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特開2025-3730癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法
(19)【発行国】日本国特許庁(JP)
(12)【公報種別】公開特許公報(A)
(11)【公開番号】P2025003730
(43)【公開日】2025-01-09
(54)【発明の名称】癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法
(51)【国際特許分類】
C12Q 1/6886 20180101AFI20241226BHJP
C12Q 1/682 20180101ALI20241226BHJP
C12Q 1/686 20180101ALI20241226BHJP
C12Q 1/02 20060101ALI20241226BHJP
A61P 35/00 20060101ALI20241226BHJP
A61K 39/395 20060101ALI20241226BHJP
A61K 38/22 20060101ALI20241226BHJP
【ＦＩ】
C12Q1/6886 Z
C12Q1/682 Z
C12Q1/686 Z
C12Q1/02
A61P35/00
A61K39/395 U
A61K39/395 T
A61K38/22
【審査請求】有
【請求項の数】7
【出願形態】ＯＬ
(21)【出願番号】P 2024190459
(22)【出願日】2024-10-30
(62)【分割の表示】P 2020037980の分割
【原出願日】2020-03-05
【国等の委託研究の成果に係る記載事項】（出願人による申告）平成２９～３０年度、国立研究開発法人日本医療研究開発機構、次世代がん医療創生研究事業、「免疫チェックポイント阻害剤反応性を考慮したがん免疫微小環境とそれを反映する血液因子の解析による免疫抑制分子の同定と制御法の開発」委託事業、産業技術力強化法第１７条の適用を受ける特許出願
(71)【出願人】
【識別番号】598121341
【氏名又は名称】慶應義塾
(74)【代理人】
【識別番号】100165179
【弁理士】
【氏名又は名称】田▲崎▼ 聡
(74)【代理人】
【識別番号】100188558
【弁理士】
【氏名又は名称】飯田 雅人
(74)【代理人】
【識別番号】100175824
【弁理士】
【氏名又は名称】小林 淳一
(74)【代理人】
【識別番号】100152272
【弁理士】
【氏名又は名称】川越 雄一郎
(74)【代理人】
【識別番号】100181722
【弁理士】
【氏名又は名称】春田 洋孝
(72)【発明者】
【氏名】河上 裕
(72)【発明者】
【氏名】大多 茂樹
(72)【発明者】
【氏名】松本 大地
(57)【要約】
【課題】免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測する新たな技術を提供する。
【解決手段】癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法であって、前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法。
【選択図】なし
【解決手段】癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法であって、前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法。
【選択図】なし
【特許請求の範囲】
【請求項1】
癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法であって、
前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、
前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質を含み、
前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法。
前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、
前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質を含み、
前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法。
【請求項2】
前記生体試料が、ＣＤ８陽性Ｔ細胞、癌組織切片、血漿又は血清である、請求項１に記載の方法。
【請求項3】
前記免疫チェックポイント阻害薬が、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体である、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項4】
ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質に対する特異的結合物質、
ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、
ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを含む、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのキット。
ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、
ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを含む、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのキット。
【請求項5】
ＣＤ８タンパク質に対する特的結合物質、
ＣＤ８遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、
ＣＤ８遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを更に含む、請求項４に記載のキット。
ＣＤ８遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、
ＣＤ８遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを更に含む、請求項４に記載のキット。
【請求項6】
抗癌剤のスクリーニング方法であって、
被験物質の存在下でＣＤ８陽性Ｔ細胞をインキュベートする工程と、
前記ＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるマーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、を含み、
前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質を含み、
前記発現量が、前記被験物質の非存在下における発現量と比較して上昇したことが、前記被験物質が抗癌剤であることを示す、方法。
被験物質の存在下でＣＤ８陽性Ｔ細胞をインキュベートする工程と、
前記ＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるマーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、を含み、
前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質を含み、
前記発現量が、前記被験物質の非存在下における発現量と比較して上昇したことが、前記被験物質が抗癌剤であることを示す、方法。
【請求項7】
ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクターを有効成分として含有する、抗癌剤。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【0001】
本発明は、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法に関する。より詳細には、本発明は、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのキット、抗癌剤のスクリーニング方法及び抗癌剤に関する。
【背景技術】
【0002】
近年、ニボルマブ（抗ＰＤ－１抗体）に代表される免疫チェックポイント阻害薬を用いた治療法により、進行期の固形癌でも治癒が可能であることが示されている。しかしながら、免疫チェックポイント阻害薬を用いた治療の奏効率は約５～３０％にとどまっている。このため、免疫チェックポイント阻害薬の投与前にその有効性を正確に予測する技術が求められている。
【0003】
例えば特許文献１には、抗ＰＤ－Ｌ１抗体を、ＰＤ－Ｌ１：ＰＤ－１経路を標的とする治療剤の有効性を予測するために使用することが記載されている。
【先行技術文献】
【特許文献】
【0004】
【特許文献1】特表２０１７－５１８３６６号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【0005】
本発明は、免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測する新たな技術を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【0006】
本発明は以下の態様を含む。
［１］癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法であって、前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法。
［２］前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、（ｉ）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＬＡＭＦ６遺伝子若しくはタンパク質、ＣＤ４４遺伝子若しくはタンパク質又はＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせ、又は、（ｉｉ）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＥＬＬ遺伝子若しくはタンパク質、ＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質又はＣＣＲ７遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせ、を含む、［１］に記載の方法。
［３］前記生体試料が、ＣＤ８陽性Ｔ細胞、癌組織切片、血漿又は血清である、［１］又は［２］に記載の方法。
［４］前記免疫チェックポイント阻害薬が、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体である、［１］～［３］のいずれかに記載の方法。
［５］ＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはＣＭＴＭ７タンパク質に対する特異的結合物質、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを含む、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのキット。
［６］ＣＤ８タンパク質に対する特的結合物質、ＣＤ８遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＣＤ８遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを更に含む、［５］に記載のキット。
［７］抗癌剤のスクリーニング方法であって、被験物質の存在下でＣＤ８陽性Ｔ細胞をインキュベートする工程と、前記ＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるマーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が、前記被験物質の非存在下における発現量と比較して上昇したことが、前記被験物質が抗癌剤であることを示す、方法。
［８］ＮＥＬＬ２タンパク質若しくはその発現ベクター、ＡＭＩＣＡ１タンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはその発現ベクター又はＣＭＴＭ７タンパク質若しくはその発現ベクターを有効成分として含有する、抗癌剤。
［１］癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法であって、前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法。
［２］前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、（ｉ）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＬＡＭＦ６遺伝子若しくはタンパク質、ＣＤ４４遺伝子若しくはタンパク質又はＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせ、又は、（ｉｉ）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＥＬＬ遺伝子若しくはタンパク質、ＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質又はＣＣＲ７遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせ、を含む、［１］に記載の方法。
［３］前記生体試料が、ＣＤ８陽性Ｔ細胞、癌組織切片、血漿又は血清である、［１］又は［２］に記載の方法。
［４］前記免疫チェックポイント阻害薬が、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体である、［１］～［３］のいずれかに記載の方法。
［５］ＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはＣＭＴＭ７タンパク質に対する特異的結合物質、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを含む、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのキット。
［６］ＣＤ８タンパク質に対する特的結合物質、ＣＤ８遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＣＤ８遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを更に含む、［５］に記載のキット。
［７］抗癌剤のスクリーニング方法であって、被験物質の存在下でＣＤ８陽性Ｔ細胞をインキュベートする工程と、前記ＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるマーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が、前記被験物質の非存在下における発現量と比較して上昇したことが、前記被験物質が抗癌剤であることを示す、方法。
［８］ＮＥＬＬ２タンパク質若しくはその発現ベクター、ＡＭＩＣＡ１タンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはその発現ベクター又はＣＭＴＭ７タンパク質若しくはその発現ベクターを有効成分として含有する、抗癌剤。
【発明の効果】
【0007】
本発明によれば、免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測する新たな技術を提供することができる。
【図面の簡単な説明】
【0008】
【図1】実験例１の実験スケジュールを示す図である。
【図2】（ａ）は、実験例２において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＮＥＬＬ２遺伝子の発現量を解析した結果を示すグラフである。（ｂ）は、実験例２において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＳＬＡＭＦ６遺伝子高発現細胞の割合を解析した結果を示すグラフである。（ｃ）は、実験例２において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＣＤ４４遺伝子高発現細胞の割合を解析した結果を示すグラフである。（ｄ）は、実験例２において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞の割合を解析した結果を示すグラフである。
【図3】実験例２における、メラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。
【図4】実験例２において、癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞のＩＦＮ－γの産生量を定量した結果を示すグラフである。
【図5】（ａ）は、実験例３において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量を解析した結果を示すグラフである。（ｂ）は、実験例３において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＳＥＬＬ遺伝子高発現細胞の割合を解析した結果を示すグラフである。（ｃ）は、実験例３において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞の割合を解析した結果を示すグラフである。（ｄ）は、実験例３において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＣＣＲ７遺伝子高発現細胞の割合を解析した結果を示すグラフである。
【図6】（ａ）及び（ｂ）は、実験例３におけるメラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。
【図7】実験例３において、癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞のＩＦＮ－γの産生量を定量した結果を示すグラフである。
【図8】実験例４において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子の発現量を解析した結果を示すグラフである。
【図9】実験例４におけるメラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。
【図10】（ａ）～（ｄ）は、実験例４におけるフローサイトメトリー解析の結果を示すグラフである。
【図11】実験例５において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＬＥＣ１Ｌ１遺伝子の発現量を解析した結果を示すグラフである。
【図12】実験例６において、ニボルマブの投与が有効であった患者と有効でなかった患者のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＭＴＭ７遺伝子の発現量を解析した結果を示すグラフである。
【図13】実験例６におけるメラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。
【発明を実施するための形態】
【0009】
［データを収集する方法］
１実施形態において、本発明は、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法であって、前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法を提供する。
１実施形態において、本発明は、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのデータを収集する方法であって、前記癌患者由来の生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が前記有効性を予測するためのデータであり、前記発現量が基準値よりも高いことが、前記癌患者への前記免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であることを示す、方法を提供する。
【0010】
実施例において後述するように、発明者らは、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＬＥＣＬ１タンパク質、又は、ＣＭＴＭ７遺伝子若しくはＣＭＴＭ７タンパク質を、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのマーカー遺伝子又はマーカータンパク質として利用することができることを明らかにした。
【0011】
癌患者由来の生体試料におけるこれらの遺伝子又はタンパク質の発現量が、基準値よりも高い場合、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効であると判断することができる。
【0012】
したがって、本実施形態の方法は、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測する方法であるということができる。あるいは、本実施形態の方法は、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効か否かを診断する方法であるということもできる。
【0013】
ここで、基準値は、例えば、免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効でないことがすでに明らかとなっている癌患者由来の生体試料における、上記の遺伝子又はタンパク質の発現量であってよい。また、基準値は予め設定された値であってもよい。
【0014】
生体試料としては、ＣＤ８陽性Ｔ細胞、癌組織切片、血漿、血清等が挙げられる。中でも、生体試料はＣＤ８陽性Ｔ細胞であることが好ましい。
【0015】
マーカー遺伝子の発現量の測定方法は特に限定されず、例えば、ＲＮＡ－Ｓｅｑ、定量的ＲＴ－ＰＣＲ、ＤＮＡマイクロアレイ法等が挙げられる。また、マーカータンパク質の発現量の測定方法は特に限定されず、例えば、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ法、プロテインアレイ法等が挙げられる。
【0016】
本実施形態の方法において、免疫チェックポイント阻害薬としては、抗ＰＤ－１抗体又は抗ＰＤ－Ｌ１抗体等が挙げられる。より具体的な抗ＰＤ－１抗体としては、例えば、ニボルマブ、ペムブロリズマブ等が挙げられる。より具体的な抗ＰＤ－Ｌ１抗体としては、例えば、アベルマブ、アテゾリズマブ等が挙げられる。
【0017】
ヒトＮＥＬＬ２遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿００１１４５１０７．１、ＮＭ＿００１１４５１０８．１、ＮＭ＿００１１４５１０９．１等である。また、ヒトＮＥＬＬ２タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００１１３８５８０．１、ＮＰ＿００１１３８５７９．１、ＮＰ＿００６１５０．１等である。
【0018】
ヒトＡＭＩＣＡ１遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿００１０９８５２６．１、ＮＭ＿００１２８６５７０．１、ＮＭ＿００１２８６５７１．１、ＮＭ＿１５３２０６．２等である。また、ヒトＡＭＩＣＡ１タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００１２７３５００．１、ＮＰ＿００１２７３４９９．１、ＮＰ＿００１０９１９９６．１、ＮＰ＿６９４９３８．２等である。
【0019】
ヒトＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿００２９７５．３等である。また、ヒトＣＬＥＣ１１Ａタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００２９６６．１等である。
【0020】
ヒトＣＬＥＣＬ１遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿００１２５３７５０．１、ＮＭ＿００１２６７７０１．１、ＮＭ＿１７２００４．３等である。また、ヒトＣＬＥＣ１１Ａタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００１２４０６７９．１、ＮＰ＿７４２００１．１、ＮＰ＿００１２５４６３０．１等である。
【0021】
ヒトＣＭＴＭ７遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿１３８４１０．４、ＮＭ＿１８１４７２．３等である。また、ヒトＣＭＴＭ７タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿８５２１３７．１、ＮＰ＿６１２４１９．１等である。
【0022】
上記のマーカー遺伝子又はマーカータンパク質は、（ｉ－１）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＬＡＭＦ６遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉ－２）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＣＤ４４遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉ－３）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよい。
【0023】
実施例において後述するように、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質単独の発現量を測定する場合と比較して、これらの組み合わせを測定することにより、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効か否かをより正確に予測することができる。
【0024】
ヒトＳＬＡＭＦ６遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿００１１８４７１４．１、ＮＭ＿００１１８４７１５．１、ＮＭ＿００１１８４７１６．１、ＮＭ＿０５２９３１．４等である。また、ヒトＳＬＡＭＦ６タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００１１７１６４４．１、ＮＰ＿４４３１６３．１、ＮＰ＿００１１７１６４５．１等である。
【0025】
ヒトＣＤ４４遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿０００６１０．４、ＮＭ＿００１００１３８９．２、ＮＭ＿００１００１３９０．２等である。また、ヒトＣＤ４４タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００１００１３９１．１、ＮＰ＿００１００１３９０．１、ＮＰ＿００１１８９４８５．１等である。
【0026】
ヒトＩＬ７Ｒ遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿００２１８５．３等である。また、ヒトＩＬ７Ｒタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００２１７６．２等である。
【0027】
あるいは、上記のマーカー遺伝子又はマーカータンパク質は、（ｉｉ－１）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＥＬＬ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉｉ－２）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉｉ－３）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＣＣＲ７遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよい。
【0028】
実施例において後述するように、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質単独の発現量を測定する場合と比較して、これらの組み合わせを測定することにより、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効か否かをより正確に予測することができる。
【0029】
ヒトＳＥＬＬ遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿０００６５５．４等である。また、ヒトＳＥＬＬタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿０００６４６．２等である。
【0030】
ヒトＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は上述した通りである。
【0031】
ヒトＣＣＲ７遺伝子のｍＲＮＡのＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＭ＿００１３０１７１４．１、ＮＭ＿００１３０１７１６．１、ＮＭ＿００１３０１７１７．１、ＮＭ＿００１３０１７１８．１、ＮＭ＿００１８３８．３等である。また、ヒトＣＣＲ７タンパク質のＮＣＢＩアクセッション番号は、ＮＰ＿００１２８８６４５．１、ＮＰ＿００１２８８６４７．１、ＮＰ＿００１２８８６４６．１、ＮＰ＿００１２８８６４３．１、ＮＰ＿００１８２９．１等である。
【0032】
［キット］
１実施形態において、本発明は、ＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはＣＭＴＭ７タンパク質に対する特異的結合物質、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを含む、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのキットを提供する。
１実施形態において、本発明は、ＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはＣＭＴＭ７タンパク質に対する特異的結合物質、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＭＴＭ７遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを含む、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測するためのキットを提供する。
【0033】
本実施形態のキットは、ＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１タンパク質又はＣＭＴＭ７タンパク質に対する特異的結合物質を含んでいてもよい。特異的結合物質としては、抗体、抗体断片、アプタマー等が挙げられる。抗体断片としては、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆａｂ’、Ｆａｂ、Ｆｖ、ｓｃＦｖ等が挙げられる。特異的結合物質は、ＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１タンパク質又はＣＭＴＭ７タンパク質を検出することができれば特に限定されない。特異的結合物質は、固相に結合されて、例えば、プロテインアレイ等を構成していてもよい。
【0034】
本実施形態のキットは、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子又はＣＭＴＭ７遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマーを含んでいてもよい。通常、プライマーは、センスプライマー及びアンチセンスプライマーのセットである。プライマーは、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子又はＣＭＴＭ７遺伝子のｃＤＮＡを増幅することができれば、その塩基配列や長さは特に限定されない。
【0035】
本実施形態のキットは、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子又はＣＭＴＭ７遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを含んでいてもよい。通常、プローブは、核酸断片である。プローブの塩基配列は、ＮＥＬＬ２遺伝子、ＡＭＩＣＡ１遺伝子、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子、ＣＬＥＣＬ１遺伝子又はＣＭＴＭ７遺伝子のｍＲＮＡを検出することができれば特に限定されない。プローブは核酸アレイを構成していてもよい。
【0036】
本実施形態のキットは、ＣＤ８タンパク質に対する特的結合物質、ＣＤ８遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＣＤ８遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを更に含んでいてもよい。これにより、癌患者由来のＣＤ８陽性Ｔ細胞における上記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定することができる。
【0037】
本実施形態のキットは、ＳＬＡＭＦ６タンパク質、ＣＤ４４タンパク質、ＩＬ７Ｒタンパク質、ＳＥＬＬタンパク質若しくはＣＣＲ７タンパク質に対する特異的結合物質、ＳＬＡＭＦ６遺伝子、ＣＤ４４遺伝子、ＩＬ７Ｒ遺伝子、ＳＥＬＬ遺伝子若しくはＣＣＲ７遺伝子のｃＤＮＡを増幅するプライマー、又は、ＳＬＡＭＦ６遺伝子、ＣＤ４４遺伝子、ＩＬ７Ｒ遺伝子、ＳＥＬＬ遺伝子若しくはＣＣＲ７遺伝子のｍＲＮＡにハイブリダイズするプローブを更に含んでいてもよい。
【0038】
上述したように、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質の発現量と、ＳＬＡＭＦ６遺伝子若しくはタンパク質、ＣＤ４４遺伝子若しくはタンパク質又はＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質の発現量を組み合わせて測定することにより、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効か否かをより正確に予測することができる。また、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質の発現量と、ＳＥＬＬ遺伝子若しくはタンパク質、ＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質又はＣＣＲ７遺伝子若しくはタンパク質の発現量を組み合わせて測定することにより、癌患者への免疫チェックポイント阻害薬の投与が有効か否かをより正確に予測することができる。
【0039】
［抗癌剤のスクリーニング方法］
１実施形態において、本発明は、抗癌剤のスクリーニング方法であって、被験物質の存在下でＣＤ８陽性Ｔ細胞をインキュベートする工程と、前記ＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるマーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が、前記被験物質の非存在下における発現量と比較して上昇したことが、前記被験物質が抗癌剤であることを示す、方法を提供する。
１実施形態において、本発明は、抗癌剤のスクリーニング方法であって、被験物質の存在下でＣＤ８陽性Ｔ細胞をインキュベートする工程と、前記ＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるマーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはタンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはタンパク質を含み、前記発現量が、前記被験物質の非存在下における発現量と比較して上昇したことが、前記被験物質が抗癌剤であることを示す、方法を提供する。
【0040】
本実施形態のスクリーニング方法において、被験物質としては、特に限定されず、例えば、天然化合物ライブラリ、合成化合物ライブラリ、既存薬ライブラリ等を用いることができる。また、ＣＤ８陽性Ｔ細胞は、健常人由来の細胞であってもよいし、癌患者由来の細胞であってもよいし、株化された細胞であってもよい。
【0041】
本実施形態のスクリーニング方法において、マーカー遺伝子の発現量の測定方法は上述したものと同様であり、例えば、ＲＮＡ－Ｓｅｑ、定量的ＲＴ－ＰＣＲ、ＤＮＡマイクロアレイ法等が挙げられる。また、マーカータンパク質の発現量の測定方法についても上述したものと同様であり、例えば、フローサイトメトリー、ＥＬＩＳＡ法、プロテインアレイ法等が挙げられる。
【0042】
ＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＬＥＣＬ１タンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはＣＭＴＭ７タンパク質の発現量を上昇させる被験物質は、従来の免疫チェックポイント阻害薬の代わりに使用することができる抗癌剤であるということができる。あるいは、このような被験物質は、癌患者への従来の免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を向上させる薬物であるということもできる。
【0043】
本実施形態のスクリーニング方法において、上記のマーカー遺伝子又はマーカータンパク質は、（ｉ－１）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＬＡＭＦ６遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉ－２）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＣＤ４４遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉ－３）ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質と、ＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよい。
【0044】
ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはタンパク質単独の発現量を測定する場合と比較して、これらの組み合わせを測定することにより、被験物質の抗癌作用をより正確に予測することができる。
【0045】
あるいは、上記のマーカー遺伝子又はマーカータンパク質は、（ｉｉ－１）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＳＥＬＬ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉｉ－２）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＩＬ７Ｒ遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよく、（ｉｉ－３）ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質と、ＣＣＲ７遺伝子若しくはタンパク質との組み合わせであってもよい。
【0046】
ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはタンパク質単独の発現量を測定する場合と比較して、これらの組み合わせを測定することにより、被験物質の抗癌作用をより正確に予測することができる。
【0047】
［抗癌剤］
１実施形態において、本発明は、ＮＥＬＬ２タンパク質若しくはその発現ベクター、ＡＭＩＣＡ１タンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはその発現ベクター又はＣＭＴＭ７タンパク質若しくはその発現ベクターを有効成分として含有する、抗癌剤を提供する。ＡＭＩＣＡ１タンパク質は、可溶化されていることが好ましく、例えば、抗体定常領域との融合タンパク質の形態（ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃ）であってもよいし、ＡＭＩＣＡ１タンパク質の一部（例えば、細胞外ドメイン等）であってもよい。発現ベクターとしては、プラスミドベクター、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター等を利用することができる。本実施形態の抗癌剤は、例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）－Ｔ細胞製剤、ＴＣＲ－Ｔ細胞製剤、腫瘍浸潤Ｔ細胞（ＴＩＬ）療法等と組み合わせて用いることができる。
１実施形態において、本発明は、ＮＥＬＬ２タンパク質若しくはその発現ベクター、ＡＭＩＣＡ１タンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはその発現ベクター又はＣＭＴＭ７タンパク質若しくはその発現ベクターを有効成分として含有する、抗癌剤を提供する。ＡＭＩＣＡ１タンパク質は、可溶化されていることが好ましく、例えば、抗体定常領域との融合タンパク質の形態（ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃ）であってもよいし、ＡＭＩＣＡ１タンパク質の一部（例えば、細胞外ドメイン等）であってもよい。発現ベクターとしては、プラスミドベクター、アデノウイルスベクター、レトロウイルスベクター等を利用することができる。本実施形態の抗癌剤は、例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）－Ｔ細胞製剤、ＴＣＲ－Ｔ細胞製剤、腫瘍浸潤Ｔ細胞（ＴＩＬ）療法等と組み合わせて用いることができる。
【0048】
実施例において後述するように、発明者らは、ＮＥＬＬ２が、癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞のＩＦＮ－γの産生量を増加させる機能を有することを明らかにした。したがって、ＮＥＬＬ２タンパク質又はＮＥＬＬ２タンパク質の発現ベクターを抗癌剤として使用することができる。発現ベクターについては上述したものと同様である。例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）－Ｔ細胞製剤、ＴＣＲ－Ｔ細胞製剤、腫瘍浸潤Ｔ細胞（ＴＩＬ）等に、ＮＥＬＬ２タンパク質を発現させて用いることができる。
【0049】
また、実施例において後述するように、発明者らは、ＡＭＩＣＡ１タンパク質（ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃ）が、癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞のＩＦＮ－γの産生量を増加させる機能を有することを明らかにした。したがって、ＡＭＩＣＡ１タンパク質又はＡＭＩＣＡ１タンパク質の発現ベクターを抗癌剤として使用することができる。ＡＭＩＣＡ１タンパク質を抗癌剤として用いる場合、ＡＭＩＣＡ１タンパク質は可溶化されていることが好ましく、例えばＡＭＩＣＡ１－Ｆｃの形態であってもよいし、ＡＭＩＣＡ１タンパク質の一部であってもよい。発現ベクターについては上述したものと同様である。例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）－Ｔ細胞製剤、ＴＣＲ－Ｔ細胞製剤、腫瘍浸潤Ｔ細胞（ＴＩＬ）等に、ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃを発現させるか、これらの細胞にＡＭＩＣＡ１－Ｆｃタンパク質を接触させて用いることができる。
【0050】
また、実施例において後述するように、発明者らは、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質が、Ｔ細胞の未分化性を維持する機能分子であることを明らかにした。未分化なＴ細胞は免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を向上させる可能性が考えられる（例えば、Kurtulus S., et al., Checkpoint Blockade Immunotherapy Induces Dynamic Changes in PD-1-CD8+ Tumor-Infiltrating T Cells, Immunity, 50 (1):181-194, 2019 を参照。）。したがって、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質又はＣＬＥＣ１１Ａタンパク質の発現ベクターを抗癌剤として使用することができる。発現ベクターについては上述したものと同様である。例えば、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）－Ｔ細胞製剤、ＴＣＲ－Ｔ細胞製剤、腫瘍浸潤Ｔ細胞（ＴＩＬ）等に、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質を発現させて用いることができる。
【0051】
本実施形態の抗癌剤は、薬学的に許容される担体と混合した医薬組成物として製剤化されていることが好ましい。本実施形態の抗癌剤は、例えば、点滴剤、注射剤、皮膚外用剤等の形態に製剤化して非経口的に投与してもよい。皮膚外用剤としては、軟膏剤、貼付剤等の剤型が挙げられる。
【0052】
薬学的に許容される担体としては、点滴用溶剤、注射用溶剤、粘着剤等が挙げられる。点滴用溶剤、注射用溶剤としては、点滴剤、注射剤に一般的に使用されるものを特に限定なく使用することができ、例えば、生理食塩水、ブドウ糖、Ｄ－ソルビトール、Ｄ－マンノース、Ｄ－マンニトール、塩化ナトリウム等の補助薬を含む等張液等が挙げられるがこれらに限定されない。点滴用溶剤、注射用溶剤は、エタノール等のアルコール；プロピレングリコール、ポリエチレングリコール等のポリアルコール；ポリソルベート８０（商標）、ＨＣＯ－５０等の非イオン性界面活性剤等を含有していてもよい。
【0053】
粘着剤としては、一般的な貼付剤等に使用されるものを特に限定なく使用することができ、例えば、ゴム系粘着剤、シリコーン系粘着剤等が挙げられるがこれらに限定されない。
【0054】
抗癌剤の患者への投与は、例えば、点滴静脈注射、静脈注射、皮内投与、皮下投与、貼付剤の貼付等により行うことができる。また、投与量は、患者の年齢、体重、症状、投与方法等により適宜調整することができ、通常成人（体重６０ｋｇ）においては、１回あたり、例えば０．００１ｍｇ～１０００ｍｇ、例えば０．００１ｍｇ～１０００ｍｇ、例えば０．１ｍｇ～１０ｍｇの有効成分（タンパク質又は発現ベクター）を投与する量が挙げられる。抗癌剤の患者への投与回数は、１回であってもよく、複数回であってもよい。複数回投与する場合の投与間隔は、例えば数日から数か月であってもよい。
【0055】
［その他の実施形態］
１実施形態において、本発明は、癌患者から生体試料を採取する工程と、前記生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、前記発現量が基準値よりも高い場合に、前記癌患者に免疫チェックポイント阻害薬を投与する工程と、を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＬＥＣＬ１タンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはＣＭＴＭ７タンパク質を含む、癌の治療方法を提供する。
１実施形態において、本発明は、癌患者から生体試料を採取する工程と、前記生体試料における、マーカー遺伝子又はマーカータンパク質の発現量を測定する工程と、前記発現量が基準値よりも高い場合に、前記癌患者に免疫チェックポイント阻害薬を投与する工程と、を含み、前記マーカー遺伝子又はマーカータンパク質が、ＮＥＬＬ２遺伝子若しくはＮＥＬＬ２タンパク質、ＡＭＩＣＡ１遺伝子若しくはＡＭＩＣＡ１タンパク質、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子若しくはＣＬＥＣ１１Ａタンパク質、ＣＬＥＣＬ１遺伝子若しくはＣＬＥＣＬ１タンパク質又はＣＭＴＭ７遺伝子若しくはＣＭＴＭ７タンパク質を含む、癌の治療方法を提供する。
【0056】
１実施形態において、本発明は、ＮＥＬＬ２タンパク質若しくはその発現ベクター、ＡＭＩＣＡ１タンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはその発現ベクター又はＣＭＴＭ７タンパク質若しくはその発現ベクターの有効量を、治療を必要とする患者に投与することを含む、癌の治療方法を提供する。
【0057】
１実施形態において、本発明は、癌の治療のための、ＮＥＬＬ２タンパク質若しくはその発現ベクター、ＡＭＩＣＡ１タンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはその発現ベクター又はＣＭＴＭ７タンパク質若しくはその発現ベクターを提供する。
【0058】
１実施形態において、本発明は、抗癌剤を製造するための、ＮＥＬＬ２タンパク質若しくはその発現ベクター、ＡＭＩＣＡ１タンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質若しくはその発現ベクター、ＣＬＥＣＬ１タンパク質若しくはその発現ベクター又はＣＭＴＭ７タンパク質若しくはその発現ベクターの使用を提供する。
【実施例0059】
次に実施例を示して本発明を更に詳細に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
【0060】
［実験例１］
（シングルセルＲＮＡシーケンス（ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ））
９名のメラノーマ患者について、ニボルマブの投与前の血液試料及びニボルマブの投与開始から７週間後の血液試料を採取した。図１は実験スケジュールを示す図である。図１中、「ＰＤ１ Ａｂ」はニボルマブを示し、「Ｐｒｅ ＰＢＭＣ」はニボルマブの投与前の末梢血単核球細胞を示し、「Ａｆｔｅｒ ＰＢＭＣ」はニボルマブの投与後の末梢血単核球細胞を示し、「０Ｗ」、「３Ｗ」、「６Ｗ」、「７Ｗ」は、それぞれ、０週後（ニボルマブの投与開始時）、３週間後、６週間後、７週間後を示す。
（シングルセルＲＮＡシーケンス（ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ））
９名のメラノーマ患者について、ニボルマブの投与前の血液試料及びニボルマブの投与開始から７週間後の血液試料を採取した。図１は実験スケジュールを示す図である。図１中、「ＰＤ１ Ａｂ」はニボルマブを示し、「Ｐｒｅ ＰＢＭＣ」はニボルマブの投与前の末梢血単核球細胞を示し、「Ａｆｔｅｒ ＰＢＭＣ」はニボルマブの投与後の末梢血単核球細胞を示し、「０Ｗ」、「３Ｗ」、「６Ｗ」、「７Ｗ」は、それぞれ、０週後（ニボルマブの投与開始時）、３週間後、６週間後、７週間後を示す。
【0061】
また、下記表１に、メラノーマ患者の内訳を示す。表１中、「ＰＲ」は腫瘍の大きさの和が３０％以上減少した状態（Ｐａｒｔｉａｌ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ）を意味し、「ＬＳＤ」は腫瘍の大きさが６ヵ月を超えて変化しない状態（Ｌｏｎｇ Ｓｔａｂｌｅ Ｄｉｓｅａｓｅ）を意味し、「ＰＤ」は腫瘍の大きさの和が２０％以上増加し且つ絶対値でも５ｍｍ以上増加した状態、あるいは新病変が出現した状態「Ｐｒｏｇｒｅｓｓｉｖｅ Ｄｉｓｅａｓｅ」を意味する。
【0062】
【表1】
【0063】
続いて、各血液試料から末梢血単核球細胞を調製し、セルソーター（型番「ＳＨ８００Ｓ」、ソニー）で９６ウェルプレートに１個／ウェルずつＣＤ８陽性Ｔ細胞を回収した。
【0064】
続いて、回収した各ＣＤ８陽性Ｔ細胞から、市販のキット（製品名「ＳＭＡＲＴ－Ｓｅｑ（Ｒ）ｖ４ ３’ＤＥ Ｋｉｔ」、クロンテック社）を用いて次世代シーケンス用のｃＤＮＡライブラリを作製した。続いて、次世代シーケンサー（製品名「ＮｏｖａＳｅｑ６０００」、イルミナ社）を用いて作製したｃＤＮＡライブラリのシーケンス（ＲＮＡ－ｓｅｑ）を行った。
【0065】
インシリコ解析の結果、ＲＮＡ－Ｓｅｑ解析を行った３，４５６細胞のうち、３，２０６細胞の結果が、ミトコンドリア含有量１０％以下であり、ＱＣ（ｑｕａｌｉｔｙ ｃｏｎｔｒｏｌ）をパスした。その結果、１細胞あたり、２７０万リード、平均６，０００遺伝子（種類）／細胞の検出に成功した。
【0066】
この解析結果に基づき、ニボルマブの投与の有効性を予測しうるマーカー遺伝子として、ＮＥＬＬ２、ＡＭＩＣＡ１、ＣＬＥＣ１１Ａ、ＣＬＥＣＬ１に着目し、以下の検討を行った。
【0067】
［実験例２］
（ＮＥＬＬ２の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図２（ａ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＮＥＬＬ２遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＮＥＬＬ２のリード数である。
（ＮＥＬＬ２の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図２（ａ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＮＥＬＬ２遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＮＥＬＬ２のリード数である。
【0068】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりもＮＥＬＬ２遺伝子の発現量が高い傾向が認められた。したがって、ＮＥＬＬ２遺伝子又はＮＥＬＬ２タンパク質は、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0069】
図２（ｂ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＳＬＡＭＦ６遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。
【0070】
本実験例では、ＮＥＬＬ２遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＮＥＬＬ２遺伝子高発現細胞と定義した。同様に、ＳＬＡＭＦ６遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＳＬＡＭＦ６遺伝子高発現細胞と定義した。
【0071】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりも、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＳＬＡＭＦ６遺伝子高発現細胞の割合が高い傾向が認められた。また、ＮＥＬＬ２遺伝子とＳＬＡＭＦ６遺伝子の発現を組み合わせて解析することにより、ＮＥＬＬ２遺伝子単独の発現を解析するよりもニボルマブの投与の有効性を精度よく予測できる傾向が認められた。
【0072】
したがって、ＳＬＡＭＦ６遺伝子又はＳＬＡＭＦ６タンパク質は、ＮＥＬＬ２遺伝子又はＮＥＬＬ２タンパク質と組み合わせて、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0073】
図２（ｃ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＣＤ４４遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。
【0074】
上述したように、ＮＥＬＬ２遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＮＥＬＬ２遺伝子高発現細胞と定義した。同様に、ＣＤ４４遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＣＤ４４遺伝子高発現細胞と定義した。
【0075】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりも、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＣＤ４４遺伝子高発現細胞の割合が高い傾向が認められた。また、ＮＥＬＬ２遺伝子とＣＤ４４遺伝子の発現を組み合わせて解析することにより、ＮＥＬＬ２遺伝子単独の発現を解析するよりもニボルマブの投与の有効性を精度よく予測できる傾向が認められた。
【0076】
したがって、ＣＤ４４遺伝子又はＣＤ４４タンパク質は、ＮＥＬＬ２遺伝子又はＮＥＬＬ２タンパク質と組み合わせて、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0077】
図２（ｄ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。
【0078】
上述したように、ＮＥＬＬ２遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＮＥＬＬ２遺伝子高発現細胞と定義した。同様に、ＩＬ７Ｒ遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞と定義した。
【0079】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりも、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現、ＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞の割合が高い傾向が認められた。また、ＮＥＬＬ２遺伝子とＩＬ７Ｒ遺伝子の発現を組み合わせて解析することにより、ＮＥＬＬ２遺伝子単独の発現を解析するよりもニボルマブの投与の有効性を精度よく予測できる傾向が認められた。
【0080】
したがって、ＩＬ７Ｒ遺伝子又はＩＬ７Ｒタンパク質は、ＮＥＬＬ２遺伝子又はＮＥＬＬ２タンパク質と組み合わせて、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0081】
《公開データベースを用いた予後解析》
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＮＥＬＬ２遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＮＥＬＬ２遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＮＥＬＬ２遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＮＥＬＬ２遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＮＥＬＬ２遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＮＥＬＬ２遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＮＥＬＬ２遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＮＥＬＬ２遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
【0082】
図３は、メラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。図３中、「ＣＤ８Ａ＋／ＮＥＬＬ２＋」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ＋／ＮＥＬＬ２－」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＮＥＬＬ２遺伝子低発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ－／ＮＥＬＬ２＋」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ－／ＮＥＬＬ２－」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＮＥＬＬ２遺伝子低発現群の結果であることを示す。
【0083】
その結果、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＮＥＬＬ２遺伝子高発現群の予後が最も良好であることが明らかとなった。
【0084】
《癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞の応答》
ＭＡＲＴ－１抗原は、メラノーマ細胞の表面に存在することが知られているタンパク質である。まず、ＨＬＡ－Ａ２０１拘束性にＭＡＲＴ－１抗原を認識するＴ細胞受容体（ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ）を発現するＴ細胞（以下、「ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞」という場合がある。）６×１０６個に、ヒトＮＥＬＬ２を発現するレトロウイルスを感染させた。
ＭＡＲＴ－１抗原は、メラノーマ細胞の表面に存在することが知られているタンパク質である。まず、ＨＬＡ－Ａ２０１拘束性にＭＡＲＴ－１抗原を認識するＴ細胞受容体（ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ）を発現するＴ細胞（以下、「ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞」という場合がある。）６×１０６個に、ヒトＮＥＬＬ２を発現するレトロウイルスを感染させた。
【0085】
続いて、感染後、培養４日目に、メラノーマ細胞株であるＭＥＬ８８８にＨＬＡ－Ａ２０１を発現させた細胞（以下、「ＭＥＬ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１細胞」という場合がある。）と１：１の細胞数（それぞれ１０４個）で共培養を行い、共培養の開始から２４時間後の培養上清中のインターフェロン（ＩＦＮ）－γ量を測定した。また、対照として、ＭＥＬ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１細胞の代わりにＭＥＬ８８８細胞を用いた群も用意した。
【0086】
図４は、ＩＦＮ－γの産生量を定量した結果を示すグラフである。図４中、「Ｃｏｎｔｒｏｌ」は、ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞に、空のレトロウイルスを感染させた結果であることを示し、「ＮＥＬＬ２」は、ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞に、ヒトＮＥＬＬ２を発現するレトロウイルスを感染させた結果であることを示し、「Ｍｅｌ８８８」はＭＥＬ８８８細胞を用いた結果であることを示し、「Ｍｅｌ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１」は、ＭＥＬ８８８にＨＬＡ－Ａ２０１を発現させた細胞（ＭＥＬ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１細胞）を用いた結果であることを示す。
【0087】
その結果、癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞）にＮＥＬＬ２をレトロウイルスで過剰発現させると、癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞のＩＦＮ－γの産生量が増加することが明らかとなった。この結果は、ＮＥＬＬ２タンパク質が抗癌活性を有することを示す。したがって、ＮＥＬＬ２タンパク質は抗癌剤として使用することができる。
【0088】
［実験例３］
（ＡＭＩＣＡ１の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図５（ａ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。本実験例では、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞と定義した。
（ＡＭＩＣＡ１の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図５（ａ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。本実験例では、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞と定義した。
【0089】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりもＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞の割合が高い傾向が認められた。したがって、ＡＭＩＣＡ１遺伝子又はＡＭＩＣＡ１タンパク質は、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0090】
図５（ｂ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＳＥＬＬ遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。
【0091】
上述したように、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞と定義した。同様に、ＳＥＬＬ遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＳＥＬＬ遺伝子高発現細胞と定義した。
【0092】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりも、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＳＥＬＬ遺伝子高発現細胞の割合が有意に高いことが明らかとなった。また、ＡＭＩＣＡ１遺伝子とＳＥＬＬ遺伝子の発現を組み合わせて解析することにより、ＡＭＩＣＡ１遺伝子単独の発現を解析するよりもニボルマブの投与の有効性を精度よく予測できることが明らかとなった。
【0093】
したがって、ＳＥＬＬ遺伝子又はＳＥＬＬタンパク質は、ＡＭＩＣＡ１遺伝子又はＡＭＩＣＡ１タンパク質と組み合わせて、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0094】
図５（ｃ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。
【0095】
上述したように、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞と定義した。同様に、ＩＬ７Ｒ遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞と定義した。
【0096】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりも、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＩＬ７Ｒ遺伝子高発現細胞の割合が高い傾向が認められた。また、ＡＭＩＣＡ１遺伝子とＩＬ７Ｒ遺伝子の発現を組み合わせて解析することにより、ＡＭＩＣＡ１遺伝子単独の発現を解析するよりもニボルマブの投与の有効性を精度よく予測できる傾向が認められた。
【0097】
したがって、ＩＬ７Ｒ遺伝子又はＩＬ７Ｒタンパク質は、ＡＭＩＣＡ１遺伝子又はＡＭＩＣＡ１タンパク質と組み合わせて、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0098】
図５（ｄ）は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞における、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＣＣＲ７遺伝子高発現細胞の割合を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は割合（％）である。
【0099】
上述したように、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現細胞と定義した。同様に、ＣＣＲ７遺伝子の発現量を正規化し、第１四分位数以上の発現量を示した細胞をＣＣＲ７遺伝子高発現細胞と定義した。
【0100】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりも、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現、ＣＣＲ７遺伝子高発現細胞の割合が有意に高いことが明らかとなった。また、ＡＭＩＣＡ１遺伝子とＣＣＲ７遺伝子の発現を組み合わせて解析することにより、ＡＭＩＣＡ１遺伝子単独の発現を解析するよりもニボルマブの投与の有効性を精度よく予測できることが明らかとなった。
【0101】
したがって、ＣＣＲ７遺伝子又はＣＣＲ７タンパク質は、ＡＭＩＣＡ１遺伝子又はＡＭＩＣＡ１タンパク質と組み合わせて、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0102】
《公開データベースを用いた予後解析１》
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
【0103】
図６（ａ）は、メラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。図６（ａ）中、「ＣＤ８Ａ＋／ＡＭＩＣＡ１＋」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ＋／ＡＭＩＣＡ１－」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ－／ＡＭＩＣＡ１＋」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ－／ＡＭＩＣＡ１－」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群の結果であることを示す。
【0104】
その結果、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群の予後が最も良好であることが明らかとなった。
【0105】
《公開データベースを用いた予後解析２》
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、各メラノーマ患者を、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群とＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群の２群に分け、予後解析を行った。
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＡＭＩＣＡ１遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、各メラノーマ患者を、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群とＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群の２群に分け、予後解析を行った。
【0106】
図６（ｂ）は、メラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。図６（ｂ）中、「ＡＭＩＣＡ１＋」は、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＡＭＩＣＡ１－」は、ＡＭＩＣＡ１遺伝子低発現群の結果であることを示す。
【0107】
その結果、ＡＭＩＣＡ１遺伝子高発現群の予後が有意に良好であることが明らかとなった。
【0108】
《癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞の応答》
上述したＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞６×１０６個の培地に、ヒトＡＭＩＣＡ１タンパク質と抗体定常領域との融合タンパク質（ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃ、Ｒ＆Ｄ社）を終濃度が４００ｎｇ／ｍＬとなるように添加した。また、対照として、抗体定常領域（ＩｇＧ１－Ｆｃ）を終濃度が４００ｎｇ／ｍＬとなるように添加した群も用意した。
上述したＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞６×１０６個の培地に、ヒトＡＭＩＣＡ１タンパク質と抗体定常領域との融合タンパク質（ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃ、Ｒ＆Ｄ社）を終濃度が４００ｎｇ／ｍＬとなるように添加した。また、対照として、抗体定常領域（ＩｇＧ１－Ｆｃ）を終濃度が４００ｎｇ／ｍＬとなるように添加した群も用意した。
【0109】
続いて、培養４日目に、ＭＥＬ８８８にＨＬＡ－Ａ２０１を発現させた細胞（ＭＥＬ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１細胞）と１：１の細胞数（それぞれ１０４個）で共培養を行い、共培養の開始から２４時間後の培養上清中のＩＦＮ－γ量を測定した。また、対照として、ＭＥＬ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１細胞の代わりにＭＥＬ８８８細胞を用いた群も用意した。
【0110】
図７は、ＩＦＮ－γの産生量を定量した結果を示すグラフである。図７中、「ＩｇＧ１－Ｆｃ」は、ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞の培地に、ＩｇＧ１－Ｆｃを添加した結果であることを示し、「ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃ」は、ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞の培地に、ＡＭＩＣＡ１－Ｆｃを添加した結果であることを示し、「Ｍｅｌ８８８」はＭＥＬ８８８細胞を用いた結果であることを示し、「Ｍｅｌ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１」は、ＭＥＬ８８８にＨＬＡ－Ａ２０１を発現させた細胞（ＭＥＬ８８８ ＨＬＡ Ａ２０１細胞）を用いた結果であることを示す。
【0111】
その結果、培地にＡＭＩＣＡ１タンパク質を添加すると、癌抗原特異的細胞傷害性Ｔ細胞（ＭＡＲＴ－１ ＴＣＲ－Ｔ細胞）のＩＦＮ－γの産生量が増加することが明らかとなった。この結果は、ＡＭＩＣＡ１タンパク質が抗癌活性を有することを示す。したがって、ＡＭＩＣＡ１タンパク質は抗癌剤として使用することができる。
【0112】
［実験例４］
（ＣＬＥＣ１１Ａの検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図８は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＮＥＬＬ２のリード数である。
（ＣＬＥＣ１１Ａの検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図８は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＮＥＬＬ２のリード数である。
【0113】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりもＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子の発現量が有意に高いことが明らかとなった。したがって、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子又はＣＬＥＣ１１Ａタンパク質は、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0114】
《公開データベースを用いた予後解析》
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＮＥＬＬ２遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＮＥＬＬ２遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
【0115】
図９は、メラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。図９中、「ＣＬＥＣ１１Ａｈｉｇｈ＿ＣＤ８Ａｈｉｇｈ」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＬＥＣ１１Ａｌｏｗ＿ＣＤ８Ａｈｉｇｈ」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子低発現群の結果であることを示し、「ＣＬＥＣ１１Ａｈｉｇｈ＿ＣＤ８Ａｌｏｗ」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＬＥＣ１１Ａｌｏｗ＿ＣＤ８Ａｌｏｗ」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子低発現群の結果であることを示す。
【0116】
その結果、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子高発現群の予後が最も良好であることが明らかとなった。
【0117】
《ＣＬＥＣ１１ＡはＴ細胞の分化に与える影響の検討》
末梢血単核球細胞に、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子を過剰発現又はノックダウンし、Ｔ細胞の分化に与える影響を検討した。具体的には、まず、ヒト末梢血より単離した単核球を培養し、ＣＤ３／ＣＤ２８抗体で刺激した。続いて、培養開始から３日目に各レトロウイルス（ヒトＣＬＥＣ１１Ａを過剰発現させるレトロウイルス、ヒトＣＬＥＣ１１Ａに対するｓｈＲＮＡを発現させるレトロウイルス、対照のレトロウイルス）を感染させた。
末梢血単核球細胞に、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子を過剰発現又はノックダウンし、Ｔ細胞の分化に与える影響を検討した。具体的には、まず、ヒト末梢血より単離した単核球を培養し、ＣＤ３／ＣＤ２８抗体で刺激した。続いて、培養開始から３日目に各レトロウイルス（ヒトＣＬＥＣ１１Ａを過剰発現させるレトロウイルス、ヒトＣＬＥＣ１１Ａに対するｓｈＲＮＡを発現させるレトロウイルス、対照のレトロウイルス）を感染させた。
【0118】
続いて、培養開始から７日目、１４日目、２１日目にＣＤ３／ＣＤ２８抗体刺激を行い、培養開始から２４日目に、ウイルス感染ＣＤ８Ｔ細胞（ＧＦＰ陽性）の、細胞分画のポピュレーション解析をＣＤ６２Ｌ、ＣＤ４５ＲＡの発現を指標に行った。
【0119】
図１０（ａ）～（ｄ）は、フローサイトメトリー解析の結果を示すグラフである。図１０（ａ）～（ｄ）において、ＣＤ８陽性ＧＦＰ陽性細胞にゲートをかけた。図１０（ａ）～（ｄ）中、横軸はＣＤ６２Ｌの発現強度を示し、縦軸はＣＤ４５ＲＡの発現強度を示す。
【0120】
図１０（ａ）は、対照ベクターを導入したＣＤ８陽性Ｔ細胞の分化状態を解析した結果を示すグラフである。また、図１０（ｂ）は、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子を過剰発現させたＣＤ８陽性Ｔ細胞の分化状態を解析した結果を示すグラフである。
【0121】
その結果、ＣＬＥＣ１１Ａを過剰発現させると、ＣＤ６２Ｌ陰性ＣＤ４５ＲＡ細胞の割合が減少したことが明らかとなった。この結果は、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子を過剰発現させると、ＣＤ８陽性Ｔ細胞の分化が抑制することを示す。
【0122】
また、図１０（ｃ）は、対照ベクターを導入したＣＤ８陽性Ｔ細胞の分化状態を解析した結果を示すグラフである。また、図１０（ｄ）は、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子をノックダウンしたＣＤ８陽性Ｔ細胞の分化状態を解析した結果を示すグラフである。
【0123】
その結果、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子をノックダウンすると、ＣＤ６２Ｌ陰性ＣＤ４５ＲＡ細胞の割合が増加したことが明らかとなった。この結果は、ＣＬＥＣ１１Ａ遺伝子をノックダウンすると、ＣＤ８陽性Ｔ細胞の分化が促進することを示す。
【0124】
以上の結果は、ＣＬＥＣ１１Ａタンパク質が、Ｔ細胞の未分化性を維持する機能分子であることを示す。未分化なＴ細胞の存在は、免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を向上させると考えられている。したがって、Ｔ細胞におけるＣＬＥＣ１１Ａタンパク質又はＣＬＥＣ１１Ａタンパク質の発現を上昇させる物質は、免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を向上させる薬物として使用することができる。
【0125】
［実験例５］
（ＣＬＥＣＬ１の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図１１は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＬＥＣＬ１遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＣＬＥＣＬ１のリード数である。
（ＣＬＥＣＬ１の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図１１は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＬＥＣＬ１遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＣＬＥＣＬ１のリード数である。
【0126】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりもＣＬＥＣ１Ｌ１遺伝子の発現量が有意に高いことが明らかとなった。したがって、ＣＬＥＣ１Ｌ１遺伝子又はＣＬＥＣ１Ｌ１タンパク質は、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0127】
［実験例６］
（ＣＭＴＭ７の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図１２は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＭＴＭ７遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＣＭＴＭ７のリード数である。図１２中の数値はｐ値を示す。
（ＣＭＴＭ７の検討）
《ｓｃＲＮＡ－Ｓｅｑ》
図１２は、実験例１のＲＮＡ－Ｓｅｑの結果に基づいて、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）のＣＤ８陽性Ｔ細胞におけるＣＭＴＭ７遺伝子の発現量を、ニボルマブの投与が有効であった患者（ＰＲ又はＬＳＤ）と、ニボルマブの投与が有効でなかった患者（ＰＤ）のそれぞれについて解析した結果を示すグラフである。グラフの縦軸は１００万リードあたりのＣＭＴＭ７のリード数である。図１２中の数値はｐ値を示す。
【0128】
その結果、ニボルマブ投与前（Ｐｒｅ）及びニボルマブ投与後（Ｐｏｓｔ）において、ニボルマブの投与が有効であった患者は、ニボルマブの投与が有効でなかった患者よりもＣＭＴＭ７遺伝子の発現量が有意に高いことが明らかとなった。したがって、ＣＭＴＭ７遺伝子又はＣＭＴＭ７タンパク質は、ニボルマブの投与の有効性を予測するマーカーとして使用することができる。
【0129】
《公開データベースを用いた予後解析》
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＣＭＴＭ７遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＣＭＴＭ７遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＭＴＭ７遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＭＴＭ７遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＭＴＭ７遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＭＴＭ７遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
公開データベースであるＴｈｅ Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）を用いて、ＣＭＴＭ７遺伝子の発現とメラノーマ（Ｓｋｉｎ Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ Ｍｅｌａｎｏｍａ）患者の予後との関連性を検討した。具体的には、ＣＤ８遺伝子及びＣＭＴＭ７遺伝子の発現量に基づいて、各メラノーマ患者を（ｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＭＴＭ７遺伝子高発現群、（ｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＭＴＭ７遺伝子低発現群、（ｉｉｉ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＭＴＭ７遺伝子高発現群、（ｉｖ）ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＭＴＭ７遺伝子低発現群、の４群に分け、予後解析を行った。
【0130】
図１３は、メラノーマ患者の予後解析の結果を示すグラフである。図１３中、「ＣＤ８Ａ＋／ＣＭＴＭ７＋」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＭＴＭ７遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ＋／ＣＭＴＭ７－」は、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＭＴＭ７遺伝子低発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ－／ＣＭＴＭ７＋」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＭＴＭ７遺伝子高発現群の結果であることを示し、「ＣＤ８Ａ－／ＣＭＴＭ７－」は、ＣＤ８Ａ遺伝子低発現、ＣＭＴＭ７遺伝子低発現群の結果であることを示す。
【0131】
その結果、ＣＤ８Ａ遺伝子高発現、ＣＭＴＭ７遺伝子高発現群の予後が最も良好であることが明らかとなった。
【産業上の利用可能性】
【0132】
本発明によれば、免疫チェックポイント阻害薬の投与の有効性を予測する新たな技術を提供することができる。
【図1】
【図2】
【図3】
【図4】
【図5】
【図6】
【図7】
【図8】
【図9】
【図10】
【図11】
【図12】
【図13】
