本願は、微生物発酵によって生成された中性ヒトミルクオリゴ糖（ＨＭＯｓ）の精製のための簡単なプロセスを開示する。このプロセスは、陽イオン交換体処理、陰イオン交換体処理、およびナノフィルトレーションおよび／または電気透析ステップの組合せを使用し、それにより大量の中性ＨＭＯｓを高純度で効率的に精製することが可能である。中性ＨＭＯｓの発酵生産で現在使用される精製とは逆に、提示されるプロセスは、クロマトグラフィー分離の必要なくＨＭＯｓの供給を可能にする。そのように精製されたＨＭＯｓは、噴霧乾燥によって固体形態で、結晶性物質として、または除菌濾過された濃縮物として得ることができる。提供されるＨＭＯｓは、タンパク質および使用した組換え微生物菌株に由来する組換え物質を含まないので、食品、医療用食品および飼料（例えばペットフード）用途での使用に非常によく適している。

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