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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2024044204
(43)【公開日】2024-04-02
(54)【発明の名称】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体
(51)【国際特許分類】
C12N 15/13 20060101AFI20240326BHJP
C07K 16/10 20060101ALI20240326BHJP
C12N 15/63 20060101ALI20240326BHJP
C12N 1/15 20060101ALI20240326BHJP
C12N 1/19 20060101ALI20240326BHJP
C12N 1/21 20060101ALI20240326BHJP
C12N 5/10 20060101ALI20240326BHJP
A61P 31/14 20060101ALI20240326BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20240326BHJP
G01N 33/569 20060101ALI20240326BHJP
C12P 21/08 20060101ALI20240326BHJP
【ＦＩ】
C12N15/13
C07K16/10 ZNA
C12N15/63 Z
C12N1/15
C12N1/19
C12N1/21
C12N5/10
A61P31/14
A61K39/395 S
G01N33/569 L
C12P21/08
【審査請求】未請求
【請求項の数】22
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2022149604
(22)【出願日】2022-09-20
【公序良俗違反の表示】
（特許庁注：以下のものは登録商標）
１．ＴＷＥＥＮ
【国等の委託研究の成果に係る記載事項】（出願人による申告）令和４年度、国立研究開発法人日本医療研究開発機構、生命科学・創薬研究支援基盤事業、「コムギ無細胞系とＡｉｒＩＤを基盤とした複合体生産・探索・解析技術の支援と高度化」委託研究開発、産業技術力強化法第１７条の適用を受ける特許出願
(71)【出願人】
【識別番号】305060567
【氏名又は名称】国立大学法人富山大学
(71)【出願人】
【識別番号】000236920
【氏名又は名称】富山県
(71)【出願人】
【識別番号】500409219
【氏名又は名称】学校法人関西医科大学
(74)【代理人】
【識別番号】100080791
【弁理士】
【氏名又は名称】高島 一
(74)【代理人】
【識別番号】100136629
【弁理士】
【氏名又は名称】鎌田 光宜
(74)【代理人】
【識別番号】100125070
【弁理士】
【氏名又は名称】土井 京子
(74)【代理人】
【識別番号】100121212
【弁理士】
【氏名又は名称】田村 弥栄子
(74)【代理人】
【識別番号】100174296
【弁理士】
【氏名又は名称】當麻 博文
(74)【代理人】
【識別番号】100137729
【弁理士】
【氏名又は名称】赤井 厚子
(74)【代理人】
【識別番号】100151301
【弁理士】
【氏名又は名称】戸崎 富哉
(74)【代理人】
【識別番号】100152308
【弁理士】
【氏名又は名称】中 正道
(74)【代理人】
【識別番号】100201558
【弁理士】
【氏名又は名称】亀井 恵二郎
(72)【発明者】
【氏名】小澤 龍彦
(72)【発明者】
【氏名】谷 英樹
(72)【発明者】
【氏名】池田 幸樹
(72)【発明者】
【氏名】橋口 隆生
【テーマコード（参考）】
4B064
4B065
4C085
4H045
【Ｆターム（参考）】
4B064AG27
4B064CA10
4B064CA19
4B064CC24
4B064DA01
4B065AA93X
4B065AB01
4B065AC14
4B065BA02
4B065CA25
4B065CA44
4C085AA14
4C085CC23
4C085EE01
4C085GG02
4C085GG03
4C085GG04
4C085GG05
4C085GG08
4H045AA11
4H045AA20
4H045AA30
4H045DA76
4H045EA22
4H045EA29
4H045FA72
4H045FA74
4H045GA26
(57)【要約】 （修正有）
【課題】ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合する新規で有効な抗体の提供。
【解決手段】以下の組み合わせの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有し，かつ，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合性断片を提供する：特定のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，２，３，ＣＤＲＬ１，２，及び３。
【選択図】なし
【解決手段】以下の組み合わせの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有し，かつ，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質に結合する抗体又はその抗原結合性断片を提供する：特定のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，２，３，ＣＤＲＬ１，２，及び３。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
以下のいずれかの組み合わせの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有し，かつ，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はＲＢＤに結合する抗体又はその抗原結合性断片：
（１）ＧＦＲＦＳＩＳＡ（配列番号２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号６）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号７）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３；
（２）ＧＦＴＦＳＩＳＡ（配列番号３０）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３１）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号３２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号３３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号３４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号３５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３。
（１）ＧＦＲＦＳＩＳＡ（配列番号２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号６）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号７）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３；
（２）ＧＦＴＦＳＩＳＡ（配列番号３０）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３１）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号３２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号３３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号３４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号３５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３。
【請求項2】
以下から選択されるいずれかの組み合わせの可変領域を有する抗体又はその抗原結合性断片：
（１）配列番号１６に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号１７に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ；
（２）配列番号３８に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号３９に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ。
（１）配列番号１６に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号１７に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ；
（２）配列番号３８に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号３９に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ。
【請求項3】
以下から選択されるいずれかの組み合わせの重鎖及び軽鎖を有する，請求項２に記載の抗体又はその抗原結合性断片：
（１）配列番号２２に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号２３に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖；
（２）配列番号４０に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号４１に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖。
（１）配列番号２２に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号２３に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖；
（２）配列番号４０に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号４１に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖。
【請求項4】
請求項１に記載の抗体の重鎖及び／若しくは軽鎖，又はそれらの抗原結合性断片のアミノ酸配列をコードする核酸分子。
【請求項5】
以下の群から選択されるいずれか１つのポリヌクレオチドを含有する，請求項４に記載の核酸分子：
（１）配列番号１４に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号１５に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号３６に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号３７に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド。
（１）配列番号１４に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号１５に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号３６に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号３７に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド。
【請求項6】
以下の群から選択されるいずれか１つのポリヌクレオチドを含有する，請求項４に記載の核酸分子：
（１）配列番号２６に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号２７に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号４２に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号４３に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド。
（１）配列番号２６に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号２７に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号４２に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号４３に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド。
【請求項7】
請求項４～６のいずれか１項に記載の核酸分子を有するベクター。
【請求項8】
請求項７に記載のベクターを有する宿主細胞。
【請求項9】
請求項８に記載の宿主細胞を培養することを含む，請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片の製造方法。
【請求項10】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質又はＲＢＤとＡＣＥ２との結合を阻害するための，請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
【請求項11】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の細胞への侵入を阻害するための，請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
【請求項12】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と結合させるための，請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
【請求項13】
請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する，医薬組成物。
【請求項14】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染に基づく疾患の治療用又は予防用である，請求項１３に記載の医薬組成物。
【請求項15】
請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する，診断用組成物。
【請求項16】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の診断用である，請求項１５に記載の診断用組成物。
【請求項17】
請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用組成物。
【請求項18】
前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が，ＲＢＤにおける，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈの変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である，請求項１０～１７のいずれか１項に記載の組成物。
【請求項19】
請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用キット。
【請求項20】
イムノクロマト又はＥＬＩＳＡである，請求項１９に記載の検出用キット。
【請求項21】
サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法であって：
前記サンプルと請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合した，前記サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出すること，及び，
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出されたサンプルについてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が存在すると判定することを含む方法。
前記サンプルと請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合した，前記サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出すること，及び，
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出されたサンプルについてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が存在すると判定することを含む方法。
【請求項22】
被験者のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染を判定する方法であって，
被験者由来のサンプルと請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，及び，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出された，前記サンプルが由来する被験者を，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると判定することを含む方法。
被験者由来のサンプルと請求項１に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，及び，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出された，前記サンプルが由来する被験者を，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると判定することを含む方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は，新型コロナウイルスＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，特にオミクロン株のスパイクタンパク質に結合する抗体及びその抗原結合性断片に関する。
【背景技術】
【0002】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は，２０１９年末に中国の武漢で初めて報告され，その後中国全土，さらには世界中に広く拡大したコロナウイルスの一種である。ＣＯＶＩＤ－１９と呼ばれるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症は，患者のほとんどおいて軽度から中等度の症状である一方で，一部の患者においては重症化して死亡に至るという特徴を有する。現在までに，ワクチンが開発及び承認され，各国で接種が始まっているが，ワクチン接種後の感染事例も報告されており（非特許文献１），ワクチンが完全にウイルス感染を抑制するわけではないと考えられている。
【0003】
ワクチンの開発と並行して，ＣＯＶＩＤ－１９治療薬の開発も進められており，治療用抗体についても報告されている（特許文献１）。本発明者らはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤ（Ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｂｉｎｄｉｎｇ ｄｏｍａｉｎ）とホスト側のＡＣＥ２（Ａｎｇｉｏｔｅｎｓｉｎ－ｃｏｎｖｅｒｔｉｎｇ ｅｎｚｙｍｅ ２）との結合を阻害することができ，高い中和活性を有するＩＧＨＶ１－５８パブリック抗体であるＵＴ２８Ｋ抗体（以下，単にＵＴ２８Ｋとも称する）を開発し，報告している（非特許文献２）。しかし，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２には複数の変異株が報告されており，中和抗体耐性の株も出現している。特にオミクロン株に対して強い効果を有する治療用抗体が求められている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
【特許文献1】国際公開ＷＯ２０２１／０４５８３６号
【非特許文献】
【0005】
【非特許文献1】Ｊｏｃｅｌｙｎ Ｋｅｅｈｎｅｒ， Ｍ．Ｄ．ら，Ｔｈｅ Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ；Ｍａｒｃｈ ２３， ２０２１ ＤＯＩ： １０．１０５６／ＮＥＪＭｃ２１０１９２７
【非特許文献2】Ｏｚａｗａ， Ｔａｔｓｕｈｉｋｏら，ＭＡｂｓ． ２０２２ Ｊａｎ－Ｄｅｃ；１４（１）：２０７２４５５
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0006】
本発明は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に対する抗体（以下，「抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体」という）であって，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質に結合し，特には，感染・伝播性の増加や抗原性の変化が懸念されるＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の変異株に結合することで，それらのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とＡＣＥ２との結合を阻害する抗体，又はそれらのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の細胞内への侵入を阻害する抗体を提供することを課題とする。特にオミクロン株に対しても強い中和活性を有する抗体を提供することを課題とする。
【課題を解決するための手段】
【0007】
高い中和活性を有するＵＴ２８ＫとＲＢＤの立体構造解析（非特許文献２）により，ＵＴ２８Ｋの重鎖ＣＤＲ２（ＨＣＤＲ２）に位置するＳ５５とＮ５７が，ＲＢＤのＱ４９３と水素結合を形成していることが明らかになっている（図１）。オミクロン株では，Ｑ４９３がＲに変異することで，水素結合の喪失とＨＣＤＲ２のＳ５５，Ｎ５７と立体的な障害がおこり，Ｑ４９３Ｒと結合できなくなり，その結果，ＵＴ２８Ｋのオミクロン株に対する中和活性が弱くなることが示唆されている（非特許文献２）。そこで，本発明者らは，ＨＣＤＲ２のＳ５５及びＮ５７を改変させることで，オミクロン株に対する活性が回復できないかと考えた。
【0008】
また，本発明者らは，ＨＣＤＲ２のＳ５５及びＮ５７以外の部位の改変についても解析を進めた結果，オミクロン変異株に対しても強い中和活性を有し，かつ感染抑制効果を有する抗体を見出すことに成功した。
【0009】
よって，本発明は，オミクロン変異株に対しても強い中和活性を有し，かつ感染抑制効果を有する抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２抗体又はその抗原結合性断片及び当該抗体を有効成分として含有する治療薬，診断薬，及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用組成物等に関する。
即ち，本発明は，以下を提供する。
［１］以下のいずれかの組み合わせの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有し，かつ，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はＲＢＤに結合する抗体又はその抗原結合性断片：
（１）ＧＦＲＦＳＩＳＡ（配列番号２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号６）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号７）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３；
（２）ＧＦＴＦＳＩＳＡ（配列番号３０）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３１）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号３２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号３３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号３４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号３５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３。
［２］以下から選択されるいずれかの組み合わせの可変領域を有する抗体又はその抗原結合性断片：
（１）配列番号１６に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号１７に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ；
（２）配列番号３８に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号３９に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ。
［３］以下から選択されるいずれかの組み合わせの重鎖及び軽鎖を有する，上記［２］に記載の抗体又はその抗原結合性断片：
（１）配列番号２２に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号２３に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖；
（２）配列番号４０に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号４１に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖。
［４］上記［１］に記載の抗体の重鎖及び／若しくは軽鎖，又はそれらの抗原結合性断片のアミノ酸配列をコードする核酸分子。
［５］以下の群から選択されるいずれか１つのポリヌクレオチドを含有する，上記［４］に記載の核酸分子：
（１）配列番号１４に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号１５に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号３６に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号３７に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド。
即ち，本発明は，以下を提供する。
［１］以下のいずれかの組み合わせの相補性決定領域（ＣＤＲ）を有し，かつ，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質又はＲＢＤに結合する抗体又はその抗原結合性断片：
（１）ＧＦＲＦＳＩＳＡ（配列番号２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号６）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号７）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３；
（２）ＧＦＴＦＳＩＳＡ（配列番号３０）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ１，
ＩＶＶＧＳＧＤＴ（配列番号３１）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ２，及び
ＡＡＰＹＣＧＧＤＣＳＤＧＦＤＩ（配列番号３２）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＨ３，並びに，
ＱＳＶＳＳＳＹ（配列番号３３）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ１，
ＧＡＳ（配列番号３４）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ２，及び
ＱＱＹＧＮＳＰＷＴ（配列番号３５）のアミノ酸配列からなるＣＤＲＬ３。
［２］以下から選択されるいずれかの組み合わせの可変領域を有する抗体又はその抗原結合性断片：
（１）配列番号１６に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号１７に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ；
（２）配列番号３８に記載されたアミノ酸配列を有するＶＨ，及び，配列番号３９に記載されたアミノ酸配列を有するＶＬ。
［３］以下から選択されるいずれかの組み合わせの重鎖及び軽鎖を有する，上記［２］に記載の抗体又はその抗原結合性断片：
（１）配列番号２２に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号２３に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖；
（２）配列番号４０に記載されたアミノ酸配列を有する重鎖，及び，配列番号４１に記載されたアミノ酸配列を有する軽鎖。
［４］上記［１］に記載の抗体の重鎖及び／若しくは軽鎖，又はそれらの抗原結合性断片のアミノ酸配列をコードする核酸分子。
［５］以下の群から選択されるいずれか１つのポリヌクレオチドを含有する，上記［４］に記載の核酸分子：
（１）配列番号１４に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号１５に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号３６に記載のヌクレオチド配列を有するＶＨをコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号３７に記載のヌクレオチド配列を有するＶＬをコードするポリヌクレオチド。
【0010】
［６］以下の群から選択されるいずれか１つのポリヌクレオチドを含有する，上記［４］に記載の核酸分子：
（１）配列番号２６に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号２７に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号４２に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号４３に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド。
［７］上記［４］～［６］のいずれかに記載の核酸分子を有するベクター。
［８］上記［７］に記載のベクターを有する宿主細胞。
［９］上記［８］に記載の宿主細胞を培養することを含む，上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片の製造方法。
［１０］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質又はＲＢＤとＡＣＥ２との結合を阻害するための，上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
（１）配列番号２６に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号２７に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド；
（２）配列番号４２に記載のヌクレオチド配列を有する重鎖をコードするポリヌクレオチド，及び／又は，配列番号４３に記載のヌクレオチド配列を有する軽鎖をコードするポリヌクレオチド。
［７］上記［４］～［６］のいずれかに記載の核酸分子を有するベクター。
［８］上記［７］に記載のベクターを有する宿主細胞。
［９］上記［８］に記載の宿主細胞を培養することを含む，上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片の製造方法。
［１０］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクタンパク質又はＲＢＤとＡＣＥ２との結合を阻害するための，上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
【0011】
［１１］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の細胞への侵入を阻害するための，上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
［１２］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と結合させるための，上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
［１３］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する，医薬組成物。
［１４］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染に基づく疾患の治療用又は予防用である，上記［１３］に記載の医薬組成物。
［１５］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する，診断用組成物。
［１２］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２と結合させるための，上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する組成物。
［１３］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する，医薬組成物。
［１４］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の感染に基づく疾患の治療用又は予防用である，上記［１３］に記載の医薬組成物。
［１５］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する，診断用組成物。
【0012】
［１６］ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２感染症の診断用である，上記［１５］に記載の診断用組成物。
［１７］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用組成物。
［１８］前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が，ＲＢＤにおける，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈの変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である，上記［１０］～［１７］のいずれかに記載の組成物。
［１９］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用キット。
［２０］イムノクロマト又はＥＬＩＳＡである，上記［１９］に記載の検出用キット。
［１７］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用組成物。
［１８］前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が，ＲＢＤにおける，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈの変異を有するＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２である，上記［１０］～［１７］のいずれかに記載の組成物。
［１９］上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片を含有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２検出用キット。
［２０］イムノクロマト又はＥＬＩＳＡである，上記［１９］に記載の検出用キット。
【0013】
［２１］サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の検出方法であって：
前記サンプルと上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合した，前記サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出すること，及び，
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出されたサンプルについてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が存在すると判定することを含む方法。
［２２］被験者のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染を判定する方法であって，
被験者由来のサンプルと上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，及び，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出された，前記サンプルが由来する被験者を，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると判定することを含む方法。
前記サンプルと上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合した，前記サンプル中のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を検出すること，及び，
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出されたサンプルについてＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が存在すると判定することを含む方法。
［２２］被験者のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２への感染を判定する方法であって，
被験者由来のサンプルと上記［１］に記載の抗体又はその抗原結合性断片とを接触させること，及び，
前記抗体又はその抗原結合性断片と結合したＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が検出された，前記サンプルが由来する被験者を，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に感染していると判定することを含む方法。
【図面の簡単な説明】
【0014】
【図1】ＵＴ２８ＫとＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（野生型，オミクロン株）のＲＢＤの立体構造解析を示す図である。ＵＴ２８Ｋの重鎖ＣＤＲ２（ＨＣＤＲ２）に位置するＳ５５とＮ５７が，野生型ＲＢＤのＱ４９３と水素結合を形成するが，オミクロン株では，Ｑ４９３がＲに変異することで，水素結合の喪失とＨＣＤＲ２のＳ５５，Ｎ５７と立体的な障害がおこり，Ｑ４９３Ｒと結合できなくなる。
【図2-1】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体（改変ＵＴ２８Ｋ）のＲＢＤ（野生型，オミクロン株）に対する結合活性をＥＬＩＳＡで評価した結果を示す図（結合活性の一覧表）である。〇×は，各変異の有無を示す。各数値は，吸光度４５０ｎｍの測定値を示す。
【図2-2】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体（改変ＵＴ２８Ｋ）のＲＢＤ（野生型，オミクロン株）に対する結合活性をＥＬＩＳＡで評価した結果を示すグラフである。横軸は抗体の種類を，縦軸は吸光度４５０ｎｍの測定値を示す。測定はトリプリケートウェルを用い平均値±標準偏差を求めた。
【図2-3】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体（改変ＵＴ２８Ｋ）のＲＢＤ（野生型，オミクロン株）に対する濃度依存的な結合活性をＥＬＩＳＡで評価した結果を示すグラフである。横軸は抗体の濃度（ｐＭ）を，縦軸は吸光度４５０ｎｍの測定値を示す。測定はトリプリケートウェルを用い平均値±標準偏差を求めた。－●－はＵＴ２８Ｋ抗体の野生型ＲＢＤに対する結合活性を，－〇－はＵＴ２８Ｋ抗体のオミクロン株ＲＢＤに対する結合活性を，・・・▲・・・はＵＴ２８Ｋ－Ｄ抗体の野生型ＲＢＤに対する結合活性を，・・・△・・・はＵＴ２８Ｋ－Ｄ抗体のオミクロン株ＲＢＤに対する結合活性を，それぞれ示す。
【図3】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体（改変ＵＴ２８Ｋ）による，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質とＡＣＥ２との結合阻害実験の結果を示すグラフである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質とＡＣＥ２との結合を，各抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体が阻害するか否かを，ＥＬＩＳＡにて検証した。横軸は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体の濃度（ｎＭ），縦軸は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体非存在下で測定された吸光度の値を１００とした場合の各抗体存在下における吸光度の値の割合（％）の逆数（阻害％）を示している。測定はトリプリケートウェルを用い平均値±標準偏差を求めた。
【図4】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体（改変ＵＴ２８Ｋ）のＲＢＤ（野生型，オミクロン株）に対する結合活性をＥＬＩＳＡで評価した結果を示す図（結合活性の一覧表）である。〇×は，各変異の有無を示す。各数値は，吸光度４５０ｎｍの測定値を示す。
【図5】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体（改変ＵＴ２８Ｋ）による，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質とＡＣＥ２との結合阻害実験の結果を示すグラフである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質とＡＣＥ２との結合を，各抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体が阻害するか否かを，ＥＬＩＳＡにて検証した。横軸は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体の濃度（ｎＭ），縦軸は抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体非存在下で測定された吸光度の値を１００とした場合の各抗体存在下における吸光度の値の割合（％）の逆数（阻害％）を示している。測定はトリプリケートウェルを用い平均値±標準偏差を求めた。
【図6】抗ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ抗体（改変ＵＴ２８Ｋ）のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（武漢型，オミクロン株）感染及び産生に与える影響を調べた結果を示すグラフである。縦軸はウイルス産生量（％）を示し，横軸は抗体濃度（ｎｇ／ｍｌ）を示す（ｎ＝３）。
【発明を実施するための形態】
【0015】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２（Ｓｅｖｅｒｅ ａｃｕｔｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅ ｃｏｒｏｎａｖｉｒｕｓ ２）は，中国武漢で発生した肺炎の原因ウイルス（当初の名称は２０１９－ｎＣｏＶ）として報告された（Ｚｈｏｕ，Ｐ．ら， Ｎａｔｕｒｅ ５７９，２７０－２７３（２０２０）．及びＷｕ，Ｆ．ら，Ｎａｔｕｒｅ ５７９，２６５－２６９（２０２０）．）コロナウイルスであり，最初に見つかった武漢型のゲノムが解析され，報告されている（ＮＣＢＩ Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ：ＮＣ＿０４５５１２．２）。本明細書において，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質（スパイク）は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＳタンパク質として報告されている１２７３アミノ酸（配列番号１）（うち１～１３番目はシグナル配列）からなるタンパク質から構成され，Ｓ１（１４～６８５番目）とＳ２（６８６～１２７３番目）の二つのサブユニットからなる（Ｌａｎ， Ｊ．ら，Ｎａｔｕｒｅ ５８１，２１５－２２０（２０２０）；Ｈｕａｎｇ，Ｙ．ら，Ａｃｔａ Ｐｈａｒｍａｃｏｌ Ｓｉｎ ４１，１１４１－１１４９（２０２０）参照）。本明細書における「スパイク」は，好ましくは，スパイクタンパク質全長を意味し，かつ／又はスパイクタンパク質の三量体を意味してもよい。受容体結合ドメイン（ＲＢＤ）は，Ｓ１サブユニットに含まれる３１９～５４１番目のアミノ酸からなる部分または同部分からなるペプチドを意味する。また，Ｎ末端ドメイン（ＮＴＤ）は，１４～３０５番目のアミノ酸からなる部分又は同部分からなるペプチドを意味する。本明細書における変異の記載において，アミノ酸の位置はこのＳタンパク質におけるアミノ酸の位置を示す。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は，脂質二重層と外膜タンパク質からなるエンベロープウイルスである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２はエンベロープに存在するスパイクタンパク質（Ｓタンパク質）が細胞膜上のＡＣＥ２受容体に結合したあと，ヒトの細胞への侵入を開始する。Ｓタンパク質はヒト細胞由来のプロテアーゼによりＳ１とＳ２に切断される。その後，Ｓ１が受容体であるＡＣＥ２受容体に結合し，もう一方の断片Ｓ２はヒト細胞表面のセリンプロテアーゼであるＴＭＰＲＳＳ２（ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅａｓｅ， ｓｅｒｉｎｅ ２）で切断されて膜融合が進行する。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は，脂質二重層と外膜タンパク質からなるエンベロープウイルスである。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２はエンベロープに存在するスパイクタンパク質（Ｓタンパク質）が細胞膜上のＡＣＥ２受容体に結合したあと，ヒトの細胞への侵入を開始する。Ｓタンパク質はヒト細胞由来のプロテアーゼによりＳ１とＳ２に切断される。その後，Ｓ１が受容体であるＡＣＥ２受容体に結合し，もう一方の断片Ｓ２はヒト細胞表面のセリンプロテアーゼであるＴＭＰＲＳＳ２（ｔｒａｎｓｍｅｍｂｒａｎｅ ｐｒｏｔｅａｓｅ， ｓｅｒｉｎｅ ２）で切断されて膜融合が進行する。
【0016】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２には，最初に見つかった武漢型の他，多くの変異型が報告されており（例えば，Ｉｓｌａｍ，Ｍ．Ｒ．ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉ Ｒｅｐ；１０：１４００４（２０２０）．参照），かつ，データベースも存在する（例えば，ｈｔｔｐｓ：／／ｎｅｘｔｓｔｒａｉｎ．ｏｒｇ／ｓａｒｓ－ｃｏｖ－２／など）。本明細書における抗体が結合する，スパイク又はＲＢＤは，武漢型の他，これらにおいて報告された変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が有するものであってもよい。「変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２について報告されている変異であればいかなる変異を有していてもよく，例えば，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクにおける変異，特にはＲＢＤにおける変異が挙げられる。本明細書において「変異型スパイク」とは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイクにおける変異を有するスパイクを意味し，「変異型ＲＢＤ」とは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＲＢＤにおける変異を有するＲＢＤを意味する。例えば，２０Ｂ／５０１Ｙ．Ｖ１，ＶＯＣ ２０２０１２／０１又はＢ．１．１．７系統として知られるＡｌｐｈａ株（いわゆる英国型変異株）では，スパイクにおける，Ｈ６９欠損，Ｖ７０欠損，Ｙ１４４欠損，Ｎ５０１Ｙ，Ａ５７０Ｄ，Ｄ６１４Ｇ，Ｐ６８１Ｈ，Ｔ７１６Ｉ，Ｓ９８２Ａ，及びＤ１１１８Ｈの変異が報告されている。また，２０Ｃ／５０１Ｙ．Ｖ２又はＢ．１．３５１系統として知られるＢｅｔａ株（いわゆる南アフリカ型変異株）では，Ｌ１８Ｆ，Ｄ８０Ａ，Ｄ２１５Ｇ，Ｌ２４２欠損，Ａ２４３欠損，Ｌ２４４欠損，Ｒ２４６Ｉ，Ｋ４１７Ｎ，Ｅ４８４Ｋ，Ｎ５０１Ｙ，Ｄ６１４Ｇ，Ａ７０１Ｖの変異が報告されている。また，２０J／５０１Ｙ．Ｖ３系統として知られるＧａｍｍａ株（いわゆるブラジル型変異株）では，スパイクにおける，Ｌ１８Ｆ，Ｋ４１７Ｔ，Ｅ４８４Ｋ，Ｎ５０１Ｙ，Ｈ６５５Ｙの変異が報告されている。また，２０Ｃ／Ｓ．４５２Ｒ又はＢ．１．４２７／９系統として知られるＥｐｓｉｌｏｎ株（いわゆるカリフォルニア型変異株）では，スパイクにおける，Ｌ４５２Ｒ，Ｄ６１４Ｇの変異が報告されている。また，Ｂ．１．６１７．１系統として知られるＫａｐｐａ株及びＢ．１．６１７．２系統として知られるＤｅｌｔａ株（いわゆるインド型変異株）では，スパイクにおける，Ｇ１４２Ｄ，Ｅ１５４Ｋ，Ｌ４５２Ｒ，Ｅ４８４Ｑ，Ｄ６１４Ｇ，Ｐ６８１Ｒ，及びＱ１０７１Ｈ（以上，Ｂ１．６１７．１系統），あるいは，Ｔ１９Ｒ，Ｇ１４２Ｄ，１５７／１５８欠損，Ｌ４５２Ｒ，Ｔ４７８Ｋ，Ｄ６１４Ｇ，Ｐ６８１Ｒ，及びＤ９５０Ｎ（Ｂ．１．６１７．２系統）の変異が報告されている。更に，Ｂ．１．１．５２９系統として知られるＯｍｉｃｒｏｎ株（オミクロン株）では，スパイクにおける，例えばＧ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈの変異が報告されている。
【0017】
本明細書における変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が有する変異は，これらの変異株において報告されている全て若しくは一部の変異，又はこれらの変異株において報告された変異から選択された任意の２種類以上の組み合わせの変異であってもよい。すなわち，本明細書における変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は，例えば，Ｌ１８Ｆ，Ｔ１９Ｒ，Ｈ６９欠損，Ｖ７０欠損，Ｄ８０Ａ，Ｇ１４２Ｄ，Ｙ１４４欠損，Ｅ１５４Ｋ，１５７欠損，１５８欠損，Ｄ２１５Ｇ，Ｌ２４２欠損，Ａ２４３欠損，Ｌ２４４欠損，Ｒ２４６Ｉ，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｋ４１７Ｔ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｌ４５２Ｒ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｅ４８４Ｋ，Ｅ４８４Ｑ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，Ｙ５０５Ｈ，Ａ５７０Ｄ，Ｄ６１４Ｇ，Ｈ６５５Ｙ，Ｐ６８１Ｈ，Ｐ６８１Ｒ，Ａ７０１Ｖ，Ｔ７１６Ｉ，Ｄ９５０Ｎ，Ｓ９８２Ａ，Ｑ１０７１Ｈ，及びＤ１１１８Ｈから選択される１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，５種類又はそれ以上，６種類又はそれ以上，７種類又はそれ以上，８種類又はそれ以上，９種類又はそれ以上，１０種類又はそれ以上，１１種類又はそれ以上，１２種類又はそれ以上，１３種類又はそれ以上，１４種類又はそれ以上，あるいは１５種類又はそれ以上の変異を有していてもよい。
【0018】
一例において，本明細書における変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は，変異型ＲＢＤを有していてもよく，例えば，ＲＢＤにおける，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｋ４１７Ｔ，Ｎ４３９Ｋ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｌ４５２Ｒ，Ａ４７５Ｖ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｅ４８４Ｋ，Ｅ４８４Ｑ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈから選択される１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，５種類又はそれ以上，６種類又はそれ以上，７種類又はそれ以上，８種類又はそれ以上，９種類又はそれ以上，１０種類又はそれ以上，１１種類又はそれ以上，１２種類又はそれ以上，１３種類又はそれ以上，１４種類又はそれ以上，あるいは１５種類又はそれ以上の変異を有する。変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が有する変異の一例としては，ＲＢＤにおける，Ｋ４１７Ｎ，Ｅ４８４Ｋ，及びＮ５０１Ｙ変異；Ｎ４３９Ｋ変異；Ｎ４４０Ｋ変異；Ａ４７５Ｖ変異；Ｅ４８４Ｋ変異；Ｎ５０１Ｙ変異；Ｌ４５２Ｒ変異；Ｌ４５２Ｒ及びＥ４８４Ｑ変異；Ｋ４１７Ｔ，Ｅ４８４Ｋ，及びＮ５０１Ｙ変異；Ｌ４５２Ｒ及びＴ４７８Ｋ変異；及び，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈ変異である。
【0019】
本明細書全体にわたって，「ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２」の語は，そのように解することが不適合である場合を除き，武漢型（非変異）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２及び上述の変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２から選択されるいずれか，または，これらから選択される複数のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を意味してもよい。例えば，本明細書における，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は，武漢型，Ａｌｐｈａ株，Ｂｅｔａ株，Ｇａｍｍａ株，Ｅｐｓｉｌｏｎ株，Ｋａｐｐａ株，Ｄｅｌｔａ株，及びＯｍｉｃｒｏｎ株から選択される，１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，５種類又はそれ以上，あるいは，６種類又はそれ以上であってもよく，あるいは，これらの全てを意味していてもよい。
【0020】
一態様において，本発明の抗体は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク，ＮＴＤ，及びＲＢＤの少なくとも一つと特異的に結合し，より好ましくは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク及び／又はＲＢＤと特異的に結合し，更に好ましくは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤと特異的に結合する。ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクの中でＲＢＤが細胞との結合に重要であることが報告されている（Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０２０）Ｖｏｌ．３６７，Ｉｓｓｕｅ６４８３，ｐｐ．１２６０－１２６３，及びＳｃｉｅｎｃｅ（２０２０）Ｖｏｌ．３６９，Ｉｓｓｕｅ６５０４，ｐｐ．６５０－６５５参照）。本明細書において，ＲＢＤに結合するとは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク中のＲＢＤ部分に結合することを意味してもよいし，ＲＢＤを構成するアミノ酸配列からなるペプチドに結合することを意味してもよい。
【0021】
本発明の抗体は，スパイク（好ましくは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ）と特異的に結合する。本明細書において，抗体又はその免疫反応性断片（抗原結合性断片）が「特異的に」結合する（認識する）とは，その抗体又はその抗原結合性断片が他のタンパク質やペプチドに対する親和性よりも，特定された抗原（例えば，スパイク又はＲＢＤ）に対して実質的に高い親和性で結合することを意味する。ここで，「実質的に高い親和性で結合する」とは，所望の測定装置又は方法によって，目的とする特定のタンパク質やペプチドを他のタンパク質やペプチドから区別して検出することが可能な程度に高い親和性を意味する。例えば，実質的に高い親和性は，ＥＬＩＳＡ又はＥＩＡにより検出された強度（例えば，蛍光強度）として，３倍以上，４倍以上，５倍以上，６倍以上，７倍以上，８倍以上，９倍以上，１０倍以上，２０倍以上，３０倍以上，４０倍以上，５０倍以上，１００倍以上であることを意味していてもよい。
【0022】
ある態様において，本発明の抗体は，変異型スパイク及び／又は変異型ＲＢＤ（好ましくはＲＢＤ，本段落において，以下同様）と特異的に結合する。また，好ましくは，本発明の抗体は，これらの変異型スパイク及び／又は変異型ＲＢＤと結合し，かつ，武漢型（非変異型，野生型とも称する）ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のスパイク及び／又はＲＢＤとも結合する。更に，本発明の抗体は，異なる変異パターンを有する複数種類の変異型スパイク及び／又は変異型ＲＢＤと結合してもよい。
【0023】
本明細書において，「異なる変異パターンを有する」とは，２種類以上のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤがそれぞれ異なる変異を有することを意味する。ここで，「異なる変異」とは，変異部位及び／又は変異後のアミノ酸が異なることを意味する。２種類のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤの少なくとも一方が複数の変異を有する場合，それらが共通する変異を有していても，それらの２種類の間で変異部位及び／又は変異後のアミノ酸が異なる変異が存在する場合には，異なる変異パターンを有すると解される。
【0024】
例えば，本抗体は，武漢型；Ｋ４１７Ｎ，Ｅ４８４Ｋ，及びＮ５０１Ｙ変異型；Ｎ４３９Ｋ変異型；Ｎ４４０Ｋ変異型；Ａ４７５Ｖ変異型；Ｅ４８４Ｋ変異型；Ｎ５０１Ｙ変異型；Ｌ４５２Ｒ変異型；Ｌ４５２Ｒ及びＥ４８４Ｑ変異型；Ｋ４１７Ｔ，Ｅ４８４Ｋ，及びＮ５０１Ｙ変異型；Ｌ４５２Ｒ及びＴ４７８Ｋ変異型；及び，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈ変異型のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤから選択される１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，５種類又はそれ以上，６種類又はそれ以上，７種類又はそれ以上，あるいは全てに結合してもよい。これに加えて，本発明の抗体は，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｋ４１７Ｔ，Ｎ４３９Ｋ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｌ４５２Ｒ，Ａ４７５Ｖ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｅ４８４Ｋ，Ｅ４８４Ｑ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈから選択される１種類又はそれ以上の変異を有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤの，１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，５種類又はそれ以上，６種類又はそれ以上，あるいは７種類又はそれ以上に結合してもよい。あるいは，本発明の抗体は，上述の武漢型，Ａｌｐｈａ株，Ｂｅｔａ株，Ｇａｍｍａ株，Ｅｐｓｉｌｏｎ株，Ｋａｐｐａ株，Ｄｅｌｔａ株，及びＯｍｉｃｒｏｎ株から選択される１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，又は全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤに結合してもよい。
【0025】
本発明の抗体のこれらの変異株又は変異型ＲＢＤへの結合力は，好ましくは武漢型と同程度である。例えば，本抗体の，Ｋ４１７Ｎ，Ｅ４８４Ｋ，及びＮ５０１Ｙ変異；Ｎ４３９Ｋ変異；Ｎ４４０Ｋ変異；Ａ４７５Ｖ変異；Ｅ４８４Ｋ変異；Ｎ５０１Ｙ変異；Ｌ４５２Ｒ変異；Ｌ４５２Ｒ及びＥ４８４Ｑ変異；Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈ変異を有するＲＢＤ（以下，それぞれ，「ＲＢＤ Ｋ４１７Ｎ，Ｅ４８４Ｋ，Ｎ５０１Ｙ」，「ＲＢＤ Ｎ４３９Ｋ」，「ＲＢＤ Ｎ４４０Ｋ」，「ＲＢＤ Ａ４７５Ｖ」，「ＲＢＤ Ｅ４８４Ｋ」，「ＲＢＤ Ｎ５０１Ｙ」，「ＲＢＤ Ｌ４５２Ｒ」，「ＲＢＤ Ｌ４５２Ｒ，Ｅ４８４Ｑ」，「ＲＢＤ Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈ」という）への結合は，武漢型（ＷＴ）ＲＢＤへの結合に対して，好ましくは９０％以上，９１％以上，９２％以上，９３％以上，９４％以上，９５％以上，９６％以上，９７％以上，９８％以上，９９％以上、若しくは１００％，又は１００％以上であってもよい。
【0026】
本明細書において，被検抗体が，スパイク又はＲＢＤと「結合する（認識する）」か否かは，結合を調べようとするスパイク及びＲＢＤへの当該被検抗体の結合を以下の方法により測定することにより行うことができる。抗体とタンパク質又はペプチドとの結合の測定方法としては，例えば，ＥＩＡ法，ＥＬＩＳＡ法，ＦＡＣＳ法，共免疫沈降法，プルダウンアッセイ法，ウェスタンブロッティング法，ホモバイファンクショナルクロスリンカー若しくはヘテロバイファンクショナルクロスリンカーを利用するクロスリンク法，ラベル転移反応法，相互作用マッピング法，表面プラズモン共鳴法，ＦＲＥＴ（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ ｅｎｅｒｇｙ ｔｒａｎｓｆｅｒ）法，ＢＩＡＣＯＲＥ法，ＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎ（登録商標）やＡｌｐｈａＬＩＳＡ（登録商標）などのＡｌｐｈａＰＰＩアッセイ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）など，多様な方法が本技術分野において周知であり，目的とする結合の検出に応じて適宜好ましい方法を採用することができる。
【0027】
本明細書において，「特異的に結合する（認識する）」とは，抗体が結合することが望ましくない物質又はその部分（例えば，人体内に存在するタンパク質等）には結合せず，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，及び／又はＲＢＤに結合することを意味し，好ましくは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２に由来する物質又はその部分（スパイク，ＲＢＤなど）のみに結合することを意味する。必要に応じて，「特異的に結合する（認識する）」の語は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が有する任意の物質又はその部分（例えば，ＮＴＤなど）には結合せず，ＲＢＤのみに結合すると解してもよい。被検抗体が，スパイク又はＲＢＤと「特異的に結合する（認識する）」か否かは，結合を調べようとするスパイク及びＲＢＤへの当該被検抗体の結合と，その他のペプチド，タンパク質又はその他の抗原（例えば，抗体が結合することが望ましくない物質）への当該被検抗体の結合とを調べることにより判定することができる。目的とするスパイク及び／又はＲＢＤと結合し，その他のペプチド，タンパク質，又はその他の抗原と結合しない場合，当該被検抗体は当該目的のスパイク及び／又はＲＢＤと特異的に結合する（認識する）と判定される。
【0028】
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２は，ＲＢＤとヒト細胞表面のＡＣＥ２との結合を介してヒト細胞内に侵入する。よって，本発明の抗体は，好ましくは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，又はそのスパイク若しくはＲＢＤと，ＡＣＥ２（好ましくは，ヒトＡＣＥ２，本明細書全体にわたって同様）との結合を阻害する抗体である。また，本発明の抗体は，好ましくは，変異型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤと，ＡＣＥ２との結合を阻害する抗体である。ＡＣＥ２との結合を阻害する抗体は，好ましくは，武漢型ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，そのスパイク若しくはＲＢＤと，ＡＣＥ２との結合も阻害する。また，本発明の抗体は，異なる変異パターンを有する複数種類のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤと，ＡＣＥ２との結合を阻害してもよい。
【0029】
例えば，本抗体は，武漢型，Ｋ４１７Ｎ，Ｅ４８４Ｋ，及びＮ５０１Ｙ変異型，Ｎ４３９Ｋ変異型，Ｎ４４０Ｋ変異型，Ａ４７５Ｖ変異型，Ｅ４８４Ｋ変異型，Ｎ５０１Ｙ変異型，Ｌ４５２Ｒ変異型，Ｌ４５２Ｒ及びＥ４８４Ｑ変異型，Ｋ４１７Ｔ，Ｅ４８４Ｋ，及びＮ５０１Ｙ変異型，Ｌ４５２Ｒ及びＴ４７８Ｋ変異型，及び，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈ変異型のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤから選択される１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，５種類又はそれ以上，６種類又はそれ以上，７種類又はそれ以上，あるいは全てとＡＣＥ２との結合を阻害してもよい。これに加えて，本発明の抗体は，Ｇ３３９Ｄ，Ｓ３７１Ｌ，Ｓ３７３Ｐ，Ｓ３７５Ｆ，Ｋ４１７Ｎ，Ｋ４１７Ｔ，Ｎ４３９Ｋ，Ｎ４４０Ｋ，Ｇ４４６Ｓ，Ｌ４５２Ｒ，Ａ４７５Ｖ，Ｓ４７７Ｎ，Ｔ４７８Ｋ，Ｅ４８４Ａ，Ｅ４８４Ｋ，Ｅ４８４Ｑ，Ｑ４９３Ｒ，Ｇ４９６Ｓ，Ｑ４９８Ｒ，Ｎ５０１Ｙ，及びＹ５０５Ｈから選択される１種類又はそれ以上の変異を有する，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤの，１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，５種類又はそれ以上，６種類又はそれ以上，あるいは７種類又はそれ以上とＡＣＥ２との結合を阻害してもよい。あるいは，本発明の抗体は，上述の武漢型，Ａｌｐｈａ株，Ｂｅｔａ株，Ｇａｍｍａ株，Ｅｐｓｉｌｏｎ株，Ｋａｐｐａ株，Ｄｅｌｔａ株，及びＯｍｉｃｒｏｎ株から選択される１種類又はそれ以上，２種類又はそれ以上，３種類又はそれ以上，４種類又はそれ以上，又は全てのＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２，スパイク，若しくはＲＢＤとＡＣＥ２との結合を阻害してもよい。
【0030】
被検抗体がＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２タンパク質への結合を阻害するか否かは，例えば，試験しようとするＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はＲＢＤを固層化したウエルに被検抗体と標識ＡＣＥ２との混合溶液，もしくは被検抗体を含まない標識ＡＣＥ２溶液を添加し，一定時間静置後に洗浄し，固層化された前記ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク又はＲＢＤに結合したＡＣＥ２の標識を測定することにより決定することができる。抗体を含まない場合の標識の強度等と比較して，抗体を含んだ場合の標識の強度が弱い場合には，当該被検抗体は当該ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２のＡＣＥ２への結合を阻害する（中和する）と判定することができる。例えば，ｉｎ ｖｉｔｒｏにおける当該阻害実験のＩＣ５０は，２０μｇ／ｍｌ以下，１０μｇ／ｍｌ以下，５μｇ／ｍｌ以下，１μｇ／ｍｌ以下，０．６μｇ／ｍｌ以下，０．５μｇ／ｍｌ以下，０．３５μｇ／ｍｌ以下，０．２μｇ／ｍｌ以下，０．１５μｇ／ｍｌ以下とすることができ，あるいは，０．１～２０μｇ／ｍｌ，０．２～１０μｇ／ｍｌ，０．２～５μｇ／ｍｌ，０．２～１μｇ／ｍｌとすることができる。
【0031】
好ましくは，本発明の抗体は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の生ウイルスによる，ＡＣＥ２及びＴＭＰＲＳＳ２共発現細胞への感染を抑制する。例えば，本発明の抗体は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２の武漢株（ｈＣｏＶ－１９／Ｊａｐａｎ／ＴＹ／ＷＫ－５２１／２０２０， ＧＳＡＩＤ ＩＤ： ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４０８６６７）やオミクロン株（ｈＣｏＶ－１９／Ｊａｐａｎ／ＴＹ３８－８７３， ＧＳＡＩＤ ＩＤ： ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿７４１８０１７）由来の生ウイルスによる，ＡＣＥ２及びＴＭＰＲＳＳ２共発現細胞への感染を抑制する抗体である。被検抗体が，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による，ＡＣＥ２及びＴＭＰＲＳＳ２共発現細胞への感染を抑制するか否かは，被検抗体とＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２をチューブ内で混合し，３７℃で１時間反応させた後，ＶｅｒｏＥ６／ＴＭＰＲＳＳ２細胞に添加し，３７℃で２時間吸着させ，その後，吸着しなかった被検抗体とウイルスを含む混合液を完全に除き，再び被検抗体を含む培養培地を添加し，２日間培養した細胞の培養上清のウイルス感染価をプラークアッセイ法により測定することにより決定することができる。被検抗体非存在下と比較して，被検抗体存在下においてプラークが減少するか，又はプラークが存在しない場合には，当該被検抗体はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による，ＡＣＥ２及びＴＭＰＲＳＳ２共発現細胞への感染を抑制すると判定される。あるいは，被検抗体が，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による，ＡＣＥ２及びＴＭＰＲＳＳ２共発現細胞への感染を抑制するか否かは，ＶｅｒｏＥ６／ＴＭＰＲＳＳ２細胞に被検抗体を添加してＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２を感染させ，３７℃で１時間の培養後に培養上清を除き，再び被検抗体を添加して２４時間培養し，培養した細胞の培養上清のウイルス感染価をリアルタイムＰＣＲ法によりウイルスゲノムＲＮＡ量を測定することにより決定することができる。被検抗体存在下においてウイルスゲノムＲＮＡ量が減少するか，又は存在しない場合には，当該被検抗体はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２による，ＡＣＥ２及びＴＭＰＲＳＳ２共発現細胞への感染を抑制すると判定される。
【0032】
通常は，抗体による阻害や抑制は完全な阻害や抑制をもたらすものではなく，よって，本明細書における，「結合を阻害する」や「感染を抑制する」の語は，１００％の阻害や抑制をもたらすことを意味するものではない。すなわち，「結合を阻害する」や「感染を抑制する」とは，当該抗体が存在しない場合又はＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２とは結合しない抗体が存在する場合と比較して，結合が阻害されること，又は感染が抑制されることを意味するものである。
【0033】
本発明の抗体は，本発明の抗体はヒト抗体の他，該ヒト抗体の一部（例えば，定常領域，フレームワーク領域，又はその一部）を非ヒト動物の抗体由来の配列と置き換えた動物化抗体であってもよい。非ヒト動物としては，例えば，マウス，ラット，ハムスター，モルモット，ラビット，イヌ，ネコ，サル，ヒツジ，ヤギ，ラクダ，ニワトリ，アヒル等の抗体を挙げることができる。
【0034】
本発明の抗体のイムノグロブリンクラスは特に限定されるものではなく，ＩｇＧ，ＩｇＭ，ＩｇＡ，ＩｇＥ，ＩｇＤ，又はＩｇＹのいずれのイムノグロブリンクラス（アイソタイプ）であってもよく，好ましくはＩｇＧである。また，本発明の抗体がＩｇＧの場合，いずれのサブクラス（ＩｇＧ１，ＩｇＧ２，ＩｇＧ３，又はＩｇＧ４）であってもよい。また，本発明の抗体は，モノスペシフィック，バイスペシフィック（二重特異性抗体），トリスペシフィック（三重特異性抗体）（例えば，ＷＯ１９９１／００３４９３号），又はマルチスペシフィック（多重特異性抗体）であってもよい。また，Ｆｃ領域は抗体の機能性を向上させるための変異が導入されていてもよく，例えば，一態様において，ＡＤＥ活性を低下させるためＦｃ領域にＬＡＬＡ変異（Ｌ２３４Ｆ，Ｌ２３５Ｅ変異）が修飾された抗体であってもよい。さらに，一態様において，Ｆｃ領域に抗体の半減期を伸ばすことが報告されているＭ４２８Ｌ及びＮ４３４Ｓ変異や，Ｍ２５２Ｙ，Ｓ２５４Ｔ及びＴ２５６Ｅ変異，Ｔ２５Ｑ及びＭ４２８Ｌ変異が導入された抗体であってもよい。
【0035】
抗体はその可変領域（特には，ＣＤＲｓ）が結合特性を付与していることが知られており，完全抗体でない抗体断片であってもその結合特性を利用可能であることが当業者に広く知られている。本明細書において，「抗原結合性断片」とは，抗体の一部分（部分断片）を含むタンパク質又はペプチドであって，抗体の抗原への作用（抗原結合性）を保持するタンパク質又はペプチドを意味する。このような抗原結合性断片としては，例えば，Ｆ（ａｂ’）２，Ｆａｂ’，Ｆａｂ，Ｆａｂ３，一本鎖Ｆｖ（以下，「ｓｃＦｖ」という），（タンデム）バイスペシフィック一本鎖Ｆｖ（ｓｃ（Ｆｖ）２），一本鎖トリプルボディ，ナノボディ，ダイバレントＶＨＨ，ペンタバレントＶＨＨ，ミニボディ，（二本鎖）ダイアボディ，タンデムダイアボディ，バイスペシフィックトリボディ，バイスペシフィックバイボディ，デュアルアフィニティリターゲティング分子（ＤＡＲＴ），トリアボディ（又はトリボディ），テトラボディ（又は［ｓｃ（Ｆｖ）２］２），若しくは（ｓｃＦｖ－ＳＡ）４）ジスルフィド結合Ｆｖ（以下，「ｄｓＦｖ」という），コンパクトＩｇＧ，重鎖抗体，又はそれらの重合体を挙げることができる（Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２９（１）：５－６ （２０１１）；Ｍａｎｅｅｓｈ Ｊａｉｎ ｅｔ ａｌ．， ＴＲＥＮＤＳ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２５（７）（２００７）：３０７－３１６；及び，Ｃｈｒｉｓｔｏｐｈ Ｓｔｅｉｎら，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（１）：８８－１２３（２０１２）参照）。本明細書において，抗原結合性断片は，モノスペシフィック，バイスペシフィック（二重特異性），トリスペシフィック（三重特異性），及びマルチスペシフィック（多重特異性）のいずれであってもよい。本明細書において，特にそのように解釈することが不整合である場合を除き，「抗体」の語は抗体の抗原結合性断片をも含むことを意図している。
【0036】
ＣＤＲ配列の決定の仕方は，Ｋａｂａｔらのナンバリングシステム（Ｋａｂａｔ，Ｅ．ら，Ｕ．Ｓ． Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，（１９８３）及びその後続版），Ｃｈｏｔｈｉａらのナンバリングシステム（Ｃｈｏｔｈｉａ及びＬｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９６：９０１－９１７（１９８７）），Ｈｏｎｅｇｇｅｒらのナンバリングシステム（ＡＨｏ’ｓ）（Ｈｏｎｅｇｇｅｒ，Ａら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．３０９：６５７－６７０（２００１）），ｃｏｎｔａｃｔ定義法（ＭａｃＣａｌｌｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ，２６２（５）：７３２－７４５（１９９６））、ＩＭＧＴデータベース（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｉｍｇｔ．ｏｒｇ／）によるナンバリングシステム，又は既知の配列データベースへのアラインメントにより決定することができる（Ｌａｒｓ Ｎｉｅｂａら、Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， １０（４）：４３５－４４４（１９９７））。
【0037】
一態様において，本発明は，以下に記載する重鎖ＣＤＲ及び軽鎖ＣＤＲの組み合わせのうち，少なくともＣＤＲＨ１及びＣＤＲＨ２を有し，さらに好ましくは６つ全ての組み合わせを有し，かつ，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイク及び／又はＲＢＤ（好ましくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２ ＲＢＤ）に特異的に結合する抗体である。
【0038】
【表1】
【0039】
一態様において，本発明は，以下に記載する重鎖可変領域及び軽鎖可変領域の組み合わせを有する抗体である。表中，アミノ酸配列（ＡＡ）中の下線部はそれぞれＣＤＲ１及びＣＤＲ２及びＣＤＲ３の領域を示す。
【0040】
【表2-1】
【0041】
【表2-2】
【0042】
例えば，本発明の抗体は以下の重鎖（ＨＣ）アミノ酸配列の重鎖，及び軽鎖（ＬＣ）アミノ酸配列の軽鎖を有する抗体であってもよい。以下において，下線はシグナル配列を示す。よって，成熟タンパク質としての抗体は，下線部分のアミノ酸配列は有さなくてもよい。
【0043】
13_32/WT HC（配列番号２２）
MDWIWRILFLVGAATGAHSQMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFRFSISAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGSGDTNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRFEDTAVYYCAAPYCGGDCSDGFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
MDWIWRILFLVGAATGAHSQMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFRFSISAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGSGDTNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRFEDTAVYYCAAPYCGGDCSDGFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
【0044】
13_32/WT LC（配列番号２３）
METPAQLLFLLLLWLPDTTGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGNSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
METPAQLLFLLLLWLPDTTGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGNSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
【0045】
N57E+T28R HC（配列番号２４）
MDWIWRILFLVGAATGAHSQMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFRFSISAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGSGETNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRFEDTAVYYCAAPYCGGDCSDGFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
MDWIWRILFLVGAATGAHSQMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFRFSISAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGSGETNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRFEDTAVYYCAAPYCGGDCSDGFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
【0046】
N57E+T28R LC（配列番号２５）
METPAQLLFLLLLWLPDTTGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGNSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
METPAQLLFLLLLWLPDTTGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGNSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
【0047】
2_SD/WT HC（配列番号４０）
MDWIWRILFLVGAATGAHSQMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFSISAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGSGDTNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRFEDTAVYYCAAPYCGGDCSDGFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
MDWIWRILFLVGAATGAHSQMQLVQSGPEVKKPGTSVKVSCKASGFTFSISAVQWVRQARGQRLEWIGWIVVGSGDTNYAQKFQERVTITRDMSTSTAYMELSSLRFEDTAVYYCAAPYCGGDCSDGFDIWGQGTMVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSRDELTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK
【0048】
2_SD/WT LC（配列番号４１）
METPAQLLFLLLLWLPDTTGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGNSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
METPAQLLFLLLLWLPDTTGEIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQSVSSSYLAWYQQKPGQAPRLLIYGASSRATGIPDRFSGSGSGTDFTLTISRLEPEDFAVYYCQQYGNSPWTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC
【0049】
本明細書において，アミノ酸は一文字表記で表される。具体的には，Ａはアラニン，Ｌはロイシン，Ｒはアルギニン，Ｋはリシン，Ｎはアスパラギン，Ｍはメチオニン，Ｄはアスパラギン酸，Ｆはフェニルアラニン，Ｃはシステイン，Ｐはプロリン，Ｑはグルタミン，Ｓはセリン，Ｅはグルタミン酸，Ｔはトレオニン，Ｇはグリシン，Ｗはトリプトファン，Ｈはヒスチジン，Ｙはチロシン，Ｉはイソロイシン，Ｖはバリンを表す。本明細書において，「ＸＮＹ」（Ｘ及びＹはアミノ酸一文字表記；Ｎは自然数）は，Ｎ位のアミノ酸Ｘがアミノ酸Ｙに置換されていることを示す。
【0050】
別の態様において，本発明は，前記抗体又はその抗原結合性断片と，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクタンパク質又はＲＢＤへの結合において競合する抗体に関する。被検抗体が，前記抗体又はその抗原結合性断片と，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクタンパク質又はＲＢＤへの結合において競合するか否かは，標識化された前記抗体又はその抗原結合性断片を用いて，被検抗体と共に固相化された抗原（ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２スパイクタンパク質又はＲＢＤ，本段落において以下同様）に接触させることにより決定することができる。コントロールとして，標識化された前記抗体又はその抗原結合性断片を単独で（被検抗体非存在下で）抗原に接触させる。被検抗体を抗原に接触させた後，必要に応じて洗浄し，抗原に結合した標識化された前記抗体又はその抗原結合性断片の標識量をコントロールと，被検抗体存在下とで比較する。被検抗体の存在下で抗原に接触させた場合の標識化された前記抗体又はその抗原結合性断片の抗原への結合量が，コントロールにおける標識化された前記抗体又はその抗原結合性断片の抗原への結合量よりも少ない場合には，当該被検抗体は，当該実験において用いられた標識化された前記抗体又はその抗原結合性断片と競合すると決定することができる。
【0051】
抗原への結合試験は，適宜上述のＲＢＤ等への結合を測定する方法に準じて行うことができる。例えば，抗体と抗原との結合の測定は，例えば，ＥＩＡ法，ＥＬＩＳＡ法，ＦＡＣＳ法，共免疫沈降法，プルダウンアッセイ法，ファーウェスタンブロッティング法，ホモバイファンクショナルクロスリンカー若しくはヘテロバイファンクショナルクロスリンカーを利用するクロスリンク法，ラベル転移反応法，相互作用マッピング法，表面プラズモン共鳴法，ＦＲＥＴ（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅ ｒｅｓｏｎａｎｃｅ ｅｎｅｒｇｙ ｔｒａｎｓｆｅｒ）法，ＢＩＡＣＯＲＥ法，ＡｌｐｈａＳｃｒｅｅｎ（登録商標）やＡｌｐｈａＬＩＳＡ（登録商標）などのＡｌｐｈａＰＰＩアッセイ（ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ）など，多様な方法が本技術分野において周知であり，適宜好ましい方法を採用することができる。
【0052】
更に別の態様において，本発明は，前記抗体又はその抗原結合性断片と，同じエピトープを認識する抗体に関する。例えば，１３＿３２／ＷＴ抗体の場合，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２オミクロン株 ＲＢＤのＡ４７５，Ｇ４７６，Ｓ４７７，Ｔ４７８，Ｆ４８６，Ｎ４８７，Ｙ４８９及びＱ４９３と相互作用することから，１３＿３２／ＷＴ抗体と同じエピトープを認識する抗体は，エピトープとしてこれらのアミノ酸残基を認識する抗体である。例えば，１３＿３２／ＷＴ抗体と同じエピトープを認識する抗体は，そのＶＨのＳ５５，Ｎ５７，Ｄ１０４，Ｃ１０５，Ｓ１０６，及びＤ１０７のアミノ酸残基が，ＲＢＤのＡ４７５，Ｇ４７６，Ｓ４７７，Ｔ４７８，Ｆ４８６，Ｎ４８７，Ｙ４８９及びＱ４９３のアミノ酸残基と結合してもよい。
【0053】
（核酸分子）
別の態様において，本発明は，上述の本発明の抗体又はその抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチドを有する核酸分子に関する。一態様において，本発明は，上述の表２に記載された重鎖可変領域及び軽鎖可変領域の核酸配列を有する核酸分子である。また，一例において，本発明は，配列番号２６又は２８に記載の核酸配列を有する重鎖をコードするＤＮＡを含む核酸分子，あるいは／並びに，それぞれ，配列番号２７又は２９に記載の核酸配列を有する軽鎖をコードするＤＮＡを含む核酸分子である。
別の態様において，本発明は，上述の本発明の抗体又はその抗原結合性断片をコードするポリヌクレオチドを有する核酸分子に関する。一態様において，本発明は，上述の表２に記載された重鎖可変領域及び軽鎖可変領域の核酸配列を有する核酸分子である。また，一例において，本発明は，配列番号２６又は２８に記載の核酸配列を有する重鎖をコードするＤＮＡを含む核酸分子，あるいは／並びに，それぞれ，配列番号２７又は２９に記載の核酸配列を有する軽鎖をコードするＤＮＡを含む核酸分子である。
【0054】
更に，本発明は，前記核酸分子を有するベクターを包含する。このようなベクターとしては，抗体の発現に利用可能なベクターであれば特に制限されるものではなく，適切なウイルスベクター又はプラスミドベクターなどを使用する宿主に応じて選択することができる。別の態様において，本発明は，前記ベクターを含有する宿主細胞に関する。宿主細胞としては，抗体の発現に利用可能な宿主細胞であれば特に制限されるものではなく，哺乳類細胞（マウス細胞，ラット細胞，ハムスター細胞，ウサギ細胞，ヒト細胞など），酵母，微生物（大腸菌など）を挙げることができる。
【0055】
本発明の核酸は，上述において得られた抗体を産生するハイブリドーマからクローニングするか，あるいは，上述において得られた抗体又はその抗原結合性断片のアミノ酸配列を基に，適宜核酸配列を設計することにより得ることができる。本発明のベクターは，得られた核酸を適宜発現に適したベクターに組み込むことにより得ることができる。本発明のベクターは，本発明の核酸の他，発現に必要な領域（プロモーター，エンハンサー，ターミネーター等）を含んでいてもよい。また，本発明の宿主細胞は，本発明のベクターを適切な細胞株（例えば，動物細胞，昆虫細胞，植物細胞，酵母，大腸菌等の微生物）に導入することにより得ることができる。
【0056】
（抗体の製造）
本発明の抗体は，本明細書記載の配列に基づき適宜設計して作成することができる。例えば，本明細書記載の可変領域（ＶＲ）を有する抗体は，当該抗体をコードする核酸配列を適宜産生細胞に導入して抗体を産生させることができる。また，例えば，本明細書記載のＣＤＲを有する抗体の場合，当該配列を有する重鎖及び軽鎖をコードする核酸配列を設計し，当該核酸配列を既報に基づいて調製後，ＣＨＯ細胞などの産生細胞に導入した後，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに結合するクローンを選択することができる。具体的には，当該細胞を培養後，培養上清を採取し，上清中の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクへの結合を測定することによりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクへ結合するクローンを選択する。選択された細胞を培養して本発明の抗体を取得することができる。
本発明の抗体は，本明細書記載の配列に基づき適宜設計して作成することができる。例えば，本明細書記載の可変領域（ＶＲ）を有する抗体は，当該抗体をコードする核酸配列を適宜産生細胞に導入して抗体を産生させることができる。また，例えば，本明細書記載のＣＤＲを有する抗体の場合，当該配列を有する重鎖及び軽鎖をコードする核酸配列を設計し，当該核酸配列を既報に基づいて調製後，ＣＨＯ細胞などの産生細胞に導入した後，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクに結合するクローンを選択することができる。具体的には，当該細胞を培養後，培養上清を採取し，上清中の抗体のＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクへの結合を測定することによりＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクへ結合するクローンを選択する。選択された細胞を培養して本発明の抗体を取得することができる。
【0057】
得られた抗体は，均一にまで精製することができる。抗体の分離，精製は通常のタンパク質で使用されている分離，精製方法を使用することができる。例えば，アフィニティークロマトグラフィ等のカラムクロマトグラフィ，フィルター，限外濾過，塩析，透析，ＳＤＳポリアクリルアミドゲル電気泳動，等電点電気泳動等を適宜選択，組み合わせることにより，抗体を分離，精製することができる（Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ．Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８）。アフィニティークロマトグラフィに用いるカラムとしては，例えば，プロテインＡカラム，プロテインＧカラムを挙げることができる。更に，抗体のクラスによらず，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２固相化カラム，サイズ排除クロマトグラフィ，イオン交換クロマトグラフィ，疎水相互作用クロマトグラフィ等を用いることもできる。また，クロマトグラフィをミックスモードとすることもできる。
【0058】
（医薬組成物（治療薬，予防薬）及び治療方法）
また，別の態様において，本発明は，上述の本発明の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する医薬組成物に関する。本発明の抗体又はその抗原結合性断片は，必要により精製した後，常法に従って製剤化して，医薬組成物とすることができる。本発明の医薬組成物の対象疾患は，コロナウイルス感染症であり，例えば，コロナウイルス，特には，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ，ＭＥＲＳ－ＣｏＶ，若しくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が原因のウイルス性疾患，又はそれに起因する疾患である。よって，本発明の医薬組成物は，これらの疾患又は障害の予防薬，治療薬，進行抑制剤又は改善薬とすることができる。あるいは，本発明は，前記医薬組成物を製造するための，本発明の抗体又はその抗原結合性断片の使用に関する。あるいは，本発明は，本発明の抗体又はその抗原結合性断片の，コロナウイルス感染症の治療若しくは予防のための使用を含む。更に，本発明は，本発明の抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む，コロナウイルス感染症の治療方法若しくは予防方法に関する。コロナウイルス感染症は，好ましくは，ヒトコロナウイルス感染症である。特に好ましくは，ヒトコロナウイルスオミクロン株感染症である。
また，別の態様において，本発明は，上述の本発明の抗体又はその抗原結合性断片を有効成分として含有する医薬組成物に関する。本発明の抗体又はその抗原結合性断片は，必要により精製した後，常法に従って製剤化して，医薬組成物とすることができる。本発明の医薬組成物の対象疾患は，コロナウイルス感染症であり，例えば，コロナウイルス，特には，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ，ＭＥＲＳ－ＣｏＶ，若しくはＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２が原因のウイルス性疾患，又はそれに起因する疾患である。よって，本発明の医薬組成物は，これらの疾患又は障害の予防薬，治療薬，進行抑制剤又は改善薬とすることができる。あるいは，本発明は，前記医薬組成物を製造するための，本発明の抗体又はその抗原結合性断片の使用に関する。あるいは，本発明は，本発明の抗体又はその抗原結合性断片の，コロナウイルス感染症の治療若しくは予防のための使用を含む。更に，本発明は，本発明の抗体又はその抗原結合性断片を投与することを含む，コロナウイルス感染症の治療方法若しくは予防方法に関する。コロナウイルス感染症は，好ましくは，ヒトコロナウイルス感染症である。特に好ましくは，ヒトコロナウイルスオミクロン株感染症である。
【0059】
本発明の医薬組成物は，患者に投与することができる製剤であれば経口又は非経口のいかなる製剤を採用してもよい。非経口投与のための組成物としては，例えば，注射剤，点鼻剤，吸入剤，点眼剤等を挙げることができる。好ましくは，注射剤である。本発明の医薬組成物の剤形は，例えば，液剤又は凍結乾燥製剤を挙げることができる。本発明の医薬組成物を注射剤として使用する場合，必要に応じて，プロピレングリコール，エチレンジアミン等の溶解補助剤，リン酸塩等の緩衝剤，塩化ナトリウム，グリセリン等の等張化剤，亜硫酸塩等の安定剤，フェノール等の保存剤，リドカイン等の無痛化剤等の添加物（「医薬品添加物事典」薬事日報社，「Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ」ＡＰｈＡ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎｓ社参照）を加えることができる。また，本発明の医薬組成物を注射剤として使用する場合，保存容器としては，アンプル，バイアル，プレフィルドシリンジ，ペン型注射器用カートリッジ，及び，点滴用バッグ等を挙げることができる。
【0060】
例えば，本発明の医薬組成物（治療薬若しくは予防薬）は，注射剤として利用する場合，静脈注射剤，皮下注射剤，皮内注射剤，筋肉注射剤，点滴注射剤などの剤形を包含する。このような注射剤は，公知の方法に従って，例えば，上記抗体等を通常注射剤に用いられる無菌の水性もしくは油性液に溶解，懸濁又は乳化することによって調製することができる。注射用の水性液としては，例えば，生理食塩水，ブドウ糖，ショ糖，マンニトール，その他の補助薬を含む等張液等が用いることができ，適当な溶解補助剤，例えば，アルコール（例，エタノール），ポリアルコール（例，プロピレングリコール，ポリエチレングリコール），非イオン界面活性剤〔例，ポリソルベート８０，ポリソルベート２０，ＨＣＯ－５０（ｐｏｌｙｏｘｙｅｔｈｙｌｅｎｅ（５０ｍｏｌ）ａｄｄｕｃｔ ｏｆ ｈｙｄｒｏｇｅｎａｔｅｄ ｃａｓｔｏｒ ｏｉｌ）〕等を添加することができる。油性液としては，例えば，ゴマ油，大豆油などを用いることができ，溶解補助剤として安息香酸ベンジル，ベンジルアルコール等を添加することができる。調製された注射液は，通常，適当なアンプル，バイアル，シリンジに充填される。また，本発明の抗体又はその抗原結合性断片に適当な賦形剤を添加することにより，凍結乾燥製剤を調製し，用時，注射用水，生理食塩水などで溶解して注射液とすることもできる。なお，一般的に抗体などのタンパク質の経口投与は消化器により分解されるため困難とされるが，抗体断片や修飾した抗体断片と剤形の創意工夫により，経口投与の可能性もある。経口投与の製剤としては，例えば，カプセル剤，錠剤，シロップ剤，顆粒剤等を挙げることができる。
【0061】
本発明の医薬組成物は，活性成分の投与量に適合するような投薬単位の剤形に調製されることが好適である。このような投薬単位の剤形としては，注射剤（アンプル，バイアル，プレフィルドシリンジ）が例示され，投薬単位剤形当たり通常５～５００ｍｇ，５～１００ｍｇ，１０～２５０ｍｇの本発明の抗体又はその抗原結合性断片を含有していても良い。
【0062】
本発明の抗体や医薬組成物（治療薬若しくは予防薬）の投与は，局所的であってもよく，全身的であってもよい。投与方法には特に制限はなく，上述のとおり非経口的又は経口的に投与される。非経口的投与経路としては，眼内，皮下，腹腔内，血中（静脈内，若しくは動脈内）又は脊髄液への注射又は点滴等が挙げられ，好ましくは，眼内又は血中への投与である。本発明の医薬組成物（治療薬若しくは予防薬）は，一時的に投与してもよいし，持続的又は断続的に投与してもよい。例えば，投与は，１分間～２週間の持続投与することもできる。また，本発明の抗体は，単独で投与されてもよいし，他の薬剤と共に併用により投与されてもよい。
【0063】
本発明の医薬組成物の投与量は，所望の治療効果又は予防効果が得られる投与量であれば特に限定は無く，症状，性別，年齢等により適宜決定することができる。本発明の医薬組成物の投与量は，例えば，血管新生が発症又は増悪化に寄与する疾患又は障害の治療効果又は予防効果を指標として決定することができる。例えば，血管新生が発症又は増悪化に寄与する疾患又は障害の患者の予防及び／又は治療のために使用する場合には，本発明の医薬組成物の有効成分の１回量として，通常０．０１～２０ｍｇ／ｋｇ体重程度，好ましくは０．１～１０ｍｇ／ｋｇ体重程度，さらに好ましくは０．１～５ｍｇ／ｋｇ体重程度を，１月１～１０回程度，好ましくは１月１～５回程度，静脈注射により投与するのが好都合である。他の非経口投与及び経口投与の場合もこれに準ずる量を投与することができる。症状が特に重い場合には，その症状に応じて増量又は投与回数を増加させてもよい。
【0064】
（診断用・検出用組成物）
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２感染症の診断及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ２の検出は，前記抗体又はその抗原結合性断片を用いて，ＥＬＩＳＡ，ラジオイムノアッセイ，イムノクロマト，免疫組織化学的方法により行うことができる。抗体又はその抗原結合性断片は，必要に応じて標識されていてもよい。標識との結合は当分野において一般的な方法により行うことができる。例えば，蛍光標識する場合，タンパク質又はペプチドをリン酸緩衝液で洗浄した後，ＤＭＳＯ，緩衝液等で調整した色素を加え，混合した後室温で１０分間静置することにより標識を結合させることができる。また，市販の標識キットとして，ビオチン標識キット（Ｂｉｏｔｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｂｉｏｔｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ：株式会社同仁化学研究所），アルカリフォスファターゼ標識用キット（Ａｌｋａｌｉｎｅ Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ａｌｋａｌｉｎｅ Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ：株式会社同仁化学研究所），ペルオキシダーゼ標識キット（Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２：株式会社同仁化学研究所），フィコビリプロテイン標識キット（Ａｌｌｏｐｈｙｃｏｃｙａｎｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ａｌｌｏｐｈｙｃｏｃｙａｎｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ，Ｂ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｂ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ，Ｒ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｒ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ：株式会社同仁化学研究所），蛍光標識キット（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ（登録商標） ５５５ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ（登録商標） ６４７ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２：株式会社同仁化学研究所），ＤｙＬｉｇｈｔ５４７，ＤｙＬｉｇｈｔ６４７（テクノケミカル株式会社），Ｚｅｎｏｎ（登録商標）Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）抗体標識キット，Ｑｄｏｔ（登録商標）抗体標識キット（インビトロゲン社），ＥＺ－Ｌａｂｅｌ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（フナコシ株式会社）等を用いて標識することもできる。
ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２感染症の診断及びＳＡＲＳ－ＣｏＶ２の検出は，前記抗体又はその抗原結合性断片を用いて，ＥＬＩＳＡ，ラジオイムノアッセイ，イムノクロマト，免疫組織化学的方法により行うことができる。抗体又はその抗原結合性断片は，必要に応じて標識されていてもよい。標識との結合は当分野において一般的な方法により行うことができる。例えば，蛍光標識する場合，タンパク質又はペプチドをリン酸緩衝液で洗浄した後，ＤＭＳＯ，緩衝液等で調整した色素を加え，混合した後室温で１０分間静置することにより標識を結合させることができる。また，市販の標識キットとして，ビオチン標識キット（Ｂｉｏｔｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｂｉｏｔｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ：株式会社同仁化学研究所），アルカリフォスファターゼ標識用キット（Ａｌｋａｌｉｎｅ Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ａｌｋａｌｉｎｅ Ｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ：株式会社同仁化学研究所），ペルオキシダーゼ標識キット（Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｐｅｒｏｘｉｄａｓｅ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２：株式会社同仁化学研究所），フィコビリプロテイン標識キット（Ａｌｌｏｐｈｙｃｏｃｙａｎｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ａｌｌｏｐｈｙｃｏｃｙａｎｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ，Ｂ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｂ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ，Ｒ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，Ｒ－Ｐｈｙｃｏｅｒｙｔｈｒｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＳＨ：株式会社同仁化学研究所），蛍光標識キット（Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ（登録商標） ５５５ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２，ＨｉＬｙｔｅ Ｆｌｕｏｒ（登録商標） ６４７ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ－ＮＨ２：株式会社同仁化学研究所），ＤｙＬｉｇｈｔ５４７，ＤｙＬｉｇｈｔ６４７（テクノケミカル株式会社），Ｚｅｎｏｎ（登録商標）Ａｌｅｘａ Ｆｌｕｏｒ（登録商標）抗体標識キット，Ｑｄｏｔ（登録商標）抗体標識キット（インビトロゲン社），ＥＺ－Ｌａｂｅｌ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｌａｂｅｌｉｎｇ Ｋｉｔ（フナコシ株式会社）等を用いて標識することもできる。
【0065】
前記診断用組成物又は検出用組成物を用いた診断及び検出は，ＥＬＩＳＡ，イムノクロマトなどの方法で行うことができる。本明細書における検出や測定は，定量的，反定量的，定性的であってもよい。診断／検出方法において使用するサンプルとしては，例えば，生検として被験者から採取した組織試料または液体を使用することができる。使用される検体は，本発明の測定の対象となるものであれば特に限定はなく，例えば，組織，血液，血漿，血清，リンパ液，尿，漿液，髄液，関節液，眼房水，涙液，唾液，口腔内／鼻腔内洗浄液またはそれらの分画物若しくは処理物を挙げることができる。また，本発明の方法において使用する患者由来の試料は，測定試験に先立ち前処理されたものであってもよいし，患者から採取した検体をそのまま使用してもよい。診断方法は，適宜診断のための情報を提供する方法，又は，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２感染症の状態又は進行をモニターする方法であってもよい。
【0066】
（検出用キット）
本発明のキットは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２と特異的に結合する第一抗体が固定化した，固相，ハプテン，磁気ビーズ及び不溶性担体からなる群より選択される担体を含むことを特徴とする免疫化学測定のキットである。また，本発明のキットは，適宜標識されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ２と結合する抗体を含んでいてもよい。
本発明のキットは，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ２と特異的に結合する第一抗体が固定化した，固相，ハプテン，磁気ビーズ及び不溶性担体からなる群より選択される担体を含むことを特徴とする免疫化学測定のキットである。また，本発明のキットは，適宜標識されたＳＡＲＳ－ＣｏＶ２と結合する抗体を含んでいてもよい。
【実施例0067】
以下，実験例／実施例に基づいて本発明をより具体的に説明する。ただし，本発明はこれらの実施例に限定されるものではない。なお，本願全体を通して引用される全文献は参照によりそのまま本願に組み込まれる。
【0068】
ＵＴ２８ＫとＲＢＤの立体構造解析（非特許文献２）により，ＵＴ２８Ｋの重鎖ＣＤＲ２（ＨＣＤＲ２）に位置するＳ５５とＮ５７が，ＲＢＤのＱ４９３と水素結合を形成していることが明らかになっている（図１）。
Ｏｍｉｃｒｏｎ株では，Ｑ４９３がＲに変位することで，水素結合の喪失とＨＣＤＲ２のＳ５５，Ｎ５７と立体的な障害がおこり，Ｑ４９３Ｒと結合できなくなり，その結果，Ｏｍｉｃｒｏｎ株に対しての活性が弱くなることが示唆されている（非特許文献２）。
そこで，本発明者らは，ＨＣＤＲ２のＳ５５及びＮ５７を改変させることで，Ｏｍｉｃｒｏｎ株に対する活性が回復できないかと考えた。
Ｏｍｉｃｒｏｎ株では，Ｑ４９３がＲに変位することで，水素結合の喪失とＨＣＤＲ２のＳ５５，Ｎ５７と立体的な障害がおこり，Ｑ４９３Ｒと結合できなくなり，その結果，Ｏｍｉｃｒｏｎ株に対しての活性が弱くなることが示唆されている（非特許文献２）。
そこで，本発明者らは，ＨＣＤＲ２のＳ５５及びＮ５７を改変させることで，Ｏｍｉｃｒｏｎ株に対する活性が回復できないかと考えた。
【0069】
実験例１
Ｓ５５とＮ５７がＱ４９３Ｒに対して水素結合できるようにＯＨ基を側鎖にもつ残基，あるいは立体的な障害を起こさないよう小さくした残基に改変した。
具体的にはＵＴ２８ＫのＳ５５をＧ（Ｓ５５Ｇ；２８Ｇ＿１－ＧＮ）もしくは欠失（Ｓ５５ｄｅｌ；２８Ｇ＿２－ＸＮ），Ｎ５７をＲ（Ｎ５７Ｒ；２８Ｇ＿３－ＳＲ），Ｄ（Ｎ５７Ｄ；２８Ｇ＿４－ＳＤ），Ｇ（Ｎ５７Ｇ；２８Ｇ＿５－ＳＧ），Ｓ（Ｎ５７Ｓ；４＿１２－ＳＳ／ＷＴ）に変異を入れたＤＮＡ断片，及びＵＴ２８ＫのＳ５５をＧにＮ５７をＲ（２８Ｇ＿６－ＧＲ），Ｓ５５をＧにＮ５７をＤ（２８Ｇ＿７－ＧＤ），Ｓ５５をＧにＮ５７をＧ（２８Ｇ＿８－ＧＧ），Ｓ５５を欠失しＮ５７をＲ（２８Ｇ＿９－ＸＲ），Ｓ５５を欠失しＮ５７をＤ（２８Ｇ＿１０－ＸＤ），Ｓ５５を欠失しＮ５７をＧ（２８Ｇ＿１１－ＸＧ）に変異を入れたＤＮＡ断片を合成し（ユーロフィンジェノミクス株式会社に委託），そのＤＮＡ断片をヒト抗体発現ベクター（非特許文献２に準じて作製）にクローニングした。
得られたプラスミドとＵＴ２８Ｋ改変体の軽鎖のプラスミドをＥｘｐｉ２９３Ｆ（登録商標）細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）細胞に導入し，該当の抗体を産生させた。数日後培養上清を回収し，ＷＴ由来のＲＢＤとＯｍｉｃｒｏｎ株（Ｂ．１．１.５２９（ＢＡ．１））由来のＲＢＤに対する結合活性をＥＬＩＳＡにて評価した。
結果を図２－1に示す。図２－１は，作製した改変ＵＴ２８Ｋと，ＥＬＩＳＡによる結合活性の一覧表を示している。
図中の２８Ｇ＿４－ＳＤと２＿４－ＳＤ／ＷＴは同一である。２８Ｇ＿７－ＧＤと３＿７－ＧＤ／ＷＴはそれぞれ同一である。また２８Ｋ ｓｕｐと１＿ＷＴ／ＷＴも同一で，ＵＴ２８Ｋのことである。
Ｓ５５とＮ５７がＱ４９３Ｒに対して水素結合できるようにＯＨ基を側鎖にもつ残基，あるいは立体的な障害を起こさないよう小さくした残基に改変した。
具体的にはＵＴ２８ＫのＳ５５をＧ（Ｓ５５Ｇ；２８Ｇ＿１－ＧＮ）もしくは欠失（Ｓ５５ｄｅｌ；２８Ｇ＿２－ＸＮ），Ｎ５７をＲ（Ｎ５７Ｒ；２８Ｇ＿３－ＳＲ），Ｄ（Ｎ５７Ｄ；２８Ｇ＿４－ＳＤ），Ｇ（Ｎ５７Ｇ；２８Ｇ＿５－ＳＧ），Ｓ（Ｎ５７Ｓ；４＿１２－ＳＳ／ＷＴ）に変異を入れたＤＮＡ断片，及びＵＴ２８ＫのＳ５５をＧにＮ５７をＲ（２８Ｇ＿６－ＧＲ），Ｓ５５をＧにＮ５７をＤ（２８Ｇ＿７－ＧＤ），Ｓ５５をＧにＮ５７をＧ（２８Ｇ＿８－ＧＧ），Ｓ５５を欠失しＮ５７をＲ（２８Ｇ＿９－ＸＲ），Ｓ５５を欠失しＮ５７をＤ（２８Ｇ＿１０－ＸＤ），Ｓ５５を欠失しＮ５７をＧ（２８Ｇ＿１１－ＸＧ）に変異を入れたＤＮＡ断片を合成し（ユーロフィンジェノミクス株式会社に委託），そのＤＮＡ断片をヒト抗体発現ベクター（非特許文献２に準じて作製）にクローニングした。
得られたプラスミドとＵＴ２８Ｋ改変体の軽鎖のプラスミドをＥｘｐｉ２９３Ｆ（登録商標）細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）細胞に導入し，該当の抗体を産生させた。数日後培養上清を回収し，ＷＴ由来のＲＢＤとＯｍｉｃｒｏｎ株（Ｂ．１．１.５２９（ＢＡ．１））由来のＲＢＤに対する結合活性をＥＬＩＳＡにて評価した。
結果を図２－1に示す。図２－１は，作製した改変ＵＴ２８Ｋと，ＥＬＩＳＡによる結合活性の一覧表を示している。
図中の２８Ｇ＿４－ＳＤと２＿４－ＳＤ／ＷＴは同一である。２８Ｇ＿７－ＧＤと３＿７－ＧＤ／ＷＴはそれぞれ同一である。また２８Ｋ ｓｕｐと１＿ＷＴ／ＷＴも同一で，ＵＴ２８Ｋのことである。
【0070】
別途に，ＵＴ２８Ｋ，及びＵＴ２８ＫのＮ５７をＲ（Ｎ５７Ｒ；２８Ｇ＿３－ＳＲ），Ｇ（Ｎ５７Ｇ；２８Ｇ＿５－ＳＧ），Ｓ（Ｎ５７Ｓ；４＿１２－ＳＳ／ＷＴ），Ｅ（Ｎ５７Ｅ）に変異を入れたＤＮＡ断片を合成し上記と同様にしてヒト抗体発現ベクターにクローニングした。
１μｇ／ｍｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を含むＰＢＳを，Ｍａｘｉｓｏｒｐ ９６ ｗｅｌｌ ｐｌａｔｅ（Ｎｕｎｃ）に４℃で一夜保温することで，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をウエルの底面に固層化した。抗原溶液を除去した後，３％牛血清アルブミン（ＢＳＡ）と０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで１時間ブロッキングした。次に，０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，３００ｎｇ／ｍｌの作製した抗体を１時間インキュベートした。その後０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，２００ ｎｇ／ｍｌペルオキシダーゼ標識抗ヒトＩｇＧ－Ｆｃ Ｆ（ａｂ）’２フラグメント（ｓｉｇｍａ）で１時間インキュベートした。最後に０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，ＴＭＢ基質（ＳｅｒａＣａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて発色させ，プレートリーダーＦＬＵＯｓｔａｒ ＯＭＥＧＡ （ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ）を用いて吸光度４５０ｎｍの測定を行った。
結果を図２－２に示す。図２－２は，作製した改変ＵＴ２８Ｋと，ＥＬＩＳＡによる結合活性の一覧表を示している。
図中のｃｏｎｔｒｏｌ Ａｂはコントロール抗体で西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質を認識するモノクローナル抗体である（Ｏｚａｗａ Ｔ， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉｖｉｒａｌ Ｒｅｓ． ２０１８；１５４：５８-６５．）。
１μｇ／ｍｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を含むＰＢＳを，Ｍａｘｉｓｏｒｐ ９６ ｗｅｌｌ ｐｌａｔｅ（Ｎｕｎｃ）に４℃で一夜保温することで，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をウエルの底面に固層化した。抗原溶液を除去した後，３％牛血清アルブミン（ＢＳＡ）と０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで１時間ブロッキングした。次に，０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，３００ｎｇ／ｍｌの作製した抗体を１時間インキュベートした。その後０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，２００ ｎｇ／ｍｌペルオキシダーゼ標識抗ヒトＩｇＧ－Ｆｃ Ｆ（ａｂ）’２フラグメント（ｓｉｇｍａ）で１時間インキュベートした。最後に０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，ＴＭＢ基質（ＳｅｒａＣａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて発色させ，プレートリーダーＦＬＵＯｓｔａｒ ＯＭＥＧＡ （ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ）を用いて吸光度４５０ｎｍの測定を行った。
結果を図２－２に示す。図２－２は，作製した改変ＵＴ２８Ｋと，ＥＬＩＳＡによる結合活性の一覧表を示している。
図中のｃｏｎｔｒｏｌ Ａｂはコントロール抗体で西ナイルウイルスのエンベロープタンパク質を認識するモノクローナル抗体である（Ｏｚａｗａ Ｔ， ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉｖｉｒａｌ Ｒｅｓ． ２０１８；１５４：５８-６５．）。
【0071】
１μｇ／ｍｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を含むＰＢＳを，Ｍａｘｉｓｏｒｐ ９６ ｗｅｌｌ ｐｌａｔｅ（Ｎｕｎｃ）に４℃で一夜保温することで，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をウエルの底面に固層化した。抗原溶液を除去した後，３％牛血清アルブミン（ＢＳＡ）と０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで１時間ブロッキングした。次に，０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，１６，８０，４００，２０００ｐＭ／ｍｌの作製した抗体（ＵＴ２８Ｋ－Ｄ；２８Ｇ＿４－ＳＤ）を１時間インキュベートした。その後０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，２００ｎｇ／ｍｌペルオキシダーゼ標識抗ヒトＩｇＧ－Ｆｃ Ｆ（ａｂ）’２フラグメント（ｓｉｇｍａ）で１時間インキュベートした。最後に０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，ＴＭＢ基質（ＳｅｒａＣａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて発色させ，プレートリーダーＦＬＵＯｓｔａｒ ＯＭＥＧＡ （ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ）を用いて吸光度４５０ｎｍの測定を行った。
結果を図２－３に示す。
図２－１，図２－２及び図２－３の結果より，Ｎ５７Ｄである２８Ｇ＿４－ＳＤ及びＳ５５Ｇ，Ｎ５７Ｄである２８Ｇ＿７－ＧＤは，オミクロン株由来ＲＢＤに対して，結合が回復したことが示された。それ以外は回復していなかった。
一方，それらもＷＴ由来ＲＢＤに対する結合と比較すると，完全に回復してはいない。これらの結果より，２８Ｇ＿４－ＳＤ及び２８Ｇ＿７－ＧＤを候補として，次の実験を進めた。
結果を図２－３に示す。
図２－１，図２－２及び図２－３の結果より，Ｎ５７Ｄである２８Ｇ＿４－ＳＤ及びＳ５５Ｇ，Ｎ５７Ｄである２８Ｇ＿７－ＧＤは，オミクロン株由来ＲＢＤに対して，結合が回復したことが示された。それ以外は回復していなかった。
一方，それらもＷＴ由来ＲＢＤに対する結合と比較すると，完全に回復してはいない。これらの結果より，２８Ｇ＿４－ＳＤ及び２８Ｇ＿７－ＧＤを候補として，次の実験を進めた。
【0072】
実験例２
２８Ｇ＿４－ＳＤ及び２８Ｇ＿７－ＧＤのＤＮＡ断片をヒト抗体発現ベクター（非特許文献２に準じて作製）にクローニングし，得られたプラスミドと各改変体の軽鎖のプラスミドとをＥｘｐｉ２９３Ｆ（登録商標）細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）細胞に同時形質導入し，培養した細胞の上清を７日後に集め，次いでリコンビナントモノクローナル抗体を，プロテインＧカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いて精製した。精製した抗体を用いて，ＲＢＤタンパク質（ＷＴタイプ，Ｏｍｉｃｒｏｎ型）とＡＣＥ２タンパク質の結合阻害実験を，以前の方法（非特許文献２）に従ってＥＬＩＳＡにて解析した。
具体的には１μｇ／ｍｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を含むＰＢＳを，Ｍａｘｉｓｏｒｐ ９６ ｗｅｌｌ ｐｌａｔｅ（Ｎｕｎｃ）に４℃で一夜保温することで，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をウエルの底面に固層化した。抗原溶液を除去した後，３％牛血清アルブミン（ＢＳＡ）と０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで１時間ブロッキングした。次に，０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，３３～０．１４ｎＭの抗体に５０ｎｇ／ｍｌのビオチン化ＡＣＥ２を加えた混合液を１時間インキュベートした。その後０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，２００ ｎｇ／ｍｌペルオキシダーゼ標識抗ストレプトアビジン（Ａｂｃａｍ）で１時間インキュベートした。最後に０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，ＴＭＢ基質（ＳｅｒａＣａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて発色させ，プレートリーダーＦＬＵＯｓｔａｒ ＯＭＥＧＡ （ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ）を用いて吸光度４５０ｎｍの測定を行った。測定はトリプリケートウェルを用い平均値±標準偏差を求めた。２回以上実験を行ったが同様の結果が得られた。
結果を図３に示す。この図でスラッシュ（“／”）の後の２８ＫはＵＴ２８Ｋ，２８Ｋ ＳＤは２８Ｇ＿４－ＳＤ，２８Ｋ ＧＤは２８Ｇ＿７－ＧＤのことである。またスラッシュ（“／”）の前は，用いたＲＢＤがＷＴならＷＴ由来，ｏｍｉｃｒｏｎならオミクロン株由来のことである。ＵＴ２８Ｋ，２８Ｋ ＳＤ，２８Ｋ ＧＤはいずれもＷＴ由来ＲＤＢとＡＣＥ２の結合を阻害することが示されたが，２８Ｋ ＧＤの阻害活性は，ＵＴ２８Ｋ，２８Ｋ ＳＤと比べて弱いことが示された。
オミクロン株由来ＲＢＤとＡＣＥ２の阻害活性は，ＵＴ２８Ｋは認められなかったのに対し，２８Ｋ ＳＤ，２８Ｋ ＧＤは認められた。一方，ＷＴ由来ＲＢＤに対する阻害結合と比較すると，完全に回復してはいない。これらの結果より，２８Ｋ ＳＤを候補として，次の実験を進めた。
２８Ｇ＿４－ＳＤ及び２８Ｇ＿７－ＧＤのＤＮＡ断片をヒト抗体発現ベクター（非特許文献２に準じて作製）にクローニングし，得られたプラスミドと各改変体の軽鎖のプラスミドとをＥｘｐｉ２９３Ｆ（登録商標）細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）細胞に同時形質導入し，培養した細胞の上清を７日後に集め，次いでリコンビナントモノクローナル抗体を，プロテインＧカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）を用いて精製した。精製した抗体を用いて，ＲＢＤタンパク質（ＷＴタイプ，Ｏｍｉｃｒｏｎ型）とＡＣＥ２タンパク質の結合阻害実験を，以前の方法（非特許文献２）に従ってＥＬＩＳＡにて解析した。
具体的には１μｇ／ｍｌ ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質を含むＰＢＳを，Ｍａｘｉｓｏｒｐ ９６ ｗｅｌｌ ｐｌａｔｅ（Ｎｕｎｃ）に４℃で一夜保温することで，ＳＡＲＳ－ＣｏＶ－２スパイクタンパク質をウエルの底面に固層化した。抗原溶液を除去した後，３％牛血清アルブミン（ＢＳＡ）と０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで１時間ブロッキングした。次に，０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，３３～０．１４ｎＭの抗体に５０ｎｇ／ｍｌのビオチン化ＡＣＥ２を加えた混合液を１時間インキュベートした。その後０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，２００ ｎｇ／ｍｌペルオキシダーゼ標識抗ストレプトアビジン（Ａｂｃａｍ）で１時間インキュベートした。最後に０．１％ Ｔｗｅｅｎ－２０を含むＰＢＳで洗浄し，ＴＭＢ基質（ＳｅｒａＣａｒｅ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いて発色させ，プレートリーダーＦＬＵＯｓｔａｒ ＯＭＥＧＡ （ＢＭＧ ＬＡＢＴＥＣＨ）を用いて吸光度４５０ｎｍの測定を行った。測定はトリプリケートウェルを用い平均値±標準偏差を求めた。２回以上実験を行ったが同様の結果が得られた。
結果を図３に示す。この図でスラッシュ（“／”）の後の２８ＫはＵＴ２８Ｋ，２８Ｋ ＳＤは２８Ｇ＿４－ＳＤ，２８Ｋ ＧＤは２８Ｇ＿７－ＧＤのことである。またスラッシュ（“／”）の前は，用いたＲＢＤがＷＴならＷＴ由来，ｏｍｉｃｒｏｎならオミクロン株由来のことである。ＵＴ２８Ｋ，２８Ｋ ＳＤ，２８Ｋ ＧＤはいずれもＷＴ由来ＲＤＢとＡＣＥ２の結合を阻害することが示されたが，２８Ｋ ＧＤの阻害活性は，ＵＴ２８Ｋ，２８Ｋ ＳＤと比べて弱いことが示された。
オミクロン株由来ＲＢＤとＡＣＥ２の阻害活性は，ＵＴ２８Ｋは認められなかったのに対し，２８Ｋ ＳＤ，２８Ｋ ＧＤは認められた。一方，ＷＴ由来ＲＢＤに対する阻害結合と比較すると，完全に回復してはいない。これらの結果より，２８Ｋ ＳＤを候補として，次の実験を進めた。
【0073】
実験例３
２８Ｋ ＳＤから更に結合力を高めるために，２８Ｋ ＳＤとオミクロンＲＢＤの間に生じている隙間に着目した。最近，Ｙａｍａｓｈｉｔａらにより，結合表面積値を上昇させる，言い換えれば隙間を埋めることで，抗体の親和性を向上できることが示されている（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ２０１９， ２７， ５１９ ＤＯＩ： １０．１０１６／ｊ．ｓｔｒ．２０１８．１１．００２）。その隙間を埋めるため，幾つかの部位に変異を導入した。
具体的には，図４に示したＴ２８Ｒ（１３＿３２／ＷＴ），Ｉ３１Ｎ（３＿４１／ＷＴ），Ａ３３Ｇ（４＿４２／ＷＴ），Ｍ７４Ｋ（１２＿３１／ＷＴ），Ｇ１０３Ｗ（５＿４３／ＷＴ）を作製した。並行して，これらの変異を組み合わせた抗体も作製した。
先と同様に，ＤＮＡ断片を合成し（ユーロフィン），そのＤＮＡ断片をヒト抗体発現ベクターにクローニングした。得られたプラスミドとＵＴ２８Ｋの軽鎖のプラスミドをＥｘｐｉ２９３Ｆ（登録商標）細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に導入し，該当の抗体を産生させた。数日後培養上清を回収し，ＷＴ由来のＲＢＤとオミクロン株由来のＲＢＤに対する結合活性をＥＬＩＳＡにて評価した（図４）。
図４の中で，５＿２３／ＷＴ，７＿２６／ＷＴ，１０＿２９／ＷＴ，１１＿３０／ＷＴ，１３＿３２／ＷＴ，５＿４３／ＷＴ，６＿４４／ＷＴは，２８Ｋ ＳＤ（この図では２＿ＳＤ＿ＷＴと表記）と比較して，オミクロン株に対する結合活性が上昇していることが示された。
２８Ｋ ＳＤから更に結合力を高めるために，２８Ｋ ＳＤとオミクロンＲＢＤの間に生じている隙間に着目した。最近，Ｙａｍａｓｈｉｔａらにより，結合表面積値を上昇させる，言い換えれば隙間を埋めることで，抗体の親和性を向上できることが示されている（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ２０１９， ２７， ５１９ ＤＯＩ： １０．１０１６／ｊ．ｓｔｒ．２０１８．１１．００２）。その隙間を埋めるため，幾つかの部位に変異を導入した。
具体的には，図４に示したＴ２８Ｒ（１３＿３２／ＷＴ），Ｉ３１Ｎ（３＿４１／ＷＴ），Ａ３３Ｇ（４＿４２／ＷＴ），Ｍ７４Ｋ（１２＿３１／ＷＴ），Ｇ１０３Ｗ（５＿４３／ＷＴ）を作製した。並行して，これらの変異を組み合わせた抗体も作製した。
先と同様に，ＤＮＡ断片を合成し（ユーロフィン），そのＤＮＡ断片をヒト抗体発現ベクターにクローニングした。得られたプラスミドとＵＴ２８Ｋの軽鎖のプラスミドをＥｘｐｉ２９３Ｆ（登録商標）細胞（Ｔｈｅｒｍｏ Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）に導入し，該当の抗体を産生させた。数日後培養上清を回収し，ＷＴ由来のＲＢＤとオミクロン株由来のＲＢＤに対する結合活性をＥＬＩＳＡにて評価した（図４）。
図４の中で，５＿２３／ＷＴ，７＿２６／ＷＴ，１０＿２９／ＷＴ，１１＿３０／ＷＴ，１３＿３２／ＷＴ，５＿４３／ＷＴ，６＿４４／ＷＴは，２８Ｋ ＳＤ（この図では２＿ＳＤ＿ＷＴと表記）と比較して，オミクロン株に対する結合活性が上昇していることが示された。
【0074】
実験例４
そこで，これら抗体と，別に作製した２４を候補として，次の実験を進めた。
先と同様に，ＲＢＤタンパク質とＡＣＥ２タンパク質の結合阻害実験を行った（図５）。
図５の中で，スラッシュ（“／”）の前の３２は１３＿３２／ＷＴ，４３は５＿４３／ＷＴ，４４は６＿４４／ＷＴ，ＷＴはＵＴ２８Ｋ，ＳＤは２８Ｋ ＳＤのことである。またスラッシュ（“／”）の後は，用いたＲＢＤがＷＴならＷＴ由来，ｏｍｉｃｒｏｎならオミクロン株由来のことである。
これら改変ＵＴ２８Ｋはいずれもオミクロン株由来ＲＢＤとＡＣＥ２の結合を阻害したが，中でも３２と４４の阻害活性が高かった。そこで３２と４４を次の実験に用いた。
そこで，これら抗体と，別に作製した２４を候補として，次の実験を進めた。
先と同様に，ＲＢＤタンパク質とＡＣＥ２タンパク質の結合阻害実験を行った（図５）。
図５の中で，スラッシュ（“／”）の前の３２は１３＿３２／ＷＴ，４３は５＿４３／ＷＴ，４４は６＿４４／ＷＴ，ＷＴはＵＴ２８Ｋ，ＳＤは２８Ｋ ＳＤのことである。またスラッシュ（“／”）の後は，用いたＲＢＤがＷＴならＷＴ由来，ｏｍｉｃｒｏｎならオミクロン株由来のことである。
これら改変ＵＴ２８Ｋはいずれもオミクロン株由来ＲＢＤとＡＣＥ２の結合を阻害したが，中でも３２と４４の阻害活性が高かった。そこで３２と４４を次の実験に用いた。
【0075】
実験例５
３２，４４，ＵＴ２８Ｋ，ＳＤを用いて，以前の方法（非特許文献２）に従ってｉｎ ｖｉｔｒｏにおける生ウイルスの中和実験を行った。具体的には以下の手順で行った。
Ｗｕｈａｎは武漢株（ｈＣｏＶ－１９／Ｊａｐａｎ／ＴＹ／ＷＫ－５２１／２０２０， ＧＳＡＩＤ ＩＤ： ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４０８６６７），Ｏｍｉｃｒｏｎはオミクロン株（ｈＣｏＶ－１９／Ｊａｐａｎ／ＴＹ３８－８７３， ＧＳＡＩＤ ＩＤ： ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿７４１８０１７）由来の生ウイルスを示している。
終濃度０．０６２５，０．１２５，０．２５，０．５，１．０μｇ／ｍｌになるように，それぞれ３２，４４，ＵＴ２８Ｋ，ＳＤの精製抗体と感染価（Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｕｎｉｔ；ＩＵ）で１００ＩＵのウイルスをマイクロチューブ内で混合し，３７℃で１時間反応させた。その後，２４ｗｅｌｌプレートに播種したＶｅｒｏＥ６／ＴＭＰＲＳＳ２細胞に添加し，３７℃で２時間吸着させた。その後，吸着しなかった抗体とウイルスを含む混合液を完全に除き，再び各濃度の抗体を含む培養培地を添加し，２日間培養を続けた。２日間培養した細胞の培養上清を回収し，各抗体濃度添加時のウイルス感染価をプラークアッセイ法により測定した。
３２，４４，ＵＴ２８Ｋ，ＳＤを用いて，以前の方法（非特許文献２）に従ってｉｎ ｖｉｔｒｏにおける生ウイルスの中和実験を行った。具体的には以下の手順で行った。
Ｗｕｈａｎは武漢株（ｈＣｏＶ－１９／Ｊａｐａｎ／ＴＹ／ＷＫ－５２１／２０２０， ＧＳＡＩＤ ＩＤ： ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿４０８６６７），Ｏｍｉｃｒｏｎはオミクロン株（ｈＣｏＶ－１９／Ｊａｐａｎ／ＴＹ３８－８７３， ＧＳＡＩＤ ＩＤ： ＥＰＩ＿ＩＳＬ＿７４１８０１７）由来の生ウイルスを示している。
終濃度０．０６２５，０．１２５，０．２５，０．５，１．０μｇ／ｍｌになるように，それぞれ３２，４４，ＵＴ２８Ｋ，ＳＤの精製抗体と感染価（Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｕｎｉｔ；ＩＵ）で１００ＩＵのウイルスをマイクロチューブ内で混合し，３７℃で１時間反応させた。その後，２４ｗｅｌｌプレートに播種したＶｅｒｏＥ６／ＴＭＰＲＳＳ２細胞に添加し，３７℃で２時間吸着させた。その後，吸着しなかった抗体とウイルスを含む混合液を完全に除き，再び各濃度の抗体を含む培養培地を添加し，２日間培養を続けた。２日間培養した細胞の培養上清を回収し，各抗体濃度添加時のウイルス感染価をプラークアッセイ法により測定した。
【0076】
それぞれ３ｗｅｌｌのウイルスプラーク数を数え，平均値を計算し，抗体非存在下におけるウイルス産生量を１００として，抗体存在下におけるウイルス産生量の割合を図６に示す。
オミクロン株に対する中和活性は，３２＞ＳＤ≒４４＞＞ＷＴであった。
３２のオミクロン株に対する中和活性は，ＷＴの武漢株に対する中和活性と同程度であることが示された。
これらの結果より，３２はオミクロン株に対して中和活性は，ＵＴ２８Ｋの武漢株に対する活性と同程度有していることが示された。
オミクロン株に対する中和活性は，３２＞ＳＤ≒４４＞＞ＷＴであった。
３２のオミクロン株に対する中和活性は，ＷＴの武漢株に対する中和活性と同程度であることが示された。
これらの結果より，３２はオミクロン株に対して中和活性は，ＵＴ２８Ｋの武漢株に対する活性と同程度有していることが示された。
【図1】
【図2-1】
【図2-2】
【図2-3】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【配列表】