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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2024052195
(43)【公開日】2024-04-11
(54)【発明の名称】情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置
(51)【国際特許分類】
G16C 20/50 20190101AFI20240404BHJP
【ＦＩ】
G16C20/50
【審査請求】未請求
【請求項の数】7
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2022158748
(22)【出願日】2022-09-30
(71)【出願人】
【識別番号】000005223
【氏名又は名称】富士通株式会社
(74)【代理人】
【識別番号】100104190
【弁理士】
【氏名又は名称】酒井 昭徳
(72)【発明者】
【氏名】飯嶋 直輝
(57)【要約】
【課題】分子の結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させる場合に、当該分子に含まれる原子の座標を適切に変更すること。
【解決手段】情報処理装置１００は、結合長の変化に応じて座標を変更する対象となる、モデル１１０の球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付けた際、球１１１ａが示す原子と、球１１１ｅが示す原子との結合長の変化量の指定を受け付ける。情報処理装置１００は、棒１１２ａｅが示す結合軸に沿った単位ベクトルと、結合長の変化量とに基づいて、座標空間における、球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。
【選択図】図１
【解決手段】情報処理装置１００は、結合長の変化に応じて座標を変更する対象となる、モデル１１０の球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付けた際、球１１１ａが示す原子と、球１１１ｅが示す原子との結合長の変化量の指定を受け付ける。情報処理装置１００は、棒１１２ａｅが示す結合軸に沿った単位ベクトルと、結合長の変化量とに基づいて、座標空間における、球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。
【選択図】図１
【特許請求の範囲】
【請求項1】
所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータに実行させることを特徴とする情報処理プログラム。
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータに実行させることを特徴とする情報処理プログラム。
【請求項2】
前記変更する処理は、
前記結合長の第１の変化量の指定に応じて、前記１以上の原子のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から前記第１の変化量を乗算した前記単位ベクトル分移動した先である前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする請求項１に記載の情報処理プログラム。
前記結合長の第１の変化量の指定に応じて、前記１以上の原子のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から前記第１の変化量を乗算した前記単位ベクトル分移動した先である前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする請求項１に記載の情報処理プログラム。
【請求項3】
前記変更する処理は、
前記結合角の第２の変化量の指定に応じて、前記第２の変化量と、前記第２の原子の座標から前記第３の原子の座標へのベクトルと、前記法線ベクトルとに基づいて、前記第２の原子の座標から前記結合角の変化後の前記第１の原子の前記第２の座標への第１のベクトルを特定し、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標から特定した前記第１のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記結合角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第２のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第２のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする請求項１に記載の情報処理プログラム。
前記結合角の第２の変化量の指定に応じて、前記第２の変化量と、前記第２の原子の座標から前記第３の原子の座標へのベクトルと、前記法線ベクトルとに基づいて、前記第２の原子の座標から前記結合角の変化後の前記第１の原子の前記第２の座標への第１のベクトルを特定し、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標から特定した前記第１のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記結合角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第２のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第２のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする請求項１に記載の情報処理プログラム。
【請求項4】
前記変更する処理は、
前記回転角の第３の変化量の指定に応じて、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標に前記第３の変化量に対応する前記回転行列を乗算した前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記回転角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第３のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第３のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする請求項１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
前記回転角の第３の変化量の指定に応じて、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標に前記第３の変化量に対応する前記回転行列を乗算した前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記回転角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第３のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第３のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする請求項１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
【請求項5】
前記対象の分子のうち、前記変化量の指定各々に応じて、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、前記第１の座標から前記第２の座標に変更した変更後の、各々の前記対象の分子に対して、前記対象の分子のポテンシャルエネルギーをそれぞれ算出し、
算出した複数の前記ポテンシャルエネルギーに基づいて、前記対象の分子のポテンシャルエネルギー曲線を生成する、
処理を前記コンピュータに実行させることを特徴とする請求項１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
算出した複数の前記ポテンシャルエネルギーに基づいて、前記対象の分子のポテンシャルエネルギー曲線を生成する、
処理を前記コンピュータに実行させることを特徴とする請求項１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
【請求項6】
所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータが実行することを特徴とする情報処理方法。
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータが実行することを特徴とする情報処理方法。
【請求項7】
所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
制御部を有することを特徴とする情報処理装置。
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
制御部を有することを特徴とする情報処理装置。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置に関する。
【背景技術】
【0002】
従来、新薬または新材料の開発のため、対象の分子のポテンシャルエネルギー曲線（ＰＥＣ：Ｐｏｔｅｎｔｉａｌ Ｅｎｅｒｇｙ Ｃｕｒｖｅ）を生成することが望まれる。例えば、対象の分子が取り得る、それぞれ原子の座標が異なる複数の状態を生成し、それぞれの状態の対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出することにより、ＰＥＣを生成することが考えられる。
【0003】
先行技術としては、例えば、指定化合物Ｘを固定剛体単位と移動剛体単位とに分割し、ランダムに選択する特定移動距離で、移動剛体単位を平行移動するものがある。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
【特許文献1】特開２００３－２０６２４６号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
しかしながら、従来技術では、対象の分子が取り得る複数の状態を特定することが難しい場合がある。例えば、対象の分子のある状態から、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させ、対象の分子が取り得る複数の状態を生成しようとする場合に、対象の分子に含まれる原子の座標を適切に変更することが難しい。
【0006】
１つの側面では、本発明は、分子の結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させる場合に、当該分子に含まれる原子の座標を適切に変更することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0007】
１つの実施態様によれば、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付け、前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置が提案される。
【発明の効果】
【0008】
一態様によれば、分子の結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させる場合に、当該分子に含まれる原子の座標を適切に変更することが可能になる。
【図面の簡単な説明】
【0009】
【発明を実施するための形態】
【0010】
以下に、図面を参照して、本発明にかかる情報処理プログラム、情報処理方法、および情報処理装置の実施の形態を詳細に説明する。
【0011】
（実施の形態にかかる情報処理方法の一実施例）
図１は、実施の形態にかかる情報処理方法の一実施例を示す説明図である。情報処理装置１００は、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子の少なくともいずれかの原子の座標を変更するためのコンピュータである。情報処理装置１００は、例えば、サーバ、または、ＰＣ（Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ）などである。
図１は、実施の形態にかかる情報処理方法の一実施例を示す説明図である。情報処理装置１００は、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子の少なくともいずれかの原子の座標を変更するためのコンピュータである。情報処理装置１００は、例えば、サーバ、または、ＰＣ（Ｐｅｒｓｏｎａｌ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ）などである。
【0012】
座標空間は、例えば、３次元空間である。対象の分子は、例えば、複数の原子が結合することにより形成される。対象の分子は、例えば、Ｈ2ＯまたはＣ2Ｈ6などである。原子は、例えば、ＨまたはＣなどである。図１において、分子のモデル１１０の一例を示す。モデル１１０は、具体的には、Ｃ2Ｈ6を示す。モデル１１０は、具体的には、原子を球１１１で示し、原子間の結合を棒１１２で示す。図１の例では、白い球が、Ｈに対応する。また、図１の例では、ハッチを付した球が、Ｃに対応する。
【0013】
以下の説明では、原子間の結合方向を示す軸を「結合軸」と表記する場合がある。また、以下の説明では、結合する原子間の距離を「結合長」と表記する場合がある。また、以下の説明では、起点の原子から異なる２つの原子のそれぞれの原子への結合軸が成す角度を「結合角」と表記する場合がある。また、以下の説明では、いずれかの原子の結合軸を回転軸として当該いずれかの原子を回転する角度を「回転角」と表記する場合がある。
【0014】
従来、新薬または新材料の開発などのため、対象の分子のＰＥＣを生成し、対象の分子が有する性質を解析することが望まれる。例えば、対象の分子が取り得る、それぞれ原子の座標が異なる複数の状態を生成し、それぞれの状態の対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出することにより、ＰＥＣを生成することが考えられる。
【0015】
具体的には、対象の分子のある状態から、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させ、対象の分子が取り得る複数の状態を生成することが望まれる。換言すれば、対象の分子のある状態から、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させた新たな状態における、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を特定することが望まれる。
【0016】
しかしながら、対象の分子のある状態から、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させた新たな状態における、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を特定することが難しい。例えば、ある状態における対象の分子に含まれる原子の座標を、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させた新たな状態に対応するよう適切に変更することが難しい。
【0017】
具体的には、ある状態における対象の分子に含まれるいずれかの原子に関する結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させた場合、当該原子の座標と併せて、他のいずれの原子の座標をどのように変更すればよいのかを特定することが難しい。このため、対象の分子のある状態から、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させ、対象の分子が取り得る複数の状態を生成することが難しい。
【0018】
そこで、本実施の形態では、所定の座標空間に存在する対象の分子の結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化させる際に、対象の分子を形成する少なくともいずれかの原子の座標を適切に変更することができる情報処理方法について説明する。
【0019】
図１において、情報処理装置１００は、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を記憶する。図１の例では、情報処理装置１００は、具体的には、モデル１１０が示す分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を記憶する。
【0020】
（１－１）情報処理装置１００は、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付ける。
【0021】
情報処理装置１００は、具体的には、結合長の変化に応じて座標を変更する対象となる、モデル１１０の球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、結合角の変化に応じて座標を変更する対象となる、モデル１１０の球１１１ｂが示す１つの原子の選択を受け付けてもよい。情報処理装置１００は、具体的には、回転角の変化に応じて座標を変更する対象となる、モデル１１０の球１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付けてもよい。
【0022】
（１－２）情報処理装置１００は、選択を受け付けた１以上の原子に関する結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量の指定を受け付ける。情報処理装置１００は、例えば、選択を受け付けた１以上の原子に含まれる第１の原子と、選択を受け付けた１以上の原子に含まれず、第１の原子に接続する第２の原子との結合長の変化量の指定を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付けた際、球１１１ａが示す原子と、球１１１ｅが示す原子との結合長の変化量の指定を受け付ける。
【0023】
情報処理装置１００は、例えば、第１の結合軸と、第２の結合軸とが成す結合角の変化量の指定を受け付けてもよい。第１の結合軸は、例えば、選択を受け付けた１以上の原子に含まれる第１の原子と、選択を受け付けた１以上の原子に含まれず、第１の原子に接続する第２の原子とを結合する結合軸である。第２の結合軸は、例えば、第２の原子と、選択を受け付けた１以上の原子に含まれず、第２の原子に接続する第３の原子とを結合する結合軸である。情報処理装置１００は、具体的には、球１１１ｂが示す１つの原子の選択を受け付けた際、棒１１２ａｂが示す結合軸と、棒１１２ａｃが示す結合軸とが成す結合角の変化量の指定を受け付けてもよい。
【0024】
情報処理装置１００は、例えば、第２の結合軸に対する第２の原子の回転角の変化量の指定を受け付けてもよい。第２の原子は、第１の原子に接続する原子である。第２の結合軸は、例えば、第２の原子と、選択を受け付けた１以上の原子に含まれず、第２の原子に接続する第３の原子とを結合する結合軸である。情報処理装置１００は、具体的には、球１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子の選択を受け付けた際、棒１１２ａｅが示す結合軸に対する、球１１１ａが示す原子の回転角の変化量の指定を受け付けてもよい。
【0025】
（１－３）情報処理装置１００は、変化量の指定に応じて、座標空間における、単位ベクトル、法線ベクトル、および、回転行列の少なくともいずれかに基づいて、座標空間における、選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。
【0026】
単位ベクトルは、例えば、結合長を変化させる第１の原子と第２の原子との座標間の結合軸の沿った単位長さのベクトルである。法線ベクトルは、例えば、結合角を変化させる第１の結合軸と第２の結合軸とが成す面に対する法線方向に沿ったベクトルである。回転行列は、例えば、回転角を変化させる第２の原子の座標を原点とする回転変換を表現する行列である。
【0027】
情報処理装置１００は、具体的には、球１１１ａが示す原子と、球１１１ｅが示す原子との結合長の変化量の指定を受け付けた際、棒１１２ａｅが示す結合軸に沿った単位ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、具体的には、特定した単位ベクトルと、結合長の変化量とに基づいて、座標空間における、球１１１ａ，１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。
【0028】
これにより、情報処理装置１００は、対象の分子を形成する原子の座標を、結合長を変化させた状態に対応するよう適切に変更することができる。このため、情報処理装置１００は、対象の分子が取り得る、それぞれ原子の座標が異なる複数の状態を用意し易くすることができ、ＰＥＣを生成し易くすることができる。
【0029】
情報処理装置１００は、具体的には、棒１１２ａｂが示す結合軸と、棒１１２ａｃが示す結合軸とが成す面に対する法線ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、具体的には、特定した法線ベクトルと、結合角の変化量とに基づいて、座標空間における、球１１１ｂが示す１つの原子の座標を変更する。
【0030】
これにより、情報処理装置１００は、対象の分子を形成する原子の座標を、結合角を変化させた新たな状態に対応するよう適切に変更することができる。このため、情報処理装置１００は、対象の分子が取り得る、それぞれ原子の座標が異なる複数の状態を用意し易くすることができ、ＰＥＣを生成し易くすることができる。
【0031】
情報処理装置１００は、具体的には、棒１１２ａｅが示す結合軸に対する、球１１１ａが示す原子の座標を原点とする回転変換を表現する回転行列を特定する。情報処理装置１００は、具体的には、特定した回転行列と、回転角の変化量とに基づいて、座標空間における、球１１１ｂ，１１１ｃ，１１１ｄが示す２以上の原子のそれぞれの原子の座標を変換する。
【0032】
これにより、情報処理装置１００は、対象の分子を形成する原子の座標を、回転角を変化させた新たな状態に対応するよう適切に変更することができる。このため、情報処理装置１００は、対象の分子が取り得る、それぞれ原子の座標が異なる複数の状態を用意し易くすることができ、ＰＥＣを生成し易くすることができる。
【0033】
ここでは、情報処理装置１００が、単独で動作する場合について説明したが、これに限らない。例えば、情報処理装置１００が、他のコンピュータと協働する場合があってもよい。例えば、複数のコンピュータが、協働して情報処理装置１００としての機能を実現し、情報処理装置１００として動作する場合があってもよい。具体的には、クラウド上に、情報処理装置１００としての機能が実現される場合があってもよい。情報処理装置１００が、他のコンピュータと協働する場合の一例については、図２を用いて後述する。
【0034】
【0035】
【0036】
情報処理システム２００において、情報処理装置１００と解析装置２０１とは、有線または無線のネットワーク２１０を介して接続される。ネットワーク２１０は、例えば、ＬＡＮ（Ｌｏｃａｌ Ａｒｅａ Ｎｅｔｗｏｒｋ）、ＷＡＮ（Ｗｉｄｅ Ａｒｅａ Ｎｅｔｗｏｒｋ）、インターネットなどである。また、情報処理システム２００において、情報処理装置１００とクライアント装置２０２とは、有線または無線のネットワーク２１０を介して接続される。
【0037】
情報処理装置１００は、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子の少なくともいずれかの原子の座標を変更するためのコンピュータである。情報処理装置１００は、例えば、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを、クライアント装置２０２から受信する。
【0038】
情報処理装置１００は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子を選択する選択通知を、クライアント装置２０２から受信する。情報処理装置１００は、例えば、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量を指定する指定通知を、クライアント装置２０２から受信する。
【0039】
情報処理装置１００は、指定通知により指定を受け付けた変化量に応じて、座標空間における、選択通知により選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。情報処理装置１００は、変更後の複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す新たな座標データを生成する。
【0040】
情報処理装置１００は、受信した座標データを含む、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出することのリクエストを、解析装置２０１に送信する。情報処理装置１００は、受信した座標データが示す状態における対象の分子のポテンシャルエネルギーを、解析装置２０１から受信する。
【0041】
情報処理装置１００は、生成した新たな座標データを含む、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出することのリクエストを、解析装置２０１に送信する。情報処理装置１００は、生成した新たな座標データが示す状態における対象の分子のポテンシャルエネルギーを、解析装置２０１から受信する。
【0042】
情報処理装置１００は、受信したポテンシャルエネルギーに基づいて、ＰＥＣを生成する。情報処理装置１００は、生成したＰＥＣを、クライアント装置２０２に送信する。情報処理装置１００は、例えば、システム管理者によって用いられる。情報処理装置１００は、例えば、サーバ、または、ＰＣなどである。
【0043】
解析装置２０１は、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出するためのコンピュータである。解析装置２０１は、座標データを含む、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出することのリクエストを、情報処理装置１００から受信する。解析装置２０１は、リクエストに応じて、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出し、情報処理装置１００に送信する。解析装置２０１は、例えば、システム管理者によって用いられる。解析装置２０１は、例えば、サーバ、または、ＰＣなどである。
【0044】
クライアント装置２０２は、情報処理システム２００を利用可能にするためのコンピュータである。クライアント装置２０２は、例えば、システム利用者の操作入力に基づき、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを生成し、情報処理装置１００に送信する。
【0045】
クライアント装置２０２は、例えば、システム利用者の操作入力に基づき、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子を選択する選択通知を生成し、情報処理装置１００に送信する。クライアント装置２０２は、例えば、システム利用者の操作入力に基づき、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量を指定する指定通知を生成し、情報処理装置１００に送信する。
【0046】
クライアント装置２０２は、例えば、ＰＥＣを、情報処理装置１００から受信する。クライアント装置２０２は、ＰＥＣを、システム利用者が参照可能に出力する。クライアント装置２０２は、例えば、システム利用者によって用いられる。クライアント装置２０２は、例えば、ＰＣ、タブレット端末、または、スマートフォンなどである。
【0047】
ここでは、情報処理装置１００と、解析装置２０１とが異なる装置である場合について説明したが、これに限らない。例えば、情報処理装置１００が、解析装置２０１としての機能を有し、解析装置２０１としても動作する場合があってもよい。
【0048】
ここでは、情報処理装置１００と、クライアント装置２０２とが異なる装置である場合について説明したが、これに限らない。例えば、情報処理装置１００が、クライアント装置２０２としての機能を有し、クライアント装置２０２としても動作する場合があってもよい。
【0049】
（情報処理装置１００のハードウェア構成例）
次に、図３を用いて、情報処理装置１００のハードウェア構成例について説明する。
次に、図３を用いて、情報処理装置１００のハードウェア構成例について説明する。
【0050】
図３は、情報処理装置１００のハードウェア構成例を示すブロック図である。図３において、情報処理装置１００は、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ Ｕｎｉｔ）３０１と、メモリ３０２と、ネットワークＩ／Ｆ（Ｉｎｔｅｒｆａｃｅ）３０３と、記録媒体Ｉ／Ｆ３０４と、記録媒体３０５とを有する。また、各構成部は、バス３００によってそれぞれ接続される。
【0051】
ここで、ＣＰＵ３０１は、情報処理装置１００の全体の制御を司る。メモリ３０２は、例えば、ＲＯＭ（Ｒｅａｄ Ｏｎｌｙ Ｍｅｍｏｒｙ）、ＲＡＭ（Ｒａｎｄｏｍ Ａｃｃｅｓｓ Ｍｅｍｏｒｙ）およびフラッシュＲＯＭなどを有する。具体的には、例えば、フラッシュＲＯＭやＲＯＭが各種プログラムを記憶し、ＲＡＭがＣＰＵ３０１のワークエリアとして使用される。メモリ３０２に記憶されるプログラムは、ＣＰＵ３０１にロードされることにより、コーディングされている処理をＣＰＵ３０１に実行させる。
【0052】
ネットワークＩ／Ｆ３０３は、通信回線を通じてネットワーク２１０に接続され、ネットワーク２１０を介して他のコンピュータに接続される。そして、ネットワークＩ／Ｆ３０３は、ネットワーク２１０と内部のインターフェースを司り、他のコンピュータからのデータの入出力を制御する。ネットワークＩ／Ｆ３０３は、例えば、モデムやＬＡＮアダプタなどである。
【0053】
記録媒体Ｉ／Ｆ３０４は、ＣＰＵ３０１の制御に従って記録媒体３０５に対するデータのリード／ライトを制御する。記録媒体Ｉ／Ｆ３０４は、例えば、ディスクドライブ、ＳＳＤ（Ｓｏｌｉｄ Ｓｔａｔｅ Ｄｒｉｖｅ）、ＵＳＢ（Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ Ｓｅｒｉａｌ Ｂｕｓ）ポートなどである。記録媒体３０５は、記録媒体Ｉ／Ｆ３０４の制御で書き込まれたデータを記憶する不揮発メモリである。記録媒体３０５は、例えば、ディスク、半導体メモリ、ＵＳＢメモリなどである。記録媒体３０５は、情報処理装置１００から着脱可能であってもよい。
【0054】
情報処理装置１００は、上述した構成部の他、例えば、キーボード、マウス、ディスプレイ、プリンタ、スキャナ、マイク、スピーカーなどを有してもよい。また、情報処理装置１００は、記録媒体Ｉ／Ｆ３０４や記録媒体３０５を複数有していてもよい。また、情報処理装置１００は、記録媒体Ｉ／Ｆ３０４や記録媒体３０５を有していなくてもよい。
【0055】
（解析装置２０１のハードウェア構成例）
解析装置２０１のハードウェア構成例は、具体的には、図３に示した情報処理装置１００のハードウェア構成例と同様であるため、説明を省略する。
解析装置２０１のハードウェア構成例は、具体的には、図３に示した情報処理装置１００のハードウェア構成例と同様であるため、説明を省略する。
【0056】
（クライアント装置２０２のハードウェア構成例）
クライアント装置２０２のハードウェア構成例は、具体的には、図３に示した情報処理装置１００のハードウェア構成例と同様であるため、説明を省略する。
クライアント装置２０２のハードウェア構成例は、具体的には、図３に示した情報処理装置１００のハードウェア構成例と同様であるため、説明を省略する。
【0057】
（情報処理装置１００の機能的構成例）
次に、図４を用いて、情報処理装置１００の機能的構成例について説明する。
次に、図４を用いて、情報処理装置１００の機能的構成例について説明する。
【0058】
図４は、情報処理装置１００の機能的構成例を示すブロック図である。情報処理装置１００は、記憶部４００と、取得部４０１と、特定部４０２と、変更部４０３と、解析部４０４と、出力部４０５とを含む。
【0059】
記憶部４００は、例えば、図３に示したメモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域によって実現される。以下では、記憶部４００が、情報処理装置１００に含まれる場合について説明するが、これに限らない。例えば、記憶部４００が、情報処理装置１００とは異なる装置に含まれ、記憶部４００の記憶内容が情報処理装置１００から参照可能である場合があってもよい。
【0060】
取得部４０１～出力部４０５は、制御部の一例として機能する。取得部４０１～出力部４０５は、具体的には、例えば、図３に示したメモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域に記憶されたプログラムをＣＰＵ３０１に実行させることにより、または、ネットワークＩ／Ｆ３０３により、その機能を実現する。各機能部の処理結果は、例えば、図３に示したメモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域に記憶される。
【0061】
記憶部４００は、各機能部の処理において参照され、または更新される各種情報を記憶する。記憶部４００は、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を記憶する。それぞれの原子の座標は、例えば、取得部４０１によって取得される。
【0062】
取得部４０１は、各機能部の処理に用いられる各種情報を取得する。取得部４０１は、取得した各種情報を、記憶部４００に記憶し、または、各機能部に出力する。また、取得部４０１は、記憶部４００に記憶しておいた各種情報を、各機能部に出力してもよい。取得部４０１は、例えば、利用者の操作入力に基づき、各種情報を取得する。取得部４０１は、例えば、情報処理装置１００とは異なる装置から、各種情報を受信してもよい。
【0063】
取得部４０１は、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを取得する。取得部４０１は、例えば、利用者の操作入力に基づき、座標データの入力を受け付けることにより、座標データを取得する。取得部４０１は、例えば、座標データを他のコンピュータから受信することにより、座標データを取得してもよい。
【0064】
取得部４０１は、例えば、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付ける。取得部４０１は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付ける。取得部４０１は、具体的には、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子を選択する選択通知を、他のコンピュータから受信することにより、１以上の原子の選択を受け付けてもよい。
【0065】
取得部４０１は、例えば、第１の原子と、第２の原子との結合長の変化量の指定を受け付ける。変化量の単位は、例えば、長さの単位である。変化量の単位は、例えば、ナノメートルやオングストロームなどである。第１の原子は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる原子である。第１の原子は、具体的には、選択を受け付けた１以上の原子に含まれる原子に対応する。第２の原子は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象とならない原子であり、第１の原子に接続する原子である。第２の原子は、具体的には、選択を受け付けた１以上の原子に含まれない原子に対応する。取得部４０１は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、結合長の変化量の指定を受け付ける。取得部４０１は、具体的には、結合長の変化量を指定する指定通知を、他のコンピュータから受信することにより、結合長の変化量の指定を受け付けてもよい。
【0066】
取得部４０１は、例えば、第１の原子と第２の原子との第１の結合軸と、第２の原子と第３の原子との第２の結合軸とが成す結合角の変化量の指定を受け付ける。結合軸は、異なる２つの原子を結合する。変化量の単位は、例えば、角度である。第１の原子は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる原子である。第１の原子は、具体的には、選択を受け付けた１以上の原子に含まれる原子に対応する。第２の原子は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象とならない原子であり、第１の原子に接続する原子である。第２の原子は、具体的には、選択を受け付けた１以上の原子に含まれない原子に対応する。第３の原子は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象とならない原子であり、第２の原子に接続する原子である。第３の原子は、具体的には、選択を受け付けた１以上の原子に含まれない原子に対応する。取得部４０１は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、結合角の変化量の指定を受け付ける。取得部４０１は、具体的には、結合角の変化量を指定する指定通知を、他のコンピュータから受信することにより、結合角の変化量の指定を受け付けてもよい。
【0067】
取得部４０１は、例えば、第２の原子と第３の原子との第２の結合軸に対する第２の原子の回転角の変化量の指定を受け付ける。変化量の単位は、例えば、角度である。第２の原子は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象とならない原子であり、第１の原子に接続する原子である。第２の原子は、具体的には、選択を受け付けた１以上の原子に含まれない原子に対応する。第３の原子は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象とならない原子であり、第２の原子に接続する原子である。第３の原子は、具体的には、選択を受け付けた１以上の原子に含まれない原子に対応する。取得部４０１は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、回転角の変化量の指定を受け付ける。取得部４０１は、具体的には、回転角の変化量を指定する指定通知を、他のコンピュータから受信することにより、回転角の変化量の指定を受け付けてもよい。
【0068】
取得部４０１は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付けると共に、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量の指定を受け付けてもよい。取得部４０１は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付けた後に、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量の指定を受け付けてもよい。取得部４０１は、例えば、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付ける前に、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量の指定を受け付けてもよい。
【0069】
取得部４０１は、例えば、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち、座標を変更する対象となる第１の原子の選択を受け付けてもよい。取得部４０１は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる第１の原子の選択を受け付けてもよい。取得部４０１は、具体的には、複数の原子のうち、座標を変更する対象となる第１の原子を選択する選択通知を、他のコンピュータから受信することにより、第１の原子の選択を受け付けてもよい。
【0070】
取得部４０１は、例えば、複数の原子のうち、第１の原子と連動する他の原子を選択することにより、他の原子の選択を受け付けてもよい。取得部４０１は、具体的には、変化量の指定に応じて、結合長、結合角、および、回転角を変化させる場合に、第１の原子と連動する他の原子を自動で選択することにより、他の原子の選択を受け付ける。
【0071】
取得部４０１は、いずれかの機能部の処理を開始する開始トリガーを受け付けてもよい。開始トリガーは、例えば、利用者による所定の操作入力があったことである。開始トリガーは、例えば、他のコンピュータから、所定の情報を受信したことであってもよい。開始トリガーは、例えば、いずれかの機能部が所定の情報を出力したことであってもよい。取得部４０１は、具体的には、１以上の原子の選択を受け付け、かつ、変化量の指定を受け付けたことを、特定部４０２と、変更部４０３との処理を開始する開始トリガーとして受け付けてもよい。
【0072】
特定部４０２は、第１の原子と第２の原子との結合長の第１の変化量の指定に応じて、座標空間における、結合長を変化させる第１の原子と第２の原子との座標間の単位ベクトルを特定する。単位ベクトルは、例えば、実際に結合長を変化させる前の状態における第１の原子と第２の原子との座標間の単位ベクトルである。単位ベクトルは、例えば、単位長さのベクトルである。なお、単位ベクトルは、第１の原子と第２の原子とを結合する結合軸に対応するベクトルである。特定部４０２は、例えば、結合長を変化される第１の原子と第２の原子とのうち、座標を変更する対象とならない第２の原子の座標から、座標を変更する対象となる第１の原子の座標への単位ベクトルを特定する。これにより、特定部４０２は、結合長の変化に応じて、選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更可能にする情報を得ることができる。
【0073】
特定部４０２は、第１の結合軸と第２の結合軸とが成す結合角の第２の変化量の指定に応じて、座標空間における、結合角を変化させる第１の結合軸と第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルを特定する。法線ベクトルは、例えば、実際に結合角を変化させる前の状態における第１の結合軸と第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルである。特定部４０２は、例えば、第１の結合軸に沿った第２の原子の座標から第１の原子の座標へのベクトルと、第２の結合軸に沿った第２の原子の座標から第３の原子の座標へのベクトルとの外積を、法線ベクトルとして算出する。これにより、特定部４０２は、結合角の変化に応じて、選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更可能にする情報を得ることができる。
【0074】
特定部４０２は、第２の結合軸に対する第２の原子の回転角の第３の変化量の指定に応じて、座標空間における、回転角を変化させる第２の原子の回転行列を特定する。特定部４０２は、例えば、回転軸とする第２の結合軸に水平または垂直であり、互いに垂直である３方向への単位ベクトルを用いて、第２の原子の座標を原点とする回転変換を表現する回転行列を特定する。これにより、特定部４０２は、回転角の変化に応じて、選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更可能にする情報を得ることができる。
【0075】
変更部４０３は、選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。変更部４０３は、例えば、選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する。第１の座標は、例えば、変更前の座標に対応する。第２の座標は、例えば、変更後の座標に対応する。
【0076】
変更部４０３は、例えば、第１の原子と第２の原子との結合長の第１の変化量の指定に応じて、特定した単位ベクトルに基づいて、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。変更部４０３は、具体的には、１以上の原子のそれぞれの原子の第１の座標を、当該第１の座標から第１の変化量を乗算した単位ベクトル分移動した先の第２の座標に変更する。これにより、変更部４０３は、結合長を変化した状態における対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を適切に特定することができ、結合長を変化した状態を適切に生成することができる。
【0077】
変更部４０３は、例えば、第１の結合軸と第２の結合軸とが成す結合角の第２の変化量の指定に応じて、特定した法線ベクトルに基づいて、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。変更部４０３は、具体的には、第２の変化量と、第２の原子の座標から第３の原子の座標へのベクトルと、法線ベクトルとに基づいて、第２の原子の座標から結合角の変化後の第１の原子の第１の座標への第１のベクトルを特定する。変更部４０３は、具体的には、第１の原子の第１の座標を、当該第１の座標から特定した第１のベクトル分移動した先の第２の座標に変更する。
【0078】
変更部４０３は、具体的には、１以上の原子が、第１の原子以外の原子を含めば、結合角の変化前後の第１の原子の第１の座標から第２の座標への第２のベクトルを特定する。変更部４０３は、具体的には、１以上の原子のうち第１の原子以外のそれぞれの原子の第１の座標を、当該第１の座標から特定した第２のベクトル分移動した先の第２の座標に変更する。これにより、変更部４０３は、結合角を変化した状態における対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を適切に特定することができ、結合角を変化した状態を適切に生成することができる。
【0079】
変更部４０３は、例えば、第２の結合軸に対する第２の原子の回転角の第３の変化量の指定に応じて、特定した回転行列に基づいて、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更する。変更部４０３は、具体的には、第１の原子の第１の座標を、当該第１の座標に第３の変化量に対応する回転行列を乗算した第２の座標に変更する。
【0080】
変更部４０３は、具体的には、１以上の原子が、第１の原子以外の原子を含めば、回転角の変化前後の第１の原子の第１の座標から第２の座標への第３のベクトルを特定する。変更部４０３は、具体的には、１以上の原子のうち第１の原子以外のそれぞれの原子の第１の座標を、当該第１の座標から特定した第３のベクトル分移動した先の第２の座標に変更する。これにより、変更部４０３は、回転角を変化した状態における対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を適切に特定することができ、回転角を変化した状態を適切に生成することができる。
【0081】
変更部４０３は、例えば、変化量の指定ごとに、当該変化量に応じて、座標空間における、単位ベクトル、法線ベクトル、および、回転行列の少なくともいずれかに基づいて、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更してもよい。これにより、変更部４０３は、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを変化した、対象の分子の複数の状態を特定することができる。
【0082】
解析部４０４は、変化量の指定ごとに、変化量に応じて、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更した場合における、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出する。解析部４０４は、算出したポテンシャルエネルギーに基づいて、対象の分子のＰＥＣを生成する。これにより、解析部４０４は、ＰＥＣを生成し、利用者が、対象の分子の性質を解析し易くすることができる。
【0083】
出力部４０５は、少なくともいずれかの機能部の処理結果を出力する。出力形式は、例えば、ディスプレイへの表示、プリンタへの印刷出力、ネットワークＩ／Ｆ３０３による外部装置への送信、または、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域への記憶である。これにより、出力部４０５は、少なくともいずれかの機能部の処理結果を利用者に通知可能にし、情報処理装置１００の管理や運用、例えば、情報処理装置１００の設定値の更新などを支援することができ、情報処理装置１００の利便性の向上を図ることができる。
【0084】
出力部４０５は、例えば、変更部４０３で変更した１以上の原子のそれぞれの原子の座標を含む、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを出力する。出力部４０５は、具体的には、座標データを、利用者が参照可能に出力する。これにより、出力部４０５は、利用者が、様々な座標データを活用可能にすることができる。
【0085】
出力部４０５は、例えば、解析部４０４で生成したＰＥＣを出力してもよい。出力部４０５は、具体的には、ＰＥＣを、利用者が参照可能に出力する。これにより、出力部４０５は、利用者が、ＰＥＣを参照可能にすることができ、対象の分子の性質を解析し易くすることができる。
【0086】
（情報処理装置１００の動作例）
次に、図５～図１１を用いて、情報処理装置１００の動作例について説明する。まず、図５を用いて、情報処理装置１００が、対象の分子を形成する複数の分子のそれぞれの分子の座標を示す座標データ５００を取得する一例について説明する。
次に、図５～図１１を用いて、情報処理装置１００の動作例について説明する。まず、図５を用いて、情報処理装置１００が、対象の分子を形成する複数の分子のそれぞれの分子の座標を示す座標データ５００を取得する一例について説明する。
【0087】
図５は、座標データ５００を取得する一例を示す説明図である。図５において、情報処理装置１００は、座標データ５００を取得する。図５に示すように、座標データ５００は、ｉｄと、種類と、Ｘ座標と、Ｙ座標と、Ｚ座標とのフィールドを有する。座標データ５００は、原子ごとに各フィールドに情報を設定することにより、座標情報がレコード５００－ａとして記憶される。ａは、任意の整数である。
【0088】
ｉｄのフィールドには、対象の分子を形成する原子を識別するｉｄが設定される。種類のフィールドには、上記原子の種類を示す原子記号が設定される。Ｘ座標のフィールドには、ＸＹＺ軸の座標空間における上記原子のＸ座標が設定される。Ｙ座標のフィールドには、ＸＹＺ軸の座標空間における上記原子のＹ座標が設定される。Ｚ座標のフィールドには、ＸＹＺ軸の座標空間における上記原子のＺ座標が設定される。
【0089】
次に、図６および図７を用いて、情報処理装置１００が、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかを、どのように変更するのかをそれぞれ示す１以上の変更パターンを記録したパターンファイル７００を取得する一例について説明する。
【0090】
図６および図７は、パターンファイル７００を取得する一例を示す説明図である。図６において、情報処理装置１００は、対象の分子の構造式６００を、利用者が参照可能にディスプレイに表示する。情報処理装置１００は、利用者の操作入力に基づき、対象の分子に関する結合長、結合角、および、回転角のうち、変化させる対象の種類の指定を受け付ける。
【0091】
例えば、情報処理装置１００が、変化させる対象の種類として、対象の分子に関する結合長の指定を受け付ける場合が考えられる。この場合、情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、結合長を変化させる結合軸の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、Ｃの原子６１１とＮの原子６１５との結合軸６２１の選択を受け付ける。
【0092】
情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、対象の分子を形成する複数の原子のうち、結合長の変化に応じて座標を変更する対象とする１以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、対象の分子の構造式６００上から、結合長の変化に応じて座標を変更する対象とする原子６１１～６１４のグループ６０１の選択を受け付ける。
【0093】
情報処理装置１００は、例えば、選択を受け付けた結合軸に接続する２つの原子のうち、座標を変更する対象となる一方の原子の座標から、座標を変更する対象とならない他方の原子への方向に沿った単位ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、具体的には、Ｃの原子６１１の座標から、Ｎの原子６１５の座標への方向に沿った単位ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、結合長の変化量の指定を受け付ける。次に、図７の説明に移行する。
【0094】
図７において、情報処理装置１００は、変化させる対象の種類＝結合長と、選択を受け付けた結合軸および１以上の原子と、特定した単位ベクトルと、指定を受け付けた結合長の変化量とを対応付けた変更パターン７０１を生成する。情報処理装置１００は、生成した変更パターン７０１を、パターンファイル７００に記録する。
【0095】
変更パターン７０１は、例えば、結合軸に接続する２つの原子のそれぞれの原子のｉｄの組み合わせを含むことにより、結合軸を示す。変更パターン７０１は、例えば、１以上の原子のそれぞれの原子のｉｄを含むことにより、１以上の原子を示す。変更パターン７０１は、例えば、単位ベクトルのｘ成分とｙ成分とｚ成分とを含むことにより、単位ベクトルを示す。変更パターン７０１は、例えば、結合長の変化量を含む。
【0096】
情報処理装置１００は、結合長を変化させる場合に対応する複数の変更パターン７０１を、パターンファイル７００に記録してもよい。これにより、情報処理装置１００は、対象の分子に関する結合長をどのように変化させ、対象の分子を形成する原子の座標をどのように変更するのかを特定可能にすることができる。
【0097】
また、例えば、情報処理装置１００が、変化させる対象の種類として、対象の分子に関する結合角の指定を受け付ける場合が考えられる。この場合、情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、結合角を変化させる２つの結合軸の組み合わせの選択を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、Ｃの原子６１１とＨの原子６１２との結合軸６２２と、Ｃの原子６１１とＨの原子６１３との結合軸６２３との組み合わせの選択を受け付ける。
【0098】
情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、対象の分子を形成する複数の原子のうち、結合角の変化に応じて座標を変更する対象とする１以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、対象の分子の構造式６００上から、結合角の変化に応じて座標を変更する対象とする原子６１２の選択を受け付ける。
【0099】
情報処理装置１００は、例えば、選択を受け付けた組み合わせの２つの結合軸の中心の原子の座標から、それぞれの結合軸の他方の原子の座標への結合軸ベクトルを特定する。２つの結合軸の中心の原子は、例えば、２つの結合軸に共通して接続する原子である。情報処理装置１００は、具体的には、Ｃの原子６１１の座標から、Ｈの原子６１２の座標への方向に沿った結合軸ベクトルと、Ｃの原子６１１の座標から、Ｈの原子６１３の座標への方向に沿った結合軸ベクトルとを特定する。
【0100】
情報処理装置１００は、例えば、選択を受け付けた組み合わせの２つの結合軸が成す面に対する法線ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、具体的には、Ｃの原子６１１とＨの原子６１２との結合軸６２２と、Ｃの原子６１１とＨの原子６１３との結合軸６２３とが成す面に対する法線ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、結合角の変化量の指定を受け付ける。
【0101】
情報処理装置１００は、変化させる対象の種類＝結合角と、選択を受け付けた組み合わせおよび１以上の原子と、特定した２つの結合軸ベクトルおよび法線ベクトルと、指定を受け付けた結合角の変化量とを対応付けた変更パターン７０２を生成する。情報処理装置１００は、生成した変更パターン７０２を、パターンファイル７００に記録する。
【0102】
変更パターン７０２は、例えば、２つの結合軸のそれぞれの結合軸に接続する２つの原子のそれぞれの原子のｉｄの組み合わせを含むことにより、２つの結合軸の組み合わせを示す。変更パターン７０２は、例えば、１以上の原子のそれぞれの原子のｉｄを含むことにより、１以上の原子を示す。変更パターン７０２は、例えば、結合軸ベクトルのｘ成分とｙ成分とｚ成分とを含むことにより、結合軸ベクトルを示す。変更パターン７０２は、例えば、法線ベクトルのｘ成分とｙ成分とｚ成分とを含むことにより、法線ベクトルを示す。変更パターン７０２は、例えば、結合角の変化量を含む。
【0103】
情報処理装置１００は、複数の変更パターン７０２を、パターンファイル７００に記録してもよい。これにより、情報処理装置１００は、対象の分子に関する結合角をどのように変化させ、対象の分子を形成する原子の座標をどのように変更するのかを特定可能にすることができる。
【0104】
また、例えば、情報処理装置１００が、変化させる対象の種類として、対象の分子に関する回転角の指定を受け付ける場合が考えられる。この場合、情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、回転軸となる結合軸の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、Ｃの原子６１１とＮの原子６１５との結合軸６２１の選択を受け付ける。
【0105】
情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、対象の分子を形成する複数の原子のうち、回転角の変化に応じて座標を変更する対象とする１以上の原子の選択を受け付ける。情報処理装置１００は、具体的には、利用者の操作入力に基づき、対象の分子の構造式６００上から、回転角の変化に応じて座標を変更する対象とする原子６１２～６１４の選択を受け付ける。
【0106】
情報処理装置１００は、例えば、選択を受け付けた結合軸に対してそれぞれ水平または垂直であり、かつ、互いに垂直である３方向への単位ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、具体的には、結合軸６２１に対してそれぞれ水平または垂直であり、かつ、互いに垂直である３方向への単位ベクトルを特定する。情報処理装置１００は、例えば、利用者の操作入力に基づき、回転角の変化量の指定を受け付ける。
【0107】
情報処理装置１００は、変化させる対象の種類＝回転角と、選択を受け付けた結合軸と、特定した３方向への単位ベクトルと、指定を受け付けた回転角の変化量とを対応付けた変更パターン７０３を生成する。情報処理装置１００は、生成した変更パターン７０３を、パターンファイル７００に記録する。
【0108】
変更パターン７０３は、例えば、回転軸となる結合軸に接続する２つの原子のそれぞれの原子のｉｄの組み合わせを含むことにより、回転軸となる結合軸の組み合わせを示す。変更パターン７０３は、例えば、１以上の原子のそれぞれの原子のｉｄを含むことにより、１以上の原子を示す。変更パターン７０３は、例えば、単位ベクトルのｘ成分とｙ成分とｚ成分とを含むことにより、単位ベクトルを示す。変更パターン７０３は、例えば、回転角の変化量を含む。
【0109】
情報処理装置１００は、複数の変更パターン７０３を、パターンファイル７００に記録してもよい。これにより、情報処理装置１００は、対象の分子に関する回転角をどのように変化させ、対象の分子を形成する原子の座標をどのように変更するのかを特定可能にすることができる。
【0110】
次に、図８を用いて、情報処理装置１００が、結合長に関する変更パターン７０１に基づいて、結合長を変化させた状態に対応するよう対象の分子を形成する原子の座標を変更する第１の例について説明する。
【0111】
【0112】
ここで、情報処理装置１００が、図６および図７と同様に、分子８００について、座標を変更する対象とする原子８１１～８１４の選択を受け付け、かつ、結合長に関する複数の変更パターン７０１を、パターンファイル７００に記録した場合が考えられる。この場合において、情報処理装置１００が、変更パターン７０１に基づいて、対象の分子を形成する原子の座標を変更する一例について説明する。
【0113】
情報処理装置１００は、パターンファイル７００を参照して、結合長に関するいずれかの変更パターン７０１を抽出する。情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０１に基づいて、対象の分子８００の単位ベクトル８０１を特定する。
【0114】
情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０１に基づいて、座標を変更する対象とする原子８１１～８１４を特定する。情報処理装置１００は、特定したそれぞれの原子８１１～８１４の座標を、当該座標から結合長の変化量を乗算した単位ベクトル８０１分移動した先の座標に変更する。情報処理装置１００は、変更した座標を含む、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを生成する。
【0115】
このように、情報処理装置１００は、結合長に関する変更パターン７０１ごとに、対象の分子を形成する原子の座標を変更し、座標データを生成する。これにより、情報処理装置１００は、結合長に関し、対象の分子の異なる複数の状態を特定することができる。情報処理装置１００は、例えば、対象の分子の異なる複数の状態における、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を適切に特定することができる。
【0116】
次に、図９を用いて、情報処理装置１００が、結合角に関する変更パターン７０２に基づいて、結合角を変化させた状態に対応するよう対象の分子を形成する原子の座標を変更する第２の例について説明する。
【0117】
【0118】
ここで、情報処理装置１００が、図６および図７と同様に、分子９００について、座標を変更する対象とする原子９１１の選択を受け付け、かつ、結合角に関する複数の変更パターン７０２を、パターンファイル７００に記録した場合が考えられる。この場合において、情報処理装置１００が、変更パターン７０２に基づいて、対象の分子を形成する原子の座標を変更する一例について説明する。
【0119】
情報処理装置１００は、パターンファイル７００を参照して、結合角に関するいずれかの変更パターン７０２を抽出する。情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０２に基づいて、対象の分子９００の結合軸ベクトル９２１と、結合軸ベクトル９２２とを特定する。情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０２に基づいて、座標を変更する対象とする原子９１２を特定する。情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０２に基づいて、結合角の変化量に基づいて、変化後の結合角θ’を特定する。
【0120】
以下の説明では、便宜上、上部に→を付した記号を、「記号→」と表記する場合がある。結合軸ベクトル９２１は、ａ→である。結合軸ベクトル９２２は、ｂ→である。情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０２に基づいて、対象の分子９００の法線ベクトルを特定する。法線ベクトルは、ａ→×ｂ→である。×は、外積を示す。情報処理装置１００は、結合角を変化後の結合軸ベクトル９２２を、ｃ→と設定する。ここで、ａ→とｂ→とｃ→とに関して、下記式（１）、下記式（２）、および、下記式（３）が成立する。
【0121】
【数1】
【0122】
【数2】
【0123】
【数3】
【0124】
従って、情報処理装置１００は、特定したθ’に基づいて、上記式（１）、上記式（２）、および、上記式（３）が成立するよう、変化後の結合軸ベクトル９２２を表すｃ→を特定する。情報処理装置１００は、原子９１１の座標を、原子９１２の座標からｃ→分移動した先の座標に変更する。
【0125】
情報処理装置１００は、原子９１１に連動する他の原子があれば、当該原子の座標を変更する。情報処理装置１００は、例えば、原子９１１に連動する他の原子があれば、原子９１１の変更前後の座標間のベクトル（ｃ→－ｂ→）を特定する。情報処理装置１００は、例えば、他の原子の座標を、当該座標からベクトル（ｃ→－ｂ→）分移動した先の座標に変更する。情報処理装置１００は、変更した座標を含む、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを生成する。
【0126】
このように、情報処理装置１００は、結合角に関する変更パターン７０２ごとに、対象の分子を形成する原子の座標を変更し、座標データを生成する。これにより、情報処理装置１００は、結合角に関し、対象の分子の異なる複数の状態を特定することができる。情報処理装置１００は、例えば、対象の分子の異なる複数の状態における、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を適切に特定することができる。
【0127】
次に、図１０を用いて、情報処理装置１００が、回転角に関する変更パターン７０２に基づいて、回転角を変化させた状態に対応するよう対象の分子を形成する原子の座標を変更する第３の例について説明する。
【0128】
【0129】
ここで、情報処理装置１００が、図６および図７と同様に、分子１０００について、座標を変更する対象とする原子１００２～１００４の選択を受け付け、かつ、回転角に関する複数の変更パターン７０３を、パターンファイル７００に記録した場合が考えられる。この場合において、情報処理装置１００が、変更パターン７０３に基づいて、対象の分子を形成する原子の座標を変更する一例について説明する。
【0130】
情報処理装置１００は、パターンファイル７００を参照して、回転角に関するいずれかの変更パターン７０３を抽出する。情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０３に基づいて、回転軸となる、対象の分子１０００の結合軸ベクトル１０１１を特定する。原子１００１が、回転軸に沿って回転する対象である。情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０３に基づいて、座標を変更する対象とする原子１００２～１００４を特定する。
【0131】
情報処理装置１００は、抽出した変更パターン７０３に基づいて、３方向の単位ベクトルｎ1，ｎ2，ｎ3を特定する。情報処理装置１００は、回転角の変化量θと、３方向の単位ベクトルｎ1，ｎ2，ｎ3とに基づいて、下記式（４）に示す回転行列Ｒ（θ）を特定する。
【0132】
【数4】
【0133】
情報処理装置１００は、原子１００１に直接接続したそれぞれの原子１００２～１００４の座標を、当該座標に回転行列Ｒ（θ）を乗算した座標に変更する。情報処理装置１００は、原子１００１に直接接続したそれぞれの原子１００２～１００４に連動する他の原子があれば、当該原子の座標を変更する。
【0134】
情報処理装置１００は、例えば、それぞれの原子１００２～１００４に連動する他の原子があれば、それぞれの原子１００２～１００４の変更前後の座標間のベクトルを特定する。情報処理装置１００は、例えば、それぞれの原子１００２～１００４に連動する他の原子の座標を、当該座標からそれぞれの原子１００２～１００４の変更前後の座標間のベクトル分移動した先の座標に変更する。情報処理装置１００は、変更した座標を含む、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを生成する。情報処理装置１００は、具体的には、原子１００２に連動する他の原子の座標を、当該座標から原子１００２の変更前後の座標間のベクトル分移動した先の座標に変更する。
【0135】
このように、情報処理装置１００は、回転角に関する変更パターン７０３ごとに、対象の分子を形成する原子の座標を変更し、座標データを生成する。これにより、情報処理装置１００は、回転角に関し、対象の分子の異なる複数の状態を特定することができる。情報処理装置１００は、例えば、対象の分子の異なる複数の状態における、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を適切に特定することができる。
【0136】
次に、図１１を用いて、情報処理装置１００が、ＰＥＣを生成する一例について説明する。
【0137】
図１１は、ＰＥＣを生成する一例を示す説明図である。図１１に示すように、情報処理装置１００は、ある対象の分子について生成した座標データごとに、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出する。ポテンシャルエネルギーは、例えば、ハートリーエネルギーなどである。
【0138】
情報処理装置１００は、例えば、結合長に関する変更パターン７０１ごとに生成した座標データに基づいて、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出する。情報処理装置１００は、例えば、算出したポテンシャルエネルギーに基づいて、結合長を横軸とし、ポテンシャルエネルギーを縦軸とし、ＰＥＣ１１０１を示すグラフ１１００を生成する。情報処理装置１００は、グラフ１１００を、利用者が参照可能に出力する。これにより、情報処理装置１００は、利用者が、ＰＥＣを参照可能にすることができ、対象の分子の性質を解析し易くすることができる。
【0139】
（第１受付処理手順）
次に、図１２を用いて、情報処理装置１００が実行する、第１受付処理手順の一例について説明する。第１受付処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
次に、図１２を用いて、情報処理装置１００が実行する、第１受付処理手順の一例について説明する。第１受付処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
【0140】
図１２は、第１受付処理手順の一例を示すフローチャートである。図１２において、情報処理装置１００は、利用者の操作入力に基づき、結合長を変化させる結合軸、および、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付ける（ステップＳ１２０１）。１以上の原子は、例えば、少なくとも、選択を受け付けた結合軸に接続する一方の原子を含む。
【0141】
次に、情報処理装置１００は、選択を受け付けた結合軸に接続する２つの原子のうち、座標を変更する対象となる一方の原子の座標から、座標を変更する対象とならない他方の原子への方向に沿った単位ベクトルを特定する（ステップＳ１２０２）。そして、情報処理装置１００は、利用者の操作入力に基づき、結合長の変化量の指定を受け付ける（ステップＳ１２０３）。
【0142】
次に、情報処理装置１００は、選択を受け付けた結合軸および１以上の原子と、特定した単位ベクトルと、指定を受け付けた結合長の変化量とを対応付けた変更パターンを、パターンファイルに記録する（ステップＳ１２０４）。そして、情報処理装置１００は、第１受付処理を終了する。これにより、情報処理装置１００は、変更パターンを受け付けることができ、対象の分子を形成する原子の座標をどのように変更するのかを特定可能にすることができる。
【0143】
（第２受付処理手順）
次に、図１３を用いて、情報処理装置１００が実行する、第２受付処理手順の一例について説明する。第２受付処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
次に、図１３を用いて、情報処理装置１００が実行する、第２受付処理手順の一例について説明する。第２受付処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
【0144】
図１３は、第２受付処理手順の一例を示すフローチャートである。図１３において、情報処理装置１００は、利用者の操作入力に基づき、結合角を変化させる２つの結合軸の組み合わせ、および、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付ける（ステップＳ１３０１）。１以上の原子は、例えば、少なくとも、選択を受け付けた組み合わせの一方の結合軸に接続する一方の原子を含む。
【0145】
次に、情報処理装置１００は、選択を受け付けた組み合わせの２つの結合軸の中心（２つの結合軸に共通）の原子の座標から、それぞれの結合軸の他方の原子の座標への結合軸ベクトルを特定する（ステップＳ１３０２）。そして、情報処理装置１００は、特定した２つの結合軸ベクトルに基づいて、選択を受け付けた組み合わせの２つの結合軸が成す面に対する法線ベクトルを特定する（ステップＳ１３０３）。また、情報処理装置１００は、利用者の操作入力に基づき、結合角の変化量の指定を受け付ける（ステップＳ１３０４）。
【0146】
次に、情報処理装置１００は、選択を受け付けた組み合わせおよび１以上の原子と、特定した２つの結合軸ベクトルおよび法線ベクトルと、指定を受け付けた結合角の変化量とを対応付けた変更パターンを、パターンファイルに記録する（ステップＳ１３０５）。そして、情報処理装置１００は、第２受付処理を終了する。これにより、情報処理装置１００は、変更パターンを受け付けることができ、対象の分子を形成する原子の座標をどのように変更するのかを特定可能にすることができる。
【0147】
（第３受付処理手順）
次に、図１４を用いて、情報処理装置１００が実行する、第３受付処理手順の一例について説明する。第３受付処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
次に、図１４を用いて、情報処理装置１００が実行する、第３受付処理手順の一例について説明する。第３受付処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
【0148】
図１４は、第３受付処理手順の一例を示すフローチャートである。図１４において、情報処理装置１００は、利用者の操作入力に基づき、回転角を変化させる回転軸となる結合軸、および、座標を変更する対象となる１以上の原子の選択を受け付ける（ステップＳ１４０１）。１以上の原子は、例えば、少なくとも、選択を受け付けた回転軸となる結合軸の一方の原子に接続する原子を含む。
【0149】
次に、情報処理装置１００は、選択を受け付けた結合軸に対してそれぞれ水平または垂直であり、かつ、互いに垂直である３方向への単位ベクトルを特定する（ステップＳ１４０２）。そして、情報処理装置１００は、利用者の操作入力に基づき、回転角の変化量の指定を受け付ける（ステップＳ１４０３）。
【0150】
次に、情報処理装置１００は、選択を受け付けた結合軸と、特定した３方向への単位ベクトルと、指定を受け付けた回転角の変化量とを対応付けた変更パターンを、パターンファイルに記録する（ステップＳ１４０４）。そして、情報処理装置１００は、第３受付処理を終了する。これにより、情報処理装置１００は、変更パターンを受け付けることができ、対象の分子を形成する原子の座標をどのように変更するのかを特定可能にすることができる。
【0151】
（全体処理手順）
次に、図１５を用いて、情報処理装置１００が実行する、全体処理手順の一例について説明する。全体処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
次に、図１５を用いて、情報処理装置１００が実行する、全体処理手順の一例について説明する。全体処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
【0152】
図１５は、全体処理手順の一例を示すフローチャートである。図１５において、情報処理装置１００は、座標データを取得する（ステップＳ１５０１）。次に、情報処理装置１００は、パターンファイルを取得する（ステップＳ１５０２）。そして、情報処理装置１００は、パターンファイルのうち、まだ処理対象として選択していない変更パターンが存在するか否かを判定する（ステップＳ１５０３）。
【0153】
ここで、すべての変更パターンを処理対象として選択済みである場合（ステップＳ１５０３：Ｎｏ）、情報処理装置１００は、ステップＳ１５０６の処理に移行する。一方で、まだ処理対象として選択していない変更パターンが存在する場合（ステップＳ１５０３：Ｙｅｓ）、情報処理装置１００は、ステップＳ１５０４の処理に移行する。
【0154】
ステップＳ１５０４では、情報処理装置１００は、パターンファイルのうち、まだ処理対象として選択していない変更パターンを、処理対象として選択する（ステップＳ１５０４）。次に、情報処理装置１００は、選択した変更パターンに応じて、図１６に後述する第１変更処理、図１７に後述する第２変更処理、または、図１８に後述する第３変更処理を実行し、新たな座標データを取得する（ステップＳ１５０５）。そして、情報処理装置１００は、ステップＳ１５０３の処理に戻る。
【0155】
ステップＳ１５０６では、情報処理装置１００は、取得したそれぞれの座標データに基づいて、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出する（ステップＳ１５０６）。次に、情報処理装置１００は、算出したポテンシャルエネルギーに基づいて、ＰＥＣを生成して出力する（ステップＳ１５０７）。そして、情報処理装置１００は、全体処理を終了する。これにより、情報処理装置１００は、ＰＥＣを生成することができ、利用者が、ＰＥＣを参照可能にすることができ、対象の分子の性質を解析し易くすることができる。
【0156】
（第１変更処理手順）
次に、図１６を用いて、情報処理装置１００が実行する、第１変更処理手順の一例について説明する。第１変更処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。なお、図１６の処理は、上述した図５のＳ１５０５の処理の詳細な処理である。
次に、図１６を用いて、情報処理装置１００が実行する、第１変更処理手順の一例について説明する。第１変更処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。なお、図１６の処理は、上述した図５のＳ１５０５の処理の詳細な処理である。
【0157】
図１６は、第１変更処理手順の一例を示すフローチャートである。図１６において、情報処理装置１００は、変更パターンに基づいて、結合長の変化量を取得する（ステップＳ１６０１）。次に、情報処理装置１００は、変更パターンに基づいて、選択を受け付けた１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、結合長の変化量を乗算した単位ベクトル分移動した先の座標に変更する（ステップＳ１６０２）。
【0158】
そして、情報処理装置１００は、変更した１以上の原子のそれぞれの原子の座標を含む、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを生成する（ステップＳ１６０３）。その後、情報処理装置１００は、第１変更処理を終了する。これにより、情報処理装置１００は、対象の分子を形成する原子の座標を、結合長を変化させた状態に対応するよう適切に変更することができる。
【0159】
（第２変更処理手順）
次に、図１７を用いて、情報処理装置１００が実行する、第２変更処理手順の一例について説明する。なお、図１７は、上述した図５のＳ１５０５の処理の詳細な処理に関する説明である。第２変更処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
次に、図１７を用いて、情報処理装置１００が実行する、第２変更処理手順の一例について説明する。なお、図１７は、上述した図５のＳ１５０５の処理の詳細な処理に関する説明である。第２変更処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
【0160】
図１７は、第２変更処理手順の一例を示すフローチャートである。図１７において、情報処理装置１００は、変更パターンに基づいて、結合角の変化量を取得する（ステップＳ１７０１）。そして、情報処理装置１００は、変更パターンに基づいて、選択を受け付けた１以上の原子のうち、選択を受け付けた組み合わせの一方の結合軸に接続した第１の原子と、当該組み合わせの２つの結合軸の中心の第２の原子とを特定する（ステップＳ１７０２）。
【0161】
次に、情報処理装置１００は、変更パターンに基づいて、結合角の変化量と、２つの結合軸ベクトルおよび法線ベクトルとに基づいて、第２の原子の座標から、結合角の変化後の第１の原子の座標への第１のベクトルを特定する（ステップＳ１７０３）。そして、情報処理装置１００は、第１の原子の座標を、当該座標から特定した第１のベクトル分移動した先の座標に変更する（ステップＳ１７０４）。
【0162】
次に、情報処理装置１００は、結合角の変化前の第１の原子の座標から、結合角の変化後の第１の原子の座標への第２のベクトルを特定する（ステップＳ１７０５）。そして、情報処理装置１００は、選択を受け付けた１以上の原子のうち第１の原子以外のそれぞれの原子の座標を、当該座標から特定した第２のベクトル分移動した先の座標に変更する（ステップＳ１７０６）。
【0163】
次に、情報処理装置１００は、変更した１以上の原子のそれぞれの原子の座標を含む、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを生成する（ステップＳ１７０７）。そして、情報処理装置１００は、第２変更処理を終了する。これにより、情報処理装置１００は、対象の分子を形成する原子の座標を、結合角を変化させた状態に対応するよう適切に変更することができる。
【0164】
（第３変更処理手順）
次に、図１８を用いて、情報処理装置１００が実行する、第３変更処理手順の一例について説明する。なお、図１８の処理は、上述した図５のＳ１５０５の処理の詳細な処理である。第３変更処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
次に、図１８を用いて、情報処理装置１００が実行する、第３変更処理手順の一例について説明する。なお、図１８の処理は、上述した図５のＳ１５０５の処理の詳細な処理である。第３変更処理は、例えば、図３に示したＣＰＵ３０１と、メモリ３０２や記録媒体３０５などの記憶領域と、ネットワークＩ／Ｆ３０３とによって実現される。
【0165】
【0166】
次に、情報処理装置１００は、変更パターンに基づいて、選択を受け付けた１以上の原子のうち、選択を受け付けた回転軸となる結合軸の一方の結合軸に接続した回転する回転原子に接続した第１の原子を特定する（ステップＳ１８０２）。そして、情報処理装置１００は、変更パターンに基づいて、第１の原子の座標を、当該座標に回転角の変化量を設定した回転行列を乗算した座標に変更する（ステップＳ１８０３）。
【0167】
次に、情報処理装置１００は、回転角の変化前の第１の原子の座標から、回転角の変化後の第１の原子の座標への第３のベクトルを特定する（ステップＳ１８０４）。そして、情報処理装置１００は、選択を受け付けた１以上の原子のうち第１の原子以外のそれぞれの原子の座標を、当該座標から特定した第３のベクトル分移動した先の座標に変更する（ステップＳ１８０５）。
【0168】
次に、情報処理装置１００は、変更した１以上の原子のそれぞれの原子の座標を含む、対象の分子を形成する複数の原子のそれぞれの原子の座標を示す座標データを生成する（ステップＳ１８０６）。そして、情報処理装置１００は、第３変更処理を終了する。これにより、情報処理装置１００は、対象の分子を形成する原子の座標を、回転角を変化させた状態に対応するよう適切に変更することができる。
【0169】
以上説明したように、情報処理装置１００によれば、所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付けることができる。情報処理装置１００によれば、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、座標空間における、単位ベクトル、法線ベクトル、および、回転行列の少なくともいずれかを特定することができる。情報処理装置１００によれば、特定した座標空間における、単位ベクトル、法線ベクトル、および、回転行列の少なくともいずれかに基づいて、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更することができる。これにより、情報処理装置１００は、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を適切に変更することができ、対象の分子の新たな状態を特定し易くすることができる。情報処理装置１００は、対象の分子の新たな状態を特定する際に利用者にかかる作業負担の低減化を図ることができる。
【0170】
情報処理装置１００によれば、結合長の第１の変化量の指定に応じて、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、当該座標から第１の変化量を乗算した単位ベクトル分移動した先の座標に変更することができる。これにより、情報処理装置１００は、結合長を変化させる場合に対応するよう１以上の原子のそれぞれの原子の座標を適切に変更することができる。
【0171】
情報処理装置１００によれば、結合角の第２の変化量と、第２の原子の座標から第３の原子の座標へのベクトルと、法線ベクトルとに基づいて、第２の原子の座標から結合角の変化後の第１の原子の座標への第１のベクトルを特定することができる。情報処理装置１００によれば、第１の原子の座標を、当該座標から特定した第１のベクトル分移動した先の座標に変更することができる。情報処理装置１００によれば、１以上の原子が、第１の原子以外の原子を含めば、結合角の変化前後の第１の原子の座標間の第２のベクトルを特定することができる。情報処理装置１００によれば、１以上の原子のうち第１の原子以外のそれぞれの原子の座標を、当該座標から特定した第２のベクトル分移動した先の座標に変更することができる。これにより、情報処理装置１００は、結合角を変化させる場合に対応するよう１以上の原子のそれぞれの原子の座標を適切に変更することができる。
【0172】
情報処理装置１００によれば、回転角の第３の変化量の指定に応じて、第１の原子の座標を、当該座標に第３の変化量に対応する回転行列を乗算した座標に変更することができる。情報処理装置１００によれば、１以上の原子が、第１の原子以外の原子を含めば、回転角の変化前後の第１の原子の座標間の第３のベクトルを特定することができる。情報処理装置１００によれば、１以上の原子のうち第１の原子以外のそれぞれの原子の座標を、当該座標から特定した第３のベクトル分移動した先の座標に変更することができる。これにより、情報処理装置１００は、回転角を変化させる場合に対応するよう１以上の原子のそれぞれの原子の座標を適切に変更することができる。
【0173】
情報処理装置１００によれば、結合長、結合角、および、回転角の少なくともいずれかの変化量の指定ごとに、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更することができる。情報処理装置１００によれば、変化量の指定ごとに、変化量に応じて、座標空間における、１以上の原子のそれぞれの原子の座標を変更した場合における、対象の分子のポテンシャルエネルギーを算出することができる。情報処理装置１００によれば、算出したポテンシャルエネルギーに基づいて、対象の分子のＰＥＣを生成することができる。これにより、情報処理装置１００は、利用者が、ＰＥＣを参照可能にすることができ、対象の分子の性質を解析し易くすることができる。
【0174】
情報処理装置１００によれば、第１の原子の選択を受け付け、複数の原子のうち、第１の原子と連動する他の原子を選択することにより、第１の原子と、他の原子とを含む１以上の原子の選択を受け付けることができる。これにより、情報処理装置１００は、１以上の原子を選択する際に利用者にかかる作業負担の低減化を図ることができる。
【0175】
なお、本実施の形態で説明した情報処理方法は、予め用意されたプログラムをＰＣやワークステーションなどのコンピュータで実行することにより実現することができる。本実施の形態で説明した情報処理プログラムは、コンピュータで読み取り可能な記録媒体に記録され、コンピュータによって記録媒体から読み出されることによって実行される。記録媒体は、ハードディスク、フレキシブルディスク、ＣＤ（Ｃｏｍｐａｃｔ Ｄｉｓｃ）－ＲＯＭ、ＭＯ（Ｍａｇｎｅｔｏ Ｏｐｔｉｃａｌ ｄｉｓｃ）、ＤＶＤ（Ｄｉｇｉｔａｌ Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ Ｄｉｓｃ）などである。また、本実施の形態で説明した情報処理プログラムは、インターネットなどのネットワークを介して配布してもよい。
【0176】
上述した実施の形態に関し、さらに以下の付記を開示する。
【0177】
（付記１）所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータに実行させることを特徴とする情報処理プログラム。
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータに実行させることを特徴とする情報処理プログラム。
【0178】
（付記２）前記変更する処理は、
前記結合長の第１の変化量の指定に応じて、前記１以上の原子のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から前記第１の変化量を乗算した前記単位ベクトル分移動した先である前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする付記１に記載の情報処理プログラム。
前記結合長の第１の変化量の指定に応じて、前記１以上の原子のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から前記第１の変化量を乗算した前記単位ベクトル分移動した先である前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする付記１に記載の情報処理プログラム。
【0179】
（付記３）前記変更する処理は、
前記結合角の第２の変化量の指定に応じて、前記第２の変化量と、前記第２の原子の座標から前記第３の原子の座標へのベクトルと、前記法線ベクトルとに基づいて、前記第２の原子の座標から前記結合角の変化後の前記第１の原子の前記第２の座標への第１のベクトルを特定し、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標から特定した前記第１のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記結合角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第２のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第２のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする付記１に記載の情報処理プログラム。
前記結合角の第２の変化量の指定に応じて、前記第２の変化量と、前記第２の原子の座標から前記第３の原子の座標へのベクトルと、前記法線ベクトルとに基づいて、前記第２の原子の座標から前記結合角の変化後の前記第１の原子の前記第２の座標への第１のベクトルを特定し、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標から特定した前記第１のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記結合角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第２のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第２のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする付記１に記載の情報処理プログラム。
【0180】
（付記４）前記変更する処理は、
前記回転角の第３の変化量の指定に応じて、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標に前記第３の変化量に対応する前記回転行列を乗算した前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記回転角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第３のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第３のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする付記１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
前記回転角の第３の変化量の指定に応じて、前記第１の原子の前記第１の座標を、前記第１の原子の前記第１の座標に前記第３の変化量に対応する前記回転行列を乗算した前記第２の座標に変更し、前記１以上の原子が、前記第１の原子以外の原子を含めば、前記回転角の変化前後の前記第１の原子の前記第１の座標から前記第２の座標への第３のベクトルを特定し、前記１以上の原子のうち前記第１の原子以外のそれぞれの原子の前記第１の座標を、当該原子の前記第１の座標から特定した前記第３のベクトル分移動した先の前記第２の座標に変更する、ことを特徴とする付記１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
【0181】
（付記５）前記対象の分子のうち、前記変化量の指定各々に応じて、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、前記第１の座標から前記第２の座標に変更した変更後の、各々の前記対象の分子に対して、前記対象の分子のポテンシャルエネルギーをそれぞれ算出し、
算出した複数の前記ポテンシャルエネルギーに基づいて、前記対象の分子のポテンシャルエネルギー曲線を生成する、
処理を前記コンピュータに実行させることを特徴とする付記１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
算出した複数の前記ポテンシャルエネルギーに基づいて、前記対象の分子のポテンシャルエネルギー曲線を生成する、
処理を前記コンピュータに実行させることを特徴とする付記１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
【0182】
（付記６）前記選択を受け付ける処理は、
前記第１の原子の選択を受け付け、前記複数の原子のうち、前記第１の原子と連動する他の原子を選択することにより、前記第１の原子と、前記他の原子とを含む１以上の原子の選択を受け付ける、ことを特徴とする付記１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
前記第１の原子の選択を受け付け、前記複数の原子のうち、前記第１の原子と連動する他の原子を選択することにより、前記第１の原子と、前記他の原子とを含む１以上の原子の選択を受け付ける、ことを特徴とする付記１～３のいずれか一つに記載の情報処理プログラム。
【0183】
（付記７）所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータが実行することを特徴とする情報処理方法。
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
処理をコンピュータが実行することを特徴とする情報処理方法。
【0184】
（付記８）所定の座標空間に存在する対象の分子を形成する複数の原子のうち１以上の原子の選択を受け付け、
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
制御部を有することを特徴とする情報処理装置。
前記選択を受け付けた前記１以上の原子に含まれる第１の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第１の原子に接続する第２の原子との結合長と、前記第１の原子と前記第２の原子とを結合する第１の結合軸と前記第２の原子と前記１以上の原子に含まれず前記第２の原子に接続する第３の原子とを結合する第２の結合軸とが成す結合角と、前記第２の結合軸に対する前記第２の原子の回転角と、の少なくともいずれかの変化量の指定に応じて、前記座標空間における、前記結合長を変化させる前記第１の原子と前記第２の原子との座標間の単位ベクトルと、前記結合角を変化させる前記第１の結合軸と前記第２の結合軸とが成す面に対する法線ベクトルと、前記回転角を変化させる前記第２の原子の回転行列と、の少なくともいずれかに基づいて、前記座標空間における、前記１以上の原子のそれぞれの原子の座標を、第１の座標から第２の座標に変更する、
制御部を有することを特徴とする情報処理装置。
【符号の説明】
【0185】
１００ 情報処理装置
１１０ モデル
１１１ 球
１１２ 棒
２００ 情報処理システム
２０１ 解析装置
２０２ クライアント装置
２１０ ネットワーク
３００ バス
３０１ ＣＰＵ
３０２ メモリ
３０３ ネットワークＩ／Ｆ
３０４ 記録媒体Ｉ／Ｆ
３０５ 記録媒体
４００ 記憶部
４０１ 取得部
４０２ 特定部
４０３ 変更部
４０４ 解析部
４０５ 出力部
５００ 座標データ
６００ 構造式
６０１ グループ
６１１，６１２，６１３，６１４，６１５，８１１，８１２，８１３，８１４，９１１，９１２，１００１，１００２，１００３，１００４ 原子
６２１，６２２，６２３ 結合軸
７００ パターンファイル
７０１，７０２，７０３ 変更パターン
８００，９００，１０００ 分子
８０１ 単位ベクトル
９２１，９２２，１０１１ 結合軸ベクトル
１１００ グラフ
１１０１ ＰＥＣ
１１０ モデル
１１１ 球
１１２ 棒
２００ 情報処理システム
２０１ 解析装置
２０２ クライアント装置
２１０ ネットワーク
３００ バス
３０１ ＣＰＵ
３０２ メモリ
３０３ ネットワークＩ／Ｆ
３０４ 記録媒体Ｉ／Ｆ
３０５ 記録媒体
４００ 記憶部
４０１ 取得部
４０２ 特定部
４０３ 変更部
４０４ 解析部
４０５ 出力部
５００ 座標データ
６００ 構造式
６０１ グループ
６１１，６１２，６１３，６１４，６１５，８１１，８１２，８１３，８１４，９１１，９１２，１００１，１００２，１００３，１００４ 原子
６２１，６２２，６２３ 結合軸
７００ パターンファイル
７０１，７０２，７０３ 変更パターン
８００，９００，１０００ 分子
８０１ 単位ベクトル
９２１，９２２，１０１１ 結合軸ベクトル
１１００ グラフ
１１０１ ＰＥＣ
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
【図14】
【図15】
【図16】
【図17】
【図18】