患者に与える侵襲性が高く好ましくないため、低侵襲に採取で
きる血液からの検出が可能で、胆道がん患者を胆道がん患者と、健常体を健常体と正しく
判別できる、精度の高い胆道がんマーカーが求められる。特に、胆道がんは早期発見によ
る切除が唯一の根治治療となるため、感度の高い胆道がんマーカーが切望されている。
【課題を解決するための手段】
【0017】
本発明者らは上記課題を解決すべく鋭意検討の結果、低侵襲に採取できる血液から胆道
がんの検出マーカーに使用可能な数個の遺伝子を見出し、これに特異的に結合可能な核酸
を用いることにより、胆道がんを有意に検出できることを見いだし、本発明を完成するに
至った。
【0018】
<発明の概要>
すなわち、本発明は、以下の特徴を有する。
(1)胆道がんマーカーである、miR-125a-3p、miR-6893-5p、m
iR-204-3p、miR-4476、miR-4294、miR-150-3p、m
iR-6729-5p、miR-7641、miR-6765-3p、miR-6820
-5p、miR-575、miR-6836-3p、miR-1469、miR-663
a、miR-6075、miR-4634、miR-423-5p、miR-4454、
miR-7109-5p、miR-6789-5p、miR-6877-5p、miR-
4792、miR-4530、miR-7975、miR-6724-5p、miR-8
073、miR-7977、miR-1231、miR-6799-5p、miR-61
5-5p、miR-4450、miR-6726-5p、miR-6875-5p、mi
R-4734、miR-16-5p、miR-602、miR-4651、miR-80
69、miR-1238-5p、miR-6880-5p、miR-8072、miR-
4723-5p、miR-4732-5p、miR-6125、miR-6090、mi
R-7114-5p、miR-564、miR-451a、miR-3135b、miR
-4497、miR-4665-5p、miR-3622a-5p、miR-6850-
5p、miR-6821-5p、miR-5100、miR-6872-3p、miR-
4433-3p、miR-1227-5p、miR-3188、miR-7704、mi
R-3185、miR-1908-3p、miR-6781-5p、miR-6805-
5p、miR-8089、miR-665、miR-4486、miR-6722-3p
、miR-1260a、miR-4707-5p、miR-6741-5p、miR-1
260b、miR-1246、miR-6845-5p、miR-4638-5p、mi
R-6085、miR-1228-3p、miR-4534、miR-5585-3p、
miR-4741、miR-4433b-3p、miR-197-5p、miR-718
、miR-4513、miR-4446-3p、miR-619-5p、miR-681
6-5p、miR-6778-5p、miR-24-3p、miR-1915-3p、m
iR-4665-3p、miR-4449、miR-6889-5p、miR-486-
3p、miR-7113-3p、miR-642a-3p、miR-7847-3p、m
iR-6768-5p、miR-1290、miR-7108-5p、miR-92b-
5p、miR-663b、miR-3940-5p、miR-4467、miR-685
8-5p、miR-4417、miR-3665、miR-4736、miR-4687
-3p、miR-1908-5p、miR-5195-3p、miR-4286、miR
-3679-3p、miR-6791-5p、miR-1202、miR-3656、m
iR-4746-3p、miR-3184-5p、miR-3937、miR-6515
-3p、miR-6132、miR-187-5p、miR-7111-5p、miR-
5787、miR-6779-5p、miR-4516、miR-4649-5p、mi
R-760、miR-3162-5p、miR-3178、miR-940、miR-4
271、miR-6769b-5p、miR-4508、miR-6826-5p、mi
R-6757-5p、miR-3131、及び、miR-1343-3pからなる群から
選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、胆
道がんの検出用キット。
【0019】
(2)miR-125a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-68
93-5pがhsa-miR-6893-5pであり、miR-204-3pがhsa-
miR-204-3pであり、miR-4476がhsa-miR-4476であり、m
iR-4294がhsa-miR-4294であり、miR-150-3pがhsa-m
iR-150-3pであり、miR-6729-5pがhsa-miR-6729-5p
であり、miR-7641がhsa-miR-7641であり、miR-6765-3p
がhsa-miR-6765-3pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-
6820-5pであり、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-68
36-3pがhsa-miR-6836-3pであり、miR-1469がhsa-mi
R-1469であり、miR-663aがhsa-miR-663aであり、miR-6
075がhsa-miR-6075であり、miR-4634がhsa-miR-463
4であり、miR-423-5pがhsa-miR-423-5pであり、miR-44
54がhsa-miR-4454であり、miR-7109-5pがhsa-miR-7
109-5pであり、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり
、miR-6877-5pがhsa-miR-6877-5pであり、miR-4792
がhsa-miR-4792であり、miR-4530がhsa-miR-4530であ
り、miR-7975がhsa-miR-7975であり、miR-6724-5pがh
sa-miR-6724-5pであり、miR-8073がhsa-miR-8073で
あり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、miR-1231がhsa
-miR-1231であり、miR-6799-5pがhsa-miR-6799-5p
であり、miR-615-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-445
0がhsa-miR-4450であり、miR-6726-5pがhsa-miR-67
26-5pであり、miR-6875-5pがhsa-miR-6875-5pであり、
miR-4734がhsa-miR-4734であり、miR-16-5pがhsa-m
iR-16-5pであり、miR-602がhsa-miR-602であり、miR-4
651がhsa-miR-4651であり、miR-8069がhsa-miR-806
9であり、miR-1238-5pがhsa-miR-1238-5pであり、miR-
6880-5pがhsa-miR-6880-5pであり、miR-8072がhsa-
miR-8072であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5pで
あり、miR-4732-5pがhsa-miR-4732-5pであり、miR-61
25がhsa-miR-6125であり、miR-6090がhsa-miR-6090
であり、miR-7114-5pがhsa-miR-7114-5pであり、miR-5
64がhsa-miR-564であり、miR-451aがhsa-miR-451aで
あり、miR-3135bがhsa-miR-3135bであり、miR-4497がh
sa-miR-4497であり、miR-4665-5pがhsa-miR-4665-
5pであり、miR-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pであり、m
iR-6850-5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-6821-5
pがhsa-miR-6821-5pであり、miR-5100がhsa-miR-51
00であり、miR-6872-3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR
-4433-3pがhsa-miR-4433-3pであり、miR-1227-5pが
hsa-miR-1227-5pであり、miR-3188がhsa-miR-3188
であり、miR-7704がhsa-miR-7704であり、miR-3185がhs
a-miR-3185であり、miR-1908-3pがhsa-miR-1908-3
pであり、miR-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、miR-
6805-5pがhsa-miR-6805-5pであり、miR-8089がhsa-
miR-8089であり、miR-665がhsa-miR-665であり、miR-4
486がhsa-miR-4486であり、miR-6722-3pがhsa-miR-
6722-3pであり、miR-1260aがhsa-miR-1260aであり、mi
R-4707-5pがhsa-miR-4707-5pであり、miR-6741-5p
がhsa-miR-6741-5pであり、miR-1260bがhsa-miR-12
60bであり、miR-1246がhsa-miR-1246であり、miR-6845
-5pがhsa-miR-6845-5pであり、miR-4638-5pがhsa-m
iR-4638-5pであり、miR-6085がhsa-miR-6085であり、m
iR-1228-3pがhsa-miR-1228-3pであり、miR-4534がh
sa-miR-4534であり、miR-5585-3pがhsa-miR-5585-
3pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり、miR-4433b
-3pがhsa-miR-4433b-3pであり、miR-197-5pがhsa-m
iR-197-5pであり、miR-718がhsa-miR-718であり、miR-
4513がhsa-miR-4513であり、miR-4446-3pがhsa-miR
-4446-3pであり、miR-619-5pがhsa-miR-619-5pであり
、miR-6816-5pがhsa-miR-6816-5pであり、miR-6778
-5pがhsa-miR-6778-5pであり、miR-24-3pがhsa-miR
-24-3pであり、miR-1915-3pがhsa-miR-1915-3pであり
、miR-4665-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-4449
がhsa-miR-4449であり、miR-6889-5pがhsa-miR-688
9-5pであり、miR-486-3pがhsa-miR-486-3pであり、miR
-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、miR-642a-3pが
hsa-miR-642a-3pであり、miR-7847-3pがhsa-miR-7
847-3pであり、miR-6768-5pがhsa-miR-6768-5pであり
、miR-1290がhsa-miR-1290であり、miR-7108-5pがhs
a-miR-7108-5pであり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-
5pであり、miR-663bがhsa-miR-663bであり、miR-3940-
5pがhsa-miR-3940-5pであり、miR-4467がhsa-miR-4
467であり、miR-6858-5pがhsa-miR-6858-5pであり、mi
R-4417がhsa-miR-4417であり、miR-3665がhsa-miR-
3665であり、miR-4736がhsa-miR-4736であり、miR-468
7-3pがhsa-miR-4687-3pであり、miR-1908-5pがhsa-
miR-1908-5pであり、miR-5195-3pがhsa-miR-5195-
3pであり、miR-4286がhsa-miR-4286であり、miR-3679-
3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-6791-5pがhsa-mi
R-6791-5pであり、miR-1202がhsa-miR-1202であり、mi
R-3656がhsa-miR-3656であり、miR-4746-3pがhsa-m
iR-4746-3pであり、miR-3184-5pがhsa-miR-3184-5
pであり、miR-3937がhsa-miR-3937であり、miR-6515-3
pがhsa-miR-6515-3pであり、miR-6132がhsa-miR-61
32であり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5pであり、miR-7
111-5pがhsa-miR-7111-5pであり、miR-5787がhsa-m
iR-5787であり、及び、miR-6779-5pがhsa-miR-6779-5
pであり、miR-4516がhsa-miR-4516であり、miR-4649-5
pがhsa-miR-4649-5pであり、miR-760がhsa-miR-760
であり、miR-3162-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-3
178がhsa-miR-3178であり、miR-940がhsa-miR-940で
あり、miR-4271がhsa-miR-4271であり、miR-6769b-5p
がhsa-miR-6769b-5pであり、miR-4508がhsa-miR-45
08であり、miR-6826-5pがhsa-miR-6826-5pであり、miR
-6757-5pがhsa-miR-6757-5pであり、miR-3131がhsa
-miR-3131であり、及び、miR-1343-3pがhsa-miR-1343
-3pである、(1)に記載のキット。
【0020】
(3)前記核酸が、下記の(a)~(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該
塩基配列においてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘
導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌ
クレオチド、
(c)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該
塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、
その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列もしくは当該
塩基配列においてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及
び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(1)又は(2)に記載のキット。
【0021】
(4)前記キットが、別の胆道がんマーカーである、miR-6808-5p、miR-
6774-5p、miR-4656、miR-6806-5p、miR-1233-5p
、miR-328-5p、miR-4674、miR-2110、miR-6076、m
iR-3619-3p、miR-92a-2-5p、miR-128-1-5p、miR
-638、miR-2861、miR-371a-5p、miR-211-3p、miR
-1273g-3p、miR-1203、miR-122-5p、miR-4258、m
iR-4484、miR-4648及びmiR-6780b-5pからなる群から選択さ
れる少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む、(
1)~(3)のいずれかに記載のキット。
【0022】
(5)miR-6808-5pがhsa-miR-6808-5pであり、miR-67
74-5pがhsa-miR-6774-5pであり、miR-4656がhsa-mi
R-4656であり、miR-6806-5pがhsa-miR-6806-5pであり
、miR-1233-5pがhsa-miR-1233-5pであり、miR-328-
5pがhsa-miR-328-5pであり、miR-4674がhsa-miR-46
74であり、miR-2110がhsa-miR-2110であり、miR-6076が
hsa-miR-6076であり、miR-3619-3pがhsa-miR-3619
-3pであり、miR-92a-2-5pがhsa-miR-92a-2-5pであり、
miR-128-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR-638
がhsa-miR-638であり、miR-2861がhsa-miR-2861であり
、miR-371a-5pがhsa-miR-371a-5pであり、miR-211-
3pがhsa-miR-211-3pであり、miR-1273g-3pがhsa-mi
R-1273g-3pであり、miR-1203がhsa-miR-1203であり、m
iR-122-5pがhsa-miR-122-5pであり、miR-4258がhsa
-miR-4258であり、miR-4484がhsa-miR-4484であり、mi
R-4648がhsa-miR-4648であり、及び、miR-6780b-5pがh
sa-miR-6780b-5pである、(4)に記載のキット。
【0023】
(6)前記核酸が、下記の(f)~(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は1
5以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、
その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(4)又は(5)に記載のキット。
【0024】
(7)前記キットが、(1)又は(2)に記載のすべての胆道がんマーカーから選択され
る少なくとも2つ以上のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくとも2
つ以上の核酸を含む、(1)~(6)のいずれかに記載のキット。
【0025】
(8)胆道がんマーカーである、miR-125a-3p、miR-6893-5p、m
iR-204-3p、miR-4476、miR-4294、miR-150-3p、m
iR-6729-5p、miR-7641、miR-6765-3p、miR-6820
-5p、miR-575、miR-6836-3p、miR-1469、miR-663
a、miR-6075、miR-4634、miR-423-5p、miR-4454、
miR-7109-5p、miR-6789-5p、miR-6877-5p、miR-
4792、miR-4530、miR-7975、miR-6724-5p、miR-8
073、miR-7977、miR-1231、miR-6799-5p、miR-61
5-5p、miR-4450、miR-6726-5p、miR-6875-5p、mi
R-4734、miR-16-5p、miR-602、miR-4651、miR-80
69、miR-1238-5p、miR-6880-5p、miR-8072、miR-
4723-5p、miR-4732-5p、miR-6125、miR-6090、mi
R-7114-5p、miR-564、miR-451a、miR-3135b、miR
-4497、miR-4665-5p、miR-3622a-5p、miR-6850-
5p、miR-6821-5p、miR-5100、miR-6872-3p、miR-
4433-3p、miR-1227-5p、miR-3188、miR-7704、mi
R-3185、miR-1908-3p、miR-6781-5p、miR-6805-
5p、miR-8089、miR-665、miR-4486、miR-6722-3p
、miR-1260a、miR-4707-5p、miR-6741-5p、miR-1
260b、miR-1246、miR-6845-5p、miR-4638-5p、mi
R-6085、miR-1228-3p、miR-4534、miR-5585-3p、
miR-4741、miR-4433b-3p、miR-197-5p、miR-718
、miR-4513、miR-4446-3p、miR-619-5p、miR-681
6-5p、miR-6778-5p、miR-24-3p、miR-1915-3p、m
iR-4665-3p、miR-4449、miR-6889-5p、miR-486-
3p、miR-7113-3p、miR-642a-3p、miR-7847-3p、m
iR-6768-5p、miR-1290、miR-7108-5p、miR-92b-
5p、miR-663b、miR-3940-5p、miR-4467、miR-685
8-5p、miR-4417、miR-3665、miR-4736、miR-4687
-3p、miR-1908-5p、miR-5195-3p、miR-4286、miR
-3679-3p、miR-6791-5p、miR-1202、miR-3656、m
iR-4746-3p、miR-3184-5p、miR-3937、miR-6515
-3p、miR-6132、miR-187-5p、miR-7111-5p、miR-
5787、miR-6779-5p、miR-4516、miR-4649-5p、mi
R-760、miR-3162-5p、miR-3178、miR-940、miR-4
271、miR-6769b-5p、miR-4508、miR-6826-5p、mi
R-6757-5p、miR-3131、及び、miR-1343-3pからなる群から
選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を含む、胆
道がんの検出用デバイス。
【0026】
(9)miR-125a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-68
93-5pがhsa-miR-6893-5pであり、miR-204-3pがhsa-
miR-204-3pであり、miR-4476がhsa-miR-4476であり、m
iR-4294がhsa-miR-4294であり、miR-150-3pがhsa-m
iR-150-3pであり、miR-6729-5pがhsa-miR-6729-5p
であり、miR-7641がhsa-miR-7641であり、miR-6765-3p
がhsa-miR-6765-3pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-
6820-5pであり、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-68
36-3pがhsa-miR-6836-3pであり、miR-1469がhsa-mi
R-1469であり、miR-663aがhsa-miR-663aであり、miR-6
075がhsa-miR-6075であり、miR-4634がhsa-miR-463
4であり、miR-423-5pがhsa-miR-423-5pであり、miR-44
54がhsa-miR-4454であり、miR-7109-5pがhsa-miR-7
109-5pであり、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり
、miR-6877-5pがhsa-miR-6877-5pであり、miR-4792
がhsa-miR-4792であり、miR-4530がhsa-miR-4530であ
り、miR-7975がhsa-miR-7975であり、miR-6724-5pがh
sa-miR-6724-5pであり、miR-8073がhsa-miR-8073で
あり、miR-7977がhsa-miR-7977であり、miR-1231がhsa
-miR-1231であり、miR-6799-5pがhsa-miR-6799-5p
であり、miR-615-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-445
0がhsa-miR-4450であり、miR-6726-5pがhsa-miR-67
26-5pであり、miR-6875-5pがhsa-miR-6875-5pであり、
miR-4734がhsa-miR-4734であり、miR-16-5pがhsa-m
iR-16-5pであり、miR-602がhsa-miR-602であり、miR-4
651がhsa-miR-4651であり、miR-8069がhsa-miR-806
9であり、miR-1238-5pがhsa-miR-1238-5pであり、miR-
6880-5pがhsa-miR-6880-5pであり、miR-8072がhsa-
miR-8072であり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5pで
あり、miR-4732-5pがhsa-miR-4732-5pであり、miR-61
25がhsa-miR-6125であり、miR-6090がhsa-miR-6090
であり、miR-7114-5pがhsa-miR-7114-5pであり、miR-5
64がhsa-miR-564であり、miR-451aがhsa-miR-451aで
あり、miR-3135bがhsa-miR-3135bであり、miR-4497がh
sa-miR-4497であり、miR-4665-5pがhsa-miR-4665-
5pであり、miR-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pであり、m
iR-6850-5pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-6821-5
pがhsa-miR-6821-5pであり、miR-5100がhsa-miR-51
00であり、miR-6872-3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR
-4433-3pがhsa-miR-4433-3pであり、miR-1227-5pが
hsa-miR-1227-5pであり、miR-3188がhsa-miR-3188
であり、miR-7704がhsa-miR-7704であり、miR-3185がhs
a-miR-3185であり、miR-1908-3pがhsa-miR-1908-3
pであり、miR-6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、miR-
6805-5pがhsa-miR-6805-5pであり、miR-8089がhsa-
miR-8089であり、miR-665がhsa-miR-665であり、miR-4
486がhsa-miR-4486であり、miR-6722-3pがhsa-miR-
6722-3pであり、miR-1260aがhsa-miR-1260aであり、mi
R-4707-5pがhsa-miR-4707-5pであり、miR-6741-5p
がhsa-miR-6741-5pであり、miR-1260bがhsa-miR-12
60bであり、miR-1246がhsa-miR-1246であり、miR-6845
-5pがhsa-miR-6845-5pであり、miR-4638-5pがhsa-m
iR-4638-5pであり、miR-6085がhsa-miR-6085であり、m
iR-1228-3pがhsa-miR-1228-3pであり、miR-4534がh
sa-miR-4534であり、miR-5585-3pがhsa-miR-5585-
3pであり、miR-4741がhsa-miR-4741であり、miR-4433b
-3pがhsa-miR-4433b-3pであり、miR-197-5pがhsa-m
iR-197-5pであり、miR-718がhsa-miR-718であり、miR-
4513がhsa-miR-4513であり、miR-4446-3pがhsa-miR
-4446-3pであり、miR-619-5pがhsa-miR-619-5pであり
、miR-6816-5pがhsa-miR-6816-5pであり、miR-6778
-5pがhsa-miR-6778-5pであり、miR-24-3pがhsa-miR
-24-3pであり、miR-1915-3pがhsa-miR-1915-3pであり
、miR-4665-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-4449
がhsa-miR-4449であり、miR-6889-5pがhsa-miR-688
9-5pであり、miR-486-3pがhsa-miR-486-3pであり、miR
-7113-3pがhsa-miR-7113-3pであり、miR-642a-3pが
hsa-miR-642a-3pであり、miR-7847-3pがhsa-miR-7
847-3pであり、miR-6768-5pがhsa-miR-6768-5pであり
、miR-1290がhsa-miR-1290であり、miR-7108-5pがhs
a-miR-7108-5pであり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-
5pであり、miR-663bがhsa-miR-663bであり、miR-3940-
5pがhsa-miR-3940-5pであり、miR-4467がhsa-miR-4
467であり、miR-6858-5pがhsa-miR-6858-5pであり、mi
R-4417がhsa-miR-4417であり、miR-3665がhsa-miR-
3665であり、miR-4736がhsa-miR-4736であり、miR-468
7-3pがhsa-miR-4687-3pであり、miR-1908-5pがhsa-
miR-1908-5pであり、miR-5195-3pがhsa-miR-5195-
3pであり、miR-4286がhsa-miR-4286であり、miR-3679-
3pがhsa-miR-3679-3pであり、miR-6791-5pがhsa-mi
R-6791-5pであり、miR-1202がhsa-miR-1202であり、mi
R-3656がhsa-miR-3656であり、miR-4746-3pがhsa-m
iR-4746-3pであり、miR-3184-5pがhsa-miR-3184-5
pであり、miR-3937がhsa-miR-3937であり、miR-6515-3
pがhsa-miR-6515-3pであり、miR-6132がhsa-miR-61
32であり、miR-187-5pがhsa-miR-187-5pであり、miR-7
111-5pがhsa-miR-7111-5pであり、miR-5787がhsa-m
iR-5787であり、及び、miR-6779-5pがhsa-miR-6779-5
pであり、miR-4516がhsa-miR-4516であり、miR-4649-5
pがhsa-miR-4649-5pであり、miR-760がhsa-miR-760
であり、miR-3162-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-3
178がhsa-miR-3178であり、miR-940がhsa-miR-940で
あり、miR-4271がhsa-miR-4271であり、miR-6769b-5p
がhsa-miR-6769b-5pであり、miR-4508がhsa-miR-45
08であり、miR-6826-5pがhsa-miR-6826-5pであり、miR
-6757-5pがhsa-miR-6757-5pであり、miR-3131がhsa
-miR-3131であり、及び、miR-1343-3pがhsa-miR-1343
-3pである、(8)に記載のデバイス。
【0027】
(10)前記核酸が、下記の(a)~(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、そ
の誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌ
クレオチド、
(c)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチ
ド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(8)又は(9)に記載のデバイス
。
【0028】
(11)前記デバイスが、別の胆道がんマーカーである、miR-6808-5p、mi
R-6774-5p、miR-4656、miR-6806-5p、miR-1233-
5p、miR-328-5p、miR-4674、miR-2110、miR-6076
、miR-3619-3p、miR-92a-2-5p、miR-128-1-5p、m
iR-638、miR-2861、miR-371a-5p、miR-211-3p、m
iR-1273g-3p、miR-1203、miR-122-5p、miR-4258
、miR-4484、miR-4648及びmiR-6780b-5pからなる群から選
択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸をさらに含む
、(8)~(10)のいずれかに記載のデバイス。
【0029】
(12)miR-6808-5pがhsa-miR-6808-5pであり、miR-6
774-5pがhsa-miR-6774-5pであり、miR-4656がhsa-m
iR-4656であり、miR-6806-5pがhsa-miR-6806-5pであ
り、miR-1233-5pがhsa-miR-1233-5pであり、miR-328
-5pがhsa-miR-328-5pであり、miR-4674がhsa-miR-4
674であり、miR-2110がhsa-miR-2110であり、miR-6076
がhsa-miR-6076であり、miR-3619-3pがhsa-miR-361
9-3pであり、miR-92a-2-5pがhsa-miR-92a-2-5pであり
、miR-128-1-5pがhsa-miR-128-1-5pであり、miR-63
8がhsa-miR-638であり、miR-2861がhsa-miR-2861であ
り、miR-371a-5pがhsa-miR-371a-5pであり、miR-211
-3pがhsa-miR-211-3pであり、miR-1273g-3pがhsa-m
iR-1273g-3pであり、miR-1203がhsa-miR-1203であり、
miR-122-5pがhsa-miR-122-5pであり、miR-4258がhs
a-miR-4258であり、miR-4484がhsa-miR-4484であり、m
iR-4648がhsa-miR-4648であり、及び、miR-6780b-5pが
hsa-miR-6780b-5pである、(11)に記載のデバイス。
【0030】
(13)前記核酸が、下記の(f)~(j)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又
は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異
体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択されるポリヌクレオチドである、(11)又は(12)に記載のデバ
イス。
【0031】
(14)前記デバイスが、ハイブリダイゼーション技術による測定のためのデバイスであ
る、(8)~(13)のいずれかに記載のデバイス。
(15)前記ハイブリダイゼーション技術が、核酸アレイ技術である、(14)に記載の
デバイス。
(16)前記デバイスが、(8)又は(9)に記載のすべての胆道がんマーカーから選択
される少なくとも2つ以上のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的に結合可能な少なくと
も2つ以上の核酸を含む、(8)~(15)のいずれかに記載のデバイス。
【0032】
(17)(1)~(7)のいずれかに記載のキット又は(8)~(16)のいずれかに記
載のデバイスを用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定された
発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて、被験体が胆道がんに罹患し
ていること、又は胆道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含
む、胆道がんの検出方法。
(18)前記被験体が、ヒトである、(17)に記載の方法。
(19)前記検体が、血液、血清又は血漿である、(17)又は(18)に記載の方法。
【0033】
<用語の定義>
本明細書中で使用する用語は、以下の定義を有する。
【0034】
本明細書において「胆道がん」とは、胆道において形成される全ての悪性腫瘍をいう。
具体的には、肝外胆管がん、胆嚢がん、乳頭部がん、十二指腸乳頭部がん、及び肝内胆管
がんなどが含まれる。
【0035】
本明細書において「胆道及び/又は胆道周辺臓器の良性腫瘍及び/又は良性疾患」とは
、胆道、肝臓、膵臓に関する非悪性腫瘍の疾患をいう。
【0036】
ヌクレオチド、ポリヌクレオチド、DNA、RNAなどの略号による表示は、「塩基配
列又はアミノ酸配列を含む明細書等の作成のためのガイドライン」(日本国特許庁編)及
び当技術分野における慣用に従うものとする。
【0037】
本明細書において「ポリヌクレオチド」とは、RNA、DNA、及びRNA/DNA(
キメラ)のいずれも包含する核酸に対して用いられる。なお、上記DNAには、cDNA
、ゲノムDNA、及び合成DNAのいずれもが含まれる。また上記RNAには、tota
l RNA、mRNA、rRNA、miRNA、siRNA、snoRNA、snRNA
、非コーディング(non-coding)RNA及び合成RNAのいずれもが含まれる
。本明細書において「合成DNA」及び「合成RNA」は、所定の塩基配列(天然型配列
又は非天然型配列のいずれでもよい。)に基づいて、例えば自動核酸合成機を用いて、人
工的に作製されたDNA及びRNAをいう。本明細書において「非天然型配列」は、広義
の意味に用いることを意図しており、天然型配列と異なる、例えば1以上のヌクレオチド
の置換、欠失、挿入及び/又は付加を含む配列(すなわち、変異配列)、1以上の修飾ヌ
クレオチドを含む配列(すなわち、修飾配列)、などを包含する。また、本明細書では、
ポリヌクレオチドは核酸と互換的に使用される。
【0038】
本明細書において「断片」とは、ポリヌクレオチドの連続した一部分の塩基配列を有す
るポリヌクレオチドであり、15塩基以上、好ましくは17塩基以上、より好ましくは1
9塩基以上の長さを有することが望ましい。
【0039】
本明細書において「遺伝子」とは、RNA、及び2本鎖DNAのみならず、それを構成
する正鎖(又はセンス鎖)又は相補鎖(又はアンチセンス鎖)などの各1本鎖DNAを包
含することを意図して用いられる。またその長さによって特に制限されるものではない。
【0040】
従って、本明細書において「遺伝子」は、特に言及しない限り、ヒトゲノムDNAを含
む2本鎖DNA、1本鎖DNA(正鎖)、当該正鎖と相補的な配列を有する1本鎖DNA
(相補鎖。cDNAを含む。)、マイクロRNA(miRNA)、及びこれらの断片、並
びに転写産物のいずれも含む。また当該「遺伝子」は特定の塩基配列(又は配列番号)で
表される「遺伝子」だけではなく、これらによってコードされるRNAと生物学的機能が
同等であるRNA、例えば同族体(すなわち、ホモログもしくはオーソログ)、遺伝子多
型などの変異体、及び誘導体をコードする「核酸」を包含する。かかる同族体、変異体又
は誘導体をコードする「核酸」としては、具体的には、後に記載したストリンジェントな
条件下で、配列番号1~509のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を有する「核酸
」を挙げることができる。なお、「遺伝子」は、機能領域の別を問うものではなく、例え
ば発現制御領域、コード領域、エキソン又はイントロンを含むことができる。また、「遺
伝子」は細胞に含まれていてもよく、細胞外に放出されて単独で存在していてもよく、ま
たエキソソームと呼ばれる小胞に内包された状態にあってもよい。
【0041】
本明細書において「エキソソーム」(別称「エクソソーム」)とは、細胞から分泌され
る脂質二重膜に包まれた小胞である。エキソソームは多胞エンドソームに由来し、細胞外
環境に放出される際にRNA、DNA等の「遺伝子」やタンパク質などの生体物質を内部
に含むことがある。エキソソームは血液、血清、血漿、リンパ液等の体液に含まれること
が知られている。
【0042】
本明細書において「転写産物」とは、遺伝子のDNA配列を鋳型にして合成されたRN
Aのことをいう。RNAポリメラーゼが遺伝子の上流にあるプロモーターと呼ばれる部位
に結合し、DNAの塩基配列に相補的になるように3’末端にリボヌクレオチドを結合さ
せていく形でRNAが合成される。このRNAには遺伝子そのもののみならず、発現制御
領域、コード領域、エキソン又はイントロンをはじめとする転写開始点からポリA配列の
末端にいたるまでの全配列が含まれる。
【0043】
また、本明細書において「マイクロRNA(miRNA)」は、特に言及しない限り、
ヘアピン様構造のRNA前駆体として転写され、RNase III切断活性を有するd
sRNA切断酵素により切断され、RISCと称するタンパク質複合体に取り込まれ、m
RNAの翻訳抑制に関与する15~25塩基の非コーディングRNAを意図して用いられ
る。また本明細書で使用する「miRNA」は特定の塩基配列(又は配列番号)で表され
る「miRNA」だけではなく、当該「miRNA」の前駆体(pre-miRNA、p
ri-miRNA)、及びこれらと生物学的機能が同等であるmiRNA、例えば同族体
(すなわち、ホモログもしくはオーソログ)、遺伝子多型などの変異体、及び誘導体も包
含する。かかる前駆体、同族体、変異体又は誘導体としては、具体的には、miRBas
e release 20(http://www.mirbase.org/)により
同定することができ、後に記載したストリンジェントな条件下で、配列番号1~509の
いずれかで表されるいずれかの特定塩基配列の相補配列とハイブリダイズする塩基配列を
有する「miRNA」を挙げることができる。さらにまた、本明細書で使用する「miR
NA」は、miR遺伝子の遺伝子産物であってもよく、そのような遺伝子産物は、成熟m
iRNA(例えば、上記のようなmRNAの翻訳抑制に関与する15~25塩基、又は1
9~25塩基、の非コーディングRNA)又はmiRNA前駆体(例えば、前記のような
pre-miRNA又はpri-miRNA)を包含する。
【0044】
本明細書において「プローブ」とは、遺伝子の発現によって生じたRNA又はそれに由
来するポリヌクレオチドを特異的に検出するために使用されるポリヌクレオチド及び/又
はそれに相補的なポリヌクレオチドを包含する。
【0045】
本明細書において「プライマー」とは、遺伝子の発現によって生じたRNA又はそれに
由来するポリヌクレオチドを特異的に認識し、増幅するポリヌクレオチド及び/又はそれ
に相補的なポリヌクレオチドを包含する。
【0046】
ここで相補的なポリヌクレオチド(相補鎖、逆鎖)とは、配列番号1~509のいずれ
かによって定義される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、
からなるポリヌクレオチドの全長配列、又はその部分配列、(ここでは便宜上、これを正
鎖と呼ぶ)に対してA:T(U)、G:Cといった塩基対関係に基づいて、塩基的に相補
的な関係にあるポリヌクレオチドを意味する。ただし、かかる相補鎖は、対象とする正鎖
の塩基配列と完全に相補配列を形成する場合に限らず、対象とする正鎖とストリンジェン
トな条件でハイブリダイズできる程度の相補関係を有するものであってもよい。
【0047】
本明細書において「ストリンジェントな条件」とは、核酸プローブが他の配列に対する
よりも大きな程度(例えばバックグラウンド測定値の平均+バックグラウンド測定値の標
準誤差×2以上の測定値)で、その標的配列に対してハイブリダイズする条件をいう。ス
トリンジェントな条件は配列依存性であり、ハイブリダイゼーションが行われる環境によ
って異なる。ハイブリダイゼーション及び/又は洗浄条件のストリンジェンシーを制御す
ることにより、核酸プローブに対して100%相補的である標的配列が同定され得る。「
ストリンジェントな条件」の具体例は、後述する。
【0048】
本明細書において「Tm値」とは、ポリヌクレオチドの二本鎖部分が一本鎖へと変性し
、二本鎖と一本鎖が1:1の比で存在する温度を意味する。
【0049】
本明細書において「変異体」とは、核酸の場合、多型性、突然変異などに起因した天然
の変異体、あるいは配列番号1~509のいずれかの塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、又はその部分配列において1又は2以上の塩基の欠失、置
換、付加又は挿入を含む変異体、あるいは当該塩基配列の各々又はその部分配列と約90
%以上、約95%以上、約97%以上、約98%以上、約99%以上の%同一性を示す変
異体、あるいは当該塩基配列又はその部分配列を含むポリヌクレオチド又はオリゴヌクレ
オチドと上記定義のストリンジェントな条件でハイブリダイズする核酸を意味する。
【0050】
本明細書において「数個」とは、約10、9、8、7、6、5、4、3又は2個の整数
を意味する。
【0051】
本明細書において、変異体は、部位特異的突然変異誘発法、PCR法を利用した突然変
異導入法などの周知の技術を用いて作製可能である。
【0052】
本明細書において「%同一性」は、上記のBLASTやFASTAによるタンパク質又
は遺伝子の検索システムを用いて、ギャップを導入して、又はギャップを導入しないで、
決定することができる(Zheng Zhangら、2000年、J. Comput.
Biol.、7巻、p203-214;Altschul,S.F.ら、1990年、
Journal of Molecular Biology、第215巻、p403-
410;Pearson,W.R.ら、1988年、Proc. Natl. Acad
. Sci. U.S.A.、第85巻、p2444-2448)。
【0053】
本明細書において「誘導体」とは、修飾核酸、非限定的に例えば、蛍光団などによるラ
ベル化誘導体、修飾ヌクレオチド(例えばハロゲン、メチルなどのアルキル、メトキシな
どのアルコキシ、チオ、カルボキシメチルなどの基を含むヌクレオチド及び塩基の再構成
、二重結合の飽和、脱アミノ化、酸素分子の硫黄分子への置換などを受けたヌクレオチド
など)を含む誘導体、PNA(peptide nucleic acid; Niel
sen,P.E.ら、1991年、Science、254巻、p1497-500)、
LNA(locked nucleic acid; Obika,S.ら,1998年
、Tetrahedron Lett.、39巻、p5401-5404)などを含むこ
とを意味する。
【0054】
本明細書において、上記の胆道がんマーカーであるmiRNAの群から選択されるポリ
ヌクレオチドと特異的に結合可能な「核酸」は、合成又は調製された核酸であり、具体的
には「核酸プローブ」又は「プライマー」を含み、被験体中の胆道がんの存在の有無を検
出するために、又は胆道がんの罹患の有無、罹患の程度、胆道がんの改善の有無や改善の
程度、胆道がんの治療に対する感受性を診断するために、あるいは胆道がんの予防、改善
又は治療に有用な候補物質をスクリーニングするために、直接又は間接的に利用される。
これらには胆道がんの罹患に関連して生体内、特に血液、尿等の体液等の検体において配
列番号1~509のいずれかで表される転写産物又はそのcDNA合成核酸を特異的に認
識し結合することのできるヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドを包
含する。これらのヌクレオチド、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは、上記性質
に基づいて生体内、組織や細胞内などで発現した上記遺伝子を検出するためのプローブと
して、また生体内で発現した上記遺伝子を増幅するためのプライマーとして有効に利用す
ることができる。
【0055】
本明細書で使用する「検出」という用語は、検査、測定、検出又は、判定支援という用
語で置換しうる。また、本明細書において「評価」という用語は、検査結果又は測定結果
に基づいて診断又は評価を支援することを含む意味で使用される。
【0056】
本明細書で使用される「被験体」は、ヒト、チンパンジーを含む霊長類、イヌ、ネコな
どのペット動物、ウシ、ウマ、ヒツジ、ヤギなどの家畜動物、マウス、ラットなどの齧歯
類などの哺乳動物を意味する。また、「健常体」もまた、このような哺乳動物であって、
検出しようとするがんに罹患していない動物を意味する。
【0057】
本明細書で使用される「P」又は「P値」とは、統計学的検定において、帰無仮説の下
で実際にデータから計算された統計量よりも極端な統計量が観測される確率を示す。した
がって「P」又は「P値」が小さいほど、比較対象間に有意差があるとみなせる。
【0058】
本明細書において、「感度」は、(真陽性の数)/(真陽性の数+偽陰性の数)の値を
意味する。感度が高ければ胆道がんを早期に発見することが可能となり、完全ながん部の
切除や再発率の低下につながる。
【0059】
本明細書において、「特異度」は、(真陰性の数)/(真陰性の数+偽陽性の数)を意
味する。特異度が高ければ健常体を胆道がん患者と誤判別することによる無駄な追加検査
の実施を防ぎ、患者の負担の軽減や医療費の削減につながる。
【0060】
本明細書において、「精度」は(真陽性の数+真陰性の数)/(全症例数)の値を意味
する。精度は全検体に対しての判別結果が正しかった割合を示しており、検出性能を評価
する第一の指標となる。
【0061】
本明細書において判定、検出又は診断の対象となる「検体」とは、胆道がんの発生、胆
道がんの進行、及び胆道がんに対する治療効果の発揮にともない本発明の遺伝子が発現変
化する組織及び生体材料を指す。具体的には胆道組織及びその周辺の脈管、リンパ節及び
臓器、また転移が疑われる臓器、皮膚、及び血液、尿、唾液、汗、組織浸出液などの体液
、血液から調製された血清、血漿、その他、便、毛髪などを指す。更にこれらから抽出さ
れた生体試料、具体的にはRNAやmiRNAなどの遺伝子を指す。
【0062】
本明細書で使用される「hsa-miR-125a-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-125a-3p」という用語は、配列番号1に記載のhsa-miR-125a-3
p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004602)や
その他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-125a-
3p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002年、Curr Biol、
12巻、p735-739に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa
-miR-125a-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-125a」(miRBase Accession No.MI0000469、配
列番号149)が知られている。
【0063】
本明細書で使用される「hsa-miR-6893-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6893-5p」という用語は、配列番号2に記載のhsa-miR-6893-5
p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027686)や
その他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6893-
5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1
634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-6893-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-68
93」(miRBase Accession No.MI0022740、配列番号1
50)が知られている。
【0064】
本明細書で使用される「hsa-miR-204-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-204-3p」という用語は、配列番号3に記載のhsa-miR-204-3p遺伝
子(miRBase Accession No.MIMAT0022693)やその他
生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-204-3p遺伝
子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、p1540に記載され
る方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-204-3p」は、その前
駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-204」(miRBase Acc
ession No.MI0000284、配列番号151)が知られている。
【0065】
本明細書で使用される「hsa-miR-4476遺伝子」又は「hsa-miR-4
476」という用語は、配列番号4に記載のhsa-miR-4476遺伝子(miRB
ase Accession No.MIMAT0019003)やその他生物種ホモロ
グもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4476遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法によ
って得ることができる。また、「hsa-miR-4476」は、その前駆体としてヘア
ピン様構造をとる「hsa-mir-4476」(miRBase Accession
No.MI0016828、配列番号152)が知られている。
【0066】
本明細書で使用される「hsa-miR-4294遺伝子」又は「hsa-miR-4
294」という用語は、配列番号5に記載のhsa-miR-4294遺伝子(miRB
ase Accession No.MIMAT0016849)やその他生物種ホモロ
グもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4294遺伝子は、Goff
LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記載される方法によって得
ることができる。また、「hsa-miR-4294」は、その前駆体としてヘアピン様
構造をとる「hsa-mir-4294」(miRBase Accession No
.MI0015827、配列番号153)が知られている。
【0067】
本明細書で使用される「hsa-miR-150-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-150-3p」という用語は、配列番号6に記載のhsa-miR-150-3p遺伝
子(miRBase Accession No.MIMAT0004610)やその他
生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-150-3p遺伝
子は、Lagos-Quintana Mら、2002年、Curr Biol、12巻、
p735-739に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-150-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-150
」(miRBase Accession No.MI0000479、配列番号154
)が知られている。
【0068】
本明細書で使用される「hsa-miR-6729-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6729-5p」という用語は、配列番号7に記載のhsa-miR-6729-5
p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027359)や
その他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6729-
5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1
634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-6729-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-67
29」(miRBase Accession No.MI0022574、配列番号1
55)が知られている。
【0069】
本明細書で使用される「hsa-miR-7641遺伝子」又は「hsa-miR-7
641」という用語は、配列番号8に記載のhsa-miR-7641遺伝子(miRB
ase Accession No.MIMAT0029782)やその他生物種ホモロ
グもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7641遺伝子は、Yoo J
Kら、2013年、Arch Pharm Res、36巻、p353-358に記載され
る方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-7641」は、その前駆体
としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7641-1」、「hsa-mir-7
641-2」(miRBase Accession No.MI0024975、MI
0024976、配列番号156、157)が知られている。
【0070】
本明細書で使用される「hsa-miR-6765-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6765-3p」という用語は、配列番号9に記載のhsa-miR-6765-3
p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027431)や
その他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6765-
3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p1
634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-6765-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-67
65」(miRBase Accession No.MI0022610、配列番号1
58)が知られている。
【0071】
本明細書で使用される「hsa-miR-6820-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6820-5p」という用語は、配列番号10に記載のhsa-miR-6820-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027540)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6820
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6820-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
820」(miRBase Accession No.MI0022665、配列番号
159)が知られている。
【0072】
本明細書で使用される「hsa-miR-575遺伝子」又は「hsa-miR-57
5」という用語は、配列番号11に記載のhsa-miR-575遺伝子(miRBas
e Accession No.MIMAT0003240)やその他生物種ホモログも
しくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-575遺伝子は、Cummins
JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p36
87-3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
575」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-575」(mi
RBase Accession No.MI0003582、配列番号160)が知ら
れている。
【0073】
本明細書で使用される「hsa-miR-6836-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6836-3p」という用語は、配列番号12に記載のhsa-miR-6836-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027575)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6836
-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6836-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
836」(miRBase Accession No.MI0022682、配列番号
161)が知られている。
【0074】
本明細書で使用される「hsa-miR-1469遺伝子」又は「hsa-miR-1
469」という用語は、配列番号13に記載のhsa-miR-1469遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0007347)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1469遺伝子は、Kawa
ji Hら、2008年、BMC Genomics、9巻、p157に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-1469」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-1469」(miRBase Accessio
n No.MI0007074、配列番号162)が知られている。
【0075】
本明細書で使用される「hsa-miR-663a遺伝子」又は「hsa-miR-6
63a」という用語は、配列番号14に記載のhsa-miR-663a遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0003326)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-663a遺伝子は、Cumm
ins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻
、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-
miR-663a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-66
3a」(miRBase Accession No.MI0003672、配列番号1
63)が知られている。
【0076】
本明細書で使用される「hsa-miR-6075遺伝子」又は「hsa-miR-6
075」という用語は、配列番号15に記載のhsa-miR-6075遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0023700)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6075遺伝子は、Voel
lenkle Cら、2012年、RNA、18巻、p472-484に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-6075」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6075」(miRBase Accessi
on No.MI0020352、配列番号164)が知られている。
【0077】
本明細書で使用される「hsa-miR-4634遺伝子」又は「hsa-miR-4
634」という用語は、配列番号16に記載のhsa-miR-4634遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019691)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4634遺伝子は、Pers
son Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される方
法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4634」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4634」(miRBase Access
ion No.MI0017261、配列番号165)が知られている。
【0078】
本明細書で使用される「hsa-miR-423-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-423-5p」という用語は、配列番号17に記載のhsa-miR-423-5p遺
伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004748)やその
他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-423-5p遺
伝子は、Kasashima Kら、2004年、Biochem Biophys Re
s Commun、322巻、p403-410に記載される方法によって得ることがで
きる。また、「hsa-miR-423-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造を
とる「hsa-mir-423」(miRBase Accession No.MI0
001445、配列番号166)が知られている。
【0079】
本明細書で使用される「hsa-miR-4454遺伝子」又は「hsa-miR-4
454」という用語は、配列番号18に記載のhsa-miR-4454遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0018976)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4454遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4454」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4454」(miRBase Accessio
n No.MI0016800、配列番号167)が知られている。
【0080】
本明細書で使用される「hsa-miR-7109-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7109-5p」という用語は、配列番号19に記載のhsa-miR-7109-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028115)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7109
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-7109-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7
109」(miRBase Accession No.MI0022960、配列番号
168)が知られている。
【0081】
本明細書で使用される「hsa-miR-6789-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6789-5p」という用語は、配列番号20に記載のhsa-miR-6789-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027478)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6789
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6789-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
789」(miRBase Accession No.MI0022634、配列番号
169)が知られている。
【0082】
本明細書で使用される「hsa-miR-6877-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6877-5p」という用語は、配列番号21に記載のhsa-miR-6877-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027654)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6877
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6877-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
877」(miRBase Accession No.MI0022724、配列番号
170)が知られている。
【0083】
本明細書で使用される「hsa-miR-4792遺伝子」又は「hsa-miR-4
792」という用語は、配列番号22に記載のhsa-miR-4792遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019964)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4792遺伝子は、Pers
son Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される方
法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4792」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4792」(miRBase Access
ion No.MI0017439、配列番号171)が知られている。
【0084】
本明細書で使用される「hsa-miR-4530遺伝子」又は「hsa-miR-4
530」という用語は、配列番号23に記載のhsa-miR-4530遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019069)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4530遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4530」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4530」(miRBase Accessio
n No.MI0016897、配列番号172)が知られている。
【0085】
本明細書で使用される「hsa-miR-7975遺伝子」又は「hsa-miR-7
975」という用語は、配列番号24に記載のhsa-miR-7975遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0031178)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7975遺伝子は、Velt
hut-Meikas Aら、2013年、Mol Endocrinol、オンライン版
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-7975」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7975」(miRBase
Accession No.MI0025751、配列番号173)が知られている。
【0086】
本明細書で使用される「hsa-miR-6724-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6724-5p」という用語は、配列番号25に記載のhsa-miR-6724-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0025856)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6724
-5p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、p330-335に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6724-5p」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6724」(miRBas
e Accession No.MI0022559、配列番号174)が知られている
。
【0087】
本明細書で使用される「hsa-miR-8073遺伝子」又は「hsa-miR-8
073」という用語は、配列番号26に記載のhsa-miR-8073遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0031000)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-8073遺伝子は、Wang
HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に記載される方法によっ
て得ることができる。また、「hsa-miR-8073」は、その前駆体としてヘアピ
ン様構造をとる「hsa-mir-8073」(miRBase Accession
No.MI0025909、配列番号175)が知られている。
【0088】
本明細書で使用される「hsa-miR-7977遺伝子」又は「hsa-miR-7
977」という用語は、配列番号27に記載のhsa-miR-7977遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0031180)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7977遺伝子は、Velt
hut-Meikas Aら、2013年、Mol Endocrinol、オンライン版
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-7977」は、
その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7977」(miRBase
Accession No.MI0025753、配列番号176)が知られている。
【0089】
本明細書で使用される「hsa-miR-1231遺伝子」又は「hsa-miR-1
231」という用語は、配列番号28に記載のhsa-miR-1231遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0005586)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1231遺伝子は、Bere
zikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p328-336に記載され
る方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1231」は、その前駆体
としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1231」(miRBase Acce
ssion No.MI0006321、配列番号177)が知られている。
【0090】
本明細書で使用される「hsa-miR-6799-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6799-5p」という用語は、配列番号29に記載のhsa-miR-6799-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027498)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6799
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6799-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
799」(miRBase Accession No.MI0022644、配列番号
178)が知られている。
【0091】
本明細書で使用される「hsa-miR-615-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-615-5p」という用語は、配列番号30に記載のhsa-miR-615-5p遺
伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004804)やその
他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-615-5p遺
伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U
S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-615-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-615」(miRBase Accession No.MI0003
628、配列番号179)が知られている。
【0092】
本明細書で使用される「hsa-miR-4450遺伝子」又は「hsa-miR-4
450」という用語は、配列番号31に記載のhsa-miR-4450遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0018971)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4450遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4450」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4450」(miRBase Accessio
n No.MI0016795、配列番号180)が知られている。
【0093】
本明細書で使用される「hsa-miR-6726-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6726-5p」という用語は、配列番号32に記載のhsa-miR-6726-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027353)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6726
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6726-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
726」(miRBase Accession No.MI0022571、配列番号
181)が知られている。
【0094】
本明細書で使用される「hsa-miR-6875-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6875-5p」という用語は、配列番号33に記載のhsa-miR-6875-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027650)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6875
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6875-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
875」(miRBase Accession No.MI0022722、配列番号
182)が知られている。
【0095】
本明細書で使用される「hsa-miR-4734遺伝子」又は「hsa-miR-4
734」という用語は、配列番号34に記載のhsa-miR-4734遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019859)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4734遺伝子は、Pers
son Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される方
法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4734」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4734」(miRBase Access
ion No.MI0017371、配列番号183)が知られている。
【0096】
本明細書で使用される「hsa-miR-16-5p遺伝子」又は「hsa-miR-
16-5p」という用語は、配列番号35に記載のhsa-miR-16-5p遺伝子(
miRBase Accession No.MIMAT0000069)やその他生物
種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-16-5p遺伝子は、
Lagos-Quintana Mら、2001年、Science、294巻、p85
3-858に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-16
-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-16-1」、「
hsa-mir-16-2」(miRBase Accession No.MI000
0070、MI0000115、配列番号184、185)が知られている。
【0097】
本明細書で使用される「hsa-miR-602遺伝子」又は「hsa-miR-60
2」という用語は、配列番号36に記載のhsa-miR-602遺伝子(miRBas
e Accession No.MIMAT0003270)やその他生物種ホモログも
しくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-602遺伝子は、Cummins
JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p36
87-3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
602」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-602」(mi
RBase Accession No.MI0003615、配列番号186)が知ら
れている。
【0098】
本明細書で使用される「hsa-miR-4651遺伝子」又は「hsa-miR-4
651」という用語は、配列番号37に記載のhsa-miR-4651遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019715)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4651遺伝子は、Pers
son Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される方
法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4651」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4651」(miRBase Access
ion No.MI0017279、配列番号187)が知られている。
【0099】
本明細書で使用される「hsa-miR-8069遺伝子」又は「hsa-miR-8
069」という用語は、配列番号38に記載のhsa-miR-8069遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0030996)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-8069遺伝子は、Wang
HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に記載される方法によっ
て得ることができる。また、「hsa-miR-8069」は、その前駆体としてヘアピ
ン様構造をとる「hsa-mir-8069」(miRBase Accession
No.MI0025905、配列番号188)が知られている。
【0100】
本明細書で使用される「hsa-miR-1238-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1238-5p」という用語は、配列番号39に記載のhsa-miR-1238-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022947)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1238
-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p
328-336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
1238-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-123
8」(miRBase Accession No.MI0006328、配列番号18
9)が知られている。
【0101】
本明細書で使用される「hsa-miR-6880-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6880-5p」という用語は、配列番号40に記載のhsa-miR-6880-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027660)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6880
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6880-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
880」(miRBase Accession No.MI0022727、配列番号
190)が知られている。
【0102】
本明細書で使用される「hsa-miR-8072遺伝子」又は「hsa-miR-8
072」という用語は、配列番号41に記載のhsa-miR-8072遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0030999)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-8072遺伝子は、Wang
HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に記載される方法によっ
て得ることができる。また、「hsa-miR-8072」は、その前駆体としてヘアピ
ン様構造をとる「hsa-mir-8072」(miRBase Accession
No.MI0025908、配列番号191)が知られている。
【0103】
本明細書で使用される「hsa-miR-4723-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4723-5p」という用語は、配列番号42に記載のhsa-miR-4723-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019838)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4723
-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p
78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-47
23-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4723」
(miRBase Accession No.MI0017359、配列番号192)
が知られている。
【0104】
本明細書で使用される「hsa-miR-4732-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4732-5p」という用語は、配列番号43に記載のhsa-miR-4732-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019855)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4732
-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p
78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-47
32-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4732」
(miRBase Accession No.MI0017369、配列番号193)
が知られている。
【0105】
本明細書で使用される「hsa-miR-6125遺伝子」又は「hsa-miR-6
125」という用語は、配列番号44に記載のhsa-miR-6125遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0024598)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6125遺伝子は、Smit
h JLら、2012年、J Virol、86巻、p5278-5287に記載される方
法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6125」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6125」(miRBase Access
ion No.MI0021259、配列番号194)が知られている。
【0106】
本明細書で使用される「hsa-miR-6090遺伝子」又は「hsa-miR-6
090」という用語は、配列番号45に記載のhsa-miR-6090遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0023715)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6090遺伝子は、Yoo
JKら、2012年、Stem Cells Dev、21巻、p2049-2057に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6090」は、その
前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6090」(miRBase A
ccession No.MI0020367、配列番号195)が知られている。
【0107】
本明細書で使用される「hsa-miR-7114-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7114-5p」という用語は、配列番号46に記載のhsa-miR-7114-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028125)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7114
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-7114-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7
114」(miRBase Accession No.MI0022965、配列番号
196)が知られている。
【0108】
本明細書で使用される「hsa-miR-564遺伝子」又は「hsa-miR-56
4」という用語は、配列番号47に記載のhsa-miR-564遺伝子(miRBas
e Accession No.MIMAT0003228)やその他生物種ホモログも
しくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-564遺伝子は、Cummins
JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p36
87-3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
564」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-564」(mi
RBase Accession No.MI0003570、配列番号197)が知ら
れている。
【0109】
本明細書で使用される「hsa-miR-451a遺伝子」又は「hsa-miR-4
51a」という用語は、配列番号48に記載のhsa-miR-451a遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0001631)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-451a遺伝子は、Altu
via Yら、2005年、Nucleic Acids Res、33巻、p2697-
2706に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-451
a」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-451a」(miR
Base Accession No.MI0001729、配列番号198)が知られ
ている。
【0110】
本明細書で使用される「hsa-miR-3135b遺伝子」又は「hsa-miR-
3135b」という用語は、配列番号49に記載のhsa-miR-3135b遺伝子(
miRBase Accession No.MIMAT0018985)やその他生物
種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3135b遺伝子は、
Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載され
る方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3135b」は、その前駆
体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3135b」(miRBase Ac
cession No.MI0016809、配列番号199)が知られている。
【0111】
本明細書で使用される「hsa-miR-4497遺伝子」又は「hsa-miR-4
497」という用語は、配列番号50に記載のhsa-miR-4497遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019032)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4497遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4497」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4497」(miRBase Accessio
n No.MI0016859、配列番号200)が知られている。
【0112】
本明細書で使用される「hsa-miR-4665-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4665-5p」という用語は、配列番号51に記載のhsa-miR-4665-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019739)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4665
-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p
78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-46
65-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4665」
(miRBase Accession No.MI0017295、配列番号201)
が知られている。
【0113】
本明細書で使用される「hsa-miR-3622a-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-3622a-5p」という用語は、配列番号52に記載のhsa-miR-362
2a-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00180
03)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3
622a-5p遺伝子は、Witten Dら、2010年、BMC Biol、8巻、p
58に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3622a
-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3622a」(
miRBase Accession No.MI0016013、配列番号202)が
知られている。
【0114】
本明細書で使用される「hsa-miR-6850-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6850-5p」という用語は、配列番号53に記載のhsa-miR-6850-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027600)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6850
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6850-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
850」(miRBase Accession No.MI0022696、配列番号
203)が知られている。
【0115】
本明細書で使用される「hsa-miR-6821-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6821-5p」という用語は、配列番号54に記載のhsa-miR-6821-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027542)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6821
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6821-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
821」(miRBase Accession No.MI0022666、配列番号
204)が知られている。
【0116】
本明細書で使用される「hsa-miR-5100遺伝子」又は「hsa-miR-5
100」という用語は、配列番号55に記載のhsa-miR-5100遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0022259)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-5100遺伝子は、Tand
on Mら、2012年、Oral Dis、18巻、p127-131に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-5100」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-5100」(miRBase Accessi
on No.MI0019116、配列番号205)が知られている。
【0117】
本明細書で使用される「hsa-miR-6872-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6872-3p」という用語は、配列番号56に記載のhsa-miR-6872-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027645)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6872
-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6872-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
872」(miRBase Accession No.MI0022719、配列番号
206)が知られている。
【0118】
本明細書で使用される「hsa-miR-4433-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4433-3p」という用語は、配列番号57に記載のhsa-miR-4433-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018949)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4433
-3p遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e
127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4433
-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4433」(m
iRBase Accession No.MI0016773、配列番号207)が知
られている。
【0119】
本明細書で使用される「hsa-miR-1227-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1227-5p」という用語は、配列番号58に記載のhsa-miR-1227-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022941)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1227
-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p
328-336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
1227-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-122
7」(miRBase Accession No.MI0006316、配列番号20
8)が知られている。
【0120】
本明細書で使用される「hsa-miR-3188遺伝子」又は「hsa-miR-3
188」という用語は、配列番号59に記載のhsa-miR-3188遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0015070)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3188遺伝子は、Star
k MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載される方法によって
得ることができる。また、「hsa-miR-3188」は、その前駆体としてヘアピン
様構造をとる「hsa-mir-3188」(miRBase Accession N
o.MI0014232、配列番号209)が知られている。
【0121】
本明細書で使用される「hsa-miR-7704遺伝子」又は「hsa-miR-7
704」という用語は、配列番号60に記載のhsa-miR-7704遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0030019)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7704遺伝子は、Swam
inathan Sら、2013年、Biochem Biophys Res Commu
n、434巻、p228-234に記載される方法によって得ることができる。また、「
hsa-miR-7704」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-7704」(miRBase Accession No.MI0025240、配
列番号210)が知られている。
【0122】
本明細書で使用される「hsa-miR-3185遺伝子」又は「hsa-miR-3
185」という用語は、配列番号61に記載のhsa-miR-3185遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0015065)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3185遺伝子は、Star
k MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載される方法によって
得ることができる。また、「hsa-miR-3185」は、その前駆体としてヘアピン
様構造をとる「hsa-mir-3185」(miRBase Accession N
o.MI0014227、配列番号211)が知られている。
【0123】
本明細書で使用される「hsa-miR-1908-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1908-3p」という用語は、配列番号62に記載のhsa-miR-1908-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026916)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1908
-3p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells、26巻、p2496
-2505に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-19
08-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1908」
(miRBase Accession No.MI0008329、配列番号212)
が知られている。
【0124】
本明細書で使用される「hsa-miR-6781-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6781-5p」という用語は、配列番号63に記載のhsa-miR-6781-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027462)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6781
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6781-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
781」(miRBase Accession No.MI0022626、配列番号
213)が知られている。
【0125】
本明細書で使用される「hsa-miR-6805-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6805-5p」という用語は、配列番号64に記載のhsa-miR-6805-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027510)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6805
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6805-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
805」(miRBase Accession No.MI0022650、配列番号
214)が知られている。
【0126】
本明細書で使用される「hsa-miR-8089遺伝子」又は「hsa-miR-8
089」という用語は、配列番号65に記載のhsa-miR-8089遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0031016)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-8089遺伝子は、Wang
HJら、2013年、Shock、39巻、p480-487に記載される方法によっ
て得ることができる。また、「hsa-miR-8089」は、その前駆体としてヘアピ
ン様構造をとる「hsa-mir-8089」(miRBase Accession
No.MI0025925、配列番号215)が知られている。
【0127】
本明細書で使用される「hsa-miR-665遺伝子」又は「hsa-miR-66
5」という用語は、配列番号66に記載のhsa-miR-665遺伝子(miRBas
e Accession No.MIMAT0004952)やその他生物種ホモログも
しくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-665遺伝子は、Bereziko
v Eら、2006年、Genome Res、16巻、p1289-1298に記載され
る方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-665」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-665」(miRBase Access
ion No.MI0005563、配列番号216)が知られている。
【0128】
本明細書で使用される「hsa-miR-4486遺伝子」又は「hsa-miR-4
486」という用語は、配列番号67に記載のhsa-miR-4486遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019020)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4486遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4486」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4486」(miRBase Accessio
n No.MI0016847、配列番号217)が知られている。
【0129】
本明細書で使用される「hsa-miR-6722-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6722-3p」という用語は、配列番号68に記載のhsa-miR-6722-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0025854)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6722
-3p遺伝子は、Li Yら、2012年、Gene、497巻、p330-335に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6722-3p」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6722」(miRBas
e Accession No.MI0022557、配列番号218)が知られている
。
【0130】
本明細書で使用される「hsa-miR-1260a遺伝子」又は「hsa-miR-
1260a」という用語は、配列番号69に記載のhsa-miR-1260a遺伝子(
miRBase Accession No.MIMAT0005911)やその他生物
種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1260a遺伝子は、
Morin RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610-621に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1260a」は、そ
の前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1260a」(miRBase
Accession No.MI0006394、配列番号219)が知られている。
【0131】
本明細書で使用される「hsa-miR-4707-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4707-5p」という用語は、配列番号70に記載のhsa-miR-4707-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019807)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4707
-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p
78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-47
07-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4707」
(miRBase Accession No.MI0017340、配列番号220)
が知られている。
【0132】
本明細書で使用される「hsa-miR-6741-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6741-5p」という用語は、配列番号71に記載のhsa-miR-6741-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027383)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6741
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6741-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
741」(miRBase Accession No.MI0022586、配列番号
221)が知られている。
【0133】
本明細書で使用される「hsa-miR-1260b遺伝子」又は「hsa-miR-
1260b」という用語は、配列番号72に記載のhsa-miR-1260b遺伝子(
miRBase Accession No.MIMAT0015041)やその他生物
種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1260b遺伝子は、
Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e9685に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-1260b」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1260b」(miRBase Acces
sion No.MI0014197、配列番号222)が知られている。
【0134】
本明細書で使用される「hsa-miR-1246遺伝子」又は「hsa-miR-1
246」という用語は、配列番号73に記載のhsa-miR-1246遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0005898)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1246遺伝子は、Mori
n RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610-621に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1246」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1246」(miRBase Acces
sion No.MI0006381、配列番号223)が知られている。
【0135】
本明細書で使用される「hsa-miR-6845-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6845-5p」という用語は、配列番号74に記載のhsa-miR-6845-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027590)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6845
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6845-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
845」(miRBase Accession No.MI0022691、配列番号
224)が知られている。
【0136】
本明細書で使用される「hsa-miR-4638-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4638-5p」という用語は、配列番号75に記載のhsa-miR-4638-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019695)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4638
-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p
78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-46
38-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4638」
(miRBase Accession No.MI0017265、配列番号225)
が知られている。
【0137】
本明細書で使用される「hsa-miR-6085遺伝子」又は「hsa-miR-6
085」という用語は、配列番号76に記載のhsa-miR-6085遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0023710)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6085遺伝子は、Voel
lenkle Cら、2012年、RNA、18巻、p472-484に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-6085」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6085」(miRBase Accessi
on No.MI0020362、配列番号226)が知られている。
【0138】
本明細書で使用される「hsa-miR-1228-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1228-3p」という用語は、配列番号77に記載のhsa-miR-1228-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0005583)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1228
-3p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、p
328-336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-
1228-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-122
8」(miRBase Accession No.MI0006318、配列番号22
7)が知られている。
【0139】
本明細書で使用される「hsa-miR-4534遺伝子」又は「hsa-miR-4
534」という用語は、配列番号78に記載のhsa-miR-4534遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019073)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4534遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4534」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4534」(miRBase Accessio
n No.MI0016901、配列番号228)が知られている。
【0140】
本明細書で使用される「hsa-miR-5585-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-5585-3p」という用語は、配列番号79に記載のhsa-miR-5585-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022286)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-5585
-3p遺伝子は、Friedlander MRら、2012年、Nucleic Aci
ds Res、40巻、p37-52に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-5585-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「h
sa-mir-5585」(miRBase Accession No.MI0019
142、配列番号229)が知られている。
【0141】
本明細書で使用される「hsa-miR-4741遺伝子」又は「hsa-miR-4
741」という用語は、配列番号80に記載のhsa-miR-4741遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019871)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4741遺伝子は、Pers
son Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される方
法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4741」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4741」(miRBase Access
ion No.MI0017379、配列番号230)が知られている。
【0142】
本明細書で使用される「hsa-miR-4433b-3p遺伝子」又は「hsa-m
iR-4433b-3p」という用語は、配列番号81に記載のhsa-miR-443
3b-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT00304
14)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4
433b-3p遺伝子は、Ple Hら、2012年、PLoS One、7巻、e507
46に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4433b
-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4433b」(
miRBase Accession No.MI0025511、配列番号231)が
知られている。
【0143】
本明細書で使用される「hsa-miR-197-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-197-5p」という用語は、配列番号82に記載のhsa-miR-197-5p遺
伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022691)やその
他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-197-5p遺
伝子は、Lagos-Quintana Mら、2003年、RNA、9巻、p175-
179に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-197-
5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-197」(miR
Base Accession No.MI0000239、配列番号232)が知られ
ている。
【0144】
本明細書で使用される「hsa-miR-718遺伝子」又は「hsa-miR-71
8」という用語は、配列番号83に記載のhsa-miR-718遺伝子(miRBas
e Accession No.MIMAT0012735)やその他生物種ホモログも
しくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-718遺伝子は、Artzi Sら
、2008年、BMC Bioinformatics、9巻、p39に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-718」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-718」(miRBase Accession
No.MI0012489、配列番号233)が知られている。
【0145】
本明細書で使用される「hsa-miR-4513遺伝子」又は「hsa-miR-4
513」という用語は、配列番号84に記載のhsa-miR-4513遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0019050)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4513遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4513」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4513」(miRBase Accessio
n No.MI0016879、配列番号234)が知られている。
【0146】
本明細書で使用される「hsa-miR-4446-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4446-3p」という用語は、配列番号85に記載のhsa-miR-4446-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018965)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4446
-3p遺伝子は、Jima DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e
127に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4446
-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4446」(m
iRBase Accession No.MI0016789、配列番号235)が知
られている。
【0147】
本明細書で使用される「hsa-miR-619-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-619-5p」という用語は、配列番号86に記載のhsa-miR-619-5p遺
伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026622)やその
他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-619-5p遺
伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U
S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-619-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-619」(miRBase Accession No.MI0003
633、配列番号236)が知られている。
【0148】
本明細書で使用される「hsa-miR-6816-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6816-5p」という用語は、配列番号87に記載のhsa-miR-6816-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027532)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6816
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6816-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
816」(miRBase Accession No.MI0022661、配列番号
237)が知られている。
【0149】
本明細書で使用される「hsa-miR-6778-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6778-5p」という用語は、配列番号88に記載のhsa-miR-6778-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027456)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6778
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6778-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
778」(miRBase Accession No.MI0022623、配列番号
238)が知られている。
【0150】
本明細書で使用される「hsa-miR-24-3p遺伝子」又は「hsa-miR-
24-3p」という用語は、配列番号89に記載のhsa-miR-24-3p遺伝子(
miRBase Accession No.MIMAT0000080)やその他生物
種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-24-3p遺伝子は、
Lagos-Quintana Mら、2001年、Science、294巻、p85
3-858に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-24
-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-24-1」、「
hsa-mir-24-2」(miRBase Accession No.MI000
0080、MI0000081、配列番号239、240)が知られている。
【0151】
本明細書で使用される「hsa-miR-1915-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1915-3p」という用語は、配列番号90に記載のhsa-miR-1915-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0007892)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1915
-3p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells、26巻、p2496
-2505に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-19
15-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1915」
(miRBase Accession No.MI0008336、配列番号241)
が知られている。
【0152】
本明細書で使用される「hsa-miR-4665-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4665-3p」という用語は、配列番号91に記載のhsa-miR-4665-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019740)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4665
-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p
78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-46
65-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4665」
(miRBase Accession No.MI0017295、配列番号201)
が知られている。
【0153】
本明細書で使用される「hsa-miR-4449遺伝子」又は「hsa-miR-4
449」という用語は、配列番号92に記載のhsa-miR-4449遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0018968)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4449遺伝子は、Jima
DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4449」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4449」(miRBase Accessio
n No.MI0016792、配列番号242)が知られている。
【0154】
本明細書で使用される「hsa-miR-6889-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6889-5p」という用語は、配列番号93に記載のhsa-miR-6889-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027678)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6889
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6889-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
889」(miRBase Accession No.MI0022736、配列番号
243)が知られている。
【0155】
本明細書で使用される「hsa-miR-486-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-486-3p」という用語は、配列番号94に記載のhsa-miR-486-3p遺
伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004762)やその
他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-486-3p遺
伝子は、Fu Hら、2005年、FEBS Lett、579巻、p3849-3854
に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-486-3p」
は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-486、hsa-mir
-486-2」(miRBase Accession No.MI0002470、M
I0023622、配列番号244、245)が知られている。
【0156】
本明細書で使用される「hsa-miR-7113-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7113-3p」という用語は、配列番号95に記載のhsa-miR-7113-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028124)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7113
-3p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-7113-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7
113」(miRBase Accession No.MI0022964、配列番号
246)が知られている。
【0157】
本明細書で使用される「hsa-miR-642a-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-642a-3p」という用語は、配列番号96に記載のhsa-miR-642a-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0020924)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-642a
-3p遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad S
ci U S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることが
できる。また、「hsa-miR-642a-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構
造をとる「hsa-mir-642a」(miRBase Accession No.
MI0003657、配列番号247)が知られている。
【0158】
本明細書で使用される「hsa-miR-7847-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7847-3p」という用語は、配列番号97に記載のhsa-miR-7847-
3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0030422)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-7847
-3p遺伝子は、Ple Hら、2012年、PLoS One、7巻、e50746に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-7847-3p」は
、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-7847」(miRBas
e Accession No.MI0025517、配列番号248)が知られている
。
【0159】
本明細書で使用される「hsa-miR-6768-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6768-5p」という用語は、配列番号98に記載のhsa-miR-6768-
5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027436)
やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6768
-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、p
1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-6768-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6
768」(miRBase Accession No.MI0022613、配列番号
249)が知られている。
【0160】
本明細書で使用される「hsa-miR-1290遺伝子」又は「hsa-miR-1
290」という用語は、配列番号99に記載のhsa-miR-1290遺伝子(miR
Base Accession No.MIMAT0005880)やその他生物種ホモ
ログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1290遺伝子は、Mori
n RDら、2008年、Genome Res、18巻、p610-621に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1290」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1290」(miRBase Acces
sion No.MI0006352、配列番号250)が知られている。
【0161】
本明細書で使用される「hsa-miR-7108-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7108-5p」という用語は、配列番号100に記載のhsa-miR-7108
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028113
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-710
8-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-7108-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
7108」(miRBase Accession No.MI0022959、配列番
号251)が知られている。
【0162】
本明細書で使用される「hsa-miR-92b-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-92b-5p」という用語は、配列番号101に記載のhsa-miR-92b-5p
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004792)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-92b-5p
遺伝子は、Cummins JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci
U S A、103巻、p3687-3692に記載される方法によって得ることができる
。また、「hsa-miR-92b-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる
「hsa-mir-92b」(miRBase Accession No.MI000
3560、配列番号252)が知られている。
【0163】
本明細書で使用される「hsa-miR-663b遺伝子」又は「hsa-miR-6
63b」という用語は、配列番号102に記載のhsa-miR-663b遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0005867)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-663b遺伝子は、Tak
ada Sら、2008年、Leukemia、22巻、p1274-1278に記載さ
れる方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-663b」は、その前駆
体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-663b」(miRBase Acc
ession No.MI0006336、配列番号253)が知られている。
【0164】
本明細書で使用される「hsa-miR-3940-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3940-5p」という用語は、配列番号103に記載のhsa-miR-3940
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019229
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-394
0-5p遺伝子は、Liao JYら、2010年、PLoS One、5巻、e1056
3に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3940-5
p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3940」(miR
Base Accession No.MI0016597、配列番号254)が知られ
ている。
【0165】
本明細書で使用される「hsa-miR-4467遺伝子」又は「hsa-miR-4
467」という用語は、配列番号104に記載のhsa-miR-4467遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0018994)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4467遺伝子は、Jim
a DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-4467」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4467」(miRBase Accessi
on No.MI0016818、配列番号255)が知られている。
【0166】
本明細書で使用される「hsa-miR-6858-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6858-5p」という用語は、配列番号105に記載のhsa-miR-6858
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027616
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-685
8-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-6858-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
6858」(miRBase Accession No.MI0022704、配列番
号256)が知られている。
【0167】
本明細書で使用される「hsa-miR-4417遺伝子」又は「hsa-miR-4
417」という用語は、配列番号106に記載のhsa-miR-4417遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0018929)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4417遺伝子は、Jim
a DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-4417」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4417」(miRBase Accessi
on No.MI0016753、配列番号257)が知られている。
【0168】
本明細書で使用される「hsa-miR-3665遺伝子」又は「hsa-miR-3
665」という用語は、配列番号107に記載のhsa-miR-3665遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0018087)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3665遺伝子は、Xie
Xら、2005年、Nature、434巻、p338-345に記載される方法によ
って得ることができる。また、「hsa-miR-3665」は、その前駆体としてヘア
ピン様構造をとる「hsa-mir-3665」(miRBase Accession
No.MI0016066、配列番号258)が知られている。
【0169】
本明細書で使用される「hsa-miR-4736遺伝子」又は「hsa-miR-4
736」という用語は、配列番号108に記載のhsa-miR-4736遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0019862)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4736遺伝子は、Per
sson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4736」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4736」(miRBase Acces
sion No.MI0017373、配列番号259)が知られている。
【0170】
本明細書で使用される「hsa-miR-4687-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4687-3p」という用語は、配列番号109に記載のhsa-miR-4687
-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019775
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-468
7-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、
p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4
687-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4687
」(miRBase Accession No.MI0017319、配列番号260
)が知られている。
【0171】
本明細書で使用される「hsa-miR-1908-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1908-5p」という用語は、配列番号110に記載のhsa-miR-1908
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0007881
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-190
8-5p遺伝子は、Bar Mら、2008年、Stem Cells、26巻、p249
6-2505に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1
908-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1908
」(miRBase Accession No.MI0008329、配列番号212
)が知られている。
【0172】
本明細書で使用される「hsa-miR-5195-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-5195-3p」という用語は、配列番号111に記載のhsa-miR-5195
-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0021127
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-519
5-3p遺伝子は、Schotte Dら、2011年、Leukemia、25巻、p
1389-1399に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-5195-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-5
195」(miRBase Accession No.MI0018174、配列番号
261)が知られている。
【0173】
本明細書で使用される「hsa-miR-4286遺伝子」又は「hsa-miR-4
286」という用語は、配列番号112に記載のhsa-miR-4286遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0016916)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4286遺伝子は、Gof
f LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記載される方法によって
得ることができる。また、「hsa-miR-4286」は、その前駆体としてヘアピン
様構造をとる「hsa-mir-4286」(miRBase Accession N
o.MI0015894、配列番号262)が知られている。
【0174】
本明細書で使用される「hsa-miR-3679-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3679-3p」という用語は、配列番号113に記載のhsa-miR-3679
-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0018105
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-367
9-3p遺伝子は、Creighton CJら、2010年、PLoS One、5巻、
e9637に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-36
79-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3679」
(miRBase Accession No.MI0016080、配列番号263)
が知られている。
【0175】
本明細書で使用される「hsa-miR-6791-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6791-5p」という用語は、配列番号114に記載のhsa-miR-6791
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027482
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-679
1-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-6791-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
6791」(miRBase Accession No.MI0022636、配列番
号264)が知られている。
【0176】
本明細書で使用される「hsa-miR-1202遺伝子」又は「hsa-miR-1
202」という用語は、配列番号115に記載のhsa-miR-1202遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0005865)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1202遺伝子は、Mar
ton Sら、2008年、Leukemia、22巻、p330-338に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1202」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1202」(miRBase Acces
sion No.MI0006334、配列番号265)が知られている。
【0177】
本明細書で使用される「hsa-miR-3656遺伝子」又は「hsa-miR-3
656」という用語は、配列番号116に記載のhsa-miR-3656遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0018076)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3656遺伝子は、Mei
ri Eら、2010年、Nucleic Acids Res、38巻、p6234-6
246に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3656
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3656」(miRB
ase Accession No.MI0016056、配列番号266)が知られて
いる。
【0178】
本明細書で使用される「hsa-miR-4746-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4746-3p」という用語は、配列番号117に記載のhsa-miR-4746
-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019881
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-474
6-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、
p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4
746-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4746
」(miRBase Accession No.MI0017385、配列番号267
)が知られている。
【0179】
本明細書で使用される「hsa-miR-3184-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3184-5p」という用語は、配列番号118に記載のhsa-miR-3184
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015064
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-318
4-5p遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One、5巻、e968
5に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3184-5
p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3184」(miR
Base Accession No.MI0014226、配列番号268)が知られ
ている。
【0180】
本明細書で使用される「hsa-miR-3937遺伝子」又は「hsa-miR-3
937」という用語は、配列番号119に記載のhsa-miR-3937遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0018352)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-3937遺伝子は、Lia
o JYら、2010年、PLoS One、5巻、e10563に記載される方法によっ
て得ることができる。また、「hsa-miR-3937」は、その前駆体としてヘアピ
ン様構造をとる「hsa-mir-3937」(miRBase Accession
No.MI0016593、配列番号269)が知られている。
【0181】
本明細書で使用される「hsa-miR-6515-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6515-3p」という用語は、配列番号120に記載のhsa-miR-6515
-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0025487
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-651
5-3p遺伝子は、Joyce CEら、2011年、Hum Mol Genet、20
巻、p4025-4040に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa
-miR-6515-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-6515」(miRBase Accession No.MI0022227、配
列番号270)が知られている。
【0182】
本明細書で使用される「hsa-miR-6132遺伝子」又は「hsa-miR-6
132」という用語は、配列番号121に記載のhsa-miR-6132遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0024616)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6132遺伝子は、Dan
nemann Mら、2012年、Genome Biol Evol、4巻、p552-
564に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6132
」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6132」(miRB
ase Accession No.MI0021277、配列番号271)が知られて
いる。
【0183】
本明細書で使用される「hsa-miR-187-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-187-5p」という用語は、配列番号122に記載のhsa-miR-187-5p
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004561)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-187-5p
遺伝子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、p1540に記載
される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-187-5p」は、そ
の前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-187」(miRBase A
ccession No.MI0000274、配列番号272)が知られている。
【0184】
本明細書で使用される「hsa-miR-7111-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-7111-5p」という用語は、配列番号123に記載のhsa-miR-7111
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0028119
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-711
1-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-7111-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
7111」(miRBase Accession No.MI0022962、配列番
号273)が知られている。
【0185】
本明細書で使用される「hsa-miR-5787遺伝子」又は「hsa-miR-5
787」という用語は、配列番号124に記載のhsa-miR-5787遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0023252)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-5787遺伝子は、Yoo
Hら、2011年、Biochem Biophys Res Commun、415巻、
p567-572に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-5787」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-5787」
(miRBase Accession No.MI0019797、配列番号274)
が知られている。
【0186】
本明細書で使用される「hsa-miR-6779-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6779-5p」という用語は、配列番号125に記載のhsa-miR-6779
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027458
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-677
9-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-6779-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
6779」(miRBase Accession No.MI0022624、配列番
号275)が知られている。
【0187】
本明細書で使用される「hsa-miR-6808-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6808-5p」という用語は、配列番号126に記載のhsa-miR-6808
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027516
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-680
8-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-6808-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
6808」(miRBase Accession No.MI0022653、配列番
号276)が知られている。
【0188】
本明細書で使用される「hsa-miR-6774-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6774-5p」という用語は、配列番号127に記載のhsa-miR-6774
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027448
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-677
4-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-6774-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
6774」(miRBase Accession No.MI0022619、配列番
号277)が知られている。
【0189】
本明細書で使用される「hsa-miR-4656遺伝子」又は「hsa-miR-4
656」という用語は、配列番号128に記載のhsa-miR-4656遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0019723)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4656遺伝子は、Per
sson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4656」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4656」(miRBase Acces
sion No.MI0017284、配列番号278)が知られている。
【0190】
本明細書で使用される「hsa-miR-6806-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6806-5p」という用語は、配列番号129に記載のhsa-miR-6806
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027512
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-680
6-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、22巻、
p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-6806-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-
6806」(miRBase Accession No.MI0022651、配列番
号279)が知られている。
【0191】
本明細書で使用される「hsa-miR-1233-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1233-5p」という用語は、配列番号130に記載のhsa-miR-1233
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022943
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-123
3-5p遺伝子は、Berezikov Eら、2007年、Mol Cell、28巻、
p328-336に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-1233-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-12
33-1」、「hsa-mir-1233-2」(miRBase Accession
No.MI0006323、MI0015973、配列番号280、281)が知られ
ている。
【0192】
本明細書で使用される「hsa-miR-328-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-328-5p」という用語は、配列番号131に記載のhsa-miR-328-5p
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026486)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-328-5p
遺伝子は、Kim Jら、2004年、Proc Natl Acad Sci U S A、
101巻、p360-365に記載される方法によって得ることができる。また、「hs
a-miR-328-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mi
r-328」(miRBase Accession No.MI0000804、配列
番号282)が知られている。
【0193】
本明細書で使用される「hsa-miR-4674遺伝子」又は「hsa-miR-4
674」という用語は、配列番号132に記載のhsa-miR-4674遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0019756)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4674遺伝子は、Per
sson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4674」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4674」(miRBase Acces
sion No.MI0017305、配列番号283)が知られている。
【0194】
本明細書で使用される「hsa-miR-2110遺伝子」又は「hsa-miR-2
110」という用語は、配列番号133に記載のhsa-miR-2110遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0010133)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-2110遺伝子は、Zhu
JYら、2009年、J Virol、83巻、p3333-3341に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-2110」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-2110」(miRBase Accessi
on No.MI0010629、配列番号284)が知られている。
【0195】
本明細書で使用される「hsa-miR-6076遺伝子」又は「hsa-miR-6
076」という用語は、配列番号134に記載のhsa-miR-6076遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0023701)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-6076遺伝子は、Voe
llenkle Cら、2012年、RNA、18巻、p472-484に記載される方
法によって得ることができる。また、「hsa-miR-6076」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-6076」(miRBase Access
ion No.MI0020353、配列番号285)が知られている。
【0196】
本明細書で使用される「hsa-miR-3619-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3619-3p」という用語は、配列番号135に記載のhsa-miR-3619
-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019219
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-361
9-3p遺伝子は、Witten Dら、2010年、BMC Biol、8巻、p58に
記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-3619-3p」
は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3619」(miRBa
se Accession No.MI0016009、配列番号286)が知られてい
る。
【0197】
本明細書で使用される「hsa-miR-92a-2-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-92a-2-5p」という用語は、配列番号136に記載のhsa-miR-92
a-2-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004
508)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
92a-2-5p遺伝子は、Mourelatos Zら、2002年、Genes De
v、16巻、p720-728に記載される方法によって得ることができる。また、「h
sa-miR-92a-2-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-92a-2」(miRBase Accession No.MI00000
94、配列番号287)が知られている。
【0198】
本明細書で使用される「hsa-miR-128-1-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-128-1-5p」という用語は、配列番号137に記載のhsa-miR-12
8-1-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0026
477)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
128-1-5p遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002年、Cur
r Biol、12巻、p735-739に記載される方法によって得ることができる。
また、「hsa-miR-128-1-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をと
る「hsa-mir-128-1」(miRBase Accession No.MI
0000447、配列番号288)が知られている。
【0199】
本明細書で使用される「hsa-miR-638遺伝子」又は「hsa-miR-63
8」という用語は、配列番号138に記載のhsa-miR-638遺伝子(miRBa
se Accession No.MIMAT0003308)やその他生物種ホモログ
もしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-638遺伝子は、Cummins
JMら、2006年、Proc Natl Acad Sci U S A、103巻、p3
687-3692に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR
-638」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-638」(m
iRBase Accession No.MI0003653、配列番号289)が知
られている。
【0200】
本明細書で使用される「hsa-miR-2861遺伝子」又は「hsa-miR-2
861」という用語は、配列番号139に記載のhsa-miR-2861遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0013802)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-2861遺伝子は、Li
Hら、2009年、J Clin Invest、119巻、p3666-3677に記載
される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-2861」は、その前
駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-2861」(miRBase Ac
cession No.MI0013006、配列番号290)が知られている。
【0201】
本明細書で使用される「hsa-miR-371a-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-371a-5p」という用語は、配列番号140に記載のhsa-miR-371a
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0004687
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-371
a-5p遺伝子は、Suh MRら、2004年、Dev Biol、270巻、p488
-498に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-371
a-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-371a」(
miRBase Accession No.MI0000779、配列番号291)が
知られている。
【0202】
本明細書で使用される「hsa-miR-211-3p遺伝子」又は「hsa-miR
-211-3p」という用語は、配列番号141に記載のhsa-miR-211-3p
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022694)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-211-3p
遺伝子は、Lim LPら、2003年、Science、299巻、p1540に記載
される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-211-3p」は、そ
の前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-211」(miRBase A
ccession No.MI0000287、配列番号292)が知られている。
【0203】
本明細書で使用される「hsa-miR-1273g-3p遺伝子」又は「hsa-m
iR-1273g-3p」という用語は、配列番号142に記載のhsa-miR-12
73g-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0022
742)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
1273g-3p遺伝子は、Reshmi Gら、2011年、Genomics、97
巻、p333-340に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-1273g-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir
-1273g」(miRBase Accession No.MI0018003、配
列番号293)が知られている。
【0204】
本明細書で使用される「hsa-miR-1203遺伝子」又は「hsa-miR-1
203」という用語は、配列番号143に記載のhsa-miR-1203遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0005866)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-1203遺伝子は、Mar
ton Sら、2008年、Leukemia、22巻、p330-338に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-1203」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1203」(miRBase Acces
sion No.MI0006335、配列番号294)が知られている。
【0205】
本明細書で使用される「hsa-miR-122-5p遺伝子」又は「hsa-miR
-122-5p」という用語は、配列番号144に記載のhsa-miR-122-5p
遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0000421)やそ
の他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-122-5p
遺伝子は、Lagos-Quintana Mら、2002年、Curr Biol、12
巻、p735-739に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-m
iR-122-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1
22」(miRBase Accession No.MI0000442、配列番号2
95)が知られている。
【0206】
本明細書で使用される「hsa-miR-4258遺伝子」又は「hsa-miR-4
258」という用語は、配列番号145に記載のhsa-miR-4258遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0016879)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4258遺伝子は、Gof
f LAら、2009年、PLoS One、4巻、e7192に記載される方法によって
得ることができる。また、「hsa-miR-4258」は、その前駆体としてヘアピン
様構造をとる「hsa-mir-4258」(miRBase Accession N
o.MI0015857、配列番号296)が知られている。
【0207】
本明細書で使用される「hsa-miR-4484遺伝子」又は「hsa-miR-4
484」という用語は、配列番号146に記載のhsa-miR-4484遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0019018)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4484遺伝子は、Jim
a DDら、2010年、Blood、116巻、e118-e127に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-4484」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4484」(miRBase Accessi
on No.MI0016845、配列番号297)が知られている。
【0208】
本明細書で使用される「hsa-miR-4648遺伝子」又は「hsa-miR-4
648」という用語は、配列番号147に記載のhsa-miR-4648遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0019710)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-4648遺伝子は、Per
sson Hら、2011年、Cancer Res、71巻、p78-86に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4648」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4648」(miRBase Acces
sion No.MI0017275、配列番号298)が知られている。
【0209】
本明細書で使用される「hsa-miR-6780b-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-6780b-5p」という用語は、配列番号148に記載のhsa-miR-67
80b-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027
572)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどを包含する。hsa-miR-
6780b-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res、
22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「h
sa-miR-6780b-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa
-mir-6780b」(miRBase Accession No.MI00226
81、配列番号299)が知られている。
【0210】
本明細書で使用される「hsa-miR-4516遺伝子」又は「hsa-miR-4
516」という用語は、配列番号466に記載のhsa-miR-4516遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0019053)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-4516遺伝子は、Ji
ma DDら、2010年、Blood. 116巻、e118-e127に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4516」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4516」(miRBase Acces
sion No. MI0016882、配列番号479)が知られている。
【0211】
本明細書で使用される「hsa-miR-4649-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-4649-5p」という用語は、配列番号467に記載のhsa-miR-4649
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019711
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-46
49-5p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res.、7
1巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-4649-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4
649」(miRBase Accession No.MI0017276、配列番号
480)が知られている。
【0212】
本明細書で使用される「hsa-miR-760遺伝子」又は「hsa-miR-76
0」という用語は、配列番号468に記載のhsa-miR-760遺伝子(miRBa
se Accession No.MIMAT0004957)やその他生物種ホモログ
もしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-760遺伝子は、Berezi
kov Eら、2006年、Genome Res.、16巻、p289-1298に記
載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-760」は、その前
駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-760」(miRBase Acc
ession No.MI0005567、配列番号481)が知られている。
【0213】
本明細書で使用される「hsa-miR-3162-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-3162-5p」という用語は、配列番号469に記載のhsa-miR-3162
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0015036
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-31
62-5p遺伝子は、Stark MSら、2010年、PLoS One.、5巻、e
9685に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-316
2-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3162」(
miRBase Accession No.MI0014192、配列番号482)が
知られている。
【0214】
本明細書で使用される「hsa-miR-3178遺伝子」又は「hsa-miR-3
178」という用語は、配列番号470に記載のhsa-miR-3178遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0015055)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-3178遺伝子は、St
ark MSら、2010年、PLoS One.、5巻、e9685に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-3178」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3178」(miRBase Accessi
on No.MI0014212、配列番号483)が知られている。
【0215】
本明細書で使用される「hsa-miR-940遺伝子」又は「hsa-miR-94
0」という用語は、配列番号471に記載のhsa-miR-940遺伝子(miRBa
se Accession No.MIMAT0004983)やその他生物種ホモログ
もしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-940遺伝子は、Lui WO
ら、2007年、Cancer Res.、67巻、p6031-6043に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-940」は、その前駆体とし
てヘアピン様構造をとる「hsa-mir-940」(miRBase Accessi
on No.MI0005762、配列番号484)が知られている。
【0216】
本明細書で使用される「hsa-miR-4271遺伝子」又は「hsa-miR-4
271」という用語は、配列番号472に記載のhsa-miR-4271遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0016901)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-4271遺伝子は、Go
ff LAら、2009年、PLoS One.、4巻、e7192に記載される方法に
よって得ることができる。また、「hsa-miR-4271」は、その前駆体としてヘ
アピン様構造をとる「hsa-mir-4271」(miRBase Accessio
n No.MI0015879、配列番号485)が知られている。
【0217】
本明細書で使用される「hsa-miR-6769b-5p遺伝子」又は「hsa-m
iR-6769b-5p」という用語は、配列番号473に記載のhsa-miR-67
69b-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027
620)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR
-6769b-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Re
s.、22巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また
、「hsa-miR-6769b-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「
hsa-mir-6769b」(miRBase Accession No.MI00
22706、配列番号486)が知られている。
【0218】
本明細書で使用される「hsa-miR-4508遺伝子」又は「hsa-miR-4
508」という用語は、配列番号474に記載のhsa-miR-4508遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0019045)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-4508遺伝子は、Ji
ma DDら、2010年、Blood.、116巻、e118-e127に記載される
方法によって得ることができる。また、「hsa-miR-4508」は、その前駆体と
してヘアピン様構造をとる「hsa-mir-4508」(miRBase Acces
sion No.MI0016872、配列番号487)が知られている。
【0219】
本明細書で使用される「hsa-miR-6826-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6826-5p」という用語は、配列番号475に記載のhsa-miR-6826
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027552
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-68
26-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res.、2
2巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hs
a-miR-6826-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-m
ir-6826」(miRBase Accession No.MI0022671、
配列番号488)が知られている。
【0220】
本明細書で使用される「hsa-miR-6757-5p遺伝子」又は「hsa-mi
R-6757-5p」という用語は、配列番号476に記載のhsa-miR-6757
-5p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0027414
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-67
57-5p遺伝子は、Ladewig Eら、2012年、Genome Res.、2
2巻、p1634-1645に記載される方法によって得ることができる。また、「hs
a-miR-6757-5p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-m
ir-6757」(miRBase Accession No.MI0022602、
配列番号489)が知られている。
【0221】
本明細書で使用される「hsa-miR-3131遺伝子」又は「hsa-miR-3
131」という用語は、配列番号477に記載のhsa-miR-3131遺伝子(mi
RBase Accession No.MIMAT0014996)やその他生物種ホ
モログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-3131遺伝子は、St
ark MSら、2010年、PLoS One.、5巻、e9685に記載される方法
によって得ることができる。また、「hsa-miR-3131」は、その前駆体として
ヘアピン様構造をとる「hsa-mir-3131」(miRBase Accessi
on No.MI0014151、配列番号490)が知られている。
【0222】
本明細書で使用される「hsa-miR-1343-3p遺伝子」又は「hsa-mi
R-1343-3p」という用語は、配列番号478に記載のhsa-miR-1343
-3p遺伝子(miRBase Accession No.MIMAT0019776
)やその他生物種ホモログもしくはオーソログなどが包含される。hsa-miR-13
43-3p遺伝子は、Persson Hら、2011年、Cancer Res.、7
1巻、p78-86に記載される方法によって得ることができる。また、「hsa-mi
R-1343-3p」は、その前駆体としてヘアピン様構造をとる「hsa-mir-1
343」(miRBase Accession No.MI0017320、配列番号
491)が知られている。
【0223】
また、成熟型のmiRNAは、ヘアピン様構造をとるRNA前駆体から成熟型miRN
Aとして切出されるときに、配列の前後1~数塩基が短く、又は長く切出されることや、
塩基の置換が生じて変異体となることがあり、isomiRと称される(Morin R
D.ら、2008年、Genome Research、第18巻、p.610-621
)。miRBase Release20では、配列番号1~148、466~478の
いずれかで表される塩基配列のほかに、数々のisomiRと呼ばれる配列番号300~
465及び492~509のいずれかで表される塩基配列の変異体及び断片も示されてい
る。これらの変異体もまた、配列番号1~148、466~478のいずれかで表される
塩基配列を有するmiRNAとして得ることができる。
【0224】
すなわち、本発明の配列番号1、3、4、6、14、16、17、18、22、23、
24、25、30、31、34、35、37、42、43、44、47、48、49、5
0、51、52、55、57、59、61、62、66、67、69、70、72、73
、75、77、79、80、82、83、84、85、86、89、90、92、94、
96、99、101、102、103、104、106、107、109、110、11
1、112、113、115、116、120、121、122、124、130、13
1、132、133、136、137、138、139、140、141、142、14
4、146、147、466、467、468、469、470、471、474、47
7、及び、478で表される塩基配列もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列
からなるポリヌクレオチド、の変異体のうち、例えばmiRBase Release
20に登録されている最も長い変異体として、それぞれ配列番号300、302、304
、306、308、310、312、314、316、318、320、322、324
、326、328、330、332、334、336、338、340、342、344
、346、348、350、352、354、356、358、360、362、364
、366、368、370、372、374、376、378、380、382、384
、386、388、390、392、394、396、398、400、402、404
、406、408、410、412、414、416、418、420、422、424
、426、428、430、432、434、436、438、440、442、444
、446、448、450、452、454、456、458、460、462、464
、492、494、496、498、500、502、504、506、及び、508で
表されるポリヌクレオチドが挙げられる。
【0225】
また、本発明の配列番号1、3、4、6、14、16、17、18、22、23、24
、25、30、31、34、35、37、42、43、44、47、48、49、50、
51、52、55、57、59、61、62、66、67、69、70、72、73、7
5、77、79、80、82、83、84、85、86、89、90、92、94、96
、99、101、102、103、104、106、107、109、110、111、
112、113、115、116、120、121、122、124、130、131、
132、133、136、137、138、139、140、141、142、144、
146、147、466、467、468、469、470、471、474、477、
及び、478で表される塩基配列もしくは該塩基配列においてuがtである塩基配列から
なるポリヌクレオチド、の変異体のうち、例えばmiRBase Release 20
に登録されている最も短い変異体として、それぞれ配列番号301、303、305、3
07、309、311、313、315、317、319、321、323、325、3
27、329、331、333、335、337、339、341、343、345、3
47、349、351、353、355、357、359、361、363、365、3
67、369、371、373、375、377、379、381、383、385、3
87、389、391、393、395、397、399、401、403、405、4
07、409、411、413、415、417、419、421、423、425、4
27、429、431、433、435、437、439、441、443、445、4
47、449、451、453、455、457、459、461、463、465、4
93、495、497、499、501、503、505、507、及び、509で表さ
れる配列のポリヌクレオチドが挙げられる。また、これらの変異体及び断片以外にも、m
iRBaseに登録された、配列番号1、3、4、6、14、16、17、18、22、
23、24、25、30、31、34、35、37、42、43、44、47、48、4
9、50、51、52、55、57、59、61、62、66、67、69、70、72
、73、75、77、79、80、82、83、84、85、86、89、90、92、
94、96、99、101、102、103、104、106、107、109、110
、111、112、113、115、116、120、121、122、124、130
、131、132、133、136、137、138、139、140、141、142
、144、146及び147の数々のisomiRであるポリヌクレオチドが挙げられる
。さらに、配列番号1~148、466~478のいずれかで表される塩基配列を含むポ
リヌクレオチドの例としては、それぞれ前駆体である配列番号149~299及び479
~491のいずれかで表されるポリヌクレオチドが挙げられる。
【0226】
配列番号1~509で表される遺伝子の名称とmiRBase Accession
No.(登録番号)を表1に記載した。
【0227】
本明細書において「特異的に結合可能な」とは、本発明で使用する核酸プローブ又はプ
ライマーが、特定の標的核酸と結合し、他の核酸と実質的に結合できないことを意味する
。
【0228】
【0229】
本明細書は本願の優先権の基礎である日本国特許出願番号2014-120884号及び2014-1857
33号の明細書及び図面に記載される内容を包含する。
【発明の効果】
【0230】
本発明により、胆道がんを容易にかつ高い精度で検出することが可能になった。例えば
、低侵襲的に採取できる患者の血液、血清及び又は血漿中の数個のmiRNA測定値を指
標とし、容易に患者が胆道がんであるか否かを検出することができる。
【図面の簡単な説明】
【0231】
【
図1】この図は、前駆体である配列番号201で表されるhsa-mir-4665から生成される配列番号51で表されるhsa-miR-4665-5p、及び配列番号91で表されるhsa-miR-4665-3pの塩基配列の関係を示す。
【
図2】左図:学習検体群として選択した健常体(100人)と胆道がん患者(67人)のhsa-miR-125a-3p(配列番号1)の測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の水平線はフィッシャーの判別分析によって最適化された、両群を判別する閾値(5.69)を示す。右図:テスト検体群として選択した健常体(50人)と胆道がん患者(33人)のhsa-miR-125a-3p(配列番号1)の測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の水平線は学習検体群で設定した、両群を判別する閾値(5.69)を示す。
【
図3】左図:学習検体群として選択した健常体(100人、丸)と胆道がん患者(67人、三角)のhsa-miR-6893-5p(配列番号2)の測定値を横軸として、hsa-miR-4476(配列番号4)の測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の線はフィッシャーの判別分析によって最適化された、両群を判別する判別関数(0=5.16x+y+48.11)を示す。右図:テスト検体群として選択した健常体(50人、丸)と胆道がん患者(33人、三角)のhsa-miR-6893-5p(配列番号2)の測定値を横軸として、hsa-miR-4476(配列番号4)の測定値を縦軸として、それぞれ表したものである。図中の線は学習検体群で設定した、両群を判別する閾値(0=5.16x+y+48.11)を示す。
【
図4】上図:学習検体群として選択した胆道がん患者67人、健常体93人、大腸がん患者35人、胃がん患者37人、食道がん患者32人、肝がん患者38人及び膵胆道良性疾患患者13人のhsa-miR-6075(配列番号15)、hsa-miR-6836-3p(配列番号12)、hsa-miR-6799-5p(配列番号29)、hsa-miR-125a-3p(配列番号1)の測定値からフィッシャーの判別分析を用いて判別式を作成し(-1.25×hsa-miR-6075-1.06×hsa-miR-6836-3p+0.53×hsa-miR-6799-5p+0.18×hsa-miR-125a-3p+15.41)、該判別式から得られた判別得点を縦軸とし、検体群を横軸として表したものである。図中の点線は判別得点が0となる両群を判別する判別境界を示す。下図:テスト検体群として選択した胆道がん患者33人、健常体57人、大腸がん患者15人、胃がん患者13人、食道がん患者18人、肝がん患者12人及び膵胆道良性疾患患者8人のhsa-miR-6075(配列番号15)、hsa-miR-6836-3p(配列番号12)、hsa-miR-6799-5p(配列番号29)、hsa-miR-125a-3p(配列番号1)の測定値に対して、学習検体群で作成した該判別式から得られた判別得点を縦軸とし、検体群を横軸として表したものである。図中の点線は判別得点が0となる両群を判別する判別境界を示す。
【発明を実施するための形態】
【0232】
以下に本発明をさらに具体的に説明する
1.胆道がんの標的核酸
本発明の上記定義の胆道がん検出用の核酸プローブ又はプライマーを使用して、胆道が
ん又は胆道がん細胞の存在及び/又は不存在を検出するための、胆道がんマーカーとして
の主要な標的核酸には、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-6893-
5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4476、hsa-miR-4
294、hsa-miR-150-3p、hsa-miR-6729-5p、hsa-m
iR-7641、hsa-miR-6765-3p、hsa-miR-6820-5p、
hsa-miR-575、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-1469
、hsa-miR-663a、hsa-miR-6075、hsa-miR-4634、
hsa-miR-423-5p、hsa-miR-4454、hsa-miR-7109
-5p、hsa-miR-6789-5p、hsa-miR-6877-5p、hsa-
miR-4792、hsa-miR-4530、hsa-miR-7975、hsa-m
iR-6724-5p、hsa-miR-8073、hsa-miR-7977、hsa
-miR-1231、hsa-miR-6799-5p、hsa-miR-615-5p
、hsa-miR-4450、hsa-miR-6726-5p、hsa-miR-68
75-5p、hsa-miR-4734、hsa-miR-16-5p、hsa-miR
-602、hsa-miR-4651、hsa-miR-8069、hsa-miR-1
238-5p、hsa-miR-6880-5p、hsa-miR-8072、hsa-
miR-4723-5p、hsa-miR-4732-5p、hsa-miR-6125
、hsa-miR-6090、hsa-miR-7114-5p、hsa-miR-56
4、hsa-miR-451a、hsa-miR-3135b、hsa-miR-449
7、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3622a-5p、hsa-m
iR-6850-5p、hsa-miR-6821-5p、hsa-miR-5100、
hsa-miR-6872-3p、hsa-miR-4433-3p、hsa-miR-
1227-5p、hsa-miR-3188、hsa-miR-7704、hsa-mi
R-3185、hsa-miR-1908-3p、hsa-miR-6781-5p、h
sa-miR-6805-5p、hsa-miR-8089、hsa-miR-665、
hsa-miR-4486、hsa-miR-6722-3p、hsa-miR-126
0a、hsa-miR-4707-5p、hsa-miR-6741-5p、hsa-m
iR-1260b、hsa-miR-1246、hsa-miR-6845-5p、hs
a-miR-4638-5p、hsa-miR-6085、hsa-miR-1228-
3p、hsa-miR-4534、hsa-miR-5585-3p、hsa-miR-
4741、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-197-5p、hsa
-miR-718、hsa-miR-4513、hsa-miR-4446-3p、hs
a-miR-619-5p、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-677
8-5p、hsa-miR-24-3p、hsa-miR-1915-3p、hsa-m
iR-4665-3p、hsa-miR-4449、hsa-miR-6889-5p、
hsa-miR-486-3p、hsa-miR-7113-3p、hsa-miR-6
42a-3p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-6768-5p、h
sa-miR-1290、hsa-miR-7108-5p、hsa-miR-92b-
5p、hsa-miR-663b、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-
4467、hsa-miR-6858-5p、hsa-miR-4417、hsa-mi
R-3665、hsa-miR-4736、hsa-miR-4687-3p、hsa-
miR-1908-5p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-4286
、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-6791-5p、hsa-miR
-1202、hsa-miR-3656、hsa-miR-4746-3p、hsa-m
iR-3184-5p、hsa-miR-3937、hsa-miR-6515-3p、
hsa-miR-6132、hsa-miR-187-5p、hsa-miR-7111
-5p、hsa-miR-5787、hsa-miR-6779-5p、hsa-miR
-4516、hsa-miR-4649-5p、hsa-miR-760、hsa-mi
R-3162-5p、hsa-miR-3178、hsa-miR-940、hsa-m
iR-4271、hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-4508、hs
a-miR-6826-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa-miR-31
31、及び、hsa-miR-1343-3pからなる群から選択される少なくとも1つ
以上のmiRNAを用いることができる。さらにこれらのmiRNAと組み合わせること
ができる他の胆道がんマーカー、すなわち、hsa-miR-6808-5p、hsa-
miR-6774-5p、hsa-miR-4656、hsa-miR-6806-5p
、hsa-miR-1233-5p、hsa-miR-328-5p、hsa-miR-
4674、hsa-miR-2110、hsa-miR-6076、hsa-miR-3
619-3p、hsa-miR-92a-2-5p、hsa-miR-128-1-5p
、hsa-miR-638、hsa-miR-2861、hsa-miR-371a-5
p、hsa-miR-211-3p、hsa-miR-1273g-3p、hsa-mi
R-1203、hsa-miR-122-5p、hsa-miR-4258、hsa-m
iR-4484、hsa-miR-4648及びhsa-miR-6780b-5pから
なる群から選択される少なくとも1つ以上のmiRNAも標的核酸として好ましく用いる
ことができる。
【0233】
上記のmiRNAには、例えば、配列番号1~148、466~478のいずれかで表
される塩基配列を含むヒト遺伝子(すなわち、それぞれ、hsa-miR-125a-3
p、hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR
-4476、hsa-miR-4294、hsa-miR-150-3p、hsa-mi
R-6729-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-6765-3p、h
sa-miR-6820-5p、hsa-miR-575、hsa-miR-6836-
3p、hsa-miR-1469、hsa-miR-663a、hsa-miR-607
5、hsa-miR-4634、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-44
54、hsa-miR-7109-5p、hsa-miR-6789-5p、hsa-m
iR-6877-5p、hsa-miR-4792、hsa-miR-4530、hsa
-miR-7975、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-8073、h
sa-miR-7977、hsa-miR-1231、hsa-miR-6799-5p
、hsa-miR-615-5p、hsa-miR-4450、hsa-miR-672
6-5p、hsa-miR-6875-5p、hsa-miR-4734、hsa-mi
R-16-5p、hsa-miR-602、hsa-miR-4651、hsa-miR
-8069、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR-6880-5p、hs
a-miR-8072、hsa-miR-4723-5p、hsa-miR-4732-
5p、hsa-miR-6125、hsa-miR-6090、hsa-miR-711
4-5p、hsa-miR-564、hsa-miR-451a、hsa-miR-31
35b、hsa-miR-4497、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR
-3622a-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-6821-5
p、hsa-miR-5100、hsa-miR-6872-3p、hsa-miR-4
433-3p、hsa-miR-1227-5p、hsa-miR-3188、hsa-
miR-7704、hsa-miR-3185、hsa-miR-1908-3p、hs
a-miR-6781-5p、hsa-miR-6805-5p、hsa-miR-80
89、hsa-miR-665、hsa-miR-4486、hsa-miR-6722
-3p、hsa-miR-1260a、hsa-miR-4707-5p、hsa-mi
R-6741-5p、hsa-miR-1260b、hsa-miR-1246、hsa
-miR-6845-5p、hsa-miR-4638-5p、hsa-miR-608
5、hsa-miR-1228-3p、hsa-miR-4534、hsa-miR-5
585-3p、hsa-miR-4741、hsa-miR-4433b-3p、hsa
-miR-197-5p、hsa-miR-718、hsa-miR-4513、hsa
-miR-4446-3p、hsa-miR-619-5p、hsa-miR-6816
-5p、hsa-miR-6778-5p、hsa-miR-24-3p、hsa-mi
R-1915-3p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-4449、h
sa-miR-6889-5p、hsa-miR-486-3p、hsa-miR-71
13-3p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-7847-3p、hs
a-miR-6768-5p、hsa-miR-1290、hsa-miR-7108-
5p、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-663b、hsa-miR-3
940-5p、hsa-miR-4467、hsa-miR-6858-5p、hsa-
miR-4417、hsa-miR-3665、hsa-miR-4736、hsa-m
iR-4687-3p、hsa-miR-1908-5p、hsa-miR-5195-
3p、hsa-miR-4286、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-
6791-5p、hsa-miR-1202、hsa-miR-3656、hsa-mi
R-4746-3p、hsa-miR-3184-5p、hsa-miR-3937、h
sa-miR-6515-3p、hsa-miR-6132、hsa-miR-187-
5p、hsa-miR-7111-5p、hsa-miR-5787、hsa-miR-
6779-5p、hsa-miR-6808-5p、hsa-miR-6774-5p、
hsa-miR-4656、hsa-miR-6806-5p、hsa-miR-123
3-5p、hsa-miR-328-5p、hsa-miR-4674、hsa-miR
-2110、hsa-miR-6076、hsa-miR-3619-3p、hsa-m
iR-92a-2-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-638
、hsa-miR-2861、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR-21
1-3p、hsa-miR-1273g-3p、hsa-miR-1203、hsa-m
iR-122-5p、hsa-miR-4258、hsa-miR-4484、hsa-
miR-4648、hsa-miR-6780b-5p、hsa-miR-4516、h
sa-miR-4649-5p、hsa-miR-760、hsa-miR-3162-
5p、hsa-miR-3178、hsa-miR-940、hsa-miR-4271
、hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-4508、hsa-miR-6
826-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa-miR-3131、及び、h
sa-miR-1343-3p)、その同族体、その転写産物、及びその変異体又は誘導
体が含まれる。ここで、遺伝子、同族体、転写産物、変異体及び誘導体は、上記定義のと
おりである。
【0234】
好ましい標的核酸は、配列番号1~509のいずれかで表される塩基配列を含むヒト遺
伝子、又はその転写産物であり、より好ましくは当該転写産物、すなわちmiRNA、そ
の前駆体RNAであるpri-miRNA又はpre-miRNAである。
【0235】
第1の標的遺伝子は、hsa-miR-125a-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0236】
第2の標的遺伝子は、hsa-miR-6893-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0237】
第3の標的遺伝子は、hsa-miR-204-3p遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0238】
第4の標的遺伝子は、hsa-miR-4476遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0239】
第5の標的遺伝子は、hsa-miR-4294遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0240】
第6の標的遺伝子は、hsa-miR-150-3p遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0241】
第7の標的遺伝子は、hsa-miR-6729-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0242】
第8の標的遺伝子は、hsa-miR-7641遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0243】
第9の標的遺伝子は、hsa-miR-6765-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0244】
第10の標的遺伝子は、hsa-miR-6820-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0245】
第11の標的遺伝子は、hsa-miR-575遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0246】
第12の標的遺伝子は、hsa-miR-6836-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0247】
第13の標的遺伝子は、hsa-miR-1469遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0248】
第14の標的遺伝子は、hsa-miR-663a遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0249】
第15の標的遺伝子は、hsa-miR-6075遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0250】
第16の標的遺伝子は、hsa-miR-4634遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0251】
第17の標的遺伝子は、hsa-miR-423-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0252】
第18の標的遺伝子は、hsa-miR-4454遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0253】
第19の標的遺伝子は、hsa-miR-7109-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0254】
第20の標的遺伝子は、hsa-miR-6789-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0255】
第21の標的遺伝子は、hsa-miR-6877-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0256】
第22の標的遺伝子は、hsa-miR-4792遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0257】
第23の標的遺伝子は、hsa-miR-4530遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0258】
第24の標的遺伝子は、hsa-miR-7975遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0259】
第25の標的遺伝子は、hsa-miR-6724-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0260】
第26の標的遺伝子は、hsa-miR-8073遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0261】
第27の標的遺伝子は、hsa-miR-7977遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0262】
第28の標的遺伝子は、hsa-miR-1231遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0263】
第29の標的遺伝子は、hsa-miR-6799-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0264】
第30の標的遺伝子は、hsa-miR-615-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0265】
第31の標的遺伝子は、hsa-miR-4450遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0266】
第32の標的遺伝子は、hsa-miR-6726-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0267】
第33の標的遺伝子は、hsa-miR-6875-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0268】
第34の標的遺伝子は、hsa-miR-4734遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0269】
第35の標的遺伝子は、hsa-miR-16-5p遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0270】
第36の標的遺伝子は、hsa-miR-602遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0271】
第37の標的遺伝子は、hsa-miR-4651遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0272】
第38の標的遺伝子は、hsa-miR-8069遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0273】
第39の標的遺伝子は、hsa-miR-1238-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0274】
第40の標的遺伝子は、hsa-miR-6880-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0275】
第41の標的遺伝子は、hsa-miR-8072遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0276】
第42の標的遺伝子は、hsa-miR-4723-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0277】
第43の標的遺伝子は、hsa-miR-4732-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0278】
第44の標的遺伝子は、hsa-miR-6125遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0279】
第45の標的遺伝子は、hsa-miR-6090遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0280】
第46の標的遺伝子は、hsa-miR-7114-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0281】
第47の標的遺伝子は、hsa-miR-564遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0282】
第48の標的遺伝子は、hsa-miR-451a遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0283】
第49の標的遺伝子は、hsa-miR-3135b遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0284】
第50の標的遺伝子は、hsa-miR-4497遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0285】
第51の標的遺伝子は、hsa-miR-4665-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0286】
第52の標的遺伝子は、hsa-miR-3622a-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0287】
第53の標的遺伝子は、hsa-miR-6850-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0288】
第54の標的遺伝子は、hsa-miR-6821-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0289】
第55の標的遺伝子は、hsa-miR-5100遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0290】
第56の標的遺伝子は、hsa-miR-6872-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0291】
第57の標的遺伝子は、hsa-miR-4433-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0292】
第58の標的遺伝子は、hsa-miR-1227-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0293】
第59の標的遺伝子は、hsa-miR-3188遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0294】
第60の標的遺伝子は、hsa-miR-7704遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0295】
第61の標的遺伝子は、hsa-miR-3185遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0296】
第62の標的遺伝子は、hsa-miR-1908-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0297】
第63の標的遺伝子は、hsa-miR-6781-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0298】
第64の標的遺伝子は、hsa-miR-6805-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0299】
第65の標的遺伝子は、hsa-miR-8089遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0300】
第66の標的遺伝子は、hsa-miR-665遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0301】
第67の標的遺伝子は、hsa-miR-4486遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0302】
第68の標的遺伝子は、hsa-miR-6722-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0303】
第69の標的遺伝子は、hsa-miR-1260a遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0304】
第70の標的遺伝子は、hsa-miR-4707-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0305】
第71の標的遺伝子は、hsa-miR-6741-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0306】
第72の標的遺伝子は、hsa-miR-1260b遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0307】
第73の標的遺伝子は、hsa-miR-1246遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0308】
第74の標的遺伝子は、hsa-miR-6845-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0309】
第75の標的遺伝子は、hsa-miR-4638-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0310】
第76の標的遺伝子は、hsa-miR-6085遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0311】
第77の標的遺伝子は、hsa-miR-1228-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0312】
第78の標的遺伝子は、hsa-miR-4534遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0313】
第79の標的遺伝子は、hsa-miR-5585-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0314】
第80の標的遺伝子は、hsa-miR-4741遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0315】
第81の標的遺伝子は、hsa-miR-4433b-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0316】
第82の標的遺伝子は、hsa-miR-197-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0317】
第83の標的遺伝子は、hsa-miR-718遺伝子、それらの同族体、それらの転
写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0318】
第84の標的遺伝子は、hsa-miR-4513遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0319】
第85の標的遺伝子は、hsa-miR-4446-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0320】
第86の標的遺伝子は、hsa-miR-619-5p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0321】
第87の標的遺伝子は、hsa-miR-6816-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0322】
第88の標的遺伝子は、hsa-miR-6778-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0323】
第89の標的遺伝子は、hsa-miR-24-3p遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0324】
第90の標的遺伝子は、hsa-miR-1915-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0325】
第91の標的遺伝子は、hsa-miR-4665-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0326】
第92の標的遺伝子は、hsa-miR-4449遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0327】
第93の標的遺伝子は、hsa-miR-6889-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0328】
第94の標的遺伝子は、hsa-miR-486-3p遺伝子、それらの同族体、それ
らの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその
転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0329】
第95の標的遺伝子は、hsa-miR-7113-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0330】
第96の標的遺伝子は、hsa-miR-642a-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0331】
第97の標的遺伝子は、hsa-miR-7847-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0332】
第98の標的遺伝子は、hsa-miR-6768-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0333】
第99の標的遺伝子は、hsa-miR-1290遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0334】
第100の標的遺伝子は、hsa-miR-7108-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0335】
第101の標的遺伝子は、hsa-miR-92b-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0336】
第102の標的遺伝子は、hsa-miR-663b遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0337】
第103の標的遺伝子は、hsa-miR-3940-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0338】
第104の標的遺伝子は、hsa-miR-4467遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0339】
第105の標的遺伝子は、hsa-miR-6858-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0340】
第106の標的遺伝子は、hsa-miR-4417遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0341】
第107の標的遺伝子は、hsa-miR-3665遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0342】
第108の標的遺伝子は、hsa-miR-4736遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0343】
第109の標的遺伝子は、hsa-miR-4687-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0344】
第110の標的遺伝子は、hsa-miR-1908-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0345】
第111の標的遺伝子は、hsa-miR-5195-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0346】
第112の標的遺伝子は、hsa-miR-4286遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0347】
第113の標的遺伝子は、hsa-miR-3679-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0348】
第114の標的遺伝子は、hsa-miR-6791-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0349】
第115の標的遺伝子は、hsa-miR-1202遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0350】
第116の標的遺伝子は、hsa-miR-3656遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0351】
第117の標的遺伝子は、hsa-miR-4746-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0352】
第118の標的遺伝子は、hsa-miR-3184-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0353】
第119の標的遺伝子は、hsa-miR-3937遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0354】
第120の標的遺伝子は、hsa-miR-6515-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0355】
第121の標的遺伝子は、hsa-miR-6132遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0356】
第122の標的遺伝子は、hsa-miR-187-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0357】
第123の標的遺伝子は、hsa-miR-7111-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0358】
第124の標的遺伝子は、hsa-miR-5787遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0359】
第125の標的遺伝子は、hsa-miR-6779-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0360】
第126の標的遺伝子は、hsa-miR-6808-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0361】
第127の標的遺伝子は、hsa-miR-6774-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0362】
第128の標的遺伝子は、hsa-miR-4656遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0363】
第129の標的遺伝子は、hsa-miR-6806-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0364】
第130の標的遺伝子は、hsa-miR-1233-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0365】
第131の標的遺伝子は、hsa-miR-328-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0366】
第132の標的遺伝子は、hsa-miR-4674遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0367】
第133の標的遺伝子は、hsa-miR-2110遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0368】
第134の標的遺伝子は、hsa-miR-6076遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0369】
第135の標的遺伝子は、hsa-miR-3619-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0370】
第136の標的遺伝子は、hsa-miR-92a-2-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又
はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていな
い。
【0371】
第137の標的遺伝子は、hsa-miR-128-1-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又
はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていな
い。
【0372】
第138の標的遺伝子は、hsa-miR-638遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0373】
第139の標的遺伝子は、hsa-miR-2861遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0374】
第140の標的遺伝子は、hsa-miR-371a-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0375】
第141の標的遺伝子は、hsa-miR-211-3p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0376】
第142の標的遺伝子は、hsa-miR-1273g-3p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又
はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていな
い。
【0377】
第143の標的遺伝子は、hsa-miR-1203遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0378】
第144の標的遺伝子は、hsa-miR-122-5p遺伝子、それらの同族体、そ
れらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0379】
第145の標的遺伝子は、hsa-miR-4258遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0380】
第146の標的遺伝子は、hsa-miR-4484遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0381】
第147の標的遺伝子は、hsa-miR-4648遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又はその転
写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0382】
第148の標的遺伝子は、hsa-miR-6780b-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに本遺伝子又
はその転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていな
い。
【0383】
第149の標的遺伝子は、hsa-miR-4516遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0384】
第150の標的遺伝子は、hsa-miR-4649-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0385】
第151の標的遺伝子は、hsa-miR-760遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0386】
第152の標的遺伝子は、hsa-miR-3162-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0387】
第153の標的遺伝子は、hsa-miR-3178遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0388】
第154の標的遺伝子は、hsa-miR-940遺伝子、それらの同族体、それらの
転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写産
物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0389】
第155の標的遺伝子は、hsa-miR-4271遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0390】
第156の標的遺伝子は、hsa-miR-6769b-5p遺伝子、それらの同族体
、それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又は
その転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない
。
【0391】
第157の標的遺伝子は、hsa-miR-4508遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0392】
第158の標的遺伝子は、hsa-miR-6826-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0393】
第159の標的遺伝子は、hsa-miR-6757-5p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0394】
第160の標的遺伝子は、hsa-miR-3131遺伝子、それらの同族体、それら
の転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はその転写
産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0395】
第161の標的遺伝子は、hsa-miR-1343-3p遺伝子、それらの同族体、
それらの転写産物、あるいはそれらの変異体又は誘導体である。これまでに遺伝子又はそ
の転写産物の発現の変化が胆道がんのマーカーになりうるという報告は知られていない。
【0396】
2.胆道がんの検出用の核酸プローブ又はプライマー
本発明においては、上記の胆道がんマーカーとしての標的核酸に特異的に結合可能な核
酸を、胆道がんを検出又は診断するための核酸、例えば核酸プローブ又はプライマーとし
て用いることができる。
【0397】
本発明において、胆道がんを検出するための、あるいは胆道がんを診断するために使用
可能な核酸プローブ又はプライマーは、上記の胆道がんマーカーとしての標的核酸、例え
ばヒト由来の、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-6893-5p、h
sa-miR-204-3p、hsa-miR-4476、hsa-miR-4294、
hsa-miR-150-3p、hsa-miR-6729-5p、hsa-miR-7
641、hsa-miR-6765-3p、hsa-miR-6820-5p、hsa-
miR-575、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-1469、hsa
-miR-663a、hsa-miR-6075、hsa-miR-4634、hsa-
miR-423-5p、hsa-miR-4454、hsa-miR-7109-5p、
hsa-miR-6789-5p、hsa-miR-6877-5p、hsa-miR-
4792、hsa-miR-4530、hsa-miR-7975、hsa-miR-6
724-5p、hsa-miR-8073、hsa-miR-7977、hsa-miR
-1231、hsa-miR-6799-5p、hsa-miR-615-5p、hsa
-miR-4450、hsa-miR-6726-5p、hsa-miR-6875-5
p、hsa-miR-4734、hsa-miR-16-5p、hsa-miR-602
、hsa-miR-4651、hsa-miR-8069、hsa-miR-1238-
5p、hsa-miR-6880-5p、hsa-miR-8072、hsa-miR-
4723-5p、hsa-miR-4732-5p、hsa-miR-6125、hsa
-miR-6090、hsa-miR-7114-5p、hsa-miR-564、hs
a-miR-451a、hsa-miR-3135b、hsa-miR-4497、hs
a-miR-4665-5p、hsa-miR-3622a-5p、hsa-miR-6
850-5p、hsa-miR-6821-5p、hsa-miR-5100、hsa-
miR-6872-3p、hsa-miR-4433-3p、hsa-miR-1227
-5p、hsa-miR-3188、hsa-miR-7704、hsa-miR-31
85、hsa-miR-1908-3p、hsa-miR-6781-5p、hsa-m
iR-6805-5p、hsa-miR-8089、hsa-miR-665、hsa-
miR-4486、hsa-miR-6722-3p、hsa-miR-1260a、h
sa-miR-4707-5p、hsa-miR-6741-5p、hsa-miR-1
260b、hsa-miR-1246、hsa-miR-6845-5p、hsa-mi
R-4638-5p、hsa-miR-6085、hsa-miR-1228-3p、h
sa-miR-4534、hsa-miR-5585-3p、hsa-miR-4741
、hsa-miR-4433b-3p、hsa-miR-197-5p、hsa-miR
-718、hsa-miR-4513、hsa-miR-4446-3p、hsa-mi
R-619-5p、hsa-miR-6816-5p、hsa-miR-6778-5p
、hsa-miR-24-3p、hsa-miR-1915-3p、hsa-miR-4
665-3p、hsa-miR-4449、hsa-miR-6889-5p、hsa-
miR-486-3p、hsa-miR-7113-3p、hsa-miR-642a-
3p、hsa-miR-7847-3p、hsa-miR-6768-5p、hsa-m
iR-1290、hsa-miR-7108-5p、hsa-miR-92b-5p、h
sa-miR-663b、hsa-miR-3940-5p、hsa-miR-4467
、hsa-miR-6858-5p、hsa-miR-4417、hsa-miR-36
65、hsa-miR-4736、hsa-miR-4687-3p、hsa-miR-
1908-5p、hsa-miR-5195-3p、hsa-miR-4286、hsa
-miR-3679-3p、hsa-miR-6791-5p、hsa-miR-120
2、hsa-miR-3656、hsa-miR-4746-3p、hsa-miR-3
184-5p、hsa-miR-3937、hsa-miR-6515-3p、hsa-
miR-6132、hsa-miR-187-5p、hsa-miR-7111-5p、
hsa-miR-5787、hsa-miR-6779-5p、hsa-miR-451
6、hsa-miR-4649-5p、hsa-miR-760、hsa-miR-31
62-5p、hsa-miR-3178、hsa-miR-940、hsa-miR-4
271、hsa-miR-6769b-5p、hsa-miR-4508、hsa-mi
R-6826-5p、hsa-miR-6757-5p、hsa-miR-3131、若
しくは、hsa-miR-1343-3p又はそれらの組み合わせ、又はそれらの同族体
、それらの転写産物、それらの変異体若しくは誘導体、並びに、それらと場合により組み
合わせることができる、hsa-miR-6808-5p、hsa-miR-6774-
5p、hsa-miR-4656、hsa-miR-6806-5p、hsa-miR-
1233-5p、hsa-miR-328-5p、hsa-miR-4674、hsa-
miR-2110、hsa-miR-6076、hsa-miR-3619-3p、hs
a-miR-92a-2-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-
638、hsa-miR-2861、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR
-211-3p、hsa-miR-1273g-3p、hsa-miR-1203、hs
a-miR-122-5p、hsa-miR-4258、hsa-miR-4484、h
sa-miR-4648若しくはhsa-miR-6780b-5p、又はそれらの組み
合わせ、又はそれらの同族体、それらの転写産物、それらの変異体若しくは誘導体の、存
在、発現量又は存在量を定性的及び/又は定量的に測定することを可能にする。
【0398】
上記の標的核酸は、健常体と比べて、胆道がんに罹患した被験体において、該標的核酸
の種類に応じてそれらの発現量が増加するものもあれば、又は低下するものもある(以下
、「増加/低下」と称する。)。それゆえ、本発明の核酸は、胆道がんの罹患が疑われる
被験体(例えばヒト)由来の体液と健常体由来の体液について上記標的核酸の発現量を測
定し、それらを比較して、胆道がんを検出するために有効に使用することができる。また
、本発明の核酸は、胆道がんの罹患が疑われる被験体(例えばヒト)由来の体液と、大腸
がん患者、胃がん患者、食道がん患者、肝がん患者及び膵胆道良性疾患患者由来の体液に
ついて上記標的核酸の発現量を測定し、それらを比較して、他のがんや良性疾患などから
胆道がんを特異的に検出するために有効に使用することができる。
【0399】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーは、配列番号1~125(好ましくは
配列番号1、2、4~125)及び466~478の少なくとも1つで表される塩基配列
からなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸プローブ、又は、配列番号1~12
5、466~478の少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドを増
幅するためのプライマーである。
【0400】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、配列番号126~148の
少なくとも1つで表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸
プローブ、又は、配列番号126~148の少なくとも1つで表される塩基配列からなる
ポリヌクレオチドを増幅するためのプライマーを含むことができる。
【0401】
具体的には、上記の核酸プローブ又はプライマーは、配列番号1~509のいずれかで
表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含むポリヌ
クレオチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、当該塩基配列に相補的な塩基配列から
なるDNAとストリンジェントな条件(後述)でそれぞれハイブリダイズするポリヌクレ
オチド群及びその相補的ポリヌクレオチド群、並びにそれらのポリヌクレオチド群の塩基
配列において15以上、好ましくは17以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド群か
ら選ばれた1又は複数のポリヌクレオチドの組み合わせを含む。これらのポリヌクレオチ
ドは、標的核酸である上記胆道がんマーカーを検出するための核酸プローブ及びプライマ
ーとして使用できる。
【0402】
さらに具体的には、本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーの例は、以下のポ
リヌクレオチド(a)~(e)からなる群から選択される1又は複数のポリヌクレオチド
である。
(a)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、そ
の誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌ
クレオチド、
(c)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチ
ド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
、並びに、
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド。
【0403】
本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーはさらに、上記のポリヌクレオチド(
a)~(e)からなる群から選択される少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドの他に、
下記の(f)~(j)に示すポリヌクレオチドからなる群から選択されるポリヌクレオチ
ドを含むことができる。
(f)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列もしくは当該塩基配列にお
いてuがtである塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又は1
5以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異
体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、並びに、
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド。
【0404】
上記のポリヌクレオチドにおいて「15以上の連続した塩基を含むその断片」は、各ポ
リヌクレオチドの塩基配列において、例えば、連続する15から配列の全塩基数未満、1
7から配列の全塩基数未満、19から配列の全塩基数未満、などの範囲の塩基数を含むこ
とができるが、これらに限定されないものとする。
【0405】
本発明で使用される上記ポリヌクレオチド類又はその断片類はいずれもDNAでもよい
しRNAでもよい。
【0406】
本発明で使用可能な上記のポリヌクレオチドは、DNA組換え技術、PCR法、DNA
/RNA自動合成機による方法などの一般的な技術を用いて作製することができる。
【0407】
DNA組換え技術及びPCR法は、例えばAusubelら, Current Pr
otocols in Molecular Biology, John Wille
y & Sons, US (1993); Sambrookら, Molecula
r Cloning A Laboratory Manual, Cold Spr
ing Harbor Laboratory Press, US (1989)など
に記載される技術を使用することができる。
【0408】
配列番号1~148、466~478で表されるヒト由来の、hsa-miR-125
a-3p、hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-
miR-4476、hsa-miR-4294、hsa-miR-150-3p、hsa
-miR-6729-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-6765-3
p、hsa-miR-6820-5p、hsa-miR-575、hsa-miR-68
36-3p、hsa-miR-1469、hsa-miR-663a、hsa-miR-
6075、hsa-miR-4634、hsa-miR-423-5p、hsa-miR
-4454、hsa-miR-7109-5p、hsa-miR-6789-5p、hs
a-miR-6877-5p、hsa-miR-4792、hsa-miR-4530、
hsa-miR-7975、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-807
3、hsa-miR-7977、hsa-miR-1231、hsa-miR-6799
-5p、hsa-miR-615-5p、hsa-miR-4450、hsa-miR-
6726-5p、hsa-miR-6875-5p、hsa-miR-4734、hsa
-miR-16-5p、hsa-miR-602、hsa-miR-4651、hsa-
miR-8069、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR-6880-5p
、hsa-miR-8072、hsa-miR-4723-5p、hsa-miR-47
32-5p、hsa-miR-6125、hsa-miR-6090、hsa-miR-
7114-5p、hsa-miR-564、hsa-miR-451a、hsa-miR
-3135b、hsa-miR-4497、hsa-miR-4665-5p、hsa-
miR-3622a-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-682
1-5p、hsa-miR-5100、hsa-miR-6872-3p、hsa-mi
R-4433-3p、hsa-miR-1227-5p、hsa-miR-3188、h
sa-miR-7704、hsa-miR-3185、hsa-miR-1908-3p
、hsa-miR-6781-5p、hsa-miR-6805-5p、hsa-miR
-8089、hsa-miR-665、hsa-miR-4486、hsa-miR-6
722-3p、hsa-miR-1260a、hsa-miR-4707-5p、hsa
-miR-6741-5p、hsa-miR-1260b、hsa-miR-1246、
hsa-miR-6845-5p、hsa-miR-4638-5p、hsa-miR-
6085、hsa-miR-1228-3p、hsa-miR-4534、hsa-mi
R-5585-3p、hsa-miR-4741、hsa-miR-4433b-3p、
hsa-miR-197-5p、hsa-miR-718、hsa-miR-4513、
hsa-miR-4446-3p、hsa-miR-619-5p、hsa-miR-6
816-5p、hsa-miR-6778-5p、hsa-miR-24-3p、hsa
-miR-1915-3p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-444
9、hsa-miR-6889-5p、hsa-miR-486-3p、hsa-miR
-7113-3p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-7847-3p
、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-1290、hsa-miR-71
08-5p、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-663b、hsa-mi
R-3940-5p、hsa-miR-4467、hsa-miR-6858-5p、h
sa-miR-4417、hsa-miR-3665、hsa-miR-4736、hs
a-miR-4687-3p、hsa-miR-1908-5p、hsa-miR-51
95-3p、hsa-miR-4286、hsa-miR-3679-3p、hsa-m
iR-6791-5p、hsa-miR-1202、hsa-miR-3656、hsa
-miR-4746-3p、hsa-miR-3184-5p、hsa-miR-393
7、hsa-miR-6515-3p、hsa-miR-6132、hsa-miR-1
87-5p、hsa-miR-7111-5p、hsa-miR-5787、hsa-m
iR-6779-5p、hsa-miR-6808-5p、hsa-miR-6774-
5p、hsa-miR-4656、hsa-miR-6806-5p、hsa-miR-
1233-5p、hsa-miR-328-5p、hsa-miR-4674、hsa-
miR-2110、hsa-miR-6076、hsa-miR-3619-3p、hs
a-miR-92a-2-5p、hsa-miR-128-1-5p、hsa-miR-
638、hsa-miR-2861、hsa-miR-371a-5p、hsa-miR
-211-3p、hsa-miR-1273g-3p、hsa-miR-1203、hs
a-miR-122-5p、hsa-miR-4258、hsa-miR-4484、h
sa-miR-4648及びhsa-miR-6780b-5pは公知であり、前述のよ
うにその取得方法も知られている。このため、この遺伝子をクローニングすることによっ
て、本発明で使用可能な核酸プローブ又はプライマーとしてのポリヌクレオチドを作製す
ることができる。
【0409】
そのような核酸プローブ又はプライマーは、DNA自動合成装置を用いて化学的に合成
することができる。この合成には一般にホスホアミダイト法が使用され、この方法によっ
て約100塩基までの一本鎖DNAを自動合成することができる。DNA自動合成装置は
、例えばPolygen社、ABI社、Applied BioSystems社などか
ら市販されている。
【0410】
あるいは、本発明のポリヌクレオチドは、cDNAクローニング法によって作製するこ
ともできる。cDNAクローニング技術は、例えばmicroRNA Cloning
Kit Wakoなどを利用できる。
【0411】
ここで、配列番号1~148、466~478のいずれかで表される塩基配列からなる
ポリヌクレオチドを検出するための核酸プローブ及びプライマーの配列は、miRNA又
はその前駆体としては生体内に存在していない。例えば、配列番号51及び配列番号91
で表される塩基配列は、配列番号201で表される前駆体から生成されるが、この前駆体
は
図1に示すようなヘアピン様構造を有しており、配列番号51及び配列番号91で表さ
れる塩基配列は互いにミスマッチ配列を有している。このため、配列番号51又は配列番
号91で表される塩基配列に対する、完全に相補的な塩基配列が生体内で自然に生成され
ることはない。同様に、配列番号1~148、466~478のいずれかで表される塩基
配列を検出するための核酸プローブ及びプライマーは生体内に存在しない人工的な塩基配
列を有することになる。
【0412】
3.胆道がん検出用キット又はデバイス
本発明はまた、胆道がんマーカーである標的核酸を測定するための、本発明において核
酸プローブ又はプライマーとして使用可能なポリヌクレオチド(これには、変異体、断片
、又は誘導体を含みうる。;以下、検出用ポリヌクレオチドと称することがある)の1つ
又は複数を含む胆道がん検出用キット又はデバイスを提供する。
【0413】
本発明における胆道がんマーカーである標的核酸は、好ましくは、以下の群1から選択
される:
miR-125a-3p、miR-6893-5p、miR-204-3p、miR-
4476、miR-4294、miR-150-3p、miR-6729-5p、miR
-7641、miR-6765-3p、miR-6820-5p、miR-575、mi
R-6836-3p、miR-1469、miR-663a、miR-6075、miR
-4634、miR-423-5p、miR-4454、miR-7109-5p、mi
R-6789-5p、miR-6877-5p、miR-4792、miR-4530、
miR-7975、miR-6724-5p、miR-8073、miR-7977、m
iR-1231、miR-6799-5p、miR-615-5p、miR-4450、
miR-6726-5p、miR-6875-5p、miR-4734、miR-16-
5p、miR-602、miR-4651、miR-8069、miR-1238-5p
、miR-6880-5p、miR-8072、miR-4723-5p、miR-47
32-5p、miR-6125、miR-6090、miR-7114-5p、miR-
564、miR-451a、miR-3135b、miR-4497、miR-4665
-5p、miR-3622a-5p、miR-6850-5p、miR-6821-5p
、miR-5100、miR-6872-3p、miR-4433-3p、miR-12
27-5p、miR-3188、miR-7704、miR-3185、miR-190
8-3p、miR-6781-5p、miR-6805-5p、miR-8089、mi
R-665、miR-4486、miR-6722-3p、miR-1260a、miR
-4707-5p、miR-6741-5p、miR-1260b、miR-1246、
miR-6845-5p、miR-4638-5p、miR-6085、miR-122
8-3p、miR-4534、miR-5585-3p、miR-4741、miR-4
433b-3p、miR-197-5p、miR-718、miR-4513、miR-
4446-3p、miR-619-5p、miR-6816-5p、miR-6778-
5p、miR-24-3p、miR-1915-3p、miR-4665-3p、miR
-4449、miR-6889-5p、miR-486-3p、miR-7113-3p
、miR-642a-3p、miR-7847-3p、miR-6768-5p、miR
-1290、miR-7108-5p、miR-92b-5p、miR-663b、mi
R-3940-5p、miR-4467、miR-6858-5p、miR-4417、
miR-3665、miR-4736、miR-4687-3p、miR-1908-5
p、miR-5195-3p、miR-4286、miR-3679-3p、miR-6
791-5p、miR-1202、miR-3656、miR-4746-3p、miR
-3184-5p、miR-3937、miR-6515-3p、miR-6132、m
iR-187-5p、miR-7111-5p、miR-5787、miR-6779-
5p、miR-4516、miR-4649-5p、miR-760、miR-3162
-5p、miR-3178、miR-940、miR-4271、miR-6769b-
5p、miR-4508、miR-6826-5p、miR-6757-5p、miR-
3131、及び、miR-1343-3p。
【0414】
場合により測定に使用しうる追加の標的核酸は、好ましくは、以下の群2から選択され
る:miR-6808-5p、miR-6774-5p、miR-4656、miR-6
806-5p、miR-1233-5p、miR-328-5p、miR-4674、m
iR-2110、miR-6076、miR-3619-3p、miR-92a-2-5
p、miR-128-1-5p、miR-638、miR-2861、miR-371a
-5p、miR-211-3p、miR-1273g-3p、miR-1203、miR
-122-5p、miR-4258、miR-4484、miR-4648及びmiR-
6780b-5p。
【0415】
本発明のキット又はデバイスは、上記の胆道がんマーカーである標的核酸と特異的に結
合可能な核酸、好ましくは、上記2に記載の核酸プローブ又はプライマー、具体的には上
記2に記載したポリヌクレオチド類から選択される1又は複数のポリヌクレオチド又はそ
の変異体等を含む。
【0416】
具体的には、本発明のキット又はデバイスは、配列番号1~125及び466~478
のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、
を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオチド、その相補的配列を含む(もしくは、か
らなる)ポリヌクレオチド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイ
ブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらのポリヌクレオチド配列の15以上の連続
した塩基を含む変異体又は断片、を少なくとも1つ以上含むことができる。
【0417】
本発明のキット又はデバイスはさらに、配列番号126~148のいずれかで表される
塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、を含む(もしくは、か
らなる)ポリヌクレオチド、その相補的配列を含む(もしくは、からなる)ポリヌクレオ
チド、それらのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌ
クレオチド、又はそれらのポリヌクレオチド配列の15以上の連続した塩基を含む変異体
又は断片、を1つ以上含むことができる。
【0418】
本発明のキット又はデバイスに含むことができる断片は、例えば下記の(1)~(2)
からなる群より選択される1つ以上、好ましくは2つ以上のポリヌクレオチドである。
(1)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列においてuが
tである塩基配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌク
レオチド。
(2)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列においてuがtである塩基
配列又はその相補的配列において、15以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチド。
【0419】
好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号1~125、466~47
8のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列
、からなるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリ
ヌクレオチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそ
れらの15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上の連続した塩基を含む変
異体である。
【0420】
また、好ましい実施形態では、前記ポリヌクレオチドが、配列番号126~148のい
ずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列においてuがtである塩基配列、から
なるポリヌクレオチド、その相補的配列からなるポリヌクレオチド、それらのポリヌクレ
オチドとストリンジェントな条件でハイブリダイズするポリヌクレオチド、又はそれらの
15以上、好ましくは17以上、より好ましくは19以上の連続した塩基を含む変異体で
ある。
【0421】
好ましい実施形態では、前記断片は、15以上、好ましくは17以上、より好ましくは
19以上の連続した塩基を含むポリヌクレオチドであることができる。
【0422】
本発明において、ポリヌクレオチドの断片のサイズは、各ポリヌクレオチドの塩基配列
において、例えば、連続する15から配列の全塩基数未満、17から配列の全塩基数未満
、19から配列の全塩基数未満などの範囲の塩基数である。
【0423】
本発明のキット又はデバイスを構成する上記のポリヌクレオチドの組み合わせとしては
、具体的には後述の表1に示される配列番号(表1中の、miRNAマーカーに対応する
、配列番号1~148及び466~478)によって表される塩基配列又はその相補配列
からなる上記のポリヌクレオチドの任意の組み合わせを挙げることができるが、それらは
あくまでも例示であり、他の種々の可能な組み合わせのすべてが本発明に包含されるもの
とする。
【0424】
例えば、本発明において胆道がんと健常体を判別するためのキット又はデバイスを構成
する上記の組み合わせとしては、表1に示される配列番号に表される塩基配列からなる上
記のポリヌクレオチドを2個以上組み合わせることが望ましく、通常では2個の組み合わ
せで充分な性能を得ることができる。
【0425】
具体的に胆道がんと健常体を判別するための塩基配列若しくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドの2個の組み合わせとして、配列番号1~148及び466~478に
表される塩基配列からなる上記のポリヌクレオチドから選択される2個の組み合わせのう
ち、新規に見出された配列番号1~125及び466~478で表される塩基配列からな
るポリヌクレオチドを少なくとも1つ以上含む組み合わせが好ましい。
【0426】
また、胆道がんを健常体だけではなく他のがんとも判別できるがん種特異性のあるポリ
ヌクレオチドの組み合わせとして、例えば、配列番号1、4、5、11、12、15、2
3、29、39、40、54、76、79、91、103、115、121、134、1
43、466、469、472、473、及び474によって表される塩基配列又はその
相補配列からなるポリヌクレオチドからなる群(以降、本群を「がん種特異性ポリヌクレ
オチド群1」とする)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドと、その他の配
列番号のポリヌクレオチドとの複数個の組み合わせが好ましい。
【0427】
更に、胆道がんを健常体だけではなく他のがんとも判別できるがん種特異性のあるポリ
ヌクレオチドの組み合わせとして、がん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される複
数個のポリヌクレオチドの組み合わせがより好ましい。
【0428】
更に、胆道がんを健常体だけではなく他のがんとも判別できるがん種特異性のあるポリ
ヌクレオチドの組み合わせとして、がん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される複
数個のポリヌクレオチドの組み合わせのうち、がん種特異性ポリヌクレオチド群1に含ま
れる、配列番号4、5、12、15及び40によって表される塩基配列又はその相補配列
からなるポリヌクレオチド、からなる群(以降、本群を「がん種特異性ポリヌクレオチド
群2」とする)から選択される少なくとも1つのポリヌクレオチドを含む組み合わせがよ
り好ましい。
【0429】
上記のがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせの個数としては、1個、2個
、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数の組み合わせ
が可能であるが、より好ましくは4個以上の組み合わせであり、通常では4個の組み合わ
せで充分な性能を得ることができる。
【0430】
以下に、非限定的に、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌクレ
オチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
との組み合わせを以下に例示する。
【0431】
(1)配列番号4、15、54、115(マーカー:miR-4476、miR-607
5、miR-6821-5p、miR-1202)の組み合わせ
(2)配列番号4、5、12、76(マーカー:miR-4476、miR-4294、
miR-6836-3p、miR-6085)の組み合わせ
(3)配列番号4、5、12、115(マーカー:miR-4476、miR-4294
、miR-6836-3p、miR-1202)の組み合わせ
(4)配列番号4、12、15、474(マーカー:miR-4476、miR-683
6-3p、miR-6075、miR-4508)の組み合わせ
(5)配列番号4、15、29、115(マーカー:miR-4476、miR-607
5、miR-6799-5p、miR-1202)の組み合わせ
【0432】
以下に、非限定的に、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌクレ
オチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチド
との組み合わせを以下に例示する。
【0433】
(1)配列番号5、76、12、115(マーカー:hsa-miR-4294、hsa
-miR-6085、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-1202)の
組み合わせ
(2)配列番号5、76、54、115(マーカー:hsa-miR-4294、hsa
-miR-6085、hsa-miR-6821-5p、hsa-miR-1202)の
組み合わせ
(3)配列番号5、23、12、115(マーカー:hsa-miR-4294、hsa
-miR-4530、hsa-miR-6836-3p、hsa-miR-1202)の
組み合わせ
(4)配列番号5、12、115、91(マーカー:hsa-miR-4294、hsa
-miR-6836-3p、hsa-miR-1202、hsa-miR-4665-3
p)の組み合わせ
(5)配列番号5、1、23、4(マーカー:hsa-miR-4294、hsa-mi
R-125a-3p、hsa-miR-4530、hsa-miR-4476)の組み合
わせ
【0434】
以下に、非限定的に、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からな
るポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌク
レオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドとの組み合わせを以下に例示する。
【0435】
(1)配列番号5、12、29、115(マーカー:miR-4294、miR-683
6-3p、miR-6799-5p、miR-1202)の組み合わせ
(2)配列番号12、15、23、115(マーカー:miR-6836-3p、miR
-6075、miR-4530、miR-1202)の組み合わせ
(3)配列番号5、12、115、469(マーカー:miR-4294、miR-68
36-3p、miR-3162-5p、miR-1202)の組み合わせ
(4)配列番号5、12、115、472(マーカー:miR-4294、miR-68
36-3p、miR-1202、miR-4271)の組み合わせ
(5)配列番号5、12、76、115(マーカー:miR-4294、miR-608
5、miR-1202、miR-6836-3p)の組み合わせ
【0436】
以下に、非限定的に、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からな
るポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌク
レオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドとの組み合わせを以下に例示する。
【0437】
(1)配列番号15、29、1、12(マーカー:hsa-miR-6075、hsa-
miR-6799-5p、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-6836
-3p)の組み合わせ
(2)配列番号15、12、11、143(マーカー:hsa-miR-6075、hs
a-miR-6836-3p、hsa-miR-575、hsa-miR-1203)の
組み合わせ
(3)配列番号15、76、121、39(マーカー:hsa-miR-6075、hs
a-miR-6085、hsa-miR-6132、hsa-miR-1238-5p)
の組み合わせ
(4)配列番号15、76、54、121(マーカー:hsa-miR-6075、hs
a-miR-6085、hsa-miR-6821-5p、hsa-miR-6132)
の組み合わせ
(5)配列番号15、40、1、23(マーカー:hsa-miR-6075、hsa-
miR-6880-5p、hsa-miR-125a-3p、hsa-miR-4530
)の組み合わせ
【0438】
以下に、非限定的に、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からな
るポリヌクレオチドとがん種特異性ポリヌクレオチド群1から選択される3つのポリヌク
レオチドの配列番号で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチ
ドとの組み合わせを以下に例示する。
【0439】
(1)配列番号12、40、472、473(マーカー:miR-6836-3p、mi
R-6880-5p、miR-4271、miR-6769b-5p)の組み合わせ
(2)配列番号12、23、40、466(マーカー:miR-6836-3p、miR
-4530、miR-6880-5p、miR-4516)の組み合わせ
(3)配列番号12、23、40、134(マーカー:miR-6836-3p、miR
-4530、miR-6880-5p、miR-6076)の組み合わせ
(4)配列番号15、40、121、134(マーカー:miR-6075、miR-6
880-5p、miR-6132、miR-6076)の組み合わせ
(5)配列番号15、40、54、76(マーカー:miR-6075、miR-688
0-5p、miR-6821-5p、miR-6085)の組み合わせ
【0440】
本発明のキット又はデバイスには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチド(こ
れには、変異体、断片又は誘導体を包含しうる。)に加えて、胆道がん検出を可能とする
既知のポリヌクレオチド又は将来見出されるであろうポリヌクレオチドも含めることがで
きる。
【0441】
本発明のキットには、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチドに加えて、CEA
、CA19-9、SPan-1、DUPAN-2、CA50、CA195、IL-6、C
A242、TAG-72、尿中フコース、POA、TPSなどの公知の胆道がん検査用マ
ーカーを測定するための抗体も含めることができる。
【0442】
本発明のキットに含まれる上記ポリヌクレオチドは、個別に又は任意に組み合わせて異
なる容器に包装されうる。
【0443】
本発明のキットには、体液、細胞又は組織から核酸(例えばtotal RNA)を抽
出するためのキット、標識用蛍光物質、核酸増幅用酵素及び培地、使用説明書、などを含
めることができる。
【0444】
本発明のデバイスは、上で説明した本発明におけるポリヌクレオチドなどの核酸が、例
えば、固相に結合又は付着されたがんマーカー測定のためのデバイスである。固相の材質
の例は、プラスチック、紙、ガラス、シリコン、などであり、加工のしやすさから、好ま
しい固相の材質はプラスチックである。固相の形状は、任意であり、例えば方形、丸形、
短冊形、フィルム形などである。本発明のデバイスには、例えば、ハイブリダイゼーショ
ン技術による測定のためのデバイスが含まれ、具体的にはブロッティングデバイス、核酸
アレイ(例えばマイクロアレイ、DNAチップ、RNAチップなど)などが例示される。
【0445】
核酸アレイ技術は、必要に応じてLリジンコートやアミノ基、カルボキシル基などの官
能基導入などの表面処理が施された固相の表面に、スポッター又はアレイヤーと呼ばれる
高密度分注機を用いて核酸をスポットする方法、ノズルより微少な液滴を圧電素子などに
より噴射するインクジェットを用いて核酸を固相に吹き付ける方法、固相上で順次ヌクレ
オチド合成を行う方法などの方法を用いて、上記の核酸を1つずつ結合又は付着させるこ
とによりチップなどのアレイを作製し、このアレイを用いてハイブリダイゼーションを利
用して標的核酸を測定する技術である。
【0446】
本発明のキット又はデバイスは、上記の群1の胆道がんマーカーであるmiRNAの少
なくとも1つ以上、好ましくは少なくとも2つ以上、さらに好ましくは少なくとも3つ以
上、最も好ましくは少なくとも5つ以上から全部のポリヌクレオチドのそれぞれと特異的
に結合可能な核酸を含む。本発明のキット又はデバイスはさらに、場合により、上記の群
2の胆道がんマーカーであるmiRNAの少なくとも1つ以上、好ましくは少なくとも2
つ以上、さらに好ましくは少なくとも3つ以上、最も好ましくは5つ全部のポリヌクレオ
チドのそれぞれと特異的に結合可能な核酸を含むことができる。
【0447】
本発明のキット又はデバイスは、下記4の胆道がんの検出のために使用することができ
る。
【0448】
4.胆道がんの検出方法
本発明はさらに、上記3.で説明した本発明のキット又はデバイス(本発明で使用可能
な上記の核酸を含む。)を用いて、検体中の、以下の群:miR-125a-3p、mi
R-6893-5p、miR-204-3p、miR-4476、miR-4294、m
iR-150-3p、miR-6729-5p、miR-7641、miR-6765-
3p、miR-6820-5p、miR-575、miR-6836-3p、miR-1
469、miR-663a、miR-6075、miR-4634、miR-423-5
p、miR-4454、miR-7109-5p、miR-6789-5p、miR-6
877-5p、miR-4792、miR-4530、miR-7975、miR-67
24-5p、miR-8073、miR-7977、miR-1231、miR-679
9-5p、miR-615-5p、miR-4450、miR-6726-5p、miR
-6875-5p、miR-4734、miR-16-5p、miR-602、miR-
4651、miR-8069、miR-1238-5p、miR-6880-5p、mi
R-8072、miR-4723-5p、miR-4732-5p、miR-6125、
miR-6090、miR-7114-5p、miR-564、miR-451a、mi
R-3135b、miR-4497、miR-4665-5p、miR-3622a-5
p、miR-6850-5p、miR-6821-5p、miR-5100、miR-6
872-3p、miR-4433-3p、miR-1227-5p、miR-3188、
miR-7704、miR-3185、miR-1908-3p、miR-6781-5
p、miR-6805-5p、miR-8089、miR-665、miR-4486、
miR-6722-3p、miR-1260a、miR-4707-5p、miR-67
41-5p、miR-1260b、miR-1246、miR-6845-5p、miR
-4638-5p、miR-6085、miR-1228-3p、miR-4534、m
iR-5585-3p、miR-4741、miR-4433b-3p、miR-197
-5p、miR-718、miR-4513、miR-4446-3p、miR-619
-5p、miR-6816-5p、miR-6778-5p、miR-24-3p、mi
R-1915-3p、miR-4665-3p、miR-4449、miR-6889-
5p、miR-486-3p、miR-7113-3p、miR-642a-3p、mi
R-7847-3p、miR-6768-5p、miR-1290、miR-7108-
5p、miR-92b-5p、miR-663b、miR-3940-5p、miR-4
467、miR-6858-5p、miR-4417、miR-3665、miR-47
36、miR-4687-3p、miR-1908-5p、miR-5195-3p、m
iR-4286、miR-3679-3p、miR-6791-5p、miR-1202
、miR-3656、miR-4746-3p、miR-3184-5p、miR-39
37、miR-6515-3p、miR-6132、miR-187-5p、miR-7
111-5p、miR-5787及びmiR-6779-5pから選択される胆道がん由
来の遺伝子の発現量、並びに場合により、以下の群:miR-6808-5p、miR-
6774-5p、miR-4656、miR-6806-5p、miR-1233-5p
、miR-328-5p、miR-4674、miR-2110、miR-6076、m
iR-3619-3p、miR-92a-2-5p、miR-128-1-5p、miR
-638、miR-2861、miR-371a-5p、miR-211-3p、miR
-1273g-3p、miR-1203、miR-122-5p、miR-4258、m
iR-4484、miR-4648、miR-6780b-5p、miR-4516、m
iR-4649-5p、miR-760、miR-3162-5p、miR-3178、
miR-940、miR-4271、miR-6769b-5p、miR-4508、m
iR-6826-5p、miR-6757-5p、miR-3131、及び、miR-1
343-3pから選択される胆道がん由来の遺伝子の発現量、の1つ以上で表される胆道
がん由来の遺伝子の発現量、をin vitroで測定し、さらに、胆道がんの罹患が疑
われる被験体と、健常体(非胆道がん患者を含む)とから採取した血液、血清、血漿等の
検体について、検体中の上記遺伝子の発現量と、健常体の対照発現量とを用いて、例えば
両発現量を比較して、当該検体中の標的核酸の発現量に統計学的に有意に差がある場合、
被験体が、胆道がんに罹患していると評価することを含む、胆道がんの検出方法を提供す
る。
【0449】
本発明の上記方法は、低侵襲的に、感度及び特異度の高い、がんの早期診断を可能とし
、これにより、早期の治療及び予後の改善をもたらし、さらに、疾病憎悪のモニターや外
科的、放射線療法的、及び化学療法的な治療の有効性のモニターを可能にする。
【0450】
本発明の血液、血清、血漿等の検体から胆道がん由来の遺伝子を抽出する方法では、3
D-Gene(登録商標)RNA extraction reagent from
liquid sample kit (東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を加えて
調製するのが特に好ましいが、一般的な酸性フェノール法(Acid Guanidin
ium-Phenol-Chloroform(AGPC)法)を用いてもよいし、Tr
izol(登録商標)(Life Technologies社)用いてもよいし、Tr
izol(life technologies社)やIsogen(ニッポンジーン社
)などの酸性フェノールを含むRNA抽出用試薬を加えて調製してもよい。さらに、mi
RNeasy(登録商標)Mini Kit(Qiagen社)などのキットを利用でき
るが、これらの方法に限定されない。
【0451】
本発明はまた、本発明のキット又はデバイスの、被験体由来の検体中の胆道がん由来の
miRNA遺伝子の発現産物のin vitroでの検出のための使用を提供する。
【0452】
本発明の上記方法において、上記キット又はデバイスは、上で説明したような、本発明
で使用可能なポリヌクレオチドを単一であるいはあらゆる可能な組み合わせで含むものが
使用される。
【0453】
本発明の胆道がんの検出又は(遺伝子)診断において、本発明のキット又はデバイスに
含まれるポリヌクレオチドは、プローブ又はプライマーとして用いることができる。プラ
イマーとして用いる場合には、Life Technologies社のTaqMan(
登録商標) MicroRNA Assays、Qiagen社のmiScript P
CR Systemなどを利用できるが、これらの方法に限定されない。
【0454】
本発明のキット又はデバイスに含まれるポリヌクレオチドは、ノーザンブロット法、サ
ザンブロット法、in situ ハイブリダイゼーション法、ノーザンハイブリダイゼ
ーション法、サザンハイブリダイゼーション法などのハイブリダイゼーション技術、定量
RT-PCR法などの定量増幅技術などの、特定遺伝子を特異的に検出する公知の方法に
おいて、定法に従ってプライマー又はプローブとして利用することができる。測定対象検
体としては、使用する検出方法の種類に応じて、被験体の血液、血清、血漿、尿等の体液
を採取する。あるいは、そのような体液上記の方法によって調製したtotal RNA
を用いてもよいし、さらに当該RNAをもとにして調製される、cDNAを含む各種のポ
リヌクレオチドを用いてもよい。
【0455】
本発明のキット又はデバイスは、胆道がんの診断又は罹患の有無の検出のために有用で
ある。具体的には、当該キット又はデバイスを使用した胆道がんの検出は、胆道がんの罹
患が疑われる被験体から、血液、血清、血漿、尿等の検体を用いて、当該キット又はデバ
イスに含まれる核酸プローブ又はプライマーで検出される遺伝子の発現量をin vit
roで検出することによって行うことができる。胆道がんの罹患が疑われる被験体の血液
、血清、血漿、尿等の検体中の、配列番号1~125、466~478の少なくとも1つ
以上で表される塩基配列若しくはその相補的配列、並びに場合により配列番号126~1
48の1つ以上で表される塩基配列若しくはその相補的配列、からなるポリヌクレオチド
(その変異体、断片又は誘導体を包含する)によって測定される標的miRNAマーカー
の発現量が、健常体の血液、血清、又は血漿、尿等の検体中のそれらの発現量と比べて統
計学的に有意に差がある場合、当該被験体は胆道がんに罹患していると評価することがで
きる。
【0456】
本発明の方法は、腹部超音波検査やCTスキャン、内視鏡的逆行性胆管膵管造影検査、
超音波内視鏡検査などの画像診断法と組み合わせることができる。本発明の方法は、胆道
がんを特異的に検出することが可能であり、胆道がん以外のがんから実質的に識別するこ
とができる。特に膵臓がんの場合には、胆道がんの場合と一部共通のmiRNAマーカー
を使用することが可能であるが、しかし、判別式による判別境界のとり方によって胆道が
んと膵臓がんを識別可能にすることができるし、あるいは、上記のような画像診断法など
の他の診断法と組み合わせることによってこれらのがんを識別することができる。
【0457】
本発明のキット又はデバイスを利用した検体中に胆道がん由来の遺伝子の発現産物が含
まれないこと、又は胆道がん由来の遺伝子の発現産物が含まれること、の検出方法は、被
験体の血液、血清、血漿、尿等の体液を採取して、そこに含まれる標的遺伝子の発現量を
、本発明のポリヌクレオチド群から選ばれた単数又は複数のポリヌクレオチド(変異体、
断片又は誘導体を包含する。)を用いて測定することにより、胆道がんの有無を評価する
又は胆道がんを検出することを含む。また本発明の胆道がんの検出方法を用いて、例えば
胆道がん患者において、該疾患の改善のために治療薬を投与した場合における当該疾患の
改善の有無又は改善の程度を評価又は診断することもできる。
【0458】
本発明の方法は、例えば以下の(a)、(b)及び(c)のステップ:
(a)被験体由来の検体を、in vitroで、本発明のキット又はデバイス中のポリ
ヌクレオチドと接触させるステップ、
(b)検体中の標的核酸の発現量を、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブ又はプライマ
ーとして用いて測定するステップ、
(c)(b)の結果をもとに、当該被験体中の胆道がん(細胞)の存在又は不存在を評価
するステップ、
を含むことができる。
【0459】
具体的には、本発明は、miR-125a-3p、miR-6893-5p、miR-
204-3p、miR-4476、miR-4294、miR-150-3p、miR-
6729-5p、miR-7641、miR-6765-3p、miR-6820-5p
、miR-575、miR-6836-3p、miR-1469、miR-663a、m
iR-6075、miR-4634、miR-423-5p、miR-4454、miR
-7109-5p、miR-6789-5p、miR-6877-5p、miR-479
2、miR-4530、miR-7975、miR-6724-5p、miR-8073
、miR-7977、miR-1231、miR-6799-5p、miR-615-5
p、miR-4450、miR-6726-5p、miR-6875-5p、miR-4
734、miR-16-5p、miR-602、miR-4651、miR-8069、
miR-1238-5p、miR-6880-5p、miR-8072、miR-472
3-5p、miR-4732-5p、miR-6125、miR-6090、miR-7
114-5p、miR-564、miR-451a、miR-3135b、miR-44
97、miR-4665-5p、miR-3622a-5p、miR-6850-5p、
miR-6821-5p、miR-5100、miR-6872-3p、miR-443
3-3p、miR-1227-5p、miR-3188、miR-7704、miR-3
185、miR-1908-3p、miR-6781-5p、miR-6805-5p、
miR-8089、miR-665、miR-4486、miR-6722-3p、mi
R-1260a、miR-4707-5p、miR-6741-5p、miR-1260
b、miR-1246、miR-6845-5p、miR-4638-5p、miR-6
085、miR-1228-3p、miR-4534、miR-5585-3p、miR
-4741、miR-4433b-3p、miR-197-5p、miR-718、mi
R-4513、miR-4446-3p、miR-619-5p、miR-6816-5
p、miR-6778-5p、miR-24-3p、miR-1915-3p、miR-
4665-3p、miR-4449、miR-6889-5p、miR-486-3p、
miR-7113-3p、miR-642a-3p、miR-7847-3p、miR-
6768-5p、miR-1290、miR-7108-5p、miR-92b-5p、
miR-663b、miR-3940-5p、miR-4467、miR-6858-5
p、miR-4417、miR-3665、miR-4736、miR-4687-3p
、miR-1908-5p、miR-5195-3p、miR-4286、miR-36
79-3p、miR-6791-5p、miR-1202、miR-3656、miR-
4746-3p、miR-3184-5p、miR-3937、miR-6515-3p
、miR-6132、miR-187-5p、miR-7111-5p、miR-578
7、miR-6779-5p、miR-4516、miR-4649-5p、miR-7
60、miR-3162-5p、miR-3178、miR-940、miR-4271
、miR-6769b-5p、miR-4508、miR-6826-5p、miR-6
757-5p、miR-3131、及び、miR-1343-3pからなる群から選択さ
れる少なくとも1つ以上、好ましくは少なくとも2つ以上のポリヌクレオチドと特異的に
結合可能な核酸を用いて、被験体の検体における標的核酸の発現量を測定し、該測定され
た発現量と、同様に測定された健常体の対照発現量とを用いて被験体が胆道がんに罹患し
ていること、又は胆道がんに罹患していないことをin vitroで評価することを含
む、胆道がんの検出方法を提供する。
【0460】
本明細書において「評価」するとは、医師による判定ではなく、in vitroでの
検査による結果に基づいた評価支援である。
【0461】
上記のとおり、本発明の方法の好ましい実施形態において、具体的には、miR-12
5a-3pがhsa-miR-125a-3pであり、miR-6893-5pがhsa
-miR-6893-5pであり、miR-204-3pがhsa-miR-204-3
pであり、miR-4476がhsa-miR-4476であり、miR-4294がh
sa-miR-4294であり、miR-150-3pがhsa-miR-150-3p
であり、miR-6729-5pがhsa-miR-6729-5pであり、miR-7
641がhsa-miR-7641であり、miR-6765-3pがhsa-miR-
6765-3pであり、miR-6820-5pがhsa-miR-6820-5pであ
り、miR-575がhsa-miR-575であり、miR-6836-3pがhsa
-miR-6836-3pであり、miR-1469がhsa-miR-1469であり
、miR-663aがhsa-miR-663aであり、miR-6075がhsa-m
iR-6075であり、miR-4634がhsa-miR-4634であり、miR-
423-5pがhsa-miR-423-5pであり、miR-4454がhsa-mi
R-4454であり、miR-7109-5pがhsa-miR-7109-5pであり
、miR-6789-5pがhsa-miR-6789-5pであり、miR-6877
-5pがhsa-miR-6877-5pであり、miR-4792がhsa-miR-
4792であり、miR-4530がhsa-miR-4530であり、miR-797
5がhsa-miR-7975であり、miR-6724-5pがhsa-miR-67
24-5pであり、miR-8073がhsa-miR-8073であり、miR-79
77がhsa-miR-7977であり、miR-1231がhsa-miR-1231
であり、miR-6799-5pがhsa-miR-6799-5pであり、miR-6
15-5pがhsa-miR-615-5pであり、miR-4450がhsa-miR
-4450であり、miR-6726-5pがhsa-miR-6726-5pであり、
miR-6875-5pがhsa-miR-6875-5pであり、miR-4734が
hsa-miR-4734であり、miR-16-5pがhsa-miR-16-5pで
あり、miR-602がhsa-miR-602であり、miR-4651がhsa-m
iR-4651であり、miR-8069がhsa-miR-8069であり、miR-
1238-5pがhsa-miR-1238-5pであり、miR-6880-5pがh
sa-miR-6880-5pであり、miR-8072がhsa-miR-8072で
あり、miR-4723-5pがhsa-miR-4723-5pであり、miR-47
32-5pがhsa-miR-4732-5pであり、miR-6125がhsa-mi
R-6125であり、miR-6090がhsa-miR-6090であり、miR-7
114-5pがhsa-miR-7114-5pであり、miR-564がhsa-mi
R-564であり、miR-451aがhsa-miR-451aであり、miR-31
35bがhsa-miR-3135bであり、miR-4497がhsa-miR-44
97であり、miR-4665-5pがhsa-miR-4665-5pであり、miR
-3622a-5pがhsa-miR-3622a-5pであり、miR-6850-5
pがhsa-miR-6850-5pであり、miR-6821-5pがhsa-miR
-6821-5pであり、miR-5100がhsa-miR-5100であり、miR
-6872-3pがhsa-miR-6872-3pであり、miR-4433-3pが
hsa-miR-4433-3pであり、miR-1227-5pがhsa-miR-1
227-5pであり、miR-3188がhsa-miR-3188であり、miR-7
704がhsa-miR-7704であり、miR-3185がhsa-miR-318
5であり、miR-1908-3pがhsa-miR-1908-3pであり、miR-
6781-5pがhsa-miR-6781-5pであり、miR-6805-5pがh
sa-miR-6805-5pであり、miR-8089がhsa-miR-8089で
あり、miR-665がhsa-miR-665であり、miR-4486がhsa-m
iR-4486であり、miR-6722-3pがhsa-miR-6722-3pであ
り、miR-1260aがhsa-miR-1260aであり、miR-4707-5p
がhsa-miR-4707-5pであり、miR-6741-5pがhsa-miR-
6741-5pであり、miR-1260bがhsa-miR-1260bであり、mi
R-1246がhsa-miR-1246であり、miR-6845-5pがhsa-m
iR-6845-5pであり、miR-4638-5pがhsa-miR-4638-5
pであり、miR-6085がhsa-miR-6085であり、miR-1228-3
pがhsa-miR-1228-3pであり、miR-4534がhsa-miR-45
34であり、miR-5585-3pがhsa-miR-5585-3pであり、miR
-4741がhsa-miR-4741であり、miR-4433b-3pがhsa-m
iR-4433b-3pであり、miR-197-5pがhsa-miR-197-5p
であり、miR-718がhsa-miR-718であり、miR-4513がhsa-
miR-4513であり、miR-4446-3pがhsa-miR-4446-3pで
あり、miR-619-5pがhsa-miR-619-5pであり、miR-6816
-5pがhsa-miR-6816-5pであり、miR-6778-5pがhsa-m
iR-6778-5pであり、miR-24-3pがhsa-miR-24-3pであり
、miR-1915-3pがhsa-miR-1915-3pであり、miR-4665
-3pがhsa-miR-4665-3pであり、miR-4449がhsa-miR-
4449であり、miR-6889-5pがhsa-miR-6889-5pであり、m
iR-486-3pがhsa-miR-486-3pであり、miR-7113-3pが
hsa-miR-7113-3pであり、miR-642a-3pがhsa-miR-6
42a-3pであり、miR-7847-3pがhsa-miR-7847-3pであり
、miR-6768-5pがhsa-miR-6768-5pであり、miR-1290
がhsa-miR-1290であり、miR-7108-5pがhsa-miR-710
8-5pであり、miR-92b-5pがhsa-miR-92b-5pであり、miR
-663bがhsa-miR-663bであり、miR-3940-5pがhsa-mi
R-3940-5pであり、miR-4467がhsa-miR-4467であり、mi
R-6858-5pがhsa-miR-6858-5pであり、miR-4417がhs
a-miR-4417であり、miR-3665がhsa-miR-3665であり、m
iR-4736がhsa-miR-4736であり、miR-4687-3pがhsa-
miR-4687-3pであり、miR-1908-5pがhsa-miR-1908-
5pであり、miR-5195-3pがhsa-miR-5195-3pであり、miR
-4286がhsa-miR-4286であり、miR-3679-3pがhsa-mi
R-3679-3pであり、miR-6791-5pがhsa-miR-6791-5p
であり、miR-1202がhsa-miR-1202であり、miR-3656がhs
a-miR-3656であり、miR-4746-3pがhsa-miR-4746-3
pであり、miR-3184-5pがhsa-miR-3184-5pであり、miR-
3937がhsa-miR-3937であり、miR-6515-3pがhsa-miR
-6515-3pであり、miR-6132がhsa-miR-6132であり、miR
-187-5pがhsa-miR-187-5pであり、miR-7111-5pがhs
a-miR-7111-5pであり、miR-5787がhsa-miR-5787であ
り、及び、miR-6779-5pがhsa-miR-6779-5pであり、miR-
4516がhsa-miR-4516であり、miR-4649-5pがhsa-miR
-4649-5pであり、miR-760がhsa-miR-760であり、miR-3
162-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-3178がhsa-m
iR-3178であり、miR-940がhsa-miR-940であり、miR-42
71がhsa-miR-4271であり、miR-6769b-5pがhsa-miR-
6769b-5pであり、miR-4508がhsa-miR-4508であり、miR
-6826-5pがhsa-miR-6826-5pであり、miR-6757-5pが
hsa-miR-6757-5pであり、miR-3131がhsa-miR-3131
であり、及び、miR-1343-3pがhsa-miR-1343-3pである。
【0462】
また、本発明の方法の好ましい実施形態において、具体的には、核酸(具体的には、プ
ローブ又はプライマー)が、下記の(a)~(e)に示すポリヌクレオチド:
(a)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、そ
の誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(b)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌ
クレオチド、
(c)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチ
ド、その変異体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(d)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列、もしくは当
該塩基配列においてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド
、及び
(e)前記(a)~(d)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
【0463】
本発明の方法ではさらに、miR-6808-5p、miR-6774-5p、miR
-4656、miR-6806-5p、miR-1233-5p、miR-328-5p
、miR-4674、miR-2110、miR-6076、miR-3619-3p、
miR-92a-2-5p、miR-128-1-5p、miR-638、miR-28
61、miR-371a-5p、miR-211-3p、miR-1273g-3p、m
iR-1203、miR-122-5p、miR-4258、miR-4484、miR
-4648、miR-6780b-5p、miR-4516、miR-4649-5p、
miR-760、miR-3162-5p、miR-3178、miR-940、miR
-4271、miR-6769b-5p、miR-4508、miR-6826-5p、
miR-6757-5p、miR-3131、及び、miR-1343-3pから選択さ
れる少なくとも1つ以上のポリヌクレオチドと特異的に結合可能な核酸を用いることがで
きる。
【0464】
好ましい実施形態では、そのような核酸は、具体的には、miR-6808-5pがh
sa-miR-6808-5pであり、miR-6774-5pがhsa-miR-67
74-5pであり、miR-4656がhsa-miR-4656であり、miR-68
06-5pがhsa-miR-6806-5pであり、miR-1233-5pがhsa
-miR-1233-5pであり、miR-328-5pがhsa-miR-328-5
pであり、miR-4674がhsa-miR-4674であり、miR-2110がh
sa-miR-2110であり、miR-6076がhsa-miR-6076であり、
miR-3619-3pがhsa-miR-3619-3pであり、miR-92a-2
-5pがhsa-miR-92a-2-5pであり、miR-128-1-5pがhsa
-miR-128-1-5pであり、miR-638がhsa-miR-638であり、
miR-2861がhsa-miR-2861であり、miR-371a-5pがhsa
-miR-371a-5pであり、miR-211-3pがhsa-miR-211-3
pであり、miR-1273g-3pがhsa-miR-1273g-3pであり、mi
R-1203がhsa-miR-1203であり、miR-122-5pがhsa-mi
R-122-5pであり、miR-4258がhsa-miR-4258であり、miR
-4484がhsa-miR-4484であり、miR-4648がhsa-miR-4
648であり、及び、miR-6780b-5pがhsa-miR-6780b-5pで
あり、miR-4516がhsa-miR-4516であり、miR-4649-5pが
hsa-miR-4649-5pであり、miR-760がhsa-miR-760であ
り、miR-3162-5pがhsa-miR-3162-5pであり、miR-317
8がhsa-miR-3178であり、miR-940がhsa-miR-940であり
、miR-4271がhsa-miR-4271であり、miR-6769b-5pがh
sa-miR-6769b-5pであり、miR-4508がhsa-miR-4508
であり、miR-6826-5pがhsa-miR-6826-5pであり、miR-6
757-5pがhsa-miR-6757-5pであり、miR-3131がhsa-m
iR-3131であり、及び、miR-1343-3pがhsa-miR-1343-3
pである。
【0465】
さらに、好ましい実施形態では、具体的には、そのような核酸は、下記の(f)~(j
)に示すポリヌクレオチド:
(f)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、からなるポリヌクレオチド、その変異体、その誘導体、又
は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(g)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列を含むポリヌクレオチド、
(h)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列からなるポリヌクレオチド、その変異
体、その誘導体、又は15以上の連続した塩基を含むその断片、
(i)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくは当該塩基配列に
おいてuがtである塩基配列、に相補的な塩基配列を含むポリヌクレオチド、及び
(j)前記(f)~(i)のいずれかのポリヌクレオチドとストリンジェントな条件でハ
イブリダイズするポリヌクレオチド、
からなる群から選択される。
【0466】
本発明方法で用いられる検体としては、被験体の生体組織(好ましくは、胆道組織)、
血液、血清、血漿、尿等の体液など、から調製される検体を挙げることができる。具体的
には、当該組織から調製されるRNA含有検体、それからさらに調製されるポリヌクレオ
チドを含む検体、血液、血清、血漿、尿等の体液、被験体の生体組織の一部又は全部をバ
イオプシーなどで採取するか、手術によって摘出した生体組織、などであり、これらから
、測定のための検体を調製することができる。
【0467】
本明細書で被験体とは、哺乳動物、例えば非限定的にヒト、サル、マウス、ラットなど
を指し、好ましくはヒトである。
【0468】
本発明の方法は、測定対象として用いる検体の種類に応じてステップを変更することが
できる。
【0469】
測定対象物としてRNAを利用する場合、胆道がん(細胞)の検出は、例えば下記のス
テップ(a)、(b)及び(c):
(a)被験体の検体から調製されたRNA又はそれから転写された相補的ポリヌクレオチ
ド(cDNA)を、本発明のキット又はデバイス中のポリヌクレオチドと結合させるステ
ップ、
(b)当該ポリヌクレオチドに結合した検体由来のRNA又は当該RNAから合成された
cDNAを、上記ポリヌクレオチドを核酸プローブとして用いるハイブリダイゼーション
によって、あるいは、上記ポリヌクレオチドをプライマーとして用いる定量RT-PCR
によって測定するステップ、
(c)上記(b)の測定結果に基づいて、胆道がん(由来の遺伝子の発現)の存在又は不
存在を評価するステップ、
を含むことができる。
【0470】
本発明によって胆道がん(由来の遺伝子の発現)をin vitroで検出、検査、評
価又は診断するために、例えば種々のハイブリダイゼーション法を使用することができる
。このようなハイブリダイゼーション法には、例えばノーザンブロット法、サザンブロッ
ト法、RT-PCR法、DNAチップ解析法、in situハイブリダイゼーション法
、ノーザンハイブリダイゼーション法、サザンハイブリダイゼーション法などを使用する
ことができる。
【0471】
ノーザンブロット法を利用する場合は、本発明で使用可能な上記核酸プローブを用いる
ことによって、RNA中の各遺伝子発現の有無やその発現量を検出、測定することができ
る。具体的には、核酸プローブ(相補鎖)を放射性同位元素(32P、33P、35Sな
ど)や蛍光物質などで標識し、それを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトラン
スファーした被検者の生体組織由来のRNAとハイブリダイズさせたのち、形成されたD
NA/RNA二重鎖の標識物(放射性同位元素又は蛍光物質)に由来するシグナルを放射
線検出器(BAS-1800II(富士写真フィルム株式会社)、などを例示できる)又
は蛍光検出器(STORM 865(GEヘルスケア社)、などを例示できる)で検出、
測定する方法を例示することができる。
【0472】
定量RT―PCR法を利用する場合には、本発明で使用可能な上記プライマーを用いる
ことによって、RNA中の遺伝子発現の有無やその発現量を検出、測定することができる
。具体的には、被検体の生体組織由来のRNAから常法にしたがってcDNAを調製して
、これを鋳型として標的の各遺伝子の領域が増幅できるように、本発明の1対のプライマ
ー(上記cDNAに結合する正鎖と逆鎖からなる)をcDNAとハイブリダイズさせて常
法によりPCR法を行い、得られた二本鎖DNAを検出する方法を例示することができる
。なお、二本鎖DNAの検出法としては、上記PCRをあらかじめ放射性同位元素や蛍光
物質で標識しておいたプライマーを用いて行う方法、PCR産物をアガロースゲルで電気
泳動し、エチジウムブロマイドなどで二本鎖DNAを染色して検出する方法、産生された
二本鎖DNAを常法にしたがってナイロンメンブレンなどにトランスファーさせ、標識し
た核酸プローブとハイブリダイズさせて検出する方法を含むことができる。
【0473】
核酸アレイ解析を利用する場合は、本発明の核酸プローブ(一本鎖又は二本鎖)を基板
(固相)に貼り付けたRNAチップ又はDNAチップを用いる。核酸プローブを貼り付け
た領域をプローブスポット、核酸プローブを貼り付けていない領域をブランクスポットと
称する。遺伝子群を基板に固相化したものには、一般に核酸チップ、核酸アレイ、マイク
ロアレイなどという名称があり、DNA又はRNAアレイには、DNA又はRNAマクロ
アレイとDNA又はRNAマイクロアレイが包含されるが、本明細書ではチップといった
場合、それら全てを包含するものとする。DNAチップとしては3D-Gene(登録商
標)Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用いることがで
きるが、これに限られない。
【0474】
DNAチップの測定は、限定されないが、例えば核酸プローブの標識物に由来するシグ
ナルを画像検出器(Typhoon 9410(GEヘルスケア社)、3D-Gene(
登録商標)スキャナー(東レ株式会社)などを例示できる)で検出、測定する方法を例示
することができる。
【0475】
本明細書中で使用する「ストリンジェントな条件」とは、上述のように核酸プローブが
他の配列に対するよりも大きな程度(例えばバックグラウンド測定値の平均+バックグラ
ウンド測定値の標準誤差×2以上の測定値)で、その標的配列に対してハイブリダイズす
る条件である。
【0476】
ストリンジェントな条件はハイブリダイゼーションとその後の洗浄の条件によって、規
定される。そのハイブリダイゼーションの条件は、限定されないが、例えば30℃~60
℃で、SSC、界面活性剤、ホルムアミド、デキストラン硫酸塩、ブロッキング剤などを
含む溶液中で1~24時間の条件とする。ここで、1×SSCは、150mM塩化ナトリ
ウム及び15mMクエン酸ナトリウムを含む水溶液(pH7.0)であり、界面活性剤は
SDS(ドデシル硫酸ナトリウム)、Triton、又はTweenなどを含む。ハイブ
リダイゼーション条件としては、より好ましくは3~10×SSC、0.1~1% SD
Sを含む。ストリンジェントな条件を規定するもうひとつの条件である、ハイブリダイゼ
ーション後の洗浄条件としては、例えば、30℃の0.5×SSCと0.1%SDSを含
む溶液、及び30℃の0.2×SSCと0.1%SDSを含む溶液、及び30℃の0.0
5×SSC溶液による連続した洗浄などの条件を挙げることができる。相補鎖はかかる条
件で洗浄しても対象とする正鎖とハイブリダイズ状態を維持するものであることが望まし
い。具体的にはこのような相補鎖として、対象の正鎖の塩基配列と完全に相補的な関係に
ある塩基配列からなる鎖、並びに当該鎖と少なくとも80%、好ましくは少なくとも85
%、より好ましくは少なくとも90%又は少なくとも95%、例えば少なくとも98%又
は少なくとも99%の同一性を有する塩基配列からなる鎖を例示することができる。
【0477】
これらのハイブリダイゼーションにおける「ストリンジェントな条件」の他の例につい
ては、例えばSambrook, J. & Russel, D. 著、Molecu
lar Cloning, A LABORATORY MANUAL、Cold Sp
ring Harbor Laboratory Press、2001年1月15日発
行、の 第1巻7.42~7.45、第2巻8.9~8.17などに記載されており、本
発明において利用できる。
【0478】
本発明のキット中のポリヌクレオチド断片をプライマーとしてPCRを実施する際の条
件の例としては、例えば10mM Tris-HCL(pH8.3)、50mM KCL
、1~2mM MgCl2などの組成のPCRバッファーを用い、当該プライマーの配列
から計算されたTm値+5~10℃において15秒から1分程度処理することなどが挙げ
られる。かかるTm値の計算方法としてTm値=2×(アデニン残基数+チミン残基数)
+4×(グアニン残基数+シトシン残基数)などが挙げられる。
【0479】
また、定量RT-PCR法を用いる場合には、TaqMan(登録商標) Micro
RNA Assays(Life Technologies社):LNA(登録商標)
-based MicroRNA PCR(Exiqon社):Ncode(登録商標)
miRNA qRT-PCT キット(invitrogen社)などの、miRNA
を定量的に測定するために特別に工夫された市販の測定用キットを用いてもよい。
【0480】
遺伝子発現量の算出には、限定されないが、例えばStatistical anal
ysis of gene expression microarray data(
Speed T.著、Chapman and Hall/CRC)、及びA begi
nner’s guide Microarray gene expression
data analysis(Causton H.C.ら著、Blackwell p
ublishing)などに記載された統計学的処理を、本発明において利用できる。例
えばDNAチップ上のブランクスポットの測定値の平均値に、ブランクスポットの測定値
の標準偏差の2倍、好ましくは3倍、より好ましくは6倍を加算し、その値以上のシグナ
ル値を有するプローブスポットを検出スポットとみなすことができる。さらに、ブランク
スポットの測定値の平均値をバックグラウンドとみなし、プローブスポットの測定値から
減算し、遺伝子発現量とすることができる。遺伝子発現量の欠損値については、解析対象
から除外するか、好ましくは各DNAチップにおける遺伝子発現量の最小値で置換するか
、より好ましくは遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値、で置換するこ
とができる。さらに、低シグナルの遺伝子を除去するために、測定サンプル数の20%以
上、好ましくは50%以上、より好ましくは80%以上において2の6乗、好ましくは2
の8乗、より好ましくは2の10乗以上の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを解析対象と
して選択することができる。遺伝子発現量の正規化(ノーマライゼーション)としては、
限定されないが、例えばglobal normalizationやquantile
normalization(Bolstad, B. M.ら、2003年、Bio
informatics、19巻、p185-193)、などが挙げられる。
【0481】
本発明はまた、本発明の検出用ポリヌクレオチド、キット、デバイス(例えばチップ)
、又はそれらの組み合わせを用いて、被験体由来の検体中の標的遺伝子又は遺伝子の発現
量を測定し、胆道がん患者由来の検体と健常体由来の検体の遺伝子発現量を教師サンプル
として判別式(判別関数)を作成し、検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこと及び/又は
含まないことを決定又は評価する方法を提供する。
【0482】
すなわち、本発明はさらに、本発明の検出用ポリヌクレオチド、キット、デバイス(例
えばチップ)、又はそれらの組み合わせを用いて、検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこ
と又は胆道がん由来の遺伝子を含まないことを決定又は評価することが既知の複数の検体
中の標的遺伝子(標的核酸)の発現量をin vitroで測定する第1のステップ、前
記第1のステップで得られた当該標的遺伝子の発現量の測定値を教師サンプルとした判別
式を作成する第2のステップ、被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を第1のス
テップと同様にin vitroで測定する第3のステップ、前記第2のステップで得ら
れた判別式に第3のステップで得られた当該標的遺伝子の発現量の測定値を代入し、当該
判別式から得られた結果に基づいて、検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこと又は胆道が
ん由来の遺伝子を含まないことを決定又は評価する第4のステップを含み、ここで、当該
標的遺伝子が当該ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばチップ)に含まれる検
出用ポリヌクレオチドによって検出可能なものである、方法を提供する。ここで、フィッ
シャーの判別分析、マハラノビス距離による非線形判別分析、ニューラルネットワーク、
Support Vector Machine(SVM)などを用いて判別式を作成で
きるが、これらに限定されない。
【0483】
線形判別分析は群分けの境界が直線あるいは超平面である場合、式1を判別式として用
いて群の所属を判別する方法である。ここで、xは説明変数、wは説明変数の係数、w0
は定数項とする。
【0484】
【0485】
判別式で得られた値を判別得点と呼び、新たに与えられたデータセットの測定値を説明
変数として当該判別式に代入し、判別得点の符号で群分けを判別することができる。
【0486】
線形判別分析の一種であるフィッシャーの判別分析はクラス判別を行うのに適した次元
を選択するための次元削減法であり、合成変数の分散に着目して、同じラベルを持つデー
タの分散を最小化することで識別力の高い合成変数を構成する(Venables,W.
N.ら著 Modern Applied Statistics with S.
Fourth edition. Springer.、2002年)。フィッシャーの
判別分析では式2を最大にするような射影方向wを求める。ここで、μは入力の平均、n
gはクラスgに属するデータ数、μgはクラスgに属するデータの入力の平均とする。分
子・分母はそれぞれデータをベクトルwの方向に射影したときのクラス間分散、クラス内
分散となっており、この比を最大化することで判別式係数wiを求める。(金森敬文ら著
、「パターン認識」、共立出版(2009年)、Richard O.ら著、Patte
rn Classification Second Edition.、Wiley-
Interscience、2000年)。
【0487】
【0488】
マハラノビス距離はデータの相関を考慮した式3で算出され、各群からのマハラノビス
距離の近い群を所属群として判別する非線形判別分析として用いることができる。ここで
、μは各群の中心ベクトル、S-1はその群の分散共分散行列の逆行列である。中心ベク
トルは説明変数xから算出され、平均ベクトルや中央値ベクトルなどを用いることができ
る。
【0489】
【0490】
SVMとはV.Vapnikが考案した判別分析法である(The Nature o
f Statistical Leaning Theory、Springer、19
95年)。分類すべき群分けが既知のデータセットの特定のデータ項目を説明変数、分類
すべき群分けを目的変数として、当該データセットを既知の群分けに正しく分類するため
の超平面と呼ばれる境界面を決定し、当該境界面を用いてデータを分類する判別式を決定
する。そして当該判別式は、新たに与えられるデータセットの測定値を説明変数として当
該判別式に代入することにより、群分けを判別することができる。また、このときの判別
結果は分類すべき群でも良く、分類すべき群に分類されうる確率でも良く、超平面からの
距離でも良い。SVMでは非線形な問題に対応するための方法として、特徴ベクトルを高
次元へ非線形変換し、その空間で線形の識別を行う方法が知られている。非線形に写像し
た空間での二つの要素の内積がそれぞれのもとの空間での入力のみで表現されるような式
のことをカーネルと呼び、カーネルの一例としてリニアカーネル、RBF(Radial
Basis Function)カーネル、ガウシアンカーネルを挙げることができる
。カーネルによって高次元に写像しながら、実際には写像された空間での特徴の計算を避
けてカーネルの計算のみで最適な判別式、すなわち判別式を構成することができる。(例
えば、麻生英樹ら著、統計科学のフロンテイア6「パターン認識と学習の統計学 新しい
概念と手法」、岩波書店(2004年)、Nello Cristianiniら著、S
VM入門、共立出版(2008年))。
【0491】
SVM法の一種であるC-support vector classificati
on(C-SVC)は、2群の説明変数で学習を行って超平面を作成し、未知のデータセ
ットがどちらの群に分類されるかを判別する(C. Cortesら、1995年、Ma
chine Learning、20巻、p273-297)。
【0492】
本発明の方法で使用可能なC-SVCの判別式の算出例を以下に示す。まず全被験体を
胆道がん患者と健常体の2群に群分けする。被験体が胆道がん患者である、又は健常体で
あると判断するには、例えば胆道組織検査を用いることができる。
【0493】
次に、分けられた2群の血清由来の検体の網羅的遺伝子発現量からなるデータセット(
以下、学習検体群)を用意し、当該2群の間で遺伝子発現量に明確な差が見られる遺伝子
を説明変数、当該群分けを目的変数(例えば-1と+1)としたC-SVCによる判別式
を決定する。式4は最適化する目的関数であり、ここで、eは全ての入力ベクトル、yは
目的変数、aはLagrange未定乗数ベクトル、Qは正定値行列、Cは制約条件を調
整するパラメータを表す。
【0494】
【0495】
式5は最終的に得られた判別式であり、判別式によって得られた値の符号で所属する群
を決定できる。ここで、xはサポートベクトル、yは群の所属を示すラベル、aは対応す
る係数、bは定数項、Kはカーネル関数である。
【0496】
【0497】
カーネル関数としては例えば式6で定義されるRBFカーネルを用いることができる。
ここで、xはサポートベクトル、γは超平面の複雑さを調整するカーネルパラメータを表
す。
【0498】
【0499】
これらのほかにも被験体由来の検体が胆道がん由来の標的遺伝子の発現を含むこと及び
/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来の対照と比較
し評価する、方法として、ニューラルネットワーク、k-近傍法、決定木、ロジスティッ
ク回帰分析などの手法を選択することができる。
【0500】
本発明の方法は、例えば下記のステップ(a)、(b)及び(c):
(a)胆道がん患者由来の胆道がん由来遺伝子を含む組織及び/又は健常体由来の胆道が
ん由来遺伝子を含まない組織であることが既に知られている検体中の標的遺伝子の発現量
を、本発明による検出用ポリヌクレオチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)
を用いて測定するステップ、
(b)(a)で測定された発現量の測定値から、上記の式1~3、5及び6の判別式を作
成するステップ、
(c)被験体由来の検体中の当該標的遺伝子の発現量を、本発明による検出用ポリヌクレ
オチド、キット又はデバイス(例えばDNAチップ)を用いて測定し、(b)で作成した
判別式に測定値を代入して、得られた結果に基づいて検体が胆道がん由来の標的遺伝子を
含むこと及び/又は含まないことを決定又は評価する、あるいはその発現量を健常体由来
の対照と比較し評価する、ステップ、
を含むことができる。ここで、式1~3、5及び6の式中のxは説明変数であり、上記2
節に記載したポリヌクレオチド類から選択されるポリヌクレオチド又はその断片等を測定
することによって得られる値を含み、具体的には本発明の胆道がん患者と健常体を判別す
るための説明変数は、例えば下記の(1)~(2)より選択される遺伝子発現量である。
(1)配列番号1~125、466~478のいずれかで表される塩基配列又はその相補
的配列において、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される胆
道がん患者もしくは健常体の血清における遺伝子発現量。
(2)配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列又はその相補的配列におい
て、15以上の連続した塩基を含むDNAのいずれかによって測定される胆道がん患者も
しくは健常体の血清における遺伝子発現量。
【0501】
以上に示すように、被験体由来の検体が胆道がん由来の遺伝子を含むこと及び/又は含
まないことを決定又は評価する方法として、判別式の作成には、学習検体群から作成した
判別式が必要であり、当該判別式の判別精度を上げるためには、学習検体群中の2群間に
明確な差がある遺伝子を判別式に用いることが必要である。
【0502】
また、判別式の説明変数に用いる遺伝子の決定は、次のように行うことが好ましい。ま
ず、学習検体群である、胆道がん患者群の網羅的遺伝子発現量と健常体群の網羅的遺伝子
発現量をデータセットとし、パラメトリック解析であるt検定のP値、ノンパラメトリッ
ク解析であるMann-WhitneyのU検定のP値、又はWilcoxon検定のP
値などを利用して、当該2群間における各遺伝子の発現量の差の大きさを求める。
【0503】
検定によって得られたP値の危険率(有意水準)が例えば5%、1%又は0.01%よ
り小さい場合に統計学的に有意とみなすことができる。
【0504】
検定を繰り返し行うことに起因する第一種の過誤の確率の増大を補正するために公知の
方法、例えばボンフェローニ、ホルムなどの方法によって補正することができる(例えば
、永田靖ら著、「統計的多重比較法の基礎」、サイエンティスト社(2007年))。ボ
ンフェローニ補正を例示すると、例えば検定によって得られたP値を検定の繰り返し回数
、即ち、解析に用いる遺伝子数で乗じ、所望の有意水準と比較することにより検定全体で
の第一種の過誤を生じる確率を抑制できる。
【0505】
また、検定ではなく胆道がん患者群の遺伝子発現量と健常体群の遺伝子発現量の間で、
各々の遺伝子発現量の中央値の発現比の絶対値(Fold change)を算出し、判
別式の説明変数に用いる遺伝子を選択してもよい。また、胆道がん患者群と健常体群の遺
伝子発現量を用いてROC曲線を作成し、AUROC値を基準にして判別式の説明変数に
用いる遺伝子を選択してもよい。
【0506】
次に、ここで求めた遺伝子発現量の差が大きい任意の数の遺伝子を用いて、上記の種々
の方法で算出することができる判別式を作成する。最大の判別精度を得る判別式を構築す
る方法として、例えばP値の有意水準を満たした遺伝子のあらゆる組み合わせで判別式を
構築する方法や、判別式を作成するために使用する遺伝子を、遺伝子発現量の差の大きい
順に一つずつ増やしながら繰り返して評価する方法などがある(Furey TS.ら、
2000年、Bioinformatics、16巻、p906-14)。この判別式に
対し、別の独立の胆道がん患者もしくは健常体の遺伝子発現量を説明変数に代入して、こ
の独立の胆道がん患者もしくは健常体について所属する群の判別結果を算出する。すなわ
ち、見出した診断用遺伝子セット及び診断用遺伝子セットを用いて構築した判別式を、独
立の検体群で評価することにより、より普遍的な胆道がんを検出することができる診断用
遺伝子セット及び胆道がんを判別する方法を見出すことができる。
【0507】
また、当該判別式の判別性能(汎化性)の評価には、Split-sample法を用
いることが好ましい。すなわち、データセットを学習検体群とテスト検体群に分割し、学
習検体群で統計学的検定による遺伝子の選択と判別式作成を行い、該判別式でテスト検体
群を判別した結果とテスト検体群が所属する真の群を用いて精度・感度・特異度を算出し
、判別性能を評価する。一方、データセットを分割せずに、全検体を用いて統計学的検定
による遺伝子の選択と判別式作成を行い、新規に用意した検体を該判別式で判別して精度
・感度・特異度を算出し、判別性能を評価することもできる。
【0508】
本発明は、胆道がんの診断及び治療に有用な検出用又は疾患診断用ポリヌクレオチド、
当該ポリヌクレオチドを用いた胆道がんの検出方法、並びに当該ポリヌクレオチドを含む
胆道がんの検出キット及びデバイスを提供する。特に、既存の腫瘍マーカーCEA及びC
A19-9による胆道がん診断法を超える精度を示す診断用遺伝子の選定と判別式の作成
を実施するため、本発明の方法において、例えば、CEA及びCA19-9によって陰性
と判断されたにもかかわらず、造影剤を用いたコンピュータ断層撮影等の精密検査によっ
て最終的に胆道がんが存在することが明らかとなった患者由来の血清中の発現遺伝子と、
胆道がんが存在しない患者由来の血清中の発現遺伝子を比較することによって、CEA及
びCA19-9を超える精度を示す、診断用遺伝子セット及び判別式を構築できる。
【0509】
例えば、上に記載したような配列番号1~125、466~478のいずれかで表され
る塩基配列、もしくはその相補的配列、に基づく1又は2以上の上記ポリヌクレオチド、
並びに場合により、配列番号126~148のいずれかで表される塩基配列、もしくはそ
の相補的配列、に基づく1又は2以上の上記ポリヌクレオチド、からの任意の組み合わせ
を診断用遺伝子セットとする。さらに、組織診断の診断結果がクラスIの胆道がん患者由
来の検体と、クラスIIの健常体由来の検体における該診断用遺伝子セットの発現量を用
いて判別式を構築する。その結果、未知の検体の該診断用遺伝子セットの発現量を測定す
ることにより、未知の検体が胆道がん由来遺伝子を含むこと又は胆道がん由来遺伝子を含
まないことを最高で100%の精度で見分けることができる。
【実施例0510】
本発明を以下の実施例によってさらに具体的に説明する。しかし、本発明の範囲は、こ
の実施例によって制限されないものとする。
【0511】
[参考例1]
<胆道がん患者と健常体の検体の採取>
インフォームドコンセントを得た健常体100人と胆道以外に原発がんが認められてい
ない胆道がん患者67人(ステージIAが1例、ステージIBが8例、ステージIIが8
例、ステージIIAが3例、ステージIIBが5例、ステージIIIが14例、ステージ
IIIBが2例、ステージIVaが1例、ステージIVbが25例)からベノジェクトI
I真空採血管VP-AS109K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し
、学習検体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た健常体50人と胆道以外
に原発がんが認められていない胆道がん患者33人(ステージ0が1例、ステージIが2
例、ステージIAが1例、ステージIBが2例、ステージIIが2例、ステージIIAが
5例、ステージIIBが4例、ステージIIIが5例、ステージIVが1例、ステージI
Vaが1例、ステージIVbが9例)からベノジェクトII真空採血管VP-AS109
K60(テルモ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、テスト検体群とした。
【0512】
<totalRNAの抽出>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と胆道がん患者10
0人の合計250人からそれぞれ得られた血清300μLから、3D-Gene(登録商
標)RNA extraction reagent from liquid sam
ple kit(東レ株式会社)中のRNA抽出用試薬を用いて、同社の定めるプロトコ
ールに従ってtotal RNAを得た。
【0513】
<遺伝子発現量の測定>
検体として上記学習検体群、テスト検体群合わせて健常体150人と胆道がん患者10
0人の合計250人の血清から得たtotal RNAに対して、3D-Gene(登録
商標) miRNA Labeling kit(東レ株式会社)を用いて同社が定める
プロトコール(ver2.20)に基づいてmiRNAを蛍光標識した。オリゴDNAチ
ップとして、miRBase release 20に登録されているmiRNAの中で
、2,555種のmiRNAと相補的な配列を有するプローブを搭載した3D-Gene
(登録商標) Human miRNA Oligo chip(東レ株式会社)を用い
、同社が定めるプロトコールに基づいてストリンジェントな条件で、total RNA
中のmiRNAとDNAチップ上のプローブとのハイブリダイゼーション及びハイブリダ
イゼーション後の洗浄を行った。DNAチップを3D-Gene(登録商標)スキャナー
(東レ株式会社)を用いてスキャンし、画像を取得して3D-Gene(登録商標)Ex
traction(東レ株式会社)にて蛍光強度を数値化した。数値化された蛍光強度を
、底が2の対数値に変換して遺伝子発現量とし、ブランク値の減算を行い、欠損値は各D
NAチップにおける遺伝子発現量の最小値の対数値から0.1を減算した値で置換した。
その結果、胆道がん患者100人の血清及び健常体150人の血清に対する、網羅的なm
iRNAの遺伝子発現量を得た。数値化されたmiRNAの遺伝子発現量を用いた計算及
び統計解析は、R言語3.0.2(R Development Core Team
(2013). R: A language and environment fo
r statistical computing. R Foundation fo
r Statistical Computing, URL http://www.
R-project.org/.)及びMASSパッケージ7.3-30(Venabl
es, W. N. & Ripley, B. D. (2002) Modern
Applied Statistics with S. Fourth Editio
n. Springer, New York. ISBN 0-387-95457-
0)を用いて実施した。
【0514】
[参考例2]
<他のがんと良性疾患の検体の採取>
インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていない大腸がん患者35
人、胃がん患者37人、食道がん患者32人、肝がん患者38人及び膵胆道良性疾患患者
13人からベノジェクトII真空採血管VP-AS109K60(テルモ株式会社)を用
いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の胆道がん患者67人(ステージ0が1例、ステー
ジIが2例、ステージIAが1例、ステージIBが4例、ステージIIが8例、ステージ
IIAが4例、ステージIIBが6例、ステージIIIが14例、ステージIIIBが1
例、ステージIVが25例、ステージIVaが1例)と健常体93人とを合わせて学習検
体群とした。同様に、インフォームドコンセントを得た他の臓器にがんが認められていな
い大腸がん患者15人、胃がん患者13人、食道がん患者18人、肝がん患者12人及び
膵胆道良性疾患患者8人からベノジェクトII真空採血管VP-AS109K60(テル
モ株式会社)を用いてそれぞれ血清を採取し、参考例1の胆道がん患者33人(ステージ
IAが1例、ステージIBが6例、ステージIIが2例、ステージIIAが4例、ステー
ジIIBが3例、ステージIIIが5例、ステージIIIBが1例、ステージIVが11
例)、健常体57人と合わせてテスト検体群とした。以降のtotalRNAの抽出並び
に遺伝子発現量の測定及び解析は参考例1と同様に行った。
【0515】
[実施例1]
<学習検体群の検体を用いた遺伝子マーカーの選定とテスト検体群の検体を用いた単独の
遺伝子マーカーの胆道がん判別性能の評価方法>
本実施例では、学習検体群から胆道がんを健常体と判別するための遺伝子マーカーを選
定し、学習検体群とは独立したテスト検体群の検体において選定した遺伝子マーカーにつ
いてそれぞれ単独での胆道がん判別性能を評価する方法を検討した。
【0516】
具体的には、まず上記の参考例1で得た学習検体群とテスト検体群のmiRNA発現量
を合わせてquantile normalizationで正規化した。
【0517】
次に、学習検体群を用いて診断用遺伝子の選定を行った。ここで、より信頼性の高い診
断マーカーを獲得するため、学習検体群の胆道がん患者群又は学習検体群の健常体群のい
ずれかにおいて、50%以上の検体で2の6乗以上の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを
選択した。更に胆道がん患者群と健常体群を判別するための統計的有意性がある遺伝子と
して、各々の遺伝子発現量について等分散を仮定した両側t検定で得られたP値をボンフ
ェローニ補正し、p<0.01を満たす遺伝子を、判別式の説明変数に用いる遺伝子マー
カーとして獲得し、表2に記載した。
【0518】
このようにして、配列番号1~125で表される、hsa-miR-125a-3p、
hsa-miR-6893-5p、hsa-miR-204-3p、hsa-miR-4
476、hsa-miR-4294、hsa-miR-150-3p、hsa-miR-
6729-5p、hsa-miR-7641、hsa-miR-6765-3p、hsa
-miR-6820-5p、hsa-miR-575、hsa-miR-6836-3p
、hsa-miR-1469、hsa-miR-663a、hsa-miR-6075、
hsa-miR-4634、hsa-miR-423-5p、hsa-miR-4454
、hsa-miR-7109-5p、hsa-miR-6789-5p、hsa-miR
-6877-5p、hsa-miR-4792、hsa-miR-4530、hsa-m
iR-7975、hsa-miR-6724-5p、hsa-miR-8073、hsa
-miR-7977、hsa-miR-1231、hsa-miR-6799-5p、h
sa-miR-615-5p、hsa-miR-4450、hsa-miR-6726-
5p、hsa-miR-6875-5p、hsa-miR-4734、hsa-miR-
16-5p、hsa-miR-602、hsa-miR-4651、hsa-miR-8
069、hsa-miR-1238-5p、hsa-miR-6880-5p、hsa-
miR-8072、hsa-miR-4723-5p、hsa-miR-4732-5p
、hsa-miR-6125、hsa-miR-6090、hsa-miR-7114-
5p、hsa-miR-564、hsa-miR-451a、hsa-miR-3135
b、hsa-miR-4497、hsa-miR-4665-5p、hsa-miR-3
622a-5p、hsa-miR-6850-5p、hsa-miR-6821-5p、
hsa-miR-5100、hsa-miR-6872-3p、hsa-miR-443
3-3p、hsa-miR-1227-5p、hsa-miR-3188、hsa-mi
R-7704、hsa-miR-3185、hsa-miR-1908-3p、hsa-
miR-6781-5p、hsa-miR-6805-5p、hsa-miR-8089
、hsa-miR-665、hsa-miR-4486、hsa-miR-6722-3
p、hsa-miR-1260a、hsa-miR-4707-5p、hsa-miR-
6741-5p、hsa-miR-1260b、hsa-miR-1246、hsa-m
iR-6845-5p、hsa-miR-4638-5p、hsa-miR-6085、
hsa-miR-1228-3p、hsa-miR-4534、hsa-miR-558
5-3p、hsa-miR-4741、hsa-miR-4433b-3p、hsa-m
iR-197-5p、hsa-miR-718、hsa-miR-4513、hsa-m
iR-4446-3p、hsa-miR-619-5p、hsa-miR-6816-5
p、hsa-miR-6778-5p、hsa-miR-24-3p、hsa-miR-
1915-3p、hsa-miR-4665-3p、hsa-miR-4449、hsa
-miR-6889-5p、hsa-miR-486-3p、hsa-miR-7113
-3p、hsa-miR-642a-3p、hsa-miR-7847-3p、hsa-
miR-6768-5p、hsa-miR-1290、hsa-miR-7108-5p
、hsa-miR-92b-5p、hsa-miR-663b、hsa-miR-394
0-5p、hsa-miR-4467、hsa-miR-6858-5p、hsa-mi
R-4417、hsa-miR-3665、hsa-miR-4736、hsa-miR
-4687-3p、hsa-miR-1908-5p、hsa-miR-5195-3p
、hsa-miR-4286、hsa-miR-3679-3p、hsa-miR-67
91-5p、hsa-miR-1202、hsa-miR-3656、hsa-miR-
4746-3p、hsa-miR-3184-5p、hsa-miR-3937、hsa
-miR-6515-3p、hsa-miR-6132、hsa-miR-187-5p
、hsa-miR-7111-5p、hsa-miR-5787及びhsa-miR-6
779-5p遺伝子を、健常体に対する胆道がんマーカーとして見出した。
【0519】
更に、これらの遺伝子の発現量を指標として、フィッシャーの判別分析により胆道がん
の有無を判別する判別式を作成した。すなわち、学習検体群において選択された125種
の遺伝子の中で、新規に見出された配列番号1~125のいずれかで表される塩基配列か
らなるポリヌクレオチドを式2に入力して判別式を作成し、算出した精度・感度・特異度
を表3に示した。またそのときの判別式係数と定数項を表4に示した。
【0520】
上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選
定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検証した(表3)。例えば、配列
番号1で示される塩基配列の発現量測定値を学習検体群の健常体(100人)と胆道がん
患者(67人)で比較した場合、健常体群に対し胆道がん患者群の遺伝子発現量測定値が
有意に低いことが示され(
図2左参照)、更にこの結果はテスト検体群の健常体(50人
)と胆道がん患者(33人)でも再現できた(
図2右参照)。同様に配列番号2~125
に示される他のポリヌクレオチドにおいても、健常体群に対し胆道がん患者群の遺伝子発
現量測定値が有意に低い(-)又は高い(+)結果(表2)が得られ、これらの結果はテ
スト検体群で検証ができた。また、例えばこの配列番号1で示される塩基配列に関し、学
習検体群で設定した両群を判別する閾値(5.69)を用いて胆道がん検出の的中率を算
出したところ、真陽性33例、真陰性49例、偽陽性1例、偽陰性0例であり、これらの
値から検出性能として、精度99%、感度100%、特異度98%が得られた。このよう
にして配列番号1~125に示される全てのポリヌクレオチドの検出性能を算出し表3に
記載した。
【0521】
表2に示す配列番号1~125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのうち、
例えば配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、
15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、2
8、29、30、31、34、35、36、39、40、41、42、44、45、46
、47、49、50、51、52、53、54、60、62、64、65、67、68、
70、74、75、76、83、84、105、107で表される塩基配列からなる62
個のポリヌクレオチドは、テスト検体群においてそれぞれ感度100%、97%、97%
、100%、84.8%、90.9%、87.9%、90.9%、66.7%、87.9
%、93.9%、75.8%、72.7%、72.7%、75.8%、63.6%、78
.8%、75.8%、69.7%、72.7%、72.7%、69.7%、93.9%、
66.7%、63.6%、69.7%、69.7%、78.8%、75.8%、72.7
%、78.8%、81.8%、66.7%、60.6%、60.6%、72.7%、66
.7%、60.6%、63.6%、81.8%、60.6%、69.7%、60.6%、
78.8%、69.7%、63.6%、63.6%、60.6%、72.7%、63.6
%、72.7%、72.7%、63.6%、66.7%、60.6%、60.6%、63
.6%、63.6%、69.7%、63.6%、69.7%、60.6%、を示した(表
3)。ここで、後述の比較例から、テスト検体群における既存マーカーCEAの感度は3
3.3%、CA19-9の感度は59.4%であったことから(表5)、テスト検体群に
おいて、例えば配列番号1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13
、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、
27、28、29、30、31、34、35、36、39、40、41、42、44、4
5、46、47、49、50、51、52、53、54、60、62、64、65、67
、68、70、74、75、76、83、84、105、107で表される塩基配列から
なる62個のポリヌクレオチドは、単独で既存の血中腫瘍マーカーCA19-9を上回る
感度で胆道がんを判別することが証明できた。
【0522】
また、例えば配列番号1、2、3、4、10、11、12、23、64で表される塩基
配列からなる9個のポリヌクレオチドは、テスト検体群に含まれていたステージ0及び1
(IA、IB含む)の胆道がん6検体を全て正しく胆道がんと判別することができた。従
ってこれらのポリヌクレオチドは、早期の胆道がんも検出することができ、胆道がんの早
期診断に貢献する。
【0523】
さらにこれらのポリヌクレオチドは、テスト検体群において胆道の肝外胆管、肝内胆管
、胆嚢、乳頭部を占拠した腫瘍のいずれも正しく胆道がんと判別することができた。特に
予後が悪いとされる胆管下部や乳頭部及び無症状のまま病気が進行し易い肝内胆管のがん
も検出できた。
【0524】
[実施例2]
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる胆道がん判別性能の評
価方法>
本実施例では、実施例1で選定された遺伝子マーカーを組合せて胆道がん判別性能を評
価する方法を検討した。具体的には、実施例1において選択された配列番号1~125で
表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のうちいずれか2個の組み合
わせ7,750通りについてフィッシャーの判別分析を行い、胆道がんの存在の有無を判
別する判別式を構築した。次に、上記で作成した判別式を用いてテスト検体群における精
度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性能を独立した検体で検
証した。上記7,750通りのポリヌクレオチドの発現量測定値の組合せを用いてテスト
検体群の胆道がん判別を実施したところ、例えば、配列番号2と配列番号4で表される塩
基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値を用いて、テスト検体中の健常体(50
人)と胆道がん患者(33人)で比較した場合、学習検体群では健常体群と胆道がん患者
群の発現量測定値が有意に分離する散布図が得られ(
図3左参照)、更にこの結果はテス
ト検体群でも再現ができた(
図3右参照)。同様に、新規に見出された配列番号1~12
5で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の他の組
み合わせにおいても、健常体群と胆道がん患者群の発現量測定値を有意に分離する散布図
が得られ、これらの結果はテスト検体群で検証ができた。また、例えばこの配列番号2と
配列番号4で示される塩基配列に関し、学習検体群で設定した両群を判別する関数(0=
5.16x+y+48.11)を用いて胆道がん検出の的中率を算出したところ、真陽性
33例、真陰性48例、偽陽性2例、偽陰性0例であり、これらの値から検出性能として
精度98%、感度100%、特異度96%が得られた。このようにして、新規に見出され
た配列番号1~125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のい
ずれか2個の組み合わせ全通りの検出性能を算出した。このうち例として、配列番号1で
表される塩基配列からなるポリヌクレオチドと他の配列番号で表される塩基配列からなる
ポリヌクレオチドとの組み合わせ124通りとその検出性能について表6に記載した。例
えば配列番号1及び配列番号7、配列番号1及び配列番号9、配列番号1及び配列番号2
5、配列番号1及び配列番号66、で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現
量測定値の組み合わせについても全て、テスト検体群において感度100%を示した。こ
のように既存マーカーであるCA19-9の感度(表5より75.8%)を上回るポリヌ
クレオチドの発現量測定値の組み合わせはテスト検体群で6,316通り得られ、この組
み合わせには実施例1で得られた表2に記載の塩基配列1~125の全てが少なくとも1
回は使用された。すなわち、テスト検体群において、配列番号1~125で表される塩基
配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定値のいずれか2個の組み合わせは、CA19
-9を上回る感度で胆道がんを判別することが証明できた。
【0525】
また、配列番号1~125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの発現量測定
値のいずれか2個の組み合わせ7,750通りのうち、テスト検体群に含まれていたステ
ージ0及び1(IA、IB含む)の胆道がん6検体を全て正しく胆道がんと判別すること
ができた2個の組み合わせは1,290通りであった。この1,290通り2個の組み合
わせには、配列番号1~125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドが少なくと
も1回は使用された。つまり、これらのポリヌクレオチドは、早期の胆道がんも検出する
ことができ、胆道がんの早期診断に貢献する。
【0526】
このようにして、配列番号1~125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドの
発現量測定値を3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数
を組み合わせても、優れた感度で胆道がんを検出するマーカーが得られる。例えば、実施
例1で選択された配列番号1~125で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドにつ
いて、統計的有意性を示すP値の降順に順位付けし、上位のmiRNAから1個ずつ加え
た1個又は複数個のmiRNAの組み合わせを用いて検出性能を算出した。その結果、テ
スト検体群における感度は、1個のmiRNAで100%、2個のmiRNAで100%
、3個のmiRNAで100%、5個のmiRNAで100%、10個のmiRNAで1
00%、20個のmiRNAで100%、50個のmiRNAで100%、100個のm
iRNAで100%であった。これらの感度は既存の血中腫瘍マーカーの感度よりも高い
ことから、複数のmiRNAを組み合せても胆道がんを検出する優れたマーカーと成り得
ることが示された。ここで、複数のmiRNAの組み合わせは、上記のように統計的有意
差の順に加算する場合に限らず、どのような複数個のmiRNAの組み合わせも胆道がん
の検出に用いることができる。
【0527】
これらの結果から配列番号1~125で表される塩基配列からなる全てのポリヌクレオ
チドは、胆道がんの優れた診断マーカーであるといえる。
【0528】
【0529】
【0530】
【0531】
【0532】
【0533】
表5では、CEAは5ng/ml以下を「-」、CA19-9は37U/ml以下を「
-」、それらの値を超えると「+」とした。
【0534】
【0535】
[実施例3]
<全検体を用いた場合の遺伝子マーカーの選定と獲られた遺伝子マーカーの胆道がん判別
性能の評価方法>
本実施例では、上記実施例1及び実施例2で用いた学習検体群及びテスト検体群の検体
を統合し全検体を用いて、遺伝子マーカーの選定及びその胆道がん判別性能評価を行った
。
【0536】
具体的には、上記の参考例1で得た胆道がん患者100人の血清及び健常体150人の
血清に対するmiRNA発現量について、quantile normalizatio
nで正規化した。より信頼性の高い診断マーカーを獲得するため、遺伝子マーカーの選定
では胆道がん患者群又は健常体群のいずれかにおいて、50%以上の検体で2の6乗以上
の遺伝子発現量を有する遺伝子のみを選択した。更に胆道がん患者群と健常体群を判別す
るための統計的有意性を得るために、各々の遺伝子発現量について等分散を仮定した両側
t検定で得られたP値をボンフェローニ補正し、p<0.01を満たす遺伝子を判別式の
説明変数に用いる遺伝子マーカーとして選択し表7に記載した。このようにして、表2に
記載した遺伝子に加え、配列番号126~148で表される、hsa-miR-6808
-5p、hsa-miR-6774-5p、hsa-miR-4656、hsa-miR
-6806-5p、hsa-miR-1233-5p、hsa-miR-328-5p、
hsa-miR-4674、hsa-miR-2110、hsa-miR-6076、h
sa-miR-3619-3p、hsa-miR-92a-2-5p、hsa-miR-
128-1-5p、hsa-miR-638、hsa-miR-2861、hsa-mi
R-371a-5p、hsa-miR-211-3p、hsa-miR-1273g-3
p、hsa-miR-1203、hsa-miR-122-5p、hsa-miR-42
58、hsa-miR-4484、hsa-miR-4648及びhsa-miR-67
80b-5p遺伝子を、健常体に対する胆道がんマーカーとして見出した。配列番号1~
125に示されるポリヌクレオチドと同様に、配列番号126~148に示されるポリヌ
クレオチドにおいても、健常体群に対し胆道がん患者群の発現量測定値が有意に低い(-
)又は高い(+)結果(表7)が得られ、これらの結果はテスト検体群で検証ができた。
表7に記載した遺伝子の発現量測定値を単独又は表2に記載の遺伝子の発現量測定値と組
合せて用いることにより、実施例1及び実施例2に記載した方法で新規に得た検体を判別
することができる。
【0537】
【0538】
[実施例4]
<テスト検体群検体を用いた複数の遺伝子マーカーの組合せによる胆道がん特異的な判別
性能の評価方法>
本実施例では、参考例2に記載した検体群の学習検体群を対象として、実施例1に記載
の方法と同様の方法で、胆道がん患者と健康人、大腸がん患者、胃がん患者、食道がん患
者、肝がん患者及び膵胆道良性疾患患者からなる対照群との血清中のmiRNAの遺伝子
発現量の比較を行い、追加の診断用遺伝子マーカーを選択した。その結果選択された、追
加の診断用遺伝子マーカー(配列番号466~478;表1参照)と実施例1で選定され
た遺伝子マーカーを組み合わせた群から選ばれる1個又は2個以上のマーカーを用いて胆
道がん特異的な判別性能を評価した。
【0539】
具体的には、まず上記の参考例2で得た学習検体群とテスト検体群のmiRNA発現量
を合わせてquantile normalizationで正規化した。次に、配列番
号1~148、466~478で表される塩基配列からなるポリヌクレオチドのいずれか
の発現量測定値を少なくとも1つ以上含む1~4個の組み合わせについてフィッシャーの
判別分析を行い、胆道がんの存在の有無を判別する判別式を構築した。次に、胆道がん患
者群を陽性検体群、健常体群、大腸がん患者群、胃がん患者群、食道がん患者群、肝がん
患者群及び膵胆道良性疾患患者群を陰性検体群として、上記で作成した判別式を用いてテ
スト検体群における精度・感度・特異度を算出し、選定されたポリヌクレオチドの判別性
能を独立した検体で検証した。
【0540】
上記の配列番号(表1の、miRNAマーカーに対応する、配列番号1~148及び4
66~478)で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドの
多くが胆道がんの存在の有無の判別において比較的高い精度、感度、特異度を提供するこ
とができる上に、胆道がんをその他のがんから特異的に識別可能であった。標的マーカー
と特異的に結合可能なポリヌクレオチドとして挙げられる、例えば、配列番号1、4、5
、11、12、15、23、29、39、40、54、76、79、91、103、11
5、121、134、143、466、469、472、473、及び474で表される
塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドからなる群(がん種特異性ポ
リヌクレオチド群1)から選択される複数個のポリヌクレオチドの組み合わせのうち、配
列番号4、5、12、15及び40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドからなる群(がん種特異性ポリヌクレオチド群2)から選択されるポリ
ヌクレオチドを少なくとも1つ含む組み合わせは、高精度に、胆道がんをその他のがんか
ら特異的に識別可能であった。
【0541】
上記のがん種特異性のあるポリヌクレオチドの組み合わせの個数としては、1個、2個
、3個、4個、5個、6個、7個、8個、9個、10個又はそれ以上の個数の組み合わせ
が可能であるが、4個以上の組み合わせにおいて判別精度80%以上を示すことができた
。
【0542】
具体的に、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレ
オチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号4で表される塩基配列も
しくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場合、
学習検体群において精度81.9%、テスト検体群において精度76.9%を示した(表
8)。また、例えば、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポ
リヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習
検体群において最高で精度86.0%、テスト検体群において精度85.3%を示した(
表9;表中の「配列番号」は使用した2個のポリヌクレオチドの配列番号の組み合わせを
示す)。また、例えば、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学
習検体群において最高で精度89.5%、テスト検体群において精度90.4%を示した
(表10;表中の「配列番号」は使用した3個のポリヌクレオチドの配列番号の組み合わ
せを示す)。また、例えば、配列番号4で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合
、学習検体群において最高で精度91.1%、テスト検体群において精度92.3%を示
した(表11;表中の「配列番号」は使用した4個のポリヌクレオチドの配列番号の組み
合わせを示す)。
【0543】
具体的に、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレ
オチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号5で表される塩基配列も
しくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場合、
学習検体群において精度79.0%、テスト検体群において精度80.8%を示した(表
8)。また、例えば、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポ
リヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学習
検体群において最高で精度81.9%、テスト検体群において精度86.5%を示した(
表9)。また、例えば、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなる
ポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合、学
習検体群において最高で精度87.6%、テスト検体群において精度89.7%を示した
(表10)。また、例えば、配列番号5で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合
、学習検体群において最高で精度93.0%、テスト検体群において精度91.0%を示
した(表11)。
【0544】
具体的に、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌク
レオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号12で表される塩基配
列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場
合、学習検体群において精度80.6%、テスト検体群において精度76.9%を示した
(表8)。また、例えば、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合
、学習検体群において最高で精度86.3%、テスト検体群において精度85.9%を示
した(表9)。また、例えば、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補的配列
からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した
場合、学習検体群において最高で精度90.2%、テスト検体群において精度91.7%
を示した(表10)。また、例えば、配列番号12で表される塩基配列もしくはその相補
的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測
定した場合、学習検体群において最高で精度93.0%、テスト検体群において精度94
.2%を示した(表11)。
【0545】
具体的に、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌク
レオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号15で表される塩基配
列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場
合、学習検体群において精度83.8%、テスト検体群において精度84.0%を示した
(表8)。また、例えば、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合
、学習検体群において最高で精度89.5%、テスト検体群において精度89.1%を示
した(表9)。また、例えば、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補的配列
からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した
場合、学習検体群において最高で精度90.5%、テスト検体群において精度92.3%
を示した(表10)。また、例えば、配列番号15で表される塩基配列もしくはその相補
的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測
定した場合、学習検体群において最高で精度93.0%、テスト検体群において精度94
.2%を示した(表11)。
【0546】
具体的に、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列からなるポリヌク
レオチドを用いて測定した場合の判別精度を下記に示す。配列番号40で表される塩基配
列もしくはその相補的配列からなるポリヌクレオチドを単独(1個)で用いて測定した場
合、学習検体群において精度80.0%、テスト検体群において精度76.9%を示した
(表8)。また、例えば、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列から
なるポリヌクレオチドを含む2個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した場合
、学習検体群において最高で精度81.9%、テスト検体群において精度86.5%を示
した(表9)。また、例えば、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補的配列
からなるポリヌクレオチドを含む3個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測定した
場合、学習検体群において最高で精度86.7%、テスト検体群において精度89.7%
を示した(表10)。また、例えば、配列番号40で表される塩基配列もしくはその相補
的配列からなるポリヌクレオチドを含む4個のポリヌクレオチドの組み合わせを用いて測
定した場合、学習検体群において最高で精度91.4%、テスト検体群において精度91
.7%を示した(表11)。
【0547】
さらにまた、配列番号15、5、4、12、40で示される塩基配列の発現量測定値を
用いて、学習検体群の胆道がん患者67人、健常体93人、大腸がん患者35人、胃がん
患者37人、食道がん患者32人、肝がん患者38人及び膵胆道良性疾患患者13人で比
較した場合、学習検体群では胆道がん患者群とその他の判別得点が有意に分離する散布図
が得られ(
図4上図参照)、更にこの結果はテスト検体群でも再現ができた(
図4下図参
照)。
【0548】
【0549】
【0550】
【0551】
【0552】
[比較例1]
<既存血中腫瘍マーカーの胆道がん判別性能>
上記の参考例1で得た学習検体群とテスト検体群について、既存の腫瘍マーカーCEA
及びCA19-9の血中濃度を測定した。これらの腫瘍マーカーは、原則、非特許文献2
に記載される基準値(CEAは5ng/mL、CA19-9は37U/mL)よりも血中
濃度が高いとがんの疑いがあるとされる。従って、各検体毎にCEA及びCA19-9の
血中濃度が基準値を超えているか否かを確認し、その結果が胆道がん患者をがんと判定し
ているか見定め、学習検体群及びテスト検体群における各既存マーカーの感度を算出した
。この結果を表5に示した。学習検体群においてはCEAの感度は31.3%、CA19
-9の感度は68.2%、テスト検体群においてはCEAの感度は33.3%、CA19
-9の感度は59.4%しかなく、いずれのマーカーも胆道がんの検出には有用でないこ
とが分かった(表5)。
【0553】
一方、上記の実施例1及び実施例2の表3及び表4に示したように、配列番号1~12
5で表される塩基配列からなる全てのポリヌクレオチドは、既存の胆道がんマーカー以上
の感度を示す1個、2個、又はそれ以上の複数個の組み合わせが存在し、優れた診断マー
カーであるといえる。
【0554】
以上の実施例、比較例に示すように、本発明のキット等及び方法によれば、既存の腫瘍
マーカーよりも胆道がんを感度よく検出できるので、外科手術によるがん部の切除実施の
早期判断が可能となり、その結果、5年生存率の向上や、再発率を低くすることが可能と
なる。