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特開2024-53821Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ類縁細菌の定量方法、プライマーセット、及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ類縁細菌の定量キット
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2024053821
(43)【公開日】2024-04-16
(54)【発明の名称】Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ類縁細菌の定量方法、プライマーセット、及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｐｒａｕｓｎｉｔｚｉｉ類縁細菌の定量キット
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6851 20180101AFI20240409BHJP
C12Q 1/689 20180101ALI20240409BHJP
C12N 15/54 20060101ALN20240409BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6851 Z ZNA
C12Q1/689 Z
C12N15/54
【審査請求】未請求
【請求項の数】12
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2022160264
(22)【出願日】2022-10-04
(71)【出願人】
【識別番号】598096991
【氏名又は名称】学校法人東京農業大学
(74)【代理人】
【識別番号】100165179
【弁理士】
【氏名又は名称】田▲崎▼ 聡
(74)【代理人】
【識別番号】100188558
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 雅人
(74)【代理人】
【識別番号】100175824
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 淳一
(74)【代理人】
【識別番号】100152272
【弁理士】
【氏名又は名称】川越 雄一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100181722
【弁理士】
【氏名又は名称】春田 洋孝
(72)【発明者】
【氏名】遠藤 明仁
(72)【発明者】
【氏名】丹野 広貴
【テーマコード（参考）】
4B063
【Ｆターム（参考）】
4B063QA01
4B063QA18
4B063QQ03
4B063QQ44
4B063QR08
4B063QR42
4B063QR62
4B063QS25
4B063QS34
4B063QX02
(57)【要約】
【課題】Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌をより正確に定量することができるFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量方法、プライマーセット及び定量キットの提供。
【解決手段】核酸を含む試料と、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットを用いて、前記核酸を鋳型としてＤＮＡの増幅反応を行うことと、前記ＤＮＡの増幅反応の結果からを前記検体に含まれるFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌を定量することを含む、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量方法。
【選択図】なし
【解決手段】核酸を含む試料と、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットを用いて、前記核酸を鋳型としてＤＮＡの増幅反応を行うことと、前記ＤＮＡの増幅反応の結果からを前記検体に含まれるFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌を定量することを含む、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量方法。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
核酸を含む試料と、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットを用いて、前記核酸を鋳型としてＤＮＡの増幅反応を行うことと、
前記ＤＮＡの増幅反応の結果からFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌を定量することを含む、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量方法。
前記ＤＮＡの増幅反応の結果からFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌を定量することを含む、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量方法。
【請求項2】
前記プライマーセットが、
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、又は配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項１に記載の定量方法。
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、又は配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項１に記載の定量方法。
【請求項3】
前記プライマーセットが、
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項１に記載の定量方法。
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項１に記載の定量方法。
【請求項4】
前記プライマーセットが、
配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項１に記載の定量方法。
配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項１に記載の定量方法。
【請求項5】
前記試料は、第１～第９試料を含み、
前記ＤＮＡの増幅反応を行うことは、前記ＦＧ１Ｆプライマー及び前記ＦＧ１Ｒプライマーを前記第１試料に添加すること、前記ＦＧ２Ｆプライマー及び前記ＦＧ２Ｒプライマーを前記第２試料に添加すること、前記ＦＧ３Ｆプライマー及び前記ＦＧ３Ｒプライマーを前記第３試料に添加すること、前記ＦＧ４Ｆプライマー及び前記ＦＧ４Ｒプライマーを前記第４試料に添加すること、前記ＦＧ５Ｆプライマー及び前記ＦＧ５Ｒプライマーを前記第５試料に添加すること、前記ＦＧ６Ｆプライマー及び前記ＦＧ６Ｒプライマーを前記第６試料に添加すること、前記ＦＧ７Ｆプライマー及び前記ＦＧ７Ｒプライマーを前記第７試料に添加すること、前記ＦＧ８Ｆプライマー及び前記ＦＧ８Ｒプライマーを前記第８試料に添加すること及び前記ＦＧ９Ｆプライマー及び前記ＦＧ９Ｒプライマーを前記第９試料に添加することを含む、請求項２～４の何れか１項に記載の定量方法。
前記ＤＮＡの増幅反応を行うことは、前記ＦＧ１Ｆプライマー及び前記ＦＧ１Ｒプライマーを前記第１試料に添加すること、前記ＦＧ２Ｆプライマー及び前記ＦＧ２Ｒプライマーを前記第２試料に添加すること、前記ＦＧ３Ｆプライマー及び前記ＦＧ３Ｒプライマーを前記第３試料に添加すること、前記ＦＧ４Ｆプライマー及び前記ＦＧ４Ｒプライマーを前記第４試料に添加すること、前記ＦＧ５Ｆプライマー及び前記ＦＧ５Ｒプライマーを前記第５試料に添加すること、前記ＦＧ６Ｆプライマー及び前記ＦＧ６Ｒプライマーを前記第６試料に添加すること、前記ＦＧ７Ｆプライマー及び前記ＦＧ７Ｒプライマーを前記第７試料に添加すること、前記ＦＧ８Ｆプライマー及び前記ＦＧ８Ｒプライマーを前記第８試料に添加すること及び前記ＦＧ９Ｆプライマー及び前記ＦＧ９Ｒプライマーを前記第９試料に添加することを含む、請求項２～４の何れか１項に記載の定量方法。
【請求項6】
前記Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌を定量することは、前記第１～第９試料における前記ＤＮＡの増幅反応の結果から、前記第１～第９試料のそれぞれにおいてFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌のうち１種を定量することを含む、請求項５に記載の定量方法。
【請求項7】
さらに、検体から前記核酸を抽出することと、
前記核酸を含む前記試料を調製することを含む、請求項１～４の何れか１項に記載の定量方法。
前記核酸を含む前記試料を調製することを含む、請求項１～４の何れか１項に記載の定量方法。
【請求項8】
前記検体が、糞便を含む、請求項７に記載の定量方法。
【請求項9】
Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットであって、
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなるプライマーセット。
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなるプライマーセット。
【請求項10】
前記プライマーセットが、
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項９に記載のプライマーセット。
配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項９に記載のプライマーセット。
【請求項11】
前記プライマーセットが、
配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項９に記載のプライマーセット。
配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、
配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、
配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、
配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、
配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、
配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、
配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、
配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、
配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、
配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、
配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、
配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、
配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、
配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、
配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、
配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、
配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び
配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、請求項９に記載のプライマーセット。
【請求項12】
請求項９～１１の何れか１項に記載のプライマーセットと、デオキシヌクレオチド３リン酸と、ＤＮＡポリメラーゼと、ｐＨ緩衝液と、を含むFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量キット。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量方法、プライマーセット、及びFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量キットに関する。
【背景技術】
【0002】
ヒトの腸内には百兆個にも及ぶ細菌が生息しており、これら腸内細菌は宿主であるヒトの健康と深く関わっていることが知られている。腸内細菌は、千種に及ぶ多様な細菌種で構成されており、この腸内細菌のバランスが崩れると、様々な疾病を引き起こす原因になると考えられている。
【0003】
これまでの研究で、様々な疾患患者の腸内細菌の構成は、健常者の腸内細菌の構成と大きく異なることが示されている。一方で、健常者の理想的な腸内細菌の構成については、いまだに明らかとなっていない。
【0004】
腸内細菌の一種であるFaecalibacterium prausnitzii（以下、F. prausnitziiと記載することがある）は、健常者の腸内には多数生息している一方で、様々な疾患患者の腸内では著しく減少していることが多数報告されている。このことから、F. prausnitziiは、健康なヒトの腸内細菌のバイオマーカーとしての役割を果たすのではないかと注目されている。
【0005】
このような背景から、F. prausnitziiは、現在最も注目されている腸内細菌の一種であるといえる。例えば、非特許文献１は、多くの研究においてF. prausnitziiの増減を定量的ＰＣＲや次世代シークエンサーを利用した解析によりモニターしていることを報告している。
【0006】
一方で、従来F. prausnitziiと考えられていた菌種が、実際には複数種の多様な細菌種で構成されていることが明らかにされている（非特許文献２）。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【0007】
【非特許文献1】Mireia Lopes-Siles et al., Faecalibacterium prausnitzii: from microbiology to diagnostics and prognostics, The ISME Journal, 2017, 11, 841-852
【非特許文献2】Hiroki Tanno et al., 16S rRNA gene sequence diversity in Faecalibacterium prausnitzii-complex taxa has marked impacts on quantitative analysis, FEMS Microbiology Ecology, 2022, 98, 1-13
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0008】
非特許文献１に報告される研究で用いられている手法では、非特許文献２に記載されるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を正確に定量することができない。
【0009】
本発明の一態様における目的は、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌をより正確に定量することができるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法、プライマーセット及びF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量キットを提供することにある。
【課題を解決するための手段】
【0010】
本発明は、以下の態様を包含する。
［１］核酸を含む試料と、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットを用いて、前記核酸を鋳型としてＤＮＡの増幅反応を行うことと、前記ＤＮＡの増幅反応の結果からF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量することを含む、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法。
［２］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、又は配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［１］に記載の定量方法。
［３］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［１］又は［２］に記載の定量方法。
［４］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［１］～［３］の何れか一項に記載の定量方法。
［５］前記試料は、第１～第９試料を含み、前記ＤＮＡの増幅反応を行うことは、前記ＦＧ１Ｆプライマー及び前記ＦＧ１Ｒプライマーを前記第１試料に添加すること、前記ＦＧ２Ｆプライマー及び前記ＦＧ２Ｒプライマーを前記第２試料に添加すること、前記ＦＧ３Ｆプライマー及び前記ＦＧ３Ｒプライマーを前記第３試料に添加すること、前記ＦＧ４Ｆプライマー及び前記ＦＧ４Ｒプライマーを前記第４試料に添加すること、前記ＦＧ５Ｆプライマー及び前記ＦＧ５Ｒプライマーを前記第５試料に添加すること、前記ＦＧ６Ｆプライマー及び前記ＦＧ６Ｒプライマーを前記第６試料に添加すること、前記ＦＧ７Ｆプライマー及び前記ＦＧ７Ｒプライマーを前記第７試料に添加すること、前記ＦＧ８Ｆプライマー及び前記ＦＧ８Ｒプライマーを前記第８試料に添加すること及び前記ＦＧ９Ｆプライマー及び前記ＦＧ９Ｒプライマーを前記第９試料に添加することを含む、［２］～［４］の何れか一項に記載の定量方法。
［６］前記F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量することは、前記第１～第９試料における前記ＤＮＡの増幅反応の結果から、前記第１～第９試料のそれぞれにおいてFaecalibacterium prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のうち１種を定量することを含む、［５］に記載の定量方法。
［７］さらに、検体から前記核酸を抽出することと、前記核酸を含む前記試料を調製することを含む、［１］～［６］の何れか一項に記載の定量方法。
［８］前記検体が、糞便を含む、［７］項に記載の定量方法。
［９］F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなるプライマーセット。
［１０］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［９］に記載のプライマーセット。
［１１］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［９］又は［１０］に記載のプライマーセット。
［１２］［９］～［１１］の何れか一項に記載のプライマーセットと、デオキシヌクレオチド３リン酸と、ＤＮＡポリメラーゼと、ｐＨ緩衝液と、を含むF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量キット。
［１］核酸を含む試料と、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットを用いて、前記核酸を鋳型としてＤＮＡの増幅反応を行うことと、前記ＤＮＡの増幅反応の結果からF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量することを含む、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法。
［２］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、又は配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［１］に記載の定量方法。
［３］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［１］又は［２］に記載の定量方法。
［４］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［１］～［３］の何れか一項に記載の定量方法。
［５］前記試料は、第１～第９試料を含み、前記ＤＮＡの増幅反応を行うことは、前記ＦＧ１Ｆプライマー及び前記ＦＧ１Ｒプライマーを前記第１試料に添加すること、前記ＦＧ２Ｆプライマー及び前記ＦＧ２Ｒプライマーを前記第２試料に添加すること、前記ＦＧ３Ｆプライマー及び前記ＦＧ３Ｒプライマーを前記第３試料に添加すること、前記ＦＧ４Ｆプライマー及び前記ＦＧ４Ｒプライマーを前記第４試料に添加すること、前記ＦＧ５Ｆプライマー及び前記ＦＧ５Ｒプライマーを前記第５試料に添加すること、前記ＦＧ６Ｆプライマー及び前記ＦＧ６Ｒプライマーを前記第６試料に添加すること、前記ＦＧ７Ｆプライマー及び前記ＦＧ７Ｒプライマーを前記第７試料に添加すること、前記ＦＧ８Ｆプライマー及び前記ＦＧ８Ｒプライマーを前記第８試料に添加すること及び前記ＦＧ９Ｆプライマー及び前記ＦＧ９Ｒプライマーを前記第９試料に添加することを含む、［２］～［４］の何れか一項に記載の定量方法。
［６］前記F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量することは、前記第１～第９試料における前記ＤＮＡの増幅反応の結果から、前記第１～第９試料のそれぞれにおいてFaecalibacterium prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のうち１種を定量することを含む、［５］に記載の定量方法。
［７］さらに、検体から前記核酸を抽出することと、前記核酸を含む前記試料を調製することを含む、［１］～［６］の何れか一項に記載の定量方法。
［８］前記検体が、糞便を含む、［７］項に記載の定量方法。
［９］F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなるプライマーセット。
［１０］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその５’末端に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の５’末端の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［９］に記載のプライマーセット。
［１１］前記プライマーセットが、配列番号１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチドであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる、［９］又は［１０］に記載のプライマーセット。
［１２］［９］～［１１］の何れか一項に記載のプライマーセットと、デオキシヌクレオチド３リン酸と、ＤＮＡポリメラーゼと、ｐＨ緩衝液と、を含むF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量キット。
【発明の効果】
【0011】
上記定量方法、プライマーセット及び定量キットによればFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌をより正確に定量することができる。
【図面の簡単な説明】
【0012】
【図1】F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌をＡＮＩ値に基づいて分類したデンドログラムである。
【図2】合成したｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図3】合成したｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図4】合成したｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図5】合成したｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図6】合成したｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図7】合成した１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子をターゲットにしたプライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図8】検体から抽出したゲノムのｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図9】検体から抽出したゲノムのｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【図10】検体から抽出したゲノムのｒｐｏＡ遺伝子をターゲットにした各細菌群の特異的プライマーを用いて定量的ＰＣＲを行った結果を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【0013】
以下、図面を参照しながら実施形態について詳しく説明する。
本明細書中において、核酸の塩基配列中のＡ、Ｃ、Ｇ及びＴは、それぞれ、デオキシリボヌクレオチド中のアデニン塩基、シトシン塩基、グアニン塩基及びチミン塩基を示す。
本明細書中において、核酸の塩基配列中のＡ、Ｃ、Ｇ及びＴは、それぞれ、デオキシリボヌクレオチド中のアデニン塩基、シトシン塩基、グアニン塩基及びチミン塩基を示す。
【0014】
＜F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌＞
図１は、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌をＡＮＩ（Average Nucleotide Identity）値に基づいて分類したデンドログラムである（非特許文献２より改変して引用）。発明者らは、非特許文献２において、従来F. prausnitziiとして分類されていた細菌をゲノムＤＮＡ全体の相同性を基に、図１のデンドログラムに示されるように再分類した。分類手法の詳細は、非特許文献２の「Acquisition of Genomic data and genomic analysis」に記載の通りである。図１中のＧｒｏｕｐ１～Ｇｒｏｕｐ８は、前記相同性に基づいて異なる系統群に分類されている。
図１は、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌をＡＮＩ（Average Nucleotide Identity）値に基づいて分類したデンドログラムである（非特許文献２より改変して引用）。発明者らは、非特許文献２において、従来F. prausnitziiとして分類されていた細菌をゲノムＤＮＡ全体の相同性を基に、図１のデンドログラムに示されるように再分類した。分類手法の詳細は、非特許文献２の「Acquisition of Genomic data and genomic analysis」に記載の通りである。図１中のＧｒｏｕｐ１～Ｇｒｏｕｐ８は、前記相同性に基づいて異なる系統群に分類されている。
【0015】
図１に示されるＧｒｏｕｐ１は、F. prausnitziiである。本明細書において、Ｇｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ８に分類されている細菌は、F. prausnitzii類縁細菌に含まれると定義する。Ｇｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ８に分類されている細菌を、それぞれＧｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ８細菌と記載することがある。なお、Ｇｒｏｕｐ４はFaecalibacterium longum、Ｇｒｏｕｐ６はFaecalibacterium duncaniae、Ｇｒｏｕｐ７はFaecalibacterium hattoriiとして分類されている。
【0016】
さらに、本明細書において、Yuanqiang Zou et al., Scientific Reports, 2021,11, 11340に報告されているFaecalibacterium butyicigeneransもF. prausnitzii類縁細菌に含まれると定義する。本明細書において、Faecalibacterium butyicigeneransを、Ｇｒｏｕｐ９細菌と記載することがある。
【0017】
つまりF. prausnitzii類縁細菌とは、従来F. prausnitziiとして分類されていた細菌または系統的類縁細菌である。
【0018】
＜F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法＞
本発明の一態様におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法は、核酸を含む試料と、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットを用いて、前記核酸を鋳型としてＤＮＡの増幅反応を行うことと、前記ＤＮＡの増幅反応の結果からF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量することを含む。
本発明の一態様におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法は、核酸を含む試料と、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットを用いて、前記核酸を鋳型としてＤＮＡの増幅反応を行うことと、前記ＤＮＡの増幅反応の結果からF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量することを含む。
【0019】
本発明において、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量するためのマーカーとしてＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子であるｒｐｏＡ遺伝子を使用する。
【0020】
一般的に、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子は、菌種内で保存性の高い遺伝子である。従って、細菌の分類、同定、検出及び定量等のマーカーとして頻繁に使用されている遺伝子である。しかしながら、Faecalibacterium属では同じ菌株のゲノムに６コピーの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子が保存されている。さらに、６コピー間の１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子の相同性が低く、一部は、別菌種といえるレベルで相同性が低い。従って、Faecalibacterium属の細菌を定量するためのマーカーとして、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子を使用すると、正確な定量が行えないおそれがある。
【0021】
本発明でF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量するためのマーカーとして使用されるｒｐｏＡ遺伝子は、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の菌種間において、異なる配列を有している。配列番号１９～２７は、それぞれF. prausnitzii及びＧｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ９細菌のｒｐｏＡ１遺伝子～ｒｐｏＡ９遺伝子の配列を示す。ｒｐｏＡ遺伝子配列は、同一の細菌群であっても株ごとにその配列の一部が異なることがあるため、配列番号１９～２７は、各菌種における代表的なｒｐｏＡ遺伝子配列を示している。
【0022】
ｒｐｏＡ遺伝子をマーカーとして用いることで、試料に含まれるF. prausnitzii及び８種のF. prausnitzii類縁細菌のそれぞれを個別に定量することができる。また、個別に定量した値の総和から、試料に含まれるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の全量を正確に定量することができる。
【0023】
プライマーセットは、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のｒｐｏＡ遺伝子の少なくとも一部を増幅する。
【0024】
プライマーセットは、F. prausnitzii及び８種のF. prausnitzii類縁細菌のそれぞれのｒｐｏＡ遺伝子を増幅する９組のフォワードプライマー及びリバースプライマーからなる。
【0025】
配列番号１及び配列番号２のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ１Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ１Ｒプライマーは、F. prausnitziiのｒｐｏＡ遺伝子である遺伝子であるｒｐｏＡ１遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ１Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ１遺伝子の３６７～３８７番目の塩基配列と、ＦＧ１ＲプライマーｒｐｏＡ１遺伝子の４９８～５１８番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0026】
配列番号３及び配列番号４のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ２Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ２Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ２細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ２遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ２Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ２遺伝子の４０１～４２０番目の塩基配列と、ＦＧ２ＲプライマーｒｐｏＡ２遺伝子の５７６～５９６番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0027】
配列番号５及び配列番号６のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ３Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ３Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ３細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ３遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ３Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ３遺伝子の４６７～４８７番目の塩基配列と、ＦＧ３ＲプライマーｒｐｏＡ３遺伝子の５９８～６１８番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0028】
配列番号７及び配列番号８のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ４Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ４Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ４細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ４遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ４Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ４遺伝子の４６９～４８９番目の塩基配列と、ＦＧ４ＲプライマーｒｐｏＡ４遺伝子の６０９～６２９番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0029】
配列番号９及び配列番号１０のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ５Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ５Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ５細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ５遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ５Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ５遺伝子の２２９～２４９番目の塩基配列と、ＦＧ５ＲプライマーｒｐｏＡ５遺伝子の４５０～４６９番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0030】
配列番号１１及び配列番号１２のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ６Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ６Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ６細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ６遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ６Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ６遺伝子の４３０～４５０番目の塩基配列と、ＦＧ６ＲプライマーｒｐｏＡ６遺伝子の５６１～５８１番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0031】
配列番号１３及び配列番号１４のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ７Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ７Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ７細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ７遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ７Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ７遺伝子の３６７～３８８番目の塩基配列と、ＦＧ７ＲプライマーｒｐｏＡ７遺伝子の４９５～５１５番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0032】
配列番号１５及び配列番号１６のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ８Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ８Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ８細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ８遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ８Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ８遺伝子の５３４～５５４番目の塩基配列と、ＦＧ８ＲプライマーｒｐｏＡ８遺伝子の６９６～７１５番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0033】
配列番号１７及び配列番号１８のそれぞれにより示されるポリヌクレオチドからなるフォワードプライマーＦＧ９Ｆプライマー及びリバースプライマーＦＧ９Ｒプライマーは、Ｇｒｏｕｐ９細菌のｒｐｏＡ遺伝子であるｒｐｏＡ９遺伝子を増幅するプライマーである。ＦＧ９Ｆプライマーは、ｒｐｏＡ９遺伝子の５４４～５６４番目の塩基配列と、ＦＧ９ＲプライマーｒｐｏＡ９遺伝子の６９６～７１７番目の塩基配列と相補的な配列である。
【0034】
前記フォワード及びリバースプライマーは、それぞれ配列番号１～１８の配列を含むポリヌクレオチドであってもよい。前記フォワードプライマープライマーは、それぞれ配列番号１～１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に各ｒｐｏＡ遺伝子と相補的な１～５塩基、好ましくは１～４塩基、より好ましくは１～３塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチドであってもよい。また、前記フォワードプライマープライマーは、それぞれ配列番号１～１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基、好ましくは１～４塩基、より好ましくは１～３塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドであってもよい。前記フォワードプライマープライマーは、それぞれ配列番号１～１８の配列とその５’末端の少なくとも一方に各ｒｐｏＡ遺伝子と相補的な１～５塩基、好ましくは１～４塩基、より好ましくは１～３塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチドであってもよい。また、前記プライマーは、それぞれ配列番号１～１８の配列の５’末端の少なくとも一方の１～５塩基、好ましくは１～４塩基、より好ましくは１～３塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドであってもよい。
【0035】
上述の通りｒｐｏＡ遺伝子配列は、同一の細菌群であっても株ごとにその配列の一部が異なることがある。そのため、本発明においては合計２００菌株以上のF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の塩基配列データを使用し、同一菌種内（即ちF. prausnitzii及びＧｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ９細菌のいずれかの菌種内）において、ｒｐｏＡ遺伝子配列が異なっていても配列相同性が完全に一致し、且つ他の菌種とは配列が異なる部分を各プライマー配列として決定している。
【0036】
また、上記フォワード及びリバースプライマーは、蛍光物質や、ビオチン又はジゴキシンのような結合親和性物質、酵素、放射性同位元素又は発光物質等で標識されていてもよい。蛍光物質としては、例えば、サイバーグリーン（SYBR green）、フルオレスカミン及びフルオレッセインイソチオシアネート等が挙げられる。酵素としては、例えば、パーオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、リンゴ酸脱水酵素、α－グルコシダーゼ及びα－ガラクトシダーゼ等が挙げられる。放射性同位元素としては、例えば、１２５Ｉ、１３１Ｉ、３Ｈ及び１４Ｃ等が挙げられる。発光物質としては、例えば、ルシフェリン、ルシゲニン、ルミノール及びルミノール誘導体等が挙げられる。
【0037】
９組のフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ別の試料に添加される。つまり、９組のフォワード及びリバースプライマーは、それぞれ第１～第９試料のそれぞれに添加される。そのため、試料に含まれるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のうちの一種をそれぞれを定量することができる。よって、検体提供者の腸内におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の量的なバランスを知ることができる。その結果、腸内細菌におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のそれぞれ割合と検体提供者の健康状態及び疾患との相関についての調査を行うことが可能である。また、この調査結果を、健康状態の改善効果がより高い飲食物や、治療効果のより高い医薬品の開発に使用することができる。
【0038】
F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を定量する手順について説明する。まず、検体から核酸を抽出する。検体は、ヒトを含む哺乳類の糞便が挙げられる。また、検体は、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を含む健康食品や医薬品等であってもよい。腸内細菌バランスを調査できるという観点から、検体は、ヒトの糞便であることが好ましい。
【0039】
検体から核酸を抽出し、試料を調製する方法は、特に限定されず、公知の方法を用いて抽出することができる。例えば、磁性ビーズ法、フェノール／クロロホルム法及びセチルトリメチルアンモニウムブロミド（ＣＴＡＢ）法、及びこれらの組み合わせ等が挙げられる。核酸の抽出には、市販のキットを用いてもよい。
【0040】
試料を少なくとも９つ準備し、９組のフォワード及びリバースプライマーをそれぞれ異なる試料に対して用いる。試料に含まれる核酸を鋳型として各フォワード及びリバースプライマーにより増幅反応を行う。増幅反応と各細菌の定量は、定量的ＰＣＲにより行われる。
【0041】
以上のように、本発明の一態様におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法によれば、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌を正確に定量することができる。また、本発明の一態様におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法によれば、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌をそれぞれ個別に定量することができる。
【0042】
なお、上述した態様においては、上述した９組のプライマー全てを用いているが、本発明はこれに限定されない。１組のプライマー、例えばＦＧ１Ｆプライマー及びＦＧ１Ｒプライマーのみを用いてF. prausnitziiを定量することができる。また、上述した９組プライマーのうち少なくとも２組のプライマーを用いてF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のうちの少なくとも２種の細菌を定量することができる。このような定量により、より簡便に目的の細菌種を定量することが可能である。
【0043】
＜プライマーセット＞
本発明の一態様におけるプライマーセットは、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、は配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる。
本発明の一態様におけるプライマーセットは、F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌のＲＮＡポリメラーゼをコードする遺伝子の少なくとも一部を増幅するためのプライマーセットであって、配列番号１により示されるポリヌクレオチド、は配列番号１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｆプライマー、配列番号２により示されるポリヌクレオチド、配列番号２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ１Ｒプライマー、配列番号３により示されるポリヌクレオチド、配列番号３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｆプライマー、配列番号４により示されるポリヌクレオチド、配列番号４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ２Ｒプライマー、配列番号５により示されるポリヌクレオチド、配列番号５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｆプライマー、配列番号６により示されるポリヌクレオチド、配列番号６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ３Ｒプライマー、配列番号７により示されるポリヌクレオチド、配列番号７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｆプライマー、配列番号８により示されるポリヌクレオチド、配列番号８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ４Ｒプライマー、配列番号９により示されるポリヌクレオチド、配列番号９の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号９の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｆプライマー、配列番号１０により示されるポリヌクレオチド、配列番号１０の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１０の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ５Ｒプライマー、配列番号１１により示されるポリヌクレオチド、配列番号１１の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１１の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｆプライマー、配列番号１２により示されるポリヌクレオチド、配列番号１２の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１２の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ６Ｒプライマー、配列番号１３により示されるポリヌクレオチド、配列番号１３の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１３の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｆプライマー、配列番号１４により示されるポリヌクレオチド、配列番号１４の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１４の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ７Ｒプライマー、配列番号１５により示されるポリヌクレオチド、配列番号１５の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１５の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｆプライマー、配列番号１６により示されるポリヌクレオチド、配列番号１６の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１６の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ８Ｒプライマー、配列番号１７により示されるポリヌクレオチド、配列番号１７の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１７の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｆプライマー及び配列番号１８により示されるポリヌクレオチド、配列番号１８の配列とその３’末端及び５’末端の少なくとも一方に１～５塩基のヌクレオチドが結合しているポリヌクレオチド、及び配列番号１８の配列の３’末端及び５’末端の少なくとも一方の１～５塩基のヌクレオチドが欠失しているポリヌクレオチドのうちの何れか１つであるＦＧ９Ｒプライマー、からなる。
【0044】
各プライマーについては、＜F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法＞に記載されるプライマーと同一であるため、説明を省略する。
【0045】
＜F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量キット＞
本発明の一態様におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量キットは、プライマーセットと、デオキシヌクレオチド３リン酸と、ＤＮＡポリメラーゼと、ｐＨ緩衝液と、を含む。プライマーセットは、上述の＜F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法＞に記載されるプライマーと同一であるため、これらの説明を省略する。
本発明の一態様におけるF. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量キットは、プライマーセットと、デオキシヌクレオチド３リン酸と、ＤＮＡポリメラーゼと、ｐＨ緩衝液と、を含む。プライマーセットは、上述の＜F. prausnitzii及びF. prausnitzii類縁細菌の定量方法＞に記載されるプライマーと同一であるため、これらの説明を省略する。
【0046】
本実施形態の定量キットは、さらにデオキシヌクレオチド３リン酸（ｄＮＴＰｓ）と、ＤＮＡポリメラーゼと、緩衝液と、を含む。本実施形態の定量キットは、さらに蒸留水、塩、タンパク質及び界面活性剤等の少なくとも１つを含んでいてもよい。
【実施例0047】
以下、実施例を示して本発明を詳細に説明するが、本発明は以下の記載によって限定されるものではない。
【0048】
＜プライマーの設計＞
合計２３５菌株の塩基配列データを使用し、同一菌種内（即ちF. prausnitzii及びＧｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ９細菌のいずれかの菌種内）において、配列相同性が完全に一致し、且つ他の菌種とは配列が異なる部分を各プライマー配列として設計した。ＦＧ１Ｆ～ＦＧ９Ｆプライマー及びＦＧ１Ｒ～ＦＧ９Ｒプライマーの各配列を表１に示す。
合計２３５菌株の塩基配列データを使用し、同一菌種内（即ちF. prausnitzii及びＧｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ９細菌のいずれかの菌種内）において、配列相同性が完全に一致し、且つ他の菌種とは配列が異なる部分を各プライマー配列として設計した。ＦＧ１Ｆ～ＦＧ９Ｆプライマー及びＦＧ１Ｒ～ＦＧ９Ｒプライマーの各配列を表１に示す。
【0049】
【表1】
【0050】
＜プライマーの評価＞
（実施例１）
F. prausnitzii及びＧｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ９細菌の各細菌群から代表菌株を選抜した。より具体的には、F. prausnitziiは３菌株（株名APC918/95b、APC923/51-1及びATCC27768）、Ｇｒｏｕｐ６は２菌株（株名A2165及びP9122）、Ｇｒｏｕｐ２～５及び７～９は１菌株ずつ（それぞれ株名CNCM I 4541、CNCM I 4542、942/30-2、APC942/8-14-2、APC922/41-1、MGYG-HGUT-T00195、AF52-21）計１２菌株を選抜した。選抜した菌株の配列に基づき、ユーロフィンジェノミクス社に依頼し、ｒｐｏＡ遺伝子ＤＮＡ１～１２の合成を行った。F. prausnitziiであるATCC27768株のｒｐｏＡ１遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号１９に示す通りである。APC918/95b及びAPC923/51-1のｒｐｏＡ１遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号１９とは完全一致しないが、フォワード及びリバースプライマーＦＧ２１Ｆ及びＦＧ１Ｒの配列部分は一致している。Ｇｒｏｕｐ２細菌であるCNCM I 4541株のｒｐｏＡ２遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２０に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ３細菌であるCNCM I 4542株のｒｐｏＡ３遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２１に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ４細菌である942/30-2株のｒｐｏＡ４遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２２に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ５細菌であるAPC942/8-14-2株のｒｐｏＡ５遺伝子ＤＮＡ配列は、配列表２３に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ６細菌であるA2165株のｒｐｏＡ６遺伝子ＤＮＡ配列は、配列表２４に示す通りである。P9122株のｒｐｏＡ６遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２４とは完全一致しないが、フォワード及びリバースプライマーＦＧ６Ｆ及びＦＧ６Ｒの配列部分は一致している。Ｇｒｏｕｐ７細菌であるAPC922/41-1株のｒｐｏＡ７遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２５に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ８細菌であるMGYG-HGUT-T00195株のｒｐｏＡ８遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２６に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ９細菌であるAF52-21のｒｐｏＡ９遺伝子ＤＮＡ配列は、配列表２７に示す通りである。
（実施例１）
F. prausnitzii及びＧｒｏｕｐ２～Ｇｒｏｕｐ９細菌の各細菌群から代表菌株を選抜した。より具体的には、F. prausnitziiは３菌株（株名APC918/95b、APC923/51-1及びATCC27768）、Ｇｒｏｕｐ６は２菌株（株名A2165及びP9122）、Ｇｒｏｕｐ２～５及び７～９は１菌株ずつ（それぞれ株名CNCM I 4541、CNCM I 4542、942/30-2、APC942/8-14-2、APC922/41-1、MGYG-HGUT-T00195、AF52-21）計１２菌株を選抜した。選抜した菌株の配列に基づき、ユーロフィンジェノミクス社に依頼し、ｒｐｏＡ遺伝子ＤＮＡ１～１２の合成を行った。F. prausnitziiであるATCC27768株のｒｐｏＡ１遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号１９に示す通りである。APC918/95b及びAPC923/51-1のｒｐｏＡ１遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号１９とは完全一致しないが、フォワード及びリバースプライマーＦＧ２１Ｆ及びＦＧ１Ｒの配列部分は一致している。Ｇｒｏｕｐ２細菌であるCNCM I 4541株のｒｐｏＡ２遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２０に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ３細菌であるCNCM I 4542株のｒｐｏＡ３遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２１に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ４細菌である942/30-2株のｒｐｏＡ４遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２２に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ５細菌であるAPC942/8-14-2株のｒｐｏＡ５遺伝子ＤＮＡ配列は、配列表２３に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ６細菌であるA2165株のｒｐｏＡ６遺伝子ＤＮＡ配列は、配列表２４に示す通りである。P9122株のｒｐｏＡ６遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２４とは完全一致しないが、フォワード及びリバースプライマーＦＧ６Ｆ及びＦＧ６Ｒの配列部分は一致している。Ｇｒｏｕｐ７細菌であるAPC922/41-1株のｒｐｏＡ７遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２５に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ８細菌であるMGYG-HGUT-T00195株のｒｐｏＡ８遺伝子ＤＮＡ配列は、配列番号２６に示す通りである。Ｇｒｏｕｐ９細菌であるAF52-21のｒｐｏＡ９遺伝子ＤＮＡ配列は、配列表２７に示す通りである。
【0051】
表１に示すＦＧ１Ｆ～ＦＧ９Ｆプライマー及びＦＧ１Ｒ～ＦＧ９Ｒプライマーを作成した。
【0052】
合成したｒｐｏＡ遺伝子ＤＮＡ１～１２をそれぞれ１００ｐｇ（=約１０７．５コピー）ずつ含む試料を調製した。各試料に、ＦＧ１Ｆプライマー及びＦＧ１Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ２Ｆプライマー及びＦＧ２Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ３Ｆプライマー及びＦＧ３Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ４Ｆプライマー及びＦＧ４Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ５Ｆプライマー及びＦＧ５Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ６Ｆプライマー及びＦＧ６Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ７Ｆプライマー及びＦＧ７Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ８Ｆプライマー及びＦＧ８Ｒプライマーの組み合わせ、ＦＧ９Ｆプライマー及びＦＧ９Ｒプライマーの組み合わせのうちの一種を添加し、定量的ＰＣＲを下記条件で行った。
【0053】
（実験条件）
使用機器:リアルタイムＰＣＲ装置（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ）
試薬：リアルタイムＰＣＲ試薬（ロシュ社製、ＦａｓｔＳｔａｒｔ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ＤＮＡ Ｇｒｅｅｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ）
ＰＣＲ条件：９５℃１０分間の後、［９５℃１０秒間、６０℃１０秒間、７２℃１５秒間］を４５回繰り返し
データ解析：データ解析ソフト（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ付属ソフト）
使用機器:リアルタイムＰＣＲ装置（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ）
試薬：リアルタイムＰＣＲ試薬（ロシュ社製、ＦａｓｔＳｔａｒｔ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ＤＮＡ Ｇｒｅｅｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ）
ＰＣＲ条件：９５℃１０分間の後、［９５℃１０秒間、６０℃１０秒間、７２℃１５秒間］を４５回繰り返し
データ解析：データ解析ソフト（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ付属ソフト）
【0054】
図２（ａ）～２（ｂ）は、それぞれＦＧ１ＦプライマーとＦＧ１Ｒプライマー及びＦＧ２ＦプライマーとＦＧ２Ｒプライマーの組み合わせを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図３（ａ）～３（ｂ）は、それぞれＦＧ３ＦプライマーとＦＧ３Ｒプライマーの組み合わせ及びＦＧ４ＦプライマーとＦＧ４Ｒプライマーを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図４（ａ）～４（ｂ）は、それぞれＦＧ５ＦプライマーとＦＧ５Ｒプライマー及びＦＧ６ＦプライマーとＦＧ６Ｒプライマーの組み合わせを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図５（ａ）～５（ｂ）は、それぞれＦＧ７ＦプライマーとＦＧ７Ｒプライマー及びＦＧ８ＦプライマーとＦＧ８Ｒプライマーの組み合わせを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図６は、ＦＧ９ＦプライマーとＦＧ９Ｒプライマーの組み合わせを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図２～６中、F. prausnitziiをＧｒｏｕｐ１と記載する。図２～６は、ｒｐｏＡ遺伝子ＤＮＡ１～１２を鋳型とし各プライマーペアを用いたときのｒｐｏＡ遺伝子コピー数を表す。
【0055】
図２～６に示す定量的ＰＣＲの結果より、各プライマーペアのターゲットとなる菌種のみを予測通り定量することができた。一方で、非ターゲットとなる菌種の定量値は、ターゲットとなる菌種と比べると著しく低くなった。非ターゲットとなる菌種の定量値で最も高い値であっても、ターゲットとなる菌種の１％程度であった。この結果より、本発明の定量方法及びプライマーセットを利用することで、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌のそれぞれを正確に定量することが可能であることが示された。
【0056】
（比較例１）
非特許文献２に開示されている１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列に特異的な公知のプライマー及び実施例１で用いたｒｐｏＡ遺伝子ＤＮＡ１～１１をそれぞれ含む試料を用いて定量的ＰＣＲを下記条件で行った。プライマー配列を表２に示す。
非特許文献２に開示されている１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子配列に特異的な公知のプライマー及び実施例１で用いたｒｐｏＡ遺伝子ＤＮＡ１～１１をそれぞれ含む試料を用いて定量的ＰＣＲを下記条件で行った。プライマー配列を表２に示す。
【0057】
（実験条件）
使用機器:リアルタイムＰＣＲ装置（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ）
試薬：リアルタイムＰＣＲ試薬（ロシュ社製、ＦａｓｔＳｔａｒｔ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ＤＮＡ Ｇｒｅｅｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ）
ＰＣＲ条件：９５℃１０分間の後、［９５℃１０秒間、６０℃１０秒間（プライマーペア２を使用した際は５８℃１０秒間）、７２℃１５秒間］を４５回繰り返し
データ解析：データ解析ソフト（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ付属ソフト）
使用機器:リアルタイムＰＣＲ装置（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ）
試薬：リアルタイムＰＣＲ試薬（ロシュ社製、ＦａｓｔＳｔａｒｔ Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ＤＮＡ Ｇｒｅｅｎ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ）
ＰＣＲ条件：９５℃１０分間の後、［９５℃１０秒間、６０℃１０秒間（プライマーペア２を使用した際は５８℃１０秒間）、７２℃１５秒間］を４５回繰り返し
データ解析：データ解析ソフト（ロシュ社製、ＬｉｇｈｔＣｙｃｌｅｒ ９６ ｓｙｓｔｅｍ付属ソフト）
【0058】
【表2】
【0059】
図７（ａ）は、表２のプライマーペア１を用いた定量的ＰＣＲの結果を示し、図７（ｂ）は、プライマーペア２を用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図７（ａ）及び７（ｂ）は、ｒｐｏＡ遺伝子ＤＮＡ１～１２を鋳型とし表２のプライマーペア１及びプライマーペア２をそれぞれ用いたときのｒｐｏＡ遺伝子コピー数を表す。プライマーペア１を用いると、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の一部のみが定量された。プライマーペア２を用いるとFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌のほぼ全体を定量できるが、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の各菌種ごとの定量ができなかった。
【0060】
＜試料中のFaecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌の定量＞
（実施例２）
検体として７人の被験者の糞便を用いた。検体２００ｍｇからキット（キアゲン社製、品番５１５０４）を用いてＤＮＡを抽出し、得られたＤＮＡ溶液１μｌを試料として用いた。
（実施例２）
検体として７人の被験者の糞便を用いた。検体２００ｍｇからキット（キアゲン社製、品番５１５０４）を用いてＤＮＡを抽出し、得られたＤＮＡ溶液１μｌを試料として用いた。
【0061】
調製した試料にＦＧ１Ｆ～ＦＧ９Ｆプライマー及びＦＧ１Ｒ～ＦＧ９Ｒプライマーをフォワードプライマー及びリバースプライマー１組のセットとなるよう添加し、実施例１と同じ条件で定量的ＰＣＲを行った。
【0062】
図８（ａ）～８（ｃ）は、それぞれＦＧ１ＦプライマーとＦＧ１Ｒプライマー、ＦＧ２ＦプライマーとＦＧ２Ｒプライマー、ＦＧ３ＦプライマーとＦＧ３Ｒプライマーの組み合わせを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図９（ａ）～９（ｃ）は、それぞれＦＧ４ＦプライマーとＦＧ４Ｒプライマー、ＦＧ５ＦプライマーとＦＧ５Ｒプライマー、ＦＧ６ＦプライマーとＦＧ６Ｒプライマーの組み合わせを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図１０（ａ）～１０（ｃ）は、左からＦＧ７ＦプライマーとＦＧ７Ｒプライマー、ＦＧ８ＦプライマーとＦＧ８Ｒプライマー、ＦＧ９ＦプライマーとＦＧ９Ｒプライマーの組み合わせを用いた定量的ＰＣＲの結果を示す。図８～１０中、F. PrausnitziiをＧｒｏｕｐ１と記載する。図８～１０は、各被験者における検体１ｇあたりの菌数（各ｒｐｏＡ遺伝子コピー数）を表す。
【0063】
図８～１０に示す定量的ＰＣＲの結果より、各プライマーペアのターゲットとなる菌種のみを予測通り定量することができた。この結果より、本発明の定量方法及びプライマーセットを利用することで、Faecalibacterium prausnitzii及びFaecalibacterium prausnitzii類縁細菌を正確に定量することが示された。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【配列表】