▶ チルドレンズ ホスピタル メディカル センターの特許一覧
特開2023-52629２’－フコシルラクトース化合物による炎症性腸疾患の治療
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2023052629
(43)【公開日】2023-04-11
(54)【発明の名称】２’－フコシルラクトース化合物による炎症性腸疾患の治療
(51)【国際特許分類】
A61K 31/702 20060101AFI20230404BHJP
A61P 1/04 20060101ALI20230404BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20230404BHJP
A23L 33/125 20160101ALI20230404BHJP
【ＦＩ】
A61K31/702
A61P1/04
A61K39/395 N
A23L33/125
【審査請求】有
【請求項の数】1
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2023009479
(22)【出願日】2023-01-25
(62)【分割の表示】P 2019554840の分割
【原出願日】2018-04-07
(31)【優先権主張番号】62/482,840
(32)【優先日】2017-04-07
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(71)【出願人】
【識別番号】500469235
【氏名又は名称】チルドレンズ ホスピタル メディカル センター
(74)【代理人】
【識別番号】100114775
【弁理士】
【氏名又は名称】高岡 亮一
(74)【代理人】
【識別番号】100121511
【弁理士】
【氏名又は名称】小田 直
(74)【代理人】
【識別番号】100202751
【弁理士】
【氏名又は名称】岩堀 明代
(74)【代理人】
【識別番号】100191086
【弁理士】
【氏名又は名称】高橋 香元
(72)【発明者】
【氏名】モロー，アンディス，エル．
(72)【発明者】
【氏名】デンソン，リー，エー．
(72)【発明者】
【氏名】ニューバーグ，デービッド，エス．
(57)【要約】 （修正有）
【課題】炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ））を治療するか、またはＩＢＤの再発リスクを軽減もしくは低減するための方法を提供する。
【解決手段】抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者に、有効量の２’－フコシルラクトース化合物を投与することを含む方法である。
【選択図】図２
【解決手段】抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者に、有効量の２’－フコシルラクトース化合物を投与することを含む方法である。
【選択図】図２
【特許請求の範囲】
【請求項1】
明細書または図面に実質的に記載された発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
関連出願の相互参照
本出願は、２０１７年４月７日に出願された米国仮出願第６２／４８２，８４０号の米国特許法第１１９（ｅ）条に基づく利益を主張し、その内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０１７年４月７日に出願された米国仮出願第６２／４８２，８４０号の米国特許法第１１９（ｅ）条に基づく利益を主張し、その内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【背景技術】
【0002】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）は、人生の２０～３０代で発生率がピークとなる慢性および衰弱性障害である。クローン病（ＣＤ）および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の寛解を誘導する抗腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）治療の最適化においてかなりの進展があったが、再発は一般的であり、予測不可能であることが多い。チオプリン療法へのインフリキシマブ離脱後に再発を経験したＣＤ患者は、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｃｏｃｃｏｉｄｅｓ、およびＦ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉを含む特定の分類群のベースラインレベルが低かった。Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉのベースラインレベルが低いことも、ＵＣの再発率が高いことと関連している。インフリキシマブ（モノクローナル抗ＴＮＦ抗体）による粘膜炎症の抑制は、この腸内毒素症を部分的にしか修正しない。したがって、ＩＢＤ寛解の安定した維持のための代替アプローチが必要である。
【発明の概要】
【0003】
本開示は、ＩＢＤ患者の寛解を維持するために２’－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）などの２’－フコシルラクトース化合物を使用する開発に少なくとも部分的に基づいている。例えば、２’ＦＬは、栄養補助食品単独として、または抗炎症療法などの免疫抑制療法の補助剤として提供することができる。
【0004】
したがって、本開示の一態様は、それを必要とする対象に、有効量の２’－ＦＬ化合物を投与することにより、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の再発リスクを軽減または低減する方法を特徴とする。例えば、対象は、抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者であり得る。
【0005】
別の態様では、本開示は、それを必要とする対象に、１ｍｇ／日～２０ｍｇ／日の２’－ＦＬに相当する量の２’－ＦＬ化合物を投与することにより、ＩＢＤを治療する方法を提供する。
【0006】
本明細書に記載の方法のいずれかにおいて、２’－ＦＬ化合物を必要とする対象は、ＩＢＤを発症するリスクがあるか、ＩＢＤを有する疑いがあるか、またはＩＢＤを有するヒト患者であり得る。例えば、２’－ＦＬ化合物を必要とする対象は、例えば、抗炎症療法を受けたか、または受けている、ＩＢＤ（例えば、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ）などが含まれるが、これらに限定されない）の寛解期にあるヒト患者であり得る。抗炎症療法は、例えば、インフリキシマブおよび／またはアダリムマブを含むがこれらに限定されないＴＮＦ阻害剤の使用などの抗ＴＮＦ療法であり得る。治療される対象は、大人または子供であり得る。治療される対象は、ＦＵＴ２分泌型またはＦＵＴ２非分泌型であり得る。いくつかの実施形態では、治療される対象は、７ｇ／１０００ｋｃａｌ未満の１日繊維摂取量を有する。いくつかの実施形態では、治療される対象は、７ｇ／１０００ｋｃａｌ以上の１日繊維摂取量を有する。治療される対象は、コルチコステロイド、抗生物質、プロバイオティクス、および／または２’－ＦＬ化合物ではないプレバイオティクスを受けていない可能性がある。
【0007】
２’－ＦＬ化合物は、それを必要とする対象に、望ましい臨床効果を達成するのに有効な量で投与され得る。例えば、ヒト患者において短鎖脂肪酸を産生する腸内微生物（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、および／またはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の存在量を増加させるのに十分な量の２’－ＦＬ化合物を、例えば、抗炎症療法を受けたか、もしくは受けている、かつ／またはＩＢＤの寛解期にあるヒトＩＢＤ患者に投与することができる。別の例として、ヒト患者の腸内カルプロテクチンを減少させるのに十分な量の２’－ＦＬ化合物を、例えば、抗炎症療法を受けたか、もしくは受けている、かつ／またはＩＢＤの寛解期にあるヒトＩＢＤ患者に投与することができる。いくつかの実施形態では、それを必要とする対象に投与される２’－ＦＬ化合物の有効量は、１ｍｇ／日～２０ｍｇ／日の２’－ＦＬ、１ｍｇ／日～１５ｍｇ／日の２’－ＦＬ、または１ｍｇ／日～１０ｍｇ／日の２’－ＦＬに相当し得る。
【0008】
２’－ＦＬ化合物は、例えば、経口投与を含む任意の投与経路を介して対象に投与することができる。いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物は、例えば経口投与に適した医薬組成物または栄養補助食品として製剤化することができる。組成物は、唯一のオリゴ糖含有量として２’－ＦＬ化合物を含むか、または少なくとも１つの追加のオリゴ糖をさらに含むことができる。例示的な２’－ＦＬ化合物は２’－ＦＬである。いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物は、抗炎症療法のアジュバントとして抗炎症薬を受けているヒト患者に投与することができる。
【0009】
また、（ｉ）対象におけるＩＢＤの治療および／またはＩＢＤの再発のリスクの軽減もしくは低減に使用するための医薬組成物（例えば、本明細書に記載）であって、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物および薬学的に許容される担体を含む、医薬組成物、ならびに（ｉｉ）対象のＩＢＤの治療および／またはＩＢＤの再発リスクの軽減または低減に使用するための薬剤の製造における、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物の使用も本開示の範囲内である。対象は、抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者、例えば、ＩＢＤの寛解期にあるヒト患者であり得る。
【0010】
また、対象におけるＩＢＤの治療および／またはＩＢＤの再発リスクの軽減もしくは低減に使用するための栄養補助食品であって、当該組成物が本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物を含む、栄養補助食品も本開示の範囲内である。対象は、抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者であり得、例えば、ヒト患者はＩＢＤの寛解期にある。
【0011】
本開示の１つ以上の実施形態の詳細は、以下の説明に記載されている。本開示の他の特徴または利点は、以下の図面およびいくつかの実施形態の詳細な説明、ならびに添付の特許請求の範囲から明らかになるであろう。
【図面の簡単な説明】
【0012】
以下の図面は、本明細書の一部を形成し、本開示のある特定の態様をさらに示すために含まれており、これは、本明細書に提示される特定の実施形態の詳細な説明と組み合わせてこれらの図面の１つ以上を参照することにより、よりよく理解することができる。
【0013】
【図1】潰瘍性大腸炎（ＵＣ）における微生物のシフトおよび直腸ミトコンドリア遺伝子発現の変化は、マウスにおいて２’－ＦＬの補充によって対処されることを示す。２５４の直腸生検および２９３の便試料を、初期診断時にＵＣの治療を受けていない小児患者３７１人から収集した。試料を１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンスにかけ、データを分析して微生物の分類学的組成を推測した。療法前の遺伝子発現の直腸全体のパターンは、２０６人のＵＣ患者および１８人の健康な対照のＲＮＡＳｅｑを使用して決定された。遺伝子発現の小腸全体のパターンは、回盲部切除後に２’－ＦＬの補充ありおよびなしのマウスのＲＮＡＳｅｑを使用して決定された。遺伝子セット濃縮分析により、関連する生物学的プロセスが特定された。治療を受けていない小児ＵＣにおけるミトコンドリア生合成およびマウスにおける２’－ＦＬの補充後の遺伝子シグネチャーも、図１に示すように表に示される。
【図2】微生物の酪酸産生および細胞の酪酸応答性を高めるための２’－ＦＬ／抗ＴＮＦ併用療法を示す概略図である。
【図3A-C】新たに診断されたクローン病（ＣＤ）に関連する分類群およびＢ１炎症性行動と比較したＢ２狭窄またはＢ３内部浸透性疾患の合併症を示す棒グラフである。
【図4】新たに診断された潰瘍性大腸炎の疾患重症度に関連する差次的に豊富な分類群を示す棒グラフである。
【図5】小児クローン病の疾患合併症に関連する回腸遺伝子シグネチャーを示すグラフである。
【図6】安定した維持抗ＴＮＦ療法を受けている小児および若年成人のＩＢＤ患者における栄養補助食品としての２’－ＦＬの使用を伴う臨床試験の全体的な患者層別化戦略（左）、ならびに臨床試験の異なる段階での用量割り付け（右）を示す概略図である。
【図7】安定した維持抗ＴＮＦ療法を受けている小児および若年成人のＩＢＤ患者の栄養補助食品としての２’－ＦＬのパイロットおよび実現可能性研究を提供する臨床試験の全体的な研究設計を示す概略図である。
【発明を実施するための形態】
【0014】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）（例えば、潰瘍性大腸炎およびクローン病を含む）は、人生の２０～３０代で発生率がピークとなる慢性および衰弱性障害である。ＩＢＤにおいて寛解を達成するために炎症性サイトカインを標的とする療法などの薬物療法を最適化する上でかなりの進展があったが、再発は一般的であり、予測不可能である。例えば、インフリキシマブまたはアダリムマブの抗ＴＮＦ療法を受けているＩＢＤ患者（単一の治療施設から）の３７％が、最適な治療薬の監視および投与にもかかわらず再発したことが報告された。生活の質および仕事の生産性への悪影響に加えて、ＩＢＤの再発は治療費を増加させる。したがって、ＩＢＤ再発のリスクを低減するために、ＩＢＤの治療ならびにＩＢＤ寛解の維持のための代替方法および組成物を開発する必要がある。
【0015】
本開示は、２’－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）化合物を使用してＩＢＤ患者の寛解を維持し、したがってＩＢＤの再発リスクを低減する開発に少なくとも部分的に基づいている。例えば、２’－ＦＬは、栄養補助食品として、または医薬組成物として、単独で、または抗炎症療法などの免疫抑制療法の補助剤としてのいずれかで提供することができる。２’－ＦＬ化合物（例えば、２’ＦＬ）の投与により、腸上皮細胞機能の必須調節因子である酪酸の微生物産生を増加させることができる。抗炎症療法（例えば、抗ＴＮＦ阻害剤）によるＩＢＤの治療は、腸の炎症を抑制して腸管内皮細胞の酪酸に対する細胞応答性を促進するが、有益な腸内細菌の存在量は増加しない。したがって、２’－ＦＬ／抗ＴＮＦ併用療法は、有益な微生物叢の直接調節を提供し、抗ＴＮＦ療法による細胞の酪酸応答性を促進しながら微生物の酪酸産生を増加させることができ、それによってＩＢＤの持続的な臨床的寛解を強化する。
【0016】
したがって、２’－ＦＬ化合物を使用して対象のＩＢＤを治療するための方法および組成物が本明細書に記載される。抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者（例えば、ＩＢＤの寛解期にあるヒト患者）に適用する場合、本明細書に記載の治療方法は、ＩＢＤの再発リスクを軽減または低減することが予想される。さらに、本明細書に記載の治療方法は、２’－ＦＬ化合物がＩＢＤの寛解期にある患者に同時に施される抗炎症療法（例えば、抗ＴＮＦ療法）のアジュバントとして提供される場合、ＩＢＤの寛解を持続するのに特に効果的であると予想される。
【0017】
いくつかの態様では、本開示は、栄養補助食品として、または医薬組成物中に提供され得る２’－ＦＬ化合物を使用して、ＩＢＤを治療する方法、またはＩＢＤの再発リスクを軽減または低減する方法に関する。そのような栄養補助食品または医薬組成物は、単独で、または治療を必要とする対象におけるＩＢＤの抗炎症療法の補助剤として使用することができる。
【0018】
Ｉ．２’－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）化合物およびそれを含む組成物
２－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）化合物は、２’－フコシルラクトース（Ｆｕｃαｌ、２Ｇａｌβ１，４Ｇｌｃ）のように３つの糖単位骨格を有するオリゴ糖であり、糖単位（フコース（Ｆｕｃ）、ガラクトース（Ｇａｌ）、およびグルコース（Ｇｌｃ））の各々は、独立して、その天然形態または修飾形態のいずれかであり得る。例えば、糖単位の修飾形態は、ヒドロキシル基のうちの少なくとも１つ以上（例えば、１、２、３つ以上）が水素、メチル、エチル、またはアミン基に置き換えられている糖単位であり得る。
２－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）化合物は、２’－フコシルラクトース（Ｆｕｃαｌ、２Ｇａｌβ１，４Ｇｌｃ）のように３つの糖単位骨格を有するオリゴ糖であり、糖単位（フコース（Ｆｕｃ）、ガラクトース（Ｇａｌ）、およびグルコース（Ｇｌｃ））の各々は、独立して、その天然形態または修飾形態のいずれかであり得る。例えば、糖単位の修飾形態は、ヒドロキシル基のうちの少なくとも１つ以上（例えば、１、２、３つ以上）が水素、メチル、エチル、またはアミン基に置き換えられている糖単位であり得る。
【0019】
いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物は、例えば、乳（例えば、母乳）に見られる天然の２’－ＦＬの化学構造と同一である化学構造を有する２’－ＦＬ（Ｆｕｃα１、２Ｇａｌβ１，４Ｇｌｃ）である。
【0020】
いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物は、少なくとも７０％以上（例えば、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、および最大１００％）の天然の２’－ＦＬ、例えば、乳（例えば、母乳）に見られる２’－ＦＬの生物学的機能を保持する修飾された２’－ＦＬである。いくつかの実施形態では、修飾された２’－ＦＬは、天然の２’－ＦＬ、例えば、乳（例えば、母乳）に見られる２’－ＦＬに比べて増強された生物学的機能を提供することができる。２’－ＦＬのそのような生物学的機能には、腸に対するその有益な効果、例えば、抗炎症効果、抗菌付着効果、プレバイオティクス効果（例えば、短鎖脂肪酸産生微生物または酪酸産生微生物などの有益な微生物叢の存在量の増加）が含まれるが、これらに限定されない。例えば、いくつかの実施形態では、修飾された２’－ＦＬは、（ｉ）そのヒドロキシル基のうちの少なくとも１つ以上が水素、メチル、エチル、またはアミン基に置き換えられている、かつ／または（ｉｉ）その還元末端のグルコースがＮ－アセチルグルコサミンに置き換えられている２’－ＦＬである。
【0021】
本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物は、当技術分野で既知の任意の方法により調製することができる。例えば、２’－ＦＬ化合物は化学的に合成されるか、乳から精製されるか、または微生物において産生され得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物は、乳（例えば、母乳）から単離することができる。例えば、乳を最初に遠心分離で脱脂して無脂肪乳を得る。次いで、無脂肪乳を、アセトン（例えば、５０％アセトン水）およびエタノール（例えば、６７％エタノール水）などの有機溶媒と混合して、乳タンパク質を沈殿させる。遠心分離時に上清を収集し、クロマトグラフィーにかける。オリゴ糖含有画分を収集してプールする。必要に応じて、こうして調製されたオリゴ糖は、従来の方法、例えば、透析または凍結乾燥により濃縮され得る。あるいは、無脂肪乳を３０，０００ＭＷＣＯ限外濾過膜に通し、拡散液を収集し、拡散液を５００ＭＷＣＯ限外濾過装置に通し、乳オリゴ糖を含有する残余分を収集することにより、無脂肪乳から２’－ＦＬ化合物を分離することもできる。
【0022】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物は、化学的に合成されるか、または微生物において産生することができる（例えば、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ、酵母、およびＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｇｌｕｔａｍｉｃｕｍなどの組換え微生物の発酵により）。例えば、ＷＯ２０１７／１３４１７６、ＷＯ２０１６／１５３３００、ＷＯ２０１４／００９９２１、ＷＯ２０１０／１１５９３４、ＷＯ２００５／０５５９４４、およびＵＳ８６５２８０８を参照されたい。これらの関連する開示は、本明細書で参照される目的または主題について参照により組み込まれる。
【0023】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物は、複合糖質形態（例えば、複合糖質）で提供することができる。本明細書で使用する「複合糖質」とは、タンパク質、ペプチド、脂質、核酸、および糖類（例えば、オリゴ糖または多糖類）などの別の化学種に結合した糖部分（例えば、２’－ＦＬ化合物）を含有する複合体を指す。２’－ＦＬ化合物は、共有結合もしくは非共有結合を介して、または捕捉などの他の形態の（例えば、他の部分上もしくは内の一部分、または第三の部分上もしくは部分内の一方または両方の実体の）会合を介して、他の化学種に結合することができる。本明細書に記載の複合糖質は、タンパク質、ペプチド、脂質、核酸、または糖類などの化学種に結合された１つ以上（例えば、１、２、３つ以上）の２’－ＦＬ化合物を含有することができる。一例では、２’－ＦＬ化合物は、その還元末端糖単位を介して、タンパク質、ペプチド、脂質、核酸、または糖類（例えば、オリゴ糖または多糖類）に共有結合している。例えば、還元末端糖単位は、Ｎ－アセチルグルコサミンであり得る。２’ＦＬ化合物が糖類（例えば、オリゴ糖または多糖類）に結合されるいくつかの実施形態では、複合糖質は、乳に見られる天然に存在する分子ではない。いくつかの実施形態では、複合糖質形態の２’－ＦＬ化合物は、天然に存在する分子ではない。
【0024】
上述の複合糖質を作製するのに適したペプチド骨格には、複数のグリコシル化部位（例えば、アスパラギン、リジン、セリン、またはトレオニン残基）および低アレルゲン能力を有するものが含まれる。例としては、アミラーゼ、胆汁酸塩刺激リパーゼ、カゼイン、葉酸結合タンパク質、グロブリン、グルテン、ハプトコリン、ラクトアルブミン、ラクトフェリン、ラクトペルオキシダーゼ、リポタンパク質リパーゼ、リゾチーム、ムチン、オボアルブミン、および血清アルブミンが挙げられるが、これらに限定されない。
【0025】
通常、２’－ＦＬ化合物は、Ｏ結合を介してセリンまたはトレオニン残基に共有結合されるか、Ｎ結合を介してアスパラギン残基に結合され得る。これらの結合を形成するために、２’－ＦＬ化合物の還元末端の糖単位は、好ましくはアセチル化糖単位、例えば、Ｎ－アセチルガラクトサミン、Ｎ－アセチルグルコサミン、およびＮ－アセチルマンノサミンである。２’－ＦＬ化合物は、標準的な方法を使用してペプチド（例えば、タンパク質）に結合され得る。例えば、ＭｃＢｒｏｏｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｃａｒｂｏｈｙｄｒａｔｅｓ，Ｐａｒｔ Ｂ，２８：２１２－２１９，１９７２；Ｙａｒｉｖ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ Ｊ．，８５：３８３－３８８，１９６２；Ｒｏｓｅｎｆｅｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ．Ｒｅｓ．，４６：１５５－１５８，１９７６、およびＰａｚｕｒ，Ａｄｖ．Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ．Ｃｈｅｍ，Ｂｉｏｃｈｅｍ．，３９：４０５－４４７，１９８１を参照されたい。
【0026】
一例では、２’－ＦＬ化合物はリンカーを介して骨格分子に結合される。例示的なリンカーは、ＷＯ２００５／０５５９４４に記載されている。２’－ＦＬ化合物は、酵素反応、例えば、グリコシルトランスフェラーゼ反応によりリンカーに結合され得る。フコシルトランスフェラーゼ、ガラクトシルトランスフェラーゼ、グルコシルトランスフェラーゼ、マンノシルトランスフェラーゼ、ガラクトサミニルトランスフェラーゼ、シアリルトランスフェラーゼ、およびＮ－アセチルグルコサミニルトランスフェラーゼを含むいくつかのグリコシルトランスフェラーゼを使用して、本明細書に記載の複合糖質を作製することができる。これらのグリコシルトランスフェラーゼについてのさらなる詳細は、米国特許第６，２９１，２１９号、同第６，２７０，９８７号、同第６，２３８，８９４号、同第６，２０４，４３１号、同第６，１４３，８６８号、同第６，０８７，１４３号、同第６，０５４，３０９号、同第６，０２７，９２８号、同第６，０２５，１７４号、同第６，０２５，１７３号、同第５，９５５，２８２号、同第５，９４５，３２２号、同第５，９２２，５４０号、同第５，８９２，０７０号、同第５，８７６，７１４号、同第５，８７４，２６１号、同第５，８７１，９８３号、同第５，８６１，２９３号、同第５，８５９，３３４号、同第５，８５８，７５２号、同第５，８５６，１５９号、および同第５，５４５，５５３号に見出すことができる。
【0027】
あるいは、本明細書に記載の複合糖質は、従来の方法、例えば、限外濾過膜に通すことにより、非極性溶媒に沈殿させることにより、または非混和性溶媒間に分配することにより、乳から精製することができる。
【0028】
２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）は、１つ以上の薬学的に許容される担体、希釈剤、および／または賦形剤とともに製剤化して医薬組成物を形成することができる。「薬学的に許容される」担体、希釈剤、または賦形剤には、無菌で発熱物質不含のものが含まれる。適切な薬学的担体、希釈剤、および賦形剤は、当技術分野において周知である。担体（複数可）は、阻害剤と相溶性であり、かつその受容者に有害でないという意味で「許容可能」でなければならない。
【0029】
２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を含む医薬組成物は、例えば、非経口投与、経口投与、口腔投与、舌下投与、および局所投与を含む投与経路に応じて製剤化され得る。
【0030】
いくつかの実施形態では、香味剤または着色剤を含有し得る、粉末剤、錠剤、カプセル、胚珠、エリキシル剤、溶液、または懸濁液の形態などの医薬組成物または製剤は、即時、遅延、または制御放出用途のための経口、口腔、または舌下投与に適している。
【0031】
適切な錠剤は、微結晶性セルロース、ラクトース、クエン酸ナトリウム、炭酸カルシウム、二塩基性リン酸カルシウム、およびグリシンなどの賦形剤、デンプン（好ましくはトウモロコシ、ジャガイモ、またはタピオカデンプン）などの崩壊剤、デンプングリコール酸ナトリウム、クロスカルメロースナトリウム、およびある特定の複合ケイ酸塩、ならびにポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルメチルセルロース（ＨＰＭＣ）、ヒドロキシ－プロピルセルロース（ＨＰＣ）、スクロース、ゼラチン、およびアカシアなどの造粒結合剤を含有し得る。さらに、ステアリン酸マグネシウム、ステアリン酸、ベヘン酸グリセリル、およびタルクなどの潤滑剤が含まれてもよい。
【0032】
同様の種類の固形組成物は、ゼラチンカプセルの充填剤として用いることもできる。これに関して好ましい賦形剤には、ラクトース、デンプン、セルロース、乳糖、または高分子量ポリエチレングリコールが含まれる。水性懸濁液および／またはエリキシル剤の場合、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を、様々な甘味料または香味剤、着色剤または染料と、乳化剤および／または懸濁剤と、ならびに水、エタノール、プロピレングリコール、およびグリセリンなどの希釈剤と、ならびにそれらの組み合わせと混合することができる。粉末剤の場合、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を、様々な甘味料または香味剤、着色剤または染料と、乳化剤および／または懸濁剤と、ならびに水、エタノール、プロピレングリコール、およびグリセリンなどの希釈剤と、ならびにそれらの組み合わせと混合することができる。
【0033】
いくつかの実施形態では、医薬組成物または製剤は、静脈内、動脈内、筋肉内、皮下、または腹腔内投与などの非経口投与用である。
【0034】
非経口投与に適した製剤には、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤、および製剤を意図する受容者の血液と等張にする溶質を含有し得る水性および非水性滅菌注射液、ならびに懸濁剤および増粘剤を含み得る水性および非水性滅菌懸濁液が含まれる。水溶液は適切に緩衝されてもよい（好ましくはｐＨ３～９）。滅菌条件下での適切な非経口製剤の調製は、当業者に周知の標準的な製薬技術により容易に達成される。
【0035】
あるいは、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）は、食品／栄養補助食品業界で周知の方法に従って栄養補助食品として製剤化することもできる。一例では、２’－ＦＬ化合物を含む栄養補助食品は単独で摂取され得る。別の例では、２’－ＦＬ化合物を含む栄養補助食品は、食品および／または飲料に組み込むことができる。そのような食品および／または飲料には、とりわけ、乳、粉乳、ヨーグルト、チーズ、アイスクリーム、シリアルなどが含まれるが、これらに限定されない。そのような食品および／または飲料には、経口栄養補助食品、栄養ドリンク、および例えば、経管栄養投与用の経腸栄養調製物も含まれる。
【0036】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意の態様の製剤は、唯一のオリゴ糖含有量として２’－フコシルラクトース化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意の態様の製剤は、プレバイオティクス効果を提供する唯一のオリゴ糖含有量として２’－フコシルラクトース化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を含み得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意の態様の製剤は、腸内の短鎖脂肪酸産生微生物を増加させ、かつ／または微生物による短鎖脂肪酸（例えば、酪酸）の産生を増加させる唯一のオリゴ糖含有量として２’－フコシルラクトース化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を含み得る。
【0037】
代替の実施形態では、本明細書に記載の任意の態様の製剤は、少なくとも１つ以上の追加（例えば、１、２、３つ以上）のオリゴ糖をさらに含んでもよい。そのようなオリゴ糖の例には、例えば、以下の表１～４に示すような他の非２’－ＦＬ乳糖、フルクトオリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクト－オリゴ糖（ＧＯＳ）、およびそれらの任意の組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
【表1】
【表2】
【表3】
【表4】
【0038】
本明細書に記載の任意の態様の製剤は、単位用量または複数用量の容器、例えば、密封アンプルまたはバイアルで提供され得、使用直前に滅菌液体担体の添加のみを必要とする凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ－ｄｒｉｅｄ）（凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｚｅｄ））状態で保存され得る。
【0039】
ＩＩ．対象
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のいずれかによって治療される対象は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有するか、有する疑いがあるか、または発症するリスクがある哺乳動物、例えばヒトであり得る。ＩＢＤは、消化管の慢性炎症を伴う障害である。ＩＢＤの例には、クローン病（ＣＤ）および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法のいずれかによって治療される対象は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有するか、有する疑いがあるか、または発症するリスクがある哺乳動物、例えばヒトであり得る。ＩＢＤは、消化管の慢性炎症を伴う障害である。ＩＢＤの例には、クローン病（ＣＤ）および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）が含まれるが、これらに限定されない。
【0040】
ＩＢＤの症状は、炎症の重症度および発生場所によって異なる場合がある。症状は軽度から重度まで様々であり得る。場合によっては、ＩＢＤ患者は、活動的な病気期間に続いて寛解期間を経験する場合がある。クローン病および潰瘍性大腸炎の両方に共通する徴候および症状としては、下痢、発熱および疲労、腹痛およびけいれん、便中の血液、食欲減退、意図しない体重減少、ならびにそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。ＩＢＤの診断は当技術分野で既知であり、例えば、血液検査、様々な内視鏡手順、および／または撮像手順を介して、熟練した専門家によって決定され得る。
【0041】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、抗炎症および／または免疫系抑制療法を受けたか、または受けているＩＢＤ対象（例えば、ヒトＩＢＤ患者）であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、抗炎症および／または免疫系抑制療法を受けている。そのような例示的な療法には、抗ＴＮＦ療法が含まれるが、これに限定されない。抗ＴＮＦ療法の非限定的な例には、インフリキシマブ、アダリムマブ、ゴリムマブ、ナタリズマブ、ベドリズマブ、およびウステキヌマブが含まれる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、インフリキシマブおよび／またはアダリムマブを含む抗ＴＮＦ療法を受けている。
【0042】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、ＩＢＤの寛解期にあるＩＢＤ対象（例えば、ヒトＩＢＤ患者）であり得る。本明細書で使用される、「寛解」という用語は、ＩＢＤに関連する少なくとも１つ以上の症状、例えば、本明細書に記載される症状の消失または緩和を指す。寛解は、完全寛解（例えば、ＩＢＤに関連する全ての兆候または症状の消失）または部分寛解（例えば、ＩＢＤに関連する少なくとも１つの徴候または症状の消失または緩和）であり得る。
【0043】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、クローン病（ＣＤ）の寛解期にあるＩＢＤ対象（例えば、ヒトＩＢＤ患者）であり得る。例えば、クローン病活動指数（ＣＤＡＩ）スコアが１５０未満の場合、対象はＣＤの寛解期にあると決定される（例えば、Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌｓ；Ｂｅｓｔ ｅｔ ａｌ．“Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ａ Ｃｒｏｈｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎｄｅｘ”Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ（１９７６）７０：４３９－４４４およびＢｅｓｔ“Ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ Ｃｒｏｈｎ’ｓ ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎｄｅｘ ｆｒｏｍ ｔｈｅ Ｈａｒｖｅｙ－Ｂｒａｄｓｈａｗ Ｉｎｄｅｘ”Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ．（２００６）１２：３０４－３１０を参照されたい）。いくつかの実施形態では、１０未満の加重小児クローン病活動指数（ｗＰＣＤＡＩ）スコアを有する場合、対象はＣＤの寛解期にあると決定される（例えば、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．“Ｗｈｉｃｈ ＰＣＤＡＩ Ｖｅｒｓｉｏｎ Ｂｅｓｔ Ｒｅｆｌｅｃｔｓ Ｉｎｔｅｓｔｉｎａｌ Ｉｎｆｌａｍｍａｔｉｏｎ ｉｎ Ｐｅｄｉａｔｒｉｃ Ｃｒｏｈｎ Ｄｉｓｅａｓｅ？”Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ（２０１７）６４：２５４－２６０を参照されたい）。
【0044】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の寛解期にあるＩＢＤ対象（例えば、ヒトＩＢＤ患者）であり得る。例えば、対象は、Ｔｒａｖｉｓ ｅｔ ａｌ．“Ｒｅｖｉｅｗ ａｒｔｉｃｌｅ：ｄｅｆｉｎｉｎｇ ｒｅｍｉｓｓｉｏｎ ｉｎ ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ”Ａｌｉｍｅｎｔ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｔｈｅｒ．（２０１１）３４：１１３－１２４に提供される疾患活動指数のいずれか１つに従って、ＵＣの寛解期にあると決定される。いくつかの実施形態では、修正潰瘍性大腸炎疾患活動指数（ＵＣＤＡＩ）スコアが１以下、ＵＣＤＡＩスコアが２以下、臨床活動指数スコアが４以下、またはメイヨー臨床スコアが２以下（サブスコアが１を超えない）である場合、対象はＵＣの寛解期にあると決定される。いくつかの実施形態では、対象が、例えば、粘膜治癒の内視鏡的外観によって確認される直腸出血、緊急性、および排便頻度増加の完全な休止を有する場合、対象はＵＣの寛解期にあると決定される。例えば、Ｗａｌｓｈ ａｎｄ Ｔｒａｖｉｓ“Ａｓｓｅｓｓｉｎｇ Ｄｉｓｅａｓｅ Ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ Ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｉｔｈ Ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ Ｃｏｌｉｔｉｓ”Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ（ＮＹ）（２０１２）８：７５１－７５４を参照されたい。いくつかの実施形態では、小児潰瘍性大腸炎活動指数（ＰＵＣＡＩ）スコアが１０未満である場合、対象はＵＣの寛解期にあると決定される（例えば、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．“Ａｐｐｒａｉｓａｌ ｏｆ ｔｈｅ ｐｅｄｉａｔｒｉｃ ｕｌｃｅｒａｔｉｖｅ ｃｏｌｉｔｉｓ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎｄｅｘ（ＰＵＣＡＩ）”ｌｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｒ Ｄｉｓ（２００９）；１５：１２１８－２３を参照されたい）。
【0045】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、７ｇ／１０００ｋｃａｌ未満の１日繊維摂取量を有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、７ｇ／１０００ｋｃａｌ以上の１日繊維摂取量を有する。繊維摂取量を評価するために、例えば、Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｓｙｓｔｅｍｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＮＤＳＲ）（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）ソフトウェアおよび食品データベースを使用して、１日繊維摂取量を決定することができる。例えば、Ｓｉｅｖｅｒｔ ｅｔ ａｌ．“Ｍａｉｎｔｅｎａｎｃｅ ｏｆ ａ ｎｕｔｒｉｅｎｔ ｄａｔａｂａｓｅ ｆｏｒ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｔｒｉａｌｓ．”Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｃｌｉｎ Ｔｒｉａｌｓ（１９８９）１０：４１６－２５を参照されたい。
【0046】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、ＩＢＤの治療に適応されたコルチコステロイドまたは抗生物質を受けていない。
【0047】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、ＦＵＴ２分泌型であり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、ＦＵＴ２非分泌型であり得る。ＦＵＴ２は、２’－ＦＬの産生に関与するフコシルトランスフェラーゼ２遺伝子に対応する。ＦＵＴ２遺伝子に不活性化多型を有する個人は、ＦＵＴ２非分泌型である。ＦＵＴ２の非分泌型は、フコースを含有する生来の腸内炭水化物を欠いており、これは、微生物の調節不全および慢性炎症に対する感受性を高める。
【0048】
本明細書に記載の方法によって治療される対象は、あらゆる年齢のものであり得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、子供、例えば１８歳以下、例えば６か月～１８歳までを含む対象であり得る。いくつかの実施形態では、対象は、１１歳以上、例えば１１～１８歳までを含む子供であり得る。いくつかの実施形態では、対象は５～１０歳の子供であり得る。いくつかの実施形態では、対象は５歳未満、例えば、６か月～４歳までを含む子供であり得る。
【0049】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、１９～８０歳までを含むなどの１８歳を超える成人であり得る。いくつかの実施形態では、成人対象は１９～２５歳である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される成人対象は、２５歳を超えて（例えば、２５～８０歳までを含む）いてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される成人対象は、６６～８０歳などの６５歳を超える高齢者であり得る。
【0050】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法によって治療される対象は、１１～２５歳であり得る。
【0051】
本明細書に記載の治療を必要とする対象は、定期的な健康診断により特定することができる。
【0052】
ＩＩＩ．炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の治療
ＩＢＤ、例えばクローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するために、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）および／またはそれを含む組成物のいずれか、例えば、本明細書に記載のものを、それを必要とする対象、例えば本明細書に記載のものに投与することができる。例えば、いくつかの実施形態では、対象は、ＩＢＤ、例えば、ＣＤまたはＵＣを発症するリスクがあるヒト患者である。いくつかの実施形態では、対象は、ＩＢＤ、例えば、ＣＤまたはＵＣを有するヒト患者である。いくつかの実施形態では、対象は、免疫系抑制および／または抗炎症療法（例えば、抗ＴＮＦ療法）を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者である。いくつかの実施形態では、対象は、ＩＢＤの寛解期にあり、免疫系抑制および／または抗炎症療法（例えば、抗ＴＮＦ療法）を受けているヒトＩＢＤ患者である。
ＩＢＤ、例えばクローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ）を治療するために、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）および／またはそれを含む組成物のいずれか、例えば、本明細書に記載のものを、それを必要とする対象、例えば本明細書に記載のものに投与することができる。例えば、いくつかの実施形態では、対象は、ＩＢＤ、例えば、ＣＤまたはＵＣを発症するリスクがあるヒト患者である。いくつかの実施形態では、対象は、ＩＢＤ、例えば、ＣＤまたはＵＣを有するヒト患者である。いくつかの実施形態では、対象は、免疫系抑制および／または抗炎症療法（例えば、抗ＴＮＦ療法）を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者である。いくつかの実施形態では、対象は、ＩＢＤの寛解期にあり、免疫系抑制および／または抗炎症療法（例えば、抗ＴＮＦ療法）を受けているヒトＩＢＤ患者である。
【0053】
２’－ＦＬ化合物および／またはそれを含む組成物のいずれか、例えば、本明細書に記載のものを、ＩＢＤ治療を必要とする任意の年齢の対象に投与することができる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物および／または組成物を投与される対象は、子供、例えば６か月～１８歳までを含む１８歳までの対象であり得る。いくつかの実施形態では、対象は、１１歳以上、例えば１１～１８歳までを含む子供であり得る。いくつかの実施形態では、対象は５～１０歳の子供であり得る。いくつかの実施形態では、対象は５歳未満、例えば、６か月～４歳までを含む子供であり得る。
【0054】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物および／または組成物を投与される対象は、１９～８０歳までを含むなどの１８歳を超える成人であり得る。いくつかの実施形態では、成人対象は１９～２５歳である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物および／または組成物を投与される成人対象は、２５歳を超えて（例えば、２５～８０歳までを含む）いてもよい。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物および／または組成物を投与される成人対象は、６６～８０歳までなどの６５歳を超える高齢者であり得る。
【0055】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の２’－ＦＬ化合物および／または組成物を投与される対象は、１１～２５歳であり得る。
【0056】
本明細書で使用する「治療する」または「治療」という用語は、疾患、疾患の症状、または疾患に対する素因を治す、治癒する、軽減する、緩和する、変化させる、回復させる、寛解させる、改善する、またはそれに影響を及ぼす目的で、ＩＢＤを有するか、ＩＢＤの症状を有するか、またはＩＢＤに対して素因のある対象に、単剤療法または併用治療として（例えば、免疫系抑制および／または抗炎症療法の補助剤として）、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）を適用または投与することを指す。「治療する」または「治療」という用語は、寛解を維持し、したがって再発の発生を軽減する、低減する、予防する、または遅延させる目的で、ＩＢＤの寛解期にある対象に、単剤療法または併用治療として（例えば、免疫系抑制および／または抗炎症療法の補助剤として）、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）を適用または投与することも含む。
【0057】
いくつかの実施形態では、治療は予防的である。「予防的」という用語は、ＩＢＤのリスクがある対象に、ＩＢＤの発生を予防するか、またはその発症を遅延させる、単剤療法または併用治療として（例えば、免疫系抑制および／または抗炎症療法の補助剤として）、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）を適用または投与することを指す。
【0058】
いくつかの実施形態では、治療は治療的である。「治療的」という用語は、ＩＢＤまたはＩＢＤの症状を有する対象に、ＩＢＤに関連する少なくとも１つ以上の症状を改善する、例えば、下痢を低減させる、便中の血液を低減する、および／または症状の再発頻度を低減させる、単剤療法または併用治療として（例えば、免疫系抑制および／または抗炎症療法の補助剤として）、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）を適用または投与することを指す。
【0059】
例えば、治療は、単剤療法または併用治療として（例えば、免疫系抑制および／または抗炎症療法の補助剤として）、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）の適用または投与がＩＢＤ症状の再発のリスクを軽減または低減する場合、治療的である。本明細書で使用される「再発」という用語は、ＩＢＤに関連する少なくとも１つ以上の症状の発生または悪化を指す。
【0060】
いくつかの実施形態では、治療は、単剤療法または併用治療として（例えば、免疫系抑制および／または抗炎症療法の補助剤として）、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）の適用または投与がクローン病（ＣＤ）の症状再発のリスクを軽減または低減する場合、治療的である。例えば、クローン病活動指数（ＣＤＡＩ）スコアが１５０以上に増加すると、ヒト患者はＣＤが再発していると決定される。いくつかの実施形態では、ヒト患者は、例えば、治療の開始から４週間後の間に、ｗＰＣＤＡＩに２０ポイント以上の増加がある場合、ＣＤが再発していると決定される。
【0061】
いくつかの実施形態では、治療は、単剤療法または併用治療として（例えば、免疫系抑制および／または抗炎症療法の補助剤として）、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）の適用または投与が潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の症状再発のリスクを軽減または低減する場合、治療的である。例えば、ヒト患者は、修正潰瘍性大腸炎疾患活動性指数（ＵＣＤＡＩ）スコアが１を超えるか、ＵＣＤＡＩスコアが２を超えるか、臨床活動指数スコアが４を超えるか、またはメイヨー臨床スコアが２を超える（サブスコアが１を超える）場合、ＵＣが再発していると決定される。いくつかの実施形態では、ヒト患者は、例えば、粘膜の内視鏡検査によって確認される、直腸出血、緊急性、および排便頻度増加を経験する場合、ＵＣが再発していると決定される。いくつかの実施形態では、ヒト患者は、例えば、治療の開始から４週間後の間に、ＰＵＣＡＩに１５ポイント以上の増加がある場合、ＵＣが再発していると決定される。
【0062】
本明細書に記載の治療方法を実施するために、有効量の２’－ＦＬ化合物およびそれを含む組成物が、治療を必要とする対象に投与され得る。
【0063】
「有効量」とは、単独で、または追加用量と一緒に、所望の応答、例えば、症状の排除または軽減、ＩＢＤの症状再発のリスクの予防または低減、下痢の低減、便中の血液の低減、体重増加、腹痛またはけいれんの低減、短鎖脂肪酸（例えば、酪酸）を産生する腸内微生物の存在量の増加、および／または腸の炎症の減少をもたらす２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）の量を指す。望ましい応答は、疾患の症状の進行または再発を阻害することである。これは、疾患の進行を一時的に遅らせることしか伴わない場合があるが、疾患の進行を永久に止めることを伴う場合もある。場合によっては、これには、疾患の再発を一時的に遅らせることしか伴わない場合があるが、疾患の再発を永久に予防することを伴う場合もある。これは日常的な方法で監視することができる。疾患の治療に対する所望の応答は、疾患の発症を遅延させること、またはさらには疾患の発症を予防することでもあり得る。
【0064】
そのような量は、治療される特定の状態、状態の重症度、年齢、身体状態、サイズ、性別、および体重を含む個々の患者パラメータ、治療期間、併用療法の性質（ある場合）、特定の投与経路、ならびに医療従事者の知識および専門知識内の同様の因子に依存する。これらの因子は、当業者に周知であり、日常的な実験のみで対処することができる。一般に、個々の成分またはその組み合わせの最大用量、つまり、健全な医学的判断による最高の安全用量が使用されることが好ましい。しかしながら、医学的理由、心理的理由、または任意の他の事実上の理由で、患者が低用量または耐容量を主張する場合があることは、当業者によって理解されるであろう。
【0065】
例えば、有効量の２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または本明細書に記載の複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）は、それを必要とする対象に投与した場合、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を投与しない短鎖脂肪酸産生腸内微生物の存在量と比較して、例えば、短鎖脂肪酸を産生する腸内微生物の存在量を、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％以上を含む、少なくとも約１０％以上増加させることによりもたらす。短鎖脂肪酸（例えば、酪酸）を産生する腸内微生物の例には、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、および／またはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、有効量の２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）は、それを必要とする対象に投与した場合、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を投与しない腸内Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量と比較して、腸内Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａの存在量を、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％以上を含む、少なくとも約１０％以上増加させる。そのような治療的特徴は、糞便微生物（例えば、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、および／またはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）の存在量を測定することにより決定され得る。
【0066】
いくつかの実施形態では、有効量の２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）は、それを必要とする対象に投与した場合、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を投与しない微生物酪酸産生と比較して、微生物酪酸産生を、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％以上を含む、少なくとも約１０％以上増加させることによりもたらす。そのような治療的特徴は、例えば酪酸を含む糞便の短鎖脂肪酸の存在量を測定することにより決定され得る。
【0067】
いくつかの実施形態では、有効量の２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）は、それを必要とする対象に投与した場合、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を投与しない腸の炎症と比較して、腸の炎症を、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％以上を含む、少なくとも約１０％以上減少させることによりもたらす。そのような治療的特徴は、例えば、腸の炎症のバイオマーカーである糞便カルプロテクチンの存在量を測定することにより決定され得る。
【0068】
いくつかの実施形態では、有効量の２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）は、それを必要とする対象に投与した場合、２’－ＦＬ化合物（本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれか）を投与しない腸の炎症と比較して、腸の炎症を、例えば、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％、少なくとも約５０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約９０％以上を含む、少なくとも約１０％以上減少させることによりもたらす。そのような治療的特徴は、例えば、腸の炎症のバイオマーカーである糞便カルプロテクチンの存在量を測定することにより決定され得る。あるいは、そのような治療的特徴は、例えば、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅを含むがこれに限定されない炎症促進性微生物の存在量を測定することにより決定することができる。
【0069】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法で使用するための２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）の有効量は、少なくとも０．５ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも２ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも３ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも４ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも５ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも６ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも７ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも８ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも９ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１０ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１１ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１２ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１３ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１４ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１５ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１６ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１７ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、少なくとも１８ｍｇ／日の２’－フコシルラクト、少なくとも１９ｍｇ／日の２’－フコシルラクトース、または少なくとも２０ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当し得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法で使用するための２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）の有効量は、２０ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、１５ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、１０ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、９ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、８ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、７ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、６ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、５ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、４ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、３ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトース、または２ｍｇ／日以下の２’－フコシルラクトースに相当し得る。上記の範囲の組み合わせも含まれる。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法で使用するための２’－ＦＬ化合物（例えば、明細書に記載のもの）の有効量は、０．５ｍｇ／日～２０ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、１ｍｇ／日～２０ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、１ｍｇ／日～１５ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、１ｍｇ／日～１０ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、１ｍｇ／日～８ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、または１ｍｇ／日～５ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当し得る。
【0070】
治療を必要とする対象が１１～２５歳であるいくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法で使用するための２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）の有効量は、１ｍｇ／日～２０ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、１ｍｇ／日～１５ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、１ｍｇ／日～１０ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、１ｍｇ／日～８ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当、または１ｍｇ／日～５ｍｇ／日の２’－フコシルラクトースに相当し得る。
【0071】
いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物の１日有効量（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）は、単回日用量で投与されるか、１日を通して所与の時間間隔で投与するための複数回用量（例えば、２～４回の用量）に分割することができる。いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物の１日有効量（例えば、本明細書に記載のもの）を、朝に単回日用量として、例えば、単独で、または食品または飲料と組み合わせて投与することができる。１日を通して任意の他の時点での２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）の投与も適切である。
【0072】
２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）は、ＩＢＤの治療のための単一オリゴ糖として、または少なくとも１つの追加のオリゴ糖（例えば、本明細書に記載のもの）と組み合わせて、それを必要とする対象に投与することができる。いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）は、単一オリゴ糖としてそれを必要とする対象に投与される、すなわち、対象は、唯一のオリゴ糖として２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）を与えられ、これは、他のオリゴ糖（例えば、本明細書に記載のもの）と同時に使用されない。他の実施形態では、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載されるもの）は、少なくとも１つの異なるオリゴ糖と共投与される。「共投与」または「と組み合わせて」とは、同時に、連続して、断続的に、または他のレジメンでなど、治療の過程中に異なるオリゴ糖を含む２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）を対象に提供することを意味する。
【0073】
２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または本明細書に記載の複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）は、免疫系抑制剤および／または抗炎症剤、例えば、ヒトＩＢＤ患者によって摂取されるものの補助剤として投与することができる。例示的な免疫系抑制剤および／または抗炎症剤には、抗ＴＮＦ剤が含まれるが、これに限定されない。抗ＴＮＦ剤の非限定的な例には、インフリキシマブ、アダリムマブ、ゴリムマブ、ナタリズマブ、ベドリズマブ、およびウステキヌマブが含まれる。いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）は、インフリキシマブおよび／またはアダリムマブを含む抗ＴＮＦ剤の補助剤として投与される。
【0074】
本明細書で使用される、「補助剤」という用語は、第１の薬剤が第２の薬剤の補助食品として提供されることを指す。第１の薬剤は、第２の薬剤の投与前、投与と同時に、または投与後に投与することができる。いくつかの実施形態では、免疫系抑制剤および／または抗炎症剤（例えば、抗ＴＮＦ剤）のアジュバントとしての２’－ＦＬ化合物の投与は、例えば、ＩＢＤの再発リスクを軽減または低減することを含む、ＩＢＤの治療に相乗効果をもたらすことができる。いくつかの実施形態では、免疫系抑制剤および／または抗炎症剤（例えば、抗ＴＮＦ剤）のアジュバントとしての２’－ＦＬ化合物の投与は、例えば、ＩＢＤの再発リスクを軽減または低減することを含む、ＩＢＤの治療に追加の効果をもたらすことができる。例えば、治療効果は、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）と免疫系抑制剤および／または抗炎症剤（例えば、抗－ＴＮＦ剤）との組み合わせにより達成される寛解の平均継続時間が、同じ用量の２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）ならびに免疫系抑制剤および／または抗炎症剤（例えば、抗－ＴＮＦ剤）を用いた個々の治療の結果として起こる追加の効果よりも大幅に大きい場合、相乗的である。いくつかの実施形態では、相乗的治療効果は、平均寛解期間を少なくとも２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％以上増加させる。
【0075】
２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）を第２の薬剤（例えば、本明細書に記載の他のオリゴ糖または免疫系抑制剤および／もしくは抗炎症剤（例えば、抗ＴＮＦ剤））と同時に使用する場合、それは、本明細書に記載の任意の適切な形態（例えば、経口投与用の粉末剤または錠剤）であり得る単一の組成物に第２の薬剤と一緒に製剤化され得る。あるいは、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）および第２の薬剤（例えば、本明細書に記載の他のオリゴ糖または免疫系抑制剤および／もしくは抗炎症剤（例えば、抗ＴＮＦ剤））は、個別に製剤化され得る。
【0076】
本明細書に記載のＩＢＤ治療の施行は、当技術分野で既知の任意の方法によって達成することができる（例えば、Ｈａｒｒｉｓｏｎ’ｓ Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅ ｏｆ Ｉｎｔｅｒｎａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ＭｃＧｒａｗ Ｈｉｌｌ Ｉｎｃ．，１８ｔｈ ｅｄ．，２０１１を参照されたい）。併用治療の場合、各薬剤は同じ経路または異なる経路で投与され得る。投与は局所的または全身であり得る。投与は、例えば、非経口（例えば、静脈内、腹腔内、皮下、動脈内、または皮内）または経口であり得る。異なる投与経路用の組成物は、当技術分野で周知である（例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｐｒｅｓｓ，２２ｎｄ ｅｄ．，２０１２を参照されたい）。組成物は、遅延放出、延長放出、持続放出、徐放性、パルス放出、制御放出、加速放出、および高速放出、標的放出、プログラム放出、ならびに胃貯留剤形を含む放出調節剤形として製剤化することもできる。これらの剤形は、当業者に既知の従来の方法および技術に従って調製することができる。投与量は、治療中の特定の状態、状態の重症度、年齢、身体状態、サイズ、性別、および体重を含む個々の患者パラメータ、治療期間、併用療法の性質（ある場合）、特定の投与経路、ならびに医療従事者の知識および専門知識内の同様の因子に依存する。用量は、当業者によって決定され得る。
【0077】
いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）および第２の薬剤（例えば、本明細書に記載の他のオリゴ糖（複数可）または免疫系抑制剤および／もしくは抗炎症剤（例えば、抗ＴＮＦ剤））は、経口投与され得る。経口投与には、口腔、舌、および舌下投与も含まれる。いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）を含む組成物は、経口投与用の固体、半固体、または液体組成物（例えば、医薬組成物または栄養補助食品）で提供され得る。適切な経口剤形には、錠剤、カプセル、丸薬、トローチ、ロゼンジ、芳香錠、カシェ、ペレット、薬用チューイングガム、顆粒、バルク粉末剤、発泡性もしくは非発泡性の粉末剤または顆粒、溶液、エマルジョン、懸濁液、溶液、ウエハ、スプリンクル、エリキシル剤、およびシロップが含まれるが、これらに限定されない。活性成分（複数可）に加えて、組成物は、結合剤、充填剤、希釈剤、崩壊剤、湿潤剤、潤滑剤、流動促進剤、着色剤、色素移動阻害剤、甘味料、および香味剤を含むがこれらに限定されない、１つ以上の薬学的に許容される、または食用の担体もしくは賦形剤を含有することができる。
【0078】
いくつかの実施形態では、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）は、注射（例えば、静脈内または腹腔内などの非経口）により投与することができる。非経口投与用の調製物には、滅菌水溶液または非水溶液、懸濁液、およびエマルジョンが含まれる。非水性溶媒またはビヒクルの例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油およびトウモロコシ油などの植物油、ゼラチン、ならびにオレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステルである。そのような剤形は、保存剤、湿潤剤、乳化剤、および分散剤のうちの１つ以上も含有し得る。剤形は、例えば、組成物の濾過、組成物の照射、または組成物の加熱により滅菌され得る。それらは、使用前に滅菌水または他の滅菌注射用媒体を使用して製造することもできる。
【0079】
いくつかの実施形態では、本方法は、本明細書に記載のＩＢＤ治療以外の、またはそれに加えて措置をとることをさらに含む。いくつかの実施形態では、本方法は、ＩＢＤのリスクがある対象のＩＢＤ症状の発症を監視すること、または治療の有効性を監視することをさらに含む。監視は、例えば、腸の炎症および／または腸の微生物叢を評価するための身体検査、内視鏡検査、および／または便試料検査を含み得る。対象が２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質のいずれかの本明細書に記載のもの）の投与用量に応答しない場合、医師は、例えば、対象の医学的および／または身体的状態に基づいて２’－ＦＬの用量を増加させることができるが、但し、用量を増加しても、腹部膨満、腹痛、悪心、軟便、および／またはガス感などの顕著な胃腸症状を引き起こさないことを条件とする。
【0080】
ＩＶ．ＩＢＤ治療で使用するためのキット
本開示の別の態様は、本明細書に記載のＩＢＤ治療で使用するためのキットに関する。したがって、いくつかの実施形態では、そのようなキットは、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）、またはそれを含む医薬組成物、またはそれを含む栄養補助食品を含み得る。
本開示の別の態様は、本明細書に記載のＩＢＤ治療で使用するためのキットに関する。したがって、いくつかの実施形態では、そのようなキットは、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）、またはそれを含む医薬組成物、またはそれを含む栄養補助食品を含み得る。
【0081】
いくつかの実施形態では、キットは、本明細書に記載の方法のいずれかに従って使用するための指示書を含み得る。指示書は、ＩＢＤ治療のための、２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載の遊離オリゴ糖として、または複合糖質形態のいずれかの本明細書に記載のもの）、またはそれを含む医薬組成物もしくは栄養補助食品組成物の投与の説明を含み得る。２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）、またはそれを含む医薬組成物または栄養補助食品組成物に関する指示書には、一般に、意図する治療の投与量、投与スケジュール、および投与経路に関する情報が含まれる。そのような指示書には、推奨される体重ベースの投与量および／または年齢ベースの投与量も含まれる場合がある。
【0082】
本書に記載のキットで提供される指示書は、典型的には、ラベルまたは添付文書に書かれた指示書（例えば、キットに含まれる紙）であるが、機械可読指示書（例えば、磁気または光学ストレージディスクに記載される指示書）も容認される。ラベルまたは添付文書は、組成物が対象のＩＢＤ治療に使用されることを示す。いくつかの実施形態では、ラベルまたは添付文書は、例えば、本明細書に記載されるように、組成物が特定の対象群での使用に適していることを示し得る。例えば、ラベルまたは添付文書は、組成物が免疫系抑制および／または抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者（例えば、ヒトＣＤまたはＵＣ患者）での使用に適していることを示し得る。いくつかの実施形態では、ラベルまたは添付文書は、組成物が安定した維持抗ＴＮＦ療法を受けているヒトＩＢＤ患者（例えば、ヒトＣＤまたはＵＣ患者）での使用に適していることを示し得る。本明細書に記載の方法のいずれかを実施するための指示書が提供され得る。
【0083】
キットの２’－ＦＬ化合物（例えば、本明細書に記載のもの）、またはそれを含む医薬組成物もしくは栄養補助食品組成物は、適切に包装され得る。適切な包装には、バイアル、ボトル、瓶、軟包装（例えば、密封されたマイラー袋もしくはビニール袋、またはポリエチレンライナー付きの紙袋）などが含まれるが、これらに限定されない。包装は、単位用量、バルク包装（例えば、複数用量包装）またはサブ単位用量であり得る。
【0084】
キットは、任意選択で、緩衝液および解釈情報などの追加の構成要素を提供する場合がある。通常、キットは、容器、および容器上もしくは容器に関連付けられたラベルまたは添付文書を含む。
【0085】
さらに詳述することなく、当業者は、上記の説明に基づいて、本開示を最大限に利用することができると考えられる。したがって、以下の特定の実施形態は、単なる例示として解釈されるべきであり、いかなる形であれ本開示の残りの部分を限定するものではない。本明細書で引用される全ての出版物は、本明細書で参照される目的または主題のために参照により組み込まれる。
【0086】
一般的な技法
本発明の実施は、特に明記しない限り、分子生物学（組換え技法を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の従来技術を用い、これらは当技術分野の技術範囲内である。そのような技法は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３－８）Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）；、Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）、Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８－１９８９）、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）、Ｕｓｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）、Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄＪ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）などの文献に完全に説明されている。
本発明の実施は、特に明記しない限り、分子生物学（組換え技法を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、および免疫学の従来技術を用い、これらは当技術分野の技術範囲内である。そのような技法は、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，ｓｅｃｏｎｄ ｅｄｉｔｉｏｎ（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，１９８９）Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ，ｅｄ．，１９８４）、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ；Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｎｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ，ｅｄ．，１９９８）Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，１９８７）、Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ ａｎｄ Ｐ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ，１９９８）Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ、Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｔｉｓｓｕｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ，Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ，ａｎｄ Ｄ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，１９９３－８）Ｊ．Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．）、Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ ａｎｄ Ｃ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．）；、Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ Ｖｅｃｔｏｒｓ ｆｏｒ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｃｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ ａｎｄ Ｍ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ，ｅｄｓ．，１９８７）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９８７）；ＰＣＲ：Ｔｈｅ Ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ Ｃｈａｉｎ Ｒｅａｃｔｉｏｎ，（Ｍｕｌｌｉｓ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９４）、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，１９９１）、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，１９９９）、Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ ａｎｄ Ｐ．Ｔｒａｖｅｒｓ，１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ，１９９７）、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．，ｅｄ．，ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８８－１９８９）、Ｍｏｎｏｃｌｏｎａｌ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ ａｎｄ Ｃ．Ｄｅａｎ，ｅｄｓ．，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，２０００）、Ｕｓｉｎｇ ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ａ ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｍａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄ．Ｌａｎｅ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９９）、Ｔｈｅ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ ａｎｄＪ．Ｄ．Ｃａｐｒａ，ｅｄｓ．，Ｈａｒｗｏｏｄ Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｕｂｌｉｓｈｅｒｓ，１９９５）などの文献に完全に説明されている。
【0087】
さらに詳述することなく、当業者は、上記の説明に基づいて、本開示を最大限に利用することができると考えられる。したがって、以下の特定の実施形態は、単なる例示として解釈されるべきであり、いかなる形であれ本開示の残りの部分を限定するものではない。本明細書で引用される全ての出版物は、本明細書で参照される目的または主題のために参照により組み込まれる。
【実施例0088】
実施例１：炎症性腸疾患における２’－フコシルラクトースの投与および有効性
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）は、人生の２０～３０代で発生率がピークとなる慢性および衰弱性障害である（Ｋａｐｌａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５２：３１３－３２１ｅ２，２０１７）。寛解を達成するための薬剤の最適化においてかなりの進歩があったが、再発は一般的で予測不可能である（Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，２２：２６４１－２６４７，２０１６；Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６２：７１５－２２，２０１６）。微生物叢の変化は、腸の炎症および臨床的再発を駆動する可能性が高い（Ｄｅ Ｃｒｕｚ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ，３０：２６８－７８，２０１５；Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、Ｒａｊｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，２０：９７８－８６，２０１４、Ｖａｒｅｌａ ｅｔ ａｌ．，Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，３８：１５１－６１，２０１３、Ｗｉｌｌｓ ｅｔ ａｌ．，．ＰｌｏＳ Ｏｎｅ，９：ｅ９０９８１，２０１４）。インフリキシマブ（モノクローナル抗ＴＮＦ抗体）による粘膜炎症の抑制は、この腸内毒素症を部分的にしか修正しない（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５）。
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）は、人生の２０～３０代で発生率がピークとなる慢性および衰弱性障害である（Ｋａｐｌａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５２：３１３－３２１ｅ２，２０１７）。寛解を達成するための薬剤の最適化においてかなりの進歩があったが、再発は一般的で予測不可能である（Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，２２：２６４１－２６４７，２０１６；Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６２：７１５－２２，２０１６）。微生物叢の変化は、腸の炎症および臨床的再発を駆動する可能性が高い（Ｄｅ Ｃｒｕｚ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ，３０：２６８－７８，２０１５；Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、Ｒａｊｃａ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，２０：９７８－８６，２０１４、Ｖａｒｅｌａ ｅｔ ａｌ．，Ａｌｉｍｅｎｔ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｔｈｅｒ，３８：１５１－６１，２０１３、Ｗｉｌｌｓ ｅｔ ａｌ．，．ＰｌｏＳ Ｏｎｅ，９：ｅ９０９８１，２０１４）。インフリキシマブ（モノクローナル抗ＴＮＦ抗体）による粘膜炎症の抑制は、この腸内毒素症を部分的にしか修正しない（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５）。
【0089】
ＩＢＤ分野の進展に対する重大な障壁は、臨床的再発を予防するために微生物叢を直接調節するエビデンスに基づくアプローチの欠如であった（Ｋａｐｌａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５２：３１３－３２１ｅ２，２０１７、Ｓａｒｔｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５２：３２７－３３９ｅ４，２０１７）。多種多様なプレバイオティクスが市販されているが、適切な臨床的および微生物的エンドポイントを用いた制御された用量設定研究がないため、それらの使用に関する情報に基づいた意思決定を行うことができない（Ｇｈｏｕｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｅｘｐ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ，７：４７３－８７，２０１４）。
【0090】
ＴＮＦ－アルファ阻害剤は効果的であるが、この療法は潜在的な毒性が高く、ＩＢＤの特徴である腸内毒素症（微生物の調節不全）に直接対処しない（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．、Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ、１８：４８９－５００、２０１５）。本明細書に提示されるのは、ＩＢＤ患者の寛解を維持するためのプレバイオティクスヒト乳オリゴ糖、２’－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）の使用に関する。パイロット用量設定試験を使用して、ＩＢＤ患者における２’－ＦＬの補充が、安全かつ忍容性が高く、同時に短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生微生物叢の存在量を増やし、腸の炎症を減らすかどうかを評価する。この研究では、最先端のゲノムアプローチを利用して応答を評価する。この研究は、重要な安全性および有効性のデータを提供する。この研究は、増加する世界的なＩＢＤ患者の人口の臨床的寛解を維持するための、個別化微生物治療介入への臨床診療における根本的なシフトを支持する。
【0091】
多施設ＲＩＳＫ小児ＣＤおよびＰＲＯＴＥＣＴ小児ＵＣ開始コホート研究は、臨床結果に関連するゲノムおよび微生物因子を試験するために行われた（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。早期抗ＴＮＦ療法により、ＲＩＳＫ ＣＤコホートの内部浸透性合併症への進行が低減されたが、狭窄合併症は低減されなかったことがわかった（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７）。ミトコンドリア機能を調節する回腸遺伝子の低発現と細胞外マトリックス（ＥＣＭ）産生を駆動する回腸遺伝子の高発現との間の不均衡は、狭窄に進行した患者において見られた（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７）。明確な微生物分類群は、同様にして合併症に関連した（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７）。ＰＲＯＴＥＣＴ ＵＣコホート内で、疾患の重症度に関連する分類群は主にＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅおよびＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ科からのものであり、２つの一般的な共生生物：Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（既知の短鎖脂肪酸（ＳＣＦＡ）産生株）およびＤｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ（クロストリジウムクラスターＸＩＶのメンバー）を含む（図１およびデータ示さず）。遺伝子発現の直腸全体のパターンには、リンパ球の活性化および関連する細胞外マトリックス（ＥＣＭ）応答の誘導が含まれるが、ミトコンドリア機能を調節する遺伝子プログラムは大幅に抑制された（図１）。コルチコステロイド（ＣＳ）の寛解率は、ミトコンドリア経路の調節不全の程度と逆相関しており、調節不全の最高四分位の３２％から最低四分位の７１％（ｐ＝０．０００４）であった。２’－ＦＬの補充は、ＳＣＦＡ産生Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの特定の増加を含む微生物アルファ多様性を増強した（Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。２’－ＦＬによって誘導される主な小腸遺伝子シグネチャーは、ミトコンドリア機能の増強のためのものであった（図１）（Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。この研究では、ＩＢＤ患者における２’－ＦＬの補充が、新規治療標的としてのＳＣＦＡ産生微生物の誘導を介して、腸のミトコンドリア機能を増強し得るかどうかを評価することが求められている。
【0092】
ＩＢＤの栄養補助食品としての２’－ＦＬの用量依存的な安全性、忍容性、および有効性を定義する。
インフリキシマブまたはアダリムマブの抗ＴＮＦ療法を受けている安定した寛解期の小児および若年成人のＩＢＤ患者に対する毎日の栄養補助食品として、１、５、または１０ｇｍの２’－ＦＬが提供される。安全性および忍容性は、有効な臨床疾患活動指数、電子症状追跡装置、糞便代謝産物アッセイ、および糞便カルプロテクチンを使用して評価される。有効性は、粘膜炎症のバイオマーカーとして、糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａの増加および糞便カルプロテクチン存在量の減少に対する２’－ＦＬの用量依存的効果を測定することにより評価される。
インフリキシマブまたはアダリムマブの抗ＴＮＦ療法を受けている安定した寛解期の小児および若年成人のＩＢＤ患者に対する毎日の栄養補助食品として、１、５、または１０ｇｍの２’－ＦＬが提供される。安全性および忍容性は、有効な臨床疾患活動指数、電子症状追跡装置、糞便代謝産物アッセイ、および糞便カルプロテクチンを使用して評価される。有効性は、粘膜炎症のバイオマーカーとして、糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉａの増加および糞便カルプロテクチン存在量の減少に対する２’－ＦＬの用量依存的効果を測定することにより評価される。
【0093】
腸内微生物群集および関連するＳＣＦＡ産生に対する２’－ＦＬの補充効果を決定する。
確立されたゲノムおよびメタボロミクスアプローチを利用して、腸内微生物群集およびＳＣＦＡ産生に焦点を当てた関連する代謝機能に対する、グルコースプラセボと比較した２’－ＦＬ用量範囲の効果を試験する。
確立されたゲノムおよびメタボロミクスアプローチを利用して、腸内微生物群集およびＳＣＦＡ産生に焦点を当てた関連する代謝機能に対する、グルコースプラセボと比較した２’－ＦＬ用量範囲の効果を試験する。
【0094】
研究設計
安定した維持インフリキシマブまたはアダリムマブ（抗ＴＮＦ）療法を受けている小児および若年成人のＩＢＤ患者における栄養補助食品としての２’－ＦＬの単一施設無作為化用量範囲研究を行う。この研究の主な目的は、２’－ＦＬ用量依存的な安全性および有効性のデータを得て、より大きな多施設プラセボ対照ＲＣＴの設計を導くことである。包含基準には、現在、安定した抗ＴＮＦ維持療法を受けているコルチコステロイドを含まない寛解期にある１１歳以上の男性および女性のＣＤおよびＵＣ患者が含まれる。
安定した維持インフリキシマブまたはアダリムマブ（抗ＴＮＦ）療法を受けている小児および若年成人のＩＢＤ患者における栄養補助食品としての２’－ＦＬの単一施設無作為化用量範囲研究を行う。この研究の主な目的は、２’－ＦＬ用量依存的な安全性および有効性のデータを得て、より大きな多施設プラセボ対照ＲＣＴの設計を導くことである。包含基準には、現在、安定した抗ＴＮＦ維持療法を受けているコルチコステロイドを含まない寛解期にある１１歳以上の男性および女性のＣＤおよびＵＣ患者が含まれる。
【0095】
過去６か月間に臨床的再発を経験した場合、または前月に抗生物質、プロバイオティクス、プレバイオティクスを受けた場合、患者は除外される。３日間の食事日誌を使用して、通常の食事の違いが応答の違いと関連しているかどうかを決定し、参加者は安定した食事を維持するよう奨励される。研究のスケジュールおよび手順を表１に要約する。
【表5】
【0096】
コーディネーターの電話は、４回の試験訪問の各々の前、および５、６、もしくは７週目に発生する。Ｏｒｃｈｅｓｔｒａ症状追跡装置からのデータは毎週得られるが、毎日得られる４～８週目は例外である。安全性ラボには、ＣＢＣ、ＣＭＰ、ＰＴ／ＩＮＲ、およびＵ／Ａが含まれる。
【0097】
胃腸（ＧＩ）症状、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、および糞便微生物群集のベースラインデータを収集するために、患者は４週間の導入期間を完了する。スマートフォンベースの症状追跡装置を利用して、腹痛、悪心、軟便、およびガス感を含む、患者が報告した２’－ＦＬ忍容性の指標を追跡する。これらのパラメータは、最近の無作為化比較試験（ＲＣＴ）で２０ｇ用量の２’－ＦＬを受けた健康な成人ではやや増加したが、低用量の２’－ＦＬでは変動しなかった（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。これら４つの症状の各々の重症度は、（１）症状なし～（１０）重度の症状の範囲の１０ポイントのリッカートスケールで報告され、ベースライン～４週目、４週目～８週目、および８週目～２０週目の時間期間の各参加者の平均スコアが計算される。参加者は、４週間にわたって、２’－ＦＬの３つの日用量のうちの１回分を摂取するように無作為化される。健康な成人における最近の２’－ＦＬの用量設定ＲＣＴにより、２週間にわたる５、１０、および２０ｇ／日の用量で安全かつ忍容性が高く、腸の炎症のバイオマーカーとしての糞便カルプロテクチンに変化がないことがわかった（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの３倍の増加が１０ｇの用量で観察された（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。したがって、投与群あたり５人のＣＤおよび５人のＵＣ対象において、４週間にわたって１、５、および１０ｇ／日の２’－ＦＬを試験する。２’－ＦＬの粉末剤は単回投与パケットで提供される。参加者は、毎朝朝食を摂取する直前に粉末剤を水に溶かすように求められる。患者の自己報告データは、毎日の症状および２’－ＦＬの摂取を記録するように求められる４～８週目の２’－ＦＬの摂取量について得られる。患者およびその両親は、３０治療日のうちの少なくとも２４日の無作為化用量の摂取として定義される、許容レベルに対する２’－ＦＬの順守を改善するために、自動生成される無料の携帯電話テキストおよび／または電子メールリマインダプロンプトも提供される。その後、１２週間のフォローアップ期間を完了して、４週間の補充期間中の臨床疾患活動、自己報告のＧＩ症状、血漿サイトカイン、および糞便カルプロテクチンまたは微生物叢について検出された任意の変化の安定性を決定する。
【0098】
研究のエンドポイント
主要安全性エンドポイントは、疾患活動の有効な指標、ＣＤ患者の加重小児クローン病活動指数（ｗＰＣＤＡＩ）、およびＵＣ患者の小児潰瘍性大腸炎活動指数（ＰＵＣＡＩ）を使用した臨床的再発である（Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｒ Ｄｉｓ，１５：１２１８－２３，２００９、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６４：２５４－２６０，２０１７）。臨床的再発とは、４～８週目のｗＰＣＤＡＩでは２０ポイントを超えた、ＰＵＣＡＩでは１５ポイントを超えた増加として定義される（Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｒ Ｄｉｓ，１５：１２１８－２３，２００９、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６４：２５４－２６０，２０１７）。投与群の３人以上の対象が臨床的再発を経験するか、またはＧＩ症状忍容性スコアの全体的な増加が観察された場合、その用量は安全ではなく、十分に忍容されないと結論づけられる。副次的安全性エンドポイントは、症状追跡装置を使用して収集された忍容性のＧＩ症状スコアおよび糞便カルプロテクチンである。主要有効性エンドポイントは、４～８週目の各投与群内での２’－ＦＬ補充による糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属存在量の増加である。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑプラットフォームを使用して、試料ごとに平均深さ２０，０００ペアエンドフィルタ処理されたリードの１６Ｓ－ＤＮＡプロファイルを生成し、Ｖ４（５１５Ｆ／８０６Ｒ）領域を標的とするプライマーセットを使用する（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４）。リード処理およびエラー修正は、パーセント類似性（すなわち、ＯＴＵ）クラスタリング手法よりも感度が高く具体的であることが示されているＲのＤＡＤＡ２パッケージおよびアルゴリズムを使用して、高性能コンピューティングクラスターで実施される（Ｃａｌｌａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ，１３：５８１－３，２０１６）。副次的有効性エンドポイントは、４～８週目の腸の炎症のバイオマーカーとしての糞便カルプロテクチンの低減である。
主要安全性エンドポイントは、疾患活動の有効な指標、ＣＤ患者の加重小児クローン病活動指数（ｗＰＣＤＡＩ）、およびＵＣ患者の小児潰瘍性大腸炎活動指数（ＰＵＣＡＩ）を使用した臨床的再発である（Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｒ Ｄｉｓ，１５：１２１８－２３，２００９、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６４：２５４－２６０，２０１７）。臨床的再発とは、４～８週目のｗＰＣＤＡＩでは２０ポイントを超えた、ＰＵＣＡＩでは１５ポイントを超えた増加として定義される（Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｒ Ｄｉｓ，１５：１２１８－２３，２００９、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６４：２５４－２６０，２０１７）。投与群の３人以上の対象が臨床的再発を経験するか、またはＧＩ症状忍容性スコアの全体的な増加が観察された場合、その用量は安全ではなく、十分に忍容されないと結論づけられる。副次的安全性エンドポイントは、症状追跡装置を使用して収集された忍容性のＧＩ症状スコアおよび糞便カルプロテクチンである。主要有効性エンドポイントは、４～８週目の各投与群内での２’－ＦＬ補充による糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属存在量の増加である。Ｉｌｌｕｍｉｎａ ＭｉＳｅｑプラットフォームを使用して、試料ごとに平均深さ２０，０００ペアエンドフィルタ処理されたリードの１６Ｓ－ＤＮＡプロファイルを生成し、Ｖ４（５１５Ｆ／８０６Ｒ）領域を標的とするプライマーセットを使用する（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４）。リード処理およびエラー修正は、パーセント類似性（すなわち、ＯＴＵ）クラスタリング手法よりも感度が高く具体的であることが示されているＲのＤＡＤＡ２パッケージおよびアルゴリズムを使用して、高性能コンピューティングクラスターで実施される（Ｃａｌｌａｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｔｈｏｄｓ，１３：５８１－３，２０１６）。副次的有効性エンドポイントは、４～８週目の腸の炎症のバイオマーカーとしての糞便カルプロテクチンの低減である。
【0099】
統計分析
一次分析はプロトコルごとに行われ、無作為化された３０の２’－ＦＬ用量のうちの少なくとも２４を摂取した患者のみが含まれる（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。補充前後のＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量、糞便カルプロテクチン、ＧＩ症状忍容性スコア、および血漿サイトカインの違いは、ボンフェローニの多重比較補正との混合ＡＮＯＶＡ（またはノンパラメトリック同等物）を使用して試験される。モデルは、４～８週目の主な関心の応答の変化を比較する対象内対比を用いた混合効果回帰により適合される。フィッシャーの正確確率検定を使用して、２’－ＦＬ介入群の各々の間の８週目の臨床的再発率の違いを比較する。４～８週目の再発回数の用量内比較は、対応のあるデータの正確な試験を使用して行われる。健康な成人の最近のＲＣＴに基づいて（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）、１０ｇの用量で２’－ＦＬ補充後８週目に糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の２倍の増加および糞便カルプロテクチンの２倍の減少を検出することが予想される。高次元データの分類および統計学習アプローチを使用して、２’－ＦＬ補充に対する微生物群集構造の違いを特定する。
一次分析はプロトコルごとに行われ、無作為化された３０の２’－ＦＬ用量のうちの少なくとも２４を摂取した患者のみが含まれる（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。補充前後のＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量、糞便カルプロテクチン、ＧＩ症状忍容性スコア、および血漿サイトカインの違いは、ボンフェローニの多重比較補正との混合ＡＮＯＶＡ（またはノンパラメトリック同等物）を使用して試験される。モデルは、４～８週目の主な関心の応答の変化を比較する対象内対比を用いた混合効果回帰により適合される。フィッシャーの正確確率検定を使用して、２’－ＦＬ介入群の各々の間の８週目の臨床的再発率の違いを比較する。４～８週目の再発回数の用量内比較は、対応のあるデータの正確な試験を使用して行われる。健康な成人の最近のＲＣＴに基づいて（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）、１０ｇの用量で２’－ＦＬ補充後８週目に糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の２倍の増加および糞便カルプロテクチンの２倍の減少を検出することが予想される。高次元データの分類および統計学習アプローチを使用して、２’－ＦＬ補充に対する微生物群集構造の違いを特定する。
【0100】
関連する生物学的変数の検討
２’－ＦＬの安全性および有効性に影響を及ぼす可能性のある生物学的変数には、年齢、性別、人種／民族、ＦＵＴ２分泌型の状態、ＣＤまたはＵＣのＩＢＤ診断、糞便カルプロテクチンによって測定される粘膜炎症、およびベースライン微生物群集が含まれる（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５、Ｃｕｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，６０：１６３１－８，２０１５、Ｐａｙｎｅ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ Ｐｅｄｉａｔｒ，１６９：１０４０－５，２０１５、Ｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＩＳＭＥ Ｊ，８：２１９３－２０６，２０１４、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，６：ｅ２０１１３，２０１１）。１１歳以上の同数の男女、およびＣＣＨＭＣ ＩＢＤ人口全体に比例した白人（９０％）およびアフリカ系アメリカ人（１０％）の対象が登録される。任意の予想しない安全信号が特定されるまで、年少の子供は除外される。年齢、性別、人種、ＣＤ対ＵＣ診断、４週目の糞便カルプロテクチンおよび微生物叢、ならびにＦＵＴ２分泌型の状態の効果は、多施設ＲＣＴの設計を導くために探索様式で試験される。
２’－ＦＬの安全性および有効性に影響を及ぼす可能性のある生物学的変数には、年齢、性別、人種／民族、ＦＵＴ２分泌型の状態、ＣＤまたはＵＣのＩＢＤ診断、糞便カルプロテクチンによって測定される粘膜炎症、およびベースライン微生物群集が含まれる（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５、Ｃｕｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，６０：１６３１－８，２０１５、Ｐａｙｎｅ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ Ｐｅｄｉａｔｒ，１６９：１０４０－５，２０１５、Ｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＩＳＭＥ Ｊ，８：２１９３－２０６，２０１４、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，６：ｅ２０１１３，２０１１）。１１歳以上の同数の男女、およびＣＣＨＭＣ ＩＢＤ人口全体に比例した白人（９０％）およびアフリカ系アメリカ人（１０％）の対象が登録される。任意の予想しない安全信号が特定されるまで、年少の子供は除外される。年齢、性別、人種、ＣＤ対ＵＣ診断、４週目の糞便カルプロテクチンおよび微生物叢、ならびにＦＵＴ２分泌型の状態の効果は、多施設ＲＣＴの設計を導くために探索様式で試験される。
【0101】
試料サイズ
２’－ＦＬ投与群あたり参加者１０人の試料サイズは、平均（ＳＤ）糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ相対存在量が１０ｇの用量でベースラインの７（２）から２週間後に２０（４）に増加した、健康な成人の最近の用量設定ＲＣＴに基づく（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。最近の報告に基づいて、ＣＤ患者の糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量においてより大きな変動を観察することが予想される（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７）。したがって、２’－ＦＬ投与群あたり１０人の参加者がいる場合、複数の試験を考慮する各投与群内の糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量において５（４）の平均増加を検出するためには、α＝０．０１６７で８０％の検出力である。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量においてより大きな変動が観察されるならば、平均差のＳＤが予想の２倍である場合、相対存在量の平均１０の増加を検出するためには、８０％の検出力が保持される。１０％の中断率が想定されているため、３３人の参加者が登録される。
２’－ＦＬ投与群あたり参加者１０人の試料サイズは、平均（ＳＤ）糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ相対存在量が１０ｇの用量でベースラインの７（２）から２週間後に２０（４）に増加した、健康な成人の最近の用量設定ＲＣＴに基づく（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。最近の報告に基づいて、ＣＤ患者の糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量においてより大きな変動を観察することが予想される（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７）。したがって、２’－ＦＬ投与群あたり１０人の参加者がいる場合、複数の試験を考慮する各投与群内の糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量において５（４）の平均増加を検出するためには、α＝０．０１６７で８０％の検出力である。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量においてより大きな変動が観察されるならば、平均差のＳＤが予想の２倍である場合、相対存在量の平均１０の増加を検出するためには、８０％の検出力が保持される。１０％の中断率が想定されているため、３３人の参加者が登録される。
【0102】
募集、フォローアップ、および保持
対象は、現在、インフリキシマブまたはアダリムマブの維持療法を受けている持続的寛解期にある１１歳以上のＩＢＤ集団から登録される。患者の訪問は、ベースライン、ならびに４、８、および２０週目に義務付けられる。研究コーディネーターは、各研究訪問の前、ならびに研究手順の維持および順守を支援するために、５、６、もしくは７週目に電話で患者に連絡する。忍容性の欠如についての新たなシグナルが２’－ＦＬ用量に関して検出された場合、その用量に対する無作為化の早期停止が実施される。
対象は、現在、インフリキシマブまたはアダリムマブの維持療法を受けている持続的寛解期にある１１歳以上のＩＢＤ集団から登録される。患者の訪問は、ベースライン、ならびに４、８、および２０週目に義務付けられる。研究コーディネーターは、各研究訪問の前、ならびに研究手順の維持および順守を支援するために、５、６、もしくは７週目に電話で患者に連絡する。忍容性の欠如についての新たなシグナルが２’－ＦＬ用量に関して検出された場合、その用量に対する無作為化の早期停止が実施される。
【0103】
実施例２：安定した維持抗ＴＮＦ療法を受けている小児および若年成人のＩＢＤ患者における栄養補助食品としての２’－ＦＬのパイロットおよび実行可能性研究
以前のＩＢＤ ＲＣＴで研究されたプレバイオティクスは、オリゴフルクトース濃縮イヌリン（ＯＦ－ＩＮ）、フルクト－オリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクト－オリゴ糖（ＧＯＳ）、およびオオバコを含んだ（Ｂｅｎｊａｍｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，６０：９２３－９，２０１１）。１０３人の活動的なＣＤ患者における１５ｇのＦＯＳの４週間のＲＣＴは、臨床応答についてプラセボと比較して利益を示さなかった（Ｂｅｎｊａｍｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，６０：９２３－９，２０１１）。
以前のＩＢＤ ＲＣＴで研究されたプレバイオティクスは、オリゴフルクトース濃縮イヌリン（ＯＦ－ＩＮ）、フルクト－オリゴ糖（ＦＯＳ）、ガラクト－オリゴ糖（ＧＯＳ）、およびオオバコを含んだ（Ｂｅｎｊａｍｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，６０：９２３－９，２０１１）。１０３人の活動的なＣＤ患者における１５ｇのＦＯＳの４週間のＲＣＴは、臨床応答についてプラセボと比較して利益を示さなかった（Ｂｅｎｊａｍｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，６０：９２３－９，２０１１）。
【0104】
微生物のＳＣＦＡ産生および上皮ミトコンドリア機能
微生物のＳＣＦＡ代謝産物である酪酸は、酸化的リン酸化およびＡＴＰ産生のエネルギー源として、およびヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）活性を介した遺伝子転写の調節因子としての２つの機構を介して腸上皮細胞（ＩＥＣ）機能を調節する（Ｄｏｎｏｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ，１３：５１７－２６，２０１１、Ｋａｉｋｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１６７：１１３７， ２０１６）。無菌マウスから単離された結腸細胞は、酸化的リン酸化およびＡＴＰ産生の低下を示す（Ｄｏｎｏｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ，１３：５１７－２６，２０１１）。結果には、下痢および体重増加不良が含まれる。結腸細胞のミトコンドリア機能の欠陥は、酪酸産生細菌株であるＢｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅとの単一結合により救助することができる（Ｄｏｎｏｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ，１３：５１７－２６，２０１１）。転写コアクチベーターであるペルオキシソーム増殖因子活性化受容体－γコアクチベーター１－α（ＰＧＣ１Ａ）は、腸上皮におけるミトコンドリア生合成の中心的な調節因子である（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２９１：１０１８４－２００，２０１６）。標的ＩＥＣ ＰＧＣ１Ａの欠失は、デキストラン硫酸ナトリウム投与後のバリア機能障害および大腸炎の重症度の増加を引き起こす（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２９１：１０１８４－２００，２０１６）。粘膜の治癒を経験するＩＢＤ患者では、酪酸輸送、シグナル伝達、およびミトコンドリアの酸化を調節するＥＣ遺伝子の炎症抑制は、インフリキシマブ抗ＴＮＦ療法によって大幅に修正される（Ｄｅ Ｐｒｅｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，４：ｅ３０，２０１２）。しかしながら、インフリキシマブによる粘膜炎症の抑制は、最近の小児ＣＤ研究におけるＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の増加と関連していなかった（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５）。本明細書で論じる研究では、図２に図示するように、抗ＴＮＦ療法で安定した寛解期にあるＣＤおよびＵＣ患者における２’－ＦＬ投与が安全かつ忍容性が高く、酪酸産生微生物叢に対して用量依存的な効果を発揮するかどうかを決定する。
微生物のＳＣＦＡ代謝産物である酪酸は、酸化的リン酸化およびＡＴＰ産生のエネルギー源として、およびヒストン脱アセチル化酵素（ＨＤＡＣ）活性を介した遺伝子転写の調節因子としての２つの機構を介して腸上皮細胞（ＩＥＣ）機能を調節する（Ｄｏｎｏｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ，１３：５１７－２６，２０１１、Ｋａｉｋｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１６７：１１３７， ２０１６）。無菌マウスから単離された結腸細胞は、酸化的リン酸化およびＡＴＰ産生の低下を示す（Ｄｏｎｏｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ，１３：５１７－２６，２０１１）。結果には、下痢および体重増加不良が含まれる。結腸細胞のミトコンドリア機能の欠陥は、酪酸産生細菌株であるＢｕｔｙｒｉｖｉｂｒｉｏ ｆｉｂｒｉｓｏｌｖｅとの単一結合により救助することができる（Ｄｏｎｏｈｏｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｍｅｔａｂ，１３：５１７－２６，２０１１）。転写コアクチベーターであるペルオキシソーム増殖因子活性化受容体－γコアクチベーター１－α（ＰＧＣ１Ａ）は、腸上皮におけるミトコンドリア生合成の中心的な調節因子である（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２９１：１０１８４－２００，２０１６）。標的ＩＥＣ ＰＧＣ１Ａの欠失は、デキストラン硫酸ナトリウム投与後のバリア機能障害および大腸炎の重症度の増加を引き起こす（Ｃｕｎｎｉｎｇｈａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ，２９１：１０１８４－２００，２０１６）。粘膜の治癒を経験するＩＢＤ患者では、酪酸輸送、シグナル伝達、およびミトコンドリアの酸化を調節するＥＣ遺伝子の炎症抑制は、インフリキシマブ抗ＴＮＦ療法によって大幅に修正される（Ｄｅ Ｐｒｅｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，４：ｅ３０，２０１２）。しかしながら、インフリキシマブによる粘膜炎症の抑制は、最近の小児ＣＤ研究におけるＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の増加と関連していなかった（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５）。本明細書で論じる研究では、図２に図示するように、抗ＴＮＦ療法で安定した寛解期にあるＣＤおよびＵＣ患者における２’－ＦＬ投与が安全かつ忍容性が高く、酪酸産生微生物叢に対して用量依存的な効果を発揮するかどうかを決定する。
【0105】
炎症性サイトカインを標的とするいくつかのＩＢＤ療法が診療所に届いているが、微生物叢を直接調節する機構に基づいたアプローチは使用されていない（Ｓａｒｔｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５２：３２７－３３９ｅ４，２０１７）。この研究は、抗ＴＮＦ免疫抑制の状況において初めて補助微生物療法を試験することにより、現在の臨床診療パラダイムに挑戦する。基礎研究および橋渡し研究は、ＩＢＤの病因における微生物叢および関連代謝物の役割を確固たるものにした（Ｓａｒｔｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１５２：３２７－３３９ｅ４，２０１７）。現在、世界中で疾患の発生率の上昇に寄与している環境因子が、主に、宿主の遺伝的変異と相互作用する炎症促進性微生物のシフトを引き起こして、慢性粘膜炎症１を駆動することによってそうしたことが理解されている。この研究では、ＦＵＴ２遺伝子酵素によって合成されたプレバイオティクス三糖である２’－ＦＬがＩＢＤの治療薬として使用される。ＦＵＴ２遺伝子の多型（不活化変異、または非分泌型の状態）は、ＣＤのリスク増加と関連しているため、ＦＵＴ２分泌型の状態に関連する２’－ＦＬの最適用量を決定して、応答における患者の変動源を考慮することができる個別化臨床試験にも役立つ（ＭｃＧｏｖｅｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ，１９：３４６８－７６，２０１０）。最先端の電子症状追跡装置、微生物のハイスループットシーケンス法、および糞便代謝産物アッセイを利用して、応答を正確に評価する（Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ ＨＭＰＲＮＣ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１６：２７６－８９，２０１４）。本明細書で論じられる研究の結果は、個別化微生物治療介入への臨床診療における根本的なシフトを支持する。
【0106】
予備研究
ｌｍｐｒｏｖｅＣａｒｅＮｏｗ（ＩＣＮ）小児ＩＢＤ質改善（ＱＩ）ネットワークに参加している９５の施設で、過去１年間に患者の４７％が再発した（ｉｍｐｒｏｖｅｃａｒｅｎｏｗ．ｏｒｇ）。Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉの施設では、インフリキシマブまたはアダリムマブの抗ＴＮＦ療法を受けている患者の３７％が、最適な治療薬の監視および投与にもかかわらず再発した（Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ；２０１６、Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６２：７１５－２２，２０１６）。生活の質、ならびに学校および仕事の生産性への悪影響に加えて、再発は治療費を増加させる。最近の費用対効果分析に基づくと、米国のアダリムマブまたはインフリキシマブ療法の年間薬局費用は、年間２７，６６４ドル～９２，３００ドルの範囲である（Ｙｏｋｏｍｉｚｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＪ Ｏｐｅｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ，３：ｅ００００９３，２０１６）。Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉの施設では、再発した抗ＴＮＦ療法を受けている患者の間で年間治療費の中央値が１６，８６２ドル増加した。比較すると、日用量１０ｇでの２’－ＦＬの年間費用は約５００ドルであり、非常に費用効果の高い補助治療オプションが提供されると推定される。
ｌｍｐｒｏｖｅＣａｒｅＮｏｗ（ＩＣＮ）小児ＩＢＤ質改善（ＱＩ）ネットワークに参加している９５の施設で、過去１年間に患者の４７％が再発した（ｉｍｐｒｏｖｅｃａｒｅｎｏｗ．ｏｒｇ）。Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉの施設では、インフリキシマブまたはアダリムマブの抗ＴＮＦ療法を受けている患者の３７％が、最適な治療薬の監視および投与にもかかわらず再発した（Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ；２０１６、Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６２：７１５－２２，２０１６）。生活の質、ならびに学校および仕事の生産性への悪影響に加えて、再発は治療費を増加させる。最近の費用対効果分析に基づくと、米国のアダリムマブまたはインフリキシマブ療法の年間薬局費用は、年間２７，６６４ドル～９２，３００ドルの範囲である（Ｙｏｋｏｍｉｚｏ ｅｔ ａｌ．，ＢＭＪ Ｏｐｅｎ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ，３：ｅ００００９３，２０１６）。Ｃｉｎｃｉｎｎａｔｉの施設では、再発した抗ＴＮＦ療法を受けている患者の間で年間治療費の中央値が１６，８６２ドル増加した。比較すると、日用量１０ｇでの２’－ＦＬの年間費用は約５００ドルであり、非常に費用効果の高い補助治療オプションが提供されると推定される。
【0107】
２’－ＦＬは、Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉおよび他の有益な微生物の酢酸栄養共生により酪酸産生を増強する、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの成長を促進する（Ｒｉｏｓ－Ｃｏｖｉａｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｌｅｔｔ，３６２，２０１５、Ｙｕ ＺＴ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ，２３：１２８１－９２，２０１３）。逆に、２’－ＦＬは、より重度の症状を伴うＩＢＤ患者で増加する、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ ｓｐｐまたはＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａの成長を支持しない（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ，１３：Ｒ７９，２０１２、Ｙｕ ＺＴ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ，２３：１２８１－９２，２０１３）。これらのプレバイオティクス効果に加えて、２’－ＦＬは、病原体の付着を阻害し、細菌産生に対する上皮炎症応答を抑制することにより、腸内で直接的な抗炎症効果も発揮する（Ｈｅ ｅｔ ａｌ．，Ｇｕｔ，６５：３３－４６，２０１６、Ｙｕ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ，１４６：１９８０－１９９０，２０１６）。２’－ＦＬは回盲部切除後のマウスの体重増加を促進することが報告された（Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。これは、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓの拡大およびミトコンドリア機能の腸遺伝子シグネチャーの誘導に関連した（Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。ラットでの２’－ＦＬの前臨床安全性試験により、雄および雌の両方で５ｇｍ／ｋｇｂｗ／日の無毒性量（ＮＯＡＥＬ）が確立された（Ｇｏｕｌｅｔ ｅｔ ａｌ．，Ｒｅｇｕｌ Ｔｏｘｉｃｏｌ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ，６８：５９－６９，２０１４）。２’－ＦＬ補充粉乳を与えられた乳児は、対照粉乳を与えられた乳児と比較して成長速度が改善され、血漿サイトカインプロファイルが低下した（Ｇｏｅｈｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ，１４６：２５５９－２５６６，２０１６、Ｍａｒｒｉａｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ；６１：６４９－５８，２０１５）。健康な成人における最近のＲＣＴでは、２’－ＦＬが１日５ｇｍ～２０ｇｍの用量範囲で安全かつ忍容性が高く、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの拡大およびＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの減少を促進したと報告された（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。しかしながら、２’－ＦＬがＩＢＤ集団で同様の利益を発揮するかどうかは不明である。以前の研究では、活動性粘膜炎症の状況において、２’－ＦＬ標的微生物叢における著しいシフト、ならびに結腸酪酸吸収および酸化的代謝の低減が示された（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、Ｍｏｒｇａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｏｍｅ Ｂｉｏｌ，１３：Ｒ７９，２０１２、Ｄｅ Ｐｒｅｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，１８：１１２７－３６，２０１２）。活動性粘膜炎症の状況での微生物のニッチおよび宿主の酪酸代謝におけるこれらの変化は、２’－ＦＬ治療の利益を低減する可能性がある。これは、活動性大腸炎の状況での局所酪酸浣腸療法の混合結果を説明し得る（Ｓｃｈｅｐｐａｃｈ ｅｔ ａｌ，．Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１０３：５１－６，１９９２）。したがって、より効果的なアプローチは、最初に抗ＴＮＦ療法で粘膜炎症を抑制し、次に２’－ＦＬの補充を利用してＳＣＦＡ産生微生物叢の拡大を促進し、寛解の維持を増強することである（図２）。
【0108】
ＣＤの疾患合併症および治療応答に関連する微生物シフト
多施設ＣＣＦＡが支援するＲＩＳＫ開始コホート研究は、療法前の診断時に登録された９１３人の小児ＣＤ患者の初期の治療応答、および３６か月のフォローアップ中の疾患合併症の続発と関連する臨床学的、人口統計学的、ゲノム、微生物、および免疫因子について試験するために行われた（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。遺伝子発現の回腸および直腸の全体的なパターン、ならびに回腸、直腸、および糞便の微生物群集は、それぞれ、２４３および２２人のＣＤ患者の代表的なサブセットでハイスループットシーケンスを使用して決定された（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。未処置の回腸および直腸の治療において、酪酸産生Ｂｌａｕｔｉａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａの収縮と併せて、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅを含む炎症促進性属の拡大が特定された（図３Ａ）（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。明確な分類群は、同様にしてＢ２狭窄またはＢ３内部浸透性合併症への進行と関連しており、宿主生物学の調節における役割を示唆した（図３Ｂおよび３Ｃ）。ベースラインの微生物存在量を含む多変量ロジスティック回帰モデルは、診断から６か月後のステロイドおよび外科手術を行わない寛解（ＳＦＲ）の予測において、臨床的、人口統計的、およびゲノム因子のみを含むものよりも優れていた（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。このモデルでは、ＢｌａｕｔｉａおよびＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅの相対存在量は、抗ＴＮＦ暴露を考慮した後にＳＦＲを達成する可能性と関連した（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。重要なことに、データはこれらの炎症促進性および抗炎症性微生物が互いに共排除し、抗生物質の同時使用が腸内毒素症を悪化させるモデルを支持した（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４）。
多施設ＣＣＦＡが支援するＲＩＳＫ開始コホート研究は、療法前の診断時に登録された９１３人の小児ＣＤ患者の初期の治療応答、および３６か月のフォローアップ中の疾患合併症の続発と関連する臨床学的、人口統計学的、ゲノム、微生物、および免疫因子について試験するために行われた（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。遺伝子発現の回腸および直腸の全体的なパターン、ならびに回腸、直腸、および糞便の微生物群集は、それぞれ、２４３および２２人のＣＤ患者の代表的なサブセットでハイスループットシーケンスを使用して決定された（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。未処置の回腸および直腸の治療において、酪酸産生Ｂｌａｕｔｉａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、およびＲｏｓｅｂｕｒｉａの収縮と併せて、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅを含む炎症促進性属の拡大が特定された（図３Ａ）（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４、（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。明確な分類群は、同様にしてＢ２狭窄またはＢ３内部浸透性合併症への進行と関連しており、宿主生物学の調節における役割を示唆した（図３Ｂおよび３Ｃ）。ベースラインの微生物存在量を含む多変量ロジスティック回帰モデルは、診断から６か月後のステロイドおよび外科手術を行わない寛解（ＳＦＲ）の予測において、臨床的、人口統計的、およびゲノム因子のみを含むものよりも優れていた（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。このモデルでは、ＢｌａｕｔｉａおよびＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅの相対存在量は、抗ＴＮＦ暴露を考慮した後にＳＦＲを達成する可能性と関連した（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。重要なことに、データはこれらの炎症促進性および抗炎症性微生物が互いに共排除し、抗生物質の同時使用が腸内毒素症を悪化させるモデルを支持した（Ｇｅｖｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１５：３８２－９２，２０１４）。
【0109】
ＵＣの疾患重症度と関連する微生物シフト
ＲＩＳＫ研究の成功に続いて、ＮＩＨ／ＮＩＤＤＫが支援するＰＲＯＴＥＣＴ開始コホート研究を行い、療法前の診断時に登録された４３１人の小児ＵＣ患者におけるメサラミン単独によるＳＦＲの達成と関連する臨床学的、人口統計学的、ゲノム科学、微生物、および免疫因子について試験した。遺伝子発現の直腸の全体的なパターン、ならびに直腸および糞便微生物群集は、それぞれ、２０６および３７１人のＵＣ患者の代表的なサブセットでハイスループットシーケンスを使用して決定された。合計で、４８の操作的分類単位（ＯＴＵ）が疾患の重症度と関連しており、疾患の重症度の増加に伴い連続的な増加または減少を示した（ＦＤＲ閾値：０．５）（図４）。大半のＯＴＵは疾患の重症度と負の相関関係があり、これらの細菌分類群の喪失がＵＣの悪化と関連していることを示した。主に、これらのＯＴＵは、ＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅおよびＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ属からのものであり、２つの一般的な共生生物：Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（ＳＣＦＡ産生株として知られる）およびＤｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ（クロストリジウムクラスターＸＩＶのメンバー）を含む。Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｄｉｓｐａｒおよびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａなどの多くのＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ生物を代表する６つのＯＴＵの増加は重症度の増加と関連した。大規模な前向きな開始コホート研究からのこれらのデータは、ＩＢＤにおけるＳＣＦＡ産生微生物叢の調節において２’－ＦＬの用量依存的な効果の試験を支持する。
ＲＩＳＫ研究の成功に続いて、ＮＩＨ／ＮＩＤＤＫが支援するＰＲＯＴＥＣＴ開始コホート研究を行い、療法前の診断時に登録された４３１人の小児ＵＣ患者におけるメサラミン単独によるＳＦＲの達成と関連する臨床学的、人口統計学的、ゲノム科学、微生物、および免疫因子について試験した。遺伝子発現の直腸の全体的なパターン、ならびに直腸および糞便微生物群集は、それぞれ、２０６および３７１人のＵＣ患者の代表的なサブセットでハイスループットシーケンスを使用して決定された。合計で、４８の操作的分類単位（ＯＴＵ）が疾患の重症度と関連しており、疾患の重症度の増加に伴い連続的な増加または減少を示した（ＦＤＲ閾値：０．５）（図４）。大半のＯＴＵは疾患の重症度と負の相関関係があり、これらの細菌分類群の喪失がＵＣの悪化と関連していることを示した。主に、これらのＯＴＵは、ＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅおよびＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ属からのものであり、２つの一般的な共生生物：Ｆ．ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ（ＳＣＦＡ産生株として知られる）およびＤｏｒｅａ ｆｏｒｍｉｃｉｇｅｎｅｒａｎｓ（クロストリジウムクラスターＸＩＶのメンバー）を含む。Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ ｄｉｓｐａｒおよびＭｅｇａｓｐｈａｅｒａなどの多くのＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａｃｅａｅ生物を代表する６つのＯＴＵの増加は重症度の増加と関連した。大規模な前向きな開始コホート研究からのこれらのデータは、ＩＢＤにおけるＳＣＦＡ産生微生物叢の調節において２’－ＦＬの用量依存的な効果の試験を支持する。
【0110】
ミトコンドリア機能障害の回腸遺伝子シグネチャーは小児ＣＤの疾患合併症と関連している
ＲＩＳＫコホート内の遺伝子発現の回腸の全体的なパターンにはかなりの不均一性があったが、群間の比較は遺伝子発現における顕著な違いを明らかにした（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。解析により、そうでなければＢ２狭窄合併症のリスクが高い患者でミトコンドリア機能遺伝子シグネチャーの濃縮が特定され、合併症がないままであった（Ｂ１保護、図５）。逆に、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）遺伝子シグネチャーの増強は、それでも狭窄に進行した予測低リスク患者で検出された（Ｂ２低確率）。ミトコンドリア呼吸鎖に関与する遺伝子（ＧＯ経路：００２２９００およびＧＯ経路：００４５３３３；暗い陰影）は「Ｂ１保護」で上方制御され、ＥＣＭ産生に関与する遺伝子（ＧＯ経路：０００５２０１；明るい陰影）は「Ｂ２低確率」で上方制御された。これらの遺伝子シグネチャーを含む疾患合併症の多変量ロジスティック回帰モデルは、臨床学的、人口統計学的、血清学的因子のみを含むものよりも優れていた（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７）。より高い回腸ミトコンドリア機能遺伝子シグネチャーの発現は、モデルにおいて狭窄性合併症を発症する可能性の低下と関連した（ＨＲ（９５ｔｈＣｌ）：０．６９（０．５１，０．９４）、ｐ＝０．０１９）が、より高いＥＣＭ遺伝子シグネチャーの発現は、狭窄合併症を発症する可能性の増加と関連した（ＨＲ（９５ｔｈＣｌ）：１．７（１．１２，２．５７）、ｐ＝０．０１２）。これらのデータは、２’－ＦＬによる酪酸産生微生物叢の拡大などの腸上皮細胞（ＩＥＣ）ミトコンドリア機能を増大するアプローチにより、ＣＤ治療応答および結果を改善することができることを示す。
ＲＩＳＫコホート内の遺伝子発現の回腸の全体的なパターンにはかなりの不均一性があったが、群間の比較は遺伝子発現における顕著な違いを明らかにした（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４）。解析により、そうでなければＢ２狭窄合併症のリスクが高い患者でミトコンドリア機能遺伝子シグネチャーの濃縮が特定され、合併症がないままであった（Ｂ１保護、図５）。逆に、細胞外マトリックス（ＥＣＭ）遺伝子シグネチャーの増強は、それでも狭窄に進行した予測低リスク患者で検出された（Ｂ２低確率）。ミトコンドリア呼吸鎖に関与する遺伝子（ＧＯ経路：００２２９００およびＧＯ経路：００４５３３３；暗い陰影）は「Ｂ１保護」で上方制御され、ＥＣＭ産生に関与する遺伝子（ＧＯ経路：０００５２０１；明るい陰影）は「Ｂ２低確率」で上方制御された。これらの遺伝子シグネチャーを含む疾患合併症の多変量ロジスティック回帰モデルは、臨床学的、人口統計学的、血清学的因子のみを含むものよりも優れていた（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７）。より高い回腸ミトコンドリア機能遺伝子シグネチャーの発現は、モデルにおいて狭窄性合併症を発症する可能性の低下と関連した（ＨＲ（９５ｔｈＣｌ）：０．６９（０．５１，０．９４）、ｐ＝０．０１９）が、より高いＥＣＭ遺伝子シグネチャーの発現は、狭窄合併症を発症する可能性の増加と関連した（ＨＲ（９５ｔｈＣｌ）：１．７（１．１２，２．５７）、ｐ＝０．０１２）。これらのデータは、２’－ＦＬによる酪酸産生微生物叢の拡大などの腸上皮細胞（ＩＥＣ）ミトコンドリア機能を増大するアプローチにより、ＣＤ治療応答および結果を改善することができることを示す。
【0111】
小児ＵＣにおける臨床的重症度および治療応答と関連するミトコンドリア機能障害の直腸遺伝子シグネチャーは、マウスにおいて２’－ＦＬ補充によって調節される。
ＰＲＯＴＥＣＴ ＵＣコホート研究に登録された患者に対して、直腸遺伝子発現の同様の分析を行った。ＵＣ患者と対照との間で≧１．５の倍率変化および０．００１の偽発見率（ＦＤＲ）で差次的に発現した遺伝子を使用して、発病プロセスを定義した。これらには、リンパ球活性化および関連する細胞外マトリックス（ＥＣＭ）応答が含まれた（図１－表）。ミトコンドリア生合成ＰＧＣ１Ａの主調節因子は、ミトコンドリア生合成およびＡＴＰ産生を調節する遺伝子と関連して、ＵＣで４倍抑制された。驚くべきことに、これらの同じ上皮エネルギー経路は、マウスにおいて、２’－ＦＬの補充によって誘導された（図１－表）（Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。コルチコステロイドで治療された中等度から重度の患者の中で、４週目の寛解率は、ミトコンドリア経路の調節不全の程度と逆相関しており、調節不全の最高四分位の３２％から最低四分位の７１％（ｐ＝０．０００４）であった。これらのデータは、２’－ＦＬによる酪酸産生微生物叢の拡大などの直腸のミトコンドリア機能を増大するアプローチにより、ＵＣ治療応答を改善することができることを示す。まとめると、これらの研究は、マウスにおいて２’－ＦＬによって誘導される上皮ミトコンドリア機能の遺伝子シグネチャーが、酪酸産生微生物のシフトおよび小児ＣＤおよびＵＣ患者の療法に対する応答不良と関連して抑制されることを示す（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。これらのデータは、新規治療標的としての酪酸産生微生物の誘導を介した上皮ミトコンドリア機能の増強により、ＩＢＤにおける２’－ＦＬ補充を支持する。
ＰＲＯＴＥＣＴ ＵＣコホート研究に登録された患者に対して、直腸遺伝子発現の同様の分析を行った。ＵＣ患者と対照との間で≧１．５の倍率変化および０．００１の偽発見率（ＦＤＲ）で差次的に発現した遺伝子を使用して、発病プロセスを定義した。これらには、リンパ球活性化および関連する細胞外マトリックス（ＥＣＭ）応答が含まれた（図１－表）。ミトコンドリア生合成ＰＧＣ１Ａの主調節因子は、ミトコンドリア生合成およびＡＴＰ産生を調節する遺伝子と関連して、ＵＣで４倍抑制された。驚くべきことに、これらの同じ上皮エネルギー経路は、マウスにおいて、２’－ＦＬの補充によって誘導された（図１－表）（Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。コルチコステロイドで治療された中等度から重度の患者の中で、４週目の寛解率は、ミトコンドリア経路の調節不全の程度と逆相関しており、調節不全の最高四分位の３２％から最低四分位の７１％（ｐ＝０．０００４）であった。これらのデータは、２’－ＦＬによる酪酸産生微生物叢の拡大などの直腸のミトコンドリア機能を増大するアプローチにより、ＵＣ治療応答を改善することができることを示す。まとめると、これらの研究は、マウスにおいて２’－ＦＬによって誘導される上皮ミトコンドリア機能の遺伝子シグネチャーが、酪酸産生微生物のシフトおよび小児ＣＤおよびＵＣ患者の療法に対する応答不良と関連して抑制されることを示す（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７、Ｍｅｚｏｆｆ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｐｈｙｓｉｏｌ Ｇａｓｔｒｏｉｎｔｅｓｔ Ｌｉｖｅｒ Ｐｈｙｓｉｏｌ，３１０：Ｇ４２７－３８，２０１６）。これらのデータは、新規治療標的としての酪酸産生微生物の誘導を介した上皮ミトコンドリア機能の増強により、ＩＢＤにおける２’－ＦＬ補充を支持する。
【0112】
リスク／利益評価
既知の潜在的なリスク
この研究に関連するリスクは、２’－ＦＬまたはグルコースの補充および静脈穿刺と関連する。２’－ＦＬ補充と関連するリスクには、腹痛、悪心、軟便、および／またはガス感を含むＧＩ症状の潜在的な用量依存的増加が含まれる。末梢血のサンプリング（静脈穿刺）と関連するリスクは、痛み、打撲、失神（まれ）、および／または感染（まれ）である。
既知の潜在的なリスク
この研究に関連するリスクは、２’－ＦＬまたはグルコースの補充および静脈穿刺と関連する。２’－ＦＬ補充と関連するリスクには、腹痛、悪心、軟便、および／またはガス感を含むＧＩ症状の潜在的な用量依存的増加が含まれる。末梢血のサンプリング（静脈穿刺）と関連するリスクは、痛み、打撲、失神（まれ）、および／または感染（まれ）である。
【0113】
既知の潜在的な利益
前臨床および臨床研究の結果に基づいて、プレバイオティクス２’－ＦＬによる栄養補充は、例えば、有益な微生物を増大し、有害な微生物を阻害し、炎症促進性サイトカインを抑制することによるＩＢＤ寛解の維持に効果的であり得る。健康な幼児および成人において安全かつ忍容性が高いことが示されている。
前臨床および臨床研究の結果に基づいて、プレバイオティクス２’－ＦＬによる栄養補充は、例えば、有益な微生物を増大し、有害な微生物を阻害し、炎症促進性サイトカインを抑制することによるＩＢＤ寛解の維持に効果的であり得る。健康な幼児および成人において安全かつ忍容性が高いことが示されている。
【0114】
この研究の結果は、２’－ＦＬ投与が安定した寛解期のＣＤおよびＵＣ患者において安全かつ忍容性が高いかどうかに関する貴重な情報を提供し、腸の健康および安定した寛解を促進するＳＣＦＡ産生微生物叢に用量依存的な効果を発揮する。この知識は、第ＩＩＩ相無作為化臨床試験の設計に役立つ。最終的に、この知識を利用して臨床診療を改善することができる。
【0115】
潜在的なリスクおよび利益の評価
参加者が曝されるリスクは、おそらく軽度から中程度である。研究は、この患者集団の有害反応のプロファイルに精通している経験豊富な消化器専門医が研究を監視することにより、２’－ＦＬに関連するリスクを軽減する。全身性（血漿サイトカイン）の変化または粘膜炎症（糞便カルプロテクチン）なく健康な成人集団で十分に忍容された２’－ＦＬの用量範囲が利用される。加えて、高用量（５ｇ／日および１０ｇ／日用量）に無作為化された参加者が、少なくとも１０人の参加者が低用量を完了するまで薬を服用し始めないように、適応投与試験設計が利用される。
参加者が曝されるリスクは、おそらく軽度から中程度である。研究は、この患者集団の有害反応のプロファイルに精通している経験豊富な消化器専門医が研究を監視することにより、２’－ＦＬに関連するリスクを軽減する。全身性（血漿サイトカイン）の変化または粘膜炎症（糞便カルプロテクチン）なく健康な成人集団で十分に忍容された２’－ＦＬの用量範囲が利用される。加えて、高用量（５ｇ／日および１０ｇ／日用量）に無作為化された参加者が、少なくとも１０人の参加者が低用量を完了するまで薬を服用し始めないように、適応投与試験設計が利用される。
【0116】
小児患者のケアに経験のある専門家が手順を実施することにより、静脈穿刺に関連するリスクを軽減する。
【0117】
研究参加の潜在的な利益は、参加者の潜在的なリスクを上回る。
目的およびエンドポイント
目的およびエンドポイント
【表6】
【0118】
研究設計
全体的な設計
この研究は、用量依存的様式で糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量および酪酸を増加させる一方で、ＩＢＤにおける２’－ＦＬの補充が安全かつ忍容性が高いかどうかを評価する。そのために、２施設の第Ｉ／ＩＩａ相二重盲検無作為化プラセボ対照用量設定臨床試験を行う。２つの研究群があり、１つは２’－ＦＬを摂取するように無作為化され、もう１つはプラセボ群に無作為化される。患者は、次の最高用量で無作為化が開始される前に、最低用量群の安全性を評価することを可能にする段階的アプローチを使用して、層内のプラセボまたは治療群に無作為化される。試験の期間が短く、各段階でプラセボおよび低用量群に無作為化された患者を含めることで、任意の観察されるコホート／時間効果の試験および考慮が可能となることを考えると、患者を後のより高い用量群に無作為化する際のバイアスの可能性は低い。
全体的な設計
この研究は、用量依存的様式で糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量および酪酸を増加させる一方で、ＩＢＤにおける２’－ＦＬの補充が安全かつ忍容性が高いかどうかを評価する。そのために、２施設の第Ｉ／ＩＩａ相二重盲検無作為化プラセボ対照用量設定臨床試験を行う。２つの研究群があり、１つは２’－ＦＬを摂取するように無作為化され、もう１つはプラセボ群に無作為化される。患者は、次の最高用量で無作為化が開始される前に、最低用量群の安全性を評価することを可能にする段階的アプローチを使用して、層内のプラセボまたは治療群に無作為化される。試験の期間が短く、各段階でプラセボおよび低用量群に無作為化された患者を含めることで、任意の観察されるコホート／時間効果の試験および考慮が可能となることを考えると、患者を後のより高い用量群に無作為化する際のバイアスの可能性は低い。
【0119】
２’－ＦＬまたはグルコースプラセボでの補充は４週間にわたって行われる。日用量を追跡し、患者から報告された症状を毎週捕捉する。この研究には４回の訪問が必要である：１）４週間の導入期間を含むスクリーニング／ベースライン訪問、２）無作為化のための訪問、３）投与完了時の訪問、４）１２週間後のフォローアップ訪問。
【0120】
この研究は、ＩＢＤにおける２’－ＦＬプレバイオティクスの最初の用量設定無作為化臨床試験（ＲＣＴ）であり、最先端のメタゲノムおよびメタボロームアプローチを利用して応答を評価する。ＦＵＴ２遺伝子の多型はＣＤリスクと関連しているため（ＭｃＧｏｖｅｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ，１９：３４６８－７６，２０１０）、ＦＵＴ２分泌型の状態に関する２’－ＦＬの最適用量が将来の個別化臨床試験にも役立つように決定される。これらの研究は、有益な微生物叢を直接調節し、それによって持続的な臨床的寛解を増強する際に２’－ＦＬの有効性を試験するための将来の第ＩＩＩ相ＲＣＴを支持する重要な第Ｉ／ＩＩａ相の安全性および有効性のデータを提供することにより、本分野に大きな影響を与える。最終的に、これらの研究は、個別化微生物治療介入への臨床診療における根本的なシフトを促進する。
【0121】
用量
健康な成人における最近の２’－ＦＬの用量設定ＲＣＴにより、２週間にわたる５、１０、および２０ｇ／日の用量で安全かつ忍容性が高いことがわかった（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの３倍の増加、およびＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの低減が１０ｇの用量で観察された（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。腹部膨満および軟便を含むＧＩ症状のわずかな増加が２０ｇの用量で報告されたが、２’－ＦＬを中止した参加者はいなかった（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。ＣＤを有する成人の以前のＲＣＴは、２０ｇの異なるプレバイオティクス、オリゴフルクトース濃縮イヌリンを毎日利用することにより、臨床的疾患活動を低下させ、酪酸産生を増加させる有効性を示したが、これは、高いＧＩ不耐性（主にけいれんおよび鼓腸）率および治験薬の中止と関連した（Ｄｅ Ｐｒｅｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｔｒａｎｓｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ，１８：１１２７－３６，２０１３）。したがって、場合によっては、２０ｇ／日の２’－ＦＬ用量が十分に忍容されない場合がある。場合によっては、１０ｇ／日の２’－ＦＬ用量が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量および酪酸産生を増加させるのに効果的であり得る。したがって、２０人のＵＣおよび２０人のＣＤ対象において、４週間にわたって、１、５、および１０ｇ／日の２’－ＦＬを評価する。２０人のＵＣおよび２０人のＣＤ対象のプラセボとして２ｇ／日のグルコースが利用される。
健康な成人における最近の２’－ＦＬの用量設定ＲＣＴにより、２週間にわたる５、１０、および２０ｇ／日の用量で安全かつ忍容性が高いことがわかった（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの３倍の増加、およびＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａの低減が１０ｇの用量で観察された（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。腹部膨満および軟便を含むＧＩ症状のわずかな増加が２０ｇの用量で報告されたが、２’－ＦＬを中止した参加者はいなかった（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。ＣＤを有する成人の以前のＲＣＴは、２０ｇの異なるプレバイオティクス、オリゴフルクトース濃縮イヌリンを毎日利用することにより、臨床的疾患活動を低下させ、酪酸産生を増加させる有効性を示したが、これは、高いＧＩ不耐性（主にけいれんおよび鼓腸）率および治験薬の中止と関連した（Ｄｅ Ｐｒｅｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｔｒａｎｓｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ，１８：１１２７－３６，２０１３）。したがって、場合によっては、２０ｇ／日の２’－ＦＬ用量が十分に忍容されない場合がある。場合によっては、１０ｇ／日の２’－ＦＬ用量が、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量および酪酸産生を増加させるのに効果的であり得る。したがって、２０人のＵＣおよび２０人のＣＤ対象において、４週間にわたって、１、５、および１０ｇ／日の２’－ＦＬを評価する。２０人のＵＣおよび２０人のＣＤ対象のプラセボとして２ｇ／日のグルコースが利用される。
【0122】
ＣＤとＵＣ患者との間の糞便カルプロテクチンによって測定されるベースライン微生物群集および粘膜炎症のレベルの違いは、２’－ＦＬの補充に対する応答に影響する可能性がある。通常の食物繊維摂取量が２’－ＦＬに対する応答に影響を与える可能性もある（Ｈｏｌｓｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ，１４５：２０２５－３２，２０１５）。健康な成人におけるアガベイヌリンプレバイオティクス補充についての以前の研究では、総食物繊維＋アガベイヌリン摂取量と糞便酪酸との間に正の相関関係が示された（Ｈｏｌｓｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ，１４５：２０２５－３２，２０１５）。さらに、３つの施設で１４２人の小児ＩＢＤ患者を含んだ研究において、平均（ＳＤ）食物繊維摂取量が健康な成人において感知できる糞便酪酸と関連した摂取範囲の下限の１日あたりわずか１４（７）グラムであったことがわかった（Ｈｏｌｓｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ，１４５：２０２５－３２，２０１５）。さらに、ＩＢＤ患者の２’－ＦＬのＧＩ不耐性は、健康な成人の最近のＲＣＴで検出されたよりも低い用量で生じる可能性がある（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６、Ｄｅ Ｐｒｅｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｔｒａｎｓｌ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ，１８：１１２７－３６，２０１３）。したがって、登録は疾患表現型（ＣＤまたはＵＣ）で均衡がとれており、通常の食物繊維摂取量および投与群はこれらの因子の層内で無作為化される。
【0123】
試験終了の定義
参加者は、図８に列記される活動スケジュール（ＳｏＡ）に示されるように、最後の訪問を含む全ての研究訪問を完了した場合、研究を完了したと見なされる。
参加者は、図８に列記される活動スケジュール（ＳｏＡ）に示されるように、最後の訪問を含む全ての研究訪問を完了した場合、研究を完了したと見なされる。
【0124】
調査対象母集団
包含基準
この研究に参加する資格を得るには、個人は以下の全ての基準を満たしている必要がある：（１）署名および日付の入った同意文書の提出、（２）全ての研究手順を完了する意思があることの表明および研究期間中参加可能であること、（３）１１～２５歳の男性または女性、（４）クローン病または潰瘍性大腸炎と診断された、（５）疾患が寛解中、（６）コルチコステロイドを受けていない、（７）アダリムマブまたはインフリキシマブの安定した抗ＴＮＦ維持用量を受けている、ならびに（８）研究期間を通して食事を大幅に変更しないという合意。これには、通常の食事をビーガン食、特定の炭水化物食（ＳＣＤ）、または排他的経腸栄養（ＥＥＮ）食に変更することが含まれる。
包含基準
この研究に参加する資格を得るには、個人は以下の全ての基準を満たしている必要がある：（１）署名および日付の入った同意文書の提出、（２）全ての研究手順を完了する意思があることの表明および研究期間中参加可能であること、（３）１１～２５歳の男性または女性、（４）クローン病または潰瘍性大腸炎と診断された、（５）疾患が寛解中、（６）コルチコステロイドを受けていない、（７）アダリムマブまたはインフリキシマブの安定した抗ＴＮＦ維持用量を受けている、ならびに（８）研究期間を通して食事を大幅に変更しないという合意。これには、通常の食事をビーガン食、特定の炭水化物食（ＳＣＤ）、または排他的経腸栄養（ＥＥＮ）食に変更することが含まれる。
【0125】
除外基準
次の基準のいずれかを満たす個人は、この研究への参加から除外される：（１）過去６か月の間にｗＰＣＤＡＩまたはＰＵＣＡＩ＞１０と定義される臨床的再発を経験した、（２）前月中に抗生物質、プロバイオティクス、またはプレバイオティクスの薬剤のいずれかを使用、（３）セリアック病、糖尿病、または排他的であると判断された他の併存症の診断、（４）４週間以内の別の治験薬または他の介入による治療、（５）ラクトース分解に関する問題、（６）妊娠。
次の基準のいずれかを満たす個人は、この研究への参加から除外される：（１）過去６か月の間にｗＰＣＤＡＩまたはＰＵＣＡＩ＞１０と定義される臨床的再発を経験した、（２）前月中に抗生物質、プロバイオティクス、またはプレバイオティクスの薬剤のいずれかを使用、（３）セリアック病、糖尿病、または排他的であると判断された他の併存症の診断、（４）４週間以内の別の治験薬または他の介入による治療、（５）ラクトース分解に関する問題、（６）妊娠。
【0126】
出産の可能性のある参加者は、研究中から研究栄養補助食品の最後の投与を停止してから少なくとも３０日間の間は効果的な避妊方法を使用する必要がある。
【0127】
最初の基準を満たす参加者は、追加のスクリーニングおよび４週間の導入期間を経て、ベースラインデータを収集される。以下の追加除外基準のいずれかを有する参加者は、研究へのさらなる参加から除外される。
●以下のように定義されるベースラインスクリーニングラボの異常な結果：
○ＷＢＣ＞１．５ＵＬＮ
○ＣＭＰ ｗ ＬＦＴ＞２．０ＵＬＮ
●ＧＳＲＳ症状アンケートの平均ベースライン合計スコアが＞３のＧＩ症状
●ベースラインおよび４週目でのｗＰＤＣＡＩおよびＰＵＣＡＩ値が≧１０
●以下のように定義されるベースラインスクリーニングラボの異常な結果：
○ＷＢＣ＞１．５ＵＬＮ
○ＣＭＰ ｗ ＬＦＴ＞２．０ＵＬＮ
●ＧＳＲＳ症状アンケートの平均ベースライン合計スコアが＞３のＧＩ症状
●ベースラインおよび４週目でのｗＰＤＣＡＩおよびＰＵＣＡＩ値が≧１０
【0128】
ライフスタイルの検討
この研究中、参加者は、研究の過程で安定した食事を維持するように求められる。
この研究中、参加者は、研究の過程で安定した食事を維持するように求められる。
【0129】
研究介入の管理
研究介入の説明
２’－フコシルラクトース粉末剤（２’－ＦＬ）は、母乳オリゴ糖プレバイオティクスである。２００６年の食品医薬品局による補完代替医療製品およびその規制に関する業界向けＦＤＡのガイダンスによると、プレバイオティクスは選択的方法で結腸の細菌の成長および／または活動を刺激することにより宿主に有益に影響を及ぼす非消化性食品成分である。国立補完統合衛生センター（ＮＣＣＩＨ）によると、プレバイオティクスは生物学に基づく実践に分類される。この研究では、抗ＴＮＦ療法の補完的な栄養補助食品として使用されている。
研究介入の説明
２’－フコシルラクトース粉末剤（２’－ＦＬ）は、母乳オリゴ糖プレバイオティクスである。２００６年の食品医薬品局による補完代替医療製品およびその規制に関する業界向けＦＤＡのガイダンスによると、プレバイオティクスは選択的方法で結腸の細菌の成長および／または活動を刺激することにより宿主に有益に影響を及ぼす非消化性食品成分である。国立補完統合衛生センター（ＮＣＣＩＨ）によると、プレバイオティクスは生物学に基づく実践に分類される。この研究では、抗ＴＮＦ療法の補完的な栄養補助食品として使用されている。
【0130】
グルコース粉末剤は、プラセボ対照薬として利用される。グルコースは主要なエネルギー源であり、その遊離状態で植物の果実および他の部分に天然に存在する。
【0131】
用量および投与
合計１６０人の参加者は、４週間にわたって、２’－ＦＬまたはグルコースプラセボの３つの日用量のうちの１つを摂取するように無作為化される。８０人の参加者はクローン病の患者であり、８０人の参加者は潰瘍性大腸炎の患者である。参加者は、逃した用量は逃した用量の日遅くに摂取してもよいと指示される。
合計１６０人の参加者は、４週間にわたって、２’－ＦＬまたはグルコースプラセボの３つの日用量のうちの１つを摂取するように無作為化される。８０人の参加者はクローン病の患者であり、８０人の参加者は潰瘍性大腸炎の患者である。参加者は、逃した用量は逃した用量の日遅くに摂取してもよいと指示される。
【0132】
最初の群では、１２０人の参加者が３つの群のうちの１つの２’－ＦＬを受ける：
●群１：１ｇ／日；ｎ＝４０（ＣＤ２０人／ＵＣ２０人）
●群２：５ｇ／日；ｎ＝４０（ＣＤ２０人／ＵＣ２０人）
○１０人が群１を完了した後
●群３：１０ｇ／日；ｎ＝４０（ＣＤ２０人／ＵＣ２０人）
○１０人が群２を完了した後
●群１：１ｇ／日；ｎ＝４０（ＣＤ２０人／ＵＣ２０人）
●群２：５ｇ／日；ｎ＝４０（ＣＤ２０人／ＵＣ２０人）
○１０人が群１を完了した後
●群３：１０ｇ／日；ｎ＝４０（ＣＤ２０人／ＵＣ２０人）
○１０人が群２を完了した後
【0133】
２番目の群では、４０人の参加者、ＣＤ２０人／ＵＣ２０人が２ｇのグルコースプラセボを受ける。
【0134】
階層化された段階的な無作為化が用いられる。層は、研究施設、疾患表現型（例えば、ＣＤ／ＵＣ）、および通常の繊維摂取量（＜または＞＝７ｇ／１０００ｋｃａｌ／日）によって定義し、２０人の参加者の８つの等しく均衡のとれた層を得る。これにより、次の最高用量で無作為化が開始される前に、最低用量群の安全性を評価することが可能となる。用量群／疾患表現型群が十分な安全性の問題を経験した場合、その群および全てのより高い用量群への割り付けは中止される。
【0135】
８週目の投与終了後、参加者は１２週間のフォローアップ期間を完了し、補充期間中の臨床疾患活動、自己報告のＧＩ症状、血漿サイトカイン、および糞便カルプロテクチン、微生物叢、または代謝物について検出された任意の変化の安定性が決定される。
【0136】
製剤および包装
２’－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）は白色の均質な粉末であり、中性からやや甘く、異臭はない。乾物は９６％を占め、含水率は４％である。分析の結果は、全体の含有量が２’－フコシルラクトース９３％、他の糖類３％、水分４％であることを示す。包装は、ポリエチレンライナーを備え、容量正味２５ｋｇの多層紙袋からなる。薬剤の名前がラベルに表示される。グルコースは甘味の白色の粉末である。
２’－フコシルラクトース（２’－ＦＬ）は白色の均質な粉末であり、中性からやや甘く、異臭はない。乾物は９６％を占め、含水率は４％である。分析の結果は、全体の含有量が２’－フコシルラクトース９３％、他の糖類３％、水分４％であることを示す。包装は、ポリエチレンライナーを備え、容量正味２５ｋｇの多層紙袋からなる。薬剤の名前がラベルに表示される。グルコースは甘味の白色の粉末である。
【0137】
参加者は、必要な量を飲料または食品に追加することにより、朝食時に毎朝２’－ＦＬまたはグルコースを摂取するように指示される。食事日誌は、製品が一緒に摂取された食品または飲料を記録するために、参加者によって保管される。
【0138】
バイアスを最小化するための手段：無作為化および盲検
全体的な登録および無作為化スキーマを図６に図示する。二重盲検プラセボ対照階層化段階的無作為化を用いる。
全体的な登録および無作為化スキーマを図６に図示する。二重盲検プラセボ対照階層化段階的無作為化を用いる。
【0139】
層は、研究施設、疾患表現型（例えば、ＣＤ／ＵＣ）、および通常の繊維摂取量（＜または＞＝７ｇ／１０００ｋｃａｌ／日）によって定義し、２０人の参加者からなる８つの等しく均衡のとれた層を得る。
【0140】
患者は、段階１での無作為化がプラセボ１ｇに対して１：１の比率、段階２での無作為化がプラセボ１ｇ、５ｇに対して１：１：２の比率、段階３での無作為化がプラセボ１ｇ、５ｇ、１０ｇに対して１：１：２：４の比率で、合計２０人のＣＤおよび２０人のＵＣ参加者が各投与群に無作為化化される、段階的アプローチを使用して層内のプラセボまたは治療群に無作為化される。割り付け比率のシフトによる順次段階化により、次の最高用量で無作為化が開始される前に、最低用量群の安全性および忍容性を評価することが可能となる。投与／疾患表現型群が十分な安全性または不耐性の問題を経験した場合、その群および全てのより高い用量群への割り付けは中止される。２、４、および８の自然ブロックサイズを使用して、それぞれ、段階１、２、３で層内の投与群に患者を無作為化し、均衡を確保するために各段階で最適な無作為化を選択する。
【0141】
研究介入のコンプライアンス
胃腸症状評価尺度を使用した２’－ＦＬ摂取量に関する患者の自己報告データは、症状および毎日の２’－ＦＬ摂取を記録するように求められた４、５、６、７、および８週目に得られる。コーディネーターは、２８治療日のうちの少なくとも２４日の無作為化用量の摂取として定義される許容レベルへの２’－ＦＬ順守を改善するために、補充期間中に毎週参加者に電話をかける。
胃腸症状評価尺度を使用した２’－ＦＬ摂取量に関する患者の自己報告データは、症状および毎日の２’－ＦＬ摂取を記録するように求められた４、５、６、７、および８週目に得られる。コーディネーターは、２８治療日のうちの少なくとも２４日の無作為化用量の摂取として定義される許容レベルへの２’－ＦＬ順守を改善するために、補充期間中に毎週参加者に電話をかける。
【0142】
併用療法
処方薬、市販薬、および栄養補助食品を含む併用薬は、全ての研究訪問時に記録される。コルチコステロイド、抗生物質、プロバイオティクス、プレバイオティクス（２’－ＦＬ以外）、および他の治験薬は、研究中は許可されない。臨床的寛解が失われた場合、参加者は標準的な治療に従って治療される。
処方薬、市販薬、および栄養補助食品を含む併用薬は、全ての研究訪問時に記録される。コルチコステロイド、抗生物質、プロバイオティクス、プレバイオティクス（２’－ＦＬ以外）、および他の治験薬は、研究中は許可されない。臨床的寛解が失われた場合、参加者は標準的な治療に従って治療される。
【0143】
研究の評価および手順
有効性の評価
有効性エンドポイントデータを得るために、以下の評価および手順が行われる。
便試料の収集およびシーケンス：
便試料は、ＤＮＡおよびＲＮＡ抽出のために参加者から収集される。ＤＮＡおよびＲＮＡは、機械的溶解を加えたＡｌｌＰｒｅｐ ＤＮＡ／ＲＮＡ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ）で単離される。続いてＲＮＡがＤＮＡに逆転写され、試料がＱｕａｎｔ－ｉＴ ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡ Ａｓｓａｙ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって定量化され、５０ｐｇ／ｍｌの濃度に正規化される。１００～２５０ｐｇの入力ＤＮＡを含むＮｅｘｔｅｒａ ＸＴ ＤＮＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎキット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用して、製造業者の指示に従い全ゲノムショットガンシーケンスライブラリを調製する。ライブラリは、Ｌａｂｃｙｔｅ Ｅｃｈｏ５５０リキッドハンドラーを使用して各ライブラリの等量を転送することによりプールされる。プールされた各ライブラリの濃度および挿入サイズの範囲は、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ ＤＮＡ１０００キット（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して確認される。続いてライブラリは、試料あたり２．５Ｇｂの配列を標的とするペアエンドモード（２ｘ１０１ｂｐ）でＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ２０００プラットフォームでシーケンスされる（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７；Ｓｃｈｉｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１６７：１１２５－１１３６ ｅ８，２０１６）。
有効性の評価
有効性エンドポイントデータを得るために、以下の評価および手順が行われる。
便試料の収集およびシーケンス：
便試料は、ＤＮＡおよびＲＮＡ抽出のために参加者から収集される。ＤＮＡおよびＲＮＡは、機械的溶解を加えたＡｌｌＰｒｅｐ ＤＮＡ／ＲＮＡ Ｍｉｎｉ Ｋｉｔ（ＱＩＡＧＥＮ）で単離される。続いてＲＮＡがＤＮＡに逆転写され、試料がＱｕａｎｔ－ｉＴ ＰｉｃｏＧｒｅｅｎ ｄｓＤＮＡ Ａｓｓａｙ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）によって定量化され、５０ｐｇ／ｍｌの濃度に正規化される。１００～２５０ｐｇの入力ＤＮＡを含むＮｅｘｔｅｒａ ＸＴ ＤＮＡ Ｌｉｂｒａｒｙ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎキット（Ｉｌｌｕｍｉｎａ）を使用して、製造業者の指示に従い全ゲノムショットガンシーケンスライブラリを調製する。ライブラリは、Ｌａｂｃｙｔｅ Ｅｃｈｏ５５０リキッドハンドラーを使用して各ライブラリの等量を転送することによりプールされる。プールされた各ライブラリの濃度および挿入サイズの範囲は、Ａｇｉｌｅｎｔ Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒ ＤＮＡ１０００キット（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用して確認される。続いてライブラリは、試料あたり２．５Ｇｂの配列を標的とするペアエンドモード（２ｘ１０１ｂｐ）でＩｌｌｕｍｉｎａ ＨｉＳｅｑ２０００プラットフォームでシーケンスされる（Ｋｕｇａｔｈａｓａｎ ｅｔ ａｌ．Ｌａｎｃｅｔ，３８９：１７１０－１７１８，２０１７；Ｓｃｈｉｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１６７：１１２５－１１３６ ｅ８，２０１６）。
【0144】
メタゲノムおよびメタトランスクリプトーム分析：
試料に十分なシーケンスリードがある場合、試料は分析に含まれる。リードは、最初に、ＫｎｅａｄＤａｔａ（ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ．ｓｐｈ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｋｎｅａｄｄａｔａ）を使用して処理された。これには、品質トリミング（ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃパラメータ：ＭＡＸＩＮＦＯ：９０：０．５）、最小リード長６０ｂｐに基づくリードフィルタ処理、およびヒトゲノム（参照ゲノムｈｇ１９）に整列したリードをフィルタ処理することによる潜在的な人間汚染の除去が含まれる。品質管理されたペアエンドリードは、Ｂｏｗｔｉｅ２を使用して固有のクレード特異的マーカー遺伝子のデータベースに対して整列され、分類学的プロファイルはＭｅｔａＰｈｌＡｎ２．２で推測された（Ｓｅｇａｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。その後の分析では、試料の種および属の組成が考慮された。機能プロファイリングは、ＨＵＭＡＮｎＮ２（ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ．ｓｐｈ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｈｕｍａｎｎ２）を使用して実施された。簡単に言えば、リードは機能的に注釈が付けられたパンゲノムのカスタマイズされたデータベースに対してマッピングされ、分類学的プロファイリングステップ中に特定された生物のみが考慮される。それらのそれぞれのＵｎｉＲｅｆ５０ファミリーへのパンゲノム内のタンパク質配列の機能的注釈は、ソフトウェアにより提供される。マッピングすることができないリードは、その後、完全なＵｎｉＲｅｆ５０データベースに対して整列される。群集の合計は、各タンパク質ファミリー（ＲＰＫ）について計算され、相対的な存在量に変換される。その後のダウンストリーム分析のために、これらの何万もの遺伝子ファミリーは、より広範な機能的カテゴリーにさらに群化された：分子機能および生物学的プロセスに焦点を当てた、ＭｅｔａＣｙｃ代謝経路および有益なＧＯカテゴリー。
試料に十分なシーケンスリードがある場合、試料は分析に含まれる。リードは、最初に、ＫｎｅａｄＤａｔａ（ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ．ｓｐｈ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｋｎｅａｄｄａｔａ）を使用して処理された。これには、品質トリミング（ｔｒｉｍｍｏｍａｔｉｃパラメータ：ＭＡＸＩＮＦＯ：９０：０．５）、最小リード長６０ｂｐに基づくリードフィルタ処理、およびヒトゲノム（参照ゲノムｈｇ１９）に整列したリードをフィルタ処理することによる潜在的な人間汚染の除去が含まれる。品質管理されたペアエンドリードは、Ｂｏｗｔｉｅ２を使用して固有のクレード特異的マーカー遺伝子のデータベースに対して整列され、分類学的プロファイルはＭｅｔａＰｈｌＡｎ２．２で推測された（Ｓｅｇａｔａ ｅｔ ａｌ．，２０１２）。その後の分析では、試料の種および属の組成が考慮された。機能プロファイリングは、ＨＵＭＡＮｎＮ２（ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ．ｓｐｈ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｈｕｍａｎｎ２）を使用して実施された。簡単に言えば、リードは機能的に注釈が付けられたパンゲノムのカスタマイズされたデータベースに対してマッピングされ、分類学的プロファイリングステップ中に特定された生物のみが考慮される。それらのそれぞれのＵｎｉＲｅｆ５０ファミリーへのパンゲノム内のタンパク質配列の機能的注釈は、ソフトウェアにより提供される。マッピングすることができないリードは、その後、完全なＵｎｉＲｅｆ５０データベースに対して整列される。群集の合計は、各タンパク質ファミリー（ＲＰＫ）について計算され、相対的な存在量に変換される。その後のダウンストリーム分析のために、これらの何万もの遺伝子ファミリーは、より広範な機能的カテゴリーにさらに群化された：分子機能および生物学的プロセスに焦点を当てた、ＭｅｔａＣｙｃ代謝経路および有益なＧＯカテゴリー。
【0145】
具体的には、選択されたＧＯ用語には各々ＵｎｉＲｅｆ５０で＞２，０００のタンパク質に注釈が付けられ、それらの全ての子孫の（より具体的な）用語には＜２，０００のタンパク質に注釈が付けられた。
【0146】
メタボローム分析：
データは、極性代謝物の負のイオンモードＭＳ分析を使用して、Ｎｅｘｅｒａ Ｘ２ Ｕ－ＨＰＬＣシステム（Ｓｈｉｍａｄｚｕ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ；Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）およびＱ Ｅｘａｃｔｉｖｅ／Ｅｘａｃｔｉｖｅ Ｐｌｕｓ ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ；Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で構成されるＬＣ－ＭＳシステムを使用して取得する。ＬＣ－ＭＳ試料は、イノシン－Ｎ４（Ｒｉｏｓ－Ｃｏｖｉａｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｌｅｔｔ；２０１５）、チミン－ｄ４、およびグリココール酸－ｄ４内部標準（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｉｓｏｔｏｐｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ；Ａｎｄｏｖｅｒ，ＭＡ）を含有する４容量の８０％メタノールを加えたタンパク質沈殿により、便ホモジネート（３０μＬ）から調製される。試料を遠心分離し（１０分、９，０００ｘｇ、４℃）、上清を１５０×２．０ｍｍ Ｌｕｎａ ＮＨ２カラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ；Ｔｏｒｒａｎｃｅ，ＣＡ）に直接注入する。カラムを、１０％移動相Ａ（水中２０ｍＭ酢酸アンモニウムおよび２０ｍＭ水酸化アンモニウム）および９０％移動相Ｂ（７５：２５ｖ／ｖアセトニトリル／メタノール中１０ｍＭ水酸化アンモニウム）の初期条件、続いて、１００％移動相Ａへの１０分の線形勾配で、４００μＬ／分の流速で溶出する。ＭＳ分析は、７０，０００の解像度および３Ｈｚデータ取得速度で、ｍ／ｚ６０～７５０でのフルスキャン分析を使用して、負のイオンモードのエレクトロスプレーイオン化質量分析を使用して実行する。追加のＭＳ設定は次のとおりである：イオンスプレー電圧、－３．０ｋＶ；毛細管温度、３５０°℃；プローブヒーター温度、３２５℃；シースガス、５５；補助ガス、１０；およびＳレンズＲＦレベル４０。
データは、極性代謝物の負のイオンモードＭＳ分析を使用して、Ｎｅｘｅｒａ Ｘ２ Ｕ－ＨＰＬＣシステム（Ｓｈｉｍａｄｚｕ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ Ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔｓ；Ｍａｒｌｂｏｒｏｕｇｈ，ＭＡ）およびＱ Ｅｘａｃｔｉｖｅ／Ｅｘａｃｔｉｖｅ Ｐｌｕｓ ｏｒｂｉｔｒａｐ質量分析計（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ；Ｗａｌｔｈａｍ，ＭＡ）で構成されるＬＣ－ＭＳシステムを使用して取得する。ＬＣ－ＭＳ試料は、イノシン－Ｎ４（Ｒｉｏｓ－Ｃｏｖｉａｎ ｅｔ ａｌ．，ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｌｅｔｔ；２０１５）、チミン－ｄ４、およびグリココール酸－ｄ４内部標準（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｉｓｏｔｏｐｅ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ；Ａｎｄｏｖｅｒ，ＭＡ）を含有する４容量の８０％メタノールを加えたタンパク質沈殿により、便ホモジネート（３０μＬ）から調製される。試料を遠心分離し（１０分、９，０００ｘｇ、４℃）、上清を１５０×２．０ｍｍ Ｌｕｎａ ＮＨ２カラム（Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ；Ｔｏｒｒａｎｃｅ，ＣＡ）に直接注入する。カラムを、１０％移動相Ａ（水中２０ｍＭ酢酸アンモニウムおよび２０ｍＭ水酸化アンモニウム）および９０％移動相Ｂ（７５：２５ｖ／ｖアセトニトリル／メタノール中１０ｍＭ水酸化アンモニウム）の初期条件、続いて、１００％移動相Ａへの１０分の線形勾配で、４００μＬ／分の流速で溶出する。ＭＳ分析は、７０，０００の解像度および３Ｈｚデータ取得速度で、ｍ／ｚ６０～７５０でのフルスキャン分析を使用して、負のイオンモードのエレクトロスプレーイオン化質量分析を使用して実行する。追加のＭＳ設定は次のとおりである：イオンスプレー電圧、－３．０ｋＶ；毛細管温度、３５０°℃；プローブヒーター温度、３２５℃；シースガス、５５；補助ガス、１０；およびＳレンズＲＦレベル４０。
【0147】
データ処理：
生のＬＣ－ＭＳデータは、各ＬＣ－ＭＳシステムに接続されたデータ取得コンピューターに収集され、その後、Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅの内部ネットワークを介してアクセスされる堅固な冗長ファイルストレージシステム（ｌｓｉｌｏｎ Ｓｙｓｔｅｍｓ）に保存される。データ処理は、５つのＤｅｌｌ Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｔ７６００ワークステーションのうちの１つを使用して行われ、各々、８つのコアＸＥＯＮ Ｅ５－２６８７Ｗプロセッサ、３２ＧＢのＤＤＲ３ＲＡＭ、および４つの６００ＧＢ ＳＡＳハードドライブのＲＡＩＤ０アレイに２ＴＢのストレージが装備されている。非標的データは、Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＣｏＭｅｔソフトウェア（ｖ２．０，Ｎｏｎｌｉｎｅａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を使用して処理され、ピークの検出および同位体分離（ｄｅ－ｉｓｏｔｏｐｅ）、クロマトグラフィー保持時間の整列、ならびにピーク面積の統合が行われる。不明のＩＤのピークは、方法、ｍ／ｚ、および保持時間によって追跡される。非標的代謝物のＬＣ－ＭＳピークの特定は、最初に、ｉ）測定された保持時間および質量を各バッチで分析された参照代謝物の混合物に一致させる、ｉｉ）Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅの方法を使用して特徴づけられた＞６００の化合物の内部データベースを一致させる、およびｉｉｉ）正確な質量を＞４００００の代謝物の外部データベースにのみ一致させる（Ｈｕｍａｎ Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ Ｄａｔａｂａｓｅ ｖ３）ことにより行われる（Ｗｉｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ，４１：Ｄ８０１－７，２０１３）。外部データベースと一致する化合物は、利用可能である場合、参照標準を分析することにより確認される。
生のＬＣ－ＭＳデータは、各ＬＣ－ＭＳシステムに接続されたデータ取得コンピューターに収集され、その後、Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅの内部ネットワークを介してアクセスされる堅固な冗長ファイルストレージシステム（ｌｓｉｌｏｎ Ｓｙｓｔｅｍｓ）に保存される。データ処理は、５つのＤｅｌｌ Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ Ｔ７６００ワークステーションのうちの１つを使用して行われ、各々、８つのコアＸＥＯＮ Ｅ５－２６８７Ｗプロセッサ、３２ＧＢのＤＤＲ３ＲＡＭ、および４つの６００ＧＢ ＳＡＳハードドライブのＲＡＩＤ０アレイに２ＴＢのストレージが装備されている。非標的データは、Ｐｒｏｇｅｎｅｓｉｓ ＣｏＭｅｔソフトウェア（ｖ２．０，Ｎｏｎｌｉｎｅａｒ Ｄｙｎａｍｉｃｓ）を使用して処理され、ピークの検出および同位体分離（ｄｅ－ｉｓｏｔｏｐｅ）、クロマトグラフィー保持時間の整列、ならびにピーク面積の統合が行われる。不明のＩＤのピークは、方法、ｍ／ｚ、および保持時間によって追跡される。非標的代謝物のＬＣ－ＭＳピークの特定は、最初に、ｉ）測定された保持時間および質量を各バッチで分析された参照代謝物の混合物に一致させる、ｉｉ）Ｂｒｏａｄ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅの方法を使用して特徴づけられた＞６００の化合物の内部データベースを一致させる、およびｉｉｉ）正確な質量を＞４００００の代謝物の外部データベースにのみ一致させる（Ｈｕｍａｎ Ｍｅｔａｂｏｌｏｍｅ Ｄａｔａｂａｓｅ ｖ３）ことにより行われる（Ｗｉｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ，４１：Ｄ８０１－７，２０１３）。外部データベースと一致する化合物は、利用可能である場合、参照標準を分析することにより確認される。
【0148】
人口統計：
参加者の年齢および性別に関する情報は、スクリーニングのために行われる医療記録の審査の一環として収集される（以下を参照されたい）。人種は訪問１で収集される。
参加者の年齢および性別に関する情報は、スクリーニングのために行われる医療記録の審査の一環として収集される（以下を参照されたい）。人種は訪問１で収集される。
【0149】
糞便カルプロテクチン：
糞便カルプロテクチンは、広いダイナミックレンジにわたって優れた直線性を示したモノクローナル抗体ベースのＥＬＩＳＡ（Ｂｏｈｌｍａｎｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）を使用して測定される（Ｂｕｒｒｉ．，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃｈｉｍ Ａｃｔａ，４１６：４１－７，２０１３）。
糞便カルプロテクチンは、広いダイナミックレンジにわたって優れた直線性を示したモノクローナル抗体ベースのＥＬＩＳＡ（Ｂｏｈｌｍａｎｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ）を使用して測定される（Ｂｕｒｒｉ．，ｅｔ ａｌ．Ｃｌｉｎ Ｃｈｉｍ Ａｃｔａ，４１６：４１－７，２０１３）。
【0150】
血漿サイトカイン：
先天性および適応免疫応答を表す１３の血漿サイトカインは、以前に報告された高感度ビーズベースのマルチプレックスアッセイ（Ｌｕｍｉｎｅｘを使用したＭｉｌｌｉｐｌｅｘ Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ Ａｓｓａｙ）を使用して測定される（Ｄｏｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｓｙｃｈｏｓｏｍ Ｍｅｄ，７８：６４６－５６，２０１６）。
先天性および適応免疫応答を表す１３の血漿サイトカインは、以前に報告された高感度ビーズベースのマルチプレックスアッセイ（Ｌｕｍｉｎｅｘを使用したＭｉｌｌｉｐｌｅｘ Ｍｕｌｔｉｐｌｅｘ Ａｓｓａｙ）を使用して測定される（Ｄｏｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｓｙｃｈｏｓｏｍ Ｍｅｄ，７８：６４６－５６，２０１６）。
【0151】
繊維摂取量：
３回の予告なしの２４時間食事思い出しインタビューを、ベースライン、ならびに４および８週目に行い、通常の繊維摂取量の層内（高／低）での患者の無作為化、および通常の食事の違いが２’ＦＬに対する応答の違いに関連するかどうかを決定することを可能にする。食事の思い出しは、ＵＳＤＡの自動マルチパス方式（ＡＭＰＭ）を使用して専門家のインタビュアーによって実施され、参加者によって報告された食品および量の正確かつ一貫した記録を確実にする（Ｍｏｓｈｆｅｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｎｕｔｒ，８８：３２４－３２，２００８）。研究用の栄養データシステム（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｓｙｓｔｅｍｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）（ＮＤＳＲ）（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）ソフトウェアおよび食品データベースを使用して、１日の総エネルギー、主要栄養素、繊維摂取量、ならびに摂取された食品群品目を評価する（Ｓｉｅｖｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｃｌｉｎ Ｔｒｉａｌｓ，１０：４１６－２５，１９８９）。
３回の予告なしの２４時間食事思い出しインタビューを、ベースライン、ならびに４および８週目に行い、通常の繊維摂取量の層内（高／低）での患者の無作為化、および通常の食事の違いが２’ＦＬに対する応答の違いに関連するかどうかを決定することを可能にする。食事の思い出しは、ＵＳＤＡの自動マルチパス方式（ＡＭＰＭ）を使用して専門家のインタビュアーによって実施され、参加者によって報告された食品および量の正確かつ一貫した記録を確実にする（Ｍｏｓｈｆｅｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｎｕｔｒ，８８：３２４－３２，２００８）。研究用の栄養データシステム（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｓｙｓｔｅｍｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）（ＮＤＳＲ）（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）ソフトウェアおよび食品データベースを使用して、１日の総エネルギー、主要栄養素、繊維摂取量、ならびに摂取された食品群品目を評価する（Ｓｉｅｖｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｃｌｉｎ Ｔｒｉａｌｓ，１０：４１６－２５，１９８９）。
【0152】
ＦＵＴ２分泌型の状態：
ＦＵＴ２分泌型の状態は、感染性および炎症性の両方の状態に関係しており、反対の傾向にあった。ＦＵＴ２＋（分泌型）の個人はロタウイルスおよびノロウイルス胃腸炎のリスクが増加する（Ｃｕｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，６０：１６３１－８，２０１５、Ｐａｙｎｅ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ Ｐｅｄｉａｔｒ，１６９：１０４０－５，２０１５）が、ＦＵＴ２－（非分泌型）の個人は、ＣＤのリスクが増加する（ＭｃＧｏｖｅｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ，１９：３４６８－７６，２０１０）。さらに、ＦＵＴ２非分泌型は、粘膜の炎症がない場合でも、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍを含む２’－ＦＬ標的微生物叢の減少を示す場合がある（Ｒａｕｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１０８：１９０３０－５，２０１１、Ｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＩＳＭＥ Ｊ，８：２１９３－２０６，２０１４、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ；２０１１，６：ｅ２０１１３、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，９：ｅ９４８６３，２０１４）。分泌型の状態は、遺伝子型または表現型によって測定することができる。米国における遺伝子型判定は、ＦＵＴ２遺伝子（ｒｓ６０１３３８）の単一ヌクレオチド４２８Ｇ＞Ａ多型の分析を伴う。米国の人口の２３％が、フコシル化された腸の炭水化物の欠乏をもたらすこの不活性化変異のホモ接合型である。表現型の上では、非分泌型の状態は、Ｕｌｅｘ ｅｕｒｏｐａｅｕｓ－１（ＵＥＡ－１）レクチン酵素イムノアッセイを使用して、「分泌型炭水化物」について全唾液試料を試験することにより測定することができる。ＵＥＡ－１イムノアッセイは、ＦＵＴ２遺伝子酵素のアルファ１，２－フコース結合産物を検出する（Ｋａｚｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，２１５：７８６－７８９，２０１７、Ｍｏｒｒｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ，１５８：７４５－５１，２０１１）。研究により、分泌型炭水化物を遺伝的に合成することができるＦＵＴ２＋分泌型の個人は、分泌型炭水化物の産生量が少なく、非分泌型の個人と表現型の上では似ているように見えることがわかっている。したがって、この研究では、ＦＵＴ２の遺伝子型および表現型の両方が測定される。
ＦＵＴ２分泌型の状態は、感染性および炎症性の両方の状態に関係しており、反対の傾向にあった。ＦＵＴ２＋（分泌型）の個人はロタウイルスおよびノロウイルス胃腸炎のリスクが増加する（Ｃｕｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，６０：１６３１－８，２０１５、Ｐａｙｎｅ ｅｔ ａｌ．，ＪＡＭＡ Ｐｅｄｉａｔｒ，１６９：１０４０－５，２０１５）が、ＦＵＴ２－（非分泌型）の個人は、ＣＤのリスクが増加する（ＭｃＧｏｖｅｒｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ Ｍｏｌ Ｇｅｎｅｔ，１９：３４６８－７６，２０１０）。さらに、ＦＵＴ２非分泌型は、粘膜の炎症がない場合でも、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍを含む２’－ＦＬ標的微生物叢の減少を示す場合がある（Ｒａｕｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，１０８：１９０３０－５，２０１１、Ｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＩＳＭＥ Ｊ，８：２１９３－２０６，２０１４、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ；２０１１，６：ｅ２０１１３、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，９：ｅ９４８６３，２０１４）。分泌型の状態は、遺伝子型または表現型によって測定することができる。米国における遺伝子型判定は、ＦＵＴ２遺伝子（ｒｓ６０１３３８）の単一ヌクレオチド４２８Ｇ＞Ａ多型の分析を伴う。米国の人口の２３％が、フコシル化された腸の炭水化物の欠乏をもたらすこの不活性化変異のホモ接合型である。表現型の上では、非分泌型の状態は、Ｕｌｅｘ ｅｕｒｏｐａｅｕｓ－１（ＵＥＡ－１）レクチン酵素イムノアッセイを使用して、「分泌型炭水化物」について全唾液試料を試験することにより測定することができる。ＵＥＡ－１イムノアッセイは、ＦＵＴ２遺伝子酵素のアルファ１，２－フコース結合産物を検出する（Ｋａｚｉ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，２１５：７８６－７８９，２０１７、Ｍｏｒｒｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ，１５８：７４５－５１，２０１１）。研究により、分泌型炭水化物を遺伝的に合成することができるＦＵＴ２＋分泌型の個人は、分泌型炭水化物の産生量が少なく、非分泌型の個人と表現型の上では似ているように見えることがわかっている。したがって、この研究では、ＦＵＴ２の遺伝子型および表現型の両方が測定される。
【0153】
安全性および他の評価
登録前に、スクリーニングの目的で以下が実施される。
登録前に、スクリーニングの目的で以下が実施される。
【0154】
医療記録の審査：
参加予定者に関する既存の情報を審査して、性別、年齢、診断、現在の薬、薬歴、併存症、およびアレルギーを決定する。
参加予定者に関する既存の情報を審査して、性別、年齢、診断、現在の薬、薬歴、併存症、およびアレルギーを決定する。
【0155】
安全性データを得るために、研究への参加資格（患者集団）を決定し、研究全体を通して以下の評価および手順を実施する。
【0156】
身体検査およびバイタルサイン：
身体検査は、各研究訪問時に行われる。バイタルサインが収集され、体温、心拍数、呼吸数、および血圧を含む。これらの訪問時に体重も収集される。
身体検査は、各研究訪問時に行われる。バイタルサインが収集され、体温、心拍数、呼吸数、および血圧を含む。これらの訪問時に体重も収集される。
【0157】
採血：
血液試料が採取され、ＣＢＣ、ＣＭＰ、およびＥＳＲが分析される
血液試料が採取され、ＣＢＣ、ＣＭＰ、およびＥＳＲが分析される
【0158】
採尿：
妊娠する可能性がある女性の参加者は、ベースライン訪問時に尿妊娠検査を受ける。
妊娠する可能性がある女性の参加者は、ベースライン訪問時に尿妊娠検査を受ける。
【0159】
唾液試料：
訪問１で唾液試料を収集して、ＦＵＴ２表現型分泌型の状態を測定する。
訪問１で唾液試料を収集して、ＦＵＴ２表現型分泌型の状態を測定する。
【0160】
加重小児クローン病活動指数（ｗＰＣＤＡＩ）および小児潰瘍性大腸炎活動指数（ＰＵＣＡＩ）：
ｗＰＣＤＡＩおよびＰＵＣＡＩは、それぞれ、ＣＤおよびＵＣ群の臨床疾患活動を測定するために利用される。これらは、臨床的寛解および再発の十分に確立されたカットポイントで小児ＩＢＤ集団において検証されている。ｗＰＣＤＡＩおよびＰＵＣＡＩスコアは、ベースライン、ならびに４、１２、２０週目に得られる（Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｒ Ｄｉｓ，１５：１２１８－２３，２００９、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１３３：４２３－３２，２００７）。ｗＰＣＤＡＩおよびＰＵＣＡＩの両方について、安定した臨床的寛解の登録基準を満たすために、ベースラインおよび４週目に＜１０の値が必要である。
ｗＰＣＤＡＩおよびＰＵＣＡＩは、それぞれ、ＣＤおよびＵＣ群の臨床疾患活動を測定するために利用される。これらは、臨床的寛解および再発の十分に確立されたカットポイントで小児ＩＢＤ集団において検証されている。ｗＰＣＤＡＩおよびＰＵＣＡＩスコアは、ベースライン、ならびに４、１２、２０週目に得られる（Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｒ Ｄｉｓ，１５：１２１８－２３，２００９、Ｔｕｒｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ，１３３：４２３－３２，２００７）。ｗＰＣＤＡＩおよびＰＵＣＡＩの両方について、安定した臨床的寛解の登録基準を満たすために、ベースラインおよび４週目に＜１０の値が必要である。
【0161】
ＩＭＰＡＣＴ ＩＩＩ：ＩＭＰＡＣＴ－ＩＩＩのアンケートは、ベースライン、ならびに４、８、および２０週目に生活の質（ＱＯＬ）を測定するために使用される。ＩＭＰＡＣＴ－ＩＩＩはＩＢＤ集団で検証されており、総スコアの信頼性に優れている（Ｏｔｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，３５：５５７－６３，２００２、Ｏｔｌｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，１２：６８４－９１，２００６）。１４４以上のスコアは、良好な生活の質を示すものとして使用される。
【0162】
ＧＳＲＳアンケート：
ＧＳＲＳアンケートを利用して、腹痛、悪心、軟便、およびガス感を含む、患者が報告した２’－ＦＬ忍容性の指標を追跡する。これらのパラメータは、最近のＲＣＴで２’－ＦＬの２０ｇの用量を受けた健康な成人ではやや増加したが、低用量の２’－ＦＬでは変動しなかった。各参加者には、各研究訪問時にＧＳＲＳアンケートが提供される。次に、各参加者は、治療（４～８週目）期中にＧＳＲＳアンケートを毎週受け取る。１５の胃腸症状の重症度は、（１）症状なし～（７）重度の症状の範囲の７ポイントのリッカートスケールで報告され、ベースライン～４週目、４週目～８週目、および８週目～２０週目の時間期間の各参加者の平均スコアが計算される。
ＧＳＲＳアンケートを利用して、腹痛、悪心、軟便、およびガス感を含む、患者が報告した２’－ＦＬ忍容性の指標を追跡する。これらのパラメータは、最近のＲＣＴで２’－ＦＬの２０ｇの用量を受けた健康な成人ではやや増加したが、低用量の２’－ＦＬでは変動しなかった。各参加者には、各研究訪問時にＧＳＲＳアンケートが提供される。次に、各参加者は、治療（４～８週目）期中にＧＳＲＳアンケートを毎週受け取る。１５の胃腸症状の重症度は、（１）症状なし～（７）重度の症状の範囲の７ポイントのリッカートスケールで報告され、ベースライン～４週目、４週目～８週目、および８週目～２０週目の時間期間の各参加者の平均スコアが計算される。
【0163】
毎日の食物繊維摂取量を含む通常の食事：
３回の予告なしの２４時間食事思い出しインタビューを、ベースライン、ならびに４および８週目に行い、通常の繊維摂取量の層内（高／低）での患者の無作為化、および通常の食事の違いが２’ＦＬに対する応答の違いに関連するかどうかを決定することを可能にする。食事の思い出しは、ＵＳＤＡの自動マルチパス方式（ＡＭＰＭ）を使用して専門家のインタビュアーによって実施され、参加者によって報告された食品および量の正確かつ一貫した記録を確実にする（Ｍｏｓｈｆｅｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｎｕｔｒ，８８：３２４－３２，２００８）。研究用の栄養データシステム（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｓｙｓｔｅｍｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）（ＮＤＳＲ）（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）ソフトウェアおよび食品データベースを使用して、１日の総エネルギー、主要栄養素、繊維摂取量、ならびに摂取された食品群品目を評価する（Ｓｉｅｖｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｃｌｉｎ Ｔｒｉａｌｓ，１０：４１６－２５，１９８９）。患者は、研究の過程で安定した食事を維持するように奨励される。
３回の予告なしの２４時間食事思い出しインタビューを、ベースライン、ならびに４および８週目に行い、通常の繊維摂取量の層内（高／低）での患者の無作為化、および通常の食事の違いが２’ＦＬに対する応答の違いに関連するかどうかを決定することを可能にする。食事の思い出しは、ＵＳＤＡの自動マルチパス方式（ＡＭＰＭ）を使用して専門家のインタビュアーによって実施され、参加者によって報告された食品および量の正確かつ一貫した記録を確実にする（Ｍｏｓｈｆｅｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ａｍ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｎｕｔｒ，８８：３２４－３２，２００８）。研究用の栄養データシステム（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｄａｔａ Ｓｙｓｔｅｍｓ ｆｏｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ）（ＮＤＳＲ）（Ｎｕｔｒｉｔｉｏｎ Ｃｏｏｒｄｉｎａｔｉｎｇ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｍｉｎｎｅｓｏｔａ，Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ，ＭＮ）ソフトウェアおよび食品データベースを使用して、１日の総エネルギー、主要栄養素、繊維摂取量、ならびに摂取された食品群品目を評価する（Ｓｉｅｖｅｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｃｌｉｎ Ｔｒｉａｌｓ，１０：４１６－２５，１９８９）。患者は、研究の過程で安定した食事を維持するように奨励される。
【0164】
血漿サイトカインおよび糞便カルプロテクチン：
血漿サイトカインおよび糞便カルプロテクチンを測定して、それぞれ、全身性および粘膜の炎症を評価する。先天性および適応免疫応答を表す１３の血漿サイトカインを、高感度ビーズベースのマルチプレックスアッセイを使用して測定する。糞便カルプロテクチンは、他の利用可能なアッセイキットよりも広いダイナミックレンジにわたって優れた直線性を示したモノクローナル抗体ベースのＥＬＩＳＡを使用して測定される。
血漿サイトカインおよび糞便カルプロテクチンを測定して、それぞれ、全身性および粘膜の炎症を評価する。先天性および適応免疫応答を表す１３の血漿サイトカインを、高感度ビーズベースのマルチプレックスアッセイを使用して測定する。糞便カルプロテクチンは、他の利用可能なアッセイキットよりも広いダイナミックレンジにわたって優れた直線性を示したモノクローナル抗体ベースのＥＬＩＳＡを使用して測定される。
【0165】
統計上の検討
目的１の研究では、２’－ＦＬの投与が、維持抗ＴＮＦ療法を受けている安定した寛解期のＣＤおよびＵＣ患者において安全かつ忍容性が高いかどうかを決定する。目的２の研究は、微生物群集をより大きなＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量および酪酸産生にシフトし、血漿サイトカインおよび糞便カルプロテクチンによってそれぞれ測定される全身性および粘膜の炎症を低減する際の２’－ＦＬの有効性の指標に焦点を当てる。これには、糞便微生物のメタゲノミクス、メタトランスクリプトミクス、およびメタボロミクスが含まれる。これらは４、８、２０週目に試験される。現在のＰＲＯＴＥＣＴ、ＲＩＳＫ、およびＨＭＰ２の研究と同じ方法論が用いられる（Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ ＨＭＰＲＮＣ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１６：２７６－８９，２０１４）。
目的１の研究では、２’－ＦＬの投与が、維持抗ＴＮＦ療法を受けている安定した寛解期のＣＤおよびＵＣ患者において安全かつ忍容性が高いかどうかを決定する。目的２の研究は、微生物群集をより大きなＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量および酪酸産生にシフトし、血漿サイトカインおよび糞便カルプロテクチンによってそれぞれ測定される全身性および粘膜の炎症を低減する際の２’－ＦＬの有効性の指標に焦点を当てる。これには、糞便微生物のメタゲノミクス、メタトランスクリプトミクス、およびメタボロミクスが含まれる。これらは４、８、２０週目に試験される。現在のＰＲＯＴＥＣＴ、ＲＩＳＫ、およびＨＭＰ２の研究と同じ方法論が用いられる（Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ ＨＭＰＲＮＣ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１６：２７６－８９，２０１４）。
【0166】
目的１：ＩＢＤの栄養補助食品としての２’－ＦＬの用量依存的な安全性および忍容性を定義する。２’－ＦＬは寛解期のＩＢＤ患者の栄養補助食品として安全かつ忍容性が高いことが予想される。
【0167】
主要目的１のエンドポイント：４～８週目の各投与群内での２’－ＦＬまたはグルコース補充による忍容性のＧＳＲＳ症状スコアの変化。
【0168】
副次的目的１のエンドポイント（複数可）：ＣＤ患者にはｗＰＣＤＡＩ、ＵＣ患者にはＰＵＣＡＩ、血漿サイトカイン、および糞便カルプロテクチンを使用した臨床的再発。
【0169】
目的２：ＩＢＤの栄養補助食品としての２’－ＦＬの用量依存的な有効性を定義する。２’－ＦＬは用量依存様式で糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量および酪酸を増加させることが予想される。
【0170】
主要目的２のエンドポイント：４～８週目の各投与群内での２’－ＦＬまたはグルコース補充による糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ属存在量の変化。
【0171】
副次的目的２のエンドポイント：４～８週目の各投与群内での２’－ＦＬまたはグルコース補充による、酪酸を含む糞便ＳＣＦＡ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅを含む炎症促進性分類群、血漿サイトカイン、および糞便カルプロテクチンの変化。
【0172】
試料サイズの決定
目的２で説明したように、ＣＤまたはＵＣ内の２’－ＦＬ投与群あたり２０人の参加者の試料サイズは、主要有効性エンドポイントである糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの増加に基づく。目的１の主要エンドポイントは、２’－ＦＬ投与群およびグルコースプラセボ群の各々におけるＧＳＲＳ忍容性スコアの平均変化である。健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴでは、投与群あたり１０人の参加者が、２ｇのグルコースプラセボ群と比較して、２０ｇの２’－ＦＬ群で軽度のＧＩ症状の増加を示すのに十分であった。これには、２０ｇの２’－ＦＬ群における排便の平均（ＳＤ）毎日頻度の１．３（０．３）から１．６（０．４）への増加が含まれる。２’－ＦＬ投与群あたり２０人のＣＤまたはＵＣ参加者がおり、ベースラインの総ＧＳＲＳスコアが２．５、そしてプラセボでは変化がないと仮定すると、ａ＝０．０５（両面）および検出力＝０．８０で、１ｇの２’－ＦＬで０．２単位、５ｇの２’－ＦＬで０．７単位、１０ｇの２’－ＦＬで１．２５単位ほど小さい総ＧＳＲＳスコアで、線形変化についての投与群間の違いが検出されるはずである。加えて、平均差／標準偏差（すなわち、標準化された効果サイズ）が１．２５を超えない場合、統計的検出力は、最初の１０人の対象がプラセボおよび１ｇの２’－ＦＬに無作為化された後に総ＧＳＲＳスコアにおいて２倍増加の検出が検出されることを可能にするには十分である。例えば、統計的検出力は、プールされた標準偏差がＳＤ＝２を超えない場合、プラセボと１ｇの２’－ＦＬとの間の総ＧＳＲＳスコアの２．５の差を検出するのに十分なはずである。プラセボに無作為化されたより大きな数を考えると、より大きな検出力が段階２で実現される。２０％の中断率または評価不能率が想定されているため、１００人のＣＤおよび１００人のＵＣ参加者が登録される。
目的２で説明したように、ＣＤまたはＵＣ内の２’－ＦＬ投与群あたり２０人の参加者の試料サイズは、主要有効性エンドポイントである糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの増加に基づく。目的１の主要エンドポイントは、２’－ＦＬ投与群およびグルコースプラセボ群の各々におけるＧＳＲＳ忍容性スコアの平均変化である。健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴでは、投与群あたり１０人の参加者が、２ｇのグルコースプラセボ群と比較して、２０ｇの２’－ＦＬ群で軽度のＧＩ症状の増加を示すのに十分であった。これには、２０ｇの２’－ＦＬ群における排便の平均（ＳＤ）毎日頻度の１．３（０．３）から１．６（０．４）への増加が含まれる。２’－ＦＬ投与群あたり２０人のＣＤまたはＵＣ参加者がおり、ベースラインの総ＧＳＲＳスコアが２．５、そしてプラセボでは変化がないと仮定すると、ａ＝０．０５（両面）および検出力＝０．８０で、１ｇの２’－ＦＬで０．２単位、５ｇの２’－ＦＬで０．７単位、１０ｇの２’－ＦＬで１．２５単位ほど小さい総ＧＳＲＳスコアで、線形変化についての投与群間の違いが検出されるはずである。加えて、平均差／標準偏差（すなわち、標準化された効果サイズ）が１．２５を超えない場合、統計的検出力は、最初の１０人の対象がプラセボおよび１ｇの２’－ＦＬに無作為化された後に総ＧＳＲＳスコアにおいて２倍増加の検出が検出されることを可能にするには十分である。例えば、統計的検出力は、プールされた標準偏差がＳＤ＝２を超えない場合、プラセボと１ｇの２’－ＦＬとの間の総ＧＳＲＳスコアの２．５の差を検出するのに十分なはずである。プラセボに無作為化されたより大きな数を考えると、より大きな検出力が段階２で実現される。２０％の中断率または評価不能率が想定されているため、１００人のＣＤおよび１００人のＵＣ参加者が登録される。
【0173】
インフリキシマブを受け、糞便カルプロテクチンレベルが＜２５０μｇ／ｇの小児および若年成人のＣＤ患者からのショットガンメタゲノム配列データを調べると、この研究でのＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量のベースライン変動はＳＤ＝１０．６％に達する可能性があることを示す（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５）。試料サイズの決定は、次の仮定に基づいて実施された：ベースライン平均Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量６．８％、平均Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量で予想される線形用量応答がプラセボで６．８％、１ｇの２－ＦＬで７．６％、５ｇの２－ＦＬで１０．７％、そして１０ｇの２－ＦＬで１４．６％、およびＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量のプールされた標準偏差１０．６％、ならびに投与群への均等割り付け。したがって、ａ＝０．０５（両側）および検出力＝０．８０の場合、各群において合計２０人の患者により、成人について報告されたレベルに対応するレベルでの介入に対する平均差の検出が可能となる。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の変動が健康な成人で観察される変動に近い場合、より大きな検出力が実現する。
【0174】
関連する生物学的変数の検討
２’－ＦＬの安全性および有効性に影響を及ぼす可能性のある生物学的変数には、年齢、性別、人種／民族、ＦＵＴ２分泌型の状態、ＣＤまたはＵＣのＩＢＤ診断、食物繊維摂取量、糞便カルプロテクチンによって測定される粘膜炎症、およびベースライン微生物群集が含まれる（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５、Ｃｕｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，６０：１６３１－８，２０１５、Ｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＩＳＭＥ Ｊ，８：２１９３－２０６，２０１４、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，６：ｅ２０１１３，２０１１）。これらのうち、ＣＤまたはＵＣのＩＢＤ診断および食物繊維摂取量が最大の効果を有する可能性がある。したがって、ＣＤまたはＵＣの十分な参加者を各投与群に登録して、これらを独立して評価し、登録は通常の食物繊維摂取量について４つの群間で均衡をとる。１１歳以上の同数の男女、およびＩＢＤ人口全体に比例した白人（９０％）およびアフリカ系アメリカ人（１０％）の対象が登録される。
２’－ＦＬの安全性および有効性に影響を及ぼす可能性のある生物学的変数には、年齢、性別、人種／民族、ＦＵＴ２分泌型の状態、ＣＤまたはＵＣのＩＢＤ診断、食物繊維摂取量、糞便カルプロテクチンによって測定される粘膜炎症、およびベースライン微生物群集が含まれる（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５、Ｃｕｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｆｅｃｔ Ｄｉｓ，６０：１６３１－８，２０１５、Ｔｏｎｇ ｅｔ ａｌ．，ＩＳＭＥ Ｊ，８：２１９３－２０６，２０１４、Ｗａｃｋｌｉｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ Ｏｎｅ，６：ｅ２０１１３，２０１１）。これらのうち、ＣＤまたはＵＣのＩＢＤ診断および食物繊維摂取量が最大の効果を有する可能性がある。したがって、ＣＤまたはＵＣの十分な参加者を各投与群に登録して、これらを独立して評価し、登録は通常の食物繊維摂取量について４つの群間で均衡をとる。１１歳以上の同数の男女、およびＩＢＤ人口全体に比例した白人（９０％）およびアフリカ系アメリカ人（１０％）の対象が登録される。
【0175】
分析対象集団
一次分析はプロトコルごとに行われ、無作為化された３０の２’－ＦＬの用量のうちの少なくとも２４を摂取した患者のみが含まれる（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。二次分析は、治療の意図（ＩＴＴ）スキーマに基づいており、各患者は無作為化された群に含まれる。
一次分析はプロトコルごとに行われ、無作為化された３０の２’－ＦＬの用量のうちの少なくとも２４を摂取した患者のみが含まれる（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。二次分析は、治療の意図（ＩＴＴ）スキーマに基づいており、各患者は無作為化された群に含まれる。
【0176】
統計分析
一般的なアプローチ
記述統計およびグラフ分析を使用して、各時点での４つの群全体のＧＳＲＳ忍容性スコア、臨床的再発率、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、およびＱｏＬを記載する。
一般的なアプローチ
記述統計およびグラフ分析を使用して、各時点での４つの群全体のＧＳＲＳ忍容性スコア、臨床的再発率、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、およびＱｏＬを記載する。
【0177】
主要目的のエンドポイントの分析
主要な安全性の結果は、記述統計を利用し、グラフ分析は、各時点での４つの群全体の臨床的再発率、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、ならびに腹痛、悪心、軟便、およびガス感の忍容性スコアを記載するために使用する。忍容性の主な決定は、健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴで利用された忍容性と同じ指標である胃腸症状評価尺度（ＧＳＲＳ）に基づく（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。４～８週目のグルコースプラセボ群内の臨床的再発率およびＧＳＲＳの変化を利用して、２’－ＦＬの各用量の安全性および忍容性を評価する。グルコースプラセボ群と比較して、ＣＤまたはＵＣの２’－ＦＬ投与群においてＧＳＲＳの２倍増加が観察された場合、その用量は十分に忍容されなかったと結論づけられる。グルコースプラセボ群で観察された臨床的再発率を超えて、ＣＤまたはＵＣの２’－ＦＬ投与群でさらに２人の対象が臨床的再発を経験した場合、その用量は安全ではないと結論づけられる。
主要な安全性の結果は、記述統計を利用し、グラフ分析は、各時点での４つの群全体の臨床的再発率、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、ならびに腹痛、悪心、軟便、およびガス感の忍容性スコアを記載するために使用する。忍容性の主な決定は、健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴで利用された忍容性と同じ指標である胃腸症状評価尺度（ＧＳＲＳ）に基づく（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。４～８週目のグルコースプラセボ群内の臨床的再発率およびＧＳＲＳの変化を利用して、２’－ＦＬの各用量の安全性および忍容性を評価する。グルコースプラセボ群と比較して、ＣＤまたはＵＣの２’－ＦＬ投与群においてＧＳＲＳの２倍増加が観察された場合、その用量は十分に忍容されなかったと結論づけられる。グルコースプラセボ群で観察された臨床的再発率を超えて、ＣＤまたはＵＣの２’－ＦＬ投与群でさらに２人の対象が臨床的再発を経験した場合、その用量は安全ではないと結論づけられる。
【0178】
主要な有効性の結果は、補充前後の糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の投与群間の平均変化の違いである。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の違いは、目的１に記載されるように平均変化についての試験を提供する時間と治療の相互作用項で線形混合効果回帰を使用して調べられる。特定の投与群間の違いに関する事後試験は、２－ＦＬ用量の増加の線形傾向の特定に焦点を当てた線形対比を使用して比較される。試験は、ＣＤおよびＵＣ患者に対して別個に行われる。高次元データの分類および統計学習アプローチを使用して、２’－ＦＬ補充に対する微生物群構造の違いを特定する。
【0179】
副次的目的のエンドポイントの分析
副次的安全性および忍容性の結果は、補充前後の疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、忍容性スコア、およびＱｏＬの投与群間の平均変化の違いを調べる。違いは、平均変化についての試験を提供する時間と治療の相互作用項で線形混合効果回帰（ＬＭＥＲ）を使用して調べられる。特定の投与群間の違いに関する事後試験は、より高い用量レベルで安全性および忍容性に影響があるかを特定することに焦点を当てた線形対比を使用して比較される。疾患表現型による治療に対する応答の違いを評価するために、試験は、ＣＤおよびＵＣ患者に対して別個に行われる。かなりの違いが観察される場合、相互作用の形式試験が行われる。１２週目に収集された安全性および忍容性の指標は、フォローアップ時の症状の安定性を調べるためにＬＭＥＲフレームワークに組み込まれている。ＬＭＥＲフレームワークを使用して、対象内の観察を入れ子にし、投与群に応じて傾斜の違いを試験することにより、ＧＳＲＳからの忍容性の毎週の変化率の違いを試験する。時間との潜在的な非線形関連は、グラフアプローチおよびモデル適合統計を使用して特定され、必要に応じて多項式項または制限３次スプラインを使用してモデル化される。フィッシャーの正確確率検定を使用して、２’－ＦＬ介入群の各々の間の８週目の臨床的再発率の違いを比較する。４～８週目の再発回数の用量内比較は、対応のあるデータの正確な試験を使用して行われる。健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴに基づいて、２’－ＦＬの３つの用量の各々は、ＣＤおよびＵＣの両方の群のグルコースプラセボと比較して安全かつ忍容性が高いと予想される。ＦＵＴ２分泌型および非分泌型は、２’－ＦＬの各用量について安全性および忍容性について同様のプロファイルを示すと予想される。
副次的安全性および忍容性の結果は、補充前後の疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、忍容性スコア、およびＱｏＬの投与群間の平均変化の違いを調べる。違いは、平均変化についての試験を提供する時間と治療の相互作用項で線形混合効果回帰（ＬＭＥＲ）を使用して調べられる。特定の投与群間の違いに関する事後試験は、より高い用量レベルで安全性および忍容性に影響があるかを特定することに焦点を当てた線形対比を使用して比較される。疾患表現型による治療に対する応答の違いを評価するために、試験は、ＣＤおよびＵＣ患者に対して別個に行われる。かなりの違いが観察される場合、相互作用の形式試験が行われる。１２週目に収集された安全性および忍容性の指標は、フォローアップ時の症状の安定性を調べるためにＬＭＥＲフレームワークに組み込まれている。ＬＭＥＲフレームワークを使用して、対象内の観察を入れ子にし、投与群に応じて傾斜の違いを試験することにより、ＧＳＲＳからの忍容性の毎週の変化率の違いを試験する。時間との潜在的な非線形関連は、グラフアプローチおよびモデル適合統計を使用して特定され、必要に応じて多項式項または制限３次スプラインを使用してモデル化される。フィッシャーの正確確率検定を使用して、２’－ＦＬ介入群の各々の間の８週目の臨床的再発率の違いを比較する。４～８週目の再発回数の用量内比較は、対応のあるデータの正確な試験を使用して行われる。健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴに基づいて、２’－ＦＬの３つの用量の各々は、ＣＤおよびＵＣの両方の群のグルコースプラセボと比較して安全かつ忍容性が高いと予想される。ＦＵＴ２分泌型および非分泌型は、２’－ＦＬの各用量について安全性および忍容性について同様のプロファイルを示すと予想される。
【0180】
ＬＭＥＲは、補充前後の糞便カルプロテクチン、ＧＩ症状忍容性スコア、血漿サイトカイン、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅを含む副次的有効性結果の平均差を試験するためにも使用される。健康な成人の最近のＲＣＴに基づいて、１０ｇの用量の２’－ＦＬを補充してから８週目に、糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の２倍の増加、およびＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｃａｅを含むＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ ｐｈｙｌｕｍ内の分類群の大幅な低減を検出することが予想される。最近の小児ＣＤ研究は、糞便カルプロテクチンによって測定された粘膜炎症の低減にもかかわらず、８週間にわたる抗ＴＮＦ誘導療法の全体的な平均（ＳＤ）糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量に変化がないことを示した（ベースライン：６．５（１４．８）対８週目：６．８（１０．６））。したがって、２’－ＦＬ応答の特異性を示すグルコース補充による糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量に変化はなく、用量依存性を示す１ｇおよび５ｇの２’－ＦＬの用量では変化が少ないと予想される。糞便ＳＣＦＡ産生微生物の増加と一致して、ＳＦＣＡ分析では、２’－ＦＬの補充による糞便酪酸濃度の有意な増加が検出されると予想される。乳児用粉乳の２’－ＦＬ補充は、健康な新生児の循環血漿サイトカインを低減することが示されたため、２’－ＦＬ補充は、用量依存様式で血漿サイトカインおよび糞便カルプロテクチンの両方も低減し、グルコース補充では変化はないと予想される。ＦＵＴ２非分泌型は、２’－ＦＬ補充の利益が大きくなる傾向を示すと予想される。
【0181】
安全性分析
ＩｍｐｒｏｖｅＣａｒｅＮｏｗ（ＩＣＮ）Ｑｕａｌｉｔｙ Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅのために収集されたＩＢＤ患者集団管理レポートからのデータに基づいて、安定した維持抗ＴＮＦ療法を受けている患者の１０％以下が４週間にわたって臨床的再発を経験すると予想される（Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，２２：２６４１－２６４７，２０１６；Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６２：７１５－２２，２０１６）。２－’ＦＬの３つの用量の各々およびグルコースプラセボついて、臨床的再発を経験する対象の数が決定される。ＣＤまたはＵＣのグルコースプラセボ群内で、ＧＳＲＳアンケートを使用して収集された臨床的再発率およびＧＩ症状忍容性スコアの変化を利用して、２’－ＦＬの各用量の安全性および忍容性を評価する。プラセボ群で観察された臨床的再発率を超えて、ＣＤまたはＵＣの投与群でさらに２人の対象が臨床的再発を経験した場合、その用量は安全ではないと結論づけられる。同様に、ＧＳＲＳアンケートを使用して収集されたＧＩ症状忍容性スコアにおいて有意な２倍増加がプラセボ群と比較して観察された場合、ＣＤまたはＵＣの投与群の経験では、その用量は十分に忍容されなかったと結論づけられる。
ＩｍｐｒｏｖｅＣａｒｅＮｏｗ（ＩＣＮ）Ｑｕａｌｉｔｙ Ｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅのために収集されたＩＢＤ患者集団管理レポートからのデータに基づいて、安定した維持抗ＴＮＦ療法を受けている患者の１０％以下が４週間にわたって臨床的再発を経験すると予想される（Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｆｌａｍｍ Ｂｏｗｅｌ Ｄｉｓ，２２：２６４１－２６４７，２０１６；Ｍｉｎａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｐｅｄｉａｔｒ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｎｕｔｒ，６２：７１５－２２，２０１６）。２－’ＦＬの３つの用量の各々およびグルコースプラセボついて、臨床的再発を経験する対象の数が決定される。ＣＤまたはＵＣのグルコースプラセボ群内で、ＧＳＲＳアンケートを使用して収集された臨床的再発率およびＧＩ症状忍容性スコアの変化を利用して、２’－ＦＬの各用量の安全性および忍容性を評価する。プラセボ群で観察された臨床的再発率を超えて、ＣＤまたはＵＣの投与群でさらに２人の対象が臨床的再発を経験した場合、その用量は安全ではないと結論づけられる。同様に、ＧＳＲＳアンケートを使用して収集されたＧＩ症状忍容性スコアにおいて有意な２倍増加がプラセボ群と比較して観察された場合、ＣＤまたはＵＣの投与群の経験では、その用量は十分に忍容されなかったと結論づけられる。
【0182】
ベースライン記述統計
記述統計およびグラフ分析を使用して、研究登録時の４つの群全体の臨床的および人口統計学的特徴、ＦＵＴ２分泌型の状態および食物繊維摂取量、ベースラインＧＳＲＳ忍容性スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、糞便微生物群集および機能、ならびにＱｏｌを記載する。
記述統計およびグラフ分析を使用して、研究登録時の４つの群全体の臨床的および人口統計学的特徴、ＦＵＴ２分泌型の状態および食物繊維摂取量、ベースラインＧＳＲＳ忍容性スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、糞便微生物群集および機能、ならびにＱｏｌを記載する。
【0183】
計画中期分析
中間分析では、参加者を次の最高用量に無作為化する前に、各２’－ＦＬ用量の安全性および忍容性を評価する。患者は、段階１での無作為化がプラセボまたは１ｇに対して１：１の比率、段階２ではプラセボ１ｇ、５ｇに対して１：１：２の比率、段階３ではプラセボ１ｇ、５ｇ、１０ｇに対して１：１：２：４の比率で、予想合計２０人のＣＤおよび２０人のＵＣ参加者が各投与群に無作為化化される、段階的アプローチを使用して層内のプラセボまたは治療群に無作為化される。割り付け比率のシフトによる順次段階化により、次の最高用量で無作為化が開始される前に、最低用量群の安全性および忍容性を評価することが可能となる。投与／疾患表現型群が十分な安全性または不耐性の問題を経験した場合、その群および全てのより高い用量群への割り当ては中止される。２、４、および８の自然ブロックサイズを使用して、それぞれ、段階１、２、３で層内の投与群に患者を無作為化し、均衡を確保するために各段階で最適な無作為化を選択する。無関係な統計学者が無作為化を生成し、調剤のためにコンピューターで生成されたリストを薬局に提供する。このアプローチの利点は、より高い用量に移行する前に安全性を評価し、治療に対する応答に影響を与える可能性のある因子全体の均衡をとることを可能にすることである。試験の期間が短いことを考えると、患者を後の時点でより高い用量群に無作為化する際のバイアスの可能性はない。各段階でプラセボおよびより低い用量群に無作為化される患者を含めることにより、任意の観察されるコホート／時間効果の試験および考慮が可能になる。
中間分析では、参加者を次の最高用量に無作為化する前に、各２’－ＦＬ用量の安全性および忍容性を評価する。患者は、段階１での無作為化がプラセボまたは１ｇに対して１：１の比率、段階２ではプラセボ１ｇ、５ｇに対して１：１：２の比率、段階３ではプラセボ１ｇ、５ｇ、１０ｇに対して１：１：２：４の比率で、予想合計２０人のＣＤおよび２０人のＵＣ参加者が各投与群に無作為化化される、段階的アプローチを使用して層内のプラセボまたは治療群に無作為化される。割り付け比率のシフトによる順次段階化により、次の最高用量で無作為化が開始される前に、最低用量群の安全性および忍容性を評価することが可能となる。投与／疾患表現型群が十分な安全性または不耐性の問題を経験した場合、その群および全てのより高い用量群への割り当ては中止される。２、４、および８の自然ブロックサイズを使用して、それぞれ、段階１、２、３で層内の投与群に患者を無作為化し、均衡を確保するために各段階で最適な無作為化を選択する。無関係な統計学者が無作為化を生成し、調剤のためにコンピューターで生成されたリストを薬局に提供する。このアプローチの利点は、より高い用量に移行する前に安全性を評価し、治療に対する応答に影響を与える可能性のある因子全体の均衡をとることを可能にすることである。試験の期間が短いことを考えると、患者を後の時点でより高い用量群に無作為化する際のバイアスの可能性はない。各段階でプラセボおよびより低い用量群に無作為化される患者を含めることにより、任意の観察されるコホート／時間効果の試験および考慮が可能になる。
【0184】
部分群分析
主要目的１の分析はプロトコルごとに行われ、無作為化された２８の２’－ＦＬ用量のうちの少なくとも２４を摂取した患者のみが含まれる（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。二次分析は、治療の意図（ＩＴＴ）スキーマに基づいており、各患者は無作為化された群に含まれる。記述統計およびグラフ分析を使用して、各時点での４つの群全体のＧＳＲＳ忍容性スコア、臨床的再発率、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、およびＱｏｌを記載する。安全性および忍容性の結果は、補充前後のＧＳＲＳ、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、およびＱｏｌの投与群間の平均変化の違いを調べる。臨床的再発は、４～８週目に、ｗＰＣＤＡＩに２０ポイント以上、およびＰＵＣＡＩに１５ポイント以上の増加があると定義される（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４、Ｈｏｌｓｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ；２０１５，１４５：２０２５－３２、Ｓｃｈｉｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１６７：１１２５－１１３６ ｅ８，２０１６、Ｗｉｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ，４１：Ｄ８０１－７，２０１３）。ＣＤの痛みおよび便、ならびにＵＣの便および血液の主要な患者報告結果（ＰＲＯ）要素も別個に調べる。忍容性の主な指標は、ＧＳＲＳの投与群間の平均変化である。違いは、平均変化についての試験を提供する時間と治療の相互作用項で線形混合効果回帰（ＬＭＥＲ）を使用して調べられる。４～８週目の変化を試験する一次分析（すなわち、予備－事後試験の介入）では、ケンワード－ロジャー補正を使用して、Ｆ検定および指定された非構造化相関構造の正しい自由度を得る。特定の投与群間の違いに関する事後試験は、より高い用量レベルで安全性および忍容性に影響があるかを特定することに焦点を当てた線形対比を使用して比較される。疾患表現型による治療に対する応答の違いを評価するために、試験は、ＣＤおよびＵＣ患者に対して別個に行われる。かなりの違いが観察される場合、相互作用の形式試験が行われる。１２週目に収集された安全性および忍容性の指標は、フォローアップ時の症状の安定性を調べるためにＬＭＥＲフレームワークに組み込まれている。ＬＭＥＲフレームワークを使用して、対象内の観察を入れ子にし、投与群に応じて傾斜の違いを試験することにより、ＧＳＲＳ忍容性スコアの毎週の変化率の違いを試験する。時間との潜在的な非線形関連は、グラフアプローチおよびモデル適合統計を使用して特定され、必要に応じて多項式項または制限３次スプラインを使用してモデル化される。フィッシャーの正確確率検定を使用して、２’－ＦＬ介入群の各々の間の８週目の臨床的再発率の違いを比較する。４～８週目の再発回数の用量内比較は、対応のあるデータの正確な試験を使用して行われる。健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴに基づいて、２’－ＦＬの３つの用量の各々は、ＣＤおよびＵＣの両方の群のグルコースプラセボと比較して安全かつ忍容性が高いと予想される。これは、２’－ＦＬ投与群およびグルコースプラセボ群の各々の間で、ＧＳＲＳ忍容性スコアの平均変化、または臨床的再発率に違いがないことを示すことによって決定される。
主要目的１の分析はプロトコルごとに行われ、無作為化された２８の２’－ＦＬ用量のうちの少なくとも２４を摂取した患者のみが含まれる（Ｅｌｉｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒ Ｊ Ｎｕｔｒ，１１６：１３５６－１３６８，２０１６）。二次分析は、治療の意図（ＩＴＴ）スキーマに基づいており、各患者は無作為化された群に含まれる。記述統計およびグラフ分析を使用して、各時点での４つの群全体のＧＳＲＳ忍容性スコア、臨床的再発率、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、およびＱｏｌを記載する。安全性および忍容性の結果は、補充前後のＧＳＲＳ、疾患活動指数スコア、血漿サイトカイン、糞便カルプロテクチン、およびＱｏｌの投与群間の平均変化の違いを調べる。臨床的再発は、４～８週目に、ｗＰＣＤＡＩに２０ポイント以上、およびＰＵＣＡＩに１５ポイント以上の増加があると定義される（Ｈａｂｅｒｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ，１２４：３６１７－３３，２０１４、Ｈｏｌｓｃｈｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ；２０１５，１４５：２０２５－３２、Ｓｃｈｉｒｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１６７：１１２５－１１３６ ｅ８，２０１６、Ｗｉｓｈａｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ，４１：Ｄ８０１－７，２０１３）。ＣＤの痛みおよび便、ならびにＵＣの便および血液の主要な患者報告結果（ＰＲＯ）要素も別個に調べる。忍容性の主な指標は、ＧＳＲＳの投与群間の平均変化である。違いは、平均変化についての試験を提供する時間と治療の相互作用項で線形混合効果回帰（ＬＭＥＲ）を使用して調べられる。４～８週目の変化を試験する一次分析（すなわち、予備－事後試験の介入）では、ケンワード－ロジャー補正を使用して、Ｆ検定および指定された非構造化相関構造の正しい自由度を得る。特定の投与群間の違いに関する事後試験は、より高い用量レベルで安全性および忍容性に影響があるかを特定することに焦点を当てた線形対比を使用して比較される。疾患表現型による治療に対する応答の違いを評価するために、試験は、ＣＤおよびＵＣ患者に対して別個に行われる。かなりの違いが観察される場合、相互作用の形式試験が行われる。１２週目に収集された安全性および忍容性の指標は、フォローアップ時の症状の安定性を調べるためにＬＭＥＲフレームワークに組み込まれている。ＬＭＥＲフレームワークを使用して、対象内の観察を入れ子にし、投与群に応じて傾斜の違いを試験することにより、ＧＳＲＳ忍容性スコアの毎週の変化率の違いを試験する。時間との潜在的な非線形関連は、グラフアプローチおよびモデル適合統計を使用して特定され、必要に応じて多項式項または制限３次スプラインを使用してモデル化される。フィッシャーの正確確率検定を使用して、２’－ＦＬ介入群の各々の間の８週目の臨床的再発率の違いを比較する。４～８週目の再発回数の用量内比較は、対応のあるデータの正確な試験を使用して行われる。健康な成人の最近の２’－ＦＬ ＲＣＴに基づいて、２’－ＦＬの３つの用量の各々は、ＣＤおよびＵＣの両方の群のグルコースプラセボと比較して安全かつ忍容性が高いと予想される。これは、２’－ＦＬ投与群およびグルコースプラセボ群の各々の間で、ＧＳＲＳ忍容性スコアの平均変化、または臨床的再発率に違いがないことを示すことによって決定される。
【0185】
主要目的２の分析はプロトコルごとに行われ、無作為化された２８の用量のうちの少なくとも２４の補充を含む全ての研究手順を完了した患者のみが含まれる。二次分析は、治療の意図（ＩＴＴ）スキーマに基づいており、各患者は無作為化された群に含まれる。記述統計を使用して、４つの群間の微生物叢の分類学的および機能的プロファイル、糞便ＳＣＦＡ、血漿サイトカイン、ならびに糞便カルプロテクチンの違いを示す。主要な有効性の結果は、補充前後の糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の投与群間の平均変化の違いである。Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の違いは、目的１に記載されるように平均変化についての試験を提供する時間と治療の相互作用項で線形混合効果回帰（ＬＭＥＲ）を使用して調べられる。特定の投与群間の違いに関する事後試験は、２－ＦＬ用量の増加の線形傾向の特定に焦点を当てた線形対比を使用して比較される。異なる投与量群間でＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの相対存在量を比較することに加えて、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍの患者内変動の違いも、分散の均一性のフリグナー－キリーン検定を使用して評価される。これらの相対的な変化は、その後、ｑＰＣＲによる絶対存在量測定値の変化と比較される。試験は、ＣＤおよびＵＣ患者に対して別個に行われる。さらに、ブレイ－カーティス距離を用いた主座標分析を使用して、全体的な群集構成の違いを調査する。これに続いて、２’－ＦＬ補充への応答に関連する特定の分類学的および機能的な微生物の特徴が特定される。この目的に向けて、微生物群集データに適合した線形モデル化システムが使用され、年齢、民族、および性別などのマイクロバイオームに影響を与える主要な因子を制御し、同じ患者からの複数の試料を考慮する（ＭａＡｓｌｉｎ：ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ．ｓｐｈ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｍａａｓｌｉｎ）。さらに、患者群の株レベルの違いは、十分な被覆度およびそれらの機能的意味を有する種のＳＮＰプロファイルを比較することによって調べられる。ＬＭＥＲは、補充前後の糞便カルプロテクチン、ＧＳＲＳ忍容性スコア、血漿サイトカイン、ＳＣＦＡ、およびＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅを含む副次的有効性結果の平均差を試験するためにも使用される。健康な成人の最近のＲＣＴに基づいて、１０ｇの用量の２’－ＦＬを補充してから８週目に、糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の２倍の増加、およびＥｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｃａｅを含むＰｒｏｔｅｏｂａｃｔｅｒｉａ ｐｈｙｌｕｍ内の分類群の大幅な低減を検出することが予想される。最近の小児ＣＤ研究は、糞便カルプロテクチンによって測定された粘膜炎症の低減にもかかわらず、８週間にわたる抗ＴＮＦ誘導療法の糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量に変化がないことを示した（Ｌｅｗｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｈｏｓｔ Ｍｉｃｒｏｂｅ，１８：４８９－５００，２０１５）。したがって、２’－ＦＬ応答の特異性を示す２’－ＦＬ補充の患者とは対照的に、グルコース補充の患者では糞便Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ存在量の変動の程度が小さくなり、１ｇおよび５ｇの２’－ＦＬ用量では変化が少ない。代謝物分析により、１０ｇの２’－ＦＬ補充で糞便酪酸濃度の有意な増加が検出されると予想される。乳児用粉乳の２’－ＦＬ補充は、健康な新生児の循環血漿サイトカインを低減することが最近示さたため、２’－ＦＬ補充は、用量依存様式で血漿サイトカインおよび糞便カルプロテクチンの両方も低減し、グルコース補充では変化はないと予想される（Ｇｏｅｈｒｉｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｎｕｔｒ，１４６：２５５９－２５６６，２０１６）。これに続いて、ＳＣＦＡ、糞便カルプロテクチン、および血漿サイトカインの変化に関連する細菌種および機能の群を特定するために、階層的総当たり（Ａｌｌ－ａｇａｉｎｓｔ－Ａｌｌ）有意性試験（ＨＡｌｌＡ：ｈｕｔｔｅｎｈｏｗｅｒ．ｓｐｈ．ｈａｒｖａｒｄ．ｅｄｕ／ｈａｌｌａ）を行う。ＦＵＴ２非分泌型は、２’－ＦＬ補充の利益が大きくなる傾向を示すと予想される。
【0186】
探索分析
年齢、性別、人種、４週目の糞便カルプロテクチンおよび微生物叢、通常の繊維摂取量、ならびにＦＵＴ２分泌型の状態の効果は、多施設ＲＣＴの設計を導くために探索様式で試験される。記述統計が計算され、モデルはこれらの部分群の各々に個別に適合し、重要な違いが観察された場合に相互作用の形式試験が考慮される。
年齢、性別、人種、４週目の糞便カルプロテクチンおよび微生物叢、通常の繊維摂取量、ならびにＦＵＴ２分泌型の状態の効果は、多施設ＲＣＴの設計を導くために探索様式で試験される。記述統計が計算され、モデルはこれらの部分群の各々に個別に適合し、重要な違いが観察された場合に相互作用の形式試験が考慮される。
【0187】
他の実施形態
本明細書に開示される特徴の全てが任意の組み合わせで組み合わせることができる。本明細書で開示される各特徴は、同じ、同等の、または同様の目的を果たす代替の特徴に置き換えることができる。したがって、特に明記しない限り、開示される各特徴は、単に一般的な一連の同等または同様の特徴の一例である。
本明細書に開示される特徴の全てが任意の組み合わせで組み合わせることができる。本明細書で開示される各特徴は、同じ、同等の、または同様の目的を果たす代替の特徴に置き換えることができる。したがって、特に明記しない限り、開示される各特徴は、単に一般的な一連の同等または同様の特徴の一例である。
【0188】
上記の説明から、当業者は本開示の本質的な特徴を容易に確認することができ、その趣旨および範囲から逸脱することなく、本開示の様々な変更および修正を行い、様々な用途および条件に適合させることができる。したがって、他の実施形態も特許請求の範囲内である。
【0189】
等価物
本明細書でいくつかの発明の実施形態を説明し図示したが、当業者は、機能を実施し、かつ／または結果を得るための様々な他の手段および／もしくは構造、ならびに／または本明細書に記載される利点の１つ以上を容易に想定し、そのような変形および／または修正の各々は、本明細書に記載される本発明の実施形態の範囲内であるとみなされる。より一般的に、当業者は、本明細書に記載される全てのパラメータ、寸法、材料、および構成が例示であることを意味し、実際のパラメータ、寸法、材料、および／または構成が本発明の教示が使用される特定の用途（複数可）に依存することを容易に理解するであろう。当業者は、日常的な実験のみを使用して、本明細書に記載される特定の発明の実施形態に対する多くの同等物を認識するか、または確認することができるであろう。したがって、前述の実施形態は単に例として提示されており、添付の特許請求の範囲およびその等価物の範囲内で、本発明の実施形態が具体的に説明および特許請求される以外の方法で実施することができることを理解されたい。本開示の発明の実施形態は、本明細書に記載される各個々の特徴、システム、物品、材料、キット、および／または方法を対象とする。加えて、そのような特徴、システム、物品、材料、キット、および／または方法が相互に矛盾しない場合、２つ以上のそのような機能、システム、物品、材料、キット、および／または方法の任意の組み合わせが本開示の発明の範囲内に含まれる。
本明細書でいくつかの発明の実施形態を説明し図示したが、当業者は、機能を実施し、かつ／または結果を得るための様々な他の手段および／もしくは構造、ならびに／または本明細書に記載される利点の１つ以上を容易に想定し、そのような変形および／または修正の各々は、本明細書に記載される本発明の実施形態の範囲内であるとみなされる。より一般的に、当業者は、本明細書に記載される全てのパラメータ、寸法、材料、および構成が例示であることを意味し、実際のパラメータ、寸法、材料、および／または構成が本発明の教示が使用される特定の用途（複数可）に依存することを容易に理解するであろう。当業者は、日常的な実験のみを使用して、本明細書に記載される特定の発明の実施形態に対する多くの同等物を認識するか、または確認することができるであろう。したがって、前述の実施形態は単に例として提示されており、添付の特許請求の範囲およびその等価物の範囲内で、本発明の実施形態が具体的に説明および特許請求される以外の方法で実施することができることを理解されたい。本開示の発明の実施形態は、本明細書に記載される各個々の特徴、システム、物品、材料、キット、および／または方法を対象とする。加えて、そのような特徴、システム、物品、材料、キット、および／または方法が相互に矛盾しない場合、２つ以上のそのような機能、システム、物品、材料、キット、および／または方法の任意の組み合わせが本開示の発明の範囲内に含まれる。
【0190】
本明細書で定義および使用される全ての定義は、辞書の定義、参照により組み込まれる文書の定義、および／または定義された用語の通常の意味に対して優先すると理解されるべきである。
【0191】
本明細書に開示される全ての参照、特許、および特許出願は、各々が引用される主題に関して参照により組み込まれ、場合によっては文書全体を包含する場合がある。
【0192】
本明細書および特許請求の範囲において本明細書で使用される不定冠詞「ａ」および「ａｎ」は、そうでないと明確に示されない限り、「少なくとも１つ」を意味すると理解されるべきである。
【0193】
本明細書および特許請求の範囲において本明細書で使用される、語句「および／または」は、そのように結合された要素、すなわち、場合によっては結合的に存在し、他の場合では選言的に存在する要素の「いずれかまたは両方」を意味すると理解されるべきである。「および／または」で列記される複数の要素は、同じように解釈されるべきである、すなわち、要素の「１つ以上」がそのように結合される。具体的に特定されるそれらの要素に関連するかまたは関係しないかにかかわらず、「および／または」節によって具体的に特定される要素以外に、他の要素が任意選択で存在してもよい。したがって、非限定的な例として、「含む」などの非限定言語と組み合わせて使用される場合、「Ａおよび／またはＢ」への言及は、一実施形態では、Ａのみ（任意選択で、Ｂ以外の要素を含む）、別の実施形態では、Ｂのみ（任意選択でＡ以外の要素を含む）、さらに別の実施形態では、ＡおよびＢの両方（任意選択で他の要素を含む）を指し得る。
【0194】
本明細書および特許請求の範囲において本明細書で使用される、「または」は、上記で定義された「および／または」と同じ意味を有すると理解されるべきである。例えば、リスト内の項目を分離する場合、「または」または「および／または」は包括的、すなわち、いくつかの要素または要素のリストのうちの少なくとも１つを含むが２つ以上、および任意選択で、追加の列記されていない項目も含むと解釈されるものとする。「のうちの１つのみ」または「のうちの正確に１つ」、または特許請求の範囲で使用される場合、「からなる」などのそうでないと明確に示される用語のみが、いくつかの要素または要素のリストのうちの正確に１つの要素を含むことを指す。一般に、本明細書で使用される「または」という用語は、「いずれか」、「のうちの１つ」、「のうちの１つのみ」、または「のうちの正確に１つ」などの排他性の用語が先行する場合、排他的な代替案（すなわち、「一方もしくは他方であるが、両方ではな）を示すものとのみ解釈されるべきである。特許請求の範囲で使用される場合、「本質的にからなる」は、特許法の分野で使用される通常の意味を有するものとする。
【0195】
本明細書および特許請求の範囲において本明細書で使用される、１つ以上の要素のリストに関して「少なくとも１つ」という語句は、要素のリスト内の要素のうちのいずれか１つ以上から選択される少なくとも１つの要素を意味するが、要素のリスト内に具体的に列記されている各および全ての要素のうちの少なくとも１つを必ずしも含む必要はなく、要素のリスト内の要素の任意の組み合わせを除外しないと理解するべきである。また、この定義により、「少なくとも１つ」という語句が指す要素のリスト内で具体的に特定される要素以外に、具体的に特定されたそれらの要素に関連するか関連しないかどうかにかかわらず、その要素が任意選択で存在することが可能である。したがって、非限定的な例として、「ＡおよびＢのうちの少なくとも１つ」（または同等に「ＡまたはＢのうちの少なくとも１つ」、または同等に「Ａおよび／またはＢのうちの少なくとも１つ」）は、一実施形態では、少なくとも１つ、任意に２つ以上のＡを含み、Ｂが存在せず（および任意選択でＢ以外の要素を含む）、別の実施形態では、少なくとも１つ、任意選択で２つ以上のＢを含み、Ａが存在せず（および任意選択でＡ以外の要素を含む）、さらに別の実施形態では、少なくとも１つ、任意選択で２つ以上のＡを含み、少なくとも１つ、任意選択で２つ以上のＢを含む（および任意選択で他の要素を含む）などを指し得る。
【0196】
また、そうでないと明確に示されない限り、２つ以上のステップまたは行為を含む本明細書で主張される任意の方法において、方法のステップまたは行為の順序は、方法のステップまたは行為が列挙される順序に必ずしも限定されないことも理解するべきである。
【図1】
【図2】
【図3A】
【図3B】
【図3C】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【手続補正書】
【提出日】2023-02-24
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の再発リスクを軽減または低減するための方法において使用するための、２’－フコシルラクトースを含む組成物であって、前記方法は、それを必要とする対象に有効量の前記２’－フコシルラクトースを投与することを含み、前記対象は、ＩＢＤの寛解期にあり、かつ抗ＴＮＦ療法である抗炎症療法を受けたか、または受けているヒトＩＢＤ患者であり、前記２’－フコシルラクトース化合物は、短鎖脂肪酸を産生する腸内微生物の存在量を増加させるかつ／またはヒト患者の腸内カルプロテクチンを減少させる、組成物。