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特開2024-56820SCN9A発現を調節するためのオリゴヌクレオチド
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(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2024056820
(43)【公開日】2024-04-23
(54)【発明の名称】SCN9A発現を調節するためのオリゴヌクレオチド
(51)【国際特許分類】
   C12N 15/113 20100101AFI20240416BHJP
   A61K 31/7088 20060101ALI20240416BHJP
   A61K 48/00 20060101ALI20240416BHJP
   A61P 29/00 20060101ALI20240416BHJP
   A61P 43/00 20060101ALI20240416BHJP
   A61K 47/51 20170101ALI20240416BHJP
   A61K 31/7105 20060101ALI20240416BHJP
   A61K 31/712 20060101ALI20240416BHJP
   A61K 31/7125 20060101ALI20240416BHJP
   A61K 31/711 20060101ALI20240416BHJP
【FI】
C12N15/113 Z ZNA
A61K31/7088
A61K48/00
A61P29/00
A61P43/00 111
A61K47/51
A61K31/7105
A61K31/712
A61K31/7125
A61K31/711
【審査請求】有
【請求項の数】24
【出願形態】OL
【外国語出願】
(21)【出願番号】P 2024018384
(22)【出願日】2024-02-09
(62)【分割の表示】P 2020571417の分割
【原出願日】2019-06-19
(31)【優先権主張番号】18179339.9
(32)【優先日】2018-06-22
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(31)【優先権主張番号】18194982.7
(32)【優先日】2018-09-18
(33)【優先権主張国・地域又は機関】EP
(71)【出願人】
【識別番号】591003013
【氏名又は名称】エフ. ホフマン-ラ ロシュ アーゲー
【氏名又は名称原語表記】F. HOFFMANN-LA ROCHE AKTIENGESELLSCHAFT
(74)【代理人】
【識別番号】110001508
【氏名又は名称】弁理士法人 津国
(72)【発明者】
【氏名】ピーダスン,リュケ
(72)【発明者】
【氏名】ラスムセン,セーレン
(72)【発明者】
【氏名】リチンチ,ジャンルイージ
(72)【発明者】
【氏名】ソンダーガード,クリストフェル
(57)【要約】      (修正有)
【課題】疼痛の予防または治療などのために、ヒトのSCN9Aなど、核酸をエンコードする電位依存性ナトリウムイオンチャネルの発現の阻害に有効な、アンチセンスオリゴヌクレオチド治療薬を提供する。
【解決手段】本発明は、Nav1.7を発現している細胞においてNav1.7の発現を阻害することができるSCN9Aを標的とする、LNAアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを提供する。本発明はさらに、Nav1.8を発現している細胞におけるNav1.8の発現を阻害するSCN10Aを標的とする、オリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの態様では、本発明は、SCN9AおよびSCN10A核酸標的の両方を標的とするオリゴヌクレオチドを提供する。本発明のオリゴヌクレオチドは、疼痛の予防または治療に使用することができる。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
10~30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであって、配列番号1に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補的を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含み、細胞内のNav1.7およびNav1.8の両方の発現を阻害することができる発現を阻害することができ、前記連続ヌクレオチド配列が、ヒトNav1.7およびヒトNav1.8の両方の標的核酸に相補的である、オリゴヌクレオチド。
【請求項2】
前記連続ヌクレオチド配列が、以下からなる群から選択される配列番号1の領域に少なくとも90%相補的、例えば100%相補的である、請求項1に記載のオリゴヌクレオチド:
852 - 865 ; 2091 - 2104 ; 2620 - 2633 ; 2675 - 2692 ; 3441 - 3454 ; 3882 - 3921 ; 3970 - 3983 ; 4532 - 4553 ; 4814 - 4827 ; 5068 - 5082 ; 5167 - 5182 ; 5184 - 5198 ; 5430 - 5444 ; 5466 - 5502 ; 5511 - 5529 ; 5544 - 5585 ; 5610 - 5633 ; 5644 - 5662 ; 5695 - 5717 ; 6067 - 6085 ; 6087 - 6100 ; 6117 - 6130 ; 6859 - 6873 ; 6998 - 7019 ; 7033 - 7053 ; 7089 - 7121 ; 7131 - 7152 ; 7155 - 7184 ; 7206 - 7221 ; 7254 - 7271 ; 7273 - 7295 ; 7297 - 7315 ; 7381 - 7414 ; 7456 - 7475 ; 7478 - 7499 ; 7509 - 7522 ; 7618 - 7632 ; 8388 - 8401 ; 8508 - 8529 ; 8538 - 8562 ; 8596 - 8610 ; 8612 - 8638 ; 8655 - 8677 ; 8693 - 8715 ; 8944 - 8957 ; 9534 - 9547 ; 9914 - 9928 ; 10068 - 10081 ; 10252 - 10265 ; 10363 - 10376 ; 10402 - 10415 ; 10626 - 10640 ; 11437 - 11450 ; 11879 - 11901 ; 11981 - 11994 ; 12145 - 12158 ; 12980 - 12993 ; 13998 - 14011 ; 15098 - 15111 ; 15628 - 15642 ; 15749 - 15792 ; 15801 - 15821 ; 15847 - 15863 ; 15869 - 15911 ; 15931 - 15959 ; 15972 - 15985 ; 16019 - 16037 ; 16039 - 16052 ; 16740 - 16753 ; 17660 - 17676 ; 17696 - 17731 ; 17761 - 17774 ; 17800 - 17827 ; 17851 - 17871 ; 17878 - 17896 ; 17906 - 17967 ; 18825 - 18843 ; 19063 - 19080 ; 19821 - 19834 ; 19932 - 19983 ; 20024 - 20039 ; 20045 - 20062 ; 20090 - 20125 ; 20153 - 20183 ; 20196 - 20212 ; 20288 - 20301 ; 20416 - 20435 ; 20481 - 20494 ; 20715 - 20728 ; 20739 - 20756 ; 20808 - 20826 ; 20830 - 20843 ; 20847 - 20874 ; 20892 - 20905 ; 20932 - 20959 ; 21684 - 21697 ; 22764 - 22780 ; 22819 - 22836 ; 22856 - 22869 ; 22880 - 22907 ; 22979 - 22992 ; 23370 - 23383 ; 23917 - 23930 ; 25007 - 25020 ; 26048 - 26068 ; 26104 - 26160 ; 26170 - 26200 ; 26224 - 26238 ; 26270 - 26301 ; 26618 - 26635 ; 26843 - 26878 ; 26915 - 26932 ; 26945 - 26958 ; 26961 - 26978 ; 27013 - 27027 ; 27068 - 27085 ; 27218 - 27231 ; 27927 - 27941 ; 28777 - 28795 ; 29103 - 29116 ; 29389 - 29403 ; 29985 - 29998 ; 30360 - 30374 ; 30376 - 30390 ; 30768 - 30782 ; 32173 - 32206 ; 32237 - 32251 ; 32260 - 32274 ; 32334 - 32360 ; 32569 - 32583 ; 32597 - 32611 ; 32749 - 32763 ; 33254 - 33268 ; 33299 - 33314 ; 33492 - 33506 ; 34233 - 34247 ; 34360 - 34375 ; 34562 - 34576 ; 34689 - 34703 ; 35106 - 35135 ; 35142 - 35169 ; 35259 - 35275 ; 35280 - 35308 ; 35333 - 35346 ; 35382 - 35470 ; 35477 - 35490 ; 35494 - 35534 ; 35883 - 35896 ; 36784 - 36797 ; 37504 - 37518 ; 39690 - 39704 ; 40005 - 40018 ; 41020 - 41037 ; 41749 - 41762 ; 43000 - 43013 ; 43043 - 43061 ; 44274 - 44287 ; 44297 - 44312 ; 44707 - 44720 ; 45664 - 45677 ; 46383 - 46397 ; 46412 - 46439 ; 46690 - 46703 ; 47443 - 47456 ; 47692 - 47707 ; 48415 - 48429 ; 48575 - 48597 ; 48608 - 48628 ; 48637 - 48650 ; 48657 - 48672 ; 48712 - 48728 ; 48798 - 48811 ; 48826 - 48840 ; 51683 - 51720 ; 51734 - 51752 ; 51759 - 51776 ; 51795 - 51825 ; 51897 - 51910 ; 52031 - 52044 ; 53317 - 53332 ; 53975 - 53988 ; 54189 - 54210 ;
54303 - 54316 ; 54334 - 54347 ; 54425 - 54438 ; 54463 - 54492 ; 54557 - 54573 ; 54618 - 54639 ; 55625 - 55639 ; 55821 - 55834 ; 56023 - 56036 ; 56641 - 56655 ; 56689 - 56703 ; 57413 - 57427 ; 59206 - 59219 ; 59282 - 59313 ; 59328 - 59353 ; 59360 - 59382 ; 59384 - 59413 ; 59444 - 59461 ; 59505 - 59540 ; 59566 - 59580 ; 60084 - 60097 ; 60292 - 60305 ; 61606 - 61619 ; 62447 - 62460 ; 62763 - 62776 ; 63174 - 63187 ; 63859 - 63874 ; 64171 - 64184 ; 64462 - 64475 ; 64623 - 64671 ; 64800 - 64817 ; 64858 - 64873 ; 64875 - 64902 ; 64928 - 64949 ; 64959 - 64983 ; 64985 - 65003 ; 65044 - 65065 ; 65078 - 65113 ; 65115 - 65169 ; 65171 - 65186 ; 65188 - 65238 ; 65240 - 65294 ; 65323 - 65365 ; 65368 - 65438 ; 65448 - 65512 ; 65517 - 65611 ; 65619 - 65640 ; 65692 - 65712 ; 65714 - 65765 ; 65767 - 65840 ; 65842 - 65894 ; 65920 - 65973 ; 65985 - 66014 ; 66025 - 66042 ; 66074 - 66091 ; 66101 - 66120 ; 66156 - 66182 ; 66216 - 66232 ; 66266 - 66282 ; 66284 - 66301 ; 66324 - 66346 ; 66366 - 66382 ; 66406 - 66423 ; 66440 - 66469 ; 66480 - 66495 ; 67055 - 67089 ; 67091 - 67113 ; 67128 - 67170 ; 67186 - 67202 ; 67231 - 67256 ; 67258 - 67294 ; 67310 - 67333 ; 67336 - 67351 ; 67597 - 67616 ; 67754 - 67768 ; 67862 - 67875 ; 68793 - 68806 ; 69042 - 69055 ; 69686 - 69699 ; 70176 - 70193 ; 70622 - 70635 ; 70756 - 70769 ; 71228 - 71241 ; 71564 - 71577 ; 71926 - 71941 ; 73372 - 73386 ; 74239 - 74252 ; 74809 - 74822 ; 74848 - 74880 ; 74890 - 74941 ; 74963 - 74993 ; 75005 - 75027 ; 75037 - 75066 ; 75075 - 75092 ; 76262 - 76276 ; 76615 - 76628 ; 76940 - 76953 ; 77233 - 77246 ; 78634 - 78647 ; 78772 - 78825 ; 78867 - 78888 ; 78890 - 78909 ; 78914 - 78940 ; 78955 - 78986 ; 78989 - 79024 ; 79026 - 79039 ; 79041 - 79056 ; 79058 - 79075 ; 80011 - 80024 ; 80858 - 80871 ; 81031 - 81044 ; 81088 - 81101 ; 81166 - 81179 ; 82854 - 82868 ; 83250 - 83263 ; 83621 - 83636 ; 83781 - 83796 ; 83848 - 83861 ; 83867 - 83885 ; 83887 - 83921 ; 83927 - 83950 ; 83986 - 84001 ; 84015 - 84040 ; 84060 - 84073 ; 84075 - 84097 ; 84168 - 84183 ; 84302 - 84319 ; 84335 - 84348 ; 84368 - 84390 ; 84419 - 84453 ; 84480 - 84501 ; 84503 - 84518 ; 84534 - 84547 ; 84549 - 84567 ; 84569 - 84583 ; 84653 - 84667 ; 84693 - 84708 ; 84740 - 84771 ; 84776 - 84795 ; 84824 - 84839 ; 84855 - 84873 ; 84878 - 84894 ; 84896 - 84911 ; 85017 - 85038 ; 85059 - 85076 ; 85079 - 85102 ; 85113 - 85126 ; 85147 - 85194 ; 85252 - 85267 ; 85281 - 85294 ; 85359 - 85378 ; 85470 - 85486 ; 85668 - 85682 ; 85713 - 85734 ; 85771 - 85793 ; 85825 - 85838 ; 85842 - 85873 ; 85876 - 85902 ; 86132 - 86151 ; 86303 - 86316 ; 86438 - 86468 ; 86489 - 86522 ; 86524 - 86548 ; 86554 - 86570 ; 86575 - 86588 ; 86603 - 86618 ; 86636 - 86651 ; 86676 - 86689 ; 86717 - 86741 ; 86776 - 86803 ; 86965 - 86978 ; 87641 - 87654 ; 87707 - 87720 ; 87826 - 87839 ; 87845 - 87858 ; 87879 - 87910 ; 88019 - 88059 ; 88602 - 88616 ; 89155 - 89168 ; 89484 - 89497 ; 89866 - 89879 ; 90038 - 90051 ; 92157 - 92170 ; 92940 - 92953 ; 93333 - 93348 ; 93404 - 93418 ; 93488 - 93511 ; 94835 - 94851 ; 96790 - 96805 ; 98015 - 98029 ; 98877 - 98892 ; 98918 - 98931 ; 100403 - 100426 ; 100436 - 100456 ; 100462 - 100475 ; 100492 - 100534 ; 100562 - 100588 ; 100607 - 100627 ; 100653 - 100667 ; 100671 - 100685 ; 102125 - 102138 ; 102391 - 102404 ; 102992 - 103005 ; 104110 - 104128 ; 104153 - 104171 ; 104224 - 104243 ; 104336 - 104349 ; 105025 - 105038 ; 105219 - 105240 ; 105260 - 105273 ; 105287 - 105300 ; 105321 - 105336 ; 105353 - 105367 ; 105417 - 105431 ; 105462 - 105478 ; 105777 - 105793 ; 106242 - 106256 ; 107381 - 107403 ; 107554 - 107567 ; 107801 - 107814 ; 108248 - 108261 ; 108503 - 108517 ; 108882 - 108899 ; 108928 - 108944 ; 109070 - 109086 ; 109294 - 109307 ; 109411 - 109427 ; 109935 - 109950 ; 110122 - 110145 ; 110196 - 110210 ; 110366 - 110379 ; 110512 - 110525 ; 110563 - 110576 ; 110690 - 110705 ; 111068 - 111083 ; 111506 - 111520 ; 111626 - 111639 ; 111974 - 111987 ; 112693 - 112706 ; 112899 - 112912 ; 113806 - 113819 ; 114115 - 114128 ; 115700 - 115713 ; 116267 - 116280 ; 116833 - 116846 ; 117447 - 117461 ; 117562 - 117575 ; 117932 - 117945 ; 118556 - 118569 ; 118652 - 118665 ; 119346 - 119359 ; 120785 - 120798 ; 120858 - 120890 ; 120974 - 120988 ; 122466 - 122479 ; 123217 - 123231 ; 123785 - 123798 ; 124982 - 124997 ; 125621 - 125634 ; 126633 - 126646 ; 127044 - 127057 ; 127066 - 127090 ; 127108 - 127130 ; 127196 - 127211 ; 127244 - 127265 ; 127269 - 127296 ; 127322 - 127335 ; 128260 - 128275 ; 128300 - 128318 ; 128339 - 128360 ; 128363 - 128381 ; 128394 - 128422 ; 128425 - 128444 ; 128822 - 128848 ; 130000 - 130013 ; 131029 - 131042 ; 131184 - 131197 ; 131926 - 131939 ; 133001 - 133014 ; 133472 - 133493 ; 134969 - 134982 ; 135682 - 135697 ; 136759 - 136791 ; 136794 - 136829 ; 136858 - 136871 ; 137867 - 137883 ; 138425 - 138438 ; 138521 - 138534 ; 138969 - 138983 ; 139291 - 139320 ; 139337 - 139422 ; 139436 - 139471 ; 139515 - 139544 ; 139550 - 139581 ; 140314 - 140327 ; 140582 - 140596 ; 141239 - 141252 ; 142647 - 142660 ; 142816 - 142829 ; 143236 - 143274 ; 144208 - 144246 ; 144250 - 144275 ; 144308 - 144322 ; 144326 - 144340 ;
144348 - 144387 ; 144393 - 144415 ; 144431 - 144454 ; 145603 - 145618 ; 146615 - 146628 ; 147007 - 147020 ; 147063 - 147076 ; 147108 - 147121 ; 147267 - 147280 ; 147455 - 147468 ; 147480 - 147531 ; 147545 - 147597 ; 147601 - 147615 ; 147618 - 147641 ; 147644 - 147668 ; 147679 - 147706 ; 147708 - 147755 ; 147972 - 147998 ; 148303 - 148316 ; 149483 - 149496 ; 150121 - 150136 ; 151760 - 151773 ; 152089 - 152102 ; 152533 - 152546 ; 152616 - 152630 ; 152825 - 152838 ; 152956 - 152972 ; 153029 - 153059 ; 153061 - 153076 ; 153093 - 153114 ; 153125 - 153177 ; 153181 - 153198 ; 153211 - 153253 ; 153255 - 153289 ; 153301 - 153341 ; 153359 - 153376 ; 153381 - 153395 ; 153398 - 153417 ; 153421 - 153442 ; 153461 - 153476 ; 153483 - 153504 ; 153507 - 153532 ; 153577 - 153596 ; 153603 - 153627 ; 153629 - 153643 ; 153805 - 153819 ; 154379 - 154401 ; 154483 - 154501 ; 154535 - 154552 ; 154586 - 154602 ; 154823 - 154840 ; 154918 - 154931 ; 156311 - 156324 ; 156466 - 156484 ; 156521 - 156535 ; 156576 - 156590 ; 156614 - 156629 ; 156654 - 156678 ; 156707 - 156721 ; 156723 - 156753 ; 156777 - 156798 ; 156833 - 156849 ; 156871 - 156885 ; 156984 - 157019 ; 157078 - 157111 ; 157154 - 157170 ; 157192 - 157217 ; 157236 - 157289 ; 157293 - 157307 ; 157338 - 157375 ; 157412 - 157426 ; 157430 - 157443 ; 157561 - 157588 ; 157593 - 157619 ; 157628 - 157655 ; 157673 - 157739 ; 158005 - 158018 ; 158258 - 158278 ; 158422 - 158435 ; 158522 - 158545 ; 158694 - 158708 ; 159274 - 159292 ; 159346 - 159360 ; 159590 - 159603 ; 159859 - 159872 ; 159968 - 159981 ; 160208 - 160223 ; 160251 - 160267 ; 161102 - 161115 ; 161187 - 161332 ; 161337 - 161386 ; 161388 - 161502 ; 161618 - 161631 ; 162043 - 162056 ; 162561 - 162575 ; 163052 - 163065 ; 163084 - 163097 ; 164109 - 164123 ; 164923 - 164938 ; 164958 - 164980 ; 165017 - 165032 ; 165034 - 165047 ; 165049 - 165063 ; 165065 - 165079 ; 165134 - 165149 ; 165185 - 165224 ; 165467 - 165483 ; 165516 - 165529 ; 165587 - 165604 ; 165608 - 165621 ; 165644 - 165665 ; 165697 - 165718 ; 165720 - 165748 ; 165750 - 165774 ; 165777 - 165836 ; 165838 - 165852 ; 165862 - 165946 ; 165948 - 165980 ; 166005 - 166050 ; 166060 - 166102 ; 166122 - 166160 ; 166163 - 166218 ; 166220 - 166239 ; 166254 - 166307 ; 166312 - 166359 ; 166366 - 166391 ; 166508 - 166522 ; 167252 - 167265 ; 167319 - 167332 ; 168224 - 168237 ; 168272 - 168313 ; 168334 - 168348 ; 168356 - 168394 ; 168416 - 168447 ; 168477 - 168491 ; 168503 - 168519 ; 168541 - 168579 ; 169037 - 169052 ; 169342 - 169366 ; 169376 - 169400 ; 169411 - 169424 ; 169435 - 169460 ; 169496 - 169517 ; 169519 - 169540 ; 169555 - 169573 ; 169600 - 169629 ; 169631 - 169653 ; 169655 - 169695 ; 169697 - 169722 ; 169729 - 169782 ; 169791 - 169807 ; 169831 - 169847 ; 169850 - 169883 ; 169898 - 169925 ; 169937 - 169954 ; 169959 - 169980 ; 169982 - 170005 ; 170007 - 170021 ; 170036 - 170058 ; 170069 - 170097 ; 170105 - 170136 ; 170138 - 170232 ; 170247 - 170309 ; 170311 - 170347 ; 170350 - 170385 ; 170395 - 170418 ; 170434 - 170466 ; 170469 - 170483 ; 170485 - 170503 ; 170509 - 170532 ; 170534 - 170562 ; 170568 - 170585 ; 170624 - 170641 ; 170654 - 170675 ; 170685 - 170709 ; 170712 - 170731 ; 170745 - 170758 ; 170778 - 170791 ; 170859 - 170892 ; 170948 - 170969 ; 171019 - 171059 ; 171070 - 171086 ; 171090 - 171123 ; 171465 - 171478 ; 171526 - 171539 ; 171571 - 171584 ; 171645 - 171660 ; 172651 - 172670 ; 172985 - 172999 ; 173795 - 173808 ; 174279 - 174304 ; 174323 - 174355 ; 175105 - 175123 ; 175143 - 175166 ; 175221 - 175241 ; 175350 - 175364 ; 175493 - 175506 ; 175707 - 175793 ; 175804 - 175849 ; 175854 - 175941 ; 175944 - 176027 ; 176245 - 176258 ; 176323 - 176337 ; 176620 - 176636 ; 176719 - 176732 ; 179965 - 179994 ; 180044 - 180060 ; 180072 - 180104 ; 180136 - 180149 ; 180208 - 180225 ; 180266 - 180280 ; and 180634 - 180647。
【請求項3】
配列番号512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、557、558、559、560、577、579、583、638、および587からなる群から選択される配列に存在する、少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオシドを含む、請求項1または2のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項4】
前記連続ヌクレオチド配列中の1つ以上のヌクレオシドが、2’糖修飾ヌクレオシドである、請求項1~3のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項5】
前記1つ以上の2’糖修飾ヌクレオシドが、2’-O-アルキル-RNA、2’-O-メチル-RNA、2’-アルコキシ-RNA、2’-O-メトキシエチル-RNA、2’-アミノ-DNA、2’-フルオロ-DNA、アラビノ核酸(ANA)、2’-フルオロ-ANAおよびLNAヌクレオシドからなる群から独立して選択される、請求項3に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項6】
前記オリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列が、1つ以上のLNAヌクレオシドを含む、請求項1~4のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項7】
前記連続ヌクレオチド配列中の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項1~5のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項8】
siRNAまたはshRNAなどのRNAi薬であるか、またはその一部を形成する、請求項1~6のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項9】
アンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項1~6のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチド。
【請求項10】
前記連続ヌクレオチド配列内のすべてのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項9に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項11】
前記オリゴヌクレオチドが、ヒトRNaseH1などのRNaseHを動員することができる、請求項9または10に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項12】
前記アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列が、式5’-FG-F’-3’のギャップマーなどのギャップマーからなるか、またはそれを含み、式中、領域Gが、RNaseHを動員することができるヌクレオチドの連続配列を含む領域であり、領域FおよびF’が、それぞれ少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシドを含む、請求項9~11のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項13】
領域Gが、6~16のDNAヌクレオシドを含み、領域FおよびF’の少なくとも1つが、少なくとも1つのLNAヌクレオシドを含むか、または領域FおよびF’の両方が、少なくとも1つのLNAヌクレオシドを含む、請求項12に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【請求項14】
以下のCMP IDからなる群から選択されるアンチセンスオリゴヌクレオチド:
50_1 ; 51_1 ; 52_1 ; 53_1 ; 54_1 ; 55_1 ; 56_1 ; 57_1 ; 58_1 ; 59_1 ; 60_1 ; 61_1 ; 62_1 ; 63_1 ; 64_1 ; 65_1 ; 66_1 ; 67_1 ; 68_1 ; 69_1 ; 70_1 ; 71_1 ; 72_1 ; 73_1 ; 74_1 ; 75_1 ; 76_1 ; 77_1 ; 78_1 ; 79_1 ; 80_1 ; 81_1 ; 82_1 ; 83_1 ; 84_1 ; 85_1 ; 86_1 ; 87_1 ; 88_1 ; 89_1 ; 90_1 ; 91_1 ; 92_1 ; 93_1 ; 94_1 ; 95_1 ; 96_1 ; 97_1 ; 98_1 ; 99_1 ; 100_1 ; 101_1 ; 102_1 ; 103_1 ; 104_1 ; 105_1 ; 106_1 ; 107_1 ; 108_1 ; 109_1 ; 110_1 ; 111_1 ; 112_1 ; 113_1 ; 114_1 ; 115_1 ; 116_1 ; 117_1 ; 118_1 ; 119_1 ; 120_1 ; 121_1 ; 122_1 ; 123_1 ; 124_1 ; 125_1 ; 126_1 ; 127_1 ; 128_1 ; 129_1 ; 130_1 ; 131_1 ; 132_1 ; 133_1 ; 134_1 ; 135_1 ; 136_1 ; 137_1 ; 138_1 ; 139_1 ; 140_1 ; 141_1 ; 142_1 ; 143_1 ; 144_1 ; 145_1 ; 146_1 ; 147_1 ; 148_1 ; 149_1 ; 150_1 ; 151_1 ; 152_1 ; 153_1 ; 154_1 ; 155_1 ; 156_1 ; 157_1 ; 158_1 ; 159_1 ; 160_1 ; 161_1 ; 162_1 ; 163_1 ; 164_1 ; 165_1 ; 166_1 ; 167_1 ; 168_1 ; 169_1 ; 170_1 ; 171_1 ; 172_1 ; 173_1 ; 174_1 ; 175_1 ; 176_1 ; 177_1 ; 178_1 ; 179_1 ; 180_1 ; 181_1 ; 182_1 ; 183_1 ; 184_1 ; 185_1 ; 186_1 ; 187_1 ; 188_1 ; 189_1 ; 190_1 ; 191_1 ; 192_1 ; 193_1 ; 194_1 ; 195_1 ; 196_1 ; 197_1 ; 198_1 ; 199_1 ; 200_1 ; 201_1 ; 202_1 ; 203_1 ; 204_1 ; 205_1 ; 206_1 ; 207_1 ; 208_1 ; 209_1 ; 210_1 ; 211_1 ; 212_1 ; 213_1 ; 214_1 ; 215_1 ; 216_1 ; 217_1 ; 218_1 ; 219_1 ; 220_1 ; 221_1 ; 222_1 ; 223_1 ; 224_1 ; 225_1 ; 226_1 ; 227_1 ; 228_1 ; 229_1 ; 230_1 ; 231_1 ; 232_1 ; 233_1 ; 234_1 ; 235_1 ; 236_1 ; 237_1 ; 238_1 ; 239_1 ; 240_1 ; 241_1 ; 242_1 ; 243_1 ; 244_1 ; 245_1 ; 246_1 ; 247_1 ; 248_1 ; 249_1 ; 250_1 ; 251_1 ; 252_1 ; 253_1 ; 254_1 ; 255_1 ; 256_1 ; 257_1 ; 258_1 ; 259_1 ; 260_1 ; 261_1 ; 262_1 ; 263_1 ; 264_1 ; 265_1 ; 266_1 ; 267_1 ; 268_1 ; 269_1 ; 270_1 ; 271_1 ; 272_1 ; 273_1 ; 274_1 ; 275_1 ; 276_1 ; 277_1 ; 278_1 ; 279_1 ; 280_1 ; 281_1 ; 282_1 ; 283_1 ; 284_1 ; 285_1 ; 286_1 ; 287_1 ; 288_1 ; 289_1 ; 290_1 ; 291_1 ; 292_1 ; 293_1 ; 294_1 ; 295_1 ; 296_1 ; 297_1 ; 298_1 ; 299_1 ; 300_1 ; 301_1 ; 302_1 ; 303_1 ; 304_1 ; 305_1 ; 306_1 ; 307_1 ; 308_1 ; 309_1 ; 310_1 ; 311_1 ; 312_1 ; 313_1 ; 314_1 ; 315_1 ; 316_1 ; 317_1 ; 318_1 ; 319_1 ; 320_1 ; 321_1 ; 322_1 ; 323_1 ; 324_1 ; 325_1 ; 326_1 ; 327_1 ; 328_1 ; 329_1 ; 330_1 ; 331_1 ; 332_1 ; 333_1 ; 334_1 ; 335_1 ; 336_1 ; 337_1 ; 338_1 ; 339_1 ; 340_1 ; 341_1 ; 342_1 ; 343_1 ; 344_1 ; 345_1 ; 346_1 ; 347_1 ; 348_1 ; 349_1 ; 350_1 ; 351_1 ; 352_1 ; 353_1 ; 354_1 ; 355_1 ; 356_1 ; 357_1 ; 358_1 ; 359_1 ; 360_1 ; 361_1 ; 362_1 ; 363_1 ; 364_1 ; 365_1 ; 366_1 ; 367_1 ; 368_1 ; 369_1 ; 370_1 ; 371_1 ; 372_1 ; 373_1 ; 374_1 ; 375_1 ; 376_1 ; 377_1 ; 378_1 ; 379_1 ; 380_1 ; 381_1 ; 382_1 ; 383_1 ; 384_1 ; 385_1 ; 386_1 ; 387_1 ; 388_1 ; 389_1 ; 390_1 ; 391_1 ; 392_1 ; 393_1 ; 394_1 ; 395_1 ; 396_1 ; 397_1 ; 398_1 ; 399_1 ; 400_1 ; 401_1 ; 402_1 ; 403_1 ; 404_1 ; 405_1 ; 406_1 ; 407_1 ; 408_1 ; 409_1 ; 410_1 ; 411_1 ; 412_1 ; 413_1 ; 414_1 ; 415_1 ; 416_1 ; 417_1 ; 418_1 ; 419_1 ; 420_1 ; 421_1 ; 422_1 ; 423_1 ; 424_1 ; 425_1 ; 426_1 ; 427_1 ; 428_1 ; 429_1 ; 430_1 ; 431_1 ; 432_1 ; 433_1 ; 434_1 ; 435_1 ; 436_1 ; 437_1 ; 438_1 ; 439_1 ; 440_1 ; 441_1 ; 442_1 ; 443_1 ; 444_1 ; 445_1 ; 446_1 ; 447_1 ; 448_1 ; 449_1 ; 450_1 ; 451_1 ; 452_1 ; 453_1 ; 454_1 ; 455_1 ; 456_1 ; 457_1 ; 458_1 ; 459_1 ; 460_1 ; 461_1 ; 462_1 ; 463_1 ; 464_1 ; 465_1 ; 466_1 ; 467_1 ; 468_1 ; 469_1 ; 470_1 ; 471_1 ; 472_1 ; 473_1 ; 474_1 ; 475_1 ; 476_1 ; 477_1 ; 478_1 ; 479_1 ; 480_1 ; 481_1 ; 482_1 ; 483_1 ; 484_1 ; 485_1 ; 486_1 ; 487_1 ; 488_1 ; 489_1 ; 490_1 ; 491_1 ; 492_1 ; 493_1 ; 494_1 ; 495_1 ; 496_1 ; 497_1 ; 498_1 ; 499_1 ; 500_1 ; 501_1 ; 502_1 ; 503_1 ; 504_1 ; 505_1 ; 506_1 ; 507_1 ; 508_1 ; 509_1 ; 510_1 ; 511_1 ; 512_1 ; 512_2 ; 512_3 ; 513_1 ; 513_2 ; 513_3 ; 513_4 ; 514_1 ; 514_2 ; 514_3 ; 514_4 ; 515_1 ; 515_2 ; 515_3 ; 515_4 ; 515_5 ; 515_6 ; 516_1 ; 516_2 ; 516_3 ; 516_4 ; 516_5 ; 516_6 ; 516_7 ; 517_1 ; 517_2 ; 517_3 ; 517_4 ; 517_5 ; 517_6 ; 517_7 ; 517_8 ; 518_1 ; 518_2 ; 518_3 ; 518_4 ; 518_5 ; 518_6 ; 519_1 ; 519_2 ; 519_3 ; 519_4 ; 519_5 ; 519_6 ; 520_1 ; 520_2 ; 520_3 ; 520_4 ; 520_5 ; 521_1 ; 521_2 ; 521_3 ; 521_4 ; 521_5 ; 522_1 ; 522_2 ; 522_3 ; 522_4 ; 523_1 ; 523_2 ; 523_3 ; 523_4 ; 523_5 ; 524_1 ; 525_1 ; 526_1 ; 527_1 ; 528_1 ; 529_1 ; 530_1 ; 531_1 ; 532_1 ; 533_1 ; 534_1 ; 535_1 ; 536_1 ; 537_1 ; 538_1 ; 539_1 ; 540_1 ; 541_1 ; 542_1 ; 543_1 ; 544_1 ; 545_1 ; 546_1 ; 547_1 ; 548_1 ; 549_1 ; 550_1 ; 551_1 ; 552_1 ; 553_1 ; 554_1 ; 555_1 ; 556_1 ; 557_1 ; 558_1 ; 559_1 ; 560_1 ; 561_1 ; 562_1 ; 563_1 ; 564_1 ; 565_1 ; 566_1 ; 567_1 ; 568_1 ; 569_1 ; 570_1 ; 571_1 ; 572_1 ; 573_1 ; 574_1 ; 575_1 ; 576_1 ; 577_1 ; 578_1 ; 579_1 ; 580_1 ; 581_1 ; 582_1 ; 583_1 ; 584_1 ; 585_1 ; 586_1 ; 587_1 ; 588_1 ; 589_1 ; 590_1 ; 591_1 ; 592_1 ; 593_1 ; 594_1 ; 595_1 ; 596_1 ; 597_1 ; 598_1 ; 599_1 ; 600_1 ; 601_1 ; 602_1 ; 603_1 ; 604_1 ; 605_1 ; 606_1 ; 607_1 ; 608_1 ; 609_1 ; 610_1 ; 611_1 ; 612_1 ; 613_1 ; 614_1 ; 615_1 ; 616_1 ; 617_1 ; 618_1 ; 619_1 ; 620_1 ; 621_1 ; 622_1 ; 623_1 ; 624_1 ; 625_1 ; 626_1 ; 627_1 ; 628_1 ; 629_1 ; 630_1 ; 631_1 ; 632_1 ; 633_1 ; 634_1 ; 635_1 ; 636_1 ; 637_1 ; 638_1 ; 639_1 ; 640_1; 641_1; 642_1, 643_1, 644_1, 645_1, 646_1, 647_1, 648_1, 649_1 and 650_1。
【請求項15】
請求項1~14のいずれか一項に記載のオリゴヌクレオチドと、前記オリゴヌクレオチドに共有結合している少なくとも1つのコンジュゲート部分とを含むコンジュゲート。
【請求項16】
請求項1~14のいずれか一項に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド、または請求項15に記載のコンジュゲートの薬学的に許容される塩。
【請求項17】
1~14のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは請求項15のコンジュゲートまたは請求項16の塩、ならびに薬学的に許容される希釈剤、溶媒、担体、塩および/またはアジュバントを含む医薬組成物。
【請求項18】
SCN9Aを発現している標的細胞におけるSCN9A発現を調節するためのインビボ、またはインビトロ方法であって、請求項1~14のいずれか一項のオリゴヌクレオチド、または請求項15のコンジュゲート、または請求項16もしくは17の医薬塩もしくは組成物を有効量で前記細胞に投与することを含む方法。
【請求項19】
SCN9AおよびSCN10Aを発現している標的細胞においてSCN9AおよびSCN10Aの発現を阻害するための、請求項18に記載の方法であって、請求項1~14のいずれか一項のアンチセンスオリゴヌクレオチド、または請求項15のコンジュゲート、または請求項16もしくは17の医薬塩もしくは組成物を有効量で前記細胞に投与することを含む方法。
【請求項20】
疼痛を患っている、または罹患する可能性があるヒトなどの対象の疼痛を治療または予防するための方法であって、治療的または予防的に有効な量の請求項1~14のいずれか一項のアンチセンスオリゴヌクレオチド、または請求項15のコンジュゲート、または請求項16もしくは17の医薬塩もしくは組成物を、前記疼痛を予防または緩和するように投与することを含む方法。
【請求項21】
前記疼痛が、
i)慢性疼痛、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、自発性疼痛もしくは侵害受容性疼痛、または
ii)糖尿病性神経障害、癌、脳神経痛、帯状疱疹後神経痛および術後神経痛からなる群から選択される障害によって引き起こされる、もしくはそれに関連する疼痛、または
iii)遺伝性肢端紅痛症(EIM)もしくは発作性激痛症(PEPD)もしくは三叉神経痛によって引き起こされる、もしくはそれに関連する疼痛、または
iv)神経障害による疼痛(neurophathic pain)、慢性疼痛、侵害受容性疼痛の一般的な治療(例えば、神経の減圧)、もしくは神経障害性疼痛(例えば、糖尿病性神経障害)、内臓痛、もしくは混合性疼痛のいずれである、請求項20の方法。
【請求項22】
医療薬で使用するための、請求項1~14のいずれか一項のオリゴヌクレオチド、または請求項15に記載のコンジュゲート、または請求項16もしくは17の医薬塩もしくは組成物。
【請求項23】
請求項21のパートi)、ii)、iii)、またはiv)によって定義された疼痛などの疼痛の治療または予防または緩和に使用するための、請求項1~14のいずれか一項のオリゴヌクレオチド、または請求項15に記載のコンジュゲート、または請求項16もしくは17の医薬塩もしくは組成物。
【請求項24】
請求項21のパートi)、ii)、iii)、またはiv)によって定義された疼痛などの疼痛の治療または予防または緩和用の薬剤を調製するための、請求項1~14のいずれか一項のオリゴヌクレオチド、または請求項15に記載のコンジュゲート、または請求項16もしくは17の医薬塩もしくは組成物の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、電位依存性ナトリウムチャネルNa1.7をエンコードする、SCN9Aなどの、電位依存性ナトリウムイオンチャネルをエンコードする核酸に相補的であるオリゴヌクレオチド(オリゴマー)に関する。本発明のオリゴヌクレオチドは、Na1.7などの電位依存性ナトリウムイオンチャネルの発現を阻害することができ、疼痛の予防または治療に有用である。
【背景技術】
【0002】
電位依存性ナトリウムチャネル(Na)は、興奮性組織で重要な役割を果たし、それらの活性化および開放が、活動電位の初期段階をもたらす。開放、閉鎖、および不活性化状態を経るNaのサイクル、ならびに他のイオンチャネルの活動との厳密に振り付けられた関係は、細胞内イオン濃度の絶妙な制御につながる。
【0003】
Na1.7は、関係する電位活性化イオンチャネルであり、ほぼ小細胞末梢感覚神経だけに発現する。感覚ニューロンにNav1.7の条件付きノックアウトを含むマウスは、抗侵害受容性表現型を示した(Nassar et al.、2004、Proc Natl Acad Sci U S A.2004 Aug 24;101(34):12706-11)。ヒトの疼痛感覚におけるNa1.7の役割は、自発性疼痛症候群である遺伝性肢端紅痛症(IEM)(Yang et al.、J Med Genet.2004;41(3):171-4)と、発作性激痛症(PEPD)(Fertleman et al.、J Neurol Neurosurg Psychiatry.2006 Nov;77(11):1294-5)と、これらの患者のNav1.7の機能獲得型変異(Cummins et al.、J Neurosci.2004;24(38):8232-8236)との関係によって証明された。Nav1.7へのさらなる裏付けは、先天性無痛症を引き起こす機能喪失型変異の特定によって生じた(Cox et al.、Nature AAA.2006;7121:894-8)。これらの発見により、Na1.7モジュレーターを特定するための多くの小分子創薬プログラムが始まったが、高い選択性および優れたPK/PD特性を備える優れた化合物の発見は困難であるように見える。
【0004】
米国特許出願公開第2016024208号は、Na1.7に対するヒト抗体を開示している。
【0005】
国際公開第02083945号は、乳癌の治療に使用するための、SCN5A、および場合によりSCN9Aの特定の領域に対するアンチセンス配列を有する合成オリゴヌクレオチドに言及している。
【0006】
米国特許出願公開第2007/212685号は、鎮痛剤を特定する方法に言及し、SCN9Aの細胞中の遺伝子発現または遺伝子転写物レベルを調節する特定の化合物が、アンチセンス核酸を含むことに言及している。
【0007】
米国特許出願公開第2010273857A号は、Nav1.7チャネルをエンコードする、そうでなければNav1.7チャネルの機能を阻害するアミノ酸配列の発現を抑制するsiRNA分子の局所投与による疼痛治療に使用される方法、配列、および核酸分子に言及し、Nav1.7チャネルレベルおよび/または機能の局所抑制は、後根神経節の末梢感覚ニューロンで発生することを報告している。
【0008】
国際公開第12162732号は、ナトリウムチャネル、具体的には電位依存性ナトリウムチャネルを調節するための新規のスクリーニングアッセイに関する。
【0009】
韓国特許出願公開第20110087436号は、SCN9Aアンチセンスオリゴヌクレオチドを開示している。
【0010】
Mohan et al.、Pain(2018)Volume 159・Number 1、p139 - 149は、Na1.7を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドを開示し、脊髄および後根神経節(DRG)におけるASOの薬力学的活性を特徴付ける。
【0011】
国際公開第18051175号は、ヒトSCN9A pre-mRNAの一部を標的とするSCN9Aアンチセンスペプチド核酸オリゴヌクレオチドを開示している。ペプチド核酸誘導体は、細胞内でSCN9A mRNAのスプライスバリアントを強力に誘導し、Nav1.7活性が関与する疼痛または状態を安全に治療するのに役立つ。
【0012】
したがって、疼痛の予防または治療などのために、ヒトのSCN9Aなど、核酸をエンコードする電位依存性ナトリウムイオンチャネルの発現の阻害に有効な、アンチセンスオリゴヌクレオチド治療薬が必要とされている。
【0013】
発明の目的
本発明は、Na1.7を発現している細胞においてNa1.7の発現を阻害することができるSCN9Aを標的とする、LNAアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むオリゴヌクレオチドを提供する。本発明はさらに、Na1.8を発現している細胞におけるNa1.8の発現を阻害するSCN10Aを標的とする、オリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの態様では、本発明は、SCN9AおよびSCN10A核酸標的の両方を標的とするオリゴヌクレオチドを提供する。本発明のオリゴヌクレオチドは、疼痛の予防または治療に使用することができる。本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドなどのヒトNav1.7のオリゴヌクレオチド阻害剤、またはsiRNAもしくはshRNAなどのRNAi薬によって標的化され得るヒトNav1.7 pre-mRNA上の有利な標的部位配列をさらに提供する。
【発明の概要】
【0014】
本発明は、SCN9AまたはSCN10Aなど、核酸をエンコードする電位依存性ナトリウムイオンチャネルをエンコードする核酸、またはいくつかの実施形態では、SCN9A(Na1.7核酸標的)およびSCN10A(Na1.8核酸標的)の両方を標的とするオリゴヌクレオチドに関する。
【0015】
本発明のオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドであり得る。
【0016】
本発明のオリゴヌクレオチドは、SCN9AまたはSCN10Aなどの標的核酸の発現を阻害することができるか、またはいくつかの実施形態では、前記標的核酸を発現している細胞において、SCN9AおよびSCN10Aの両方の発現を阻害することができる。好適には、細胞で発現される標的核酸は、カニクイザル細胞またはブタ細胞などの哺乳動物細胞、または好ましくはヒトSCN9AまたはヒトSCN10A mRNAまたはpre‐mRNA配列であり得る。
【0017】
あるいは、本発明のオリゴヌクレオチドは、哺乳動物もしくはヒト細胞などの細胞においてNav1.7もしくはNav1.8の発現を阻害することができるか、またはいくつかの実施形態では、カニクイザル細胞もしくはブタ細胞などの哺乳動物細胞、好ましくはヒト細胞においてNav1.7もしくはNav1.8の両方の発現を阻害することができる。細胞は、標的電位依存性ナトリウムイオンチャネルタンパク質を発現している。
【0018】
本発明はさらに、SCN9A発現の阻害のために相補的オリゴヌクレオチドを標的化するのに有用である、ヒトSCN9A pre‐mRNAの標的配列を提供する。
【0019】
有利には、本発明のオリゴヌクレオチドは、LNAアンチセンスオリゴヌクレオチドなどのアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
【0020】
本発明は、10~30ヌクレオチド長のアンチセンスオリゴヌクレオチド(例えば、LNAアンチセンスオリゴヌクレオチド)を提供し、これは、配列番号1に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0021】
本発明は、10~30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを提供し、これは、配列番号1に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含み、細胞におけるNav1.7およびNav1.8の両方の発現を阻害することができる発現を阻害できる。ここで連続するヌクレオチド配列は、ヒトNav1.7およびヒトNav1.8標的核酸、例えば配列番号1および配列番号651としてそれぞれ示される標的核酸に相補的である。
【0022】
本発明は、ヒトNav1.7標的核酸およびヒトNav1.8標的核酸に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含み、細胞内のNav1.7またはNav1.8の両方の発現を阻害することができる発現を阻害できる、10~30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、配列番号1に対して100%相補的であり、配列番号651に対して少なくとも90%相補的、例えば有利には100%相補的である。
【0023】
本発明は、10~30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであって、配列番号1に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含み、細胞内のNav1.7またはNav1.8の両方の発現を阻害することができる発現を阻害できるオリゴヌクレオチドを提供する。ここで、連続ヌクレオチド配列は、配列番号1に対して100%相補的であり、配列番号651に対して少なくとも90%相補的、例えば100%相補的である。
【0024】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、557、558、559、560、577、579、583、638、および587からなる群から選択される配列に存在する、少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオシドを含む。
【0025】
本発明は、以下のCMP ID:
50_1;51_1;52_1;53_1;54_1;55_1;56_1;57_1;58_1;59_1;60_1;61_1;62_1;63_1;64_1;65_1;66_1;67_1;68_1;69_1;70_1;71_1;72_1;73_1;74_1;75_1;76_1;77_1;78_1;79_1;80_1;81_1;82_1;83_1;84_1;85_1;86_1;87_1;88_1;89_1;90_1;91_1;92_1;93_1;94_1;95_1;96_1;97_1;98_1;99_1;100_1;101_1;102_1;103_1;104_1;105_1;106_1;107_1;108_1;109_1;110_1;111_1;112_1;113_1;114_1;115_1;116_1;117_1;118_1;119_1;120_1;121_1;122_1;123_1;124_1;125_1;126_1;127_1;128_1;129_1;130_1;131_1;132_1;133_1;134_1;135_1;136_1;137_1;138_1;139_1;140_1;141_1;142_1;143_1;144_1;145_1;146_1;147_1;148_1;149_1;150_1;151_1;152_1;153_1;154_1;155_1;156_1;157_1;158_1;159_1;160_1;161_1;162_1;163_1;164_1;165_1;166_1;167_1;168_1;169_1;170_1;171_1;172_1;173_1;174_1;175_1;176_1;177_1;178_1;179_1;180_1;181_1;182_1;183_1;184_1;185_1;186_1;187_1;188_1;189_1;190_1;191_1;192_1;193_1;194_1;195_1;196_1;197_1;198_1;199_1;200_1;201_1;202_1;203_1;204_1;205_1;206_1;207_1;208_1;209_1;210_1;211_1;212_1;213_1;214_1;215_1;216_1;217_1;218_1;219_1;220_1;221_1;222_1;223_1;224_1;225_1;226_1;227_1;228_1;229_1;230_1;231_1;232_1;233_1;234_1;235_1;236_1;237_1;238_1;239_1;240_1;241_1;242_1;243_1;244_1;245_1;246_1;247_1;248_1;249_1;250_1;251_1;252_1;253_1;254_1;255_1;256_1;257_1;258_1;259_1;260_1;261_1;262_1;263_1;264_1;265_1;266_1;267_1;268_1;269_1;270_1;271_1;272_1;273_1;274_1;275_1;276_1;277_1;278_1;279_1;280_1;281_1;282_1;283_1;284_1;285_1;286_1;287_1;288_1;289_1;290_1;291_1;292_1;293_1;294_1;295_1;296_1;297_1;298_1;299_1;300_1;301_1;302_1;303_1;304_1;305_1;306_1;307_1;308_1;309_1;310_1;311_1;312_1;313_1;314_1;315_1;316_1;317_1;318_1;319_1;320_1;321_1;322_1;323_1;324_1;325_1;326_1;327_1;328_1;329_1;330_1;331_1;332_1;333_1;334_1;335_1;336_1;337_1;338_1;339_1;340_1;341_1;342_1;343_1;344_1;345_1;346_1;347_1;348_1;349_1;350_1;351_1;352_1;353_1;354_1;355_1;356_1;357_1;358_1;359_1;360_1;361_1;362_1;363_1;364_1;365_1;366_1;367_1;368_1;369_1;370_1;371_1;372_1;373_1;374_1;375_1;376_1;377_1;378_1;379_1;380_1;381_1;382_1;383_1;384_1;385_1;386_1;387_1;388_1;389_1;390_1;391_1;392_1;393_1;394_1;395_1;396_1;397_1;398_1;399_1;400_1;401_1;402_1;403_1;404_1;405_1;406_1;407_1;408_1;409_1;410_1;411_1;412_1;413_1;414_1;415_1;416_1;417_1;418_1;419_1;420_1;421_1;422_1;423_1;424_1;425_1;426_1;427_1;428_1;429_1;430_1;431_1;432_1;433_1;434_1;435_1;436_1;437_1;438_1;439_1;440_1;441_1;442_1;443_1;444_1;445_1;446_1;447_1;448_1;449_1;450_1;451_1;452_1;453_1;454_1;455_1;456_1;457_1;458_1;459_1;460_1;461_1;462_1;463_1;464_1;465_1;466_1;467_1;468_1;469_1;470_1;471_1;472_1;473_1;474_1;475_1;476_1;477_1;478_1;479_1;480_1;481_1;482_1;483_1;484_1;485_1;486_1;487_1;488_1;489_1;490_1;491_1;492_1;493_1;494_1;495_1;496_1;497_1;498_1;499_1;500_1;501_1;502_1;503_1;504_1;505_1;506_1;507_1;508_1;509_1;510_1;511_1;512_1;512_2;512_3;513_1;513_2;513_3;513_4;514_1;514_2;514_3;514_4;515_1;515_2;515_3;515_4;515_5;515_6;516_1;516_2;516_3;516_4;516_5;516_6;516_7;517_1;517_2;517_3;517_4;517_5;517_6;517_7;517_8;518_1;518_2;518_3;518_4;518_5;518_6;519_1;519_2;519_3;519_4;519_5;519_6;520_1;520_2;520_3;520_4;520_5;521_1;521_2;521_3;521_4;521_5;522_1;522_2;522_3;522_4;523_1;523_2;523_3;523_4;523_5;524_1;525_1;526_1;527_1;528_1;529_1;530_1;531_1;532_1;533_1;534_1;535_1;536_1;537_1;538_1;539_1;540_1;541_1;542_1;543_1;544_1;545_1;546_1;547_1;548_1;549_1;550_1;551_1;552_1;553_1;554_1;555_1;556_1;557_1;558_1;559_1;560_1;561_1;562_1;563_1;564_1;565_1;566_1;567_1;568_1;569_1;570_1;571_1;572_1;573_1;574_1;575_1;576_1;577_1;578_1;579_1;580_1;581_1;582_1;583_1;584_1;585_1;586_1;587_1;588_1;589_1;590_1;591_1;592_1;593_1;594_1;595_1;596_1;597_1;598_1;599_1;600_1;601_1;602_1;603_1;604_1;605_1;606_1;607_1;608_1;609_1;610_1;611_1;612_1;613_1;614_1;615_1;616_1;617_1;618_1;619_1;620_1;621_1;622_1;623_1;624_1;625_1;626_1;627_1;628_1;629_1;630_1;631_1;632_1;633_1;634_1;635_1;636_1;637_1;638_1;639_1;640_1および641_1からなる群から選択されるか、または642_1;643_1;644_1;645_1;646_1;647_1;648_1;649_1;および650_1から選択される群から選択されるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。
【0026】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、51,59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,274,122,419,470,498,156,478,393,312,287,96,226,71,137,365,58,370,280,385,442,134,463,140,440,230,310,479,363,340,495,467,444,418,338,335,496,196,317,341,406,330,173,377,474,482,282,266,73,257,342,190,492,87,188,456,372,417,404,239,206,433,486,175,461,56,408,334,504,453,222,410,104,460,439,255,489,203,398,171,407,172,412,321,305,328,120,434,449,350,487,146,420,426,352,150,316,353,469,306,384,155,450,279,267,337,184,459,360,75,468,180,245,387,345,98,435,295,369,218,182,448,300,481,427,207,367,240,231,364,355,431,497,397,465,271,502,151,178,499,421,131,309,491,261,121,128,84,304,264,493,185,237,139,441,169,160,102,296,164,362,500,および100からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0027】
本発明は、細胞内でヒトSNC9Aの発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号642、643、644、645、646、647、648、649、および650からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0028】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号512~641からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0029】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号642~650からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0030】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号512~641からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0031】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号642~650からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0032】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるアンチセンスギャップマーオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号512~641からなる群から選択される配列の少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0033】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号642~650からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0034】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるアンチセンスギャップマーオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号512~641からなる群から選択される配列の少なくとも14の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0035】
本発明は、細胞内のヒトSNC9Aの発現を阻害することができるアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供し、ここでオリゴヌクレオチドは、配列番号642~650からなる群から選択される配列の少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0036】
本発明は、本発明によるアンチセンスオリゴヌクレオチドと、前記オリゴヌクレオチドに共有結合した少なくとも1つのコンジュゲート部分とを含むコンジュゲートを提供する。
【0037】
本発明は、10~30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドであって、配列番号1に対して少なくとも90%の相補性、例えば、100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含み、細胞内のNav1.7またはNav1.8の両方の発現を阻害することができる、発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを提供する。
【0038】
本発明は、10~30ヌクレオチド長のアンチセンスオリゴヌクレオチドであって、配列番号1に対して少なくとも90%の相補性、例えば、100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含み、細胞内のNav1.7またはNav1.8の両方の発現を阻害することができる、発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドを提供する。
【0039】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、557、558、559、560、577、579、583、638、および587からなる群から選択される配列に存在する少なくとも10、または少なくとも12の連続ヌクレオシドを含む、連続ヌクレオチド配列を含む。
【0040】
本発明のいくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号512、513、514、515、516、517、518、519、520、521、522、523、524、525、557、558、559、560、577、579、583、638、および587からなる群から選択される配列に存在する、少なくとも14の連続ヌクレオシドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0041】
本発明は、本発明によるアンチセンスオリゴヌクレオチドの医薬的に許容される塩、または本発明によるコンジュゲートを提供する。
【0042】
本発明は、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは本発明のコンジュゲートと、医薬的に許容される希釈剤、溶媒、担体、塩および/またはアジュバントとを含む医薬組成物を提供する。
【0043】
本発明は、SCN9Aを発現している標的細胞でのSCN9A発現を阻害するためのインビボまたはインビトロ方法を提供し、前記方法は、本発明のオリゴヌクレオチドまたは本発明のコンジュゲートまたは本発明の医薬塩もしくは組成物を、前記細胞に有効量で投与することを含む。
【0044】
本発明は、SCN9AおよびSCN10Aを発現している標的細胞でのSCN9AおよびSCN10A発現を阻害するためのインビボまたはインビトロ方法を提供し、前記方法は、本発明のオリゴヌクレオチドまたは本発明のコンジュゲートまたは本発明の医薬塩もしくは組成物を、前記細胞に有効量で投与することを含む。
【0045】
本発明は、疼痛を患っている、または罹患する可能性があるヒトなどの対象の疼痛を治療または予防するための方法を提供し、方法は、疼痛を予防または緩和するように、治療的または予防的に有効な量の本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチド、または本発明のコンジュゲート、または本発明の医薬塩もしくは組成物を投与することを含む。
【0046】
本発明は、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは本発明のコンジュゲートまたは本発明の医薬塩もしくは組成物を、医療薬で使用するために提供する。
【0047】
本発明は、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは本発明のコンジュゲートまたは本発明の医薬塩もしくは組成物を、疼痛の治療または予防または緩和に使用するために提供する。
【0048】
本発明は、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは本発明のコンジュゲートまたは本発明の医薬塩もしくは組成物の、疼痛の治療、予防または緩和用の薬剤の調製における使用を提供する。
【0049】
いくつかの実施形態では、疼痛は、慢性疼痛、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、自発性疼痛、または侵害受容性疼痛である。
【0050】
いくつかの実施形態では、疼痛は、糖尿病性神経障害、癌、脳神経痛、帯状疱疹後神経痛および術後神経痛からなる群から選択される障害によって引き起こされるか、またはそれらに関連する。
【0051】
いくつかの実施形態では、疼痛は、遺伝性肢端紅痛症(EIM)または発作性激痛症(PEPD)または三叉神経痛によって引き起こされるか、またはそれらに関連する。
【0052】
いくつかの実施形態では、疼痛は、神経障害による疼痛(neurophathic pain)、慢性疼痛、侵害受容性疼痛の一般的な治療(例えば、神経の減圧)、または神経障害性疼痛(例えば、糖尿病性神経障害)、内臓痛、または混合性疼痛でもある。
【0053】
定義
オリゴヌクレオチド
本明細書で使用される用語「オリゴヌクレオチド」は、当業者に一般的に理解されているように、2つ以上の共有結合したヌクレオシドを含む分子として定義される。そのような共有結合ヌクレオシドは、核酸分子またはオリゴマーとも称され得る。オリゴヌクレオチドは通常、固相化学合成、その後の精製および単離によって研究室内で作製される。オリゴヌクレオチドの配列に言及する場合、共有結合したヌクレオチドまたはヌクレオシドの、核酸塩基部分の配列もしくは順序、またはその修飾に言及される。本発明のオリゴヌクレオチドは、人工であり、化学的に合成され、典型的には精製または単離される。本発明のオリゴヌクレオチドは、例えば2’糖修飾ヌクレオシドなど、1つ以上の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含んでもよい。
【0054】
本発明のオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドであっても、または標的核酸を標的とするsiRNAのアンチセンス鎖など、siRNAの一部を形成してもよい。有利には、オリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその連続ヌクレオチド配列で使用するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドの有利な設計には、ギャップマーが含まれる。
【0055】
RNAi薬
本明細書で交換可能に使用される用語「iRNA」、「RNAi薬」、「iRNA薬」、および「RNA干渉薬」は、本明細書のRNAヌクレオシドを含み、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)経路を通じてRNA転写物の標的切断を媒介する薬剤を指す。iRNAは、RNA干渉(RNAi)としてのプロセスを通じて、mRNAの配列特異的分解を指示する。iRNAは、細胞、例えば対象(哺乳動物の対象など)内の細胞における標的核酸の発現を調節、例えば阻害する。RNAi薬には、単鎖RNAi薬および二本鎖siRNA、および短ヘアピンRNA(shRNA)が含まれる。本発明のオリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列は、RNAi薬の形態であっても、またはsiRNAもしくはshRNAなど、RNAi薬の一部を形成してもよい。本発明のいくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列は、siRNAなどのRNAi薬である。
【0056】
siRNA
siRNAという用語は、低分子干渉リボ核酸RNAi薬を指し、短鎖干渉RNAまたはサイレンシングRNAとしても当技術分野で知られている、二本鎖RNA分子の部類である。siRNAは通常、センス鎖(パッセンジャー鎖とも呼ばれる)およびアンチセンス鎖(ガイド鎖とも呼ばれる)を含み、各鎖は17~30ヌクレオチド長、通常は19~25ヌクレオシド長であり、アンチセンス鎖は、標的核酸(適切には成熟mRNA配列)に対して相補的、例えば完全に相補的であり、センス鎖は、センス鎖およびアンチセンス鎖が二重鎖または二重鎖領域を形成するように、アンチセンス鎖に相補的である。siRNA鎖が平滑末端二重鎖を形成しても、または有利には、センス鎖およびアンチセンス鎖の3’末端が、例えば1、2または3ヌクレオシドの3’オーバーハングを形成してもよい。いくつかの実施形態では、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方が、2nt 3’オーバーハングを有する。したがって、二重鎖領域は、17~25ヌクレオチド長、例えば21~23ヌクレオチド長であり得る。
【0057】
細胞内に入ると、アンチセンス鎖は、標的核酸の標的分解または標的阻害を媒介するRISC複合体に組み込まれる。siRNAは、典型的には、RNAヌクレオシドに加えて修飾ヌクレオシドを含むか、またはいくつかの実施形態では、siRNA鎖のすべてのヌクレオチドが修飾され得る(センス。LNA(例えば国際公開第2004083430号、国際公開第2007085485号を参照)、2’フルオロ、2’-O-メチルまたは2’-O-メトキシエチルなどの2’糖修飾ヌクレオシドをsiRNAに組み込むことができる。いくつかの実施形態では、siRNAのパッセンジャー鎖は、不連続であり得る(例えば、国際公開第2007107162号を参照)。siRNAのアンチセンス鎖のシード領域で生じる、熱的に不安定化するヌクレオチドの組み込みは、siRNAのオフターゲット活性を低下させるのに有用であると報告されている(例えば、国際公開第18098328号を参照)。
【0058】
いくつかの実施形態では、本発明のsiRNAなどのdsRNA薬は、少なくとも1つの修飾ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、センス鎖の実質的にすべてのヌクレオチドが修飾を含む。アンチセンス鎖の実質的にすべてのヌクレオチドが修飾を含むか、またはセンス鎖の実質的にすべてのヌクレオチド、およびアンチセンス鎖の実質的にすべてのヌクレオチドが修飾を含む。さらに他の実施形態では、センス鎖のすべてのヌクレオチドが修飾を含む。アンチセンス鎖のすべてのヌクレオチドが修飾を含むか、またはセンス鎖のすべてのヌクレオチド、およびアンチセンス鎖のすべてのヌクレオチドが修飾を含む。
【0059】
いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオチドは、デオキシヌクレオチド、3’末端デオキシチミン(dT)ヌクレオチド、2’-0-メチル修飾ヌクレオチド、2’-フルオロ修飾ヌクレオチド、2’-デオキシ修飾ヌクレオチド、ロックドヌクレオチド、アンロックドヌクレオチド、配座固定ヌクレオチド(conformationally restricted nucleotide)、拘束エチルヌクレオチド、脱塩基ヌクレオチド、2’-アミノ修飾ヌクレオチド、2’-O-アリル修飾ヌクレオチド、2’-C-アルキル修飾ヌクレオチド、2’-ヒドロキシ修飾ヌクレオチド、2’-メトキシエチル修飾ヌクレオチド、2’-O-アルキル修飾ヌクレオチド、モルホリノヌクレオチド、ホスホルアミデート、ヌクレオチドを含む非天然塩基、非結合ヌクレオチド、テトラヒドロピラン修飾ヌクレオチド、1,5-アンヒドロヘキシトール修飾ヌクレオチド、シクロヘキセニル修飾ヌクレオチド、ホスホロチオエート基を含むヌクレオチド、メチルホスホネート基を含むヌクレオチド、5*-リン酸を含むヌクレオチド、5’-リン酸模造物を含むヌクレオチド、グリコール修飾ヌクレオチド、および2-0-(N-メチルアセトアミド)修飾ヌクレオチド、ならびにそれらの組み合わせからなる群から独立して選択され得る。適切なsiRNAは、アンチセンス鎖の5’末端に、5’リン酸基または5’-リン酸模造物を含む。いくつかの実施形態では、アンチセンス鎖の5’末端は、RNAヌクレオシドである。
【0060】
一実施形態では、dsRNA薬は、少なくとも1つのホスホロチオエート、またはメチルホスホネートヌクレオチド間結合をさらに含む。
【0061】
ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートのヌクレオチド間結合は、一方または両方の鎖(例えば、アンチセンス鎖またはセンス鎖)の3’末端にあり得る。あるいは、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートのヌクレオシド間結合は、一方または両方の鎖(例えば、アンチセンス鎖またはセンス鎖)の5’末端にあり得る。あるいは、ホスホロチオエートまたはメチルホスホネートのヌクレオシド間結合は、一方または両方の鎖(例えば、アンチセンス鎖またはセンス鎖)の5’末端および3’末端の両方にあり得る。いくつかの実施形態では、残りのヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合である。
【0062】
dsRNA薬は、リガンドをさらに含み得る。いくつかの実施形態では、リガンドは、センス鎖の3’末端にコンジュゲートされている。
【0063】
生体内分布のために、siRNAは、例えば、標的リガンドにコンジュゲートされ得、かつ/または脂質ナノ粒子へと配合され得る。
本発明の他の態様は、治療的使用に適したsiRNA分子など、これらのdsRNAを含む医薬組成物、および本発明のsiRNAなどのdsRNA分子を投与することによって、例えば本明細書に開示される様々な病状の治療のために、標的遺伝子の発現を阻害する方法に関する。
【0064】
アンチセンスオリゴヌクレオチド
本明細書で使用される用語「アンチセンスオリゴヌクレオチド」は、標的核酸、特に標的核酸上の連続配列にハイブリダイズすることによって、標的遺伝子の発現を調節することができるオリゴヌクレオチドとして定義される。アンチセンスオリゴヌクレオチドは本質的に二本鎖ではなく、したがってsiRNAまたはshRNAではない。好ましくは、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは単鎖である。本発明の単鎖オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの全長にわたって内部(intra)または相互(inter)の自己相補性の程度が50%未満である限り、ヘアピンまたは分子間二重鎖構造(同じオリゴヌクレオチドの2分子間の二重鎖)を形成できることが理解される。
【0065】
有利には、本発明の単鎖アンチセンスオリゴヌクレオチドは、RNAヌクレオシド(2’-OH非修飾リボース)を含まない。
【0066】
有利には、本発明のオリゴヌクレオチドは、例えば2’糖修飾ヌクレオシドなどの1つ以上の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含む。さらに、修飾されていないヌクレオシドがDNAヌクレオシドであることは有利である。LNAアンチセンスオリゴヌクレオチドは、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドの見地から、非常に有利である。
【0067】
連続ヌクレオチド配列
用語「連続ヌクレオチド配列」は、標的核酸に相補的なオリゴヌクレオチドの領域を指す。この用語は、本明細書で用語「連続核酸塩基配列」および用語「オリゴヌクレオチドモチーフ配列」と互換的に使用される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの全ヌクレオチドは、連続ヌクレオチド配列を構成する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、ギャップマー領域(本明細書では式F-G-F’によって示される)などの連続ヌクレオチド配列を含み、任意選択で、さらなるヌクレオチド、例えば、連続ヌクレオチド配列に官能基を付加するのに使用され得るヌクレオチドリンカー領域を含み得る。ヌクレオチドリンカー領域は、標的核酸に相補的であっても相補的でなくてもよい。
【0068】
ヌクレオチド
ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドの構成単位であり、本発明の目的のために、天然に存在するヌクレオチドおよび天然に存在しないヌクレオチドの両方を含む。本来、DNAおよびRNAヌクレオチドなどのヌクレオチドは、リボース糖部分、核酸塩基部分および1つ以上のリン酸基(ヌクレオシドに存在しない)を含む。ヌクレオシドおよびヌクレオチドはまた、「単位」または「モノマー」と互換的に称されてもよい。
【0069】
修飾ヌクレオシド
本明細書で使用される用語「修飾ヌクレオシド」または「ヌクレオシド修飾」は、等価なDNAまたはRNAヌクレオシドと比較して、糖部分または(核酸)塩基部分の1つ以上の修飾の導入によって修飾されたヌクレオシドを指す。好ましい実施形態では、修飾ヌクレオシドは、修飾糖部分を含む。用語、修飾ヌクレオシドはまた、本明細書で用語「ヌクレオシド類似体」または修飾「単位」または修飾「モノマー」と互換的に使用されてもよい。非修飾DNAまたはRNA糖部分を有するヌクレオシドは、本明細書でDNAまたはRNAヌクレオシドと称される。DNAまたはRNAヌクレオシドの塩基領域における修飾を有するヌクレオシドは、それらがWatson Crick塩基対合が可能であれば、依然として一般にDNAまたはRNAと称される。
【0070】
修飾ヌクレオシド間結合
用語「修飾ヌクレオシド間結合」は、2つのヌクレオシドを互いに共有結合する、ホスホジエステル(PO)結合以外の結合として、当業者に一般的に理解されるように定義される。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオシド間結合を含み得る。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を増大させる。天然に存在するオリゴヌクレオチドの場合、ヌクレオシド間結合は、隣接するヌクレオシド間のホスホジエステル結合を形成するリン酸基を含む。修飾ヌクレオシド間結合は、インビボ使用のためのオリゴヌクレオチドの安定化に特に有用であり、本発明のオリゴヌクレオチドのDNAまたはRNAヌクレオシドの領域、例えばギャップマーオリゴヌクレオチドのギャップ領域G内、ならびに領域FおよびF’などの修飾ヌクレオシドの領域におけるヌクレアーゼ切断から保護する役割を果たし得る。
【0071】
一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、天然ホスホジエステルから修飾された1つ以上のヌクレオシド間結合を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列におけるヌクレオシド間結合の、少なくとも50%が修飾されており、オリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列におけるヌクレオシド間結合の、例えば少なくとも60%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、または例えば少なくとも90%が修飾されている。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、またはその連続ヌクレオチド配列のヌクレオシド間結合の全部が修飾されている。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドを非ヌクレオチド官能基、例えばコンジュゲートに結合するヌクレオシドは、ホスホジエステルであり得ることが認識されるであろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、またはその連続ヌクレオチド配列のヌクレオシド間結合の全部が、ヌクレアーゼ耐性ヌクレオシド間結合である。
【0072】
本発明のオリゴヌクレオチドでは、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を使用することが有利である。
【0073】
ホスホロチオエートヌクレオシド間結合は、そのヌクレアーゼ耐性、有益な薬物動態および製造の容易さのために特に有用である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列のヌクレオシド間結合の少なくとも50%が、ホスホロチオエートであり、オリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列のヌクレオシド間結合の、例えば少なくとも60%、例えば少なくとも70%、例えば少なくとも75%、例えば少なくとも80%、または例えば少なくとも90%がホスホロチオエートである。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド、またはその連続ヌクレオチド配列のヌクレオシド間結合の全部がホスホロチオエートである。
【0074】
有利には、オリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列のすべてのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートであるか、またはオリゴヌクレオチドのすべてのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエート結合である。
【0075】
欧州特許第2742135号に開示されているように、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、他のヌクレオシド間結合(ホスホジエステルおよびホスホロチオエート以外)、例えばアルキルホスホネート/メチルホスホネートヌクレオシド間結合を含み得ることが認識され、これは欧州特許第2742135号によれば、例えば別のDNAホスホロチオエートのギャップ領域内で耐性であり得る。
【0076】
核酸塩基
核酸塩基という用語は、ヌクレオシドおよびヌクレオチドに存在するプリン(例えばアデニンおよびグアニン)およびピリミジン(例えばウラシル、チミンおよびシトシン)部分を含み、これらは核酸ハイブリダイゼーションにおいて水素結合を形成する。本発明の文脈において、核酸塩基という用語は、天然に存在する核酸塩基とは異なり得るが、核酸ハイブリダイゼーション中に機能性である修飾核酸塩基も包含する。この文脈において、「核酸塩基」は、天然に存在する核酸塩基、例えばアデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチンおよびヒポキサンチンと、天然に存在しないバリアントとの両方を指す。そのようなバリアントは、例えばHirao et al(2012)Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055およびBergstrom(2009)Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl.37 1.4.1に記載されている。
【0077】
いくつかの実施形態では、核酸塩基部分は、プリンまたはピリミジンを修飾プリンまたはピリミジン、例えば置換プリンまたは置換ピリミジン、例えばイソシトシン、シュードイソシトシン、5-メチルシトシン、5-チアゾロ-シトシン、5-プロピニル-シトシン、5-プロピニル-ウラシル、5-ブロモウラシル5-チアゾロ-ウラシル、2-チオ-ウラシル、2’チオ-チミン、イノシン、ジアミノプリン、6-アミノプリン、2-アミノプリン、2,6-ジアミノプリンおよび2-クロロ-6-アミノプリンから選択される核酸塩基(nucleobased)に変えることにより修飾される。
【0078】
核酸塩基部分は、各々の対応する核酸塩基の文字コード、例えばA、T、G、CまたはUにより示され、各文字は、等価な機能の修飾核酸塩基を場合により含み得る。例えば、例示のオリゴヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分は、A、T、G、Cおよび5-メチルシトシンから選択される。場合により、LNAギャップマーについて、5-メチルシトシンLNAヌクレオシドが使用され得る。
【0079】
修飾オリゴヌクレオチド
修飾オリゴヌクレオチドという用語は、1つ以上の糖修飾ヌクレオシドおよび/または修飾ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドを説明する。キメラオリゴヌクレオチドという用語は、修飾ヌクレオシドを有するオリゴヌクレオチドを説明するために文献で使用されている用語である。
【0080】
相補性
用語「相補性」は、ヌクレオシド/ヌクレオチドのWatson-Crickの塩基対合の能力を説明する。Watson-Crick塩基対は、グアニン(G)-シトシン(C)およびアデニン(A)-チミン(T)/ウラシル(U)である。オリゴヌクレオチドは、修飾核酸塩基を有するヌクレオシドを含んでもよく、例えば5-メチルシトシンは度々シトシンの代わりに使用され、したがって相補性という用語は、非修飾および修飾核酸塩基の間のWatson Crick塩基対合を包含することが理解されるであろう(例えばHirao et al(2012)Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055およびBergstrom(2009)Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl.37 1.4.1を参照されたい)。
【0081】
本明細書で使用される用語「%相補性」は、連続ヌクレオチド配列にわたって参照配列(例えば標的配列または配列モチーフ)と相補的である、核酸分子(例えばオリゴヌクレオチド)の連続ヌクレオチド配列のヌクレオチドの割合(パーセント)を指す。したがって、相補性のパーセンテージは、(標的配列5’-3’および3’-5’からのオリゴヌクレオチド配列と整列した場合)2つの配列の間で(Watson Crick塩基対から)相補的である整列した核酸塩基の数を数え、その数をオリゴヌクレオチドのヌクレオチドの総数で割り、100を掛けることによって計算される。このような比較において、整列(塩基対を形成)しない核酸塩基/ヌクレオチドは、ミスマッチと称される。挿入および欠失は、連続ヌクレオチド配列の%相補性の計算において許容されない。相補性の決定において、核酸塩基の化学的修飾は、核酸塩基のWatson Crick塩基対合を形成する機能的能力が保持される限り、無視されることが理解されるであろう(例えば、5-メチルシトシンは、%同一性の計算の目的のために、シトシンと同一であると見なされる)。
【0082】
「完全に相補的な」という用語は、100%の相補性を指す。
【0083】
同一性
本明細書で使用される用語「同一性」は、連続ヌクレオチド配列にわたって参照配列(例えば配列モチーフ)に同一である、核酸分子(例えばオリゴヌクレオチド)の連続ヌクレオチド配列のヌクレオチドの割合(パーセントで表される)を指す。したがって、同一性のパーセンテージは、(本発明の化合物の連続ヌクレオチド配列および参照配列において)2つの配列の間で同一の(一致する)整列した塩基の数を数え、その数をオリゴヌクレオチドのヌクレオチドの総数で割り、100を掛けることにより計算される。したがって、同一性のパーセンテージ=(一致×100)/整列領域(例えば、連続ヌクレオチド配列)の長さ。挿入および欠失は、連続ヌクレオチド配列の同一性のパーセンテージの計算において許容されない。同一性の決定において、核酸塩基の化学的修飾は、核酸塩基がWatson Crick塩基対合を形成する機能的能力が保持される限り、無視されることが理解されるであろう(例えば、5-メチルシトシンは、%同一性の計算の目的のために、シトシンと同一であると見なされる)。
【0084】
ハイブリダイゼーション
本明細書で使用される用語「ハイブリダイズしている」または「ハイブリダイズする」は、2つの核酸鎖(例えば、オリゴヌクレオチドおよび標的核酸)が対向する鎖上の塩基対の間で水素結合を形成することにより二重鎖を形成することとして理解するべきである。2つの核酸鎖の間の結合の親和性は、ハイブリダイゼーションの強度である。これは、度々、オリゴヌクレオチドの半分が標的核酸と二重鎖を形成する温度として定義される、融解温度(Tm)の観点から説明される。生理学的条件では、Tmは、親和性に厳密に比例しない(Mergny and Lacroix,2003,Oligonucleotides 13:515-537)。標準状態ギブス自由エネルギーΔG°は、結合親和性をより正確に表し、ΔG°=-RTln(Kd)によって反応の解離定数(Kd)に関連付けられ、ここでRは気体定数であり、Tは絶対温度である。したがって、オリゴヌクレオチドと標的核酸との反応の非常に低いΔG°は、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の強いハイブリダイゼーションを反映する。ΔG°は、水性濃度が1M、pHが7、温度が37℃である反応に関連したエネルギーである。標的核酸に対するオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは、自発的反応であり、自発的反応の場合のΔG°は、ゼロ未満である。ΔG°は、例えば、Hansen et al.,1965,Chem.Comm.36-38およびHoldgate et al.,2005,Drug Discov Todayに記載されているような等温滴定熱量測定(ITC)法の使用により、実験的に測定することができる。当業者は、ΔG°測定のために市販の装置が入手可能であることを知るであろう。ΔG°は、SantaLucia,1998,Proc Natl Acad Sci USA.95:1460-1465に記載されているように、Sugimoto et al.,1995,Biochemistry 34:11211-11216およびMcTigue et al.,2004,Biochemistry 43:5388-5405に記載されている適切に誘導した熱力学パラメータを使用して、最近接モデルを用いることにより数値的に推定することもできる。ハイブリダイゼーションによってその意図された核酸標的を調節する可能性を有するために、本発明のオリゴヌクレオチドは、10~30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドについて-10kcal未満の推定ΔG°値で標的核酸にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションの程度または強度は、標準状態ギブス自由エネルギーΔG°により測定される。オリゴヌクレオチドは、8~30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドについて-10kcalの範囲未満、例えば-15kcal未満、例えば-20kcal未満、および例えば-25kcal未満の推定ΔG°値で標的核酸にハイブリダイズし得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、-10~-60kcal、例えば-12~-40、例えば-15~-30kcalまたは-16~-27kcal、例えば-18~-25kcalの推定ΔG°値で標的核酸にハイブリダイズする。
【0085】
標的核酸
本発明によれば、標的核酸は、哺乳動物またはヒトの電位依存性ナトリウムイオンチャネルをエンコードする核酸であり、例えば遺伝子、RNA、mRNA、およびpre‐mRNA、成熟mRNAまたはcDNA配列であり得る。
【0086】
したがって、標的は、標的核酸と称され得る。本発明のオリゴヌクレオチドは、例えばヒトSCN9A標的核酸など、哺乳動物のエクソン領域を標的とし得るか、または、例えばヒトSCN9A pre-mRNAなど、哺乳動物のイントロン領域を標的とし得る(表1を参照)。
【表1】
【0087】
ENSEMBLによると、少なくとも13のヒトSCN9A転写物バリアントがある。したがって、標的核酸は、配列番号4~16からなる群から選択されるSCN9A転写物(mRNA)であり得る。
【表2】
【0088】
好適には、標的核酸は、Na1.7タンパク質、特に、ヒト、サル、およびブタのNa1.7エンコード転写物にmRNAおよびpre-mRNA配列を提供する哺乳動物Na1.7、例えばヒトNa1.7(例えば、表2および3を参照)をエンコードし得る。
【0089】
いくつかの実施形態では、標的核酸は、配列番号1、2、および3または天然に存在するそれらのバリアントからなる群から選択される(例えば、哺乳動物のNa1.7タンパク質をエンコードする配列)いくつかの実施形態では、標的核酸は、配列番号4~16からなる群から選択される転写物バリアントなどの、SCN9Aの転写バリアントである。
【0090】
本発明のオリゴヌクレオチドを研究または診断に使用する場合、標的核酸は、DNAまたはRNAに由来するcDNAまたは合成核酸であり得る。
【0091】
インビボまたはインビトロでの適用の場合、本発明のオリゴヌクレオチドは、典型的には、SCN9A標的核酸を発現している細胞において、標的核酸、例えば、SCN9A標的核酸の発現を阻害することができる。本発明のオリゴヌクレオチドの核酸塩基の連続配列は、オリゴヌクレオチドをコンジュゲートなど任意の官能基に連結し得るヌクレオチドベースのリンカー領域、または他の非相補的末端ヌクレオチド(例えば、領域D’またはD’’)を任意に除いて、オリゴヌクレオチドの全長にわたって測定された場合、SCN9A標的核酸に相補的、例えば完全に相補的である。標的核酸は、いくつかの実施形態では、メッセンジャーRNA(成熟mRNAまたはpre‐mRNAなど)などのRNAまたはDNAであり得る。
【0092】
いくつかの実施形態では、標的核酸は、哺乳動物Nav1.7タンパク質をエンコードするRNAまたはDNA、例えば、ヒトSCN9A pre‐mRNA配列などのヒトSCN9A標的、例えば配列番号1として開示されているもの、またはヒトSCN9A成熟mRNA、例えば配列番号2として開示されているものである。例示的な標的核酸に関するさらなる情報は、表2および表3に提供される。
【表3】

Fwd=フォワード鎖 ゲノム座標は、pre‐mRNA配列(ゲノム配列)を提供する。NCBI参照は、mRNA配列(cDNA配列)を提供する。
*アメリカ国立生物工学情報センター参照配列データベースは、ゲノム、転写物およびタンパク質を含む、包括的で統合された、冗長性のない、十分に注釈が付けられた参照配列のセットである。これはwww.ncbi.nlm.nih.gov/refseq.で主催されている。
【表4】
【0093】
いくつかの実施形態では、標的核酸は、ヒトSCN10A premRNA転写物、例えば、NCBI Genbank参照番号:NM_006514.3 GI:693073569,NM_001293307.2 GI:693072645、およびNM_001293306.2 GI:693064349(参照により本明細書に組み込まれる)からなる群から選択されるSCN10A標的核酸である。
【0094】
標的配列
本明細書で使用される用語「標的配列」は、標的核酸に存在するヌクレオチドの配列を指し、これは本発明のオリゴヌクレオチドに相補的な核酸塩基配列を含む。いくつかの実施形態では、標的配列は、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列に相補的な核酸塩基配列を有する標的核酸上の領域からなる。標的核酸のこの領域は、互換的に標的ヌクレオチド配列、標的配列または標的領域と称され得る。いくつかの実施形態では、標的配列は、単一オリゴヌクレオチドの相補的配列よりも長く、例えば本発明のいくつかのオリゴヌクレオチドに標的にされ得る標的核酸の好ましい領域を表し得る。
【0095】
本発明のオリゴヌクレオチドは、本明細書に記載の標的配列などの標的核酸に相補的であるか、またはハイブリダイズする連続ヌクレオチド配列を含む。有利には、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、少なくとも10の連続塩基にわたって、より有利には少なくとも12の連続塩基にわたって標的核酸に対して100%相補的であり、より有利には、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチドは、連続ヌクレオチド配列の全長にわたって、標的核酸に対して100%相補的である。
【0096】
本発明によれば、連続ヌクレオチド配列は、10~30ヌクレオチド、例えば12~30、例えば14~20、例えば15~18の連続ヌクレオチドである。
【0097】
本発明はまた、本発明のオリゴヌクレオチドによって標的化され得る、配列番号1に存在する標的配列(サブ配列)を提供する。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドのオリゴヌクレオチドは、標的配列に少なくとも90%相補的、有利には完全に相補的である(連続ヌクレオチド配列の全長にわたって測定される)連続ヌクレオチド配列を含み得る。
【0098】
本発明のいくつかの有利な実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、Nav1.7およびNav1.8標的配列の両方を標的とする。参照ヒトNav1.8 pre-mRNA配列は、本明細書において配列番号651として提供される(上記のSCN10A premRNA転写物情報も参照のこと)。Nav1.7およびNav1.8の両方を標的とする化合物は、SCN9AおよびSCN10Aの両方を発現している細胞において、SCN9AおよびSCN10Aの両方の発現を好適に阻害することができる。
【0099】
標的配列リスト1
いくつかの実施形態では、標的配列は、617-630;852-868;963-976;1039-1053;1070-1085;1375-1388;1512-1526;1689-1702;2673-2691;3189-3202;3275-3290;3900-3921;4132-4145;4795-4808;4941-4955;5165-5182;5359-5372;5430-5444;5453-5529;5544-5588;5608-5675;5695-5717;5719-5732;5765-5809;5896-5909;6019-6032;6066-6085;6151-6164;6167-6180;6357-6370;6629-6657;6859-6872;6959-6972;6998-7019;7032-7056;7060-7079;7085-7098;7102-7129;7131-7152;7156-7185;7233-7247;7254-7271;7273-7295;7297-7317;7381-7412;7456-7499;7502-7522;7527-7561;7575-7592;8087-8100;8438-8454;8475-8490;8502-8515;8531-8572;8592-8610;8612-8635;8653-8677;8700-8715;8726-8741;9093-9106;9333-9346;9386-9399;9446-9463;9468-9481;9535-9550;9592-9606;10627-10643;10767-10780;11442-11458;11489-11502;11712-11725;11797-11810;11822-11843;11879-11901;12017-12030;12302-12315;13542-13555;13740-13754;14186-14199;14451-14464;15059-15072;15354-15367;15747-15789;15800-15824;15851-15864;15869-15911;15931-15959;15987-16005;16019-16037;16039-16053;16066-16079;16136-16158;16245-16258;16304-16317;16486-16499;16680-16693;16753-16766;16962-16975;16983-16998;17032-17045;17146-17167;17536-17550;17574-17587;17634-17647;17660-17676;17696-17711;17713-17739;17741-17755;17758-17783;17805-17827;17830-17846;17851-17875;17878-17893;17905-17967;18802-18816;18829-18843;18857-18870;18991-19005;19024-19037;19475-19488;19943-19967;19969-19984;19992-20043;20045-20072;20090-20150;20153-20183;20196-20213;20298-20312;20422-20436;20481-20494;20739-20752;20774-20790;20808-20826;20830-20843;20848-20866;20883-20905;20928-20950;21042-21055;21084-21097;21680-21693;21781-21805;21952-21965;22150-22163;22764-22782;22797-22810;22823-22836;22880-22909;22914-22927;22978-22992;23917-23930;25991-26006;26018-26031;26047-26071;26091-26113;26123-26160;26171-26208;26270-26309;26404-26418;26446-26460;26621-26634;26688-26701;26842-26876;26961-26978;27014-27027;27034-27049;27126-27154;27744-27759;27792-27805;28740-28754;29019-29033;29068-29081;30376-30389;30808-30821;30935-30948;31683-31696;32174-32204;32260-32273;32313-32326;32334-32360;32596-32609;32722-32735;33245-33258;33261-33274;33376-33389;33925-33938;34197-34212;35003-35016;35106-35126;35150-35169;35388-35402;35517-35530;35626-35639;35894-35908;36515-36530;36742-36755;36832-36845;37259-37272;37648-37673;37819-37832;38077-38093;38215-38228;39849-39862;40022-40035;41312-41326;41753-41766;42181-42198;42208-42231;42583-42596;42939-42957;43053-43092;43465-43478;44750-44763;46413-46426;46577-46590;46944-46957;46972-46985;47548-47566;47670-47685;47688-47709;47728-47745;48575-48597;48600-48614;48616-48630;48713-48730;48922-48946;49929-49942;50292-50308;50709-50722;50875-50888;51576-51589;51695-51720;51734-51753;51755-51776;51796-51830;51842-51856;52867-52883;53956-53969;53975-53988;54188-54213;54393-54406;54463-54487;54707-54723;55116-55129;55840-55855;55961-55975;56298-56311;56785-56798;57416-57429;58378-58391;58394-58410;58626-58639;58670-58684;58837-58851;59251-59264;59294-59320;59328-59351;59353-59417;59419-59434;59471-59490;59505-59531;59566-59585;59722-59744;59949-59962;60076-60092;60094-60110;60120-60184;60210-60266;60281-60303;60306-60368;60370-60413;60415-60444;60458-60474;60476-60565;60572-60614;60620-60633;60635-60655;60678-60692;60731-60750;60762-60784;60786-60802;60805-60822;60824-60839;60847-60863;60865-60882;60884-60932;60934-60980;61025-61065;61067-61081;61122-61144;61154-61169;61171-61191;61193-61209;61221-61258;61260-61288;61298-61315;61325-61384;61416-61443;61445-61460;61469-61500;61505-61544;61562-61612;61622-61651;61661-61675;61677-61691;61693-61710;61712-61738;61741-61773;61775-61789;61791-61837;61839-61873;61875-61888;61897-61935;61937-61950;61958-61999;62003-62019;62021-62041;62043-62064;62085-62104;62135-62160;62162-62184;62186-62204;62220-62233;62235-62260;62267-62281;62289-62305;62307-62361;62364-62412;62416-62431;62438-62464;62480-62496;62540-62562;62569-62631;62649-62698;62730-62752;62762-62788;62798-62837;62855-62868;62875-62888;62890-62903;62910-62923;62925-62940;62957-62972;62980-63008;63013-63046;63050-63111;63135-63151;63166-63238;63266-63279;63290-63344;63346-63390;63392-63409;63411-63425;63427-63451;63465-63537;63575-63592;63594-63618;63624-63643;63676-63700;63719-63758;63775-63804;63820-63861;63863-63888;63890-63906;63908-63934;63942-63956;63975-64000;64002-64015;64035-64052;64054-64072;64078-64095;64101-64132;64144-64174;64176-64286;64288-64367;64378-64397;64399-64476;64478-64502;64504-64529;64542-64597;64610-64684;64686-64703;64718-64751;64756-64769;64920-64944;65067-65112;65129-65144;65146-65169;65193-65223;65240-65268;65349-65395;65439-65479;65517-65531;65533-65580;65593-65611;65622-65640;65682-65705;65714-65758;65805-65823;65842-65875;65880-65902;65907-65943;65945-65983;65985-66004;66006-66019;66074-66091;66152-66169;66171-66195;66246-66264;66266-66282;66315-66356;66366-66379;66381-66397;66424-66438;66440-66466;66468-66495;66510-66569;66571-66589;66591-66643;66645-66673;66681-66715;66723-66745;66750-66770;66784-66806;66818-66836;66838-66888;66898-66929;66944-66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【0100】
標的配列リスト2
いくつかの実施形態では、標的配列は、852-868;1070-1085;1512-1526;2673-2691;3900-3921;5165-5182;5430-5444;5610-5624;5765-5809;5896-5909;6859-6872;6998-7017;7165-7178;7297-7317;8726-8739;9386-9399;11712-11725;11823-11843;11882-11901;14186-14199;15749-15785;15931-15944;16137-16150;17146-17166;17916-17967;20196-20213;20422-20435;20481-20494;20883-20900;21042-21055;22764-22781;22978-22992;25991-26004;26180-26193;26621-26634;26688-26701;26842-26876;27744-27759;30376-30389;32174-32204;35003-35016;35388-35402;36516-36529;41753-41766;42185-42198;43053-43066;46413-46426;48933-48946;50295-50308;51695-51709;54188-54212;54463-54482;55841-55854;55961-55975;57416-57429;58396-58410;58671-58684;59251-59264;59294-59308;60959-60973;61339-61354;61631-61644;63172-63189;64225-64251;64254-64280;64300-64332;64340-64367;64399-64421;64423-64442;64462-64476;64478-64502;64625-64671;64720-64733;65457-65479;65963-65978;66330-66343;66660-66673;66754-66770;67055-67079;67231-67245;67778-67791;68135-68148;68548-68566;68629-68642;68665-68678;68821-68834;68925-68938;68943-68974;68991-69043;69140-69153;69223-69236;69263-69276;69393-69417;69419-69438;69440-69461;69500-69514;69598-69612;70079-70126;70128-70145;70147-70162;70164-70186;70188-70217;70344-70359;70377-70390;70716-70732;70742-70762;71359-71373;71390-71406;71481-71494;71548-71566;71599-71614;71655-71729;71731-71788;71790-71824;71834-71847;71856-71903;71929-71945;71947-71991;71995-72010;72047-72065;72101-72130;72154-72172;72273-72288;72518-72532;72622-72639;72652-72666;72753-72776;72981-72994;73174-73188;73239-73253;73659-73672;73760-73779;73820-73833;74025-74038;74127-74154;74849-74865;75190-75204;75601-75614;75831-75844;75987-76000;76430-76443;76547-76564;77078-77092;77442-77456;77740-77753;78041-78054;78625-78644;78682-78696;78772-78808;78955-78970;79466-79479;79545-79558;80688-80704;81031-81048;81360-81417;81429-81443;81527-81542;81555-81580;81707-81720;81924-81939;82166-82179;82376-82389;82670-82695;82709-82729;82745-82761;82763-82777;83468-83484;83512-83529;83671-83685;83848-83861;84565-84580;85147-85163;85464-85477;85607-85620;86283-86298;86341-86354;86371-86387;86776-86789;87084-87097;87209-87223;87237-87265;87341-87354;87383-87399;87404-87442;87464-87489;87503-87534;87579-87593;87677-87690;87826-87843;87877-87908;88033-88048;88393-88409;88574-88588;89078-89091;89442-89469;89475-89521;89523-89536;89595-89617;89780-89793;89896-89909;89927-89945;90609-90622;90887-90900;90964-90977;91076-91091;91173-91191;91193-91218;91220-91247;91310-91324;91326-91347;91360-91383;91409-91425;91484-91556;91565-91579;91639-91665;91790-91803;91955-91968;92064-92077;92289-92302;92387-92401;92434-92457;92580-92593;92753-92771;93022-93035;93402-93423;93634-93650;93845-93862;94044-94059;94090-94103;94296-94318;94798-94811;95141-95155;95400-95413;95418-95431;95436-95460;95463-95506;95510-95548;95550-95596;95613-95626;95632-95645;95768-95781;95843-95863;95888-95902;96058-96071;96469-96487;96591-96606;96664-96681;96785-96799;96871-96886;97126-97145;97149-97164;97221-97258;97298-97313;97325-97344;97358-97372;97686-97699;97701-97720;97731-97756;97776-97795;97848-97867;97913-97929;98097-98110;98352-98365;98598-98616;98646-98670;98672-98688;98735-98751;98759-98772;98783-98811;98813-98847;98879-98910;98912-98949;98972-99003;99005-99037;99221-99234;99804-99818;99870-99884;100038-100052;100346-100359;100404-100421;100567-100581;101224-101238;101663-101676;101783-101798;102325-102342;102490-102504;102643-102657;102815-102828;103063-103076;103078-103100;103110-103123;103160-103185;103244-103260;103265-103296;103376-103395;103487-103515;103560-103581;103583-103601;103655-103668;103810-103823;104053-104068;104110-104127;104595-104608;104676-104690;104845-104868;104886-104904;105220-105239;105412-105431;105786-105800;106108-106121;106851-106864;107384-107403;107506-107521;107670-107683;107778-107794;108395-108408;109411-109427;110200-110215;110617-110630;111065-111079;111133-111149;111376-111389;112034-112047;113468-113481;113560-113574;115512-115528;115628-115651;116119-116132;116171-116186;116321-116334;116602-116619;116668-116682;116705-116720;116749-116778;116793-116819;116839-116860;116922-116939;116966-116982;117046-117059;117183-117201;117779-117792;117922-117939;117948-117968;117970-117983;118089-118107;118218-118233;118825-118838;119198-119218;119245-119263;119374-119388;119654-119667;120076-120089;120540-120556;120859-120882;121515-121528;121538-121551;122088-122107;122407-122422;122516-122530;122827-122841;122843-122860;122982-122995;123083-123099;123170-123184;123186-123203;123218-123247;123300-123326;123369-123393;123521-123534;123628-123645;123896-123909;123918-123936;124093-124107;124154-124169;124171-124190;124602-124615;124689-124702;124981-124997;125140-125158;125593-125606;125752-125765;126258-126272;126383-126396;127155-127168;127319-127332;127589-127605;127657-127676;127862-127875;128818-128847;128856-128871;128976-128991;129107-129121;129671-129685;130005-130025;130049-130063;130689-130706;130732-130745;131020-13103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【0101】
標的配列リスト3
いくつかの実施形態では、標的配列は、852-865;2091-2104;2620-2633;2675-2692;3441-3454;3882-3921;3970-3983;4532-4553;4814-4827;5068-5082;5167-5182;5184-5198;5430-5444;5466-5502;5511-5529;5544-5585;5610-5633;5644-5662;5695-5717;6067-6085;6087-6100;6117-6130;6859-6873;6998-7019;7033-7053;7089-7121;7131-7152;7155-7184;7206-7221;7254-7271;7273-7295;7297-7315;7381-7414;7456-7475;7478-7499;7509-7522;7618-7632;8388-8401;8508-8529;8538-8562;8596-8610;8612-8638;8655-8677;8693-8715;8944-8957;9534-9547;9914-9928;10068-10081;10252-10265;10363-10376;10402-10415;10626-10640;11437-11450;11879-11901;11981-11994;12145-12158;12980-12993;13998-14011;15098-15111;15628-15642;15749-15792;15801-15821;15847-15863;15869-15911;15931-15959;15972-15985;16019-16037;16039-16052;16740-16753;17660-17676;17696-17731;17761-17774;17800-17827;17851-17871;17878-17896;17906-17967;18825-18843;19063-19080;19821-19834;19932-19983;20024-20039;20045-20062;20090-20125;20153-20183;20196-20212;20288-20301;20416-20435;20481-20494;20715-20728;20739-20756;20808-20826;20830-20843;20847-20874;20892-20905;20932-20959;21684-21697;22764-22780;22819-22836;22856-22869;22880-22907;22979-22992;23370-23383;23917-23930;25007-25020;26048-26068;26104-26160;26170-26200;26224-26238;26270-26301;26618-26635;26843-26878;26915-26932;26945-26958;26961-26978;27013-27027;27068-27085;27218-27231;27927-27941;28777-28795;29103-29116;29389-29403;29985-29998;30360-30374;30376-30390;30768-30782;32173-32206;32237-32251;32260-32274;32334-32360;32569-32583;32597-32611;32749-32763;33254-33268;33299-33314;33492-33506;34233-34247;34360-34375;34562-34576;34689-34703;35106-35135;35142-35169;35259-35275;35280-35308;35333-35346;35382-35470;35477-35490;35494-35534;35883-35896;36784-36797;37504-37518;39690-39704;40005-40018;41020-41037;41749-41762;43000-43013;43043-43061;44274-44287;44297-44312;44707-44720;45664-45677;46383-46397;46412-46439;46690-46703;47443-47456;47692-47707;48415-48429;48575-48597;48608-48628;48637-48650;48657-48672;48712-48728;48798-48811;48826-48840;51683-51720;51734-51752;51759-51776;51795-51825;51897-51910;52031-52044;53317-53332;53975-53988;54189-54210;54303-54316;54334-54347;54425-54438;54463-54492;54557-54573;54618-54639;55625-55639;55821-55834;56023-56036;56641-56655;56689-56703;57413-57427;59206-59219;59282-59313;59328-59353;59360-59382;59384-59413;59444-59461;59505-59540;59566-59580;60084-60097;60292-60305;61606-61619;62447-62460;62763-62776;63174-63187;63859-63874;64171-64184;64462-64475;64623-64671;64800-64817;64858-64873;64875-64902;64928-64949;64959-64983;64985-65003;65044-65065;65078-65113;65115-65169;65171-65186;65188-65238;65240-65294;65323-65365;65368-65438;65448-65512;65517-65611;65619-65640;65692-65712;65714-65765;65767-65840;65842-65894;65920-65973;65985-66014;66025-66042;66074-66091;66101-66120;66156-66182;66216-66232;66266-66282;66284-66301;66324-66346;66366-66382;66406-66423;66440-66469;66480-66495;67055-67089;67091-67113;67128-67170;67186-67202;67231-67256;67258-67294;67310-67333;67336-67351;67597-67616;67754-67768;67862-67875;68793-68806;69042-69055;69686-69699;70176-70193;70622-70635;70756-70769;71228-71241;71564-71577;71926-71941;73372-73386;74239-74252;74809-74822;74848-74880;74890-74941;74963-74993;75005-75027;75037-75066;75075-75092;76262-76276;76615-76628;76940-76953;77233-77246;78634-78647;78772-78825;78867-78888;78890-78909;78914-78940;78955-78986;78989-79024;79026-79039;79041-79056;79058-79075;80011-80024;80858-80871;81031-81044;81088-81101;81166-81179;82854-82868;83250-83263;83621-83636;83781-83796;83848-83861;83867-83885;83887-83921;83927-83950;83986-84001;84015-84040;84060-84073;84075-84097;84168-84183;84302-84319;84335-84348;84368-84390;84419-84453;84480-84501;84503-84518;84534-84547;84549-84567;84569-84583;84653-84667;84693-84708;84740-84771;84776-84795;84824-84839;84855-84873;84878-84894;84896-84911;85017-85038;85059-85076;85079-85102;85113-85126;85147-85194;85252-85267;85281-85294;85359-85378;85470-85486;85668-85682;85713-85734;85771-85793;85825-85838;85842-85873;85876-85902;86132-86151;86303-86316;86438-86468;86489-86522;86524-86548;86554-86570;86575-86588;86603-86618;86636-86651;86676-86689;86717-86741;86776-86803;86965-86978;87641-87654;87707-87720;87826-87839;87845-87858;87879-87910;88019-88059;88602-88616;89155-89168;89484-89497;89866-89879;90038-90051;92157-92170;92940-92953;93333-93348;93404-93418;93488-93511;94835-94851;96790-96805;98015-98029;98877-98892;98918-98931;100403-100426;100436-100456;100462-100475;100492-100534;100562-100588;100607-100627;100653-100667;100671-100685;102125-102138;102391-102404;102992-103005;104110-104128;104153-104171;104224-104243;104336-104349;105025-105038;105219-105240;105260-105273;105287-105300;105321-105336;105353-105367;105417-105431;105462-105478;105777-105793;106242-106256;107381-107403;107554-107567;107801-107814;108248-108261;108503-108517;108882-108899;108928-108944;109070-109086;109294-109307;109411-109427;109935-109950;110122-110145;110196-110210;110366-110379;110512-110525;110563-110576;110690-110705;111068-111083;111506-111520;111626-111639;111974-111987;112693-112706;112899-112912;113806-113819;114115-114128;115700-115713;116267-116280;116833-116846;117447-117461;117562-117575;117932-117945;118556-118569;118652-118665;119346-119359;120785-120798;120858-120890;120974-120988;122466-122479;123217-123231;123785-123798;124982-124997;125621-125634;126633-126646;127044-127057;127066-127090;127108-127130;127196-127211;127244-127265;127269-127296;127322-127335;128260-128275;128300-128318;128339-128360;128363-128381;128394-128422;128425-128444;128822-128848;130000-130013;131029-131042;131184-131197;131926-131939;133001-133014;133472-133493;134969-134982;135682-135697;136759-136791;136794-136829;136858-136871;137867-137883;138425-138438;138521-138534;138969-138983;139291-139320;139337-139422;139436-139471;139515-139544;139550-139581;140314-140327;140582-140596;141239-141252;142647-142660;142816-142829;143236-143274;144208-144246;144250-144275;144308-144322;144326-144340;144348-144387;144393-144415;144431-144454;145603-145618;146615-146628;147007-147020;147063-147076;147108-147121;147267-147280;147455-147468;147480-147531;147545-147597;147601-147615;147618-147641;147644-147668;147679-147706;147708-147755;147972-147998;148303-148316;149483-149496;150121-150136;151760-151773;152089-152102;152533-152546;152616-152630;152825-152838;152956-152972;153029-153059;153061-153076;153093-153114;153125-153177;153181-153198;153211-153253;153255-153289;153301-153341;153359-153376;153381-153395;153398-153417;153421-153442;153461-153476;153483-153504;153507-153532;153577-153596;153603-153627;153629-153643;153805-153819;154379-154401;154483-154501;154535-154552;154586-154602;154823-154840;154918-154931;156311-156324;156466-156484;156521-156535;156576-156590;156614-156629;156654-156678;156707-156721;156723-156753;156777-156798;156833-156849;156871-156885;156984-157019;157078-157111;157154-157170;157192-157217;157236-157289;157293-157307;157338-157375;157412-157426;157430-157443;157561-157588;157593-157619;157628-157655;157673-157739;158005-158018;158258-158278;158422-158435;158522-158545;158694-158708;159274-159292;159346-159360;159590-159603;159859-159872;159968-159981;160208-160223;160251-160267;161102-161115;161187-161332;161337-161386;161388-161502;161618-161631;162043-162056;162561-162575;163052-163065;163084-163097;164109-164123;164923-164938;164958-164980;165017-165032;165034-165047;165049-165063;165065-165079;165134-165149;165185-165224;165467-165483;165516-165529;165587-165604;165608-165621;165644-165665;165697-165718;165720-165748;165750-165774;165777-165836;165838-165852;165862-165946;165948-165980;166005-166050;166060-166102;166122-166160;166163-166218;166220-166239;166254-166307;166312-166359;166366-166391;166508-166522;167252-167265;167319-167332;168224-168237;168272-168313;168334-168348;168356-168394;168416-168447;168477-168491;168503-168519;168541-168579;169037-169052;169342-169366;169376-169400;169411-169424;169435-169460;169496-169517;169519-169540;169555-169573;169600-169629;169631-169653;169655-169695;169697-169722;169729-169782;169791-169807;169831-169847;169850-169883;169898-169925;169937-169954;169959-169980;169982-170005;170007-170021;170036-170058;170069-170097;170105-170136;170138-170232;170247-170309;170311-170347;170350-170385;170395-170418;170434-170466;170469-170483;170485-170503;170509-170532;170534-170562;170568-170585;170624-170641;170654-170675;170685-170709;170712-170731;170745-170758;170778-170791;170859-170892;170948-170969;171019-171059;171070-171086;171090-171123;171465-171478;171526-171539;171571-171584;171645-171660;172651-172670;172985-172999;173795-173808;174279-174304;174323-174355;175105-175123;175143-175166;175221-175241;175350-175364;175493-175506;175707-175793;175804-175849;175854-175941;175944-176027;176245-176258;176323-176337;176620-176636;176719-176732;179965-179994;180044-180060;180072-180104;180136-180149;180208-180225;180266-180280、および180634-180647からなる群から選択される配列番号1の領域である。オリゴヌクレオチド、例えば、配列番号1のこれらの領域を標的(標的配列リスト3)とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトSCN10A核酸標的をさらに標的とし得る。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、上記に記載された標的配列の1つに存在する少なくとも14の連続ヌクレオチドを含む。
【0102】
標的配列リスト4
いくつかの有利な実施形態では、標的配列は、99525-99542;70094-70110;133396-133411;20666-20682;103244-103261;20666-20683;103244-103262;147238-147253;171787-171803;171787-171803;147238-147253;171788-171803;103244-103260;103244-103262;130009-130025;103244-103261;98600-98616;103244-103262;171788-171803;103244-103261;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;20666-20683;97712-97728;75261-75277;75260-75276;97713-97730;75261-75277;97712-97729;20666-20683;97712-97729;20666-20683;4426-4443;75260-75276;97715-97731;20666-20683;97712-97728;4427-4443;20666-20683;97712-97729;89475-89493;99308-99324;13076-13094;87509-87527;103272-103290;82676-82692;99526-99543;82675-82691;87510-87528;97704-97720;82675-82691;89477-89495 および13076-13094からなる群から選択される配列番号1の領域である。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、上記に記載された標的配列の1つに存在する少なくとも14の連続ヌクレオチドを含む。
【0103】
標的配列リスト5
いくつかの有利な実施形態では、標的配列は、E1;E2;E3;E4;E5;E6;E7;E8;E9;E10;E11;E12;E13;E14;E15;E16;E17;E18;E19;E20;E21;E22;E23;E24;E25;E26;およびE27からなる群から選択される配列番号1のエクソン領域である。
【0104】
標的配列リスト6
いくつかの有利な実施形態では、標的配列は、I1;I2;I3;I4;I5;I6;I7;I8;I9;I10;I11;I12;I13;I14;I15;I16;I17;I18;I19;I20;I21;I22;I23;I24;I25;およびI26からなる群から選択される配列番号1のイントロン領域である。
【0105】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、標的配列、例えば、標的配列リスト1、2、3、4、5および6に提示されるものから選択される標的配列に存在する、少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む。
【0106】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、標的配列、例えば、標的配列リスト1、2、3、4、5および6に提示されるものから選択される標的配列に存在する、少なくとも14の連続ヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、標的配列、例えば、標的配列リスト1、2、3、4、5および6に提示されるものから選択される標的配列に存在する、少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む。
【0107】
有利な標的領域
いくつかの実施形態では、本発明は、配列番号17~49からなる群から選択される配列に100%相補的である、少なくとも12ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む本発明によるオリゴヌクレオチドを提供する。
【0108】
いくつかの実施形態では、本発明は、配列番号17~49からなる群から選択される配列に100%相補的である、少なくとも14ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む本発明によるオリゴヌクレオチドを提供する。
【表5】
【0109】
標的細胞
本明細書で使用される用語「標的細胞」は、標的核酸を発現している細胞を指す。いくつかの実施形態では、標的細胞は、インビボまたはインビトロであり得る。いくつかの実施形態では、標的細胞は、哺乳動物細胞、例えばブタ細胞もしくはげっ歯類細胞、例えばマウス細胞もしくはラット細胞、または霊長類細胞、例えばサル細胞もしくはヒト細胞である。
【0110】
いくつかの実施形態では、標的細胞は、C線維細胞などの後根神経節細胞、または体性感覚細胞であり得る。
【0111】
インビトロ評価の場合、標的細胞は、ATCC(CRL-2137)から入手可能であり、実施例に示すようにインビトロスクリーニングに使用され得る、SK-N-AS神経芽細胞腫細胞などの確立された細胞株であり得る。他の例示的な標的細胞には、sh-sy5y細胞(同じくATCC、CRL-2266から入手可能)、またはヒトもしくはブタIPSCに由来するニューロン細胞、またはブタ一次ニューロンもしくはヒト一次ニューロンなどの一次ニューロン(後根神経節から単離された一次ニューロンなど)が含まれ、これらはインビトロスクリーニングにも使用され得る。
【0112】
有利には、標的細胞は、SCN9A標的を発現する。
【0113】
標的の阻害
本発明のオリゴヌクレオチドは、ヒトSCN9A(配列番号1によってエンコードされるヒトNa1.7など)を発現している細胞において、ヒトSCN9Aの発現をダウンレギュレート(阻害)することができる。SCN9Aの阻害が、細胞内のNa1.7タンパク質の阻害をもたらし、これは、Na1.7のタンパク質レベルまたはNa1.7活性アッセイによって判定され得る。
【0114】
したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、有利にはヒトNa1.7(配列番号1によってエンコードされるヒトNa1.7など)を発現している細胞において、ヒトNa1.7の発現をダウンレギュレート(阻害)することができる。
【0115】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、標的の発現を阻害またはダウンレギュレートすることにより、それを調節することができる。好ましくは、そのような調節は、標的の正常な発現レベルと比較して少なくとも20%、より好ましくは、標的の正常な発現レベルと比較して少なくとも30%、少なくとも40%、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%の阻害をもたらす。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、ATCC(CRL-2137)から入手可能なSK-N-AS神経芽細胞腫細胞での、5μMオリゴヌクレオチドのジムノティック(gymnotic)適用後、インビトロでSCN9A mRNAの発現レベルを少なくとも50%、または60%阻害できる可能性がある。ジムノティック(gymnotic)送達を使用した好適な方法の実施例を参照されたい。いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、上記のようにSK-N-AS神経芽細胞腫細胞に対して5μMオリゴヌクレオチドを使用して、SCN9Aタンパク質の発現レベルをインビトロで少なくとも70%阻害できる可能性がある。
【0116】
好適には、実施例は、SCN9A阻害を測定するために使用され得るアッセイを提供する。
【0117】
天然に存在するバリアント
用語「天然に存在するバリアント」は、標的核酸と同じ遺伝子座に由来するが、例えば、同じアミノ酸をエンコードする多数のコドンを引き起こす遺伝コードの縮重のために、またはpre‐mRNAの選択的スプライシング、または多型、例えば単一ヌクレオチド多型(SNP)の存在に起因して異なり得るSCN9AまたはSCN10A遺伝子または転写物のバリアント、および対立遺伝子バリアントを指す。オリゴヌクレオチドに対する十分な相補的な配列の存在に基づいて、本発明のオリゴヌクレオチドは、したがって、標的核酸およびその天然に存在するバリアントを標的とし得る。
【0118】
いくつかの実施形態では、天然に存在するバリアントは、哺乳動物SCN9AまたはSCN10A標的核酸、例えば配列番号1、2および3からなる群から選択される標的核酸に対して少なくとも95%、例えば少なくとも98%、または少なくとも99%相同性を有する。いくつかの実施形態では、天然に存在するバリアントは、配列番号1として提示されるものなど、ヒトSCN9A標的核酸に対して少なくとも99%相同性を有する。
【0119】
発現の調節
本明細書で使用される「発現の阻害」という用語は、オリゴヌクレオチドの投与前の標的核酸または標的タンパク質の量と比較した場合に、標的核酸または標的タンパク質のレベルを低下させるオリゴヌクレオチドの能力の総称として理解されるべきである。作用機構に応じて、アンチセンスオリゴヌクレオチドが標的核酸のレベルを低下させ得ること(例えば、RNaseH切断を介して)、または、例えば、スプライススイッチングまたはpre‐RNAの調節を介して、標的核酸の機能性を低下(または機能性を変化)させ得ることが理解されるだろう。
【0120】
発現の阻害などの調節は、対照実験を参照することによって判定され得る。対照は、生理食塩水組成物で処理された個体もしくは標的細胞、または非標的化オリゴヌクレオチド(モック)で処理された個体もしくは標的細胞であると一般的に理解されている。
【0121】
調節の1つのタイプは、例えばmRNAの分解または転写の遮断により、標的または標的核酸の発現を阻害、ダウンレギュレート、低減、抑制、除去、停止、遮断、防止、減少、低下、回避または終了する、オリゴヌクレオチドの能力である。
【0122】
高親和性修飾ヌクレオシド
高親和性修飾ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチドであり、オリゴヌクレオチドに組み込まれると、例えば、融解温度(Tm)によって測定されるように、その相補的標的に対するオリゴヌクレオチドの親和性を高める。本発明の高親和性修飾ヌクレオシドは、好ましくは、修飾ヌクレオシドあたり+0.5~+12℃、より好ましくは+1.5~+10℃、最も好ましくは+3~+8℃の融解温度の上昇をもたらす。多数の高親和性修飾ヌクレオシドが当技術分野にて既知であり、例えば、多くの2’置換ヌクレオシドおよびロックド核酸(LNA)が含まれる(例えば、Freier&Altmann;Nucl.Acid Res.,1997,25,4429-4443 and Uhlmann;Curr.Opinion in Drug Development,2000,3(2),293-213を参照されたい)。
【0123】
糖修飾
本発明のオリゴマーは、修飾された糖部分、即ち、DNAおよびRNAに見られるリボース糖部分と比較した場合の糖部分の修飾を有する1つ以上のヌクレオシドを含み得る。
【0124】
リボース糖部分の修飾を有する多数のヌクレオシドが、親和性および/またはヌクレアーゼ耐性などのオリゴヌクレオチドの特定の特性を改善することを主な目的として作製されている。
【0125】
そのような修飾には、例えばヘキソース環(HNA)または二環式環(典型的には、リボース環(LNA)のC2とC4炭素の間にバイラジカル架橋を有する)、または典型的にはC2とC3炭素の間の結合を欠く非結合リボース環(例えば、UNA)で置き換えることにより、リボース環構造が修飾されているものが含まれる。他の糖修飾ヌクレオシドには、例えばビシクロヘキソース核酸(国際公開第2011/017521号)または三環式核酸(国際公開第2013/154798号)が含まれる。修飾ヌクレオシドには、例えばペプチド核酸(PNA)の場合には、糖部分が非糖部分で置き換えられているヌクレオシド、またはモルホリノ核酸も含まれる。
【0126】
糖修飾には、リボース環上の置換基を水素以外の基、またはDNAおよびRNAヌクレオシドに天然に存在する2’-OH基に変更することによる修飾も含まれる。置換基は、例えば2’、3’、4’または5’位で導入され得る。
【0127】
2’糖修飾ヌクレオシド
2’糖修飾ヌクレオシドは、2’位にHまたは-OH以外の置換基を有し(2’置換ヌクレオシド)、または2’炭素とリボース環の第2の炭素との間に架橋を形成できる2’結合バイラジカル、例えばLNA(2’-4’バイラジカル架橋)を含むヌクレオシドである。
【0128】
実際、2’糖置換ヌクレオシドの開発には多くの注目が集まっており、多くの2’置換ヌクレオシドが、オリゴヌクレオチドに組み込まれた際に有益な特性を有することが見出されている。例えば、2’修飾糖は、向上された結合親和性、および/または増大されたヌクレアーゼ耐性をオリゴヌクレオチドに提供することができる。2’置換修飾ヌクレオシドの例は、2’-O-アルキル-RNA、2’-O-メチル-RNA、2’-アルコキシ-RNA、2’-O-メトキシエチル-RNA(MOE)、2’-アミノ-DNA、2’-フルオロ-RNAおよび2’-F-ANAヌクレオシドである。さらなる例については、例えばFreier&Altmann;Nucl.Acid Res.,1997,25,4429-4443およびUhlmann;Curr.Opinion in Drug Development,2000,3(2),293-213、およびDeleavey and Damha,Chemistry and Biology 2012,19,937を参照されたい。以下は、いくつかの2’置換修飾ヌクレオシドの説明である。
【化1】
【0129】
本発明に関連して、2’置換糖修飾ヌクレオシドは、LNAのような2’架橋ヌクレオシドを含まない。
【0130】
ロックド核酸ヌクレオシド(LNAヌクレオシド)
「LNAヌクレオシド」は、前記ヌクレオシドのリボース糖環のC2’とC4’を結合するバイラジカル(「2’-4’架橋」とも称される)を含む2’修飾ヌクレオシドであり、これはリボース環の立体配座を制限または固定する。これらのヌクレオシドは、文献にて架橋核酸または二環式核酸(BNA)とも称されている。リボースのコンフォメーションの固定は、LNAが相補的RNAまたはDNA分子のオリゴヌクレオチドに組み込まれる場合、ハイブリダイゼーションの親和性の向上(二重鎖安定化)に関連している。これは通常、オリゴヌクレオチド/補完二重鎖の融解温度を測定することにより決定され得る。
【0131】
非限定的な、例示的なLNAヌクレオシドは、国際公開第99/014226号、国際公開第00/66604号、国際公開第98/039352号、国際公開第2004/046160号、国際公開第00/047599号、国際公開第2007/134181号、国際公開第2010/077578号、国際公開第2010/036698号、国際公開第2007/090071号、国際公開第2009/006478号、国際公開第2011/156202号、国際公開第2008/154401号、国際公開第2009/067647号、国際公開第2008/150729号、Morita et al.,Bioorganic&Med.Chem.Lett.12,73-76,Seth et al.J.Org.Chem.2010,Vol 75(5)pp.1569-81,and Mitsuoka et al.,Nucleic Acids Research 2009,37(4),1225-1238,and Wan and Seth,J.Medical Chemistry 2016,59,9645-9667に開示されている。
【0132】
さらなる非限定的な、例示的LNAヌクレオシドは、スキーム1に開示されている。
スキーム1:
【化2】
【0133】
特定のLNAヌクレオシドは、β-D-オキシ-LNA、6’-メチル-β-D-オキシLNA、例えば(S)-6’-メチル-β-D-オキシ-LNA(ScET)およびENAである。
【0134】
特定の有利なLNAは、β-D-オキシ-LNAである。
【0135】
本明細書に記載される化合物は、数個の不斉中心を含むことができ、光学的に純粋なエナンチオマー、例えばラセミ体などのエナンチオマーの混合物、ジアステレオ異性体の混合物、ジアステレオ異性体ラセミ体またはジアステレオ異性体ラセミ体の混合物として存在することができる。
【0136】
用語「不斉炭素原子」は、4つの異なる置換基を有する炭素原子を意味する。Cahn-Ingold-Prelog則によれば、不斉炭素原子は、「R」または「S」立体配置のものであり得る。
【0137】
医薬的に許容される塩
「医薬的に許容される塩」という用語は、生物学的にまたは別様に望ましくないものではない、遊離塩基または遊離酸の生物学的有効性および特性を保有する塩を指す。塩は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、硝酸、リン酸などの無機酸、特に塩酸、および酢酸、プロピオン酸、グリコール酸、ピルビン酸、シュウ酸、マレイン酸、マロン酸、コハク酸、フマル酸、酒石酸、クエン酸、安息香酸、ケイ皮酸、マンデル酸、メタンスルホン酸、エタンスルホン酸、p-トルエンスルホン酸、サリチル酸、N-アセチルシステインなどの有機酸と共に形成される。加えて、これらの塩は、無機塩基または有機塩基を遊離酸に加えることにより調製され得る。無機塩基から誘導される塩には、ナトリウム、カリウム、リチウム、アンモニウム、カルシウム、マグネシウム塩が含まれるがこれらに限定されない。有機塩基から誘導される塩には、第1級、第2級、および第3級アミン、天然に存在する置換アミンを含む置換アミン、環式アミンおよび塩基性イオン交換樹脂、例えばイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ジエチルアミン、トリエチルアミン、トリプロピルアミン、エタノールアミン、リシン、アルギニン、N-エチルピペリジン、ピペリジン、ポリアミン樹脂の塩が含まれるがこれらに限定されない。式(I)の化合物は、双性イオンの形態で存在することもできる。特に好ましくは、式(I)の化合物の医薬的に許容される塩は、塩酸、臭化水素酸、硫酸、リン酸およびメタンスルホン酸の塩である。
【0138】
保護基
用語「保護基」は、単独または組み合わせで、化学反応が他の非保護の反応性部位で選択的に行われ得るように、多官能化合物の反応性部位を選択的に遮断する基を意味する。保護基は、除去することができる。例示的な保護基は、アミノ保護基、カルボキシ保護基またはヒドロキシ保護基である。
【0139】
ヌクレアーゼ媒介分解
ヌクレアーゼ媒介分解は、相補的なヌクレオチド配列と二重鎖を形成するときに、そのような配列の分解を媒介することができるオリゴヌクレオチドを指す。
【0140】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的核酸のヌクレアーゼ媒介分解を介して機能し得、ここで本発明のオリゴヌクレオチドは、ヌクレアーゼ、特にエンドヌクレアーゼ、好ましくはRNaseHなどのエンドリボヌクレアーゼ(RNase)を動員することができる。ヌクレアーゼ媒介機構を介して機能するオリゴヌクレオチド設計の例は、典型的には少なくとも5または6の連続DNAヌクレオシドの領域を含み、親和性増強ヌクレオシド、例えばギャップマー、ヘッドマーおよびテイルマーが片側または両側に隣接するオリゴヌクレオチドである。
【0141】
RNaseHの活性および動員
アンチセンスオリゴヌクレオチドのRNaseH活性は、相補的RNA分子と二重鎖を形成するときにRNaseHを動員する、その能力を指す。国際公開第01/23613号は、RNaseH活性を決定するインビトロ方法を提供し、これはRNaseHを動員する能力の決定に使用され得る。典型的には、オリゴヌクレオチドは、相補的な標的核酸配列が提供された場合、pmol/l/分で測定して、試験されている修飾オリゴヌクレオチドと同じ塩基配列を有するが、DNAモノマーのみを含み、オリゴヌクレオチドの全モノマー間にホスホロチオエート結合を有するオリゴヌクレオチドを使用し、また国際公開第01/23613号(参照により本明細書に組み込まれる)の実施例91~95により提供される方法論を使用したときに決定された初期率の少なくとも5%、例えば少なくとも10%または20%超を有する場合に、RNaseHを動員することができると見なされる。RHase H活性の測定に使用するために、組換えヒトRNaseH1がLubio Science GmbH,Lucerne,Switzerlandから入手可能である。
【0142】
ギャップマー
本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその連続ヌクレオチド配列は、ギャップマーであり得、ギャップマーオリゴヌクレオチドまたはギャップマー設計とも呼ばれ得る。アンチセンスギャップマーは、通常、RNase媒介分解を介して標的核酸を阻害するのに使用される。ギャップマーオリゴヌクレオチドは、少なくとも3つの区別される構造領域、5’-フランク、ギャップおよび3’-フランク、F-G-F’を5’->3’配向で含む。「ギャップ」領域(G)は、オリゴヌクレオチドがRNaseHを動員することを可能にする、連続DNAヌクレオチドの伸長を含む。ギャップ領域は、1つ以上の糖修飾ヌクレオシド、有利には高親和性糖修飾ヌクレオシドを含む5’フランク領域(F)、および1つ以上の糖修飾ヌクレオシド、有利には高親和性糖修飾ヌクレオシドを含む3’フランク領域(F’)が隣接する。領域FおよびF’の1つ以上の糖修飾ヌクレオシドは、標的核酸に対するオリゴヌクレオチドの親和性を増強する(即ち、これは親和性増強糖修飾ヌクレオシドである)。いくつかの実施形態では、領域FおよびF’の1つ以上の糖修飾ヌクレオシドは、2’糖修飾ヌクレオシド、例えばLNAおよび2’-MOEから独立して選択される、例えば高親和性2’糖修飾である。
【0143】
ギャップマー設計において、ギャップ領域のほとんどの5’および3’ヌクレオシドはDNAヌクレオシドであり、各々、5’(F)または3’(F’)領域の糖修飾ヌクレオシドに隣接して配置されている。フランクはさらに、ギャップ領域から最も遠い端、即ち5’フランクの5’末端および3’フランクの3’末端に、少なくとも1つの糖修飾ヌクレオシドを有することによって定義されてもよい。
【0144】
領域F-G-F’は、連続ヌクレオチド配列を形成する。本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその連続ヌクレオチド配列は、式F-G-F’のギャップマー領域を含んでもよい。
【0145】
ギャップマー設計F-G-F’の全長は、例えば12~32ヌクレオシド、例えば13~24、例えば14~22ヌクレオシド、例えば14~17、例えば16~18ヌクレオシドであってもよい。
【0146】
例として、本発明のギャップマーオリゴヌクレオチドは、以下の式、
1-8-G6-16-F’1-8、例えば
1-8-G8-16-F’2-8によって表すことができる。
【0147】
ただし、ギャップマー領域F-G-F’の全長は、少なくとも12、例えば少なくとも14ヌクレオチド長であることを条件とする。
【0148】
本発明の一態様では、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列は、式5’-F-G-F’-3’のギャップマーからなるか、またはそれを含み、ここで、領域FおよびF’は独立して、1~8、例えば2~6、例えば3~4の2’糖修飾ヌクレオシドを含むか、またはそれからなる。ここで、領域Fの3’末端(領域GのDNAヌクレオシドに隣接して)に位置する少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシド、および領域F’の5’末端に位置する(領域GのDNAヌクレオシドに隣接して位置する)少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシドが存在し、Gは、RNaseHを動員することができる6~16のヌクレオシドの領域、例えば6~16のDNAヌクレオシド、例えば10~15の連続DNAヌクレオチド、例えば10~14の連続DNAヌクレオチド、例えば11~15の連続DNAヌクレオチド、例えば13~15の連続DNAヌクレオチドの領域である。
【0149】
LNAギャップマー
LNAギャップマーは、領域FおよびF’のいずれか一方または両方がLNAヌクレオシドを含むか、またはLNAヌクレオシドからなるギャップマーである。β-D-オキシギャップマーは、領域FおよびF’のいずれか一方または両方がβ-D-オキシLNAヌクレオシドを含むか、またはβ-D-オキシLNAヌクレオシドからなるギャップマーである。
【0150】
いくつかの実施形態では、LNAギャップマーは、式:[LNA]1-5-[領域G]-[LNA]1-5のものであり、式中、領域Gは、ギャップマー領域Gの定義で定義した通りである。
【0151】
MOEギャップマー
MOEギャップマーは、領域FおよびF’がMOEヌクレオシドからなるギャップマーである。いくつかの実施形態では、MOEギャップマーは、設計[MOE]1-8-[領域G]-[MOE]1-8、例えば[MOE]2-7-[領域G]5-16-[MOE]2-7、例えば[MOE]3-6-[領域G]-[MOE]3-6のものであり、領域Gは、ギャップマーの定義で定義した通りである。5-10-5設計(MOE-DNA-MOE)を有するMOEギャップマーは、当技術分野で広く使用されている。
【0152】
混合ウイングギャップマー
混合ウイングギャップマーは、領域FおよびF’の一方または両方が、2’置換ヌクレオシド、例えば2’-O-アルキル-RNA単位、2’-O-メチル-RNA、2’-アミノ-DNA単位、2’-フルオロ-DNA単位、2’-アルコキシ-RNA、MOE単位、アラビノ核酸(ANA)単位および2’-フルオロ-ANA単位から独立して選択される2’置換ヌクレオシド、例えばMOEヌクレオシドを含むLNAギャップマーである。領域FおよびF’の少なくとも一方、または領域FおよびF’の両方が少なくとも1つのLNAヌクレオシドを含むいくつかの実施形態では、領域FおよびF’の残りのヌクレオシドは、MOEおよびLNAからなる群から独立して選択される。領域FおよびF’の少なくとも一方、または領域FおよびF’の両方が少なくとも2つのLNAヌクレオシドを含むいくつかの実施形態では、領域FおよびF’の残りのヌクレオシドは、MOEおよびLNAからなる群から独立して選択される。いくつかの混合ウイング実施形態では、領域FおよびF’の一方または両方が、1つ以上のDNAヌクレオシドをさらに含んでもよい。
【0153】
混合ウイングギャップマーの設計は、国際公開第2008/049085号および国際公開第2012/109395号に開示されている。
【0154】
交互フランクギャップマー
フランク領域は、LNAおよびDNAヌクレオシドの両方を含み得、それらがLNA-DNA-LNAヌクレオシドの交互のモチーフを含むので、「交互フランク」と呼ばれる。このような交互フランクを含むギャップマーは、「交互フランクギャップマー」と呼ばれる。したがって「交互フランクギャップマー」は、フランクの少なくとも1つ(FまたはF’)が、LNAヌクレオシドに加えてDNAを含むLNAギャップマーオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態では、領域FもしくはF’の少なくとも1つ、または領域FおよびF’の両方は、LNAヌクレオシドおよびDNAヌクレオシドの両方を含む。そのような実施形態では、フランク領域FもしくはF’、またはFおよびF’の両方は、少なくとも3つのヌクレオシドを含み、Fおよび/またはF’領域の5’および3’のほとんどのヌクレオシドは、LNAヌクレオシドである。
【0155】
交互フランク領域は、最大3つの連続DNAヌクレオシド、例えば1~2つまたは1つまたは2つまたは3つの連続DNAヌクレオシドを含み得る。
【0156】
オリゴヌクレオチドにおける領域D’またはD”
本発明のオリゴヌクレオチドは、いくつかの実施形態では、標的核酸に相補的なオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列、例えばギャップマーF-G-F’、ならびにさらなる5’および/または3’ヌクレオシドを含み、またはそれからなり得る。さらなる5’および/または3’ヌクレオシドは、標的核酸に完全に相補的であってもよく、または完全に相補的でなくてもよい。このようなさらなる5’および/または3’ヌクレオシドは、本明細書で領域D’およびD”と称され得る。
【0157】
領域D’またはD”の追加は、連続ヌクレオチド配列、例えばギャップマーをコンジュゲート部分または他の官能基に連結することを目的として用いられ得る。連続ヌクレオチド配列をコンジュゲート部分に連結するのに使用する場合、生体切断可能なリンカーとしての役割を果たし得る。あるいは、それはエキソヌクレアーゼ保護を提供するために、または合成もしくは製造を容易にするために使用され得る。
【0158】
領域D’およびD”は、各々、領域Fの5’末端または領域F’の3’末端に結合されて、以下の式D’-F-G-F’、F-G-F’-D”またはD’-F-G-F’-D”の設計を生成することができる。この場合、F-G-F’はオリゴヌクレオチドのギャップマー部分であり、領域D’またはD”は、オリゴヌクレオチドの別個の部分を構成する。
【0159】
領域D’またはD”は、独立して、1、2、3、4または5個の追加のヌクレオチドを含み、またはそれからなり、標的核酸に相補的であっても、または相補的でなくてもよい。FまたはF’領域に隣接するヌクレオチドは、DNAまたはRNAまたはこれらの塩基修飾バージョンなどの糖修飾ヌクレオチドではない。D’およびD”領域は、ヌクレアーゼ感受性の生体切断可能なリンカーとしての役割を果たし得る(リンカーの定義を参照されたい)。いくつかの実施形態では、追加の5’および/または3’末端ヌクレオチドは、ホスホジエステル結合で連結され、DNAまたはRNAである。領域D’およびD”としての使用に好適なヌクレオチドベースの生体切断可能なリンカーは、国際公開第2014/076195号に開示されており、これは例としてホスホジエステル結合DNAジヌクレオチドを含む。ポリオリゴヌクレオチド構築物における生体切断可能なリンカーの使用は、国際公開第2015/113922号に開示されており、それらは複数のアンチセンス構築物(例えば、ギャップマー領域)を単一のオリゴヌクレオチド内で結合するのに使用されている。
【0160】
一実施形態において、本発明のオリゴヌクレオチドは、ギャップマーを構成する連続ヌクレオチド配列に加えて、領域D’および/またはD”を含む。
【0161】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、以下の式により表すことができる。
F-G-F’、特にF1-8-G6-16-F’2-8
D’-F-G-F’、特にD’1-3-F1-8-G6-16-F’2-8
F-G-F’-D’’、特にF1-8-G6-16-F’2-8-D’’1-3
D’-F-G-F’-D’’、特にD’1-3-F1-8-G6-16-F’2-8-D’’1-3
【0162】
いくつかの実施形態では、領域D’と領域Fとの間に位置するヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態では、領域F’と領域D”の間に位置するヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合である。
【0163】
コンジュゲート
本明細書で使用されるコンジュゲートという用語は、非ヌクレオチド部分に共有結合したオリゴヌクレオチドを指す(コンジュゲート部分または領域Cまたは第3の領域)。
【0164】
1つ以上の非ヌクレオチド部分に対する本発明のオリゴヌクレオチドのコンジュゲーションは、例えば、オリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、細胞取り込み、または安定性に影響を及ぼすことにより、オリゴヌクレオチドの薬理学を改善することができる。いくつかの実施形態では、コンジュゲート部分は、オリゴヌクレオチドの細胞分布、バイオアベイラビリティ、代謝、排泄、浸透性、および/または細胞取り込みを改善することにより、オリゴヌクレオチドの薬物動態特性を調節または向上させる。特に、コンジュゲートは、オリゴヌクレオチドを特定の器官、組織または細胞型に標的化し、それにより、その器官、組織または細胞型におけるオリゴヌクレオチドの有効性を増強し得る。同時に、コンジュゲートは、非標的細胞型、組織または器官内のオリゴヌクレオチドの活性を低下させるのに役立ち得る(例えば、非標的細胞型、組織または器官内のオフ標的活性または活性)。
【0165】
一実施形態では、非ヌクレオチド部分(コンジュゲート部分)は、炭水化物、細胞表面受容体リガンド、原薬、ホルモン、親油性物質、ポリマー、タンパク質、ペプチド、毒素(例えば、細菌毒素)、ビタミン、ウイルスタンパク質(例えば、キャプシド)またはそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【0166】
リンカー
リンケージまたはリンカーは、1つ以上の共有結合を介して、対象の化学基またはセグメントを別の化学基またはセグメントに連結する、2つの原子間の接続である。コンジュゲート部分は、直接または連結部分(例えば、リンカーまたはテザー)を介してオリゴヌクレオチドに付着させることができる。リンカーは、第3の領域、例えばコンジュゲート部分(領域C)を、第1の領域、例えば標的核酸(領域A)に相補的なオリゴヌクレオチドまたは連続ヌクレオチド配列に共有結合する役割を果たす。
【0167】
本発明のいくつかの実施形態では、本発明のコンジュゲートまたはオリゴヌクレオチドコンジュゲートは、場合により、標的核酸に相補的なオリゴヌクレオチドまたは連続ヌクレオチド配列(領域Aまたは第1の領域)の間に位置するリンカー領域(第2の領域または領域Bおよび/または領域Y)と、コンジュゲート部分(領域Cまたは第3の領域)とを含み得る。
【0168】
領域Bは、哺乳動物の体内で通常遭遇するまたは遭遇するものに類似した条件下で切断可能である生理学的に不安定な結合を含み、またはそれからなる生体切断可能なリンカーを指す。生理学的に不安定なリンカーが化学的変換(例えば、切断)を受ける条件には、pH、温度、酸化もしくは還元条件または薬剤などの化学条件、および哺乳動物細胞で見られるまたは遭遇するものに類似した塩濃度が含まれる。哺乳動物の細胞内条件には、タンパク質分解酵素または加水分解酵素またはヌクレアーゼなどの哺乳動物細胞に通常存在する酵素活性の存在も含まれる。一実施形態では、生体切断可能なリンカーは、S1ヌクレアーゼ切断の影響を受けやすい。好ましい実施形態では、ヌクレアーゼ感受性リンカーは、1~10のヌクレオシド、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9または10のヌクレオシド、より好ましくは2~6のヌクレオシド、最も好ましくは少なくとも2つの連続したホスホジエステル結合、例えば少なくとも3または4または5の連続したホスホジエステル結合を含む、2~4の結合したヌクレオシドを含む。好ましくは、ヌクレオシドは、DNAまたはRNAである。ホスホジエステルを含む生体切断可能なリンカーは、国際公開第2014/076195号(参照により本明細書に組み込まれる)により詳細に記載されており、本明細書の領域D’またはD”も参照されたい。
【0169】
領域Yは、必ずしも生体切断可能ではないが、主にコンジュゲート部分(領域Cまたは第3の領域)をオリゴヌクレオチド(領域Aまたは第1の領域)に共有結合させるのに役立つリンカーを指す。領域Yリンカーは、エチレングリコール、アミノ酸単位またはアミノアルキル基などの繰り返し単位の鎖構造またはオリゴマーを含み得る。本発明のオリゴヌクレオチドコンジュゲートは、領域要素A-C、A-B-C、A-B-Y-C、A-Y-B-CまたはA-Y-Cで構成され得る。いくつかの実施形態では、リンカー(領域Y)は、例えばC6~C12アミノアルキル基を含むC2~C36アミノアルキル基などのアミノアルキルである。好ましい実施形態では、リンカー(領域Y)は、C6アミノアルキル基である。
【0170】
治療
本明細書で使用される用語「治療」は、既存の疾患(例えば、本明細書で言及される疾患または障害)の治療、または疾患の予防(prevention)、即ち予防(prophylaxis)の両方を指す。したがって、本明細書で言及される治療は、いくつかの実施形態では、予防的であり得ることが認識されるであろう。
【0171】
いくつかの実施形態では、治療は、慢性疼痛を患っている、または慢性疼痛を患うと予想される(予防的治療)対象に対して行われる。
【発明を実施するための形態】
【0172】
本発明のオリゴヌクレオチド
本発明は、SCN9AもしくはSCN10A、またはSCN9AおよびSCN10Aの両方などの核酸をエンコードする電位依存性ナトリウムイオンチャネルを阻害することができるオリゴヌクレオチドに関する。
【0173】
本発明は、Nav1.7もしくはNav1.8、またはNav1.7もしくはNav1.8の両方などの電位依存性ナトリウムイオンチャネルの発現を阻害することができるオリゴヌクレオチドに関する。Nav1.7およびNav1.8(または場合によりNav1.9)の両方を標的とするオリゴヌクレオチドは、SCN9AおよびSCN10Aの転写物(または場合によりSCN11A)間の同一性、または高い配列類似性を有する領域を選択することによって設計され得る。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、SCN9AおよびSCN10A転写物の両方を標的とし得、ここで、オリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、SCN9AおよびSCN10A転写物の一方に完全に相補的であり、SCN9AおよびSCN10A転写物のもう片方に対して単一のミスマッチしか有さない。いくつかの実施形態では、連続ヌクレオチド配列は、連続ヌクレオチド配列の同じ位置にあるSCN9AおよびSCN10A転写物の両方に対する単一のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、SCN9AおよびSCN10A転写物の一方または両方に対するミスマッチの部位に、ユニバーサル塩基を含めることが有用である。
【0174】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、SCN9AおよびSCN10A転写物の両方を標的とし得、ここで、オリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、SCN9AおよびSCN11A転写物の一方に完全に相補的であり、SCN9AおよびSCN11A転写物のもう片方に対して単一のミスマッチしか有さない。いくつかの実施形態では、連続ヌクレオチド配列は、連続ヌクレオチド配列の同じ位置にあるSCN9AおよびSCN11A転写物の両方に対する単一のミスマッチを含む。いくつかの実施形態では、SCN9AおよびSCN11A転写物の一方または両方に対するミスマッチの部位に、ユニバーサル塩基を含めることが有用である。
【0175】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、SCN9AおよびSCN10AおよびSCN11A転写物を標的とし得、ここで、オリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、SCN9A、SCN10AおよびSCN11A転写物の一つに完全に相補的であり、SCN9A、SCN10AおよびSCN11A転写物のその他に対して単一のミスマッチしか有さない。ヒトSCN11A pre-mRNA転写物は、ENSG00000168356(EnsemblバージョンENSG00000168356.11)として開示されている。
【0176】
調節は、電位依存性ナトリウムイオンチャネルをエンコードする標的核酸にハイブリダイズすることによって達成することができる。標的核酸は、配列番号1、2、および3からなる群から選択される配列など、哺乳動物SCN9AまたはSCN10A配列であり得る。
【0177】
本発明のオリゴヌクレオチドは、SCN9AまたはSCN10Aを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドである。アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的核酸に存在する標的配列に相補的である。適切な標的領域は、本明細書に開示されている(例えば、標的配列リスト1、2、3、および4を参照のこと)。
【0178】
特定の図示された標的配列は、配列番号17~49である。
【0179】
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、配列番号1の選択された標的配列I1~I26などのSCN9A標的核酸配列のイントロン領域に、少なくとも90%相補的、例えば完全に相補的である。
【0180】
いくつかの実施形態では、アンチセンスオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、配列番号1の選択された標的配列E1~E27などのSCN9A標的核酸配列のエクソン領域に、少なくとも90%相補的、例えば完全に相補的である。
【0181】
連続ヌクレオチド配列
いくつかの実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号50~641からなる群から選択される連続ヌクレオチド配列を含む。
【0182】
いくつかの実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号50~641からなる群から選択される配列と同一である、少なくとも12ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0183】
いくつかの実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号50~641からなる群から選択される配列と同一である、少なくとも14ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0184】
同一性の決定では、特に明記しない限り、完全な同一性を意味し、配列番号50~641からなる群から選択される配列と同一である連続ヌクレオチド配列を含む本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドの同一性が、連続ヌクレオチド配列の全長にわたって測定される。いくつかの実施形態では、本発明のアンチセンスオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、配列番号50~641からなる群から選択される配列を含む。
【0185】
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、参照配列に非修飾塩基が示されている修飾塩基を含み得、例えば、Tの代わりにU塩基を使用しても、Cの代わりに5-メチルシトシンを使用してもよいことが理解されよう。
【表6】














【0186】
本発明は、配列番号50~641からなる群から選択される連続ヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。
【0187】
本発明は、配列番号642~650からなる群から選択される連続ヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。
【0188】
本発明は、配列番号50~641または配列番号642-650からなる群から選択される配列と同一である、少なくとも12の連続ヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。
【0189】
本発明は、配列番号50~641または配列番号642-650からなる群から選択される配列と同一である、少なくとも14の連続ヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを提供する。
【0190】
いくつかの実施形態では、配列番号50~641または配列番号642~650を参照して、Tは、TまたはU核酸塩基のいずれかを表し得、Cは、Cまたは5-メチルC核酸塩基を表し得る。
【0191】
いくつかの実施形態では、配列番号50~641または配列番号642~650を参照して、Tは、T核酸塩基であり、Aは、A核酸塩基であり、Gは、G核酸塩基であり、Cは、Cまたは5-メチルC核酸塩基を表すことができる。
【0192】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチド配列または連続ヌクレオチド配列は、配列番号1に存在する、対応する標的核酸領域(標的配列)に100%相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド配列または連続ヌクレオチド配列は、配列番号1および配列番号2に存在する、対応する標的核酸領域に対して100%相補的である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド配列、連続ヌクレオチド配列は、配列番号1、2および3に存在する、対応する標的核酸領域に対して100%相補的である。
【0193】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列番号リスト1のいずれかの領域から選択される、対応する標的配列に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する、10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0194】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列番号リスト2のいずれかの領域から選択される、対応する標的配列に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する、10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0195】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列番号リスト3のいずれかの領域から選択される、対応する標的配列に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する、10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0196】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、標的配列番号リスト4のいずれかの領域から選択される、対応する標的配列に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する、10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0197】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、配列番号17~49から選択される、対応する標的配列に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する、10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む。
【0198】
一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、99525-99542;70094-70110;133396-133411;20666-20682;103244-103261;20666-20683;103244-103262;147238-147253;171787-171803;171787-171803;147238-147253;171788-171803;103244-103260;103244-103262;130009-130025;103244-103261;98600-98616;103244-103262;171788-171803;103244-103261;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;70094-70110;20666-20683;97712-97728;75261-75277;75260-75276;97713-97730;75261-75277;97712-97729;20666-20683;97712-97729;20666-20683;4426-4443;75260-75276;97715-97731;20666-20683;97712-97728;4427-4443;20666-20683;97712-97729;89475-89493;99308-99324;13076-13094;87509-87527;103272-103290;82676-82692;99526-99543;82675-82691;87510-87528;97704-97720;82675-82691;89477-89495 および13076-13094からなる群から選択される配列番号1の標的配列に対して少なくとも90%の相補性、例えば、100%の相補性を有する、12~22ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含み、またはそれからなる。そのようなオリゴヌクレオチドは、LNAギャップマーなどのギャップマーであり得る。
【0199】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、301、311、312、323、342、343、および394からなる群から選択される配列を含まない。
【0200】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、301、311、312、323、342、343、および394からなる群から選択される配列と同一である10以上の連続ヌクレオチドの配列を含まない。
【0201】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、301、311、312、323、342、343、および394からなる群から選択される配列と同一である12以上の連続ヌクレオチドの配列を含まない。
【0202】
ミスマッチ
有利には、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列は、標的核酸配列、例えば配列番号1、例えば標的配列リスト1、2、3および4または配列番号17~49に開示されるものから選択される標的配列に対し、完全に相補的である。
【0203】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間のミスマッチを含む。ミスマッチにもかかわらず、標的核酸へのハイブリダイゼーションは、SCN9A発現の所望の調節を示すのに尚十分であり得る。ミスマッチから生じる結合親和性の低下は、オリゴヌクレオチド内のヌクレオチド数の増加、および/または標的への結合親和性を増加させることができる修飾ヌクレオシド、例えばオリゴヌクレオチド配列内に存在する、LNAを含む2’糖修飾ヌクレオシドの数の増加により有利に補償され得る。
【0204】
本出願に記載される態様は、配列番号1対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む、10~30ヌクレオチド長のアンチセンスオリゴヌクレオチドに関する。連続ヌクレオチド配列は、同じ長さであるか、またはいくつかの実施形態ではアンチセンスオリゴヌクレオチドよりも短くてもよい(オリゴヌクレオチドの配列は連続ヌクレオチド配列を含み得るか、またはそれからなり得る)ことが一般に理解される。
【0205】
オリゴヌクレオチドの長さ
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、10~30ヌクレオチド長、例えば11~28、例えば10~22、例えば12~22、例えば14~20、例えば15から20、例えば16から18、例えば17から20または18から20の連続ヌクレオチド長を含むか、またはそれからなる。好ましい実施形態では、オリゴヌクレオチドは、17~20ヌクレオチド長を含むか、またはそれからなる。
【0206】
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列は、24以下のヌクレオチド、例えば22以下のヌクレオチド、例えば20以下のヌクレオチド、例えば17、18、19または20ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。本明細書で提供されるいずれの範囲も、範囲の終点を含むことを理解するべきである。したがって、オリゴヌクレオチドが10~30ヌクレオチドを含むと記される場合、10ヌクレオチドおよび30ヌクレオチドの両方が含まれる。
【0207】
いくつかの実施形態では、連続ヌクレオチド配列は、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29または30連続ヌクレオチド長を含み、またはそれからなる。
【0208】
修飾オリゴヌクレオチド
本発明のオリゴヌクレオチドは、修飾オリゴヌクレオチドである-すなわち、それは、非修飾RNAまたは非修飾DNA以外の修飾ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオチドを含む。
【0209】
連続核酸塩基配列(モチーフ配列)は、例えばヌクレアーゼ耐性および/または標的核酸に対する親和性を増大させるために修飾され得ることが理解される。
【0210】
修飾ヌクレオシド(高親和性修飾ヌクレオシドなど)がオリゴヌクレオチド配列に組み込まれるパターンは、一般にオリゴヌクレオチド設計と称される。
【0211】
本発明のオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオシドおよびDNAヌクレオシドを用いて設計される。高親和性修飾ヌクレオシドを用いることが有利である。
【0212】
一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、少なくとも1つの修飾ヌクレオシド、例えば少なくとも2、少なくとも3、少なくとも4、少なくとも5、少なくとも6、少なくとも7、少なくとも8、少なくとも9、少なくとも10、少なくとも11、少なくとも12、少なくとも13、少なくとも14、少なくとも15または少なくとも16の修飾ヌクレオシドを含む。一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1~10の修飾ヌクレオシド、例えば2~9の修飾ヌクレオシド、例えば3~8の修飾ヌクレオシド、例えば4~7の修飾ヌクレオシド、例えば6または7の修飾ヌクレオシドを含む。適切な修飾は、「修飾ヌクレオシド」、「高親和性修飾ヌクレオシド」、「糖修飾」、「2’糖修飾」およびロックド核酸(LNA)の「定義」セクションに記載されている。
【0213】
一実施形態では、オリゴヌクレオチドは、1つ以上の糖修飾ヌクレオシド、例えば2’糖修飾ヌクレオシドを含む。好ましくは、本発明のオリゴヌクレオチドは、2’-O-アルキル-RNA、2’-O-メチル-RNA、2’-アルコキシ-RNA、2’-O-メトキシエチル-RNA、2’-アミノ-DNA、2’-フルオロ-DNA、アラビノ核酸(ANA)、2’-フルオロ-ANAおよびLNAヌクレオシドからなる群から独立して選択される、1つ以上の2’糖修飾ヌクレオシドを含む。修飾ヌクレオシドの1つ以上がロックド核酸(LNA)である場合、有利である。
【0214】
さらなる実施形態では、オリゴヌクレオチドまたは連続ヌクレオチド配列は、少なくとも1つの修飾されたヌクレオシド間結合、例えば少なくとも1つのホスホロチオエートヌクレオシド間結合を含む。適切なヌクレオシド間結合は、「修飾ヌクレオシド間結合」の「定義」セクションに記載されている。連続ヌクレオチド配列内のヌクレオシド間結合の少なくとも75%、例えばすべてがホスホロチオエートヌクレオシド間結合であれば有利である。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの連続配列中の全ヌクレオチド間結合がホスホロチオエート結合である。
【0215】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、少なくとも1つのLNAヌクレオシド、例えば1、2、3、4、5、6、7または8個のLNAヌクレオシド、例えば2~6個のLNAヌクレオシド、例えば3~7個のLNAヌクレオシド、4~8個のLNAヌクレオシド、または3、4、5、6、7もしくは8個のLNAヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの修飾ヌクレオシドの少なくとも75%、例えば修飾ヌクレオシドの80%、例えば85%、例えば90%がLNAヌクレオシドである。尚さらなる実施形態では、オリゴヌクレオチドの全修飾ヌクレオシドがLNAヌクレオシドである。さらなる実施形態では、オリゴヌクレオチドは、β-D-オキシ-LNA、および以下のLNAヌクレオシドの1つ以上:β-Dまたはα-L立体構造のいずれかのチオ-LNA、アミノ-LNA、オキシ-LNA、ScETおよび/またはENA、またはそれらの組み合わせの両方を含んでもよい。さらなる実施形態では、全LNAシトシン単位は、5-メチル-シトシンである。オリゴヌクレオチドまたは連続ヌクレオチド配列のヌクレアーゼ安定性にとって、ヌクレオチド配列の5’末端に少なくとも1つのLNAヌクレオシドと3’末端に少なくとも2つのLNAヌクレオシドがあることが有利である。
【0216】
本発明の実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、ヒトRNaseH1などのRNaseHを動員することができる。
【0217】
本発明において、有利な構造設計は、例えば、「ギャップマー」、「LNAギャップマー」、「MOEギャップマー」および「混合ウイングギャップマー」「交互フランクギャップマー」の「定義」セクションに記載されているギャップマー設計である。ギャップマー設計には、均一フランク、混合ウイングフランク、交互フランク、およびギャップブレーカー設計のギャップマーが含まれる。本発明において、本発明のオリゴヌクレオチドが、領域FおよびF’が独立して1~8のヌクレオシドを含み、そのうちの1~5が、2’糖修飾されてFおよびF’領域の5’および3’末端を定義するF-G-F’設計を有するギャップマーであり、Gが、RNaseHを動員することができる6~16のヌクレオシド間の領域であれば、有利である一実施形態では、G領域は、6~16の連続するDNAヌクレオシドからなる。さらなる実施形態では、領域FおよびF’はそれぞれ、少なくとも1つのLNAヌクレオシドを含む。
【0218】
すべての場合において、F-G-F’設計は、「オリゴヌクレオチドの領域D’またはD’’」の「定義」セクションで説明されているように、領域D’および/またはD’をさらに含み得る。いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、ギャップマー領域の5’または3’末端に、1、2または3のホスホジエステル結合ヌクレオシドユニット、例えば、DNAユニットを有する。
【0219】
オリゴヌクレオチド
本発明のいくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、以下のCMP-ID番号:
50_1;51_1;52_1;53_1;54_1;55_1;56_1;57_1;58_1;59_1;60_1;61_1;62_1;63_1;64_1;65_1;66_1;67_1;68_1;69_1;70_1;71_1;72_1;73_1;74_1;75_1;76_1;77_1;78_1;79_1;80_1;81_1;82_1;83_1;84_1;85_1;86_1;87_1;88_1;89_1;90_1;91_1;92_1;93_1;94_1;95_1;96_1;97_1;98_1;99_1;100_1;101_1;102_1;103_1;104_1;105_1;106_1;107_1;108_1;109_1;110_1;111_1;112_1;113_1;114_1;115_1;116_1;117_1;118_1;119_1;120_1;121_1;122_1;123_1;124_1;125_1;126_1;127_1;128_1;129_1;130_1;131_1;132_1;133_1;134_1;135_1;136_1;137_1;138_1;139_1;140_1;141_1;142_1;143_1;144_1;145_1;146_1;147_1;148_1;149_1;150_1;151_1;152_1;153_1;154_1;155_1;156_1;157_1;158_1;159_1;160_1;161_1;162_1;163_1;164_1;165_1;166_1;167_1;168_1;169_1;170_1;171_1;172_1;173_1;174_1;175_1;176_1;177_1;178_1;179_1;180_1;181_1;182_1;183_1;184_1;185_1;186_1;187_1;188_1;189_1;190_1;191_1;192_1;193_1;194_1;195_1;196_1;197_1;198_1;199_1;200_1;201_1;202_1;203_1;204_1;205_1;206_1;207_1;208_1;209_1;210_1;211_1;212_1;213_1;214_1;215_1;216_1;217_1;218_1;219_1;220_1;221_1;222_1;223_1;224_1;225_1;226_1;227_1;228_1;229_1;230_1;231_1;232_1;233_1;234_1;235_1;236_1;237_1;238_1;239_1;240_1;241_1;242_1;243_1;244_1;245_1;246_1;247_1;248_1;249_1;250_1;251_1;252_1;253_1;254_1;255_1;256_1;257_1;258_1;259_1;260_1;261_1;262_1;263_1;264_1;265_1;266_1;267_1;268_1;269_1;270_1;271_1;272_1;273_1;274_1;275_1;276_1;277_1;278_1;279_1;280_1;281_1;282_1;283_1;284_1;285_1;286_1;287_1;288_1;289_1;290_1;291_1;292_1;293_1;294_1;295_1;296_1;297_1;298_1;299_1;300_1;301_1;302_1;303_1;304_1;305_1;306_1;307_1;308_1;309_1;310_1;311_1;312_1;313_1;314_1;315_1;316_1;317_1;318_1;319_1;320_1;321_1;322_1;323_1;324_1;325_1;326_1;327_1;328_1;329_1;330_1;331_1;332_1;333_1;334_1;335_1;336_1;337_1;338_1;339_1;340_1;341_1;342_1;343_1;344_1;345_1;346_1;347_1;348_1;349_1;350_1;351_1;352_1;353_1;354_1;355_1;356_1;357_1;358_1;359_1;360_1;361_1;362_1;363_1;364_1;365_1;366_1;367_1;368_1;369_1;370_1;371_1;372_1;373_1;374_1;375_1;376_1;377_1;378_1;379_1;380_1;381_1;382_1;383_1;384_1;385_1;386_1;387_1;388_1;389_1;390_1;391_1;392_1;393_1;394_1;395_1;396_1;397_1;398_1;399_1;400_1;401_1;402_1;403_1;404_1;405_1;406_1;407_1;408_1;409_1;410_1;411_1;412_1;413_1;414_1;415_1;416_1;417_1;418_1;419_1;420_1;421_1;422_1;423_1;424_1;425_1;426_1;427_1;428_1;429_1;430_1;431_1;432_1;433_1;434_1;435_1;436_1;437_1;438_1;439_1;440_1;441_1;442_1;443_1;444_1;445_1;446_1;447_1;448_1;449_1;450_1;451_1;452_1;453_1;454_1;455_1;456_1;457_1;458_1;459_1;460_1;461_1;462_1;463_1;464_1;465_1;466_1;467_1;468_1;469_1;470_1;471_1;472_1;473_1;474_1;475_1;476_1;477_1;478_1;479_1;480_1;481_1;482_1;483_1;484_1;485_1;486_1;487_1;488_1;489_1;490_1;491_1;492_1;493_1;494_1;495_1;496_1;497_1;498_1;499_1;500_1;501_1;502_1;503_1;504_1;505_1;506_1;507_1;508_1;509_1;510_1;511_1;512_1;512_2;512_3;513_1;513_2;513_3;513_4;514_1;514_2;514_3;514_4;515_1;515_2;515_3;515_4;515_5;515_6;516_1;516_2;516_3;516_4;516_5;516_6;516_7;517_1;517_2;517_3;517_4;517_5;517_6;517_7;517_8;518_1;518_2;518_3;518_4;518_5;518_6;519_1;519_2;519_3;519_4;519_5;519_6;520_1;520_2;520_3;520_4;520_5;521_1;521_2;521_3;521_4;521_5;522_1;522_2;522_3;522_4;523_1;523_2;523_3;523_4;523_5;524_1;525_1;526_1;527_1;528_1;529_1;530_1;531_1;532_1;533_1;534_1;535_1;536_1;537_1;538_1;539_1;540_1;541_1;542_1;543_1;544_1;545_1;546_1;547_1;548_1;549_1;550_1;551_1;552_1;553_1;554_1;555_1;556_1;557_1;558_1;559_1;560_1;561_1;562_1;563_1;564_1;565_1;566_1;567_1;568_1;569_1;570_1;571_1;572_1;573_1;574_1;575_1;576_1;577_1;578_1;579_1;580_1;581_1;582_1;583_1;584_1;585_1;586_1;587_1;588_1;589_1;590_1;591_1;592_1;593_1;594_1;595_1;596_1;597_1;598_1;599_1;600_1;601_1;602_1;603_1;604_1;605_1;606_1;607_1;608_1;609_1;610_1;611_1;612_1;613_1;614_1;615_1;616_1;617_1;618_1;619_1;620_1;621_1;622_1;623_1;624_1;625_1;626_1;627_1;628_1;629_1;630_1;631_1;632_1;633_1;634_1;635_1;636_1;637_1;638_1;639_1;640_1;および641_1を有するオリゴヌクレオチド化合物の群から選択される。
【0220】
本発明のいくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、CMP-ID番号:642_1、643_1、644_1、645_1、646_1、647_1、648_1、649_1および650_1を有するオリゴヌクレオチド化合物の群から選択される。
【0221】
いくつかの実施形態では、本発明は、CMP-ID-番号:50_1~641_1からなる群から選択される化合物を提供する。
【0222】
いくつかの実施形態では、本発明は、CMP-ID-番号:642_1、643_1、644_1、645_1、646_1、647_1、648_1、649_1および650_1からなる群から選択される化合物を提供する。
【0223】
これらの化合物は、実施例セクションの最後にある化合物の表に記載されており、インビトロでジムノティック送達(gymnotic delivery)を通じてSCN9Aを阻害する、それらの能力について試験された。
【0224】
以下の化合物は、SCN9A発現を少なくとも40%阻害した。
51_1,59_1,127_1,161_1,67_1,106_1,72_1,124_1,163_1,99_1,125_1,110_1,65_1,94_1,64_1,57_1,136_1,158_1,159_1,356_1,197_1,132_1,83_1,76_1,130_1,135_1,77_1,186_1,105_1,445_1,325_1,265_1,200_1,288_1,346_1,86_1,281_1,339_1,256_1,289_1,414_1,286_1,241_1,82_1,475_1,91_1,50_1,97_1,322_1,148_1,443_1,251_1,451_1,179_1,466_1,357_1,109_1,472_1,471_1,376_1,413_1,270_1,379_1,416_1,311_1,411_1,368_1,333_1,347_1,152_1,89_1,380_1,390_1,429_1,63_1,90_1,415_1,199_1,503_1,476_1,92_1,268_1,371_1,302_1,485_1,205_1,274_1,122_1,419_1,470_1,498_1,156_1,478_1,393_1,312_1,287_1,96_1,226_1,71_1,137_1,365_1,58_1,370_1,280_1,385_1,442_1,134_1,463_1,140_1,440_1,230_1,310_1,479_1,363_1,340_1,495_1,467_1,444_1,418_1,338_1,335_1,496_1,196_1,317_1,341_1,406_1,330_1,173_1,377_1,474_1,482_1,282_1,266_1,73_1,257_1,342_1,190_1,492_1,87_1,188_1,456_1,372_1,417_1,404_1,239_1,206_1,433_1,486_1,175_1,461_1,56_1,408_1,334_1,504_1,453_1,222_1,410_1,104_1,460_1,439_1,255_1,489_1,203_1,398_1,171_1,407_1,172_1,412_1,321_1,305_1,328_1,120_1,434_1,449_1,350_1,487_1,146_1,420_1,426_1,352_1,150_1,316_1,353_1,469_1,306_1,384_1,155_1,450_1,279_1,267_1,337_1,184_1,459_1,360_1,75_1,468_1,180_1,245_1,387_1,345_1,98_1,435_1,295_1,369_1,218_1,182_1,448_1,300_1,481_1,427_1,207_1,367_1,240_1,231_1,364_1,355_1,431_1,497_1,397_1,465_1,271_1,502_1,151_1,178_1,499_1,421_1,131_1,309_1,491_1,261_1,121_1,128_1,84_1,304_1,264_1,493_1,185_1,237_1,139_1,441_1,169_1,160_1,102_1,296_1,164_1,362_1,500_1,および100_1。
【0225】
以下の化合物は、SCN9A発現を少なくとも50%阻害した。
51_1,59_1,127_1,161_1,67_1,106_1,72_1,124_1,163_1,99_1,125_1,110_1,65_1,94_1,64_1,57_1,136_1,158_1,159_1,356_1,197_1,132_1,83_1,76_1,130_1,135_1,77_1,186_1,105_1,445_1,325_1,265_1,200_1,288_1,346_1,86_1,281_1,339_1,256_1,289_1,414_1,286_1,241_1,82_1,475_1,91_1,50_1,97_1,322_1,148_1,443_1,251_1,451_1,179_1,466_1,357_1,109_1,472_1,471_1,376_1,413_1,270_1,379_1,416_1,311_1,411_1,368_1,333_1,347_1,152_1,89_1,380_1,390_1,429_1,63_1,90_1,415_1,199_1,503_1,476_1,92_1,268_1,371_1,302_1,485_1,205_1,274_1,122_1,419_1,470_1,498_1,156_1,478_1,393_1,312_1,287_1,96_1,226_1,71_1,137_1,365_1,58_1,370_1,280_1,385_1,442_1,134_1,463_1,140_1,440_1,230_1,310_1,479_1,363_1,340_1,495_1,467_1,444_1,418_1,338_1,335_1,496_1,196_1,317_1,341_1,406_1,330_1,173_1,377_1,474_1,482_1,282_1,266_1,73_1,257_1,342_1,190_1,492_1,87_1,188_1,456_1,372_1,417_1,404_1,239_1,206_1,433_1,486_1,175_1,461_1,56_1,408_1,334_1,504_1,453_1,222_1,410_1,104_1,460_1,439_1,255_1,489_1,203_1,398_1,171_1,407_1,172_1,412_1,321_1,305_1,328_1,120_1,434_1,449_1,350_1,487_1,146_1,420_1,426_1,352_1,150_1,316_1,353_1,469_1,306_1,384_1,155_1,450_1,279_1,267_1,337_1,184_1,459_1,360_1,75_1,468_1,180_1,245_1,387_1,345_1,98_1,435_1,295_1,369_1,218_1,182_1,448_1,300_1,481_1,427_1,207_1。
【0226】
以下の化合物は、SCN9A発現を少なくとも60%阻害した。
51_1,59_1,127_1,161_1,67_1,106_1,72_1,124_1,163_1,99_1,125_1,110_1,65_1,94_1,64_1,57_1,136_1,158_1,159_1,356_1,197_1,132_1,83_1,76_1,130_1,135_1,77_1,186_1,105_1,445_1,325_1,265_1,200_1,288_1,346_1,86_1,281_1,339_1,256_1,289_1,414_1,286_1,241_1,82_1,475_1,91_1,50_1,97_1,322_1,148_1,443_1,251_1,451_1,179_1,466_1,357_1,109_1,472_1,471_1,376_1,413_1,270_1,379_1,416_1,311_1,411_1,368_1,333_1,347_1,152_1,89_1,380_1,390_1,429_1,63_1,90_1,415_1,199_1,503_1,476_1,92_1,268_1,371_1,302_1,485_1,205_1,274_1,122_1,419_1,470_1,498_1,156_1,478_1,393_1,312_1,287_1,96_1,226_1,71_1,137_1,365_1,58_1,370_1,280_1,385_1,442_1,134_1,463_1,140_1,440_1,230_1,310_1,479_1,363_1,340_1,495_1,467_1,444_1,418_1,338_1,335_1,496_1,196_1,317_1,341_1,406_1,330_1,173_1,377_1,474_1,482_1,282_1,266_1,73_1,257_1,342_1,190_1,492_1,87_1,188_1,456_1,372_1,417_1,404_1,239_1,206_1,433_1,486_1,175_1,461_1,56_1,408_1,334_1,504_1,および453_1。
【0227】
以下の化合物は、SCN9A発現を少なくとも70%阻害した。
51_1,59_1,127_1,161_1,67_1,106_1,72_1,124_1,163_1,99_1,125_1,110_1,65_1,94_1,64_1,57_1,136_1,158_1,159_1,356_1,197_1,132_1,83_1,76_1,130_1,135_1,77_1,186_1,105_1,445_1,325_1,265_1,200_1,288_1,346_1,86_1,281_1,339_1,256_1,289_1,414_1,286_1,241_1,82_1,475_1,91_1,50_1,97_1,322_1,148_1,443_1,251_1,451_1,179_1,466_1,357_1,109_1,472_1,471_1,376_1,413_1,270_1,379_1,416_1,311_1,411_1,368_1,333_1,347_1,152_1,89_1,380_1,390_1,429_1,63_1,90_1,415_1,199_1,503_1,476_1,92_1,268_1,371_1,302_1,485_1,205_1,274_1。
【0228】
以下の化合物は、SCN9A発現を少なくとも80%阻害した。
51_1,59_1,127_1,161_1,67_1,106_1,72_1,124_1,163_1,99_1,125_1,110_1,65_1,94_1,64_1,57_1,136_1,158_1,159_1,356_1,197_1,132_1,83_1,76_1,130_1,135_1,77_1,186_1,105_1,445_1,および325_1。
【0229】
以下の化合物は、SCN9A発現を少なくとも90%阻害した。
51_1,59_1,127_1,161_1,67_1,106_1,72_1,124_1,163_1,99_1,125_1,および110_1。
【0230】
化合物IDで識別される化合物において、大文字はβ-D-オキシLNAヌクレオシドであり、小文字はDNAヌクレオシドであり、すべてのLNA Cは5-メチルシトシンであり、すべてのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【0231】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号50;51;52;53;54;55;56;57;58;59;60;61;62;63;64;65;66;67;68;69;70;71;72;73;74;75;76;77;78;79;80;81;82;83;84;85;86;87;88;89;90;91;92;93;94;95;96;97;98;99;100;101;102;103;104;105;106;107;108;109;110;111;112;113;114;115;116;117;118;119;120;121;122;123;124;125;126;127;128;129;130;131;132;133;134;135;136;137;138;139;140;141;142;143;144;145;146;147;148;149;150;151;152;153;154;155;156;157;158;159;160;161;162;163;164;165;166;167;168;169;170;171;172;173;174;175;176;177;178;179;180;181;182;183;184;185;186;187;188;189;190;191;192;193;194;195;196;197;198;199;200;201;202;203;204;205;206;207;208;209;210;211;212;213;214;215;216;217;218;219;220;221;222;223;224;225;226;227;228;229;230;231;232;233;234;235;236;237;238;239;240;241;242;243;244;245;246;247;248;249;250;251;252;253;254;255;256;257;258;259;260;261;262;263;264;265;266;267;268;269;270;271;272;273;274;275;276;277;278;279;280;281;282;283;284;285;286;287;288;289;290;291;292;293;294;295;296;297;298;299;300;301;302;303;304;305;306;307;308;309;310;311;312;313;314;315;316;317;318;319;320;321;322;323;324;325;326;327;328;329;330;331;332;333;334;335;336;337;338;339;340;341;342;343;344;345;346;347;348;349;350;351;352;353;354;355;356;357;358;359;360;361;362;363;364;365;366;367;368;369;370;371;372;373;374;375;376;377;378;379;380;381;382;383;384;385;386;387;388;389;390;391;392;393;394;395;396;397;398;399;400;401;402;403;404;405;406;407;408;409;410;411;412;413;414;415;416;417;418;419;420;421;422;423;424;425;426;427;428;429;430;431;432;433;434;435;436;437;438;439;440;441;442;443;444;445;446;447;448;449;450;451;452;453;454;455;456;457;458;459;460;461;462;463;464;465;466;467;468;469;470;471;472;473;474;475;476;477;478;479;480;481;482;483;484;485;486;487;488;489;490;491;492;493;494;495;496;497;498;499;500;501;502;503;504;505;506;507;508;509;510;511;512;513;514;515;516;517;518;519;520;521;522;523;524;525;526;527;528;529;530;531;532;533;534;535;536;537;538;539;540;541;542;543;544;545;546;547;548;549;550;551;552;553;554;555;556;557;558;559;560;561;562;563;564;565;566;567;568;569;570;571;572;573;574;575;576;577;578;579;580;581;582;583;584;585;586;587;588;589;590;591;592;593;594;595;596;597;598;599;600;601;602;603;604;605;606;607;608;609;610;611;612;613;614;615;616;617;618;619;620;621;622;623;624;625;626;627;628;629;630;631;632;633;634;635;636;637;638;639;640;および641からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0232】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号642、643、644、645、646、647、648、649および650からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0233】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号51、59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,274,122,419,470,498,156,478,393,312,287,96,226,71,137,365,58,370,280,385,442,134,463,140,440,230,310,479,363,340,495,467,444,418,338,335,496,196,317,341,406,330,173,377,474,482,282,266,73,257,342,190,492,87,188,456,372,417,404,239,206,433,486,175,461,56,408,334,504,453,222,410,104,460,439,255,489,203,398,171,407,172,412,321,305,328,120,434,449,350,487,146,420,426,352,150,316,353,469,306,384,155,450,279,267,337,184,459,360,75,468,180,245,387,345,98,435,295,369,218,182,448,300,481,427,207,367,240,231,364,355,431,497,397,465,271,502,151,178,499,421,131,309,491,261,121,128,84,304,264,493,185,237,139,441,169,160,102,296,164,362,500,および100からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0234】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号51、59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,274,122,419,470,498,156,478,393,312,287,96,226,71,137,365,58,370,280,385,442,134,463,140,440,230,310,479,363,340,495,467,444,418,338,335,496,196,317,341,406,330,173,377,474,482,282,266,73,257,342,190,492,87,188,456,372,417,404,239,206,433,486,175,461,56,408,334,504,453,222,410,104,460,439,255,489,203,398,171,407,172,412,321,305,328,120,434,449,350,487,146,420,426,352,150,316,353,469,306,384,155,450,279,267,337,184,459,360,75,468,180,245,387,345,98,435,295,369,218,182,448,300,481,427,および207からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0235】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、51、59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,274,122,419,470,498,156,478,393,312,287,96,226,71,137,365,58,370,280,385,442,134,463,140,440,230,310,479,363,340,495,467,444,418,338,335,496,196,317,341,406,330,173,377,474,482,282,266,73,257,342,190,492,87,188,456,372,417,404,239,206,433,486,175,461,56,408,334,504,および453からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0236】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号51,59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,および274からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0237】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号51、59、127、161、67、106、72、124、163、99、125、110、65、94、64、57、136、158、159、356、197、132、83、76、130、135、77、186、105、445、および325からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0238】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号512~641からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0239】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号512~641からなる群から選択される配列の、少なくとも13または少なくとも14の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0240】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、配列番号512~641からなる群から選択される連続ヌクレオチド配列を含む。
【0241】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、選択される配列の少なくとも14の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0242】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、選択される配列の少なくとも15の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む。
【0243】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、選択される配列を含むかまたはそれからなる連続ヌクレオチド配列を含む。
【0244】
製造方法
さらなる態様では、本発明は、ヌクレオチド単位を反応させ、それによってオリゴヌクレオチドに構成される共有結合された連続ヌクレオチド単位を形成することを含む、本発明のオリゴヌクレオチドを製造する方法を提供する。好ましくは、この方法は、ホスホラミダイト化学を使用する(例えば、Caruthers et al,1987,Methods in Enzymology vol.154,pages 287-313を参照のこと)。さらなる実施形態では、この方法は、連続ヌクレオチド配列を結合(conjugating)部分(リガンド)と反応させて、コンジュゲート部分をオリゴヌクレオチドに共有結合させることをさらに含む。さらなる態様では、本発明のオリゴヌクレオチドまたは結合オリゴヌクレオチドを医薬的に許容される希釈剤、溶媒、担体、塩および/またはアジュバントと混合することを含む、本発明の組成物を製造する方法が提供される。
【0245】
医薬塩
本発明による化合物は、それらの医薬的に許容される塩の形態で存在し得る。「医薬的に許容される塩」という用語は、本発明の化合物の生物学的有効性および特性を保持し、適切な非毒性の有機もしくは無機酸または有機もしくは無機塩基から形成される従来の酸付加塩または塩基付加塩を指す。酸付加塩には、例えば、塩酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、硫酸、スルファミン酸、リン酸および硝酸などの無機酸に由来するもの、ならびにp-トルエンスルホン酸、サリチル酸、メタンスルホン酸、シュウ酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、乳酸、フマル酸などの有機酸に由来するものが含まれる。塩基付加塩には、アンモニウム、カリウム、ナトリウム、および第四級アンモニウム水酸化物、例えばテトラメチルアンモニウム水酸化物から誘導されるものが含まれる。医薬化合物の塩への化学修飾は、化合物の物理的および化学的安定性、吸湿性、流動性、および溶解性を向上させるために、薬剤師によく知られている手法である。これは例えば、Bastin,Organic Process Research&Development 2000,4,427-435またはAnsel,In:Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems,6th ed.(1995),pp.196および1456-1457に記載されている。例えば、本明細書で提供される化合物の医薬的に許容される塩は、ナトリウム塩であり得る。
【0246】
さらなる態様では、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはそのコンジュゲートの医薬的に許容される塩を提供する。好ましい実施形態では、医薬的に許容される塩は、ナトリウムまたはカリウム塩である。
【0247】
医薬組成物
さらなる態様では、本発明は、前述のオリゴヌクレオチドおよび/またはオリゴヌクレオチドコンジュゲートまたはその塩のいずれかと、医薬的に許容される希釈剤、担体、塩および/またはアジュバントとを含む医薬組成物を提供する。医薬的に許容される希釈剤には、リン酸緩衝生理食塩水(PBS)が含まれ、医薬的に許容される塩には、ナトリウム塩およびカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、医薬的に許容される希釈剤は、滅菌リン酸緩衝生理食塩水または滅菌炭酸ナトリウム緩衝液である。
【0248】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、医薬的に許容される希釈剤中の溶液、例えばPBSまたは炭酸ナトリウム緩衝液に溶解された形態である。オリゴヌクレオチドは、溶液中に予め配合されても、またはいくつかの実施形態では、医薬的に許容される希釈剤に投与前に溶解され得る乾燥粉末(例えば、凍結乾燥粉末)の形態であってもよい。適切には、例えば、オリゴヌクレオチドは、0.1~100mg/ml、例えば、1~10mg/の濃度で医薬的に許容される希釈剤に溶解され得る。
【0249】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドは、0.5~100mg、例えば1mg~50mg、または2~25mgの単位用量で処方される。
【0250】
本発明のオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドコンジュゲートは、医薬組成物または製剤の調製のために、医薬的に許容される活性または不活性物質と混合されてもよい。医薬組成物の調製のための組成物および方法は、限定されるものではないが、投与経路、疾患の程度、または投与される用量を含む多くの基準に依存する。
【0251】
溶液などの医薬組成物は、従来の滅菌技術によって滅菌されても、または滅菌フィルタにかけられてもよい。得られた溶液は、そのまま使用するために包装するか、または凍結乾燥することができ、凍結乾燥された調製物は、投与前に滅菌水性担体と組み合わされる。調製物のpHは、典型的には3~11、より好ましくは5~9または6~8、最も好ましくは7~8、例えば7~7.5であろう。得られた固体形態の組成物は、錠剤またはカプセルの密封パッケージなどのように、各々が上記の薬剤または薬剤群の固定量を含む複数の単回用量単位で包装することができる。固体形態の組成物はまた、局所適用可能なクリームまたは軟膏用に設計された絞り出し可能なチューブなど、量に柔軟性のある容器に包装することもできる。
【0252】
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドコンジュゲートはプロドラッグである。特にオリゴヌクレオチドコンジュゲートに関して、プロドラッグが作用部位、例えば標的細胞に送達されると、コンジュゲート部分はオリゴヌクレオチドから切断される。
【0253】
用途
本発明のオリゴヌクレオチドは、例えば、診断、治療および予防のための研究試薬として利用され得る。
【0254】
研究では、そのようなオリゴヌクレオチドを使用して、細胞(例えば、インビトロ細胞培養)および実験動物におけるNa1.7、またはいくつかの態様ではNa1.8タンパク質の合成を特異的に調節し、それにより標的の機能分析、または治療的介入用標的としての有用性の評価を容易にすることができる。典型的には、標的調節は、タンパク質を生成するmRNAを分解または阻害し、それによりタンパク質形成を防止することによって、またはタンパク質を生成する遺伝子もしくはmRNAのモジュレーターを分解もしくは阻害することによって達成される。
【0255】
本発明のオリゴヌクレオチドを研究または診断に使用する場合、標的核酸は、DNAまたはRNAに由来するcDNAまたは合成核酸であり得る。
【0256】
本発明は、SCN9Aを発現している標的細胞におけるSCN9A発現を調節するためのインビボまたはインビトロ方法を提供し、前記方法は、本発明のオリゴヌクレオチドを前記細胞に有効量で投与することを含む。
【0257】
いくつかの実施形態では、標的細胞は、哺乳動物細胞、特にヒト細胞である。標的細胞は、インビトロ細胞培養物または哺乳動物の組織の一部を形成するインビボ細胞であってよい。好ましい実施形態では、標的細胞は、後根神経節などの末梢神経系に存在する。
【0258】
診断では、オリゴヌクレオチドを使用して、ノーザンブロッティング、in-situハイブリダイゼーションまたは同様の技術により、細胞および組織におけるSCN9A発現を検出および定量することができる。
【0259】
治療への応用
本発明のオリゴヌクレオチド、または本発明のコンジュゲート、塩もしくは医薬組成物は、慢性疼痛、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、自発性疼痛、または侵害受容性疼痛などの疼痛の予防または治療のために、動物またはヒトに投与することができる。本発明のオリゴヌクレオチド、または本発明のコンジュゲート、塩もしくは医薬組成物は、局所鎮痛剤として使用してもよい。
【0260】
本発明のオリゴヌクレオチド、または本発明のコンジュゲート、塩もしくは医薬組成物によって治療され得る疼痛は、末梢神経系における疼痛シグナルを伴う疼痛であり得る。重要な末梢成分に関連する、疼痛を伴う適応症には、例えば、糖尿病性神経障害、癌、脳神経痛、帯状疱疹後神経痛、および術後神経痛が含まれる。
【0261】
本発明のオリゴヌクレオチド、コンジュゲート、組成物または塩を使用して予防、治療または改善することができる疼痛は、例えば、遺伝性肢端紅痛症(EIM)、発作性激痛症(PEPD)、三叉神経痛、神経障害性疼痛(neurophathic pain)、慢性疼痛、侵害受容性の一般的治療(例えば、神経の減圧)、神経障害性疼痛(例えば、糖尿病性神経障害)、内臓痛、または混合性疼痛に関連する疼痛からなる群から選択され得る。
【0262】
本発明は、慢性疼痛、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、自発性疼痛、または侵害受容性疼痛などの疼痛の予防または治療に使用するための、本発明のオリゴヌクレオチド、コンジュゲート、組成物または塩を提供する。
【0263】
本発明はさらに、慢性疼痛、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、自発性疼痛、または侵害受容性疼痛などの疼痛の治療または予防用の薬剤を製造するための、本発明のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたは医薬組成物の使用に関する。
【0264】
本発明は、局所鎮痛剤として使用するための、本発明のオリゴヌクレオチド、コンジュゲート、組成物または塩を提供する。
【0265】
本発明は、局所鎮痛薬の製造のための、本発明のオリゴヌクレオチド、コンジュゲート、組成物または塩の使用を提供する。
【0266】
本発明は、遺伝性肢端紅痛症(EIM)、発作性激痛症(PEPD)、三叉神経痛、神経障害性疼痛(neurophathic pain)、慢性疼痛、侵害受容性の一般的な治療(例えば、神経の減圧)、神経障害性疼痛(例えば、糖尿病性神経障害)、内臓痛、または混合性疼痛関連する疼痛の予防または治療に使用するための、本発明のオリゴヌクレオチド、コンジュゲート、組成物または塩を提供する。
【0267】
本発明はさらに、遺伝性肢端紅痛症(EIM)、発作性激痛症(PEPD)、三叉神経痛、神経障害性疼痛(neurophathic pain)、慢性疼痛、侵害受容性の一般的な治療(例えば、神経の減圧)、神経障害性疼痛(例えば、糖尿病性神経障害)、内臓痛、または混合性疼痛に関連する疼痛の治療または予防用薬剤の製造のための、本発明のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたは医薬組成物の使用に関する。
【0268】
治療方法
本発明は、疼痛を患っているまたは罹患する可能性が高いヒトなどの対象の疼痛を治療または予防するための方法を提供し、方法は、治療的または予防的に有効な量の本発明のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたは医薬組成物を、慢性疼痛、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、自発性疼痛、または侵害受容性疼痛などの疼痛を患っている、または罹患しやすい対象に投与することを含む。
【0269】
例として、糖尿病性神経障害、癌、脳神経痛、帯状疱疹後神経痛および術後神経痛からなる群から選択される適応症を患う対象の治療方法であり得る。
【0270】
本発明の方法は、遺伝性肢端紅痛症(EIM)、発作性激痛症(PEPD)、三叉神経痛、神経障害性疼痛(neurophathic pain)、慢性疼痛、侵害受容性一般的治療(例えば、減圧)、神経障害性疼痛(例えば糖尿病性神経障害)、内臓痛、または混合性疼痛に関連する疼痛などの疼痛を治療および緩和するための方法であり得る。
【0271】
本発明の方法は、Na1.7、またはいくつかの態様ではNa1.7およびNa1.8によって媒介される疼痛に対する治療または予防のために、好ましく使用される。
【0272】
投与
本発明のオリゴヌクレオチドまたは医薬組成物は、非経口投与によって投与することができる。
【0273】
いくつかの実施形態では、投与経路は、皮下または静脈内である。
【0274】
いくつかの実施形態では、投与経路は、静脈内、皮下、筋肉内、脳内、硬膜外、脳室内、眼内、髄腔内投与、または経椎間孔投与からなる群から選択される。
【0275】
いくつかの有利な実施形態では、投与は、髄腔内投与、または硬膜外投与または経椎間孔投与による。
【0276】
有利には、本発明のオリゴヌクレオチドまたは医薬組成物は、髄腔内に投与される。
【0277】
本発明はまた、疼痛を予防または治療するための、髄腔内投与用の剤形である薬剤の製造のための、本発明のオリゴヌクレオチドまたはそのコンジュゲート、例えば本発明の医薬塩もしくは組成物などの使用を提供する。
【0278】
本発明はまた、疼痛の予防または治療のための、髄腔内投与用の剤形である薬剤を製造するための、記載された本発明のオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドコンジュゲートの使用を提供する。
【0279】
本発明はまた、本発明のオリゴヌクレオチド、または本発明の医薬塩もしくは組成物など、そのコンジュゲートを、髄腔内投与用の剤形である、疼痛の予防または治療のための薬剤として使用するために提供する。
【0280】
本発明はまた、髄腔内投与用の剤形である、疼痛の予防または治療のための薬剤として使用するための、本発明のオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドコンジュゲートを提供する。
【0281】
併用療法
いくつかの実施形態では、本発明のオリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオチドコンジュゲートまたは医薬組成物は、別の治療剤との併用治療で使用するためのものである。治療剤は、例えば、上記の疾患または障害の標準的な治療であり得る。いくつかの実施形態では、本発明の化合物は、本発明の化合物または組成物の投与と同時にまたは独立して投与され得る小分子鎮痛薬と組み合わせて使用される。本発明の化合物と小分子鎮痛薬との併用療法の利点は、小分子鎮痛薬は、鎮痛活性を急速に開始し、典型的には作用の持続期間が短い(数時間~数日)のに対し、本発明の化合物は、作用の開始は遅いが(典型的に数日または1週間以上)、作用の持続期間が長い(数週間~数か月、例えば2か月以上、3か月以上、または4か月以上)ことである。
【0282】
実施形態-以下は、本発明の例示的な実施形態のリストである。
【0283】
1.配列番号1に対して少なくとも90%の相補性、例えば100%の相補性を有する10~30ヌクレオチド長の連続ヌクレオチド配列を含む、10~30ヌクレオチド長のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0284】
2.連続ヌクレオチド配列が、標的配列リスト1に示される配列からなる群から選択される配列番号1の領域に少なくとも90%相補的、例えば100%相補的である、実施形態2のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0285】
3.連続ヌクレオチド配列が、標的配列リスト2に示される配列からなる群から選択される配列番号1の領域に少なくとも90%相補的、例えば100%相補的である、実施形態1または2のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0286】
4.連続ヌクレオチド配列が、標的配列リスト3からなる群から選択される配列番号1の領域に少なくとも90%相補的、例えば100%相補的である、実施形態1~3のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0287】
5.連続ヌクレオチド配列が、標的リスト4からなる群から選択される配列番号1の領域に少なくとも90%相補的、例えば100%相補的である、実施形態1~4のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0288】
6.連続ヌクレオチド配列が、配列番号17~49からなる群から選択される配列中に存在する少なくとも10の連続ヌクレオチドに100%相補的である配列を含む、実施形態1~5のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0289】
7.連続ヌクレオチド配列が、配列番号17~49からなる群から選択される配列中に存在する少なくとも12の連続ヌクレオチドに100%相補的である配列を含む、実施形態1~5のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0290】
8.連続ヌクレオチド配列が、配列番号17~49からなる群から選択される配列に存在する少なくとも14の連続ヌクレオチドに100%相補的である配列を含む、実施形態1~6のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0291】
9.連続ヌクレオチド配列が、配列番号17~49からなる群から選択される配列に100%相補的である、実施形態1~7のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0292】
10.連続ヌクレオチド配列が、配列番号50~641または642~650からなる群から選択される配列に存在する少なくとも10の連続ヌクレオチドを含む、実施形態1~9のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0293】
11.連続ヌクレオチド配列が、配列番号50~641または642~650からなる群から選択される配列に存在する少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む、実施形態1~9のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0294】
12.連続ヌクレオチド配列が、配列番号50~641または642~650からなる群から選択される配列に存在する少なくとも14の連続ヌクレオチドを含む、実施形態1~9のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0295】
13.連続ヌクレオチド配列が、配列番号50~641または642~650からなる群から選択される配列である、実施形態1~9のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0296】
14.連続ヌクレオチド配列中の1つ以上のヌクレオシドが、2’糖修飾ヌクレオシドである、実施形態1~13のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0297】
15.1つ以上の2’糖修飾ヌクレオシドが、2’-O-アルキル-RNA、2’-O-メチル-RNA、2’-アルコキシ-RNA、2’-O-メトキシエチル-RNA、2’-アミノ-DNA、2’-フルオロ-DNA、アラビノ核酸(ANA)、2’-フルオロ-ANAおよびLNAヌクレオシドからなる群から独立して選択される、実施形態14のオリゴヌクレオチド。
【0298】
16.アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列が、1つ以上のLNAヌクレオシドを含む、実施形態1~15のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0299】
17.連続ヌクレオチド配列中の少なくとも1つのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1~16のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0300】
18.連続ヌクレオチド配列内のすべてのヌクレオシド間結合が、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態1~17のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0301】
19.オリゴヌクレオチドが、ヒトRNaseH1などのRNaseHを動員することができる、実施形態1~18のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0302】
20.アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその連続ヌクレオチド配列が、式5’-F-G-F’-3’のギャップマーなどのギャップマーからなるか、またはそれを含み、式中、領域Gは、RNaseHを動員することができるヌクレオチドの連続配列を含む領域であり、領域FおよびF’はそれぞれ、少なくとも1つの2’糖修飾ヌクレオシドを含む、実施形態1~19のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0303】
21.領域Gが、6~16のDNAヌクレオシドを含み、領域FおよびF’の少なくとも1つが、少なくとも1つのLNAヌクレオシドを含むか、または領域FおよびF’の両方が、少なくとも1つのLNAヌクレオシドを含む、実施形態20に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0304】
22.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、以下のCMP ID:
50_1;51_1;52_1;53_1;54_1;55_1;56_1;57_1;58_1;59_1;60_1;61_1;62_1;63_1;64_1;65_1;66_1;67_1;68_1;69_1;70_1;71_1;72_1;73_1;74_1;75_1;76_1;77_1;78_1;79_1;80_1;81_1;82_1;83_1;84_1;85_1;86_1;87_1;88_1;89_1;90_1;91_1;92_1;93_1;94_1;95_1;96_1;97_1;98_1;99_1;100_1;101_1;102_1;103_1;104_1;105_1;106_1;107_1;108_1;109_1;110_1;111_1;112_1;113_1;114_1;115_1;116_1;117_1;118_1;119_1;120_1;121_1;122_1;123_1;124_1;125_1;126_1;127_1;128_1;129_1;130_1;131_1;132_1;133_1;134_1;135_1;136_1;137_1;138_1;139_1;140_1;141_1;142_1;143_1;144_1;145_1;146_1;147_1;148_1;149_1;150_1;151_1;152_1;153_1;154_1;155_1;156_1;157_1;158_1;159_1;160_1;161_1;162_1;163_1;164_1;165_1;166_1;167_1;168_1;169_1;170_1;171_1;172_1;173_1;174_1;175_1;176_1;177_1;178_1;179_1;180_1;181_1;182_1;183_1;184_1;185_1;186_1;187_1;188_1;189_1;190_1;191_1;192_1;193_1;194_1;195_1;196_1;197_1;198_1;199_1;200_1;201_1;202_1;203_1;204_1;205_1;206_1;207_1;208_1;209_1;210_1;211_1;212_1;213_1;214_1;215_1;216_1;217_1;218_1;219_1;220_1;221_1;222_1;223_1;224_1;225_1;226_1;227_1;228_1;229_1;230_1;231_1;232_1;233_1;234_1;235_1;236_1;237_1;238_1;239_1;240_1;241_1;242_1;243_1;244_1;245_1;246_1;247_1;248_1;249_1;250_1;251_1;252_1;253_1;254_1;255_1;256_1;257_1;258_1;259_1;260_1;261_1;262_1;263_1;264_1;265_1;266_1;267_1;268_1;269_1;270_1;271_1;272_1;273_1;274_1;275_1;276_1;277_1;278_1;279_1;280_1;281_1;282_1;283_1;284_1;285_1;286_1;287_1;288_1;289_1;290_1;291_1;292_1;293_1;294_1;295_1;296_1;297_1;298_1;299_1;300_1;301_1;302_1;303_1;304_1;305_1;306_1;307_1;308_1;309_1;310_1;311_1;312_1;313_1;314_1;315_1;316_1;317_1;318_1;319_1;320_1;321_1;322_1;323_1;324_1;325_1;326_1;327_1;328_1;329_1;330_1;331_1;332_1;333_1;334_1;335_1;336_1;337_1;338_1;339_1;340_1;341_1;342_1;343_1;344_1;345_1;346_1;347_1;348_1;349_1;350_1;351_1;352_1;353_1;354_1;355_1;356_1;357_1;358_1;359_1;360_1;361_1;362_1;363_1;364_1;365_1;366_1;367_1;368_1;369_1;370_1;371_1;372_1;373_1;374_1;375_1;376_1;377_1;378_1;379_1;380_1;381_1;382_1;383_1;384_1;385_1;386_1;387_1;388_1;389_1;390_1;391_1;392_1;393_1;394_1;395_1;396_1;397_1;398_1;399_1;400_1;401_1;402_1;403_1;404_1;405_1;406_1;407_1;408_1;409_1;410_1;411_1;412_1;413_1;414_1;415_1;416_1;417_1;418_1;419_1;420_1;421_1;422_1;423_1;424_1;425_1;426_1;427_1;428_1;429_1;430_1;431_1;432_1;433_1;434_1;435_1;436_1;437_1;438_1;439_1;440_1;441_1;442_1;443_1;444_1;445_1;446_1;447_1;448_1;449_1;450_1;451_1;452_1;453_1;454_1;455_1;456_1;457_1;458_1;459_1;460_1;461_1;462_1;463_1;464_1;465_1;466_1;467_1;468_1;469_1;470_1;471_1;472_1;473_1;474_1;475_1;476_1;477_1;478_1;479_1;480_1;481_1;482_1;483_1;484_1;485_1;486_1;487_1;488_1;489_1;490_1;491_1;492_1;493_1;494_1;495_1;496_1;497_1;498_1;499_1;500_1;501_1;502_1;503_1;504_1;505_1;506_1;507_1;508_1;509_1;510_1;511_1;512_1;512_2;512_3;513_1;513_2;513_3;513_4;514_1;514_2;514_3;514_4;515_1;515_2;515_3;515_4;515_5;515_6;516_1;516_2;516_3;516_4;516_5;516_6;516_7;517_1;517_2;517_3;517_4;517_5;517_6;517_7;517_8;518_1;518_2;518_3;518_4;518_5;518_6;519_1;519_2;519_3;519_4;519_5;519_6;520_1;520_2;520_3;520_4;520_5;521_1;521_2;521_3;521_4;521_5;522_1;522_2;522_3;522_4;523_1;523_2;523_3;523_4;523_5;524_1;525_1;526_1;527_1;528_1;529_1;530_1;531_1;532_1;533_1;534_1;535_1;536_1;537_1;538_1;539_1;540_1;541_1;542_1;543_1;544_1;545_1;546_1;547_1;548_1;549_1;550_1;551_1;552_1;553_1;554_1;555_1;556_1;557_1;558_1;559_1;560_1;561_1;562_1;563_1;564_1;565_1;566_1;567_1;568_1;569_1;570_1;571_1;572_1;573_1;574_1;575_1;576_1;577_1;578_1;579_1;580_1;581_1;582_1;583_1;584_1;585_1;586_1;587_1;588_1;589_1;590_1;591_1;592_1;593_1;594_1;595_1;596_1;597_1;598_1;599_1;600_1;601_1;602_1;603_1;604_1;605_1;606_1;607_1;608_1;609_1;610_1;611_1;612_1;613_1;614_1;615_1;616_1;617_1;618_1;619_1;620_1;621_1;622_1;623_1;624_1;625_1;626_1;627_1;628_1;629_1;630_1;631_1;632_1;633_1;634_1;635_1;636_1;637_1;638_1;639_1;640_1;および641_1からなる群から選択されるか;または 642_1;643_1;644_1;645_1;646_1;647_1;648_1;649_1;650_1からなる群から選択される化合物である、実施形態1~21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0305】
23.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、51,59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,274,122,419,470,498,156,478,393,312,287,96,226,71,137,365,58,370,280,385,442,134,463,140,440,230,310,479,363,340,495,467,444,418,338,335,496,196,317,341,406,330,173,377,474,482,282,266,73,257,342,190,492,87,188,456,372,417,404,239,206,433,486,175,461,56,408,334,504,453,222,410,104,460,439,255,489,203,398,171,407,172,412,321,305,328,120,434,449,350,487,146,420,426,352,150,316,353,469,306,384,155,450,279,267,337,184,459,360,75,468,180,245,387,345,98,435,295,369,218,182,448,300,481,427,207,367,240,231,364,355,431,497,397,465,271,502,151,178,499,421,131,309,491,261,121,128,84,304,264,493,185,237,139,441,169,160,102,296,164,362,500,および100からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む、実施形態1~21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0306】
24.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、51、59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,274,122,419,470,498,156,478,393,312,287,96,226,71,137,365,58,370,280,385,442,134,463,140,440,230,310,479,363,340,495,467,444,418,338,335,496,196,317,341,406,330,173,377,474,482,282,266,73,257,342,190,492,87,188,456,372,417,404,239,206,433,486,175,461,56,408,334,504,453,222,410,104,460,439,255,489,203,398,171,407,172,412,321,305,328,120,434,449,350,487,146,420,426,352,150,316,353,469,306,384,155,450,279,267,337,184,459,360,75,468,180,245,387,345,98,435,295,369,218,182,448,300,481,427,および207からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む、実施形態1~21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0307】
25.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、51、59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,274,122,419,470,498,156,478,393,312,287,96,226,71,137,365,58,370,280,385,442,134,463,140,440,230,310,479,363,340,495,467,444,418,338,335,496,196,317,341,406,330,173,377,474,482,282,266,73,257,342,190,492,87,188,456,372,417,404,239,206,433,486,175,461,56,408,334,504,および453からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む、実施形態1~21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0308】
26.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、51、59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,325,265,200,288,346,86,281,339,256,289,414,286,241,82,475,91,50,97,322,148,443,251,451,179,466,357,109,472,471,376,413,270,379,416,311,411,368,333,347,152,89,380,390,429,63,90,415,199,503,476,92,268,371,302,485,205,および274からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む、実施形態1~21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0309】
27.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、51、59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,110,65,94,64,57,136,158,159,356,197,132,83,76,130,135,77,186,105,445,and 325,such as a compound selected from the group consisting of 51,59,127,161,67,106,72,124,163,99,125,および110からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む、実施形態1~21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0310】
28.アンチセンスオリゴヌクレオチドが、配列番号512~641からなる群から選択される化合物からなる群から選択される配列の、少なくとも10または少なくとも12の連続ヌクレオチドを含む連続ヌクレオチド配列を含む、実施形態1~21のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0311】
29.アンチセンスオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列が、選択された配列の少なくとも14の連続ヌクレオチドを含むか、または選択された配列からなる、実施形態23~28のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチド。
【0312】
30.実施形態1~29のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドと、前記オリゴヌクレオチドに共有結合した、少なくとも1つのコンジュゲート部分とを含むコンジュゲート。
【0313】
31.実施形態1~29のいずれか1つに記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドの、または実施形態30に記載のコンジュゲートの医薬的に許容される塩。
【0314】
32.実施形態1~29のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたは実施形態30のコンジュゲートと、医薬的に許容される希釈剤、溶媒、担体、塩および/またはアジュバントとを含む医薬組成物。
【0315】
33.SCN9Aを発現している標的細胞におけるSCN9A発現を調節するための、インビボまたはインビトロの方法であって、前記方法は、実施形態1~29のいずれか1つのアンチセンスオリゴヌクレオチド、または実施形態30のコンジュゲート、または実施形態31もしくは32の医薬塩もしくは組成物を前記細胞に有効量で投与することを含む。
【0316】
34.疼痛を患っている、または罹患する可能性があるヒトなどの対象の疼痛を治療または予防するための方法であって、治療的または予防的に有効な量の実施形態1~29のいずれか1つのアンチセンスオリゴヌクレオチド、または実施形態30のコンジュゲート、または実施形態31もしくは32の医薬塩もしくは組成物を、疼痛を予防または緩和するように投与することを含む方法。
【0317】
35.実施形態34の方法であって、疼痛が、
i)慢性疼痛、神経障害性疼痛、炎症性疼痛、自発性疼痛もしくは侵害受容性疼痛、または
ii)糖尿病性神経障害、癌、脳神経痛、帯状疱疹後神経痛および術後神経痛からなる群から選択される障害によって引き起こされる、もしくはそれに関連する疼痛、または
iii)遺伝性肢端紅痛症(EIM)もしくは発作性激痛症(PEPD)もしくは三叉神経痛によって引き起こされる、もしくはそれに関連する疼痛、または
iv)神経障害による疼痛(neurophathic pain)、慢性疼痛、侵害受容性疼痛一般的な治療(例えば、神経の減圧)、もしくは神経障害性疼痛(例えば、糖尿病性神経障害)、内臓痛、もしくは混合性疼痛のいずれかである方法。
【0318】
36.医療薬で使用するための、実施形態1~29のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、または実施形態30によるコンジュゲート、または実施形態31もしくは32の医薬塩もしくは組成物。
【0319】
37.実施形態35のパートI)、ii)、iii)またはiv)に定義される疼痛などの疼痛の治療または予防または緩和に使用するための、実施形態1~29のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、または実施形態30によるコンジュゲート、または実施形態31もしくは32の医薬塩もしくは組成物。
【0320】
38.実施形態35のパートI)、ii)、iii)またはiv)に定義される疼痛などの疼痛の治療、予防または緩和用の薬剤を調製するための、実施形態1~29のいずれか1つのオリゴヌクレオチド、または実施形態30によるコンジュゲート、または実施形態31もしくは32の医薬塩もしくは組成物の使用。
【実施例0321】
オリゴヌクレオチドの合成
化合物は化合物表に記載されており、核酸塩基配列、配列番号1の相補的標的配列領域(開始および終了)、ギャップマー設計、Tm(dG)、および化合物による処理後の細胞内における残留mRNAのレベルも示されている。(下記の実施例1を参照)
【0322】
オリゴヌクレオチドの合成は、当技術分野で一般に知られている。以下は、適用できるプロトコルである。本発明のオリゴヌクレオチドは、使用する装置、支持体および濃度によって、わずかに異なる方法で生成されている場合がある。
【0323】
オリゴヌクレオチドは、Oligomaker 48でホスホラミダイトアプローチを1μmolスケールで使用して、ウリジンユニバーサル支持体上で合成される。合成の最後に、水性アンモニアを60℃で5~16時間使用して、オリゴヌクレオチドを固体支持体から切断する。オリゴヌクレオチドは逆相HPLC(RP-HPLC)または固相抽出によって精製され、UPLCによって特徴付けられ、分子量はさらにESI-MSによって確認される。
【0324】
オリゴヌクレオチドの伸長:
β-シアノエチル-ホスホルアミダイト(DNA-A(Bz)、DNA-G(ibu)、DNA-C(Bz)、DNA-T、LNA-5-メチル-C(Bz)、LNA-A(Bz)、LNA-G(dmf)、またはLNA-T)のカップリングは、アセトニトリル中の0.1Mの5’-O-DMT保護アミダイト溶液、および活性剤として、アセトニトリル(0.25M)中のDCI(4,5-ジシアノイミダゾール)を使用して行われる。最終サイクルでは、所望の修飾を有するホスホラミダイト、例えばコンジュゲート基を結合するためのC6リンカー、またはそのようなコンジュゲート基を使用できる。ホスホルチオエート結合を導入するためのチオール化は、水素化キサンタン(アセトニトリル/ピリジン9:1中0.01M)を使用することにより行われる。ホスホジエステル結合は、THF/ピリジン/水7:2:1中の0.02Mヨウ素を使用して導入できる。残りの試薬は、オリゴヌクレオチド合成に通常使用される試薬である。
【0325】
固相合成後のコンジュゲーションでは、固相合成の最後のサイクルで市販のC6アミノリンカーホルフォラミダイトを使用でき、脱保護および固体支持体からの切断後、アミノ結合脱保護オリゴヌクレオチドが単離される。コンジュゲートは、標準的な合成方法を使用した官能基の活性化によって導入される。
【0326】
RP-HPLCによる精製:
粗化合物は、Phenomenex Jupiter C18 10μ 150x10mmカラムでの分取RP-HPLCにより精製される。0.1M酢酸アンモニウムpH8およびアセトニトリルを、5mL/分の流速で緩衝液として使用する。収集された画分は凍結乾燥されて、精製された化合物が典型的には白色固体として得られる。
【0327】
略記:
DCI 4,5-ジシアノイミダゾール
DCM:ジクロロメタン
DMF:ジメチルホルムアミド
DMT:4,4’-ジメトキシトリチル
THF:テトラヒドロフラン
Bz:ベンゾイル
Ibu:イソブチリル
RP-HPLC:逆相高速液体クロマトグラフィー
【0328】
Tmアッセイ
オリゴヌクレオチドとRNA標的(リン酸結合、PO)二重鎖は、500mlのRNaseフリー水で3mMに希釈され、500mlの2x Tm緩衝液(200mM NaCl、0.2mM EDTA、20mMリン酸、pH7.0)と混合される。この溶液を95℃で3分間加熱した後、室温で30分間アニーリングする。二重鎖の融解温度(Tm)は、PE Templabソフトウェア(Perkin Elmer)を使用して、ペルチェ温度プログラマーPTP6を備えたLambda 40 UV/VIS分光光度計で測定される。温度を20℃から95℃に上昇させ、次いで25℃に低下させ、260nmでの吸収を記録する。一次導関数と、融解およびアニーリングの両方の極大値を使用して、二重鎖Tmを評価する。
【0329】
実施例1 オリゴヌクレオチドを使用した、SK-N-ASヒト細胞株におけるNav1.7のインビトロ低減。
ヒトNav1.7を標的とするLNA修飾オリゴヌクレオチドを、ATCC(CRL-2137)から取得したヒトSK-N-AS神経芽細胞腫細胞でのNav1.7 mRNA発現を低減する能力について試験した。SK-N-AS細胞(ECACC-94092302)は、ベンダーのガイドラインに従って、0.1 mM非必須アミノ酸(NEAA)およびウシ胎児血清を最終濃度10%まで補充したダルベッコ改変イーグル培地で培養した。細胞は、活性蒸発インキュベーター(Thermo C10)内で、37℃、5%CO2、95%湿度で培養した。細胞を95ulのSK-N-AS細胞培養培地に、ウェル(96ウェルプレート)あたり9300細胞の密度で播種し、インキュベーター内で24時間付着させた。その後、PBS(5.0 μl)で最終濃度5 μMまで希釈したオリゴを、予め作成した96ウェル希釈プレートから細胞培養物に添加した。細胞培養プレートをインキュベーター内で96時間インキュベートした。
【0330】
インキュベーション後、培地を除去して細胞を回収した後細胞溶解し、メーカーのプロトコルに従って、QIAGEN RNeasy 96 Kit(cat 74181)を使用してRNA精製を行った。ワンステップqPCR反応の前に、RNAを水で10倍に希釈した。ワンステップqPCR反応のために、qPCR-mix(QuantaBioのqScript(商標)XLT One-Step RT-qPCR ToughMix(登録商標)Low ROX、カタログ番号95134-500)およびQPCRを二重QPCRとして、Nav1.7(Hs.PT.58.20989243)およびGUSB(Hs.PT.58v.27737538)用のIntegrated DNA Technologiesのアッセイを使用して実行した。
【0331】
次に、反応物をqPCRプレート(MICROAMP(登録商標)optical 384ウェル、4309849)内で混合した。播種後、プレートにRTで1分間に1000gのクイックスピンを与え、Viia(商標)7システム(Applied Biosystems、Thermo)に移し、以下のPCR条件を使用した。50℃で15分間;95℃で3分間;95℃で5秒間、1.6℃/秒の温度低下、60℃で45秒間を40サイクル。QuantStudio(商標)Real_time PCRソフトウェアを使用してデータを分析し、デルタデルタCt法(数量=2 ^(-Ct)*1000000000)で数量を計算した。量は、同じウェルで実行されるハウスキーピング遺伝子アッセイ(GUSB)の計算された量に正規化する。相対目標数量=QUANTITY_target/QUANTITY_housekeeping(RNAノックダウン)は、同じプレート上のすべてのPBS処理ウェルの平均で除することにより、各ウェルについて計算した。正規化目標数量=Relative Target Quantity / [mean] Relative Target Quantity]_pbs_wells)* 100。
【0332】
配列番号512~641に基づく化合物は、上記のアッセイで評価されている。
【0333】
目標ノックダウンデータは、次の化合物表に示されている。
【0334】
化合物表では、モチーフ配列は、オリゴヌクレオチドに存在する核酸塩基の連続配列を表す。
【0335】
設計とは、ギャップマー設計F-G-F ’を指し、ここでGは、DNAヌクレオシドの領域であり、FおよびF’は、LNAヌクレオシドの領域である。
【0336】
オリゴヌクレオチド化合物は、モチーフ配列の特定の設計を表す。大文字はβ-D-オキシLNAヌクレオシドを表し、小文字はDNAヌクレオシドを表し、すべてのLNA Cは5-メチルシトシンであり、すべてのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
【0337】
実施例2 オリゴヌクレオチドを使用した、改変SK-N-ASヒト細胞株(Nav1.8のCRISPR活性化)におけるNav1.8単独の、またはNav1.7の低減と組み合わせたインビトロ低減。
SK-N-AS細胞におけるNav1.8発現の活性化:
SK-N-AS細胞に、hCMV-Blast-dCas9-VPR(#VCAS11918、Dharmacon)をコード化するレンチウイルス粒子を0.5 MOIで形質導入し、ブラストサイジン2 ug/mlで10日間選択した。続いて、dCas9-VPRタンパク質を安定して発現するSK-N-ASを操作して、Nav1.8に特異的なsgRNAを発現させた。簡単に説明すると、U6プロモーターによって駆動される発現カセットがgBlockとして合成され、続いてPiggyBacベクター(#PB511B-1、System Biosciences)にサブクローニングされた。ベクターの同一性は、サンガーシーケンシングで検証されている。Nav1.8に特異的なsgRNAを発現するU6駆動カセットの安定した統合は、メーカーの指示に従って、トランスポザーゼ発現プラスミド(#PB210PA-1、System Biosciences)を使用して得た。細胞を安定して発現するsgRNAの選択は、2 ug/mlのピューロマイシンの存在下で10日間行った。
【0338】
Nav1.8の活性化に使用されるsgRNA配列は、GGCAAGCTGTCACCTCTCTG(配列番号652)である。
【0339】
U6プロモーター-sgRNAの完全な配列は、以下の通りである。
【0340】
GAGGGCCTATTTCCCATGATTCCTTCATATTTGCATATACGATACAAGGCTGTTAGAGAGATAATTAGAATTAATTTGACTGTAAACACAAAGATATTAGTACAAAATACGTGACGTAGAAAGTAATAATTTCTTGGGTAGTTTGCAGTTTTAAAATTATGTTTTAAAATGGACTATCATATGCTTACCGTAACTTGAAAGTATTTCGATTTCTTGGCTTTATATATCTTGTGGAAAGGACGAAACACCGGGCAAGCTGTCACCTCTCTGGTTTTAGAGCTAGAAATAGCAAGTTAAAATAAGGCTAGTCCGTTATCAACTTGAAAAAGTGGCACCGAGTCGGTGCTTTTTTT(配列番号653)
【0341】
ヒトNav1.8単独、または二重特異性化合物としてのNav1.7も標的とするLNA修飾オリゴヌクレオチドを、ATCC(CRL-2137)から取得したヒトSK-N-AS神経芽細胞腫細胞における、それぞれのmRNA標的の発現を低減させる能力について試験した。SK-N-AS細胞(ECACC-94092302)は、上記のようにCRISPR活性化(CRISPRa)を使用してNav1.8の転写が活性化されている。改変SK-N-AS細胞は、ベンダーガイドラインに従って、ブラストサイジン(2.5μg/ml)およびピューロマイシン(1μg/ml)で、0.1 mMの非必須アミノ酸(NEAA)、ウシ胎児血清を最終濃度10%までに補充したダルベッコ改変イーグル培地で親細胞株を培養した。細胞は、活性蒸発インキュベーター(Thermo C10)内で、37℃、5%CO2、95%湿度で培養した。細胞を190ulのSK-N-AS細胞培養培地に、ウェル(96ウェルプレート)あたり10,000細胞の密度で播種し、インキュベーター内で4時間付着させた。その後、オリゴをあらかじめ作製した96ウェル希釈プレートで所望の濃度に希釈し、細胞培養プレートにそれの10μlを加えて最終濃度を10μMにした。細胞培養プレートをインキュベーター内で72時間インキュベートした。
【0342】
インキュベーション後、培地を除去して細胞を回収した後細胞溶解し、メーカーのプロトコルに従って、QIAGEN RNeasy 96 Kit(cat 74181)を使用してRNA精製を行った。ワンステップqPCR反応の前に、RNAを水で10倍に希釈した。ワンステップqPCR反応のために、qPCR-mix(QuantaBioのqScript(商標)XLT One-Step RT-qPCR ToughMix(登録商標)Low ROX、カタログ番号95134-500)およびQPCRを二重QPCRとして、Nav1.7(Hs.PT.58.20989243)、Nav1.8(Hs.PT.58.23220090)およびGUSB(Hs.PT.58v.27737538)用のIntegrated DNA Technologiesのアッセイを使用して実行した。
【0343】
結果
以下の表は、Nav1.7(SCN9a)およびNav1.8(SCN10a)の両方を標的とする二重特異性化合物を示す。
【0344】
効果は、PBS対照と比較した残留標的RNA(GUSBに正規化)としてここに提供される。
【0345】
試験は、通常のSK-N-AS細胞、およびNav1.8のCRISPRaに続くSK-N-ASにおいて実施した。
【表7】

【表8】














【配列表】
2024056820000001.app
【手続補正書】
【提出日】2024-04-05
【手続補正1】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】変更
【補正の内容】
【配列表】
2024056820000001.xml
【外国語明細書】