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▶ リセン インプリンティング ダイアグノステックス，インク．の特許一覧
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2024028824
(43)【公開日】2024-03-05
(54)【発明の名称】生検細胞サンプルによるがんを診断する方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6841 20180101AFI20240227BHJP
G01N 33/53 20060101ALI20240227BHJP
C12N 15/12 20060101ALN20240227BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6841 Z
G01N33/53 M
C12N15/12
【審査請求】有
【請求項の数】9
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2023204052
(22)【出願日】2023-12-01
(62)【分割の表示】P 2021514458の分割
【原出願日】2018-05-18
(71)【出願人】
【識別番号】519413151
【氏名又は名称】リセン インプリンティング ダイアグノステックス，インク．
【氏名又は名称原語表記】ＬＩＳＥＮ ＩＭＰＲＩＮＴＩＮＧ ＤＩＡＧＮＯＳＴＩＣＳ，ＩＮＣ．
(74)【代理人】
【識別番号】100124659
【弁理士】
【氏名又は名称】白洲 一新
(72)【発明者】
【氏名】チェン，トン
(72)【発明者】
【氏名】ヂャウ，ニン
(57)【要約】 （修正有）
【課題】生検サンプルによるがんを診断する方法を提供する。
【解決手段】採集された甲状腺腫瘍の生検サンプルとプローブとをｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションさせ、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量と、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量とを計算することにより、インプリント遺伝子の発現状態を分級し、腫瘍の生検サンプルのがんを検測する方法であって、インプリント遺伝子はＺ１とＺ１６との組み合わせであり、インプリント遺伝子Ｚ１はＧｎａｓであり、インプリント遺伝子Ｚ１６はＳｎｒｐｎ／Ｓｎｕｒｆである、方法とする。
【選択図】図１
【解決手段】採集された甲状腺腫瘍の生検サンプルとプローブとをｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションさせ、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量と、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量とを計算することにより、インプリント遺伝子の発現状態を分級し、腫瘍の生検サンプルのがんを検測する方法であって、インプリント遺伝子はＺ１とＺ１６との組み合わせであり、インプリント遺伝子Ｚ１はＧｎａｓであり、インプリント遺伝子Ｚ１６はＳｎｒｐｎ／Ｓｎｕｒｆである、方法とする。
【選択図】図１
【特許請求の範囲】
【請求項1】
採集された甲状腺腫瘍の生検サンプルとプローブとをｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションさせ、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量と、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量とを計算することにより、前記インプリント遺伝子の発現状態を分級し、前記腫瘍の生検サンプルのがんを検測する方法であって、
前記インプリント遺伝子はＺ１とＺ１６との組み合わせであり、インプリント遺伝子Ｚ１はＧｎａｓであり、インプリント遺伝子Ｚ１６はＳｎｒｐｎ／Ｓｎｕｒｆであって
In situで前記インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、及びコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量の計算式は、
正常なインプリント遺伝子の発現量＝ｂ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量＝ｃ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量＝ｄ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
前記ａは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内でマトキシリンで染色した標識が存在せず、インプリント遺伝子が発現していない細胞核であり、前記ｂは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で１つのマトキシリンで染色した赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が存在する細胞核であり、前記ｃは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で３つのマトキシリンで染色した赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が欠失である細胞核であり、前記ｄは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で３つ以上のマトキシリンで染色した赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子のコピー数が変異である細胞核である、
生検サンプルによるがんを検測する方法。
前記インプリント遺伝子はＺ１とＺ１６との組み合わせであり、インプリント遺伝子Ｚ１はＧｎａｓであり、インプリント遺伝子Ｚ１６はＳｎｒｐｎ／Ｓｎｕｒｆであって
In situで前記インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、及びコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量の計算式は、
正常なインプリント遺伝子の発現量＝ｂ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量＝ｃ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量＝ｄ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
前記ａは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内でマトキシリンで染色した標識が存在せず、インプリント遺伝子が発現していない細胞核であり、前記ｂは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で１つのマトキシリンで染色した赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が存在する細胞核であり、前記ｃは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で３つのマトキシリンで染色した赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が欠失である細胞核であり、前記ｄは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で３つ以上のマトキシリンで染色した赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子のコピー数が変異である細胞核である、
生検サンプルによるがんを検測する方法。
【請求項2】
前記Ｚ１とＺ１６との組み合わせに、さらにＺ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４またはＺ１５のいずれか、少なくとも１つを追加することと、
前記インプリント遺伝子Ｚ２はＩｇｆ２であり、前記インプリント遺伝子Ｚ３はＰｅｇ１０であり、前記インプリント遺伝子Ｚ４はＩｇｆ２ｒであり、前記インプリント遺伝子Ｚ５はＭｅｓｔであり、前記インプリント遺伝子Ｚ６はＰｌａｇｌ１であり、前記インプリント遺伝子Ｚ７はＣｄｋｎ１ｃであり、前記インプリント遺伝子Ｚ８はＤｃｎであり、前記インプリント遺伝子Ｚ９はＤｌｋ１であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１０はＧａｔｍであり、前記インプリント遺伝子Ｚ１１はＧｒｂ１０であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１２はＰｅｇ３であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１３はＳｇｃｅであり、前記インプリント遺伝子Ｚ１４はＳｌｃ３８ａ４であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１５はＤｉｒａｓ３であることと、を特徴とする請求項１に記載の方法。
前記インプリント遺伝子Ｚ２はＩｇｆ２であり、前記インプリント遺伝子Ｚ３はＰｅｇ１０であり、前記インプリント遺伝子Ｚ４はＩｇｆ２ｒであり、前記インプリント遺伝子Ｚ５はＭｅｓｔであり、前記インプリント遺伝子Ｚ６はＰｌａｇｌ１であり、前記インプリント遺伝子Ｚ７はＣｄｋｎ１ｃであり、前記インプリント遺伝子Ｚ８はＤｃｎであり、前記インプリント遺伝子Ｚ９はＤｌｋ１であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１０はＧａｔｍであり、前記インプリント遺伝子Ｚ１１はＧｒｂ１０であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１２はＰｅｇ３であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１３はＳｇｃｅであり、前記インプリント遺伝子Ｚ１４はＳｌｃ３８ａ４であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１５はＤｉｒａｓ３であることと、を特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記インプリント遺伝子の欠失発現量、及びインプリント遺伝子のコピー数の異常遺伝子発現量の計算式は、
総発現量＝（ｂ＋ｃ＋ｄ）／（ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％
正常なインプリント遺伝子の発現量＝ｂ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量＝ｃ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
インプリント遺伝子のコピー数の異常遺伝子の発現量＝ｄ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
前記ａは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で標識が存在せず、インプリント遺伝子が発現していない細胞核であり、前記ｂは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で１つの赤色／茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が存在する細胞核であり、前記ｃは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つの赤色／茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が欠失である細胞核であり、前記ｄは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つ以上の赤色／茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子のコピー数が変異である細胞核である、請求項１又は２に記載の方法。
総発現量＝（ｂ＋ｃ＋ｄ）／（ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％
正常なインプリント遺伝子の発現量＝ｂ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量＝ｃ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
インプリント遺伝子のコピー数の異常遺伝子の発現量＝ｄ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％、
前記ａは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で標識が存在せず、インプリント遺伝子が発現していない細胞核であり、前記ｂは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で１つの赤色／茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が存在する細胞核であり、前記ｃは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つの赤色／茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が欠失である細胞核であり、前記ｄは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つ以上の赤色／茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子のコピー数が変異である細胞核である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項4】
前記インプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数の異常発現量と総発現量は５つの異なるレベルに分けられ、
好ましくは、前記５つの異なるレベルは、Ｚ１とＺ１６の２個のインプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数の異常発現量と総発現量をそれぞれ分けるものであり、
好ましくは、Ｚ１とＺ１６のインプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量と総発現量をそれぞれ分ける５つの異なるレベルは、以下の通りであり、
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％未満であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～４％であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％～３０％であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３５％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１２％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０～５０％未満であることのうちのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３５％を超えるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超えるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超えることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
好ましくは、前記５つの異なるレベルは、Ｚ１とＺ１６の２個のインプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数の異常発現量と総発現量をそれぞれ分けるものであり、
好ましくは、Ｚ１とＺ１６のインプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量と総発現量をそれぞれ分ける５つの異なるレベルは、以下の通りであり、
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％未満であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～４％であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％～３０％であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３５％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１２％であるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０～５０％未満であることのうちのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３５％を超えるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超えるか、又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超えることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである、請求項１～３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項5】
前述腫瘍は、甲状腺腫瘍、乳腺腫瘍、すい臓腫瘍、肺腫瘍、肝臓腫瘍、結腸腫瘍、直腸腫瘍、膀胱腫瘍、前立腺腫瘍、胃がん、食道腫瘍、鼻咽部腫瘍、口腔腫瘍、卵巣腫瘍、子宮内膜腫瘍、子宮頸腫瘍、泌尿器系腫瘍、中枢神経系腫瘍、耳下腺腫瘍、リンパ節腫瘍或は白血病中から選ばれた任意の１種、或は少なくとも２種の組み合わせであり、
好ましくは、甲状腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１の欠失発現量、インプリント遺伝子コピー数の異常発現量と総発現量をそれぞれ分けた５つの異なるレベルは以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の総発現量は、４０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４０～４５％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４５～６０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０～４０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６０～６５％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、４０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１５％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６５％超える、
であり、
甲状腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子コピー数の異常発現量と総発現量を分けた５つの異なるレベルは以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の総発現量は、３０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３０～３５％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３５～５０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０～４０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５０～５５％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、４０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１５％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５５％超える、
であり、
好ましくは、乳腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１～３％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％～３０％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、３～７％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、７－１０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０－５０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超える、
であり、
好ましくは、すい臓腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常の発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１
６の総発現量は、２０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～４％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２０％～３０％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８－１２％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０－５０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超える、
である、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
好ましくは、甲状腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１の欠失発現量、インプリント遺伝子コピー数の異常発現量と総発現量をそれぞれ分けた５つの異なるレベルは以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の総発現量は、４０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４０～４５％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４５～６０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０～４０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６０～６５％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、４０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１５％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６５％超える、
であり、
甲状腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子コピー数の異常発現量と総発現量を分けた５つの異なるレベルは以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の総発現量は、３０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１．５～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３０～３５％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３５～５０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０～４０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５０～５５％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、４０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１５％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５５％超える、
であり、
好ましくは、乳腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１～３％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％～３０％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、３～７％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、７－１０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０－５０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超える、
であり、
好ましくは、すい臓腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常の発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１
６の総発現量は、２０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～４％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２０％～３０％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８－１２％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０－５０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超える、
である、請求項１～４のいずれか１項に記載の方法。
【請求項6】
肺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１の欠失発現量、インプリント遺伝子コピー数の異常発現量と総発現量は５つの異なるレベル：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の総発現量は、３０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、３０～４０％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４０～５０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１２％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、５０～６０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６０％超える、
に分けられ、
肺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子コピー数の異常発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１０％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の総発現量は、２５％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１０～１５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１～２％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、２５～３０％
であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３０～４０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、５～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、４０～５０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５０％超える、
であり、
好ましくは、泌尿器系腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の欠失発現量とインプリント遺伝子のコピー数の異常発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１７％未満であり、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１７～２０％であり、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～３％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、３～７％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３０％であり、或いは／又はインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、７－１２％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超える、
である、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の総発現量は、３０％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、３０～４０％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４０～５０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８～１２％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、５０～６０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６０％超える、
に分けられ、
肺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１６の欠失発現量、インプリント遺伝子コピー数の異常発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１０％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の総発現量は、２５％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１０～１５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１～２％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、２５～３０％
であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３０～４０％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、５～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、４０～５０％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、８％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５０％超える、
であり、
好ましくは、泌尿器系腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の欠失発現量とインプリント遺伝子のコピー数の異常発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通り：
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、１７％未満であり、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２％未満であり、
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は１７～２０％であり、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、２～３％であり、
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２０～２５％であり、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、３～７％であり、
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、２５～３０％であり、或いは／又はインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、７－１２％であり、
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失発現量は、３０％を超え、或いは／又は前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量は、１２％を超える、
である、請求項１～５のいずれか１項に記載の方法。
【請求項7】
以下のステップ：
（１）被験サンプルを取得する、
（２）インプリント遺伝子配列に基づいて特異的プライマーを設計する、
（３）ステップ（２）でのプローブと被験サンプルとのｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行う、
（４）顕微鏡イメージングによりインプリント遺伝子の発現状態を解析する、
を含み、
前記解析ユニットは、インプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量とインプリント遺伝子総発現量およびインプリント遺伝子総発現量を計算することにより、インプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量と総発現量のレベルにより腫瘍の良性・悪性度を判断する、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
（１）被験サンプルを取得する、
（２）インプリント遺伝子配列に基づいて特異的プライマーを設計する、
（３）ステップ（２）でのプローブと被験サンプルとのｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行う、
（４）顕微鏡イメージングによりインプリント遺伝子の発現状態を解析する、
を含み、
前記解析ユニットは、インプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量とインプリント遺伝子総発現量およびインプリント遺伝子総発現量を計算することにより、インプリント遺伝子の欠失発現量、インプリント遺伝子のコピー数異常発現量と総発現量のレベルにより腫瘍の良性・悪性度を判断する、請求項１～６のいずれか１項に記載の方法。
【請求項8】
ステップ（１）に係る被験サンプルはヒトの組織および／又は細胞であり、
好ましくは、前記被験サンプルは、穿刺生検細胞のサンプル、生検細胞のサンプル、脱落細胞サンプル、血液サンプルおよび擦り取るサンプルのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
好ましくは、前記穿刺生検細胞サンプルは細針及び／又は太針で穿刺した生検細胞サンプルであり、好ましくは、甲状腺、乳腺、すい臓、肺、肝臓、前列腺、卵巣、リンパ、耳下腺腺に細針及び／又は太針で穿刺した生検細胞サンプルのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
好ましくは、前記生検細胞サンプルは、胃カメラ、大腸鏡、膀胱鏡、宮腔鏡或は耳鼻咽喉鏡生検細胞サンプルの任意の１種、或は少なくとも２種の組合せであり、
好ましくは、前記脱落細胞サンプルは、尿液、痰液、大便又は胸水・腹水脱落細胞サンプルの任意の１種、或は少なくとも２種の組合せであり、
好ましくは、擦り取るサンプルは、気管支、食道、口腔或は子宮頚の刷りサンプルの任意の１種、或は少なくとも２種の組合せである、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
好ましくは、前記被験サンプルは、穿刺生検細胞のサンプル、生検細胞のサンプル、脱落細胞サンプル、血液サンプルおよび擦り取るサンプルのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
好ましくは、前記穿刺生検細胞サンプルは細針及び／又は太針で穿刺した生検細胞サンプルであり、好ましくは、甲状腺、乳腺、すい臓、肺、肝臓、前列腺、卵巣、リンパ、耳下腺腺に細針及び／又は太針で穿刺した生検細胞サンプルのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせであり、
好ましくは、前記生検細胞サンプルは、胃カメラ、大腸鏡、膀胱鏡、宮腔鏡或は耳鼻咽喉鏡生検細胞サンプルの任意の１種、或は少なくとも２種の組合せであり、
好ましくは、前記脱落細胞サンプルは、尿液、痰液、大便又は胸水・腹水脱落細胞サンプルの任意の１種、或は少なくとも２種の組合せであり、
好ましくは、擦り取るサンプルは、気管支、食道、口腔或は子宮頚の刷りサンプルの任意の１種、或は少なくとも２種の組合せである、請求項１～７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項9】
ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーションは、ＲＮＡｓｃｏｐｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法を利用し、
好ましくは、前記ＲＮＡｓｃｏｐｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法は、シングル又はマルチチャンネル比色キット、或いはシングルチャンネル又はマルチチャンネル蛍光キット、好ましくはシングルチャンネル赤色／茶色の比色キット又はマルチチャンネル蛍光キットを使用する、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
好ましくは、前記ＲＮＡｓｃｏｐｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法は、シングル又はマルチチャンネル比色キット、或いはシングルチャンネル又はマルチチャンネル蛍光キット、好ましくはシングルチャンネル赤色／茶色の比色キット又はマルチチャンネル蛍光キットを使用する、請求項１～８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項10】
被験腫瘍は良性・悪性度によって、良性、悪性潜在性、早期悪性腫瘍、中期悪性腫瘍及び進行性悪性腫瘍に分類され、
好ましくは、腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６のインプリント遺伝子の欠失発現量、及びインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がいずれも１級未満である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩ級である場合、或はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の少なくとも１つのインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩ級である場合のうちのいずれか１つの場合、良性腫瘍と判断され、
好ましくは、前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量とインプリント遺伝子がＩ級である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩ級である場合、又は１つのインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩ級である場合、或はインプリント遺伝子コピー数異常発現量はＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子コピー数異常発現量がＩＩ級である場合のうちのいずれか１つの場合、悪性潜在性であると判断され、
好ましくは、前記腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩ級である場合、或はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つ以下のインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩ級である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩＩ級である場合のうちのいずれか１つの場合、早期悪性腫瘍と判断され、
好ましくは、前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩＩ級
である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の１つ以下のインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＶ級である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＶ級である場合のうちのいずれか１つの場合、中期悪性腫瘍と判断され、
前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＶ級であり、或は／又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＶ級である場合、進行性悪性腫瘍と判断される、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。
好ましくは、腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６のインプリント遺伝子の欠失発現量、及びインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がいずれも１級未満である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩ級である場合、或はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の少なくとも１つのインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩ級である場合のうちのいずれか１つの場合、良性腫瘍と判断され、
好ましくは、前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量とインプリント遺伝子がＩ級である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩ級である場合、又は１つのインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩ級である場合、或はインプリント遺伝子コピー数異常発現量はＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子コピー数異常発現量がＩＩ級である場合のうちのいずれか１つの場合、悪性潜在性であると判断され、
好ましくは、前記腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩ級である場合、或はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つ以下のインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩ級である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩＩ級である場合のうちのいずれか１つの場合、早期悪性腫瘍と判断され、
好ましくは、前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩＩ級
である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の１つ以下のインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＶ級である場合、又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の少なくとも１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＶ級である場合のうちのいずれか１つの場合、中期悪性腫瘍と判断され、
前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失発現量がＩＶ級であり、或は／又はインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子のコピー数異常発現量がＩＶ級である場合、進行性悪性腫瘍と判断される、請求項１～９のいずれか１項に記載の方法。
【請求項11】
請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法の腫瘍検出或は／又は腫瘍治療のための使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本明細書は、バイオテクノロジー分野、遺伝子診断分野に関し、具体的には生検細胞サンプルによるがん診断の方法に関わる。
【背景技術】
【0002】
がんは人類の健康を脅かす主要な疾病の一つであり、世界中で毎年に約１４００万のがん患者が新たに増加し、８２０万の患者はがんで亡くなっている。しかもこの２つの数字は年々増加し、がんは徐々に進行し、早期がんの悪性度は低く、適時に手術治療を受けることができれば、通常は５年の高い生存率が達成できる。しかし、末期がんは悪性度が高く、転移が発生しやすく、手術治療ができず、放射線治療と化学療法も良い治療効果が得られにくいため、５年生存率が非常に低い。がん治療の肝心な点は早期発見であるが、多くのがんは早期に通常何の症状もなく、あるいは症状が典型的ではなく、診断漏れと誤診を招きやすい。超音波とＣＴなどの診断画像技術には固形腫瘍が比較的に早期発見できるが、腫瘍の良性・悪性度を判断しにくいため、疑わしい部位をサンプリングして生検する必要がある。現在よく使われている生検サンプリング方法には、主に細針穿刺、太針穿刺であり、内視鏡引導下の組織生検、及び気管支、食道、口腔、子宮頚などの部位の擦り取る細胞検査が含まれる。
【0003】
細針穿刺（ＦＮＡ）は硬塊と腫瘍を検測するためのサンプリング方法であり、体表に触れることができる大きいな腫瘍に空芯針で直接穿刺するか、或は位置が深く、体積が小さい腫瘍に対して超音波とＣＴのガイドで穿刺サンプリングを行う。細針穿刺は甲状腺、乳腺、リンパ節、耳下腺、すい臓、肝臓、肺、前立腺、卵巣などの腫瘍のサンプリングに広く応用されている。伝統病理学により細胞の良性・悪性の診断は細胞の大きさ、形態、浸潤性と周辺の細胞組織の関係に基づいて判断する。細針穿刺で得られるサンプルの量は少なく、本来の組織学形態を反映しにくい。或は早期がん細胞変異度も低いため、穿刺細胞学病理診断の高い正確率に達し難く、病理診断医の経験に対する依存度が高いうえ、一部のがんには中期末期になっても確診できない例もある。
【0004】
太針穿刺には細針穿刺のサンプリング方法と類似しているがその違いは、太針穿刺は少し太い針を使うため、大きなサンプルを獲得でき、ある程度の組織学情報を提供できる。しかし、サンプル量は腫瘍全体に対してまだ小さく、一部の組織学特徴、特にがん細胞の周囲組織への浸潤状態を比較的に判断しにくいため、相当な限局性がある。
【0005】
内視鏡引導下の組織生検は胃内視鏡、大腸内視鏡、膀胱鏡、子宮鏡、耳鼻咽喉科鏡などの内視鏡下で疑わしい病変組織をサンプリングする方法であり、食道がん、胃がん、結腸がん、直腸がん、膀胱がん、子宮内膜がん、鼻咽頭がんの診断によく用いられる。組織生検で取られるサンプル量は多いが、一部の早期がん患者の病例では組織変異性が低いため明確な診断ができない。
【0006】
擦り取る細胞検査は、医療器具（綿棒、毛刷など）を用いて気管支、口腔、食道、子宮頸部に細胞を採取して検査を行う。この方法で得られたサンプル量は少なく、組織学的形態を反映しにくいため、病理学的診断の精度も低い。尿液脱落細胞検査は泌尿器がんを診断する常規検査項目であるが、主に細胞の形態によって判断し、適合率は比較的に低く、依然として膀胱鏡と生検による確定診断を行うため、患者に大きな苦痛を与える。
【0007】
伝統的な病理学には早期がんの診断における限界性を避けるため、研究者達はさまざま細胞分子レベルで腫瘍を検診する腫瘍マーカーを開発した。例えば、甲状腺乳頭がんに使われているＢＲＡＦ、乳がんに使われているＢＲＡＣ、肺がんに使われているＣＥＡ、前立腺がんに使われているＰＳＡなどを開発したが、現在、すでにある腫瘍マーカーにはまだ足りない部分が存在する。例えばＢＲＡＦの突然変異で甲状腺乳頭状がんの検査にしか応用できず、濾胞性腫瘍の検査ができない。ＰＳＡの感度は高いが特異性が低く、偽陽性が高いである。現在、尿液に腫瘍抗原測定とｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションの測定技術もあるが、感度と特異性はあまり理想的ではない。
【0008】
腫瘍の進行プロセスの分析から、分子レベルの変化（エピジェネティクスと遺伝学）は、細胞形態と組織構造の変異よりはるかに早いので、分子生物学の検査は腫瘍の早期検査にもっと敏感である。ゲノムインプリンティングはエピジェネティクスな遺伝子制御の１つの方法である。その特徴は、特定の親からのアレル（対立遺伝子）をメチル化することで、ある遺伝子が１つのアレルのみが発現され、別の一方のアレルは遺伝子サイレンジングとして現されるように示される。この種類の遺伝子は、インプリント（記憶）遺伝子［中国語：印迹基因］と呼ばれる。インプリンティング欠失はインプリント遺伝子の脱メチル化により、サイレンシング状態のアレルが活性化され、遺伝子発現が開始されるエピジェネティックな変化である。大量の研究により、この現象（インプリンティング欠失）は各種類の腫瘍に普遍的に存在し、しかも発生時間は細胞と組織形態の変化より早いことが示されている。それと同時に、健康な細胞中、インプリント遺伝子の欠失割合がきわめて低く、がん細胞とは対照的であった。したがって、インプリント遺伝子のメチル化状態は腫瘍マーカーとして特定分子検出技術により細胞異常状態を解析することができる。図１に示すように、インプリント遺伝子の腫瘍原位検出は敏感かつ有効的に形態病理の不足を補い、形態病理の不確定区域が存在しなくなる。
【0009】
前記の理由から、インプリント遺伝子検査は組織形態を必要とせず、使用するサンプル量も少なく、主に使用される生検サンプルのがん検査方法の一種である。インプリント遺伝子検査技術には、甲状腺ガン、乳ガン、すい臓がん、肺がん、肝臓がん、結腸がン、直腸がん、膀胱がん、前立腺がん、胃がん、食道がん、鼻咽がん、口腔がん、卵巣がん、子宮内膜がん、子宮頸部ガン、中枢神経系腫瘍、耳下腺悪性腫瘍、悪性リンパ腫、白血病などの腫瘍を精査し、より更なる精確な予診と診断情報が提供できる、徹底的に細胞や組織異型性が明らかではないことによって、診断ができない問題を避けられる、がんの早期診断率を非常に引き上げられ、患者の生活の質を高め、生存期間の延長に重要な意味を持つ。
【発明の概要】
【0010】
遺伝子生検技術の不充分さと医療現場の需要に対して、本明細書は、生検細胞サンプルによる腫瘍の診断方法を提供する。この検査方法は生検細胞サンプル早期にがんのインプリント遺伝子の変化を直観的に観察し、腫瘍の良性・悪性と悪性レベルを判断できる。
【0011】
前記の目的を達成するために、本明細書は、以下の技術方法を提供する。
【0012】
第一、本明細書は、生検サンプルによる腫瘍を検測する方法を提供し、腫瘍におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量（ＬＯＩ）、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量（ＣＮＶ）および総発現量（ＴＥ）の変化を計算することによってインプリント遺伝子の発現状態のレベルが分けられる。
【0013】
前記インプリント遺伝子はＺ１及びＺ１６であり、インプリント遺伝子Ｚ１はＧｎａｓであり、インプリント遺伝子Ｚ１６はＳｎｒｐｎ／Ｓｎｕｒｆである。
【0014】
本明細書において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ１のＬＯＩ、ＣＮＶとＴＥを計算することにより、甲状腺がんに対する検出感度が９９．２％、乳がんに対する検出感度が９９．８％、すい臓がんに対する検出感度が９０．０％、肺がんに対する検出感度が９９．８％、泌尿器系腫瘍に対する検出感度が８９．０％に達することができることを発見した。
【0015】
本明細書において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ１６のＬＯＩ、ＣＮＶとＴＥを計算することにより、甲状腺がんに対する検出感度が９９．２％、乳がんに対する検出感度が９９．８％、すい臓がんに対する検出感度が９０．０％、肺がんに対する検出感度が９９．８％、泌尿器系腫瘍に対する検出感度が８９．０％に達することができることを発見した。
【0016】
本明細書において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の２つインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量を計算することにより検出感度をさらに向上させることができ、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の組み合わせを使用することで、甲状腺がん、乳腺がん、すい臓がん、肺がん、泌尿器系腫瘍に対する検出感度が９９．９％に達することができることを発見した。
【0017】
本明細書の実施例において、前記インプリント遺伝子は、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、
Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、またはＺ１５のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせを含み、前記インプリント遺伝子Ｚ２はＩｇｆ２であり、インプリント遺伝子Ｚ３はＰｅｇ１０であり、インプリント遺伝子Ｚ４はＩｇｆ２ｒであり、インプリント遺伝子Ｚ５はＭｅｓｔであり、インプリント遺伝子Ｚ６はＰｌａｇｌ１であり、インプリント遺伝子Ｚ７はＣｄｋｎ１ｃであり、インプリント遺伝子Ｚ８はＤｃｎであり、インプリント遺伝子Ｚ９はＤｌｋ１であり、インプリント遺伝子Ｚ１０はＧａｔｍであり、インプリント遺伝子Ｚ１１はＧｒｂ１０であり、インプリント遺伝子Ｚ１２はＰｅｇ３であり、インプリント遺伝子Ｚ１３はＳｇｃｅであり、インプリント遺伝子Ｚ１４はＳ１ｃ３８ａ４であり、インプリント遺伝子Ｚ１５はＤｉｒａｓ３である。
Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、またはＺ１５のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせを含み、前記インプリント遺伝子Ｚ２はＩｇｆ２であり、インプリント遺伝子Ｚ３はＰｅｇ１０であり、インプリント遺伝子Ｚ４はＩｇｆ２ｒであり、インプリント遺伝子Ｚ５はＭｅｓｔであり、インプリント遺伝子Ｚ６はＰｌａｇｌ１であり、インプリント遺伝子Ｚ７はＣｄｋｎ１ｃであり、インプリント遺伝子Ｚ８はＤｃｎであり、インプリント遺伝子Ｚ９はＤｌｋ１であり、インプリント遺伝子Ｚ１０はＧａｔｍであり、インプリント遺伝子Ｚ１１はＧｒｂ１０であり、インプリント遺伝子Ｚ１２はＰｅｇ３であり、インプリント遺伝子Ｚ１３はＳｇｃｅであり、インプリント遺伝子Ｚ１４はＳ１ｃ３８ａ４であり、インプリント遺伝子Ｚ１５はＤｉｒａｓ３である。
【0018】
本明細書において、発明者は、Ｚ１、Ｚ１６の遺伝子検測を使用したうえ、更にＺ２、
Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４或はＺ１５の遺伝子検測の組み合わせを診断することで、検出精度を上げることを発見した。発明者は、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４或はＺ１５には異なる腫瘍に検測することに対して、検出精度が違うため、他のインプリント遺伝子と組み合わせて検測することで、腫瘍の良性・悪性度の検出することを補助することで、インプリント遺伝子Ｚ１～Ｚ１６という１６個インプリント遺伝子を組み合わせて、完全に腫瘍の精査が可能であることを発見した。
Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４或はＺ１５の遺伝子検測の組み合わせを診断することで、検出精度を上げることを発見した。発明者は、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４或はＺ１５には異なる腫瘍に検測することに対して、検出精度が違うため、他のインプリント遺伝子と組み合わせて検測することで、腫瘍の良性・悪性度の検出することを補助することで、インプリント遺伝子Ｚ１～Ｚ１６という１６個インプリント遺伝子を組み合わせて、完全に腫瘍の精査が可能であることを発見した。
【0019】
本明細書において、実施方法では、前記インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、及びコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量の計算式は、以下の通りである。
【0020】
総発現量＝（ｂ＋ｃ＋ｄ）／（ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0021】
正常なインプリント遺伝子の発現量＝ｂ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0022】
インプリント遺伝子欠失の遺伝子発現量＝ｃ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0023】
コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量＝ｄ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0024】
本明細書において、前記ａは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で標識が存在せず、インプリント遺伝子が発見していない細胞核であり、前記ｂは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で１つの赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が存在する細胞核であり、前記ｃは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つの赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が欠失である細胞核であり、前記ｄは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つ以上の赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子のコピー数が変異である細胞核である。
【0025】
本明細書において、前記インプリント遺伝子の欠失は、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つの赤色または茶色の標識が存在する、前記インプリント遺伝子コピー数異常は、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つ以上の赤色または茶色の標識が存在する、前記コピー数の異常は、がん細胞が異常な遺伝子複製によるものであり、その結果、この遺伝子発現には三倍体さらに多倍体の状況である。
【0026】
本明細書において、前記マトキシリンで染色された標識は、赤色または茶色から選択されるが、これらに限定されなく、他の色による染色標識は、インプリント遺伝子の発現量、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、及びコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量の計算に使用することもできる。
【0027】
本明細書において、前記ｌｍｐｒｉｎｔｉｎｇ ｇｅｎｅｓ （中国語：印迹基因）とｌｍｐｒｉｎｔｉｅｄ ｇｅｎｅｓ（中国語：印迹基因）には同じ概念であり、同じ意味を表示し、入れ替えが可能である。
【0028】
本明細書の実施例において、前記インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量は５つの異なるレベルに分けられる。
【0029】
本明細書の実施例において、前記５つの異なるレベルは、インプリント遺伝子Ｚ１～Ｚ１６の１６個インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量をそれぞれ分ける５つの異なるレベルである。
【0030】
本明細書の実施例において、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量あるいは／またはインプリント遺伝子のインプリント遺伝子の総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通りである。
【0031】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２％未満であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％未満であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである。
【0032】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～２０％であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２～４％であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％～３０％であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである。
【0033】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～２５％であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％であることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである。
【0034】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２５～３５％であるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８～１２％であるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０～５０％未満であることのうちのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである。
【0035】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３５％を超えるか、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１２％を超えるか、または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超えることの中のいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである。
【0036】
本明細書において、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量及び総発現量は互いに独立である。
【0037】
本明細書において、異なる腫瘍では各インプリント遺伝子の感度が異なり、異なる腫瘍に対して各指標は上下２０％の変動がある。
【0038】
本明細書の実施例において、前述腫瘍は、甲状腺腫瘍、乳腺腫瘍、すい臓腫瘍、肺腫瘍、肝臓腫瘍、結腸腫瘍、直腸腫瘍、膀胱腫瘍、前立腺腫瘍、胃がん、食道腫瘍、鼻咽部腫瘍、口腔腫瘍、卵巣腫瘍、子宮内膜腫瘍、子宮頸腫瘍、泌尿器系腫瘍、中枢神経系腫瘍、耳下腺腫瘍、リンパ節腫瘍あるいは白血病中から選ばれた任意の１種、或は少なくとも２種の組み合わせである。
【0039】
本明細書の実施例において、甲状腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量をそれぞれ分けた５つの異なるレベルは以下の通りである。
【0040】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の総発現量は、４０％未満である。
【0041】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～
２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４０～４５％である。
２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４０～４５％である。
【0042】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２ ０～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４５～６０％である。
【0043】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、
３０～４０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８～１５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６０～６５％である。
３０～４０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８～１５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６０～６５％である。
【0044】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、４０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１５％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６５％を超える。
【0045】
甲状腺腫瘍においては、インプリント遺伝子Ｚ１６の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量を分けた５つの異なるレベルは以下の通りである。
【0046】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の総発現量は、３０％未満である。
【0047】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３０～３５％である。
【0048】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、
２０～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３５～５０％である。
２０～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３５～５０％である。
【0049】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０～４０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８～１５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５０～５５％である。
【0050】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、４０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１５％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５５％を超える。
【0051】
本明細書の実施例において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ３、Ｚ１１、Ｚ１３およびＺ１、Ｚ１６を組み合わせて診断することにより、甲状腺がんの診断精度が高めることができる、Ｚ１とＺ３を組み合わせて診断精度が９９．９以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１１を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１３を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１１とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１３とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％以上へ高めることができることを発見した。
【0052】
乳腺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通りである。
【0053】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％未満である。
【0054】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１～３％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２５％～３０％である。
【0055】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、３～７％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％である。
【0056】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、７－１０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０－５０％である。
【0057】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超える。
【0058】
本明細書において、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量及びインプリント遺伝子の総発現量は互いに独立である。
【0059】
本明細書の実施例において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ８、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１３、Ｚ１６とＺ１を組み合わせて診断することにより、乳がんの診断精度が高めることができる、Ｚ１とＺ８を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１０を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１１を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１３を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％以上へ高めることができることを発見した。
【0060】
すい臓腫瘍においては、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通りである。
【0061】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２０％未満である。
【0062】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２～４％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、２０％～３０％である。
【0063】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、３０％～４０％である。
【0064】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８－１２％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、４０－５０％である。
【0065】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１２％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の総発現量は、５０％を超える。
【0066】
本明細書において、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量およびインプリント遺伝子の総発現量は互いに独立である。
【0067】
本明細書の実施例において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ５、Ｚ１０、Ｚ１１とＺ１、Ｚ１６を組み合わせて診断することにより、すい臓がんの診断精度を高めることができる、Ｚ１とＺ５を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１０を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１０とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％に引き上げられ、Ｚ１１とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％以上へ高めることができることを発見した。
【0068】
肺腫瘍においては、インプリント遺伝子Ｚ１の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通りである。
【0069】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の総発現量は、３０％未満である。
【0070】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２～４％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、３０～４０％である。
【0071】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、４０～５０％である。
【0072】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２５～３０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８～１２％であり、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、５０～６０％である。
【0073】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１２％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１の総発現量は、６０％を超える。
【0074】
肺腫瘍の場合には、インプリント遺伝子Ｚ１６の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量と総発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通りである：
【0075】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１０％未満であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１％未満、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の総発現量は、２５％未満である。
【0076】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１０～１５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１～２％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、２５～３０％である。
【0077】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５～２０％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２～５％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、３０～４０％である。
【0078】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～２５％であり、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、５～８％であり、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、４０～５０％である。
【0079】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２５％を超え、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８％を超え、インプリント遺伝子Ｚ１６の総発現量は、５０％を超える。
【0080】
本明細書の実施例において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ３、Ｚ８、Ｚ１１とＺ１、Ｚ１６を組みあわせて診断することにより、肺がんの診断精度を向上することができ、Ｚ１とＺ３を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ８を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１１を組み合わせて診断精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％に引き上げられ、Ｚ３とＺ１６を組み合わせて診断精度が９９．９％以上へ高めることができることを発見した。
【0081】
泌尿器系腫瘍においては、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量とコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量を分ける５つの異なるレベルは、以下の通りである。
【0082】
０級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１７％未満であり、あるいは／または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２％未満である。
【0083】
Ｉ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１７～２０％であり、あるいは／または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２～３％である。
【0084】
ＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～２５％であり、あるいは／または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、３～７％である。
【0085】
ＩＩＩ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失は、７－１２％である。
【0086】
ＩＶ級：前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０％を超え、あるいは／または前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１２％を超える。
【0087】
本明細書において、前記インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量および総発現量は互いに独立である。
【0088】
本明細書の実施例において、発明者は、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４とＺ１、
Ｚ１６を組み合わせて診断することにより、泌尿器系腫瘍の診断の精度を向上することができ、Ｚ１及びＺ３を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１及びＺ４を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１及びＺ１６を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ２及びＺ１６を組み合わせて診断の精度が９９．９％に引き上げられ、Ｚ３及びＺ１６を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上へ高めることができることを発見した。
Ｚ１６を組み合わせて診断することにより、泌尿器系腫瘍の診断の精度を向上することができ、Ｚ１及びＺ３を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１及びＺ４を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ１及びＺ１６を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上に引き上げられ、Ｚ２及びＺ１６を組み合わせて診断の精度が９９．９％に引き上げられ、Ｚ３及びＺ１６を組み合わせて診断の精度が９９．９％以上へ高めることができることを発見した。
【0089】
本明細書において、前記腫瘍の診断方法が以下のステップを含む。
【0090】
（１）被験サンプルを取得する、
【0091】
（２）インプリント遺伝子配列に基づいて特異的プライマーを設計する、
【0092】
（３）ステップ（２）でのプローブと被験サンプルとのｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行う、
【0093】
（４）顕微鏡イメージングによりインプリント遺伝子の発現状態を解析する、
【0094】
ここで、前記解析ユニットは、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量およびインプリント遺伝子総発現量を計算することにより、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量とインプリント遺伝子の総発現量のレベルにより腫瘍の良性・悪性度を判断する。
【0095】
本明細書において、ステップ（１）に係る被験サンプルはヒトの組織および／または細胞である。
【0096】
本明細書の実施例において、前記被験サンプルは穿刺生検細胞のサンプル、生検細胞のサンプル、脱落細胞サンプル、血液サンプルおよび擦り取るサンプルのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである。
【0097】
本明細書において、前記生検サンプルを取得する具体的な手順が、穿刺、サンプリングクランプ、毛刷などを使って、被験者の腫瘍組織細胞サンプルを取るか、あるいは尿液、痰液、大便と胸水・腹水から得られた脱落細胞を、タイムリーに１０％中性ホルマリンまたは他の固定方法で固定し、スライドガラスに粘着する。生検検査は、尿液、痰液および大便の採取が完全に非侵襲的で、サンプリングプロセスが簡単であり、血液が体内に循環している状態と比べて、生検サンプルは腫瘍の定位もできるという点で実験サンプルとして特別な優位性を持っている。血液サンプルを取得する具体的な手順が末梢血液を取得した後、赤血球分裂液で赤血球を除去し、その後、１０％の中性ホルマリンあるいは他の固定方法で固定した後、スライドガラスに粘着する。
【0098】
本明細書の実施例において、前記穿刺生検細胞サンプルは細針および／または太針で穿刺した生検細胞サンプルであり、好ましくは、甲状腺、乳腺、すい臓、肺、肝臓、前列腺、卵巣、リンパ節、耳下腺に細針および／または太針で穿刺した生検細胞サンプルのいずれか、または少なくとも２つの組み合わせである。
【0099】
本明細書の実施例において、前記生検細胞サンプルは、胃カメラ、大腸鏡、膀胱鏡、宮腔鏡または耳鼻咽喉鏡生検細胞サンプルを含む任意の１種、または少なくとも２種の組み合わせである。
【0100】
本明細書の実施例において、前記脱落細胞サンプルは、尿液、痰液、大便或は胸水・腹水の中から脱落細胞サンプルを含む任意の１種、または少なくとも２種の組み合わせである。
【0101】
本明細書の実施例において、擦り取るサンプルは、気管支、食道、口腔或は子宮頚の擦り取るサンプルを含む任意の１種、または少なくとも２種の組み合わせである。
【0102】
本明細書の実施例において、前記ＲＮＡ ｓｃｏｐｅ ｉｎ ｓｉｔｕ ハイブリダイゼーション法は、シングルまたはマルチチャンネル比色キットまたはシングルまたはマルチャンネル蛍光キットを使用し、好ましくは、シングルチャンネルの赤色または茶色の比色キット或いはマルチチャンネル蛍光キットである。
【0103】
本明細書において、発明者は、少なくとも１００個インプリント遺伝子細胞中のＬＯＩ、ＣＮＶとＴＥを計算することにより、ＬＯＩ、ＣＮＶとＴＥのレベルで、被験腫瘍の良性・悪性度は、良性、悪性潜在性、早期悪性腫瘍、中期悪性腫瘍及び進行性悪性腫瘍に分類される。
【0104】
本明細書において、前記腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量よびコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は１級未満であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つのみのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量欠失遺伝子の発現量はＩ級であり、あるいは／またはインプリント遺伝子Ｚ１或はＺ１６の中の１つのみのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩ級である場合のいずれか１つである場合は、良性腫瘍と判断される。
【0105】
本明細書において、前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６の中の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩ級であり、および１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つだけのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩ級であり、またはインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つだけのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩ級である場合のいずれか１つであると、悪性潜在性であると判断される。
【0106】
本明細書において、前記腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩ級であり、あるいは／またはインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩ級であり、および１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つだけのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級、またはインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つだけのインプリント遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩＩ級の中のいずれか１つであると、早期悪性腫瘍と判断される。
【0107】
本明細書において、前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の１つのインプリント遺伝子におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級であり、および１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つだけのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＶ級、またはインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の１つだけのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＶ級のいずれか１つであると、中期悪性腫瘍と判断される。
【0108】
本明細書において、前記腫瘍の良性・悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＶ級であり、あるいは／またはインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＶ級であると、末期悪性腫瘍である。
【0109】
本明細書において、第二の態様は、第一前記の方法のように、腫瘍の検査或あるいは／または治療に使用する方法を提供する。
【0110】
本明細書において、従来の技術と比べて、本発明は以下のような有益な効果がある。
【0111】
（１）本明細書において、直観的にインプリンティング（刷り込み）欠失の状態を、甲状腺、乳腺、すい臓、前立腺、リンパ腺の穿刺細胞サンプルに、肺気管支の擦りとったサンプルに、尿液、痰液、大便、胸水・腹水の中の脱落細胞サンプルと大腸鏡、膀胱鏡生検細胞サンプルに固定し、表現されて、インプリント遺伝子原位標記の方法で、客観的、直観的、早期且つ精確的な方法でインプリンティング遺伝子の変化を検出し、且つ定量的モデルを提供でき、甲状腺がん、乳腺がん、すい臓がん、肺がん、肝臓がん、結腸がん、直腸がん、泌尿器系腫瘍の早期診断に大きな貢献をした。
【0112】
（２）本明細書において、定量の検測結果、腫瘍のモデルを精確的な判断することが提供でき、腫瘍の悪性度の明確にレベルを分けられる、伝統的な細胞と組織病理学は一部の病例に対して明確に診断できない問題を解決し、現在の組織細胞形態学診断の限局性を補い、後期のタ-ゲティング療法に役立つ。
【0113】
（３）本明細書において、分子レベルで甲状腺好酸球細胞腫瘍（ＨＣＴ）の良性・悪性に対して精確的に判別することができる。現在組織細胞形態学上で甲状腺好酸球細胞腫瘍の良性・悪性を見分けがつかない問題に解決方法を提供した。甲状腺濾胞性腫（ＦＴＡ）と濾胞性甲状腺がん（ＦＴＣ）の判別も形態学診断の難点であり、本明細書の方法で細胞レベルで判別することができる；
【0114】
（４）本明細書において、免疫組織化学法と同時に検査でき、すい臓腫瘍の良性・悪性に対して精確的な早期診断を行い、偽陰性とその他のマイナス作用を減らされた。
【0115】
（５）本明細書において、乳腺腫瘍、肺腫瘍、肝臓腫瘍などのリンパ節を経由して転移できる腫瘍に対して、早期に穿刺細胞学による良性・悪性の判断を行うだけでなく、腫瘍周辺に近いリンパ節を穿刺して、がん細胞がリンパ節に経由して転移するかどうかを検査することができる
【0116】
（６）本明細書において、ほくろと皮膚黒色素瘤および他の皮膚病明確に判別することができ、特に早期の原位状態の黒色素瘤の鑑別診断であり、形態学の判別し難しい難題が解決することができる。
【0117】
（７）本明細書において、乳腺導管原位腺癌を早期診断することと、乳腺良性病変を精確に判別することが解決できる。
【0118】
（８）本明細書において、結腸ポリープの早期悪性潜能と悪性表現状態を精確に診断することができ、大腸癌の早期診断問題が解決できる。
【0119】
（９）本明細書において、胃炎、胃潰瘍と早期胃がんを精確に判別し、胃癌の早期診断問題を解決することができる。
【0120】
（１０）本明細書において、病理組織の形態を依頼せず、前立腺がん、卵巣がん、中枢神経系の腫瘍、耳下腺悪性腫瘍、悪性リンパ瘤の穿刺で取った生検サンプル、胃がん、食道がん、鼻咽がん、子宮内膜がんの内視鏡で取った生検サンプル、肺がん、口腔がん、食道がん、子宮頸部がんの擦り取ったサンプル、白血病の血液サンプルも本発明の技術を使って腫瘍の良性・悪性の診断ができる。
【0121】
（１１）本明細書において、末梢血液の一滴を用いて白血病を診断することができる。そして、現在白血病を診断するために、骨髄穿刺が必要であり、その創傷大きい問題を解決することができた。
【0122】
（１２）本明細書において、尿液、痰液、大便の中から脱落細胞を検査して、泌尿器系腫瘍、肺がんと大腸がんに対して早期スクリ－ニングして、サンプルの収集方法は簡単なので、専門者の操作の必要がなく、患者が自ら家で収集することができ、大規模検診に適していって、および泌尿器系腫瘍術後と薬物治療効果のモニタリングにも適していって、特に術前と術後の尿路の脱落細胞を検測することによって、患者の手術後の再発の早期検査、適時に治療する問題を解決することができる。
【0123】
（１３）本明細書において、外科手術中、がんの周囲組織の精確な良性・悪性判断は、患者の予後および生存期の重要な要素である、本発明の方法は極めて重要な指導となることができる。
【0124】
（１４）本明細書において、検測方法の中で発現された疾病の関連遺伝子のインプリンティング（刷り込み）欠失部位点には、この遺伝子のサイレンジング状態、除去、再配置の分子標的薬物あるいは技術方法が、後期の治療と薬品使用の指導になることができる。
【図面の簡単な説明】
【0125】
【図2】図２は、本明細書の実施例においてマトキシリンで染色された核の甲状腺がんの穿刺細胞圧片を示し、前記ａは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で標識が存在しなく、インプリント遺伝子を発現していない細胞核であり、前記ｂは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で１つの赤色または茶色の標識があり、インプリント遺伝子が存在している細胞核であり、前記ｃは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つの赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子の欠失の細胞核であり、前記ｄは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つ以上の赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子のコピー数異常の細胞核である。
【図3】図３は、１６個遺伝子中の９個遺伝子が甲状腺腫瘍の異なる悪性度の穿刺細胞圧片中の発現状態を示し、図３（ａ）は、０級の甲状腺腫瘍の穿刺細胞圧片に９個遺伝子の発現状態を示し、図３（ｂ）は、Ｉ級甲状腺がんの穿刺細胞圧片に９個の遺伝子の発現状態を示し、図３（ｃ）は、ＩＩ級甲状腺がんの穿刺細胞圧片に９個の遺伝子の発現状態を示し、図３（ｄ）は、ＩＩＩ級甲状腺がんの穿刺細胞における９個の遺伝子の発現状態を示し、図３（ｅ）は、ＩＶ級にある甲状腺がんの穿刺細胞圧片に９個の遺伝子の発現状態を示す。
【図4】図４は、１７７例の甲状腺腫瘍の穿刺細胞圧片サンプルに対して、Ｚ１及びＺ１６の遺伝子がインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準を示し、図４（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１が１７７例の甲状腺腫瘍の穿刺細胞圧片サンプルに使用して、インプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準を示し、図４（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６が１７７例の甲状腺腫瘍の穿刺細胞圧片サンプルに使用して、インプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準を示す。
【図5】図５（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ４、Ｚ１１、Ｚ１３、Ｚ１６が甲状腺癌に使用して、インプリンティング欠失の強度を示し、図５（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１， Ｚ４， Ｚ１１， Ｚ１３， Ｚ１６が甲状腺がんに使用して、コピー数異常の強度を示し、図５（ｃ）は、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ４、Ｚ１１、Ｚ１３、Ｚ１６が甲状腺がんに使用して、総発現量の強度を示し、図５（ｄ）は、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ３、Ｚ５、Ｚ６が甲状腺がんに使用して、インプリンティング欠失の強度を示し、図５（ｅ）は、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ３、Ｚ５、Ｚ６が甲状腺ガンに使用して、コピー数異常の強度を示し、図５（ｆ）は、インプリント遺伝子Ｚ２， Ｚ３， Ｚ５， Ｚ６が甲状腺癌に使用して、総発現量の強度を示す。ＬＯＩはインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量であり、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図6】図６（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す、図６（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す、図６（ｃ）は、インプリント遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す、図６（ｄ）は、インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す、図６（ｅ）は、インプリント遺伝子Ｚ１３のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す、図６（ｆ）は、インプリント遺伝子Ｚ２のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す、図６（ｇ）は、インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す、図６（ｈ）は、インプリント遺伝子Ｚ５のインプリント欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す。図６（ｉ）は、インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示す。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量であり、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図7】Ｚ１及びＺ１６の遺伝子が１８例乳腺がんの穿刺細胞生検サンプルに使用して、インプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準であり、図７（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準であり、図７（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準である。
【図8】図８（ａ）は、乳腺がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ８、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１３、Ｚ１６のインプリンティング欠失の強度であり、図８（ｂ）は、乳腺がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ８、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１３、Ｚ１６のコピー数異常の強度であり、図８（ｃ）は、乳腺がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ８、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１３、Ｚ１６の総発現量の強度であり、図８（ｄ）は、乳腺がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ９のインプリンティング欠失の強度であり、図８（ｅ）乳腺がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ９のコピー数が異常の強度であり、図８（ｆ）は、乳腺がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ９の総発現量の強度を示す。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図9】図９（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリント欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｃ）は、インプリント遺伝子Ｚ８の遺伝子のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｄ）は、インプリント遺伝子Ｚ１０の遺伝子のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｅ）は、インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｆ）は、インプリント遺伝子Ｚ１３の遺伝子のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｇ）は、インプリント遺伝子Ｚ３の遺伝子のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｈ）は、インプリント遺伝子Ｚ４の遺伝子のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｉ）は、インプリント遺伝子Ｚ５の遺伝子のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｊ）は、インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図９（ｋ）は、インプリント遺伝子Ｚ９の遺伝子のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度である。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図10】図１０（ａ）は、２１例すい臓がん穿刺細胞サンプルに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ１６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準であり、図１０（ａ）は、２１例すい臓がん穿刺細胞サンプルに対して、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準であり、図１０（ｂ）は、２１例すい臓がん穿刺細胞サンプルに対して、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準である。
【図11】図１１（ａ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ３、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１６のインプリンティング欠失強度であり、図１１（ｂ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ３、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１６のコピー数異常の強度であり、図１１（ｃ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ３、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１６の総発現量の強度であり、図１１（ｄ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ８、Ｚ１３のインプリンティング欠失の強度であり、図１１（ｅ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ８、Ｚ１３のコピー数異常の強度であり、図１１（ｆ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ８、Ｚ１３の総発現量の強度であり、図１１（ｇ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ９、Ｚ１２、Ｚ１４、Ｚ１５のインプリンティング欠失の強度であり、図１１（ｈ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ９、Ｚ１２、Ｚ１４、Ｚ１５のコピー数異常の強度であり、図１１（ｉ）は、すい臓がんに対して、インプリント遺伝子Ｚ２、Ｚ９、Ｚ１２、Ｚ１４、Ｚ１５の総発現量の強度である。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図12】図１２（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｃ）は、インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度を示し、図１２（ｄ）は、インプリント遺伝子Ｚ１０のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｅ）は、インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｆ）は、インプリント遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｇ）は、インプリント遺伝子Ｚ５のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｈ）は、インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｉ）は、インプリント遺伝子Ｚ８のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｊ）は、インプリント遺伝子Ｚ１３のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｋ）は、インプリント遺伝子Ｚ２のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｌ）は、インプリント遺伝子Ｚ９のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｍ）は、インプリント遺伝子Ｚ１２のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｎ）は、インプリント遺伝子Ｚ１４のインプリント欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１２（ｏ）は、インプリント遺伝子Ｚ１５のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度である。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図13】図１３は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６が２３例気管支に毛ブラシで擦り取った細胞サンプル中で、インプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準であり、図１３（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１が２３例気管支に毛ブラシで擦り取った細胞サンプル中で、インプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準であり、図１３（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６が２３例気管支擦り取った細胞サンプル中で、インプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の分布範囲及び分級基準である。
【図14】図１４（ａ）は、肺がんに対するインプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ３、Ｚ８、Ｚ１３、Ｚ１６のインプリンティング欠失の強度であり、図１４（ｂ）は、肺がんに対するインプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ３、Ｚ８、Ｚ１３、Ｚ１６のコピー数異常の強度であり、図１４（ｃ）は、肺がんに対するインプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ３、Ｚ８、Ｚ１３、Ｚ１６の総発現量の強度であり、図１４（ｄ）は、肺がんに対するインプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ１０、Ｚ１１のインプリンティング欠失の強度であり、図１４（ｅ）は、肺がんに対するインプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ１０、Ｚ１１のコピー数異常の強度であり、図１４（ｆ）は、肺がんに対するインプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ１０、Ｚ１１の総発現量である。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図15】図１５（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１５（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリント遺伝子欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１５（ｃ）は、インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１５（ｄ）は、インプリント遺伝子Ｚ８のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１５（ｅ）は、インプリント遺伝子Ｚ１３のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１５（ｆ）は、インプリント遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１５（ｇ）は、インプリント遺伝子Ｚ１０のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度であり、図１５（ｈ）は、インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失、コピー数異常と総発現量の強度である。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量、ＴＥはインプリント遺伝子の総発現量である。
【図16】図１６は、７０例尿液脱落細胞サンプルに対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ１６のインプリンティング欠失とコピー数異常の分布範囲及び分級基準である。図１６（ａ）は、７０例尿液脱落細胞サンプルに対するインプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失とコピー数異常の分布範囲及び分級基準であり、図１６（ｂ）は、２３例気管支に毛ブラシで擦り取った細胞サンプルに対して、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失とコピー数異常の分布範囲及び分級基準である。
【図17】図１７（ａ）は、泌尿器系腫瘍に対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ１０、Ｚ１６のインプリンティング消失の強度であり、図１７（ｂ）は、泌尿器系腫瘍に対して、インプリント遺伝子Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ１０、Ｚ１６のコピー数異常の強度であり、図１７（ｃ）は、泌尿器系腫瘍に対するインプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ８、Ｚ１０、Ｚ１５のインプリンティング消失の強度であり、図１７（ｄ）は、泌尿器系腫瘍に対して、インプリント遺伝子Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ８、Ｚ１０、Ｚ１５のコピー数異常の強度である。ＬＯＩはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量である。
【図18】図１８（ａ）は、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｂ）は、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｃ）は、インプリント遺伝子Ｚ２のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｄ）は、インプリント遺伝子Ｚ２のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｅ）は、インプリント遺伝子Ｚ１０のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｆ）は、インプリント遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｇ）は、インプリント遺伝子Ｚ５のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｈ）は、インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｉ）は、インプリント遺伝子Ｚ８のインプリンティング消失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｊ）は、インプリント遺伝子Ｚ９のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度であり、図１８（ｋ）は、インプリント遺伝子Ｚ１５のインプリンティング欠失とコピー数異常の強度である。ＬＯＩはインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量であり、ＣＮＶはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量である。
【図19】図１９（ａ）は、良性直腸腫瘍の大腸鏡で取った生検サンプルに対して、１６個遺伝子の発現状態であり、図１９（ｂ）は、悪性潜在性結腸・直腸腫瘍の大腸鏡で取った生検サンプルに対して、１６個遺伝子の発現状態であり、図１９（ｃ）は、結腸・直腸がんに大腸鏡で取った生検サンプルに対して、１６個遺伝子の発現状態である。
【図20】図２０（ａ）は、良性膀胱腫瘍に膀胱鏡で取った生検サンプルの中、１６個遺伝子の発現状態であり、図２０（ｂ）は、悪性潜在性膀胱腫瘍に膀胱鏡で取った生検サンプルの中、１６個遺伝子の発現状態であり、図２０（ｃ）は、膀胱がんに膀胱鏡で取った生検サンプルの中、１６個遺伝子の発現状態である。
【発明を実施するための形態】
【0126】
本明細書において、本発明の技術手段とその効果をより詳しく述べるため、以下具体的な実施の形態について実施例の附図を参照しながら具体的な説明するが、本発明は実施例の範囲に限定されることを意味しているわけがない。
【実施例0127】
実施例１ 穿刺細胞のインプリント遺伝子解析
【0128】
前記のインプリント遺伝子の検査方法以下のステップになる：
【0129】
（１）生検穿刺針で穿刺細胞を獲得し、タイムリーに１０％中性ホルマリンで固定し、
ＲＮＡの分解を防ぐため、２４時間を固定し、細胞圧片を作製した。
ＲＮＡの分解を防ぐため、２４時間を固定し、細胞圧片を作製した。
【0130】
（２）ＲＮＡＳＣｏｐｅのサンプル処理方法に従い、内因性ペルオキシダーゼの活性をブロックし、透過性を向上させてＲＮＡを露出させた。
【0131】
（３）設計プローブ：インプリント遺伝子配列に基づいて特異的プライマーを設計した。
【0132】
前記設計プローブは、インプリント遺伝子Ｚ１（Ｇｎａｓ）、Ｚ２（Ｉｇｆ２）、Ｚ３（Ｐｅｇ１０）、Ｚ４（Ｉｇｆ２ｒ）、Ｚ５（Ｍｅｓｔ）、Ｚ６（Ｐｌａｇｌ１）、Ｚ７（Ｃｄｋｎ１ｃ）、Ｚ８（Ｄｃｎ）、Ｚ９（Ｄｌｋ１）、Ｚ１０（Ｇａｔｍ）、Ｚ１１（Ｇｒｂ１０）、 Ｚ１２（Ｐｅｇ３）、Ｚ１３（Ｓｇｃｅ）、Ｚ１４（Ｓｌｃ３８ａ４）、Ｚ１５（Ｄｉｒａｓ３）及びＺ１６（Ｓｎｒｐｎ／Ｓｎｕｒｆ）に従って設計されたものであり、具体的には、各遺伝子のループ構造の内部にある配列をプローブとして選択し、具体的なプローブは、Ａｄｖａｎｃｅｄ Ｃｅｌｌ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ社により設計された。
【0133】
（４）ステップ（３）でのプローブと被験サンプルとのキットによるＲＮＡＳＣｏｐｅ ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーションを行った。
【0134】
（５）シグナル増幅及びマトキシリンによる染色を行い、顕微鏡イメージングによりインプリント遺伝子の発現状態を解析した。
【0135】
前記モデルは、インプリント遺伝子の発現量、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、及びコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量を計算する式は以下の通りである。
【0136】
総発現量＝（ｂ＋ｃ＋ｄ）／（ａ＋ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0137】
正常なインプリント遺伝子の発現量＝ｂ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0138】
インプリント遺伝子欠失の遺伝子発現量（ＬＯＩ）＝ｃ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0139】
コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量（ＣＮＶ）＝ｄ／（ｂ＋ｃ＋ｄ）×１００％；
【0140】
本明細書において、ａ、ｂ、ｃ、ｄは、図２に示されており、前記ａは細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で標識が存在せず、インプリント遺伝子が発現していない細胞核であり、前記ｂは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で１つの赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子が存在する細胞核を示し、前記ｃは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つの赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子欠失の細胞核であり、前記ｄは、細胞をマトキシリンで染色した後、細胞核内で２つ以上の赤色または茶色の標識が存在し、インプリント遺伝子のコピー数異常の細胞核である。それらの結果は図３（ａ）～図３（ｅ）に示した。
【0141】
本明細書において、甲状腺がんを例として、それらの結果は図３（ａ）～図３（ｅ）に示し、図３（ａ）～図３（ｅ）から分かるように、０級～ＩＶ級のサンプル中、悪性度が増加するにつれてインプリンティング欠失（細胞核内で２つの信号点がある）及びコピー数異常（細胞核内で３つ以上の信号点がある）の細胞の割合は悪性度の増加に伴って徐々に増加する。
【0142】
実施例２ １７７例の甲状腺穿刺細胞のインプリント遺伝子を解析
【0143】
【0144】
本明細書において、図４（ａ）より、前記インプリント遺伝子Ｚ１は、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であり、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５％未満であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量は、４０％未満で０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～２０％であり、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５～４％であり、および／またはインプリント遺伝子Ｚ１のインプリント遺伝子の総発現量は、４０～４５％でＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～３０％であり、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量は、４５～６０％でＩＩ級であり、および／またはインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０～４０％であり、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８～１５％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量は、６０～６５％でＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、４０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１５％を超え、および／またはインプリント遺伝子Ｚ１のインプリント遺伝子の総発現量は、６５％超え、ＩＶ級である。
【0145】
本明細書において、図４（ｂ）より、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、１５％未満であり、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５％未満、あるいは／またはインプリント遺伝子のインプリント遺伝子の総発現量は、４０％未満で０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１５～２０％であり、コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１．５～４％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量は、４０～４５％でＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～３０％であり、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、４～８％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量は、４５～６０％でＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０～４０％であり、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、８～１５％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量は、６０～６５％でＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、４０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１５％を超え、および／またはインプリント遺伝子の総発現量は、６５％超え、ＩＶ級である。
【0146】
本明細書において、図５（ａ）～図５（ｆ）より分かるように、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０ Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、Ｚ１５、Ｚ１６各遺伝子は甲状腺がんの反応感度或は甲状腺がんに対してインプリンティング欠失遺伝子の発現量の強度と状態が異なり、Ｚ１、Ｚ１６、Ｚ４、Ｚ１１、Ｚ１３は甲状腺がんに反応感度が高い。
【0147】
本明細書において、この１７７例の甲状腺穿刺細胞サンプルを綜合的に解析した結果、
以下のことか分かる。
以下のことか分かる。
【0148】
本明細書において、甲状腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量、及びコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１級未満であること、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩ級であること、またはインプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級であることの中のいずれか１つである場合は、良性腫瘍と判断される。
【0149】
本明細書において、甲状腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩ級、及び１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の唯一１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＩ級である場合、またはインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の唯一１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級である場合のいずれか１つの場合は、甲状腺がん悪性潜在性であると判断される。
【0150】
本明細書において、甲状腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＩ級である場合、あるいは／またはインプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＩ級であり、及び１つコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級である場合、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の唯一１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＩＩ級である場合、またはインプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６である場合のうち、唯一１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級のいずれか１つであると、早期甲状腺がんである。
【0151】
本明細書において、甲状腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＩＩ級、と１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＶ級、またはインプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＶ級のいずれか１つであると、中期甲状腺がんである。
【0152】
本明細書において、甲状腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２つのインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＶ級、あるいは／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２つのコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＶ級であると、末期甲状腺がんである。
【0153】
【0154】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ１の欠失、コピー数異常と発現量の増加に伴って悪性潜在性の段階で迅速に増加し、早期の甲状腺癌の段階ですでに非常に高い反応感度に達している、中期末期の甲状腺癌の反応感度は非常に高いレベルを維持している、インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失は悪性潜在性の段階で迅速に上昇し、甲状腺癌の進展に従って高いレベルを維持している。インプリント遺伝子Ｚ１６のコピー数異常と発現量増加は早期甲状腺癌中では迅速に上昇し、中期末期甲状腺癌では非常に高いレベルを維持している。
【0155】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失とコピー数異常は早期甲状腺癌中で上昇し始め、中期と末期甲状腺癌中で次第に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ４の発現量の増加は悪性潜在性の段階から現れ始め、癌の進展に従って次第に上昇し、末期甲状腺癌の中で高いレベルに達する。インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失は悪性潜在性の段階で迅速に上昇したが、早期から末期まで甲状腺癌の進展過程で再び上昇しない、インプリント遺伝子Ｚ１１のコピー数の異常は悪性潜在性の段階で迅速に上昇し、早期甲状腺癌中で安定を維持し、中期、末期甲状腺癌の段階になってからまた上昇し続ける、インプリント遺伝子Ｚ１１の発現量増加は、中期甲状腺癌の段階で出始まり、末期甲状腺癌中でさらに上昇する。インプリント遺伝子Ｚ１３のコピー数異常は悪性潜在性の段階で迅速に上昇し、インプリンティング欠失と発現量増加は早期甲状腺癌中で上昇し始めるが、中期、末期甲状腺癌段階中で、いずれも安定している。
【0156】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ２のインプリンティング欠失と発現量の増加は悪性潜在性の段階で上昇し始め、早期から末期までの甲状腺癌の進展過程で上昇が比較的に緩い、インプリント遺伝子Ｚ２のコピー数異常は悪性潜在性の段階から現れ始め、早期甲状腺癌の段階には明らかな上昇がなく、中期甲状腺癌の段階には更に上昇し、末期甲状腺癌中に安定を維持する。インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失と発現量の増加は悪性潜在性の段階から現れ初め、甲状腺癌の進展に従ってゆっくり上昇し、末期甲状腺癌の段階まで依然反応感度は高くない、インプリント遺伝子Ｚ３のコピー数異常は、中期甲状腺癌の前の段階では非常に低レベルであるが、末期甲状腺癌の段階では急速に高レベルに上昇する。インプリント遺伝子Ｚ５のインプリンティング欠失とコピー数異常は早期甲状腺癌の段階で迅速に上昇し、中期、末期甲状腺癌中では安定を維持する。インプリント遺伝子Ｚ５の発現量増加は、中期甲状腺癌段階に出始まり、末期甲状腺癌中では安定している。インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失と発現量の増加は悪性潜在性の段階で現れ始め、甲状腺癌の進展過程中で低いレベルを維持している、インプリント遺伝子Ｚ６のコピー数異常は早期甲状腺癌中で出始まり、中期、末期甲状腺癌中では低いレベルを維持している。
【0157】
実施例３ １８例乳腺穿刺細胞のインプリント遺伝子解析
【0158】
【0159】
本明細書において、図７（ａ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が、１５％未満および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１％未満、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が、２５％未満である場合、０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５～２０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１～３％、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が、２５％～３０％である場合は、Ｉ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２０～２５％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が３～７％、および／または前記インプリント遺伝子の総発現量が３０％～４０％である場合は、ＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２５～３０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が７－１０％であり、および／または前記インプリント遺伝子の総発現量が４０－５０％である場合は、ＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が３０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１０％を超え、および／または前記インプリント遺伝子の総発現量が、５０％を超える場合は、ＩＶ級である。
【0160】
本明細書において、図７（ｂ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１６、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５％未満、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１％未満、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が２５％未満である場合は、０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５～２０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１～３％、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が２５％～３０％である場合は、Ｉ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２０～２５％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が３～７％および／または前記インプリント遺伝子の総発現量が３０％～４０％である場合、ＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２５～３０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が７－１０％であり、および／または前記インプリント遺伝子の総発現量が４０－５０％である場合は、ＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が３０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１０％を超え、および／または前記インプリント遺伝子の総発現量が５０％を超える場合は、ＩＶ級である。
【0161】
本明細書において、この１８例乳腺穿刺細胞サンプルを綜合的に解析した結果、以下のことが分かる。
【0162】
本明細書において、乳腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ６インプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量およびコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級未満であり、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ６の中の唯一１個のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩ級あるいはインプリント遺伝子Ｚ１或はＺ６の中の唯一１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級中のいずれか１つであると、良性腫瘍と判断される。
【0163】
本明細書において、乳腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失の発現量はＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６の中の２個遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩ級、と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のインプリント遺伝子欠失の発現量はＩＩ級、またはインプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６中の１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級、中のいずれか、いずれか１つであると、潜在性乳がんである。
【0164】
本明細書において、乳腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失の発現量はＩＩ級、および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩ級と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級、あるいはインプリント遺伝子Ｚ１あるいはＺ１６の中の１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級のいずれか１つであると、早期乳がんである。
【0165】
本明細書において、乳腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級と１個コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩＶ級、あるいはインプリント遺伝子Ｚ１あるいはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＶ級、いずれか１つであると、中期乳がんである。
【0166】
本明細書において、乳腺腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量がＩＶ級、および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＶ級、末期乳がんである。
【0167】
本明細書において、図８（ａ）～図８（ｆ）が分かるように、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、Ｚ１５、Ｚ１６各遺伝子は乳がんに反応感度あるいは乳がんに対して、インプリンティング欠失の強度と状態が異なるため、Ｚ１、Ｚ１６、Ｚ８、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１３は乳腺腫瘍に対する反応感度が高いである。
【0168】
【0169】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ１の欠失、コピー数の異常は、悪性潜在性の段階で迅速に上昇し、早期乳がんの段階では、すでに非常に高い反応感度に達し、中期、末期の乳がんの中では、反応感度は非常に高いレベルを維持している。インプリント遺伝子Ｚ１の発現量増加は悪性潜在性の段階では高くないが、早期乳がんの段階では迅速に高いレベルに上昇し、しかも中期、末期乳がんの中で高いレベルを維持している。インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失とコピー数の異常は早期乳がんの中で迅速に上昇し、中期、末期乳がんの段階まで非常に高いレベルを維持している。インプリント遺伝子Ｚ１６の発現量増加は早期乳がんの段階から始まり、中期、末期乳がんでは高いレベルまで上昇し続ける。
【0170】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ８のインプリンティング欠失とコピー数の異常は悪性潜在性の段階で現れ始め、早期乳がんの段階で増加し続き、中期、末期乳がんの段階で安定を維持している。インプリント遺伝子Ｚ８の発現量の増加は悪性潜在性の段階で現れ始めたが、乳がんの進展に連れ、継続上昇しなくなる。インプリント遺伝子Ｚ１０のコピー数の異常と発現量の増加は早期乳腺がんの中で急速に上昇したが、中期、末期乳がんでは増加し続けなかった。インプリント遺伝子Ｚ１０のインプリンティング欠失は中期乳がん段階で初めて現れ、末期乳がん段階で少し上昇した。インプリント遺伝子Ｚ１１のコピー数の異常と発現量の増加は悪性潜在性の段階で現れ始め、早期乳がんの中で上昇速度が遅く、中期、末期乳がんの段階まで安定を維持する。インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失は中期乳がんの中で初めて出始め、末期乳がんの中では高いレベルまで上昇した。インプリント遺伝子Ｚ１３のインプリンティング欠失、コピー数の異常と発現量の増加は、早期乳がんの段階で迅速に上昇し、中期、末期乳がんの中で安定を維持する。インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失、コピー数の異常と発現量の増加は、末期乳がんの段階で現れ、その際のコピー数の異常レベルは高く、インプリンティング欠失と発現量の増加レベルは低い。インプリント遺伝子Ｚ４とＺ５のインプリンティング欠失、コピー数の異常と発現量の増加は、末期乳がんの段階で現れ、その際、インプリンティング欠失とコピー数の異常レベルは高く、発現量の増加レベルが低い。インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失、コピー数の異常と発現量の増加は末期乳がんの段階で現れ、しかもレベルは高くない。インプリント遺伝子Ｚ９のコピー数の異常は中期乳がんの段階で現れ始め、末期乳がんの中で引き続き上昇する。インプリント遺伝子Ｚ９のインプリンティング欠失と発現量増加は末期乳がんの段階で出現したが、レベルは高くなかった。
【0171】
実施例４ ２１例のすい臓穿刺細胞のインプリント遺伝子解析
【0172】
本明細書において、穿刺により２１例のすい臓に穿刺細胞サンプルを獲得し、他の検出方法は実施例１と同じであり、検出結果は図１０（ａ）～図１０（ｂ）、図１１（ａ）～図１１（ｉ）、図１２（ａ）～図１２（ｏ）に示す。
【0173】
本明細書において、図１０（ａ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５％未満、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が２％未満、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が２０％未満である場合、０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５～２０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が２～４％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が２０％～３０％である場合、Ｉ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２０～２５％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が４～８％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が３０％～４０％である場合、ＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２５～３０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が８－１２％、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が４０－５０％である場合、ＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が３０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１２％を超え、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が５０％を超える場合、ＩＶ級である。
【0174】
本明細書において、図１０（ｂ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５％未満、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が２％未満、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が２０％未満である場合、０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５～２０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が２～４％であり、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が２０％～３０％である場合、Ｉ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２０～２５％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が４～８％、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が３０％～４０％である場合は、ＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２５～３０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が８－１２％、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が４０－５０％である場合、ＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が３０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１２％を超え、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が５０％を超える場合は、ＩＶ級である。
【0175】
本明細書において、この２１例のすい臓穿刺細胞サンプルを綜合的に解析した結果は、
以下のことが分かる。
以下のことが分かる。
【0176】
本明細書において、すい臓腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１、及びＺ１６インプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量とコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がすべてＩ級未満であり、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩ級あるいはインプリント遺伝子Ｚ１或はＺ１６の中の唯一１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級中に、いずれか１つであると、良性腫瘍である。
【0177】
本明細書において、すい臓腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩ級、あるいはインプリント遺伝子Ｚ１或はＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級中、いずれか１つに達すると、潜在性すい臓がんである。
【0178】
本明細書において、すい臓腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩ級、および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩ級と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級あるいはインプリント遺伝子Ｚ１あるいはＺ１６の中の唯一１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級中、いずれか１つに達すると、早期すい臓がんである。
【0179】
本明細書において、すい臓腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の２個の遺伝子のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級と１個コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩＶ級、あるいはインプリント遺伝子Ｚ１あるいはＺ１６の中の唯一１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＶ級中の、いずれか１つであると、中期すい臓がんである。
【0180】
本明細書において、すい臓腫瘍の良性・悪性度を判断した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩＶ級、および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＶ級、末期すい臓がんである。
【0181】
本明細書において、図１１（ａ）～図１１（ｉ）で分かるように、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、Ｚ１５、Ｚ１６各遺伝子はすい臓腫瘍に反応感度あるいはすい臓腫瘍に対するインプリンティング欠失の強度と状態の発現量が異なる。Ｚ１、Ｚ１６、Ｚ３、Ｚ１０、Ｚ１１ではすい臓腫瘍に対する反応感度が高い。
【0182】
【0183】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失、コピー数異常と発現量の増加は悪性潜在性段階から現れ始めた、その中、コピー数異常が上昇速度が早く、早期すい臓がん段階で高いレベルに上昇し、安定を維持しつつ、インプリンティング欠失は速いスピードで上昇し、中期すい臓がん段階には非常に高いレベルまで上昇し、発現量の増加の上昇速度が遅い、末期すい臓がんまでの高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失は悪性潜在性段階から現れ始め、すい臓がんの進展につれ少しずつ上昇し、末期すい臓がん段階で高いレベルまで上昇する、インプリント遺伝子Ｚ１６のコピー数異常は早期すい臓がん段階から現れ始めた、中期すい臓がん段階に迅速に上昇し、末期すい臓がん段階に高いレベルを維持する。インプリント遺伝子Ｚ１６の発現量増加は早期すい臓がん段階から現れ始めて、すい臓がんの進展につれて上昇し、末期すい臓がん段階で高いレベルまで達する。
【0184】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失は悪性潜在性段階で現れ始め、すい臓がんの進展に従って持続的に上昇し、中期、末期すい臓がんではいずれも低いレベルを維持していた。インプリント遺伝子Ｚ３のコピー数異常は、早期すい臓がん段階現れ始め、中期すい臓がん段階には明らかな上昇がなく、末期すい臓がん段階で引き続き高いレベルまで上昇した。インプリント遺伝子Ｚ３の発現量増加は早期すい臓がん段階からみられ始めたが、中期、末期すい臓がん中低いレベルを維持されている。インプリント遺伝子Ｚ１０のインプリンティング欠失とコピー数異常を悪性潜在性段階で現れ始め、早期と中期すい臓がん中で明らかに上昇せず、末期すい臓がん段階で引き続き高いレベルまで継続上昇する。インプリント遺伝子Ｚ１０の発現量増加は早期すい臓がんではみられ始めたが、中期、末期すい臓がんではいずれも低いレベルを維持していた。インプリント遺伝子Ｚ１１のコピー数異常は悪性潜在性段階で現れ始め、早期と中期すい臓がんの中で次第に上昇し、末期すい臓がん段階には高いレベルを維持する。インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失と発現量の増加を早期すい臓がんにおいて現れ始め、その中のインプリンティング欠失レベルの上昇は比較的に早く、中期、末期すい臓がん段階で高いレベルを維持し、発現量の増加は比較的に遅く、中期、末期すい臓がん段階でレベルがまだ高くない。インプリント遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失とコピー数異常は早期すい臓がんの段階で現れ始めた、中期すい臓がん段階で迅速に上昇し、末期すい臓がん段階まで非常に高いレベルを維持している。インプリント遺伝子Ｚ４の発現量の増加は早期すい臓がん段階から始まり、中期すい臓がん段階で顕著的に上昇認められず、末期すい臓がん段階まで上昇し続ける。インプリント遺伝子Ｚ５のインプリンティング欠失とコピー数異常は、悪性潜在性段階から現れ始め、インプリンティング欠失は早期から末期すい臓がんの段階で明らかに上昇せず、コピー数異常は早期から中期すい臓がんの段階で明らかに上昇せず、末期すい臓がんの中で更に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ５の発現量の増加は中期すい臓がん段階で初めて出現し、末期すい臓がんの段階で引き続き上昇したが、まだレベルは高くなかった。インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失とコピー数異常は早期すい臓がん段階から現れ始め、すい臓がんの進展に従って次第に上昇し、末期すい臓がんの段階比較的に高いレベルに達した。インプリント遺伝子Ｚ６の発現量増加は早期すい臓がんではみられ始めたが、中期、末期すい臓がんではいずれも低いレベルを維持していた。インプリント遺伝子Ｚ８のインプリンティング欠失は早期すい臓がんの段階で出現し始め、すい臓がんの進展に伴い、徐々に上昇し、末期すい臓がんの段階で高いレベルに達した。インプリント遺伝子Ｚ８のコピー数の異常は末期すい臓がんに現れ、レベルは比較的に高い。印遺伝子Ｚ８の発現量増加は早期すい臓がんではみられ始めたが、中期、末期すい臓がんではいずれも低いレベルを維持していた。インプリント遺伝子Ｚ１３のインプリンティング欠失はとコピー数の異常は早期すい臓がんの段階で現れ始め、中期すい臓がんの段階で急速に上昇し、末期すい臓がんの段階は安定を維持する。インプリント遺伝子Ｚ１３の発現量増加は中期すい臓がんの段階からみられるが、末期すい臓がんでは上昇しない。インプリント遺伝子Ｚ２のインプリンティング欠失と発現量の増加は早期すい臓がんの段階から現れ始める。インプリント遺伝子Ｚ２のコピー数の異常は中期すい臓がんの段階から現れ始めたが、中期、末期すい臓がんではいずれも低いレベルを維持した。インプリント遺伝子Ｚ９のインプリンティング欠失は中期すい臓がんの段階で出現し始め、すい臓がんの進展に従って徐々に上昇し、末期すい臓がんの段階のレベルは依然として高くない。インプリント遺伝子Ｚ９のコピー数の異常は中期すい臓がんの段階で現れ始め、末期すい臓がんの中で引き続き上昇するが、しかしレベルは高くない。インプリント遺伝子Ｚ９の発現量増加は中期すい臓がんの段階からみられるが、末期すい臓がんでは上昇しない。インプリント遺伝子Ｚ１２のインプリンティング欠失、コピー数の異常と発現量の増加は中期すい臓がんの段階からみられるが、末期すい臓がんでは上昇しない。インプリント遺伝子Ｚ１４のインプリンティング欠失は中期すい臓がんの段階で迅速に上昇し始め、末期すい臓がんの段階で高いレベルを維持し、インプリント遺伝子Ｚ１４のコピー数異常は中期すい臓がんの段階で現れ始め、末期すい臓がんの段階で上昇し続けるが、レベルは高くない。すい臓がんの経過中にインプリント遺伝子Ｚ１４は明らかな発現量の増加を認めなかった。インプリント遺伝子Ｚ１５のインプリンティング欠失は中期すい臓がんの段階で現れ始め、しかし末期すい臓がんの中で引き続き上昇しない。インプリント遺伝子Ｚ１５のコピー数の異常は末期すい臓がんに初めて現れ、しかもレベルは高くない、すい臓がんの経過中にインプリント遺伝子Ｚ１５は明らかな発現量の増加を認めなかった。
【0185】
実施例５ ２３例気管支擦り取った細胞インプリント遺伝子を解析
【0186】
本明細書において、気管支毛ブラシで擦り取ることによリ肺腫瘍細胞サンプルを獲得し、他の検出方法は実施例１と同じであり、検出結果は図１３（ａ）～図１３（ｂ）、図１４（ａ）～図１４（ｆ）、図１５（ａ）～図１５（ｈ）に示す。
【0187】
本明細書において、図１３（ａ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５％未満、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が２％未満、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が３０％未満である場合、０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１５～２０％、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が３０～４０％である場合、Ｉ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２０～２５％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が４～８％および／またはインプリント遺伝子の総発現量が４０～５０％である場合、ＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が２５～３０％、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が８～１２％、および／またはインプリント遺伝子の総発現量が５０～６０％である場合、ＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が３０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が１２％を超え、および／またはインプリント遺伝子総発現量が６０％超える場合、ＩＶ級である。
【0188】
本明細書において、図１３（ｂ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１６におけるインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が、１０％未満および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が、１％未満および／またはインプリント遺伝子の総発現量が、２５％未満で０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が１０～１５％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が、１～２％および／またはインプリント遺伝子の総発現量が、２５～３０％でＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が、１５～２０％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が、２～５％および／またはインプリント遺伝子の総発現量が、３０～４０％でＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が、２０～２５％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が、５～８％および／またはインプリント遺伝子の総発現量が、４０～５０％でＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量が、２５％を超えおよび／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量が、８％を超えおよび／またはインプリント遺伝子の総発現量が、５０％超える場合、ＩＶ級である。
【0189】
本明細書において、この２３例気管支に擦りとった細胞サンプルを綜合的に解析した結果は、以下のことが分かる。
【0190】
本明細書において、肺腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量とコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がすべてＩ級以下であリ、インプリント遺伝子Ｚ１或はＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩ級、またはインプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子のコピー数発現量がＩ級のいずれか１つであると、良性腫瘍である。
【0191】
本明細書において、肺腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量がＩ級であリ、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６中の２個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩ級と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１或はＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量がＩＩ級あるいはインプリント遺伝子Ｚ１あるいはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級のいずれかに１つに達する場合、潜在性肺がんである。
【0192】
本明細書において、肺腫瘍の良悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量がＩＩ級および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量がＩＩ級と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩ級であリ、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量がＩＩＩ級またはインプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級のいずれか１つに達した場合、早期肺がんである。
【0193】
本明細書において、肺腫瘍の良悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量がＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量がＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中に１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量ＩＩＩ級と１個のインプリント遺伝子コピー数発現量がＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量ＩＶ級またはインプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のインプリント遺伝子のコピー数発現量がＩＶ級のいずれか１つであると、中期肺がんである。
【0194】
本明細書において、肺腫瘍の良悪性度を判定した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量ＩＶ級および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の２個遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＶ級であり、末期肺がんである。
【0195】
本明細書において、図１４（ａ）～図１４（ｆ）から分かるように、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０ 、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、Ｚ１５、Ｚ１６各遺伝子は肺がんに対する反応感度または肺がんの発現量に対してインプリンティング欠失の強度と状態は異なリであり、Ｚ１、Ｚ１６、Ｚ３、Ｚ８、Ｚ１３は肺がんに対する反応感度が高い。
【0196】
【0197】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失とコピー数の異常は悪性潜在性の段階で迅速に上昇し、肺がんの進展過程で高いレベルを維持している、インプリント遺伝子Ｚ１の発現量増加は、悪性潜在性の段階では速やかに上昇するが、早期から末期の肺がんには増加しない。インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失は早期肺がんの中で迅速に上昇し、中期、末期肺がん中で非常に高いレベルを維持している。インプリント遺伝子Ｚ１６のコピー数異常と発現量増加は中期肺がんの中で速やかに上昇し、末期肺がんの中で高いレベルを維持している。
【0198】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失は悪性潜在性の段階で現れ始め、早期と中期肺がんの中で明らかな上昇がなく、末期の肺がんで迅速に非常に高いレベルまで上昇した。インプリント遺伝子Ｚ３のコピー数異常は、中期肺がんの中で迅速に非常に高いレベルまで上昇し、末期肺がんの中で安定を維持する。インプリント遺伝子Ｚ３の発現量増加は中期の肺がん中に現れるが、末期肺がんの中で明らかな増加を認めなかった。インプリント遺伝子Ｚ８のインプリンティング欠失とコピー数異常は悪性潜在性の段階で現れ始め、早期肺がん中で引き続き上昇し、中期肺がんの中で非常に高いレベルを維持したが、末期肺がんの中である程度の低下が現れ、インプリント遺伝子Ｚ８の発現量の増加は早期と中期肺がん中で現れ、末期肺がん中でＺ８の発現量はまた比較的に低いレベルまで回復する。インプリント遺伝子Ｚ１３のインプリンティング欠失とコピー数異常は中期肺がんの中で迅速に上昇し、そして末期肺がんの中で非常に高いレベルを維持する、インプリント遺伝子Ｚ１３の発現量増加は末期肺がんの中ではわずかに増加する。インプリントの遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失は潜在性肺がんの段階で迅速に上昇し、早期から末期肺がんの中で非常に高いレベルを維持する、インプリント遺伝子Ｚ４のコピー数異常は早期肺がんで出現し始め、中期肺がんの中で明らかな上昇がなく、末期肺がんの段階でまた高いレベルまで上昇し、インプリント遺伝子Ｚ４の発現量の増加は潜在性肺がんの段階で現れ始めたが、肺がんの進展に伴い、顕著な増加は見られなかった。インプリント遺伝子Ｚ１０のコピー数の異常は潜在性肺がんの段階で迅速に上昇し、早期から末期肺がんの中で高いレベルを維持し、インプリント遺伝子Ｚ１０のインプリンティング欠失は中期肺がんの中で迅速に上昇し、末期肺がんの中で高いレベルに達した。肺がんの進展過程において、インプリント遺伝子Ｚ１０は明らかな発現量の増加が見られなかった。インプリント遺伝子Ｚ１１のインプリンティング欠失とコピー数の異常は潜在性肺がんの段階で迅速に上昇し、早期と中期の肺がんの中で明らかな上昇はなかったが、末期の肺がんの段階はまた高いレベルまで上昇した、インプリント遺伝子Ｚ１１の発現量は末期肺がんでわずかに上昇した。
【0199】
実施例６ ７０例尿液脱落細胞のインプリント遺伝子の解析
【0200】
本明細書において、泌尿器腫瘍患者の尿液から細胞サンプルを採取し、他の検出方法は実施例１と同じであり、検出結果は図１６（ａ）～図１６（ｂ），図１７ （ａ）～図１７（ｄ），図１８（ａ）～図１８（ｋ）に示す。
【0201】
本明細書において、図１６（ａ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１、インプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量は、１７％未満および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２％未満である場合、０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１７～２０％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２～３％である場合、Ｉ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２０～２５％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、３～７％である場合は、ＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２５～３０％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、７－１２％でＩＩＩ級インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、３０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は１２％を超える場合は、ＩＶ級である。
【0202】
本明細書において、図１６（ｂ）から分かるように、前記インプリント遺伝子Ｚ１６、インプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量は、１７％未満および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２％未満である場合、０級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は１７～２０％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、２～３％である場合、Ｉ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は２０～２５％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は３～７％である場合、ＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は、２５～３０％および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、７－１２％である場合、ＩＩＩ級であり、インプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量は３０％を超え、および／またはコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量は、１２％を超える場合は、ＩＶ級である。
【0203】
本明細書において、この７０例泌尿器腫瘍の尿液の脱落細胞サンプルを綜合的に解析した結果、以下のことが分かる。
【0204】
本明細書において、泌尿器腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量とコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はいずれもＩ級以下であった、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩ級、またはインプリント遺伝子Ｚ１およびＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子コピー数発現量はＩ級中のいずれか１つであると、良性腫瘍である。
【0205】
本明細書において、泌尿器腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のインプリント遺伝子コピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩ級であリ、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量はＩ級と１個のインプリント遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩ級であリ、インプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中に唯一１個のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩＩ級またはインプリント遺伝子Ｚ１またはＺ１６の中に唯一１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩ級中のいずれか１つであると、潜在性泌尿器がんである。
【0206】
本明細書において、泌尿器腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子発現量はＩＩ級および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量ＩＩ級と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩ級であり、インプリント遺伝子Ｚ１あるいはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級或はインプリント遺伝子Ｚ１あるいはＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩＩ級のいずれか１つであると、早期泌尿器がんである。
【0207】
本明細書において、泌尿器腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量はＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１及びＺ１６の中の１個のインプリント遺伝子のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発見量はＩＩＩ級と１個のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＩＩ級、インプリント遺伝子Ｚ１或はＺ１６の中の唯一１個のインプリント遺伝子のインプリント遺伝子の欠失遺伝子の発現量ＩＶ級あるいはインプリント遺伝子Ｚ１或はＺ１６の中の唯一１個の遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＶ級中のいずれか１つであると、中期泌尿器がんである。
【0208】
本明細書において、泌尿器腫瘍の良性、悪性度を判別した結果は、インプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のインプリント遺伝子欠失遺伝子の発現量ＩＶ級および／またはインプリント遺伝子Ｚ１とＺ１６の中の２個遺伝子のコピー数に異常があるインプリント遺伝子の発現量はＩＶ級、末期泌尿器がんである。
【0209】
本明細書において、図１７（ａ）～図１７（ｄ）から分かるように、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、Ｚ９、Ｚ１０、Ｚ１１、Ｚ１２、Ｚ１３、Ｚ１４、Ｚ１５、Ｚ１６各遺伝子は泌尿器がんに対する反応感度、または泌尿器がん発現に対してインプリンティング欠失の強度と状態は異なり、Ｚ１、Ｚ１６、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ１０は泌尿器がんに対して反応感度が高いである。
【0210】
【0211】
インプリント遺伝子Ｚ１のインプリンティング欠失は潜在性泌尿器がんの段階で現れ始め、早期泌尿器がん中で引き続き上昇し、中期、末期泌尿器がんで比較的高いレベルを維持している。インプリント遺伝子Ｚ１のコピー数異常は潜在性泌尿器がんの段階で迅速に上昇し、中期から末期の泌尿器がんの中で更に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ１６のインプリンティング欠失は早期泌尿器がんの中から現れ始め、中期、末期の泌尿器がんの中で明らかに増加しない、インプリント遺伝子Ｚ１６のコピー数異常は早期泌尿器がんの段階で現れし始め、泌尿器がんの進展に従い、次第に高いレベルまで上昇する。
【0212】
本明細書において、インプリント遺伝子Ｚ２のインプリンティング欠失は中期泌尿器がんの中から現れ始め、末期泌尿器がんの中で比較的に高いレベルに達した。インプリント遺伝子Ｚ２のコピー数異常は潜在性泌尿器がんの段階から現れ始め、泌尿器がんの進展に従い、次第に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ３のインプリンティング欠失は中期泌尿器がんの中から現れ始め、末期泌尿器がんの中で上昇し続くが、レベルは高くない。インプリント遺伝子Ｚ３のコピー数異常は潜在性泌尿器がんの段階から現れ始め、泌尿器がんの進展状況に従い、次第に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ１０のインプリンティング欠失は中期泌尿器がんの中から現れ始め、泌尿器がんの進展に従って次第に高いレベルまで上昇した。インプリント遺伝子Ｚ１０のコピー数異常は早期泌尿器がんの段階から現れ始め、泌尿器がんの進展に伴い徐々に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ４のインプリンティング欠失は中期泌尿器がんの中から現れ始め、末期泌尿器がんの中で上昇し続くが、レベルが高くないであり、インプリント遺伝子Ｚ４のコピー数異常は潜在性泌尿器がんの段階から現れ始め、がんの進展に伴い高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ５のインプリンティング欠失は中期泌尿器がんの中から現れ始めて、末期泌尿器がんの中で上昇し続くが、レベルは高くないであり、インプリント遺伝子Ｚ５のコピー数異常は潜在性泌尿器がんの段階から現れ始め、早期泌尿器がんの中で迅速に上昇し、中期、末期泌尿器がんの中で高いレベルを維持する。インプリント遺伝子Ｚ６のコピー数の異常は潜在性泌尿器がんの段階から現れ始め、末期がんの段階でから迅速に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ６のインプリンティング欠失は末期泌尿器がんの中で軽度上昇する。インプリント遺伝子Ｚ８とＺ９のインプリンティング欠失とコピー数異常は中期泌尿器がんの中から出現し始め、末期泌尿器がんで迅速に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ１５のコピー数の異常は中期泌尿器がんの中から現れ始め、末期泌尿器がんの中で迅速に高いレベルまで上昇する。インプリント遺伝子Ｚ１５のインプリンティング欠失は末期泌尿器がんの中で高いレベルまで上昇する。
【0213】
実施例７ 大腸鏡生検細胞のインプリント遺伝子の解析
【0214】
【0215】
本明細書において、図１９（ａ）～図１９（ｃ）から分かるように、図１９（ａ）は良性大腸ポリープ、図１９（ｂ）は悪性潜在性大腸がんであり、図１９（ｃ）は結腸がん・直腸がんで、がんの悪性度の増加に伴い、インプリンティング欠失細胞の割合とコピー数異常細胞の割合が次第に上昇している。
【0216】
実施例８ 膀胱鏡生検細胞のインプリント遺伝子の解析
【0217】
【0218】
本明細書において、図２０（ａ）－図２０（ｃ）から分かるように、図２０（ａ）は良性膀胱腫瘍、図２０（ｂ）は悪性潜在性膀胱腫瘍であり、図２０（ｂ）は膀胱がんであり、腫瘍の悪性度の増加に伴い、インプリンティング欠失遺伝子細胞割合とコピー数の異常細胞の割合が次第に上昇する。
【0219】
実施例９ 痰液脱落細胞のインプリント遺伝子解析
【0220】
【0221】
本明細書において、図２１（ａ）～図２１（ｂ）から分かるように、図２１（ａ）は良性肺腫瘍であり、図２１（ｂ）肺がんであり、腫瘍の悪性度の増加に伴い、インプリンティング欠失細胞割合とコピー数の異常細胞割合が次第に上昇する。
【0222】
実施例１０ 肝臓穿刺生検細胞サンプルのインプリント遺伝子の解析
【0223】
【0224】
本明細書において、図２２（ａ）－図２２（ｂ）から分かるように、図２２（ａ）は良性肝臓腫瘍、図２２（ｂ）は肝臓がん、腫瘍の悪性度の増加に伴い、インプリンティング欠失細胞割合とコピー数の異常細胞割合が次第に上昇する。
【0225】
実施例１１ 前立腺穿刺生検細胞のインプリント遺伝子の解析
【0226】
【0227】
本明細書において、図２３（ａ）～図２３（ｂ）から分かるように、図２３（ａ）は良性前立腺腫瘍、図２３（ｂ）は前立腺がん、腫瘍の悪性度の増加に伴い、インプリンティング欠失細胞割合とコピー数の異常細胞割合が次第に上昇した。
【0228】
実施例１２ リンパ節穿刺生検細胞のインプリント遺伝子の解析
【0229】
【0230】
本明細書において、図２４（ａ）－図２４（ｂ）から分かるように、図２４（ａ）未転移良性乳腺腫瘍近くの乳腺リンパ節に穿刺細胞であり、図２４（ｂ）転移した乳腺がん近くリンパ節に穿刺細胞であり、良性腫瘍の近くリンパ節中わずかのインプリンティング欠失細胞があり、コピー数異常のがん細胞を発見されていない。転移した乳がんの近くリンパ節中に大量なインプリンティング欠失とコピー数異常のがん細胞が存在している。
【0231】
実施例１３ 胸水細胞のインプリント遺伝子の解析
【0232】
【0233】
本明細書において、図２５（ａ）～図２５（ｂ）から分かるように、図２５（ａ）は良性肺腫瘍患者の胸水細胞であり、図２５（ｂ）は肺がん患者の胸水細胞であり、良性肺腫瘍患者の胸水には、わずかなインプリンティング欠失の細胞のみが存在し、コピー数異常のある癌細胞は見つかっていない、肺がん患者の胸水中には、大量なインプリンティング欠失とコピー数異常の癌細胞が多数存在する。
【0234】
実施例ｌ４ 大便脱落細胞のインプリント遺伝子の解析
【0235】
【0236】
本明細書において、図２６（ａ）～図２６（ｂ）から分かるように、図２６（ａ）は良性結腸腫瘍・直腸腫瘍であり、図２６（ｂ）は結腸がん・直腸がん、腫瘍の悪性度の増加に伴い、インプリンティング欠失遺伝子細胞割合とコピー数異常細胞割合が次第に上昇した。
【0237】
実施例１５ 血液細胞のインプリント遺伝子の解析
【0238】
【0239】
本明細書において、図２７（ａ）～図２７（ｂ）から分かるように、図２７（ａ）は健常者の血液細胞であり、図２７（ｂ）は白血病患者の血液細胞であり、健常者の血液中には、わずかなインプリンティング欠失の細胞が存在し、コピー数異常の細胞が現れず、白血病患者の血液中には大量なインプリンティング欠失とコピー数異常の細胞が存在する。
【0240】
要約すると、本発明前記方法は、甲状腺、乳腺、すい臓、前立腺、リンパ節細胞穿刺細胞サンプル、肺気管支擦り取る細胞サンプル、尿液、痰液、や大便、胸水細胞サンプルと大腸鏡、膀胱鏡穿刺生検細胞サンプルにおける、インプリンティング欠失の発現を直観的方法で示し、インプリント遺伝子のインサイチュ標識法により、インプリント（刷り込み）遺伝子の変化を客観的、直観的、早期、正確検出し、且つ定量的なモデルを提供でき、甲状腺腫瘍、乳腺腫瘍、すい臓腫瘍、肺腫瘍、肝臓腫瘍、結腸腫瘍・直腸腫瘍、泌尿器系腫瘍の早期診断に貢献した。
【0241】
本明細書において、発明者は、前記実施例で本発明の詳細方法を説明した上、本発明に限定されることを意味しているわけではない。つまり、本明細書が、本明細書に基づいて実施されなければならないことを意味するものではない。当技術分野の技術者は、本明細書に対するいかなる改良も、当出願製品、各原料の均等物による置換及び補助成分の添加、具体的な方式の選択なども、当申請の保護範囲及び公開範囲内にあることを明らかにすべきである。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6-1】
【図6-2】
【図7】
【図8】
【図9-1】
【図9-2】
【図10】
【図11-1】
【図11-2】
【図12-1】
【図12-2】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18-1】
【図18-2】
【図19】
【図20】
【図21】
【図22】
【図23】
【図24】
【図25】
【図26】
【図27】
【手続補正書】
【提出日】2023-12-28
【手続補正1】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項1】
生検サンプルを介してヒト被験者におけるがん存在の判定方法であって、
ヒト被験者から採取した生検サンプルから試験サンプルを得るステップと、
インプリント遺伝子Z1とインプリント遺伝子Z16のそれぞれの特異的なプローブを試験サンプルにハイブリダイゼーションすることステップと、
ここで、インプリント遺伝子Z1はGnas、インプリント遺伝子Z16はSnrpn/Snurfであり、プローブはそれぞれのインプリント遺伝子のイントロン内の配列にハイブリダイゼーションすることを特徴とし、
ハイブリダイゼーションを受けた試験サンプルを染色化学物質で染色し、染色された試験サンプルの顕微鏡画像を分析するステップと、
インプリント遺伝子の発現量に損失を伴うインプリント遺伝子の発現量、コピー数変異を伴うZ1およびZ16のインプリント遺伝子の発現量、およびインプリント遺伝子の総発現量を計算し、インプリント遺伝子の発現量を評価するステップと、
インプリント遺伝子の発現量に損失を伴うインプリント遺伝子の発現量とコピー数変異を伴うインプリント遺伝子の発現量の評価は、次の式によって計算されるステップと、
インプリント遺伝子の総発現量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常インプリント遺伝子の発現量=b/(b+c+d)×100%;
インプリント欠損を伴うインプリント遺伝子の発現量=c/(b+c+d)×100%;
コピー数異常を伴うインプリント遺伝子の発現量=d/(b+c+d)×100%;
ここで、"a"はヘマトキシリン染色後に細胞内にマークがない細胞核の数、"b"はヘマトキシリン染色後に細胞内に赤/茶色のマークが1つある細胞核の数、"c"はヘマトキシリン染色後に細胞内に赤/茶色のマークが２つある細胞核の数、"d"はヘマトキシリン染色後に細胞内に赤/茶色のマークが３つ以上ある細胞核の数であることを特徴とし、
を含むがん存在の判定方法。
ヒト被験者から採取した生検サンプルから試験サンプルを得るステップと、
インプリント遺伝子Z1とインプリント遺伝子Z16のそれぞれの特異的なプローブを試験サンプルにハイブリダイゼーションすることステップと、
ここで、インプリント遺伝子Z1はGnas、インプリント遺伝子Z16はSnrpn/Snurfであり、プローブはそれぞれのインプリント遺伝子のイントロン内の配列にハイブリダイゼーションすることを特徴とし、
ハイブリダイゼーションを受けた試験サンプルを染色化学物質で染色し、染色された試験サンプルの顕微鏡画像を分析するステップと、
インプリント遺伝子の発現量に損失を伴うインプリント遺伝子の発現量、コピー数変異を伴うZ1およびZ16のインプリント遺伝子の発現量、およびインプリント遺伝子の総発現量を計算し、インプリント遺伝子の発現量を評価するステップと、
インプリント遺伝子の発現量に損失を伴うインプリント遺伝子の発現量とコピー数変異を伴うインプリント遺伝子の発現量の評価は、次の式によって計算されるステップと、
インプリント遺伝子の総発現量=(b+c+d)/(a+b+c+d)×100%;
正常インプリント遺伝子の発現量=b/(b+c+d)×100%;
インプリント欠損を伴うインプリント遺伝子の発現量=c/(b+c+d)×100%;
コピー数異常を伴うインプリント遺伝子の発現量=d/(b+c+d)×100%;
ここで、"a"はヘマトキシリン染色後に細胞内にマークがない細胞核の数、"b"はヘマトキシリン染色後に細胞内に赤/茶色のマークが1つある細胞核の数、"c"はヘマトキシリン染色後に細胞内に赤/茶色のマークが２つある細胞核の数、"d"はヘマトキシリン染色後に細胞内に赤/茶色のマークが３つ以上ある細胞核の数であることを特徴とし、
を含むがん存在の判定方法。
【請求項2】
前記インプリント欠損を伴うインプリント遺伝子の発現量、コピー数異常を伴うインプリント遺伝子の発現量、およびインプリント遺伝子の総発現量は５段階に分類されることを特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記５段階は、前記インプリント欠損を伴うインプリント遺伝子の発現量、コピー数異常を伴うインプリント遺伝子の発現量、およびインプリント遺伝子Z1およびZ16のインプリント遺伝子の総発現量に基づいてそれぞれ分類されることと、
ここで、インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量、Z1およびZ16のコピー数異常を伴う発現量、およびZ1およびZ16の総発現量は下記５段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ1またはZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2％未満であるか、Z1およびZ16の総発現量が25％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1またはZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2～4％であるか、Z1およびZ16の総発現量が25～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：Z1またはZ16のインプリント欠損を伴う発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が4～8％であるか、Z1およびZ16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：Z1またはZ16のインプリント欠損を伴う発現量が25～35％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が8～12％であるか、Z1およびZ16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：Z1またはZ16のインプリント欠損を伴う発現量が35％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が12％を超えるか、Z1およびZ16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項２に記載の方法。
ここで、インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量、Z1およびZ16のコピー数異常を伴う発現量、およびZ1およびZ16の総発現量は下記５段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ1またはZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2％未満であるか、Z1およびZ16の総発現量が25％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1またはZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2～4％であるか、Z1およびZ16の総発現量が25～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：Z1またはZ16のインプリント欠損を伴う発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が4～8％であるか、Z1およびZ16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：Z1またはZ16のインプリント欠損を伴う発現量が25～35％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が8～12％であるか、Z1およびZ16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：Z1またはZ16のインプリント欠損を伴う発現量が35％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が12％を超えるか、Z1およびZ16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項２に記載の方法。
【請求項4】
甲状腺腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ1の発現量、コピー数異常を伴うZ1の発現量、およびZ1の総発現量は５段階に分類されることと、
０級:インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15% 未満であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が1.5%未満であるか、Z1の総発現量が40% 未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級:インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15～20% であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が 1.5～4%であるか、Z1の総発現量が 40～45%であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級:インプリント欠損を伴うZの発現量が2～30%であるか、コピー数異常を伴うZの発現量が4～8%であるか、Z1の総発現量が4 ～60%であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級:インプリント欠損を伴うZ1の発現量が30～40%であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が8～15%であるか、Z1の総発現量が60～65%であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が40％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が15％を超えるか、Z1の総発現量が65％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
および／または、
甲状腺腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ16の発現量、コピー数異常を伴うZ16の発現量、およびZ16の総発現量は5段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1.5％未満であるか、Z16の総発現量が30％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1.5～4％であるか、Z16の総発現量が30～35％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が20～30％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が4～8％であるか、Z16の総発現量が35～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が30～40％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が8～15％であるか、Z16の総発現量が50～55％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が40％を超えるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が15％を超えるか、Z16の総発現量が55％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
０級:インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15% 未満であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が1.5%未満であるか、Z1の総発現量が40% 未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級:インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15～20% であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が 1.5～4%であるか、Z1の総発現量が 40～45%であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級:インプリント欠損を伴うZの発現量が2～30%であるか、コピー数異常を伴うZの発現量が4～8%であるか、Z1の総発現量が4 ～60%であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級:インプリント欠損を伴うZ1の発現量が30～40%であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が8～15%であるか、Z1の総発現量が60～65%であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が40％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が15％を超えるか、Z1の総発現量が65％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
および／または、
甲状腺腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ16の発現量、コピー数異常を伴うZ16の発現量、およびZ16の総発現量は5段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1.5％未満であるか、Z16の総発現量が30％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1.5～4％であるか、Z16の総発現量が30～35％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が20～30％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が4～8％であるか、Z16の総発現量が35～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が30～40％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が8～15％であるか、Z16の総発現量が50～55％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が40％を超えるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が15％を超えるか、Z16の総発現量が55％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項5】
乳がんの場合、前記インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量、およびZ1およびZ16の総発現量は５段階に分類されること、
０級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が1％未満であるか、Z1およびZ16の総発現量が25％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が1～3％であるか、Z1およびZ16の総発現量が25～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が3～7％であるか、Z1およびZ16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が7～10％であるか、Z1およびZ16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が10％を超えるか、Z1およびZ16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
０級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が1％未満であるか、Z1およびZ16の総発現量が25％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が1～3％であるか、Z1およびZ16の総発現量が25～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が3～7％であるか、Z1およびZ16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が7～10％であるか、Z1およびZ16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が10％を超えるか、Z1およびZ16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項6】
膵臓腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量、およびZ1およびZ16の総発現量は５段階に分類されること、
０級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2％未満であるか、Z1およびZ16の総発現量が20％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2～4％であるか、Z1およびZ16の総発現量が20～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が4～8％であるか、Z1およびZ16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が8～12％であるか、Z1およびZ16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が12％を超えるか、Z1およびZ16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
０級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2％未満であるか、Z1およびZ16の総発現量が20％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2～4％であるか、Z1およびZ16の総発現量が20～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が4～8％であるか、Z1およびZ16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が8～12％であるか、Z1およびZ16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が12％を超えるか、Z1およびZ16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項7】
肺腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ1の発現量、コピー数異常を伴うZ1の発現量、およびZ1の総発現量は５段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が2％未満であるか、Z1の総発現量が30％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が2～4％であるか、Z1の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が4～8％であるか、Z1の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が8～12％であるか、Z1の総発現量が50～60％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が12％を超えるか、Z1の総発現量が60％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
および／または、
肺腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ16の発現量、コピー数異常を伴うZ16の発現量、およびZ16の総発現量は５段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が10％未満であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1％未満であるか、Z16の総発現量が25％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が10～15％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1～2％であるか、Z16の総発現量が25～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が2～5％であるか、Z16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が5～8％であるか、Z16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が25％を超えるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が8％を超えるか、Z16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
０級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が2％未満であるか、Z1の総発現量が30％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が2～4％であるか、Z1の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が4～8％であるか、Z1の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が8～12％であるか、Z1の総発現量が50～60％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1の発現量が12％を超えるか、Z1の総発現量が60％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
および／または、
肺腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ16の発現量、コピー数異常を伴うZ16の発現量、およびZ16の総発現量は５段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が10％未満であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1％未満であるか、Z16の総発現量が25％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が10～15％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が1～2％であるか、Z16の総発現量が25～30％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が15～20％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が2～5％であるか、Z16の総発現量が30～40％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が5～8％であるか、Z16の総発現量が40～50％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ16の発現量が25％を超えるか、コピー数異常を伴うZ16の発現量が8％を超えるか、Z16の総発現量が50％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項8】
尿路系腫瘍の場合、前記インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量、およびZ1およびZ16の総発現量は５段階に分類されることと、
０級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が17％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が17～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2～3％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が3～7％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が7～12％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が12％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
０級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が17％未満であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2％未満であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
I級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が17～20％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が2～3％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
II級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が20～25％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が3～7％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
III級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が25～30％であるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が7～12％であるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
IV級：インプリント欠損を伴うZ1およびZ16の発現量が30％を超えるか、コピー数異常を伴うZ1およびZ16の発現量が12％を超えるもののいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせ、
を特徴とする請求項１に記載の方法。
【請求項9】
前記試験サンプルが、吸引生検細胞、生検細胞、脱落細胞、血液サンプル、またはブラシ生検サンプルのいずれかまたは少なくとも２つの組み合わせを含むことを特徴とする請求項１に記載の方法。