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特開2024-119822ＣＭＶ感染症及びＣＭＶ関連疾患に対する養子Ｔ細胞療法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2024119822
(43)【公開日】2024-09-03
(54)【発明の名称】ＣＭＶ感染症及びＣＭＶ関連疾患に対する養子Ｔ細胞療法
(51)【国際特許分類】
C40B 40/10 20060101AFI20240827BHJP
C07K 14/045 20060101ALI20240827BHJP
C12N 5/0783 20100101ALI20240827BHJP
C12N 1/02 20060101ALI20240827BHJP
A61K 35/17 20150101ALI20240827BHJP
A61P 31/22 20060101ALI20240827BHJP
C12N 5/0786 20100101ALN20240827BHJP
C07K 14/55 20060101ALN20240827BHJP
C12N 15/38 20060101ALN20240827BHJP
【ＦＩ】
C40B40/10
C07K14/045 ZNA
C12N5/0783
C12N1/02
A61K35/17
A61P31/22
C07K14/045
C40B40/10 ZNA
C12N5/0786
C07K14/55
C12N15/38
【審査請求】有
【請求項の数】1
【出願形態】ＯＬ
【外国語出願】
(21)【出願番号】P 2024080366
(22)【出願日】2024-05-16
(62)【分割の表示】P 2020564598の分割
【原出願日】2019-05-16
(31)【優先権主張番号】62/673,260
(32)【優先日】2018-05-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】US
(71)【出願人】
【識別番号】504200892
【氏名又は名称】ザ・カウンシル・オヴ・ザ・クイーンズランド・インスティテュート・オヴ・メディカル・リサーチ
(74)【代理人】
【識別番号】100107456
【弁理士】
【氏名又は名称】池田 成人
(74)【代理人】
【識別番号】100162352
【弁理士】
【氏名又は名称】酒巻 順一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100123995
【弁理士】
【氏名又は名称】野田 雅一
(74)【代理人】
【識別番号】100126653
【弁理士】
【氏名又は名称】木元 克輔
(72)【発明者】
【氏名】カンナ， ラジヴ
(72)【発明者】
【氏名】スミス， コーリー
(57)【要約】 （修正有）
【課題】固形臓器移植（ＳＯＴ）レシピエント、及び他のＣＭＶ関連疾患の患者におけるＣＭＶ感染症、再活性化、並びに関連する合併症及び疾患を治療するための、新しく且つ改善された方法及び組成物を提供する。
【解決手段】ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールであって、複数の特定の配列で示されるエピトープアミノ酸配列のそれぞれを含む、ペプチドプールを提供する。
【選択図】なし
【解決手段】ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールであって、複数の特定の配列で示されるエピトープアミノ酸配列のそれぞれを含む、ペプチドプールを提供する。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールであって、配列番号２５～２９、又はそれらの組合せで示されるエピトープアミノ酸配列のうちの少なくとも１つを含む、ペプチドプール。
【請求項2】
ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性ＣＭＶペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールであって、ＣＭＶ抗原ｐｐ５０、ｐｐ６５、ＩＥ－１、ｇＢ及びｇＨのそれぞれに由来する少なくとも１つのペプチドエピトープを含む、ペプチドプール。
【請求項3】
表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のうちの少なくとも１つ、又はそれらの組合せをさらに含む、請求項１又は２に記載の免疫原性ペプチドのプール。
【請求項4】
表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のそれぞれを含む、請求項１～３のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプール。
【請求項5】
前記エピトープのそれぞれが、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４１．０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０１：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０３：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０７、又はＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１１：０１から選択されるＨＬＡ特異性のうちのいずれか１つによって拘束される、請求項１～４のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプール。
【請求項6】
前記免疫原性ペプチドが、ペプチド特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の増殖を誘導することができる、請求項１～５のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプール。
【請求項7】
多機能性ＣＭＶ特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の調製物を作製する方法であって、
ａ）ＣＴＬを含む試料を単離するステップと、
ｂ）前記試料を、請求項１～６のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプールに曝露するステップと、
ｃ）前記ＣＴＬを回収するステップと
を含む方法。
ａ）ＣＴＬを含む試料を単離するステップと、
ｂ）前記試料を、請求項１～６のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプールに曝露するステップと、
ｃ）前記ＣＴＬを回収するステップと
を含む方法。
【請求項8】
前記免疫原性ペプチドのプールが、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のそれぞれから実質的になる、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
ＣＴＬを含む前記試料が、健康なドナーからの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む、請求項７又は８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項10】
ＣＴＬを含む前記試料が、免疫不全ドナーからのＰＢＭＣを含む、請求項７又は８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項11】
前記ドナーが免疫抑制療法を受けている、請求項１０に記載の方法。
【請求項12】
前記ドナーが固形臓器移植レシピエントである、請求項１０又は１１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項13】
前記ドナーが、抗ウイルス療法を受けているドナーである、請求項１０～１２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項14】
ステップｂ）の曝露された試料を少なくとも１４日間インキュベートする、請求項７～１３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項15】
ステップｂ）の曝露された試料を、０日目にＩＬ－２１と共にインキュベートすることをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
【請求項16】
ステップｂ）の曝露された試料を、２日目にＩＬ－２と共にインキュベートすることをさらに含む、請求項１４又は１５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項17】
３日ごとにＩＬ－２を添加することをさらに含む、請求項１６に記載の方法。
【請求項18】
ＣＭＶ感染症に罹患している対象に前記ＣＴＬを投与することをさらに含む、請求項７～１７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項19】
対象におけるＣＭＶ感染症を治療又は予防する方法であって、前記対象に請求項７～１７のいずれか一項に記載のＣＴＬを投与することを含む方法。
【請求項20】
請求項７から１６のいずれか一項に記載の方法によって調製されたＣＴＬ。
【請求項21】
対象におけるＣＭＶ感染症を治療又は予防する方法であって、前記対象に請求項２０に記載のＣＴＬを投与することを含む方法。
【請求項22】
前記免疫原性ペプチドのプールへの曝露が、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞の刺激及び増殖を誘導する、請求項２１に記載の方法。
【請求項23】
前記対象に投与される前記ＣＴＬが自家である、請求項２１に記載の方法。
【請求項24】
前記感染症が、再発性ＣＭＶ感染症である、請求項２１に記載の方法。
【請求項25】
前記ＣＭＶ感染症が、薬物耐性である、請求項２１又は２４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項26】
前記ＣＭＶ感染症が、ガンシクロビル耐性である、請求項２５に記載の方法。
【請求項27】
前記対象が固形臓器移植のレシピエントである、請求項２１～２６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項28】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５％がＣＤ１０７ａを発現する、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項29】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも１０％がＣＤ１０７ａを発現する、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項30】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも２０％がＣＤ１０７ａを発現する、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項31】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも６０％がＣＤ１０７ａを発現する、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項32】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも９０％がＣＤ１０７ａを発現する、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項33】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５％がＩＦＮγを発現する、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項34】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも１０％がＩＦＮγを発現する、請求項３３に記載の方法。
【請求項35】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも２０％がＩＦＮγを発現する、請求項３４に記載の方法。
【請求項36】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも６０％がＩＦＮγを発現する、請求項３５に記載の方法。
【請求項37】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも９０％がＩＦＮγを発現する、請求項３６に記載の方法。
【請求項38】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５％がＴＮＦを発現する、請求項２１～３７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項39】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも１０％がＴＮＦを発現する、請求項３８に記載の方法。
【請求項40】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも２０％がＴＮＦを発現する、請求項３９に記載の方法。
【請求項41】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも６０％がＴＮＦを発現する、請求項４０に記載の方法。
【請求項42】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも９０％がＴＮＦを発現する、請求項４１に記載の方法。
【請求項43】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも１％がＩＬ－２を発現する、請求項２１～４２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項44】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５％がＩＬ－２を発現する、請求項４３に記載の方法。
【請求項45】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも１０％がＩＬ－２を発現する、請求項４４に記載の方法。
【請求項46】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも２０％がＩＬ－２を発現する、請求項４５に記載の方法。
【請求項47】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも２０％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦを発現する、請求項２１～２７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項48】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも４３％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦを発現する、請求項４７に記載の方法。
【請求項49】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５５％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦを発現する、請求項４８に記載の方法。
【請求項50】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも９０％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦａを発現する、請求項４９に記載の方法。
【請求項51】
前記ＣＴＬが、複数のＣＭＶ抗原に由来する複数のペプチドエピトープに対して反応性を示す、前記請求項のいずれか一項に記載の方法。
【請求項52】
前記ＣＴＬが、２つ以上のＣＭＶエピトープに対して少なくとも１１％のＣＭＶ反応性を有する、請求項５１に記載の方法。
【請求項53】
前記ＣＴＬが、２つ以上のＣＭＶエピトープに対して少なくとも４３％のＣＭＶ反応性を有する、請求項５２に記載の方法。
【請求項54】
前記ＣＴＬが、２つ以上のＣＭＶエピトープに対して少なくとも４８％のＣＭＶ反応性を有する、請求項５３に記載の方法。
【請求項55】
前記ＣＴＬが、２つ以上のＣＭＶエピトープに対して少なくとも６６％のＣＭＶ反応性を有する、請求項５４に記載の方法。
【請求項56】
前記ＣＴＬが、２つ以上のＣＭＶエピトープに対して少なくとも７７％のＣＭＶ反応性を有する、請求項５５に記載の方法。
【請求項57】
前記ＣＴＬが、２つ以上のＣＭＶエピトープに対して少なくとも７９％のＣＭＶ反応性を有する、請求項５６に記載の方法。
【請求項58】
前記ＣＴＬが、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のうちのいずれか１つ、又はそれらの組合せに対して反応性である、請求項５１～５７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項59】
前記ＣＴＬが、ｐｐ５０、ｐｐ６５、ＩＥ－１、ｇＢ、ｇＨ、又はそれらの組合せのうちのいずれか１つに対して反応性である、請求項４５～５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項60】
対象におけるＣＭＶ再活性化又はＣＭＶ関連状態を治療又は予防する方法であって、前記対象に請求項２０に記載のＣＴＬを投与することを含む方法。
【請求項61】
前記ＣＴＬが自家ＣＴＬである、請求項６０に記載の方法。
【請求項62】
ＣＭＶペプチド特異的ＣＴＬによる複数のバイオマーカーの発現を分析すること、及び前記ＣＴＬによって少なくとも２つのバイオマーカーが発現される場合、前記対象に前記ＣＴＬを投与することをさらに含む、請求項６０又は６１に記載の方法。
【請求項63】
前記ＣＭＶペプチド特異的ＣＴＬによるＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ、及びＩＦＮγの発現を分析し、前記ＣＴＬのうちの少なくとも１０％がＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ、及びＩＦＮγを発現する場合、前記ペプチド特異的ＣＴＬを前記対象に投与する、請求項６２に記載の方法。
【請求項64】
前記試料中の前記ＣＭＶペプチド特異的ＣＴＬのうちの少なくとも２０％がＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ、及びＩＦＮγを発現する場合、前記ＣＴＬを投与する、請求項６３に記載の方法。
【請求項65】
前記試料中の前記増殖したペプチド特異的ＣＴＬのうちの少なくとも６０％がＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ、及びＩＦＮγを発現する場合、前記ＣＴＬを投与する、請求項６３に記載の方法。
【請求項66】
前記試料中の前記増殖したペプチド特異的ＣＴＬのうちの少なくとも９０％がＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ、及びＩＦＮγを発現する場合、前記ＣＴＬを投与する、請求項６３に記載の方法。
【請求項67】
前記ＣＭＶペプチド特異的ＣＴＬのＣＭＶ反応性を分析すること、及び前記反応性が２つ以上のエピトープに対するものであり、所定の閾値を超える場合、前記ペプチド特異的ＣＴＬを前記対象に投与することをさらに含む、請求項６０～６６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項68】
前記閾値が１１％である、請求項６７に記載の方法。
【請求項69】
前記閾値が４３％である、請求項６７に記載の方法。
【請求項70】
前記閾値が４８％である、請求項６７に記載の方法。
【請求項71】
前記閾値が６６％である、請求項６７に記載の方法。
【請求項72】
前記閾値が７７％である、請求項６７に記載の方法。
【請求項73】
前記閾値が７９％である、請求項６７に記載の方法。
【請求項74】
ステップ（ａ）において、前記試料を１つ又は複数のサイトカインと共にインキュベートする、請求項６０～７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項75】
前記試料がＰＢＭＣを含む、請求項６０～７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項76】
前記対象が免疫不全である、請求項７５に記載の方法。
【請求項77】
前記対象が免疫抑制療法を受けている、請求項７５又は７６に記載の方法。
【請求項78】
前記対象が固形臓器移植レシピエントである、請求項７５～７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項79】
前記対象が抗ウイルス療法を受けている、請求項７５～７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項80】
１用量で約１×１０７のＣＴＬを前記対象に投与することを含む、請求項２１～７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項81】
１用量で約１．５×１０７のＣＴＬを前記対象に投与することを含む、請求項２１～７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項82】
１用量で約２×１０７のＣＴＬを前記対象に投与することを含む、請求項２１～７９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項83】
前記用量を隔週で投与する、請求項８０～８２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項84】
前記対象が、ＣＴＬ投与の結果として重大な有害作用を経験しない、請求項２１～８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項85】
前記対象におけるＣＭＶウイルス量を測定することによって、養子Ｔ細胞療法の有効性を評価することをさらに含む、請求項２１～８３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項86】
ＣＴＬ投与後に前記ＣＭＶウイルス量が約８２％減少する、請求項８５に記載の方法。
【請求項87】
ＣＴＬ投与後に前記ＣＭＶウイルス量が約９５％減少する、請求項８５に記載の方法。
【請求項88】
ＣＴＬ投与後に前記ＣＭＶウイルス量が約１００％減少する、請求項８５に記載の方法。
【請求項89】
前記対象の臨床症状を改善する、請求項２１～８８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項90】
前記対象が、ＤＮＡ血症の軽減又は回復を経験する、請求項８９に記載の方法。
【請求項91】
前記対象が、ＣＭＶ関連末端臓器疾患の軽減又は消滅を経験する、請求項８９に記載の方法。
【請求項92】
前記対象が、抗ウイルス療法の中止又は使用の減少を経験する、請求項８９に記載の方法。
【請求項93】
固形臓器移植を受けた対象に請求項２０に記載のＣＴＬを投与することにより、前記対象におけるＣＭＶウイルス量を低減する方法。
【請求項94】
固形臓器移植を受けた対象に請求項２０に記載のＣＴＬを投与することにより、前記対象におけるＣＭＶ関連末端臓器疾患を治療又は予防する方法。
【請求項95】
固形臓器移植を受けた対象に請求項２０に記載のＣＴＬを投与することにより、前記対象における抗ウイルス療法の必要性を低減又は排除する方法。
【請求項96】
固形臓器移植を受けた対象に請求項２０に記載のＣＴＬを投与することにより、前記対象における薬物耐性ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患を治療する方法。
【請求項97】
前記対象が、ガンシクロビル耐性ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患に罹患している、請求項９３～９６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項98】
前記ＣＴＬが自家ＣＴＬである、請求項９３～９７のいずれか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【0001】
ヘルペスウイルスは、様々な動物及びヒトの疾患に関連する真核生物ウイルスの大規模且つほぼ遍在するファミリーを表す。ヘルペスウイルス科は、いくつかの共通の構造、例えば、二本鎖の直鎖状ＤＮＡゲノム、並びにそれ自体がウイルステグメントの層に包まれた二十面体キャプシド及び脂質二重層（ウイルスエンベロープ）を含むビリオンを共有している。加えて、ヘルペスウイルスは、ヘルペスウイルスビリオンの脂質二重層エンベロープに保持された、特徴的で高度に保存された糖タンパク質を含む。これらの糖タンパク質のうちの少なくとも一部は、ウイルスの細胞表面への最初の付着及びその後の細胞への浸透に役割を果たす。
【0002】
ヘルペスウイルスファミリーのメンバーは、重要なヒト病原体を代表し、その中にはヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）がある。サイトメガロウイルスは、すべての地理的場所及び社会経済群全体に普遍的に見出され、６０％～９０％の間の個体に感染する。健康な個体では、一次感染後、ＣＭＶが周期的な再活性化及び粘膜表面からの排出を伴う潜伏状態を確立し、エプスタインバーウイルスによって引き起こされるものに類似の単核球症様疾患の臨床症状を伴う場合があるが、一般的に無症候性である。ＣＭＶは、宿主の免疫応答を回避するために多数の免疫調節戦略を使用している。このような戦略の例としては、インターフェロン（ＩＦＮ）及びＩＦＮ刺激遺伝子の阻害、細胞傷害性Ｔ細胞への抗原提示を阻止するためのＨＬＡの分解、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞機能を阻止するための活性化リガンド及び阻害リガンドの調節が挙げられる。
【0003】
しかし、ある特定の条件下では、ＣＭＶは重大な罹患率及び死亡率を引き起こす可能性がある。例えば、固形臓器移植（ＳＯＴ）レシピエントにおけるＣＭＶ感染症の臨床管理は依然として大きな課題である。ＳＯＴレシピエントにおける早期のＣＭＶ関連合併症の発生率は、ガンシクロビルに基づく静ウイルス療法（ｖｉｒｏｓｔａｔｉｃ ｔｈｅｒａｐｙ）療法の出現以来、大幅に減少している。したがって、ガンシクロビルの予防投与又は先制投与のいずれかによるウイルス再活性化の阻害は、ＣＭＶ関連疾患の予防において非常に重要になっている。しかし、特に抗ウイルスＴ細胞免疫を再構成することができない患者では、ＣＭＶ再活性化が遅れると管理がより困難になる可能性がある。さらに、ガンシクロビル耐性ＣＭＶ再活性化又は疾患の出現は、薬物関連毒性、免疫調節作用、及び同種移植片の喪失による重大な罹患率及び死亡率を伴い、臨床管理に大きな困難をもたらす。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0004】
ガンシクロビル耐性ＣＭＶに対する安全で効果的な代替治療選択肢が、不足している。ホスカルネット又はシドフォビルを使用した追加の抗ウイルス管理戦略は、腎毒性に関連しており、静脈内投与及び入院が必要である。ガンシクロビルに対する耐性を付与する遺伝子は、ホスカルネット及びシドフォビルに対する耐性にも関連している。免疫抑制の低下を利用してウイルス制御を向上させることができるが、これは移植片拒絶のリスクを高める。
【0005】
したがって、ＳＯＴレシピエント及び他のＣＭＶ関連疾患の患者におけるＣＭＶ感染症、再活性化、並びに関連する合併症及び疾患を治療するための、新しく且つ改善された方法及び組成物が大いに必要とされている。
【課題を解決するための手段】
【0006】
細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）によって認識されるＴ細胞エピトープ（例えば、ＣＭＶエピトープ）に基づく、ＣＭＶ特異的予防及び／又は治療免疫療法の開発に関連する免疫原性ポリペプチド、組成物、及び方法が本明細書で提供され、これらは、特に固形臓器移植レシピエントにおけるＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又は疾患（例えば、ＣＭＶ関連末端臓器疾患）の予防及び／又は治療に使用することができる。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又は疾患は持続性である。ある特定の実施形態では、ＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又は疾患は、抗ウイルス療法に耐性がある。
【0007】
ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールも本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、免疫原性ペプチドのプールは、配列番号２５～２９、又はそれらの組合せに記載されているエピトープアミノ酸配列のうちの少なくとも１つを含む。ある特定の実施形態では、ペプチドプールは、ＣＭＶ抗原ｐｐ５０、ｐｐ６５、ＩＥ－１、ｇＢ及びｇＨのそれぞれに由来する少なくとも１つのペプチドエピトープを含む。好ましくは、そのような免疫原性ペプチドプールは、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のうちの少なくとも１つをさらに含む。より好ましくは、本発明の免疫原性ペプチドのプールは、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のそれぞれを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示された免疫原性ペプチドプールのエピトープのそれぞれは、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４１．０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０１：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０３：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０７、又はＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１１：０１から選択されるＨＬＡ特異性のいずれか１つによって拘束される。
【0008】
いくつかの態様では、多機能性ＣＭＶ特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を含む調製物を作製する方法であって、ａ）ＣＴＬを含む試料を単離するステップと、ｂ）前記試料を、請求項１～６のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプールに曝露するステップと、ｃ）ＣＴＬを回収するステップとを含む方法が本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、免疫原性ペプチドのプールは、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のそれぞれから実質的になる。いくつかの実施形態では、ＣＴＬを含む試料は、健康なドナーからの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含む。いくつかのそのような実施形態では、ドナーは免疫不全である。ある特定の実施形態では、ドナーは免疫抑制療法を受けている。好ましくは、ドナーは、固形臓器移植レシピエントである。ある特定の実施形態では、ドナーは、抗ウイルス療法を受けている。
【0009】
いくつかの実施形態では、ステップｂ）の曝露された試料を少なくとも１４日間インキュベートする。本発明のプロセスにおいてサイトカインを使用してもよく、サイトカインとしては、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－７、ＩＬ－１２、ＩＬ－１５、及び／又はＩＬ－２１が挙げられるが、これらに限定されない。例えば、ステップｂ）の曝露された試料を０日目にＩＬ－２１と共にインキュベートしてもよい。いくつかのそのような実施形態では、ステップｂ）の曝露された試料を２日目にＩＬ－２と共にインキュベートする。好ましくは、試料を３日ごとにＩＬ－２と共にインキュベートする。
【0010】
ある特定の態様では、対象におけるＣＭＶ感染症を治療又は予防する方法であって、対象に本明細書に開示された方法によって作製されるＣＴＬ又はその組成物を投与することを含む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、対象は、ＣＭＶ再活性化又はＣＭＶ関連状態（例えば、ＣＭＶ関連末端臓器疾患）に罹患しているか、又はそのリスクにさらされている。ある特定の好ましい実施形態では、対象は、固形臓器移植を受けている。また、固形臓器移植を受けた対象における抗ウイルス療法の必要性を低減又は排除する方法であって、対象に本明細書に開示された方法によって作製されたＣＴＬを投与することを含むそのような方法も本明細書で提供される。
【図面の簡単な説明】
【0011】
【図1】養子免疫療法のために増殖させたＣＭＶ特異的Ｔ細胞の表現型特性及び機能的特性を示す。（Ａ）ＣＭＶペプチドプール増殖Ｔ細胞の表現型特性は、標準的なＴＢＮＫ（Ｔ細胞、Ｂ細胞、ＮＫ細胞）分析を使用して、ＣＤ３（Ｔ細胞）、ＣＤ８（ＣＤ８＋Ｔ細胞）、ＣＤ４（ＣＤ４＋Ｔ細胞）、ＣＤ１６及びＣＤ５６（ＮＫ細胞）、並びにＣＤ１９（Ｂ細胞）の表面発現を測定して評価した。（Ｂ）ＰＢＭＣ（エクスビボ；ペプチドへの曝露前）又は増殖Ｔ細胞（１４日目）を、ＣＭＶペプチドプール又は個々のＨＬＡ適合ペプチドによる再刺激後のＩＦＮ－γの細胞内産生について評価した。データは、ＩＦＮ－γを産生するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合を表す。（Ｃ）腎臓又は心肺移植患者のいずれかから生成されたＣＭＶ特異的Ｔ細胞応答の比較（Ｄ）ＣＭＶ血清陰性レシピエント（Ｒ－）又はＣＭＶ血清陽性レシピエント（Ｒ＋）のいずれかから生成されたＣＭＶ特異的Ｔ細胞応答の比較。（Ｅ）ＣＭＶペプチドプール刺激Ｔ細胞を、ＣＭＶペプチドプールでのリコール後の細胞内サイトカイン産生（ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、ＩＬ－２）及び脱顆粒（ＣＤ１０７ａ）について評価した。データは、エフェクター機能（すなわち、多機能性）の各組合せを生成する全抗原特異的Ｔ細胞の割合を表す。
【図2A】養子細胞療法後の免疫学的及びウイルス学的効果を示す。（Ａ）Ｔ細胞療法の前及び後の患者からのＰＢＭＣ試料を、ＣＭＶペプチドプールによる刺激後のＩＦＮ－γ産生ＣＭＶ特異的Ｔ細胞について評価した。データは、治療に反応を示した４人の患者からのＩＦＮ－γ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞の数と、コピー／ｍＬによるＣＭＶ量のとの重ね合わせを表す。影付きの領域は養子Ｔ細胞療法の前の期間を示し、矢印はＴ細胞注入を表す。
【図2B】養子細胞療法後の免疫学的及びウイルス学的効果を示す。（Ｂ）多機能性、すなわちサイトカイン産生（ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、ＩＬ－２）及び脱顆粒（ＣＤ１０７ａ）を、ＣＭＶペプチドプールによる刺激後のＰＢＭＣ試料について評価した。ヒートマップは、エフェクター機能の各組合せを生成する全抗原特異的Ｔ細胞の割合を表す。
【発明を実施するための形態】
【0012】
一般
ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の投与によるＣＭＶ免疫の再構成は、ＣＭＶの制御を強化するための魅力的な選択肢を提供する。本明細書に開示の複数のＣＭＶ抗原からの複数のエピトープを使用することにより、ウイルス特異的免疫応答の幅広いレパートリーを誘導して、ウイルス関連病因に対するより効果的な保護を提供することができる。最も好ましくは、本開示は、多機能Ｔ細胞、すなわち、複数の免疫エフェクター機能を誘導することができ、病原体に対して、例えば、単一の免疫エフェクター（例えば、サイトカインやＣＤ１０７ａなどの単一のバイオマーカー）のみを産生する細胞よりも効果的な免疫応答を提供するようなＴ細胞の刺激及び増殖に関する。多機能性の低い、単機能性のＴ細胞、又は「疲弊した」Ｔ細胞でさえ、慢性感染時の免疫応答を支配する場合があり、したがってウイルス関連の合併症に対する保護に悪影響を及ぼす場合がある。
ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の投与によるＣＭＶ免疫の再構成は、ＣＭＶの制御を強化するための魅力的な選択肢を提供する。本明細書に開示の複数のＣＭＶ抗原からの複数のエピトープを使用することにより、ウイルス特異的免疫応答の幅広いレパートリーを誘導して、ウイルス関連病因に対するより効果的な保護を提供することができる。最も好ましくは、本開示は、多機能Ｔ細胞、すなわち、複数の免疫エフェクター機能を誘導することができ、病原体に対して、例えば、単一の免疫エフェクター（例えば、サイトカインやＣＤ１０７ａなどの単一のバイオマーカー）のみを産生する細胞よりも効果的な免疫応答を提供するようなＴ細胞の刺激及び増殖に関する。多機能性の低い、単機能性のＴ細胞、又は「疲弊した」Ｔ細胞でさえ、慢性感染時の免疫応答を支配する場合があり、したがってウイルス関連の合併症に対する保護に悪影響を及ぼす場合がある。
【0013】
しかし、ＳＯＴレシピエントの場合、効果的なＴ細胞療法を生成するには、重度の免疫抑制個体からの自家免疫細胞が必要である。以前のケーススタディでは、ＳＯＴ患者における自家ＣＭＶ特異的Ｔ細胞療法によりいくつかの有望な結果が示されたが、一方で、潜在的な安全性の懸念もまた提起された（Ｂｒｅｓｔｒｉｃｈら（２００９） Ａｍ Ｊ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ９（７）：１６７９～８４）。結果として、このアプローチの開発は、高度の免疫抑制対象（例えば、ＳＯＴレシピエント）からＴ細胞を生成することが困難であると認識され、且つＴ細胞投与後の移植片拒絶に関連する潜在的なリスクがあるために制限されてきた。
【0014】
定義
便宜上、本明細書、実施例及び添付の特許請求の範囲で使用する特定の用語をここに収集する。
便宜上、本明細書、実施例及び添付の特許請求の範囲で使用する特定の用語をここに収集する。
【0015】
冠詞「１つの（ａ）」及び「１つの（ａｎ）」は、本明細書では、その冠詞の文法的対象の１つ又は２つ以上（すなわち、少なくとも１つ）を指すために使用する。例として、「１つの（ａｎ）要素」は、１つの要素又は２つ以上の要素を意味する。
【0016】
本明細書で使用する場合、「投与する」という用語は、医薬品又は医薬組成物を対象に提供することを意味し、医療従事者による投与及び自己投与を含むが、これらに限定されない。そのような薬剤は、例えば、本明細書に記載のペプチド、本明細書で提供される抗原提示細胞、及び／又は本明細書で提供されるＣＴＬを含むことができる。
【0017】
本明細書で使用する場合、「対象」又は「レシピエント」という用語は、治療又は療法のために選択されたヒト又は非ヒト動物を意味する。
【0018】
本発明で使用する場合、「治療」という用語は、臨床病理学の過程の間に治療を受ける個体の自然経過を変えるように設計された臨床的介入を指す。治療の望ましい効果としては、進行速度の低下、病理学的状態の改善又は緩和、及び特定の疾患、障害、又は状態の寛解又は予後の改善が挙げられる。個体は、例えば、特定の疾患、障害、又は状態に関連する１つ又は複数の症状が軽減又は排除されている場合に、「治療」が成功している。
【0019】
本明細書で使用する場合、状態を「予防する」治療剤は、障害又は状態の発症前に統計的サンプルに投与した際に、治療されたサンプルにおける障害又は状態の発生を、未治療の対照サンプルと比較して低減するか、又は未治療の対照サンプルと比較して、障害又は状態の１つ若しくは複数の症状の発症を遅らせる又は重症度を低減する化合物を指す。
【0020】
本発明で使用する場合、「薬学的に許容される」という語句は、健全な医学的判断の範囲内で、過度な毒性、刺激、アレルギー反応、又は他の問題若しくは合併症を伴わず、合理的な利益／リスク比に見合う、ヒト及び動物の組織と接触して使用するのに好適な、薬剤、化合物、材料、組成物及び／又は剤形を指す。
【0021】
本明細書で使用する場合、「薬学的に許容される担体」という語句は、ある臓器又は体の一部から別の臓器又は体の一部への薬剤の運搬又は輸送に関与する、薬学的に許容される材料、組成物又はビヒクル、例として、液体若しくは固体の充填剤、希釈剤、賦形剤、又は溶媒をカプセル化している材料を意味する。各担体は、製剤の他の成分と適合性があり、患者に有害でないという意味で「許容され」なければならない。薬学的に許容される担体として機能することができる材料のいくつかの例としては、（１）ラクトース、グルコース及びスクロースなどの糖；（２）トウモロコシデンプン及びジャガイモデンプンなどのデンプン；（３）カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロース及び酢酸セルロースなどのセルロース及びその誘導体；（４）粉末状トラガカント；（５）麦芽；（６）ゼラチン；（７）タルク；（８）カカオバター及び座薬ワックスなどの賦形剤；（９）ピーナッツ油、綿実油、ベニバナ油、ゴマ油、オリーブ油、コーン油及び大豆油などの油；（１０）プロピレングリコールなどのグリコール；（１１）グリセリン、ソルビトール、マンニトール及びポリエチレングリコールなどのポリオール；（１２）オレイン酸エチル、ラウリン酸エチルなどのエステル；（１３）寒天；（１４）水酸化マグネシウム及び水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；（１５）アルギン酸；（１６）発熱物質を含まない水；（１７）等張生理食塩水；（１８）リンゲル液；（１９）エチルアルコール；（２０）ｐＨ緩衝液；（２１）ポリエステル、ポリカーボネート及び／又はポリ無水物、並びに（２２）医薬製剤に使用される他の非毒性適合性物質、が挙げられる。
【0022】
「結合」又は「相互作用」という用語は、生理学的条件下において、例えば、静電相互作用、疎水性相互作用、イオン相互作用、及び／又は水素結合相互作用による２つの分子間、例えば、ＴＣＲとペプチド／ＭＨＣとの間の会合であって、安定した会合であり得るものを指す。
【0023】
本発明で使用する場合、「特異的結合」は、ＭＨＣ（例えば、クラスＩ ＭＨＣ又はクラスＩＩ ＭＨＣ）上に提示されるペプチドに結合するＴＣＲの能力を指す。典型的には、ＴＣＲは、少なくとも約１０－４Ｍ以下のＫＤの親和性でそのペプチド／ＭＨＣに特異的に結合し、非特異的で無関係なペプチド／ＭＨＣ複合体（例えば、ＢＳＡペプチド又はカゼインペプチドを含むもの）への結合に対するその親和性よりも、少なくとも１０倍小さい、少なくとも１００倍小さい、又は少なくとも１０００倍小さい親和性（ＫＤによって表される）で所定の抗原／結合パートナーに結合する。
【0024】
「生体試料」、「組織試料」、又は単に「試料」という用語はそれぞれ、対象の組織から得られた細胞の集合を指す。組織試料の供給源は、未処理の、凍結された、及び／又は保存された臓器、組織試料、生検、若しくは吸引物からなどの固形組織；血液若しくは血液成分、血清、血液；脳脊髄液、羊水、腹水若しくは間質液などの体液；又は対象の妊娠若しくは発育における任意の時点からの細胞であってもよい。
【0025】
本発明で使用する場合、「サイトカイン」という用語は、細胞の機能に影響を及ぼし、免疫、炎症又は造血応答における細胞間の相互作用を調節する分子である任意の分泌ポリペプチドを指す。サイトカインとしては、どの細胞がそれらを産生するかに関係なく、モノカイン及びリンホカインが挙げられるが、これらに限定されない。例えば、モノカインは、一般に、マクロファージ及び／又は単球などの単核細胞によって産生及び分泌されるといわれている。しかし、多くの他の細胞、例としてナチュラルキラー細胞、線維芽細胞、好塩基球、好中球、内皮細胞、脳星状膠細胞、骨髄間質細胞、表皮ケラチノサイト、及びＢリンパ球も、モノカインを産生する。リンホカインは、一般に、リンパ球細胞によって産生されるといわれている。サイトカインの例としては、インターロイキン－１（ＩＬ－１）、インターロイキン－２（ＩＬ－２）、インターロイキン－６（ＩＬ－６）、インターロイキン－８（ＩＬ－８）、腫瘍壊死因子－アルファ（ＴＮＦα）、及び腫瘍壊死因子ベータ（ＴＮＦβ）が挙げられるが、これらに限定されない。
【0026】
「エピトープ」という用語は、抗体又はＴＣＲに特異的に結合することができるタンパク質決定基を意味する。エピトープは通常、アミノ酸又は糖側鎖などの分子の化学的に活性な表面群で構成されている。ある特定のエピトープは、抗体が結合することができるアミノ酸の特定の配列によって定義することができる。
【0027】
「ポリヌクレオチド」及び「核酸」という用語は、互換的に使用する。ポリヌクレオチド及び核酸は、デオキシリボヌクレオチド若しくはリボヌクレオチド、又はそれらの類似体のいずれかであって、任意の長さの、ポリマー形態のヌクレオチドを指す。ポリヌクレオチドは、任意の三次元構造を有することができ、任意の機能を実行し得る。以下は、ポリヌクレオチドの非限定的な例である、すなわち、遺伝子又は遺伝子フラグメントのコード領域又は非コード領域、連鎖解析から定義される複数遺伝子座（遺伝子座）、エクソン、イントロン、メッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）、トランスファーＲＮＡ、リボソームＲＮＡ、リボザイム、ｃＤＮＡ、組換えポリヌクレオチド、分枝鎖ポリヌクレオチド、プラスミド、ベクター、任意の配列の単離されたＤＮＡ、任意の配列の単離されたＲＮＡ、核酸プローブ、及びプライマーである。ポリヌクレオチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体などの修飾ヌクレオチドを含み得る。ヌクレオチド構造の修飾は、存在する場合には、ポリマーの集合化の前又は後に付与し得る。ポリヌクレオチドは、標識成分とのコンジュゲーションなどにより、さらに修飾してもよい。本明細書で提供するすべての核酸配列において、ＵヌクレオチドはＴヌクレオチドと互換性がある。
【0028】
「ベクター」という用語は、核酸が生物、細胞、又は細胞成分の間で増殖及び／又は移動することができる手段を指す。ベクターとしては、プラスミド、ウイルス、バクテリオファージ、プロウイルス、ファージミド、トランスポゾン、及び人工染色体などが挙げられ、これらは、自律的に複製することができる場合とできない場合があり、又は宿主細胞の染色体に組み込むことができる場合とできない場合がある。
【0029】
ペプチド
細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）によって認識され、ＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又はＣＭＶ感染症の疾患及び／又はがん（例えば、固形臓器移植レシピエントにおける末端臓器疾患）の予防及び／又は治療に有用である、ヘルペスウイルスエピトープを含むペプチドが本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、ＣＭＶエピトープは、表１に列挙されたエピトープである。
細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）によって認識され、ＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又はＣＭＶ感染症の疾患及び／又はがん（例えば、固形臓器移植レシピエントにおける末端臓器疾患）の予防及び／又は治療に有用である、ヘルペスウイルスエピトープを含むペプチドが本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、ＣＭＶエピトープは、表１に列挙されたエピトープである。
【0030】
【表1】
【0031】
ある特定の態様では、ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールが、本明細書において提供される。いくつかの実施形態では、免疫原性ペプチドのプールは、配列番号２５～２９、又はそれらの組合せに記載されているエピトープアミノ酸配列のうちの少なくとも１つを含む。いくつかのそのような実施形態では、ペプチドプールは、ＣＭＶ抗原ｐｐ５０、ｐｐ６５、ＩＥ－１、ｇＢ及びｇＨのそれぞれに由来する少なくとも１つのペプチドエピトープを含む。好ましくは、免疫原性ペプチドのプールは、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のうちの少なくとも１つ、又はそれらの組合せをさらに含む。最も好ましくは、そのようなペプチドプールは、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のそれぞれを含む。
【0032】
「ＨＬＡ拘束性（すなわち、ＭＨＣ拘束性）」とは、所与のＴ細胞が、特定のＨＬＡ分子に結合している場合にのみ、ペプチドを認識して応答することを意味する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示された免疫原性ペプチドプールのエピトープのそれぞれは、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４１．０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０１：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０３：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０７、又はＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１１：０１から選択されるＨＬＡ特異性のうちのいずれか１つによって拘束される。
【0033】
最も好ましくは、免疫原性ペプチド、及びそれらのプールは、ペプチド特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の増殖を誘導することができる。
【0034】
本明細書で提供されるペプチドは、完全長ＣＭＶポリペプチドである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるペプチドは、ＣＭＶウイルスポリペプチドの１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２５、２０、１５又は１０個未満の連続するアミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるペプチドは、表１に列挙されたＣＭＶエピトープのうちの２つ以上を含む。例えば、いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるペプチドは、ポリペプチドリンカーによって結合された表１に列挙されたＣＭＶエピトープのうちの２つ以上を含む。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるペプチドは、表１に列挙された少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９個又はすべてのエピトープを含む。
【0035】
ペプチドの配列は、１つ又は複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個又はそれ以上）の保存的配列改変を除いて、ＣＭＶウイルスポリペプチド配列を含む。本明細書で使用する場合、「保存的配列改変」という用語は、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）と、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）に提示されるアミノ酸配列を含むペプチドとの間の相互作用に有意に影響を与えたり、該相互作用を有意に変更したりしない、アミノ酸改変を指すことを意図する。このような保存的改変には、アミノ酸置換、アミノ酸付加（例えば、ペプチドのＮ又はＣ末端へのアミノ酸の付加）及びアミノ酸欠失（例えば、ペプチドのＮ又はＣ末端からのアミノ酸の欠失）が含まれる。保存的アミノ酸置換は、アミノ酸残基が類似の側鎖を有するアミノ酸残基で置き換えられるものである。類似の側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは、当技術分野において定義されている。これらのファミリーには、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖（例えば、アラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、ベータ分枝側鎖（例えば、スレオニン、バリン、イソロイシン）及び芳香族側鎖（例えば、チロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）、を有するアミノ酸が含まれる。したがって、本明細書に記載のペプチドの１つ又は複数のアミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーの他のアミノ酸残基で置き換えることができ、改変されたペプチドは、当技術分野で知られている方法を使用してＴＣＲ結合性の保持について試験することができる。改変は、部位特異的変異導入及びＰＣＲ媒介変異導入などの当技術分野で知られている標準的な技術によって抗体に導入することができる。
【0036】
２つのアミノ酸配列又は２つの核酸配列の同一性パーセントを決定するために、配列を、最適な比較目的のためにアラインメントさせる（例えば、ギャップを、最適なアラインメントのために第１及び第２のアミノ酸又は核酸配列の一方又は両方に導入することができ、同一でない配列は、比較の目的のために無視することができる）。次に、対応するアミノ酸位置又はヌクレオチド位置のアミノ酸残基又はヌクレオチドを比較する。第１の配列の位置が第２の配列の対応する位置のものと同じアミノ酸残基又はヌクレオチドで占められている場合には、分子はその位置で同一である。２つの配列間の同一性パーセントは、２つの配列の最適なアラインメントのために導入する必要があるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮した、配列によって共有される同一の位置の数の関数である。
【0037】
キメラタンパク質又は融合タンパク質も本明細書で提供される。本明細書で使用する場合、「キメラタンパク質」又は「融合タンパク質」は、天然では連結されていない別個のペプチドに連結された、本明細書で提供されるペプチド（複数可）（例えば、表１に列挙されたエピトープを含むもの）を含む。例えば、別個のペプチドは、ペプチド結合を介して直接的に、又は化学リンカーを介して間接的に、ペプチドのＮ末端又はＣ末端に融合させることができる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるペプチドを、他のＣＭＶエピトープを含むポリペプチドに連結させる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるペプチドを、他のウイルス性及び／又は感染性疾患からのエピトープを含むペプチドに連結させる。いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるペプチドを、がん関連エピトープをコードするペプチドに連結させる。
【0038】
本明細書で提供されるキメラ又は融合ペプチドは、標準的な組換えＤＮＡ技術によって作製することができる。例えば、異なるペプチド配列をコードするＤＮＡフラグメントは、従来の技術に従って、例えば、ライゲーションのための平滑末端化又は粘着末端化末端、適切な末端を提供するための制限酵素消化、必要に応じて付着末端の埋め込み（ｆｉｌｌｉｎｇ－ｉｎ）、望ましくない結合を回避するためのアルカリホスファターゼ処理、及び酵素ライゲーション、を使用することにより、インフレームでライゲーションすることができる。同様に、融合遺伝子は、自動化ＤＮＡ合成機を含む従来の技術によって合成することができる。或いは、遺伝子フラグメントのＰＣＲ増幅は、２つの連続する遺伝子フラグメント間に相補的なオーバーハングを生じさせるアンカープライマーを使用して実行することができ、その後アニーリング及び再増幅して、キメラ遺伝子配列を生成することができる（例えば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．， ｅｄｓ．， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ： １９９２年を参照のこと）。さらに、融合部分をすでにコードしている多くの発現ベクターが市販されている。
【0039】
いくつかの態様では、本明細書に記載のペプチド（例えば、表１に列挙されたエピトープを含むペプチド）を提示する細胞が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、細胞は哺乳動物細胞である。細胞は、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、抗原提示Ｔ細胞、樹状細胞、Ｂ細胞、マクロファージ、又はＫ５６２細胞などの人工抗原提示細胞）であり得る。本明細書に記載のペプチドを提示する細胞は、当技術分野で知られている標準的な技術によって作製することができる。例えば、細胞は、ペプチドの取り込みを促進するためにパルス化してもよい。いくつかの実施形態では、細胞に、本明細書で提供されるペプチドをコードする核酸をトランスフェクトする。
【0040】
いくつかの態様では、本明細書に記載のペプチドで細胞をパルス化することを含む、抗原提示細胞（ＡＰＣ）を作製する方法が本明細書で提供される。抗原提示細胞を作製するための例示的な方法は、国際公開第２０１３０８８１１４号に見出すことができ、本明細書にその全体が組み込まれる。
【0041】
本明細書に記載のペプチドは、標準的なタンパク質精製技術を使用する適切な精製スキームによって細胞又は組織源から単離することができ、組換えＤＮＡ技術によって作製することができ、及び／又は標準的なペプチド合成技術を使用して化学的に合成することができる。本明細書に記載のペプチドは、本発明のペプチド（複数可）をコードするヌクレオチドの発現によって、原核生物又は真核生物の宿主細胞において産生され得る。或いは、そのようなペプチドは、化学的方法によって合成することができる。組換え宿主における異種ペプチドの発現、ペプチドの化学合成、及びインビトロ翻訳の方法は、当技術分野で周知であり、Ｍａｎｉａｔｉｓら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ （１９８９）、２ｎｄ Ｅｄ．、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ、Ｎ． Ｙ．；Ｂｅｒｇｅ及びＫｉｍｍｅｌ、Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、Ｖｏｌｕｍｅ １５２、Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ （１９８７）、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｉｎｃ．、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、Ｃａｌｉｆ．；Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ， Ｊ． （１９６９） Ｊ． Ａｍ． Ｃｈｅｍ． Ｓｏｃ． ９１：５０１、Ｃｈａｉｋｅｎ Ｉ． Ｍ． （１９８１） ＣＲＣ Ｃｒｉｔ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． １１：２５５；Ｋａｉｓｅｒら、（１９８９） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４３：１８７； Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ， Ｂ． （１９８６） Ｓｃｉｅｎｃｅ ２３２：３４２；Ｋｅｎｔ， Ｓ． Ｂ． Ｈ． （１９８８） Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ５７：９５７；及び Ｏｆｆｏｒｄ， Ｒ． Ｅ． （１９８０） Ｓｅｍｉｓｙｎｔｈｅｔｉｃ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ、Ｗｉｌｅｙ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ、にさらに記載されており、これらは参照により本明細書に組み込まれる。
【0042】
細胞
いくつかの態様では、本明細書に記載のＣＭＶエピトープを含む１つ又は複数のペプチドを提示するＭＨＣ（例えば、表１に列挙された１つ又は複数のＣＭＶエピトープを提示するＡＰＣ）を表面上に発現する抗原提示細胞（ＡＰＣ）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣはクラスＩ ＭＨＣである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣはクラスＩＩ ＭＨＣである。いくつかの実施形態では、クラスＩ ＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－ｇ、ＨＬＡ－Ｋ又はＨＬＡ－Ｌであるα鎖ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態では、クラスＩＩ ＭＨＣは、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ、ＨＬＡ－ＤＱＡ又はＨＬＡ－ＤＲＡであるα鎖ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態では、クラスＩＩ ＭＨＣは、ＨＬＡ－ＤＭＢ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＰＢ、ＨＬＡ－ＤＱＢ又はＨＬＡ－ＤＲＢであるβ鎖ポリペプチドを有する。
いくつかの態様では、本明細書に記載のＣＭＶエピトープを含む１つ又は複数のペプチドを提示するＭＨＣ（例えば、表１に列挙された１つ又は複数のＣＭＶエピトープを提示するＡＰＣ）を表面上に発現する抗原提示細胞（ＡＰＣ）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＭＨＣはクラスＩ ＭＨＣである。いくつかの実施形態では、ＭＨＣはクラスＩＩ ＭＨＣである。いくつかの実施形態では、クラスＩ ＭＨＣは、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－ｇ、ＨＬＡ－Ｋ又はＨＬＡ－Ｌであるα鎖ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態では、クラスＩＩ ＭＨＣは、ＨＬＡ－ＤＭＡ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＰＡ、ＨＬＡ－ＤＱＡ又はＨＬＡ－ＤＲＡであるα鎖ポリペプチドを有する。いくつかの実施形態では、クラスＩＩ ＭＨＣは、ＨＬＡ－ＤＭＢ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＰＢ、ＨＬＡ－ＤＱＢ又はＨＬＡ－ＤＲＢであるβ鎖ポリペプチドを有する。
【0043】
いくつかの実施形態では、ＡＰＣは、Ｂ細胞、抗原提示Ｔ細胞、樹状細胞、又は人工抗原提示細胞（例えば、ａＫ５６２細胞）である。プロセスにおいて使用するための樹状細胞は、患者試料からＰＢＭＣを採取し、それらをプラスチックに付着させることによって調製してもよい。一般に、単球集団は留まり、他のすべての細胞を洗い流すことができる。次に、付着した集団をＩＬ－４及びＧＭ－ＣＳＦにより分化させて、単球由来の樹状細胞を産生させる。これらの細胞は、ＩＬ－１β、ＩＬ－６、ＰＧＥ－１、及びＴＮＦ－α（樹状細胞の表面にある重要な共刺激分子をアップレギュレートする）の添加によって成熟させてもよく、次にこれらの細胞に、本明細書で提供されるペプチドのうちの１つ又は複数を形質導入する。
【0044】
いくつかの実施形態では、ＡＰＣは、ａＫ５６２細胞などの人工抗原提示細胞である。いくつかの実施形態では、人工抗原提示細胞を、ＣＤ８０、ＣＤ８３、４１ＢＢ－Ｌ、及び／又はＣＤ８６を発現するように遺伝子操作する。ａＫ５６２細胞を含む例示的な人工抗原提示細胞は、米国特許出願公開第２００３／０１４７８６９号に記載されており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
【0045】
ある特定の態様では、本明細書に記載の１つ又は複数のＣＭＶエピトープを提示するＡＰＣを生成する方法であって、ＡＰＣを、ＣＭＶエピトープを含むペプチド、又は本明細書に記載のＣＭＶエピトープペプチドのプールと、及び／又は本明細書に記載の１つ若しくは複数のＣＭＶエピトープペプチドをコードする核酸と接触させることを含む、方法が、本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、ＡＰＣを照射する。
【0046】
ある特定の態様では、ＭＨＣ（例えば、ＨＬＡ拘束性）上に提示された本明細書に記載のペプチド（表１に列挙されたＣＭＶエピトープを含むペプチド）を認識するＴＣＲ（例えば、αβＴＣＲ又はγδＴＣＲ）を発現するＴ細胞（例えば、ＣＤ４ Ｔ細胞及び／又はＣＤ８ Ｔ細胞）が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、クラスＩ ＭＨＣ（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ）上に提示される本明細書に記載のペプチドを認識するＴＣＲを発現するＣＤ８＋Ｔ細胞（ＣＴＬ）である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、クラスＩＩ ＭＨＣ（例えば、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＲ）上に提示される本明細書に記載のペプチドを認識するＣＤ４＋Ｔ細胞（ヘルパーＴ細胞）である。ある特定の実施形態では、そのようなＴ細胞は、本明細書に開示された方法のいずれか１つによって調製される。
【0047】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供されるＴ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように遺伝子操作することができる。多種多様なＣＡＲが科学文献に記載されている。一般に、ＣＡＲは、細胞外抗原結合ドメイン（例えば、抗体の可変重鎖及び軽鎖に由来するｓｃＦｖ）、スペーサードメイン、膜貫通ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む。したがって、いくつかの実施形態では、ＣＭＶ特異的Ｔ細胞（例えば、提供されるＣＭＶペプチドエピトーププール刺激ＣＴＬ）は、がん細胞などの疾患細胞（例えば、腫瘍細胞）に関連する細胞外分子（例えば、ＨＥＲ２などの腫瘍抗原）を標的とするＣＡＲを発現する。
【0048】
いくつかの態様では、本明細書に記載のＣＭＶエピトープのうちの１つ又は複数を認識するＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）を生成する、活性化する、及び／又はそれらの増殖を誘導する方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＣＴＬを含む試料（例えば、ＰＢＭＣ試料）を単離し、本明細書に開示された免疫原性ペプチドのプールに曝露し、刺激されたＣＴＬを回収する。好ましくは、免疫原性ペプチドのプールは、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のそれぞれから実質的になる。ある特定の実施形態では、曝露された試料を少なくとも１４日間インキュベートする。いくつかのそのような実施形態では、曝露された試料を０日目にＩＬ－２１と共にインキュベートする。好ましくは、曝露された試料を２日目にＩＬ－２と共にインキュベートする。より好ましい実施形態では、曝露された試料のインキュベーションは、３日ごとのＩＬ－２の添加を含む。
【0049】
いくつかの実施形態では、ＰＢＭＣ試料は、健康なドナーに由来する。ある特定の実施形態では、ＰＢＭＣは、免疫不全ドナーに由来する。いくつかのそのような実施形態では、ドナーは免疫抑制療法を受けている。いくつかの実施形態では、ドナーは、固形臓器移植レシピエントである。さらなる実施形態では、ドナーは、抗ウイルス療法を受けている。
【0050】
いくつかの実施形態では、ＣＴＬを含む試料（例えば、ＰＢＭＣ試料）を、本明細書で提供されるＡＰＣ（例えば、クラスＩ ＭＨＣ複合体上で本明細書に記載のＣＭＶエピトープを含むペプチドを提示するＡＰＣ）と共に、培養液中でインキュベートする。ＡＰＣは、Ｔ細胞が得られた対象に対して自家であってもよい。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞を含む試料を、本明細書で提供されるＡＰＣと共に２回以上インキュベートする。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞を、少なくとも１つのサイトカイン、例えば、ＩＬ－２、ＩＬ－４、ＩＬ－７、ＩＬ－１５及び／又はＩＬ－２１の存在下で、ＡＰＣと共にインキュベートする。ＡＰＣを使用してＴ細胞の増殖を誘導するための例示的な方法は、例えば、米国特許出願公開第２０１５／００１７７２３号に提供されており、これは、参照により本明細書に組み込まれる。
【0051】
いくつかの態様では、Ｔ細胞（例えば、本明細書に提供されるＣＭＶペプチド特異的ＣＴＬ）、及び／又は本明細書に提供されるＡＰＣを含む組成物（例えば、治療用組成物）が本明細書に提供される。いくつかの実施形態では、そのような組成物は、有効量の組成物を対象に投与することによって、対象におけるＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又は疾患を治療及び／又は予防するために使用される。Ｔ細胞及び／又はＡＰＣは、対象に対して自家であってもよく、又は自家でなくてもよい。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞及び／又はＡＰＣを、それらが対象に投与される前に、細胞バンクに保存する。ある特定の実施形態では、対象は、固形臓器移植レシピエントであり得る。
【0052】
医薬組成物
いくつかの態様では、薬学的に許容される担体と一緒に製剤化されたＣＴＬ又はその調製物を含む組成物（例えば、医薬組成物）、並びにそのような医薬組成物を投与する方法が本明細書で提供される。
いくつかの態様では、薬学的に許容される担体と一緒に製剤化されたＣＴＬ又はその調製物を含む組成物（例えば、医薬組成物）、並びにそのような医薬組成物を投与する方法が本明細書で提供される。
【0053】
いくつかの実施形態では、組成物は、アジュバントをさらに含んでもよい。本明細書で使用する場合、「アジュバント」という用語は、インビトロ又はインビボで、組成物に対する免疫学的応答を改変又は増強する免疫学的又は薬理学的薬剤を広く指す。例えば、アジュバントは、時間の経過とともに抗原の存在を増加させ、抗原提示細胞抗原を吸収するのを助け、マクロファージ及びリンパ球を活性化させ、サイトカインの産生を支持する場合がある。免疫応答を変化させることにより、アジュバントは、より少ない用量の免疫相互作用剤又は調製物が、投薬の有効性又は安全性を高めることを可能にする場合がある。例えば、アジュバントは、Ｔ細胞の疲弊を防ぎ、特定の免疫相互作用剤又は製剤の有効性又は安全性を高める可能性がある。アジュバントの例としては、免疫調節タンパク質、アジュバント６５、α－ＧａｌＣｅｒ、リン酸アルミニウム、水酸化アルミニウム、リン酸カルシウム、β－グルカンペプチド、ＣｐＧ ＤＮＡ、ＧＰＩ－０１００、リピドＡ及びその修飾バージョン（例、モノホスホリルリピドＡ、リポ多糖、リポバント（Ｌｉｐｏｖａｎｔ）、モンタナイド、Ｎ－アセチル－ムラミル－Ｌ－アラニル－Ｄ－イソグルタミン、Ｐａｍ３ＣＳＫ４、ｑｕｉｌ Ａ及びトレハロースジミコール酸が挙げられるが、これらに限定されない。
【0054】
これらの製剤又は組成物を調製する方法は、本明細書に記載の薬剤を、担体及び任意選択で１つ又は複数の補助成分と合わせるステップを含む。一般に、製剤は、本明細書に記載の薬剤を、液体担体若しくは細かく分割した固体担体、又はその両方と均一且つ緊密に合わせ、次いで必要に応じて生成物を成形することによって調製する。
【0055】
非経口投与に好適な本発明の医薬組成物は、１つ又は複数の薬学的に許容される無菌の等張水溶液若しくは非水溶液、分散液、懸濁液若しくは乳濁液、又は使用直前に無菌の注射用溶液又は分散液に再構成し得る無菌の粉末、と組み合わせて、本明細書に記載の１つ又は複数の薬剤を含み、糖、アルコール、抗酸化剤、緩衝液、静菌剤、製剤を目的のレシピエントの血液と等張にする溶質、又は懸濁剤若しくは増粘剤、を含み得る。
【0056】
本発明の医薬組成物に使用し得る好適な水性及び非水性担体の例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、及びそれらの好適な混合物、オリーブ油などの植物油、並びにオレイン酸エチルなどの注射用有機エステルが挙げられる。適切な流動性は、例えば、レシチンなどのコーティング材料の使用によって、分散液の場合には必要とされる粒径の維持によって、及び界面活性剤の使用によって維持することができる。
【0057】
選択された投与経路に関係なく、好適な水和形態で使用され得る本発明の薬剤、及び／又は本発明の医薬組成物は、当業者に知られている従来の方法によって、薬学的に許容される剤形に製剤化される。
【0058】
治療法
ある特定の実施形態では、対象におけるＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又は疾患（例えば、固形臓器移植レシピエントにおける末端臓器疾患）を治療又は予防する方法であって、対象に本明細書で提供される方法に従って調製されたペプチド特異的Ｔ細胞（又は前記Ｔ細胞を含む医薬組成物）を投与することを含む方法が本明細書で提供される。
ある特定の実施形態では、対象におけるＣＭＶ感染症、再活性化、及び／又は疾患（例えば、固形臓器移植レシピエントにおける末端臓器疾患）を治療又は予防する方法であって、対象に本明細書で提供される方法に従って調製されたペプチド特異的Ｔ細胞（又は前記Ｔ細胞を含む医薬組成物）を投与することを含む方法が本明細書で提供される。
【0059】
いくつかの実施形態では、対象におけるＣＭＶ感染症を治療又は予防する方法が本明細書で提供される。ある特定の実施形態では、対象におけるＣＭＶ再活性化又はＣＭＶ関連状態を治療又は予防する方法が本明細書で提供される。好ましい実施形態では、方法は、対象に本明細書で提供される方法に従って調製されたＣＴＬを投与することを含む。例えば、これに限定されるものではないが、単離されたＰＢＭＣ試料を、本明細書で提供される方法に従って免疫原性ペプチドのプールに曝露する。いくつかのそのような実施形態では、免疫原性ペプチドのプールは、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞の刺激及び増殖を誘導する。いくつかの実施形態では、対象に投与されるＣＴＬは自家である。ある特定の実施形態では、感染は、再発性ＣＭＶ感染症である。いくつかの実施形態では、治療を受ける対象は免疫不全である。例えば、いくつかの実施形態では、対象はＴ細胞不全を有する。いくつかの実施形態では、対象は、白血病、リンパ腫、又は多発性骨髄腫を有する。いくつかの実施形態では、対象は、ＨＩＶに感染しており、及び／又はＡＩＤＳを有している。いくつかの実施形態では、対象は、組織、臓器、及び／又は骨髄移植を受けている。いくつかのそのような実施形態では、対象は、固形臓器移植のレシピエントである。いくつかの実施形態では、対象には、免疫抑制薬が投与される。いくつかの実施形態では、対象は、化学療法を受けたことがある、及び／又は化学療法を受けている。いくつかの実施形態では、対象は、放射線療法を受けたことがある、及び／又は放射線療法を受けている。
【0060】
いくつかの実施形態では、対象には、抗ウイルス薬も投与される。いくつかのそのような実施形態では、抗ウイルス薬は、ＣＭＶ感染症を治療するためのものである（例えば、抗ウイルス薬は、ＣＭＶ複製を阻害する）。例えば、いくつかの実施形態では、対象には、ガンシクロビル、バルガンシクロビル、ホスカルネット、シドフォビル、アシクロビル、ホルミビルセン、マリバビル、ＢＡＹ３８－４７６６、又はＧＷ２７５１７５Ｘが投与される。ある特定の実施形態では、ＣＭＶ感染症は、薬物耐性である。例えば、いくつかの実施形態では、ＣＭＶ感染症は、ガンシクロビル耐性である。
【0061】
ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞によるバイオマーカーの発現は、フローサイトメトリーなどの任意の好適な方法によって評価することができる。いくつかの実施形態では、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞を、ＣＭＶ特異的ペプチドによって刺激し、フローサイトメトリーを介して選別する。好ましくは、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞は、実施例１、４、５、又はそれらの任意の組合せに例示されたプロトコルに従って、刺激及び／又は表面染色を受ける。いくつかの実施形態では、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞を、ＣＤ１０７ａに特異的な１つ又は複数の抗体でインキュベートし、その後、フローサイトメトリーを介して選別する。いくつかの実施形態において、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞を、細胞内サイトカインに結合する１つ又は複数の抗体、例えば、ＩＦＮγ、ＩＬ－２、及び／又はＴＮＦに特異的な抗体と共にインキュベートする。いくつかの実施形態において、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞を、細胞内サイトカインに対する抗体と共にインキュベートし、その後、フローサイトメトリーを介して選別する。
【0062】
いくつかの態様では、対象からＰＭＢＣ試料を取得し、自家Ｔ細胞を単離し、自家Ｔ細胞のＣＭＶ反応性を決定し、自家Ｔ細胞のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、又は８０％がＣＭＶ反応性である場合、養子免疫療法のために対象を選択することにより、養子免疫療法のために対象を選択する方法が本明細書で提供される。
【0063】
いくつかの態様では、対象からＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）を含む試料を取得し、自家Ｔ細胞を単離し、自家Ｔ細胞のＣＤ１０７ａ発現を決定し、自家Ｔ細胞のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％がＣＤ１０７ａを発現する場合、養子免疫療法のために対象を選択することにより、養子免疫療法のために対象を選択する方法が本明細書で提供される。
【0064】
いくつかの態様では、対象からＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）を含む試料を取得し、自家Ｔ細胞を単離し、自家Ｔ細胞のＩＦＮγ発現を決定し、自家Ｔ細胞のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％がＩＦＮγを発現する場合、養子免疫療法のために対象を選択することにより、養子免疫療法のために対象を選択する方法が本明細書で提供される。
【0065】
いくつかの態様では、対象からＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）を含む試料を取得し、自家Ｔ細胞を単離し、自家Ｔ細胞のＴＮＦ発現を決定し、自家Ｔ細胞のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％がＴＮＦを発現する場合、養子免疫療法のために対象を選択することにより、養子免疫療法のために対象を選択する方法が本明細書で提供される。
【0066】
いくつかの態様では、対象からＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）を含む試料を取得し、自家Ｔ細胞を単離し、自家Ｔ細胞のＩＬ－２発現を決定し、自家Ｔ細胞のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％又は８０％がＩＬ－２を発現する場合、養子免疫療法のために対象を選択することにより、養子免疫療法のために対象を選択する方法が本明細書で提供される。
【0067】
いくつかの実施形態では、方法は、対象からＴ細胞を含む試料を取得すること（例えば、対象からＰＢＭＣ試料を取得すること）をさらに含む。いくつかの実施形態では、試料から自家Ｔ細胞（例えば、ＣＤ４＋Ｔ細胞又はＣＤ８＋Ｔ細胞）を単離する。いくつかの実施形態では、試料は、大部分又は完全に自家Ｔ細胞から構成されている。
【0068】
対象におけるＣＭＶ感染症を治療又は予防する方法であって、対象に、クラスＩ及び／又はクラスＩＩ ＭＨＣ（例えば、表１に記載されたペプチドのうちのいずれか１つ又はそれらの組合せ）上に提示された１つ又は複数のＣＭＶペプチドに特異的に結合するＴ細胞受容体を発現する免疫原性ペプチドプール刺激Ｔ細胞（例えば、自家ＣＭＶペプチド特異的ＣＴＬ）を投与することを含む方法が本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、ＣＤ１０７ａを発現する。いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、ＩＦＮγを発現する。いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、ＴＮＦを発現する。
【0069】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％又は９０％は、ＩＬ－２を発現する。
【0070】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＣＤ１０７ａ及びＩＦＮγを発現する。
【0071】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＣＤ１０７ａ及びＴＮＦを発現する。
【0072】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＣＤ１０７ａ及びＩＬ－２を発現する。
【0073】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＩＦＮγ及びＴＮＦを発現する。
【0074】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＩＦＮγ及びＩＬ－２を発現する。
【0075】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＴＮＦ及びＩＬ－２を発現する。
【0076】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、及びＩＬ－２を発現する。
【0077】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ及びＩＬ－２を発現する。
【0078】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０は、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＩＬ－２を発現する。
【0079】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦを発現する。
【0080】
いくつかの実施形態では、試料中のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％は、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、及びＩＬ－２を発現する。
【0081】
本明細書に開示された方法のいくつかの実施形態では、Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）は、複数のＣＭＶ抗原に由来する複数のペプチドエピトープに対して反応性を示す。Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％が、２つ以上のＣＭＶエピトープに反応する。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）は、表１に記載のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列のうちのいずれか１つ、又はそれらの組合せに対して反応性である。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）は、ｐｐ５０、ｐｐ６５、ＩＥ－１、ｇＢ、ｇＨ、又はそれらの組合せのうちのいずれか１つに対して反応性である。
【0082】
Ｔ細胞バイオマーカー発現及び／又はＣＭＶ反応性を、本明細書に開示された方法のいずれか１つによる、例えば、免疫原性ＣＭＶペプチドエピトープのプールへの曝露による、Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）増殖の前又は後に測定及び／又は分析してもよい。
【0083】
いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性及びバイオマーカー発現を、Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）の刺激の前に定量化する。代替的又は追加的に、ＣＭＶ反応性及びバイオマーカー発現を、Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）の刺激の後に定量化してもよい。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＣＤ１０７ａを発現する試料中のＴ細胞の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＩＦＮγを発現する試料中のＴ細胞の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＴＮＦを発現する試料中のＴ細胞の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＩＬ－２を発現する試料中のＴ細胞の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、複数のバイオマーカー（例えば、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、及びＩＬ－２のうちの２つ以上、好ましくは４つすべて）を発現するＴ細胞の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、及びＩＬ－２を発現する試料中の自家Ｔ細胞の百分率を定量化することによって計算する。Ｔ細胞は、ＣＭＶ反応性百分率の定量化の前又は後のいずれかにおいて、試料（例えば、ＰＢＭＣ試料又はＴ細胞を含む試料）から単離してもよい。したがって、いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、大部分がＴ細胞を含む試料中の、所望の特性（複数可）を有するＴ細胞の百分率である。
【0084】
いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＣＤ１０７ａを発現する試料中のＣＤ８＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＩＦＮγを発現する試料中のＣＤ８＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＴＮＦを発現する試料中のＣＤ８＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＩＬ－２を発現する試料中のＣＤ８＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、複数のバイオマーカー（例えば、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、及びＩＬ－２のうちの２つ以上、好ましくは４つすべて）を発現するＣＤ８＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。ＣＤ８＋リンパ球は、ＣＭＶ反応性百分率の定量化の前又は後のいずれかにおいて、試料（例えば、ＰＢＭＣ試料又はＣＤ８＋リンパ球を含む試料）から単離してもよい。したがって、いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、大部分がＣＤ８＋リンパ球を含む試料中の、所望の特性（複数可）を有するＣＤ８＋リンパ球の百分率である。
【0085】
いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＣＤ１０７ａを発現する試料中のＣＤ３＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＩＦＮγを発現する試料中のＣＤ３＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＴＮＦを発現する試料中のＣＤ３＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、ＩＬ－２を発現する試料中のＣＤ３＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、複数のバイオマーカー（例えば、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、及びＩＬ－２のうちの２つ以上、好ましくは４つすべて）を発現するＣＤ３＋リンパ球の百分率を定量化することによって測定する。ＣＤ３＋リンパ球は、ＣＭＶ反応性百分率の定量化の前又は後のいずれかにおいて、試料（例えば、ＰＢＭＣ試料又はＣＤ３＋リンパ球を含む試料）から単離してもよい。したがって、いくつかの実施形態では、ＣＭＶ反応性は、大部分がＣＤ３＋リンパ球を含む試料中の、所望の特性（複数可）を有するＣＤ３＋リンパ球の百分率である。
【0086】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、又はＩＬ－２の発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、又はＩＬ－２を発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的自家細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0087】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）による複数のバイオマーカーの発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞によって少なくとも２つのバイオマーカーが発現される場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞を対象に投与することをさらに含む。いくつかのそのような実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＣＤ１０７ａ及びＴＮＦの発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ及びＴＮＦを発現する場合、ペプチド特異的自家Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0088】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＣＤ１０７ａ及びＩＦＮγの発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ及びＩＦＮγを発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0089】
いくつかの実施形態では、方法は、増殖したペプチド特異的自家Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＣＤ１０７ａ及びＩＬ－２の発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ及びＩＬ－２を発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0090】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＴＮＦ及びＩＬ－２の発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＴＮＦ及びＩＬ－２を発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0091】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＩＦＮγ及びＩＬ－２の発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的自家Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＩＦＮγ及びＩＬ－２を発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0092】
いくつかの実施形態では、方法は、増殖したＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＩＦＮγ及びＴＮＦの発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＩＦＮγ及びＴＮＦを発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0093】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦの発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦを発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0094】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＩＬ－２の発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＩＬ－２を発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0095】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＣＤ１０７ａ、ＩＬ－２、及びＴＮＦの発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ、ＩＬ－２、及びＴＮＦを発現する場合、ペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0096】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）によるＩＦＮγ、ＩＬ－２、及びＴＮＦの発現を分析すること、及びＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＩＦＮγ、ＩＬ－２、及びＴＮＦを発現する場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0097】
いくつかの実施形態では、ＣＭＶペプチド特異的自家Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のうちの少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％がＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、ＴＮＦ、及びＩＬ－２を発現する場合、自家Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与する。
【0098】
ＣＭＶペプチド特異的自家Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）は、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％のＣＭＶ反応性を有し得る。
【0099】
いくつかの実施形態では、方法は、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）のＣＭＶ反応性を分析すること、並びに反応性が２つ以上のエピトープに対するものであり、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）の少なくとも閾値百分率（例えば、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、又は９０％）がＣＭＶ反応性である場合、ＣＭＶペプチド特異的Ｔ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与することをさらに含む。
【0100】
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞１用量ごとに約１×１０５～約１×１０８のＴ細胞を対象に投与する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞１用量ごとに約１×１０６～約１×１０７のＴ細胞を対象に投与する。いくつかの実施形態では、５×１０６、１×１０７、１．５×１０７、又は２×１０７のＴ細胞（例えば、ＣＴＬ）を対象に投与する。複数用量を対象に投与してもよい。いくつかの実施形態では、初期用量のＴ細胞（例えば、自家ＣＴＬ）を投与し、１又は複数の追加用量のＴ細胞（例えば、自家ＣＴＬ）を、例えば、治療の経過に沿って用量を増加して投与する。いくつかの実施形態では、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、又は１０以上の用量を投与する。対象には、初期用量と同じか又は異なる追加用量を投与してもよい。例えば、より低い用量を投与し、続いてより高い用量を投与してもよい。用量は、毎日、週に２回、毎週、隔週、月に１回、２か月に１回、３か月に１回、又は６か月に１回投与してもよい。いくつかの実施形態では、対象は、Ｔ細胞（例えば、自家ＣＴＬ）投与の結果としていかなる有害作用も経験しない。
【0101】
いくつかの態様では、方法は、ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患を有する対象におけるＣＭＶウイルス量を測定することによって、養子免疫療法の有効性を評価することをさらに含む。いくつかの実施形態では、対象は、固形臓器移植を受けている。非限定的な例として、ＣＭＶウイルス量は、対象から第１の試料（例えば、血液試料）を取得し、当技術分野で知られている方法を使用して（好ましくはＣＴＬ投与前に）第１の試料のウイルス量を評価し、一定期間後、対象から第２の試料を取得し（好ましくはＣＴＬ投与後に）、第２の試料のウイルス量を評価することによって測定してもよく、第２の試料のウイルス量が第１の試料よりも少ない場合、ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患は、改善しており、及び／又は進行していない。追加の試料を取得して、以前の試料と比較してもよい。また、免疫原性ペプチドプール刺激Ｔ細胞（例えば、本明細書に開示されたＣＭＶペプチド特異的自家ＣＴＬ）を対象に投与することにより、ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患を有する対象におけるウイルス量を低減する方法も本明細書に提供される。ウイルス量の変化（例えば、減少）は、核酸ベースアッセイ（例えば、核酸検査（ＮＡＴ）及び核酸増幅検査（ＮＡＡＴ））又は非核酸検査（例えば、定量的酵素免疫測定法）などの当技術分野で知られている方法を使用することによって測定することができる。Ｔ細胞の投与後、ウイルス量は約５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、又は１００％減少する場合がある。
【0102】
いくつかの実施形態では、方法は、対象に免疫原性ペプチドプール刺激Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＭＶペプチド特異的自家ＣＴＬなどのＣＴＬ）を投与することにより、ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患を有する対象の症状又は状態を改善又は安定化させることを含む。また、ＤＮＡ血症を軽減又は回復させる方法、及び／又はＣＭＶに感染した対象におけるＣＭＶ関連末端臓器疾患を軽減、安定化、又は消滅させる方法であって、対象に免疫原性ペプチドプール刺激Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＭＶペプチド特異的自家ＣＴＬなどのＣＴＬ）を投与することを含む方法も本明細書で提供される。いくつかの実施形態では、ＣＭＶに感染した抗ウイルス療法の使用を低減又は中止する方法であって、対象に免疫原性ペプチドプール刺激Ｔ細胞（例えば、本明細書に記載のＣＭＶペプチド特異的自家ＣＴＬなどのＣＴＬ）を投与することを含む方法が本明細書で提供される。好ましい実施形態では、対象は、固形臓器移植を受けている。より好ましい実施形態では、対象は、ガンシクロビル耐性ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患に罹患している。
【0103】
いくつかの実施形態では、対象はがんを有する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法を使用して、任意のがん性又は前がん性腫瘍を治療することができる。いくつかの実施形態では、がんは、本明細書で提供されるＣＭＶエピトープ（例えば、表１に列挙されたＣＭＶエピトープ）のうちの１つ又は複数を発現する。いくつかの実施形態では、がんは固形腫瘍を含む。本明細書で提供される方法及び組成物によって治療され得るがんとしては、膀胱、血液、骨、骨髄、脳、乳房、結腸、食道、胃腸、歯肉、頭、腎臓、肝臓、肺、鼻咽頭、首、卵巣、前立腺、皮膚、胃、精巣、舌、又は子宮からのがん細胞が挙げられるが、これらに限定されない。加えて、がんは、特に以下の組織学的タイプのもの、すなわち、新生物、悪性；癌腫；癌腫、未分化；巨細胞及び紡錘形細胞癌；小細胞癌；乳頭癌；扁平上皮癌；リンパ上皮癌；基底細胞癌；毛母癌；移行上皮がん；乳頭状移行上皮癌；腺癌；ガストリノーマ、悪性；胆管癌；肝細胞癌；肝細胞癌・胆管癌の混合；索状腺癌；腺様嚢胞癌；腺腫性ポリープ内腺癌；腺癌、家族性大腸ポリポーシス；固形癌；カルチノイド腫瘍、悪性；細気管支肺胞腺癌（ｂｒｏｎｃｈｉｏｌｏ－ａｌｖｅｏｌａｒ ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ）；乳頭状腺癌；嫌色素性癌；好酸性癌；好酸性腺癌；好塩基球癌；明細胞腺癌；顆粒細胞癌；ろ胞腺癌；乳頭状及びろ胞腺癌；非被包性硬化癌；副腎皮質がん；子宮内膜がん；皮膚付属器がん；アポクリン腺癌；皮脂腺癌；耳垢腺癌；粘表皮癌；嚢胞腺癌；乳頭状嚢胞腺癌；乳頭状漿液性嚢胞腺癌；粘液性嚢胞腺癌；粘液腺癌；印環細胞癌；浸潤性乳管癌；髄様癌；小葉癌；炎症性癌；乳腺パジェット病、；腺房細胞癌；腺扁平上皮癌；扁平上皮化生を伴う腺癌（Ａｄｅｎｏｃａｒｃｉｎｏｍａ ｗｉｔｈ ｓｑｕａｍｏｕｓ ｍｅｔａｐｌａｓｉａ）；悪性胸腺腫；悪性卵巣間質腫瘍；悪性莢膜細胞腫；悪性顆粒膜細胞腫；及び悪性ロブラストーマ（アンドロブラストマーａｎｄｒｏｂｌａｓｔｏｍａ）；セルトリ細胞癌；悪性ライディッヒ細胞腫瘍；悪性脂質細胞腫瘍；悪性傍神経節腫；悪性乳房外傍神経節腫；褐色細胞腫；グロムス血管肉腫；悪性黒色腫；無色素性黒色腫；表在拡大型黒色腫；巨大色素性母斑内悪性黒色腫；類上皮細胞黒色腫；悪性青色母斑；肉腫；線維肉腫；悪性線維性組織球腫；粘液肉腫；脂肪肉腫；平滑筋肉腫；横紋筋肉腫；胚性横紋筋肉腫；胞巣状横紋筋肉腫；間質性肉腫；悪性混合腫瘍；ミュラー管混合腫瘍；腎芽腫；肝芽腫；癌肉腫；悪性間葉腫；悪性ブレンナー腫瘍；悪性葉状腫瘍；滑膜肉腫；悪性中皮腫；未分化胚細胞腫；胎芽性癌；悪性奇形腫；悪性卵巣甲状腺腫；絨毛癌；悪性中腎腫；血管肉腫；悪性血管内皮腫；カポジ肉腫；悪性血管外皮腫；リンパ管肉腫；骨肉腫；傍骨性骨肉腫；軟骨肉腫；悪性軟骨芽腫；間葉性軟骨肉腫；骨巨細胞腫；ユーイング肉腫；悪性歯原性腫瘍；エナメル上皮歯牙肉腫；悪性エナメル上皮腫；エナメル上皮線維肉腫；悪性松果体腫；脊索腫；悪性神経膠腫；上衣腫；星状細胞腫；原形質星状細胞腫；原線維性星細胞腫；星芽腫；膠芽腫；多形性膠芽腫（ＧＢＭ）；乏突起膠腫；乏突起膠芽腫；原始神経外胚葉；小脳肉腫；神経節神経芽細胞腫；神経芽腫；網膜芽細胞腫；嗅神経腫瘍；悪性髄膜腫；神経線維肉腫；悪性神経鞘腫；悪性顆粒細胞腫瘍；悪性リンパ腫；ホジキン病；ホジキンリンパ腫；傍肉芽腫；小リンパ球性悪性リンパ腫；びまん性大細胞型悪性リンパ腫；濾胞性悪性リンパ腫；菌状息肉腫；その他の特定の非ホジキンリンパ腫；悪性組織球症；多発性骨髄腫；肥満細胞肉腫；免疫増殖性小腸疾患；白血病；リンパ性白血病；形質細胞性白血病；赤白血病；リンパ肉腫細胞白血病；骨髄性白血病；好塩基球性白血病；好酸球性白血病；単球性白血病；肥満細胞白血病；巨核芽球性白血病；骨髄性肉腫；及び有毛細胞性白血病、であり得るが、これらに限定されない。
【0104】
いくつかの実施形態では、対象には抗がん化合物も投与される。抗がん化合物の例としては、アレムツズマブ（キャンパス（Ｃａｍｐａｔｈ）（登録商標））、アリトレチノイン（パンレチン（Ｐａｎｒｅｔｉｎ）（登録商標））、アナストロゾール（アリミデックス（Ａｒｉｍｉｄｅｘ）（登録商標））、ベバシズマブ（アバスチン（Ａｖａｓｔｉｎ）（登録商標））、ベキサロテン（タルグレチン（Ｔａｒｇｒｅｔｉｎ）（登録商標））、ボルテゾミブ（ベルケイド（Ｖｅｌｃａｄｅ）（登録商標））、ボスチニブ（ボシュリフ（Ｂｏｓｕｌｉｆ）（登録商標））、ブレンツキシマブベドチン（アドセトリス（Ａｄｃｅｔｒｉｓ）（登録商標））、カボザンチニブ（コメトリック（Ｃｏｍｅｔｒｉｑ）（商標））、カルフィルゾミブ（カイプロリス（Ｋｙｐｒｏｌｉｓ）（商標））、セツキシマブ（エルビタックス（Ｅｒｂｉｔｕｘ）（登録商標））、クリゾチニブ（キサルコリ（Ｘａｌｋｏｒｉ）（登録商標））、ダサチニブ（スプリセル（Ｓｐｒｙｃｅｌ）（登録商標））、デニロイキンジフチトクス（オンタク（Ｏｎｔａｋ）（登録商標））、エルロチニブ塩酸塩（タルセバ（Ｔａｒｃｅｖａ）（登録商標））、エベロリムス（アフィニトール（Ａｆｉｎｉｔｏｒ）（登録商標））、エキセメスタン（アロマシン（Ａｒｏｍａｓｉｎ）（登録商標））、フルベストラント（フェソロデックス（Ｆａｓｌｏｄｅｘ）（登録商標））、ゲフィチニブ（イレッサ（Ｉｒｅｓｓａ）（登録商標））、イブリツモマブチウキセタン（ゼバリン（Ｚｅｖａｌｉｎ）（登録商標））、メシル酸イマチニブ（グリベック（Ｇｌｅｅｖｅｃ）（登録商標））、イピリムマブ（イェルボイ（Ｙｅｒｖｏｙ）（商標））、ラパチニブジトシレート（タイケルブ（Ｔｙｋｅｒｂ）（登録商標））、レトロゾール（フェマーラ（Ｆｅｍａｒａ）（登録商標））、ニロチニブ（タシニャ（Ｔａｓｉｇｎａ）（登録商標））、オファツムマブ（アルゼラ（Ａｒｚｅｒｒａ）（登録商標））、パニツムマブ（ベクティビックス（Ｖｅｃｔｉｂｉｘ）（登録商標））、パゾパニブ塩酸塩（ヴォトリエント（Ｖｏｔｒｉｅｎｔ）（登録商標））、ペルツズマブ（パージェタ（Ｐｅｒｊｅｔａ）（商標））、プララトレキサート（フォロチン（Ｆｏｌｏｔｙｎ）（登録商標））、レゴラフェニブ（スチバーガ（Ｓｔｉｖａｒｇａ）（登録商標））、リツキシマブ（リツキサン（Ｒｉｔｕｘａｎ）（登録商標））、ロミデプシン（イストダックス（Ｉｓｔｏｄａｘ）（登録商標））、ソラフェニブトシレート（ネクサバール（Ｎｅｘａｖａｒ）（登録商標））、スニチニブマラート（ステント（Ｓｕｔｅｎｔ）（登録商標））、タモキシフェン、テムシロリムス（トーリセル（Ｔｏｒｉｓｅｌ）（登録商標））、トレミフェン（フェアストン（Ｆａｒｅｓｔｏｎ）（登録商標））、トシツモマブ及び１３１Ｉ－トシツモマブ（ベクサール（Ｂｅｘｘａｒ）（登録商標））、トラスツズマブ（ハーセプチン（Ｈｅｒｃｅｐｔｉｎ）（登録商標））、トレチノイン（ベサノイド（Ｖｅｓａｎｏｉｄ）（登録商標））、バンデタニブ（カプレルサ（Ｃａｐｒｅｌｓａ）（登録商標））、ベムラフェニブ（ゼルボラフ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ）（登録商標））、ボリノスタット（ゾリンザ（Ｚｏｌｉｎｚａ）（登録商標））、及びジブ－アフリベルセプト（Ｚｉｖ－ａｆｌｉｂｅｒｃｅｐｔ）（ザルトラップ（Ｚａｌｔｒａｐ）（登録商標））、が挙げられるが、これらに限定されない。
【0105】
いくつかの実施形態では、対象には化学療法剤も投与される。化学療法剤の例としては、アルキル化剤、例としてチオテパ、シクロホスファミドなど；アルキルスルホネート、例としてブスルファン、インプロスルファン、及びピポスルファンなど；アジリジン、例としてベンゾドーパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、及びウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）など；エチレンイミン及びメチラメラミン、例としてアルトレタアミン（ａｌｔｒｅｔａｍｉｎｅ）、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド、及びトリメチロールメラミン（ｔｒｉｍｅｔｈｙｌｏｌｏｍｅｌａｍｉｎｅ）など；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；カンプトテシン（合成類似体トポテカン（ｔｏｐｏｔｅｃａｎ）を含む）；ブリオスタチン；カリスタチン（ｃａｌｌｙｓｔａｔｉｎ）；ＣＣ－１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン及びビゼレシン合成類似体を含む）；クリプトフィシン（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ－２１８９及びＣＢ１－ＴＭ１を含む）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチン（ｓａｒｃｏｄｉｃｔｙｉｎ）；スポンジスタチン；ナイトロジェンマスタード、例としてクロランブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノブエンビキン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）、フェネステリン、プレドニムスチン、トロフォスファミド（ｔｒｏｆｏｓｆａｍｉｄｅ）、ウラシルマスタードなど；ニトロソウレア（ｎｉｔｒｏｓｕｒｅａｓ）、例としてカルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン及びラニムスチンなど；抗生物質、例としてエネジイン抗生物質など（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンγｌＩ及びカリケアマイシンωｌ１）；ダイネミシン、ダイネミシンＡを含む；クロドロネートなどのビスホスホネート；エスペラマイシン；並びにネオカルチノスタチン発光団及び関連色素タンパク質エネジイン（ｅｎｅｄｉｙｎｅ）抗生物質発光団、アクラシノマイシン（ａｃｌａｃｉｎｏｍｙｓｉｎｓ）、アクチノマイシン、アントラマイシン（ａｕｔｈｒａｒｎｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カミノマイシン（ｃａｍｉｎｏｍｙｃｉｎ）、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６－ジアゾ－５－オキソ－Ｌ－ノルロイシン、ドキソルビシン（モルフォリノ－ドキソルビシン、シアノモルフォリノ－ドキソルビシン、２－ピロリノ－ドキソルビシン及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（ｐｏｔｆｉｒｏｍｙｃｉｎ）、ピューロマイシン、クエラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン（ｒｏｄｏｒｕｂｉｃｉｎ）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；抗代謝産物、例としてメトトレキセート及び５－フルオロウラシル（５－ＦＵ）など；葉酸類似体、例としてデノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセートなど；プリン類似体、例としてフルダラビン、６－メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなど；ピリミジン類似体、例としてアンシタビン、アザシチジン、６－アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジン（ｆｌｏｘｕｒｉｄｉｎｅ）など；アンドロゲン、例としてカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなど；抗副腎剤、例としてアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなど；葉酸リプレニッシャー（ｒｅｐｌｅｎｉｓｈｅｒ）、例としてフロリン酸（ｆｒｏｌｉｎｉｃ ａｃｉｄ）など；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート（ｅｄａｔｒａｘａｔｅ）；デフォファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルシン（ｄｅｍｅｃｏｌｃｉｎｅ）；ジアジコン（ｄｉａｚｉｑｕｏｎｅ）；エルフォミチン（ｅｌｆｏｍｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム（ｅｌｌｉｐｔｉｎｉｕｍ ａｃｅｔａｔｅ）；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシウレア；レンチナン；ロニダイニン（ｌｏｎｉｄａｉｎｉｎｅ）；メイタンシノイド、例としてメイタンシン及びアンサマイトシンなど；ミトグアゾン（ｍｉｔｏｇｕａｚｏｎｅ）；ミトキサントロン；モピダンモール（ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ）；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメット；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２－エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体）；ラゾキサン（ｒａｚｏｘａｎｅ）；リゾキシン（ｒｈｉｚｏｘｉｎ）；シゾフラン（ｓｉｚｏｆｕｒａｎ）；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”－トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（ｔｒｉｃｈｏｔｈｅｃｅｎｅｓ）（特にＴ－２トキシン、ベルカリンＡ（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ Ａ）、ロリジンＡ（ｒｏｒｉｄｉｎ Ａ）及びアングイジン（ａｎｇｕｉｄｉｎｅ））；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ－Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例としてパクリタキセル及びドセタキセル；クロラムブシル；ゲムシタビン；６－チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金配位錯体、例としてシスプラチン、オキサリプラチン及びカルボプラチンなど；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ－１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ビノレルビン；ノバントロン（ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ）；テニポシド；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート（ｉｂａｎｄｒｏｎａｔｅ）；イリノテカン（例えばＣＰＴ－１１）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイド、例としてレチノイン酸など；カペシタビン；並びに上述したものいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体、が挙げられるが、これらに限定されない。
【0106】
いくつかの実施形態では、対象には免疫療法剤も投与される。免疫療法は、対象の免疫系を使用して状態を治療又は予防する処置を指し、例えば、がんワクチン、サイトカイン、標的特異的抗体の使用、Ｔ細胞療法、及び樹状細胞療法である。
【0107】
いくつかの実施形態では、対象には免疫調節タンパク質も投与される。免疫調節タンパク質の例としては、Ｂリンパ球走化性因子（「ＢＬＣ」）、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン１１（「エオタキシン－１」）、好酸球走化性タンパク質２（「エオタキシン－２」）、顆粒球コロニー刺激因子（「Ｇ－ＣＳＦ」）、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（「ＧＭ－ＣＳＦ」）、１－３０９、細胞間接着分子１（「ＩＣＡＭ－１」）、インターフェロンガンマ（「ＩＦＮ－γ」）、インターロイキン－１アルファ（「ＩＬ－１α」）、インターロイキン－１ベータ（「ＩＬ－１β」）、インターロイキン１受容体アンタゴニスト（「ＩＬ－１ ｒａ」）、インターロイキン－２（「ＩＬ－２」）、インターロイキン－４（「ＩＬ－４」）、インターロイキン－５（「ＩＬ－５」）、インターロイキン－６（「ＩＬ－６」）、インターロイキン－６可溶性受容体（「ＩＬ－６ ｓＲ」）、インターロイキン－７（「ＩＬ－７」）、インターロイキン－８（「ＩＬ－８」）、インターロイキン－１０（「ＩＬ－１０」）、インターロイキン－１１（「ＩＬ－１１」）、インターロイキン－１２のサブユニットベータ（「ＩＬ－１２ ｐ４０」又は「ＩＬ－１２ ｐ７０」）、インターロイキン－１３（「ＩＬ－１３」）、インターロイキン－１５（「ＩＬ－１５」）、インターロイキン－１６（「ＩＬ－１６」）、インターロイキン－１７（「ＩＬ－１７」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＣＰ－１」）、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ－ＣＳＦ」）、ガンマインターフェロン誘導モノカイン（「ＭＩＧ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２（「ＭＩＰ－１アルファ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド４（「ＭＩＰ－１ベータ」）、マクロファージ炎症性タンパク質－１－デルタ（「ＭＩＰ－１デルタ」）、血小板由来成長因子サブユニットＢ（「ＰＤＧＦ－ＢＢ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド５、活性化に調節、正常Ｔ細胞発現及び分泌（Ｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｏｎ Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ， Ｎｏｒｍａｌ Ｔ ｃｅｌｌ Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ａｎｄ Ｓｅｃｒｅｔｅｄ）（「ＲＡＮＴＥＳ」）、ＴＩＭＰメタロペプチダーゼ阻害剤１（「ＴＩＭＰ－１」）、ＴＩＭＰメタロペプチダーゼ阻害剤２（「ＴＩＭＰ－２」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン－アルファ（「ＴＮＦα」）、腫瘍壊死因子、リンホトキシン－ベータ（「ＴＮＦβ」）、可溶性ＴＮＦ受容体タイプ１（「ｓＴＮＦＲＩ」）、ｓＴＮＦＲＩＩＡＲ、脳由来神経栄養因子（「ＢＤＮＦ」）、塩基性線維芽細胞成長因子（「ｂＦＧＦ」）、骨形成タンパク質４（「ＢＭＰ－４」）、骨形成タンパク質５（「ＢＭＰ－５」）、骨形成タンパク質７（「ＢＭＰ－７」）、神経成長因子（「ｂ－ＮＧＦ」）、上皮成長因子（「ＥＧＦ」）、上皮成長因子受容体（「ＥＧＦＲ」）、内分泌腺由来血管内皮細胞成長因子（「ＥＧ－ＶＥＧＦ」）、線維芽細胞成長因子４（「ＦＧＦ－４」）、ケラチノサイト成長因子（「ＦＧＦ－７」）、成長分化因子１５（「ＧＤＦ－１５」）、グリア細胞由来神経栄養因子（「ＧＤＮＦ」）、成長ホルモン、ヘパリン結合ＥＧＦ様成長因子（「ＨＢ－ＥＧＦ」）、肝細胞増殖因子（「ＨＧＦ」）、インスリン様増殖因子結合タンパク質１（「ＩＧＦＢＰ－１」）、インスリン様増殖因子結合タンパク質２（「ＩＧＦＢＰ－２」）、インスリン様増殖因子結合タンパク質３（「ＩＧＦＢＰ－３」）、インスリン様増殖因子結合タンパク質４（「ＩＧＦＢＰ－４」）、インスリン様増殖因子結合タンパク質６（「ＩＧＦＢＰ－６」）、インスリン様増殖因子１（「ＩＧＦ－１」）、インスリン、マクロファージコロニー刺激因子（「Ｍ－ＣＳＦ Ｒ」）、神経成長因子受容体（「ＮＧＦ Ｒ」）、ニューロトロフィン－３（「ＮＴ－３」）、ニューロトロフィン－４（「ＮＴ－４」）、破骨細胞形成抑制因子（「オステオプロテゲリン（Ｏｓｔｅｏｐｒｏｔｅｇｅｒｉｎ）」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ－ＡＡ」）、ホスファチジルイノシトール－グリカン生合成（「ＰＩＧＦ」）、Ｓｋｐ、Ｃｕｌｌｉｎ、Ｆ－ｂｏｘ含有複合体（「ＳＣＦ」）、幹細胞因子受容体（「ＳＣＦ Ｒ」）、トランスフォーミング増殖因子アルファ（「ＴＧＦα」）、トランスフォーミング増殖因子ベータ－１（「ＴＧＦβ１」）、トランスフォーミング増殖因子ベータ－３（「ＴＧＦβ３」）、血管内皮成長因子（「ＶＥＧＦ」）、血管内皮成長因子受容体２（「ＶＥＧＦＲ２」）、血管内皮成長因子受容体３（「ＶＥＧＦＲ３」）、ＶＥＧＦ－Ｄ ６Ｃｋｉｎｅ、チロシンプロテインキナーゼ受容体ＵＦＯ（「Ａｘｌ」）、ベータセルリン（「ＢＴＣ」）、粘膜関連上皮ケモカイン（「ＣＣＬ２８」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２７（「ＣＴＡＣＫ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＣＸＣＬ１６」）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカイン５（「ＥＮＡ－７８」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２６（「エオタキシン－３」）、顆粒球走化性タンパク質２（「ＧＣＰ－２」）、ＧＲＯ、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＨＣＣ－ｌ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド１６（「ＨＣＣ－４」）、インターロイキン－９（「ＩＬ－９」）、インターロイキン－１７ Ｆ（「ＩＬ－１７Ｆ」）、インターロイキン－１８結合タンパク質（「ＩＬ－１８ ＢＰａ」）、インターロイキン－２８ Ａ（「ＩＬ－２８Ａ」）、インターロイキン２９（「ＩＬ－２９」）、インターロイキン３１（「ＩＬ－３１」）、Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフケモカイン１０（「ＩＰ－１０」）、ケモカイン受容体ＣＸＣＲ３（「Ｉ－ＴＡＣ」）、白血病抑制因子（「ＬＩＦ」）、Ｌｉｇｈｔ、ケモカイン（Ｃモチーフ）リガンド（「リンホタクチン」）、単球走化性タンパク質２（「ＭＣＰ－２」）、単球走化性タンパク質３（「ＭＣＰ－３」）、単球走化性タンパク質４（「ＭＣＰ－４」）、マクロファージ由来ケモカイン（「ＭＤＣ」）、マクロファージ遊走阻止因子（「ＭＩＦ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２０（「ＭＩＰ－３α」）、Ｃ－Ｃモチーフケモカイン１９（「ＭＩＰ－３β」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド２３（「ＭＰＩＦ－１」）、マクロファージ刺激タンパク質アルファ鎖（「ＭＳＰａｌｐｈａ」）、ヌクレオソーム集合タンパク質１様４（「ＮＡＰ－２」）、分泌型ホスホタンパク質１（「オステオポンチン」）、肺及び活性化調節サイトカイン（「ＰＡＲＣ」）、血小板因子４（「ＰＦ４」）、間質細胞由来因子－１アルファ（「ＳＤＦ－１α」）、ケモカイン（Ｃ－Ｃモチーフ）リガンド１７（「ＴＡＲＣ」）、胸腺発現ケモカイン（「ＴＥＣＫ」）、胸腺間質リンホポエチン（「ＴＳＬＰ ４－ＩＢＢ」）、ＣＤ１６６抗原（「ＡＬＣＡＭ」）、分化クラスター８０（「Ｂ７－１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１７（「ＢＣＭＡ」）、分化クラスター１４（「ＣＤ１４」）、分化クラスター３０（「ＣＤ３０」）、分化クラスター４０（「ＣＤ４０リガンド」）、癌胎児性抗原関連細胞接着分子１（「胆汁糖タンパク質」）（「ＣＥＡＣＡＭ－１」）、デスレセプター６（「ＤＲ６」）、デオキシチミジンキナーゼ（「Ｄｔｋ」）、１型膜糖タンパク質（「エンドグリン」）、受容体型チロシンプロテインキナーゼｅｒｂＢ－３（「ＥｒｂＢ３」）、内皮白血球接着分子１（「Ｅ－セレクチン」）、アポトーシス抗原１（「Ｆａｓ」）、Ｆｍｓ様チロシンキナーゼ３（「Ｆｌｔ－３Ｌ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１（「ＧＩＴＲ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１４（「ＨＶＥＭ」）、細胞間接着分子３（「ＩＣＡＭ－３」）、ＩＬ－１ Ｒ４、ＩＬ－１ ＲＩ、ＩＬ－１０ Ｒベータ、ＩＬ－１７Ｒ、ＩＬ－２Ｒガンマ、ＩＬ－２１Ｒ、リソソーム膜タンパク質２（「ＬＩＭＰＩＩ」）、好中球ゼラチナーゼ関連リポカリン（「リポカリン－２」）、ＣＤ６２Ｌ（「Ｌ－セレクチン」）、リンパ内皮細胞（「ＬＹＶＥ－１」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ａ（「ＭＩＣＡ」）、ＭＨＣクラスＩポリペプチド関連配列Ｂ（「ＭＩＣＢ」）、ＮＲＧｌ－ベータ１、ベータ型血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ Ｒベータ」）、血小板内皮細胞接着分子（「ＰＥＣＡＭ－１」）、ＲＡＧＥ、Ａ型肝炎ウイルス細胞受容体１（「ＴＩＭ－１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバーＩＯＣ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ３」）、トラピンタンパク質トランスグルタミナーゼ結合ドメイン（「トラピン－２」）、ウロキナーゼ受容体（「ｕＰＡＲ」）、血管細胞接着タンパク質１（「ＶＣＡＭ－１」）、ＸＥＤＡＲ、アクチビンＡ、アグーチ（Ａｇｏｕｔｉ）関連タンパク質（「ＡｇＲＰ」）、リボヌクレアーゼ５（「アンジオゲニン」）、アンジオポエチン１、アンジオスタチン、カテプシンＳ、ＣＤ４０、潜在性（Ｃｒｙｐｔｉｃ）ファミリータンパク質ＩＢ（「Ｃｒｉｐｔｏ－１」）、ＤＡＮ、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質１（「ＤＫＫ－１」）、Ｅ－カドヘリン、上皮細胞接着分子（「ＥｐＣＡＭ」）、Ｆａｓリガンド（ＦａｓＬ又はＣＤ９５Ｌ）、Ｆｃｇ ＲＩＩＢ／Ｃ、フルイスタチン（ＦｏＵｉｓｔａｔｉｎ）、ガレクチン－７、細胞間接着分子２（「ＩＣＡＭ－２」、ＩＬ－１３ Ｒｌ、ＩＬ－１３Ｒ２、ＩＬ－１７Ｂ、ＩＬ－２ Ｒａ、ＩＬ－２ Ｒｂ、ＩＬ－２３、ＬＡＰ、神経細胞接着分子（「ＮｒＣＡＭ」）、プラスミノーゲンアクチベーター阻害剤－１（「ＰＡＩ－１」）、血小板由来成長因子受容体（「ＰＤＧＦ－ＡＢ」）、レジスチン、間質細胞由来因子１（「ＳＤＦ－１β」）、ｓｇｐｌ３０、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質２（「ＳｈｈＮ」）、シアル酸結合免疫グロブリン型レクチン（「Ｓｉｇｌｅｃ－５」）、ＳＴ２、トランスフォーミング増殖因子ベータ２（「ＴＧＦβ２」）、Ｔｉｅ－２、トロンボポエチン（「ＴＰＯ」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ｄ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ４」）、骨髄細胞上に発現される誘発（Ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ）受容体１（「ＴＲＥＭ－１」）、血管内皮増殖因子Ｃ（「ＶＥＧＦ－Ｃ」）、ＶＥＧＦＲｌ、アディポネクチン、アジプシン（「ＡＮＤ」）、アルファフェトプロテイン（「ＡＦＰ」）、アンジオポエチン様４（「ＡＮＧＰＴＬ４」）、ベータ－２－ミクログロブリン（「Ｂ２Ｍ」）、基底細胞接着分子（「ＢＣＡＭ」）、炭水化物抗原１２５（「ＣＡ１２５」）、がん抗原１５－３（「ＣＡ１５－３」）、癌胎児性抗原（「ＣＥＡ」）、ｃＡＭＰ受容体タンパク質（「ＣＲＰ」）、ヒト上皮成長因子受容体２（「ＥｒｂＢ２」）、フォリスタチン、卵胞刺激ホルモン（「ＦＳＨ」）、ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１（「ＧＲＯアルファ」）、ヒト絨毛性ゴナドトロピン（「βＨＣＧ」）、インスリン様成長因子１受容体（「ＩＧＦ－１ ｓＲ」）、ＩＬ－１ ｓＲＩＩ、ＩＬ－３、ＩＬ－１８ Ｒｂ、ＩＬ－２１、レプチン（Ｌｅｐｔｉｎ）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－１（「ＭＭＰ－１」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－２（「ＭＭＰ－２」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－３（「ＭＭＰ－３」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－８（「ＭＭＰ－８」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－９（「ＭＭＰ－９」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－１０（「ＭＭＰ－１０」）、マトリックスメタロプロテイナーゼ－１３（「ＭＭＰ－１３」）、神経細胞接着分子（「ＮＣＡＭ－１」）、エンタクチン（「ニドジェン－１」）、ニューロン特異的エノラーゼ（「ＮＳＥ」）、オンコスタチンＭ（「ＯＳＭ」）、プロカルシトニン、プロラクチン、前立腺特異抗原（「ＰＳＡ」）、シアル酸結合Ｉｇ様レクチン９（「Ｓｉｇｌｅｃ－９」）、ＡＤＡＭ １７エンドペプチダーゼ（「ＴＡＣＥ」）、チログロブリン、メタロプロテイナーゼ阻害剤４（「ＴＩＭＰ－４」）、ＴＳＨ２Ｂ４、ディスインテグリン及びメタロプロテイナーゼドメイン含有タンパク質９（「ＡＤＡＭ－９」）、アンジオポエチン２、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー１３／
酸性ロイシンリッチ核ホスホタンパク質３２ファミリーメンバーＢ（「ＡＰＲＩＬ」）、骨形成タンパク質２（「ＢＭＰ－２」）、骨形成タンパク質９（「ＢＭＰ－９」）、補体成分５ａ（「Ｃ５ａ」）、カテプシンＬ、ＣＤ２００、ＣＤ９７、ケメリン（Ｃｈｅｍｅｒｉｎ）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６Ｂ（「ＤｃＲ３」）、脂肪酸結合タンパク質２（「ＦＡＢＰ２」）、線維芽細胞活性化タンパク質、アルファ（「ＦＡＰ」）、線維芽細胞増殖因子１９（「ＦＧＦ－１９」）、ガレクチン－３、肝細胞増殖因子受容体（「ＨＧＦ Ｒ」）、ＩＦＮ－アルファ／ベータＲ２、インスリン様増殖因子２（「ＩＧＦ－２」）、インスリン様増殖因子２受容体（「ＩＧＦ－２ Ｒ」）、インターロイキン－１受容体６（「ＩＬ－１Ｒ６」）、インターロイキン２４（「ＩＬ－２４」）、インターロイキン３３（「ＩＬ－３３」）、カリクレイン１４、アスパラギンエンドペプチダーゼ（「レグマイン」）、酸化低密度リポタンパク質受容体１（「ＬＯＸ－１」）、マンノース結合レクチン（「ＭＢＬ」）、ネプリライシン（「ＮＥＰ」）、Ｎｏｔｃｈホモログ１、転座関連（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（「Ｎｏｔｃｈ－１」）、腎芽細胞腫過剰発現（「ＮＯＶ」）、オステオアクチビン、プログラム細胞死タンパク質１（「ＰＤ－１」）、Ｎ－アセチルムラモイル－Ｌ－アラニンアミダーゼ（「ＰＧＲＰ－５」）、セルピンＡ４、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質３（「ｓＦＲＰ－３」）、トロンボモジュリン、Ｔｏｌｌ様受容体２（「ＴＬＲ２」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ａ（「ＴＲＡＩＬ Ｒｌ」）、トランスフェリン（「ＴＲＦ」）、ＷＩＦ－ｌＡＣＥ－２、アルブミン、ＡＭＩＣＡ、アンジオポエチン４、Ｂ細胞活性化因子（「ＢＡＦＦ」）、炭水化物抗原１９－９（「ＣＡ１９－９」）、ＣＤ１６３、クラステリン、ＣＲＴ ＡＭ、ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＣＸＣＬ１４」）、シスタチンＣ、デコリン（Ｄｅｃｏｒｉｎ）（「ＤＣＮ」）、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質３（「Ｄｋｋ－３」）、デルタ様タンパク質１（「ＤＬＬ１」）、フェツインＡ、ヘパリン結合成長因子１（「ａＦＧＦ」）、葉酸受容体アルファ（「ＦＯＬＲ１」）、フーリン（Ｆｕｒｉｎ）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質１（「ＧＡＳＰ－１」）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質２（「ＧＡＳＰ－２」）、顆粒球コロニー刺激因子受容体（「ＧＣＳＦ Ｒ」）、セリンプロテアーゼヘプシン（「ＨＡＩ－２」）、インターロイキン－１７Ｂ受容体（「ＩＬ－１７Ｂ Ｒ」）、インターロイキン２７（「ＩＬ－２７」）、リンパ球活性化遺伝子３（「ＬＡＧ－３」）、アポリポタンパク質Ａ－Ｖ（「ＬＤＬ Ｒ」）、ペプシノーゲンＩ、レチノール結合タンパク質４（「ＲＢＰ４」）、ＳＯＳＴ、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（「シンデカン－１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１３Ｂ（「ＴＡＣＩ」）、組織因子経路阻害剤（「ＴＦＰＩ」）、ＴＳＰ－１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー１０ｂ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ２」）、ＴＲＡＮＣＥ、トロポニンＩ、ウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベーター（「ｕＰＡ」）、カドヘリン５、タイプ２又はＣＤ１４４としても知られるＶＥ－カドヘリン（血管内皮）（「ＶＥ－カドヘリン」）、ＷＮＴｌ誘導性シグナル伝達経路タンパク質１（「ＷＩＳＰ－１」）、及び核因子κＢの受容体活性化因子（「ＲＡＮＫ」）、が挙げられるが、これらに限定されない。
酸性ロイシンリッチ核ホスホタンパク質３２ファミリーメンバーＢ（「ＡＰＲＩＬ」）、骨形成タンパク質２（「ＢＭＰ－２」）、骨形成タンパク質９（「ＢＭＰ－９」）、補体成分５ａ（「Ｃ５ａ」）、カテプシンＬ、ＣＤ２００、ＣＤ９７、ケメリン（Ｃｈｅｍｅｒｉｎ）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー６Ｂ（「ＤｃＲ３」）、脂肪酸結合タンパク質２（「ＦＡＢＰ２」）、線維芽細胞活性化タンパク質、アルファ（「ＦＡＰ」）、線維芽細胞増殖因子１９（「ＦＧＦ－１９」）、ガレクチン－３、肝細胞増殖因子受容体（「ＨＧＦ Ｒ」）、ＩＦＮ－アルファ／ベータＲ２、インスリン様増殖因子２（「ＩＧＦ－２」）、インスリン様増殖因子２受容体（「ＩＧＦ－２ Ｒ」）、インターロイキン－１受容体６（「ＩＬ－１Ｒ６」）、インターロイキン２４（「ＩＬ－２４」）、インターロイキン３３（「ＩＬ－３３」）、カリクレイン１４、アスパラギンエンドペプチダーゼ（「レグマイン」）、酸化低密度リポタンパク質受容体１（「ＬＯＸ－１」）、マンノース結合レクチン（「ＭＢＬ」）、ネプリライシン（「ＮＥＰ」）、Ｎｏｔｃｈホモログ１、転座関連（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）（「Ｎｏｔｃｈ－１」）、腎芽細胞腫過剰発現（「ＮＯＶ」）、オステオアクチビン、プログラム細胞死タンパク質１（「ＰＤ－１」）、Ｎ－アセチルムラモイル－Ｌ－アラニンアミダーゼ（「ＰＧＲＰ－５」）、セルピンＡ４、分泌型ｆｒｉｚｚｌｅｄ関連タンパク質３（「ｓＦＲＰ－３」）、トロンボモジュリン、Ｔｏｌｌ様受容体２（「ＴＬＲ２」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１０Ａ（「ＴＲＡＩＬ Ｒｌ」）、トランスフェリン（「ＴＲＦ」）、ＷＩＦ－ｌＡＣＥ－２、アルブミン、ＡＭＩＣＡ、アンジオポエチン４、Ｂ細胞活性化因子（「ＢＡＦＦ」）、炭水化物抗原１９－９（「ＣＡ１９－９」）、ＣＤ１６３、クラステリン、ＣＲＴ ＡＭ、ケモカイン（Ｃ－Ｘ－Ｃモチーフ）リガンド１４（「ＣＸＣＬ１４」）、シスタチンＣ、デコリン（Ｄｅｃｏｒｉｎ）（「ＤＣＮ」）、Ｄｉｃｋｋｏｐｆ関連タンパク質３（「Ｄｋｋ－３」）、デルタ様タンパク質１（「ＤＬＬ１」）、フェツインＡ、ヘパリン結合成長因子１（「ａＦＧＦ」）、葉酸受容体アルファ（「ＦＯＬＲ１」）、フーリン（Ｆｕｒｉｎ）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質１（「ＧＡＳＰ－１」）、ＧＰＣＲ関連ソーティングタンパク質２（「ＧＡＳＰ－２」）、顆粒球コロニー刺激因子受容体（「ＧＣＳＦ Ｒ」）、セリンプロテアーゼヘプシン（「ＨＡＩ－２」）、インターロイキン－１７Ｂ受容体（「ＩＬ－１７Ｂ Ｒ」）、インターロイキン２７（「ＩＬ－２７」）、リンパ球活性化遺伝子３（「ＬＡＧ－３」）、アポリポタンパク質Ａ－Ｖ（「ＬＤＬ Ｒ」）、ペプシノーゲンＩ、レチノール結合タンパク質４（「ＲＢＰ４」）、ＳＯＳＴ、ヘパラン硫酸プロテオグリカン（「シンデカン－１」）、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー１３Ｂ（「ＴＡＣＩ」）、組織因子経路阻害剤（「ＴＦＰＩ」）、ＴＳＰ－１、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリー、メンバー１０ｂ（「ＴＲＡＩＬ Ｒ２」）、ＴＲＡＮＣＥ、トロポニンＩ、ウロキナーゼプラスミノーゲンアクチベーター（「ｕＰＡ」）、カドヘリン５、タイプ２又はＣＤ１４４としても知られるＶＥ－カドヘリン（血管内皮）（「ＶＥ－カドヘリン」）、ＷＮＴｌ誘導性シグナル伝達経路タンパク質１（「ＷＩＳＰ－１」）、及び核因子κＢの受容体活性化因子（「ＲＡＮＫ」）、が挙げられるが、これらに限定されない。
【0108】
いくつかの実施形態では、対象には免疫チェックポイント阻害剤も投与される。免疫チェックポイント阻害は、がん細胞が免疫応答を阻止する又はダウンレギュレートするために産生することができるチェックポイントを阻害することを広く指す。免疫チェックポイントタンパク質の例としては、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ１、ＰＤ－Ｌ２、Ａ２ＡＲ、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、ＢＴＬＡ、ＫＩＲ、ＬＡＧ３、ＴＩＭ－３又はＶＩＳＴＡが挙げられるが、これらに限定されない。免疫チェックポイント阻害剤は、免疫チェックポイントタンパク質に結合し、これを阻害する抗体又はその抗原結合フラグメントであり得る。免疫チェックポイント阻害剤の例としては、ニボルマブ、ペンブロリズマブ、ピジリズマブ、ＡＭＰ－２２４、ＡＭＰ－５１４、ＳＴＩ－Ａ１１１０、ＴＳＲ－０４２、ＲＧ－７４４６、ＢＭＳ－９３６５５９、ＭＥＤＩ－４７３６、ＭＳＢ－００２０７１８Ｃ、ＡＵＲ－０１２及びＳＴＩ－Ａ１０１０が挙げられるが、これらに限定されない。
【0109】
いくつかの実施形態では、本明細書に提供される組成物（例えば、本明細書に提供されるワクチン組成物）は、がん及び／又はＣＭＶ感染症を予防するために予防的に投与される。いくつかの実施形態では、ワクチンは腫瘍細胞増殖を阻害するために投与される。ワクチンは、患者におけるがん細胞又はＣＭＶ感染細胞の検出の前又は後に投与することができる。腫瘍細胞増殖の阻害は、腫瘍細胞の成長の阻止、停止、遅延、又は腫瘍細胞の殺傷を指すと理解される。いくつかの実施形態において、本明細書に記載のペプチド、核酸、抗体又はＡＰＣを含むワクチンの投与後に、炎症誘発性応答が誘導される。炎症誘発性免疫応答は、炎症誘発性サイトカイン及び／又はケモカイン、例えばインターフェロンガンマ（ＩＦＮ－γ）及び／又はインターロイキン２（ＩＬ－２）の産生を含む。炎症誘発性サイトカイン及びケモカインは当技術分野において周知である。
【0110】
併用（ｃｏｎｊｏｉｎｔ）療法は、投与された第１の薬剤の治療効果がその後の治療が投与されたときに完全に消失しないような方法での、活性化合物の逐次的、同時及び別々の投与、並びに／又は共投与を含む。いくつかの実施形態では、第２の薬剤を、第１の薬剤と共製剤化してもよく、又は別々の医薬組成物に製剤化してもよい。
【0111】
本明細書で提供される医薬組成物中の活性成分の実際の投与量レベルは、患者に有毒でなく、特定の患者についての所望の治療応答を達成するのに有効な活性成分の量、組成、及び投与様式を達成するように変化させてもよい。
【0112】
選択された投与量レベルは、使用される特定の薬剤の活性、投与経路、投与時間、使用される特定の化合物の排出又は代謝速度、治療期間、使用されている特定の化合物と組み合わせて使用される他の薬物、化合物及び／又は材料、治療を受ける患者の年齢、性別、体重、状態、全般的な健康及び以前の病歴を含む種々の要因、及び医学分野において周知である同様の要因に依存する。
【0113】
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される方法は、本明細書で提供される治療方法を使用して（例えば、本明細書で提供される医薬組成物を対象に投与することによって）同定された対象を治療することをさらに含む。
【実施例0114】
実施例１：患者の特徴
ＣＭＶ関連合併症を伴う固形臓器移植（ＳＯＴ）レシピエントにおける自家Ｔ細胞療法の安全性を評価するために、以下の４つの基準のうちのいずれか１つを満たした場合に患者を選択し、適格と考えた、すなわち、
（Ａ）初期治療が成功した後のＣＭＶ再活性化又は疾患（組織学により定義）、例えば、ガンシクロビル耐性ＣＭＶ再活性化；
（Ｂ）持続性ＣＭＶ疾患、すなわち、２週間のサルベージホスカルネット又は他のセカンドライン抗ウイルス剤に対する応答がない、例えば、セカンドライン療法に対する耐性による再発性ＣＭＶの再燃；
（Ｃ）適切な抗ウイルス療法にもかかわらず持続的なＣＭＶ複製（ＰＣＲにより６週間超）。
（Ｄ）ＣＭＶ再活性化又は不耐性若しくは末端臓器の制限（例えば、腎機能障害、骨髄機能障害）に基づいて抗ウイルス療法が禁忌である疾患、例えば、末端臓器ＣＭＶ疾患又は抗ウイルス薬療法に対する不耐性。
ＣＭＶ関連合併症を伴う固形臓器移植（ＳＯＴ）レシピエントにおける自家Ｔ細胞療法の安全性を評価するために、以下の４つの基準のうちのいずれか１つを満たした場合に患者を選択し、適格と考えた、すなわち、
（Ａ）初期治療が成功した後のＣＭＶ再活性化又は疾患（組織学により定義）、例えば、ガンシクロビル耐性ＣＭＶ再活性化；
（Ｂ）持続性ＣＭＶ疾患、すなわち、２週間のサルベージホスカルネット又は他のセカンドライン抗ウイルス剤に対する応答がない、例えば、セカンドライン療法に対する耐性による再発性ＣＭＶの再燃；
（Ｃ）適切な抗ウイルス療法にもかかわらず持続的なＣＭＶ複製（ＰＣＲにより６週間超）。
（Ｄ）ＣＭＶ再活性化又は不耐性若しくは末端臓器の制限（例えば、腎機能障害、骨髄機能障害）に基づいて抗ウイルス療法が禁忌である疾患、例えば、末端臓器ＣＭＶ疾患又は抗ウイルス薬療法に対する不耐性。
【0115】
抗ウイルス薬療法を、機関のガイドラインに従って投与した。患者は、２週間ごとに、１～２×１０７細胞／ｍ２で最大６回のインビトロ増殖Ｔ細胞の投与を受けた。各参加者を、養子Ｔ細胞療法の完了後２８週間、安全性、臨床症状、ウイルス量、及び免疫再構成についてモニタリングした。ウイルス量のモニタリングは、前述のように組織内定性的アッセイを使用して実施した（Ｈｉｌら２０１６ Ａｍ Ｊ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２０１０、１０（１）： １７３～９頁）。
【0116】
結果
この研究に含まれる参加者の臨床的特徴を、表２に提供する。合計で、２１人のＳＯＴレシピエント（１３人 腎臓、８人 肺、１人 心臓）が研究に含まれていた。経過観察分析に含まれる肺移植患者のうちの２人は、以前に薬品・医薬品行政局（Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｇｏｏｄｓ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）のＳｐｅｃｉａｌ Ａｃｃｅｓｓ Ｓｃｈｅｍｅの下で治療を受けていた（Ｈｏｌｍｅｓ－ＬｉｅｗらＣｌｉｎｉｃａｌ ＆ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２０１５年、４（３）： ｅ３５；ＰｉｅｒｕｃｃｉらＪ Ｈｅａｒｔ Ｌｕｎｇ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２０１６年、３５（５）： ６８５～７頁）。分析された２１人の患者のうち、１３人のＳＯＴレシピエントが介入に割り当てられ、養子Ｔ細胞療法の最大６回の投与を受けた。１人の患者は、単回投与後に治療を中止し、免疫モニタリングは実施しなかった。残りの８人の患者のうち、７人は臨床状態の改善のために養子Ｔ細胞療法を受けておらず、１人の患者に対して治療を準備することができなかった。
この研究に含まれる参加者の臨床的特徴を、表２に提供する。合計で、２１人のＳＯＴレシピエント（１３人 腎臓、８人 肺、１人 心臓）が研究に含まれていた。経過観察分析に含まれる肺移植患者のうちの２人は、以前に薬品・医薬品行政局（Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｇｏｏｄｓ Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）のＳｐｅｃｉａｌ Ａｃｃｅｓｓ Ｓｃｈｅｍｅの下で治療を受けていた（Ｈｏｌｍｅｓ－ＬｉｅｗらＣｌｉｎｉｃａｌ ＆ ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎａｌ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２０１５年、４（３）： ｅ３５；ＰｉｅｒｕｃｃｉらＪ Ｈｅａｒｔ Ｌｕｎｇ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ ２０１６年、３５（５）： ６８５～７頁）。分析された２１人の患者のうち、１３人のＳＯＴレシピエントが介入に割り当てられ、養子Ｔ細胞療法の最大６回の投与を受けた。１人の患者は、単回投与後に治療を中止し、免疫モニタリングは実施しなかった。残りの８人の患者のうち、７人は臨床状態の改善のために養子Ｔ細胞療法を受けておらず、１人の患者に対して治療を準備することができなかった。
【0117】
【表2】
【0118】
実施例２：Ｔ細胞療法の調製
ＣＭＶ特異的Ｔ細胞療法を生成するために、各患者から得た末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、Ｌ－２１の存在下で（０日目に４０ｎｇ／ｍＬ）、ｐｐ６５、ｐｐ５０、ＩＥ－１、ｇＨ及びｇＢ（表１）からの所定のＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性ペプチドエピトープを含む臨床グレードのＣＭＶペプチドプールによりそれぞれ刺激した。次に、刺激した試料を、Ｇｒｅｘ－１０培養フラスコ（Ｗｉｌｓｏｎ Ｗｏｌｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｓａｉｎｔ Ｐａｕｌ、ＭＮ）内で、２～５×１０６細胞／ｃｍ２の開始細胞密度で培養した。これらの培養物に、２日目及びその後３日ごとにＩＬ－２（１２０ＩＵ／ｍＬ）を補充した。１４日目に、増殖Ｔ細胞を回収し、１０％ジメチルスルホキシド（ＷＡＫ－Ｃｈｅｍｉｅ Ｍｅｄｉｃａｌ ＧｍｂＨ、Ｓｔｅｉｎｂａｃｈ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を含むＡｌｂｕｍｅｘ ４（ＣＳＬ Ｂｅｈｒｉｎｇ、Ｂｒｏａｄｍｅａｄｏｗｓ、Ａｕｓｔｒａｌｉａ）において１ｍＬの単回投与アリコートで凍結した。Ｔ細胞は、注入前に微生物汚染について試験し、マルチテスト６カラー（Ｍｕｌｔｉｔｅｓｔ ６－Ｃｏｌｏｕｒ）ＴＢＮＫ試薬（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）及び細胞内サイトカイン染色（以下に詳述）を使用して表現型として及び機能的に特徴づけた。養子移入のために、Ｔ細胞を１９ｍＬの臨床グレードの生理食塩水中に解凍し、５～１０分間にわたって静脈内注入を行った。
ＣＭＶ特異的Ｔ細胞療法を生成するために、各患者から得た末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、Ｌ－２１の存在下で（０日目に４０ｎｇ／ｍＬ）、ｐｐ６５、ｐｐ５０、ＩＥ－１、ｇＨ及びｇＢ（表１）からの所定のＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性ペプチドエピトープを含む臨床グレードのＣＭＶペプチドプールによりそれぞれ刺激した。次に、刺激した試料を、Ｇｒｅｘ－１０培養フラスコ（Ｗｉｌｓｏｎ Ｗｏｌｆ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｓａｉｎｔ Ｐａｕｌ、ＭＮ）内で、２～５×１０６細胞／ｃｍ２の開始細胞密度で培養した。これらの培養物に、２日目及びその後３日ごとにＩＬ－２（１２０ＩＵ／ｍＬ）を補充した。１４日目に、増殖Ｔ細胞を回収し、１０％ジメチルスルホキシド（ＷＡＫ－Ｃｈｅｍｉｅ Ｍｅｄｉｃａｌ ＧｍｂＨ、Ｓｔｅｉｎｂａｃｈ、Ｇｅｒｍａｎｙ）を含むＡｌｂｕｍｅｘ ４（ＣＳＬ Ｂｅｈｒｉｎｇ、Ｂｒｏａｄｍｅａｄｏｗｓ、Ａｕｓｔｒａｌｉａ）において１ｍＬの単回投与アリコートで凍結した。Ｔ細胞は、注入前に微生物汚染について試験し、マルチテスト６カラー（Ｍｕｌｔｉｔｅｓｔ ６－Ｃｏｌｏｕｒ）ＴＢＮＫ試薬（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、Ｓａｎ Ｊｏｓｅ、ＣＡ）及び細胞内サイトカイン染色（以下に詳述）を使用して表現型として及び機能的に特徴づけた。養子移入のために、Ｔ細胞を１９ｍＬの臨床グレードの生理食塩水中に解凍し、５～１０分間にわたって静脈内注入を行った。
【0119】
結果
２１人の患者のうち２０人からのＣＭＶ特異的Ｔ細胞の増殖に成功し、それらの抗原特異性を細胞内ＩＦＮ－γ分析によって評価した（表３）。ＣＭＶペプチドプール増殖細胞は主にＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞であり（図１のＡ）、特異性の中央値は５１．２％であった（図１のＢ）。ＩＦＮ－γ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度は、腎臓移植レシピエントと肺／心臓移植レシピエントとの間で（図１のＣ）、又は移植前のＣＭＶ血清陽性個体とＣＭＶ血清陰性個体（図１のＤ）との間で有意差はなかった。ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の多機能性における顕著な改善が、インビトロ増殖後に観察され、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、及びＣＤ１０７ａを産生することができる細胞の割合が増加した（図１のＥ）。大多数の患者から生成されたＴ細胞は、複数のＣＭＶ抗原によってコードされた複数のペプチドエピトープに対して反応性を示した（表３）。
２１人の患者のうち２０人からのＣＭＶ特異的Ｔ細胞の増殖に成功し、それらの抗原特異性を細胞内ＩＦＮ－γ分析によって評価した（表３）。ＣＭＶペプチドプール増殖細胞は主にＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞であり（図１のＡ）、特異性の中央値は５１．２％であった（図１のＢ）。ＩＦＮ－γ産生ＣＤ８＋Ｔ細胞の頻度は、腎臓移植レシピエントと肺／心臓移植レシピエントとの間で（図１のＣ）、又は移植前のＣＭＶ血清陽性個体とＣＭＶ血清陰性個体（図１のＤ）との間で有意差はなかった。ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の多機能性における顕著な改善が、インビトロ増殖後に観察され、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、及びＣＤ１０７ａを産生することができる細胞の割合が増加した（図１のＥ）。大多数の患者から生成されたＴ細胞は、複数のＣＭＶ抗原によってコードされた複数のペプチドエピトープに対して反応性を示した（表３）。
【0120】
【表3】
【0121】
実施例３：養子免疫療法後の臨床転帰
養子ＣＭＶ特異的Ｔ細胞療法を受けた患者のいずれも、治療関連グレード３、４、又は５の有害事象を示さなかった（表４）。少なくとも場合によりＴ細胞注入に起因すると考えられるすべての有害事象はグレード１及び２であり、疲労及び倦怠感が含まれていた。重要なことに、移植片の状態の変化に関連する有害事象は検出されなかった。Ｔ細胞療法介入に割り当てられた患者の臨床経過観察は、１３人の患者のうち１１人が症状の客観的改善を示したことを示した。これらには、ＣＭＶ再活性化及び／又は疾患の軽減若しくは回復、及び抗ウイルス薬療法に対する応答の改善が含まれていた。臨床応答を示した１１人の患者における養子Ｔ細胞療法前のピークウイルス量の中央値は、３．２×１０４ＣＭＶコピー／ｍＬ血液（１．４×１０３～３．４４×１０５コピーの範囲）であった。養子免疫療法後、ウイルス量の中央値は１．２×１０３ＣＭＶコピー／ｍＬ血液に低下した（０～７．９×１０３コピーの範囲；表４）。さらに、これらの患者の多くは、ＣＭＶ疾患の症状の回復を示した（表４）。より重要なことに、養子Ｔ細胞療法の完了後、抗ウイルス薬療法の使用を完全に中止するか（５／１１）、又は大幅に低減した（６／１１；表５）。
養子ＣＭＶ特異的Ｔ細胞療法を受けた患者のいずれも、治療関連グレード３、４、又は５の有害事象を示さなかった（表４）。少なくとも場合によりＴ細胞注入に起因すると考えられるすべての有害事象はグレード１及び２であり、疲労及び倦怠感が含まれていた。重要なことに、移植片の状態の変化に関連する有害事象は検出されなかった。Ｔ細胞療法介入に割り当てられた患者の臨床経過観察は、１３人の患者のうち１１人が症状の客観的改善を示したことを示した。これらには、ＣＭＶ再活性化及び／又は疾患の軽減若しくは回復、及び抗ウイルス薬療法に対する応答の改善が含まれていた。臨床応答を示した１１人の患者における養子Ｔ細胞療法前のピークウイルス量の中央値は、３．２×１０４ＣＭＶコピー／ｍＬ血液（１．４×１０３～３．４４×１０５コピーの範囲）であった。養子免疫療法後、ウイルス量の中央値は１．２×１０３ＣＭＶコピー／ｍＬ血液に低下した（０～７．９×１０３コピーの範囲；表４）。さらに、これらの患者の多くは、ＣＭＶ疾患の症状の回復を示した（表４）。より重要なことに、養子Ｔ細胞療法の完了後、抗ウイルス薬療法の使用を完全に中止するか（５／１１）、又は大幅に低減した（６／１１；表５）。
【0122】
結果
患者のコホート（薬物耐性／不耐性、持続性ウイルスの再活性化又は関連疾患の証拠のために募集した）では、Ｔ細胞投与後の重篤な有害事象又は移植片への悪影響の証拠は示されなかった（表４を参照のこと）。
患者のコホート（薬物耐性／不耐性、持続性ウイルスの再活性化又は関連疾患の証拠のために募集した）では、Ｔ細胞投与後の重篤な有害事象又は移植片への悪影響の証拠は示されなかった（表４を参照のこと）。
【0123】
【表4】
【0124】
【表5】
【0125】
実施例４：Ｔ細胞療法後のウイルス学的及び免疫学的監視
ＣＭＶ特異的Ｔ細胞免疫再構成に対する養子Ｔ細胞療法の影響を評価するために、免疫療法後の縦断的細胞内サイトカイン分析を実行し、各患者のウイルス学的監視を重ね合わせた。Ｔ細胞療法及び経過観察血液試料から単離されたＰＢＭＣを特徴づけるために、細胞をＣＭＶペプチドエピトープで刺激し、以前に記載された細胞内サイトカインアッセイ（Ｓｍｉｔｈ ＣらＯｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２０１７年； ６（２）： ｅ１２７３３１１）を使用して、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、ＩＬ－２の発現、及びＣＤ１０７の動員について評価した。細胞は、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェア（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を備えたＢＤ ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａを使用して得た。取得後、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＦｌｏｗＪｏ ＬＬＣ、Ａｓｈｌａｎｄ、ＯＲ）を使用して、ブール分析を実施した。
ＣＭＶ特異的Ｔ細胞免疫再構成に対する養子Ｔ細胞療法の影響を評価するために、免疫療法後の縦断的細胞内サイトカイン分析を実行し、各患者のウイルス学的監視を重ね合わせた。Ｔ細胞療法及び経過観察血液試料から単離されたＰＢＭＣを特徴づけるために、細胞をＣＭＶペプチドエピトープで刺激し、以前に記載された細胞内サイトカインアッセイ（Ｓｍｉｔｈ ＣらＯｎｃｏｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２０１７年； ６（２）： ｅ１２７３３１１）を使用して、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、ＩＬ－２の発現、及びＣＤ１０７の動員について評価した。細胞は、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェア（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を備えたＢＤ ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａを使用して得た。取得後、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＦｌｏｗＪｏ ＬＬＣ、Ａｓｈｌａｎｄ、ＯＲ）を使用して、ブール分析を実施した。
【0126】
結果
養子免疫療法に対して客観的応答を示した４人のＳＯＴ患者からの代表的データを図２Ａ及び２Ｂに示す。影付きのボックスは治療前の分析期間を表し、矢印はインビトロ増殖自家ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の各注入を表す。この分析は、ウイルス血症の制御に関連した治療後の免疫学的再構成の証拠を明らかにした。これは、ＩＦＮ－γ産生ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の割合が、一回目の注入前の０．０３％から経過観察期間の完了時に９．３％に増加し、ウイルス量の減少及び抗ウイルス薬療法の中止に一致した、患者１５５３ＰＡＨ０８において最もよく例示されている（図２Ａ）。Ｔ細胞注入の開始後の末梢Ｔ細胞免疫における類似の改善は、１５５３ＰＡＨ０９、１５５３ＰＣＨ０２及び１５５３ＰＣＨ０４を含む他の患者においても明らかであった（図２Ａ）。これらの患者における免疫再構成は、養子Ｔ細胞療法の前に処方された免疫抑制療法の継続にもかかわらず観察された（表２）。免疫再構成と一致して、ＣＭＶ特異的Ｔ細胞応答の機能的品質の改善も観察され、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、及びＣＤ１０７を共発現するＴ細胞の割合の増加を特徴としている（図２Ｂ）。対照的に、治療に臨床的に応答しなかった患者１５５３ＲＡＨ０１は、治療後の免疫学的再構成の証拠を示さなかった（データは示さず）。ＣＭＶ感染症に関連した合併症のために、治療開始後早期に死亡した患者１５５３ＰＣＨ０３では、経過観察免疫学的分析は不可能であった。患者１５５３ＰＡＨ０６及び１５５３ＰＣＨ０５は臨床的改善を示したが、養子Ｔ細胞療法後の末梢血中のＣＭＶ特異的Ｔ細胞の頻度に変化はなかった（データは示さず）。
養子免疫療法に対して客観的応答を示した４人のＳＯＴ患者からの代表的データを図２Ａ及び２Ｂに示す。影付きのボックスは治療前の分析期間を表し、矢印はインビトロ増殖自家ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の各注入を表す。この分析は、ウイルス血症の制御に関連した治療後の免疫学的再構成の証拠を明らかにした。これは、ＩＦＮ－γ産生ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の割合が、一回目の注入前の０．０３％から経過観察期間の完了時に９．３％に増加し、ウイルス量の減少及び抗ウイルス薬療法の中止に一致した、患者１５５３ＰＡＨ０８において最もよく例示されている（図２Ａ）。Ｔ細胞注入の開始後の末梢Ｔ細胞免疫における類似の改善は、１５５３ＰＡＨ０９、１５５３ＰＣＨ０２及び１５５３ＰＣＨ０４を含む他の患者においても明らかであった（図２Ａ）。これらの患者における免疫再構成は、養子Ｔ細胞療法の前に処方された免疫抑制療法の継続にもかかわらず観察された（表２）。免疫再構成と一致して、ＣＭＶ特異的Ｔ細胞応答の機能的品質の改善も観察され、ＩＦＮ－γ、ＴＮＦ、及びＣＤ１０７を共発現するＴ細胞の割合の増加を特徴としている（図２Ｂ）。対照的に、治療に臨床的に応答しなかった患者１５５３ＲＡＨ０１は、治療後の免疫学的再構成の証拠を示さなかった（データは示さず）。ＣＭＶ感染症に関連した合併症のために、治療開始後早期に死亡した患者１５５３ＰＣＨ０３では、経過観察免疫学的分析は不可能であった。患者１５５３ＰＡＨ０６及び１５５３ＰＣＨ０５は臨床的改善を示したが、養子Ｔ細胞療法後の末梢血中のＣＭＶ特異的Ｔ細胞の頻度に変化はなかった（データは示さず）。
【0127】
実施例５：Ｔ細胞表現型の多重染色プロファイリング
養子Ｔ細胞療法及び再構成後のＣＭＶ特異的Ｔ細胞の表現型を特徴づけるために、各患者から得たＴ細胞を、ＨＬＡ－Ａ２拘束性エピトープＮＬＶ（ｐｐ６５）、ＨＬＡ－Ａ１拘束性エピトープＶＴＥ（ｐｐ６５）、ＨＬＡ－Ｂ７拘束性エピトープＴＰＲ及びＲＰＨ（ｐｐ６５）、又はＨＬＡ－Ｂ８拘束性エピトープＥＬＲ及びＥＬＫ（ＩＥ－１）に特異的なアロフィコシアニン標識ＭＨＣクラスＩ多量体と共にインキュベートした。次に、表面表現型を評価するために、細胞を以下の抗体、抗ＣＤ４５ＲＡ ＦＩＴＣ、抗ＣＤ８ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５、抗ＣＣＲ７ ＡＦ７００、抗ＣＤ９５ ＢＶ４２１、抗ＣＤ２８ ＢＶ４８０、抗ＣＤ５７－ビオチン、続いてＳＡ－ＢＶ６０５、抗ＣＤ２７ ＰＥ、抗ＣＤ１９ ＰＥ－Ｃｙ５、抗ＣＤ４ ＰＥ－Ｃｙ７、及び生／死（Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄ）ＮＩＲと共に、４℃でさらに３０分間インキュベートした（細胞は、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェア（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を備えたＢＤ ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａを使用して得た）。取得後の分析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）及びｔ分布型確率的近傍埋め込み（ｔＳＮＥ）分析を使用して実施し、治療後の免疫学的表現型の変化を定義した。
養子Ｔ細胞療法及び再構成後のＣＭＶ特異的Ｔ細胞の表現型を特徴づけるために、各患者から得たＴ細胞を、ＨＬＡ－Ａ２拘束性エピトープＮＬＶ（ｐｐ６５）、ＨＬＡ－Ａ１拘束性エピトープＶＴＥ（ｐｐ６５）、ＨＬＡ－Ｂ７拘束性エピトープＴＰＲ及びＲＰＨ（ｐｐ６５）、又はＨＬＡ－Ｂ８拘束性エピトープＥＬＲ及びＥＬＫ（ＩＥ－１）に特異的なアロフィコシアニン標識ＭＨＣクラスＩ多量体と共にインキュベートした。次に、表面表現型を評価するために、細胞を以下の抗体、抗ＣＤ４５ＲＡ ＦＩＴＣ、抗ＣＤ８ ＰｅｒＣＰ－Ｃｙ５．５、抗ＣＣＲ７ ＡＦ７００、抗ＣＤ９５ ＢＶ４２１、抗ＣＤ２８ ＢＶ４８０、抗ＣＤ５７－ビオチン、続いてＳＡ－ＢＶ６０５、抗ＣＤ２７ ＰＥ、抗ＣＤ１９ ＰＥ－Ｃｙ５、抗ＣＤ４ ＰＥ－Ｃｙ７、及び生／死（Ｌｉｖｅ／Ｄｅａｄ）ＮＩＲと共に、４℃でさらに３０分間インキュベートした（細胞は、ＦＡＣＳＤｉｖａソフトウェア（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を備えたＢＤ ＬＳＲ Ｆｏｒｔｅｓｓａを使用して得た）。取得後の分析は、ＦｌｏｗＪｏソフトウェア（ＴｒｅｅＳｔａｒ）及びｔ分布型確率的近傍埋め込み（ｔＳＮＥ）分析を使用して実施し、治療後の免疫学的表現型の変化を定義した。
【0128】
結果
図３Ａにおける代表的なｔＳＮＥ分析は、患者Ｐ１５５３ＰＡＨ０８におけるＴ細胞表現型マーカー及びＣＭＶ特異的Ｔ細胞（ＶＴＥ）の治療前及び治療後の発現を示し、ＣＤ５７の発現の増加を実証する。図３Ｂのデータは、養子Ｔ細胞療法に応答した３人のＳＯＴレシピエント（Ｐ１５５３ＰＡＨ０８、１５５３ＰＣＨ０２及び１５５３ＰＣＨ０４）並びに臨床応答を示すことができなかった１人のＳＯＴレシピエント（Ｐ１５５３ＲＡＨ０１）における、Ｔ細胞治療後にＣＤ５７を発現するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合とＣＭＶ特異的ＩＦＮ－γ産生細胞の百分率との重ね合わせを表す。
図３Ａにおける代表的なｔＳＮＥ分析は、患者Ｐ１５５３ＰＡＨ０８におけるＴ細胞表現型マーカー及びＣＭＶ特異的Ｔ細胞（ＶＴＥ）の治療前及び治療後の発現を示し、ＣＤ５７の発現の増加を実証する。図３Ｂのデータは、養子Ｔ細胞療法に応答した３人のＳＯＴレシピエント（Ｐ１５５３ＰＡＨ０８、１５５３ＰＣＨ０２及び１５５３ＰＣＨ０４）並びに臨床応答を示すことができなかった１人のＳＯＴレシピエント（Ｐ１５５３ＲＡＨ０１）における、Ｔ細胞治療後にＣＤ５７を発現するＣＤ８＋Ｔ細胞の割合とＣＭＶ特異的ＩＦＮ－γ産生細胞の百分率との重ね合わせを表す。
【0129】
結論概要
造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントにおける投与のための、健康なＣＭＶ血清陽性個体から生成されたＣＭＶ特異的Ｔ細胞（ＦｕｊｉらＣｕｒｒｅｎｔ ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｄｉｓｅａｓｅｓ ２０１７年、３０（４）： ３７２～６頁、ＴｚａｎｎｏｕらＪ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１７年、３５（３１）： ３５４７～５７頁）とは対照的に、ＳＯＴレシピエントにおける自家ＣＭＶ特異的免疫療法は、免疫抑制個体からＣＭＶ特異的Ｔ細胞を生成する能力に依存する。しかし、本明細書に開示されたように、２１人の患者のうちの２０人からのＣＭＶ特異的Ｔ細胞を生成することに成功した。移植片拒絶を防ぐために使用された強い免疫抑制療法にもかかわらず、大多数の患者は、ＣＭＶ特異的Ｔ細胞応答をプライミングすることができ、場合によっては、Ｔ細胞増殖前に患者のＰＢＭＣにおいて高い前駆体頻度を示した。最近報告されたように、ＳＯＴレシピエントの末梢血中のＣＭＶ特異的Ｔ細胞に機能的欠陥が認められ（Ｓｎｙｄｅｒ ＬＤ、Ｃｈａｎ Ｃ、Ｋｗｏｎ ＤらＰｏｌｙｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ ｔｏ Ｐｒｅｄｉｃｔ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ｆｒｏｍ Ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ ａｆｔｅｒ Ｌｕｎｇ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ． Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｒｉｔ Ｃａｒｅ Ｍｅｄ ２０１６年、１９３（１）： ７８～８５頁）、これは、ＴＮＦ及びＩＦＮ－γを発現する能力の低下を特徴とする。重要なことに、この表現型は、ＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ、及びＩＦＮ－γを共発現する増殖ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の大部分による、インビトロ刺激後に改善する可能性がある。
造血幹細胞移植（ＨＳＣＴ）レシピエントにおける投与のための、健康なＣＭＶ血清陽性個体から生成されたＣＭＶ特異的Ｔ細胞（ＦｕｊｉらＣｕｒｒｅｎｔ ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ ｄｉｓｅａｓｅｓ ２０１７年、３０（４）： ３７２～６頁、ＴｚａｎｎｏｕらＪ Ｃｌｉｎ Ｏｎｃｏｌ ２０１７年、３５（３１）： ３５４７～５７頁）とは対照的に、ＳＯＴレシピエントにおける自家ＣＭＶ特異的免疫療法は、免疫抑制個体からＣＭＶ特異的Ｔ細胞を生成する能力に依存する。しかし、本明細書に開示されたように、２１人の患者のうちの２０人からのＣＭＶ特異的Ｔ細胞を生成することに成功した。移植片拒絶を防ぐために使用された強い免疫抑制療法にもかかわらず、大多数の患者は、ＣＭＶ特異的Ｔ細胞応答をプライミングすることができ、場合によっては、Ｔ細胞増殖前に患者のＰＢＭＣにおいて高い前駆体頻度を示した。最近報告されたように、ＳＯＴレシピエントの末梢血中のＣＭＶ特異的Ｔ細胞に機能的欠陥が認められ（Ｓｎｙｄｅｒ ＬＤ、Ｃｈａｎ Ｃ、Ｋｗｏｎ ＤらＰｏｌｙｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ Ｔ－Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｔｕｒｅｓ ｔｏ Ｐｒｅｄｉｃｔ Ｐｒｏｔｅｃｔｉｏｎ ｆｒｏｍ Ｃｙｔｏｍｅｇａｌｏｖｉｒｕｓ ａｆｔｅｒ Ｌｕｎｇ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ． Ａｍ Ｊ Ｒｅｓｐｉｒ Ｃｒｉｔ Ｃａｒｅ Ｍｅｄ ２０１６年、１９３（１）： ７８～８５頁）、これは、ＴＮＦ及びＩＦＮ－γを発現する能力の低下を特徴とする。重要なことに、この表現型は、ＣＤ１０７ａ、ＴＮＦ、及びＩＦＮ－γを共発現する増殖ＣＭＶ特異的Ｔ細胞の大部分による、インビトロ刺激後に改善する可能性がある。
【0130】
ウイルス学的及び免疫学的監視によって、養子免疫療法後の免疫学的再構成がＳＯＴ患者におけるウイルス制御にもたらす可能性のある潜在的な利益の証拠が提供された。免疫再構成がウイルス再活性化の低減又は回復と同時に起こったという明確な証拠が複数の患者にあった。このことは、薬物耐性を発症した、継続中のＣＭＶ関連の末端臓器疾患、又はその既往歴のあるＳＯＴレシピエントにとって特に重要であろう。さらに、本明細書に開示された養子Ｔ細胞療法は、標準的な抗ウイルス薬物療法に耐えることができない患者におけるＣＭＶ関連合併症を予防するために、免疫抑制療法と同時に、安全に使用することができる。
【0131】
［関連出願］
本出願は、２０１８年５月１８日出願の米国仮特許出願第６２／６７３，２６０号の優先権に対する利益を主張し、その出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本出願は、２０１８年５月１８日出願の米国仮特許出願第６２／６７３，２６０号の優先権に対する利益を主張し、その出願は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
【図1】
【図2A】
【図2B】
【図3A】
【図3B】
【配列表】
【手続補正書】
【提出日】2024-06-14
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールであって、
配列番号２５～２９で示されるエピトープアミノ酸配列のそれぞれを含む、ペプチドプール。
配列番号２５～２９で示されるエピトープアミノ酸配列のそれぞれを含む、ペプチドプール。
【請求項2】
配列番号１～３１で示されるＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列からなる少なくとも１つのペプチド、又はそれらの組合せをさらに含む、請求項１に記載の免疫原性ペプチドのプール。
【請求項3】
前記エピトープのそれぞれが、ＨＬＡ－Ａ＊０１：０１、ＨＬＡ－Ａ＊０２：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２３：０１、ＨＬＡ－Ａ＊２４：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０７：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊０８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊１８：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊３５：０８、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４０：０２、ＨＬＡ－Ｂ＊４１．０１、ＨＬＡ－Ｂ＊４４：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０６：０２、ＨＬＡ－Ｃ＊０７：０２、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０１：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０３：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０４：０１、ＨＬＡ－ＤＲＢ１＊０７、又はＨＬＡ－ＤＲＢ１＊１１：０１から選択されるＨＬＡ特異性のうちのいずれか１つによって拘束される、請求項１又は２に記載の免疫原性ペプチドのプール。
【請求項4】
多機能性ＣＭＶ特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）の調製物を作製する方法であって、
ａ）ＣＴＬを含む試料を単離するステップと、
ｂ）前記試料を、請求項１～３のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプールに曝露するステップと、
ｃ）前記ＣＴＬを回収するステップと
を含む、方法。
ａ）ＣＴＬを含む試料を単離するステップと、
ｂ）前記試料を、請求項１～３のいずれか一項に記載の免疫原性ペプチドのプールに曝露するステップと、
ｃ）前記ＣＴＬを回収するステップと
を含む、方法。
【請求項5】
（ｉ）前記免疫原性ペプチドのプールが、配列番号１～３１で示されるＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列からなる少なくとも一つのペプチドをさらに含み；及び／又は
（ｉｉ）ＣＴＬを含む前記試料が、健康なドナーからの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含み；及び／又は
（ｉｉｉ）ＣＴＬを含む前記試料が、免疫不全ドナーからのＰＢＭＣを含む、
請求項４に記載の方法。
（ｉｉ）ＣＴＬを含む前記試料が、健康なドナーからの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を含み；及び／又は
（ｉｉｉ）ＣＴＬを含む前記試料が、免疫不全ドナーからのＰＢＭＣを含む、
請求項４に記載の方法。
【請求項6】
前記ドナーが
（ｉ）免疫抑制療法を受けており；又は
（ｉｉ）固形臓器移植レシピエントであり；又は
（ｉｉｉ）抗ウイルス療法を受けているドナーである、
請求項５に記載の方法。
（ｉ）免疫抑制療法を受けており；又は
（ｉｉ）固形臓器移植レシピエントであり；又は
（ｉｉｉ）抗ウイルス療法を受けているドナーである、
請求項５に記載の方法。
【請求項7】
ステップｂ）の曝露された試料を少なくとも１４日間インキュベートする、請求項４～６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項8】
ステップｂ）の曝露された試料を、０日目にＩＬ－２１と共にインキュベートすることをさらに含む、請求項７に記載の方法。
【請求項9】
ステップｂ）の曝露された試料を、２日目にＩＬ－２と共にインキュベートすることをさらに含む、請求項８に記載の方法。
【請求項10】
３日ごとにＩＬ－２を添加することをさらに含む、請求項９に記載の方法。
【請求項11】
請求項１～３のいずれか一項における１以上のＣＭＶペプチドエピトープアミノ酸配列を認識するＣＭＶ特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＣＴＬ）を含む、組成物。
【請求項12】
対象におけるＣＭＶ感染症の治療又は予防に使用するための、請求項１１に記載の組成物。
【請求項13】
前記対象に投与される前記ＣＴＬが自家である、請求項１２に記載の組成物。
【請求項14】
前記感染症が、再発性ＣＭＶ感染症である、請求項１２に記載の組成物。
【請求項15】
前記ＣＭＶ感染症が、薬物耐性である、請求項１２～１４のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項16】
前記対象が固形臓器移植のレシピエントである、請求項１２～１５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項17】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも６０％、又は少なくとも９０％が、ＣＤ１０７ａを発現する、請求項１１～１６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項18】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも６０％、又は少なくとも９０％が、ＩＦＮγを発現する、請求項１１～１７のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項19】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも６０％、又は少なくとも９０％が、ＴＮＦを発現する、請求項１１～１８のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項20】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも１％、少なくとも５％、少なくとも１０％、又は少なくとも２０％が、ＩＬ－２を発現する、請求項１１～１９のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項21】
前記ＣＴＬのうちの少なくとも２０％、少なくとも４３％、少なくとも５５％、又は少なくとも９０％が、ＣＤ１０７ａ、ＩＦＮγ、及びＴＮＦを発現する、請求項１１～２０のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項22】
前記ＣＴＬが、複数のＣＭＶ抗原に由来する複数のペプチドエピトープに対して反応性を示す、請求項１１～２１のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項23】
対象におけるＣＭＶ再活性化又はＣＭＶ関連状態の治療又は予防に使用するための、請求項１１に記載の組成物。
【請求項24】
前記ＣＴＬが自家ＣＴＬである、請求項２３に記載の組成物。
【請求項25】
（ａ）固形臓器移植を受けた対象におけるＣＭＶウイルス量の低減；又は
（ｂ）固形臓器移植を受けた対象におけるＣＭＶ関連末端臓器疾患の治療又は予防；又は
（ｃ）固形臓器移植を受けた対象における抗ウイルス療法の必要性の低減又は排除；又は
（ｄ）固形臓器移植を受けた対象における薬物耐性ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患の治療
に使用するための、請求項１１に記載の組成物。
（ｂ）固形臓器移植を受けた対象におけるＣＭＶ関連末端臓器疾患の治療又は予防；又は
（ｃ）固形臓器移植を受けた対象における抗ウイルス療法の必要性の低減又は排除；又は
（ｄ）固形臓器移植を受けた対象における薬物耐性ＣＭＶ感染症、再活性化、又は関連する疾患の治療
に使用するための、請求項１１に記載の組成物。
【手続補正書】
【提出日】2024-06-18
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
ＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ拘束性サイトメガロウイルス（ＣＭＶ）ペプチドエピトープを含み、ペプチド特異的Ｔ細胞の増殖を誘導することができる、免疫原性ペプチドのプールであって、配列番号２５～２９、又はそれらの組合せで示されるエピトープアミノ酸配列のうちの少なくとも１つを含む、ペプチドプール。
【外国語明細書】