特許 7057973 微生物識別装置および微生物識別方法

(19)【発行国】日本国特許庁(JP)

(12)【公報種別】特許公報(B2)

(11)【特許番号】

(24)【登録日】2022-04-13

(45)【発行日】2022-04-21

(54)【発明の名称】微生物識別装置および微生物識別方法

(51)【国際特許分類】

   C12M 1/34 20060101AFI20220414BHJP

   G01N 27/62 20210101ALI20220414BHJP

   C12Q 1/06 20060101ALI20220414BHJP

【ＦＩ】

C12M1/34 B

G01N27/62 V

C12Q1/06

【請求項の数】 6

(21)【出願番号】P 2018188213

(22)【出願日】2018-10-03

(65)【公開番号】P2020054299

(43)【公開日】2020-04-09

【審査請求日】2021-05-28

(73)【特許権者】

【識別番号】000001993

【氏名又は名称】株式会社島津製作所

(73)【特許権者】

【識別番号】599002043

【氏名又は名称】学校法人 名城大学

(74)【代理人】

【識別番号】100098305

【弁理士】

【氏名又は名称】福島 祥人

(74)【代理人】

【識別番号】100108523

【弁理士】

【氏名又は名称】中川 雅博

(74)【代理人】

【識別番号】100125704

【弁理士】

【氏名又は名称】坂根 剛

(74)【代理人】

【識別番号】100187931

【弁理士】

【氏名又は名称】澤村 英幸

(72)【発明者】

【氏名】大久保 達樹

(72)【発明者】

【氏名】福山 裕子

(72)【発明者】

【氏名】田村 廣人

(72)【発明者】

【氏名】加藤 晃代

【審査官】西垣 歩美

(56)【参考文献】

【文献】国際公開第２０１７／１６８７４０（ＷＯ，Ａ１）

【文献】特開２０１５－１８４０２０（ＪＰ，Ａ）

【文献】特開２０１３－８５５１７（ＪＰ，Ａ）

【文献】Teruyo Ojima-Kato，Appl Microbiol Biotechnol，2017年，101，8557-8569

(58)【調査した分野】(Int.Cl.，ＤＢ名)

Ｃ１２Ｍ １／００－３／１０

Ｇ０１Ｎ ２７／６２

Ｃ１２Ｑ １／００－３／００

ＪＳＴＰｌｕｓ／ＪＭＥＤＰｌｕｓ／ＪＳＴ７５８０（ＪＤｒｅａｍＩＩＩ）

(57)【特許請求の範囲】

【請求項1】

種および属が既知でかつ血清型または株が未知である微生物の血清型または株を識別する微生物識別装置であって、
質量電荷比について複数の理論値を有する１以上のマーカタンパクが、血清型または株ごとにいずれの理論値で検出されるかを示す理論情報を取得する理論情報取得部と、
前記１以上のマーカタンパクのうち、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクを特定する特定部と、
識別対象の微生物を含む試料のマススペクトルにおけるピークの質量電荷比とピークの検出強度との対応関係を示すピークリストを取得するピークリスト取得部と、
前記ピークリストにおいて、前記特定されたマーカタンパクについては、強度がより大きいピークのみが検出されたと判定する判定部と、
前記理論情報、前記ピークリストおよび前記判定部による判定の結果に基づいて前記識別対象の微生物の血清型または株を識別する識別部とを備える、微生物識別装置。

【請求項2】

血清型または株の種類と、当該血清型または株に対するマーカタンパクの各理論値におけるピークの複数の検出強度との関係を示す事前情報を取得する事前情報取得部をさらに備え、
前記特定部は、前記事前情報に基づいてマーカタンパクを特定する、請求項１記載の微生物識別装置。

【請求項3】

前記特定部は、前記識別対象の微生物がサルモネラ菌である場合、前記理論情報の前記１以上のマーカタンパクのうち、少なくともｇｎｓマーカタンパクを特定する、請求項１または２記載の微生物識別装置。

【請求項4】

種および属が既知でかつ血清型または株が未知である微生物の血清型または株を識別する微生物識別方法であって、
質量電荷比について複数の理論値を有する１以上のマーカタンパクが、血清型または株ごとにいずれの理論値で検出されるかを示す理論情報を取得するステップと、
前記１以上のマーカタンパクのうち、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクを特定するステップと、
識別対象の微生物を含む試料のマススペクトルにおけるピークの質量電荷比とピークの検出強度との対応関係を示すピークリストを取得するステップと、
前記ピークリストにおいて、前記特定されたマーカタンパクについては、強度がより大きいピークのみが検出されたと判定するステップと、
前記理論情報、前記ピークリストおよび前記判定の結果に基づいて前記識別対象の微生物の血清型または株を識別するステップとを含む、微生物識別方法。

【請求項5】

血清型または株の種類と、当該血清型または株に対するマーカタンパクの各理論値におけるピークの複数の検出強度との関係を示す事前情報を取得するステップをさらに含み、
前記マーカタンパクを特定するステップは、前記事前情報に基づいてマーカタンパクを特定することを含む、請求項４記載の微生物識別方法。

【請求項6】

前記マーカタンパクを特定するステップは、前記識別対象の微生物がサルモネラ菌である場合、前記理論情報の前記１以上のマーカタンパクのうち、少なくともｇｎｓマーカタンパクを特定することを含む、請求項４または５記載の微生物識別方法。

【発明の詳細な説明】

【技術分野】

【0001】

本発明は、微生物を識別する微生物識別装置および微生物識別方法に関する。

【背景技術】

【0002】

微生物を同定するためにＭＡＬＤＩ－ＭＳ（マトリックス支援レーザ脱離イオン化質量分析法）が用いられる。ＭＡＬＤＩ－ＭＳによる微生物同定システム（以下、ＭＡＬＤＩ－ＭＳシステムと呼ぶ。）は、迅速性および低コスト性に優れ、近年、臨床現場で急速に普及している。現時点では、臨床現場においては、ＭＡＬＤＩ－ＭＳシステムによる微生物同定は種レベルの識別に留まっている。一方で、学術研究においては、微生物が菌株レベルで識別されたことが報告されている（例えば、非特許文献１参照）。

【0003】

非特許文献１においては、種々のサルモネラ菌のマススペクトルから、所定のタンパク質の質量電荷比に対応する１２種類のピークが血清型または株を識別するための識別マーカとして抽出される。ここで、各識別マーカは、血清型または株ごとに異なる複数の理論的な質量電荷比を有する。そこで、抽出された１２種類の識別マーカにそれぞれ対応する１２個の質量電荷比の組み合わせに基づいてサルモネラ菌の血清型または株が識別される。

【先行技術文献】

【非特許文献】

【0004】

【文献】Teruyo Ojima-Kato, et al., "Application of proteotyping Strain SolutionTM ver. 2 software and theoretically calculated mass database in MALDI-TOF MS typing of Salmonella serotype," Appl Microbiol Biotechnol, 2017, 101(23-24), 8557-8569

【発明の概要】

【発明が解決しようとする課題】

【0005】

各識別マーカの１個の質量電荷比に対応するピークがマススペクトルに発現し、同識別マーカの他の質量電荷比に対応するピークがマススペクトルに発現しない場合には、発現した１個のピークを当該識別マーカとして抽出することにより、高い精度で株を識別することができる。しかしながら、何らかの原因により、いずれかの識別マーカの複数の質量電荷比にそれぞれ対応する複数のピークがマススペクトルに発現することがある。この場合、１個のピークを識別マーカとして抽出することができない。そのため、血清型または株の識別の精度が低下する。

【0006】

本発明の目的は、血清型または株の識別の精度が低下することを防止することが可能な微生物識別装置および微生物識別方法を提供することである。

【課題を解決するための手段】

【0007】

本発明者らは、１００種類を超える既知の血清型または株に属する微生物を含む試料を準備し、複数の識別マーカを用いて当該微生物の血清型または株の識別を行った。そして、特定の識別マーカについては、多数の血清型または株において複数のピークがマススペクトルに発現するものの、識別マーカとして理論的に発現するべきピークは他のピークよりも大きい検出強度でかつ高い再現性で発現するという知見を得た。この知見に基づいて、以下の本発明に想到した。

【0008】

（１）第１の発明に係る微生物識別装置は、種および属が既知でかつ血清型または株が未知である微生物の血清型または株を識別する微生物識別装置であって、質量電荷比について複数の理論値を有する１以上のマーカタンパクが、血清型または株ごとにいずれの理論値で検出されるかを示す理論情報を取得する理論情報取得部と、１以上のマーカタンパクのうち、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクを特定する特定部と、識別対象の微生物を含む試料のマススペクトルにおけるピークの質量電荷比とピークの検出強度との対応関係を示すピークリストを取得するピークリスト取得部と、ピークリストにおいて、特定されたマーカタンパクについては、強度がより大きいピークのみが検出されたと判定する判定部と、理論情報、ピークリストおよび判定部による判定の結果に基づいて識別対象の微生物の血清型または株を識別する識別部とを備える。

【0009】

この微生物識別装置においては、質量電荷比について複数の理論値を有する１以上のマーカタンパクが、血清型または株ごとにいずれの理論値で検出されるかを示す理論情報が取得される。１以上のマーカタンパクのうち、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクが特定される。識別対象の微生物を含む試料のマススペクトルにおけるピークの質量電荷比とピークの検出強度との対応関係を示すピークリストが取得される。

【0010】

ここで、本発明者らの知見によれば、特定されたマーカタンパクについては、マススペクトルに複数のピークが検出された場合、強度がより大きいピークは理論的に発現するべきピークである可能性が極めて高い。そこで、ピークリストにおいて、特定されたマーカタンパクについては、複数のピークが検出された場合、強度がより大きいピークのみが検出されたと判定される。理論情報、ピークリストおよび判定の結果に基づいて識別対象の微生物の血清型または株が識別される。

【0011】

この構成によれば、特定のマーカタンパクに対応する不要なピークが発現した場合でも、当該不要なピークに起因する株の誤識別が発生する確率を低減することができる。これにより、血清型または株の識別の精度が低下することを防止することができる。

【0012】

（２）微生物識別装置は、血清型または株の種類と、当該血清型または株に対するマーカタンパクの各理論値におけるピークの複数の検出強度との関係を示す事前情報を取得する事前情報取得部をさらに備え、特定部は、事前情報に基づいてマーカタンパクを特定してもよい。この場合、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクを容易に特定することができる。

【0013】

（３）特定部は、識別対象の微生物がサルモネラ菌である場合、理論情報の１以上のマーカタンパクのうち、少なくともｇｎｓマーカタンパクを特定してもよい。この場合、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクとして少なくともｇｎｓマーカタンパクを容易に特定することができる。

【0014】

（４）第２の発明に係る微生物識別方法は、種および属が既知でかつ血清型または株が未知である微生物の血清型または株を識別する微生物識別方法であって、質量電荷比について複数の理論値を有する１以上のマーカタンパクが、血清型または株ごとにいずれの理論値で検出されるかを示す理論情報を取得するステップと、１以上のマーカタンパクのうち、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクを特定するステップと、識別対象の微生物を含む試料のマススペクトルにおけるピークの質量電荷比とピークの検出強度との対応関係を示すピークリストを取得するステップと、ピークリストにおいて、特定されたマーカタンパクについては、強度がより大きいピークのみが検出されたと判定するステップと、理論情報、ピークリストおよび判定の結果に基づいて識別対象の微生物の血清型または株を識別するステップとを含む。

【0015】

この方法によれば、特定のマーカタンパクに対応する不要なピークが発現した場合でも、当該不要なピークに起因する株の誤識別が発生する確率を低減することができる。これにより、血清型または株の識別の精度が低下することを防止することができる。

【0016】

（５）微生物識別方法は、血清型または株の種類と、当該血清型または株に対するマーカタンパクの各理論値におけるピークの複数の検出強度との関係を示す事前情報を取得するステップをさらに含み、マーカタンパクを特定するステップは、事前情報に基づいてマーカタンパクを特定することを含んでもよい。この場合、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクを容易に特定することができる。

【0017】

（６）マーカタンパクを特定するステップは、識別対象の微生物がサルモネラ菌である場合、理論情報の１以上のマーカタンパクのうち、少なくともｇｎｓマーカタンパクを特定することを含んでもよい。この場合、同一の血清型または株についての特定の理論値におけるピークの検出強度が他の理論値におけるピークの検出強度よりも大きいマーカタンパクとして少なくともｇｎｓマーカタンパクを容易に特定することができる。

【発明の効果】

【0018】

本発明によれば、血清型または株の識別の精度が低下することを防止することが可能になる。

【図面の簡単な説明】

【0019】

【図1】本発明の一実施の形態に係る微生物識別装置を含む質量分析装置の構成を示す図である。

【図2】記憶部に記憶された識別マーカリストの一例を示す図である。

【図3】抽出されたピークの一例を示す図である。

【図4】タンパク質ｇｎｓを識別マーカとしたときの事前情報の一例を示す図である。

【図5】微生物識別装置の構成を示す図である。

【図6】微生物識別プログラムにより行われる微生物識別処理のアルゴリズムを示すフローチャートである。

【発明を実施するための形態】

【0020】

（１）質量分析装置の構成
以下、本発明の実施の形態に係る微生物識別装置および微生物識別方法について図面を参照しながら詳細に説明する。図１は、本発明の一実施の形態に係る微生物識別装置を含む質量分析装置の構成を示す図である。図１に示すように、質量分析装置１００は、処理装置１０および分析部２０を含む。分析部２０は、ＭＡＬＤＩ（マトリックス支援レーザ脱離イオン化法）を用いて、微生物を含む種々の試料を質量分析することによりマススペクトルを生成する。

【0021】

処理装置１０は、ＣＰＵ（中央演算処理装置）１１、ＲＡＭ（ランダムアクセスメモリ）１２、ＲＯＭ（リードオンリメモリ）１３、記憶部１４、操作部１５、表示部１６および入出力Ｉ／Ｆ（インターフェイス）１７により構成される。ＣＰＵ１１、ＲＡＭ１２、ＲＯＭ１３、記憶部１４、操作部１５、表示部１６および入出力Ｉ／Ｆ１７はバス１８に接続される。ＣＰＵ１１、ＲＡＭ１２およびＲＯＭ１３が微生物識別装置１を構成する。

【0022】

ＲＡＭ１２は、ＣＰＵ１１の作業領域として用いられる。ＲＯＭ１３にはシステムプログラムが記憶される。記憶部１４は、ハードディスクまたは半導体メモリ等の記憶媒体を含み、微生物識別プログラムを記憶する。ＣＰＵ１１が記憶部１４に記憶された微生物識別プログラムをＲＡＭ１２上で実行することにより、後述する微生物識別処理が行われる。また、記憶部１４は、試料に含まれる微生物の血清型または株を識別するための識別マーカリストを記憶する。識別マーカリストの詳細については後述する。

【0023】

操作部１５は、キーボード、マウスまたはタッチパネル等の入力デバイスである。表示部１６は、液晶表示装置等の表示デバイスである。使用者は、操作部１５を用いて微生物識別装置１に各種指示を行うことができる。表示部１６は、微生物識別装置１による識別結果を表示可能である。入出力Ｉ／Ｆ１７は、分析部２０に接続される。

【0024】

図２は、記憶部１４に記憶された識別マーカリストの一例を示す図である。図２に示すように、識別マーカリストは、血清型または株の種類と、当該血清型または株を識別するための１以上の識別マーカとの対応関係を示すリストである。なお、識別マーカはマーカタンパクであり、識別マーカリストは、マーカタンパクの遺伝子解析等により作成される。本実施の形態においては、株の識別方法について説明するが、血清型の識別方法についても同様である。

【0025】

図２の例においては、２種類の識別マーカとして識別マーカＭａ，Ｍｂが含まれる。また、識別マーカＭａは、株の種類によって異なる理論的な質量電荷比「Ａ１」または「Ａ２」を有する。識別マーカＭｂは、株の種類によって異なる理論的な質量電荷比「Ｂ１」、「Ｂ２」または「Ｂ３」を有する。各質量電荷比には、株ごとに「１」または「０」の理論値が付与される。理論値「１」が付与された質量電荷比には、対応する株のマススペクトルにピークが発現する。一方、理論値「０」が付与された質量電荷比には、対応する株のマススペクトルにピークが発現しない。

【0026】

具体的には、「株Ｘ」においては、識別マーカＭａ，Ｍｂとして質量電荷比「Ａ１」および「Ｂ１」にそれぞれピークが発現し、質量電荷比「Ａ２」、「Ｂ２」および「Ｂ３」にはピークが発現しない。「株Ｙ」においては、識別マーカＭａ，Ｍｂとして質量電荷比「Ａ１」および「Ｂ２」にそれぞれピークが発現し、質量電荷比「Ａ２」、「Ｂ１」および「Ｂ３」にはピークが発現しない。「株Ｚ」においては、識別マーカＭａ，Ｍｂとして質量電荷比「Ａ２」および「Ｂ３」にそれぞれピークが発現し、質量電荷比「Ａ１」、「Ｂ１」および「Ｂ２」にはピークが発現しない。

【0027】

図２の識別マーカリストを用いた株の識別方法を説明する。まず、識別対象の株に由来する微生物を含む試料のマススペクトルが分析部２０により生成される。次に、生成されたマススペクトルに基づいて、ピークリストが作成される。なお、ピークリストは、ピークの質量電荷比とピークの検出強度との対応関係を示すリストである。続いて、作成されたピークリストから識別マーカＭａ，Ｍｂの質量電荷比の許容誤差範囲内に含まれるピークが抽出される。

【0028】

図３は、抽出されたピークの一例を示す図である。図３の例では、「試料１」については、質量電荷比「Ａ１」および「Ｂ２」にそれぞれピークが抽出され、質量電荷比「Ａ２」、「Ｂ１」および「Ｂ３」にはピークが抽出されない。「試料２」については、質量電荷比「Ａ２」および「Ｂ３」にそれぞれピークが抽出され、質量電荷比「Ａ１」、「Ｂ１」および「Ｂ２」にはピークが抽出されない。「試料３」については、質量電荷比「Ａ１」、「Ｂ１」および「Ｂ２」にそれぞれピークが抽出され、質量電荷比「Ａ２」および「Ｂ３」にはピークが抽出されない。

【0029】

図３のピークと、図２の識別マーカリストとの比較により株の識別が行われる。具体的には、比較の結果、「試料１」の株は「株Ｙ」であると識別され、「試料２」の株は「株Ｚ」であると識別される。しかしながら、「試料３」については、識別マーカＭｂに対応するピークが質量電荷比「Ｂ１」および「Ｂ２」の両方に抽出されている。そのため、「試料３」の株は「株Ｘ」であるのか、「株Ｙ」であるのかを識別することができない。この場合、株の識別の精度が低下する。

【0030】

一方で、本発明者らは、特定の識別マーカについては、複数のピークが発現する場合でも、理論的に発現するべきピークは他のピークよりも大きい検出強度でかつ高い再現性で発現するという知見を得た。そこで、微生物識別装置１は、特定の識別マーカに対応して複数のピークが検出された場合、各ピークの検出強度の大きさに基づいてピークの取捨選択を行うことにより、不要なピークの発現による株の識別の精度の低下を防止する。

【0031】

（２）事前情報
微生物識別装置１は、種および属が既知でかつ株が未知である微生物を識別対象とするが、測定対象の微生物の株を識別する前に、既知の複数の株を用いて生成された事前情報を取得する。事前情報は、１以上の識別マーカについて、株の種類と、当該株に対する識別マーカの各質量電荷比におけるピークの複数の検出強度との関係を含む情報である。

【0032】

図４は、タンパク質ｇｎｓ（Ｎ－アセチルグルコサミン－６－スルファターゼ：N-acetylglucosamine-6-sulfatase）を識別マーカとしたときの事前情報の一例を示す図である。図４の事前情報は、「株１」～「株３３」に属するサルモネラ菌を含む複数の試料が質量分析されることにより生成される。

【0033】

図４（ａ）に示すように、ｇｎｓ識別マーカは理論的に質量電荷比「６４８３．５１」および「６５１１．５６」を有する。以下、質量電荷比「６４８３．５１」および「６５１１．５６」をそれぞれ質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」と呼ぶ。また、図４（ａ）においては、「株１」～「株３３」に対応する質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」におけるピークの検出確率が記載されている。

【0034】

具体的には、各株について４個の試料が準備され、４個の試料のうち、各質量電荷比におけるピークが検出された試料の数に基づいて検出確率が評価される。各質量電荷比においてピークが検出された試料の数が４個、３個、２個、１個および０個である場合、当該質量電荷比におけるピークの検出確率はそれぞれ１００％、７５％、５０％、２５％および０％となる。

【0035】

図４（ｂ），（ｃ）には、それぞれ「株１」および「株１８」において検出されたピークの強度が示される。図４（ｂ）の例では、「株１」についての４個の試料において、質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」にピークが検出されたので、質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」の各々におけるピークの検出確率は１００％となる。

【0036】

図４（ｃ）の例では、「株１８」についての４個の試料において質量電荷比「Ｍ１」にピークが検出されたので、質量電荷比「Ｍ１」におけるピークの検出確率は１００％となる。一方、「株１８」についての１個の試料において質量電荷比「Ｍ２」にピークが検出されたが、他の３個の試料においては質量電荷比「Ｍ２」にピークが検出されなかったので、質量電荷比「Ｍ２」におけるピークの検出確率は２５％となる。

【0037】

さらに、図４（ａ）においては、識別マーカとして理論的に発現するべきピークの質量電荷比に対応する枠がハッチングパターンにより強調表示されている。例えば、「株１」については、質量電荷比「Ｍ１」のピークが理論的に発現するべきピークである。そのため、質量電荷比「Ｍ１」に対応する枠がハッチングパターンにより強調表示されている。

【0038】

ここで、事前情報によると、図４の識別マーカについては、「株１」のように１００％の確率で質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」の両方にピークが検出される場合でも、図４（ｂ）に示すように、理論的に発現するべきピークの検出強度は他のピークの検出強度よりも大きいことが示される。図４（ｃ）の「株１８」ならびに他の「株２」～「株１７」および「株１９」～「株３３」においても同様である。

【0039】

そこで、微生物識別装置１は、図４の識別マーカ（具体的にはｇｎｓ識別マーカ）については、質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」の両方にピークが検出された場合、検出強度がより大きいピークを選択し、他のピークを消去する。これにより、不要なピークに起因する株の誤識別が発生する確率を低減することができる。

【0040】

（３）微生物識別処理
図５は、微生物識別装置１の構成を示す図である。図６は、微生物識別プログラムにより行われる微生物識別処理のアルゴリズムを示すフローチャートである。図５に示すように、微生物識別装置１は、機能部として、事前情報取得部Ａ、理論情報取得部Ｂ、特定部Ｃ、ピークリスト取得部Ｄ、判定部Ｅおよび識別部Ｆを含む。

【0041】

図１のＣＰＵ１１が記憶装置１４に記憶された微生物識別プログラムを実行することにより、微生物識別装置１の機能部が実現される。微生物識別装置１の機能部の一部または全てが電子回路等のハードウエアにより実現されてもよい。以下、図５の微生物識別装置１ならびに図６のフローチャートを用いて微生物識別処理を説明する。

【0042】

事前情報取得部Ａは、図４の事前情報を分析部２０から取得する（ステップＳ１）。事前情報が記憶部１４または他の記憶装置に記憶されている場合には、事前情報取得部Ａは事前情報を記憶部１４または他の記憶装置から取得してもよい。理論情報取得部Ｂは、記憶部１４から識別マーカリストを取得する（ステップＳ２）。識別マーカリストが他の記憶装置に記憶されている場合には、理論情報取得部Ｂは識別マーカリストを他の記憶装置から取得してもよい。

【0043】

ステップＳ１，Ｓ２は、いずれが先に実行されてもよいし、同時に実行されてもよい。ステップＳ１，Ｓ２の後、特定部Ｃは、ステップＳ２で取得された識別マーカリストにおける１以上の識別マーカのうち、ステップＳ１で取得された事前情報に含まれる識別マーカを特定する（ステップＳ３）。

【0044】

ピークリスト取得部Ｄは、分析部２０により生成された識別対象の微生物を含む試料のマススペクトルを取得する（ステップＳ４）。また、ピークリスト取得部Ｄは、ステップＳ４で取得されたマススペクトルからピークを検出することによりピークリストを取得する（ステップＳ５）。ステップＳ４，Ｓ５は、ステップＳ１～Ｓ３のいずれかよりも先に実行されてもよいし、同時に実行されてもよい。

【0045】

判定部Ｅは、ステップＳ５で取得されたピークリストにおいて、ステップＳ３で特定された識別マーカについて、質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」の両方におけるピークが検出されたか否かを判定する（ステップＳ６）。質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」の両方におけるピークが検出されず、質量電荷比「Ｍ１」および「Ｍ２」の一方におけるピークのみが検出された場合、判定部ＥはステップＳ１０に進む。両方のピークが検出された場合、判定部Ｅは、質量電荷比「Ｍ１」におけるピークの検出強度が質量電荷比「Ｍ２」におけるピークの検出強度よりも大きいか否かを判定する（ステップＳ７）。

【0046】

質量電荷比「Ｍ１」におけるピークの検出強度が質量電荷比「Ｍ２」におけるピークの検出強度よりも大きい場合、判定部Ｅは、質量電荷比「Ｍ２」におけるピークを消去し（ステップＳ８）、ステップＳ１０に進む。質量電荷比「Ｍ１」におけるピークの検出強度が質量電荷比「Ｍ２」におけるピークの検出強度よりも小さい場合、判定部Ｅは、質量電荷比「Ｍ１」におけるピークを消去し（ステップＳ９）、ステップＳ１０に進む。

【0047】

ステップＳ１０で、識別部Ｆは、ステップＳ２で取得された識別マーカリスト、ステップＳ５で取得されたピークリストおよびステップＳ８，Ｓ９における判定結果に基づいて識別対象の微生物の株を識別する（ステップＳ１０）。また、識別部Ｆは、識別結果を表示部１６に表示させ（ステップＳ１１）、微生物識別処理を終了する。

【0048】

（４）効果
本実施の形態に係る微生物識別装置１においては、理論的な複数の質量電荷比を有する１以上の識別マーカが、株ごとにいずれの質量電荷比で検出されるかを示す識別マーカリストが理論情報取得部Ｂにより取得される。１以上の識別マーカのうち、同一の株についての特定の質量電荷比におけるピークの検出強度が他の質量電荷比におけるピークの検出強度よりも大きい識別マーカが特定部Ｃにより特定される。識別対象の微生物を含む試料のマススペクトルにおけるピークリストがピークリスト取得部Ｄにより取得される。

【0049】

ここで、特定部Ｃにより特定された識別マーカについては、マススペクトルに複数のピークが検出された場合、強度がより大きいピークは理論的に発現するべきピークである可能性が極めて高い。そこで、ピークリストにおいて、特定部Ｃにより特定された識別マーカについては、複数のピークが検出された場合、強度がより大きいピークのみが検出されたと判定部Ｅにより判定される。識別マーカリスト、ピークリストおよび判定部Ｅによる判定の結果に基づいて識別対象の微生物の株が識別部Ｆにより識別される。

【0050】

この構成によれば、特定の識別マーカに対応する不要なピークが発現した場合でも、当該不要なピークに起因する株の誤識別が発生する確率を低減することができる。これにより、株の識別の精度が低下することを防止することができる。

【0051】

（５）他の実施の形態
上記実施の形態において、微生物識別装置１は事前情報取得部Ａを含むが、本発明はこれに限定されない。サルモネラ菌の血清型または株の識別において、ｇｎｓを識別マーカとする場合には、事前情報が取得されなくてもよく、微生物識別装置１は事前情報取得部Ａを含まなくてもよい。

【符号の説明】

【0052】

１…微生物株識別装置，１０…処理装置，１１…ＣＰＵ，１２…ＲＡＭ，１３…ＲＯＭ，１４…記憶部，１５…操作部，１６…表示部，１７…入出力Ｉ／Ｆ，１８…バス，２０…分析部，１００…質量分析装置，Ａ…事前情報取得部，Ｂ…理論情報取得部，Ｃ…特定部，Ｄ…ピークリスト取得部，Ｅ…判定部，Ｆ…識別部，Ｍａ，Ｍｂ…識別マーカ

【図1】

【図2】

【図3】

【図4】

【図5】

【図6】